KR20230081257A - 토종닭의 체중 능력 예측용 snp 마커 및 이의 용도 - Google Patents
토종닭의 체중 능력 예측용 snp 마커 및 이의 용도 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 토종닭의 체중 능력 관련 SNP 마커 및 이를 이용한 예측 방법에 관한 것으로, 토종닭 8주령 체중과 가장 연관성이 높은 SNP 마커 12개를 이용한 토종닭의 체중 능력 예측 방법을 제공한다. 본 발명의 토종닭 체중 능력 예측용 유전자마커는 유전자칩 정보와 토종닭 8주령 체중 간 전장유전체연관분석을 수행하여 성장을 대표하는 형질인 체중과 가장 연관성이 높은 마커 12종을 선별한 것으로, 본 발명의 마커를 이용하면 토종닭의 체중 능력을 보다 정확하게 예측할 수 있다.
Description
본 발명은 토종닭의 체중 능력 관련 SNP 마커 및 이를 이용한 예측 방법에 관한 것으로, 토종닭 8주령 체중과 가장 연관성이 높은 SNP 마커를 이용한 토종닭의 체중 능력 예측 방법에 관한 것이다.
토종닭은 특유의 풍미와 식감을 가지고 있으며, 일반 고기용 닭 (육계)와 구별되는 우수한 영양 품질을 가져 선호도가 높다, 최근 닭고기는 소나 돼지고기에 비해 생산폭의 증가가 크고, 가격적 요인으로 인해 접근성이 좋아 소비량이 급증하고 있지만, 증체율이 높지 않아 외래계에 비해 경제성은 떨어지져, 체중과 산란수 등의 중요 경제 형질의 개량이 필요한 실정이다.
현재 국내 가금 산업은 종계의 대부분을 수입에 의존하는 구조가 심화되고 있어, 우리나라만의 고유종자를 확보하기 위한 우수한 품종 개발이 필요한 실정이다. 이에, 우리 고유 토종닭 품종을 활용한 '우리 맛닭' 등의 품종이 개발되어 보급되고 있으며, 이와 더불어 경제 형질 관련 유전자 마커 발굴 등 유전체 기반 육종 연구가 진행되고 있다.
또한, 국내·외에서 DNA 다형성을 경제형질 및 품종 개량에 활용하는 기술 개발이 활발히 추진되고 있으며 이를 통해 개체의 유전적 자질을 조기에 진단(marker assistance selection)하거나 마커정보를 이용하여 맞춤형 사양을 추진하는 등 다양한 분자육종 및 사양방법에 시도되고 있다.
가축의 경제형질은 대부분 양적형질(quantitative trait)에 해당되며, 닭에서는 체중, 육질 산란수 등 대다수의 경제성 관련 형질들이 양적유전 양상을 나타낸다. 이런 형질들에 영향을 주는 양적형질위치 ((Quantitative trait locus, QTL)를 찾기 위하여 많은 방법들이 개발되었다. 그 중에서 유전체 수준의 연관 연구(genome-wide association study, GWAS)는 집단 내에 존재하는 단일염기변이(single nucleotide polymorphism, SNP)의 유전자형과 표현형질의 상관관계를 유전체 수준에서 분석하여 최상위 관련 마커를 검출하는 연구방법으로 돼지, 닭, 개, 소 등을 포함하는 가축들을 대상으로 활발하게 연구되고 있다.
SNP는 DNA 복제과정 또는 점돌연변이(point mutation)에 의해서 발생하는 이대립인자성(biallelic) 다형성이다. SNP는 유전체 전반에 걸쳐 보다 더 많이 발견되어 물리적, 유전적 지도 작성을 위한 marker로서의 활용성이 더 높고, 복잡한 유전적 연관성을 규명하는데 유용한 가치를 인정받고 있다. 또한, 최근에는 각 종에 따른 대표적인 품종의 SNP들을 집적시켜 만든 SNP chip이 상용화되고 있다.
SNP를 이용한 닭의 성장형질 예측 방법에 관한 선행기술 중, 한국등록특허 제10-2235340호 "토종닭의 성장 형질을 예측하지 위한 SNP 마커 세트 및 이의 용도"에는 TBC1D1 유전자 내 SNP 다형성에 기반한 토종닭의 성장 형질을 예측하기 위한 KASP(kompetitive allele specific PCR)용 프라이머 세트를 이용하여, 토종닭의 체중, 증체량 및 도체중과 같은 경제성과 관련한 성장 형질을 조기에 예측하는 방법을 개시되어 있다. 또한, 한국공개특허 제10-2017-0087429호 "닭의 산란 형질 관련 유전자 마커 및 이를 이용하여 닭의 산란 형질을 분별하는 방법"에는 OCX-32(Ovocalyxin-32) 유전자 내에 존재하는 단일염기다형성 마커를 기반으로 하여 닭의 산란 형질을 효과적으로 평가하여 우수한 산란능을 갖는 닭의 선별 방법이 개시되어 있다.
본 발명자들은 ‘우리맛닭’ 생산에 활용되는 재래종 토종닭(2계통) 약 1300마리의 8주령 체중을 측정하고 고밀도 유전자 칩을 활용하여 전체 염색체에 위치한 유전자 마커와 체중 간의 연관성을 분석하였다. 또한 유전자 칩 정보와 토종닭 8주령 체중 간에 전장유전체연관분석을 수행하여 체중과 유의적으로 연관성이 높은 유전자 마커를 발굴함으로써, 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은 토종닭의 체중과 가장 연관성이 높은 SNP 마커를 이용한 토종닭의 체중 능력 예측 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여,
본 발명은 서열번호 1로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP); 서열번호 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 G인 SNP; 서열번호 3으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 4로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 6으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 7로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 9로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 10으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 11로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 및 서열번호 12로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 토종닭의 체중 능력 예측용 조성물을 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 토종닭의 체중 능력 예측용 조성물을 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 마이크로어레이를 제공한다.
아울러, 본 발명은 1) 닭으로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1 내지 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계; 및
2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측 방법을 제공한다.
본 발명의 토종닭 체중 능력 예측용 유전자마커는 유전자칩 정보와 토종닭 8주령 체중 간 전장유전체연관분석을 수행하여 성장을 대표하는 형질인 체중과 가장 연관성이 높은 마커 12종을 선별한 것으로, 본 발명의 마커를 이용하면 토종닭의 체중 능력을 보다 정확하게 예측할 수 있다.
또한, 대량 유전체 정보를 활용한 유전체 선발 기반 구축은 토종닭의 개량 속도를 향상시켜 생산성이 뛰어난 집단의 조기 육성에 활용될 수 있다.
도1은 토종닭 2개 품종 (적갈색 재래종, 황갈색 재래종) 총 1328수의 유전체 칩 정보와 8주령 체중 간의 전장유전체연관분석수행 결과를 Manhattan plot으로 나타낸 결과이다.
각 점은 개별 마커를 의미, x축은 염색체의 위치를 의미, y축은 p값(P-value)이라고 불리는 통계적 유의성을 의미하며 그래프에는 음의 상용로그 값을 취한 후 표시한다. 점이 y축에서 높은 수치일수록 마커가 체중 능력과 연관될 가능성이 높다는 것을 의미한다.
각 점은 개별 마커를 의미, x축은 염색체의 위치를 의미, y축은 p값(P-value)이라고 불리는 통계적 유의성을 의미하며 그래프에는 음의 상용로그 값을 취한 후 표시한다. 점이 y축에서 높은 수치일수록 마커가 체중 능력과 연관될 가능성이 높다는 것을 의미한다.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명은 서열번호 1로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP); 서열번호 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 G인 SNP; 서열번호 3으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 4로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 6으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 7로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 9로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 10으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 11로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 및 서열번호 12로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 조성물을 제공한다.
"SNP 마커"란, 개체 또는 종을 식별하기 위해 이용되는 DNA 서열 상의 단일 염기 다형성 대립유전자 염기쌍을 의미한다. SNP는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있고 이에 의하여 개체의 유전적 다양성이 발생하므로, SNP 마커는 개체 간의 유전적 근접성을 알려주는 지표의 역할을 할 수 있다. SNP 마커는 일반적으로 단일 염기 다형성에 수반되는 표현형의 변화를 포함할 수 있다.
상기 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 프라이머 또는 프로브일 수 있고, 구체적으로는 상기 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머일 수 있다.
상기 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다.
이러한 프라이머는 상기 SNP가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다.
이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다.
핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다.
또한, 상기 프라이머는 필요한 경우, 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다.
표지의 예로는, 효소(예를 들어, 호스래디쉬 퍼옥시다제, 알칼린 포스파타아제), 방사성 동위원소(예를 들어, 32P), 형광성 분자 및 화학그룹(예를 들어, 바이오틴) 등이 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "프로브"는 DNA 또는 RNA와 특이적으로 결합할 수 있는 수개 내지 수백 개의 염기에 해당하는 핵산 단편을 의미하며, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브 또는 RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.
상기 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다.
이러한 프로브는 상기 SNP가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다.
이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다.
핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌 등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다.
상기 프로브는 이의 5' 말단에 리포터가 추가로 더 접합될 수 있다.
상기 리포터는 FAM(6-carboxyfluorescein), 텍사스 레드(texas red), 플루오레신(fluorescein), 플루오레신 클로로트리아지닐(fluorescein chlorotriazinyl), HEX(2',4',5',7'-tetrachloro-6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), 로다민 그린(rhodamine green), 로다민 레드(rhodamine red), 테트라메틸로다민(tetramethylrhodamine), FITC(fluorescein isothiocyanate), 오레곤 그린(oregon green), 알렉사 플루오로(alexa fluor), JOE(6-Carboxy-4',5'-Dichloro-2',7'-Dimethoxyfluorescein), ROX(6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET(Tetrachloro-Fluorescein), TRITC(tertramethylrodamine isothiocyanate), TAMRA(6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED(N-(1-Naphthyl) ethylenediamine), 시아닌(Cyanine) 계열 염료 및 씨아디카르보시아닌(thiadicarbocyanine)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 리포터로 사용될수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다.
상기 프로브는 이의 3' 말단에 소광자가 추가로 더 접합될 수 있다.
상기 소광자는 TAMRA, BHQ(black hole quencher) 1, BHQ2, BHQ3, NFQ(nonfluorescent quencher), 답실(dabcyl), Eclipse, DDQ(deep dark quencher), 블랙베리 퀸처(Blackberry Quencher), 아이오와 블랙(Iowa black)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 소광자로 사용될 수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다.
상기 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제에는 역전사 중합효소, DNA 중합효소, Mg2+와 같은 조인자, dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP가 포함될 수 있다.
역전사된 cDNA를 증폭하기 위하여 다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭 단계에 이용될 수 있으며, DNA 중합효소의 예로 Ecoli DNA 중합효소 I의 클레나우 단편, 열안정성 DNA 중합효소 또는 박테리오파지 T7 DNA 중합효소가 있다. 중합효소는 박테리아 그 자체로부터 분리하거나 상업적으로 구입하거나 중합효소를 암호화하는 클로닝 유전자의 높은 레벨을 발현하는 세포로부터 수득할 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 토종닭의 체중 능력 예측용 조성물을 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 키트를 제공한다.
상기 조성물은 상술한 바와 같은 특징을 가질 수 있다.
일례로, 본 발명은 서열번호 1로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP); 서열번호 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 G인 SNP; 서열번호 3으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 4로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 6으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 7로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 9로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 10으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP; 서열번호 11로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 및 서열번호 12로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함할 수 있다.
또한, 상기 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 프라이머 또는 프로브일 수 있고, 구체적으로는 상기 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머일 수 있다.
상기 키트는 PCR 키트, DNA 분석용 키트일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 키트는 상기 조성물을 이용하여 본 발명에서 제공하는 SNP 마커의 유전자형을 증폭을 통해 확인하거나, 또는 mRNA의 발현 수준을 확인함으로써 토종닭의 체중 능력을 예측할 수 있다.
본 발명에서 제공하는 상기 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다.
예를 들어, RT-PCR 키트는, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드에 대한 특이적인 프라이머 쌍 이외에도 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오티드(dNTPs), Taq-폴리머라제 및 역전사 효소와 같은 효소, DNase 억제제, RNase 억제제, DEPC-수(DEPC-water) 및 멸균수 등을 포함할 수 있다.
한편, 키트에 포함되는 성분들은 액상 형태로 제조될 수도 있고, 포함 성분들의 자유도를 낮추어 제품의 안정성을 제고하기 위해 건조된 형태로 제조될 수도 있다.
이러한 건조된 형태로의 제조를 위해서는 건조 단계의 적용이 필요하고, 이때 가온건조, 자연건조, 감압건조, 동결건조 또는 이들의 복합 공정이 사용될 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 토종닭의 체중 능력 예측용 조성물을 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 마이크로어레이를 제공한다.
본 발명에 있어 마이크로어레이란 기판상에 폴리뉴클레오티드의 그룹이 높은 밀도로 고정화되어 있는 것으로서, 상기 폴리뉴클레오티드 그룹은 각각 일정한 영역에 고정화되어 있는 마이크로어레이를 의미한다. 이러한 마이크로어레이는 당업계에 잘 알려져 있다.
아울러, 본 발명은 1) 닭으로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1 내지 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계; 및
2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측 방법을 제공한다.
상기 단계 1)의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다.
예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다.
그 외 리가제 연쇄 반응(LCR)(Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification)(Kwoh 등, ProcNatlAcad Sci USA 86, 1173(1989)), 자가유지 서열 복제(Guatelli 등, ProcNatl Acad Sci USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.
상기 단계 2)의 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계는 서열분석, 마이크로어레이 (microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(minisequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
상기 토종닭의 체중 능력 예측 방법에 있어서, 서열번호 1로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 서열번호 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 서열번호 3으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 서열번호 4로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 서열번호 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 서열번호 6으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 서열번호 7로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 서열번호 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 C인 경우, 서열번호 9로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 서열번호 10으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 서열번호 11로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 또는 서열번호 12로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측할 수 있다.
본 발명의 구체적인 실시예에서, 본 발명자들은‘우리맛닭’ 생산에 활용되는 재래종 토종닭 2계통 (적갈색 재래종 및 황갈색 재래종) 약 1300마리의 8주령 체중을 측정하고 고밀도 유전자 칩11 5만 여개의 유전자 마커 정보를 담고 있는 Illumina 사에서 개발한 chicken 60K SNP chip을 활용하여 전체 염색체에 위치한 유전자 마커와 체중간의 연관성을 분석하고, 전장유전체 연관성 분석(Genome-wide association study, GWAS)을 통하여 토종닭의 체중 능력을 조기 예측할 수 있는 SNP 12개를 선발하였다 (도1).
따라서, 본 발명에 따른 토종닭의 체중 능력을 조기에 판별할 수 있는 SNP 조성물, 이를 포함하는 토종닭의 체중 능력 예측용 키트, 또는 이를 이용한 토종닭의 체중 능력 예측 방법은 토종닭의 체중 능력을 조기 예측하여 우수한 체중 능력을 갖는 토종닭을 선별하고, 체중 능력이 우수한 토종닭의 개량 속도를 향상시켜 생산성이 뛰어난 집단을 조기 육성하는데 유용하게 이용될 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예 및 실험예에 의하여 상세히 설명한다.
단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것이며, 본 발명의 권리 범위는 이에 한정되는 것은 아니고 청구 범위에서 정의하고 있는 본 발명의 기본 개념을 이용한 당업자의 여러 변형 및 개량 형태 또한 본 발명의 권리 범위에 속하는 것이다.
<실시예 1> 토종닭의 체중 능력 측정
1) 공시재료
본 발명의 공시 재료는 2018년부터 2020년까지 국립축산과학원 가금연구소에서 보유 중인 재래종 토종닭 2계통 총 1,328수 (적갈색: 732수, 황갈색: 596수)의 혈액을 제공 받았다. 혈액에서 genomic DNA의 분리 및 정제는 개체의 Wizard genomic DNA purification kit(promega 사)를 이용하여 분리 및 정제하였다.
2) 표현형 정보 수집
총 1,328수 (적갈색: 732수, 황갈색: 596수)에서 측정된 8주령 체중 기록에 대한 기초 통계값을 계산하였다. 그 결과는 하기 표1에 기재하였다.
| 개체수 | 8주령 체중 기록 | ||||||
| 계통 | 전체 | 수컷 | 암컷 | 최대값 | 최소값 | 평균 | 표준편차 |
| 전체 | 1330 | 443 | 887 | 1695 | 335 | 739.54 | 154.11 |
| 적갈색 재래종 | 734 | 236 | 498 | 1695 | 335 | 764.31 | 179.48 |
| 황갈색 재래종 | 596 | 207 | 389 | 1050 | 370 | 709.05 | 108.05 |
토종닭의 8주령 체중 연관 유전자 좌위 발굴을 위하여 총 1,328수의 개체 대상 대용량 유전체 정보(SNP chip)을 생산하였다.
<실시예 2> 토종닭에 대한 SNP 유전자형 분석
토종닭의 8주령 체중 연관 유전자 좌위 발굴을 위하여 총 1,328수의 개체 대상 대용량 유전체 정보(SNP chip)을 생산하였다.
SNP chip은 바이오칩 중 DNA 수준에서 염색체의 위치 및 특성이 파악된 대량의 단일염기변이(SNP) 마커들을 선발하여 직접화시킨 것으로 본 연구에서는 Illumina 사에서 보급하는 총 57,636개의 SNP 마커 정보가 포함되어 있는 Chicken 60K Chip을 이용하여 우리 맛닭 1,2호 생산에 활용되는 재재래종 토종닭 2계통 총 1,328수의 DNA 시료에 대한 유전체 자료를 생산하였다.
DNA는 증폭(amplification), 배양(Incubation), 단편화(Fragmentation)의 일련의 과정 이후, BeadChip과 혼성화(Hybridization)되고 탐침(Probe)과 DNA 간에 연장(Extension), 염색(Staining)과정을 거친 후에 스캔하여 이미지 파일로 저장되었다.
이후 Genome Studio(Illumina, USA) 프로그램을 이용하여 감광 분석된 chip 정보를 염기로 구성된 유전자형 정보로 전환하여 57,636개의 SNP 정보를 포함한 유전체 자료를 생산하였다.
<실험예 1> 토종닭의 체중 능력을 조기 예측할 수 있는 SNP 선별
생산된 유전체 자료들은 품질 관리(Quality Control) 과정을 통해 자료의 질 및 분석결과의 신뢰도를 향상시켰다.
SNP을 선별하기 전, 성 염색체 상에 존재하는 SNP과 염색체 상의 위치 정보가 확인되지 않는 SNP들을 제거하였다.
이후 SNP filtering 과정을 통해 마커 정보 중에서 각 마커의 개체에 대한 유전자형 정보의 10% 이상이 손실된 마커 및 집단 내 대립유전자 빈도(minor allele frequency, MAF)가 1% 이하인 마커는 제거하였으며 하디 웨인버그 평형(Hardy-Weingerg equilibrium)에 대한 P-value값이 10-4 이하인 마커는 제거하였다.
하디-웨인버그 평형이란 외적인 요인이 작용하지 않는다면, 대를 거듭하더라도 유전자 풀에서 대립유전자의 빈도가 변하지 않고 평형을 이루게 된다는 것으로 그 평형에서 벗어나는 마커들은 P-value값 0.00001 기준으로 제거하였다.
최종적으로 상염색체 상에 존재하는 SNP marker들을 선발하여 총 33,878개의 SNP들이 유전체연관분석 (Genome-Wide Association Study, GWAS)에 사용되었다.
GWAS 분석 전에 개체 간 유전체혈연관계행렬(Genomic Relation Matrix, GRM)을 구성하여 형질에 영향을 주는 환경 요인에 대해 아래와 같은 모형을 설정하여 사전보정을 수행하였다.
y = Xb + Z1a + Z2u + e
여기서 y값은 8주령 체중 기록에 대한 표현형 값의 벡터(vector)를 나타내며 b는 토종닭의 계통(적갈색, 황갈색), 성별(암컷, 수컷), 출생연도(2018,2019,2020) 정보를 포함하는 고정효과(fixed effect)를 의미한다.
a는 SNP marker의 고정효과, u는 임의 상가적(random additive)효과 벡터를 의미한다.
u의 평균과 분산은 u ~ N (0, Gσa 2)를 가지며, G는 유전체 관계 행렬(genomic relationship matrix, 33,878 SNP markers), σa 2 는 상가적 유전 분산이다. e는 임의 잔차(residual) 벡터이다.
Z1은 a에 대한 빈도 벡터이며, X는 b에 대한 빈도 행렬, Z2는 u에 대한 빈도 행렬을 의미한다.
분석방법은 혼합선형모형(The Linear Mixed model)으로 GCTA 소프트웨어의 MLMA(The mixed linear model based association analysis)를 이용하여 추정했다.
위 분석모형에서 추정된 잔차를 이용하여 33,878개의 SNP 효과를 추정하였으며, 각 마커가 가지는 유전적 분석 효과를 8주령 체중 형질에 대한 유의 마커 (-log10(p) > 4.53)를 선정하였다.
GWAS 분석 결과 발굴된 유의한 SNP 마커들은 SNPeff를 활용하여 유전자 위치 기반 주석달기(gene annotation)을 수행하여 유의 마커들이 위치한 유전자들의 기능 분석(functional analysis)을 수행하였다.
토종닭 1,328수에 대하여 대용량 SNP chip 유전체 자료를 생산하고 8주령 체중에 대한 전장유전체 연관성 분석(GWAS)을 수행한 결과, 토종닭의 8주령 체중과 가장 연관성이 높은 마커 12개를 선발하였다.
도1에서 같이, 마커의 유의성 기준은 Bonferroni correction을 적용하여 그 유의 수준(Bonferroni adjusted suggestive threshold : 1/상염색체상의 SNP marker수(33,878개),= -log10(p) > 4.53)을 설정하였으며 (도 1의 실선으로 표시), 그 결과 총 12개의 유의성 있는 체중 능력 연관 마커가 발굴되었다.
발굴된 총 12개의 마커 중, 가장 유의성이 높게 나타난 마커인 Gga_rs15062501은 2번 염색체 상에 위치하며, 기존 chicken QTL database 상에는 보고되지 않은 novel SNP이다. 상기 마커는 세포 증식(cell cycle progression), 세포 사멸(apoptosis) 및 유전자 발현(gene regulation) 기능에 관여하는 WDR37 유전자의 인트론(intron) 영역 내에 존재한다. WDR37 유전자는 성장률이 높고 낮은 브로일러 닭 간의 차등 발현되는 유전자(differentially expressed gene)로 보고된 바 있다(Khatri, 2018).
12개 마커 중 5개는 염색체 4번에 분포하는 것으로 확인되었다.
GGaluGA265847은 4번 염색체 상 KCNIP4 유전자 영역 내에 존재하는 마커이며, KNCIP4 유전자는 칼슘 채널 상호작용에 관여하는 단백질(potassium channel-interacting protein)로, 신경전달물질의 방출(neurotransmitter release), 근육의 수축(contraction of smooth muscle), 심박동 조절(heart rate adjustment) 및 인슐린 분비(insulin secretion) 등에 관여한다. KNCIP4 유전자는 선행 연구에서 닭 집단 내에서 성장 형질(growth trait)과 연관된 중요한 QTL 영역으로서 몇 차례 보고된 바 있다.(Gu, Feng et al. 2011, Jin, Chen et al. 2015).
Gga_rs14490865은 4번 염색체 상 SLIT2 유전자의 인트론 영역 내에 존재하는 마커로, SLIT2 유전자는 배아 발달(embryonic development) 과정에서 세포의 부착과 이동(cell adhesion and movemnet) 및 성장 조절 물질(growth factor)의 활성(activation) 등에 관여한다고 알려졌다. SLIT2 유전자는 근육과 지방 무게에 영향을 주는 체중 관련 형질과 유의하게 연관된 후보 유전자로써 보고된 바 있다 (Pιrtille, Zanella et al. 2015, Liu, Sun et al. 2015).
GGaluGA265650은 4번 염색체 상 PPARGC1A 유전자 영역 내에 존재하는 마커로, PPARGC1A 유전자는 지방 및 에너지 대사(lipid and energy metabolism), 지방 세포의 분화(adipocyte diffrentiation), 미토콘드리아 생합성 과정의 조절(regulation of mitochondrial biogenesis)등에 관여한다고 알려졌다. PPARGC1A 유전자는 선행 연구에서 닭 집단 내에서 복부 지방(abdominal fat) 축적과 연관된 중요한 선발 마커(selection marker) 영역으로서 보고된 바 있다(Wu, Deng et al. 2006).
GGaluGA265746은 4번 염색체 상 ADGRA3 유전자 영역 내에 존재하는 마커로 ADGRA3 유전자는 선행 연구에서 닭의 성장에 영향을 주는 기능적 변이(functional mutation)가 존재하는 영역으로 보고된 바 있다(Lye et al. 2017).
Gga_rs14105952는 18번 염색체 상 MYOCD 유전자 영역 내에 존재하는 마커로, MYOCD는 심장 및 평활근 형성 및 분화에 관여한다고 알려져 있다.
Gga_rs13506093는 18번 염색체 상 MAP2K4 유전자 영역 내에 존재하는 마커로, MAP2K4는 세포의 증식, 분화, 전사 조절 및 발달 등에 관여한다.
전장유전체연관성 분석 결과 발굴된 8주령 체중 연관 유전자 마커 정보는 하기 표 2와 같다.
| 마커명 | 염색체 | 위치(bp) | A1 | A2 |
유전자
빈도 |
유의성
(p-vlaue) |
유전자 |
| Gga_rs15062501 | 2 | 10469206 | G | A | 0.28 | 3.37 × 10-8 | WDR37 |
| GGaluGA083256 | 12 | 6388108 | C | A | 0.23 | 6.33 × 10-7 | ENSGALG00000047733 |
| Gga_rs14490865 | 4 | 75155441 | G | A | 0.21 | 1.73 × 10-6 | SLIT2 |
| GGaluGA265847 | 4 | 74925016 | G | A | 0.14 | 1.75 × 10-6 | KCNIP4 |
| GGaluGA265650 | 4 | 74010712 | A | G | 0.09 | 3.85 × 10-6 | PPARGC1A |
| Gga_rs14105952 | 18 | 893043 | G | A | 0.34 | 5.80 × 10-6 | MYOCD |
| Gga_rs13506093 | 18 | 804322 | A | G | 0.47 | 8.70 × 10-6 | MAP2K4 |
| Gga_rs13506254 | 18 | 1185022 | C | A | 0.28 | 1.27 × 10-5 | ENSGALG00000054733 |
| Gga_rs15809279 | 18 | 353546 | G | A | 0.46 | 2.17 × 10-5 | ENSGALG00000029660 |
| Gga_rs13503427 | 3 | 10517429 | G | A | 0.32 | 2.35 × 10-5 | - |
| Gga_rs15508929 | 4 | 19924807 | G | A | 0.05 | 2.48 × 10-5 | TMEM131L |
| GGaluGA265746 | 4 | 74486766 | A | G | 0.14 | 2.89 × 10-5 | ADGRA3 |
토종닭 8주령 체중 연관 SNP 마커의 염기서열 정보는 하기 표 3에 기재하였다.
| 마커명 | 염기서열변이영역 | 체중 연관 유전자형 |
| Gga_rs15062501 | AGCTGTTCCCATCCTTCCTGGTGATATTTCACACTGCTTGTCCTATTTGTAAGGGGGGGG[A/G]GGGGTGGAGGGGCAATGCACCCTCAGAACCCGTTTGTAACGTTTGAATGCTCTGATTAAC | A |
| GGaluGA083256 | TTGGGTGGGTTTTTTTTTAGGATTTATAACTATCTGGATGTTGGCTTGTTGTTTTCTTCT[T/G]TGAGCTCTCTCTAAATATTAAGCTGCTATTGCGGGTGGAGAAAACTGAGAAATGTCTGAG | A |
| Gga_rs14490865 | TCAATTATATTTTTTGACCTGAGAAAGGGAAGAATACAGCTGTGCTCTCAGATCACCCAA[T/C]ATAAGTAAAACATAAGTTTCCTTTTAGGTTTCAAATCCTATTTTGCAGTAGTAACTTTTA | G |
| GGaluGA265847 | ACCAACATTCATCCTTTGTGAGGAGTTTGAGATGCTGTCCTGMCCACCACCCCCAGACCT[T/C]TGACAAACTAGCTTTTATAGCAAGAGATAACATAGCTCAAGAGGAACACAGAAGGGGGGG | G |
| GGaluGA265650 | CTTCTGCTGTTCCTTTCCTTACTCATGAATCTAGCTGCACATCTTTTGTGTGTTTATAGA[T/C]GTGTACTTTTATATATGCATTTCTCCTTTTCCTATCCCACTAAAGACCTCCACCAAAAGC | A |
| Gga_rs14105952 | AGGGAACCCCCTTCACTCGGCTCATCTGTGCTCCTGCTGCATGAGCCATCCTTCATCCCA[T/C]AGAGATCCTTAAAGAAAGCAGCGGTGAATCCCTGCAGACAGCCCAGAGGCACCTTGGGGA | G |
| Gga_rs13506093 | AATACAGCAGCGGCCTAGTTTGTGTTTGGCTGGATATTGAGAGAAGAGGAGGAGGTCCTG[T/C]CTGACCTTCCAAGGAAGACGGGTTTCTCACCAGACTCAATACAGACTGAAAACCTATGTG | G |
| Gga_rs13506254 | ATTGAAGTTTGTCAAAACCATCATGTCTTTATTTTTACCTTCAATAGAGGTGTCCTCACG[A/C]GCTGAATAATTCAGGCAGTGCAGCTAAAGAGAAAATAACACCTTCGGTGAATGAATAATA | C |
| Gga_rs15809279 | GACACTCTTTGATAAGAGAGGTAGAACATGGGTGAAGCCTAAGACTCAAATACCAAACTT[A/G]ATGAAAAAAGGGAGCAGTGACGCTTGGAGGCTGGAGTTCTTTCCTTTTCCTTATCTTTTC | A |
| Gga_rs13503427 | TTAGCAAATAAAAATCCTCGAAGTCCTCCGCGAGCCACTGAACCTGCAGCAACCCAAACA[T/C]TGAGAAAATCCCTTCTCTGATCATGGAAACATCCTCGGAGGTATTGTGGGTCTCTTGGAA | G |
| Gga_rs15508929 | AGCATCAAGTTTATGTACTTAATGACTCAATGTGTTTAATCTCATTGTAAACAAAAAGGG[A/G]AAAAAATGTTAAGGTTTGCTTCTTATACTGATGACTGCAGAGTTGTGCGCAGGACAGTAA | A |
| GGaluGA265746 | CTAAACATGTTTACAGTTCATCCCATCCAGAGCTGAGCCCAGACCCTGAAGCTGACACCA[T/C]CAGGGGTGTCCCGGTTGGCCAACCAAGGGCTACATGGAGGGTCCGCCTCCACCTCGGTGG | A |
본 발명자들은 유전자칩 정보와 토종닭 8주령 체중 간에 전장유전체연관분석을 수행하여 체중과 유의적으로 연관성이 높은 유전자 마커 12종을 발굴하였다. 총 12개의 마커 중, 4번과 18번 염색체 상에 각 5개, 4개의 마커가 존재하여, 마커들이 위치하는 유전자들은 세포 증식 및 근골격, 지방을 형성하는 기능을 주로 수행하는 것으로 확인되었다. 상기 유전자 마커들은 향후 토종닭의 체중능력 예측에 활용될 수 있고, 대량 유전체 정보를 활용한 유전체 선발 기반 구축은 토종닭의 개량 속도를 향상시켜 생산성이 뛰어난 집단의 조기 육성에 활용될 수 있다.
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION)
<120> SNP marker associated with body weight trait of Korean native
chicken and uses thereof
<130> 2021P-09-007
<160> 12
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Gga_rs15062501
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is A or G
<400> 1
agctgttccc atccttcctg gtgatatttc acactgcttg tcctatttgt aagggggggg 60
nggggtggag gggcaatgca ccctcagaac ccgtttgtaa cgtttgaatg ctctgattaa 120
c 121
<210> 2
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> GGaluGA083256
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is T or G
<400> 2
ttgggtgggt ttttttttag gatttataac tatctggatg ttggcttgtt gttttcttct 60
ntgagctctc tctaaatatt aagctgctat tgcgggtgga gaaaactgag aaatgtctga 120
g 121
<210> 3
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Gga_rs14490865
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is T or C
<400> 3
tcaattatat tttttgacct gagaaaggga agaatacagc tgtgctctca gatcacccaa 60
nataagtaaa acataagttt ccttttaggt ttcaaatcct attttgcagt agtaactttt 120
a 121
<210> 4
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> GGaluGA265847
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is T or C
<400> 4
accaacattc atcctttgtg aggagtttga gatgctgtcc tgmccaccac ccccagacct 60
ntgacaaact agcttttata gcaagagata acatagctca agaggaacac agaagggggg 120
g 121
<210> 5
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> GGaluGA265650
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is T or C
<400> 5
cttctgctgt tcctttcctt actcatgaat ctagctgcac atcttttgtg tgtttataga 60
ngtgtacttt tatatatgca tttctccttt tcctatccca ctaaagacct ccaccaaaag 120
c 121
<210> 6
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Gga_rs14105952
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is T or C
<400> 6
agggaacccc cttcactcgg ctcatctgtg ctcctgctgc atgagccatc cttcatccca 60
nagagatcct taaagaaagc agcggtgaat ccctgcagac agcccagagg caccttgggg 120
a 121
<210> 7
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Gga_rs13506093
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is T or C
<400> 7
aatacagcag cggcctagtt tgtgtttggc tggatattga gagaagagga ggaggtcctg 60
nctgaccttc caaggaagac gggtttctca ccagactcaa tacagactga aaacctatgt 120
g 121
<210> 8
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Gga_rs13506254
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is A or C
<400> 8
attgaagttt gtcaaaacca tcatgtcttt atttttacct tcaatagagg tgtcctcacg 60
ngctgaataa ttcaggcagt gcagctaaag agaaaataac accttcggtg aatgaataat 120
a 121
<210> 9
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Gga_rs15809279
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is A or G
<400> 9
gacactcttt gataagagag gtagaacatg ggtgaagcct aagactcaaa taccaaactt 60
natgaaaaaa gggagcagtg acgcttggag gctggagttc tttccttttc cttatctttt 120
c 121
<210> 10
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Gga_rs13503427
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is T or C
<400> 10
ttagcaaata aaaatcctcg aagtcctccg cgagccactg aacctgcagc aacccaaaca 60
ntgagaaaat cccttctctg atcatggaaa catcctcgga ggtattgtgg gtctcttgga 120
a 121
<210> 11
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Gga_rs15508929
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is A or G
<400> 11
agcatcaagt ttatgtactt aatgactcaa tgtgtttaat ctcattgtaa acaaaaaggg 60
naaaaaatgt taaggtttgc ttcttatact gatgactgca gagttgtgcg caggacagta 120
a 121
<210> 12
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> GGaluGA265746
<220>
<221> variation
<222> (61)
<223> n is T or C
<400> 12
ctaaacatgt ttacagttca tcccatccag agctgagccc agaccctgaa gctgacacca 60
ncaggggtgt cccggttggc caaccaaggg ctacatggag ggtccgcctc cacctcggtg 120
g 121
Claims (17)
- 서열번호 1로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP);
서열번호 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 G인 SNP;
서열번호 3으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;
서열번호 4로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;
서열번호 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;
서열번호 6으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;
서열번호 7로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;
서열번호 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP;
서열번호 9로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 10으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;
서열번호 11로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 및
서열번호 12로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 T 또는 C인 SNP;로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 프라이머 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 조성물.
- 제1항의 조성물을 포함하는 것을 특징으로 하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 키트.
- 제1항의 조성물을 포함하는 것을 특징으로 하는, 토종닭의 체중 능력 예측용 마이크로어레이.
- 1) 닭으로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1 내지 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계; 및
2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 토종닭의 체중 능력 예측 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 1로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 2로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 3으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 4로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 6으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 7로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 8로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 C인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 9로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 10으로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 G인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 11로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
- 제5항에 있어서,
서열번호 12로 표시되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A인 경우, 토종닭의 체중 능력이 우수할 것이라고 예측하는 방법.
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| KR1020210169149A KR20230081257A (ko) | 2021-11-30 | 2021-11-30 | 토종닭의 체중 능력 예측용 snp 마커 및 이의 용도 |
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