KR20230173188A - 부착-침습성 대장균에 대한 박테리오파지 치료법 - Google Patents

부착-침습성 대장균에 대한 박테리오파지 치료법 Download PDF

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Abstract

부착-침습성 대장균(AIEC)을 감염 및 용해시키는 박테리오파지가 본원에 기술된다. 박테리오파지는 예를 들어, AIEC에 감염되었거나 AIEC에 감염될 위험이 있는 대상체의 예방적 또는 치료법적 치료, 또는 대상체에서의, 염증성 장질환(IBD), 요로 감염(UTI), 신생아 수막염, 천식, 만성 폐쇄성 폐질환(COPD), 기관지염, 폐렴, 및 폐암을 비롯한, AIEC와 관련된 질환 및 병태의 예방적 또는 치료법적 치료, 및 본원에 기술된 기타 용도에 유용하다.

Description

부착-침습성 대장균에 대한 박테리오파지 치료법
관련 특허 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2021년 4월 22일에 출원된 미국 가출원 63/178,119 및 2021년 7월 27일에 출원된 미국 가출원 63/203,560에 대한 우선권을 주장하며, 이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함된다.
서열 목록
본 출원에는 ASCII 형식으로 전자 제출되었고 그 전체가 본원에 참조로 포함되는 서열 목록이 포함된다. 2022년 4월 13일에 생성된 상기 ASCII 사본의 파일명은 052209-0516_SL.txt이고 크기는 211,073 바이트이다.
기술분야
부착-침습성 대장균(AIEC)을 효과적으로 표적화하는(예를 들어, 감염 및 용해시키는) 박테리오파지 균주 및 이를 포함하는 조성물이 본원에 기술된다. 박테리오파지는 예를 들어, AIEC에 감염되었거나 AIEC에 감염될 위험이 있는 대상체의 예방적 또는 치료법적 치료, 또는 염증성 장질환(IBD)을 비롯한, AIEC와 관련된 질환 및 병태의 예방적 또는 치료법적 치료, 및 본원에 기술된 기타 용도에 유용하다.
박테리오파지는 박테리아를 감염시키고 이들의 복제/용해 주기의 일부로서 이들을 용해시키는 바이러스이다. 박테리오파지(또는 축약하여 "파지")는 "먹다" 또는 "박테리아를 잡아먹는 것"을 의미하는 그리스어 "phago"에서 이름이 유래되었으며, 20세기 초에 Felix D'Herelle에 의해 발견되었다. 파지는 표적 박테리아 숙주에 특이적이며, 인간이나 다른 진핵 세포를 감염시키지 않는다. 박테리오파지는 병원성 박테리아를 표적화하기 위해 1919년부터 인간의 치료 목적으로 사용되어 왔다. 초기에 관심이 높아 박테리아로 인한 질환의 예방법 및 치료법으로 사용되었다. 1940년대 미국에서, Eli Lilly는 포도상구균, 연쇄상구균, 및 기타 호흡기 병원체에 대해 표적화된 제제를 포함하여, 인간에 사용하기 위한 6개의 파지 제품을 상업적으로 제조하였다. 항생제의 출현으로, 파지의 치료법적 사용은 미국 및 서유럽에서 점차 인기를 잃었고 연구도 거의 수행되지 않았다. 그러나, 동유럽에서는 박테리오파지 치료법이 계속해서 활용되었다.
염증성 장질환(IBD)은 주로 결장과 소장에 영향을 미치는 염증성 질환의 한 범주이다. IBD의 병인은 아직 연구되고 있지만, IBD는 유전적, 환경적, 및 미생물적 기여 요인이 있는 자가면역 질환으로 간주된다. IBD의 가장 흔한 형태는 궤양성 대장염(UC)과 크론병(CD)이다. UC는 급성 단계에서 감염성 질환과 유사한 결장의 만성 염증성 질환이다. UC는 결장 점막의 염증을 일으켜, 심한 경우 점막하 조직으로 확장된다. 일반적으로, 결장뿐만 아니라 직장도 공격을 받지만, 회장이 관련된 경우는 거의 없다. 궤양 형성과 그 정도는 질환의 발달 단계에 따라 다르지만, 종종 육안으로 결정할 수 있다(예: 구불창자내시경검사 및 대장내시경검사). 국소 장염 또는 육아종 대장염으로도 알려진 CD는 입에서 항문까지 위장관의 모든 부분에 영향을 미쳐 다양한 증상을 유발할 수 있는 장의 염증성 질환이다. 이는 주로 복통, 설사, 구토, 및 체중 감소 중 하나 이상을 유발하지만, 피부 발진, 관절염, 눈의 염증, 피로, 및 집중력 부족과 같은, 위장관 외부의 합병증을 유발할 수도 있다. CD는 소장, 특히 회장에서 가장 흔히 발생하지만, 공장 및 직장을 포함한 결장의 모든 부분에 영향을 미칠 수 있다. 후자의 경우, UC와 CD를 구별하기 어려울 수 있다. 일반적으로, CD의 염증은 점막보다 더 깊은 층으로 진행되고 상피에 영향을 미치는 정도가 더 적다는 점에서 UC의 염증과 상이하다.
IBD의 정확한 원인은 아직 알려지지 않았지만, 환경적 요인과 유전적 소인이 복합적으로 관여하는 것으로 보인다. 예를 들어, CD는 신체의 면역 체계가 위장관을 공격하여 염증을 일으키는 자가면역 질환인 것으로 여겨진다. CD 환자의 경우, 회장 상피의 정점 표면에서 암배아 항원 관련 세포 부착 분자 6(CEACAM6)의 비정상적인 발현이 관찰된다. 추가적으로, CD 회장 병변 및 UC 궤양은 병원성 부착-침습성 대장균(AIEC)에 의해 집락화될 수 있다. 따라서, AIEC는 이러한 질환의 발병에 대한 미생물적 요인인 것으로 이해된다. 예를 들어, 문헌[Astley, et. al., Eur. J. Clin. Microbiol. Inf. Dis. (2021) 40:181-92] 참조.
UC와 CD는 모두, 특히 선진국에서, 점점 더 자주 발생하고 있다. 일반적으로는 IBD뿐만 아니라 특별하게는 UC 또는 CD도 항생제(병원성 대장균을 표적화하는 항생제 포함)로는 효과적으로 치료할 수 없다 따라서, UC 및 CD를 포함하여 IBD에 대한 효과적인 치료법이 여전히 필요하다.
AIEC 감염은 결장암, 요로 감염, 신생아 수막염, 및 호흡기 질환 및 병태를 비롯한 다른 질환 및 병태와도 관련이 있다. 예를 들어, 문헌[Astley, supra (colon cancer and UTIs); Nash et. al., BMC Genomics (2010) 11:667 (UTIs and neonatal meningitis); Wypych et. al., Nature Immunol. (2010) 20: 1279-90 (lung infections and respiratory diseases and conditions including asthma); Raftery, et. al., Frontiers in Immunol. (2020) 11: Article 2144 (chronic obstructive pulmonary disease)] 참조. 따라서, AIEC와 관련된 질환 및 병태를 치료하는 데 사용하기 위한, AIEC에 대해 효과적인 치료법이 여전히 필요하다.
본 발명은 부착-침습성 대장균(AIEC)을 표적화하는(예를 들어, 감염 및 용해시키는) 박테리오파지 균주, 및 AIEC를 감염 및 용해시키는 하나 이상의 상이한 이러한 균주(예를 들어, 박테리오파지 균주의 "칵테일")를 포함하는 조성물을 제공한다. 조성물은 일반의약품(OTC) 또는 약학적 조성물일 수 있다. 박테리오파지 및 이들을 포함하는 조성물은 AIEC 감염의 위험을 감소시키거나, AIEC 감염을 예방하거나 치료하는 데 유용하고, CD 및 UC를 포함한 IBD, 결장암, 요로 감염(UTI), 신생아 수막염, 및 호흡기 질환 및 병태(천식, 만성 폐쇄성 폐질환(COPD), 기관지염, 폐렴, 및 폐암 포함)를 비롯한, AIEC와 관련된 질환 및 병태의 치료에 유용하고, 본원에 기술된 기타 방법 및 용도에 유용하다.
따라서, 부착-침습성 대장균 균주에서 용균 감염을 일으킬 수 있는 박테리오파지 균주 및 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 조성물로서, 박테리오파지 균주는 ATCC에 수탁번호 PTA-121408로 기탁된 균주 ECML-123-2, 또는 이의 변이체 균주이고, 변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 80% 이상의 게놈 전체 평균 뉴클레오티드 동일성(gANI)을 갖는, 조성물이 제공된다. 조성물은 프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4695로 기탁된 균주 P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P2에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐); 프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4700으로 기탁된 균주 P8 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P8에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐); 프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4675로 기탁된 균주 CLB_P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 CLB_P2에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐); ATCC에 수탁번호 PTA-8351로 기탁된 균주 ECML-119 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-119에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐); ATCC에 수탁번호 PTA-121407로 기탁된 균주 ECML-363 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-363에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐); 및 ATCC에 수탁번호 PTA-121406으로 기탁된 균주 ECML-359 또는 이의 변이체(변이체는 상기 박테리오파지 균주 ECML-359에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐) 중에서 선택된 하나 이상의 박테리오파지 균주를 추가로 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 조성물에 존재하는 박테리오파지 균주는 균주 ECML-123-2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐); 균주 P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P2에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐); 균주 P8 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P8에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐); 균주 CLB_P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 CLB_P2에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐); 균주 ECML-119 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-119에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐); 균주 ECML-363 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-363에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐); 및 균주 ECML-359 또는 이의 변이체(변이체는 상기 박테리오파지 균주 ECML-359에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐)를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 조성물에 존재하는 박테리오파지 균주는 균주 ECML-123-2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐); 균주 P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P2에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐); 균주 P8 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P8에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐); 균주 CLB_P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 CLB_P2에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐); 균주 ECML-119 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-119에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐); 균주 ECML-363 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-363에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐); 및 균주 ECML-359 또는 이의 변이체(변이체는 상기 박테리오파지 균주 ECML-359에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐)를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 조성물에 존재하는 박테리오파지 균주는 균주 ECML-123-2, P2, P8, CLB_P2, ECML-119, ECML-363, 및 ECML-359 각각의 박테리오파지를 포함하거나 이로 이루어진다.
임의의 구현예에서, 조성물은 임의로 프로바이오틱 박테리아 및 프로바이오틱 효모 중 하나 이상을 추가로 포함한다. 프로바이오틱 박테리아는 L. 액시도필러스, L. 람노서스, L. 가세리, L. 루테리, L. 불가리쿠스, L. 플란타럼, L. 존소니, L. 파라카세이, L. 카세이, L. 살리바리우스, L. 락티스, B. 비피덤, B. 롱검, B. 브레베, B. 인판티스, B. 락티스, B. 아돌레센티스, 스트렙토코커스 써모필루스, 바실러스 세루스, 바실러스 서브틸리스, 및 이들의 임의의 조합 중 하나 이상으로부터 선택될 수 있다. 프로바이오틱 효모는 사카로마이세스 세레비시애, 사카로마이세스 보울라디이, 사카로마이세스 세레비시애 변이 보울라디이, 이사첸키아 옥시덴탈리스, 라찬세아 써모톨레란스, 메츠니코비아 지지피콜라, 토룰라스포라 델브루에키이, 및 이들의 임의의 조합 중 하나 이상으로부터 선택될 수 있다.
상기 조성물의 임의의 구현예는 경구 투약 형태(임의로, 장용 코팅을 구비하고, 임의로, 정제, 경질 겔 캡슐, 연질 겔 캡슐, 당의정, 분말, 과립, 용액, 현탁액, 분산액, 시럽, 및 마이크로겔 중에서 선택된 형태임)로 제공될 수 있다. 임의의 이러한 조성물은 임의로 위산 감소제(임의로, 위산 중화제 및 양성자 펌프 억제제 중에서 선택됨)를 추가로 포함할 수 있다.
대안적으로, 상기 조성물의 임의의 구현예는 직장 투약 형태(임의로, 좌제, 관장제, 직장 폼, 로션, 또는 겔 형태); 질 투약 형태(임의로, 좌제, 크림 질 폼, 로션, 또는 겔 형태); 폐 투약 형태(임의로, 분말, 에어로졸, 네뷸라이저, 또는 취입기 조성물 형태); 및 주사용 투약 형태 중에서 선택된 투약 형태로 제공될 수 있다.
상기 임의의 구현예는 약학적 조성물 또는 일반의약품 조성물일 수 있다. 상기 임의의 구현예는 식이 보충제, 뉴트라수티컬 조성물, 영양 보충제, 또는 프로바이오틱 조성물일 수 있다.
또한, AIEC 집락화 또는 감염의 위험 감소, 또는 예방, 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 이의 위험을 감소시키거나, 이를 예방하거나 치료하거나, 또는 염증성 장질환(IBD), 요로 감염(UTI), 신생아 수막염, 천식, 만성 폐쇄성 폐질환(COPD), 기관지염, 폐렴, 및 폐암 중 하나 이상의 치료를 필요로 하는 대상체에서 이를 치료하거나, 또는 인간 대상체의 미생물군집을 조절하는 방법으로서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다.
또한, AIEC 집락화 또는 감염의 위험 감소, 또는 예방, 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 이의 위험을 감소시키거나, 이를 예방하거나 치료하거나, 또는 염증성 장질환(IBD), 요로 감염(UTI), 신생아 수막염, 천식, COPD, 기관지염, 폐렴, 및 폐암 중 하나 이상의 치료를 필요로 하는 대상체에서 이를 치료하거나, 또는 인간 대상체의 미생물군집을 조절하는 데 사용하기 위한, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 조성물이 제공된다.
또한, AIEC 집락화 또는 감염의 위험 감소, 또는 예방, 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 이의 위험을 감소시키거나, 이를 예방하거나 치료하거나, 또는 염증성 장질환(IBD), 요로 감염(UTI), 신생아 수막염, 천식, COPD, 기관지염, 폐렴, 및 폐암 중 하나 이상의 치료를 필요로 하는 대상체에서 이를 치료하거나, 또는 인간 대상체의 미생물군집을 조절하기 위한 의약의 제조에 있어서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 조성물의 용도가 제공된다.
임의의 이러한 방법, 사용을 위한 조성물, 또는 용도에 따르면, 대상체는 AIEC에 의해 집락화 또는 감염될 위험이 있을 수 있거나 AIEC에 의해 집락화 또는 감염될 수 있다. 일부 구현예에서, AIEC는 대상체의 소장 또는 대장 중 하나 이상에 존재한다. 일부 구현예에서, AIEC는 대상체의 결장에 존재한다. 일부 구현예에서, AIEC는 대상체의 요로에 존재한다. 일부 구현예에서, AIEC는 대상체의 폐에 존재한다. 일부 구현예에서, AIEC는 LF82, 07081, 07082, 07076, 및 06075 중에서 선택된 하나 이상의 균주의 것이고, 임의로 AIEC는 균주 LF82이거나 이를 포함한다.
일부 구현예에서, 방법, 사용을 위한 조성물, 또는 용도는 대상체의 소장, 대장, 결장, 요로, 뇌, 및 폐 중 하나 이상에서 AIEC 집락화를 감소시키거나 예방하는 데 효과적이다.
일부 구현예에서, 대상체는 염증성 장질환(IBD)을 앓고 있고, 임의로 대상체는 크론병(CD), 또는 궤양성 대장염(UC), 또는 수술 후(임의로, CD 환자에서 소장의 적어도 일부를 제거하는 수술 후) 회장 병변의 재발을 앓고 있다.
일부 구현예에서, 박테리오파지 조성물은 경구 투여된다. 이러한 구현예는 임의로 대상체에게 위산 감소제(임의로, 위산 중화제 및 양성자 펌프 억제제 중에서 선택됨)를 경구 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 다른 구현예에서, 박테리오파지 조성물은 직장, 질, 폐, 및 주사 중에서 선택된 경로로 투여된다.
임의의 구현예에서, 방법 또는 용도는 대상체에게 프로바이오틱을 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 임의로, 프로바이오틱은, 박테리오파지가 경구 조성물로 투여되는 경우와 같이, 박테리오파지와 동일한 조성물로 제공될 수 있다.
임의의 구현예에서, 대상체는 추가로 분변 미생물군 이식 치료를 받을 수 있다.
또한, ATCC에 수탁번호 PTA-121408로 기탁된 균주 ECML-123-2의 단리된 박테리오파지, 및 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 80% 이상의 gANI를 갖는 이의 단리된 변이체 균주(임의로 변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2의 자손임), 뿐만 아니라 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 90% 이상, 95% 이상, 98% 이상, 또는 99.9% 이상의 gANI를 갖는 이의 단리된 변이체 균주가 제공된다. 또한, 이러한 박테리오파지 균주 중 임의의 것의 단리된 자손 균주로서, 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2의 RFLP DNA 프로파일과 실질적으로 동등한 RFLP DNA 프로파일을 갖는 자손 균주가 제공된다.
또한, 박테리오파지 균주 ECML-123-2, 또는 이의 상기 변이체 또는 자손에 의해 생성된 용해 효소를 포함하는 조성물이 제공된다.
또한, 박테리오파지 균주 ECML-123-2, 또는 이의 상기 변이체 또는 자손의 유도체 산물을 포함하는 조성물로서, 유도체 산물은 AIEC에 대해 활성을 갖거나, 또는 AIEC에 대해 활성을 갖는 산물을 암호화하고, 임의로 유도체 산물은 DNA, cDNA, mRNA 및 합성 폴리뉴클레오티드 서열, DNA/RNA 하이브리드, 및 시그마 억제인자 유전자 및 이의 발현 산물 중에서 선택된 하나 이상인, 조성물이 제공된다.
또한, 박테리오파지 균주 ECML-123-2, 또는 이의 상기 변이체 또는 자손, 또는 이들 중 임의의 것의 용해 효소로 AIEC 균주를 용해시켜 얻은 AIEC 박테리아 용해물을 포함하는 백신이 제공된다. AIEC 감염에 대해 대상체에게 백신을 접종하는 데 사용하기 위한, 박테리오파지 균주 ECML-123-2, 또는 이의 상기 변이체 또는 자손, 또는 이들 중 임의의 것의 용해 효소로 AIEC 균주를 용해시켜 얻은 AIEC 박테리아 용해물이 제공된다. 또한, AIEC 감염에 대해 대상체에게 백신을 접종하기 위한 의약의 제조에 있어서 AIEC 박테리아 용해물의 용도로서, AIEC 박테리아 용해물은 박테리오파지 균주 ECML-123-2, 또는 이의 상기 변이체 또는 자손, 또는 이들 중 임의의 것의 용해 효소로 AIEC 균주를 용해시켜 얻어지는, 용도가 제공된다. 또한, AIEC 감염에 대해 대상체에게 백신을 접종하는 방법으로서, 박테리오파지 균주 ECML-123-2, 또는 이의 상기 변이체 또는 자손, 또는 이들 중 임의의 것의 용해 효소로 AIEC 균주를 용해시켜 얻은 박테리아 용해물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다.
또한, 샘플에서 AIEC 박테리아를 검출하는 방법으로서, 박테리오파지 균주 ECML-123-2, 또는 이의 상기 변이체 또는 자손, 또는 이들 중 임의의 것의 용해 효소로 샘플을 처리함으로써, 측정가능한 AIEC 박테리아 산물의 방출을 특이적으로 유도하고, 방출된 AIEC 박테리아 산물을 측정하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 방출된 AIEC 박테리아 산물은 아데노신 삼인산(ATP) 및 단백질 키나제(AKT) 중 하나 이상이다. 일부 구현예에서, 샘플은 대상체로부터 얻은 분변 샘플이다.
도 1은 본원에 기술된 박테리오파지의 참조 DNA RFLP 프로파일을 보여준다.
위에서 언급한 바와 같이, AIEC를 표적화하는(예를 들어, 감염 및 용해시키는) 박테리오파지 균주, 및 AIEC를 감염 및 용해시키는 하나 이상의 상이한 이러한 균주를 포함하는 조성물이 본원에 기술된다. 조성물은 일반의약품(OTC) 또는 약학적 조성물일 수 있다. 박테리오파지 및 이들을 포함하는 조성물은 AIEC 감염의 위험을 감소시키거나, AIEC 감염을 예방하거나 치료하는 데 유용하고, CD 및 UC를 포함한 IBD, 결장암, 요로 감염(UTI), 신생아 수막염, 및 호흡기 질환 및 병태(천식, 만성 폐쇄성 폐질환(COPD), 기관지염, 폐렴, 및 폐암 포함)를 비롯한, AIEC와 관련된 질환 및 병태의 치료에 유용하고, 본원에 기술된 기타 방법 및 용도에 유용하다. 이론에 구애됨이 없이, 본원에 기술된 박테리오파지 및 조성물을 사용한 치료법은 AIEC 감염의 특이적이고 표적화된 예방 또는 감소를 통해 안전하고 효과적이며, 그에 따라 AIEC를 특이적으로 표적화함으로써 건강한 미생물군집을 유지하고 광범위한 항생제 치료법과 관련된 부작용을 피하면서 AIEC 감염에 대해 효과적인 것으로 이해된다. 아래 실시예에 예시된 바와 같이, 본원에 기술된 7개의 파지 각각은 다양한 AIEC 균주에 대해 개별적으로 그리고 집합적으로 효과적이면서 동시에 부착 침습성 대장균에 특이적이며, 건강한 인간 미생물군집의 일반 박테리아를 용해시키지 않는다. 따라서, 항생제의 무분별 활성과 대조적으로, 본원에 기술된 파지는 건강한 인간 미생물군집에 최소한의 영향을 미치면서 AIEC를 표적화하는 데 사용될 수 있다.
정의
본원에서 사용되는 기술 및 과학 용어는 달리 정의되지 않는 한, 본 발명이 속하는 분야의 당업자에 의해 일반적으로 이해되는 의미를 갖는다. 당업자에게 알려진 임의의 적합한 물질 및/또는 방법을 본원에 제공된 지침을 고려하여 본 발명을 수행하는 데 활용할 수 있지만, 특정 물질 및 방법을 예시의 목적으로 설명한다. 달리 언급되지 않는 한, 하기 설명 및 실시예에서 참조되는 물질, 시약 등은 상업적 공급원으로부터 입수할 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 단수 형태는 단수만을 나타내도록 명시적으로 언급되지 않는 한, 단수 및 복수 둘 모두를 나타낸다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 수치와 함께 사용되는 "약"은 명시된 수치뿐만 아니라 해당 수치의 ±10%를 의미한다. 예를 들어, "약 10"은 "10" 및 "9~11" 둘 모두로 이해되어야 한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, "A/B" 형태 또는 "A 및/또는 B" 형태의 어구는 (A), (B), 또는 (A 및 B)를 의미하고; "A, B, 및 C 중 적어도 하나" 형태의 어구는 (A), (B), (C), (A 및 B), (A 및 C), (B 및 C), 또는 (A, B, 및 C)를 의미한다.
본원에서 사용되는 바와 같이, "포함하는"이라는 용어는 기술된 조성물, 방법, 또는 키트가 적어도 명시된 요소를 포함하며, 명시되지 않은 다른 요소를 포함할 수 있음을 의미한다.
본원에서 사용되는 바와 같은 "부착-침습성 대장균(AIEC) 균주"는 아래 설명된 분석법에 따라 시험되었을 때 장 세포주 I-407의 세포 배양물에서 평균 침습력이 0.1% 이상인 대장균 균주를 의미한다. 예를 들어, 문헌[Darfeuille-Michaud et al. Gastroenterology 127: 412-421 (2004)] 참조. 즉, AIEC 균주는 아래 설명된 침습 분석법에 따라 시험되었을 때 침습 지수가 원래 접종원(100%로 간주됨)의 0.1% 이상으로 I-407의 장 세포 배양물을 침습하는 능력을 가지고 있다.
AIEC 균주의 비제한적인 예는 Auvergne 대학교가 프랑스 국립 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4723으로 기탁한 균주 LF82, LF82S(균주 LF82의 스트렙토마이신-내성, 유전자 변형 변이체), 및 LF82SK(균주 LF82의 스트렙토마이신- 및 카나마이신-내성, 유전자 변형 변이체)(둘 다 문헌[Galtier et al. J Crohns Colitis. 11(7): 840-47 (2017)]에서 논의됨]; 균주 LF31, LF71, LF123, LF138, LF9, LF15, LF28, LF50, LF65, LF119, LF128, LF130, LF73, LF100, LF110, LF134, LF105, LF49-2, LB11, 및 LF45-2(예를 들어, 문헌[Darfeuille-Michaud et al. Gastroenterology 127:412-421 (2004)] 참조), 및 아래 실시예 1에 논의된 것들이다.
AIEC "집락화"라는 용어는 대상체에게 반드시 질환을 일으키지는 않는 대상체에서의 AIEC의 존재를 나타내기 위해 본원에서 사용된다.
AIEC "감염"이라는 용어는 대상체에게 질환을 일으키는 대상체 조직의 AIEC 침습을 나타내기 위해 본원에서 사용된다. 본원에서 사용되는 바와 같은 "예방"은 이를 필요로 하는 대상체에서, AIEC 집락화 또는 감염의 위험을 감소시키거나 AIEC 집락화 또는 감염을 예방하거나, AIEC 집락화 또는 감염의 수준을 감소시키는 것을 의미한다.
본원에서 사용되는 바와 같은 "치료"는 이를 필요로 하는 대상체에서 AIEC 집락화 또는 감염의 수준을 감소시키는 것(AIEC 집락화 또는 감염을 검출할 수 없는 수준으로 감소시키는 것을 포함)을 의미한다. 이러한 치료는 IBD(예컨대 CD 또는 UC), 결장암, UTI, 신생아 수막염, 또는 호흡기 병태와 같은, 문제가 되는(있는 경우) 질환 또는 병태의 특징적인 하나 이상의 증상의 감소, 질환 또는 병태의 진행 속도의 감소, 질환 또는 병태로부터의 회복의 촉진, 질환 또는 병태의 완치, 질환 또는 병태의 관해의 유지, 및 질환 또는 병태의 재발 방지와 같은 예방의 결과를 가져올 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 치료 활성제(예를 들어, 파지)와 관련하여 사용되는 "유효량" 및 "치료 유효량"이라는 어구는 이러한 치료를 필요로 하는 대상체에게, 예를 들어 AIEC 감염의 위험을 감소시키거나 AIEC 감염을 예방하거나 감소시키기 위해, 제제가 투여되는 경우 특정 약리학적 효과를 제공하는 양을 의미한다. 치료 유효량은 이러한 양이 당업자에게 치료 유효량인 것으로 간주되더라도, 특정 대상체에서 AIEC 감염을 예방하거나 감소시키는 데 항상 효과적인 것은 아니라는 점이 강조된다. 치료 유효량은 특정 활성제, 투여 경로 및 투약 형태, 대상체의 연령 및 체중, 및/또는 AIEC 감염의 유형 및 중증도를 포함하는 대상체의 상태에 따라 달라질 수 있다.
용어 "개체", "대상체', 및 "환자"는 본원에서 상호교환적으로 사용되며, 임의의 개별 포유류 대상체(남성 및 여성 인간 대상체를 포함하는 인간 대상체 포함)를 지칭한다. 대상체는 IBD, 결장암, UTI, 신생아 수막염, 및 호흡기 질환 또는 병태와 같은, AIEC와 관련된 질환 또는 병태를 앓고 있고/있거나 이러한 질환 또는 병태의 진단을 받았을 수 있다.
IBD의 비제한적인 예는 CD, UC, 및 다른 만성 염증성 장질환(만성 IBD), 예컨대 미세 대장염, 복강 질환, 및 혈관염을 포함한다. 따라서, IBD는 CD 또는 UC일 수 있다. 특정 구현예에서, IBD는 수술 후(예컨대, CD 환자에서 소장의 적어도 일부를 제거하는 수술 후) 회장 병변의 재발이다. 재발은 Rutgeerts 점수에 의해 측정될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Chongthammakun, et al. Gastroenterol Rep (Oxf) 5: 271-76 (2017)] 참조.
일부 구현예에서, IBD는 박테리아 감염에 의해 유발되지 않지만, 박테리아 감염이 IBD와 동시에 발생할 수 있다(그러나 반드시 원인물질은 아님). 일부 구현예에서, 대상체는 AIEC에 감염되었지만 IBD를 앓지는 않는다. 실제로, IBD 환자의 일부 가족 구성원은 질환을 앓지 않고도 AIEC를 보유할 수 있다. 마찬가지로, AIEC 균주는 IBD를 앓고 있지도 않고 IBD를 앓고 있는 대상체와도 관련이 없는 대상체에서 발견될 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 본원에 기술된 박테리오파지 균주의 "변이체" 균주는 참조 박테리오파지 균주에 대해 80% 이상의 게놈 전체 평균 뉴클레오티드 동일성("gANI")을 갖는다. gANI는 주어진 게놈 쌍 사이의 유사성 지수이다. 일반적으로, 학자들은 gANI가 95% 이상인 유기체를 "동일한 종"에 속하는 것으로 식별할 것이다. 문헌[Olm M., "Are these microbes the 'same'?" microBEnet (2; 2017) (microbe.net/2017/02/15/are-these-microbes-the-same/에서 제공), 및 Jain et al. (Jain et al. Nature Comm. 9(1):5114 (2018)] 참조. 참조 균주에 대해 90% 이상의 gANI를 갖는 변이체 균주가 상기 참조 박테리오파지 균주와 동일한 표현형 특성을 갖는 것으로 추정되고 간주된다. "변이체" 균주는 참조 균주와 독립적으로 얻어질 수 있거나, 참조 균주의 자손일 수 있거나, (예를 들어, 참조 균주 또는 이의 게놈 서열 중 하나 이상 또는 전부를 출발 물질로 사용하여 재조합적으로 제조된) 참조 균주의 재조합 유도체일 수 있다.
본원에서 사용되는 바와 같이, 박테리오파지와 관련하여 사용되는 "단리"는 자연적으로 발생하는 원래 환경(예를 들어, 원래 발견되는 곳)에서 박테리오파지가 제거되었음을 의미한다. "단리된" 박테리오파지는 자연적으로 위치하는 환경 또는 원래 발견된 환경으로부터 정제되었을 수 있거나, 분리되어 양식되었을 수 있거나, 분리되어 배양되었을 수 있다.
박테리오파지 균주 및 칵테일
2014년 7월 25일에 ATCC(American Type Culture Collection)에 수탁번호 PTA 121408로 기탁된 신규 박테리오파지 균주 ECML-123-2의 단리된 박테리오파지, 및 기탁된 균주에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체 균주가 본원에 제공된다. ECML-123-2의 서열은 서열번호 1에 제시되어 있다. 아래 실시예에 나타낸 바와 같이, 균주 ECML-123-2는 AIEC를 효과적으로 표적화한다(감염 및 용해시킨다).
또한, 하기 (7개의) 박테리오파지 균주(균주 ECML-123-2를 포함) 및 기탁된 균주에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체 중 하나 이상(이의 2개 이상의 신규 조합("칵테일")을 포함)의 단리된 박테리오파지를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다:
(i) 박테리오파지 균주 vB_EcoM_LF82_P2(이하 "P2")(이전에 WO 2014/177622 및 미국 특허 11,040,078호로 등록된 미국 등록전 공개 2016/0143965에 기술되었고, 2012년 11월 15일에 프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4695로 기탁되었음);
(ii) 박테리오파지 균주 vB_EcoM_LF82_P8(이하 "P8")(이전에 WO 2014/177622 및 미국 특허 11,040,078호로 등록된 미국 등록전 공개 2016/0143965에 기술되었고, 2012년 11월 15일에 프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4700으로 기탁되었음);
(iii) 박테리오파지 균주 CLB_P2(이전에 WO 2014/177622 및 미국 특허 11,040,078호로 등록된 미국 등록전 공개 2016/0143965에 기술되었고, 2012년 9월 27일에 프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4675로 기탁되었음);
(iv) 박테리오파지 균주 ECML-119(이전에 미국 특허 7,625,556호에 기술되었고, 2007년 4월 19일에 ATCC(American Type Culture Collection)에 수탁번호 PTA-8351로 기탁되었음);
(v) 박테리오파지 균주 ECML-359(이전에 문헌[Cieplak et al., Gut Microbes 9(5): 391-99 (2018)]에 기술되었고, 2014년 7월 25일에 ATCC(American Type Culture Collection)에 수탁번호 PTA 121406으로 기탁되었음);
(vi) 박테리오파지 균주 ECML-363(이전에 문헌[Cieplak et al., Gut Microbes 9(5): 391-99 (2018)]에 기술되었고, 2014년 7월 25일에 ATCC(American Type Culture Collection)에 수탁번호 PTA 121407로 기탁되었음); 및
(vii) 박테리오파지 균주 ECML-123-2(2014년 7월 25일에 ATCC(American Type Culture Collection)에 수탁번호 PTA 121408로 기탁되었음).
현재 분류법에 따르면, 균주 P2는 wV8 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae과에 속하고; 균주 P8은 RB69 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae 과에 속하고; 균주 CLB_P2는 JS98 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae 과에 속하고; 균주 ECML-119는 EPS7 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Siphoviridae 과에 속하고; 균주 ECML-123-2 및 ECML-363은 wV7 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae 과에 속하고; 균주 ECML-359는 SP18 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae 과에 속한다.
실시예에 예시된 바와 같이, 이들 균주 각각은 AIEC의 하나 이상의 균주를 특이적으로 표적화하며(감염 및 용해시키며), AIEC의 하나 이상의 균주에 의한 감염의 위험 감소, 감염의 예방, 및/또는 감염의 치료에 유용하고, CD 또는 UC와 같은 IBD의 치료를 포함하여 본원에 기술된 기타 용도에 유용하다. 특히, 실시예에 예시된 바와 같이, 이들 균주 각각은 AIEC 균주인 대장균 균주 LF82, 07081, 07082, 07076, 및 06075 중 하나 이상을 특이적으로 표적화한다(감염 및 용해시킨다).
기탁된 균주 및 이에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체 균주는 본원의 논의에서 "본원에 기술된 바와 같은" 박테리오파지, 파지, 또는 균주로 총칭된다.
위에서 언급한 바와 같이, 본원에서 사용되는 "변이체"(또는 "변이체 균주")는 아래 실시예에 예시된 바와 같이, 기탁된 박테리오파지를 배양하여 얻은 자손을 포함한다. 박테리오파지 균주 또는 이의 자손을 식별하기 위해 제한 단편 길이 다형성(RFLP; Restriction Fragment Length Polymorphism)이 사용될 수 있다. 자손 균주는 문헌[Tenover et al., J. Clin. Microbiol. 33(9): 2233-39 (1995)]에 정의된 바와 같이 원래 박테리오파지 균주의 DNA RFLP 프로파일과 "실질적으로 동등한" DNA RFLP 프로파일을 가질 수 있다. Tenover가 보고한 바와 같이, 동일하게 증식된 유기체의 게놈을 제한 효소 분해 후 전기영동 분석할 때 RFLP 프로파일에 일부 변화가 나타날 수 있다. Tenover는 펄스장 겔 전기영동(PFGE)을 사용하여 염색체 DNA RFLP 프로파일을 해석하는 시스템을 기술한다. 특히, Tenover는 서로 "구별할 수 없거나" "밀접하게 관련된" 유기체를 식별하기 위한 것을 포함하여 유전적 및 역학적 관련성의 다양한 범주를 제시한다. 본원에서 사용되는 바와 같이,RLFP 프로파일이 상기 Tenover의 기준에 따라 "구별할 수 없거나" "밀접하게 관련된" 경우, 박테리오파지 균주는 참조 박테리오파지 균주와 "실질적으로 동등"하다.
따라서, "자손" 균주는 기탁된 모체 박테리오파지 균주의 DNA RFLP 프로파일과 실질적으로 동등한 DNA RFLP 프로파일을 가질 수 있다. 자손은 기탁된 모체 박테리오파지에 대해 80% 이상의 gANI를 가질 수 있다. 자손은 기탁된 모체 박테리오파지에 대해 90% 이상의 gANI를 가질 수 있다. 자손은 기탁된 모체 박테리오파지에 대해 95% 이상의 gANI를 가질 수 있다. 자손은 기탁된 모체 박테리오파지에 대해 98% 이상의 gANI를 가질 수 있다. 자손은 기탁된 모체 박테리오파지에 대해 99% 이상의 gANI를 가질 수 있다.
위에서 언급한 바와 같이, 참조 박테리오파지 균주에 대해 90% 이상의 gANI를 갖는 변이체 균주가 참조 박테리오파지 균주와 동일한 표현형 특성을 갖는 것으로 추정되고 간주된다. 따라서, 본 발명은 기탁된 참조 균주에 대해 90% 이상의 gANI를 갖는 기탁된 균주의 변이체 및 기탁된 균주와 동일한 표현형 특성을 갖는 다른 변이체를 포함하는 조성물을 포함한다.
본원에 기술된 바와 같은 소정의 조성물에 사용되는 본원에 기술된 특정 단리된 박테리오파지 균주 또는 단리된 균주의 조합은 AIEC의 표적 균주에 기초하여 선택될 수 있다. 예를 들어, 특정 대상체 또는 대상체 그룹을 치료하기 위해 조성물에 단리된 박테리오파지 균주를 사용하기 전에, 본원에 기술된 단리된 박테리오파지 균주 또는 둘 이상의 단리된 균주의 조합을 AIEC의 표적 균주에 대해 시험관내 시험하여 표적 균주에 대한 효능을 확인할 수 있다. 적합한 스크리닝 방법론은 당업계에 알려져 있으며 본원의 실시예에 예시되어 있다. 이러한 시험에 사용하기 위해, AIEC의 표적 균주는 특정 대상체 또는 대상체 그룹에서 얻은 임상 검체로부터 얻을 수 있거나, 특정 대상체 또는 대상체 그룹의 환경으로부터 얻을 수 있거나, 다른 공급원으로부터 식별되어 얻을 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 조성물은 대장균 균주 LF82, 07081, 07082, 07076, 및 06075 중에서 선택된 하나 이상의 AIEC 균주를 집합적으로 특이적으로 표적화하는(감염 및 용해시키는) 하나 이상의 단리된 박테리오파지 균주를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 조성물은 AIEC 균주 LF82를 특이적으로 표적화하는 하나 이상의 단리된 박테리오파지 균주를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 조성물은 단리된 박테리오파지 균주 ECML-123-2, 또는 ECML-123-2에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 조성물은 단리된 박테리오파지 균주 ECML-123-2를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 칵테일은 균주 (i) P2 또는 P2에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (ii) P8 또는 P8에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (iii) CLB_P2 또는 CLB_P2에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (iv) ECML-119 또는 ECML-119에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (v) ECML-359 또는 ECML-359에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (vi) ECML-363 또는 ECML-363에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; 및 (vii) ECML-123-2 또는 ECML-123-2에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체 각각의 단리된 박테리오파지를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 칵테일은 균주 P2, P8, CLB_P2, ECML-119, ECML-359, ECML-363, 및 ECML-123-2 각각의 단리된 박테리오파지를 포함한다. 아래 실시예에 예시된 바와 같이, 이들 7개의 파지는 일부 중복되는 넓은 숙주/표적 범위를 가지며, 이는 인간의 장에서, 또는 이러한 박테리오파지가 표적 AIEC 박테리아에 노출되는 임의의 다른 기관 또는 다른 곳에서 박테리오파지 둔감 돌연변이(BIM)가 출현할 위험을 줄일 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 칵테일은 균주 (i) ECML-123-2 또는 ECML-123-2에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체, 및 (ii) 본원에 기술된 다른 박테리오파지 중에서 선택된 하나 이상, 예를 들어 P2, P8, CLB_P2, ECML-119, ECML-359, 및 ECML-363, 및 기탁된 균주에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체 중 하나 이상의 각각의 단리된 박테리오파지를 포함한다. 일부 구현예에서, 칵테일은 (i) ECML-123-2 및 (ii) P2, P8, CLB_P2, ECML-119, ECML-359, 및 ECML-363 중 하나 이상을 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 칵테일은 (i) P2, P8, CLB_P2, 및 기탁된 균주에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체 중에서 선택된 하나 이상의 균주의 단리된 박테리오파지 및 (ii) ECML-359, ECML-363, 및 기탁된 균주에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체 중에서 선택된 하나 이상의 균주의 단리된 박테리오파지를 포함한다. 이러한 칵테일은 임의로 균주 ECML-123-2, 또는 ECML-123-2에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체의 박테리오파지를 추가로 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 칵테일은 (i) P2, P8, 및 CLB_P2 중에서 선택된 하나 이상의 균주의 단리된 박테리오파지, 및 (ii) ECML-359 및 ECML-363 중에서 선택된 하나 이상의 균주의 단리된 박테리오파지를 포함한다. 이러한 칵테일은 임의로 균주 ECML-123-2의 박테리오파지를 추가로 포함할 수 있다.
본원에 기술된 박테리오파지 칵테일은 AIEC 집락화 예방에 효과적이거나, AIEC 감염 예방에 효과적이거나, AIEC 집락화 치료에 효과적이거나, AIEC 감염 치료에 효과적인 양의 하나 이상 또는 둘 이상의 단리된 박테리오파지 균주, 예컨대 용량당 104 내지 1011 CFU의 단리된 박테리오파지, 예컨대 용량당 106 내지 1010 CFU의 단리된 박테리오파지를 포함할 수 있다. 박테리오파지 칵테일은 사용되는 각각의 박테리오파지의 대략 동일한 양으로 제조될 수 있다. 대안적으로, 예를 들어 선택된 "문제의" AIEC 균주에 대해 강화된 효능을 제공하는 동시에 모든 표적 AIEC에 대해 전반적으로 광범위한 용해 활성을 유지하기 위해, 박테리오파지 칵테일은 서로 다른 양의 박테리오파지로 제조될 수 있다.
기타 활성 성분
또한, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상 또는 둘 이상의 단리된 박테리오파지 균주를 포함하고 하나 이상의 프로바이오틱을 추가로 포함하는 조성물이 제공된다. 본원에서 사용되는 바와 같이, "프로바이오틱"은 프로바이오틱 박테리아 및 프로바이오틱 효모를 포함한다. 적합한 프로바이오틱 박테리아는 당업계에 알려져 있으며, 락토바실러스 종(예컨대, L. 액시도필러스, L. 람노서스, L. 가세리, L. 루테리, L. 불가리쿠스, L. 플란타럼, L. 존소니, L. 파라카세이, L. 카세이, L. 살리바리우스, 및 L. 락티스), 비피도박테리움 종(예컨대, B. 비피덤, B. 롱검, B. 브레베, B. 인판티스, B. 락티스, 및 B. 아돌레센티스), 및 스트렙토코커스 써모필루스, 바실러스 세루스, 및 바실러스 서브틸리스를 포함한다. 적합한 프로바이오틱 효모는 당업계에 알려져 있으며, 사카로마이세스 세레비시애, 사카로마이세스 보울라디이, 사카로마이세스 세레비시애 변이 보울라디이, 이사첸키아 옥시덴탈리스, 라찬세아 써모톨레란스, 메츠니코비아 지지피콜라, 및 토룰라스포라 델브루에키이를 포함한다.
따라서, 일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상 또는 둘 이상의 단리된 박테리오파지 균주 및 하나 이상의 프로바이오틱을 포함한다. 특정 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상 또는 둘 이상의 단리된 박테리오파지 균주 및 프로바이오틱 박테리아의 하나 이상의 균주를 포함한다. 다른 특정 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상 또는 둘 이상의 단리된 박테리오파지 균주 및 프로바이오틱 효모의 하나 이상의 균주를 포함한다. 또 다른 특정 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상 또는 둘 이상의 단리된 박테리오파지 균주 및 프로바이오틱 박테리아의 하나 이상의 균주 및 프로바이오틱 효모의 하나 이상의 균주를 포함한다. 이론에 구애됨이 없이, 본원에 기술된 AIEC 박테리오파지의 건강에 미치는 긍정적 영향은 프로바이오틱과 조합될 때 더욱 강화될 수 있는 것으로 여겨진다.
하나의 구체적인 예로서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 (A) 균주 (i) P2 또는 P2에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (ii) P8 또는 P8에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (iii) CLB_P2 또는 CLB_P2에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (iv) ECML-119 또는 ECML-119에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (v) ECML-359 또는 ECML-359에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; (vi) ECML-363 또는 ECML-363에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체; 및 (vii) ECML-123-2 또는 ECML-123-2에 대해 80% 이상, 90% 이상, 또는 95% 이상의 gANI를 갖는 이의 변이체 각각의 단리된 박테리오파지, 및 (B) 하나 이상의 프로바이오틱을 포함할 수 있다. 다른 예로서, 본원에 기술된 바와 같은 프로바이오틱 칵테일 조성물은 (A) 단리된 균주 P2, P8, CLB_P2, ECML-119, ECML-359, ECML-363, 및 ECML-123-2 각각 및 (B) 하나 이상의 프로바이오틱을 포함할 수 있다. 프로바이오틱을 포함하는 임의의 구현예에서, 하나 이상의 프로바이오틱은 락토바실러스 종(예컨대, L. 액시도필러스, L. 람노서스, L. 가세리, L. 루테리, L. 불가리쿠스, L. 플란타럼, L. 존소니, L. 파라카세이, L. 카세이, L. 살리바리우스, 및 L. 락티스), 비피도박테리움 종(예컨대, B. 비피덤, B. 롱검, B. 브레베, B. 인판티스, B. 락티스, 및 B. 아돌레센티스), 및 스트렙토코커스 써모필루스, 바실러스 세루스, 및 바실러스 서브틸리스 중에서 선택된 하나 이상의 프로바이오틱 박테리아; 사카로마이세스 세레비시애, 사카로마이세스 보울라디이, 사카로마이세스 세레비시애 변이 보울라디이, 이사첸키아 옥시덴탈리스, 라찬세아 써모톨레란스, 메츠니코비아 지지피콜라, 및 토룰라스포라 델브루에키이 중에서 선택된 하나 이상의 프로바이오틱 효모, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다.
임의의 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상 또는 둘 이상의 단리된 박테리오파지 균주 및 프로바이오틱을 포함하는 조성물은 OTC 조성물 또는 약학적 조성물일 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상 또는 둘 이상의 단리된 박테리오파지 균주 및 프로바이오틱을 포함하는 조성물은 아래에서 더 자세히 논의되는 바와 같이 경구 투여용으로 제형화된다.
본원에 기술된 박테리오파지 칵테일과 관련하여 위에 제시된 바와 같이, 본원에 기술된 조성물은 AIEC 집락화 예방에 효과적이거나, AIEC 감염 예방에 효과적이거나, AIEC 집락화 치료에 효과적이거나, AIEC 감염 치료에 효과적인 양의 단리된 박테리오파지 균주, 예컨대 용량당 104 내지 1011 CFU의 단리된 박테리오파지 균주, 예컨대 용량당 106 내지 1010 CFU의 단리된 박테리오파지 균주를 포함할 수 있다.
또한, 본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지의 유도체 산물, 및 하나 이상의 이러한 유도체 산물을 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상 또는 둘 이상의 박테리오파지 균주를 포함하고, 하나 이상의 이러한 유도체 산물을 추가로 포함한다.
본원에서 사용되는 바와 같은 "유도체 산물" 또는 "파지 유도체 산물"은 핵산, 부분 또는 전체 유전자, 용해 효소 및 기타 유전자 발현 산물을 포함하는(이에 한정되지 않음) 본원에 기술된 박테리오파지의 하위단위 또는 발현 산물, 및 박테리오파지의 다른 구조적 구성요소, 예컨대 변형되거나 변형되지 않은 박테리오파지 DNA, cDNA, mRNA, 및 합성 폴리뉴클레오티드 서열, 뿐만 아니라 DNA/RNA 하이브리드를 포함하는 폴리리보뉴클레오티드 및 폴리데옥시리보뉴클레오티드를 구성하는 물질, 예컨대 AIEC에 대해 활성을 갖거나, 또는 AIEC에 대해 활성을 갖는 산물을 암호화하는 유도체 산물을 의미한다. 따라서, 본원에 기술된 박테리오파지의 하나 이상의 유도체 산물은 본원에 기술된 조성물에 포함될 수 있고, 본원에 기술된 방법에 사용될 수 있다.
시그마 억제인자 유전자 및 이의 발현 산물은 이러한 유도체 산물의 예이다. 본원에 기술된 파지 중 하나 이상은 숙주(표적) AIEC의 박테리아 전사 활성을 억제하는 시그마 억제인자 유전자를 암호화할 수 있다. 예를 들어, 문헌[Hughes, et al. Ann. Rev Microbiol 52:231-86 (1998)] 참조. 시그마 억제인자 유전자는 이러한 파지에 표적(AIEC) 박테리아 세포 내 전사를 억제하는 강화된 능력을 부여하여, 표적 박테리아 세포를 용해시키는 파지의 능력을 강화한다. 따라서, 시그마 억제인자 유전자 및 이의 발현 산물은, 예를 들어 조성물의 효력 및/또는 방법의 효능을 강화하기 위해, 본원에 기술된 조성물에 포함될 수 있고 본원에 기술된 예방적 및 치료법적 치료 방법에 사용될 수 있는 유도체 산물의 예이다.
용해 효소는 본원에 기술된 파지 유도체 산물의 또 다른 예이다. 본원에 기술된 박테리오파지는 숙주(표적) AIEC를 용해시키는 데 관여하는 하나 이상의 용해 효소를 암호화한다. 파지 용해 효소는 박테리오파지에 의해 비리온의 일부로서 생성되어 국소 펩티도글리칸 분해를 통해 박테리아 감염을 촉진하거나, 또는 가용성 단백질로서 생성되어 용해 복제 주기가 끝날 때 대규모 세포 용해를 유도한다. 예를 들어, 문헌[Briers, Viruses 11(2): 113 (2019)] 참조. 용해 효소는 표적 박테리아의 빠른 용해를 유발하여, 표적 박테리아 수준을 크게 감소시키거나 제거할 수 있다. 본원에 기술된 조성물 및 예방적 및 치료법적 치료 방법의 효력 또는 효능을 강화하는 것 외에도, 용해 효소는 특정 박테리아의 신속한 식별을 위한 검출 분석에 사용될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Nelson, et al., "Using bacteriophage lytic enzymes as a diagnostic tool for rapid identification of specific bacteria." American Society for Microbiology General Meeting, Salt Lake City, Utah (2002)] 참조. 본원에 기술된 조성물 및 방법에 사용하기 위한 용해 효소는 파지 배양물로부터 단리되거나, 재조합 기술에 의해 제조될 수 있다. 따라서, 용해 효소는, 예를 들어 조성물의 효력 및/또는 치료 방법의 효능을 강화하기 위해, 또는 특정 표적 AIEC 박테리아를 검출하기 위해, 본원에 기술된 조성물에 포함될 수 있고, 본원에 기술된 예방적 및 치료법적 치료 방법 및 검출 방법에 사용될 수 있다.
따라서, 일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 하나 이상 또는 둘 이상의 박테리오파지 균주 및 하나 이상의 이러한 파지 유도체 산물, 예컨대 하나 이상의 용해 효소를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 조성물에 제형화된 하나 이상의 박테리오파지에 의해 생성된 하나 이상의 용해 효소를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 추가적으로 또는 대안적으로, 조성물에 제형화된 하나 이상의 박테리오파지의 하나 이상의 시그마 억제인자 유전자 또는 이의 발현 산물을 포함한다. 임의의 구현예에서, 하나 이상 또는 둘 이상의 단리된 박테리오파지 균주 및 파지 유도체 산물, 예컨대 파지 용해 효소를 포함하는 조성물은 OTC 조성물 또는 약학적 조성물일 수 있다. 임의의 이러한 조성물은 또한, 본원에 논의된 바와 같은 하나 이상의 프로바이오틱을 포함할 수 있다.
기타 조성물 특징
위에서 언급한 바와 같이, 본원에 기술된 박테리오파지 균주 중 하나 이상 또는 둘 이상을 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 위에서 언급한 바와 같이, 조성물은 OTC 조성물 또는 약학적 조성물일 수 있다. 예를 들어, 조성물은 약학적 조성물, 식이 보충제, 뉴트라수티컬 조성물, 영양 보충제, 또는 프로바이오틱 조성물일 수 있다.
본원에 기술된 바와 같은 OTC 또는 약학적 조성물은 박테리오파지 균주(및 일부 구현예에서, 프로바이오틱 및/또는 파지 유도체 산물) 및 하나 이상의 약학적으로 허용되는 담체, 및 임의로 하나 이상의 약학적으로 허용되는 부형제를 포함한다. 박테리오파지에 적합한 담체 및 부형제는 당업계에 알려져 있다. 일반적으로, 약학적으로 허용되는 담체는 의도된 투여 경로를 통해 표적 환자(동물 또는 인간)에게 투여하기 위한 약학적 조성물을 제형화하기 위한 비히클로 사용하기에 적합한, 약학적으로 허용되는, 무독성 담체, 충전제, 또는 희석제이다.
보조제 또는 보조 성분이라고도 하는 약학적으로 허용되는 담체는 의도된 투여 경로를 통해 표적 환자(동물 또는 인간)에게 투여하기 위한 약학적 조성물에 통상적으로 사용되는 것들, 예컨대 매트릭스 형성제, 증점제, 결합제, 윤활제, pH 조절제, 보호제, 점도 강화제, 위킹제(wicking agent), 비발포성 및 발포성 붕해제를 포함한 붕해제, 계면활성제, 항산화제, 습윤제, 착색제, 착향제, 맛 차폐제 , 감미제, 보존제 등(이에 한정되지 않음)을 포함한다. 약학적으로 허용되는 것 외에도, 보조제는 일반적으로 조성물의 다른 성분(박테리오파지 및 (존재하는 경우) 프로바이오틱을 포함)과 상용성이 있도록 선택될 것이다.
본원에 기술된 OTC 및 약학적 조성물은 임의의 적합한 투여 경로(AIEC 집락화 또는 감염 부위에 따라 달라질 수 있음)를 위해 제형화될 수 있다. 다양한 투여 경로에 대한 파지 조성물이 개시되었다. 예를 들어, 문헌[Qadir et al., Brazilian J. Pharm. Sci. (2018) 54(1)] 참조. 예를 들어, 파지는 경구, 협측, 설하, 직장, 비강, 국소, 귀, 질, 기관지, 폐, 또는 비경구(피하, 근육내, 정맥내, 피내, 복강내, 흉막내, 소포내, 및 척수강내 포함) 투여, 또는 임플란트, 또는 요로 린스 또는 카테터를 통한 투여를 포함하는 투여 경로를 위해 제형화될 수 있다. 조성물 또는 투여 경로는 본원에 기술된 하나 이상의 박테리오파지의 표적화 효과를 제공하도록 선택될 수 있으며, 집락화 또는 감염 부위에 따라 달라질 수 있다.
OTC 및 약학적 조성물은 문제의 투약 형태를 제조하기 위한 임의의 적합한 방법에 의해 제조될 수 있으며, 이러한 방법은 약학 분야에 잘 알려져 있다. 이러한 방법은 일반적으로, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 박테리오파지(및, 임의로 하나 이상의 프로바이오틱 및/또는 파지 유도체 산물) 및 약학적으로 허용되는 담체, 및 임의로 하나 이상의 약학적으로 허용되는 보조제를 결합시키는 단계를 포함할 것이다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 경구 투여용으로 제형화되고 경구 투여된다. 경구 투여에 적합한 OTC 및 약학적 조성물을 위한 투약 형태는 당업계에 알려져 있으며, 정제(츄어블 정제 포함), 건조 파지-함유 조성물을 함유하는 경질 겔 캡슐, 액체 파지-함유 조성물을 함유하는 연질 겔 캡슐, 및 당의정과 같은 개별 투약 형태, 및 분말, 과립, 용액, 현탁액, 분산액, 시럽, 마이크로겔 등과 같은 벌크 투약 형태를 포함한다.
경구 투여용으로 제형화된 OTC 및 약학적 조성물의 투약 형태는 위의 산성 환경으로부터 파지를 보호하도록 제형화될 수 있다. 예를 들어, 경구 투여용으로 제형화된 조성물은 박테리오파지(및, 임의로 프로바이오틱 및/또는 파지 유도체 산물, 예컨대 용해 효소)를 보호하고 위의 산성 환경을 통과하는 동안 생존력을 유지하기 위해 장용 코팅 또는 지연 방출 코팅과 같은 코팅(예컨대, 코팅된 정제 또는 캡슐, 또는 코팅이 구비된 과립의 형태)을 구비 또는 포함할 수 있거나, (예를 들어, 알지네이트-키토산 미소구체에) 마이크로캡슐화될 수 있다. 적합한 코팅 및 마이크로캡슐화 물질은 당업계에 알려져 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 경구 투여용으로 제형화된 조성물은 위산을 감소시키는 제제(예를 들어, 위산 감소제), 예컨대 위산 중화제(예를 들어, 중탄산나트륨과 같은 중탄산염) 또는 양성자 펌프 억제제(예를 들어, 오메프라졸)와 함께 제형화되거나 투여될 수 있다.
추가적으로 또는 대안적으로, 이러한 조성물은 생존가능한 파지(및, 임의로 프로바이오틱 및/또는 파지 유도체 산물, 예컨대 용해 효소)를 원하는 방출 부위, 예컨대 소장(예컨대, CD 치료의 경우) 또는 결장(예컨대, UC 치료의 경우), 또는 요로(예컨대, UTI 치료의 경우)에서 방출시키기 위해 지연 방출 코팅을 구비 또는 포함할 수 있다. 추가적으로 또는 대안적으로, 이러한 조성물은 장기간에 걸쳐 파지(등)의 방출을 제공하기 위해 연장 방출 코팅을 구비 또는 포함할 수 있다. 이러한 코팅에 적합한 코팅 물질은 당업계에 알려져 있다.
예를 들어, 경구 투여용으로 제형화되는 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 다음 성분 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 물, 예컨대 탈이온수, 의약품 등급의 물, 또는 미네랄 워터; 염화나트륨, 중탄산나트륨; 완충 용액(예컨대, pH 7.0~7.5의 Tris-HCl); 감미제, 예컨대 수크로스(예를 들어, 5% 수크로스 용액), 트레할로스, 말토덱스트린, 글리세롤, 덱스트란, 및 소르비톨, 셀룰로스; 증점제, 예컨대 타피오카, 덱스트린, 젤란검, 및 젤라틴; 및 기타 부형제, 예컨대 하이드록시프로필 메틸셀룰로스, 폴리(아크릴산)("PAA"), 폴리(에틸렌글리콜)("PEG"), 및 카세인, 및 이들 중 임의의 둘 이상의 조합.
대안적 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 직장 투여용으로 제형화된다. 직장 투여에 적합한 OTC 및 약학적 조성물을 위한 투약 형태는 당업계에 알려져 있으며, 직장 투여용 좌제, 직장 폼, 로션, 겔, 또는 관장제를 포함할 수 있다.
대안적 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 질 투여용으로 제형화된다. 질 투여에 적합한 OTC 및 약학적 조성물을 위한 투약 형태는 당업계에 알려져 있으며, 질 투여용 좌제, 크림, 질 폼, 로션, 겔, 질 린스, 또는 카테터를 포함할 수 있다.
대안적 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은, 예를 들어 피하, 근육내, 정맥내, 피내, 복강내, 흉막내, 소포내, 및 척수강내 주사를 포함하는 주입 또는 주사에 의한, 비경구 투여용으로 제형화된다. 비경구 투여에 적합한 조성물은 당업계에 알려져 있으며, 주사 또는 주입용으로 제형화된 멸균 수성 및 비수성 조성물을 포함할 수 있다. 이러한 조성물은 단위 용량 또는 다중 용량 용기, 예를 들어 프리필드 시린지, 밀봉된 바이알, 밀봉된 앰플, 또는 밀봉된 파우치로 제공될 수 있다. 이러한 조성물은 즉시 사용가능할 수 있거나, 사용 전에 멸균 액체 담체, 예를 들어 물과 함께 재구성되는 동결-건조(동결건조) 또는 분무-건조 조성물일 수 있다.
대안적 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 국소 투여용으로 제형화된다. 국소 투여에 적합한 OTC 및 약학적 조성물을 위한 투약 형태는 당업계에 알려져 있으며, 용액, 에멀젼, 크림, 로션, 겔, 및 스프레이를 포함한다. 예를 들어, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 국소 투여용 겔로 제형화될 수 있다.
대안적 구현예에서, 본원에 기술된 바와 같은 조성물은 경구 또는 비강 흡입과 같은 폐 또는 기관지 투여용으로 제형화된다. 폐 투여에 적합한 조성물을 위한 투약 형태는 당업계에 알려져 있으며, 정량 가압 에어로졸, 네뷸라이저, 취입기 등에 의해 생성되고 이를 통해 투여될 수 있는 분말 조성물 및 미립자 제형(예를 들어, 더스트 또는 미스트)을 포함한다.
치료
본원에 기술된 박테리오파지 및 조성물은 AIEC 집락화 또는 감염의 위험을 감소시키거나 AIEC 집락화 또는 감염을 예방하거나 치료하기 위해, 또는 (예를 들어, AIEC에 의한 집락화를 예방하거나 감소시킴으로써) 대상체의 미생물군집을 조절하기 위해, 또는 AIEC 관련 질환 또는 병태(예컨대, CD 및 UC를 포함한 IBD, 결장암, UTI, 신생아 수막염, 호흡기 질환 및 병태(천식, COPD, 기관지염, 폐렴, 및 폐암 포함) 등의 치료를 위해, 또는 유사한 효과를 위해 예방적 및 치료법적 치료 방법에 사용될 수 있다.
표적 AIEC는 임의의 AIEC 균주일 수 있으며, 일반적으로는 조성물에 존재하는 파지 중 하나 이상에 의해 표적화(감염 및 용해)되는 AIEC의 균주일 것이다. 일부 구현예에서, 표적 AIEC는 LF82, 07081, 07082, 07076, 및 06075 중에서 선택된 하나 이상이다. 특정 구현예에서, 표적 AIEC는 LF82 이거나 이를 포함한다.
본원에 기술된 박테리오파지 및 조성물은 이를 필요로 하는 임의의 대상체(AIEC 감염 위험이 있는 임의의 대상체 또는 AIEC에 감염된 임의의 대상체(CD 또는 UC를 포함한 IBD, 결장암, UTI, 신생아 수막염, 또는 호흡기 질환 또는 병태, 예컨대 천식, COPD, 기관지염, 폐렴, 및 폐암을 비롯한, AIEC와 관련된 질환 또는 병태를 앓고 있는 대상체를 포함)를 포함)를 치료하기 위해 예방적 또는 치료법적으로 사용될 수 있다. 대상체는 AIEC로 집락화될 위험이 있거나 AIEC로 집락화될 수 있다. 대상체는 AIEC에 감염될 위험이 있거나 AIEC에 감염될 수 있다. 감염된 대상체에서 AIEC는 소장, 대장, 회장, 결장, 요로, 뇌, 및/또는 폐 중 하나 이상을 포함한 임의의 조직에 존재할 수 있다.
대상체는 UC 또는 CD를 포함한 임의의 IBD(미세 대장염, 복강 질환, 및 혈관염 포함)를 앓고 있을 수 있다. 특정 구현예에서, 대상체는 수술 후 회장 병변의 재발을 앓고 있다(예를 들어, 소장의 적어도 일부를 제거하는 수술 후 CD 환자에게 발생할 수 있음). 위에서 언급한 바와 같이, 이러한 재발은 Rutgeerts 점수에 의해 측정될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Chongthammakun, et al. Gastroenterol Rep (Oxf) 5: 271-76 (2017)] 참조.
추가적으로 또는 대안적으로, 대상체는 AIEC와 관련된 다른 질환 또는 병태, 예컨대 결장암, UTI, 신생아 수막염, 및 호흡기 질환 및 병태, 예컨대 천식 및 COPD를 앓고 있을 수 있다.
본원에 기술된 임의의 예방적 및 치료법적 치료 방법에 따르면, 본원에 기술된 박테리오파지 및 조성물은 달성하고자 하는 예방 또는 치료 효과(예를 들어, 집락화 또는 감염 또는 질환의 예방 대 치료), 사용된 특정 박테리오파지, 투여 경로 및 투약 형태, 및 환자 특성, 예컨대 환자의 연령 및 체중 중 하나 이상, 환자의 상태, 및 AIEC 감염 또는 질환 상태의 유형 및 중증도에 따라 달라질 수 있는 임의의 효과적인 투약 요법에 따라 투여될 수 있다. 단지 예시의 목적으로 예시적인 투여량이 아래에 기술되어 있다.
인간 환자에 대한 전형적인 박테리오파지 용량은 104 내지 1011, 예컨대 106 내지 1010을 포함하여, 103 내지 1012 플라크 형성 단위(PFU)의 박테리오파지를 함유할 가능성이 많으며, 이는 1일 1회 이상, 예컨대 1일 1회, 2회, 3회, 4회, 또는 5회 투여될 수 있다. 용량은 단일 개별 투약 형태(예를 들어, 1개의 정제 또는 캡슐) 또는 다중 개별 투약 형태(예를 들어, 2개, 3개, 4개 이상의 정제 또는 캡슐), 또는 적합한 부피의 벌크 투약 형태(예를 들어, 1 mL의 액체 조성물)로 제공될 수 있다. 치료는 1일, 1주, 2주, 3주, 1개월 또는 그 이상을 포함하여 1일 이상 계속될 수 있다.
적합한 투약 요법의 일례는, 각각 108~1010 PFU의 박테리오파지를 함유하고 1~4주 동안 1일 1~3회 경구 투여되는 1~3개의 캡슐 또는 정제이다. 적합한 투약 요법의 또 다른 예는, 108~1010 PFU의 박테리오파지를 함유하고 1~4주 동안 1일 1~3회 경구 투여되는 1 mL의 액체 조성물이다. 실시예 6에 예시된 바와 같이, 액체 조성물은 섭취 전에 15~50 mL의 중탄산염 용액과 같은 추가 액체 조성물에 희석될 수 있다. 이러한 구현예에서, 중탄산염 용액은 위산을 중화시키는 기능을 할 수도 있다.
위에서 언급한 바와 같이, 본원에 기술된 박테리오파지 조성물 및 방법은 위산을 감소시키는 제제와 함께 사용될 수 있다. 예를 들어, 치료를 받고 있는 대상체는 양성자 펌프 억제제(예를 들어, 오메프라졸)로 치료를 받을 수도 있고/있거나, 박테리오파지 조성물의 복용 직전에 중탄산염(예를 들어, 중탄산나트륨)과 같은 위산 중화제를 섭취할 수도 있다.
IBD의 치료와 관련된 일부 구현예에서, 본원에 기술된 박테리오파지 및 조성물은 분변 미생물군 이식(FMT)과 함께 사용된다. FMT는 건강한 공여체의 결장 박테리아로 환자의 장내 미생물군집을 재집락화하기 위해, 건강한 공여체의 분변 샘플을 환자에게 전달하는 치료법적 개입이다. FMT는 공여체 대변 샘플 또는 공여체 대변 샘플로부터 단리된 미생물의 이식을 수반할 수 있다. 이식은 일반적으로 관장이나 대장내시경을 통해 시행되지만 상부 위장관을 통해 시행될 수도 있다. FMT는 현재 주로 클로스트리디움 디피실레 감염을 치료하는 데 사용되지만, CD 및 UC 환자를 포함한 IBD 환자의 치료에도 유용할 수 있다.
AIEC 검출 방법
본원에 기술된 박테리오파지(또는 이의 용해 효소)는 또한, 대상체로부터 얻은 생물학적 샘플에서 표적 박테리아(예를 들어, AIEC)를 검출하기 위해, 예를 들어 대상체가 AIEC에 감염되었는지 여부를 진단하고/하거나 본원에 기술된 바와 같은 치료의 필요성 또는 효능을 평가하는 것을 포함하여 감염 수준을 평가하기 위해 시험관내 분석에 사용될 수 있다. 이론에 구애됨이 없이, 본원에 기술된 박테리오파지(또는 이의 용해 효소)는 존재할 수 있는 다른 원핵 또는 진핵 세포에 영향을 주지 않으면서 표적 박테리아(예를 들어, AIEC)를 특이적으로 용해시켜, 표적 AIEC에 특이적인 아데노신 삼인산(ATP) 및/또는 단백질 키나제(AKT)와 같은, 표적 박테리아의 측정가능한 산물의 방출을 특이적으로 유도한다. 따라서, 표적 박테리아의 ATP 검출을 기반으로 검출 분석을 수행할 수 있다.
이러한 분석의 예시적인 예는 다음과 같다. 분석할 임상 물질의 샘플(예를 들어, 분변 검체)을 채취하여 적절한 완충액에 현탁시킨다. 하나 이상의 박테리오파지(또는 이의 용해 효소)를 현탁액에 첨가하고, 그 결과 샘플에 존재하는 임의의 표적 박테리아 세포가 용해되고 ATP가 방출된다. ATP를 검출하기 위해, 루시페린 + 루시퍼라제 제제를 첨가하고, 루미노미터 등을 사용하여 발광을 측정한다. 루미노미터 판독값과 용해된 표적 박테리아 세포 수 사이의 검량 곡선을 생성하여 정량적 분석법을 개발할 수 있다(일반적으로, 박테리아 세포당 평균 ATP 양은 0.5~1.0 fg임). 발광의 부재는 분석된 샘플에 표적 박테리아 세포가 없음을 나타낸다.
백신 및 박테린
또한, 본원에 기술된 박테리오파지(또는 이의 용해 효소)를 사용하여 제조된 백신 및 박테린이 제공된다. 예를 들어, 본원에 기술된 박테리오파지(기탁된 균주의 변이체 포함) 또는 이의 용해 효소는 표적 박테리아(예를 들어, 표적 AIEC)의 특정 균주를 용해시켜 박테리아의 면역학적 에피토프를 포함하는 박테리아 용해물을 얻는 데 사용될 수 있으며, 이는 결국 표적 AIEC에 대한 백신/박테린을 제조하는 데 사용될 수 있다. 최종 백신/박테린 제제는 당업계에 알려진 방법에 의해 제조될 수 있다. 박테린을 얻기 위해 사용될 때, 최종 백신/박테린 제제를 얻기 위해 파지는 제거될 수 있다. 대안적으로, 파지는 생존가능한 활성 상태로 최종 제제에 유지될 수 있다. 이러한 구현예에서, 백신/박테린 제형에 존재하는 파지는 표적 박테리아(예를 들어, 표적 AIEC)에 대해 활성 상태를 유지하여, 제제의 효능의 다른 작용 메커니즘을 제공할 수 있다(예를 들어, 백신 접종 대상체에 존재하는 표적 박테리아(AIEC 포함)를 용해시킬 수 있다). 예를 들어, 최종 백신/박테린 제제는 파지가 103~1012 PFU/ml 범위의 수준으로 존재하도록 제조될 수 있다. 예를 들어, 최종 백신/박테린 제제는 파지가 106~1010 PFU/ml 범위의 수준으로 존재하도록 제조될 수 있다.
특정 구현예에서, 표적 환자 집단을 감염으로부터 보호하는 데 가장 적절한 면역학적 에피토프를 포함하는 백신/박테린 제제를 얻기 위해 표적 박테리아의 일반적인 문제 균주에 대해 백신/박테린 제제가 제조된다. 추가의 특정 구현예에서, 박테리오파지는 위에서 논의된 바와 같이 최종 백신/박테린 제제에 변경되지 않은 채 유지된다.
박테리오파지 기반 백신 및 박테린은 또한, 박테리오파지의 관련 유전자(예를 들어, 용해 활성과 관련된 유전자)를 발현하는 재조합 구성체를 사용하여, 또는 위에서 설명한 바와 같이 프로토콜에서 파지 대신 사용될 수 있는 단리되거나 재조합적으로 생성된 용해 효소를 사용하여 제조될 수 있다. 이러한 일반 방법론의 예는 문헌[Panthel et al., Infect Immun.71(1):109-16 (2003)]에 요약되어 있다.
이러한 임의의 구현예에 따르면, 이를 필요로 하는 대상체, 예컨대 AIEC 감염을 앓고 있거나 AIEC에 감염될 위험이 있는 대상체, 또는 IBD 발병 위험이 있거나 IBD를 앓고 있는 대상체를 면역화하기 위한, 전술한 바와 같은 박테린을 포함하는 백신의 용도가 또한 제공된다. 본원에 제공된 지침에 기초하여 당업자에 의해 적합한 백신접종 프로토콜이 개발될 수 있다.
키트
또한, 본원에 기술된 다양한 구현예를 실시하기 위한 키트가 제공된다.
본원에 기술된 박테리오파지의 예방적 또는 치료법적 사용을 위한 키트는 본원에 기술된 바와 같은 조성물의 예방적 또는 치료법적 사용을 위한 설명서와 함께, 임의로 패키징 재료와 함께, 본원에 기술된 바와 같은 조성물을 포함할 수 있다.
백신/박테린의 예방적 또는 치료법적 사용을 위한 키트는 본원에 기술된 바와 같은 백신/박테린의 예방적 또는 치료법적 사용을 위한 설명서와 함께, 임의로 패키징 재료와 함께, 본원에 기술된 바와 같은 백신/박테린을 포함할 수 있다.
AIEC 검출 분석을 위한 키트는 본원에 기술된 바와 같은 AIEC 검출 분석에서의 박테리오파지(또는 효소)의 사용을 위한 설명서와 함께, 임의로 패키징 재료와 함께, 본원에 기술된 바와 같은 하나 이상의 박테리오파지(또는 이의 하나 이상의 용해 효소)를 포함할 수 있다.
실시예
본 발명은 하기 실시예에서 추가로 설명되며, 이는 어떠한 방식으로도 본 발명의 범위를 제한하려는 의도가 아니다.
실시예 1: AIEC 균주의 단리
AIEC 침습 분석
AIEC는 Flow Laboratories Inc.(Mc Lean, VA)에서 상업적으로 입수할 수 있는 인간 배아 공장 및 회장으로부터 유래된, 미분화 장 상피 세포 모델로 사용되는 장 세포주인, Intestine-407(I-407) 세포주로부터 얻은 Intestine-407 세포(I-407 세포)를 사용하여 침습 분석에 의해 식별될 수 있다.
예를 들어, I-407 세포를 24웰 조직 배양 플레이트(Polylabo, Strasbourg, 프랑스)에 4,105개 세포/웰의 밀도로 시딩하고, 20시간 동안 인큐베이션한다. 세포 단층을 PBS(pH 7.2)로 2회 세척한다. 상피 세포의 박테리아 침습은 겐타마이신 보호 분석법을 사용하여 측정된다(Falkow et al. Rev. Infect. Dis. 9 (Supp. 5): S450-55 (1987)). 각각의 단층을 상피 세포당 10개 박테리아의 감염 다중도로 항생제가 결여된 1 mL의 세포 배양 배지에 접종한다. 37℃, 5% CO2에서 3시간 동안 인큐베이션한 후, 단층을 PBS로 3회 세척한다. 100 μg/mL의 겐타마이신(Sigma, St. Louis, MO)을 함유하는 신선한 세포 배양 배지를 1시간 동안 첨가하여 세포외 박테리아를 사멸시킨 후, 탈이온수 중 1% Triton X-100(Sigma)로 단층을 용해시킨다. 이 농도의 Triton X-100은 최소 30분 동안 박테리아 생존력에 영향을 미치지 않는다. 샘플을 희석하고, Mueller-Hinton 플레이트에 플레이팅하여 콜로니 형성 단위의 수를 측정한다. I-407 세포주로 평가된 대장균 침습 능력의 결과는 초기 접종원에 대한 세포내 박테리아의 백분율로 표시된다.
이러한 프로토콜을 사용하여, 미국 등록전 공개 2016/0143965(미국 특허 11,040,078호)에 기술된 바와 같이, CD 환자, 그 가족 구성원, 및 대조군 대상체의 신선한 분변으로부터 대장균 균주 LF82를 포함한 166개의 AIEC 균주를 단리하였다. 아래 실시예 3에 보고된 바와 같이, 이들 AIEC 균주를 사용하여 본원에 기술된 파지의 활성을 평가하였다.
실시예 2: 파지 단리 및 특성화
파지 P2 및 P8은 WO 2014/177622에 기술된 바와 같이 하수로부터 단리되었다.
파지 P2는 2012년 11월 15일에 부다페스트 조약 조항에 따라 프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4695로 기탁되었다. 파지 P8은 2012년 11월 15일에 부다페스트 조약 조항에 따라 프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4700으로 기탁되었다.
파지 CLB_P2는 문헌[Maura et al. Environmental Microbiology 14(8): 1844-54 (2012)]에 기술된 바와 같이 단리되었다. 파지 CLB_P2는 JS98 박테리오파지 계열에 속하며, 2012년 9월 27일에 부다페스트 조약 조항에 따라 프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4675로 기탁되었다.
파지 ECML-119, ECML-123-2, ECML-359, 및 ECML-363은 당업계에 일반적으로 알려진 플라크 분석 방법론에 의해 기수(ECML-119 및 ECML-123-2) 또는 하수(ECML-359 및 ECML-363)로부터 단리되었다. ECML-119의 단리는 미국 특허 7,625,556호에 기술되어 있다. 다른 균주도 유사한 방법으로 단리되었다. 일반적으로, 박테리오파지 제제는 표적 박테리아(예를 들어, AIEC)의 박테리아 론(lawn)과 접촉되고 인큐베이션되어 박테리아 론에서 플라크의 형성을 가능하게 하며, 이는 표적 박테리아에 대해 용해 특이성을 갖는 박테리오파지의 존재를 표시한다. 박테리오파지 DNA의 안정적인 제한 단편 길이 프로파일(RFLP)로 측정시 단일 박테리오파지 종(모노파지)이 얻어질 때까지 일련의 강화 과정을 통해 플라크를 채취하고, 희석하고, 박테리아 론에 재플레이팅한다.
파지 ECML-119는 2007년 4월 19일에 ATCC(American Type Culture Collection)에 수탁번호 PTA-8351로 기탁되었다.
파지 ECML-123-2는 2014년 7월 25일에 ATCC(American Type Culture Collection)에 수탁번호 PTA 121408로 기탁되었다. 이의 서열은 서열번호 1에 제시되어 있다.
SP18 박테리오파지 계열에 속하는 파지 ECML-359는 2014년 7월 25일에 ATCC(American Type Culture Collection)에 수탁번호 PTA 121406으로 기탁되었다.
wV7 박테리오파지 계열에 속하는 파지 ECML-363은 2014년 7월 25일에 ATCC(American Type Culture Collection)에 수탁번호 PTA 121407로 기탁되었다.
박테리오파지의 전자 현미경 검사
정제된 파지 입자의 투과 전자 현미경으로 파지의 형태를 검사하였다. 높은 역가(약 109 PFU/mL)의 파지-함유 세포 유리 용해물(pH=7)을 formvar 카본 필름(200 메쉬 구리 그리드)의 표면에 적용하였다. 샘플을 1% 포스포텅스텐산으로 음성 염색한 후, 100 kV에서 작동하는 Hitachi H-7000 투과 전자 현미경으로 검사하였다. 파지를 형태학적 특징에 기초하여 국제 바이러스 분류 위원회(ICTV, 1995)의 지침에 따라 분류하였다. 현재 분류법에 따르면, 박테리오파지 P2는 wV8 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae과에 속하고; 박테리오파지 P8은 RB69 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae 과에 속하고; 박테리오파지 CLB_P2는 JS98 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae 과에 속하고; 박테리오파지 ECML-119는 EPS7 박테리오파지 계통의 SiphoviridaeCaudovirales 과에 속하고; 박테리오파지 ECML-123-2 및 ECML-363은 wV7 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae 과에 속하고; 박테리오파지 ECML-359는 SP18 박테리오파지 계통의 Caudovirales 목의 Myoviridae 과에 속한다.
각각의 파지는 용해성, 꼬리형, 이중가닥 DNA 파지인 것으로 확인되었다. 파지 서열분석에서는 어떠한 바람직하지 않은 독소나 항생제 내성 암호화 유전자의 존재도 나타나지 않았다. 특히, 파지 서열은 독소 및 기타 바람직하지 않은 유전자(예를 들어, 40 CFR 725.421에 열거된 것)의 데이터베이스에 대해 분석되었으며, 본원에 기술된 7개의 파지 중 어느 것도 "바람직하지 않은" 유전자를 포함하지 않는 것으로 확인되었다.
제한 단편 길이 다형성(RFLP) 프로파일
본원에 기술된 박테리오파지의 참조 DNA RFLP 프로파일은 도 1에 도시되어 있다. 제조사의 지시에 따라 Qiagen Plasmid Miniprep 또는 Midiprep 키트(Valencia, CA)를 사용하여 박테리오파지로부터 DNA를 단리하였다. 260 nm에서 흡광도를 측정하여 DNA를 정량화하였다. 약 0.5~1.0 μg의 DNA를 도면에 표시된 대로 적절한 제한 효소로 분해하고, 에티디움 브로마이드로 염색한 후 1% 아가로스 겔에서 RFLP 프로파일을 측정하였다.
실시예 3: 파지 활성 - 시험관내 스크리닝
본원에 기술된 박테리오파지를 시험관내 스팟 시험 분석에서 AIEC에 대한 활성에 대해 스크리닝하였다.
스팟 시험 분석은 AIEC 박테리아의 한 가지 균주로 덮인 페트리 접시의 표면에 두 가지 농도의 모노파지 박테리오파지 용액(약 2x104 PFU/mL 및 약 1x109 PFU/mL)을 적용하여 수행하였다. 30℃에서 밤새 인큐베이션한 후, 용해 구역에 대해 플라크를 검사하였으며, 이는 시험된 AIEC가 박테리오파지에 취약했음을 나타냈다. 표 2는 미국 등록전 공개 2016/0143965(미국 특허 11,040,078호)에서 식별된 166개의 AIEC 균주(실시예 1 참조) 중 38개에 대해, 본원에 기술된 7개의 기탁된 파지를 시험한 결과를 나타낸다. 아래 표에서, (++)의 결과는 AIEC가 두 농도 모두에서 박테리오파지에 취약했음을 나타내고; (+)의 결과는 AIEC가 가장 높은 농도에서만 박테리오파지에 취약했음을 나타내고, (-)의 결과는 AIEC가 박테리오파지에 내성이 있었음을 나타낸다.
다음의 표는 본원에 기술된 7개의 파지 각각에 의해 표적화(감염 및 용해)된 AIEC 균주의 수를 보여준다.
별도로, 두 가지 농도 2 x 104 PFU/mL 및 1 x 109 PFU/mL에서 유럽 및 미국 컬렉션으로부터 얻은 210개의 AIEC 균주에 대해 7개 파지 각각의 용해 범위를 평가하였다. 다음 표에 요약된 바와 같이, 210개의 단리주 중 149개(71%)가 2 x 104 PFU/mL에서 7개 모노파지 중 적어도 하나에 취약한 반면, 스팟 시험 분석에서 더 일반적으로 사용되는 농도인 더 높은 파지 농도(1 x 109 PFU/mL)에서는 95%가 취약했다.
본원에 보고된 실험의 경우, 7개-파지 칵테일은 2 x 10-4 내지 1 x 10-1 범위의 감염 다중도(MOI)로, 37℃의 각각의 대장균 숙주 균주에서 각 구성요소 박테리오파지를 개별적으로 먼저 증식시켜 제조되었다. 증식 후, 0.2 미크론 필터를 통해 여과하여 각각의 파지를 채취하고, 0.9% 식염수 용액에서 농축/완충액 교환하였다. 이어서 7개 파지를 거의 동일한 농도로 합하여 파지 칵테일을 생성하고, 이를 사용할 때까지 2~8℃에서 보관하였다.
추가적으로, 파지의 특이성을 평가하기 위해, 건강한 인간 미생물군집과 전형적으로 관련된 12개의 가장 일반적인 속 박테로이데스(11), 비피도박테리움(7), 클로스트리디움(1), 엔테로코커스(9), 푸소박테리움(1), 락토바실러스(1), 파라박테로이데스(1), 프레보텔라(2), 슈도모나스(1), 루미노코커스(5), 스트렙토코커스(2), 및 스트렙토마이세스(2)를 사용하여, 43개의 비대장균 단리주 패널에 대한 7개-파지 칵테일(거의 동일한 양의 각각의 파지로 제조)의 활성을 평가하였다. 이러한 비대장균 균주는 다양한 건강한 개체의 비교 연구에 기반한 종의 "핵심 미생물군집"을 대표한다. 특히, CD 환자에게 일반적으로 처방되는 시프로플록사신은 시험된 비대장균 균주의 58%를 표적화했다. 각각의 단리주를 2 x 104 PFU/mL 또는 1 x 109 PFU/mL의 7개-파지 칵테일에 대해 스크리닝하고, 또한 가장 일반적으로 처방되는 7가지 항생제에 대해 스크리닝하였다. 패널의 43개 비대장균 균주 어느 것도 두 농도 모두에서 7개-파지 칵테일에 의해 용해되지 않은 반면, 항생제는 시험된 단리주의 16~84%를 무분별하게 용해시켰다.
종합적으로, 결과는 본원에 기술된 7개의 파지가 다양한 AIEC 균주에 대해 개별적으로 그리고 집합적으로 효과적이면서 동시에 대장균에 특이적이며, 건강한 인간 미생물군집의 일반 박테리아를 용해시키지 않음을 보여준다. 따라서, 항생제의 무분별 활성과 대조적으로, 본원에 기술된 파지는 건강한 인간 미생물군집에 최소한의 영향을 미치면서 AIEC를 표적화하는 데 사용될 수 있다.
실시예 4A: 안전성 - 시험관내 시험
건강한 BALB/cYJ 마우스의 정상 미생물군에 미치는 본원에 기술된 바와 같은 7개-파지 칵테일(거의 동일한 양의 파지 ECML-123-2, ECML-119, ECML-359, ECML-363, CLB_P2, P2, 및 P8의 칵테일)의 영향을 평가하였다. 특히, 박테리오파지(2 x 109 CFU/용량, b.i.d.) 또는 위약(n=그룹당 10)을 사용한 처리 (i) 전, (ii) 15일 처리 기간 종료시, 및 (iii) 28일의 휴약 기간 후에, 건강한 마우스의 대변에 대해 메타게놈 분석을 수행하였다. 박테리아 군집 구조 프로파일을 방해하고 결과 해석을 복잡하게 할 수 있는 어떠한 항균 압력이나 황산덱스트란(DSS) 노출도 없이 실험을 수행하였다.
결과는, 통상적인 변동과 별개로, 파지 처리된 마우스의 장내 미생물군의 동적 구성이 위약군의 것과 크게 다르지 않았음을 보여주었고, 이는 파지의 표적 특이성을 강조한다. 특히, 건강하고 시험감염되지 않은 마우스에게 박테리오파지를 투여한 결과, 위약군과 비교하여 처리군에서는 어떠한 임상적 변화(즉, 체중 감소 또는 설사)도 유발되지 않았다. 이러한 결과는 이들 용해성 파지의 안전성을 확인시켜 주었으며, 박테리오파지의 장기간 투여가 건강한 개체의 전반적인 분변 미생물군 구조에 영향을 미치지 않음을 나타낸다.
실시예 4B: 파지 활성 - 시험관내 시험
본원이 기술된 바와 같은 박테리오파지 칵테일(거의 동일한 양의 파지 ECML-123-2, ECML-119, ECML-359, ECML-363, CLB_P2, P2, 및 P8의 칵테일)의 AIEC 표적화 능력을 다음과 같이 생체내 동물 모델에서 평가하였다.
각각 스트렙토마이신과 카나마이신에 내성을 부여하는 2개의 항생제 내성 유전자를 보유하도록 AIEC 균주 LF82를 조작하였다. 이 박테리아 균주는 LF82SK로 명명되었으며 침습 특성은 균주 LF82와 유사한 것으로 확인되었다.
28마리의 BALB/cYJ 마우스를 다음과 같이 3개의 그룹으로 분류하였다:
그룹 1: LF82SK-집락화 마우스(10마리 마우스)
그룹 2: LF82SK-집락화 마우스 + 파지 칵테일(단회 용량)(12마리 마우스)
그룹 3: LF82SK-집락화 마우스 + 파지 칵테일(b.i.d. 15일)(6마리 마우스)
스트렙토마이신 설페이트(5 g/L)를 0일차 3일전부터 3일차까지 모든 마우스의 식수에 첨가하였다. 0일차에, LF82SK를 PBS 중 경구 위관영양법으로 마우스에 투여하여 해당 균주가 장에서 집락화되도록 하였다. 0일차에 음용수에 덱스트란 황산염(DSS) 2%와 스트렙토마이신(0.5 mg/mL)을 첨가하고, 각각 10일과 22일 동안 유지하였다.
8일차에, (1) 0.9% 식염수를 경구 위관영양법으로 그룹 1의 각 마우스에 1회 투여하고; (2) 파지 칵테일(2x107 PFU/mL의 각 파지)을 0.9% 식염수 중 경구 위관영양법으로 그룹 2의 각 마우스에 1회 투여하고; (3) 파지 칵테일(2.86x108 PFU/mL의 각 파지)을 0.9% 식염수 중 경구 위관영양법으로 그룹 3의 각 마우스에 투여하였다. 그룹 3의 경우에만, 이 투약을 15일 동안(22일차까지) 1일 2회(b.i.d.) 계속하였다. 체중과 질병 활성 지수(DAI)를 매일 모니터링하였다. 24일차에 그룹 1, 2, 및 3의 마우스를 희생시켜, 회장, 결장, 및 말초 기관에서의 박테리아 수를 평가하고, 결장의 무게와 길이를 측정하고, 조직학적 평가를 수행하였다. 결장을 외과적으로 제거하고 길이와 무게를 측정하였다. 4% 파라포름알데히드에 고정하고, 파라핀에 포매하고, 4 μm 슬라이스로 자르고, May-Grunwald-Giemsa로 염색한 샘플의 조직학적 평가를 대장염의 중증도에 따라 등급을 매겼다. 결과는 아래 보고되어 있으며, 보고된 값은 각 마우스 그룹에 대해 얻은 평균값 ± 표준편차를 나타낸다.
분변 및 기관에서의 LF82SK 검출
분변 샘플링을 통해 LF82SK 집락화와 파지 존재 둘 모두를 모니터링하였다. 아래 표에 나타낸 바와 같이, 처리 전 박테리아 부하는 약 9 log CFU/g의 분변에 이르며 세 그룹 모두 유사했다. 파지 처리 동안, 분변 내 LF82SK 존재비는 두 처리군에서 감소하여, 그룹 1에 비해 그룹 2(P= 0.014) 및 그룹 3(P=0.005)에서 각각 1.46 및 1.76 log CFU/g의 유의미한 감소를 나타냈다. 24일차에, LF82SK의 자발적 분비는 모든 그룹에서 유의미한 차이 없이 비슷했다.
파지 정량화 결과, 그룹 1(4.76 ± 1.04 log PFU/g)에 비해 8일차 그룹 3의 분변에서 더 높은 방출(6.51 ± 1.37 log PFU/g)이 확인되었다. 그러나, 정기적 샘플링을 통한 파지 존재비의 평가는 일관되지 않았으며, 검출 한계로 인해 그룹 간 구별되는 차이를 볼 수 없었다. 결과는 포함된 파지가 마우스의 고통을 나타내는 어떠한 임상적 징후도 말초 기관으로의 전이도 없이 장을 통과하는 것으로 나타났으며, 이는 본원에 기술된 박테리오파지 및 칵테일의 안전한 사용을 추가로 뒷받침한다.
부검시(24일차) 마우스 소화관의 개별 부분에서 LF82SK 부하를 정량화하였으며, 아래 표에 보고된 바와 같이 말단 회장 또는 중앙 결장의 내강 및 점막 샘플 둘 모두를 검사하였다. 처리(파지 또는 위약)에 관계없이, 이 시점에서 어떤 부분에서도 분변 또는 내강 및 부착 세균총에서의 LF82SK 수의 차이가 나타나지 않았다.
24일차에, (1) 그룹 1의 5마리 생존 마우스 중 2마리의 신장, 장간막 림프절(MLN), 비장, 및 심장에서 LF82SK(AIEC 균주)가 검출되었고; (2) 그룹 2의 5마리 생존 마우스 중 1마리의 MLN에서만 LF82SK가 검출되었으며; (3) 그룹 3의 6마리 생존 마우스 모두의 MLN, 혈액, 비장, 간, 신장, 또는 심장에서 LF82SK가 검출되지 않았다.
마우스의 생존 및 체중 증가
24일차에, 그룹 1의 10마리 마우스 중 5마리가 죽었고, 그룹 2의 12마리 마우스 중 7마리가 죽었고, 그룹 3의 6마리 마우스 중 0마리가 죽었다. 따라서, 그룹 1과 그룹 2는 사망률이 명확하게 구분되지 않는 반면, 그룹 3 파지 처리는 대조군 그룹 1에 비해 뚜렷한 효과를 나타냈다(그룹 1의 사망률 50% 대 그룹 3의 사망률 0%).
12일차에, 그룹 1과 2의 마우스는 체중이 감소하기 시작했다. 15일차에, 그룹 1과 2는 최대 체중 감량에 도달했다. 21일차에, 그룹 1의 마우스는 초기 체중으로 회복되었다. 그룹 3의 마우스는 0일차부터 24일차까지 체중을 유지하거나 체중이 증가했다. 24일차에, 그룹 1의 마우스는 초기 체중의 약 97%였고(예기치 않은 것이지만, 생존 동물의 회복을 나타냄), 그룹 2의 마우스는 초기 체중의 약 108%였으며; 그룹 3의 마우스는 초기 체중의 약 115%였다.
결장 염증
7일차에, 그룹 1의 마우스의 DAI는 증가하기 시작하여 16일차에 최대 4.25(+/- 0.94)로 증가했다. 12일차에, 그룹 2의 마우스의 DAI는 증가하기 시작하여 15일차에 최대 3.45(+/- 1.97)로 증가했다. 그룹 3의 마우스의 DAI는 0.7 +/- 0.5를 절대 초과하지 않았다. 그룹 3의 마우스의 DAI는 대부분 14일차와 17일차 사이의 약간 부드러운 대변 농도로 인한 것인 반면, 그룹 1과 2의 마우스는 체중 감소, 설사, 및 약간의 출혈을 나타냈다.
그룹 2와 그룹 3의 마우스는 그룹 1의 마우스와 비교하여 DAI로 측정시 결장 염증의 감소를 나타냈다. DAI는 파지 투약 수준이 증가함에 따라 감소했다.
24일차에, 그룹 1, 2, 및 3의 결장 무게/크기 비는 각각 41.4 ± 3.7, 31.8 ± 2.8, 및 19.2 ± 1.1이었다. 그룹 2와 그룹 3의 마우스는 그룹 1의 마우스와 비교하여 결장의 크기와 무게로 측정시 결장 염증의 감소를 나타냈다. 결장의 무게:크기 비는 파지 투약 수준이 증가함에 따라 감소했다.
24일차에, 그룹 1, 2, 및 3의 염증의 조직학적 점수는 각각 8.2 ± 2.2, 6.4 ± 1.8, 및 2.7 ± 0.3이었다. 그룹 2와 그룹 3의 마우스는 그룹 1의 마우스와 비교하여 조직학으로 측정시 결장 염증의 감소를 나타냈다. 염증의 조직학적 점수는 파지 투약 수준이 증가함에 따라 감소했다.
본 실시예는 생체내 AIEC 감염에 대한 본원에 기술된 바와 같은 파지 칵테일의 효능을 입증한다.
실시예 5: 파지 제제의 제조
본원에 기술된 AIEC 박테리오파지는 본원에 예시된 바와 같이 식별되고 증식될 수 있다.
식별을 위해, 표적 박테리아(예를 들어, AIEC)의 영양 액체배지 배양물과 추정 박테리오파지 제제를 혼합한 후, 예를 들어 영양 액체배지 중 용융 한천에 첨가하고, 해당 혼합물을 한천으로 고화된 영양 액체배지가 들어 있는 페트리 접시에 붓고, 37℃에서 밤새 인큐베이션한다. 밤새 인큐베이션하는 동안, AIEC는 한천에서 성장하고, 박테리오파지에 감염된 일부 AIEC 세포와 합류 론(confluent lawn)을 형성한다. 파지는 초기 감염된 세포를 복제하고 용해시킨 다음, 주변 박테리아를 감염시키고 용해시킨다. 한천은 플레이트 전체에 걸쳐 파지의 물리적 확산을 제한하여, 플레이트에 플라크라고 하는 작고 눈에 띄게 투명한 영역을 생성하며, 여기서 박테리오파지는 AIEC 성장의 합류 론 내의 AIEC를 파괴하였다. 뚜렷한 형태를 가진 하나의 플라크는 박테리아 론의 해당 영역에서 AIEC에서 복제된 하나의 파지를 나타낸다. 따라서, 피펫으로 해당 플라크의 물질을 제거하고("플라크 픽"이라고 함) 이 물질을 해당 파지의 추가 성장 주기를 위한 접종원으로 사용함으로써 순수한 박테리오파지 제제를 얻을 수 있다. 이 접근법에 따라, 안정적인 DNA RFLP 프로파일로 측정될 수 있는 바와 같이, 단일 박테리오파지 종(모노파지)이 얻어질 때까지 플라크를 채취하고, 희석하고, 일련의 강화 과정을 통해 박테리아 론에 재플레이팅할 수 있다.
증식을 위해, 박테리오파지가 증식할 수 있는 표적 박테리아(예를 들어, AIEC) 또는 기타 밀접하게 관련된 박테리아 종의 균주를 적합한 성장 배지(예를 들어, BHI 액체배지)를 사용하여 회분식 배양하고, 소정의 감염 다중도(MOI)로 박테리오파지를 접종한다. 인큐베이션 및 박테리아 용해 후, 박테리오파지를 채취하고 정제 및/또는 농축하여 본원에 기술된 용도에 적합한 파지 자손을 생성한다.
적합한 정제 및 농축 절차는 여과, 원심분리(연속 흐름 원심분리 포함), 크기 배제 크로마토그래피, 이온 교환 크로마토그래피, 및 기타 알려진 박테리오파지 정제 및 농축 기술 중 하나 이상을 포함한다. 예를 들어, 문헌[Adams MH. Bacteriophages. 443-519 (Interscience Publishers, Ltd, London) (1959)] 참조. 파지 제제의 순도는 전자 현미경, SDS-PAGE, DNA 제한 분해, 및 분석용 초원심분리 중 하나 이상에 의해 평가될 수 있다.
제제의 박테리오파지 농도는 파지 적정 프로토콜을 사용하여 조정될 수 있다. 예를 들어, 제제의 박테리오파지 농도는 측정될 수 있다. 더 농축된 파지 제제가 필요한 경우, 여과, 원심분리, 또는 기타 수단 중 하나 이상을 사용하여 농도를 높인다. 덜 농축된 파지 제제가 필요한 경우, 물 또는 기타 약학적으로 허용되는 희석제(예를 들어, 약학적으로 허용되는 완충액)로 희석하여 농도를 낮춘다. 일반적인 약학적 또는 OTC 조성물은 106 내지 1012 PFU/mL의 파지 역가, 예컨대 109 내지 1011 PFU/mL의 파지 역가를 포함한다.
박테리오파지 제제는 2~8℃에서 보관될 수 있다. 대안적으로, 파지 제제는 보관을 위해 동결 건조 또는 분무 건조될 수 있거나,당업계에 알려진 접근법에 의해, 예컨대 단백질, 지질, 및 다당류 중 하나 이상을 사용하여 캡슐화되고 안정화될 수 있다. 재구성시, 파지 역가는 파지 적정 프로토콜, 숙주 박테리아 분석, 또는 기타 널리 알려진 박테리오파지 분석 기술을 사용하여 확인될 수 있다. 예를 들어, 상기 Adams의 문헌 참조.
실시예 6: I/IIa상 임상 시험
본원에 기술된 바와 같은 박테리오파지 칵테일(파지 ECML-123-2, ECML-119, ECML-359, ECML-363, CLB_P2, P2, 및 P8의 칵테일)의 안전성과 내약성, 및 비활성 CD 환자의 분변 AIEC 수준에 미치는 영향을 평가하기 위해 I/IIa상 이중 맹검, 무작위, 위약 대조 임상 시험이 진행 중이다.
적격 피험자는 Harvey-Bradshaw 지수(HBI)가 4 미만이고 대변에서 AIEC가 검출되는 임상적 및 객관적 관해 상태의 비활성 크론병을 앓고 있는 18세 이상의 남성 또는 여성이다. UC, 대장 종양, 위장관 출혈, 활동성 악성종양, 또는 최근의 악성 질환이 있는 피험자는 배제된다.
피험자는 파지 치료 또는 위약에 무작위 배정될 것이다. 파지 칵테일은 15일 동안 1일 2회, 식사 최소 1시간 전에 경구 투여될 것이다. 칵테일의 각각의 용량은 0.9% 염화나트륨 용액 1 mL 중 약 1 x 1010 PFU의 파지를 함유한다. (위약은 0.9% 염화나트륨 용액 1 mL이다.) 투여 직전에, 용량을 중탄산수 30 mL와 혼합하여 섭취한다.
치료 시작 1주일 전에, 피험자는 위산을 줄이기 위해, 피험자의 매일 첫 식사 30분 전에, 1일 20 mg의 용량으로 양성자 펌프 억제제(오메프라졸)를 복용하기 시작할 것이다. 양성자 펌프 억제제 치료는 치료 기간 내내 계속될 것이다. 추가적으로, 각 용량을 섭취하기 수 분 전에 피험자는 위산을 중화하기 위해 중탄산수 120 mL를 섭취하게 될 것이다.
1차 연구 평가변수는 치료 후 발생한 이상사례 및 중대한 이상사례의 발생률 및 중증도이다. 2차 평가변수는 모든 AIEC 및 파지에 취약한 AIEC를 포함하여, 대변에 존재하는 AIEC의 수준을 포함한다.
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SEQUENCE LISTING <110> FERRING B.V. <120> BACTERIOPHAGE THERAPY AGAINST ADHERENT-INVASIVE ESCHERICHIA COLI <130> 052209-0516 <140> <141> <150> 63/203,560 <151> 2021-07-27 <150> 63/178,119 <151> 2021-04-22 <160> 1 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 161976 <212> DNA <213> Unknown <220> <221> source <223> /note="Description of Unknown: ECML-123-2 bacteriophage sequence" <400> 1 ttaggccgca agggccttca tagttttagc gatttgagaa acttcatcat cacttaaaga 60 gttgcgatat ccgatgaagt cggaaacaat acggaatttc ttggtaaact cagcaaccat 120 tttatcactg ttttttgaag cattatttga taatacatca aaaagattag ttactgtcca 180 gatgtcatga ccgatggtat cttttccacc attaaaatat acaccgcgca atgaactaac 240 tatattagcg agtcgtgtat attcttcaga aacttcatct gtactgaagt acttcatcat 300 aaaatctagt tcaggatact tgataatttt atcaatatat cgttgagctg aacttgaata 360 acctacgtac ttatcataat ctacatcatc aaaagcatct acatataaat cacgcagagt 420 ttcaaaaata cattggcact gaccgagttc ttttaccttt ttctgcaaaa gcggacgaat 480 aacataaaac tcattaatgc caataagatt agccatacga atcaaaatat tcatagatgg 540 atgacaaaga gatgtagtac catccataga gaaaatatca gaacgatgca tatacgctac 600 atacccagta atttcatctg cttctgatgt gagcgtaaat aattcctctt tttcccagcg 660 cccgtcttta atttcaaact taaatgctgt agcagcttta ggacgaggag ctttactttt 720 aactaccttt ggaatatagc ttttaactaa agcttcaatt tctgacaaat aatgaatgtt 780 aacttcatca ctttcaaaca tcgccataat atcaggaagc aaatcaatct gcgattctac 840 ttctggatta ataaacagaa ggcgttcgtt gtgatgaata ttcaaagtgt tattaaattc 900 actatcatct aacgcatgtg ctaatccacg gacaatatta acacgatttt taatattatc 960 aataacgata ttaatttttg ttgcattaat accaaacaga cgataacttg atgcaacggc 1020 tgaagtttca tgactttgct taatgcgctt cagtcgaggg tcaagattta cttcatacac 1080 aactcctgca ttgcataact tactatcagg ttcaaacatg ctttgcatct tcttatatga 1140 cagattttta gtcgtaaatt tgactgaatt actaatcata taatctcgag cagaataccc 1200 catcttcatc aattcacgat atgtatgacg gggagatgtg gattctttaa atcgttttac 1260 atcttcatta aatgctttct cactgagttc tttaactcgt tcaataatat ttttacgagt 1320 acgatcatcc agtgaaagag cctcgcgaga tggagcaata tcaagtgaac ccattggaaa 1380 cttaatgtaa ttcacttcat tgcgaatgct tagccagtta cggtctctaa taacaccatc 1440 gataggataa acaataccgc catagatagc atataatcca ccacgatcag gccagtatct 1500 ttctggattt acaccgtaat agtcatcaaa atccggaaaa taatcaattt cgcggtcaag 1560 accattaatg atagccaaat ctttgaatgg tcgcatgata taagaaactt cataagcaaa 1620 gtttctaaag tctttttctt caactggaac tacgatttca ataccagttt tatcatctgg 1680 acccatttct tttacgaatg taggtttaat ctgtgggcca tcaccatcca tgtaagctac 1740 ataaccacga atttcacctt tatgatacga agtaatacta aacgtatcag tataactaaa 1800 cggagattta gaacctaaac caaatccgcc aataaagtca ttagattcag ccttagatga 1860 actgaagtat gaattatata acccaggaga attatcatca ccctgaatat caaaatcact 1920 catacccgga ccaaaatctc gacaaacaaa tcgcggatct aatcgtcctg gaacttgtat 1980 gataaatttt tcaggatttc cattaagtgc atgggcatca atcatattag taattaattc 2040 acggactact gcacgaatct tgtttgtata caaatcagat gacagaattt taaatacttt 2100 aggagatgct gtgatgctaa atgcttttga tttagaacca ttgccaagaa ttgtttcttt 2160 ttcagtggtg ataatcataa tttcctcatt aattcatatt acgtttaata acttcggcaa 2220 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caaagttacc acctgctttt ggaatagtcc atgcagcaac tggaccagga atttcttcac 3960 cggtaggtgt tttaaccatc gcttgtggaa taccgcgacc gttatcttca actgttacct 4020 gattattttt aatggtaaca ttaattttat ttgcgaattt aaacttagta cgaatacctt 4080 catctactga gttatcgata atttcatcaa taagcttaac aagaccaggt acatactgaa 4140 cactttccca tttaccaaac agaaagcgct catgcatttc attagcagaa gagccaatat 4200 acatgccgct acgctttttg atatgttcaa tatcgctcag aattttaatt tcattcttaa 4260 tcatcactta tcctcgtttg gtttcgggaa tattatactc cggtaatcat aaagctaaag 4320 gcccgaaggc cttttattta aaacgaatag ttgaatcctt aaagaacagc ccagaacata 4380 ctgttccttc tactttctgc ccagtaggtc caatagcacg aaatccagta tgttggaaat 4440 cattttcaga acaaccgaac cagttatatc cagtgatttc aatattagta aaaccgcttg 4500 aagacaaaac tttggttgca ttatcagcat cagtacatcc tactaaagac actgctaata 4560 ctaatgctgc gatagaacga ttaatatatt tcataatttt cacttaaatt taatggcttg 4620 aagaagacta ataactctca agcggcttct ttcatcttta actgtaaaag aaagagggtc 4680 accagatttc atagtgatag tgcattcaaa agcaaaacct tcgggaactt cttcgaagaa 4740 gtcaaattct tcatcataaa ttagaacatt actctgcata ctgtgaagaa tttttccgtc 4800 atttccagat gctgtactaa tcattgtgta acgttattac ctttcatatc ttcaacgata 4860 aattcgcttg tagatattac aacattaata gaaccattcc tataaatagc agaaaataga 4920 tatttctttt cttcaccttc gcgaatgcga tatttcttac cgattttaaa cataattacc 4980 ctttaagtaa gtcgtaaaat ccgccattca catgcttagg ggcagagact aaccgaatag 5040 caatccgatg acaatcagga catacatcag tatctctttc agaaattttc ttgatttttt 5100 cgtattcttt tgcgcagtca tgaacttagt aagagtagtc ttaccagtac cagcaggtcc 5160 attaatagtt acatgatgtt tcttttcttt aatagccctc ataacgatgt taaaggcatt 5220 tttctggcct tcagtcaaat catcaaatgt catcgtaaat tccctgcaat tggtatacta 5280 acaatacgcc cagtatctaa aattcgccga tataatcttt gtgtgtctac atcaggctta 5340 acatgtttaa cttctatttt attaaaccaa aacttgcgtg gagtctcaac taatctcgga 5400 attcccatac ctaaagctag tcgatactgc tctttaagag tggtaaatac tttatcagca 5460 atctcccttt caaaaaatac agcaggacga tgttcatcaa gtggaactgg cgccgtaaat 5520 ccgtctttgt ctcggtaaac tatcgcatat acataaacca tattatcctc ggataagttt 5580 aaaaattgaa caatttaacg ggtatcctct tttcagttta agtttatcaa taaaagacaa 5640 gttttgatac cgctctacac cttgaataat tttatcacac atatcatatt gcatttctgc 5700 ttctgacaac tttttcacag ttttccaatc agagccttta agaagaacgt tcaatttaac 5760 aacttcagcg ccttctgcta tacgagaacc atcaatacga gctttgagtg ctacaatcgt 5820 tagcttaacg tcagaggttt gttttgattt agaaagccga gaaatgtgtt caattcggtt 5880 ttcacgtttt ttctgtatag ctttaatttg attataagtc tttttgattt tagcccattt 5940 cttttcatct aaatttagtt tatgaacttt tttcgcagat gaacgaccaa ttcgcaaagc 6000 aaataaatca cgcttttcaa tcagctcttc taaagtataa tcagaacgaa atgtattata 6060 ctttttcttt actgcaataa cattcccttt aatgtatcca acgttattat caaaacgttc 6120 taatgataat ttctctcctt caatacgatt atcaaaaggt tctcccgagt aagcacaaac 6180 tttttgatct aaaatgttct taatgtaatt gaagtctaag ttaaaatctt tagaacgtct 6240 tttagcagat gcctgagtat gctctagacg acgtttaatt ttacgaattt gattattaga 6300 cagcttcata tttttctcac atcttacgga cggttaacta cttatactat aacattttta 6360 ccttaacttg taaacaactt tatgtaaaaa tgctttaaaa ctttcatggt ataatgaatc 6420 taagtccttc cattatagat taaatccttc aaaatcaaga gtatagatag tgtatgttga 6480 atactttttg tactcatatc tatctgcaat tctaaataca cttccagctg gtatcattac 6540 ttcttgttca tctgaaacta attccatatt acgataacga tggctatctg gaaacttaaa 6600 gtttggattg tattctttac agcgtagagc ttttatagca tactcctgga aattgaatac 6660 cataggagct ttgaattcaa aaataacttg tgtgttatac tctaaaccag aagcaaaatg 6720 cagagctata tttttatcat atgaagctga tactacttta tcaaatgtaa taatatcaat 6780 tccttgattt aatacttgct tagtctcagc tggaacacct ctccaaagag gtttatcgtt 6840 tggaaccaaa cgagatttga ttatttcatt taaccaagta tggtcatctg gtttgttggt 6900 aatacaatga attaaaagtt caatttcaga taaattaaat ccttcagaaa gtaattcttc 6960 acgaatagaa gcacgcaccg atgcatccat tgattttatt ttaaaatctt ttagttgcat 7020 tactgagtat ttcattcaac tacctcaata tcataaactt taaatgttcc aaatgaatcg 7080 tgtaattttt cttttgaaat agaagttatt ctatactttc caattggaat catccattct 7140 tgttcacgca caatcatcat taagttatca gtacgctctg aatctaatcc atcagtatct 7200 tcatacgtgt acttaaactc agtattagga gaagaaagta taatatcgct gatatggtca 7260 gaataattaa aagctttatc agtttttaag cgaaatatta tttcagtgaa atacacataa 7320 gaaaaaccac atgctatgtg caaactagta gtaaatgaat ctaccctgtt cgttgaaaac 7380 acttctccga cttgtaaatc tttaatgagt tcttttgtcg attttgatat accacgatat 7440 agctgataag gtgatttagt taaatgcttt ttaatgattt tattcaactg cctatgaaga 7500 gcttcattct ttttagcttc catacattgc caaagaattg actgctcaaa gtcagtaaat 7560 ttttcacaga cttttttata catatcatat tgaaaatcaa cgctttcagc ttttatagat 7620 aactgttcaa catctgcaag attaataatc atgatagcct ccgtatactt cagaagctat 7680 catatcatcg ttagaaagga aagtaaacaa ctttttgaat tattttgccc agggagccca 7740 aggcggaggg tcaagatggt atgaagctag ttcttctaga agagcatctg gggcttcaat 7800 tccataattc tgtaatacta tacggtactc tttcttataa tcactagaat cattctggtt 7860 attcgtagaa tgattatctt ctaacatctc aaataaatcc atattaattc ctagcgataa 7920 aaaccaaatt gacgattagc ttcaataatc tttctttctt cttcggacat tctccaacgt 7980 agtccaacat caaaatgagc ccagaccatc ttaacaaatg catttatatc tttaatatct 8040 tcaataatga atgttttact tttagaaggt tgactcacta atttaacttt atcatcttca 8100 aacaggtcaa aaagaccata ttcatgagct cttttatagc ctttaatagt taaagcttca 8160 gaagaagaaa acggtgaatc tgtattctgc aaaatatctt cagtatgctt tataattaga 8220 ataacatttt ctggatattt tctttctttt atatctttaa ttaaaagatc cggattttct 8280 gctaaaggaa taattaatga gcatttttta tcaagtgcat ttactgattt accttcttta 8340 gacataaatt ctattgaata atgttttgct acttcaatca tgtgatttcc ttttgcctac 8400 taatggacca tcgggaattt tgttttcctg gatatatttc tcattttctt ccatcatttt 8460 actgccaatt ttaagaagca aatccagtgc ttcatttgct tttgctttag cctcttctaa 8520 cgttatatct ttgttcatga tttatcacca tagatgtctc tcatcaattt aagcgctgag 8580 cgttctaatt tcttttcttt ctcagcacta atcattgatt tcatccattc ttccgattcg 8640 ttctgcattt ctttatttgc ttgttcaacc caaccatcgt caatatacat tgagtttggt 8700 ctattgaacc attcaagaat cttcttggga gctttcattt attttaccta aaacaatagt 8760 aggagcatcg tcaaatttat gaatttttag taaatttgga tttaacttat tccataaaga 8820 ggtaataaaa tatgatagcg cactttcgtc cgtaattata aatttatttc ctttatctat 8880 tttccaatca tatattgaat catatgaata gaaggataac ggtttattat tataatatgc 8940 ttcactaaca tcaatatagt tagatttagt aaatgcttga attgccataa atggagaatt 9000 ttgtacagtt tcaataattc cgatcttttt aagttttatt tcaacatctt ctggaattgg 9060 cattgaaata aaatcttcta ctagatacat gttattgtca tatcttttat caatcattac 9120 tgctacggta attggaacat ccttgacaaa cgccatacta atactattga tagacatttc 9180 aaacaaaatt gcttccataa ttttcctcaa tcacaagatg tagatgaaca actagaatca 9240 caagaacttc cacatgaatc acctgcccat acgtgaacag gaacatttgt atcatatgaa 9300 tcagaactag actgtgtttt ctgtgcatta gatgatgtag taggtgttga ccagcgccaa 9360 ggatttttat aatattcttg ggcttcttca taagtcatag taactgcttc tactgttcca 9420 tctcccatat aaacatactc aactacagtt aaaggaaggt agtcatttga aataggaact 9480 acaccttctc cgggagttgt agagaaaaaa tctgtaaaga aacttttaaa ccaattaaag 9540 ataaacatta caaaaagcct ttcttgaatt cgacttgctt ctcaccataa tcatatcgaa 9600 tttctgcatt aaattcgaca gaaccatctg cgtacatcat aaatgaatgc acaacaactt 9660 ctgtagacca tggttgtagt tcatatttct tcattacgtg tcgtgaaatg ataatatcta 9720 aatcttcatt cggtttaatc caacgattta acatagcgct ctcctctata agataattct 9780 attataccat actcattttg gaaagtaaac catttaaatg aaaaaaggac tcccgaagga 9840 gtccttgaat tattaaccac cagttacttt ccacaaatct tcgtttgcag caatccattc 9900 agtacgctga ttttcttcat atacagtagt atatgctgct ttttctgaag ggaacgtctg 9960 gtaatgagca ccagaaattt tgtgaacgtc agaataaaga gggaaagcta ctgaaatttc 10020 ctttccttca attttcttat ttccatctaa tttctgctca aatgttttga tattaacata 10080 accgcgagta ctagccatgt aattctcctt ttatttaaat tacatgatta tttataataa 10140 attctcgcgg cttttaagac gagctgttaa taacctcggt cttgacgagc gaaattttca 10200 gcatttttca gataataaag tttaaagatt tcttctgctg taagaccaag accttgaaac 10260 atgttcagaa caaaatggag aatatcaatc atttcgaatt tgatttctaa ctggtcctgt 10320 ggagacaaat cagtaatcag agtttcacga cgttcaccat gctgcgactt ccaaggcttc 10380 catacagcag atgcatcttt ttcaccattg ctcataccac caagagaagt cagaagttcg 10440 cggaattcat catcaatata atctttctga ttacgcagcc aatcaacaac ttcacctgca 10500 gtagccaaat catcaggatg acggttatat tcaggtttat ctttagctaa acgaatctgc 10560 agagatttct gcatgtcaag cattacctgc agcgggtctt tttcatcacc gagaatatcc 10620 caatattcat tttgagcttt atcagcgcct tcgatcagtt gactacattc gttaaagtaa 10680 gccattattt ttcctttcaa ttcattaata agttaaataa ttataccatt tgaatatata 10740 agcaattaat taaaaatata tacttcatca gttccattct tttctttgga atgatatatg 10800 ttaaagacgt attttttatt aagatgctta acagtgtatt ttttagacca ttctttaaga 10860 agagtatttt cctttccgtg gtgctctaaa acattcgaca gtccaaattt tattcctctg 10920 tcatttaaag agtctaaaag atttaaaagg tctttttctt cgtcttctga ccaaaattta 10980 ttataatcag caactgttat aagatatgga gggtccacat atacaaaatc gccgtctaaa 11040 attttaacat ctttaaaatg caatgaactg aagattattt tatcacaatt ttgtttaaag 11100 tgattaaagc gtttttcact atttttgttt atagttcttt ttccaaacgg agtagtaaaa 11160 tttcctttat cgtttatacg aatcatatta ctaaacccgt gaaaatgaag aacataaagt 11220 aaaagaggat ctctagtttt attataatct tcacgtaatt tcaaaaactc ttcttttgat 11280 gtttttgata gtttgtattg ctttattact tttaaaacgt catcccatga tacattaata 11340 agacgcttat acatttcaat aattggttct tgaatatcat tggccaatac aggaccattg 11400 acgttcaaag acactgataa acctccacaa aataaatcca cgaatctgtc 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atactggtca ataaatcctt ggtcttcacc acaaacatgg tctgatacaa gtttatcact 154440 tacctggtca agaacttcag ccatatcttt agaataatga cgagcaccag gaataaccag 154500 agtcccacca tcttttaact taaagcggtt ggctgcacac acaattcgac gttgatattt 154560 ttcattattg ttccaatgag ctacttgcca acagatttca ggaacctctt ctaaaacatc 154620 ctcttccgta tattcggtgt agtcgccata ggcctgtaat ttagctgcta gactttctgg 154680 agtttcacgt aataaagcca ggtctaataa ttcaagacgc tctttgaagg ttttcatttg 154740 gtttcctcaa cacttttaat ttttatagct tgtttagaac tttcaaagca ttgacaatat 154800 actcttaccg catcaaactg gttggccgct ttaagatgga ctacaccttc gccgttataa 154860 aattctacga caattttaaa tgttttcatt taaaccatcc tttaatacgt tgccataaag 154920 ttttctgttg agctttgtta acaccaattg aacgaataac tggttgagat tcctgaaatt 154980 ctttataatc agcaaggtaa atttcgtaag ctgcatccgt aaatgaactt atcgctgcca 155040 taaaattatt gcgaatacct actggagcat ctttactttc acgaataatc atgtatttac 155100 cagtcttaat ctttacgata gttccaagat aagctccatg gtaccagatg tcccaaccct 155160 cttgagtagg ttctacacaa cgacgaagtt cattgacaat 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ctgtttgaat tctgtgtcac ctttaaattt aaaaatcatt 156060 gtgaagaaag tcagaacacc aggtttttct tcacgaactc cacagatatc atattcaata 156120 ccatctacaa ccagtttgtt agcagtcaga gcatttttag ctttaacgat ttcgttttcg 156180 attttaaatt tcattttttg tatctccggg ttgtttgttt cagttcattt atttgatagt 156240 tgtatagtac cacagtatgc tttggttgta aaccgttttg tgaaaaaatt tttgaaataa 156300 aaaaggggag ccgaagctcc ccaaaaatta ctgttcaaac gcgataacta tcgtgataac 156360 acgctgaata ccaaaagcaa gaagacctcc tgctacggct ggaacaacac ctacccccgc 156420 tagtaaaatg ccgccagata ctaatgctgc gcttgtaata cctacgaatg gactcatttg 156480 atttcctcta aatctttggt gtattctgta actacatcag tagttttcca atattcgttt 156540 tcttcttttt tggctttagc ttcttcagca agtttctttg cttcgtcgga agtcatatga 156600 aaaatgttca ttccaactag tttatcaaca taagaagaat acatatcaat tttagaaagt 156660 tcttcggtca gttctttgcg agttttacct tgtacaacaa tttcacctga aattactttc 156720 ttaatgaaat gtgccttggc aaaagctaaa cgaaatgctg attcagtttc tttgattttg 156780 ttatcaattc gtttttggac ataagtttta cgaacttcaa caaagtcttt aattaaatca 156840 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gacacgcatg gattactaaa tggacgacca tctaatttac 158520 tcactaaaaa gtaaaatcca ggtttagata aaaagtcttt atgcggagtt cccaaaaacc 158580 attcaccgtt cttgattgta ccaataacgg tagcgcccgc attattcaga tcagtagcag 158640 tcatatattt catattaatt tcctctaaat tattttctac tccaaggccg catgaataca 158700 cgcggccatt aaattaatcg tcgcagtcga cgctcaattc ccaaaactct tctacgatat 158760 aagtttcagt atcattttca atacagaaac gttcattact gttatttgct aaagtagcat 158820 taactgtcgg tttctcgcta gtgctcttaa gaggtgaaat acgaattaac tgatcaccat 158880 tatctaaaca aaaaatttca ccaactttta catctttaaa gattttcata attcacctca 158940 aggagtataa aatccaaacg cagttgttga ccatcccatc caatatggga aatttgcgcc 159000 aatgtaaaac ataagaatat aaaaccaacc gctcagcaaa ttcatcattt tacaccattc 159060 caaattgttt caaccacgga ttttaaacca ttttgatgaa tatcaattcc gactaccgtc 159120 atcaaataaa ttccaactac aactgaacct aaggcaaaaa tcagcatgaa aatgaataaa 159180 gccggaaaaa tattatcgaa aaaccattca ataaatgtaa aagcactgcg tttacgcttc 159240 atattttcct cacataaatc caaagtaaac gtttaataca tcaatcatta aaacgattgg 159300 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taattttgag cattaattga tcgtattctt cttttactcg 160980 tgcttgataa cctaacataa ttttcctcag ttaagggccg aagcccttat ttaaattgtt 161040 cagtaacgtc ttcaactact tcgtattggc aggtacgcat tttagcatcg ttgtaatcaa 161100 tcggaattga tactacatca cgcggatgta ctttaacttt tacaactcgg ctagttgaac 161160 tgccaaagtg acgaatataa gatttagaac acacatgcag accacgagaa caagtttgtg 161220 tatcatcgtc attcacacga gtacgtggca ttttaactac tttacccgga ctgttatcaa 161280 aggtatttga gtgacagtca aagtaattgc tgcgaactac tttccaagca tagaagtagc 161340 catcttctgt aatttcaata tcgtttgcta ccaagaaatc aaagagtcga gataccgctt 161400 tttggcttgg gttttccagc agattttcca agaacggaaa ataaaattca aagttttcgc 161460 ctttttccat cgagtcaaga atacgatcaa ccaaaccaga ccgcaattca atattttgat 161520 agaacaagct tccaccttca attcgaacat cgccggaaat atatttttca acagcgcgac 161580 gaacattaat tttttgtgcc gcttcttcca gcttatccgc tacaagcaga ttaagaattt 161640 cctggaagtt tgaatgagta ttaggagttg cgttataagt tacaccgtca acagtaattg 161700 aaatgaattt tttagatgca ttccaaataa tgtcagattt agcaactgga gcaataacta 161760 catcgctatt aactttaact gtaatatcac cgctaatagt aactttagag cgtttagctt 161820 cttcagcatt tttcaaaaca cgacggattg tgtcaaccga tacaccttgc caatcagcca 161880 attcctgttg ggtgtaatta ccacttgaat acagcttaac aatttcagct tgttcgtttt 161940 tggtcaggca tttaatattg tacataattt tcctta 161976

Claims (44)

  1. 부착-침습성 대장균 균주에서 용균 감염을 일으킬 수 있는 박테리오파지 균주 및 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 조성물로서, 박테리오파지 균주는 ATCC에 수탁번호 PTA-121408로 기탁된 균주 ECML-123-2, 또는 이의 변이체 균주이고, 변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 80% 이상의 게놈 전체 평균 뉴클레오티드 동일성(gANI)을 갖는, 조성물.
  2. 제1항에 있어서, 다음 중에서 선택된 하나 이상의 박테리오파지 균주를 추가로 포함하는 조성물:
    프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4695로 기탁된 균주 P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P2에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐);
    프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4700으로 기탁된 균주 P8 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P8에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐);
    프랑스 국립 미생물 컬렉션(Institut Pasteur)에 수탁번호 CNCM I-4675로 기탁된 균주 CLB_P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 CLB_P2에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐);
    ATCC에 수탁번호 PTA-8351로 기탁된 균주 ECML-119 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-119에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐);
    ATCC에 수탁번호 PTA-121407로 기탁된 균주 ECML-363 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-363에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐); 및
    ATCC에 수탁번호 PTA-121406으로 기탁된 균주 ECML-359 또는 이의 변이체(변이체는 상기 박테리오파지 균주 ECML-359에 대해 80% 이상의 gANI를 가짐).
  3. 제2항에 있어서, 존재하는 박테리오파지 균주는 다음을 포함하거나 이로 이루어진, 조성물:
    균주 ECML-123-2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P2에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 P8 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P8에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 CLB_P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 CLB_P2에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 ECML-119 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-119에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 ECML-363 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-363에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐); 및
    균주 ECML-359 또는 이의 변이체(변이체는 상기 박테리오파지 균주 ECML-359에 대해 90% 이상의 gANI를 가짐).
  4. 제2항에 있어서, 존재하는 박테리오파지 균주는 다음을 포함하거나 이로 이루어진, 조성물:
    균주 ECML-123-2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P2에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 P8 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 P8에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 CLB_P2 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 CLB_P2에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 ECML-119 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-119에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐);
    균주 ECML-363 또는 이의 변이체 균주(변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-363에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐); 및
    균주 ECML-359 또는 이의 변이체(변이체는 상기 박테리오파지 균주 ECML-359에 대해 95% 이상의 gANI를 가짐).
  5. 제2항에 있어서, 존재하는 박테리오파지 균주는 균주 ECML-123-2, P2, P8, CLB_P2, ECML-119, ECML-363, 및 ECML-359 각각의 박테리오파지를 포함하거나 이로 이루어진, 조성물.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 프로바이오틱 박테리아 및 프로바이오틱 효모 중 하나 이상을 추가로 포함하는 조성물.
  7. 제6항에 있어서, L. 액시도필러스, L. 람노서스, L. 가세리, L. 루테리, L. 불가리쿠스, L. 플란타럼, L. 존소니, L. 파라카세이, L. 카세이, L. 살리바리우스, L. 락티스, B. 비피덤, B. 롱검, B. 브레베, B. 인판티스, B. 락티스, B. 아돌레센티스, 스트렙토코커스 써모필루스, 바실러스 세루스, 바실러스 서브틸리스, 및 이들의 임의의 조합 중 하나 이상으로부터 선택된 프로바이오틱 박테리아를 포함하는 조성물.
  8. 제6항 또는 제7항에 있어서, 사카로마이세스 세레비시애, 사카로마이세스 보울라디이, 사카로마이세스 세레비시애 변이 보울라디이, 이사첸키아 옥시덴탈리스, 라찬세아 써모톨레란스, 메츠니코비아 지지피콜라, 토룰라스포라 델브루에키이, 및 이들의 임의의 조합 중 하나 이상으로부터 선택된 프로바이오틱 효모를 포함하는 조성물.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 경구 투약 형태(임의로, 장용 코팅을 구비하고, 임의로, 정제, 경질 겔 캡슐, 연질 겔 캡슐, 당의정, 분말, 과립, 용액, 현탁액, 분산액, 시럽, 및 마이크로겔 중에서 선택된 형태임)로 제공되는 조성물.
  10. 제9항에 있어서, 위산 감소제(임의로, 위산 중화제 및 양성자 펌프 억제제 중에서 선택됨)를 추가로 포함하는 조성물.
  11. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서,
    직장 투약 형태(임의로, 좌제, 관장제, 직장 폼, 로션, 또는 겔 형태);
    질 투약 형태(임의로, 좌제, 크림 질 폼, 로션, 또는 겔 형태);
    폐 투약 형태(임의로, 분말, 에어로졸, 네뷸라이저, 또는 취입기 조성물 형태); 및
    주사용 투약 형태
    중에서 선택된 투약 형태로 제공되는 조성물.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 약학적 조성물 또는 일반의약품 조성물인 조성물.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 식이 보충제, 뉴트라수티컬 조성물, 영양 보충제, 또는 프로바이오틱 조성물인 조성물.
  14. AIEC 집락화 또는 감염의 위험 감소, 또는 예방, 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 이의 위험을 감소시키거나, 이를 예방하거나 치료하거나, 또는 염증성 장질환(IBD), 요로 감염(UTI), 신생아 수막염, 천식, 만성 폐쇄성 폐질환(COPD), 기관지염, 폐렴, 및 폐암 중 하나 이상의 치료를 필요로 하는 대상체에서 이를 치료하거나, 또는 인간 대상체의 미생물군집을 조절하는 방법으로서, 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 따른 박테리오파지 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  15. AIEC 집락화 또는 감염의 위험 감소, 또는 예방, 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 이의 위험을 감소시키거나, 이를 예방하거나 치료하거나, 또는 염증성 장질환(IBD), 요로 감염(UTI), 신생아 수막염, 천식, COPD, 기관지염, 폐렴, 및 폐암 중 하나 이상의 치료를 필요로 하는 대상체에서 이를 치료하거나, 또는 인간 대상체의 미생물군집을 조절하는 데 사용하기 위한, 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 따른 박테리오파지 조성물.
  16. AIEC 집락화 또는 감염의 위험 감소, 또는 예방, 또는 치료를 필요로 하는 대상체에서 이의 위험을 감소시키거나, 이를 예방하거나 치료하거나, 또는 염증성 장질환(IBD), 요로 감염(UTI), 신생아 수막염, 천식, COPD, 기관지염, 폐렴, 및 폐암 중 하나 이상의 치료를 필요로 하는 대상체에서 이를 치료하거나, 또는 인간 대상체의 미생물군집을 조절하기 위한 의약의 제조에 있어서, 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 따른 박테리오파지 조성물의 용도.
  17. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체는 AIEC에 의해 집락화 또는 감염될 위험이 있거나 AIEC에 의해 집락화 또는 감염된, 방법, 조성물, 또는 용도.
  18. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, AIEC는 대상체의 소장 또는 대장 중 하나 이상에 존재하는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  19. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, AIEC는 대상체의 결장에 존재하는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  20. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, AIEC는 대상체의 요로에 존재하는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  21. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, AIEC는 대상체의 폐에 존재하는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  22. 제14항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, AIEC는 LF82, 07081, 07082, 07076, 및 06075 중에서 선택된 하나 이상의 균주의 것이고, 임의로 AIEC는 균주 LF82이거나 이를 포함하는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  23. 제14항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 방법 또는 용도는 대상체의 소장, 대장, 결장, 요로, 뇌, 및 폐 중 하나 이상에서 AIEC 집락화를 감소시키거나 예방하는 데 효과적인, 방법, 조성물, 또는 용도.
  24. 제14항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체는 염증성 장질환(IBD)을 앓고 있고, 임의로 대상체는 크론병(CD), 또는 궤양성 대장염(UC), 또는 수술 후(임의로, CD 환자에서 소장의 적어도 일부를 제거하는 수술 후) 회장 병변의 재발을 앓고 있는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  25. 제14항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물은 경구 투여되는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  26. 제25항에 있어서, 대상체에게 위산 감소제(임의로, 위산 중화제 및 양성자 펌프 억제제 중에서 선택됨)를 경구 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  27. 제14항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 박테리오파지 조성물은 직장, 질, 폐, 및 주사 중에서 선택된 경로로 투여되는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  28. 제14항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 방법 또는 용도는 대상체에게 프로바이오틱을 투여하는 단계를 추가로 포함하고, 임의로 프로바이오틱은 박테리오파지와 동일한 조성물로 제공되고, 임의로 조성물은 경구 투여되는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  29. 제14항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체는 추가로 분변 미생물군 이식 치료를 받는, 방법, 조성물, 또는 용도.
  30. ATCC에 수탁번호 PTA-121408로 기탁된 균주 ECML-123-2의 단리된 박테리오파지.
  31. 제30항의 박테리오파지의 단리된 변이체 균주로서, 변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 80% 이상의 gANI를 갖고, 임의로 변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2의 자손인, 단리된 변이체 균주.
  32. 제31항에 있어서, 변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 90% 이상의 gANI를 갖는, 단리된 변이체 균주.
  33. 제31항에 있어서, 변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 95% 이상의 gANI를 갖는, 단리된 변이체 균주.
  34. 제31항에 있어서, 변이체 균주는 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2에 대해 98% 이상 또는 99.9% 이상의 gANI를 갖는, 단리된 변이체 균주.
  35. 제30항 내지 제34항 중 어느 한 항의 박테리오파지 균주의 단리된 자손 균주로서, 상기 박테리오파지 균주 ECML-123-2의 RFLP DNA 프로파일과 실질적으로 동등한 RFLP DNA 프로파일을 갖는 자손 균주.
  36. 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항에 따른 박테리오파지 균주에 의해 생성된 용해 효소를 포함하는 조성물.
  37. 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항에 따른 박테리오파지 균주의 유도체 산물을 포함하는 조성물로서, 유도체 산물은 AIEC에 대해 활성을 갖거나, 또는 AIEC에 대해 활성을 갖는 산물을 암호화하고, 임의로 유도체 산물은 DNA, cDNA, mRNA 및 합성 폴리뉴클레오티드 서열, DNA/RNA 하이브리드, 및 시그마 억제인자 유전자 및 이의 발현 산물 중에서 선택된 하나 이상인, 조성물.
  38. 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항에 따른 박테리오파지 균주 또는 이의 용해 효소로 AIEC 균주를 용해시켜 얻은 AIEC 박테리아 용해물을 포함하는 백신.
  39. AIEC 감염에 대해 대상체에게 백신을 접종하는 데 사용하기 위한, 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항에 따른 박테리오파지 균주 또는 이의 용해 효소로 AIEC 균주를 용해시켜 얻은 AIEC 박테리아 용해물.
  40. AIEC 감염에 대해 대상체에게 백신을 접종하기 위한 의약의 제조에 있어서 AIEC 박테리아 용해물의 용도로서, AIEC 박테리아 용해물은 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항에 따른 박테리오파지 균주 또는 이의 용해 효소로 AIEC 균주를 용해시켜 얻어지는, 용도.
  41. AIEC 감염에 대해 대상체에게 백신을 접종하는 방법으로서, 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항의 박테리오파지 균주로 AIEC 균주를 용해시켜 얻은 박테리아 용해물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  42. 샘플에서 AIEC 박테리아를 검출하는 방법으로서, 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항의 박테리오파지 또는 이의 용해 효소로 샘플을 처리함으로써, 측정가능한 AIEC 박테리아 산물의 방출을 특이적으로 유도하고, 방출된 AIEC 박테리아 산물을 측정하는 단계를 포함하는 방법.
  43. 제42항에 있어서, 방출된 AIEC 박테리아 산물은 아데노신 삼인산(ATP) 및 단백질 키나제(AKT) 중 하나 이상인, 방법.
  44. 제42항 또는 제43항에 있어서, 샘플은 대상체로부터 얻은 분변 샘플인, 방법.
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