KR20230145051A - 아데노바이러스 유전자 치료 벡터 - Google Patents

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KR20230145051A
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소우미트라 로이
아쉬빈 레디 바쉬얌
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엔소마, 인코포레이티드
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Abstract

본 개시내용은 예를 들면 생체내 유전자 치료를 위한 HSC의 효과적인 형질도입을 특징으로 하는 아데노바이러스 벡터를 포함한다. 본 개시내용은, 다른 것들 중에서, Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad37 및 Ad50 벡터 및 게놈을 포함한다. 본 개시내용의 Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad37 및 Ad50 벡터 및 게놈은 치료학적 페이로드를 포함할 수 있다.

Description

아데노바이러스 유전자 치료 벡터
우선권 출원
본 출원은 2020년 12월 22일에 출원된 미국 가출원 제63/129,233호의 이익을 주장하고, 이의 내용은 본원에 의해 그 전체가 본원에 참고로 포함된다.
많은 의학 병태는 유전 돌연변이에 의해 야기되고/되거나 적어도 부분적으로 유전자 치료에 의해 치료 가능하다. 일부 병태는 특히 조혈 줄기 세포(HSC: hematopoietic stem cell)의 변형에 의해 치료 가능하다. HSC 유전자 치료에 대한 조성물 및 방법이 따라서 필요하다.
유전자 치료는 제한 없이 헤모글로빈병증, 면역 결핍 및 암을 포함하는 유전 성분을 갖는 많은 병태를 치료할 수 있다. 다양한 유전자 치료에서, 조혈 줄기 세포(HSC)는 중요한 표적이다. 그러나, HSC를 변형시키기 위한 현재의 방법 및 조성물은 제한된다. 예를 들면, 유전자 치료에 대한 일부 벡터, 예컨대 렌티바이러스는 비교적 제한된 페이로드 용량을 갖는다. 아데노바이러스 혈청형 5와 같은 다른 것은 실질적인 페이로드 용량을 특징으로 하지만, 인간의 상당한 비율이 벡터 단백질에 대항하여 지향된 항체를 가지며 충분히 널리 퍼져 있고, 이들 항체 중 일부는 중화일 수 있다. 더욱이, 상이한 바이러스 벡터는 다양한 세포 유형, 예컨대 HSC에 대한 구별되는 형질도입 효율을 특징으로 한다. 본 개시내용은 HSC에 대한 높은 페이로드 용량 및 높은 형질도입 효율을 특징으로 하는 아데노바이러스 혈청형을 확인하였다.
본 개시내용은, 다른 것들 중에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터 및 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈(예를 들면, "재조합" 또는 "조작된" 아데노바이러스 벡터 및 아데노바이러스 게놈)을 포함한다. 본 개시내용의 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터 및 게놈은 다양한 페이로드를 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 페이로드는 CRISPR 시스템, 염기 편집 시스템, 프라임 편집 시스템 또는 다른 발현 산물을 암호화하는 핵산 서열 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 본 개시내용은, 다른 것들 중에서, 질환 또는 병태의 치료에 함께 기여하는 복수의 발현 산물을 암호화하는 핵산 서열을 포함하는 조합 아데노바이러스 벡터 및 아데노바이러스 게놈을 포함한다. 본 개시내용은 핵산 페이로드의 표적 세포 게놈으로의 통합을 위해, 다른 것들 중에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 아데노바이러스 벡터 및 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 아데노바이러스 게놈을 포함한다. 본 개시내용은, 다른 것들 중에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 아데노바이러스 공여자 게놈, 헬퍼 의존적 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 아데노바이러스 공여자 벡터, 헬퍼 의존적 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 아데노바이러스 공여자 게놈, 지지 벡터, 지지 게놈, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 벡터, 및 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 게놈을 포함한다. 의심을 피하기 위해, "Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50"과 같은 혈청형의 목록은 대안적으로 "Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad37 또는 Ad50"으로 써질 수 있다.
적어도 하나의 양태에서, 본 개시내용은 포유류 대상체에서의 생체내 유전자 치료의 방법을 제공하고, 상기 방법은 대상체에게 아데노바이러스 벡터를 투여하는 단계를 포함하고, 아데노바이러스 벡터는 (a) Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad37 또는 Ad50 혈청형(예를 들면, 혈청형의 기준 폴리펩타이드와 적어도 80%의 서열 동일성을 가짐)의 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드를 포함하는 캡시드(여기서, 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드는 (i) 섬유 매듭(fiber knob); (ii) 섬유 샤프트; (iii) 섬유 꼬리; (iv) 펜톤; 및 (v) 헥손 중 하나 이상을 포함함); 및 (b) 이종성 핵산 페이로드를 포함하는 이중 가닥 DNA 게놈을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 게놈은 추가로 (a) 3' ITR 및 5' ITR(여기서, 3' ITR 및 5' ITR의 각각은 바이러스 폴리펩타이드 혈청형을 가짐(예를 들면, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형과 동일한 혈청형의 기준 서열과 적어도 80%의 서열 동일성을 가짐)), (b) 패키징 서열(여기서, 패킹 서열은 바이러스 폴리펩타이드 혈청형을 가짐)을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 상기 방법은 아데노바이러스 벡터의 투여 전에 대상체의 조혈 줄기 세포의 동원을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 이종성 핵산 페이로드는 선택 가능한 마커를 포함하고, 선택적으로 선택 가능한 마커는 MGMTP140K이다. 다양한 실시형태에서, 상기 방법은 대상체에게 선택 제제를 투여하는 단계를 포함하고, 선택적으로 선택 제제는 O6BG 및/또는 BCNU를 포함한다. 다양한 실시형태에서, 상기 방법은 대상체에게 하나 이상의 면역억제 제제를 투여하는 단계를 포함하고, 선택적으로 하나 이상의 면역억제 제제의 투여는 아데노바이러스 벡터의 투여 전이다.
적어도 하나의 양태에서, 본 개시내용은 (a) Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad37 또는 Ad50 혈청형의 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드를 포함하는 캡시드(여기서, 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드는 (i) 섬유 매듭; (ii) 섬유 샤프트; (iii) 섬유 꼬리; (iv) 펜톤; 및 (v) 헥손 중 하나 이상을 포함함); 및 (b) 이종성 핵산 페이로드를 포함하는 이중 가닥 DNA 게놈을 포함하는 아데노바이러스 공여자 벡터를 제공한다. 다양한 실시형태에서, 게놈은 추가로 (a) 3' ITR 및 5' ITR(여기서, 3' ITR 및 5' ITR의 각각은 바이러스 폴리펩타이드 혈청형을 가짐); 및 (b) 패키징 서열(여기서, 패킹 서열은 바이러스 폴리펩타이드 혈청형을 가짐)을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 이종성 핵산 페이로드는 선택 가능한 마커를 포함하고, 선택적으로 선택 가능한 마커는 MGMTP140K이다.
본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드는 (a) 섬유 매듭 및 섬유 샤프트; (b) 섬유 매듭 및 섬유 꼬리; (c) 섬유 매듭 및 펜톤; (d) 섬유 매듭 및 헥손; (e) 섬유 매듭, 헥손 및 펜톤; (f) 섬유 샤프트 및 섬유 꼬리; (g) 섬유 샤프트 및 펜톤; (h) 섬유 샤프트 및 헥손; (i) 섬유 샤프트, 헥손 및 펜톤; (j) 섬유 꼬리 및 펜톤; (k) 섬유 꼬리 및 헥손; (l) 섬유 꼬리, 헥손 및 펜톤; (m) 섬유 매듭, 섬유 샤프트 및 섬유 꼬리; (n) 섬유 매듭, 섬유 샤프트 및 펜톤; (o) 섬유 매듭, 섬유 샤프트 및 헥손; (p) 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 헥손 및 펜톤; (q) 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리 및 펜톤; (r) 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리, 펜톤 및 헥손; 또는 (s) 펜톤 및 헥손을 포함한다.
본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 섬유 매듭은 서열 번호 14, 30, 46, 62, 78, 94, 110, 126 및 142로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 섬유 샤프트는 서열 번호 13, 29, 45, 61, 77, 93, 109, 125 및 141로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 섬유 꼬리는 서열 번호 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164 및 165로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 펜톤은 서열 번호 15, 31, 47, 63, 79, 95, 111, 127 및 143으로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 헥손은 서열 번호 16, 32, 48, 64, 80, 96, 112, 128 및 144로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 아데노바이러스 벡터는 바이러스 펩타이드의 혈청형의 섬유를 포함한다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 섬유는 서열 번호 12, 28, 44, 60, 76, 92, 108, 124 및 140으로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는다.
본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 아데노바이러스 벡터는 캡시드가 바이러스 펩타이드의 혈청형을 갖지 않는 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리, 헥손 또는 펜톤 중 적어도 하나를 포함한다는 점에서 규명된 키메라 벡터이다.
본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 아데노바이러스 벡터는 헬퍼 의존적 벡터이다.
적어도 하나의 양태에서, 본 개시내용은 (a) 3' ITR 및 5' ITR(여기서, 3' ITR 및 5' ITR은 Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad37 또는 Ad50 혈청형으로부터 선택된 동일한 혈청형의 각각임); (b) 패키징 서열(여기서, 패킹 서열은 ITR 혈청형을 가짐); 및 (c) 이종성 핵산 페이로드를 포함하는 아데노바이러스 공여자 벡터 게놈을 제공한다. 특정 실시형태에서, 이종성 핵산 페이로드는 선택 가능한 마커를 포함하고, 선택적으로 선택 가능한 마커는 MGMTP140K이다.
본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 이종성 핵산 페이로드는 단백질을 암호화한다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 이종성 핵산 페이로드는 작은 RNA를 암호화하고, 선택적으로 작은 RNA는 shRNA이다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 이종성 핵산 페이로드는 유전자 편집 효소 또는 시스템을 암호화하고, 유전자 편집은 CRISPR 편집, 염기 편집, 프라임 편집 또는 징크 핑거 뉴클레아제 편집으로부터 선택된다.
본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 이종성 핵산 페이로드는 헤모글로빈병증, 혈소판 장애, 판코니 빈혈, 알파-1 항트립신 결핍증, 겸상 세포 빈혈, 지중해빈혈, 중간형 지중해빈혈, 폰 빌레브란트 질환, A형 혈우병, B형 혈우병, V 인자 결핍증, VII 인자 결핍증, X 인자 결핍증, XI 인자 결핍증, XII 인자 결핍증, XIII 인자 결핍증, 베르나르 술리에 증후군, 그레이 혈소판 증후군, 점액다당류증, 낭성 섬유증, 테이 삭스병 및 페닐케톤뇨증으로부터 선택된 병태의 치료를 위한 제제를 암호화한다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 이종성 핵산 페이로드는 그레이브병, 류마티스성 관절염, 악성 빈혈, 다발성 경화증(MS), 염증성 장 질환, 전신 홍반 루푸스(SLE), 아데노신 데아미나제 결핍증(ADA-SCID) 또는 중증 복합 면역결핍 질환(SCID), 비스코트 올드리치 증후군(WAS), 만성 육아종 질환(CGD), 아데노신 데아미나제 2의 결핍증, 판코니 빈혈(FA), 배턴병, 부신백질이영양증(ALD) 또는 이염백질이영양증(MLD), 근이영양증, 폐포 단백증(PAP), 피루베이트 키나제 결핍증, 슈바크만 다이아몬드 블랙판 빈혈, 선천성 각화이상증, 낭성 섬유증, 파킨슨병, 알츠하이머병 및 근위축성 측색 경화증(루게릭병)으로부터 선택된 병태의 치료를 위한 제제를 암호화한다.
본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad34이다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad3이다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad7이다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad11이다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad14이다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad16이다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad21이다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad37이다. 본 개시내용에 의해 제공된 양태의 다양한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad50이다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용은 본 개시내용의 아데노바이러스 벡터를 포함하는 약학 조성물을 제공하고, 약학 조성물은 이를 필요로 하는 대상체에 대한 주사를 위해 제형화된다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용은 아데노바이러스 벡터가 CD34+ 세포, CD34+고 세포, CD34+/CD90+ 세포 및/또는 CD34+고/CD90+ 세포를 감염시키고/시키거나 형질도입하는 방법, 벡터, 게놈 또는 약학 조성물을 제공하고, 선택적으로 세포는 조혈 세포이다.
정의
일, 하나, 이 : 본원에 사용된 것과 같이, "일", "하나" 및 "이"는 하나 또는 하나 초과(즉, 적어도 하나)의 관사의 문법적 목적어를 지칭한다. 예에 의해, "요소"는 정확히 하나의 요소의 실시형태 및 하나 초과의 요소를 포함하는 실시형태를 개시한다.
: 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "약"은 값을 언급하며 사용될 때 문맥에서 언급된 값과 유사한 값을 지칭한다. 일반적으로, 이 문맥과 친숙한 당업자는 그 맥락에서 "약"에 의해 포함된 관련 변동 정도를 이해할 것이다. 예를 들면, 일부 실시형태에서, 용어 "약"은 언급된 값의 25%, 20%, 19%, 18%, 17%, 16%, 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1% 또는 미만인 값의 범위를 포함할 수 있다.
투여 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "투여"는 통상적으로 조성물이거나 조성물에 포함된 제제의 전달을 달성하기 위해 대상체 또는 시스템에 대한 조성물의 투여를 지칭한다.
적응 세포 치료 : 본원에 사용된 것과 같이, "적응 세포 치료" 또는 "ACT"는 대상체, 예를 들면 병태, 장애 또는 질환의 치료를 필요로 하는 대상체로의 치료 활성을 갖는 세포의 운반을 수반한다. 일부 실시형태에서, ACT는 세포의 생체외 및/또는 시험관내 조작 및/또는 팽창 후 세포의 대상체로의 운반을 포함한다.
친화도 : 본원에 사용된 것과 같이, "친화도"는 특정한 결합 제제(예를 들면, 바이러스 벡터) 및/또는 이의 결합 모이어티와 결합 표적(예를 들면, 세포) 사이의 비공유 상호작용의 총 합의 강도를 지칭한다. 달리 표시되지 않는 한, 본원에 사용된 것과 같이, "결합 친화도"는 결합 제제와 이의 결합 표적(예를 들면, 바이러스 벡터와 바이러스 벡터의 표적 세포) 사이의 1:1 상호작용을 지칭한다. 당업자는 친화도의 변경이 기준품에 대한 비교(예를 들면, 기준품에 대한 증가 또는 감소)에 의해 기술될 수 있거나, 숫자로 기술될 수 있다는 것을 이해한다. 친화도는 비제한적인 예로서 평형 해리 상수(KD) 및/또는 평형 회합 상수(KA)를 포함하는 당해 분야에 알려진 다수의 방식으로 측정되고/되거나 표현될 수 있다. KD는 koff/kon의 몫인 반면, KA는 kon/koff의 몫이고, 여기서 kon은 예를 들면 바이러스 벡터와 표적 세포의 회합 속도 상수를 지칭하고, koff는 예를 들면 표적 세포로부터의 바이러스 벡터의 해리를 지칭한다. kon 및 koff는 당업자에게 알려진 기법에 의해 결정될 수 있다.
제제 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "제제"는 제한 없이 원자, 분자, 화합물, 아미노산, 폴리펩타이드, 뉴클레오타이드, 핵산, 단백질, 단백질 복합체, 액체, 용액, 사카라이드, 폴리사카라이드, 지질, 또는 이들의 조합 또는 복합체 중 임의의 하나 이상을 포함하는 임의의 화학 집합체를 지칭할 수 있다.
동종이계 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "동종이계"는 또 다른 대상체로 이후 도입된 1명의 대상체로부터 유래된 임의의 재료, 예를 들면 동종이계 HSC 이식을 지칭한다.
사이 또는 로부터 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "사이"는 표시된 상부와 하부 사이에 또는 경계를 포함하는 제1 경계와 제2 경계 사이에 해당하는 함량을 지칭한다. 유사하게, 용어 "로부터"는 값의 범위의 맥락에서 사용될 때 그 범위가 표시된 상부와 하부 사이에 또는 경계를 포함하는 제1 경계와 제2 경계 사이에 해당하는 함량을 포함한다는 것을 나타낸다.
결합 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "결합"은 2종 이상의 제제 사이의 또는 중의 비공유 회합을 지칭한다. "직접적인" 결합은 제제 사이의 물리적 접촉을 수반하고; 간접적인 결합은 하나 이상의 중간체 제제와의 물리적 접축에 의한 물리적 상호작용을 수반한다. 2종 이상의 제제 사이의 결합은 상호작용 제제가 단리 시 또는 더 복잡한 시스템의 맥락에서(예를 들면, 공유로 또는 달리 담체 제제와 회합되어 그리고/또는 생물학적 시스템 또는 세포에서) 연구되는 경우를 포함하여 임의의 여러 가지의 맥락에서 생기고/생기거나 평가될 수 있다.
암: 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "암"은 세포가 비정상적으로 상승된 증식 속도 및/또는 상당한 세포 증식 제어 소실을 특징으로 하는 비정상 성장 표현형을 나타내도록 세포가 비교적 비정상인, 비제어된 및/또는 자율적인 성장을 나타내는 병태, 장애 또는 질환을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 암은 하나 이상의 종양을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암은 전암성(예를 들면, 양성), 악성, 전전이성, 전이성 및/또는 비전이성인 세포이거나 이것을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암은 고형 종양이거나 이것을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 암은 혈액학적 종양이거나 이것을 포함할 수 있다.
키메라 항원 수용체 : 본원에 사용된 것과 같이, "키메라 항원 수용체" 또는 "CAR"은 (i) 표적 항원에 결합하는 모이어티를 포함하는 세포외 도메인; (ii) 막관통 도메인; 및 (iii) CAR이 표적 항원과의 세포외 결합 모이어티의 결합에 의해 자극될 때 활성화 신호를 송신하는 세포내 신호전달 도메인을 포함하는 조작된 단백질을 지칭한다. CAR은 또한 키메라 T 세포 수용체 또는 키메라 면역수용체로서 알려져 있다.
조합 치료 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "조합 치료"는 2종 이상의 제제 또는 요법이 함께 대상체의 병태, 장애 또는 질환을 치료하도록 2종 이상의 제제 또는 요법의 대상체에 대한 투여를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 2개 이상의 치료제 또는 요법은 동시에, 순차적으로 또는 중첩하는 투약 요법에서 투여될 수 있다. 당업자는 조합 치료가 2개의 제제 또는 요법이 단일 조성물에서 함께 투여되는 것을 포함하지만 이를 요하지 않고, 동시에 투여되는 것도 요하지 않는다는 것을 이해할 것이다.
제어 발현 또는 활성 : 본원에 사용된 것과 같이, 제1 요소(예를 들면, 단백질, 예컨대 전사 인자 또는 핵산 서열, 예컨대 프로모터)는 제2 요소(예를 들면, 단백질 또는 단백질과 같은 제제를 암호화하는 핵산)의 발현 또는 활성이 적어도 하나의 조건 세트 하에 제1 요소의 상태(예를 들면, 존재, 부재, 형태, 화학 변형, 상호작용 또는 다른 활성)에 따라 전체적으로 또는 부분적으로 달라지면 제2 요소의 발현 또는 활성을 "제어" 또는 "유도"한다. 발현 또는 활성의 제어는 예를 들면 제1 요소의 상태의 변경이 적어도 하나의 조건 세트 하에 기준 대조군과 비교하여 적어도 10%(예를 들면, 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 100배)의 제2 요소의 발현 또는 활성의 변경을 생성시킬 수 있다는 점에서 실질적인 제어 또는 활성일 수 있다.
상응하는 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "상응하는"은 적절한 기준 화합물 또는 조성물과의 비교를 통해 화합물 또는 조성물에서 구조 요소의 위치/동일성을 지칭하도록 사용될 수 있다. 예를 들면, 일부 실시형태에서, 중합체에서의 단량체 잔기(예를 들면, 폴리펩타이드에서의 아미노산 잔기 또는 폴리뉴클레오타이드에서의 핵산 잔기)는 적절한 기준 중합체에서의 잔기에 "상응하는" 것으로 확인될 수 있다. 예를 들면, 당업자는 제공된 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드 서열에서의 잔기가 대개 (예를 들면, 이러한 지칭이 제공된 서열의 글자상 넘버링을 반영하지 않더라도) 관련된 기준 서열의 체계에 따라 지칭(예를 들면, 넘버링 또는 표지)된다는 것을 이해한다. 예시에 의해 기준 서열이 100번 내지 110번 위치에서의 특정한 아미노산 모티프를 포함하고 제2 관련된 서열이 110번 내지 120번 위치에서의 동일한 모티프를 포함하면, 제2 관련된 서열의 모티프 위치는 기준 서열의 100번 내지 110번 위치에 "상응"한다고 말해질 수 있다. 당업자는 상응하는 위치가 예를 들면 서열의 정렬에 의해 용이하게 확인될 수 있고, 이러한 정렬이 제한 없이, 예를 들면 BLAST, CS-BLAST, CUDASW++, DIAMOND, FASTA, GGSEARCH/GLSEARCH, Genoogle, HMMER, HHpred/HHsearch, IDF, Infernal, KLAST, USEARCH, 패러세일(parasail), PSI-BLAST, PSI-Search, ScalaBLAST, Sequilab, SAM, SSEARCH, SWAPHI, SWAPHI-LS, SWIMM 또는 SWIPE와 같은 소프트웨어 프로그램을 포함하는 임의의 여러 가지의 알려진 도구, 전략 및/또는 알고리즘에 의해 흔히 달성된다는 것을 이해한다.
투약 요법: 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "투약 요법"은 통상적으로, 각각이 일정 기간에 의해 다른 것의 투여로부터 분리되는, 복수의 단위 용량 투여를 포함하는 대상체에게 투여되는 일련의 하나 이상의 동일한 또는 상이한 단위 용량을 지칭할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 투약 요법의 하나 이상 또는 모든 단위 용량은 동일할 수 있거나 변할 수 있다(예를 들면, 시간에 걸쳐 증가하거나, 시간에 걸쳐 감소하거나, 대상체 및/또는 의학 실행자의 결정에 따라 조정될 수 있음). 다양한 실시형태에서, 각각의 용량 사이의 기간의 하나 이상 또는 모두는 동일할 수 있거나 변할 수 있다(예를 들면, 시간에 걸쳐 증가하거나, 시간에 걸쳐 감소하거나, 대상체 및/또는 의학 실행자의 결정에 따라 조정될 수 있음). 일부 실시형태에서, 주어진 치료제는 하나 이상의 용량을 수반할 수 있는 추천된 투약 요법을 갖는다. 통상적으로, 판매되는 약물의 적어도 하나의 추천된 투약 요법은 당업자에게 알려져 있다. 일부 실시형태에서, 투약 요법은 관련 집단에 걸쳐 투여될 때 원하는 또는 유리한 결과와 상관된다(즉, 치료학적 투약 요법임).
하류 상류: 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "하류"는 제1 DNA 영역이 제2 DNA 영역에 비해 제1 DNA 영역 및 제2 DNA 영역을 포함하는 핵산의 C 말단에 더 가깝다는 것을 의미한다. 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "상류"는 제1 DNA 영역이 제2 DNA 영역에 비해 제1 DNA 영역 및 제2 DNA 영역을 포함하는 핵산의 N 말단에 더 가깝다는 것을 의미한다.
유효량: "유효량"은 대상체에서 원하는 생리학적 변화를 생성시키는 데 필요한 제형의 양이다. 유효량은 대개 조사 목적을 위해 투여된다.
조작된 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "조작된"은 사람 손에 의해 조작되는 양태를 지칭한다. 예를 들면, 폴리뉴클레오타이드는 자연에서 그 순서에서 함께 연결되지 않은 2개 이상의 서열이 조작된 폴리뉴클레오타이드에서 서로에 직접 연결되는 사람 손에 의해 조작될 때 "조작"된다고 여겨진다. 당업자는 "조작된" 핵산 또는 아미노산 서열이 재조합 핵산 또는 아미노산 서열일 수 있고 "유전적으로 조작"된다고 지칭될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 일부 실시형태에서, 조작된 폴리뉴클레오타이드는 제1 서열과 자연에서 작동 가능하게 연결된 것으로 발견되지만, 제2 서열과 자연에서 작동 가능하게 연결된 것으로 발견되지 않고, 사람 손에 의해 제2 서열에서 작동 가능하게 연결된 조작된 폴리뉴클레오타이드에 있는, 암호화 서열 및/또는 조절 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 세포 또는 유기체는 이것이 이의 유전 정보가 변경되도록 조작되면 "조작된" 또는 "유전적으로 조작된" 것으로 여겨진다(예를 들면, 이전에 존재하지 않은 새로운 유전 재료는 예를 들면 형질전환, 메이팅, 체세포 혼성화, 형질주입, 형질도입 또는 다른 기전에 의해 도입되거나 이전에 존재한 유전 재료는 예를 들면 치환, 결실 또는 메이팅에 의해 변경되거나 제거됨). 흔한 실행이고 당업자에 의해 이해되는 것처럼, 조작된 폴리뉴클레오타이드 또는 세포의, 완전 또는 불완전, 자손 또는 카피는 통상적으로 여전히 직접적인 조작이 이전의 집합체이더라도 "조작된" 것으로 지칭된다.
부형제: 본원에 사용된 것과 같이, "부형제"는 예를 들면 원하는 일관성 또는 안정화 효과를 제공하거나 기여하기 위해 약학 조성물에 포함될 수 있는 비치료제를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 적합한 약학 부형제는 예를 들면 전분, 글루코스, 락토스, 수크로스, 젤라틴, 맥아, 쌀, 밀가루, 백악, 실리카 겔, 스테아르산나트륨, 글리세롤 모노스테아레이트, 탈크, 염화나트륨, 탈지분유, 글리세롤, 프로필렌, 글리콜, 물, 에탄올 또는 기타를 포함할 수 있다.
발현 : 본원에 사용된 것과 같이, "발현"은 개별적으로 및/또는 누적하여 암호화된 제제, 예컨대 단백질의 핵산 서열로부터의 생성을 발생시키는 하나 이상의 생물학적 과정을 지칭한다. 발현은 구체적으로는 전사 및 번역 중 어느 하나 또는 둘 다를 포함한다.
플랭크 : 본원에 사용된 것과 같이, 제2 요소 및 제3요소와 인접한 서열에 존재하는 제1 요소(예를 들면, 핵산 서열 또는 아미노산 서열)는 이것이 제2 요소와 제3요소 사이의 인접한 서열에 위치하면 제2 요소 및 제3요소에 의해 "플랭킹"된다. 따라서, 이러한 배열에서, 제2 요소 및 제3요소는 제1 요소를 "플랭킹"하는 것으로 지칭될 수 있다. 플랭킹 요소는 플랭킹된 요소에 바로 인접하거나 하나 이상의 관련 단위에 의해 플랭킹된 요소로부터 분리될 수 있다. 각각 인접한 서열이 핵산 또는 아미노산 서열이고, 관련 단위가 염기 또는 아미노산 잔기인 다양한 예에서, 플랭킹된 요소와 독립적으로 제1 플랭킹 요소 및/또는 제2 플랭킹 요소 사이에 있는 인접한 서열에서의 단위의 수는 예를 들면 50개 단위 이하, 예를 들면 50개, 45개, 40개, 35개, 30개, 25개, 20개, 15개, 10개, 5개, 4개, 3개, 2개, 1개 또는 0개 이하의 단위일 수 있다.
단편: 본원에 사용된 것과 같이, "단편"은 기준 제제(때때로 "모" 제제로 지칭됨)의 구별되는 부분을 포함하고/하거나 이들로 이루어진 구조를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 단편은 기준 제제에서 발견된 하나 이상의 모이어티가 결여된다. 일부 실시형태에서, 단편은 기준 제제에서 발견된 하나 이상의 모이어티를 포함하거나 이들로 이루어진다. 일부 실시형태에서, 기준 제제는 중합체, 예컨대 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드이다. 일부 실시형태에서, 중합체의 단편은 기준 중합체의 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 25개, 30개, 35개, 40개, 45개, 50개, 55개, 60개, 65개, 70개, 75개, 80개, 85개, 90개, 95개, 100개, 110개, 120개, 130개, 140개, 150개, 160개, 170개, 180개, 190개, 200개, 210개, 220개, 230개, 240개, 250개, 275개, 300개, 325개, 350개, 375개, 400개, 425개, 450개, 475개, 500개 이상의 단량체 단위(예를 들면, 잔기)를 포함하거나 이들로 이루어진다. 일부 실시형태에서, 중합체의 단편은 기준 중합체에서 발견된 단량체 단위(예를 들면, 잔기)의 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 25%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상을 포함하거나 이들로 이루어진다. 기준 중합체의 단편은 기준 중합체의 상응하는 부분과 반드시 동일하지는 않다. 예를 들면, 기준 중합체의 단편은 기준 중합체와 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 25%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 동일성을 갖는 잔기의 서열을 갖는 중합체일 수 있다. 단편은 기준 제제의 물리적 단편화에 의해 생성되거나 생성되지 않을 수 있다. 일부 경우에, 단편은 기준 제제의 물리적 단편화에 의해 생성된다. 일부 경우에, 단편은 기준 제제의 물리적 단편화에 의해 생성되지 않고, 대신에 예를 들면 신생 합성 또는 다른 수단에 의해 제조될 수 있다.
유전자, 전이유전자 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "유전자"는 선택적으로 암호화 서열의 발현을 제어하는 조절 서열의 일부 또는 전부와 함께 암호화 서열(즉, 발현 산물, 예컨대 RNA 산물 및/또는 폴리펩타이드 산물을 암호화하는 DNA 서열)이거나 이를 포함하는 DNA 서열을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 유전자는 비암호화 서열, 예컨대 제한 없이, 인트론을 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전자는 암호화 서열(예를 들면, 엑손성) 및 비암호화 서열(예를 들면, 인트론성) 둘 다를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 유전자는 프로모터인 조절 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전자는 (i) 소스 게놈과 같은 기준 맥락에서의 암호화 서열의 상류에 뉴클레오타이드의 미리 결정된 수를 연장시키는 DNA 뉴클레오타이드 및 (ii) 소스 게놈과 같은 기준 맥락에서의 암호화 서열의 하류에 뉴클레오타이드의 미리 결정된 수를 연장시키는 DNA 뉴클레오타이드 중 하나 또는 둘 다를 포함한다. 다양한 실시형태에서, 뉴클레오타이드의 미리 결정된 수는 500 bp, 1 kb, 2 kb, 3 kb, 4 kb, 5 kb, 10 kb, 20 kb, 30 kb, 40 kb, 50 kb, 75 kb 또는 100 kb일 수 있다. 본원에 사용된 것과 같이, "전이유전자"는 내인성이 아니거나 유전자가 존재하거나 유전자가 조작에 의해 배치될 수 있는 기준 맥락에 대해 자연적이 아닌 유전자를 지칭한다.
유전자 산물 또는 발현 산물 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "유전자 산물" 또는 "발현 산물"은 일반적으로 유전자로부터 전사된 RNA(전처리 및/또는 후처리) 또는 유전자로부터 전사된 RNA에 의해 암호화된 폴리펩타이드(변형전 및/또는 변형후)를 지칭한다.
숙주 세포, 표적 세포 : 본원에 사용된 것과 같이, "숙주 세포"는 외인성 DNA(재조합 또는 그 외), 예컨대 전이유전자가 도입된 세포를 지칭한다. 당업자는 "숙주 세포"가 외인성 DNA가 초기에 도입된 세포 및/또는 이의, 완전 또는 불완전, 자손 또는 카피일 수 있다는 것을 이해한다. 일부 실시형태에서, 숙주 세포는 하나 이상의 바이러스 유전자 또는 전이유전자를 포함한다. 일부 실시형태에서, 의도된 또는 잠재적인 숙주 세포는 표적 세포라 지칭될 수 있다.
다양한 실시형태에서, 숙주 세포 또는 표적 세포는 다양한 표면 마커의 존재, 부재 또는 발현 수준에 의해 확인된다.
세포 또는 세포의 집단이 특정한 마커에 "양성"이거나 이를 발현한다는 기술은 특정한 마커의 세포 상의 또는 세포에서의 검출 가능한 존재를 지칭한다. 표면 마커를 지칭할 때, 상기 용어는 유세포 분석법에 의해, 예를 들면 마커에 특이적으로 결합하는 항체에 의한 염색 및 상기 항체의 검출에 의해 검출되는 표면 발현의 존재를 지칭할 수 있고, 염색은 달리 동일한 조건 하에 아이소타입-일치된 제어와 동일한 절차를 수행하는 검출된 염색보다 실질적으로 높은 수준에서 및/또는 마커에 양성인 것으로 알려진 세포에 대한 수준과 실질적으로 유사한 수준에서 및/또는 마커에 음성인 것으로 알려진 세포에 대한 것보다 실질적으로 더 높은 수준에서 유세포 분석법에 의해 검출 가능하다.
세포 또는 세포의 집단이 특정한 마커에 "음성"이거나 마커의 발현이 결여된다는 기술은 특정한 마커의 세포 상의 또는 세포에서의 실질적인 검출 가능한 존재의 부재를 지칭한다. 표면 마커를 지칭할 때, 상기 용어는 유세포 분석법에 의해, 예를 들면 마커에 특이적으로 결합하는 항체에 의한 염색 및 상기 항체의 검출에 의해 검출되는 표면 발현의 부재를 지칭할 수 있고, 염색은 달리 동일한 조건 하에 아이소타입-일치된 제어와 동일한 절차를 수행하는 검출된 염색보다 실질적으로 높은 수준에서 및/또는 마커에 양성인 것으로 알려진 세포에 대한 수준보다 실질적으로 더 낮은 수준에서 및/또는 마커에 음성인 것으로 알려진 세포에 대한 것과 비교하여 실질적으로 유사한 수준에서 유세포 분석법에 의해 검출되지 않는다.
동일성 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "동일성"은 중합체성 분자 사이의 예를 들면 핵산 분자(예를 들면, DNA 분자 및/또는 RNA 분자) 사이의 및/또는 폴리펩타이드 분자 사이의 전체 관련성을 지칭한다. 2개의 제공된 서열 사이의 퍼센트 동일성의 계산을 위한 방법은 당해 분야에 알려져 있다. 용어 "% 서열 동일성"은 서열을 비교하여 결정된 것과 같은 2개 이상의 서열 사이의 관계를 지칭한다. 당해 분야에서, "동일성"은 또한 이러한 서열의 스트링 사이의 일치에 의해 결정된 것과 같은 단백질과 핵산 서열 사이의 서열 관련성의 정도를 의미한다. "동일성"(대개 "유사성"이라 지칭됨)은 Computational Molecular Biology (Lesk, A. M., ed.) Oxford University Press, NY (1988); Biocomputing: Informatics and Genome Projects (Smith, D. W., ed.) Academic Press, NY (1994); Computer Analysis of Sequence Data, Part I (Griffin, A. M., and Griffin, H. G., eds.) Humana Press, NJ (1994); Sequence Analysis in Molecular Biology (Von Heijne, G., ed.) Academic Press (1987); 및 Sequence Analysis Primer (Gribskov, M. and Devereux, J., eds.) Oxford University Press, NY (1992)에 기재된 것을 포함하는 알려진 방법에 의해 용이하게 계산될 수 있다. 동일성을 결정하기 위한 바람직한 방법은 시험된 서열 사이의 최고의 일치를 생성하도록 설계된다. 동일성 및 유사성을 결정하기 위한 방법은 공중에게 이용 가능한 컴퓨터 프로그램에서 코드화된다. 예를 들면, 2개의 핵산 또는 폴리펩타이드 서열의 퍼센트 동일성의 계산은 예를 들면 최적 비교 목적을 위해 2개의 서열(또는 하나의 또는 둘 다의 서열의 보체)을 정렬함으로써 수행될 수 있다(예를 들면, 갭은 최적 정렬을 위해 제1 서열 및 제2 서열의 하나 또는 둘 다에서 도입될 수 있고 비동일한 서열은 비교 목적을 위해 무시될 수 있다). 상응하는 위치에서의 뉴클레오타이드 또는 아미노산은 이후 비교된다. 제1 서열에서의 위치가 제2 서열에서 상응하는 위치와 동일한 잔기(예를 들면, 뉴클레오타이드 또는 아미노산)에 의해 점유될 때, 그 분자는 그 위치에서 동일하다. 2개의 서열 사이의 퍼센트 동일성은 선택적으로 2개의 서열의 최적 정렬을 위해 도입될 필요가 있을 수 있는 갭의 수 및 각각의 갭의 길이를 고려하여 서열이 공유한 동일한 위치의 수의 함수이다. 2개의 서열 사이의 서열의 비교 및 퍼센트 동일성의 결정은 컴퓨터 알고리즘, 예컨대 BLAST(기본 국소 정렬 조사 도구)를 사용하여 달성될 수 있다. 서열 정렬 및 퍼센트 동일성 계산은 LASERGENE 생물정보학 컴퓨팅 스위트(DNASTAR, Inc., 위스콘신주 매디슨)의 Megalign 프로그램을 사용하여 수행될 수 있다. 다수의 서열 정렬은 또한 디폴트 매개변수(갭 패널티 = 10, 갭 길이 패널티 = 10)로 정렬의 Clustal 방법(Higgins and Sharp CABIOS, 5, 151-153 (1989)을 사용하여 수행될 수 있다. 관련 프로그램은 또한 프로그램의 GCG 스위트(Wisconsin Package Version 9.0, Genetics Computer Group(GCG), 위스콘신주 매디슨); BLASTP, BLASTN, BLASTX(Altschul 등, J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990); DNASTAR(DNASTAR, Inc., 위스콘신주 매디슨); 및 Smith-Waterman 알고리즘을 포함하는 FASTA 프로그램(Pearson, Comput. Methods Genome Res., [Proc. Int. Symp.] (1994), Meeting Date 1992, 111-20. 편집자(들): Suhai, Sandor. 출판사: Plenum, New York, N.Y.)을 포함한다. 본 개시내용의 맥락 내에서, 분석에 서열 분석 소프트웨어가 사용되는 경우, 분석의 결과가 언급된 프로그램의 "디폴트 값"에 기초한다는 것을 이해될 것이다. "디폴트 값"은 처음에 초기화될 때 소프트웨어가 원래 로딩된 값 또는 매개변수의 임의의 세트를 의미할 것이다.
" 개선한다 ", " 증가시킨다 ", " 억제한다 " 또는 " 감소시킨다 ": 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "개선한다", "증가시킨다", "억제한다" 및 "감소시킨다" 및 이의 문법적 균등물은 기준으로부터의 정성적 차이 또는 정량적 차이를 나타낸다.
단리된: 본원에 사용된 것과 같이, "단리된"은 (1) 초기에 생성될 때(자연에서든 및/또는 실험 설정에서든) 이것이 연관된 성분의 적어도 일부로부터 분리되고/되거나 (2) 사람 손에 의해 설계, 생성, 준비 및/또는 제조된 물질 및/또는 집합체를 지칭한다. 단리된 물질 및/또는 집합체는 이것이 초기에 연관된 다른 성분의 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99% 초과로부터 분리될 수 있다. 일부 실시형태에서, 단리된 제제는 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99% 초과 순수하다. 본원에 사용된 것과 같이, 물질은 실질적으로 다른 성분이 없으면 "순수"하다. 일부 실시형태에서, 당업자에 의해 이해되는 것처럼, 물질은 예를 들면 하나 이상의 담체 또는 부형제(예를 들면, 완충액, 용매, 물 등)와 같은 소정의 다른 성분과 배합된 후 여전히 "단리된다" 또는 심지어 "순수하다"고 여겨질 수 있고; 이러한 실시형태에서, 물질의 퍼센트 단리 또는 순도는 이러한 담체 또는 부형제 없이 계산된다. 그러나 하나의 예를 생성하기위해, 일부 실시형태에서, 자연에서 발생하는 생물학적 중합체, 예컨대 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드는 a) 이의 기원 또는 유래의 소스가 자연에서 이의 자연적 상태에서 이것을 동반하는 성분들 중 일부 또는 전부와 회합되지 않을 때; b) 이것이 자연에서 이것을 생성하는 종으로부터 동일한 종의 다른 폴리펩타이드 또는 핵산이 실질적으로 없을 때; c) 자연에서 이것을 생성하는 종이 아닌 세포 또는 다른 발현 시스템으로부터의 성분에 의해 발현되거나 그렇지 않으면 이것과 회합될 때 "단리된다"고 여겨진다. 따라서, 예를 들면 일부 실시형태에서, 화학적으로 합성되거나 자연에서 이것을 생성하는 것과 상이한 세포 시스템에서 합성된 폴리펩타이드는 "단리된" 폴리펩타이드인 것으로 여겨진다. 대안적으로 또는 추가적으로, 일부 실시형태에서, 하나 이상의 정제 기법으로 처리된 폴리펩타이드는 a) 이것이 자연에서 회합된; 그리고/또는 b) 이것이 초기에 생성될 때 회합된 다른 성분으로터 분리된 정도로 "단리된" 폴리펩타이드인 것으로 여겨질 수 있다.
작동 가능하게 연결된 : 본원에 사용된 것과 같이, "작동 가능하게 연결된" 또는 "작동적으로 연결된"은 성분 요소가 이의 의도된 방식으로 이것이 기능하게 하는 관계에 있도록 적어도 제1 요소 및 제2 요소의 회합을 지칭한다. 예를 들면, 핵산 조절 서열은 조절 서열 및 암호화 서열이 조절 서열에 의해 암호화 서열의 발현의 제어를 허용하는 방식으로 회합되면 핵산 암호화 서열에 "작동 가능하게 연결"된다. 일부 실시형태에서, "작동 가능하게 연결된" 조절 서열은 (예를 들면, 단일 핵산에서) 암호화 서열과 직접적으로 또는 간접적으로 공유로 회합된다. 일부 실시형태에서, 조절 서열은 트랜스로 암호화 서열의 발현을 제어하고, 암호화 서열로서의 동일한 핵산에서의 조절 서열의 포함은 작동 가능한 연결의 필요요건이 아니다.
약학적으로 허용 가능한 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "약학적으로 허용 가능한"은 본원에 개시된 것과 같은 조성물의 제형에 대한 하나 이상의 또는 모든 성분(들)에 적용되면서 각각의 성분이 조성물의 다른 성분과 상용성이고 이의 수혜자에게 해롭지 않아야 한다는 것을 의미한다.
약학적으로 허용 가능한 담체 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "약학적으로 허용 가능한 담체"는 제제(예를 들면, 약학 제제)의 제형화가 수월하게 하거나, 제제의 생체이용률을 변형시키거나 대상체의 하나의 장기 또는 부분으로부터 또 다른 장기 또는 부분으로의 이송을 수월하게 하는 약학적으로 허용 가능한 재료, 조성물 또는 비히클, 예컨대 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제 또는 용매 캡슐화 재료를 지칭한다. 약학적으로 허용 가능한 담체로서 작용할 수 있는 재료의 일부 예는 당, 예컨대 락토스, 글루코스 및 수크로스; 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; 셀룰로스 및 이의 유도체, 예컨대 나트륨 카복시메틸 셀룰로스, 에틸 셀룰로스 및 셀룰로스 아세테이트; 분말화 트라가칸트; 맥아; 젤라틴; 활석; 부형제, 예컨대 코코아 버터 및 좌제 왁스; 오일, 예컨대 낙화생유, 면실유, 홍화유, 참깨유, 올리브유, 옥수수유 및 대두유; 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜; 에스테르, 예컨대 에틸 올레에이트 및 에틸 라우레이트; 한천; 완충제, 예컨대 마그네슘 수산화 및 수산화알루미늄; 알긴산; 발열원 비함유 물; 등장성 식염수; 링거액; 에틸 알코올; pH 완충 용액; 폴리에스테르, 폴리카보네이트 및/또는 폴리언하이드라이드; 및 약학 제형에서 사용된 다른 비독성 상용성 물질을 포함한다.
약학 조성물 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "약학 조성물"은 활성 제제가 하나 이상의 약학적으로 허용 가능한 담체와 함께 제형화된 조성물을 지칭한다.
프로모터 : 본원에 사용된 것과 같이, "프로모터" 또는 "프로모터 서열"은 암호화 서열의 전사의 개시 및/또는 가공성에서 직접적으로 또는 간접적으로(예를 들면, 프로모터 결합된 단백질 또는 물질을 통해) 참여하는 DNA 조절 영역일 수 있다. 프로모터는 적합한 조건 하에 하나 이상의 전사 인자 및/또는 조절 모이어티와 프로모터의 결합 시 암호화 서열의 전사를 개시시킬 수 있다. 암호화 서열의 전사의 개시에 참여하는 프로모터는 암호화 서열에 "작동 가능하게 연결"될 수 있다. 소정의 경우에, 프로모터는 이렇게 지정된 서열이 전사 사건을 개시하는 데 필요한 염기 또는 요소의 최소 수의 하나 또는 둘 다를 포함하도록 전사 개시 부위(이의 3' 말단에서)로부터 상류(5' 방향) 위치로 확장하는 DNA 조절 영역일 수 있거나 이것을 포함할 수 있다. 프로모터는 발현 제어 서열, 예컨대 인핸서 및 리프레서 서열이거나, 이것을 포함하거나, 이것과 작동 가능하게 회합되거나 이것에 작동 가능하게 연결될 수 있다. 일부 실시형태에서, 프로모터는 유도성일 수 있다. 일부 실시형태에서, 프로모터는 구성적 프로모터일 수 있다. 일부 실시형태에서, 조건적(예를 들면, 유도성) 프로모터는 일방향 또는 이방향일 수 있다. 프로모터는 특정한 종의 게놈에서 발생하는 것으로 알려진 서열과 동일한 서열이거나 이것을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 프로모터는 전사 조절 영역을 함유하는 서열이 하나의 소스로부터 얻어질 수 있고 전사 개시 영역을 함유하는 서열이 제2 소스로부터 얻어질 수 있는 하이브리드 프로모터이거나 이것을 포함할 수 있다. 전이유전자 내의 암호화 서열에 제어 서열을 연결하기 위한 시스템은 당해 분야에 잘 알려져 있다(일반 분자 생물학적 및 재조합 DNA 기법은 Sambrook, Fritsch, and Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989에 기재되어 있음).
기준: 본원에 사용된 것과 같이, "기준"은 비교가 수행되는 표준품 또는 대조군을 지칭한다. 예를 들면, 일부 실시형태에서, 제제, 샘플, 서열, 대상체, 동물 또는 개체 또는 이들의 집단 또는 이를 대표하는 측정 또는 특징은 기준, 제제, 샘플, 서열, 대상체, 동물 또는 개체 또는 이들의 집단 또는 이를 대표하는 측정 또는 특징과 비교된다. 일부 실시형태에서, 기준은 측정된 값이다. 일부 실시형태에서, 기준은 확립된 표준품 또는 예상된 값이다. 일부 실시형태에서, 기준은 병역학적 기준이다. 기준은 정성적의 정량적일 수 있다. 통상적으로, 당업자에 의해 이해되는 것처럼, 이것이 비교되는 기준 및 값은 필적하는 조건 하에 측정을 나타낸다. 당업자는 충분한 유사성이 의존성 및/또는 비교를 정당화하기 위해 존재할 때를 이해할 것이다. 일부 실시형태에서, 적절한 기준은 예를 들면 하나 이상의 특정한 변수(예를 들면, 제제 또는 조건의 존재 또는 부재) 또는 이를 나타내는 측정 또는 특징을 평가할 목적을 위해 당업자가 필적하는 것으로 인식하는 조건 하에 제제, 샘플, 서열, 대상체, 동물 또는 개체 또는 이들의 집단일 수 있다. 어떠한 특정한 실시형태(들)에 의해 구속되고자 바라지 않으면서, 다양한 실시형태에서 기준 서열은 본원에 제공된 서열 수탁 번호와 연관된 서열일 수 있고, 서열 수탁 번호와 연결된 소정의 서열은 도 40에 제공된다.
조절 서열 : 본원에 사용된 것과 같이 핵산 암호화 서열의 발현의 맥락에서, 조절 서열은 암호화 서열의 발현을 제어하는 핵산 서열이다. 일부 실시형태에서, 조절 서열은 유전자 발현의 하나 이상의 양태(예를 들면, 세포-유형 특이적 발현, 유도성 발현 등)를 조절하거나 이에 영향을 미칠 수 있다.
대상체: 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "대상체"는 유기체, 통상적으로 포유류(예를 들면, 인간, 래트 또는 마우스)를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 대상체는 질환, 장애 또는 병태를 겪는다. 일부 실시형태에서, 대상체는 질환, 장애 또는 병태에 감수성이다. 일부 실시형태에서, 대상체는 질환, 장애 또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 대상체는 질환, 장애 또는 병태를 겪지 않는다. 일부 실시형태에서, 대상체는 질환, 장애 또는 병태의 임의의 증상 또는 특징을 나타내지 않는다. 일부 실시형태에서, 대상체는 질환, 장애 또는 병태에 대한 감수성 또는 이의 위험의 특징인 하나 이상의 특징을 갖는다. 일부 실시형태에서, 대상체는 질환, 장애 또는 병태에 대해 시험된 및/또는 치료가 투여되는 대상체이다. 일부 경우에, 인간 대상체는 상호교환 가능하게 "환자" 또는 "개체"로 지칭될 수 있다.
치료제 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "치료제"는 대상체에게 투여될 때 원하는 약물학적 효과를 일으키는 임의의 제제를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 제제는 적절한 집단에 걸쳐 통계학적으로 유의미한 효과를 나타내면 치료제인 것으로 여겨진다. 일부 실시형태에서, 적절한 집단은 모델 유기체의 집단 또는 인간 집단일 수 있다. 일부 실시형태에서, 적절한 집단은 다양한 기준, 예컨대 소정의 연령 그룹, 성별, 유전 배경, 기존의 임상 조건 등에 의해 규정될 수 있다. 일부 실시형태에서, 치료제는 질환, 장애 또는 병태의 치료에 사용될 수 있는 물질이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 인간에 대한 투여를 위해 시판되기 전에 정부 기관에 의해 허가되거나 허가되는 것이 필요한 제제이다. 일부 실시형태에서, 치료제는 인간에 대한 투여를 위해 의학 처방이 필요한 제제이다.
치료학적 유효량: 본원에 사용된 것과 같이, "치료학적 유효량"은 이것이 투여된 원하는 효과를 생성하는 양을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 상기 용어는 질환, 장애 및/또는 병태를 치료하기 위해 치료학적 투약 요법에 따라 질환, 장애 및/또는 병태로 고통을 받거나 이에 민감한 집단에게 투여될 때 충분한 양을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 치료학적 유효량은 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상의 발생률 및/또는 중증도를 감소시키고/시키거나, 이의 발병을 지연시키는 것이다. 당업자는 용어 "치료학적 유효량"이 사실 성공적인 치료가 특정한 개체에서 달성될 것을 요하지 않는다는 것을 이해할 것이다. 오히려, 치료학적 유효량은 이러한 치료를 필요로 하는 환자에 투여될 때 대상체의 상당한 수에서의 특정한 원하는 약물학적 반응을 제공하는 양일 수 있다. 일부 실시형태에서, 치료학적 유효량의 언급은 하나 이상의 특정 조직(예를 들면, 질환, 장애 또는 병태에 의해 이환된 조직) 또는 유체(예를 들면, 혈액, 타액, 혈청, 땀, 눈물, 소변 등)에서 측정된 양의 언급일 수 있다. 당업자는, 일부 실시형태에서, 특정한 제제 또는 치료제의 치료학적 유효량이 단일 용량으로 제형화되고/되거나 투여될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 일부 실시형태에서, 치료학적으로 효과적인 제제는 예를 들면 투약 요법의 일부로서 복수의 용량으로 제형화되고/되거나 투여될 수 있다.
치료 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "치료"(또한 "치료한다" 또는 "치료하는")는 특정한 질환, 장애 또는 병태의 하나 이상의 증상, 특징 및/또는 원인을 부분적으로 또는 완전히 완화하고/하거나 개선하고/하거나 경감시키고/시키거나 억제하고/하거나 이의 발병을 지연시키고/시키거나 이의 중증도를 감소시키고/시키거나 이의 발생률을 감소시키거나 임의의 이러한 결과를 달성할 목적을 위해 투여되는 치료의 투여를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 이러한 치료는 관련 질환, 장애 또는 병태의 징후를 나타내지 않는 대상체 및/또는 질환, 장애 또는 병태의 오직 초기 징후를 나타내는 대상체일 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 이러한 치료는 관련 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 확립된 징후를 나타내는 대상체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 치료는 관련 질환, 장애 및/또는 병태를 겪는 것으로 진단된 대상체일 수 있다. 일부 실시형태에서, 치료는 관련 질환, 장애 또는 병태의 발생의 증가된 위험과 통계학적으로 상관된 하나 이상의 감수성 인자를 갖는 것으로 알려진 대상체일 수 있다. "예방학적 치료"는 병태를 발생시킬 위험을 줄이거나 예방하거나 감소시키기 위한 목적을 위해 치료가 투여되도록 치료되는 병태의 징후 또는 증상을 나타내지 않거나 치료되는 병태의 오직 초기 징후 또는 증상을 나타내는 대상체에게 투여되는 치료를 포함한다. 따라서, 예방학적 치료는 병태에 대한 예방적 치료로서 작용한다. "치료학적 치료"는 병태의 증상 또는 징후를 나타내는 대상체에게 투여되고 병태의 중증도 또는 진행을 감소시킬 목적을 위해 대상체에게 투여되는 치료를 포함한다.
단위 용량 : 본원에 사용된 것과 같이, 용어 "단위 용량"은 단일 용량으로서 및/또는 약학 조성물의 물리적으로 구별되는 단위로 투여되는 양을 지칭한다. 많은 실시형태에서, 단위 용량은 미리 결정된 분량의 활성 제제, 예를 들면 미리 결정된 바이러스 역가(소정의 부피의 바이러스, 비리온 또는 바이러스 입자의 수)를 함유한다. 일부 실시형태에서, 단위 용량은 제제의 전체 단일 용량을 함유한다. 일부 실시형태에서, 1개 초과의 단위 용량은 총 단일 용량을 달성하도록 투여된다. 일부 실시형태에서, 다수의 단위 용량의 투여는 의도된 효과를 달성하기 위해 필요하거나 필요한 것으로 예상된다. 단위 용량은 예를 들면 하나 이상의 치료학적 모이어티의 미리 결정된 분량을 함유하는 액체(예를 들면, 허용 가능한 담체)의 부피, 고체 형태의 하나 이상의 치료학적 모이어티의 미리 결정된 양, 하나 이상의 치료학적 모이어티의 미리 결정된 양을 함유하는 서방형 제형 또는 약물 전달 장치 등일 수 있다. 단위 용량이 치료학적 모이어티(들) 이외의 임의의 여러 가지의 성분을 포함하는 제형에 존재할 수 있는 것으로 이해될 것이다. 예를 들면, 허용 가능한 담체(예를 들면, 약학적으로 허용 가능한 담체), 희석제, 안정화제, 완충제, 보존제 등이 포함될 수 있다. 당업자에 의해, 많은 실시형태에서, 특정한 치료제의 총 적절한 1일 투여량이 단위 용량의 일부 또는 복수를 포함할 수 있고, 예를 들면 충분한 의학적 판단의 범위 내에 의학 실행자에 의해 결정될 수 있는 것으로 이해될 것이다. 일부 실시형태에서, 임의의 특정한 대상체 또는 유기체에 대한 특정 유효 용량 수준은 치료되는 장애 및 장애의 중증도; 사용된 특정 활성 화합물의 활성; 사용된 특정 조성물; 대상체의 연령, 체중, 일반 건강, 성별 및 식이; 사용된 특정 활성 화합물의 투여 시간 및 배설률; 치료의 기간, 사용된 특정 화합물(들)과 조합으로 또는 우연히 사용된 약물 및/또는 추가 치료제 및 의학 분야에 잘 알려진 유사한 인자를 포함하는 다양한 인자에 따라 달라질 수 있다.
도 1은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자 또는 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함하고, 각각의 반복실험은 표시된 순서로 세포당 5,000개의 바이러스 입자 및 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 분석의 결과를 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 2는 표시된 아데노바이러스 혈청형으로 감염된 CD34+ 세포에서 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자 또는 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함하고, 각각의 반복실험은 표시된 순서로 세포당 5,000개의 바이러스 입자 및 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 분석의 결과를 포함한다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 3은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 4는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 5는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 6은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 7은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다. 혈청형 F35의 2개의 반복실험 제제를 시험하였다. GLN은 표시된 아데노바이러스 벡터가 GFP 발광 리포터를 암호화하는 발현 카세트를 포함한다는 것을 나타낸다.
도 8은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 3개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 9는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 3개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 10은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 3개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 11은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 3으로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 3개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 12는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 3으로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개 또는 3개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 13은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간 또는 6시간에 공여자 3으로부터의 CD34+ 세포의 항-헥손 염색의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함하고, 각각의 반복실험은 표시된 순서로 감염 후 3시간 및 6시간에 분석의 결과를 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 14는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 오차 막대는 기술적 반복실험을 나타낸다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 15는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 16은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 오차 막대는 기술적 반복실험을 나타낸다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 17은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 18은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 오차 막대는 기술적 반복실험을 나타낸다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 19는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 3개의 반복실험을 포함한다. 오차 막대는 기술적 반복실험을 나타낸다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 20은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 3개의 반복실험을 포함한다. 오차 막대는 기술적 반복실험을 나타낸다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 21은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 3개의 반복실험을 포함한다. 오차 막대는 기술적 반복실험을 나타낸다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 22는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 3으로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 3개의 반복실험을 포함한다. 오차 막대는 기술적 반복실험을 나타낸다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 23은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 6시간에 공여자 3으로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개 또는 3개의 반복실험을 포함한다. 오차 막대는 기술적 반복실험을 나타낸다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 24는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간 또는 6시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 각각의 시험된 혈청형에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함하고, 각각의 반복실험은 표시된 순서로 감염 후 3시간 및 6시간에 분석의 결과를 포함한다. 오차 막대는 기술적 반복실험을 나타낸다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 25는 혈청형 Ad11의 제1 세대 아데노바이러스 게놈을 포함하는 플라스미드로 형질주입된 HEK293 세포로부터 제조된 Ad 조제물로부터 얻은 혈청형 Ad11의 제1 세대 아데노바이러스 게놈의 분해를 보여주는 겔의 영상이다. 도면에 포함된 표에 표시된 것과 같이, 정제된 아데노바이러스 게놈을 BspHI(레인 3) 또는 SmaI(레인 5) 중 어느 하나로 분해하는 한편, 모 플라스미드를 또한 비교를 위해 분해하였다(각각 레인 2 및 레인 4). Ad 게놈 및 플라스미드의 서열에 기초한 예측된 분해 단편의 표시가 또한 도시되어 있다.
도 26은 혈청형 Ad34의 제1 세대 아데노바이러스 게놈을 포함하는 플라스미드로 형질주입된 HEK293 세포로부터 제조된 Ad 조제물로부터 얻은 혈청형 Ad34의 제1 세대 아데노바이러스 게놈의 분해를 보여주는 겔의 영상이다. 도면에 포함된 표에 표시된 것과 같이, 정제된 아데노바이러스 게놈을 SmaI(레인 2) 또는 SspI(레인 3) 중 어느 하나로 분해하였다. Ad 게놈의 서열에 기초한 예측된 분해 단편의 표시가 또한 도시되어 있다.
도 27은 제1 세대 Ad35++ 게놈을 포함하는 플라스미드로 형질주입된 HEK293 세포로부터 제조된 Ad 조제물로부터 얻은 제1 세대 Ad35++ 게놈의 분해를 보여주는 겔의 영상이다. 도면에 포함된 표에 표시된 것과 같이, 정제된 아데노바이러스 게놈을 BspHI(레인 2)로 분해하는 한편, 모 플라스미드를 또한 비교를 위해 분해하였다(레인 3). Ad 게놈 및 플라스미드의 서열에 기초한 예측된 분해 단편의 표시가 또한 도시되어 있다. *은 반복된 샘플을 갖는 레인을 나타낸다.
도 28은 제1 세대 Ad35++ 게놈을 포함하는 플라스미드로 형질주입된 HEK293 세포로부터 제조된 Ad 조제물로부터 얻은 제1 세대 Ad35++ 게놈의 분해를 보여주는 겔의 영상이다. 겔 표지된 관찰된 #1을 큰 DNA 단편을 해상하기 위해 더 긴 기간 동안 전기영동하는 반면, 겔 표지된 관찰된 #2를 더 짧은 DNA 단편을 해상하기 위해 더 짧은 기간 동안 전기영동하였다. 도면에 포함된 표에 표시된 것과 같이, 정제된 아데노바이러스 게놈을 SmaI(레인 2)로 분해하는 한편, 모 플라스미드를 또한 비교를 위해 분해하였다(레인 3). Ad 게놈 및 플라스미드의 서열에 기초한 예측된 분해 단편의 표시가 또한 도시되어 있다.
도 29는 표시된 아데노바이러스 혈청형의 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염 후 25시간에 HEK293 세포의 GFP 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 100개, 200개, 500개 및 1,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다. NTC는 비처리된 대조군을 나타낸다.
도 30은 표시된 아데노바이러스 혈청형의 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염 후 24시간에 HEK293 세포의 GFP 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 100개, 200개, 500개, 1,000개 및 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 31은 표시된 아데노바이러스 혈청형의 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염 후 24시간에 K562 세포의 GFP 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 100개, 200개, 500개, 1,000개 및 2,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 32는 표시된 아데노바이러스 혈청형의 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염 후 48시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포의 GFP 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 500개, 2,000개 및 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 세포당 2,000개 및 5,000개의 바이러스 입자를 사용하는 조건에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 33은 유세포 분석법을 사용한 분석 CD34+ 및 CD34+/CD90+ 집단에 대해 사용된 게이팅을 도시한다. 정제된 CD34+ 세포를 항-CD34 및 항-CD90 항체로 염색하고, 형질도입 효율을 CD34+고/CD90+ 세포에서 측정하였다. 박스는 세포의 집단을 정의하기 위해 사용된 게이트를 나타낸다. 하나의 선도로부터 또 다른 선도로의 화살표는 제1 선도에서의 게이팅된 집단이 제2 선도에서 디스플레이된다는 것을 나타낸다. 백분율은 각각의 표시된 게이트에 의해 함유된 세포의 퍼센트를 나타낸다. 이 도면에 도시된 데이터는 세포당 5,000개의 바이러스 입자에서의 혈청형 Ad34의 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염 후 46시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포에 상응한다.
도 34는 표시된 아데노바이러스 혈청형의 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염 후 46시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포 및 CD34+/CD90+ 세포의 GFP 분석의 결과를 보여주는 차트이다. GFP 양성인 세포의 백분율이 도시되어 있다. 세포를 세포당 2,000개 및 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다. *은 표시된 조건에 대해 수집된 데이터의 부재를 나타낸다.
도 35는 표시된 아데노바이러스 혈청형의 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염 후 46시간에 공여자 3으로부터의 CD34+ 세포 및 CD34+/CD90+ 세포의 GFP 분석의 결과를 보여주는 차트이다. GFP 양성인 세포의 백분율이 도시되어 있다. 세포를 세포당 500개, 2,000개 및 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 36은 표시된 아데노바이러스 혈청형의 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염 후 46시간에 공여자 1로부터의 CD34+ 세포 및 CD34+/CD90+ 세포의 GFP 분석의 결과를 보여주는 차트이다. GFP 양성 세포에 대한 GFP의 기하 평균 형광 강도(MFI)가 도시되어 있다. 세포를 세포당 2,000개 및 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다. *은 표시된 조건에 대해 수집된 데이터의 부재를 나타낸다.
도 37은 표시된 아데노바이러스 혈청형의 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염 후 46시간에 공여자 3으로부터의 CD34+ 세포 및 CD34+/CD90+ 세포의 GFP 분석의 결과를 보여주는 차트이다. GFP 양성 세포에 대한 GFP의 기하 평균 형광 강도(MFI)가 도시되어 있다. 세포를 세포당 500개, 2,000개 및 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 데이터는 감염 효율을 나타낸다.
도 38은 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 HEK293 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 100개 및 500개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 39는 표시된 아데노바이러스 혈청형에 의한 세포의 감염 후 3시간에 공여자 2로부터의 CD34+ 세포에서의 아데노바이러스 DNA의 qPCR 분석의 결과를 보여주는 차트이다. 세포를 세포당 500개, 2,000개 및 5,000개의 바이러스 입자로 감염시켰다. 세포당 2,000개 및 5,000개의 바이러스 입자를 사용하는 조건에 대해, 차트는 데이터의 2개의 반복실험을 포함한다. 데이터는 상대 감염 효율을 나타낸다.
도 40은 공중에게 이용 가능한 서열 수탁 번호에 상응하는 핵산 서열 및 아미노산 서열의 목록이고, 소정의 서열 및/또는 서열 수탁 번호는 본 개시내용에서 전체로 및/또는 부분적으로 포함되고/되거나 사용되고 그리고/또는 소정의 서열 및/또는 서열 수탁 번호는 본원에 참고로 포함된다.
본 개시내용은 HSC를 표적화하는 유전자 치료에 유리한 아데노바이러스 벡터를 포함하는 방법 및 조성물을 제공한다. 본 개시내용의 방법 및 조성물은 적어도 부분적으로 혈청형 3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 및 50의 아데노바이러스 벡터가 적어도 하나 이상의 기준 아데노바이러스 벡터(예를 들면, Ad5 벡터 또는 Ad5/35 벡터)와 비교하여 HSC를 표적화하는 유전자 치료에 대한 소정의 유리한 특성을 나타낸다는 관찰에 기초한다. 아데노바이러스(또는, 상호교환 가능하게, "아데노바이러스") 벡터는 하나 이상의 아데노바이러스 단백질 서열을 특징으로 하는 바이러스 입자를 포함하고, 선택적으로 아데노바이러스 게놈을 포함한다. 아데노바이러스 게놈은 (a) 핵산 서열(조건적 패키징을 포함)을 아데노바이러스 벡터로 지지 패키징하고, (b) 암호화 서열을 발현하기에 충분한 아데노바이러스 서열을 포함하는 핵산 서열을 포함한다. 아데노바이러스 게놈은 선형, 이중 가닥 DNA 서열 및/또는 분자일 수 있다. 당업자가 이해하는 것처럼, 선형 게놈, 예컨대 아데노바이러스 게놈은 예를 들면 바이러스 제조 목적을 위해 원형 플라스미드에 존재할 수 있다. 천연 아데노바이러스 게놈은 혈청형에 따라 26 kb 내지 45 kb 길이의 범위이다.
본 개시내용은 조작된 아데노바이러스 벡터 및 아데노바이러스 게놈을 포함하는 방법 및 조성물을 포함한다. 아데노바이러스 벡터는 조작된 아데노바이러스 단백질 또는 조작된 아데노바이러스 게놈을 포함하는 조작된 아데노바이러스 벡터를 포함한다. 조작된 아데노바이러스 게놈은 예를 들면 기준 서열과 비교하여 아데노바이러스 게놈 서열을 첨가하거나 제거하도록 조작될 수 있다.
아데노바이러스 중에는, 57개의 알려진 인간 혈청형이 있다. 하나의 특히 아데노바이러스 혈청형 5(Ad5)는 유전자 치료 조사 및 아데노바이러스 벡터 작제물에 역사적으로 광범위하게 사용되었다. 섬유가 Ad5 섬유 꼬리, Ad35 섬유 샤프트 및 Ad35 섬유 매듭을 포함한다는 점에서 이것이 키메라인 것을 제외하고는 Ad5 캡시드 단백질을 포함하는 HDAd5/35 벡터를 사용하여 소정의 조사가 수행되었고(예를 들면, Shayakhmetov 등 2000 J. Virol 74(6):2567-2583 참조), 선택적으로 Ad35 섬유 매듭은 CD46(예를 들면, Ad5/35++)에 대한 증가된 친화도를 위해 돌연변이된다. 특정한 실시형태에서, Ad5/35++ 벡터는 돌연변이체 Ad35++ 섬유 매듭을 갖는 키메라 Ad5/35 벡터이다(예를 들면, 특히 섬유 매듭 돌연변이와 관련하여 본원에 그 전문이 참고로 포함된 Wang 등 2008 J. Virol. 82(21):10567-79 참조). 다양한 실시형태에서, Ad35++ 돌연변이체 섬유 매듭은 예를 들면 Ad35++ 돌연변이체 섬유 매듭이 예를 들면 더 낮은 감염 다중도(MOI)에서 세포 형질도입 효율을 증가시키도록 예를 들면 25배만큼 CD46에 대한 친화도를 증가시키도록 돌연변이된 Ad35 섬유 매듭이다(Li and Lieber, FEBS Letters, 593(24): 3623-3648, 2019). 특정 실시형태에서, 아데노바이러스 벡터는 섬유가 Ad5 섬유 꼬리, Ad35 섬유 샤프트 및 Ad35 섬유 매듭을 포함한다는 점에서 이것이 키메라인 것을 제외하고는 모든 단백질이 Ad5 단백질인 키메라 "F35" 벡터이고(예를 들면, Shayakhmetov 2000 J Virol. 74(6): 2567-2583에 기재된 것과 같음), Ad35 섬유 매듭은 CD46에 대한 친화도를 증가시키는 돌연변이 D207G 및 T245A를 포함하는 돌연변이체 Ad35 섬유 매듭이고(예를 들면, Wang 2008 J Virol. 82(21):10567-79 참조), 선택적으로 Ad5/35 벡터를 암호화하는 게놈은 E1 결실을 포함한다. 그러나, 대부분의 인간은 Ad5 캡시드를 포함하는 아데노바이러스 벡터, 예컨대 HDAd5/35 벡터에 의한 생체내 형질도입을 차단할 수 있는 Ad5 캡시드 단백질에 대항한 중화 혈청 항체를 갖는다. Ad5 캡시드 단백질에 대항한 중화 혈청 항체의 존재가 Ad5 캡시드를 포함하는 아데노바이러스 벡터의 치료 가치를 무효화하지 않지만, Ad5 캡시드를 포함하지 않는 아데노바이러스 벡터는 추가 이익을 제공할 것이다. 이 이익에 대한 적어도 하나의 이유는 Ad5 벡터가 Ad5 캡시드 단백질에 대항한 혈청 항체를 갖는 대상체에서 임상적으로 유의미한 면역 반응을 야기할 수 있다는 것이고(예를 들면, Somanathan 등 2020 Mol. Ther. 28(3): 784-793 참조), Ad5 캡시드 단백질은 없는 혈청형은 이러한 면역 반응을 덜 야기할 수 있을 것이다. 적어도 두번째의 이유는 Ad5 캡시드 단백질에 대항한 중화 혈청 항체가 벡터 입자를 불활화함으로써 Ad5 유전자 치료 벡터의 치료 효능을 감소시킬 수 있다는 것이고, Ad5 캡시드 단백질이 없는 혈청형은 덜 불활화될 수 있을 것이다.
본 개시내용은 기준 아데노바이러스 혈청형, 예를 들면 Ad5 및/또는 Ad5/35와 비교하여 다양한 실시형태에서 HSC의 증가된 감염을 포함하는 표적 HSC의 감염을 나타내고, 따라서 HSC의 형질도입을 위한 아데노바이러스 벡터의 제조에 유용한 아데노바이러스 혈청형을 포함한다. 본 개시내용의 방법 및 조성물은 혈청형 3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 및 50의 아데노바이러스 벡터를 포함하였다.
I. 유전자 치료 벡터
1(A). 아데노바이러스 벡터
본 개시내용은 유전자 치료에 유용한 아데노바이러스 벡터 및 아데노바이러스 게놈를 포함한다. 아데노바이러스는 큰 이십면체 형상의 비봉입된 바이러스이다. 천연 아데노바이러스 캡시드는 섬유, 펜톤 및 헥손의 단백질의 3가지 유형을 포함한다. 헥손은 대부분의 바이러스 캡시드를 구성하여서, 20개의 삼각형 면을 형성한다. 펜톤 염기는 캡시드의 12개의 정점의 각각에 배치되고, 섬유(매듭 섬유로도 지칭됨)는 각각의 펜톤 염기로부터 돌출한다. 펜톤 및 섬유 및 특히 섬유 매듭은 캡시드의 숙주 세포에 대한 부착을 수월하게 하므로 수용체 결합 및 내재화에서 특히 중요하다.
아데노바이러스 게놈은 바이러스 게놈 복제 및 패키징에 기여하거나 이것에 필요한 시스 요소인 것으로 이해되는 혈청형 특이적 도립 말단 반복부(ITR: inverted terminal repea)에 의해 양 말단에서 플랭킹된 아데노바이러스 DNA를 포함한다. 혈청형에 따라, ITR은 대략 100개 내지 200개의 염기 쌍(예를 들면, 약 160개의 염기 쌍) 길이일 수 있고, 아데노바이러스 게놈 말단에 가장 가까운 뉴클레오타이드 위치(예를 들면, 약 50개의 염기 쌍)에서 보존이 가장 높다. 아데노바이러스 게놈은 또한 바이러스 게놈의 바이러스 벡터로의 패키징을 수월하게 할 수 있는 패키징 서열(예를 들면, 조건적 패키징 서열 또는 비조건적 패키징 서열)을 포함한다. 패키징 서열은 게놈의 왼쪽 부분에 위치한다.
천연 아데노바이러스 게놈은 아데노바이러스 벡터의 구조적 단백질 성분을 암호화하는 초기 전사 단위, E1, E2, E3 및 E4 및 후기 전사 단위를 포함하는 몇몇 단백질을 암호화한다. 초기(E) 전사 및 후기(L) 전사는 바이러스 게놈 복제의 시작에 의해 나눠진다. E1 영역(E1A 및 E1B)은 바이러스 게놈의 전사의 조절을 담당하는 단백질을 암호화한다. E2 영역(E2A 및 E2B)의 발현은 바이러스 게놈 복제를 위한 단백질의 합성을 발생시킨다. 이 단백질은 DNA 복제, 후기 유전자 발현 및 숙주 세포 셧 오프에 관여된다. 대부분의 바이러스 캡시드 단백질을 포함하는 후기 유전자의 산물은 주요 후기 프로모터(MLP)에 의해 제기된 단일 1차 전사체의 상당한 가공 후 오직 발현된다. MLP는 감염의 후기 단계 동안 특히 효과적이다. 이 프로모터를 사용하여 전사된 mRNA는 번역을 수월하게 하는 5'-3부분 리더(TPL) 서열을 포함할 수 있다.
1(B). Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 및 50 유전자 치료 벡터
본 개시내용은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈을 포함한다. 다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터의 ITR(예를 들면, 서열 번호 1, 17, 33, 49, 65, 81, 97, 113 또는 129에 따른 5' ITR 및 서열 번호 2, 18, 34, 50, 66, 82, 98, 114 또는 130에 따른 3' ITR) 또는 개별적으로 및/또는 함께 이에 대한 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 ITR을 포함하는 단일 가닥 또는 이중 가닥 DNA 서열이다. 다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터의 패키징 서열(예를 들면, 서열 번호 3, 19, 35, 51, 67, 83, 99, 115 또는 131에 따른 패키징 서열) 또는 이에 대한 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 패키징 서열을 포함하는 단일 가닥 또는 이중 가닥 DNA 서열이다. 다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 기준 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈(예를 들면, 서열 번호 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152 또는 153)의 전부, 일부 또는 인접한 상응하는 부분 또는 비인접한 상응하는 부분과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 서열을 포함하는 단일 가닥 또는 이중 가닥 DNA 서열이다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터의 ITR(예를 들면, 서열 번호 1, 17, 33, 49, 65, 81, 97, 113 또는 129에 따른 5' ITR 및 서열 번호 2, 18, 34, 50, 66, 82, 98, 114 또는 130에 따른 3' ITR) 또는 개별적으로 및/또는 함께 이에 대한 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 ITR을 적어도 포함하는 임의의 뉴클레오타이드 서열이다. 다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 하나 이상의 뉴클레오타이드, 암호화 서열 및/또는 유전자가 기준 서열과 비교하여 완전히 또는 부분적으로 결실된 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈이다. 예를 들면, 일부 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 E1, E2, E3 및 E4 중 하나 이상을 포함하지 않는 게놈일 수 있다. 특정 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈의 임의의 암호화 서열을 포함하지 않는 게놈이다(예를 들면, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈 ITR과 적어도 75%의 서열 동일성을 갖는 ITR을 포함하지만 기준 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈에 존재하는 암호화 서열 중 어느 것도 포함하지 않는 "가틀리스(gutless)" 벡터).
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 서열 번호 4, 20, 36, 52, 68, 84, 100, 116 또는 132에 따른 E1 서열 또는 이에 대한 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 서열을 포함하거나, 포함하지 않거나, 이의 전부 또는 일부의 결실을 포함한다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 서열 번호 5, 21, 37, 53, 69, 85, 101, 117 또는 133에 따른 E2 서열 또는 이에 대한 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 서열을 포함하거나, 포함하지 않거나, 이의 전부 또는 일부의 결실을 포함한다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 서열 번호 4 6, 22, 38, 54, 70, 86, 102, 118 또는 134에 따른 E3 서열 또는 이에 대한 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 서열을 포함하거나, 포함하지 않거나, 이의 전부 또는 일부의 결실을 포함한다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 섬유를 암호화하는 서열을 포함하거나 포함하지 않고, 서열은 서열 번호 7, 23, 39, 55, 71, 87, 103, 119 또는 135와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 섬유 샤프트를 암호화하는 서열을 포함하거나 포함하지 않고, 서열은 서열 번호 8, 24, 40, 56, 72, 88, 104, 120 또는 136과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 섬유 매듭을 암호화하는 서열을 포함하거나 포함하지 않고, 서열은 서열 번호 9, 25, 41, 57, 73, 89, 105, 121 또는 137과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 섬유 꼬리를 암호화하는 서열을 포함하거나 포함하지 않고, 서열은 서열 번호 7, 23, 39, 55, 71, 87, 103, 119 또는 135의 섬유 꼬리(예를 들면, 섬유 샤프트를 암호화하는 서열의 5'인 모든 뉴클레오타이드를 포함하고/하거나 섬유 샤프트에 대한 섬유 N 말단의 부분을 암호화하는 모든 뉴클레오타이드를 포함하는 섬유 서열의 부분)와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 펜톤을 암호화하는 서열을 포함하거나 포함하지 않고, 서열은 서열 번호 10, 26, 42, 58, 74, 90, 106, 122 또는 138과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 헥손을 암호화하는 서열을 포함하거나 포함하지 않고, 서열은 서열 번호 11, 27, 43, 59, 75, 91, 107, 123 또는 139와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는다.
본 개시내용은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유(예를 들면, 서열 번호 12, 28, 44, 60, 76, 92, 108, 124 또는 140에 따른 섬유)와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유를 포함하는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터를 포함한다.
본 개시내용은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유 꼬리(예를 들면, 서열 번호 12, 28, 44, 60, 76, 92, 108, 124 또는 140에 따른 섬유의 섬유 꼬리, 예를 들면 여기서 섬유 꼬리는 섬유 샤프트에 N 말단인 모든 아미노산을 포함하는 섬유의 부분임)와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유 꼬리를 포함하는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터를 포함한다.
본 개시내용은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유 샤프트(예를 들면, 서열 번호 13, 29, 45, 61, 77, 93, 109, 125 또는 141에 따른 섬유 샤프트)와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유 샤프트를 포함하는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터를 포함한다.
본 개시내용은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유 매듭(예를 들면, 서열 번호 14, 30, 46, 62, 78, 94, 110, 126 또는 142에 따른 섬유 매듭)와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유 매듭을 포함하는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터를 포함한다.
본 개시내용은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 펜톤(예를 들면, 서열 번호 15, 31, 47, 63, 79, 95, 111, 127 또는 143에 따른 펜톤)과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 펜톤을 포함하는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터를 포함한다.
본 개시내용은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헥손(예를 들면, 서열 번호 16, 32, 48, 64, 80, 96, 112, 128 또는 144에 따른 헥손)과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 헥손을 포함하는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터를 포함한다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유(예를 들면, 서열 번호 12, 28, 44, 60, 76, 92, 108, 124 또는 140에 따른 섬유)와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유를 적어도 포함하는 임의의 아데노바이러스 벡터이다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유 꼬리(예를 들면, 서열 번호 12, 28, 44, 60, 76, 92, 108, 124 또는 140에 따른 섬유의 섬유 꼬리, 예를 들면 여기서 섬유 꼬리는 섬유 샤프트에 N 말단인 모든 아미노산을 포함하는 섬유의 부분임)와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유 꼬리를 적어도 포함하는 임의의 아데노바이러스 벡터이다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유 샤프트(예를 들면, 서열 번호 13, 29, 45, 61, 77, 93, 109, 125 또는 141에 따른 섬유 샤프트)와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유 샤프트를 적어도 포함하는 임의의 아데노바이러스 벡터이다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유 매듭(예를 들면, 서열 번호 14, 30, 46, 62, 78, 94, 110, 126 또는 142에 따른 섬유 매듭)와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유 매듭을 적어도 포함하는 임의의 아데노바이러스 벡터이다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 펜톤(예를 들면, 서열 번호 15, 31, 47, 63, 79, 95, 111, 127 또는 143에 따른 펜톤)과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 펜톤을 적어도 포함하는 임의의 아데노바이러스 벡터이다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헥손(예를 들면, 서열 번호 16, 32, 48, 64, 80, 96, 112, 128, 144에 따른 헥손)과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 헥손을 적어도 포함하는 임의의 아데노바이러스 벡터이다.
따라서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유 매듭와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유 매듭 및 상이한 아데노바이러스 혈청형과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 적어도 하나의 단백질 또는 이의 일부(예컨대, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리, 펜톤 또는 헥손)를 적어도 포함하는 키메라 아데노바이러스 벡터일 수 있다.
Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유 샤프트와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유 샤프트 및 상이한 아데노바이러스 혈청형과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 적어도 하나의 단백질 또는 이의 일부(예컨대, 섬유 매듭, 섬유 꼬리, 펜톤 또는 헥손)를 적어도 포함하는 키메라 아데노바이러스 벡터일 수 있다.
Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 섬유 꼬리와 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 섬유 꼬리 및 상이한 아데노바이러스 혈청형과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 적어도 하나의 단백질 또는 이의 일부(예컨대, 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 펜톤 또는 헥손)를 적어도 포함하는 키메라 아데노바이러스 벡터일 수 있다.
Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 펜톤과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 펜톤 및 상이한 아데노바이러스 혈청형과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 적어도 하나의 단백질 또는 이의 일부(예컨대, 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리 또는 헥손)를 적어도 포함하는 키메라 아데노바이러스 벡터일 수 있다.
Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헥손과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 헥손 및 상이한 아데노바이러스 혈청형과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 적어도 하나의 단백질 또는 이의 일부(예컨대, 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리 또는 펜톤)를 적어도 포함하는 키메라 아데노바이러스 벡터일 수 있다.
Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 성분(예를 들면, ITR, 패키징 서열, 유전자 및 단백질)의 예시적인 서열은 하기 표에 제공된다. 바이러스 폴리펩타이드는 바이러스 벡터의 성분 및 예를 들면 섬유, 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리, 펜톤 또는 헥손을 포함하는 이의 일부 또는 단편인 단백질을 포함한다.
표 1 내지 표 18에 표시된 것과 같이 서열 번호 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152 및/또는 153이라 본원에 지칭되는 수탁 서열을 예를 들면 포함하는 본원에 개시된 수탁 번호에 상응하는 다양한 서열은 도 40에서 본원에 제공된다. 당업자는 도 40에 개시된 서열을 포함하는 이러한 서열이 (예를 들면, 수탁 번호에 의해) 전체적으로 또는 (예를 들면, 뉴클레오타이드 위치 및/또는 서열의 뉴클레오타이드 위치 및/또는 수탁 번호의 세트 또는 범위를 참조하여) 부분적으로 언급될 수 있다는 것을 이해할 것이다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터 또는 게놈은 수혜자에서 바이러스의 복제를 감소시키고/시키거나 제거하는 변형을 포함한다. 광범위하게는, 수혜자에서 바이러스의 복제를 감소시키고/시키거나 제거하도록 조작된 아데노바이러스 벡터 및 게놈의 3개의 인정된 "세대"가 있다. 본 개시내용의 아데노바이러스 벡터는 임의의 이들 3개의 세대에 따른 벡터를 포함할 수 있다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 적어도 조절 E1 유전자(E1a 및 E1b)가 Ad 게놈으로부터 제거된다("제1 세대" 벡터 변형)는 점에서 기준 Ad 서열(예를 들면, 관심 있는 혈청형의 아데노바이러스의 하나 이상의 정규, 대표적인, 예시적인 또는 야생형 서열)과 다르다. E1a 및 E1b는 아데노바이러스 복제 주기 동안 생성된 제1 전사 조절 인자이다. E1 결실은 E1에 의해 제어된 소정의 바이러스 유전자의 발현을 감소시키거나 제거하고, E1 결실된 헬퍼 바이러스는 복제 결함이다. 따라서, 제1 세대 Ad 벡터는 수혜자에서의 복제에 대해 결핍된다. 일부 실시형태에서, 제1 세대 아데노바이러스 벡터는 E1 유전자 및 E3 유전자를 제거하도록 조작된다. 기준 게놈의 보유된 부분은 기준 게놈과 서열이 동일할 수 있거나, 기준 게놈과 100% 미만의 동일성, 예를 들면 적어도 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, 80% 또는 75%의 동일성을 가질 수 있다. 아데노바이러스 벡터는 이들 E1(또는 E1 및 E3) 유전자 없이는 스스로 복제할 수 없고, (예를 들면, 동일한 혈청형의) E1 또는 소정의 바이러스 유전자의 발현을 복원하기에 충분한 또 다른 단백질을 발현하는 포유류 세포주에서 생성될 수 있다. 예시를 위해, E1 결핍 Ad5 벡터가 Ad5 E4orf6을 암호화하는 경우, 헬퍼 벡터는 Ad5 E1을 발현하는 세포주에서 전파될 수 있다. 아데노바이러스 벡터 생성을 위한 하나의 예시적인 세포 유형에서, HEK293 세포는 Ad5 E4 단백질 ORF6과 복합체를 형성하는 것으로 알려진 Ad5 E1b55k를 발현한다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 적어도 E1 유전자(E1a 및 E1b) 및 비구조적 유전자 E2, E3 및/또는 E4 중 하나 이상이 결실된다는 점에서 기준 Ad 서열("제2 세대" 변형)과 다르다. 제2 세대 Ad는 제1 세대 Ad보다 더 큰 페이로드 용량을 갖고, 제1 세대 바이러스보다 복제에 더 결핍된다. 일부 실시형태에서, 제2 세대 아데노바이러스 벡터는 E1/E3 제거 이외에 비구조적 유전자 E2 및 E4를 제거하도록 조작되어서 용량을 증가시키고 면역원성을 감소시킨다. 기준 게놈의 보유된 부분은 기준 게놈과 서열이 동일할 수 있거나, 기준 게놈과 100% 미만의 동일성, 예를 들면 적어도 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, 80% 또는 75%의 동일성을 가질 수 있다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈은 적어도 이것이 Ad 게놈으로부터의 모든 바이러스 암호화 서열을 제거하고 게놈의 ITR 및 게놈의 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편을 오직 보유하도록 조작된다("제3 세대" 변형)는 점에서 기준 Ad 서열과 다르다. 제3 세대 아데노바이러스 벡터는 가틀리스, 고용량 아데노바이러스 벡터 또는 헬퍼 의존적 아데노바이러스 벡터(HdAd)라고도 지칭될 수 있다. 기준 게놈의 보유된 부분은 기준 게놈과 서열이 동일할 수 있거나, 기준 게놈과 100% 미만의 동일성, 예를 들면 적어도 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, 80% 또는 75%의 동일성을 가질 수 있다.
제3 세대 Ad 게놈이 바이러스 생성에 필요한 단백질을 암호화하지 않으므로, 이것은 헬퍼 의존적이고: 헬퍼 의존적 게놈은 이것이 바이러스 단백질을 트랜스로 제공하는 핵산 서열을 포함하는 세포에 존재하면 벡터로 오직 패키징될 수 있다. 이 헬퍼 의존적 벡터는 또한 제1 세대 및 제2 세대 벡터보다 여전히 더 높은 용량 및 감소된 면역원성을 특징으로 한다. HDAd 벡터가 벡터로서 사용될 때 바이러스 유전자를 발현하지 않으므로, 수혜자에서의 세포독성 또는 인터페론 반응의 위험은 감소된다.
모든 바이러스 암호화 서열을 결여시키도록 조작된 헬퍼 의존적 아데노바이러스 벡터(HDAd)는 매우 다양한 세포 유형을 효과적으로 형질도입할 수 있고, 무시할만한 만성 독성으로 장기간 전이유전자 발현을 매개할 수 있다. 바이러스 암호화 서열을 결실시키고 게놈 복제(ITR) 및 패키징(ψ)에 필요한 시스 작용 요소를 오직 남김으로써, Ad 벡터에 대한 세포 면역 반응은 감소된다. HDAd 벡터는 큰 페이로드의 전달을 허용하는 것까지의 큰 클로닝 용량을 갖는다. 이 페이로드는 전이유전자 발현을 향상시키고 연장하고 조절하기 위해 큰 치료학적 유전자 또는 심지어 다수의 전이유전자 및 큰 조절 성분을 포함할 수 있다. 소정의 HDAd 벡터 게놈이 적어도 최소 총 길이, 예를 들면 적어도 20 kb(예를 들면, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 또는 35 kb)의 총 길이까지의 최소를 가질 때 게놈이 가장 효과적으로 패키징될 수 있다는 것이 또한 관찰되었고, 그 길이는 예를 들면 치료학적 페이로드 및/또는 "스터퍼" 서열을 포함할 수 있다. 페이로드가 아데노바이러스 게놈이 적어도 표적 길이를 갖게 하는 다수의 뉴클레오타이드를 사용하지 않는 경우, 스터퍼 서열은 표적 길이를 달성하거나 능가하도록 사용될 수 있다. 본 개시내용은 임의의 표적 길이의 충족이 유리할 수 있도록 효과적인 패키징을 위한 최소 길이가 본원에 제공된 벡터의 유리한 사용에 필요하지 않고 본원에 제공된 조성물 및 방법의 사용에 필요하지 않다는 것을 포함한다. 통상적인 HDAd 게놈은 다른 아데노바이러스 벡터와 같이 일반적으로 에피솜으로 남아 있고 숙주 게놈과 통합하지 않는다.
HDAd 벡터가 바이러스 입자를 생성하는 데 필요한 바이러스 단백질을 암호화하지 않으므로, 바이러스 단백질은 트랜스로 제공되고, 예를 들면 HDAd 게놈이 존재하는 세포에서 발현되고/되거나 세포에 의해 발현된다. 일부 HDAd 벡터 시스템에서, 하나의 바이러스 게놈(헬퍼 게놈)은 복제에 필요한 모든 단백질(예를 들면, 모든 구조적 바이러스 단백질)을 암호화하지만 패키징 서열에서 조건적 결함을 가져서, 이것이 소정의 벡터 생성 조건 하에 (예를 들면, 조건적으로 결함인 패키징 서열의 기능을 감소시키는 제제의 존재 하에) 벡터로 덜 패키징되게 만들 것이다. 따라서, HDAd 공여자 바이러스 게놈은 Ad ITR, 페이로드(예를 들면, 치료학적 페이로드) 및 HDAd 공여자 바이러스 게놈이 헬퍼 벡터 게놈으로부터 발현된 구조적 성분으로부터 생성된 HDAd 바이러스 벡터로 선택적으로 패키징되게 하는 기능적 패키징 서열(예를 들면, 야생형 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편)을 포함한다(예를 들면, 오직 이들을 포함한다). 바꾸어 말하면, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 벡터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터의 생성에 사용될 수 있다. HD Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터의 생성은 HDAd 벡터 게놈 및 구조적 바이러스 단백질 및 비구조적 바이러스 단백질을 제공하는 패키징 결함 헬퍼 바이러스를 함유하는 플라스미드의 동시형질주입을 포함할 수 있다. 헬퍼 바이러스 게놈은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터의 전파를 구제할 수 있고, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터는 예를 들면 대규모로 생성되고 단리될 수 있다. 다양한 프로토콜은 당해 분야에 예를 들면 Palmer 등, 2009 Gene Therapy Protocols. Methods in Molecular Biology, Volume 433. Humana Press; Totowa, NJ: 2009. pp. 33-53에서 알려져 있다. 일부 실시형태에서, 헬퍼 게놈은 E1-결핍이다.
일부 HDAd 벡터 시스템에서, 헬퍼 게놈은 조건적 패키징을 위해 재조합효소 시스템(예를 들면, Cre/loxP 시스템)을 사용한다. 소정의 이러한 HDAd 벡터 시스템에서, 헬퍼 게놈은 재조합효소(예를 들면, loxP) 부위에 의해 플랭킹된 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편(예를 들면, 패키징에 충분하거나 패키징에 필요하거나 Ad 게놈의 캡시드로의 효과적인 패키징에 필요한 패키징 서열의 단편)를 포함할 수 있어서 상응하는 재조합효소(예를 들면, Cre 재조합효소)와의 접촉은 재조합효소 부위(예를 들면, loxP 부위) 사이의 재조합효소 매개된(예를 들면, Cre 매개된) 부위 특이적 재조합에 의해 헬퍼 게놈으로부터 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편을 절제한다. 본 개시내용은, 다른 것들 중에서, 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편을 플랭킹하는 2개의 재조합 부위를 포함하는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 벡터 및 게놈을 포함하고, 2개의 재조합 부위는 동일한 재조합효소에(즉, 이것에 대해 또는 이에 의해 작용된) 상응하는 부위이다.
다양한 실시형태에서, 헬퍼 게놈은 E1의 결실을 포함할 수 있고, 예를 들면 여기서 E1 발현 산물이 생성자 세포주의 게놈으로부터의 상보성 발현에 의해 공급될 수 있으므로 헬퍼 게놈은 E1을 제외하고 모든 바이러스 유전자를 포함한다. 일부 실시형태에서, 생성자 세포에 존재하는 헬퍼 및 HDAd 공여자 게놈 사이의 상동성 재조합의 결과로서 복제 유능 Ad(RCA)의 생성을 방지하기 위해, "스터퍼(stuffer)" 서열은 E3 영역으로 삽입될 수 있어서 임의의 재조합체가 패키징되고/되거나 효과적으로 패키징되기에 너무 크게 한다.
HDAd 벡터의 생성을 위해, HDAd 공여자 게놈은 헬퍼 벡터의 조건적 패키징 서열의 절제를 위한 재조합효소를 발현하는 세포(예를 들면, Cre 재조합효소를 발현하는 293 세포(HEK293))로 전달될 수 있고, 선택적으로 HDAd 공여자 게놈은 비바이러스 벡터 형태, 예컨대 박테리아 플라스미드 형태로 세포로 전달된다(예를 들면, HDAd 공여자 게놈은 박테리아 플라스미드(pHDAd)에 존재하고/하거나 제한 효소 분해에 의해 방출됨). 동일한 세포는 재조합효소 부위(예를 들면, loxP 부위)에 의해 플랭킹된 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편을 포함하는 헬퍼 게놈에 의해 형질도입될 수 있다. 따라서, 생성자 세포는 HDAd 공여자 게놈에 의해 형질주입되고, 재조합효소 부위(예를 들면, loxP 부위)에 의해 플랭킹된 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편을 보유하는 헬퍼 게놈에 의해 형질도입될 수 있고, 세포는 재조합효소 부위에 상응하는 재조합효소(예를 들면, Cre)를 발현하여서 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편의 절제가 헬퍼 바이러스 게놈이 패키징에 결핍이게(예를 들면, 패키징 불가능하게) 하지만, HDAd 공여자 게놈을 포함하는 HDAd 공여자 벡터의 생성을 위해 모든 필요한 트랜스 작용 인자를 여전히 제공한다.
유사한 HDAd 생성 시스템은 FLP(예를 들면, FLPe)/frt 부위 특이적 재조합을 사용하여 개발되었고, 헬퍼 게놈의 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편을 플랭킹하는 frt 부위 사이의 FLP 매개된 재조합은 FLP를 발현하는 생성자 세포에서 헬퍼 게놈의 패키징을 감소시키거나 제거한다.
페이로드를 포함하는 공여자 벡터 게놈을 포함하는 HDAd 벡터는 생성자 세포로부터 단리될 수 있다. HDAd 공여자 벡터는 추가로 물리적 수단에 의해 헬퍼 벡터로부터 정제될 수 있다. 일반적으로, HDAd 바이러스 벡터 및 HDAd 바이러스 벡터 제형에서의 헬퍼 벡터 및/또는 헬퍼 게놈의 약간의 오염이 발생할 수 있고 관용될 수 있다.
HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 및 50 공여자 벡터, 공여자 게놈, 헬퍼 벡터 및 헬퍼 게놈은 또한 본원에 제공된 조성물을 예시하고, 본 개시내용의 다양한 방법에 사용될 수 있다. An HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터 또는 게놈은 헬퍼 의존적 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터 또는 게놈이다. Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 벡터는 조건적으로 발현된(예를 들면, frt-부위 또는 loxP-부위 플랭킹된) 패키징 서열 또는 이의 단편을 포함하고, 공여자 게놈이 패키징될 수 있는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 비리온의 생성을 위한 모든 필요한 트랜스 작용 인자를 암호화하는 헬퍼 게놈을 포함하는 벡터이다.
본 개시내용은 추가로 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 게놈 및 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 게놈을 포함하는 세포를 포함하는 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터 생성 시스템을 포함한다. 소정의 이러한 세포에서, 헬퍼 게놈에 의해 암호화되고 발현된 바이러스 단백질은 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 게놈이 패키징된 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터의 생성에 사용될 수 있다. 따라서, 본 개시내용은 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 게놈 및 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 게놈을 포함하는 세포를 배양함으로써 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터의 생성의 방법을 포함한다. 일부 실시형태에서 세포는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 벡터의 패키징 서열을 플랭킹하는 재조합효소 직접 반복부에 상응하는 재조합효소를 암호화하고 발현한다. 일부 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 게놈의 플랭킹된 패키징 서열은 절제된다.
일부 실시형태에서 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 게놈은 모든 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 암호화 서열을 암호화한다. 일부 실시형태에서 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 게놈은 E1 및/또는 E3 암호화 서열 및/또는 E4 암호화 서열의 하나 이상의 암호화 서열을 제외하고 모든 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 암호화 서열을 암호화하고/하거나 발현한다. 다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 E1 유전자를 암호화하고/하거나 발현하지 않는 헬퍼 게놈은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 E4 유전자를 암호화하고/하거나 발현하지 않는다. 다양한 실시형태에서, 당업자에 의해 이해되는 것처럼, HDAd 공여자 벡터의 제조를 위한 조성물 및 방법의 세포는 E1 발현 산물을 발현하는 세포일 수 있다.
본 개시내용은, 다른 것들 중에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 ITR을 포함하는 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터 및 게놈(5' Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 ITR 및 동일한 혈청형의 3' ITR)을 포함하고, 예를 들면 여기서 2개의 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 ITR은 패키징 서열 및 페이로드를 플랭킹한다. 본 개시내용은, 다른 것들 중에서, E1 또는 이의 단편이 결실된 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터 및 게놈을 포함한다. 본 개시내용은, 다른 것들 중에서, E3 또는 이의 단편이 결실된 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터 및 게놈을 포함한다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 헬퍼 게놈으로부터의 패키징 서열 또는 이의 기능적 단편의 절제는 예를 들면 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.9% 또는 100%만큼 벡터의 전파를 감소시키고(예를 들면, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%의 하한 및 60%, 70%, 80%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5%, 99.9% 또는 100%의 상한을 갖는 백분율만큼 벡터의 전파를 감소시키고), 선택적으로 퍼센트 전파는 필적하는 조건 하에 완전한 벡터(재조합효소 부위 플랭킹된 서열이 절제되지 않은 벡터)와 비교하여 또는 야생형 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터와 비교하여 절제된 벡터(재조합효소 부위 플랭킹된 서열이 절제된 벡터)의 전파에 의해 제조된 바이러스 입자의 수로서 측정된다.
추가의 선택적 조작 고려사항은 원심분리에 의해, 예를 들면 CsCl 초원심분리에 의해 HDAd3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터로부터의 헬퍼 벡터의 분리를 허용하는 크기를 갖는 헬퍼 게놈의 조작일 수 있다. 이 결과를 달성하는 하나의 수단은 통상적인 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈과 비교하여 헬퍼 게놈의 크기를 증가시키는 것이다. 특히, 아데노바이러스 게놈은 조작에 의해 야생형 길이의 적어도 104%로 증가될 수 있다. 본 개시내용의 소정의 헬퍼 벡터는 페이로드 및/또는 스터퍼 서열을 수용할 수 있다.
본 개시내용은 다양한 실시형태에서 본 개시내용의 벡터 또는 게놈이 단일 특정한 혈청형의 상응하는 서열로부터 각각 선택되거나 이것과 적어도 75%의 서열 동일성(예를 들면, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성)을 갖는 성분의 선택을 포함할 수 있다는 것을 포함한다. 예시적인 예를 제공하기 위해, 모든 성분은 다르게 표시된 서열(예를 들면, 페이로드, 예를 들면 이종성 페이로드)을 제외하고 Ad34에 상응할 수 있다(예를 들면, 이것의 서열과 적어도 75%의 서열 동일성을 가질 수 있음).
I(C). Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 및 50 유전자 치료 벡터 페이로드
본 개시내용의 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터 및 게놈은 하나 이상의 발현 산물을 암호화하는 하나 이상의 암호화 서열, 암호화 서열에 작동 가능하게 연결된 하나 이상의 조절 서열, 하나 이상의 스터퍼 서열 및 기타 중 어느 것을 포함할 수 있는 여러 가지의 이종성 핵산 페이로드를 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 페이로드는 치료학적 관심 있는 서열 변형을 생성하기 위해 원하는 결과, 예컨대 숙주 세포 또는 시스템에서의 치료학적 효과, 예를 들면 치료학적 관심 있는 단백질의 발현 또는 유전자 편집 시스템, 예를 들면 CRISPR/Cas 시스템 또는 염기 편집 시스템의 발현을 달성하기 위해 조작된다.
일부 실시형태에서, 페이로드는 유전자를 포함할 수 있다. 유전자는 암호화 서열뿐만 아니라 조절 영역, 예컨대 프로모터, 인핸서, 종결 영역, 좌위 제어 영역(LCR), 종결 및 폴리아데닐화 신호 요소, 스플라이싱 신호 요소, 사일런서, 인설레이터 및 기타를 포함할 수 있다. 유전자는 인트론 및 발현된 mRNA 전사체로부터 스플라이싱된 다른 DNA 서열을 대안적인 스플라이스 부위로부터 생긴 변이체와 함께 포함할 수 있다. 암호화 서열은 또한 특정 유기체 또는 표적 세포 유형의 코돈 선호도에 따라 기준 서열과 비교하여 대안적인 동위 코돈 용법, 예를 들면 기준과 비교하여 변형된 코돈 용법을 포함할 수 있다.
페이로드는 단일 유전자 또는 다수의 유전자를 포함할 수 있다. 페이로드는 단일 암호화 서열 또는 복수의 암호화 서열을 포함할 수 있다. 페이로드는 단일 조절 서열 또는 복수의 조절 서열을 포함할 수 있다. 페이로드는 복수의 암호화 서열을 포함할 수 있고, 암호화 서열의 개별 발현 산물은 예를 들면 엔도뉴클레아제 및 가이드 RNA의 경우에서처럼 함께 기능하거나, 예를 들면 직접적으로 또는 간접적으로 결합하지 않는 2개의 별개의 단백질로서 독립적으로 기능한다. 당업자에 의해 이해되는 것처럼, 기준 야생형 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 게놈에 의해 암호화되지 않은 임의의 페이로드 또는 페이로드 성분(예를 들면, 페이로드 암호화된 발현 산물 또는 조절 서열)은 본원에서 이종성 발현 산물이라 지칭될 수 있다.
의심을 피하기 위해, 본 개시내용은 본원에 제공된 아미노산 및 핵산 서열의 변이체를 포함한다. 변이체는 본원에 기재되거나 개시된 단백질 및 핵산 서열과 적어도 70%의 서열 동일성, 80%의 서열 동일성, 85%의 서열, 90%의 서열 동일성, 95%의 서열 동일성, 96%의 서열 동일성, 97%의 서열 동일성, 98%의 서열 동일성 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하고, 변이체는 실질적으로 유사하거나 개선된 생물학적 기능을 나타낸다.
I(C)(i). 페이로드 발현 산물
본 개시내용의 아데노바이러스 공여자 벡터 또는 아데노바이러스 공여자 게놈의 페이로드는 임의의 여러 가지의 발현 산물을 암호화하는 하나 이상의 암호화 서열을 포함할 수 있다. 예시적인 발현 산물은 기준 수준과 비교하여 생물학적으로 활성인 단백질의 낮은 발현 또는 활성을 특징으로 하는 질환 또는 병태의 치료를 위해 제한 없이 대체 치료 단백질을 포함하는 단백질을 포함한다. 예시적인 발현 산물은 CRISPR/Cas, 염기 에디터 및 프라임 에디터 시스템을 포함한다. 예시적인 발현 산물은 항체, CAR 및 TCR을 포함한다. 예시적인 발현 산물은 작은 RNA를 포함한다. 다양한 실시형태에서, 공여자 벡터 또는 게놈의 표적 세포로의 전달이 의도된 효과 또는 표적 효과를 생성하기 위해 숙주 세포 게놈으로의 공여자 벡터 페이로드의 전부 또는 일부의 통합은 필요하지 않고, 예를 들면 소정의 경우에 여기서 의도된 효과 또는 표적 효과는 CRISPR, 염기 에디터 또는 프라임 에디터 시스템에 의해 숙주 세포 게놈의 편집을 포함한다. 다양한 실시형태에서, 공여자 벡터 또는 게놈의 표적 세포로의 전달이 의도된 효과 또는 표적 효과를 생성하기 위해 공여자 벡터 페이로드의 전부 또는 일부의 통합은 필요하거나 바람직하고, 예를 들면 여기서 형질도입된 표적 세포의 자손 세포에서 페이로드 암호화된 발현 산물의 발현이 원해진다. 다양한 실시형태에서, 페이로드는 예를 들면 재조합 또는 전위에 의해 숙주 세포 게놈("통합 요소")으로의 통합을 위해 조작된 핵산 서열을 포함할 수 있다.
하나 이상의 치료학적 단백질을 암호화하는 유전자 서열은 관련 아미노산 서열로부터 합성 방법 또는 재조합 방법에 의해 용이하게 제조될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 임의의 이들 서열을 암호화하는 유전자 서열은 서열을 암호화하는 유전자 서열의 상이한 서열을 암호화하는 또 다른 유전자 서열에 의한 용이한 절제 및 대체를 제공하기 위해 암호화 서열의 5' 말단 및/또는 3' 말단에서의 하나 이상의 제한 효소 부위를 또한 가질 수 있다. 특정한 실시형태에서, 서열을 암호화하는 유전자 서열은 포유류 세포에서의 발현을 위해 코돈 최적화될 수 있다.
치료학적 유전자 및/또는 발현 산물의 특정한 예는 γ-글로빈, VIII 인자, γC, JAK3, IL7RA, RAG1, RAG2, DCLRE1C, PRKDC, LIG4, NHEJ1, CD3D, CD3E, CD3Z, CD3G, PTPRC, ZAP70, LCK, AK2, ADA, PNP, WHN, CHD7, ORAI1, STIM1, CORO1A, CIITA, RFXANK, RFX5, RFXAP, RMRP, DKC1, TERT, TINF2, DCLRE1B, SLC46A1, FANC 패밀리 유전자(예를 들면, FancA, FancB, FancC, FancD1(BRCA2), FancD2, FancE, FancF, FancG, FancI, FancJ(BRIP1), FancL, FancM, FancN(PALB2), FancO(RAD51C), FancP(SLX4), FancQ(ERCC4), FancR(RAD51), FancS(BRCA1), FancT(UBE2T), FancU(XRCC2), FancV(MAD2L2) 및 FancW(RFWD3)), 가용성 CD40, CTLA, Fas L, (예를 들면, CD4, CD5, CD7, CD52, IL1, IL2, IL6, TNF, P53, PTPN22 또는 DRB1*1501/DQB1*0602에 특이적으로 결합하는) 항체, 자가반응성 T 세포에 특이적으로 존재하는 TCR에 대한 항체, IL4, IL10, IL12, IL13, IL1Ra, sIL1RI, sIL1RII, sTNFRI, sTNFRII, 글로빈 패밀리 유전자, WAS, phox, 디스트로핀, 피루베이트 키나제, CLN3, ABCD1, 아릴설파타제 A, SFTPB, SFTPC, NLX2.1, ABCA3, GATA1, 리보솜 단백질 유전자, TERT, TERC, DKC1, TINF2, CFTR, LRRK2, PARK2, PARK7, PINK1, SNCA, PSEN1, PSEN2, APP, SOD1, TDP43, FUS, 유비퀼린 2, C9ORF72 및 본원에 기재된 다른 치료학적 유전자 및/또는 발현 산물을 포함한다.
치료학적 유전자는 적혈구와 관련된 질환 및 응고에 대해 치료학적으로 효과적인 반응을 제공하도록 선택될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 질환은 지중해빈혈과 같은 이상헤모글로빈증 또는 겸상 세포 질환/특질이다. 치료학적 유전자는 예를 들면 신체에서 헤모글로빈의 생성을 유도하거나 증가시키거나; β-글로빈, γ-글로빈 또는 α-글로빈의 생성을 유도하거나 증가시키거나; 세포에 대한 산소의 이용가능성을 증가시키는 유전자일 수 있다. 치료학적 유전자는 예를 들면 HBB 또는 CYB5R3일 수 있다. 예시적인 효과적인 치료는 예를 들면 환자에서 혈액 세포 수를 증가시키거나, 혈액 세포 기능을 개선하거나, 세포의 산소화를 증가시킬 수 있다. 또 다른 특정한 실시형태에서, 질환은 혈우병이다. 치료학적 유전자는 예를 들면 VIII 응집/응고 인자 또는 IX 응집/응고 인자의 생성을 증가시키거나, VIII 응집 인자 또는 IX 응집 인자의 정상 버전의 생성을 야기하는 유전자, VIII 응집/응고 인자 또는 IX 응집/응고 인자에 대한 항체의 생성을 감소시키는 유전자 또는 혈전의 적절한 형성을 야기하는 유전자일 수 있다. 예시적인 치료학적 유전자는 F8 및 F9를 포함한다. 예시적인 효과적인 치료는 예를 들면 대상체에서 VIII 및 IX 응집/응고 인자의 생성을 증가시키거나 유도하거나; VIII 및 IX 응집/응고 인자의 기능을 개선하거나 응고 시간을 감소시킬 수 있다.
본 개시내용의 다양한 실시형태에서, 공여자 벡터는 글로빈 유전자를 암호화하고, 글로빈 유전자에 의해 암호화된 글로빈 단백질은 γ-글로빈, β-글로빈 및/또는 α-글로빈으로부터 선택된다. 본 개시내용의 글로빈 유전자는 예를 들면 하나 이상의 조절 서열, 예컨대 글로빈 단백질을 암호화하는 핵산 서열에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함할 수 있다. 당업자가 이해하는 것처럼, 각각의 γ-글로빈, β-글로빈 및/또는 α-글로빈은 태아 및/또는 성인 헤모글로빈의 성분이고, 따라서 본원에 개시된 다양한 벡터에서 유용하다.
다양한 실시형태에서, 글로빈 단백질의 발현의 증가는 (i) 특정한 서열을 갖는 글로빈 단백질의 세포 또는 시스템에서의 양, 농도 또는 발현(예를 들면, 암호화하는 핵산의 전사 또는 번역)의 증가; (ii) 서로에 대한 단백질의 서열과 관련 없이 특정한 유형의 글로빈 단백질의 세포 또는 시스템에서의 양, 농도 또는 발현(예를 들면, 암호화하는 핵산의 전사 또는 번역)(예를 들면, 당업자에 의해 또는 본 명세서에 제시된 것과 같이 γ-글로빈(또는 대안적으로 β-글로빈 또는 α-글로빈)으로서 확인된 모든 단백질의 총 양)의 증가; 및/또는 (iii) 세포 또는 시스템에서 이종성 글로빈 단백질, 예를 들면 유전자 치료 전에 숙주 세포에 의해 암호화되지 않은 글로빈 단백질의 발현 중 임의의 하나 이상을 지칭할 수 있다.
하기 참고번호는 기능적 글로빈 유전자의 특정한 예시적인 서열을 기재한다. 참고번호 1-4는 α-유형 글로빈 서열을 지칭하고, 참고번호 4-12는 β-유형 글로빈 서열(β 및 γ 글로빈 서열을 포함)을 지칭하고, 이의 서열은 본원에 참고로 포함된다: (1) GenBank 수탁 번호 Z84721(Mar. 19, 1997); (2) GenBank 수탁 번호 NM_000517(Oct. 31, 2000); (3) Hardison 등, J. Mol. Biol. (1991) 222(2):233-249; (4) A Syllabus of Human Hemoglobin Variants (1996), 저자 Titus 외, 발행 The Sickle Cell Anemia Foundation in Augusta, Ga. (온라인 globin.cse.psu.edu에서 이용 가능); (5) GenBank 수탁 번호 J00179(Aug. 26, 1993) 또는 U01317.1; (6) Tagle 등, Genomics (1992) 13(3):741-760; (7) Grovsfeld 등, Cell (1987) 51(6):975-985; (8) Li 등, Blood (1999) 93(7):2208-2216; (9) Gorman 등, J. Biol. Chem. (2000) 275(46):35914-35919; (10) Slightom 등, Cell (1980) 21(3):627-638; (11) Fritsch 등, Cell (1980) 19(4): 959-972; (12) Marotta 등, J. Biol. Chem. (1977) 252(14):5040-5053. 글로빈을 암호화하는 유전자의 추가의 암호화 영역 및 비암호화 영역에 대해, 예를 들면, Marotta 등, Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 19, 165-175, 1976, Lawn 등, Cell 21 (3), 647-651, 1980 및 Sadelain 등, PNAS.; 92:6728-6732, 1995를 참조한다. 일부 실시형태에서 글로빈 유전자는 G16D 감마 글로빈 변이체를 암호화한다.
헤모글로빈 아단위 β의 예시적인 아미노산 서열은 예를 들면 NCBI 수탁 번호 P68871에서 제공된다. β-글로빈에 대한 예시적인 아미노산 서열은 예를 들면 NCBI 수탁 번호 NP_000509에서 제공된다.
전이유전자는 치료학적 유전자 및/또는 유전자 산물 이외에 또한 치료 분자, 예컨대 관문 억제제 시약, 하나 이상의 암 항원에 특이적인 키메라 항원 수용체 분자 및/또는 하나 이상의 암 항원에 특이적인 T-세포 수용체를 암호화할 수 있다.
또 다른 예로서, 치료학적 유전자는 리소좀 저장 장애에 대해 치료학적으로 효과적인 반응을 제공하도록 선택될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 리소좀 저장 장애는 점액다당류증(MPS), I형; MPS II 또는 헌터 증후군; MPS III 또는 산필리포 증후군; MPS IV 또는 모로퀴오 증후군; MPS V; MPS VI 또는 마르토/라미 증후군(Maroteaux-Lamy syndrome); MPS VII 또는 슬라이 증후군; α-만노시드증; β-만노시드증; GSDI, 폰기르케씨병(von Gierke disease) 또는 테이 삭스(Tay Sachs)로도 알려진 글리코겐 저장 질환 I형; 폼페병; 고셔병; 또는 파브리병이다. 치료학적 유전자는 예를 들면 효소의 생성을 암호화하거나 유도하거나 그렇지 않으면 리소좀에서 점액폴리사카라이드의 분해를 야기하는 유전자일 수 있다. 예시적인 치료학적 유전자는 IDUA 또는 이두로니다제, IDS, GNS, HGSNAT, SGSH, NAGLU, GUSB, GALNS, GLB1, ARSB 및 HYAL1을 포함한다. 리소좀 저장 장애에 대한 예시적인 효과적인 유전자 치료는 예를 들면 리소좀에서 다양한 물질의 분해를 담당하는 효소의 생성을 암호화하거나 유도하거나; 두부(대두증 제외), 간, 비장, 혀 또는 성대를 포함하는 다양한 장기에서의 종창을 감소시키거나 제거하거나 예방하거나 지연시키거나; 뇌에서의 유체를 감소시키거나; 심장 판막 비정상을 감소시키거나; 좁은 기도를 예방하거나 확장시키고 감염 및 수면 무호흡증과 같은 관련된 상부 호흡기 병태를 예방하거나; 뉴런의 파괴 및/또는 연관된 증상을 감소시키거나 제거하거나 예방하거나 지연시킬 수 있다.
또 다른 예로서, 치료학적 유전자는 과증식성 질환에 대해 치료학적으로 효과적인 반응을 제공하도록 선택될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 과증식성 질환은 암이다. 치료학적 유전자는 예를 들면 종양 억제자 유전자, 아폽토시스를 유도하는 유전자, 효소를 암호화하는 유전자, 항체를 암호화하는 유전자 또는 호르몬을 암호화하는 유전자일 수 있다. 예시적인 치료학적 유전자 및 유전자 산물은 (본원에 어딘가에 열거된 것 이외에) 101F6, 123F2(RASSF1), 53BP2, abl, ABLI, ADP, aFGF, APC, ApoAI, ApoAIV, ApoE, ATM, BAI-1, BDNF, Beta*(BLU), bFGF, BLC1, BLC6, BRCA1, BRCA2, CBFA1, CBL, C-CAM, CNTF, COX-1, CSFIR, CTS-1, 시토신 데아미나제, DBCCR-1, DCC, Dp, DPC-4, E1A, E2F, EBRB2, erb, ERBA, ERBB, ETS1, ETS2, ETV6, Fab, FCC, FGF, FGR, FHIT, fms, FOX, FUS1, FYN, G-CSF, GDAIF, 유전자 21(NPRL2), 유전자 26(CACNA2D2), GM-CSF, GMF, gsp, HCR, HIC-1, HRAS, hst, IGF, IL-1, IL-2, IL-3, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-11, ING1, 인터페론 α, 인터페론 β, 인터페론 γ, IRF-1, JUN, KRAS, LUCA-1(HYAL1), LUCA-2(HYAL2), LYN, MADH4, MADR2, MCC, mda7, MDM2, MEN-I, MEN-II, MLL, MMAC1, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, neu, NF-1, NF-2, NGF, NOEY1, NOEY2, NRAS, NT3, NT5, OVCA1, p16, p21, p27, p57, p73, p300, PGS, PIM1, PL6, PML, PTEN, raf, Rap1A, ras, Rb, RB1, RET, rks-3, ScFv, scFV ras, SEM A3, SRC, TALI, TCL3, TFPI, 트롬보스폰딘, 티미딘 키나제, TNF, TP53, trk, T-VEC, VEGF, VHL, WT1, WT-1, YES 및 zac1을 포함한다. 예시적인 효과적인 유전자 치료는 종양을 억제하거나 제거하거나, 암 세포의 수를 감소시키거나, 종양 크기를 감소시키거나, 종양 성장을 느리게 하거나 제거하거나, 종양에 의해 야기된 증상을 경감할 수 있다.
또 다른 예로서, 치료학적 유전자는 감염성 질환에 대해 치료학적으로 효과적인 반응을 제공하도록 선택될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 감염성 질환은 인간 면역결핍 바이러스(HIV)이다. 치료학적 유전자는 예를 들면 면역 세포가 HIV 감염에 내성이게 하거나, 면역 세포가 면역 재구성을 통해 바이러스를 효과적으로 중화시키는 것이 가능하게 하는 유전자, 면역 세포에 의해 발현된 단백질을 암호화하는 유전자의 다형, 환자에서 발현되지 않은 감염과 싸우기 위해 유리한 유전자, 감염성 제제, 수용체 또는 공동수용체를 암호화하는 유전자; 수용체 또는 공동수용체에 대한 리간드를 암호화하는 유전자; 소정의 전사 인자의 작용을 차단하기 위해 리보자임, 안티센스 RNA, 소형 간섭 RNA(siRNA) 또는 디코이 RNA를 암호화하는 유전자를 포함하는 바이러스 복제에 필수적인 바이러스 및 세포 유전자; 우성 음성 바이러스 단백질, 세포내 항체, 인트라카인을 암호화하는 유전자 및 자살 유전자일 수 있다. 예시적인 치료학적 유전자 및 유전자 산물은 α2β1; αvβ3; αvβ5; αvβ63; BOB/GPR15; Bonzo/STRL-33/TYMSTR; CCR2; CCR3; CCR5; CCR8; CD4; CD46; CD55; CXCR4; 아미노펩티다제-N; HHV-7; ICAM; ICAM-1; PRR2/HveB; HveA; α-디스트로글리칸; LDLR/α2MR/LRP; PVR; PRR1/HveC; 및 라미닌 수용체를 포함한다. HIV의 치료를 위한 치료학적 유효량은 예를 들면 HIV에 대한 대상체의 면역력을 증가시키거나, AIDS 또는 HIV와 연관된 증상을 개선하거나, HIV에 대해 대상체에서 선천성 면역 반응 또는 적응 면역 반응을 유도한다. HIV에 대한 면역 반응은 항체 생성을 포함할 수 있고, AIDS를 예방하고/하거나 대상체의 AIDS 또는 HIV 감염의 증상을 개선하거나, HIV 감염성 및/또는 독력을 감소시키거나 제거한다.
I(C)(i)(a). 결합 도메인, 항체, CAR 및 TCR 페이로드 발현 산물
본 개시내용은 임의의 여러 가지의 결합 도메인을 암호화하는 서열을 포함할 수 있는 페이로드를 포함한다. 결합 도메인을 암호화하는 서열은 예를 들면 항체, 키메라 항원 수용체, TCR 또는 다른 결합 폴리펩타이드를 암호화할 수 있다.
항체 및 항체 단편은 결합 도메인의 예시이다. 용어 "항체"는 특정한 항원에 특이적 결합을 부여하기에 충분한 하나 이상의 정규 면역글로빈 서열 요소(예를 들면, 중쇄 가변 도메인, 경쇄 가변 도메인 및/또는 하나 이상의 CDR)를 포함하는 폴리펩타이드를 지칭할 수 있다. 따라서, 용어 항체는, 제한 없이, 인간 항체, 비인간 항체, 합성 항체 및/또는 조작된 항체, 이의 단편 및 이를 포함하는 제제를 포함한다. 항체는 천연 발생 면역글로빈(예를 들면, 항원과 반응하는 유기체에 의해 생성됨)일 수 있다. 합성 항체, 비천연 발생 항체 또는 조작된 항체는 재조합 조작, 화학 합성 또는 당업자에게 알려진 다른 인공 시스템 또는 방법론에 의해 제조될 수 있다.
당해 분야에 잘 알려진 것처럼, 통상적인 인간 면역글로빈은 "Y-형상"의 구조로 흔히 지칭되는 구조를 형성하기 위해 서로 회합된 2개의 동일한 중(H)쇄 폴리펩타이드(각각 약 50 kD) 및 2개의 동일한 경(L)쇄 폴리펩타이드(각각 약 25 kD)를 포함하는 대략 150 kD 사합체 제제이다. 통상적으로, 각각의 중쇄는 중쇄 가변 도메인(VH) 및 중쇄 불변 도메인(CH)을 포함한다. 중쇄 불변 도메인은 CH1, CH2 및 CH3인 3개의 CH 도메인을 포함한다. "스위치"로 알려진 짧은 영역은 중쇄 가변 및 불변 영역을 연결한다. "힌지"는 CH2 및 CH3 도메인을 면역글로빈의 나머지에 연결한다. 각각의 경쇄는 또 다른 "스위치"에 의해 서로 분리된 경쇄 가변 도메인(VL) 및 경쇄 불변 도메인(CL)을 포함한다. 각각의 가변 도메인은 "상보성 결정 영역"(CDR1, CDR2 및 CDR3)으로 알려진 3개의 초가변 루프 및 4개의 어느 정도 비변이체인 "프레임워크" 영역(FR1, FR2, FR3 및 FR4)을 함유한다. 각각의 VH 및 VL에서, 3개의 CDR 및 4개의 FR은 FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3 및 FR4의 순서로 아미노 말단으로부터 카복시 말단으로 배열된다. 중쇄 및/또는 경쇄의 가변 영역은 통상적으로 항원과 상호작용할 수 있는 결합 모이어티를 제공하는 것으로 이해된다. 불변 도메인은 다양한 면역계 세포(예를 들면, 효과기 세포 및/또는 세포독성을 매개하는 세포), 수용체 및 보체 시스템의 요소에 대한 항체의 결합을 매개할 수 있다. 중쇄 및 경쇄는 단일 디설파이드 결합에 의해 서로에 연결되고, 2개의 다른 디설파이드 결합은 중쇄 힌지 영역을 서로에 연결하여서, 이합체는 서로에 연결되고 사합체가 형성된다. 천연 면역글로빈이 폴딩할 때, FR 영역은 도메인에 대한 구조적 프레임워크를 제공하는 베타 시트를 형성하고, 중쇄 및 경쇄 둘 다로부터의 CDR 루프 영역은 3차원 공간에 함께 있어서, 이들은 Y 구조의 선단에 위치한 단일 초가변 항원 결합 부위를 생성한다.
일부 실시형태에서, 항체는 다중클론, 단일클론, 단일특이적 또는 다중특이적 항체(이중특이적 항체를 포함)이다. 일부 실시형태에서, 항체는 적어도 하나의 경쇄 단량체 또는 이합체, 적어도 하나의 중쇄 단량체 또는 이합체, 적어도 하나의 중쇄-경쇄 이합체 또는 2개의 중쇄 단량체와 2개의 경쇄 단량체를 포함하는 사합체를 포함한다. 더욱이, 용어 "항체"는 (달리 기술되거나 맥락으로부터 명확하지 않는 한) 제한 없이 인트라바디, 도메인 항체, 항체 모방체, Zybody®, Fab 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편, Fd' 단편, Fd 단편, 단리된 CDR 또는 이의 세트, 단일 사슬 항체, 단일 사슬 Fv(scFv), 디설파이드-연결된 Fv(sdFv), 폴리펩타이드-Fc 융합, 단일 도메인 항체(예를 들면, 상어 단일 도메인 항체, 예컨대 IgNAR 또는 이의 단편), 낙타과 항체, 낙타화된 항체, 마스킹된 항체(예를 들면, Probody®), 아피바디, 항-이디오타입(항-Id) 항체(예를 들면, 항-항-Id 항체를 포함), 작은 모듈식 면역의약품(Small Modular ImmunoPharmaceuticals)("SMIPsTM"), 단일 사슬 또는 탠덤 디아바디(TandAb®), VHH, Anticalin®, Nanobody® 미니바디, BiTE®, 안키린 반복부 단백질 또는 DARPIN®, Avimer®, DART, TCR 유사 항체, Adnectin®, Affilin®, Trans-body®, Affibody®, TrimerX®, MicroProtein, Fynomer®, Centyrin® 및 KALBITOR®, CAR, 조작된 TCR 및 임의의 상기의 항원 결합 단편을 포함하는 항체 구조적 특징 및/또는 기능적 특징을 이용하는 임의의 분야-알려진 작제물 또는 형식을 포함할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 항체는 상보성 결정 영역(CDR) 또는 가변 도메인으로서 당업자에 의해 인정된 하나 이상의 구조적 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 항체는 공유 변형된("접합된") 항체(예를 들면, 특정한 항원에 대한 특이적 결합을 부여하기에 충분한 하나 이상의 정규 면역글로빈 서열 요소를 포함하는 폴리펩타이드를 포함하는 항체, 여기서 폴리펩타이드는 치료제, 검출 가능한 모이어티, 또 다른 폴리펩타이드, 글리칸 또는 폴리에틸렌 글리콜 분자 중 하나 이상과 공유 연결됨)일 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체 서열 요소는 당해 분야에 알려진 것처럼 인간화되거나, 영장류화되거나, 키메라이거나, 기타 등등이다.
중쇄 불변 도메인을 포함하는 항체는 중쇄 불변 도메인 아미노산 서열(예를 들면, 알파(α), 델타(δ), 엡실론(ε), 감마(γ) 및 뮤(μ))에 기초하여 제한 없이 비제한적인 예로서 IgA, 분비 IgA, IgG, IgE 및 IgM을 포함하는 임의의 알려진 종류의 항체일 수 있다. IgG 하위종류는 당업자에게 또한 잘 알려져 있고, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. "아이소타입"은 중쇄 불변 영역 유전자에 의해 암호화된 Ab 종류 또는 하위종류(예를 들면, IgM 또는 IgG1)를 지칭한다. 본원에 사용된 것과 같이, "경쇄"는 경쇄 불변 도메인의 아미노산 서열에 기초하여 구별되는 유형, 예를 들면 카파(κ) 또는 람다(λ)일 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 마우스, 토끼, 영장류 또는 인간 면역글로빈의 특징인 불변 영역 서열을 갖는다. 자연적으로 생성된 면역글로빈은 통상적으로 CH2 도메인에서 글리코실화된다. 당해 분야에 알려진 것처럼, Fc 수용체에 대한 Fc 영역의 친화도 및/또는 다른 결합 속성은 글리코실화 또는 다른 변형을 통해 조절될 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체는 자연적으로 생성되면 가질 수 있는 것보다 공유 변형(예를 들면, 글리칸의 부착)이 결여될 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 발명에 따라 제조되고/되거나 사용된 항체는 변형된 또는 조작된 이러한 글리코실화를 갖는 Fc 도메인을 포함하는 글리코실화된 Fc 도메인을 포함한다.
용어 "항체 단편"은 본원에 기재된 것과 같은 항체의 부분 또는 항체 제제를 지칭할 수 있고, 통상적으로 항원 결합 부분 또는 이의 가변 영역을 포함하는 부분을 지칭한다. 항체 단편은 임의의 수단에 의해 제조될 수 있다. 예를 들면, 일부 실시형태에서, 항체 단편은 온전한 항체 또는 항체 제제의 단편화에 의해 효소적으로 또는 화학적으로 제조될 수 있다. 대안적으로, 일부 실시형태에서, 항체 단편은 재조합으로(즉, 조작된 핵산 서열의 발현에 의해) 제조될 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체 단편은 전체적으로 또는 부분적으로 합성으로 제조될 수 있다. 일부 실시형태에서, 항체 단편(특히 항원 결합 항체 단편)은 적어도 약 50개, 60개, 70개, 80개, 90개, 100개, 110개, 120개, 130개, 140개, 150개, 160개, 170개, 180개, 190개 이상의 아미노산, 일부 실시형태에서 적어도 약 200개의 아미노산의 길이를 가질 수 있다.
일부 경우에, 결합 도메인이 이것이 궁극적으로 사용되는 동일한 종으로부터 유래되는 것이 유리하다. 예를 들면, 인간에서의 사용을 위해, 항원 결합 도메인이 인간 항체, 인간화된 항체 또는 이의 단편 또는 조작된 형태를 포함하는 것이 유리할 수 있다. 인간 기원으로부터의 항체 또는 인간화된 항체는 인간에서 낮아진 면역원성을 갖거나 면역원성을 갖지 않고, 비인간 항체와 비교하여 비면역원성 에피토프의 더 낮은 수를 갖는다. 항체 및 이의 조작된 단편은 일반적으로 인간 대상체에서 감소된 수준의 항원성을 갖거나 항원성을 갖지 않도록 선택될 것이다.
다양한 실시형태에서, 페이로드는 면역 관문 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 같은 관문 억제제인 결합 제제를 암호화할 수 있다. 다수의 면역 관문 억제제가 알려져 있다. 면역 관문 억제제는 펩타이드, 항체, 핵산 분자 및 소분자를 포함할 수 있다. 면역 관문의 예는 PD-1, PD-L1, 림프구 활성화 유전자-3(LAG-3) 및 T 세포 면역글로빈 및 뮤신 도메인 함유 분자 3(TIM-3)을 포함한다.
본 개시내용은 CD4, CD5, CD7, CD52 등에 결합하는 항체 및 다른 결합 도메인; 항체; IL1, IL2, IL6에 대한 항체; 자가반응성 T 세포에 특이적으로 존재하는 TCR에 대한 항체; IL4; IL10; IL12; IL13; IL1Ra; sIL1RI; sIL1RII; TNF에 대한 항체; ABCA3; ABCD1; ADA; AK2; APP; 아르기나제; 아릴설파타제 A; A1AT; CD3D; CD3E; CD3G; CD3Z; CFTR; CHD7; 키메라 항원 수용체(CAR); CIITA; CLN3; 보체 인자, CORO1A; CTLA; C1 억제제; C9ORF72; DCLRE1B; DCLRE1C; 데코이 수용체; DKC1; DRB1*1501/DQB1*0602; 디스트로핀; 효소; VIII 인자, FANC 패밀리 유전자(FancA, FancB, FancC, FancD1(BRCA2), FancD2, FancE, FancF, FancG, FancI, FancJ(BRIP1), FancL, FancM, FancN(PALB2), FancO(RAD51C), FancP(SLX4), FancQ(ERCC4), FancR(RAD51), FancS(BRCA1), FancT(UBE2T), FancU(XRCC2), FancV(MAD2L2) 및 FancW(RFWD3)); Fas L; FUS; GATA1; 글로빈 패밀리 유전자(즉, γ-글로빈); F8; 글루타미나제; HBA1; HBA2; HBB; IL7RA; JAK3; LCK; LIG4; LRRK2; NHEJ1; NLX2.1; 중화 항체; ORAI1; PARK2; PARK7; phox; PINK1; PNP; PRKDC; PSEN1; PSEN2; PTPN22; PTPRC; P53; 피루베이트 키나제; RAG1; RAG2; RFXANK; RFXAP; RFX5; RMRP; 리보솜 단백질 유전자; SFTPB; SFTPC; SOD1; 가용성 CD40; STIM1; sTNFRI; sTNFRII; SLC46A1; SNCA; TDP43; TERT; TERC; TINF2; 유비퀼린 2; WAS; WHN; ZAP70; γC; 및 본원에 기재된 다른 치료학적 유전자를 추가로 포함한다.
HSC는 키메라 항원 수용체(CAR) 작제물을 암호화하고/하거나 발현하도록 조작될 수 있다. CAR은 세포가 표적 세포, 예컨대 암 세포를 인식하고 사멸하게 할 수 있는 몇몇 구별되는 하위성분을 포함할 수 있다. 하위성분은 적어도 세포외 성분 및 세포내 성분을 포함한다.
세포외 CAR 성분은 원치 않는 세포의 표면에 우선적으로 존재하는 마커에 특이적으로 결합하는 결합 도메인을 포함할 수 있다. 결합 도메인이 이러한 마커에 결합할 때, 세포내 성분은 세포가 결합된 암 세포를 파괴하도록 지시한다. 결합 도메인은 통상적으로 단일클론 항체(mAb)로부터 유래된 단일 사슬 가변 단편(scFv)이지만, 이것은 항체 유사 항원 결합 부위를 포함하는 다른 형식에 기초할 수 있다.
세포내 CAR 성분은 효과기 도메인의 포함에 기초하여 활성화 신호를 제공한다. 제1 세대 CAR은 효과기 도메인으로서 CD3ξ의 세포질 영역을 이용하였다. 제2 세대 CAR은 분화 클러스터 28(CD28) 또는 4-1BB(CD137)와 조합되어 CD3ξ를 이용하는 한편, 제3 세대 CAR은 세포내 효과기 도메인 내에 CD28 및 401BB와 조합되어 CD3ξ를 이용하였다.
CAR의 세포내 또는 그 외 세포질 신호전달 성분은 CAR이 발현된 세포의 활성화를 담당한다. 용어 "세포내 신호전달 성분" 또는 "세포내 성분"은 따라서 활성화 신호를 형질도입하기에 충분한 세포내 도메인의 임의의 부분을 포함하도록 의도된다. 발현된 CAR의 세포내 성분은 효과기 도메인을 포함할 수 있다. 효과기 도메인은 적절한 신호를 수신할 때 세포에서 생물학적 반응 또는 생리학적 반응을 직접적으로 또는 간접적으로 촉진할 수 있는 융합 단백질 또는 수용체의 세포내 부분이다. 특정 실시형태에서, 효과기 도메인은 결합할 때 신호를 수신하는 단백질 또는 단백질 복합체의 부분이고, 이것은 효과기 도메인으로부터 신호를 촉발하는 표적 분자에 직접적으로 결합한다. 효과기 도메인은 이것이 하나 이상의 신호전달 도메인 또는 모티프, 예컨대 면역수용체 티로신 기반 활성화 모티프(ITAM)를 함유할 때 세포 반응을 직접적으로 촉진할 수 있다. 다른 실시형태에서, 효과기 도메인은 세포 반응을 직접적으로 촉진하는 하나 이상의 다른 단백질, 예컨대 공동자극 도메인과의 회합에 의해 세포 반응을 간접적으로 촉질할 것이다.
효과기 도메인은 암 세포에 의해 발현된 세포 마커에 대한 결합 시 변형된 세포의 적어도 하나의 기능의 활성화를 제공할 수 있다. 변형된 세포의 활성화는 분화, 증식 및/또는 활성화 또는 다른 효과기 기능 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 효과기 도메인은 T 세포 수용체 및 공동수용체 또는 공동자극 분자로부터의 세포질 서열을 포함할 수 있는 공동자극 도메인을 포함하는 세포내 신호전달 성분을 포함할 수 있다.
효과기 도메인은 1개, 2개, 3개 이상의 수용체 신호전달 도메인, 세포내 신호전달 성분(예를 들면, 세포질 신호전달 서열), 공동자극 도메인 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 예시적인 효과기 도메인은 4-1BB(CD137), CARD11, CD3γ, CD3δ, CD3ε, CD3ξ, CD27, CD28, CD79A, CD79B, DAP10, FcRα, FcRβ(FcεR1b), FcRγ, Fyn, HVEM(LIGHTR), ICOS, LAG3, LAT, Lck, LRP, NKG2D, NOTCH1, pTα, PTCH2, OX40, ROR2, Ryk, SLAMF1, Slp76, TCRα, TCRβ, TRIM, Wnt, Zap70 또는 임의의 이들의 조합으로부터 선택된 신호전달 및 자극 도메인을 포함한다. 특정한 실시형태에서, 예시적인 효과기 도메인은 CD86, FcγRIIa, DAP12, CD30, CD40, PD-1, 림프구 기능 연관된 항원-1(LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, B7-H3, CD83과 특이적으로 결합하는 리간드, CDS, ICAM-1, GITR, BAFFR, SLAMF7, NKp80(KLRF1), CD127, CD160, CD19, CD4, CD8α, CD8β, IL2Rβ, IL2Rγ, IL7Rα, ITGA4, VLA1, CD49a, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, ITGB7, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1(CD226), SLAMF4(CD244, 2B4), CD84, CD96(촉각), CEACAM1, CRTAM, Ly9(CD229), PSGL1, CD100(SEMA4D), CD69, SLAMF6(NTB-A, Ly108), SLAM(CD150, IPO-3), BLAME(SLAMF8), SELPLG(CD162), LTBR, GADS, PAG/Cbp, NKp44, NKp30 또는 NKp46으로부터 선택된 신호전달 및 공동자극 도메인을 포함한다.
자극 방식으로 작용하는 세포내 신호전달 성분 서열은 iTAM을 포함할 수 있다. 1차 세포질 신호전달 서열을 포함하는 iTAM의 예는 CD3γ, CD3δ, CD3ε, CD3ξ, CD5, CD22, CD66d, CD79a, CD79b 및 공통 FcRγ(FCER1G), FcγRlla, FcRβ(Fcε Rib), DAP10 및 DAP12로부터 유래된 것을 포함한다. 특정한 실시형태에서, CD3ξ의 변이체는 적어도 1개, 2개, 3개의 또는 모든 ITAM 영역을 보유한다.
특정한 실시형태에서, 효과기 도메인은 세포질 신호전달 단백질과 회합하는 세포질 부분을 포함하고, 세포질 신호전달 단백질은 림프구 수용체 또는 이의 신호전달 도메인, 복수의 ITAM을 포함하는 단백질, 공동자극 도메인 또는 임의의 이들의 조합이다.
세포내 신호전달 성분의 추가 예는 결합 도메인 관여 후 신호 형질도입을 개시시키도록 함께 작용하는 CD3ξ 사슬의 세포질 서열 및/또는 공동수용체을 포함한다.
공동자극 도메인은 세포 마커 결합에 대한 효과적인 림프구 반응에 활성화가 필요할 수 있는 도메인이다. 일부 분자는 세포내 신호전달 성분 또는 공동자극 도메인으로서 상호교환 가능하다. 공동자극 도메인의 예는 CD27, CD28, 4-1BB(CD 137), OX40, CD30, CD40, PD-1, ICOS, 림프구 기능 연관된 항원-1(LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, B7-H3 및 CD83과 특이적으로 결합하는 리간드를 포함한다. 예를 들면, CD27 공동자극은 시험관내 인간 CART 세포의 확장, 효과기 기능 및 생존을 향상시키고 생체내 인간 T 세포 지속성 및 항암 활성을 증강시키는 것으로 입증되었다(Song 등 Blood. 2012; 119(3):696-706). 이러한 공동자극 도메인 분자의 추가 예는 CDS, ICAM-1, GITR, BAFFR, HVEM(LIGHTR), SLAMF7, NKp80(KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD160, CD19, CD4, CD8α, CD8β, IL2Rβ, IL2Rγ, IL7Rα, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CDlld, ITGAE, CD103, ITGAL, CDlla, ITGAM, CDl lb, ITGAX, CDllc, ITGBl, CD29, ITGB2, CD18, ITGB7, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1(CD226), SLAMF4(CD244, 2B4), CD84, CD96(촉각), NKG2D, CEACAM1, CRTAM, Ly9(CD229), PSGL1, CD100(SEMA4D), CD69, SLAMF6(NTB-A, Lyl08), SLAM(SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME(SLAMF8), SELPLG(CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp 및 CD19a를 포함한다.
특정한 실시형태에서, 세포내 신호전달 성분의 아미노산 서열은 CD3ξ의 변이체 및 4-1BB 세포내 신호전달 성분의 부분을 포함한다.
특정한 실시형태에서, 세포내 신호전달 성분은 (i) CD3ξ의 신호전달 도메인의 전부 또는 일부, (ii) 4-1BB의 신호전달 도메인의 전부 또는 일부 또는 (iii) CD3ξ 및 4-1BB의 신호전달 도메인의 전부 또는 일부를 포함한다.
세포내 성분은 또한 Wnt 신호전달 경로(예를 들면, LRP, Ryk 또는 ROR2), NOTCH 신호전달 경로(예를 들면, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3 또는 NOTCH4), 헤지호그 신호전달 경로(예를 들면, PTCH 또는 SMO), 수용체 티로신 키나제(RTK)(예를 들면, 표피 성장 인자(EGF) 수용체 패밀리, 섬유아세포 성장 인자(FGF) 수용체 패밀리, 간세포 성장 인자(HGF) 수용체 패밀리, 인슐린 수용체(IR) 패밀리, 혈소판 유래 성장 인자(PDGF) 수용체 패밀리, 혈관 내피 성장 인자(VEGF) 수용체 패밀리, 트로포마이신 수용체 키나제(Trk) 수용체 패밀리, 에프린(Eph) 수용체 패밀리, AXL 수용체 패밀리, 백혈구 티로신 키나제(LTK) 수용체 패밀리, 면역글로빈 유사 및 EGF 유사 도메인 1을 갖는 트로신 키나제(TIE) 수용체 패밀리, 수용체 티로신 키나제 유사 고아(ROR) 수용체 패밀리, 디스코이딘 도메인(DDR) 수용체 패밀리, 형질주입 동안 재배열된(RET) 수용체 패밀리, 티로신-단백질 키나제 유사(PTK7) 수용체 패밀리, 수용체 티로신 키나제와 관련된(RYK) 수용체 패밀리 또는 근육 특이적 키나제(MuSK) 수용체 패밀리); G-단백질 결합 수용체, GPCR(꼬불꼬불한 또는 평탄해진); 세린/트레오닌 키나제 수용체(BMPR 또는 TGFR); 또는 사이토카인 수용체(IL1R, IL2R, IL7R 또는 IL15R)의 단백질 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
CAR은 일반적으로 또한 분자 내에 여러 가지의 목적을 위해 사용된 하나 이상의 링커 서열을 포함한다. 예를 들면, 막관통 도메인은 CAR의 세포외 성분을 세포내 성분에 연결하도록 사용될 수 있다. 결합 도메인에 막 근위인 스페이서 영역이라 대개 지칭되는 가요성 링커 서열은 결합 도메인과 세포막 사이의 추가 거리를 생성하도록 사용될 수 있다. 이는 막에 대한 근위성에 기초하여 결합에 대한 입체 장애를 감소시키는 데 유리할 수 있다. 이 목적에 사용된 흔한 스페이서 영역은 IgG4 링커이다. 더 촘촘한 스페이서 또는 더 긴 스페이서는 표적화된 세포 마커에 따라 사용될 수 있다. 다른 잠재적인 CAR 하위성분은 본원에서 어딘가에 더 자세히 기재되어 있다. CAR의 성분은 이제 하기와 같이 추가로 자세히 기재되어 있다: (a) 결합 도메인; (b) 세포내 신호전달 성분; (c) 링커; (d) 막관통 도메인; (e) 연접 아미노산; 및 (f) 태그 카세트를 포함하는 제어 특징.
CAR 분자 내의 막관통 도메인은 대개 세포막을 통해 세포외 성분 및 세포내 성분을 연결하도록 작용한다. 막관통 도메인은 변형된 세포의 막에서 발현된 분자를 앵커링할 수 있다.
막관통 도메인은 천연 원천 및/또는 합성 원천으로부터 유래될 수 있다. 원천이 천연일 때, 막관통 도메인은 임의의 막 결합된 단백질 또는 막관통 단백질로부터 유래될 수 있다. 막관통 도메인은 T-세포 수용체, CD28, CD27, CD3 epsilon, CD45, CD4, CD5, CD8, CD9, CD16, CD22; CD33, CD37, CD64, CD80, CD86, CD134, CD137 및 CD154의 α, β 또는 ξ 사슬의 적어도 막관통 영역(들)을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 막관통 도메인은 예를 들면 KIRDS2, OX40, CD2, CD27, LFA-1(CD 11a, CD18), ICOS(CD278), 4-1BB(CD137), GITR, CD40, BAFFR, HVEM(LIGHTR), SLAMF7, NKp80(KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD160, CD19, IL2Rβ, IL2Rγ, IL7R a, ITGA1, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CDl ld, ITGAE, CD103, ITGAL, CDl la, ITGAM, CDl lb, ITGAX, CDl lc, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, ITGB7, TNFR2, DNAM1(CD226), SLAMF4(CD244, 2B4), CD84, CD96(촉각), CEACAM1, CRT AM, Ly9(CD229), PSGL1, CD100(SEMA4D), SLAMF6(NTB-A, Lyl08), SLAM(SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME(SLAMF8), SELPLG(CD162), LTBR, PAG/Cbp, NKG2D 또는 NKG2C의 막관통 영역(들)을 적어도 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 또한 인간 Ig(면역글로빈) 힌지(예를 들면, IgG4 힌지, IgD 힌지), GS 링커(예를 들면, 본원에 기재된 GS 링커), KIR2DS2 힌지 또는 CD8a 힌지를 포함하여 여러 가지의 인간 힌지가 사용될 수 있다.
TCR은 천연 발생 T 세포 수용체를 지칭한다. 본 개시내용의 페이로드는 TCR 또는 TCR의 요소와 CAR의 요소를 포함하는 CAR/TCR 하이브리드를 암호화할 수 있다. 예를 들면, CAR/TCR 하이브리드는 TCR 결합 도메인이 자연적으로 회합되지 않은 효과기 도메인을 갖는 천연 발생 TCR 결합 도메인을 가질 수 있다. CAR/TCR 하이브리드는 돌연변이된 TCR 결합 도메인 및 ITAM 신호전달 도메인을 가질 수 있다. CAR/TCR 하이브리드는 삽입된 비천연 발생 스페이서 영역 또는 막관통 도메인을 갖는 천연 발생 TCR을 가질 수 있다.
I(C)(i)(b). 유전자 편집 시스템 및 성분
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 페이로드는 유전자 편집 시스템의 적어도 하나의 성분 또는 모든 성분을 암호화한다. 본 개시내용의 유전자 편집 시스템은 CRISPR 시스템, 염기 편집 및 프라임 편집 시스템을 포함한다. 광범위하게는, 유전자 편집 시스템은 CRISPR 연관된 RNA-가이드 엔도뉴클레아제, 염기 편집 효소 및 프라임 편집 효소 및 적어도 하나의 gRNA로부터 선택된 유전자 편집 효소를 포함하는 복수의 성분을 포함할 수 있다. 따라서, 본 개시내용의 유전자 편집 시스템은 (i) CRISPR 시스템의 경우에 CRISPR 연관된 RNA-가이드 엔도뉴클레아제 및 적어도 하나의 가이드 RNA(gRNA)인 CRISPR 효소, (ii) 염기 편집 시스템의 경우에 염기 편집 효소 및 적어도 하나의 gRNA, 또는 (iii) 프라임 편집 시스템의 경우에 적어도 하나의 프라임 편집 gRNA를 포함할 수 있다. 본원에 개시된 것과 같은 유전자 편집 시스템을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열은 통상적으로 많은 제한된 용량 벡터 시스템에서의 포함에는 너무 크지만, 아데노바이러스 벡터의 큰 용량은 본 개시내용의 아데노바이러스 벡터 및 게놈에서의 이러한 서열의 포함을 허용한다. 본 개시내용의 유전자 편집 시스템 또는 성분을 암호화하는 페이로드를 갖는 아데노바이러스 벡터 및 게놈의 추가 이점은 아데노바이러스 게놈이 숙주 세포 게놈으로 자연적으로 통합하지 않는다는 것인데, 이는 예를 들면 면역원성 및/또는 유전독성을 피하기 위해 바람직할 수 있는 유전자 편집 시스템 및 성분의 일시적 발현이 수월하게 한다.
다른 실시형태에서, 유전자 편집 시스템은 조작된 징크 핑거 뉴클레아제(ZFN)를 포함할 수 있다. 예를 들면, ZFN은 FokI 제한 효소의 절단 도메인에 융합된 설계된 징크 핑거 단백질(ZFP)로 이루어진 인공 엔도뉴클레아제이다. ZFN은 새로운 서열 특이성을 갖는 ZFP를 개발함으로써 새로운 표적을 절단하도록 재설계될 수 있다. 게놈 조작을 위해, ZFN은 선택된 게놈 서열을 절단하도록 표적화된다. ZFN에 의해 유도된 절단 사건은 세포 회복 과정을 촉발하고, 이는 결국 표적화된 좌위의 효과적인 변형을 매개한다. ZFN 유도된 절단 사건이 비상동성 말단 연결을 통해 해결되면, 이는 작은 결실 또는 삽입을 생성시킬 수 있어서, 효과적으로 유전자 넉아웃으로 이어진다. 조사자 제공된 공여자의 존재 하에 상동성 기반 과정을 통해 파괴가 해결되면, 작은 변경 또는 전체 전이유전자는 대개 선택 없이 염색체로 운반될 수 있고; 이는 각각 '유전자 수정' 및 '유전자 부가'로 지칭된다.
일부 실시형태에서 유전자 편집 시스템(예를 들면, CRISPR 시스템, 염기 편집 시스템 또는 프라임 편집 시스템)은 예를 들면 γ-글로빈의 발현을 증가시키기 위해 γ-글로빈을 암호화하는 핵산 서열을 변형시키도록 조작된다. 헤모글로빈의 주요 태아 형태인 헤모글로빈 F(HbF)는 γ-글로빈 폴리펩타이드 아단위와 α-글로빈 폴리펩타이드 아단위의 쌍 짓기에 의해 형성된다. 인간 태아 γ -글로빈 유전자(HBG1 및 HBG2; 진화 중복에 의해 생성된 2개의 고도로 상동성인 유전자)는 출생 근처에서 보통 침묵화되지만, 성인 β-글로빈 유전자 발현(HBB 및 HBD)의 발현은 증가한다. 생애에 걸쳐 태아 γ-글로빈의 지속적인 발현을 야기하거나 허용하는 돌연변이는 β-글로빈 결핍증의 표현형을 개선할 수 있다. 따라서, 태아 γ-글로빈 유전자의 재활성화는 특히 β-글로빈 결핍증을 갖는 대상체에서 치료학적으로 유리할 수 있다. γ-글로빈의 증가된 발현을 야기하는 여러 가지의 돌연변이는 당해 분야에 알려져 있다(예를 들면, γ-글로빈의 발현을 증가시키는 돌연변이와 관련하여 본원에 그 전체가 참고로 포함된 Wienert, Trends in Genetics 34(12): 927-940, 2018 참조). 소정의 이러한 돌연변이는 HBG1 프로모터 또는 HBG2 프로모터에서 발견된다.
다양한 실시형태에서, γ-글로빈의 발현을 증가시키도록 설계된 유전자 편집 시스템은 BCL11A 리프레서 단백질 결합 부위의 변형 및/또는 불활성화에 의해 암호화하는 γ-글로빈의 발현을 증가시키도록 설계된 HBG1/2 프로모터 표적화된 gRNA를 포함한다. 다양한 실시형태에서, γ-글로빈의 발현은 증가시키도록 설계된 유전자 편집 시스템은 적혈구 세포에서 BCL11A 리프레서 단백질 발현을 감소시키기 위해 적혈구 bcl11a 인핸서의 변형 및/또는 불활성화에 의해 γ-글로빈의 발현을 증가시키도록 설계된 bcl11a 표적화된 gRNA를 포함한다. 다양한 실시형태에서, γ-글로빈의 발현을 증가시키도록 설계된 유전자 편집 시스템은 BCL11A를 암호화하는 유전자에서 기능 소실 돌연변이를 야기하도록 표적화된 gRNA를 포함한다.
I(C)(i)(b)(1). CRISPR 페이로드 발현 산물
CRISPR(클러스터링된 규칙적으로 이격된 짧은 회문 반복부)/Cas(CRISPR 연관된 단백질) 뉴클레아제 시스템은 박테리아 시스템에 기초한 유전 조작에 사용된 조작된 뉴클레아제 시스템이다. 이것은 부분적으로 많은 박테리아 및 고세균의 적응 면역 반응에 기초한다. 바이러스 또는 플라스미드가 박테리아를 침범할 때, 침범자의 DNA의 분절은 박테리아의 "면역" 반응에 의해 CRISPR RNA(crRNA)로 전환된다. 이후, crRNA는 부분 상보성의 영역을 통해 "프로토스페이서"라 칭하는 표적 DNA에서 crRNA에 동종성인 영역에 Cas 뉴클레아제를 가이드하기 위해 tracrRNA라 칭하는 RNA의 또 다른 유형과 회합한다. Cas 뉴클레아제는 crRNA 전사체 내에 함유된 20-뉴클레오타이드 상보성 가닥 서열에 의해 규정된 부위에서 이중 가닥 파괴에서 무딘 말단을 생성하도록 DNA를 절단한다. 일부 경우에, Cas 뉴클레아제는 부위 특이적 DNA 인식 및 절단을 위해 crRNA 및 tracrRNA 둘 다를 요한다.
가이드 RNA(gRNA)는 표적화 요소의 하나의 예이다. gRNA는 이의 가장 단순한 형태에서 상보성에 기초하여 게놈 내의 부위를 표적화하는 서열(예를 들면, crRNA)을 제공한다. 그러나, 하기에 설명된 것처럼, gRNA는 또한 추가 성분을 포함할 수 있다. 예를 들면, 특정한 실시형태에서, gRNA는 표적화 서열(예를 들면, crRNA) 및 표적화 서열을 절단 요소에 연결하기 위한 성분을 포함할 수 있다. 이 연결 성분은 tracrRNA일 수 있다. 특정한 실시형태에서, crRNA 및 tracrRNA를 포함하는 gRNA는 단일 gRNA(sgRNA)라 지칭되는 단일 분자로서 발현될 수 있다. gRNA는 또한 다른 기전을 통해, 예컨대 나노입자를 통해 또는 이중 목적 또는 다중 목적 분자의 발현 또는 작제를 통해 절단 요소에 연결될 수 있다. 당업자는 예를 들면 본 개시내용의 아데노바이러스 공여자 벡터 또는 게놈의 숙주 세포에서 선택된 핵산 서열 수정 또는 변형을 생성하기 위한 gRNA 또는 다른 표적화 요소가 예를 들면 이용 가능한 서열 정보에 기초하여 용이하게 설계되고 실행될 수 있다는 것을 이해할 것이다.
특정한 실시형태에서, 표적화 요소(예를 들면, gRNA)는 새로운 또는 향상된 특징(예를 들면, 개선된 안정성)을 갖는 핵산을 제공하도록 하나 이상의 변형(예를 들면, 염기 변형, 골격 변형)을 포함할 수 있다. 변형된 골격은 골격에서 인 원자를 보유하는 것 및 골격에서 인 원자를 갖지 않는 것을 포함할 수 있다. 인 원자를 함유하는 적합한 변형된 골격은 예를 들면 포스포로티오에이트, 키랄 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포트리에스테르, 아미노알킬포스포트리에스테르, 3'-알킬렌 포스포네이트, 5'-알킬렌 포스포네이트, 키랄 포스포네이트와 같은 메틸 및 다른 알킬 포스포네이트, 포스피네이트, 3'-아미노 포스포르아미데이트 및 아미노알킬포스포르아미데이트를 포함하는 포스포르아미데이트, 일반 3'-5' 연결을 갖는 포스포로디아미데이트, 티오노포스포르아미데이트, 티오노알킬포스포네이트, 티오노알킬포스포트리에스테르, 셀레노포스페이트 및 보라노포스페이트, 2'-5' 연결된 유사체, 및 반전 극성을 갖는 것(여기서, 하나 이상의 뉴클레오타이드간 연결은 3'에서 3' 연결, 5'에서 5' 연결 또는 2'에서 2' 연결임)을 포함할 수 있다. 반전 극성을 갖는 적합한 표적화 요소는 3'-가장 가까운 뉴클레오타이드간 연결에서 단일 3'에서 3' 연결(즉, 핵염기가 분실되거나 이것 대신에 하이드록실 기를 갖는 단일 반전된 뉴클레오사이드 잔기)을 포함할 수 있다. 다양한 염(예를 들면, 염화칼륨 또는 염화나트륨), 혼합 염 및 유리 산 형태가 또한 포함될 수 있다.
절단 요소의 예는 뉴클레아제를 포함한다. CRISPR-Cas 좌위는 50개 초과의 유전자 패밀리를 갖고 엄격하게 보편적인 유전자가 없어서, 좌위 구성의 신속한 진화 및 극도의 다양성을 나타낸다. 예시적인 Cas 뉴클레아제는 Casl, CaslB, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9(Csnl 및 Csxl2로도 알려짐), CaslO, Cpfl, C2c3, C2c2 및 C2clCsyl, Csy2, Csy3, Csel, Cse2, Cscl, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmrl, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Cpfl, Csbl, Csb2, Csb3, Csxl7, Csxl4, CsxlO, Csxl6, CsaX, Csx3, Csxl, Csxl5, Csfl, Csf2, Csf3 및 Csf4를 포함한다.
Cas 뉴클레아제의 3개의 주요 형태(I형, II형 및 III)형 및 5개의 I형, 3개의 II형 및 2개의 III형 단백질을 포함하는 10개의 하위유형이 있다(예를 들면, Hochstrasser and Doudna, Trends Biochem Sci, 2015:40(l):58-66 참조). II형 Cas 뉴클레아제는 Casl, Cas2, Csn2 및 Cas9를 포함한다. 이 Cas 뉴클레아제는 당업자에게 알려져 있다. 예를 들면, 스트렙토코커스 피요게네스 야생형 Cas9 폴리펩타이드의 아미노산 서열은 예를 들면 NCBI 기준 서열 번호 NP 269215에 기재되어 있고, 스트렙토코커스 써모필로스 야생형 Cas9 폴리펩타이드의 아미노산 서열은 예를 들면 NCBI 기준 서열 번호 WP_011681470에 기재되어 있다.
특정한 실시형태에서, Cas9는 RNA-가이드 이중 가닥 DNA 결합 뉴클레아제 단백질 또는 닉카제 단백질을 지칭한다. 야생형 Cas9 뉴클레아제는 상이한 DNA 가닥을 절단하는 2개의 기능적 도메인, 예를 들면 RuvC 및 HNH를 갖는다. Cas9는 기능적 도메인 둘 다가 활성일 때 게놈 DNA(표적 DNA)에서 이중 가닥 파괴를 유도할 수 있다. Cas9 효소는, 일부 실시형태에서, 코리네박터, 수테렐라, 레지오넬라, 트레포네마, 필리프 악터, 유박테륨, 스트렙토코커스, 박토바실러스, 마이코플라스마, 박테로이데스, 플라비볼라, 플라보박테륨, 스페로체타, 아조필릴륨, 글루코나세토박터, 나이세리아, 로세부리아, 파르비바큘륨, 스타필로코커스, 니트라티프락터 및 캄필로박터와 같은 박테리아로부터 유래된 Cas9 단백질의 하나 이상의 촉매 도메인을 포함한다. 일부 실시형태에서, Cas9는 융합 단백질이고, 예를 들면 2개의 촉매 도메인은 상이한 박테리아 종으로부터 유래된다.
일부 실시형태에서, crRNA 및 tracrRNA는 단일 gRNA(sgRNA)라 칭하는 1개의 분자로 조합될 수 있다. 이 조작된 접근법에서, sgRNA는 Cas를 가이드하여 임의의 원하는 서열을 표적화한다(예를 들면, Jinek 등, Science 337:816-821, 2012; Jinek 등, eLife 2:e00471, 2013; Segal, eLife 2:e00563, 2013 참조). 따라서, CRISPR/Cas 시스템은 세포의 게놈에서 원하는 표적에서 이중 가닥 파괴를 생성하고 HDR 또는 NHEJ에 의한 유도된 파괴를 회복하는 세포의 내인성 기전을 이용하도록 조작될 수 있다. 본원에 기재된 특정한 실시형태는 한정된 통합 부위에서 HDR을 촉진하도록 상동성 아암을 이용한다.
다양한 실시형태에서, Cas9 뉴클레아제의 변이체는 단일 불활성 촉매 도메인, 예컨대 RuvC" 또는 HNH" 효소 또는 닉카제를 포함한다. Cas9 닉카제는 오직 하나의 활성 기능적 도메인을 갖고, 일부 실시형태에서, 표적 DNA의 오직 하나의 가닥을 절단하여서, 단일 가닥 파괴 또는 닉을 생성한다. 일부 실시형태에서, 적어도 D10A 돌연변이를 갖는 돌연변이체 Cas9 뉴클레아제는 Cas9 닉카제이다. 다른 실시형태에서, 적어도 H840A 돌연변이를 갖는 돌연변이체 Cas9 뉴클레아제는 Cas9 닉카제이다. Cas9 닉카제에 존재하는 돌연변이의 다른 예는 N854A 및 N863 A를 포함한다. 이중 가닥 파괴는 반대의 DNA 가닥을 표적화하는 적어도 2개의 DNA 표적화 RNA가 사용되면 Cas9 닉카제를 사용하여 도입된다. 이중 닉킹된 유도된 이중 가닥 파괴는 HDR 또는 NHEJ에 의해 회복된다. 이 유전자 편집 전략은 일반적으로 HDR을 선호하고 오프 표적 DNA 부위에서 삽입-결실 돌연변이의 빈도를 감소시킨다. Cas9 뉴클레아제 또는 닉카제는, 일부 실시형태에서, 표적 세포 또는 표적 유기체에 대해 코돈 최적화된다.
I(C)(i)(b)(2). 염기 에디터 페이로드 발현 산물
본 개시내용은, 다른 것들 중에서, 염기 편집 제제 및 이를 암호화하는 핵산을 포함하고, 예를 들면 염기 편집 제제 또는 이를 암호화하는 핵산은 아데노바이러스 벡터 또는 게놈에 존재한다. 염기 편집 시스템은 이의 성분으로서 염기 편집 효소 및/또는 적어도 하나의 gRNA를 포함할 수 있다. 소정의 특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 염기 편집 제제 및/또는 염기 편집 시스템은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 아데노바이러스 벡터에 존재한다.
염기 편집은 게놈 DNA 또는 세포 RNA 내의 염기 또는 염기 쌍을 상이한 염기 또는 염기 쌍으로 전환함으로써 핵산 서열의 선택적 변형을 지칭한다(Rees & Liu, Nature Reviews Genetics, 19:770-788, 2018). (i) 구아닌-시토신 염기 쌍을 티민-아데닌 염기 쌍으로 전환하는 시토신 염기 에디터(CBE) 및 (ii) 아데닌-티민 염기 쌍을 구아닌 시토신 염기 쌍으로 전환하는 아데닌 염기 에디터(ABE)인 DNA 염기 에디터의 2개의 일반 종류가 있다. 특정한 실시형태에서, CRISPR 시스템으로부터의 성분은, 예를 들면 돌연변이된 핵산에서 하나 이상의 이중 가닥 파괴를 만들거나 야기하거나 생성하지 않으면서, 예를 들면 DNA 또는 RNA로 핵산에서의 점 돌연변이와 같은 돌연변이를 직접적으로 설치하거나 야기하거나 생성하기 위해 다른 효소 또는 이의 생물학적 활성 단편과 조합된다. 성분의 소정의 이러한 조합은 염기 에디터로 알려져 있다.
DNA 염기 에디터는 핵염기 데아미나제 효소 및 일부 경우에 DNA 글리코실라제 억제제에 융합된 촉매적으로 불가능해진 뉴클레아제를 포함할 수 있다. RNA 염기 에디터는 RNA를 염기 변형시키는 성분을 사용하여 유사한 변경을 달성한다.
DNA에서의 이의 표적 좌위에 대한 결합 시, 가이드 RNA와 표적 DNA 가닥 사이의 염기 쌍 짓기는 단일 가닥 DNA의 작은 분절의 대체로 이어진다. 이 단일 가닥 DNA 버블 내의 DNA 염기는 데아미나제 효소에 의해 변형될 수 있다. 특정 실시형태에서, 진핵 세포에서의 효율을 개선하기 위해, 촉매적으로 불가능해진 뉴클레아제는 또한 비편집된 DNA 가닥에서 닉을 생성하여서, 세포가 주형으로서 편집된 가닥을 사용하여 비편집된 가닥을 회복하게 유도한다.
CBE에 대해, CRISPR 기반 에디터는 시토신 데아미나제를 Cas 닉카제, 예를 들면 Cas9 닉카제(nCas9)에 의해 연결함으로써 생성될 수 있다. 하나의 예를 제공하기 위해, nCas9는 단일 가닥을 절단함으로써 표적 DNA에서 닉을 생성할 수 있어서, 이중 가닥 파괴를 요하는 방법과 비교하여 결정적인 삽입-결실 형성의 가능성을 감소시킨다. CBE는 DNA와의 결합 후 표적 시토신(C)을 우라실(U) 염기로 탈아미노화한다. 나중에 생성된 U-G 쌍은 세포 미스매치 회복 기계에 의해 회복되어서 우라실 글리코실라제에 의해 매개된 염기 절제 회복에 의해 원래의 C-G 쌍이 T-A로 전환되거나 원래의 C-G로 재전환되게 한다. 다양한 실시형태에서, 페이로드에 존재하는 우라실 글리코실라제 억제제(UGI), 예를 들면 UGI의 발현은 제2 결과의 발생을 감소시키고 T-A 염기 쌍 형성의 생성을 증가시킨다.
아데노신 염기 에디터(ABE)에 대해, 아데닌 염기 편집에 대해 DNA에 작용할 수 있는 예시적인 아데노신 데아미나제는 이의 기질로서 DNA를 수용하는 돌연변이체 TadA 아데노신 데아미나제(TadA*)를 포함한다. 이. 콜라이 TadA는 통상적으로 운반 RNA(tRNA)에서 아데노신을 탈아미노화하는 동종이합체로서 작용한다. TadA* 데아미나제는 세포 중합효소에 의해 'G'로서 처리되는 표적 'A'의 'I'(이노신)로의 전환을 촉매화한다. 후속하여, 원래의 게놈 A-T 염기 쌍은 G-C 쌍으로 전환될 수 있다. 세포 이노신 절제 회복이 우라실 절제만큼 활성이 아니므로, ABE는 CBE에서 UGI와 같은 임의의 추가 억제제 단백질을 요하지 않는다. 일부 실시형태에서, 통상적인 ABE는 염기 편집 동안 구조적 역할을 할 수 있는 야생형 이. 콜라이 tRNA 특이적 아데노신 데아미나제(TadA) 단량체, 데옥시아데노신 탈아미노화를 촉매화하는 TadA* 돌연변이체 TadA 단량체 및 Cas 닉카제, 예컨대 Cas9(D10A)를 포함하는 3개의 성분을 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, TadA와 TadA* 사이에 배치된 링커가 있고, 특정 실시형태에서 TadA*와 Cas 닉카제 사이에 배치된 링커가 있다. 다양한 실시형태에서, 1개 또는 둘 다의 링커는 적어도 6개의 아미노산, 예를 들면 적어도 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 15개, 20개, 25개, 30개, 35개, 40개, 45개 또는 50개의 아미노산을 포함한다(예를 들면, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개 또는 15개의 아미노산의 하한 및 20개, 25개, 30개, 35개, 40개, 45개 또는 50개의 아미노산의 상한을 가짐). 다양한 실시형태에서, 1개 또는 둘 다의 링커는 32개의 아미노산을 포함한다. 일부 실시형태에서, 1개 또는 둘 다의 링커는 (SGGS)2-XTEN-(SGGS)2에 따른 서열 또는 당업자에게 달리 알려진 서열을 갖는다.
염기 에디터는 1개의 염기 또는 염기 쌍을 또 다른 염기 또는 염기 쌍으로 직접적으로 전환할 수 있어서, 과도한 원치 않는 편집 부산물, 예컨대 삽입 및 결실(삽입-결실)을 생성하지 않으면서 비분열 세포에서의 점 돌연변이의 효율적인 설치가 가능하게 한다. 예를 들면, 염기 에디터는 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5.5%, 5%, 4.5%, 4%, 3.5%, 3%, 2.5%, 2%, 1.5%, 1%, 0.5% 또는 0.1% 미만의 삽입-결실을 생성할 수 있다.
DNA 염기 에디터는 이중 가닥 파괴를 생성하지 않으면서 비분열 세포에서 이러한 점 돌연변이를 삽입할 수 있다. 이중 가닥 파괴의 결여로 인해, 염기 에디터는 과도한 원치 않는 편집 부산물, 예컨대 삽입 및 결실(삽입-결실)을 생성시키지 않는다. 예를 들면, 염기 에디터는 이중 가닥 파괴에 의존하는 기술과 비교하여 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5.5%, 5%, 4.5%, 4%, 3.5%, 3%, 2.5%, 2%, 1.5%, 1%, 0.5% 또는 0.1%보다 적은 삽입-결실을 생성할 수 있다.
대부분의 염기-편집 시스템의 성분은 (1) 표적화된 DNA 결합 단백질, (2) 핵염기 데아미나제 효소 및 (3) DNA 글리코실라제 억제제를 포함한다.
CRISPR 시스템의 임의의 뉴클레아제는 불가능해지고 염기 편집 시스템 내에 사용될 수 있다. 예시적인 Cas 뉴클레아제는 Casl, CaslB, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9(또한 알려진 as Csnl 및 Csxl2), CaslO, Cpfl, C2c3, C2c2 및 C2clCsyl, Csy2, Csy3, Csel, Cse2, Cscl, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmrl, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Cpfl, Csbl, Csb2, Csb3, Csxl7, Csxl4, CsxlO, Csxl6, CsaX, Csx3, Csxl, Csxl5, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4 및 이들의 돌연변이를 포함한다.
특정한 실시형태는 촉매적으로 불가능해진 뉴클레아제로서 뉴클레아제-불활성 Cas9(dCas9)를 사용한다. 그러나, CRISPR 시스템의 임의의 뉴클레아제(이들 중 많은 것은 상기에 기재되어 있음)는 불가능해지고 염기 편집 시스템 내에 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 높은 신뢰도를 갖는 Cas9 도메인이 선택되고, Cas9 도메인은 야생형 Cas9 도메인과 비교하여 Cas9 도메인과 DNA의 당-포스페이트 골격 사이에 감소된 정전 상호작용을 나타낸다. 일부 실시형태에서, Cas9 도메인(예를 들면, 야생형 Cas9 도메인)은 Cas9 도메인과 DNA의 당-포스페이트 골격 사이의 회합을 감소시키는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 높은 신뢰도를 갖는 Cas9 도메인은 당업자에게 알려져 있다. 예를 들면, 높은 신뢰도를 갖는 Cas9 도메인은 Kleinstiver, 등, Nature 529, 490-495, 2016; 및 Slaymaker 등, Science 351, 84-88, 2015에 기재되어 있다.
다른 유전자-편집 시스템으로부터의 뉴클레아제가 또한 사용될 수 있다. 예를 들면, 염기-편집 시스템은 징크 핑거 뉴클레아제(ZFN)(Urnov 등, Nat Rev Genet., 11(9):636-46, 2010) 및 전사 활성자 유사 효과기 뉴클레아제(TALEN)(Joung 등, Nat Rev Mol Cell Biol. 14(1):49-55, 2013)를 이용할 수 있다. DNA 결합 뉴클레아제에 대한 추가 정보에 대해, US2018/0312825A1을 참조한다.
특정한 실시형태에서, 핵염기 데아미나제 효소는 시티딘 데아미나제 도메인 또는 아데닌 데아미나제 도메인을 포함한다.
특정한 실시형태는 핵염기 데아미나제 효소로서 시티딘 데아미나제 도메인을 이용한다. 특정한 실시형태는 핵염기 데아미나제 효소로서 아데닌 데아미나제 도메인을 이용한다. 추가로, 특정한 실시형태는 글리코실라제 억제제로서 우라실 글리코실라제 억제제(UGI)를 이용한다. 예를 들면, 특정한 실시형태에서, dCas9 또는 Cas9 닉카제는 시티딘 데아미나제 도메인에 융합될 수 있다. 시티딘 데아미나제 도메인에 융합된 dCas9 또는 Cas9 닉카제는 하나 이상의 UGI 도메인에 융합될 수 있다. 1개 초과의 UGI 도메인을 갖는 염기 에디터는 더 적은 삽입-결실을 생성할 수 있고 더 효율적으로 표적 핵산을 탈아미노화한다.
특정한 실시형태에서, 데아미나제 도메인(시티딘 및/또는 아데닌)은 촉매적으로 불가능해진 뉴클레아제의 N 말단에 융합된다. 이는 Cas9의 N 말단에 융합된 시티딘 데아미나제 도메인이 다른 구성과 비교할 때 개선된 염기-편집 효율을 가질 수 있기 때문이다. 이들 실시형태에서, 글리코실라제 억제제(예를 들면, UGI 도메인)는 촉매적으로 불가능해진 뉴클레아제의 C 말단에 융합될 수 있다. 다수의 글리코실라제 억제제가 사용될 때, 각각은 촉매적으로 불가능해진 뉴클레아제의 C 말단에 융합될 수 있다.
특정한 실시형태에서, 시티딘 데아미나제 도메인을 이용하는 CBE는 우라실을 생성하도록 시토신의 엑소사이클릭 아민을 탈아미노화함으로써 구아닌-시토신 염기 쌍을 티민-아데닌 염기 쌍으로 전환한다. 시토신 데아미나제 효소의 예는 APOBEC1, APOBEC3A, APOBEC3G, CDA1 및 AID를 포함한다. APOBEC1은 특히 기질로서 단일 가닥 (ss)DNA를 수용하지만 이중 가닥 (ds)DNA에 작용할 수 없다.
대부분의 염기-편집 시스템은 또한 의도된 염기 편집을 달리 회복시키는 천연 DNA 회복 기전을 중단시키도록 작용하는 DNA 글리코실라제 억제제를 포함한다. 특정한 실시형태에서, DNA 글리코실라제 억제제는 우라실 글리코실라제 억제제, 예컨대 Wang 등 (Gene 99, 31-37, 1991)에 기재된 우라실 DNA 글리코실라제 억제제 단백질(UGI)을 포함한다.
염기 에디터의 성분은 직접적으로(예를 들면, 직접적인 공유 결합에 의해) 또는 링커를 통해 융합될 수 있다. 예를 들면, 촉매적으로 불가능해진 뉴클레아제는 링커를 통해 데아미나제 효소 및/또는 글리코실라제 억제제에 융합될 수 있다. 다수의 글리코실라제 억제제는 또한 링커를 통해 융합될 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 것처럼, 링커는 임의의 펩타이드 또는 이의 일부를 연결하도록 사용될 수 있다.
예시적인 링커는 중합체성 링커(예를 들면, 폴리에틸렌, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리아미드, 폴리에스테르); 아미노산 링커; 탄소-질소 결합 아미드 링커; 사이클릭 또는 비사이클릭, 치환된 또는 비치환된, 분지된 또는 비분지된 지방족 또는 헤테로지방족 링커; 단량체성, 이합체성 또는 중합체성 아미노알칸산 링커; 아미노알칸산(예를 들면, 글리신, 에탄산, 알라닌, β-알라닌, 3-아미노프로판산, 4-아미노부탄산, 5-펜탄산) 링커; 단량체성, 이합체성 또는 중합체성 아미노헥산산(Ahx) 링커; 카보사이클릭 모이어티(예를 들면, 사이클로펜탄, 사이클로헥산) 링커; 아릴 또는 헤테로아릴 모이어티 링커; 및 페닐 고리 링커를 포함한다.
링커는 또한 펩타이드로부터의 친핵체(예를 들면, 티올, 아미노)의 링커로의 부착을 수월하게 하도록 기능화된 모이어티를 포함할 수 있다. 임의의 친전자체는 링커의 일부로서 사용될 수 있다. 예시적인 친전자체는 활성화된 에스테르, 활성화된 아미드, 마이클(Michael) 억셉터, 알킬 할라이드, 아릴 할라이드, 아실 할라이드 및 이소티오시아네이트를 포함한다.
특정한 실시형태에서, 링커는 4개 내지 100개의 아미노산 길이 범위이다. 특정한 실시형태에서, 링커는 4개의 아미노산, 9개의 아미노산, 14개의 아미노산, 16개의 아미노산, 32개의 아미노산 또는 100개의 아미노산이다.
표적화된 DNA 결합 단백질을 시티딘 데아미나제 효소 및 DNA 글리코실라제 억제제(예를 들면, UGI)와 연결함으로써 형성된 많은 염기-편집(BE) 시스템이 기재되어 있다. 이 복합체는 예를 들면 BE1([APOBEC1-16 아미노산(aa) 링커-Sp dCas9(D10A, H840A)] Komer 등, Nature, 533, 420-424, 2016), BE2([APOBEC1-16aa 링커-Sp dCas9(D10A, H840A)-4aa 링커-UGI] 상기 Komer 등, 2016 참조), BE3([APOBEC1-16aa 링커-Sp nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] 상기 Komer 등, 참조), HF-BE3([APOBEC1-16aa 링커-HF nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] Rees 등, Nat. Comm un. 8, 15790, 2017), BE4, BE4max([APOBEC1-32aa 링커-Sp nCas9(D10A)-9aa 링커-UGI-9aa 링커-UGI] Koblan 등, Nat. Biotechnol 10.1038/nbt.4172, 2018; Komer 등, Sci. Adv., 3, eaao4774, 2017), BE4-GAM([Gam-16aa 링커-APOBEC1-32aa 링커-Sp nCas9(D10A)-9aa 링커-UGI-9aa 링커-UGI] 상기 Komer 등, 2017 참조), YE1-BE3([APOBEC1(W90Y, R126E)-16aa 링커-Sp nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] Kim 등, Nat. Biotechnol. 35, 475-480, 2017), EE-BE3([APOBEC1(R126E, R132E)-16aa 링커-Sp nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] 상기 Kim 등, 2017 참조), YE2-BE3([APOBEC1(W90Y, R132E)-16aa 링커-Sp nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] 상기 Kim 등, 2017 참조), YEE-BE3([APOBEC1(W90Y, R126E, R132E)-16aa 링커-Sp nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] 상기 Kim 등, 2017 참조), VQR-BE3([APOBEC1-16aa 링커-Sp VQR nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] 상기 Kim 등, 2017 참조), VRER-BE3([APOBEC1-16aa 링커-Sp VRER nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] Kim 등, Nat. Biotechnol. 35, 475-480, 2017), Sa-BE3([APOBEC1-16aa 링커-Sa nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] 상기 Kim 등, 2017 참조), SA-BE4([APOBEC1-32aa 링커-Sa nCas9(D10A)-9aa 링커-UGI-9aa 링커-UGI] 상기 Komer 등, 2017 참조), SaBE4-Gam([Gam-16aa 링커-APOBEC1-32aa 링커-Sa nCas9(D10A)-9aa 링커-UGI-9aa 링커-UGI] 상기 Komer 등, 2017 참조), SaKKH-BE3([APOBEC1-16aa 링커-Sa KKH nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] 상기 Kim 등, 2017 참조), Cas12a-BE([APOBEC1-16aa 링커-dCas12a-14aa 링커-UGI], Li 등, Nat. Biotechnol. 36, 324-327, 2018), 표적-AID([Sp nCas9(D10A)-100aa 링커-CDA1-9aa 링커-UGI] Nishida 등, Science, 353, 10.1126/science.aaf8729, 2016), 표적-AID-NG([Sp nCas9(D10A)-NG-100aa 링커-CDA1-9aa 링커-UGI] Nishimasu 등, Science, 361(6408): 1259-1262, 2018), xBE3([APOBEC1-16aa 링커-xCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] Hu 등, Nature, 556, 57-63, 2018), eA3A-BE3([APOBEC3A(N37G)-16aa 링커-Sp nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] Gerkhe 등, Nat. Biotechnol., 10.1038/nbt.4199, 2018), A3A-BE3([hAPOBEC3A-16aa 링커-Sp nCas9(D10A)-4aa 링커-UGI] Wang 등, Nat. Biotechnol. 10.1038/nbt.4198, 2018) 및 BE-PLUS([10X GCN4-Sp nCas9(D10A) / ScFv-rAPOBEC1-UGI] Jiang 등, Cell. Res, 10.1038/s41422-018-0052-4, 2018)를 포함한다. 아데닌 데아미나제 염기 에디터를 포함하는 BE 복합체의 추가 예에 대해 Rees & Liu Nat. Rev Genet. 19(12): 770-788, 2018을 참조한다.
염기 에디터에 관한 추가 정보를 위해, US2018/0312825A1, WO2018/165629A, Urnov 등, Nat Rev Genet. 11(9):636-46, 2010; Joung 등, Nat Rev Mol Cell Biol. 14(1):49-55, 2013; Charpentier 등, Nature.; 495(7439):50-1, 2013; Seo & Kim, Nature Medicine, 24, 1493-1495, 2018 및 Rees & Liu, Nature Reviews Genetics, 19, 770-78, 2018을 참조하고, 이들의 각각은 특히 염기 에디터와 관련하여 본원에 그 전문이 참고로 포함된다. 본 개시내용의 다양한 실시형태에서 사용될 수 있는 소정의 염기 에디터 작제물은 Zafra 등, Nat Biotech, 36(9):888-893, 2018 및 Koblan 등, Nat Biotech 36(9):843-846, 2018에 기재되어 있고, 이들의 각각은 특히 염기 에디터 작제물과 관련하여 본원에 그 전문이 참고로 포함된다.
I(C)(i)(b)(3). 프라임 에디터 페이로드 발현 산물
프라임 편집은 정확하고 표적화된 방식으로 모든 가능한 유형의 점 돌연변이, 작은 삽입 및 작은 결실을 도입할 수 있다. 프라임 에디터는 Cas9 닉카제 도메인(예를 들면, 불활성화된 HNH 뉴클레아제) 및 조작된 역전사효소 도메인을 포함하는 융합 단백질이다. 프라임 에디터 효소는 이의 스페이서 서열에서 표적 부위를 규정할 뿐만 아니라 통상적으로 pegRNA의 3' 말단에 있는 연장부에서 원하는 편집을 암호화하는 조작된 프라임 편집 gRNA(pegRNA)에 의해 편집 부위로 표적화된다.
적어도 3개의 프라임 에디터 시스템이 규명되었다. PE1은 Cas9 닉카제와 야생형 몰로니 쥣과 백혈병 바이러스(M-MLV) 역전사효소(RT)의 융합을 포함한다. PE2는 PE1과 유사하지만 편집 효율을 약 3배만큼 증가시키는 조작된 펜타돌연변이체 M-MLV RT를 포함한다. PE3은 PE2 융합 단백질 및 pegRNA를 닉킹을 위해 비편집된 가닥을 표적화하는 추가 sgRNA와 조합한다. PE3b라 칭하는 PE3 시스템의 변이체는 오직 편집된 서열을 표적화하는 닉킹 sgRNA를 포함하여서 다른 가닥이 편집된 서열로 전환될 때까지 비편집된 DNA 가닥의 닉킹을 방지함으로써 삽입-결실 산물의 수준을 감소시킨다.
I(C)(i)(c). 작은 RNA 페이로드 발현 산물
작은 RNA는 유전자 발현을 조절하는 역할을 하는 짧은 비암호화 RNA 분자이다. 특정한 실시형태에서, 작은 RNA는 200개 미만의 뉴클레오타이드 길이이다. 특정한 실시형태에서, 작은 RNA는 100개 미만의 뉴클레오타이드 길이이다. 특정한 실시형태에서, 작은 RNA는 50개, 45개, 40개, 35개, 30개, 25개 또는 20개 미만의 뉴클레오타이드 길이이다. 특정한 실시형태에서, 작은 RNA는 20개 미만의 뉴클레오타이드 길이이다. 다양한 실시형태에서 작은 RNA는 5개, 10개, 15개, 20개, 25개 또는 30개의 뉴클레오타이드의 하한 및 20개, 25개, 30개, 35개, 40개, 45개, 50개, 75개 또는 100개의 뉴클레오타이드의 상한을 갖는 길이를 갖는다. 작은 RNA는 마이크로RNA(miRNA, 피위(Piwi)-상호작용 RNA(piRNA), 소형 간섭 RNA(siRNA), 작은 핵 RNA(snoRNA), tRNA 유래된 작은 RNA(tsRNA) 작은 rDNA 유래된 RNA(srRNA) 및 작은 핵 RNA를 포함하지만, 이들로 제한되지는 않는다. 작은 RNA의 추가 종류는 계속해서 발견된다.
특정한 실시형태에서, 표적 mRNA에 상동성이거나 간섭 RNA가 혼성화할 수 있는 간섭 RNA 분자는 RNA 간섭(RNAi)이라 지칭되는 과정인 표적 mRNA 분자의 분해 또는 표적 mRNA의 감소된 번역으로 이어질 수 있다(Carthew, Curr. Opin. Cell. Biol. 13: 244-248, 2001). RNAi는 세포에서 외래 RNA(예를 들면, 바이러스 RNA)를 제거하도록 자연적으로 발생한다. 일부 경우에, 천연 RNAi는 유리 이중 가닥 RNA(dsRNA)로부터 절단된 단편을 통해 진행하고, 이는 다른 유사한 RNA 서열에 대한 분해 기전을 지시한다. 대안적으로, RNAi는 예를 들면 표적 유전자의 발현을 침묵화하도록 제조될 수 있다. 예시적인 RNAi 분자는 작은 헤어핀 RNA(shRNA, 짧은 헤어핀 RNA로도 지칭된) 및 소형 간섭 RNA(siRNA)를 포함한다.
본 개시내용을 제한하지 않으면서 그리고 이론에 의해 구속되지 않으면서, 자연에서 및/또는 일부 실시형태에서 RNA 간섭은 통상적으로 2단계 과정이다. 제1 단계인 개시 단계에서, 유입 dsRNA는 아마도 ATP 의존적 방식으로 (직접적으로 또는 전이유전자 또는 바이러스를 통해 도입된) dsRNA를 가공하는(절단하는) dsRNA 특이적 리보뉴클레아제의 리보뉴클레아제(RNAe) III 패밀리의 구성원인 다이서(Dicer)의 작용에 의해 21개 내지 23개 뉴클레오타이드(nt) siRNA로 분해된다. 계속적인 절단 사건은 RNA를 각각 2-뉴클레오타이드 3' 오버행을 갖는 19개 내지 21개 염기 쌍(bp) 듀플렉스(siRNA)로 절단한다.
제2 단계인 효과기 단계에서, siRNA 듀플렉스는 뉴클레아제 복합체에 결합하여 RNA 유도된 침묵화 복합체(RISC)를 형성한다. siRNA 듀플렉스의 ATP 의존적 풀림은 RISC의 활성화에 필요하다. 이후, 활성 RISC는 염기 쌍 짓기 상호작용에 의해 상동성 전사체를 표적화하고, 통상적으로 mRNA를 siRNA의 3' 말단으로부터 12개의 뉴클레오타이드 단편으로 절단한다. 조사는 각각의 RISC가 단일 siRNA 및 RNAe를 함유한다는 것을 나타낸다.
RNAi의 현저한 효력 때문에, RNAi 경로 내의 증폭 단계가 제안되었다. 더 많은 siRNA를 생성하는 유입 dsRNA의 카피 또는 형성된 siRNA의 복제에 의해 증폭이 발생할 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 증폭은 RISC의 다수의 턴오버 사건에 의해 실행될 수 있다.
ShRNA는 헤어핀 루프 구조를 갖는 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드이다. 단일 가닥 폴리뉴클레오타이드는 이중 가닥 영역에서의 하나의 가닥의 3' 말단 및 이중 가닥 영역에서의 다른 가닥의 5' 말단을 연결하는 루프 분절을 갖는다. 이중 가닥 영역은 표적 서열에 혼성화 가능한 제1 서열, 예컨대 전이유전자를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드 및 제1 서열에 상보성인 제2 서열로부터 형성되어서, 제1 서열 및 제2 서열은 헤어핀 루프 구조를 형성하기 위해 연결 서열이 말단을 연결하는 이중 가닥 영역을 형성한다. 제1 서열은 전이유전자를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드의 임의의 부분에 혼성화 가능할 수 있다. shRNA의 이중 가닥 줄기 도메인은 제한 엔도뉴클레아제 부위를 포함할 수 있다.
shRNA의 전사는 중합효소 III(Pol III) 프로모터에서 개시되고, 4-5-티민 전사 종결 부위의 2번 위치에서 종결되는 것으로 생각된다. shRNA는 발현 시 3' UU-오버행을 갖는 줄기-루프 구조로 폴딩하는 것으로 생각되고; 후속하여 이들 shRNA의 말단은 가공되어서, shRNA를 21개 내지 23개 뉴클레오타이드의 siRNA 유사 분자로 전환한다.
shRNA의 줄기-루프 구조는 선택적인 뉴클레오타이드 오버행, 예컨대 2-bp 오버행, 예를 들면 3' UU 오버행을 가질 수 있다. 변이가 있을 수 있지만, 줄기는 통상적으로 15 내지 49, 15 내지 35, 19 내지 35, 21 내지 31 bp 또는 21 내지 29 bp의 범위이고, 루프는 4 내지 30 bp, 예를 들면 4 내지 23 bp의 범위일 수 있다. 특정한 실시형태에서, shRNA 서열은 45-65 bp; 50-60 bp; 또는 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58 또는 59 bp를 포함한다. 특정한 실시형태에서, shRNA 서열은 52 또는 55 bp를 포함한다. 특정한 실시형태에서 siRNA는 15-25 bp를 갖는다. 특정한 실시형태에서 siRNA는 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 또는 24 bp를 갖는다. 특정한 실시형태에서 siRNA는 19 bp를 갖는다. 그러나, 당업자는 16개 미만의 뉴클레오타이드 또는 24개 초과의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는 siRNA가 또한 RNAi를 매개하도록 작용할 수 있다는 것을 이해할 것이다. 더 긴 RNAi 제제는 바람직하지 않을 수 있는 소정의 포유류 세포에서 인터페론 또는 단백질 키나제 R(PKR) 반응을 일으키는 것으로 입증되었다. 바람직하게는 RNAi 제제는 PKR 반응을 일으키지 않는다(즉, 충분히 짧은 길이를 가짐). 그러나, 더 긴 RNAi 제제는 예를 들면 PKR 반응이 대안적인 수단에 의해 하향조절되거나 축소되는 상황에서 유리할 수 있다.
소정의 예시적인 실시형태에서, 본 개시내용은 BCL11A를 암호화하는 유전자에 표적화된 shRNA를 암호화하는 아데노바이러스 벡터 페이로드를 포함하고, shRNA는 BCL11A의 감소된 번역을 야기한다.
I(C)(ii). 페이로드 조절 서열
I(C)(ii)(a). 프로모터 조절 서열
프로모터는 RNA 중합효소가 전사를 개시시키기 전에 결합하는 관련 암호화 서열에 보통 상류(5')인 비암호화 게놈 DNA 서열일 수 있다. 이 결합은 RNA 중합효소를 정렬시켜서, 특이적 전사 개시 부위에서 전사가 개시할 것이다. 프로모터의 뉴클레오타이드 서열은 효소 및 이것에 부착하는 다른 관련된 단백질 인자의 성질 및 RNA 합성의 속도를 결정한다. RNA는 암호화된 폴리펩타이드의 아미노산 서열로의 RNA 서열의 번역을 위한 주형으로서 작용하는 메신저 RNA(mRNA)를 생성하도록 가공된다. 5' 비번역된 리더 서열은 mRNA의 개시 및 번역에서 역할을 할 수 있는 암호화 영역의 상류에서의 mRNA의 영역이다. 3' 전사 종결/폴리아데닐화 신호는 RNA 합성의 종결 및 폴리아데닐레이트 뉴클레오타이드의 3' 말단에 대한 첨가를 야기하도록 식물 세포에서 기능하는 암호화 영역의 하류에서의 비번역된 영역이다.
프로모터는 일반 프로모터, 조직 특이적 프로모터, 세포 특이적 프로모터 및/또는 세포질에 특이적인 프로모터를 포함할 수 있다. 프로모터는 강한 프로모터, 약한 프로모터, 구성적 발현 프로모터 및/또는 유도성 (조건적) 프로모터를 포함할 수 있다. 유도성 프로모터는 소정의 조건, 신호 또는 세포 사건에 반응하여 발현을 지시하거나 제어한다. 예를 들면, 프로모터는 프로모터로부터의 전사를 실행하도록 특정한 리간드, 소분자, 전사 인자, 호르몬 또는 호르몬 단백질을 요하는 유도성 프로모터일 수 있다. 프로모터의 특정한 예는 AFP(α-태아단백질) 프로모터, 아밀라제 1C 프로모터, 아쿠아스포린-5(AP5) 프로모터, αl -항트립신 프로모터, β-act 프로모터, β-글로빈 프로모터, β-Kin 프로모터, B29 프로모터, CCKAR 프로모터, CD14 프로모터, CD43 프로모터, CD45 프로모터, CD68 프로모터, CEA 프로모터, c-erbB2 프로모터, COX-2 프로모터, CXCR4 프로모터, 데스민 프로모터, E2F-1 프로모터, 인간 연장 인자 lα 프로모터(EFlα), CMV(사이토메갈로바이러스 바이러스) 프로모터, minCMV 프로모터, SV40(유인원 바이러스 40) 즉시 초기 프로모터, EGR1 프로모터, eIF4A1 프로모터, 엘라스타제-1 프로모터, 엔도글린 프로모터, FerH 프로모터, FerL 프로모터, 피브로넥틴 프로모터, Flt-1 프로모터, GAPDH 프로모터, GFAP 프로모터, GPIIb 프로모터, GRP78 프로모터, GRP94 프로모터, HE4 프로모터, hGR1/1 프로모터, hNIS 프로모터, Hsp68 프로모터, Hsp68 최소 프로모터(proHSP68), HSP70 프로모터, HSV-1 바이러스 TK 유전자 프로모터, hTERT 프로모터, ICAM-2 프로모터, 칼리크레인 프로모터, LP 프로모터, 주요 후기 프로모터(MLP), Mb 프로모터, Rho 프로모터, MT(메탈로티오네인) 프로모터, MUC1 프로모터, NphsI 프로모터, OG-2 프로모터, PGK(포스포 글리세레이트 키나제) 프로모터, PGK-1 프로모터, 중합효소 III(Pol III) 프로모터, PSA 프로모터, ROSA 프로모터, SP-B 프로모터, Survivn 프로모터, SYN1 프로모터, SYT8 유전자 프로모터, TRP1 프로모터, Tyr 프로모터, 유비퀴틴 B 프로모터, WASP 프로모터 및 라우스 육종 바이러스(RSV) 긴 말단 반복부(LTR) 프로모터를 포함한다.
프로모터는 자연적 프로모터 또는 복합 프로모터로서 얻어질 수 있다. 자연적 프로모터 또는 최소 프로모터는 소정의 유전자의 5' 영역으로부터의 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 프로모터를 지칭한다. 자연적 프로모터는 코어 프로모터 및 이의 천연 5'UTR을 포함한다. 특정한 실시형태에서, 5'UTR은 인트론을 포함한다. 복합 프로모터는 상이한 기원의 프로모터 요소를 조합함으로써 또는 원위 인핸서를 동일한 기원 또는 상이한 기원의 최소 프로모터와 조합함으로써 유래된 프로모터를 지칭한다.
특정한 실시형태에서, 프로모터는 야생형 프로모터 서열 및 야생형 프로모터에 비해 소정의 위치에서 선택적인 변경(삽입, 점 돌연변이 또는 결실을 포함)을 갖는 서열을 포함한다. 특정한 실시형태에서, 프로모터는 20개의 뉴클레오타이드 스트레치당 1개의 변경, 20개의 뉴클레오타이드 스트레치당 2개의 변경, 20개의 뉴클레오타이드 스트레치당 3개의 변경, 20개의 뉴클레오타이드 스트레치당 4개의 변경 또는 20개의 뉴클레오타이드 스트레치당 5개의 변경을 가짐으로써 천연 발생 프로모터로부터 변한다. 특정한 실시형태에서, 천연 서열은 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 염기에서 변경될 것이다. 프로모터는 다른 바이러스 서열과 함께 또는 이것 없이 LTR 서열의 50개의 뉴클레오타이드 내지 LTR 서열의 100개, 200개, 250개 또는 350개의 뉴클레오타이드를 포함하여 길이가 변할 수 있다.
일부 프로모터는 조직 또는 세포에 특이적이고, 일부 프로모터는 조직 또는 세포에 비특이적이다. 포유류 세포에서의 각각의 유전자는 이의 자체의 프로모터를 갖고, 일부 프로모터는 소정의 세포 유형에서 오직 활성화될 수 있다. 비특이적 프로모터 또는 편재한 프로모터는 넓은 범위의 세포, 조직 및 세포 주기에서 프로모터 서열에 작동 가능하게 연결된 유전자 또는 뉴클레오타이드 서열의 전사의 개시를 보조한다. 특정한 실시형태에서, 프로모터는 비특이적 프로모터이다. 특정한 실시형태에서, 비특이적 프로모터는 CMV 프로모터, RSV 프로모터, SV40 프로모터, 포유류 연장 인자 1α(EF1α) 프로모터, β-act 프로모터, EGR1 프로모터, eIF4A1 프로모터, FerH 프로모터, FerL 프로모터, GAPDH 프로모터, GRP78 프로모터, GRP94 프로모터, HSP70 프로모터, β-Kin 프로모터, PGK-1 프로모터, ROSA 프로모터 및/또는 유비퀴틴 B 프로모터를 포함한다.
특이적 프로모터는 프로모터 서열에 작동 가능하게 연결된 뉴클레오타이드 서열의 세포 특이적 발현을 보조한다.
I(C)(ii)(b). 마이크로 RNA 부위 조절 서열
다양한 실시형태에서, 마이크로RNA(또는 miRNA) 제어 시스템은 유전자의 발현이 마이크로RNA 부위(예를 들면, 마이크로RNA가 상호작용할 수 있는 핵산 서열)의 존재에 의해 조절되는 방법 또는 조성물을 지칭할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용은 발현 산물의 발현이 존재, 수준, 활성 및/또는 상응하는 miRNA와의 접촉에 의해 제어되도록 발현 산물을 암호화하는 핵산 서열이 miRNA 표적 부위에 작동 가능하게 연결되어서 페이로드를 포함하는 아데노바이러스 공여자 벡터를 포함한다. 의심을 피하기 위해 본 개시내용은 예를 들면 본원에 개시된 것과 같은 miRNA 부위와 작동 가능하게 연결된 핵산 서열이 예를 들면 본원에 제공된 임의의 하나 이상의 발현 산물을 암호화하는 핵산 서열일 수 있다는 것을 고려한다.
I(C)(iii). 선택 서열
특정한 실시형태에서 벡터는 선택 카세트를 포함하는 선택 요소를 포함한다. 특정한 실시형태에서, 선택 카세트는 프로모터, 선택 제제에 대한 내성을 부가하거나 부여하는 cDNA 및 이 독립적 전사 요소의 전사의 중단이 가능하게 하는 폴리 A 서열을 포함한다.
선택 카세트는 (a) 항생제 또는 다른 독소에 내성을 부여하거나, (b) 영양요구성 결핍을 보완하거나, (c) 복합 배지로부터 이용 가능하지 않은 중요한 영양소, 예를 들면 바실러스에 대한 D-알라닌 라세마제를 암호화하는 유전자를 공급하는 하나 이상의 단백질을 암호화할 수 있다. 임의의 수의 선택 시스템은 형질전환된 세포주를 회수하도록 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 양성 선택 카세트는 네오마이신, 하이그로마이신, 암피실린, 퓨로마이신, 플레오마이신, 제오마이신, 블라스티시딘 또는 비오마이신에 대한 내성 유전자를 포함한다. 특정한 실시형태에서, 양성 선택 카세트는 메토트렉세이트에 대한 내성을 제공하는 DHFR(디하이드로폴레이트 환원효소) 유전자, O6BG/BCNU에 대한 내성을 담당하는 MGMTP140K 유전자, HAT 선택 배지에 존재하는 특정 염기(아미노프테린, 하이폭산틴, 티미딘)의 형질전환을 담당하는 HPRT(하이폭산틴포스포리보실 전환효소) 유전자 및 일부 약물과 관련하여 해독을 위한 다른 유전자를 포함한다. 특정한 실시형태에서, 선택 제제는 네오마이신, 하이그로마이신, 퓨로마이신, 플레오마이신, 제오마이신, 블라스티시딘, 비오마이신, 암피실린, O6BG/BCNU, 메토트렉세이트, 테트라사이클린, 아미노프테린, 하이폭산틴, 티미딘 키나제, DHFR, Gln 합성효소 또는 ADA를 포함한다.
특정한 실시형태에서, 음성 선택 카세트는 유전자를 발현하는 세포에 대한 독성 물질로 배양 배지에 존재하는 기질의 형질전환을 위한 유전자를 포함한다. 이 분자는 디프테리아 독소(DTA)의 해독 유전자(Yagi 등, Anal Biochem. 214(1):77-86, 1993; Yanagawa 등, Transgenic Res. 8(3):215-221, 1999), 간시클로버의 존재에 민감한 헤르페스 바이러스의 키나제 티미딘 유전자(HSV TK) 또는 FIAU를 포함한다. HPRT 유전자는 또한 배지로의 6-티오구아닌(6TG)의 첨가에 의해 음성 선택으로서 사용될 수 있고, 모든 양성 선택 및 음성 선택에 대해 가장 전통적인 것인 상이한 기원으로부터의 폴리 A 전사 종결 서열은 SV40 폴리 A 또는 진핵 유전자 폴리 A(소 성장 호르몬, 토끼 β-글로빈 등)로부터 유래된다.
특정한 실시형태에서, 선택 카세트는 Olszko 등 (Gene Therapy 22: 591-595, 2015)에 기재된 것과 같은 MGMTP140K를 포함한다. 특정한 요소에서, 선택 제제는 O6BG/BCNU를 포함한다.
인간 알킬 구아닌 전환효소(hAGT)를 암호화하는 약물 내성 유전자 MGMT는 알킬화 제제, 예컨대 니트로소우레아 및 테모졸로마이드(TMZ)의 세포독성 효과에 대한 내성을 부여하는 DNA 회복 단백질이다. 6-벤질구아닌(6-BG)은 니트로소우레아 독성을 강화하고 이 제제의 세포독성 효과를 강화하도록 TMZ와 공통투여되는 AGT의 억제제이다. AGT의 변이체를 암호화하는 MGMT의 몇몇 돌연변이체 형태는 6-BG에 의한 불활화에 대해 고도로 내성이지만, DNA 손상을 회복하는 이의 능력을 보유한다(Maze 등, J. Pharmacol. Exp. Ther. 290: 1467-1474, 1999). MGMTP140K 기반 약물 내성 유전자 치료는 마우스, 개과, 레서스 마카크 및 인간 세포, 구체적으로는 조혈 세포에 대한 화학보호를 부여하는 것으로 나타났다(Zielske 등, J. Clin. Invest. 112: 1561-1570, 2003; Pollok 등, Hum. Gene Ther. 14: 1703-1714, 2003; Gerull 등, Hum. Gene Ther. 18: 451-456, 2007; Neff 등, Blood 105: 997-1002, 2005; Larochelle 등, J. Clin. Invest. 119: 1952-1963, 2009; Sawai 등, Mol. Ther. 3: 78-87, 2001).
특정한 실시형태에서, 생체내 선택 카세트와의 조합은 유전자 수정된 세포의 선택적 이익 없이 질환에 대한 중요한 성분일 것이다. 예를 들면, SCID 및 일부 다른 면역결핍증 및 FA에서, 수정된 세포는 이점을 갖고, 오직 치료학적 유전자를 "몇몇" HSPC로 형질도입하는 것이 치료 효능에 충분하다. 치료학적으로 변형된 세포가 경쟁적 이점을 나타내지 않는 헤모글로빈병증(즉, 겸상 세포 질환 및 지중해빈혈)과 같은 다른 질환에 대해, 예를 들면 생체내 선택 카세트, 예컨대 MGMTP140K의 발현을 위해 변형된 세포의 생체내 선택은 몇몇 형질도입된 HSPC에 대해 선택할 것이고, 이는 유전자 수정된 세포의 증가를 허용하고 치료 효능을 달성할 것이다. 이 접근법은 또한 생체외 유전 변형보다는 생체내 HIV에 대해 HSPC를 내성으로 만듦으로써 HIV에 적용될 수 있다.
I(C)(iv). 스터퍼 서열
특정한 실시형태에서, 벡터는 스터퍼 서열을 포함한다. 특정한 실시형태에서, 스터퍼 서열은 게놈이 야생형 길이의 크기 근처의 크기가 되게 하도록 첨가될 수 있다. 스터퍼는 게놈의 길이를 연장시키도록 의도된 기능적으로 불활성인 서열을 정의하도록 의도된 당해 분야에서 일반적으로 인정된 용어이다.
스터퍼 서열은 벡터의 효과적인 패키징 및 안정성을 달성하도록 사용된다. 특정한 실시형태에서, 스터퍼 서열은 게놈 크기가 야생형 바이러스의 것의 70% 내지 110%가 되게 하도록 사용된다.
스터퍼 서열은 바람직하게는 포유류 기원의 임의의 DNA일 수 있다. 본 발명의 바람직한 실시형태에서, 스터퍼 서열은 포유류 기원의 비암호화 서열, 예를 들면 인트론 단편이다.
스터퍼 서열은 벡터의 크기를 미리 결정된 크기로 유지시키기 위해 사용될 때 임의의 비암호화 서열 또는 분열 세포 또는 비분열 세포에서 게놈이 안정하게 있게 하는 서열일 수 있다. 이 서열은 다른 바이러스 게놈(예를 들면, 엡스테인 바 바이러스) 또는 유기체(예를 들면, 효모)로부터 유래될 수 있다. 예를 들면, 이 서열은 센트로머 및/또는 텔로머의 기능적 부분일 수 있다.
I(C)(v). 페이로드 통합 및 지지 벡터
유전자 치료는 대개 표적 세포의 게놈으로의 원하는 핵산 페이로드의 통합을 요한다. 여러 가지의 시스템은 숙주 또는 표적 세포 게놈으로의 페이로드의 통합을 위해 설계되고/되거나 사용될 수 있다. 다양한 이러한 시스템은 소정의 페이로드 서열 특징 및 지지 벡터 및 지지 게놈(지지 게놈) 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
페이로드를 숙주 세포 게놈으로 통합하는 아데노바이러스 벡터를 조작하는 하나의 수단은 통합하는 바이러스 하이브리드 벡터를 생성하는 것이었다. 통합하는 바이러스 하이브리드 벡터는 표적 세포를 효율적으로 형질도입하는 벡터의 유전 요소를 이의 벡터 페이로드를 안정하게 통합하는 벡터의 유전 요소와 조합한다. 예를 들면, 아데노바이러스 벡터와 조합하여 사용하기 위한 관심 있는 통합 요소는 박테리오파지 인터그라제 PHiC31, 레트로트랜스포손, (예를 들면, LTR 매개된 또는 레트로바이러스 인터그레이트 매개된) 레트로바이러스, 징크 핑거 뉴클레아제, DNA 결합 도메인-레트로바이러스 인터그라제 융합 단백질, AAV(예를 들면, AAV-ITR 또는 AAV-Rep 단백질 매개된) 및 슬리핑 뷰티(SB) 트랜스포사제의 것을 포함한다.
본원에 기재된 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터는 트랜스포사제 및 트랜스포손을 포함하는 전위 가능한 요소를 선택적으로 포함할 수 있다. 트랜스포사제는 레트로트랜스포손으로부터의 또는 레트로바이러스 기원의 인터그라제뿐만 아니라 전위를 할 수 있고 전위를 매개하는 기능적 핵산-단백질 복합체의 성분인 효소를 포함할 수 있다. 전위 반응은 트랜스포손 및 트랜스포사제 또는 인터그라제 효소를 포함한다. 특정한 실시형태에서, 통합의 효율, 통합될 수 있는 DNA 서열의 크기 및 게놈으로 통합될 수 있는 DNA 서열의 카피의 수는 이러한 전위 가능한 요소를 사용함으로써 개선될 수 있다. 트랜스포손은 DNA의 더 큰 분절의 상류 및 하류에 말단 반복부 서열을 갖는 짧은 핵산 서열을 포함한다. 트랜스포사제는 말단 반복부 서열에 결합하고, 게놈의 또 다른 부분으로의 트랜스포손의 이동을 촉매화한다.
인간을 포함하는 척추동물의 게놈으로의 핵산의 삽입을 수월하게 하는 다수의 트랜스포사제가 당해 분야에 기재되어 있다. 이러한 트랜스포사제의 예는 슬리핑 뷰티(예를 들면, 살모니드 어류의 게놈으로부터 유래된 "SB"); 피기백(예를 들면, 인시목 세포 및/또는 미오티스 루시푸구스(Myotis lucifugus)로부터 유래됨); 마리너(예를 들면, 드로소필라로부터 유래됨); 개구리 왕자(예를 들면, 라나 피피엔스(Rana pipiens)로부터 유래됨); Tol1; Tol2(예를 들면, 메다카 어류(medaka fish)로부터 유래됨); TcBuster(예를 들면, 거짓쌀도둑거저리 트리보리움 카스타네움(Tribolium castaneum)으로부터 유래됨), Helraiser, Himar1, Passport, Minos, Ac/Ds, PIF, Harbinger, Harbinger3-DR, HSmar1 및 spinON을 포함한다.
PiggyBac(PB) 트랜스포사제는 예를 들면 Fraser 등, Insect Mol. Biol., 1996, 5, 141-51; Mitra 등, EMBO J., 2008, 27, 1097-1109; Ding 등, Cell, 2005, 122, 473-83; 및 미국 특허 제6,218,185호; 제6,551,825호; 제6,962,810호; 제7,105,343호; 및 제7,932,088호에 기재된 작은 기능적 트랜스포사제 단백질이다. 과활성 piggyBac 트랜스포사제는 US 제10,131,885호에 기재되어 있다.
DNA 트랜스포손에 대한 추가 정보는 예를 들면 Munoz-Lopez & Garcia Perez, Curr Genomics, 11(2):115-128, 2010에서 찾아볼 수 있다.
슬리핑 뷰티는 Ivics 등 Cell 91, 501-510, 1997; Izsvak 등, J. Mol. Biol., 302(1):93-102, 2000; Geurts 등, Molecular Therapy, 8(1): 108-117, 2003; Mates 등 Nature Genetics 41:753-761, 2009; 및 미국 특허 제6,489,458호; 제7,148,203호; 및 제7,160,682호; 미국 공보 제2011/117072호; 제2004/077572호; 및 제2006/252140호에 기재되어 있다. 특정 실시형태에서, 슬리핑 뷰티 트랜스포사제 효소는 과활성 슬리핑 뷰티 SB100x 트랜스포사제 효소이다. SB 트랜스포손은 원형화된 핵산 분자에 존재할 때 가장 효율적으로 전위된다(Yant 등, Nature Biotechnology, 20: 999-1005, 2002).
SB 트랜스포사제의 활성을 증가시키도록 체계적 돌연변이유발 연구가 수행되었다. 예를 들면, Yant 등은 알라닌에 대한 SB 트랜스포사제의 N 말단 95 AA의 체계적 교환을 수행하였다(Mol. Cell Biol. 24: 9239-9247, 2004). 이들 치환의 10개는 기준으로서 SB10과 비교하여 200% 내지 400%의 과활성을 야기하였다. Baus 등 (Mol. Therapy 12: 1148-1156, 2005)에 기재된 SB16은 SB10과 비교하여 16배 활성을 갖는 것으로 보고되었다. 추가 과활성 SB 변이체는 Zayed 등 (Molecular Therapy 9(2):292-304, 2004) 및 US 제9,840,696호에 기재되어 있다.
SB 트랜스포사제는 SB ITR 사이에 배치된 핵산 트랜스포손 페이로드를 전위시킨다. 다양한 SB ITR은 당해 분야에 알려져 있다. 일부 실시형태에서, SB ITR은 트랜스포사제에 대한 인식 신호로서 작용하는 32 bp 길이의 불완전 직접 반복부를 포함하는 230 bp 서열이다.
다양한 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터 또는 게놈은 β-글로빈 발현 산물 또는 γ-글로빈 발현 산물을 암호화하는 적어도 하나의 암호화 서열을 포함하는 통합 요소를 플랭킹하는 SB100x 트랜스포손 도립된 반복부를 포함하는 페이로드를 포함한다.
다양한 실시형태에서, 아데노바이러스 전위 시스템은 트랜스포손 도립된 반복부에 의해 플랭킹된 통합 요소를 포함하는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터 또는 게놈을 포함하고, 아데노바이러스 지지 벡터 또는 지지 게놈을 추가로 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 지지 벡터는 (i) 아데노바이러스 캡시드; 및 (ii) 통합 요소를 플랭킹하는 도립된 반복부에 상응하는 트랜스포사제를 암호화하는 핵산 서열을 포함하는 아데노바이러스 지지 게놈을 포함한다. 따라서, 다양한 실시형태에서, 지지 벡터 또는 지지 게놈의 적어도 하나의 기능은 표적 세포에 투여된 공여자 벡터에 존재하는 통합 요소의 전위를 위해 트랜스포사제를 암호화하고/하거나 발현하고/하거나 표적 세포에 전달하도록 사용될 수 있다. 예를 들면, 일부 실시형태에서, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 공여자 벡터 또는 게놈은 β-글로빈 발현 산물 또는 γ-글로빈 발현 산물을 암호화하는 적어도 하나의 암호화 서열을 포함하는 통합 요소를 플랭킹하는 SB100x 트랜스포손 도립된 반복부를 포함하고, 지지 벡터 또는 지지 게놈은 SB100x 트랜스포사제를 암호화하는 암호화 서열을 포함한다. 특정 실시형태에서, 통합 요소는 재조합효소 직접 반복부에 의해 플랭킹되고, 예를 들면 여기서 통합 요소는 트랜스포손 도립된 반복부에 의해 플랭킹되고, 트랜스포손 도립된 반복부는 재조합효소 직접 반복부에 의해 플랭킹된다. 소정의 이러한 실시형태에서, 지지 벡터 또는 지지 게놈의 적어도 하나의 기능은 표적 세포에 투여된 공여자 벡터에 존재하는 재조합효소 부위의 재조합을 위해 재조합효소를 암호화하고/하거나 발현하고/하거나 표적 세포에 전달하는 것일 수 있다. 다양한 실시형태에서, 지지 벡터 또는 지지 게놈은 표적 세포에 투여된 공여자 벡터에 존재하는 재조합효소 부위의 재조합을 위해 재조합효소를 암호화하고/하거나 발현하고/하거나 표적 세포에 전달하고, 또한 표적 세포에 투여된 공여자 벡터에 존재하는 통합 요소의 전위를 위해 트랜스포사제를 암호화하고/하거나 발현하고/하거나 표적 세포에 전달할 수 있다.
본원에 개시된 특정한 실시형태는 또한 부위 특이적 재조합효소 시스템을 사용한다. 이들 실시형태에서, 트랜스포사제 인식된 도립된 반복부를 포함하는 트랜스포손은 적어도 하나의 치료학적 유전자 이외에 또한 적어도 하나의 재조합효소 인식된 부위를 포함한다. 따라서, 특정한 실시형태에서, 본 개시내용은 또한 (a) 치료학적 유전자를 포함하는 트랜스포손(여기서, 치료학적 유전자는 (i) 트랜스포사제에 의해 인식된 도립된 반복부 서열 및 (ii) 재조합효소 인식된 부위에 의해 플랭킹됨); 및 b) 플라스미드, 에피솜 또는 전이유전자로부터 치료학적 유전자를 절제하도록 작용하고 치료학적 유전자를 게놈으로 통합하도록 작용하는 트랜스포사제 및 재조합효소를 투여하는 단계를 포함하는 치료학적 유전자를 게놈으로 통합하는 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, (b)의 단백질(들)은 단백질(들)을 암호화하는 핵산으로서 투여된다. 일부 실시형태에서, (b)의 단백질(들)을 암호화하는 트랜스포손 및 핵산은 별개의 벡터에 존재한다. 일부 실시형태에서, (b)의 단백질(들)을 암호화하는 트랜스포손 및 핵산은 동일한 벡터에 존재한다. (b)의 단백질(들)을 암호화하는 벡터의 부분은 동일한 벡터에 존재할 때 (a)의 트랜스포손을 보유하는 부분 밖에 위치한다. 바꾸어 말하면, 트랜스포사제 및/또는 재조합효소 암호화 영역은 도립된 반복부 및/또는 재조합효소-인식 부위에 의해 플랭킹된 영역의 외부에 위치한다. 상기 언급된 방법에서, 트랜스포사제 단백질은 삽입된 핵산, 예컨대 표적 세포 게놈으로 도입되어야 하는 핵산을 플랭킹하는 도립된 반복부를 인식한다. 재조합효소 및 재조합효소 인식된 부위의 사용은 추가로 게놈으로 통합될 수 있는 트랜스포손의 크기를 증가시킬 수 있다.
재조합효소 시스템의 예는 Flp/Frt 시스템, Cre/loxP 시스템, Dre/rox 시스템, Vika/vox 시스템 및 PhiC31 시스템을 포함한다. Flp/Frt DNA 재조합효소 시스템은 사카로마이세스 세레비시아에로부터 단리되었다. Flp/Frt 시스템은 이의 Frt 인식 부위에서 DNA-재조합을 촉매화하는 재조합효소 Flp(플립파제)를 포함한다. Flp 단백질의 변이체는 GenBank: ABD57356.1) 및 GenBank: ANW61888.1을 포함한다.
Cre/loxP 시스템은 예를 들면 EP 02200009B1에 기재되어 있다. Cre은 박테리오파지 P1로부터 단리된 부위 특이적 DNA 재조합효소이다. Cre 단백질의 인식 부위는 loxP 부위인 34개의 염기 쌍의 뉴클레오타이드 서열이다. Cre은 13개의 염기 쌍 도립된 반복부에 결합하고 가닥 절단 및 스페이서 영역 내의 재결찰을 촉매화함으로써 34 bp loxP DNA 서열을 재조합한다. 스페이서 영역에서 Cre에 의해 이루어진 지그재그 DNA 절단은 6개의 염기 쌍에 의해 분리되어 동일한 오버랩 영역을 갖는 재조합 부위만이 재조합하는 것을 보장하도록 상동성 센서로서 작용하는 오버랩 영역을 생성시킨다. 또한 사용될 수 있는 lox 인식 부위의 변이체는 lox2272; lox511; lox66; lox71; loxM2; 및 lox5171을 포함한다. VCre/VloxP 재조합효소 시스템은 비브리오 플라스미드 p0908로부터 단리되었다. sCre/SloxP 시스템은 WO 2010/143606에 기재되어 있다. Dre/rox 시스템은 US 제7,422,889호 및 US 제7,915,037B2호에 기재되어 있다. 이것은 일반적으로 엔테로 박테리아파지 D6 및 rox 인식 부위로부터 단리된 Dre 재조합효소를 포함한다. Vika/vox 시스템은 US 특허 제10,253,332호에 기재되어 있다. 추가적으로, PhiC31 재조합효소는 AttB/AttP 결합 부위를 인식한다.
트랜스포손(도립된 반복부 및/또는 재조합효소 인식 부위를 포함함)을 포함하는 벡터 핵산의 양 및 다양한 실시형태에서 세포로 도입된 트랜스포사제 및/또는 재조합효소를 암호화하는 벡터 핵산의 양은 원하는 절제 및 트랜스포손 핵산의 표적 세포 게놈으로의 삽입을 제공하기에 충분하다. 그러므로, 도입된 벡터 핵산의 양은 트랜스포사제 활성 및/또는 재조합효소 활성의 충분한 양 및 표적 세포 게놈으로 삽입되는 것이 원해지는 트랜스포손의 충분한 카피 수를 제공해야 한다. 특정한 실시형태는 트랜스포손 대 트랜스포사제/재조합효소의 1:1; 1:2; 또는 1:3 비를 포함한다.
해당 방법은 표적 세포 게놈으로의 핵산의 안정한 통합을 생성시킨다. 안정한 통합이란 핵산이 일시적 보다 긴 기간 동안 표적 세포 게놈에 존재하여 있고 염색체 유전 재료의 일부를 표적 세포의 자손으로 넘겨준다는 것을 의미한다.
이전에 표시된 것과 같이, 특정한 실시형태는 상동성 지시된 회복을 이용하여 유전 작제물의 표적화된 삽입이 수월하게 하도록 상동성 아암을 이용한다. 상동성 아암은 HDR을 이것과 이것이 상동성을 보유하는 게놈 서열 사이에 지지하기 위해, 예를 들면 절단 부위의 50개 이하의 염기 내에, 예를 들면 30개의 염기 내에, 15개의 염기 내에, 10개의 염기 내에, 5개의 염기 내에 또는 절단 부위를 바로 플랭킹하여 절단 부위에서의 게놈 서열과 충분한 상동성, 예를 들면 절단 부위를 플랭킹하는 뉴클레오타이드 서열과 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100%의 상동성을 갖는 임의의 길이일 수 있다. 상동성 아암은 일반적으로 게놈 서열, 예를 들면 이중 가닥 파괴(DSB)가 발생하는 게놈 영역과 동일하다. 그러나, 표시된 것처럼, 절대 동일성이 필요하지 않다.
특정한 실시형태는 상동성 지시된 회복 주형과 표적화된 게놈 서열(또는 10개 내지 200개의 뉴클레오타이드 또는 초과의 임의의 통합 값) 사이의 25개, 50개, 100개 또는 200개의 뉴클레오타이드(nt) 또는 200 nt 초과의 서열 상동성을 갖는 상동성 아암을 이용할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 상동성 아암은 40 내지 1000 nt 길이이다. 특정한 실시형태에서, 상동성 아암은 500개 내지 2500개의 염기 쌍, 700개 내지 2000개의 염기 쌍 또는 800개 내지 1800개의 염기 쌍이다. 특정한 실시형태에서, 상동성 아암은 적어도 800개의 염기 쌍 또는 적어도 850개의 염기 쌍을 포함한다. 상동성 아암의 길이는 또한 대칭적 또는 비대칭적일 수 있다.
특정한 실시형태는 표적 게놈의 상응하는 단편과 서열 동일성 또는 상동성을 갖는 적어도 25개, 50개, 100개, 200개, 400개, 600개, 800개, 1,000개, 1,200개, 1,400개, 1,600개, 1,800개, 2,000개, 2,500개 또는 3,000개 또는 초과의 뉴클레오타이드를 각각 포함하는 제1 상동성 아암 및/또는 제2 상동성 아암을 이용할 수 있다. 일부 실시형태에서, 제1 상동성 아암 및/또는 제2 상동성 아암은 각각 25개, 50개, 100개, 200개, 400개, 600개, 800개, 1,000개, 1,200개, 1,400개, 1,600개 또는 1,800개의 뉴클레오타이드의 하한 및 1,000개, 1,200개, 1,400개, 1,600개, 1,800개, 2,000개, 2,500개 또는 3,000개의 뉴클레오타이드의 상한을 갖는 표적 게놈의 상응하는 단편과 서열 동일성 또는 상동성을 갖는 다수의 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 제1 상동성 아암 및/또는 제2 상동성 아암은 각각 40개 내지 1,000개의 뉴클레오타이드, 500개 내지 2,500개의 뉴클레오타이드, 700개 내지 2,000개의 뉴클레오타이드 또는 800개 내지 1800개의 뉴클레오타이드이거나 적어도 800개의 뉴클레오타이드 또는 적어도 850개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는 표적 게놈의 상응하는 단편과 서열 동일성 또는 상동성을 갖는 다수의 뉴클레오타이드를 포함한다. 제1 상동성 아암 및 제2 상동성 아암은 동일한 길이, 유사한 길이 또는 상이한 길이를 가질 수 있다.
상동성 아암에 관한 추가 정보를 위해, Richardson 등, Nat Biotechnol. 34(3):339-44, 2016을 참조한다.
특정한 실시형태에서, 유전 작제물(예를 들면, 세포 내의 치료 생성물의 발현으로 이어지는 유전자)는 게놈 안전 항구 내에 정확히 삽입된다. 게놈 안전 항구 부위는 숙주 세포에 대한 불리한 효과 없이 새로 통합된 DNA의 예측 가능한 발현을 수용할 수 있는 게놈의 유전자내 영역 또는 유전자외 영역이다. 유용한 안전 항구는 암호화된 단백질의 원하는 수준을 생성하도록 충분한 전이유전자 발현을 허용해야 한다. 게놈 안전 항구 부위는 또한 세포 기능을 변경하지 않아야 한다. 게놈 안전 항구 부위를 확인하는 방법은 Sadelain 등, Nature Reviews 12:51-58, 2012; 및 Papapetrou 등, Nat Biotechnol. 29(1):73-8, 2011에 기재되어 있다. 특정한 실시형태에서, 게놈 안전 항구 부위는 (i) 임의의 게놈의 5' 말단으로부터의 적어도 50 kb의 거리, (ii) 임의의 암 관련된 유전자로부터의 적어도 300 kb의 거리, (iii) (천연 뉴클레아제 또는 조작된 뉴클레아제에 의한 DNA 절단에 의해 측정된) 개방/접근 가능한 염색질 구조 내, (iv) 유전자 전사 단위 밖의 위치 및 (v) 게놈의 초보존된 영역(UCR), 마이크로RNA 또는 긴 비암호화 RNA 밖의 위치의 기준 중 1개 이상(1개, 2개, 3개, 4개 또는 5개)을 충족한다.
특정한 실시형태에서, 게놈 안전 항구의 기준을 충족시키기 위해, 염색질 부위는 알려진 종양유전자로부터 150 kb 초과로 멀고, 알려진 전사 시작 부위로부터 30 kb 초과로 멀고; 암호화 mRNA와 중첩을 갖지 않아야 한다. 특정한 실시형태에서, 게놈 안전 항구의 기준을 충족시키기 위해, 염색질 부위는 알려진 종양유전자로부터 200 kb 초과로 멀고, 알려진 전사 시작 부위로부터 40 kb 초과로 멀고; 암호화 mRNA와 중첩을 갖지 않아야 한다. 특정한 실시형태에서, 게놈 안전 항구의 기준을 충족시키기 위해, 염색질 부위는 알려진 종양유전자로부터 300 kb 초과로 멀고, 알려진 전사 시작 부위로부터 50 kb 초과로 멀고; 암호화 mRNA와 중첩을 갖지 않아야 한다. 특정한 실시형태에서, 게놈 안전 항구는 이전의 기준(알려진 전사 시작 부위로부터 150 kb 초과, 200 kb 초과 또는 300 kb 초과로 멀고; 암호화 mRNA와 중첩을 갖지 않고, 암호화 mRNA와 중첩을 갖지 않는 알려진 전사 시작 부위로부터 40 kb 초과 또는 50 kb 초과로 멈)을 충족시키고, 추가적으로 관련 발견의 신속한 임상 번역을 허용하도록 관련 동물 모델의 동물과 인간 게놈 사이에 100% 상동성이다.
특정한 실시형태에서, 게놈 안전 항구는 본원에 기재된 기준을 충족시키고, 또한 렌티바이러스 통합의 1:1 비의 정방향:역방향 배향을 나타내고, 이는 좌위가 둘러싼 유전 재료에 영향을 미치지 않는다는 것을 추가로 나타낸다.
특정한 게놈 안전 항구 부위는 CCR5, HPRT, AAVS1, Rosa 및 알부민을 포함한다. 또한, 예를 들면 적절한 게놈 안전 항구 통합 부위에 대한 추가 정보 및 옵션을 위해 미국 특허 제7,951,925호 및 제8,110,379호; 미국 공보 제2008/0159996호; 제2010/00218264호; 제2012/0017290호; 제2011/0265198호; 제2013/0137104호; 제2013/0122591호; 제2013/0177983호 및 제2013/0177960호를 참조한다.
당해 분야에 알려진 다양한 기법은 특이적 게놈 좌위, 예컨대 게놈 안전 항구에서의 통합 요소의 통합을 지시하도록 사용될 수 있다. 예를 들면, AAV 매개된 유전자 표적화뿐만 아니라 부위 특이적 엔도뉴클레아제 (징크 핑거 뉴클레아제, 메가뉴클레아제, 전사 활성자 유사 효과기(TALE) 뉴클레아제) 및 CRISPR/Cas 시스템을 사용한 DNA 이중 가닥 파괴의 도입에 의해 향상된 상동성 재조합은 모두 미리 결정된 게놈 좌위, 예컨대 게놈 안전 항구에서의 외래 DNA의 표적화된 삽입을 매개할 수 있다.
특정 실시형태에서, 특이적 게놈 좌위, 예컨대 게놈 안전 항구에서의 통합 요소의 통합은 표적 게놈의 CRISPR 효소 매개된 절단을 사용한 상동성 지시된 통합을 포함할 수 있다. CRISPR 효소(예를 들면, Cas9)는 가이드 RNA(gRNA)에 의해 규정된 부위에서 이중 가닥 DNA를 절단한다. 공여자 주형(예컨대, 왼쪽 상동성 아암 및 오른쪽 상동성 아암을 포함하는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 페이로드 통합 요소)이 존재할 때 이중 가닥 파괴는 상동성 지시된 회복(HDR)에 의해 회복될 수 있다. 다양한 이러한 방법에서, 통합 요소는 이것이 절단된 표적 게놈으로의 삽입을 위해 (예를 들면, 500 내지 3,000 bp의) 왼쪽 상동성 아암 및 오른쪽 상동성 아암을 포함한다는 점에서 "회복 주형"이다. CRISPR 매개된 유전자 삽입은 DNA 주형의 자발적인 재조합과 비교하여 더 효과적인 규모의 몇 자리수일 수 있고, 이는 CRISPR 매개된 유전자 삽입이 게놈 편집에 대한 효과적인 도구일 수 있다는 것을 나타낸다. 규정된 게놈 좌위로의 핵산 서열의 상동성 지시된 통합의 예시적인 방법은 당해 분야에서 예를 들면 Richardson 등 (Nat Biotechnol. 34(3):339-44, 2016)에서 알려져 있다.
II. 표적 세포 집단
다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 공여자 벡터 및 게놈은 조혈 줄기 세포(HSC)를 형질도입할 수 있다. HSC는 CD46에 결합함으로써 생체내 유전 변형에 대해 표적화될 수 있다. HSC 또는 이의 하위집단은 또한 CD34+; Lin-/CD34+/CD38-/CD45RA-/CD90+/CD49f+(HSC1); CD34+/CD38-/CD45RA-/CD90-/CD49f+/(HSC2)인 임의의 마커 프로파일에 의해 확인될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 인간 HSC1은 CD34+/CD38-/CD45RA-/CD90+ 또는 CD34+/CD45RA-/CD90+인 임의의 프로파일에 의해 확인될 수 있고, 마우스 LT-HSC는 Lin-/Sca1+/ckit+/CD150+/CD48-/Flt3-/CD34-에 의해 확인될 수 있다(여기서 Lin은 CD3, Cd4, CD8, CD11b, CD11c, NK1.1, Gr1 및 TER119를 포함하는 성숙 세포의 임의의 마커의 발현의 부재를 나타낸다). 특정한 실시형태에서, HSC는 CD164+ 프로파일에 의해 확인된다. 특정한 실시형태에서, HSC는 CD34+/CD164+ 프로파일에 의해 확인된다. HSC 마커 프로파일에 관한 추가 정보를 위해, WO2017/218948호를 참조한다.
의심을 피하기 위해, 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 공여자 벡터 및 게놈은 CD34+ 조혈 세포를 감염시키고/시키거나 형질도입할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 공여자 벡터 및 게놈은 CD34+/CD90+ 세포를 감염시키고/시키거나 형질도입할 수 있다. 다양한 실시형태에서, CD34+ 세포 및/또는 CD34+ 표현형은 예를 들면 실시예 6 및/또는 도 33에 제시된 것과 같이 표지된 항-CD34 항체와의 세포의 결합에 기초하여 예를 들면 CD34+를 발현하는 것으로 발견된 세포를 지칭할 수 있다. 다양한 실시형태에서, CD90+ 세포 및/또는 CD90+ 표현형은 예를 들면 실시예 6 및/또는 도 33에 제시된 것과 같이 표지된 항-CD90 항체와의 세포의 결합에 기초하여 예를 들면 CD90+를 발현하는 것으로 발견된 세포를 지칭할 수 있다. 다양한 실시형태에서, CD34+ 세포 및/또는 CD34+ 표현형은 CD34+에 지시된 라벨에 의해 가장 튼튼하게 표지된(예를 들면, 표지된 항-CD34 항체에 의해 가장 튼튼하게 표지된) 샘플 또는 집단에서의 세포를 지칭할 수 있다. 예를 들면, 샘플 또는 집단이 CD34+에 지시된 라벨에 의해 표지된 세포를 포함하는 다양한 실시형태에서, CD34+ 세포 및/또는 CD34+ 표현형은 (i) CD34%에 지시된 라벨에 의해 표지된 모든 세포를 지칭할 수 있거나, (ii) CD34에 지시된 라벨에 의해 가장 튼튼하게 표지된 세포의 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 90%, 85%, 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55%, 50%, 45%, 40%, 35%, 30%, 25%, 20%, 15%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1%를 지칭할 수 있고, CD34+ 세포는 선택적으로 CD34+고 세포로 지칭될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 표지 및/또는 표지의 튼튼함은 제한 없이 라벨의 상대 존재, 예컨대 형광 라벨의 형광을 포함하는 당해 분야에 알려진 임의의 여러 가지의 방법에 의해 결정될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 표지 및/또는 표지의 튼튼함은 형광 활성화 세포 분류(FACS)와 같은 방법을 포함하는 기법에 의해 측정될 수 있다. 따라서, 다양한 실시형태에서, CD34+/CD90+ 세포는 (i) CD34+ 세포이고/이거나 CD34+ 표현형을 갖는 것으로 결정되고, (ii) CD90+ 세포이고/이거나 CD90+ 표현형을 갖는 것으로 결정된 세포의 집단을 지칭할 수 있다. 다양한 실시형태에서, CD34+/CD90+ 세포는 (i) CD34+고 세포이고/이거나 CD34+고 표현형을 갖는 것으로 결정되고, (ii) CD90+ 세포이고/이거나 CD90+ 표현형을 갖는 것으로 결정된 CD34+고/CD90+ 세포의 집단을 지칭할 수 있다. 다양한 이러한 실시형태에서, 세포는 조혈 세포일 수 있다. 다양한 실시형태에서, 세포는 CD45RA-일 수 있다. 다양한 실시형태에서, 세포는 CD45RA+일 수 있다.
어떠한 특정한 과학적 이론에 의해 구속되고자 바라지 않으면서, 본 개시내용은 CD34+의 발현(예를 들면, CD34의 표지 및/또는 표지의 튼튼함)이 예를 들면 조혈 세포에서 본 개시내용의 벡터에 의한 CD46 발현 및/또는 감염에 대한 감수성 및/또는 형질도입과 상관할 수 있다는 것을 포함한다. 어떠한 특정한 과학적 이론에 의해 구속되고자 바라지 않으면서, 본 개시내용은 본원에 개시된 벡터가 CD34+ 세포, CD34+고 세포, CD34+/CD90+ 세포 및/또는 CD34+고/CD90+ 세포를 감염시키고/시키거나 형질도입하는 데 있어서 특히 유리하다(예를 들면, CD34+ 세포, CD34+고 세포, CD34+/CD90+ 세포 및/또는 CD34+고/CD90+ 세포를 선택적으로 감염시키고/시키거나 형질도입할 수 있음)는 것을 포함하고, 예를 들면 세포는 조혈 세포이다.
HSC는 제한 없이 TCR 및 CAR을 포함하는 본원에 제공된 다양한 페이로드를 암호화하고/하거나 발현하도록 야기될 수 있다(예를 들면, Gschweng 등 Immunol Rev. 2014 Jan; 257(1): 237-249 참조).
III. 투여량, 제형 및 투여
벡터는 이것이 세포 또는 동물, 예를 들면 인간에 대한 투여에 약학적으로 허용 가능하도록 제형화될 수 있다. 벡터는 시험관내, 생체외 또는 생체내 투여될 수 있다. 본원에 기재된 아데노바이러스 벡터는 대상체에 대한 투여를 위해 제형화될 수 있다. 제형은 치료제를 암호화하는 아데노바이러스 벡터 및 하나 이상의 약학적으로 허용 가능한 담체를 포함한다.
본원에 개시된 것과 같이, 벡터는 당해 분야에 알려진 임의의 형태일 수 있다. 이러한 형태는 예를 들면 액체, 반고체 및 고체 투여량 형태, 예컨대 액체 용액(예를 들면, 주사용 및 주입용 용액), 분산액 또는 현탁액, 정제, 환제, 산제, 리포솜 및 좌제를 포함한다.
임의의 특정한 형태의 선택 또는 사용은 부분적으로 의도된 투여 방식 및 치료 분야에 따라 달라질 수 있다. 예를 들면, 전신 전달 또는 국소 전달에 의도된 조성물을 함유하는 조성물은 주사용 또는 주입용 용액의 형태일 수 있다. 따라서, 벡터는 비경구 방식(예를 들면, 정맥내, 피하, 복강내 또는 근육내 주사)에 의한 투여를 위해 제형화될 수 있다. 본원에 사용된 것과 같이, 비경구 투여는 보통 주사에 의한 장관 투여 및 국소 투여 이외의 투여 방식을 지칭하고, 제한 없이, 정맥내, 비강내, 안와내, 폐, 근육내, 동맥내, 척추강내, 피막내, 안와내, 심장내, 진피내, 폐내, 복강내,경기관, 피하, 표피하, 관절내, 피막하, 지주막하, 척수내, 경막, 대뇌내, 두개내, 경동맥내 및 수조내 주사 및 주입을 포함한다. 비경구 투여 방식은 예를 들면 주사, 경비 투여, 폐경유 투여 또는 경피 투여에 의한 투여일 수 있다. 투여는 정맥내 주사, 근육내 주사, 복강내 주사, 피하 주사에 의해 전신 또는 국소일 수 있다.
다양한 실시형태에서, 본 발명의 벡터는 용액, 마이크로에멀션, 분산액, 리포솜 또는 높은 농도에서의 안정한 저장에 적합한 다른 순서화된 구조로서 제형화될 수 있다. 멸균 주사용 용액은 적절한 용매 중의 필요한 양의 본원에 기재된 조성물을 필요한 바대로 상기 열거된 성분 중 하나 또는 이들의 조합으로 혼입한 후, 멸균 여과하여 제조될 수 있다. 일반적으로, 분산액은 상기 열거된 것으로부터 염기성 분산 매질 및 필요한 다른 성분을 함유하는 멸균 비히클로 본원에 기재된 조성물을 혼입하여 제조된다. 멸균 주사용 용액의 제조를 위한 멸균 분말의 경우에, 제조 방법은 진공 건조 및 동결 건조를 포함하고, 이는 이의 이전에 멸균 여과된 용액으로부터 본원에 기재된 조성물과 임의의 추가 원하는 성분(하기 참조)의 분말을 생성시킨다. 용액의 적절한 유동성은 예를 들면 레시틴과 같은 코팅의 사용에 의해, 분산액의 경우에 필요한 입자 크기의 유지에 의해 및 계면활성제의 사용에 의해 유지될 수 있다. 주사용 조성물의 연장된 흡수는 조성물에 흡수를 지연시키는 시약, 예를 들면 모노스테아레이트 염 및 젤라틴을 포함시켜 일어날 수 있다.
벡터는 물 또는 또 다른 약학적으로 허용 가능한 액체에서 멸균 용액 또는 현탁액을 포함하는 주사용 제형의 형태로 비경구로 투여될 수 있다. 예를 들면, 벡터는 치료 분자를 약학적으로 허용 가능한 비히클 또는 배지, 예컨대 멸균수 및 생리학적 식염수, 식물성 오일, 유화제, 현탁 제제, 계면활성제, 안정화제, 향료 부형제, 희석제, 비히클, 보존제, 결합제와 적합하게 배합한 후, 일반적으로 허용된 약학 실행에 필요한 단위 용량 형태로 혼합함으로써 제형화될 수 있다. 약학 조제물에 포함된 벡터의 양은 지정된 범위 내의 적합한 용량이 제공되는 것이다. 유성 액체의 비제한적인 예는 참깨유 및 대두유를 포함하고, 이것은 가용화제로서 벤질 벤조에이트 또는 벤질 알코올과 배합될 수 있다. 포함될 수 있는 다른 항목은 완충액, 예컨대 포스페이트 완충액 또는 아세트산나트륨 완충액, 수딩제, 예컨대 프로카인 하이드로클로라이드, 안정화제, 예컨대 벤질 알코올 또는 페놀 및 항산화제이다. 제형화된 주사는 적합한 앰플에서 패키징될 수 있다.
다양한 실시형태에서, 피하 투여는 주사기, 프리필드 주사기, 자동 주사장치(예를 들면, 일회용 또는 재사용용), 펜 주사장치, 패치 주사장치, 착용형 주사장치, 피하 주입 세트를 갖는 보행 주사기 주입 펌프 또는 피하 주사를 위한 다른 장치와 같은 장치에 의해 달성될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 벡터는 국소 투여에 의해 대상체에게 치료학적으로 전달될 수 있다. 본원에 사용된 것과 같이, "국소 투여" 또는 "국소 전달"은 혈관계를 통한 의도된 표적 조직 또는 부위로의 벡터 또는 벡터의 수송에 의존하지 않는 전달을 지칭할 수 있다. 예를 들면, 벡터는 조성물 또는 제제의 주사 또는 이식에 의해 또는 조성물 또는 제제를 함유하는 장치의 주사 또는 이식에 의해 전달될 수 있다. 특정 실시형태에서, 표적 조직 또는 부위 근처의 국소 투여 이후에, 조성물 또는 제제 또는 이의 하나 이상의 성분은 투여 부위가 아닌 의도된 표적 조직 또는 부위로 확산할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본원에 제공된 조성물은 단위 투여량 형태로 존재하고, 단위 투여량 형태는 자가 투여에 적합할 수 있다. 이러한 단위 투여량 형태는 컨테이너, 통상적으로, 예를 들면 바이알, 카트리지, 프리필드 주사기 또는 일회용 펜 내에 제공될 수 있다. US 제6,302,855호에 기재된 투입기 장치와 같은 투입기는 또한 예를 들면 본원에 기재된 것과 같은 주사 시스템과 사용될 수 있다.
주사에 적합한 벡터 제형의 약학 형태는 멸균 수성 용액 또는 분산액을 포함한다. 제형은 멸균일 수 있고, 주사기 내 및 밖으로의 적절한 흐름을 허용하는 유체이어야 한다. 제형은 또한 제조 및 저장의 조건 하에 안정할 수 있다. 담체는 예를 들면 물 및 식염수 또는 완충 수성 용액을 함유하는 용매 또는 분산 매질일 수 있다. 바람직하게는, 등장화제, 예를 들면 당 또는 염화나트륨은 제형에서 사용될 수 있다.
본원에 기재된 벡터의 적합한 용량은 예를 들면 치료되는 대상체의 연령, 성별 및 체중, 치료되는 병태 또는 질환 및 사용된 특정한 벡터를 포함하는 여러 가지의 인자에 따라 달라질 수 있다. 대상체에게 투여되는 용량에 영향을 미치는 다른 인자는 예를 들면 병태 또는 질환의 유형 또는 중증도를 포함한다. 다른 인자는 예를 들면 대상체에게 동시에 또는 이전에 영향을 미치는 다른 의학 장애, 대상체의 일반 건강, 대상체의 유전 소인, 식이, 투여 시간, 배설률, 약물 조합 및 대상체에게 투여되는 임의의 다른 추가 치료제를 포함할 수 있다. 벡터의 투여의 적합한 수단은 치료되는 병태 또는 질환 및 대상체의 연령 및 컨디션에 기초하여 선택될 수 있다. 투여의 용량 및 방법은 환자의 체중, 연령, 컨디션 및 기타에 따라 변할 수 있고, 당업자에 의해 필요한 바대로 적합하게 선택될 수 있다. 임의의 특정한 대상체에 대한 특정 투여량 및 치료 요법은 의학 실행자의 판단에 기초하여 조정될 수 있다.
다양한 경우에, 벡터는 약학적으로 허용 가능한 담체 또는 부형제를 포함하도록 제형화될 수 있다. 약학적으로 허용 가능한 담체의 예는, 제한 없이, 임의의 및 모든 용매, 분산 매질, 코팅, 항박테리아제 및 항진균제, 등장화제 및 흡수 지연제 및 생리학적으로 상용성인 기타를 포함한다. 본 발명의 조성물은 약학적으로 허용 가능한 염, 예를 들면 산 부가염 또는 염기 부가염을 포함할 수 있다.
예시적인 일반적으로 사용된 약학적으로 허용 가능한 담체는 임의의 및 모든 흡수 지연제, 항산화제, 결합제, 완충제, 벌크화제 또는 충전제, 킬레이트화제, 코팅, 붕괴제, 분산 매질, 겔, 등장화제, 활택제, 보존제, 염, 용매 또는 공용매, 안정화제, 계면활성제 및/또는 전달 비히클을 포함한다.
다양한 실시형태에서, 본원에 기재된 것과 같은 벡터를 포함하는 조성물, 예를 들면 주사용 멸균 제형은 비히클로서의 주사용 증류수를 사용하여 종래의 약학 실행에 따라 제형화될 수 있다. 예를 들면, 글루코스 및 다른 보충제, 예컨대 D-소르비톨, D-만노스, D-만니톨 및 염화나트륨을 함유하는 생리학적 식염수 또는 등장성 용액은 선택적으로 적합한 가용화제, 예를 들면 알코올, 예컨대 에탄올 및 폴리알코올, 예컨대 프로필렌 글리콜 또는 폴리에틸렌 글리콜 및 비이온성 계면활성제, 예컨대 폴리소르베이트 80™, HCO-50 및 기타와 조합되어 주사용 수성 용액으로서 사용될 수 있다.
본원에 개시된 제형은 예를 들면 주사에 의한 투여를 위해 제형화될 수 있다. 주사를 위해, 제형은 예컨대 행크액, 링거액 또는 생리학적 식염수를 포함하는 완충액 중에 또는 배양 배지, 예컨대 Iscove 변형 둘베코 배지(IMDM) 중에 수성 용액으로서 제형화될 수 있다. 수성 용액은 제형화제, 예컨대 현탁제, 안정화제 및/또는 분산제를 포함할 수 있다. 대안적으로, 제형은 사용 전에 적합한 비히클, 예를 들면 멸균 발열원-비함유 물과 구성을 위해 동결건조된 형태 및/또는 분말 형태일 수 있다.
본원에 개시된 임의의 제형은 투여의 이익을 능가하는 불리한 반응, 알레르기 반응 또는 다른 뜻밖의 반응을 상당히 생성하지 않는 것을 포함하는 임의의 다른 약학적으로 허용 가능한 담체를 유리하게 포함할 수 있다. 예시적인 약학적으로 허용 가능한 담체 및 제형은 Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed. Mack Printing Company, 1990에 개시되어 있다. 더욱이, 제형은 미국 FDA 생물학적 표준 사무소(US FDA Office of Biological Standards) 및/또는 다른 관련 외국 규제 기관이 필요로 하는 것처럼 멸균성, 발열성, 일반 안전성 및 순도 표준을 충족하도록 제조될 수 있다.
치료학적 유전자와 연관된 아데노바이러스 벡터의 치료학적 유효량은 예를 들면 1 x 107 내지 50 x 108 감염 단위(IU) 또는 5 x 107 내지 20 x 108 IU의 범위의 용량을 포함할 수 있다. 다른 예에서, 용량은 5 x 107 IU, 6 x 107 IU, 7 x 107 IU, 8 x 107 IU, 9 x 107 IU, 1 x 108 IU, 2 x 108 IU, 3 x 108 IU, 4 x 108 IU, 5 x 108 IU, 6 x 108 IU, 7 x 108 IU, 8 x 108 IU, 9 x 108 IU, 10 x 108 IU 또는 초과를 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 치료학적 유전자와 연관된 아데노바이러스 벡터의 치료학적 유효량은 4 x 108 IU를 포함한다. 특정한 실시형태에서, 치료학적 유전자와 연관된 아데노바이러스 벡터의 치료학적 유효량은 피하로 또는 정맥내로 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 치료학적 유전자와 연관된 아데노바이러스 벡터의 치료학적 유효량은 하나 이상의 동원 인자에 의한 투여 후 투여될 수 있다.
본 개시내용의 다양한 실시형태에서, 생체내 유전자 치료는 적어도 하나의 면역 억제 요법과 조합되어 대상체에 대한 적어도 하나의 바이러스 유전자 치료 벡터의 투여를 포함한다. 지지 벡터인 제2 벡터와 조합된 지지된 바이러스 유전자 치료 벡터인 제1 벡터와 같은 1개 초과의 벡터를 포함하는 생체내 유전자 치료에서, 제1 벡터 및 제2 벡터는 단일 제형 또는 투여량 형태로 또는 2개의 별개의 제형 또는 투여량 형태로 투여될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 제1 벡터 및 제2 벡터는 예를 들면 동일한 1시간 기간 동안 또는 비중첩하는 1시간 기간 동안 동일한 시간에 또는 상이한 시간에 투여될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 제1 벡터 및 제2 벡터는 예를 들면 동일한 일자에 또는 상이한 일자에 동일한 시간에 또는 상이한 시간에 투여될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 제1 벡터 및 제2 벡터는 동일한 투여량으로 또는 상이한 투여량으로 투여될 수 있고, 예를 들면 여기서 투여량은 바이러스 입자의 총 수로서 또는 대상체의 1 킬로그램당 바이러스 입자의 총 수로서 측정된다. 다양한 실시형태에서, 제1 벡터 및 제2 벡터는 미리 정의된 비로 투여될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 그 비는 2:1 내지 1:2의 범위, 예를 들면 1:1이다.
다양한 실시형태에서, 벡터는 단일 일자에 단일 총 용량으로 대상체에게 투여된다. 다양한 실시형태에서 벡터는 함께 총 용량을 구성하는 2개, 3개, 4개 또는 초과의 단위 용량으로 투여된다. 다양한 실시형태에서, 벡터의 1개의 단위 용량은 1일, 2일, 3일, 4일 또는 초과의 연속 일자의 각각에 매일 대상체에게 투여된다. 다양한 실시형태에서, 벡터의 2개의 단위 용량은 1일, 2일, 3일, 4일 또는 초과의 연속 일자의 각각에 매일 대상체에게 투여된다. 따라서, 다양한 실시형태에서, 매일의 용량은 하루에 걸쳐 대상체가 받는 벡터의 용량을 지칭할 수 있다. 다양한 실시형태에서, 상기 용어는 24시간 기간, 예컨대 제1 달력 일자의 자정으로부터 다음의 달력 일자의 자정까지의 24시간 기간을 지칭한다.
다양한 실시형태에서, 벡터, 예컨대 바이러스 유전자 치료 벡터 또는 지지 벡터의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량 또는 바이러스 유전자 치료 벡터와 지지 벡터의 총 조합 용량은 1 킬로그램당 적어도 1E8, 5E8, 1E9, 5E9, 1E10, 5E10, 1E11, 5E11, 1E12, 5E12, 1E13, 5E13, 1E14 또는 1E15 바이러스 입자(vp/kg)일 수 있다. 다양한 실시형태에서, 벡터, 예컨대 바이러스 유전자 치료 벡터 또는 지지 벡터의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량 또는 바이러스 유전자 치료 벡터와 지지 벡터의 총 조합 용량은 1E8, 5E8, 1E9, 5E9, 1E10, 5E10, 1E11, 5E11, 1E12, 5E12, 1E13, 5E13, 1E14 또는 1E15 vp/kg로부터 선택된 하한 및 1E8, 5E8, 1E9, 5E9, 1E10, 5E10, 1E11, 5E11, 1E12, 5E12, 1E13, 5E13, 1E14 또는 1E15 vp/kg로부터 선택된 상한을 갖는 범위 내에 해당할 수 있다.
다양한 실시형태에서, 바이러스 유전자 치료 벡터는 적어도 1E10, 5E10, 1E11, 5E11, 1E12, 5E12, 1E13, 5E13, 1E14 또는 1E15 vp/kg의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량으로 투여되고, 지지 벡터는 적어도 1E8, 5E8, 1E9, 5E9, 1E10, 5E10, 1E11 및 5E11 vp/kg의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량으로 투여되고, 선택적으로 여기서 바이러스 유전자 치료 벡터의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량은 1E10, 5E10, 1E11, 5E11, 1E12 및 5E12, vp/kg로부터 선택된 하한 및 1E11, 5E11, 1E12, 5E12, 1E13, 5E13, 1E14 및 1E15 vp/kg로부터 선택된 상한을 갖는 범위 내이고 그리고/또는 지지 벡터의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량은 1E8, 5E8, 1E9, 5E9, 1E10 및 5E10 vp/kg로부터 선택된 하한 및 1E9, 5E9, 1E10, 5E10, 1E11 및 5E11 vp/kg로부터 선택된 상한을 갖는 범위 내이다.
다양한 실시형태에서, 지지 벡터는 적어도 1E10, 5E10, 1E11, 5E11, 1E12, 5E12, 1E13, 5E13, 1E14 또는 1E15 vp/kg의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량으로 투여되고, 지지된 바이러스 유전자 치료 벡터는 적어도 1E8, 5E8, 1E9, 5E9, 1E10, 5E10, 1E11 및 5E11 vp/kg의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량으로 투여되고, 선택적으로 여기서 지지 벡터의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량은 1E10, 5E10, 1E11, 5E11, 1E12 및 5E12, vp/kg로부터 선택된 하한 및 1E11, 5E11, 1E12, 5E12, 1E13, 5E13, 1E14 및 1E15 vp/kg로부터 선택된 상한을 갖는 범위 내이고 그리고/또는 지지된 바이러스 유전자 치료 벡터의 단위 용량, 매일의 용량 또는 총 용량은 1E8, 5E8, 1E9, 5E9, 1E10 및 5E10 vp/kg로부터 선택된 하한 및 1E9, 5E9, 1E10, 5E10, 1E11 및 5E11 vp/kg로부터 선택된 상한을 갖는 범위 내이다. 다양한 실시형태에서, 지지된 바이러스 유전자 치료 벡터 및 지지 벡터는 미리 정의된 비로 투여된다. 다양한 실시형태에서, 그 비는 2:1 내지 1:2의 범위, 예를 들면 1:1이다.
IV. 분야
본원에 제공된 방법 및 조성물은 적어도 부분적으로 생체내 유전자 치료에서의 사용에 대해 개시되어 있다. 그러나, 의심을 피하기 위해, 본 개시내용은 세포 및/또는 조직의 생체외 조작을 위한 본원에 제공된 조성물 및 방법의 용도뿐만 아니라 조사 목적을 위한 세포 및/또는 조직의 조작을 포함하는 시험관내 용도를 명확히 포함한다. 유전자 치료는 외인성 DNA를 숙주 세포(예컨대, 표적 세포) 및/또는 핵산(예컨대, 표적 핵산, 예컨대 표적 게놈, 예를 들면 표적 세포의 게놈)으로 도입하는 방법에서의 본 개시내용의 벡터, 게놈 또는 시스템의 용도를 포함한다. 본 개시내용은 생체내, 시험관내 및 생체외 치료에 관한 조성물 및 방법의 설명 및 예시화를 포함하고, 당업자는 본원에 제공된 다양한 방법 및 조성물이 일반적으로 핵산 페이로드의 대상체, 예를 들면 숙주 또는 표적 세포로의 도입에 적용 가능하다는 것을 이해할 것이다. 이러한 조성물 및 방법이 예를 들면 유전자 치료에서 일반적인 유용성을 가지므로, 이들은 일반적으로 유전자 치료에서의 도구 및 본원에 제공된 것을 포함하는 다양한 특정한 병태에서의 도구 둘 다로서 유용하다.
IV(A). 생체내 유전자 치료
환자에 대한 바이러스 벡터의 직접적인 전달을 포함하는 생체내 유전자 치료를 사용한 치료가 탐구되었다. 생체내 유전자 치료는 매력적인 접근법인데, 왜냐하면 이것이 어떠한 유전독성 컨디셔닝도 요하지 않을 수 있고(또는 더 적은 유전독성 컨디셔닝을 요할 수 있고), 생체외 세포 가공도 요하지 않을 수 있고, 따라서 백신의 전달을 위해 이미 세계적으로 수행된 것과 유사하게 치료가 주사를 통해 투여될 수 있으므로 개발도상국에서의 것을 포함하여 세계적으로 많은 협회에서 채택될 수 있기 때문이다. 다양한 실시형태에서 본 개시내용의 아데노바이러스 벡터에 의한 생체내 유전자 치료의 방법은 (i) 표적 세포 동원, (ii) 면역억제, (iii) 본원에 제공된 벡터, 게놈, 시스템 또는 제형의 투여 및/또는 (iv) 형질도입된 세포 및/또는 아데노바이러스 벡터 또는 게놈의 페이로드의 통합 요소가 통합된 세포의 선택 중 하나 이상의 단계를 포함할 수 있다.
본원에 개시된 아데노바이러스 벡터 제형은 대상체(인간, 수의 동물(개, 고양이, 파충류, 조류 등), 가축(말, 소, 염소, 돼지, 닭 등) 및 조사 동물(원숭이, 래트, 마우스, 어류 등)을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 대상체를 치료하는 것은 본 개시내용의 하나 이상의 벡터, 게놈 또는 시스템의 치료학적 유효량을 전달하는 것을 포함한다. 치료학적 유효량은 유효량, 예방학적 치료 및/또는 치료학적 치료를 제공하는 것을 포함한다.
본원에 기재된 벡터는 동원 인자와 합동으로 투여될 수 있다. 특정 실시형태에서, 본원에 기재된 아데노바이러스 벡터 제형은 HSPC 동원과 연합하여 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 아데노바이러스 공여자 벡터의 투여는 하나 이상의 동원 인자의 투여와 동시에 발생한다. 특정한 실시형태에서, 아데노바이러스 공여자 벡터의 투여는 하나 이상의 동원 인자의 투여 후이다. 특정한 실시형태에서, 아데노바이러스 공여자 벡터의 투여는 제1 하나 이상의 동원 인자의 투여 후이고, 제2 하나 이상의 동원 인자의 투여와 동시에 발생한다. HSPC 동원을 위한 제제는 예를 들면 과립구-콜로니 자극 인자(G-CSF), 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자(GM-CSF), AMD3100, SCF, S-CSF, CXCR4 길항제, CXCR2 효능제 및 Gro-Beta(GRO-β)를 포함한다. 다양한 실시형태에서, CXCR4 길항제는 AMD3100이고/이거나 CXCR2 효능제는 GRO-β이다.
G-CSF는 HSPC 동원에서의 기능이 과립구 팽창 및 부착 분자의 프로테아제 의존적 악화 및 독립적 악화 둘 다의 촉진 및 SDF-1/CXCR4 축의 파괴를 포함할 수 있는 사이토카인이다. 특정한 실시형태에서, 당업자에게 알려진 G-CSF의 임의의 상업적으로 입수 가능한 형태는 본원에 개시된 것과 같은 방법 및 제형, 예를 들면 필그라스팀(Filgrastim)(Neupogen®, Amgen Inc., 캘리포니아주 사우전드 오크) 및 PEG화된 필그라스팀(Pegfilgrastim, NEULASTA®, Amgen Inc., 캘리포니아주 사우전드 오크)에서 사용될 수 있다.
GM-CSF는 사이토카인으로서 기능하고 대식세포, T 세포, 비만 세포, 자연 살해 세포, 내피 세포 및 섬유아세포에 의해 자연적으로 분비된 콜로니 자극 인자 2(CSF2)로도 알려진 단량체성 당단백질이다. 특정한 실시형태에서, 당업자에게 알려진 GM-CSF의 임의의 상업적으로 입수 가능한 형태는 본원에 개시된 것과 같은 방법 및 제형, 예를 들면 Sargramostim(사르그라모스팀)(Leukine, Bayer Healthcare Pharmaceuticals, 워싱턴주 시애틀) 및 몰그라모스팀(molgramostim)(Schering-Plough, 뉴저지주 케닐워스)에서 사용될 수 있다.
바이사이클람 종류의 합성 유기 분자인 AMD3100(MOZOBIL™, PLERIXAFOR™; Sanofi-Aventis, 프랑스 파리)은 케모카인 수용체 길항제이고 CXCR4에 대한 SDF-1 결합을 가역적으로 억제하여서 HSPC 동원을 촉진한다. AMD3100은 골수종 및 림프종을 갖는 환자에서 HSPC 동원을 위해 G-CSF와 조합되어 사용되는 것으로 허가되었다. AMD3100의 구조는 하기이다:
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KIT 리간드, KL 또는 스틸 인자로도 알려진 SCF는 c-kit 수용체(CD117)에 결합하는 사이토카인이다. SCF는 막관통 단백질 및 가용성 단백질 둘 다로서 존재할 수 있다. 이 사이토카인은 혈액생성, 정자생성 및 멜라닌생성에서 중요한 역할을 한다. 특정한 실시형태에서, 당업자에게 알려진 SCF의 임의의 상업적으로 입수 가능한 형태는 본원에 개시된 것과 같은 방법 및 제형, 예를 들면 재조합 인간 SCF(안세스팀, STEMGEN®, Amgen Inc., 캘리포니아주 사우전드 오크)에서 사용될 수 있다.
집중 골수억제 치료에서 사용된 화학요법은 또한 화학요법 유도된 무형성 이후에 보상성 중성구 생성의 결과로서 말초혈로 HSPC를 동원한다. 특정한 실시형태에서, HSPC의 동원에 사용될 수 있는 화학치료제는 사이클로포스파미드, 에토포사이드, 이포스파미드, 시스플라틴 및 사이타라빈을 포함한다.
세포 동원에 사용될 수 있는 추가 제제는 CXCL12/CXCR4 조절제(예를 들면, CXCR4 길항제: POL6326(폴리포르, 스위스 알슈빌), CXCR4를 가역적으로 억제하는 합성 사이클릭 펩타이드; BKT-140(4F-벤조일-TN14003; Biokine Therapeutics, 이스라엘 레호비트); TG-0054(Taigen Biotechnology, 대만 타이페이); CXCL12 중화제 NOX-A12(NOXXON Pharma, 독일 베를린), SDF-1에 결합함, CXCR4에 대한 이의 결합을 억제함); 스핑고신-1-포스페이트(S1P) 효능제(예를 들면, SEW2871, Juarez 등 Blood 119: 707-716, 2012); 혈관 세포 부착 분자-1(VCAM) 또는 매우 후기 항원 4(VLA-4) 억제제(예를 들면, 나탈리주맙, VLA-4의 α4 아단위에 대한 재조합 인간화된 단일클론 항체(Zohren 등 Blood 111: 3893-3895, 2008); VLA-4의 소분자 억제제인 BIO5192(Ramirez 등 Blood 114: 1340-1343, 2009)); 부갑상선 호르몬(Brunner 등 Exp Hematol. 36: 1157-1166, 2008); 프로테아솜 억제제(예를 들면, 보르테조밉, Ghobadi 등 ASH Annual Meeting Abstracts. p. 583, 2012); CXCR2 수용체에 대한 결합에 의해 화학주성 및 중성구의 활성화를 자극하는 CXC 케모카인 패밀리의 구성원인 Groβ(예를 들면, SB-251353, King 등 Blood 97: 1534-1542, 2001); 저산소증 유도성 인자(HIF)의 안정화(예를 들면, FG-4497, Forristal 등 ASH Annual Meeting Abstracts. p. 216, 2012); α4β1 및 α4β7 인테그린 억제제(α4β1/7)인 피라테그라스트(Kim 등 Blood 128: 2457-2461, 2016); α4β7 인테그린에 대한 인간화된 단일클론 항체인 베돌리주맙(Rosario 등 Clin Drug Investig 36: 913-923, 2016); 및 인테그린 α9β1/α4β1을 표적화하는 BOP(N-(벤젠설포닐)-L-프롤릴-L-O-(1-피롤리디닐카보닐) 티로신)(Cao 등 Nat Commun 7: 11007, 2016)을 포함한다. HSPC 동원에 사용될 수 있는 추가 제제는 예를 들면 Richter R 등 Transfus Med Hemother 44:151-164, 2017, Bendall & Bradstock, Cytokine & Growth Factor Reviews 25: 355-367, 2014, WO 2003043651호, WO 2005017160호, WO 2011069336호, US 제5,637,323호, US 제7,288,521호, US 제9,782,429호, US 제2002/0142462호 및 US 제2010/02268호에 기재되어 있다.
특정한 실시형태에서, G-CSF의 치료학적 유효량은 0.1 μg/kg 내지 100 μg/kg를 포함한다. 특정한 실시형태에서, G-CSF의 치료학적 유효량은 0.5 μg/kg 내지 50 μg/kg를 포함한다. 특정한 실시형태에서, G-CSF의 치료학적 유효량은 0.5 μg/kg, 1 μg/kg, 2 μg/kg, 3 μg/kg, 4 μg/kg, 5 μg/kg, 6 μg/kg, 7 μg/kg, 8 μg/kg, 9 μg/kg, 10 μg/kg, 11 μg/kg, 12 μg/kg, 13 μg/kg, 14 μg/kg, 15 μg/kg, 16 μg/kg, 17 μg/kg, 18 μg/kg, 19 μg/kg, 20 μg/kg 또는 초과를 포함한다. 특정한 실시형태에서, G-CSF의 치료학적 유효량은 5 μg/kg를 포함한다. 특정한 실시형태에서, G-CSF는 피하로 또는 정맥내로 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, G-CSF는 1일, 연속 2일, 연속 3일, 연속 4일, 연속 5일 또는 초과 동안 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, G-CSF는 연속 4일 동안 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, G-CSF는 연속 5일 동안 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 단일 제제로서, G-CSF는 아데노바이러스 전달 전 3일, 4일, 5일, 6일, 7일 또는 8일에 개시되어 매일 피하로 10μg/kg의 용량으로 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, G-CSF는 단일 제제로서 투여된 후, 또 다른 동원 인자와 동시 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, G-CSF는 단일 제제로서 투여된 후, AMD3100과 동시 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 치료 프로토콜은 5일 치료를 포함하고, 여기서 G-CSF는 제1일, 제2일, 제3일 및 제4일 및 제5일에 투여될 수 있고, G-CSF 및 AMD3100은 아데노바이러스 투여 전 6시간 내지 8시간에 투여된다.
투여하는 GM-CSF의 치료학적 유효량은 예를 들면 0.1 내지 50 μg/kg 또는 0.5 내지 30 μg/kg의 범위의 용량을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, GM-CSF가 투여될 수 있는 용량은 0.5 μg/kg, 1 μg/kg, 2 μg/kg, 3 μg/kg, 4 μg/kg, 5 μg/kg, 6 μg/kg, 7 μg/kg, 8 μg/kg, 9 μg/kg, 10 μg/kg, 11 μg/kg, 12 μg/kg, 13 μg/kg, 14 μg/kg, 15 μg/kg, 16 μg/kg, 17 μg/kg, 18 μg/kg, 19 μg/kg, 20 μg/kg 또는 초과를 포함한다. 특정한 실시형태에서, GM-CSF는 1일, 연속 2일, 연속 3일, 연속 4일, 연속 5일 또는 초과 동안 피하로 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, GM-CSF는 피하로 또는 정맥내로 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 단일 제제로서, GM-CSF는 아데노바이러스 전달 전 3일, 4일, 5일, 6일, 7일 또는 8일에 개시되어 매일 피하로 10μg/kg의 용량으로 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, GM-CSF는 단일 제제로서 투여된 후, 또 다른 동원 인자와 동시 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, GM-CSF는 단일 제제로서 투여된 후, AMD3100과 동시 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 치료 프로토콜은 5일 치료를 포함하고, 여기서 GM-CSF는 제1일, 제2일, 제3일 및 제4일 및 제5일에 투여될 수 있고, GM-CSF 및 AMD3100은 아데노바이러스 투여 전 6시간 내지 8시간에 투여된다. 사르그라모스팀에 대한 투약 요법은 200 μg/m2, 210 μg/m2, 220 μg/m2, 230 μg/m2, 240 μg/m2, 250 μg/m2, 260 μg/m2, 270 μg/m2, 280 μg/m2, 290 μg/m2, 300 μg/m2 또는 초과를 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 사르그라모스팀은 1일, 연속 2일, 연속 3일, 연속 4일, 연속 5일 또는 초과 동안 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 사르그라모스팀은 피하로 또는 정맥내로 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 사르그라모스팀에 대한 투약 요법은 정맥내 또는 피하 250 μg/m2/일을 포함할 수 있고, 표적화된 세포 양이 말초혈에서 도달될 때까지 계속될 수 있거나 5일 동안 계속될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 사르그라모스팀은 단일 제제로서 투여된 후, 또 다른 동원 인자와 동시 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 사르그라모스팀은 단일 제제로서 투여된 후, AMD3100과 동시 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 치료 프로토콜은 5일 치료를 포함하고, 여기서 사르그라모스팀은 제1일, 제2일, 제3일 및 제4일 및 제5일에 투여될 수 있고, 사르그라모스팀 및 AMD3100은 아데노바이러스 투여 전 6시간 내지 8시간에 투여된다.
특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 0.1 mg/kg 내지 100 mg/kg를 포함한다. 특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 0.5 mg/kg 내지 50 mg/kg를 포함한다. 특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 0.5 mg/kg, 1 mg/kg, 2 mg/kg, 3 mg/kg, 4 mg/kg, 5 mg/kg, 6 mg/kg, 7 mg/kg, 8 mg/kg, 9 mg/kg, 10 mg/kg, 11 mg/kg, 12 mg/kg, 13 mg/kg, 14 mg/kg, 15 mg/kg, 16 mg/kg, 17 mg/kg, 18 mg/kg, 19 mg/kg, 20 mg/kg 또는 초과를 포함한다. 특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 4 mg/kg를 포함한다. 특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 5 mg/kg를 포함한다. 특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 10 μg/kg 내지 500 μg/kg 또는 50 μg/kg 내지 400 μg/kg를 포함한다. 특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 100 μg/kg, 150 μg/kg, 200 μg/kg, 250 μg/kg, 300 μg/kg, 350 μg/kg 또는 초과를 포함한다. 특정한 실시형태에서, AMD3100은 피하로 또는 정맥내로 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, AMD3100은 아데노바이러스 전달 전 6시간 내지 11시간에 160 내지 240 μg/kg로 피하로 또는 정맥내로 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 또 다른 동원 인자의 투여와 동시에 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 또 다른 동원 인자의 투여 후 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, AMD3100의 치료학적 유효량은 G-CSF의 투여 후 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 치료 프로토콜은 5일 치료를 포함하고, 여기서 G-CSF는 제1일, 제2일, 제3일 및 제4일 및 제5일에 투여되고, G-CSF 및 AMD3100은 아데노바이러스 주사 전 6시간 내지 8시간에 투여된다.
투여하는 SCF의 치료학적 유효량은 예를 들면 0.1 내지 100 μg/kg/일 또는 0.5 내지 50 μg/kg/일의 범위의 용량을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, SCF가 투여될 수 있는 용량은 0.5 μg/kg/일, 1 μg/kg/일, 2 μg/kg/일, 3 μg/kg/일, 4 μg/kg/일, 5 μg/kg/일, 6 μg/kg/일, 7 μg/kg/일, 8 μg/kg/일, 9 μg/kg/일, 10 μg/kg/일, 11 μg/kg/일, 12 μg/kg/일, 13 μg/kg/일, 14 μg/kg/일, 15 μg/kg/일, 16 μg/kg/일, 17 μg/kg/일, 18 μg/kg/일, 19 μg/kg/일, 20 μg/kg/일, 21 μg/kg/일, 22 μg/kg/일, 23 μg/kg/일, 24 μg/kg/일, 25 μg/kg/일, 26 μg/kg/일, 27 μg/kg/일, 28 μg/kg/일, 29 μg/kg/일, 30 μg/kg/일 또는 초과를 포함한다. 특정한 실시형태에서, SCF는 1일, 연속 2일, 연속 3일, 연속 4일, 연속 5일 또는 초과 동안 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, SCF는 피하로 또는 정맥내로 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, SCF는 20 μg/kg/일에서 피하로 주사될 수 있다. 특정한 실시형태에서, SCF는 단일 제제로서 투여된 후, 또 다른 동원 인자와 동시 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, SCF는 단일 제제로서 투여된 후, AMD3100과 동시 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 치료 프로토콜은 5일 치료를 포함하고, 여기서 SCF는 제1일, 제2일, 제3일 및 제4일 및 제5일에 투여될 수 있고, SCF 및 AMD3100은 아데노바이러스 투여 전 6시간 내지 8시간에 투여된다.
특정한 실시형태에서, 성장 인자 GM-CSF 및 G-CSF는 혈액에서 순환하는 HSPC의 분율을 증가시키기 위해 골수 틈새에서의 HSPC를 순환 말초혈로 동원하기 위해 투여될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 동원은 G-CSF/필그라스팀(Amgen) 및/또는 AMD3100(Sigma)의 투여에 의해 달성될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 동원은 GM-CSF/사르그라모스팀(Amgen) 및/또는 AMD3100(Sigma)의 투여에 의해 달성될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 동원은 SCF/안세스팀(Amgen) 및/또는 AMD3100(Sigma)의 투여에 의해 달성될 수 있다. 특정한 실시형태에서, G-CSF/필그라스팀의 투여는 AMD3100의 투여에 선행한다. 특정한 실시형태에서, G-CSF/필그라스팀의 투여는 AMD3100의 투여와 동시에 발생한다. 특정한 실시형태에서, G-CSF/필그라스팀의 투여는 AMD3100의 투여에 선행한 후, G-CSF/필그라스팀 및 AMD3100이 동시에 투여된다. US 제20140193376호는 S1P 수용체 1(S1PR1) 조절제 제제와 CXCR4 길항제를 사용하는 동원 프로토콜을 기재한다. US 제20110044997호는 혈관 내피 성장 인자 수용체(VEGFR) 효능제와 CXCR4 길항제를 사용하는 동원 프로토콜을 기재한다.
아데노바이러스 벡터(예를 들면, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터)는 HSPC 동원과 연합되어 투여될 수 있는 벡터의 예시이다. 특정한 실시형태에서, 아데노바이러스 벡터의 투여는 하나 이상의 동원 인자의 투여와 동시에 발생한다. 특정한 실시형태에서, 아데노바이러스 벡터의 투여는 하나 이상의 동원 인자의 투여에 후행한다. 특정한 실시형태에서, 아데노바이러스 벡터의 투여는 제1 하나 이상의 동원 인자의 투여 후이고, 제2 하나 이상의 동원 인자의 투여와 동시에 발생한다.
특정한 실시형태에서, HSC 농후화제, 예컨대 CD19 면역독소 또는 5-FU는 HSPC를 농후화하도록 투여될 수 있다. CD19 면역독소는 골수 세포의 30%를 차지하는 모든 CD19 계통 세포를 고갈시키도록 사용할 수 있다. 고갈은 골수로부터의 배출을 장려한다. (예를 들면, 5-FU의 CD19 면역독소를 통해서든) HSPC를 증식하도록 강제함으로써, 이는 이의 분화 및 골수로부터의 배출을 자극하고 말초혈 세포에서의 전이유전자 마킹을 증가시킨다.
HSC 동원 인자 및/또는 HSC 농후화제의 치료학적 유효량은 임의의 적절한 투여 경로를 통해, 예컨대 주사, 주입, 관류에 의해 및 더 구체적으로는 골수, 정맥내, 진피내, 동맥내, 결절내, 림프내, 복강내 주사, 주입 또는 관류 중 하나 이상에 의한 투여에 의해 투여될 수 있다.
특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 선택 마커(예를 들면, 6-BG에 의한 불활성화에 내성이지만, DNA 손상을 회복하는 능력을 보유하는 MGMT의 돌연변이체 형태)를 발현하도록 변형된 세포에 대한 선택을 포함할 수 있다. 예를 들면, 특정한 실시형태는 동원(예를 들면, 본원에 기재된 동원 프로토콜)을 본원에 기재된 아데노바이러스 벡터의 투여 및 MGMTP140K 선택 마커를 포함하는 아데노바이러스 벡터의 경우에 BCNU 또는 벤질구아닌 및 테모졸로마이드의 투여와 조합하는 요법을 포함한다. 특정한 실시형태에서, 생체내 선택 마커는 Olszko 등, GeneTherapy 22: 591-595, 2015에 기재된 것과 같은 MGMTP140K를 포함할 수 있다. 따라서, MGMTP140K를 발현하는 세포에 대한 선택은 형질도입된 세포를 선택하고/하거나 치료 효능에 기여할 수 있다.
아데노바이러스 벡터는 하나 이상의 면역억제 제제 또는 면역억제 요법의 투여와 동시에 또는 투여 후에 투여될 수 있다.
IV(B). 시험관내 및 생체외 유전자 치료
시험관내 유전자 치료는 외인성 DNA를 숙주 세포(예컨대, 표적 세포) 및/또는 핵산(예컨대, 표적 핵산, 예컨대 표적 게놈)으로 도입하는 방법에서의 본 개시내용의 벡터, 게놈 또는 시스템의 용도를 포함하고, 숙주 세포 또는 핵산은 (예를 들면, 실험실에서) 다세포 유기체에 존재하지 않는다. 일부 실시형태에서, 표적 세포 또는 핵산은 다세포 유기체, 예컨대 포유류(예를 들면, 마우스, 래트, 인간 또는 비인간 영장류)로부터 유래된다. 다세포 유기체로부터 유래된 세포의 시험관내 조작은 생체외 조작으로 지칭될 수 있고, 생체외 치료에 사용될 수 있다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법 및 조성물은 제1 다세포 유기체로부터 유래된 표적 세포 또는 핵산을 변형시키도록 예를 들면 본원에 개시된 것처럼 이용되고, 이후 조작된 표적 세포 또는 핵산은 예를 들면 적응 세포 치료의 방법에서 제2 다세포 유기체, 예컨대 포유류(예를 들면, 마우스, 래트, 인간 또는 비인간 영장류)에게 투여된다. 일부 경우에, 제1 유기체 및 제2 유기체는 동일한 단일 대상체 유기체이다. 재료가 유래된 대상체에 대한 시험관내 조작된 재료의 반환은 자가유래 치료일 수 있다. 일부 경우에, 제1 유기체 및 제2 유기체는 상이한 유기체(예를 들면, 동일한 종의 2종의 유기체, 예를 들면 동일한 종의 2종의 마우스, 2종의 래트, 2종의 인간 또는 2종의 비인간 영장류)이다. 제1 대상체로부터 유래된 조작된 재료의 제2 상이한 대상체로의 운반은 동종이계 치료일 수 있다.
생체외 세포 치료는 환자 또는 일반 공여자로부터의 줄기, 조상 또는 분화된 세포의 단리, 유전 조작과 함께 또는 유전 조작 없이 생체외 단리된 세포의 확장 및 주입된 세포 및/또는 이의 자손의 일시적인 그래프트 또는 안정한 그래프트를 확립하기 위한 대상체에 대한 세포의 투여를 포함할 수 있다. 이러한 생체외 접근법은 예를 들면 유전된, 감염성 또는 신생물 질환을 치료하기 위해, 조직을 재생하기 위해 또는 치료제를 질환 부위로 전달하기 위해 사용될 수 있다. 다양한 생체외 치료에서, 유전자 운반 벡터에 대한 대상체의 직접적인 노출이 없고, 형질도입의 표적 세포는 효능 및 안전성을 개선하기 위해 임의의 유전 조작 전에 또는 후에 선택되고/되거나 확장되고/되거나 분화될 수 있다.
생체외 치료는 조혈 줄기 세포(HSC) 이식(HCT)을 포함한다. 자가유래 HSC 유전자 치료는 혈액계 및 면역계의 몇몇 단일유전자 질환뿐만 아니라 저장 장애에 대한 치료 옵션을 나타내고, 이것은 선택된 질환 조건에 대한 제1선 치료 옵션이 될 수 있다.
생체외 치료의 분야는 기능이상 세포 계통을 재구성하는 것을 포함한다. 결함성 또는 부재 세포 계통을 특징으로 하는 유전된 질환에 대해, 그 계통은 일반 공여자로부터 유래되거나 결핍을 수정하기 위해 생체외 유전자 운반으로 처리된 자가유래 세포로부터 유래된 기능적 조상 세포에 의해 재생될 수 있다. 예는 몇몇 유전자 중 어느 하나에서의 결핍이 성숙 림프성 세포의 발생을 차단하는 SCID에 의해 제공된다. 숙주에서의 다양한 계통의 공여자 유래 기능적 조혈 세포의 생성을 허용할 수 있는 비조작된 일반 공여자 HSC의 이식은 SCID뿐만 아니라 혈액계 및 면역계에 영향을 미치는 많은 다른 질환에 대한 치료 옵션을 나타낸다. 이식된 조혈 줄기/조상 세포(HSPC)에서 그리고 HCT와 유사하게 결함성 유전자의 기능적 카피를 대체하는 것을 포함할 수 있는 자가유래 HSC 유전자 치료는 기능적 자손의 꾸준한 공급을 제공할 수 있고, 이식편 대 숙주 질환(GvHD)의 위험의 감소, 이식편 거부의 위험의 감소 및 이식후 면역억제의 필요성의 감소를 포함하는 몇몇 이점을 가질 수 있다.
생체외 치료의 분야는 치료학적 유전자 투여량을 증강시키는 것을 포함한다. 일부 분야에서, HSC 유전자 치료는 동종이계 HCT의 치료 효능을 증강시킬 수 있다. 치료학적 유전자 투여량은 이식된 세포에서의 정상보다 높은 수준으로 조작될 수 있다.
생체외 치료의 분야는 신규의 기능의 도입 및 유전자 치료의 표적화를 포함한다. 생체외 유전자 치료는 HSC 또는 이의 자손에 대한 신규의 기능, 예컨대 고용량 항종양 화학요법 섭생의 투여를 허용하는 약물 내성을 확립하는 것 또는 RNA 기반 제제(예를 들면, 리보자임, RNA 데코이, 안티센스 RNA, RNA 압타머 및 소형 간섭 RNA) 및 단백질 기반 제제(예를 들면, 우성-음성 돌연변이체 바이러스 단백질, 융합 억제제 및 병원균의 게놈을 표적화하는 조작된 뉴클레아제)를 발현시킴으로써 바이러스, 예컨대 HIV 또는 다른 병원균에 의한 미리 확립된 감염에 대한 내성을 확립하는 것을 부여할 수 있다.
IV(C). 유전자 치료에 의해 치료 가능한 병태
적어도 부분적으로 본 개시내용의 아데노바이러스 벡터(예를 들면, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터)가 숙주 및/또는 표적 세포의 생체내, 시험관내 또는 생체외 사용될 수 있으므로 그리고 추가로 아데노바이러스 벡터가 넓은 여러 가지의 발현 산물을 암호화하는 페이로드를 포함할 수 있으므로, 본 명세서로부터 본원에 제공된 다양한 기법이 넓은 이용가능성을 갖고, 넓은 여러 가지의 병태를 치료하기 위해 사용될 수 있다는 것이 명확할 것이다. 본 개시내용의 아데노바이러스 벡터, 게놈 또는 시스템의 투여에 의해 치료 가능한 병태의 예는, 제한 없이, 헤모글로빈병증, 면역결핍증, 점 돌연변이 병태, 암, 단백질 결핍증, 감염성 질환 및 염증성 병태를 포함한다.
특정 실시형태에서, 본원에 개시된 벡터, 게놈, 시스템 및 제형은 대상체(인간, 수의 동물(개, 고양이, 파충류, 조류 등), 가축(말, 소, 염소, 돼지, 닭 등) 및 조사 동물(원숭이, 래트, 마우스, 어류 등))를 치료하기 위해 사용될 수 있다. 대상체를 치료하는 것은 치료학적 유효량을 전달하는 것을 포함한다. 치료학적 유효량은 유효량, 예방학적 치료 및/또는 치료학적 치료를 제공하는 것을 포함한다.
특정한 실시형태에서, 본원에 개시된 방법 및 제형은 혈액 장애를 치료하기 위해 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 제형은 혈우병, 주요 β-지중해빈혈, 다이아몬드 블랙판 빈혈(DBA), 발작성 야간 혈색소뇨증(PNH), 순적혈구무형성증(PRCA), 불응성 빈혈, 중증 무형성 빈혈 및/또는 혈액 암, 예컨대 백혈병, 림프종 및 골수종을 치료하기 위해 대상체에게 투여된다.
헤모글로빈병증은 불균형 결과로 세계 건강 부담을 나타낸다. 헤모글로빈 단백질 또는 글로빈 유전자의 발현의 결핍은 헤모글로빈병증이라 칭하는 질환을 생성시킬 수 있다. 세계적으로 가장 흔한 유전 장애 중에 헤모글로빈병증이 있다.
매년 세계적으로 110만건의 출생은 헤모글로빈병증에 대한 위험에 있고, 이는 헤모글로빈(Hb) 유전 변이에 의해 부여된 말라리아 감염에 의한 자연 내성으로 인해 말라리아 팔시파룸이 성행하는 지리학적 지역에서 1,000건의 출생마다 25건처럼 많이 영향을 미친다. 개발된 지역에서, 환자는 만성 수혈로부터 철분 과부하의 위험에 있다. 덜 개발된 지역에서, 생존률은 상당히 더 낮다. 예를 들면, 아프리카에서, 아동 사망률은 모든 아동에서의 16%와 비교하여 헤모글로빈병증을 갖는 환자에서 40%이다.
글로빈 유전자의 돌연변이는 겸상 세포 질환(SCD) 및 헤모글로빈 C, D 및 E 질환에서처럼 헤모글로빈의 비정상 형태를 생성할 수 있거나, α 또는 β 폴리펩타이드의 생성을 감소시킬 수 있고, 따라서 세포에서의 글로빈 사슬의 불균형을 생성시킨다. 이 후자의 병태는 글로빈 사슬이 손상되는지에 따라 α-지중해빈혈 또는 β-지중해빈혈이라 칭한다. 세계 집단의 5%는 단연코 가장 흔한(보균자의 40%) b-글로빈(HBB) 유전자의 겸상 세포 돌연변이(글루타메이트의 발린으로의 전환; 역사학적으로 E6V, 동시에 E7V)를 갖는 상당한 헤모글로빈 변이체를 보균한다. 헤모글로빈 장애의 높은 유병율 및 중증도는 실질적인 부담을 제시하여서, 오래 사는 환자 관리가 비용이 많이 드므로 이환된 사람의 삶뿐만 아니라 건강 관리 시스템에 영향을 미친다.
2개의 알파(α) 및 2개의 감마(γ) 사슬을 포함하는 태아(HbF) 및 2개의 α 및 2개의 베타(β) 사슬을 포함하는 성인(HbA)인 헤모글로빈의 2개의 형태가 있다. HbF로부터의 HbA로의 자연적 스위치는 출생 직후 발생하고, bcl11a인 마스터 조절제를 포함하는 인자에 의해 γ 글로빈 유전자의 전사 억제에 의해 조절된다. 중요하게는, 여러 가지의 임상 관찰은 β-헤모글로빈병증, 예컨대 겸상 세포 질환 및 β-지중해빈혈의 중증도가 HbF의 증가된 생성에 의해 개선된다는 것을 나타낸다.
특정한 실시형태에서, 치료학적으로 효과적인 치료는 HbF의 발현을 유도하거나 증가시키고/증가시키거나, 헤모글로빈의 생성을 유도하거나 증가시키고/증가시키거나, β-글로빈의 생성을 유도하거나 증가시킨다. 특정한 실시형태에서, 치료학적으로 효과적인 치료는 혈액 세포 기능을 개선하고/하거나 세포의 산소화를 증가시킨다.
다양한 실시형태에서, 본 개시내용은 혈액 장애의 치료를 위해 단백질 또는 제제를 암호화하는 암호화 핵산 서열을 포함하는 본 개시내용의 아데노바이러스 공여자 벡터를 사용한 혈액 장애의 치료를 포함한다. 다양한 실시형태에서, 혈액 장애는 지중해빈혈이고, 단백질은 β-글로빈 또는 γ-글로빈 단백질 또는 달리 β-글로빈 또는 γ-글로빈을 부분적으로 또는 완전히 기능적으로 대체하는 단백질이다. 다양한 실시형태에서, 혈액 장애는 혈우병이고, 단백질은 ET3 또는 달리 VIII 인자를 부분적으로 또는 완전히 기능적으로 대체하는 단백질이다. 다양한 실시형태에서, 혈액 장애는 점 돌연변이 질환, 예컨대 겸상 세포 빈혈이고, 제제는 유전자 편집 단백질이다.
ET3은 서열 번호 154의 하기 아미노산 서열을 갖거나 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서, VIII 인자 대체 단백질은 서열 번호 154(MQLELSTCVFLCLLPLGFSAIRRYYLGAVELSWDYRQSELLRELHVDTRFPATAPGALPLGPSVLYKKTVFVEFTDQLFSVARPRPPWMGLLGPTIQAEVYDTVVVTLKNMASHPVSLHAVGVSFWKSSEGAEYEDHTSQREKEDDKVLPGKSQTYVWQVLKENGPTASDPPCLTYSYLSHVDLVKDLNSGLIGALLVCREGSLTRERTQNLHEFVLLFAVFDEGKSWHSARNDSWTRAMDPAPARAQPAMHTVNGYVNRSLPGLIGCHKKSVYWHVIGMGTSPEVHSIFLEGHTFLVRHHRQASLEISPLTFLTAQTFLMDLGQFLLFCHISSHHHGGMEAHVRVESCAEEPQLRRKADEEEDYDDNLYDSDMDVVRLDGDDVSPFIQIRSVAKKHPKTWVHYIAAEEEDWDYAPLVLAPDDRSYKSQYLNNGPQRIGRKYKKVRFMAYTDETFKTREAIQHESGILGPLLYGEVGDTLLIIFKNQASRPYNIYPHGITDVRPLYSRRLPKGVKHLKDFPILPGEIFKYKWTVTVEDGPTKSDPRCLTRYYSSFVNMERDLASGLIGPLLICYKESVDQRGNQIMSDKRNVILFSVFDENRSWYLTENIQRFLPNPAGVQLEDPEFQASNIMHSINGYVFDSLQLSVCLHEVAYWYILSIGAQTDFLSVFFSGYTFKHKMVYEDTLTLFPFSGETVFMSMENPGLWILGCHNSDFRNRGMTALLKVSSCDKNTGDYYEDSYEDISAYLLSKNNAIEPRSFAQNSRPPSASAPKPPVLRRHQRDISLPTFQPEEDKMDYDDIFSTETKGEDFDIYGEDENQDPRSFQKRTRHYFIAAVEQLWDYGMSESPRALRNRAQNGEVPRFKKVVFREFADGSFTQPSYRGELNKHLGLLGPYIRAEVEDNIMVTFKNQASRPYSFYSSLISYPDDQEQGAEPRHNFVQPNETRTYFWKVQHHMAPTEDEFDCKAWAYFSDVDLEKDVHSGLIGPLLICRANTLNAAHGRQVTVQEFALFFTIFDETKSWYFTENVERNCRAPCHLQMEDPTLKENYRFHAINGYVMDTLPGLVMAQNQRIRWYLLSMGSNENIHSIHFSGHVFSVRKKEEYKMAVYNLYPGVFETVEMLPSKVGIWRIECLIGEHLQAGMSTTFLVYSKKCQTPLGMASGHIRDFQITASGQYGQWAPKLARLHYSGSINAWSTKEPFSWIKVDLLAPMIIHGIKTQGARQKFSSLYISQFIIMYSLDGKKWQTYRGNSTGTLMVFFGNVDSSGIKHNIFNPPIIARYIRLHPTHYSIRSTLRMELMGCDLNSCSMPLGMESKAISDAQITASSYFTNMFATWSPSKARLHLQGRSNAWRPQVNNPKEWLQVDFQKTMKVTGVTTQGVKSLLTSMYVKEFLISSSQDGHQWTLFFQNGKVKVFQGNQDSFTPVVNSLDPPLLTRYLRIHPQSWVHQIALRMEVLGCEAQDLYV)에 대한 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 가질 수 있다.
β-글로빈은 서열 번호 155의 하기 아미노산 서열을 갖거나 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서, β-글로빈 대체 단백질은 서열 번호 155(MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH)에 대한 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 가질 수 있다.
γ-글로빈은 서열 번호 156의 하기 아미노산 서열을 갖거나 포함할 수 있다. 다양한 실시형태에서, γ-글로빈 대체 단백질은 서열 번호 156(MGHFTEEDKATITSLWGKVNVEDAGGETLGRLLVVYPWTQRFFDSFGNLSSASAIMGNPKVKAHGKKVLTSLGDATKHLDDLKGTFAQLSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVTVLAIHFGKEFTPEVQASWQKMVTAVASALSSRYH)에 대한 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 가질 수 있다.
80개 초과의 원발성 면역 결핍 질환은 세계 보건 기구에 의해 인정된다. 이들 질환은 일부 경우에 감염에 대해 임의의 또는 충분한 항체를 생성할 수 없는 면역계에서의 고유한 결함을 특징으로 한다. 다른 경우에, 세포는 적절히 작용하도록 감염 실패와 싸우는 것을 방어한다. 통상적으로, 원발성 면역 결핍은 유전 장애이다.
속발성 또는 획득, 면역 결핍은 유전된 유전 비정상의 결과가 아니고, 오히려 면역계가 면역계 밖의 인자에 의해 손상된 개체에서 발생한다. 예는 외상, 바이러스, 화학요법, 독소 및 오염을 포함한다. 획득 면역결핍 증후군(AIDS)은 T 림프구의 고갈이 신체가 감염과 싸울 수 없게 하는 인간 면역결핍 바이러스(HIV)인 바이러스에 의해 야기된 속발성 면역 결핍 장애의 예이다.
X 연결 중증 복합 면역결핍(SCID-X1)은 T 및 자연 살해(NK) 림프구의 부재 및 비기능적 B 림프구의 존재를 생성시키는 공통 감마 사슬 유전자(γC)의 돌연변이에 의해 야기된 세포 면역 고갈 및 체액 면역 고갈 둘 다이다. SCID-X1은 면역계가 예를 들면 골수 이식(BMT) 또는 유전자 치료를 통해 재구성되지 않으면 생애 처음 2년에 치명적이다.
대부분의 개체는 BMT 또는 비자가유래 유전자 치료에 대한 일치된 공여자가 부족하므로, 성숙 T 세포가 고갈된 반일치 모 골수가 대개 사용되지만, 합병증은 장기간 면역글로빈 대체를 따라서 요하는 적절한 항체를 만드는 것의 실패인 이식편 대 숙주 질환(GVHD), 조혈 줄기 및 조상 세포(HSPC)를 이식하는 것의 실패로 인한 T 세포의 후기 손실, 만성 사마귀 및 림프구 조절이상을 포함한다.
판코니 빈혈(FA)은 골수 실패로 이어지는 유전된 혈액 장애이다. 이것은 부분적으로 결핍 DNA-회복 기전을 특징으로 한다. FA를 갖는 환자의 적어도 20%는 암, 예컨대 급성 골수성 백혈병 및 피부, 간, 위장관 및 부인과계의 암을 발생시킨다. 피부 및 위장 종양은 보통 편평 세포 암종이다. 암을 발생시킨 환자의 평균 연령은 백혈병에 대해서는 15세이고, 간 종양에 대해서는 16세이고, 다른 종양에 대해서는 23세이다.
치료학적 유전자는 특정한 실시형태에서 유전되는 병태에 대한 치료학적으로 효과적인 반응을 제공하도록 선택될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 병태는 그레이브병, 류마티스성 관절염, 악성 빈혈, 다발성 경화증(MS), 염증성 장 질환, 전신 홍반 루푸스(SLE), 아데노신 데아미나제 결핍증(ADA-SCID) 또는 중증 복합 면역결핍 질환(SCID), 비스코트-알드리히 증후군(WAS), 만성 육아종 질환(CGD),, 판코니 빈혈(FA), 배턴병, 부신백질이영양증(ALD) 또는 이염백질이영양증(MLD), 근이영양증, 폐포 단백질증(PAP), 피루베이트 키나제 결핍증, 슈바크만 다이아몬드 블랙판 빈혈, 선천성 각화이상증, 낭성 섬유증, 파킨슨병, 알츠하이머병 또는 근위축성 측색 경화증(루게릭병)일 수 있다. 특정한 실시형태에서, 병태에 따라, 치료학적 유전자는 단백질을 암호화하는 유전자 및/또는 기능이 중단된 유전자일 수 있다.
특정한 실시형태에서, 본원에 개시된 방법 및 제형은 암을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 제형은 급성 림프아구성 백혈병(ALL), 급성 골수성 백혈병(AML), 만성 림프구성 백혈병(CLL), 만성 골수성 백혈병(CML), 만성 골수단핵구성 백혈병, 미만성 대형 B-세포 림프종, 소포성 림프종, 호지킨 림프종, 연소성 골수단핵구성 백혈병, 다발성 골수종, 골수이형성증 및/또는 비호지킨 림프종을 치료하기 위해 대상체에게 투여된다.
치료될 수 있는 추가 예시적인 암은 성상세포종, 비정형 기형종 횡문근양 종양, 뇌 및 중추 신경계(CNS) 암, 유방암, 암육종, 연골육종, 척삭종, 맥락총 암종, 맥락총 유두종, 연조직의 투명 세포 육종, 미만성 대형 B-세포 림프종, 상의세포종, 상피모양 육종, 생식샘외 종자 세포 종양, 신외성 횡문근양 종양, 유잉 육종, 위장관 기질 종양, 교모세포종, HBV 유도된 간세포 암종, 두경부암, 신장암, 폐암, 악성 횡문근양 종양, 수모세포종, 흑색종, 뇌수막종, 중피종, 다발성 골수종, 신경아교 종양, 달리 명시되지 않은(NOS) 육종, 핍지교성상세포종, 핍지교종, 골육종, 난소암, 난소 투명 세포 선암종, 난소 난소 자궁내막모양 선암종, 난소 장액 선암종, 췌장암, 췌장 도관 선암종, 췌장 내분비 종양, 솔방울샘모세포종, 전립선암, 신장 세포 암종, 신장 수질 암종, 횡문근육종, 육종, 신경초종, 피부 편평 세포 암종 및 줄기 세포 암을 포함한다. 다양한 특정한 실시형태에서, 암은 난소암이다. 다양한 특정한 실시형태에서, 암은 유방암이다. 특정한 실시형태, 제형은 암 재발생을 예방하거나 지연시키거나 고위험 생식선 돌연변이의 보균자에서 암 발생을 예방하거나 지연시키기 위해 대상체에게 투여된다.
암의 맥락에서, 치료학적 유효량은 종양 세포의 수를 감소시키고/시키거나, 전이의 수를 감소시키고/시키거나, 종양 부피를 감소시키고/시키거나, 기대 수명을 증가시키고/시키거나, 암 세포의 아폽토시스를 유도하고/하거나, 암 세포사를 유도하고/하거나, 암 세포에서의 약물민감성 또는 방사선 민감성을 유도하고/하거나, 암 세포 근처의 혈관신생을 억제하고/하거나, 암 세포 증식을 억제하고/하거나, 종양 성장을 억제하고/하거나, 전이를 예방하고/하거나, 대상체의 삶을 연장시키고/시키거나, 암 연관된 통증을 감소시키고/시키거나, 전이의 수를 감소시키고/시키거나, 치료 후의 암의 재발 또는 재발생을 감소시킬 수 있다.
특정한 실시형태에서, 본원에 개시된 방법 및 제형은 점 돌연변이 병태를 치료하기 위해 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 제형은 겸상 세포 질환, 낭성 섬유증, 테이 삭스병 및/또는 페닐케톤뇨증을 치료하기 위해 대상체에게 투여된다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 트랜스포손 페이로드는 핵산 병소의 수정 편집을 위해 CRISPR-Cas를 암호화한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 트랜스포손 페이로드는 핵산 병소의 수정 편집을 위해 염기 에디터를 암호화한다. 다양한 실시형태에서, 본 개시내용의 트랜스포손 페이로드는 핵산 병소의 수정 편집을 위해 프라임 에디터를 암호화한다.
특정한 실시형태에서, 본원에 개시된 방법 및 제형은 특정한 효소 결핍증을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 제형은 헐러 증후군, 선택적 IgA 결핍증, 하이퍼 IgM, IgG 하위종류 결핍증, 니만-픽병, 테이 삭스병, 고셔병, 파브리병, 크라베병, 갈락토스혈증, 메이플 시럽 뇨증, 페닐케톤뇨증, 글리코겐 저장 질환, 프레드리히 운동실조, 젤웨거 증후군, 부신백질이영양증, 보체 장애 및/또는 점액다당류증을 치료하기 위해 대상체에게 투여된다.
치료학적 유효량은 면역 및 다른 혈액 세포 및/또는 미세아교 세포에 대한 기능을 제공할 수 있거나, 대안적으로 치료된 병태에 따라 림프구 활성화를 억제하고/하거나, 림프구에서의 아폽토시스를 유도하고/하거나, 림프구의 다양한 하위집단을 제거하고/하거나, T 세포 활성화를 억제하고/하거나, 자가반응성 T 세포를 제거하거나 억제하고/하거나, Th-2 또는 Th-1 림프구 활성을 억제하고/하거나, IL-1 또는 TNF를 길항하고/하거나, 염증을 감소시키고/시키거나, 조장 제제(inciting agent)에 대한 선택적 관용성을 유도하고/하거나, 면역 매개된 병태를 감소시키거나 제거하고/하거나, 면역 매개된 병태의 증상을 감소시키거나 제거할 수 있다. 치료학적 유효량은 또한 기능적 DNA 회복 기전; 계면활성제 단백질 발현; 텔로머 유지; 리소좀 기능; 지질 또는 다른 단백질, 예컨대 아밀로이드의 파괴를 제공하고/하거나, 리보솜 기능을 허용하고/하거나, 성숙 혈액 계통의 발생을 허용할 수 있고, 이는 그렇지 않으면 예컨대 대식세포 다른 백혈구 유형을 발생시키지 않을 것이다.
특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 이를 필요로 하는 대상체에서 T-세포 매개된 면역 반응을 복원할 수 있다. T-세포 매개된 면역 반응의 복원은 흉선 배출을 복원하는 것 및/또는 정상 T 림프구 발생을 복원하는 것을 포함할 수 있다.
특정한 실시형태에서, 흉선 배출을 복원하는 것은 대조군 집단으로부터 유래된 기준 수준의 것과 필적하는 수준으로 말초혈에서의 CD45RA를 발현하는 CD3+ T 세포의 빈도를 복원하는 것을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 흉선 배출을 복원하는 것은 대조군 집단으로부터 유래된 기준 수준의 것과 필적하는 수준으로 106개의 성숙 T 세포당 T 세포 수용체 절제 주기(TREC)의 수를 복원하는 것을 포함할 수 있다. 106개의 성숙 T 세포당 TREC의 수는 Kennedy 등, Vet Immunol Immunopathol 142: 36-48, 2011에 기재된 것처럼 결정될 수 있다.
특정한 실시형태에서, 정상 T 림프구 발생을 복원하는 것은 CD4+ 세포: CD8+ 세포의 비를 2로 복원하는 것을 포함한다. 특정한 실시형태에서, 정상 T 림프구 발생을 복원하는 것은 순환 T-림프구에서의 αβ TCR의 존재를 검출하는 것을 포함한다. 순환 T-림프구에서의 αβ TCR의 존재는 예를 들면 TCR의 α 및/또는 β 사슬에 결합하는 항체를 사용한 유세포분석법에 의해 검출될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 정상 T 림프구 발생을 복원하는 것은 대조군 집단으로부터 유래된 기준 수준의 것과 필적하는 다양한 TCR 레퍼터리의 존재를 검출하는 것을 포함한다. TCR 다양성은 TCRβ 유전자의 가변 영역의 유전 재배열을 분석하는 TCRVβ 스펙트라타이핑(spectratyping)에 의해 평가될 수 있다. 강건한 정상 스펙트라타입 프로파일은 TCRVβ 분절의 17개의 패밀리에 걸쳐 크기화된 단편의 가우스 분포를 특징으로 할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 정상 T 림프구 발생을 복원하는 것은 T-세포 특이적 신호전달 경로를 복원하는 것을 포함한다. T-세포 특이적 신호전달 경로를 복원하는 것은 T 세포 미토겐 피토헤마글루티닌(PHA)에 대한 노출 후에 림프구 증식에 의해 평가될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 정상 T 림프구 발생을 복원하는 것은 대조군 집단으로부터 유래된 기준 수준과 필적하는 수준으로 백혈구 수, 중성구 세포 수, 단핵구 세포 수, 림프구 세포 수 및/또는 혈소판 세포 수를 복원하는 것을 포함한다.
특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 이를 필요로 하는 대상체에서 림프구 재구성의 역학 및/또는 클론 다중성을 개선할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 림프구 재구성의 역할을 개선하는 것은 대조군 집단으로부터 유래된 기준 수준의 범위 내로 순환 T 림프구의 수를 증가시키는 것을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 림프구 재구성의 역학을 개선하는 것은 대조군 집단으로부터 유래된 기준 수준의 범위 내로 절대 CD3+ 림프구 수를 증가시키는 것을 포함할 수 있다. 범위는 소정의 매개변수에 대해 정상(즉, 면역 비손상된) 대상체에서 관찰되거나 나타난 값의 범위일 수 있다. 특정한 실시형태에서, 림프구 재구성의 역학을 개선하는 것은 본원에 기재된 치료가 투여되지 않은 이를 필요로 하는 대상체와 비교하여 정상 림프구 수에 도달하는 데 필요한 시간을 감소시키는 것을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 림프구 재구성의 역학을 개선하는 것은 본원에 기재된 치료가 투여되지 않은 이를 필요로 하는 대상체와 비교하여 유전자 수정된 림프구의 빈도를 증가시키는 것을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 림프구 재구성의 역학을 개선하는 것은 본원에 기재된 유전자 치료가 투여되지 않은 이를 필요로 하는 대상체와 비교하여 대상체에서 유전자 수정된 림프구의 클론 레퍼토리의 다양성을 증가시키는 것을 포함할 수 있다. 유전자 수정된 림프구의 클론 레퍼토리의 다양성을 증가시키는 것을 RIS 분석에 의해 측정된 것과 같이 고유한 레트로바이러스 통합 부위(RIS) 클론의 수를 증가시키는 것을 포함할 수 있다.
특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 이를 필요로 하는 대상체에서 골수 기능을 복원할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 골수 기능을 복원하는 것은 본원에 기재된 치료가 투여되지 않은 이를 필요로 하는 대상체와 비교하여 유전자 수정된 세포에 의해 골수 재증식을 개선하는 것을 포함할 수 있다. 유전자 수정된 세포에 의해 골수 재증식을 개선하는 것은 유전자 수정된 세포의 백분율을 증가시키는 것을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 세포는 백혈구 및 골수 유래 세포로부터 선택된다. 특정한 실시형태에서, 유전자 수정된 세포의 백분율은 정량적 실시간 PCR 및 유세포분석법으로부터 선택된 검정을 사용하여 측정될 수 있다.
특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 이를 필요로 하는 대상체에서 1차 항체 반응 및 2차 항체 반응을 정상화할 수 있다. 면역화에 대한 1차 항체 반응 및 2차 항체 반응을 정상화하는 것은 클래스 스위칭 및 항원에 대한 기억 반응에서 기능하는 B-세포 및/또는 T-세포 사이토카인 신호전달 프로그램을 복원하는 것을 포함할 수 있다. 면역화에 대한 1차 항체 반응 및 2차 항체 반응을 정상화하는 것은 박테리오파지 면역화 검정에 의해 측정될 수 있다. 특정한 실시형태에서, B-세포 및/또는 T-세포 사이토카인 신호전달 프로그램의 복원은 T-세포 의존적 신생항원 박테리오파지 ψX174에 의한 면역화 후 분석될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 면역화에 대한 1차 항체 반응 및 2차 항체 반응을 정상화하는 것은 대조군 집단으로부터 유래된 기준 수준과 필적하는 수준으로 이를 필요로 하는 대상체에서의 IgA, IgM 및/또는 IgG의 수준을 증가시키는 것을 포함할 수 있다. 특정한 실시형태에서, 면역화에 대한 1차 항체 반응 및 2차 항체 반응을 정상화하는 것은 본원에 기재된 유전자 치료가 투여되지 않은 이를 필요로 하는 대상체의 것보다 높은 수준으로 이를 필요로 하는 대상체에서의 IgA, IgM 및/또는 IgG의 수준을 증가시키는 것을 포함할 수 있다. IgA, IgM 및/또는 IgG의 수준은 예를 들면 면역글로빈 시험에 의해 측정될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 면역글로빈 시험은 IgG, IgA, IgM, 카파 경쇄, 람다 경쇄 및/또는 중쇄에 결합하는 항체를 포함한다. 특정한 실시형태에서, 면역글로빈 시험은 혈청 단백질 전기영동, 면역전기영동, 방사 면역확산, 비탁분석법 및 비탁법을 포함한다. 상업적으로 입수 가능한 면역글로빈 시험 키트는 MININEPH™(Binding site, 영국 버밍햄) 및 Dako(덴마크) 및 Dade Behring(독일 마르부르크)으로부터의 면역글로빈 시험 시스템을 포함한다. 특정한 실시형태에서, 면역글로빈 수준을 측정하기 위해 사용될 수 있는 샘플은 혈액 샘플, 혈장 샘플, 뇌척수액 샘플 및 뇨 샘플을 포함한다.
특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 SCID-X1을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 SCID(예를 들면, JAK 3 키나제 결핍증 SCID, 퓨린 뉴클레오사이드 포스포릴라제(PNP) 결핍증 SCID, 아데노신 데아미나제(ADA) 결핍증 SCID, MHC 클래스 II 결핍증 또는 재조합효소 활성화 유전자(RAG) 결핍증 SCID)를 치료하기 위해 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 림프구 재구성, 클론 다양성 및 가슴샘림프구증식 개선, 감염 감소 및/또는 환자 결과 개선을 통해 치료 효능이 관찰될 수 있다. 체중 증가 및 성장, 위장 기능 개선(예를 들면, 설사 감소), 상부 호흡기 증상 감소, 입의 진균 감염(아구창) 감소, 폐렴의 발생률 및 중증도 감소, 뇌수막염 및 혈류 감염 감소 및 귀 감염 감소 중 하나 이상을 통해 치료 효능이 또한 관찰될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법에 의해 SCIDX-1을 치료하는 것은 γC 의존적 신호전달 경로에 대한 기능성을 복원하는 것을 포함한다. γC 의존적 신호전달 경로의 기능성은 각각 IL-21 및/또는 IL-2에 의한 시험관내 자극 후 효과기 분자 STAT3 및/또는 STAT5의 티로신 인산화를 측정함으로써 분석될 수 있다. STAT3 및/또는 STAT5의 티로신 인산화는 세포내 항체 염색에 의해 측정될 수 있다.
특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 FA를 치료하기 위해 사용될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 림프구 재구성, 클론 다양성 및 가슴샘림프구증식 개선, 감염 감소 및/또는 환자 결과 개선을 통해 치료 효능이 관찰될 수 있다. 체중 증가 및 성장, 위장 기능 개선(예를 들면, 설사 감소), 상부 호흡기 증상 감소, 입의 진균 감염(아구창) 감소, 폐렴의 발생률 및 중증도 감소, 뇌수막염 및 혈류 감염 감소 및 귀 감염 감소 중 하나 이상을 통해 치료 효능이 또한 관찰될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법에 의해 FA를 치료하는 것은 미토마이신 C(MMC)에 대한 골수 유래 세포의 내성을 증가시키는 것을 포함한다. 특정한 실시형태에서, MMC에 대한 골수 유래 세포의 내성은 메틸셀룰로스 및 MMC에서의 세포 생존 검정에 의해 측정될 수 있다.
특정한 실시형태에서, 본 개시내용의 방법은 저감마글로빈혈증을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 저감마글로빈혈증은 B-림프구의 결여에 의해 야기되고, 혈액에서의 낮은 수준의 항체를 특징으로 한다. 저감마글로빈혈증은 백혈병 관련된 면역 기능이상 및 치료 관련된 면역억제 둘 다의 결과로서 만성 림프구성 백혈병(CLL), 다발성 골수종(MM), 비호지킨 림프종(NHL) 및 다른 관련 악성상태를 갖는 환자에서 발생할 수 있다. 이러한 혈액학적 악성상태에 속발성인 획득 저감마글로빈혈증을 갖는 환자 및 HSPC 후 이식을 받은 환자는 박테리아 감염에 감수성이다. 체액 면역의 결핍은 대체로 특히 캡슐화된 미생물에 의해 이들 환자에서 감염 관련된 이환률 및 감염율의 증가된 위험의 원인이다. 예를 들면, 스트렙토코커스 뉴모니아에, 헤모필루스 인플루엔자에 및 스타필로코거스 아우레우스뿐만 아니라 레지오넬라 및 노카르디아 종은 CLL을 갖는 환자에서 폐렴을 야기하는 흔한 박테리아 병원균이다. 기회 감염, 예컨대 뉴모시스티스 카리니, 진균, 바이러스 및 마이코박테리아가 또한 관찰되었다. 이들 환자에서의 감염의 수 및 중증도는 면역 글로빈의 투여에 의해 상당히 감소될 수 있다(Griffiths 등 Blood 73: 366-368, 1989; Chapel 등 Lancet 343: 1059-1063, 1994).
특정한 실시형태에서, 제형은 급성 림프아구성 백혈병(ALL), 급성 골수성 백혈병(AML), 부신백질이영양증, 원인불명 골수 화생, 무거핵구성/선천성 혈소판감소증, 모세혈관확장성 실조증, β-지중해빈혈, 만성 육아종 질환, 만성 림프구성 백혈병(CLL), 만성 골수성 백혈병(CML), 만성 골수단핵구성 백혈병, 공통 가변 면역 결핍(CVID), 보체 장애, 선천성 무감마글로빈혈증, 다이아몬드 블랙판 빈혈(DBA), 미만성 대형 B-세포 림프종, 가족성 적혈구탐식성 림프조직증식증, 소포성 림프종, 호지킨 림프종, 헐러 증후군, 하이퍼 IgM, IgG 하위종류 결핍증, 연소성 골수단핵구성 백혈병, 이염백질이영양증, 점액다당류증, 다발성 골수종, 골수이형성증, 비호지킨 림프종, 발작성 야간혈색소 요증(PNH), 원발성 면역결핍 질환, 순적혈구 무형성증, 불응성 빈혈, 슈와크만-다이아몬드 증후군, 선택적 IgA 결핍증, 중증 무형성 빈혈, 겸상 세포 질환, 특이적 항체 결핍증, 비스코트-알드리치 증후군 및/또는 X 연결 무감마글로빈혈증(XLA)을 치료하기 위해 대상체에게 투여된다.
특정한 실시형태는 속발성 또는 획득, 면역 결핍, 예컨대 외상, 바이러스, 화학요법, 독소 및 오염에 의해 야기된 면역 결핍의 치료를 포함한다. 이전에 표시된 것처럼, 획득 면역결핍 증후군(AIDS)은 T 림프구의 고갈이 신체가 감염과 싸울 수 없게 하는 인간 면역결핍 바이러스(HIV)인 바이러스에 의해 야기된 속발성 면역 결핍 장애의 예이다. 따라서, 또 다른 예로서, 유전자는 감염성 질환에 대해 치료학적으로 효과적인 반응을 제공하도록 선택될 수 있다. 특정한 실시형태에서, 감염성 질환은 인간 면역결핍 바이러스(HIV)이다. 치료학적 유전자는 예를 들면 면역 세포가 HIV 감염에 내성이게 하거나, 면역 세포가 면역 재구성을 통해 바이러스를 효과적으로 중화시키는 것이 가능하게 하는 유전자, 면역 세포에 의해 발현된 단백질을 암호화하는 유전자의 다형, 환자에서 발현되지 않은 감염과 싸우기 위해 유리한 유전자, 감염성 제제, 수용체 또는 공동수용체를 암호화하는 유전자; 수용체 또는 공동수용체에 대한 리간드를 암호화하는 유전자; 소정의 전사 인자의 작용을 차단하기 위해 리보자임, 안티센스 RNA, 소형 간섭 RNA(siRNA) 또는 디코이 RNA를 암호화하는 유전자를 포함하는 바이러스 복제에 필수적인 바이러스 및 세포 유전자; 우성 음성 바이러스 단백질, 세포내 항체, 인트라카인을 암호화하는 유전자 및 자살 유전자일 수 있다. 예시적인 치료학적 유전자 및 유전자 산물은 α2β1; αvβ3; αvβ5; αvβ63; BOB/GPR15; Bonzo/STRL-33/TYMSTR; CCR2; CCR3; CCR5; CCR8; CD4; CD46; CD55; CXCR4; 아미노펩티다제-N; HHV-7; ICAM; ICAM-1; PRR2/HveB; HveA; α-디스트로글리칸; LDLR/α2MR/LRP; PVR; PRR1/HveC; 및 라미닌 수용체를 포함한다. HIV의 치료를 위한 치료학적 유효량은 예를 들면 HIV에 대한 대상체의 면역력을 증가시키거나, AIDS 또는 HIV와 연관된 증상을 개선하거나, HIV에 대해 대상체에서 선천성 면역 반응 또는 적응 면역 반응을 유도한다. HIV에 대한 면역 반응은 항체 생성을 포함할 수 있고, AIDS를 예방하고/하거나 대상체의 AIDS 또는 HIV 감염의 증상을 개선하거나, HIV 감염성 및/또는 독력을 감소시키거나 제거한다.
MGMT 발현 종양을 갖는 환자는 MGMTP140K 생체내 선택 카세트와 조합된 치료학적 페이로드(예컨대, CAR, TCR 또는 관문 억제제)에 의해 아데노바이러스 벡터(예를 들면, Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 37 또는 50 벡터)의 투여로부터 이익일 것이다. 생체외 접근법은 이 접근법의 이용가능성을 나타냈다. 특정한 실시형태에서, 치료학적 양의 TMZ 및 벤질구아닌 또는 BCNU는 종양 부담 또는 부피를 감소시키기 위해 투여된다.
특정한 실시형태에서, 치료학적 유효량은 면역 및 다른 혈액 세포에 대한 기능을 제공하고/하거나, 면역 매개된 병태를 감소시키거나 제거하고/하거나, 면역 매개된 병태의 증상을 감소시키거나 제거할 수 있다.
본원에 제공된 예시적인 실시형태 및 실시예(들)는 본 개시내용의 특정한 실시형태를 나타내도록 포함된다. 당업자는 본 개시내용의 견지에서 많은 변화가 본원에 개시된 특정 실시형태에 이루어질 수 있고, 본 개시내용의 정신 및 범위로부터 벗어남이 없이 비슷하거나 유사한 결과를 여전히 얻을 수 있다는 것을 인식해야 한다.
실시예
본 실시예는 소정의 아데노바이러스 혈청형이 CD34+ 세포, 예컨대 HSC의 감염에 특히 효과적이라는 것을 입증한다. HSC가 유전자 치료에 대한 치료학적으로 중요한 표적이므로, CD34+ 세포의 형질도입에 효과적인 벡터의 확인이 실질적으로 임상적으로 중요하다. 소정의 시험된 아데노바이러스 혈청형은 Ad5 및 Ad5/35++와 같은 유전자 치료 실험 및 조사와 흔히 연관된 다른 것보다 CD34+ 세포의 감염에 유사하게 또는 더 효과적이었다.
실시예 1: 항-헥손 염색에 의한 CD34+ 세포의 아데노바이러스 벡터 감염의 분석
본 실시예는 다양한 아데노바이러스 벡터에 의한 CD34+ 세포의 감염을 측정하기 위해 항-헥손 염색을 이용한다. 이 실시예의 실험에 사용된 혈청형은 Ad3, Ad5, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad26, Ad34, Ad35, Ad37, Ad48, Ad50 및 Ad52뿐만 아니라 E1 결실("F35")을 포함하는 Ad5/35++ 벡터를 포함하였다. 벡터는 달리 언급된 것을 제외하고는 야생형 인간 아데노바이러스 벡터였다.
인간 CD34+ 세포(REF: 4Y-101C, 로트: 3038009, 공여자 ID: 15846)를 세포당 5,000개 또는 2,000개의 바이러스 입자(vp/c)로 야생형 인간 아데노바이러스(Ad 유형 수에 의해 확인됨)에 의해 감염시켰다. 항온처리 후 3시간에, 세포를 처음에 인산염 완충 식염수(PBS)로 세척하고, 빠르게 트립신화하여 모든 세포외 바이러스 입자를 제거하고, PBS로 세척하였다. 이후, 세척된 세포를 각각 본 실시예에서 항-헥손 염색에 의해 세포내 아데노바이러스 입자의 분석을 위해 사용되고 실시예 2에서 qPCR에 의해 아데노바이러스 DNA 내재화의 분석을 위해 사용된 2개의 분취액으로 나눴다. CD34+ 세포가 세포당 2,000개, 10,000개 및 20,000개의 바이러스 입자(vp/c)로 감염된 복제 실험을 추가로 수행하였다.
본 실시예에서, 세포를 처음에 실온에서 15분 동안 고정 배지(Thermofisher)로 고정하였다. PBS 세척 단계 후, 세포를 투과 배지(Thermofisher)에 재현탁시켰다. 항-아데노바이러스 헥손 항체(클론 20/11, MAB8052, Sigma)를 투과 배지에 첨가하고, 밤새 4℃에서 항온처리하였다. 둘째날에, 세포를 PBS로 2회 세척하고, 투과 배지에서 Alexa Fluor 488 표지된 2차 항체(카탈로그 # A-21121, Thermofisher)로 염색하였다. 염색을 2개의 PBS 세척 단계에 의해 중단시키고, 세포를 Beckman Coulter Gallios Flow Cytometer에서 분석하였다. 마우스 IgG1 아이소타입 대조군 항체(Sigma, REF: M5284-.1MG, 클론: MOPC 21)를 사용한 염색을 지칭하는 아이소타입 대조군을 분석함으로써 배경 신호를 얻었다. FITC 양성 세포의 백분율은 도 1에 표시되어 있다. 각각의 바이러스에 대해 2개의 샘플은 각각의 바이러스 용량에 대해 도시되어 있다.
항-헥손 염색의 결과는 도 1에 제공된다. 도 1에 도시된 것과 같은 이 실시예에서의 기준 혈청형은 대개 사용된, 예를 들면 유전자 치료 조사 또는 아데노바이러스 벡터 작제물에 사용된 Ad5 및 Ad5/35++(F35) 혈청형을 포함한다. 예상치 못하게, 몇몇 아데노바이러스 벡터 혈청형은 지속적으로 CD34+ 세포로의 내재화에 대해 이 기준 혈청형을 능가하였다. 이것은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 35 및 50을 포함하였다. 반대로, 혈청형 Ad26, Ad37, Ad48 및 Ad52는 지속적으로 CD34+ 세포로의 내재화에 대해 기준 혈청형을 능가하지 않았다. 이 데이터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 35 및 50이 CD34+ 세포, 예컨대 HSC의 형질도입을 위한 벡터의 조작에 특히 그리고 예상치 못하게 유용하다는 것을 입증한다.
실시예 2: qPCR에 의한 CD34+ 세포로의 아데노바이러스 입자의 내재화의 분석
본 실시예는 다양한 아데노바이러스 혈청형에 의한 아데노바이러스 입자의 CD34+ 세포로의 내재화를 측정하기 위해 qPCR을 이용한다. 이 실시예의 실험에 사용된 혈청형은 Ad3, Ad5, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad26, Ad34, Ad37, Ad35, Ad48, Ad50 및 Ad52뿐만 아니라 E1 결실("F35")을 포함하는 Ad5/35++ 벡터를 포함하였다. 사용된 바이러스는 달리 언급된 것을 제외하고는 정제된 야생형 인간 아데노바이러스였다. 세포를 실시예 1에 기재된 것처럼 준비하였다.
본 실시예에서, 총 게놈 DNA를 Monarch® Genomic DNA Purification Kit(NEB)를 사용하여 단리하였다. qPCR 분석을 위해, 샘플을 제1 실험에서 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 35 및 50; 및 제2 실험에서 Ad26, Ad37, Ad48, Ad52, Ad5 및 F35인 2개의 실험으로 분할하였다. 제1 실험에서, DNA 중합효소를 표적화하는 프라이머 및 프로브를 증폭에 사용하고, 표준 곡선을 생성하기 위해 Ad35 게놈을 함유하는 정제된 플라스미드(pAd35)를 사용하였다. 제2 실험에서, 헥손을 표적화하는 프라이머 및 프로브를 증폭에 사용하고, 표준 곡선을 생성하기 위해 Ad5 게놈을 함유하는 정제된 플라스미드(pAd5)를 사용하였다. 정규화를 위해, 유전자 hB2M을 증폭시키는 프라이머를 적용하였다.
이 실시예의 qPCR 분석의 결과는 도 2에 제공된다. 광범위하게는, 세포당 바이러스 카피 수는 Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad35, Ad50 및 F35를 사용하여 가장 높았다. 세포당 바이러스 카피는 또한 Ad3, Ad37, Ad48, Ad52 및 Ad5에 대해 검출되었다. 세포당 바이러스 카피 수는 Ad26에 대해 가장 낮았다.
실시예 3: 항-헥손 염색에 의한 CD34+ 세포의 아데노바이러스 벡터 감염의 분석
본 실시예는 다양한 아데노바이러스 벡터에 의한 CD34+ 세포의 감염을 측정하기 위해 항-헥손 염색을 이용한다. 이 실시예의 실험에 사용된 혈청형은 Ad3, Ad5, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad26, Ad34, Ad35, Ad37, Ad48, Ad50 및 Ad52뿐만 아니라 E1 결실("F35")을 포함하는 Ad5/35++ 벡터를 포함하였다. 벡터는 달리 언급된 것을 제외하고는 야생형 인간 아데노바이러스 벡터였다.
3명의 공여자로부터의 인간 CD34+ 세포를 세포당 5,000개 또는 2,000개의 바이러스 입자(vp/c)로 야생형 인간 아데노바이러스(Ad 유형 수에 의해 확인됨)에 의해 감염시켰다. 공여자 1 세포(Lonza, REF: 4Y-101C, 로트: 3038009, 공여자 ID: 15846) 및 공여자 2 세포(Lonza, REF: 4Y-101E, 로트: 3046829, 공여자 ID: 14538)는 G-CSF에 의한 조혈 줄기 세포(HSC)의 동원으로 처리된 공여자 유래인 한편; 공여자 3 세포(Hemacare, REF: M34C-MOZ-1, 로트: 20063998)는 플레리사포르에 의한 HSC 동원으로 처리된 공여자 유래였다. 항온처리 후 3시간 또는 6시간에, 세포를 처음에 인산염 완충 식염수(PBS)로 세척하고, 빠르게 트립신화하여 모든 세포외 바이러스 입자를 제거하고, PBS로 세척하였다. 이후, 세척된 세포를 각각 본 실시예에서 항-헥손 염색에 의해 세포내 아데노바이러스 입자의 분석을 위해 사용되고(이 실시예), qPCR에 의해 아데노바이러스 DNA 내재화의 분석을 위해 사용된 2개의 분취액으로 나눴다(실시예 4).
본 실시예에서, 세포를 처음에 실온에서 15분 동안 고정 배지(Thermofisher)로 고정하였다. PBS 세척 단계 후, 세포를 투과 배지(Thermofisher)에 재현탁시켰다. 항-아데노바이러스 헥손 항체(클론 20/11, MAB8052, Sigma)를 투과 배지에 첨가하고, 밤새 4℃에서 항온처리하였다. 둘째날에, 세포를 PBS로 2회 세척하고, 투과 배지에서 Alexa Fluor 488 표지된 2차 항체(카탈로그 # A-21121, Thermofisher)로 염색하였다. 염색을 2개의 PBS 세척 단계에 의해 중단시키고, 세포를 Beckman Coulter Gallios Flow Cytometer에서 분석하였다. 샘플과 동일한 항체에 의해 염색된 비감염된 세포를 지칭하는 음성 대조군 및/또는 마우스 IgG1 아이소타입 대조군 항체(Sigma, REF: M5284-.1MG, 클론: MOPC 21)를 사용한 염색을 지칭하는 아이소타입 대조군을 분석함으로써 배경 신호를 얻었다. FITC 양성 세포의 백분율은 도 3 내지 도 13에 표시되어 있다. 각각의 바이러스에 대해 2개 또는 3개의 샘플은 각각의 바이러스 용량에 대해 도시되어 있다.
항-헥손 염색의 결과는 도 3 내지 도 13에 제공된다. 도 3 내지 도 13에 도시된 것과 같은 이 실시예에서의 기준 혈청형은 대개 사용된, 예를 들면 유전자 치료 조사 또는 아데노바이러스 벡터 작제물에 사용된 Ad5 및 Ad5/35++(F35) 혈청형을 포함한다. 예상치 못하게, 몇몇 아데노바이러스 혈청형은 지속적으로 CD34+ 세포로의 내재화에 대해 기준 Ad5 혈청형을 능가하고, 일부 경우에 또한 기준 F35 혈청형을 능가하였다. 이것은 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 35, 37 및 50을 포함하였다. 혈청형 Ad37은 공여자 1이 아니라 공여자 2 및 공여자 3으로부터의 CD34+ 세포로의 내재화에 대해 기준 혈청형 Ad5를 능가하였다. 반대로, 혈청형 Ad26, Ad48 및 Ad52는 지속적으로 CD34+ 세포로의 내재화에 대해 기준 혈청형을 능가하지 않았다. 이 데이터는 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 35, 37 및 50이 CD34+ 세포, 예컨대 HSC의 형질도입을 위한 벡터의 조작에 특히 그리고 예상치 못하게 유용하다는 것을 입증한다.
실시예 4: qPCR에 의한 CD34+ 세포로의 아데노바이러스 입자의 내재화의 분석
본 실시예는 다양한 아데노바이러스 혈청형에 의한 아데노바이러스 입자의 CD34+ 세포로의 내재화를 측정하기 위해 qPCR을 이용한다. 이 실시예의 실험에 사용된 혈청형은 Ad3, Ad5, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad26, Ad34, Ad37, Ad35, Ad48, Ad50 및 Ad52뿐만 아니라 E1 결실("F35")을 포함하는 Ad5/35++ 벡터를 포함하였다. 사용된 바이러스는 달리 언급된 것을 제외하고는 정제된 야생형 인간 아데노바이러스였다. 세포를 실시예 3에 기재된 것처럼 준비하였다.
본 실시예에서, 총 게놈 DNA를 Monarch® Genomic DNA Purification Kit(NEB)를 사용하여 단리하였다. qPCR 분석을 위해, 샘플을 제1 실험에서 Ad3, 7, 11, 14, 16, 21, 34, 35 및 50; 및 제2 실험에서 Ad26, Ad37, Ad48, Ad52, Ad5 및 F35인 2개의 실험으로 분할하였다. 제1 실험에서, DNA 중합효소를 표적화하는 프라이머 및 프로브를 증폭에 사용하고, 표준 곡선을 생성하기 위해 Ad35 게놈을 함유하는 정제된 플라스미드(pAd35)를 사용하였다. 제2 실험에서, 헥손을 표적화하는 프라이머 및 프로브를 증폭에 사용하고, 표준 곡선을 생성하기 위해 Ad5 게놈을 함유하는 정제된 플라스미드(pAd5)를 사용하였다. 정규화를 위해, 유전자 hB2M을 증폭시키는 프라이머를 적용하였다. 배경 신호를 조사되는 경우 비감염된 세포로부터 단리된 게놈 DNA를 지칭하는 음성 대조군 및/또는 qPCR 반응에서 게놈 DNA 대신에 물을 사용하는 것을 지칭하는 물(H2O) 대조군을 분석함으로써 얻었다.
이 실시예의 qPCR 분석의 결과는 도 14 내지 도 24에 제공된다. 광범위하게는, 세포당 바이러스 카피 수는 Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad35, Ad37, Ad50 및 F35를 사용하여 가장 높았다. 세포당 바이러스 카피는 또한 Ad5, Ad26, Ad48 및 Ad52에 대해 검출되었다.
실시예 5: 제1 세대 아데노바이러스 벡터의 제조
본 실시예는 다양한 아데노바이러스 혈청형으로부터의 제1 세대 아데노바이러스 벡터의 제조를 포함한다. 이 실시예의 실험에 사용된 혈청형은 Ad11, Ad34 및 Ad35를 포함하였다. 제1 세대 아데노바이러스 게놈은 Ad 게놈으로부터 제거된 조절 E1 유전자(E1a 및 E1b)에 의해 제조되었다. 추가적으로, 제1 세대 Ad 게놈은 내인성 E4orf6 유전자가 Ad5 혈청형을 갖지 않으면 Ad5 E4orf6 유전자에 의해 내인성 E4orf6 유전자를 대체하도록 조작되었다. 제1 세대 Ad35 게놈은 돌연변이체 Ad35++ 섬유 매듭을 추가로 포함하였고, 섬유 매듭은 본원에서 어딘가에 기재되어 있고, 제1 세대 Ad35 게놈은 본 실시예에서 제1 세대 Ad35++ 게놈으로 지칭된다. 본 실시예의 제1 세대 Ad 게놈은 또한 EF1-알파 프로모터의 제어 하에 암호화 서열로부터 녹색 형광 단백질(GFP)을 발현하고 소 성장 호르몬(BGH) 폴리아데닐화 신호에 작동 가능하게 연결된 핵산 페이로드를 포함하도록 조작되었다. 당업자는 본 실시예 및 본 개시내용으로부터 다른 아데노바이러스 혈청형(예를 들면, Ad3, Ad5, Ad7, Ad14, Ad16, Ad21, Ad26, Ad37, Ad48, Ad50 및 Ad52)이 또한 아데노바이러스 벡터 게놈, 예컨대 제1 세대 아데노바이러스 벡터 게놈 및 본원에 개시된 다른 형태 또는 세대를 제조하도록 사용될 수 있다는 것을 이해할 것이다.
제1 세대 Ad 게놈을 암호화하는 플라스미드는 HEK293 세포로 형질주입되고, 생존 가능 Ad 벡터가 구조될 수 있는지를 결정하도록 증식되었다. 구조된 Ad 벡터는 표준 방법을 사용하여 정제되었다(예를 들면, Su 등 doi:10.1101/pdb.prot095547 Cold Spring Harb Protoc 2019 참조).
정제된 Ad 벡터는 몇몇 접근법을 사용하여 규명되었다. 정제된 바이러스 조제물의 물리적 역가 또는 수율은 분광측광법에 의해 결정되고, 정제된 바이러스 입자의 총 수(vp) 또는 형질주입된 HEK293 세포당 바이러스 입자의 수(vp/세포)로 표현될 수 있다. 표 19는 정제된 제1 세대 Ad 조제물을 규명하기 위한 실험으로부터의 결과를 보여준다.
정제된 Ad 벡터는 정제된 Ad 조제물로부터 단리된 DNA의 제한 효소 분해에 의해 추가적으로 규명되었다. 단리된 DNA는 제한 효소(SmaI, SspI 또는 BspHI)를 사용하여 분해되고, 제한 패턴은 제1 세대 Ad 게놈을 암호화하는 출발 플라스미드의 동일한 제한 효소를 사용한 분해에 의해 얻은 제한 패턴 및/또는 Ad 게놈의 서열에 기초하여 예측된 제한 패턴과 비교되었다. 겔에서의 제한 패턴의 분석은 예상된 밴딩 패턴 및 예상된 밴드 크기를 보여주었고(도 25 내지 도 28), 이는 제1 세대 Ad11, Ad34 및 Ad35++ 벡터의 성공적인 제조를 입증한다.
실시예 6: 세포의 제1 세대 아데노바이러스 벡터 감염의 분석
본 실시예는 다양한 제1 세대 아데노바이러스 벡터에 의한 세포의 감염을 측정하기 위한 GFP 페이로드 발현의 분석을 이용한다. 이 실시예의 실험에 사용된 혈청형은 Ad11, Ad34, Ad35 및 Ad35++(본원에 어딘가에 기재된 것과 같은 돌연변이체 Ad35 섬유 매듭을 갖는 Ad35)를 포함하였다. 벡터는 제1 세대 아데노바이러스 벡터이고, 실시예 5에 기재된 것과 같이 GFP를 암호화하는 핵산 페이로드를 포함하였다.
인간 세포주(HEK293 및 K562) 및 (실시예 3에 제시된 것과 같은 공여자 1, 공여자 2 및 공여자 3 세포로부터의) CD34+ 세포는 세포당 100개 내지 5,000개의 바이러스 입자(vp/c)로 제1 세대 아데노바이러스 벡터(Ad 유형 수에 의해 확인됨)로 감염되었다. 항온처리 후 3시간, 24시간, 25시간 또는 48시간에, 세포를 처음에 인산염 완충 식염수(PBS)로 세척하고, 빠르게 트립신화하여 모든 세포외 바이러스 입자를 제거하고, PBS로 세척하였다. 이후, 세척된 세포를 각각 본 실시예에서 GFP 페이로드 발현의 분석에 의해 세포내 아데노바이러스 입자의 분석을 위해 사용되고(이 실시예), (실시예 7에서) qPCR에 의해 아데노바이러스 DNA 내재화의 분석을 위해 사용된 2개의 분취액으로 나눴다.
본 실시예에서, 세포는 GFP 페이로드 발현을 검출함으로써 Beckman Coulter Gallios Flow Cytometer에서 분석되었다. GFP 페이로드 발현의 분석의 결과는 도 29 내지 도 32에서 GFP 양성 세포의 백분율로서 제공된다. 혈청형 Ad11, Ad34, Ad35 및 Ad35++의 제1 세대 아데노바이러스 벡터는 HEK293 세포로의 내재화에 대해 실질적인 성능을 나타낸다(도 29 및 도 30). 혈청형 Ad34 및 Ad35++의 제1 세대 아데노바이러스 벡터는 K562 세포로의 내재화에 대해 실질적인 성능을 나타낸다(도 31). 혈청형 Ad11, Ad34 및 Ad35++의 제1 세대 아데노바이러스 벡터는 CD34+ 세포로의 내재화에 대해 실질적인 성능을 나타낸다(도 32). 이 데이터는 시험된 혈청형이 인간 세포의 형질도입에 대한 벡터로 조작될 수 있다는 것을 입증하고, 혈청형 Ad11, Ad34 및 Ad35++가 CD34+ 세포, 예컨대 HSC의 형질도입을 위한 벡터로 조작될 수 있다는 것을 추가로 입증한다.
혈청형 Ad11, Ad34, Ad35(제1 세대 Ad35 및 제1 세대 Ad35++)로부터의 제1 세대 아데노바이러스 벡터를 사용한 세포의 감염의 추가 규명은 공여자 1 및 공여자 3으로부터의 CD34+ 세포의 CD34+/CD90+ 하위집단에서의 GFP 페이로드 발현을 조사함으로써 수행되었다. CD34+/CD90+ 하위집단은 HSC의 더 원시적인 하위집단을 한정한다. CD34+/CD90+ 하위집단을 구별하기 위해, 형질도입 후 46시간에 세포는 Fc 수용체 차단 용액(BioLegend, Human TruStain FcX)으로 15분 동안 4℃에서 염색 완충액(PBS 중의 0.5% BSA)에 재현탁되었다. 다음에, 세포는 20분 동안 4℃에서 APC에 접합된 항-CD34 항체(BD Biosciences, REF: 340441, 클론 8G12) 및 BV421에 접합된 항-CD90 항체(BD Biosciences, REF: 562556, 클론 5E10)와 항온처리되었다. 세포는 1회 PBS 중의 0.5% BSA로 세척되고, 이후 유세포분석법에 의해 분석되었다. 유세포분석법 데이터는 CD34+ 세포 및 CD34+/CD90+ 세포를 확인하는 것이었다. 세포의 각각의 집단 내에, GFP 양성 세포는 GFP 양성 세포의 백분율 및 GFP 양성 세포에서의 GFP의 기하 평균 형광 강도(MFI)를 결정하기 위해 확인되었다. 예시적인 게이팅은 도 33에 도시되어 있다. CD34+ 집단과 비교된 CD34+/CD90+ 하위집단에서의 GFP 페이로드 발현의 분석의 결과는 도 34 및 도 35에서 GFP 양성 세포의 백분율로서 제공되고, 도 36 및 도 37에서 GFP 양성 세포에서의 GFP의 기하 MFI로서 제공된다. 혈청형 Ad11, Ad34, Ad35 및 Ad35++의 제1 세대 아데노바이러스 벡터는 세포당 2,000개 및 5,000개의 바이러스 입자로 일반 CD34+ 집단과 비교하여 세포의 CD34+/CD90+ 하위집단의 더 큰 감염성을 나타냈다. 시험된 혈청형은 또한 세포당 5,000개의 바이러스 입자로 일반 CD34+ 집단과 비교하여 세포의 CD34+/CD90+ 하위집단에서의 페이로드 암호화된 GFP의 더 큰 발현을 나타냈다. 이 데이터는 시험된 혈청형이 인간 CD34+ 세포의 형질도입을 위한 벡터로 조작될 수 있고, CD34+/CD90+ 원시적 HSC를 형질도입하는 데 특히 효과적일 수 있다는 것을 입증한다.
실시예 7: qPCR에 의한 세포의 제1 세대 아데노바이러스 벡터 감염의 분석
본 실시예는 다양한 아데노바이러스 혈청형에 의해 (공여자 2로부터의) HEK293 세포 및 CD34+ 세포로의 아데노바이러스 입자의 내재화를 측정하기 위해 qPCR을 이용한다. 이 실시예의 실험에 사용된 혈청형은 Ad11, Ad34 및 Ad35++를 포함하였다. 사용된 바이러스는 정제된 제1 세대 아데노바이러스 벡터이고, 실시예 5에 기재된 것과 같은 GFP를 암호화하는 핵산 페이로드를 포함하였다. 세포를 실시예 6에 기재된 것처럼 준비하였다.
본 실시예에서, 총 게놈 DNA를 Monarch® Genomic DNA Purification Kit(NEB)를 사용하여 단리하였다. qPCR 분석을 위해, DNA 중합효소를 표적화하는 프라이머 및 프로브를 증폭에 사용하고, Ad35 게놈을 함유하는 정제된 플라스미드(pAd35)를 표준 곡선을 생성하기 위해 사용하였다. 정규화를 위해, 유전자 hB2M을 증폭시키는 프라이머를 적용하였다.
이 실시예의 qPCR 분석의 결과는 도 38 내지 도 39에 제공된다. 광범위하게는, 세포당 바이러스 카피 수는 검출되고 Ad11, Ad34 및 Ad35++에 대해 필적하였다.
다른 실시형태
본 발명자들이 다수의 실시형태를 기재하였지만, 본 발명자들의 개시내용 및 실시예가 또한 본원에 기재된 조성물 및 방법에 의해 사용하고 포함되는 다른 실시형태를 제공한다는 것이 자명하다. 따라서, 본 개시내용의 범위가 예에 의해 표현된 특정 실시형태에 의하기보다는 본 개시내용으로부터 이해될 수 있는 것에 의해 정의되어야 하는 것으로 이해될 것이다. 본 개시내용의 하나의 양태와 관련하여 기재된 제한은 특정 실시형태에서 본 개시내용의 다른 양태와 관련하여 실행된다. 예를 들면, 본원에 제시된 소정의 독립항으로부터 직접적으로 또는 간접적으로 의존하는 청구항의 제한은 하나 이상의 다른 독립항의 추가 종속항에 제시된 제한에 대한 뒷받침으로서 작용한다.
SEQUENCE LISTING <110> ENSOMA, INC. <120> ADENOVIRAL GENE THERAPY VECTORS <130> 2013585-0059 <140> <141> <150> 63/129,233 <151> 2020-12-22 <160> 175 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 136 <212> DNA <213> Human mastadenovirus B <400> 1 ctatctatat aatatacctt atagatggaa tggtgccaac atgtaaatga ggtaatttaa 60 aaaagtgcgc gctgtgtggt gattggctgc ggggttaacg gctaaaaggg gcggcgcgac 120 cgtgggaaaa tgacgt 136 <210> 2 <211> 136 <212> DNA <213> Human mastadenovirus B <400> 2 acgtcatttt cccacggtcg cgccgcccct tttagccgtt aaccccgcag ccaatcacca 60 cacagcgcgc acttttttaa attacctcat ttacatgttg gcaccattcc atctataagg 120 tatattatat agatag 136 <210> 3 <211> 343 <212> DNA <213> Human mastadenovirus B <400> 3 gacttatgtg ggaggagtta tgttgcaagt tattacggta aatgtgacgt aaaacgaggt 60 gtggtttgaa cacggaagta gacagttttc ccacgcttac tgacaggata tgaggtagtt 120 ttgggcggat gcaagtgaaa attctccatt ttcgcgcgaa aactaaatga ggaagtgaat 180 ttctgagtca tttcgcggtt atgccagggt ggagtatttg ccgagggccg agtagacttt 240 gaccgtttac gtggaggttt cgattaccgt 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Description of Unknown: Human adenovirus 7 sequence <400> 19 gacttatgtg ggaggagcta tgttgcaagt tattgcggta aatgtgacgt aaaacgaggt 60 gtggtttgaa cacggaagta gacagttttc ccacgcttac tgacaggata tgaggtagtt 120 ttgggcggat gcaagtaaaa attctccatt ttcgcgcgaa aactgaatga ggaagtgaat 180 ttctgagtca tttcgcggtt atgacagggt ggagtatttg ccgagggccg agtagacttt 240 gaccgtttac gtggaggttt cgattaccgt gtttttcacc taaatttccg cgtacggtgt 300 caaagtcctg tgtttttacg taggtgtcag ctgatcgcta ggg 343 <210> 20 <211> 3440 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 7 sequence <400> 20 tatttaaacc tgacgagttc cgtcaagagg ccactcttga gtgccagcga gaagagtttt 60 ctccttcgcg ccgcaagtca gttctgcgct ttgaaaatga gacacctgcg tttcctgcca 120 caggagatta tcttcagtga gaccgggatc gaaatactgg agtttgtggt aaatacccta 180 atgggagacg acccggaacc gccagtgcag cctttcgatc cacctacgct gcacgatctg 240 tatgatttag aggtagacgg gcctcaggat cccaatgagg aagctgtgaa tgggtttttt 300 actgattcta tgctgctagc tgccgatgaa ggattggaca taaaccctcc tcctgagacc 360 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<220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 34 sequence <400> 104 gacggagttc ttactttaaa atgtttaacc ccactaacaa ccacaggcgg atctctacag 60 ctaaaagtgg gagggggact tacagtggat gacactgatg gtaccttaca agaaaacata 120 cgtgctacag cacccattac taaaaataat cactctgtag aactatccat tggaaatgga 180 ttagaaactc aaaacaataa actatgtgcc aaattgggaa atgggttaaa atttaacaac 240 ggtgacattt gtataaagga tagtattaac acc 273 <210> 105 <211> 570 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 34 sequence <400> 105 ttatggactg gaataaaccc tccacctaac tgtcaaattg tggaaaacac taatacaaat 60 gatggcaaac ttactttagt attagtaaaa aacggagggc ttgttaatgg ctacgtgtct 120 ctagttggtg tatcagacac tgtgaaccaa atgttcacac aaaagacagc aaacatccaa 180 ttaagattat attttgactc ttctggaaat ctattaactg atgaatcaga cttaaaaatt 240 ccacttaaaa ataaatcttc tacagcgacc agtgaaactg tagccagcag caaagccttt 300 atgccaagta ctacagctta tcccttcaac accactacta gggatagtga aaactacatt 360 catggaatat gttactacat gactagttat gatagaagtc tatttccctt gaacatttct 420 ataatgctaa acagccgtat gatttcttcc aatgttgcct atgccataca atttgaatgg 480 aatctaaatg caagtgaatc tccagaaagc aacatagcta cgctgaccac atcccccttt 540 ttcttttctt acattacaga agacgacaac 570 <210> 106 <211> 1677 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 34 sequence <400> 106 atgaggcgag tcgtgctagg cggagcggtg gtgtatccgg agggtcctcc tccttcgtac 60 gagagcgtga tgcagcagca gcaggcgacg gcggtgatgc aatccccact ggaggctccc 120 tttgtgcctc cgcgatacct ggcacctacg gagggcagaa acagcattcg ttactcggaa 180 ctggcacctc agtacgatac caccaggttg tatctggtgg acaacaagtc ggcggacatt 240 gcttctctga actatcagaa tgaccacagc aacttcttga ccacggtggt gcaaaacaat 300 gactttaccc ctacggaagc cagcacccag accattaact ttgatgaacg atcgcggtgg 360 ggcggtcagc taaaaaccat catgcatact aacatgccca acgtgaacga gtatatgttt 420 agtaacaagt tcaaagcgcg tgtgatggtg tccagaaaac ctcctgaggg tgttagagta 480 gacgataatt atgatcataa gcaagatatt ctaaaatacg agtggttcga gtttactttg 540 ccagaaggca acttttcggt cactatgact atcgacttga tgaacaatgc catcatagac 600 aattacttga aagtgggcag acagaatgga gtgttggaaa gtgacattgg tgttaagttc 660 gacactagga acttcaagtt gggatgggat ccagaaacta agttgatcat gcctggggtt 720 tacacctatg aggccttcca tcctgacatc gtattgctgc ctggctgcgg agtggacttt 780 accgaaagcc gtctgagcaa ccttcttggc attagaaaga aacacccatt ccaagagggt 840 tttaagatct tgtatgagga tttagaagga ggaaatattc cagccctttt ggatgtagat 900 gcttatgaga acagcaagaa agatcaaaaa gccaaaatag aagctgctgc agaagctaaa 960 gcaaacatag ttgccaacga tccggtaagg gtggctaacg ctagtgaaat caggggagac 1020 agttttgccg caacatccgt tccgactaaa gaatcattat tggatgatgt gtctcaaaac 1080 atagagttaa aactcactat taagcctgtg gaaaaagatg gcaaaaacag aagttacaat 1140 gtgttggaag ataaaatcaa cacggcctat cgcagttggt acctttcgta caattatggc 1200 gaccccgaaa aaggagtgcg ttcctggaca ttgctcacca cctcagatgt cacctgcgga 1260 gcggagcagg tctactggtc gcttccagac atgatgcagg atcctgtcac tttccgctcc 1320 actagacaag tcagtaacta ccctgtggtg ggtgcagagc ttatgcccgt cttttcaaag 1380 agcttctaca acgaacaagc tgtgtactcc cagcagctcc gccagtccac ctcgcttacg 1440 cacgtcttca 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Human adenovirus 50 sequence <400> 144 Met Ala Thr Pro Ser Met Leu Pro Gln Trp Ala Tyr Met His Ile Ala 1 5 10 15 Gly Gln Asp Ala Ser Glu Tyr Leu Ser Pro Gly Leu Val Gln Phe Ala 20 25 30 Arg Ala Thr Asp Thr Tyr Phe Asn Leu Gly Asn Lys Phe Arg Asn Pro 35 40 45 Thr Val Ala Pro Thr His Asp Val Thr Thr Asp Arg Ser Gln Arg Leu 50 55 60 Met Leu Arg Phe Val Pro Val Asp Arg Glu Asp Asn Thr Tyr Ala Tyr 65 70 75 80 Lys Val Arg Tyr Thr Leu Ala Val Gly Asp Asn Arg Val Leu Asp Met 85 90 95 Ala Ser Thr Phe Phe Asp Ile Arg Gly Val Leu Asp Arg Gly Pro Ser 100 105 110 Phe Lys Pro Tyr Ser Gly Thr Ala Tyr Asn Ser Leu Ala Pro Lys Gly 115 120 125 Ala Pro Asn Thr Ser Gln Trp Leu Asn Lys Gly Asp Glu Glu Asp Gly 130 135 140 Glu Asp Asp Gln Gln Ala Thr Tyr Thr Phe Gly Asn Ala Pro Val Lys 145 150 155 160 Ala Glu Ala Glu Ile Thr Lys Glu Gly Leu Pro Ile Gly Leu Glu Val 165 170 175 Pro Ser Glu Gly Gly Pro Lys Pro Ile Tyr Ala Asp Lys Leu Tyr Gln 180 185 190 Pro Glu Pro Gln Val Gly Glu Glu Ser Trp Thr Asp Thr Asp Gly 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aactaaaata caagcaaacc gctgacttta 32040 gtgcaagagg ttttatgcca agtactacag cgtatccatt tgtccttcct aatgcgggaa 32100 cacataatga aaattatatt tttggtcaat gctactacaa agcaagcgat ggtgcccttt 32160 ttccgttgga agttactgtt atgcttaata aacgcctgcc agatagtcgc acatcctatg 32220 ttatgacttt tttatggtcc ttgaatgctg gtctagctcc agaaactact caggcaaccc 32280 tcataacctc cccatttacc ttttcctata ttagagaaga tgactgacaa caaaaataaa 32340 gttcaacatt ttttattgaa attcctttta cagtattcga gtagttattt tgcctccccc 32400 ttcccattta acagaataca ccaatctctc cccacgcaca gctttaaaca tttggatacc 32460 attagagata gacatagttt tagattccac attccaaaca gtttcagagc gagccaatct 32520 ggggtcagta atacataaaa atgcatcggg atagtctttt aaagcgcttt cacagtccaa 32580 ctgttgcgga tgcgactccg gagtctgaat cacggtcatc tggaagaaga acgatgggaa 32640 tcataatccg aaaacggaat cgggcgattg tgtctcatca aacccacaag caaccgctgt 32700 ctgcgtcgct ccgtgcgact gctgtttatg ggatcggggt ccgcagtgtc ctgaagcatg 32760 attttaatag cccttaacat taactttctg gtgcgatgcg cgcagcaacg cattctgatt 32820 tcacttagat tactacagta 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aaatacaata ggttaccgcg ctgcgctcca acattgttag ttttgaatta gtctgcaaaa 34560 taaaagaaac aagcgtcata tcatagtagc ctgtcgaaca ggtggaaaaa tcagtctttc 34620 catcacaaga caagccacag ggtctccagc tcgaccctcg taaaacctgt cattgtgatt 34680 aaacaacagc accgaaagtt cctcgcggtg gccagcatga ataattcttg atgaagcata 34740 caatccagac atgttagcat cagttaaaga gaaaaaacag ccaacatagc ctctgggtat 34800 aattatgctt aattttaagt atagcaaagc cacccctcgc ggatacaaag taaaaggcac 34860 aggagaataa aaaatataat tatttctctg ctgctgttca ggcaacgttg ctcccggtcc 34920 ctctaaatag acatacaaag cctcatcagc catggcttac caggcaaagt acagcgggcg 34980 cacaaagcac aagctctaaa gaagctctaa aaacactctc caacctctcc acaatatata 35040 cacaagccct aaactgacgt aatgggagta aagtgaaaaa aaaataccgc caagcccaac 35100 acacaccccg aaactgcgtc agcaggaaaa agtacagttt cacttccgca ttcccaacaa 35160 gcgtaacttc ctctttctca tggtacgtca catccgatta acttgcaacg tcattttccc 35220 acggtcgcgc cgcccctttt agccgttaac cccgcagcca atcaccacac agcgcgcact 35280 tttttaaatt acctcattta catgttggca ccattccatc tataaggtat attatataga 35340 tag 35343 <210> 146 <211> 35514 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 7 sequence <400> 146 ctctctattt aatatacctt atagatggaa tggtgccaat atgtaaatga ggtaatttaa 60 aaaagtgcgc gctgtgtggt gattggctgt ggggttaacg gctaaaatgg gcggggcggc 120 cgtgggaaaa tgacgtgact tatgtgggag gagctatgtt gcaagttatt gcggtaaatg 180 tgacgtaaaa cgaggtgtgg tttgaacacg gaagtagaca gttttcccac gcttactgac 240 aggatatgag gtagttttgg gcggatgcaa gtaaaaattc tccattttcg cgcgaaaact 300 gaatgaggaa gtgaatttct gagtcatttc gcggttatga cagggtggag tatttgccga 360 gggccgagta gactttgacc gtttacgtgg aggtttcgat taccgtgttt ttcacctaaa 420 tttccgcgta cggtgtcaaa gtcctgtgtt tttacgtagg tgtcagctga tcgctagggt 480 atttaaacct gacgagttcc gtcaagaggc cactcttgag tgccagcgag aagagttttc 540 tccttcgcgc cgcaagtcag ttctgcgctt tgaaaatgag acacctgcgt ttcctgccac 600 aggagattat cttcagtgag accgggatcg aaatactgga gtttgtggta aataccctaa 660 tgggagacga cccggaaccg ccagtgcagc ctttcgatcc acctacgctg cacgatctgt 720 atgatttaga ggtagacggg cctcaggatc ccaatgagga agctgtgaat gggtttttta 780 ctgattctat gctgctagct gccgatgaag gattggacat aaaccctcct cctgagaccc 840 ttgttacccc aggggtggtt gtggaaagcg gcagaggtgg gaaaaaattg cctgatctgg 900 gagcagctga aatggacttg cgttgttatg aagagggttt tcctccgagt gatgatgaag 960 atggggaaac tgagcagtcc atccataccg cagtgaatga gggagtaaaa gctgccagcg 1020 atgtttttaa gttggactgt ccggagctgc ctggacatgg ctgtaagtct tgtgaatttc 1080 acaggaataa cactggaatg aaagaactat tgtgctcgct ttgctatatg agaatgcact 1140 gccactttat ttacagtaag tgtatttaag tgaaatttaa aggaatagtg tagctgttta 1200 ataactgttg aatggtagat ttatgttttt tacttgtgat tttttgtagg tcctgtgtct 1260 gatgatgagt caccttctcc tgattcaact acctcacctc ctgaaattca ggcgcccgca 1320 cctgcaaacg tatgcaagcc cattcctgta aagcctaagc ctgggaaacg ccctgctgtg 1380 gataagcttg aggacttgtt ggagggtggg gatggacctt tggaccttag tacccggaaa 1440 ctgccaaggc aataagtgcc ctgcagctgt gtttatttaa tgtgacgtca tgtaataaaa 1500 ttatgtcagc tgctgagtgt tttattactt cttgggtggg gacttggata tataagtagg 1560 agcagatctg tgtggttagc tcacagcaac ctgctgccat ccatggaggt ttgggctatc 1620 ttggaagacc tcagacagac taggctactg ctagaaaacg cctcggacgg agtctctggc 1680 ctttggagat tctggttcgg tggtgatcta gctaggctag tgtttaggat aaaacaggac 1740 tacagcgtag aatttgaaaa gttattggac gacagtccag gactttttga agctcttaac 1800 ttgggtcatc aggctcattt taaggagaag gttttatcag ttttagattt ttctactcct 1860 ggtagaactg ctgctgctgt agcttttctt acttttatat tggataaatg gatccgccaa 1920 actcacttca gcaagggata cgttttggat ttcatagcag cagctttgtg gagaacatgg 1980 aaggctcgca ggatgaggac aatcttagat tactggccag tgcagcctct aggagtagca 2040 gggatactga gacacccacc gaccatgcca gcggttctgc aggaggagca gcaggaggac 2100 aatccgagag ccggcctgga ccctccggtg gaggagtagc tgacctgttt cctgaactgc 2160 gacgggtgct tactaggtct acgaccagtg gacagaacag aggcattaag agggagagga 2220 atcctagtgg gaataattca agaaccgagt tggctttaag tttaatgagc cgcaggcgtc 2280 ctgaaactgt ttggtggcat gaggttcaga gcgaaggcag ggatgaagtt tcaatattgc 2340 aggagaaata ttcactagaa caacttaaga cctgttggtt ggaacctgag gatgattggg 2400 aggtggccat taggaattat gctaagatat ctctgaggcc tgataaacaa tatagaatta 2460 ctaagaagat taatattaga aatgcatgct acatatcagg gaatggggca gaggttataa 2520 tagatacaca agataaagca gcttttagat gttgtatgat gggtatgtgg ccaggggttg 2580 tcggcatgga agcagtaaca cttatgaata ttaggtttag aggggatggg tataatggca 2640 ttgtatttat ggctaacact aagctgattc tacatggttg tagctttttt gggtttaata 2700 atacgtgtgt agaagcttgg gggcaagtta gtgtgagggg ttgtagtttt tatgcatgct 2760 ggattgcaac atcaggtagg gtcaagagtc agttgtctgt gaagaaatgc atgtttgaga 2820 gatgtaatct tggcatactg aatgaaggtg aagcaaggat ccgccactgc gcagctacag 2880 aaactggctg cttcattcta ataaagggaa atgccagtgt gaagcataat atgatctgtg 2940 gacattcgga tgagaggcct tatcagatgc tgacctgcgc tggtggacat tgcaatattc 3000 ttgctactgt gcatatcgtt tcacatgcac gcaagaaatg gcctgtattt gaacataatg 3060 tgattaccaa gtgcaccatg cacataggtg gtcgcagggg aatgtttatg ccttaccagt 3120 gtaacatgaa tcatgtgaag gtaatgttgg aaccagatgc cttttccaga gtgagcttaa 3180 caggaatctt tgatatgaat attcaactat ggaagatcct gagatatgat gacactaaac 3240 cgagggtgcg cgcatgcgaa tgcggaggca agcatgctag attccagccg gtgtgcgtgg 3300 atgtgactga agacctgaga cccgatcatt tggtgcttgc ctgcactgga gcggagttcg 3360 gttccagtgg tgaagaaact gactaaagtg agtagtgggg gcaagatgtg gatggggact 3420 ttcaggttgg taaggtggac agattgggta aattttgtta atttctgtct tgcagctgcc 3480 atgagtggaa gcgcttcttt tgagggggga gtatttagcc cttatctgac gggcaggctc 3540 ccaccatggg caggagttcg tcagaatgtc atgggatcca ctgtggatgg gagacccgtc 3600 cagcccgcca attcctcaac gctgacctat gccactttga gttcgtcacc attggatgca 3660 gctgcagccg ccgccgctac tgctgccgcc aacactatcc ttggaatggg ctattacgga 3720 agcatcgttg ccaattccag ttcctctaat aacccttcaa ccctggctga ggacaagcta 3780 cttgttctgt tggctcagct cgaggcctta acccaacgct taggcgaact gtctaagcag 3840 gtggcccagt tgcgtgagca aactgagtct gctgttgcta cagcaaagtc taaataaaga 3900 tctcaaatca ataaataaag aaatacttgt tataaaaaca aatgaatgtt tatttgattt 3960 ttcgcgcgcg gtatgccctg gaccatcggt ctcgatcatt gagaactcgg tggatctttt 4020 ccagtaccct gtaaaggtgg gattgaatgt ttagatacat aggcattagt ccgtctcggg 4080 ggtggagata gctccattga 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cggtatgtaa acacatgtcc ccctcctcca catccaagaa 5820 tgtgattggc ttgtaagtgt aggccacgtg accaggggtc cccgccgggg gggtataaaa 5880 gggggcgggc ctctgttcgt cctcactgtc ttccggatcg ctgtccagga gcgccagctg 5940 ttggggtagg tattccctct cgaaggcggg catgacctct gcactcaggt tgtcagtttc 6000 taggaacgag gaggatttga tattgacagt accagcagag atgcctttca taagactctc 6060 gtccatctgg tcagaaaaca caatcttctt gttgtccagc ttggtagcaa atgatccata 6120 gagggcattg gatagaagct tggcgatgga gcgcatggtt tggttctttt ccttgtccgc 6180 gcgctccttg gcggcgatgt taagctggac gtactcgcgc gccacacatt tccattcagg 6240 gaagatggtt gtcagttcat ccggaactat tctgactcgc catcccctat tgtgcagggt 6300 tatcagatcc acactggtgg ccacctcgcc tcggaggggc tcattggtcc agcagagtcg 6360 acctcctttt cttgaacaga aaggggggag ggggtctagc atgagctcat caggggggtc 6420 cgcatctatg gtaaatattc ccggtagcaa atctttgtca aaatagctga tggtggtggg 6480 atcatccaag gtcatctgcc attctcgaac tgccagcgcg cgctcatagg ggttaagagg 6540 ggtgccccag ggcatggggt gggtgagcgc ggaggcatac atgccacaga tatcgtatac 6600 atagaggggc tcttcgagga 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ctaaacagcc gtacgatttc ttccaatgtt gcctatgcca tacaatttga 32280 atggaatcta aatgcaaaag aatctccaga aagcaacata gctacgctga ccacatcccc 32340 ctttttcttt tcttatatta gagaagacga caactaaaaa ataaagttta agtgttttta 32400 tttaaaaatc acaaaattcg agtagttatt ttgcctcccc cttcccattt aacagaatac 32460 accaatctct ccccacgcac agctttaaac atttggatac cattagagat agacatagtt 32520 ttagtttcca cattccaaac agtttcagag cgagccaatc tggggtcagt gatacataaa 32580 aatgcatcgg gatagtcttt taaagcgctt tcacagtcca actgctgcgg atgcgactcc 32640 ggagtctgga tcacagtcat ctggaagaag aacgatggga atcataatcc gaaaacggaa 32700 tcgggcgatt gtgtctcatc aaacccacaa gcagccgctg tctgcgtcgc tccgtgcgac 32760 tgctgtttat gggatcgggg tctgcagtgt cctgaagcat gattttaata gcccttaaca 32820 ttaactttct ggtgcgatgc gcgcagcaac gcattctgat ttcacttaga ttactacagt 32880 atgtacagca cattatcaca atattgttta ataaaccata attaaaagcg ctccagccaa 32940 aactcatatc tgatacaatc gcccctgcat gaccatcata ccaaatttta atataaatta 33000 aatgtcgttc cctcaaaaac acactaccca catacatgat ctcttttggc atgtgcatat 33060 taacaatctg tctgtaccat ggacaacgtt ggttaatcat gcaacccaat ataaccttcc 33120 ggaaccacac tgccaacacc gctcccccag ccatgcattg aagtgaaccc tgctgattac 33180 aatgacaatg aagaacccaa ttctctcgac catgaatcac ttgagactga aaaatatcta 33240 tagtagcaca acaaagacat aaatgcatgc atcttctcat aatttttaac tcatctggat 33300 ttaaaaacat atcccaagga atgggaaact cttgcaaaac agtaaagctg gcagaacaag 33360 gaagaccacg aacacaactt acactatgca tagtcatagt atcacaatct ggcaacagcg 33420 ggtggtcttc agtcatagaa gctcgggttt cattttcctc acatcgtggt aactgggctc 33480 tggtgtaagg gtgatgtctg gcgcatgatg tcgagcgtgc gcgcaacctt gtcataatgg 33540 agttgtttcc tgacattctc gtattttgta tagcaaaatg cggccctggc acaacacact 33600 cttcttcgtc ttctatcctg ccgcttagtg tgttccgtct gataattcaa gtacagccac 33660 actcttaagt tggtcaaaag aatgctggct tcagttgtaa tcaaaactcc atcatattta 33720 attgttctaa ggaaatcatc cacggtagca tatgcaaatc ccaaccaagc aatgcaactg 33780 gattgtgttt caagcagcag aggagaggga agagacggaa gaatcatgtt aatttttatt 33840 ccaaacgatc tcgcagtact tcaaattgta gatcgcgcag atggcatcta 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taaacaacag caccgaaagt 34740 tcctcgcggt ggccagcatg aataattctt gatgaagcat ataatccaga catgttagca 34800 tcagttaaag agaaaaaaca gccaacatag cctctgggta taattatgct taatcttaag 34860 tatagcaaag ccacccctcg cggatacaaa gtaaaaggca caggagaata aaaaatataa 34920 ttatttctct gccgctgttc aggcaacgtc gcccccggtc catctaaata cacatacaaa 34980 gcctcatcag ccatggctta ccagacaaag aacagcgggc gcacaaagca caagctctaa 35040 agaagctcta aagacactct ccaacctctc cacaatatat acacaagccc taaactgacg 35100 taatgggagt aaagtataaa aaatcccgcc aagcccaaca cacaccccga aactgcgtca 35160 gcagggaaaa atacagtttc acttccgcat tcccaacaag cgtaagttcc tctttctcat 35220 ggtacgtcac atccgattaa cttgcaacgt cattttccca cggtcgcacc gcccctttta 35280 gccgttcacc ccgcagccaa tcaccacaca gcgcgcactt ttttaaatta cctcatttgc 35340 atattggcac cattccatct ataaggtata ttatatagat ag 35382 <210> 151 <211> 34775 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 34 sequence <400> 151 catcatcaat aatatacctt atagatggaa tggtgccaat atgtaaatga ggtgatttta 60 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taaagaagaa tttgaaaagt tgttggtaga ttgcccagga ctttttgaag 1800 ctcttaattt gggccatcaa gttcacttta aagaaaaagt tttatcagtt ttagactttt 1860 caaccccagg tagaactgcc gctgctgtgg cttttcttac ttttatatta gataaatgga 1920 tcccgcagac tcatttcagc aggggatacg ttttggattt cgtagccaca gcattgtgga 1980 gaacatggaa ggttcgcaag atgaggacaa tcttaggtta ctggccagtg cagcctttgg 2040 gtgtagcggg aatcctgagg catccaccgg tcatgccagc ggttctggag gaggaacagc 2100 aagaggacaa cccgagagcc ggcctggacc ctccagtgga ggaggcggag tagctgactt 2160 gtctcctgaa ctgcaacggg tgcttactgg atctacgtcc actggacggg ataggggcgt 2220 taagagggag agggcatcta gtggtactga tgctagatct gagttggctt taagtttaat 2280 gagtcgcaga cgtcctgaaa ccatttggtg gcatgaggtc cagaaagagg gaagggatga 2340 agtttctgta ttgcaggaga aatattcact ggaacaggtg aaaacatgtt ggttggagcc 2400 tgaggatgat tgggaggtgg ccattaaaaa ttatgccaag atagctttga ggcctgataa 2460 acagtataag attactagac ggattaatat ccggaatgct tgttacatat ctggaaatgg 2520 ggctgaggtg gtaatagata ctcaagacaa ggcagttatt agatgctgca tgatggatat 2580 gtggcctgga 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Arg Met Glu Leu Met Gly Cys Asp Leu Asn Ser 1295 1300 1305 Cys Ser Met Pro Leu Gly Met Glu Ser Lys Ala Ile Ser Asp Ala 1310 1315 1320 Gln Ile Thr Ala Ser Ser Tyr Phe Thr Asn Met Phe Ala Thr Trp 1325 1330 1335 Ser Pro Ser Lys Ala Arg Leu His Leu Gln Gly Arg Ser Asn Ala 1340 1345 1350 Trp Arg Pro Gln Val Asn Asn Pro Lys Glu Trp Leu Gln Val Asp 1355 1360 1365 Phe Gln Lys Thr Met Lys Val Thr Gly Val Thr Thr Gln Gly Val 1370 1375 1380 Lys Ser Leu Leu Thr Ser Met Tyr Val Lys Glu Phe Leu Ile Ser 1385 1390 1395 Ser Ser Gln Asp Gly His Gln Trp Thr Leu Phe Phe Gln Asn Gly 1400 1405 1410 Lys Val Lys Val Phe Gln Gly Asn Gln Asp Ser Phe Thr Pro Val 1415 1420 1425 Val Asn Ser Leu Asp Pro Pro Leu Leu Thr Arg Tyr Leu Arg Ile 1430 1435 1440 His Pro Gln Ser Trp Val His Gln Ile Ala Leu Arg Met Glu Val 1445 1450 1455 Leu Gly Cys Glu Ala Gln Asp Leu Tyr Val 1460 1465 <210> 155 <211> 147 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: beta-globin sequence <400> 155 Met Val His Leu Thr Pro Glu Glu Lys Ser Ala Val Thr Ala Leu Trp 1 5 10 15 Gly Lys Val Asn Val Asp Glu Val Gly Gly Glu Ala Leu Gly Arg Leu 20 25 30 Leu Val Val Tyr Pro Trp Thr Gln Arg Phe Phe Glu Ser Phe Gly Asp 35 40 45 Leu Ser Thr Pro Asp Ala Val Met Gly Asn Pro Lys Val Lys Ala His 50 55 60 Gly Lys Lys Val Leu Gly Ala Phe Ser Asp Gly Leu Ala His Leu Asp 65 70 75 80 Asn Leu Lys Gly Thr Phe Ala Thr Leu Ser Glu Leu His Cys Asp Lys 85 90 95 Leu His Val Asp Pro Glu Asn Phe Arg Leu Leu Gly Asn Val Leu Val 100 105 110 Cys Val Leu Ala His His Phe Gly Lys Glu Phe Thr Pro Pro Val Gln 115 120 125 Ala Ala Tyr Gln Lys Val Val Ala Gly Val Ala Asn Ala Leu Ala His 130 135 140 Lys Tyr His 145 <210> 156 <211> 147 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: gamma-globin sequence <400> 156 Met Gly His Phe Thr Glu Glu Asp Lys Ala Thr Ile Thr Ser Leu Trp 1 5 10 15 Gly Lys Val Asn Val Glu Asp Ala Gly Gly Glu Thr Leu Gly Arg Leu 20 25 30 Leu Val Val Tyr Pro Trp Thr Gln Arg Phe Phe Asp Ser Phe Gly Asn 35 40 45 Leu Ser Ser Ala Ser Ala Ile Met Gly Asn Pro Lys Val Lys Ala His 50 55 60 Gly Lys Lys Val Leu Thr Ser Leu Gly Asp Ala Thr Lys His Leu Asp 65 70 75 80 Asp Leu Lys Gly Thr Phe Ala Gln Leu Ser Glu Leu His Cys Asp Lys 85 90 95 Leu His Val Asp Pro Glu Asn Phe Lys Leu Leu Gly Asn Val Leu Val 100 105 110 Thr Val Leu Ala Ile His Phe Gly Lys Glu Phe Thr Pro Glu Val Gln 115 120 125 Ala Ser Trp Gln Lys Met Val Thr Ala Val Ala Ser Ala Leu Ser Ser 130 135 140 Arg Tyr His 145 <210> 157 <211> 42 <212> PRT <213> Human mastadenovirus B <400> 157 Met Ala Lys Arg Ala Arg Leu Ser Thr Ser Phe Asn Pro Val Tyr Pro 1 5 10 15 Tyr Glu Asp Glu Ser Ser Ser Gln His Pro Phe Ile Asn Pro Gly Phe 20 25 30 Ile Ser Pro Asp Gly Phe Thr Gln Ser Pro 35 40 <210> 158 <211> 42 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 7 sequence <400> 158 Met Thr Lys Arg Val Arg Leu Ser Asp Ser Phe Asn Pro Val Tyr Pro 1 5 10 15 Tyr Glu Asp Glu Ser Thr Ser Gln His Pro Phe Ile Asn Pro Gly Phe 20 25 30 Ile Ser Pro Asn Gly Phe Thr Gln Ser Pro 35 40 <210> 159 <211> 42 <212> PRT <213> Human mastadenovirus B <400> 159 Met Thr Lys Arg Val Arg Leu Ser Asp Ser Phe Asn Pro Val Tyr Pro 1 5 10 15 Tyr Glu Asp Glu Ser Thr Ser Gln His Pro Phe Ile Asn Pro Gly Phe 20 25 30 Ile Ser Pro Asn Gly Phe Thr Gln Ser Pro 35 40 <210> 160 <211> 42 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 14 sequence <400> 160 Met Thr Lys Arg Val Arg Leu Ser Asp Ser Phe Asn Pro Val Tyr Pro 1 5 10 15 Tyr Glu Asp Glu Ser Thr Ser Gln His Pro Phe Ile Asn Pro Gly Phe 20 25 30 Ile Ser Pro Asn Gly Phe Thr Gln Ser Pro 35 40 <210> 161 <211> 42 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 16 sequence <400> 161 Met Ala Lys Arg Ala Arg Leu Ser Ser Ser Phe Asn Pro Val Tyr Pro 1 5 10 15 Tyr Glu Asp Glu Ser Ser Ser Gln His Pro Phe Ile Asn Pro Gly Phe 20 25 30 Ile Ser Ser Asn Gly Phe Ala Gln Ser Pro 35 40 <210> 162 <211> 42 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 21 sequence <400> 162 Met Thr Lys Arg Val Arg Leu Ser Asp Ser Phe Asn Pro Val Tyr Pro 1 5 10 15 Tyr Glu Asp Glu Ser Thr Ser Gln His Pro Phe Ile Asn Pro Gly Phe 20 25 30 Ile Ser Pro Asn Gly Phe Thr Gln Ser Pro 35 40 <210> 163 <211> 42 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 34 sequence <400> 163 Met Thr Lys Arg Val Arg Leu Ser Asp Ser Phe Asn Pro Val Tyr Pro 1 5 10 15 Tyr Glu Asp Glu Ser Thr Ser Gln His Pro Phe Ile Asn Pro Gly Phe 20 25 30 Ile Ser Pro Asn Gly Phe Thr Gln Ser Pro 35 40 <210> 164 <211> 42 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus D37 sequence <400> 164 Met Ser Lys Arg Leu Arg Val Glu Asp Asp Phe Asn Pro Val Tyr Pro 1 5 10 15 Tyr Gly Tyr Ala Arg Asn Gln Asn Ile Pro Phe Leu Thr Pro Pro Phe 20 25 30 Val Ser Ser Asp Gly Phe Lys Asn Phe Pro 35 40 <210> 165 <211> 42 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 50 sequence <400> 165 Met Thr Lys Arg Val Arg Leu Ser Asp Ser Phe Asn Pro Val Tyr Pro 1 5 10 15 Tyr Glu Asp Glu Ser Thr Ser Gln His Pro Phe Ile Asn Pro Gly Phe 20 25 30 Ile Ser Pro Asn Gly Phe Thr Gln Ser Pro 35 40 <210> 166 <211> 126 <212> DNA <213> Human mastadenovirus B <400> 166 atggccaagc gagctcggct aagcacttcc ttcaacccgg tgtaccctta tgaagatgaa 60 agcagctcac aacacccatt tataaatcct ggtttcattt cccctgacgg gttcacacaa 120 agtcca 126 <210> 167 <211> 126 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 7 sequence <400> 167 atgaccaaga gagtccggct cagtgattcc ttcaaccctg tctaccccta tgaagatgaa 60 agcacctccc aacacccctt tataaaccca gggtttattt ccccaaatgg ctttacacaa 120 agccca 126 <210> 168 <211> 126 <212> DNA <213> Human mastadenovirus B <400> 168 atgaccaaga gagtccggct cagtgactcc ttcaaccctg tctaccccta tgaagatgaa 60 agcacctccc aacacccctt tataaaccca gggtttattt ccccaaatgg cttcacacaa 120 agccca 126 <210> 169 <211> 126 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 14 sequence <400> 169 atgaccaaga gagtccggct cagtgactcc ttcaaccctg tctaccccta tgaagatgaa 60 agcacctccc aacacccctt tataaaccca gggtttattt ccccaaatgg cttcacccaa 120 agccca 126 <210> 170 <211> 126 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 16 sequence <400> 170 atggccaaac gagctcggct aagcagctcc ttcaatccgg tctaccccta tgaagatgaa 60 agcagctcac aacacccctt tataaaccct ggtttcattt cctcaaatgg ttttgcacaa 120 agccca 126 <210> 171 <211> 126 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 21 sequence <400> 171 atgaccaaga gagtccggct cagtgattcc ttcaaccctg tctaccccta tgaagatgaa 60 agcacctccc aacacccctt tataaaccca gggtttattt ccccaaatgg ctttacacaa 120 agccca 126 <210> 172 <211> 126 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 34 sequence <400> 172 atgaccaaga gagtccggct cagtgactcc ttcaaccctg tctaccccta tgaagatgaa 60 agcacctccc aacacccctt tataaaccca gggtttattt ccccaaatgg cttcacacaa 120 agccca 126 <210> 173 <211> 126 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus D37 sequence <400> 173 atgtcaaaga ggctccgggt ggaagatgac ttcaaccccg tctaccccta tggctacgcg 60 cggaatcaga atatcccctt cctcactccc ccctttgtct cctccgatgg attcaaaaac 120 ttcccc 126 <210> 174 <211> 126 <212> DNA <213> Unknown <220> <223> Description of Unknown: Human adenovirus 50 sequence <400> 174 atgaccaaga gagtccggct cagtgattcc ttcaaccctg tctaccccta tgaagacgaa 60 agcacctccc aacacccctt tataaaccca gggtttattt ccccaaatgg ctttacacaa 120 agccca 126 <210> 175 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic peptide <400> 175 Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser 1 5

Claims (29)

  1. 포유류 대상체에서 생체내 유전자 치료의 방법으로서, 상기 방법은 대상체에게 아데노바이러스 벡터를 투여하는 단계를 포함하고, 아데노바이러스 벡터는
    (a) Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad37 또는 Ad50 혈청형의 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드를 포함하는 캡시드이되, 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드는
    (i) 섬유 매듭(fiber knob);
    (ii) 섬유 샤프트(fiber shaft);
    (iii) 섬유 꼬리(fiber tail);
    (iv) 펜톤; 및
    (v) 헥손 중 하나 이상을 포함하는 캡시드; 및
    (b) 이종성 핵산 페이로드를 포함하는 이중 가닥 DNA 게놈을 포함하는, 방법.
  2. 제1항에 있어서, 게놈은
    (a) 3' ITR 및 5' ITR이되, 3' ITR 및 5' ITR의 각각은 바이러스 폴리펩타이드 혈청형을 갖는 3' ITR 및 5' ITR; 및
    (b) 패키징 서열이되, 패킹 서열은 바이러스 폴리펩타이드 혈청형을 갖는 패키징 서열을 추가로 포함하는, 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 방법은 아데노바이러스 벡터의 투여 전에 대상체의 조혈 줄기 세포의 동원(mobilization)을 포함하는, 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 이종성 핵산 페이로드는 선택 가능한 마커를 포함하고, 선택적으로 선택 가능한 마커는 MGMTP140K인, 방법.
  5. 제4항에 있어서, 상기 방법은 대상체에게 선택 제제를 투여하는 단계를 포함하고, 선택적으로 선택 제제는 O6BG 및/또는 BCNU를 포함하는, 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 대상체에게 하나 이상의 면역억제 제제를 투여하는 단계를 포함하고, 선택적으로 하나 이상의 면역억제 제제의 투여는 아데노바이러스 벡터의 투여 전인, 방법.
  7. 아데노바이러스 공여자 벡터로서,
    (a) Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad37 또는 Ad50 혈청형의 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드를 포함하는 캡시드이되, 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드는
    (i) 섬유 매듭;
    (ii) 섬유 샤프트;
    (iii) 섬유 꼬리;
    (iv) 펜톤; 및
    (v) 헥손 중 하나 이상을 포함하는 캡시드; 및
    (b) 이종성 핵산 페이로드를 포함하는 이중 가닥 DNA 게놈을 포함하는, 아데노바이러스 공여자 벡터.
  8. 제7항에 있어서, 게놈은
    (a) 3' ITR 및 5' ITR이되, 3' ITR 및 5' ITR의 각각은 바이러스 폴리펩타이드 혈청형을 갖는 3' ITR 및 5' ITR; 및
    (b) 패키징 서열이되, 패킹 서열은 바이러스 폴리펩타이드 혈청형을 갖는 패키징 서열을 추가로 포함하는, 벡터.
  9. 제7항 또는 제8항에 있어서, 이종성 핵산 페이로드는 선택 가능한 마커를 포함하고, 선택적으로 선택 가능한 마커는 MGMTP140K인, 벡터.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 바이러스 폴리펩타이드는
    (a) 섬유 매듭 및 섬유 샤프트;
    (b) 섬유 매듭 및 섬유 꼬리;
    (c) 섬유 매듭 및 펜톤;
    (d) 섬유 매듭 및 헥손;
    (e) 섬유 매듭, 헥손 및 펜톤;
    (f) 섬유 샤프트 및 섬유 꼬리;
    (g) 섬유 샤프트 및 펜톤;
    (h) 섬유 샤프트 및 헥손;
    (i) 섬유 샤프트, 헥손 및 펜톤;
    (j) 섬유 꼬리 및 펜톤;
    (k) 섬유 꼬리 및 헥손;
    (l) 섬유 꼬리, 헥손 및 펜톤;
    (m) 섬유 매듭, 섬유 샤프트 및 섬유 꼬리;
    (n) 섬유 매듭, 섬유 샤프트 및 펜톤;
    (o) 섬유 매듭, 섬유 샤프트 및 헥손;
    (p) 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 헥손 및 펜톤;
    (q) 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리 및 펜톤;
    (r) 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리, 펜톤 및 헥손; 또는
    (s) 펜톤 및 헥손을 포함하는, 방법 또는 벡터.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 섬유 매듭은 서열 번호 14, 30, 46, 62, 78, 94, 110, 126 및 142로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는, 방법 또는 벡터.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 섬유 샤프트는 서열 번호 13, 29, 45, 61, 77, 93, 109, 125 및 141로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는, 방법 또는 벡터.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 섬유 꼬리는 서열 번호 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164 및 165로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는, 방법 또는 벡터.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 펜톤은 서열 번호 15, 31, 47, 63, 79, 95, 111, 127 및 143으로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는, 방법 또는 벡터.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 헥손은 서열 번호 16, 32, 48, 64, 80, 96, 112, 128 및 144로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는, 방법 또는 벡터.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노바이러스 벡터는 바이러스 펩타이드의 혈청형의 섬유를 포함하는, 방법 또는 벡터.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 섬유는 서열 번호 12, 28, 44, 60, 76, 92, 108, 124 및 140으로부터 선택된 서열과 적어도 80%의 동일성을 갖는 서열을 갖는, 방법 또는 벡터.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노바이러스 벡터는 캡시드가 바이러스 펩타이드의 혈청형을 갖지 않는 섬유 매듭, 섬유 샤프트, 섬유 꼬리, 헥손 또는 펜톤 중 적어도 하나를 포함한다는 점에서 규명된 키메라 벡터인, 방법 또는 벡터.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노바이러스 벡터는 헬퍼 의존적 벡터인, 방법.
  20. 아데노바이러스 공여자 벡터 게놈으로서,
    (a) 3' ITR 및 5' ITR이되, 3' ITR 및 5' ITR은 Ad3, Ad7, Ad11, Ad14, Ad16, Ad21, Ad34, Ad37 또는 Ad50 혈청형으로부터 선택된 동일한 혈청형의 각각인 3' ITR 및 5' ITR;
    (b) 패키징 서열이되, 패키징 서열은 ITR 혈청형을 갖는 패키징 서열; 및
    (c) 이종성 핵산 페이로드를 포함하는, 아데노바이러스 공여자 벡터 게놈.
  21. 제20항에 있어서, 이종성 핵산 페이로드는 선택 가능한 마커를 포함하고, 선택적으로 선택 가능한 마커는 MGMTP140K인, 아데노바이러스 공여자 벡터 게놈.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 이종성 핵산 페이로드는 단백질을 암호화하는, 방법, 벡터 또는 게놈.
  23. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 이종성 핵산 페이로드는 키메라 항원 수용체(CAR), T 세포 수용체(TCR) 또는 작은 RNA를 암호화하고, 선택적으로 작은 RNA는 shRNA인, 방법, 벡터 또는 게놈.
  24. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 이종성 핵산 페이로드는 유전자 편집 효소 또는 시스템을 암호화하고, 유전자 편집은 CRISPR 편집, 염기 편집, 프라임 편집 또는 징크 핑거 뉴클레아제 편집으로부터 선택되는, 방법, 벡터 또는 게놈.
  25. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 이종성 핵산 페이로드는 교모세포종, 헤모글로빈병증, 혈소판 장애, 판코니 빈혈, 알파-1 항트립신 결핍증, 겸상 세포 빈혈, 지중해빈혈, 중간형 지중해빈혈, 폰 빌레브란트 질환, A형 혈우병, B형 혈우병, V 인자 결핍증, VII 인자 결핍증, X 인자 결핍증, XI 인자 결핍증, XII 인자 결핍증, XIII 인자 결핍증, 베르나르 술리에 증후군, 그레이 혈소판 증후군, 점액다당류증, 낭성 섬유증, 테이 삭스병, 만성 육아종 질환, 비스코트 올드리치 증후군 및 페닐케톤뇨증으로부터 선택된 병태의 치료를 위한 제제를 암호화하는, 방법, 벡터 또는 게놈.
  26. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 이종성 핵산 페이로드는 그레이브병, 류마티스성 관절염, 악성 빈혈, 다발성 경화증(MS), 염증성 장 질환, 전신 홍반 루푸스(SLE), 아데노신 데아미나제 결핍증(ADA-SCID) 또는 중증 복합 면역결핍 질환(SCID), 비스코트 올드리치 증후군(WAS), 만성 육아종 질환(CGD), 판코니 빈혈(FA), 배턴병, 부신백질이영양증(ALD) 또는 이염백질이영양증(MLD), 근이영양증, 폐포 단백증(PAP), 피루베이트 키나제 결핍증, 슈바크만 다이아몬드 블랙판 빈혈, 선천성 각화이상증, 낭성 섬유증, 파킨슨병, 알츠하이머병 및 근위축성 측색 경화증(루게릭병)으로부터 선택된 병태의 치료를 위한 제제를 암호화하는, 방법, 벡터 또는 게놈.
  27. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 바이러스 폴리펩타이드의 혈청형은 Ad34인, 방법, 벡터 또는 게놈.
  28. 제7항 내지 제27항 중 어느 한 항의 아데노바이러스 벡터를 포함하는 약학 조성물로서, 약학 조성물은 이를 필요로 하는 대상체에 대한 주사를 위해 제형화된, 약학 조성물.
  29. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 아데노바이러스 벡터는 CD34+ 세포, CD34+고 세포, CD34+/CD90+ 세포 및/또는 CD34+고/CD90+ 세포를 감염시키고/시키거나 형질도입하고, 선택적으로 세포는 조혈 세포인, 방법, 벡터, 게놈 또는 약학 조성물.
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