KR20230044242A - 근육 표적화 복합체 및 디스트로핀병증을 치료하기 위한 그의 용도 - Google Patents

근육 표적화 복합체 및 디스트로핀병증을 치료하기 위한 그의 용도 Download PDF

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KR20230044242A
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모하메드 티. 콰타나니
티모시 위든
코디 에이. 데자르댕
브렌단 퀸
존 나짐
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Abstract

본 개시내용의 측면은 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 근육 세포 상의 내재화 세포 표면 수용체에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 기능적 디스트로핀 단백질의 발현 또는 활성을 촉진한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 올리고뉴클레오티드, 예컨대 안티센스 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 돌연변이 DMD 대립유전자로부터 발현된 mRNA에서의 엑손 스킵핑을 유발하는 올리고뉴클레오티드이다.

Description

근육 표적화 복합체 및 디스트로핀병증을 치료하기 위한 그의 용도
관련 출원
본 출원은 2021년 1월 30일에 출원된 "근육 표적화 복합체 및 디스트로핀병증을 치료하기 위한 그의 용도"라는 발명의 명칭의 미국 가출원 일련 번호 63/143829, 2020년 8월 23일에 출원된 "근육 표적화 복합체 및 디스트로핀병증을 치료하기 위한 그의 용도"라는 발명의 명칭의 미국 가출원 일련 번호 63/069077 및 2020년 7월 23일에 출원된 "근육 표적화 복합체 및 디스트로핀병증을 치료하기 위한 그의 용도"라는 발명의 명칭의 미국 가출원 일련 번호 63/055777을 35 U.S.C. § 119(e) 하에 우선권 주장하며; 이들 가출원 각각의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
발명의 분야
본 출원은 세포에 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)를 전달하기 위한 표적화 복합체 및 그의 용도, 특히 질환의 치료와 관련된 용도에 관한 것이다.
EFS-웹을 통한 텍스트 파일로서 제출된 서열 목록에 대한 참조
본 출원은 EFS-웹을 통해 ASCII 포맷으로 제출된 서열 목록을 함유하며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. 상기 ASCII 카피는 2021년 7월 8일에 생성되었고, 파일명이 D082470040WO00-SEQ-DWY이며, 크기가 575,156 바이트이다.
디스트로핀병증은 디스트로핀 유전자 내의 돌연변이로부터 유발되는 특유한 신경근육 질환의 군이다. 디스트로핀병증은 뒤시엔느 근육 이영양증, 베커 근육 이영양증 및 X-연관 확장성 심근병증을 포함한다. 디스트로핀 (DMD)은 79개의 엑손 및 약 2백6십만개의 총 염기 쌍을 함유하는 대형 유전자이다. 엑손 프레임시프트, 결실, 치환 및 중복 돌연변이를 포함한 DMD 내의 수많은 돌연변이는 기능적 디스트로핀의 발현을 감소시켜 디스트로핀병증을 유도할 수 있다. 인간 DMD의 엑손 51을 표적화하는 한 작용제인 에테플러센이 미국 식품 의약품국 (FDA)에 의해 예비 승인되었지만, 그의 효능은 여전히 평가되고 있다.
일부 측면에 따라, 본 개시내용은 근육 세포에 분자 페이로드를 전달하기 위한, 근육 세포를 표적화하는 복합체를 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 복합체는 기능적 DMD의 발현 또는 활성을 증가 또는 회복시키는 분자 페이로드를 전달하는 데 특히 유용하다. 일부 실시양태에서, 복합체는 인-프레임 엑손 스킵핑 메카니즘 또는 정지 코돈의 억제를 통해 기능적 DMD의 정상 발현을 촉진하는 올리고뉴클레오티드 기반 분자 페이로드를 포함한다. 다른 실시양태에서, 복합체는 기능적 디스트로핀 활성을 증가 또는 회복시키는 미니-디스트로핀 유전자 또는 합성 mRNA를 전달하도록 구성된다. 따라서, 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 복합체는 근육 세포에 분자 페이로드를 전달하기 위한, 근육 세포의 표면 상의 수용체에 특이적으로 결합하는 근육-표적화제 (예를 들어, 근육 표적화 항체)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 복합체는 수용체 매개 내재화를 통해 세포 내로 흡수되고, 이 후 분자 페이로드가 방출되어 세포 내부에서 기능을 수행할 수 있다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드를 전달하도록 조작된 복합체는 올리고뉴클레오티드가 근육 세포에서 기능적 DMD의 발현을 (예를 들어, 엑손 스킵핑 메카니즘을 통해) 촉진할 수 있도록 올리고뉴클레오티드를 방출할 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 복합체의 근육-표적화제와 올리고뉴클레오티드를 연결하는 공유 링커의 엔도솜 절단에 의해 방출된다.
본 개시내용의 한 측면은 DMD 유전자의 발현 또는 활성을 촉진하도록 구성된 분자 페이로드에 공유 연결된 항-트랜스페린 수용체 (TfR) 항체를 포함하는 복합체에 관한 것이며, 여기서 항체는 하기를 포함한다:
(i) 서열식별번호: 76에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 75에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(ii) 서열식별번호: 69에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(iii) 서열식별번호: 71에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(iv) 서열식별번호: 72에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(v) 서열식별번호: 73에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 74에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(vi) 서열식별번호: 73에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 75에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(vii) 서열식별번호: 76에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 74에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(viii) 서열식별번호: 77에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 78에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(ix) 서열식별번호: 79에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 80에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL); 또는
(x) 서열식별번호: 77에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 80에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL).
일부 실시양태에서, 항체는 하기를 포함한다:
(i) 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(ii) 서열식별번호: 69의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(iii) 서열식별번호: 71의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(iv) 서열식별번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(v) 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(vi) 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(vii) 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(viii) 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 78의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(ix) 서열식별번호: 79의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 VL; 또는
(x) 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 VL.
일부 실시양태에서, 항체는 Fab 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편, scFv, Fv 및 전장 IgG로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 항체는 Fab 단편이다.
일부 실시양태에서, 항체는 하기를 포함한다:
(i) 서열식별번호: 101에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 90에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ii) 서열식별번호: 97에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iii) 서열식별번호: 98에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iv) 서열식별번호: 99에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(v) 서열식별번호: 100에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 89에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vi) 서열식별번호: 100에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 90에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vii) 서열식별번호: 101에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 89에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(viii) 서열식별번호: 102에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 93에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ix) 서열식별번호: 103에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 95에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄; 또는
(x) 서열식별번호: 102에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 95에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
일부 실시양태에서, 항체는 하기를 포함한다:
(i) 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ii) 서열식별번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iii) 서열식별번호: 98의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iv) 서열식별번호: 99의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(v) 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vi) 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vii) 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(viii) 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ix) 서열식별번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄; 또는
(x) 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
일부 실시양태에서, 항체는 트랜스페린 수용체의 트랜스페린 결합 부위에 특이적으로 결합하지 않고/거나 근육-표적화 항체는 트랜스페린 수용체에 대한 트랜스페린의 결합을 억제하지 않는다.
일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD RNA에서 엑손 스킵핑을 촉진한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD의 엑손의 엑손 8 내지 엑손 55의 범위에서의 스킵핑을 촉진한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 엑손 8, 엑손 23, 엑손 43, 엑손 44, 엑손 45, 엑손 46, 엑손 50, 엑손 51, 엑손 52, 엑손 53 및/또는 엑손 55의 스킵핑을 촉진한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 전사체의 1개 이상의 완전 또는 부분 엑손 스플라이싱 인핸서 (ESE)에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 402-436 및 2043-2238에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 엑손 51의 스킵핑을 촉진한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 20-30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 402-436 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나를 포함하거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드의 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 표 14에 열거된 서열을 포함하며, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 우라실 염기 (U) 중 어느 하나 이상은 임의로 티민 염기 (T)일 수 있다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 1개의 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 적어도 1개의 변형된 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 변형된 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 1개 이상의 변형된 뉴클레오시드는 2'-변형된 뉴클레오시드이다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 포스포로디아미데이트 모르폴리노를 포함하며, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)이다.
일부 실시양태에서, 항체는 절단가능한 링커를 통해 분자 페이로드에 공유 연결된다. 일부 실시양태에서, 절단가능한 링커는 발린-시트룰린 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항체는 항체의 리신 잔기 또는 시스테인 잔기에 대한 접합을 통해 분자 페이로드에 공유 연결된다.
본 개시내용의 또 다른 측면은 본원에 개시된 복합체를 세포에 대한 분자 페이로드의 내재화를 촉진하는 데 유효한 양으로 세포와 접촉시키는 것을 포함하며, 임의로 여기서 세포는 근육 세포인, 세포에서 DMD 단백질의 발현 또는 활성을 촉진하는 방법에 관한 것이다.
본 개시내용의 또 다른 측면은 디스트로핀병증과 연관된 돌연변이된 DMD 대립유전자를 갖는 대상체에게 유효량의 본원에 개시된 복합체를 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법에 관한 것이다.
도 1은 세포를 siRNA로 형질감염시키는 효과를 보여주는 비제한적 개략도를 도시한다.
도 2는 siRNA를 포함하는 근육 표적화 복합체의 활성을 보여주는 비제한적 개략도를 도시한다.
도 3a-3b는 마우스 근육 조직 (비복근 및 심장)에서 siRNA를 포함하는 근육 표적화 복합체의 생체내 활성을, 동일한 siRNA를 포함하는 대조군 비-표적화 복합체와 비교하여 보여주는 비제한적 개략도를 도시한다. (N=4마리 C57BL/6 WT 마우스)
도 4a-4e는 siRNA를 포함하는 근육 표적화 복합체의 조직 선택성을 보여주는 비제한적 개략도를 도시한다.
도 5는 엑손-23 스킵핑 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)를 포함하는 항-트랜스페린 수용체 근육 표적화 복합체가 mdx 마우스 모델의 근육 조직에서 엑손 스킵핑을 용량-의존성으로 증진시키는 능력을 보여주는 비제한적 개략도를 도시한다.
도 6a-6b는 엑손-23 스킵핑 PMO를 포함하는 항-트랜스페린 수용체 근육 표적화 복합체가 mdx 마우스 모델의 골격근 (사두근)에서 디스트로핀을 용량-의존성으로 증가시키는 능력을 보여주는 비제한적 개략도를 도시한다.
도 7a-7e는 엑손-23 스킵핑 PMO를 포함하는 항-트랜스페린 수용체 근육 표적화 복합체가 mdx 마우스 모델에서 기능적 수행능을 개선시키는 능력 (도 7a, 7b, 7c 및 7d) 및 크레아틴 키나제 수준을 감소시키는 능력 (도 7e)을 보여주는 비제한적 개략도를 도시한다. (** p < 0.01; *** p < 0.001; ****; p < 0.0001; NS 유의하지 않음)
도 8은 정맥내 투여 후 시간 경과에 따른 다양한 종에서의 항-TfR 항체와 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)를 연결하는 데 사용된 링커의 혈청 안정성을 보여준다.
도 9a-9f는 ELISA에 의해 측정된, 인간 TfR1 (hTfR1) 또는 시노몰구스 원숭이 TfR1 (cTfR1)에 대한 인간화 항-TfR Fab의 결합을 보여준다. 도 9a는 hTfR1에 대한 인간화 3M12 변이체의 결합을 보여준다. 도 9b는 cTfR1에 대한 인간화 3M12 변이체의 결합을 보여준다. 도 9c는 hTfR1에 대한 인간화 3A4 변이체의 결합을 보여준다. 도 9d는 cTfR1에 대한 인간화 3A4 변이체의 결합을 보여준다. 도 9e는 hTfR1에 대한 인간화 5H12 변이체의 결합을 보여준다. 도 9f는 hTfR1에 대한 인간화 5H12 변이체의 결합을 보여준다.
도 10은 횡문근육종 (RD) 세포 내로의 항-TfR Fab 접합체의 정량화된 세포 흡수를 보여준다. 시험된 접합체 내의 분자 페이로드는 DMPK-표적화 올리고뉴클레오티드이고, 접합체의 흡수는 나타낸 항-TfR Fab에 의해 용이해졌다. 음성 대조군 Fab (항-마우스 TfR) 또는 양성 대조군 Fab (항-인간 TfR1)를 갖는 접합체가 또한 본 검정에 포함된다. 세포를 100 nM의 농도의 나타낸 접합체와 함께 4시간 동안 인큐베이션하였다. 세포 흡수를 평균 사이퍼5e(Cypher5e) 형광에 의해 측정하였다.
도 11a-11f는 ELISA에 의해 측정된, 인간 TfR1 (hTfR1) 및 시노몰구스 원숭이 TfR1 (cTfR1)에 대한 올리고뉴클레오티드-접합된 또는 비접합된 인간화 항-TfR Fab의 결합을 보여준다. 도 11a는 hTfR1에 대한 인간화 3M12 변이체 단독 또는 DMPK 표적화 올리고와의 접합체의 결합을 보여준다. 도 11b는 cTfR1에 대한 인간화 3M12 변이체 단독 또는 DMPK 표적화 올리고와의 접합체의 결합을 보여준다. 도 11c는 hTfR1에 대한 인간화 3A4 변이체 단독 또는 DMPK 표적화 올리고와의 접합체의 결합을 보여준다. 도 11d는 cTfR1에 대한 인간화 3A4 변이체 단독 또는 DMPK 표적화 올리고와의 접합체의 결합을 보여준다. 도 11e는 hTfR1에 대한 인간화 5H12 변이체 단독 또는 DMPK 표적화 올리고와의 접합체의 결합을 보여준다. 도 11f는 cTfR1에 대한 인간화 5H12 변이체의 단독 또는 DMPK 표적화 올리고와의 접합체의 결합을 보여준다. 각각의 EC50 값이 또한 제시된다.
도 12는 DMPK-표적화 올리고뉴클레오티드 ASO300에 접합된 나타낸 인간화 항-TfR 항체를 함유하는 다양한 농도의 접합체로 처리된 RD 세포에서의 DMPK 발현을 보여준다. 처리 지속기간은 3일이었다. 형질감염제를 사용하여 전달된 ASO300을 대조군으로서 사용하였다.
도 13은 DMD 엑손 51 스킵핑 올리고뉴클레오티드 (PMO)에 의해 용이해진, 인간 DMD 근관에서의 엑손 51의 스킵핑을 보여준다. 세포를 네이키드 PMO 또는 항-TfR1 Fab에 접합된 PMO (Ab-PMO)로 처리하였다.
도 14는 로딩 대조군으로서의 알파-액틴과 함께 디스트로핀에 대한 웨스턴 블롯팅에 의해 측정 시, 엑손 23에 표적화된 올리고뉴클레오티드 (PMO)에 접합된 항-마우스 TfR1 (RI7 217)로의 처리 후 mdx 마우스의 사두근에서의 디스트로핀 발현의 용량-의존성 증가를 보여준다. 풀링된 야생형 단백질 및 풀링된 mdx 단백질을 사용하여 표준을 생성하였다. 퍼센트는 샘플 중에 스파이킹된 WT 단백질의 양을 나타낸다.
도 15는 엑손 23을 표적화하는 올리고뉴클레오티드 (PMO)에 접합된 항-마우스 TfR (RI7 217)의 다양한 용량으로의 처리 후 mdx 마우스의 사두근에서의 디스트로핀 단백질 수준의 정량화를 보여준다.
도 16은 염수로 처리된 야생형 (WT) 마우스 또는 염수, 네이키드 올리고뉴클레오티드 또는 항-마우스 TfR1 (RI7 217)에 접합된 올리고뉴클레오티드로 처리된 mdx 마우스로부터의 사두근의 면역형광 염색 영상을 보여준다.
도 17은 DMD 엑손-스킵핑 올리고뉴클레오티드에 접합된 지정된 항-TfR Fab (3M12 VH3/VK2, 3M12 VH4/VK3 및 3A4 VH3 N54S/VK4)를 함유하는 접합체가 DMD 환자 근관에서 네이키드 DMD 엑손 스킵핑 올리고와 비교하여 증진된 엑손 스킵핑을 유발하였다는 것을 예시하는 데이터를 보여준다.
도 18은 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3의 230 pM 내지 500 nM의 Fab의 농도 범위에서의 재조합 인간 (원형), 시노몰구스 원숭이 (정사각형), 마우스 (상향 삼각형) 또는 래트 (하향 삼각형) TfR1 단백질에 대한 결합의 ELISA 측정치를 보여준다. 측정 결과는 항-TfR Fab가 인간 및 시노몰구스 원숭이 TfR1과 반응성임을 보여준다. 마우스 또는 래트 재조합 TfR1에 대한 결합은 관찰되지 않았다. 데이터는 기준선에 대해 정규화된 상대 형광 단위로서 제시된다.
도 19는 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3의 230 pM 내지 500 nM의 Fab의 농도 범위에 걸친 재조합 인간 TfR1 또는 TfR2에 대한 친화도를 시험하는 ELISA의 결과를 보여준다. 데이터는 기준선에 대해 정규화된 상대 형광 단위로서 제시된다. 결과는 Fab가 재조합 인간 TfR2에 결합하지 않는다는 것을 입증한다.
도 20은 PBS에서 또는 래트, 마우스, 시노몰구스 원숭이 또는 인간 혈청에서 72시간 인큐베이션에 걸쳐 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3을 대조군 안티센스 올리고뉴클레오티드에 연결시키는 데 사용된 링커의 혈청 안정성을 보여준다.
도 21a-21c는 야생형 (WT) 마우스 및 단일 용량의 염수, DMD에서 엑손 23 스킵핑을 유도하는 비접합된 올리고뉴클레오티드 (ASO) 또는 ASO에 접합된 항-TfR RI7217 Fab를 함유하는 접합체 (Ab-ASO)의 투여 2주 또는 4주 후 mdx 마우스의 사두근 (도 21a), 심장 (도 21b) 및 횡격막 (도 21c)에서의 엑손 23 스킵핑의 정량화를 보여준다. WT 마우스로부터 또는 염수 또는 비접합된 ASO가 투여된 mdx 마우스로부터의 조직에서는 엑손 23 스킵핑이 거의 또는 전혀 관찰되지 않은 반면, Ab-ASO로 처리된 mdx 마우스의 조직에서는 유의한 수준의 엑손 23 스킵핑이 관찰되었다. (* p < 0.05, ** p < 0.01, **** p < 0.0001)
도 22a-22d는 DMD에서 엑손 23 스킵핑을 유도하는 비접합된 올리고뉴클레오티드 (ASO) 또는 ASO에 접합된 항-TfR1 RI7217 Fab를 함유하는 접합체 (Ab-ASO)의 단일 용량의 투여 후 mdx 마우스의 사두근에서의 디스트로핀 단백질의 측정치를 보여준다. 도 22a는 ASO 또는 Ab-ASO의 주사 2주 후 근육 조직에서의 디스트로핀 및 알파-액티닌 단백질의 웨스턴 블롯을 보여준다. 도 22b는 야생형 근육에서의 디스트로핀 단백질과 비교한 도 23a의 웨스턴 블롯에서의 디스트로핀의 정량화를 보여준다. 도 22c는 ASO 또는 Ab-ASO의 주사 4주 후 근육 조직에서의 디스트로핀 및 알파-액티닌 단백질의 웨스턴 블롯을 보여준다. 도 22d는 야생형 근육에서의 디스트로핀 단백질과 비교한 도 22c의 웨스턴 블롯에서의 디스트로핀의 정량화를 보여준다. 도 22a 및 22c의 표준 곡선은 야생형 (WT) 및 mdx 마우스 샘플로부터 조직을 풀링함으로써 생성되었으며, 퍼센트 WT는 각각의 샘플 중에 스파이킹된 WT 단백질의 양을 나타낸다. (* p < 0.05; ns, 유의하지 않음)
도 23a-23d는 DMD에서 엑손 23 스킵핑을 유도하는 비접합된 올리고뉴클레오티드 (ASO) 또는 ASO에 접합된 항-TfR1 RI7217 Fab를 함유하는 접합체 (Ab-ASO)의 단일 용량의 투여 후 mdx 마우스의 심장 근육에서의 디스트로핀 단백질의 측정치를 보여준다. 도 23a는 ASO 또는 Ab-ASO의 주사 2주 후 근육 조직에서의 디스트로핀 및 알파-액티닌 단백질의 웨스턴 블롯을 보여준다. 도 23b는 야생형 근육에서의 디스트로핀 단백질과 비교한 도 23a의 웨스턴 블롯에서의 디스트로핀의 정량화를 보여준다. 도 23c는 ASO 또는 Ab-ASO의 주사 4주 후 근육 조직에서의 디스트로핀 및 알파-액티닌 단백질의 웨스턴 블롯을 보여준다. 도 23d는 야생형 근육에서의 디스트로핀 단백질과 비교한 도 23c의 웨스턴 블롯에서의 디스트로핀의 정량화를 보여준다. 도 23a 및 23c의 표준 곡선은 야생형 (WT) 및 mdx 마우스 샘플로부터 조직을 풀링함으로써 생성되었으며, 퍼센트 WT는 각각의 샘플 중에 스파이킹된 WT 단백질의 양을 나타낸다. (* p < 0.05, **** p < 0.0001)
도 24a-24d는 DMD에서 엑손 23 스킵핑을 유도하는 비접합된 올리고뉴클레오티드 (ASO) 또는 ASO에 접합된 항-TfR1 RI7217 Fab를 함유하는 접합체 (Ab-ASO)의 단일 용량의 투여 후 mdx 마우스의 횡격막 근육에서의 디스트로핀 단백질의 측정치를 보여준다. 도 24a는 ASO 또는 Ab-ASO의 주사 2주 후 근육 조직에서의 디스트로핀 및 알파-액티닌 단백질의 웨스턴 블롯을 보여준다. 도 24b는 야생형 근육에서의 디스트로핀 단백질과 비교한 도 24a의 웨스턴 블롯에서의 디스트로핀의 정량화를 보여준다. 도 24c는 ASO 또는 Ab-ASO의 주사 4주 후 근육 조직에서의 디스트로핀 및 알파-액티닌 단백질의 웨스턴 블롯을 보여준다. 도 24d는 야생형 근육에서의 디스트로핀 단백질과 비교한 도 24c의 웨스턴 블롯에서의 디스트로핀의 정량화를 보여준다. 도 24a 및 24c의 표준 곡선은 야생형 (WT) 및 mdx 마우스 샘플로부터 조직을 풀링함으로써 생성되었으며, 퍼센트 WT는 각각의 샘플 중에 스파이킹된 WT 단백질의 양을 나타낸다. (** p < 0.01, *** p < 0.001)
도 25a-25c는 야생형 (WT) 마우스 또는 단일 용량의 염수, 비접합된 엑손 23 스킵핑 올리고뉴클레오티드 (ASO) 또는 ASO에 접합된 항-TfR1 RI7217 Fab를 함유하는 접합체 (Ab-ASO)의 투여 2주 또는 4주 후 mdx 마우스의 사두근 (도 25a), 횡격막 (도 25b) 및 심장 (도 25c)에서의 투여된 올리고뉴클레오티드 (ASO)의 양의 정량화를 보여준다.
도 26은 소정 농도 범위에 걸친 엑손 53-스킵핑 올리고뉴클레오티드의 짐노시스 흡수 후 DMD 엑손 52의 결실을 보유하는 DMD 환자 세포에서의 % 엑손 53 스킵핑을 보여준다.
도 27은 다양한 농도에서 항체에 연결되지 않은 엑손 53-스킵핑 PMO ("네이키드 ASO") 또는 항-TfR1 Fab에 공유 연결된 엑손 53-스킵핑 PMO ("항-TfR1 Fab-ASO 복합체")로의 처리 후, DMD 엑손 52의 결실을 보유하는 DMD 환자 세포에서의 % 엑손 53 스킵핑을 보여준다.
본 개시내용의 측면은 특정 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드, 펩티드, 소분자)가 근육 세포에서 유익한 효과를 가질 수 있지만, 이러한 세포를 효과적으로 표적화하는 것이 어려운 것으로 입증되었다는 인식에 관한 것이다. 본원에 기재된 바와 같이, 본 개시내용은 이러한 난제를 극복하기 위해 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체를 제공한다. 일부 실시양태에서, 복합체는, 예를 들어 희귀 근육 질환을 갖거나 갖는 것으로 의심되는 대상체에서 근육 세포에 표적 유전자의 발현 또는 활성을 조정하는 (예를 들어, 촉진하는) 분자 페이로드를 전달하는 데 특히 유용하다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, DMD, 예를 들어 돌연변이된 DMD 대립유전자를 표적화하는 복합체가 제공된다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 복합체는 DMD의 정상적 발현 및 활성을 촉진하는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 또 다른 예로서, 복합체는 DMD mRNA의 엑손 스킵핑을 유도하는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, DMD의 정상 발현 및 활성을 촉진하는 1종 이상의 단백질을 발현하는 합성 핵산 페이로드 (예를 들어, DNA 또는 RNA 페이로드)가 사용될 수 있다.
일부 실시양태에서, 복합체는, 예를 들어 디스트로핀 또는 그의 단편 (예를 들어, 디스트로핀 미니 유전자)을 발현하는 합성 cDNA 및/또는 (예를 들어, 및) 합성 mRNA의 분자 페이로드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 복합체는 DMD의 질환-연관 돌연변이에 또는 그 근처에 있는 서열, 예를 들어 돌연변이된 DMD 엑손에 핵산 프로그램가능한 뉴클레아제 (예를 들어, Cas9)를 표적화할 수 있는 분자 페이로드, 예컨대 가이드 분자 (예를 들어, 가이드 RNA)를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이러한 핵산 프로그램가능한 뉴클레아제는 DMD의 질환-연관 돌연변이, 예를 들어 돌연변이된 DMD 엑손의 일부 또는 모두를 절단하여 기능적 DMD의 발현을 촉진하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 복합체는 디스트로핀의 기능을 대체할 수 있는 유전자, 예컨대 유트로핀의 발현 및/또는 (예를 들어, 및) 활성을 상향조절하는 분자 페이로드를 포함할 수 있다.
정의된 용어의 설명을 포함한 본 개시내용의 추가 측면이 하기에 제공된다.
I. 정의
투여: 본원에 사용된 용어 "투여하는" 또는 "투여"는 생리학상 및/또는 (예를 들어, 및) 약리학상 유용한 (예를 들어, 대상체에서 상태를 치료하기 위한) 방식으로 대상체에게 복합체를 제공하는 것을 의미한다.
대략: 본원에 사용된 용어 "대략" 또는 "약"은 1개 이상의 관심 값에 적용되는 경우에 기재된 언급 값에 유사한 값을 지칭한다. 특정 실시양태에서, 용어 "대략" 또는 "약"은 달리 언급되지 않거나 또는 달리 문맥으로부터 명백하지 않는 한 기재된 언급 값의 어느 방향으로 (초과 또는 미만) 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1% 또는 그 미만 내에 속하는 값의 범위를 지칭한다 (이러한 수가 가능한 값의 100%를 초과하는 경우는 제외함).
항체: 본원에 사용된 용어 "항체"는 적어도 1개의 이뮤노글로불린 가변 도메인 또는 적어도 1개의 항원 결정기, 예를 들어 항원에 특이적으로 결합하는 파라토프를 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 항체는 전장 항체이다. 일부 실시양태에서, 항체는 키메라 항체이다. 일부 실시양태에서, 항체는 인간화 항체이다. 그러나, 일부 실시양태에서, 항체는 Fab 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편, Fv 단편 또는 scFv 단편이다. 일부 실시양태에서, 항체는 낙타류 항체로부터 유래된 나노바디 또는 상어 항체로부터 유래된 나노바디이다. 일부 실시양태에서, 항체는 디아바디이다. 일부 실시양태에서, 항체는 인간 배선 서열을 갖는 프레임워크를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 항체는 IgG, IgG1, IgG2, IgG2A, IgG2B, IgG2C, IgG3, IgG4, IgA1, IgA2, IgD, IgM 및 IgE 불변 도메인으로 이루어진 군으로부터 선택된 중쇄 불변 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항체는 중쇄 (H) 가변 영역 (본원에서 VH로 약칭됨) 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 (L) 가변 영역 (본원에서 VL로 약칭됨)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항체는 불변 도메인, 예를 들어 Fc 영역을 포함한다. 이뮤노글로불린 불변 도메인은 중쇄 또는 경쇄 불변 도메인을 지칭한다. 인간 IgG 중쇄 및 경쇄 불변 도메인 아미노산 서열 및 그의 기능적 변이는 공지되어 있다. 중쇄와 관련하여, 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 중쇄는 알파 (α), 델타 (Δ), 엡실론 (ε), 감마 (γ) 또는 뮤 (μ) 중쇄일 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 중쇄는 인간 알파 (α), 델타 (Δ), 엡실론 (ε), 감마 (γ) 또는 뮤 (μ) 중쇄를 포함할 수 있다. 특정한 실시양태에서, 본원에 기재된 항체는 인간 감마 1 CH1, CH2 및/또는 (예를 들어, 및) CH3 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, VH 도메인의 아미노산 서열은 인간 감마 (γ) 중쇄 불변 영역, 예컨대 관련 기술분야에 공지된 임의의 것의 아미노산 서열을 포함한다. 인간 불변 영역 서열의 비제한적 예는 관련 기술분야에 기재되었으며, 예를 들어 미국 특허 번호 5,693,780 및 상기 문헌 [Kabat E A et al., (1991)]을 참조한다. 일부 실시양태에서, VH 도메인은 본원에 제공된 임의의 가변 쇄 불변 영역에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 적어도 99% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항체는 변형되고, 예를 들어 글리코실화, 인산화, SUMO화 및/또는 (예를 들어, 및) 메틸화를 통해 변형된다. 일부 실시양태에서, 항체는 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자에 접합된 글리코실화 항체이다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 N-글리코실화, O-글리코실화, C-글리코실화, GPI화 (GPI 앵커 부착) 및/또는 (예를 들어, 및) 포스포글리코실화를 통해 항체에 접합된다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 모노사카라이드, 디사카라이드, 올리고사카라이드 또는 글리칸이다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 분지형 올리고사카라이드 또는 분지형 글리칸이다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 만노스 단위, 글루코스 단위, N-아세틸글루코사민 단위, N-아세틸갈락토사민 단위, 갈락토스 단위, 푸코스 단위 또는 인지질 단위를 포함한다. 일부 실시양태에서, 항체는 링커 폴리펩티드 또는 이뮤노글로불린 불변 도메인에 연결된 본 개시내용의 1개 이상의 항원 결합 단편을 포함하는 폴리펩티드를 포함하는 구축물이다. 링커 폴리펩티드는 펩티드 결합에 의해 연결된 2개 이상의 아미노산 잔기를 포함하고, 1개 이상의 항원 결합 부분을 연결하는 데 사용된다. 링커 폴리펩티드의 예가 보고되었다 (예를 들어, 문헌 [Holliger, P., et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448; Poljak, R. J., et al. (1994) Structure 2:1121-1123] 참조). 추가로, 항체는 항체 또는 항체 부분과 1종 이상의 다른 단백질 또는 펩티드와의 공유 또는 비공유 회합에 의해 형성된 보다 큰 면역부착 분자의 일부일 수 있다. 이러한 면역부착 분자의 예는 사량체 scFv 분자를 제조하기 위한 스트렙타비딘 코어 영역의 사용 (Kipriyanov, S. M., et al. (1995) Human Antibodies and Hybridomas 6:93-101) 및 2가 및 비오티닐화 scFv 분자를 제조하기 위한 시스테인 잔기, 마커 펩티드 및 C-말단 폴리히스티딘 태그의 사용 (Kipriyanov, S. M., et al. (1994) Mol. Immunol. 31:1047-1058)을 포함한다.
CDR: 본원에 사용된 용어 "CDR"은 항체 가변 서열 내의 상보성 결정 영역을 지칭한다. 전형적인 항체 분자는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하며, 이는 통상적으로 항원 결합에 수반된다. VH 및 VL 영역은 "프레임워크 영역" ("FR")으로 공지된 보다 보존된 영역이 산재되어 있는, "상보성 결정 영역" ("CDR")으로도 공지된 초가변성 영역으로 추가로 세분될 수 있다. 각각의 VH 및 VL은 전형적으로 아미노-말단에서 카르복시-말단으로 하기 순서로 배열된 3개의 CDR 및 4개의 FR로 구성된다: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. 프레임워크 영역 및 CDR의 정도는 관련 기술분야에 공지된 방법론을 사용하여, 예를 들어 카바트 정의, IMGT 정의, 코티아 정의, AbM 정의 및/또는 (예를 들어, 및) 접촉 정의에 의해 정확하게 확인될 수 있으며, 이들 모두는 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다. 예를 들어, 문헌 [Kabat, E.A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242; IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® http://www.imgt.org, Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 27:209-212 (1999); Ruiz, M. et al., Nucleic Acids Res., 28:219-221 (2000); Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Res., 29:207-209 (2001); Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Res., 31:307-310 (2003); Lefranc, M.-P. et al., In Silico Biol., 5, 0006 (2004) [Epub], 5:45-60 (2005); Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 33:D593-597 (2005); Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 37:D1006-1012 (2009); Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 43:D413-422 (2015); Chothia et al., (1989) Nature 342:877; Chothia, C. et al. (1987) J. Mol. Biol. 196:901-917, Al-lazikani et al. (1997) J. Molec. Biol. 273:927-948; 및 Almagro, J. Mol. Recognit. 17:132-143 (2004)]을 참조한다. 또한 hgmp.mrc.ac.uk 및 bioinf.org.uk/abs를 참조한다. 본원에 사용된 CDR은 관련 기술분야에 공지된 임의의 방법에 의해 정의된 CDR을 지칭할 수 있다. 동일한 CDR을 갖는 2종의 항체는 2종의 항체가 동일한 방법, 예를 들어 IMGT 정의에 의해 결정 시 그 CDR과 동일한 아미노산 서열을 갖는다는 것을 의미한다.
중쇄 및 경쇄의 각각의 가변 영역에 3개의 CDR이 존재하며, 이는 각각의 가변 영역에 대해 CDR1, CDR2 및 CDR3으로 지정된다. 본원에 사용된 용어 "CDR 세트"는 항원에 결합할 수 있는 단일 가변 영역에서 발생하는 3개의 CDR의 군을 지칭한다. 이들 CDR의 정확한 경계는 상이한 시스템에 따라 상이하게 정의되었다. 카바트에 의해 기재된 시스템 (Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest (National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1987) and (1991))은 항체의 임의의 가변 영역에 적용가능한 명백한 잔기 넘버링 시스템을 제공할 뿐만 아니라, 3개의 CDR을 정의하는 정확한 잔기 경계를 제공한다. 이들 CDR은 카바트 CDR로 지칭될 수 있다. CDR의 하위-부분은 L1, L2 및 L3 또는 H1, H2 및 H3으로 지정될 수 있으며, 여기서 "L" 및 "H"는 각각 경쇄 및 중쇄 영역을 지정한다. 이들 영역은 코티아 CDR로 지칭될 수 있으며, 이는 카바트 CDR과 중첩되는 경계를 갖는다. 카바트 CDR과 중첩되는 CDR을 정의하는 다른 경계는 문헌 [Padlan (FASEB J. 9:133-139 (1995)) 및 MacCallum (J Mol Biol 262(5):732-45 (1996))]에 기재되었다. 또 다른 CDR 경계 정의는 상기 시스템 중 하나를 엄격히 따르지 않을 수 있으나 그럼에도 불구하고 카바트 CDR과 중첩될 것이며, 다만 특정한 잔기 또는 잔기의 군 또는 심지어 전체 CDR이 항원 결합에 유의하게 영향을 미치지 않는다는 예측 또는 실험적 발견에 비추어 단축되거나 연장될 수 있다. 본원에 사용된 방법은 임의의 이들 시스템에 따라 정의된 CDR을 이용할 수 있다. CDR 정의 시스템의 예가 표 1에 제공된다.
표 1. CDR 정의
Figure pct00001
1 IMGT®, 국제 이뮤노제네틱스 정보 시스템(international ImMunoGeneTics information system)®, imgt.org, [Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 27:209-212 (1999)]
2 [Kabat et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242]
3 [Chothia et al., J. Mol. Biol. 196:901-917(1987))]
CDR-그라프트된 항체: 용어 "CDR-그라프트된 항체"는 하나의 종으로부터의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하나, VH 및/또는 (예를 들어, 및) VL의 CDR 영역 중 1개 이상의 서열이 또 다른 종의 CDR 서열로 대체된 항체, 예컨대 뮤린 CDR 중 1개 이상 (예를 들어, CDR3)이 인간 CDR 서열로 대체된 뮤린 중쇄 및 경쇄 가변 영역을 갖는 항체를 지칭한다.
키메라 항체: 용어 "키메라 항체"는 하나의 종으로부터의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열 및 또 다른 종으로부터의 불변 영역 서열을 포함하는 항체, 예컨대 인간 불변 영역에 연결된 뮤린 중쇄 및 경쇄 가변 영역을 갖는 항체를 지칭한다.
상보적: 본원에 사용된 용어 "상보적"은 2개의 뉴클레오티드 또는 2개 세트의 뉴클레오티드 사이의 정확한 쌍형성 능력을 지칭한다. 특히, 상보적은 2개의 뉴클레오티드 또는 2개 세트의 뉴클레오티드 사이의 결합을 가져오는 수소 결합 쌍형성의 정도를 특징화하는 용어이다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드의 한 위치에서의 염기가 표적 핵산 (예를 들어, mRNA)의 상응하는 위치에서의 염기와 수소 결합할 수 있으면, 염기들이 그 위치에서 서로에 대해 상보적인 것으로 간주된다. 염기 쌍형성은 정규 왓슨-크릭 염기 쌍형성 및 비-왓슨-크릭 염기 쌍형성 (예를 들어, 워블 염기 쌍형성 및 후그스틴 염기 쌍형성) 둘 다를 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 상보적 염기 쌍형성의 경우, 아데노신-유형 염기 (A)는 티미딘-유형 염기 (T) 또는 우라실-유형 염기 (U)에 대해 상보적이고, 시토신-유형 염기 (C)는 구아노신-유형 염기 (G)에 대해 상보적이고, 범용 염기, 예컨대 3-니트로피롤 또는 5-니트로인돌은 임의의 A, C, U 또는 T에 혼성화할 수 있고 그에 대해 상보적인 것으로 간주된다. 이노신 (I)은 또한 관련 기술분야에서 범용 염기인 것으로 간주되어 왔고, 임의의 A, C, U 또는 T에 대해 상보적인 것으로 간주된다.
보존적 아미노산 치환: 본원에 사용된 "보존적 아미노산 치환"은 아미노산 치환이 이루어지는 단백질의 상대 전하 또는 크기 특징을 변경시키지 않는 아미노산 치환을 지칭한다. 변이체는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 폴리펩티드 서열을 변경시키는 방법에 따라 제조될 수 있으며, 예컨대 이러한 방법을 편집해 놓은 참고문헌, 예를 들어 [Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook, et al., eds., Fourth Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 2012, 또는 Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel, et al., eds., John Wiley & Sons, Inc., New York]에서 발견된다. 아미노산의 보존적 치환은 하기 군 내의 아미노산들 사이에 이루어진 치환을 포함한다: (a) M, I, L, V; (b) F, Y, W; (c) K, R, H; (d) A, G; (e) S, T; (f) Q, N; 및 (g) E, D.
공유 연결된: 본원에 사용된 용어 "공유 연결된"은 2개 이상의 분자가 적어도 1개의 공유 결합을 통해 함께 연결된 특징을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 2개의 분자는 분자들 사이의 링커로서의 역할을 하는 단일 결합, 예를 들어 디술피드 결합 또는 디술피드 가교에 의해 함께 공유 연결될 수 있다. 그러나, 일부 실시양태에서, 2개 이상의 분자는 다중 공유 결합을 통해 2개 이상의 분자를 함께 연결하는 링커로서의 역할을 하는 분자를 통해 함께 공유 연결될 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 절단가능한 링커일 수 있다. 그러나, 일부 실시양태에서, 링커는 비-절단가능한 링커일 수 있다.
교차-반응성: 본원에서 표적화제 (예를 들어, 항체)와 관련하여 사용된 용어 "교차-반응성"은 유사한 친화도 또는 결합력으로 유사한 유형 또는 부류의 1종 초과의 항원 (예를 들어, 다수의 상동체, 파라로그 또는 오르토로그의 항원)에 특이적으로 결합할 수 있는 작용제의 특성을 지칭한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 유사한 유형 또는 부류의 인간 및 비-인간 영장류 항원 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체 및 비-인간 영장류 트랜스페린 수용체)에 대해 교차-반응성인 항체는 유사한 친화도 또는 결합력으로 인간 항원 및 비-인간 영장류 항원에 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, 항체는 유사한 유형 또는 부류의 인간 항원 및 설치류 항원에 대해 교차-반응성이다. 일부 실시양태에서, 항체는 유사한 유형 또는 부류의 설치류 항원 및 비-인간 영장류 항원에 대해 교차-반응성이다. 일부 실시양태에서, 항체는 유사한 유형 또는 부류의 인간 항원, 비-인간 영장류 항원 및 설치류 항원에 대해 교차-반응성이다.
DMD: 본원에 사용된 용어 "DMD"는 근육 세포, 특히 근육 섬유에서 내부 세포골격 및 세포외 매트릭스를 가교하는, 디스트로핀-당단백질 복합체의 주요 성분인 디스트로핀 단백질을 코딩하는 유전자를 지칭한다. DMD 내의 결실, 중복 및 점 돌연변이는 디스트로핀병증, 예컨대 뒤시엔느 근육 이영양증, 베커 근육 이영양증 또는 심근병증 (예를 들어, DMD-연관 확장성 심근병증)을 유발할 수 있다. 대안적 프로모터 용법 및 대안적 스플라이싱은 이 유전자에 대해 수많은 별개의 전사체 변이체 및 단백질 이소형을 생성한다. 일부 실시양태에서, 디스트로핀 유전자는 인간 (진(Gene) ID: 1756), 비-인간 영장류 (예를 들어, 진 ID: 465559) 또는 설치류 유전자 (예를 들어, 진 ID: 13405; 진 ID: 24907)일 수 있다. 추가로, 상이한 단백질 이소형을 코딩하는 다수의 인간 전사체 변이체 (예를 들어, 진뱅크 RefSeq 수탁 번호: NM_000109.3, NM_004006.2 (서열식별번호: 2239), NM_004009.3, NM_004010.3 및 NM_004011.3 하에 주석달린 바와 같음)가 특징화되었다.
DMD 대립유전자: 본원에 사용된 용어 "DMD 대립유전자"는 DMD 유전자의 대안적 형태 (예를 들어, 야생형 또는 돌연변이체 형태) 중 어느 하나를 지칭한다. 일부 실시양태에서, DMD 대립유전자는 그의 정상적 및 전형적 기능을 보유하는 디스트로핀을 코딩할 수 있다. 일부 실시양태에서, DMD 대립유전자는 근육 이영양증을 유발하는 1개 이상의 돌연변이를 포함할 수 있다. 뒤시엔느 근육 이영양증을 유도하는 통상의 돌연변이는 디스트로핀 대립유전자에 존재하는 79개의 엑손, 예를 들어 엑손 8, 엑손 23, 엑손 41, 엑손 44, 엑손 50, 엑손 51, 엑손 52, 엑손 53 또는 엑손 55 중 1개 이상의 프레임시프트, 결실, 치환 및 중복 돌연변이를 수반한다. DMD 돌연변이의 추가의 예는, 예를 들어 문헌 [Flanigan KM, et al., Mutational spectrum of DMD mutations in dystrophinopathy patients: application of modern diagnostic techniques to a large cohort. Hum Mutat. 2009 Dec; 30 (12):1657-66]에 개시되어 있으며, 이의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
디스트로핀병증: 본원에 사용된 용어 "디스트로핀병증"은 1개 이상의 돌연변이된 DMD 대립유전자로부터 유발된 근육 질환을 지칭한다. 디스트로핀병증은 뒤시엔느 근육 이영양증, 베커 근육 이영양증 및 DMD-연관 확장성 심근병증 (DCM)을 포함하는 넓은 범위의 상태 (경도 내지 중증의 범위)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 범위의 한쪽 말단에서, 디스트로핀병증은 크레아틴 포스포키나제 (CK)의 혈청 농도의 무증상 증가 및/또는 (예를 들어, 및) 미오글로빈뇨를 동반한 근육 경련과 표현형적으로 연관된다. 일부 실시양태에서, 범위의 다른쪽 말단에서, 디스트로핀병증은 일반적으로 골격근에 주로 이환되는 경우에 뒤시엔느 또는 베커 근육 이영양증으로서 분류되고, 심장에 주로 이환되는 경우에 DMD-연관 확장성 심근병증 (DCM)으로 분류되는 진행성 근육 질환과 표현형적으로 연관된다. 뒤시엔느 근육 이영양증의 증상은 근육 손실 또는 변성, 감소된 근육 기능, 혀 및 송아지 근육의 가성비대, 신경계 이상의 보다 높은 위험 및 단축된 수명을 포함한다. 뒤시엔느 근육 이영양증은 온라인 인간 멘델 유전 (OMIM) 엔트리 # 310200과 연관된다. 베커 근육 이영양증은 OMIM 엔트리 # 300376과 연관된다. 확장성 심근병증은 OMIM 엔트리 X# 302045와 연관된다.
엑손 스플라이싱 인핸서 (ESE): 본원에 사용된 용어 "엑손 스플라이싱 인핸서" 또는 "ESE"는, 예를 들어 문헌 [Blencowe et al., Trends Biochem Sci 25, 106-10. (2000)] (본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, pre-mRNA의 mRNA로의 스플라이싱을 지시하거나 증진시키는 유전자, pre-mRNA 또는 mRNA의 엑손 내의 핵산 서열 모티프를 지칭한다. ESE는, 예를 들어 유전자 전사체로부터 1개 이상의 인트론 및/또는 1개 이상의 엑손을 제거하기 위해 스플라이싱을 지시하거나 증진시킬 수 있다. ESE 모티프는 전형적으로 6-8개 핵염기 길이이다. SR 단백질 (예를 들어, 유전자 SRSF1, SRSF2, SRSF3, SRSF4, SRSF5, SRSF6, SRSF7, SRSF8, SRSF9, SRSF10, SRSF11, SRSF12, TRA2A 또는 TRA2B에 의해 코딩되는 단백질)은 ESE에 그의 RNA 인식 모티프 영역을 통해 결합하여 스플라이싱을 용이하게 한다. ESE 모티프는 문헌 [Cartegni et al., Nucleic Acids Research, 2003, Vol. 31, No. 13, 3568-3571] (본원에 참조로 포함됨)에 기재된 것을 포함한 다수의 방법을 통해 확인될 수 있다.
프레임워크: 본원에 사용된 용어 "프레임워크" 또는 "프레임워크 서열"은 CDR을 제외한 가변 영역의 나머지 서열을 지칭한다. CDR 서열의 정확한 정의는 상이한 시스템에 의해 결정될 수 있기 때문에, 프레임워크 서열의 의미는 상응하는 상이한 해석에 따른다. 6개의 CDR (경쇄의 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3 및 중쇄의 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3)은 또한 경쇄 및 중쇄 상의 프레임워크 영역을 각각의 쇄 상에서 4개의 하위-영역 (FR1, FR2, FR3 및 FR4)으로 분류하며, 여기서 CDR1은 FR1과 FR2 사이에, CDR2는 FR2와 FR3 사이에, CDR3은 FR3과 FR4 사이에 위치한다. 특정한 하위-영역을 FR1, FR2, FR3 또는 FR4로서 명시하지 않으면서, 다른 것으로 지칭되는 프레임워크 영역은, 단일의 자연 발생 이뮤노글로불린 쇄의 가변 영역 내의 조합 FR을 나타낸다. 본원에 사용된 FR은 4개의 하위-영역 중 1개를 나타내고, FR들은 프레임워크 영역을 구성하는 4개의 하위-영역 중 2개 이상을 나타낸다. 인간 중쇄 및 경쇄 수용자 서열은 관련 기술분야에 공지되어 있다. 한 실시양태에서, 관련 기술분야에 공지된 수용자 서열은 본원에 개시된 항체에 사용될 수 있다.
인간 항체: 본원에 사용된 용어 "인간 항체"는 인간 배선 이뮤노글로불린 서열로부터 유래된 가변 및 불변 영역을 갖는 항체를 포함하는 것으로 의도된다. 본 개시내용의 인간 항체는, 예를 들어 CDR, 특히 CDR3 내에, 인간 배선 이뮤노글로불린 서열에 의해 코딩되지 않는 아미노산 잔기 (예를 들어, 시험관내에서 무작위 또는 부위-특이적 돌연변이유발에 의해 또는 생체내에서 체세포 돌연변이에 의해 도입된 돌연변이)를 포함할 수 있다. 그러나, 본원에 사용된 용어 "인간 항체"는 또 다른 포유동물 종, 예컨대 마우스의 배선으로부터 유래된 CDR 서열이 인간 프레임워크 서열 상에 그라프트된 항체를 포함하는 것으로 의도되지 않는다.
인간화 항체: 용어 "인간화 항체"는 비-인간 종 (예를 들어, 마우스)으로부터의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열을 포함하지만, VH 및/또는 (예를 들어, 및) VL 서열의 적어도 한 부분이 보다 "인간-유사"하도록, 즉 인간 배선 가변 서열과 보다 유사하도록 변경된 항체를 지칭한다. 인간화 항체의 한 유형은 인간 CDR 서열이 비-인간 VH 및 VL 서열에 도입되어 상응하는 비인간 CDR 서열을 대체하는 CDR-그라프트된 항체이다. 한 실시양태에서, 인간화 항-트랜스페린 수용체 항체 및 항원 결합 부분이 제공된다. 이러한 항체는 전통적인 하이브리도마 기술을 사용하여 뮤린 항-트랜스페린 수용체 모노클로날 항체를 수득하고, 이어서 시험관내 유전자 조작, 예컨대 PCT 공개 번호 WO 2005/123126 A2 (Kasaian et al.)에 개시된 것을 사용하여 인간화함으로써 생성될 수 있다.
내재화 세포 표면 수용체: 본원에 사용된 용어 "내재화 세포 표면 수용체"는, 예를 들어 외부 자극, 예를 들어 수용체에 대한 리간드 결합 시 세포에 의해 내재화되는 세포 표면 수용체를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 내재화 세포 표면 수용체는 세포내이입에 의해 내재화된다. 일부 실시양태에서, 내재화 세포 표면 수용체는 클라트린-매개 세포내이입에 의해 내재화된다. 그러나, 일부 실시양태에서, 내재화 세포 표면 수용체는 클라트린-비의존성 경로, 예컨대, 예를 들어 식세포작용, 거대음세포작용, 카베올라- 및 라프트-매개 흡수 또는 구성적 클라트린-비의존성 세포내이입에 의해 내재화된다. 일부 실시양태에서, 내재화 세포 표면 수용체는 세포내 도메인, 막횡단 도메인 및/또는 (예를 들어, 및) 세포외 도메인을 포함하고, 이는 임의로 리간드-결합 도메인을 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 세포 표면 수용체는 리간드 결합 후 세포에 의해 내재화된다. 일부 실시양태에서, 리간드는 근육-표적화제 또는 근육-표적화 항체일 수 있다. 일부 실시양태에서, 내재화 세포 표면 수용체는 트랜스페린 수용체이다.
단리된 항체: 본원에 사용된 "단리된 항체"는 상이한 항원 특이성을 갖는 다른 항체가 실질적으로 없는 항체를 지칭하는 것으로 의도된다 (예를 들어, 트랜스페린 수용체에 특이적으로 결합하는 단리된 항체는 트랜스페린 수용체 이외의 항원에 특이적으로 결합하는 항체가 실질적으로 없음). 그러나, 트랜스페린 수용체 복합체에 특이적으로 결합하는 단리된 항체는 다른 항원, 예컨대 다른 종으로부터의 트랜스페린 수용체 분자에 대해 교차-반응성을 가질 수 있다. 더욱이, 단리된 항체는 다른 세포 물질 및/또는 (예를 들어, 및) 화학물질이 실질적으로 없을 수 있다.
카바트 넘버링: 용어 "카바트 넘버링", "카바트 정의" 및 "카바트 라벨링"은 본원에서 상호교환가능하게 사용된다. 관련 기술분야에서 인식되는 이들 용어는 항체 또는 그의 항원 결합 부분의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 내의 다른 아미노산 잔기보다 더 가변적인 (즉, 초가변적인) 아미노산 잔기를 넘버링하는 시스템을 지칭한다 (Kabat et al. (1971) Ann. NY Acad, Sci. 190:382-391 및 Kabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242). 중쇄 가변 영역에서, 초가변 영역은 CDR1의 경우 아미노산 위치 31 내지 35, CDR2의 경우 아미노산 위치 50 내지 65 및 CDR3의 경우 아미노산 위치 95 내지 102의 범위이다. 경쇄 가변 영역에서, 초가변 영역은 CDR1의 경우 아미노산 위치 24 내지 34, CDR2의 경우 아미노산 위치 50 내지 56, 및 CDR3의 경우 아미노산 위치 89 내지 97의 범위이다.
분자 페이로드: 본원에 사용된 용어 "분자 페이로드"는 생물학적 결과를 조정하는 기능을 하는 분자 또는 종을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 근육-표적화제에 연결되거나 또는 달리 그와 회합된다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 소분자, 단백질, 펩티드, 핵산 또는 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DNA 서열의 전사를 조정하거나, 단백질의 발현을 조정하거나 또는 단백질의 활성을 조정하는 기능을 한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 표적 유전자에 대한 상보성 영역을 갖는 가닥을 포함하는 올리고뉴클레오티드이다.
근육-표적화제: 본원에 사용된 용어 "근육-표적화제"는 근육 세포 상에서 발현된 항원에 특이적으로 결합하는 분자를 지칭한다. 근육 세포 내의 또는 상의 항원은 막 단백질, 예를 들어 내재성 막 단백질 또는 말초 막 단백질일 수 있다. 전형적으로, 근육-표적화제는 근육-표적화제 (및 임의의 회합된 분자 페이로드)의 근육 세포 내로의 내재화를 용이하게 하는 근육 세포 상의 항원에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 근육 상의 내재화 세포 표면 수용체에 특이적으로 결합하고, 수용체 매개 내재화를 통해 근육 세포 내로 내재화될 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 소분자, 단백질, 펩티드, 핵산 (예를 들어, 압타머) 또는 항체이다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 분자 페이로드에 연결된다.
근육-표적화 항체: 본원에 사용된 용어 "근육-표적화 항체"는 근육 세포 내에서 또는 상에서 발견된 항원에 특이적으로 결합하는 항체인 근육-표적화제를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 항체는 근육-표적화 항체 (및 임의의 회합된 분자 페이로드)의 근육 세포 내로의 내재화를 용이하게 하는 근육 세포 상의 항원에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 항체는 근육 세포 상에 존재하는 내재화 세포 표면 수용체에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 항체는 트랜스페린 수용체에 특이적으로 결합하는 항체이다.
올리고뉴클레오티드: 본원에 사용된 용어 "올리고뉴클레오티드"는 최대 200개의 뉴클레오티드 길이의 올리고머 핵산 화합물을 지칭한다. 올리고뉴클레오티드의 예는 RNAi 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, siRNA, shRNA), 마이크로RNA, 갭머, 믹스머, 포스포로디아미데이트 모르폴리노, 펩티드 핵산, 압타머, 가이드 핵산 (예를 들어, Cas9 가이드 RNA) 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 올리고뉴클레오티드는 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드 (예를 들어, 2'-O-메틸 당 변형, 퓨린 또는 피리미딘 변형)를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 Rp 또는 Sp 입체화학적 입체형태일 수 있는 1개 이상의 포스포로티오에이트 연결을 포함할 수 있다.
재조합 항체: 본원에 사용된 용어 "재조합 인간 항체"는 재조합 수단에 의해 제조, 발현, 생성 또는 단리된 모든 인간 항체, 예컨대 숙주 세포 내로 형질감염된 재조합 발현 벡터를 사용하여 발현된 항체 (본 개시내용에 보다 상세히 기재됨), 재조합 조합 인간 항체 라이브러리로부터 단리된 항체 (Hoogenboom H. R., (1997) TIB Tech. 15:62-70; Azzazy H., and Highsmith W. E., (2002) Clin. Biochem. 35:425-445; Gavilondo J. V., and Larrick J. W. (2002) BioTechniques 29:128-145; Hoogenboom H., and Chames P. (2000) Immunology Today 21:371-378), 인간 이뮤노글로불린 유전자에 대해 트랜스제닉인 동물 (예를 들어, 마우스)로부터 단리된 항체 (예를 들어, 문헌 [Taylor, L. D., et al. (1992) Nucl. Acids Res. 20:6287-6295; Kellermann S-A., and Green L. L. (2002) Current Opinion in Biotechnology 13:593-597; Little M. et al. (2000) Immunology Today 21:364-370] 참조) 또는 인간 이뮤노글로불린 유전자 서열의 다른 DNA 서열로의 스플라이싱을 수반하는 임의의 다른 수단에 의해 제조, 발현, 생성 또는 단리된 항체를 포함하는 것으로 의도된다. 이러한 재조합 인간 항체는 인간 배선 이뮤노글로불린 서열로부터 유래된 가변 및 불변 영역을 갖는다. 그러나, 특정 실시양태에서, 이러한 재조합 인간 항체는 시험관내 돌연변이유발 (또는 인간 Ig 서열에 대해 트랜스제닉인 동물이 사용되는 경우에, 생체내 체세포 돌연변이유발)에 적용되고, 따라서 재조합 항체의 VH 및 VL 영역의 아미노산 서열은, 인간 배선 VH 및 VL 서열로부터 유래되고 그와 관련되지만 생체내 인간 항체 배선 레퍼토리 내에 자연적으로 존재할 수 없는 서열이다. 본 개시내용의 한 실시양태는 인간 트랜스페린 수용체에 결합할 수 있는 완전 인간 항체를 제공하며, 이는 관련 기술분야에 널리 공지된 기술, 예컨대, 비제한적으로 인간 Ig 파지 라이브러리, 예컨대 PCT 공개 번호 WO 2005/007699 A2 (Jermutus et al.)에 개시된 것을 사용하여 생성될 수 있다.
상보성 영역: 본원에 사용된 용어 "상보성 영역"은 뉴클레오티드 서열, 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열이 동족 뉴클레오티드 서열, 예를 들어 표적 핵산의 동족 뉴클레오티드 서열에 대해, 2개의 뉴클레오티드 서열이 생리학적 조건 하에 (예를 들어, 세포에서) 서로에 대해 어닐링될 수 있도록 하는 데 충분히 상보적인 것을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 상보성 영역은 표적 핵산의 동족 뉴클레오티드 서열에 대해 완전히 상보적이다. 그러나, 일부 실시양태에서, 상보성 영역은 표적 핵산의 동족 뉴클레오티드 서열에 대해 부분적으로 상보적이다 (예를 들어, 적어도 80%, 90%, 95% 또는 99% 상보성). 일부 실시양태에서, 상보성 영역은 표적 핵산의 동족 뉴클레오티드 서열과 비교하여 1, 2, 3 또는 4개의 미스매치를 함유한다.
특이적으로 결합한다: 본원에 사용된 용어 "특이적으로 결합한다"는 분자가 결합 검정 또는 다른 결합 상황에서 결합 파트너를 적절한 대조군과 구별하는 데 사용될 수 있게 하는 친화도 또는 결합력의 정도로 분자가 결합 파트너에 결합하는 능력을 지칭한다. 항체와 관련하여, 용어 "특이적으로 결합한다"는 적절한 참조 항원 또는 항원들과 비교하여, 항체가 특이적 항원을 다른 것과 구별하는 데, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이 항원에 대한 결합을 통해 특정 세포, 예를 들어 근육 세포에 대한 우선적 표적화를 허용하는 정도로 사용될 수 있게 하는 친화도 또는 결합력의 정도로 항체가 특이적 항원에 결합하는 능력을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 항체가 표적에의 결합에 대한 KD가 적어도 약 10-4 M, 10-5 M, 10-6 M, 10-7 M, 10-8 M, 10-9 M, 10-10 M, 10-11 M, 10-12 M, 10-13 M 또는 그 미만인 경우에 항체는 표적에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 항체는 트랜스페린 수용체, 예를 들어 트랜스페린 수용체의 정단 도메인의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
대상체: 본원에 사용된 용어 "대상체"는 포유동물을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 대상체는 비-인간 영장류 또는 설치류이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 환자, 예를 들어 질환을 갖거나 갖는 것으로 의심되는 인간 환자이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 돌연변이된 DMD 유전자 서열, 예를 들어 DMD 유전자 서열의 엑손 내의 돌연변이로 인한 질환을 갖거나 갖는 것으로 의심되는 인간 환자이다. 일부 실시양태에서, 대상체는 디스트로핀병증, 예를 들어 뒤시엔느 근육 이영양증을 갖는다.
트랜스페린 수용체: 본원에 사용된 용어 "트랜스페린 수용체" (TFRC, CD71, p90, TFR 또는 TFR1로도 공지됨)는 트랜스페린에 결합하여 세포내이입에 의한 철 흡수를 용이하게 하는 내재화 세포 표면 수용체를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체는 인간 (NCBI 진 ID 7037), 비-인간 영장류 (예를 들어, NCBI 진 ID 711568 또는 NCBI 진 ID 102136007) 또는 설치류 (예를 들어, NCBI 진 ID 22042) 기원의 것일 수 있다. 추가로, 수용체의 상이한 이소형을 코딩하는 다수의 인간 전사체 변이체 (예를 들어, 진뱅크 RefSeq 수탁 번호: NP_001121620.1, NP_003225.2, NP_001300894.1 및 NP_001300895.1 하에 주석달린 바와 같음)가 특징화되었다.
2'-변형된 뉴클레오시드: 본원에 사용된 용어 "2'-변형된 뉴클레오시드" 및 "2'-변형된 리보뉴클레오시드"는 상호교환가능하게 사용되고, 2' 위치에서 변형된 당 모이어티를 갖는 뉴클레오시드를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 2'-변형된 뉴클레오시드는 당의 2' 및 4' 위치가 (예를 들어, 메틸렌, 에틸렌 또는 (S)-구속성 에틸 가교를 통해) 가교된 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 2'-변형된 뉴클레오시드는, 예를 들어 당 모이어티의 2' 위치가 치환된 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드이다. 2'-변형된 뉴클레오시드의 비제한적 예는 2'-데옥시, 2'-플루오로 (2'-F), 2'-O-메틸 (2'-O-Me), 2'-O-메톡시에틸 (2'-MOE), 2'-O-아미노프로필 (2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸 (2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필 (2'-O-DMAP), 2'-O-디메틸아미노에틸옥시에틸 (2'-O-DMAEOE), 2'-O-N-메틸아세트아미도 (2'-O-NMA), 잠금 핵산 (LNA, 메틸렌-가교 핵산), 에틸렌-가교 핵산 (ENA) 및 (S)-구속성 에틸-가교 핵산 (cEt)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 2'-변형된 뉴클레오시드는 고친화도 변형된 뉴클레오티드이고, 2'-변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드는 비변형된 올리고뉴클레오티드에 비해 표적 서열에 대해 증가된 친화도를 갖는다. 2'-변형된 뉴클레오시드의 구조의 예가 하기에 제공된다:
Figure pct00002
II. 복합체
분자 페이로드에 공유 연결된 표적화제, 예를 들어 항체를 포함하는 복합체가 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 복합체는 올리고뉴클레오티드에 공유 연결된 근육-표적화 항체를 포함한다. 복합체는 단일 항원 부위에 특이적으로 결합하거나 또는 동일하거나 상이한 항원 상에 존재할 수 있는 적어도 2개의 항원 부위에 결합하는 항체를 포함할 수 있다.
복합체는 적어도 1종의 유전자, 단백질 및/또는 (예를 들어, 및) 핵산의 활성 또는 기능을 조정하는데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 복합체에 존재하는 분자 페이로드는 유전자, 단백질 및/또는 (예를 들어, 및) 핵산의 조정을 담당한다. 분자 페이로드는 소분자, 단백질, 핵산, 올리고뉴클레오티드, 또는 세포 내의 유전자, 단백질 및/또는 (예를 들어, 및) 핵산의 활성 또는 기능을 조정할 수 있는 임의의 분자 개체일 수 있다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 근육 세포에서 질환-연관 반복부를 표적화하는 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 복합체는 분자 페이로드, 예를 들어 엑손 스킵핑을 촉진하기 위해 돌연변이된 DMD 대립유전자를 표적화하는 믹스머 안티센스 올리고뉴클레오티드에 공유 연결된 근육-표적화제, 예를 들어 항-트랜스페린 수용체 항체를 포함한다.
A. 근육-표적화제
본 개시내용의 일부 측면은, 예를 들어 분자 페이로드를 근육 세포에 전달하기 위한 근육-표적화제를 제공한다. 일부 실시양태에서, 이러한 근육-표적화제는, 예를 들어 근육 세포 상의 항원에 특이적으로 결합함으로써 근육 세포에 결합하고, 회합된 분자 페이로드를 근육 세포에 전달할 수 있다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 근육 표적화제에 결합 (예를 들어, 공유 결합)되고, 근육 세포 상의 항원에 대한 근육 표적화제의 결합 시, 예를 들어 세포내이입을 통해 근육 세포 내로 내재화된다. 다양한 유형의 근육-표적화제가 본 개시내용에 따라 사용될 수 있는 것으로 인지될 것이다. 예를 들어, 근육-표적화제는 핵산 (예를 들어, DNA 또는 RNA), 펩티드 (예를 들어, 항체), 지질 (예를 들어, 미세소포) 또는 당 모이어티 (예를 들어, 폴리사카라이드)를 포함하거나 또는 그로 이루어질 수 있다. 예시적인 근육-표적화제는 본원에 추가로 상세히 기재되어 있지만, 본원에 제공된 예시적인 근육-표적화제는 제한적인 것으로 의도되지 않는 것으로 인지될 것이다.
본 개시내용의 일부 측면은 근육, 예컨대 골격근, 평활근 또는 심장 근육 상의 항원에 특이적으로 결합하는 근육-표적화제를 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 임의의 근육-표적화제는 골격근 세포, 평활근 세포 및/또는 (예를 들어, 및) 심장 근육 세포 상의 항원에 결합한다 (예를 들어, 특이적으로 결합함).
근육-특이적 세포 표면 인식 요소 (예를 들어, 세포 막 단백질)와 상호작용함으로써, 조직 국재화 및 근육 세포 내로의 선택적 흡수 둘 다가 달성될 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육 흡수 수송체에 대한 기질인 분자는 분자 페이로드를 근육 조직 내로 전달하는 데 유용하다. 근육 표면 인식 요소에 대한 결합 후 세포내이입은 심지어 대형 분자, 예컨대 항체도 근육 세포에 진입하게 할 수 있다. 또 다른 예로서 트랜스페린 또는 항-트랜스페린 수용체 항체에 접합된 분자 페이로드는 트랜스페린 수용체에 대한 결합을 통해 근육 세포에 의해 흡수될 수 있고, 이는 이어서, 예를 들어 클라트린-매개 세포내이입을 통해 세포내이입될 수 있다.
근육-표적화제의 사용은 다른 조직에서 효과와 연관된 독성을 감소시키면서 근육에서 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)를 농축시키는데 유용할 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 결합된 분자 페이로드를 대상체 내의 또 다른 세포 유형과 비교하여 근육 세포에 농축시킨다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 결합된 분자 페이로드를 비-근육 세포 (예를 들어, 간, 뉴런, 혈액 또는 지방 세포)에서의 양보다 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90 또는 100배 더 큰 양으로 근육 세포 (예를 들어, 골격, 평활근 또는 심장 근육 세포)에 농축시킨다. 일부 실시양태에서, 대상체에서의 분자 페이로드의 독성은 그것이 근육-표적화제에 결합된 경우에 대상체에게 전달되었을 때 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 90% 또는 95%만큼 감소된다.
일부 실시양태에서, 근육 선택성을 달성하기 위해, 근육 인식 요소 (예를 들어, 근육 세포 항원)가 요구될 수 있다. 한 예로서, 근육-표적화제는 근육-특이적 흡수 수송체에 대한 기질인 소분자일 수 있다. 또 다른 예로서, 근육-표적화제는 수송체-매개 세포내이입을 통해 근육 세포에 진입하는 항체일 수 있다. 또 다른 예로서, 근육 표적화제는 근육 세포 상의 세포 표면 수용체에 결합하는 리간드일 수 있다. 수송체-기반 접근법이 세포 진입을 위한 직접 경로를 제공하지만, 수용체-기반 표적화는 목적하는 작용 부위에 도달하도록 자극된 세포내이입을 수반할 수 있는 것으로 인지될 것이다.
i. 근육-표적화 항체
일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 항체이다. 일반적으로, 표적 항원에 대한 항체의 높은 특이성은 근육 세포 (예를 들어, 골격근, 평활근 및/또는 (예를 들어, 및) 심장 근육 세포)를 선택적으로 표적화하는 잠재력을 제공한다. 이러한 특이성은 또한 오프-타겟 독성을 제한할 수 있다. 근육 세포의 표면 항원을 표적화할 수 있는 항체의 예는 보고되었고, 본 개시내용의 범주 내에 있다. 예를 들어, 근육 세포의 표면을 표적화하는 항체는 문헌 [Arahata K., et al. "Immunostaining of skeletal and cardiac muscle surface membrane with antibody against Duchenne muscular dystrophy peptide" Nature 1988; 333: 861-3; Song K.S., et al. "Expression of caveolin-3 in skeletal, cardiac, and smooth muscle cells. Caveolin-3 is a component of the sarcolemma and co-fractionates with dystrophin and dystrophin-associated glycoproteins" J Biol Chem 1996; 271: 15160-5; 및 Weisbart R.H. et al., "Cell type specific targeted intracellular delivery into muscle of a monoclonal antibody that binds myosin IIb" Mol Immunol. 2003 Mar, 39(13):78309]에 기재되어 있으며, 이들 각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함된다.
a. 항-트랜스페린 수용체 항체
본 개시내용의 일부 측면은 트랜스페린 수용체에 결합하는 작용제, 예를 들어 항-트랜스페린-수용체 항체가 근육 세포를 표적화할 수 있다는 인식에 기초한다. 트랜스페린 수용체는 세포 막을 가로질러 트랜스페린을 수송하고 세포내 철 수준의 조절 및 항상성에 참여하는 내재화 세포 표면 수용체이다. 본 개시내용의 일부 측면은 트랜스페린 수용체에 결합할 수 있는 트랜스페린 수용체 결합 단백질을 제공한다. 따라서, 본 개시내용의 측면은 트랜스페린 수용체에 결합하는 결합 단백질 (예를 들어, 항체)을 제공한다. 일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체에 결합하는 결합 단백질은 임의의 결합된 분자 페이로드와 함께 근육 세포 내로 내재화된다. 본원에 사용된 트랜스페린 수용체에 결합하는 항체는 트랜스페린 수용체 항체, 항-트랜스페린 수용체 항체 또는 항-TfR 항체로서 상호교환가능하게 지칭될 수 있다. 트랜스페린 수용체에 결합하는, 예를 들어 특이적으로 결합하는 항체는 트랜스페린 수용체에 결합 시, 예를 들어 수용체-매개 세포내이입을 통해 세포 내로 내재화될 수 있다.
항-트랜스페린 수용체 항체가 여러 공지된 방법론, 예를 들어 파지 디스플레이를 사용하는 라이브러리 설계를 사용하여 생산, 합성 및/또는 (예를 들어, 및) 유도체화될 수 있는 것으로 인지될 것이다. 예시적인 방법론은 관련 기술분야에서 특징화되었으며, 참조로 포함된다 (Diez, P. et al. "High-throughput phage-display screening in array format", Enzyme and microbial technology, 2015, 79, 34-41.; Christoph M. H. and Stanley, J.R. "Antibody Phage Display: Technique and Applications" J Invest Dermatol. 2014, 134:2.; Engleman, Edgar (Ed.) "Human Hybridomas and Monoclonal Antibodies." 1985, Springer.). 다른 실시양태에서, 항-트랜스페린 항체는 이전에 특징화되거나 개시되었다. 트랜스페린 수용체에 특이적으로 결합하는 항체는 관련 기술분야에 공지되어 있다 (예를 들어, 미국 특허 번호 4,364,934, 출원일 12/4/1979, "Monoclonal antibody to a human early thymocyte antigen and methods for preparing same"; 미국 특허 번호 8,409,573, 출원일 6/14/2006, "Anti-CD71 monoclonal antibodies and uses thereof for treating malignant tumor cells"; 미국 특허 번호 9,708,406, 출원일 5/20/2014, "Anti-transferrin receptor antibodies and methods of use"; US 9,611,323, 출원일 12/19/2014, "Low affinity blood brain barrier receptor antibodies and uses therefor"; WO 2015/098989, 출원일 12/24/2014, "Novel anti-Transferrin receptor antibody that passes through blood-brain barrier"; 문헌 [Schneider C. et al. "Structural features of the cell surface receptor for transferrin that is recognized by the monoclonal antibody OKT9." J Biol Chem. 1982, 257:14, 8516-8522.; Lee et al. "Targeting Rat Anti-Mouse Transferrin Receptor Monoclonal Antibodies through Blood-Brain Barrier in Mouse" 2000, J Pharmacol. Exp. Ther., 292: 1048-1052.] 참조).
일부 측면에서, 근육 표적화제로서 (예를 들어, 근육 표적화 복합체에) 사용하기 위한 새로운 항-TfR 항체가 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체는 트랜스페린 수용체에 높은 특이성 및 친화도로 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체는 트랜스페린 수용체의 임의의 세포외 에피토프 또는 항체에 노출되게 되는 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 항-TfR 항체는 인간, 비-인간 영장류, 마우스, 래트 등으로부터의 트랜스페린 수용체에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 항-TfR 항체는 인간 트랜스페린 수용체에 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체는 서열식별번호: 105-108에 제공된 바와 같은 인간 또는 비-인간 영장류 트랜스페린 수용체의 아미노산 절편에 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체는 트랜스페린 수용체의 정단 도메인에 존재하지 않는, 서열식별번호: 105에 제시된 바와 같은 인간 트랜스페린 수용체의 아미노산 90-96에 상응하는 아미노산 절편에 결합한다.
NCBI 서열 NP_003225.2 (트랜스페린 수용체 단백질 1 이소형 1, 호모 사피엔스(homo sapiens))에 상응하는 인간 트랜스페린 수용체 아미노산 서열의 예는 하기와 같다:
Figure pct00003
NCBI 서열 NP_001244232.1 (트랜스페린 수용체 단백질 1, 마카카 물라타(Macaca mulatta))에 상응하는 비-인간 영장류 트랜스페린 수용체 아미노산 서열의 예는 하기와 같다:
Figure pct00004
NCBI 서열 XP_005545315.1 (트랜스페린 수용체 단백질 1, 마카카 파시쿨라리스(Macaca fascicularis))에 상응하는 비-인간 영장류 트랜스페린 수용체 아미노산 서열의 예는 하기와 같다:
Figure pct00005
NCBI 서열 NP_001344227.1 (트랜스페린 수용체 단백질 1, 무스 무스쿨루스(mus musculus))에 상응하는 마우스 트랜스페린 수용체 아미노산 서열의 예는 하기와 같다:
Figure pct00006
일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 하기와 같은 수용체의 아미노산 절편에 결합하고:
Figure pct00007
, 트랜스페린 수용체와 트랜스페린 및/또는 (예를 들어, 및) 인간 혈색소증 단백질 (HFE로도 공지됨) 사이의 결합 상호작용을 억제하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 109 내의 에피토프에 결합하지 않는다.
적절한 방법론을 사용하여, 예를 들어 재조합 DNA 프로토콜의 사용을 통해 항체, 항체 단편 또는 항원-결합제를 수득하고/거나 (예를 들어, 수득하고) 생산할 수 있다. 일부 실시양태에서, 항체는 또한 하이브리도마의 생성을 통해 생산될 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Kohler, G and Milstein, C. "Continuous cultures of fused cells secreting antibody of predefined specificity" Nature, 1975, 256: 495-497] 참조). 관심 항원은 임의의 형태 또는 개체, 예를 들어 재조합 또는 자연 발생 형태 또는 개체의 면역원으로서 사용될 수 있다. 하이브리도마는 표준 방법, 예를 들어 ELISA 스크리닝을 사용하여 스크리닝되어, 특정한 항원을 표적화하는 항체를 생산하는 적어도 1종의 하이브리도마를 발견한다. 항체는 또한 항체를 발현하는 단백질 발현 라이브러리, 예를 들어 파지 디스플레이 라이브러리의 스크리닝을 통해 생산될 수 있다. 일부 실시양태에서, 파지 디스플레이 라이브러리 설계가 또한 사용될 수 있다 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,223,409, 출원일 3/1/1991, "Directed evolution of novel binding proteins"; WO 1992/18619, 출원일 4/10/1992, "Heterodimeric receptor libraries using phagemids"; WO 1991/17271, 출원일 5/1/1991, "Recombinant library screening methods"; WO 1992/20791, 출원일 5/15/1992, "Methods for producing members of specific binding pairs"; 및 WO 1992/15679, 출원일 2/28/1992, "Improved epitope displaying phage" 참조). 일부 실시양태에서, 관심 항원이 비-인간 동물, 예를 들어 설치류 또는 염소를 면역화하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 항체가 이어서 비-인간 동물로부터 수득되고, 다수의 방법론을 사용하여, 예를 들어 재조합 DNA 기술을 사용하여 임의로 변형될 수 있다. 항체 생산 및 방법론의 추가의 예는 관련 기술분야에 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Harlow et al. "Antibodies: A Laboratory Manual", Cold Spring Harbor Laboratory, 1988.] 참조).
일부 실시양태에서, 항체는 변형되고, 예를 들어 글리코실화, 인산화, SUMO화 및/또는 (예를 들어, 및) 메틸화를 통해 변형된다. 일부 실시양태에서, 항체는 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자에 접합된 글리코실화 항체이다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 N-글리코실화, O-글리코실화, C-글리코실화, GPI화 (GPI 앵커 부착) 및/또는 (예를 들어, 및) 포스포글리코실화를 통해 항체에 접합된다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 모노사카라이드, 디사카라이드, 올리고사카라이드 또는 글리칸이다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 분지형 올리고사카라이드 또는 분지형 글리칸이다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 만노스 단위, 글루코스 단위, N-아세틸글루코사민 단위, N-아세틸갈락토사민 단위, 갈락토스 단위, 푸코스 단위 또는 인지질 단위를 포함한다. 일부 실시양태에서, 약 1-10, 약 1-5, 약 5-10, 약 1-4, 약 1-3 또는 약 2개의 당 분자가 존재한다. 일부 실시양태에서, 글리코실화 항체는 완전히 또는 부분적으로 글리코실화된다. 일부 실시양태에서, 항체는 화학 반응 또는 효소적 수단에 의해 글리코실화된다. 일부 실시양태에서, 항체는 시험관내에서 또는 임의로 N- 또는 O-글리코실화 경로 내의 효소, 예를 들어 글리코실트랜스퍼라제가 결핍되어 있을 수 있는 세포 내부에서 글리코실화된다. 일부 실시양태에서, 항체는 2014년 5월 1일에 공개된 국제 특허 출원 공개 WO2014065661 (발명의 명칭: "Modified antibody, antibody-conjugate and process for the preparation thereof")에 기재된 바와 같이 당 또는 탄수화물 분자로 관능화된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 항-TfR 항체는 표 2로부터 선택된 항-TfR 항체 중 어느 하나의 VL 도메인 및/또는 (예를 들어, 및) VH 도메인을 포함하고, IgG, IgE, IgM, IgD, IgA 또는 IgY 이뮤노글로불린 분자, 임의의 부류 (예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2) 또는 임의의 하위부류 (예를 들어, IgG2a 및 IgG2b)의 이뮤노글로불린 분자의 불변 영역의 아미노산 서열을 포함하는 불변 영역을 포함한다. 인간 불변 영역의 비제한적 예는 관련 기술분야에 기재되어 있으며, 예를 들어 상기 문헌 [Kabat E A et al., (1991)]을 참조한다.
일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체에 결합하는 작용제, 예를 들어 항-TfR 항체는 근육 세포를 표적화할 수 있고/거나 (예를 들어, 있고) 혈액 뇌 장벽을 가로지르는 작용제의 수송을 매개할 수 있다. 트랜스페린 수용체는 세포 막을 가로질러 트랜스페린을 수송하고 세포내 철 수준의 조절 및 항상성에 참여하는 내재화 세포 표면 수용체이다. 본 개시내용의 일부 측면은 트랜스페린 수용체에 결합할 수 있는 트랜스페린 수용체 결합 단백질을 제공한다. 트랜스페린 수용체에 결합하는, 예를 들어 특이적으로 결합하는 항체는 트랜스페린 수용체에 결합 시, 예를 들어 수용체-매개 세포내이입을 통해 세포 내로 내재화될 수 있다.
일부 측면에서, 트랜스페린 수용체에 높은 특이성 및 친화도로 결합하는 인간화 항체가 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 트랜스페린 수용체의 임의의 세포외 에피토프 또는 항체에 노출되게 되는 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 인간화 항-TfR 항체는 인간, 비-인간 영장류, 마우스, 래트 등으로부터의 트랜스페린 수용체에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 인간화 항-TfR 항체는 인간 트랜스페린 수용체에 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 105-108에 제공된 바와 같은 인간 또는 비-인간 영장류 트랜스페린 수용체의 아미노산 절편에 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 트랜스페린 수용체의 정단 도메인에 존재하지 않는, 서열식별번호: 105에 제시된 바와 같은 인간 트랜스페린 수용체의 아미노산 90-96에 상응하는 아미노산 절편에 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 TfR1에 결합하지만 TfR2에는 결합하지 않는다.
일부 실시양태에서, 항-TFR 항체는 TfR1 (예를 들어, 인간 또는 비-인간 영장류 TfR1)에 적어도 약 10-4 M, 10-5 M, 10-6 M, 10-7 M, 10-8 M, 10-9 M, 10-10 M, 10-11 M, 10-12 M, 10-13 M 또는 그 미만의 결합 친화도 (예를 들어, Kd에 의해 나타낸 바와 같음)로 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체는 나노몰 미만의 범위의 KD로 TfR1에 결합한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체는 트랜스페린 수용체 1 (TfR1)에 선택적으로 결합하지만, 트랜스페린 수용체 2 (TfR2)에는 결합하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체는 인간 TfR1 및 시노 TfR1에 결합하지만 (예를 들어, 10-7 M, 10-8 M, 10-9 M, 10-10 M, 10-11 M, 10-12 M, 10-13 M 또는 그 미만의 Kd로), 마우스 TfR1에는 결합하지 않는다. 항-TfR 항체의 친화도 및 결합 동역학은 바이오센서 기술 (예를 들어, 옥테트(OCTET) 또는 비아코어(BIACORE))을 포함하나 이에 제한되지는 않는 임의의 적합한 방법을 사용하여 시험될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체 중 어느 하나의 결합은 TfR1에 대한 트랜스페린 결합과 경쟁하지 않거나 또는 그를 억제하지 않는다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체 중 어느 하나의 결합은 TfR1에 대한 HFE-베타-2-마이크로글로불린 결합과 경쟁하지 않거나 또는 그를 억제하지 않는다.
본원에 기재된 항-TfR 항체는 인간화 항체이다. 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체가 유래된 마우스 모노클로날 항-TfR 항체의 CDR 및 가변 영역 아미노산 서열이 표 2에 제공된다.
표 2. 마우스 모노클로날 항-TfR 항체
Figure pct00008
Figure pct00009
Figure pct00010
* 돌연변이 위치는 돌연변이를 함유하는 각각의 VH 서열의 카바트 넘버링에 따른다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 항-TfR 항체는 표 2에 제공된 항-TfR 항체 중 어느 하나의 인간화 변이체이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 항-TfR 항체는 표 2에 제공된 항-TfR 항체 중 어느 하나에서의 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3과 동일한 CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3, CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함하고, 인간화 중쇄 가변 영역 및/또는 (예를 들어, 및) 인간화 경쇄 가변 영역을 포함한다.
인간화 항체는 수용자의 상보성 결정 영역 (CDR)으로부터의 잔기가 목적하는 특이성, 친화도 및 능력을 갖는 비-인간 종 (공여자 항체), 예컨대 마우스, 래트 또는 토끼의 CDR로부터의 잔기에 의해 대체된 인간 이뮤노글로불린 (수용자 항체)이다. 일부 실시양태에서, 인간 이뮤노글로불린의 Fv 프레임워크 영역 (FR) 잔기는 상응하는 비-인간 잔기에 의해 대체된다. 추가로, 인간화 항체는 수용자 항체에서도 발견되지 않고 도입된 CDR 또는 프레임워크 서열에서도 발견되지 않지만 항체 성능을 추가로 정밀화하고 최적화하기 위해 포함되는 잔기를 포함할 수 있다. 일반적으로, 인간화 항체는 적어도 1개 및 전형적으로 2개의 가변 도메인을 실질적으로 모두 포함할 것이며, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 CDR 영역은 비-인간 이뮤노글로불린의 것에 상응하고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR 영역은 인간 이뮤노글로불린 컨센서스 서열의 것이다. 또한, 인간화 항체는 최적으로는 이뮤노글로불린 불변 영역 또는 도메인 (Fc)의 적어도 한 부분, 전형적으로는 인간 이뮤노글로불린의 것을 포함할 것이다. 항체는 WO 99/58572에 기재된 바와 같이 변형된 Fc 영역을 가질 수 있다. 다른 형태의 인간화 항체는 원래 항체에 비해 변경된 1개 이상의 CDR (1, 2, 3, 4, 5, 6개)을 가지며, 이는 또한 원래 항체로부터의 1개 이상의 CDR로부터 유래된 1개 이상의 CDR로 명명된다. 인간화 항체는 또한 친화도 성숙을 수반할 수 있다.
인간화 항체 및 그의 제조 방법은, 예를 들어 문헌 [Almagro et al., Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008); Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989); 미국 특허 번호 5,821,337, 7,527,791, 6,982,321 및 7,087,409; Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005); Padlan et al., Mol. Immunol. 28:489-498 (1991); Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005); Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005); 및 Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)]에 기재된 바와 같이 공지되어 있으며, 이들 모두의 내용은 본원에 참조로 포함된다. 인간화에 사용될 수 있는 인간 프레임워크 영역은, 예를 들어 문헌 [Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993); Carter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); Presta et al., J. Immunol., 151:2623 (1993); Almagro et al., Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)); Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997); 및 Rosok et al., J Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)]에 기재되어 있으며, 이들 모두의 내용은 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 표 2에 열거된 VH 중 어느 하나와 비교하여 (예를 들어, VH 프레임워크 영역에) 1개 이상의 아미노산 변이를 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 표 2에 열거된 VL 중 어느 하나와 비교하여 (예를 들어, VL 프레임워크 영역에) 1개 이상의 아미노산 변이를 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 표 2에 열거된 임의의 항-TfR 항체의 VH (예를 들어, 서열식별번호: 17, 22, 26, 43, 61, 65 및 68 중 어느 하나)와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 표 2에 열거된 항-TfR 항체 중 어느 하나의 VL (예를 들어, 서열식별번호: 18, 44 및 62 중 어느 하나)과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 프레임워크 영역에서 표 2에 열거된 임의의 항-TfR 항체의 VH (예를 들어, 서열식별번호: 17, 22, 26, 43, 61, 65 및 68 중 어느 하나)에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 프레임워크 영역에서 표 2에 열거된 임의의 항-TfR 항체의 VL (예를 들어, 서열식별번호: 18, 44 및 62 중 어느 하나)에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 1의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 2, 서열식별번호: 19 또는 서열식별번호: 23의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 3의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 22 또는 서열식별번호: 26에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 항-TfR 항체는 서열식별번호: 4의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 5의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (IMGT 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 6의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 18에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 1의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 2, 서열식별번호: 19 또는 서열식별번호: 23의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 3의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 22 또는 서열식별번호: 26에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 4의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 5의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (IMGT 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 6의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 18 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 7의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 20 또는 서열식별번호: 24의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 9의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 22 또는 서열식별번호: 26에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 10의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 11의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (카바트 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 6의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 18에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 7의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 8, 서열식별번호: 20 또는 서열식별번호: 24의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 9의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 22 또는 서열식별번호: 26에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 10의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 11의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (카바트 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 6의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 18 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 12의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 13, 서열식별번호: 21 또는 서열식별번호: 25의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 14의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 22 또는 서열식별번호: 26에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 15의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 5의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (코티아 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 16의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 18에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 12의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 13, 서열식별번호: 21 또는 서열식별번호: 25의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 14의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 17, 서열식별번호: 22 또는 서열식별번호: 26에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 항-TfR 항체는 서열식별번호: 15의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 5의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (코티아 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 16의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 18 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 27의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 28의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 29의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 43에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 30의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 31의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (IMGT 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 32의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 44에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 27의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 28의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 29의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 43에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 30의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 31의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (IMGT 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 32의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 44에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 33의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 34의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 35의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 43에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 36의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 37의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (카바트 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 32의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 44에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 33의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 34의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 35의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 43에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 36의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 37의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (카바트 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 32의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 44에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 38의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 39의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 40의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 43에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 41의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 31의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (코티아 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 42의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 44에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 38의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 39의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 40의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 43에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 41의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 31의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (코티아 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 42의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 44에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 45, 서열식별번호: 63 또는 서열식별번호: 66의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 46의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 47의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 61, 서열식별번호: 65 또는 서열식별번호: 68에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 48의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 49의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (IMGT 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 50의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 62에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 45, 서열식별번호: 63 또는 서열식별번호: 66의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 46의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 47의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 61, 서열식별번호: 65, 서열식별번호: 68에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 48의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (IMGT 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 49의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (IMGT 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 50의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (IMGT 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 62에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 51, 서열식별번호: 64 또는 서열식별번호: 67의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 52의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 53의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 61, 서열식별번호: 65, 서열식별번호: 68에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 54의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 55의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (카바트 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 50의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 62에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 51, 서열식별번호: 64 또는 서열식별번호: 67의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 52의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 53의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 61, 서열식별번호: 65, 서열식별번호: 68에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 54의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (카바트 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 55의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (카바트 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 50의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (카바트 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 62에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 56의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 57의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 58의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 61, 서열식별번호: 65, 서열식별번호: 68에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 59의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 49의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (코티아 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 60의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하고, 서열식별번호: 62에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 56의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 57의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H2 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 58의 아미노산 서열을 갖는 CDR-H3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 61, 서열식별번호: 65, 서열식별번호: 68에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 59의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L1 (코티아 정의 시스템에 따름), 서열식별번호: 49의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L2 (코티아 정의 시스템에 따름) 및 서열식별번호: 60의 아미노산 서열을 갖는 CDR-L3 (코티아 정의 시스템에 따름)을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 프레임워크 영역에서 서열식별번호: 62에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일하다.
본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체의 아미노산 서열의 예가 표 3에 제공된다.
표 3. 인간화 항-TfR 항체의 가변 영역
Figure pct00011
Figure pct00012
* 돌연변이 위치는 돌연변이를 함유하는 각각의 VH 서열의 카바트 넘버링에 따른다.
** 카바트 넘버링 시스템에 따른 CDR은 볼드체이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 표 2에 제공된 항-TfR 항체 중 어느 하나의 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3을 포함하는 인간화 VH를 포함하고, 표 3에 제공된 각각의 인간화 VH와 비교하여 프레임워크 영역에 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 또는 그 초과)의 아미노산 변이를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 표 2에 제공된 항-TfR 항체 중 어느 하나의 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함하는 인간화 VL을 포함하고, 표 3에 제공된 각각의 인간화 VL과 비교하여 프레임워크 영역에 1개 이상 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 또는 그 초과)의 아미노산 변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 69에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 70에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 69의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 71에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 70에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 71의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 72에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 70에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 73에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 74에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 73에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 75에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 76에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 74에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 76에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 75에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 77에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 78에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 78의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 79에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 80에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 79의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 77에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 80에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 인간화 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 인간 항체로부터의 중쇄 불변 영역 및 경쇄 불변 영역을 포함할 수 있는 전장 IgG이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 바와 같은 임의의 항-TfR 항체의 중쇄는 중쇄 불변 영역 (CH) 또는 그의 부분 (예를 들어, CH1, CH2, CH3 또는 그의 조합)을 포함할 수 있다. 중쇄 불변 영역은 임의의 적합한 기원, 예를 들어 인간, 마우스, 래트 또는 토끼의 것일 수 있다. 하나의 구체적 예에서, 중쇄 불변 영역은 인간 IgG (감마 중쇄), 예를 들어 IgG1, IgG2 또는 IgG4로부터의 것이다. 인간 IgG1 불변 영역의 예가 하기에 주어진다:
Figure pct00013
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 항-TfR 항체의 중쇄는 돌연변이 인간 IgG1 불변 영역을 포함한다. 예를 들어, 인간 IgG1의 CH2 도메인에서 LALA 돌연변이 (하부 힌지 잔기 Leu234 Leu235를 Ala234 및 Ala235로 대체하도록 돌연변이된 mAb b12로부터 유래된 돌연변이체)의 도입은 Fcg 수용체 결합을 감소시키는 것으로 공지되어 있다 (Bruhns, P., et al. (2009) 및 Xu, D. et al. (2000)). 돌연변이 인간 IgG1 불변 영역이 하기에 제공된다 (돌연변이는 볼드체 및 밑줄표시됨):
Figure pct00014
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 항-TfR 항체의 경쇄는 관련 기술분야에 공지된 임의의 경쇄 불변 영역 (CL)일 수 있는 CL을 추가로 포함할 수 있다. 일부 예에서, CL은 카파 경쇄이다. 다른 예에서, CL은 람다 경쇄이다. 일부 실시양태에서, CL은 카파 경쇄이며, 이의 서열은 하기에 제공된다:
Figure pct00015
다른 항체 중쇄 및 경쇄 불변 영역은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있고, 예를 들어 IMGT 데이터베이스 (www.imgt.org) 또는 www.vbase2.org/vbstat.php.에 제공되어 있으며, 이들 둘 다는 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VH 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 81 또는 서열식별번호: 82에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 99% 동일한 중쇄 불변 영역을 포함하는 중쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VH 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 81 또는 서열식별번호: 82와 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 중쇄 불변 영역을 포함하는 중쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VH 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 81에 제시된 바와 같은 중쇄 불변 영역을 포함하는 중쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VH 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 82에 제시된 바와 같은 중쇄 불변 영역을 포함하는 중쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VL 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 83에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 99% 동일한 경쇄 불변 영역을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VL 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 83과 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 경쇄 불변 영역을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VL 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 83에 제시된 경쇄 불변 영역을 포함하는 경쇄를 포함한다.
기재된 항-TfR 항체의 IgG 중쇄 및 경쇄 아미노산 서열의 예가 하기 표 4에 제공된다.
표 4. 인간화 항-TfR IgG의 예의 중쇄 및 경쇄 서열
Figure pct00016
Figure pct00017
Figure pct00018
* 돌연변이 위치는 돌연변이를 함유하는 각각의 VH 서열의 카바트 넘버링에 따른다.
** 카바트 넘버링 시스템에 따른 CDR은 볼드체이고; VH/VL 서열은 밑줄표시된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 84, 86, 87, 88, 91, 92 및 94 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 중쇄와 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 85, 89, 90, 93 및 95 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 경쇄와 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 84, 86, 87, 88, 91, 92 및 94 중 어느 하나에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 85, 89, 90, 93 및 95 중 어느 하나에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체는 서열식별번호: 84, 86, 87, 88, 91, 92 및 94 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 항-TfR 항체는 서열식별번호: 85, 89, 90, 93 및 95 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 84에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 85에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 86에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 85에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 87에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 85에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 88에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 89에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 88의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 88에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 90에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 88의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 91에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 89에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 91의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 91에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 90에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 91의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 92에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 93에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 94에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 95에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 92에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 95에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 항-TfR 항체는 무손상 항체 (전장 항체)의 Fab 단편, Fab' 단편 또는 F(ab')2 단편이다. 무손상 항체 (전장 항체)의 항원 결합 단편은 상용 방법을 통해 (예를 들어, 재조합적으로 또는 전장 IgG의 중쇄 불변 영역을 효소, 예컨대 파파인을 사용하여 소화시킴으로써) 제조될 수 있다. 예를 들어, F(ab')2 단편은 항체 분자의 펩신 또는 파파인 소화에 의해 생산될 수 있고, Fab' 단편은 F(ab')2 단편의 디술피드 가교를 환원시킴으로써 생성될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR1 항체의 Fab 단편 내의 중쇄 불변 영역은 하기 아미노산 서열을 포함한다:
Figure pct00019
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VH 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 96에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 99% 동일한 중쇄 불변 영역을 포함하는 중쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VH 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 96과 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 중쇄 불변 영역을 포함하는 중쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VH 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 96에 제시된 바와 같은 중쇄 불변 영역을 포함하는 중쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VL 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 83에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 적어도 99% 동일한 경쇄 불변 영역을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VL 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 83과 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 경쇄 불변 영역을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 표 3에 열거된 바와 같은 VL 중 어느 하나 또는 그의 임의의 변이체 및 서열식별번호: 83에 제시된 경쇄 불변 영역을 포함하는 경쇄를 포함한다.
기재된 항-TfR 항체의 Fab 중쇄 및 경쇄 아미노산 서열의 예가 하기 표 5에 제공된다.
표 5. 인간화 항-TfR Fab의 예의 중쇄 및 경쇄 서열
Figure pct00020
Figure pct00021
Figure pct00022
* 돌연변이 위치는 돌연변이를 함유하는 각각의 VH 서열의 카바트 넘버링에 따른다.
** 카바트 넘버링 시스템에 따른 CDR은 볼드체이고; VH/VL 서열은 밑줄표시된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 97-103 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 중쇄와 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 85, 89, 90, 93 및 95 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 경쇄와 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 97-103 중 어느 하나에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 85, 89, 90, 93 및 95 중 어느 하나에 대해 적어도 75% (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체는 서열식별번호: 97-103 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 항-TfR 항체는 서열식별번호: 85, 89, 90, 93 및 95 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 97에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 85에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 98에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 85에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 98의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 99에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 85에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 99의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 100에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 89에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 100에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 90에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 101에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 89에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 101에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 90에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 102에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 93에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 103에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 95에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 102에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 95에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간화 항-TfR 항체는 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 수용체 항체는 무손상 (즉, 전장) 항체, 그의 항원-결합 단편 (예컨대 Fab, Fab', F(ab')2, Fv), 단일 쇄 항체, 이중특이적 항체 또는 나노바디를 포함하나 이에 제한되지는 않는 임의의 항체 형태일 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 scFv이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 인간화 항-TfR 항체는 scFv-Fab (예를 들어, 불변 영역의 부분에 융합된 scFv)이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 수용체 항체는 N-말단 또는 C-말단에서 불변 영역 (예를 들어, 서열식별번호: 81 또는 서열식별번호: 82에 제시된 바와 같은 인간 IgG1 불변 영역 또는 그의 부분, 예컨대 Fc 부분)에 융합된 scFv이다.
일부 실시양태에서, 보존적 돌연변이는, 예를 들어 결정 구조에 기초하여 결정된 바와 같이, 잔기가 표적 항원 (예를 들어, 트랜스페린 수용체)과 상호작용하는 데 관여할 가능성이 없는 위치에서 항체 서열 (예를 들어, CDR 또는 프레임워크 서열) 내로 도입될 수 있다. 일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 돌연변이 (예를 들어, 아미노산 치환)가 본원에 기재된 항-TfR 항체의 Fc 영역 내로 (예를 들어, CH2 도메인 (인간 IgG1의 잔기 231-340) 및/또는 (예를 들어, 및) CH3 도메인 (인간 IgG1의 잔기 341-447) 및/또는 (예를 들어, 및) 힌지 영역에 (여기서 넘버링은 카바트 넘버링 시스템 (예를 들어, 카바트에서의 EU 인덱스)에 따름)) 도입되어 항체의 1종 이상의 기능적 특성, 예컨대 혈청 반감기, 보체 고정, Fc 수용체 결합 및/또는 (예를 들어, 및) 항원-의존성 세포성 세포독성을 변경시킨다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 돌연변이 (예를 들어, 아미노산 치환)가, 예를 들어 미국 특허 번호 5,677,425에 기재된 바와 같이 Fc 영역의 힌지 영역 (CH1 도메인) 내로 도입되어 힌지 영역 내의 시스테인 잔기의 개수가 변경 (예를 들어, 증가 또는 감소)된다. CH1 도메인의 힌지 영역 내의 시스테인 잔기의 개수는 변경되어, 예를 들어 경쇄 및 중쇄의 조립을 용이하게 하거나 또는 항체의 안정성을 변경 (예를 들어, 증가 또는 감소)시키거나 또는 링커 접합을 용이하게 할 수 있다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 돌연변이 (예를 들어, 아미노산 치환)가 본원에 기재된 근육-표적화 항체의 Fc 영역 내로 (예를 들어, CH2 도메인 (인간 IgG1의 잔기 231-340) 및/또는 (예를 들어, 및) CH3 도메인 (인간 IgG1의 잔기 341-447) 및/또는 (예를 들어, 및) 힌지 영역에 (여기서 넘버링은 카바트 넘버링 시스템 (예를 들어, 카바트에서의 EU 인덱스)에 따름)) 도입되어 이펙터 세포의 표면 상의 Fc 수용체 (예를 들어, 활성화된 Fc 수용체)에 대한 항체의 친화도를 증가 또는 감소시킨다. Fc 수용체에 대한 항체의 친화도를 감소 또는 증가시키는 항체의 Fc 영역 내의 돌연변이 및 Fc 수용체 또는 그의 단편 내로 이러한 돌연변이를 도입하는 기술은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있다. Fc 수용체에 대한 항체의 친화도를 변경시키도록 제조될 수 있는 항체의 Fc 수용체 내의 돌연변이의 예는, 예를 들어 문헌 [Smith P et al., (2012) PNAS 109: 6181-6186], 미국 특허 번호 6,737,056 및 국제 공개 번호 WO 02/060919; WO 98/23289; 및 WO 97/34631에 기재되어 있으며, 이들은 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 아미노산 돌연변이 (즉, 치환, 삽입 또는 결실)가 IgG 불변 도메인 또는 그의 FcRn-결합 단편 (바람직하게는 Fc 또는 힌지-Fc 도메인 단편) 내로 도입되어 생체내 항체의 반감기를 변경 (예를 들어, 감소 또는 증가)시킨다. 생체내 항체의 반감기를 변경 (예를 들어, 감소 또는 증가)시킬 돌연변이의 예에 대해서는, 예를 들어 국제 공개 번호 WO 02/060919; WO 98/23289; 및 WO 97/34631; 및 미국 특허 번호 5,869,046, 6,121,022, 6,277,375 및 6,165,745를 참조한다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 아미노산 돌연변이 (즉, 치환, 삽입 또는 결실)가 IgG 불변 도메인 또는 그의 FcRn-결합 단편 (바람직하게는 Fc 또는 힌지-Fc 도메인 단편) 내로 도입되어 생체내 항-항-TfR 항체의 반감기를 감소시킨다. 일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 아미노산 돌연변이 (즉, 치환, 삽입 또는 결실)가 IgG 불변 도메인 또는 그의 FcRn-결합 단편 (바람직하게는 Fc 또는 힌지-Fc 도메인 단편) 내로 도입되어 생체내 항체의 반감기를 증가시킨다. 일부 실시양태에서, 항체는 제2 불변 (CH2) 도메인 (인간 IgG1의 잔기 231-340) 및/또는 (예를 들어, 및) 제3 불변 (CH3) 도메인 (인간 IgG1의 잔기 341-447)에 1개 이상의 아미노산 돌연변이 (예를 들어, 치환)를 가질 수 있으며, 여기서 넘버링은 카바트에서의 EU 인덱스에 따른다 (Kabat E A et al., (1991) 상기 문헌). 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 IgG1의 불변 영역은 카바트에서와 같은 EU 인덱스에 따라 넘버링된, 위치 252에서의 메티오닌 (M)에서 티로신 (Y)으로의 치환, 위치 254에서의 세린 (S)에서 트레오닌 (T)으로의 치환, 및 위치 256에서의 트레오닌 (T)에서 글루탐산 (E)으로의 치환을 포함한다. 미국 특허 번호 7,658,921을 참조하며, 이는 본원에 참조로 포함된다. "YTE 돌연변이체"로 지칭되는 이러한 유형의 돌연변이 IgG는 동일한 항체의 야생형 버전과 비교하여 4배 증가된 반감기를 나타내는 것으로 밝혀졌다 (문헌 [Dall'Acqua W F et al., (2006) J Biol Chem 281: 23514-24] 참조). 일부 실시양태에서, 항체는 카바트에서와 같은 EU 인덱스에 따라 넘버링된 위치 251-257, 285-290, 308-314, 385-389 및 428-436에서의 아미노산 잔기의 1, 2, 3개 또는 그 초과의 아미노산 치환을 포함하는 IgG 불변 도메인을 포함한다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 아미노산 치환이 IgG 불변 도메인 Fc 영역 내로 도입되어 항-항-TfR 항체의 이펙터 기능(들)을 변경시킨다. 친화도가 변경된 이펙터 리간드는, 예를 들어 Fc 수용체 또는 보체의 C1 성분일 수 있다. 이러한 접근법은 미국 특허 번호 5,624,821 및 5,648,260에 추가로 상세히 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, 불변 영역 도메인의 결실 또는 불활성화 (점 돌연변이 또는 다른 수단을 통해)는 순환 항체의 Fc 수용체 결합을 감소시켜 종양 국재화를 증가시킬 수 있다. 예를 들어, 불변 도메인을 결실시키거나 불활성화시켜 종양 국재화를 증가시키는 돌연변이의 기재에 대해서는 미국 특허 번호 5,585,097 및 8,591,886을 참조한다. 일부 실시양태에서, 1개 이상의 아미노산 치환이 본원에 기재된 항체의 Fc 영역 내로 도입되어 Fc 영역 상의 잠재적 글리코실화 부위를 제거할 수 있으며, 이는 Fc 수용체 결합을 감소시킬 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Shields R L et al., (2001) J Biol Chem 276: 6591-604] 참조).
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체의 불변 영역 내의 1개 이상의 아미노산은 상이한 아미노산 잔기로 대체되어 항체가 변경된 Clq 결합 및/또는 (예를 들어, 및) 감소 또는 제거된 보체 의존성 세포독성 (CDC)을 갖도록 할 수 있다. 이러한 접근법은 미국 특허 번호 6,194,551 (Idusogie et al.)에 추가로 상세히 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 CH2 도메인의 N-말단 영역 내의 1개 이상의 아미노산 잔기는 변경되어 보체를 고정시키는 항체의 능력을 변경시킨다. 이러한 접근법은 국제 공개 번호 WO 94/29351에 추가로 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 Fc 영역은 변형되어 항체 의존성 세포성 세포독성 (ADCC)을 매개하는 항체의 능력을 증가시키고/거나 (예를 들어, 증가시키고) Fcγ 수용체에 대한 항체의 친화도를 증가시킨다. 이러한 접근법은 국제 공개 번호 WO 00/42072에 추가로 기재되어 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 항체의 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 가변 도메인(들) 서열(들)은, 예를 들어 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같은 CDR-그라프트된, 키메라, 인간화 또는 복합 인간 항체 또는 항원-결합 단편을 생성하는데 사용될 수 있다. 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 이해되는 바와 같이, 본원에 제공된 임의의 항체로부터 유래된 임의의 변이체, CDR-그라프트된, 키메라, 인간화 또는 복합 항체는 본원에 기재된 조성물 및 방법에 유용할 수 있고, 이러한 변이체, CDR-그라프트된, 키메라, 인간화 또는 복합 항체는 그가 유래한 원래 항체에 비해 트랜스페린 수용체에 대한 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 그 초과의 결합을 갖도록, 트랜스페린 수용체에 특이적으로 결합하는 능력을 유지할 것이다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 바람직한 특성을 항체에 부여하는 돌연변이를 포함한다. 예를 들어, 천연 IgG4 mAb에 의해 발생하는 것으로 공지된 Fab-아암 교환으로 인한 잠재적 합병증을 피하기 위해, 본원에 제공된 항체는 세린 228 (EU 넘버링; 카바트 넘버링의 잔기 241)이 프롤린으로 전환되어 IgG1-유사 힌지 서열을 생성하는 안정화 'Adair' 돌연변이를 포함할 수 있다 (Angal S., et al., "A single amino acid substitution abolishes the heterogeneity of chimeric mouse/human (IgG4) antibody," Mol Immunol 30, 105-108; 1993). 따라서, 임의의 항체는 안정화 'Adair' 돌연변이를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 항체는 변형되고, 예를 들어 글리코실화, 인산화, SUMO화 및/또는 (예를 들어, 및) 메틸화를 통해 변형된다. 일부 실시양태에서, 항체는 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자에 접합된 글리코실화 항체이다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 N-글리코실화, O-글리코실화, C-글리코실화, GPI화 (GPI 앵커 부착) 및/또는 (예를 들어, 및) 포스포글리코실화를 통해 항체에 접합된다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 모노사카라이드, 디사카라이드, 올리고사카라이드 또는 글리칸이다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 분지형 올리고사카라이드 또는 분지형 글리칸이다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 당 또는 탄수화물 분자는 만노스 단위, 글루코스 단위, N-아세틸글루코사민 단위, N-아세틸갈락토사민 단위, 갈락토스 단위, 푸코스 단위 또는 인지질 단위를 포함한다. 일부 실시양태에서, 약 1-10, 약 1-5, 약 5-10, 약 1-4, 약 1-3 또는 약 2개의 당 분자가 존재한다. 일부 실시양태에서, 글리코실화 항체는 완전히 또는 부분적으로 글리코실화된다. 일부 실시양태에서, 항체는 화학 반응 또는 효소적 수단에 의해 글리코실화된다. 일부 실시양태에서, 항체는 시험관내에서 또는 임의로 N- 또는 O-글리코실화 경로 내의 효소, 예를 들어 글리코실트랜스퍼라제가 결핍되어 있을 수 있는 세포 내부에서 글리코실화된다. 일부 실시양태에서, 항체는 2014년 5월 1일에 공개된 국제 특허 출원 공개 WO2014065661 (발명의 명칭: "Modified antibody, antibody-conjugate and process for the preparation thereof")에 기재된 바와 같이 당 또는 탄수화물 분자로 관능화된다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR1 항체 중 어느 하나는 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 서열에 신호 펩티드 (예를 들어, N-말단 신호 펩티드)를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR1 항체는 본원에 기재된 VH 및 VL 서열 중 어느 하나, IgG 중쇄 및 경쇄 서열 중 어느 하나, 또는 Fab 중쇄 및 경쇄 서열 중 어느 하나를 포함하고, 신호 펩티드 (예를 들어, N-말단 신호 펩티드)를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 신호 펩티드는 MGWSCIILFLVATATGVHS (서열식별번호: 104)의 아미노산 서열을 포함한다.
다른 공지된 항-트랜스페린 수용체 항체
관련 기술분야에 공지된 임의의 다른 적절한 항-트랜스페린 수용체 항체가 본원에 개시된 복합체에서 근육-표적화제로서 사용될 수 있다. 공지된 항-트랜스페린 수용체 항체의 예가 연관된 참고문헌 및 결합 에피토프를 포함하여 표 8에 열거된다. 일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 본원에 제공된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예를 들어 표 8에 열거된 항-트랜스페린 수용체 항체의 상보성 결정 영역 (CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3, CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3)을 포함한다.
표 8 - 항-트랜스페린 수용체 항체 클론의 목록과 연관된 참고문헌 및 결합 에피토프 정보.
Figure pct00023
Figure pct00024
Figure pct00025
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나로부터의 CDR-H (예를 들어, CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3) 아미노산 서열 중 1개 이상을 포함한다. 일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체 항체는 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나에 대해 제공된 바와 같은 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나에 대해 제공된 바와 같은 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 항체는 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나에 대해 제공된 바와 같은 CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3, CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함한다. 본 개시내용은 또한 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나에 대해 제공된 바와 같은 CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3, CDR-L1, CDR-L2 또는 CDR-L3을 포함하는 분자를 코딩하는 임의의 핵산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항체 중쇄 및 경쇄 CDR3 도메인은 항원에 대한 항체의 결합 특이성/친화도에서 특히 중요한 역할을 할 수 있다. 따라서, 본 개시내용의 항-트랜스페린 수용체 항체는 적어도 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 CDR3을 포함할 수 있다.
일부 예에서, 본 개시내용의 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체는 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 하나로부터의 임의의 CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3, CDR-L1, CDR-L2 및/또는 (예를 들어, 및) CDR-L3 서열과 실질적으로 유사한 1개 이상의 CDR (예를 들어, CDR-H 또는 CDR-L) 서열을 갖는다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 VH (예를 들어, CDR-H1, CDR-H2 또는 CDR-H3) 및/또는 (예를 들어, 및) VL (예를 들어, CDR-L1, CDR-L2 또는 CDR-L3) 영역을 따른 1개 이상의 CDR의 위치는 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 아미노산 위치만큼 달라질 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 항체의 CDR을 정의하는 위치는 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 본원에 기재된 항체 중 어느 하나의 CDR 위치에 비해 CDR의 N-말단 및/또는 (예를 들어, 및) C-말단 경계를 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개의 아미노산만큼 이동시킴으로써 달라질 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 VH (예를 들어, CDR-H1, CDR-H2 또는 CDR-H3) 및/또는 (예를 들어, 및) VL (예를 들어, CDR-L1, CDR-L2 또는 CDR-L3) 영역을 따른 1개 이상의 CDR의 길이는 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 1, 2, 3, 4, 5개 또는 그 초과의 아미노산만큼 달라질 수 있다 (예를 들어, 더 짧거나 더 길 수 있음).
따라서, 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2 및/또는 (예를 들어, 및) CDR-H3은 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합에 비해 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 본원에 기재된 CDR 중 1개 이상 (예를 들어, 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체로부터의 CDR)보다 1, 2, 3, 4, 5개 또는 그 초과로 더 짧은 아미노산일 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2 및/또는 (예를 들어, 및) CDR-H3은 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합에 비해 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 본원에 기재된 CDR 중 1개 이상 (예를 들어, 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체로부터의 CDR)보다 1, 2, 3, 4, 5개 또는 그 초과의 아미노산만큼 더 길 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2 및/또는 (예를 들어, 및) CDR-H3의 아미노 부분은 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합에 비해 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 본원에 기재된 CDR (예를 들어, 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체로부터의 CDR) 중 1개 이상과 비교하여 1, 2, 3, 4, 5개 또는 그 초과의 아미노산만큼 연장될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2 및/또는 (예를 들어, 및) CDR-H3의 카르복시 부분은 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합에 비해 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 본원에 기재된 CDR (예를 들어, 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체로부터의 CDR) 중 1개 이상과 비교하여 1, 2, 3, 4, 5개 또는 그 초과의 아미노산만큼 연장될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2 및/또는 (예를 들어, 및) CDR-H3의 아미노 부분은 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합에 비해 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 본원에 기재된 CDR (예를 들어, 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체로부터의 CDR) 중 1개 이상과 비교하여 1, 2, 3, 4, 5개 또는 그 초과의 아미노산만큼 단축될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2 및/또는 (예를 들어, 및) CDR-H3의 카르복시 부분은 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합에 비해 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 본원에 기재된 CDR (예를 들어, 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체로부터의 CDR) 중 1개 이상과 비교하여 1, 2, 3, 4, 5개 또는 그 초과의 아미노산만큼 단축될 수 있다. 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이, 예를 들어 관련 기술분야에 기재된 결합 검정 및 조건을 사용하여 유지되는지 여부를 확인하기 위해 임의의 방법이 사용될 수 있다.
일부 예에서, 본 개시내용의 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체는 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나와 실질적으로 유사한 1개 이상의 CDR (예를 들어, CDR-H 또는 CDR-L) 서열을 갖는다. 예를 들어, 항체는 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 대한 면역특이적 결합이 유지되는 한 (예를 들어, 실질적으로 유지되는 한, 예를 들어 그가 유래한 원래 항체의 결합에 비해 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%로 유지되는 한), 본원에 제공된 CDR (예를 들어, 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체로부터의 CDR) 중 어느 하나에서의 상응하는 CDR 영역과 비교하여 최대 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 잔기 변이를 함유하는, 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체로부터의 1개 이상의 CDR 서열(들)을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 임의의 CDR 내 임의의 아미노산 변이는 보존적 변이일 수 있다. 보존적 변이는, 예를 들어 결정 구조에 기초하여 결정된 바와 같이, 잔기가 트랜스페린 수용체 단백질 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체 단백질)과 상호작용하는 데 관여할 가능성이 없는 위치에서 CDR 내로 도입될 수 있다. 본 개시내용의 일부 측면은 본원에 제공된 중쇄 가변 (VH) 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 가변 (VL) 도메인 중 1개 이상을 포함하는 트랜스페린 수용체 항체를 제공한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 임의의 VH 도메인은 본원에 제공된 CDR-H 서열 (예를 들어, CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3) 중 1개 이상, 예를 들어 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나에 제공된 임의의 CDR-H 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 임의의 VL 도메인은 본원에 제공된 CDR-L 서열 (예를 들어, CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3) 중 1개 이상, 예를 들어 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나에 제공된 임의의 CDR-L 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 중쇄 가변 도메인 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 가변 도메인을 포함하는 임의의 항체를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 중쇄 가변 및 경쇄 가변 쌍을 포함하는 임의의 항체를 포함한다.
본 개시내용의 측면은 본원에 기재된 것들 중 임의의 것에 상동인 중쇄 가변 (VH) 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 가변 (VL) 도메인 아미노산 서열을 갖는 항-트랜스페린 수용체 항체를 제공한다. 일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 중쇄 가변 서열 및/또는 임의의 경쇄 가변 서열에 대해 적어도 75% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%) 동일한 중쇄 가변 서열 또는 경쇄 가변 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상동 중쇄 가변 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 가변 아미노산 서열은 본원에 제공된 임의의 CDR 서열 내에서 달라지지 않는다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 서열 변이의 정도 (예를 들어, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%)는 본원에 제공된 임의의 CDR 서열을 제외한 중쇄 가변 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 가변 서열 내에서 발생할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 프레임워크 서열에 대해 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99% 동일한 프레임워크 서열을 포함하는 중쇄 가변 서열 및 경쇄 가변 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 특이적으로 결합하는 항-트랜스페린 수용체 항체는 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체의 임의의 CDR-L 도메인 (CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3) 또는 본원에 제공된 CDR-L 도메인 변이체를 포함하는 경쇄 가변 VL 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체 (예를 들어, 인간 트랜스페린 수용체)에 특이적으로 결합하는 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함하는 경쇄 가변 VL 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 경쇄 가변 영역 서열의 프레임워크 영역 중 1, 2, 3 또는 4개를 포함하는 경쇄 가변 (VL) 영역 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 경쇄 가변 영역 서열의 프레임워크 영역 중 1, 2, 3 또는 4개에 대해 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일한 경쇄 가변 영역 서열의 프레임워크 영역 중 1, 2, 3 또는 4개를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 아미노산 서열로부터 유래된 경쇄 가변 프레임워크 영역은 10개 이하의 아미노산 치환, 결실 및/또는 (예를 들어, 및) 삽입, 바람직하게는 10개 이하의 아미노산 치환이 존재하는 것을 제외하고 상기 아미노산 서열로 이루어진다. 일부 실시양태에서, 상기 아미노산 서열로부터 유래된 경쇄 가변 프레임워크 영역은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 아미노산 잔기가 상응하는 비-인간, 영장류 또는 인간 경쇄 가변 프레임워크 영역 내의 유사한 위치에서 발견된 아미노산 대신 치환된 상기 아미노산 서열로 이루어진다.
일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체에 특이적으로 결합하는 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항체는 인간 또는 영장류 항체의 VL로부터 유래된 1, 2, 3 또는 모든 4개의 VL 프레임워크 영역을 추가로 포함한다. 본원에 기재된 경쇄 CDR 서열과 함께 사용하기 위해 선택된 항체의 영장류 또는 인간 경쇄 프레임워크 영역은, 예를 들어 비-인간 모 항체의 경쇄 프레임워크 영역과 적어도 70% (예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 적어도 99%) 동일성을 가질 수 있다. 선택된 영장류 또는 인간 항체는 그의 경쇄 상보성 결정 영역에 본원에 제공된 임의의 항체, 예를 들어 표 8로부터 선택된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체의 경쇄 상보성 결정 영역과 동일하거나 실질적으로 동일한 수의 아미노산을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 영장류 또는 인간 경쇄 프레임워크 영역 아미노산 잔기는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 경쇄 프레임워크 영역과 적어도 75% 동일성, 적어도 80% 동일성, 적어도 85% 동일성, 적어도 90% 동일성, 적어도 95% 동일성, 적어도 98% 동일성, 적어도 99% (또는 그 초과) 동일성을 갖는 천연 영장류 또는 인간 항체 경쇄 프레임워크 영역으로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 인간 경쇄 가변 카파 서브패밀리로부터 유래된 1, 2, 3 또는 모든 4개의 VL 프레임워크 영역을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 인간 경쇄 가변 람다 서브패밀리로부터 유래된 1, 2, 3 또는 모든 4개의 VL 프레임워크 영역을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체는 경쇄 불변 영역을 추가로 포함하는 경쇄 가변 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 경쇄 불변 영역은 카파 또는 람다 경쇄 불변 영역이다. 일부 실시양태에서, 카파 또는 람다 경쇄 불변 영역은 포유동물, 예를 들어 인간, 원숭이, 래트 또는 마우스로부터의 것이다. 일부 실시양태에서, 경쇄 불변 영역은 인간 카파 경쇄 불변 영역이다. 일부 실시양태에서, 경쇄 불변 영역은 인간 람다 경쇄 불변 영역이다. 본원에 제공된 임의의 경쇄 불변 영역은 본원에 제공된 임의의 경쇄 불변 영역의 변이체일 수 있는 것으로 인지될 것이다. 일부 실시양태에서, 경쇄 불변 영역은 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 임의의 경쇄 불변 영역에 대해 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나이다.
일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 항-트랜스페린 수용체 항체, 예컨대 표 8로부터 선택된 항-트랜스페린 수용체 항체 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하는 VL 도메인을 포함하고, 여기서 불변 영역은 IgG, IgE, IgM, IgD, IgA 또는 IgY 이뮤노글로불린 분자 또는 인간 IgG, IgE, IgM, IgD, IgA 또는 IgY 이뮤노글로불린 분자의 불변 영역의 아미노산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 항-트랜스페린 수용체 항체는 임의의 VL 도메인 또는 VL 도메인 변이체 및 임의의 VH 도메인 또는 VH 도메인 변이체를 포함하며, 여기서 VL 및 VH 도메인 또는 그의 변이체는 동일한 항체 클론으로부터의 것이고, 여기서 불변 영역은 IgG, IgE, IgM, IgD, IgA 또는 IgY 이뮤노글로불린 분자, 임의의 부류 (예를 들어, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2) 또는 임의의 하위부류 (예를 들어, IgG2a 및 IgG2b)의 이뮤노글로불린 분자의 불변 영역의 아미노산 서열을 포함한다. 인간 불변 영역의 비제한적 예는 관련 기술분야에 기재되어 있으며, 예를 들어 상기 문헌 [Kabat E A et al., (1991)]을 참조한다.
일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 트랜스페린 수용체 항체 (예를 들어, 국제 출원 공개 WO 2016/081643 (본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같은 항체 및 그의 변이체)이다.
상이한 정의 시스템에 따른 항체의 중쇄 및 경쇄 CDR이 표 9에 제공된다. 상이한 정의 시스템, 예를 들어 카바트 정의, 코티아 정의 및/또는 (예를 들어, 및) 접촉 정의가 기재되었다. 예를 들어, 문헌 [Kabat, E.A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242, Chothia et al., (1989) Nature 342:877; Chothia, C. et al. (1987) J. Mol. Biol. 196:901-917, Al-lazikani et al. (1997) J. Molec. Biol. 273:927-948; 및 Almagro, J. Mol. Recognit. 17:132-143 (2004)]을 참조한다. 또한 hgmp.mrc.ac.uk 및 bioinf.org.uk/abs를 참조한다.
표 9 마우스 트랜스페린 수용체 항체의 중쇄 및 경쇄 CDR
Figure pct00026
중쇄 가변 도메인 (VH) 및 경쇄 가변 도메인 서열이 또한 제공된다:
VH
Figure pct00027
VL
Figure pct00028
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3과 동일한 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3을 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3과 동일한 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 바와 같은 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3과 비교하여 집합적으로 5개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3을 포함한다. "집합적으로"는 3개의 중쇄 CDR 모두에서 아미노산 변이의 총수가 정의된 범위 내에 있다는 것을 의미한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 바와 같은 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3과 비교하여 집합적으로 5개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3을 포함하며, 이들 중 적어도 하나는 표 9에 제시된 바와 같은 대응부 중쇄 CDR과 비교하여 3개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함할 수 있으며, 이들 중 적어도 하나는 표 9에 제시된 바와 같은 대응부 경쇄 CDR과 비교하여 3개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 바와 같은 CDR-L3과 비교하여 3개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 CDR-L3을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 바와 같은 CDR-L3과 비교하여 1개의 아미노산 변이를 함유하는 CDR-L3을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 카바트 및 코티아 정의 시스템에 따른 QHFAGTPLT (서열식별번호: 126) 또는 접촉 정의 시스템에 따른 QHFAGTPL (서열식별번호: 127)의 CDR-L3을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3과 동일한 CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3, CDR-L1 및 CDR-L2를 포함하고, 카바트 및 코티아 정의 시스템에 따른 QHFAGTPLT (서열식별번호: 126) 또는 접촉 정의 시스템에 따른 QHFAGTPL (서열식별번호: 127)의 CDR-L3을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 바와 같은 중쇄 CDR에 대해 집합적으로 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 중쇄 CDR을 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 바와 같은 경쇄 CDR에 대해 집합적으로 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 경쇄 CDR을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 124의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 125의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 124에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 125에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 15개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 124에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 125에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 인간화 항체 (예를 들어, 항체의 인간화 변이체)이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 표 9에 제시된 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3과 동일한 CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3, CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함하고, 인간화 중쇄 가변 영역 및/또는 (예를 들어, 및) 인간화 경쇄 가변 영역을 포함한다.
인간화 항체는 수용자의 상보성 결정 영역 (CDR)으로부터의 잔기가 목적하는 특이성, 친화도 및 능력을 갖는 비-인간 종 (공여자 항체), 예컨대 마우스, 래트 또는 토끼의 CDR로부터의 잔기에 의해 대체된 인간 이뮤노글로불린 (수용자 항체)이다. 일부 실시양태에서, 인간 이뮤노글로불린의 Fv 프레임워크 영역 (FR) 잔기는 상응하는 비-인간 잔기에 의해 대체된다. 추가로, 인간화 항체는 수용자 항체에서도 발견되지 않고 도입된 CDR 또는 프레임워크 서열에서도 발견되지 않지만 항체 성능을 추가로 정밀화하고 최적화하기 위해 포함되는 잔기를 포함할 수 있다. 일반적으로, 인간화 항체는 적어도 1개 및 전형적으로 2개의 가변 도메인을 실질적으로 모두 포함할 것이며, 여기서 모든 또는 실질적으로 모든 CDR 영역은 비-인간 이뮤노글로불린의 것에 상응하고, 모든 또는 실질적으로 모든 FR 영역은 인간 이뮤노글로불린 컨센서스 서열의 것이다. 또한, 인간화 항체는 최적으로는 이뮤노글로불린 불변 영역 또는 도메인 (Fc)의 적어도 한 부분, 전형적으로는 인간 이뮤노글로불린의 것을 포함할 것이다. 항체는 WO 99/58572에 기재된 바와 같이 변형된 Fc 영역을 가질 수 있다. 다른 형태의 인간화 항체는 원래 항체에 비해 변경된 1개 이상의 CDR (1, 2, 3, 4, 5, 6개)을 가지며, 이는 또한 원래 항체로부터의 1개 이상의 CDR로부터 유래된 1개 이상의 CDR로 명명된다. 인간화 항체는 또한 친화도 성숙을 수반할 수 있다.
일부 실시양태에서, 인간화는 CDR (예를 들어, 표 9에 제시된 바와 같은 것)을 IGKV1-NL1*01 및 IGHV1-3*01 인간 가변 도메인 내로 그라프트함으로써 달성된다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 125에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 위치 9, 13, 17, 18, 40, 45 및 70에서의 1개 이상의 아미노산 치환 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 124에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 위치 1, 5, 7, 11, 12, 20, 38, 40, 44, 66, 75, 81, 83, 87 및 108에서의 1개 이상의 아미노산 치환을 포함하는 인간화 변이체이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 125에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 위치 9, 13, 17, 18, 40, 45 및 70 모두에서의 아미노산 치환 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 124에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 위치 1, 5, 7, 11, 12, 20, 38, 40, 44, 66, 75, 81, 83, 87 및 108 모두에서 아미노산 치환을 포함하는 인간화 변이체이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 인간화 항체이고, 서열식별번호: 125에 제시된 바와 같은 VL의 위치 43 및 48에서의 잔기를 함유한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 인간화 항체이고, 서열식별번호: 124에 제시된 바와 같은 VH의 위치 48, 67, 69, 71 및 73에서의 잔기를 함유한다.
본 개시내용에 따라 사용될 수 있는 예시적인 인간화 항체의 VH 및 VL 아미노산 서열이 제공된다:
인간화 VH
Figure pct00029
인간화 VL
Figure pct00030
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 128의 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 129의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 128에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 129에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 15개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 128에 제시된 바와 같은 VH에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 VH를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 129에 제시된 바와 같은 VL에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 125에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 위치 43 및 48 중 1개 이상에서의 아미노산 치환 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 124에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 위치 48, 67, 69, 71 및 73 중 1개 이상에서의 아미노산 치환을 포함하는 인간화 변이체이다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 125에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 S43A 및/또는 (예를 들어, 및) V48L 돌연변이 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 124에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 A67V, L69I, V71R 및 K73T 돌연변이 중 1개 이상을 포함하는 인간화 변이체이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 125에 제시된 바와 같은 VL과 비교하여 위치 9, 13, 17, 18, 40, 43, 48, 45 및 70 중 1개 이상에서의 아미노산 치환 및/또는 (예를 들어, 및) 서열식별번호: 124에 제시된 바와 같은 VH와 비교하여 위치 1, 5, 7, 11, 12, 20, 38, 40, 44, 48, 66, 67, 69, 71, 73, 75, 81, 83, 87 및 108 중 1개 이상에서의 아미노산 치환을 포함하는 인간화 변이체이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 인간 항체로부터의 중쇄 불변 영역 및 경쇄 불변 영역을 포함할 수 있는 키메라 항체이다. 키메라 항체는 제1 종으로부터의 가변 영역 또는 가변 영역의 일부 및 제2 종으로부터의 불변 영역을 갖는 항체를 지칭한다. 전형적으로, 이들 키메라 항체에서, 경쇄 및 중쇄 둘 다의 가변 영역은 포유동물의 한 종 (예를 들어, 비-인간 포유동물, 예컨대 마우스, 토끼 및 래트)으로부터 유래된 항체의 가변 영역을 모방하고, 반면에 불변 부분은 또 다른 포유동물, 예컨대 인간으로부터 유래된 항체 내의 서열에 대해 상동이다. 일부 실시양태에서, 아미노산 변형은 가변 영역 및/또는 (예를 들어, 및) 불변 영역에서 이루어질 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 인간 항체로부터의 중쇄 불변 영역 및 경쇄 불변 영역을 포함할 수 있는 키메라 항체이다. 키메라 항체는 제1 종으로부터의 가변 영역 또는 가변 영역의 일부 및 제2 종으로부터의 불변 영역을 갖는 항체를 지칭한다. 전형적으로, 이들 키메라 항체에서, 경쇄 및 중쇄 둘 다의 가변 영역은 포유동물의 한 종 (예를 들어, 비-인간 포유동물, 예컨대 마우스, 토끼 및 래트)으로부터 유래된 항체의 가변 영역을 모방하고, 반면에 불변 부분은 또 다른 포유동물, 예컨대 인간으로부터 유래된 항체 내의 서열에 대해 상동이다. 일부 실시양태에서, 아미노산 변형은 가변 영역 및/또는 (예를 들어, 및) 불변 영역에서 이루어질 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 바와 같은 임의의 트랜스페린 수용체 항체의 중쇄는 중쇄 불변 영역 (CH) 또는 그의 부분 (예를 들어, CH1, CH2, CH3 또는 그의 조합)을 포함할 수 있다. 중쇄 불변 영역은 임의의 적합한 기원, 예를 들어 인간, 마우스, 래트 또는 토끼의 것일 수 있다. 하나의 구체적 예에서, 중쇄 불변 영역은 인간 IgG (감마 중쇄), 예를 들어 IgG1, IgG2 또는 IgG4로부터의 것이다. 인간 IgG1 불변 영역의 예가 하기에 주어진다:
Figure pct00031
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 트랜스페린 수용체 항체의 경쇄는 관련 기술분야에 공지된 임의의 경쇄 불변 영역 (CL)일 수 있는 CL을 추가로 포함할 수 있다. 일부 예에서, CL은 카파 경쇄이다. 다른 예에서, CL은 람다 경쇄이다. 일부 실시양태에서, CL은 카파 경쇄이며, 이의 서열은 하기에 제공된다:
Figure pct00032
다른 항체 중쇄 및 경쇄 불변 영역은 관련 기술분야에 널리 공지되어 있고, 예를 들어 IMGT 데이터베이스 (www.imgt.org) 또는 www.vbase2.org/vbstat.php.에 제공되어 있으며, 이들 둘 다는 본원에 참조로 포함된다.
기재된 트랜스페린 수용체 항체의 중쇄 및 경쇄 아미노산 서열의 예가 하기에 제공된다:
중쇄 (VH + 인간 IgG1 불변 영역)
Figure pct00033
경쇄 (VL + 카파 경쇄)
Figure pct00034
중쇄 (인간화 VH + 인간 IgG1 불변 영역)
Figure pct00035
경쇄 (인간화 VL + 카파 경쇄)
Figure pct00036
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 132에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 133에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 132의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 132에 제시된 바와 같은 중쇄와 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 133에 제시된 바와 같은 경쇄와 비교하여 15개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 134에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 135에 대해 적어도 80% (예를 들어, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 98%) 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 134의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 134에 제시된 바와 같은 인간화 항체의 중쇄와 비교하여 25개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본 개시내용의 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 135에 제시된 바와 같은 인간화 항체의 경쇄와 비교하여 15개 이하의 아미노산 변이 (예를 들어, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 아미노산 변이)를 함유하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체 항체는 무손상 항체 (전장 항체)의 항원 결합 단편 (Fab)이다. 무손상 항체 (전장 항체)의 항원 결합 단편은 상용 방법을 통해 제조될 수 있다. 예를 들어, F(ab')2 단편은 항체 분자의 펩신 소화에 의해 생산될 수 있고, Fab' 단편은 F(ab')2 단편의 디술피드 가교를 환원시킴으로써 생성될 수 있다. 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체의 Fab 아미노산 서열의 예가 하기에 제공된다:
중쇄 Fab (VH + 인간 IgG1 불변 영역의 부분)
Figure pct00037
중쇄 Fab (인간화 VH + 인간 IgG1 불변 영역의 부분)
Figure pct00038
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 136의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 137의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄를 포함한다. 대안적으로 또는 추가로 (예를 들어, 추가로), 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 서열식별번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다.
본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 무손상 (즉, 전장) 항체, 그의 항원-결합 단편 (예컨대 Fab, Fab', F(ab')2, Fv), 단일 쇄 항체, 이중특이적 항체 또는 나노바디를 포함하나 이에 제한되지는 않는 임의의 항체 형태일 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 scFv이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 scFv-Fab (예를 들어, 불변 영역의 부분에 융합된 scFv)이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 트랜스페린 수용체 항체는 불변 영역 (예를 들어, 서열식별번호: 130에 제시된 바와 같은 인간 IgG1 불변 영역)에 융합된 scFv이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항-TfR 항체 중 어느 하나는 차이니즈 햄스터 난소 (CHO) 세포 현탁 배양, 임의로 CHO-K1 세포 (예를 들어, 유럽 동물 세포 배양 수집(European Collection of Animal Cell Culture)으로부터 유래된 CHO-K1 세포, 카탈로그 번호 85051005) 현탁 배양에서 재조합 DNA 기술에 의해 생산된다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 1종 이상의 번역후 변형을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 피로글루타메이트 형성 (피로-Glu)으로도 불리는 N-말단 고리화는 생산 동안 항체에서 N-말단 글루타메이트 (Glu) 및/또는 글루타민 (Gln) 잔기에서 발생할 수 있다. 따라서, N-말단 글루타메이트 또는 글루타민 잔기를 포함하는 서열을 갖는 것으로 명시된 항체는 번역후 변형으로부터 생성된 피로글루타메이트 형성을 겪은 항체를 포괄하는 것으로 인지되어야 한다. 일부 실시양태에서, 피로글루타메이트 형성은 중쇄 서열에서 발생한다. 일부 실시양태에서, 피로글루타메이트 형성은 경쇄 서열에서 발생한다.
b. 다른 근육-표적화 항체
일부 실시양태에서, 근육-표적화 항체는 헤모쥬벨린, 카베올린-3, 뒤시엔느 근육 이영양증 펩티드, 미오신 Iib 또는 CD63에 특이적으로 결합하는 항체이다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 항체는 근원성 전구체 단백질에 특이적으로 결합하는 항체이다. 예시적인 근원성 전구체 단백질은 비제한적으로 ABCG2, M-카드헤린/카드헤린-15, 카베올린-1, CD34, FoxK1, 인테그린 알파 7, 인테그린 알파 7 베타 1, MYF-5, MyoD, 미오게닌, NCAM-1/CD56, Pax3, Pax7 및 Pax9를 포함한다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 항체는 골격근 단백질에 특이적으로 결합하는 항체이다. 예시적인 골격근 단백질은 비제한적으로 알파-사르코글리칸, 베타-사르코글리칸, 칼파인 억제제, 크레아틴 키나제 MM/CKMM, eIF5A, 엔올라제 2/뉴런-특이적 엔올라제, 엡실론-사르코글리칸, FABP3/H-FABP, GDF-8/미오스타틴, GDF-11/GDF-8, 인테그린 알파 7, 인테그린 알파 7 베타 1, 인테그린 베타 1/CD29, MCAM/CD146, MyoD, 미오게닌, 미오신 경쇄 키나제 억제제, NCAM-1/CD56 및 트로포닌 I을 포함한다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 항체는 평활근 단백질에 특이적으로 결합하는 항체이다. 예시적인 평활근 단백질은 비제한적으로 알파-평활근 액틴, VE-카드헤린, 칼데스몬/CALD1, 칼포닌 1, 데스민, 히스타민 H2 R, 모틸린 R/GPR38, 트랜스겔린/TAGLN 및 비멘틴을 포함한다. 그러나, 추가의 표적에 대한 항체는 본 개시내용의 범주 내에 있고, 본원에 제공된 표적의 예시적인 목록은 제한적인 것으로 의도되지 않는 것으로 인지될 것이다.
c. 항체 특색/변경
일부 실시양태에서, 보존적 돌연변이는, 예를 들어 결정 구조에 기초하여 결정된 바와 같이, 잔기가 표적 항원 (예를 들어, 트랜스페린 수용체)과 상호작용하는 데 관여할 가능성이 없는 위치에서 항체 서열 (예를 들어, CDR 또는 프레임워크 서열) 내로 도입될 수 있다. 일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 돌연변이 (예를 들어, 아미노산 치환)가 본원에 기재된 근육-표적화 항체의 Fc 영역 내로 (예를 들어, CH2 도메인 (인간 IgG1의 잔기 231-340) 및/또는 (예를 들어, 및) CH3 도메인 (인간 IgG1의 잔기 341-447) 및/또는 (예를 들어, 및) 힌지 영역에 (여기서 넘버링은 카바트 넘버링 시스템 (예를 들어, 카바트에서의 EU 인덱스)에 따름)) 도입되어 항체의 1종 이상의 기능적 특성, 예컨대 혈청 반감기, 보체 고정, Fc 수용체 결합 및/또는 (예를 들어, 및) 항원-의존성 세포성 세포독성을 변경시킨다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 돌연변이 (예를 들어, 아미노산 치환)가, 예를 들어 미국 특허 번호 5,677,425에 기재된 바와 같이 Fc 영역의 힌지 영역 (CH1 도메인) 내로 도입되어 힌지 영역 내의 시스테인 잔기의 개수가 변경 (예를 들어, 증가 또는 감소)된다. CH1 도메인의 힌지 영역 내의 시스테인 잔기의 개수는 변경되어, 예를 들어 경쇄 및 중쇄의 조립을 용이하게 하거나 또는 항체의 안정성을 변경 (예를 들어, 증가 또는 감소)시키거나 또는 링커 접합을 용이하게 할 수 있다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 돌연변이 (예를 들어, 아미노산 치환)가 본원에 기재된 근육-표적화 항체의 Fc 영역 내로 (예를 들어, CH2 도메인 (인간 IgG1의 잔기 231-340) 및/또는 (예를 들어, 및) CH3 도메인 (인간 IgG1의 잔기 341-447) 및/또는 (예를 들어, 및) 힌지 영역에 (여기서 넘버링은 카바트 넘버링 시스템 (예를 들어, 카바트에서의 EU 인덱스)에 따름)) 도입되어 이펙터 세포의 표면 상의 Fc 수용체 (예를 들어, 활성화된 Fc 수용체)에 대한 항체의 친화도를 증가 또는 감소시킨다. Fc 수용체에 대한 항체의 친화도를 감소 또는 증가시키는 항체의 Fc 영역 내의 돌연변이 및 Fc 수용체 또는 그의 단편 내로 이러한 돌연변이를 도입하는 기술은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있다. Fc 수용체에 대한 항체의 친화도를 변경시키도록 제조될 수 있는 항체의 Fc 수용체 내의 돌연변이의 예는, 예를 들어 문헌 [Smith P et al., (2012) PNAS 109: 6181-6186], 미국 특허 번호 6,737,056 및 국제 공개 번호 WO 02/060919; WO 98/23289; 및 WO 97/34631에 기재되어 있으며, 이들은 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 아미노산 돌연변이 (즉, 치환, 삽입 또는 결실)가 IgG 불변 도메인 또는 그의 FcRn-결합 단편 (바람직하게는 Fc 또는 힌지-Fc 도메인 단편) 내로 도입되어 생체내 항체의 반감기를 변경 (예를 들어, 감소 또는 증가)시킨다. 생체내 항체의 반감기를 변경 (예를 들어, 감소 또는 증가)시킬 돌연변이의 예에 대해서는, 예를 들어 국제 공개 번호 WO 02/060919; WO 98/23289; 및 WO 97/34631; 및 미국 특허 번호 5,869,046, 6,121,022, 6,277,375 및 6,165,745를 참조한다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 아미노산 돌연변이 (즉, 치환, 삽입 또는 결실)가 IgG 불변 도메인 또는 그의 FcRn-결합 단편 (바람직하게는 Fc 또는 힌지-Fc 도메인 단편) 내로 도입되어 생체내 항-트랜스페린 수용체 항체의 반감기를 감소시킨다. 일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 아미노산 돌연변이 (즉, 치환, 삽입 또는 결실)가 IgG 불변 도메인 또는 그의 FcRn-결합 단편 (바람직하게는 Fc 또는 힌지-Fc 도메인 단편) 내로 도입되어 생체내 항체의 반감기를 증가시킨다. 일부 실시양태에서, 항체는 제2 불변 (CH2) 도메인 (인간 IgG1의 잔기 231-340) 및/또는 (예를 들어, 및) 제3 불변 (CH3) 도메인 (인간 IgG1의 잔기 341-447)에 1개 이상의 아미노산 돌연변이 (예를 들어, 치환)를 가질 수 있으며, 여기서 넘버링은 카바트에서의 EU 인덱스에 따른다 (Kabat E A et al., (1991) 상기 문헌). 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 IgG1의 불변 영역은 카바트에서와 같은 EU 인덱스에 따라 넘버링된, 위치 252에서의 메티오닌 (M)에서 티로신 (Y)으로의 치환, 위치 254에서의 세린 (S)에서 트레오닌 (T)으로의 치환, 및 위치 256에서의 트레오닌 (T)에서 글루탐산 (E)으로의 치환을 포함한다. 미국 특허 번호 7,658,921을 참조하며, 이는 본원에 참조로 포함된다. "YTE 돌연변이체"로 지칭되는 이러한 유형의 돌연변이 IgG는 동일한 항체의 야생형 버전과 비교하여 4배 증가된 반감기를 나타내는 것으로 밝혀졌다 (문헌 [Dall'Acqua W F et al., (2006) J Biol Chem 281: 23514-24] 참조). 일부 실시양태에서, 항체는 카바트에서와 같은 EU 인덱스에 따라 넘버링된 위치 251-257, 285-290, 308-314, 385-389 및 428-436에서의 아미노산 잔기의 1, 2, 3개 또는 그 초과의 아미노산 치환을 포함하는 IgG 불변 도메인을 포함한다.
일부 실시양태에서, 1, 2개 또는 그 초과의 아미노산 치환이 IgG 불변 도메인 Fc 영역 내로 도입되어 항-트랜스페린 수용체 항체의 이펙터 기능(들)을 변경시킨다. 친화도가 변경된 이펙터 리간드는, 예를 들어 Fc 수용체 또는 보체의 C1 성분일 수 있다. 이러한 접근법은 미국 특허 번호 5,624,821 및 5,648,260에 추가로 상세히 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, 불변 영역 도메인의 결실 또는 불활성화 (점 돌연변이 또는 다른 수단을 통해)는 순환 항체의 Fc 수용체 결합을 감소시켜 종양 국재화를 증가시킬 수 있다. 예를 들어, 불변 도메인을 결실시키거나 불활성화시켜 종양 국재화를 증가시키는 돌연변이의 기재에 대해서는 미국 특허 번호 5,585,097 및 8,591,886을 참조한다. 일부 실시양태에서, 1개 이상의 아미노산 치환이 본원에 기재된 항체의 Fc 영역 내로 도입되어 Fc 영역 상의 잠재적 글리코실화 부위를 제거할 수 있으며, 이는 Fc 수용체 결합을 감소시킬 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Shields R L et al., (2001) J Biol Chem 276: 6591-604] 참조).
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 근육-표적화 항체의 불변 영역 내의 1개 이상의 아미노산은 상이한 아미노산 잔기로 대체되어 항체가 변경된 Clq 결합 및/또는 (예를 들어, 및) 감소 또는 제거된 보체 의존성 세포독성 (CDC)을 갖도록 할 수 있다. 이러한 접근법은 미국 특허 번호 6,194,551 (Idusogie et al.)에 추가로 상세히 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 CH2 도메인의 N-말단 영역 내의 1개 이상의 아미노산 잔기는 변경되어 보체를 고정시키는 항체의 능력을 변경시킨다. 이러한 접근법은 국제 공개 번호 WO 94/29351에 추가로 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체의 Fc 영역은 변형되어 항체 의존성 세포성 세포독성 (ADCC)을 매개하는 항체의 능력을 증가시키고/거나 (예를 들어, 증가시키고) Fcγ 수용체에 대한 항체의 친화도를 증가시킨다. 이러한 접근법은 국제 공개 번호 WO 00/42072에 추가로 기재되어 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 항체의 중쇄 및/또는 (예를 들어, 및) 경쇄 가변 도메인(들) 서열(들)은, 예를 들어 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같은 CDR-그라프트된, 키메라, 인간화 또는 복합 인간 항체 또는 항원-결합 단편을 생성하는데 사용될 수 있다. 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 이해되는 바와 같이, 본원에 제공된 임의의 항체로부터 유래된 임의의 변이체, CDR-그라프트된, 키메라, 인간화 또는 복합 항체는 본원에 기재된 조성물 및 방법에 유용할 수 있고, 이러한 변이체, CDR-그라프트된, 키메라, 인간화 또는 복합 항체는 그가 유래한 원래 항체에 비해 트랜스페린 수용체에 대한 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 그 초과의 결합을 갖도록, 트랜스페린 수용체에 특이적으로 결합하는 능력을 유지할 것이다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 항체는 바람직한 특성을 항체에 부여하는 돌연변이를 포함한다. 예를 들어, 천연 IgG4 mAb에 의해 발생하는 것으로 공지된 Fab-아암 교환으로 인한 잠재적 합병증을 피하기 위해, 본원에 제공된 항체는 세린 228 (EU 넘버링; 카바트 넘버링의 잔기 241)이 프롤린으로 전환되어 IgG1-유사 힌지 서열을 생성하는 안정화 'Adair' 돌연변이를 포함할 수 있다 (Angal S., et al., "A single amino acid substitution abolishes the heterogeneity of chimeric mouse/human (IgG4) antibody," Mol Immunol 30, 105-108; 1993). 따라서, 임의의 항체는 안정화 'Adair' 돌연변이를 포함할 수 있다.
본원에 제공된 바와 같이, 본 개시내용의 항체는 임의로 불변 영역 또는 그의 일부를 포함할 수 있다. 예를 들어, VL 도메인은 그의 C-말단 단부에서 경쇄 불변 도메인, 예컨대 Cκ 또는 Cλ에 부착될 수 있다. 유사하게, VH 도메인 또는 그의 부분은 IgA, IgD, IgE, IgG 및 IgM, 및 임의의 이소형 하위부류와 같은 중쇄의 모두 또는 일부에 부착될 수 있다. 항체는 적합한 불변 영역을 포함할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, No. 91-3242, National Institutes of Health Publications, Bethesda, Md. (1991)] 참조). 따라서, 본 개시내용의 범주 내의 항체는 임의의 적합한 불변 영역과 조합된 VH 및 VL 도메인 또는 그의 항원 결합 부분을 포함할 수 있다.
ii. 근육-표적화 펩티드
본 개시내용의 일부 측면은 근육-표적화제로서의 근육-표적화 펩티드를 제공한다. 특이적 세포 유형에 결합하는 짧은 펩티드 서열 (예를 들어, 5-20개의 아미노산 길이의 펩티드 서열)이 기재되었다. 예를 들어, 세포-표적화 펩티드는 문헌 [Vines e., et al., A. "Cell-penetrating and cell-targeting peptides in drug delivery" Biochim Biophys Acta 2008, 1786: 126-38; Jarver P., et al., "In vivo biodistribution and efficacy of peptide mediated delivery" Trends Pharmacol Sci 2010; 31: 528-35; Samoylova T.I., et al., "Elucidation of muscle-binding peptides by phage display screening" Muscle Nerve 1999; 22: 460-6]; 2001년 12월 11일에 허여된 미국 특허 번호 6,329,501 (발명의 명칭: "METHODS AND COMPOSITIONS FOR TARGETING COMPOUNDS TO MUSCLE"); 및 [Samoylov A.M., et al., "Recognition of cell-specific binding of phage display derived peptides using an acoustic wave sensor." Biomol Eng 2002; 18: 269-72]에 기재되었으며, 이들 각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함된다. 특이적 세포 표면 항원 (예를 들어, 수용체)과 상호작용하는 펩티드를 설계함으로써, 목적하는 조직, 예를 들어 근육에 대한 선택성이 달성될 수 있다. 골격근-표적화가 연구되었고, 다양한 분자 페이로드가 전달될 수 있다. 이들 접근법은 대형 항체 또는 바이러스 입자의 많은 실제 단점 없이 근육 조직에 대한 높은 선택성을 가질 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 4 내지 50개의 아미노산 길이인 근육-표적화 펩티드이다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 펩티드는 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 또는 50개의 아미노산 길이이다. 근육-표적화 펩티드는 임의의 여러 방법, 예컨대 파지 디스플레이를 사용하여 생성될 수 있다.
일부 실시양태에서, 근육-표적화 펩티드는 특정 다른 세포와 비교하여 근육 세포에서 과다발현되거나 비교적 고도로 발현되는 내재화 세포 표면 수용체, 예를 들어 트랜스페린 수용체에 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 펩티드는 트랜스페린 수용체를 표적화할 수 있고, 예를 들어 그에 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체를 표적화하는 펩티드는 자연 발생 리간드의 절편, 예를 들어 트랜스페린을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체를 표적화하는 펩티드는 미국 특허 번호 6,743,893, 출원일 11/30/2000, "RECEPTOR-MEDIATED UPTAKE OF PEPTIDES THAT BIND THE HUMAN TRANSFERRIN RECEPTOR"에 기재된 바와 같다. 일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체를 표적화하는 펩티드는 문헌 [Kawamoto, M. et al., "A novel transferrin receptor-targeted hybrid peptide disintegrates cancer cell membrane to induce rapid killing of cancer cells." BMC Cancer. 2011 Aug 18;11:359]에 기재된 바와 같다. 일부 실시양태에서, 트랜스페린 수용체를 표적화하는 펩티드는 미국 특허 번호 8,399,653, 출원일 5/20/2011, "TRANSFERRIN/TRANSFERRIN RECEPTOR-MEDIATED SIRNA DELIVERY"에 기재된 바와 같다.
상기 논의된 바와 같이, 근육 표적화 펩티드의 예가 보고되었다. 예를 들어, 표면 헵타펩티드를 제시하는 파지 디스플레이 라이브러리를 사용하여 근육-특이적 펩티드가 확인되었다. 한 예로서, 아미노산 서열 ASSLNIA (서열식별번호: 138)을 갖는 펩티드는 시험관내에서 C2C12 뮤린 근관에 결합하였고, 생체내에서 마우스 근육 조직에 결합하였다. 따라서, 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 아미노산 서열 ASSLNIA (서열식별번호: 138)을 포함한다. 이러한 펩티드는 간, 신장 및 뇌에 대한 결합이 감소된 마우스에서 정맥내 주사 후 심장 및 골격근 조직에 대한 결합에 대해 개선된 특이성을 나타냈다. 추가의 근육-특이적 펩티드는 파지 디스플레이를 사용하여 확인되었다. 예를 들어, DMD에 대한 치료와 관련하여 근육 표적화를 위한 파지 디스플레이 라이브러리에 의해 12개의 아미노산 펩티드가 확인되었다. 문헌 [Yoshida D., et al., "Targeting of salicylate to skin and muscle following topical injections in rats." Int J Pharm 2002; 231: 177-84]을 참조하며, 이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함된다. 여기서, 서열 SKTFNTHPQSTP (서열식별번호: 139)을 갖는 12개의 아미노산 펩티드가 확인되었고, 이러한 근육-표적화 펩티드는 ASSLNIA (서열식별번호: 138) 펩티드에 비해 C2C12 세포에 대한 개선된 결합을 나타냈다.
다른 세포 유형에 비해 근육 (예를 들어, 골격근)에 대해 선택적인 펩티드를 확인하기 위한 추가의 방법은 문헌 [Ghosh D., et al., "Selection of muscle-binding peptides from context-specific peptide-presenting phage libraries for adenoviral vector targeting" J Virol 2005; 79: 13667-72] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 시험관내 선택을 포함한다. 무작위 12량체 펩티드 파지 디스플레이 라이브러리를 비-근육 세포 유형의 혼합물과 함께 사전-인큐베이션함으로써, 비-특이적 세포 결합제를 선택하였다. 선택 라운드 후, 12개의 아미노산 펩티드 TARGEHKEEELI (서열식별번호: 140)가 가장 빈번하게 출현하였다. 따라서, 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 아미노산 서열 TARGEHKEEELI (서열식별번호: 140)를 포함한다.
근육-표적화제는 아미노산-함유 분자 또는 펩티드일 수 있다. 근육-표적화 펩티드는 근육 세포에서 발견된 단백질 수용체에 우선적으로 결합하는 단백질의 서열에 상응할 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 펩티드는 높은 경향의 소수성 아미노산, 예를 들어 발린을 함유하여, 펩티드가 근육 세포를 우선적으로 표적화하도록 한다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 펩티드는 이전에 특징화되거나 개시되지 않았다. 이들 펩티드는 임의의 여러 방법론, 예를 들어 파지 디스플레이된 펩티드 라이브러리, 1-비드 1-화합물 펩티드 라이브러리, 또는 위치 스캐닝 합성 펩티드 조합 라이브러리를 사용하여 고안, 생산, 합성 및/또는 (예를 들어, 및) 유도체화될 수 있다. 예시적인 방법론은 관련 기술분야에서 특징화되었으며, 참조로 포함된다 (Gray, B.P. and Brown, K.C. "Combinatorial Peptide Libraries: Mining for Cell-Binding Peptides" Chem Rev. 2014, 114:2, 1020-1081.; Samoylova, T.I. and Smith, B.F. "Elucidation of muscle-binding peptides by phage display screening." Muscle Nerve, 1999, 22:4. 460-6.). 일부 실시양태에서, 근육-표적화 펩티드는 이전에 개시되었다 (예를 들어, 문헌 [Writer M.J. et al. "Targeted gene delivery to human airway epithelial cells with synthetic vectors incorporating novel targeting peptides selected by phage display." J. Drug Targeting. 2004;12:185; Cai, D. "BDNF-mediated enhancement of inflammation and injury in the aging heart." Physiol Genomics. 2006, 24:3, 191-7.; Zhang, L. "Molecular profiling of heart endothelial cells." Circulation, 2005, 112:11, 1601-11.; McGuire, M.J. et al. "In vitro selection of a peptide with high selectivity for cardiomyocytes in vivo." J Mol Biol. 2004, 342:1, 171-82.] 참조). 예시적인 근육-표적화 펩티드는 하기 군의 아미노산 서열을 포함한다: CQAQGQLVC (서열식별번호: 141), CSERSMNFC (서열식별번호: 142), CPKTRRVPC (서열식별번호: 143), WLSEAGPVVTVRALRGTGSW (서열식별번호: 144), ASSLNIA (서열식별번호: 138), CMQHSMRVC (서열식별번호: 145) 및 DDTRHWG (서열식별번호: 146). 일부 실시양태에서, 근육-표적화 펩티드는 약 2-25개의 아미노산, 약 2-20개의 아미노산, 약 2-15개의 아미노산, 약 2-10개의 아미노산 또는 약 2-5개의 아미노산을 포함할 수 있다. 근육-표적화 펩티드는 자연 발생 아미노산, 예를 들어 시스테인, 알라닌, 또는 비-자연 발생 또는 변형된 아미노산을 포함할 수 있다. 비-자연 발생 아미노산은 β-아미노산, 호모-아미노산, 프롤린 유도체, 3-치환된 알라닌 유도체, 선형 코어 아미노산, N-메틸 아미노산 및 관련 기술분야에 공지된 다른 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 펩티드는 선형일 수 있고; 다른 실시양태에서, 근육-표적화 펩티드는 시클릭, 예를 들어 비시클릭일 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Silvana, M.G. et al. Mol. Therapy, 2018, 26:1, 132-147.] 참조).
iii. 근육-표적화 수용체 리간드
근육-표적화제는 리간드, 예를 들어 수용체 단백질에 결합하는 리간드일 수 있다. 근육-표적화 리간드는 근육 세포에 의해 발현되는 내재화 세포 표면 수용체에 결합하는 단백질, 예를 들어 트랜스페린일 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 트랜스페린 수용체에 결합하는 트랜스페린 또는 그의 유도체이다. 근육-표적화 리간드는 대안적으로 다른 세포 유형에 비해 근육 세포를 우선적으로 표적화하는 소분자, 예를 들어 친지성 소분자일 수 있다. 근육 세포를 표적화할 수 있는 예시적인 친지성 소분자는 콜레스테롤, 콜레스테릴, 스테아르산, 팔미트산, 올레산, 올레일, 리놀렌, 리놀레산, 미리스트산, 스테롤, 디히드로테스토스테론, 테스토스테론 유도체, 글리세린, 알킬 쇄, 트리틸 기 및 알콕시산을 포함하는 화합물을 포함한다.
iv. 근육-표적화 압타머
근육-표적화제는 다른 세포 유형에 비해 근육 세포를 우선적으로 표적화하는 압타머, 예를 들어 RNA 압타머일 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 압타머는 이전에 특징화되거나 개시되지 않았다. 이들 압타머는 임의의 여러 방법론, 예를 들어 지수적 풍부화에 의한 리간드의 체계적 진화를 사용하여 고안, 생산, 합성 및/또는 (예를 들어, 및) 유도체화될 수 있다. 예시적인 방법론은 관련 기술분야에서 특징화되었으며, 참조로 포함된다 (Yan, A.C. and Levy, M. "Aptamers and aptamer targeted delivery" RNA biology, 2009, 6:3, 316-20.; Germer, K. et al. "RNA aptamers and their therapeutic and diagnostic applications." Int. J. Biochem. Mol. Biol. 2013; 4: 27-40.). 일부 실시양태에서, 근육-표적화 압타머는 이전에 개시된 바 있다 (예를 들어, 문헌 [Phillippou, S. et al. "Selection and Identification of Skeletal-Muscle-Targeted RNA Aptamers." Mol Ther Nucleic Acids. 2018, 10:199-214.; Thiel, W.H. et al. "Smooth Muscle Cell-targeted RNA Aptamer Inhibits Neointimal Formation." Mol Ther. 2016, 24:4, 779-87.] 참조). 예시적인 근육-표적화 압타머는 A01B RNA 압타머 및 RNA Apt 14를 포함한다. 일부 실시양태에서, 압타머는 핵산-기반 압타머, 올리고뉴클레오티드 압타머 또는 펩티드 압타머이다. 일부 실시양태에서, 압타머는 약 5-15 kDa, 약 5-10 kDa, 약 10-15 kDa, 약 1-5 Da, 약 1-3 kDa 또는 그 미만일 수 있다.
v. 다른 근육-표적화제
근육 세포 (예를 들어, 골격근 세포)를 표적화하기 위한 하나의 전략은 근육 수송체 단백질, 예컨대 근초 상에 발현된 수송체 단백질의 기질을 사용하는 것이다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 근육 조직에 특이적인 유입 수송체의 기질이다. 일부 실시양태에서, 유입 수송체는 골격근 조직에 특이적이다. 다음 2종의 주요 부류의 수송체가 골격근 근초 상에서 발현된다: (1) 골격근 조직으로부터의 유출을 용이하게 하는 아데노신 트리포스페이트 (ATP) 결합 카세트 (ABC) 슈퍼패밀리 및 (2) 골격근 내로의 기질 유입을 용이하게 할 수 있는 용질 담체 (SLC) 슈퍼패밀리. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 ABC 슈퍼패밀리 또는 SLC 슈퍼패밀리의 수송체에 결합하는 기질이다. 일부 실시양태에서, ABC 또는 SLC 슈퍼패밀리의 수송체에 결합하는 기질은 자연 발생 기질이다. 일부 실시양태에서, ABC 또는 SLC 슈퍼패밀리의 수송체에 결합하는 기질은 비-자연 발생 기질, 예를 들어 ABC 또는 SLC 슈퍼패밀리의 수송체에 결합하는 그의 합성 유도체이다.
일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 SLC 슈퍼패밀리의 수송체의 기질이다. SLC 수송체는 평형화 수송체이거나 또는 기질의 수송을 구동하기 위해 막을 가로질러 생성된 양성자 또는 나트륨 이온 구배를 사용한다. 높은 골격근 발현을 갖는 예시적인 SLC 수송체는 비제한적으로 SATT 수송체 (ASCT1; SLC1A4), GLUT4 수송체 (SLC2A4), GLUT7 수송체 (GLUT7; SLC2A7), ATRC2 수송체 (CAT-2; SLC7A2), LAT3 수송체 (KIAA0245; SLC7A6), PHT1 수송체 (PTR4; SLC15A4), OATP-J 수송체 (OATP5A1; SLC21A15), OCT3 수송체 (EMT; SLC22A3), OCTN2 수송체 (FLJ46769; SLC22A5), ENT 수송체 (ENT1; SLC29A1 및 ENT2; SLC29A2), PAT2 수송체 (SLC36A2) 및 SAT2 수송체 (KIAA1382; SLC38A2)를 포함한다. 이들 수송체는 골격근 내로의 기질의 유입을 용이하게 하여, 근육 표적화를 위한 기회를 제공할 수 있다.
일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 평형화 뉴클레오시드 수송체 2 (ENT2) 수송체의 기질이다. 다른 수송체에 비해, ENT2는 골격근에서 가장 높은 mRNA 발현 중 하나를 갖는다. 인간 ENT2 (hENT2)는 대부분의 신체 기관, 예컨대 뇌, 심장, 태반, 흉선, 췌장, 전립선 및 신장에서 발현되지만, 골격근에서 특히 풍부하다. 인간 ENT2는 그의 기질의 흡수를 이들의 농도 구배에 따라 용이하게 한다. ENT2는 광범위한 퓨린 및 피리미딘 핵염기를 수송함으로써 뉴클레오시드 항상성을 유지하는 데 소정 역할을 한다. hENT2 수송체는 이노신을 제외한 모든 뉴클레오시드 (아데노신, 구아노신, 우리딘, 티미딘 및 시티딘)에 대해 낮은 친화도를 갖는다. 따라서, 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 ENT2 기질이다. 예시적인 ENT2 기질은 비제한적으로 이노신, 2',3'-디데옥시이노신 및 클로파라빈을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 제공된 임의의 근육-표적화제는 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드 페이로드)와 회합된다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 분자 페이로드에 공유 연결된다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 분자 페이로드에 비-공유 연결된다.
일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 나트륨 이온-의존성, 고친화도 카르니틴 수송체인 유기 양이온/카르니틴 수송체 (OCTN2)의 기질이다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 OCTN2에 결합하는 카르니틴, 밀드로네이트, 아세틸카르니틴 또는 그의 임의의 유도체이다. 일부 실시양태에서, 카르니틴, 밀드로네이트, 아세틸카르니틴 또는 그의 유도체는 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드 페이로드)에 공유 연결된다.
근육-표적화제는 근육 세포를 표적화하는 적어도 1종의 가용성 형태로 존재하는 단백질인 단백질일 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화 단백질은 철 과부하 및 항상성에 수반되는 단백질인 헤모쥬벨린 (반발성 유도 분자 C 또는 혈색소증 2형 단백질로도 공지됨)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 헤모쥬벨린은 전장, 또는 기능성 헤모쥬벨린 단백질에 대해 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 단편 또는 돌연변이체일 수 있다. 일부 실시양태에서, 헤모쥬벨린 돌연변이체는 가용성 단편일 수 있고/거나 (예를 들어, 있고), N-말단 신호전달이 결여될 수 있고/거나 (예를 들어, 있고), C-말단 앵커링 도메인이 결여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 헤모쥬벨린은 진뱅크 RefSeq 수탁 번호 NM_001316767.1, NM_145277.4, NM_202004.3, NM_213652.3 또는 NM_213653.3 하에 주석달린 것일 수 있다. 헤모쥬벨린은 인간, 비-인간 영장류 또는 설치류 기원일 수 있는 것으로 인지될 것이다.
B. 분자 페이로드
본 개시내용의 일부 측면은, 예를 들어 생물학적 결과, 예를 들어 DNA 서열의 전사, RNA 서열의 스플라이싱 및 프로세싱, 단백질의 발현 또는 단백질의 활성을 조정하기 위한 분자 페이로드를 제공한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 근육-표적화제에 연결되거나 또는 달리 그와 회합된다. 일부 실시양태에서, 이러한 분자 페이로드는, 예를 들어 회합된 근육-표적화제에 의한 근육 세포로의 전달 후 근육 세포 내 핵산 또는 단백질에 대한 특이적 결합을 통해 근육 세포에 표적화될 수 있다. 다양한 유형의 근육-표적화제가 본 개시내용에 따라 사용될 수 있는 것으로 인지될 것이다. 예를 들어, 분자 페이로드는 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 안티센스 올리고뉴클레오티드), 펩티드 (예를 들어, 근육 세포에서 질환과 연관된 핵산 또는 단백질에 결합하는 펩티드), 단백질 (예를 들어, 근육 세포에서 질환과 연관된 핵산 또는 단백질에 결합하는 단백질), 또는 소분자 (예를 들어, 근육 세포에서 질환과 연관된 핵산 또는 단백질의 기능을 조정하는 소분자)를 포함하거나 또는 그로 이루어질 수 있다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 돌연변이된 DMD 대립유전자에 대한 상보성 영역을 갖는 가닥을 포함하는 올리고뉴클레오티드이다. 예시적인 분자 페이로드는 본원에 추가로 상세히 기재되어 있지만, 본원에 제공된 예시적인 분자 페이로드는 제한적인 것으로 의도되지 않는 것으로 인지될 것이다.
i. 올리고뉴클레오티드
임의의 적합한 올리고뉴클레오티드가 본원에 기재된 바와 같은 분자 페이로드로서 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 엑손 스킵핑을 유도하도록 설계될 수 있으며, 예를 들어 서열식별번호: 343 (CUCCAACAUCAAGGAAGAUGGCAUUUCUAG)을 포함하는 엑손디스(EXONDYS) 51 올리고뉴클레오티드 (사렙타 테라퓨틱스, 인크.(Sarepta Therapeutics, Inc.)); 서열식별번호: 334 (UCAAGGAAGAUGGCAUUUCU)를 포함하는 WVE-210201 (웨이브 라이프 사이언시스(Wave Life Sciences)); 서열식별번호: 302 (CAAUGCCAUCCUGGAGUUCCUG)를 포함하는 카시메르센 (사렙타 테라퓨틱스, 인크.); 또는 서열식별번호: 380 (GUUGCCUCCGGUUCUGAAGGUGUUC)을 포함하는 골로디르센 (사렙타 테라퓨틱스, 인크.)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 엑손 스킵핑을 유도하도록 설계될 수 있으며, 예를 들어 서열식별번호: 2257 (CCTCCGGTTCTGAAGGTGTTC)을 포함하는 빌톨라르센 (NS 파마, 인크.(NS Pharma, Inc.)) 또는 서열식별번호: 2252 (CGCUGCCCAAUGCCAUCC)를 포함하는 레나디르센 (다이이치 산쿄 캄파니(Daiichi Sankyo Company))이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 표 10에 제공된 서열의 서열 또는 그의 부분 (예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과의 그의 연속 뉴클레오시드)을 포함하고/거나 올리고뉴클레오티드는 표 10에 제공된 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 10에 열거된 올리고뉴클레오티드) 중 어느 하나 내의 티민 염기 (T) 중 어느 하나 이상은 임의로 우라실 염기 (U)일 수 있고/거나 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 U 중 어느 하나 이상은 임의로 T일 수 있다.
표 10. 올리고뉴클레오티드 분자 페이로드의 예
Figure pct00039
† 표 10에 제공된 올리고뉴클레오티드 및/또는 표적 서열 중 어느 하나 내의 각각의 티민 염기 (T)는 독립적으로 및 임의로 우라실 염기 (U)로 대체될 수 있고/거나, 각각의 U는 독립적으로 및 임의로 T로 대체될 수 있다. 표 10에 열거된 표적 서열은 T를 함유하지만, RNA 및/또는 DNA에 대한 DMD-표적화 올리고뉴클레오티드의 결합이 고려된다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 mRNA의 분해를 유발하도록 설계될 수 있다 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 분해를 유발하는 갭머, siRNA, 리보자임 또는 압타머일 수 있음). 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 mRNA의 번역을 차단하도록 설계될 수 있다 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 번역을 차단하는 믹스머, siRNA 또는 압타머일 수 있음). 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 mRNA의 분해를 유발하고 번역을 차단하도록 설계될 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 mRNA의 안정성을 촉진하도록 설계될 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 mRNA의 번역을 촉진하도록 설계될 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 mRNA의 안정성을 촉진하고 그의 번역을 촉진하도록 설계될 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 효소 (예를 들어, 유전자 편집 효소)의 활성을 지시하기 위한 가이드 핵산 (예를 들어, 가이드 RNA)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 가이드 핵산은 돌연변이된 DMD 대립유전자의 전체 또는 일부를 결실시키도록 (예를 들어, 인-프레임 엑손 스킵핑을 용이하게 하도록) 효소를 지시할 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 발현의 억제 조절인자, 예를 들어 miR-31을 표적화하도록 설계될 수 있다. 올리고뉴클레오티드의 다른 예가 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 하나의 포맷의 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 안티센스 올리고뉴클레오티드)는 하나의 포맷에서 또 다른 포맷 (예를 들어, siRNA 올리고뉴클레오티드)으로 기능적 서열 (예를 들어, 안티센스 가닥 서열)을 혼입시킴으로써 다른 포맷에 적합하게 적합화될 수 있는 것으로 인지될 것이다.
DMD를 표적화하는 데 유용한 올리고뉴클레오티드의 예는 하기에 제공된다: 2010년 5월 27일에 공개된 미국 특허 출원 공개 US20100130591A1 (발명의 명칭: "MULTIPLE EXON SKIPPING COMPOSITIONS FOR DMD"); 2013년 1월 29일에 허여된 미국 특허 번호 8,361,979 (발명의 명칭: "MEANS AND METHOD FOR INDUCING EXON-SKIPPING"); 2012년 3월 8일에 공개된 미국 특허 출원 공개 20120059042 (발명의 명칭: "METHOD FOR EFFICIENT EXON (44) SKIPPING IN DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY AND ASSOCIATED MEANS"); 2014년 11월 6일에 공개된 미국 특허 출원 공개 20140329881 (발명의 명칭: "EXON SKIPPING COMPOSITIONS FOR TREATING MUSCULAR DYSTROPHY"); 2012년 7월 31일에 허여된 미국 특허 번호 8,232,384 (발명의 명칭: "ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES FOR INDUCING EXON SKIPPING AND METHODS OF USE THEREOF"); 2012년 1월 26일에 공개된 미국 특허 출원 공개 20120022134A1 (발명의 명칭: "METHODS AND MEANS FOR EFFICIENT SKIPPING OF EXON 45 IN DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY PRE-MRNA"); 2012년 3월 29일에 공개된 미국 특허 출원 공개 20120077860 (발명의 명칭: "ADENO-ASSOCIATED VIRAL VECTOR FOR EXON SKIPPING IN A GENE ENCODING A DISPENSABLE DOMAN PROTEIN"); 2012년 12월 4일에 허여된 미국 특허 번호 8,324,371 (발명의 명칭: "OLIGOMERS"); 2015년 7월 14일에 허여된 미국 특허 번호 9,078,911 (발명의 명칭: "ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES"); 2015년 7월 14일에 허여된 미국 특허 번호 9,079,934 (발명의 명칭: "ANTISENSE NUCLEIC ACIDS"); 2015년 5월 19일에 허여된 미국 특허 번호 9,034,838 (발명의 명칭: "MIR-31 IN DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY THERAPY"); 및 2017년 4월 13일에 공개된 국제 특허 공개 WO2017062862A3 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF") (이들 각각의 내용은 그 전문이 본원에 포함됨).
표 14는 DMD를 표적화하는 데, 예를 들어 엑손 스킵핑에 유용한 올리고뉴클레오티드의 서열의 비제한적 예를 제공한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 표 14에 제공된 임의의 서열을 포함할 수 있다.
표 14 - DMD를 표적화하기 위한 올리고뉴클레오티드 서열.
Figure pct00040
Figure pct00041
Figure pct00042
Figure pct00043
Figure pct00044
Figure pct00045
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 DMD RNA (예를 들어, 서열식별번호: 2239의 Dp427m 전사체)의 영역을 표적화한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 DMD RNA (예를 들어, 서열식별번호: 2239의 Dp427m 전사체)에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 DMD RNA의 엑손 (예를 들어, 서열식별번호: 2240-2250 중 어느 하나)에 대한 상보성 영역을 포함한다. DMD RNA 서열 및 엑손 서열의 예가 하기에 제공된다.
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, mRNA (NCBI 참조 서열: NM_004006.2)
Figure pct00046
Figure pct00047
Figure pct00048
Figure pct00049
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 8 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 894-1075)
Figure pct00050
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 23 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 3194-3406)
Figure pct00051
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 43 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 6362-6534)
Figure pct00052
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 44 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 6535-6682)
Figure pct00053
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 45 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 6683-6858)
Figure pct00054
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 46 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 6859-7006)
Figure pct00055
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 50 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 7445-7553)
Figure pct00056
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 51 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 7554-7786)
Figure pct00057
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 52 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 7787-7904)
Figure pct00058
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 53 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 7905-8116)
Figure pct00059
호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD), 전사체 변이체 Dp427m, 엑손 55 (NCBI 참조 서열: NM_004006.2의 뉴클레오티드 위치 8272-8461)
Figure pct00060
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 DMD 내의 엑손 스플라이싱 인핸서 (ESE) 서열 (예를 들어, 엑손 23, 44, 45, 46, 50, 51, 52, 53 또는 55의 ESE 서열)을 표적화한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 DMD 내의 엑손 스플라이싱 인핸서 (ESE) 서열 (예를 들어, 엑손 8, 23, 43, 44, 45, 46, 50, 51, 52, 53 또는 55의 ESE 서열)을 표적화한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 51의 ESE 서열 (예를 들어, 표 15에 열거된 ESE)을 표적화한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 8, 23, 42, 44, 45, 46, 50, 52, 53 또는 55의 ESE 서열 (예를 들어, 표 11에 열거된 ESE)을 표적화한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에, 예컨대 엑손 8, 23, 42, 44, 45, 46, 50, 52, 53 및 55 중 1개 이상을 스킵핑하는 데) 유용한 올리고뉴클레오티드는 DMD 전사체의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE (예를 들어, 표 15 또는 표 11에 열거된 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE)를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 402-436 및 2043-2238에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 402-436 및 2043-2238 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
표 15. DMD의 엑손 51 내의 엑손 스플라이싱 인핸서
Figure pct00061
*참조 출발 위치는 NCBI 참조 서열 NG_012232.1 (NG_012232, 버전 1)의 뉴클레오티드 5,001-2,225,382 내의 ESE 모티프의 제1 뉴클레오티드의 위치를 지칭한다. NCBI 참조 서열 NG_012232.1 (NG_012232, 버전 1)의 뉴클레오티드 5,001-2,225,382는 염색체 X 상의 호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD) 유전자에 상응한다.
표 11. DMD의 엑손 8, 23, 43, 44, 45, 46, 50, 52, 53 및 55 내의 엑손 스플라이싱 인핸서
Figure pct00062
Figure pct00063
Figure pct00064
Figure pct00065
Figure pct00066
*참조 출발 위치는 NCBI 참조 서열 NG_012232.1 (NG_012232, 버전 1)의 뉴클레오티드 5,001-2,225,382 내의 ESE 모티프의 제1 뉴클레오티드의 위치를 지칭한다. NCBI 참조 서열 NG_012232.1 (NG_012232, 버전 1)의 뉴클레오티드 5,001-2,225,382는 염색체 X 상의 호모 사피엔스 디스트로핀 (DMD) 유전자에 상응한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 8의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 8의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2047-2062에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2047-2062 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 8의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2047-2062에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2047-2062 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2047-2062 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2047-2062 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2047-2062 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 23의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 23의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 429 및 2063-2086에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 429 및 2063-2086 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 23의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 429 및 2063-2086에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 429 및 2063-2086 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 429 및 2063-2086 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 429 및 2063-2086 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 429 및 2063-2086 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 43의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 43의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 412, 2078-2080 및 2087-2111에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 412, 2078-2080 및 2087-2111 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 43의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 412, 2078-2080 및 2087-2111에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 412, 2078-2080 및 2087-2111 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 412, 2078-2080 및 2087-2111 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 412, 2078-2080 및 2087-2111 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 412, 2078-2080 및 2087-2111 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 44의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 44의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 409 및 2112-2121에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 409 및 2112-2121 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 44의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 409 및 2112-2121에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 409 및 2112-2121 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 409 및 2112-2121 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 409 및 2112-2121 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 409 및 2112-2121 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 45의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 45의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2097, 2102, 2103 및 2122-2146에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2097, 2102, 2103 및 2122-2146 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 45의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2097, 2102, 2103 및 2122-2146에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2097, 2102, 2103 및 2122-2146 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2097, 2102, 2103 및 2122-2146 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2097, 2102, 2103 및 2122-2146 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2097, 2102, 2103 및 2122-2146 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 46의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 46의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2096 및 2147-2158에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2096 및 2147-2158 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 46의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2096 및 2147-2158에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2096 및 2147-2158 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2096 및 2147-2158 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2096 및 2147-2158 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2096 및 2147-2158 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 50의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 50의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2096 및 2160-2177에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2096 및 2160-2177 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 50의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2096 및 2160-2177에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2096 및 2160-2177 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2096 및 2160-2177 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2096 및 2160-2177 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2096 및 2160-2177 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 51의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 51의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 402-436에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 402-436 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 419에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7, 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 51의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 402-436에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 418 및 서열식별번호: 419에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 또는 14개)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 402-436 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 402-436 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 402-436 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 402-436 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 419에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 419에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 418 및 서열식별번호: 419에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 또는 14개)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 418 및 서열식별번호: 419에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 또는 14개)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
DMD 엑손 51 스킵핑에 유용한 올리고뉴클레오티드 및 그의 표적 서열의 비제한적 예는 각각 서열식별번호: 437-1241 및 서열식별번호: 1242-2046에 제공된다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 20-30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나의 적어도 20개의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 20-30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나의 적어도 20개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 30개 뉴클레오티드 (예를 들어, 30, 31, 32, 33, 34 또는 35개) 길이이고, 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 20-30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 1548, 1550, 1551, 1552, 1555, 1558, 1559, 1562, 1565, 1569, 1577, 1583, 1589, 1595, 1600, 1606, 1610, 1614, 1621, 1626, 1629, 1632, 1637, 1640, 1643, 1646, 1650, 1655, 1658 및 1662 중 어느 하나의 적어도 20개의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 20-30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 743, 745, 746, 747, 750, 753, 754, 757, 760, 764, 772, 778, 784, 790, 795, 801, 805, 809, 816, 821, 824, 827, 832, 835, 838, 841, 845, 850, 853 및 857 중 어느 하나의 적어도 20개의 연속 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 743, 745, 746, 747, 750, 753, 754, 757, 760, 764, 772, 778, 784, 790, 795, 801, 805, 809, 816, 821, 824, 827, 832, 835, 838, 841, 845, 850, 853 및 857 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 743, 745, 746, 747, 750, 753, 754, 757, 760, 764, 772, 778, 784, 790, 795, 801, 805, 809, 816, 821, 824, 827, 832, 835, 838, 841, 845, 850, 853 및 857 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 52의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 52의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 432 및 2178-2192에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 432 및 2178-2192 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 52의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 432 및 2178-2192에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 432 및 2178-2192 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 432 및 2178-2192 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 432 및 2178-2192 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 432 및 2178-2192 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 53의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 53의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 416, 430, 431, 2108, 2114, 2127 및 2193-2213에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 416, 430, 431, 2108, 2114, 2127 및 2193-2213 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 53의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 416, 430, 431, 2108, 2114, 2127 및 2193-2213에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 416, 430, 431, 2108, 2114, 2127 및 2193-2213 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 416, 430, 431, 2108, 2114, 2127 및 2193-2213 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 416, 430, 431, 2108, 2114, 2127 및 2193-2213 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 416, 430, 431, 2108, 2114, 2127 및 2193-2213 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 55의 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 55의 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2097, 2102, 2103, 2116, 2147, 2199 및 2214-2238에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2097, 2102, 2103, 2116, 2147, 2199 및 2214-2238 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 엑손 55의 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 2097, 2102, 2103, 2116, 2147, 2199 및 2214-2238에 제시된 바와 같은 1개 이상의 ESE (예를 들어, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 인접한 ESE)의 적어도 6개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 초과)의 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 18-35개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2097, 2102, 2103, 2116, 2147, 2199 및 2214-2238 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20-30개 (예를 들어, 20, 25, 30개)의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2097, 2102, 2103, 2116, 2147, 2199 및 2214-2238 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2097, 2102, 2103, 2116, 2147, 2199 및 2214-2238 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 2097, 2102, 2103, 2116, 2147, 2199 및 2214-2238 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개 (예를 들어, 4, 5, 6, 7 또는 8개)의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시양태에서, DMD를 표적화하는 데 (예를 들어, 엑손 스킵핑에) 유용한 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)이다.
DMD를 표적화하는 (예를 들어, 엑손 스킵핑을 위한) 올리고뉴클레오티드의 추가의 예는 하기에 제공된다: 2013년 3월 21일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2013-072541 (발명의 명칭: "ADENO-ASSOCIATED VIRAL VECTOR FOR EXON SKIPPING IN A GENE ENCODING A DISPENSIBLE-DOMAIN PROTEIN"); 2015년 7월 9일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2015-191725 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDE FOR THE TREATMENT OF MUSCULAR DYSTROPHY PATIENTS"); 2015년 7월 16일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2015-196670 (발명의 명칭: "COMPOSITIONS AND METHODS FOR DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY GENE THERAPY"); 2017년 12월 7일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2017-349905 (발명의 명칭: "GENOME EDITING WITH SPLIT CAS9 EXPRESSED FROM TWO VECTORS"); 2018년 2월 1일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2018-028554 (발명의 명칭: "OLIGOMERS HAVING BICYCLIC SCAFFOLD MOEITIES"); 2018년 6월 21일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2018-171333 (발명의 명칭: "ANTISENSE MOLECULES AND METHODS FOR TREATING PATHOLOGIES"); 2018년 6월 28일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2018-179538 (발명의 명칭: "ANTISENSE NUCLEIC ACIDS"); 2018년 9월 20일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2018-265859 (발명의 명칭: "MODIFICATION OF THE DYSTROPHIN GENE AND USES THEREOF"); 2018년 12월 27일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2018-369400 (발명의 명칭: "NUCLEIC ACID-POLYPEPTIDE COMPOSITIONS AND METHODS OF INDUCING EXON SKIPPING"); 2019년 1월 3일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-000986 (발명의 명칭: "NUCLEIC ACID-POLYPEPTIDE COMPOSITIONS AND METHODS OF INDUCING EXON SKIPPING"); 2019년 1월 10일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-008986 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF"); 2019년 4월 18일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-112604 (발명의 명칭: "METHODS AND MEANS FOR EFFICIENT SKIPPING OF EXON 45 IN DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY PRE-MRNA"); 2019년 4월 25일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-119679 (발명의 명칭: "METHODS AND MEANS FOR EFFICIENT SKIPPING OF EXON 45 IN DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY PRE-MRNA"); 2019년 5월 2일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-127733 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF"); 2019년 5월 23일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-151476 (발명의 명칭: "THERAPEUTIC APPLICATIONS OF CPF1-BASED GENOME EDITING"); 2019년 6월 13일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-177723 (발명의 명칭: "COMPOSITIONS AND METHODS FOR TREATING DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY AND RELATED DISORDERS"); 2019년 6월 13일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-177725 (발명의 명칭: "METHODS AND MEANS FOR EFFICIENT SKIPPING OF EXON 45 IN DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY PRE-MRNA"); 2019년 7월 11일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-209604 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDES, COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF"); 2019년 8월 15일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-249173 (발명의 명칭: "METHODS AND COMPOSITIONS OF BIOLOGICALLY ACTIVE AGENTS"); 2019년 9월 5일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-270994 (발명의 명칭: "ANTISENSE MOLECULES AND METHODS FOR TREATING PATHOLOGIES"); 2019년 9월 19일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-284556 (발명의 명칭: "MULTIPLE EXON SKIPPING COMPOSITIONS FOR DMD"); 2019년 10월 24일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-323010 (발명의 명칭: "ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES FOR INDUCING EXON SKIPPING AND METHODS OF USE THEREOF"); 2019년 10월 31일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-330626 (발명의 명칭: "COMPOUNDS AND METHODS FOR USE IN DYSTROPHIN TRANSCRIPT"); 2019년 11월 7일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-338311 (발명의 명칭: "OPTIMIZED STRATEGY FOR EXON SKIPPING MODIFICATIONS USING CRISPR/CAS9 WITH TRIPLE GUIDE SEQUENCES"); 2019년 11월 28일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-359982 (발명의 명칭: "COMPOSITIONS FOR TREATING MUSCULAR DYSTROPHY"); 2019년 12월 5일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-364862 (발명의 명칭: "DMD REPORTER MODELS CONTAINING HUMANIZED DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY MUTATIONS"); 2019년 12월 26일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2019-390197 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF"); 2020년 2월 6일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2020-040337 (발명의 명칭: "COMPOSITIONS FOR TREATING MUSCULAR DYSTROPHY"); 2019년 5월 14일에 허여된 미국 특허 번호 10,287,586 (발명의 명칭: "ANTISENSE MOLECULES AND METHODS FOR TREATING PATHOLOGIES"); 2019년 7월 2일에 허여된 미국 특허 번호 10,337,003 (발명의 명칭: "COMPOSITIONS FOR TREATING MUSCULAR DYSTROPHY"); 2019년 7월 30일에 허여된 미국 특허 번호 10,364,431 (발명의 명칭: "COMPOSITIONS FOR TREATING MUSCULAR DYSTROPHY"); 2019년 10월 22일에 허여된 미국 특허 번호 10,450,568 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS THEREOF"); 2019년 11월 26일에 허여된 미국 특허 번호 10,487,106 (발명의 명칭: "ANTISENSE NUCLEIC ACIDS"); 2020년 1월 14일에 허여된 미국 특허 번호 10,533,171 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDE COMPRISING AN INOSINE FOR TREATING DMD"); 2020년 7월 7일에 허여된 미국 특허 번호 10,704,060 (발명의 명칭: "RNA-GUIDED GENE EDITING AND GENE REGULATION"); 2020년 8월 25일에 허여된 미국 특허 번호 10,752,898 (발명의 명칭: "EFFECTIVE GENE THERAPY TOOLS FOR DYSTROPHIN EXON 53 SKIPPING"); 2020년 12월 29일에 허여된 미국 특허 번호 10,876,114 (발명의 명칭: "METHODS AND MEANS FOR EFFICIENT SKIPPING OF AT LEAST ONE OF THE FOLLOWING EXONS OF THE HUMAN DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY GENE: 43, 46, 50-53"); 2000년 8월 8일에 허여된 미국 특허 번호 6,100,099 (발명의 명칭: "TEST STRIP HAVING A DIAGONAL ARRAY OF CAPTURE SPOTS"); 2001년 4월 3일에 허여된 미국 특허 번호 6,210,898 (발명의 명칭: "METHOD OF PERFORMING IMMUNOCHROMATOGRAPHY"); 2011년 7월 5일에 허여된 미국 특허 번호 7,973,015 (발명의 명칭: "INDUCTION OF EXON SKIPPING IN EUKARYOTIC CELLS"); 2011년 10월 18일에 허여된 미국 특허 번호 8,039,608 (발명의 명칭: "BIOINFORMATICALLY DETECTABLE GROUP OF NOVEL REGULATORY GENES AND USES THEREOF"); 2013년 1월 29일에 허여된 미국 특허 번호 8,361,979 (발명의 명칭: "MEANS AND METHOD FOR INDUCING EXON-SKIPPING"); 2014년 8월 12일에 허여된 미국 특허 번호 8,802,437 (발명의 명칭: "MEGANUCLEASE REAGENTS OF USES THEREOF FOR TREATING GENETIC DISEASES CAUSED BY FRAME SHIFT/NON SENSE MUTATIONS"); 2014년 10월 21일에 허여된 미국 특허 번호 8,865,883 (발명의 명칭: "MULTIPLE EXON SKIPPING COMPOSITIONS FOR DMD"); 2017년 5월 23일에 허여된 미국 특허 번호 9,657,049 (발명의 명칭: "ENA NUCLEIC ACID PHARMACEUTICALS CAPABLE OF MODIFYING SPLICING OF MRNA PRECURSORS"); 2017년 5월 23일에 허여된 미국 특허 번호 9,657,050 (발명의 명칭: "ENA NUCLEIC ACID PHARMACEUTICALS CAPABLE OF MODIFYING SPLICING OF MRNA PRECURSORS"); 2018년 6월 5일에 허여된 미국 특허 번호 9,988,629 (발명의 명칭: "ANTISENSE NUCLEIC ACIDS"); 2011년 6월 30일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2011/078797 A2 (발명의 명칭: "ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES AND USES THREREOF"); 2011년 12월 15일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2011/154427 A1 (발명의 명칭: "MODIFIED SNRNAS FOR USE IN THERAPY"); 2018년 1월 11일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2018/007475 A1 (발명의 명칭: "PRE-MRNA SPLICE SWITCHING OR MODULATING OLIGONUCLEOTIDES COMPRISING BICYCLIC SCAFFOLD MOIETIES, WITH IMPROVED CHARACTERISTICS FOR THE TREATMENT OF GENETIC DISORDERS"); 2018년 1월 18일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2018/014042 A1 (발명의 명칭: "COMPOUNDS AND METHODS FOR MODULATION OF DYSTROPHIN TRANSCRIPT"); 2018년 1월 25일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2018/017754 A1 (발명의 명칭: "THERAPEUTIC APPLICATIONS OF CPF1-BASED GENOME EDITING"); 2018년 6월 14일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2018/107003 A1 (발명의 명칭: "DMD REPORTER MODELS CONTAINING HUMANIZED DUSCHENE MUSCULAR DYSTROPHY MUTATIONS"); 2018년 7월 12일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2018/129296 A1 (발명의 명칭: "OPTIMIZED STRATEGY FOR EXON SKIPPING MODIFICATIONS USING CRISPR/CAS9 WITH TRIPLE GUIDE SEQUENCES"); 2019년 1월 24일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/014772 A1 (발명의 명칭: "ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDES THAT BIND TO EXON 51 OF HUMAN DYSTROPHIN PRE-MRNA"); 2019년 3월 28일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/059973 A1 (발명의 명칭: "EXON SKIPPING OLIGOMER CONJUGATES FOR MUSCULAR DYSTROPHY"); 2019년 3월 28일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/060775 A1 (발명의 명칭: "NUCLEIC ACID-POLYPEPTIDE COMPOSITIONS AND METHODS OF INDUCING EXON SKIPPING"); 2019년 4월 4일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/067975 A1 (발명의 명칭: "COMBINATION THERAPIES FOR TREATING MUSCULAR DYSTROPHY"); 2019년 5월 16일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/092507 A2 (발명의 명칭: "CRISPR/CAS SYSTEMS FOR TREATMENT OF DMD"); 2019년 7월 11일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/136216 A1 (발명의 명칭: "THERAPEUTIC CRISPR/CAS9 COMPOSITIONS AND METHODS OF USE"); 2019년 8월 8일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/152609 A1 (발명의 명칭: "COMPOSITIONS AND METHODS FOR CORRECTING DYSTROPHIN MUTATIONS IN HUMAN CARDIOMYOCYTES"); 2019년 10월 17일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/200185 A1 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHODS OF USE THEREOF"); 2019년 11월 14일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/215333 A1 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDES CONJUGATES COMPRISING 7'-5'-ALPHA-ANOMERIC-BICYCLIC SUGAR NUCLEOSIDES"); 2019년 12월 19일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/241385 A2 (발명의 명칭: "EXON SKIPPING OLIGOMERS FOR MUSCULAR DYSTROPY"); 2019년 12월 26일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2019/246480 A1 (발명의 명칭: "CORRECTION OF DYSTROPHIN EXON 43, EXON 45, OR EXON 52 DELETIONS IN DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY"); 2020년 2월 6일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2020/028832 A1 (발명의 명칭: "MUSCLE TARGETING COMPLEXES AND USES THEREOF FOR TREATING DYSTROPHINOPATHIES"); 2018년 5월 24일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2018/091544 A1 (발명의 명칭: "SUBSTANCES FOR TARGETING VARIOUS SELECTED ORGANS OR TISSUES"); 2018년 5월 31일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2018/098480 A1 (발명의 명칭: "PREVENTION OF MUSCULAR DYSTROPHY BY CRISPR/CPF1-MEDIATED GENE EDITING"); 1993년 10월 14일에 공개된 국제 특허 공개 WO 1993/020227 A1 (발명의 명칭: "METHOD OF MULTIPLEX LIGASE CHAIN REACTION"); 2013년 7월 4일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2013/100190 A1 (발명의 명칭: "ANTISENSE NUCLEIC ACID"); 2013년 10월 31일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2013/163628 A2 (발명의 명칭: "GENETIC CORRECTION OF MUTATED GENES"); 2007년 11월 29일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2007/135105 A1 (발명의 명칭: "MEANS AND METHOD FOR INDUCING EXON-SKIPPING"); 2011년 12월 1일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2011/150408 A2 (발명의 명칭: "OLIGONUCLEOTIDE ANALOGUES HAVING MODIFIED INTERSUBUNIT LINKAGES AND/OR TERMINAL GROUPS"); 2012년 3월 8일에 공개된 국제 특허 공개 WO 2012/029986 A1 (발명의 명칭: "ANTISENSE NUCLEIC ACID"); (이들 각각의 내용은 그 전문이 본원에 포함됨).
DMD 유전자 편집을 촉진하기 위한 올리고뉴클레오티드의 예는 하기를 포함한다: 2018년 3월 29일에 공개된 국제 특허 공개 WO2018053632A1 (발명의 명칭: "METHODS OF MODIFYING THE DYSTROPHIN GENE AND RESTORING DYSTROPHIN EXPRESSION AND USES THEREOF"); 2017년 3월 30일에 공개된 국제 특허 공개 WO2017049407A1 (발명의 명칭: "MODIFICATION OF THE DYSTROPHIN GENE AND USES THEREOF"); 2016년 10월 6일에 공개된 국제 특허 공개 WO2016161380A1 (발명의 명칭: "CRISPR/CAS-RELATED METHODS AND COMPOSITIONS FOR TREATING DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY AND BECKER MUSCULAR DYSTROPHY"); 2017년 6월 8일에 공개된 국제 특허 공개 WO2017095967 (발명의 명칭: "THERAPEUTIC TARGETS FOR THE CORRECTION OF THE HUMAN DYSTROPHIN GENE BY GENE EDITING AND METHODS OF USE"); 2017년 5월 4일에 공개된 국제 특허 공개 WO2017072590A1 (발명의 명칭: "MATERIALS AND METHODS FOR TREATMENT OF DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY"); 2018년 5월 31일에 공개된 국제 특허 공개 WO2018098480A1 (발명의 명칭: "PREVENTION OF MUSCULAR DYSTROPHY BY CRISPR/CPF1-MEDIATED GENE EDITING"); 2017년 9월 21일에 공개된 미국 특허 출원 공개 US20170266320A1 (발명의 명칭: "RNA-Guided Systems for In Vivo Gene Editing"); 2016년 2월 18일에 공개된 국제 특허 공개 WO2016025469A1 (발명의 명칭: "PREVENTION OF MUSCULAR DYSTROPHY BY CRISPR/CAS9-MEDIATED GENE EDITING"); 2016년 7월 14일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2016/0201089 (발명의 명칭: "RNA-GUIDED GENE EDITING AND GENE REGULATION"); 및 2013년 6월 6일에 공개된 미국 특허 출원 공개 2013/0145487 (발명의 명칭: "MEGANUCLEASE VARIANTS CLEAVING A DNA TARGET SEQUENCE FROM THE DYSTROPHN GENE AND USES THEREOF") (이들 각각의 내용은 그 전문이 본원에 포함됨). 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는, 예를 들어 인간, 마우스 및 비-인간 종으로부터 선택된 다수의 종의 DMD 유전자 서열에 대한 상보성 영역을 가질 수 있다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 돌연변이 DMD 대립유전자, 예를 들어 프레임시프트 및 부적절한 RNA 스플라이싱/프로세싱을 유도하는 인간 DMD의 엑손 1-79 중 어느 것에 적어도 1개의 돌연변이를 갖는 DMD 대립유전자에 대한 상보성 영역을 가질 수 있다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는, 예를 들어 분해를 위해 lncRNA 또는 mRNA를 표적화할 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는, 예를 들어 분해를 위해 미스매치 복구 경로에 수반되는 단백질, 예를 들어 MSH2, MutL알파, MutS베타, MutL알파를 코딩하는 핵산을 표적화할 수 있다. 미스매치 복구 경로에 수반되는 단백질을 코딩하는 mRNA가 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드에 의해 표적화될 수 있는 이러한 단백질의 비제한적 예는 문헌 [Iyer, R.R. et al., "DNA triplet repeat expansion and mismatch repair" Annu Rev Biochem. 2015;84:199-226.; 및 Schmidt M.H. and Pearson C.E., "Disease-associated repeat instability and mismatch repair" DNA Repair (Amst). 2016 Feb;38:117-26]에 기재되어 있다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나는 염 형태, 예를 들어 나트륨, 칼륨 또는 마그네슘 염일 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나의 5' 또는 3' 뉴클레오시드 (예를 들어, 말단 뉴클레오시드)는 임의로 스페이서를 통해 아민 기에 접합된다. 일부 실시양태에서, 스페이서는 지방족 모이어티를 포함한다. 일부 실시양태에서, 스페이서는 폴리에틸렌 글리콜 모이어티를 포함한다. 일부 실시양태에서, 포스포디에스테르 연결은 스페이서와 올리고뉴클레오티드의 5' 또는 3' 뉴클레오시드 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 임의의 올리고뉴클레오티드의 5' 또는 3' 뉴클레오시드 (예를 들어, 말단 뉴클레오시드)는 치환 또는 비치환된 지방족, 치환 또는 비치환된 헤테로지방족, 치환 또는 비치환된 카르보시클릴렌, 치환 또는 비치환된 헤테로시클릴렌, 치환 또는 비치환된 아릴렌, 치환 또는 비치환된 헤테로아릴렌, -O-, -N(RA)-, -S-, -C(=O)-, -C(=O)O-, -C(=O)NRA-, -NRAC(=O)-, -NRAC(=O)RA-, -C(=O)RA-, -NRAC(=O)O-, -NRAC(=O)N(RA)-, -OC(=O)-, -OC(=O)O-, -OC(=O)N(RA)-, -S(O)2NRA-, -NRAS(O)2- 또는 그의 조합인 스페이서에 접합되고; 각각의 RA는 독립적으로 수소 또는 치환 또는 비치환된 알킬이다. 특정 실시양태에서, 스페이서는 치환 또는 비치환된 알킬렌, 치환 또는 비치환된 헤테로시클릴렌, 치환 또는 비치환된 헤테로아릴렌, -O-, -N(RA)- 또는 -C(=O)N(RA)2 또는 그의 조합이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나의 5' 또는 3' 뉴클레오시드는 화학식 -NH2-(CH2)n-의 화합물에 접합되며, 여기서 n은 1 내지 12의 정수이다. 일부 실시양태에서, n은 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12이다. 일부 실시양태에서, 포스포디에스테르 연결은 화학식 NH2-(CH2)n-의 화합물과 올리고뉴클레오티드의 5' 또는 3' 뉴클레오시드 사이에 존재한다. 일부 실시양태에서, 화학식 NH2-(CH2)6-의 화합물은 6-아미노-1-헥산올 (NH2-(CH2)6-OH)과 올리고뉴클레오티드의 5' 포스페이트 사이의 반응을 통해 올리고뉴클레오티드에 접합된다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는, 예를 들어 아민 기를 통해 표적화제, 예를 들어 근육 표적화제, 예컨대 항-TfR 항체에 접합된다.
a. 올리고뉴클레오티드 크기/서열
올리고뉴클레오티드는, 예를 들어 포맷에 따라 다양한 상이한 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50, 75개 또는 그 초과의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 8 내지 50개의 뉴클레오티드 길이, 8 내지 40개의 뉴클레오티드 길이, 8 내지 30개의 뉴클레오티드 길이, 10 내지 15개의 뉴클레오티드 길이, 10 내지 20개의 뉴클레오티드 길이, 15 내지 25개의 뉴클레오티드 길이, 21 내지 23개의 뉴클레오티드 길이 등이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 목적을 위한 올리고뉴클레오티드의 상보적 핵산 서열은 표적 분자 (예를 들어, mRNA)에 대한 서열의 결합이 표적 (예를 들어, mRNA)의 기능을 방해하여 활성의 변화 (예를 들어, 번역 억제, 스플라이싱 변경, 엑손 스킵핑) 또는 발현의 변화 (예를 들어, 표적 mRNA 분해)를 유발하는 경우에 표적 핵산에 특이적으로 혼성화가능하거나 특이적이고, 비-특이적 결합의 회피가 요망되는 조건 하에, 예를 들어 생체내 검정 또는 치유적 치료의 경우에는 생리학적 조건 하에, 및 시험관내 검정의 경우에는 검정이 적합한 엄격도 조건 하에 수행되는 조건 하에, 비-표적 서열에 대한 서열의 비-특이적 결합을 회피하는 데 충분한 정도의 상보성이 존재한다. 따라서, 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산의 연속 뉴클레오티드에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 상보적일 수 있다. 일부 실시양태에서, 상보적 뉴클레오티드 서열은 표적 핵산에 특이적으로 혼성화가능하거나 특이적이 되기 위해 그의 표적의 서열에 대해 100% 상보적일 필요는 없다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 8 내지 15, 8 내지 30, 8 내지 40, 또는 10 내지 50, 또는 5 내지 50, 또는 5 내지 40개의 뉴클레오티드 길이의 범위인 표적 핵산에 대한 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 핵산에 대한 올리고뉴클레오티드의 상보성 영역은 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 또는 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 상보성 영역은 표적 핵산의 적어도 8개의 연속 뉴클레오티드와 상보적이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산의 연속 뉴클레오티드의 부분과 비교하여 1, 2 또는 3개의 염기 미스매치를 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 15개 염기에 걸쳐 3개 이하의 미스매치 또는 10개 염기에 걸쳐 2개 이하의 미스매치를 가질 수 있다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드) 중 어느 하나의 표적 서열에 대해 (예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%) 상보적이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241에 의해 제공된 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나의 표적 서열에 대해 (예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%) 상보적이다. 일부 실시양태에서, 이러한 표적 서열은 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드에 대해 100% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 이러한 표적 서열은 서열식별번호: 437-1241에 의해 제공된 올리고뉴클레오티드에 대해 100% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 본원에 제공된 표적 서열 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나의 표적 서열)에 대해 (예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%) 상보적이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 1242-2046에 의해 제공된 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나의 표적 서열에 대해 (예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%) 상보적이다.
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드) 중 어느 하나 내의 티민 염기 (T) 중 어느 하나 이상은 임의로 우라실 염기 (U)일 수 있고/거나 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드 내의 U 중 어느 하나 이상은 임의로 T일 수 있다. 일부 실시양태에서, 서열식별번호: 437-1241에 의해 제공된 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드 내의 티민 염기 (T) 중 어느 하나 이상은 임의로 우라실 염기 (U)일 수 있고/거나 올리고뉴클레오티드 내의 U 중 어느 하나 이상은 임의로 T일 수 있다.
b. 올리고뉴클레오티드 변형:
본원에 기재된 올리고뉴클레오티드는 변형될 수 있으며, 예를 들어 변형된 당 모이어티, 변형된 뉴클레오시드간 연결, 변형된 뉴클레오티드 및/또는 (예를 들어, 및) 그의 조합을 포함할 수 있다. 추가로, 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 하기 특성 중 1종 이상을 나타낼 수 있다: 대안적 스플라이싱을 매개하지 않음; 면역 자극성이 아님; 뉴클레아제 저항성임; 비변형된 올리고뉴클레오티드와 비교하여 개선된 세포 흡수를 가짐; 세포 또는 포유동물에 대해 독성이 아님; 세포 내부에 개선된 엔도솜 출구를 가짐; TLR 자극을 최소화함; 또는 패턴 인식 수용체를 회피함. 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드의 임의의 변형된 화학 또는 포맷은 서로 조합될 수 있다. 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5종 또는 그 초과의 상이한 유형의 변형이 동일한 올리고뉴클레오티드 내에 포함될 수 있다.
일부 실시양태에서, 변형이 혼입되는 올리고뉴클레오티드를 천연 올리고데옥시뉴클레오티드 또는 올리고리보뉴클레오티드 분자보다 뉴클레아제 소화에 대해 더 저항성으로 만드는 이러한 특정 뉴클레오티드 변형이 사용될 수 있고; 이들 변형된 올리고뉴클레오티드는 비변형된 올리고뉴클레오티드보다 더 긴 시간 동안 무손상으로 생존한다. 변형된 올리고뉴클레오티드의 구체적 예는 변형된 백본, 예를 들어 변형된 뉴클레오시드간 연결, 예컨대 포스포로티오에이트, 포스포트리에스테르, 메틸 포스포네이트, 단쇄 알킬 또는 시클로알킬 당간 연결 또는 단쇄 헤테로원자 또는 헤테로시클릭 당간 연결을 포함하는 것을 포함한다. 따라서, 본 개시내용의 올리고뉴클레오티드는, 예컨대 변형, 예를 들어 뉴클레오티드 변형의 혼입에 의해 핵산분해적 분해에 대해 안정화될 수 있다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드의 2 내지 10, 2 내지 15, 2 내지 16, 2 내지 17, 2 내지 18, 2 내지 19, 2 내지 20, 2 내지 25, 2 내지 30, 2 내지 40, 2 내지 45개 또는 그 초과의 뉴클레오티드가 변형된 뉴클레오티드인 50개 이하 또는 100개 이하의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드의 2 내지 10, 2 내지 15, 2 내지 16, 2 내지 17, 2 내지 18, 2 내지 19, 2 내지 20, 2 내지 25, 2 내지 30개의 뉴클레오티드가 변형된 뉴클레오티드인 8 내지 30개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드의 2 내지 4, 2 내지 5, 2 내지 6, 2 내지 7, 2 내지 8, 2 내지 9, 2 내지 10, 2 내지 11, 2 내지 12, 2 내지 13, 2 내지 14개의 뉴클레오티드가 변형된 뉴클레오티드인 8 내지 15개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 임의로, 올리고뉴클레오티드는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 뉴클레오티드가 변형된 것을 제외하고는 모든 뉴클레오티드를 가질 수 있다. 올리고뉴클레오티드 변형은 본원에 추가로 기재된다.
c. 변형된 뉴클레오시드
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드는 당의 2' 위치에서 변형된 적어도 1개의 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 1개의 2'-변형된 뉴클레오시드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 모든 뉴클레오시드는 2'-변형된 뉴클레오시드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드는 1개 이상의 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드, 예를 들어 2'-데옥시, 2'-플루오로 (2'-F), 2'-O-메틸 (2'-O-Me), 2'-O-메톡시에틸 (2'-MOE), 2'-O-아미노프로필 (2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸 (2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필 (2'-O-DMAP), 2'-O-디메틸아미노에틸옥시에틸 (2'-O-DMAEOE) 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도 (2'-O-NMA) 변형된 뉴클레오시드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드는 리보스 고리가 고리 내의 2개의 원자를 연결하는, 예를 들어 메틸렌 (LNA) 가교, 에틸렌 (ENA) 가교 또는 (S)-구속성 에틸 (cEt) 가교를 통해 2'-O 원자를 4'-C 원자에 연결하는 가교 모이어티를 포함하는 1개 이상의 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드를 포함한다. LNA의 예는 2008년 4월 17일에 공개된 국제 특허 출원 공개 WO/2008/043753 (발명의 명칭: "RNA Antagonist Compounds For The Modulation Of PCSK9")에 기재되어 있으며, 이의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. ENA의 예는 2005년 5월 12일에 공개된 국제 특허 공개 번호 WO 2005/042777 (발명의 명칭: "APP/ENA Antisense"); 문헌 [Morita et al., Nucleic Acid Res., Suppl 1:241-242, 2001; Surono et al., Hum. Gene Ther., 15:749-757, 2004; Koizumi, Curr. Opin. Mol. Ther., 8:144-149, 2006 및 Horie et al., Nucleic Acids Symp. Ser (Oxf), 49:171-172, 2005]에 제공되어 있으며; 이의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다. cEt의 예는 미국 특허 7,101,993; 7,399,845 및 7,569,686에 제공되어 있으며, 이들 각각은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 하기 미국 특허 또는 특허 출원 공개 중 하나에 개시된 변형된 뉴클레오시드를 포함한다: 2008년 7월 15일에 허여된 미국 특허 7,399,845 (발명의 명칭: "6-Modified Bicyclic Nucleic Acid Analogs"); 2010년 6월 22일에 허여된 미국 특허 7,741,457 (발명의 명칭: "6-Modified Bicyclic Nucleic Acid Analogs"); 2011년 9월 20일에 허여된 미국 특허 8,022,193 (발명의 명칭: "6-Modified Bicyclic Nucleic Acid Analogs"); 2009년 8월 4일에 허여된 미국 특허 7,569,686 (발명의 명칭: "Compounds And Methods For Synthesis Of Bicyclic Nucleic Acid Analogs"); 2008년 2월 26일에 허여된 미국 특허 7,335,765 (발명의 명칭: "Novel Nucleoside And Oligonucleotide Analogues"); 2008년 1월 1일에 허여된 미국 특허 7,314,923 (발명의 명칭: "Novel Nucleoside And Oligonucleotide Analogues"); 2010년 10월 19일에 허여된 미국 특허 7,816,333 (발명의 명칭: "Oligonucleotide Analogues And Methods Utilizing The Same") 및 미국 공개 번호 2011/0009471이며 2015년 2월 17일에 허여된 현재 미국 특허 8,957,201 (발명의 명칭: "Oligonucleotide Analogues And Methods Utilizing The Same") (이들 각각의 전체 내용은 모든 목적을 위해 본원에 참조로 포함됨).
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 1개의 변형된 뉴클레오시드를 갖지 않는 올리고뉴클레오티드와 비교하여 1℃, 2℃, 3℃, 4℃ 또는 5℃ 범위의 올리고뉴클레오티드 Tm의 증가를 유발하는 적어도 1개의 변형된 뉴클레오시드를 포함한다. 올리고뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오시드를 갖지 않는 올리고뉴클레오티드와 비교하여 2℃, 3℃, 4℃, 5℃, 6℃, 7℃, 8℃, 9℃, 10℃, 15℃, 20℃, 25℃, 30℃, 35℃, 40℃, 45℃ 또는 그 초과의 범위의 올리고뉴클레오티드 Tm의 총 증가를 유발하는 복수의 변형된 뉴클레오시드를 가질 수 있다.
올리고뉴클레오티드는 상이한 종류의 뉴클레오시드의 혼합을 포함할 수 있다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 2'-데옥시리보뉴클레오시드 또는 리보뉴클레오시드와 2'-플루오로 변형된 뉴클레오시드의 혼합을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 데옥시리보뉴클레오시드 또는 리보뉴클레오시드와 2'-O-Me 변형된 뉴클레오시드의 혼합을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 2'-플루오로 변형된 뉴클레오시드와 2'-O-Me 변형된 뉴클레오시드의 혼합을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드와 2'-MOE, 2'-플루오로 또는 2'-O-Me 변형된 뉴클레오시드의 혼합을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE, 2'-플루오로 또는 2'-O-Me)와 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA, ENA, cEt)의 혼합을 포함할 수 있다.
올리고뉴클레오티드는 상이한 종류의 교대 뉴클레오시드를 포함할 수 있다. 예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 교대 2'-데옥시리보뉴클레오시드 또는 리보뉴클레오시드 및 2'-플루오로 변형된 뉴클레오시드를 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 교대 데옥시리보뉴클레오시드 또는 리보뉴클레오시드 및 2'-O-Me 변형된 뉴클레오시드를 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 교대 2'-플루오로 변형된 뉴클레오시드 및 2'-O-Me 변형된 뉴클레오시드를 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 교대 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 및 2'-MOE, 2'-플루오로 또는 2'-O-Me 변형된 뉴클레오시드를 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 교대 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE, 2'-플루오로 또는 2'-O-Me) 및 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA, ENA, cEt)를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드는 5'-비닐포스포네이트 변형, 1개 이상의 무염기성 잔기 및/또는 1개 이상의 역전된 무염기성 잔기를 포함한다.
d. 뉴클레오시드간 연결 / 백본
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 또는 다른 변형된 뉴클레오시드간 연결을 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 2개의 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 모든 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드 서열의 5' 또는 3' 말단에서 제1, 제2 및/또는 (예를 들어, 및) 제3 뉴클레오시드간 연결에 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함한다.
사용될 수 있는 인-함유 연결은 포스포로티오에이트, 키랄 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포트리에스테르, 아미노알킬포스포트리에스테르, 3'알킬렌 포스포네이트 및 키랄 포스포네이트를 포함하는 메틸 및 다른 알킬 포스포네이트, 포스피네이트, 3'-아미노 포스포르아미데이트 및 아미노알킬포스포르아미데이트를 포함하는 포스포르아미데이트, 티오노포스포르아미데이트, 티오노알킬포스포네이트, 티오노알킬포스포트리에스테르, 및 정상 3'-5' 연결을 갖는 보라노포스페이트, 이들의 2'-5' 연결 유사체, 및 뉴클레오시드 단위의 인접한 쌍이 3'-5'에서 5'-3' 또는 2'-5'에서 5'-2'로 연결된 역극성을 갖는 것을 포함하나 이에 제한되지는 않으며; 미국 특허 번호 3,687,808; 4,469,863; 4,476,301; 5,023,243; 5, 177,196; 5,188,897; 5,264,423; 5,276,019; 5,278,302; 5,286,717; 5,321,131; 5,399,676; 5,405,939; 5,453,496; 5,455, 233; 5,466,677; 5,476,925; 5,519,126; 5,536,821; 5,541,306; 5,550,111; 5,563, 253; 5,571,799; 5,587,361; 및 5,625,050을 참조한다.
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 헤테로원자 백본, 예컨대 메틸렌(메틸이미노) 또는 MMI 백본; 아미드 백본 (문헌 [De Mesmaeker et al. Ace. Chem. Res. 1995, 28:366-374] 참조); 모르폴리노 백본 (미국 특허 번호 5,034,506 (Summerton and Weller) 참조); 또는 펩티드 핵산 (PNA) 백본 (여기서 올리고뉴클레오티드의 포스포디에스테르 백본은 폴리아미드 백본으로 대체되고, 뉴클레오티드는 폴리아미드 백본의 아자 질소 원자에 직접적으로 또는 간접적으로 결합됨, 문헌 [Nielsen et al., Science 1991, 254, 1497] 참조)을 가질 수 있다.
e. 입체특이적 올리고뉴클레오티드
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 인 원자는 키랄이고, 올리고뉴클레오티드의 특성은 키랄 인 원자의 배위에 기초하여 조정된다. 일부 실시양태에서, 적절한 방법을 사용하여 P-키랄 올리고뉴클레오티드 유사체를 입체제어된 방식으로 합성할 수 있다 (예를 들어, 문헌 [Oka N, Wada T, Stereocontrolled synthesis of oligonucleotide analogs containing chiral internucleotidic phosphorus atoms. Chem Soc Rev. 2011 Dec;40(12):5829-43.]에 기재된 바와 같음). 일부 실시양태에서, 실질적으로 모든 Sp 또는 실질적으로 모든 Rp 포스포로티오에이트 당간 연결에 의해 함께 연결된 뉴클레오시드 단위를 포함하는 포스포로티오에이트 함유 올리고뉴클레오티드가 제공된다. 일부 실시양태에서, 실질적으로 키랄 순수한 당간 연결을 갖는 이러한 포스포로티오에이트 올리고뉴클레오티드는, 예를 들어 1996년 12월 12일에 허여된 미국 특허 5,587,261 (이의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 효소적 또는 화학적 합성에 의해 제조된다. 일부 실시양태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드는 표적 핵산의 선택적 절단 패턴을 제공한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드는, 예를 들어 2017년 2월 2일에 공개된 미국 특허 출원 공개 20170037399 A1 (발명의 명칭: "CHIRAL DESIGN") (이의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 핵산의 상보적 서열 내에 단일 부위 절단을 제공한다.
f. 모르폴리노
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 모르폴리노-기재 화합물일 수 있다. 모르폴리노-기재 올리고머 화합물은 문헌 [Dwaine A. Braasch and David R. Corey, Biochemistry, 2002, 41(14), 4503-4510); Genesis, volume 30, issue 3, 2001; Heasman, J., Dev. Biol., 2002, 243, 209-214; Nasevicius et al., Nat. Genet., 2000, 26, 216-220; Lacerra et al., Proc. Natl. Acad. Sci., 2000, 97, 9591-9596]; 및 1991년 7월 23일에 허여된 미국 특허 번호 5,034,506에 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, 모르폴리노-기재 올리고머 화합물은 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)이다 (예를 들어, 문헌 [Iverson, Curr. Opin. Mol. Ther., 3:235-238, 2001; 및 Wang et al., J. Gene Med., 12:354-364, 2010]에 기재된 바와 같고, 이들의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함됨).
g. 펩티드 핵산 (PNA)
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드 단위의 당 및 뉴클레오시드간 연결 (백본) 둘 다는 신규 기로 대체된다. 일부 실시양태에서, 염기 단위는 적절한 핵산 표적 화합물과의 혼성화를 위해 유지된다. 탁월한 혼성화 특성을 갖는 것으로 나타난 올리고뉴클레오티드 모방체인 하나의 이러한 올리고머 화합물은 펩티드 핵산 (PNA)으로 지칭된다. PNA 화합물에서, 올리고뉴클레오티드의 당-백본은 아미드 함유 백본, 예를 들어 아미노에틸글리신 백본으로 대체된다. 핵염기는 보유되고, 백본의 아미드 부분의 아자 질소 원자에 직접적으로 또는 간접적으로 결합된다. PNA 화합물의 제조를 보고하는 대표적인 공개는 미국 특허 번호 5,539,082; 5,714,331; 및 5,719,262를 포함하나 이에 제한되지는 않으며, 이들 각각은 본원에 참조로 포함된다. PNA 화합물의 추가의 교시는 문헌 [Nielsen et al., Science, 1991, 254, 1497-1500]에서 찾을 수 있다.
h. 갭머
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드는 갭머이다. 갭머 올리고뉴클레오티드는 일반적으로 식 5'-X-Y-Z-3'을 가지며, 여기서 X 및 Z는 갭 영역 Y 주위의 플랭킹 영역이다. 일부 실시양태에서, 식 5'-X-Y-Z-3'의 플랭킹 영역 X는 또한 X 영역, 플랭킹 서열 X, 5' 윙 영역 X 또는 5' 윙 절편으로 지칭된다. 일부 실시양태에서, 식 5'-X-Y-Z-3'의 플랭킹 영역 Z는 또한 Z 영역, 플랭킹 서열 Z, 3' 윙 영역 Z 또는 3' 윙 절편으로 지칭된다. 일부 실시양태에서, 식 5'-X-Y-Z-3'의 갭 영역 Y는 또한 Y 영역, Y 절편 또는 갭-절편 Y로 지칭된다. 일부 실시양태에서, 갭 영역 Y 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-데옥시리보뉴클레오시드이고, 5' 윙 영역 X나 3' 윙 영역 Z 모두는 임의의 2'-데옥시리보뉴클레오시드를 함유하지 않는다.
일부 실시양태에서, Y 영역은 RNAse, 예컨대 RNAse H를 동원할 수 있는 뉴클레오티드의 인접 스트레치, 예를 들어 6개 이상의 DNA 뉴클레오티드의 영역이다. 일부 실시양태에서, 갭머는 표적 핵산에 결합하고, 이 지점에 RNAse가 동원된 다음, 표적 핵산을 절단할 수 있다. 일부 실시양태에서, Y 영역은 고친화도 변형된 뉴클레오시드, 예를 들어 1 내지 6개의 고친화도의 변형된 뉴클레오시드를 포함하는 영역 X 및 Z가 5' 및 3' 둘 다에 플랭킹된다. 고친화도 변형된 뉴클레오시드의 예는 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE, 2'O-Me, 2'-F) 또는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA, cEt, ENA)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 일부 실시양태에서, 플랭킹 서열 X 및 Z는 1-20개의 뉴클레오티드, 1-8개의 뉴클레오티드 또는 1-5개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다. 플랭킹 서열 X 및 Z는 유사한 길이 또는 상이한 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 갭-절편 Y는 5-20개의 뉴클레오티드, 5-15개의 뉴클레오티드 또는 6-10개의 뉴클레오티드 길이의 뉴클레오티드 서열일 수 있다.
일부 실시양태에서, 갭머 올리고뉴클레오티드의 갭 영역은 DNA 뉴클레오티드에 추가로 효율적인 RNase H 작용에 허용되는 것으로 공지된 변형된 뉴클레오티드, 예컨대 C4'-치환된 뉴클레오티드, 비-시클릭 뉴클레오티드 및 아라비노-구성된 뉴클레오티드를 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 갭 영역은 1개 이상의 비변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 하나 또는 둘 다의 플랭킹 영역은 각각 독립적으로 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5개 또는 그 초과의 뉴클레오티드 사이에 1개 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결 (예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결 또는 다른 연결)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 갭 영역 및 2개의 플랭킹 영역은 각각 독립적으로 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5개 또는 그 초과의 뉴클레오티드 사이에 변형된 뉴클레오시드간 연결 (예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결 또는 다른 연결)을 포함한다.
갭머는 적절한 방법을 사용하여 제조될 수 있다. 갭머의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허, 미국 특허 공개 및 PCT 공개는 미국 특허 번호 5,013,830; 5,149,797; 5,220,007; 5,256,775; 5,366,878; 5,403,711; 5,491,133; 5,565,350; 5,623,065; 5,652,355; 5,652,356; 5,700,922; 5,898,031; 7,015,315; 7,101,993; 7,399,845; 7,432,250; 7,569,686; 7,683,036; 7,750,131; 8,580,756; 9,045,754; 9,428,534; 9,695,418; 10,017,764; 10,260,069; 9,428,534; 8,580,756; 미국 특허 공개 번호 US20050074801, US20090221685; US20090286969, US20100197762 및 US20110112170; PCT 공개 번호 WO2004069991; WO2005023825; WO2008049085 및 WO2009090182; 및 EP 특허 번호 EP2,149,605를 포함하나 이에 제한되지는 않으며, 이들 각각은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, 갭머는 10-40개의 뉴클레오시드 길이이다. 예를 들어, 갭머는 10-40, 10-35, 10-30, 10-25, 10-20, 10-15, 15-40, 15-35, 15-30, 15-25, 15-20, 20-40, 20-35, 20-30, 20-25, 25-40, 25-35, 25-30, 30-40, 30-35 또는 35-40개의 뉴클레오시드 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 갭머는 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 또는 40개의 뉴클레오시드 길이이다.
일부 실시양태에서, 갭머 내의 갭 영역 Y는 5-20개의 뉴클레오시드 길이이다. 예를 들어, 갭 영역 Y는 5-20, 5-15, 5-10, 10-20, 10-15 또는 15-20개의 뉴클레오시드 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 갭 영역 Y는 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 뉴클레오시드 길이이다. 일부 실시양태에서, 갭 영역 Y 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-데옥시리보뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭 영역 Y 내의 모든 뉴클레오시드는 2'-데옥시리보뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭 영역 Y 내의 뉴클레오시드 중 1개 이상은 변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2' 변형된 뉴클레오시드, 예컨대 본원에 기재된 것)이다. 일부 실시양태에서, 갭 영역 Y 내의 1개 이상의 시토신은 임의로 5-메틸-시토신이다. 일부 실시양태에서, 갭 영역 Y 내의 각각의 시토신은 5-메틸-시토신이다.
일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 독립적으로 1-20개의 뉴클레오시드 길이이다. 예를 들어, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 독립적으로 1-20, 1-15, 1-10, 1-7, 1-5, 1-3, 1-2, 2-5, 2-7, 3-5, 3-7, 5-20, 5-15, 5-10, 10-20, 10-15 또는 15-20개의 뉴클레오시드 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 독립적으로 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 뉴클레오시드 길이이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 동일한 길이이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 상이한 길이이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X)은 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)보다 더 길다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X)은 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)보다 더 짧다.
일부 실시양태에서, 갭머는 5-10-5, 4-12-4, 3-14-3, 2-16-2, 1-18-1, 3-10-3, 2-10-2, 1-10-1, 2-8-2, 4-6-4, 3-6-3, 2-6-2, 4-7-4, 3-7-3, 2-7-2, 4-8-4, 3-8-3, 2-8-2, 1-8-1, 2-9-2, 1-9-1, 2-10-2, 1-10-1, 1-12-1, 1-16-1, 2-15-1, 1-15-2, 1-14-3, 3-14-1, 2-14-2, 1-13-4, 4-13-1, 2-13-3, 3-13-2, 1-12-5, 5-12-1, 2-12-4, 4-12-2, 3-12-3, 1-11-6, 6-11-1, 2-11-5, 5-11-2, 3-11-4, 4-11-3, 1-17-1, 2-16-1, 1-16-2, 1-15-3, 3-15-1, 2-15-2, 1-14-4, 4-14-1, 2-14-3, 3-14-2, 1-13-5, 5-13-1, 2-13-4, 4-13-2, 3-13-3, 1-12-6, 6-12-1, 2-12-5, 5-12-2, 3-12-4, 4-12-3, 1-11-7, 7-11-1, 2-11-6, 6-11-2, 3-11-5, 5-11-3, 4-11-4, 1-18-1, 1-17-2, 2-17-1, 1-16-3, 1-16-3, 2-16-2, 1-15-4, 4-15-1, 2-15-3, 3-15-2, 1-14-5, 5-14-1, 2-14-4, 4-14-2, 3-14-3, 1-13-6, 6-13-1, 2-13-5, 5-13-2, 3-13-4, 4-13-3, 1-12-7, 7-12-1, 2-12-6, 6-12-2, 3-12-5, 5-12-3, 1-11-8, 8-11-1, 2-11-7, 7-11-2, 3-11-6, 6-11-3, 4-11-5, 5-11-4, 1-18-1, 1-17-2, 2-17-1, 1-16-3, 3-16-1, 2-16-2, 1-15-4, 4-15-1, 2-15-3, 3-15-2, 1-14-5, 2-14-4, 4-14-2, 3-14-3, 1-13-6, 6-13-1, 2-13-5, 5-13-2, 3-13-4, 4-13-3, 1-12-7, 7-12-1, 2-12-6, 6-12-2, 3-12-5, 5-12-3, 1-11-8, 8-11-1, 2-11-7, 7-11-2, 3-11-6, 6-11-3, 4-11-5, 5-11-4, 1-19-1, 1-18-2, 2-18-1, 1-17-3, 3-17-1, 2-17-2, 1-16-4, 4-16-1, 2-16-3, 3-16-2, 1-15-5, 2-15-4, 4-15-2, 3-15-3, 1-14-6, 6-14-1, 2-14-5, 5-14-2, 3-14-4, 4-14-3, 1-13-7, 7-13-1, 2-13-6, 6-13-2, 3-13-5, 5-13-3, 4-13-4, 1-12-8, 8-12-1, 2-12-7, 7-12-2, 3-12-6, 6-12-3, 4-12-5, 5-12-4, 2-11-8, 8-11-2, 3-11-7, 7-11-3, 4-11-6, 6-11-4, 5-11-5, 1-20-1, 1-19-2, 2-19-1, 1-18-3, 3-18-1, 2-18-2, 1-17-4, 4-17-1, 2-17-3, 3-17-2, 1-16-5, 2-16-4, 4-16-2, 3-16-3, 1-15-6, 6-15-1, 2-15-5, 5-15-2, 3-15-4, 4-15-3, 1-14-7, 7-14-1, 2-14-6, 6-14-2, 3-14-5, 5-14-3, 4-14-4, 1-13-8, 8-13-1, 2-13-7, 7-13-2, 3-13-6, 6-13-3, 4-13-5, 5-13-4, 2-12-8, 8-12-2, 3-12-7, 7-12-3, 4-12-6, 6-12-4, 5-12-5, 3-11-8, 8-11-3, 4-11-7, 7-11-4, 5-11-6, 6-11-5, 1-21-1, 1-20-2, 2-20-1, 1-20-3, 3-19-1, 2-19-2, 1-18-4, 4-18-1, 2-18-3, 3-18-2, 1-17-5, 2-17-4, 4-17-2, 3-17-3, 1-16-6, 6-16-1, 2-16-5, 5-16-2, 3-16-4, 4-16-3, 1-15-7, 7-15-1, 2-15-6, 6-15-2, 3-15-5, 5-15-3, 4-15-4, 1-14-8, 8-14-1, 2-14-7, 7-14-2, 3-14-6, 6-14-3, 4-14-5, 5-14-4, 2-13-8, 8-13-2, 3-13-7, 7-13-3, 4-13-6, 6-13-4, 5-13-5, 1-12-10, 10-12-1, 2-12-9, 9-12-2, 3-12-8, 8-12-3, 4-12-7, 7-12-4, 5-12-6, 6-12-5, 4-11-8, 8-11-4, 5-11-7, 7-11-5, 6-11-6, 1-22-1, 1-21-2, 2-21-1, 1-21-3, 3-20-1, 2-20-2, 1-19-4, 4-19-1, 2-19-3, 3-19-2, 1-18-5, 2-18-4, 4-18-2, 3-18-3, 1-17-6, 6-17-1, 2-17-5, 5-17-2, 3-17-4, 4-17-3, 1-16-7, 7-16-1, 2-16-6, 6-16-2, 3-16-5, 5-16-3, 4-16-4, 1-15-8, 8-15-1, 2-15-7, 7-15-2, 3-15-6, 6-15-3, 4-15-5, 5-15-4, 2-14-8, 8-14-2, 3-14-7, 7-14-3, 4-14-6, 6-14-4, 5-14-5, 3-13-8, 8-13-3, 4-13-7, 7-13-4, 5-13-6, 6-13-5, 4-12-8, 8-12-4, 5-12-7, 7-12-5, 6-12-6, 5-11-8, 8-11-5, 6-11-7 또는 7-11-6의 5'-X-Y-Z-3'를 포함한다. 숫자는 5'-X-Y-Z-3' 갭머 내의 X, Y 및 Z 영역 내의 뉴클레오시드의 수를 나타낸다.
일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 또는 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z) 내의 1개 이상의 뉴클레오시드는 변형된 뉴클레오티드 (예를 들어, 고친화도 변형된 뉴클레오시드)이다. 일부 실시양태에서, 변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 고친화도 변형된 뉴클레오시드)는 2'-변형된 뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 2'-변형된 뉴클레오시드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 또는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 고친화도 변형된 뉴클레오시드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA, cEt 또는 ENA) 또는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-플루오로 (2'-F), 2'-O-메틸 (2'-O-Me), 2'-O-메톡시에틸 (2'-MOE), 2'-O-아미노프로필 (2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸 (2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필 (2'-O-DMAP), 2'-O-디메틸아미노에틸옥시에틸 (2'-O-DMAEOE) 또는 2'-O-N-메틸아세트아미도 (2'-O-NMA))이다.
일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 내의 1개 이상의 뉴클레오시드는 고친화도 변형된 뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 내의 각각의 뉴클레오시드는 고친화도 변형된 뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z) 내의 1개 이상의 뉴클레오시드는 고친화도 변형된 뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z) 내의 각각의 뉴클레오시드는 고친화도 변형된 뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 내의 1개 이상의 뉴클레오시드는 고친화도 변형된 뉴클레오시드이고, 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z) 내의 1개 이상의 뉴클레오시드는 고친화도 변형된 뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 내의 각각의 뉴클레오시드는 고친화도 변형된 뉴클레오시드이고, 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z) 내의 각각의 뉴클레오시드는 고친화도 변형된 뉴클레오시드이다.
일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X)은 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)과 동일한 고친화도 뉴클레오시드를 포함한다. 예를 들어, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 1개 이상의 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)를 포함할 수 있다. 또 다른 예에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 1개 이상의 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z) 내의 각각의 뉴클레오시드는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z) 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)이다.
일부 실시양태에서, 갭머는 5'-X-Y-Z-3' 구성을 포함하며, 여기서 X 및 Z는 독립적으로 1-7개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개)의 뉴클레오시드 길이이고, Y는 6-10개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9 또는 10개)의 뉴클레오시드 길이이고, 여기서 X 및 Z 내의 각각의 뉴클레오시드는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)이고, Y 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-데옥시리보뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머는 5'-X-Y-Z-3' 구성을 포함하며, 여기서 X 및 Z는 독립적으로 1-7 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7)개의 뉴클레오시드 길이이고, Y는 6-10 (예를 들어, 6, 7, 8, 9 또는 10)개의 뉴클레오시드 길이이고, 여기서 X 및 Z 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)이고, Y 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-데옥시리보뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X)은 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)과 상이한 고친화도 뉴클레오시드를 포함한다. 예를 들어, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X)은 1개 이상의 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)를 포함할 수 있고, 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 1개 이상의 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)를 포함할 수 있다. 또 다른 예에서, 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 1개 이상의 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)를 포함할 수 있고, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X)은 1개 이상의 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 갭머는 5'-X-Y-Z-3' 구성을 포함하며, 여기서 X 및 Z는 독립적으로 1-7 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7)개의 뉴클레오시드 길이이고, Y는 6-10 (예를 들어, 6, 7, 8, 9 또는 10)개의 뉴클레오시드 길이이고, 여기서 X 내의 각각의 뉴클레오시드는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)이고, Z 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)이고, Y 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-데옥시리보뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머는 5'-X-Y-Z-3' 구성을 포함하며, 여기서 X 및 Z는 독립적으로 1-7 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7)개의 뉴클레오시드 길이이고, Y는 6-10 (예를 들어, 6, 7, 8, 9 또는 10)개의 뉴클레오시드 길이이고, 여기서 X 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)이고, Z 내의 각각의 뉴클레오시드는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)이고, Y 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'-데옥시리보뉴클레오시드이다.
일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X)은 1개 이상의 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me) 및 1개 이상의 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z)은 1개 이상의 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me) 및 1개 이상의 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z) 둘 다는 1개 이상의 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me) 및 1개 이상의 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 갭머는 5'-X-Y-Z-3' 구성을 포함하며, 여기서 X 및 Z는 독립적으로 2-7개 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개)의 뉴클레오시드 길이이고, Y는 6-10개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9 또는 10개)의 뉴클레오시드 길이이고, 여기서 X의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7 (가장 5'의 위치는 위치 1임) 중 모두는 아니지만 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5 또는 6)는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)이고, 여기서 X 및 Z 둘 다 내의 나머지 뉴클레오시드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)이고, 여기서 Y 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'데옥시리보뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머는 5'-X-Y-Z-3' 구성을 포함하며, 여기서 X 및 Z는 독립적으로 2-7개 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개)의 뉴클레오시드 길이이고, Y는 6-10개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9 또는 10개)의 뉴클레오시드 길이이고, 여기서 Z의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7 (가장 5'의 위치는 위치 1임) 중 모두는 아니지만 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5 또는 6)는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)이고, 여기서 X 및 Z 둘 다 내의 나머지 뉴클레오시드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)이고, 여기서 Y 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'데옥시리보뉴클레오시드이다. 일부 실시양태에서, 갭머는 5'-X-Y-Z-3' 구성을 포함하며, 여기서 X 및 Z는 독립적으로 2-7개 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개)의 뉴클레오시드 길이이고, Y는 6-10개 (예를 들어, 6, 7, 8, 9 또는 10개)의 뉴클레오시드 길이이고, 여기서 X 내의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7 중 모두는 아니지만 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5 또는 6) 및 Z 내의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7 중 모두는 아니지만 적어도 1개 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5 또는 6) (예를 들어, 가장 5'의 위치는 위치 1임)는 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)이고, 여기서 X 및 Z 둘 다 내의 나머지 뉴클레오시드는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)이고, 여기서 Y 내의 각각의 뉴클레오시드는 2'데옥시리보뉴클레오시드이다.
갭머의 5'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 X) 및/또는 갭머의 3'윙 영역 (5'-X-Y-Z-3' 식에서 Z) 내의 비-비시클릭 2'-변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, 2'-MOE 또는 2'-O-Me)와 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA 또는 cEt)의 혼합을 갖는 갭머 구성의 비제한적 예는 하기를 포함한다: BBB-(D)n-BBBAA; KKK-(D)n-KKKAA; LLL-(D)n-LLLAA; BBB-(D)n-BBBEE; KKK-(D)n-KKKEE; LLL-(D)n-LLLEE; BBB-(D)n-BBBAA; KKK-(D)n-KKKAA; LLL-(D)n-LLLAA; BBB-(D)n-BBBEE; KKK-(D)n-KKKEE; LLL-(D)n-LLLEE; BBB-(D)n-BBBAAA; KKK-(D)n-KKKAAA; LLL-(D)n-LLLAAA; BBB-(D)n-BBBEEE; KKK-(D)n-KKKEEE; LLL-(D)n-LLLEEE; BBB-(D)n-BBBAAA; KKK-(D)n-KKKAAA; LLL-(D)n-LLLAAA; BBB-(D)n-BBBEEE; KKK-(D)n-KKKEEE; LLL-(D)n-LLLEEE; BABA-(D)n-ABAB; KAKA-(D)n-AKAK; LALA-(D)n-ALAL; BEBE-(D)n-EBEB; KEKE-(D)n-EKEK; LELE-(D)n-ELEL; BABA-(D)n-ABAB; KAKA-(D)n-AKAK; LALA-(D)n-ALAL; BEBE-(D)n-EBEB; KEKE-(D)n-EKEK; LELE-(D)n-ELEL; ABAB-(D)n-ABAB; AKAK-(D)n-AKAK; ALAL-(D)n-ALAL; EBEB-(D)n-EBEB; EKEK-(D)n-EKEK; ELEL-(D)n-ELEL; ABAB-(D)n-ABAB; AKAK-(D)n-AKAK; ALAL-(D)n-ALAL; EBEB-(D)n-EBEB; EKEK-(D)n-EKEK; ELEL-(D)n-ELEL; AABB-(D)n-BBAA; BBAA-(D)n-AABB; AAKK-(D)n-KKAA; AALL-(D)n-LLAA; EEBB-(D)n-BBEE; EEKK-(D)n-KKEE; EELL-(D)n-LLEE; AABB-(D)n-BBAA; AAKK-(D)n-KKAA; AALL-(D)n-LLAA; EEBB-(D)n-BBEE; EEKK-(D)n-KKEE; EELL-(D)n-LLEE; BBB-(D)n-BBA; KKK-(D)n-KKA; LLL-(D)n-LLA; BBB-(D)n-BBE; KKK-(D)n-KKE; LLL-(D)n-LLE; BBB-(D)n-BBA; KKK-(D)n-KKA; LLL-(D)n-LLA; BBB-(D)n-BBE; KKK-(D)n-KKE; LLL-(D)n-LLE; BBB-(D)n-BBA; KKK-(D)n-KKA; LLL-(D)n-LLA; BBB-(D)n-BBE; KKK-(D)n-KKE; LLL-(D)n-LLE; ABBB-(D)n-BBBA; AKKK-(D)n-KKKA; ALLL-(D)n-LLLA; EBBB-(D)n-BBBE; EKKK-(D)n-KKKE; ELLL-(D)n-LLLE; ABBB-(D)n-BBBA; AKKK-(D)n-KKKA; ALLL-(D)n-LLLA; EBBB-(D)n-BBBE; EKKK-(D)n-KKKE; ELLL-(D)n-LLLE; ABBB-(D)n-BBBAA; AKKK-(D)n-KKKAA; ALLL-(D)n-LLLAA; EBBB-(D)n-BBBEE; EKKK-(D)n-KKKEE; ELLL-(D)n-LLLEE; ABBB-(D)n-BBBAA; AKKK-(D)n-KKKAA; ALLL-(D)n-LLLAA; EBBB-(D)n-BBBEE; EKKK-(D)n-KKKEE; ELLL-(D)n-LLLEE; AABBB-(D)n-BBB; AAKKK-(D)n-KKK; AALLL-(D)n-LLL; EEBBB-(D)n-BBB; EEKKK-(D)n-KKK; EELLL-(D)n-LLL; AABBB-(D)n-BBB; AAKKK-(D)n-KKK; AALLL-(D)n-LLL; EEBBB-(D)n-BBB; EEKKK-(D)n-KKK; EELLL-(D)n-LLL; AABBB-(D)n-BBBA; AAKKK-(D)n-KKKA; AALLL-(D)n-LLLA; EEBBB-(D)n-BBBE; EEKKK-(D)n-KKKE; EELLL-(D)n-LLLE; AABBB-(D)n-BBBA; AAKKK-(D)n-KKKA; AALLL-(D)n-LLLA; EEBBB-(D)n-BBBE; EEKKK-(D)n-KKKE; EELLL-(D)n-LLLE; ABBAABB-(D)n-BB; AKKAAKK-(D)n-KK; ALLAALLL-(D)n-LL; EBBEEBB-(D)n-BB; EKKEEKK-(D)n-KK; ELLEELL-(D)n-LL; ABBAABB-(D)n-BB; AKKAAKK-(D)n-KK; ALLAALL-(D)n-LL; EBBEEBB-(D)n-BB; EKKEEKK-(D)n-KK; ELLEELL-(D)n-LL; ABBABB-(D)n-BBB; AKKAKK-(D)n-KKK; ALLALLL-(D)n-LLL; EBBEBB-(D)n-BBB; EKKEKK-(D)n-KKK; ELLELL-(D)n-LLL; ABBABB-(D)n-BBB; AKKAKK-(D)n-KKK; ALLALL-(D)n-LLL; EBBEBB-(D)n-BBB; EKKEKK-(D)n-KKK; ELLELL-(D)n-LLL; EEEK-(D)n-EEEEEEEE; EEK-(D)n-EEEEEEEEE; EK-(D)n-EEEEEEEEEE; EK-(D)n-EEEKK; K-(D)n-EEEKEKE; K-(D)n-EEEKEKEE; K-(D)n-EEKEK; EK-(D)n-EEEEKEKE; EK-(D)n-EEEKEK; EEK-(D)n-KEEKE; EK-(D)n-EEKEK; EK-(D)n-KEEK; EEK-(D)n-EEEKEK; EK-(D)n-KEEEKEE; EK-(D)n-EEKEKE; EK-(D)n-EEEKEKE; 및 EK-(D)n-EEEEKEK. "A" 뉴클레오시드는 2'-변형된 뉴클레오시드를 포함하고; "B"는 2'-4' 비시클릭 뉴클레오시드를 나타내고; "K"는 구속성 에틸 뉴클레오시드 (cEt)를 나타내고; "L"은 LNA 뉴클레오시드를 나타내고; "E"는 2'-MOE 변형된 리보뉴클레오시드를 나타내고; "D"는 2'-데옥시리보뉴클레오시드를 나타내고; "n"은 갭 절편 (5'-X-Y-Z-3' 구성에서 Y)의 길이를 나타내고, 1-20의 정수이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 갭머 중 어느 하나는 각각의 X, Y 및 Z 영역에 1개 이상의 변형된 뉴클레오시드 연결 (예를 들어, 포스포로티오에이트 연결)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 갭머 중 어느 하나 내의 각각의 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 실시양태에서, 각각의 X, Y 및 Z 영역은 독립적으로 포스포로티오에이트 연결과 포스포디에스테르 연결의 혼합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 갭 영역 Y 내의 각각의 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이고, 5'윙 영역 X는 포스포로티오에이트 연결과 포스포디에스테르 연결의 혼합을 포함하고, 3'윙 영역 Z는 포스포로티오에이트 연결과 포스포디에스테르 연결의 혼합을 포함한다.
i. 믹스머
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 올리고뉴클레오티드는 믹스머일 수 있거나 또는 믹스머 서열 패턴을 포함할 수 있다. 일반적으로, 믹스머는 자연 및 비-자연 발생 뉴클레오시드 둘 다를 포함하거나 또는 2종의 상이한 유형의 비-자연 발생 뉴클레오시드를 전형적으로 교대 패턴으로 포함하는 올리고뉴클레오티드이다. 믹스머는 일반적으로 비변형된 올리고뉴클레오티드보다 더 높은 결합 친화도를 갖고, 표적 분자에 특이적으로 결합하는 데, 예를 들어 표적 분자 상의 결합 부위를 차단하는 데 사용될 수 있다. 일반적으로, 믹스머는 RNase를 표적 분자로 동원하지 않고, 따라서 표적 분자의 절단을 촉진하지 않는다. RNase H를 동원할 수 없는 이러한 올리고뉴클레오티드는 기재되었으며, 예를 들어 WO2007/112754 또는 WO2007/112753을 참조한다.
일부 실시양태에서, 믹스머는 반복 패턴의 뉴클레오시드 유사체 및 자연 발생 뉴클레오시드, 또는 한 유형의 뉴클레오시드 유사체 및 제2 유형의 뉴클레오시드 유사체를 포함하거나 또는 그로 이루어진다. 그러나, 믹스머는 반복 패턴을 포함할 필요가 없고, 대신에 변형된 뉴클레오시드 및 자연 발생 뉴클레오시드의 임의의 배열 또는 한 유형의 변형된 뉴클레오시드 및 제2 유형의 변형된 뉴클레오시드의 임의의 배열을 포함할 수 있다. 반복 패턴은, 예를 들어 매 두 번째 또는 매 세 번째 뉴클레오시드가 변형된 뉴클레오시드, 예컨대 LNA이고, 나머지 뉴클레오시드는 자연 발생 뉴클레오시드, 예컨대 DNA 또는 2' 치환된 뉴클레오시드 유사체, 예컨대 2' MOE 또는 2' 플루오로 유사체 또는 본원에 기재된 임의의 다른 변형된 뉴클레오시드일 수 있다. 변형된 뉴클레오시드, 예컨대 LNA 단위의 반복 패턴은 고정된 위치, 예를 들어 5' 또는 3' 말단에서 변형된 뉴클레오시드와 조합될 수 있는 것으로 인식된다.
일부 실시양태에서, 믹스머는 5개 초과, 4개 초과, 3개 초과 또는 2개 초과의 연속 자연 발생 뉴클레오시드, 예컨대 DNA 뉴클레오시드의 영역을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 믹스머는 적어도 2개의 연속 변형된 뉴클레오시드, 예컨대 적어도 2개의 연속 LNA로 이루어진 영역을 적어도 포함한다. 일부 실시양태에서, 믹스머는 적어도 3개의 연속 변형된 뉴클레오시드 단위, 예컨대 적어도 3개의 연속 LNA로 이루어진 영역을 적어도 포함한다.
일부 실시양태에서, 믹스머는 7개 초과, 6개 초과, 5개 초과, 4개 초과, 3개 초과 또는 2개 초과의 연속 뉴클레오시드 유사체, 예컨대 LNA의 영역을 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, LNA 단위는 다른 뉴클레오시드 유사체, 예컨대 본원에 언급된 것으로 대체될 수 있다.
믹스머는 친화도 증진 변형된 뉴클레오시드, 예컨대 비제한적 예에서 LNA 뉴클레오시드 및 2'-O-Me 뉴클레오시드의 혼합물을 포함하도록 설계될 수 있다. 일부 실시양태에서, 믹스머는 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5개 또는 그 초과의 뉴클레오시드 사이에 변형된 뉴클레오시드간 연결 (예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결 또는 다른 연결)을 포함한다.
믹스머는 임의의 적합한 방법을 사용하여 제조될 수 있다. 믹스머의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허, 미국 특허 공개 및 PCT 공개는 미국 특허 공개 번호 US20060128646, US20090209748, US20090298916, US20110077288 및 US20120322851, 및 미국 특허 번호 7687617을 포함한다.
일부 실시양태에서, 믹스머는 1개 이상의 모르폴리노 뉴클레오시드를 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 믹스머는 1개 이상의 다른 뉴클레오시드 (예를 들어, DNA, RNA 뉴클레오시드) 또는 변형된 뉴클레오시드 (예를 들어, LNA, 2'-O-Me 뉴클레오시드)와 혼합된 (예를 들어, 교대 방식으로 혼합된) 모르폴리노 뉴클레오시드를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 믹스머는, 예를 들어 문헌 [Touznik A., et al., LNA/DNA mixmer-based antisense oligonucleotides correct alternative splicing of the SMN2 gene and restore SMN protein expression in type 1 SMA fibroblasts Scientific Reports, volume 7, Article number: 3672 (2017), Chen S. et al., Synthesis of a Morpholino Nucleic Acid (MNA)-Uridine Phosphoramidite, and Exon Skipping Using MNA/2'-O-Methyl Mixmer Antisense Oligonucleotide, Molecules 2016, 21, 1582] (이들 각각의 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 보고된 바와 같이, 스플라이스 교정 또는 엑손 스킵핑에 유용하다.
j. RNA 간섭 (RNAi)
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드는 짧은 간섭 RNA 또는 침묵 RNA로도 공지된 소형 간섭 RNA (siRNA)의 형태일 수 있다. siRNA는 세포 내의 RNA 간섭 (RNAi) 경로를 통한 분해를 위해 핵산 (예를 들어, mRNA)을 표적화하는, 전형적으로 약 20-25개의 염기 쌍 길이의 이중 가닥 RNA 분자의 부류이다. siRNA 분자의 특이성은 분자의 안티센스 가닥이 그의 표적 RNA에 결합하는 것에 의해 결정될 수 있다. 효과적인 siRNA 분자는 인터페론 반응을 통한 세포 내의 비-특이적 RNA 간섭 경로의 촉발을 방지하기 위해 일반적으로 30 내지 35개 미만의 염기 쌍 길이이며, 더 긴 siRNA도 효과적일 수 있다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50개 또는 그 초과의 염기 쌍 길이이다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 8 내지 30개의 염기 쌍 길이, 10 내지 15개의 염기 쌍 길이, 10 내지 20개의 염기 쌍 길이, 15 내지 25개의 염기 쌍 길이, 19 내지 21개의 염기 쌍 길이, 21 내지 23개의 염기 쌍 길이이다.
적절한 표적 RNA 서열의 선택 후에, 표적 서열의 모두 또는 부분에 대해 상보적인 뉴클레오티드 서열, 즉 안티센스 서열을 포함하는 siRNA 분자가 적절한 방법을 사용하여 설계되고 제조될 수 있다 (예를 들어, PCT 공개 번호 WO 2004/016735; 및 미국 특허 공개 번호 2004/0077574 및 2008/0081791 참조). siRNA 분자는 이중 가닥 (즉, 혼성화하여 dsRNA를 형성하는 안티센스 가닥 및 상보적 센스 가닥을 포함하는 dsRNA 분자) 또는 단일 가닥 (즉, 안티센스 가닥만을 포함하는 ssRNA 분자)일 수 있다. siRNA 분자는 자기-상보적 센스 및 안티센스 가닥을 갖는 듀플렉스, 비대칭 듀플렉스, 헤어핀 또는 비대칭 헤어핀 2차 구조를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, siRNA 분자의 안티센스 가닥은 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50개 또는 그 초과의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 8 내지 50개의 뉴클레오티드 길이, 8 내지 40개의 뉴클레오티드 길이, 8 내지 30개의 뉴클레오티드 길이, 10 내지 15개의 뉴클레오티드 길이, 10 내지 20개의 뉴클레오티드 길이, 15 내지 25개의 뉴클레오티드 길이, 19 내지 21개의 뉴클레오티드 길이, 21 내지 23개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, siRNA 분자의 센스 가닥은 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45, 50개 또는 그 초과의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 8 내지 50개의 뉴클레오티드 길이, 8 내지 40개의 뉴클레오티드 길이, 8 내지 30개의 뉴클레오티드 길이, 10 내지 15개의 뉴클레오티드 길이, 10 내지 20개의 뉴클레오티드 길이, 15 내지 25개의 뉴클레오티드 길이, 19 내지 21개의 뉴클레오티드 길이, 21 내지 23개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시양태에서, siRNA 분자는 표적 mRNA 내의 표적 영역에 대한 상보성 영역을 포함하는 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상보성 영역은 표적 mRNA 내의 표적 영역에 대해 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 상보적이다. 일부 실시양태에서, 표적 영역은 표적 mRNA 내의 연속 뉴클레오티드의 영역이다. 일부 실시양태에서, 상보적 뉴클레오티드 서열은 표적 RNA 서열에 특이적으로 혼성화가능하거나 특이적이기 위해 그의 표적의 서열에 대해 100% 상보적일 필요는 없다.
일부 실시양태에서, siRNA 분자는 표적 RNA 서열에 대한 상보성 영역을 포함하는 안티센스 가닥을 포함하고, 상보성 영역은 8 내지 15, 8 내지 30, 8 내지 40 또는 10 내지 50 또는 5 내지 50 또는 5 내지 40개 범위의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 상보성 영역은 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 또는 50개의 뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시양태에서, 상보성 영역은 표적 RNA 서열의 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 적어도 21, 적어도 22, 적어도 23, 적어도 24, 적어도 25개 또는 그 초과의 연속 뉴클레오티드와 상보적이다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 표적 RNA 서열의 연속 뉴클레오티드의 부분과 비교하여 1, 2, 3, 4 또는 5개 이하의 염기 미스매치를 함유하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 15개의 염기에 걸쳐 3개 이하의 미스매치 또는 10개의 염기에 걸쳐 2개 이하의 미스매치를 갖는 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, siRNA 분자는 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드의 표적 RNA 서열에 대해 (예를 들어, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100%) 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하는 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드에 대해 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95% 또는 100% 동일한 뉴클레오티드 서열을 포함하는 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드의 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개, 적어도 21개, 적어도 22개, 적어도 23개, 적어도 24개, 적어도 25개 또는 그 초과의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 안티센스 가닥을 포함한다.
이중 가닥 siRNA는 동일한 길이 또는 상이한 길이인 센스 및 안티센스 RNA 가닥을 포함할 수 있다. 이중 가닥 siRNA 분자는 또한 스템-루프 구조의 단일 올리고뉴클레오티드로부터 조립될 수 있으며, 여기서 siRNA 분자의 자기-상보적 센스 및 안티센스 영역은 핵산 기반 또는 비-핵산-기반 링커(들)에 의해 연결될 뿐만 아니라 2개 이상의 루프 구조 및 자기-상보적 센스 및 안티센스 가닥을 포함하는 스템을 갖는 원형 단일 가닥 RNA로부터 조립될 수 있으며, 여기서 원형 RNA는 생체내 또는 시험관내에서 프로세싱되어 RNAi를 매개할 수 있는 활성 siRNA 분자를 생성할 수 있다. 따라서, 소형 헤어핀 RNA (shRNA) 분자가 또한 본원에서 고려된다. 이들 분자는 전형적으로 스페이서 또는 루프 서열에 의해 분리되어 있는, 역 상보체 (센스) 서열에 추가로 특이적 안티센스 서열을 포함한다. 스페이서 또는 루프의 절단은 단일 가닥 RNA 분자 및 그의 역 상보체를 제공하여, 이들이 어닐링되어 dsRNA 분자를 형성할 수 있다 (임의로 어느 한쪽 또는 양쪽 가닥의 3' 말단 및/또는 (예를 들어, 및) 5' 말단으로부터 1, 2, 3개 또는 그 초과의 뉴클레오티드의 부가 또는 제거를 유발할 수 있는 추가의 프로세싱 단계가 존재함). 스페이서는 안티센스 및 센스 서열이 스페이서의 절단 (및 임의로, 어느 한쪽 또는 양쪽 가닥의 3' 말단 및/또는 (예를 들어, 및) 5' 말단으로부터 1, 2, 3, 4개 또는 그 초과의 뉴클레오티드의 부가 또는 제거를 유발할 수 있는 후속 프로세싱 단계) 전에 어닐링되어 이중 가닥 구조 (또는 스템)를 형성하도록 허용하는 데 충분한 길이일 수 있다. 스페이서 서열은 이중 가닥 핵산으로 어닐링되는 경우 shRNA에 포함되는 2개의 상보적 뉴클레오티드 서열 영역 사이에 위치하는 비관련 뉴클레오티드 서열일 수 있다.
siRNA 분자의 전체 길이는 설계되는 siRNA 분자의 유형에 따라 약 14 내지 약 100개의 뉴클레오티드로 달라질 수 있다. 일반적으로, 이들 뉴클레오티드 중 약 14 내지 약 50개는 RNA 표적 서열에 대해 상보적이며, 즉 siRNA 분자의 특이적 안티센스 서열을 구성한다. 예를 들어, siRNA가 이중- 또는 단일 가닥 siRNA인 경우에, 길이는 약 14 내지 약 50개의 뉴클레오티드로 달라질 수 있는 반면, siRNA가 shRNA 또는 원형 분자인 경우에, 길이는 약 40개의 뉴클레오티드 내지 약 100개의 뉴클레오티드로 달라질 수 있다.
siRNA 분자는 분자의 한쪽 말단에 3' 오버행을 포함할 수 있다. 다른쪽 말단은 평활-말단일 수 있거나 또는 또한 오버행 (5' 또는 3')을 가질 수 있다. siRNA 분자가 분자의 양쪽 말단에 오버행을 포함하는 경우에, 오버행의 길이는 동일하거나 상이할 수 있다. 한 실시양태에서, 본 개시내용의 siRNA 분자는 분자의 양쪽 말단 상에 약 1 내지 약 3개의 뉴클레오티드의 3' 오버행을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 센스 가닥 상에 약 1 내지 약 3개의 뉴클레오티드의 3' 오버행을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 안티센스 가닥 상에 약 1 내지 약 3개의 뉴클레오티드의 3' 오버행을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 센스 가닥 및 안티센스 가닥 둘 다 상에 약 1 내지 약 3개의 뉴클레오티드의 3' 오버행을 포함한다.
일부 실시양태에서, siRNA 분자는 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 또는 그 초과)를 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드 및/또는 (예를 들어, 및) 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 변형된 뉴클레오티드는 변형된 당 모이어티 (예를 들어, 2' 변형된 뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 1개 이상의 2' 변형된 뉴클레오티드, 예를 들어 2'-데옥시, 2'-플루오로 (2'-F), 2'-O-메틸 (2'-O-Me), 2'-O-메톡시에틸 (2'-MOE), 2'-O-아미노프로필 (2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸 (2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필 (2'-O-DMAP), 2'-O-디메틸아미노에틸옥시에틸 (2'-O-DMAEOE) 또는 2'-O--N-메틸아세트아미도 (2'-O--NMA)를 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 각각의 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드 (예를 들어, 2'-변형된 뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 1개 이상의 포스포로디아미데이트 모르폴리노를 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 각각의 뉴클레오티드는 포스포로디아미데이트 모르폴리노이다.
일부 실시양태에서, siRNA 분자는 포스포로티오에이트 또는 다른 변형된 뉴클레오티드간 연결을 함유한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 적어도 2개의 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 모든 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, siRNA 분자는 siRNA 분자의 5' 또는 3' 말단에서의 제1, 제2 및/또는 (예를 들어, 및) 제3 뉴클레오시드간 연결에 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시양태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 인-함유 연결이다. 일부 실시양태에서, 사용될 수 있는 인-함유 연결은 포스포로티오에이트, 키랄 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포트리에스테르, 아미노알킬포스포트리에스테르, 3'알킬렌 포스포네이트 및 키랄 포스포네이트를 포함하는 메틸 및 다른 알킬 포스포네이트, 포스피네이트, 3'-아미노 포스포르아미데이트 및 아미노알킬포스포르아미데이트를 포함하는 포스포르아미데이트, 티오노포스포르아미데이트, 티오노알킬포스포네이트, 티오노알킬포스포트리에스테르, 및 정상 3'-5' 연결을 갖는 보라노포스페이트, 이들의 2'-5' 연결 유사체, 및 뉴클레오시드 단위의 인접한 쌍이 3'-5'에서 5'-3' 또는 2'-5'에서 5'-2'로 연결된 역극성을 갖는 것을 포함하나 이에 제한되지는 않으며; 미국 특허 번호 3,687,808; 4,469,863; 4,476,301; 5,023,243; 5, 177,196; 5,188,897; 5,264,423; 5,276,019; 5,278,302; 5,286,717; 5,321,131; 5,399,676; 5,405,939; 5,453,496; 5,455, 233; 5,466,677; 5,476,925; 5,519,126; 5,536,821; 5,541,306; 5,550,111; 5,563, 253; 5,571,799; 5,587,361; 및 5,625,050을 참조한다.
본원에 기재된 siRNA 분자의 임의의 변형된 화학 또는 포맷은 서로 조합될 수 있다. 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5종 또는 그 초과의 상이한 유형의 변형이 동일한 siRNA 분자 내에 포함될 수 있다.
일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 또는 그 초과)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드 및/또는 (예를 들어, 및) 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 변형된 뉴클레오티드는 변형된 당 모이어티 (예를 들어, 2' 변형된 뉴클레오티드)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 1개 이상의 2' 변형된 뉴클레오티드, 예를 들어 2'-데옥시, 2'-플루오로 (2'-F), 2'-O-메틸 (2'-O-Me), 2'-O-메톡시에틸 (2'-MOE), 2'-O-아미노프로필 (2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸 (2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필 (2'-O-DMAP), 2'-O-디메틸아미노에틸옥시에틸 (2'-O-DMAEOE) 또는 2'-O--N-메틸아세트아미도 (2'-O--NMA)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥의 각각의 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드 (예를 들어, 2'-변형된 뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 1개 이상의 포스포로디아미데이트 모르폴리노를 포함한다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)이다.
일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 포스포로티오에이트 또는 다른 변형된 뉴클레오티드간 연결을 함유한다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 적어도 2개의 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 모든 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 siRNA 분자의 5' 또는 3' 말단에서의 제1, 제2 및/또는 (예를 들어, 및) 제3 뉴클레오시드간 연결에 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 인-함유 연결이다. 일부 실시양태에서, 사용될 수 있는 인-함유 연결은 포스포로티오에이트, 키랄 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포트리에스테르, 아미노알킬포스포트리에스테르, 3'알킬렌 포스포네이트 및 키랄 포스포네이트를 포함하는 메틸 및 다른 알킬 포스포네이트, 포스피네이트, 3'-아미노 포스포르아미데이트 및 아미노알킬포스포르아미데이트를 포함하는 포스포르아미데이트, 티오노포스포르아미데이트, 티오노알킬포스포네이트, 티오노알킬포스포트리에스테르, 및 정상 3'-5' 연결을 갖는 보라노포스페이트, 이들의 2'-5' 연결 유사체, 및 뉴클레오시드 단위의 인접한 쌍이 3'-5'에서 5'-3' 또는 2'-5'에서 5'-2'로 연결된 역극성을 갖는 것을 포함하나 이에 제한되지는 않으며; 미국 특허 번호 3,687,808; 4,469,863; 4,476,301; 5,023,243; 5, 177,196; 5,188,897; 5,264,423; 5,276,019; 5,278,302; 5,286,717; 5,321,131; 5,399,676; 5,405,939; 5,453,496; 5,455, 233; 5,466,677; 5,476,925; 5,519,126; 5,536,821; 5,541,306; 5,550,111; 5,563, 253; 5,571,799; 5,587,361; 및 5,625,050을 참조한다.
본원에 기재된 안티센스 가닥의 임의의 변형된 화학 또는 포맷은 서로 조합될 수 있다. 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5종 또는 그 초과의 상이한 유형의 변형이 동일한 안티센스 가닥 내에 포함될 수 있다.
일부 실시양태에서, 센스 가닥은 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드 (예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 또는 그 초과)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드 및/또는 (예를 들어, 및) 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 변형된 뉴클레오티드는 변형된 당 모이어티 (예를 들어, 2' 변형된 뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 1개 이상의 2' 변형된 뉴클레오티드, 예를 들어 2'-데옥시, 2'-플루오로 (2'-F), 2'-O-메틸 (2'-O-Me), 2'-O-메톡시에틸 (2'-MOE), 2'-O-아미노프로필 (2'-O-AP), 2'-O-디메틸아미노에틸 (2'-O-DMAOE), 2'-O-디메틸아미노프로필 (2'-O-DMAP), 2'-O-디메틸아미노에틸옥시에틸 (2'-O-DMAEOE) 또는 2'-O--N-메틸아세트아미도 (2'-O--NMA)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥의 각각의 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드 (예를 들어, 2'-변형된 뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 1개 이상의 포스포로디아미데이트 모르폴리노를 포함한다. 일부 실시양태에서, 안티센스 가닥은 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)이다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 포스포로티오에이트 또는 다른 변형된 뉴클레오티드간 연결을 함유한다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 적어도 2개의 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 모든 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 센스 가닥의 5' 또는 3' 말단에서의 제1, 제2 및/또는 (예를 들어, 및) 제3 뉴클레오시드간 연결에 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시양태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 인-함유 연결이다. 일부 실시양태에서, 사용될 수 있는 인-함유 연결은 포스포로티오에이트, 키랄 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포트리에스테르, 아미노알킬포스포트리에스테르, 3'알킬렌 포스포네이트 및 키랄 포스포네이트를 포함하는 메틸 및 다른 알킬 포스포네이트, 포스피네이트, 3'-아미노 포스포르아미데이트 및 아미노알킬포스포르아미데이트를 포함하는 포스포르아미데이트, 티오노포스포르아미데이트, 티오노알킬포스포네이트, 티오노알킬포스포트리에스테르, 및 정상 3'-5' 연결을 갖는 보라노포스페이트, 이들의 2'-5' 연결 유사체, 및 뉴클레오시드 단위의 인접한 쌍이 3'-5'에서 5'-3' 또는 2'-5'에서 5'-2'로 연결된 역극성을 갖는 것을 포함하나 이에 제한되지는 않으며; 미국 특허 번호 3,687,808; 4,469,863; 4,476,301; 5,023,243; 5, 177,196; 5,188,897; 5,264,423; 5,276,019; 5,278,302; 5,286,717; 5,321,131; 5,399,676; 5,405,939; 5,453,496; 5,455, 233; 5,466,677; 5,476,925; 5,519,126; 5,536,821; 5,541,306; 5,550,111; 5,563, 253; 5,571,799; 5,587,361; 및 5,625,050을 참조한다.
본원에 기재된 센스 가닥의 임의의 변형된 화학 또는 포맷은 서로 조합될 수 있다. 예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5종 또는 그 초과의 상이한 유형의 변형이 동일한 센스 가닥 내에 포함될 수 있다.
일부 실시양태에서, siRNA 분자의 안티센스 또는 센스 가닥은 RNA-유도 침묵 복합체 (RISC) 로딩을 증진 또는 감소시키는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 안티센스 가닥은 RISC 로딩을 증진시키는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 센스 가닥은 RISC 로딩을 감소시키고 오프-타겟 효과를 감소시키는 변형을 포함한다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 안티센스 가닥은 2'-O-메톡시에틸 (2'-MOE) 변형을 포함한다. 절단 부위에서의 2'-O-메톡시에틸 (2'-MOE) 기의 부가는 문헌 [Song et al., (2017) Mol Ther Nucleic Acids 9:242-250] (그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 변형된 가닥의 배향된 RNA-유도 침묵 복합체 (RISC) 로딩을 용이하게 함으로써 siRNA의 특이성 및 침묵 활성 둘 다를 개선시킨다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 안티센스 가닥은 문헌 [Wu et al., (2014) Nat Commun 5:3459] (그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 2'-OMe-포스포로디티오에이트 변형을 포함하며, 이는 RISC 로딩을 증가시킨다.
일부 실시양태에서, siRNA 분자의 센스 가닥은 문헌 [Kumar et al., (2019) Chem Commun (Camb) 55(35):5139-5142] (그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 5'-모르폴리노를 포함하며, 이는 센스 가닥의 RISC 로딩을 감소시키고, 안티센스 가닥 선택 및 RNAi 활성을 개선시킨다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 센스 가닥은 문헌 [Elman et al., (2005) Nucleic Acids Res. 33(1): 439-447] (그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 합성 RNA-유사 고친화도 뉴클레오티드 유사체인 잠금 핵산 (LNA)으로 변형되며, 이는 센스 가닥의 RISC 로딩을 감소시키고, RISC 내로의 안티센스 가닥 혼입을 추가로 증진시킨다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 센스 가닥은 문헌 [Snead et al., (2013) Mol Ther Nucleic Acids 2(7):e103] (그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 5' 비잠금 핵산 (UNA) 변형을 포함하며, 이는 센스 가닥의 RISC 로딩을 감소시키고, 안티센스 가닥의 침묵 효력을 개선시킨다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 센스 가닥은 문헌 [Zhang et al., (2012) Chembiochem 13(13):1940-1945] (그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 5-니트로인돌 변형을 포함하며, 이는 센스 가닥의 RNAi 효력을 감소시키고, 오프-타겟 효과를 감소시킨다. 일부 실시양태에서, 센스 가닥은 문헌 [Zheng et al., FASEB (2013) 27(10): 4017-4026] (그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 2'-O'메틸 (2'-O-Me) 변형을 포함하며, 이는 센스 가닥의 RISC 로딩 및 오프-타겟 효과를 감소시킨다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 센스 가닥은 문헌 [Kole et al., (2012) Nature reviews. Drug Discovery 11(2):125-140] (그 전문이 본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같이, 모르폴리노, 2'-MOE 또는 2'-O-Me 잔기로 완전히 치환되고, RISC에 의해 인식되지 않는다. 일부 실시양태에서, siRNA 분자의 안티센스 가닥은 2'-MOE 변형을 포함하고, 센스 가닥은 2'-O-Me 변형을 포함한다 (예를 들어, 문헌 [Song et al., (2017) Mol Ther Nucleic Acids 9:242-250] 참조). 일부 실시양태에서, 적어도 1개 (예를 들어, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 10개)의 siRNA 분자가 근육-표적화제에 (예를 들어, 공유) 연결된다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 핵산 (예를 들어, DNA 또는 RNA), 펩티드 (예를 들어, 항체), 지질 (예를 들어, 미세소포) 또는 당 모이어티 (예를 들어, 폴리사카라이드)를 포함하거나 또는 그로 이루어질 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 항체이다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 항-트랜스페린 수용체 항체 (예를 들어, 본원에 제공된 항-TfR 항체 중 어느 하나)이다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 siRNA 분자의 센스 가닥의 5' 말단에 연결될 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 siRNA 분자의 센스 가닥의 3' 말단에 연결될 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 siRNA 분자의 센스 가닥에 내부적으로 연결될 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 siRNA 분자의 안티센스 가닥의 5' 말단에 연결될 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 siRNA 분자의 안티센스 가닥의 3' 말단에 연결될 수 있다. 일부 실시양태에서, 근육-표적화제는 siRNA 분자의 안티센스 가닥에 내부적으로 연결될 수 있다.
k. 마이크로RNA (miRNA)
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 마이크로RNA (miRNA)일 수 있다. 마이크로RNA ("miRNA"로 지칭됨)는 표적 RNA 전사체 상의 상보적 부위에 결합함으로써 유전자 발현을 제어하는 조절 분자의 부류에 속하는 소형 비-코딩 RNA이다. 전형적으로, miRNA는 대형 RNA 전구체 (pri-miRNA로 명명됨)로부터 생성되며, 이들은 핵에서 대략 70개의 뉴클레오티드의 pre-miRNA로 프로세싱되어 불완전한 스템-루프 구조로 폴딩된다. 이들 pre-miRNA는 전형적으로 세포질 내에서 RNase III 효소인 다이서에 의해 pre-miRNA 헤어핀의 한 측면으로부터 18-25개의 뉴클레오티드 길이의 성숙 miRNA가 절제되는 추가의 프로세싱 단계를 겪는다.
본원에 사용된 바와 같이, miRNA는 pri-miRNA, pre-miRNA, 성숙 miRNA 또는 성숙 miRNA의 생물학적 활성을 보유하는 그의 단편 또는 변이체를 포함한다. 한 실시양태에서, miRNA의 크기 범위는 21개의 뉴클레오티드 내지 170개의 뉴클레오티드일 수 있다. 한 실시양태에서, miRNA의 크기 범위는 70 내지 170개의 뉴클레오티드 길이이다. 또 다른 실시양태에서, 21 내지 25개의 뉴클레오티드 길이의 성숙 miRNA가 사용될 수 있다.
l. 압타머
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드는 압타머의 형태일 수 있다. 일반적으로, 분자 페이로드와 관련하여, 압타머는 세포 내의 표적, 예컨대 소분자, 단백질, 핵산에 특이적으로 결합하는 임의의 핵산이다. 일부 실시양태에서, 압타머는 DNA 압타머 또는 RNA 압타머이다. 일부 실시양태에서, 핵산 압타머는 단일 가닥 DNA 또는 RNA (ssDNA 또는 ssRNA)이다. 단일 가닥 핵산 압타머는 나선 및/또는 (예를 들어, 및) 루프 구조를 형성할 수 있는 것으로 이해될 것이다. 핵산 압타머를 형성하는 핵산은 자연 발생 뉴클레오티드, 변형된 뉴클레오티드, 탄화수소 링커 (예를 들어, 알킬렌) 또는 폴리에테르 링커 (예를 들어, PEG 링커)가 1개 이상의 뉴클레오티드 사이에 삽입된 자연 발생 뉴클레오티드, 탄화수소 또는 PEG 링커가 1개 이상의 뉴클레오티드 사이에 삽입된 변형된 뉴클레오티드, 또는 그의 조합을 포함할 수 있다. 압타머 및 압타머의 제조 방법을 기재하는 예시적인 공개 및 특허는, 예를 들어 문헌 [Lorsch and Szostak, 1996; Jayasena, 1999]; 미국 특허 번호 5,270,163; 5,567,588; 5,650,275; 5,670,637; 5,683,867; 5,696,249; 5,789,157; 5,843,653; 5,864,026; 5,989,823; 6,569,630; 8,318,438 및 PCT 출원 WO 99/31275를 포함하며, 이들 각각은 본원에 참조로 포함된다.
m. 리보자임
일부 실시양태에서, 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드는 리보자임의 형태일 수 있다. 리보자임 (리보핵산 효소)은 단백질 효소의 작용과 유사한 특이적 생화학적 반응을 수행할 수 있는 분자, 전형적으로 RNA 분자이다. 리보자임은 이들이 혼성화된 RNA 분자 내의 특정 포스포디에스테르 연결에서 절단 능력을 포함한 촉매 활성을 갖는 분자, 예컨대 mRNA, RNA-함유 기질, lncRNA 및 리보자임 그 자체이다.
리보자임은 여러 물리적 구조 중 하나를 취할 수 있으며, 이 중 하나는 "해머헤드"로 불린다. 해머헤드 리보자임은 9개의 보존된 염기를 함유하는 촉매 코어, 이중 가닥 스템 및 루프 구조 (스템-루프 II), 및 촉매 코어의 표적 RNA 플랭킹 영역에 대해 상보적인 2개의 영역으로 구성된다. 플랭킹 영역은 리보자임이 이중 가닥 스템 I 및 III을 형성함으로써 특이적으로 표적 RNA에 결합할 수 있게 한다. 절단은 3',5'-포스페이트 디에스테르로부터 2',3'-시클릭 포스페이트 디에스테르로의 에스테르교환 반응에 의해 특이적 리보뉴클레오티드 삼중체 옆에 시스로 일어나거나 (즉, 해머헤드 모티프를 함유하는 동일한 RNA 분자의 절단) 또는 트랜스로 일어난다 (리보자임을 함유하는 것 이외의 RNA 기질의 절단). 이론에 얽매이는 것을 원하지는 않지만, 이러한 촉매 활성은 리보자임의 촉매 영역에 고도로 보존된 특이적 서열의 존재를 요구하는 것으로 여겨진다.
리보자임 구조에서의 변형은 또한 분자의 다양한 비-코어 부분의 비-뉴클레오티드 분자로의 치환 또는 대체를 포함하였다. 예를 들어, 문헌 [Benseler et al. (J. Am. Chem. Soc. (1993) 115:8483-8484)]에는 스템 II의 염기 쌍 중 2개 및 루프 II의 뉴클레오티드 중 4개 모두가 헥사에틸렌 글리콜, 프로판디올, 비스(트리에틸렌 글리콜)포스페이트, 트리스(프로판디올)비스포스페이트 또는 비스(프로판디올)포스페이트 기반 비-뉴클레오시드 링커로 대체된 해머헤드-유사 분자가 개시되었다. 문헌 [Ma et al. (Biochem. (1993) 32:1751-1758; Nucleic Acids Res. (1993) 21:2585-2589)]에서는 TAR 리보자임 헤어핀의 6개의 뉴클레오티드 루프를 비-뉴클레오티드인 에틸렌 글리콜-관련 링커로 대체하였다. 문헌 [Thomson et al. (Nucleic Acids Res. (1993) 21:5600-5603)]에서는 루프 II를 13, 17 및 19개 원자 길이의 선형 비-뉴클레오티드 링커로 대체하였다.
리보자임 올리고뉴클레오티드는 널리 공지된 방법 (예를 들어, PCT 공개 WO9118624; WO9413688; WO9201806; 및 WO 92/07065; 및 미국 특허 5436143 및 5650502 참조)을 사용하여 제조될 수 있거나 또는 상업적 공급원 (예를 들어, 유에스 바이오케미칼스(US Biochemicals))으로부터 구입될 수 있고, 원하는 경우에, 세포에서 뉴클레아제에 의한 분해에 대한 올리고뉴클레오티드의 저항성을 증가시키는 뉴클레오티드 유사체를 혼입시킬 수 있다. 리보자임은 임의의 공지된 방식으로, 예를 들어 상업적으로 입수가능한 합성기를 사용하여, 예를 들어 어플라이드 바이오시스템즈, 인크.(Applied Biosystems, Inc.) 또는 밀리겐(Milligen)에 의해 생산된 합성기를 사용하여 합성될 수 있다. 리보자임은 또한 통상적인 수단에 의해 재조합 벡터에서 생산될 수 있다. 문헌 [Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory (Current edition)]을 참조한다. 리보자임 RNA 서열은 통상적으로, 예를 들어 RNA 폴리머라제, 예컨대 T7 또는 SP6을 사용하여 합성될 수 있다.
n. 가이드 핵산
일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 가이드 핵산, 예를 들어 가이드 RNA (gRNA) 분자이다. 일반적으로, 가이드 RNA는 (1) 핵산 프로그램가능한 DNA 결합 단백질 (napDNAbp), 예컨대 Cas9에 결합하는 스캐폴드 서열, 및 (2) gRNA가 결합하는 DNA 표적 서열 (예를 들어, 게놈 DNA 표적)을 정의하여 핵산 프로그램가능한 DNA 결합 단백질을 이러한 DNA 표적 서열에 근접하게 가져오는 뉴클레오티드 스페이서 부분으로 구성된 짧은 합성 RNA이다. 일부 실시양태에서, napDNAbp는 핵산-프로그램가능한 단백질을 표적 DNA 서열 (예를 들어, 표적 게놈 DNA 서열)에 표적화하는 1개 이상의 RNA(들)와 복합체를 형성하는 (예를 들어, 그와 결합하거나 회합하는) 핵산-프로그램가능한 단백질이다. 일부 실시양태에서, 핵산-프로그램가능한 뉴클레아제는, RNA와의 복합체로 존재하는 경우에, 뉴클레아제:RNA 복합체로 지칭될 수 있다. 가이드 RNA는 2개 이상의 RNA의 복합체로서 또는 단일 RNA 분자로서 존재할 수 있다.
단일 RNA 분자로서 존재하는 가이드 RNA (gRNA)는 단일-가이드 RNA (sgRNA)로 지칭될 수 있으며, gRNA는 또한 단일 분자로서 또는 2개 이상의 분자의 복합체로서 존재하는 가이드 RNA를 지칭하는 것으로 사용된다. 전형적으로, 단일 RNA 종으로서 존재하는 gRNA는 다음 2개의 도메인: (1) 표적 핵산에 대한 상동성을 공유하는 (즉, 표적에 대한 Cas9 복합체의 결합을 지시하는) 도메인; 및 (2) Cas9 단백질에 결합하는 도메인을 포함한다. 일부 실시양태에서, 도메인 (2)는 tracrRNA로 공지된 서열에 상응하며, 스템-루프 구조를 포함한다. 일부 실시양태에서, 도메인 (2)는 문헌 [Jinek et al., Science 337:816-821 (2012)] (이의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨)에 제공된 바와 같은 tracrRNA와 동일하거나 상동이다.
일부 실시양태에서, gRNA는 도메인 (1) 및 (2) 중 2개 이상을 포함하며, 연장된 gRNA로 지칭될 수 있다. 예를 들어, 연장된 gRNA는 본원에 기재된 바와 같이 2개 이상의 Cas9 단백질에 결합하고, 2개 이상의 별개의 영역에서 표적 핵산에 결합할 것이다. gRNA는 표적 부위에 대해 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하며, 이는 상기 표적 부위에 대한 뉴클레아제/RNA 복합체의 결합을 매개하여, 뉴클레아제:RNA 복합체의 서열 특이성을 제공한다. 일부 실시양태에서, RNA-프로그램가능한 뉴클레아제는 (CRISPR-연관 시스템) Cas9 엔도뉴클레아제, 예를 들어 스트렙토코쿠스 피오게네스(Streptococcus pyogenes)로부터의 Cas9 (Csn1)이다 (예를 들어, 문헌 ["Complete genome sequence of an M1 strain of Streptococcus pyogenes." Ferretti J.J., McShan W.M., Ajdic D.J., Savic D.J., Savic G., Lyon K., Primeaux C., Sezate S., Suvorov A.N., Kenton S., Lai H.S., Lin S.P., Qian Y., Jia H.G., Najar F.Z., Ren Q., Zhu H., Song L., White J., Yuan X., Clifton S.W., Roe B.A., McLaughlin R.E., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98:4658-4663 (2001); "CRISPR RNA maturation by trans-encoded small RNA and host factor RNase III." Deltcheva E., Chylinski K., Sharma C.M., Gonzales K., Chao Y., Pirzada Z.A., Eckert M.R., Vogel J., Charpentier E., Nature 471:602-607 (2011); 및 "A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity." Jinek M., Chylinski K., Fonfara I., Hauer M., Doudna J.A., Charpentier E. Science 337:816-821 (2012)] 참조, 이들 문헌 각각의 전체 내용은 본원에 참조로 포함됨).
o. 다량체
일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 링커에 의해 연결된 2개 이상의 올리고뉴클레오티드의 다량체 (예를 들어, 콘카테머)를 포함할 수 있다. 이러한 방식으로, 일부 실시양태에서, 복합체의 올리고뉴클레오티드 로딩은 표적화제 상의 이용가능한 연결 부위 (예를 들어, 항체 상의 이용가능한 티올 부위)를 넘어 증가되거나 또는 달리 특정한 페이로드 로딩 함량을 달성하도록 조정될 수 있다. 다량체 내의 올리고뉴클레오티드는 동일하거나 상이할 수 있다 (예를 들어, 상이한 유전자 또는 동일한 유전자 상의 상이한 부위 또는 그의 생성물을 표적화함).
일부 실시양태에서, 다량체는 절단가능한 링커에 의해 함께 연결된 2개 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 그러나, 일부 실시양태에서, 다량체는 비-절단가능한 링커에 의해 함께 연결된 2개 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 다량체는 함께 연결된 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 또는 그 초과의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 다량체는 함께 연결된 2 내지 5, 2 내지 10 또는 4 내지 20개의 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 다량체는 말단-대-말단 (선형 배열로) 연결된 2개 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 다량체는 올리고뉴클레오티드 기반 링커 (예를 들어, 폴리-dT 링커, 무염기성 링커)를 통해 말단-대-말단 연결된 2개 이상의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 다량체는 한 올리고뉴클레오티드의 5' 말단이 또 다른 올리고뉴클레오티드의 3' 말단에 연결된 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 다량체는 한 올리고뉴클레오티드의 3' 말단이 또 다른 올리고뉴클레오티드의 3' 말단에 연결된 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 다량체는 한 올리고뉴클레오티드의 5' 말단이 또 다른 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 연결된 것을 포함한다. 또한, 일부 실시양태에서, 다량체는 분지화 링커에 의해 함께 연결된 다수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 분지형 구조를 포함할 수 있다.
본원에 제공된 복합체에 사용될 수 있는 다량체의 추가의 예는, 예를 들어 2015년 11월 5일에 공개된 미국 특허 출원 번호 2015/0315588 A1 (발명의 명칭: Methods of delivering multiple targeting oligonucleotides to a cell using cleavable linkers); 2015년 9월 3일에 공개된 미국 특허 출원 번호 2015/0247141 A1 (발명의 명칭: Multimeric Oligonucleotide Compounds); 2011년 6월 30일에 공개된 미국 특허 출원 번호 US 2011/0158937 A1 (발명의 명칭: Immunostimulatory Oligonucleotide Multimers); 및 1997년 12월 2일에 허여된 미국 특허 번호 5,693,773 (발명의 명칭: Triplex-Forming Antisense Oligonucleotides Having Abasic Linkers Targeting Nucleic Acids Comprising Mixed Sequences Of Purines And Pyrimidines)에 개시되어 있으며, 이들 각각의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
ii. 소분자:
임의의 적합한 소분자가 본원에 기재된 바와 같은 분자 페이로드로서 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 소분자는 DMD 돌연변이 서열의 엑손 스킵핑을 증진시킨다. 일부 실시양태에서, 소분자는 2014년 3월 20일에 공개된 미국 특허 출원 공개 US20140080896A1 (발명의 명칭: "IDENTIFICATION OF SMALL MOLECULES THAT FACILITATE THERAPEUTIC EXON SKIPPING")에 기재된 바와 같다. 소분자 페이로드의 추가의 예는 2018년 5월 29일에 허여된 미국 특허 번호 9,982,260 (발명의 명칭: "Identification of structurally similar small molecules that enhance therapeutic exon skipping")에 제공되어 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 소분자는 엑손 스킵핑의 인핸서, 예컨대 페르페나진, 플루펜틱솔, 주클로펜틱솔 또는 코리난틴이다. 일부 실시양태에서, 엑손 스킵핑의 소분자 인핸서는 리아노딘 수용체 또는 칼모듈린을 억제한다. 일부 실시양태에서, 소분자는 H-Ras 경로 억제제, 예컨대 마누마이신 A이다. 일부 실시양태에서, 소분자는 정지 코돈의 억제자이고, 리보솜을 조기 정지 코돈에 대해 탈감작시킨다. 일부 실시양태에서, 소분자는 문헌 [McElroy S.P. et al. "A Lack of Premature Termination Codon Read Through Efficacy of PTC124 (Ataluren) in a Diverse Array of Reporter Assays." PLOS Biology, published June 25, 2013]에 기재된 바와 같은 아탈루렌이다. 일부 실시양태에서, 소분자는, 예를 들어 문헌 [Manzur, A.Y. et al. "Glucocorticoid corticosteroids for Duchenne muscular dystrophy". Cochrane Database Syst Rev. 2004;(2):CD003725]에 기재된 바와 같은 코르티코스테로이드이다. 일부 실시양태에서, 소분자는 디스트로핀의 기능을 대체할 수 있는 유전자, 예컨대 유트로핀의 발현 및/또는 (예를 들어, 및) 활성을 상향조절한다. 일부 실시양태에서, 유트로핀 조정제는 2007년 8월 16일에 공개된 국제 공개 번호 WO2007091106 (발명의 명칭: "TREATMENT OF DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY") 및/또는 (예를 들어, 및) 2017년 10월 5일에 공개된 국제 공개 번호 WO/2017/168151 (발명의 명칭: "COMPOSITION FOR THE TREATMENT OF DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY")에 기재된 바와 같다.
iii. 펩티드/단백질
임의의 적합한 펩티드 또는 단백질이 본원에 기재된 바와 같은 분자 페이로드로서 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 단백질은 효소이다. 일부 실시양태에서, 펩티드 또는 단백질은 여러 방법론, 예를 들어 파지 디스플레이된 펩티드 라이브러리, 1-비드 1-화합물 펩티드 라이브러리 또는 위치 스캐닝 합성 펩티드 조합 라이브러리를 사용하여 생산, 합성 및/또는 (예를 들어, 및) 유도체화될 수 있다. 예시적인 방법론은 관련 기술분야에서 특징화되었으며, 참조로 포함된다 (Gray, B.P. and Brown, K.C. "Combinatorial Peptide Libraries: Mining for Cell-Binding Peptides" Chem Rev. 2014, 114:2, 1020-1081.; Samoylova, T.I. and Smith, B.F. "Elucidation of muscle-binding peptides by phage display screening." Muscle Nerve, 1999, 22:4. 460-6.).
일부 실시양태에서, 펩티드는 돌연변이된 DMD 대립유전자로부터 발현된 mRNA에서의 엑손 스킵핑을 용이하게 할 수 있다. 일부 실시양태에서, 펩티드는 기능적 디스트로핀의 발현 및/또는 (예를 들어, 및) 디스트로핀 대신 기능할 수 있는 단백질의 발현을 촉진할 수 있다. 일부 실시양태에서, 페이로드는 디스트로핀의 기능적 단편인 단백질, 예를 들어 기능적 디스트로핀 단백질의 아미노산 절편이다.
일부 실시양태에서, 펩티드 또는 단백질은 적어도 1개의 아연 핑거를 포함한다.
일부 실시양태에서, 펩티드 또는 단백질은 약 2-25개의 아미노산, 약 2-20개의 아미노산, 약 2-15개의 아미노산, 약 2-10개의 아미노산 또는 약 2-5개의 아미노산을 포함할 수 있다. 펩티드 또는 단백질은 자연 발생 아미노산, 예를 들어 시스테인, 알라닌, 또는 비-자연 발생 또는 변형된 아미노산을 포함할 수 있다. 비-자연 발생 아미노산은 β-아미노산, 호모-아미노산, 프롤린 유도체, 3-치환된 알라닌 유도체, 선형 코어 아미노산, N-메틸 아미노산 및 관련 기술분야에 공지된 다른 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 펩티드는 선형일 수 있고; 다른 실시양태에서, 펩티드는 시클릭, 예를 들어 비시클릭일 수 있다.
iv. 핵산 구축물
임의의 적합한 유전자 발현 구축물이 본원에 기재된 바와 같은 분자 페이로드로서 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현 구축물은 벡터 또는 cDNA 단편일 수 있다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현 구축물은 메신저 RNA (mRNA)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 사용된 mRNA는, 예를 들어 2014년 4월 24일에 허여된 미국 특허 8,710,200 (발명의 명칭: "Engineered nucleic acids encoding a modified erythropoietin and their expression")에 기재된 바와 같은 변형된 mRNA일 수 있다. 일부 실시양태에서, mRNA는 5' 메틸 캡을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, mRNA는 임의로 160개 이하의 뉴클레오티드 길이의 폴리A 테일을 포함할 수 있다. 유전자 발현 구축물은 디스트로핀 단백질, 디스트로핀 단편, 미니-디스트로핀, 유트로핀 단백질 또는 디스트로핀과 공통 기능을 공유하는 임의의 단백질의 서열을 코딩할 수 있다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현 구축물은 근육 세포의 핵 내에서 발현, 예를 들어 과다발현될 수 있다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현 구축물은 적어도 1개의 아연 핑거를 포함하는 단백질을 코딩한다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현 구축물은 디스트로핀의 발현을 촉진하는 단백질 또는 디스트로핀과 기능을 공유하는 단백질, 예를 들어 유트로핀을 코딩한다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현 구축물은 유전자 편집 효소를 코딩한다. 일부 실시양태에서, 유전자 발현 구축물은 2017년 12월 28일에 공개된 미국 특허 출원 공개 US20170368198A1 (발명의 명칭: "Optimized mini-dystrophin genes and expression cassettes and their use"); 문헌 [Duan D. "Myodys, a full-length dystrophin plasmid vector for Duchenne and Becker muscular dystrophy gene therapy." Curr Opin Mol Ther 2008;10:86-94]에 기재된 바와 같고; 문헌 [Tang, Y. et al., "AAV-directed muscular dystrophy gene therapy" Expert Opin Biol Ther. 2010 Mar;10(3):395-408]에 개시된 발현 카세트이며; 이들 각각의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
C. 링커
본원에 기재된 복합체는 일반적으로 본원에 기재된 항-TfR 항체 중 어느 하나를 분자 페이로드에 연결하는 링커를 포함한다. 링커는 적어도 1개의 공유 결합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 항-TfR 항체를 분자 페이로드에 연결하는 단일 결합, 예를 들어 디술피드 결합 또는 디술피드 가교일 수 있다. 그러나, 일부 실시양태에서, 링커는 본원에 기재된 항-TfR 항체 중 어느 하나를 다중 공유 결합을 통해 분자 페이로드에 연결시킬 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 절단가능한 링커일 수 있다. 그러나, 일부 실시양태에서, 링커는 비-절단가능한 링커일 수 있다. 링커는 일반적으로 시험관내 및 생체내에서 안정하고, 특정 세포 환경에서 안정할 수 있다. 추가적으로, 일반적으로 링커는 항-TfR 항체 또는 분자 페이로드의 기능적 특성에 부정적인 영향을 미치지 않는다. 링커의 합성의 예 및 방법은 관련 기술분야에 공지되어 있다 (예를 들어, 문헌 [Kline, T. et al. "Methods to Make Homogenous Antibody Drug Conjugates." Pharmaceutical Research, 2015, 32:11, 3480-3493.; Jain, N. et al. "Current ADC Linker Chemistry" Pharm Res. 2015, 32:11, 3526-3540.; McCombs, J.R. and Owen, S.C. "Antibody Drug Conjugates: Design and Selection of Linker, Payload and Conjugation Chemistry" AAPS J. 2015, 17:2, 339-351.] 참조).
링커에 대한 전구체는 전형적으로 항-TfR 항체 및 분자 페이로드 둘 다에 대한 부착을 가능하게 하는 2종의 상이한 반응성 종을 함유할 것이다. 일부 실시양태에서, 2종의 상이한 반응성 종은 친핵체 및/또는 (예를 들어, 및) 친전자체일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 항-TfR 항체의 리신 잔기 또는 시스테인 잔기에 대한 접합을 통해 항-TfR 항체에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 말레이미드-함유 링커를 통해 항-TfR 항체의 시스테인 잔기에 연결되며, 여기서 임의로 말레이미드-함유 링커는 말레이미도카프로일 또는 말레이미도메틸 시클로헥산-1-카르복실레이트 기를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커는 3-아릴프로피오니트릴 관능기를 통해 항-TfR 항체 또는 티올 관능화 분자 페이로드의 시스테인 잔기에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 항-TfR 항체의 리신 잔기에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미드 결합, 카르바메이트 결합, 히드라지드, 트리아졸, 티오에테르 또는 디술피드 결합을 통해 항-TfR 항체 및/또는 (예를 들어, 및) 분자 페이로드에 연결된다.
i. 절단가능한 링커
절단가능한 링커는 프로테아제-감수성 링커, pH-감수성 링커 또는 글루타티온-감수성 링커일 수 있다. 이들 링커는 일반적으로 세포내에서만 절단가능하고, 바람직하게는 세포외 환경, 예를 들어 근육 세포에 대한 세포외 환경에서 안정하다.
프로테아제-감수성 링커는 프로테아제 효소적 활성에 의해 절단가능하다. 이들 링커는 전형적으로 펩티드 서열을 포함하고, 2-10개의 아미노산, 약 2-5개의 아미노산, 약 5-10개의 아미노산, 약 10개의 아미노산, 약 5개의 아미노산, 약 3개의 아미노산 또는 약 2개의 아미노산 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 펩티드 서열은 자연 발생 아미노산, 예를 들어 시스테인, 알라닌, 또는 비-자연 발생 또는 변형된 아미노산을 포함할 수 있다. 비-자연 발생 아미노산은 β-아미노산, 호모-아미노산, 프롤린 유도체, 3-치환된 알라닌 유도체, 선형 코어 아미노산, N-메틸 아미노산 및 관련 기술분야에 공지된 다른 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 프로테아제-감수성 링커는 발린-시트룰린 또는 알라닌-시트룰린 디펩티드 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 프로테아제-감수성 링커는 리소솜 프로테아제, 예를 들어 카텝신 B 및/또는 (예를 들어, 및) 엔도솜 프로테아제에 의해 절단될 수 있다.
pH-감수성 링커는 높은 또는 낮은 pH 환경에서 용이하게 분해되는 공유 연결이다. 일부 실시양태에서, pH-감수성 링커는 4 내지 6의 범위의 pH에서 절단될 수 있다. 일부 실시양태에서, pH-감수성 링커는 히드라존 또는 시클릭 아세탈을 포함한다. 일부 실시양태에서, pH-감수성 링커는 엔도솜 또는 리소솜 내에서 절단된다.
일부 실시양태에서, 글루타티온-감수성 링커는 디술피드 모이어티를 포함한다. 일부 실시양태에서, 글루타티온-감수성 링커는 세포 내부의 글루타티온 종과의 디술피드 교환 반응에 의해 절단된다. 일부 실시양태에서, 디술피드 모이어티는 적어도 1개의 아미노산, 예를 들어 시스테인 잔기를 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 링커는 Val-cit 링커이다 (예를 들어, 본원에 참조로 포함된 미국 특허 6,214,345에 기재된 바와 같음). 일부 실시양태에서, 접합 전에, val-cit 링커는 하기 구조를 갖는다:
Figure pct00067
일부 실시양태에서, 접합 후에, val-cit 링커는 하기 구조를 갖는다:
Figure pct00068
일부 실시양태에서, Val-cit 링커는 반응성 화학적 모이어티 (예를 들어, 클릭 화학 접합을 위한 SPAAC)에 부착된다. 일부 실시양태에서, 클릭 화학 접합 전에, 반응성 화학적 모이어티 (예를 들어, 클릭 화학 접합을 위한 SPAAC)에 부착된 val-cit 링커는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00069
여기서 n은 0-10의 임의의 수이다. 일부 실시양태에서, n은 3이다.
일부 실시양태에서, 반응성 화학적 모이어티 (예를 들어, 클릭 화학 접합을 위한 SPAAC)에 부착된 val-cit 링커는 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)에 (예를 들어, 상이한 화학적 모이어티를 통해) 접합된다. 일부 실시양태에서, 반응성 화학적 모이어티 (예를 들어, 클릭 화학 접합을 위한 SPAAC)에 부착되고 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)에 접합된 val-cit 링커는 하기 구조를 갖고 (클릭 화학 접합 전):
Figure pct00070
여기서 n은 0-10의 임의의 수이다. 일부 실시양태에서, n은 3이다.
일부 실시양태에서, 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)에 대한 접합 후에, val-cit 링커는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00071
여기서 n은 0-10의 임의의 수이고, 여기서 m은 0-10의 임의의 수이다. 일부 실시양태에서, n은 3이고, m은 4이다.
ii. 비-절단가능한 링커
일부 실시양태에서, 비-절단가능한 링커가 사용될 수 있다. 일반적으로, 비-절단가능한 링커는 세포 또는 생리학적 환경에서 용이하게 분해될 수 없다. 일부 실시양태에서, 비-절단가능한 링커는 임의로 치환된 알킬 기를 포함하며, 여기서 치환은 할로겐, 히드록실 기, 산소 종 및 다른 통상의 치환을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 임의로 치환된 알킬, 임의로 치환된 알킬렌, 임의로 치환된 아릴렌, 헤테로아릴렌, 적어도 1개의 비-천연 아미노산을 포함하는 펩티드 서열, 말단절단된 글리칸, 효소적으로 분해될 수 없는 당 또는 당들, 아지드, 알킨-아지드, LPXT 서열을 포함하는 펩티드 서열, 티오에테르, 비오틴, 비페닐, 폴리에틸렌 글리콜의 반복 단위 또는 등가 화합물, 산 에스테르, 산 아미드, 술파미드 및/또는 (예를 들어, 및) 알콕시-아민 링커를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 소르타제-매개 라이게이션은 LPXT 서열을 포함하는 항-TfR 항체를 (G)n 서열을 포함하는 분자 페이로드에 공유 연결시키는 데 이용될 것이다 (예를 들어, 문헌 [Proft T. Sortase-mediated protein ligation: an emerging biotechnology tool for protein modification and immobilization. Biotechnol Lett. 2010, 32(1):1-10.] 참조).
일부 실시양태에서, 링커는 치환된 알킬렌, 임의로 치환된 알케닐렌, 임의로 치환된 알키닐렌, 임의로 치환된 시클로알킬렌, 임의로 치환된 시클로알케닐렌, 임의로 치환된 아릴렌, N, O 및 S로부터 선택된 적어도 1개의 헤테로원자를 추가로 포함하는 임의로 치환된 헤테로아릴렌; N, O 및 S로부터 선택된 적어도 1개의 헤테로원자를 추가로 포함하는 임의로 치환된 헤테로시클릴렌; 이미노, 임의로 치환된 질소 종, 임의로 치환된 산소 종 O, 임의로 치환된 황 종, 또는 폴리(알킬렌 옥시드), 예를 들어 폴리에틸렌 옥시드 또는 폴리프로필렌 옥시드를 포함할 수 있다.
iii. 링커 접합
일부 실시양태에서, 링커는 포스페이트, 티오에테르, 에테르, 탄소-탄소, 카르바메이트 또는 아미드 결합을 통해 항-TfR 항체 및/또는 (예를 들어, 및) 분자 페이로드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 포스페이트 또는 포스포로티오에이트 기, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 백본의 말단 포스페이트를 통해 올리고뉴클레오티드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 항-TfR 항체 상에 존재하는 리신 또는 시스테인 잔기를 통해 항-TfR 항체에 연결된다.
일부 실시양태에서, 링커는 아지드와 알킨 사이의 고리화첨가 반응으로 트리아졸을 형성하는 것에 의해 항-TfR 항체 및/또는 (예를 들어, 및) 분자 페이로드에 연결되며, 여기서 아지드 및 알킨은 항-TfR 항체, 분자 페이로드 또는 링커 상에 위치할 수 있다. 일부 실시양태에서, 알킨은 시클릭 알킨, 예를 들어 시클로옥틴일 수 있다. 일부 실시양태에서, 알킨은 비시클로노닌 (비시클로[6.1.0]노닌 또는 BCN으로도 공지됨) 또는 치환된 비시클로노닌일 수 있다. 일부 실시양태에서, 시클로옥탄은 2011년 11월 3일에 공개된 국제 특허 출원 공개 WO2011136645 (발명의 명칭: "Fused Cyclooctyne Compounds And Their Use In Metal-free Click Reactions")에 기재된 바와 같다. 일부 실시양태에서, 아지드는 아지드를 포함하는 당 또는 탄수화물 분자일 수 있다. 일부 실시양태에서, 아지드는 6-아지도-6-데옥시갈락토스 또는 6-아지도-N-아세틸갈락토사민일 수 있다. 일부 실시양태에서, 아지드를 포함하는 당 또는 탄수화물 분자는 2016년 10월 27일에 공개된 국제 특허 출원 공개 WO2016170186 (발명의 명칭: "Process For The Modification Of A Glycoprotein Using A Glycosyltransferase That Is Or Is Derived From A β(1,4)-N-Acetylgalactosaminyltransferase")에 기재된 바와 같다. 일부 실시양태에서, 아지드와 알킨 사이의 고리화첨가 반응으로 트리아졸을 형성하며, 여기서 아지드 및 알킨은 항-TfR 항체, 분자 페이로드 또는 링커 상에 위치할 수 있다는 것은 2014년 5월 1일에 공개된 국제 특허 출원 공개 WO2014065661 (발명의 명칭: "Modified antibody, antibody-conjugate and process for the preparation thereof"); 또는 2016년 10월 27일에 공개된 국제 특허 출원 공개 WO2016170186 (발명의 명칭: "Process For The Modification Of A Glycoprotein Using A Glycosyltransferase That Is Or Is Derived From A β(1,4)-N-Acetylgalactosaminyltransferase")에 기재된 바와 같다.
일부 실시양태에서, 링커는 스페이서, 예를 들어 폴리에틸렌 글리콜 스페이서 또는 아실/카르보모일 술파미드 스페이서, 예를 들어 히드라스페이스(HydraSpace)™ 스페이서를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 스페이서는 문헌 [Verkade, J.M.M. et al., "A Polar Sulfamide Spacer Significantly Enhances the Manufacturability, Stability, and Therapeutic Index of Antibody-Drug Conjugates", Antibodies, 2018, 7, 12]에 기재된 바와 같다.
일부 실시양태에서, 링커는 친디엔체와 디엔/헤테로-디엔 사이의 딜스-알더 반응에 의해 항-TfR 항체 및/또는 (예를 들어, 및) 분자 페이로드에 연결되고, 여기서 친디엔체 및 디엔/헤테로-디엔은 항-TfR 항체, 분자 페이로드 또는 링커 상에 위치할 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 다른 페리시클릭 반응, 예를 들어 엔 반응에 의해 항-TfR 항체 및/또는 (예를 들어, 및) 분자 페이로드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 아미드, 티오아미드 또는 술폰아미드 결합 반응에 의해 항-TfR 항체 및/또는 (예를 들어, 및) 분자 페이로드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 축합 반응에 의해 항-TfR 항체 및/또는 (예를 들어, 및) 분자 페이로드에 연결되어 링커와 항-TfR 항체 및/또는 (예를 들어, 및) 분자 페이로드 사이에 존재하는 옥심, 히드라존 또는 세미카르바지드 기를 형성한다.
일부 실시양태에서, 링커는 친핵체, 예를 들어 아민 또는 히드록실 기, 카르보네이트와 친전자체, 예를 들어 카르복실산 또는 알데히드 사이의 공액 첨가 반응에 의해 항-TfR 항체 및/또는 (예를 들어, 및) 분자 페이로드에 연결된다. 일부 실시양태에서, 친핵체는 링커 상에 존재할 수 있고, 친전자체는 링커와 항-TfR 항체 또는 분자 페이로드 사이의 반응 전 항-TfR 항체 또는 분자 페이로드 상에 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, 친전자체는 링커 상에 존재할 수 있고, 친핵체는 링커와 항-TfR 항체 또는 분자 페이로드 사이의 반응 전 항-TfR 항체 또는 분자 페이로드 상에 존재할 수 있다. 일부 실시양태에서, 친전자체는 아지드, 펜타플루오로페닐, 규소 중심, 카르보닐, 카르복실산, 무수물, 이소시아네이트, 티오이소시아네이트, 숙신이미딜 에스테르, 술포숙신이미딜 에스테르, 말레이미드, 알킬 할라이드, 알킬 슈도할라이드, 에폭시드, 에피술피드, 아지리딘, 아릴, 활성화된 인 중심 및/또는 (예를 들어, 및) 활성화된 황 중심일 수 있다. 일부 실시양태에서, 친핵체는 임의로 치환된 알켄, 임의로 치환된 알킨, 임의로 치환된 아릴, 임의로 치환된 헤테로시클릴, 히드록실 기, 아미노 기, 알킬아미노 기, 아닐리도 기 또는 티올 기일 수 있다.
일부 실시양태에서, 반응성 화학적 모이어티 (예를 들어, 클릭 화학 접합을 위한 SPAAC)에 부착된 val-cit 링커는 하기 구조에 의해 항-TfR 항체에 접합되고:
Figure pct00072
여기서 m은 0-10의 임의의 수이다. 일부 실시양태에서, m은 4이다.
일부 실시양태에서, 반응성 화학적 모이어티 (예를 들어, 클릭 화학 접합을 위한 SPAAC)에 부착된 val-cit 링커는 하기 구조를 갖는 항-TfR 항체에 접합되고:
Figure pct00073
여기서 m은 0-10의 임의의 수이다. 일부 실시양태에서, m은 4이다.
일부 실시양태에서, 반응성 화학적 모이어티 (예를 들어, 클릭 화학 접합을 위한 SPAAC)에 부착되고 항-TfR 항체에 접합된 val-cit 링커는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00074
여기서 n은 0-10의 임의의 수이고, 여기서 m은 0-10의 임의의 수이다. 일부 실시양태에서, n은 3이고/거나 (예를 들어, 이고) m은 4이다.
일부 실시양태에서, 항-TfR 항체와 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)를 공유 연결하는 데 사용되는 val-cit 링커는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00075
여기서 n은 3이고, m은 4이다.
일부 실시양태에서, 항체와 분자 페이로드를 연결하는 val-cit 링커는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00076
여기서 n은 0-10의 임의의 수이고, 여기서 m은 0-10의 임의의 수이다. 일부 실시양태에서, n은 3이고/거나 (예를 들어, 이고) m은 4이다. 일부 실시양태에서, n은 3이고/거나 (예를 들어, 이고) m은 4이다. 일부 실시양태에서, X는 항체의 NH (예를 들어, 리신의 아민 기로부터의 NH), S (예를 들어, 시스테인의 티올 기로부터의 S) 또는 O (예를 들어, 세린, 트레오닌 또는 티로신의 히드록실 기로부터의 O)이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00077
여기서 n은 0-10의 임의의 수이고, 여기서 m은 0-10의 임의의 수이다. 일부 실시양태에서, n은 3이고/거나 (예를 들어, 이고) m은 4이다.
구조식 (A), (B), (C) 및 (D)에서, L1은, 일부 실시양태에서, 치환 또는 비치환된 지방족, 치환 또는 비치환된 헤테로지방족, 치환 또는 비치환된 카르보시클릴렌, 치환 또는 비치환된 헤테로시클릴렌, 치환 또는 비치환된 아릴렌, 치환 또는 비치환된 헤테로아릴렌, -O-, -N(RA)-, -S-, -C(=O)-, -C(=O)O-, -C(=O)NRA-, -NRAC(=O)-, -NRAC(=O)RA-, -C(=O)RA-, -NRAC(=O)O-, -NRAC(=O)N(RA)-, -OC(=O)-, -OC(=O)O-, -OC(=O)N(RA)-, -S(O)2NRA-, -NRAS(O)2- 또는 그의 조합인 스페이서이다. 일부 실시양태에서, L1은 하기이고:
Figure pct00078
여기서 피페라진 모이어티는 올리고뉴클레오티드에 연결되고, 여기서 L2는
Figure pct00079
이다.
일부 실시양태에서, L1은 하기이고:
Figure pct00080
,
여기서 피페라진 모이어티는 올리고뉴클레오티드에 연결된다.
일부 실시양태에서, L1은
Figure pct00081
이다.
일부 실시양태에서, L1은 올리고뉴클레오티드의 5' 포스페이트에 연결된다.
일부 실시양태에서, L1은 임의적이다 (예를 들어, 반드시 존재할 필요는 없음).
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체 중 어느 하나는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00082
여기서 n은 0-15 (예를 들어, 3)이고, m은 0-15 (예를 들어, 4)이다.
C. 항체-분자 페이로드 복합체의 예
본원에 기재된 임의의 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)에 공유 연결된 본원에 기재된 어느 하나의 항-TfR 항체를 포함하는 복합체의 비제한적 예가 본원에 추가로 제공된다. 일부 실시양태에서, 항-TfR 항체 (예를 들어, 표 2에 제공된 항-TfR 항체 중 어느 하나)는 링커를 통해 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)에 공유 연결된다. 본원에 기재된 임의의 링커가 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드가 올리고뉴클레오티드인 경우에, 링커는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단, 3' 말단 또는 내부에 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 항-TfR 항체에 티올-반응성 연결을 통해 (예를 들어, 항-TfR 항체 내의 시스테인을 통해) 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커 (예를 들어, Val-cit 링커)는 항체 (예를 들어, 본원에 기재된 항-TfR 항체)에 아민 기를 통해 (예를 들어, 항체 내의 리신을 통해) 연결된다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드)이다.
Val-cit 링커를 통해 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하는 복합체의 구조의 예가 하기에 제공된다:
Figure pct00083
여기서 링커는 항체에 티올-반응성 연결을 통해 (예를 들어, 항체 내의 시스테인을 통해) 연결된다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드)이다.
Val-cit 링커를 통해 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하는 복합체의 구조의 또 다른 예가 하기에 제공된다:
Figure pct00084
여기서 n은 0-10의 수이고, 여기서 m은 0-10의 수이고, 여기서 링커는 항체에 아민 기를 통해 (예를 들어, 리신 잔기 상에서) 연결되고/거나 (예를 들어, 연결되고), 여기서 링커는 올리고뉴클레오티드에 (예를 들어, 5' 말단, 3' 말단 또는 내부에) 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커는 항체에 리신을 통해 연결되고, 링커는 올리고뉴클레오티드에 5' 말단에서 연결되고, n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 올리고뉴클레오티드이고, 링커는 5' 말단 또는 3' 말단에서 센스 가닥 또는 안티센스 가닥에 연결된다.
항체는 분자 페이로드에, 약물 대 항체 비 (DAR) (여기서 "약물"은 분자 페이로드임)로 지칭될 수 있는 특성인 상이한 화학량론으로 연결될 수 있는 것으로 인지될 것이다. 일부 실시양태에서, 1개의 분자 페이로드가 항체에 연결된다 (DAR = 1). 일부 실시양태에서, 2개의 분자 페이로드가 항체에 연결된다 (DAR = 2). 일부 실시양태에서, 3개의 분자 페이로드가 항체에 연결된다 (DAR = 3). 일부 실시양태에서, 4개의 분자 페이로드가 항체에 연결된다 (DAR = 4). 일부 실시양태에서, 각각 상이한 DAR을 갖는 상이한 복합체의 혼합물이 제공된다. 일부 실시양태에서, 이러한 혼합물 중 복합체의 평균 DAR은 1 내지 3, 1 내지 4, 1 내지 5 또는 그 초과의 범위일 수 있다. DAR은 분자 페이로드를 항체 상의 상이한 부위에 접합시킴으로써 및/또는 (예를 들어, 및) 다량체를 항체 상의 1개 이상의 부위에 접합시킴으로써 증가될 수 있다. 예를 들어, DAR 2는 단일 분자 페이로드를 항체 상의 2개의 상이한 부위에 접합시킴으로써 또는 이량체 분자 페이로드를 항체의 단일 부위에 접합시킴으로써 달성될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 본원에 기재된 항-TfR 항체 (예를 들어, IgG 또는 Fab 형태의 표 2에 제공된 3-A4, 3-M12 및 5-H12 항체)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 링커 (예를 들어, Val-cit 링커)를 통해 분자 페이로드에 공유 연결된 본원에 기재된 항-TfR 항체 (예를 들어, IgG 또는 Fab 형태의 표 2에 제공된 3-A4, 3-M12 및 5-H12 항체)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 링커 (예를 들어, Val-cit 링커)는 항체 (예를 들어, 본원에 기재된 항-TfR 항체)에 티올-반응성 연결을 통해 (예를 들어, 항체 내의 시스테인을 통해) 연결된다. 일부 실시양태에서, 링커 (예를 들어, Val-cit 링커)는 항체 (예를 들어, 본원에 기재된 항-TfR 항체)에 아민 기를 통해 (예를 들어, 항체 내의 리신을 통해) 연결된다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드)이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체의 예 중 어느 하나에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 의해 제공된 표적 서열에 대해 적어도 15개의 연속 뉴클레오티드의 상보성 영역을 포함하는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체의 예 중 어느 하나에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나의 적어도 15개의 연속 뉴클레오티드의 영역을 포함하는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체의 예 중 어느 하나에서, 분자 페이로드는 표 15에 열거된 ESE의 적어도 5개의 연속 뉴클레오티드의 상보성 영역을 포함하는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체의 예 중 어느 하나에서, 분자 페이로드는 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드로부터 선택된 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체의 예 중 어느 하나에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드로부터 선택된 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 표 2에 제시된 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3과 동일한 CDR-H1, CDR-H2 및 CDR-H3; 및 표 2에 제시된 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3과 동일한 CDR-L1, CDR-L2 및 CDR-L3을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 69, 서열식별번호: 71 또는 서열식별번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 73 또는 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 73 또는 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 78의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 77 또는 서열식별번호: 79의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 84, 서열식별번호: 86 또는 서열식별번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 88 또는 서열식별번호: 91의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 88 또는 서열식별번호: 91의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 92 또는 서열식별번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 97, 서열식별번호: 98 또는 서열식별번호: 99의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 100 또는 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 100 또는 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 분자 페이로드에 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 102 또는 서열식별번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00085
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00086
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00087
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 88의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00088
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 88의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00089
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 91의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00090
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 91의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00091
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00092
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00093
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR 항체를 포함하며, 여기서 항-TfR 항체는 서열식별번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00094
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 69의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00095
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 71의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00096
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00097
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00098
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00099
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00100
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00101
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 78의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00102
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 79의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00103
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 VL을 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00104
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00105
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 98의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00106
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 99의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00107
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00108
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00109
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00110
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00111
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00112
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00113
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체는 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 리신을 통해 공유 연결된 항-TfR Fab를 포함하며, 여기서 항-TfR Fab는 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄를 포함하고; 여기서 복합체는 하기 구조를 갖고:
Figure pct00114
여기서 n은 3이고, m은 4이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 DMD 표적화 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드)이다. 일부 실시양태에서, 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 복합체의 예 중 어느 하나에서, L1은 본원에 기재된 스페이서 중 어느 하나이다.
일부 실시양태에서, L1은 하기이고:
Figure pct00115
여기서 피페라진 모이어티는 올리고뉴클레오티드에 연결되고, 여기서 L2는
Figure pct00116
이다.
일부 실시양태에서, L1은 하기이고:
Figure pct00117
,
여기서 피페라진 모이어티는 올리고뉴클레오티드에 연결된다.
일부 실시양태에서, L1은
Figure pct00118
이다.
일부 실시양태에서, L1은 올리고뉴클레오티드의 5' 포스페이트에 연결된다.
일부 실시양태에서, L1은 임의적이다 (예를 들어, 반드시 존재할 필요는 없음).
III. 제제
본원에 제공된 복합체는 임의의 적합한 방식으로 제제화될 수 있다. 일반적으로, 본원에 제공된 복합체는 제약 용도에 적합한 방식으로 제제화된다. 예를 들어, 복합체는 분해를 최소화하거나, 전달 및/또는 (예를 들어, 및) 흡수를 용이하게 하거나, 또는 제제 내의 복합체에 또 다른 유익한 특성을 제공하는 제제를 사용하여 대상체에게 전달될 수 있다. 일부 실시양태에서, 복합체 및 제약상 허용되는 담체를 포함하는 조성물이 본원에 제공된다. 이러한 조성물은 대상체에게 투여되는 경우에 표적 세포의 바로 옆 환경으로 또는 전신으로, 충분한 양의 복합체가 표적 근육 세포에 진입하도록 적합하게 제제화될 수 있다. 일부 실시양태에서, 복합체는 완충제 용액, 예컨대 포스페이트-완충 염수 용액, 리포솜, 미셀 구조 및 캡시드 중에 제제화된다.
일부 실시양태에서, 조성물은 본원에 제공된 복합체의 1종 이상의 성분 (예를 들어, 근육-표적화제, 링커, 분자 페이로드 또는 이들 중 어느 하나의 전구체 분자)을 개별적으로 포함할 수 있는 것으로 인지될 것이다.
일부 실시양태에서, 복합체는 물 또는 수용액 (예를 들어, pH 조정이 동반된 물) 중에 제제화된다. 일부 실시양태에서, 복합체는 염기성 완충 수용액 (예를 들어, PBS) 중에 제제화된다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 바와 같은 제제는 부형제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 부형제는 조성물에 활성 성분의 개선된 안정성, 개선된 흡수, 개선된 용해도 및/또는 (예를 들어, 및) 치료 증진을 부여한다. 일부 실시양태에서, 부형제는 완충제 (예를 들어, 시트르산나트륨, 인산나트륨, 트리스 염기 또는 수산화나트륨) 또는 비히클 (예를 들어, 완충 용액, 페트롤라툼, 디메틸 술폭시드 또는 미네랄 오일)이다.
일부 실시양태에서, 복합체 또는 그의 성분 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드 또는 항체)은 그의 보관 수명을 연장시키기 위해 동결건조된 다음, 사용 (예를 들어, 대상체에 대한 투여) 전에 용액으로 만들어진다. 따라서, 본원에 기재된 복합체 또는 그의 성분을 포함하는 조성물 중 부형제는 동결건조보호제 (예를 들어, 만니톨, 락토스, 폴리에틸렌 글리콜 또는 폴리비닐 피롤리돈) 또는 붕괴 온도 조절제 (예를 들어, 덱스트란, 피콜 또는 젤라틴)일 수 있다.
일부 실시양태에서, 제약 조성물은 의도된 투여 경로에 적합하도록 제제화된다. 투여 경로의 예는 비경구, 예를 들어 정맥내, 피내, 피하 투여를 포함한다. 전형적으로, 투여 경로는 정맥내 또는 피하이다.
주사가능한 용도에 적합한 제약 조성물은 멸균 수용액 (수용성인 경우) 또는 분산액 및 멸균 주사가능한 용액 또는 분산액의 즉석 제조를 위한 멸균 분말을 포함한다. 담체는, 예를 들어 물, 에탄올, 폴리올 (예를 들어, 글리세롤, 프로필렌 글리콜 및 액체 폴리에틸렌 글리콜 등) 및 그의 적합한 혼합물을 함유하는 용매 또는 분산 매질일 수 있다. 일부 실시양태에서, 제제는 조성물 중에 등장화제, 예를 들어 당, 폴리알콜, 예컨대 만니톨, 소르비톨 및 염화나트륨을 포함한다. 멸균 주사가능한 용액은 필요에 따라 상기 열거된 성분 중 하나 또는 그의 조합과 함께 선택된 용매 중에 요구되는 양의 복합체를 혼입시킨 후 여과 멸균함으로써 제조될 수 있다.
일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 약 0.1% 또는 그 초과의 복합체 또는 그의 성분을 함유할 수 있으며, 활성 성분(들)의 백분율은 총 조성물의 중량 또는 부피의 약 1% 내지 약 80% 또는 그 초과일 수 있다. 용해도, 생체이용률, 생물학적 반감기, 투여 경로, 생성물 보관 수명, 뿐만 아니라 다른 약리학적 고려사항과 같은 인자가 이러한 제약 제제를 제조하는 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 고려될 것이고, 따라서 다양한 투여량 및 치료 요법이 바람직할 수 있다.
IV. 사용 / 치료 방법
본원에 기재된 바와 같은 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체는 디스트로핀병증, 예를 들어 뒤시엔느 근육 이영양증을 갖는 대상체를 치료하는 데 효과적이다. 일부 실시양태에서, 복합체는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 돌연변이된 DMD 대립유전자로부터 발현된 mRNA의 엑손 스킵핑을 용이하게 하는 안티센스 올리고뉴클레오티드인 분자 페이로드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 대상체는 인간 대상체, 비-인간 영장류 대상체, 설치류 대상체 또는 임의의 적합한 포유동물 대상체일 수 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 뒤시엔느 근육 이영양증 또는 다른 디스트로핀병증을 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 돌연변이된 DMD 대립유전자를 가지며, 이는 프레임시프트 돌연변이를 유발하고 부적절한 RNA 스플라이싱/프로세싱을 유도하는 DMD 엑손 내의 적어도 1개의 돌연변이를 임의로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 중증 디스트로핀병증의 증상, 예를 들어 근육 위축 또는 근육 손실을 앓고 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 크레아틴 포스포키나제 (CK)의 혈청 농도의 무증상 증가 및/또는 (예를 들어, 및) 미오글로빈뇨를 동반한 근육 경련을 갖는다. 일부 실시양태에서, 대상체는 진행성 근육 질환, 예컨대 뒤시엔느 또는 베커 근육 이영양증 또는 DMD-연관 확장성 심근병증 (DCM)을 갖는다. 일부 실시양태에서, 대상체는 디스트로핀병증의 증상을 앓고 있지 않다.
본 개시내용의 한 측면은 대상체에게 유효량의 본원에 기재된 바와 같은 복합체를 투여하는 것을 포함하는 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체를 포함하는 제약 조성물의 유효량이 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 바와 같은 복합체를 포함하는 제약 조성물은 정맥내 투여를 포함할 수 있는 적합한 경로에 의해, 예를 들어 볼루스로서 또는 일정 기간에 걸친 연속 주입에 의해 투여될 수 있다. 일부 실시양태에서, 정맥내 투여는 근육내, 복강내, 뇌척수내, 피하, 관절내, 활막내 또는 척수강내 경로에 의해 수행될 수 있다. 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 고체 형태, 수성 형태 또는 액체 형태일 수 있다. 일부 실시양태에서, 수성 또는 액체 형태는 네뷸라이징되거나 동결건조될 수 있다. 일부 실시양태에서, 네뷸라이징 또는 동결건조 형태는 수성 또는 액체 용액으로 재구성될 수 있다.
정맥내 투여를 위한 조성물은 다양한 담체, 예컨대 식물성 오일, 디메틸아세트아미드, 디메틸포름아미드, 에틸 락테이트, 에틸 카르보네이트, 이소프로필 미리스테이트, 에탄올 및 폴리올 (글리세롤, 프로필렌 글리콜, 액체 폴리에틸렌 글리콜 등)을 함유할 수 있다. 정맥내 주사의 경우, 수용성 항체가 점적 방법에 의해 투여될 수 있고, 이에 의해 항체 및 생리학상 허용되는 부형제를 함유하는 제약 제제가 주입된다. 생리학상 허용되는 부형제는, 예를 들어 5% 덱스트로스, 0.9% 염수, 링거액 또는 다른 적합한 부형제를 포함할 수 있다. 근육내 제제, 예를 들어 항체의 적합한 가용성 염 형태의 멸균 제제는 제약 부형제, 예컨대 주사용수, 0.9% 염수 또는 5% 글루코스 용액 중에 용해되어 투여될 수 있다.
일부 실시양태에서, 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체를 포함하는 제약 조성물은 부위-특이적 또는 국부 전달 기술을 통해 투여된다. 이들 기술의 예는 복합체의 이식가능한 데포 공급원, 국부 전달 카테터, 부위 특이적 담체, 직접 주사 또는 직접 적용을 포함한다.
일부 실시양태에서, 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체를 포함하는 제약 조성물은 대상체에 대해 치료 효과를 부여하는 유효 농도로 투여된다. 유효량은 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 인식되는 바와 같이, 질환의 중증도, 치료될 대상체의 고유한 특징, 예를 들어 연령, 신체 상태, 건강 또는 체중, 치료 지속기간, 임의의 공동 요법의 성질, 투여 경로 및 관련 인자에 따라 달라진다. 이들 관련 인자는 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지되어 있고, 단지 상용에 지나지 않는 실험으로 다루어질 수 있다. 일부 실시양태에서, 유효 농도는 환자에게 안전한 것으로 간주되는 최대 용량이다. 일부 실시양태에서, 유효 농도는 최대 효능을 제공하는 최저 가능한 농도일 것이다.
경험적 고려사항, 예를 들어 대상체에서의 복합체의 반감기는 일반적으로 치료에 사용되는 제약 조성물의 농도의 결정에 기여할 것이다. 투여 빈도는 치료 효능을 최대화하기 위해 실험적으로 결정되고 조정될 수 있다.
일반적으로, 본원에 기재된 임의의 복합체의 투여를 위해, 초기 후보 투여량은 상기 기재된 인자, 예를 들어 안전성 또는 효능에 따라 약 1 내지 100 mg/kg 또는 그 초과일 수 있다. 일부 실시양태에서, 치료는 1회 투여될 것이다. 일부 실시양태에서, 치료는 매일, 격주, 매주, 격월, 매월 또는 대상체에 대한 안전성 위험을 최소화하면서 최대 효능을 제공하는 임의의 시간 간격으로 투여될 것이다. 일반적으로, 효능 및 치료 및 안전성 위험은 치료 과정 전반에 걸쳐 모니터링될 수 있다.
치료 효능은 임의의 적합한 방법을 사용하여 평가될 수 있다. 일부 실시양태에서, 치료 효능은 디스트로핀병증과 연관된 증상, 예를 들어 근육 위축 또는 근육 약화의 관찰의 평가에 의해, 대상체의 자기-보고된 결과, 예를 들어 이동성, 자기-관리, 통상의 활동, 통증/불편감 및 불안/우울증의 척도를 통해, 또는 삶의 질 지표, 예를 들어 수명에 의해 평가될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체를 포함하는 제약 조성물은 표적 유전자의 활성 또는 발현을 대조군, 예를 들어 치료 전의 유전자 발현의 기준선 수준에 비해 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%에 대해 적어도 80%, 적어도 90% 또는 적어도 95%만큼 조정하는 데 충분한 유효 농도로 대상체에게 투여된다.
일부 실시양태에서, 대상체에 대한 본원에 기재된 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체를 포함하는 제약 조성물의 단일 용량 또는 투여는 표적 유전자의 활성 또는 발현을 적어도 1-5, 1-10, 5-15, 10-20, 15-30, 20-40, 25-50일 또는 그 초과 동안 억제하는 데 충분하다. 일부 실시양태에서, 대상체에 대한 본원에 기재된 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체를 포함하는 제약 조성물의 단일 용량 또는 투여는 표적 유전자의 활성 또는 발현을 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12주 동안 억제하는 데 충분하다. 일부 실시양태에서, 대상체에 대한 본원에 기재된 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체를 포함하는 제약 조성물의 단일 용량 또는 투여는 표적 유전자의 활성 또는 발현을 적어도 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개월 동안 억제하는 데 충분하다.
일부 실시양태에서, 제약 조성물은 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 1종 초과의 복합체를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제약 조성물은 대상체, 예를 들어 디스트로핀병증을 갖는 인간 대상체의 치료를 위한 임의의 다른 적합한 치료제를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 다른 치료제는 본원에 기재된 복합체의 유효성을 증진 또는 보충할 수 있다. 일부 실시양태에서, 다른 치료제는 본원에 기재된 복합체와 상이한 증상 또는 질환을 치료하는 기능을 할 수 있다.
실시예
실시예 1: 형질감염된 안티센스 올리고뉴클레오티드에 의한 HPRT 표적화
하이포크산틴 포스포리보실트랜스퍼라제 (HPRT)를 표적화하는 siRNA를 불멸화 세포주에서 HPRT의 발현 수준을 감소시키는 그의 능력에 대해 시험관내에서 시험하였다. 간략하게, Hepa 1-6 세포를 리포펙타민 2000과 함께 제제화된 대조군 siRNA (siCTRL; 100 nM) 또는 HPRT를 표적화하는 siRNA (siHPRT; 100 nM)로 형질감염시켰다. 형질감염 48시간 후에 HPRT 발현 수준을 평가하였다. 비히클 (포스페이트-완충 염수)을 배양물 중 Hepa 1-6 세포에 전달하고 세포를 48시간 동안 유지하는 대조군 실험을 또한 수행하였다. 도 1에 제시된 바와 같이, HPRT siRNA는 HPRT 발현 수준을 대조군과 비교하여 약 90%만큼 감소시킨 것으로 밝혀졌다. 사용된 siRNA의 서열이 표 6에 제공된다.
표 6. siHPRT 및 siCTRL의 서열
Figure pct00119
*소문자 - 2'Ome 리보스; 대문자 - 2'플루오로 리보스; p - 포스페이트 연결; s - 포스포로티오에이트 연결
실시예 2: 근육-표적화 복합체에 의한 HPRT 표적화
비-절단가능한 N-감마-말레이미도부티릴-옥시숙신이미드 에스테르 (GMBS) 링커를 통해 항-트랜스페린 수용체 항체인 RI7 217 항-TfR1 Fab (DTX-A-002)에 공유 연결된 실시예 1에 사용된 HPRT siRNA (siHPRT)를 포함하는 근육-표적화 복합체를 생성하였다.
간략하게, GMBS 링커를 건조 DMSO 중에 용해시키고, 수성 조건 하에 아미드 결합 형성을 통해 siHPRT의 센스 가닥의 3' 말단에 커플링시켰다. 반응의 완결을 카이저 시험에 의해 확인하였다. 과량의 링커 및 유기 용매를 겔 투과 크로마토그래피에 의해 제거하였다. 이어서, siHPRT의 정제된 말레이미드 관능화 센스 가닥을 마이클 첨가 반응을 사용하여 DTX-A-002 항체에 커플링시켰다.
이어서, 항체 커플링 반응의 생성물을 크기 배제 크로마토그래피 (SEC) 정제에 적용하였다. DTX-A-002 항체에 공유 부착된 1 또는 2개의 siHPRT 분자를 포함하는 항TfR-siHPRT 복합체를 정제하였다. 밀도측정법은 정제된 복합체 샘플이 1.46의 평균 siHPRT 대 항체 비를 갖는다는 것을 확인시켜 주었다. SDS-PAGE 분석은 정제된 복합체 샘플의 >90%가 1 또는 2개의 siHPRT 분자에 연결된 DTX-A-002를 포함한다는 것을 입증하였다.
상기 기재된 것과 동일한 방법을 사용하여, IgG2a (Fab) 항체에 GMBS 링커를 통해 공유 연결된 실시예 1에서 사용된 HPRT siRNA (siHPRT)를 포함하는 대조군 IgG2a-siHPRT 복합체 (DTX-A-003)를 생성하였다. 밀도측정법은 DTX-C-001 (IgG2a-siHPRT 복합체)이 1.46의 평균 siHPRT 대 항체 비를 갖는다는 것을 확인시켜 주었고, SDS-PAGE는 정제된 대조군 복합체 샘플의 >90%가 1 또는 2개의 siHPRT 분자에 연결된 DTX-A-003을 포함하였다는 것을 입증하였다.
이어서, 항TfR-siHPRT 복합체를 세포 내재화 및 세포 내 HPRT의 억제에 대해 시험하였다. 비교적 높은 발현 수준의 트랜스페린 수용체를 갖는 Hepa 1-6 세포를 비히클 (포스페이트-완충 염수), IgG2a-siHPRT (100 nM), 항TfR-siCTRL (100 nM) 또는 항TfR-siHPRT (100 nM)의 존재 하에 72시간 동안 인큐베이션하였다. 72시간 인큐베이션 후에, 세포를 단리하고, HPRT의 발현 수준에 대해 검정하였다 (도 2). 항TfR-siHPRT로 처리된 세포는 비히클 대조군으로 처리된 세포 및 IgG2a-siHPRT 복합체로 처리된 세포에 비해 약 50%만큼 HPRT 발현의 감소를 나타냈다. 한편, IgG2a-siHPRT 또는 항TfR-siCTRL로 처리된 세포는 비히클 대조군 (HPRT 발현의 감소 없음)과 대등한 HPRT 발현 수준을 가졌다. 이들 데이터는 항TfR-siHPRT의 항-트랜스페린 수용체 항체가 복합체의 세포 내재화를 가능하게 함으로써 siHPRT가 HPRT의 발현을 억제하도록 한다는 것을 나타낸다.
실시예 3: 근육-표적화 복합체에 의한 마우스 근육 조직에서의 HPRT 표적화
실시예 2에 기재된 근육-표적화 복합체인 항TfR-siHPRT를 마우스 조직에서의 HPRT의 억제에 대해 시험하였다. C57BL/6 야생형 마우스에게 단일 용량의 비히클 대조군 (포스페이트-완충 염수); siHPRT (2 mg/kg의 siRNA); IgG2a-siHPRT (2 mg/kg의 siRNA, 9 mg/kg 항체 복합체에 상응함); 또는 항TfR-siHPRT (2 mg/kg의 siRNA, 9 mg/kg 항체 복합체에 상응함)를 정맥내로 주사하였다. 각각의 실험 조건을 4마리의 개별 C57BL/6 야생형 마우스에서 반복하였다. 주사 3-일 기간 후에, 마우스를 안락사시키고, 단리된 조직 유형으로 절편화하였다. 개별 조직 샘플을 후속적으로 HPRT의 발현 수준에 대해 검정하였다 (도 3a-3b 및 4a-4e).
항TfR-siHPRT 복합체로 처리된 마우스는 siHPRT 대조군으로 처리된 마우스에 비해 비복근 (31% 감소; p<0.05) 및 심장 (30% 감소; p<0.05)에서의 HPRT 발현의 감소를 나타냈다 (도 3a-3b). 한편, IgG2a-siHPRT 복합체로 처리된 마우스는 모든 검정된 근육 조직 유형에 대해 siHPRT 대조군 (HPRT 발현의 감소가 거의 또는 전혀 없음)과 대등한 HPRT 발현 수준을 가졌다.
항TfR-siHPRT 복합체로 처리된 마우스는 비-근육 조직, 예컨대 뇌, 간, 폐, 신장 및 비장 조직에서의 HPRT 발현의 변화를 나타내지 않았다 (도 4a-4e). 이들 데이터는 항TfR-siHPRT 복합체의 항-트랜스페린 수용체 항체가 생체내 마우스 모델에서 근육-특이적 조직 내로의 복합체의 세포 내재화를 가능하게 함으로써 siHPRT가 HPRT의 발현을 억제하도록 한다는 것을 나타낸다. 이들 데이터는 본 개시내용의 항TfR-올리고뉴클레오티드 복합체가 근육 조직을 특이적으로 표적화할 수 있다는 것을 추가로 입증한다.
실시예 4: 근육-표적화 복합체에 의한 DMD 표적화
항-트랜스페린 수용체 항체인 DTX-A-002 (RI7 217 (Fab))에 카텝신 절단가능한 링커를 통해 공유 연결된, 엑손 스킵핑을 위해 DMD의 돌연변이 대립유전자를 표적화하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 (DMD ASO), 예를 들어 표 14에 개시된 바와 같은 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 근육-표적화 복합체를 생성한다.
간략하게, 정제된 Val-Cit-링커-DMD ASO를 항체의 리신 상의 ε-아민을 변형시킴으로써 생성된 관능화된 항체 단편 (예를 들어, RI7 217 (Fab) 또는 15G11 (Fab))에 커플링시켰다.
이어서, 항체 커플링 반응의 생성물을 소수성 상호작용 크로마토그래피 (HIC-HPLC)에 적용하여 근육-표적화 복합체를 정제한다. 정제된 복합체의 밀도측정법 및 SDS-PAGE 분석은 각각 평균 ASO-대-항체 비 및 총 순도의 결정을 가능하게 한다.
상기 기재된 것과 동일한 방법을 사용하여, IgG2a (Fab) 항체에 Val-Cit 링커를 통해 공유 연결된 DMD ASO를 포함하는 대조군 복합체를 생성한다.
이어서, DMD ASO에 공유 연결된 DTX-A-002를 포함하는 정제된 근육-표적화 복합체를 DMD 엑손 스킵핑의 세포 내재화 및 조정에 대해 시험한다. 비교적 높은 발현 수준의 트랜스페린 수용체를 갖는 질환-관련 근육 세포를 비히클 대조군 (염수), 근육-표적화 복합체 (100 nM) 또는 대조군 복합체 (100 nM)의 존재 하에 72시간 동안 인큐베이션한다. 72시간 인큐베이션 후에, 세포를 단리하고, DMD의 발현 수준에 대해 검정한다.
실시예 5: 근육-표적화 복합체에 의한 DMD 표적화
항-트랜스페린 수용체 항체인 DTX-A-002 (RI7 217 (Fab))에 공유 연결된 DMD의 엑손 23을 표적화하는 PMO ASO를 포함하는 근육-표적화 복합체 (DTX-C-042)를 생성하였다.
간략하게, 비시클로[6.1.0]노닌-PEG3-L-발린-L-시트룰린-펜타플루오로페닐 에스테르 (BCN-PEG3-Val-Cit-PFP) 링커 분자를 아미드 커플링 반응을 사용하여 NH2-C6-(엑손-23 PMO)에 커플링시켰다. 과량의 링커 및 유기 용매를 겔 투과 크로마토그래피에 의해 제거하였다. 이어서, 정제된 Val-Cit-링커-(엑손-23 PMO)를, 리신 상의 ε-아민을 아지드-PEG4-PFP로 변형시킴으로써 생성된 아지드 관능화 항-트랜스페린 수용체 항체 (DTX-A-002)에 커플링시켰다.
이어서, 항체 커플링 반응의 생성물을 정제하였으며, 밀도측정법은 이러한 DTX-C-042 복합체 샘플이 1.9의 평균 ASO 대 항체 비를 갖는다는 것을 확인시켜 주었다.
이 실시예에서 사용된 DMD의 엑손 23을 표적화하는 PMO ASO는 GGCCAAACCUCGGCUUACCUGAAAU (서열식별번호: 171)로 이루어진 서열을 포함한다.
DTX-C-042를, 디스트로핀 유전자의 엑손 23의 엑손 스킵핑을 유도하고 후속적으로 생체내에서 DMD와 관련된 표적화된 근육에서의 디스트로핀 단백질의 발현을 증가시키는 그의 능력에 대해 시험하였다. DMD 마우스 모델인 mdx 마우스에게 단일 용량의 비히클 대조군 (염수); 10 mg/kg ASO 용량의 DTX-C-042 복합체; 20 mg/kg ASO 용량의 DTX-C-042 복합체; 또는 30 mg/kg ASO 용량의 DTX-C-042 복합체를 정맥내로 주사하였다. 각각의 실험 조건을 4마리의 mdx 마우스에서 반복하였다. 4마리의 야생형 마우스에게 또한 대조군 실험으로서 비히클 대조군 (염수)을 투여하였다.
처리 14일 후에, 마우스를 안락사시키고, 표적화된 근육 조직을 수집하였다. 개별 근육 조직 샘플을 후속적으로 디스트로핀 유전자의 엑손 23의 퍼센트 스킵핑에 대해 검정하였다 (도 5). 추가적으로, 표적화된 근육에서의 디스트로핀 단백질 수준을 또한 정량화하였다 (사두근에서의 디스트로핀의 정량화가 도 6a-6b에 제시됨).
DTX-C-042 복합체로 처리된 마우스는 사두근, 횡격막 및 심장 근육에서 엑손 23의 퍼센트 엑손 스킵핑의 용량-의존성 증가를 나타냈다. DTX-C-042 복합체로 처리된 마우스는 또한 사두근에서 디스트로핀 단백질의 발현의 용량-의존성 증가를 나타냈으며, 30 mg/kg ASO 등가량의 DTX-C-042로 처리된 마우스에서 평균 >4% 디스트로핀 단백질을 가졌다.
이들 데이터는 항체-ASO 복합체의 항-트랜스페린 수용체 항체가 생체내 mdx 마우스 모델에서 근육-특이적 조직 내로의 복합체의 세포 내재화를 가능하게 함으로써 엑손 23 PMO ASO가 DMD의 엑손 23의 엑손 스킵핑을 유도하도록 한다는 것을 입증한다. 이들 데이터는 항체-ASO 복합체가 근육 조직을 특이적으로 표적화할 수 있다는 것을 추가로 입증한다.
실시예 6: mdx 마우스 모델에서 기능적 이익을 입증하기 위한 근육-표적화 복합체에 의한 DMD 표적화
Mdx 마우스 (DMD 마우스 모델; 이환 마우스)에게 단일 용량의 비히클 대조군 (염수); MDX-ASO (네이키드 엑손 23 스킵핑 PMO ASO, 30 mg/kg); 또는 실시예 5에 기재된 바와 같은 DTX-C-042 복합체 (엑손 23 스킵핑 PMO에 연결된 항-트랜스페린 수용체 항체 RI7 217 Fab, 30 mg/kg ASO 등가량)를 정맥내로 주사하였다. 각각의 실험 조건을 5마리의 mdx 마우스에서 반복하였다. 5마리의 야생형 마우스 (건강한 마우스)에게 또한 비히클 대조군 (염수)을 투여하였다.
주사 2주 및 4주 후에, 개방 필드 챔버 실험을 사용하여 모든 처리된 마우스의 기능적 활동을 결정하였다. 실험은 3개의 연속 단계를 수반하였다: (1) 각각의 마우스를 개방 필드 챔버에 넣는 10분 기간; (2) 각각의 마우스를 뒷다리 피로 챌린지에 적용하는 10분 기간; 및 (3) 각각의 마우스를 개방 필드 챔버에 넣는 10분 기간. 단계 (1) 및 (3) 동안 이동한 총 수평 거리를 수집하였다. 제1 시험과 제2 시험 사이에 이동한 총 거리의 퍼센트 변화. 도 7a에 제시된 바와 같이, 2주 시점에, 염수로 처리된 야생형 마우스는 단계 (1)에 비해 단계 (3) 동안 평균 약 20% 더 적게 이동하였고; 염수로 처리된 mdx 마우스는 단계 (1)에 비해 단계 (3) 동안 평균 약 70% 더 적게 이동하였고; MDX-ASO로 처리된 mdx 마우스는 단계 (1)에 비해 단계 (3) 동안 평균 약 85% 더 적게 이동하였고; DTX-C-042로 처리된 mdx 마우스는 단계 (1)에 비해 단계 (3) 동안 평균 약 40% 더 적게 이동하였다. 염수로 처리된 야생형 마우스와 비교하였을 때, 염수로 처리된 mdx 마우스는 유의하게 더 악화되었다 (단계 (1)에 비해 단계 (3)에서 이동한 거리의 유의한 감소에 의해 나타난 바와 같음). 이러한 관찰은 DMD 환자가 경험하는 운동 기능 장애와 일치한다. 네이키드 MDX-ASO로 처리된 mdx 마우스는 비히클로 처리된 마우스와 동일한 손상된 기능적 수행능을 나타냈다. 대조적으로, DTX-C-042로 처리된 mdx 마우스의 수행능은 비히클 처리된 야생형 마우스와 통계적으로 상이하지 않았다. 도 7b에 제시된 바와 같이, 4주 시점에, 염수로 처리된 야생형 마우스는 단계 (1)에 비해 단계 (3) 동안 평균 약 35% 더 적게 이동하였고; 염수로 처리된 mdx 마우스는 단계 (1)에 비해 단계 (3) 동안 평균 약 80% 더 적게 이동하였고; MDX-ASO로 처리된 mdx 마우스는 단계 (1)에 비해 단계 (3) 동안 평균 약 55% 더 적게 이동하였고; DTX-C-042로 처리된 mdx 마우스는 단계 (1)에 비해 단계 (3) 동안 평균 약 50% 더 적게 이동하였다.
주사 2 및 4주 후에, 케이지 러닝 휠 시험을 사용하여 모든 처리된 마우스의 활동을 결정하였다. 각각의 마우스를 24시간 기간 동안 러닝 휠이 있는 케이지에 개별적으로 넣었다. 24시간 기간은 5시간의 밝은 기간, 이어서 13시간의 어두운 기간을 포함하였고, 6시간의 밝은 기간으로 종료되었다. 러닝 휠 상에서 각각의 마우스가 이동한 총 거리 (미터, m)를 24시간 기간 내내 연속적으로 수집하고, 후속적으로 별개의 1시간 증분으로 비닝하였다. 도 7c에 제시된 바와 같이, 2주 시점에, DTX-C-042로 처리된 mdx 마우스가 이동한 거리는 MDX-ASO 또는 염수로 처리된 mdx 마우스가 이동한 거리보다 더 높았고, 특정 시간에는 야생형 마우스가 이동한 거리에 근접하였다. 도 7d에 제시된 바와 같이, 4주 시점에, DTX-C-042 복합체로 처리된 mdx 마우스가 이동한 거리는 어두운 기간 동안 (즉, 마우스가 활동할 때) 염수로 처리된 야생형 마우스가 이동한 총 거리를 밀접하게 반영하였다. 이는 염수 또는 MDX-ASO로 처리된 mdx 마우스가 어두운 기간 동안 상당히 더 짧은 거리를 이동한 것과 대조적이다.
이 실시예에서의 모든 마우스를 주사 2주 및 4주 후에 크레아틴 키나제 활성 수준에 대해 추가로 시험하였다. 야생형 마우스는 근육 조직으로부터 다량의 크레아틴 키나제를 분비하지 않는다. 반대로, mdx 마우스 (이환된 근육 조직을 가짐)는 높은 수준의 크레아틴 키나제를 분비하며, 이는 크레아틴 키나제 효소적 활성의 결정에 의해 관찰될 수 있다. 도 7e에 제시된 바와 같이, 염수로 처리된 mdx 마우스는 각각 2주 및 4주 후에 염수로 처리된 야생형 마우스에 비해 대략 9배 및 10배 더 많은 크레아틴 키나제 효소적 활성을 가졌다. 네이키드 ASO의 투여는 mdx 마우스에게 유의한 이익을 제공하지 않았다. 그러나, mdx 마우스에게 DTX-C-042 복합체를 투여한 것은 2주 및 4주 둘 다 후에 크레아틴 키나제 활성의 수준의 통계적으로 유의한 감소를 제공하였다.
이들 놀라운 결과는 항체-ASO 복합체가 DMD 표현형을 앓고 있는 마우스 (mdx 마우스)에게 기능적 이익을 제공할 수 있어, 이들 마우스가 건강한 (야생형) 마우스와 유사한 표현형 지표를 갖도록 한다는 것을 제시한다. 네이키드 PMO (MDX-ASO) 대비 항체-ASO 복합체의 성능은 항체-ASO 복합체의 항-트랜스페린 수용체 항체가 이 실시예에 제시된 기능적 이익의 제공을 담당한다는 것을 입증한다.
실시예 7: 인간 TfR1에 대한 선택된 항-TfR1 항체의 결합 친화도
선택된 항-TfR1 항체를 Ka (회합률 상수), Kd (해리율 상수) 및 KD (친화도)의 측정으로 인간 TfR1에 대한 그의 결합 친화도에 대해 시험하였다. 2종의 공지된 항-TfR1 항체인 15G11 및 OKT9를 대조군으로서 사용하였다. 결합 실험을 25℃에서 카테라 LSA 상에서 수행하였다. 항-마우스 IgG 및 항-인간 IgG 항체 "론"을 HC30M 칩 상에 아민 커플링에 의해 제조하였다. IgG를 칩 상에 포획하였다. hTfR1, cyTfR1 및 hTfR2의 일련의 희석물을 결합을 위해 칩에 주입하였다 (1000 nM에서 시작하여, 1:3 희석, 8개의 농도).
완충제 분석물 주입으로부터의 반응을 차감하고, 카테라™ 키네틱스 소프트웨어를 사용하여 Ka (회합률 상수), Kd (해리율 상수) 및 KD (친화도)의 추정을 위해 1:1 랭뮤어 결합 모델에 전반적으로 피팅함으로써 결합 데이터를 참조하였다. 5-6개의 농도를 곡선 피팅에 사용하였다.
결과는 마우스 mAb가 13 pM 내지 50 nM 범위의 KD 값으로 hTfR1에 대한 결합을 나타냈다는 것을 보여주었다. 대다수의 마우스 mAb는 한 자릿수 나노몰 내지 서브-나노몰 범위의 KD 값을 가졌다. 시험된 마우스 mAb는 16 pM 내지 22 nM 범위의 KD 값으로 cyTfR1에 대한 교차-반응성 결합을 나타냈다.
항-TfR1 항체의 Ka, Kd 및 KD 값이 표 7에 제공된다.
표 7. 항-TfR1 항체의 Ka, Kd 및 KD
Figure pct00120
실시예 8: 항-TfR1 항체와 올리고뉴클레오티드의 접합
도구 올리고 (ASO300)에 공유 접합된 항-TfR1 항체를 함유하는 복합체를 생성하였다. 먼저, 항-TfR 항체 클론 3-A4, 3-M12 및 5-H12의 Fab 단편을, 마우스 모노클로날 항체를 완전 IgG의 힌지 영역 내에서 또는 그 아래에서 효소로 절단한 후 부분 환원시킴으로써 제조하였다. Fab는 결합력 또는 친화도에 있어서 mAb와 대등한 것으로 확인되었다.
항-TfR mAb를 카텝신 절단가능한 링커를 통해 ASO300에 공유 연결시킴으로써 근육-표적화 복합체를 생성하였다. 간략하게, 비시클로[6.1.0]노닌-PEG3-L-발린-L-시트룰린-펜타플루오로페닐 에스테르 (BCN-PEG3-Val-Cit-PFP) 링커 분자를 카르바메이트 결합을 통해 ASO300에 커플링시켰다. 과량의 링커 및 유기 용매를 접선 흐름 여과 (TFF)에 의해 제거하였다. 이어서, 정제된 Val-Cit-링커-ASO를, 리신 상의 ε-아민을 아지드-PEG4-PFP로 변형시킴으로써 생성된 아지드 관능화 항-트랜스페린 수용체 항체에 커플링시켰다. 또한 15G11을 사용하여 양성 대조군 근육-표적화 복합체를 생성하였다.
이어서, 항체 커플링 반응의 생성물을 2가지 정제 방법에 적용하여 유리 항체 및 유리 페이로드를 제거하였다. 접합체의 농도를 나노드롭 A280 또는 BCA 단백질 검정 (항체의 경우) 및 퀀트-잇 리보그린 검정 (페이로드의 경우)에 의해 결정하였다. 상응하는 약물-항체 비 (DAR)를 계산하였다. DAR은 0.8 내지 2.0의 범위였으며, 모든 샘플이 동일한 양의 페이로드를 받도록 이를 표준화하였다.
이어서, 정제된 복합체를 표적 유전자인 DMPK의 세포 내재화 및 억제에 대해 시험하였다. 비-인간 영장류 (NHP) 또는 DM1 (DM1 환자가 공여함) 세포를 96-웰 플레이트에서 성장시키고, 7일 동안 근관으로 분화시켰다. 이어서, 세포를 상승하는 농도 (0.5 nM, 5 nM, 50 nM)의 각각의 복합체로 72시간 동안 처리하였다. 세포를 수거하고, RNA를 단리하고, 역전사를 수행하여 cDNA를 생성하였다. 퀀트스튜디오 7 상에서 Ppib (대조군) 및 DMPK에 특이적인 택맨 키트를 사용하여 qPCR을 수행하였다. 비-처리 세포에 비해 처리 세포에 남아있는 DMPK 전사체의 상대량을 계산하였으며, 결과가 표 12에 제시된다.
결과는 항-TfR1 항체가 근육 세포를 표적화할 수 있고, 분자 페이로드 (도구 올리고 ASO300)와 함께 근육 세포에 의해 내재화될 수 있으며, 분자 페이로드가 표적 유전자 (DMPK)를 표적화하고 녹다운시킬 수 있다는 것을 입증하였다. DMD를 표적화하는 분자 페이로드 (예를 들어, 올리고뉴클레오티드)에 접합된 항-TfR1 항체를 포함하는 복합체의 녹다운 활성은 본원에 기재된 것과 동일한 검정을 사용하여, 예를 들어 표 14에 기재되거나, 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나에 의해 제공되거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 올리고뉴클레오티드 중 어느 하나에 의해 시험될 수 있다.
표 12. 항-TfR1 항체의 결합 친화도 및 접합체의 효능
Figure pct00121
흥미롭게도, DMPK 녹다운 결과는 트랜스페린 수용체에 대한 항-TfR의 결합 친화도와 DMPK 녹다운을 위해 DMPK ASO를 세포에 전달하는 데 있어서의 효능 사이의 상관관계의 결여를 보여주었다. 놀랍게도, 본원에 제공된 항-TfR 항체 (예를 들어, 적어도 3-A4, 3-M12 및 5-H12)는, 대조군 항체 15G11과 비교하여, 이들 항체와 대조군 항체 15G11 사이의 인간 또는 시노 트랜스페린 수용체에 대한 대등한 결합 친화도 (또는 특정 경우, 예컨대 5-H12의 경우, 더 낮은 결합 친화도)에도 불구하고, 페이로드 (예를 들어, DMPK ASO)를 표적 세포에 전달하고 시노 세포 또는 인간 DM1 환자 세포에서 분자 페이로드의 생물학적 효과 (예를 들어, DMPK 녹다운)를 달성하는 데 있어서 우수한 활성을 입증하였다.
인간화를 위한 상위 3종의 클론 3-A4, 3-M12 및 5-H12의 선택에 있어서, 높은 huTfR1 친화도, NHP 및 DM1 환자 세포주에서의 DMPK의 >50% 녹다운, 3종의 고유한 서열과의 확인된 에피토프 결합, 낮은/부재하는 예측 PTM 부위, 및 우수한 발현 및 접합 효율과 같은 상위 속성을 고려하였다.
실시예 9: 인간화 항-TfR1 항체
표 2에 제시된 항-TfR 항체를 제조성 문제를 줄이기 위해 인간화 및 돌연변이유발에 적용하였다. 인간화 변이체를 그의 결합 특성 및 생물학적 활성에 대해 스크리닝하고 시험하였다. 항-TfR1 중쇄 및 경쇄 가변 영역의 인간화 변이체 (각각 5종의 변이체)를 복합 인간 기술을 사용하여 설계하였다. 이들 중쇄 및 경쇄 가변 영역을 갖는 Fab를 코딩하는 유전자를 합성하고, 각각의 인간화 중쇄 및 경쇄 변이체를 발현시키도록 벡터를 구축하였다. 후속적으로, 각각의 벡터를 소규모로 발현시키고, 생성된 인간화 항-TfR1 Fab를 분석하였다. 표적 항원에 대한 항체 친화도의 비아코어 검정, 상대 발현, 인간 배선 서열에 대한 퍼센트 상동성 및 MHC 부류 II 예측된 T 세포 에피토프의 수 (iTope™ MCH 부류 II 인 실리코 분석을 사용하여 결정됨)를 포함한 여러 기준에 기초한 추가의 시험을 위해 인간화 Fab를 선택하였다.
중쇄 및 경쇄 가변 영역에 아미노산 치환을 도입함으로써 일부 항체의 모 서열 내에서 잠재적 문제를 확인하였다. 이들 치환은 상대 발현 수준, iTope™ 점수 및 비아코어 단일 주기 동역학 분석으로부터의 상대 KD에 기초하여 선택하였다. 인간화 변이체를 시험하였으며, 변이체는 초기에 표적 항원에 대한 친화도에 기초하여 선택하였다. 후속적으로, 선택된 인간화 Fab를 표 16 및 표 17에 제시된, 각각의 분석된 변이체의 안정성 및 응집 및 분해에 대한 감수성의 일련의 생물물리학적 평가에 기초하여 추가로 스크리닝하였다. 선택된 Fab를 동역학 분석에 의해 TfR1에 결합하는 그의 특성에 대해 분석하였다. 이들 분석의 결과가 표 13에 제시된다. 표 16 및 표 17에 제시된 접합체의 경우, 선택된 인간화 Fab를 DMPK-표적화 올리고뉴클레오티드 ASO300에 접합시켰다. 선택된 Fab는 노출 전과 비교하여 9일 동안 고온 (40℃)에 노출된 후 인간 및 시노 TfR1에 대한 대등한 결합 친화도에 의해 나타난 바와 같이 열적으로 안정하다 (표 13 참조).
표 16. 인간화 항-TfR Fab에 대한 생물물리학적 평가 데이터
Figure pct00122
*접합 후에 시노 결합을 회복함;
표 17. 인간화 항-TfR Fab 및 접합체에 대한 열 안정성
Figure pct00123
표 13. TfR1에 대한 인간화 항-TfR Fab 결합의 동역학 분석
Figure pct00124
TfR1에 대한 인간화 항-TfR1 Fab의 결합 (ELISA)
TfR1에 대한 인간화 항-TfR 항체의 결합을 측정하기 위해, ELISA를 수행하였다. 고결합, 흑색, 편평 바닥, 96 웰 플레이트 (코닝(Corning)# 3925)를 먼저 PBS 중 1 μg/mL의 재조합 huTfR1 100 μL/웰로 코팅하고, 4℃에서 밤새 인큐베이션하였다. 웰을 비우고, 잔류 액체를 제거하였다. 200 μL의 PBS 중 1%BSA (w/w)를 각각의 웰에 첨가함으로써 차단을 수행하였다. 진탕기 상에서 300 rpm으로 실온에서 2시간 동안 차단이 진행되도록 하였다. 차단 후, 액체를 제거하고, 웰을 300 μL의 TBST로 3회 세척하였다. 이어서, 항-TfR1 항체를 0.5% BSA/TBST 중에 8 포인트 연속 희석 (희석 범위 5 μg/mL - 5 ng/mL)으로 삼중으로 첨가하였다. 양성 대조군 및 이소형 대조군을 또한 ELISA 플레이트 상에 포함시켰다. 플레이트를 오비탈 진탕기 상에서 300 rpm으로 실온에서 60분 동안 인큐베이션하고, 플레이트를 300 μL의 TBST로 3회 세척하였다. 항-(H+L)IgG-A488 (1:500) (인비트로젠 #A11013)을 TBST 중 0.5% BSA 중에 희석하고, 100 μL를 각각의 웰에 첨가하였다. 이어서, 플레이트를 오비탈 진탕기 상에서 300 rpm으로 실온에서 60분 동안 인큐베이션되도록 하였다. 액체를 제거하고, 플레이트를 300 μL의 TBST로 4회 세척하였다. 이어서, 플레이트 판독기 상에서 495 nm 여기 및 50 nm 방출 (15 nm 대역폭)에서 흡광도를 측정하였다. 데이터를 기록하고, EC50에 대해 분석하였다. 인간화 3M12, 3A4 및 5H12 Fab에 대한 인간 TfR1 (hTfR1)에의 결합에 관한 데이터가 각각 도 9a, 9c 및 9e에 제시된다. hTfR1에 대해 상기 기재된 것과 동일한 프로토콜에 따라 시노몰구스 원숭이 (마카카 파시쿨라리스) TfR1 (cTfR1)을 사용하여 ELISA 측정을 수행하였으며, 결과가 도 9b, 9d 및 9f에 제시된다.
hTfR1 및 cTfR1에의 인간화 항-TfR Fab의 결합에 대한 이들 2 세트의 ELISA 분석의 결과는 인간화 3M12 Fab가 hTfR1 및 cTfR1 둘 다에 대해 일관된 결합을 나타내고, 인간화 3A4 Fab가 hTfR1에 비해 cTfR1에 대해 감소된 결합을 나타낸다는 것을 입증한다.
각각 DMPK 표적화 올리고뉴클레오티드 ASO300에 접합된 6종의 인간화 항-TfR Fab를 사용하여 항체-올리고뉴클레오티드 접합체를 제조하였다. 접합 효율 및 하류 정제를 특징화하고, 생성물 접합체의 다양한 특성을 측정하였다. 결과는 접합 효율이 시험된 10종의 모든 변이체에 걸쳐 강건하고, 정제 공정 (소수성 상호작용 크로마토그래피에 이어서 히드록시아파타이트 수지 크로마토그래피)이 효과적이라는 것을 입증한다. 정제된 접합체는 크기 배제 크로마토그래피에 의해 분석 시에 >97% 순도를 나타냈다.
여러 인간화 Fab를 세포 흡수 실험에서 TfR1-매개 내재화를 평가하기 위해 시험하였다. 항체에 의해 매개되는 이러한 세포 흡수를 측정하기 위해, 인간화 항-TfR Fab 접합체를 pH-감수성 염료인 사이퍼5e로 표지하였다. 횡문근육종 (RD) 세포를 4시간 동안 100 nM의 접합체로 처리하고, 트립신처리하고, 2회 세척하고, 유동 세포측정법에 의해 분석하였다. 애튠 NxT 소프트웨어를 사용하여 평균 사이퍼5e 형광 (흡수를 나타냄)을 계산하였다. 도 10에 제시된 바와 같이, 인간화 항-TfR Fab는 양성 대조군 항-TfR1 Fab와 비교하여 유사하거나 더 큰 엔도솜 흡수를 나타낸다. 유사한 내재화 효율이 상이한 올리고뉴클레오티드 페이로드에 대해 관찰되었다. 항-마우스 TfR 항체를 음성 대조군으로서 사용하였다. 저온 (비-내재화) 조건은 양성 대조군 항체-접합체의 형광 신호를 제거하였으며 (데이터는 제시되지 않음), 이는 양성 대조군 및 인간화 항-TfR Fab-접합체에서의 양성 신호가 Fab-접합체의 내재화로 인한 것임을 나타낸다. 유사하게, DMD 엑손 스킵핑을 유도하는 올리고뉴클레오티드는 또한 근육 세포에 의한 세포 흡수를 위해 인간화 항-TfR Fab에 접합될 수 있다.
6종의 인간화 항-TfR Fab의 접합체를 또한 ELISA에 의해 hTfR1 및 cTfR1에의 결합에 대해 시험하고, 비접합된 형태의 인간화 Fab와 비교하였다. 결과는 인간화 3M12 및 5H12 Fab가 그의 비접합된 형태에 비해 접합 후에 유사한 수준의 hTfR1 및 cTfR1 결합을 유지한다는 것을 입증한다 (3M12, 도 11a 및 11b; 5H12, 도 11e 및 11f). 흥미롭게도, 3A4 클론은 그의 비접합된 형태에 비해 접합 후에 cTfR1에 대한 개선된 결합을 나타낸다 (도 11c 및 11d).
이 실시예에 사용된 용어 '비접합된'은 항체가 올리고뉴클레오티드에 접합되지 않았다는 것을 나타낸다.
실시예 10. 시험관내 항체-올리고뉴클레오티드 접합체에 의해 용이해진 DMPK mRNA 수준의 녹다운
인간화 항-TfR Fab 3M12(VH3/Vk2), 3M-12 (VH4/Vk3) 및 3A4(VH3-N54S/Vk4)를 함유하는 접합체를 DMPK-표적화 올리고뉴클레오티드 ASO300에 접합시키고, 횡문근육종 (RD) 세포에서 DMPK 전사체 발현의 녹다운에 대해 시험하였다. 항체를 화학식 (C)에 제시된 링커를 통해 ASO300에 접합시켰다.
RD 세포를 10% FBS 및 페니실린/스트렙토마이신으로 보충된, 글루타민 함유 DMEM의 성장 배지에서 거의 전면생장까지 배양하였다. 이어서, 세포를 96 웰 플레이트에 웰당 20K 세포로 시딩하고, 24시간 동안 회복되도록 하였다. 이어서, 세포를 접합체로 3일 동안 처리하였다. 세포로부터 총 RNA를 수집하고, cDNA를 합성하고, qPCR에 의해 DMPK 발현을 측정하였다.
도 12의 결과는 DMPK 발현 수준이 PBS-처리된 세포에서의 발현에 비해 각각의 나타낸 접합체로 처리된 세포에서 감소되었다는 것을 보여주며, 이는 인간화 항-TfR Fab가 RD 세포에 의한 DMPK-표적화 올리고뉴클레오티드의 흡수를 매개할 수 있고 내재화된 DMPK-표적화 올리고뉴클레오티드가 DMPK mRNA 수준을 녹다운시키는 데 효과적이라는 것을 나타낸다.
유사하게, DMD 엑손 스킵핑을 유도하는 올리고뉴클레오티드는 또한 근육 세포로의 전달 및 근육 세포에서의 DMD 엑손 스킵핑을 유도하기 위해 인간화 항-TfR Fab에 또한 접합될 수 있다.
실시예 11. 항-TfR-올리고뉴클레오티드 접합체 처리는 DMD의 mdx 마우스 모델에서 디스트로핀 발현을 증가시켰다
생체내에서 DMD 엑손 스킵핑을 유도하는 또 다른 올리고뉴클레오티드의 효과를 시험하기 위해, 엑손 23 스킵핑을 유도하는 올리고뉴클레오티드 (PMO)를 네이키드 올리고뉴클레오티드로서 또는 항-마우스 TfR 항체와 접합체로 DMD의 mdx 마우스 모델에 투여하였다. 디스트로핀 발현을 측정하였다. 접합체에 의해 촉진된 엑손 스킵핑은 웨스턴 블롯에 의해 예시된 바와 같이 (도 14) 및 도 15에서 정량화된 바와 같이 디스트로핀 단백질을 용량-의존성으로 생산하였다. 알파-액틴을 로딩 대조군으로서 사용하였다.
mdx 마우스에 투여된 엑손 23-접합체의 단일 용량은 또한 도 16에 제시된 바와 같이, 증가하는 전체 디스트로핀 수준에 추가로 근육 세포 막에 대한 디스트로핀 발현을 회복시켰다. 사두근에서의 디스트로핀의 면역형광 염색은 접합체로 처리된 mdx 마우스가 네이키드 올리고뉴클레오티드 또는 염수로 처리된 마우스보다 그의 사두근에서 더 높은 수준의 디스트로핀을 가졌다는 것을 입증하였다.
실시예 12. DMD 근관에서의 올리고뉴클레오티드-매개 엑손 스킵핑
핵에서 특이적 DMD 엑손 스킵핑을 촉진하는 것은 근육 세포가 보다 완전한 기능적 디스트로핀 단백질을 생성하도록 할 수 있다. DMD 엑손 51의 스킵핑을 유도하는 올리고뉴클레오티드 (PMO)를 항-TfR1 Fab에 접합시키고, 이러한 접합체를 엑손 51 스킵핑에 적용가능한 돌연변이를 갖는 인간 DMD 근관에서 시험하였다. 접합체로의 처리는 도 13에 제시된 바와 같이 등몰 용량의 네이키드 올리고뉴클레오티드로의 처리 후 엑손 스킵핑의 25% 증가와 비교하여 엑손 스킵핑의 50% 증가를 가져왔다 (p-값=0.001). 도 5에 제시된 것과 같이, DMD의 mdx 마우스 모델에서 유사한 결과가 관찰되었다.
실시예 13. 항-TfR 항체와 분자 페이로드를 연결하는 링커의 혈청 안정성
실시예에서 항체에 연결된 올리고뉴클레오티드를 화학식 (C)에 제시된 절단가능한 링커를 통해 접합시켰다. 링커가 혈청에서 안정성을 유지하고 표적화된 근육 세포에서 충분한 페이로드 축적에 유리한 방출 동역학을 제공하는 것이 중요하다. 이러한 혈청 안정성은 전신 정맥내 투여, 혈류 중 접합된 올리고뉴클레오티드의 안정성, 근육 조직으로의 전달 및 근육 세포에의 치료 페이로드의 내재화에 중요하다. 링커는 Fab에 대한 다중 유형의 페이로드 (ASO, siRNA 및 PMO 포함)의 정확한 접합을 용이하게 하는 것으로 확인되었다. 이러한 유연성은 각각의 근육 질환의 유전적 기초를 다루기 위한 적절한 유형의 페이로드의 합리적인 선택을 가능하게 하였다. 추가적으로, 링커 및 접합 화학은 각각의 유형의 페이로드에 대한 각각의 Fab에 부착된 페이로드 분자의 비의 최적화를 가능하게 하였고, 다양한 근육 질환 적용에서 사용할 수 있도록 분자의 신속한 설계, 생산 및 스크리닝을 가능하게 하였다.
도 8은 생체내 링커의 혈청 안정성을 보여주며, 이는 정맥내 투여 후 72시간의 과정에 걸쳐 다수의 종에 걸쳐 대등하였다. 각각의 경우에 투여 72시간 후에 적어도 75% 안정성이 측정되었다.
실시예 14. DMD 환자 근관에서의 항-TfR 접합체의 엑손-스킵핑 활성
이 연구에서, DMD 엑손 51-스킵핑 올리고뉴클레오티드에 접합된 항-TfR Fab (3M12 VH3/Vκ2, 3M12 VH4/Vκ3 및 3A4 VH3 N54S/Vκ4)를 함유하는 항-TfR 접합체의 엑손-스킵핑 활성을 평가하였다. 엑손 52 결실을 보유하는 불멸화 인간 근모세포를 해동시키고, 프로모셀 골격 세포 성장 배지 (5% FBS 및 1x Pen-Strep 함유) 중에 1e6개 세포/플라스크의 밀도로 시딩하고, 전면생장률로 성장하도록 하였다. 전면생장되면, 세포를 트립신처리하고, 원심분리를 통해 펠릿화하고, 신선한 프로모셀 골격 세포 성장 배지 중에 재현탁시켰다. 세포 수를 계수하고, 세포를 매트리겔-코팅된 96-웰 플레이트에 50k개 세포/웰의 밀도로 시딩하였다. 세포를 24시간 동안 회복되도록 하였다. 성장 배지를 흡인하고 혈청이 없는 분화 배지로 교체함으로써 세포가 분화되도록 유도하였다. 이어서, 세포를 10 μM의 접합된 또는 비접합된 DMD 엑손 스킵핑 올리고뉴클레오티드로 처리하였다. 세포를 시험 물품과 함께 10일 동안 인큐베이션한 다음, 96 웰 플레이트로부터 총 RNA를 수거하였다. cDNA 합성을 75 ng의 총 RNA에 대해 수행하고, 돌연변이 특이적 PCR을 수행하여 각각의 세포 유형에서 엑손 51 스킵핑의 정도를 평가하였다. 돌연변이-특이적 PCR 생성물을 4% 아가로스 겔 상에서 실행시키고, SYBR 골드를 사용하여 가시화하였다. 밀도측정법을 사용하여 스킵핑된 앰플리콘 및 스킵핑되지 않은 앰플리콘의 상대량을 계산하고, 엑손 51 스킵핑된 앰플리콘을 존재하는 앰플리콘의 총량으로 나눈 비로서 엑손 스킵핑을 결정하였다:
Figure pct00125
결과는 DMD 엑손 51-스킵핑 올리고뉴클레오티드에 공유 연결된 3M12 VH3/Vκ2 또는 3M12 VH4/Vκ3 Fab를 갖는 접합체가 환자 근관에서 비접합된 DMD 엑손 스킵핑 올리고뉴클레오티드와 비교하여 증진된 엑손 스킵핑을 유발하였다는 것을 입증한다 (도 17).
이 실시예에 사용된 용어 '비접합된'은 올리고뉴클레오티드가 항체에 접합되지 않았다는 것을 나타낸다.
실시예 15. 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3의 결합 활성의 특징화
인간 및 시노몰구스 원숭이 TfR1 결합에 대한 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vκ3의 특이성을 시험하고 인간 TfR1 대 TfR2에 대한 그의 선택성을 확인하기 위해 시험관내 연구를 수행하였다. 효소-연결 면역흡착 검정 (ELISA)을 사용하여 다양한 종으로부터의 TfR1에 대한 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vκ3의 결합 친화도를 결정하였다. 재조합 인간, 시노몰구스 원숭이, 마우스 또는 래트 TfR1로 사전코팅된 플레이트에 Fab의 연속 희석물을 첨가하였다. 짧은 인큐베이션 후에, 형광 태그부착된 항-(H+L) IgG 2차 항체의 첨가 및 495nm 여기 및 520nm 방출에서의 형광 강도의 측정에 의해 Fab의 결합을 정량화하였다. Fab는 인간 및 시노몰구스 원숭이 TfR1에 대한 강한 결합 친화도를 나타냈고, 마우스 또는 래트 TfR1의 검출가능한 결합은 관찰되지 않았다 (도 18). 표면 플라즈몬 공명 (SPR) 측정을 또한 수행하였으며, 결과가 표 18에 제시된다. 인간 TfR1 수용체에 대한 Fab의 Kd는 7.68x10-10 M인 것으로 계산되었고, 시노몰구스 원숭이 TfR1 수용체에 대해서는 5.18x10-9 M인 것으로 계산되었다.
표 18. 표면 플라즈몬 공명을 사용하여 측정된, 인간 및 시노몰구스 원숭이 TfR1 또는 인간 TfR2에 대한 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3 결합의 동역학 분석
Figure pct00126
ND = SPR에 의한 검출가능한 결합 없음 (10pM - 100 uM)
인간 TfR2에 대한 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3의 교차-반응성을 시험하기 위해, ELISA를 수행하였다. 재조합 인간 TfR2 단백질을 2 μg/mL로 밤새 플레이팅하고, PBS 중 1% 소 혈청 알부민 (BSA)으로 1시간 동안 차단하였다. 0.5% BSA/TBST 중 Fab 또는 양성 대조군 항-TfR2 항체의 연속 희석물을 1시간 동안 첨가하였다. 세척 후에, 항-(H+L) IgG-A488 (인비트로젠 #MA5-25932) 형광 2차 항체를 0.5% BSA/TBST 중 1:500 희석물로 첨가하고, 플레이트를 1시간 동안 인큐베이션하였다. 바이오텍 시너지(Biotek Synergy) 플레이트 판독기를 사용하여 495nm 여기 및 520nm 방출에서 상대 형광을 측정하였다. hTfR2에 대한 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3의 결합은 관찰되지 않았다 (도 19).
실시예 16. 항-TfR Fab-ASO 접합체의 혈청 안정성
항-TfR Fab VH4/Vk3을 화학식 (C)에 제시된 바와 같은 링커를 통해 대조군 안티센스 올리고뉴클레오티드 (ASO)에 접합시키고, 생성된 접합체를, Fab를 ASO에 접합시키는 링커의 안정성에 대해 시험하였다. PBS에서 또는 래트, 마우스, 시노몰구스 원숭이 또는 인간 혈청에서 형광 표지된 접합체를 인큐베이션하고 시간 경과에 따른 상대 형광 강도를 측정함으로써 혈청 안정성을 측정하였으며, 여기서 보다 높은 형광은 보다 많은 접합체가 무손상으로 남아있다는 것을 나타낸다. 도 20은 혈청 안정성이 다수의 종에 걸쳐 유사하였고, 72시간 후에 높게 유지되었다는 것을 보여준다.
실시예 17. 시노몰구스 원숭이에서의 생체내 항-TfR Fab-ASO 접합체의 엑손 스킵핑 활성
항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3을 서열식별번호: 419에 제시된 바와 같은 ESE를 표적화하는 디스트로핀 (DMD) 엑손 51-스킵핑 안티센스 올리고뉴클레오티드 (ASO)에 접합시켰다. 엑손 51 스킵핑 올리고뉴클레오티드는 30개의 뉴클레오티드 길이의 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)이다. 접합체의 엑손 스킵핑 활성을 건강한 비-인간 영장류에서 생체내 시험하였다. 나이브 수컷 시노몰구스 원숭이 (군당 n= 4-5마리)에게 제1일 및 제8일에 2회 용량의 비히클, 30 mg/kg ASO 단독 또는 122 mg/kg 접합체 (30 mg/kg ASO 등가량)를 정맥내 주입을 통해 투여하였다. 동물을 희생시키고, 제1 용량을 투여한지 2주 또는 4주 후에 조직을 수거하였다. 프로메가 맥스웰(Promega Maxwell)® RSC 기기를 사용하여 조직 샘플로부터 총 RNA를 수집하고, q스크립트 cDNA 슈퍼믹스를 사용하여 cDNA 합성을 수행하였다. 종점 PCR을 사용하여 엑손 51 스킵핑의 평가를 수행하였다.
PCR 생성물의 모세관 전기영동을 사용하여 엑손 스킵핑을 평가하고, % 엑손 51 스킵핑을 하기 식을 사용하여 계산하였다:
Figure pct00127
계산된 엑손 51 스킵핑 결과가 표 19에 제시된다.
표 19. 시노몰구스 원숭이 디스트로핀에서의 디스트로핀의 엑손 51 스킵핑
Figure pct00128
aASO = 안티센스 올리고뉴클레오티드.
b접합체 용량은 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3-ASO 접합체의 mg/kg으로서 열거된다.
cASO 용량은 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3-ASO 용량의 mg/kg ASO 등가량으로서 열거된다.
d엑손 스킵핑 값은 괄호 안의 표준 편차를 갖는 평균 % 엑손 51 스킵핑 (n=5)이다.
ASO 서열에 대해 상보적인 프로브에 의한 혼성화 ELISA를 사용하여 조직 ASO 축적을 또한 정량화하였다. 표준 곡선을 생성하고, 표준 곡선의 선형 회귀로부터 ASO 수준 (ng/g)을 유도하였다. ASO는 비접합된 ASO의 투여와 비교하여 항-TfR Fab VH4/Vk3-ASO 접합체의 투여 후에 더 높은 수준으로, 평가된 모든 조직에 분포되었다. 비접합된 ASO의 정맥내 투여는 제1 용량이 투여된지 2 및 4주 후에 평가된 모든 조직에서 배경 수준에 근접한 ASO의 수준을 유발하였다. 항-TfR Fab VH4/Vk3-ASO 접합체의 투여는 제1 투여 2주 후에 심장>횡격막>이두근>사두근>비복근>전경골근의 순위 순서로, 평가된 조직을 통한 ASO의 분포를 유발하였다. 조직 농도의 지속기간을 또한 평가하였다. 사두근, 이두근 및 횡격막에서의 ASO의 농도는 평가된 기간 (2 내지 4주)에 걸쳐 50% 미만만큼 감소한 반면, 심장, 전경골근 및 비복근에서의 ASO의 수준은 실질적으로 변하지 않고 유지되었다 (표 20).
이 실시예에 사용된 용어 '비접합된'은 올리고뉴클레오티드가 항체에 접합되지 않았다는 것을 나타낸다.
표 20. 시노몰구스 원숭이에서의 DMD 엑손 51 스킵핑 ASO의 조직 분포
Figure pct00129
aASO = 안티센스 올리고뉴클레오티드.
b접합체 용량은 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3-ASO 접합체의 mg/kg으로서 열거된다.
cASO 용량은 항-TfR Fab 3M12 VH4/Vk3-ASO 접합체 용량의 mg/kg ASO 또는 ASO 등가량으로서 열거된다.
dASO 값은 괄호 안의 표준 편차를 갖는 ng/g으로서의 조직 내 ASO의 평균 농도 (n=5)이다.
실시예 18. mdx 마우스에서의 바이오마커 발현 및 근육 기능에 대한, DMD 엑손 23 스킵핑을 유도하는 올리고뉴클레오티드에 접합된 항-TfR1 Fab를 함유하는 접합체의 효과
이 연구의 목적은 mdx 마우스에서의 디스트로핀 발현 및 근육 기능에 대한, 단일 용량의 안티센스 올리고뉴클레오티드에 접합된 항-마우스 TfR Fab (Ab-ASO) 또는 단일 용량의 동일한 네이키드 ASO의 효과를 결정하는 것이었다. 이 실시예에서 사용된 복합체는 실시예 5에 기재된 바와 같은 DTX-C-042였다.
7주령 수컷 mdx 동형접합 마우스를 8개의 처리군 각각에 무작위로 할당하였다. 마우스에게 꼬리 정맥을 통해 30 mg/kg의 단일 용량의 ASO, 30 mg/kg의 ASO와 등가 용량의 Ab-ASO, 또는 염수를 투여하였다. 조직을 수거하고, 투여 2주 또는 4주 후에 분석하였다.
근육에서의 엑손 23 스킵핑의 측정: 75 ng 총 RNA 투입으로 슈퍼스크립트(SuperScript)® III (써모 피셔)을 사용하는 단일-단계 RT-PCR 반응을 사용하여 엑손 23 스킵핑의 정량화를 수행하였다. 사용된 PCR 프라이머는 5'-CACATCTTTGATGGTGTGAGG (정방향) (서열식별번호: 2264) 및 5'-CAACTTCAGCCATCCATTTCTG (역방향) (서열식별번호: 2253)였다. 모세관 전기영동을 사용하여, 하기 식을 사용하여 관심 골격근에서의 스킵핑된 밴드 및 스킵핑되지 않은 밴드를 정량화하였다:
Figure pct00130
. 결과는 항-TfR Fab-올리고뉴클레오티드 접합체 (Ab-ASO)의 단일 투여가 mdx 마우스의 사두근 (도 21a), 심장 (도 21b) 및 횡격막 (도 21c)에서 엑손 23의 스킵핑의 유의한 증가를 용이하게 하였다는 것을 입증한다. 대조적으로, 야생형 (WT) 마우스 또는 염수 또는 네이키드 ASO로 처리된 mdx 마우스의 동일한 근육 조직에서는 엑손 23 스킵핑이 거의 또는 전혀 관찰되지 않았다.
근육에서의 디스트로핀 단백질의 측정: 사두근으로부터 채취한 근육 조직 샘플을 균질화하고, 단백질 농도를 BCA 검정에 의해 측정하였다. 총 단백질 (25 μg)을 3% 내지 8% 트리스-아세테이트 단백질 겔 상에 로딩하고, 150 V에서 1시간 동안 실행시켰다. 이어서, 겔을 폴리비닐리덴 디플루오라이드 막으로 옮기고, 막을 절단하고, 디스트로핀을 함유하는 부분을 항-디스트로핀 항체 (압캠(Abcam) 카탈로그 # 15277) 중에서 4℃에서 밤새 인큐베이션하고, 이어서 염소 항-토끼 IgG (H+L) 양고추냉이 퍼옥시다제 접합체 (바이오-라드(Bio-Rad))를 실온에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 대조군으로서, 블롯의 나머지 부분을 항-알파-액티닌 항체 (압캠 카탈로그 # 9465)와 함께 4℃에서 밤새 인큐베이션하고, 이어서 염소 항-마우스 IgG (H+L) 양고추냉이 퍼옥시다제 접합체 (바이오-라드)와 함께 실온에서 15분 동안 인큐베이션하였다. 블롯을 ECL 웨스턴 검출 키트 (시티바(Cytiva))를 사용하여 발색시키고, 아이브라이트(iBright) 분석 소프트웨어 (써모 피셔 사이언티픽(Thermo Fisher Scientific))를 사용하여 정량화하였다. 웨스턴 블롯의 영상이 주사 2주 후에 수집된 근육 조직에 대해 도 22a (사두근), 23a (심장) 및 24a (횡격막)에 제시되고, 웨스턴 블롯의 정량화 결과가 도 22b (사두근), 23b (심장) 및 24b (횡격막)에 제시된다. 웨스턴 블롯의 영상이 주사 4주 후에 수집된 근육 조직에 대해 도 22c (사두근), 23c (심장) 및 25c (횡격막)에 제시되고, 웨스턴 블롯의 정량화 결과가 도 22d (사두근), 23d (심장) 및 24d (횡격막)에 제시된다. 각각의 웨스턴 블롯에서, 야생형 및 mdx 조직으로부터의 풀링된 단백질을 사용하여 표준 곡선을 생성하였으며, 각각의 표준에서의 백분율 야생형 (% WT) 단백질은 샘플 내의 야생형 단백질의 양을 나타낸다. 도 22a-22d는 투여 2주 및 4주 후에, Ab-ASO가 비접합된 ASO보다 더 큰 정도로 사두근 내의 디스트로핀 단백질의 증가를 용이하게 하였다는 것을 입증한다. 도 23a-23d는 투여 2주 및 4주 후에, Ab-ASO가 심장 근육 내의 디스트로핀 단백질의 증가를 용이하게 한 반면, 네이키드 ASO로 처리된 마우스로부터의 심장 근육에서는 야생형 디스트로핀이 거의 내지 전혀 측정되지 않았다는 것을 입증한다. 도 24a-24d는 투여 2주 및 4주 후에, Ab-ASO가 횡격막 근육 내의 디스트로핀 단백질의 증가를 용이하게 한 반면, 네이키드 ASO로 처리된 마우스로부터의 횡격막 근육에서는 야생형 디스트로핀이 거의 내지 전혀 측정되지 않았다는 것을 입증한다.
조직 내의 ASO 함량의 측정: 뉴트라비딘 코팅된 플레이트를 관심 ASO에 특이적인 포획 프로브로 코팅함으로써 효소-연결 면역흡착 검정 (ELISA)을 수행하였다. 프로테이나제 K 소화된 조직 용해물을 코팅된 플레이트 상에서 인큐베이션하여 관심 ASO가 포획 프로브에 결합하도록 하였다. 이어서, 플레이트를 세척하고, 미결합 포획 프로브를 미크로코쿠스 뉴클레아제로 소화시킨 후, 추가로 세척하고, 차단하였다. 디곡시게닌 HRP-접합된 항체를 첨가하여 무손상 포획 프로브에 결합시킨 다음, TMB 기질 (알앤디 시스템즈, 인크.(R&D Systems, Inc.))을 사용하여 영상화하였다. 골격근 매트릭스로 희석된 기지의 농도의 표준 곡선을 사용하여 정량화를 수행하였다. 결과는 Fab 접합체의 투여가 사두근 (도 25a), 횡격막 (도 25b) 및 심장 (도 25c) 내에서 ASO의 실질적인 축적을 달성할 수 있는 반면, 네이키드 ASO의 투여는 각각의 근육 조직에서 ASO 함량을 거의 또는 전혀 나타내지 않았다는 것을 입증한다. 이들 결과는 염수 또는 네이키드 ASO가 투여된 마우스의 근육 조직에서 ASO가 거의 또는 전혀 검출되지 않은 반면, Ab-ASO의 투여는 투여 2주 및 4주 후에 시험된 각각의 조직에서 측정가능한 양의 ASO를 생성하였다는 것을 입증한다.
실시예 19. 항-TfR1 항체에 대한 DMD 엑손 53-스킵핑 올리고뉴클레오티드의 접합은 그의 효력을 개선시킨다
엑손 53-스킵핑 올리고뉴클레오티드에 대한 항-TfR1 표적화의 효과를 시험하기 위해, 화학식 (C)의 구조를 갖는 링커를 통해 엑손 53-스킵핑 PMO에 공유 연결된 항-TfR1 Fab 항체 (3M12 VH4/Vk3)를 포함하는 복합체를 형성하였다. 2개의 엑손 53-스킵핑 PMO를 이 실시예에서 사용하였다: 서열 GTTGCCTCCGGTTCTGAAGGTGTTC (서열식별번호: 2256)를 포함하는 엑손 53 PMO-A 및 서열 CCTCCGGTTCTGAAGGTGTTC (서열식별번호: 2257)를 포함하는 엑손 53 PMO-B.
먼저, 엑손 53-스킵핑 PMO 단독을 짐노시스 흡수 후 엑손 53의 스킵핑을 용이하게 하는 그의 능력에 대해 시험하였다 (즉, 형질감염제 또는 근육 표적화를 부여하는 변형 없이). DMD 엑손 52의 결실을 보유하는 KM1328 DMD 환자 세포를 다양한 농도의 엑손 53 PMO-A 또는 엑손 53 PMO-B로 처리하고, 엑손 53 스킵핑을 측정하였다. 도 26에 제시된 바와 같이, 엑손 53 PMO-A는 엑손 53 PMO-B보다 약 2배 더 강력하였다. 용량 반응 곡선에 기초하여, 엑손 53의 50% 스킵핑을 달성하기 위해 2.5 μM의 엑손 53 PMO-A 또는 4.7 μM의 엑손 53 PMO-B의 농도가 요구되는 것으로 계산하였다.
다음에, 엑손 53 PMO-A 또는 엑손 53 PMO-B에 공유 연결된 항-TfR1 Fab를 포함하는 복합체 ("항-TfR1 Fab-ASO 복합체")를 항체에 연결되지 않은 동일한 PMO ("네이키드 ASO")와 비교하여 KM1328 DMD 환자 세포에서 엑손 53의 스킵핑을 용이하게 하는 그의 능력에 대해 시험하였다. 세포를 0.16 μM, 0.32 μM, 0.63 μM 또는 1.25 μM의 농도의 네이키드 ASO로 또는 0.16 μM, 0.32 μM, 0.63 μM 또는 1.25 μM의 ASO 등가 농도의 항-TfR1 Fab-ASO 복합체로 처리하였다. 도 27에 제시된 바와 같이, Fab-ASO 복합체는 시험된 보다 낮은 용량 (0.16 μM, 0.32 μM 및 0.63 μM)에서 엑손 53 PMO-A에 의한 유의하게 개선된 엑손 53 스킵핑의 달성을 포함하여, 각각의 시험된 농도에서 네이키드 ASO보다 더 큰 엑손 53 스킵핑을 달성하였다. 이들 결과는 엑손-스킵핑 올리고뉴클레오티드를 항-TfR1 항체에 공유 연결하는 것이 보다 낮은 용량에서 엑손-스킵핑 활성을 용이하게 할 수 있으며, 그에 의해 보다 낮은 용량에서 올리고뉴클레오티드의 효능을 가능하게 한다는 것을 입증한다.
추가의 실시양태
1. DMD 유전자의 발현 또는 활성을 촉진하도록 구성된 분자 페이로드에 공유 연결된 근육-표적화제를 포함하는 복합체로서, 여기서 근육-표적화제는 근육 세포 상의 내재화 세포 표면 수용체에 특이적으로 결합하고, 여기서 근육 표적화제는 인간화 항체이고, 여기서 항체는 하기를 포함하는 것인 복합체:
(i) 서열식별번호: 69에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(ii) 서열식별번호: 71에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(iii) 서열식별번호: 72에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(iv) 서열식별번호: 73에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 74에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(v) 서열식별번호: 73에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 75에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(vi) 서열식별번호: 76에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 74에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(vii) 서열식별번호: 76에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 75에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(viii) 서열식별번호: 77에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 78에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(ix) 서열식별번호: 79에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 80에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL); 또는
(x) 서열식별번호: 77에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 80에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL).
2. 실시양태 1에 있어서, 항체가 하기를 포함하는 것인 복합체:
(i) 서열식별번호: 69의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(ii) 서열식별번호: 71의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(iii) 서열식별번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(iv) 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(v) 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(vi) 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(vii) 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(viii) 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 78의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
(ix) 서열식별번호: 79의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 VL; 또는
(x) 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 VL.
3. 실시양태 1 또는 실시양태 2에 있어서, 항체가 전장 IgG, Fab 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편, scFv 및 Fv로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 복합체.
4. 실시양태 3에 있어서, 항체가 전장 IgG이고, 여기서 임의로 전장 IgG가 이소형 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4의 중쇄 불변 영역을 포함하는 것인 복합체.
5. 실시양태 4에 있어서, 항체가 하기를 포함하는 것인 복합체:
(i) 서열식별번호: 84에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ii) 서열식별번호: 86에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iii) 서열식별번호: 87에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iv) 서열식별번호: 88에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 89에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(v) 서열식별번호: 88에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 90에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vi) 서열식별번호: 91에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 89에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vii) 서열식별번호: 91에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 90에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(viii) 서열식별번호: 92에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 93에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ix) 서열식별번호: 94에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 95에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄; 또는
(x) 서열식별번호: 92에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 95에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
6. 실시양태 3에 있어서, 항체가 Fab 단편인 복합체.
7. 실시양태 6에 있어서, 항체가 하기를 포함하는 것인 복합체:
(i) 서열식별번호: 97에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ii) 서열식별번호: 98에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iii) 서열식별번호: 99에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iv) 서열식별번호: 100에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 89에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(v) 서열식별번호: 100에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 90에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vi) 서열식별번호: 101에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 89에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vii) 서열식별번호: 101에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 90에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(viii) 서열식별번호: 102에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 93에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ix) 서열식별번호: 103에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 95에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄; 또는
(x) 서열식별번호: 102에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 95에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
8. 실시양태 6 또는 실시양태 7에 있어서, 항체가 하기를 포함하는 것인 복합체:
(i) 서열식별번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ii) 서열식별번호: 98의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iii) 서열식별번호: 99의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(iv) 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(v) 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vi) 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(vii) 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(viii) 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
(ix) 서열식별번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄; 또는
(x) 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
9. 실시양태 1 내지 8 중 어느 하나에 있어서, 트랜스페린 수용체에 대한 항체의 결합의 평형 해리 상수 (KD)가 10-11 M 내지 10-6 M의 범위인 복합체.
10. 실시양태 1 내지 9 중 어느 하나에 있어서, 항체가 트랜스페린 수용체의 트랜스페린 결합 부위에 특이적으로 결합하지 않고/거나 근육-표적화 항체가 트랜스페린 수용체에 대한 트랜스페린의 결합을 억제하지 않는 것인 복합체.
11. 실시양태 1 내지 10 중 어느 하나에 있어서, 항체가 인간, 비-인간 영장류 및 설치류 트랜스페린 수용체 중 2종 이상의 세포외 에피토프와 교차-반응성인 복합체.
12. 실시양태 1 내지 11 중 어느 하나에 있어서, 근육 세포 내로의 분자 페이로드의 트랜스페린 수용체 매개 내재화를 촉진하도록 구성된 복합체.
13. 실시양태 1 내지 12 중 어느 하나에 있어서, 항체가 키메라 항체이고, 임의로 여기서 키메라 항체는 인간화 모노클로날 항체인 복합체.
14. 실시양태 1 내지 13 중 어느 하나에 있어서, 항체가 ScFv, Fab 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편 또는 Fv 단편의 형태인 복합체.
15. 실시양태 1 내지 14 중 어느 하나에 있어서, 분자 페이로드가 올리고뉴클레오티드인 복합체.
16. 실시양태 15에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 표 14에 열거된 서열을 포함하는 것인 복합체.
16.1. 실시양태 15에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나를 포함하거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대해 상보적인 복합체.
17. 실시양태 16 또는 실시양태 16.1에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 돌연변이된 DMD 대립유전자에 대한 상보성 영역을 포함하는 것인 복합체.
18. 실시양태 1 내지 14 중 어느 하나에 있어서, 분자 페이로드가 폴리펩티드인 복합체.
19. 실시양태 18에 있어서, 폴리펩티드가 디스트로핀 단백질의 기능적 단편인 복합체.
20. 실시양태 15 내지 17 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 모노- 또는 멀티-엑손 스킵핑에 의해 DMD 대립유전자 내의 말단절단 돌연변이를 억제하도록 구성된 것인 복합체.
21. 실시양태 15 내지 17 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 안티센스-매개 엑손 스킵핑을 촉진하여 인-프레임 디스트로핀 mRNA를 생산하는 것인 복합체.
22. 실시양태 21에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 엑손 8 내지 엑손 55, 임의로 엑손 23 내지 엑손 53의 범위에서의 DMD의 엑손 스킵핑을 촉진하는 것인 복합체.
23. 실시양태 22에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 엑손 8, 엑손 23, 엑손 44, 엑손 45, 엑손 50, 엑손 51, 엑손 52, 엑손 53 및/또는 엑손 55의 스킵핑을 촉진하는 것인 복합체.
24. 실시양태 21에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 엑손 51의 스킵핑을 촉진하는 것인 복합체.
25. 실시양태 24에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 엑손 44 내지 엑손 53의 범위에서의 다수의 엑손 스킵핑을 촉진하는 것인 복합체.
26. 실시양태 15 내지 17 또는 20 내지 25 중 어느 하나에서, 올리고뉴클레오티드가 적어도 1개의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 것인 복합체.
27. 실시양태 26에 있어서, 적어도 1개의 변형된 뉴클레오티드간 연결이 포스포로티오에이트 연결인 복합체.
28. 실시양태 27에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 Rp 입체화학적 입체형태 및/또는 Sp 입체화학적 입체형태의 포스포로티오에이트 연결을 포함하는 것인 복합체.
29. 실시양태 28에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 모두 Rp 입체화학적 입체형태 또는 모두 Sp 입체화학적 입체형태인 포스포로티오에이트 연결을 포함하는 것인 복합체.
30. 실시양태 15 내지 17 또는 20 내지 29 중 어느 하나에서, 올리고뉴클레오티드가 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 복합체.
31. 실시양태 30에 있어서, 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드가 2'-변형된 뉴클레오티드인 복합체.
32. 실시양태 15 내지 17 또는 20 내지 31 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 세포에서 DMD 발현을 음성 조절하는 miRNA의 RNAse H-매개 절단을 지시하는 갭머 올리고뉴클레오티드이고, 임의로 여기서 miRNA는 miR-31인 복합체.
33. 실시양태 32에 있어서, 갭머 올리고뉴클레오티드가 2 내지 8개의 변형된 뉴클레오티드의 윙이 플랭킹된 5 내지 15개의 데옥시리보뉴클레오티드의 중심 부분을 포함하는 것인 복합체.
34. 실시양태 33에 있어서, 윙의 변형된 뉴클레오티드가 2'-변형된 뉴클레오티드인 복합체.
35. 실시양태 15 내지 17 또는 20 내지 31 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 믹스머 올리고뉴클레오티드인 복합체.
36. 실시양태 35에 있어서, 믹스머 올리고뉴클레오티드가 엑손 스킵핑을 촉진하는 것인 복합체.
37. 실시양태 35 또는 36에 있어서, 믹스머 올리고뉴클레오티드가 2개 이상의 상이한 2' 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 복합체.
38. 실시양태 15 내지 17 또는 20 내지 31 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 세포에서 DMD 발현을 음성 조절하는 miRNA의 RNAi-매개 절단을 촉진하는 RNAi 올리고뉴클레오티드이고, 임의로 여기서 miRNA는 miR-31인 복합체.
39. 실시양태 38에 있어서, RNAi 올리고뉴클레오티드가 19 내지 25개의 뉴클레오티드 길이의 이중 가닥 올리고뉴클레오티드인 복합체.
40. 실시양태 38 또는 39에 있어서, RNAi 올리고뉴클레오티드가 적어도 1개의 2' 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 것인 복합체.
41. 실시양태 31, 34, 37 또는 40 중 어느 하나에 있어서, 각각의 2' 변형된 뉴클레오티드가 2'-O-메틸, 2'-플루오로 (2'-F), 2'-O-메톡시에틸 (2'-MOE) 및 2',4'-가교 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 복합체.
42. 실시양태 30에 있어서, 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드가 가교 뉴클레오티드인 복합체.
43. 실시양태 31, 34, 37 또는 40 중 어느 하나에 있어서, 적어도 1개의 2' 변형된 뉴클레오티드가 2',4'-구속성 2'-O-에틸 (cEt) 및 잠금 핵산 (LNA) 뉴클레오티드로부터 선택된 2',4'-가교 뉴클레오티드인 복합체.
44. 실시양태 15 내지 17 또는 20 내지 31 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 게놈 편집 뉴클레아제에 대한 가이드 서열을 포함하는 것인 복합체.
45. 실시양태 15 내지 17 또는 20 내지 31 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머인 복합체.
46. 실시양태 1 내지 45 중 어느 하나에 있어서, 근육-표적화제가 절단가능한 링커를 통해 분자 페이로드에 공유 연결된 것인 복합체.
47. 실시양태 46에 있어서, 절단가능한 링커가 프로테아제-감수성 링커, pH-감수성 링커 및 글루타티온-감수성 링커로부터 선택된 것인 복합체.
48. 실시양태 47에 있어서, 절단가능한 링커가 프로테아제-감수성 링커인 복합체.
49. 실시양태 48에 있어서, 프로테아제-감수성 링커가 리소솜 프로테아제 및/또는 엔도솜 프로테아제에 의해 절단가능한 서열을 포함하는 것인 복합체.
50. 실시양태 48에 있어서, 프로테아제-감수성 링커가 발린-시트룰린 디펩티드 서열을 포함하는 것인 복합체.
51. 실시양태 47에 있어서, 링커가 4 내지 6의 범위의 pH에서 절단되는 pH-감수성 링커인 복합체.
52. 실시양태 1 내지 45 중 어느 하나에 있어서, 근육-표적화제가 비-절단가능한 링커를 통해 분자 페이로드에 공유 연결된 것인 복합체.
53. 실시양태 52에 있어서, 비-절단가능한 링커가 알칸 링커인 복합체.
54. 실시양태 1 내지 53 중 어느 하나에 있어서, 항체가, 올리고뉴클레오티드가 공유 연결된 비-천연 아미노산을 포함하는 것인 복합체.
55. 실시양태 1 내지 53 중 어느 하나에 있어서, 항체가 항체의 리신 잔기 또는 시스테인 잔기에 대한 접합을 통해 올리고뉴클레오티드에 공유 연결된 것인 복합체.
56. 실시양태 55에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 말레이미드-함유 링커를 통해 항체의 시스테인에 접합되고, 임의로 여기서 말레이미드-함유 링커는 말레이미도카프로일 또는 말레이미도메틸 시클로헥산-1-카르복실레이트 기를 포함하는 것인 복합체.
57. 실시양태 1 내지 56 중 어느 하나에 있어서, 항체가, 올리고뉴클레오티드가 공유 연결되는 적어도 1개의 당 모이어티를 포함하는 글리코실화 항체인 복합체.
58. 실시양태 57에 있어서, 당 모이어티가 분지형 만노스인 복합체.
59. 실시양태 57 또는 58에 있어서, 항체가 별개의 올리고뉴클레오티드에 각각 공유 연결되는 1 내지 4개의 당 모이어티를 포함하는 글리코실화 항체인 복합체.
60. 실시양태 57에 있어서, 항체가 완전-글리코실화 항체인 복합체.
61. 실시양태 57에 있어서, 항체가 부분-글리코실화 항체인 복합체.
62. 실시양태 61에 있어서, 부분-글리코실화 항체가 화학적 또는 효소적 수단을 통해 생산된 것인 복합체.
63. 실시양태 61에 있어서, 부분-글리코실화 항체가 N- 또는 O-글리코실화 경로 내의 효소가 결핍된 세포에서 생산된 것인 복합체.
64. 트랜스페린 수용체를 발현하는 세포를 실시양태 1 내지 63 중 어느 하나의 복합체와 접촉시키는 것을 포함하는, 트랜스페린 수용체를 발현하는 세포에 분자 페이로드를 전달하는 방법.
65. 실시양태 1 내지 63 중 어느 하나의 복합체를 세포에 대한 분자 페이로드의 내재화를 촉진하는 데 유효한 양으로 세포와 접촉시키는 것을 포함하는, 세포에서 DMD 단백질의 발현 또는 활성을 촉진하는 방법.
66. 실시양태 65에 있어서, 세포가 시험관내 세포인 방법.
67. 실시양태 65에 있어서, 세포가 대상체 내의 세포인 방법.
68. 실시양태 67에 있어서, 대상체가 인간인 방법.
69. 디스트로핀병증과 연관된 돌연변이된 DMD 대립유전자를 갖는 대상체에게 유효량의 실시양태 1 내지 63 중 어느 하나의 복합체를 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법.
70. 세포에 유효량의 실시양태 1 내지 63 중 어느 하나의 복합체를 투여하는 것을 포함하는, 세포에서 DMD mRNA 전사체의 엑손 스킵핑을 촉진하는 방법.
71. 실시양태 70에 있어서, DMD mRNA 전사체의 엑손 8, 엑손 23, 엑손 44, 엑손 45, 엑손 50, 엑손 51, 엑손 52, 엑손 53 및/또는 엑손 55의 스킵핑을 촉진하는 방법.
72. 실시양태 70 또는 71에 있어서, DMD mRNA 전사체의 엑손 51의 스킵핑을 촉진하는 방법.
73. DMD 유전자의 발현 또는 활성을 촉진하도록 구성된 분자 페이로드에 공유 연결된 항-트랜스페린 수용체 (TfR) 항체를 포함하는 복합체로서, 여기서 항체는 하기를 포함하는 것인 복합체:
(i) 서열식별번호: 76에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 75에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(ii) 서열식별번호: 69에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(iii) 서열식별번호: 71에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(iv) 서열식별번호: 72에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(v) 서열식별번호: 73에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 74에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(vi) 서열식별번호: 73에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 75에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(vii) 서열식별번호: 76에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 74에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(viii) 서열식별번호: 77에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 78에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
(ix) 서열식별번호: 79에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 80에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL); 또는
(x) 서열식별번호: 77에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 80에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL).
73. DMD 유전자의 발현 또는 활성을 촉진하도록 구성된 분자 페이로드에 공유 연결된 항-트랜스페린 수용체 (TfR) 항체를 포함하는 복합체로서, 여기서 항-TfR 항체는 번역후 변형으로부터 생성된 피로글루타메이트 형성을 겪은 것인 복합체.
등가물 및 용어
본원에 예시적으로 기재된 본 개시내용은 본원에 구체적으로 개시되지 않은 임의의 요소 또는 요소들, 제한 또는 제한들의 부재 하에 적합하게 실시될 수 있다. 따라서, 예를 들어 본원의 각각의 예에서, 용어 "포함하는", "로 본질적으로 이루어진" 및 "로 이루어진" 중 임의의 용어는 다른 두 용어 중 어느 하나로 대체될 수 있다. 사용된 용어 및 표현은 제한이 아닌 설명의 용어로서 사용되었으며, 이러한 용어 및 표현의 사용에 있어서 제시 및 기재된 특색 또는 그의 부분의 임의의 등가물을 배제하려는 의도는 없지만, 본 개시내용의 범주 내에서 다양한 변형이 가능한 것으로 인식된다. 따라서, 본 개시내용이 바람직한 실시양태에 의해 구체적으로 개시되었지만, 본원에 개시된 개념의 임의적인 특색, 변형 및 변경이 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 재분류될 수 있고, 이러한 변형 및 변경이 본 개시내용의 범주 내에 있는 것으로 간주된다고 이해될 것이다.
추가로, 본 개시내용의 특색 또는 측면이 마쿠쉬 군 또는 다른 대안적 군의 면에서 기재되는 경우에, 관련 기술분야의 통상의 기술자는 본 개시내용이 또한 마쿠쉬 군 또는 다른 군의 임의의 개별 구성원 또는 구성원의 하위군의 면에서 기재된다는 것을 인식할 것이다.
일부 실시양태에서, 서열 목록에 제시된 서열은 올리고뉴클레오티드 또는 다른 핵산의 구조를 기재하는 데 언급될 수 있는 것으로 인지될 것이다. 이러한 실시양태에서, 실제 올리고뉴클레오티드 또는 다른 핵산은 명시된 서열과 본질적으로 동일하거나 유사한 상보적 특성을 보유하면서 명시된 서열과 비교하여 1개 이상의 대안적 뉴클레오티드 (예를 들어, DNA 뉴클레오티드의 RNA 대응부 또는 RNA 뉴클레오티드의 DNA 대응부) 및/또는 (예를 들어, 및) 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드 및/또는 (예를 들어, 및) 1개 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결 및/또는 (예를 들어, 및) 1개 이상의 다른 변형을 가질 수 있다.
본 발명을 기재하는 문맥에서 (특히 하기 청구범위의 문맥에서) 단수 용어 및 유사한 지시대상의 사용은 본원에 달리 나타내지 않는 한 또는 문맥에 의해 명확하게 모순되지 않는 한, 단수 및 복수 둘 다를 포괄하는 것으로 해석될 것이다. 용어 "포함하는", "갖는", "포함한" 및 "함유하는"은 달리 나타내지 않는 한 개방형 용어 (즉, "포함하나 이에 제한되지는 않음"을 의미함)로서 해석될 것이다. 본원에서 값의 범위에 대한 언급은 본원에 달리 나타내지 않는 한, 단지 상기 범위 내에 속하는 각각의 개별 값을 개별적으로 지칭하는 약칭 방법으로서 제공되는 것으로 의도되고, 각각의 개별 값은 본원에 개별적으로 열거된 것처럼 본 명세서에 포함된다. 본원에 기재된 모든 방법은 본원에 달리 나타내지 않는 한 또는 문맥에 의해 달리 명확하게 모순되지 않는 한 임의의 적합한 순서로 수행될 수 있다. 본원에 제공된 임의의 및 모든 예 또는 예시적인 어휘 (예를 들어, "예컨대")의 사용은 단지 본 발명을 보다 잘 예시하는 것으로 의도되며, 달리 청구되지 않는 한 본 발명의 범주에 대한 제한을 부과하지 않는다. 본 명세서의 어떠한 어휘도 임의의 청구되지 않은 요소가 본 발명의 실시에 필수적인 것임을 나타내는 것으로 해석되어서는 안된다.
본 발명의 실시양태가 본원에 기재된다. 이들 실시양태의 변경은 상기 설명을 읽으면 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 분명해질 수 있다.
본 발명자들은 통상의 기술자가 이러한 변경을 적절하게 사용할 것으로 예상하고, 본 발명자들은 본 발명이 본원에 구체적으로 기재된 것과 달리 실시되는 것을 의도한다. 따라서, 본 발명은 적용가능한 법에 의해 허용되는 바와 같은 본원에 첨부된 청구범위에 언급된 대상의 모든 변형 및 등가물을 포함한다. 더욱이, 모든 가능한 변경에서 상기 기재된 요소들의 임의의 조합은 본원에 달리 나타내지 않는 한 또는 문맥에 의해 달리 명확하게 모순되지 않는 한 본 발명에 의해 포괄된다. 관련 기술분야의 통상의 기술자는 단지 상용에 지나지 않는 실험을 사용하여, 본원에 기재된 본 발명의 구체적 실시양태에 대한 많은 등가물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 하기 청구범위에 포괄되는 것으로 의도된다.
SEQUENCE LISTING <110> Dyne Therapeutics, Inc. <120> MUSCLE TARGETING COMPLEXES AND USES THEREOF FOR TREATING DYSTROPHINOPATHIES <130> D0824.70040WO00 <140> Not Yet Assigned <141> Concurrently Herewith <150> US 63/055,777 <151> 2020-07-23 <150> US 63/069,077 <151> 2020-08-23 <150> US 63/143,829 <151> 2021-01-30 <160> 2287 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1 Gly Phe Asn Ile Lys Asp Asp Tyr 1 5 <210> 2 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2 Ile Asp Pro Glu Asn Gly Asp Thr 1 5 <210> 3 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 3 Thr Leu Trp Leu Arg Arg Gly Leu Asp Tyr 1 5 10 <210> 4 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 4 Lys Ser Leu Leu His Ser Asn Gly Tyr Thr Tyr 1 5 10 <210> 5 <211> 3 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 5 Arg Met Ser 1 <210> 6 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence 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cagatcttga tttccttaga 10740 gagtgaggaa agaggggagc tagagagaat cctagcagat cttgaggaag aaaacaggaa 10800 tctgcaagca gaatatgacc gtctaaagca gcagcacgaa cataaaggcc tgtccccact 10860 gccgtcccct cctgaaatga tgcccacctc tccccagagt ccccgggatg ctgagctcat 10920 tgctgaggcc aagctactgc gtcaacacaa aggccgcctg gaagccagga tgcaaatcct 10980 ggaagaccac aataaacagc tggagtcaca gttacacagg ctaaggcagc tgctggagca 11040 accccaggca gaggccaaag tgaatggcac aacggtgtcc tctccttcta cctctctaca 11100 gaggtccgac agcagtcagc ctatgctgct ccgagtggtt ggcagtcaaa cttcggactc 11160 catgggtgag gaagatcttc tcagtcctcc ccaggacaca agcacagggt tagaggaggt 11220 gatggagcaa ctcaacaact ccttccctag ttcaagagga agaaataccc ctggaaagcc 11280 aatgagagag gacacaatgt aggaagtctt ttccacatgg cagatgattt gggcagagcg 11340 atggagtcct tagtatcagt catgacagat gaagaaggag cagaataaat gttttacaac 11400 tcctgattcc cgcatggttt ttataatatt catacaacaa agaggattag acagtaagag 11460 tttacaagaa ataaatctat atttttgtga agggtagtgg tattatactg tagatttcag 11520 tagtttctaa gtctgttatt gttttgttaa caatggcagg ttttacacgt ctatgcaatt 11580 gtacaaaaaa gttataagaa aactacatgt aaaatcttga tagctaaata acttgccatt 11640 tctttatatg gaacgcattt tgggttgttt aaaaatttat aacagttata aagaaagatt 11700 gtaaactaaa gtgtgcttta taaaaaaaag ttgtttataa aaacccctaa aaacaaaaca 11760 aacacacaca cacacacata cacacacaca cacaaaactt tgaggcagcg cattgttttg 11820 catccttttg gcgtgatatc catatgaaat tcatggcttt ttcttttttt gcatattaaa 11880 gataagactt cctctaccac cacaccaaat gactactaca cactgctcat ttgagaactg 11940 tcagctgagt ggggcaggct tgagttttca tttcatatat ctatatgtct ataagtatat 12000 aaatactata gttatataga taaagagata cgaatttcta tagactgact ttttccattt 12060 tttaaatgtt catgtcacat cctaatagaa agaaattact tctagtcagt catccaggct 12120 tacctgcttg gtctagaatg gatttttccc ggagccggaa gccaggagga aactacacca 12180 cactaaaaca ttgtctacag ctccagatgt ttctcatttt aaacaacttt ccactgacaa 12240 cgaaagtaaa gtaaagtatt ggattttttt aaagggaaca tgtgaatgaa tacacaggac 12300 ttattatatc agagtgagta atcggttggt tggttgattg attgattgat tgatacattc 12360 agcttcctgc tgctagcaat gccacgattt agatttaatg atgcttcagt ggaaatcaat 12420 cagaaggtat tctgaccttg tgaacatcag aaggtatttt ttaactccca agcagtagca 12480 ggacgatgat agggctggag ggctatggat tcccagccca tccctgtgaa ggagtaggcc 12540 actctttaag tgaaggattg gatgattgtt cataatacat aaagttctct gtaattacaa 12600 ctaaattatt atgccctctt ctcacagtca aaaggaactg ggtggtttgg tttttgttgc 12660 ttttttagat ttattgtccc atgtgggatg agtttttaaa tgccacaaga cataatttaa 12720 aataaataaa ctttgggaaa aggtgtaaaa cagtagcccc atcacatttg tgatactgac 12780 aggtatcaac ccagaagccc atgaactgtg tttccatcct ttgcatttct ctgcgagtag 12840 ttccacacag gtttgtaagt aagtaagaaa gaaggcaaat tgattcaaat gttacaaaaa 12900 aacccttctt ggtggattag acaggttaaa tatataaaca aacaaacaaa aattgctcaa 12960 aaaagaggag aaaagctcaa gaggaaaagc taaggactgg taggaaaaag ctttactctt 13020 tcatgccatt ttatttcttt ttgattttta aatcattcat tcaatagata ccaccgtgtg 13080 acctataatt ttgcaaatct gttacctctg acatcaagtg taattagctt ttggagagtg 13140 ggctgacatc aagtgtaatt agcttttgga gagtgggttt tgtccattat taataattaa 13200 ttaattaaca tcaaacacgg cttctcatgc tatttctacc tcactttggt tttggggtgt 13260 tcctgataat tgtgcacacc tgagttcaca gcttcaccac ttgtccattg cgttattttc 13320 tttttccttt ataattcttt ctttttcctt cataattttc aaaagaaaac ccaaagctct 13380 aaggtaacaa attaccaaat tacatgaaga tttggttttt gtcttgcatt tttttccttt 13440 atgtgacgct ggaccttttc tttacccaag gatttttaaa actcagattt aaaacaaggg 13500 gttactttac atcctactaa gaagtttaag taagtaagtt tcattctaaa atcagaggta 13560 aatagagtgc ataaataatt ttgttttaat ctttttgttt ttcttttaga cacattagct 13620 ctggagtgag tctgtcataa tatttgaaca aaaattgaga gctttattgc tgcattttaa 13680 gcataattaa tttggacatt atttcgtgtt gtgttcttta taaccaccaa gtattaaact 13740 gtaaatcata atgtaactga agcataaaca tcacatggca tgttttgtca ttgttttcag 13800 gtactgagtt cttacttgag tatcataata tattgtgttt taacaccaac actgtaacat 13860 ttacgaatta tttttttaaa cttcagtttt actgcatttt cacaacatat cagacttcac 13920 caaatatatg ccttactatt gtattatagt actgctttac tgtgtatctc aataaagcac 13980 gcagttatgt tac 13993 <210> 2240 <211> 182 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2240 atgttgatac cacctatcca gataagaagt ccatcttaat gtacatcaca tcactcttcc 60 aagttttgcc tcaacaagtg agcattgaag ccatccagga agtggaaatg ttgccaaggc 120 cacctaaagt gactaaagaa gaacattttc agttacatca tcaaatgcac tattctcaac 180 ag 182 <210> 2241 <211> 213 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2241 gctttacaaa gttctctgca agagcaacaa agtggcctat actatctcag caccactgtg 60 aaagagatgt cgaagaaagc gccctctgaa attagccgga aatatcaatc agaatttgaa 120 gaaattgagg gacgctggaa gaagctctcc tcccagctgg ttgagcattg tcaaaagcta 180 gaggagcaaa tgaataaact ccgaaaaatt cag 213 <210> 2242 <211> 173 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2242 aatataaaag atagtctaca acaaagctca ggtcggattg acattattca tagcaagaag 60 acagcagcat tgcaaagtgc aacgcctgtg gaaagggtga agctacagga agctctctcc 120 cagcttgatt tccaatggga aaaagttaac aaaatgtaca aggaccgaca agg 173 <210> 2243 <211> 148 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2243 gcgatttgac agatctgttg agaaatggcg gcgttttcat tatgatataa agatatttaa 60 tcagtggcta acagaagctg aacagtttct cagaaagaca caaattcctg agaattggga 120 acatgctaaa tacaaatggt atcttaag 148 <210> 2244 <211> 176 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2244 gaactccagg atggcattgg gcagcggcaa actgttgtca gaacattgaa tgcaactggg 60 gaagaaataa ttcagcaatc ctcaaaaaca gatgccagta ttctacagga aaaattggga 120 agcctgaatc tgcggtggca ggaggtctgc aaacagctgt cagacagaaa aaagag 176 <210> 2245 <211> 148 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2245 gctagaagaa caaaagaata tcttgtcaga atttcaaaga gatttaaatg aatttgtttt 60 atggttggag gaagcagata acattgctag tatcccactt gaacctggaa aagagcagca 120 actaaaagaa aagcttgagc aagtcaag 148 <210> 2246 <211> 109 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2246 aggaagttag aagatctgag ctctgagtgg aaggcggtaa accgtttact tcaagagctg 60 agggcaaagc agcctgacct agctcctgga ctgaccacta ttggagcct 109 <210> 2247 <211> 233 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2247 ctcctactca gactgttact ctggtgacac aacctgtggt tactaaggaa actgccatct 60 ccaaactaga aatgccatct tccttgatgt tggaggtacc tgctctggca gatttcaacc 120 gggcttggac agaacttacc gactggcttt ctctgcttga tcaagttata aaatcacaga 180 gggtgatggt gggtgacctt gaggatatca acgagatgat catcaagcag aag 233 <210> 2248 <211> 118 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2248 gcaacaatgc aggatttgga acagaggcgt ccccagttgg aagaactcat taccgctgcc 60 caaaatttga aaaacaagac cagcaatcaa gaggctagaa caatcattac ggatcgaa 118 <210> 2249 <211> 212 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2249 ttgaaagaat tcagaatcag tgggatgaag tacaagaaca ccttcagaac cggaggcaac 60 agttgaatga aatgttaaag gattcaacac aatggctgga agctaaggaa gaagctgagc 120 aggtcttagg acaggccaga gccaagcttg agtcatggaa ggagggtccc tatacagtag 180 atgcaatcca aaagaaaatc acagaaacca ag 212 <210> 2250 <211> 190 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2250 ggtgagtgag cgagaggctg ctttggaaga aactcataga ttactgcaac agttccccct 60 ggacctggaa aagtttcttg cctggcttac agaagctgaa acaactgcca atgtcctaca 120 ggatgctacc cgtaaggaaa ggctcctaga agactccaag ggagtaaaag agctgatgaa 180 acaatggcaa 190 <210> 2251 <211> 21 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2251 ccuccgguuc ugaagguguu c 21 <210> 2252 <211> 18 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2252 cgcugcccaa ugccaucc 18 <210> 2253 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2253 caacttcagc catccatttc tg 22 <210> 2254 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2254 tcaaggaaga tggcatttct 20 <210> 2255 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2255 caatgccatc ctggagttcc tg 22 <210> 2256 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2256 gttgcctccg gttctgaagg tgttc 25 <210> 2257 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2257 cctccggttc tgaaggtgtt c 21 <210> 2258 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2258 cgctgcccaa tgccatcc 18 <210> 2259 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2259 agaaatgcca tcttccttga 20 <210> 2260 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2260 caggaactcc aggatggcat tg 22 <210> 2261 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2261 gaacaccttc agaaccggag gcaac 25 <210> 2262 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2262 gaacaccttc agaaccggag g 21 <210> 2263 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2263 ggatggcatt gggcagcg 18 <210> 2264 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2264 cacatctttg atggtgtgag g 21 <210> 2265 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2265 Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr Trp Met His 1 5 10 <210> 2266 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2266 Glu Ile Asn Pro Ile Asn Gly Arg Ser Asn Tyr Gly Glu Arg Phe Lys 1 5 10 15 Thr <210> 2267 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2267 Gly Thr Arg Ala Met His Tyr 1 5 <210> 2268 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2268 Arg Thr Ser Glu Asn Ile Tyr Asn Asn Leu Ala 1 5 10 <210> 2269 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2269 Ala Ala Thr Asn Leu Ala Asp 1 5 <210> 2270 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2270 Gln His Phe Trp Gly Thr Pro Leu Thr Phe 1 5 10 <210> 2271 <211> 116 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2271 Gln Val Gln Leu Gln Gln Pro Gly Ala Glu Leu Val Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Val Lys Gln Arg Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Glu Ile Asn Pro Ile Asn Gly Arg Ser Asn Tyr Gly Glu Arg Phe 50 55 60 Lys Thr Lys Ala Thr Leu Thr Val Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Gln Leu Ser Ser Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Gly Thr Arg Ala Met His Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Ser Val 100 105 110 Thr Val Ser Ser 115 <210> 2272 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2272 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ala Ser Leu Ser Val Ser Val Gly 1 5 10 15 Glu Thr Val Thr Ile Thr Cys Arg Thr Ser Glu Asn Ile Tyr Asn Asn 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Gln Gly Lys Ser Pro Gln Leu Leu Val 35 40 45 Tyr Ala Ala Thr Asn Leu Ala Asp Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Gln Tyr Ser Leu Lys Ile Asn Ser Leu Gln Ser 65 70 75 80 Glu Asp Phe Gly Asn Tyr Tyr Cys Gln His Phe Trp Gly Thr Pro Leu 85 90 95 Thr Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys 100 105 <210> 2273 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2273 Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr Trp Met His 1 5 <210> 2274 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2274 Glu Ile Asn Pro Ile Asn Gly Arg Ser Asn Tyr Ala Gln Lys Phe Gln 1 5 10 15 Gly <210> 2275 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2275 Glu Ile Asn Pro Ile Asn Gly Arg Ser Asn Tyr Ala Glu Lys Phe Gln 1 5 10 15 Gly <210> 2276 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2276 Glu Ile Asn Pro Ile Gln Gly Arg Ser Asn Tyr Ala Glu Lys Phe Gln 1 5 10 15 Gly <210> 2277 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2277 Ala Ala Thr Asn Leu Ala Glu 1 5 <210> 2278 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2278 Arg Thr Ser Glu Asn Ile Tyr Ser Asn Leu Ala 1 5 10 <210> 2279 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2279 Ala Gly Thr Asn Leu Ala Asp 1 5 <210> 2280 <211> 116 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2280 Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met 35 40 45 Gly Glu Ile Asn Pro Ile Asn Gly Arg Ser Asn Tyr Ala Gln Lys Phe 50 55 60 Gln Gly Arg Val Thr Leu Thr Val Asp Thr Ser Ile Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Gly Thr Arg Ala Met His Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val 100 105 110 Thr Val Ser Ser 115 <210> 2281 <211> 116 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2281 Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Glu Ile Asn Pro Ile Asn Gly Arg Ser Asn Tyr Ala Glu Lys Phe 50 55 60 Gln Gly Arg Val Thr Leu Thr Val Asp Thr Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Arg Leu Arg Ser Asp Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Gly Thr Arg Ala Met His Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val 100 105 110 Thr Val Ser Ser 115 <210> 2282 <211> 116 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2282 Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met 35 40 45 Gly Glu Ile Asn Pro Ile Gln Gly Arg Ser Asn Tyr Ala Glu Lys Phe 50 55 60 Gln Gly Arg Val Thr Leu Thr Val Asp Thr Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Gly Thr Arg Ala Met His Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val 100 105 110 Thr Val Ser Ser 115 <210> 2283 <211> 116 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2283 Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asn Tyr 20 25 30 Trp Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met 35 40 45 Gly Glu Ile Asn Pro Ile Asn Gly Arg Ser Asn Tyr Ala Glu Lys Phe 50 55 60 Gln Gly Arg Val Thr Leu Thr Val Asp Thr Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Gly Thr Arg Ala Met His Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val 100 105 110 Thr Val Ser Ser 115 <210> 2284 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2284 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Thr Ser Glu Asn Ile Tyr Asn Asn 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ser Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Thr Asn Leu Ala Asp Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln His Phe Trp Gly Thr Pro Leu 85 90 95 Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys 100 105 <210> 2285 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2285 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Thr Ser Glu Asn Ile Tyr Asn Asn 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Thr Asn Leu Ala Asp Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln His Phe Trp Gly Thr Pro Leu 85 90 95 Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys 100 105 <210> 2286 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2286 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Thr Ser Glu Asn Ile Tyr Asn Asn 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Ala Thr Asn Leu Ala Glu Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln His Phe Trp Gly Thr Pro Leu 85 90 95 Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys 100 105 <210> 2287 <211> 107 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 2287 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Thr Ser Glu Asn Ile Tyr Ser Asn 20 25 30 Leu Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Ala Gly Thr Asn Leu Ala Asp Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Phe Ala Asn Tyr Tyr Cys Gln His Phe Trp Gly Thr Pro Leu 85 90 95 Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys 100 105

Claims (28)

  1. DMD 유전자의 발현 또는 활성을 촉진하도록 구성된 분자 페이로드에 공유 연결된 항-트랜스페린 수용체 (TfR) 항체를 포함하는 복합체로서, 여기서 항체는 하기를 포함하는 것인 복합체:
    (i) 서열식별번호: 76에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 75에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
    (ii) 서열식별번호: 69에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
    (iii) 서열식별번호: 71에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
    (iv) 서열식별번호: 72에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 70에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
    (v) 서열식별번호: 73에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 74에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
    (vi) 서열식별번호: 73에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 75에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
    (vii) 서열식별번호: 76에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 74에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
    (viii) 서열식별번호: 77에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 78에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL);
    (ix) 서열식별번호: 79에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 80에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL); 또는
    (x) 서열식별번호: 77에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 (VH); 및/또는 서열식별번호: 80에 대해 적어도 95% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 (VL).
  2. 제1항에 있어서, 항체가 하기를 포함하는 것인 복합체:
    (i) 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
    (ii) 서열식별번호: 69의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
    (iii) 서열식별번호: 71의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
    (iv) 서열식별번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 70의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
    (v) 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
    (vi) 서열식별번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
    (vii) 서열식별번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
    (viii) 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 78의 아미노산 서열을 포함하는 VL;
    (ix) 서열식별번호: 79의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 VL; 또는
    (x) 서열식별번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 VH 및 서열식별번호: 80의 아미노산 서열을 포함하는 VL.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 항체가 Fab 단편, Fab' 단편, F(ab')2 단편, scFv, Fv 및 전장 IgG로 이루어진 군으로부터 선택된 것인 복합체.
  4. 제3항에 있어서, 항체가 Fab 단편인 복합체.
  5. 제4항에 있어서, 항체가 하기를 포함하는 것인 복합체:
    (i) 서열식별번호: 101에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 90에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (ii) 서열식별번호: 97에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (iii) 서열식별번호: 98에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (iv) 서열식별번호: 99에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 85에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (v) 서열식별번호: 100에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 89에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (vi) 서열식별번호: 100에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 90에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (vii) 서열식별번호: 101에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 89에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (viii) 서열식별번호: 102에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 93에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (ix) 서열식별번호: 103에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 95에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄; 또는
    (x) 서열식별번호: 102에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및/또는 서열식별번호: 95에 대해 적어도 85% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
  6. 제4항 또는 제5항에 있어서, 항체가 하기를 포함하는 것인 복합체:
    (i) 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (ii) 서열식별번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (iii) 서열식별번호: 98의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (iv) 서열식별번호: 99의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (v) 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (vi) 서열식별번호: 100의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 90의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (vii) 서열식별번호: 101의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 89의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (viii) 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄;
    (ix) 서열식별번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄; 또는
    (x) 서열식별번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄; 및 서열식별번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 트랜스페린 수용체의 트랜스페린 결합 부위에 특이적으로 결합하지 않고/거나 근육-표적화 항체가 트랜스페린 수용체에 대한 트랜스페린의 결합을 억제하지 않는 것인 복합체.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 분자 페이로드가 올리고뉴클레오티드인 복합체.
  9. 제8항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 DMD RNA에서 엑손 스킵핑을 촉진하는 것인 복합체.
  10. 제9항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 DMD의 엑손의 엑손 8 내지 엑손 55의 범위에서의 스킵핑을 촉진하는 것인 복합체.
  11. 제9항 또는 제10항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 엑손 8, 엑손 23, 엑손 43, 엑손 44, 엑손 45, 엑손 46, 엑손 50, 엑손 51, 엑손 52, 엑손 53 및/또는 엑손 55의 스킵핑을 촉진하는 것인 복합체.
  12. 제8항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 DMD 전사체의 1개 이상의 완전 또는 부분 엑손 스플라이싱 인핸서 (ESE)에 대한 상보성 영역을 포함하는 것인 복합체.
  13. 제8항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 402-436 및 2043-2238에 제시된 바와 같은 1개 이상의 완전 또는 부분 ESE를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하는 것인 복합체.
  14. 제8항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 엑손 51의 스킵핑을 촉진하는 것인 복합체.
  15. 제8항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 20-30개의 뉴클레오티드 길이이고, 서열식별번호: 402-436 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 ESE의 적어도 4개의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하는 것인 복합체.
  16. 제8항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 437-1241 중 어느 하나를 포함하거나 또는 서열식별번호: 1242-2046 중 어느 하나에 대한 상보성 영역을 포함하는 것인 복합체.
  17. 제8항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 표 14에 열거된 올리고뉴클레오티드의 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하는 것인 복합체.
  18. 제8항 내지 제10항 및 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 표 14에 열거된 서열을 포함하며, 여기서 올리고뉴클레오티드 내의 우라실 염기 (U) 중 어느 하나 이상은 임의로 티민 염기 (T)일 수 있는 것인 복합체.
  19. 제8항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 적어도 1개의 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함하는 것인 복합체.
  20. 제19항에 있어서, 적어도 1개의 변형된 뉴클레오시드간 연결이 포스포로티오에이트 연결인 복합체.
  21. 제8항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 1개 이상의 변형된 뉴클레오시드를 포함하는 것인 복합체.
  22. 제21항에 있어서, 1개 이상의 변형된 뉴클레오시드가 2'-변형된 뉴클레오시드인 복합체.
  23. 제8항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드가 1개 이상의 포스포로디아미데이트 모르폴리노를 포함하며, 임의로 여기서 올리고뉴클레오티드는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)인 복합체.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 절단가능한 링커를 통해 분자 페이로드에 공유 연결된 것인 복합체.
  25. 제24항에 있어서, 절단가능한 링커가 발린-시트룰린 서열을 포함하는 것인 복합체.
  26. 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 항체가 항체의 리신 잔기 또는 시스테인 잔기에의 접합을 통해 분자 페이로드에 공유 연결된 것인 복합체.
  27. 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항의 복합체를 세포에 대한 분자 페이로드의 내재화를 촉진하는 데 유효한 양으로 세포와 접촉시키는 것을 포함하며, 임의로 여기서 세포는 근육 세포인, 세포에서 DMD 단백질의 발현 또는 활성을 촉진하는 방법.
  28. 디스트로핀병증과 연관된 돌연변이된 DMD 대립유전자를 갖는 대상체에게 유효량의 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항의 복합체를 투여하는 것을 포함하는, 상기 대상체를 치료하는 방법.
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