KR20230122948A - 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법 - Google Patents
관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법 Download PDFInfo
- Publication number
- KR20230122948A KR20230122948A KR1020220019817A KR20220019817A KR20230122948A KR 20230122948 A KR20230122948 A KR 20230122948A KR 1020220019817 A KR1020220019817 A KR 1020220019817A KR 20220019817 A KR20220019817 A KR 20220019817A KR 20230122948 A KR20230122948 A KR 20230122948A
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- snp
- gene
- coronary artery
- artery disease
- risk
- Prior art date
Links
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 title claims abstract description 70
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 34
- 239000003550 marker Substances 0.000 title abstract description 11
- 210000004351 coronary vessel Anatomy 0.000 claims abstract description 30
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 20
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 claims abstract description 17
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims description 46
- 101000835995 Homo sapiens Slit homolog 1 protein Proteins 0.000 claims description 39
- 101000651893 Homo sapiens Slit homolog 3 protein Proteins 0.000 claims description 39
- 102100025490 Slit homolog 1 protein Human genes 0.000 claims description 39
- 102100039425 Polyadenylate-binding protein 3 Human genes 0.000 claims description 33
- 108091056085 miR-4465 stem-loop Proteins 0.000 claims description 30
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 25
- 102100038772 Proline-rich protein 25 Human genes 0.000 claims description 22
- 101000610107 Homo sapiens Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 Proteins 0.000 claims description 21
- 101150029011 Amer2 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 101100455475 Homo sapiens LRRC4C gene Proteins 0.000 claims description 15
- 101100021298 Homo sapiens PPFIA4 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 101150077233 Nmbr gene Proteins 0.000 claims description 15
- 101150087839 Npas2 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 101150048473 SLC25A21 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 101150020701 ZNF438 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 101150065012 arhgap19 gene Proteins 0.000 claims description 15
- 101150114079 PABPC3 gene Proteins 0.000 claims description 14
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 13
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 13
- 101150099993 LMF1 gene Proteins 0.000 claims description 12
- 101000741719 Homo sapiens Proline-rich protein 25 Proteins 0.000 claims description 11
- 101150072755 PRR25 gene Proteins 0.000 claims description 11
- 101001043185 Homo sapiens Lipase maturation factor 1 Proteins 0.000 claims description 10
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims description 10
- 102100021978 Lipase maturation factor 1 Human genes 0.000 claims description 9
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 7
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 claims description 7
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 6
- 210000004877 mucosa Anatomy 0.000 claims description 6
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 6
- 210000002465 tibial artery Anatomy 0.000 claims description 6
- 210000004490 abdominal subcutaneous fat Anatomy 0.000 claims description 5
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 5
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 claims description 5
- 210000000709 aorta Anatomy 0.000 claims description 4
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 4
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000005240 left ventricle Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000001599 sigmoid colon Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000000952 spleen Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000001550 testis Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000002972 tibial nerve Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000004100 adrenal gland Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000003236 esophagogastric junction Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 claims 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 abstract description 20
- 230000002526 effect on cardiovascular system Effects 0.000 abstract description 17
- 238000011161 development Methods 0.000 abstract description 5
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 5
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 20
- 101000609215 Homo sapiens Polyadenylate-binding protein 3 Proteins 0.000 description 19
- 102100025678 APC membrane recruitment protein 2 Human genes 0.000 description 18
- 101710146210 APC membrane recruitment protein 2 Proteins 0.000 description 18
- 101000600779 Homo sapiens Neuromedin-B receptor Proteins 0.000 description 15
- 102100037283 Neuromedin-B receptor Human genes 0.000 description 15
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 10
- 101000634537 Homo sapiens Neuronal PAS domain-containing protein 2 Proteins 0.000 description 9
- 102100029045 Neuronal PAS domain-containing protein 2 Human genes 0.000 description 9
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 9
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 8
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 8
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 8
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 7
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 7
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 7
- 208000024172 Cardiovascular disease Diseases 0.000 description 6
- 101000942706 Homo sapiens Liprin-alpha-4 Proteins 0.000 description 6
- 102100032893 Liprin-alpha-4 Human genes 0.000 description 6
- 102100040171 Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 Human genes 0.000 description 6
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 6
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 6
- 201000001320 Atherosclerosis Diseases 0.000 description 5
- 238000000513 principal component analysis Methods 0.000 description 5
- 101000581129 Homo sapiens Rho GTPase-activating protein 19 Proteins 0.000 description 4
- 102100027604 Rho GTPase-activating protein 19 Human genes 0.000 description 4
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 4
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 4
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 208000019553 vascular disease Diseases 0.000 description 4
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 3
- 210000000577 adipose tissue Anatomy 0.000 description 3
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 3
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 210000002216 heart Anatomy 0.000 description 3
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 3
- 210000004165 myocardium Anatomy 0.000 description 3
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 3
- 238000001558 permutation test Methods 0.000 description 3
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 3
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 3
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 102100025668 Angiopoietin-related protein 3 Human genes 0.000 description 2
- 206010003210 Arteriosclerosis Diseases 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 2
- 101000693085 Homo sapiens Angiopoietin-related protein 3 Proteins 0.000 description 2
- 101001028136 Homo sapiens Methyltransferase-like 26 Proteins 0.000 description 2
- 102100037543 Methyltransferase-like 26 Human genes 0.000 description 2
- 102100030129 Mitochondrial 2-oxodicarboxylate carrier Human genes 0.000 description 2
- 238000000342 Monte Carlo simulation Methods 0.000 description 2
- 102100037420 Regulator of G-protein signaling 4 Human genes 0.000 description 2
- 101710140404 Regulator of G-protein signaling 4 Proteins 0.000 description 2
- 108091006427 SLC25A21 Proteins 0.000 description 2
- 208000007536 Thrombosis Diseases 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 2
- 210000000038 chest Anatomy 0.000 description 2
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 2
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 2
- 238000002586 coronary angiography Methods 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 2
- 230000036541 health Effects 0.000 description 2
- 230000001631 hypertensive effect Effects 0.000 description 2
- 210000001596 intra-abdominal fat Anatomy 0.000 description 2
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 208000010125 myocardial infarction Diseases 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- -1 nucleoside triphosphates Chemical class 0.000 description 2
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 2
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 2
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 2
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 2
- 208000004476 Acute Coronary Syndrome Diseases 0.000 description 1
- 206010001580 Albuminuria Diseases 0.000 description 1
- 206010002383 Angina Pectoris Diseases 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 206010012689 Diabetic retinopathy Diseases 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102100037121 GSK-3-binding protein FRAT2 Human genes 0.000 description 1
- 229930186217 Glycolipid Natural products 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 108010023302 HDL Cholesterol Proteins 0.000 description 1
- 101001029171 Homo sapiens GSK-3-binding protein FRAT2 Proteins 0.000 description 1
- 101000619621 Homo sapiens Leucine-rich repeat-containing protein 4C Proteins 0.000 description 1
- 101000589002 Homo sapiens Myogenin Proteins 0.000 description 1
- 101000600387 Homo sapiens Phosphoglycerate mutase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000600395 Homo sapiens Probable phosphoglycerate mutase 4 Proteins 0.000 description 1
- 101001098868 Homo sapiens Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 Proteins 0.000 description 1
- 101001029173 Homo sapiens Proto-oncogene FRAT1 Proteins 0.000 description 1
- 101000818823 Homo sapiens Zinc finger protein 438 Proteins 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 201000008450 Intracranial aneurysm Diseases 0.000 description 1
- 102100022187 Leucine-rich repeat-containing protein 4C Human genes 0.000 description 1
- 102100032970 Myogenin Human genes 0.000 description 1
- 206010028851 Necrosis Diseases 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 208000031481 Pathologic Constriction Diseases 0.000 description 1
- 102100037384 Probable phosphoglycerate mutase 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100038955 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 Human genes 0.000 description 1
- 102100037072 Proto-oncogene FRAT1 Human genes 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000001766 X chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 102100021348 Zinc finger protein 438 Human genes 0.000 description 1
- 238000012197 amplification kit Methods 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 208000011775 arteriosclerosis disease Diseases 0.000 description 1
- 210000001367 artery Anatomy 0.000 description 1
- 230000003143 atherosclerotic effect Effects 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000001008 atrial appendage Anatomy 0.000 description 1
- 230000017531 blood circulation Effects 0.000 description 1
- 150000004657 carbamic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 230000007211 cardiovascular event Effects 0.000 description 1
- 239000013522 chelant Substances 0.000 description 1
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 238000002591 computed tomography Methods 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 150000002016 disaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 208000016097 disease of metabolism Diseases 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N dithiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010291 electrical method Methods 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 230000024924 glomerular filtration Effects 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 description 1
- 230000037356 lipid metabolism Effects 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 230000004777 loss-of-function mutation Effects 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical class CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012775 microarray technology Methods 0.000 description 1
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 230000017074 necrotic cell death Effects 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 description 1
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-N phosphoramidic acid Chemical class NP(O)(O)=O PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 210000000813 small intestine Anatomy 0.000 description 1
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 1
- 208000037804 stenosis Diseases 0.000 description 1
- 230000036262 stenosis Effects 0.000 description 1
- 238000013517 stratification Methods 0.000 description 1
- 210000004003 subcutaneous fat Anatomy 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 238000002626 targeted therapy Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 230000002792 vascular Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명에서는 GWAS를 사용하여 관상동맥과 연관된 유전적 변이와 eQTL을 사용하여 해당하는 마커를 식별하고자 하였으며, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 SNP 바이오 마커 조성물, 키트 및 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법을 제공한다. 구체적으로 심혈관 위험도가 높지만 관상동맥이 정상이거나, 관상동맥 질환이 있는 남성(대조군)을 대상으로 바이오마커를 식별한 결과, 10개의 독립적인 유전좌위를 확인하였다. 본 발명의 바이오마커는 관상동맥 질환 발병으로부터 보호되는 유전적 좌위를 시사하는 바, 개인별 맞춤 의약을 제공할 수 있다.
Description
본 기술은 관상동맥 질환 발병 저위험을 예측할 수 있는 바이오마커에 관한 것으로, GWAS를 이용하여 심혈관 위험도가 높지만 관상동맥이 정상인 군에서 초정상 관상동맥과 관련된 유전적 변이와 eQTL을 사용하여 식별한 마커를 통해, 관상동맥 질환 발병 저위험을 예측할 수 있는 기술이다.
유전적 요인은 동맥경화성 심혈관 질환 발병에 상당한 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 종래의 많은 연구자들은 이러한 위험에 기여하는 유전적 변이를 찾기 위해 적극적으로 조사하였으며, 그 중 많은 것이 전통적인 임상 요인과 관련이 있는 한편 많은 다른 연구는 비암호화 유전 영역 및 알려지지 않은 경로와 관련되어 있음을 발견했다(McPherson, Circ Res 2016; Song, JLR 2020, Lee, JLR 2020, Khera, Nat Rev Genet 2017). 일반 인구집단 연구 혹은 가족 연구에서 혈관 질환 위험도가 상대적으로 낮은 사람은 PCSK9에 의해 ANGPTL3에서 기능 상실 변이가 확인되었다. 이러한 연구는 무작위로 등록된 사람들을 이용하여 혈관 질환 존재와 관련하여 분석되었다. 또한, 질환 저위험 표현형과 관련된 변이가 있는 유전자는 일반적으로 지질 대사 경로에 속했다. 이러한 연구에서 얻은 유전적 및 의학적 통찰력은 죽상경화성 혈관 질환에 대한 ANGPTL3 또는 PSCK9 단일클론 항체와 같은 새로운 표적 치료제의 성공적인 개발에 기초가 될 수 있었다.
최근 연구에서 동맥 경직도가 초정상인 사람들은 심혈관 사건 측면에서 예후가 더 좋은 것이 보고되었다. 이러한 표현형에 영향을 미치는 개인의 요인은 다를 수 있지만 자세히 보고되지는 않았다. 이러한 보호 표현형에 관한 최근 연구는 당뇨병성 망막병증에 저항성이 있는 당뇨병 환자에서 수행되기도 하였다 (Yokomizo, Sci Transl Med 2019). 그러나 초정상 혹은 보호되는 혈관에 대한 유전적 연구가 위험 요소의 조합에 의해 계산된 심혈관 위험 점수가 높은 집단을 대상으로 수행된 적은 없었다.
이에, 본 발명자들은 초정상 혹은 죽상동맥경화증으로부터 보호되는 관상동맥과 잠재적인 연관성이 있는 유전적 좌위와 후보 유전자를 확인하여 본 발명을 완성하였다.
이에, 본 발명자들은 심혈관 위험도가 높으나, 관상동맥 관련 질환이 발생하지 않은 군과 연관성이 있는 유전적 좌위를 찾음으로써, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 마커로서 이용하기 위해 노력한 결과, GWAS(genome-wide association study)를 사용하여 초정상 관상동맥과 관련된 유전적 변이를 찾고, eQTL(expression quantitative trait loci)을 사용하여 해당 유전자를 식별하여 본 발명을 완성하였다.
따라서, 본 발명의 목적은 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 SNP 바이오 마커 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 상기 SNP 바이오 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 포함하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 개체로부터 분리된 생물학적 시료로부터, SNP의 대립형질을 결정하는 단계를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 정보 제공 방법으로, 상기 SNP는 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 정보 제공 방법을 제공하는 것이다.
본 명세서에서 사용한 용어는 단지 설명을 목적으로 사용된 것으로, 한정하려는 의도로 해석되어서는 안 된다. 단수의 표현은 문맥상 명백하게 다르게 뜻하지 않는 한, 복수의 표현을 포함한다. 본 명세서에서, "포함하다" 또는 "가지다" 등의 용어는 명세서 상에 기재된 특징, 숫자, 단계, 동작, 구성요소, 부품 또는 이들을 조합한 것이 존재함을 지정하려는 것이지, 하나 또는 그 이상의 다른 특징들이나 숫자, 단계, 동작, 구성요소, 부품 또는 이들을 조합한 것들의 존재 또는 부가 가능성을 미리 배제하지 않는 것으로 이해되어야 한다. 다르게 정의되지 않는 한, 기술적이거나 과학적인 용어를 포함해서 여기서 사용되는 모든 용어들은 실시예가 속 하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가지고 있다. 일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 것과 같은 용어들은 관련 기술의 문맥 상 가지는 의미와 일치하는 의미를 가지는 것으로 해석되어야 하며, 본 출원에서 명백하게 정의하지 않는 한, 이상적이거나 과도하게 형식적인 의미로 해석되지 않는다.
상기 목적을 달성하기 위해, 본 발명은 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 SNP 바이오 마커 조성물을 제공한다.
본 발명은 또한, 상기 SNP 바이오 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 SNP 바이오 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 SNP에 상보적인 프로브 또는 프라이머 세트일 수 있다.
본 발명은 또한, 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 포함하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 키트를 제공한다.
본 발명은 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법을 제공한다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법은:
(a) 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 개체로부터 분리한 검체 게놈 DNA 시료에 처리하여 PCR(Polymerase chain reaction)을 수행하는 단계;
(b) 상기 수행된 PCR 결과물을 시퀀싱(sequencing)하는 단계; 및
(c) 상기 시퀀싱 결과로부터 검체에 SNP가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하고,
상기 (c) 단계의 SNP는 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상일 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 (c) 단계에서
PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989의 대립형질(allele)이 A인 경우;
SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089의 대립형질이 G인 경우;
LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925의 대립형질이 T인 경우;
LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701의 대립형질이 C인 경우;
MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914의 대립형질이 T인 경우;
LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950의 대립형질이 T인 경우;
LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474의 대립형질이 C인 경우;
PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220의 대립형질이 C인 경우;
SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912의 대립형질이 A인 경우; 및
PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580의 대립형질이 C인 경우
로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상을 포함하는 경우, 관상동맥 질환이 발병하지 않거나, 낮은 발병 위험도로 예측하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 (a) 단계에서 개체는, Framingham 위험 점수가 ≥14 이고, 10년 위험도 ≥16%인 개체일 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 (a) 단계에서 시료는 근육, 골격, 전혈, 경골동맥, 췌장, 식도 점막, 경골신경, S자 결장, 식도 근육, 폐, 대동맥, 비장, 난소, 위식도접합부, 정소, 관상동맥, 좌심실, 복부피하지방, 심장 - 심방 부속물, 소장-장말단, 햇빛에 노출되지 않은 피부, 세포, 유방 및 부신으로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상에서 얻을 수 있다.
본 발명은 또한, 개체로부터 분리된 생물학적 시료로부터, SNP의 대립형질을 결정하는 단계를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 정보 제공 방법으로, 상기 SNP는 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 정보 제공 방법을 제공한다.
본 발명은 다수의 심혈관 위험요인이 있어서 그 위험도가 높으나, 관상동맥 검사상 정상인 군과 연관성이 있는 유전적 좌위를 찾음으로써, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 마커로서 이용할 수 있는 바, 개인별 맞춤 의학을 제공할 수 있다.
도 1은 연구 참가자의 선정 개략도를 나타낸다.
도 2는 게놈 전반에 걸친 전장유전체 연관성 연구결과(Genome-wide association study)를 나타낸다.
도 3은 연구 참가자의 특성을 나타낸다.
도 4는 유전적 변이를 이용한 주성분 분석(Principal Component Analysis, PCA)을 나타낸다. 유전적 인종의 처음 세 가지 주성분(PC)에 대해 평균 ± 3 표준편차(파란색 점선), 평균 ± 5 표준편차(빨간색 선)가 표시되며, 각 점은 이 연구의 참가자를 나타낸다. 파란색 원은 초정상군, 빨간색 X 점은 대조군을 나타낸다.
도 5는 GWAS에서 확인된 초정상 관상동맥과 관련된 리드(lead) 변이(P < 5 × 10-5)를 나타낸다. 약어: GRCh37, 염색체 번호 및 염기쌍 위치(GRCh37/hg19); A1, 유효 대립유전자(effective allele); A2, 비효과적 대립유전자(non-effective allele); OR, Firth의 로지스틱 회귀에 의해 추정된 각 SNP의 오즈비(odds ratio); L95, 오즈비의 95% 신뢰 구간의 하한; U95, 오즈비의 95% 신뢰 구간의 상한; P, Firth의 로지스틱 회귀에 의해 추정된 오즈비의 P-value; Ppermutation, 순열 검정에 의해 추정된 오즈비의 P-value; EAF, 이 연구 샘플에서 유효 대립유전자 빈도(effective allele frequency).
도 6은 초정상군의 GWAS 결과의 분위수 플롯을 나타낸다. 관찰된(y 축) 및 예상된(x 축) P 값의 음의 로그(log)가 각 SNP에 대해 표시된다. 빨간색 선은 실제 연관성이 없다는 귀무 가설(y = x)을 나타내고 회색 영역은 빨간색 선의 95% 신뢰 구간을 나타낸다. 게놈 인플레이션(inflation) 인자(λGC)는 그림의 왼쪽 상단에 표시된다.
도 7은 중요한 loci의 regional plot을 나타낸다. -log10(P)가 있는 regional plot은 초정상군 GWAS 결과를 나타낸다. 연관 분석의 결과는 상위 변이(보라색)를 둘러싼 2메가 염기 쌍 영역에 표시된다. 각 점은 변이를 나타내고 다른 색상은 각 변이와 상위 변이의 연관 불균형(linkage disequilibrium, r2)을 나타낸다.
도 8은 유전자형-조직 발현 프로젝트(GTEx, Genotype-Tissue Expression Project)의 eQTL(expression Quantitative Trait Loci) 결과를 나타낸다.
도 2는 게놈 전반에 걸친 전장유전체 연관성 연구결과(Genome-wide association study)를 나타낸다.
도 3은 연구 참가자의 특성을 나타낸다.
도 4는 유전적 변이를 이용한 주성분 분석(Principal Component Analysis, PCA)을 나타낸다. 유전적 인종의 처음 세 가지 주성분(PC)에 대해 평균 ± 3 표준편차(파란색 점선), 평균 ± 5 표준편차(빨간색 선)가 표시되며, 각 점은 이 연구의 참가자를 나타낸다. 파란색 원은 초정상군, 빨간색 X 점은 대조군을 나타낸다.
도 5는 GWAS에서 확인된 초정상 관상동맥과 관련된 리드(lead) 변이(P < 5 × 10-5)를 나타낸다. 약어: GRCh37, 염색체 번호 및 염기쌍 위치(GRCh37/hg19); A1, 유효 대립유전자(effective allele); A2, 비효과적 대립유전자(non-effective allele); OR, Firth의 로지스틱 회귀에 의해 추정된 각 SNP의 오즈비(odds ratio); L95, 오즈비의 95% 신뢰 구간의 하한; U95, 오즈비의 95% 신뢰 구간의 상한; P, Firth의 로지스틱 회귀에 의해 추정된 오즈비의 P-value; Ppermutation, 순열 검정에 의해 추정된 오즈비의 P-value; EAF, 이 연구 샘플에서 유효 대립유전자 빈도(effective allele frequency).
도 6은 초정상군의 GWAS 결과의 분위수 플롯을 나타낸다. 관찰된(y 축) 및 예상된(x 축) P 값의 음의 로그(log)가 각 SNP에 대해 표시된다. 빨간색 선은 실제 연관성이 없다는 귀무 가설(y = x)을 나타내고 회색 영역은 빨간색 선의 95% 신뢰 구간을 나타낸다. 게놈 인플레이션(inflation) 인자(λGC)는 그림의 왼쪽 상단에 표시된다.
도 7은 중요한 loci의 regional plot을 나타낸다. -log10(P)가 있는 regional plot은 초정상군 GWAS 결과를 나타낸다. 연관 분석의 결과는 상위 변이(보라색)를 둘러싼 2메가 염기 쌍 영역에 표시된다. 각 점은 변이를 나타내고 다른 색상은 각 변이와 상위 변이의 연관 불균형(linkage disequilibrium, r2)을 나타낸다.
도 8은 유전자형-조직 발현 프로젝트(GTEx, Genotype-Tissue Expression Project)의 eQTL(expression Quantitative Trait Loci) 결과를 나타낸다.
상술한 바와 같이, 보호 혈관 표현형에 대한 종래의 유전적 연구는 위험 요소의 조합에 따라 심혈관 위험 점수가 높은 개인을 대상으로 설계되지 않아, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 바이오마커에 대한 필요성이 대두되었다. 이에, 본 발명자들은 관상동맥 질환과 잠재적인 연관성이 있는 유전적 좌위와 후보 유전자를 확인하기 위하여 GWAS(genome-wide association study)를 사용하여 초정상 관상동맥과 관련된 유전적 변이를 찾고, eQTL(expression quantitative trait loci)을 사용하여 본 발명을 완성하였다.
이하, 본 발명을 보다 상세히 설명한다.
본 발명은 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 SNP 바이오 마커 조성물을 제공한다.
본원 명세서 전체에서 사용되는 용어 "예측"은, 특정 개인에 대하여 관상동맥 질환이 발병할 가능성이 있는지, 발병할 가능성이 있다면 관상동맥 관련 질환이 발병할 가능성이 불특정 다수인에 비하여 상대적으로 낮은지 여부를 판별하는 것을 의미한다.
본 발명에서 사용된 용어 "발병 저위험 예측용 마커"란 정상 대조군 개체에 비하여 관상동맥 질환 발병 위험도가 낮은 개체에서 유전자 발현 수준 또는 단백질 발현 수준의 유의적인 증가 또는 감소 양상을 보이는 폴리펩티드 또는 핵산(예: mRNA 등), 지질, 당지질, 당단백질, 당(단당류, 이당류, 올리고당류 등) 등과 같은 유기 생체 분자 및 SNP 등을 포함한다.
본 발명에서 사용된 용어 "저위험"이란, 심혈관 위험요인을 다수 보유하여 예상되는 심혈관 위험도가 높은 개체이지만, 관상동맥 검사상 정상이 확인되었고, 관상동맥 질환이 발생하지 않을 수 있음을 본발명에서 청구하는 SNP 바이오 마커에 의해 확인할 수 있는 상태를 의미한다. 본 발명의 명세서에 있어서, "초정상군", "supernormal" 및 "심혈관 질환으로부터 보호되는"과 혼용되어 명명될 수 있다.
본원 명세서 전체에서 사용되는 용어, "SNP(single nucleotide polymorphism)"는 단일염기다형성을 의미하며, 염색체의 단일부위에서 여러 가지 DNA 염기들 중의 하나에 나타나는 일반적인 돌연변이로 SNP는 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있고 이에 의하여 개인의 유전적 다양성이 발생한다. 본원에서, 상기 "SNP 마커"는 "SNP"와 혼용되어 명명될 수 있다.
본원 명세서 전체에서 사용되는 용어, "마커(marker)"는 바이오마커를 의미하며 생명체의 변화를 탐지할 수 있어 생명체의 정상 또는 병리적인 상태, 약물에 대한 반응 정도 등을 객관적으로 측정할 수 있다.
본원의 일 실시예에 따르면, 전장유전체 연관 분석 결과 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849, NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465, NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644, ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493, LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3, AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25, LMF1 유전자의 SNP인 rs663580가 관상동맥 질환 발병 저위험 예측에 있어서 높은 통계적 유의성을 갖는 것을 확인하였는 바(도 5), 상기 SNP를 이용하면 효율적으로 관상동맥 질환의 발병 저위험을 예측할 수 있다.
본원 명세서 전체에서 사용되는 용어 "대립형질" 또는 "대립유전자"는 상동염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 유형을 의미한다. 대립유전자는 다형성을 나타내는데 사용되기도 하며, 예컨대, SNP는 두 종류 이상, 예를 들어 두 종류의 대립형질을 갖는다.
본원 명세서 전체에서 사용되는 용어, "전장유전체 연관분석(Genome-wide association study; GWAS)"은 약 50만-200만개 단일염기다형성의 유전자형을 탐색하여 질병과의 연관성을 통계적으로 분석하는 방법을 일컫는 것으로서, 일본 이화학연구소의 Ozaki(2002) 그룹에서 최초로 시도된 연구 방법이다. 구체적으로, GWAS 연구는 환자와 건강한 사람의 DNA 또는 SNP를 비교 분석하는 방식으로 진행되며, 만약 질병을 갖고 있는 사람에게서 유전적 변이가 더 많이 발견된다면, 연구자들은 이 변이가 해당 질병과 '연관이 있다'고 본다. 현재, HapMap 프로젝트의 완성 및 마이크로어레이 기술의 급속한 발전으로, 유전자 다형성에 관한 전장유전체 스캔이 일상적인 작업이 되었고, 수백의 전장유전체 연관 분석이 성공적으로 수행되어, 심혈관 질환, 당뇨 등의 통상적인 질병과 관련된 다수의 공지되거나 신규한 유전자 변이의 발견을 이끌고 있다. 또한, 이러한 기술은 다양한 질환의 진단과 관련된 유전자 다형성 식별에 대한 강력한 수단을 제공하고 있다.
본원 명세서 전체에서 사용되는 용어 "프라이머"는, 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위 한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 이때, PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
상기 SNP 검출에 사용되는 프로브는 혼성화 프로브를 의미하는 것일 수 있으며, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 혼성화 조건은 대립형질 간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여 대립형질 중 하나에만 혼성화되도록 충분히 엄격해야 한다. 이러한 본 발명의 프로브는 중앙 부위가 다형성 서열의 다형성 부위와 정렬하는 것이 바람직하다. 이에 따라 서로 다른 대립형질성 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다. 상기 프로브는 대립형질을 검출하여 뇌동맥류를 진단하기 위한 마이크로어레이 등의 키트나 예측 방법 등에 사용될 수 있다. 중요한 프로브는 검출할 수 있도록 표지될 수 있으며, 예를 들면 방사선 동위원소, 형광 화합물, 바이오 발광 화합물, 화학 발광 화합물, 금속 킬레이트 또는 효소로 표지 될 수 있다. 상기와 같은 프로브를 적당하게 표지하는 것은 당해 분야에서 널리 알려진 기술이며, 통상적인 방법을 통하여 수행할 수 있다.
본원의 일 구현예에 따르면, 상기 프라이머 또는 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수 단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 상기 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체 (예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
본 명세서의 용어 "관상동맥질환(coronary artery disease, CAD)"은 심근에 혈액을 공급하는 동맥(관상동맥)이 죽상경화(atherosclerosis)에 의해 좁아지고, 경우에 따라 혈전에 의해 막혀서 발생되는 동맥경화성 혈관질환을 의미한다. CAD는 심근으로의 혈류량 감소를 초래하며 이에 따라 심근이 충분한 양의 산소를 공급받지 못하고, 때에 따라 괴사(necrosis)를 야기한다. CAD는 급성 관상동맥증후군, 심근경색(심장마비), 협심증(안정 및 불안정) 또는 심장으로 혈액을 공급하는 혈관에서 발생하는 혈전증 및 죽상경화증을 포함하지만, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명은 또한, 상기 SNP 바이오 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 SNP 바이오 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 SNP에 상보적인 프로브 또는 프라이머 세트일 수 있다.
본 발명은 또한, 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 포함하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 키트를 제공한다.
상기 키트는 SNP 마커를 사용하는 방법에 따라 다양한 형태의 키트일 수 있다. 예를 들면, 상기 SNP 마커의 폴리뉴클레오티드 증폭을 위한 프라이머로 사용하고자 하는 경우, 상기 키트는 핵산 증폭 키트일 수 있다. 이 경우, 상기 키트에는 핵산 증폭에 필요한 다양한 시약, 예를 들면, DNA 폴리머라제, dNTP, 버퍼, 검출표지 등이 포함될 수 있다. 상기 SNP 마커를 핵산 혼성화를 위한 프로브로 사용하고자 하는 경우, 상기 키트는 핵산 혼성화 키트일 수 있다. 이 경우, 상기 키트에는 핵산 혼성화에 필요한 다양한 시약, 예를 들면, 혼성화 버퍼, 검출표지 등이 포함될 수 있다. 상기 키트에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드는 마이크로어레이 장치의 기판에 고정되어 배열되어 있는 것일 수 있으며, 이에 제한되지 않는다.
SNP 위치의 뉴클레오티드를 결정하는 것은 알려져 있다. 예를 들면, 디데옥시법에 의하여 직접적으로 핵산의 뉴클레오티드 서열을 결정하거나, SNP 위치의 서열을 포함하는 프로브를 대상 폴리뉴클레오티드와 혼성화시키고, 혼성화 결과를 분석함으로써, SNP 위치의 뉴클레오티드를 결정할 수 있다. 혼성화 정도는 예를 들면, 검출가능한 표지를 대상 핵산에 표지하고, 혼성화된 대상 핵산을 검출함으로써 확인되거나, 전기적 방법 등에 의하여 확인될 수 있다. 또한, 단일염기 연장(single base primer extension: SBE)법 및 분자 반전(molecular inversion)법이 사용될 수 있다.
본 발명은 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법을 제공한다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법은:
(a) 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 개체로부터 분리한 검체 게놈 DNA 시료에 처리하여 PCR(Polymerase chain reaction)을 수행하는 단계;
(b) 상기 수행된 PCR 결과물을 시퀀싱(sequencing)하는 단계; 및
(c) 상기 시퀀싱 결과로부터 검체에 SNP가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하고,
상기 (c) 단계의 SNP는 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상일 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 (c) 단계에서
PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989의 대립형질이 A인 경우;
SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089의 대립형질이 G인 경우;
LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925의 대립형질이 T인 경우;
LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701의 대립형질이 C인 경우;
MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914의 대립형질이 T인 경우;
LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950의 대립형질이 T인 경우;
LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474의 대립형질이 C인 경우;
PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220의 대립형질이 C인 경우;
SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912의 대립형질이 A인 경우; 및
PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580의 대립형질이 C인 경우
로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상을 포함하는 경우, 관상동맥 질환이 발병하지 않거나, 발병 위험을 낮은 수준으로 예측하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
본원 명세서 전체에서 사용되는 용어 "심혈관 위험도가 높은 군"은 Framingham 위험 점수가 ≥14이며 이에 따라 예상되는 10년 위험도 ≥16%인 군을 의미한다. Framingham 관상동맥 위험 점수(Framingham coronary risk score)는 약 50년 전부터 시작된 연구로서 심혈관계 질환에서 위험인자의 개념을 소개하였으며, 위험인자 추정을 위한 표준을 제공하였고, 여기서 발표된 Framingham 관상동맥 위험 점수는 심혈관계 질환의 발생 위험도를 폭넓게 예측하는데 널리 추천되고 있다. 또한 Framingham 위험 점수 연구는 철저한 약물 치료와 치료적 의미의 생활 습관 개선 등이 심혈관계 질환을 예방할 수 있다는 개념을 확립하게 하였다.
본원 명세서 전체에서 사용되는 용어 "초정상군"은 심혈관 위험도가 높은 데도 불구하고 검사상 관상동맥에 죽상동맥경화가 거의 없는 정상 혈관인 군을 의미한다. 본원 명세서에 있어서, "supernormal", "발병 위험이 낮은 군" 및 "저위험군"과 혼용되어 명명될 수 있다. 관상동맥 발병 위험이 낮은 군은 대조군과 같이 Framingham 관상동맥 위험 점수로 추정한 심혈관 위험도가 높으나, 대조군과 달리 관상동맥이 정상인 군을 의미한다.
본원 명세서 전체에서 사용되는 용어 "대조군"은 Framingham 관상동맥 위험 점수로 추정한 심혈관 위험도가 높은 군에서, 관상동맥 질환이 발생한 군을 의미한다.
따라서, 본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 (a) 단계에서 개체는, Framingham 위험 점수가 ≥14 이고, 10년 위험도 ≥16%인 개체일 수 있다.
본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 (a) 단계에서 시료는 근육, 골격, 전혈, 경골동맥, 췌장, 식도 점막, 경골신경, S자 결장, 식도 근육, 폐, 대동맥, 비장, 난소, 위식도접합부, 정소, 관상동맥, 좌심실, 복부피하지방, 심장 - 심방 부속물, 소장-장말단, 햇빛에 노출되지 않은 피부, 세포, 유방 및 부신으로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상에서 얻을 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명은 또한, 개체로부터 분리된 생물학적 시료로부터, SNP의 대립형질을 결정하는 단계를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 정보 제공 방법으로, 상기 SNP는 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 정보 제공 방법을 제공한다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 예시하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지 않는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.
연구 참가자
이 연구는 헬싱키 선언을 준수하며 적절한 윤리적 감독을 받았다. 서울 세브란스병원 기관심의위원회는 연구계획서를 승인했다(4-2016-0979). 본 발명에서 연세대학교 의과대학의 심혈관 게놈 센터(CGC) 코호트와 심혈관 및 대사성 질환 병인 연구 센터-고위험(CMERC-HI) 코호트의 두 코호트에서 남성 참가자를 선택했다. 계산된 심혈관 위험이 높은 연구 참가자의 대부분이 남성이었기 때문에 여성은 제외하였으며, 모든 참가자로부터 서면 동의를 얻었다. 2001년 1월부터 2009년 8월까지 건강검진 또는 흉부증상으로 세브란스병원 심장내과에 내원한 모든 환자를 CGC 코호트에 포함시켰다. CMERC-HI 코호트의 포함 기준은 추정 사구체 여과율이 감소된 고혈압 환자, 알부민뇨가 있는 당뇨병 환자, 경동맥 플라크 또는 경동맥 내중막 두께가 증가한 개인이었다. 두 코호트에서 개인은 건강 검진을 위해 관상동맥 칼슘 스코어링 또는 흉부 증상으로 인해 필요시 관상동맥 조영술을 받았다.
본 발명의 연구 참가자의 포함 기준은 심혈관 위험이 높지만 관상동맥이 정상인 남성(초정상 그룹) 또는 관상동맥 질환이 있는 남성(대조군)이다. 초정상 그룹의 참가자는 2개의 코호트에서 선택되었고 대조군은 CGC 코호트에서 1:1.3 비율로 연령 매칭에 의해 선택되었다. 심혈관 위험은 Framingham 위험 점수("NHLBI, CHD에 대한 10년 위험 추정치". National Heart, Lung, and Blood Institute. 2013-09-14에 검색됨)가 14점 이상인 사람들로, 10-year risk가 16% 이상인 사람들이 위험이 높은 것으로 간주되어 최종적으로 등록되었다. 관상동맥 조영술에서 플라크가 보이지 않거나 컴퓨터 단층촬영에서 관상동맥 칼슘 점수가 0인 관상동맥을 정상 관상동맥으로 정의하였다. 관상동맥 질환은 하나 이상의 심장 외막 관상동맥에서 50% 이상의 관강 협착(luminal stenosis)으로 정의되었다.
CMERC-HI 코호트의 3,470명 중 1,569명의 남성이 관상동맥 칼슘 점수를 평가받았고 65명이 연구에 포함되었다(도 1).
도 2에 나타난 바와 같이, 연구 참가자의 중앙 연령은 67세였으며 참가자의 39%는 당뇨병을 가지고 있었다. 참가자의 절반 이상이 고혈압 또는 현재 흡연자였다. 총 콜레스테롤과 HDL-C의 중앙값은 각각 174mg/dL 및 38mg/dL이었고 Framingham 위험 점수 중앙값은 15였다. 초정상 그룹은 고혈압과 흡연자의 빈도가 높았고 Framingham 위험 점수는 더 높으며, 다른 특성은 두 그룹 간에 유사했다.
지노타이핑(genotyping), 품질 관리(quality control) 및 통계적 변이 추정(imputation)
연구 참가자의 DNA 샘플은 한국 인구에 최적화된 Korea Biobank Array(Theragen, Seoul, Korea)에서 유전자형을 분석했다{PMID: 30718733}. 유전자형 데이터에 대해 유전자형 데이터에 대한 샘플 수준 및 변이 수준 품질 관리(QC)를 수행했다. 2차 또는 가까운 혈연관계에 있는 관련자가 있는 표본은 KING 2.0{PMID: 20926424}를 사용하여 식별하고 제외했다. 샘플은 call rate < 95%, 평균에서 5 표준편차(sd) 떨어진 이형접합률, X 염색체의 이형접합률을 기반으로 추정된 성별과 보고된 성별 간의 불일치를 포함한 여러 기준에 따라 제외하였다. 저품질 샘플 제외 후, call rate < 98%, 소수 대립유전자 빈도(MAF) < 1% 또는 Hardy-Weinberg 평형에서 벗어난 변이(P < 1.0 × 10-6)는 제외하였다. 빈도가 높은(MAF ≥ 5%) 유전자 변이를 대상으로 실시한 주성분 분석(Principal Component Analysis, PCA)에서는 이상치 샘플이 없었다. 모든 샘플의 처음 세 가지 주성분은 평균으로부터 5 표준편차 이내에 있었다. QC 후 유전자형 데이터는 Eagle v2.3{PMID: 27694958}을 사용하여 phasing되었으며 Minimac v4{PMID: 27571263}과 Haplotype Reference Consortium(HRC r1.1 2016) 참조 패널을 사용하여 변이를 통계적으로 추정하였다. 낮은 통계적 변이 추정 결과의 품질 점수(R2 < 0.8) 또는 MAF < 1%를 갖는 유전적 변이는 위양성 통계적 변이 추정 결과를 줄이기 위해 제외하였다.
전장유전체 연관성 분석(Genome-wide association analysis, GWAS)
유전자 변이와 초정상 형질의 연관성은 Firth의 로지스틱 회귀를 사용하고 분석하여 대립유전자 수가 적은 빈도가 낮은 변이의 위양성 연관성을 줄였다. 연령과 유전적 인종의 처음 4개의 주성분(PC)은 회귀 모델에서 공변량으로 보정되었다. 독립적인 변이를 식별하기 위해 GWAS의 결과로 LD clumping 과정(r2 < 0.1)을 수행했다. 표본 크기가 작은 경우 위음성 결과를 고려하여 연관 P-value < 5.0 × 10-5에 도달한 변이가 유의한 것으로 간주되었다. 각 유전좌위의 상위 변이에 대해 Monte Carlo 방법을 사용하여 Firth 회귀 계수에 대한 순열 검정을 수행하여 GWAS의 결과를 확인했다. 가장 가까운 유전자와 상위 변이의 기능적 효과는 ANNOVAR{PMID: 20601685}를 사용하여 추정하였다.
GWAS(도 3a)에서 Haplotype Reference Consortium 참조 패널을 사용하여 유전자형 데이터를 통계적으로 추정한 후, 연령과 유전 인종의 처음 4개 주성분(PC)을 공변량으로 보정하여, 5,197,138개의 상염색체 변이를 테스트했다. PCA는 본 샘플에서 인구 계층화에 대한 증거를 보여주지 않았다(도 4). 0.892의 게놈 인플레이션 인자(λGC)에 의한 통계적 검정력이 부족함에도 불구하고, 본 발명에서는 초정상 그룹과 암시적 연관성(P < 5.0 × 10-5)을 가진 10개의 독립적인 유전자좌를 식별했다(도 5 내지 도 7). [표 1]은 P-values < 5e-5 기준으로 선별한 초정상 관상동맥과 연관된 모든 SNP에 대한 결과이다.
| rsID | GRCh37 | A1 | A2 | Nerarest Genes |
Function | N | OR | LOG(OR)_SE | L95 | U95 | P | frq.A1 |
| rs663580 | 16:890470 | G | C | PRR25;LMF1 | intergenic | 166 | 0.295 | 0.276 | 0.172 | 0.507 | 9.97E-06 | 0.4217 |
| rs6427989 | 1:203019737 | G | A | PPFIA4 | intronic | 166 | 0.248 | 0.316 | 0.134 | 0.461 | 1.02E-05 | 0.2922 |
| rs9921151 | 16:889560 | T | C | PRR25;LMF1 | intergenic | 166 | 0.307 | 0.271 | 0.180 | 0.522 | 1.31E-05 | 0.3855 |
| rs4984938 | 16:892018 | A | C | PRR25;LMF1 | intergenic | 166 | 0.326 | 0.264 | 0.194 | 0.547 | 2.18E-05 | 0.3705 |
| rs4984694 | 16:891534 | T | C | PRR25;LMF1 | intergenic | 166 | 0.326 | 0.264 | 0.194 | 0.547 | 2.18E-05 | 0.3705 |
| rs2994896 | 13:25688898 | G | T | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs3002220 | 13:25685942 | T | C | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994888 | 13:25686069 | C | T | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994891 | 13:25687231 | C | T | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994905 | 13:25691248 | C | T | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs3002221 | 13:25688642 | T | C | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994903 | 13:25690632 | A | G | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994901 | 13:25690337 | G | C | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994900 | 13:25690006 | C | A | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994893 | 13:25687738 | A | G | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994895 | 13:25688106 | C | A | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2487596 | 13:25689163 | A | C | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994899 | 13:25689121 | T | A | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs3002222 | 13:25690681 | T | C | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs9511642 | 13:25690775 | C | T | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs2994898 | 13:25688985 | C | T | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.329 | 0.262 | 0.197 | 0.550 | 2.19E-05 | 0.3946 |
| rs10799925 | 1:163480019 | G | T | LOC100422212;PBX1 | intergenic | 166 | 0.314 | 0.273 | 0.184 | 0.536 | 2.22E-05 | 0.4578 |
| rs731493 | 16:889509 | A | G | PRR25;LMF1 | intergenic | 166 | 0.325 | 0.265 | 0.193 | 0.547 | 2.31E-05 | 0.3886 |
| rs12587912 | 14:37186791 | A | G | SLC25A21 | intronic | 166 | 3.070 | 0.268 | 1.817 | 5.189 | 2.79E-05 | 0.2771 |
| rs6427740 | 1:163478748 | C | G | LOC100422212;PBX1 | intergenic | 166 | 0.327 | 0.267 | 0.194 | 0.552 | 2.84E-05 | 0.4639 |
| rs4657294 | 1:163478287 | A | G | LOC100422212;PBX1 | intergenic | 166 | 0.327 | 0.267 | 0.194 | 0.552 | 2.84E-05 | 0.4639 |
| rs6427737 | 1:163477733 | G | A | LOC100422212;PBX1 | intergenic | 166 | 0.327 | 0.267 | 0.194 | 0.552 | 2.84E-05 | 0.4639 |
| rs7535284 | 1:163477356 | C | T | LOC100422212;PBX1 | intergenic | 166 | 0.327 | 0.267 | 0.194 | 0.552 | 2.84E-05 | 0.4639 |
| rs1847474 | 11:38796040 | C | T | LINC01493;LRRC4C | intergenic | 166 | 3.179 | 0.277 | 1.846 | 5.473 | 3.02E-05 | 0.2801 |
| rs77988724 | 2:101352758 | G | C | LINC01849;NPAS2 | intergenic | 166 | 0.222 | 0.361 | 0.109 | 0.451 | 3.14E-05 | 0.1958 |
| rs9710701 | 2:101344222 | T | C | LINC01849;NPAS2 | intergenic | 166 | 0.222 | 0.361 | 0.109 | 0.451 | 3.14E-05 | 0.1958 |
| rs6571759 | 14:37185166 | A | C | SLC25A21 | intronic | 166 | 3.072 | 0.271 | 1.807 | 5.221 | 3.38E-05 | 0.2741 |
| rs2994892 | 13:25687237 | G | C | PABPC3;AMER2 | intergenic | 165 | 0.337 | 0.263 | 0.201 | 0.565 | 3.58E-05 | 0.3879 |
| rs4984695 | 16:894583 | T | C | PRR25;LMF1 | intergenic | 165 | 0.335 | 0.265 | 0.199 | 0.563 | 3.69E-05 | 0.3697 |
| rs1538950 | 10:31042464 | T | C | LINC02644;ZNF438 | intergenic | 166 | 2.927 | 0.262 | 1.752 | 4.887 | 4.06E-05 | 0.3494 |
| rs1415914 | 6:141908348 | T | A | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.843 | 0.255 | 1.726 | 4.686 | 4.12E-05 | 0.4428 |
| rs1933284 | 6:141911476 | C | T | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.843 | 0.255 | 1.726 | 4.686 | 4.12E-05 | 0.4428 |
| rs1415907 | 6:141929466 | C | T | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.835 | 0.255 | 1.721 | 4.669 | 4.27E-05 | 0.4428 |
| rs9496098 | 6:141928791 | C | T | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.835 | 0.255 | 1.721 | 4.669 | 4.27E-05 | 0.4428 |
| rs9484536 | 6:141930580 | T | G | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.835 | 0.255 | 1.721 | 4.669 | 4.27E-05 | 0.4428 |
| rs61949678 | 13:25698133 | A | G | PABPC3;AMER2 | intergenic | 166 | 0.342 | 0.262 | 0.204 | 0.572 | 4.35E-05 | 0.3946 |
| rs56090620 | 2:101354489 | G | A | LINC01849;NPAS2 | intergenic | 166 | 0.244 | 0.345 | 0.124 | 0.480 | 4.36E-05 | 0.2048 |
| rs72814920 | 2:101348400 | A | G | LINC01849;NPAS2 | intergenic | 166 | 0.244 | 0.345 | 0.124 | 0.480 | 4.36E-05 | 0.2048 |
| rs12477035 | 2:101352040 | G | A | LINC01849;NPAS2 | intergenic | 166 | 0.244 | 0.345 | 0.124 | 0.480 | 4.36E-05 | 0.2048 |
| rs61181153 | 2:101352393 | A | G | LINC01849;NPAS2 | intergenic | 166 | 0.244 | 0.345 | 0.124 | 0.480 | 4.36E-05 | 0.2048 |
| rs61106364 | 2:101352469 | T | C | LINC01849;NPAS2 | intergenic | 166 | 0.244 | 0.345 | 0.124 | 0.480 | 4.36E-05 | 0.2048 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ARHGAP19-SLIT1 | ncRNA_intronic | 166 | 3.158 | 0.282 | 1.817 | 5.489 | 4.55E-05 | 0.3584 |
| rs9484541 | 6:141989348 | G | T | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
| rs7759161 | 6:141986865 | T | C | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
| rs7755765 | 6:141990258 | C | A | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
| rs12208890 | 6:141984984 | T | C | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
| rs73777235 | 6:141989914 | C | T | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
| rs1338103 | 6:141988466 | T | C | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
| rs9484542 | 6:141991227 | G | A | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
| rs7756112 | 6:141990441 | C | T | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
| rs7740047 | 6:141987400 | G | A | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
| rs7756402 | 6:141990439 | G | A | MIR4465;NMBR | intergenic | 166 | 2.764 | 0.250 | 1.694 | 4.508 | 4.66E-05 | 0.4548 |
각 유전자좌에서 10개의 리드 SNP의 관찰된 유의 수준은 Monte Carlo 방법을 사용하는 순열 테스트에서 확인하였다(P < 9.0 × 10-6). 7개의 유전자좌는 PBX1 근처의 SNP를 포함하여 intergenic이었고, 3개는 PPFIA4 및 ARHGAP19-SLIT1의 SNP를 포함하여 intronic이었다. 연구 참가자의 10가지 리드 변이의 유전형 패턴은 도 2b에 나타냈다.
유전자형-조직 발현 프로젝트 데이터를 이용한 eQTL 분석
Genotype-Tissue Expression Project(GTEx){PMID: 32913098}의 eQTL 데이터는 GWAS 리드 변이 또는 그 프록시(LD r2 > 0.8) 중 유전자 발현과 관련된 변이를 식별하는 데 사용되었다. GWAS 리드 변이 또는 그 프록시의 경우 관련 조직(관상동맥, 전혈, 피하 지방 및 내장 지방 조직)에서 cis-eQTL 연관에 대해 총 265개의 유전자가 테스트되었다. Bonferroni의 보정을 통과한 cis-eQTL 결과는 유의미한 것으로 간주되었다(cis-eQTL P-값 < 0.05/265).
[표 2]는 GTEx eQTL 결과를 나타낸다.
| rsID | GRCh37 | A1 | A2 | Gencode | Gene | NES | P | Tissue |
| rs6427989 | 1:203019737 | G | A | ENSG00000122180.4 | MYOG | -0.15 | 6.2E-07 | 근육-골격 |
| rs6427989 | 1:203019737 | G | A | ENSG00000143847.15 | PPFIA4 | 0.2 | 2.3E-06 | 전혈 |
| rs6427989 | 1:203019737 | G | A | ENSG00000143847.15 | PPFIA4 | 0.11 | 2.3E-05 | 경골 동맥 |
| rs9710701 | 2:101344222 | T | C | ENSG00000170485.16 | NPAS2 | -0.42 | 4.1E-05 | 췌장 |
| rs9710701 | 2:101344222 | T | C | ENSG00000170485.16 | NPAS2 | -0.14 | 1.5E-04 | 식도 점막 |
| rs9710701 | 2:101344222 | T | C | ENSG00000223947.1 | AC016738.4 | -0.2 | 2.0E-04 | 식도 점막 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.32 | 7.3E-21 | 경골 신경 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.31 | 1.8E-20 | 전혈 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.3 | 2.1E-16 | S자 결장 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.35 | 6.4E-15 | 식도 근육 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.35 | 9.3E-15 | 경골 동맥 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.35 | 3.8E-14 | 폐 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.43 | 1.5E-13 | 대동맥 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.53 | 5.1E-12 | 비장 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.68 | 3.4E-11 | 난소 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.37 | 6.2E-11 | 위식도접합부 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000181274.6 | FRAT2 | -0.22 | 6.7E-11 | 정소 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.46 | 3.3E-10 | 관상동맥 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.33 | 4.1E-10 | 식도 점막 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.35 | 2.1E-09 | 좌심실 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.27 | 7.1E-09 | 복부 피하지방 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.34 | 1.7E-08 | 심장 - 심방 부속물 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.36 | 2.2E-08 | 소장-장말단 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.3 | 3.3E-08 | 피부(햇빛에 노출되지 않음) |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000213390.10 | ARHGAP19 | -0.16 | 3.9E-08 | 피부(햇빛에 노출됨) |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.27 | 4.1E-08 | 피부(햇빛에 노출됨) |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000165879.8 | FRAT1 | -0.14 | 1.8E-07 | 세포-배양된 섬유아세포 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.29 | 2.2E-07 | 유방 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000213390.10 | ARHGAP19 | -0.17 | 3.0E-07 | 피부(햇빛에 노출되지 않음) |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.15 | 3.5E-06 | 대장 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.23 | 6.8E-06 | 내장지방 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000213390.10 | ARHGAP19 | -0.14 | 7.9E-06 | 복부 피하지방 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.16 | 1.1E-05 | 근육-골격 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000187122.16 | SLIT1 | 0.32 | 1.8E-05 | 부신 |
| rs9630089 | 10:98968967 | G | A | ENSG00000171314.8 | PGAM1 | -0.09 | 1.5E-04 | 경골 동맥 |
| rs4984694 | 16:891534 | T | C | ENSG00000130731.15 | METTL26 | 0.067 | 8.5E-05 | 전혈 |
그 결과, 도 8의 결과와 같이 10개의 GWAS 리드 변이 또는 그 프록시(LD r2 > 0.8) 중 3개는 Genotype-Tissue Expression project(GTEx){PMID: 32913098}의 관상동맥, 전혈 또는 지방 조직의 유전자 발현 수준과 관련이 있었다. ARHGAP19-SLIT1의 인트론 리드 변이인 rs9630089는 관상동맥, 전혈, 지방 조직에서의 SLIT1 발현 및 지방 조직에서의 ARHGAP19 발현과 관련이 있었다. PPFIA4의 인트론 리드 변이인 rs6427989는 전혈에서 PPFIA4 발현과 관련이 있었다. PRR25와 LMF1 사이의 리드 변이(rs663580)의 intergenic 프록시인 rs4984694는 전혈에서 METTL26 발현과 관련이 있었다. intergenic 리드 변이인 rs10799925와 RGS4 발현은 명목상 유의한 eQTL 연관만을 나타내었지만(정규화된 효과 크기 = -0.150, P = 0.032) RGS4는 GTEx의 관상동맥 조직에서 유의하게 발현되었다(백만 당 전사체의 중앙값 = 18.23).
Claims (10)
- PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 SNP 바이오 마커 조성물.
- 제1항의 SNP 바이오 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물.
- 제2항에 있어서,
상기 SNP 바이오 마커 세트를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 SNP에 상보적인 프로브 또는 프라이머 세트인 것을 특징으로 하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물.
- 제2항 또는 제3항의 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 포함하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 키트.
- 제2항 또는 제3항의 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 조성물을 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법.
- 제5항에 있어서, 상기 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법은:
(a) 제2항 또는 제3항의 조성물을 개체로부터 분리된 검체 게놈 DNA 시료에 처리하여 PCR(Polymerase chain reaction)을 수행하는 단계;
(b) 상기 수행된 PCR 결과물을 시퀀싱(sequencing)하는 단계; 및
(c) 상기 시퀀싱 결과로부터 검체에 SNP가 있는지 여부를 결정하는 단계를 포함하고,
상기 (c) 단계의 SNP는 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상인 것을 특징으로 하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법.
- 제6항에 있어서, 상기 (c) 단계에서
PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989의 대립형질(allele)이 A인 경우;
SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089의 대립형질이 G인 경우;
LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925의 대립형질이 T인 경우;
LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701의 대립형질이 C인 경우;
MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914의 대립형질이 T인 경우;
LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950의 대립형질이 T인 경우;
LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474의 대립형질이 C인 경우;
PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220의 대립형질이 C인 경우;
SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912의 대립형질이 A인 경우; 및
PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580의 대립형질이 C인 경우
로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상을 포함하는 경우, 관상동맥 질환이 발병하지 않거나, 낮은 발병 위험도로 예측하는 단계를 추가로 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법.
- 제6항에 있어서,
상기 (a) 단계에서 개체는, Framingham 위험 점수가 ≥14 이고, 10년 위험도 ≥16%인 개체인 것을 특징으로 하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법. - 제6항에 있어서,
상기 (a) 단계에서 시료는 근육, 골격, 전혈, 경골동맥, 췌장, 식도 점막, 경골신경, S자 결장, 식도 근육, 폐, 대동맥, 비장, 난소, 위식도접합부, 정소, 관상동맥, 좌심실, 복부피하지방, 심장 - 심방 부속물, 소장-장말단, 햇빛에 노출되지 않은 피부, 세포, 유방 및 부신으로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나 이상에서 얻은 것을 특징으로 하는 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법.
- 개체로부터 분리된 생물학적 시료로부터, SNP의 대립형질을 결정하는 단계를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 정보 제공 방법으로,
상기 SNP는 PPFIA4 유전자의 SNP인 rs6427989; SLIT1 또는 ARHGAP19 유전자의 SNP인 rs9630089; LOC100422212 또는 PBX1 유전자의 SNP인 rs10799925; LINC01849 또는 NPAS2 유전자의 SNP인 rs9710701; MIR4465 또는 NMBR 유전자의 SNP인 rs1415914; LINC02644 또는 ZNF438 유전자의 SNP인 rs1538950; LINC01493 또는 LRRC4C 유전자의 SNP인 rs1847474; PABPC3 또는 AMER2 유전자의 SNP인 rs3002220; SLC25A21 유전자의 SNP인 rs12587912; 및 PRR25 또는 LMF1 유전자의 SNP인 rs663580로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 SNP를 포함하는, 관상동맥 질환 발병 저위험 예측을 위한 정보 제공 방법.
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020220019817A KR20230122948A (ko) | 2022-02-15 | 2022-02-15 | 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법 |
| PCT/KR2023/002207 WO2023158213A1 (ko) | 2022-02-15 | 2023-02-15 | 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020220019817A KR20230122948A (ko) | 2022-02-15 | 2022-02-15 | 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR20230122948A true KR20230122948A (ko) | 2023-08-22 |
Family
ID=87578574
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020220019817A KR20230122948A (ko) | 2022-02-15 | 2022-02-15 | 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법 |
Country Status (2)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR20230122948A (ko) |
| WO (1) | WO2023158213A1 (ko) |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101065058B1 (ko) * | 2008-11-04 | 2011-09-15 | 연세대학교 산학협력단 | 관상동맥 질환의 발병과 연관성을 갖는 폴리뉴클레오티드 및 관상동맥 질환 발병의 변경된 위험도를 갖는 대상을 확인하는 방법 |
| KR102439794B1 (ko) * | 2020-05-07 | 2022-09-02 | 연세대학교 산학협력단 | 유전 정보를 활용한 질환 위험도 예측 장치 및 예측 방법 |
-
2022
- 2022-02-15 KR KR1020220019817A patent/KR20230122948A/ko not_active Application Discontinuation
-
2023
- 2023-02-15 WO PCT/KR2023/002207 patent/WO2023158213A1/ko unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2023158213A1 (ko) | 2023-08-24 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| KR101722107B1 (ko) | 한국인 당뇨 연관 유전변이를 이용한 유전적 위험도 기반의 당뇨 예측 방법 | |
| US20130338012A1 (en) | Genetic risk factors of sick sinus syndrome | |
| US7883851B2 (en) | Common allele on chromosome 9 associated with coronary heart disease | |
| US20140342919A1 (en) | Markers related to age-related macular degeneration and uses therefor | |
| Glotov et al. | Targeted sequencing analysis of ACVR2A gene identifies novel risk variants associated with preeclampsia | |
| Kamal et al. | Whole exome sequencing identifies rare biallelic ALMS1 missense and stop gain mutations in familial Alström syndrome patients | |
| JP4143756B2 (ja) | 心筋梗塞のリスク診断方法 | |
| Izadpanah et al. | Case-control study on the association between the GATA2 gene and premature myocardial infarction in the Iranian population | |
| US20200087728A1 (en) | Genetic markers associated with endometriosis and use thereof | |
| KR102158721B1 (ko) | Rnf144a 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
| JP5427352B2 (ja) | ヒト体脂肪量と関連する遺伝子多型に基づく肥満発症リスクの判定方法 | |
| CN113667665B (zh) | 家族性高胆固醇血症相关基因及其检测试剂盒与应用 | |
| US7790390B2 (en) | Methods for identifying an individual at increased risk of developing coronary artery disease | |
| KR20230122948A (ko) | 관상동맥 질환 발병 저위험 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 관상동맥 질환 발병 저위험 예측 방법 | |
| KR102158715B1 (ko) | Olfml2a 유전자의 단일염기다형성을 포함하는 뇌동맥류 진단용 snp 마커 | |
| US20090092987A1 (en) | Polymorphic Nucleic Acids Associated With Colorectal Cancer And Uses Thereof | |
| KR101304535B1 (ko) | Ｋｌｏｔｈｏ 유전자의 단일염기다형을 이용한 심혈관계 질환 예측 방법 | |
| US20090192135A1 (en) | Human Niemann Pick C1-Like 1 Gene (NPC1L1) Polymorphisms and Methods of Use Thereof | |
| CN113166810A (zh) | 包括gba基因单碱基多态性的脑动脉瘤诊断用snp标志物 | |
| US8236497B2 (en) | Methods of diagnosing cardiovascular disease | |
| KR102653468B1 (ko) | 단일염기다형성 rs16938619를 포함하는 뇌동맥류 진단 마커 | |
| KR102653464B1 (ko) | 단일염기다형성 rs1555322를 포함하는 뇌동맥류 진단 마커 | |
| KR102653467B1 (ko) | 단일염기다형성 rs11642206을 포함하는 뇌동맥류 진단 마커 | |
| KR102653465B1 (ko) | 단일염기다형성 rs2425024를 포함하는 뇌동맥류 진단 마커 | |
| KR102653466B1 (ko) | 단일염기다형성 rs6119593을 포함하는 뇌동맥류 진단 마커 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| E902 | Notification of reason for refusal |