KR20240019766A - 인터페론 유도 헬리카제 c 도메인 1(ifih1) 억제제를 이용한 건선의 치료 - Google Patents

인터페론 유도 헬리카제 c 도메인 1(ifih1) 억제제를 이용한 건선의 치료 Download PDF

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줄리 이. 호로윗즈
마누엘 알렌 레베즈 페레이라
캐서린 시미노비치
아리스 바라스
로리 크리미안
카티아 카랄리스
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리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드
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Abstract

본 개시 내용은 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법, 및 건선이 발병할 위험이 증가한 대상체를 확인하는 방법을 제공한다.

Description

인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 이용한 건선의 치료
서열 목록에 대한 참조
본 출원은 228 킬로바이트의 크기인, 2022년 6월 09일 생성된 18923800302SEQ라는 이름의 텍스트 파일로 전자적으로 제출되는 서열 목록을 포함한다. 서열 목록은 참조로 본 명세서에 포함된다
본 개시 내용은 일반적으로 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제 및/또는 TRIM65(Tripartite Motif Containing 65) 억제제를 이용한 건선이 있는 대상체의 치료, 및 건선 발병 위험이 증가한 대상체를 식별하는 방법에 관한 것이다.
건선은 피부가 약간 융기되고 은색 인설(scale)이 나타나는 자가면역 피부 질환이다. 이러한 건선 병변은 팔꿈치, 무릎, 몸통 및 두피에서 가장 흔하게 발생한다. 인설이 벗겨진 부위에는 '아우스피츠 징후'라고 불리는 작은 출혈점이 나타난다. 질병 진행과 관련된 주요 병태생리학적 사건은 표피 증식 및 대사 활동의 가속화, 진피 부위의 모세혈관 증식, 염증 세포에 의한 진피 및 표피 침범 등이다. 콜타르와 살리실산은 비듬, 지루 및 건선 약물에 대한 최종 모노그래프에서 언급된 유일한 두 가지 범주 I 약물이다. 테오필린과 같이 세포 분열 중기 단계에서 세포의 증식을 억제하는 유용한 처방약도 많이 있다.
건선은 환경적 요인에 의해 유발되는 유전병으로 여겨진다. 예를 들어, 겨울철이나 특정 약물, 예컨대 베타 차단제나 NSAID 사용 시 증상이 악화되는 경우가 많다. 감염과 심리적 스트레스도 원인이 될 수 있다. 이러한 질병 악화 기간을 플레어 업(flare-up)이라고 한다. 건선에는 판상, 적상, 간찰부위, 농포성, 홍피성의 다섯 가지 유형이 있다. 심상성 건선으로도 알려진 판상 건선이 가장 흔하며 사례의 약 90%를 차지한다. 일반적으로 상단에 흰색 인설이 있는 붉은 반점으로 나타난다. 가장 흔하게 영향을 받는 신체 부위는 건선의 뒤쪽, 정강이, 배꼽 부위 및 두피이다. 적상 건선에는 물방울 모양의 병변이 있다. 농포성 건선은 작은 비감염성의 고름이 찬 물집으로 나타난다. 홍피성 건선은 발진이 매우 광범위하게 퍼질 때 발생하며 다른 유형으로부터도 발생할 수 있다. 대부분의 환자에서 손톱과 발톱의 색깔 변화가 자주 발생한다.
건선의 근본적인 기전은 면역 체계가 피부 세포에 반응하는 것과 관련이 있다. 건선의 경우 피부 세포가 보통의 28 내지 30일이 아닌 3 내지 5일마다 교체된다. 이러한 변화는 수지상 세포, 대식세포 및 T 세포와 관련된 진피의 염증성 연쇄반응에 의해 유발된 각질세포의 조기 성숙에서 비롯되는 것으로 여겨진다. 이들 면역 세포는 진피에서 표피로 이동하여 인터류킨, 종양 괴사 인자-a, 인터류킨-1b, 인터류킨-6, 인터류킨-22 등의 염증성 화학 신호(사이토카인)를 분비한다. 이렇게 분비된 염증 신호가 각질세포의 증식을 자극하는 것으로 여겨진다.
인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1)은 바이러스 핵산의 세포질 센서 역할을 하는 선천성 면역 수용체를 부호화하여 바이러스 감염을 감지하고 I형 인터페론 및 전염증성 사이토카인의 유도를 포함한 일련의 항바이러스 반응을 활성화하는 데 중요한 역할을 한다. 이의 리간드는 5' 캡에 2'-O-메틸화가 결여된 mRNA와 long-dsRNA(>1kb의 길이)를 포함한다. 리간드 결합 시 IFIH1은 미토콘드리아 항바이러스 신호전달 단백질(MAVS/IPS1)과 결합하여 인터페론 조절 인자 IRF3 및 IRF7을 인산화하는 IKK 관련 키나아제 TBK1 및 IKBKE를 활성화하여 인터페론(IFN), IFN-알파 및 IFN-베타를 포함한 항바이러스 면역 유전자의 전사를 활성화한다. IFIH1은 뇌심근염 바이러스(EMCV) 및 멩고 뇌심근염 바이러스(ENMG) 등의 피코르나바이러스과 계열 구성원을 검출하는 역할을 한다. IFIH1은 또한 리보뉴클레아제 L(RNase L)에 의해 바이러스 감염 중에 생성되는 RNA 대사 산물을 인식하여 선천성 면역 신호를 증폭하는 데 중요한 역할을 한다. IFIH1은 자연 살해 세포(natural killer cell)의 기능을 향상시키는 역할을 할 수 있으며, 여러 종양 세포주에서 성장 억제 및 세포사멸(apoptosis)에 관여할 수 있다.
TRIM65(Tripartite Motif Containing 65)는 E3 유비퀴틴 리가아제이며 다양한 세포 과정과 종양 진행의 조절자이다. 서열 합의에 따르면 TRIM65는 트리파타이트 모티프(tripartite motif) 계열에 속한다. TRIM65는 원래 뇌 백질 병변과 관련된 SNP를 가진 유전자로 확인되었지만, 나중에 마이크로 RNA 기능 조절을 위한 보조 인자로 밝혀졌다. TRIM65는 TNRC6의 유비퀴틴화를 통해 마이크로 RNA 활성을 조절하는 동시에 이의 E3 유비퀴틴 리가아제 활성을 확립한다. 면역 반응에 관여하는 다른 TRIM 구성원과 마찬가지로 TRIM65는 기질 단백질의 유비퀴틴화를 통해 바이러스 유발 선천성 면역 반응에도 참여한다.
본 개시 내용은 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 적상 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 판상 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 간찰부위 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 농포성 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 홍피성 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 사용하여 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 건선이 있으며, 상기 방법은 상기 대상체로부터 생체 시료를 획득하거나 미리 획득하는 단계; 및 상기 대상체가 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 가지는지 결정하기 위해 상기 생체 시료에 대한 서열 분석을 수행하거나 미리 수행하는 단계를 통해 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는지 여부를 결정하는 단계; 및 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 IFIH1 기준인 대상체에게 표준 투여량으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 IFIH1 억제제를 상기 대상체에게 투여하는 단계; 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 동일하거나 더 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 IFIH1 억제제를 상기 대상체에게 투여하는 단계; 또는 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 동일하거나 더 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하는 단계를 포함하며; 상기 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는 유전자형이 존재하는 경우 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소함을 나타낸다.
본 개시 내용은 또한 건선 발병 위험이 증가한 대상체를 식별하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체로부터 획득한 생체 시료에서 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 여부를 결정하거나 미리 결정하는 단계를 포함하며; 상기 대상체가 IFIH1 기준인 경우, 상기 대상체의 건선 발병 위험이 증가하고; 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성 또는 동형접합성인 경우, 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소한다.
본 개시 내용은 또한 IFIH1 폴리펩티드를 부호화하는 뉴클레오티드 서열이 있는 게놈 핵산 분자를 가지는 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 제공하며, 상기 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함한다.
본 개시 내용은 또한 IFIH1 기준이거나 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 IFIH1 억제제를 제공한다.
본 개시 내용은 또한 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 TRIM65 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 사용하여 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 대상체는 건선이 있으며, 상기 방법은 상기 대상체로부터 생체 시료를 획득하거나 미리 획득하는 단계; 및 상기 대상체가 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 가지는지 결정하기 위해 상기 생체 시료에 대한 서열 분석을 수행하거나 미리 수행하는 단계를 통해 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는지 여부를 결정하는 단계; 및 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 TRIM65 기준인 대상체에게 표준 투여량으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 TRIM65 억제제를 상기 대상체에게 투여하는 단계; 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 동일하거나 더 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 TRIM65 억제제를 상기 대상체에게 투여하는 단계; 또는 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 동일하거나 더 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하는 단계를 포함하며; 상기 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는 유전자형이 존재하는 경우 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소함을 나타낸다.
본 개시 내용은 또한 건선 발병 위험이 증가한 대상체를 식별하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체로부터 획득한 생체 시료에서 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 여부를 결정하거나 미리 결정하는 단계를 포함하며; 상기 대상체가 TRIM65 기준인 경우, 상기 대상체의 건선 발병 위험이 증가하고; 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성 또는 동형접합성인 경우, 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소한다.
본 개시 내용은 또한 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 제공한다.
본 개시 내용은 또한 TRIM65 기준이거나 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 TRIM65 억제제를 제공한다.
본 명세서에 통합되고 이의 일부를 구성하는 첨부된 도면은 본 개시 내용의 여러 속성을 예시한다.
특허 또는 출원 파일에는 컬러로 실행된 적어도 하나의 도면이 들어 있다. 컬러 도면이 포함된 본 특허 또는 특허 출원 공보의 사본은 필요한 수수료 지불과 함께 요청 시 특허청에 의해 제공될 것이다.
도 1은 일반적인 TRIM65 건선 변이체가 피부에서 TRIM65 발현을 증가시키는 eQTL임을 보여준다.
도 2는 TRIM65-G382R 단백질의 이상 발현을 나타내는 N-HA-IFIH1 및 N-FlagTRIM65-WT(위) 또는 N-FlagTRIM65-G382R(아래)로 일시적으로 형질감염된 HEK293-HZ 세포의 면역형광 분석(그림 A); WT 및 TRIM65-G382R에 대한 N-HA-IFIH1의 % 연관 분석(그림 B); IFIH1에 대한 WT TRIM65 및 TRIM65-G382R의 % 연관 분석(그림 C); IFIH1과 TRIM65-G382R 사이의 연관이 유의하게 감소되었음을 보여주는 N-HA-IFIH1과 N-FlagTRIM65-WT 또는 N-FlagTRIM65-G382R 사이의 Mander 중복 계수(범위는 연관이 없는 경우 0.0부터 완전 연관이 있는 경우 1.0까지임)(그림 D); N-Flag-TRIM65-WT와 비교하여 N-Flag-TRIM65-G382R의 발현 감소를 보여주는 웨스턴 블롯 분석(그림 E); 및 빈 벡터, N-eGFP-TRIM65-WT 또는 N-eGFP-TRIM65-G382R로 형질감염된 HEK-ISRE-Luc 리포터 세포(0.05μg poly(i:c)(그림 F) 및 5000U IFN-α(그림 G)에 반응한 ISRE 활성화는 96웰 플레이트에서 루시퍼라제 리포터 활성에 의해 측정되었으며, N-eGFP-TRIM65-G382R로 형질감염된 세포는 N-eGFP-TRIM65-WT에 비해 poly(i:c) 및 IFN-α에 반응하여 ISRE 활성화가 감소함)(그림 F 및 G)을 보여준다.
본 개시 내용의 양태와 관련된 다양한 용어가 명세서 및 청구범위 전반에 걸쳐 사용된다. 상기 용어들은 달리 명시하지 않는 한, 해당 기술 분야에서 통상적으로 사용되는 의미를 가진다. 구체적으로 정의된 다른 용어는 본 명세서에 제공된 정의와 일치하는 방식으로 해석되어야 한다.
달리 명백하게 기재되지 않는 한, 본 명세서에 제시된 임의의 방법 또는 양태는 그 단계들이 특정 순서로 수행될 것을 요구하는 것으로 해석되는 것은 아니다. 따라서, 방법 청구항이 청구항 또는 설명에서 단계가 특정 순서로 제한되어야 한다고 구체적으로 기재하지 않는 경우, 이는 어떠한 경우에도 순서가 추론되는 것으로 의도되지 않는다. 이것은 단계 또는 작동 흐름의 배열과 관련된 논리 문제, 문법적 구성 또는 구두점으로부터 파생된 일반적인 의미, 명세서에 기재된 양태의 수 또는 유형을 포함하여 해석을 위한 모든 가능한 표현되지 않은 근거에 적용된다.
본 명세서에 사용된 단수 형태 "a", "an" 및 "the"는 문맥상 명확히 달리 지시하지 않는 한, 복수의 지시 대상을 포함한다.
본 명세서에 사용되는 경우, 용어 "약"은 인용된 수치가 근사치이고 작은 변동이 개시된 실시 형태의 실시에 상당한 영향을 미치지 않음을 의미한다. 수치가 사용되는 경우, 문맥상 달리 표시하지 않는 한, 용어 "약"은 수치가 ±10%만큼 변화할 수 있고 개시된 실시 형태의 범위 내에 유지됨을 의미한다.
본 명세서에 사용되는 경우에, 용어 "포함하는"은 원하는 바에 따라 특정 실시 형태에서 "이로 이루어지는" 또는 "본질적으로 이로 이루어지는"으로 대체될 수 있다.
본 명세서에 사용되는 경우에, 용어 "단리된"은 핵산 분자 또는 폴리펩티드와 관련하여, 핵산 분자 또는 폴리펩티드가 혈액 및/또는 동물 조직에서 떨어져 있는 것과 같이, 그의 본래 환경 이외의 상태로 있음을 의미한다. 일부 실시 형태에서, 단리된 핵산 분자 또는 폴리펩티드는 다른 핵산 분자 또는 다른 폴리펩티드, 특히 동물 기원의 다른 핵산 분자 또는 폴리펩티드로부터 실질적으로 유리된다. 일부 실시 형태에서, 핵산 분자 또는 폴리펩티드는 고도로 정제된 형태, 즉, 95% 초과 순수하거나 99% 초과 순수할 수 있다. 이러한 맥락에서 사용되는 경우, "단리된"이라는 용어는 이량체 또는 교대로 인산화되거나 유도체화된 형태와 같은 대안적인 물리적 형태의 동일한 핵산 분자 또는 폴리펩티드의 존재를 배제하지 않는다.
본 명세서에서 사용되는 경우, 용어 "핵산", "핵산 분자", "핵산 서열", "폴리뉴클레오티드" 또는 "올리고뉴클레오티드"는 임의의 길이의 중합체 형태의 뉴클레오티드를 포함할 수 있고, DNA 및/또는 RNA를 포함할 수 있으며, 단일 가닥, 이중 가닥 또는 다중 가닥일 수 있다. 핵산의 한 가닥은 또한 이의 상보체를 지칭한다.
본 명세서에 사용되는 경우에, 용어 "대상체"는 포유류를 비롯한 임의의 동물을 포함한다. 포유류는 가축(예컨대, 예를 들어, 말, 소, 돼지), 반려 동물(예컨대, 예를 들어, 개, 고양이), 실험실 동물(예컨대, 예를 들어, 마우스, 랫트, 토끼) 및 비인간 영장류를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 인간이다. 일부 실시 형태에서, 상기 인간은 의사의 진료를 받는 환자이다.
인간의 건선 발생 위험 감소와 관련된 IFIH1 유전자의 희귀 변이체가 본 개시 내용에 따라 확인되었다. 예를 들어, 인간 IFIH1 기준(서열 번호 1 참조)에서 위치 38,690의 구아닌을 시토신으로 변경하는 유전적 변형은 이러한 변형을 가진 인간이 건선 발병 위험이 감소할 수 있음을 나타내는 것으로 관찰되었다. 종합하면, 본 명세서에 기술된 유전자 분석은 놀랍게도 IFIH1 유전자, 특히 IFIH1 유전자의 변이가 건선 발병 위험 감소와 관련이 있음을 나타낸다. 그러므로, 건선 발병 위험이 증가한 IFIH1 기준 대상체는 건선을 예방하고, 그 증상을 감소시키고/시키거나 증상의 발생을 억제하도록 치료될 수 있다. 따라서, 본 개시 내용은 건선, 예컨대 판상 건선, 적상 건선, 간찰부위 건선, 농포성 건선 및/또는 홍피성 건선이 발병한 대상체의 위험을 식별 또는 계층화하거나, 대상체의 건선,예컨대 판상 건선, 적상 건선, 간찰부위 건선, 농포성 건선 및/또는 홍피성 건선의 발병 위험이 증가한 것을 진단하기 위해 대상체에서 그러한 변이의 식별을 활용하여 위험에 처한 대상체 또는 활동성 질환이 있는 대상체가 이에 따라 치료될 수 있도록 하는 방법을 제공한다.
TRIM65 Gly382Arg 변이는 TRIM65의 세포성 국소화 및 발현 수준을 변경하는 것으로 관찰되었다. TRIM65 Gly382Arg는 그 결합 상대인 IFIH1에 대한 감소된 연관을 나타낸다. 이러한 관찰 결과는 TRIM65 Gly382Arg 구조체로 형질감염된 세포에서 IFN-a 또는 poly(i:c)에 의한 자극에 반응하여 인터페론 자극 반응 요소(ISRE) 활성이 감소한 것과 함께 이 변이가 인터페론 경로 활성화를 감소시켜 건선을 예방할 수 있음을 시사한다.
본 개시 내용에 따라 IFIH1 변이의 총 부담이 건선 발병의 위험을 낮추는 것과 연관되어 있음이 추가로 관찰되었다. 또한, 본 개시 내용에 따라 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 총 부담은 판상 건선, 적상 건선, 간찰부위 건선, 농포성 건선 및/또는 홍피성 건선 등의 건선 발병 위험을 감소시키는 데 누적 보호 효과가 있는 것으로 관찰되었다. 따라서, 건선이 있는 인간은 IFIH1을 억제하는 분자로 치료될 수 있는 것으로 여겨진다. 따라서, 본 개시 내용은 건선이 있는 대상체의 위험을 식별 또는 계층화하거나 건선이 있는 대상체를 진단하기 위해 대상체에서 그러한 변이 및 그러한 변이를 갖는 총 부담의 식별을 활용하여 위험에 처한 대상체 또는 활동성 질환이 있는 대상체가 치료될 수 있도록 하는 방법을 제공한다.
본 개시 내용의 목적상, 임의의 특정 대상체는 다음 세 가지 IFIH1 유전자형 중 하나를 가지는 것으로 분류될 수 있다: i) IFIH1 기준; ii) IFIH1 예측 기능 손실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대한 이형접합성; 또는 iii) IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대한 동형접합성. 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 사본을 갖지 않은 경우, 상기 대상체는 IFIH1 기준이다. 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 사본을 갖는 경우, 상기 대상체는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다. IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자는 부분적 기능 상실, 완전 기능 상실, 예측된 부분적 기능 상실, 또는 예측된 완전 기능 상실이 있는 IFIH1 폴리펩타이드를 부호화하는 임의의 IFIH1 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자)이다. 부분적 기능 상실(또는 예측된 부분적 기능 상실)이 있는 IFIH1 폴리펩티드를 갖는 대상체는 IFIH1에 대하여 저차형(hypomorphic)이다. 일부 실시 형태에서, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자는 서열 번호: 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 IFIH1 게놈 핵산 분자이다. 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 사본 두 개를 갖고 있는 경우, 상기 대상체는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성이다.
IFIH1 기준으로 유전자형이 분석되거나 결정된 대상체의 경우, 이러한 대상체는 판상 건선, 적상 건선, 간찰부위 건선, 농포성 건선 및/또는 홍피성 건선 등의 건선 발병 위험이 증가한다. IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 IFIH1 기준 또는 이형접합성인 것으로 유전자형이 분석되거나 결정된 대상체의 경우, 이러한 대상체는 IFIH1 억제제로 치료될 수 있다.
본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자는 부분적 기능 상실, 완전 기능 상실, 예측된 부분적 기능 상실, 또는 예측된 완전 기능 상실 갖는 IFIH1 폴리펩티드를 부호화하는 임의의 IFIH1 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자)일 수 있다. 예를 들어, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함한다.
본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드는 부분적 기능 상실, 완전 기능 상실, 예측된 부분적 기능 상실, 또는 예측된 완전 기능 상실을 갖는 임의의 IFIH1 폴리펩티드일 수 있다. 본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드는 본 명세서에 기술된 임의의 IFIH1 폴리펩티드일 수 있다.
본 개시 내용의 목적상, 임의의 특정 대상체는 다음 세 가지 TRIM65 유전자형 중 하나를 가지는 것으로 분류될 수 있다: i) TRIM65 기준; ii) TRIM65 예측 기능 손실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대한 이형접합성; 또는 iii) TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대한 동형접합성. 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 사본을 갖지 않은 경우, 상기 대상체는 TRIM65 기준이다. 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 사본을 갖는 경우, 상기 대상체는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다. TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자는 부분적 기능 상실, 완전 기능 상실, 예측된 부분적 기능 상실, 또는 예측된 완전 기능 상실이 있는 TRIM65 폴리펩타이드를 부호화하는 임의의 TRIM65 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자)이다. 부분적 기능 상실(또는 예측된 부분적 기능 상실)을 갖는 TRIM65 폴리펩티드를 갖는 대상체는 TRIM65에 대해 저차형(hypomorphic)이다. 일부 실시 형태에서, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg이다. 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 두 개의 사본을 갖는 경우, 상기 대상체는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성이다.
TRIM65 기준으로 유전자형이 분석되거나 결정된 대상체의 경우, 이러한 대상체는 판상 건선, 적상 건선, 간찰부위 건선, 농포성 건선 및/또는 홍피성 건선 등의 건선 발병 위험이 증가한다. TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 TRIM65 기준 또는 이형접합성인 것으로 유전자형이 분석되거나 결정된 대상체의 경우, 이러한 대상체는 TRIM65 억제제로 치료될 수 있다.
본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자는 부분적 기능 상실, 완전 기능 상실, 예측된 부분적 기능 상실, 또는 예측된 완전 기능 상실 갖는 TRIM65 폴리펩티드를 부호화하는 임의의 TRIM65 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자)일 수 있다. 예를 들어, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자는 TRIM65 Gly382Arg를 부호화할 수 있다.
본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 부분적 기능 상실, 완전 기능 상실, 예측된 부분적 기능 상실, 또는 예측된 완전 기능 상실을 갖는 임의의 TRIM65 폴리펩티드일 수 있다. 본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 본 명세서에 기술된 임의의 TRIM65 폴리펩티드일 수 있다.
본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, 건선은 판상 건선, 적상 건선, 간찰부위 건선, 농포성 건선, 홍피성 건선, 또는 이들의 임의의 조합이다. 본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, 상기 건선은 적상 건선이다. 본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, 상기 건선은 판상 건선이다. 본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, 상기 건선은 간찰부위 건선이다. 본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, 상기 건선은 농포성 건선이다. 본 명세서에 기술된 임의의 실시 형태에서, 상기 건선은 홍피성 건선이다.
판상 건선의 증상은 비늘 모양의 은색 플라크로 덮인 피부에 융기되고 염증이 생기는 붉은 병변을 포함하며, 일반적으로 팔꿈치, 무릎, 두피, 등, 허리에 발생한다. 판상 건선은 손톱, 다리, 손, 생식기, 가슴에서도 발견된다. 적상 건선의 증상은 일반적으로 몸통, 팔, 다리에 발생하는 작은 분홍색의 개별적인 반점을 포함한다. 간찰부위 건선의 증상은 부드럽고 윤기가 나는 선홍색 병변을 포함하며, 일반적으로 겨드랑이, 사타구니, 가슴 아래, 생식기와 엉덩이 주변의 피부 주름에 발생한다. 농포성 건선의 증상은 붉은 피부로 둘러싸인 황색의 비감염성 고름 물집을 포함하며, 손과 발 등 특정 부위에 국한되거나 몸 전체에 나타난다. 홍피성 건선의 증상은 피부의 광범위한 붉어짐 및 비늘 탈리를 포함하며, 일반적으로 신체 표면의 대부분에 침범한다.
본 개시 내용은 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 적상 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 판상 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 간찰부위 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 농포성 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 홍피성 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, IFIH1 억제제는 억제성 핵산 분자를 포함한다. 억제성 핵산 분자의 예는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 및 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 이러한 억제성 핵산 분자는 IFIH1 핵산 분자의 임의의 영역을 표적화하도록 설계될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 안티센스 RNA, siRNA 또는 shRNA는 IFIH1 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자 내의 서열에 혼성화하고, 대상체의 세포에서 IFIH1 폴리펩티드의 발현을 감소시킨다. 일부 실시 형태에서, IFIH1 억제제는 IFIH1 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화하고 대상체의 세포에서 IFIH1 폴리펩티드의 발현을 감소시키는 안티센스 분자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, IFIH1 억제제는 IFIH1 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화하고 대상체의 세포에서 IFIH1 폴리펩티드의 발현을 감소시키는 siRNA를 포함한다. 일부 실시 형태에서, IFIH1 억제제는 IFIH1 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화하고 대상체의 세포에서 IFIH1 폴리펩티드의 발현을 감소시키는 shRNA를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 상기 대상체에게 TRIM65 억제제를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 건선은 적상 건선, 판상 건선, 간찰부위 건선, 농포성 건선 또는 홍피성 건선이다. 일부 실시 형태에서, 상기 건선은 적상 건선이다. 일부 실시 형태에서, 상기 건선은 판상 건선이다. 일부 실시 형태에서, 상기 건선은 간찰부위 건선이다. 일부 실시 형태에서, 상기 건선은 농포성 건선이다. 일부 실시 형태에서, 상기 건선은 홍피성 건선이다.
일부 실시 형태에서, TRIM65 억제제는 억제성 핵산 분자를 포함한다. 억제성 핵산 분자의 예는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 및 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 이러한 억제성 핵산 분자는 TRIM65 핵산 분자의 임의의 영역을 표적화하도록 설계될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 안티센스 RNA, siRNA 또는 shRNA는 TRIM65 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자 내의 서열에 혼성화하고 대상체의 세포에서 TRIM65 폴리펩티드의 발현을 감소시킨다. 일부 실시 형태에서, TRIM65 억제제는 TRIM65 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화하고 대상체의 세포에서 TRIM65 폴리펩티드의 발현을 감소시키는 안티센스 분자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, TRIM65 억제제는 TRIM65 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화하고 대상체의 세포에서 TRIM65 폴리펩티드의 발현을 감소시키는 siRNA를 포함한다. 일부 실시 형태에서, TRIM65 억제제는 TRIM65 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자에 혼성화하고 대상체의 세포에서 TRIM65 폴리펩티드의 발현을 감소시키는 shRNA를 포함한다.
상기 억제성 핵산 분자는 RNA, DNA, 또는 양쪽 RNA 및 DNA를 포함할 수 있다. 상기 억제성 핵산 분자는 또한 이종 핵산 서열에, 예컨대 벡터에서, 또는 이종 표지에 결합 또는 융합될 수 있다. 예를 들어, 상기 억제성 핵산 분자는 벡터 내에 또는 억제성 핵산 분자 및 이종 핵산 서열을 포함하는 외인성 공여자 서열로서 존재할 수 있다. 상기 억제성 핵산 분자는 또한 이종 표지에 결합 또는 융합될 수 있다. 상기 표지는 직접적으로 검출 가능하거나(예를 들어, 형광단과 같음) 또는 간접적으로 검출 가능할 수 있다(예를 들어, 합텐, 효소, 또는 형광단 소광제와 같음). 이러한 표지는 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적, 또는 화학적 수단에 의해 검출 가능할 수 있다. 이러한 표지는, 예를 들어, 방사성 표지, 안료, 염료, 스핀 표지, 및 형광성 표지를 포함한다. 상기 표지는 또한 예를 들어, 화학발광 물질; 금속 함유 물질; 또는 신호의 효소 의존적 2차 생성이 발생하는 효소일 수 있다. 용어 "표지"는 또한 접합된 분자가 기질과 함께 후속적으로 첨가될 때, 검출가능한 신호를 생성하는 데 사용되도록 접합된 분자에 선택적으로 결합할 수 있는 "태그" 또는 합텐을 지칭할 수 있다. 예를 들어, 비오틴은 태그에 결합하기 위해 서양고추냉이 퍼옥시다제(HRP)의 아비딘 또는 스트렙타비딘 접합체와 함께 태그로서 사용될 수 있고, HRP의 존재를 검출하기 위해 열량측정 기질(예를 들어, 테트라메틸벤지딘(TMB)과 같음) 또는 형광성 기질을 사용하여 검사할 수 있다. 정제를 용이하게 하기 위한 태그로서 사용될 수 있는 예시적인 표지는 myc, HA, FLAG 또는 3XFLAG, 6XHis 또는 폴리히스티딘, 글루타티온-S-트랜스퍼라제(GST), 말토스 결합 단백질, 에피토프 태그, 또는 이뮤노글루불린의 Fc 부분을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 수많은 표지는 예를 들어, 입자, 형광단, 합텐, 효소 및 이들의 열량측정, 형광성 및 화학발광 기질 및 다른 표지를 포함한다.
상기 억제성 핵산 분자는, 예를 들어 뉴클레오티드 또는 비자연적 또는 변형된 뉴클레오티드, 예컨대 뉴클레오티드 유사체 또는 뉴클레오티드 치환체를 포함할 수 있다. 이러한 뉴클레오티드는 변형된 염기, 당, 또는 포스페이트 기를 함유하거나, 그의 구조에 비천연 모이어티를 혼입하는 뉴클레오티드를 포함한다. 비천연 뉴클레오티드의 예는 디데옥시뉴클레오티드, 비오티닐화, 아민화, 탈아민화, 알킬화, 벤질화 및 형광단 표지 뉴클레오티드를 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
상기 억제성 핵산 분자는 또한 하나 이상의 뉴클레오티드 유사체 또는 치환체를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 유사체는 염기, 당, 또는 포스페이트 모이어티에 대한 변형을 함유하는 뉴클레오티드이다. 염기 모이어티에 대한 변형은,A, C, G, 및 T/U, 뿐만 아니라 상이한 퓨린 또는 피리딘 염기, 예컨대 슈도우리딘, 우라실-5-일, 하이폭산틴-9-일(I), 및 2-아미노아데닌-9-일의 천연 및 합성 변형을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 변형된 염기는 5-메틸시토신 (5-me-C), 5-하이드록시메틸 시토신, 크산틴, 하이포잔틴, 2-아미노아데닌, 6-메틸 및 아데닌과 구아닌의 기타 알킬 유도체, 2-프로필 및 아데닌과 구아닌의 기타 알킬 유도체, 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오시토신, 5-할로우라실 및 시토신, 5-프로피닐 우라실 및 시토신, 6-아조 우라실, 시토신 및 티민, 5-우라실(슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-히드록실 및 기타 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-할로(예컨대, 5-브로모), 5-트리플루오로메틸 및 기타 5-치환 우라실 및 시토신, 7-메틸구아닌, 7-메틸아데닌, 8-아자구아닌, 8-아자아데닌, 7-데아자구아닌, 7-데아자아데닌, 3-데아자구아닌, 3-데아자아데닌을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
뉴클레오티드 유사체는 또한 당 모이어티의 변형을 포함할 수 있다. 당 모이어티에 대한 변형체는 리보스 및 데옥시리보스의 천연 변형체뿐만 아니라 합성 변형체도 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 당 변형은 2' 위치에서 다음 변형을 포함하나 이에 제한되지 않으며: OH; F; O-, S- 또는 N-알킬; O-, S- 또는 N-알케닐; O-, S- 또는 N-알키닐; 또는 O-알킬-O-알킬, 여기서 알킬, 알케닐, 및 알키닐은 치환 또는 비치환된 C1-10알킬 또는 C2-10알케닐, 및 C2-10알키닐일 수 있다. 예시적인 2' 당 변형은 또한 -O[(CH2)nO]mCH3, -O(CH2)nOCH3, -O(CH2)nNH2, -O(CH2)nCH3, -O(CH2)n-ONH2, 및 -O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2를 포함하나 이에 제한되지 않으며, 여기서 n과 m은 독립적으로 1 내지 약 10이다. 2' 위치에서의 다른 변형체는 C1-10알킬, 치환된 하급 알킬, 알카릴, 아랄킬, O-알카릴 또는 O-아랄킬, SH, SCH3, OCN, Cl, Br, CN, CF3, OCF3, SOCH3, SO2CH3, ONO2, NO2, N3, NH2, 헤테로사이클로알킬, 헤테로사이클로알카릴, 아미노알킬아미노, 폴리알킬아미노, 치환된 실릴, RNA 절단기, 리포터 기, 삽입제(intercalator), 올리고뉴클레오티드의 약역학적 특성을 개선시키기 위한 기, 또는 올리고뉴클레오티드의 약동학적 특성을 개선시키기 위한 기, 및 유사한 특성을 갖는 다른 치환체를 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 당의 다른 위치, 특히 3' 말단 뉴클레오티드 또는 2'-5' 연결된 올리고뉴클레오티드 상의 당의 3' 위치 및 5' 말단 뉴클레오티드의 5' 위치에서도 유사한 변형이 이루어질 수 있다. 변형된 당에는 CH2 및 S와 같이 가교 고리 산소에 변형을 포함하는 것이 포함될 수도 있다. 뉴클레오티드 당 유사체는 또한 펜토푸라노실 당 대신에 시클로부틸 모이어티와 같은 당 모방체를 가질 수 있다.
뉴클레오티드 유사체는 또한 포스페이트 모이어티에서 변형될 수 있다. 변형된 포스페이트 모이어티는 2 개의 뉴클레오티드 사이의 연결(linkage)이 포스포로티오에이트, 키랄 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포트리에스테르, 아미노알킬포스포트리에스테르, 메틸 및 3'-알킬렌 포스포네이트 및 3'-알킬렌 포스포네이트 및 키랄 포스포네이트를 포함하는 기타 알킬 포스포네이트, 포스피네이트, 3'-아미노 포스포라미데이트 및 아미노알킬포스포라미데이트를 포함하는 포스포라미데이트, 티오노포스포라미데이트, 티오노알킬포스포네이트, 티오노알킬포스포트리에스테르 및 보라노포스페이트를 포함하도록 변형될 수 있는 것들을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 두 뉴클레오티드 사이의 이러한 포스페이트 또는 변형된 포스페이트 연결은 3'-5' 연결 또는 2'-5' 연결을 통해 이루어질 수 있으며, 연결은 3'-5'에서 5'-3'으로 또는 2'-5'에서 5'-2'로와 같은 반전된 극성을 함유할 수 있다. 다양한 염, 혼합된 염 및 유리산 형태도 또한 포함된다. 뉴클레오티드 치환체에는 펩티드 핵산(PNA)도 포함된다.
일부 실시 형태에서, 상기 안티센스 핵산 분자는 갭머(gapmer)이고, 이에 의해 5' 및 3' 말단에서 처음 1 내지 7개의 뉴클레오티드는 각각 2'-메톡시에틸(2'-MOE) 변형을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 5' 및 3' 말단의 처음 5개의 뉴클레오티드는 각각 2'-MOE 변형을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 5' 및 3' 말단의 처음 1 내지 7개의 뉴클레오티드는 RNA 뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 5' 및 3' 말단의 처음 5개의 뉴클레오티드는 RNA 뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드 사이의 각각의 골격 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
일부 실시 형태에서, siRNA 분자는 말단 변형을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 안티센스 가닥의 5' 단부는 포스포릴화된다. 일부 실시 형태에서, 5'-(E)-비닐-포스포네이트와 같은 가수분해될 수 없는 5'-포스페이트 유사체가 사용된다.
일부 실시 형태에서, siRNA 분자는 골격 변형을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 연속적인 리보스 뉴클레오시드를 연결하는 변형된 포스포디에스테르기는 siRNA의 안정성 및 생체 내 생체 이용률을 향상시키는 것으로 나타났다. 포스포디에스테르 결합의 비에스테르기(-OH, =O)는 황, 붕소 또는 아세테이트로 대체되어 포스포로티오에이트, 보라노포스페이트 및 포스포노아세테이트 결합을 생성할 수 있다. 또한 포스포디에스테르기를 포스포트리에스테르로 대체하면 음전하가 제거되어 siRNA의 세포 흡수 및 혈청 성분 유지를 촉진할 수 있다. 일부 실시 형태에서, siRNA 분자는 당 변형을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 당은 탈양성자화되어(엑소 및 엔도뉴클레아제에 의해 촉매되는 반응) 이에 의해 2'-히드록실은 친핵체로서 작용하고 포스포디에스테르 결합 내의 인접한 인을 공격할 수 있다. 이러한 대안은 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 및 2'-플루오로 변형을 포함한다.
일부 실시 형태에서, siRNA 분자는 염기 변형을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 상기 염기는 변형된 염기, 예컨대 슈도우리딘, 5'-메틸시티딘, N6-메틸아데노신, 이노신 및 N7-메틸구아노신으로 치환될 수 있다.
일부 실시 형태에서, siRNA 분자는 지질에 접합된다. 지질은 siRNA의 5' 또는 3' 말단에 접합되어 혈청 지질단백질과 결합함으로써 생체 내 생체이용률을 향상시킬 수 있다. 대표적인 지질에는 콜레스테롤과 비타민 E, 및 팔미테이트와 토코페롤과 같은 지방산이 포함되지만, 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시 형태에서, 대표적인 siRNA는 다음 식을 갖는다:
센스: mN*mN*/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/*mN*/32FN/
안티센스: /52FN/*/i2FN/*mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN*N*N
상기 식에서: "N"은 염기이고; "2F"는 2'-F 변형이고; "m"은 2'-O-메틸 변형이고, "I"는 내부 염기이며; "*"는 포스포로티오에이트 골격 연결이다.
본 개시 내용은 또한 억제성 핵산 분자 중 어느 하나 이상을 포함하는 벡터를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 벡터는 억제성 핵산 분자 중 어느 하나 이상 및 이종 핵산을 포함한다. 상기 벡터는 핵산 분자를 전달할 수 있는 바이러스 또는 비바이러스 벡터일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상기 벡터는 플라스미드 또는 코스미드(예컨대, 추가 DNA 단편 연결될(ligated) 수 있는 원형 이중 가닥 DNA)이다. 일부 실시 형태에서, 상기 벡터는 바이러스 벡터인데, 여기에서 추가적인 DNA 단편들은 바이러스 게놈으로 연결될 수 있다. 발현 벡터는 플라스미드, 코스미드, 레트로바이러스, 아데노바이러스, 아데노 연관 바이러스(AAV), 식물 바이러스 예컨대 꽃양배추 모자이크 바이러스 및 담배 모자이크 바이러스, 효모 인공 염색체(YAC), 엡스타인-바(EBV)-유래 에피솜, 및 당업계에 알려진 다른 발현 벡터를 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본 개시 내용은 또한 억제성 핵산 분자 중 어느 하나 이상을 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 조성물은 약제학적 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 상기 조성물은 담체 및/또는 부형제를 포함한다. 담체의 예는 폴리(락트산)(PLA) 미소구체, 폴리(D,L-락틱-글리콜-산)(PLGA) 미소구체, 리포솜, 마이셀, 역상마이셀, 지질 코클레에이트(cochleate) 및 지질 미세소관을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 담체는 완충된 염 용액, 예컨대 PBS, HBSS 등을 포함할 수 있다.
일부 실시 형태에서, IFIH1 억제제 또는 TRIM65 억제제는 인식 서열(들)에서 하나 이상의 닉(nicks) 또는 이중 가닥 절단을 유도하는 뉴클레아제 제제 또는 IFIH1 게놈 핵산 분자 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자 내의 인식 서열에 결합하는 DNA-결합 단백질을 포함한다. 상기 인식 서열은 IFIH1 유전자 또는 TRIM65 유전자의 부호화 영역 내에 위치하거나 유전자 발현에 영향을 미치는 조절 영역 내에 위치할 수 있다. DNA-결합 단백질 또는 뉴클레아제 제제의 인식 서열은 인트론, 엑손, 프로모터, 인핸서, 조절성 영역, 또는 임의의 비단백질 부호화 영역에 위치할 수 있다. 상기 인식 서열은 IFIH1 유전자 또는 TRIM65 유전자의 개시 코돈을 포함하거나 이에 근사할 수 있다. 예를 들어, 상기 인식 서열은 개시 코돈으로부터 약 10, 약 20, 약 30, 약 40, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500 또는 약 1,000개의 뉴클레오티드에 위치할 수 있다. 다른 예로서, 두 개 이상의 뉴클레아제 제제가 사용될 수 있으며, 각각은 개시 코돈을 포함하거나 이에 근사한 뉴클레아제 인식 서열을 표적화한다. 또 다른 예로서, 두 개의 뉴클레아제 제제가 사용될 수 있으며, 하나는 개시 코돈을 포함하거나 이에 근사한 뉴클레아제 인식 서열을 표적화하고, 하나는 정지 코돈을 포함하거나 이에 근사한 뉴클레아제 인식 서열을 표적화하며, 여기서 뉴클레아제 제제에 의한 절단은 두 개의 뉴클레아제 인식 서열 사이의 부호화 영역의 결실을 초래할 수 있다. 원하는 인식 서열에 닉 또는 이중 가닥 절단을 유도하는 임의의 뉴클레아제 제제는 본 명세서에 개시된 방법 및 조성물에 사용될 수 있다. 원하는 인식 서열에 결합하는 임의의 DNA-결합 단백질은 본 명세서에 개시된 방법 및 조성물에 사용될 수 있다.
본 명세서에서 사용하기 위한 적합한 뉴클레아제 제제 및 DNA-결합 단백질은 징크 핑거 단백질 또는 징크 핑거 뉴클레아제(ZFN) 쌍, 전사 활성화제 유사 이펙터(TALE) 단백질 또는 전사 활성화제 유사 이펙터 뉴클레아제(TALEN), 또는 클러스터링된 규칙적 간격의 짧은 회문 반복부(Clustered Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats)(CRISPR)/CRISPR-연관된(Cas) 시스템을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 인식 서열의 길이는 다양할 수 있으며, 예를 들어 징크 핑거 단백질 또는 ZFN 쌍에 대해 약 30 내지 36bp, 각 ZFN에 대해 약 15 내지 18bp, TALE 단백질 또는 TALEN에 대해 약 36bp 및 CRISPR/Cas 가이드 RNA의 경우 약 20bp인 인식 서열을 포함한다.
일부 실시 형태에서, CRISPR/Cas 시스템은 세포 내 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자를 변형시키는 데 사용될 수 있다. 본 명세서에 개시된 방법 및 조성물은 IFIH1 또는 TRIM65 핵산 분자의 부위 지정 절단을 위해 CRISPR 복합체(Cas 단백질과 복합체화된 가이드 RNA(gRNA)를 포함함)를 활용함으로써 CRISPR-Cas 시스템을 사용할 수 있다.
Cas 단백질은 일반적으로 gRNA와 상호작용할 수 있는 하나 이상의 RNA 인식 또는 결합 도메인을 포함한다. Cas 단백질은 또한 뉴클레아제 도메인(예를 들어, DNase 또는 RNase 도메인), DNA 결합 도메인, 헬리카제 도메인, 단백질-단백질 상호작용 도메인, 이량체화 도메인 및 기타 도메인을 포함할 수 있다. 적합한 Cas 단백질은 예를 들어, 야생형 Cas9 단백질 및 야생형 Cpf1 단백질(예컨대, 예를 들어, FnCpf1)을 포함한다. Cas 단백질은 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자에서 이중 가닥 절단을 생성하는 완전한 절단 활성을 가질 수 있거나, IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자에서 단일 가닥 절단을 생성하는 닉카제일 수 있다. Cas 단백질의 추가 예는 Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas5e(CasD), Cas6, Cas6e, Cas6f, Cas7, Cas8a1, Cas8a2, Cas8b, Cas8c, Cas9(Csn1 또는 Csx12), Cas10, Cas10d, CasF, CasG, CasH, Csy1, Csy2, Csy3, Cse1(CasA), Cse2(CasB), Cse3(CasE), Cse4(CasC), Csc1, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csx1, Csx15, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4, 및 Cu1966, 및 이의 상동체 또는 변형된 버전을 포함하나, 이에 제한되지는 않는다.Cas 단백질은 또한 융합 단백질로서 이종성 폴리펩타이드에 작동 가능하게 연결될 수 있다. 예를 들어, Cas 단백질은 절단 도메인, 후성유전적 변형 도메인, 전사 활성화 도메인, 또는 전사 억제인자 도메인에 융합될 수 있다. Cas 단백질 은 임의의 형태로 제공될 수 있다. 예를 들어, Cas 단백질은 단백질, 예컨대 gRNA로 복합체화된 Cas 단백질의 형태로 제공될 수 있다. 또는, Cas 단백질은 Cas 단백질을 부호화하는 핵산 분자, 예컨대, RNA 또는 DNA의 형태로 제공될 수 있다.
일부 실시 형태에서, IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자의 표적화된 유전적 변형은 세포를 Cas 단백질, 및 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자의 표적 게놈 유전자좌 내의 하나 이상의 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 하나 이상의 gRNA와 접촉시킴으로써 생성될 수 있다. 예를 들어, gRNA 인식 서열은 서열 번호 1의 영역 내에 위치할 수 있다. gRNA 인식 서열은 또한 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치를 포함하거나 이에 근사할 수 있다. 예를 들어, gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치로부터 약 1000, 약 500, 약 400, 약 300, 약 200, 약 100, 약 50, 약 45, 약 40, 약 35, 약 30, 약 25, 약 20, 약 15, 약 10, 또는 약 5개의 뉴클레오티드에 위치할 수 있다. gRNA 인식 서열은 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자의 개시 코돈 또는 IFIH1 게놈 핵산 분자의 정지 코돈을 포함할 수 있거나 이에 근사할 수 있다. 예를 들어, gRNA 인식 서열은 개시 코돈 또는 정지 코돈에서 약 10, 약 20, 약 30, 약 40, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500, 또는 약 1,000개의 뉴클레오티드에 위치할 수 있다.
IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자에서 표적 게놈 유전자좌 내의 gRNA 인식 서열은 Cas9 뉴클레아제에 의해 표적화되는 DNA 서열 바로 뒤에 오는 2-6 염기 쌍 DNA 서열인 프로토스페이서 인접 모티프(PAM) 서열 근처에 위치한다. 정규 PAM은 서열 5'-NGG-3'이며, 여기서 "N"은 그 뒤에 두 개의 구아닌 ("G") 핵염기가 오는 임의의 핵염기이다. gRNA는 Cas9를 유전자 편집을 위해 게놈의 어느 곳으로든 운반할 수 있지만, Cas9가 PAM을 인식하는 위치 이외의 다른 위치에서는 어떤 편집도 발생할 수 없다. 또한, 5'-NGA-3'은 인간 세포에 대한 매우 효율적인 비-표준 PAM일 수 있다. 일반적으로, PAM은 gRNA에 의해 표적화된 DNA 서열 다운스트림의 약 2 내지 6개의 뉴클레오티드이다. PAM은 gRNA 인식 서열 측면에 있을 수 있다. 일부 실시 형태에서, gRNA 인식 서열은 PAM 옆의 3' 말단 측면에 있을 수 있다. 일부 실시 형태에서, gRNA 인식 서열은 PAM 옆의 5' 말단 측면에 있을 수 있다. 예를 들어, Cas 단백질의 절단 부위는 PAM 서열의 업스트림 또는 다운스트림의 약 1 내지 약 10개, 약 2 내지 약 5개의 염기쌍, 또는 3개의 염기쌍일 수 있다. 일부 실시 형태에서(예컨대 에스. 피오게네스(S. pyogenes)로부터의 Cas9 또는 밀접하게 관련된 Cas9가 사용되는 경우), 비상보적 가닥의 PAM 서열은 5'-NGG-3'일 수 있으며, 여기서 N은 임의의 DNA 뉴클레오티드이고 표적 DNA의 비상보적 가닥의 gRNA 인식 서열의 가장 가까운 3'이다. 이와 같이, 상보적 가닥의 PAM 서열은 5'-CCN-3'일 것이며, 여기서 N은 임의의 DNA 뉴클레오티드이고 표적 DNA의 상보적 가닥의 gRNA 인식 서열의 가장 가까운 5'이다.
gRNA는 Cas 단백질에 결합하고 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자 내의 특이적 위치에 Cas 단백질을 표적화하는 RNA 분자이다. 예시적인 gRNA는 Cas 효소가 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자에 결합하거나 이를 절단하도록 지시하는 데 효과적인 gRNA 이며, 여기서 gRNA는 서열 번호 1(IFIH1의 경우)에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치를 포함하거나 이에 근접한 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자 내의 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 DNA 표적화 세그먼트를 포함한다. 예컨대, gRNA는 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치로부터 약 5, 약 10, 약 15, 약 20, 약 25, 약 30, 약 35, 약 40, 약 45, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500, 또는 약 1,000개의 뉴클레오티드에 위치하는 gRNA 인식 서열에 혼성화되도록 선택될 수 있다. 다른 예시적인 gRNA는 개시 코돈 또는 종료 코돈을 포함하거나 이에 근접한 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자 내에 존재하는 gRNA 인식 서열에 혼성화되는 DNA표적화 세그먼트를 포함한다. 예를 들어, gRNA는 개시 코돈으로부터 약 5, 약 10, 약 15, 약 20, 약 25, 약 30, 약 35, 약 40, 약 45, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500 또는 약 1,000개의 뉴클레오티드에 위치하거나 또는 정지 코돈으로부터 약 5, 약 10, 약 15, 약 20, 약 25, 약 30, 약 35, 약 40, 약 45, 약 50, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 약 500, 또는 약 1,000개의 뉴클레오티드에 위치하는 gRNA 인식 서열에 혼성화되도록 선택될 수 있다. 적합한 gRNA는 약 17개 내지 약 25개 뉴클레오티드, 약 17개 내지 약 23개 뉴클레오티드, 약 18개 내지 약 22개 뉴클레오티드, 또는 약 19개 내지 약 21개 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, gRNA는 20개의 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
인간 IFIH1 기준 유전자 내에 위치한 적합한 gRNA 인식 서열의 예는 표 1에 서열 번호 24 내지 34로서 제시되어 있다.
IFIH1 변이(들) 근처의 가이드 RNA 인식 서열
가닥 gRNA 인식 서열 서열 번호:
- GCAATGGCAAACTTCTTGCATGG 24
+ AGATGCAACCAGAGAAGTATGGG 25
+ CAGATGCAACCAGAGAAGTATGG 26
+ TACTACATTCAGTAGAAAGATGG 27
+ TCAACTGAAAAACCAAATACAGG 28
- TTCTCTGGTTGCATCTGCAATGG 29
+ ATTCAGTAGAAAGATGGCAAAGG 30
- ACATTAAGCCCATACTTCTCTGG 31
- TCTTGCATGGCTCCTGTATTTGG 32
- TTTGGTTTTTCAGTTGATCAAGG 33
- TTTAAATAATATTTTTCAGATGG 34
Cas 단백질 및 gRNA는 복합체를 형성하며, Cas 단백질은 표적 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자를 절단한다. Cas 단백질은 gRNA의 DNA 표적화 분절이 결합할 표적 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자에 존재하는 핵산 서열 내부 또는 외부의 부위에서 핵산 분자를 절단할 수 있다. 예를 들어, CRISPR 복합체(gRNA 인식 서열에 혼성화되고 Cas 단백질과 복합체화된 gRNA를 포함함)의 형성은 gRNA의 DNA-표적화 분절이 결합할 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자에 존재하는 핵산 서열에서 또는 이 근처(예컨대, 이로부터 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 50개 이상의 염기쌍 내)에서 한 가닥 또는 두 가닥 모두의 절단을 초래할 수 있다.
이러한 방법은 예를 들어, 유전자의 영역이 파괴되거나, 개시 코돈이 파괴되거나, 정지 코돈이 파괴되거나, 부호화 서열이 파괴 또는 결실된 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자를 초래할 수 있다. 선택적으로, 세포는 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자의 표적 게놈 유전자좌 내의 추가적인 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 하나 이상의 추가적인 gRNA와 추가로 접촉할 수 있다. 세포를 하나 이상의 추가적인 gRNA(예컨대, 예를 들어, 제2 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 제2 gRNA)와 접촉시킴으로써, Cas 단백질에 의한 절단은 두 개 이상의 이중 가닥 파손 또는 두 개 이상의 단일 가닥 파손을 생성할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 치료 방법은 추가로 대상체로부터의 생체 시료에서 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 여부를 검출하는 단계를 더 포함한다. 본 개시 내용 전반에 걸쳐 사용되는 경우에, "IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자"는 부분적 기능 상실, 완전한 기능 상실, 예측된 부분적 기능 상실, 또는 예측된 완전 기능 상실을 갖는 IFIH1 폴리펩티드를 부호화하는 임의의 IFIH1 핵산 분자(예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자와 같음)이다.
본 개시 내용은 또한 대상체가 건선이 있는 경우 건선을 치료하거나 억제하는 치료제로 상기 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 상기 대상체로부터 생체 시료를 획득하거나 미리 획득하는 단계, 및 상기 대상체가 IGIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 가지고 있는지 결정하기 위해 상기 생체 시료에 대해 서열 분석을 수행하거나 미리 수행하는 단계를 통해 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지고 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 IFIH1 기준인 대상체에게 표준 투여량으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 같거나 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 같거나 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하는 단계를 더 포함한다. 상기 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 변이체 핵산 분자를 가지는 유전자형이 존재하는 경우 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소함을 나타낸다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 IFIH1 기준이다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다.
IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 IFIH1 기준 또는 이형접합성인 것으로 유전자형이 분석되거나 결정된 대상체의 경우, 이러한 대상체는 본 명세서에 기술된 바와 같이 IFIH1 억제제로 치료될 수 있다.
대상체로부터의 생체 시료에서 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 여부를 검출하고/하거나 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는지 여부를 결정하는 것은 본 명세서에 기술된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 외에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 제자리에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 내에서 수행될 수 있다. 임의의 이들 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 상기 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 상기 치료 방법은 상기 대상체로부터의 생체 시료에서 IFIH1 예측 기능 손실 폴리펩티드의 존재 여부를 검출하는 단계를 더 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖지 않는 경우, 상기 대상체는 또한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량으로 투여받는다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖는 경우, 상기 대상체는 또한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 더 적은 투여량으로 투여받는다.
본 개시 내용은 또한 대상체가 건선이 있는 경우 건선을 치료하거나 억제하는 치료제로 상기 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 상기 대상체로부터 생체 시료를 획득하거나 미리 획득하는 단계, 및 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖고 있는지 결정하기 위해 상기 생체 시료에 대해 분석을 수행하거나 미리 수행하는 단계를 통해 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖고 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 가지고 있지 않은 경우, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 상기 대상체에게 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나, IFIH1 억제제가 상기 대상체에게 투여된다. 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 가지고 있는 경우, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 상기 대상체에게 표준 투여량과 같거나 더 적은 양으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나, IFIH1 억제제가 상기 대상체에게 투여된다. IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드가 존재하는 경우 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소함을 나타낸다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖지 않는다.
대상체로부터의 생체 시료에서 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩타이드의 존재 여부를 검출하는 단계 및/또는 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 가지는지 여부를 결정하는 단계는 본 명세서에 기술된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 외에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 제자리에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 내에서 수행될 수 있다. 임의의 이들 실시 형태에서, 상기 폴리펩티드는 상기 대상체로부터 획득한 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 상기 IFIH1 억제제는 파라믹소바이러스 V 단백질이다. 일부 실시 형태에서, 상기 IFIH1 억제제는 저분자를 포함한다.
대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 IFIH1 기준 또는 이형접합성인 것으로 유전자형이 분석되거나 결정되는 임의의 실시 형태에서, 이러한 대상체는 제1형 인터페론 경로의 억제제로 치료될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상기 제1형 인터페론 경로의 억제제는 아데노신 데아미나제 RNA 특이적(ADAR)의 작용제이다. 일부 실시 형태에서, 상기 ADAR 작용제는 ADAR 단백질이다. 일부 실시 형태에서, 상기 ADAR 작용제는 ADAR 작용제 항체이다. 일부 실시 형태에서, 상기 제1형 인터페론 경로의 억제제는 TRIM65의 억제제이다. 일부 실시 형태에서, 상기 TRIM65 억제제는 저분자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 제1형 인터페론 경로의 억제제는 DEAD-박스 폴리펩티드 58("DDX58")의 억제제(즉, RIG-1)이다. DDX58 억제제는 에피갈로카테킨 갈레이트(EGCG) 및 BX795(인비보겐)를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
일부 실시 형태에서, 치료 방법은 추가로 대상체로부터의 생체 시료에서 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 여부를 검출하는 단계를 더 포함한다. 본 개시 내용 전반에 걸쳐 사용되는 경우에, "TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자"는 부분적 기능 상실, 완전한 기능 상실, 예측된 부분적 기능 상실, 또는 예측된 완전 기능 상실을 갖는 TRIM65 폴리펩티드를 부호화하는 임의의 TRIM65 핵산 분자(예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자와 같음)이다.
본 개시 내용은 또한 대상체가 건선이 있는 경우 건선을 치료하거나 억제하는 치료제로 상기 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 상기 대상체로부터 생체 시료를 획득하거나 미리 획득하는 단계, 및 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 가지고 있는지 결정하기 위해 상기 생체 시료에 대해 서열 분석을 수행하거나 미리 수행하는 단계를 통해 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지고 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 TRIM65 기준인 대상체에게 표준 투여량으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 상기 대상체에게 TRIM65 억제제를 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 같거나 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 상기 대상체에게 TRIM65 억제제를 투여하는 단계를 더 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 같거나 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하는 단계를 더 포함한다. 상기 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 변이체 핵산 분자를 가지는 유전자형이 존재하는 경우 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소함을 나타낸다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 TRIM65 기준이다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다.
TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 TRIM65 기준 또는 이형접합성인 것으로 유전자형이 분석되거나 결정된 대상체의 경우, 이러한 대상체는 본 명세서에 기술된 바와 같이 TRIM65 억제제로 치료될 수 있다.
대상체로부터의 생체 시료에서 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 여부를 검출하고/하거나 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는지 여부를 결정하는 것은 본 명세서에 기술된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 외에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 제자리에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 내에서 수행될 수 있다. 임의의 이들 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 상기 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 상기 치료 방법은 상기 대상체로부터의 생체 시료에서 TRIM65 예측 기능 손실 폴리펩티드의 존재 여부를 검출하는 단계를 더 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖지 않는 경우, 상기 대상체는 또한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량으로 투여받는다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖는 경우, 상기 대상체는 또한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량과 동일하거나 더 적은 투여량으로 투여받는다.
본 개시 내용은 또한 대상체가 건선이 있는 경우 건선을 치료하거나 억제하는 치료제로 상기 대상체를 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 상기 대상체로부터 생체 시료를 획득하거나 미리 획득하는 단계, 및 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖고 있는지 결정하기 위해 상기 생체 시료에 대해 분석을 수행하거나 미리 수행하는 단계를 통해 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖고 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 가지고 있지 않은 경우, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 상기 대상체에게 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나, TRIM65 억제제가 상기 대상체에게 투여된다. 상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 가지고 있는 경우, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 상기 대상체에게 표준 투여량과 같거나 더 적은 양으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나, TRIM65 억제제가 상기 대상체에게 투여된다. TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드가 존재하는 경우 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소함을 나타낸다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 갖지 않는다.
대상체로부터의 생체 시료에서 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩타이드의 존재 여부를 검출하는 단계 및/또는 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 가지는지 여부를 결정하는 단계는 본 명세서에 기술된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 외에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 제자리에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 내에서 수행될 수 있다. 임의의 이들 실시 형태에서, 상기 폴리펩티드는 상기 대상체로부터 획득한 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 실시 형태에서, TRIM65 억제제는 TRIM65와 IFIH1 사이의 상호작용을 차단하는 펩티드이다. 일부 실시 형태에서, 상기 TRIM65 억제제는 저분자를 포함한다.
대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 TRIM65 기준 또는 이형접합성인 것으로 유전자형이 분석되거나 결정되는 임의의 실시 형태에서, 이러한 대상체는 제1형 인터페론 경로의 억제제 및/또는 IFIH1 억제제로 치료될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상기 제1형 인터페론 경로의 억제제는 아데노신 데아미나제 RNA 특이적(ADAR)의 작용제이다. 일부 실시 형태에서, 상기 ADAR 작용제는 ADAR 단백질이다. 일부 실시 형태에서, 상기 ADAR 작용제는 ADAR 작용제 항체이다. 일부 실시 형태에서, 상기 TRIM65 억제제는 저분자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 제1형 인터페론 경로의 억제제는 DEAD-박스 폴리펩티드 58("DDX58")의 억제제(즉, RIG-1)이다. DDX58 억제제는 에피갈로카테킨 갈레이트(EGCG) 및 BX795(인비보겐)를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
건선을 치료하거나 억제하는 치료제의 예는 안트랄린(디하이드록시안트랄린), 아자라빈, 콜히친, 플루오로우라실, 메토트렉세이트, 메톡살렌(8-메톡시소랄렌), 레조르시놀, 레티노이드(예컨대, 레티노산), 코르티코스테로이드(예컨대, 클로베타솔 프로피오네이트, 트리암시놀론 아세토나이드 등), 사이클로스포린, 요오도클로르하이드록시퀸, 살리실산, 비타민D, 답손, 소마토스타틴, 황, 타르, 산화아연, 하이드록시카바마이드, 푸마르산염(예컨대, 디메틸 푸마르산염) 및 자외선을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 안트랄린(예컨대, 디히드록시안트랄린)이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 아자라빈이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 콜히친이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 플루오로우라실이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 메토트렉세이트이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 메톡살렌(예컨대, 8-메톡시소랄렌)이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 레조르시놀이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 레티노이드(예컨대, 레티노산)이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 코르티코스테로이드(예컨대, 클로베타솔 프로피오네이트 또는 트리암시놀론 아세토나이드)이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 사이클로스포린이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 요오도클로르하이드록시퀸이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 살리실산이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 비타민 D이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 답손이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 소마토스타틴이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 황이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 타르이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 산화아연이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 하이드록시카르바미드이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 푸마르산염(예컨대, 디메틸 푸마르산염)이다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 자외선이다.
일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제의 용량은 IFIH1 기준 또는 TRIM65 기준인 대상체(표준 투여량을 투여받을 수 있는 대상체)에 비해 IFIH1 또는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체의 경우 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80% 또는 약 90%(즉, 표준 투여량보다 낮은) 감소될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 건선을 치료하거나 억제하는 치료제의 용량은 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 또는 약 50% 감소될 수 있다. 또한, IFIH1 또는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 건선을 치료하거나 억제하는 치료제의 용량은 IFIH1 기준 또는 TRIM65 기준인 대상체에 비해 덜 빈번하게 투여될 수 있다.
건선을 치료하거나 억제하는 치료제 및/또는 IFIH1 억제제/TRIM65 억제제/제1형 인터페론 경로 억제제의 투여는 예컨대, 1일, 2일, 3일, 5일, 1주, 2주, 3주, 1개월, 5주, 6주, 7주, 8주, 2개월, 또는 3개월 후에 반복될 수 있다. 상기 반복 투여는 동일한 용량 또는 상이한 용량일 수 있다. 상기 투여는 1회, 2회, 3회, 4회, 5회, 6회, 7회, 8회, 9회, 10회, 또는 그 이상 반복될 수 있다. 예를 들어, 특정 투여 요법에 따라 대상체는 예컨대, 6개월, 1년 또는 그 이상과 같은 연장된 기간 동안 치료를 받을 수 있다.
건선을 치료하거나 억제하는 치료제 및/또는 IFIH1 억제제/TRIM65 억제제/제1형 인터페론 경로 억제제의 투여는 비경구, 정맥 내, 경구, 피하, 동맥 내, 두개 내, 척수강 내, 복강 내, 국소, 비강 내 또는 근육 내를 포함하되 이에 제한되지 않는 임의의 적절한 경로를 통해 이루어질 수 있다. 투여용 약제학적 조성물은 바람직하게는 멸균되며, 실질적으로 등장성이고, GMP 조건하에서 제조된다. 약제학적 조성물은 단위 제형(즉, 단회 투여를 위한 용량)으로 제공될 수 있다. 약제학적 조성물은 하나 이상의 생리학적 및 약제학적으로 허용되는 담체, 희석제, 부형제 또는 보조제를 사용하여 제제화될 수 있다. 상기 제형은 선택된 투여 경로에 따라 달라진다. 용어 "약제학적으로 허용되는"은 담체, 희석제, 부형제 또는 보조제가 제제의 다른 성분과 친화성이고 피투여자에게 실질적으로 해롭지 않다는 것을 의미한다.
본 명세서에 사용되는 용어 "치료하다", "치료하는" 및 "치료", 및 "예방하다", "예방하는" 및 "예방"은 원하는 생물학적 반응, 예컨대, 각각 치료적 및 예방적 효과를 이끌어내는 것을 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 치료적 효과는 제제 또는 제제를 포함하는 조성물의 투여 후, 건선의 축소/감소, 건선의 중증도 축소/감소(예를 들어, 건선의 발병 감소 또는 억제와 같음), 증상 및 건선 관련 효과의 축소/감소, 증상 및 건선 관련 효과의 개시 지연, 건선 관련 효과의 증상의 중증도 감소, 급성 에피소드의 중증도 감소, 증상 및 건선 관련 효과의 수 감소, 증상 및 건선 관련 효과의 잠복기 감소, 증상 및 건선 관련 효과의 개선, 이차 증상 감소, 이차 감염 감소, 건선에 대한 재발 방지, 재발 에피소드의 수 또는 빈도 감소, 증상성 에피소드 사이의 잠복기 증가, 지속적인 진행까지의 시간 증가, 관해 촉진, 관해 유도, 관해 증대, 회복 가속화, 또는 대체 치료제의 효능 증가 또는 이에 대한 내성 감소, 및/또는 영향을 받는 숙주 동물의 생존 시간 증가 중 하나 이상을 포함한다. 예방적 효과는 치료적 프로토콜의 투여 이후, 건선 발생/진행의 완전 또는 부분적 회피/억제 또는 지연(예컨대, 예를 들어, 완전 또는 부분적 회피/억제 또는 지연), 및 영향을 받는 숙주 동물의 증가된 생존 시간을 포함할 수 있다. 건선의 치료는 임의의 임상 단계 또는 징후에서 임의의 형태의 건선이 있는 것으로 이미 진단된 대상체의 치료, 건선의 증상 또는 징후의 개시 또는 전개 또는 심화 또는 악화의 지연, 및/또는 건선의 중증도의 예방 및/또는 감소를 포함한다.
본 개시 내용은 또한 대상체의 건선을 진단하는 방법으로서, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 복수의 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 대상체의 총 부담을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 대상체가 더 낮은 총 부담을 갖고 하나 이상의 건선 증상을 나타내는 경우, 상기 대상체는 건선이 있는 것으로 진단된다. 대상체가 더 높은 총 부담을 갖고 하나 이상의 건선 증상을 나타내지 않는 경우, 상기 대상체는 건선이 없는 것으로 진단된다.
본 개시 내용은 또한 건선 발병 위험이 증가한 대상체를 식별하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 대상체로부터 획득한 생체 시료에서 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및/또는 cDNA 분자)의 존재 여부를 결정하거나 미리 결정하는 단계를 포함한다. 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자가 결여된 경우(즉, 상기 대상체는 유전형적으로 IFIH1 기준으로 분류됨), 상기 대상체는 건선 발병 위험이 증가한다. 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는 경우(즉, 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 경우), 상기 대상체는 건선 발병 위험이 감소한다.
IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 하나의 사본이 있는 경우, 대상체는 IFIH1 예측 기능 손실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 사본이 없는 경우보다 건선 발병으로부터 더 보호된다. 어떤 특정한 이론 또는 작용 기전에 한정하려는 의도 없이, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 하나의 사본(즉, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성)이 있는 경우, 대상체는 건선 발병으로부터보호되는 것으로 여겨지고, 또한, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 두 개의 사본(즉, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성)이 있는 경우 대상체는 하나의 사본이 있는 대상체에 비해 건선 발병으로부터 더 보호될 수 있다고 여겨진다. 따라서, 일부 실시 형태에서, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 사본은 건선 발병으로부터 대상체를 완전하게 보호할 수는 없지만, 대신 부분적으로 또는 불완전하게 보호할 수 있다. 임의의 특정 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 사본이 있는 대상체에게 여전히 존재하는 건선 발병에 관여하는 추가 요인 또는 분자가 있을 수 있으며, 따라서 건선 발병으로부터 완전한 보호가 되지 않을 수 있다.
대상체가 대상체로부터의 생체 시료에 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는지 여부를 결정하고/하거나 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는지 여부를 결정하는 것은 본 명세서에 기술된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 외에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 제자리에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 내에서 수행될 수 있다. 임의의 이들 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 상기 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
본 개시 내용은 또한 건선 발병 위험이 증가한 대상체를 식별하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 대상체로부터 획득한 생체 시료에서 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및/또는 cDNA 분자)의 존재 여부를 결정하거나 미리 결정하는 단계를 포함한다. 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자가 결여된 경우(즉, 상기 대상체는 유전형적으로 TRIM65 기준으로 분류됨), 상기 대상체는 건선 발병 위험이 증가한다. 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는 경우(즉, 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 경우), 상기 대상체는 건선 발병 위험이 감소한다.
TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 하나의 사본이 있는 경우, 대상체는 TRIM65 예측 기능 손실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 사본이 없는 경우보다 건선 발병으로부터 더 보호된다. 어떤 특정한 이론 또는 작용 기전에 한정하려는 의도 없이, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 하나의 사본(즉, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성)이 있는 경우, 대상체는 건선 발병으로부터보호되는 것으로 여겨지고, 또한, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 두 개의 사본(즉, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성)이 있는 경우 대상체는 하나의 사본이 있는 대상체에 비해 건선 발병으로부터 더 보호될 수 있다고 여겨진다. 따라서, 일부 실시 형태에서, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 사본은 건선 발병으로부터 대상체를 완전하게 보호할 수는 없지만, 대신 부분적으로 또는 불완전하게 보호할 수 있다. 임의의 특정 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 단일 사본이 있는 대상체에게 여전히 존재하는 건선 발병에 관여하는 추가 요인 또는 분자가 있을 수 있으며, 따라서 건선 발병으로부터 완전한 보호가 되지 않을 수 있다.
대상체가 대상체로부터의 생체 시료에 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는지 여부를 결정하고/하거나 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는지 여부를 결정하는 것은 본 명세서에 기술된 임의의 방법에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 외에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 제자리에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이들 방법은 생체 내에서 수행될 수 있다. 임의의 이들 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 상기 대상체로부터 얻은 세포 내에 존재할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기술된 임의의 방법은 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자, 및/또는 건선 발병의 위험 감소와 관련된 IFIH1 예측 기능 상실 변이체 폴리펩티드를 가지는 대상체의 총 부담을 결정하는 단계를 더 포함할 수 있다. 총 부담은 IFIH1 유전자의 모든 변이의 합계이며, 이는 건선과의 연관 분석에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 건선 발병 위험 감소와 연관된 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 하나 이상의 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성이다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 건선 발병 위험 감소와 연관된 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화는 하나 이상의 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다. 연관 분석 결과는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자가 건선 발병 위험 감소와 관련이 있음을 시사한다. 대상체가 더 낮은 총 부담을 갖는 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 더 높으며, 상기 대상체에게는 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여된다. 대상체가 더 높은 총 부담을 갖는 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 더 낮으며, 상기 대상체에게는 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량과 같거나 더 적은 양으로 투여되거나 계속 투여된다. 총 부담이 클수록 건선 발병 위험이 낮아진다. 표 2에는 총 부담 분석에 사용될 수 있는 예시적인 IFIH1 변이체 핵산 분자가 나열되어 있다.
변이 rsID 효과 HGVS.c HGVS.p
2:162279995:C:G rs35337543 splice_donor c.1641+1G>C
2:162268086:C:T rs35732034 splice_donor c.2807+1G>A
2:162277580:C:A rs35744605 stop_gained c.1879G>T p.Glu627*
2:162278205:C:CT rs553669430 프레임시프트 c.1764dupA p.Ala589fs
2:162277435:AATCT:A rs569337014 프레임시프트 c.2020_2023delAGAT p.Arg674fs
2:162277442:CT:C rs773033563 프레임시프트 c.2016delA p.Asp673fs
2:162267515:A:C rs750063177 stop_gained c.2862T>G p.Tyr954*
2:162273932:C:A rs201472224 stop_gained c.2317G>T p.Glu773*
2:162276691:GT:G rs759430873 프레임시프트 c.2299delA p.Thr767fs
2:162277422:TAA:T rs774076578 프레임시프트 c.2035_2036delTT p.Leu679fs
2:162277651:TG:T 프레임시프트 c.1807delC p.His603fs
2:162280040:G:A stop_gained c.1597C>T p.Gln533*
2:162280047:GT:G rs779192156 프레임시프트 c.1589delA p.Asn530fs
2:162267201:TA:T 프레임시프트 c.3076delT p.Ter1026fs
2:162267202:A:T stop_lost c.3076T>A p.Ter1026Lysext*?
2:162267213:CTAAA:C 프레임시프트 c.3061_3064delTTTA p.Phe1021fs
2:162267222:CA:C rs1392296770 프레임시프트 c.3055delT p.Cys1019fs
2:162267270:C:T stop_gained c.3008G>A p.Trp1003*
2:162267271:AC:A 프레임시프트 c.3006delG p.Lys1002fs
2:162267274:T:A stop_gained c.3004A>T p.Lys1002*
2:162267278:G:T rs151037370 stop_gained c.3000C>A p.Tyr1000*
2:162267304:T:A stop_gained c.2974A>T p.Lys992*
2:162267324:CTTATT:C 프레임시프트 c.2949_2953delAATAA p.Ile984fs
2:162267335:A:T stop_gained c.2943T>A p.Cys981*
2:162267336:CA:C 프레임시프트 c.2941delT p.Cys981fs
2:162267348:A:C stop_gained c.2930T>G p.Leu977*
2:162267375:C:T stop_gained c.2903G>A p.Trp968*
2:162267381:T:C splice_acceptor c.2899-2A>G
2:162267478:C:A splice_donor c.2898+1G>T
2:162267485:AC:A rs761697569 프레임시프트 c.2891delG p.Cys964fs
2:162267491:G:T rs1423577496 stop_gained c.2886C>A p.Cys962*
2:162267514:G:A rs144455277 stop_gained c.2863C>T p.Gln955*
2:162267541:CT:C 프레임시프트 c.2835delA p.Ala946fs
2:162267544:TG:T 프레임시프트 c.2832delC p.Asn944fs
2:162267550:C:A stop_gained c.2827G>T p.Glu943*
2:162267560:G:T stop_gained c.2817C>A p.Tyr939*
2:162267564:AG:A 프레임시프트 c.2812delC p.Leu938fs
2:162267568:CCCTA:C 프레임시프트 c.2808-3_2808delTAGG p.Glu937fs
2:162267570:C:T splice_acceptor c.2808-1G>A
2:162268086:C:G splice_donor c.2807+1G>C
2:162268164:G:T rs775467204 stop_gained c.2730C>A p.Cys910*
2:162268192:G:C stop_gained c.2702C>G p.Ser901*
2:162268206:G:T rs946205846 stop_gained c.2688C>A p.Tyr896*
2:162268207:TA:T 프레임시프트 c.2686delT p.Tyr896fs
2:162268229:T:A rs1252022173 stop_gained c.2665A>T p.Lys889*
2:162268254:ACTTTGCAT:A 프레임시프트 c.2632_2639delATGCAAAG p.Met878fs
2:162268259:G:A stop_gained c.2635C>T p.Gln879*
2:162268263:CT:C 프레임시프트 c.2630delA p.Gln877fs
2:162268265:G:GT 프레임시프트 c.2628dupA p.Gln877fs
2:162268265:G:A stop_gained c.2629C>T p.Gln877*
2:162268271:C:A stop_gained c.2623G>T p.Glu875*
2:162268272:CA:C 프레임시프트 c.2621delT p.Leu874fs
2:162268278:C:A splice_acceptor c.2617-1G>T
2:162272225:C:T rs1428749026 splice_donor c.2616+1G>A
2:162272225:C:A splice_donor c.2616+1G>T
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2:162280113:C:G splice_acceptor c.1525-1G>C
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2:162280114:T:C splice_acceptor c.1525-2A>G
2:162280114:T:A splice_acceptor c.1525-2A>T
2:162281326:A:T rs865898522 splice_donor c.1524+2T>A
2:162281326:A:C rs865898522 splice_donor c.1524+2T>G
2:162281327:C:T rs898118498 splice_donor c.1524+1G>A
2:162281327:C:A rs898118498 splice_donor c.1524+1G>T
2:162281331:T:TA 프레임시프트 c.1520dupT p.Leu507fs
2:162281332:A:T stop_gained c.1520T>A p.Leu507*
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2:162281365:GCCCCTCCA:G 프레임시프트 c.1479_1486delTGGAGGGG p.Gly494fs
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2:162281401:A:AAGGGGAT rs748061170 프레임시프트 c.1450_1451insATCCCCT p.Ile484fs
2:162281405:G:A rs763638412 stop_gained c.1447C>T p.Gln483*
2:162281426:T:A rs778487639 stop_gained c.1426A>T p.Lys476*
2:162281432:CT:C 프레임시프트 c.1419delA p.Glu474fs
2:162281434:TTCTTGAGTCTA:T 프레임시프트 c.1407_1417delTAGACTCAAGA p.Asn469fs
2:162281436:CTT:C 프레임시프트 c.1414_1415delAA p.Lys472fs
2:162281445:AT:A 프레임시프트 c.1406delA p.Asn469fs
2:162281453:TC:T 프레임시프트 c.1398delG p.Asn468fs
2:162281467:A:T rs779927507 stop_gained c.1385T>A p.Leu462*
2:162281488:T:TTA 프레임시프트 c.1362_1363dupTA p.Asn455fs
2:162281490:A:C stop_gained c.1362T>G p.Tyr454*
2:162281498:CT:C 프레임시프트 c.1353delA p.Ala452fs
2:162281501:CT:C 프레임시프트 c.1350delA p.Glu451fs
2:162281508:GGT:G rs1195101187 프레임시프트 c.1342_1343delAC p.Thr448fs
2:162281519:AT:A rs773197026 프레임시프트 c.1332delA p.Glu444fs
2:162281539:GAA:G 프레임시프트 c.1311_1312delTT p.Ser438fs
2:162281546:C:A rs779764925 splice_acceptor c.1307-1G>T
2:162282365:C:T splice_donor c.1306+1G>A
2:162282365:C:A rs1002771119 splice_donor c.1306+1G>T
2:162282399:C:A rs1054159671 stop_gained c.1273G>T p.Glu425*
2:162282400:CA:C rs1180019447 프레임시프트 c.1271delT p.Leu424fs
2:162282468:C:A stop_gained c.1204G>T p.Glu402*
2:162282514:AC:A 프레임시프트 c.1157delG p.Arg386fs
2:162282517:A:T stop_gained c.1155T>A p.Tyr385*
2:162282520:C:T rs199917968 stop_gained c.1152G>A p.Trp384*
2:162282521:C:T rs752544919 stop_gained c.1151G>A p.Trp384*
2:162282561:G:A rs1285685926 stop_gained c.1111C>T p.Gln371*
2:162282570:GC:G 프레임시프트 c.1101delG p.Leu368fs
2:162282577:CT:C splice_acceptor c.1096-2delA
2:162282577:C:T splice_acceptor c.1096-1G>A
2:162288134:C:T rs140125523 splice_donor c.1095+1G>A
2:162288134:C:A rs140125523 splice_donor c.1095+1G>T
2:162288154:AC:A 프레임시프트 c.1075delG p.Val359fs
2:162288167:C:A stop_gained c.1063G>T p.Glu355*
2:162288183:CTTGT:C 프레임시프트 c.1043_1046delACAA p.Asp348fs
2:162288189:TA:T 프레임시프트 c.1040delT p.Leu347fs
2:162288236:CT:C 프레임시프트 c.993delA p.Ser333fs
2:162288281:G:A rs74162079 stop_gained c.949C>T p.Gln317*
2:162288292:A:AC 프레임시프트 c.937_938insG p.Met313fs
2:162288292:AT:A rs757577285 프레임시프트 c.937delA p.Met313fs
2:162288297:G:C stop_gained c.933C>G p.Tyr311*
2:162288297:G:T rs1057520076 stop_gained c.933C>A p.Tyr311*
2:162288300:AG:A rs1212715492 프레임시프트 c.929delC p.Pro310fs
2:162288311:G:A rs762821474 stop_gained c.919C>T p.Gln307*
2:162288324:CG:C 프레임시프트 c.905delC p.Pro302fs
2:162288342:CA:C 프레임시프트 c.887delT p.Val296fs
2:162288343:AC:A rs1259622346 프레임시프트 c.886delG p.Val296fs
2:162288356:C:G splice_acceptor c.875-1G>C
2:162293562:ACCTGAATCACTTCCCATGGTG:A rs1195353990 프레임시프트 c.855_874+1delCACCATGGGAAGTGATTCAGG p.Thr286fs
2:162293562:A:G splice_donor c.874+2T>C
2:162293563:C:T splice_donor c.874+1G>A
2:162293583:G:GCCTGAAT 프레임시프트 c.848_854dupATTCAGG p.Thr286fs
2:162293643:TC:T rs758585876 프레임시프트 c.794delG p.Gly265fs
2:162293669:C:T splice_acceptor c.770-1G>A
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일부 실시 형태에서, IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 임의의 하나 이상의 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 대상체의 총 부담은 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 임의의 복수의 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 가중 합을 나타낸다. 일부 실시 형태에서, 총 부담은 IFIH1 유전자에 또는 그 주위(최대 10Mb)에 존재하는 적어도 약 2개, 적어도 약 3개, 적어도 약 4개, 적어도 약 5개, 적어도 약 10개, 적어도 약 20개, 적어도 약 30개, 적어도 약 40개, 적어도 약 50개, 적어도 약 60개, 적어도 약 70개, 적어도 약 80개, 적어도 약 100개, 적어도 약 120개, 적어도 약 150개, 적어도 약 200개, 적어도 약 250개, 적어도 약 300개, 적어도 약 400개, 적어도 약 500개, 적어도 약 1000개, 적어도 약 10,000개, 적어도 약 100,000개, 또는 적어도 약 1,000,000개 또는 그 이상의 유전자 변이체를 사용하여 계산하며, 여기서 유전자 부담은 각 대립유전자에 대한 건선과의 연관 추정치 또는 관련 결과를 곱한 대립유전자의 수(예: 가중 다유전자 부담 점수)이다. 이는 이들의 게놈 주석과 관계없이, 유전자 연관 분석에서 건선 관련 형질과 0이 아닌 연관을 보여주는 IFIH1 유전자에 근접한(유전자 주위 최대 10Mb) 임의의 유전자 변이체를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 대상체가 원하는 임계값 점수를 초과하는 총 부담을 갖는 경우, 상기 대상체는 건선의 발병 위험이 감소한다. 일부 실시 형태에서, 대상체가 역치 점수보다 낮은 총 부담을 갖는 경우, 상기 대상체는 건선의 발병 위험이 증가한다.
일부 실시 형태에서, 총 부담은 5분위 수, 예를 들어 상위 5분위 수, 중간 5분위 수 및 하위 5분위 수로 나뉠 수 있으며, 여기서 총 부담의 상위 5분위 수는 가장 낮은 위험군에 해당하고, 총 부담의 하위 5분위 수는 가장 높은 위험군에 해당한다. 일부 실시 형태에서, 더 큰 총 부담을 갖는 대상체는 대상체 집단으로부터 총 부담의 상위 10%, 상위 20%, 상위 30%, 상위 40%, 또는 상위 50%를 포함하되, 이에 제한되지 않는 최고의 가중 총 부담의 총 부담을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 유전적 변이체는 연관에 대하여 p-값 범위의 상위 10%, 상위 20%, 상위 30%, 상위 40%, 또는 상위 50%에서 건선과 연관을 갖는 유전적 변이체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 식별된 유전적 변이체 각각은 약 10-2, 약 10-3, 약 10-4, 약 10-5, 약 10-6, 약 10-7, 약 10-8, 약 10-9, 약 10-10, 약 10-11, 약 10-12, 약 10-13, 약 10-14, 또는 약 10-15 이하의 p-값으로 건선과 연관을 갖는 유전적 변이체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 확인된 유전자 변이체는 5 × 10-8 미만의 p-값으로 건선과 연관성을 갖는 유전자 변이체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 식별된 유전적 변이체는 분포의 상위 20%에 대하여 오즈 비(OR) 약 1.5 이상, 약 1.75 이상, 약 2.0 이상, 또는 약 2.25 이상; 또는 약 1.5 이상, 약 1.75 이상, 약 2.0 이상, 약 2.25 이상, 약 2.5 이상, 또는 약 2.75 이상으로 참조 모집단의 나머지와 비교해서 고위험 대상체에서 건선과 연관을 갖는 유전적 변이체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 오즈 비(OR)는 약 1.0 내지 약 1.5, 약 1.5 내지 약 2.0, 약 2.0 내지 약 2.5, 약 2.5 내지 약 3.0, 약 3.0 내지 약 3.5, 약 3.5 내지 약 4.0, 약 4.0 내지 약 4.5, 약 4.5 내지 약 5.0, 약 5.0 내지 약 5.5, 약 5.5 내지 약 6.0, 약 6.0 내지 약 6.5, 약 6.5 내지 약 7.0, 또는 7.0 초과의 범위일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고위험 대상체는 기준 집단에서 최하위 10분위 수, 5분위 수 또는 3분위 수의 총 부담을 갖는 대상체를 포함한다. 총 부담의 임계값은 의도된 실제 적용 분야의 성격 및 해당 실제 적용 분야에 의미 있는 것으로 간주될 수 있는 위험 차이를 기반으로 하여 결정된다.
일부 실시 형태에서, 대상체가 건선 발병의 위험이 증가한 것으로 확인되는 경우, 상기 대상체는 본 명세서에 기술된 바와 같이 건선을 치료하거나 억제하는 치료제, 및/또는 IFIH1 억제제, 및/또는 TRIM65 억제제, 및/또는 제1형 인터페론 경로 억제제로 추가로 치료를 받는다. 예를 들어, 상기 대상체가 IFIH1 기준이고 따라서 건선이 발생할 위험이 증가한 경우, 상기 대상체에게 IFIH1 억제제가 투여된다. 일부 실시 형태에서, 이러한 대상체에게는 건선을 치료하거나 억제하는 치료제 및/또는 제1형 인터페론 경로 억제제 및/또는 IFIH1 억제제 또한 투여된다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 경우, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 용량과 동일하거나 그보다 적은 투여량으로 투여되며, 또한 IFIH1 억제제 및/또는 제1형 인터페론 경로 억제제 및/또는 IFIH1 억제제가 투여된다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 IFIH1 기준이다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이다. 또한, 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 데 대한 총 부담이 더 낮고, 따라서 건선이 발생할 위험이 증가하는 경우, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 투여된다. 일부 실시 형태에서, 상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 것에 대한 총 부담이 더 낮은 경우, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 갖는 데 대한 총 부담이 더 큰 대상체에 투여되는 표준 투여량과 동일하거나 그보다 더 많은 투여량으로 투여된다.
본 개시 내용은 또한 대상체로부터의 생체 시료에서 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 게놈 변이체 핵산 분자, 및/또는 대상체로부터의 생체 시료에서 IFIH1 또는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 mRNA 분자, 및/또는 대상체로부터의 생체 시료에서 mRNA 분자로부터 생성된 IFIH1 또는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 cDNA 분자의 존재 또는 부재를 검출하는 방법을 제공한다. 집단 내의 유전자 서열 및 그러한 유전자에 의해 부호화된 mRNA 분자는 단일 뉴클레오티드 다형성과 같은 다형성으로 인해 변할 수 있음이 이해된다. IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자, IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 mRNA 분자, 및 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 cDNA 분자에 대해 본 명세서에 제공된 서열은 단지 예시적인 서열이다. IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자, 미스센스 변이체 mRNA 분자 및 미스센스 변이체 cDNA 분자에 대한 다른 서열도 가능하다.
상기 생체 시료는 상기 대상체의 임의의 세포, 조직, 또는 생물학적 유체에서 유래될 수 있다. 시료는 골수 샘플, 종양 생검, 미세 바늘 흡인액, 또는 혈액, 치은열구액, 혈장, 혈청, 림프액, 복수액, 낭성 액체 또는 소변과 같은 체액 시료와 같은 임의의 임상적으로 관련된 조직을 포함할 수 있다. 어떤 경우에는 시료가 협측 면봉으로 구성된다. 본 명세서에 개시된 방법에 사용되는 시료는 분석 형식, 검출 방법의 특성, 시료로 사용되는 조직, 세포 또는 추출물에 따라 달라질 수 있다. 생체 시료는 사용할 분석법에 따라 상이하게 처리될 수 있다. 예를 들어, 임의의 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 검출할 때, 게놈 DNA에 대한 시료를 단리하거나 농축하도록 설계된 예비 처리를 사용할 수 있다. 이를 위해 다양한 기법을 사용할 수 있다. 임의의 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 mRNA의 수준을 검출할 때, mRNA로 생체 시료를 농축하는 다양한 기법을 사용할 수 있다. mRNA의 존재 또는 수준 또는 특정 미스센스 변이체 게놈성 DNA 유전자좌의 존재를 검출하기 위한 다양한 방법이 사용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 대상체에서 IFIH1 또는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 검출하는 단계는 생체 시료 내 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자, 및/또는 생체 시료 내 IFIH1 또는 TRIM65 mRNA 분자, 및/또는 생체 시료 내 mRNA 분자로부터 생성된 IFIH1 또는 TRIM65 cDNA 분자가 (부분적 또는 완전한) 기능 상실을 야기하거나 (부분적 또는 완전한) 기능 상실을 유발할 것으로 예측되는 하나 이상의 변이를 포함하는지 여부를 결정하기 위해 대상체로부터 획득한 생체 시료를 분석하거나 유전자형 분석하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 상기 대상체에서 IFIH1 또는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자(예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및/또는 mRNA 분자로부터 생성된 cDNA 분자와 같은)의 존재 또는 부재를 검출하는 방법은 상기 대상체로부터 획득한 생체 시료에 대한 분석을 수행하는 단계를 포함한다. 상기 분석은 생체 시료에서 핵산 분자가 특정 뉴클레오티드 서열을 포함하는지 여부를 결정한다. 일부 실시 형태에서, IFIH1 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2(게놈 핵산 분자의 경우)에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 상기 생체 시료는 세포또는 세포 용해물을 포함한다. 이러한 방법은 예를 들어, 상기 대상체로부터 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자 또는 mRNA 분자를 포함하는 생체 시료를 획득하는 단계, 및 mRNA인 경우 선택적으로 mRNA를 cDNA로 역전사하는 단계를 더 포함할 수 있다. 이러한 분석은 예를 들어, 특정 IFIH1 또는 TRIM65 핵산 분자의 이들 위치의 정체(identity)를 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상기 방법은 생체 외 방법이다.
일부 실시 형태에서, 상기 결정 단계, 검출 단계, 또는 서열 분석은 생체 시료 내 IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자, IFIH1 또는 TRIM65 mRNA 분자, 또는 IFIH1 또는 TRIM65 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 시퀀싱하는 단계를 포함하며, 상기 시퀀싱된 부분은 (부분적 또는 완전한) 기능 상실을 유발하거나 (부분적 또는 완전한) 기능 상실을 유발할 것으로 예측되는 하나 이상의 변이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 상기 결정 단계, 검출 단계, 또는 서열 분석은 생체 시료에서 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 시퀀싱하는 단계를 포함하며, 상기 시퀀싱된 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치를 포함한다. 상기 생체 시료 내 IFIH1 핵산 분자의 시퀀싱된 부분이 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 경우, 상기 생체 시료 내의 IFIH1 핵산 분자는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자이다.
일부 실시 형태에서, 상기 결정 단계, 검출 단계, 또는 서열 분석은 a) 생체 시료를 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 근접한 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 부분에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계; b) 적어도 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치를 통해 프라이머를 연장시키는 단계; 및 c) 프라이머의 연장 생성물이 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 상기 분석은 전체 핵산 분자를 시퀀싱하는 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, IFIH1 또는 TRIM65 게놈 핵산 분자만이 분석된다. 일부 실시 형태에서, IFIH1 또는 TRIM65 mRNA만이 분석된다. 일부 실시 형태에서, IFIH1 또는 TRIM65 mRNA로부터 얻은 IFIH1 cDNA만이 분석된다.
일부 실시 형태에서, 상기 결정 단계, 검출 단계, 또는 서열 분석은 a) 인간 IFIH1 폴리펩티드를 부호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭시키는 단계로서, 상기 증폭된 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 것인 단계; b) 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계; c) 표지된 핵산 분자를 변경 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변경 특이적 프로브는 엄격한 조건하에서 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 단계; 및 d) 검출 가능한 표지를 검출하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 mRNA이고, 상기 결정 단계는 증폭 단계 전에 mRNA를 cDNA로 역전사하는 단계를 더 포함한다.
일부 실시 형태에서, 상기 결정 단계, 검출 단계, 또는 서열 분석은 생체 시료 내의 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변경 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변경 특이적 프로브는 엄격한 조건하에서 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 단계; 및 검출 가능한 표지를 검출하는 단계를 포함한다.
변경 특이적 중합효소 연쇄 반응 기법은 핵산 서열에서 돌연변이 예컨대 SNP를 검출하는 데 사용될 수 있다. 주형과의 불일치가 존재할 때 DNA 중합효소가 확장되지 않기 때문에 변경 특이적 프라이머를 사용할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 시료 내 핵산 분자는 mRNA이고, 상기 mRNA는 증폭 단계 이전에 cDNA로 역전사된다. 일부 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 인간 대상체로부터 획득한 세포 내에 존재한다.
일부 실시 형태에서, 상기 분석은 생체 시료를 엄격한 조건하에서 IFIH1 또는 TRIM65 변이체 게놈 서열, 변이체 mRNA 서열 또는 변이체 cDNA 서열에 특이적으로 혼성화하고 상응하는 IFIH1 또는 TRIM65 기준 서열에는 혼성화하지 않는 프라이머 또는 프로브, 예컨대, 변경 특이적 프라이머 또는 변경 특이적 프로브와 접촉시키는 단계, 및 혼성화가 발생하였는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 상기 분석은 RNA 시퀀싱(RNA-Seq)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 분석은 또한 역전사효소 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR)에 의한 것과 같이 cDNA로 mRNA를 역전사하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 상기 방법은 충분한 뉴클레오티드 길이의 프로브 및 프라이머를 활용하여 표적 뉴클레오티드 서열에 결합하고 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자, 미스센스 변이체 mRNA 분자, 또는 미스센스 변이체 cDNA 분자를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 검출 및/또는 식별한다. 혼성화 조건 또는 반응 조건은 이러한 결과를 달성하기 위해 조작자에 의해 결정될 수 있다. 뉴클레오티드 길이는 본 명세서에 기술되거나 예시된 임의의 분석을 포함하여 선택된 검출 방법에 사용하기에 충분한 임의의 길이일 수 있다. 이러한 프로브 및 프라이머는 높은 엄격도 혼성화 조건하에서 표적 뉴클레오티드 서열에 특이적으로 혼성화할 수 있다. 비록 종래의 방법에 의해 표적 뉴클레오티드 서열과는 다르지만, 표적 뉴클레오티드 서열을 특이적으로 검출 및/또는 식별하는 능력이 있는 프로브를 설계할 수 있기는 하지만, 프로브 및 프라이머는 표적 뉴클레오티드 서열 내에서 연속 뉴클레오티드의 완전한 뉴클레오티드 서열 동일성을 가질 수 있다. 프로브 및 프라이머는 표적 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열과 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99% 또는 100%의 서열 동일성 또는 상보성을 가질 수 있다.
일부 실시 형태에서, 생체 시료 내 IFIH1 핵산 분자(게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 또는 cDNA 분자) 또는 이의 상보체가 서열 번호 2(게놈 핵산 분자)에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는지 여부를 결정하기 위해, 상기 생체 시료는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치의 시토신에 인접한 5' 측접 서열로부터 유래된 제1 프라이머, 및 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치의 시토신에 인접한 3' 측접 서열로부터 유래된 두 번째 프라이머를 포함하는 프라이머 쌍을 사용하는 증폭 방법을 거쳐 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에서 시토신을 부호화하는 위치에서 SNP의 존재를 나타내는 앰플리콘을 생성할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 상기 앰플리콘의 길이는 상기 프라이머 쌍과 하나의 뉴클레오티드 염기쌍을 합한 길이로부터 DNA 증폭 프로토콜에 의해 생산 가능한 임의의 앰플리콘의 길이에 이르기까지 다양할 수 있다. 이 거리는 하나의 뉴클레오티드 염기쌍에서 최대 증폭 반응의 한계까지, 또는 약 2만 개의 뉴클레오티드 염기쌍의 범위일 수 있다. 선택적으로, 상기 프라이머 쌍은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 위치를 포함하는 영역 및 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 위치의 각 측면의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 뉴클레오티드에 측접할 수 있다.
유사한 엠플리콘이 mRNA 및/또는 cDNA 서열로부터 생성될 수 있다. PCR 프라이머 쌍은 예를 들어, 그 목적을 위해 의도된 컴퓨터 프로그램, 예컨대 벡터 NTI 버전 10의 PCR 프라이머분석 도구(Informax Inc., Bethesda Md.); PrimerSelect(DNASTAR Inc.,Madison, Wis.); 및 프라이머3(버전0.4.0.COPYRGT., 1991, Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge,Mass.)을 사용하여 공지의 서열로부터 유래될 수 있다. 또한, 상기 서열은 시각적으로 스캔할 수 있고, 프라이머는 알려진 가이드라인을 사용하여 수동으로 식별할 수 있다.
핵산 시퀀싱 기술의 예시적인 예는 쇄 종결자(Sanger) 시퀀싱 및 염료 종결자 시퀀싱을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 다른 방법으로는 정제된 DNA, 증폭된 DNA를 표적화하는 프라이머 또는 프로브를 사용하는 방법 및 고정 세포 준비(형광동소보합법, FISH)를 포함하여, 시퀀싱 이외의 핵산 혼성화 방법이 있다. 일부 방법에서, 표적 핵산 분자는 검출 이전에 또는 검출과 동시에 증폭될 수 있다. 핵산 증폭 기술의 설명적인 예는 중합효소 연쇄 반응(PCR),리가제 연쇄 반응(LCR), 가닥 변위 증폭(SDA), 및핵산 서열 기반의 증폭(NASBA)을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 다른 방법에는 리가아제 연쇄 반응, 가닥 치환 증폭 및 호열성 SDA(tSDA)가 포함되지만, 이에 제한되는 것은 아니다.
혼성화 기술에서, 프로브 또는 프라이머가 이의 표적에 특이적으로 혼성화하도록 하기 위해 엄격한 조건을 사용할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 엄격한 조건 하에서 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 다른 비표적 서열보다 검출 가능하게 더 큰 정도로, 예를 들어 배경보다 10배 초과를 포함하여 배경보다 적어도 2배 , 적어도 3배, 적어도 4배 또는 그 보다 크게 표적 서열에 혼성화할 것이다. 일부 실시 형태에서, 엄격한 조건 하에 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 적어도 2배만큼 다른 뉴클레오티드 서열보다 검출 가능하게 더 큰 정도로 그의 표적 뉴클레오티드 서열에 혼성화할 것이다. 일부 실시 형태에서, 엄격한 조건 하에 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 적어도 3배만큼 다른 뉴클레오티드 서열보다 검출 가능하게 더 큰 정도로 그의 표적 뉴클레오티드 서열에 혼성화할 것이다. 일부 실시 형태에서, 엄격한 조건 하에 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 적어도 4배만큼 다른 뉴클레오티드 서열보다 검출 가능하게 더 큰 정도로 그의 표적 뉴클레오티드 서열에 혼성화할 것이다. 일부 실시 형태에서, 엄격한 조건 하에 폴리뉴클레오티드 프라이머 또는 프로브는 배경에 비해 10배 초과만큼 다른 뉴클레오티드 서열보다 검출 가능하게 더 큰 정도로 그의 표적 뉴클레오티드 서열에 혼성화할 것이다. 엄격한 조건은 서열 의존적이고 상이한 상황에서 상이할 것이다.
DNA 혼성화를 촉진하는 적절한 엄격도 조건, 예를 들어, 약 45℃에서 6X 염화나트륨/구연산나트륨(SSC), 이어서 50℃에서 2X SSC의 세척은 알려져 있거나 Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, N.Y.(1989), 6.3.1-6.3.6에서 찾을 수 있다. 전형적으로, 혼성화 및 검출을 위한 엄격한 조건은 염 농도가 pH 7.0 내지 8.3에서 약 1.5M 미만의 Na+ 이온, 전형적으로 약 0.01 내지 1.0M Na+ 이온 농도(또는 다른 염)이고 온도가 짧은 프로브(예를 들어, 10 내지 50 개의 뉴클레오티드와 같음)의 경우 적어도 약 30℃이고 긴 프로브(예를 들어, 50 개 초과의 뉴클레오티드와 같음)의 경우 적어도 약 60℃인 것이다. 엄격한 조건은 또한 불안정화제, 예컨대 포름아미드의 첨가에 의해 달성될 수 있다. 선택적으로, 세척 버퍼는 약 0.1% 내지 약1% SDS를 포함할 수 있다. 혼성화의 지속 시간은 일반적으로 약 24 시간 미만, 통상 약 4 내지약 12 시간이다. 세척 시간은 적어도 평형에 도달하기에 충분한 시간이어야 한다.
본 개시 내용은 또한 대상체 내의 IFIH1 폴리펩티드가 폴리펩티드의 기능 상실(부분적 또는 완전) 또는 예측된 기능 상실(부분적 또는 완전)을 유발하는 하나 이상의 변이를 포함하는지 여부를 결정하기 위해 대상체로부터 획득한 생체 시료에 대한 분석을 수행하는 단계를 포함하는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드의 존재를 검출하는 방법을 제공한다. IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드는 본 명세서에 기술된 임의의 절단된 IFIH1 변이체 폴리펩티드일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖지 않는 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 증가한다. 일부 실시 형태에서, 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖는 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 감소한다.
본 개시 내용은 또한 대상체 내의 TRIM65 폴리펩티드가 폴리펩티드의 기능 상실(부분적 또는 완전) 또는 예측된 기능 상실(부분적 또는 완전)을 유발하는 하나 이상의 변이를 포함하는지 여부를 결정하기 위해 대상체로부터 획득한 생체 시료에 대한 분석을 수행하는 단계를 포함하는 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드의 존재를 검출하는 방법을 제공한다. TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩타이드는 본 명세서에 기재된 임의의 TRIM65 변이체 폴리펩타이드일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖지 않는 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 증가한다. 일부 실시 형태에서, 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩타이드를 갖는 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 감소한다.
본 개시 내용은 또한 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자, IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 mRNA 분자, 및/또는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 cDNA 분자(예컨대, 임의의 본 명세서에 개시된 게놈 변이체 핵산 분자, mRNA 변이체 분자, 및 cDNA 변이체 분자)에 혼성화하는 단리된 핵산 분자를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치를 포함하는 IFIH1 핵산 분자의 일부에 혼성화한다.
일부 실시 형태에서, 이러한 단리된 핵산 분자는 적어도 약 5, 적어도 약 8, 적어도 약 10, 적어도 약 11, 적어도 약 12, 적어도 약 13, 적어도 약 14, 적어도 약 15, 적어도 약 16, 적어도 약 17, 적어도 약 18, 적어도 약 19, 적어도 약 20, 적어도 약 21, 적어도 약 22, 적어도 약 23, 적어도 약 24, 적어도 약 25, 적어도 약 30, 적어도 약 35, 적어도 약 40, 적어도 약 45, 적어도 약 50, 적어도 약 55, 적어도 약 60, 적어도 약 65, 적어도 약 70, 적어도 약 75, 적어도 약 80, 적어도 약 85, 적어도 약 90, 적어도 약 95, 적어도 약 100, 적어도 약 200, 적어도 약 300, 적어도 약 400, 적어도 약 500, 적어도 약 600, 적어도 약 700, 적어도 약 800, 적어도 약 900, 적어도 약 1000, 적어도 약 2000, 적어도 약 3000, 적어도 약 4000, 또는 적어도 약 5000개 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 이러한 단리된 핵산 분자는 적어도 약 5, 적어도 약 8, 적어도 약 10, 적어도 약 11, 적어도 약 12, 적어도 약 13, 적어도 약 14, 적어도 약 15, 적어도 약 16, 적어도 약 17, 적어도 약 18, 적어도 약 19, 적어도 약 20, 적어도 약 21, 적어도 약 22, 적어도 약 23, 적어도 약 24, 또는 적어도 약 25개 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 적어도 약 18개 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 적어도 약 15개의 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 약 10 내지 약 35 개, 약 10 내지 약 30 개, 약 10 내지 약 25 개, 약 12 내지 약 30 개, 약 12 내지 약 28 개, 약 12 내지 약 24 개, 약 15 내지 약 30 개, 약 15 내지 약 25 개, 약 18 내지 약 30 개, 약 18 내지 약 25 개, 약 18 내지 약 24 개, 또는 약 18 내지 약 22 개의 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 약 18 내지 약 30 개의 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 적어도 약 15개의 뉴클레오티드 내지 적어도 약 35개의 뉴클레오티드를 포함하거나 이로 구성된다.
일부 실시 형태에서, 이러한 단리된 핵산 분자는 엄격한 조건 하에 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자(예컨대, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자 및/또는 cDNA 분자)에 혼성화한다. 이러한 핵산 분자는, 예를 들어 본 명세서에 기술되거나 예시된 프로브, 프라이머, 변경 특이적 프로브 또는 변경 특이적 프라이머로 사용될 수 있으며, 제한 없이 프라이머, 프로브, 안티센스 RNA, shRNA 및 siRNA를 포함하며, 각각은 본 명세서의 다른 곳에서 더 자세히 설명되며 본 명세서에 설명된 임의의 방법에 사용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자, IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 mRNA 분자, 및/또는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 cDNA 분자와 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%, 또는 100% 동일한 핵산 분자의 적어도 약 15개 인접 뉴클레오티드에 혼성화된다. 일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 약 15 내지 약 100개의 뉴클레오티드, 또는 약 15 내지 약 35개의 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 약 15 내지 약 100개의 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 단리된 핵산 분자는 약 15 내지 약 35개의 뉴클레오티드로 이루어지거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 단리된 변경 특이적 프로브 또는 변경 특이적 프라이머는 적어도 약 15개의 뉴클레오티드를 포함하고, 상기 변경 특이적 프로브 또는 변경 특이적 프라이머는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 일부에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하며, 상기 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 상기 변경 특이적 프로브 및 변경 특이적 프라이머는 DNA를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 변경 특이적 프로브 및 변경 특이적 프라이머는 RNA를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 명세서에 기술된 프로브 및 프라이머(변경 특이적 프로브 및 변경 특이적 프라이머를 포함함)는 본 명세서에 개시된 핵산 분자 중 임의의 것 또는 이의 상보체에 특이적으로 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 상기 프로브 및 프라이머는 엄격한 조건 하에 본 명세서에 개시된 임의의 핵산 분자에 특이적으로 혼성화한다.
일부 실시 형태에서, 변경 특이적인 프라이머를 포함한 프라이머는 2세대 시퀀싱 또는 대량 신속처리 시퀀싱에 사용될 수 있다. 일부 경우에, 변경 특이적 프라이머를 포함하는 프라이머는 변형될 수 있다. 특히, 프라이머는 예를 들어, 대량 병렬 시그니처 시퀀싱(Massive ParallelSignature Sequencing, MPSS), 폴로니 시퀀싱(Polonysequencing), 및 454 파이로시퀀싱(Pyrosequencing)의 상이한 단계에 사용되는 다양한 변형을 포함할 수 있다. 변형된 프라이머는 클로닝 단계에서 비오티닐화 프라이머 및 비드 로딩 단계 및 검출 단계에서 사용되는 형광으로 표지된 프라이머를 포함하여, 공정의 여러 단계에서 사용될 수 있다. 폴로니 시퀀싱은 일반적으로 염기쌍-말단 태그 라이브러리를 사용하여 실시되며, 여기에서 DNA 주형의 각각의 분자는 약 135bp 길이이다. 비오틴화 프라이머는 비드 로딩 단계 및 에멀젼 PCR에 사용된다. 형광으로 표지된 축퇴성 9량체 올리고뉴클레오티드는 검출 단계에서 사용된다. 어댑터는 DNA 라이브러리를 스트렙타비딘-코팅된 비드에 고정하기 위한 5'-비오틴 태그를 포함할 수 있다.
본 명세서에 기술된 프로브 및 프라이머는 본 명세서에 개시된 임의의 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자, IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 mRNA 분자 및/또는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 cDNA 분자 내의 뉴클레오티드 변이를 검출하는 데 사용될 수 있다. 본 명세서에 기술된 프라이머는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자, IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 mRNA 분자, 또는 IFIH1 또는 TRIM65 미스센스 변이체 cDNA 분자, 또는 이들의 단편을 증폭시키는 데 사용될 수 있다.
본 개시 내용은 또한 임의의 상기 기재된 프라이머를 포함하는 프라이머의 쌍을 제공한다. 예를 들어, 프라이머의 3'-말단 중 하나가 특정한 IFIH1 핵산 분자에서 (시토신이 아닌) 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치의 구아닌에 혼성화하는 경우, 증폭된 단편의 존재는 IFIH1 기준 게놈 핵산 분자의 존재를 나타낼 것이다. 반대로, 프라이머의 3'-말단 중 하나가 특정한 IFIH1 핵산 분자에서 (구아닌이 아닌) 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치의 시토신에 혼성화하는 경우, 증폭된 단편의 존재는 IFIH1 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자의 존재를 나타낼 것이다. 일부 실시 형태에서, 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치의 시토신에 상보적인 프라이머의 뉴클레오티드는 프라이머의 3' 말단에 있을 수 있다.
본 개시 내용의 맥락에서 "특이적으로 혼성화하다"는 프로브 또는 프라이머(예컨대, 변경 특이적 프로브 또는 변경 특이적 프라이머와 같은)가 IFIH1 또는 TRIM65 기준 게놈 핵산 분자, IFIH1 또는 TRIM65 기준 mRNA 분자, 및/또는 IFIH1 또는 TRIM65 기준 cDNA 분자를 부호화하는 핵산 서열에 혼성화하지 않음을 의미한다.
일부 실시 형태에서, 상기 프로브(예컨대, 변경 특이적 프로브와 같은)는 표지를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 표지는 형광성 표지, 방사성표지, 또는 비오틴이다.
본 개시 내용은 또한 본 명세서에 기재된 프로브들 중 어느 하나 이상이 부착된 기질을 포함하는 지지체를 제공한다. 고체 지지체는 본 명세서에 개시된 임의의 프로브와 같은 분자가 회합될 수 있는 고체 상태 기질 또는 지지체이다. 고체 지지체 형태는 어레이이다. 또 다른 고체 지지체 상태는 어레이 검출기이다. 어레이 검출기는 여러 상이한 프로브가 어레이, 격자, 또는 다른 조직화된 패턴으로 커플링된 고체 지지체이다. 고체 상태 기질 형태는 표준 96-웰 유형과 같은 마이크로타이터 접시이다. 일부 실시 형태에서, 일반적으로 웰당 하나의 어레이를 포함하는 멀티웰 유리 슬라이드가 사용될 수 있다.
IFIH1 기준 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 1에 제시되어 있다. 이 서열은 GRCh38/hg38 인간 게놈 어셈블리(Gencode 유전자 ENSG00000115267.8)에 따른 염색체 2 위치 162,267,074-162,318,684에 상응한다. 서열 번호 1을 참조하면, 위치 38,690는 구아닌이다.
IFIH1의 변이체 게놈 핵산 분자가 존재하며, 여기서 위치 38,690의 구아닌이 시토신으로 대체된다. 이 IFIH1 변이체 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 제시되어 있다.
IFIH1 기준 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 3에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 4에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 5에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 6에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 7에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 8에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 9에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 10에 제시되어 있다.
IFIH1 기준 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 11에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 12에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 13에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 14에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 15에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 16에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 17에 제시되어 있다. 또 다른 IFIH1 기준 cDNA 분자의 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 18에 제시되어 있다.
게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및 cDNA 분자는 임의의 유기체로부터 유래될 수 있다. 예를 들어, 게놈 핵산 분자, mRNA 분자, 및 cDNA 분자는 인간, 또는 비인간 포유동물, 설치류, 마우스, 또는 래트와 같은 또 다른 유기체로부터의 오솔로그(ortholog)일 수 있다. 집단 내의 유전자 서열은 단일-뉴클레오티드 다형성과 같은 다형성으로 인해 달라질 수 있는 것으로 이해된다. 본 명세서에 제공된 예는 단지 예시적인 서열이다. 다른 서열이 또한 가능하다.
또한, 개시된 핵산 분자와 상호작용할 수 있는 기능성 폴리뉴클레오티드가 본 명세서에 제공된다. 기능적 폴리뉴클레오티드의 예는 안티센스 분자, 압타머, 리보자임, 삼중체 형성 분자, 및 외부 가이드 서열을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 기능적 폴리뉴클레오티드는 표적 분자가 보유하는 특이적 활성의 효과기, 억제제, 조절인자, 및 자극제로서 작용할 수 있거나, 기능적 폴리뉴클레오티드는 임의의 다른 분자와 독립적으로 새로운 활성을 보유할 수 있다.
본 명세서에 개된 단리된 핵산 분자는, RNA, DNA, 또는 RNA와 DNA 둘 다를 포함할 수 있다. 단리된 핵산 분자는 또한 벡터에서이종 핵산 서열, 예컨대 이종 표지에 연결되거나 또는 융합될 수도 있다. 예를 들어, 본 명세서에 개시된 단리된 핵산 분자는 벡터 내에 있거나 단리된 핵산 분자 및 이종 핵산 서열을 포함하는 외인성 공여자 서열로서 있을 수 있다. 단리된 핵산 분자는 또한 이종 표지에 연결되거나 융합될 수 있다. 상기 표지는 직접적으로 검출 가능하거나(예를 들어, 형광단과 같음) 또는 간접적으로 검출 가능할 수 있다(예를 들어, 합텐, 효소, 또는 형광단 소광제와 같음). 이러한 표지는 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적, 또는 화학적 수단에 의해 검출 가능할 수 있다. 이러한 표지는, 예를 들어, 방사성 표지, 안료, 염료, 스핀 표지, 및 형광성 표지를 포함한다. 상기 표지는 또한 예를 들어, 화학발광 물질; 금속 함유 물질; 또는 신호의 효소 의존적 2차 생성이 발생하는 효소일 수 있다. 용어 "표지"는 또한 접합된 분자가 기질과 함께 후속적으로 첨가될 때, 검출가능한 신호를 생성하는 데 사용되도록 접합된 분자에 선택적으로 결합할 수 있는 "태그" 또는 합텐을 지칭할 수 있다. 예를 들어, 비오틴은 태그에 결합하기 위해 서양고추냉이 퍼옥시다제(HRP)의 아비딘 또는 스트렙타비딘 접합체와 함께 태그로서 사용될 수 있고, HRP의 존재를 검출하기 위해 열량측정 기질(예를 들어, 테트라메틸벤지딘(TMB)과 같음) 또는 형광성 기질을 사용하여 검사할 수 있다. 정제를 용이하게 하기 위한 태그로서 사용될 수 있는 예시적인 표지는 myc, HA, FLAG 또는 3XFLAG, 6XHis 또는 폴리히스티딘, 글루타티온-S-트랜스퍼라제(GST), 말토스 결합 단백질, 에피토프 태그, 또는 이뮤노글루불린의 Fc 부분을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 수많은 표지는 예를 들어, 입자, 형광단, 합텐, 효소 및 이들의 열량측정, 형광성 및 화학발광 기질 및 다른 표지를 포함한다.
핵산 분자 내의 뉴클레오티드 서열 또는 폴리펩티드 내의 아미노산 서열의 특정 스트레치 사이의 퍼센트 동일성(또는 퍼센트 상보성)은 BLAST 프로그램(기본 로컬 정렬 검색 도구) 및 PowerBLAST 프로그램(Altschul 등, J. Mol. Biol., 1990, 215, 403-410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649-656)을 사용하거나 Gap 프로그램(Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison Wis.)을 사용하거나, Smith 및 Waterman의 알고리즘(Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482-489)을 사용하는 디폴트 설정을 사용함으로써 일상적으로 결정될 수 있다. 본 명세서에서, 퍼센트 서열 일치성에 대한 언급이 있는 경우, 서열 일치성의 백분율이더 높은 것이 더 낮은 것보다 바람직하다.
본 명세서에 사용된 경우에, 특정한 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 서열 또는 위치의 넘버링의 맥락에서 사용된 때 문구 "에 상응하는" 또는 이의 문법적 변형은 특정한 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 서열이 기준 서열(예컨대, 예를 들어, 서열 번호 1, 서열 번호 3, 또는 서열 번호 12)과 비교되는 때 특정 기준 서열을 넘버링하는 것을 지칭한다. 다시 말해서, 특정 중합체의 잔기(예컨대, 예를 들어, 뉴클레오티드 또는 아미노산) 수 또는 잔기(예컨대, 예를 들어, 뉴클레오티드 또는 아미노산) 위치는 특정 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 서열 내의 잔기의 실제 수치적 위치보다 기준 서열에 관해 지정된다. 예를 들어, 특정 뉴클레오티드 서열은 2개 서열 사이의 잔기 일치를 최적화하기 위해 갭을 도입함으로써 기준 서열에 정렬될 수 있다. 이러한 경우에, 갭이 존재하더라도, 특정 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 서열의 잔기의 넘버링은 이것이 정렬된 기준 서열과 관련하여 이루어진다.
예를 들어, 뉴클레오티드 서열이 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는, IFIH1 폴리펩티드를 부호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산 분자는 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열이 서열 번호 2의 서열에 정렬되면, IFIH1 서열은 서열 번호 2의 위치 38,690에 상응하는 위치에 구아닌 잔기를 갖는다는 것을 의미한다. 즉, 이들 문구는 게놈 핵산 분자가 서열 번호 2의 위치 38,690에 있는 구아닌 잔기와 상동성인 구아닌 잔기를 포함하는 뉴클레오티드 서열을 가지는, IFIH1 폴리펩티드를 부호화하는 핵산 분자를 지칭한다.
본 명세서에 기재된 경우에, 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 IFIH1 게놈 핵산 분자 내에서의 위치는, 예를 들어, 특정한 IFIH1 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열과 서열 번호 2의 뉴클레오티드 서열 사이 서열 정렬을 수행함으로써 식별될 수 있다. 예를 들어, 서열 번호 2의 위치 38,690에 상응하는 뉴클레오티드 위치를 식별하기 위해 서열 정렬을 수행하는 데 사용될 수 있는 다양한 전산 알고리즘이 실재한다. 예를 들어, NCBI BLAST 알고리즘 (Altschul et al., Nucleic Acids Res., 1997, 25, 3389-3402) 또는 CLUSTALW 소프트웨어 (Sievers and Higgins, Methods Mol. Biol., 2014, 1079, 105-116)를 사용함으로써 서열 정렬을 수행할 수 있다. 그러나, 서열을 수동으로 정렬할 수도 있다.
IFIH1 기준 폴리펩티드의 아미노산 서열은 서열 번호 19에 제시되어 있으며, 길이는 1,025개 아미노산이다. 또 다른 IFIH1 기준 폴리펩티드의 아미노산 서열은 서열 번호 20에 제시되어 있으며, 길이는 986개 아미노산이다. 또 다른 IFIH1 기준 폴리펩티드의 아미노산 서열은 서열 번호 21에 제시되어 있으며, 길이는 468개 아미노산이다. 또 다른 IFIH1 기준 폴리펩티드의 아미노산 서열은 서열 번호 22에 제시되어 있으며, 길이는 772개 아미노산이다. 또 다른 IFIH1 기준 폴리펩티드의 아미노산 서열은 서열 번호 23에 제시되어 있으며, 길이는 221개 아미노산이다.
본 개시 내용은 또한 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자가 있는 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 본 명세서에 기술된 임의의 치료제일 수 있다.
본 개시 내용은 또한 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자가 있는 대상체에서 건선을 치료하기 위한 약제의 제조에 사용하기 위한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 본 명세서에 기술된 임의의 치료제일 수 있다.
본 개시 내용은 또한 IFIH1 기준이거나 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 IFIH1 억제제를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 상기 IFIH1 억제제는 본 명세서에 기술된 임의의 IFIH1 억제제일 수 있다.
본 개시 내용은 또한 IFIH1 기준이거나 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 건선을 치료하기 위한 약제의 제조에 사용하기 위한 IFIH1 억제제를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 상기 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 상기 IFIH1 억제제는 본 명세서에 기술된 임의의 IFIH1 억제제일 수 있다.
본 개시 내용은 또한 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 TRIM65 기준 또는 이형접합성인 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 제공한다. 일부 실시 형태에서, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg이다. 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 본 명세서에 기술된 임의의 치료제일 수 있다.
본 개시 내용은 또한 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 TRIM65 기준 또는 이형접합성인 대상체에서 건선을 치료하기 위한 약제의 제조에 사용하기 위한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 제공한다. 일부 실시 형태에서, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg이다. 건선을 치료하거나 억제하는 치료제는 본 명세서에 기술된 임의의 치료제일 수 있다.
본 개시 내용은 또한 TRIM65 기준이거나 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 TRIM65 억제제를 제공한다. 일부 실시 형태에서, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg이다. 상기 TRIM65 억제제는 본 명세서에 기술된 임의의 TRIM65 억제제일 수 있다.
본 개시 내용은 또한 TRIM65 기준이거나 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 건선을 치료하기 위한 약제의 제조에 사용하기 위한 TRIM65 억제제를 제공한다. 일부 실시 형태에서, TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg이다. 상기 TRIM65 억제제는 본 명세서에 기술된 임의의 TRIM65 억제제일 수 있다.
상기 또는 하기에 인용된 모든 특허 문헌, 웹사이트, 다른 간행물, 수탁 번호 등은 각각의 개별 항목이 구체적이고 개별적으로 참고로 포함된 것으로 기재된 것과 동일한 정도로 모든 목적을 위해 이들 전체가 참고로 포함된다. 서열의 상이한 버전이 상이한 시점에 수탁 번호와 연관되어 있는 경우, 본 출원의 유효 출원일에 수탁 번호와 연관된 버전을 의미한다. 유효 출원일은 실제 출원일 또는 적용 가능한 경우 수탁 번호를 참조하는 우선권 출원의 출원일 중 더 이른 날짜를 의미한다. 마찬가지로, 간행물, 웹사이트 등의 상이한 버전이 상이한 횟수로 공개된 경우, 달리 특정된 바 없는 한, 출원의 유효 출원 일자에 공개된 가장 최근에 공개된 버전을 의미한다. 본 개시 내용의 임의의 특징, 단계, 요소, 실시 형태, 또는 양태는 달리 구체적으로 나타내지 않는 한 임의의 다른 특징, 단계, 요소, 실시 형태, 또는 양태와 조합하여 사용될 수 있다. 비록 본 개시가 명확성 및 이해의 목적으로 도해 및 예시의 방식으로 일부 자세히 기재되어 있기는 하지만, 특정 변경예 및 변형예가 첨부된 청구항의 범위 내에서 실시될 수 있음은 명백할 것이다.
이하의 실시예는 실시 형태를 더욱 상세히 설명하기 위해 제공된다. 이들은 청구된 실시 형태를 제한하려는 것이 아니라 설명하기 위해 의도되었다. 하기 실시예는 본 명세서에 기재된 화합물, 조성물, 물품, 장치 및/또는 방법이 어떻게 제조되고 평가되는지에 대한 개시 내용 및 설명을 해당 분야의 통상의 지식을 가진 자에게 제공하고, 순전히 예시적인 것으로 의도되며 임의의 청구항의 범위를 제한하려는 것으로 의도되지 않는다. 숫자(예를 들어, 양, 온도 등과 같음)와 관련하여 정확성을 보장하려는 노력이 있었지만, 일부 오류 및 편차가 있을 수 있다. 달리 지정되지 않는 한, 부(part)는 중량부이고, 온도는 ℃이거나 주변 온도이고, 압력은 대기압 또는 그 부근이다.
실시예
실시예 1: IFIH1에서 일반적인 미스센스 변이를 보유하는 일배체형은 보호 방향의 건선 표현형과 연관됨
새로운 유전적 연관성을 확인하기 위해 여러 유전적 코호트(표 3)에 대한 메타 분석이 수행되었다.
현재까지 염기서열분석 및 분석된 건선 사례/대조군의 수(EUR)
코호트 사례 수 대조군 수
UK Biobank 10,715 458,650
GHS 145K Mega 4,044 122,132
Kiel 1,390 1,206
Sinai BioMe 361 22,417
Penn Med BioBank 212 15,276
Michigan (J.T. Elder) 4,088 3,478
합계 20,810 623,159
IFIH1을 포함하여 알려진 유전자좌에서 유의한 공통 변이 연관성(알려진 유전자좌에 총 5개의 공통적이고 독립적인/새로운 신호)이 발견되었다(데이터는 표시되지 않음). 또한, 알려진 GWAS 영역 내/부근에서 독립적이고 잠재적으로 새로운 공통 변이 신호가 확인되었다(표 4; 유전자 = IFIH1; 표현형 = 건선 메타). 행 1: 변이 = 2:162267541:C:T; rsID = rs1990760; 및 HGVS = 미스센스 Ala946Thr. 행 2: 변이 = 2:162268127:T:C; rsID = rs35667974; 밍 HGVS = 미스센스 Ile923Val. 행 3: 변이 = 2:162279995:C:G; rsID = rs35337543; 및 HGVS = splice_donor c.1641+1G>C). 행 4: 변이 = 2:162352383:T:G; rsID = rs17783344; 및 HGVS = 미스센스 Ser80Ala.
건선 GWAS 유전자좌 내/부근의 독립적이고 잠재적으로 새로운 공통 변이 신호
효과(95% CI) P-값 사례
RR|RA|AA 		대조군
RR|RA|AA 		AAF 이형접합성 OR(95% CI) 동형접합성 OR(95% CI)
0.850 (0.832, 0.867) 5.18e-15 7798|9064|2974 202572|271656|106593 0.412 0.867
(0.840, 0.894)		 0.725
(0.694, 0.757)
0.718 (0.659, 0.782) 3.02e-11 19141|536|6 558537|21952|227 0.019 0.712
(0.653, 0.777)		 0.771
(0.343, 1.735)
0.676 (0.606, 0.753) 2.64e-8 19337|333|2 565784|14433|112 0.012 0.675
(0.605, 0.753)		 0.522
(0.129, 2.115)
0.938 (0.910, 0.967) 1.73e-7 15201|4265|312 438987|129943|10769 0.130 0.948
(0.916, 0.981)		 0.837
(0.747, 0.937)
특히, 분석 결과 건선에 대한 보호적인 IFIH1 스플라이스 변이체 연관성이 밝혀졌는데, 이는 건선의 확률 감소와 연관이 있는 것으로 알려진 IFIH 미스센스 변이체와는 무관하고 새로운 것이다.
건선 메타 분석에서는 또한 IFIH1 유전자 부담의 유의한 연관성이 건선 발병 확률을 감소시키는 것으로 나타났으며, 추가 IFIH1 pLoF와 희귀 미스센스 변이가 보호에 기여한다(표 5; 유전자 = IFIH1).
건선 확률 감소와 연관된 IFIH1의 추가 희귀 pLoF/유해 미스센스 변이
마스크 효과(95% CI) P-값 사례
RR|RA|AA 		대조군
RR|RA|AA 		AAF
M1.1 0.742
(0.683, 0.808)		 4.05E-12 19196|619|3 558193|22548|7 0.019
M1.01 0.673
(0.523, 0.866)		 2.05E-3 19519|57|0 566202|2501|0 0.002
M1.001 0.705
(0.501, 0.994)		 4.60E-2 18159|26|0 566202|1295|0 0.001
M3.1 0.793
(0.738, 0.852)		 2.92E-19 18928|887|3 548960|3176|100 0.027
M3.01 0.851
(0.746, 0.971)		 1.66E-2 19435|276|0 559785|9034|7 0.008
M3.001 0.743
(0.606, 0.911)		 4.36E-3 19494|82|0 565096|3610|0 0.003
기능적 예측 = pLoFs, <1% AAF(데이터 행 1); pLoFs, <0.1% AAF(데이터 행 2); pLoFs, <0.01% AAF(데이터 행 3); pLoFs 및 유해 미스센스, <1% AAF(데이터 행 4); pLoFs 및 유해 미스센스, <0.1% AAF(데이터 행 5); 및 pLoFs 및 유해 미스센스, <0.01% AAF(데이터 행 6).
또한, 제1형 인터페론 경로의 3개 유전자(IFIH1, ADAR, TRIM65)에 대한 유의한 유전자 부담 연관성도 나타났다. (표 6; 유전자 = IFIH1(데이터 행 1 및 2), ADAR(데이터 행 3 및 4) 및 TRIM65(데이터 행 5 및 6)).
제1형 인터페론 경로의 유전자에 대한 유의한 M1/M3 유전자 부담 연관성
효과(95% CI) P-값 사례
RR|RA|AA 		대조군
RR|RA|AA 		AAF
0.742
(0.683, 0.808)		 4.05E-12 19196|619|3 558193|22548|7 0.019
0.793
(0.738, 0.852)		 2.92E-10 18928|887|3 548960|3176|100 0.027
3.741
(1.866, 7.501)		 2.02E-4 17863|16|0 539839|162|0 0.0002
2.292
(1.683, 3.120)		 1.36E-7 18218|74|0 578560|933|0 0.0008
0.697
(0.524, 0.926)		 1.28E-2 18253|39|0 577669|1824|0 0.002
0.628
(0.502, 0.786)		 4.78E-5 18350|77|0 575397|4214|0 0.004
기능적 예측 = pLoFs, <1% AAF(M1)(데이터 행 1); pLoF 및 유해 미스센스, <1% AAF(M3)(데이터 행 2); pLoFs, <1% AAF(M1)(데이터 행 3); pLoF 및 유해 미스센스, <1% AAF(M3)(데이터 행 4); pLoFs, <1% AAF(M1)(데이터 행 5); 및 pLoF 및 유해 미스센스, <1% AAF(M3)(데이터 행 6).
또한, TRIM65의 추가 희귀 pLoF/유해 미스센스 변이는 건선 확률 감소와 연관이 있다(표 7).
건선 확률 감소와 연관된 TRIM65의 추가 희귀 pLoF/유해 미스센스 변이
효과(95% CI) P-값 사례
RR|RA|AA 		대조군
RR|RA|AA 		AAF
0.697
(0.525, 0.926)		 1.28E-2 18253|39|0 577669|1824|0 0.002
0.628
(0.502, 0.786)		 4.78E-5 18350|77|0 575397|4214|2 0.004
0.413
(0.262, 0.652)		 1.47E-4 18107|11|0 568492|1074|1 0.0009
기능적 예측 = pLoFs, <1% AAF(M1)(데이터 행 1); pLoF 및 유해 미스센스, <1% AAF(M3)(데이터 행 2); 및 미스센스 p.Gly382Arg; 17:75891189:C:T(데이터 행 3).
마지막으로, 데이터는 TRIM65 억제가 건선에서 보호적일 수 있음을 시사한다(표 8; 변이 = 17:75894282:G:A(데이터 행 1) 및 17:75891189:C:T(데이터 행 2); rsID = rs55823223(데이터 행 1) 및 rs202175254(데이터 행 2); 및 HGVS = 인트론 c.415-1432C>T(데이터 행 1) 및 미스센스 p.Gly382Arg(데이터 행 2); 및 도 1).
일반적인 TRIM65 건선 변이체가 TRIM65 발현 증가를 위한 eQTL임
효과(95% CI) P-값 AAF 이형접합성 OR(95% CI) 동형접합성 OR(95% CI)
1.11
(1.07, 1.16)		 4.09E-6 0.14 1.12
(1.07, 1.17)		 1.22
(1.07, 1.38)
0.413
(0.262, 0.652)		 1.47E-4 0.0009 해당사항 없음 해당사항 없음
사례 RR|RA|AA = 7092|2603|247(데이터 행 1) 및 18107|11|0(데이터 행 2).
대조군 RR|RA|AA = 313749|102655|8980(데이터 행 1) 및 568492|1074|1(데이터 행 2).
메타 분석에서는 ADAR1과 건선에서 희귀 pLoF/유해 이형접합 미스센스 변이의 유의한 연관성도 밝혀졌다(표 9).
ADAR1 및 건선에서 희귀 pLoF/유해 이형접합 미스센스 변이의 유의한 연관성
효과(95% CI) P-값 사례
RR|RA|AA 		대조군
RR|RA|AA 		AAF
3.741
(1.866, 7.501)		 2.02E-4 17863|16|0 539839|162|0 0.0002
2.292
(1.683, 3.120)		 1.36E-7 18218|74|0 578560|933|0 0.0008
기능적 예측 = pLoFs, <1% AAF(M1)(데이터 행 1); 및 pLoF 및 유해 미스센스, <1% AAF(M3)(데이터 행 2).
실시예 2: TRIM65-G382R 변이는 TRIM65의 세포성 국소화 및 발현 수준을 변경함(그림 2)
세포 배양, 플라스미드 및 세포 형질감염:
HEK293-HZ 세포를 10% 소 태아 혈청 및 항생제(50 단위/mL 페니실린 및 50μg/mL 스트렙토마이신; Thermo Fisher Scientific)가 보충된 Dulbecco 변형 Eagle 배지에서 유지하였다. N-말단 플래그 태그가 붙은 야생형 TRIM65 또는 TRIM65-G382R, 및 N-말단에 HA 태그가 붙은 야생형 IFIH1을 부호화하는 pcDNA 3.1 플라스미드를 GenScript(미국)로 합성하였다. 대략 60-70% 컨플루언스 상태의 세포를 제조사의 프로토콜에 따라 FuGENE 6(Promega)을 사용하여 1μg DNA:5ul FuGENE 형질감염 시약의 비율로 일시적으로 형질감염시켰다. 48시간 후, 세포를 1x DPBS(Thermo Fisher Scientific)로 세척하고 다운스트림 분석을 위해 수집하였다.
면역형광 분석:
면역형광 분석을 위해, 바닥이 유리인 개방형 8웰 μ-슬라이드(챔버 슬라이드)(Ibidi, 카탈로그 번호 80827)에 세포를 시딩하였다. 다음 날, N 말단에 HA 태그가 붙은 WT IFIH1의 동시 형질감염과 함께 또는 없이 N 말단에 Flag 태그가 붙은 야생형 TRIM65 또는 TRIM65-G382R 구조체를 부호화하는 pcDNA 3.1 플라스미드로 세포를 형질감염시켰다. 형질감염 후 48시간에, 세포를 실온에서 10분 동안 얼음처럼 차가운 4% PFA에 고정하고 얼음처럼 차가운 1x DPBS로 3회 세척하였다(모든 후속 세척 단계는 얼음처럼 차가운 1x DPBS로 세척당 5분간 3회 수행됨). 0.1% Triton X-100(Jackson Immunoresearch Laboratories, # 017-000-121)을 포함하는 10% 정상 당나귀 혈청(NDS)을 사용하여 세포를 차단(block)하였다. 세포를 1:2000 anti-Flag 항체(Sigma) 및 anti-HA 항체(Cell Signaling) O/N과 함께 배양하고, 세척한 후 1:1000 Alexa Fluor 594 결합 항마우스 2차 항체 및 1:1000 Alexa Fluor 647 결합 항토끼 2차 항체(Thermo Fisher Scientific)로 1시간 동안 배양하였다. 그런 다음 웰을 세척하고 슬라이드에 DAPI(Cell Signaling, #8961)가 포함된 ProLong® Gold Antifade Reagent를 장착하였다. 슬라이드를 Zeiss 공초점 LSM880을 사용하여 영상화하였다. 연관(colocalization) 계수와 Mander 중복 계수를 ZEN Blue를 사용하여 계산하였다. 각 채널에 대한 임계값은 단일 표지된 대조군 웰에서 추정하였다.
웨스턴 블로팅:
10cm2 세포 배양 플레이트에서의 형질주입 48시간 후, HEK293HZ 세포를 펠릿화하고 프로테아제 및 키나아제 억제제가 보충된 RIPA 완충액에 용해시켰다. anti-Flag M2(마우스 단일클론, Sigma) 및 GAPDH 14C10(토끼 mAb, Cell Signaling Cat# 2118)과 같은 1차 항체가 사용되었다. 적절한 LI-COR 2차 IRDye 항체(항토끼(926-32211) 및 항마우스(926-32210))를 사용하여 LI-COR Odyssey 적외선 영상 시스템(LI-COR, Lincoln, NE)으로 면역블롯을 검출하고 정량화하였다.
ISRE 활성의 정량화:
HEK293-ISRE-luc 세포를 10% 소 태아 혈청(FBS) 및 항생제(50 단위/mL 페니실린 및 50μg/mL 스트렙토마이신; Thermo Fisher Scientific), 1x NEAA 및 1x L-글루타민이 보충된 Dulbecco 변형 Eagle 배지에서 유지하였다. N-말단 eGFP-태그가 붙은 야생형 TRIM65 또는 TRIM65-G382R을 부호화하는 pcDNA 3.1 플라스미드를 GenScript(미국)로 합성하였다. 대략 60-70% 컨플루언스 상태의 세포를 제조사의 프로토콜에 따라 FuGENE 6(Promega)을 사용하여 1μg DNA:5μl FuGENE 형질감염 시약의 비율로 일시적으로 형질감염시켰다. 다음날, 배지 내 혈청을 0.5% FBS로 감소시키고, 형질감염 24시간 후, 세포를 HMW 0.05μg poly(i:c)(Invivogen) 또는 5000U 인간 IFN-α(R&D Systems)로 밤새 자극하였다. 루시페라아제 활성을 제조사의 프로토콜에 따라 Bright-Glo 루시페라아제 분석 시스템(Promega)을 사용하여 평가하고, pectraMax® i3x Multi-Mode Microplate Reader에서 판독하였다.
얻은 결과는 TRIM65-G382R 변이가 TRIM65의 세포적 국소화 및 발현 수준을 변화시킨다는 것을 시사한다. TRIM65-G382R은 그 결합 상대인 IFIH1에 대한 감소된 연관을 나타낸다. 이러한 관찰 결과는 TRIM65-G382R 구조체로 형질감염된 세포에서 IFN-α 또는 poly(i:c)(생체 외에서 IFIH1을 활성화하는 것으로 알려진 dsRNA의 유사체)에 의한 자극에 반응하여 인터페론 자극 반응 요소(ISRE) 활성이 감소한 것과 함께 이 변이가 인터페론 경로 활성화를 감소시켜 건선을 예방할 수 있음을 시사한다.
본 명세서에 기술된 것에 추가하여, 기술된 주제의 다양한 변형은 전술한 설명으로부터 해당 기술 분야의 통상의 지식을 가진 자에게 명백할 것이다. 그러한 변형은 또한 첨부된 청구항의 범위 내에 속하는 것으로 의도된다. 본 출원에서 인용된 (저널 논문, 미국 및 비미국 특허, 특허 출원 공보, 국제 특허 출원 공보, 유전자 은행 수탁 번호 등을 포함하되 이에 제한되지 않는) 각 참조는 그 전체 내용이 참조로 본 명세서에 편입된다.
SEQUENCE LISTING <110> Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Horowitz, Julie E. Ferreira, Manuel Allen Revez Siminovitch, Katherine Baras, Aris Khrimian, Lori Karalis, Katia <120> Treatment Of Psoriasis With Interferon Induced Helicase C Domain 1 (IFIH1) Inhibitors <130> 189238.00302 (3533) (10947WO01) <160> 34 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 51611 <212> DNA <213> homo sapien <400> 1 caaactctgt aagaactgcc tgacagaaag ctggactcaa agctcctacc cgagtgtgca 60 gcaggatcgc cccggtccgg gaccccaggc gcacaccgca gagtccaaag tgccgcgcct 120 gccggccgca cctgcctgcc gcggccccgc gcgccgcccc gctgcccacc tgcccgcctg 180 cccacctgcc caggtgcgag tgcagccccg cgcgccggcc tgagagccct gtggacaacc 240 tcgtcattgt caggcacaga gcggtagacc ctgcttctct aagtgggcag cggacagcgg 300 cacgcacatt tcacctgtcc cgcagacaac agcaccatct gcttgggaga accctctccc 360 ttctctgaga aagaaagatg tcgaatgggt attccacaga cgagaatttc cgctatctca 420 tctcgtgctt cagggccagg gtgaaaatgt acatccaggt ggagcctgtg ctggactacc 480 tgacctttct gcctgcagag gtgaaggagc agattcagag gacagtcgcc acctccggga 540 acatgcaggc agttgaactg ctgctgagca ccttggagaa gggagtctgg caccttggtt 600 ggactcggga attcgtggag gccctccgga gaaccggcag ccctctggcc gcccgctaca 660 tgaaccctga gctcacggac ttgccctctc catcgtttga gaacgctcat gatgaatatc 720 tccaactgct gaacctcctt cagcccactc tggtggacaa gcttctagtt agagacgtct 780 tggataagtg catggaggag gaactgttga caattgaaga cagaaaccgg gtaggtgtct 840 gttcagatgg agctagcctt ttaggcagat tttgcaaagc aggcttcctt gtgcgtttgc 900 ccctttccaa atgtgcttga cctctttggg caaatctagt ttcttccttt gagaagacaa 960 catctaggca ctttaagaca attttaaaaa tttaaacaca aaagaactac ttttctaatg 1020 ttttcactga agtaaaaagg agttaactct agaatcgtaa tgtgtattaa caggtaactt 1080 ttattgaaca cttactatgt gcagttggta tcattttcaa aatgtattac tacagttcat 1140 gttcagagta acccactgag gctcctaatg ttattaactc cattttacag atgagaaacc 1200 tgaggcaggt taaataattt gtccaaggtc tcccaggaaa aacagtggca gagctaagaa 1260 tttagcttgt gatagtgttg aatgtttttc ttatttaatg tagttccatg gagcaggggt 1320 tagtaaacta cggcccatgg gctaaatcaa gcctgctact gtttttttca ggcccacagg 1380 ctaagaatgg tcttcagatt tttcaatttt taattttcag tgttcataaa gttttattgg 1440 aacacagtca tgctcgtttg tttacatatt gcttgtggct gcttttctac tccaaaggca 1500 attggatgga gactgtgtgc ccttaaagcc aaaaatattt attatctggc attttagaga 1560 aaaagttttc caatctttgc cctacattac actttgtgcc atttagtctt agcccaaatg 1620 ggtaaattgc aatcacacac acacacacac acacacacac acacacaccc tttttcttta 1680 atcaaagttt caacattctt tgagaatcaa aatttagaaa caattcattg aaagaatgtg 1740 ttgctagttt cagtttttca tgttagtgaa gaaactcatt tttcttaagg tagcattttg 1800 acagggcgaa ttttactgat gactttacat tgaatgtgat atgaattatt ttttgataag 1860 tgaagatgta ctgtgatgtg tataaatgct gacctgtttg aatgtgactt attcaggctc 1920 gtaagtcaaa agtcttgttt tggaagacat gtagacaaat aaagccatga ctaaaagtca 1980 aaggctttgt ctacaccact ctatgatttt cacatggttt ttttctctct ctctcttttg 2040 ggtcatccat tgtttgtata ttcatacaaa cttctgggca tttgattgat ttgctatagc 2100 ctatgatgca atttagtctt tagtgaataa agttagtgat cttttgtaga cttgacagac 2160 acagggcctg tccaaagacc caaacatgca tctaattttg atggccagtt ttcccaacaa 2220 gtaaattact ttgcactgtt gtctgtaatg tttatgtcgt tttgtgtatt gagaaccagc 2280 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ccccaggaac attgtattgt ctggcaaatt aggaaagata agaatttcat ctgcaaaaaa 4860 aaaagtatga ataagaaatt agctatgtca atgtgacaat aaatattcat tgggttaaga 4920 cattaacttt ttgtgggaaa ctggttcttt aaaattcttt tttaacatac aggttttgcc 4980 tcctgattta cttttatctg agagttgaac tctgctgggt taaaaaaatc accattatat 5040 ttaaatagct atctaaggtt attataaagg gaagaaaaca ttttcattaa actgtacaat 5100 tgtgttggta agccagtgct ttatggaaat gtcattggtt tcttcactga tttctgttgg 5160 aaagaaaaaa catatcaaag aatttagaat atgaaagcat tgagttgtat tattaccaaa 5220 ttaattttat ttcgtatttc ataaattagt taacaatgta ttaatagact acatagtgaa 5280 aacatccatc catttttaac ttcacagaga aaacttcgag tgggggaggg gcatgggtga 5340 gaattgtttt atgacttgtt gcagtctcaa atgtaaatat tcacctccca cgaatttctg 5400 taattgtgtt tacatattgg gatcaatatc tttacaatgt tttaggagaa catattaaat 5460 ttttaaaatt atataattgc ttcaaaggga gctgatgtac tttccagcac caaaactgag 5520 aagatttctt aaaaattcag catcttgatg aggctgctaa aattgcacag atatatgtag 5580 ttccacattc aaattgtaag aatatgttta ggaaataatg acatcatgat ccttatatgc 5640 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Asn 85 90 95 Pro Glu Leu Thr Asp Leu Pro Ser Pro Ser Phe Glu Asn Ala His Asp 100 105 110 Glu Tyr Leu Gln Leu Leu Asn Leu Leu Gln Pro Thr Leu Val Asp Lys 115 120 125 Leu Leu Val Arg Asp Val Leu Asp Lys Cys Met Glu Glu Glu Leu Leu 130 135 140 Thr Ile Glu Asp Arg Asn Arg Ile Ala Ala Ala Glu Asn Asn Gly Asn 145 150 155 160 Glu Ser Gly Val Arg Glu Leu Leu Lys Arg Ile Val Gln Lys Glu Asn 165 170 175 Trp Phe Ser Ala Phe Leu Asn Val Leu Arg Gln Thr Gly Asn Asn Glu 180 185 190 Leu Val Gln Glu Leu Thr Gly Ser Asp Cys Ser Glu Ser Asn Ala Glu 195 200 205 Ile Glu Asn Leu Ser Gln Val Asp Gly Pro Gln Val Glu Glu Gln Leu 210 215 220 Leu Ser Thr Thr Val Gln Pro Asn Leu Glu Lys Glu Val Trp Gly Met 225 230 235 240 Glu Asn Asn Ser Ser Glu Ser Ser Phe Ala Asp Ser Ser Val Val Ser 245 250 255 Glu Ser Asp Thr Ser Leu Ala Glu Gly Ser Val Ser Cys Leu Asp Glu 260 265 270 Ser Leu Gly His Asn Ser Asn Met Gly Ser Asp Ser Gly Thr Met Gly 275 280 285 Ser Asp Ser Asp Glu Glu Asn Val Ala Ala Arg Ala Ser Pro Glu Pro 290 295 300 Glu Leu Gln Leu Arg Pro Tyr Gln Met Glu Val Ala Gln Pro Ala Leu 305 310 315 320 Glu Gly Lys Asn Ile Ile Ile Cys Leu Pro Thr Gly Ser Gly Lys Thr 325 330 335 Arg Val Ala Val Tyr Ile Ala Lys Asp His Leu Asp Lys Lys Lys Lys 340 345 350 Ala Ser Glu Pro Gly Lys Val Ile Val Leu Val Asn Lys Val Leu Leu 355 360 365 Val Glu Gln Leu Phe Arg Lys Glu Phe Gln Pro Phe Leu Lys Lys Trp 370 375 380 Tyr Arg Val Ile Gly Leu Ser Gly Asp Thr Gln Leu Lys Ile Ser Phe 385 390 395 400 Pro Glu Val Val Lys Ser Cys Asp Ile Ile Ile Ser Thr Ala Gln Ile 405 410 415 Leu Glu Asn Ser Leu Leu Asn Leu Glu Asn Gly Glu Asp Ala Gly Val 420 425 430 Gln Leu Ser Asp Phe Ser Leu Ile Ile Ile Asp Glu Cys His His Thr 435 440 445 Asn Lys Glu Ala Val Tyr Asn Asn Ile Met Arg His Tyr Leu Met Gln 450 455 460 Lys Leu Lys Asn Asn Arg Leu Lys Lys Glu Asn Lys Pro Val Ile Pro 465 470 475 480 Leu Pro Gln Ile Leu Gly Leu Thr Ala Ser Pro Gly Val Gly Gly Ala 485 490 495 Thr Lys Gln Ala Lys Ala Glu Glu His Ile Leu Lys Asp Pro Phe Lys 500 505 510 Glu Lys Leu Leu Glu Ile Met Thr Arg Ile Gln Thr Tyr Cys Gln Met 515 520 525 Ser Pro Met Ser Asp Phe Gly Thr Gln Pro Tyr Glu Gln Trp Ala Ile 530 535 540 Gln Met Glu Lys Lys Ala Ala Lys Glu Gly Asn Arg Lys Glu Arg Val 545 550 555 560 Cys Ala Glu His Leu Arg Lys Tyr Asn Glu Ala Leu Gln Ile Asn Asp 565 570 575 Thr Ile Arg Met Ile Asp Ala Tyr Thr His Leu Glu Thr Phe Tyr Asn 580 585 590 Glu Glu Lys Asp Lys Lys Phe Ala Val Ile Glu Asp Asp Ser Asp Glu 595 600 605 Gly Gly Asp Asp Glu Tyr Cys Asp Gly Asp Glu Asp Glu Asp Asp Leu 610 615 620 Lys Lys Pro Leu Lys Leu Asp Glu Thr Asp Arg Phe Leu Met Thr Leu 625 630 635 640 Phe Phe Glu Asn Asn Lys Met Leu Lys Arg Leu Ala Glu Asn Pro Glu 645 650 655 Tyr Glu Asn Glu Lys Leu Thr Lys Leu Arg Asn Thr Ile Met Glu Gln 660 665 670 Tyr Thr Arg Thr Glu Glu Ser Ala Arg Gly Ile Ile Phe Thr Lys Thr 675 680 685 Arg Gln Ser Ala Tyr Ala Leu Ser Gln Trp Ile Thr Glu Asn Glu Lys 690 695 700 Phe Ala Glu Val Gly Val Lys Ala His His Leu Ile Gly Ala Gly His 705 710 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925 Trp Gly Thr Met Met Val His Lys Gly Leu Asp Leu Pro Cys Leu Lys 930 935 940 Ile Arg Asn Phe Val Val Val Phe Lys Asn Asn Ser Thr Lys Lys Gln 945 950 955 960 Tyr Lys Lys Trp Val Glu Leu Pro Ile Thr Phe Pro Asn Leu Asp Tyr 965 970 975 Ser Glu Cys Cys Leu Phe Ser Asp Glu Asp 980 985 <210> 21 <211> 468 <212> PRT <213> homo sapien <400> 21 Met Thr Arg Ile Gln Thr Tyr Cys Gln Met Ser Pro Met Ser Asp Phe 1 5 10 15 Gly Thr Gln Pro Tyr Glu Gln Trp Ala Ile Gln Met Glu Lys Lys Ala 20 25 30 Ala Lys Glu Gly Asn Arg Lys Glu Arg Val Cys Ala Glu His Leu Arg 35 40 45 Lys Tyr Asn Glu Ala Leu Gln Ile Asn Asp Thr Ile Arg Met Ile Asp 50 55 60 Ala Tyr Thr His Leu Glu Thr Phe Tyr Asn Glu Glu Lys Asp Lys Lys 65 70 75 80 Phe Ala Val Ile Glu Asp Asp Ser Asp Glu Gly Gly Asp Asp Glu Tyr 85 90 95 Cys Asp Gly Asp Glu Asp Glu Asp Asp Leu Lys Lys Pro Leu Lys Leu 100 105 110 Asp Glu Thr Asp Arg Phe Leu Met Thr Leu Phe Phe Glu Asn Asn Lys 115 120 125 Met Leu Lys Arg Leu Ala Glu Asn Pro Glu Tyr Glu Asn Glu Lys Leu 130 135 140 Thr Lys Leu Arg Asn Thr Ile Met Glu Gln Tyr Thr Arg Thr Glu Glu 145 150 155 160 Ser Ala Arg Gly Ile Ile Phe Thr Lys Thr Arg Gln Ser Ala Tyr Ala 165 170 175 Leu Ser Gln Trp Ile Thr Glu Asn Glu Lys Phe Ala Glu Val Gly Val 180 185 190 Lys Ala His His Leu Ile Gly Ala Gly His Ser Ser Glu Phe Lys Pro 195 200 205 Met Thr Gln Asn Glu Gln Lys Glu Val Ile Ser Lys Phe Arg Thr Gly 210 215 220 Arg Ile Asn Leu Leu Ile Ala Thr Thr Val Ala Glu Glu Gly Leu Asp 225 230 235 240 Ile Lys Glu Cys Asn Ile Val Ile Arg Tyr Gly Leu Val Thr Asn Glu 245 250 255 Ile Ala Met Val Gln Ala Arg Gly Arg Ala Arg Ala Asp Glu Ser Thr 260 265 270 Tyr Val Leu Val Ala His Ser Gly Ser Gly Val Ile Glu Arg Glu Thr 275 280 285 Val Asn Asp Phe Arg Glu Lys Met Met Tyr Lys Ala Ile His Cys Val 290 295 300 Gln Asn Met Lys Pro Glu Glu Tyr Ala His Lys Ile Leu Glu Leu Gln 305 310 315 320 Met Gln Ser Ile Met Glu Lys Lys Met Lys Thr Lys Arg Asn Ile Ala 325 330 335 Lys His Tyr Lys Asn Asn Pro Ser Leu Ile Thr Phe Leu Cys Lys Asn 340 345 350 Cys Ser Val Leu Ala Cys Ser Gly Glu Asp Ile His Val Ile Glu Lys 355 360 365 Met His His Val Asn Met Thr Pro Glu Phe Lys Glu Leu Tyr Ile Val 370 375 380 Arg Glu Asn Lys Thr Leu Gln Lys Lys Cys Ala Asp Tyr Gln Ile Asn 385 390 395 400 Gly Glu Ile Ile Cys Lys Cys Gly Gln Ala Trp Gly Thr Met Met Val 405 410 415 His Lys Gly Leu Asp Leu Pro Cys Leu Lys Ile Arg Asn Phe Val Val 420 425 430 Val Phe Lys Asn Asn Ser Thr Lys Lys Gln Tyr Lys Lys Trp Val Glu 435 440 445 Leu Pro Ile Thr Phe Pro Asn Leu Asp Tyr Ser Glu Cys Cys Leu Phe 450 455 460 Ser Asp Glu Asp 465 <210> 22 <211> 772 <212> PRT <213> homo sapien <400> 22 Met Ser Asn Gly Tyr Ser Thr Asp Glu Asn Phe Arg Tyr Leu Ile Ser 1 5 10 15 Cys Phe Arg Ala Arg Val Lys Met Tyr Ile Gln Val Glu Pro Val Leu 20 25 30 Asp Tyr Leu Thr Phe Leu Pro Ala Glu Val Lys Glu Gln Ile Gln Arg 35 40 45 Thr Val Ala Thr Ser Gly Asn Met Gln Ala Val Glu Leu Leu Leu Ser 50 55 60 Thr Leu Glu Lys Gly Val Trp His Leu Gly Trp Thr Arg Glu Phe Val 65 70 75 80 Glu Ala Leu Arg Arg Thr Gly Ser Pro Leu Ala Ala Arg Tyr Met Asn 85 90 95 Pro Glu Leu Thr Asp Leu Pro Ser Pro Ser Phe Glu Asn Ala His Asp 100 105 110 Glu Tyr Leu Gln Leu Leu Asn Leu Leu Gln Pro Thr Leu Val Asp Lys 115 120 125 Leu Leu Val Arg Asp Val Leu Asp Lys Cys Met Glu Glu Glu Leu Leu 130 135 140 Thr Ile Glu Asp Arg Asn Arg Ile Ala Ala Ala Glu Asn Asn Gly Asn 145 150 155 160 Glu Ser Gly Val Arg Glu Leu Leu Lys Arg Ile Val Gln Lys Glu Asn 165 170 175 Trp Phe Ser Ala Phe Leu Asn Val Leu Arg Gln Thr Gly Asn Asn Glu 180 185 190 Leu Val Gln Glu Leu Thr Gly Ser Asp Cys Ser Glu Ser Asn Ala Glu 195 200 205 Ile Glu Asn Leu Ser Gln Val Asp Gly Pro Gln Val Glu Glu Gln Leu 210 215 220 Leu Ser Thr Thr Val Gln Pro Asn Leu Glu Lys Glu Val Trp Gly Met 225 230 235 240 Glu Asn Asn Ser Ser Glu Ser Ser Phe Ala Asp Ser Ser Val Val Ser 245 250 255 Glu Ser Asp Thr Ser Leu Ala Glu Gly Ser Val Ser Cys Leu Asp Glu 260 265 270 Ser Leu Gly His Asn Ser Asn Met Gly Ser Asp Ser Gly Thr Met Gly 275 280 285 Ser Asp Ser Asp Glu Glu Asn Val Ala Ala Arg Ala Ser Pro Glu Pro 290 295 300 Glu Leu Gln Leu Arg Pro Tyr Gln Met Glu Val Ala Gln Pro Ala Leu 305 310 315 320 Glu Gly Lys Asn Ile Ile Ile Cys Leu Pro Thr Gly Ser Gly Lys Thr 325 330 335 Arg Val Ala Val Tyr Ile Ala Lys Asp His Leu Asp Lys Lys Lys Lys 340 345 350 Ala Ser Glu Pro Gly Lys Val Ile Val Leu Val Asn Lys Val Leu Leu 355 360 365 Val Glu Gln Leu Phe Arg Lys Glu Phe Gln Pro Phe Leu Lys Lys Trp 370 375 380 Tyr Arg Val Ile Gly Leu Ser Gly Asp Thr Gln Leu Lys Ile Ser Phe 385 390 395 400 Pro Glu Val Val Lys Ser Cys Asp Ile Ile Ile Ser Thr Ala Gln Ile 405 410 415 Leu Glu Asn Ser Leu Leu Asn Leu Glu Asn Gly Glu Asp Ala Gly Val 420 425 430 Gln Leu Ser Asp Phe Ser Leu Ile Ile Ile Asp Glu Cys His His Thr 435 440 445 Asn Lys Glu Ala Val Tyr Asn Asn Ile Met Arg His Tyr Leu Met Gln 450 455 460 Lys Leu Lys Asn Asn Arg Leu Lys Lys Glu Asn Lys Pro Val Ile Pro 465 470 475 480 Leu Pro Gln Ile Leu Gly Leu Thr Ala Ser Pro Gly Val Gly Gly Ala 485 490 495 Thr Lys Gln Ala Lys Ala Glu Glu His Ile Leu Lys Leu Cys Ala Asn 500 505 510 Leu Asp Ala Phe Thr Ile Lys Thr Val Lys Glu Asn Leu Asp Gln Leu 515 520 525 Lys Asn Gln Ile Gln Glu Pro Cys Lys Lys Phe Ala Ile Ala Asp Ala 530 535 540 Thr Arg Glu Asp Pro Phe Lys Glu Lys Leu Leu Glu Ile Met Thr Arg 545 550 555 560 Ile Gln Thr Tyr Cys Gln Met Ser Pro Met Ser Asp Phe Gly Thr Gln 565 570 575 Pro Tyr Glu Gln Trp Ala Ile Gln Met Glu Lys Lys Ala Ala Lys Glu 580 585 590 Gly Asn Arg Lys Glu Arg Val Cys Ala Glu His Leu Arg Lys Tyr Asn 595 600 605 Glu Ala Leu Gln Ile Asn Asp Thr Ile Arg Met Ile Asp Ala Tyr Thr 610 615 620 His Leu Glu Thr Phe Tyr Asn Glu Glu Lys Asp Lys Lys Phe Ala Val 625 630 635 640 Ile Glu Asp Asp Ser Asp Glu Gly Gly Asp Asp Glu Tyr Cys Asp Gly 645 650 655 Asp Glu Asp Glu Asp Asp Leu Lys Lys Pro Leu Lys Leu Asp Glu Thr 660 665 670 Asp Arg Phe Leu Met Thr Leu Phe Phe Glu Asn Asn Lys Met Leu Lys 675 680 685 Arg Leu Ala Glu Asn Pro Glu Tyr Glu Asn Glu Lys Leu Thr Lys Leu 690 695 700 Arg Asn Thr Ile Met Glu Gln Tyr Thr Arg Thr Glu Glu Ser Ala Arg 705 710 715 720 Gly Ile Ile Phe Thr Lys Thr Arg Gln Ser Ala Tyr Ala Leu Ser Gln 725 730 735 Trp Ile Thr Glu Asn Glu Lys Phe Ala Glu Val Gly Val Lys Ala His 740 745 750 His Leu Ile Gly Ala Gly His Ser Ser Glu Phe Lys Pro Met Thr Gln 755 760 765 Lys Lys Lys Lys 770 <210> 23 <211> 221 <212> PRT <213> homo sapien <400> 23 Met Ser Asn Gly Tyr Ser Thr Asp Glu Asn Phe Arg Tyr Leu Ile Ser 1 5 10 15 Cys Phe Arg Ala Arg Val Lys Met Tyr Ile Gln Val Glu Pro Val Leu 20 25 30 Asp Tyr Leu Thr Phe Leu Pro Ala Glu Val Lys Glu Gln Ile Gln Arg 35 40 45 Thr Val Ala Thr Ser Gly Asn Met Gln Ala Val Glu Leu Leu Leu Ser 50 55 60 Thr Leu Glu Lys Gly Val Trp His Leu Gly Trp Thr Arg Glu Phe Val 65 70 75 80 Glu Ala Leu Arg Arg Thr Gly Ser Pro Leu Ala Ala Arg Tyr Met Asn 85 90 95 Pro Glu Leu Thr Asp Leu Pro Ser Pro Ser Phe Glu Asn Ala His Asp 100 105 110 Glu Tyr Leu Gln Leu Leu Asn Leu Leu Gln Pro Thr Leu Val Asp Lys 115 120 125 Leu Leu Val Arg Asp Val Leu Asp Lys Cys Met Glu Glu Glu Leu Leu 130 135 140 Thr Ile Glu Asp Arg Asn Arg Ile Ala Ala Ala Glu Asn Asn Gly Asn 145 150 155 160 Glu Ser Gly Val Arg Glu Leu Leu Lys Arg Ile Val Gln Lys Glu Asn 165 170 175 Trp Phe Ser Ala Phe Leu Asn Val Leu Arg Gln Thr Gly Asn Asn Glu 180 185 190 Leu Val Gln Glu Leu Thr Gly Ser Asp Cys Ser Glu Ser Asn Ala Gly 195 200 205 Ile Cys Asn Phe Thr Glu Glu Asp Ser Ser Asn Ser Ala 210 215 220 <210> 24 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 24 gcaatggcaa acttcttgca tgg 23 <210> 25 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 25 agatgcaacc agagaagtat ggg 23 <210> 26 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 26 cagatgcaac cagagaagta tgg 23 <210> 27 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 27 tactacattc agtagaaaga tgg 23 <210> 28 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 28 tcaactgaaa aaccaaatac agg 23 <210> 29 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 29 ttctctggtt gcatctgcaa tgg 23 <210> 30 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 30 attcagtaga aagatggcaa agg 23 <210> 31 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 31 acattaagcc catacttctc tgg 23 <210> 32 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 32 tcttgcatgg ctcctgtatt tgg 23 <210> 33 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 33 tttggttttt cagttgatca agg 23 <210> 34 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> gRNA Recognition Sequence <400> 34 tttaaataat atttttcaga tgg 23

Claims (98)

  1. 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  2. 적상 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  3. 판상 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  4. 간찰부위 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  5. 농포성 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  6. 홍피성 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체에게 제1형 인터페론 경로 억제제를 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 IFIH1 억제제는 IFIH1 핵산 분자에 혼성화하는 억제성 핵산 분자를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  9. 제8항에 있어서, 상기 억제성 핵산 분자는 IFIH1 mRNA에 혼성화하는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  10. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 IFIH1 억제제는 IFIH1 게놈 핵산 분자 내에서 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 Cas 단백질 및 가이드 RNA(gRNA)를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  11. 제10항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인 것을 특징으로 하는 방법.
  12. 제10항 또는 제11항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치를 포함하거나 이에 근접한 것을 특징으로 하는 방법.
  13. 제10항 또는 제11항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치로부터 약 1000개, 약 500개, 약 400개, 약 300개, 약 200개, 약 100개, 약 50개, 약 45개, 약 40개, 약 35개, 약 30개, 약 25개, 약 20개, 약 15개, 약 10개, 또는 약 5개의 뉴클레오티드에 위치하는 것을 특징으로 하는 방법.
  14. 제10항 또는 제11항에 있어서, 프로토스페이서 인접 모티프(PAM) 서열이 gRNA 인식 서열의 약 2 내지 약 6개 뉴클레오티드 다운스트림인 것을 특징으로 하는 방법.
  15. 제10항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17 내지 약 23개의 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  16. 제10항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 24 내지 34 중 어느 하나에 따른 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체로부터의 생체 시료에서 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 더 포함하는 방법.
  18. 제17항에 있어서, 상기 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자가 상기 생체 시료에 존재하지 않는 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량으로 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  19. 제17항에 있어서, 상기 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량과 같거나 그보다 적은 양으로 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  20. 제17항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자인 것을 특징으로 하는 방법.
  21. 제17항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 생체 외에서 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
  22. 제17항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 상기 생체 시료에서 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 시퀀싱하는 단계를 포함하고, 상기 시퀀싱된 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치를 포함하며;
    상기 생체 시료 내 IFIH1 게놈 핵산 분자의 시퀀싱된 부분이 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 경우, 상기 생체 시료 내의 IFIH1 게놈 핵산 분자는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 게놈 핵산 분자인 것을 특징으로 하는 방법.
  23. 제17항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는
    a) 상기 생체 시료를 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 근접한 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계;
    b) 상기 프라이머를 적어도 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치를 통해 확장하는 단계; 및
    c) 상기 프라이머의 확장 생성물이 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  24. 제22항 또는 제23항에 있어서, 상기 검출 단계는 전체 핵산 분자를 시퀀싱하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  25. 제17항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는
    a) 인간 IFIH1 폴리펩티드를 부호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭시키는 단계로서, 상기 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 것인 단계;
    b) 상기 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계;
    c) 상기 표지된 핵산 분자를 변경 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변경 특이적 프로브는 엄격한 조건하에서 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 단계; 및
    d) 상기 검출 가능한 표지를 검출하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  26. 제17항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는
    상기 생체 시료 내의 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변경 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변경 특이적 프로브는 엄격한 조건하에서 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 단계; 및
    상기 검출 가능한 표지를 검출하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  27. 건선을 치료하거나 억제하는 치료제로 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서,
    상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 손실 폴리펩티드를 부호화하는 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지고 있는지 여부를 결정하는 단계로서,
    상기 대상체로부터 생체 시료를 획득하거나 미리 획득하는 단계; 및
    상기 대상체가 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 가지는지 결정하기 위해 상기 생체 시료에 대한 서열 분석을 수행하거나 미리 수행하는 단계;를 통해 이루어지는 단계; 및
    건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 IFIH1 기준인 대상체에게 표준 투여량으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계;
    건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 같거나 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 상기 대상체에게 IFIH1 억제제를 투여하는 단계; 또는
    건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 같거나 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하는 단계;를 포함하고,
    상기 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 변이체 핵산 분자를 가지는 유전자형이 존재하는 경우, 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소함을 나타내는 것을 특징으로 하는 방법.
  28. 제27항에 있어서, 상기 대상체는 IFIH1 기준이고, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 IFIH1 억제제가 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  29. 제27항에 있어서, 상기 대상체는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이고, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그보다 적은 양으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 IFIH1 억제제가 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  30. 제27항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체에게 제1형 인터페론 경로 억제제 및/또는 TRIM65(Tripartite Motif Containing 65) 억제제를 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  31. 제27항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자인 것을 특징으로 하는 방법.
  32. 제27항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 서열 분석은 상기 생체 시료에서 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 시퀀싱하는 단계를 포함하고, 상기 시퀀싱된 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치를 포함하며;
    상기 생체 시료 내 IFIH1 게놈 핵산 분자의 시퀀싱된 부분이 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 경우, 상기 생체 시료 내의 IFIH1 게놈 핵산 분자는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자인 것을 특징으로 하는 방법.
  33. 제27항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 서열 분석은
    a) 상기 생체 시료를 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 근접한 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계;
    b) 상기 프라이머를 적어도 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치를 통해 확장하는 단계; 및
    c) 상기 프라이머의 확장 생성물이 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  34. 제32항 또는 제33항에 있어서, 상기 서열 분석은 전체 핵산 분자를 시퀀싱하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  35. 제27항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 서열 분석은
    a) 인간 IFIH1 폴리펩티드를 부호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭시키는 단계로서, 상기 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 것인 단계;
    b) 상기 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계;
    c) 상기 표지된 핵산 분자를 변경 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변경 특이적 프로브는 엄격한 조건하에서 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 단계; 및
    d) 상기 검출 가능한 표지를 검출하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  36. 제27항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 서열 분석은
    상기 생체 시료 내의 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변경 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변경 특이적 프로브는 엄격한 조건하에서 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 단계; 및
    상기 검출 가능한 표지를 검출하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  37. 제27항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 핵산 분자는 상기 대상체로부터 획득한 세포 내에 존재하는 것을 특징으로 하는 방법.
  38. 제27항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 IFIH1 억제제는 IFIH1 핵산 분자에 혼성화하는 억제성 핵산 분자를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  39. 제38항에 있어서, 상기 억제성 핵산 분자는 IFIH1 mRNA에 혼성화하는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  40. 제27항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 IFIH1 억제제는 IFIH1 게놈 핵산 분자 내에서 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 Cas 단백질 및 가이드 RNA(gRNA)를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  41. 제40항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인 것을 특징으로 하는 방법.
  42. 제40항 또는 제41항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치를 포함하거나 이에 근접한 것을 특징으로 하는 방법.
  43. 제40항 또는 제41항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치로부터 약 1000개, 약 500개, 약 400개, 약 300개, 약 200개, 약 100개, 약 50개, 약 45개, 약 40개, 약 35개, 약 30개, 약 25개, 약 20개, 약 15개, 약 10개, 또는 약 5개의 뉴클레오티드에 위치하는 것을 특징으로 하는 방법.
  44. 제40항 또는 제41항에 있어서, 프로토스페이서 인접 모티프(PAM) 서열이 gRNA 인식 서열의 약 2 내지 약 6개 뉴클레오티드 다운스트림인 것을 특징으로 하는 방법.
  45. 제40항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17 내지 약 23개의 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  46. 제40항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 24 내지 34 중 어느 하나에 따른 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  47. 건선 발병 위험이 증가한 대상체를 확인하는 방법으로서,
    상기 대상체로부터 획득한 생체 시료에서 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 결정하거나 미리 결정하는 단계를 포함하고;
    상기 대상체가 IFIH1 기준인 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 증가하며;
    상기 대상체가 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성 또는 동형접합성인 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 감소하는 것을 특징으로 하는 방법.
  48. 제47항에 있어서, 상기 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 뉴클레오티드 서열을 갖는 게놈 핵산 분자인 것을 특징으로 하는 방법.
  49. 제47항 또는 제48항에 있어서, 상기 결정 단계는 생체 외에서 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
  50. 제47항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는 상기 생체 시료에서 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 적어도 일부를 시퀀싱하는 단계를 포함하고, 상기 시퀀싱된 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치를 포함하며;
    상기 생체 시료 내 IFIH1 게놈 핵산 분자의 시퀀싱된 부분이 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 경우, 상기 생체 시료 내의 IFIH1 게놈 핵산 분자는 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자인 것을 특징으로 하는 방법.
  51. 제47항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는
    a) 상기 생체 시료를 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에 근접한 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 일부에 혼성화하는 프라이머와 접촉시키는 단계;
    b) 상기 프라이머를 적어도 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 IFIH1 게놈 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열의 위치를 통해 확장하는 단계; 및
    c) 상기 프라이머의 확장 생성물이 서열 번호 2에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  52. 제50항 또는 제51항에 있어서, 상기 결정 단계는 전체 핵산 분자를 시퀀싱하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  53. 제47항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 결정 단계는
    a) 인간 IFIH1 폴리펩티드를 부호화하는 핵산 분자의 적어도 일부를 증폭시키는 단계로서, 상기 부분은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 것인 단계;
    b) 상기 증폭된 핵산 분자를 검출 가능한 표지로 표지하는 단계;
    c) 상기 표지된 핵산 분자를 변경 특이적 프로브를 포함하는 지지체와 접촉시키는 단계로서, 상기 변경 특이적 프로브는 엄격한 조건하에서 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 증폭된 핵산 분자의 핵산 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 단계; 및
    d) 상기 검출 가능한 표지를 검출하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  54. 제47항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는
    상기 생체 시료 내의 핵산 분자를 검출 가능한 표지를 포함하는 변경 특이적 프로브와 접촉시키는 단계로서, 상기 변경 특이적 프로브는 엄격한 조건하에서 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에서 시토신을 포함하는 증폭된 핵산 분자의 뉴클레오티드 서열에 혼성화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 단계; 및
    상기 검출 가능한 표지를 검출하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  55. 제47항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체는 IFIH1 기준이고, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 IFIH1 억제제가 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  56. 제47항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이고, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그보다 적은 양으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 IFIH1 억제제가 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  57. 제47항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체에게 제1형 인터페론 경로 억제제 및/또는 TRIM65(Tripartite Motif Containing 65) 억제제를 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  58. 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 폴리펩티드를 부호화하는 뉴클레오티드 서열이 있는 게놈 핵산 분자를 가지는 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제로서, 상기 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 것을 특징으로 하는 치료제.
  59. IFIH1 기준이거나 IFIH1 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제.
  60. 제59항에 있어서, 상기 IFIH1 미스센스 변이체 핵산 분자는 서열 번호 2에 따른 위치 38,690, 또는 이의 상보체에 상응하는 위치에 시토신을 포함하는 것을 특징으로 하는 IFIH1 억제제.
  61. 제59항 또는 제60항에 있어서, 상기 IFIH1 억제제는 IFIH1 핵산 분자에 혼성화하는 억제성 핵산 분자를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  62. 제61항에 있어서, 상기 억제성 핵산 분자는 IFIH1 mRNA에 혼성화하는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  63. 제59항 또는 제60항에 있어서, 상기 IFIH1 억제제는 IFIH1 게놈 핵산 분자 내에서 gRNA 인식 서열에 혼성화하는 Cas 단백질 및 가이드 RNA(gRNA)를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  64. 제63항에 있어서, 상기 Cas 단백질은 Cas9 또는 Cpf1인 것을 특징으로 하는 방법.
  65. 제63항 또는 제64항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치를 포함하거나 이에 근접한 것을 특징으로 하는 방법.
  66. 제63항 또는 제64항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 1에 따른 위치 38,690에 상응하는 위치로부터 약 1000개, 약 500개, 약 400개, 약 300개, 약 200개, 약 100개, 약 50개, 약 45개, 약 40개, 약 35개, 약 30개, 약 25개, 약 20개, 약 15개, 약 10개, 또는 약 5개의 뉴클레오티드에 위치하는 것을 특징으로 하는 방법.
  67. 제63항 또는 제64항에 있어서, 프로토스페이서 인접 모티프(PAM) 서열이 gRNA 인식 서열의 약 2 내지 약 6개 뉴클레오티드 다운스트림인 것을 특징으로 하는 방법.
  68. 제63항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA는 약 17 내지 약 23개의 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  69. 제63항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gRNA 인식 서열은 서열 번호 24 내지 34 중 어느 하나에 따른 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  70. 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서, 상기 대상체에게 TRIM65(Tripartite Motif Containing 65) 억제제를 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  71. 제70항에 있어서, 상기 건선은 적상 건선, 판상 건선, 간찰부위 건선, 농포성 건선, 또는 홍피성 건선인 것을 특징으로 하는 방법.
  72. 제70항 또는 제71항에 있어서, 상기 대상체에게 제1형 인터페론 경로 억제제 및/또는 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  73. 제70항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TRIM65 억제제는 TRIM65 핵산 분자에 혼성화하는 억제성 핵산 분자를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  74. 제73항에 있어서, 상기 억제성 핵산 분자는 TRIM65 mRNA에 혼성화하는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  75. 제70항 내지 제74항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체로부터의 생체 시료에서 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 검출하는 단계를 더 포함하는 방법.
  76. 제75항에 있어서, 상기 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자가 상기 생체 시료에 존재하지 않는 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량으로 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  77. 제75항에 있어서, 상기 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 표준 투여량과 같거나 그보다 적은 양으로 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  78. 제75항 내지 제77항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg인 것을 특징으로 하는 방법.
  79. 제75항 내지 제78항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출 단계는 생체 외에서 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
  80. 건선을 치료하거나 억제하는 치료제로 건선이 있는 대상체를 치료하는 방법으로서,
    상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 손실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65(Tripartite Motif Containing 65) 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지고 있는지 여부를 결정하는 단계로서,
    상기 대상체로부터 생체 시료를 획득하거나 미리 획득하는 단계; 및
    상기 대상체가 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자를 포함하는 유전자형을 가지는지 결정하기 위해 상기 생체 시료에 대한 서열 분석을 수행하거나 미리 수행하는 단계;를 통해 이루어지는 단계; 및
    건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 TRIM65 기준인 대상체에게 표준 투여량으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 상기 대상체에게 TRIM65 억제제를 투여하는 단계;
    건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 같거나 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하고/하거나 상기 대상체에게 TRIM65 억제제를 투여하는 단계; 또는
    건선을 치료하거나 억제하는 치료제를 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 동형접합성인 대상체에게 표준 투여량과 같거나 적은 양으로 투여하거나 계속 투여하는 단계;를 포함하고,
    상기 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 변이체 핵산 분자를 가지는 유전자형이 존재하는 경우, 상기 대상체의 건선 발병 위험이 감소함을 나타내는 것을 특징으로 하는 방법.
  81. 제80항에 있어서, 상기 대상체는 TRIM65 기준이고, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 TRIM65 억제제가 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  82. 제80항에 있어서, 상기 대상체는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이고, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그보다 적은 양으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 TRIM65 억제제가 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  83. 제80항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체에게 제1형 인터페론 경로 억제제 및/또는 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  84. 제80항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg인 것을 특징으로 하는 방법.
  85. 제80항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 TRIM65 억제제는 TRIM65 핵산 분자에 혼성화하는 억제성 핵산 분자를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  86. 제88항에 있어서, 상기 억제성 핵산 분자는 TRIM65 mRNA에 혼성화하는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  87. 건선 발병 위험이 증가한 대상체를 확인하는 방법으로서,
    상기 대상체로부터 획득한 생체 시료에서 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65(Tripartite Motif Containing 65) 미스센스 변이체 핵산 분자의 존재 또는 부재를 결정하거나 미리 결정하는 단계를 포함하고;
    상기 대상체가 TRIM65 기준인 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 증가하며;
    상기 대상체가 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성 또는 동형접합성인 경우, 상기 대상체는 건선 발병 위험이 감소하는 것을 특징으로 하는 방법.
  88. 제87항에 있어서, 상기 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg인 것을 특징으로 하는 방법.
  89. 제87항 또는 제88항에 있어서, 상기 결정 단계는 생체 외에서 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
  90. 제87항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체는 TRIM65 기준이고, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 TRIM65 억제제가 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  91. 제87항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성이고, 상기 대상체에게 건선을 치료하거나 억제하는 치료제가 표준 투여량과 동일하거나 그보다 적은 양으로 투여되거나 계속 투여되고/되거나 TRIM65 억제제가 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  92. 제87항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체에게 제1형 인터페론 경로 억제제 및/또는 인터페론 유도 헬리카제 C 도메인 1(IFIH1) 억제제를 투여하는 단계를 더 포함하는 방법.
  93. TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65(Tripartite Motif Containing 65) 미스센스 변이체 핵산 분자를 가지는 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 건선을 치료하거나 억제하는 치료제.
  94. 제93항에 있어서, 상기 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg인 것을 특징으로 하는 치료제.
  95. TRIM65 기준이거나 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드를 부호화하는 TRIM65 미스센스 변이체 핵산 분자에 대해 이형접합성인 대상체에서 건선의 치료에 사용하기 위한 TRIM65(Tripartite Motif Containing 65) 억제제.
  96. 제95항에 있어서, 상기 TRIM65 예측 기능 상실 폴리펩티드는 TRIM65 Gly382Arg인 것을 특징으로 하는 TRIM65 억제제.
  97. 제95항 또는 제96항에 있어서, 상기 TRIM65 억제제는 TRIM65 핵산 분자에 혼성화하는 억제성 핵산 분자를 포함하는 것을 특징으로 하는 TRIM65 억제제.
  98. 제97항에 있어서, 상기 억제성 핵산 분자는 TRIM65 mRNA에 혼성화하는 안티센스 핵산 분자, 작은 간섭 RNA(siRNA), 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)를 포함하는 것을 특징으로 하는 TRIM65 억제제.
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