KR20230043912A - Lpa 발현을 저해하기 위한 조성물 및 방법 - Google Patents

Lpa 발현을 저해하기 위한 조성물 및 방법 Download PDF

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KR20230043912A
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밥 데일 브라운
헨리크 티. 두데크
마크 에이브럼스
웬 한
안톤 투라노브
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다이서나 파마수이티컬, 인크.
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Abstract

아포지단백(a)(LPA) 발현을 저해하는 올리고뉴클레오타이드가 본 명세서에 제공된다. 또한, 이를 포함하는 조성물 및 이의 용도, 특히 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 및/또는 병태를 치료하는 것과 관련된 용도가 제공된다.

Description

LPA 발현을 저해하기 위한 조성물 및 방법
기술 분야
본 개시내용은 아포지단백(a)("LPA") 발현을 저해하는 올리고뉴클레오타이드 및 이의 용도, 특히 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 및/또는 병태를 치료하는 것과 관련된 용도에 관한 것이다.
서열 목록에 대한 참조
서열 목록은 파일 이름이 DRNA_C002WO_ST25.txt이고, 생성 날짜가 2021년 8월 5일이며, 크기가 238킬로바이트인 ASCII 형식의 텍스트 파일로 명세서와 동시에 제출되었다. 서열 목록의 전자 형식으로 된 정보는 명세서의 일부이며, 그 전체가 참조에 의해 본 명세서에 원용된다.
지단백(a)(Lp(a))를 지질 코어 및 이황화 결합을 통해 apoB-100에 부착된 고유한 구성성분인 아포지단백(a)(apo(a))를 갖는 아포지단백 B(apoB-100)를 포함하는 이종의 저밀도 지단백(low density lipoprotein: LDL)-유사 입자이다. apo(a) 유전자(LPA)는 주로 간에서 발현되며, 발현은 인간 및 비인간 영장류로 제한된다. 인간에서 Lp(a) 수준은 유전적으로 정의되며, 식이요법, 운동 또는 기타 생활 방식의 변화에 따라 크게 변하지 않는다. LPA는 존재하는 Kringle KIV2 도메인의 수에 따라 길이가 달라지며, 이의 발현은 존재하는 도메인의 수와 반비례한다. 정상적인 Lp(a) 수준은 0.1 ㎎/㎗ 내지 25 ㎎/㎗ 범위이며, 미국 인구의 약 25%가 30 ㎎/㎗ 이상의 Lp(a) 수준을 갖는다. 여러 연구에서 Lp(a) 수준의 분석은 높은 Lp(a) 수준이 심혈관 질환, 뇌졸중 및 죽상동맥경화성 협착증을 비롯한 기타 관련 장애에 대한 독립적인 위험 인자임을 암시하였다. 또한, 전장유전체 연관 분석은 또한 LPA를 죽상동맥경화성 협착증과 같은 질환의 유전적 위험 인자로 암시하였다. 고지혈증 환자의 Lp(a) 및 LDL 수준을 모두 낮추기 위해 치료적 지단백 성분채집술을 사용한 경우, 심혈관 사건의 유의한 감소가 관찰되었다.
따라서, 이러한 그리고 기타 LPA-관련 질환과 관련된 치료제 및 치료에 대한 필요성이 존재한다.
본 개시내용의 실시형태는 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 및/또는 병태를 치료하기 위한 조성물 및 방법에 관한 것이다. 본 개시내용은 부분적으로 간에서 LPA 발현을 선택적으로 저해하고/하거나 감소시키는 올리고뉴클레오타이드의 발견 및 개발에 기초한다. 따라서, LPA mRNA 내의 표적 서열이 확인되고, 이들 표적 서열에 연결하고 LPA mRNA 발현을 저해하는 RNAi 올리고뉴클레오타이드가 생성되었다. 본 명세서에서 입증된 바와 같이, RNAi 올리고뉴클레오타이드는 간에서 원숭이 및 인간 LPA 발현을 저해하였다. 이론에 얽매이지 않고, 본 명세서에 기재된 RNAi 올리고뉴클레오타이드는 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태(예를 들어, 심혈관대사성 질환, 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH)를 치료하는 데 유용하다.
따라서, 일부 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이이다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, 센스 가닥은 15개 내지 50개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 18개 내지 36개의 뉴클레오타이드 길이이다.
임의의 전술한 또는 관련된 양태에서, 안티센스 가닥은 15개 내지 30개의 뉴클레오타이드 길이이다.
임의의 전술한 또는 관련된 양태에서, 안티센스 가닥은 22개의 뉴클레오타이드 길이이고, 안티센스 가닥 및 센스 가닥은 적어도 19개의 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 적어도 20개의 뉴클레오타이드 길이의 이중체 영역을 형성한다.
임의의 전술한 또는 관련된 양태에서, 상보성 영역은 적어도 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 적어도 20개의 뉴클레오타이드 길이이다.
임의의 전술한 또는 관련된 양태에서, 센스 가닥의 3' 말단은 S1-L-S2로 제시되는 스템-루프(stem-loop)를 포함하되, S1은 S2에 상보적이고, L은 S1과 S2 사이에 3개 내지 5개의 뉴클레오타이드 길이의 루프를 형성한다.
일부 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 15개 내지 50개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이이다.
다른 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 15개 내지 50개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 15개 내지 30개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이이다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 15개 내지 50개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이이다.
추가 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 18개 내지 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이이다.
다른 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 18개 내지 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 22개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 18개 내지 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 22개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 센스 가닥의 3' 말단은 S1-L-S2로 제시되는 스템-루프를 포함하고, S1은 S2에 상보적이며, L은 S1과 S2 사이에 3개 내지 5개 뉴클레오타이드 길이의 루프를 형성하고, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이이다.
다른 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 22개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 센스 가닥의 3' 말단은 S1-L-S2로 제시되는 스템-루프를 포함하고, S1은 S2에 상보적이며, L은 S1과 S2 사이에 3개 내지 5개 뉴클레오타이드 길이의 루프를 형성하고, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이이다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 22개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 적어도 19개의 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이의 이중체 영역을 형성하며, 센스 가닥의 3' 말단은 S1-L-S2로 제시되는 스템-루프를 포함하고, S1은 S2에 상보적이며, L은 S1과 S2 사이에 3개 내지 5개 뉴클레오타이드 길이의 루프를 형성하고, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이이다.
임의의 전술한 또는 관련된 양태에서, L은 트라이루프(triloop) 또는 테트라루프(tetraloop)이다. 일부 실시형태에서, L은 테트라루프이다. 일부 실시형태에서, 테트라루프는 서열 5'-GAAA-3'를 포함한다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, S1 및 S2는 1개 내지 10개의 뉴클레오타이드 길이이며, 동일한 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, S1 및 S2는 1개의 뉴클레오타이드, 2개의 뉴클레오타이드, 3개의 뉴클레오타이드, 4개의 뉴클레오타이드, 5개의 뉴클레오타이드, 6개의 뉴클레오타이드, 7개의 뉴클레오타이드, 8개의 뉴클레오타이드, 9개의 뉴클레오타이드 또는 10개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, S1 및 S2는 6개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 스템-루프는 서열 5'-GCAGCCGAAAGGCUGC-3'(서열번호 1197)를 포함한다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, 안티센스 가닥은 1개 이상의 뉴클레오타이드 길이의 3' 오버행 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 3' 오버행 서열은 2개의 뉴클레오타이드 길이이며, 선택적으로 3' 오버행 서열은 GG이다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 2'-변형을 포함한다. 일부 실시형태에서, 2'-변형은 2'-아미노에틸, 2'-플루오로, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 및 2'-데옥시-2'-플루오로-β-d-아라비노뉴클레산으로부터 선택되는 변형이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되며, 선택적으로 변형은 2'-플루오로 및 2'-O-메틸로부터 선택되는 2'-변형이다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오타이드간 연결을 포함한다. 일부 실시형태에서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오타이드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, 안티센스 가닥의 5'-뉴클레오타이드의 당의 4'-탄소는 포스페이트 유사체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 포스페이트 유사체는 옥시메틸포스포네이트, 바이닐포스포네이트 또는 말로닐 포스포네이트이며, 선택적으로 포스페이트 유사체는 5'-메톡시포스포네이트-4'-옥시를 포함하는 4'-포스페이트 유사체이다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오타이드는 하나 이상의 표적화 리간드에 접합된다. 일부 실시형태에서, 각 표적화 리간드는 탄수화물, 아미노 당, 콜레스테롤, 폴리펩타이드 또는 지질을 포함한다. 일부 실시형태에서, 각 표적화 리간드는 N-아세틸갈락토사민(GalNAc) 모이어티를 포함한다. 일부 실시형태에서, GalNAc 모이어티는 1가 GalNAc 모이어티, 2가 GalNAc 모이어티, 3가 GalNAc 모이어티 또는 4가 GalNAc 모이어티이다. 일부 실시형태에서, 스템-루프의 L의 최대 4개의 뉴클레오타이드는 각각 1가 GalNAc 모이어티에 접합된다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402 및 403 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, 안티센스 가닥은 서열번호 788, 789, 790, 791, 792, 793, 794, 795, 796, 797, 798, 799, 800, 801, 802 및 803 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다:
(a) 각각 서열번호 393 및 793;
(b) 각각 서열번호 388 및 788;
(c) 각각 서열번호 389 및 789;
(d) 각각 서열번호 390 및 790;
(e) 각각 서열번호 391 및 791;
(f) 각각 서열번호 392 및 792;
(g) 각각 서열번호 394 및 794;
(h) 각각 서열번호 395 및 795;
(i) 각각 서열번호 396 및 796;
(j) 각각 서열번호 397 및 797;
(k) 각각 서열번호 398 및 798;
(l) 각각 서열번호 399 및 799;
(m) 각각 서열번호 400 및 800;
(n) 각각 서열번호 401 및 801;
(o) 각각 서열번호 402 및 802; 및
(p) 각각 서열번호 403 및 803.
일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 393에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 793에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 388에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 788에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 389에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 789에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 390에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 790에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 391에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 791에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 392에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 792에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 394에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 794에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 395에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 795에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 396에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 796에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 397에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 797에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 398에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 798에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 399에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 799에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 400에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 800에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 401에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 801에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 402에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 802에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 403에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 803에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되고, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이이다.
추가의 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되고, 안티센스 가닥의 5'-뉴클레오타이드의 당의 4'-탄소는 포스페이트 유사체를 포함하며, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이이다.
다른 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되고, 안티센스 가닥의 5'-뉴클레오타이드의 당의 4'-탄소는 포스페이트 유사체를 포함하며, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 제공하되, 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하며, 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되고, 안티센스 가닥 및 센스 가닥은 하나 이상의 2'-플루오로 및 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오타이드 및 적어도 하나의 포스포로티오에이트 연결을 포함하며, 안티센스 가닥의 5'-뉴클레오타이드의 당의 4'-탄소는 포스페이트 유사체를 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 치료학적 유효량의 전술한 청구항 중 어느 한 항의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 약제학적 조성물을 대상체에게 투여함으로써 대상체를 치료하는 단계를 포함한다.
다른 실시형태에서, 본 개시내용은 본 명세서에 기재된 RNAi 올리고뉴클레오타이드 및 약제학적으로 허용 가능한 담체, 전달제 또는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물을 제공한다.
다른 실시형태에서, 본 개시내용은 대상체에게 올리고뉴클레오타이드를 전달하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 본 명세서에 기재된 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다.
또 다른 실시형태에서, 본 개시내용은 세포, 세포 집단 또는 대상체에서 LPA 발현을 감소시키는 방법을 제공하며, 해당 방법은:
i. 세포 또는 세포 집단을 본 명세서에 기재된 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물과 접촉시키는 단계; 또는
ii. 본 명세서에 기재된 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, LPA 발현을 감소시키는 것은 LPA mRNA의 양 또는 수준, LPA 단백질의 양 또는 수준 또는 둘 다를 감소시키는 것을 포함한다. 일부 실시형태에서, 대상체는 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는다. 일부 실시형태에서, LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태는 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH이다. 일부 실시형태에서, RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물은 제2 조성물 또는 치료제와 조합하여 투여된다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 치료학적 유효량의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하되, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이이다.
또 다른 양태에서, 본 개시내용은 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 치료학적 유효량의 표 5에 제시된 열로부터 선택되는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 약제학적 조성물을 대상체에게 투여함으로써 대상체를 치료하는 단계를 포함한다.
다른 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체를 치료하는 방법을 제공하며, 해당 방법은 치료학적 유효량의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 대상체에게 투여하는 단계를 포함하되, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다:
(a) 각각 서열번호 393 및 793;
(b) 각각 서열번호 388 및 788;
(c) 각각 서열번호 389 및 789;
(d) 각각 서열번호 390 및 790;
(e) 각각 서열번호 391 및 791;
(f) 각각 서열번호 392 및 792;
(g) 각각 서열번호 394 및 794;
(h) 각각 서열번호 395 및 795;
(i) 각각 서열번호 396 및 796;
(j) 각각 서열번호 397 및 797;
(k) 각각 서열번호 398 및 798;
(l) 각각 서열번호 399 및 799;
(m) 각각 서열번호 400 및 800;
(n) 각각 서열번호 401 및 801;
(o) 각각 서열번호 402 및 802; 및
(p) 각각 서열번호 403 및 803.
일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 393에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 793에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 388에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 788에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 389에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 789에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 390에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 790에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 391에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 791에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 392에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 792에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 394에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 794에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 395에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 795에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 396에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 796에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 397에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 797에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 398에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 798에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 399에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 799에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 400에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 800에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 401에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 801에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 402에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 802에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 403에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 803에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태는 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH이다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료, 선택적으로 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH의 치료를 위한 약제의 제조에서의 본 명세서에 기재된 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물의 용도를 제공한다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료, 선택적으로 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH의 치료에 사용하거나 또는 이에 대해 적합화될 수 있는 본 명세서에 기재된 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물의 용도를 제공한다.
다른 실시형태에서, 본 개시내용은 본 명세서에 기재된 RNAi 올리고뉴클레오타이드, 선택적인 약제학적으로 허용 가능한 담체, 및 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에게 투여하기 위한 지침서를 포함하는 패키지 삽입물을 포함하는 키트를 제공한다.
임의의 전술한 또는 관련된 실시형태에서, LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태는 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH이다.
도 1 내지 도 4는 대조군 모의-처리된 세포에서의 LPA mRNA의 백분율(%)과 비교하여 표시된 DsiRNA로 형질감염된 HEK293-LPA 세포에서의 LPA mRNA의 %를 나타내는 그래프를 제공한다.
도 5는 대조군 모의-처리된 세포에서의 LPA mRNA의 백분율(%)에 대한 표시된 DsiRNA로 형질감염된 HepG2-LPA 세포에서의 LPA mRNA의 %를 나타내는 그래프를 제공한다.
도 6 내지 도 7은 대조군 모의-처리된 세포에서의 LPA mRNA의 백분율(%)과 비교하여 표시된 DsiRNA로 형질감염된 HEK293-LPA 세포에서의 LPA mRNA의 %를 나타내는 그래프를 제공한다.
도 8 내지 도 9는 인산 완충 식염수(PBS)로 처리된 마우스와 비교하여 표시된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드로 처리된 마우스로부터의 간 샘플에서의 LPA mRNA의 백분율(%)을 나타내는 그래프를 제공한다.
도 10은 일반 N-아세틸갈락토사민(GalNAc)-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드의 구조 및 화학적 변형 패턴을 도시하는 개략도를 제공한다.
도 11A 내지 도 11C는 처리 후 제28일(도 11A), 제56일(도 11B) 및 제84일(도 11C)에 PBS로 처리된 비인간 영장류(NHP)와 비교하여 표시된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드로 처리된 NHP로부터의 간 샘플에서의 LPA mRNA의 백분율(%)을 나타내는 그래프를 제공한다.
도 11D는 제28일에 PBS로 처리된 NHP와 비교하여 표시된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드로 처리된 NHP로부터의 간 샘플에서의 PLG mRNA의 백분율(%)을 나타내는 그래프를 제공한다.
도 12는 시간 경과에 따라 PBS로 처리된 NHP와 비교하여 표시된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드로 처리된 NHP로부터의 혈청 중 apo(a) 단백질의 평균 백분율(%)을 나타내는 그래프를 제공한다.
I. 정의
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 하나 이상의 관심 값에 적용되는 "약"은 명시된 참조 값과 유사한 값을 지칭한다. 소정의 실시형태에서, "약"은 달리 명시되지 않거나 또는 달리 문맥으로부터 명백하지 않는 한 명시된 참조 값의 어느 방향으로든(크거나 작음) 25%, 20%, 19%, 18%, 17%, 16%, 15%, 14%, 13%, 12%, 11%, 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1% 이하에 속하는 값의 범위를 지칭한다(해당 숫자가 가능한 값의 100%를 초과하는 경우 제외).
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "투여하다", "투여하는", "투여" 등은 약리학적으로 유용한 방식으로(예를 들어, 대상체에서 병태를 치료하기 위해) 대상체에게 물질(예를 들어, 올리고뉴클레오타이드)을 제공하는 것을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "아포지단백(a)" 및 약어로 "apo(a)"는 지질에 연결하여 지단백을 형성하는 폴리펩타이드의 아포지단백 클래스의 구성원인 아포지단백(a) 폴리펩타이드를 지칭한다. Apo(a)는 인간의 LPA 유전자에 의해 암호화되는 다형성 당단백질이다. LPA mRNA 및 apo(a) 폴리펩타이드는 주로 간에서 발현된다. 지단백(a)(Lp(a)로 약칭됨)는 간에서 형성되는 지단백의 클래스이며, apo(a)에 공유적으로 연결된 아포지단백(apo) B-100(Apo-B100)의 단일 카피를 포함한다. 인간에서, apo(a)는 KIV1 각각 1 카피, KIV2 여러 개의 카피 및 KIV3-KIV10, KV 및 불활성 프로테이스-유사 도메인 각각 1 카피로 구성된 KIV 반복부의 적어도 10개의 하위유형을 포함한다. apo(a)의 존재는 Lp(a)를 다른 모든 지단백 클래스와 구별한다(Marcovina et al., (1995) Clin Chem. 41(2):246-55). 본 개시내용의 목적을 위해, "아포지단백(a)" 또는 "apo(a)"는 인간, 마우스, 영장류, 원숭이, 소, 닭, 설치류, 래트, 돼지, 양 및 기니피그를 포함하지만 이들로 제한되지 않는 임의의 척추동물 또는 포유동물로부터의 apo(a) 폴리펩타이드를 지칭한다. "Apo(a)"는 또한 천연 apo(a)의 적어도 하나의 생체내 또는 시험관내 활성을 유지하는 천연 apo(a)의 단편 및 변이체를 지칭한다. Apo(a)는 Apo(a)의 전체 길이의 처리되지 않은 전구체 형태뿐만 아니라 번역 후 처리로 인한 성숙한 형태를 포함한다. 인간 LPA mRNA 전사체의 예시적인 서열은 공개적으로 이용 가능하며(GenBank 등록 번호 NM_005577.3), 본 명세서에 개시되어 있다(서열번호 1). 사이노몰구스 원숭이 LPA mRNA의 예시적인 서열은 공개적으로 이용 가능하며(GenBank 등록 번호 XM_015448517.1), 본 명세서에 개시되어 있다(서열번호 2).
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "아시알로당단백질 수용체" 또는 "ASGPR"은 주요 48kDa 서브유닛(ASGPR-1) 및 소수의 40kDa 서브유닛(ASGPR-2)에 의해 형성된 이분(bipartite) C-형 렉틴을 지칭한다. ASGPR은 간세포의 동양혈관(sinusoidal) 표면에서 발현되며, 말단 갈락토스 또는 GalNAc 잔기를 포함하는 순환 당단백질(아시알로당단백질)의 연결, 내재화 및 후속 제거에 중요한 역할을 한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "감쇠하다", "감쇠하는", "감쇠" 등은 감소시키거나 또는 효과적으로 정지시키는 것을 지칭한다. 비제한적인 예로서, 본 명세서의 치료 중 하나 이상은 대상체에서 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH를 포함하는 심혈관대사성 질환의 발병 또는 진행을 감소시키거나 또는 효과적으로 정지시킬 수 있다. 이러한 감쇠는, 예를 들어, 달리 예상될 수 있는 경우 대상체에서 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH를 포함하는 심혈관대사성 질환의 하나 이상의 양태(예를 들어, 증상, 조직 특징 및 세포, 염증성 또는 면역학적 활성 등)의 감소, 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH를 포함하는 심혈관대사성 질환의 하나 이상의 양태의 검출 가능한 진행(악화)의 부재 또는 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH를 포함하는 심혈관대사성 질환의 검출 가능한 양태의 부재로 예시될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "상보적인"은 2개의 뉴클레오타이드가 서로 염기쌍을 형성하도록 허용하는 2개의 뉴클레오타이드(예를 들어, 2개의 서로 다른 핵산 또는 단일 핵산 가닥의 서로 다른 영역에 있음) 사이의 구조적 관계를 지칭한다. 예를 들어, 서로 다른 핵산의 피리미딘 뉴클레오타이드에 상보적인 하나의 핵산의 퓨린 뉴클레오타이드는 서로 수소 결합을 형성함으로써 함께 염기쌍을 이룰 수 있다. 일부 실시형태에서, 상보적인 뉴클레오타이드는 왓슨-크릭 방식 또는 안정적인 이중체의 형성을 허용하는 임의의 다른 방식으로 염기쌍을 이룰 수 있다. 일부 실시형태에서, 2개의 핵산은 본 명세서에 기재된 바와 같이 상보성 영역을 형성하기 위해 서로 상보적인 다중 뉴클레오타이드 영역을 가질 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "데옥시리보뉴클레오타이드"는 리보뉴클레오타이드와 비교할 때 펜토스 당의 2' 위치에 하이드록실 대신에 수소를 갖는 뉴클레오타이드를 지칭한다. 변형된 데옥시리보뉴클레오타이드는 당, 포스페이트기 또는 염기에서의 또는 이들의 변형 또는 치환을 포함하여 2' 위치 이외의 원자의 하나 이상의 변형 또는 치환을 갖는 데옥시리보뉴클레오타이드이다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "이중 가닥 올리고뉴클레오타이드" 또는 "ds 올리고뉴클레오타이드"는 실질적으로 이중체 형태인 올리고뉴클레오타이드를 지칭한다. 일부 실시형태에서, ds 올리고뉴클레오타이드의 이중체 영역(들)의 상보적인 염기-페어링은 공유적으로 분리된 핵산 가닥의 뉴클레오타이드의 역평행 서열 사이에 형성된다. 일부 실시형태에서, ds 올리고뉴클레오타이드의 이중체 영역(들)의 상보적인 염기-페어링은 공유적으로 연결된 핵산 가닥의 뉴클레오타이드의 역평행 서열 사이에 형성된다. 일부 실시형태에서, ds 올리고뉴클레오타이드의 이중체 영역(들)의 상보적인 염기-페어링은 함께 염기쌍을 이루는 뉴클레오타이드의 상보적인 역평행 서열을 제공하기 위해 접히는(예를 들어, 헤어핀을 통해) 단일 핵산 가닥으로부터 형성된다. 일부 실시형태에서, ds 올리고뉴클레오타이드는 서로 완전히 이중체화된 2개의 공유적으로 분리된 핵산 가닥을 포함한다. 그러나, 일부 실시형태에서, ds 올리고뉴클레오타이드는 부분적으로 이중체화된(예를 들어, 한쪽 또는 양쪽 말단에 오버행을 가짐) 2개의 공유적으로 분리된 핵산 가닥을 포함한다. 일부 실시형태에서, ds 올리고뉴클레오타이드는 부분적으로 상보적인 뉴클레오타이드의 역평행 서열을 포함하며, 따라서 내부 미스매치 또는 말단 미스매치를 포함할 수 있는 하나 이상의 미스매치를 가질 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 핵산(예를 들어, 올리고뉴클레오타이드)와 관련하여 "이중체"는 뉴클레오타이드의 2개의 역평행 서열의 상보적인 염기 페어링을 통해 형성된 구조를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "부형제"는, 예를 들어, 목적하는 일관성 또는 안정화 효과를 제공하거나 또는 이에 기여하기 위해 조성물에 포함될 수 있는 비치료제를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "간세포" 또는 "간세포들"은 간 실질 조직의 세포를 지칭한다. 이러한 세포는 간 질량의 약 70% 내지 85%를 구성하고, 혈청 알부민, FBN 및 응고 인자의 프로트롬빈 그룹(인자 3 및 4 제외)을 제조한다. 간세포 계통 세포에 대한 마커는 트랜스티레틴(Ttr), 글루타민 합성효소(Glul), 간세포 핵 인자 1a(Hnf1a) 및 간세포 핵 인자 4a(Hnf4a)를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 성숙한 간세포에 대한 마커는 사이토크롬 P450(Cyp3a11), 퓨마릴아세토아세테이트 하이드롤레이스(Fah), 글루코스 6-포스페이트(G6p), 알부민(Alb) 및 OC2-2F8을 포함할 수 있지만 이들로 제한되지 않는다. 예를 들어, 문헌[Huch et al. (2013) Nature 494:247-250] 참조.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "간독성 작용제(hepatotoxic agent)"는 화학적 화합물, 바이러스 또는 그 자체로 간에 독성이 있거나 또는 처리되어 간에 독성이 있는 대사산물을 형성할 수 있는 기타 물질을 지칭한다. 간독성 작용제는 사염화탄소(CCl4), 아세트아미노펜(파라세타몰), 바이닐 클로라이드, 비소, 클로로폼, 비스테로이드성 항-염증성 약물(예컨대, 아스피린 및 페닐뷰타존)을 포함할 수 있지만 이들로 제한되지 않는다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "불안정한 링커"는 (예를 들어, 산성 pH에 의해) 절단될 수 있는 링커를 지칭한다. "상당히 안정적인 링커"는 절단될 수 없는 링커를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "간 염증" 또는 "간염"은 특히 간독성 작용제에 대한 노출에 의해 야기될 수 있는 바와 같은 손상 또는 감염의 결과로 인해 간이 팽창하고, 제대로 기능하지 않고/않거나 고통스러워지는 신체 상태를 지칭한다. 증상은 황달(피부 또는 눈의 황변), 피로, 쇠약, 메스꺼움, 구토, 식욕 감소 및 체중 감소를 포함할 수 있다. 간 염증을 치료하지 않고 방치하면, 섬유증, 간경변증, 간부전 또는 간암으로 진행될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "간 섬유증" 또는 "간의 섬유증"은 염증 및 간세포 사멸을 초래하는 콜라겐(I, III 및 IV), FBN, 운둘린, 엘라스틴, 라미닌, 하이알루로난 및 프로테오글리칸을 포함할 수 있는 세포외 매트릭스 단백질이 간에서 과도하게 축적되는 것을 지칭한다. 간 섬유증을 치료하지 않고 방치하면, 간경변증, 간부전 또는 간암으로 진행될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "루프"는 적절한 혼성화 조건(예를 들어, 포스페이트 완충액, 세포 내)하에서 페어링되지 않은 영역 옆에 있는 2개의 역평행 영역이 혼성화하여 이중체("스템(stem)"라고 지칭됨)를 형성하도록 하는 서로 충분히 상보적인 핵산의 2개의 역평행 영역의 옆에 있는 핵산(예를 들어, 올리고뉴클레오타이드)의 페어링되지 않은 영역을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "변형된 뉴클레오타이드간 연결"은 포스포다이에스터 결합을 포함하는 참조 뉴클레오타이드간 연결과 비교할 때 하나 이상의 화학적 변형을 갖는 뉴클레오타이드간 연결을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 자연적으로 발생하지 않는 연결이다. 전형적으로, 변형된 뉴클레오타이드간 연결은 변형된 뉴클레오타이드간 연결이 존재하는 핵산에 하나 이상의 바람직한 특성을 부여한다. 예를 들어, 변형된 뉴클레오타이드는 열 안정성, 분해에 대한 저항성, 뉴클레이스 저항성, 용해도, 생체이용률, 생체활성, 감소된 면역원성 등을 개선할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "변형된 뉴클레오타이드"는 아데닌 리보뉴클레오타이드, 구아닌 리보뉴클레오타이드, 사이토신 리보뉴클레오타이드, 우라실 리보뉴클레오타이드, 아데닌 데옥시리보뉴클레오타이드, 구아닌 데옥시리보뉴클레오타이드, 사이토신 데옥시리보뉴클레오타이드 및 티미딘 데옥시리보뉴클레오타이드로부터 선택되는 상응하는 참조 뉴클레오타이드와 비교할 때 하나 이상의 화학적 변형을 갖는 뉴클레오타이드를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 자연적으로 발생하지 않는 뉴클레오타이드이다. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 당, 핵염기 및/또는 포스페이트기에 하나 이상의 화학적 변형을 갖는다. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 상응하는 참조 뉴클레오타이드에 접합된 하나 이상의 화학적 모이어티를 갖는다. 전형적으로, 변형된 뉴클레오타이드는 변형된 뉴클레오타이드가 존재하는 핵산에 하나 이상의 바람직한 특성을 부여한다. 예를 들어, 변형된 뉴클레오타이드는 열 안정성, 분해에 대한 저항성, 뉴클레이스 저항성, 용해도, 생체이용률, 생체활성, 감소된 면역원성 등을 개선할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "열린 테트라루프(nicked tetraloop) 구조"는 별개의 센스(패신저(passenger)) 및 안티센스(가이드) 가닥을 특징으로 하는 RNAi 올리고뉴클레오타이드의 구조를 지칭하며, 여기서 센스 가닥은 안티센스 가닥과 상보성 영역을 가지며, 적어도 하나의 가닥 중 일반적으로 센스 가닥은 적어도 하나의 가닥 내에 형성된 인접한 스템 영역을 안정화하도록 구성된 테트라루프를 갖는다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "올리고뉴클레오타이드"는 짧은 핵산(예를 들어, 약 100개 미만의 뉴클레오타이드 길이)을 지칭한다. 올리고뉴클레오타이드는 단일-가닥(ss) 또는 ds일 수 있다. 올리고뉴클레오타이드는 이중체 영역을 가질 수 있거나 또는 가지지 않을 수 있다. 일습의 비제한적인 예로서, 올리고뉴클레오타이드는 작은 간섭 RNA(siRNA), 마이크로RNA(miRNA), 짧은 헤어핀 RNA(shRNA), 다이서 기질 간섭 RNA(dsiRNA), 안티센스 올리고뉴클레오타이드, 짧은 siRNA 또는 ss siRNA일 수 있으나 이들로 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, ds 올리고뉴클레오타이드는 RNAi 올리고뉴클레오타이드이다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "오버행"은 하나의 가닥 또는 영역이 이중체를 형성하는 상보성 가닥의 말단 너머로 연장되는 하나의 가닥 또는 영역으로부터 생성되는 말단 비염기 페어링 뉴클레오타이드(들)를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 오버행은 ds 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단 또는 3' 말단에서 이중체 영역으로부터 연장되는 하나 이상의 페어링되지 않은 뉴클레오타이드를 포함한다. 소정의 실시형태에서, 오버행은 ds 올리고뉴클레오타이드의 안티센스 가닥 또는 센스 가닥 상의 3' 또는 5' 오버행이다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "포스페이트 유사체"는 포스페이트기의 정전기적 및/또는 입체 특성을 모방하는 화학적 모이어티를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 포스페이트 유사체는 종종 효소적 제거에 민감한 5'-포스페이트 대신 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단 뉴클레오타이드에 위치한다. 일부 실시형태에서, 5' 포스페이트 유사체는 포스파테이스-저항성 연결을 포함한다. 포스페이트 유사체의 예는 5' 메틸렌포스포네이트(5'-MP) 및 5'-(E)-바이닐포스포네이트(5'-VP)와 같은 5' 포스포네이트를 포함하지만 이들로 제한되지 않는다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 5'-말단 뉴클레오타이드에서 당의 4'-탄소 위치에 포스페이트 유사체("4'-포스페이트 유사체"로 지칭됨)를 갖는다. 4'-포스페이트 유사체의 예는 옥시메틸기의 산소 원자가 당 모이어티(예를 들어, 이의 4'-탄소에) 또는 이의 유사체에 결합된 옥시메틸포스포네이트이다. 예를 들어, 미국 특허 가출원 제62/383,207호(2016년 9월 2일자로 출원됨) 및 제62/393,401호(2016년 9월 12일자로 출원됨) 참조. 올리고뉴클레오타이드의 5' 말단에 대한 다른 변형이 개발되었다(예를 들어, 국제 출원 제WO 2011/133871호; 미국 특허 제8,927,513호; 및 문헌[Prakash et al. (2015) Nucleic Acids Res. 43:2993-3011] 참조).
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 유전자(예를 들어, LPA)의 "감소된 발현"은 적절한 참조(예를 들어, 참조 세포, 세포 집단, 샘플 또는 대상체)와 비교할 때 RNA 전사체(예를 들어, LPA mRNA) 또는 유전자에 의해 암호화된 단백질의 양 또는 수준의 감소 및/또는 세포, 세포 집단, 샘플 또는 대상체에서의 유전자 활성의 양 또는 수준의 감소를 지칭한다. 예를 들어, 세포를 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, LPA mRNA를 포함하는 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 뉴클레오타이드 서열을 갖는 안티센스 가닥을 포함하는 올리고뉴클레오타이드)와 접촉시키는 행위는 ds 올리고뉴클레오타이드로 처리되지 않은 세포와 비교할 때 LPA mRNA, apo(a) 단백질 및/또는 apo(a) 활성의 양 또는 수준을 감소시킬 수 있다(예를 들어, RNAi 경로에 의한 LPA mRNA의 불활성화 및/또는 분해를 통해). 유사하게는 그리고 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "발현을 감소시키는 것"은 유전자(예를 들어, LPA)의 발현을 감소시키는 행위를 지칭한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "LPA 발현의 감소"는 적절한 참조(예를 들어, 참조 세포, 세포 집단, 샘플 또는 대상체)와 비교할 때 세포, 세포 집단, 샘플 또는 대상체에서 LPA mRNA, apo(a) 단백질 및/또는 apo(a) 활성의 양 또는 수준이 감소하는 것을 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "상보성 영역"은 적절한 혼성화 조건(예를 들어, 포스페이트 완충액, 세포 내 등)하에서 2개의 뉴클레오타이드 서열 사이의 혼성화를 허용하기 위해 뉴클레오타이드의 역평행 서열에 충분히 상보적인 핵산(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)의 뉴클레오타이드 서열을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 mRNA 표적 서열에 상보적인 영역을 갖는 표적화 서열을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "리보뉴클레오타이드"는 2' 위치에 하이드록실기를 포함하는 펜토스 당으로서 리보스를 갖는 뉴클레오타이드를 지칭한다. 변형된 리보뉴클레오타이드는 리보스, 포스페이트기 또는 염기에서의 또는 이의 변형 또는 치환을 포함하여 2' 위치 이외의 원자의 하나 이상의 변형 또는 치환을 갖는 리보뉴클레오타이드이다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "RNAi 올리고뉴클레오타이드"는 (a) 안티센스 가닥 또는 안티센스 가닥의 일부가 표적 mRNA(예를 들어, LPA mRNA)의 절단에서 아르고노트 2(Argonaute 2: Ago2) 엔도뉴클레이스에 의해 사용되는, 센스 가닥(패신저) 및 안티센스 가닥(가이드)을 갖는 ds 올리고뉴클레오타이드 또는 (b) 안티센스 가닥(또는 해당 안티센스 가닥의 일부)이 표적 mRNA(예를 들어, LPA mRNA)의 절단에서 Ago2 엔도뉴클레이스에 의해 사용되는 단일 안티센스 가닥을 갖는 ss 올리고뉴클레오타이드 중 하나를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "가닥"은 뉴클레오타이드간 연결(예를 들어, 포스포다이에스터 연결 또는 포스포로티오에이트 연결)을 통해 함께 연결된 뉴클레오타이드의 단일 연속 서열을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 가닥은 2개의 자유 말단(예를 들어, 5' 말단 및 3' 말단)을 갖는다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "대상체"는 마우스, 토끼 및 인간을 포함하는 임의의 포유동물을 의미한다. 일 실시형태에서, 대상체는 인간 또는 NHP이다. 더욱이, "개체" 또는 "환자"는 "대상체"와 상호교환적으로 사용될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "합성"은 인공적으로 합성되거나(예를 들어, 기계(예를 들어, 고체-상태 핵산 합성기)를 사용하여) 또는 달리 정상적으로 분자를 생산하는 천연 공급원(예를 들어, 세포 또는 유기체)으로부터 유래되지 않는 핵산 또는 기타 분자를 지칭한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "표적화 리간드"는 관심 조직 또는 세포에 다른 물질을 표적화할 목적으로 관심 조직 또는 세포의 동족 분자(예를 들어, 수용체)에 선택적으로 결합하고 또 다른 물질에 접합 가능한 분자(예를 들어, 탄수화물, 아미노 당, 콜레스테롤, 폴리펩타이드 또는 지질)를 지칭한다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 특정 관심 조직 또는 세포에 올리고뉴클레오타이드를 표적화할 목적으로 올리고뉴클레오타이드에 접합될 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 세포 표면 수용체에 선택적으로 결합한다. 따라서, 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드에 접합된 경우 표적화 리간드는 세포의 표면에 발현된 수용체에 대한 선택적 결합 및 올리고뉴클레오타이드, 표적화 리간드 및 수용체를 포함하는 복합체의 세포에 의한 엔도솜 내재화를 통해 특정 세포로의 올리고뉴클레오타이드의 전달을 촉진한다. 일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 올리고뉴클레오타이드가 세포 내에서 표적화 리간드로부터 방출되도록 세포 내재화 후 또는 동안에 절단되는 링커를 통해 올리고뉴클레오타이드에 접합된다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "테트라루프"는 뉴클레오타이드의 측면 서열의 혼성화에 의해 형성된 인접한 이중체의 안정성을 증가시키는 루프를 지칭한다. 안정성의 증가는 뉴클레오타이드의 무작위로 선택된 서열로 구성된 유사한 길이의 루프의 세트로부터 평균적으로 예상되는 인접한 스템 이중체의 용융 온도(Tm)보다 더 높은 인접한 스템 이중체의 Tm의 증가로서 검출 가능하다. 예를 들어, 테트라루프는 10mM NaHPO4에서 적어도 약 50℃, 적어도 약 55℃, 적어도 약 56℃, 적어도 약 58℃, 적어도 약 60℃, 적어도 약 65℃ 또는 적어도 약 75℃의 Tm을 적어도 2개의 염기쌍(bp) 길이의 이중체를 포함하는 헤어핀에 부여할 수 있다. 일부 실시형태에서, 테트라루프는 상호작용을 스태킹함으로써 인접한 스템 이중체에서 bp를 안정화시킬 수 있다. 또한, 테트라루프에서 뉴클레오타이드 간의 상호작용은 비-왓슨-크릭 염기 페어링, 상호작용 스태킹, 수소 결합 및 접촉 상호작용을 포함하지만 이들로 제한되지 않는다(Cheong et al. (1990) Nature 346:680-82; Heus & Pardi (1991) Science 253:191-94). 일부 실시형태에서, 테트라루프는 3개 내지 6개의 뉴클레오타이드를 포함하거나 또는 이로 이루어지며, 전형적으로 4개 내지 5개의 뉴클레오타이드이다. 소정의 실시형태에서, 테트라루프는 변형될 수 있거나 또는 변형되지 않을 수 있는(예를 들어, 표적화 모이어티에 접합될 수 있거나 또는 접합되지 않을 수 있는) 3개, 4개, 5개 또는 6개의 뉴클레오타이드를 포함하거나 또는 이로 이루어진다. 일 실시형태에서, 테트라루프는 4개의 뉴클레오타이드로 이루어진다. 임의의 뉴클레오타이드가 테트라루프에 사용될 수 있으며, 이러한 뉴클레오타이드에 대한 표준 IUPAC-IUB 기호는 문헌[Cornish-Bowden (1985) Nucleic Acids Res. 13:3021-3030]에 기술되어 있는 바와 같이 사용될 수 있다. 예를 들어, 문자 "N"은 해당 위치에 임의의 염기가 있을 수 있음을 의미하는 데 사용될 수 있고, 문자 "R"은 해당 위치에 A(아데닌) 또는 G(구아닌)이 있을 수 있음을 나타내는 데 사용될 수 있으며, "B"는 해당 위치에 C(사이토신), G(구아닌), T(티민) 또는 U(우라실)이 있을 수 있음을 나타내는 데 사용될 수 있다. 테트라루프의 예는 테트라루프의 UNCG 패밀리(예를 들어, UUCG), 테트라루프의 GNRA 패밀리(예를 들어, GAAA) 및 CUUG 테트라루프(Woese et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8467-8471; Antao et al. (1991) Nucleic Acids Res. 19:5901-5905)를 포함한다. DNA 테트라루프의 예는 테트라루프의 d(GNNA) 패밀리(예를 들어, d(GTTA), 테트라루프의 d(GNRA)) 패밀리, 테트라루프의 d(GNAB) 패밀리, 테트라루프의 d(CNNG) 패밀리 및 테트라루프의 d(TNCG) 패밀리(예를 들어, d(TTCG))를 포함한다. 예를 들어, 문헌[Nakano et al. (2002) Biochem. 41:4281-14292; Shinji et al. (2000) Nippon Kagakkai Koen Yokoshu 78:731] 참조. 일부 실시형태에서, 테트라루프는 열린 테트라루프 구조 내에 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "치료하다" 또는 "치료하는"은, 예를 들어, 기존의 병태(예를 들어, 질환, 장애)와 관련하여 대상체의 건강 및/또는 웰빙을 개선하거나 또는 병태의 발생 가능성을 방지하거나 또는 감소시킬 목적으로 치료제(예를 들어, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드)를 대상체에게 투여함으로써 이를 필요로 하는 대상체에게 치료를 제공하는 행위를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 치료는 대상체가 경험하는 병태(예를 들어, 질환, 장애)의 적어도 하나의 징후, 증상 또는 기여 요인의 빈도 또는 중증도를 줄이는 것을 포함한다.
II. LPA 발현의 올리고뉴클레오타이드 저해제
본 개시내용은 그 중에서도 LPA 발현을 저해하는 올리고뉴클레오타이드를 제공한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에서 LPA 발현을 저해하는 올리고뉴클레오타이드는 LPA mRNA를 표적으로 한다.
i. LPA 표적 서열
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 LPA mRNA를 포함하는 표적 서열을 표적으로 한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 일부, 단편 또는 가닥(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드의 안티센스 가닥 또는 가이드 가닥)은 LPA mRNA를 포함하는 표적 서열에 결합 또는 어닐링함으로써 LPA 발현을 저해한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 생체내 LPA 발현의 저해를 목적으로 LPA 표적 서열을 표적으로 한다. 일부 실시형태에서, LPA 표적 서열을 표적으로 하는 올리고뉴클레오타이드에 의한 LPA 발현 저해의 양 또는 정도는 올리고뉴클레오타이드의 효능과 상관관계가 있다. 일부 실시형태에서, LPA 표적 서열을 표적으로 하는 올리고뉴클레오타이드에 의한 LPA 발현 저해의 양 또는 정도는 올리고뉴클레오타이드로 치료되는 LPA의 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태가 있는 대상체 또는 환자에서의 치료적 이점의 양 또는 정도와 상관관계가 있다.
다수의 상이한 종(예를 들어, 인간, 사이노몰구스 원숭이 및 레서스 원숭이; 예를 들어, 실시예 1을 참조)의 mRNA를 포함하는 apo(a)를 암호화하는 LPA mRNA의 뉴클레오타이드 서열의 검사 및 분석을 통해, 시험관내 및 생체내 테스트의 결과로서(예를 들어, 실시예 2 실시예 3을 참조), LPA mRNA의 소정의 뉴클레오타이드 서열은 LPA 발현의 올리고뉴클레오타이드-기반 저해에 대해 다른 것보다 더 순응적(amenable)이며, 따라서 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드에 대한 표적 서열로서 유용하다는 것이 발견되었다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된(예를 들어, 표 5) 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)의 센스 가닥은 LPA 표적 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된(예를 들어, 표 5) ds 올리고뉴클레오타이드의 센스 가닥의 일부 또는 영역은 LPA 표적 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, LPA 표적 서열은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 서열을 포함하거나 또는 이로 이루어진다.
ii. LPA 표적화 서열
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 세포에서 LPA mRNA를 표적화하고 LPA 발현을 저해할 목적으로 LPA mRNA에 대한 상보성 영역(예를 들어, LPA mRNA의 표적 서열 내)을 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 상보성(왓슨-크릭) 염기 페어링에 의해 LPA 표적 서열에 결합 또는 어닐링하는 상보성 영역을 갖는 LPA 표적화 서열(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드의 안티센스 가닥 또는 가이드 가닥)을 포함한다. 표적화 서열 또는 상보성 영역은 일반적으로 LPA mRNA의 발현을 저해할 목적으로 올리고뉴클레오타이드(또는 이의 가닥)를 LPA mRNA에 연결 또는 어닐링할 수 있는 적합한 길이 및 염기 함량을 갖는다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 적어도 약 12개, 적어도 약 13개, 적어도 약 14개, 적어도 약 15개, 적어도 약 16개, 적어도 약 17개, 적어도 약 18개, 적어도 약 19개, 적어도 약 20개, 적어도 약 21개, 적어도 약 22개, 적어도 약 23개, 적어도 약 24개, 적어도 약 25개, 적어도 약 26개, 적어도 약 27개, 적어도 약 28개, 적어도 약 29개 또는 적어도 약 30개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 약 12개 내지 약 30개(예를 들어, 12개 내지 30개, 12개 내지 22개, 15개 내지 25개, 17개 내지 21개, 18개 내지 27개, 19개 내지 27개 또는 15개 내지 30개)의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 약 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개 또는 30개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 18개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 19개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 20개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 21개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 22개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 23개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 24개의 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 LPA 표적 서열에 완전히 상보적인 표적화 서열 또는 상보성 영역(예를 들어, 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드의 안티센스 가닥 또는 가이드 가닥)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 LPA 표적 서열에 부분적으로 상보적이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 서열에 완전히 상보적인 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 서열에 부분적으로 상보적인 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 LPA mRNA를 포함하는 뉴클레오타이드의 연속 서열에 상보적인 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함하되, 뉴클레오타이드의 연속 서열은 약 12개 내지 약 30개의 뉴클레오타이드 길이(예를 들어, 12개 내지 30개, 12개 내지 28개, 12개 내지 26개, 12개 내지 24개, 12개 내지 20개, 12개 내지 18개, 12개 내지 16개, 14개 내지 22개, 16개 내지 20개, 18개 내지 20개 또는 18개 내지 19개의 뉴클레오타이드 길이)이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 LPA mRNA를 포함하는 뉴클레오타이드의 연속 서열에 상보적인 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함하되, 뉴클레오타이드의 연속 서열은 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개 또는 20개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 LPA mRNA를 포함하는 뉴클레오타이드의 연속 서열에 상보적인 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함하되, 뉴클레오타이드의 연속 서열은 19개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 LPA mRNA를 포함하는 뉴클레오타이드의 연속 서열에 상보적인 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함하되, 뉴클레오타이드의 연속 서열은 20개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 뉴클레오타이드의 연속 서열에 상보적인 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함하되, 선택적으로 뉴클레오타이드의 연속 서열은 19개의 뉴클레오타이드 길이이다.
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 표적화 서열 또는 상보성 영역은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 서열의 연속 뉴클레오타이드에 상보적이며, 안티센스 가닥의 전체 길이에 걸쳐 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 상보성 영역은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 서열의 연속 뉴클레오타이드에 상보적이며, 안티센스 가닥의 전체 길이의 일부에 걸쳐 있다. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 서열의 1번 내지 20번 뉴클레오타이드에 걸쳐 있는 뉴클레오타이드의 연속 신장부(stretch)에 적어도 부분적으로(예를 들어, 완전히) 상보적인 상보성 영역(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드의 안티센스 가닥 상에)을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 상응하는 LPA 표적 서열과 하나 이상의 염기쌍(bp) 미스매치를 갖는 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 상응하는 LPA 표적 서열과 최대 약 1개, 최대 약 2개, 최대 약 3개, 최대 약 4개, 최대 약 5개 등의 미스매치를 가질 수 있되, 단, 적절한 혼성화 조건하에서 표적화 서열 또는 상보성 영역이 LPA mRNA에 결합 또는 어닐링하는 능력 및/또는 LPA 발현을 감소시키거나 또는 저해하는 올리고뉴클레오타이드의 능력이 유지되어야 한다. 대안적으로, 일부 실시형태에서, 표적화 서열 또는 상보성 영역은 상응하는 LPA 표적 서열과 1개 이하, 2개 이하, 3개 이하, 4개 이하 또는 5개 이하의 미스매치를 포함하되, 단, 적절한 혼성화 조건하에서 표적화 서열 또는 상보성 영역이 LPA mRNA에 결합 또는 어닐링하는 능력 및/또는 LPA 발현을 감소시키거나 또는 저해하는 올리고뉴클레오타이드의 능력이 유지되어야 한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 상응하는 표적 서열과 1개의 미스매치를 갖는 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 상응하는 표적 서열과 2개의 미스매치를 갖는 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 상응하는 표적 서열과 3개의 미스매치를 갖는 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 상응하는 표적 서열과 4개의 미스매치를 갖는 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 상응하는 표적 서열과 5개의 미스매치를 갖는 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 상응하는 표적 서열과 하나 이상의 미스매치(예를 들어, 2개, 3개, 4개, 5개 이상의 미스매치)를 갖는 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함하되, 적어도 2개(예를 들어, 전부)의 미스매치는 연속적으로 위치하거나(예를 들어, 한 행에 2개, 3개, 4개, 5개 이상의 미스매치) 또는 미스매치는 표적화 서열 또는 상보성 영역 전체에 걸쳐 임의의 위치에 산재되어 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 상응하는 표적 서열과 하나 이상의 미스매치(예를 들어, 2개, 3개, 4개, 5개 이상의 미스매치)를 갖는 표적화 서열 또는 상보성 영역을 포함하되, 적어도 2개(예를 들어, 전부)의 미스매치는 연속적으로 위치하거나(예를 들어, 한 행에 2개, 3개, 4개, 5개 이상의 미스매치) 또는 적어도 하나 이상의 미스매치되지 않은 염기쌍은 미스매치 또는 이들의 조합 사이에 위치한다.
iii. 올리고뉴클레오타이드의 유형
RNAi 올리고뉴클레오타이드, 안티센스 올리고뉴클레오타이드, miRNA 등을 포함하지만 이들로 제한되지 않는 다양한 올리고뉴클레오타이드 유형 및/또는 구조가 본 명세서의 방법에서 LPA mRNA를 표적화하는데 유용하다. 본 명세서 또는 다른 곳에 기재된 임의의 올리고뉴클레오타이드 유형은 LPA 발현을 저해할 목적으로 본 명세서에서 LPA mRNA 표적화 서열을 혼입시키기 위한 프레임워크로서 사용하기 위해 상정된다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 다이서 개입(involvement) 상류 또는 하류의 RNA 간섭(RNAi) 경로에 결합함으로써 LPA 발현을 저해한다. 예를 들어, RNAi 올리고뉴클레오타이드는 1개 내지 5개의 뉴클레오타이드의 적어도 하나의 3' 오버행과 함께 약 19개 내지 25개의 뉴클레오타이드 크기를 갖는 각 가닥으로 개발되었다(예를 들어, 미국 특허 제8,372,968호 참조). 활성 RNAi 산물을 생성하기 위해 다이서에 의해 처리되는 더 긴 올리고뉴클레오타이드가 또한 개발되었다(예를 들어, 미국 특허 제8,883,996호 참조). 추가 작업은 가닥 중 하나가 열역학적으로 안정화되는 테트라루프 구조를 포함하는 구조를 포함하여 적어도 하나의 가닥의 적어도 하나의 말단이 이중체 표적화 영역 너머로 연장되는 연장된 ds 올리고뉴클레오타이드를 생산하였다(예를 들어, 미국 특허 제8,513,207호 및 제8,927,705호뿐만 아니라 국제 공개 제WO 2010/033225호 참조). 이러한 구조는 ds 연장뿐만 아니라 ss 연장(분자의 한쪽 또는 양쪽에서)을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 다이서 개입(예를 들어, 다이서 절단) 하류의 RNAi 경로에 결합한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥의 3' 말단에 오버행(예를 들어, 1개, 2개 또는 3개의 뉴클레오타이드 길이)을 갖는다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, siRNA)는 표적 mRNA(예를 들어, LPA mRNA)에 대해 안티센스인 21개 뉴클레오타이드의 가이드 가닥 및 상보성 패신저 가닥을 포함하며, 여기에서 두 가닥은 어닐링되어 19-bp 이중체를 형성하고, 3' 말단 중 하나 또는 둘 다에서 2개의 뉴클레오타이드 오버행을 형성한다. 23개 뉴클레오타이드의 가이드 가닥 및 21개 뉴클레오타이드의 패신저 가닥을 갖는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 더 긴 올리고뉴클레오타이드 설계가 또한 상정되되, 여기서 분자의 오른쪽에 평활 말단(패신저 가닥의 3' 말단/가이드 가닥의 5' 말단)과 분자의 왼쪽에 2개의 뉴클레오타이드 3'-가이드 가닥 오버행(패신저 가닥의 5' 말단/가이드 가닥의 3' 말단)이 있다. 이러한 분자에는 21bp 이중체 영역이 있다. 예를 들어, 미국 특허 제9,012,138호; 제9,012,621호 및 제9,193,753호 참조.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 둘 다 약 17개 내지 26개(예를 들어, 17개 내지 26개, 20개 내지 25개 또는 21개 내지 23개)의 뉴클레오타이드 길이 범위인 센스 및 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 둘 다 약 19개 내지 22개의 뉴클레오타이드 길이 범위인 센스 및 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 및 안티센스 가닥은 동일한 길이이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 중 하나 또는 센스 및 안티센스 가닥 모두에 3'-오버행이 있는 센스 및 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시형태에서, 둘 다 약 21개 내지 23개의 뉴클레오타이드 길이 범위인 센스 및 안티센스 가닥을 갖는 올리고뉴클레오타이드의 경우, 센스, 안티센스 또는 센스 및 안티센스 가닥 모두의 3' 오버행은 1개 또는 2개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 22개 뉴클레오타이드의 가이드 가닥 및 20개 뉴클레오타이드의 패신저 가닥을 갖되, 분자의 오른쪽에 평활 말단(패신저 가닥의 3' 말단/가이드 가닥의 5' 말단)과 분자의 왼쪽에 2개의 뉴클레오타이드 3'-가이드 가닥 오버행(패신저 가닥의 5' 말단/가이드 가닥의 3' 말단)이 있다. 이러한 분자에는 20bp 이중체 영역이 있다.
본 명세서의 조성물 및 방법과 함께 사용하기 위한 다른 올리고뉴클레오타이드 디자인은 다음을 포함한다: 16량체 siRNA(예를 들어, 문헌[Nucleic Acids in Chemistry and Biology, Blackburn (ed.), Royal Society of Chemistry, 2006] 참조), shRNA(예를 들어, 19bp 또는 더 짧은 스템을 가짐; 예를 들어, 문헌[Moore et al. (2010) Methods Mol. Biol. 629:141-58] 참조), 평활 siRNA(예를 들어, 19bp 길이; 예를 들어, 문헌[Kraynack & Baker (2006) RNA 12:163-76] 참조), 비대칭 siRNA(aiRNA; 예를 들어, 문헌[Sun et al. (2008) NAT. BIOTECHNOL. 26:1379-82] 참조), 비대칭 더 짧은-이중체 siRNA(예를 들어, 문헌[Chang et al. (2009) MOL. THER. 17:725-32] 참조), 포크(fork) siRNA(예를 들어, 문헌[Hohjoh (2004) FEBS LETT. 557:193-198] 참조), ss siRNA(Elsner (2012) NAT. BIOTECHNOL. 30:1063), 아령 모양 원형 siRNA(예를 들어, 문헌[Abe et al. (2007) J. AM. CHEM. SOC. 129:15108-09] 참조) 및 작은 내부 분할 간섭 RNA(siRNA; 예를 들어, 문헌[Bramsen et al. (2007) NUCLEIC ACIDS RES. 35:5886-97] 참조). LPA의 발현을 감소시키거나 또는 저해하기 위해 일부 실시형태에서 사용될 수 있는 올리고뉴클레오타이드 구조의 추가의 비제한적인 예는 마이크로RNA(miRNA), 짧은 헤어핀 RNA(shRNA) 및 짧은 siRNA(예를 들어, 문헌[Hamilton et al. (2002) EMBO J. 21:4671-79] 참조; 또한 미국 공개 제2009/0099115호 참조)이다.
여전히, 일부 실시형태에서, 본 명세서에서 LPA 발현을 감소시키거나 또는 저해하기 위한 올리고뉴클레오타이드는 단일-가닥(ss)이다. 이러한 구조는 ss RNAi 분자를 포함할 수 있지만 이들로 제한되지 않는다. 최근의 노력으로 ss RNAi 분자의 활성이 입증되었다(예를 들어, 문헌[Matsui et al. (2016) Mol. Ther. 24:946-955] 참조). 그러나, 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 안티센스 올리고뉴클레오타이드(ASO)이다. 안티센스 올리고뉴클레오타이드는 5'에서 3' 방향으로 쓰여지거나 또는 묘사될 때 특정 핵산의 표적화된 분절의 역 상보를 포함하고, 세포에서 표적 RNA의 RNaseH-매개성 절단을 유도하도록(예를 들어, 갭머(gapmer)로) 또는 세포에서 표적 mRNA의 번역을 저해하도록(예를 들어, 믹스머(mixmer)로) 적합하게 변형된 핵염기 서열을 갖는 ss 올리고뉴클레오타이드이다. 본 명세서에서 사용하기 위한 ASO는, 예를 들어, 미국 특허 제9,567,587호에 나타나 있는 바와 같은 것을 포함(예를 들어, 핵염기(피리미딘, 퓨린)의 길이, 당 모이어티 및 핵염기의 헤테로고리형 부분의 변경 포함)하여 당업계에 공지된 임의의 적합한 방식으로 변형될 수 있다. 또한, ASO는 특정 표적 유전자의 발현을 감소시키기 위해 수십 년 동안 사용되어 왔다(예를 들어, 문헌[Bennett et al. (2017) Annu. Rev. Pharmacol. 57:81-105] 참조).
iv. 이중 가닥 올리고뉴클레오타이드
본 개시내용은 센스 가닥(본 명세서에서 패신저 가닥으로도 지칭됨) 및 안티센스 가닥(본 명세서에서 가이드 가닥으로도 지칭됨)을 포함하는, LPA mRNA를 표적화하고 LPA 발현을 저해(예를 들어, RNAi 경로를 통해)하기 위한 이중 가닥(ds) 올리고뉴클레오타이드를 제공한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 별개의 가닥이며, 공유적으로 연결되지 않는다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 공유적으로 연결된다.
일부 실시형태에서, 센스 가닥은 제1 영역(R1) 및 제2 영역(R2)을 갖되, R2는 제1 하위영역(S1), 테트라루프(L) 또는 트라이루프(triL) 및 제2 하위영역(S2)을 포함하고, L 또는 triL은 S1과 S2 사이에 위치하며, S1 및 S2는 제2 이중체(D2)를 형성한다. D2는 다양한 길이를 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, D2는 약 1bp 내지 6bp 길이이다. 일부 실시형태에서, D2는 2bp 내지 6bp, 3bp 내지 6bp, 4bp 내지 6bp, 5bp 내지 6bp, 1bp 내지 5bp, 2bp 내지 5bp, 3bp 내지 5bp 또는 4bp 내지 5bp 길이이다. 일부 실시형태에서, D2는 1bp, 2bp, 3bp, 4bp, 5bp 또는 6bp 길이이다. 일부 실시형태에서, D2는 6bp 길이이다.
일부 실시형태에서, 센스 가닥의 R1과 안티센스 가닥은 제1 이중체(D1)를 형성한다. 일부 실시형태에서, D1은 적어도 15개(예를 들어, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개 또는 적어도 21개)의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, D1은 약 12개 내지 30개의 뉴클레오타이드 길이(예를 들어, 12개 내지 30개, 12개 내지 27개, 15개 내지 22개, 18개 내지 22개, 18개 내지 25개, 18개 내지 27개, 18개 내지 30개 또는 21개 내지 30개의 뉴클레오타이드 길이) 범위이다. 일부 실시형태에서, D1은 적어도 12개의 뉴클레오타이드 길이(예를 들어, 적어도 12개, 적어도 15개, 적어도 20개, 적어도 25개 또는 적어도 30개 뉴클레오타이드 길이)이다. 일부 실시형태에서, D1은 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개 또는 30개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, D1은 20개의 뉴클레오타이드 길이이다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 D1은 센스 가닥 및/또는 안티센스 가닥의 전체 길이에 걸쳐 있지 않다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 D1은 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 중 하나 또는 둘 다의 전체 길이에 걸쳐 있다. 소정의 실시형태에서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 D1은 센스 가닥 및 안티센스 가닥 둘 다의 전체 길이에 걸쳐 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 ds 올리고뉴클레오타이드는 표 3에 정리되어 있는 바와 같이 서열번호 388 내지 403 중 어느 하나의 서열을 갖는 센스 가닥 및 서열번호 788 내지 803으로부터 선택되는 상보성 서열을 포함하는 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 서열번호 393의 서열을 포함하고, 안티센스 가닥은 서열번호 793의 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 서열 목록에 제시된 서열은 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드) 또는 다른 핵산의 구조를 기술할 때 언급될 수 있음을 이해하여야 한다. 이러한 실시형태에서, 실제 올리고뉴클레오타이드 또는 다른 핵산은 명시된 서열과 본질적으로 동일하거나 또는 유사한 상보적 특성을 유지하면서 명시된 서열과 비교할 때 하나 이상의 대체 뉴클레오타이드(예를 들어, DNA 뉴클레오타이드의 RNA 대응물 또는 RNA 뉴클레오타이드의 DNA 대응물) 및/또는 하나 이상의 변형된 뉴클레오타이드 및/또는 하나 이상의 변형된 뉴클레오타이드간 연결 및/또는 하나 이상의 다른 변형을 가질 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 ds 올리고뉴클레오타이드는 다이서 효소에 의해 작용될 때 성숙한 RISC에 혼입되는 안티센스 가닥을 생성하는 25개 뉴클레오타이드의 센스 가닥 및 27개 뉴클레오타이드의 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시형태에서, ds 올리고뉴클레오타이드의 센스 가닥은 27개 뉴클레오타이드보다 더 길다(예를 들어, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개 또는 40개 뉴클레오타이드). 일부 실시형태에서, ds 올리고뉴클레오타이드의 센스 가닥은 25개 뉴클레오타이드보다 더 길다(예를 들어, 26개, 27개, 28개, 29개 또는 30개 뉴클레오타이드).
일부 실시형태에서, 본 명세서의 ds 올리고뉴클레오타이드는 다른 5' 말단과 비교할 때 열역학적으로 덜 안정적인 하나의 5' 말단을 갖는다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥의 3' 말단에 평활 말단 및 안티센스 가닥의 3' 말단에 3'-오버행을 포함하는 비대칭 ds 올리고뉴클레오타이드가 제공된다. 일부 실시형태에서, 안티센스 가닥에 있는 3'-오버행은 약 1개 내지 8개의 뉴클레오타이드 길이(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개 또는 8개의 뉴클레오타이드 길이)이다. 전형적으로, RNAi에 대한 ds 올리고뉴클레오타이드는 안티센스(가이드) 가닥의 3' 말단에 2개 뉴클레오타이드의 오버행을 갖는다. 그러나, 다른 오버행도 가능하다. 일부 실시형태에서, 오버행은 1개 내지 6개의 뉴클레오타이드, 선택적으로 1개 내지 5개, 1개 내지 4개, 1개 내지 3개, 1개 내지 2개, 2개 내지 6개, 2개 내지 5개, 2개 내지 4개, 2개 내지 3개, 3개 내지 6개, 3개 내지 5개, 3개 내지 4개, 4개 내지 6개, 4개 내지 5개, 5개 내지 6개의 뉴클레오타이드 또는 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 6개의 뉴클레오타이드 길이를 포함하는 3'-오버행이다. 그러나, 일부 실시형태에서, 오버행은 1개 내지 6개의 뉴클레오타이드, 선택적으로 1개 내지 5개, 1개 내지 4개, 1개 내지 3개, 1개 내지 2개, 2개 내지 6개, 2개 내지 5개, 2개 내지 4개, 2개 내지 3개, 3개 내지 6개, 3개 내지 5개, 3개 내지 4개, 4개 내지 6개, 4개 내지 5개, 5개 내지 6개의 뉴클레오타이드 또는 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 6개의 뉴클레오타이드 길이를 포함하는 5'-오버행이다.
일부 실시형태에서, 안티센스 가닥의 3' 말단 상의 2개의 말단 뉴클레오타이드가 변형된다. 일부 실시형태에서, 안티센스 가닥의 3' 말단 상의 2개의 말단 뉴클레오타이드는 표적 mRNA(예를 들어, LPA mRNA)와 상보적이다. 일부 실시형태에서, 안티센스 가닥의 3' 말단 상의 2개의 말단 뉴클레오타이드는 표적 mRNA와 상보적이지 않다. 일부 실시형태에서, 열린 테트라루프 구조에서 올리고뉴클레오타이드의 각 3' 말단 상의 2개의 말단 뉴클레오타이드는 GG이다. 전형적으로, ds 올리고뉴클레오타이드의 각 3' 말단 상의 2개의 말단 GG 중 하나 또는 둘 모두는 표적 mRNA와 상보적이지 않다.
일부 실시형태에서, 센스 가닥과 안티센스 가닥 사이에 1개 이상(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개 또는 5개)의 미스매치(들)가 있다. 센스 가닥과 안티센스 가닥 사이에 하나 이상의 미스매치가 있는 경우, 이들은 연속적으로(예를 들어, 연속으로 2개, 3개 또는 그 이상) 위치하거나 또는 상보성 영역 전체에 걸쳐 산재될 수 있다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥의 3' 말단은 하나 이상의 미스매치를 포함한다. 일 실시형태에서, 2개의 미스매치가 센스 가닥의 3' 말단에 혼입된다. 일부 실시형태에서, 염기 미스매치 또는 올리고뉴클레오타이드의 센스 가닥의 3' 말단 분절의 불안정화는 ds 올리고뉴클레오타이드의 효능을 개선하거나 또는 증가시킨다.
a. 안티센스 가닥
일부 실시형태에서, LPA mRNA를 표적화하고 LPA 발현을 저해하기 위한 본 명세서에 개시된 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)는 서열번호 404 내지 803 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 서열을 포함하거나 또는 이로 이루어지는 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 서열번호 404 내지 803 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 서열의 적어도 약 12개(예를 들어, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개, 적어도 21개, 적어도 22개 또는 적어도 23개)개의 연속 뉴클레오타이드를 포함하거나 또는 이로 이루어지는 안티센스 가닥을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)는 최대 약 40개의 뉴클레오타이드 길이(예를 들어, 최대 40, 최대 35, 최대 30, 최대 27, 최대 25, 최대 21, 최대 19, 최대 17 또는 최대 12개의 뉴클레오타이드 길이)의 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 약 12개의 뉴클레오타이드 길이(예를 들어, 적어도 12개, 적어도 15개, 적어도 19개, 적어도 21개, 적어도 22개, 적어도 25개, 적어도 27개, 적어도 30개, 적어도 35개 또는 적어도 38개 뉴클레오타이드 길이)의 안티센스 가닥을 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 약 12개 내지 약 40개(예를 들어, 12개 내지 40개, 12개 내지 36개, 12개 내지 32개, 12개 내지 28개, 15개 내지 40개, 15개 내지 36개, 15개 내지 32개, 15개 내지 28개, 17개 내지 22개, 17개 내지 25개, 19개 내지 27개, 19개 내지 30개, 20개 내지 40개, 22개 내지 40개, 25개 내지 40개 또는 32개 내지 40개)의 뉴클레오타이드 길이 범위의 안티센스 가닥을 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개 또는 40개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 가질 수 있다.
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 안티센스 가닥은 "가이드 가닥"으로 지칭된다. 예를 들어, RNA-유도성 침묵 복합체(RNA-induced silencing complex: RISC)와 결합하고, Ago2와 같은 아르고노트 단백질에 결합하거나 또는 하나 이상의 유사한 인자와 결합하거나 이에 결합하고, 표적 유전자의 침묵을 지시하는 안티센스 가닥은 가이드 가닥으로 지칭된다. 일부 실시형태에서, 가이드 가닥에 상보적인 센스 가닥은 "패신저 가닥"으로 지칭된다.
b. 센스 가닥
일부 실시형태에서, LPA mRNA를 표적화하고 LPA 발현을 저해하기 위한 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)는 서열번호 4 내지 403 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 센스 가닥 서열을 포함하거나 또는 이로 이루어진다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 서열번호 4 내지 403 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 서열의 적어도 약 12개(예를 들어, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개, 적어도 20개, 적어도 21개, 적어도 22개 또는 적어도 23개)개의 연속 뉴클레오타이드를 포함하거나 또는 이로 이루어진 센스 가닥을 갖는다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)는 최대 약 40개의 뉴클레오타이드 길이(예를 들어, 최대 40개, 최대 36개, 최대 30개, 최대 27개, 최대 25개, 최대 21개, 최대 19개, 최대 17개 또는 최대 12개의 뉴클레오타이드 길이)의 센스 가닥(또는 패신저 가닥)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 적어도 약 12개의 뉴클레오타이드 길이(예를 들어, 적어도 12개, 적어도 15개, 적어도 19개, 적어도 21개, 적어도 25개, 적어도 27개, 적어도 30개, 적어도 36개 또는 적어도 38개의 뉴클레오타이드 길이)의 센스 가닥을 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 약 12개 내지 약 40개(예를 들어, 12개 내지 40개, 12개 내지 36개, 12개 내지 32개, 12개 내지 28개, 15개 내지 40개, 15개 내지 36개, 15개 내지 32개, 15개 내지 28개, 17개 내지 21개, 17개 내지 25개, 19개 내지 27개, 19개 내지 30개, 20개 내지 40개, 22개 내지 40개, 25개 내지 40개 또는 32개 내지 40개)의 뉴클레오타이드 길이 범위의 센스 가닥을 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 33개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개 또는 40개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥을 가질 수 있다.
일부 실시형태에서, 센스 가닥은 3' 말단에 스템-루프 구조를 포함한다. 일부 실시형태에서, 센스 가닥은 5' 말단에 스템-루프 구조를 포함한다. 일부 실시형태에서, 스템은 2bp, 3bp, 4bp, 5bp, 6bp, 7bp, 8bp, 9bp, 10bp, 11bp, 12bp, 13bp 또는 14bp 길이의 이중체이다. 일부 실시형태에서, 스템-루프는 분해(예를 들어, 효소적 분해)에 대해 올리고뉴클레오타이드 보호를 제공하고, 표적 세포, 조직 또는 기관(예를 들어, 간) 또는 둘 다에 대한 표적화 및/또는 전달을 촉진 또는 개선한다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, 스템-루프의 루프는 표적 mRNA(예를 들어, LPA mRNA)에 대한 표적화, 표적 유전자 발현(예를 들어, LPA 발현)의 저해 및/또는 표적 세포, 조직 또는 기관(예를 들어, 간) 또는 둘 다로의 전달을 촉진하거나, 개선하거나 또는 증가시키는 하나 이상의 변형을 포함하는 뉴클레오타이드를 제공한다. 일부 실시형태에서, 스템-루프 자체 또는 스템-루프에 대한 변형(들)은 올리고뉴클레오타이드의 고유한 유전자 발현 저해 활성에 실질적으로 영향을 미치지 않지만, 안정성(예를 들어, 분해에 대한 보호를 제공함) 및/또는 표적 세포, 조직 또는 기관(예를 들어, 간)으로의 올리고뉴클레오타이드의 전달을 촉진하거나, 개선하거나 또는 증가시킨다. 소정의 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 (예를 들어, 3' 말단에) S1-L-S2로 제시되는 스템-루프를 포함하는 센스 가닥을 포함하며; 여기서 S1은 S2에 상보적이고, L은 S1과 S2의 사이에 최대 약 10개의 뉴클레오타이드 길이(예를 들어, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 뉴클레오타이드 길이)의 단일-가닥 루프를 형성한다. 일부 실시형태에서, 루프(L)는 4개의 뉴클레오타이드 길이이다. 도 10은 이러한 올리고뉴클레오타이드의 비제한적인 예를 도시한다. 일부 실시형태에서, 위에 기재된 바와 같은 S1-L-S2 구조를 갖는 스템-루프의 루프(L)는 테트라루프(예를 들어, 열린 테트라루프 구조 내)이다. 일부 실시형태에서, 테트라루프는 리보뉴클레오타이드, 데옥시리보뉴클레오타이드, 변형된 뉴클레오타이드, 전달 리간드 및 이들의 조합을 포함한다.
v. 올리고뉴클레오타이드 변형
a. 당 변형
일부 실시형태에서, 변형된 당(본 명세서에서 당 유사체로도 지칭됨)은, 예를 들어, 당의 2', 3', 4' 및/또는 5' 탄소 위치에서 하나 이상의 변형이 발생하는 변형된 데옥시리보스 또는 리보스 모이어티를 포함한다. 일부 실시형태에서, 변형된 당은 또한 잠금 핵산("LNA(locked nucleic acid)"; 예를 들어, 문헌[Koshkin et al. (1998) TETRAHEDON 54:3607-30] 참조), 비잠금 핵산("UNA(unlocked nucleic acid)"; 예를 들어, 문헌[Snead et al. (2013) MOL. THER-NUCL. ACIDS 2:e103] 참조) 및 브리지된 핵산("BNA(bridged nucleic acid)"; 예를 들어, 문헌[Imanishi & Obika (2002) CHEM COMMUN. (CAMB) 21:1653-59] 참조)에 존재하는 것과 같은 비천연 대체 탄소 구조를 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 당에서의 뉴클레오타이드 변형은 2'-변형을 포함한다. 일부 실시형태에서, 2'-변형은 2'-O-프로파르길, 2'-O-프로필아민, 2'-아미노, 2'-에틸, 2'-플루오로(2'-F), 2'-아미노에틸(EA), 2'-O-메틸(2'-OMe), 2'-O-메톡시에틸(2'-MOE), 2'-O-[2-(메틸아미노)-2-옥소에틸](2'-O-NMA) 또는 2'-데옥시-2'-플루오로-β-d-아라비노뉴클레산(2'-FANA)일 수 있다. 일부 실시형태에서, 변형은 2'-F, 2'-OMe 또는 2'-MOE이다. 일부 실시형태에서, 당에서의 변형은 당 고리의 하나 이상의 탄소의 변형을 포함할 수 있는 당 고리의 변형을 포함한다. 예를 들어, 뉴클레오타이드의 당의 변형은 당의 1'-탄소 또는 4'-탄소에 연결된 당의 2'-산소 또는 에틸렌 또는 메틸렌 브리지를 통해 1'-탄소 또는 4'-탄소에 연결된 2'-산소를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 2'-탄소 내지 3'-탄소 결합이 결여된 비고리형 당을 갖는다. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는, 예를 들어, 당의 4' 위치에 티올기를 갖는다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 올리고뉴클레오타이드는 적어도 약 1개의 변형된 뉴클레오타이드(예를 들어, 적어도 1개, 적어도 5개, 적어도 10개, 적어도 15개, 적어도 20개, 적어도 25개, 적어도 30개, 적어도 35개, 적어도 40개, 적어도 45개, 적어도 50개, 적어도 55개, 적어도 60개 이상)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 센스 가닥은 적어도 약 1개의 변형된 뉴클레오타이드(예를 들어, 적어도 1개, 적어도 5개, 적어도 10개, 적어도 15개, 적어도 20개, 적어도 25개, 적어도 30개, 적어도 35개 이상)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 안티센스 가닥은 적어도 약 1개의 변형된 뉴클레오타이드(예를 들어, 적어도 1개, 적어도 5개, 적어도 10개, 적어도 15개, 적어도 20개 이상)를 포함한다.
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 센스 가닥의 모든 뉴클레오타이드가 변형된다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 안티센스 가닥의 모든 뉴클레오타이드가 변형된다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 모든 뉴클레오타이드(즉, 센스 가닥 및 안티센스 가닥 둘 다)가 변형된다. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 2'-변형(예를 들어, 2'-F 또는 2'-OMe, 2'-MOE 및 2'-데옥시-2'-플루오로-β-d-아라비노뉴클레산)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 2'-변형(예를 들어, 2'-F 또는 2'-OMe)을 포함한다.
본 개시내용은 상이한 변형 패턴을 갖는 올리고뉴클레오타이드를 제공한다. 일부 실시형태에서, 변형된 올리고뉴클레오타이드는 3 표 4(뿐만 아니라 도 10) 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 변형 패턴을 갖는 센스 가닥 및 3 표 4(뿐만 아니라 도 10) 중 어느 하나에 제시된 바와 같은 변형 패턴을 갖는 안티센스 가닥을 포함한다. 일부 실시형태에서, 이들 올리고뉴클레오타이드에 대해, 센스 가닥의 8번, 9번, 10번 또는 11번 위치 중 하나 이상이 2'-F 그룹으로 변형된다. 다른 실시형태에서, 이들 올리고뉴클레오타이드에 대해, 센스 가닥의 1번 내지 7번 및 12번 내지 20번 위치에 있는 각각의 뉴클레오타이드의 당 모이어티는 2'-OMe로 변형된다.
일부 실시형태에서, 안티센스 가닥은 당 모이어티의 2'-위치에서 2'-F로 변형된 3개의 뉴클레오타이드를 갖는다. 일부 실시형태에서, 안티센스 가닥의 2번, 5번 및 14번 위치에 있는 당 모이어티 및 선택적으로 1번, 3번, 7번 및 10번 위치에 있는 뉴클레오타이드 중 최대 3개는 2'-F로 변형된다. 다른 실시형태에서, 안티센스 가닥의 2번, 5번 및 14번 위치의 각 위치에 있는 당 모이어티는 2'-F로 변형된다. 다른 실시형태에서, 안티센스 가닥의 1번, 2번, 5번 및 14번 위치의 각 위치에 있는 당 모이어티는 2'-F로 변형된다. 또 다른 실시형태에서, 안티센스 가닥의 1, 2, 3, 5, 7 및 14번 위치의 각 위치에 있는 당 모이어티는 2'-F로 변형된다. 또 다른 실시형태에서, 안티센스 가닥의 1번, 2번, 3번, 5번, 10번 및 14번 위치의 각 위치에 있는 당 모이어티는 2'-F로 변형된다. 또 다른 실시형태에서, 안티센스 가닥의 2번, 3번, 5번, 7번, 10번 및 14번 위치의 각 위치에 있는 당 모이어티는 2'-F로 변형된다.
b. 5' 말단 포스페이트
일부 실시형태에서, RNAi 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단 포스페이트기는 Ago2와의 상호작용을 향상시킨다. 그러나, 5'-포스페이트기를 포함하는 올리고뉴클레오타이드는 포스파테이스 또는 다른 효소를 통한 분해에 민감할 수 있으며, 이는 생체내 생체이용률을 제한할 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)는 이러한 분해에 저항성인 5' 포스페이트의 유사체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 포스페이트 유사체는 옥시메틸포스포네이트, 바이닐포스포네이트 또는 말로닐 포스포네이트 또는 이들의 조합이다. 소정의 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드 가닥의 3' 말단은 천연 5'-포스페이트기의 정전기적 및 입체 특성을 모방하는 화학적 모이어티("포스페이트 모방체")에 부착된다.
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 당의 4'-탄소 위치에 포스페이트 유사체("4'-포스페이트 유사체"로 지칭됨)를 갖는다. 예를 들어, 국제 공개 제WO 2018/045317호 참조. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 5'-말단 뉴클레오타이드에 4'-포스페이트 유사체를 포함한다. 일부 실시형태에서, 포스페이트 유사체는 옥시메틸기의 산소 원자가 당 모이어티에(예를 들어, 이의 4'-탄소에) 결합된 옥시메틸포스포네이트 또는 이의 유사체이다. 다른 실시형태에서, 4'-포스페이트 유사체는 티오메틸기의 황 원자 또는 아미노 메틸기의 질소 원자가 당 모이어티의 4'-탄소에 결합된 티오메틸포스포네이트 또는 아미노메틸포스포네이트 또는 이의 유사체이다. 소정의 실시형태에서, 4'-포스페이트 유사체는 옥시메틸포스포네이트이다. 일부 실시형태에서, 옥시메틸포스포네이트는 화학식 -O-CH2-PO(OH)2 또는 -O-CH2-PO(OR)2로 표시되며, 여기서 R은 독립적으로 H, CH3, 알킬기, CH2CH2CN, CH2OCOC(CH3)3, CH2OCH2CH2Si(CH3)3 또는 보호기로부터 선택된다. 소정의 실시형태에서, 알킬기는 CH2CH3이다. 보다 전형적으로, R은 독립적으로 H, CH3 또는 CH2CH3로부터 선택된다.
c. 변형된 뉴클레오사이드내 연결
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 변형된 뉴클레오사이드간 연결을 포함한다. 일부 실시형태에서, 포스페이트 변형 또는 치환은 적어도 약 1개(예를 들어, 적어도 1개, 적어도 2개, 적어도 3개 또는 적어도 5개)의 변형된 뉴클레오타이드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오타이드를 생성한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 올리고뉴클레오타이드 중 어느 하나는 약 1개 내지 약 10개(예를 들어, 1개 내지 10개, 2개 내지 8개, 4개 내지 6개, 3개 내지 10개, 5개 내지 10개, 1개 내지 5개, 1개 내지 3개 또는 1개 내지 2개)의 변형된 뉴클레오타이드간 연결을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 올리고뉴클레오타이드 중 어느 하나는 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 변형된 뉴클레오타이드간 연결을 포함한다.
변형된 뉴클레오타이드간 연결은 포스포로다이티오에이트 연결, 포스포로티오에이트 연결, 포스포트라이에스터 연결, 티오알킬포스포네이트 연결, 티오알킬포스포트라이에스터 연결, 포스포라미다이트 연결, 포스포네이트 연결 또는 보라노포스페이트 연결일 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 바와 같은 올리고뉴클레오타이드 중 어느 하나의 적어도 하나의 변형된 뉴클레오타이드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다.
일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥의 1번 및 2번 위치, 안티센스 가닥의 1번 및 2번 위치, 안티센스 가닥의 2번 및 3번 위치, 안티센스 가닥의 3번 및 4번 위치, 안티센스 가닥의 20번 및 21번 위치 및 안티센스 가닥의 위치 21번 및 22번 위치 중 하나 이상 사이에 포스포로티오에이트 연결을 갖는다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에 기재된 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥의 1번 및 2번 위치, 안티센스 가닥의 1번 및 2번 위치, 안티센스 가닥의 2번 및 3번 위치, 안티센스 가닥의 20번 및 21번 위치 및 안티센스 가닥의 21번 및 22번 위치 각각의 사이에 포스포로티오에이트 연결을 갖는다.
d. 염기 변형
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 하나 이상의 변형된 핵염기를 갖는다. 일부 실시형태에서, 변형된 핵염기(본 명세서에서 염기 유사체로도 지칭됨)는 뉴클레오타이드 당 모이어티의 1' 위치에 연결된다. 소정의 실시형태에서, 변형된 핵염기는 질소성 염기이다. 소정의 실시형태에서, 변형된 핵염기는 질소 원자를 포함하지 않는다. 예를 들어, 미국 공개 제2008/0274462호 참조. 일부 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 보편적인 염기를 포함한다. 그러나, 소정의 실시형태에서, 변형된 뉴클레오타이드는 핵염기를 포함하지 않는다(비염기성).
일부 실시형태에서, 보편적인 염기는 변형된 뉴클레오타이드에서 뉴클레오타이드 당 모이어티의 1' 위치 또는 뉴클레오타이드 당 모이어티 치환에서 동등한 위치에 위치한 헤테로고리형 모이어티이며, 이중체에 존재할 때 이중체의 구조를 실질적으로 변경하지 않고 염기의 하나 이상의 유형에 대해 반대쪽에 위치할 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적 핵산에 완전히 상보적인 참조 단일-가닥 핵산(예를 들어, 올리고뉴클레오타이드)과 비교할 때, 보편적인 염기를 포함하는 단일-가닥 핵산은 상보적인 핵산으로 형성된 이중체보다 낮은 Tm을 갖는 표적 핵산과 이중체를 형성한다. 그러나, 일부 실시형태에서, 보편적인 염기가 염기로 대체되어 단일 미스매치를 생성하는 참조 단일-가닥 핵산과 비교할 때, 보편적인 염기를 포함하는 단일-가닥 핵산은 미스매치된 염기를 포함하는 핵산으로 형성된 이중체보다 더 높은 Tm을 갖는 표적 핵산과 이중체를 형성한다.
보편적인 연결 뉴클레오타이드의 비제한적인 예는 이노신, 1-β-D-리보퓨라노실-5-나이트로인돌 및/또는 1-β-D-리보퓨라노실-3-나이트로피롤을 포함하지만 이들로 제한되지 않는다(미국 공개 제2007/0254362호; 문헌[Van Aerschot et al. (1995) NUCLEIC ACIDS RES. 23:4363-70; Loakes et al. (1995) NUCLEIC ACIDS RES. 23:2361-66; 및 Loakes & Brown (1994) NUCLEIC ACIDS RES. 22:4039-43] 참조).
e. 가역적 변형
표적 세포에 도달하기 전에 생체내 환경으로부터 올리고뉴클레오타이드를 보호하기 위한 소정의 변형이 이루어질 수 있지만, 올리고뉴클레오타이드가 표적 세포의 세포질에 도달하면 올리고뉴클레오타이드의 효능 또는 활성을 감소시킬 수 있다. 가역적 변형은 분자가 세포 외부의 바람직한 특성을 유지하도록 이루어질 수 있으며, 이는 이후에 세포의 세포질 환경에 들어갈 때 제거된다. 가역적 변형은, 예를 들어, 세포내 효소의 작용에 의해 또는 세포 내부의 화학적 조건에 의해(예를 들어, 세포내 글루타티온에 의한 환원을 통해) 제거될 수 있다.
일부 실시형태에서, 가역적으로 변형된 뉴클레오타이드는 글루타티온-민감성 모이어티를 포함한다. 전형적으로, 핵산 분자는 뉴클레오타이드간 다이포스페이트 연결에 의해 생성된 음전하를 차폐하고 세포 흡수 및 뉴클레이스 저항성을 개선하기 위해 고리형 이황화 모이어티로 화학적으로 변형되었다. 미국 공개 제2011/0294869호, 국제 공개 제WO 2014/088920호 및 제WO 2015/188197호 및 문헌[Meade et al. (2014) NAT. BIOTECHNOL. 32:1256-63] 참조. 뉴클레오타이드간 다이포스페이트 연결의 이러한 가역적 변형은 세포질(예를 들어 글루타티온)의 환원 환경에 의해 세포내에서 절단되도록 설계되었다. 이전의 예는 세포 내에서 절단 가능한 것으로 보고된 중화 포스포트라이에스터 변형을 포함한다(문헌[Dellinger et al. (2003) J. AM. CHEM. SOC. 125:940-50] 참조).
일부 실시형태에서, 이러한 가역적 변형은 올리고뉴클레오타이드가 뉴클레이스 및 다른 가혹한 환경 조건(예를 들어, pH)에 노출될 생체내 투여(예를 들어, 혈액 및/또는 세포의 리보솜/엔도솜 구획을 통한 이동) 동안 보호를 허용한다. 글루타티온의 수준이 세포외 공간과 비교하여 더 높은 세포의 세포질로 방출되면, 변형은 역전되어 절단된 올리고뉴클레오타이드가 생성된다. 가역적인 글루타티온-민감성 모이어티를 사용하면, 비가역적 화학적 변형을 사용할 수 있는 옵션과 비교할 때 관심 올리고뉴클레오타이드에 입체적으로 더 큰 화학 그룹을 도입할 수 있다. 이는 이러한 더 큰 화학 그룹이 세포질에서 제거될 것이기 때문에, 세포의 세포질 내부에 있는 올리고뉴클레오타이드의 생물학적 활성을 방해하지 않아야 한다. 그 결과, 이러한 더 큰 화학 그룹은 뉴클레이스 저항성, 친유성, 전하, 열 안정성, 특이성 및 감소된 면역원성과 같은 다양한 이점을 뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드에 부여하도록 조작될 수 있다. 일부 실시형태에서, 글루타티온-민감성 모이어티의 구조는 이의 방출 동역학을 변경하도록 조작될 수 있다.
일부 실시형태에서, 글루타티온-민감성 모이어티는 뉴클레오타이드의 당에 부착된다. 일부 실시형태에서, 글루타티온-민감성 모이어티는 변형된 뉴클레오타이드의 당의 2'-탄소에 부착된다. 일부 실시형태에서, 글루타티온-민감성 모이어티는 특히 변형된 뉴클레오타이드가 올리고뉴클레오타이드의 5'-말단 뉴클레오타이드인 경우 당의 5'-탄소에 위치한다. 일부 실시형태에서, 글루타티온-민감성 모이어티는 특히 변형된 뉴클레오타이드가 올리고뉴클레오타이드의 3'-말단 뉴클레오타이드인 경우 당의 3'-탄소에 위치한다. 일부 실시형태에서, 글루타티온-민감성 모이어티는 설폰일기를 포함한다. 예를 들어, 2016년 8월 23일자로 출원된 "Compositions Comprising Reversibly Modified Oligonucleotides and Uses Thereof"라는 명칭의 미국 특허 가출원 제62/378,635호 참조.
vi. 표적화 리간드
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 올리고뉴클레오타이드를 하나 이상의 세포 또는 하나 이상의 기관으로 표적화하는 것이 바람직하다. 이러한 전략은 다른 기관에서 바람직하지 않은 효과를 피하거나 또는 올리고뉴클레오타이드로부터 이익을 얻지 못할 세포, 조직 또는 기관에 대한 올리고뉴클레오타이드의 과도한 손실을 피하는 데 도움이 될 수 있다. 따라서, 일부 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 올리고뉴클레오타이드는 조직, 세포 또는 기관으로의 표적화 및/또는 전달을 용이하게 하기 위해(예를 들어, 간으로의 올리고뉴클레오타이드의 전달을 용이하게 하기 위해) 변형된다. 소정의 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 올리고뉴클레오타이드는 간의 간세포로의 올리고뉴클레오타이드의 전달을 용이하게 하기 위해 변형된다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 하나 이상의 표적화 리간드(들)에 접합된 적어도 하나의 뉴클레오타이드(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 이상의 뉴클레오타이드)를 포함한다.
일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 탄수화물, 아미노 당, 콜레스테롤, 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질 또는 단백질의 일부(예를 들어, 항체 또는 항체 단편) 또는 지질을 포함한다. 일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 압타머이다. 예를 들어, 표적화 리간드는 종양 맥관구조 또는 신경교종 세포를 표적화하는 데 사용되는 RGD 펩타이드, 종양 맥관구조 또는 기공(stoma)을 표적으로 하는 CREKA 펩타이드, CNS 맥관구조에서 발현되는 트랜스페린 수용체를 표적으로 하는 트랜스페린, 락토페린 또는 압타머 또는 신경교종 세포 상의 EGFR을 표적으로 하는 항-EGFR 항체일 수 있다. 소정의 실시형태에서, 표적화 리간드는 하나 이상의 GalNAc 모이어티이다.
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 1개 이상(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 6개)의 뉴클레오타이드는 별도의 표적화 리간드에 접합된다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 2개 내지 4개의 뉴클레오타이드는 각각 별도의 표적화 리간드에 접합된다. 일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 표적화 리간드는 칫솔모와 유사하고 올리고뉴클레오타이드는 칫솔과 유사하도록 센스 또는 안티센스 가닥의 말단에서 2개 내지 4개의 뉴클레오타이드에 접합된다(예를 들어, 표적화 리간드는 센스 또는 안티센스 가닥의 5' 말단 또는 3' 말단 상의 2개 내지 4개의 뉴클레오타이드 오버행 또는 연장부에 접합된다). 예를 들어, 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥의 5' 말단 또는 3' 말단에 스템-루프를 포함할 수 있고, 스템 루프의 1개, 2개, 3개 또는 4개의 뉴클레오타이드는 표적화 리간드에 개별적으로 접합될 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용에 의해 제공되는 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)는 센스 가닥의 3' 말단에 스템-루프를 포함하되, 스템-루프의 루프는 트라이루프 또는 테트라루프를 포함하고, 각각 트라이루프 또는 테트라루프를 포함하는 3개 또는 4개의 뉴클레오타이드는 표적화 리간드에 개별적으로 접합된다.
GalNAc는 ASGPR에 대해 고친화성 리간드이며, 주로 간세포의 동양혈관 표면에서 발현되고 말단 갈락토스 또는 GalNAc 잔기(아시알로당단백질)를 포함하는 순환하는 당단백질을 결합시키고, 내재화하고 후속 제거하는 데 중요한 역할을 한다. 본 개시내용의 올리고뉴클레오타이드에 대한 GalNAc 모이어티의 접합(간접적 또는 직접적)은 이러한 올리고뉴클레오타이드를 세포에서 발현되는 ASGPR로 표적화하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용의 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나 이상의 GalNAc 모이어티에 접합되되, GalNAc 모이어티는 올리고뉴클레오타이드를 인간 간 세포(예를 들어, 인간 간세포)에서 발현되는 ASGPR로 표적화한다. 일부 실시형태에서, GalNAc 모이어티는 올리고뉴클레오타이드를 간으로 표적화한다.
일부 실시형태에서, 본 개시내용의 올리고뉴클레오타이드는 1가 GalNAc에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 하나 이상의 1가 GalNAc에 직접적으로 또는 간접적으로 접합된다(즉, 2개, 3개 또는 4개의 1가 GalNAc 모이어티에 접합되고, 전형적으로 3개 또는 4개의 1가 GalNAc 모이어티에 접합된다). 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 하나 이상의 2가 GalNAc, 3가 GalNAc 또는 4가 GalNAc 모이어티에 접합된다.
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드의 1개 이상(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 6개)의 뉴클레오타이드가 각각 GalNAc 모이어티에 접합된다. 일부 실시형태에서, 테트라루프의 2개 내지 4개의 뉴클레오타이드가 각각 별도의 GalNAc에 접합된다. 일부 실시형태에서, 트라이루프의 1개 내지 3개의 뉴클레오타이드가 각각 별도의 GalNAc에 접합된다. 일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 GalNAc 모이어티가 칫솔모와 유사하고 올리고뉴클레오타이드가 칫솔과 유사하도록 센스 또는 안티센스 가닥의 말단에서 2개 내지 4개의 뉴클레오타이드에 접합된다(예를 들어, 리간드는 센스 또는 안티센스 가닥의 5' 말단 또는 3' 말단 상의 2개 내지 4개의 뉴클레오타이드 오버행 또는 연장부에 접합된다). 일부 실시형태에서, GalNAc 모이어티는 센스 가닥의 뉴클레오타이드에 접합된다. 예를 들어, 4개의 GalNAc 모이어티가 각 GalNAc 모이어티가 1개의 뉴클레오타이드에 접합된 센스 가닥의 테트라루프에서 뉴클레오타이드에 접합될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 하기 도시된 바와 같이 [ademG-GalNAc] 또는 2'-아미노다이에톡시메탄올-구아닌-GalNAc로 지칭되는 구아닌 뉴클레오타이드에 부착된 1가 GalNAc를 포함한다:
Figure pct00001
.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 하기 도시된 바와 같이 [ademA-GalNAc] 또는 2'-아미노다이에톡시메탄올-아데닌-GalNAc로 지칭되는 아데닌 뉴클레오타이드에 부착된 1가 GalNAc를 포함한다:
Figure pct00002
.
뉴클레오타이드 서열 GAAA(L = 링커, X = 헤테로원자) 스템 부착 지점을 5'에서 3'로 포함하는 루프에 대해 이러한 접합의 예를 아래에 나타내었다. 이러한 루프는, 예를 들어, 표 5에 열거되고 도 3에 도시된 바와 같이 센스 가닥의 27번 내지 30번 위치에 존재할 수 있다. 화학식에서,
Figure pct00003
는 올리고뉴클레오타이드 가닥에 대한 부착 지점을 설명하는 데 사용된다.
Figure pct00004
적절한 방법 또는 화학(예를 들어, 클릭 화학)이 표적화 리간드를 뉴클레오타이드에 연결하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 클릭 링커를 사용하여 뉴클레오타이드에 접합된다. 일부 실시형태에서, 아세탈계 링커가 표적화 리간드를 본 명세서에 기재된 올리고뉴클레오타이드 중 어느 하나의 뉴클레오타이드에 접합시키는 데 사용된다. 아세탈계 링커는, 예를 들어, 국제 공개 제WO 2016/100401호에 개시되어 있다. 일부 실시형태에서, 링커는 불안정한 링커이다. 그러나, 다른 실시형태에서, 링커는 안정적이다. GalNAc 모이어티가 아세탈 링커를 사용하여 루프의 뉴클레오타이드에 부착된 뉴클레오타이드 GAAA를 5'에서 3'로 포함하는 루프에 대한 예가 아래에 나타나 있다. 이러한 루프는, 예를 들어, 표 3 또는 표 4에 열거되어 있고 도 10에 도시되어 있는 바와 같은 센스 가닥 중 어느 하나의 27번 내지 30번 위치에 존재할 수 있다. 화학식에서,
Figure pct00005
는 올리고뉴클레오타이드 가닥에 대한 부착 지점이다.
Figure pct00006
언급한 바와 같이, 다양한 적절한 방법 또는 화학 합성 기법(예를 들어, 클릭 화학)이 표적화 리간드를 뉴클레오타이드에 연결하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 클릭 링커를 사용하여 뉴클레오타이드에 접합된다. 일부 실시형태에서, 아세탈계 링커는 표적화 리간드를 본 명세서에 기재된 올리고뉴클레오타이드 중 어느 하나의 뉴클레오타이드에 접합시키는 데 사용된다. 아세탈계 링커는, 예를 들어, 국제 공개 제WO 2016/100401호에 개시되어 있다. 일부 실시형태에서, 링커는 불안정한 링커이다. 그러나, 다른 실시형태에서, 링커는 안정적인 링커이다.
일부 실시형태에서, 표적화 리간드(예를 들어, GalNAc 모이어티)와 ds 올리고뉴클레오타이드 사이에 이중체 연장부(예를 들어, 최대 3bp, 4bp, 5bp 또는 6bp 길이)가 제공된다. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 거기에 접합된 GalNAc를 갖지 않는다.
III. 제형
올리고뉴클레오타이드의 사용을 용이하게 하기 위해 다양한 제형이 개발되었다. 예를 들어, 올리고뉴클레오타이드는 분해를 최소화하거나, 전달 및/또는 흡수를 용이하게 하거나 또는 제형 내의 올리고뉴클레오타이드에 또 다른 유익한 특성을 제공하는 제형을 사용하여 대상체 또는 세포 환경으로 전달될 수 있다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 인산 완충 식염수 용액과 같은 완충 용액, 리포솜, 미셀 구조 및 캡시드에서 제형화된다.
양이온성 지질을 갖는 올리고뉴클레오타이드의 제형은 올리고뉴클레오타이드의 세포로의 형질감염을 용이하게 하기 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, 양이온성 지질, 예컨대, 리포펙틴, 양이온성 글리세롤 유도체 및 다가양이온성 분자(예를 들어, 폴리라이신)이 사용될 수 있다. 적합한 지질은 Oligofectamine, Lipofectamine(라이프 테크놀로지스(Life Technologies)), NC388(리보자임 파마슈티칼스, 인크.(Ribozyme Pharmaceuticals, Inc.), 콜로라도주 볼더 소재) 또는 FuGene 6(로슈(Roche))를 포함하며, 이들 모두 제조업체의 지침서에 따라 사용될 수 있다.
따라서, 일부 실시형태에서, 제형은 지질 나노입자를 포함한다. 일부 실시형태에서, 부형제는 리포솜, 지질, 지질 복합체, 마이크로스피어, 마이크로입자, 나노스피어 또는 나노입자를 포함하거나, 또는 그렇지 않으면 이를 필요로 하는 대상체의 세포, 조직, 기관 또는 신체에 투여하기 위해 제형화될 수 있다(예를 들어, 문헌[Remington: THE SCIENCE AND PRACTICE OF PHARMACY, 22nd edition, Pharmaceutical Press, 2013] 참조).
일부 실시형태에서, 본 명세서의 제형은 부형제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 부형제는 조성물에 활성 성분의 개선된 안정성, 개선된 흡수, 개선된 가용성 및/또는 치료적 향상을 부여한다. 일부 실시형태에서, 부형제는 완충제(예를 들어, 소듐 시트레이트, 소듐 포스페이트, Tris 염기 또는 소듐 하이드록사이드) 또는 비히클(예를 들어, 완충 용액, 광유, 다이메틸 설폭사이드 또는 미네랄 오일)이다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 저장 수명을 연장하기 위해 동결건조된 다음 사용(예를 들어, 대상체에게 투여) 전 용액으로 만들어진다. 따라서, 본 명세서에 기재된 올리고뉴클레오타이드 중 어느 하나를 포함하는 조성물 내의 부형제는 동결건조보호제(예를 들어, 만니톨, 락토스, 폴리에틸렌 글리콜 또는 폴리바이닐피롤리돈) 또는 붕괴 온도 조절제(예를 들어, 덱스트란, Ficoll™ 또는 젤라틴)일 수 있다.
일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 의도된 투여 경로에 적합하게 제형화된다. 투여 경로의 예는 비경구(예를 들어, 정맥내, 근육내, 복강내, 피내, 피하), 경구(예를 들어, 흡입), 경피(예를 들어, 국소), 경점막 및 직장 투여를 포함한다.
주사용으로 적합한 약제학적 조성물은 멸균 수용액(수용성인 경우) 또는 분산액 및 멸균 주사용 용액 또는 분산액의 즉석 제조를 위한 멸균 분말을 포함한다. 정맥내 투여를 위해, 적합한 담체는 생리학적 식염수, 정균수, Cremophor EL™(바스프(BASF), 뉴저지주 파시패니 소재) 또는 인산 완충 식염수(PBS)를 포함한다. 담체는, 예를 들어, 물, 에탄올, 폴리올(예를 들어, 글리세롤, 프로필렌 글리콜 및 액체 폴리에틸렌 글리콜 등) 및 이들의 적합한 혼합물을 포함하는 용매 또는 분산 매질일 수 있다. 많은 경우에, 등장화제, 예를 들어, 당, 폴리알코올, 예컨대, 만니톨, 소르비톨, 소듐 클로라이드를 조성물에 포함시키는 것이 바람직할 것이다. 멸균 주사용 용액은 필요에 따라 위에 열거된 성분 중 하나 또는 이들의 조합과 함께 선택된 용제에 필요한 양의 올리고뉴클레오타이드를 혼입시킨 다음 여과 멸균함으로써 제조될 수 있다.
일부 실시형태에서, 조성물은 적어도 약 0.1% 이상의 치료제를 포함할 수 있지만, 활성 성분(들)의 백분율은 총 조성물의 중량 또는 부피의 약 1% 내지 약 80% 이상일 수 있다. 용해도, 생체이용률, 생물학적 반감기, 투여 경로, 제품 유통 기간뿐만 아니라 다른 약리학적 고려사항과 같은 인자는 이러한 약제학적 제형을 제조하는 기술 분야의 당업자에 의해 상정될 것이며, 따라서 다양한 투여량 및 치료 양생법이 바람직할 수 있다.
몇몇 실시형태가 임의의 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드의 간-표적화된 전달에 관한 것이지만, 다른 조직의 표적화도 또한 상정된다.
IV. 사용 방법
i. 세포에서 LPA 발현의 감소
본 개시내용은 LPA 발현을 감소시킬 목적으로 유효량의 임의의 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)를 세포 또는 세포 집단에 접촉시키거나 또는 전달하는 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, LPA 발현의 감소는 세포에서 LPA mRNA, apo(a) 단백질 또는 apo(a) 활성의 양 또는 수준의 감소를 측정함으로써 감소된다. 방법은 본 명세서에 기재된 단계를 포함할 수 있고, 이들은 반드시 그런 것은 아니지만 기술된 순서대로 수행될 수 있다. 그러나, 다른 서열도 또한 생각할 수 있다. 더욱이, 개별 또는 여러 단계는 병렬로 그리고/또는 시간적으로 중첩되고/되거나 개별적으로 또는 다중 반복 단계로 수행될 수 있다. 또한, 방법은 추가적인, 명시되지 않은 단계를 포함할 수 있다.
본 명세서의 방법은 임의의 적절한 세포 유형에 유용하다. 일부 실시형태에서, 세포는 mRNA를 발현하는 임의의 세포(예를 들어, 간세포, 대식세포, 단핵구-유래 세포, 전립선 암세포, 뇌 세포, 내분비 조직, 골수, 림프절, 폐, 담낭, 간, 십이지장, 소장, 췌장, 신장, 위장관, 방광, 지방 및 연조직 및 피부)이다. 일부 실시형태에서, 세포는 대상체로부터 얻은 1차 세포이다. 일부 실시형태에서, 1차 세포는 세포가 천연 표현형 특성을 실질적으로 유지하는 제한된 수의 계대를 거쳤다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드가 전달되는 세포는 생체외 또는 시험관내이다(즉, 배양 중인 세포 또는 세포가 상주하는 유기체로 전달될 수 있다).
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 용액의 주입, 올리고뉴클레오타이드가 들어있는 유전자 총, 세포 또는 세포 집단을 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 용액에 노출시키는 것 또는 올리고뉴클레오타이드의 존재하에 세포막의 전기천공을 포함하지만 이들로 제한되지 않는 당업계에 공지된 핵산 전달 방법을 사용하여 세포 또는 세포 집단에 전달된다. 올리고뉴클레오타이드를 세포로 전달하기 위해 당업계에 공지된 다른 방법, 예컨대, 지질-매개성 담체 수송, 화학적-매개성 수송 및 양이온성 리포솜 형질감염, 예컨대, 칼슘 포스페이트 등이 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, LPA 발현의 감소는 LPA 발현과 관련된 세포 또는 세포 집단의 하나 이상의 분자, 특성 또는 특징을 평가하는 검정 또는 기법(예를 들어, LPA 발현 바이오마커 사용) 또는 세포 또는 세포 집단에서 LPA 발현을 직접적으로 나타내는 분자(예를 들어, LPA mRNA 또는 apo(a) 단백질)를 평가하는 검정 또는 기법에 의해 결정된다. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드가 LPA 발현을 감소시키는 정도는 올리고뉴클레오타이드와 접촉한 세포 또는 세포 집단에서의 LPA 발현을 대조군 세포 또는 세포 집단(예를 들어, 올리고뉴클레오타이드와 접촉하지 않거나 또는 대조군 올리고뉴클레오타이드와 접촉한 세포 또는 세포 집단)과 비교함으로써 평가된다. 일부 실시형태에서, 대조군 세포 또는 세포 집단에서 LPA 발현의 대조군 양 또는 수준은 검정 또는 기법이 수행되는 모든 경우에서 대조군 양 또는 수준이 측정될 필요가 없도록 미리 결정된다. 미리 결정된 수준 또는 값은 다양한 형태를 취할 수 있다. 일부 실시형태에서, 미리 결정된 수준 또는 값은 중앙값 또는 평균과 같은 단일 컷-오프 값일 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)를 세포 또는 세포 집단에 접촉시키거나 또는 전달하는 것은 LPA 발현을 감소시킨다. 일부 실시형태에서, LPA 발현의 감소는 올리고뉴클레오타이드와 접촉하지 않거나 또는 대조군 올리고뉴클레오타이드와 접촉한 세포 또는 세포 집단에서 LPA 발현의 대조군 양 또는 수준에 상대적이다. 일부 실시형태에서, LPA 발현의 감소는 LPA 발현의 대조군 양 또는 수준에 비해 약 1% 이하, 약 5% 이하, 약 10% 이하, 약 15% 이하, 약 20% 이하, 약 25% 이하, 약 30% 이하, 약 35% 이하, 약 40% 이하, 약 45% 이하, 약 50% 이하, 약 55% 이하, 약 60% 이하, 약 70% 이하, 약 80% 이하 또는 약 90% 이하이다. 일부 실시형태에서, LPA 발현의 대조군 양 또는 수준은 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드와 접촉하지 않은 세포 또는 세포 집단에서 LPA mRNA 및/또는 apo(a) 단백질의 양 또는 수준이다. 일부 실시형태에서, 본 명세서의 방법에 따른 세포 또는 세포 집단에 대한 올리고뉴클레오타이드의 전달 효과는 임의의 한정된 기간 또는 시간(예를 들어, 분, 시간, 일, 주, 개월) 후에 평가된다. 예를 들어, 일부 실시형태에서, LPA 발현은 올리고뉴클레오타이드를 세포 또는 세포 집단에 접촉시키거나 또는 전달한 후 적어도 약 4시간, 약 8시간, 약 12시간, 약 18시간, 약 24시간; 또는 적어도 약 1일, 약 2일, 약 3일, 약 4일, 약 5일, 약 6일, 약 7일, 약 8일, 약 9일, 약 10일, 약 11일, 약 12일, 약 13일, 약 14일, 약 21일, 약 28일, 약 35일, 약 42일, 약 49일, 약 56일, 약 63일, 약 70일, 약 77일 또는 약 84일 이상 후에 세포 또는 세포 집단에서 결정된다. 일부 실시형태에서, LPA 발현은 적어도 올리고뉴클레오타이드를 세포 또는 세포 집단에 접촉시키거나 또는 전달한 후 약 1개월, 약 2개월, 약 3개월, 약 4개월, 약 5개월 또는 약 6개월 이상 후에 세포 또는 세포 집단에서 결정된다.
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 세포에서 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 가닥(예를 들어, 이의 센스 및 안티센스 가닥)을 발현하도록 조작된 이식 유전자의 형태로 전달된다. 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오타이드는 임의의 본 명세서에 개시된 올리고뉴클레오타이드를 발현하도록 조작된 이식 유전자를 사용하여 전달된다. 이식 유전자는 바이러스 벡터(예를 들어, 아데노바이러스, 레트로바이러스, 백시니아 바이러스, 폭스바이러스, 아데노-관련 바이러스 또는 단순포진 바이러스) 또는 비바이러스 벡터(예를 들어, 플라스미드 또는 합성 mRNA)를 사용하여 전달될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이식 유전자는 대상체에게 직접 주입될 수 있다.
ii. 의학적 용도
본 개시내용은 또한 LPA 발현을 감소시키는 것으로부터 이익을 얻을 대상체(예를 들어, LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 인간)를 치료하는 데 사용하기 위한 또는 사용하기에 적합한 올리고뉴클레오타이드를 제공한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용은 LPA의 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체를 치료하는 데 사용하기 위한 또는 사용하기 위해 적합화된 올리고뉴클레오타이드를 제공한다. 본 개시내용은 또한 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하기 위한 약제 또는 약제학적 조성물의 제조에 사용하기 위한 또는 사용하기에 적합한 올리고뉴클레오타이드를 제공한다. 일부 실시형태에서, 사용하기 위한 또는 사용하기에 적합한 올리고뉴클레오타이드는 표적 LPA mRNA를 표적화하고, (예를 들어, RNAi 경로를 통해) LPA 발현을 감소시킨다. 일부 실시형태에서, 사용하기 위한 또는 사용하기에 적합한 올리고뉴클레오타이드는 LPA mRNA를 표적화하고, LPA mRNA, apo(a) 단백질 및/또는 apo(a) 활성의 양 또는 수준을 감소시킨다.
또한, 본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드(예를 들어, ds 올리고뉴클레오타이드)로 치료하기 위해 LPA 발현과 관련되거나 또는 이에 소인이 있는(predisposed) 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체가 선택된다. 일부 실시형태에서, 방법은 LPA 발현과 관련되거나 또는 이에 소인이 있는 질환, 장애 또는 병태에 대한 LPA mRNA, apo(a) 단백질, 지단백(a) 또는 이들의 조합과 같으나 이로 제한되지 않는 마커(예를 들어, 바이오마커)를 갖거나 개체를 선택하는 단계를 포함한다. 마찬가지로 그리고 아래 기술되는 바와 같이, 본 개시내용에 의해 제공된 방법의 일부 실시형태는 LPA 발현 마커(예를 들어, 지단백(a))에 대한 기준선 값을 측정하거나 또는 얻은 다음, 이러한 얻은 값을 하나 이상의 다른 기준선 값 또는 치료의 효과를 평가하기 위해 대상체에게 올리고뉴클레오타이드를 투여한 후 얻은 값과 비교하는 것과 같은 단계를 포함한다.
iii. 치료 방법
본 개시내용은 또한 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖거나 또는 이를 갖는 것으로 의심되거나 또는 이를 발병할 위험이 있는 것으로 의심되는 대상체를 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드로 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시형태에서, 본 개시내용은 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드를 사용하여 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 발병 또는 진행을 치료하거나 또는 약화시키는 방법을 제공한다. 다른 실시형태에서, 본 개시내용은 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드를 사용하여 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에서 하나 이상의 치료적 이익을 달성하기 위한 방법을 제공한다. 본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 대상체는 치료학적 유효량의 임의의 하나 이상의 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드를 투여함으로써 치료된다. 일부 실시형태에서, 치료는 LPA 발현을 감소시키는 것을 포함한다. 일부 실시형태에서, 대상체는 치료적으로 치료된다. 일부 실시형태에서, 대상체는 예방적으로 치료된다.
본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 약제학적 조성물은 LPA 발현이 대상체에서 감소되어 대상체를 치료하도록 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에게 투여된다. 일부 실시형태에서, LPA mRNA의 양 또는 수준이 대상체에서 감소된다. 일부 실시형태에서, apo(a) 단백질의 양 또는 수준이 대상체에서 감소된다. 일부 실시형태에서, 지단백(a)의 양 또는 수준이 대상체에서 감소된다. 일부 실시형태에서, apo(a) 활성의 양 또는 수준이 대상체에서 감소된다. 일부 실시형태에서, 트라이글리세리드(TG)(예를 들어, 하나 이상의 TG(들) 또는 총 TG)의 양 또는 수준이 대상체에서 감소된다. 일부 실시형태에서, 콜레스테롤(예를 들어, 총 콜레스테롤, LDL 콜레스테롤 및/또는 HDL 콜레스테롤)의 양 또는 수준이 대상체에서 감소된다. 일부 실시형태에서, 저밀도 지단백(LDL) 콜레스테롤의 양 또는 수준이 대상체에서 감소된다. 일부 실시형태에서, OxPL의 양 또는 활성이 대상체에서 감소되거나 또는 변경된다. 일부 실시형태에서, LDL-C의 양 또는 활성이 대상체에서 감소되거나 또는 변경된다. 일부 실시형태에서, apoB-100의 양 또는 활성이 대상체에서 감소되거나 또는 변경된다. 일부 실시형태에서, 다음의 임의의 조합이 대상체에서 감소되거나 또는 변경된다: LPA 발현, LPA mRNA의 양 또는 수준, apo(a) 단백질의 양 또는 수준, apo(a) 활성의 양 또는 수준, TG의 양 또는 수준, 콜레스테롤의 양 또는 수준, OxPL의 양 또는 활성, LDL-C의 양 또는 활성 및/또는 apoB-100의 양 또는 활성.
본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 약제학적 조성물은 LPA 발현이 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물의 투여 전 LPA 발현과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소되도록 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에게 투여된다. 일부 실시형태에서, LPA 발현은 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물을 투여받지 않거나 또는 대조군 올리고뉴클레오타이드, 약제학적 조성물 또는 치료제를 투여받은 대상체(예를 들어, 참조 또는 대조군 대상체)에서 LPA 발현과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소된다.
본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 약제학적 조성물은 LPA mRNA의 양 또는 수준이 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물의 투여 전 LPA mRNA의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소되도록 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에 투여된다. 일부 실시형태에서, LPA mRNA의 양 또는 수준은 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물을 투여받지 않거나 또는 대조군 올리고뉴클레오타이드, 약제학적 조성물 또는 치료제를 투여받은 대상체(예를 들어, 참조 또는 대조군 대상체)에서 LPA mRNA의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소된다.
본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 약제학적 조성물은 apo(a) 단백질의 양 또는 수준이 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물의 투여 전 apo(a) 단백질의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소되도록 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에게 투여된다. 일부 실시형태에서, apo(a) 단백질의 양 또는 수준은 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물을 투여받지 않거나 또는 대조군 올리고뉴클레오타이드, 약제학적 조성물 또는 치료제를 투여받은 대상체(예를 들어, 참조 또는 대조군 대상체)에서 apo(a) 단백질의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소된다.
본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 약제학적 조성물은 apo(a) 활성의 양 또는 수준이 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물의 투여 전 apo(a) 활성의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소되도록 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에게 투여된다. 일부 실시형태에서, apo(a) 활성의 양 또는 수준은 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물을 투여받지 않거나 또는 대조군 올리고뉴클레오타이드, 약제학적 조성물 또는 치료제를 투여받은 대상체(예를 들어, 참조 또는 대조군 대상체)에서 apo(a) 활성의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소된다.
본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 약제학적 조성물은 지단백(a)의 양 또는 수준이 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물의 투여 전 지단백(a)의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소되도록 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에게 투여된다. 일부 실시형태에서, 지단백(a)의 양 또는 수준은 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물을 투여받지 않거나 또는 대조군 올리고뉴클레오타이드, 약제학적 조성물 또는 치료제를 투여받은 대상체(예를 들어, 참조 또는 대조군 대상체)에서 지단백(a)의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소된다.
지단백(a) 수준은 0.1 ㎎/㎗ 미만 내지 200 ㎎/㎗ 초과 범위의 혈장 수준을 갖는 인간 성인에서 광범위하게 분포하며, 따라서 개인 간에 최대 3자릿수의 차이를 나타낸다(Schmidt et al., (2016) J Lipid Res. 57(8):1339-1359). 미국과 캐나다에서 30 ㎎/㎗ 미만의 지단백(a) 수준은 최적으로 간주된다(Anderson et al., (2016) Can J Cardiol 32:1263-82). 유럽 죽상동맥경화증 학회(European Atherosclerosis Society: EAS)는 50 ㎎/㎗ 미만을 최적으로 제안하였으며, 60 ㎎/㎗ 초과의 지단백(a) 수준은 독일과 영국에서 성분채집술의 상환을 위한 컷오프로서 사용된다(Tsimikas (2017) J Am Coll Cardiol. 69(6):692-711). 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드로 치료되는 대상체는 약 30 ㎎/㎗ 이상의 지단백(a)의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드로 치료되는 대상체는 30 ㎎/㎗ 초과의 지단백(a)의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드로 치료되는 대상체는 약 50 ㎎/㎗ 이상의 지단백(a)의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드로 치료되는 대상체는 약 60 ㎎/㎗ 이상의 지단백(a)의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드로 치료되는 대상체는 30 ㎎/㎗ 내지 300 ㎎/㎗ 범위의 지단백(a)의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다.
일반적으로, 인간 환자에 대한 정상적인 또는 바람직한 TG 범위는 혈액 중 150 ㎎/㎗ 미만이며, 100 미만이 이상적인 것으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 150㎎/㎗ 이상의 TG의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 150 ㎎/㎗ 내지 199 ㎎/㎗ 범위의 TG의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정되며, 이는 높은 TG 수준의 경계선으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 200 ㎎/㎗ 내지 499 ㎎/㎗ 범위의 TG의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정되며, 이는 높은 TG 수준으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 500㎎/㎗ 또는 그 이상(즉, 500 ㎎/㎗ 이상) 범위의 TG의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정되며, 이는 매우 높은 TG 수준으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 150 ㎎/㎗ 이상, 200 ㎎/㎗ 이상 또는 500 ㎎/㎗ 이상인 TG의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 200 ㎎/㎗ 내지 499 ㎎/㎗ 또는 500㎎/㎗ 이상의 TG의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 200 ㎎/㎗ 이상인 TG의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다.
본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 약제학적 조성물은 콜레스테롤(예를 들어, 총 콜레스테롤, LDL 콜레스테롤 및/또는 HDL 콜레스테롤)의 양 또는 수준이 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물의 투여 전 콜레스테롤의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소되도록 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에게 투여된다. 일부 실시형태에서, 콜레스테롤의 양 또는 수준은 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물을 투여받지 않거나 또는 대조군 올리고뉴클레오타이드, 약제학적 조성물 또는 치료제를 투여받은 대상체(예를 들어, 참조 또는 대조군 대상체)에서 콜레스테롤의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소된다.
일반적으로, 성인 인간 환자에 대한 정상적인 또는 바람직한 콜레스테롤 범위(총 콜레스테롤)는 혈액 중 200 ㎎/㎗이다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 200㎎/㎗ 이상의 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 200 ㎎/㎗ 내지 239 ㎎/㎗ 범위의 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정되며, 높은 콜레스테롤 수준의 경계선으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 240㎎/㎗ 및 그 이상(즉, 240 ㎎/㎗ 이상)의 범위의 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정되며, 이는 높은 콜레스테롤 수준으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 200 ㎎/㎗ 내지 239 ㎎/㎗ 또는 240㎎/㎗ 이상의 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 200 ㎎/㎗ 이상 또는 240 ㎎/㎗ 이상인 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다.
본 명세서의 방법의 일부 실시형태에서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 약제학적 조성물은 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준이 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물의 투여 전 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소되도록 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에게 투여된다. 일부 실시형태에서, LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준은 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물을 투여받지 않거나 또는 대조군 올리고뉴클레오타이드, 약제학적 조성물 또는 치료제를 투여받은 대상체(예를 들어, 참조 또는 대조군 대상체)에서 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준과 비교할 때 대상체에서 적어도 약 30%, 약 35%, 약 40%, 약 45%, 약 50%, 약 55%, 약 60%, 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 95%, 약 99% 또는 99% 이상 감소된다.
일반적으로, 성인 인간 환자에 대한 정상적인 또는 바람직한 LDL 콜레스테롤 범위는 혈액 중 100 ㎎/㎗ 미만이다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 100㎎/㎗ 이상의 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 100 ㎎/㎗ 내지 129 ㎎/㎗ 범위의 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정되며, 이는 최적 이상으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 130 ㎎/㎗ 내지 159 ㎎/㎗ 범위의 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정되며, 이는 높은 수준의 경계선으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 160 ㎎/㎗ 내지 189 ㎎/㎗ 범위의 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정되며, 이는 높은 LDL 콜레스테롤 수준으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 190 ㎎/㎗ 및 그 이상(즉, 190 ㎎/㎗ 이상) 범위의 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정되며, 이는 매우 높은 LDL 콜레스테롤 수준으로 간주된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 100 ㎎/㎗ 이상, 130 ㎎/㎗ 이상, 160 ㎎/㎗ 또는 190 ㎎/㎗ 이상, 바람직하게는 160 ㎎/㎗ 이상 또는 190 ㎎/㎗ 이상인 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다. 일부 실시형태에서, 치료를 위해 선택되거나 또는 치료되는 환자는 100 ㎎/㎗ 내지 129 ㎎/㎗, 130 ㎎/㎗ 내지 159 ㎎/㎗, 160 ㎎/㎗ 내지 189 ㎎/㎗ 또는 190 ㎎/㎗ 이상의 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준을 갖는 것으로 확인 또는 결정된다.
대상체 또는 대상체로부터의 샘플에서 LPA 발현, LPA mRNA의 양 또는 수준, apo(a) 단백질의 양 또는 수준, apo(a) 활성의 양 또는 수준, 지단백(a)의 양 또는 수준 및/또는 OxPL, LDL-C, apoB-100, TG 및/또는 LDL 콜레스테롤의 양 또는 수준을 결정하는 데 적합한 방법은 당업계에 공지되어 있다. 또한, 본 명세서에 제시된 실시예는 LPA 발현을 결정하기 위한 예시적인 방법을 예시한다.
일부 실시형태에서, LPA 발현, LPA mRNA, apo(a) 단백질, apo(a) 활성, OxPL, LDL-C, apoB-100, TG, LDL 콜레스테롤 또는 임의의 이들의 조합의 양 또는 수준은 세포(예를 들어, 간세포), 세포 집단 또는 그룹(예를 들어, 오르가노이드), 기관(예를 들어, 간), 혈액 또는 이의 분획(예를 들어, 혈장), 조직(예를 들어, 간 조직), 샘플(예를 들어, 간 생검 샘플) 또는 대상체로부터 얻거나 또는 단리된 임의의 다른 생물학적 물질에서 감소된다. 일부 실시형태에서, LPA 발현, LPA mRNA, apo(a) 단백질, apo(a) 활성, OxPL, LDL-C, apoB-100, TG, LDL 콜레스테롤 또는 임의의 이들의 조합의 양 또는 수준은 대상체로부터 얻거나 또는 단리된 하나 이상의 세포 유형(예를 들어, 간세포 및 하나 이상의 다른 세포 유형(들)), 하나 이상의 세포 그룹, 하나 이상의 기관(예를 들어, 간 및 하나 이상의 다른 기관(들)), 하나 이상의 혈액 분획(예를 들어, 혈장 및 하나 이상의 다른 혈액 분획(들)), 하나 이상의 조직 유형(예를 들어, 간 조직 및 하나 이상의 다른 조직 유형(들)), 하나 이상의 샘플 유형(예를 들어, 간 생검 샘플 및 하나 이상의 다른 생검 샘플 유형(들))에서 감소된다.
LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 예는 버거씨병, 말초 동맥 질환, 관상 동맥 질환, 대사 증후군, 급성 관상동맥 증후군, 대동맥 판막 협착증, 대동맥 판막 역류, 대동맥 박리, 망막 동맥 폐색, 뇌혈관 질환, 장간막 허혈, 상장간막 동맥 폐색, 신동맥 협착증, 안정/불안정 협심증, 급성 관상동맥 증후군, 이형접합 또는 동형접합 가족성 고콜레스테롤혈증, 고아포베타지단백혈증, 뇌혈관 죽상동맥경화증, 뇌혈관 질환 및 정맥 혈전증 또는 이들의 조합을 포함하지만 이들로 제한되지 않는다.
높은 특이성으로 인해, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 세포, 조직 또는 기관(예를 들어, 간)의 표적 유전자의 mRNA를 특이적으로 표적화한다. 질환의 예방에 있어서, 표적 유전자는 질환의 개시 또는 유지에 필요하거나 또는 질환에 걸릴 위험이 더 높은 것과 관련된 것으로 확인된 것일 수 있다. 질환의 치료에 있어서, 올리고뉴클레오타이드는 질환을 매개하거나 또는 매개하는 역할을 하는 세포 또는 조직과 접촉할 수 있다. 예를 들어, LPA 발현과 관련된 장애 또는 병태와 관련된 야생형(즉, 천연) 또는 돌연변이된 유전자의 전부 또는 일부와 실질적으로 동일한 올리고뉴클레오타이드는 간세포 또는 다른 간 세포와 같은 관심 세포 또는 조직 유형과 접촉하거나 또는 이에 도입될 수 있다.
일부 실시형태에서, 표적 유전자는 인간과 같은 임의의 포유동물로부터의 표적 유전자일 수 있다. 임의의 유전자는 본 명세서에 기재된 방법에 따라 침묵될 수 있다.
본 명세서에 기재된 방법은 전형적으로 치료학적 유효량, 즉, 바람직한 치료 결과를 생성할 수 있는 양의 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드를 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 치료적으로 허용 가능한 양은 질환 또는 장애를 치료적으로 치료할 수 있는 양일 수 있다. 임의의 하나의 대상체에 대한 적절한 투여량은 대상체의 크기, 체표면적, 연령, 투여될 특정 조성물, 조성물 내 활성 성분(들), 투여 시간 및 경로, 일반적인 건강 및 동시에 투여될 다른 약물을 포함하는 소정의 요인에 따라 달라질 것이다.
일부 실시형태에서, 대상체에게 본 명세서의 조성물 중 어느 하나가 장내로(예를 들어, 경구로, 위 영양관에 의해, 십이지장 영양관에 의해, 위절개술을 통해 또는 직장으로), 비경구로(예를 들어, 피하 주사, 정맥내 주사 또는 주입, 동맥내 주사 또는 주입, 골내 주입, 근육내 주사, 뇌내 주사, 뇌실내 주사, 경막내), 국소로(예를 들어, 경피, 흡입, 점안액 또는 점막을 통해) 또는 표적 기관으로의 직접 주사(예를 들어, 대상체의 간)에 의해 투여된다. 전형적으로, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 정맥내로 또는 피하로 투여된다.
비제한적인 예로서, 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드는 전형적으로 분기별로(3개월마다 1회), 격월로(2개월마다 1회), 매월 또는 매주 투여될 것이다. 예를 들어, 올리고뉴클레오타이드는 매주, 또는 2주 또는 3주 간격으로 투여될 수 있다. 대안적으로, 올리고뉴클레오타이드는 매일 투여될 수 있다. 일부 실시형태에서, 대상체에게 올리고뉴클레오타이드의 1회 이상의 로딩 용약에 이어 올리고뉴클레오타이드의 1회 이상의 유지 용량이 투여된다.
일부 실시형태에서, 치료될 대상체는 인간 또는 비인간 영장류 또는 다른 포유동물 대상체이다. 다른 예시적인 대상체는 개 및 고양이와 같은 사육 동물; 말, 소, 돼지, 양, 염소, 닭 등의 가축; 및 마우스, 래트, 기니피그 및 햄스터와 같은 동물을 포함한다.
V. 키트
일부 실시형태에서, 본 개시내용은 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 및 사용 지침서를 포함하는 키트를 제공한다. 일부 실시형태에서, 키트는 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드, 및 키트 및/또는 이의 임의의 구성요소의 사용 지침서를 포함하는 패키지 삽입물을 포함한다. 일부 실시형태에서, 키트는 적합한 용기에 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드, 하나 이상의 대조군 및 다양한 완충액, 시약, 효소 및 당업계에 잘 알려져 있는 다른 표준 성분을 포함한다. 일부 실시형태에서, 용기는 적어도 하나의 바이알, 웰, 테스트 튜브, 플라스크, 병, 주사기 또는 올리고뉴클레오타이드가 배치되고 일부 경우에 적합하게 분취되는 다른 용기 수단을 포함한다. 추가적인 구성요소가 제공되는 일부 실시형태에서, 키트는 이 구성요소가 배치되는 추가적인 용기를 포함한다. 키트는 또한 상업적 판매를 위해 엄중히 밀봉한(close confinement) 올리고뉴클레오타이드 및 임의의 다른 시약을 담기 위한 수단을 포함할 수 있다. 이러한 용기는 목적하는 바이알이 보관되는 사출 또는 취입 성형 플라스틱 용기를 포함할 수 있다. 용기 및/또는 키트는 사용 지침서 및/또는 경고가 포함된 라벨을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 키트는 본 명세서의 올리고뉴클레오타이드 및 약제학적으로 허용 가능한 담체 또는 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 약제학적 조성물 및 이를 필요로 하는 대상체에서 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나 또는 이의 진행을 지연시키기 위한 지침서를 포함한다.
실시예
본 개시내용은 하기 실시예에 제시된 특정 실시형태를 참조하여 기술되었지만, 당업자는 본 개시내용의 진정한 사상 및 범위를 벗어나지 않고 다양한 변화가 이루어질 수 있으며 등가물이 대체될 수 있음을 이해하여야 한다. 또한, 하기 실시예는 예시로서 제공되며 어떠한 방식으로든 본 개시내용의 범위를 제한하려는 의도가 아니다. 또한, 본 개시내용의 목적, 사상 및 범위에 맞게 상황, 물질, 물질의 조성, 과정, 과정의 단계 또는 단계들에 수정이 이루어질 수 있다. 모든 이러한 수정은 본 개시내용의 범위 내에 있는 것으로 의도된다. 당업계에 잘 알려진 표준 기법 또는 아래에 구체적으로 기술되는 기법이 이용된다.
실시예 1: 이중 가닥 RNAi 올리고뉴클레오타이드의 제조
올리고뉴클레오타이드 합성 및 정제
앞선 예에서 기술된 ds RNAi 올리고뉴클레오타이드를 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 화학적으로 합성하였다. 일반적으로, ds RNAi 올리고뉴클레오타이드는 19량체 내지 23량체 siRNA에 대해 기술되어 있는 바와 같이 고체상 올리고뉴클레오타이드 합성 방법을 사용하여 합성된다(예를 들어, 문헌[Scaringe et al. (1990) NUCLEIC ACIDS RES. 18:5433-41 및 Usman et al. (1987) J. AM. CHEM. SOC. 109:7845-45] 참조; 또한, 미국 특허 제5,804,683호; 제5,831,071호; 제5,998,203호; 제6,008,400호; 제6,111,086호; 제6,117,657호; 제6,353,098호; 제6,362,323호; 제6,437,117호 및 제6,469,158호).
개별 RNA 가닥을 합성하고, 표준 방법에 따라 HPLC(인테그레이티드 디엔에이 테크놀로지스(Integrated DNA Technologies); 아이오와주 코랄빌 소재) 정제하였다. 예를 들어, RNA 올리고뉴클레오타이드는 표준 기법을 사용하여 NAP-5 칼럼(아머샴 파마시아 바이오테크(Amersham Pharmacia Biotech); 뉴저지주 피스카타웨이 소재)에서 탈보호되고 탈염된 고체상 포스포라미다이트 화학을 사용하여 합성하였다(Damha & Olgivie (1993) METHODS MOL. BIOL. 20:81-114; Wincott et al. (1995) NUCLEIC ACIDS RES. 23:2677-84). 올리고머를 15분 단계-선형 구배를 사용하는 Amersham Source 15Q 칼럼(1.0㎝×25㎝; 아머샴 파마시아 바이오테크)에서 이온-교환 고성능 액체 크로마토그래피(IE-HPLC)를 사용하여 정제하였다. 구배는 90:10 완충액 A:B에서 52:48 완충액 A:B까지 다양하며, 여기서 완충액 A는 100mM Tris(pH 8.5)이고, 완충액 B는 100mM Tris(pH 8.5), 1M NaCl이다. 샘플을 260㎚에서 모니터링하고, 전장 올리고뉴클레오타이드 종에 해당하는 피크를 수집하고, 풀링하고, NAP-5 칼럼에서 탈염하고, 동결건조하였다.
각 올리고머의 순도를 Beckman PACE 5000(벡크만 쿨터, 인크.(Beckman Coulter, Inc.); 캘리포니아주 풀러턴 소재)에서 모세관 전기영동(capillary electrophoresis: CE)에 의해 결정하였다. CE 모세관은 내경이 100㎛이며, ssDNA 100R Gel(벡크만-쿨터)을 포함한다. 전형적으로, 약 0.6n㏖의 올리고뉴클레오타이드를 모세관에 주입하고, 444 V/㎝의 전기장에서 전개하고, 260㎚에서 UV 흡광도로 검출하였다. 변성 Tris-보레이트-7M-우레아 전개 완충액은 벡크만-쿨터로부터 구입하였다. 아래 기재된 실험에서 사용하기 위해 CE에 의해 평가된 바와 같이 적어도 90% 순수한 올리고리보뉴클레오타이드를 얻었다. 제조업체의 권장 프로토콜에 따라 Voyager DE™ Biospectometry Work Station(어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems); 캘리포니아주 포스터 시티 소재)에서 매트릭스-보조 레이저 탈착 이온화 비행 시간(matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight: MALDI-TOF) 질량 분광법에 의해 화합물의 정체를 확인하였다. 모든 올리고머의 상대적인 분자 질량은 종종 예상된 분자 질량의 0.2% 이내에서 얻어진다.
이중체의 제조
ssRNA 올리고머를 100mM 포타슘 아세테이트, 30mM HEPES(pH 7.5)로 이루어진 이중체 완충액에 (예를 들어, 100μM 농도로) 재현탁시켰다. 상보성 센스 및 안티센스 가닥을 동일한 몰량으로 혼합하여, 예를 들어, 50μM 이중체의 최종 용액을 생성하였다. 샘플을 RNA 완충액(IDT)에서 5'분 동안 100℃로 가열하고, 사용 전에 실온으로 냉각시켰다. ds RNA 올리고뉴클레오타이드는 -20℃에서 보관하였다. ss RNA 올리고머는 동결건조시키거나 또는 뉴클레이스가 없는 물에 -80℃에서 보관하였다.
실시예 2: 시험관내 LPA 발현의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 저해
LPA mRNA 표적 서열 확인
LPA 발현의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 저해제를 확인하기 위해, 컴퓨터-기반 알고리즘을 사용하여 RNAi 경로에 의한 LPA 발현의 저해를 검정하기에 적합한 LPA mRNA 표적 서열을 컴퓨터로 확인하였다. 알고리즘은 인간 LPA mRNA의 적합한 LPA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 각각 갖는 RNAi 올리고뉴클레오타이드 가이드(안티센스) 가닥 서열(예를 들어, 서열번호 1; 표 1)을 제공한다. 알고리즘에 의해 확인된 일부 가이드 가닥 서열은 또한 원숭이 LPA mRNA의 상응하는 LPA 표적 서열에 상보적이다(서열번호 2; 표 1). RNAi 올리고뉴클레오타이드(DsiRNA 올리고뉴클레오타이드로 형식화됨)를 생성하였으며(표 2), 각각은 알고리즘에 의해 확인된 LPA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 갖는 독특한 가이드 가닥을 갖는다. 표 2에 제공된 DsiRNA의 패신저(센스) 가닥은 알고리즘에 의해 확인된 독특한 인간 LPA mRNA 표적 서열을 포함한다.
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시험관내 세포-기반 검정
LPA 발현을 저해하는 표 2에 열거된 각각의 DsiRNA의 능력을 시험관내 세포-기반 검정을 사용하여 결정하였다. 간략하게는, 인간 LPA 유전자를 안정적으로 발현하는 인간 배아 신장 293(HEK293) 세포 또는 HepG2 세포를 다중-웰 세포-배양 플레이트의 별도의 웰에서 0.5nM의 표 2에 열거된 DsiRNA로 각각 형질감염시켰다. 세포를 형질감염 후 24시간 동안 유지한 다음, 형질감염된 세포로부터 남아있는 LPA mRNA의 양을 TAQMAN®-기반 qPCR 검정을 사용하여 결정하였다. 2개의 qPCR 검정인 3' 검정 및 5' 검정을 사용하여 6-카복시플루오레세인(6-FAM)에 접합된 PCR 프로브를 사용하여 측정된 바와 같이 LPA mRNA 수준을 결정하였다.
LPA 발현을 저해하는 표 2에 열거된 DsiRNA의 능력을 평가하기 위한 HEK293 및 HepG2 세포-기반 검정의 결과는 도 1 내지 도 4 도 5에 각각 나타나 있다. GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드(GalXC-LPA-3675 서열번호 1188 및 1189)로 형질감염된 세포를 양성 대조군으로 사용하였다. 모의-형질감염된 세포와 비교할 때 DsiRNA-형질감염된 세포에 남아있는 약 15% 내지 20% 이하의 LPA mRNA를 초래하는 DsiRNA는 일반적으로 추가 평가를 위한 표적 mRNA 발현의 넉다운 또는 감소의 적합한 양을 제공하는 서열을 포함하는 것으로 간주하였다. 도 1 내지 도 5에는, 시간-일치된 대조군 세포와 비교하여 표시된 DsiRNA로 형질감염된 세포에 남아있는 LPA mRNA의 백분율이 나타나 있다(3' 검정 = 원 모양; 5' 검정 = 삼각형 모양).
DsiRNA 히트를 추가로 평가하기 위해, 표 2에 열거된 DsiRNA의 서브세트를 테스트하여 2개의 상이한 DsiRNA 농도에서 시험관내 세포-기반 검정을 사용하여 LPA 발현을 저해하는 능력을 결정하였다(도 6 도 7). 간략하게는, 인간 LPA 유전자를 안정적으로 발현하는 HEK293 세포를 다중-웰 세포-배양 플레이트의 별도의 웰에서 0.1nM 및 0.5nM의 DsiRNA로 형질감염시켰다. 세포를 형질감염 후 24시간 동안 유지한 다음, 형질감염된 세포로부터 남아있는 LPA mRNA의 양을 TAQMAN®-기반 qPCR 검정을 사용하여 결정하였다. 2개의 qPCR 검정인 3' 검정 및 5' 검정을 사용하여 헥사클로로-플루오레세인(HEX)에 접합된 PCR 프로브를 사용하여 측정된 바와 같이 LPA mRNA 수준을 결정하였다. 형질감염되지 않은 세포(UT), 모의-형질감염된 세포(모의) 및 대조군 올리고뉴클레오타이드로 형질감염된 세포(NC1, 서열번호 1191 및 1192; NC5, 서열번호 1193 및 1194; 및 NC7, 서열번호 1195 및 1196)를 음성 대조군으로 사용하였다. 도 6 도 7에 도시된 바와 같이, 표시된 DsiRNA로 형질감염된 HEK293 세포에 남아있는 LPA mRNA의 백분율은 3' 검정 및 5' 검정으로부터의 LPA mRNA 수준의 평균이며, 시간-일치된, 모의-형질감염된 대조군 HEK293 세포에 대해 정규화하였다.
종합하면, 이들 결과는 인간 LPA mRNA를 표적화하도록 설계된 DsiRNA가 대조군 세포에 비해 DsiRNA-형질감염된 세포에서 감소된 양의 LPA mRNA에 의해 결정된 바와 같이 세포에서 LPA 발현을 저해함을 보여준다. 이들 결과는 DsiRNA를 포함하는 뉴클레오타이드 서열이 LPA 발현을 저해하는 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 생성하는 데 유용하다는 것을 입증한다. 또한, 이들 결과는 다수의 LPA mRNA 표적 서열이 LPA 발현의 RNAi-매개성 저해에 적합함을 입증한다.
실시예 3: 생체내 LPA 발현의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 저해
실시예 2에 기재된 세포-기반 검정에서 스크리닝된 DsiRNA 중에서, 생체내 추가 평가를 위해 14개의 DsiRNA의 뉴클레오타이드 서열을 선택하였다. 간략하게는, 14개의 선택된 DsiRNA의 뉴클레오타이드 서열을 사용하여 36량체 패신저 가닥 및 22량체 가이드 가닥을 갖는 열린 테트라루프 GalNAc-접합된 구조를 포함하는 14개의 상응하는 이중 가닥 RNAi 올리고뉴클레오타이드(본 명세서에서 "GalNac-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드 서열"로 지칭됨)를 생성하였다(표 3). 또한, GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드의 패신저 가닥 및 가이드 가닥을 포함하는 뉴클레오타이드 서열은 변형된 뉴클레오타이드 및 포스포로티오에이트 연결의 특유한 패턴을 갖는다(예를 들어, GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드의 일반 구조 및 화학적 변형 패턴(M1, M2 및 M3)의 개략도에 대해서는 도 10 참조). 테트라루프를 포함하는 3개의 아데노신 뉴클레오타이드를 각각 GalNAc 모이어티(CAS#: 14131-60-3)에 접합하였다.
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마우스 연구
표 3에 열거된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드를 HDI 마우스 모델에서 평가하였으며, 여기서 HDI 마우스는 간세포에서 인간 LPA mRNA를 일시적으로 발현하도록 조작되었다. GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드 LPA-3675-M2를 사용하여 기준(benchmark) 대조군으로 사용하였다. 간략하게는, 6주 내지 8주령 암컷 CD-1 마우스(n = 5)에 표시된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드를 0.5 ㎎/㎏의 용량 수준(도 8) 또는 0.25 ㎎/㎏, 0.5 ㎎/㎏ 및 1 ㎎/㎏의 용량 수준(도 9)으로 피하 처리하였다. 3일 후(72시간), 유비쿼터스 사이토메갈로바이러스(CMV) 프로모터 서열의 제어하에 완전한 인간 LPA 유전자를 암호화하는 DNA 플라스미드를 마우스에 유체역학적으로 주입(hydrodynamically injected: HDI)하였다. DNA 플라스미드 도입 1일 후, 마우스로부터 간 샘플을 수집하였다. 이들 마우스로부터 유래된 총 RNA를 동일한 부피의 PBS로만 처리한 마우스와 비교하여 LPA mRNA에 대한 qRT-PCR 분석을 수행하였다. 값을 플라스미드에 포함된 NeoR 유전자를 사용하여 형질감염 효율에 대해 정규화하였다.
도 8에 도시된 바와 같이, 표시된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드는 PBS로 처리된 마우스에 비해 올리고뉴클레오타이드-처리된 HDI 마우스로부터의 간 샘플에서 LPA mRNA의 양의 감소에 의해 결정된 바와 같이 LPA 발현을 저해하였다. LPA 발현을 저해하는 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드의 능력을 추가로 평가하기 위해, 각각 상이한 화학적 변형 패턴(M2 및 M3)을 갖는 2개의 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드 서열(LPA-2900 및 LPA-3675)을 위에 기재된 HDI 마우스에서 세 가지 상이한 농도(0.25 ㎎/㎏, 0.5 ㎎/㎏ 및 1.0 ㎎/㎏)에서 LPA 발현을 저해하는 능력에 대해 테스트하였다. 도 9에 도시된 바와 같이, 표시된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드는 용량-의존적 방식으로 HDI 마우스에서 LPA 발현을 저해하였다.
종합하면, 이들 결과는 인간 LPA mRNA를 표적화하도록 설계된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드가 PBS로 처리된 대조군 마우스에 비해 HDI 마우스의 간에서 LPA mRNA의 양의 감소에 의해 결정된 바와 같이 마우스에서 LPA 발현을 저해함을 보여준다. 이들 결과에 기초하여, HDI 마우스에서 평가된 14개의 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드 중 10개를 선택하여 비인간 영장류(NHP)에서 LPA 발현을 저해하는 능력을 평가하였다. 표 4에 열거된 10개의 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드는 도 10에 도시된 바와 같은 패턴 M1, M2 또는 M3을 갖는 화학적으로 변형된 뉴클레오타이드를 포함한다.
Figure pct00029
비인간 영장류(NHP) 연구
표 4에 열거된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드를 사이노몰구스 원숭이(마카카 파스시쿨라리스(Macaca fascicularis))에서 평가하였다. 이 연구에서, 평균 체중(약 5.4㎏)이 대조군 그룹과 실험 그룹 간에 유사하도록 원숭이를 그룹화하였다. 각 코호트는 2마리의 수컷 및 3마리의 암컷 대상체를 포함한다. GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드를 연구 0일에 피하로 투여하였다. 연구 -8일, -5 및 0일 그리고 투여 후 매주 혈액 샘플을 수집하였다. 초음파-유도 코어 바늘 간 생검을 연구 28일, 56일 및 84일에 수집하였다. 각 시점에서, 간 생검 샘플로부터 유래된 총 RNA를 유사한 부피의 PBS로 처리한 원숭이와 비교하여 올리고뉴클레오타이드-처리된 원숭이에서 LPA mRNA를 측정하기 위해 qRT-PCR 분석하였다. 데이터를 정규화하기 위해, 측정값은 PPIB 및 18S rRNA의 2개의 참조 유전자의 기하 평균을 기준으로 만들었다. 도 11A(28일), 도 11B(56일) 및 도 11C(84일)에 도시된 바와 같이, 표 4에 열거된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드를 이용한 NHP의 처리는 PBS로 처리된 NHP에 비해 올리고뉴클레오타이드-처리된 NHP로부터의 간 샘플에서 LPA mRNA 양의 감소에 의해 결정된 바와 같이 간에서 LPA 발현을 저해하였다. 처리된 NHP의 간 샘플에서 플라스미노겐(PLG) mRNA의 양을 또한 결정하였고, 이를 도 11D에 나타내었다. 동일한 NHP 연구로부터, 처리된 NHP로부터의 apo(a) 단백질 혈청을 ELISA에 의해 측정함으로써 LPA 발현의 저해도 결정하였다. 도 12에 도시된 바와 같이, PBS로 처리된 NHP와 비교하여 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드로 처리된 NHP에서 혈청 apo(a) 단백질의 상당한 감소가 관찰되었다. 3개의 투여 전 샘플로부터의 값을 평균화하고, 100%로 설정하고, 데이터를 투여 전 평균과 비교하여 상대값으로 보고하였다. 종합하면, 이들 결과는 NHP를 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드로 처리하면 간에서 LPA mRNA의 양이 감소하고 혈청에서 apo(a) 단백질의 양이 감소함을 보여준다.
종합하면, 이들 결과는 인간 LPA mRNA를 표적화하도록 설계된 GalNAc-접합된 LPA 올리고뉴클레오타이드가 생체내에서 LPA 발현을 저해함(처리된 동물에서 LPA mRNA 및 apo(a) 단백질의 양의 감소에 의해 결정됨)을 보여준다.
서열 목록
하기 핵산 및/또는 아미노산 서열은 위의 개시내용에 언급되어 있으며, 참조를 위해 아래에 제공된다.
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Figure pct00052
Figure pct00053
Figure pct00054
Figure pct00055
표 6에서의 수정사항:
mC, mA, mG, mU = 2'-OMe 리보뉴클레오사이드; fA, fC, fG, fU = 2'-F 리보뉴클레오사이드; s = 포스포로티오에이트; Me포스포네이트-4O-mUs =
Figure pct00056
;
ademA-GalNAc = 아데닌 뉴클레오타이드에 부착된 GalNAc:
Figure pct00057
SEQUENCE LISTING <110> Dicerna Pharmaceuticals, Inc. <120> Compositions and Metthods for Inhibiting LPA Expression <130> WO 2022/032288 <140> PCT/US2021/071109 <141> 2021-08-05 <150> US 63/061,676 <151> 2020-08-05 <150> US 63/074,779 <151> 2020-09-04 <160> 1197 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 6414 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 ctgggattgg gacacacttt ctgggcactg ctggccagtc ccaaaatgga acataaggaa 60 gtggttcttc tacttctttt atttctgaaa tcagcagcac ctgagcaaag ccatgtggtc 120 caggattgct accatggtga tggacagagt tatcgaggca cgtactccac cactgtcaca 180 ggaaggacct gccaagcttg gtcatctatg acaccacatc aacataatag gaccacagaa 240 aactacccaa atgctggctt gatcatgaac tactgcagga atccagatgc tgtggcagct 300 ccttattgtt atacgaggga tcccggtgtc aggtgggagt actgcaacct gacgcaatgc 360 tcagacgcag aagggactgc cgtcgcgcct ccgactgtta ccccggttcc aagcctagag 420 gctccttccg aacaagcacc gactgagcaa aggcctgggg tgcaggagtg ctaccatggt 480 aatggacaga gttatcgagg cacatactcc accactgtca caggaagaac ctgccaagct 540 tggtcatcta tgacaccaca ctcgcatagt cggaccccag aatactaccc aaatgctggc 600 ttgatcatga actactgcag gaatccagat gctgtggcag ctccttattg ttatacgagg 660 gatcccggtg tcaggtggga gtactgcaac ctgacgcaat gctcagacgc agaagggact 720 gccgtcgcgc ctccgactgt taccccggtt ccaagcctag aggctccttc cgaacaagca 780 ccgactgagc aaaggcctgg ggtgcaggag tgctaccatg gtaatggaca gagttatcga 840 ggcacatact ccaccactgt cacaggaaga acctgccaag cttggtcatc tatgacacca 900 cactcgcata gtcggacccc agaatactac ccaaatgctg gcttgatcat gaactactgc 960 aggaatccag atgctgtggc agctccttat tgttatacga gggatcccgg tgtcaggtgg 1020 gagtactgca acctgacgca atgctcagac gcagaaggga ctgccgtcgc gcctccgact 1080 gttaccccgg ttccaagcct agaggctcct tccgaacaag caccgactga gcagaggcct 1140 ggggtgcagg agtgctacca cggtaatgga cagagttatc gaggcacata ctccaccact 1200 gtcactggaa gaacctgcca agcttggtca tctatgacac cacactcgca tagtcggacc 1260 ccagaatact acccaaatgc tggcttgatc atgaactact gcaggaatcc agatgctgtg 1320 gcagctcctt attgttatac gagggatccc ggtgtcaggt gggagtactg caacctgacg 1380 caatgctcag acgcagaagg gactgccgtc gcgcctccga ctgttacccc ggttccaagc 1440 ctagaggctc cttccgaaca agcaccgact gagcaaaggc ctggggtgca ggagtgctac 1500 catggtaatg gacagagtta tcgaggcaca tactccacca ctgtcacagg aagaacctgc 1560 caagcttggt catctatgac accacactcg catagtcgga ccccagaata ctacccaaat 1620 gctggcttga tcatgaacta ctgcaggaat ccagatgctg tggcagctcc ttattgttat 1680 acgagggatc ccggtgtcag gtgggagtac tgcaacctga cgcaatgctc agacgcagaa 1740 gggactgccg tcgcgcctcc gactgttacc ccggttccaa gcctagaggc tccttccgaa 1800 caagcaccga ctgagcaaag gcctggggtg caggagtgct accatggtaa tggacagagt 1860 tatcgaggca catactccac cactgtcaca ggaagaacct gccaagcttg gtcatctatg 1920 acaccacact cgcatagtcg gaccccagaa tactacccaa atgctggctt gatcatgaac 1980 tactgcagga atccagatgc tgtggcagct ccttattgtt atacgaggga tcccggtgtc 2040 aggtgggagt actgcaacct gacgcaatgc tcagacgcag aagggactgc cgtcgcgcct 2100 ccgactgtta ccccggttcc aagcctagag gctccttccg aacaagcacc gactgagcaa 2160 aggcctgggg tgcaggagtg ctaccatggt aatggacaga gttatcgagg cacatactcc 2220 accactgtca caggaagaac ctgccaagct tggtcatcta tgacaccaca ctcgcatagt 2280 cggaccccag aatactaccc aaatgctggc ttgatcatga actactgcag gaatccagat 2340 gctgtggcag ctccttattg ttatacgagg gatcccggtg tcaggtggga gtactgcaac 2400 ctgacgcaat gctcagacgc agaagggact gccgtcgcgc ctccgactgt taccccggtt 2460 ccaagcctag aggctccttc cgaacaagca ccgactgagc agaggcctgg ggtgcaggag 2520 tgctaccacg gtaatggaca gagttatcga ggcacatact ccaccactgt cactggaaga 2580 acctgccaag cttggtcatc tatgacacca cactcgcata gtcggacccc agaatactac 2640 ccaaatgctg gcttgatcat gaactactgc aggaatccag atcctgtggc agccccttat 2700 tgttatacga gggatcccag tgtcaggtgg gagtactgca acctgacaca atgctcagac 2760 gcagaaggga ctgccgtcgc gcctccaact attaccccga ttccaagcct agaggctcct 2820 tctgaacaag caccaactga gcaaaggcct ggggtgcagg agtgctacca cggaaatgga 2880 cagagttatc aaggcacata cttcattact gtcacaggaa gaacctgcca agcttggtca 2940 tctatgacac cacactcgca tagtcggacc ccagcatact acccaaatgc tggcttgatc 3000 aagaactact gccgaaatcc agatcctgtg gcagcccctt ggtgttatac aacagatccc 3060 agtgtcaggt gggagtactg caacctgaca cgatgctcag atgcagaatg gactgccttc 3120 gtccctccga atgttattct ggctccaagc ctagaggctt tttttgaaca agcactgact 3180 gaggaaaccc ccggggtaca ggactgctac taccattatg gacagagtta ccgaggcaca 3240 tactccacca ctgtcacagg aagaacttgc caagcttggt catctatgac accacaccag 3300 catagtcgga ccccagaaaa ctacccaaat gctggcctga ccaggaacta ctgcaggaat 3360 ccagatgctg agattcgccc ttggtgttac accatggatc ccagtgtcag gtgggagtac 3420 tgcaacctga cacaatgcct ggtgacagaa tcaagtgtcc ttgcaactct cacggtggtc 3480 ccagatccaa gcacagaggc ttcttctgaa gaagcaccaa cggagcaaag ccccggggtc 3540 caggattgct accatggtga tggacagagt tatcgaggct cattctctac cactgtcaca 3600 ggaaggacat gtcagtcttg gtcctctatg acaccacact ggcatcagag gacaacagaa 3660 tattatccaa atggtggcct gaccaggaac tactgcagga atccagatgc tgagattagt 3720 ccttggtgtt ataccatgga tcccaatgtc agatgggagt actgcaacct gacacaatgt 3780 ccagtgacag aatcaagtgt ccttgcgacg tccacggctg tttctgaaca agcaccaacg 3840 gagcaaagcc ccacagtcca ggactgctac catggtgatg gacagagtta tcgaggctca 3900 ttctccacca ctgttacagg aaggacatgt cagtcttggt cctctatgac accacactgg 3960 catcagagaa ccacagaata ctacccaaat ggtggcctga ccaggaacta ctgcaggaat 4020 ccagatgctg agattcgccc ttggtgttat accatggatc ccagtgtcag atgggagtac 4080 tgcaacctga cgcaatgtcc agtgatggaa tcaactctcc tcacaactcc cacggtggtc 4140 ccagttccaa gcacagagct tccttctgaa gaagcaccaa ctgaaaacag cactggggtc 4200 caggactgct accgaggtga tggacagagt tatcgaggca cactctccac cactatcaca 4260 ggaagaacat gtcagtcttg gtcgtctatg acaccacatt ggcatcggag gatcccatta 4320 tactatccaa atgctggcct gaccaggaac tactgcagga atccagatgc tgagattcgc 4380 ccttggtgtt acaccatgga tcccagtgtc aggtgggagt actgcaacct gacacgatgt 4440 ccagtgacag aatcgagtgt cctcacaact cccacagtgg ccccggttcc aagcacagag 4500 gctccttctg aacaagcacc acctgagaaa agccctgtgg tccaggattg ctaccatggt 4560 gatggacgga gttatcgagg catatcctcc accactgtca caggaaggac ctgtcaatct 4620 tggtcatcta tgataccaca ctggcatcag aggaccccag aaaactaccc aaatgctggc 4680 ctgaccgaga actactgcag gaatccagat tctgggaaac aaccctggtg ttacacaacc 4740 gatccgtgtg tgaggtggga gtactgcaat ctgacacaat gctcagaaac agaatcaggt 4800 gtcctagaga ctcccactgt tgttccagtt ccaagcatgg aggctcattc tgaagcagca 4860 ccaactgagc aaacccctgt ggtccggcag tgctaccatg gtaatggcca gagttatcga 4920 ggcacattct ccaccactgt cacaggaagg acatgtcaat cttggtcatc catgacacca 4980 caccggcatc agaggacccc agaaaactac ccaaatgatg gcctgacaat gaactactgc 5040 aggaatccag atgccgatac aggcccttgg tgttttacca tggaccccag catcaggtgg 5100 gagtactgca acctgacgcg atgctcagac acagaaggga ctgtggtcgc tcctccgact 5160 gtcatccagg ttccaagcct agggcctcct tctgaacaag actgtatgtt tgggaatggg 5220 aaaggatacc ggggcaagaa ggcaaccact gttactggga cgccatgcca ggaatgggct 5280 gcccaggagc cccatagaca cagcacgttc attccaggga caaataaatg ggcaggtctg 5340 gaaaaaaatt actgccgtaa ccctgatggt gacatcaatg gtccctggtg ctacacaatg 5400 aatccaagaa aactttttga ctactgtgat atccctctct gtgcatcctc ttcatttgat 5460 tgtgggaagc ctcaagtgga gccgaagaaa tgtcctggaa gcattgtagg ggggtgtgtg 5520 gcccacccac attcctggcc ctggcaagtc agtctcagaa caaggtttgg aaagcacttc 5580 tgtggaggca ccttaatatc cccagagtgg gtgctgactg ctgctcactg cttgaagaag 5640 tcctcaaggc cttcatccta caaggtcatc ctgggtgcac accaagaagt gaacctcgaa 5700 tctcatgttc aggaaataga agtgtctagg ctgttcttgg agcccacaca agcagatatt 5760 gccttgctaa agctaagcag gcctgccgtc atcactgaca aagtaatgcc agcttgtctg 5820 ccatccccag actacatggt caccgccagg actgaatgtt acatcactgg ctggggagaa 5880 acccaaggta cctttgggac tggccttctc aaggaagccc agctccttgt tattgagaat 5940 gaagtgtgca atcactataa gtatatttgt gctgagcatt tggccagagg cactgacagt 6000 tgccagggtg acagtggagg gcctctggtt tgcttcgaga aggacaaata cattttacaa 6060 ggagtcactt cttggggtct tggctgtgca cgccccaata agcctggtgt ctatgctcgt 6120 gtttcaaggt ttgttacttg gattgaggga atgatgagaa ataattaatt ggacgggaga 6180 cagagtgaag catcaaccta cttagaagct gaaacgtggg taaggattta gcatgctgga 6240 aataatagac agcaatcaaa cgaagacact gttcccagct accagctatg ccaaaccttg 6300 gcatttttgg tatttttgtg tataagcttt taaggtctga ctgacaaatt ctgtattaag 6360 gtgtcatagc tatgacattt gttaaaaata aactctgcac ttattttgat ttga 6414 <210> 2 <211> 5387 <212> DNA <213> Macaca fascicularis <400> 2 gatgctgcat acttaatgtc gaaaggttgc ttcatccaag agcctggagt tttcagagac 60 actgtcctga aactatgtcc tgaaactatg tcattgaaac tgaaacattg tcctgaagct 120 ggtattgggc aataccagcg cctgcaggca acagctcgga tgcacttaag atttaaatat 180 tacccacaga agttctggct tgtctgggaa aaccttttgc taaacagaag agcaacattt 240 tttttttttt cttttctgga atttgtaaac agcatttatt ctcagcctta ccttccaaac 300 gttgcacttg gaacattgct gggccccgtg gaaacagaag cgaacgtcag ccaggccggc 360 agggggcggc agaccccaca cttcgccggg cgccctcacc tccctgggag ggagtgtgca 420 gctgccaaaa tcttcggcgg ggttcagtcc aagcgacttc agccagcaga tggtcattct 480 cctgtgaccg tgtgtactac agactgtttc aaaaccgggc aggcaattaa caatgggaat 540 tctgccatca tcgctgacaa agtcatccca gtttgtctgc catccccaaa ttatgtggtc 600 gccaaccaga ctgaatgtta tgtcactggc tggggagaaa cccaagcact acctgagcaa 660 agccatgtgg tccaggattg ctaccatggt gatggacaga gttatcaagg cacatcctcc 720 accactgtca caggaaggac ctgccaagct tggtcatcta tggaaccaca tcagcataat 780 agaaccacag aaaactaccc aaatgctggc ttgatcagga actactgcag gaatccagat 840 cctgtggcag ccccttattg ttatacgatg gatcccaatg tcaggtggga gtactgcaac 900 ctgacacaat gctcagacgc agaagggact gccgtcgcac ctccgaatgt caccccggtt 960 ccaagcctag aggctccttc cgaacaagca ccgactgagc aaaggcctgg ggtgcaggag 1020 tgctaccacg gtaatggaca gagttatcga ggcacatact tcaccactgt gacaggaaga 1080 acctgccaag cttggtcatc tatgacaccg cactctcata gtcggacccc ggaaaactac 1140 ccaaatggtg gcttgatcag gaactactgc aggaatccag atcctgtggc agccccttat 1200 tgttatacca tggatcccaa tgtcaggtgg gagtactgca acctgacaca atgctcagac 1260 gcagaaggga ttgccgtcac acctctgact gttaccccgg ttccaagcct agaggctcct 1320 tccaagcaag caccaactga gcaaaggcct ggtgtccagg agtgctacca cggtaatgga 1380 cagagttatc gaggcacata cttcaccact gtgacaggaa gaacctgcca agcttggtca 1440 tctatgacac cacattctca tagtcgtacc ccagaaaact acccaaatgg tggcttgatc 1500 aggaactact gcaggaatcc agatcctgtg gcagcccctt attgttatac catggatccc 1560 aatgtcaggt gggagtactg caacctgaca caatgctcag acgcagaagg gactgccgtc 1620 gcacctccga ctgtcacccc ggttccaagc ctagaggctc cttccgaaca agcaccgact 1680 gagcaaaggc ctggggtgca ggagtgctac cacggtaatg gacagagtta tcgaggcaca 1740 tacttcacca ctgtgacagg aagaacctgc caagcttggt catctatgac accgcactct 1800 catagtcgga ccccggaaaa ctacccaaat ggtggcttga tcaggaacta ctgcaggaat 1860 ccagatcctg tggcagcccc ttattgttat accatggatc ccaatgtcag gtgggagtac 1920 tgcaacctga cacaatgctc agacgcagaa gggactgccg tcgcacctcc gaatgtcacc 1980 ccggttccaa gcctagaggc tccttctgag caagcaccaa ctgagcaaag gcttggggtg 2040 caggagtgct accacggtaa tggacagagt tatcgaggca catacttcac cactgtgaca 2100 ggaagaacct gccaagcttg gtcatctatg acaccacact ctcatagtcg gaccccagaa 2160 aactacccaa atgctggctt ggtcaagaac tactgccgaa atccagatcc tgtggcagcc 2220 ccttggtgtt atacaacgga tcccagtgtc aggtgggagt actgcaacct gacacgatgc 2280 tcagatgcag aagggactgc tgttgtgcct ccaaatatta ttccggttcc aagcctagag 2340 gcttttcttg aacaagaacc gactgaggaa acccccgggg tacaggagtg ctactaccat 2400 tatggacaga gttatagagg cacatactcc accactgtta caggaagaac ttgccaagct 2460 tggtcatcta tgacaccaca ccagcatagt cggaccccaa aaaactatcc aaatgctggc 2520 ctgaccagga actactgcag gaatccagat gctgagattc gcccttggtg ttataccatg 2580 gatcccagtg tcaggtggga gtactgcaac ctgacacaat gtctggtgac agaatcaagt 2640 gtccttgaaa ctctcacagt ggtcccagat ccaagcacac aggcttcttc tgaagaagca 2700 ccaacggagc aaagtcccga ggtccaggac tgctaccatg gtgatggaca gagttatcga 2760 ggctcattct ccaccactgt cacaggaagg acatgtcagt cttggtcctc tatgacacca 2820 cactggcatc agaggacaac agaatattat ccagatggtg gcctgaccag gaactactgc 2880 aggaatccag atgctgagat tcgcccttgg tgttatacca tggatcccag tgtcaggtgg 2940 gagtactgca acctgacaca atgtccagtg acagaatcaa gtgtcctcgc aacgtccatg 3000 gctgtttctg aacaagcacc aatggagcaa agccccgggg tccaggactg ctaccatggt 3060 gatggacaga gttatcgagg ttcattctcc accactgtca caggaaggac atgtcagtct 3120 tggtcctcta tgacaccaca ctggcatcag aggaccatag aatactaccc aaatggtggc 3180 ctgaccaaga actactgcag gaatccagat gctgagattc gcccttggtg ttataccatg 3240 gatcccagag tcagatggga gtactgcaac ctgacacaat gtgtggtgat ggaatcaagt 3300 gtccttgcaa ctcccatggt ggtcccagtt ccaagcagag aggttccttc tgaagaagca 3360 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Synthetic <400> 1103 gaaggacaug ucaaucuug 19 <210> 1104 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1104 aaggacaugu caaucuugg 19 <210> 1105 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1105 aggacauguc aaucuuggu 19 <210> 1106 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1106 ggacauguca aucuugguc 19 <210> 1107 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1107 gacaugucaa ucuugguca 19 <210> 1108 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1108 acaugucaau cuuggucau 19 <210> 1109 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1109 caugucaauc uuggucauc 19 <210> 1110 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1110 augucaaucu uggucaucc 19 <210> 1111 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1111 ugucaaucuu ggucaucca 19 <210> 1112 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1112 gucaaucuug gucauccau 19 <210> 1113 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1113 ucaaucuugg ucauccaug 19 <210> 1114 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1114 caaucuuggu cauccauga 19 <210> 1115 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1115 aaucuugguc auccaugac 19 <210> 1116 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1116 aucuugguca uccaugaca 19 <210> 1117 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1117 ugacaaugaa cuacugcag 19 <210> 1118 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1118 gacaaugaac uacugcagg 19 <210> 1119 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1119 acaaugaacu acugcagga 19 <210> 1120 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1120 caaugaacua cugcaggaa 19 <210> 1121 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1121 aaugaacuac ugcaggaau 19 <210> 1122 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1122 augaacuacu gcaggaauc 19 <210> 1123 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1123 ugaacuacug caggaaucc 19 <210> 1124 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1124 cuacugcagg aauccagau 19 <210> 1125 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1125 caggcccuug guguuuuac 19 <210> 1126 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1126 cuugguguuu uaccaugga 19 <210> 1127 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1127 uugguguuuu accauggac 19 <210> 1128 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1128 ugguguuuua ccauggacc 19 <210> 1129 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1129 gguguuuuac cauggaccc 19 <210> 1130 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1130 guguuuuacc auggacccc 19 <210> 1131 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1131 guuuuaccau ggaccccag 19 <210> 1132 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1132 ggaguacugc aaccugacg 19 <210> 1133 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1133 gaguacugca accugacgc 19 <210> 1134 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1134 guacugcaac cugacgcga 19 <210> 1135 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1135 uacugcaacc ugacgcgau 19 <210> 1136 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1136 ugcaaccuga cgcgaugcu 19 <210> 1137 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1137 ccugacgcga ugcucagac 19 <210> 1138 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1138 cugacgcgau gcucagaca 19 <210> 1139 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1139 gaugcucaga cacagaagg 19 <210> 1140 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1140 augcucagac acagaaggg 19 <210> 1141 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1141 agacacagaa gggacugug 19 <210> 1142 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1142 gcauccucuu cauuugauu 19 <210> 1143 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1143 cauccucuuc auuugauug 19 <210> 1144 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1144 auccucuuca uuugauugu 19 <210> 1145 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1145 uccucuucau uugauugug 19 <210> 1146 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1146 ccucuucauu ugauugugg 19 <210> 1147 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1147 cuucauuuga uugugggaa 19 <210> 1148 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1148 uucauuugau ugugggaag 19 <210> 1149 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1149 ucauuugauu gugggaagc 19 <210> 1150 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1150 cauuugauug ugggaagcc 19 <210> 1151 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1151 auuugauugu gggaagccu 19 <210> 1152 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1152 gugggaagcc ucaagugga 19 <210> 1153 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1153 aagaaauguc cuggaagca 19 <210> 1154 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1154 agaaaugucc uggaagcau 19 <210> 1155 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1155 gaaauguccu ggaagcauu 19 <210> 1156 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1156 aauguccugg aagcauugu 19 <210> 1157 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1157 auguccugga agcauugua 19 <210> 1158 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1158 agaacaaggu uuggaaagc 19 <210> 1159 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1159 gaacaagguu uggaaagca 19 <210> 1160 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1160 aacaagguuu ggaaagcac 19 <210> 1161 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1161 acaagguuug gaaagcacu 19 <210> 1162 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1162 caagguuugg aaagcacuu 19 <210> 1163 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1163 aagguuugga aagcacuuc 19 <210> 1164 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1164 agguuuggaa agcacuucu 19 <210> 1165 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1165 uggaaagcac uucugugga 19 <210> 1166 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1166 guggaggcac cuuaauauc 19 <210> 1167 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1167 cuuaauaucc ccagagugg 19 <210> 1168 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1168 uaauaucccc agagugggu 19 <210> 1169 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1169 agagugggug cugacugcu 19 <210> 1170 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1170 caaggucauc cugggugca 19 <210> 1171 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1171 ccugggugca caccaagaa 19 <210> 1172 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1172 gugcacacca agaagugaa 19 <210> 1173 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1173 agcagauauu gccuugcua 19 <210> 1174 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1174 gcagauauug ccuugcuaa 19 <210> 1175 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1175 cagauauugc cuugcuaaa 19 <210> 1176 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1176 agauauugcc uugcuaaag 19 <210> 1177 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1177 gauauugccu ugcuaaagc 19 <210> 1178 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1178 auauugccuu gcuaaagcu 19 <210> 1179 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1179 uauugccuug cuaaagcua 19 <210> 1180 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1180 ucaucacuga caaaguaau 19 <210> 1181 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1181 ggacugaaug uuacaucac 19 <210> 1182 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1182 gacugaaugu uacaucacu 19 <210> 1183 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1183 acugaauguu acaucacug 19 <210> 1184 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1184 cugaauguua caucacugg 19 <210> 1185 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1185 ugaauguuac aucacuggc 19 <210> 1186 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1186 aauguuacau cacuggcug 19 <210> 1187 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1187 gaaacccaag guaccuuug 19 <210> 1188 <211> 36 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1188 gacaacagaa uauuauccaa gcagccgaaa ggcugc 36 <210> 1189 <211> 22 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1189 uuggauaaua uucuguuguc gg 22 <210> 1190 <211> 19 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1190 gacaacagaa uauuaucca 19 <210> 1191 <211> 24 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1191 cguuaaucgc guauaauacg cgua 24 <210> 1192 <211> 27 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1192 auacgcguau uauacgcgau uaacgac 27 <210> 1193 <211> 25 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1193 cauauugcgc guauagucgc guuag 25 <210> 1194 <211> 27 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1194 cuaacgcgac uauacgcgca auauggu 27 <210> 1195 <211> 24 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1195 ggcgcguaua gucgcgcgua uagc 24 <210> 1196 <211> 27 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1196 gacuauacgc gcgacuauac gcgccuc 27 <210> 1197 <211> 16 <212> RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Synthetic <400> 1197 gcagccgaaa ggcugc 16

Claims (92)

  1. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상기 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  2. 제1항에 있어서, 상기 센스 가닥은 15개 내지 50개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 센스 가닥은 18개 내지 36개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 15개 내지 30개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 22개의 뉴클레오타이드 길이이고, 상기 안티센스 가닥 및 상기 센스 가닥은 적어도 19개의 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 적어도 20개의 뉴클레오타이드 길이의 이중체 영역을 형성하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 상보성 영역은 적어도 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 적어도 20개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥의 3' 말단은 S1-L-S2로 제시되는 스템-루프(stem-loop)를 포함하되, S1은 S2에 상보적이며, L은 S1과 S2 사이에 3개 내지 5개의 뉴클레오타이드 길이의 루프를 형성하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  8. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 15개 내지 50개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상기 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  9. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 15개 내지 50개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 15개 내지 30개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상기 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  10. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 15개 내지 50개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상기 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  11. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 18개 내지 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상기 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  12. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 18개 내지 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 22개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상기 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  13. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 18개 내지 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 22개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 센스 가닥의 3' 말단은 S1-L-S2로 제시되는 스템-루프를 포함하며, S1은 S2에 상보적이고, L은 S1과 S2 사이에 3개 내지 5개 뉴클레오타이드 길이의 루프를 형성하며, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상기 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  14. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 22개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 센스 가닥의 3' 말단은 S1-L-S2로 제시되는 스템-루프를 포함하며, S1은 S2에 상보적이고, L은 S1과 S2 사이에 3개 내지 5개 뉴클레오타이드 길이의 루프를 형성하며, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상기 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  15. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 36개의 뉴클레오타이드 길이의 센스 가닥 및 22개의 뉴클레오타이드 길이의 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 적어도 19개의 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이의 이중체 영역을 형성하고, 상기 센스 가닥의 3' 말단은 S1-L-S2로 제시되는 스템-루프를 포함하며, S1은 S2에 상보적이고, L은 S1과 S2 사이에 3개 내지 5개 뉴클레오타이드 길이의 루프를 형성하며, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상기 상보성 영역은 19개의 연속 뉴클레오타이드 길이, 선택적으로 20개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  16. 제7항 및 제13항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, L은 트라이루프(triloop) 또는 테트라루프(tetraloop)인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  17. 제16항에 있어서, L은 테트라루프인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  18. 제17항에 있어서, 상기 테트라루프는 서열 5'-GAAA-3'를 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  19. 제16항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, S1 및 S2는 1개 내지 10개의 뉴클레오타이드 길이이며 동일한 길이를 갖는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  20. 제19항에 있어서, S1 및 S2는 1개의 뉴클레오타이드, 2개의 뉴클레오타이드, 3개의 뉴클레오타이드, 4개의 뉴클레오타이드, 5개의 뉴클레오타이드, 6개의 뉴클레오타이드, 7개의 뉴클레오타이드, 8개의 뉴클레오타이드, 9개의 뉴클레오타이드 또는 10개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  21. 제20항에 있어서, S1 및 S2는 6개의 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  22. 제16항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 스템-루프는 서열 5'-GCAGCCGAAAGGCUGC-3'(서열번호 190)를 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 1개 이상의 뉴클레오타이드 길이의 3' 오버행 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  24. 제23항에 있어서, 상기 3' 오버행 서열은 2개의 뉴클레오타이드 길이이고, 선택적으로 상기 3' 오버행 서열은 GG인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  25. 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오타이드를 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  26. 제25항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오타이드는 2'-변형을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  27. 제26항에 있어서, 상기 2'-변형은 2'-아미노에틸, 2'-플루오로, 2'-O-메틸, 2'-O-메톡시에틸 및 2'-데옥시-2'-플루오로-β-d-아라비노뉴클레산으로부터 선택되는 변형인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  28. 제25항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오타이드를 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되며, 선택적으로 상기 변형은 2'-플루오로 및 2'-O-메틸로부터 선택되는 2'-변형인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  29. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 적어도 하나의 변형된 뉴클레오타이드간 연결을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  30. 제29항에 있어서, 상기 적어도 하나의 변형된 뉴클레오타이드간 연결은 포스포로티오에이트 연결인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  31. 제1항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥의 5'-뉴클레오타이드의 당의 4'-탄소는 포스페이트 유사체를 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  32. 제31항에 있어서, 상기 포스페이트 유사체는 옥시메틸포스포네이트, 바이닐포스포네이트 또는 말로닐 포스포네이트이며, 선택적으로 상기 포스페이트 유사체는 5'-메톡시포스포네이트-4'-옥시를 포함하는 4'-포스페이트 유사체인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  33. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고뉴클레오타이드의 적어도 하나의 뉴클레오타이드는 하나 이상의 표적화 리간드에 접합되는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  34. 제33항에 있어서, 상기 각 표적화 리간드는 탄수화물, 아미노 당, 콜레스테롤, 폴리펩타이드 또는 지질을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  35. 제33항에 있어서, 상기 각 표적화 리간드는 N-아세틸갈락토사민(GalNAc) 모이어티를 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  36. 제35항에 있어서, 상기 GalNAc 모이어티는 1가 GalNAc 모이어티, 2가 GalNAc 모이어티, 3가 GalNAc 모이어티 또는 4가 GalNAc 모이어티인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  37. 제16항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 스템-루프의 L의 최대 4개의 뉴클레오타이드는 각각 1가 GalNAc 모이어티에 접합되는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  38. 제1항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 388, 389, 390, 391, 392, 393, 394, 395, 396, 397, 398, 399, 400, 401, 402 및 403 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  39. 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 788, 789, 790, 791, 792, 793, 794, 795, 796, 797, 798, 799, 800, 801, 802 및 803 중 어느 하나의 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  40. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드:
    (a) 각각 서열번호 393 및 793;
    (b) 각각 서열번호 388 및 788;
    (c) 각각 서열번호 389 및 789;
    (d) 각각 서열번호 390 및 790;
    (e) 각각 서열번호 391 및 791;
    (f) 각각 서열번호 392 및 792;
    (g) 각각 서열번호 394 및 794;
    (h) 각각 서열번호 395 및 795;
    (i) 각각 서열번호 396 및 796;
    (j) 각각 서열번호 397 및 797;
    (k) 각각 서열번호 398 및 798;
    (l) 각각 서열번호 399 및 799;
    (m) 각각 서열번호 400 및 800;
    (n) 각각 서열번호 401 및 801;
    (o) 각각 서열번호 402 및 802; 및
    (p) 각각 서열번호 403 및 803.
  41. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 393에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 793에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  42. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 388에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 788에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  43. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 389에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 789에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  44. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 390에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 790에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  45. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 391에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 791에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  46. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 392에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 792에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  47. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 394에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 794에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  48. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 395에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 795에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  49. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 396에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 796에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  50. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 397에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 797에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  51. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 398에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 798에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  52. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 399에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 799에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  53. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 400에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 800에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  54. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 401에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 801에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  55. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 402에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 802에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  56. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 403에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 803에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  57. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되며, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상기 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  58. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되며, 상기 안티센스 가닥의 5'-뉴클레오타이드의 당의 4'-탄소는 포스페이트 유사체를 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상기 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  59. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되며, 상기 안티센스 가닥의 5'-뉴클레오타이드의 당의 4'-탄소는 포스페이트 유사체를 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상기 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  60. LPA 발현을 감소시키기 위한 RNAi 올리고뉴클레오타이드로서, 상기 올리고뉴클레오타이드는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 모든 뉴클레오타이드는 변형되며, 상기 안티센스 가닥 및 센스 가닥은 하나 이상의 2'-플루오로 및 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오타이드 및 적어도 하나의 포스포로티오에이트 연결을 포함하고, 상기 안티센스 가닥의 5'-뉴클레오타이드의 당의 4'-탄소는 포스페이트 유사체를 포함하며, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하고, 상기 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이인, RNAi 올리고뉴클레오타이드.
  61. LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 치료학적 유효량의 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 약제학적 조성물을 상기 대상체에게 투여함으로써 상기 대상체를 치료하는 단계를 포함하는, 방법.
  62. 약제학적 조성물로서 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 및 약제학적으로 허용 가능한 담체, 전달제 또는 부형제를 포함하는, 약제학적 조성물.
  63. 대상체에게 올리고뉴클레오타이드를 전달하는 방법으로서, 제61항의 약제학적 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  64. 세포, 세포 집단 또는 대상체에서 LPA 발현을 감소시키는 방법으로서,
    i. 상기 세포 또는 세포 집단을 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 제62항의 약제학적 조성물과 접촉시키는 단계; 또는
    ii. 제1항 내지 제83항 중 어느 한 항의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 제85항의 약제학적 조성물을 상기 대상체에게 투여하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  65. 제64항에 있어서, 상기 LPA 발현을 감소시키는 것은 LPA mRNA의 양 또는 수준, LPA 단백질의 양 또는 수준 또는 둘 다를 감소시키는 것을 포함하는, 방법.
  66. 제64항 또는 제65항에 있어서, 상기 대상체는 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는, 방법.
  67. 제66항에 있어서, 상기 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태는 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH인, 방법.
  68. 제61항 및 제63항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물은 제2 조성물 또는 치료제와 조합하여 투여되는, 방법.
  69. LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 치료학적 유효량의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 센스 가닥 및 상기 안티센스 가닥은 이중체 영역을 형성하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 4 내지 387 중 어느 하나의 LPA mRNA 표적 서열에 대한 상보성 영역을 포함하며, 상기 상보성 영역은 적어도 15개의 연속 뉴클레오타이드 길이인, 방법.
  70. LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 치료학적 유효량의 표 5에 제시된 열로부터 선택된 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 이의 약제학적 조성물을 상기 대상체에게 투여함으로써 상기 대상체를 치료하는 단계를 포함하는, 방법.
  71. LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체를 치료하는 방법으로서, 치료학적 유효량의 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하는 RNAi 올리고뉴클레오타이드를 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하되, 상기 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 다음으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법:
    (a) 각각 서열번호 393 및 793;
    (b) 각각 서열번호 388 및 788;
    (c) 각각 서열번호 389 및 789;
    (d) 각각 서열번호 390 및 790;
    (e) 각각 서열번호 391 및 791;
    (f) 각각 서열번호 392 및 792;
    (g) 각각 서열번호 394 및 794;
    (h) 각각 서열번호 395 및 795;
    (i) 각각 서열번호 396 및 796;
    (j) 각각 서열번호 397 및 797;
    (k) 각각 서열번호 398 및 798;
    (l) 각각 서열번호 399 및 799;
    (m) 각각 서열번호 400 및 800;
    (n) 각각 서열번호 401 및 801;
    (o) 각각 서열번호 402 및 802; 및
    (p) 각각 서열번호 403 및 803.
  72. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 393에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 793에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  73. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 388에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 788에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  74. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 389에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 789에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  75. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 390에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 790에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  76. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 391에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 791에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  77. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 392에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 792에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  78. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 394에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 794에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  79. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 395에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 795에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  80. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 396에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 796에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  81. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 397에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 797에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  82. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 398에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 798에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  83. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 399에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 799에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  84. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 400에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 800에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  85. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 401에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 801에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  86. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 402에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 802에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하는, 방법.
  87. 제71항에 있어서, 상기 센스 가닥은 서열번호 403에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 안티센스 가닥은 서열번호 803에 제시된 바와 같은 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 방법.
  88. 제69항 내지 제87항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태는 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH인, 방법.
  89. LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료, 선택적으로 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH의 치료를 위한 약제의 제조에서의, 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 제62항의 약제학적 조성물의 용도.
  90. LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료, 선택적으로 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH의 치료에 사용하기 위한 또는 사용하기에 적합한, 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 제62항의 약제학적 조성물.
  91. 키트로서, 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 RNAi 올리고뉴클레오타이드, 선택적인 약제학적으로 허용 가능한 담체, 및 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 갖는 대상체에게 투여하기 위한 지침서를 포함하는 패키지 삽입물을 포함하는, 키트.
  92. 제89항, 제90항 및 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 LPA 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태는 심혈관대사성 질환, 선택적으로 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, NAFLD 및 NASH인, 용도, RNAi 올리고뉴클레오타이드 또는 약제학적 조성물, 또는 키트.
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