MX2010008250A - Genes que degradan el biopolimero termofilico y termoacidofilico y enzimas a partir de alicyclobacillus acidocaldarius, metodos y organismos relacionados. - Google Patents

Abstract

La presente invención se refiere a polipéptidos aislados y/o purificados y secuencias de ácido nucleico que codifican polipéptidos a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius; además se proporcionan métodos para al menos, parcialmente degradar, desdoblar o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, o grupos decoradores de manano, usando polipéptidos aislados y/o purificados y secuencias de ácido nucleico que codifican polipéptidos a partir de Alicyclobacillus acidocaldanus.

Description

GENES QUE DEGRADAN EL BIOPOLIMERO TERMOFILICO Y TERMOACIDOFILICO Y ENZIMAS A PARTIR DE ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS. METODOS Y ORGANISMOS RELACIONADOS REFERENCIA CRUZADA A LAS SOLICITUDES RELACIONADAS Esta solicitud reivindica el beneficio de y la prioridad a la Solicitud de Patente Provisional Estadounidense Serie Número 61/025,136, presentada el 31 de Enero de 2008, para "Genes que degradan el biopolimero termofílico y termoacidofílico y enzimas a partir de alicyclobacillus acidocaldarius, métodos y organismos relacionados", incorporada en la presente en su totalidad por referencia. El Gobierno Estadounidense tiene ciertos derechos en esta invención, conforme al Contrato No. DE-AC07-05ID14517, entre el Departamento de Energía Estadounidense y Battelle Energy Alliance, LLC.

CAMPO DE LA INVENCION La presente invención se refiere en general, a biotecnología. Más específicamente, la presente invención se refiere a polipéptidos aislados y/o purificados y secuencias de ácido nucleico que codifican polipéptidos a partir dé Alicyclobacillus acidocaldarius y métodos para su uso.

ANTECEDENTES DE LA INVENCION La hidrólisis de ácido diluto para remover hemicelulosa a partir de materiales lignocelulósicos, es una de las técnicas de pretratamiento más desarrolladas para lignocelulosa y es actualmente favorecida (Hemelinck et al., 2005), debido a que resulta en rendimientos bastante altos de xilosa (75-90%). Las condiciones que son típicamente usadas varían desde 0.1 hasta 1.5% de ácido sulfúrico y temperaturas arriba de 160° C. Las altas temperaturas usadas resultan en niveles significantes de productos de descomposición térmica que inhiben fermentaciones microbianas subsecuentes (Lavarack et al., 2002). La hidrólisis a alta temperatura requiere sistemas presurizados, generación de vapor y materiales resistentes a la corrosión en la construcción del reactor, debido a la naturaleza más corrosiva de ácido a temperaturas elevadas. Las hidrólisis de ácido a baja temperatura son de interés, debido a que tienen el potencial para superar varias de las desventajas anteriores (Tsao et al., 1987). Se ha demostrado que 90% de hemicelulosa puede ser solubilizada como oligómeros en algunas horas de tratamiento de ácido en el intervalo de temperatura de 80-100° C. También se ha demostrado que los azúcares producidos en la hidrólisis de ácido a baja temperatura, son estables bajo estas mismas condiciones por al menos 24 horas sin degradación detectable a los productos de descomposición furfurales. Finalmente, el ácido sulfúrico típicamente usado en pretratamiento no es tan corrosivo a temperaturas inferiores. El uso de pretratamientos de ácido a temperatura inferior requiere tiempos de reacción muy prolongados para lograr niveles aceptables de hidrólisis. Aunque 90% de solubilización de hemicelulosa ha sido mostrado (Tsao, 1987), el volumen de los azúcares está en la forma de oligómeros y no está en la forma monomérica. Los organismos actualmente favorecidos en etapas de fermentación subsecuente no pueden utilizar oligómeros de azúcares (Garrote et al., 2001 ) y el oligómero que contiene contienen requiere procesamiento adicional a monómeros, usualmente como una segunda etapa de hidrólisis alcalina o de ácido (Garrote et al., 2001). Otros métodos de pretratamiento acídico incluyen autohidrólisis y lavado con agua caliente. En la autohidrólisis, la biomasa se trata con vapor a altas temperaturas (-240° C), las cuales desdoblan las cadenas laterales de acetilo asociadas con hemicelulosa para producir ácido acético que funciona en una manera similar al ácido sulfúrico en hidrólisis de ácido. Las temperaturas de pretratamiento superiores son requeridas comparadas con la hidrólisis de ácido, diluto, debido a que el ácido acético es un ácido mucho más débil que el sulfúrico. A temperaturas por debajo de 240°C, la hemicelulosa no se hidroliza completamente a monómeros de azúcar y tiene altos niveles de oligómeros (Garrote et al., 2001 ). En lavados de agua caliente, la biomasa se contacta con agua (bajo presión) a temperaturas elevadas 160-230° C. Este proceso puede efectivamente hidrolizar más de 90% de la hemicelulosa presente y la hemicelulosa solubilizada es típicamente de más de 95% en la forma de oligómeros (Liu y Wyman, 2003).

BREVE DESCRIPCION DE LA INVENCION Modalidades de la invención se refieren a secuencias de nucleótido aislados y/o purificados del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius, o un homólogo o fragmento del mismo. En una modalidad de la invención, la secuencia de nucleótido se selecciona a partir de las SEQ ID NO:1 , 18, 35, 51 , 68, 85, 101 , 1 18, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , 438, 455, 457, 459, 461 , 463 o un homólogo o fragmento del mismo. En otra modalidad de la invención, el homólogo se selecciona a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleótido que tiene al menos 80% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:1 , 18, 51 , 68, 85, 101 , 1 18, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , o 438; al menos 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:461 ; al menos 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:35; al menos 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:459; al menos 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:463; al menos 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO.457; y al menos 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID N0.455. Modalidades de la invención, pueden además, referirse a una secuencia de ácido nucleico aislado y/o purificado, que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 1 19, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, o 439; al menos 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462; al menos 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36; al menos 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458¡ y al menos 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:456. Modalidades de la invención, también se refieren a polipéptidos aislados y/o purificados codificados por una secuencia de nucleotido del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius, o un homólogo o fragmento del mismo. En una modalidad, la secuencia de nucleotido es seleccionada a partir del grupo que consiste de una secuencia de nucleotido que tiene al menos, 80% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:1 , 18, 51 , 68, 85, 101 , 1 18, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , o 438; al menos 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:461 ; al menos 94% de identidad de secuencia con la , SEQ ID NO:35; al menos 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID N0.459; al menos 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:463; al menos 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO.457; y al menos 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:455. En otra modalidad de la invención, la secuencia de nucleotido se selecciona a partir de las SEQ ID NO:1 , 18, 35, 51 , 68, 85, 101 , 1 18, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , 438, 455, 457, 459, 461 , 463 o un homólogo o fragmento del mismo. En todavía otra modalidad, el polipéptido tiene la secuencia de aminoácido de las SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 119, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, 439, 456, 458, 460, 462, o 464. En aún otra modalidad, el polipéptido es seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 119, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, o 439; al menos 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462; al menos 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36; al menos 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458; y al menos 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:456. En modalidades de la invención, los polipéptidos pueden ser acidofilicos y/o termofílicos. En modalidades adicionales, los polipéptidos pueden ser glicosilados, pegilados y/o de otro modo post-traduccionalmente modificados. Modalidades de la invención incluyen métodos para al menos, parcialmente degradar, desdoblar o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano, glucano, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Tales métodos pueden comprender colocar un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 119, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, o 439; al menos 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462¡ al menos 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36; al menos 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458; y al menos 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:456, en contacto fluido con un polisacárido, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósido, xilano, glucano, galactano y/o grupo decorador de mañano. Estos y otros aspectos de la invención llegarán a ser aparentes para el experto en la técnica, n vista de las enseñanzas contenidas en la presente.

BREVE DESCRIPCION DE LAS FIGURAS Las figuras 1A y 1 B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID N0.2 (RAAC00 69), una esterasa de la súper familia de alfa-beta hidrolasa, y gi:121533815, gi:89099582, gi:16078568, gi:15615150, y gi: 124524344 (SEQ ID NO:3-7, respectivamente), las cuales son todas esterasas de la súper familia de alfa-beta hidrolasa. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 2A y 2B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:19 (RAAC00501 ), una alfa-beta-hidrolasa, gi:125974699, gi:15613871 , gi:5457696, g¡:14520481 , y gi:40744233 y (SEQ ID NO:20-24, respectivamente), las cuales son todas alfa-beta hidrolasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 3A, 3B, y 3C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:36 (RAAC00568), una alfa-glucosidasa, y gi:6686567, gi:4586418, gi|89098051 , y gi|114844717 (SEQ ID NO:37-40, respectivamente), las cuales son todas alfa-glucosidasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 4A, 4B, y 4C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:52 (RAAC00594) y gi|16131527, gi|52081844, gi|52787233, gi|16504867, y gi|16422318 (SEQ ID NO:53-57, respectivamente), las cuales son todas alfa-xilosidasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 5A y 5B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:69 (RAAC00602), una alfa-L-arabinofuranosidasa, y gi:6079924, gi:89095985, gi:15614424, gi:52081375, y gi:52786751 (SEQ ID NO:70-74, respectivamente), las cuales son todas alfa-L-arabinofuranosidasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 6A y 6B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:86 (RAAC00798), una hidrolasa asociada a la pared celular, y gi|15893601 , gi|15896196, gi|15893600, y g¡|1 16513351 (SEQ ID NO:87-90, respectivamente), las cuales son todas hidrolasas asociadas a la pared celular. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 7A y 7B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:102 (RAAC001076), una altronato hidrolasa, y gi|15613053, gi|121533397, gi|52081816, gi|52787203, y gi|15893984 (SEQ ID NO: 103-107, respectivamente), las cuales son todas altronato hidrolasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 8A y 8B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID ??. 19 (RAAC04341) y gi|125973125, gi|76796625, gi|20515428, gi|1 4843317, y gi|76795342 (SEQ ID NO:120-124, respectivamente), las cuales son todas celulasa/endoglucanasa Ms. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 9A y 9B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:136 (RAAC04342) y gi| 125973 26, gi|20515429, g¡|76796624, gi|114843316, y g¡|15893508 (SEQ ID NO: 137-141 , respectivamente), las cuales son todas celulasa/endoglucanasa Ms. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. La figura 10 representa un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 153 (RAAC04343), una celulasa/endoglucanasa M, y gi:20515430, gi:76796623, gi: 125973127, y gi: 125973126 (SEQ ID N0.154-156 y 137, respectivamente), las cuales son todas celulasa/endoglucanasa Ms. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 11A-1 1C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:168 (RAAC01275), una poligalacturonasa, y gi:89098529, gi:1 16623151 , gi:116620373, gi:52081815, y gi:52787202 (SEQ ID NO:169-173, respectivamente), las cuales son todas poligalacturonasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 12A-12C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO: 185 (RAAC01615), una alfa-galactosidasa, y gi|15614786, gi|90961985, gi|148544139, gi|76796346, y gi:1 14844315 (SEQ ID NO:186-190, respectivamente), las cuales son todas alfa-galactosidasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 13A-13K representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:202 (RAAC01621 ), una celobiosa foforilasa, y gi|125973736, g¡|114844102, gi|20517160, gi|76795700, y gi|118725340 (SEQ ID NO:203-207, respectivamente), las cuales son todas celobiosa foforilasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 14A-14C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO.219 (RAAC01755) y gi|15616253, g¡|89099466, gi|17227827, gi|72163378, y gi|13470878 (SEQ ID NO:220-224, respectivamente), las cuales son todas enzimas desramificantes de glicógeno. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 5A y 15B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:236 (RAAC01887), a celulasa/endoglucanasa M, y gi|52081384, gi|124521982, gi|89098880, gi|121533826, y gi|15615819 (SEQ ID NO:237-240, respectivamente), las cuales son todas celulasa/endoglucanasa Ms. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 16A y 16B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:253 (RAAC01897), una acetil esterasa/acetil hidrolasa, y gi|21221842, gi|13470513, gi|13471782, gi|16329563, y gi|15600577 (SEQ ID NO:254-258, respectivamente), las cuales son todas acetil esterasa/acetil hidrolasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas.

Las figuras 17A y 17B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:270 (RAAC01917), una beta-1 ,4-xilanasa, y gi|114054545, gi|134266943, gi|39654242, gi|61287936, y gi|3201483 (SEQ ID NO:271-275, respectivamente), las cuales son todas beta-1 ,4-xilanasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 18A y 18B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:287 (RAAC02404), una cinamoil éster hidrolasa, y gi|76796576, g¡|1 14845181 , g¡|15896898, gi|15806073, y gi|58448090 (SEQ ID NO:288-292, respectivamente), las cuales son todas cinamoil éster hidrolasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 19A y 19B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:304 (RAAC02424), una carboxilesterasa tipo B, y gi|56421584, g¡| 134105165, gi|124521931 , gi|3331 1865, y gi|138896639 (SEQ ID NO:305-309, respectivamente), las cuales son todas carboxilesterasa tipo Bs. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 20A-20D representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:321 (RAAC02616), una beta galactosidasa/beta-glucuronidasa, y gi|29377189, gi|1 16493950, gi|40745013, y gi|49176308 (SEQ ID NO:322-325, respectivamente), las cuales son todas beta galactosidasa/beta-glucuronidasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 21A-21 D representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:337 (RAAC02661), un xilano alfa-1 ,2-glucuronidasa, y gi|15613624, gi|118725970, gi|148270004, gi|15642830, y gi|1 6621784 (SEQ ID NO:338-342, respectivamente), las cuales son todas xilano alfa-1 ,2-glucuronidasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 22A-22C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:354 (RAAC02925), una 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasa, y gi|52080473, gi|17552962, gi|15292329, gi|66851010, y gi|40739053 (SEQ ID NO:355-359, respectivamente), las cuales son todas 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 23A-23D representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:371 (RAAC03001), una glicosiada relacionada con beta-glucosidasa B, y gi| 25973771 , gi|1 16617985, gi|1 16494248 gi|116334524, y gi|66851551 (SEQ ID NO:372-376, respectivamente), las cuales son todas glicosidasas relacionadas con beta-glucosidasa B. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 24A y 24B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:388 (RAAC02913), una quitooligosacárido desacetilasa, y gi|15614969, gi|124523066, gi|114843671 gi|89101 184, y gi|2634042 (SEQ ID NO:389-393, respectivamente), las cuales son todas quitooligosacárido desacetilasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 25A y 25B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:405 (RAAC02839), una quitooligosacárido desacetilasa, y gi|1595264, g¡|20803949, gi|17380381 gi|128438, y gi|1001913 (SEQ ID NO:406-409, respectivamente), las cuales son todas quitooligosacárido desacetilasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 26A-26C representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:422 (RAAC00961 ), una quitooligosacárido desacetilasa, y gi|12452341 1 , gi|158060979, gi|21219643 gi|13475158, y gi|21219455 (SEQ ID NO:423-427, respectivamente), las cuales son todas quitooligosacárido desacetilasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. Las figuras 27A y 27B representan un alineamiento de secuencia entre la SEQ ID NO:439 (RAAC00361 ), una quitooligosacárido desacetilasa, y gi|52078651 , gi|16077225, gi|89100395 gi|15612806, y gi|121535454 (SEQ ID NO:440-444, respectivamente), las cuales son todas quitooligosacárido desacetilasas. Los aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas.

DESCRIPCION DETALLADA DE LA INVENCION La lignocelulosa es una matriz tri-dimensional altamente heterogénea comprendida principalmente de celulosa, hemicelulosa y lignina. Muchos combustibles y químicos pueden ser elaborados a partir de estos materiales lignocelulósicos. Para utilizar biomasa lignocelulósica para producción de combustibles y productos químicos vía procesos fermentativos, es necesario convertir los polisacáridos de la planta a monómeros de azúcar, los cuales son entonces fermentados a productos usando una variedad de microorganismos. La hidrólisis directa de lignocelulosa por ácidos minerales a monómeros es posible a alta presión y temperatura, sin embargo, con pérdidas de rendimiento inevitables debido a la descomposición térmica de los azúcares. Utilizando enzimas existentes comercialmente disponibles, una primera estrategia para reducir estas pérdidas de rendimiento es realizar el pretratamiento a severidad reducida para producir oligómeros solubles, seguido por el uso de celulasas y hemicelulasas para despolimerizar los polisacáridos a temperaturas moderadas. En un segundo procedimiento, la adición de enzimas hidrolíticas termotolerantes estables al ácido que incluye, celulasas, xilanasas y otras hemicelulasas a la suspensión de biomasa durante el pretatamiento, permite el uso de temperaturas y presiones reducidas adicionales durante el pretratamiento, así como también materiales baratos de construcción, reduciendo tanto los costos de energía como de capital. Una extensión de este segundo procedimiento es combinar el pretratamiento de severidad reducido asistido por la enzima, junto con la fermentación bajo las mismas condiciones, lo cual además reduce costos. Para enzimas comercialmente disponibles a ser utilizadas, debe ser usada la estrategia 1. El segundo procedimiento representa un mejoramiento significante en la técnica, debido a que el pretratamiento y bioconversión de los polisacáridos a productos se puede lograr en algunas etapas/recipientes y sin alterar intermediariamente las condiciones del proceso. Modalidades de la invención se refieren en parte, a las secuencias genéticas y secuencias de proteína codificadas por genes de Alicyclobacillus acidocaldarius. Genes incluidos son aquellos necesarios para despolimerizar biopolímeros que incluyen, polisacáridos lignocelulósicos, almidones, quitina, polihidroxibutirato y similares, a monómeros u oligómeros. Las actividades enzimáticas intracelulares, serán termofílicas en naturaleza y ejemplos generales de genes similares son descritos en la literatura. Actividades enzimáticas extracelulares serán termoacidofílicas (simultáneamente termofílicas y acidofílicas). Las siguientes clases de enzimas están incluidas para despolimerización de polisacárido: glicosíl hidrolasas (o glícósido hidrolasas); esterasas que incluyen, acetilxilan esterasas y esterasas de ácido p-cumárico y esterasas de ácido ferúlico; y uronidasas. Una clase adicional de enzimas para despolimerización de biopolímeros incluye, enzimas que degradan el polihidroxibutirato. La presente invención se refiere a secuencias de nucleótido aislados y/o purificados del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius seleccionado a partir de las SEQ ID NO: 1 , 18, 35, 51 , 68, 85, 101 , 1 18, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , 438, 455, 457, 459, 461 , o 463 uno de sus fragmentos. La presente invención del mismo modo se refiere a secuencias de nucleótido aislados y/o purificados, caracterizadas en que se seleccionan a partir de: a) una secuencia de nucleótido de un fragmento específico de las secuencias de las SEQ ID NO:1 , 18, 35, 51 , 68, 85, 101 , 118, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , 438, 455, 457, 459, 461 , o 463 o uno de sus fragmentos; b) una secuencia de nucleótido homologa a una secuencia de nucleótido tal como se define en a); c) una secuencia de nucleótido complementaria a una secuencia de nucleótido tal como se define en a) o b), y una secuencia de nucleótido de su ARN correspondiente; d) una secuencia de nucleótido capaz de hibridizar bajo condiciones rigurosas con una secuencia tal como se define en a), b) o c); e) una secuencia de nucleótido que comprende una secuencia tal como se define en a), b), c) o d); y f) una secuencia de nucleótido modificada por una secuencia de nucleótido tal como se define en a), b), c), d) o e). Nucleótido, polinucleótido o secuencia de ácido nucleico, serán entendidos de conformidad con la presente invención por significar tanto un ADN de hebra única o de doble hebra en las formas monoméricas y diméricas (asi llamadas en serie) y los productos de transcripción de los ADNs. Aspectos de la invención se refieren a secuencias de nucleótidos que han sido posible aislar, purificar o parcialmente purificar, a partir de métodos de separación tales como por ejemplo, cromatografía de intercambio iónico por exclusión, basado en el tamaño molecular, o por afinidad, o alternativamente, técnicas de fraccionamiento basadas en solubilidad en diferentes solventes, o partiendo de métodos de ingeniería genética tales como amplificación, clonación y subclonación, es posible para las secuencias de la invención, ser portadas por vectores. El fragmento de secuencia de nucleótido aislado y/o purificado de conformidad con la invención, se entenderá por diseñar cualquier fragmento de nucleótido del genoma de AlicyclobacHIus acidocaldarius, y puede incluir, por medio de ejemplos no limitantes, longitud de al menos 8, 12, 20 25, 50, 75, 100, 200, 300, 400, 500, 1000, o más, nucleótidos consecutivos de la secuencia a partir de la cual se origina. Un fragmento específico de una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado de conformidad con la invención, se entenderá por designar cualquier .. fragmento de nucleótido del genoma de AlicyclobacHIus acidocaldarius, que tiene, después del alineamiento y comparación con los fragmentos correspondientes de las secuencias genómicas de AlicyclobacHIus acidocaldarius, al menos un nucleótido o base de diferente naturaleza. Secuencia de nucleótido purificado y/o aislado homologa en el sentido de la presente invención, se entiende por significar una secuencia de nucleótido aislado y/o purificado que tiene al menos un porcentaje de identidad con las bases de una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, de al menos aproximadamente 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, o 99.7%, este porcentaje siendo puramente estadístico y siendo posible distribuir las diferencias entre las dos secuencias de nucleótidos en aleatorio y sobre el total de su longitud. Secuencia de nucleótido homologa especifica en el sentido de la presente invención, se entiende por significar una secuencia de nucleótido homologa que tiene al menos una secuencia de nucleótido de un fragmento específico, tal como se define anteriormente. Las secuencias homologas "específicas" pueden comprender, por ejemplo, las secuencias correspondientes a la secuencia genómica o a las secuencias de sus fragmentos representativos de variantes del genoma de Alicyclobacillus acidocaldarius. Estas secuencias homologas específicas pueden de este modo, corresponder a variaciones ligadas a mutaciones dentro de cepas de Alicyclobacillus acidocaldarius, y especialmente corresponder a truncaciones, sustituciones, deleciones y/o adiciones de al menos un nucleótido. Las secuencias homologas pueden del mismo modo corresponder a variaciones ligadas a la degeneración del código genético. El término "grado o porcentaje de homología de secuencia", se refiere al "grado o porcentaje de identidad de secuencia entre dos secuencias después del alineamiento óptimo" como se define en la presente solicitud. Dos secuencias nucleotídicas o de aminoácido se dice, son "idénticas", si la secuencia de residuos nucleotídicos o aminoácidos en las dos secuencias es la misma, cuando se alinea para correspondencia máxima como se describe posteriormente. Las comparaciones de secuencia entre dos (o más) péptidos o polinucleótidos son típicamente realizadas comparando secuencias de dos secuencias óptimamente alineadas sobre un segmento o "ventana de comparación" para identificar y comparar regiones locales de la similitud de secuencia. El alineamiento óptimo de las secuencias por comparación, puede ser conducido por el algoritmo de homología local de Smith y Waterman, Ad. App. Math 2: 482 (1981), por el algoritmo de alineamiento de homología de Neddleman y Wunsch, J. Mol. Biol. 48: 443 (1970), por la búsqueda por el método de similitud de Pearson y Lipman, Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S.A.) 85: 2444 (1988), por implementación computarizada de estos algoritmos (GAP, BESTFIT, FASTA, y TFASTA en el Paquete de Software Wisconsin Genetics, Genetics Computer Group (GCG), 575 Science Dr., Madison, Wis.), o por inspección visual. "Porcentaje de identidad de secuencia" (o grado de identidad), se determina comparando dos secuencias óptimamente alineadas sobre una ventana de comparación, en donde la porción de la secuencia de polinucleótido o péptido en la ventana de comparación puede comprender adiciones o deleciones (es decir, aperturas) comparadas con la secuencia de referencia (la cual no comprende adiciones o deleciones) para alineamiento óptimo de las dos secuencias. El porcentaje se calcula determinando el número de posiciones en las cuales ocurren las bases de ácido nucleico o residuo de aminoácido idénticas en ambas secuencias, para proporcionar el número de posiciones apareadas, dividiendo el número de posiciones apareadas por el número total de posiciones en la ventaja de comparación y multiplicando el resultado por 100 para proporcionar el porcentaje de identidad de secuencia. La definición de identidad de secuencia dada anteriormente, es la definición que podría ser usada por uno de habilidad en la técnica. La definición por sí misma no necesita la ayuda de algún algoritmo, los algoritmos siendo útiles solamente para lograr los alineamientos óptimos de las secuencias, en lugar del cálculo de identidad de secuencia. A partir de la definición dada anteriormente, de ello se deduce que existe un valor bien definido y único para la identidad de secuencia entre las dos secuencias comparadas, en las cuales el valor corresponde al valor obtenido para el mejor u óptimo alineamiento. En la secuencia BLAST N o BLAST P, el software que está disponible en el sitio de red http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html, y es habitualmente usado por los inventores y en general por las personas expertas para comparar y determinar la identidad entre las dos secuencias, el costo de apertura que depende de la longitud de secuencia a ser comparada, es directamente seleccionado por el software (es decir, 11.2 para la matriz de substitución BLOSU -62 para la longitud >85). La secuencia de nucleótido complementaria de una secuencia de la invención, se entiende por significar cualquier ADN cuyos nucleótidos son complementarios a aquellos de las secuencias de la invención, y cuya orientación es invertida (secuencia antisentido). La hibridación bajo condiciones de rigurosidad con una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, se entiende por significar una hibridación bajo condiciones de temperatura e intensidad iónica elegidas en tal forma que permiten el mantenimiento de la hibridización entre dos fragmentos de ADN complementario. Por medio de ilustración, condiciones de mayor rigurosidad de la etapa de hibridización con el objetivo de definir fragmentos de nucleótidos descritos anteriormente, son ventajosamente las siguientes. La hibridización se lleva a cabo a una temperatura preferencial de 65 °C en la presencia de amortiguador SSC, 1 x SSC que corresponde a 0.15 M de NaCI y 0.05 M Na de citrato. Las etapas de lavado, por ejemplo, pueden ser las siguientes: 2 x SSC, a temperatura ambiente seguida por dos lavados con 2 x SSC, 0.5% de SDS a 65 °C; 2 x 0.5 x SSC, 0.5% de SDS; a 65 °C por 10 minutos cada una. Las condiciones de rigurosidad intermedia, usando por ejemplo, una temperatura de 42 C en la presencia de un amortiguador 2 x SSC, o de menos rigurosidad, por ejemplo una temperatura de 37°C en la presencia de un amortiguador 2 x SSC, respectivamente, requiere una complementariedad globalmente menos significante para la hibridización entre las dos secuencias. Las condiciones de hibridización rigurosas descritas anteriormente para un polinucleótido con un tamaño de aproximadamente 350 bases, serán adaptadas por la persona experta en la técnica para oligonucleótidos de mayor o menor tamaño, de conformidad con las enseñanzas de Sambrook et al., 1989. Entre las secuencias de nucleótido aislados y/o purificados de conformidad con la invención, están aquellas que pueden ser usadas como un cebador o sonda en métodos que permiten a las secuencias homologas de conformidad con la invención, ser obtenidas, estos métodos, tales como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), clonación de ácido nucleico, y secuenciamiento, son bien conocidos por la persona experta en la técnica. Entre las secuencias de nucleótido aislados y/o purificados de conformidad con la invención, estas son nuevamente preferidas que pueden ser usadas como una sonda o cebador en métodos que permiten la presencia de las SEQ ID NO:1 , 18, 35, 51 , 68, 85, 101 , 1 18, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , 438, 455, 457, 459, 461 , ó 463, uno de sus fragmentos, o una de sus variantes tal como se define abajo a ser diagnosticadas. Los fragmentos de secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, se pueden obtener, por ejemplo, por amplificación específica, tal como PCR, o después de digestión con enzimas de restricción apropiadas de secuencias de nucleótido de conformidad con la invención, estos métodos en particular son descritos en la obra de Sambrook et al., 1989. Tales fragmentos representativos pueden del mismo modo, obtenerse por síntesis química de conformidad con métodos bien conocidos por personas de habilidad en la técnica.

La secuencia de nucleótido modificada se entenderá por significar cualquier secuencia de nucleótido obtenida por mutagénesis, de conformidad con técnicas bien conocidas por la persona experta en la técnica, y que contiene modificaciones con respecto a las secuencias normales de conformidad con la invención, por ejemplo, mutaciones en las secuencias promotoras y/o reguladoras de la expresión del polipéptido, especialmente conduciendo a una modificación de la velocidad de expresión del polipéptido o a la modulación del ciclo replicativo. La secuencia de nucleótido modificada del mismo modo, será entendida por significar cualquier secuencia de nucleótido que codifica para un polipéptido modificado, tal como se define posteriormente. La presente invención se refiere a secuencias de nucleótido aislados y/o purificados de Alicyclobacillus acidocaldarius, caracterizadas en que se seleccionan a partir de la secuencia de las SEQ ID NO:1 , 18, 35, 51 , 68, 85, 101 , 118, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , 438, 455, 457, 459, 461 , ó 463 o uno de sus fragmentos. Modalidades de la invención del mismo modo, se refieren a secuencias de nucleótido aislados y/o purificados caracterizadas en que comprenden una secuencia de nucleótido seleccionadas a partir de: a) una secuencia de nucleótido de las SEQ ID NO:1 , 18, 35, 51 , 68, 85, 101 , 1 18, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , 438, 455, 457, 459, 461 , ó 463 o uno de sus fragmentos; b) una secuencia de nucleótido de un fragmento específico de una secuencia tal como se define en a); c) una secuencia de nucleótido homologa que tiene al menos 80% de identidad con una secuencia tal como se define en a) o b); d) una secuencia de nucleótido complementaria o secuencia de ARN que corresponde a una secuencia tal como se define en a), b) o c); y e) una secuencia de nucleótido modificada por una secuencia tal como se define en a), b), c) o d). Entre las secuencias de nucleótido aislados y/o purificados de conformidad con la invención, están las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:8-12, 25-29, 41-45, 58-62, 75-79, 91-95, 108-1 12, 125-129, 142-146, 157-161 , 174-178, 191-195, 208-212, 225-229, 242-246, 259-263, 276-280, 293-297, 310-314, 326-330, 343-347, 360-364, 377-381 , 394-398, 41 1-415, 428-432, o fragmentos de las mismas y cualesquiera otras secuencias de nucleótido aislados y/o purificados que tienen una homología de al menos 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, ó 99.7% de identidad con la secuencia de las SEQ ID NO:1 , 18, 35, 51 , 68, 85, 101 , 1 18, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , 438, 455, 457, 459, 461 , o 463 o fragmentos de la misma. Las secuencias homologas pueden comprender, por ejemplo, las secuencias correspondientes a la secuencia genómicas Alicyclobacillus acidocaldarius. En la misma manera, estas secuencias homologas específicas pueden corresponder a variaciones ligadas a mutaciones dentro de las cepas de Alicyclobacillus acidocaldarius y especialmente corresponden a truncaciones, sustituciones, deleciones y/o adiciones de al menos un nucleótido. Modalidades de la invención comprenden los polipéptidos aislados y/o purificados codificados por una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, o fragmentos de la misma, cuya secuencia es representada por un fragmento. Secuencias de aminoácido que corresponden a los polipéptidos aislados y/o purificados, que pueden ser codificadas de conformidad con una de las tres posibles estructuras lectoras de la secuencia de la SEQ ID NO:1 , 18, 35, 51 , 68, 85, 101 , 118, 135, 152, 167, 184, 201 , 218, 235, 252, 269, 286, 303, 320, 336, 353, 370, 387, 404, 421 , 438, 455, 457, 459, 461 , 0 463. Modalidades de la invención del mismo modo, se refieren a los polipéptidos aislados y/o purificados, caracterizados en que comprenden un polipéptido seleccionado a partir de las secuencias de aminoácido de la SEC NOS:2, 19, 52, 69, 86, 102, 1 19, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , .388, 405, 422, 439, 456, 458, 460, 462, ó 464 o uno de sus fragmentos. Entre los polipéptidos aislados y/o purificados, de conformidad con modalidades de la invención, están los polipéptidos aislados y/o purificados de las secuencias de aminoácido de las SEQ ID NO: 13-17, 30-34, 46-50, 63-67, 80-84, 96-100, 1 13-1 17, 130-134, 147-151 , 162-166, 179-183, 196-200, 213-217, 230-234, 247-251 , 264-268, 281-285, 298-302, 315-319, 331-335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, ó 450-454, o fragmentos de la misma o cualesquiera otros polipéptidos aislados y/o purificados los cuales tienen una homología de al menos 80%, 81 %, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91 %, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.6%, ó 99.7% de identidad con la secuencia de las SEQ ID N0.2, 19, 52, 69, 86, 102, 1 19, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, 439, 456, 458, 460, 462, ó 464 o fragmentos de la misma. Modalidades de la invención también se refieren a los polipéptidos, caracterizados en que comprenden un polipéptido seleccionado a partir de: a) un fragmento específico de al menos cinco aminoácidos de un polipéptido de una secuencia de aminoácido de conformidad con la invención,; b) un polipéptido homólogo a un polipéptido tal como se define en a); c) un fragmento biológicamente activo específico de un polipéptido tal como se define en a) o b); y d) un polipéptido modificado por un polipéptido tal como se define en a), b) o c). En la presente descripción, los términos polipéptido, péptido y proteína, son intercambiables. En modalidades de la invención, los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, pueden ser glicosilados, pegilados, y/o de otro modo post-traduccíonalmente modificados. En modalidades adicionales, la glicosilación, pegilación y/o otras modificaciones post-traduccionales, pueden ocurrir in vivo o in vitro y/o pueden ser realizadas usando técnicas químicas. En modalidades adicionales, cualquiera de glicosilación, pegilación y/o otras modificaciones post-traduccionales pueden ser N-ligadas u O-ligadas. En modalidades de la invención, uno cualquiera de los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, puede enzimáticamente activarse a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95°C y/o puede ser enzimáticamente activo a un pH en, por debajo de y/o arriba de 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0. En modalidades adicionales de la invención, la glicosilación, pegilación, y/o otra modificación post-traduccional pueden ser requeridas para los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, para ser enzimáticamente activos a pH en o por debajo de 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0, o a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95°C. Aspectos de la invención se refieren a polipéptidos los cuales son aislados u obtenidos por purificación a partir de fuentes naturales, o de otro modo, obtenidos por recombinación genética, o alternativamente por síntesis química y que pueden de este modo, contener aminoácidos no naturales, como se describirá posteriormente. Un "fragmento de polipéptido" de conformidad con las modalidades de la invención, se entiende por designar un polipéptido que contiene al menos cinco aminoácidos consecutivos, preferiblemente, diez aminoácidos consecutivos o quince aminoácidos consecutivos. En la presente invención, un fragmento de polipéptido específico se entiende por designar el fragmento de polipéptido especifico codificado por una secuencia de nucleótido de fragmento específico de conformidad con la invención. "Polipéptido homólogo" se entenderá por designar los polipéptidos que tienen, con respecto al polipéptido natural, ciertas modificaciones tales como, en particular, una deleción, adición o sustitución de al menos un amino ácido, una truncación, una prolongación, una fusión quimérica y/o una mutación. Entre los polipéptidos homólogos, son preferidos aquellos cuya secuencia de aminoácido tiene al menos 80% ó 90% de homología con las secuencias de aminoácidos de polipéptidos de conformidad con la invención. "Polipéptidos homólogos específicos" se entenderán por designar los polipéptidos homólogos tal como se definen anteriormente y que tienen un fragmento específico de polipéptido de conformidad con la invención. En el caso de una sustitución, uno o más aminoácidos consecutivos o no consecutivos son reemplazados por aminoácidos "equivalentes". La expresión aminoácido "equivalente", se dirige en la presente, a designar cualquier aminoácido capaz de ser sustituido por uno de los aminoácidos de la estructura base sin, sin embargo, modificar esencialmente las actividades biológicas de los péptidos correspondientes y como tal, serán definidos por lo siguiente. Ejemplos de tales sustituciones en la secuencia de aminoácido de las SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 119, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, 439, 456, 458, 460, 462, ó 464, puede incluir aquellos polipéptidos aislados y/o purificados de secuencias de aminoácidos de las SEQ ID NO:13-17, 30-34, 46-50, 63-67, 80-84, 96-100, 1 13-1 17, 130-134, 147-151 , 162-166, 179-183, 196-200, 213-217, 230-234, 247-251 , 264-268, 281-285, 298-302, 315-319, 331-335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, ó 450-454. Estos aminoácidos equivalentes pueden ser determinados ya sea dependiendo de su homología estructural con los aminoácidos que sustituyen, o en los resultados de pruebas comparativas de actividad biológica entre los diferentes polipéptidos, los cuales son capaces de ser realizados. Por medio de ejemplo no limitante, las posibilidades de sustituciones capaces de llevarse a cabo sin resultar en una modificación extensiva de la actividad biológica de los polipéptidos modificados correspondientes, se mencionarán el reemplazo, por ejemplo, de leucina por valina o isoleucina de ácido aspártico por ácido glutámico, de glutamina por asparagina, de arginina por lisina, etc., las sustituciones inversas naturalmente son previsibles bajo las mismas condiciones. En una modalidad adicional, las sustituciones están limitadas a sustituciones en aminoácidos no conservados entre otras proteínas que tienen similar actividad enzimática identificada. Por ejemplo, las Figuras en la presente, proporciona un alineamiento de secuencia entre ciertos polipéptidos de la invención y otros polipéptidos identificados por tener actividad enzimática similar, con aminoácidos comunes a tres o más de las secuencias alineadas están indicados en negritas. De este modo, de conformidad con una modalidad de la invención, sustituciones o mutaciones pueden hacerse en las posiciones que no están indicadas como en negrita en las figuras. Ejemplos de tales polipéptidos pueden incluir, pero o se limitan a, aquellos encontrados en la secuencia de aminoácido de las SEQ ID NO: 13-17, 30-34, 46-50, 63-67, 80-84, 96-100, 1 13-1 17, 130-134, 147-151 , 162-166, 179-183, 196-200, 213-217, 230-234, 247-251 , 264-268, 281-285, 298-302, 315-319, 331-335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, ó 450-454. En una modalidad adicional, las secuencias de ácido nucleico pueden ser mutadas o sustituidas de manera que el aminoácido que codifican está sin cambio (sustituciones y/o mutaciones degeneradas) y/o mutado o sustituido, de manera que cualquiera de las sustituciones o mutaciones de aminoácido resultantes se hacen en posiciones que no están indicadas como en negrita en las figuras. Ejemplos de tales secuencias de ácido nucleico pueden incluir, pero o se limitan a, aquellas encontradas en las secuencias de nucleótidos de la SEQ ID NO: 13-1 , 30-34, 46-50, 63-67, 80-84, 96-100, 113-1 17, 130-134, 147-151 , 162-166, 179-183, 196-200, 213-217, 230-234, 247-251 , 264-268, 281-285, 298-302, 315-319, 331-335, 348-352, 365-369, 382-386, 399-403, 416-420, 433-437, ó 450-454 o fragmentos de la misma. Los polipéptidos homólogos específicos del mismo modo, corresponden a polipéptidos codificados por las secuencias de nucleótido homologas específicas tal como se define anteriormente y de este modo, comprenden en la presente definición, los polipéptidos los cuales son mutados o corresponden a variantes que pueden existir en Alicyclobacillus acidocaldarius, y que especialmente corresponden a truncaciones, sustituciones, deleciones, y/o adiciones de al menos un residuo de aminoácido. "Fragmento biológicamente activo específico de un polipéptido" de conformidad con una modalidad de la invención se entenderá, en particular, por designar un fragmento de polipéptido específico, tal como se define anteriormente, que tiene al menos una de las características de polipéptidos de conformidad con la invención. En ciertas modalidades, el péptido es capaz de actuar como una Alfa beta hidrolasa, Alfa-glucosidasa, Glucano 1 ,4-alfa-maltohidrolasa, Glicosidasa, Amilasa, Acetil esterasa, Beta-galactosidasa, Alfa amilasa, Acetil esterasa, Alfa-xilosidasa, Ciclomaltodextrinasa; Neopululinasa; alfa-amilasa maltogénica, Familia 31 de glicosil hidrolasa, Alfa-L-arabinofuranosidasa, hidrolasa de la pared celular, altronato hidrolasa, poli-1 ,4-alfa-D-galacturónido, Xilano alfa-1 ,2-glucuronosidasa, Celulasa/Endoglucanasa M, Poligalacturonasa, Glicosil hidrolasa, Peptidoglicano hidrolasa, N-acetilglucosaminidasa, Endoquitinasa, Alfa-galactosidasa, Endo-beta-1 ,4-manasa, Celobiosa fosforilasa, beta-1 ,2-glucano sintasa cíclica, enzima desramificante del glicógeno, Acetil hidrolasa, Beta-1 ,4-xilanasa, Beta-glucosidasa, 6-fosfoo-beta-glucosidasa, cinamoil éster hidrolasa, Beta-glucuronidasa, Xilano alfa-1 ,2-glucuronosidasa, 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasa, glucosidasa relacionada con Beta-glucosidasa B, y/o quitooligosacárido desacetilasa. Los fragmentos de polipéptido de conformidad con modalidades de la invención, pueden corresponder a fragmentos aislados o purificados naturalmente presentes en AHcyclobacillus acidocaldarius o corresponden a fragmentos que se pueden obtener por desdoblamiento del polipéptido por una enzima proteolítica, tal como tripsina o quimiotripsina, o colagenasa, o por un reactivo químico, tal como bromuro de cianógeno (CNBr). Tales fragmentos de polipéptidos pueden del mismo modo, solo tan fácilmente ser preparados por síntesis química, a partir de hospederos transformados por un vector de expresión de conformidad con la invención, que contiene un ácido nucleico que permite la expresión de los fragmentos, colocados bajo el control de elementos de expresión y/o regulación apropiados. "Polipéptido modificado" de un polipéptido de conformidad con una modalidad de la invención, se entiende por designar un polipéptido obtenido por recombinación genética o por síntesis química como se describirá posteriormente, que tiene al menos una modificación con respecto a la secuencia normal. Estas modificaciones pueden o no pueden ser capaces de portar aminoácidos en el origen de una especificidad y/o actividad, o en el origen de la conformación estructural, localización y de la capacidad de inserción de membrana del polipéptido de conformidad con la invención. De este modo, será posible crear polipéptidos de actividad equivalente, incrementada o reducida, y de especificidad equivalente, más estrecha o más amplia. Entre los polipéptidos modificados, es necesario hacer mención de los polipéptidos en los cuales hasta cinco aminoácidos pueden ser modificados, truncados en el extremo N- o C-terminal, o aún suprimidos o agregados. Los métodos que permiten demostrar las modulaciones en células eucarióticas o procarióticas, son bien conocidos por la persona de habilidad ordinaria en la técnica. Del mismo modo, se entiende bien que será posible usar las secuencias de nucleótidos que codifican para los polipéptidos modificados para las modulaciones, por ejemplo, a través de vectores de conformidad con la invención, y descritos abajo. Los polipéptidos modificados precedentes, se pueden obtener usando química combinatorial, en la cual es posible variar sistemáticamente partes del polipéptido antes de probarlos en modelos, cultivos celulares o microorganismos por ejemplo, para seleccionar compuestos que son más activos o tienen las propiedades buscadas. La síntesis química del mismo modo, tiene la ventaja de ser capaz de usar aminoácidos no naturales o enlaces no peptídicos. De este modo, para., mejorar la duración de vida de los polipéptidos de conformidad con la invención, puede ser de interés usar aminoácidos no naturales, por ejemplo en forma D, o del mismo modo análogos de aminoácido, especialmente por ejemplo formas que contienen azufre. Finalmente, será posible integrar la estructura de los polipéptidos de conformidad con la invención, sus formas homologas modificadas o específicas, en estructuras químicas del tipo de polipéptido u otros. De este modo, puede ser de interés proporcionar en ios extremos N- y C-terminales, compuestos no reconocidos por las proteasas. Las secuencias de nucleótidos que codifica para un polipéptido de conformidad con la invención, son del mismo modo, parte de la invención. La invención del mismo modo, se refiere a secuencias de nucleótido utilizables como una sonda o cebador, caracterizadas en que las secuencias son seleccionadas a partir de las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención. Es bien entendido que la presente invención, en varias modalidades, del mismo modo, se refiere a polipéptidos específicos de Alicyclobacillus acidocaldarius, codificados por secuencias de nucleótidos capaces de ser obtenidas por purificación a partir de polipéptidos naturales, por recombinación genética o por síntesis química por procedimientos bien conocidos por la persona experta en la técnica y como tal, descritos en particular abajo. De la misma manera, los anticuerpos mono o policlonales, etiquetados o no etiquetados, dirigidos contra los polipéptidos específicos codificados por las secuencias de nucleótidos, están también abarcados por la invención. Modalidades de la invención adicionalmente, se refieren al uso de una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, como un cebador o sonda para la detección y/o la amplificación de secuencias de ácido nucleico. Las secuencias de nucleótidos de conformidad con modalidades de la invención, pueden de este modo, ser usadas para amplificar secuencias de nucleótido, especialmente por la técnica de PCR (reacción en cadena de la polimerasa) (Erlich, 1989; Innis et al., 1990; Rolfs et al., 1991 ; y White et al., 1997). Estos cebadores de oligodesoxirribonucleótido u oligorribonucleótido, ventajosamente tienen una longitud de al menos ocho nucleótidos, preferiblemente, de al menos doce nucleótidos, y aún más preferencialmente, de al menos veinte nucleótidos. Otras técnicas de amplificación del ácido nucleico objetivo pueden ser ventajosamente empleadas como alternativas a PCR. , Las secuencias de nucleótidos de la invención, en particular los cebadores de conformidad con la invención, pueden del mismo modo ser empleados en otros procedimientos de amplificación de un ácido nucleico objetivo, tal como: la técnica TAS (Sistema de Amplificación a base de Transcripción), descrito por Kwoh et al. en 1989; la técnica 3SR (Replicación de Secuencia Auto-Sostenida), descrita por Guatelli et al. en 1990; la técnica NASBA (Amplificación a base de Secuencia de Ácido Nucleico), descrita por Kievitis et al. en 1991 ; la técnica SDA (Amplificación por Desplazamiento de Hebra) (Walker et al., 1992); la técnica TMA (Amplificación Mediada por Transcripción). Los polinucleótidos de la invención, también pueden ser empleados en técnicas de amplificación o de modificación del ácido nucleico que sirve como una sonda, tal como: la técnica LCR (Reacción en Cadena de Ligasa), descrita por Landegren et al. en 1988 y mejorada por Barany et al. en 1991 , la cual emplea una ligasa termoestable; la técnica RCR (Reacción en Cadena de Reparación), descrita por Segev en 1992; la técnica CPR (Reacción en Sonda Cíclica), descrita por Duck et al. en 1990; la técnica de amplificación con Q-beta replicasa, descrita por Miele et al. en 1983 y especialmente mejorada por Chu et al. en 1986, Lizardi et al. en 1988, después por Burg et al. así como también por Stone et al. en 1996. En el caso en donde el polinucleótido objetivo a ser detectado es posiblemente un ARN, por ejemplo un ARNm, será posible usar, previo al empleo de una reacción de amplificación con la ayuda de al menos un cebador de conformidad con la invención, o al empleo de un procedimiento de detección con la ayuda de al menos una sonda de la invención, una enzima de tipo transcriptasa inversa para obtener un cADN a partir del ARN contenido en la muestra biológica. El cADN obtenido de este modo, servirá como un objetivo para el(los) cebador(es) o la(s) sonda(s) empleada(s) en el procedimiento de amplificación o detección de conformidad con la invención. La sonda de detección será elegida en tal manera que hibridizará con la secuencia objetivo o el amplicón generado a partir de la secuencia objetivo. Por medio de la secuencia, tal sonda ventajosamente tendrá una secuencia de al menos 12 nucleótidos, en particular de al menos 20 nucleótidos, y preferiblemente, de al menos 100 nucleótidos. Modalidades de la invención también comprenden las secuencias de nucleótidos utilizable como una sonda o cebador de conformidad con la invención, caracterizadas en que son etiquetadas con un compuesto radioactivo o con un compuesto no radioactivo. Las secuencias de nucleótido no etiquetadas, pueden ser usadas directamente como sondas o cebadores, aunque las secuencias son en general, etiquetadas con un elemento radioactivo (32P, 35S, 3H, 1251) o con una molécula no radioactiva (biotina, acetilaminofluoreno, digoxigenina, 5-bromodesoxiuridina, fluoresceína), para obtener sondas que son utilizables para numerosas aplicaciones. Ejemplos de etiquetado no radioactivo de secuencias de nucleótidos se describen, por ejemplo, en la Patente Francesa No. 78.10975 o por Urdea et al. o por Sánchez-Pescador et al. en 1988. En el último caso, también será posible usar uno de los métodos de etiquetado descritos en las patentes FR-2 422 956 y FR-2 518 755. La técnica de hibridización se puede llevar a cabo en varias maneras (Matthews et al., 1988). El método más general consiste en inmovilizar el extracto de ácido nucleico de las células en un soporte (tal como nitrocelulosa, nilón, poliestireno) y en incubar, bajo condiciones bien definidas, el ácido nucleico objetivo inmovilizado con la sonda. Después de la hibridización, el exceso de sonda es eliminado y las moléculas híbridas formadas son detectadas por el método apropiado (medición de la radioactividad, de la fluorescencia de la actividad enzimática ligada a la sonda). La invención, en varias modalidades, del mismo modo, comprende las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, caracterizadas en que son inmovilizadas en un soporte, covalentemente o no covalentemente. De conformidad con otro modo ventajoso para emplear secuencias de nucleótido de conformidad con la invención, el último puede ser usado inmovilizado en un soporte y puede de este modo, servir para capturar, por hibridación específica, el ácido nucleico objetivo obtenido a partir de la muestra biológica a ser probada. Si es necesario, el soporte sólido se separa de la muestra y el complejo de hibridización formado entre la sonda de captura y el ácido nucleico objetivo es entonces detectado con la ayuda de una segunda sonda, una asi llamada sonda de detección, etiquetada con un elemento fácilmente detectable. Otro aspecto de la presente invención es un vector para la clonación y/o expresión de una secuencia, caracterizado en que contiene una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención. Los vectores de conformidad con la invención, caracterizados en que contienen los elementos que permiten la expresión y/o la secreción de las secuencias de nucleótido en una célula hospedera determinada, son del mismo modo, parte de la invención. El vector puede entonces contener un promotor, señales de inicio y terminación de traducción, así como también regiones apropiadas de regulación de transcripción. Pude ser capaz de ser mantenido establemente en la célula hospedera y puede opcionalmente, tener señales particulares que especifican la secreción de la proteína traducida. Estos diferentes elementos pueden ser elegidos como una función de la célula hospedera usada. Con este fin, las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, puede ser insertada en vectores de replicación autónoma dentro del hospedero elegido, o vectores integrados del hospedero elegido. Tales vectores serán preparados de conformidad con los métodos actualmente usados por la persona experta en la técnica, y será posible introducir los clones que resultan a partir de estos en un hospedero apropiado por métodos estándares, tales como, por ejemplo, lipofección, electroporación y choque térmico. Los vectores de conformidad con la invención, son, por ejemplo, vectores de origen viral o plásmido. Un ejemplo de un vector para la expresión de polipéptidos de la invención es baculovirus. Estos vectores son útiles para transformar células hospederas para clonar o expresar las secuencias de nucleótidos de la invención. La invención del mismo modo, comprende las células hospederas transformadas por un vector de conformidad con la invención. Estas células se pueden obtener por la introducción en las células hospederas, de una secuencia de nucleótido insertada en un vector tal como se define anteriormente, después cultivar las células bajo condiciones que permiten la replicación y/o expresión de la secuencia de nucleótido transfectada. La célula hospedera puede ser seleccionada a partir de sistemas procarióticos o eucarióticos, tales como, por ejemplo, células bacterianas (Olins y Lee, 1993), pero del mismo modo, células de levadura (Buckholz, 1993), asi como también células vegetales tales como, Arabidopsis sp., y células animales, en particular los cultivos de células de mamífero (Edwards y Aruffo, 1993), por ejemplo, células de ovario de hámster Chino (CHO), pero del mismo modo, las células de insectos en las cuales es posible usar procedimientos empleando baculovirus, por ejemplo, células de insecto sf9 (Luckow, 1993). Modalidades de la invención del mismo modo, se refieren a organismos que comprenden una de las células transformadas de conformidad con la invención. La obtención de organismos transgénicos de conformidad con la invención, que sobre expresan uno o más de los genes de Alicyclobacillus acidocaldarius o parte de los genes se pueden llevar a cabo en, por ejemplo, ratas, ratones, o conejos, de conformidad con métodos bien conocidos por personas expertas en la técnica, tal como por transfecciones virales o no virales. Será posible obtener los organismos transgénicos que sobre expresan uno o más de los genes por transfección de copias múltiples de los genes bajo el control de un promotor fuerte de naturaleza ubicua, o selectivo para un tipo de tejido. Del mismo modo, será posible obtener los organismos transgénicos por recombinación homologa en cepas de células embriónicas, transferencia de estas cepas de células a embriones, selección de las quimeras afectadas al nivel de las líneas reproductivas, y crecimiento de las quimeras.

Las células transformadas, asi como también los organismos transgénicos de conformidad con la invención, son utilizable en procedimientos para la preparación de polipéptidos recombinantes. Es posible hoy día, producir polipéptidos recombinantes en cantidad relativamente grande por ingeniería genética, usando las células transformadas por vectores de expresión de conformidad con la invención, o usando organismos transgénicos de conformidad con la invención. Los procedimientos para la preparación de un polipéptido de la invención en forma recombinante, caracterizados en que emplean un vector y/o una célula transformada por un vector de conformidad con la invención, y/o un organismo transgénico que comprende una de las células transformadas de conformidad con la invención, están los mismos comprendidos en la presente invención. Como se usa en la presente, "transformación" y "transformada", se refiere a la introducción de ácidos nucleicos en una célula, sea procariótica o ecuariótica. Además, "transformación" y "transformada", como se usa en la presente, no necesita referirse a control de crecimiento o desregulación de crecimiento. Entre los procedimientos para la preparación de un polipéptido de la invención en forma recombinante, los procedimientos de preparación que emplean un vector, y/o una célula transformada por el vector y/o un organismo transgénico, comprenden una de las células transformadas, que contienen una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención, que codifica para un polipéptido de Alicyclobacillus acidocaldarius. Una variante de conformidad con la invención, puede consistir en producir un polipéptido recombinante fusionado a una proteína "portadora" (proteina quimérica). La ventaja de este sistema es que permite la estabilización de y/o una reducción en la proteólisis del producto recombinante, un incremento en la solubilidad en el curso de la renaturalización in vitro y/o una simplificación de la purificación cuando el patrón de fusión tiene una afinidad para un ligando específico. Más particularmente, la invención se refiere a un procedimiento para la preparación de un polipéptido de la invención que comprende las siguientes etapas: a) cultivo de células transformadas bajo condiciones que permiten la expresión de un polipéptido recombinante de secuencia de nucleótido de conformidad con la invención; b) si se necesita, recuperar el polipéptido recombinante. Cuando el procedimiento para la preparación de un polipéptido de la invención emplea un organismo transgénico de conformidad con la invención, el polipéptido recombinante es entonces extraído a partir del organismo. La invención también se refiere a un polipéptido que es capaz de obtenerse por un procedimiento de la invención tal como se describe previamente. La invención también comprende un procedimiento para la preparación de un polipéptido sintético, caracterizado en que usa una secuencia de aminoácidos de polipéptidos de conformidad con la invención. La invención del mismo modo, se refiere a un polipéptido sintético obtenido por un procedimiento de conformidad con la invención. Los polipéptidos de conformidad con la invención, pueden del mismo modo ser preparados por técnicas que son convencionales en el campo de la síntesis de péptidos. Esta síntesis se puede llevar a cabo en solución homogénea o en fase sólida. Por ejemplo, se puede recurrir a la técnica de síntesis en solución homogénea descrita por Houben-Weyl en 1974. Este método de síntesis consiste en condensar sucesivamente, dos por dos, los aminoácidos sucesivos en el orden requerido, o en condensar aminoácidos y fragmentos formados previamente y que ya contienen varios aminoácidos en el orden apropiado, o alternativamente, varios fragmentos previamente preparados en esta forma, entendiéndose que será necesario proteger de antemano, todas las funciones reactivas llevadas a cabo por estos aminoácidos o fragmentos, con la excepción de funciones amino de uno y carboxilos de los otros o vice-versa, lo cual debe normalmente estar involucrado en la formación de enlaces peptídicos, especialmente después de la activación de la función carboxilo, de conformidad con los métodos bien conocidos en la síntesis de péptidos. También se puede recurrir a la técnica descrita por Merrifieid. Para elaborar una cadena peptidica de conformidad con el procedimiento de Merrifieid, se recurre a una resina polimérica muy porosa, en la cual es inmovilizado el primer aminoácido C-terminal de la cadena. Este aminoácido es inmovilizado en una resina a través de su grupo carboxilo y su función amina es protegida. Los aminoácidos que van a formar la cadena peptidica son de este modo inmovilizados, uno después del otro, en el grupo amino, el cual es desprotegido de antemano cada vez de la porción de la cadena peptidica ya formada, y el cual está unido a la resina. Cuando el total de la cadena peptidica deseada se ha formado, los grupos protectores de los diferentes aminoácidos que forman la cadena peptidica son eliminados y el péptido se separa de la resina con la ayuda de un ácido. La invención adicionalmente se refiere a polipéptidos híbridos que tienen al menos un polipéptido de conformidad con la invención, y una secuencia de un polipéptido capaz de inducir una respuesta inmune en el hombre o animales. Ventajosamente, la determinante antigénica es tal que es capaz de inducir una respuesta humoral y/o celular. Será posible para tal determinante, comprender un polipéptido de conformidad con la invención, en forma glicosilada, pegilada, y/o de otro modo post-traduccionalmente modificado usado con el fin de obtener composiciones inmunogénicas capaces de inducir la síntesis de anticuerpos dirigidos contra epítopes múltiples. Estas moléculas híbridas pueden ser formadas, en parte, de una molécula portadora de polipéptido o de fragmentos de la misma de conformidad con la invención, asociados con una parte posiblemente ¡nmunogénica, en particular un epítope de la toxina difteria, la toxina tetánica, un antígeno de superficie del virus de la hepatitis B (patente FR 79 2181 1 ), el antigeno VP1 del virus de poliomielitis o cualquier otro antígeno o toxina viral o bacteriana. Los procedimientos para la síntesis de moléculas híbridas abarcan construir secuencias de nucleótidos híbridas que codifican para las secuencias de polipéptidos buscadas. Será posible, por ejemplo, referirse ventajosamente a la técnica para obtener genes que codifican para proteínas de fusión descritas por Minton en 1984. Las secuencias de nucleótido híbridas que codifican para un polipéptido híbrido, así como también los polipéptidos híbridos de conformidad con la invención, caracterizados en que son polipéptidos recombinantes obtenidos por la expresión de las secuencias de nucleótidos híbridas, son del mismo modo, parte de la invención. La invención del mismo modo, comprende los vectores caracterizados en que contienen una de las secuencias de nucleótidos híbridas. Las células hospederas transformadas por los vectores, los organismos transgénicos que comprenden una de las células transformadas, así como también los procedimientos para la preparación de polipéptidos recombinantes usando los vectores, las células transformadas y/o los organismos transgénicos son, por supuesto del mismo modo, parte de la invención. Los polipéptidos de conformidad con la invención, los anticuerpos de conformidad con la invención, descritos abajo y las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, pueden ventajosamente ser empleados en procedimientos para la detección y/o identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius, en una muestra capaz de contenerlos. Estos procedimientos, de conformidad con la especificidad de los polipéptidos, los anticuerpos y las secuencias de nucleótidos de conformidad con la invención, que serán usados, serán en particular, capaces de detectar y/o identificar un Alicyclobacillus acidocaldarius. Los polipéptidos de conformidad con la invención, pueden ser empleados ventajosamente en un procedimiento para la detección y/o identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra capaz de contenerlos, caracterizado en que comprende las siguientes etapas: a) contactar esta muestra con un polipéptido o uno de sus fragmentos de conformidad con la invención, (bajo condiciones que permiten una reacción inmunológica entre el polipéptido y los anticuerpos posiblemente presentes en la muestra biológica); d) demostración de los complejos de antígeno-anticuerpo posiblemente formados. Cualquier procedimiento convencional puede ser empleado para llevar a cabo una detección de los complejos de antígeno-anticuerpo posiblemente formados. Por medio del ejemplo, un método preferido pone en juego procesos inmunoenzimáticos de conformidad con la técnica ELISA, por inmunofluorescencia, o procesos radioinmunológicos (RIA) o sus equivalentes. De este modo, la invención del mismo modo se refiere a los polipéptidos de conformidad con la invención, etiquetados con la ayuda de una etiqueta adecuada tal como el tipo enzimático, fluorescente o radioactivo. Tales métodos comprenden, por ejemplo, las siguientes etapas: deposición de cantidades determinadas de una composición de polipéptido de conformidad con la invención, en las cavidades de una placa microtituladora, introducción en las cavidades de diluciones incrementadas de suero, o de una muestra biológica distinta de aquella definida previamente, que tiene que ser analizada, incubación de la microplaca, introducción en las cavidades de la placa microtituladora de anticuerpos etiquetados dirigidos contra inmunoglobulinas de cerdo, el etiquetado de estos anticuerpos tiene que llevarse a cabo con la ayuda de una enzima seleccionada a partir de aquellas que son capaces de hidrolizar un sustrato modificando la absorción de la radiación del último, al menos a una longitud de onda predeterminada, por ejemplo a una detección de 550 nm, por comparación con una prueba de control, de la cantidad de sustrato hidrolizado. Los polipéptidos de conformidad con la invención, permiten preparar anticuerpos monoclonales o policlonales, que son caracterizados en que específicamente reconocen los polipéptidos de conformidad con la invención. Será posible ventajosamente, preparar los anticuerpos monoclonales a partir de hibridomas de conformidad con la técnica descrita por Kohler y Milstein en 1975. Será posible preparar los anticuerpos policlonales, por ejemplo, por inmunización de un animal, en particular un ratón, con un polipéptido o un ADN, de conformidad con la invención, asociado con un adyuvante de la respuesta inmune, y después purificación de los anticuerpos específicos contenidos en el suero de los animales inmunizados sobre una columna de afinidad en la cual el polipéptido que ha servido como un antígeno, ha sido previamente inmovilizado. Los anticuerpos policlonales de conformidad con la invención, pueden también ser preparados por purificación, sobre una columna de afinidad en la cual un polipéptido de conformidad con la invención, ha sido previamente inmovilizado, de los anticuerpos contenidos en el suero de un animal inmunológicamente estimulado por Alicyclobacillus acidocaldarius, o un polipéptido o fragmento de conformidad con la invención. La invención del mismo modo, se refiere a anticuerpos mono- o policlonales o sus fragmentos, o anticuerpos quiméricos, caracterizados en que son capaces de reconocer específicamente un polipéptido de conformidad con la invención. Del mismo modo, será posible para los anticuerpos de la invención, ser etiquetados en la misma manera como se describe previamente para las sondas nucleicas de la invención, tal como un etiquetado de tipo enzimático, fluorescente o radioactivo. La invención adicionalmente se dirige a un procedimiento para la detección y/o identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra, caracterizada en que comprende las siguientes etapas: a) contactar la muestra con un anticuerpo mono- o policlonal de conformidad con la invención, (bajo condiciones que permiten una reacción inmunológica entre los anticuerpos y los polipéptidos de Alicyclobacillus acidocaldarius posiblemente presentes en la muestra biológica); b) demostración del complejo antígeno-anticuerpo posiblemente formado. La presente invención del mismo modo, se refiere a un procedimiento para la detección y/o la identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra, caracterizado en que emplea una secuencia de nucleótido de conformidad con la invención. Más particularmente, la invención se refiere a un procedimiento para la detección y/o la identificación de Alicyclobacillus acidocaldarius en una muestra, caracterizado en que contiene las siguientes etapas: a) si es necesario, aislamiento del ADN a partir de la muestra a ser analizada; b) amplificación específica del ADN de la muestra con la ayuda de al menos un cebador, o un par de cebadores, de conformidad con la invención; c) demostración de los productos de amplificación. Estos pueden ser detectados, por ejemplo, por la técnica de hibridización molecular utilizando una sonda nucleica de conformidad con la invención. Esta sonda ventajosamente será etiquetada con un elemento radioactivo o no radioactivo (sonda fría). Para los propósitos de la presente invención, "ADN de la muestra biológica" o "ADN contenido en la muestra biológica", se entenderá por significar ya sea el ADN presente en la muestra biológica considerada, o posiblemente el cADN obtenido después de la acción de una enzima de tipo transcriptasa inversa en el ARN presente en dicha muestra biológica. Una modalidad adicional de la invención comprende un método, caracterizado en que comprende las siguientes etapas: a) contactar una sonda de nucleótido de conformidad con la invención, con una muestra biológica, el ADN contenido en la muestra biológica si se necesita, tiene que ser previamente elaborado accesible a hibridización bajo condiciones que permiten la hibridización de la sonda con el ADN de la muestra; b) demostración del híbrido formado entre la sonda de nucleótido y el ADN de la muestra biológica. La presente invención también se refiere a un procedimiento de conformidad con la invención, caracterizado en que comprende las siguientes etapas: a) contactar una sonda de nucleótido inmovilizada en un soporte de conformidad con la invención, con una muestra biológica, el ADN de la muestra si se necesita, tiene que ser previamente accesible a hibridización, bajo condiciones que permiten la hibridización de la sonda con el ADN de la muestra; b) contactar el híbrido formado entre la sonda de nucleótido inmovilizada sobre un soporte y el ADN contenido en la muestra biológica, si es necesario después de la eliminación del ADN de la muestra biológica que no ha sido hibridizada con la sonda, con una sonda de nucleótido etiquetada de conformidad con la invención; c) demonstración del nuevo híbrido formado en la etapa b). De conformidad con una modalidad ventajosa del procedimiento para detección y/o identificación definido previamente, este se caracteriza en que, previo a la etapa a), el ADN de la muestra biológica es primero amplificado con la ayuda de al menos un cebador de conformidad con la invención. Modalidades adicionales de la invención comprenden métodos para al menos parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover un polisacárido, lignocelúlosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilano, glicósidos, xilano, glucano, galactano, y/o grupo decorador de mañano. Degradación, desdoblamiento y/o remoción de estas estructuras, tiene utilidad reconocida en la técnica, tal como se describe en Mielenz 2001 ; Jeffries 1996; Shallom y Shoham 2003; Lynd et al. 2002; Vieille y Zeikus 2001; Bertoldo et al. 2004; y/o Malherbe y Cloete 2002. Modalidades de los métodos incluyen, colocar un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 119, 136, 153, 168, 185, 202, 219, . 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, o 439; al menos, 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462; al menos, 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36; al menos, 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos, 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos, 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458; y al menos, 99.7% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:456, en contacto fluido con un polisacárido, lignocelúlosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósido, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupo decorador de mañano. Modalidades adicionales de los métodos incluyen, colocar una célula que produce o codifica un polipéptido recombinante, purificado, y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 119, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, ó 439; al menos, 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462; al menos, 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36; al menos, 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos, 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos, 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458; y al menos, 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:456 en contacto fluido con un polisacárido, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósido, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupo decorador de mañano. Como se usa en la presente, "parcialmente degradante", se refiere al reordenamiento o desdoblamiento de enlaces químicos en la estructura objetivo. En modalidades adicionales, los métodos para al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover un polisacárido, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilano, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupo decorador de mañano, pueden tomar lugar a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95°C y/o a un pH en, por debajo y/o arriba de 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0. Modalidades adicionales de la invención, pueden comprender un kit para al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover un polisacárido, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilano, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupo decorador de mañano, el kit comprende una célula que produce o codifica un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 1 19, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, ó 439; al menos, 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462; al menos, 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36; al menos, 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos, 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos, 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458; y al menos, 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:456 y/o un polipéptido recombinante, purificado y/o aislado, seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tiene al menos, 90% de identidad de secuencia con las SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 1 19, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, ó 439; al menos, 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462; al menos, 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36¡ al menos, 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos, 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos, 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458; y al menos, 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:456. La invención se describe en detalle adicional en los siguientes ejemplos ilustrativos. Aunque los ejemplos pueden representar solamente modalidades seleccionadas de la invención, se debe entender que los siguientes ejemplos son ilustrativos y no limitantes. En modalidades de la invención, cualquiera de los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, puede ser enzimáticamente activo a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95°C y/o puede ser enzimáticamente activo a un pH en, por debajo y/o arriba de 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0. En modalidades adicionales de la invención, la glicosilación, pegilación y/o otra modificación post-traduccional, puede ser requerida para los polipéptidos aislados y/o purificados de conformidad con la invención, para ser enzimáticamente activos a pH en o por debajo de 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , y/o 0, o a temperaturas en o arriba de aproximadamente 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, y/o 95°C.

EJEMPLOS EJEMPLO 1 RAAC00169: una esterasa de la superfamilia de alfa-beta hidrolasa Proporcionada en la SEQ ID NO:1 , está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:2. Como se puede ver en las figuras 1A y 1 B, la SEQ ID NO:2 se alinea bien con otras proteínas identificadas como esterases de la superfamilia de alfa-beta hidrolasa. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras esterases de la superfamilia de alfa-beta hidrolasa, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:2. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:2, es apropiadamente clasificado como una esterasa de la superfamilia de alfa-beta hidrolasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO: 3-17, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:2, y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:8-12, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:1 y 8-12, son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO: 1 y 8-12, producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:2 y 13-17. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:2 y 13-17, son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:2 y 13-17, son entonces demostrados por tener actividad como esterasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:2 y 13-17, son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:2 y 13-17, son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 2 RAAC00501: una alfa-beta hidrolasa Proporcionada en la SEQ ID NO: 18 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO: 19. Como se puede ver en las figuras 2A y 2B, la SEQ ID NO: 19 se alinea bien con otras proteínas identificadas como alfa- beta hidrolasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras alfa-beta hidrolasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:19. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO: 19 es apropiadamente clasificado como una alfa-beta hidrolasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:30-34, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO: 19 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:25-29, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 18 y 25-29, son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO: 18 y 25-29 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO: 19 y 30-34. Los polipéptidos de las SEQ ID NO: 19 y 30-34 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 19 y 30-34, son entonces demostrados por tener actividad como alfa-beta hidrolasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 19 y 30-34, son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 19 y 30-34, son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 3 RAAC00568: una alfa-glucosidasa Proporcionada en la SEQ ID NO:35 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:36. Como se puede ver en las figuras 3A, 3B, y 3C, la SEQ ID NO:36 se alinea bien con otras proteínas identificadas como alfa-glucosidasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras alfa-glucosidasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:36. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:36 es apropiadamente clasificado como una alfa-glucosidasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:46-50, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:36 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:41-45, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:35 y 41-45, son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:35 y 41-45 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:36 y 46-50. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:36 y 46-50 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:36 y 46-50, son entonces demostrados por tener actividad como alfa-glucosidasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:36 y 46-50, son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:36 y 46-50, son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 4 Producción y purificación de RAAC00568: una alfa-glucosidasa La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:35, se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO:35 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:36. La SEQ ID NO:35 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y el vector de expresión pPIC6a A para P. pastoris y se proporcionó a E. coli y P. pastoris vía electroporacion y golpe de calor en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO:36 se detectó a partir de tanto E. coli transformada como P. pastoris que comprende la SEQ ID NO:35 y el RAAC00568 fue purificado de afinidad usando una resina de cobalto a partir de estas fuentes para determinar las pruebas de actividad.

EJEMPLO 5 Actividad alfa-glucosidasa de RAAC00568 RAAC00568 purificado a partir de P. pastoris, se probó para determinar la actividad de alfa-glucosidasa usando un ensayo resumido como sigue: Una solución base de a-glucopiranósido-p-nitrofenol (Sigma Cat. No N1377), se preparó agregando 90.375 mg a 10 mL de agua. Esta solución se diluyó 1 :15 en 50 mM de amortiguador de acetato de sodio a pH 2.0, 3.5, y 5.5. Muestras de RAAC00568 purificadas generadas en el Ejemplo 4, se diluyeron 1 :5, 1 :10; 1 :20, y 1 :50 en 50 mM de amortiguador de acetato de sodio a pH 2.0, 3.5 y 5.5. Las muestras (muestras de RAAC00568 y controles positivos), se colocaron en las cavidades de una placa de 96 cavidades en 10 pL de alícuotas. Blancos de amortiguador solamente, se colocaron en algunas cavidades. 190 pL de solución de a-glucopiranósido-p-nitrofenol, precalentadas a 60 u 80°C, se agregó entonces a cada célula y la placa además se incubó a 60 u 80°C por unos 10 minutos adicionales. 100 pL de 2M de carbonato de sodio se agregó entonces a cada cavidad y la actividad de a-glucosidasa se midió en un lector de placa de 96 cavidades (Molecular Devices UV-Vis) a una longitud de onda de 405 nm. La actividad específica para RAAC00568 según lo determinado, aparece en el cuadro 1.

CUADRO 1 ENSAYO ACTIVIDAD ESPECIFICA DE Alfa-glucosidasa: P. pastoris pH 3.5, 60°C 2.5 pmol/min. mg pH 5.5, 60°C 1.4 pmol/min. mg pH 3.5, 80°C 2.8 pmol/min. mg pH 2.0, 60°C 2.4 pmol/min. mg EJEMPLO 6 Actividad de alfa-xilosidasa de RAAC00568 RAAC00307, purificado a partir de P. pastoris, se probó para determinar la actividad de xilosidasa usando un ensayo fluorescente resumido como sigue: Una solución de -xilopiranósido p-nitrofenol (Sigma Cat. No N1895), se creó diluyendo 50 mg de a-xilopiranósido p-nitrofenol en 2 ml_ de metanol. Alícuotas individuales de esta solución entonces se diluyeron 1 :50 con 50 mM de amortiguador de acetato de sodio de pH 2.0, 3.5 y 5.5 Muestras de RAAC00568 purificadas, generadas en el Ejemplo 5 se diluyeron 1 :5, 1 :10; 1 :20, y 1 :50 en 50 mM de amortiguador de acetato de sodio a pH 2.0, 3.5 y 5.5. Las muestras (muestras RAAC00568 y controles positivos), se colocaron en las cavidades de una placa de 96 cavidades en 10 µ?_ de alícuotas. Blancos de amortiguador solamente, se colocaron en algunas cavidades. 190 µ?_ de solución de a-xilopiranósido, precalentada a 60 u 80°C, se agregó entonces a cada célula y la placa además se incubó a 60 u 80°C por unos 10 minutos adicionales. 100 pL de 2.0 M de carbonato de sodio se agregó entonces a cada cavidad y la actividad de a-xilosidasa se midió en un lector de placa de 96 cavidades (Molecular Devices UV-Vis) a una longitud de onda de 405 nm. La actividad específica para RAAC00568 según lo determinado, aparece en el cuadro 2.

CUADRO 2 EJEMPLO 7 RAAC00594 Proporcionada en la SEQ ID NO:51 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:52. Como se puede ver en las figuras 4A, 4B, y 4C, la SEQ ID NO:52 se alinea bien con otras proteínas identificadas como alfa-xilosidasas. De particular importancia, se nota que . en donde los aminoácidos son conservados en otras alfa-xilosidasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:52. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:63-67, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:52 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:58-62, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:51 y 58-62, son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:51 y 58-62 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:52 y 63-67. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:52 y 63-67, son entonces aislados y/o purificados.

EJEMPLO 8 Producción y purificación de RAAC00594 La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:51 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO:51 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:52. La SEQ ID NO:51 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y proporcionó a E. coli vía electroporación en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO:52 se detectó a partir de tanto E. coli transformada que comprende la SEQ ID NO:51 y la RAAC00594 fue purificada de afinidad usando una resina de cobalto a partir de estas fuentes para determinar las pruebas de actividad.

EJEMPLO 9 RAAC00602: una alfa-L-arabinofuranosidasa Proporcionada en la SEQ ID NO:68 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:69. Como se puede ver en las figuras 5A y 5B, la SEQ ID NO:69 se alinea bien con otras proteínas identificadas como alfa-L-arabinofuranosidasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras alfa-L-arabinofuranosidasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:69. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:69 es apropiadamente clasificado como una alfa-L-arabinofuranosidasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:80-84, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:69 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:75-79, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:68 y 75-79, son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:68 y 75-79 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:69 y 80-84. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:69 y 80-84 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:69 y 80-84 son entonces demostrados por tener actividad como alfa-L-arabinofuranosidasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:69 y 80-84 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:69 y 80-84 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 10 Producción y purificación de RAAC00602: una alfa-L- arabinofuranosidasa La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:68 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO:68 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:69. La SEQ ID NO:68 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y proporcionada a E. coli vía electroporación en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO:69 se detectó a partir de tanto E. coli transformada que comprende la SEQ ID NO:68 y la RAAC00602 fue purificada de afinidad usando una resina de cobalto a partir de estas fuentes para determinar las pruebas de actividad.

EJEMPLO 11 Actividad de Alfa-L-arabinofuranosidasa de RAAC00602 RAAC00602 purificado a partir de E. coli, se probó para determinar la actividad alfa-L-arabinofuranosidasa usando un ensayo resumido como sigue: Una solución de a-arabinofuranósido p-nitrofenol (Sigma Cat.

No. N3641 ) se creó diluyendo 271.2 mg de a-arabinofuranósido p-nitrofenol en 10 ml_ metanol. Alícuotas individuales de esta solución entonces se diluyeron 1 :50 con 50 mM de amortiguador de acetato de sodio de pH 2.0 y 3.5. Muestras de RAAC00602 purificadas generadas en el Ejemplo 10 se diluyeron 1 :5, 1 :10; 1 :20, y 1 :50 en 50 mM de amortiguador de acetato de sodio a pH 2.0 y 3.5. Muestras (muestras RAAC00602 y controles positivos) se colocaron en las cavidades de una placa de 96 cavidades en 10 µ?_ de alícuotas. Blancos de amortiguador solamente, se colocaron en algunas cavidades. 190 µ?_ de solución de a-arabinofuranósido p-nitrofenol, precalentada a 60 u 80°C, se agregó entonces a cada célula y la placa además se incubó a 60 u 80°C por unos 10 minutos adicionales. 100 µ?_ de 2.0 M de carbonato de sodio se agregó entonces a cada cavidad y la actividad de a-xilosidasa se midió en un lector de placa de 96 cavidades (Molecular Devices UV-Vis) a una longitud de onda de 405 nm. La actividad específica para RAAC00692 según lo determinado, aparece en el cuadro 3.

CUADRO 3 EJEMPLO 12 Actividad beta-xilosidasa de RAAC00602 RAAC00602 purificado a partir de E. coli y P. pastorís se probó para determinar la actividad beta-xilosidasa usando un ensayo fluorescente resumido como sigue: Una solución de MUXyl (4-metilumbeliferil ß-D-Xilopiranósido) (Sigma M7008-1G CAS # 6734-33-4) se creó diluyendo 10 mg (0.01 g) MUXyl en 1 ml_ de Dimetil sulfóxido (DMSO). Alícuotas individuales de la solución de DMSO entonces se diluyeron 1 :100 con 50 mM de amortiguador de acetato de sodio de pH 2.0 y 3.5. Muestras de RAAC00602 purificadas generadas en el Ejemplo 10 se diluyeron 1 :5, 1 :10; 1 :20, y 1 :50 en 50 mM de amortiguador de acetato de sodio de pH 2.0 y 3.5. ß-xilosidasa de A. niger (Sigma X3501-5UN-CAS # 9025-530) se diluyó 1.100 en 50 mM de amortiguador de acetato de sodio a pH 2.0 y 3.5 como controles positivos. Muestras (muestras RAAC00602 y controles positivos) se colocaron en las cavidades de una placa de 96 cavidades en 50 µ?. de alícuotas. Blancos de amortiguador solamente, se colocaron en algunas cavidades. La placa entonces se precalentó a 60 u 80°C por 5 minutos. 10 pL de solución MUXyl se agregó entonces a cada célula y la placa además se incubó a 60 u 80°C por unos 10 minutos adicionales. 100 pL de 0.5 M de carbonato de sodio se agregó entonces a cada cavidad y la actividad de ß-xilosidasa se midió en un lector de placa de 96 cavidades (SpectraMAX Gemini) a Excitación 355 y Emisión 460. La actividad específica para RAAC00602 según lo determinado, aparece en el cuadro 4.

CUADRO 4 ENSAYO ß-xilosidasa ACTIVIDAD ESPECIFICA DE ACTIVIDAD ESPECIFICA DE P. pastoris E. coli pH 3.5 60C 2.5 µ?t???ee/???? mg pH 2.0 60C 1.2 µ????ße/G???? mg pH 2.0 80C 0.7, moles/min mg EJEMPLO 13 RAAC00798: una hidrolasa asociada a la pared celular Proporcionada en la SEQ ID NO:85 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:86. Como se puede ver en las figuras 6A y 6B, la SEQ ID NO:86 se alinea bien con otras proteínas identificadas como hidrolasas asociadas a la pared celular. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras hidrolasas asociadas a la pared celular, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:86. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:86 es apropiadamente clasificado como una hidrolasa asociada a la pared celular. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:96-100 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:86 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:91-95, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:85 y 91-95 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:85 y 91-95 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:86 y 96-100. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:86 y 96-100 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:86 y 96-100 son entonces demostrados por tener actividad como hidrolasas asociadas a la pared celular. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:86 y 96-100 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:86 y 96-100 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPL0 14 RAAC01076: una altronato hidrolasa Proporcionada en la SEQ ID NO: 101 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldaríus y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:102. Como se puede ver en las figuras 7A y 7B, la SEQ ID NO: 102 se alinea bien con otras proteínas identificadas como altronato hidrolasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras altronato hidrolasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO: 102. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO: 102 es apropiadamente clasificado como una altronato hidrolasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:1 13-1 17, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO: 102 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 108-112, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 101 y 108-1 12 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO: 101 y 108-1 12 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO: 102 y 113-1 17. Los polipéptidos de las SEQ ID NO: 102 y 1 13-1 17, son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 102 y 113-1 17, son entonces demostrados por tener actividad como altronato hidrolasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 102 y 113-1 17, son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 102 y 1 13-1 17, son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 15 RAAC04341 Proporcionada en la SEQ ID NO:118 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO: 1 19. Como se puede ver en las figuras 8A y 8B, la SEQ ID NO: 1 9 se alinea bien con proteínas identificadas como celulasa/endoglucanasa Ms. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras celulasa/endoglucanasa Ms, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO: 1 19. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:130-134, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO: 1 19 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 125-129, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:1 18 y 125-129 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:1 18 y 125-129 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:1 9 y 130-134. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:1 19 y 130-134, son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:119 y 130-134, son estimulados con péptidos, polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:1 19 y 130-134, son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover péptidos, polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPL0 16 Producción y purificación de RAAC04341 La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:1 8 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldaríus. La SEQ ID NO:1 18 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO: 1 19. La SEQ ID NO:1 18 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y el vector de expresión pPIC6a A para P. pastoris y proporcionada a E. coli y P. pastoris vía electroporación y golpe de calor en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO:119 se detectó a partir de tanto E. coli transformada como P. pastoris que comprende la SEQ ID NO:118 y RAAC04341 fue purificada de afinidad usando una resina de cobalto a partir de estas fuentes para determinar las pruebas de actividad.

EJEMPLO 17 RAAC04342 Proporcionada en la SEQ ID NO: 135 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipeptido de la SEQ ID NO: 136. Como se puede ver en las figuras 9A y 9B, la SEQ ID NO: 136 se alinea bien con otras proteínas identificadas como celulasa/endoglucanasa Ms. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras celulasa/endoglucanasa Ms, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO: 136. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:147-151 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO: 136 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 142-146, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:135 y 142-146 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:135 y 142-146 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO: 136 y 147-151. Los polipéptidos de las SEQ ID NO: 136 y 147-151 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 136 y 147-151 son estimulados con péptidos, polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 136 y 147-151 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover péptidos, polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 18 PRODUCCION Y PURIFICACION DE RAAC04342 La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO: 135 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO: 135 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:136. La SEQ ID NO: 135 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y el vector de expresión pPIC6a A para P. pastoris y proporcionada a E. coli y P. pastoris vía electroporación y golpe de calor en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO: 136 se detectó a partir de tanto E. coli transformada como P. pastoris que comprende la SEQ ID NO: 135 y RAAC04342 fue purificada de afinidad usando una resina de cobalto a partir de estas fuentes para determinar las pruebas de actividad.

EJEMPLO 19 RAAC04343: una celulasa/endoglucanasa M Proporcionada en la SEQ ID NO: 152 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO: 153. Como se puede ver en la figura 10, la SEQ ID NO: 153 se alinea bien con otras proteínas identificadas como celulasa/endoglucanasa Ms. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras celulasa/endoglucanasa Ms, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO: 153. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO: 153 es apropiadamente clasificado como a celulosa/endoglucanasa M. Los polipéptidos de las SEQ ID NO: 162-166 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:153 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:157-161 , respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 152 y 157-161 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO: 152 y 157-161 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:153 y 162-166. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:153 y 162-166 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 153 y 162-166 son entonces demostrados por tener actividad como celulasa/endoglucanasa Ms. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 153 y 162-166 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 153 y 162-166 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 20 Producción de RAAC04343 La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO: 152 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO: 152 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO: 153. La SEQ ID NO: 152 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y el vector de expresión pPIC6 A para P. pastoris y proporcionada a E. coli y P. pastoris vía electroporación y golpe de calor en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO: 153 se detectó a partir de tanto E. coli transformada como P. pastoris que comprende la SEQ ID NO: 152.

EJEMPLO 21 RAAC01275: una poligalacturonasa Proporcionada en la SEQ ID NO: 167, está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:168. Como se puede ver en las figuras 1 1A-1 1 C, la SEQ ID NO:168 se alinea bien con otras proteínas identificadas como poligalacturonasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras poligalacturonasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO: 168. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO: 168 es apropiadamente clasificado como a poligalacturonasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:179-183 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO: 168 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 174-178, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 167, y 174-178 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO: 167, y 174-178 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO.168 y 179-183. Los polipéptidos de las SEQ ID NO: 168 y 179-183 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 168 y 179-183 son entonces demostrados por tener actividad como poligalacturonasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 168 y 179-183 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxíbutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:168 y 179-183 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxíbutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 22 RAAC01615: una alfa-galactosidasa Proporcionada en la SEQ ID NO:184 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldaríus y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO: 185. Como se puede ver en las figuras 12A-12C, la SEQ ID NO.185 se alinea bien con otras proteínas identificadas como alfa-galactosidasa. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras alfa-galactosidasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO: 185. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:185 es apropiadamente clasificado como a alfa-galactosidasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO: 196-200 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO: 185 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 191 -195, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO: 184 y 191-195 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO: 184 y 191-195 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:185 y 196-200. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:185 y 196-200 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 185 y 196-200 son entonces demostrados por tener actividad como alfa-galactosidasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 185 y 196-200 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO: 185 y 196-200 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 23 RAAC01621: una celobiosa fosforilasa Proporcionada en la SEQ ID NO:201 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:202. Como se puede ver en las figuras 13A-13K, la SEQ ID NO:202 se alinea bien con otras proteínas identificadas como celobiosa fosforilasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras celobiosa fosforilasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:202. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:202 es apropiadamente clasificado como una celobiosa fosforilasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:213-217, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:202 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:208-212, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:201 y 208-212 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:201 y 208-212 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:202 y 213-217. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:202 y 213-217, son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:202 y 213-217, son entonces demostrados por tener actividad como celobiosa fosforilasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:202 y 213-217, son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:202 y 213-217, son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 24 RAAC01755 Proporcionada en la SEQ ID NO:218 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:219. Como se puede ver en las figuras 14A-14C, la SEQ ID NO:219 se alinea bien con proteínas identificadas como enzimas desramificadoras de glicógeno. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras enzimas desramificantes de glicógeno, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:219. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:230-234, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:219 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:225-229, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:218 y 225-229 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:218 y 225-229 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:219 y 230-234. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:219 y 230-234, son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:219 y 230-234 son entonces demostrados por tener actividad. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:219 y 230-234, son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:219 y 230-234, son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 25 Producción y purificación de RAAC01755: una alfa-glucosidasa La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:218 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO:218 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:219. La SEQ ID NO:218 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y el vector de expresión pPIC6a A para P. pastoris y proporcionada a E. coli y P. pastoris vía electroporacion y golpe de calor en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO:219 se detectó a partir de tanto E. coli transformada como P. pastoris que comprende la SEQ ID NO:218 y RAAC01755 fue purificada de afinidad usando una resina de cobalto a partir de estas fuentes para determinar las pruebas de actividad.

EJEMPLO 26 RAAC01887: a celulasa/endoglucanasa M Proporcionada en la SEQ ID NO:235 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:236. Como se puede ver en las FIG. 15A y 15B, la SEQ ID N0.236 se alinea bien con otras proteínas identificadas como celulasa/endoglucanasa Ms. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras celulasa/endoglucanasa Ms, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:236. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:236 es apropiadamente clasificado como a celulasa/endoglucanasa M. Los polipéptidos de las SEQ ID NO.247-25 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:236 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:242-246, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:235 y 242-246 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:235 y 242-246 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:236 y 247-251. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:236 y 247-251 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO.236 y 247-251 son entonces demostrados por tener actividad como celulasa/endoglucanasa Ms. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:236 y 247-251 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:236 y 247-251 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 27 Producción de RAAC01887 La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:235 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO:235 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:236. La SEQ ID NO:235 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y el vector de expresión pPIC6a A para P. pastoris y proporcionada a E. coli y P. pastoris vía electroporación y golpe de calor en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO:236 se detectó a partir de tanto E. coli transformada como P. pastoris que comprende la SEQ ID NO:235.

EJEMPLO 28 RAAC0H897: una acetil esterasa/acetaP Ihndrolasa Proporcionada en la SEQ ID NO:252 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:253. Como se puede ver en las figuras 16A y 16B, la SEQ ID NO:253 se alinea bien con otras proteínas identificadas como acetil esterasa/acetil hidrolasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras acetil esterasa/acetil hidrolasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:253. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:253 es apropiadamente clasificado como una acetil esterasa/acetil hidrolasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:264-268 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:253 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:259-263, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:252 y 259-263 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:252 y 259-263 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:253 y 264-268. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:253 y 264-268 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:253 y 264-268 son entonces demostrados por tener actividad como acetil esterasa/acetil hidrolasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:253 y 264-268 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:253 y 264-268 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 29 RAAC01917: una beta-1 ,4-xilanasa Proporcionada en la SEQ ID NO:269 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:270. Como se puede ver en las figuras 17A y 17B, la SEQ ID NO:270 se alinea bien con otras proteínas identificadas como beta-1 ,4-xilanasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras beta-1 , 4-xilanasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:270. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:270 es apropiadamente clasificado como a beta-1 , 4-xilanasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO.281-285 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de. la SEQ ID NO:270 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:276-280, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:269 y 276-280 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:269 y 276-280 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:270 y 281-285. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:270 y 281-285 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:270 y 281-285 son entonces demostrados por tener actividad como beta-1 ,4-xilanasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:270 y 281-285 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:270 y 281-285 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 30 Producción de RAAC01917 La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:269 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO.269 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:270. La SEQ ID NO:269 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y el vector de expresión pPIC6a A para P. pastoris y proporcionada a E. coli y P. pastoris vía electroporación y golpe de calor en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO:270 se detectó a partir de tanto E. coli transformada como P. pastoris que comprende la SEQ ID NO:269.

EJEMPLO 31 RAAC02404: una cinamoil éster hidrolasa Proporcionada en la SEQ ID NO:286 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:287. Como se puede ver en las figuras 18A y 18B, la SEQ ID NO:287, se alinea bien con otras proteínas identificadas como cinamoil éster hidrolasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras cinamoil éster hidrolasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:287. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:287, es apropiadamente clasificado como una cinamoil éster hidrolasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:298-302 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:287, y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:293-297, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:286 y 293-297, son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:286 y 293-297, producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:287, y 298-302. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:287, y 298-302 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:287, y 298-302 son entonces demostrados por tener actividad como cinamoil éster hidrolasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:287, y 298-302 son estimulados con polisacáhdos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:287, y 298-302 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 32 RAAC02424: una carboxilesterasa tipo B Proporcionada en la SEQ ID NO:303 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:304. Como se puede ver en las figuras 19A y 19B, la SEQ ID NO:304 se alinea bien con otras proteínas identificadas como carboxilésterasas tipo B. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras carboxilésterasas tipo Bs, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:304. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:304 es apropiadamente clasificado como una carboxilesterasa tipo B. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:315-319 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:304 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:310-314, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:303 y 310-314 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:303 y 310-314 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:304 y 315-319. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:304 y 315-319 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:304 y 315-319 son entonces demostrados por tener actividad como carboxilésterasas tipo B. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:304 y 315-319 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:304 y 315-319 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 33 Producción y purificación de RAAC02424 La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:303 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO:303 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:304. La SEQ ID NO:303 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y proporcionada a E. coli vía electroporación en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO:304 se detectó a partir de tanto E. coli transformada que comprende la SEQ ID NO:303 y RAAC002424 fue purificada de afinidad usando una resina de cobalto a partir de estas fuentes para determinar las pruebas de actividad.

EJEMPLO 34 RAAC02616; una beta galactosidasa/beta-glucuronidasa Proporcionada en la SEQ ID NO:320 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:321. Como se puede ver en las figuras 20A-20D, la SEQ ID NO:321 se alinea bien con otras proteínas identificadas como beta galactosidasa/beta-glucuronidasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras beta galactosidasa/beta-glucuronidasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:321. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:321 es apropiadamente clasificado como a beta galactosidasa/beta-glucuronidasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:331-335 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID N0.321 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:326-330, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:320 y 326-330 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:320 y 326-330 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:321 y 331-335. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:321 y 331-335 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:321 y 331-335 son entonces demostrados por tener actividad como beta galactosidasa/beta-glucuronidasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:321 y 331-335 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:321 y 331-335 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 35 RAAC02661: un xilano alfa-1,2-glucuron¡dasa Proporcionada en la SEQ ID NO:336 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:337. Como se puede ver en las figuras 21A-21 D, la SEQ ID NO:337, se alinea bien con otras proteínas identificadas como xilano alfa-1 ,2-glucuronidasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras xilano alfa-1 ,2- glucuronidasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:337. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:337, es apropiadamente clasificado como a xilano alfa-1 ,2-glucuronidasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:348-352 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:337, y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:343-347, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:336 y 343-347, son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:336 y 343-347, producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:337, y 348-352. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:337, y 348-352 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:337, y 348-352 son entonces demostrados por tener actividad como xilano alfa-1 ,2-glucuronidasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:337, y 348-352 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:337, y 348-352 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 36 RAAC02925: a 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasa Proporcionada en la SEQ ID NO:353 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:354. Como se puede ver en las figuras 22A-22C, la SEQ ID NO:354 se alinea bien con otras proteínas identificadas como 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:354. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:354 es apropiadamente clasificado como a 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:365-369 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:354 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:360-364, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:353 y 360-364 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:353 y 360-364 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:354 y 365-369. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:354 y 365-369 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:354 y 365-369 son entonces demostrados por tener actividad como 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:354 y 365-369 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:354 y 365-369 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 37 RAAC03001: una beta-glucosidasa Proporcionada en la SEQ ID NO:370 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:371. Como se puede ver en las figuras 23A-23D, la SEQ ID NO:371 se alinea bien con otras proteínas identificadas como beta-glucosidasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras beta-glucosidasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:371. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:371 es apropiadamente clasificado como a beta-glucosidasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:382-386 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:371 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:377-381 , respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:370 y 377-381 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:370 y 377-381 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:371 y 382-386. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:371 y 382-386 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:371 y 382-386 son entonces demostrados por tener actividad como beta-glucosidasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:371 y 382-386 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:371 y 382-386 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 38 Producción y purificación de RAAC03001: una beta-glucosidasa La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:370 se clonó a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius. La SEQ ID NO:370 codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:371. La SEQ ID NO:370 se clonó en el vector de expresión pBAD/HIS A para E. coli y el vector de expresión pPIC6a A para P. pastoris y proporcionada a E. coli y P. pastoris vía electroporación y golpe de calor en células competentes, respectivamente. La expresión de la SEQ ID NO.370 se detectó a partir de tanto E. coli transformada como P. pastoris que comprende la SEQ ID NO:370 y RAAC03001 fue purificada de afinidad usando una resina de cobalto a partir de estas fuentes para determinar las pruebas de actividad.

EJEMPLO 39 Actividad Beta-glucosidasa de RAAC03001 RAAC03001 purificado a partir de tanto E. coli se probó para determinar la actividad beta-glucosidasa usando el ensayo resumido como sigue: Una solución de a-glucopiranósido p-nitrofenol (Sigma Cat. No. N7006) se creó diluyendo 301.25 mg de a-glucopiranósido p-nitrofenol en 20 ml_ de agua. Alícuotas individuales de esta solución entonces se diluyeron 1 :25 con 50 mM de amortiguador de acetato de sodio de pH 2.0, 3.5, y 5.5. Muestras de RAAC03001 purificadas generadas en el Ejemplo 39 se diluyeron 1 :5, 1 :10; 1 :20, y 1 :50 en 50 mM de amortiguador de acetato de sodio a pH 2.0, 3.5, y 5.5. Muestras (muestras RAAC03001 y controles positivos) se colocaron en las cavidades de una placa de 96 cavidades en 10 pL de alícuotas. Blancos de amortiguador solamente, se colocaron en algunas cavidades. 190 µ?_ de solución de a-glucopiranósido p-nitrofenol, precalentada a 60 u 80°C, se agregó entonces a cada célula y la placa además se incubó a 60 u 80°C por unos 10 minutos adicionales. 00 pl_ de 2.0 M de carbonato de sodio se agregó entonces a cada cavidad y la actividad de a-xilosidasa se midió en un lector de placa de 96 cavidades (Molecular Devices UV-Vis) a una longitud de onda de 405 nm. En ensayo anterior demuestra que la proteína RAAC03001 aislada de E. coli, tiene actividad de beta-glucosidasa a pH de 3.5 y 5.5 y una temperatura de 60°C; y la proteína RAAC03001 aislada a partir de P. pastoris tiene actividad de beta-glucosidasa a pH 5.5 y 60°C.

EJEMPLO 40 RAAC02913: una quitoolígosacárido desacetilasa Proporcionada en la SEQ ID NO:387, está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:388. Como se puede ver en las figuras 24A y 24B, la SEQ ID NO:388 se alinea bien con otras proteínas identificadas como quitoolígosacárido desacetilasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras quitoolígosacárido desacetilasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:388. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:388 es apropiadamente clasificado como una quitoolígosacárido desacetilasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:399-403 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:388 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:394-398, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:387, y 394-398 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:387, y 394-398 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:388 y 399-403. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:388 y 399-403 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:388 y 399-403 son entonces demostrados por tener actividad como quitooligosacárido desacetilasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:388 y 399-403 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:388 y 399-403 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 41 RAAC02839: una quitooligosacárido desacetilasa Proporcionada en la SEQ ID NO:404 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:405. Como se puede ver en las figuras 25A y 25B, la SEQ ID NO:405 se alinea bien con otras proteínas identificadas como quitooligosacárido desacetilasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras quitooligosacárido desacetilasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:405. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:405 es apropiadamente clasificado como una quitooligosacárido desacetilasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:416-420 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:405 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:411-415, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:404 y 411-415 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:404 y 411-415 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:405 y 416-420. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:405 y 416-420 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:405 y 416-420 son entonces demostrados por tener actividad como quitooligosacárido desacetilasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:405 y 416-420 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:405 y 416-420 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 42 RAAC00961: una quitooligosacárido desacetilasa Proporcionada en la SEQ ID NO:421 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:422. Como se puede ver en las figuras 26A-26C, la SEQ ID NO:422 se alinea bien con otras proteínas identificadas como quitooligosacárido desacetilasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras quitooligosacárido desacetilasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:422. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:422 es apropiadamente clasificado como a quitooligosacárido desacetilasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:433-437, son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID NO:422 y son codificados por secuencias de nucleotidos de las SEQ ID NO:428-432, respectivamente.

Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:421 y 428-432 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:421 y 428-432 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:422 y 433-437. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:422 y 433-437, son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:422 y 433-437, son entonces demostrados por tener actividad como quitooligosacárido desacetilasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:422 y 433-437, son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:422 y 433-437, son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 43 RAAC00361: una quitooligosacárido desacetilasa Proporcionada en la SEQ ID NO:438 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:439. Como se puede ver en las figuras 27A y 27B, la SEQ ID NO:439 se alinea bien con otras proteínas identificadas como quitooligosacárido desacetilasas. De particular importancia, se nota que en donde los aminoácidos son conservados en otras quitooligosacárido desacetilasas, estos aminoácidos son en general, conservados en la SEQ ID NO:439. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:439 es apropiadamente clasificado como una quitooligosacárido desacetilasa. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:450-454 son Ejemplos representativos de sustituciones conservativas en el polipéptido de la SEQ ID N0.439 y son codificados por secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:445-449, respectivamente. Las secuencias de nucleótidos de las SEQ ID NO:438 y 445-449 son colocadas en vectores de expresión usando técnicas estándares en el arte. Los vectores son entonces proporcionados a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, los vectores que comprenden las SEQ ID NO:438 y 445-449 producen los polipéptidos de las SEQ ID NO:439 y 450-454. Los polipéptidos de las SEQ ID NO:439 y 450-454 son entonces aislados y/o purificados. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:439 y 450-454 son entonces demostrados por tener actividad como quitooligosacárido desacetilasas. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:439 y 450-454 son estimulados con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Los polipéptidos aislados y/o purificados de las SEQ ID NO:439 y 450-454 son demostrados por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 44 RAAC00569: una glucano 1 ,4-alfa-maltohidrolasa Proporcionada en la SEQ ID NO:455 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:456. La SEQ ID NO:456 se alinea a aproximadamente 99% de identidad con gi:6686566, una glucano 1 ,4-alfa-maltohidrolasa. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID N0.456 es apropiadamente clasificado como una glucano 1 ,4-alfa-maltohidrolasa.

La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:455 se coloca en un vector de expresión usando técnicas estándares en el arte. El vector es entonces proporcionado a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, el vector que comprende la SEQ ID NO:455 produces el polipéptido de la SEQ ID NO:456. El polipéptido de la SEQ ID NO:456 es entonces aislados y/o purificado. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:456, es entonces demostrada por tener actividad como glucano ,4-alfa-maltohidrolasa. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:456 es entonces estimulado con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. El polipéptido aislado y/o purificado de la. SEQ ID NO:456 es demostrado por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 45 AAC00574: una glicosidasa Proporcionada en la SEQ ID NO:457, está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:458. La SEQ ID NO:458 se alinea a aproximadamente 99% de identidad con gi:39301 , un glicosidasa. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:458 es apropiadamente clasificado como a glicosidasa. La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:457, es colocada en un vector de expresión usando técnicas estándares en el arte. El vector es entonces proporcionado a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, el vector que comprende la SEQ ID NO:457, produces el polipéptido de la SEQ ID NO:458. El polipéptido de la SEQ ID NO:458 es entonces aislado y/o purificado. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:458 es entonces demostrado por tener actividad como glicosidasa. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID N0.458 es entonces estimulado con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:458 es demostrado por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 46 RAAC00575: una acetil esterasa Proporcionada en la SEQ ID NO:459 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:460. La SEQ ID NO:460 se alinea a aproximadamente 95% de identidad con gi: 151567607, una acetil esterasa. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:460 es apropiadamente clasificado como a acetil esterasa. La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:459 es colocada en un vector de expresión usando técnicas estándares en el arte. El vector es entonces proporcionado a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, el vector que comprende la SEQ ID NO:459 produces el polipéptido de la SEQ ID NO:460. El polipéptido de la SEQ ID NO:460 es entonces aislado y/o purificado. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:460 es entonces demostrado por tener actividad como acetil esterasa.

El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:460 es entonces estimulado con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEC ID NO:460 es demostrado por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 47 RAAC01618: una endo-beta-1 ,4-mananasa Proporcionada en la SEQ ID NO:461 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de Alicyclobacillus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:462. La SEQ ID NO:462 se alinea a aproximadamente 92% de identidad con gi:1 1061 1 196, una endo-beta-1 ,4-mananasa. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:462 es apropiadamente clasificado como una endo-beta-1 ,4-mananasa. La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:461 es colocado en un vector de expresión usando técnicas estándares en el arte. El vector es entonces proporcionado a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, el vector que comprende la SEQ ID NO:461 produces el polipéptido de la SEQ ID NO:462. El polipéptido de la SEQ ID NO:462 es entonces aislado y/o purificado. El polipéptido aislado y/o purificado de SEQ ID NO:462 es entonces demostrado por tener actividad como endo-beta-1 ,4-mananasa. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:462 es entonces estimulado con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:462 es demostrado por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano.

EJEMPLO 48 RAAC01994: una beta-glucosidasa Proporcionada en la SEQ ID NO:463 está una secuencia de nucleótido aislada a partir de AlicyclobacHlus acidocaldarius y que codifica el polipéptido de la SEQ ID NO:464. La SEQ ID NO:464 se alinea a aproximadamente 92% de identidad con gi:1 1061 1 196, una beta-glucosidasa. De este modo, el polipéptido proporcionado en la SEQ ID NO:464 es apropiadamente clasificado como una beta-glucosidasa. La secuencia de nucleótido de la SEQ ID NO:463 es colocada en un vector de expresión usando técnicas estándares en el arte. El vector es entonces proporcionado a células tales como, células bacterianas o células eucarióticas tales como células Sf9 o células CHO. En conjunto con la maquinaria normal presente en las células, el vector que comprende la SEQ ID NO:463 produces el polipéptido de la SEQ ID NO:464. El polipéptido de la SEQ ID NO:464 es entonces aislado y/o purificado. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:464 es entonces demostrado por tener actividad como beta-glucosidasa. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:464 es entonces estimulado con polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. El polipéptido aislado y/o purificado de la SEQ ID NO:464 es demostrado por tener actividad en al menos, parcialmente degradar, desdoblar, y/o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupos decoradores de mañano. Mientras esta invención ha sido descrita en ciertas modalidades, la presente invención puede ser además modificada dentro del alcance y campo de esta descripción. Esta solicitud está por lo tanto, propuesta para cubrir cualquiera de las variaciones, usos, o adaptaciones de la invención usando sus principios generales. Además, esta solicitud está propuesta para cubrir tales apartados a partir de la presente descripción, como viene dentro del conocimiento o práctica habitual en la técnica a la cual esta invención pertenece y la cual cae dentro de los límites de las reivindicaciones adjuntas y sus equivalentes legales.

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Claims (1)

1. NOVEDAD DE LA INVENCION REIVINDICACIONES 1.- Una secuencia de ácido nucleico aislado o purificado, que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de polipéptidos que tienen al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 69. 2.- Una secuencia de ácido nucleico aislado o purificado, que comprende una secuencia de ácido nucleico que codifica un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de polipéptidos que tienen al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 1 19, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, y 439; al menos, 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462; al menos, 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36; al menos, 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos, 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos, 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458; y al menos, 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:456. 3 - La secuencia de ácido nucleico aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 1 o reivindicación 2, caracterizada además porque el polipéptido tiene actividad enzimática en o por debajo de aproximadamente pH 7. 4.- La secuencia de ácido nucleico aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 1 o reivindicación 2, caracterizada además porque el polipéptido tiene actividad enzimática a una temperatura en o arriba de aproximadamente 50°C. 5.- La secuencia de ácido nucleico aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 1 o reivindicación 2, caracterizada además porque la secuencia de ácido nucleico está presente en un vector. 6. - Un polipéptido aislado o purificado, que comprende un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de polipéptidos que tienen al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 69. 7. - Un polipéptido aislado o purificado, que comprende un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tienen al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 1 19, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, y 439; al menos, 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462; al menos, 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36; al menos, 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos, 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos, 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458; y al menos, 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:456. 8 - El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6 o reivindicación 7, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad enzimática en o por debajo de aproximadamente pH 7. 9.- El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6 o reivindicación 7, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad enzimática a una temperatura en o arriba de aproximadamente 50°C. 10.- El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6 o reivindicación 7, caracterizado además porque el polipéptido es glicosilado, pegilado, o de otro modo post-traduccionalmente modificado. 11 - El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad como una arabinofuranosidasa. 12.- El polipéptido aislado o purificado de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado además porque el polipéptido tiene una actividad enzimática seleccionada a partir del grupo que consiste de Alfa beta hidrolasa, Alfa-glucosidasa, 1 ,4-alfa-maltohidrolasa Glucano, Glicosidasa, Amilasa, Acetil esterasa, Beta-galactosidasa, Alfa amilasa, Acetil esterasa, Alfa-xilosidasa, Ciclomaltodextrinasa; Neopululinasa; Alfa amilasa maltogénica, Familia 31 de glicosil hidrolasa, Alfa-L-arabinofuranosidasa, Hidrolasa de la pared celular, Altronato hidrolasa, poli-1 ,4-alfa-D-galacturónido, alfa-1 ,2-glucuronosidasa Xilano, Celulasa/Endoglucanasa M, Poligalacturonasa, Glicosil hidrolasa, Peptidoglicano hidrolasa, N-acetilglucosaminidasa, Endoquitinasa, Alfa-galactosidasa, Endo-beta-1 ,4-mananasa, Celobiosa fosforilasa, beta-1,2-glucano sintasa cíclica, Enzima desramificante de glicógeno, Acetil hidrolasa, Beta-1 ,4-xilanasa, Beta-glucosidasa, 6-fosfo-beta-glucosidasa, Cinamoil éster hidrolasa, Beta-glucuronidasa, alfa-1 ,2-glucuronosidasa Xilano, 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasa, Glicosidasa relacionada con beta-glucosidasa-B, y/o actividad de quitooligosacárido desacetilasa. 13.- Un método para al menos parcialmente degradar o desdoblar arabinofuranósidos, arabinoxilanos, o xilanos, el método comprende: colocar un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tienen al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO: 69 en contacto fluido con un arabinofuranósido, arabinoxilano, o xilano. 14.- Un método para al menos parcialmente degradar, desdoblar, o remover polisacáridos, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósidos, xilano-, glucano-, galactano, o grupos decoradores de mañano, el método comprende: colocar un polipéptido seleccionado a partir del grupo que consiste de un polipéptido que tienen al menos, 90% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:2, 19, 52, 69, 86, 102, 1 19, 136, 153, 168, 185, 202, 219, 236, 253, 270, 287, 304, 321 , 337, 354, 371 , 388, 405, 422, y 439; al menos, 93% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:462; al menos, 94% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:36; al menos, 96% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:460; al menos, 99% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:464; al menos, 99.6% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:458; y al menos, 99.7% de identidad de secuencia con la SEQ ID NO:456 en contacto fluido con un polisacárido, lignocelulosa, celulosa, hemicelulosa, lignina, almidón, quitina, polihidroxibutirato, heteroxilanos, glicósido, xilano-, glucano-, galactano, y/o grupo decorador de mañano. 15. - El método de conformidad con la reivindicación 13 o reivindicación 14, caracterizado además porque colocar el polipéptido en contacto fluido con un arabinofuranósido, arabinoxilano, o xilano ocurre en o por debajo de aproximadamente pH 4. 16. - El método de conformidad con la reivindicación 13 o reivindicación 14, caracterizado además porque colocar el polipéptido en contacto fluido con un arabinofuranósido, arabinoxilano, o xilano ocurre a una temperatura en o arriba de 50°C. 17. - El método de conformidad con la reivindicación 13 o reivindicación 14, caracterizado además porque el polipéptido es glicosilado, pegilado, o de otro modo post-traduccionalmente modificado. 18.- El método de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado además porque el polipéptido tiene actividad de arabinofuranosidasa. 19.- El método de conformidad con la reivindicación 14, caracterizado además porque el polipéptido tiene una actividad enzimática seleccionada a partir del grupo que consiste de Alfa beta hidrolasa, Alfa-glucosidasa, Glucano 1 ,4-alfa-maltohidrolasa, Glicosidasa, Amilasa, Acetil esterasa, Beta-galactosidasa, Alfa amilasa, Acetil esterasa, Alfa-xilosidasa, Ciclomaltodextrinasa; Neopululinasa; Alfa amilasa maltogénica, Familia 31 de glicosil hidrolasa, Alfa-L-arabinofuranosidasa, Hidrolasa de la pared celular, Altronato hidrolasa, poli-1 ,4-alfa-D-galacturónido, Xilano alfa-1 ,2-glucuronosidasa, Celulasa/Endoglucanoasa M, Poligalacturonasa, Glicosil hidrolasa, Peptidoglicano hidrolasa, N-acetilglucosaminidasa, Endoquitinasa, Alfa-galactosidasa, Endo-beta-1 ,4-mananasa, Celobiosa fosforilasa, beta-1 ,2-glucano sintasa cíclica, Enzima desramificante de glicógeno, Acetil hidrolasa, Beta-1 ,4-xilanasa, Beta-glucosidasa, 6-fosfo-beta-glucosidasa, Cinamoil éster hidrolasa, Beta-glucuronidasa, Xilano alfa-1 ,2-glucuronosidasa, 3-hidroxiisobutiril-CoA hidrolasa, Glicosidasa relacionada con beta-glucosidasa-B, y/o actividad de quitooligosacárido desacetilasa.