MX2009001507A - Asociacion de polimorfismos de nucleotido individual, forma lactea y vida productiva. - Google Patents

Abstract

La regulación fisiológica de la ingesta, crecimiento y particionamiento de energía en animales está bajo el control de múltiples genes, que pueden ser candidatos importantes para descifrar la variación genética en los atributos económicamente relevantes en la producción de carne de res. La presente invención se relaciona a la identificación de polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) dentro de los genes bovinos que codifican leptina, hormona que libera corticotropina y factor A de transcripción mitocóndrico y su asociación con los atributos económicamente relevantes de forma láctea y vida productiva. La invención además abarca métodos y sistemas, incluyendo procesos basados en la red, para manejar los datos de SNP y otros datos relacionados con animales específicos y manadas de animales, cuidado veterinario, datos de diagnóstico y de control de calidad y manejo de ganado que, basado en la determinación del genotipo, tienen atributos de calidad de la carne predecibles, condiciones de crianza, bienestar del animal, información de seguridad del alimento, verificación de los procesos existentes y datos de ubicaciones en campo.

Description

ASOCIACIÓN DE POLIMORFISMOS DE NUCLEOTIDO INDIVIDUAL, FORMA LÁCTEA Y VIDA PRODUCTIVA CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se relaciona a polimorfismos de nucleótido individual en el gen leptina u ob, y a la asociación de estos SNPs con ciertos atributos que son económicamente importantes en especies de ganado, incluyendo la forma láctea (DF) y la vida productiva (PL). La presente invención proporciona métodos para identificar y agrupar animales basados en su genotipo. ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Las mejoras significantes en el desempeño del animal, eficiencia y el canal y la calidad de la carne se han hecho durante los años a través de la aplicación de técnicas de reproducción y selección de animales estándares. Sin embargo, tales técnicas de reproducción de animales clásicas requieren varios años de evaluación genética de registros de desempeño sobre animales individuales y sus parientes y por lo tanto son muy costosas. Otros esfuerzos se han hecho para mejorar la productividad y calidad a través de la aplicación de tales prácticas de manejo como el uso de aditivos alimenticios, implantes hormonales de animales y quimioterapéuticos . Sin embargo, hay una resistencia política y reguladora significante a la introducción y uso de tales metodologías. Tales metodologías también no son heredables y necesitan ser aplicadas de manera diferente en cada sistema de producción. Hay una necesidad por métodos que permitan la selección relativamente fácil y más eficiente y la reproducción de animales de granja con una ventaja para un atributo heredable de niveles de leptina circulante, ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso del cuerpo, valia del canal y composición del canal. El significado económico del uso de marcadores genéticos que están asociados con atributos específicos económicamente importantes (especialmente atributos con baja heredabilidad) en el ganado a través de la selección asistida por marcador por lo tanto no puede ser sobre-enfatizado . La regulación fisiológica de la ingesta, el crecimiento y el particionamiento de energía en animales está bajo el control de múltiples genes, que pueden ser candidatos importantes para descifrar la variación genética en atributos económicamente relevantes (ERT) en la producción, de carne de res. Los polimorfismos en estos genes candidatos que muestran asociación con ERT específica son nucleótidos de atributos cuantitativos útiles para la selección asistida por marcador. Por ejemplo, los SNPs (SNPs) en los genes del receptor de hormona de crecimiento bovino (GHR) , neuropéptido Y (NPY) bovino, leptina, grelina y proteína 2 de desacoplamiento (UCP2) se saben que están asociados con las medidas de J ingesta, crecimiento y valia del canal en el ganado de carne de res. La leptina se ha propuesto como uno de los mayores factores de control que contribuyen a la variación fenotipica y genética en el desempeño de la eficiencia del ganado vacuno. La leptina es polipéptido especifico de adiposito de 16 kDa, expresado predominantemente en los tejidos grasos de esos animales en los cuales se ha detectado incluyendo especies de ganado tales ganado vacuno, cerdos y ovejas. La leptina es codificada por el gen ob (obeso) y aparece para estar involucrada en la regulación del apetito, metabolismo basal y deposición de grasa. Las concentraciones en el plasma incrementadas de leptina en ratones, ganado vacuno, cerdos y ovejas se ha asociado con la deposición de grasa corporal disminuida y el apetito, y los niveles de metabolismo basal incrementados (Blache y colaboradores, Reprod Fértil Dev. 2000; 12 (7-8) : 373-81; Blache y colaboradores, J Reprod Fértil. 2000 Sep; 120 ( 1 ) : 1-11 ; Blache y colaboradores, J Endocrinol. 2000 Jun; 165 (3) : 625-37; Delavaud y colaboradores, J Endocrinol. 2000 May; 165 ( 2 ) : 519-26 ; Ehrhardt y colaboradores, J Endocrinol. 2000 Sep; 166 ( 3 ) : 519-28 ) . Las características fenotípicas similares también se han encontrado que están asociadas con los niveles de mRNA de leptina en el tejido adiposo (Ramsay y colaboradores, J Anim Sci. 1998 Feb; 76 ( 2 ) : 48 -90 ; Roberts y colaboradores, Clin Endocrinol (Oxf ) . 1998 Apr ; 48 ( 4 ) : 401-6 ) . Consistentes con estas observaciones, se ha mostrado que la administración de leptina exógena notablemente reduce la ingesta de alimento y la masa corporal de ratones, pollos, credos y ovejas (Barb y colaboradores, Domest Anim Endocrinol. 1998 Jan; 15 (1) : 77-86; Halaas y colaboradores, Science. 1995 Jul 28; 269 ( 5223 ): 543-6; Henry y colaboradores, Endocrinology . 1999 Mar; 140 (3) : 1175-82 ; y Raver y colaboradores, Protein Expr Purif. 1998 Dec; 14 (3) : 03-8) . El gen ob se ha mapeado al cromosoma 6 en ratones (Friedman y colaboradores, Genomics . 1991 Dec; 11 (4 ): 1054-62; Friedman y colaboradores, Mamm Genome. 1991; 1 ( 3 ) : 130-44 ) , cromosoma 7q31.3 en humanos (Isse y colaboradores, J Biol Chem. 1995 Nov 17; 270 ( 6 ) : 27728 -33 ) cromosoma 4 en ganado vacuno (Stone y colaboradores, Mamm Genome. 1996 May; 7 (5) : 399-400) , y cromosoma 18 en cerdos (Neuenschwander y colaboradores, Anim Genet. 1996 Aug; 27(4):275-8; Sasaki y colaboradores, Mamm Genome. 1996 Jun; 7(6):471-2). Las secuencias se han determinado para el gen de los ratones (Zhang y colaboradores, Nature. 1994 Dec 1; 372 ( 6505) : 425-32), Ganado vacuno (patente norteamericana No. 6,297,027 de Spurlock) , cerdos (patente norteamericana No. 6,277,592 de Bidwell y Spurlock; Neuenschwander y colaboradores, 1996) , y humanos (patente norteamericana No. 6,309,857 de Friedman y colaboradores) y hay conservación significante entre las secuencias de los DNAs de ob y polipéptidos de leptina de esas especies (Ramsay y colaboradores J Anim Sci . 1998 Feb; 76(2) : 84-90) . Los estudios en humanos han mostrado que las mutaciones en la región de proteina que enlaza CCAAT/aumentador (C/EBP-alfa) del promotor de leptina anuló la inducibilidad del promotor por C/EBP-.alfa. (Miller y colaboradores, Proc Nati Acad Sci U S A. 1996 May 28; 93(1 1):5507-1 1) . Masón y colaboradores ( Endocrinology . 1998 Mar ; 139 ( 3 ): 1013-22 ) han mostrado que las mutaciones en el C/EBP-.alfa. y las porciones TATA asi como en un sitio Spl consensual de leptina redujo la actividad de promotor por 10, 10 y 2.5 veces, respectivamente, y anuló el enlace de estos factores. Masón y colaboradores (1998) también mostró que la regulación de la expresión del gen leptina es parcialmente enlazada a un factor novedoso que enlaza a una porción LP1 en el promotor. La función del receptor activado de proliferador de peroxisoma- . gamma . (PPAR-gamma) en la diferenciación de adipocito también se ha enlazado a la función del promotor de leptina (De Vos y colaboradores, J Clin Invest. 1996 Aug 15; 98 (4) : 1004-9) . Se ha demostrado que las concentraciones de leptina en el plasma son significativamente disminuidas en animales homocigotos para alelos matantes del gen ob (animales ob.- /ob.-), los alelos que no codifican la leptina funcional comparada con los controles de tipo silvestre (ob.+/ob.+). Las mutaciones en la secuencia de codificación del gen ob que causan alteraciones en la secuencia de aminoácidos del polipéptido leptina se han asociado con hiperfagia, actividad hipometabólica y de posición de grasa excesiva; es decir, un fenotipo caracterizado por tamaño de cuerpo más grande; un fenotipo de grasa (Zhang y colaboradores, Nature. 1994 Dec 1; 372 (6505) : 425-32) . Fitzsimmons y colaboradores (Mamm Genome. 1998 Jun; 9(6):432-4) reportaron -la evidencia de tres alelos de un marcador de microsa téli e localizado próximo al gen ob en el Ganado vacuno que ocurrió con frecuencia significante en toros de varias razas (Angus, Charoláis, Hereford y Simmental) y que comprenden 138, 147 y 149 pares de base (bp) . Los alelos de 138-bp y 147-bp, respectivamente, ocurrieron más frecuentemente. Además, se determinó que la ocurrencia del alelo 138-bp fue positivamente asociada con ciertas características del canal; deposición de grasa promedio incrementada, deposición de grasa media incrementada, por ciento de grasa de la costilla incrementada y por ciento de carne magra de la costilla disminuida. Así, los toros homocigotos para el alelo de 138-bp exhibieron más grande deposición de grasa promedio que los animales heterocigotos y tales heterocigotos exhibieron deposición de grasa promedio más grande que los toros homocigotos por el alelo de 147 bp . Varios SNPs se han reportado en el gen leptina (Buchanan y colaboradores, Genet . Sel. Evol . (2002) 34:105-116; Lagonigro y colaboradores, Anim. Genet. (2003) 34:371-374; Nkrumah, J.D. (2004) Can. J. An m. Sci . (2004) 84:211-219) . Las asociaciones de los polimorfismos moleculares dentro del exón 2 (Buchanan y colaboradores, Genet. Sel. Evol. (2002) 34:105-116; Nkrumah, J.D. (2004) Can. J. Anim. Sci. (2004) 84:211-219) o la región de promotor (Crews, D.H., Can. J. Anim. Sci. (2004) 84:749-750 (Abst.); Nkrumah, J.D. y colaboradores, J. Anim. Sci. (2005) 83:20-28) del gel leptina con los atributos del canal y la calidad de la carne recientemente se reportaron en el Ganado de carne de res. Los polimorfismos en las regiones de codificación del gen leptina en el ganado vacuno se ha asociado con el rendimiento y la composición de la leche (ver, por ejemplo, Liefers y colaboradores, J Dairy Sci. 2002 Jun; 85 ( 6) : 1633-8 ) , ingesta de alimento (ver, por ejemplo, Liefers y colaboradores, J Dairy Sci. 2002 Jun; 85 (6) : 1633-8; Lagonigro y colaboradores, Anim Genet. 2003 Oct ; 34 ( 5 ) : 371-4 ) , y grasa corporal (ver, por ejemplo, Buchanan y colaboradores, Genet Sel Evol. 2002 Jan-Feb; 3 (1) : 105-16; Lagonigro y colaboradores, Anim Genet. 2003 Oct ; 34 ( 5) : 371-4 ) . Los polimorfismos en el promotor de leptina se han identificado, específicamente el UAS S1, UAS S2, UASMS3, E2JW y E2FB SNPs (ver, por ejemplo, Nkrumah y colaboradores, J Anim Sci . 2005 Jan; 83(l):20-8; Schenkel y colaboradores, J Anim Sci. 2005 Sep; 83 (9) : 2009-20) y el A59V SNP (ver, por ejemplo, Liefers y colaboradores, Mamm Genome. 2003 Sep; 1 '( 9) : 657-63) , sin embargo, solamente el UASM2 SNP (ver, por ejemplo, Nkrumah y colaboradores, J Anim Sci. 2005 Jan; 83(l):20-8) se ha asociado con la concentración de leptina en el suero y los atributos económicamente relevantes de crecimiento, ingesta de alimento, y eficiencia y valia del canal en el ganado vacuno . Buchanan y colaboradores (Genet. Sel. Evol . (2002) 34:105-116) identificaron una transición de citosina (C) a timina (T) dentro de un exón (exón 2) del gen ob, correspondiente a una sustitución de arginina (ARG) a cisteina (CYS) en el polipéptido leptina. El polimorfismo 2-FB de exón es una sustitución C/T localizada en la posición 305 del exón 2 del gen de leptina bovino de acuerdo con U50365. La presencia del alelo que contiene T en oros estuvo asociado con canales más grasosos que aquellos de los toros con el alelo que contiene C. Los SNPs también se han detectado en el gen ob porcino y ciertos de estos polimorfismos se han encontrado que están asociados con la ingesta de alimento y los atributos del canal ( ennes y colaboradores Anim Genet. 2001 Aug; 32 ( ) : 215-8 ) . Medios de amplificación selectiva del gen bovino están en la patente norteamericana No. 6,297,027 de Spurlock . Es posible distinguir los genotipos ob al clonar y secuenciar fragmentos de DNA a partir de animales individuales, o por otros métodos conocidos en la técnica. Por ejemplo, es posible distinguir los genotipos ob al emplear la amplificación cebada con oligonucleótidos sintéticos de los fragmentos de gen ob seguido por la digestión de endonucleasa de restricción del producto amplificado utilizando una enzima de restricción que corta tal producto a partir de diferentes alelos ob en fragmentos de producto discreto de diferente longitud. Tales fragmentos de producto discretos luego podrían ser distinguidos utilizando la electroforesis en agarosa o acrilamida, por ejemplo. Los alelos ob identificados por Buchanan y colaboradores (Genet Sel Evol . 2002 Jan-Feb; 34 (1) : 105-16) fueron distinguidos por tales medios utilizando una estrategia de PCR-RFLP de desigualación en donde, el alelo que contiene C produce fragmentos de DNA de 75 y 19 bp después de la digestión del amplímero con Kpn 21, y el alelo que contiene T (como el anterior) no es cortado. El informe sobre heredabilidades y correlaciones entre el registro de condición del cuerpo, atributos de producción, y desempeño reproductivo, reportan que los estimados de correlación genética entre BCS y la producción fueron similares a otros estimados en la dirección y magnitud (Gallo y colaboradores, Dairy Sci. 2001 Oct; 84 ( 10) : 2321-6; Gallo y colaboradores, J Dairy Sci. 1996 Jun; 79 ( 6 ) : 1009-15 ; Veerkamp y colaboradores, J Dairy Sci. 2002 Apr; 85(4) :976-831; Veerkamp y colaboradores, J Dairy Sci. 2001 Oct; 84 (10) : 2327-35 y Veerkamp, J Dairy Sci. 1998 Apr; 81(4):1109-19) . Dechow y colaboradores demás reportan que "Vacas que están genéticamente bajas para BCS no pueden mantener niveles de energía que sean suficientes para activar la función ovárica o exhibir estro". Dechow y colaboradores también han reportado sobre la heredabilidad y correlaciones para el registro de condición del cuerpo y forma láctea dentro y a través de la lactación y la edad. (Dechow y colaboradores, J Dairy Sci. 2001 Jan; 8 ( 1 ) : 266- 5 ) . Las habilidades de transmisión predichas publicadas (PTA's) para la vida productiva (PL) se han calculado utilizando métodos de múltiples atributos aproximados desde Julio de 1994. Las evaluaciones de PL se basan sobre observaciones directas de la duración de vida productiva y también los atributos correlacionados medidos más antes en la vida. Los PTA's de múltiples atributos tienen más alta conflabilidad (REL) que los PTA's de un solo atributo, que incluyen solamente observaciones reducidos. Nuevos programas se introdujeron en Agosto del por el Laboratorio de Programas de Mejora de Animales (AIPL) para combinar la información I 1 directa e indirecta acerca de la longevidad. Las evaluaciones de leche, grasa y rendimientos de proteína; registros de células somáticas (SCS); y ubres, patas y piernas (F&L), y compuestos del tamaño del cuerpo se incluyeron las predicciones de múltiples atributos. Los atributos y las correlaciones incluidas en PL de múltiples atributos se extendieron para incluir los partos de fetos muertos en al costo del 2006 y la proporción de preñez de hijas (DPR) , facilidad de parición de sementales de cubrición (SCE), y facilidad de parición de hijas (DCE) en Noviembre del 2003. Los cuatro atributos de facilidad de parición y de partos de fetos muertos se combinan antes del uso en predicciones de PL, y DPR es el atributo individual más importante en predecir la PL. Los estimados de correlación se revisaron en Noviembre del 2000, Agosto del 2002 y Agosto del 2006. En revisiones previas, la influencia de los atributos de rendimiento en las predicciones de PL se redujo debido a que las correlaciones de los atributos de rendimiento con PL han disminuido durante el tiempo. El Noviembre del 2000, toros foráneos recibieron reconocimiento para atributos de rendimiento y tipo correlacionados en lugar del promedio de único parentesco (PA) o el promedio de reproducción para PL . En Mayo de 2001, las evaluaciones de registro de células somáticas entre los toros llegó a estar disponible y se utilizaron como otro atributo correlacionado para incrementar la conflabilidad de la PL estimada para toros foráneos. Las PTA' s de múltiples atributos para PL comenzaron con evaluaciones de un solo atributo, que se han calculado en AIPL desde Enero de 1004 para todas las razas. Las evaluaciones de PL de un solo atributo para toros Holstein se combinaron con la información de los PTA' s de rendimiento y tipo por la Holstein Association USA comenzando en Julio de 1994 para producir PTA ' s de múltiples atributos aproximados para la PL . Las ventajas del análisis de múltiples atributos son más grandes cuando las hijas están en la primera adaptación debido a que los datos de rendimiento y tiempo llegan antes de la información de selección. Los métodos de un solo atributo fueron descritos por VanRaden y Klaaskate (1993, Journal of Dairy Science 76:2758) y VanRaden y Wiggans (1995, Journal of Dairy Science 78:631) . Los métodos de múltiples atributos de Holstein Association fueron descritos por Weigel (1996, International Bull Evaluation Service Bulletin 12:125) y Weigel y colaboradores (1998, Journal of Dairy Science 81:2040). Nuevos programas de computadora se introdujeron para combinar PL de PTA de múltiples atributos aproximados (VanRaden, 2001, Journal of Dairy Science 84:E47-E55) comenzando con evaluaciones en Agosto del 2000. Compuestos de tamaño de ubre, patas y piernas y del cuerpo (Holstein Association USA, 2000, Holstein Type- Production Sire Summaries, August, p. 12-13) se proporcionaron a la AIPL antes del día de liberación de evaluación para el uso en el cálculo de índices económicos para la valía neta de tiempo de vida. Debido a la disponibilidad más temprana de la información del tipo, el cálculo de evaluaciones de múltiples atributos para PL se transfirió de Holstein Association USA a AIPL. Mayores diferencias de los programas de Holstein Association fueron que SCS de PTA se incluyó en las predicciones de PL y que las predicciones de PL comenzaron con PA y solamente ajustaron el muestreo Mendeliano para la información de los atributos correlacionados. Otras diferencias fueron los compuestos de tamaño de ubre, F&L y cuerpo se utilizaron en la predicción de PL antes que todos los 17 atributos de tipo lineales individuales. También, todos los tres atributos de rendimientos (leche, grasa y proteína) se utilizaron en la predicción de PL en lugar de solamente dos (leche y grasa) . Estudios más anticipados excluyeron SCS y la proteína debido a que los datos para esos atributos no estuvieron ampliamente disponibles en años anticipados . El cromosoma 14 de bovino (BTA 14) alberga varias posiciones de atributos cuantitativa (QTL)- que afectan la grasa intramuscular (marmoleo) (ver, por ejemplo, Casas y colaboradores, J Anim Sci . 2000 Mar; 78(3) : 560-9) y la profundidad de grasa subcutánea (SFD) (ver, por ejemplo, Moore y colaboradores, J Anim Sci . 2003 Aug; 81 ( 8 ) : 1919-25 ) en el ganado de carne de res. Estudios recientes han implicado el producto del gen de hormona de liberación de corticotropina (CRH) en permitir la movilización de energía para arreglárselas con el estrés al estimular la gluconeogénesis hepática, influenciando de esta manera el metabolismo de grasa. Estudios funcionales del gen CRH en otras especies (incluyendo en ratón (ver, por ejemplo, Stenzel-Poore y colaboradores, Endocrinology . 1992 Jun; 130 ( 6) : 3378-86) y cerdo (ver, por ejemplo, Seasholtz y colaboradores, J Endocrinol . 2002 Oct; 175 ( 1 ) : 89-97 ) han sugerido que CRH está altamente asociada con la composición del cuerpo (metabolismo de proteína y lípido) . El gen CRH bovino está localizado en BTA14 (ver, por ejemplo, Barendse y colaboradores, Mamm Genome. 1997 Jan; 8(l):21-8). CRH es un inhibidor de crecimiento que causa la liberación de glucocorticoides que a su vez estimulan la producción de tanto pro-opiomelacortina (PO C) y leptina, que están altamente asociadas con la obesidad de mamíferos. Adicionalmente , CRH es mucho más conocido como una hormona de estrés. El estrés estimula la gluconeogénesis hepática que influenciará el metabolismo de grasa en proteína en el tejido periférico de animales. Por ejemplo, un estudio reciente sobre un en CRH porcino mostró que este funciona como un regulador mayor de la respuesta neuroendocrina al estrés. Este moviliza la energía para arreglárselas con el estrés al estimular la gluconeogénesis hepática y al influenciar el metabolismo de grasa. Por lo tanto, CRH tiene un alto impacto en regular la homeostasis' de energía, y consecuentemente, afecta la composición del cuerpo (deposición de grasa) y crecimiento (ver, por ejemplo, Murani y colaboradores, Biochem Biophys Res Commun. 2006 Apr 7; 3 2 ( 2 ) : 394 -405 ) . El factor A de transcripción mitocóndrico ("TFAM") un miembro de una .familia de proteínas de grupo de alta movilidad y el primer factor de transcripción mitocóndrico identificado (Fisher y Clayton, Mol Cell Biol. 1988; 8:3496-509) , es esencial para el mantenimiento y la biogénesis del DNA mitocóndrico (mtDNA) . Primero, TFAM desempeña una función similar a histona en los mitocóndricos , ya que está estrechamente asociado como mtDNA como un componente principal del nucleótido ( anki y colaboradores Mol Cell Biol. 2004; 24:9823-34). La evidencia ha mostrado que una molécula de mtDNA es empacada con -900 moléculas de TFAM en promedio (Alam y colaboradores Nucleic Acids Res. 2003; 31:1640-5), que hace al mtDNA no desnudo por más tiempo. Segundo, TFAM regula el número de copias de mtDNA en mamíferos. La investigación utilizó una combinación de ratones con la sobreexpresión de TFAM y la inactivación de TFAM demostró que el número de copias de mtDNA es directamente proporcional al nivel de proteina de TFAM total en embriones de ratón (Ekstrand y colaboradores Hum Mol Genet. 2004; 13:935-44) . La interferencia de RNA de la expresión de TFAM endógeno en las células HeLa también indicó que la cantidad de mtDNA está correlacionada en paralelo con la cantidad de TFAM (Kanki y colaboradores Ann N Y Acad Sci . 2004; 1011:61-8) . Tercero, TFAM estimula la transcripción de mtDNA. La proteina TFAM posee dos dominios de grupo de alta movilidad en tándem, que hacé al TFAM enlazar, desenrollar y doblar el DNA sin especificidad de secuencia y asi facilitar la iniciación de transcripción del mtDNA (Gaspari y colaboradores 2004; 1659:148-52) . La evidencia ha mostrado que la importación de wt-TFAM en los mitocondrios del hígado de las ratas hipotiroides incrementó la síntesis de RNA significativamente hasta 4 veces (Garstka y colaboradores Nucleic Acids Res. 2003; 31:5039-47) . Permanece ventajoso proporcionar SNPs adicionales que puedan predecir de manera más precisa el fenotipo de calidad de carne de un animal y también un método de negocios que proporcione eficiencias de producción incrementadas en el ganado vacuno, así como proporcionar acceso a varios registros de los 'animales y permitir comparaciones con objetivos esperados o deseados con respecto a la calidad y cantidad de animales producidos. La cita o identificación de cualquier documento en esta solicitud no es una admisión de que tal documento esté disponible como la técnica previa a la presente invención. BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN En la presente invención, se ha mostrado de manera sorprendente que dos SNPs localizados en el promotor del promotor de gen leptina y un SNP localizado en el exón 2 están fuertemente asociados con el atributo económicamente importante de la forma láctea en el ganado vacuno. Los estimados de la forma láctea son importantes por un número de razones incluyendo correlaciones con otros atributos. La presente invención se relaciona generalmente a polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) en el gen leptina u ob y a la asociación de cada uno de estos SNPs con la forma láctea, un atributo de importancia económica significante en especies de ganado. Ventajosamente, los SNPs están en el promotor del gen leptina u ob (SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 3), o en el exón 2 del gen ob (SEQ ID NO: 5). Los dos SNPs localizados en el promotor de gen leptina son llamados UASMS1 y UASMS2. Estos dos SNPs, en el contexto de la secuencia de promotor de gen ob, están en SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 3 respectivamente. El SNP localizado en el exón 2 del gen leptina es llamado EX0N2-FB, y está en el contexto del exón 2 del gen ob en la SEQ ID NO: 5. En un aspecto, la presente invención proporciona métodos para agrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada sub-grupo tienen un polimorfismo similar en el gen leptina. Tales métodos pueden comprender la determinación de genotipo de cada animal a ser subagrupado al determinar la presencia de un SNP en el gen leptina, en donde el SNP puede ser seleccionado del grupo que consiste de UAS S1, UASMS2 y EX0N2-FB, y en donde animales individuales pueden ser colocados en subgrupos donde cada animal en un subgrupo tiene un polimorfismo similar en el gen leptina. En una modalidad preferida el animal a ser agrupado es un bovino, y el gen leptina es el gen leptina bovino. En otra modalidad, la presente invención proporciona métodos para identificar animales que . tienen atributos deseables relacionados con la producción de leche, registro de condición del cuerpo (BCS), desempeño reproductivo, proporción de preñez de hijas (DPR), días disponibles, vida productiva (PL), e incidencia de enfermedad (metabólica, mastitis, reproductiva, patas y piernas), como es comparado con la población general de animales de esa especie. Tales métodos pueden comprender la determinación de la presencia de un SNP en el gen leptina del animal, en donde el polimorfismo es seleccionado del grupo que consiste de UASMS1, UASMS2 y EXON2-FB, y en donde la presencia de ya sea el SNP de UASMS1, UASMS2 o EXON2-FB puede ser indicativo de la forma láctea y de esta manera un atributo deseable relacionado con la producción de leche, registro de condición del cuerpo (BCS) , desempeño reproductivo, proporción de preñez de hijas, días disponibles, vida productiva e incidencia de enfermedad (metabólica, mastitis, reproductiva, patas y piernas) como es comparado con la población general de animales de esa especie. En una modalidad preferida del animal a ser agrupado es un bovino, y el gen leptina es el gen leptina bovino. En una modalidad adicional, la presente invención proporciona sondas de oligonucleótido aislado que son útiles en la detección de los SNPs UASMSl, UASMS2, y EX0N2-FB en el gen ob . La presente invención venta osamente proporciona sondas de oligonucleótido para la detección de los dos alelos alternativos de cada SNP. En el caso del polimorfismo UASMSl que constituye una sustitución de C a T en la posición de nucleótido 207 del promotor de gen ob, la presente invención proporciona sondas de oligonucleótido que pueden ser utilizadas para detectar y distinguir entre el alelo que contiene C y el alelo que contiene T. En el caso del polimorfismo UASMS2, que constituye una sustitución de C a T en la posición de nucleótido 528 del promotor del gen ob, la presente invención proporciona sondas de oligonucleótido que pueden ser utilizadas para detectar y distinguir entre el alelo que contiene C y el alelo que contiene T. De manera similar, en el caso del polimorfismo EXON2-FB que constituye una sustitución de C a T en la posición de nucleótido 305 del exón 2 del gen ob, la presente invención proporciona sondas de oligonucleótido que pueden ser utilizadas para detectar y distinguir entre el alelo que contiene C y el alelo que contiene T. En una modalidad preferida, las sondas de oligonucleótido de la presente invención son marcadas con una porción detectable tal como por ejemplo, digoxigenina-dUTP, biotina, porciones fluorescentes, porciones quimioluminiscentes , porciones electroquimioluminiscentes y porciones radioactivas. En una modalidad adicional la presente invención proporciona cebadores aislados y pares de cebadores que son útiles en la amplificación de fragmentos del gen ob que abarcan los SNPs UASMS1, UASMS2, y EX0N2-FB . En una modalidad los fragmentos del gen ob que son amplificados utilizando tales cebadores son subsecuentemente detectados utilizando las sondas de oligonucleótido de la presente invención. Las sondas y cebadores de oligonucleótido descritos en la presente son útiles para identificar animales que tienen SNPs asociados con atributos deseables relacionados con la forma láctea, como es comparado con la población general de animales de esa especie. Una vez que los animales individuales que poseen estos SNPs se han identificado, los animales pueden ser luego agrupados de acuerdo con el genotipo, en donde los animales de cada sub-grupo tienen un polimorfismo similar en el gen leptina. La presente invención también proporciona venta osamente composiciones y equipos que comprenden las sondas y cebadores de oligonucleótido descritos en la presente. La presente invención se relaciona a la identificación de marcadores ¦ genéticos (polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) ) dentro de un gen bovino que codifica leptina, hormona que libera corticotropina (CRH) y/o el factor A de transcripción mitocóndrico ("TFAM") y sus asociaciones con los atributos económicamente relevantes en la producción de ganado de carne de res, ventajosamente habilidades de transmisión predichas (PTA's) para la vida productiva ( PL) . La invención abarca un método para sub-agrupar animales de acuerdo con el genotipo de los animales de cada subgrupo tienen polimorfismos similares en un gen leptina, CRH y/o TFAM que pueden comprender determinar el genotipo de cada animal a ser sub-agrupado al determinar la presencia de SNP' s en un gen leptina, CRH y/o TFAM y al segregar los animales individuales en sub-grupos en donde cada animal en un sub-grupo tiene polimorfismos similares en un gen leptina, CRH y/o TFAM. La invención también abarca un método para sub-agrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada sub-grupo tienen un genotipo similar en un gen leptina, CRH y/o TFAM que puede comprender determinar el genotipo de cada animal a ser sub-agrupado al determinar la presencia de un polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en un gen leptina, CRH y/o TFAM, y al segregar animales individuales en sub-grupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, el polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en un gen leptina, CRH y/o TFAM. El polimorfismo genético de leptina de interés puede ser A1457G (posición 1540 de SEQ ID NO. 1) . El polimorfismo ( s ) genético de CRH de interés se puede seleccionar del grupo que consiste de AAFC03076794.1 : g .96570T, C.10718COC, C.10841OA, c.l0893A>C y C.10936OC. El polimorfismo ( s ) de nucleótido genético de TFAM de interés se puede seleccionar del grupo que consiste de una sustitución A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM. La invención además se relaciona a un método para sub-agrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada sub-grupo tienen un genotipo similar en un gen leptina, CRH y/o TFAM que puede comprender determinar el genotipo de cada animal a ser sub-agrupado al determinar la presencia de uno o más de los SNPs anteriores, y al segregar los animales individuales en sub-grupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, los SNPs anteriores en un gen leptina, CRH y/o TFAM. La invención también se relaciona a un método para identificar un animal que tiene un fenotipo deseable como es comparado con la población general de animales de esa especie, que puede comprender determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en uri gen leptina, CRH y/o TFAM del animal, en donde la presencia del SNP es indicativa de un fenotipo deseable. En una modalidad ventajosa, el animal puede ser un bovino. En otra modalidad ventajosa, un gen leptina, CRH y/o TFAM puede ser un gen leptina, CRH y/o TFAM bovino. La invención también abarca métodos y sistemas asistidos por computadora para mejorar la eficiencia de producción para ganado que tiene PTA deseable para la vida productiva y en particular el genotipo de los animales como se relaciona con SNPs de leptina, CRH y/o TFAM. Los métodos de la invención abarcan la obtención de una muestra genética de cada animal en una manada de ganado, determinar el genotipo de cada animal con respecto a los atributos de calidad específicos como es definido por un panel de por lo menos dos, ventajosamente tres, más ventajosamente cuatro polimorfismos de polinucleó tido individual (SPNs) , agrupar los animales con genotipos similares, y opcionalmente , además subagrupar los animales basados en fenotipos similares. Los métodos de la invención también pueden abarcar la obtención y mantenimiento de datos relacionados con los animales o manadas, sus condiciones de crianza, salud y cuidado y condición veterinaria, historia genética o parentesco, y la provisión de estos datos a otros a través de sistemas que están basados en la red, contenidos en una base de datos, o unidos al animal mismo tal como mediante un microchip implantado. Un aspecto ventajoso de la presente invención, por lo tanto, se dirige a un sistema de computadora y métodos asistidos por computadora para rastrear atributos de ' calidad para ganado que poseen predisposiciones genéticas especificas . La presente invención ventajosamente abarca métodos y sistemas asistidos por computadora para adquirir datos genéticos, particularmente datos genéticos como es definido por la ausencia o presencia de un SNP dentro de un gen leptina, CRH y/o TFAM relacionado con atributos de grasa subcutánea de la reproducción del animal y la asociación de esos datos con otros datos acerca del animal o su manada, y el mantenimiento de esos datos en maneras que sean accesibles. Otro aspecto de la invención abarca un método asistido por computadora para predecir qué animales de ganado poseen una diferencia biológica en el PTA para la vida productiva, y que puede incluir las etapas de utilizar un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que incluyen un genotipo de un animal como se relaciona con cualquiera de los SNPs de leptina, CRH y/o TFAM descritos en la presente; (b) correlacionar la PTA para la vida productiva predicha por el genotipo de leptina, CRH y/o TFAM utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos y (c) hacer salir al dispositivo de salida el PTA para la vida productiva correlacionada con el genotipo de leptina, CRH y/o TFAM, para de esta manera predecir qué animales de ganado poseen un PTA particular para la vida productiva. Todavía otro aspecto de la invención se relaciona a un método para hacer negocio para manejar ganado que comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora para manejar ganado que comprende características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales o un medio leíble en computadora para manejar ganado que comprende características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales o características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales, en donde una característica física es la ingesta, crecimiento o valía del canal en el ganado vacuno para carne y el genotipo es un genotipo de leptina, CRH y/o TFAM.

Se observa que en esta descripción y particularmente en las reivindicaciones y/o párrafos, los términos tales como "se comprende", "comprendido", "que comprende" y los similares pueden tener el significado atribuido a este en la ley de patentes de los Estados Unidos, por ejemplo, ellos pueden significar "se incluye", "incluido", "que incluye" y los similares; y que los términos tales como "que consiste esencialmente de" y "consiste esencialmente de" tienen el significado adscrito a estos en la ley de patentes de los Estados Unidos, por ejemplo, ellos permiten elementos no explícitamente mencionados, pero excluyen elementos que se encuentran en la técnica previa o que afectan una característica básica o novedosa de la invención . Estas y otras modalidades son divulgadas o son obvias de y abarcadas por, la siguiente Descripción Detallada . BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS La siguiente descripción detallada, dada a manera de ejemplo, pero no propuesta para limitar la invención solamente a las modalidades específicas descritas, se puede entender mejor en conjunción con los dibujos acompañantes, en los cuales: La FIG. 1 ilustra la secuencia de nucleótidos de la región de promotor flanqueante 5' y el exón 1 del gen ob bovino de "tipo silvestre". Esta secuencia de "tipo silvestre" tiene GenBank acceso número ??070368 (Taniguchi y colaboradores IUBMB Life Vol 53, pl31-135 (2002)), y es designada en la presente como SEQ ID NO.l. La FIG. 2 ilustra la secuencia de nucleótidos del polimorfismo de nucleótido individual UASMS1 en el promotor de gen ob bovino (SEQ ID NO. 2) . Esta secuencia polimórfica difiere de aquella de la secuencia de gen ob bovino de "tipo silvestre" (SEQ ID NO. 1) en que la posición de nucleótido 207 tiene una sustitución de citosina a timina. La FIG. 3 ilustra la secuencia de nucleótidos del polimorfismo de nucleótido individual UASMS2 del gen ob bovino (SEQ ID NO. 3). Esta secuencia polimórfica difiere de aquella de la secuencia de ge ob bovino de "tipo silvestre" (SEQ ID NO. 1) en que la posición de nucleótido 528 tiene una sustitución de citosina a timina. La FIG. 4 ilustra la secuencia de nucleótidos del exón 2 del gen ob bovino de "tipo silvestre" (SEQ ID NO. 5) . Esta secuencia de exón 2 de "tipo silvestre" tiene GenBank acceso número ??138588. La FIG. 5 ilustra la secuencia de nucleótidos del polimorfismo de nucleótido individual EXON2-FB del gen ob bovino (SEQ ID NO. 6) . Esta secuencia polimórfica difiere de aquella de la secuencia del gen ob bovino de "tipo silvestre" (SEQ ID NO. 5) en que la posición de nucleótido 305 tiene una sustitución de citosina a timina. La FIG. 6 representa las combinaciones de haplotipo de leptina para 300 sementales AI principales y sus asociaciones con el atributo de vida productiva. La FIG. 7 representa las combinaciones de haplotipo de leptina para 300 sementales AI principales y sus asociaciones con el atributo de vida productiva. La FIG. 8 representa las combinaciones de haplotipo de leptina para 300 sementales AI principales y sus asociaciones con el atributo de forma láctea. La FIG. 9 representa las combinaciones de haplotipo de leptina para 300 sementales AI principales y sus. asociaciones con el atributo de forma láctea. La FIG. 10 representa las combinaciones de haplotipo de leptina para 300 sementales AI principales y sus asociaciones con el atributo de forma láctea. La FIG. 11 representa las combinaciones de haplotipo de leptina para 300 sementales AI principales y sus asociaciones con el atributo de vida productiva. La FIG. 12 ilustra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de resultados del análisis y la correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias y requerimientos de desempeño de un grupo de animales tal como de una manada de vacas y el flujo interactivo de datos desde el dispositivo asistido por computadora a un cuerpo de estudiantes que aprenden el uso del método de la invención. La FIG. 13 ilustra las relaciones potenciales entre los elementos de datos a ser introducidos al sistema. Las flechas unidireccionales indican, por ejemplo, que un establo o cobertizo es típicamente propiedad de solamente una granja, mientras que una granja puede tener varios establos o cobertizos. De manera similar, una prescripción puede incluir varios productos veterinarios. La FIG 14? ilustra el flujo de eventos en el uso del sistema basado en computadora portátil para la entrada de datos sobre la reproducción y crianza de una manada de vacas. La FIG. 14B ilustra el flujo de eventos a través de las sub-rutinas relacionadas con la entrada de datos concernientes con el manejo de la granja. La FIG. 14C ilustra el flujo de eventos a través de las subrutinas relacionadas con la entrada de datos concernientes a los datos específicos a una compañía. La FIG. 15 ilustra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de resultados del análisis y la correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias y requerimientos de desempeño de un grupo de animales. La FIG. 16 ilustra la secuencia de nucleótidos del cebador delantero utilizado para la amplificación del polimorfismo UASMSl. La FIG. 17 ilustra la secuencia de nucleótidos del cebador trasero utilizado para la amplificación de polimorfismo UASMSl. La FIG. 18 ilustra la secuencia de nucleótidos del cebador delantero utilizado para la amplificación de polimorfismo UASMS2. La FIG. 19 ilustra la secuencia de nucleótidos del cebador trasero utilizado para la amplificación de polimorfismo UASMS2. La FIG. 20 ilustra la secuencia de nucleótidos del cebador delantero utilizado para la amplificación de polimorfismo EXON2-FB La FIG. 21 ilustra la secuencia de nucleótidos del cebador trasero utilizado para la amplificación de polimorfismo EXON2-FB La FIG. 22 ilustra la secuencia de nucleótidos de la sonda especifica de alelo que contiene T utilizada para la detección de polimorfismo ob de UASMSl. La FIG. 23 ilustra la secuencia de nucleótidos de la sonda especifica de alelo que contiene C utilizada para la detección de polimorfismo ob de UASMSl La FIG. 24 ilustra la secuencia de nucleótidos de la sonda especifica de alelo que contiene ? utilizada para la detección de polimorfismo ob de UASMS2 La FIG. 25 ilustra la secuencia de nucleótidos de la sonda especifica de alelo que contiene C utilizada para la detección de polimorfismo ob de UASMS2 La F'IG. 26 ilustra la secuencia de nucleótidos de la sonda especifica de alelo que contiene T utilizada para la detección de polimorfismo de ob de EX0N2-FB La FIG. 27 ilustra la secuencia de nucleótidos de la sonda especifica de alelo que contiene C utilizada para la detección de polimorfismo de ob de EX0N2-FB La FIG. 28 representa lo diferente en la vida productiva PTA entre toros con diferentes registros. La FIG. 29 ilustra las secuencias de nucleótidos de los cebadores delantero y trasero utilizados para la amplificación de polimorfismo de CRH, A1457G de leptina y TFA . DESCRIPCIÓN DETALLADA El término "animal" se utiliza en la presente para incluir todos los animales vertebrados, incluyendo humanos. Este también incluye un animal individual en todas las etapas de desarrollo, incluyendo las etapas embriónica y fetal. Como se utiliza en la presente, el término "animales de producción" se utiliza intercambiablemente con "animales de ganado" y se refiere generalmente a animales criados principalmente para alimento. Por ejemplo, tales animales incluyen, pro no están limitados a, ganado vacuno (bovino) ovejas (ovino), cerdos (porcino o marranos), aves de corral (aves) y los similares. Como se utiliza en la presente, el término "vaca" o "ganado vacuno" se utiliza generalmente para referirse a un animal de origen bovino de cualquier edad. Términos intercambiables incluyen "bovino", "becerro", "novillo", "toro", "vaquilla", "vaca" y los similares. Como se utiliza en la presente, el término "cerdo" se utiliza generalmente para referirse a un animal de origen porcino de cualquier edad. Términos intercambiables incluyen "cerdito", "marrana" y los similares. Por el término "complementariedad" o "complementario" se propone, para los propósitos de la especificación o reivindicaciones, un número suficiente en el oligonucleótido de pares de bases complementarias en su secuencia para interact.uar especificamente (hibridar) con la secuencia de ácido nucleico objetivo del polimorfismo de gen ob a ser amplificado o detectado. Como es conocido para aquellos expertos en la técnica, un muy alto grado de complementariedad es necesario para la especificidad y sensibilidad que involucra la hibridación, aunque no necesita ser el 100%. Asi, por ejemplo, un oligonucleótido que es idéntico en la secuencia de nucleótidos a un oligonucleótido divulgado en la presente, excepto para un cambio o sustitución de base, puede funcionar de manera equivalente a los oligonucleótidos divulgados. Un gen "DNA complementario" o "cDNA" incluye genes recombinantes sintetizados mediante la transcripción inversa de RNA mensajero ("mRNA"). Una "reacción mediada por polimerasa cíclica" se refiere a una reacción bioquímica en la cual una molécula de plantilla o una población de moléculas de plantilla es periódica y repetidamente copiada para crear una ' molécula de plantilla complementaria o moléculas de plantilla complementarias para de esta manera incrementar el número de las moléculas de plantilla durante el tiempo. La "desnaturalización" de una molécula de plantilla se refiere al desplegamiento u otra alteración de la estructura de una plantilla para hacer la plantilla accesible a la duplicación. En el caso de DNA, la "desnaturalización" se refiere a la separación de dos hebras complementarias de la doble hélice, para de esta manera crear dos moléculas de plantilla de una sola hebra, complementarias. La "desnaturalización" se puede realizar en cualquiera de una variedad de maneras, incluyendo mediante calor o mediante el tratamiento del DNA con una base u otro desnaturalizante. Una "cantidad detectable de producto" se refiere a una cantidad de ácido nucleico amplificado que puede ser detectada utilizando herramientas de laboratorio estándares. Un "marcador detectable" se refiere a un análogo de nucleótido que permite la detección utilizando medios viduales u otros medios. Por ejemplo, los nucleótidos fluorescentemente marcados pueden ser incorporados en un ácido nucleico durante una o más etapas de una reacción mediada por polimerasa cíclica, para de esta manera permitir la detección del producto de la reacción utilizando, por ejemplo, microscopía de fluorescencia u otra instrumentación de detección de fluorescencia. Por el término "porción detectable" se propone, para propósitos de la especificación o reivindicaciones, una molécula de marca (isotópica y no isotópica) que se incorpora directamente o indirectamente en un oligonucleótido, en donde la molécula de marca facilita la detección del oligonucleótido en la cual es incorporada, por ejemplo, cuando el oligonucleótido es híbrido a secuencias polimórficas de gen amplificado. Así, "porción detectable" se utiliza sinónimamente con "molécula de marca". La síntesis de oligonucleótido se puede realizar mediante cualquiera de varios métodos conocidos para aquellos expertos en la técnica. Las moléculas de marca, conocidos por aquellos expertos en la técnica como que son útiles para la detección, incluyen moléculas quimioluminiscentes , fluorescentes o luminiscentes. Varias moléculas fluorescentes son conocidas en la técnica que son adecuadas para el uso para marcar un ácido nucleico para el método de la presente invención. El protocolo para tal incorporación puede variar dependiendo de la molécula fluorescente utilizada. Tales protocolos son conocidos en la técnica para la molécula fluorescente respectiva . Por "detectablemente marcado" se propone que un fragmento o un oligonucleótido contiene un nucleótido que es radioactivo, o que es sustituido por un fluoróforo, o que es sustituido con alguna de otras especies moleculares que induce una respuesta física o química que puede ser observada o detectada a simple vista o por medio de instrumentación tal como, sin limitación, contadores de centelleo, calorímetros, espectrofotómetros de UV y los similares. Como se utiliza en la presente, una "marca" o "etiqueta" se refiere a una molécula que, cuando se adjunta mediante, por ejemplo, sin limitación, el enlace covalente o hibridación, a otra molécula, por ejemplo, también sin limitación, un polinucleótido o fragmento de polinucleótido, proporciona o aumenta un medio de detección de la otra molécula. Una marca o etiqueta de fluorescencia o fluorescente emite luz detectable en una longitud de onda particular cuando se excita en una longitud de onda diferente. Una radiomarca o etiqueta radioactiva emite partículas radioactivas detectables con un instrumento tal como sin limitación, un contador de centelleo. Otro método de detección de generación de señal incluyen: quimioluminiscencia , electroquimioluminiscencia , raman, colorimétrico, ensayo de protección de hibridación y espectrometría de masas.

"Amplificación de DNA" como se utiliza en la presente se refiere a cualquier proceso que incrementa el número de copias de una secuencia de DNA especifica al amplificar enzimáticamente la secuencia de ácido nucleico. Una variedad de procesos son conocidos. Uno de los más comúnmente utilizados es el proceso de reacción en cadena de polimerasa (PCR), que es definido y descrito en secciones posteriores enseguida. El proceso de PCR de Mullís es descrito en las patentes norteamericanas Nos. 4,683,195 y 4,683,202. PCR involucra el uso de una DNA polimerasa termoestable , secuencias conocidas como cebadores, y ciclos de calentamiento, que separan el ácido deoxirribonucleico (DNA) replicante, hebras y exponencialmente amplificar un gen de interés. Cualquier tipo de PCR, tal como PCR cuantitativa, RT-PCR, PCR de inicio caliente, LAPCR, PCR múltiplex, PCR de toque directo, etc., se puede utilizar. Ventajosamente, se utiliza la PCR en tiempo real. En general, el proceso de amplificación de PCR involucra una reacción de cadena enzimática para preparar cantidades exponenciales de la secuencia de ácido nucleico específica. Ésta requiere una pequeña cantidad de una secuencia para iniciar la reacción en cadena y los cebadores de oligonucleótido que hibridarán a la secuencia. En PCR los cebadores se recocen a ácido nucleico desnaturalizado seguido por la extensión con un agente de inducción (enzima) y nucleótidos. Esto da por resultado productos de extensión recientemente sintetizados. Puesto que estas secuencias recientemente sintetizadas llegan a ser plantillas para los cebadores, ciclos repetidos de desnaturalización, recocimiento de cebador y la extensión da por resultado la acumulación exponencial de la secuencia especifica que es amplificada. El producto de extensión de la reacción de cadena será un dúplex de ácido nucleico discreto con terminales correspondientes a los extremos de los cebadores específicos empleados. "DNA" se refiere a la forma polimérica de deoxiribonucleótidos (adenina, guanina, timina o citosina) en ya sea una forma de una sola hebra o como una hélice de doble hebra. Este término se refiere solamente a la estructura primaria y secundaria de la molécula, y no la limita a cualquiera de las formas terciarias particulares. Asi, este término incluye DNA de doble hebra encontrado, inter alia, en moléculas de DNA lineales (por ejemplo, fragmentos de restricción), virus, plásmidos y cromosomas. En la discusión de la estructura de moléculas de DNA de doble hebra particulares, las secuencias pueden ser descritas en la presente de acuerdo con la convención normal de dar solamente a la secuencia en la dirección 5' a 3' a lo largo de la hebra no transcrita de DNA (es decir, la hebra que tiene una secuencia homologa al mRNA) . Por los términos "enzimáticamente amplificados" o "amplificado" se propone, para los propósitos de la especificación o reivindicaciones, amplificación de DNA, es decir, un proceso mediante el cual las secuencias de ácido ¦ . nucleico son amplificadas en número. Existen varios medios para amplificar enzimáticamente secuencias de ácido nucleico. Actualmente, el método más comúnmente utilizado es la reacción en cadena de polimerasa (PCR). Otros métodos de amplificación incluyen LCR (reacción en cadena de ligasa) que utiliza DNA ligada, y una sonda que consiste de dos mitades de un segmento de DNA que es complementaria a la secuencia de DNA a ser amplificado, enzima QB replicasa y una plantilla de secuencia de ácido ribonucleico (RNA) unida a una sonda complementaria al DNA a ser copiado que es utilizado para hacer una plantilla de DNA para la producción exponencial de t RNA complementario; amplificación de desplazamiento de hebra (SDA) ; amplificación de Q . beta . replicasa (Q. beta. RA); replicación autosostenida (3SR) y NASBA (amplificación basada en secuencia de ácido nucleico) que puede ser realizada sobre RNA o DNA conforme la secuencia de ácido nucleico es amplificada . Un "fragmento" de una molécula tal como una proteina o ácido nucleico se propone para referirse a cualquier porción de la secuencia genética de aminoácidos o nucleótidos . Como se utiliza en la presente, el término "genoma" se refiere a todo el material genético en los cromosomas de un organismo particular. Su tamaño generalmente se da como su número total de pares de bases. Dentro del genoma, el término "gen" se refiere a una secuencia ordenada de nucleótidos localizada en una posición particular sobre un cromosoma particular que codifica un producto funcional especifico (por ejemplo, una proteína o molécula de RNA) . Por ejemplo, es conocido que la proteína leptina es codificada por el gen ob (obeso) y aparece para estar involucrada en la regulación del apetito, metabolismo basal y deposición de grasa. En general, las características genéticas de un animal, como es definido por la secuencia de nucleótidos de su genoma, son conocidas como su "genotipo", mientras que los atributos físicos del animal son descritos como su "fenotipo". Por "heterocigoto" o "polimorfismo heterocigoto" se propone que los dos alelos de una célula diploide u organismo en una posición dada son diferentes, es decir, que tienen un nucleótido diferente intercambiado por el mismo nucleótido en el mismo lugar en sus secuencias. Por "homocigoto" o "polimorfismo homocigoto" se propone que los dos alelos de una célula diploide u organismo en una posición dada son idénticos, es decir, que tienen el mismo nucleótido para el intercambio de nucleótido en el mismo lugar en sus secuencias. Por "hibridación" o "hibridante" como se utiliza en la presente, se propone la formación de pares de bases A-T y C-G entre las secuencias de nucleótidos de un fragmento de un segmento de un polinucleótido y una secuencia de nucleótidos complementarios de un oligonucleótido. Por complementario se propone que en la posición de cada A, C, G o T (o U en un ribonucleótido ) en la secuencia del fragmento, el oligonucleótido secuenciado tiene una T, G, C o A, respectivamente. El fragmento/oligonucleótido hibridado es llamado un "dúplex". Un "complejo de hibridación", tal como un ensayo de intercalación, significa un complejo de moléculas de ácido nucleico que incluye por lo menos el ácido nucleico objetivo y una sonda sensora. Este también puede incluir una sonda fij adora . Por "inmovilizado sobre un soporte sólido" se propone que un fragmento, cebador u oligonucleótido se une a una sustancia en una ubicación particular de tal manera que el sistema que contiene el fragmento inmovilizado, cebador u oligonucleótido puede ser sometido a lavado u otra manipulación física o química sin ser desalojado de esa ubicación. Un número de soportes sólidos y medios para inmovilizar moléculas que contienen nucleótidos a éstos son conocidos en la técnica; cualquiera de estos soportes y medios se pueden utilizar en los métodos de esta invención. Como se utiliza en la presente, el término "ganancia de peso incrementada" significa un incremento biológicamente significante en la ganancia de peso arriba de la media de una población dada. Como se utiliza en la presente, el término "posición" o "posiciones" se refiere al sitio de un gen sobre un cromosoma. Un solo alelo de cada posición es heredado de cada origen. Cada combinación particular de alelos del animal es referido como su "genotipo". Donde ambos alelos son idénticos, el individuo que se dice que es homocigoto para el atributo controlado por ese par de alelos; donde los alelos son diferentes, el individuo se dice que es heterocigoto para el atributo. Una "temperatura de fusión" se propone en la temperatura en la cual los dúplexes hibridados se deshibridan y regresan a su estado de una sola hebra. Del mismo modo, la hibridación no . ocurrirá en el primer lugar entre dos oligonucleótidos o, en la presente, un oligonucleótido y un fragmento, a temperaturas arriba de la temperatura de fusión del dúplex resultante. Es actualmente ventajoso que la diferencia en las temperaturas de punto de fusión de dúplexes de oligonucleótido-fragmento de esta invención sea de aproximadamente 1°C a aproximadamente 10 C para ser fácilmente detectable. Como se utiliza en la presente, el término "molécula de ácido nucleico" se propone para incluir moléculas de DNA (por ejemplo, cDNA o DNA genómico) , moléculas de RNA (por ejemplo, mRNA) , análogos de DNA o RNA generados utilizando análogos de nucleótidos y derivados, fragmentos y homólogos de los mismos. La molécula de ácido nucleico puede ser de una sola hebra o de doble hebra,' pero ventajosamente es DNA de doble hebra. Una molécula de ácido nucleico "aislada" es una que es separada de otras moléculas de ácido nucleico que están presentes en la fuente natural del ácido nucleico. Un "nucleósido" se refiere a una base enlazada a un azúcar. La base puede ser adenina (A), guanina (G) (o su sustituto, inosina (I)), citosina (C) , o timina (T) (o su sustituto, uracilo (U)). El azúcar puede ser ribosa (el azúcar de un nucleótido natural en RNA) o 2-deoxiribosa (el azúcar de un nucleótido natural en DNA) . Un "nucleótido" se refiere a un nucleósido enlazado a un solo grupo fosfato. Como se utiliza en la presente, el término "oligonucleótido" se refiere a una serie de residuos de nucleótidos enlazados, el oligonucleótido que tiene un número suficiente de bases de nucleótido para ser utilizado en una reacción de PCR. Una secuencia de oligonucleótido corta puede estar basada sobre, o diseñada de, una secuencia genomica o de cDNA y se utiliza para amplificar, confirmar o revelar la presencia de un DNA o RNA idéntico, similar o complementario en una célula o tejido particular. Los oligonucleótidos pueden ser sintetizados químicamente y se pueden utilizar como cebadores o sondas. Oligonucleótido significa cualquier nucleótido de más de tres bases en longitud utilizado para facilitar la detección e identificación de un ácido nucleico objetivo incluyendo sondas y cebadores. "Reacción en cadena de polimerasa" o "PCR" se refiere a una reacción de amplificación de DNA mediada por polimerasa, termociclica . Una PCR típicamente incluye moléculas de plantilla, cebadores de oligonucleótido complementario a cada hebra de las moléculas de plantilla, una DNA polimerasa termoestable , y deoxiribonucleótidos , e involucra tres procesos distintos que son múltiplemente repetidos para efectuar la amplificación del ácido nucleico original. Los tres procesos (desnaturalización, hibridación y extensión de cebador) frecuentemente se realizan en distintas temperaturas, y en distintas etapas temporales. En muchas modalidades, sin embargo, los procesos de hibridación y extensión de cebador se pueden realizar concurrentemente. La muestra de nucleótido a ser analizada pueden ser productos de amplificación de PCR proporcionados utilizando las técnicas de ciclado rápido descritas en las patentes norteamericanas Nos. 6,569,672; 6,569, 627; 6,562,298; 6, 556, 940; 6, 569, 672; 6, 569, 627; 6, 562, 298; 6, 556, 940; 6, 89, 112; 6, 482, 615; 6, 472, 156; 6, 413, 766; 6, 387, 621; 6, 300, 124; 6, 270, 723; 6,245, 514 ; 6, 232, 079; 6,228, 634 ; 6,218, 193; 6, 210, 882; 6, 197, 520; 6, 174, 670; 6, 132, 996; 6, 126, 899; 6, 124, 138; 6,074,868; 6, 036, 923; 5, 985, 651; 5, 958, 763; 5, 942, 432; ,935,522; 5,897,842; 5,882,918; 5,840,573; 5,795,784; 5,795,547; 5,785,926; 5,783,439; 5,736,106; 5,720,923; 5,720,406; 5,675,700; 5,616,301; 5,576,218 y 5,455,175, las descripciones de las cuales son incorporadas por referencia en sus totalidades. Otros métodos de amplificación incluyen, sin limitación, NASBR, SDA, 3SR, TSA y replicacion de circulo de enrollamiento. Se entiende que, en cualquier método para producir un polinucleótido que contiene nucleótidos modificados dados, se puede utilizar una o varias polimerasas o métodos de amplificación. La selección de las condiciones de polimerización óptimas depende de la aplicación. Una "polimerasa" es una enzima que cataliza la adición secuencia! de unidades monoméricas o una cadena polimérica, o enlaza dos o más unidades monoméricas para iniciar una cadena polimérica. En modalidades ventajosas de esta invención, la "polimerasa" trabajará al adicionar unidades monoméricas cuya identidad es determinada mediante y que es complementaria a una molécula de plantilla de una secuencia especifica. Por ejemplo, las DNA polimerasas tales como DNA pol 1 y Taq polimerasa adicionan deoxiribonucleótidos. al extremo 3' de una cadena de polinucleótido en una manera dependiente de plantilla, para de esta manera sintetizar un ácido nucleico que es complementario a la molécula de plantilla. Las polimerasas se pueden utilizar ya sea para extender un cebador una vez o repetitivamente o para amplificar un polinucleotido mediante el cebado repetitivo de dos hebras complementarias utilizando dos cebadores. Un "polinucleotido" se refiere a una cadena lineal de nucleótidos conectada por un enlace de fosfodiéster entre el grupo 3'-hidroxilo y el grupo 5' -hidroxilo de un segundo nucleósido que a su vez es enlazado a través de su grupo 3'-hidroxilo al grupo 5' -hidroxilo de un tercer nucleósido y asi sucesivamente para formar un polímero comprendido de nucleósidos enlazados por un esqueleto principal de fosfodiéster. Un "polinucleotido modificado" se refiere a un polinucleotido en el cual uno o más nucleótidos naturales han sido parcialmente o sustancialmente reemplazados con nucleótidos modificados. Un "cebador" es un oligonucleótido, la secuencia de por lo menos una porción de la cual es complementaria a un segmento de un DNA de plantilla que va a ser amplificado o replicado. Cebadores típicos se utilizan en la realización de la reacción en cadena de polimerasa (PCR). Un cebador híbrida con (o recoce a) "el DNA" de plantilla y se utiliza mediante la enzima de polimerasa como el punto de partida para el proceso de replicación/amplificación . Por "complementario" se propone que la secuencia de nucleótidos de un cebador es tal que el cebador puede formar un complejo de enlace de hidrógeno estable con la plantilla; es decir, el cebador hibridar o recocer a la plantilla en virtud de la formación de pares de bases sobre una longitud de por lo menos diez pares de bases consecutivas. Los cebadores en la presente se seleccionan para ser "sustancialmente" complementarios a diferentes hebras de una secuencia de DNA objetivo particular. Esto significa que los cebadores deben ser suficientemente complementarios para hibridar con sus hebras respectivas. Por lo tanto, la secuencia de cebadores no necesita reflejar la secuencia exacta de la plantilla. Por ejemplo, un fragmento de nucleótido no complementario se puede unir al extreme 5' del cebador, con el resto de la secuencia de cebador que es complementaria a la hebra. Alternativamente, las bases no complementarias o sus secuencias más largas se pueden interdispersar en el cebador, con la condición de que la secuencia de cebador tenga suficiente complementariedad con la secuencia de la hebra para hibridar con la misma y de esta manera formar la plantilla para la síntesis del producto de extensión . "Sondas" se refiere a oligonucleótidos de secuencias de ácido nucleico de longitud variable, utilizadas en la detección de secuencias de ácido nucleico idénticas, similares o complementarias para la hibridación. Una secuencia de oligonucleótido utilizada como una sonda de detección puede ser marcada con una porción detectable.

Varias porciones de marcación son conocidas en la técnica. La porción puede, por ejemplo, ser ya sea un compuesto radioactivo, una enzima detectable (por ejemplo, peroxidasa de rábano picante (HRP) ) o cualquier otra porción capaz de generar una señal detectable tal como señal calorimétrica, fluorescente, quimioluminiscente o electroquimioluminiscente . La porción detectable puede ser detectada utilizando métodos conocidos . Como se utiliza en la presente, el término "proteína" se refiere a una molécula grande compuesta de una o más cadenas de aminoácidos en un orden específico. El orden es determinado por la secuencia de base de nucleótidos en el gen que codifica para la proteína. Las proteínas son requeridas para la estructura, función y regulación de las células, tejidos y órganos del cuerpo. Cada proteína tiene una función única. Como se utiliza en la presente, los términos "atributos de calidad", "atributo" o "características físicas" se refieren a propiedades ventajosas del animal que resultan de la genética. Los atributos de calidad incluyen, pero no están limitados a, la habilidad genética del animal para metabolizar energía, producir leche, colocar la grasa intramuscular, poner huevos, producir descendencia, producir proteínas particulares en la carne o en la leche, o retener la proteína en la leche. Las características físicas incluyen carnes marmoleadas o magras. Los términos se utilizan intercambiablemente . Una "enzima de restricción" se refiere a una endonucleasa (una enzima que segmenta enlaces de fosfodiéster dentro de una cadena de polinucleótido ) que segmenta DNA en respuesta a un sitio de reconocimiento sobre el DNA. El sitio de reconocimiento (sitio de restricción) consiste de una secuencia especifica de nucleotidos de manera típica aproximadamente 4-8 nucleotidos de largo. Un "polimorfismo de nucleótido individual" o "SNP" se refiere a un polinucleótido que difiere de otro polinucleótido mediante una diferencia de nucleótido individual. Por ejemplo, sin limitación, el intercambio de un A por un C, G o T en la secuencia completa del polinucleótido constituye SNP. Por supuesto, es posible tener más de un SNP en un polinucleótido particular. Por ejemplo, en una posición en un polinucleótido, un C puede ser intercambiado por un T, en otra posición un G puede ser intercambiado por un A y así sucesivamente. Cuando se refiere a SNPs, el polinucleótido es más frecuentemente DNA. Como se utiliza en la presente, una "plantilla" se refiere a una hebra de polinucleótido objetivo, por ejemplo, sin . limitación, una hebra de DNA que ocurre naturalmente no modificada, una polimerasa que usa como un medio para reconocer el nucleótido debe incorporar enseguida en una hebra de crecimiento para polimerizar el complemento de la hebra que ocurre naturalmente. Tal hebra de DNA puede ser de una sola hebra o puede ser parte de una plantilla de DNA de doble hebra. En aplicaciones de la presente invención que requieren ciclos repetidos de polimerización, por ejemplo la reacción en cadena de polimerasa (PCR), la hebra de plantilla misma puede llegar a ser modificada mediante la incorporación de nucleótidos modificados, pero todavía servir como una plantilla para una polimerasa para sintetizar polinucleótidos adicionales . Una "reacción termocíclica" es una reacción de multietapas en donde por lo menos dos etapas son realizadas al cambiar la temperatura de la reacción. Una "polimerasa termoestable" se refiere a una enzima de DNA o RNA polimerasa que puede resistir temperaturas extremadamente altas, tales como aquellas aproximadas a 100°C. Frecuentemente, las polimerasas termoestables se derivan de organismos que viven en temperaturas extremas, tal como Thermus aquaticus. Ejemplos de polimerasas termoestables incluyen Taq, Tth, Pfu, Vent, deep vent, UITma, y variaciones y derivados de las mismas. Una "variación" es una diferencia en la secuencia de nucleótidos entre polinucleótidos relacionados. La diferencia puede ser la supresión de uno o más nucleótidos de la secuencia de un polinucleótido comparado con la secuencia de un polinucleótido relacionado, la adición de uno o más nucleótidos o la sustitución de un nucleótido por otro. Los términos "mutación", "polimorfismo" y "variación" se utilizan intercambiablemente en la presente. Como se utiliza en la presente, el término "variación" en lo singular se va a considerar que incluye múltiples variaciones; es decir, dos o más adiciones, supresiones y/o sustituciones de nucleótidos en el mismo polinucleótido . Una "mutación puntual" se refiere a una sola sustitución de un nucleótido por otro. Un "sistema de computadora" se refiere al medio de hardware, medio de software y medios de almacenamiento de datos utilizados para compilar los datos de la presente invención. El medio de hardware mínimo de sistemas basados en computadora de la invención puede comprender una unidad central de procesamientos (CPU), medios de entrada, medios de salida y medios de almacenamiento de datos. Deseablemente, se proporciona un monitor para visualizar los datos de estructura. El medio de almacenamiento de datos puede ser RAM u otro medio para ingresar al medio leíble en computadora de la invención. Ejemplos de tales sistemas son estaciones de trabajo de microcomputadora disponibles de Silicon Graphics Incorporated y Sun Microsystems que funcionan basados en Unix, Linux, Windows NT, XP o sistemas de operación IBM OS/2. "Medio leíble en computadora" se refiere a cualquier medio que se puede leer e ingresar directamente por una computadora, e incluye, pero no está limitado a: medios de almacenamiento magnéticos tales como discos suaves, medio de almacenamiento duro y cinta magnética; medio de almacenamiento óptico tales discos ópticos o CD-ROOM; medio de almacenamiento eléctrico tal como RAM y ROM; e híbridos de esas categorías, tales como medios magnéticos/ópticos. Al proporcionar tal medio leíble en computadora, los datos compilados sobre un animal particular se pueden ingresar rutinariamente por un usuario, por ejemplo, un operador de lote de alimento. El término "módulo de análisis de datos" se define en la presente para incluir cualquier persona o máquina, individualmente o que trabaja conjuntamente, que analiza la muestra y determina la información genética contenida en la misma. El término puede incluir una persona o máquina dentro de una instalación de laboratorio. Como se utiliza en la presente, el término "módulo de colección de datos" se refiere a cualquier persona u objeto o sistema que tiene una muestra de tejido de un animal o embrión. Por ejemplo y sin limitación, el término puede definir individualmente o colectivamente, la persona o máquina en contacto físico con el animal conforme la muestra es tomada, los contenedores que contienen las muestras de tejido, el empaquetamiento utilizado para transportar las muestras y los similares. Ventajosamente, el colector de datos es una persona. Más ventajosamente el colector de datos es un granjero de ganado, un reproductor o un veterinario. El término "interfaz de red" se define en la presente para incluir cualquier persona o sistema de computadora capaz de ingresar datos, depositar datos, combinar datos, analizar datos, investigar datos, transmitir datos o almacenar datos. El término se define ampliamente para ser una persona que analiza los datos, los sistemas de hardware y software electrónicos utilizados en el análisis, las bases de datos que almacenan el análisis de datos y cualquier medio de almacenamiento capaz de almacenar a los datos. Ejemplos no limitativos de interfaces de red incluyen gente, equipos de laboratorio automatizado, computadoras y redes de computadora, dispositivos de almacenamiento de datos "tales como, pero no limitados a, discos, discos duros o chips de memoria. El término "historia de reproducción" como se utiliza en la presente se refiere a un registro de la vida de un animal o grupo de animales que incluye, pero no limitado a, la ubicación, reproducción, periodo de alojamiento, asi como historia genética de los animales, incluyendo el parentesco y descendientes de los mismos, genotipo, fenotipo e historia transgénica si es relevante y los similares. El término "condiciones de crianza" como se utiliza en la presente se refiere a parámetros relacionados con el mantenimiento de animales que incluyen, pero no limitados a, la temperatura del cobertizo o alojamiento, mortalidad semanal de una manada, consumo de agua, consumo de alimento, proporción y calidad de ventilación, condición de la carnada y los similares. El término "historia veterinaria" como se utiliza en la presente se refiere a datos de vacunación de un animal o grupo de animales, incluyendo, pero no limitados a, tipo(s) de vacuna, número (s) de serie de lote de vacuna, dosis administrada, antigeno objetivo, método de administración de la vacuna al animal (es) recipiente, número de animales vacunados, edad de los animales y el vacunador. Los datos relacionados con una respuesta serológica o inmunológica inducida por la vacuna también pueden ser incluidos. "Historia veterinaria" como se utiliza en la presente también se propone para incluir las historia de medicación del animal (es) objetivo, incluyendo pero no limitado a fármaco y/o antibióticos administrados a los animales incluyendo el tipo de medicación administrada, cantidad y proporciones de dosis, por quiénes y cuándo se administraron, por qué ruta, por ejemplo oral, subcutáneamente y los similares, y la respuesta a la medicación incluyendo los efectos deseados e indeseables de la misma. El término "datos de diagnóstico" como se utiliza en la presente se refiere a los datos relacionados con la salud del animal (es) diferentes de los datos que detallan la vacunación o historia de medicación del animal (es). Por ejemplo, los datos de diagnóstico pueden ser un registro de las infecciones experimentadas por el animal (es) y la respuesta del mismo a las medicaciones proporcionadas para tratar tales medicaciones. Los datos serologicos que incluyen la composición de anticuerpo de proteina del suero u otros biofluidos también pueden ser datos de diagnóstico útiles para introducir en los métodos de la invención. Los datos quirúrgicos que pertenecen al animal (es) pueden ser incluidos, tal como el tipo de manipulación quirúrgica, efecto de la cirugía y complicaciones que surgen del procedimiento quirúrgico. "Datos de diagnóstico" también pueden incluir mediciones de tales parámetros como peso, morbidez y otras características observadas por un servicio veterinario tal como la condición de la piel, las patas, etc. El término "datos de bienestar" como se utiliza en la presente ser refiere a la acumulación colectiva de datos que pertenecen a un animal o grupo de animales que incluyen, pero no limitados a, una historia de reproducción, una historia veterinaria, un perfil de bienestar, datos de diagnóstico, datos de control de calidad o cualquier combinación de los mismos. El término "perfil de bienestar" como se utiliza en la presente se refiere a parámetros tales como el peso, densidad de la carne, niveles de amontonamiento en encerramientos de reproducción o de crianza, comportamiento psicológico . del animal, proporción de crecimiento y calidad de los similares. El término "control de calidad" como se utiliza en la presente se refiere a las características deseadas del animal (es) . Para animales que no son aves de corral tal como ganado vacuno y ovejas, por ejemplo, tales parámetros incluyen la cantidad y densidad del músculo, contenido de grasa, blandura de la carne, rendimiento y calidad de la leche, habilidad de reproducción de los similares. El término "parámetros de desempeño" como se utiliza en la presente se refiere a tales factores como el marmoleo de carne de res, grasa subcutánea, rendimiento de carne, rendimiento de reproducción, forma de lácteo, calidad de rendimiento de la carne, velocidad de preñez de hijas (es decir, fertilidad) , vida productiva (es decir, longevidad) y los similares que pueden ser los objetivos deseados de la reproducción y crianza del animal (es) . Los parámetros de desempeño pueden ser ya sean generados de los animales por sí mismos, o aquellos parámetros deseados por un cliente o el mercado . El término "datos nutricionales" como se utiliza en la presente se refiere a la composición, cantidad y frecuencia de suministro de alimento incluyendo agua, proporcionado al animal (es). El término "seguridad del alimento" como se utiliza en la presente se refiere a la calidad de la carne de un animal de ganado, incluyendo, pero no limitado a, tiempo, lugar y manera de preparación, almacenamiento del producto alimenticio, ruta de transporte, registro de inspección, textura, color, sabor, olor, contenido bacteriano, contenido parasítico y los similares. Será evidente para aquellos de habilidad en la técnica que los datos relacionados con la salud y el mantenimiento de- los animales se pueden agrupar variadamente dependiendo de la fuente o intención del recolector de datos y cualquier agrupamiento en la presente no se propone por lo tanto para ser limitativo. A menos que se defina de otra manera, todos los términos técnicos y científicos utilizados en la presente tienen el mismo significado como es comúnmente entendido por uno de habilidad ordinaria en la técnica de biología molecular. Aunque los métodos y materiales similares o equivalentes a aquellos descritos en la presente se pueden utilizar en la práctica o la prueba de la presente invención, métodos y materiales adecuados se describen en la presente. La presente invención proporciona métodos para la identificación y selección de animales basados en la presencia de SNPs en el gen ob (obeso) -- un gen que codifica la proteina leptina. La leptina es un polipéptido específico de adipocito de 16-kDa involucrado en la regulación del apetito, metabolismo basal, deposición de grasa y producción de leche. El gen ob se ha mapeado a cromosomas específicos en varios animales diferentes, permitiendo al gen ser secuenciado en varias especies diferentes. Se ha encontrado que hay una conservación significante de DNAs de ob y polipéptidos de leptina entre las especies. Los SNPs que tienen los mismos o similares efectos fenotípicos a aquellos de la presente invención pueden ocurrir en muchas especies de animales diferentes. Los métodos de la presente invención se puede utilizar para determinar si un animal individual de una especie de interés posee los SNPs descritos en la presente. En una modalidad preferida, el gen ob del animal bovino es clasificado para la presencia de los SNPs de la presente invención . En un aspecto, la presente invención se relaciona a la identificación de polimorfismos de nucleótido individual (SNPs) en el promotor de leptina, y a métodos para la identificación de animales que llevan alelos específicos de estos SNPs que están asociados con la forma láctea. En un aspecto adicional, la presente invención se relaciona a la asociación de un SNP previamente reportado en el exón 2 del gen leptina, con la forma láctea. La presente invención también proporciona oligonucleótidos que pueden ¦ ser utilizados como cebadores para purificar secuencias de ácido nucleico especificas del gen ob, y oligonucleótidos que pueden ser utilizados como sondas en la detección de secuencias de ácido nucleico del gen ob . La forma láctea es un atributo de tipo que es determinado por los clasificadores de la U.S. Holstein Association. Los clasificadores evalúan cada vaca y le asignan un registro de 1 a 50; 1 que es la forma láctea baja (costilla estrecha, de hueso redondo, grueso) y 50 que es la forma láctea alta (costilla abierta, de hueso plano, angular) . El registro de forma láctea promedio en Holsteins de hoy en día es 32.4 y la desviación estándar es 1.2. Como un ejemplo, para un toro con un STA de 0.7 para la forma láctea, se esperaría que sus hijas promedien .7 unidades estándares (.7 * 1.2) más altas, en la forma láctea cuando es reproducido a con vacas promedio en manadas promedio. Así, sus hijas registrarían 0.8 puntos más altos que el promedio en la forma láctea, o 33.2. La importancia de la forma láctea se puede resumir al observar lo que ha sucedido en la industria lechera como un resultado del énfasis de la densa selección sobre el rendimiento de leche alto, y en algún grado, la forma láctea alta: forma láctea alta se correlaciona con la alta producción de leche, registro de condición del cuerpo bajo (que se correlaciona con el desempeño reproductivo bajo), proporción de preñez de hijas bajo, y al disponible alto, y la productiva baja, y alta incidencia de enfermedad (metabólica, mastitis, reproductiva, patas & piernas) . En la presente invención se ha mostrado de manera sorprendente que dos SNPs (específicamente UASMSl y UASMS2) localizados en la región de promotor del gen ob, y un SNP en el exón 2 del gen están asociados con la forma láctea en animales, en particular en ganado bovino. La FIG. 1 ilustra la secuencia de nucleótidos para la región del promotor flanqueante 5' y el exón 1 del gen ob bovino de "tipo silvestre". Esta secuencia de "tipo Silvestre" tiene GenBank acceso No. AB070368, (Taniguchi y colaboradores IUBMB Life Vol 53, pl31-135 (2002)), y es designada en la presente como SEQ ID NO. 1. El SNP llamado UASMSl constituye una sustitución de citosina (C) a timina (T) (C/T) en la posición 207 del promotor de gen leptina bovino. El SNP llamado UASMS2, constituye una sustitución de tirosina (C) a timina (T) (sustitución C/T) en la posición 528 del promotor de gen leptina bovino. El sistema de numeración de nucleótidos utilizada en la presente para la identificación de los SNPs de promotor de leptina UASMSl y UASMS2 es aquel utilizado para la secuencia de promotor de leptina bovino de "tipo silvestre" SEQ ID NO. 1. Los polimorfismos UASMSl y UASMS2 están localizados en las secuencias reguladoras 5' del gen leptina, no la región de codificación del gen, y de esta manera no dan por resultado cualquier sustitución de aminoácido en el producto del gen leptina. La FIG. 2 ilustra la secuencia de nucleótidos del polimorfismo de nucleótido individual UASMS1 en el promotor de gen ob bovino (SEQ ID NO. 2) . Esta secuencia polimórfica difiere de aquella de la secuencia de gen ob bovino de "tipo Silvestre" (SEQ ID NO. 1) en que la posición de nucleótido 207 tiene una sustitución de citosina a timina. La FIG. 3 ilustra la secuencia de nucleótidos del polimorfismo de nucleótido individual UASMS2 del gen ob bovino (SEQ ID NO. 3) . Esta secuencia polimórfica difiere de aquella de la secuencia de gen ob bovino de "tipo silvestre" (SEQ ID NO. 1) en que la posición de nucleótido 528 tiene una sustitución de citosina a timina. El SNP llamado EXON2-FB descrito en la presente se identificó previamente por Buchanan y colaboradores (2002), y constituye una mutación de mal sentido de citosina (C) a timina (T) en la posición 1759 en el exón 2 de la región de codificación del gen de leptina bovino de "tipo silvestre". La FIG. 4 ilustra la secuencia de nucleótidos del exón 2 del gen ob bovino de "tipo silvestre" (SEQ ID NO. 4). Esta secuencia de exón 2 de "tipo silvestre" tiene GenBank acceso número AY138588. La FIG. 5 ilustra la secuencia de nucleótidos del polimorfismo de nucleótido individual EXON2- FB del gen ob bovino (SEQ ID NO. 5) . Esta secuencia polimórfica difiere de aquella de la secuencia del gen ob bovino de "tipo silvestre" (SEQ ID NO. 1) en que la posición de nucleótido 305 tiene una sustitución de citosina a timina. El sistema de numeración de nucleótidos utilizada en la presente para identificación del SNP EXON2-FB es aquel utilizado para la secuencia del exón 2 de leptina bovina de "tipo silvestre" SEQ ID NO. 4. La vida productiva es el tiempo en la manada de producción de leche antes de la remoción por la selección voluntaria, selección involuntaria o muerte. Los créditos para cada mes en la leche se obtienen de curvas de lactación estándares y luego se suman a través de todas las lactaciones. La disminución de créditos dentro de la lactación dan vacas con más crédito para iniciar una nueva lactación para continuar produciendo leche en la lactación previa. Las vacas obtienen 8 meses de crédito para 305-d de los primeros registros de lactación, 10 meses de créditos para segundas lactaciones, 10.2 meses de créditos para las terceras y últimas lactaciones, créditos parciales para registros más cortos, y créditos extras para registros más largos. Ver, por ejemplo, VanRaden, 2001. J.Dairy Sci . y colaboradores 1993. J. Dairy Sci. 76:2758 y VanRaden y colaboradores 2007. J. Dairy Sci. 90:2434. La presente invención también se relaciona a la identificación de marcadores genéticos (polimorfismos de nucleótido individual (SNPs)) dentro de un gen bovino que codifica leptina, hormona que libera corticotropina (CRH) y/o factor A de transcripción mitocóndrico ("TFAM") y sus asociaciones con atributos económicamente relevantes en la producción de ganado para carne de res, ventajosamente habilidades de transmisión predicha (PTA's) para la vida productiva (PL) . El polimorfismo genético de leptina de interés puede ser A1457G (ver, por ejemplo, Liéfers y colaboradores, Anim Genet. 2005 Apr; 36(2): 111-8 y Taniguchi y colaboradores, IUBMB Life. 2002 Feb; 53 ( 2 ) : 131-5 ) . Ventajosamente, la secuencia del marcador A1457G de leptina es TTCATTGTAGACACTTCTTTAAAAGAAACATTTCTTTATTTGACAGTTCCAGGCCT TAGTTTCAGCAGGCAGGATG'n TAGTCGCAGCATGAGAACTCTTA[A/G]CTGCGG CATGCGGGACCCAGTTCAGTTCCCTGACCAGATATCGAACCTGGGGCCCCTGCAT TTGGAAGCAGGGAGTCTTAGCCACTGGACCACCA (SEQ ID NO: 19) en donde el SNP está entre corchetes. El polimorfismo ( s ) genético de CRH de interés se puede seleccionar del grupo que consiste de AAFC03076794.1 :g.96570T, C.10718OC, c.l0841G>A, c.l0893A>C y C.10936G>C. Ver, por ejemplo, la solicitud de patente norteamericana No. de serie 11,688,988 presentada el 21 de Marzo del 2007, la descripción de la cual es incorporada por referencia. Ventajosamente, la secuencia del marcador CRH es CCCTTCCATTTTAGGGCTCGTTGACGTCATCAAGGAGGCGATAAATATCTGTTGA TATAATTGGATGTGAGATTCAG'I'G'ITGAGA'I AGCAAAAATTCTGCCCCTCGTTCC CGGGCAGGGCCCTATGATTTATGCAGGAGCAGAGGCAGCG[C/T]GCAATCCAGCT GTCAAGAGAGCGTCAGCTTATTAGGCAAATGCTGCGTGGTTTCTGAAGAGGGTC GACACTATAAAATCCCCTTCCAGGCTCTGGTGTGGAGAAACTCAGAGCCCACGTC CGTGGAGAGACAGAAGAGGAAGAGAAGAGG (SEQ ID NO: 20) en donde el SNP está entre corchetes. El polimorfismo ( s ) de nucleótido genético RFAM de interés se puede seleccionar del grupo que consiste de una sustitución A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor de gen TFAM, una sustitución T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM. Ver, por ejemplo, las solicitudes de patentes norteamericanas Nos. de serie 11/441,928 y 11/441,935 presentadas el 26 de Mayo del 2006, las descripciones de las cuales son incorporadas por referencia. Ventajosamente, la secuencia de los marcadores TFAM son AAGAAAATTCTTACTAGTGTCATATTGAGCTGAGAGTCTTI'CACTGGCCCGTTGA GTGCGACCACCAAGCCCAC'n CTAAGTGGTAAGCAACTATCACCACTTCCTTTTC AAAAATTCTCAGTATTGAAAGGGACCTTTTAGATCATC rG[G/T]CCAAATCTCTCA CTCTGTCATGGAAGAAACAGGGTTGGATTTTGTTTGTTTGATTATTTTCTGAGTAC ACATTATGTACAAGGCCACAAACTTAGATAAAAAACACAGCCTTCTTTTCACCGC CCATGAAGTCTAGTGGC (SEQ ID NO: 21) y TGTTGGACGAGATCA'rrrCCCAACCAAAGCTCTGAGAACCTGTGACAATTATGCC TTGAGATATTGATCGATGTGCAGTACCGCCATTTTCCATGTGGACAATGGCATGA AAAAAGATT AGGA TAAGCTTA TCTAAAGCTATCTAAGGAC[A/G]CTTCTAGCTCT CAGGTTCCATTTATTTCAAAGAGCCACTTCCTGAAACAGCTTTTTCTCTGTTGGAT AGGTTTGTAAGAAAATTCTTAC l AGTGTCATATTGAGCTGAGAGTCTTTCACTGG CCCG (SEQ ID NO: 22) en donde los SNPs están entre corchetes. La invención además se relaciona a un método para sub-agrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada sub-grupo tienen un genotipo similar en un gen leptina, CRH y/o TFAM que puede comprender determinar el genotipo de cada animal a ser sub-agrupado a determinada presencia de uno o más de los SNPs anteriores y al segregar los animales individuales en sub-grupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, los SNPs anteriores en un gen leptina, CRH y/o TFAM. Para determinar el genotipo de un animal dado de acuerdo con los métodos de la presente invención, es necesario obtener una muestra de DNA genómico de ese animal. Típicamente, esa muestra de DNA genómico será obtenida de una muestra de tejido o de células tomadas de ese animal. Una muestra de tejido de células se puede tomar de un animal en cualquier tiempo en el lapso de vida de un animal pero antes de que se pierda la identidad del canal. La muestra de tejido puede comprender pelo (incluyendo raíces), piel, huesos, frotaciones bucales, sangre, saliva, leche, semen, embriones, músculos o cualquiera de los órganos internos. En el método de la presente invención, la fuente de la muestra de tejido, y de esta manera también la fuente de la muestra de ácido nucleico de prueba, no es critica. Por ejemplo, el ácido nucleico de prueba se puede obtener de las células dentro de un fluido corporal del animal, o de células que constituyen un tejido corporal del animal. El fluido corporal particular del cual se obtienen las células también es critico para la presente invención. Por ejemplo, el fluido corporal se puede seleccionar del grupo que consiste de sangre, ascitis, fluido pleural y fluido espinal. Además, el tejido corporal particular del cual se obtienen las células no es critico para la presente invención. Por ejemplo, el tejido corporal se puede seleccionar del grupo que consiste de piel, endometrio, uterino y tejido cervical. Se pueden utilizar tejidos tanto normales como de tumor. Típicamente, la muestra de tejido es marcada con un número de identificación u otros indicios que se relacionan a la muestra con el animal individual del cual se tomó la muestra. La identidad de la muestra ventajosamente permanece constante por todos los métodos de la invención para de esta manera garantizar la integridad y continuidad de la muestra durante la extracción y análisis. Alternativamente, los indicios pueden ser cambiados en un aspecto regular que asegura que los datos, y cualquiera de otros datos asociados, pueden ser relacionados nuevamente con el animal del cual se obtuvo la muestra. La cantidad/tamaño de muestra requerida es conocida para aquellos expertos en la técnica. Idealmente, el tamaño/volumen de la muestra de tejido recuperada debe ser tan consistente como sea posible dentro del tipo de muestra y la especie de animal. Por ejemplo, para ganado, ejemplos no limitativos de tamaño/métodos de muestra incluyen carne sin grasa: 0.0002 g a 0.0010 g; cuero: 0.0004g a 0.0010 g; raices de pelo; mayor que 5 y menor que 20; frotaciones bucales: 15 a 20 segundos de frotación con presión leve en el área entre el labio externo y la encía utilizando un cepillo de citología Cytosoft . TM : ; hueso: 0.0020 g a 0.0040 g; y sangre: Generalmente, la muestra de tejido se coloca en un recipiente que es marcado utilizando un sistema de numeración que lleva un código correspondiente al animal, por ejemplo, a la etiqueta de la oreja del animal. Por consiguiente, el genotipo de un animal particular es fácilmente rastreable en todos los tiempos. En una modalidad de la invención, un dispositivo de muestreo y/o contenedor puede ser suministrado al granjero, un matancero o detallista. El instructivo de muestreo ventajosamente toma una muestra consistente y reproductible de animales individuales mientras que de manera simultánea evita cualquier contaminación cruzada del tejido. Por consiguiente, el tamaño y volumen de los tejidos de muestra derivados de los animales individuales seria consistente. De acuerdo con la presente invención, una muestra de DNA genómico se obtiene de la muestra de tejido del animal de ganado de interés. Cualquier fuente de células o tejido es utilizada, una cantidad suficiente de células debe ser obtenida para proporcionar una cantidad suficiente de DNA para el análisis. Esta cantidad será fácilmente conocida o determinable por aquellos expertos en la técnica. El DNA se aisla del tejido/células mediante técnicas conocidas para aquellos expertos en la técnica (ver, por ejemplo, las patentes no eamericanas Nos. 6,548,256 y 5,989,431, Hirota y colaboradores, Jinrui Idengaku Zasshi. September 1989; 34(3):217-23 y John y colaboradores, Nucleic Acids Res. Jan. 25. .1991; 19(2) :408; las descripciones de las cuales son incorporadas por referencia en sus totalidades) . Por ejemplo, el DNA de alto peso molecular se puede purificar de las células o tejido utilizando la extracción de proteinasa K y la precipitación con etanol . El DNA se puede extraer de una muestra de animal utilizando cualquiera de los métodos adecuados conocidos en la técnica. Es un objetivo de la presente invención determinar el genotipo de un animal dado de interés, con el fin de identificar animales que llevan alelos específicos de los SNPs de la invención que están asociados con los niveles de leptina circulante, ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso del cuerpo, valia y composición del canal y rendimiento de leche. Existen muchos métodos conocidos en la técnica para determinar el genotipo de un animal y para determinar si una muestra de DNA dada contiene un SNP particular. Cualquier método para determinar el genotipo se puede utilizar para determinar el genotipo ob en la presente invención. Tales métodos incluyen, pero no están limitados a, secuenciación de amplimero, secuenciación de DNA, espectroscopia de fluorescencia, análisis de hibridación basado en la transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (o "FRET"), clasificación de alto rendimiento, espectroscopia de masas, hibridación de ácido nucleico, reacción en cadena de polimerasa (PCR) , análisis de RFLP y cromatografía de tamaño (por ejemplo, cromatografía capilar o de gel), todas las cuales son bien conocidas para uno de habilidad en la técnica. En particular, los métodos para determinar los polimorfismos de nucleótidos, particularmente polimorfismos de nucleótido individual, son descritos en las patentes norteamericanas Nos. 6,514,700; 6,503,710; 6,468,742; 6,448,407; 6,410,231; 6,383,756; 6,358,679; 6,322,980; 6,316,230 y 6,287,766 y revisadas por Chen y Sullivan, Pharmacogenomics J 2003; 3(2) :77-96, las descripciones de las cuales son incorporadas por referencia en sus totalidades. En una modalidad, la presencia o ausencia de los SNPs de la presente invención es determinado al secuenciar la región de la muestra de DNA genómica que abarca la posición polimórfica. Muchos métodos para secuenciar el DNA genómico son conocidos en la técnica, y cualquiera de tal método se puede utilizar, ver por ejemplo, Sambrook y colaboradores, Molecular Cloning; A Laboratory Manual 2d ed. (1989). Por ejemplo, como es descrito enseguida, un fragmento de DNA que abarca la ubicación de la SNP de interés puede ser amplificada utilizando la reserva en cadena de polimerasa o alguna otra reacción de amplificación mediada por polimerasa cíclica. La región amplificada de DNA luego puede ser secuenciada utilizando cualquier método conocido en la técnica. Ventajosamente, la secuenciación de ácido nucleico es mediante métodos automatizados (revisado por Meldrum, Genome Res. September 2000; 10 ( 9) : 1288-303, la descripción de la cual · es incorporada por referencia en su totalidad) , por ejemplo utilizando un Sistema de Análisis Genético Beckman CEQ 8000 (Beckman Coulter Instruments, Inc.). Los métodos para secuencias ácidos nucleicos incluyen, pero no están limitados a, la secuenciación de DNA fluorescente automatizado (ver, por ejemplo, Watts & MacBeath, Methods Mol Biol. 2001; 167:153-70 y MacBeath y colaboradores, Methods Mol Biol. 2001; 167:119-52), electroforesis capilar (ver, por ejemplo, Bosserhoff y colaboradores, Comb Chem High Throughput Screen. December 2000; 3 ( 6) : 455-66)', chips de secuenciación de DNA (ver, por ejemplo, Jain, Pharmacogenomics. August 2000; 1 ( 3 ) : 289-307 ) , espectrometría de masas (ver, por ejemplo, Yates, ' Trends Genet . January 2000; 16(1) : 5-8), pirosecuenciación (ver, por ejemplo, Ronaghi, Genome Res. January 2001; 11(1): 3-11), y electroforesis de gel de capa ultrafina (ver, por ejemplo, Guttman & Ronai, Electrophoresis . December 2000; 21(18) :3952-64), las descripciones de las cuales son incorporadas en la presente por referencia en sus totalidades. La secuenciación también se puede hacer por cualquier compañía comercial. Ejemplos de tales compañías incluyen, pero no están limitadas a, la University of Georgia Molecular Genetics Instrumentation Facility (Athens, Ga . ) o SeqWright DNA Technologies Services (Houston, Tex.). vi) Determinación del Genotipo Utilizando la Amplificación Mediada con Polimerasa Cíclica En ciertas modalidades de la presente invención, la detección de un SNP dado se puede realizar utilizando los métodos de amplificación mediados por polimerasa cíclica. Cualquiera de los métodos conocidos en la técnica para amplificación de DNA puede ser utilizado, tal como, por ejemplo, la reacción en cadena de polimerasa (PCR), la reacción en cadena de ligasa (LCR) (Barany, F. , Proc. Nati.

Acad. Sci. (U.S. A.) 88:189-193 (1991)), el ensayo de desplazamiento de hebra (SDA) , o el ensayo de ligación de oligonucleótido ("OLA") (Landegren, U. y colaboradores, Science 241:1077-1080 (1988)). Nickerson, D. A. y colaboradores han escrito un ensayo de detección de ácido nucleico que combina los atributos de PCR y OLA (Nickerson, D. A. y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S. A.) 87:8923-8927 (1990)). Otros procedimientos de amplificación de ácido nucleico conocidos tal como los sistemas de amplificación basados en transcripción (Malek, L. T. y colaboradores, patente norteamericana No. 5,130,238; Davey, C. y colaboradores, solicitud de patente europea 329,822; Schuster y colaboradores, patente norteamericana No. 5,169,766; Miller, H. I. y colaboradores, solicitud de PCT 089/06700; K oh, D. y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S. A.) 86:1173 (1989); Gingeras, T. R. y colaboradores, solicitud de PCT W088/10315) ) , o métodos de amplificación isotérmica (Walker, G. T. y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. (U.S. A.) 89:392-396 (1992)) también puede ser utilizada. El método más ventajoso de amplificación de fragmento de DNA que contiene el SNPs de la invención emplea PCR (ver por ejemplo, las patentes norteamericanas Nos. 4,965,188; 5,066,584; 5,338,671; 5,348,853; 5,364,790; 5,374,553; 5,403,707; 5,405,774; 5,418,149; 5,451,512; 5,470,724; 5,487,993; 5,523,225; 5,527,510; 5,567,583; , 567, 809; 5, 587, 287; 5, 597, 910; 5, 602, 011; 5, 622, 820 , 658, 764 ; 5, 674, 679; 5, 674, 738 ; 5, 681, 741; 5, 702, 901 , 710, 381; 5, 733, 751; 5, 741, 640; 5, 741, 676 ; 5, 753, 467 ,756,285; 5,776, 686; 5, 811, 295; 5, 817, 797; 5, 827, 657 ,869,249; 5, 935, 522; 6, 001, 645; 6, 015, 534; 6, 0:15, 666 6, 033, 854; 6, 043, 028; 6, 077, 664; 6, 090, 553; 6, 168, 918 6, 174, 668; 6, 174 , 670; 6, 200, 747; 6, 225, 093; 6, 232, 079 6, 261, 431; 6, 287, 769; 6, 306, 593; 6,440, 668; 6, 468, 743 6, 485, 909; 6, 511, 805; 6, 544, 782; 6, 566, 067; 6, 569, 627 6,613,560; 6,613,560 y 6,632,645; las descripciones de las cuales son incorporadas por referencia en sus totalidades), utilizando pares de cebadores que son capaces de hibridar a las secuencias próximas que definen o flanquean un sitio polimórfico en su forma de doble hebra. Para realizar una reacción de amplificación mediada por polimerasa cíclica de acuerdo con la presente invención, los cebadores se hibridan o se recosen a hebras opuestas del DNA objetivo, la temperatura luego se eleva para permitir a la DNA polimerasa termoestable extender los cebadores y de esta manera replicar el segmento específico del DNA que abarca la región entre los dos cebadores, luego la reacción es termociclada de modo que cada ciclo la cantidad que representa la secuencia entre los dos cebadores es duplicada, y la amplificación específica de la secuencia de DNA del gen ob está presente, resulta.

Cualquiera de una variedad de polimerasas se pueden utilizar en la presente invención. Para reacciones termocíclicas ,' las polimerasas son polimerasas termoestables tales Taq, KlenTaq, Stoffel Fragment, Deep Vent, Tth, Pfu, Vent, y UlTma, cada una de las cuales son fácilmente disponibles a partir de fuentes comerciales. Para reacciones no termocíclicas, y en ciertas reacciones termocíclicas, la polimerasa frecuentemente será una de muchas polimerasas comúnmente utilizadas en el campo, y comercialmente disponibles, tal como DNA poli, fragmento Klenow, DNA polimerasa T7 y DNA polimerasa T4. La guía para el uso de tales polimerasas se puede encontrar fácilmente en la literatura de productos y en general las guías de biología molecular . Típicamente, el recocido de los cebadores a la secuencia de DNA objetivo se lleva a cabo durante aproximadamente 2 minutos a aproximadamente 37-55°C, la extensión de la secuencia de cebador por la enzima polimerasa (tal Taq polimerasa) en la presencia de trifosfatos de nucleósido se lleva a cabo durante aproximadamente 3 minutos a aproximadamente 70-75°C, y la etapa de desnaturalización para liberar el cebador extendido se lleva a cabo durante aproximadamente 1 minuto a aproximadamente 90-95°C. Sin embargo, estos parámetros pueden ser variados, y uno de habilidad en la técnica fácilmente sabría como ajusfar los parámetros de temperatura y de tiempo de la reacción para lograr los resultados deseados. Por ejemplo, los ciclos pueden ser tan cortos como 10, 8, 6, 5, 4.5, 4, 2, 1, 0.5 minutos o menos. También, las técnicas de "dos temperaturas" se pueden utilizar donde las etapas de recocido y extensión ambas se pueden llevar a cabo a la misma temperatura, típicamente entre aproximadamente 60-65°C, para de esta manera reducir la longitud de cada ciclo de amplificación y da por resultado un tiempo de ensayo más corto. Típicamente, las reacciones descritas en la presente se repiten hasta que se genera una cantidad detectable de producto. Frecuentemente, tales cantidades detectables de producto están entre aproximadamente 10 ng y aproximadamente 100 ng, aunque cantidades más grandes, por ejemplo, 200 ng, 500 ng, 1 mg o más también pueden ser detectadas, por supuesto. En términos de la concentración, la cantidad de producto detectable puede ser de aproximadamente 0.01 pmol, 0.1 pmol, 1 pmol, 10 pmol, o más. Así, el número de ciclos de la reacción que se realiza puede ser variado, entre más ciclos se realicen, más producto amplificado es producido. En ciertas modalidades, la reacción comprende 2, 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50, o más ciclos. Por ejemplo, la reacción de PCR se puede llevar a cabo utilizando muestras de aproximadamente 25-50 .mu.l que contiene aproximadamente *0.01 a 1.0 ng de secuencia de amplificación de plantilla, aproximadamente 10 a 100 pmol de cada cebador genérico, aproximadamente 1.5 unidades de Taq DNA polimerasa ( Promega Corp.), dDATP de aproximadamente 0.2 mM, dCTP de aproximadamente 0.2 mM, dGTP de aproximadamente 0.2 mM, dTTP de aproximadamente 0.2 mM, MgCl.sub.2 de aproximadamente 15 mM, Tris-HCl de aproximadamente 10 mM (pH 9.0), KC1 de aproximadamente 50 mM, aproximadamente 1 .mu.g/ml de gelatina, y aproximadamente 10 .mu.l/ml de Tritón X-100 (Saiki, 1988) . Aquellos de habilidad en la técnica están concientes de la variedad de nucleótidos disponibles para el uso en las reacciones mediadas por polimerasa cíclica. Típicamente, los nucleótidos consistirán por lo menos en parte de deoxinucleótido trifosfatos (dNTPs), que son de manera fácil comercialmente disponibles. Los parámetros para el uso óptimo de dNTPs también son conocidos para aquellos de habilidad en la técnica, y son descritos en la literatura. Además, un número grande de derivados de nucleótidos son conocidos para aquellos de habilidad en la técnica y se pueden utilizar en la presente reacción. Tales derivados incluyen nucleótidos fluorescentemente marcados, que permiten la detección del producto incluyendo tales nucleótidos marcados, como es descrito enseguida. También se incluyen en este grupo nucleótidos que permiten la secuenciación de ácidos nucleicos que incluyen tales nucleótidos, tales como nucleótidos de terminación de cadena, dideoxinucleótidos y nucleótidos resistentes a nucleasa boronada . Los equipos comerciales que contienen los reactivos más típicamente utilizados para estos métodos de secuenciación de DNA están disponibles y ampliamente utilizados. Otros análogos de nucleótidos incluyen nucleótidos con grupos de modificación de bromo o de yodo u otros grupos modificadores, que afectan numerosas propiedades de los ácidos nucleicos resultantes incluyendo su antigenicidad, su replicabilidad, sus temperaturas de fusión, sus propiedades de enlace, etc. Además, ciertos nucleótidos incluyen grupos laterales reactivos, tales como grupos sulfhidrilo, grupos animo, grupos N-bidoxisuccinimidilo, que permiten la modificación de los ácidos nucleicos que los comprenden. La presente invención proporciona oligonucleótidos que pueden ser utilizados como cebadores para amplificar secuencias de ácido nucleico específicas del gen ob en las reacciones de amplificación mediadas por polimerasa cíclica, tales como reacciones de PCR. Estos cebadores son útiles en la detección de los SNPs UASMS1 o UASMS2 en el promotor de leptina, y el SNP exón2-FB en el exón 2 del gen leptina. En ciertas modalidades, estos cebadores consisten de fragmentos de oligonucleótido . En tales fragmentos deben ser longitud suficiente para permitir el recocido o hibridación específica a la muestra de ácido nucleico. La secuencia típicamente serán de aproximadamente 8 a aproximadamente 44 nucleótidos en longitud, pero pueden ser más largas. Secuencias más largas, por ejemplo, de aproximadamente 14 a aproximadamente 50, son ventajosas para ciertas modalidades. En modalidades donde se desean amplificar un fragmento de DNA que comprende los SNPs UASMS1 o UAS S2, los cebadores que ' tienen estiramientos contiguous de aproximadamente 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 o 24 nucleótidos de la SEQ ID NO: 1 (la secuencia de promotor de leptina) son contemplados. En modalidades donde se desea amplificar un fragmento de DNA que comprende el SNP EXON2-FB, los cebadores que tienen estiramientos contiguous de aproximadamente 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 o 24 nucleótidos de la SEQ ID NO: 4 (exón 2 del gen leptina) son contemplados. Aunque se puede utilizar varias longitudes diferentes de cebadores, y la ubicación exacta del estiramiento de nucleótidos contiguos en el gen leptina utilizado para hacer el cebador puede variar, es importante que las secuencias a las cuales recosen los cebadores delantero y trasero están localizados sobre cualquier lado de la posición de nucleótido particular que esta sustituida en el SNP a ser amplificado. Por ejemplo, cuando se diseñan cebadores para la amplificación del polimorfismo UASMS1 un cebador debe ser localizado corriente arriba de (no sobrepuesto con) la posición de nucleótido 207 del promotor de leptina (SEQ ID NO: 1, o 2), y el otro cebador debe ser localizado corriente debajo de (no sobrepuesto Con) la posición de nucleótido 207 del promotor de leptina (SEQ ID NO: 1, o 2) . Cuando se diseñan cebadores para la amplificación del polimorfismo UASMS2, un cebador debe ser localizado corriente arriba de (no sobrepuesto con) la posición de nucleótido 528 del promotor de leptina (SEQ ID NO: 1, o 3), y el otro cebador debe ser localizado corriente debajo de (no sobrepuesto con) la posición de nucleótido 528 del promotor de leptina (SEQ ID NO: 1, o 3) . Finalmente, cuando se diseñan cebadores para la amplificación del polimorfismo EXON2-FB un cebador debe ser localizado corriente de (no sobrepuesto con) la posición de nucleótido 304 del exón 2 (SEQ ID NO: 4), y el otro cebador debe ser localizado corriente debajo de (no sobrepuesto con) la posición de nucleótido 304 del exón 2. En una modalidad preferida, un fragmento de DNA que abarca y contiene la ubicación del polimorfismo UASMS1 se amplifica a partir de una muestra de ácido nucleico utilizando un cebador delantero que tiene la secuencia 5'-GGCACAATCCTGTGTATTGGTAAGA-3 ' (SEQ ID NO: 7), y un cebador trasero que tiene la secuencia 5' -GTCCATGTACCATTGCCCAATTT-3' (SEQ ID NO: 8) .

De manera similar, en una modalidad preferida, un j fragmento de DNA que abarca la ubicación de polimorfismo | UASMS2 se amplifica a partir de una muestra de ácido nucleico utilizando un cebador delantero que tiene la secuencia 5' -AGGTGCCCAGGGACTCA-3 ' - (SEQ ID NO: 9), y un cebador trasero que tiene la secuencia 5 ' -CAACAAAGGCCGTGTGACA-3 ' (SEQ ID NO: 10). j Del mismo modo, para la amplificación de un fragmento de DNA que abarca la ubicación del polimorfismo EXON2-FB, se prefiere que un cebador delantero que tiene la secuencia 5 ' -GGCTTTGGCCCTATCTGTCTTAC-3 ' (SEQ ID NO: 11), y un cebador trasero que tiene la secuencia 5'- CTTGATGAGGGTTTTGGTGTCA-3 ' (SEQ ID NO:12), se ha utilizado. | Los métodos anteriores emplean cebadores i I localizados en cualquier lado de, y no sobrepuestos con el SNP con el fin de amplificar un fragmento de DNA que incluye la posición de nucleótido en la cual se localiza el SNP. Tales métodos requieren tapas adicionales, tal como la secuenciación del fragmento, o hibridación de sondas especificas de alelo al fragmento, con el fin de determinar 1 el genotipo del sitio polimórfico. Sin embargo, algunas modalidades de la presente invención, el método de amplificación es por si mismo un método para determinar el genotipo del sitio polimórfico, como por ejemplo, en la "PCR 1 especifica de alelo". En la PCR especifica de alelo, pares de I cebadores se eligen tal que la amplificación misma es dependiente del ácido nucleico de plantilla de entrada que contiene el polimorfismo de interés. En tales modalidades pares de cebadores se eligen tal que por lo menos un cebador abarca la posición de nucleotido real del SNP y es por lo tanto un cebador de oligonucleótido específico de alelo. Típicamente, los cebadores contienen un nucleotido específico de alelo individual en el 3' terminal precedido por bases que son complementarias al gen de interés. Las. condiciones de reacción de PCR se ajustan tal que la amplificación mediante una DNA polimerasa procede de las terminaciones 3' -cebador igualadas, pero no procede donde ocurre una desigualación. 'La PCR específica de alelo se puede realizar en la presencia de dos cebadores específicos de alelo diferentes, un específico para cada alelo, donde cada cebador es marcado con un tinte diferente, por ejemplo, un cebador específico de alelo que puede ser marcado con un tinte verde (por ejemplo, fluoresceína ) y el otro cebador específico de alelo marcado con un tinte rojo (por ejemplo, sulforhodamina ) . Después de la amplificación, los productos se analizan para la fluorescencia verde y roja. El objetivo es para un genotipo homocigoto para producir fluorescencia verde solamente, el otro genotipo homocigoto para dar fluorescencia roja solamente y el genotipo heterocigoto para dar fluorescencia mezclada de rojo y verde. Así, para realizar la PCR específica de alelo para detectar el polimorfismo UASMS1, un cebador debe sobreponer la posición de nucleótido 207 de SEQ ID NO:l o SEQ ID NO: 2 tal que la posición de nucleótido 207 está en el 3' terminal de cebador. De manera similar, para realizar la PCR especifica de alelo para detectar el polimorfismo UASJVIS2, un cebador debe sobreponer la posición de nucleótido 528 de SEQ ID NO:l o SEQ ID NO: 3 tal que la posición de nucleótido 528 está en el 3' terminal del cebador. Finalmente, cuando se diseñan cebadores específicos de alelo para la detección del polimorfismo EX0N2-FB, un cebador debe sobreponer la posición de nucleótido 304 de la SEQ ID NO: o SEQ ID NO: 5 tal que. la posición de nucleótido 304 está en el 3' terminal del cebador . Los métodos para realizar la PCR específica de alelo son bien conocidos en la técnica, y cualquiera de tales métodos puede ser utilizado. Por ejemplo, métodos adecuados se diseñan en Myakishev y colaboradores Genome Research, vol 1, p 163-169 (2001), Alexander y colaboradores Mol Biotechnol. vol 28(3), p 171-174 (2004), y Ruano y colaboradores Nucleic Acids Res. vol 17(20), p 8392 (1989), los contenidos de las cuales son incorporados por referencia. En algunas modalidades de la presente invención, los cebadores específicos de alelo son seleccionados de modo que la amplificación crea un sitio de restricción, facilitando la identificación de un sitio polimórfico. Para realizar la PCR específica de alelo, las condiciones de reacción deben ser cuidadosamente ajustadas tal que el cebador específico de alelo solamente enlazará un alelo y no el alelo alternativo, por ejemplo, en algunas modalidades las condiciones se ajustan de modo que los cebadores solamente enlazarán donde hay un 100% de igualación entre la secuencia de cebador y el DNA, y no enlazará si hay una sola desigualación de nucleótido . En ciertas modalidades de la presente invención (la detección de SNP dado se puede realizar utilizando sondas de oligonucleótido que enlazan o hibridan al DNA. La presente invención proporciona sondas de oligonucleótido para detectar los SNPs UASMSl, UASMS2 en el promotor de leptina bovino, o el SNP EXON2-FB en el exón 2 del gen de leptina bovino. En ciertas modalidades, estas sondas consisten de fragmentos de oligonucleótido, tales fragmentos deben ser de longitud suficiente para proporcionar hibridación específica a la muestra de ácido nucleico. Las secuencias típicamente serán de aproximadamente 8 a aproximadamente 50 nucleótidos, pero pueden ser más largas. Las sondas de ácido nucleico que tiene estiramientos continuos de aproximadamente 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, o 24 nucleótidos de una secuencia seleccionada de SEQ ID NO:l (promoter de leptina bovino de tipo silvestre) SEQ ID NO: 2 (promotor de leptina bovino con el polimorfismo UASMSl), SEQ ID NO: 3 (promotor de leptina bovino con el polimorfismo UASMS2), SEQ ID N0:5 (exón 2 de leptina bovino de tipo silvestre) o SEQ ID NO: 6 (exón 2 de leptina con el polimorfismo EX0N2-FB) son contemplados. Aunque diversas longitudes diferentes de sondas pueden ser utilizadas, y la ubicación precisa del estiramiento de nucleótidos contiguos en el gen leptina de la cual se deriva la secuencia de sonda puede variar, la secuencia de sonda puede abarcar' la posición de nucleótido particular que es sustituida en el SNP particular a ser detectado. Por ejemplo, las sondas diseñadas para la detección del polimorfismo UASMS1 bovino deben abarcar la posición de nucleótido 207 del promotor de leptina bovino (SEQ ID N0:2). Las sondas diseñadas para la detección del polimorfismo UASMS2 ovino deben abarcar la posición de nucleótido 528 del promotor de leptina bovino (SEQ ID NO: 3). Finalmente, las sondas diseñadas para la detección del polimorfismo exon2-FB bovino deben abarcar la posición 304 del exón 2 del gen leptina bovino (SEQ ID NO:4). Estas sondas serán útiles en una variedad de modalidades de hibridación, tal como el manchado de Southern, manchado de Northern y el análisis de interrupción de hibridación. También las sondas de la invención se pueden utilizar para detectar SNPs en secuencias amplificadas, tales como productos de PC amplificados generados utilizando los cebadores descritos en lo anterior. Por ejemplo, en una modalidad, primero se amplifica un ácido nucleico objetivo, tal como mediante PCR o la amplificación de desplazamiento de hebras (SDA) , y el producto de DNA de doble hebra amplificado luego se desnaturaliza y se híbrida con una sonda. En otra modalidad, el DNA de doble hebra (amplificado o no amplificado) es desnaturalizado e hibridado con una sonda de la presente invención y luego el complejo de hibridación es sometido a condiciones desestabilizantes o de interrupción. Al determinar el nivel de energía de interrupción requerida en donde la sonda tiene diferente energía de interrupción para un alelo como es comparado con otro alelo, el genotipo de un gen en una posición polimórfica puede ser determinado. En un ejemplo, puede haber energía de interrupción menor, por ejemplo, temperatura de fusión, para un alelo que alberga un residuo de citosina en una posición polimórfica, y una energía requerida más alta para un alelo con un residuo de timina en esa posición polimórfica. Esto se puede lograr donde la sonda tiene 100% de homología con un alelo (una sonda perfectamente igualada) pero tiene una sola desigualación con el alelo alternativo. Puesto que la sonda perfectamente igualada es enlazada más herméticamente al DNA objetivo que la sonda desigualada, esto requiere más energía para causar que se disocie la sonda hibridada. En una modalidad las condiciones desestabilizantes comprenden una elevación de temperatura. Entre más alta sea la temperatura, mayor es el grado de desestabilización. En otra modalidad, las condiciones desestabilizantes comprenden someter el completo de hibridación a un gradiente de temperatura, mediante lo cual conforme se incrementa la temperatura, se incrementa el grado de desestabilización. En una modalidad alternativa, las condiciones desestabilizantes comprenden el tratamiento con un compuesto desestabilizante, o un gradiente que comprende cantidades incrementadas de tal compuesto. Los compuestos desestabilizantes adecuados incluyen, pero no están limitados, a, sales y urea. Métodos de desestabilización y desnaturalización de complejos de hibridación son bien conocidos en la técnica, y cualquiera de tales métodos se puede utilizar de acuerdo con la presente invención. Por ejemplo, los métodos de desestabilización y desnaturalización de complejos de hibridación son diseñados por Sambrook y colaboradores, Molecular Cloning; A Laboratory Manual 2d ed. (1989) . Para la detección óptima de desigualaciones de pares de bases individuales, es preferible que haya aproximadamente una diferencia de 1°C a aproximadamente a 10°C en la temperatura de fusión del complejo de DNA de sonda cuando se enlaza a un alelo como es opuesto al alelo alternativo en el sitio polimórfico. Asi, cuando la temperatura es elevada arriba de la temperatura de fusión de un dúplex de sonda: DNA correspondiente a uno de los alelos, esa sonda se disociará. En una modalidad del método anterior, una segunda sonda ("fijadora") puede ser utilizada. Generalmente, la sonda fijadora no es especifica a cualquier alelo, pero híbrida sin considerar qué nucleótido está presente en la posición polimórfica. La sonda fijadora no afecta la energía de interrupción requerida para disociar el complejo de hibridación sino, en cambio, contiene una marca complementaria para la utilización con la primera sonda ("sensora") , por ejemplo para el uso en la transferencia de energía de resonancia de fluorescencia o "FRET." Una sonda sensora adquiere energía de la sonda fijadora una vez que las condiciones adecuadas para la hibridación entre el DNA objetivo y las sondas fijadora y sensora. Una vez que ocurrió la hibridación, la sonda sensora transfiere su energía de fluorescencia a la sonda sensora que solamente emitirá una longitud de onda específica después de que ha adquirido la energía de la sonda fijadora. La detección de SNP ocurre conforme la temperatura es elevada a una proporción predeterminada, y una lectura es adquirida de la luz fluorescente emitida. Si hay una sola desigualación de base de la sonda y el DNA objetivo causado por la presencia del nucleótido polimórfico alterna tivo (es decir, el SNP) , la sonda sensora se disociará más rápido, o una temperatura menor, puesto que la homología del DNA genómico y la sonda sensora será menor que aquella del DNA genómico que no alberga el nucleótido alterado SNP. Así, habrá una pérdida de fluorescencia que puede ser detectada. Donde la sonda es diseñada para enlazar a la secuencia de tipo silvestre, la disociación de la sonda a partir del DNA (es decir, la "función") ocurrirá a una temperatura menor si el SNP está presente, puesto que la estabilidad del enlace de la sonda al SNP es ligeramente menor que para la secuencia de tipo silvestre. Esto ocurre, obviamente, sobre ambos cromosomas al mismo tiempo, pero siendo de esta manera ya sea una lectura de dos temperaturas de fusión idénticas para un homocigoto, o una lectura de dos diferentes temperaturas de fusión para el heterocigoto . Por ejemplo, donde una sonda es diseñada para tener la secuencia del alelo que contiene C del polimorfismo UASMS1, la sonda se disociaré o fundirá a una temperatura menor en las muestras de DNA de individuos que albergan dos copias del alelo que contiene T polimórfico, que individuos que albergan dos copias del alelo que contiene C. En otras modalidades, dos diferentes "sondas específicas de alelo" se puede utilizar para el análisis de un SNP, una primera sonda específica de alelo para la detección de un alelo, y una segunda sonda específica de alelo para la detección del alelo . alternativo . Por ejemplo, en una modalidad los diferentes alelos del polimorfismo ob UASMS1 se pueden detector utilizando dos sondas especificas de alelo diferentes, una para detectar el alelo que contiene T en la posición de nucleótido 207 del promotor del gen ob, y otro para detectar el alelo que contiene C en la posición de nucleótido 207 del promotor de gen ob. En una modalidad preferida una sonda de oligonucleótido que tiene la secuencia de 5' -CTTTCACCTAGTATATCTAG-3 ' (SEQ ID NO: 13) se utiliza para detectar el alelo que contiene T, y una sonda de oligonucleótido de la secuencia de 5 ' -TCTTTCACCTAGTATGTCTAG-3' (SEQ ID NO: 14) se utiliza para detector el alelo que contiene C. En otra modalidad, los diferentes alelos del polimorfismo UASMS2 se pueden detectar utilizando dos sondas especificas del alelo diferentes, una para detectar el alelo que contiene T en la posición de nucleótido 528 del promotor de gen ob y otra para detectar el alelo que contiene C en la posición de nucleótido 528 del promotor de gen ob. En una modalidad preferida una sonda de oligonucleótido que tiene la secuencia de 5 ' -AAGCTCTAGAGCCTATGT-3 ' (SEQ ID NO: 15) se utiliza para detectar el alelo que contiene T, y una sonda de oligonucleótido que tiene la secuencia de 5'-CAAGCTCTAGAGCCTGTGT-3 ' (SEQ ID NO: 16) utilizada para detectar el alelo que contiene C. En una modalidad adicional de diferentes alelos del polimorfismo ob EXON2-FB se pueden detector utilizando dos diferentes sondas especificas de alelo, una para detectar el alelo que contiene T en la posición 305 del exón 2 del gen ob y otra para detectar el alelo que contiene C en la posición de nucleótido 305 del exón 2 del gen ob. En una modalidad preferida una sonda de oligonucleotido que tiene la secuencia de 5' -CCTTGCAGATGGG-3' (SEQ ID NO: 17) se utiliza para detector el alelo que contiene T, y una sonda de oligonucleótido que tiene la secuencia de 5' -CCTTGCGGATGGG-3' (SEQ ID NO: 18) se utiliza para detector el alelo que contiene C. Cualquiera que sean las secuencias de sondas y métodos de hibridación utilizados, un experto en la técnica puede fácilmente determinar las condiciones de hibridación adecuadas, tales como temperatura y condiciones químicas. Por ejemplo, para aplicaciones que requieren alta selectividad, típicamente se desean emplear condiciones relativamente severas para las reacciones de hibridación, por ejemplo, un experto seleccionará condiciones de relativamente baja sal y/o de alta temperatura, tal como es proporcionado por aproximadamente 0.02 M a aproximadamente 0.10 M de NaCl a temperaturas de aproximadamente 50 C a aproximadamente 70 C. Tales condiciones de severidad toleran poca, si la hay, desigualación entre la sonda y la plantilla o hebra objetivo, y son particularmente adecuadas para detectar SNPs específicos de acuerdo con la presente invención. Se aprecia en general que las condiciones se pueden volver más severas mediante la adición de cantidades incrementadas de formamida . Otras variaciones en las condiciones de reacción de hibridación son bien conocidas en la técnica (ver por ejemplo, Sambrook y colaboradores, Molecular Cloning; A Laboratory Manual 2d ed . (1989)). Además de los SNPs descritos en lo anterior, será apreciado por aquellos expertos en la técnica que otros polimorfismos de secuencia de DNA del gen ob pueden existir dentro de una población. Tales variaciones alélicas naturales típicamente pueden dar por resultado aproximadamente 1-5% de variación en la secuencia de nucleótido del gen. Por ejemplo, la SEQ ID NO: 2 proporciona una secuencia de una región del promotor de gen ob que contiene un polimorfismo en la posición de nucleótido 207 (es decir, el SNP UASMS1) . Es posible que otras posiciones polimórficas también pueden existir dentro de este fragmento. Además de las variantes alélicas que ocurren naturalmente de la secuencia de nucleótidos, la persona experta además apreciará que se pueden introducir cambios mediante la mutación en la secuencia de nucleótidos de las secuencias de nucleótidos descritos en la presente. Cualquiera y todas de tales variaciones de nucleótidos adicionales se proponen para estar dentro del alcance de la invención. Así, por ejemplo, una sonda de acuerdo con la presente invención se puede diseñar para enlazar a una secuencia del gen ob que contiene no solamente el polimorfismo UASMSl, sino también otros SNPs que pueden ocurrir dentro de la misma región. Por otra parte, las moléculas de ácido nucleico que difieren de las secuencias de los cebadores y sondas divulgadas en la presente, se proponen para estar dentro del alcance de la invención. Las secuencias de ácido nucleico que son complementarias a estas secuencias, o que son hibridables a las secuencias descritas en la presente bajo condiciones de hibridaciones estándar o severas y también análogos y derivados también se proponen para estar dentro del alcance de la invención. Venta osamente, tales variaciones diferirán de las secuencias descritas en la presente por solamente un número pequeño de nucleótidos, por ejemplo por 1, 2 o 3 nucleótidos . Las moléculas de ácido nucleico correspondientes a variantes alélicas naturales, homólogos (es decir, ácidos nucleicos derivados de otras especies) u otras secuencias relacionadas (por ejemplo, parálogos) de las secuencias descritas en la presente se pueden aislar basado en su homología a los ácidos nucleicos divulgados en la presente, por ejemplo, al realizar reacciones de hibridación estándares o severas utilizando toda una porción de las secuencias de la invención como sondas. Tales métodos para la hibridación y clonación de ácido nucleico son bien conocidos en la técnica.

De manera similar, una molécula de ácido, nucleico de la invención puede incluir solamente un fragmento de la secuencias especificas descritas. Los fragmentos proporcionados en la presente se definen como secuencias de por lo menos 6 ácidos nucleicos (contiguos) , una longitud suficiente para permitir la hibridación especifica de cebadores o sondas de ácido nucleico y son en la mayoría alguna porción menor que una secuencia de longitud completa. Los fragmentos pueden ser derivados de cualquier porción contigua de una secuencia de ácido nucleico de elección. Los derivados y análogos pueden ser de longitud completa o diferente longitud completa, si el derivado o análogo contiene un ácido nucleico o aminoácido modificado, como es descrito enseguida . Derivados, análogos, homólogos y variantes de los ácidos nucleicos de la invención incluyen, pero no están limitados a, moléculas que comprenden regiones que están sustancialmente homologas a los ácidos nucleicos de la invención, en varias modalidades, por al menos aproximadamente 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% o aun 99% de identidad (con una identidad ventajosa de 80-99%) sobre una secuencia de ácido nucleico de tamaño idéntico o cuando se compara con una secuencia alineada en la cual la alineación se hace mediante un programa de homología de computadora conocida en la técnica.

Los cebadores y sondas descritos en la presente se pueden preparar fácilmente mediante, por ejemplo, sintetización directa del fragmento por medios químicos o al introducir secuencias seleccionadas en vectores recombinantes para producción recombinante . Los métodos para hacer un vector o recombinantes o plásmidos para la amplificación del fragmento ya sea in vivo o in vitro pude ser cualquier método deseado, pro ejemplo, un método que es mediante un análogo a los métodos divulgados en, o divulgados en los documentos citados en: patentes norteamericanas Nos. 4, 603, 112 4, 769, 330, 4, 394, 448; 4, 722, 848; 4,745, 051; 4, 769, 331 4 , 945, 050, 5, 494, 807; 5, 514, 375; 5,744, 140; 5, 744,141 , 756, 103, 5, 762, 938; 5, 766, 599; 5, 990, 091; 5, 174, 993 , 505, 941, 5,338,683; 5, 494, 807; 5, 591, 639; 5, 589, 66 , 677, 178, 5, 591, 439; 5, 552, 143; 5, 580, 859; 6, 130, 066 6, 004, 777 6, 130, 066; 6, 497, 883; 6, 464, 984; 6, 451, 770 6, 391, 314 6, 387, 376 ; 6, 376, 473; 6, 368, 603; 6, 348, 196 6, 306, 400 6,228,846; 6, 221, 362; 6,217,883; 6, 207, 166 6, 207, 165 6,159,477; 6, 153, 199; 6, 090, 393; 6, 074, 649 6, 045, 803 6,033,670; 6,485,729; 6, 103, 526; 6, 224, 882 6, 312, 682 ,- 6,348,450 and 6; 312,683; solicitud de patent norteamericana No. de serie 920,197, presentada el 16 de octubre de 1986; WO 90/01543; W091/11525; WO 94/16716; WO 96/39491; WO 98/33510; EP 265785; EP 0 370 573; Andreansky y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci . USA 1996; 93:11313- 11318; Ballay y colaboradores, EMBO J. 1993; 4:3861-65; Feigner y colaboradores, J. Biol. Chem. 1994; 269:2550-2561; Frolov y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 1996;93:11371-11377; Graham, Tibtech 1990; 8:85-87; Grunhaus y colaboradores, Sem. Virol. 1992; 3:237-52; Ju y colaboradores, Diabetologia 1998; 41:736-739; Kitson y colaboradores, J. Virol. 1991; 65:3068-3075; McClements y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 1996; 93:11414-11420; Moss, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 1996; 93:11341-11348; Paoletti, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 1996; 93:11349-11353; Pennock y colaboradores, Mol. Cell. Biol. 1984; 4:399-406; Richardson (Ed) , Methods in Molecular Biology 1995; 39, "Baculovirus Expression Protocols," Humana Press Inc.; Smith y colaboradores (1983) Mol. Cell. Biol. 1983; 3:2156-2165; Robertson y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 1996; 93:11334-11340; Robinson y colaboradores, Sem. Immunol . 1997; 9:271; y Roizman, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 1996; 93:11307-11312. En las secuencias de oligonucleótido utilizadas como cebadores o sondas de acuerdo con la presente invención pueden ser marcadas con una porción detectable. Como se utiliza en la presente el término "sensores" se refiere a tales cebadores o sondas marcadas con una porción detectable. Varias porciones de marcación son conocidas en la técnica. La porción puede ser, por ejemplo, una radiomarca (por ejemplo, .sup.3H, .sup.1251, .sup.35S, .sup.l4C, .sup.32P, etc.), enzima detectable (por ejemplo, peroxidasa de rábano picante (HRP) , fosfatasa alcalina, etc.), un tinte fluorescente (por ejemplo, isotiocianato de fluoresceina , Texas red, rodamina, Cy3, Cy5, Bodipy, Bodipy Far Red, Lucifer Yellow, Bodipy 630/650-X, Bodipy R6G-X and 5-CR 6G y los similares), una marca colorimétrica tal como oro coloidal o vidrio o plástico coloreado (por ejemplo, poliestireno, polipropileno, látex, etc.=, cuentas, o cualquier otra porción capaz de generar una señal detectable tal como una señal colorimétrica, fluorescente, quimioluminiscente o electroquimioluminiscente (ECL) . Los cebadores o sondas pueden ser marcados directamente o indirectamente con una porción detectable, o sintetizados para incorporar la porción detectable. En una modalidad, una marca detectable se incorpora en ácido nucleico durante por lo menos un ciclo de una reacción de amplificación mediada por polimerasa cíclica. Por ejemplo, las polimerasas se pueden utilizar para incorporar nucleótidos fluorescentes durante el curso de las regiones de amplificación mediadas por polimerasa. Alternativamente, los nucleótidos fluorescentes pueden ser incorporados durante la síntesis de cebadores o sondas de ácido nucleico. Para marcar un oligonucleótido con el tinte fluorescente, se puede utilizar uno de los métodos de marcación convencionalmente conocidos (Nature Biotechnology , 14, 303-308, 1996; Applied and Environmental Microbiology , 63, 1143-1147, 1997; Nucleic Acids Research, 24, 4532-4535, 1996). Una sonda ventajosa es una marcada con un tinte fluorescente en el extremo 3' o 5' que contiene G o C como la base en el extremo marcado. Si el extremo 5' es marcado y el 3' no es marcado, el grupo OH sobre el átomo C en la posición 3' de la ribosa o deoxiribosa del extremo 3' se puede modificar con un grupo fosfato o los similares aunque no se impone limitación a este respecto. Los medios espectroscópicos , fotoquimicos , bioquímicos, inmunoquímicos , eléctricos, ópticos o químicos se pueden utilizar para detectar tales marcas. El dispositivo y método de detección puede incluir pero no está limitado a, formación de imagen óptica, formación de imagen en electrónica, formación de imagen con una cámara CCD, formación de imagen óptica integrada y espectrometría de masa. Además, la cantidad de sonda marcada o no marcada enlazada al objetivo puede ser cuantificada . Tal cuantificación puede incluir el análisis estadístico. En otras modalidades la detección puede ser por la vía de diferencias de conductividad entre sitios concordantes y discordantes, mediante enfriamiento, mediante perturbación de fluorescencia de análisis o mediante el transporte de electrones entre moléculas donadoras y aceptoras. En todavía otra modalidad, la detección puede ser por la vía de transferencia de energía entre moléculas en los complejos de hibridación en reacciones de PCR o de hiridación, tal como mediante la transferencia de energía de fluorescencia (FET) o la transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (FRET). En los métodos de FET y FRET, una o más sondas de ácido nucleico son marcadas con moléculas fluorescentes, una de las cuales es capaz de actuar como un donador de energía y la otra de las cuales es una molécula aceptora de energía. Hay algunas veces conocido como una molécula reportadora y una molécula enfriadora respectivamente. La molécula donadora es excitada con una longitud de onda de luz específica para la cual normalmente exhibirá una longitud de onda de emisión de fluorescencia. La molécula aceptora también se excita en esta longitud de onda tal que pueda aceptar la energía de emisión de la molécula donadora por una variedad de mecanismos de transferencia de energía dependientes de la distancia. Generalmente, la molécula aceptora acepta la energía de emisión de la molécula donadora cuando están en estrecha proximidad (por ejemplo, sobre la misma, o una molécula cercana) . Las técnicas FET y FRET son bien conocidas en la técnica y se pueden utilizar fácilmente para detectar los SNPs en la presente invención. Ver por ejemplo, las patentes norteamericanas Nos. 5,668,648, 5,707,804, 5,728,528, 5,853,992 y 5,869,255 (para una descripción de tintes FRET) , Tyagi y colaboradores Nature Biotech, vol. 14, p 303-8 (1996) y Tyagi y colaboradores, Nature Biotech, vol 16, p 49-53 (1998) (para una descripción de guias moleculares para FET) y Mergny y colaboradores Nucleic Acid Res. vol 22, p 920-928, (1994) y Wolf y colaboradores PNAS vol 85, p 8790-94 (1988) para descripciones y métodos generales de FET y FRET) , cada una de las cuales es incorporada en la presente por referencia. Los cebadores y sondas de oligonucleótido de la presente invención tienen aplicaciones comerciales en equipo de diagnóstico para la detección de los SNPs del gen ob UASMS1, UASMS2 y EXON2-FB en muestras de Ganado. Un equipo de prueba de acuerdo con la invención puede comprender cualquiera de los cebadores o sondas de oligonucleótido de acuerdo con la invención. Tal equipo de prueba adicionalmente puede comprender uno o más reactivos para el uso en las regiones de amplificación mediadas por polimerasa cíclica, tales como DNA polimerasas, nucleótidos (dNTPs) soluciones reguladoras y los similares. Un equipo de detección de SNP también puede incluir, una solución reguladora lisante para lisar las células contenidas en la muestra. Un equipo de prueba de acuerdo con la invención puede comprender un par de cebadores de oligonucleótido de acuerdo con la invención y una sonda que comprende un oligonucleótido de acuerdo con la invención. En algunas modalidades, tal equipo contendrá dos sondas de oligonucleótido especificas de alelo. Venta osamente el equipo además puede comprender medios adicionales, tales como reactivos, para detectar o medir el enlace o los cebadores o sondas de la presente invención y también idealmente un control positivo y negativo. La presente invención además abarca sondas de acuerdo con la presente invención que son inmovilizadas sobre un soporte sólido flexible, tal como papel, nylon u otro tipo de membrana, filtro, microplaquita , platina de vidrio, microplaquitas , microcuentas o cualquier otra matriz de tal clase, todas las cuales están dentro del alcance de esta invención. La sonda de esta forma es ahora llamada un "chip de DNA" . Estos chips de DNA se pueden utilizar para analizar los SNPs de la presente invención. La presente invención además abarca arreglos o microarreglos de moléculas de ácido nucleico que están basadas sobre una o más de las secuencias descritas en la presente. Como se utiliza en la presente "arreglo" o "microarreglo" se refiere a un arreglo de distintos polinucleótidos u oligonucleótidos sintetizados sobre un soporte sólido flexible, tal como papel, nylon u otro tipo de membrana, filtro, chip, platina de vidrio o cualquier otro soporte sólido adecuado. En una modalidad, el microarreglo se prepara y se utiliza de acuerdo con los métodos y dispositivos descritos en las patentes norteamericanas Nos. 5,446,603; 5,545,531; 5,807,522; ,837,832; 5,874,219; 6,114,122; 6,238,910; 6, 365,418; 6,410,229; 6,420,114; 6,432,696; 6,475,808 y 6,489,159 y la publicación de PCT No. WO 01/45843 A2 , las descripciones de las cuales son incorporadas por referencia en sus totalidades. Como es descrito en detalle en lo anterior, la presente invención proporciona reactivos y métodos para la detección de los SNPs UASMS1, UASMS2 y EXON2-FB en muestras de DNA obtenidas de animales individuales. Por ejemplo, utilizando los métodos de la presente invención, se puede determinar si un animal dado tiene una citosina o una timina en la posición UASMS1 polimórfica (localizada en la posición de nucleótido 207 del promotor del gen ob) . Habiéndose utilizado los métodos de la invención para determinar el genotipo de un animal de interés en ya sea el UASMS1, UASMS2 y/o EX0N2-FB una posición polimórfica, es además un objetivo de la presente invención utilizar esta información de genotipo para seleccionar y/o agrupar animales de acuerdo con su genotipo. Como es descrito en los ejemplos, ciertos alelos de los SNPs UASMS1, UASMS2 y EXON2-FB están asociados con el atributo económicamente importante de la forma láctea. Por ejemplo, la presente invención demuestra que UASMS1 tiene la asociación más significante con la forma láctea. El alelo C de la posición UASMS1 está más significativamente asociada con la forma láctea inferior y el alelo T está más significativamente asociado con la forma láctea superior. Asi en una modalidad, donde es deseable agrupar animales de acuerdo con la forma láctea, los animales se pueden seleccionar y agrupar de acuerdo con su genotipo en la posición UASMS1 polimórfica. Las asociaciones entre los genotipos de cada una de las posiciones polimórficas UASMS1, UASMS2 y EXON2-FB y la forma láctea se describen en los Ejemplos. Asi, para cada uno de estos atributos, los animales pueden ser agrupados de acuerdo con el genotipo. Las FIGS. 12, 13, 14 y 15 ilustran la utilización de diagramas de flujo de cómo los animales se pueden seleccionar para los SNPs UASMS1, UASMS2 y EX0N2-FB respectivamente e ilustran cómo la información del genotipo se puede utilizar para seleccionar animales para la reproducción de y/o el uso para la producción de alimentos. Los métodos resumidos en estos diagramas de flujo no se proponen para ser limitativos, y aquellos expertos en la técnica reconocerán que varios aspectos de estos métodos podrían ser alterados sin afectar el resultado total. La FIG. 12-15 ilustran algunas de las características fenotípicas que están asociadas con cada fenotipo. Otros fenotipos que muestran algún nivel de correlación a cada genotipo se muestra en la sección de Ejemplos. Así, en una modalidad, la presente invención proporciona métodos para agrupar animales y métodos para manejar la producción de ganado, que comprenden agrupar animales de ganado, tal como ganado vacuno, de acuerdo con el genotipo de las posiciones polimórficas UAS S1, UASMS2 y/o EXON2-FB. La selección genética del método de agrupamiento de la presente invención se puede utilizar en conjunción con otros métodos de agrupamiento fenotipicos convencionales tal como el agrupamiento de animales por características visibles tal como peso, tamaño del cuerpo, atributos de reproducción y los similares. Los métodos de la presente invención proporcionan la selección de ganado que tiene atributos heredables mejorados, y se puede utilizar para optimizar el desempeño de manadas de ganado en áreas tal como la forma láctea. La presente invención proporciona métodos para clasificar ganado para determinar aquellos más probables de desarrollar una condición del cuerpo deseada al identificar la presencia o ausencia de un polimorfismo en los genes ob que está correlacionado con esa condición del cuerpo. Como es descrito en lo anterior, y en los Ejemplos, existen varios atributos fenotipicos con los cuales los SNPs de la presente invención están asociados. Cada uno de los atributos fenotipicos puede ser probado utilizando los métodos descritos en los Ejemplos, o utilizando cualquiera de los métodos conocidos en la técnica. Utilizando los métodos de la invención, un granjero, u operador de lote de alimento o los similares, pueden agrupar el ganado de acuerdo con la propensión genética del animal para un atributo deseado tal como la forma láctea como el determinado por el genotipo SNP, además de los presentes criterios que él usaría ordinariamente para el agrupamiento . En el ganado vacuno se prueba para determinar la homocigosidad o heterocigosidad con respecto a los alelos UASMS1, UASMS2 y EXON2-FB del gen ob de modo que se pueden agrupar tal que cada corral contiene Ganado vacuno con genotipos similares. Cada corral de animales luego se alimenta y de otra manera se mantiene de una manera y por un tiempo determinado por el operador de lote de alimento para ser ideal para la producción de carne antes del sacrificio, o para maximizar la producción de leche. Así, el granjero u operador del lote de alimentos se presente con oportunidades para eficiencias considerables. Actualmente, el alimentador alimenta todo su ganado él mismo, incurriendo en los mismos costos para cada animal, y típicamente, con excelentes prácticas de manejo, quizás 40% graduaran AAA y recibirán el precio premio para el grado de agradabilidad (dependiendo de otros diversos factores, tal como la edad del animal, y los inventores saben del ganado e entre 17-24 meses de edad que ha incrementado el marmoleo comparado con sus contrapartes más jóvenes. Aproximadamente 55% del ganado es sacrificado en una edad por debajo de 16 meses y 45% será sacrificado en la edad arriba de 17 meses) . De estos, un número significante tendrá grasa en exceso y de esta manera recibirá un grado de rendimiento reducido. El resto del ganado, 60%, se clasificará menor que AAA, y de esta manera recibirá un precio reducido, aunque los costos del lote de alimento incurridos por el operador son los mismos. El agrupamiento y la alimentación del ganado por el genotipo permita al granjero tratar cada grupo diferentemente con una pista para incrementar el aprovechamiento . Se contempla que, sin considerar la deseabilidad y el pago de premio por cualquier calidad de carne particular en cualquier tiempo dado, la provisión del granjero con un grupo más uniforme que tiene una calidad de carne predecible proporcionarla al granjero con la oportunidad para demandar y recibir un premio, con relación a los grupos menos uniforme del ganado actualmente disponible. Los métodos de la invención también son útiles en los programas de reproducción para seleccionar aquellos animales que tienen fenotipos deseables para varios atributos económicamente importantes, tales como los niveles de leptina circulante, ingesta de alimento, proporción de crecimiento, peso del cuerpo, valia y composición del canal y rendimiento de leche. La selección y reproducción continua de animales, tal como ganado, que son por lo menos heterocigotos y ventajosamente homocigotos para un polimorfismo deseable asociado con, por ejemplo, valia del canal mejorado, conduciría a una raza, línea o población que tiene altos números de descendientes con valía de canal mejorada. Así, los granjeros pueden incrementar el valor de sus becerros al utilizar los métodos de la presente invención para incrementar la ocurrencia de los alelos específicos en los becerros que están asociados con atributos económicamente importantes. Así, los SNPs de la presente invención se pueden utilizar como herramientas de selección en programas de reproducción . Para los propósitos de la presente invención, la identidad u homología de secuencia se determina al comparar las secuencias cuando se alinean para maximizar la sobreposición en la identidad mientras que se minimizan los espacios de secuencia. En particular, la identidad de secuencia se puede determinar utilizando cualquiera de un número de algoritmos matemáticos. Un ejemplo no limitativo de un algoritmo matemático utilizado para la comparación de dos secuencias es el algoritmo de Karlin & Altschul, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 1990; 87:2264-2268, modificado como en Karlin & Altschul, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 1993;90: 5873-5877. Otro ejemplo de un algoritmo matemático utilizado para la comparación de secuencias es el algoritmo de yers & Miller, CABIOS 1988; 4:11-17. Tal algoritmo es incorporado en el programa ALIGN (versión 2.0) que es parte del paquete de software de alineación de secuencia GCG . Cuando se utiliza el programa ALIGN para comparar secuencias de aminoácidos, una tabla de residuos de ponderación PAM120, una sanción de longitud de espacio de 12 y sanción de espacio de 4 puede ser utilizado. Todavía otro algoritmo útil para identificar regiones de similitud de secuencia local y alineaciones es al algoritmo FASTA como es descrito en Pearson & Lipman, Proc . Nati. Acad. Sci. USA 1988; 85:24 -24 8. Ventajoso para el uso de acuerdo con la presente invención es el software WU-BLAST (Washington University BLAST) versión 2.0. Los programas ejecutables de WU-BLAST versión 2.0 para varias plataformas UNIX pueden ser descargadas de ftp ://blast.wustl. edu/blast/executables . Este programa está basado sobre WU-BLAST versión 1.4, que a su vez está basado en el NCBI-BLAST versión 1.4 de dominio público (Altschul & Gish, 1996, Local alignment statistics, Doolittle ed-, Methods in Enzymology 266:460-480; Altschul y colaboradores, Journal of Molecular Biology 1990; 215:403-410; Gish & States, 1993;Nature Genetics 3:266-272; Karlin & Altschul, 1993; Proc. Nati. Acad. Sci. USA 90:5873-5877; todas las cuales son incorporadas por referencia en la presente ) . En todos los programas de búsqueda en el sitio de las rutinas de alineación espacidas están integrales a la búsqueda de base de datos misma. El espaciamiento puede ser apagado si es deseado. La sanción de error (Q) para una sanción de longitud uno es Q=9 para proteínas y BLASTP y Q=10 para BLASTN, pero puede ser cambiada a cualquier número entero. La sanción por residuo de error para la extensión de un espacio (R) es R=2 para proteínas y BLASTP y R=10 para BLASTN, pero puede ser cambiado a cualquier número entero. Cualquier combinación de valores para Q y R se puede utilizar con el fin de alinear secuencias para maximizar la sobreposición e identidad mientras que se minimizan los espacios de secuencia. La matriz de comparación de aminoácidos de error es BLOSUM62, pero se pueden utilizar otras matrices de comparación de aminoácidos tal como PAM. Alternativamente o adicionalmente, el término "homología" o "identidad" por ejemplo, con respecto a una secuencia de nucleótidos o de aminoácidos, puede indicar una medida cuantitativa de homología entre dos secuencias. El por ciento de homología de secuencia puede ser calculado como (N . sub. ref- . sub . dif ) *100/- . sub. ref, donde N. sub. dif es el númro total de residuos no idénticos en las dos secuencias cuando se alinean y en donde N. sub. ref es el número de residuo en una de las secuencias. Por consiguiente, la secuencia de DNA AGTCAGTC tendrá una identidad de secuencia de 75% con la secuencia AATCAATC (Nref=8; Ndlf=2) . "Homología" o "identidad" puede referirse al número de posiciones con nucleótidos o aminoácidos idénticos divididos entre el número de nucleótidos o aminoácidos en la más corta de las dos secuencias en donde la alineación de las dos secuencias puede ser determinada de acuerdo con el algoritmo de Wilbur y Lipman (Wilbur & Lipman, Proc Nati Acad Sci USA 1983; 80:726, incorporada en la presente por referencia), por ejemplo, utilizando un tamaño de ventana de 20 nucleótidos, una longitud de palabra de 4 nucleótidos, y una sanción de espacio de 4 y el análisis asistido por computadora y la interpretación de los datos en secuencia que incluyen la alineación puede ser convenientemente realizados utilizando programas comercialmente disponibles (por ejemplo, Intelligenetics . TM . Suite, Intelligenetics Inc. CA) . Cuando las secuencias de RNA se dicen que son similares, o tienen un grado de identidad u homología de secuencia con las secuencias de DNA, la timidina (T) en la secuencia de DNA se considera igual a uracilo (U) en la secuencia de RNA. Así, la secuencia de RNA están dentro del alcance de la invención se pueden derivar de secuencias de DNA, por timidina (T) en la secuencia de DNA que es considerada igual a uracilo (U) en la secuencia de RNA. Sin la experimentación indebida, la persona experta puede consultar con muchos otros programas o referencias para determinar el por ciento de homología. Los datos genotípicos individuales derivados de un panel o péneles de SNPs de cada animal o una manada o bandada de animales se puede registrar y asociar con otros diversos datos del animal, por ejemplo, información de salud, parentesco, condiciones de crianza, historia veterinaria, registros de la manada o bandada, datos de seguridad de alimentos subsecuentes y los similares. Tal información puede ser adelantada a una agencia gubernamental para proporcionar la rastreabilidad de un animal o producto de carne, o puede servir como la base para la información de reproducción, alimentación y comercialización. Una vez que los datos tiene o no se han asociado con otros datos, los datos son almacenados en una base de datos accesible, tal como, pero no limitada, a una base de datos de computadora o un microchip implantado en el animal. Los métodos de la invención puede proporcionar un análisis de los datos de entrada que pueden ser comparados con parámetros deseados por el operador. Estos parámetros incluyen, pero no están limitados a, tal como objetivos de reproducción, objetivos de postura de huevos, niveles de vacunación de una bandada o manada. Si el desempeño o propiedades del animal se desvian de los objetivos deseados, los métodos basados en computadora pueden activar una alerta para permitir al operador ajusfar las dosis de vacunación, . medicaciones, alimento, etc. por consiguiente . Los resultados del análisis proporcionan datos que están asociados con el animal individual o. a la manada en conjunto o en parte de la cual se tomó la muestra. Los datos luego se conservan en una base de datos accesibles y puede o no puede estar asociado con otros datos de ese individuo particular de otros animales. Los datos obtenidos de animales individuales pueden ser almacenados en una base de datos que puede ser integrado o asociado con y/o igualada cruzadamente con otras bases de datos. La base de datos junto con los datos asociados permite la información acerca del animal individual que se ha conocido a través de cada etapa de la vida del animal, es decir, desde la concepción al consumo del producto animal. Los datos acumulados y la combinación de los datos genéticos con otros tipos de datos del animal proporciona exceso a la información acerca del parentesco, identificación de la manada o bandada, información de salud incluyendo vacunaciones, exposición a enfermedades, ubicación del lote de alimentación, dieta y cambios de propietario. La información tales como fechas y resultados de las pruebas de diagnóstico de rutina son fácilmente almacenadas y alcanzables. Tal información será especialmente valiosa a compañías, particularmente aquellas quienes buscan líneas de reproducción superiores. Cada animal puede ser proporcionado con un identificador único. El animal puede ser etiquetado, como en los programas de rastreo tradicionales o tener chips de computadora implantados que proporcionan datos almacenados y leíbles son proporcionados con cualquier otro método de identificación que asocia al animal con su identificador único . La base de datos que contiene los resultados del genotipo basado en SNP para cada animal o los datos para cada animal se pueden asociar o enlazar a otras bases de datos que contienen datos, por ejemplo, que pueden ser útiles en seleccionar atributos para agrupar o subagrupar un animal. Por ejemplo, y no por limitación, los datos que pertenecen a animales que tienen protocolos de vacunación o medicación particulares, opcionalmente pueden ser además enlazados con los datos que pertenecen en animales que tienen alimentos de ciertas fuentes de alimento. La habilidad para retinar un grupo de animales alimentados solamente por los atributos buscados y la base de datos que contiene información relacionada con los atributos. Las bases de datos que pueden ser útilmente asociadas con los métodos de la invención incluyen, pero no están limitadas a, datos científicos específicos o generales. Los datos científicos incluyen, pero no están limitados a, líneas de reproducción, sementales, hembras y los similares, y otros genotipos de animales, incluyendo si o no otros animales específicos poseen genes específicos, incluyendo elementos genéticos t ansgénicos , ubicación de animales que comparten características genéticas similares o idénticas, y los similares. Los datos generales incluyen, pero no etán limitados a, datos científicos tales como qué genes codifican para características de calidad específicas, datos de asociación de reproducción, datos de alimento, tendencias de reproducción y los similares. Un método de la presente invención incluye proporcionar al propietario o cliente del animal con el mismo equipo de recolección, tales como torundas y frasquitos útiles para recolectar muestras de las cuales se pueden obtener datos genéticos. Los frasquitos son envasados en un contenedor que e codificado con leyendas de identificación. Ventajosamente, el empaquetamiento es codificado con una etiqueta de código de barras. Los frasquitos son codificados con las mismas leyendas de identificación, ventajosamente con una etiqueta de código de barras de igualación. Opcionalmente , el empaquetamiento contiene medios para enviar los frasquitos a un laboratorio para el análisis. El empaquetamiento opcional también es identificado con leyendas de identificación, ventajosamente con una etiqueta de código de barras. El método opcionalmente incluye un sistema en donde una cuenta de base de datos es establecida en el ordenamiento del equipo de muestreo. El identificador de la cuenta de base de datos corresponde a la leyenda de identificación de · los frasquitos y el empaquetamiento. En el envió del equipo de muestreo en cumplimiento de la orden, las leyendas de identificación son registradas en una base de datos. Venta osamente, el identificador es una etiqueta de código de barras que es escaneado cuando los frasquitos son enviados. Cuando los frasquitos son regresados a la instalación de prueba, el identificador es nuevamente registrado e igualado con la información previamente registrada en la base de datos en el envió del frasquito al cliente. Una vez que se completa la determinación del genotipo, la información registrada en la base de datos y codificada con el identificador único. Los resultados de prueba también se proporcionan al cliente o propietario del animal. Los datos almacenados en la base de datos de genotipo se pueden integrar con o comparar con otros datos o bases de datos para el propósito de identificar animales basados en las propensiones genéticas. Otros datos o bases de datos incluyen pro no están limitados a, aquellos que contienen información relacionada con la prueba de DNA basada en SNP, vacunación, programa de reacondicionamiento SUREBRED, estrus y resultados de preñez, niveles de hormonas, seguridad del alimento y/o contaminación, conteos de células somáticas, ocurrencia de mastiques, resultados de prueba de diagnóstico, niveles de proteina de la leche, grasa de la leche, estado de vacuna, registros de salud, niveles de minerales, niveles de I 14 minerales menores, desempeño a la manada y los similares. La presente invención, por lo tanto, abarca métodos asistidos por computadora para rastrear las historias de reproducción y veterinarias de animales de ganado que comprenden la utilización de un sistema basado en computadora que comprende una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y que comprende las etapas de generar un perfil de un animal de ganado al introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos de genotipo del animal, el genotipo puede ser definido por un panel de por lo menos dos polimorfismos de nucleótido individual que predicen por lo menos un atributo físico del animal, introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos de bienestar del animal, correlacionar los datos de bienestar introducidos con el perfil fenotípico del animal utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y hacer salir un perfil del animal o grupo de animales al dispositivo de salida. Las bases de datos y el análisis de los mismos serán accesibles a aquellos quienes se les han proporcionado acceso. El acceso puede ser proporcionado a través de derechos al acceso mediante suscripción a porciones de los datos específicos. Por ejemplo, la base de datos puede ser accesada por propietarios del animal, el sitio de prueba, la entidad que proporciona la muestra al sitio de prueba, el personal del lote de alimento y los veterinarios. Los datos se pueden proporcionar en cualquier forma tal como al accesar un sitio de la red, fax, correo electrónico, correspondencia enviada por correo, teléfono automatizado u otros métodos para comunicación. Estos datos también pueden ser codificados sobre un dispositivo de almacenamiento portátil, tal como un microchip que puede ser implantado en el animal. Venta osamente, la información puede ser leída y nueva información adicionada sin remover el microchip del animal. La presente invención comprende sistemas para realizar los métodos divulgados en la presente. Tales sistemas comprenden dispositivos, tales computadoras, conexiones de internet, servidores y dispositivos de almacenamiento para datos. La presente invención también proporciona un método para transmitir datos que comprenden la transmisión de información a partir de tales métodos discutidos en la presente o etapas de los mismos, por ejemplo, por la vía de telecomunicación, teléfono, video conferencia, comunicación masiva, por ejemplo, presentación tal como presentación en computadora (por ejemplo POWERPOINT) , internet, correo electrónico, comunicación documental tales como programas de computadora (por ejemplo WORD) y los similares.

Los sistemas de la presente invención puede comprende un módulo de recolección de datos, que incluye un recolector de datos para recolectar datos de un animal o embrión y transmitir los datos a un módulo de análisis de datos, un interfaz de red 'para recibir datos del módulo de análisis de datos, y opcionalmente además adaptado para combinar múltiples datos de uno o más animales individuales y para transmitir los datos por la vía de una red a otros sitios, o dispositivos de almacenamiento. Más particularmente, los sistemas de la presente invención comprende un módulo de recolección de datos, un módulo de análisis de datos, un interfaz de red para recibir datos del módulo de análisis de datos, y opcionalmente además adaptados para combinar datos múltiples de uno o más animales individuales, y para transmitir los datos por la vía de una red a otros sitios y/o un dispositivo de almacenamiento. Por ejemplo, los datos recolectados por el módulo de recolección conduce a una determinación de la ausencia o presencia de un SNP de un gen en el animal o embrión y, por ejemplo, tales datos se transmiten a un sitio de alimentación cuando el régimen de alimentación del animal es planeado. En una modalidad donde los datos son implantados sobre un microchip en un animal particular, el granjero puede optimizar la eficiencia del manejo de la manada debido a que el granjero es capaz de identificar las predisposiciones genéticas de un animal individual asi como los tratamientos pasados, presentes y futuros (por ejemplo, vacunaciones y visitas veterinarias). La invención, por lo tanto también proporciona acceso a otras bases de datos, por ejemplo, datos de manada o de bandada relacionados con las pruebas genéticas y datos realizados por otros mediante enlaces de datos a otros sitios. Por lo tanto, los datos de otras bases de datos se pueden transmitir a la base de datos central de la presente invención por la vía de una interfaz de red para recibir datos del módulo de análisis de datos de las otras bases de datos. La invención se relaciona a un sistema de computadora y .un medio leíble en computadora para compilar datos sobre un animal, el sistema que contiene datos introducidos en ese animal, tal como pero no limitado a, vacunación e historias de medicación, prueba de DNA, prueba de tiroglobulina, leptina, MMI (Meta Morphix Inc.), diagnosis de encefalopatía espongiforme Bovina (BSE) , vacunación para brucelosis, vacunación para FMD (enfermedad de la pata y la boca) , vacunación para BVD (diarrea viral bovina) , programa de preacondicionamiento SUREBRED, estrus y resultados de preñez, tuberculosis, niveles de hormona, seguridad/contaminación del alimento, conteos de células somáticas, ocurrencia de mastitis, resultados de prueba de diagnóstico, niveles de proteína de la leche, grasa de la leche, registros de salud, niveles de minerales, niveles de minerales menores, desempeño de la manada y los similares. Los datos del animal también pueden incluir tratamientos previos asi como el tratamiento ajustado sugerido dependiendo de la predisposición' genética del animal hacia una enfermedad particular. La invención también proporciona un método asistido por computadora para mejorar la producción del animal que comprende la utilización de un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, las etapas de introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden datos de reproducción, veterinarios, de medicación, datos de diagnóstico y los similares de un animal, correlacionar una característica física predicha por el genotipo utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, hacer salir del dispositivo de salida a las características físicas correlacionadas con el genotipo y alimentar al animal con una dieta basada en características físicas, para de esta manera mejorar la producción del ganado. La invención además proporciona un método asistido por computadora para optimizar la eficiencia de los lotes de alimento para el ganado que comprende la utilización de un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, y las etapas de introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden la reproducción, historia veterinaria, etc. de un animal, correlacionada con las historias de reproducción, veterinaria, etc. utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, hacer salir del dispositivo de salida la característica física, correlacionada con el genotipo y alimentar al animal con un dieta basada en la característica física, para de esta manera optimizar la eficiencia de los lotes de alimento para el ganado. La invención además comprende métodos para hacer negocio al proporcionar acceso a tales medios leíbles en computadora y/o sistemas de computadora y/o datos recolectados de los animales a los usuarios; por ejemplo, los medios y/o datos de esta secuencia pueden ser accesibles para un usuario, por ejemplo en una base de suscripción, por la vía de la internet o una comunicación global/red de computadoras; o, el sistema de computadora puede ser disponible a un usuario, sobre una base de suscripción. En una modalidad, la invención proporciona un sistema de computadora para manejar ganado que comprende características físicas y bases de datos correspondientes a uno o más animales. En otra modalidad, la invención proporciona medios leíbles en computadora para manejar ganado que comprende características físicas e historias veterinarias correspondientes a uno o más animales. La invención además proporciona métodos para hacer negocio para manejar el ganado que comprende proporcionar a un usuario el sistema de computadora y medios descritos en lo anterior o características físicas e historias veterinarias correspondientes a uno o más animales. La invención además abarca métodos para transmitir información obtenida en cualquier método o etapa del mismo descrito en la presente o cualquier información descrita en la presente, por ejemplo, por la vía de telecomunicaciones, teléfono, comunicaciones masivas', medios masivos, presentaciones, internet, correo electrónico, etc. La invención además abarca equipos útiles para clasificar ácido nucleico aislado de uno o más individuos bovinos para la variación alélica de cualquiera de los genes leptina, y en particular para cualquiera de las SNPs descritos en la presente, en donde los equipos pueden comprender por lo menos un oligonucleótido que híbrida selectivamente a un ácido nucleico que comprende cualquiera del uno o más de los cuales son secuencias de leptina descritas en la presente e instrucciones para utilizar el oligonucleótido para detectar la variación en el nucleótido correspondiente al SNP del ácido nucleico aislado. Una modalidad de este aspecto de la invención proporciona un oligonucleótido que específicamente híbrida a la molécula de ácido nucleico aislado de este aspecto de la invención, y en donde el oligonucleótido híbrida una porción de la molécula de ácido nucleico aislada que comprende cualquiera de los sitios polimórficos en las secuencias de leptina descritas en la presente. Otra modalidad de la invención es un oligonucleótido que específicamente híbrida bajo condiciones de alta severidad a cualquiera de los sitios polimórficos de los genes leptina, en donde el oligonucleótido está entre aproximadamente 18 nucleótidos y aproximadamente 50 nucleótidos . En otra modalidad de la invención, el oligonucleótido comprende un nucleótido central que híbrida específicamente con un sitio polimórfico del gen leptina de la porción de la molécula de ácido nucleico. Otro aspecto de la invención es un método para identificar un polimorfismo de leptina en una muestra de ácido nucleico que comprende aislar una molécula de ácido nucleico que codifica leptina o un fragmento de la misma y que determina el nucleótido en el sitio polimórfico. Otro aspecto de la invención es un método para clasificar ganado para determinar aquellos bovinos más probables de exhibir una diferencia biológica en la calidad de la carne que comprende las etapas de obtener una muestra de material genético de un bovino, y analizar para la presencia de un genotipo en el bovino que está asociado con la calidad de la carne, el genotipo caracterizado por un polimorfismo en cualquiera de los genes leptina. En otras modalidades de este aspecto de la invención, la etapa de analizar se selecciona del grupo que consiste de: análisis de polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP) , minisecuenciación, MALD-TOF, SINE, análisis de heterodúplex, polimorfismo conformacional de una sola hebra (SSCP) , electroforesis de gel de gradientes naturalizados (DGGE) y electroforesis de gel de gradiente de temperatura (TGGE) . En varias modalidades de la invención, el método además puede comprender la etapa de amplificar una región del gen leptina a una porción del mismo que contiene el polimorfismo. En otras modalidades de la invención, la amplificación puede incluir la etapa de seleccionar un cebador de secuencia delantera y trasera capaz de amplificar una región del gen leptina. Otro aspecto de la invención es un método asistido por computadora para predecir que animales de ganado poseen una diferencia biológica en la calidad de la carne que comprende: utilizar un sistema de computadora, por ejemplo, una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada y un dispositivo de salida, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprende un genotipo de leptina de un animal, (b) correlacionar una calidad de crecimiento, que es el alimento, eficiencia o valia del canal predicha por el genotipo de leptina utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos y (c) hacer salir del dispositivo de salida la calidad de la carne correlacionada con el genotipo de leptina, para de esta manera predecir qué animales de ganado poseen una calidad particular de crecimiento, ingesta de alimento, eficiencia y valia del canal. Todavía otro aspecto de la invención es un método para hacer negocio para manejar ganado que comprende proporcionar a un usuario un sistema de computadora para manejar ganado que comprende características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales o un medio leíble en computadora para manejar ganado que comprende características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales o características físicas y genotipos correspondientes a uno o más animales. La invención ahora será descrita adicionalmente por medio de los siguientes ejemplos no limitativos.

EJEMPLOS Ejemplo 1: Asociaciones del Marcador de Leptina con la Forma Láctea El depositario de DNA a Lácteo de Sementales Selectos de Merial se construyó con las siguientes adquisiciones: (1) 304 toros Sementales Selectos de la muestra 2004 (2) 278 toros de "familia grande" o dentro de familia de sementales selectos (3) 359 toros de prueba de progenie de Sementales Selectos - 1997 a 2001; considerados una población no seleccionada (4) 28 toros "aleatorios" o "a través de la familia" Sementales Selectos (5) 261 toros "intermediarios" para construir las poblaciones grandes /dentro y a través de la familia. Estos 1,230 toros se determinaron en genotipo para los siguientes marcadores en el gen leptina para evaluar sus asociaciones con los atributos de producción y de tipo: (1) SNP C207T en el promotor de gen leptina, denotado como UASMS1 (2) SNP C528T en el promotor de gen leptina, denotado como UASMS2 (3) SNP C1180T en el gen leptina, denotado como Exon2-FB de la üniversity of Saskatchewan. Tres modelos estadísticos se utilizaron para analizar los datos (así como una validez de la prueba de ajuste) : (1) genotipo fijado (2) sustitución de alelo (3) haplotipo . Tres diferentes valores se utilizaron para representar los fenotipos o mediciones de atributos: (1) Habilidad de Transmisión Estandarizadas (STA) para la forma láctea ( PTAs para otros atributos) (2) término de muestreo mendeliano (PTA-PA = ½ de muestreo end) (3) desviaciones de tipo de Hijas (DTDs) . Diferentes poblaciones de muestras se utilizaron para los análisis basados sobre la información de genotipo disponible para toros y atributos a ser analizados. El software también se utilizó para verificar los genotipos imprecisos y para predecir los haplotipos más probables. Poblaciones de muestras para los . análisis que involucran PTAs y términos de muestreo Mendelianos : (1) análisis de marcador individual (a) 1,023 - Todos los toros (b) 911- Toros de prueba de progenie jóvenes nacidos después de 1995 (2) Haplotipos-8 toros. Las poblaciones de muestra para los análisis de DTD incluyeron: (1) Análisis de marcador individual (a) 1,142 -Todos los toros (b) 1,025-toros de prueba de progenie jóvenes nacidos después de 1995 (2) Haplotipos-8 6 toros. Todos los tres marcadores de leptina tienen asociaciones significantes con la forma láctea cuando se analizan con los "fenotipos" y poblaciones descritas en ,1o anterior . UAS S1 tuvo los niveles de significado estadísticos más altos (valores p) , el mejor ajuste para el modelo de aditivo (sustitución de alelo), asi como el efecto más grande. El alelo C está asociado con la forma láctea menor y asi, el alelo T está asociado con la forma láctea superior. La Tabla 1 muestra los resultados para todos los tres "fenotipos" de los análisis UASMS1 solamente. Los toros nacidos después de 1995 consisten de cuatro años de toros de sementales selectos que introdujeron la prueba de progenie. Este grupo podría ser considerado un grupo no seleccionado de toros y si los inventores suponen que son una muestra aleatoria de todos los toros que entran a la prueba de progenie durante esos años para todas las compañías AI, los resultados obtenidos de estos deben ser relativamente libres de desviación de selección. Los valores de genotipo presentados en la Tabla 1 serían apropiados para los toros AI, muy similar a los PTAs . Estos valores pueden ser duplicados (ver la Tabla 2) para reflejar el efecto de considerar en la elaboración de decisiones de selección sobre animales individuales (similares a valores de reproducción). Tabla 1. Asociación del marcador de promotor de leptina UASMS1 con la forma láctea en toros AI DTD STA Muestreo Mendeliano Todos los Nacidos Todos los Nacidos Todos los Nacidos Toros > -95 Toros > '95 Toros > '95 N 1 142 1, 025 1, 023 1,017 911 911 Subs. de 0.415 0.484 0.292 0.259 0.343 0.295 alelo Valor de 1.09E-09 5.48E-11 1.25E-09 3.78E-04 2.81E-11 . 9.79E-05 0.673 0.704 0.686 -0.457 0.724 -0.473 CT 0.258 0.219 0.394 -0.716 0.381 -0.768 CC -0.158 -0.265 0.102 -0.975 0.037 -1.063 0.831 0.968 0.584 0.518 0.687 0.590 CT 0.415 0.484 0.292 0.259 0.343 0.295 CC 0 0 0 0 0 0 Estimados de genotipo aditivo Genotipos TT & CT desviados de Tabla 2. Efecto de UASMS1 sobre la forma láctea duplicada para la selección sobre animales individuales DTD STA Muestreo Mendeliano Todos los Nacidos Todos los Nacidos Todos los Nacidos Toros > '95 Toros > l95 Toros > '95 N 1 142 1, 025 1, 023 1, 017 911 911 Subs. de 0.831 0.968 0.584 0.518 0.687 alelo Valor de 1.09E-09 5.48E-11 1.25E-09 3.78E-04 2.81E-11 9.79E-05 prob . TT* 1.346 1.407 1.371 -0.915 1.449 -0.945 CT 0.515 0.439 0.787 -1. 32 0.762 -1.536 CC -0.315 -0.530 0.203 -1.950 0.075 -2.126 TT* 661 937 1.168 035 374 180 CT 831 968 0.584 518 687 590 CC O O O O O O Estimados de genotipo aditivo Genotipos TT & CT desviados de Tabla 3. Frecuencias de genotipo y de alelo para UASMSl población de muestra de "Toros>'95" Genotipo Alelo N Frecuencia Frecuencia TT 398 0.388 T 0.615 CT 465 0.454 c 0.985 CC 162 0.158 Total 1, 025 Tabla 4. Frecuencias de genotipo y de alelo para UASMSl Genotipo Alelo N Frecuencia Frecuencia TT 407 0.397 T 0.623 CT 463 0.452 c 0.377 CC 155 0.151 Total 1, 025 Hay una muy fuerte asociación (P<10 ) entre el marcador de promotor de leptina UASMS 1 y la forma láctea. Todos los análisis diariamente muestran esta fuerte asociación entre UASMSl y la forma láctea - recordar que los análisis incluyeron sub-muestras múltiples de la población de muestra original, múltiples modelos estadísticos y múltiples "fenotipos" . La diferencia entre los genotipos de forma láctea homocigotos (CC - TT) para animales individuales es tan alta como -1.937 STA, o 2.32 puntos (-1.937 STA* 1.2 " SD) menor para la forma láctea basada en la información del ejemplo de Chuck Sattler. Observar que la mayoría de los animales en la población tenería un STA entre ±3, y esencialmente todos entre +4. Sistema de registro DuraMAX: CC = 10, CT = 5, y TT = 1. La forma/carácter lácteo tiene una alta correlación genética con BCS; sin embargo, la forma láctea es un mejor atributo indicador para la resistencia a enfermedades y problemas reproductivos. La forma láctea de E.U. tiene una alta correlación genética con atributos similares utilizados en otros países, por ejemplo, el carácter lácteo de Canadá (.86) Dinamarca/Finlandia/Suecia (.85) y la angularidad de UK ( .88) . Las correlaciones genéticas de numerosos estudios indican que las vacas con forma láctea más alta también tienen producción de leche incrementada, días disponibles, e incidencia de enfermedad y BCS disminuido, DPR y PL . La mayoría de estas correlaciones son solo ligeramente menores después del ajuste para la producción de leche . La forma láctea ahora tiene un peso negativo en la nueva fórmula (2005) U.S. Holstein TPI (tipo e índice de Producción) . Esta no se incluyó previamente (desde 1976) . El estudio preliminar conducido en 2004 indicó que un haplotipo que involucra UASMS1 tuvo una asociación significante con PL . Mientras que los inventores no encontraron qué asociación significante en los análisis actuales, la tendencia para efecto de UASMS1 sobre PL y DPR son consistentes con lo que los inventores esperarían basado en las correlaciones genéticas entre la forma láctea y estos atributos . Esta prueba debe ser posicionada como una herramienta adicional para productores para uso en sus manadas de alta producción para estimar qué hembras son más probables de tener durabilidad incrementada, mejor reproducción, y peor incidencia de enfermedad, comprendiendo que puede haber alguna disminución en la producción sin demasiada presión de selección es colocada sobre la forma láctea disminuyente . La U.S. Holstein Association (ver enseguida) y numerosos científicos están avocados al uso de la forma láctea en concordancia con la producción para seleccionar vacas que producen a un nivel económico más tiempo que las vacas promedio basado en la producción de leche, vida productiva, resistencia a la enfermedad y reproducción. Este mensaje es apoyado por Dr. Tom Lawlor de acuerdo con el siguiente mensaje (comunicación personal) que él envió después de leer acerca de DuraMAX: "No deseamos decir a la gente para seleccionar para la forma láctea menor; deseamos decir a los reproductores para seleccionar vacas de alta producción que probablemente ellas lo hagan fácilmente, es decir, no tienen forma láctea extrema. Puede ser benéfico dar la fórmula de TPI como un ejemplo de tener énfasis positivo sobre la producción junto con un peso negativo sobre la forma láctea". La fórmula TPI de Febrero del 2005: Tabla 5. Frecuencias de genotipo y alelo para UASMS2 Genotipo Alelo N Frecuencia Frecuencia TT 31 0.029 T 0.154 CT 262 0.249 c 0.846 ce 761 Total 1, 054 Exon2-FB Tabla 6. Frecuencias de genotipo y alelo para Exon2-FB Genotipo Alelo N Frecuencia Frecuencia TT 137 0.137 T 0.366 CT 458 0.458 c 0.634 CC 406 0.406 Total 1,001 Combinaciones de dos y tres vías de marcadores (haplotipos) no se consideraron que proporcionen un mejor ajuste de los datos que los marcadores individuales. Tabla 7. Frecuencias de genotipo y de alelo para UASMS1-UASMS2-Exon2-FB Genotipo Haplotipo N Frecuencia Frecuencia CCC/CCC 3 0. 004 CCC 0. 028 CCC/CCT 7 0. 008 CCT 0. , 343 CCC/TCC 4 0. 005 CTC 0. , 005 CCC/TCT 25 0. 030 CTT 0. .003 CCC/TTT 6 0. 007 CC 0. .436 CCT/CCT 120 0. 142 TCT 0. .028 CCT/TCC 250 0. 296 TTC 0. .152 CCT/TTC 84 0. 099 TTT 0. .004 CTC/TCT 9 0. 011 CTT/TCC 5 0. 006 TCC/TCC 178 0. 210 TCC/TCT 6 0.007 TCC/TTC 116 0.137 TCT/TCT 1 001 TCT/TTC 6 007 TTC/TTC 26 0.031 Total 846 Los marcadores UASMS1, UASMS2 y Exon2-FB todos están asociados con el atributo fenotipico de la forma láctea individualmente y en combinación. Los resultados indicaron que ellos todos son esencialmente equivalentes en efecto. Cualquiera de los marcadores se colocaron ya sea individualmente o en combinación para analizar la forma láctea. La Tabla 8 indica que todos esencialmente dan el mismo resultado.

Tabla 8. Estimado del Efecto de Genotipo Marcador STA de forma Láctea LSM Se ProJ UASMS1 CC 0.5 0.30 0.01 CT 0.7 0.26 0.02 T 1.1 0.26 UASMS2 CC 0.8 0.25 0.91 CT 1.0 0.27 0.58 TT 0.7 0.56 Exon2fb CC 1.1 0.26 0.01 CT 0.7 0.26 0.31 tt 0.5 0.28 Tabla 9. Análisis Estadístico de la Forma Láctea Todos los toros Toros Jóvenes-Nacidos Después de 1995 Forma Láctea Forma Láctea UASMS1 (PTA) UASMS1 (PTA) N 1023 N 911 a (T-C) 0.584224344 a (T-C) 0.686778002 SE(a) 0.095300372 SE(a) 0.101896708 ESS[A] 948.562849 ESS[A] 847.8451791 VA 0.929052741 VA 0.932722969 ESS[R] 983.4777229 ESS[R] 890.2158279 Fl,N-2 37.58115367 Fl,N-2 45.42683108 P(l,N-2) 1.25113E-09 P(l,N-2) 2.81153E-11 GOF-Fl,N-3 0.097919354 GOF-Fl,N-3 0.051338072 PO.N-3) 0.754404891 P(l,N-3) 0.820802071 ESS[S] 948.4717963 ESS[S] 847.7972449 F2.N-2 18.82293454 F2,N-2 22.71538012 P(2,N-2) 9.38437E-09 P(2,N-2) 2.36288E-10 TT-S (n=407) 0.691919935 TT-S (n=368) 0.719566402 CT-S (n=463) 0.382832396 CT-S (n=406) 0.389358943 CC-S (n=155) 0.117864893 CC-S(n=138) 0.024780551 TT-A (n=407) 0.685745297 TT-A (n=368) 0.724257654 CT-A (n=463) 0.393633125 CT-A (n=406) 0.3808686,52 CC-A (n=155) 0.101520953 CC-A (n=138) 0.037479651 UASMS1 (M) UASMS1 (M) N 1017 N 911 a (T-C) 0.517573536 a (T-C) 0.590198334 SE(a) 0.145105873 SE(a) 0.150822516 ESS[A] 546.546613 ESS[A] 464.3747724 VA 0.538469569 VA 0.510863336 ESSR] 553.3973187 ESS[R] 472.1976823 Fl,N-2 12.72254941 Fl,N-2 15.31311674 P(l,N-2) 0.000378135 P(l,N-2) 9.78768E-05 GOF-F1/N-3 0.494969871 GÓF-Fl,N-3 0.8000987:13 P(l,N-3) 0.481880206 P(l,N-3) 0.3713008^93 ESS[S] 546.2799541 ESS[S] 463.9659414 F2.N-2 6.605594481 F2,N-2 8.054923946 P(2,N-2) 0.00141 168 P(2,N-2) 0.000340744 TT-S (n=407) -0.436255876 TT-S (n=368) -0.44526339 CT-S (n=463) -0.753143269 CT-S (n=406) -0.8173545 CC-S (n= 155) -0.91902352 CC-S (n= 138) -0.98868876 TT-A (n=407) -0.457389459 TT-A (n=368) -0.47266448 CT-A (n=463) -0.716176227 CT-A (n=406) -0.76776365 CC-A (n= 155) -0.974962995 CC-A (n= 138) - 1.06286281 UASMS2 (PTA) UASMS2 (PTA) N 1052 N 940 a (C-T) -0.400541581 a (C-T) -0.466249 SE(a) 0.129502078 SE(a) 0: 139848089 ESS[A] 1036.709085 ESS[A] 943.2855322 VA 0.987341985 VA 1.005634896 ESS[R] 1046.154245 ESS[R] 954.4635062 Fl .N-2 9.566250326 F l ,N-2 1 1.1 1534019 P(l .N-2) 0.002034213 P(i ,N-2) 0.000889692 GOF-F 1.N-3 1.75.0232458 GOF-F 1.N-3 0.961262196 P(l ,N-3) 0.186135819 P( l ,N-3) 0.327122147 ESS[S] 1034.98224 ESS[S] 942.3188135 F2.N-2 5.661658969 F2.N-2 6.038071669 P(2,N-2) 0.003583739 P(2,N-2) 0.002479908 CC-S (n=761) 0.376885306 CC-S (n=683) 0.370197776 CT-S (n=262) 0.635747846 CT-S (n=230) 0.650805099 TT-S (n=31) 0.574304798 TT-S (n=28) 0.675448895 CC-A (n=761 ) 0.3855 16537 CC-A (n=683) 0.377056923 CT-A (n=262) ' 0.585787328 CT-A (n=230) 0.610181423 TT-A (n=3 l ) 0.7860581 18 TT-A (n=28) 0.843305924 UASMS2 (M) UASMS2 (M) N 1046 N 940 a (C-T) -0.290667258 a (C-T) -0.4370108 SE(a) 0.195151443 SE(a) 0.204683043 ESS[A] 585.1917199 ESS[A] 505.1656857 VA 0.560528467 VA 0.538556168 ESS[R] 586.4352216 ESS[R] 507.6206864 Fl,N-2 2.21844 134 F l .N-2 4.558485871 P( l ,N-2) 0.136672359 P(l ,N-2) 0.033014581 GOF-F 1.N-3 6.462952515 GOF-F l ,N-3 4.354734556 P(l ,N-3) 0.01 1 158338 P(l ,N-3) 0.037176021 ESS[S] 581.5879088 ESS[S] 502.8287745 F2.N-2 4.346503068 F2.N-2 4.464761871 P(2,N-2) 0.013187221 P(2,N-2) 0.01 175303 1 CC-S (n=761) -0.72866415 CC-S (n=683) -0.79510915 CT-S (n=262) -0.414044576 CT-S (n=230) -0.42895236 TT-S (n=31) - 1.024866462 TT-S (n=28) -0.85873334 CC-A (n=761) -0.703726405 CC-A (n=683) -0.77378012 CT-A (n=262) -0.558392776 CT-A (n=230) -0.55527472 TT-A (n=31) -0.413059147 TT-A (n=28) -0.33676932 EX0N_2_FB_(PTA) EXON_2_FB_(PTA) N 999 N 889 a (C-T) 0.526557316 a (C-T) 0.621514008 SE(a) 0.099881516 SE(a) 0.1079335 ESS[A] 960.9574334 ESS[A] 870.1299739 VA 0.96384898 VA 0.980980805 ESS[R] 987.7448012 ESS[R] 902.6574096 F l .N-2 27.79207985 F I .N-2 33.15807563 P(l ,N-2) 1.65598E-07 P( l ,N-2) 1.17062E-08 G0F-F l,N-3 0.212182437 G0F-F l ,N-3 0.008548359 P(l ,N-3) 0.645162739 P(l ,N-3) 0.926355588 ESS[S] 960.7527598 ESS[S] 870.1215787 F2,N-2 13.991 15066 F2.N-2 16.56478064 P(2,N-2) 1.01725E-06 P(2,N-2) 8.65169E-08 CC-S (n=406) 0.652672359 CC-S (n=368) 0.667254744 CT-S (n=458) 0.364390265 CT-S (n=402) 0.36188902 TT-S (n=137) 0.143951893 TT-S (n=120) 0.041724428 CC-A (n=406) 0.643633143 CC-A (n=368) 0.669159979 CT-A (n=458) 0.380354485 CT-A (n=402) 0.358402976 TT-A (n=137) 0.1 17075827 TT-A (n=120) 0.047645972 EXON_2_FB_( ) EXON 2 _FB_( ) N 993 N 889 a (C-T) 0.467033647 a (C-T) 0.495754847 SE(a) 0.153222858 SE(a) 0.16014668 ESS[A] 561.9523889 ESS[A] 478.9029287 VA 0.567055892 VA 0.5399131 1 ESS[R] 567.2207446 ESS[R] 484.0768752 Fl,N-2 9.29071676 F l ,N-2 9.582924332 P( l ,N-2) 0.002364263 P( l,N-2) 0.002025633 G0F-F 1.N-3 0.827697877 GOF-F l ,N-3 0.709283732 P(l ,N-3) 0.363160495 P(l ,N-3) 0.399908969 ESS[S] 561.4829563 ESS[S] 478.5198516 F2.N-2 5.058399645 F2.N-2 5.144533619 P(2,N-2) 0.006520826 P(2,N-2) 0.006006432 CC-S (n=406) -0.475706072 CC-S (n=368) -0.52187541 CT-S (n=458) -0.784955945 CT-S (n=402) -0.84258957 TT-S (n= 137) -0.888713584 TT-S (n=120) -0.96336952 CC-A (n=406) -0.503085006 CC-A (n=368) -0.54761533 CT-A (n=458) -0.736601829 CT-A (n=402) -0.79549276 TT-A (n=137) -0.970118653 TT-A (n=120) -1.04337018 Haplotipos (PTA) Haplotipos (PTA) N 844 N 740 ESS[F] 772.3768153 ESS[F] 686.8756033 ESS[A] 780.20186 ESS[A] 693.0364487 ESS[M] 810.8609167 ESS[M] 731.3285147 F7,N-8 4.693102551 F7.N-8 5.777843366 P(7,N-8) 3.54471E-05 P(7,N-8) 1.56826E-06 GOF-F8.N- 16 5.156944657 GOF-F8,N-16 5.856938959 P(8,N- 16) 2.69155E-06 P(8,N-16) 2.84563E-07 F 15,N- I 6 2.750370484 F I 5.N- I 6 3.123700778 P( 15,N- 16) 0.000371 14 P(15,N- 16) 5.70724E-05 EHapl2 777.592657 EHapl2 691.591*8598 EHapl3 779.4537178 EHapl3 690.4651808 EHap23 780.7991796 EHap23 695.144¾425 F(7or9,N- 16) 0.621273738 F(7or9,N- 16) 0.540606965 P(7or9, 16) 0.779553892 P(7or9, 16) 0.80391,2514 E l 781.6714542 El 756.7616237 E2 801.1041591 E2 720.785:2407 E3 784.7658833 E3 698.1937514 F(4or6,N-7or9) 1.097603354 F(4or6,N-7or9) 1.363602801 P(4or6,N-7or9) 0.356504294 P(4or6,N-7or9) . 0.22672^7501 F(13,N-16) 0.766461374 F( 13,N- 16) 0.917682593 P(13,N-16) 0.696373572 P(13,N- 16) 0.534028309 Haplotipos (M) Haplotipos (M) N 838 N 740 ESS[F] 444.6586479 ESS[F] 372.7199799 ESS[A] 453.3948635 ESS[A] 378.8993081 ESS[M] 461.2827549 ESS[M] 387.3084047 F7,N-8 2.062834455 F7,N-8 2.320804566 P(7,N-8) 0.045157313 P(7,N-8) 0.024018672 GOF-F8.N-16 3.84143432 GOF-F8.N-16 3.542210015 P(8,N- 16) 0.000188543 P(8,N-16) 0.000491304 F15,N-16 2.048764971 F15,N- 16 1.889178674 P(15,N-16) 0.010531203 P(15,N- 16) 0.021286309 EHapl 2 449.9079443 EHapl2 376.6952424 EHapl3 453.8840894 EHapl3 377.9634798 EHap23 451.0299943 EHap23 378.2698085 F(7or9,N-1 ) 1.078210754 F(7or9,N- 16) 0.857984014 P(7or9,16) 0.376324007 P(7or9, 16) 0.562793749 El 455.2099541 El 388.6576402 E2 455.8523617 E2 382.2546852 E3 456.1216783 E3 382.183276 F(4or6,N-7or9) 2.448262039 F(4or6,N-7or9) 2.669750127 P(4or6,N-7or9) 0.044902896 P(4or6,N-7or9) 0.03123p909 F(13,N- 16) 1.500403086 F( 13,N- 16) 1.41401½ 1 14 P(13,N-16) 0.1 1 1044726 P(13,N- 16) 0.146810959 Ejemplo 2: Tratamiento de los Datos La FIG. 12 muestra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de resultados del análisis de la correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias y requerimientos de desempeño de un grupo de animales tal como, de los bovinos. El diagrama de flujo ilustrado en la FIG. 12 además indica el flujo interactivo de datos desde el dispositivo asistido por computadora a un cuerpo de estudiantes que aprenden el uso del método de la invención y la correlación de tales datos interactivos para presentar una salida como un diagrama circular que indica el progreso de la clase. El diagrama de flujo además indica modificaciones del método de la invención de acuerdo con la información recibida de los estudiantes para avanzar el proceso de enseñanza u optimizar el método para satisfacer las necesidades de los estudiantes. La FIG. 13 ilustra las relaciones potenciales entre los elementos de datos a ser introducidos en el sistema. Las flechas unidireccionales indican por ejemplo, que una casa o cobertizo es típicamente propiedad por solamente una granja, mientras que una granja puede tener varias casas o cobertizos. De manera similar, una prescripción puede incluir tener varios productos veterinarios. La FIG. 14A ilustra el flujo de eventos en el uso del sistema basado en computadora portátil para la entrada de datos sobre la reproducción y crianza de una manada de vacas. La FIG. 14B ilustra el flujo de eventos a través de las sub-rutinas relacionadas con la entrada de datos concerniente con el manejo de la granja. La FIG. 14C ilustra el flujo de eventos a través de la sub-rutina relacionada con la entrada de datos concernientes a datos específicos a una compañía. La FIG. 15 ilustra un diagrama de flujo de la entrada de datos y la salida de resultados del análisis y la correlación de los datos que pertenecen a la reproducción, historias veterinarias y requerimientos de desempeño de un grupo de animales. Ejemplo 3: Vida Productiva La vida productiva es el tiempo en la manada que produce leche antes de la remoción mediante la selección voluntaria, selección involuntaria, o muerte. Los créditos para cada mes en la leche se obtienen de las curvas de lactación estándar y luego se suman a través de todas las lactaciones. La disminución de créditos dentro de la lactación da a las vacas más crédito para iniciar una nueva lactación que para continuar produciendo leche en la lactación previa. Las vacas obtienen 8 meses de crédito para 306-d de los primeros registros de lactación, 10 meses de crédito para las segundas lactaciones, 10.2 meses de crédito para las terceras y posteriores lactaciones, créditos parciales para registros más cortos, y créditos extras para los registros más largos. Ver, por ejemplo, VanRaden, 2001. J.Dairy Sci. y colaboradores 1993. J. Dairy Sci. 76:2758 y VanRaden y colaboradores 2007. J. Dairy Sci. 90:2434.

La exposición razonada para el análisis de datos de marcador es si un marcador genético es una mutación causal o muy estrechamente enlazada a una mutación causal que afecta un atributo particular, entonces una diferencia significante es esperada en el valor medio para el atributo entre los individuos que heredaron formas alternativas de la mutación a partir de sus parientes. El análisis estadístico o vida productiva involucra (a) análisis de marcadores de genes individuales -uno por uno- para asociar genotipos para predecir la actividad de transmisión (PTA) o la derivación de rendimiento de hija (DYD), (b) marcador múltiple modelo de efecto aditivo para construir un panel de efectos sinergísticos con marcadores que mostraron asociación individual con el atributo, (c) prueba del significado del panel y derivado de un "estimado" del efecto al observar en el efecto aditivo de los marcadores y (d) comparación del "estimado" con los resultados reales para toros en la población con esos registros de combinación de genotipo. Un ejemplo de la derivación del estimado del efecto sobre PTA es como sigue. Suponer para el Gen #1, todos los toros con genotipo AA:PTA para promedios de leche de 500 Ibs, todos los toros con genotipo AT : PTA para promedios de leche de 1000 Ibs y todos los toros con genotipo TT: PTA para promedios de leche de 1500 Ibs. Por lo tanto para el Gen #1, 14! la adición de un "T" adiciona 500 Ibs de leche. Para el Gen #2, todos los toros con genotipo CC : PTA para promedios de leche de 500 Ibs, todos los toros con genotipo CG:PTA para promedios de leche de 1000 Ibs y todos los toros con genotipo GG : PTA para promedios de leche de 1500 Ibs. Por lo tanto para el Gen #2, la adición de un "G" adiciona 500 Ibs. Cuando los efectos de los genes Genes #1 y #2 se combinan, se derivan los registros y estimados. Por ejemplo, para un genotipo AA CC, el registro es 1 y el estimado es 0. Para un genotipo de AT CC/AA CG, el registro es 2 y el estimado es 500. Para un genotipo de TT CC/ AT CG/AA GG, el registro es 3 y el estimado es 1000. Para un genotipo de TT CG/ AT GG, el registro es 4 y el estimado es 1500. Para un genotipo de TT GG, el registro es 5 y el estimado es 2000. El estimado es la diferencia desde el registro 1. La variación mide la proporción de la variación en la variable dependiente (atributo) explicado por el efecto de los marcadores. Variación Residual Variación residual (no marcadores) - (con marcadores) % de Variación = Variación en el atributo Tabla 10. Variación explicada Atributo # Marcadores Animales Estimado % de Variación P-valor Rendimiento 5 1742 1873 12.3 3.3E-10 de Leche Rendimiento 7 1742 70 17.8 2.9E-12 de Grasa Por ciento de 5 1742 0.44 32.7 6.5E-35 Grasa Rendimiento 5 1742 34 10.0 7.5E-07 de Proteina Por ciento de 4 1742 0.21 22.2 3.8E-37 Proteina Vida 4 1741 2.95 6.2 4.5E-07 Productiva Proporción de 4 1742 2.46 8.0 l.OE-05 Preg. De Hijas Dólares de 4 1783 194 5.0 2.8E-05 Valia de Fluido Dólares de 4 1783 183 6.5 4.7E-08 Valia Neta Dólares de 3 1783 155 5.6 2.1E-07 Valia de Queso La FIG. representa la diferencia en la vida productiva de entre los toros con diferentes registros Para resumir, el análisis de la vida productiva es una herramienta poderosa que es predictiva del desempeño futuro y se puede utilizar en el nacimiento. Los registros derivados de esta población precisamente reflejan los medios e igualaciones que pueden ser dirigidas para incrementar la frecuencia de alelos raros. Los péneles de marcadores son muy instructivos como buenos genotipos iguales a buenos péneles. Excelente progreso se hace sobre atributos evasivos conforme se adicionan más marcadores. Con esta cantidad de variación explicada, esta debe ser utilizada en SMS, y apareamiento de hembras (por ejemplo, vaquillas con semen sexado) realizadas con esta información agregada. Tal herramienta puede ser utilizada mucho más para diferenciar sementales selectos y sus evaluadores de todos los demás. En una modalidad ventajosa, un panel de los SNPs de A1457G de leptina, CRH y TFAM divulgado en la presente es predictivo de la vida productiva.

Tabla 11. Habilidades de transmisión predicha (PTA's) para la vida productiva (PL). Etiqueta Alelo Genotipo Estimado Err.Std. DF Valor t Probt A1457G G 0.7546955 0.377348 0.113096 677 3.336524 0 . 000895 CRH T 0.755663 0.377831 0.113748 677 3.321658 0 . 000943 TFAM2 A 0.9388761 0.469438 0.134392 677 3.493043 0 . 000509 TFAM3 G 0.5361206 0.26806 0.14484 677 1.850734 0 . 064 643 PTA PL 2 . 9853552 1 . 492678 0 . 294221 677 5 . 073319 5 . 05?-07 Como se muestra en la columna de genotipo de la Tabla 11, un panel de SNPs de A1457G de leptina, CRH y TFAM tiene en cuenta aproximadamente tres (3) meses de vida productiva de acuerdo con un análisis de PTA. La Tabla 12 (enseguida) presenta un análisis estadístico más detallado del panel.

A1457G A1457G CRH CRH TFAM2 TFA 2 TFAM3 TFAM3 PTA_PL GG 0.754696 TT 0.755663 AA 0.938876 GG 0.536121 2.985355 GG 0.7546,96 TT 0.755663 AA 0.938876 AG 0.26806 2.717295 AG 0.377348 TT 0.755663 AA 0.938876 GG 0.536121 2.608007 GG 0.754696 CT 0.377831 AA 0.938876 GG 0.536121 2.607524 GG 0.754696 TT 0.755663 AC 0.469438 GG 0.536121 2.515917 GG 0.754696 TT 0.755663 AA 0.938876 AA 0 2 449235 AG 0.377348 TT 0.755663 AA 0.938876 AG 0.26806 2.339947 GG 0.754696 CT 0.377831 AA 0.938876 AG 0.26806 2.339463 GG 0.754696 TT 0.755663 AC 0.469438 AG 0.26806 2.247857 AA 0 TT 0.755663 AA 0.938876 GG 0.536121 2.23066 AG 0.377348 CT 0.377831 AA 0.938876 GG 0.536121 2.230176 GG 0.754696 ce 0 AA 0.938876 GG 0.536121 2.229692 AG 0 377348 TT 0.755663 AC 0.469438 GG 0.536121 2.138569 GG 0.754696 CT 0.377831 AC 0.469438 GG 0.536121 2.138086 AG 0.377348 TT 0.755663 AA 0.938876 AA 0 2.071887 GG 0.754696 CT 0.377831 AA 0.938876 AA 0 2.071403 GG 0.754696 TT 0.755663 CC 0 GG 0.536121 2.046479 GG 0.754696 TT 0.755663 AC 0.469438 AA 0 1.979797 AA 0 TT 0.755663 AA 0.938876 AG 0.26806 1.962599 AG 0.377348 CT 0.377831 AA 0.938876 AG 0.26806 1.962116 GG 0.754696 ce 0 AA 0.938876 AG 0.26806 1.961632 AG 0.377348 TT 0.755663 AC 0.469438 AG 0.26806 1.870509 GG 0.754696 CT 0.377831 AC 0.469438 AG 0.26806 1.870025 AA 0 CT 0.377831 AA 0.938876 GG 0.536121 1.852828 AG 0.377348 ce 0 AA 0.938876 GG 0.536121 1.852344 A1457G A1457G CRH CRH TFAM2 TFAM2 TFAM3 TFA 3 PTA_PL GG 0.754696 TT 0.755663 CC 0 AG 0.26806 1.778419 AA 0 TT 0.755663 AC 0.469438 GG 0.536121 1.761222 AG 0.377348 CT 0.377831 AC 0.469438 GG 0.536121 1.760738 GG 0.754696 cc 0 AC 0.469438 GG 0.536121 1.760254 AA 0 TT 0.755663 AA 0.938876 AA 0 1.694539 AG 0.377348 CT 0.377831 AA 0.938876 AA 0 1.694055 GG 0.754696 cc 0 AA 0.938876 AA 0 1.693572 AG 0.377348 TT 0.755663 CC 0 GG 0.536121 1.669131 GG 0.754696 CT 0.377831 CC 0 GG 0.536121 1.66864:8 AG 0.377348 TT 0.755663 AC 0.469438 AA 0 1.602449 GG 0.754696 CT 0.377831 AC 0.469438 AA 0 1.601965 AA 0 CT 0.377831 AA 0.938876 AG 0.26806 1.584768 AG 0.377348 cc 0 AA 0.938876 AG 0.26806 1.584284 GG 0.754696 TT 0.755663 CC 0 AA 0 1.510359 AA 0 TT 0.755663 AC 0.469438 AG 0.26806 1.493161 AG 0.377348 CT 0.377831 AC 0.469438 AG 0.26806 1.492678 GG 0.754696 cc 0 AC 0.469438 AG 0.26806 1.492194 AA 0 cc 0 AA 0.938876 GG 0.536121 1.474997 AG 0.377348 TT 0.755663 CC 0 AG 0.26806 1.401071 GG 0.754696 CT 0.377831 CC 0 AG 0.26806 1.400587 AA 0 CT 0.377831 AC 0.469438 GG 0.536121 1.38339 AG 0.377348 cc 0 AC 0.469438 GG 0.536121 1.382906 AA 0 CT 0.377831 AA 0.938876 AA 0 1.316708 AG 0.377348 cc 0 AA 0.938876 AA 0 1.316224 AA 0 TT 0.755663 CC 0 GG 0.536121 1.291784 AG 0.377348 CT 0.377831 CC 0 GG 0.536121 1.2913 GG 0.754696 cc 0 CC 0 GG 0.536121 1.290816 AA 0 TT 0.755663 AC 0.469438 AA 0 1.225101 AG 0.377348 CT 0.377831 AC 0.469438 AA 0 1.224617 GG 0.754696 cc 0 AC 0.469438 AA 0 1.224134 AA 0 cc 0 AA 0.938876 AG 0.26806 1.206936 AG 0.377348 TT 0.755663 CC 0 AA 0 1.133011 GG 0.754696 CT 0.377831 CC 0 AA 0 1.132527 AA 0 CT 0.377831 AC 0.469438 AG 0.26806 1.11533 AG 0.377348 cc 0 AC 0.469438 AG 0.26806 1.114846 AA 0 TT 0.755663 CC 0 AG 0.26806 1.023723 AG 0.377348 CT 0.377831 CC 0 AG 0.26806 1.02324 GG 0.754696 cc 0 CC 0 AG 0.26806 1.022756 AA 0 cc 0 AC 0.469438 GG 0.536121 1.005559 AA 0 cc 0 AA 0.938876 AA 0 0.938876 AA 0 CT 0.377831 CC 0 GG 0.536121 0.913952 AG 0.377348 cc 0 CC 0 GG 0.536121 0.913468 AA 0 CT 0.377831 AC 0.469438 AA 0 0.84727 AG 0.377348 cc 0 AC 0.469438 AA 0 0.846786 AA 0 TT 0.755663 CC 0 AA 0 0.755663 AG 0.377348 CT 0.377831 CC 0 AA 0 0.755179 GG 0.754696 cc 0 CC 0 AA 0 0.754696 AA 0 cc 0 AC 0.469438 AG 0.26806 0.737498 AA 0 CT 0.377831 CC 0 AG 0.26806 0.645892 AG 0.377348 cc 0 CC 0 AG 0.26806 0.645408 AA 0 cc 0 CC 0 GG 0.536121 0.536121 AA 0 cc 0 AC 0.469438 AA 0 0.469438 AA 0 CT 0.377831 CC 0 AA ¦ 0 0.377831 AG 0.377348 cc 0 CC 0 AA 0 0.377348 A1457G A1457G CRH CRH TFAM2 TFAM2 TFA 3 TFAM3 PTA_PL AA 0 CC 0 CC 0 AG 0.26806 0.26806 AA O CC O CC O AA 0 0 La Tabla 13 (enseguida) proporciona un registro propuesto de las combinaciones de genotipo variantes, en donde los primeros nucleótidos de la combinación se refieren a SNP de A1457G de leptina, los segundos dos nucleótidos se refieren a 'CRH, los terceros dos nucleótidos se refieren a TFAM 2 y los últimos dos nucleótidos se refieren a TFAM 3. REGISTRO PROPUESTO COMBINACIÓN DE GENOTIPO 10 GGTTAAGG 9 GGTTAAAG 9 AGTTAAGG 9 GGCTAAGG 9 GGTTACGG 8 GGTTAAAA 8 AGTTAAAG 8 GGCTAAAG 8 GGTTACAG 8 AATTAAGG 8 AGCTAAGG 8 GGCCAAGG 7 AGTTACGG 7 GGCTACGG 7 AGTTAAAA 7 GGCTAAAA 7 GGTTCCGG 7 GGTTACAA 7 AATTAAAG 7 AGCTAAAG 7 GGCCAAAG 7 AGTTACAG 7 GGCTACAG 7 AACTAAGG 7 AGCCAAGG 6 GGT CCAG 6 AATTACGG 6 AGCTACGG 6 GGCCACGG 6 AATTAAAA 6 AGCTAAAA 6 GGCCAAAA 6 AGTTCCGG 6 GGCTCCGG 6 AGTTACAA 6 GGCTACAA 6 AACTAAAG 6 AGCCAAAG 6 GGTTCCAA 5 AATTACAG 6 AGCTACAG 5 GGCCACAG 5 AACCAAGG 5 AGTTCCAG 5 GGCTCCAG REGISTRO PROPUESTO COMBINACIÓN DE GENOTIPO AACTACGG AGCCACGG AACTAAAA AGCCAAAA AATTCCGG AGCTCCGG GGCCCCGG AATTACAA AGCTACAA GGCCACAA AACCAAAG AGTTCCAA GGCTCCAA AACTACAG AGCCACAG AATTCCAG AGCTCCAG GGCCCCAG AACCACGG AACCAAAA AACTCCGG AGCCCCGG AACTACAA AGCCACAA AATTCCAA AGCTCCAA GGCCCCAA AACCACAG AACTCCAG AGCCCCAG AACCCCGG AACCACAA AACTCCAA AGCCCCAA AACCCCAG AACCCCAA * Habiéndose descrito de esta manera en detalle modalidades preferidas de la presente invención, se va a entender que la invención definida por las reivindicaciones anteriores no va a ser limitada a los detalles particulares expuestos en la descripción anterior ya que muchas variaciones evidentes de las mismas son posibles sin apartarse del espíritu o alcance de la presente invención.

Claims (11)

1. REIVINDICACIONES 1. Un método para identificar un animal que tiene un fenotipo deseable relacionado con la forma láctea o la vida productiva, como es comparado con la población general de animales de esa especie, caracterizado porque comprende determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el gen leptina del animal, en donde el polimorfismo se selecciona del grupo que consiste de una sustitución de citosina (C) a timina (T) (C/T) en la posición 207 del promotor de gen leptina bovino, una sustitución de citosina (C) a timina (T) (sustitución C/T) en la posición 528 del promotor de gen leptina bovino, o una mutación de mal sentido de citosina (C) a timina (T) en la posición 1759 en el exón 2 de la región de codificación del gen leptina bovino de "tipo silvestre", y el polimorfismo de nucleótido individual es indicativo de un fenotipo deseable relacionado con la forma láctea o la vida productiva.
2. 2. Un método para sub-agrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada sub-grupo tienen un genotipo similar en el gen leptina, caracterizado porque comprende: (a) determinar el genotipo de cada animal a ser sub-agrupado de acuerdo con el método de la reivindicación 1 y (b) segregar animales individuales en sub-grupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, una sustitución de citosina (C) a timina (T) (C/T) en la posición 207 del promotor de gen leptina bovino, una sustitución de citosina (C) a timina (T) (sustitución C/T) en la posición 528 del promotor de gen leptina bovino, o una mutación de mal sentido de citosina (C) a timina (T) en la posición 1759 en el exón 2 de la región de codificación del gen leptina bovino de "tipo silvestre", en donde el polimorfismo en el gen leptina tiene una asociación con la forma láctea o la vida productiva.
3. 3. Un método para identificar un animal que tiene un fenotipo deseable relacionado con la vida productiva, como es comparado con la población general de animales de esa especie, caracterizado porque comprende determinar la presencia de un polimorfismo de nucleótido individual en el (a) gen leptina del animal, en donde el polimorfismo es una sustitución de adenina (A) a guanina (G) (A/G) en la posición 1540 de la SEQ ID NO. 1, (b) el gen de hormona que libera corticotropina (CRH) del animal, en donde el polimorfismo se selecciona del grupo que consiste de AAFC03076794. l:g.96570T, c.l0718G>C, C.10841G>A, C.10893A>C y C.10936G>C y (c) el gen de factor A de transcripción mitocóndrico ("TFAM") del animal, en donde el polimorfismo se selecciona del grupo que consiste de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 del promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM y el polimorfismo de nucleótido individual es indicativo de un fenotipo deseable relacionado con la vida productiva.
4. 4. Un método para sub-agrupar animales de acuerdo con el genotipo en donde los animales de cada sub-grupo tienen un genotipo similar en el gen leptina, gen CRH, gen TFAM o cualquier combinación de los mismos, caracterizado porque comprende : (a) determinar el genotipo de cada animal a ser sub-agrupado de acuerdo con el método de la reivindicación 3 y (b) segregar animales individuales en sub-grupos dependiendo de si los animales tienen, o no tienen, un polimorfismo de nucleótido individual en el (a) gen leptina del animal, en donde el polimorfismo es una sustitución de adenina (A) a guanina (G) (A/G) en la posición 1540 de la SEQ ID NO. 1, (b) el gen CRH del animal, en donde el polimorfismo se selecciona del grupo que consiste de AAFC03076794.1 : g.96570T, C.10718OC, C.10841G>A, c.l0893A>C y cl0936G>C y (c) el gen TFAM del animal, en donde el polimorfismo se selecciona del grupo que consiste de una sustitución de A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM en donde el polimorfismo en el gen leptina, el gen CRH, el gen TFAM o cualquier combinación de los mismos, tiene una asociación con la forma láctea o la vida productiva.
5. 5. Un método asistido por computadora interactivo para rastrear los atributos de la forma láctea y la vida productiva de bovinos de ganado, caracterizado porque comprende, utilizando un sistema de computadora que comprende una computadora programada que comprende un procesador, un sistema de almacenamiento de datos, un dispositivo de entrada, un dispositivo de salida, y un dispositivo interactivo, las etapas de: (a) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia de reproducción de un bovino o manada de bovinos, (b) introducir en la computadora programada a través del dispositivo de entrada datos que comprenden una historia veterinaria de un bovino o manada de bovinos, (c) correlacionar los datos veterinarios con la historia de reproducción del bovino o manada de bovinos utilizando el procesador y el sistema de almacenamiento de datos, y (d) hacer salir del dispositivo de salida la historia de reproducción y la historia veterinaria del bovino o manada de bovinos .
6. 6. El método de conformidad con la reivindicación 5, caracterizado porque el sistema de computadora es un sistema interactivo mediante lo cual las modificaciones a la salida del método asistido por computadora pueden ser correlacionadas de acuerdo con la entrada del dispositivo interactivo .
7. 7. El método de conformidad con la reivindicación 5, caracterizado porque además comprende las etapas de introducir en la computadora programada datos de diagnóstico relacionados con la salud de la vaca o manada de vacas; y correlacionar los datos de diagnóstico con las historias de reproducción y veterinarias de la vaca o manada de vacas.
8. 8. El método de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque los datos comprenden la presencia o ausencia de uno o más de un polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen leptina.
9. 9. El método de conformidad con la reivindicación 8, caracterizado porque el polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés se selecciona del grupo que consiste de una sustitución de citosina (C) a timina (T) (C/T) en la posición 207 del promotor de gen leptina bovino, una sustitución de citosina (C) a timina (T) (sustitución C/T) en la posición 528 del promotor de gen leptina bovino, o una mutación de mal sentido de citosina (C) a timina (T) en la posición 1759 en el exón 2 de la región de codificación del gen leptina bovino de "tipo silvestre",
10. 10. El método de conformidad con la reivindicación 7, caracterizado porque los datos comprenden la presencia o ausencia de uno o más de un polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés en el gen leptina, el gen CRH, el gen TFAM o cualquier combinación de los mismos.
11. 11. El método de conformidad con la reivindicación 10, caracterizado porque el polimorfismo ( s ) de nucleótido individual de interés es (a) una sustitución de adenina (A) a guanina (G) (A/G) en la posición 1540 de la SEQ ID NO. 1, (b) seleccionado del grupo que consiste de AAFC0307679 . l:g.9657C>T, C.10718G>C, C.10841OA, C.10893A>C y c.l0936G>C del gen CRH, (c) seleccionado del grupo que consiste de una sustitución A a C en la posición de nucleótido -1220 en el promotor del gen TFAM, una sustitución de T a C en la posición -1212 en el promotor del gen TFAM y una sustitución de T a C en la posición -995 en el promotor del gen TFAM, o cualquier combinación de los mismos.