KR20220084305A

KR20220084305A - 건선의 치료에서 항-종양 괴사 인자 치료법에 대한 반응성을 결정하는 방법

Info

Publication number: KR20220084305A
Application number: KR1020227014334A
Authority: KR
Inventors: 요한 구드욘손; 람 청 쯔오이
Original assignee: 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 미시간
Priority date: 2019-10-04
Filing date: 2020-10-02
Publication date: 2022-06-21
Also published as: JP2022550439A; EP4038203A1; AU2020357978A1; CA3152279A1; CN114729401A; CL2022000830A1; MX2022003889A; US20220364174A1; BR112022006441A2; WO2021067667A1; IL291885A

Abstract

본 개시는 건선의 치료에서 항-TNF 제제의 효과를 예측하는 방법의 개발에 관한 것이다. 보다 구체적으로, 본 개시는 건선의 치료에서 항-TNF 제제의 효과를 예측하고 이후 바이오마커 수준이 대상체의 항-TNF 치료에서 효과를 시사하는 경우 항-TNF 제제로 치료하기 위한 새로운 바이오마커 및 바이오마커의 조합을 제공한다.

Description

건선의 치료에서 항-종양 괴사 인자 치료법에 대한 반응성을 결정하는 방법

본 개시는 일반적으로 건선의 치료에서 항-종양 괴사 인자(TNF) 치료법에 대한 반응성을 결정하는 방법에 관한 것이다. 일부 양태에서, 본 개시는 건선을 가진 대상체의 항-TNF 치료에서 유효성 예측과 연관된 하나 이상의 바이오마커를 제공한다.

건선은 세계적으로 1억 명을 초과하는 개인의 피부 및 관절에 영향을 미치는 면역-매개 질병이다. 건선 환자는 병소 피부 및 혈액 둘 모두에서 활성화된 종양 괴사 인자 알파(TNFα)를 가지므로(Arican et al., Mediators Inflamm. 2005; 2005(5):273-9; Johansen et al., J Immunol. 2006;176(3):1431-8.), 종양 괴사 인자(TNF)를 억제하는 적어도 5개의 상이한 제제가 중등도-내지-중증 건선 및 건선 관절염을 치료하기 위해 개발되고 승인되어(Leonardi et al., N Engl J Med. 2003;349(21):2014-22; Gordon et al., J Amer Acad Dermatol 2006;55(4):598-606; Chaudhari et al., Lancet. 2001;357(9271):1842-7; Kavanaugh et al., Arthritis Rheum. 2009;60(4):976-86; Blauvelt et al., J Eur Acad Dermatol Venereol. 2019 Mar;33(3):546-552. doi: 10.1111/jdv.15258. Epub 2018 Oct 14), 이를 건선을 치료하기 위해 가장 일반적으로 사용되는 생물학적 클래스 중 하나로 만들었다.

에타네르셉트(즉, ENBREL®)는 건선을 치료하기 위해 승인된 최초의 항-TNF 약물에 속한다. 에타네르셉트는 IgG1 Fc 사슬에 융합된 TNF 수용체-2로 이루어진 융합 단백질이며, 이는 가용성 TNFα에 결합하고 이를 중화한다(Gisondi et al., Autoimmun Rev. 2007;6(8):515-9). 연구들은 관여되지 않은 피부 및 병소 피부 둘 모두에서 TNFα 발현의 감소 및 치료 후 TFNα 유도성 수용체 발현의 감소에서 에타네르셉트의 유효성을 예시하였다(Caldarola et al, Int J Immunopathol Pharmacol. 2009; 22(4):961-6). TNF 억제는 또한 감소된 Th17 반응과 연관되고, 이에 따라 병소 피부에 대한 표피 과다증식을 개선하는 것으로 나타났다(Zaba et al. J Exp Med. 2007; 204(13):3183-94). 선행 연구들은 Th17 면역 반응이 에타네르셉트에 대한 반응체 중에서 불활성화됨을 실증하였다(Zaba et al., J Allergy Clin Immunol. 2009;124(5):1022-10 e1-395). 672명의 환자를 이용한 이중-맹검 연구는 에타네르셉트가 12주의 치료 내에 PASI 75(즉, 건선 중증도 지수의 75% 개선)를 달성하는 환자의 비율을 증가시킴을 예시하였지만(Leonardi, 상기 문헌); 다른 항-TNFα 제제와 유사하게, 에타네르셉트 치료에 대한 환자 결과는 다양하여, PASI75 반응은 연구에 따라 23% 내지 60% 범위였다(Leonardi, 상기 문헌, Krueger et al., J Amer Acad Dermatol 2006;54(3 Suppl 2):S112-9; Tyring et al., Arch Dermatol. 2007;143(6):719-26; Paller et al., J Amer Acad Dermatol 2010;63(5):762-8; Kivelevitch et al., Biologics. 2014; 8:169-82). 또한, 관여되는 기전은 여전히 명확하지 않고 건선 감수성 유전자에 의해 완전히 설명되지 않는다(Foulkes et al., Br J Dermatol. 2017; 177(2): 344-5; Tsoi et al., J Allergy Clin Immunol. J Allergy Clin Immunol. 2018; 141(2): 805-808, Epub 2017 Oct 13). 치료 전 약물 반응의 평가 제공은 경도-내지-중증 형태의 건선을 치료하는 유효성을 향상시키고, 불필요한 약물-노출의 위험을 제한하고, 환자에 대한 경제적 부담을 감소시킬 수 있다.

정밀 의학은 환자에 대한 맞춤화된 헬스케어를 이의 특징에 기반하여 제공하는 것을 목표로 하며, 상이한 인간 질환에 있어서 부각되는 연구 주제이다(Aziz et al., Crit Rev Oncol Hematol. 2017; 118: 70-8; Chan et al., Int J Mol Sci. 2017 Nov 15; 18(11) 2423; Flamant et al., Therap Adv Gastroenterol. 2018; 11: 1-15; Horton et al, J Pers Med. 2017; 7(3): 7; Tavakolpour, Immunol Lett. 2017; 190: 130-8). 게놈 연구에서의 진보는 바이오마커를 효과적으로 드러내고 치료 옵션을 평가하기 위해 고처리량 기법을 사용하여 정밀 의학을 촉진하였다. 그러나, 건선이 포함되는 복합 피부 질병을 위한 그 적용은 광범위한 트랜스크립톰 연구가 수행되었음에도 불구하고, 여전히 매우 제한되어 있다(Tsoi et al, 상기 문헌; Li et al., J Invest Dermatol. 2014; 134(7):1828-38; Tsoi et al, Genome Biol. 2015; 16: 24; Gudjonsson et al., J Invest Dermatol. 2009; 129(12):2795-804; Gudjonsson et al., J Invest Dermatol. 2010;130(7):1829-40).

현재까지의 기술은 건선의 치료에서 항-TNF 치료법의 유효성을 예측하는 방법을 개시하지 않는다. 따라서, 항-TNF 제제가 건선 환자의 예후 및 관리를 유의미하게 보조할 것인지를 신뢰할 수 있게 예측하는 방식에 대한 당분야에서의 강력한 필요성이 존재한다. 하기 개시는 이러한 바이오마커 및 이의 용도의 구체사항을 기재한다.

본 명세서에서 기재된 방법은 항-TNF 제제를 이용하는 건선의 치료에서 결과를 예측하기 위한 수단을 제공하기 위해 개발되었다. 에타네르셉트 치료받은 건선 환자 코호트에 대한 사이토카인 반응에 대한 시험관내 게놈 데이터와 더불어 RNA-seq를 사용하는 통계적 모델링을 적용하여, 본 개시는 약물 반응에 대한 효과적인 위험 평가를 제공한다. 트랜스크립톰 데이터가 치료 결과와 상관관계를 가짐을 실증함으로써, 본 개시는 건강하게 보이는 관여되지 않은 피부에서의 유전자 발현 변화가 치료 반응을 가장 잘 예측함을 실증한다. 본 개시 전에, 연구들은 바이오마커의 확인을 위해 염증성 피부에 초점을 맞췄다. 통합적 접근법을 사용하여, 향후 약물 반응을 평가하는 방법이 개발되었다.

일부 양태에서, 본 개시는 대상체에서 건선을 치료하는 방법을 제공하며, 이 방법은 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계로서, 바이오마커의 수준은 건선 환자 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 기준선 수준에 비해 증가되거나 감소되어 대상체가 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것임을 시사하는, 단계; 및 유효량의 항-TNF 제제를 치료에 대해 반응성으로 시사되는 대상체에 투여하는 단계를 포함한다.

본 개시는 대상체에서 건선을 치료하는 방법을 제공하며, 이 방법은 항-종양 괴사 인자(항-TNF) 제제를 이용한 치료 전에 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계로서, 적어도 하나의 바이오마커는

(a) 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18(USP18)이고, USP18의 수준이 대조군 수준에 비해 증가되거나;

(b) 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2)이고, KRT2의 수준이 대조군 수준에 비해 감소되거나;

(c) 인터류킨 4 수용체(IL4R)이고, IL4R의 수준이 대조군 수준에 비해 증가되거나;

(d) 성-결정 영역 Y-박스 전사 인자 5(SOX5)이고, SOX5의 수준이 대조군 수준에 비해 감소되거나;

(e) 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1)이고, IFIH1의 수준이 대조군 수준에 비해 증가되거나;

(f) (a) 내지 (e) 중 임의의 2개 이상의 바이오마커의 조합이고,

대조군 수준 대비 대상체에서 바이오마커의 증가되거나 감소된 수준은 대상체가 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것임을 예측하고,

대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준인, 단계; 및

치료에 대해 반응성일 것으로 예측되는 대상체에 유효량의 항-TNF 제제를 투여하는 단계를 포함한다.

일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 USP18이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 KRT2이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 IL4R이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 SOX5이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 IFIH1이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 및 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 표 1에서 임의의 조합으로 나타낸 바와 같은 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 또는 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합이다.

일부 양태에서, USP18의 수준은 대조군 수준 대비 적어도 약 86% 이상 증가된다. 일부 양태에서, KRT2의 수준은 대조군 수준 대비 적어도 약 99% 이상 감소된다. 일부 양태에서, IL4R의 수준은 대조군 수준 대비 적어도 약 36% 이상 증가된다. 일부 양태에서, SOX5의 수준은 대조군 수준 대비 적어도 약 89% 이상 감소된다. 일부 양태에서, IFIH1의 수준은 대조군 수준 대비 적어도 약 49% 이상 증가된다.

일부 양태에서, 수준은 생물학적 샘플에 존재하는 핵산 또는 단백질의 수준의 측정치이다. 일부 양태에서, 핵산은 데옥시리보핵산이다. 일부 양태에서, 핵산은 리보핵산이다.

일부 양태에서, 항-TNF 제제는 에타네르셉트, 인플릭시맙, 아달리무맙, 세르톨리주맙 페곳, 또는 골리무맙 또는 이의 바이오시밀러이다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 탈리도마이드, 레날리도마이드, 포말리도마이드, 잔틴 유도체, 또는 부프로피온이다.

일부 양태에서, 건선은 판 건선, 물방울 건선, 부위바뀜 건선, 접힘부위 건선, 농포 건선, 홍색피부 건선, 또는 건선 관절염이다.

일부 양태에서, 방법은 건선을 위한 적어도 하나의 추가 치료 또는 투약을 대상체에 시행하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 양태에서, 대상체는 인간 대상체이다.

일부 양태에서, 바이오마커의 수준은 면역검정, 노던 블롯 분석, 역전사 정량적 폴리머라제 연쇄 반응, RNA 시퀀싱, 또는 고-처리량 시퀀싱으로 측정된다.

일부 양태에서, 항-TNF 제제로 치료받은 대상체는 치료 약 12주째까지 PASI 개선을 나타낸다. 일부 양태에서, PASI 개선은 치료 후 12주보다 일찍 관찰된다. 일부 양태에서, PASI 개선은 PASI 개선의 적어도 약 10%이다.

본 개시는 대상체에서의 건선의 치료에서 항-TNF 제제에 대한 반응성을 예진하는 방법을 제공하며, 이 방법은 항-종양 괴사 인자(항-TNF) 제제를 이용한 치료 전에 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계로서, 적어도 하나의 바이오마커는

(a) 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18(USP18);

(b) 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2);

(c) 인터류킨 4 수용체(IL4R);

(d) 성-결정 영역 Y-박스 전사 인자 5(SOX5);

(e) 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1); 또는

(f) (a) 내지 (e) 중 임의의 2개 이상의 바이오마커의 조합인, 단계, 및

수준을 대조군 수준과 비교하는 단계를 포함하며, 대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준이고/이거나,

대상체에서 USP18, ILR4, 및/또는 IFIH1의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 증가되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되고/되거나;

대상체에서 KRT2 및/또는 SOX5의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 감소되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되고/되거나;

대상체에서 USP18, ILR4, 및/또는 IFIH1의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 증가되지 않는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 비-반응성으로 예측되고/되거나;

대상체에서 KRT2 및/또는 SOX5의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 감소되지 않는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 비-반응성으로 예측된다.

일부 양태에서, 반응성을 예진하는 방법은 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되는 대상체를 치료하기 위해 유효량의 항-TNF 제제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 USP18이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 KRT2이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 IL4R이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 SOX5이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 IFIH1이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 또는 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합이다. 일부 양태에서, 적어도 하나의 바이오마커는 표 1에서 임의의 조합으로 나타낸 바와 같은 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 또는 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합이다.

일부 양태에서, 대상체는 인간 대상체이다.

본 개시는 항-종양 괴사 인자(항-TNF) 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정하기 위한 시약을 포함하는 키트를 제공하며, 적어도 하나의 바이오마커는

(a) 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18(USP18);

(b) 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2);

(c) 인터류킨 4 수용체(IL4R);

(d) 성-결정 영역 Y-박스 전사 인자 5(SOX5);

(e) 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1); 또는

수준은 생물학적 샘플에서 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준이다.

일부 양태에서, 키트는 생물학적 샘플에서 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 대조군 수준과 비교하기 위한 수단을 추가로 포함하며, 대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준이다. 일부 양태에서, 생물학적 샘플은 건선을 앓는 대상체로부터의 관여되지 않은 피부의 생검으로부터 수득된다. 일부 양태에서, 생물학적 샘플은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체로부터의 관여되지 않은 피부의 생검으로부터 수득된다.

본 개시는 항-종양 괴사 인자(항-TNF) 제제를 이용한 치료에 대한 대상체의 반응성을 예진하기 위해, 대조군 수준의 측정과 비교하여 건선을 앓는 대상체로부터의 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 증가되거나 감소된 수준의 측정의 용도를 제공하며, 대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준이고, 적어도 하나의 바이오마커는

(a) 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18(USP18);

(b) 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2);

(c) 인터류킨 4 수용체(IL4R);

(d) 성-결정 영역 Y-박스 전사 인자 5(SOX5);

(e) 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1); 또는

일부 양태에서, 대상체는 인간 대상체이다.

다양한 양태에서, 본 개시는 바이오마커 또는 바이오마커 조합의 발현에 기반하여 건선의 예후 또는 치료를 위한 본 명세서에서 개시되는 임의의 하나의 바이오마커 또는 바이오마커 조합의 방법, 키트, 및 용도를 포함한다.

본 개시는 건선을 앓는 대상체가 항-TNF 제제를 이용한 치료에 반응할지 여부를 바이오마커가 예측할지를 결정하는 방법을 또한 제공하며, 이 방법은 (1) 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서 관여되지 않은 피부의 생검에서 하나 이상의 TNF-유도 및/또는 또는 인터페론(IFN)-유도 유전자의 발현 수준 및 PASI 점수를 측정하는 단계; (2) 적어도 약 12주 동안 항-TNF 제제로 대상체 집단을 치료하는 단계; (3) 치료 과정에 걸쳐 트랜스크립톰의 변화를 추적하는 단계; 및 (4) 환자의 체질량 지수(BMI), 성별, 및 연령에 대한 제어 후 개선된 PASI 점수와 연관된 차별적으로 발현되는 전사체를 확인하는 단계를 포함한다.

상기 요약은 본 개시의 모든 양태를 정의하려는 것이 아니며, 추가적인 양태가 다른 섹션, 예컨대 하기 상세한 설명에 기재된다. 전체 문헌은 통합된 개시로서 관련되려는 것이며, 특징의 조합이 본 문헌의 동일한 문장, 또는 단락, 또는 섹션에서 함께 확인되지 않는 경우에도, 본 명세서에서 기재된 특징의 모든 조합이 고려되는 것으로 이해되어야 한다. 본 발명의 다른 특징 및 장점은 하기 상세한 설명으로부터 자명해질 것이다. 그러나, 상세한 설명 및 특정 예는 본 개시의 특정 구현예를 나타내면서도 본 개시의 정신 및 범위 내의 다양한 변화 및 변형이 이러한 상세한 설명으로부터 당업자에게 자명해질 것이므로, 단지 예로서 주어지는 것으로 이해되어야 한다.

예로서 주어지며, 기재되는 특정 구현예로 본 발명을 제한하려는 것이 아닌 하기 상세한 설명은 하기와 같이, 참조로 포함되는 첨부 도면과 함께 이해될 수 있다:
도 1a 내지 도 1c는 종적인 코호트의 트랜스크립톰을 도시한다. 도 1a)는 연구의 설계를 나타낸다. 도 1b는 모든 RNA-seq 샘플에 대한 트랜스크립톰 데이터를 사용하여 연산된 상위 2개의 주성분을 나타낸다. 도 1c는 치료 시간 경과에 걸친 발현 프로필의 변화를 예시하는 열지도를 나타낸다. 46명의 환자가 코호트에 모집되었고, 46명 중 42명의 환자는 기준선 및 적어도 하나의 이의 추적 방문 둘 모두에서의 RNA-seq 데이터를 제공한다.
도 2a 내지 도 2e는 PASI 개선 및 기준선 발현과 경시적인 USP18 및 KRT2의 발현 간 연관성을 도시한다. PASI 개선(y-축)이 관여되지 않은 피부(도 2a 및 도 2d) 및 병소 피부(도 2b 및 도 2e)에서 USP18(도 2a 및 도 2b) 및 KRT2(도 2d 및 도 2e)의 기준선 발현에 대해 도시되었다. 치료 과정 동안 상이한 피부 및 시점 하에 USP18(도 2c) 및 KRT2(도 2f)의 표준화된 발현 수준에 대한 상자그래프를 나타낸다. 제2주 및 제6주에 PASI 개선과 유전자(즉, USP18 및 KRT2)의 연관성은 유의미하지 않았지만, 상관관계의 방향은 일치하였다(도 2a 및 도 2d); 흥미롭게도, 이들 연관성은 병소 피부에서 기준선 발현 수준을 사용하는 경우에는 관찰되지 않았다(도 2b 및 도 2e). 병소 피부에서 USP18 및 KRT2 유전자의 발현 수준은 경시적으로 관여되지 않은 피부에서의 발현 수준으로 점차 "복원되었다"(도 2c 및 도 2f). 이들 결과는 USP18 및 KRT2가 둘 모두 건선 피부에서 이상조절되지만 에타네르셉트 치료에 의해 관여되지 않은 피부 수준으로 "복원될" 수 있으며, 치료 전 관여되지 않은 피부에서 이의 상대 발현 수준이 향후 PASI 개선과 연관되고 이에 따라 항-TNF 제제에 대한 치료 반응의 예측에서 유용함을 시사한다.
도 3a 내지 도 3h는 IFN/TNF 반응에 대한 조정자로서의 USP18을 나타낸다. 도 3a는 관여되지 않은 피부 및 병소 건선 피부에서 USP18에 대한 면역염색을 나타내어, 표피층에서의 그 발현을 확인시켜준다. siRNA는 각질세포에서 USP18의 발현을 녹다운하고 TNF/IFN 반응에 대한 영향을 평가하기 위해 사용되었다(도 3b 내지 도 3d). 도 3b는 I형 및 II형 자극(x-축)에 대한 USP18의 고갈 효과를 나타낸다. 도 3b는 TNF, IL-17A, IFN-α 또는 IFN-γ로 자극한 후(x-축) IL36G 및 DEFB4의 발현에 대한 USP18의 고갈 효과를 나타낸다. 도 3c는 IFN-α 또는 IFN-γ로 자극한 후(x-축) 믹소바이러스(인플루엔자 바이러스) 내성 1(인터페론-유도성 단백질 P78; MX1) 및 인터페론-카파(IFNK)의 발현에 대한 USP18의 고갈 효과를 나타낸다. 도 3d는 IFN-α 또는 IFN-γ로 자극한 후(x-축) 올리고아데닐레이트 합성효소-유사 단백질(OASL) 및 인터페론 조절 인자 7(IRF7)의 발현에 대한 USP18의 고갈 효과를 나타낸다. 도 3e 내지 도 3g는 I형 및 I형 IFN 반응에 대한 USP18 과발현의 효과를 나타낸다. 도 3e는 TNF, IL-17A, IFN-α 및 IFN-γ로 자극한 후 인터류킨-36 감마(IL36G) 및 방어 베타 4(DEFB4)의 발현에 대한 USP18 과발현의 효과를 나타낸다. 도 3f는 IFN-α 및 IFN-γ로 자극한 후 MX1 및 IFNK의 발현에 대한 USP18 과발현의 효과를 나타낸다. 도 3g는 IFN-α 및 IFN-γ로 자극한 후 OASL의 발현에 대한 USP18 과발현의 효과를 나타낸다. 도 3h는 USP18 플라스미드 전달감염된 세포에서 증가된 USP18 단백질의 수준을 확인시켜주는 웨스턴 블롯을 나타낸다. 데이터는 STDV와 함께 나타내며 3개의 생물학적 반복물을 대표하는 것이다. * p<0.05, **p<0.01, *** p<0.001.
도 4a 내지 도 4c는 상이한 연관성 비교에서 상이한 사이토카인 특징부의 농축을 실증한다. 도 4a는 기준선 대 추적 간 병소 피부에서 가장 강력한 차별적 발현을 나타내는 유전자 간 특징부의 농축을 나타낸다. 도 4b 및 도 4c는 추적 PASI 개선과 가장 강력한 연관성을 나타내는 관여되지 않은 피부(b) 또는 병소 피부(c)에서 기준선에서의 발현 프로필 간 특징부의 농축을 나타낸다.
도 5a 내지 도 5d는 기준선의 관여되지 않은 피부 발현 프로필을 사용하여 제12주의 PASI 반응 평가를 제공한다. 도 5a 및 도 5b는 기준선에서 각 환자의 TNF 점수를 나타낸다: 관여되지 않은 피부(x-축)가 환자의 IFN 점수에 대해 도시되며, 컬러 구조는 절대(도 5a) 또는 퍼센트(5b) 측정을 사용하여 제12주까지 PASI 개선을 나타낸다. 도 5c는 모델에서 상이한 수의 주성분(PC)을 사용하는 경우의 AUROC 값을 나타낸다. PC는 IFN/TNF 유도 유전자를 사용하여 연산되었다. 도 5d는 어떻게 정밀도(실선) 및 리콜(점선)이 제12주까지 PASI75를 달성할 것으로 예측된 샘플의 상위 비율에 대해 도시되었는지를 나타낸다.
도 6은 상이한 비교에서 확인된 차별적으로 발현된 유전자 간 중첩을 예시하는 벤 다이어그램이다. PN: 비-병소 피부; PP: 병소 피부.
도 7은 독립적 건선 트랜스크립톰 코호트로부터 대조군의, 관여되지 않은 피부, 및 병소 피부에서 USP18의 표준화된 발현 수준을 나타낸다.
도 8은 각질세포에서 상이한 사이토카인 자극 하에 USP18의 표준화된 발현 수준을 나타낸다.

본 개시는 항-TNF 제제를 이용한 건선 치료 결과의 예측인자로서, 다양한 바이오마커(단독 및 조합됨)를 확인하는 것에 관한 것이다. 보다 구체적으로, 본 개시는 건선을 앓는 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정함으로써 항-TNF 제제를 이용한 치료 유효성을 예측하는 신속하고 강력한 방법을 제공하며, 바이오마커의 기준선 수준 대비 대상체의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 수준 변화는 대상체가 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것인지를 시사한다. 일부 양태에서, 본 개시의 방법은 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되는 대상체에 유효량의 항-TNF 제제를 투여하는 단계를 포함한다.

본 개시의 요지 사안의 임의의 구현예가 상세히 설명되기 전에, 본 개시가 그 적용에 있어서 하기 설명에 나타내거나 도면 및 실시예에 예시된 성분의 배열 및 구성의 상세사항으로 제한되지 않음이 이해되어야 한다. 따라서, 본 개시는 다른 구현예를 수용하며 다양한 방식으로 실시되거나 수행된다.

본 명세서에서 사용되는 표제 부문은 단지 조직화 목적을 위한 것이며, 기재된 요지 사안으로 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다.

본 명세서 및 첨부하는 청구범위에서 사용되는 바와 같은 단수 형태는 맥락 상 달리 명확하게 나타내지 않는 한 복수의 참조물을 포함한다는 것이 주목된다. 용어 "포함되는", "포함하는", "함유하는", 또는 "갖는" 및 이의 변이형은 이후 기재되는 항목 및 이의 동등물뿐만 아니라 달리 주목되지 않는 한 추가적인 요지 사안을 포괄하는 것임을 의미한다.

"대조군"은 활성, 양성, 음성 또는 비히클 대조군을 나타낸다. 본 개시에서, "대조군" 또는 "대조군 수준"은 대상체에서 관여되지 않은 피부에 존재하는 바이오마커의 수준 또는 양을 측정하기 위한 비교를 제공한다. 따라서, "대조군" 또는 "대조군 수준"은 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 기준선에서, 즉 제0일에 또는 항-TNF 제제를 이용한 임의의 치료 전에 건선 환자 집단에서의 관여되지 않은 피부에서 바이오마커의 평균 수준이다. 일부 양태에서, 대상체로부터의 샘플 중 핵산의 상대 발현 수준이 대조군 수준과 비교된다. 따라서, 일부 측정은 대조군에 비해 표현된다. 일부 양태에서, 대조군 수준은 샘플에 걸친 유전자의 표준화된 판독 카운트의 평균, 즉 기준선에서 바이오마커의 평균 대조군 수준이다. 일부 양태에서, 건선 환자 집단은 적어도 약 20명, 적어도 약 25명, 적어도 약 30명, 적어도 약 35명, 적어도 약 40명, 적어도 약 45명, 또는 적어도 약 50명의 건선 환자이다. 일부 양태에서, 건선 환자 집단은 적어도 약 35명의 건선 환자이다. 일부 양태에서, 건선 환자 집단은 적어도 약 36명의 건선 환자이다. 일부 양태에서, 대조군에서 건선 환자 집단은 증가될 수 있다.

"측정하는" 또는 "측정"은 이러한 성분의 정성적 또는 정량적 농도 수준의 유도를 포함하는, 임상 또는 대상체-유래 샘플 내의 성분, 예를 들어, 바이오마커의 존재, 양 또는 수준 평가, 또는 달리 대상체의 임상 파라미터의 값 평가 또는 분류를 의미한다. 본 명세서에서 값의 범위의 언급은, 본 명세서에서 달리 나타내지 않는 한, 단순히 그 범위 내에 속하는 각각의 개별 값 및 각각의 종결점을 개별적으로 나타내는 약식 방법으로서 작용하려는 것이며, 각각의 개별 값 및 종결점은 이것이 본 명세서에서 개별적으로 언급된 것처럼 명세서에 포함된다.

용어 "수준" 및 "양"은 본 명세서에서 상호 교환적으로 사용되어 생물학적 샘플에 존재하는 바이오마커의 농도를 의미한다. 본 개시의 일부 양태에서, 생물학적 샘플은 건선 환자(즉, 대상체) 또는 건선 환자(즉, 대상체) 집단에서 관여되지 않은 피부의 생검 또는 스크레이프물이다. 일부 양태에서, 핵산 및/또는 단백질은 관여되지 않은 피부의 샘플로부터 제조되며 "수준" 및/또는 "양"은 특정 관심 핵산 및/또는 단백질의 수준 또는 양이다. 일부 양태에서, 이는 핵산 및/또는 단백질 바이오마커의 수준 또는 양이다.

용어 "단백질", "폴리펩타이드", 및 "펩타이드"는 본 명세서에서 상호 교환적으로 사용되어 펩타이드 결합을 통해 연결된 아미노산 잔기의 중합체를 나타낸다. 용어 "단백질"은 전형적으로 큰 폴리펩타이드를 나타낸다. 용어 "펩타이드"는 전형적으로 짧은 폴리펩타이드를 나타낸다.

용어 "핵산" 또는 "핵산 서열" 또는 "핵산 분자"는 단일- 또는 이중-가닥 형태의 데옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드 및 이의 중합체를 나타낸다. 용어 핵산은 유전자, 데옥시리보핵산, 상보적 DNA(cDNA), 리보핵산, 메신저 RNA(mRNA), 올리고뉴클레오타이드, 및 폴리뉴클레오타이드와 상호 교환적으로 사용된다.

본 명세서에서 사용된 바와 같이, 단백질 또는 핵산의 "단편"은 전장 단백질, 핵산, 또는 단백질 발현 산물보다 작은 단백질 또는 핵산의 임의의 부분을 나타낸다. 단편은 전장 단백질 또는 핵산의 결실 유사체이며 하나 이상의 아미노산 잔기(단백질) 또는 뉴클레오타이드(핵산)는 전장 단백질 또는 핵산의 아미노 말단(단백질) 또는 5' 단부(핵산) 및/또는 카복시 말단(단백질) 또는 3' 단부(핵산)으로부터 제거되었다.

바이오마커

다양한 양태에서, 본 개시는 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 바이오마커를 측정하는 방법을 포함하며, 대조군 대비 증가된 수준 또는 대조군 하의 감소된 수준의 바이오마커의 존재는 대상체가 항-TNF 제제를 이용한 치료에 바람직하게 반응할 것임을 시사한다.

본 개시의 맥락에서 "바이오마커"는 비제한적으로 그 다형성, 돌연변이, 변이체, 변형, 서브유닛, 단편, 단백질-리간드 복합체, 및 분해 산물과 함께 단백질, 핵산, 및 대사물질, 단백질-리간드 복합체, 요소, 관련된 대사물질, 및 다른 분석물질 또는 샘플-유래 측정치를 포괄한다. 따라서, 일부 양태에서, 바이오마커는 단백질 또는 이의 단편 또는 핵산 또는 이의 단편을 포함한다. 일부 양태에서, 바이오마커는 TNF-유도 또는 IFN-유도 핵산 또는 단백질이다. 추가 양태에서, 하나 이상의 바이오마커는 함께 측정되어 대상체가 건선의 치료에서 항-TNF 치료법에 긍정적으로 반응할 것이라는 예측을 위한 어레이를 제공한다. 본 개시의 바이오마커는 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18(USP18), 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2), 인터류킨 4 수용체(IL4R), SRY-박스 5(SOX5), 또는 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1) 중 어느 하나 이상이다. 예시적 양태에서, 본 명세서에서 사용되는 용어 "USP18"은 USP18 단백질 또는 핵산을 나타내며; 본 명세서에서 사용되는 용어 "KRT2"는 KRT2 단백질 또는 핵산을 나타내고; 본 명세서에서 사용되는 용어 "IL4R"은 IL4R 단백질 또는 핵산을 나타내고; 본 명세서에서 사용되는 용어 "SOX5"는 SOX5 단백질 또는 핵산을 나타내고; 본 명세서에서 사용되는 용어 "IFIH1"은 IFIH1단백질 또는 핵산을 나타낸다.

일부 양태에서, 방법은 생물학적 샘플 중 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 및/또는 IFIH1 단백질 또는 핵산 중 하나 이상의 수준을 측정하는 단계를 포함한다. 일부 양태에서, 방법은 건선을 앓는 대상체에서 이의 개선과 상관관계를 나타낸 추가적인 바이오마커 또는 바이오마커 조합의 수준을 측정하는 단계를 추가로 포함한다. 본 개시는 건선을 앓는 환자에서 항-TNF 치료의 성공을 예측하는 방법에서 이들 바이오마커 중 하나 이상의 용도를 포함한다.

본 개시는 임의의 개시된 방법, 키트, 용도 등에서 아래의 바이오마커의 표에 기재된 임의의 하나의 바이오마커 또는 바이오마커의 조합의 용도를 포함한다. 예를 들어, 본 개시는, 다양한 양태에서, 아래의 표 1에서 1열 내지 26열에 예시된 바와 같은 임의의 바이오마커 또는 바이오마커의 조합을 포함한다.

[표 1]

바이오마커 및 바이오마커의 조합.

건선의 치료에서 바이오마커 수준의 예후 값

본 개시에서, 각각의 5개 바이오마커의 수준에서 유의미한 증가 또는 감소는 각각 독립적으로 건선을 앓는 환자에서 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대한 긍정적 반응과 상관관계를 갖는다. 각각의 바이오마커(유전자)에 있어서, 기준선에서 관여되지 않은 피부의 발현 수준은 제12주에 PASI 변화와 상관관계를 가져서, 환자의 체질량 지수(BMI), 성별, 및 연령에 대해(예를 들어, 회귀 프레임워크에서 공변량으로서 이들 변수를 처리하여) 조정하였다. 각각의 이들 5개 바이오마커는 이것이 면역 공정에 관여되는 것으로 나타난 단백질을 인코딩하기 때문에 그리고 이것이 건선을 앓는 환자에서 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대한 긍정적 반응과 연관된 상위 20개의 가장 유의미한 유전자에 속하였으므로 선택되었다.

본 개시에서, 바이오마커의 수준은 건선을 앓는 대상체로부터의 샘플에서 측정되며, 건선 환자 집단으로부터 관여되지 않은 피부로부터의 바이오마커의 평균 수준인 대조군과 비교된다. 다양한 양태에서, 바이오마커의 증가된 수준은 대조군 수준보다 유의미하게 더 큰 수준이다. 다양한 양태에서, 대상체에서 바이오마커의 수준의 증가는 대조군 수준보다 적어도 또는 약 1% 더 크거나, 적어도 또는 약 2% 더 크거나, 적어도 또는 약 3% 더 크거나, 적어도 또는 약 4% 더 크거나, 적어도 또는 약 5% 더 크거나, 적어도 또는 약 6% 더 크거나, 적어도 또는 약 7% 더 크거나, 적어도 또는 약 8% 더 크거나, 적어도 또는 약 9% 더 크거나, 적어도 또는 약 10% 더 크거나, 적어도 또는 약 11% 더 크거나, 적어도 또는 약 12% 더 크거나, 적어도 또는 약 13% 더 크거나, 적어도 또는 약 14% 더 크거나, 적어도 또는 약 15% 더 크거나, 적어도 또는 약 16% 더 크거나, 적어도 또는 약 17% 더 크거나, 적어도 또는 약 18% 더 크거나, 적어도 또는 약 19% 더 크거나, 적어도 또는 약 20% 더 크거나, 적어도 또는 약 21% 더 크거나, 적어도 또는 약 22% 더 크거나, 적어도 또는 약 23% 더 크거나, 적어도 또는 약 24% 더 크거나, 적어도 또는 약 25% 더 크거나, 적어도 또는 약 26% 더 크거나, 적어도 또는 약 27% 더 크거나, 적어도 또는 약 28% 더 크거나, 적어도 또는 약 29% 더 크거나, 적어도 또는 약 30% 더 크거나, 적어도 또는 약 35% 더 크거나, 적어도 또는 약 40% 더 크거나, 적어도 또는 약 45% 더 크거나, 적어도 또는 약 50% 더 크거나, 적어도 또는 약 55% 더 크거나, 적어도 또는 약 60% 더 크거나, 적어도 또는 약 65% 더 크거나, 적어도 또는 약 70% 더 크거나, 적어도 또는 약 75% 더 크거나, 적어도 또는 약 80% 더 크거나, 적어도 또는 약 85% 더 크거나, 적어도 또는 약 90% 더 크거나, 적어도 또는 약 95% 더 크거나, 적어도 또는 약 100% 더 크거나, 적어도 또는 약 100% 초과보다 더 크다. 예시적 양태에서, 대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에(즉, 기준선) 건선 환자 집단으로부터 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 바이오마커의 평균 수준이다.

추가 양태에서, 대상체에서 바이오마커의 수준의 증가는 대조군 수준보다 적어도 또는 약 1/10 더 크거나, 적어도 또는 약 1/9 더 크거나, 적어도 또는 약 1/8 더 크거나, 적어도 또는 약 1/7 더 크거나, 적어도 또는 약 1/6 더 크거나, 적어도 또는 약 1/5 더 크거나, 적어도 또는 약 1/4 더 크거나, 적어도 또는 약 1/3 더 크거나, 적어도 또는 약 1/2 더 크거나, 적어도 또는 약 1배 더 크거나, 적어도 또는 약 1.5배 더 크거나, 적어도 또는 약 2.0배 더 크거나, 적어도 또는 약 2.5배 더 크거나, 적어도 또는 약 3.0배 더 크거나, 적어도 또는 약 3.5배 더 크거나, 적어도 또는 약 4.0배 더 크거나, 적어도 또는 약 4.5배 더 크거나, 적어도 또는 약 5배 더 크다.

다른 양태에서, 샘플에서 바이오마커의 증가된 수준은 바이오마커의 농도가 대조군 수준보다 유의미하게 더 크다는 것을 의미한다. 유의미한 차이는 당업자에게 알려진 임의의 통계 분석 방법에 따라 계산된다.

본 개시에서, 바이오마커의 수준은 건선을 앓는 대상체로부터의 샘플에서 측정되며 대조군에서 바이오마커의 수준과 비교된다. 다양한 양태에서, 바이오마커의 감소된 수준은 대조군 수준보다 유의미하게 더 작은 수준이다. 다양한 양태에서, 대상체에서 바이오마커의 수준의 감소는 대조군 수준보다 적어도 또는 약 1% 더 작거나, 적어도 또는 약 2% 더 작거나, 적어도 또는 약 3% 더 작거나, 적어도 또는 약 4% 더 작거나, 적어도 또는 약 5% 더 작거나, 적어도 또는 약 6% 더 작거나, 적어도 또는 약 7% 더 작거나, 적어도 또는 약 8% 더 작거나, 적어도 또는 약 9% 더 작거나, 적어도 또는 약 10% 더 작거나, 적어도 또는 약 11% 더 작거나, 적어도 또는 약 12% 더 작거나, 적어도 또는 약 13% 더 작거나, 적어도 또는 약 14% 더 작거나, 적어도 또는 약 15% 더 작거나, 적어도 또는 약 16% 더 작거나, 적어도 또는 약 17% 더 작거나, 적어도 또는 약 18% 더 작거나, 적어도 또는 약 19% 더 작거나, 적어도 또는 약 20% 더 작거나, 적어도 또는 약 21% 더 작거나, 적어도 또는 약 22% 더 작거나, 적어도 또는 약 23% 더 작거나, 적어도 또는 약 24% 더 작거나, 적어도 또는 약 25% 더 작거나, 적어도 또는 약 26% 더 작거나, 적어도 또는 약 27% 더 작거나, 적어도 또는 약 28% 더 작거나, 적어도 또는 약 29% 더 작거나, 적어도 또는 약 30% 더 작거나, 적어도 또는 약 35% 더 작거나, 적어도 또는 약 40% 더 작거나, 적어도 또는 약 45% 더 작거나, 적어도 또는 약 50% 더 작거나, 적어도 또는 약 55% 더 작거나, 적어도 또는 약 60% 더 작거나, 적어도 또는 약 65% 더 작거나, 적어도 또는 약 70% 더 작거나, 적어도 또는 약 75% 더 작거나, 적어도 또는 약 80% 더 작거나, 적어도 또는 약 85% 더 작거나, 적어도 또는 약 90% 더 작거나, 적어도 또는 약 95% 더 작거나, 적어도 또는 약 100% 더 작거나, 약 100% 미만보다 더 작다. 예시적 양태에서, 대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에(즉, 기준선) 건선 환자 집단으로부터 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 바이오마커의 평균 수준이다.

추가 양태에서, 대상체에서 바이오마커의 수준의 감소는 대조군 수준보다 적어도 또는 약 1/10 더 작거나, 적어도 또는 약 1/9 더 작거나, 적어도 또는 약 1/8 더 작거나, 적어도 또는 약 1/7 더 작거나, 적어도 또는 약 1/6 더 작거나, 적어도 또는 약 1/5 더 작거나, 적어도 또는 약 1/4 더 작거나, 적어도 또는 약 1/3 더 작거나, 적어도 또는 약 1/2 더 작거나, 적어도 또는 약 1배 더 작거나, 적어도 또는 약 1.5배 더 작거나, 적어도 또는 약 2.0배 더 작거나, 적어도 또는 약 2.5배 더 작거나, 적어도 또는 약 3.0배 더 작거나, 적어도 또는 약 3.5배 더 작거나, 적어도 또는 약 4.0배 더 작거나, 적어도 또는 약 4.5배 더 작거나, 적어도 또는 약 5배 더 작다.

다른 양태에서, 샘플에서 바이오마커의 감소된 수준은 바이오마커의 농도가 대조군 수준보다 유의미하게 더 작음을 의미한다. 유의미한 차이는 당업자에게 알려진 임의의 통계 분석 방법에 따라 계산된다.

일부 양태에서, 본 개시는 항-TNF 제제로 치료되는 경우 건선의 개선을 예측할 관여되지 않은 피부에서의 제0일의 바이오마커 발현의 상대 수준을 제공한다. 항-TNF 제제를 이용한 치료 제12주까지 PASI 점수에서 대략 평균 10점 개선을 달성하는 대상체에 있어서, 관여되지 않은 피부에서 제0주에 바이오마커의 발현 수준이 하기와 같을 것으로 결정되었다:

(1) USP18에 있어서: 관여되지 않은 피부에서의 제0일의 발현 수준이 제0주에 건선 환자의 관여되지 않은 피부에서의 USP18의 평균 발현 수준보다 적어도 약 86% 더 크고;

(2) IL4R에 있어서: 관여되지 않은 피부에서의 제0일의 발현 수준이 제0주에 건선 환자의 관여되지 않은 피부에서의 IL4R의 평균 발현 수준보다 적어도 약 36% 더 크고;

(3) IFIH1에 있어서: 관여되지 않은 피부에서의 제0일의 발현 수준이 제0주에 건선 환자의 관여되지 않은 피부에서의 IFIH1의 평균 발현 수준보다 적어도 약 49% 더 크고;

(4) SOX5에 있어서: 관여되지 않은 피부에서의 제0일의 발현 수준이 제0주에 건선 환자의 관여되지 않은 피부에서의 SOX5의 평균 발현 수준보다 적어도 약 89% 더 작고;

(5) KRT2에 있어서: 관여되지 않은 피부에서의 제0일의 발현 수준이 제0주에 건선 환자의 관여되지 않은 피부에서의 KRT2의 평균 발현 수준보다 적어도 약 99% 더 작음.

다시 말하면, 대상체가 관여되지 않은 피부에서 제0일에 대조군(즉, 기준선 또는 제0주에 건선 환자 집단에서의 관여되지 않은 피부에서 바이오마커의 평균 발현 수준)보다 적어도 약 86% 더 큰 USP18 수준, 또는 대조군보다 적어도 약 36% 더 큰 IL4R 수준, 또는 대조군보다 적어도 약 49% 더 큰 IFIH1 수준, 또는 대조군보다 적어도 약 89% 더 작은 SOX5 수준, 또는 대조군보다 적어도 약 99% 더 작은 KRT2 수준을 갖는 것으로 결정되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료 제12주까지 PASI 점수의 평균 10점 개선을 가질 것으로 예측된다.

본 개시의 일부 양태에서, 생물학적 샘플(예를 들어, 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체로부터의 관여되지 않은 피부의 생검)에서의 바이오마커의 수준이 대조군 수준과 비교된다. 대조군 수준은 건선 대상체 집단으로부터의 피부 생검으로부터 바이오마커의 평균 수준이고, 피부 생검은 제0일 또는 항-TNF 제제를 이용한 치료 전(즉, 기준선)에 채취된다. 일부 양태에서, 대상체 집단은, 임의로, 다른 파라미터, 예컨대 하기 중 하나 이상에 있어서 대상체에 매칭된다: 연령, 성별, 건선의 중증도 등. 다앙한 양태에서, 바이오마커의 수준은 상대 수준이다. 일부 양태에서, 바이오마커의 수준은 절대 수준이다.

바이오마커 수준의 검출 및 측정

본 개시의 다양한 양태에서, 단백질 바이오마커의 수준은 비제한적으로 면역검정(예를 들어, ELISA, RIA), 면역탁도측정, 신속 면역확산, 레이저 비탁측정, 시각적 응집, 정량적 웨스턴 블롯 분석, 다중 반응 모니터링-질량 분광측정(MRM 프로테오믹스), 로우리 검정, 브래드포드 검정, BCA 검정, 및 UV 분광측정 검정, 예컨대 UV 분광측정 검정을 포함하는 단백질의 정량을 위해 당분야에 알려진 임의의 적합한 수단에 의해 생물학적 샘플에서 검출되거나 정량적으로 측정된다. 대안적으로, 노던 블로팅이 mRNA의 수준을 비교하기 위해 사용될 수 있다.

본 개시의 다양한 양태에서, 핵산 바이오마커의 수준은 비제한적으로 RNA 시퀀싱(RNA-seq), 고-처리량 시퀀싱(HT-seq), PCR, 정량적 PCR, qT-PCR, RT-qPCR, 디지털 PCR, 실시간 PCR, 직접적 디지털 정량, 유전자 발현의 연속 분석(SAGE), 핵산 서열-기반 증폭(NASBA), 전사-매개 증폭(TMA), 분기화된 DNA(bDNA) 검정, 및/또는 노던 또는 서던 블로팅을 포함하는 핵산 정량을 위해 당분야에 알려진 임의의 적합한 수단에 의해 생물학적 샘플에서 검출되거나 정량적으로 측정된다.

본 명세서에서 사용된 바와 같은 RNA 시퀀싱 또는 "RNA seq"이 본 개시의 다양한 양태에서 사용된다. 전체 트랜스크립톰 샷건 시퀀싱(WTSS)으로도 불리는 RNA seq은 주어진 순간에 생물학적 샘플에서 RNA의 존재 및 양을 드러내기 위해 차세대 시퀀싱(NGS)을 사용한다. 일부 양태에서, RNA-Seq은 mRNA, rRNA 및 tRNA를 포함하는 RNA의 총 세포성 함량인, 세포성 트랜스크립톰의 연속 변화를 분석하기 위해 사용된다. 트랜스크립톰의 이해는 누군가의 게놈과 그 기능적 단백질 발현에 대한 정보를 연결하는 핵심이다. RNA-seq은 어느 유전자가 세포에서 켜지는지, 이의 발현 수준이 어떠한지, 그리고 어느 시점에 이들이 활성화되거나 셧오프되는지를 관찰하기 위한 도구이며, 과학자들이 세포 생물학을 더 잘 이해하고 질환을 시사할 수 있는 변화를 평가할 수 있도록 한다. 이는 세포 및 조직에서 유전자의 기능에 관한 핵심 정보를 연구자들에게 제공할 수 있다. 일부 양태에서, RNA seq 또는 HT-seq은 대조군 대비 바이오마커의 상대 수준을 제공한다. 일부 양태에서, 바이오마커의 수준은 전사체 정량을 포함하는 RNA-seq 데이터 분석에서 사용되는 표준 방법을 사용하여 정량된다(Conesa et al., Genome Biol 2016;17:13). 일부 양태에서, 핵산의 상대 수준은 당분야에 알려진 핵산을 측정하는 방법에 의해 측정된다. 핵산의 정량은 샘플에 존재하는 DNA 또는 RNA인 핵산의 평균 농도를 결정하기 위해 일반적으로 수행된다. 일부 양태에서, 정량은 PCR, qPCR, 분광측정학적 정량에 의해, 및/또는 핵산 염료의 존재 하에 UV 형광 태그화에 의해 수행된다.

예시적 양태에서, 50 bp 단일-말단 판독이 환자로부터의 RNA-seq 샘플로부터 생성된다. 각각의 서열 파일에 있어서, 트리모마틱(trimmomatic)이 어댑터 트리밍을 수행하기 위해 사용되고(Bolger et al., Bioinformatics 2014; 30(15):2114-20), STAR(Dobin et al., Bioinformatics. 2013; 29(1):15-21)가 판독을 인간 게놈 b37에 대해 정렬시키기 위해 사용된다. HTSeq은 발현 수준 정량을 위해 채택된다(Anders et al., Bioinformatics 2015;31(2):166-9).

다양한 양태에서, 임의의 이들 방법이 건선을 앓는 인간 대상체로부터의 피부 생검으로부터 수득된 생물학적 샘플의 핵산(예를 들어, DNA, cDNA, RNA, 또는 mRNA) 또는 단백질을 사용하여 수행된다. 예시적인 양태에서, 생물학적 샘플은 관여되지 않은 피부로부터 유래된다. 추가적인 예시적 양태에서, 샘플은 치료 전 바이오마커의 수준을 측정하기 위해 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 채취된다. 일부 양태에서, 샘플은 치료 동안 또는 후에 바이오마커의 수준을 측정하기 위해 항-TNF 제제를 이용한 치료 동안 또는 후에 채취된다.

일부 양태에서, 수신자 작동 특성 하 면적(AUROC)이 측정된다. AUROC는 이원성 분류 업무에서 예측인자의 우수성에 대한 일반적인 요약 통계이다. 이는 예측인자가 무작위로 선택된 네거티브 인스턴스(negative instance)보다 많이 무작위로 선택된 포지티브 인스턴스(positive instance)로 순위가 매겨질 확률과 동일하다. 특이성 및 민감성은 마커의 모든 가능한 수준에 있어서 x 축 상의 위양성율 및 y 축 상의 진양성율의 그래프인 AUROC 곡선에 의해 가장 잘 나타난다. 완벽한 시험은 진양성 100% 및 위양성 없음을 실증하는 올바른 각도인 AUROC 곡선을 가질 것이다. 이러한 경우에서, 해당하는 AUROC은 1이다. 무작위 시험은 0.5의 AUROC을 가져서, 모든 진양성에 대해 하나의 위양성이 존재함을 의미한다. 다양한 양태에서, 바이오마커 패널은 전체적으로 진단적이거나 예측적인 몇몇 바이오마커를 포함한다.

건선

다양한 양태에서, 본 개시의 방법은 건선을 갖는 환자에게 적용 가능하다. 건선은 미국 인구의 1% 내지 3%에 영향을 미치는, 유전적, 면역-매개 질환이다. 약 30%의 건선 환자는 건선 관절염(PsA)에 의해서도 영향받으며, 이는 질환 부담에 기여하는 매우 다양한 추가 증상과 연관된다. 따라서, 본 개시에서 사용되는 용어 "건선"은 비제한적으로 판 건선, 물방울 건선, 부위바뀜 건선, 접힘부위 건선, 농포 건선, 홍색피부 건선, 또는 PsA를 포함한다. 관절통, 미란성 관절 손상, 엔테시티스(enthesitis), 및 가락염뿐만 아니라 피부 및 손발톱의 건선과 같은 요인은 환자의 삶의 질, 신체 기능, 및 작업 능력에 대해 장기 효과를 추가로 증가시킨다.

건선은 활성화된 백혈구의 침윤 및 표피 각질세포의 증가된 증식을 특징으로 하는 만성 염증성 피부 질환이다. 건선의 발병기전에서 면역학적 기전의 중요성이 제시되었고, 건선 환자의 각질 조직 추출물, 흡입 수포액, 세포질 추출물 및 혈청 중 사이토카인의 검출이 보고되었다. 건선을 전파할 수 있는 염증성 사이토카인의 면역 세포에 의한 방출에 부가하여, 각질세포는 전염증성 및 성장-촉진 활성과 함께, 자발적이건 자극 후이건, TNF를 포함하는 여러 사이토카인을 생성한다.

매우 다양한 증상이 건선 및 PsA 둘 모두에서 치료법에 대한 반응 및 전반적 질환 활성의 평가를 어렵게 만든다. 따라서, 정확한 평가는 의사에 있어서 가장 적절한 치료를 결정하기 위해 필수적이다. 현재 사용되는 결과 측정의 제한으로 인해 구체적으로 피부 질환에 있어서 이들 평가가 어려운 것이 사실이다. 건선을 앓는 대상체 또는 환자는 건선의 전통적 증상을 앓고/앓거나 건선을 앓는 것으로 의학 전문가에 의해 진단받은 환자이다.

건선에서의 관여되지 않은 피부 및 병소 피부

다양한 양태에서, 관여되지 않은 피부가 본 개시의 방법에서 사용된다. 건선 환자의 관여되지 않은 피부는 정상으로 보이는 피부이며, 이는 비-염증성이다. 다양한 양태에서, 관여되지 않은 피부의 생검은 건선 병소 근처가 아닌, 임의의 정상으로 나타나는, 비-염증성 피부 상에서 수행된다. 일부 양태에서, 관여되지 않은 피부의 생검은 임의의 활성 건선 병소로부터 떨어진 엉덩이 상에서 수행되며, 엉덩이 상의 이러한 피부 생검이 미용적으로 보다 허용 가능하며 임의의 흉터를 숨기기 더 쉽기 때문이다.

건선의 국소 확산이 존재한다; 따라서, 당업자는 이환 피부 근처의 관여되지 않은 피부의 샘플을 채취하지 않을 줄 안다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 대상체로부터 채취되는 "생물학적 샘플"은, 다양한 양태에서, 대상체로부터 수득된 관여되지 않은 피부의 샘플이다. 다양한 양태에서, 이러한 샘플은 관여된 피부로부터 수득된 피부 천공 생검이다. 일부 양태에서, 생검은 관여되지 않은 피부 및 병소 피부 둘 모두로부터 국소 마취(리도카인 1:10,000 에피네프린) 하에 수득된다. 일부 양태에서, 생검은 기준선에서 채취된 후 이후 시점에 측정된다. 일부 양태에서, 생검은 시간 0 또는 기준선에, 이어서 2주째, 6주째 및 12주째에 다시 채취된다. 다양한 양태에서, 생물학적 샘플 또는 "샘플"은 핵산 및/또는 단백질 및/또는 유기 및/또는 무기 대사물질 및 성분을 함유하는 유체를 함유한다. 본 발명의 일부 양태에서, 샘플은 단백질 또는 핵산 수준을 측정하기 위해 또는 단백질 또는 핵산 발현 수준을 측정하기 위해 적합한 단백질 및 핵산을 포함한다. 예시적인 양태에서, RNA의 양은 RNA 시퀀싱(RNA-seq)을 사용하여 측정된다.

건선 환자로부터의 관여되지 않은 피부가 건강한 대조군으로부터의 피부와 상이함이 여러 연구에서 확립되었다. 여기에는 생체내 이종이식편 모델에서의 상승된 표피 증식율(Krueger et al., J Clin Invest. 1981;68(6):1548-57), 더 낮은 표피 장벽 단백질 필라그린 및 로리크린 수준(Kim et al., J Invest Dermatol. 2011; 131(6):1272-9), 선천성 면역 반응 및 지질 대사 유전자의 변화(Gudjonsson et al., J Invest Dermatol. 2009; 129(12):2795-804), 및 비정상적 표피 장벽 회복(Ye et al., J Invest Dermatol. 2014; 134(11):2843-6)이 포함된다. 건선 피부에서 이들 변화에 대한 이유는 불명확하지만, 증가된 순환 전-염증성 매개체 수준으로부터의 전신 염증성 반응(Dowlatshahi et al., Br J Dermatol. 2013;169(2):266-82), 유전적 소인(Tsoi et al., Nature Genetics 2012;44(12):1341-8; Tsoi et al., Nat Commun. 2017; 8: 15382), 또는 둘 모두의 조합으로 인한 것으로 추정되었다. 기전과 무관하게, 일부 양태에서 관여되지 않은 피부에서의 이들 전-염증성 특징부는 각 환자의 전반적 염증성 반응에 대해 고유한 특징을 제공한다.

건선 중증도를 측정하는 방법

본 개시의 다양한 양태에서, 건선 중증도는 의사 또는 의사의 보조자에 의해 측정된다. 비제한적으로 격자 시스템 의사 전반 평가(LS-PGA), 건선 면적 및 중증도 지수((PASI), PASI 점수로도 알려져 있음), 정적 의사 전반 평가(sPGA 또는 PGA), 체표면적(BSA), 및/또는 PGAxBSA를 포함하는, 건선 중증도를 측정하기 위해 임상 진료에서 사용되는 여러 시스템이 존재한다.

PASI 점수는 피부 관여의 측정을 위해 가장 널리 사용되는 도구이며 임상 시험에 대한 "최고 표준"으로 간주된다(Armstrong et al., JAMA Dermatol 2013;149:577-82). PASI는 병소의 중증도 및 이환 면적의 평가를 0(질환 없음) 내지 72(최대 질환) 범위의 단일 점수로 조합한다. PASI는 중증도(홍반, 경화 및 표피탈락) 및 이환 면적의 백분율을 조합하는, 건선의 중증도를 표현하기 위해 사용되는 지수이다. 각각의 영역에 대한 면적 및 중증도 점수는 면적 점수를 중증도 점수로 곱하여 계산된다(최대 6 x 12 = 72). 각 영역의 양은 최종 PASI에 기여한 후 이것이 총 신체 피부 표면을 얼마나 많이 나타내는지에 따라 가중치를 부여받는다. 일반적으로, 10 미만의 PASI 점수는 건선을 경도로, 10 내지 20은 중등도로, 및 20 초과는 중증으로 정의한다. PASI 점수의 75% 감소(PASI 75)는 건선의 대부분의 임상 시험에 대한 일차 종결점의 현재 벤치마크이나; 많은 사람들은 이러한 종결점이 너무 엄격하여 잠재적으로 유용한 치료법이 유효성을 실증하지 못할 위험에 처하게 한다고 여긴다. 본 개시의 일부 양태에서, PASI75는 건선 평가에서 종결점으로 사용된다. 그러나 본 개시의 일부 다른 양태에서, PASI 점수의 절대값의 변화, 예를 들어, 약 10점의 PASI 점수 변화가 건선의 개선 또는 악화 평가에서 종결점으로 사용된다. 예를 들어, 약 10만큼의 PASI 점수 감소는 환자의 PASI 점수에서 10점 개선 및 환자의 건선 질병의 개선을 반영한다. 치료 제12주까지 약 10점 이상만큼의 PASI 점수의 평균 변화를 달성하거나 예측하기 위해, 관여되지 않은 피부에서의 제0일에 바이오마커의 발현은 하기와 같다:

다시 말하면, 대상체가 관여되지 않은 피부에서의 제0일에 대조군(즉, 제0주에 건선 환자 집단에서의 관여되지 않은 피부에서 바이오마커의 평균 발현 수준)보다 적어도 약 86% 더 큰 USP18 수준, 또는 대조군보다 적어도 약 36% 더 큰 IL4R 수준, 또는 대조군보다 적어도 약 49% 더 큰 IFIH1 수준, 또는 대조군보다 적어도 약 89% 더 작은 SOX5 수준, 또는 대조군보다 적어도 약 99% 더 작은 KRT2 수준을 갖는 것으로 결정되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료 제12주까지 PASI 점수의 평균 10점 개선을 가질 것으로 예측된다.

일부 양태에서, 대조군 수준보다 적어도 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 또는 약 80% 더 큰 USP18 수준을 갖는 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료 제12주까지 PASI 점수에서 일부 개선을 가질 것으로 예측된다. 일부 양태에서, 대조군 수준보다 적어도 약 10%, 약 20%, 또는 약 30% 더 큰 IL4R 수준을 갖는 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료 제12주까지 PASI 점수에서 일부 개선을 가질 것으로 예측된다. 일부 양태에서, 대조군 수준보다 적어도 약 10%, 약 20%, 약 30%, 또는 약 40% 더 큰 IFIH1 수준을 갖는 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료 제12주까지 PASI 점수에서 일부 개선을 가질 것으로 예측된다. 일부 양태에서, 대조군 수준보다 적어도 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 또는 약 80% 더 작은 SOX5 수준을 갖는 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료 제12주까지 PASI 점수에서 일부 개선을 가질 것으로 예측된다. 일부 양태에서, 대조군 수준보다 적어도 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80% 또는 약 90% 더 작은 KRT2 수준을 갖는 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료 제12주까지 PASI 점수에서 일부 개선을 가질 것으로 예측된다.

일부 양태에서, 환자는 피부과의사에 의한 기준선(즉, 시간 0), 2주째, 6주째 및 12주째의 전체 임상 평가를 가지며 BSA, PGA, 및 PASI 점수가 기록된다.

건선의 치료 방법

다앙한 양태에서, 본 개시는 건선을 치료하는 방법을 포함한다.

일부 양태에서, 본 개시는 건선의 치료에서 다양한 항-TNF 제제를 제공한다. 다양한 양태에서 임의의 항-TNF 제제가 본 개시의 방법 또는 용도에서 사용된다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 항-TNF-알파(항-TNFα) 제제이다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 에타네르셉트, 인플릭시맙, 아달리무맙, 세르톨리주맙 페골, 또는 골리무맙 또는 이의 바이오시밀러이다.

일부 양태에서, 항-TNF 제제는 에타네르셉트이다. 에타네르셉트(예를 들어, ENBREL®)는 시판되며 특히 중등도-내지-중증 건선을 치료하기 위해 사용되는 항-TNF 제제이다. 에타네르셉트는 TNF 억제제로서 작용하여, 가용성 염증성 사이토카인인 TNF를 방해함으로써 자가면역 질환을 치료한다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 인플릭시맙(예를 들어, REMICADE®)이다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 아달리무맙(예를 들어, HUMIRA®)이다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 세르톨리주맙 페골(예를 들어, CIMZIA®)이다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 골리무맙(예를 들어, SIMPONI®)이다.

일부 양태에서, 항-TNF 제제는 에타네르셉트에 대한 바이오시밀러이다. 일부 양태에서, 에타네르셉트 바이오시밀러는 에타네르셉트-ykro(Eticovo^TM) 또는 에타네르셉트-szzs(Erelzi^TM)이다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 인플릭시맙에 대한 바이오시밀러이다. 일부 양태에서, 인플릭시맙 바이오시밀러는 Remsima^TM 또는 인플릭시맙-dyyb(Inflectra^TM)이다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 아달리무맙에 대한 바이오시밀러이다. 일부 양태에서, 아달리무맙 바이오시밀러는 아달리무맙-atto(Amjevita^TM), 아달리무맙-bwwd(Hadlima^TM) 또는 아달리무맙-adaz(Hyrimoz^TM)이다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 세르톨리주맙 페골에 대한 바이오시밀러이다. 일부 양태에서, 세르톨리주맙 페골 바이오시밀러는 Xbrane^TM이다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 골리무맙에 대한 바이오시밀러이다.

다른 양태에서, 항-TNF 제제는 탈리도마이드, 레날리도마이드, 포말리도마이드, 잔틴 유도체, 또는 부프로피온이다. 일부 양태에서, 2개 이상의 항-TNF 제제가 조합 치료법에서 조합될 수 있다. 일부 양태에서, 항-TNF 제제는 건선의 치료에서 사용되는 또 다른 약물 또는 제제와 함께 전달된다.

일부 양태에서, 본 개시는 건선의 치료에서 사용되는 추가 치료를 포함한다. 일부 양태에서, 이러한 치료는 항-TNF 제제를 이용한 치료와 조합되어 사용된다. 이들 치료는 동시적으로 또는 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 또는 후에 순차적으로 사용될 수 있다. 건선 치료는 염증을 감소시키고 피부를 깨끗하게 한다. 일부 구현예에서, 치료는 3개의 주요 유형으로 구분된다: 국소 치료, 광 치료법 및 전신 투약. 이러한 국소 치료는 비제한적으로 코르티코스테로이드, 비타민 D 유사체, 안트랄린, 레티노이드, 칼시뉴린 억제제, 살리실산, 석탄 타르, 및 보습제를 포함한다. 이러한 광 치료법은 비제한적으로 일광, UVB 광선치료법, 협대역 UVB 광선치료법, Goeckerman 치료법, 프소랄렌 + 자외선 A(PUVA) 및 엑스클리마 레이저를 포함한다. 이러한 전신 투약은 비제한적으로 레티노이드, 메토트렉세이트, 사이클로스포린, 티오구아닌, 또는 하이드록시우레아를 포함한다. 추가적으로, 일부 건선 치료는 비제한적으로 알로에 베라, 어유, 및 가시남천속(Oregon grape)을 포함하는 대체 의약을 포함한다.

예진 방법 및 치료 방법

상술된 유용성에 부가하여, 본 개시의 바이오마커 또는 바이오마커의 조합은 건선의 치료 유효성을 결정하는 데 유용하다. 어구 "건선의 치료"는 건선의 완화를 포함하며 건선과 연관된 임의의 증상의 치료 또는 완화를 포괄한다.

일부 양태에서, 이는 바이오마커 발현 수준에 기반하여 치료를 위한 대상체를 선택하는 데 유용하다. 또한, 일부 양태에서, 이는 다양한 임상 파라미터, 예컨대 본 명세서에서 논의된 바와 같은 PASI 점수의 존재 또는 부재와 더불어 바이오마커 발현 수준에 기반하여 치료를 위한 대상체를 선택하는 데 유용하다. 따라서, 본 개시는 하나의 양태에서 건선을 앓는 대상체에서 건선을 치료하는 방법을 제공하며, 이 방법은 대상체로부터 단리된 생물학적 샘플에서 바이오마커 또는 바이오마커 조합의 수준을 측정하는 단계로서, 대조군 수준 대비 생물학적 샘플에 존재하는 바이오마커 또는 바이오마커의 조합의 증가되거나 감소된 수준은 항-TNF 제제로 대상체를 성공적으로 치료할 확률을 시사하는, 단계, 및 항-TNF 제제를 포함하는 유효량의 치료를 시행하는 단계를 포함한다.

일부 구현예에서, 방법은 대상체가 항-TNF 제제를 이용한 치료에 바람직하게 반응할 것으로 결정되거나 예측된 후, 대상체에서의 건선 치료에서 항-TNF 제제에 대한 반응성을 예진하는 방법 및 항-TNF 제제로 대상체에서 건선을 치료하는 방법이 제공된다.

본 개시는 대상체에서의 건선의 치료에서 항-TNF 제제에 대한 반응성을 예진하는 방법을 제공하며, 이 방법은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계로서, 적어도 하나의 바이오마커는 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18 (USP18); 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2); 인터류킨 4 수용체 (IL4R); 성-결정 영역 Y-박스 전사 인자 5(SOX5); 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1); 또는 상기 언급된 바이오마커 중 임의의 2개 이상의 조합인, 단계, 및 수준을 대조군 수준과 비교하는 단계로서, 대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준이고/이거나, 대상체에서 USP18, ILR4, 및/또는 IFIH1의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 증가되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되고/되거나, 대상체에서 KRT2 및/또는 SOX5의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 감소되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되고/되거나, 대상체에서 USP18, ILR4, 및/또는 IFIH1의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 증가되지 않는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 비-반응성일 것으로 예측되고/되거나, 대상체에서 KRT2 및/또는 SOX5의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 감소되지 않는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 비-반응성일 것으로 예측되는, 단계를 포함한다.

본 개시는 대상체에서 건선을 치료하는 방법을 제공하며, 이 방법은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계로서, 적어도 하나의 바이오마커는 USP18이고 USP18의 수준이 대조군 수준에 비해 증가되거나; 적어도 하나의 바이오마커는 KRT2이고 KRT2의 수준이 대조군 수준에 비해 감소되거나; 적어도 하나의 바이오마커는 IL4R이고 IL4R의 수준이 대조군 수준에 비해 증가되거나; 적어도 하나의 바이오마커는 SOX5이고 SOX5 수준이 대조군 수준에 비해 감소되거나; 적어도 하나의 바이오마커는 IFIH1이고 IFIH1의 수준이 대조군 수준에 비해 증가되거나; 적어도 하나의 바이오마커는 상기 언급된 바이오마커 중 임의의 2개 이상의 조합이고; 대조군 수준 대비 대상체에서 바이오마커의 증가되거나 감소된 수준은 대상체가 항-TNF 제제에 대한 치료에 대해 반응성일 것임을 예측하고, 대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준인, 단계; 및 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되는 대상체에 유효량의 항-TNF 제제를 투여하는 단계를 포함한다.

방법이 단계의 조합을 포함하는 경우, 각각의 모든 단계의 조합 또는 하위-조합은 본 명세서에서 달리 주목되지 않는 한, 본 개시의 범위 내에 포괄된다.

제공되는 임의의 방법에 관해, 방법의 단계는 동시적으로 또는 순차적으로 일어날 수 있다. 방법의 단계가 순차적으로 일어나는 경우, 단계는 달리 주목되지 않는 한, 임의의 순서로 일어날 수 있다.

키트

추가 양태로서, 본 개시는 건선을 앓는 대상체로부터의 생물학적 샘플에서 바이오마커를 측정하기 위한 이의 용도를 촉진하는 방식으로 패키징된 시약을 포함하는 키트를 포함한다. 일부 변이형에서, 이러한 시약은 함께 패키징된다. 일부 변이형에서, 키트는 대상체로부터의 생물학적 샘플로부터 적어도 하나의 바이오마커의 측정을 취한 후, 대상체가 항-TNF 치료법에 바람직하게 반응할 확률을 평가하기 위한 분석 도구를 추가로 포함한다.

하나의 구현예에서, 본 개시는 환자가 항-TNF 치료법에 긍정적으로 반응할 가능성을 결정하기 위해 대상체로부터 샘플을 검정하기 위한 키트에 관한 것이며, 키트는 대상체에서 바이오마커 또는 바이오마커 조합의 상대 수준을 선택적으로 검출하고 이를 대조군과 비교하기 위해 필요한 시약을 포함한다. 소정 구현예에서, 바이오마커는 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 또는 IFIH1이다. 소정 구현예에서, 키트는 건선을 앓는 대상체로부터의 샘플 중 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 또는 IFIH1, 또는 이의 임의의 하나 이상의 조합을 검출하고/하거나 그 상대 발현 수준을 측정하기 위한 하나 이상의 시약을 포함한다.

특정 구현예에서, 본 개시의 키트는 각각 대상체로부터 생물학적 샘플을 수집하기 위한 기구 및 생물학적 샘플에서 바이오마커의 수준을 측정하기 위한 시약을 함유한다. 추가 양태에서, 키트는 방법을 실시하기 위해 키트에 패키징되는 시약의 용도를 기재하는 패키지에 포함된 임의의 지침을 포함한다.

본 발명의 추가 양태에서, 약학 팩(키트)이 제공되며, 이 팩은 대상체(진단적으로 시험되고 항-TNF 제제를 이용한 이의 건선 치료에 바람직하게 반응할 대상체로 결정됨)에 대한 항-TNF 제제의 투여를 위한 항-TNF 제제 및 지침 세트를 포함한다. 항-TNF 제제는 본 명세서에 기재된 임의의 항-TNF 제제일 수 있다. 예시적인 양태에서, 항-TNF 제제는 에타네르셉트이다.

일부 구현예에서, 키트는 키트에 포함되는 시약을 사용하기 위한 지침 세트를 추가로 포함한다. 소정 구현예에서, 키트는 바이오마커 수준 및 대상체가 항-TNF 제제를 이용한 치료에 바람직하게 반응할 확률 간 상관관계 데이터를 포함하는 데이터 수집을 추가로 포함한다. 따라서 일부 양태에서, 키트는 제0일에 바이오마커 또는 바이오마커들의 상대 수준을 측정하고 대조군 수준, 즉 대조군 대상체 집단으로부터 제0일의 바이오마커의 평균 수준 대비 대상체로부터의 샘플로부터 바이오마커의 수준의 상대 증가 또는 상대 감소를 결정하기 위한 수단을 제공한다.

본 명세서에 언급된 각각의 공보, 특허 출원, 특허 및 다른 참고문헌은 이것이 본 개시와 불일치하지 않는 정도까지 그 전문이 참조로 포함된다.

본 명세서에서 값의 범위의 언급은, 본 명세서에서 달리 나타내지 않는 한, 단순히 그 범위 내에 속하는 각각의 개별 값 및 각각의 종결점을 개별적으로 나타내는 약식 방법으로서 작용하려는 것이며, 각각의 개별 값 및 종결점은 이것이 본 명세서에서 개별적으로 언급된 것처럼 명세서에 포함된다.

본 명세서에 달리 지시되지 않는 한 또는 그렇지 않으면 문맥에 의해 명백히 모순되지 않는 한, 본 명세서에 기술된 모든 방법은 임의의 적합한 순서로 수행된다. 본 명세서에서 제공되는 임의의 모든 예, 또는 예시적인 용어(예를 들어, "예컨대")의 사용은 단지 본 발명을 더 잘 예시하기 위한 것으로, 달리 청구되지 않는 한, 본 발명의 범위를 제한하지 않는다. 명세서의 어떤 언어도 임의의 청구되지 않은 요소를 본 발명의 실시에 필수적인 것으로 나타내는 것으로 해석되어서는 안 된다.

본 명세서에 기재된 실시예 및 구현예는 단지 예시 목적을 위한 것이며 그 견지에서 다양한 변형 또는 변화가 당업자에게 제시될 것이고 본 출원의 정신 및 관점 그리고 첨부되는 청구범위의 범위 내에 포함될 것임이 이해된다.

실시예

본 개시의 추가 양태 및 상세사항은 제한적인 것이 아니라 예시적인 목적의 하기 실시예로부터 자명해질 것이다.

실시예 1

물질 및 방법

환자 코호트

6개월 초과 동안 중등도-내지-중증 만성 판 건선을 갖는 환자가 3개월 동안 공개-표지 50 mg 격주 에타네르셉트 치료에 등록하였다. 연구 프로토콜은 미시건 대학 기관 윤리위원회에 의해 승인받았고 우수의약품관리기준의 요건 및 헬싱키 선언에 따라 수행하였다. 사전 동의서를 모든 참가자로부터 획득하였다. 환자를 기준선에서 평가하였고, 기준선에서 관여되지 않은 피부 및 병소 피부 둘 모두로부터, 및 제2주, 제6주 및 제12주에만 병소 피부로부터 국소 마취(리도카인 1:10,000 에피네프린) 하에 생검을 수득하였다. 환자는 피부과의사에 의해 2주째, 6주째 및 12주째의 전체 임상 평가를 거쳤고 체표면적, 의사-전반 평가 및 건선 면적 및 중증도 지수(PASI)를 기록하였다. 연구는 clinicaltrials.gov(NCT01971346) 상에 등록하였다.

RNA-seq 처리

50 bp 단일-말단 판독을 46명 환자의 210개 RNA-seq 샘플로부터 생성하였다. 각각의 서열 파일에 대해, 트리모마틱을 사용하여 어댑터 트리밍(Bolger et al., Bioinformatics 2014; 30(15):2114-20)을 수행하고, STAR(Dobin et al., Bioinformatics. 2013; 29(1):15-21)를 인간 게놈 b37에 대해 판독을 정렬하기 위해 사용하였다. HTSeq를 발현 수준 정량을 위해 채택하였고(Anders et al., Bioinformatics 2015; 31(2):166-9), 고유 맵핑된 판독만 이용하였다. 46명의 환자로부터: 1명의 환자는 탈락으로 인해 제거되었고; 2명의 환자는 이들이 기준선(제0주) 생검 샘플을 갖지 않았으므로 제거되어, 후속 분석을 위해 43명의 환자 및 206개의 RNA-seq 샘플이 남았다. 환자 1명의 최종 방문을 제15주에 수행하였고, 분석을 수행하는 경우 모든 다른 환자에 대해 제12주 데이터에 대해 결과를 그룹화하였다. 28,182개의 유전자가 평균 1 이상의 판독/샘플 상에서 검출되었고, 본 발명자들은 DEseq2를 판독 표준화를 위해 적용하였다(Love et al., Genome Biol. 2014; 15(12):550). DESeq2 표준화된 데이터에 대한 역 표준화를 적용한 후 모든 유전자를 사용하여 주성분 분석을 수행하였다.

임상 반응과 RNA-seq 발현의 연관화

기준선의 관여되지 않은 피부 샘플 또는 병소 피부 샘플로부터의 각각의 유전자 발현 프로필을 각각의 3회 추적 방문에서 건선-면적-및 중증도 지수(PASI), 체표면적(BSA), 및 정적 의사 전반 평가(sPGA)의 변화에 대해 상관화하였다. 환자의 연령, 성별, 및 기준선 BMI를 조정하고, 제0주 값을 참조로 하여 퍼센트(%)뿐만 아니라 절대(즉 델타) 질환 개선 둘 모두로 평가하였다. 10% 이하의 위발견율을 연관성에 대해 유의미한 것으로 선고하였다. 차별적 발현 분석(즉 기준선에서 관여되지 않은 대 병소 피부의 비교; 기준선 대 후속 방문에서 병소 피부의 비교)을 DESeq2 음성 이항 분포를 사용하여 수행하였고, 10% 이하의 FDR, 1 이상의 |log2변화 배율|을 유의미한 유전자를 선고하기 위한 기준으로 사용하였다.

각질세포에서 사이토카인 특징부에 대한 비교

각질세포에서 사이토카인 특징부의 확인을 위한 절차는 이전에 기재되었다[Tsoi et al., J. Invest. Dermatol. 2019 Jul; 139(7):1480-1489. doi: 10.1016/j.jid.2018.12.018. Epub 2019 Jan 11. PMID: 30641038]. 간략하게, 50명의 상이한 건강한 성인으로부터의 50개의 정상 인간 각질세포 샘플을 수득하였다. 각질세포를 인간 각질세포 성장 보충물질(Thermo Fisher #S0015)을 포함하는 154 CF 배지(Thermo Fisher #M154CF500) 중 12-웰 플레이트에서 성장시켰다. 각질세포를 융합성(confluency)까지 성장시켰고 이 시점에 완전 배지(보충물질 포함)를 기본 154 CF 배지(보충물질 비포함)로 대체하였다. 이어서 세포를 사이토카인(IL-4, IL-13, IFN-α, IFN-γ, TNF-α, 및 IL-17A(R&D Systems))으로 자극하였고, 각각 개별적으로 10 ng/ml 농도로 제공하였다. 8 hr 후, 세포를 수확하고 RNA를 RNeasy Plus Mini 키트(Qiagen # 74136)를 사용하여 단리하였다. RNA를 RNA Nano 칩(Agilent Technologies)에 의해 분석하고 서열분석하였다(Sarkar et al., Ann Rheum Dis. 2018, 77:1653-1664). 3회 추적 방문 각각에서 향후 절대 PASI 개선과 가장 강력한 상관관계를 나타내는 기준선 발현 프로필을 갖는 상위 1,000개 유전자를 추출하고, 이의 분자 기반을 이해하기 위해 사이토카인 특징부와 비교하기 위한 초기하 시험에서 사용하였다.

약물 반응의 예측

코호트로부터의 각각의 환자에 관여되지 않은 피부에서 이의 기준선 발현 프로필에 기반하여 TNF 또는 IFN 점수를 할당하였다: 각질세포에서 TNF/IFN에 의해 유도된 각각의 유전자 i에 대해. 환자 p에서 그 유전자의 상대 발현을 샘플에 걸쳐 중앙값을 참조하여 결정하였다: rp ⁱ =gp ⁱ /중앙값(g ⁱ ), 식 중 g는 표준화된 발현이다. 이어서 환자 p에 대한 TNF 또는 IFN 점수를 각각 TNF 또는 IFN에 의해 유도된 모든 유전자에 걸친 r ^p 값의 상위 사분위로서 정의하였다. 제12주 PASI 반응을 모델링하기 위해, 각질세포 실험(상기 본 명세서에 기재된 바와 같음)에 의해 TNF/I형 IFN에 의해 유도된 유전자에 대한 기준선의 관여되지 않은 피부 발현 프로필을 이용하였다. 주성분을 사용하여 데이터 차원을 감소시켰다. 로지스틱 회귀를 적용하고 모델 평가 시 강력성을 확인하기 위한 1개-남김(leave-one-out)을 사용하여(즉 주성분 분석 및 회귀 모델링을 훈련 데이터 상에서만 수행함), PASI 75 기준을 사용하여 제12주의 약물 반응을 모델링하였다. PASI 점수의 75% 감소(PASI 75)는 건선의 대부분의 임상 시험에 대한 일차 종결점의 현재 벤치마크이다. 수신자 작동 특성 하 면적(AUROC)을 상이한 수의 주성분을 사용하여 PASI 75에 대해 연산하였다. 마지막으로, 잠재적인 임상적 의미를 추가 평가하기 위해, 모델로부터 예측된 상위 샘플 비율의 함수로서, 정밀도(예측된 PASI75 간 진양성 비율) 및 리콜(예측된 실제 PASI75 비율)을 측정하였다.

면역조직화학

건선을 갖는 환자로부터 수득된 포르말린 고정, 파라핀-포매 조직 슬라이드 및 건선을 앓지 않는 건강한 인간, 즉 건강한 또는 정상 대조군으로부터의 피부 샘플을 60

에서 30분 동안 가열하고, 재수화하고, 트리스-EDTA, pH 6으로 에피토프를 회수하였다. 슬라이드를 차단하고, 4

에서 하룻밤 동안 USP18 일차 항체(1:100; LS-B1182-50; Lifespan Bioscience)와 인큐베이션하였다. 이어서 슬라이드를 PBS로 세척하고 실온에서 30분 동안 바이오틴화된 이차 항체(바이오틴화된 염소 항-토끼 IgG 항체; BA1000; Vector Laboratories)와 인큐베이션한 후, 실온에서 10분 동안 형광단-콘주게이션된 스트렙타비딘과 인큐베이션하였다. 슬라이드를 4',6-디아미디노-2-페닐인돌(DAPI)을 포함하는 실장 배지(mounting medium)(DAPI를 포함하는 VECTASHIELD 흐림방지 실장 배지, H-1200, VECTOR) 중에 제조하였다. Zeiss Axioskop 2 현미경을 사용하여 이미지를 획득하고 SPOT 소프트웨어 5.1에 의해 분석하였다. 나타낸 이미지는 적어도 3회의 실험을 대표하는 것이다.

RNAi 고갈, RNA 추출, qRT-PCR

반-융합성(semi-confluence)의 도달 시, 각질세포의 배양 배지를 USP18을 표적화하는 1 μM Accell siRNA(E-004236-00-0005, Dharmacon)를 포함하는 Accell 전달 배지(B-005000, Dharmacon)로 교체하였다. 48 h 후, 다시 24 h 동안 세포를 IFN-α (10 ng/ml, I4276, R&D Systems), TNF-α(10 ng/ml, 210-TA, R&D Systems), IL-17A(20 ng/ml, 7955-IL, R&D Systems), 또는 IFN-γ(10 ng/ml, 285-IF, R&D Systems)로 자극하였다. RNA를 RNeasy 플러스 키트(74136, Qiagen)를 사용하여 세포로부터 단리하였다. QRT-PCR을 TaqMan Universal PCR 마스터 혼합물(ThermoFisher 4304437)로 7900HT Fast 실시간 PCR 시스템(Applied Biosystems) 상에서 수행하였다. 본 연구에서 사용된 프라이머(ThermoFisher Scientific)는 하기와 같았다: USP18, Hs00276441_m1; IL36G, Hs00219742_m1; DEFB4, Hs00175474_m1; MX1, Hs00895608_m1; OASL, Hs00984387_m1; IRF7, Hs01014809_g1; IFNK, Hs00737883_m1(ThermoFisher Scientific).

실시예 2

에타네르셉트 치료법 상에서 개시된 환자에 대한 트랜스크립톰의 궤도를 프로필 분석하기 위한 RNA-seq

46명의 건선 환자가 이 연구에 등록하였다(도 1a). 각각의 환자를 50 mg으로 1주 2회 에타네르셉트(상표명 Enbrel 또는 Benepali)로 치료하였다. 개시 전(기준선/제0주), 인구학적 정보(연령, 성별) 및 PASI 점수, 체표면적 (BSA), 및 sPGA를 포함하는 다른 임상 정보를 수집하였다. 피부 천공 생검을 RNA-seq을 사용하여 트랜스크립톰 프로필 분석을 위해 관여되지 않은 피부 및 병소 피부에 대해 기준선에서 수행하고, 추가 병소 샘플을 임상 평가와 함께, 제2주, 제6주, 및 제12주에 추적 시 수득하였다. 42명의 환자에 대한 추적 데이터를 수득하였고(즉 기준선 및 적어도 하나의 추적 방문 둘 모두로부터의 트랜스크립톰 데이터 포함), 총 36명의 환자가 기준선 및 제12주 방문 둘 모두에서 이용 가능한 RNA-seq 및 임상 데이터를 가지며 연구를 완료하였다.

총 210개의 RNA-seq 실험을 코호트에서의 46명의 환자 상에서 수행하였다. 주성분 분석(PCA)을 사용하여, 트랜스크립톰의 변화를 치료 과정에 걸쳐 추적하였다(도 1b). 예상된 바와 같이, PCA는 기준선에서 관여되지 않은 피부 및 병소 피부를 분리하였지만, 치료 기간 동안, 병소 피부의 최대 주성분(즉, PC1)은 제12주까지 코호트의 비율이 기준선에서의 관여되지 않은 피부와 중첩되도록 경시적으로 변화하였다. 그러나, 일부 환자는 여전히 PASI의 개선에도 불구하고, 제12주까지 기준선 수준에 유지되는 PC1 값을 가졌다. 특히, 전자의 그룹은 제12주에 후자의 그룹에서보다 낮은 PASI 점수를 갖는 경향이 있었다(도 1b에서의 하부 패널). 경시적인 변화를 유전자 발현 수준에서 추가 연구하여 12주 치료 기간 동안 발현 프로필이 어떻게 변화했는지를 결정하였다(도 1c): PCA 결과와 유사하게, 기준선에서 관여되지 않은 피부 및 병소 피부 간에 첨예한 대비가 존재하였으나, 에타네르셉트를 이용한 치료가 진행됨에 따라 대비는 감소하였다(또는 덜 자명해졌다). 실제로, 기준선 병소 피부에서의 유전자 발현 수준을 추적 방문과 비교하는 경우, 차별적으로 발현되는 전사체 수의 점차적 증가가 관찰되었고(아래의 표 2 참고), 기준선에서 관여되지 않은 피부에서의 유전자 발현 수준을 향한 복원(도 6)이 관찰되었다. 그럼에도 불구하고, 임상 변이형과 일치하게, 제12주에서 환자의 트랜스크립톰 반응 간 이종성이 관찰되었다(Leonardi et al., N Engl J Med. 2003; 349(21):2014-22; Zaba et al., J Allergy Clin Immunol. 2009; 124(5):1022-10 e1-395.)).

[표 2]

기준선 대 추적 방문으로부터의 병소 피부(PP)를 비교하는 경우 차별적으로 발현된 유전자의 수.

실시예 3

기준선의 관여되지 않은 피부에서의 발현 프로필이 PASI 개선과 연관됨

기준선 발현 프로필 및 임상적 증상(clinical presentation) 간 연관성을 조사하였다. 제0주에 각각의 유전자의 발현 수준(관여되지 않은 피부 또는 병소 피부로부터)은 3회 추적 방문 각각에서 PASI, BSA, 및/또는 sPGA의 변화와 상관관계를 가졌다. 퍼센트(%)뿐만 아니라 절대(즉, 델타) 질환 개선 둘 모두를 제0주 값을 참조로 하여 평가하였다.

놀랍게도, 유전자 프로필 간의 유의미한 연관성은 적어도 하나의 추적 방문으로부터의 PASI 개선 대비 병소 피부가 아닌 기준선의 관여되지 않은 피부에서만 확인할 수 있었다. 측정치로 변화%를 사용하는 경우, 제12주 PASI 개선과 유의미하게(FDR<=10%) 연관된 이의 제0주 발현 프로필을 갖는 198개 유전자가 존재하였다. 측정치로 절대 변화를 사용하는 경우, 주 PASI 개선과 유의미하게 연관된 이의 기준선 발현 프로필을 갖는 제6주의 192개 유전자 및 제12주의 391개 유전자가 존재하였다. BSA 및 sPGA 변화에 대한 연관성에 있어서 유의미한 결과는 검출할 수 없었다.

제12주에 PASI 개선과 연관된 이의 기준선 발현을 갖는 유의미한 유전자 중, 105개가 퍼센트 및 절대 측정치 간에 중첩되었다. 유비퀴틴 특이적 펩티다제인 USP18, 및 I형 세포케라틴인 KRT2는 추적 방문에서 PASI 개선과 유의미한 연관성을 나타내는, 기준선에서의 관여되지 않은 피부에서 발현을 갖는 2개의 뚜렷한 예이다(도 2a 내지 도 2f):

USP18은 기준선에서의 병소 피부에서 유의미하게 상향조절되었고(변화 배율, FC=2.5; p=1x10^-26), 기준선에서의 관여되지 않은 피부에서 그 발현은 제12주의 절대 PASI 개선과 양의 상관관계를 가졌고(p=9.8x10^-4; 평균 발현 수준으로부터의 20% 증가가 연령, 성별, 및 BMI에 대한 조정 후 평균 2.3 PASI 개선을 가짐); KRT2는 기준선에서의 병소 피부에서 유의미하게 하향조절되었고(FC=0.32; p=1.3x10^-6) 제0주의 관여되지 않은 피부에서의 그 발현은 제12주의 절대(p=1.4x10^-5; 평균 발현 수준으로부터의 20% 감소가 연령, 성별, 및 BMI에 대한 조정 후 평균 0.99 PASI 개선을 가짐) 및 퍼센트(p=5.4x10^-4) PASI 개선 둘 모두와 역의 상관관계를 가졌다. 제2주 및 제6주에 PASI 개선과 이의 연관성은 유의미하지 않았지만, 상관관계의 방향은 일치한다(도 2a 및 도 2d). 흥미롭게도, 이들 연관성은 병소 피부에서의 기준선 발현 수준을 사용하는 경우에는 관찰되지 않았다(도 2b 및 도 2d). 또한, 병소 피부에서 이들 두 유전자의 발현 수준은 경시적으로 관여되지 않은 피부에서의 발현 수준으로 점차 "복원되었다"(도 2c 및 도 2f). 이들 결과는 USP18 및 KRT2가 둘 모두 건선 피부에서 이상조절되지만 에타네르셉트 치료에 의해 관여되지 않은 피부 수준으로 "복원될" 수 있으며, 치료 전 관여되지 않은 피부에서 이의 발현 수준이 향후 PASI 개선과 연관됨을 시사한다.

TNF 반응에서 USP18의 잠재적 역할을 더 잘 이해하기 위해 몇몇 기능적 검정을 수행하였다. 먼저, 최근 수행된 독립적 트랜스크립톰 코호트를 사용하여 병소 피부에서 USP18의 상향조절을 검증하였다(도 7). 흥미롭게도, USP18의 발현 수준은 정상 피부와 비교되는 경우 관여되지 않은 피부에서 조금만 상향조절되는 것으로 확인되었다(FC=1.5; p=1.2x10^-2). USP18은 또한 병소 피부에서 다른 건선 사이토카인(IL23A 및 IL36G)과 양의 상관관계를 갖는다(각각 p=6.3x10^-5및 p=8.3x10^-7). 면역염색을 사용함으로써(도 3a), 관여되지 않은 피부 및 병소 건선 피부 둘 모두에서 USP18 단백질의 분포를 관찰하여, 표피층에서의 그 발현을 확인하였다. 소형 억제 RNA(siRNA)를 사용하여 각질세포에서 USP18의 발현을 녹다운하고 TNF/인터페론(IFN) 반응에 대한 영향을 평가하였다. 유의미하게, USP18의 효과적인 녹다운은 TNF 및 IFN 자극 둘 모두에 대해 효과를 가졌다(도 3b 내지 도 3d). TNF 자극 시, USP18 녹다운은 IL36G mRNA 발현은 억제하는 경향이 있었으나 DEFB4 mRNA 발현은 유도하는 경향이 있었다(TNF+IL17 자극 동안). IFN 자극 시, USP18 녹다운은 MX1, IFNK, OASL, 및 IRF7을 포함하는 IFN-반응 유전자의 더 큰 발현을 촉진하였다. 반대로, USP18 과발현(도 3e 내지 도 3g)은 I형 및 II형 IFN 반응을 감소시켰으나(도 3e 내지 도 3g) IL36G에 대한 IL-17A 유도 효과 및 DEFB4에 대한 TNF-유도 효과를 향상시켰다(도 3e). 이들 결과는 USP18이 일부 TNF 반응(즉, IL36G mRNA 발현)을 촉진하면서, IFN 반응에 대해 억제 효과를 가짐을 제시한다.

IFN 및 TNF는 건선에서 역-조절 역할을 갖는 것으로 여겨졌으므로(Conrad et al., Nat Commun. 2018; 9(1):25), 일부 양태에서, 더 낮은 USP18 발현 수준은 USP18이 에타네르셉트 치료 과정 동안 PASI 개선과 양의 상관관계를 갖는다는 관찰과 일치하게, 더 큰 IFN 반응, 및 이에 따라 TNF에 대한 더 낮은 의존성을 촉진하는 데 도움이 될 수 있다.

실시예 4

관여되지 않은 피부를 사용하여 생물학적 및 임상적 의미를 제공하기 위한 통합적 접근법

RNA-seq 결과가 건선에서 에타네르셉트 치료에 대한 생물학적 및 임상적 의미를 제공하기 위해 어떻게 사용될 수 있는지를 이해하기 위해 통합적 접근법을 사용하였다. 각질세포에서 상이한 사이토카인 자극의 효과를 연구하는 시험관내 실험 결과를 먼저 분석하였다. 기준선 및 후속 추적 방문 간 병소 피부에서 가장 강력한 차별적 발현(상향조절 및 하향조절)을 나타내는 유전자 중, IFN, TNF, 및 IL17 특징부의 유의미한(FDR(또는 log 변화 배율) ≤10%) 농축(도 4a)이 에타네르셉트의 TNF 억제 효과 및 Th17 반응에 대한 그 연관된 음성 조절과 일치하게 관찰되었다(Krueger et al., J. Amer. Acad. Derm. 2006;54(3 Suppl 2):S112-9; Zaba et al., J Allergy Clin Immunol. 2009;124(5):1022-10 e1-395).

다음으로, 3회 추적 방문 각각에서 향후 절대 PASI 개선과 가장 강력한 상관관계를 나타내는 기준선 발현 프로필을 갖는 상위 1,000개 유전자를 추출하고, 이의 분자 기반을 이해하기 위해 I형 IFN, TNF 및 IL-17A 각질세포 사이토카인 특징부와 비교하였다. 놀랍게도, 제0주의 관여되지 않은 피부 유전자 발현 프로필에 대한 TNF 및 I형 IFN 특징부에 대한 유의미한 농축이 제6주 및 제12주 절대 PASI 개선과 가장 강력한 상관관계를 가짐이 확인되었다(도 4b). 특히, 병소 피부에서 제0주 유전자 발현 프로필을 사용하는 경우 유의미한 농축이 존재하지 않았다. PASI 개선 백분율을 측정치로 사용하는 경우, 동일한 I형 IFN 특징부 농축이 관찰되었고(예를 들어, IFN-α에 있어서 제6주 및 IFN-γ에 있어서 제12주), IL-17A 반응에 대한 농축이 제12주에 관찰되었다. USP18 및 KRT2가 둘 모두 각질세포의 TNF 자극 시 유의미하게 차별적으로 발현되었으며, USP18이 IFN에 의해 상향조절되었음에 주목할 만하다(도 8).

코호트로부터의 각각의 환자에 기준선에서 그 환자의 관여되지 않은 피부에 대한 각각의 사이토카인 특징부 로딩을 요약하는(도 5a 및 도 5b) TNF 또는 IFN 점수를 할당하였다(실시예 1 참고). 더 높은 IFN 또는 TNF 점수를 나타내는 환자 중, 절대 또는 백분율 측정치 둘 모두의 관점에서 더 높은 비율의 PASI 개선이 관찰되었다. 따라서 사전 정보로서 각질세포로부터의 사이토카인 특징부를 사용함으로써, 약물 반응 평가가 제공될 수 있는 것으로 가정하였다. 가장 강력한 약물 반응 평가를 제공하기 위해, 게놈 접근법을 사용하였다. 2,900개를 초과하는 유전자가 독립 실험에서 사이토카인 자극 시 이상조절되는 것으로 확인되었다. 코호트에서의 각각의 건선 환자에 있어서, TNF-α, IFN-α 또는 IFN-γ를 이용한 치료에 반응하여 유도된 2,900개를 초과하는 유전자에 대한 기준선의 관여되지 않은 피부 발현 수준의 주성분을 수득하였다.

로지스틱 회귀를 이들 성분에 적용하여 모델 평가 시 강력성을 확인하기 위한 1개-남김 검증을 사용하여, PASI 75 기준을 사용하여 제12주의 약물 반응을 모델링하고, 최대 0.75의 수신자 작동 특성 하 면적(AUROC)(도 5c)을 수득할 수 있었다. 잠재적인 임상적 의미를 추가 평가하기 위해, 정밀도(예측된 PASI 75 간 진양성 비율) 및 리콜(예측된 실제 PASI 75 비율)을 모델로부터 예측된 상위 샘플 비율의 함수로 측정하였다(도 5d). 상위 PASI 75 예측 점수를 나타내는 상위 20%의 샘플 중, 최대 80%의 정확성이 달성되어, 에타네르셉트 치료로부터 가장 이익을 얻을 가능성이 있을 환자를 확인하기 위해 기준선에서 관여되지 않은 피부 트랜스크립톰을 사용하는 능력을 나타내었다.

실시예 5

에타네르셉트의 약물 반응 평가에서 중요한 추가 유전자를 확인하기 위한 통합적 접근법

에타네르셉트를 이용한 치료 결과의 예측인자를 확인하기 위해, 에타네르셉트로 치료받은 만성 판 건선을 갖는 46명의 환자로부터의 210개 RNA-seq 샘플을 이용한 종적인 연구를 수행하였다.

종적인 조직 분자 프로필 분석(RNA-seq)을 조합하여, 제12주에 에타네르셉트의 약물 반응을 평가할 수 있는 가장 정보를 많이 제공하는 생물학적 특징을 확인하기 위한 통합적 접근법을 취하고, 통계적 모델링과 함께 시험관내 독립적 사이토카인-자극 각질세포로부터의 RNA-seq 데이터와 교차 비교하였다. 기준선 유전자 발현 프로필 및 임상적 증상 간 연관성을 조사하였다. 각각의 유전자의 발현 수준(관여되지 않은 피부로부터)을 제0주의 RNA-seq을 사용하여 측정하고, 3회 추적 방문(제2주, 제6주, 및 제12주) 각각에서 PASI 점수의 변화와 상관관계를 갖는다. 질환 개선의 퍼센트(%) 변화뿐만 아니라 절대(즉, 델타) 변화 둘 모두를 제0주 값을 참조로 하여 평가하였다.

기준선의 관여되지 않은 피부에서의 유전자 프로필 대 적어도 하나의 추적 방문으로부터의 PASI 개선 간 유의미한 연관성은 변화%를 측정치로 사용하는 경우에만 확인되었다. 측정치로 절대 변화를 사용하는 경우, 제12주 PASI 개선과 유의미하게(위발견율(FDR)<=10%) 연관된 이의 제0주 발현 프로필을 갖는 198개 유전자가 존재하였다. 제6주 제12주 PASI 개선과 유의미하게 연관된 이의 기준선 발현 프로필을 갖는 192개 유전자가 존재하였다. 제12주 PASI 개선과 유의미하게 연관된 이의 기준선 발현 프로필을 갖는 391개 유전자가 존재하였다.

제12주에 PASI 개선과 연관된 이의 기준선 발현 수준을 갖는 것으로 확인된 유전자 중, 105개가 퍼센트 및 절대 측정치 간에 중첩되었다. 유비퀴틴 특이적 펩티다제인 USP18, 및 I형 세포케라틴인 KRT2는 추적 방문에서 PASI 개선과 유의미한 연관성을 나타내는, 기준선에서의 관여되지 않은 피부에서 발현을 갖는 2개의 뚜렷한 예이다(도 1). USP18은 기준선에서의 병소 피부에서 유의미하게 상향조절되었고(변화 배율(FC)=2.5; p1x10^-26), 기준선에서의 관여되지 않은 피부에서 그 발현은 제12주의 절대 PASI 개선과 양의 상관관계를 가졌다(p=9.8x10^-4). KRT2는 기준선에서의 병소 피부에서 유의미하게 하향조절되었고(FC=0.32; p=1.3x10^-6) 제0주의 관여되지 않은 피부에서의 그 발현은 제12주의 절대(p=1.4x10^-5) 및 퍼센트(p=5.4x10^-4) PASI 개선과 역의 상관관계를 가졌다. 제2주 및 제6주에 PASI 개선과 이의 연관성은 통계적으로 유의미하지 않았지만, 상관관계의 방향은 일치한다(도 1a 및 도 1d). 흥미롭게도, 이들 연관성은 병소 피부에서의 기준선 발현 수준을 사용하는 경우에는 관찰되지 않았다(도 1b 및 도 1d). 또한, 병소 피부에서 이들 두 유전자의 발현 수준은 경시적으로 관여되지 않은 피부에서의 발현 수준으로 점차 "복원되었다"(도 1c 및 도 1f). 이들 결과는 USP18 및 KRT2가 둘 모두 건선 피부에서 이상조절되지만 에타네르셉트 치료에 의해 관여되지 않은 피부 수준으로 "복원될" 수 있으며, 에타네르셉트를 이용한 치료 전 관여되지 않은 피부에서의 이의 발현 수준이 향후 PASI 개선과 연관됨을 시사한다.

제12주 PASI 반응을 모델링하기 위해, 사이토카인 자극에 의해 유도된 2,900개를 초과하는 유전자, 예로 TNF/I형 IFN(이전 각질세포 실험에 의해 확인됨)에 대한 기준선(제0주)의 관여되지 않은 피부 유전자 발현 프로필을 상기 본 명세서에서 기재된 바와 같이 이용하였다. 코호트에서의 각각의 건선 환자에 있어서, TNF-α, IFN-α 또는 IFN-γ를 이용한 치료에 반응하여 유도된 2,900개를 초과하는 유전자에 대한 기준선의 관여되지 않은 피부 발현 수준의 주성분을 수득하였다.

로지스틱 회귀를 적용하고 모델 평가 시 강력성을 확인하기 위한 1개-남김을 사용하여(즉 주성분 분석 및 회귀 모델링을 훈련 데이터 상에서만 수행함), PASI 75 기준을 사용하여 제12주의 약물 반응을 모델링하였다. PASI 75에 대한 수신자 작동 특성 하 면적(AUROC)을 상이한 수의 주성분을 사용하여 연산하였다. 잠재적인 임상적 의미를 추가 평가하기 위해, 정밀도(예측된 PASI 75 간 진양성 비율) 및 리콜(예측된 실제 PASI 75 비율)을 모델로부터 예측된 상위 샘플 비율의 함수로 측정하였다. AUROC에서 최대 0.75가 수득되었다(도 2). 상위 PASI 75 예측을 나타내는 상위 20%의 샘플 중, 예측 반응에서의 최대 80%의 정확성이 달성되어, 에타네르셉트 치료로부터 가장 이익을 얻을 가능성이 있을 환자를 확인하기 위해 기준선에서 관여되지 않은 피부 트랜스크립톰을 사용하는 능력을 나타내었다.

회귀 분석을 적용하여 발현 수준이 에타네르셉트 치료로부터 가장 이익을 얻을 가능성이 있을 건선 환자에서의 약물 반응과 상관관계를 가진 유전자를 확인하였다. USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 및 IFIH1을 건선 환자가 항-TNF 제제에 대한 치료에 바람직하게 반응할지를 시사하는 바이오마커로 사용될 상위 단백질-코딩 유전자 후보로 확인하였다. 이러한 접근법의 강력성을 평가하기 위해, 특징 선택 공정을 36회 반복하여, 매번 상이한 샘플을 남겼고, 남겨진 샘플의 성능을 평가하여, 0.75 초과의 AUROC를 달성하였다.

이러한 연구는 사이토카인 반응에 대한 시험관내 게놈 데이터를 이용한 모델링에 의해, 기준선에서의 관여되지 않은 피부로부터의 유전자 프로필 및 추적 방문 시 건선 중증도 지수(PASI)의 개선 간 유의미한 연관성이 확인됨을 나타내었다. 특히, 기준선에서 염증성 피부가 아닌 관여되지 않은 피부에서의 유전자 프로필은 제12주의 치료 반응의 최고의 예측인자였다. 이들 결과는 관여되지 않은 피부를 이용하는 건선에서의 약물 반응 평가의 타당성을 실증하며 항-TNF 반응에서 IFN/TNF 조절인자의 관여를 시사한다.

실시예 6

에타네르셉트를 이용한 치료에 반응하는 PASI 개선의 평가

기준선의 관여되지 않은 피부 샘플 또는 병소 피부 샘플로부터의 각각의 유전자 발현 프로필을 각각의 3회 추적 방문에서 PASI, 체표면적(BSA), 및 정적 의사 전반 평가(sPGA)의 변화에 대해 상관화하였다. 각각의 샘플을 환자의 연령, 성별, 및 기준선 BMI를 조정하고, 제0주(즉, 제0일) 값을 참조로 하여 퍼센트(%)뿐만 아니라 절대(즉 델타) 질환 개선 둘 모두를 평가하였다. 10% 이하의 위발견율을 연관성에 대해 유의미한 것으로 선고하였다. 구체적으로, 회귀 분석을 적용하여 발현 수준이 항-TNF(예를 들어, 에타네르셉트) 치료로부터 가장 이익을 얻을 가능성이 있을 건선 환자에서의 약물 반응과 상관관계를 가진 유전자를 확인하였다. USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 및 IFIH1을 건선 환자가 항-TNF 제제에 대한 치료에 바람직하게 반응할지를 시사하는 바이오마커로 또한 사용될 상위 단백질-코딩 유전자 후보로 확인하였다. 연령, 성별, 및 BMI를 회귀 분석에서 공변량으로 사용하였다. 연관성 분석에서 이들 유전자에 대한 p-값은 하기와 같았다:

USP18: 9.81x10^-4;

KRT2: 1.45x10^-5;

IFIH1: 2.12x10^-3;

SOX5: 1.85x10^-3; 및

IL4R: 1.6x10^-5.

에타네르셉트에 대한 반응성을 예측하기 위한 바이오마커로서 USP18을 사용하여, 기준선 또는 대조군에서 USP18의 평균 수준(즉, 치료 전 건선 환자로부터의 관여되지 않은 피부에서의 평균 수준)으로부터 20% 증가된 수준은 에타네르셉트를 이용한 치료 제12주에 대상체에서 PASI의 평균 2.3 포인트 개선을 나타내었다. 에타네르셉트에 대한 반응성을 예측하기 위한 바이오마커로서 KRT2를 사용하여, 대조군(즉, 건선 환자로부터의 관여되지 않은 피부)에서 KRT2의 기준선 평균 수준으로부터 20% 증가된 수준은 에타네르셉트를 이용한 치료 제12주에 대상체에서 PASI의 평균 0.99 포인트 개선을 나타내었다. 에타네르셉트에 대한 반응성을 예측하기 위한 바이오마커로서 IL4R을 사용하여, 대조군(즉, 건선 환자로부터의 관여되지 않은 피부)에서 IL4R의 평균 수준으로부터 20% 증가된 수준은 에타네르셉트를 이용한 치료 제12주에 대상체에서 PASI의 평균 5.5 포인트 개선을 나타내었다. 에타네르셉트에 대한 반응성을 예측하기 위한 바이오마커로서 SOX5를 사용하여, 대조군(즉, 건선 환자로부터의 관여되지 않은 피부)에서 SOX5의 평균 수준으로부터 20% 증가된 수준은 에타네르셉트를 이용한 치료 제12주에 대상체에서 PASI의 평균 2.3 포인트 개선을 나타내었다. 에타네르셉트에 대한 반응성을 예측하기 위한 바이오마커로서 IFIH1을 사용하여, 대조군(즉, 건선 환자로부터의 관여되지 않은 피부)에서 IFIH1의 평균 수준으로부터 20% 증가된 수준은 에타네르셉트를 이용한 치료 제12주에 대상체에서 PASI의 평균 4.1 포인트 개선을 나타내었다.

본 개시는 본 개시의 실시를 위한 구체적 방식을 포함하는 것으로 확인되거나 제안된 특정 구현예의 측면에서 기재하였다. 기재된 발명의 다양한 변형 및 변이는 본 발명의 범위 및 정신으로부터 벗어나지 않고 당업자에게 자명해질 것이다. 본 발명을 구체적 구현예에 관해 기재하였지만, 청구되는 발명이 이러한 구체적 구현예로 과도하게 제한되어서는 안 된다는 것이 이해되어야 한다. 실제로, 당업자에게 자명한, 본 발명을 수행하기 위해 기재된 방식의 다양한 변형은 하기 청구범위의 범위 내에 속하는 것으로 하고자 한다.

Claims

대상체에서 건선을 치료하는 방법으로서,
항-종양 괴사 인자(항-TNF) 제제를 이용한 치료 전에 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계로서, 적어도 하나의 바이오마커는
(a) 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18(USP18)이고, USP18의 수준이 대조군 수준에 비해 증가되거나;
(b) 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2)이고, KRT2의 수준이 대조군 수준에 비해 감소되거나;
(c) 인터류킨 4 수용체(IL4R)이고, IL4R의 수준이 대조군 수준에 비해 증가되거나;
(d) 성-결정 영역 Y-박스 전사 인자 5(SOX5)이고, SOX5의 수준이 대조군 수준에 비해 감소되거나;
(e) 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1)이고, IFIH1의 수준이 대조군 수준에 비해 증가되거나;
(f) (a) 내지 (e) 중 임의의 2개 이상의 바이오마커의 조합이고,
대조군 수준 대비 대상체에서 바이오마커의 증가되거나 감소된 수준은 대상체가 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것임을 예측하고,
대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준이고;
치료에 대해 반응성일 것으로 예측되는 대상체에 유효량의 항-TNF 제제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
제1항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 USP18인, 방법.
제1항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 KRT2인, 방법.
제1항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 IL4R인, 방법.
제1항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 SOX5인, 방법.
제1항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 IFIH1인, 방법.
제1항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 또는 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합인, 방법.
제1항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 표 1에서 임의의 조합으로 나타낸 바와 같은 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 또는 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합인, 방법.
제1항 또는 제2항에 있어서, USP18의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 86% 이상 증가되는, 방법.
제1항 또는 제3항에 있어서, KRT2의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 99% 이상 감소되는, 방법.
제1항 또는 제4항에 있어서, IL4R의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 36% 이상 증가되는, 방법.
제1항 또는 제5항에 있어서, SOX5의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 89% 이상 감소되는, 방법.
제1항 또는 제6항에 있어서, IFIH1의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 49% 이상 증가되는, 방법.
제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 수준이 생물학적 샘플에 존재하는 핵산 또는 단백질의 수준의 측정치인, 방법.
제14항에 있어서, 핵산이 데옥시리보핵산인, 방법.
제14항에 있어서, 핵산이 리보핵산인, 방법.
제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 항-TNF 제제가 에타네르셉트, 인플릭시맙, 아달리무맙, 세르톨리주맙 페곳, 또는 골리무맙인, 방법.
제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 항-TNF 제제가 탈리도마이드, 레날리도마이드, 포말리도마이드, 잔틴 유도체, 또는 부프로피온인, 방법.
제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 건선이 판 건선, 물방울 건선, 부위바뀜 건선, 접힘부위 건선, 농포 건선, 홍색피부 건선, 또는 건선 관절염인, 방법.
제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 건선을 위한 적어도 하나의 추가 치료 또는 투약을 대상체에 시행하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 인간 대상체인, 방법.
제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 바이오마커의 수준이 면역검정, 노던 블롯 분석, 역전사 정량적 폴리머라제 연쇄 반응, RNA 시퀀싱, 또는 고-처리량 시퀀싱으로 측정되는, 방법.
제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 항-TNF 제제로 치료받은 대상체가 치료 약 12주째까지 PASI 개선을 나타내는, 방법.
제23항에 있어서, PASI 개선이 PASI 개선의 적어도 약 10%인, 방법.
대상체에서의 건선 치료에서 항-TNF 제제에 대한 반응성을 예진하는 방법으로서,
항-종양 괴사 인자(항-TNF) 제제를 이용한 치료 전에 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정하는 단계로서, 적어도 하나의 바이오마커는
(a) 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18(USP18);
(b) 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2);
(c) 인터류킨 4 수용체(IL4R);
(d) 성-결정 영역 Y-박스 전사 인자 5(SOX5);
(e) 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1); 또는
(f) (a) 내지 (e) 중 임의의 2개 이상의 바이오마커의 조합인, 단계, 및
수준을 대조군 수준과 비교하는 단계를 포함하며, 대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준이고/이거나,
대상체에서 USP18, ILR4, 및/또는 IFIH1의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 증가되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되고/되거나;
대상체에서 KRT2 및/또는 SOX5의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 감소되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되고/되거나;
대상체에서 USP18, ILR4, 및/또는 IFIH1의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 증가되지 않는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 비-반응성으로 예측되고/되거나;
대상체에서 KRT2 및/또는 SOX5의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 감소되지 않는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 비-반응성으로 예측되는, 방법.
제25항에 있어서, 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되는 대상체를 치료하기 위해 유효량의 항-TNF 제제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
제25항 또는 제26항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 USP18인, 방법.
제25항 또는 제26항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 KRT2인, 방법.
제25항 또는 제26항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 IL4R인, 방법.
제25항 또는 제26항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 SOX5인, 방법.
제25항 또는 제26항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 IFIH1인, 방법.
제25항 또는 제26항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 및 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합인, 방법.
제25항 또는 제26항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 표 1에서 임의의 조합으로 나타낸 바와 같은 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 및 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합인, 방법.
제25항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, USP18의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 86% 이상 증가되는, 방법.
제25항, 제26항 또는 제28항에 있어서, KRT2의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 99% 이상 감소되는, 방법.
제25항, 제26항 또는 제29항에 있어서, IL4R의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 36% 이상 증가되는, 방법.
제25항, 제26항 또는 제30항에 있어서, SOX5의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 89% 이상 감소되는, 방법.
제25항, 제26항 또는 제30항에 있어서, IFIH1의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 49% 이상 증가되는, 방법.
제25항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 수준이 생물학적 샘플에 존재하는 핵산 또는 단백질의 수준의 측정치인, 방법.
제39항에 있어서, 핵산이 데옥시리보핵산인, 방법.
제39항에 있어서, 핵산이 리보핵산인, 방법.
제25항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 항-TNF 제제가 에타네르셉트, 인플릭시맙, 아달리무맙, 세르톨리주맙 페곳, 또는 골리무맙인, 방법.
제25항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 항-TNF 제제가 탈리도마이드, 레날리도마이드, 포말리도마이드, 잔틴 유도체, 또는 부프로피온인, 방법.
제25항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 건선이 판 건선, 물방울 건선, 부위바뀜 건선, 접힘부위 건선, 농포 건선, 홍색피부 건선, 또는 건선 관절염인, 방법.
제25항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 건선을 위한 적어도 하나의 추가 치료 또는 투약을 대상체에 시행하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
제25항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 인간 대상체인, 방법.
제25항 내지 제46항 중 어느 한 항에 있어서, 바이오마커의 수준이 면역검정, 노던 블롯 분석, 역전사 정량적 폴리머라제 연쇄 반응, RNA 시퀀싱, 또는 고-처리량 시퀀싱으로 측정되는, 방법.
제25항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되는 대상체가 치료 약 12주째까지 PASI 개선을 나타낼 것으로 예상되는, 방법.
제48항에 있어서, PASI 개선이 PASI 개선의 적어도 약 10%일 것으로 예상되는, 방법.
항-종양 괴사 인자(항-TNF) 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체로부터 단리된 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 수준을 측정하기 위한 시약을 포함하는 키트로서, 적어도 하나의 바이오마커는
(a) 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18(USP18);
(b) 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2);
(c) 인터류킨 4 수용체(IL4R);
(d) 성-결정 영역 Y-박스 전사 인자 5(SOX5);
(e) 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1); 또는
(f) (a) 내지 (e) 중 임의의 2개 이상의 바이오마커의 조합이고,
수준은 생물학적 샘플에서 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준인, 키트.
제50항에 있어서, 생물학적 샘플에서 바이오마커의 핵산 또는 단백질의 수준을 대조군 수준과 비교하기 위한 수단을 추가로 포함하며, 대조군 수준은 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준인, 키트.
제50항 또는 제51항에 있어서, 생물학적 샘플이 건선을 앓는 대상체로부터의 관여되지 않은 피부의 생검으로부터 수득되는, 키트.
항-종양 괴사 인자(항-TNF) 제제를 이용한 치료에 대한 대상체의 반응성을 예진하기 위해, 대조군 수준의 측정과 비교하여 건선을 앓는 대상체로부터의 관여되지 않은 피부의 생물학적 샘플에서 적어도 하나의 바이오마커의 증가되거나 감소된 수준의 측정의 용도로서, 대조군 수준이 항-TNF 제제를 이용한 치료 전에 건선을 앓는 대상체 집단에서의 관여되지 않은 피부에서의 바이오마커의 평균 수준이고, 적어도 하나의 바이오마커는
(a) 유비퀴틴 특이적 프로테아제 18(USP18);
(b) 케라틴, II형 세포골격 2 표피(KRT2);
(c) 인터류킨 4 수용체(IL4R);
(d) 성-결정 영역 Y-박스 전사 인자 5(SOX5);
(e) 헬리카제 C 도메인 1로 유도된 인터페론(IFIH1); 또는
(f) (a) 내지 (e) 중 임의의 2개 이상의 바이오마커의 조합이고,
대상체에서 USP18, ILR4, 및/또는 IFIH1의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 증가되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되고/되거나;
대상체에서 KRT2 및/또는 SOX5의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 감소되는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되고/되거나;
대상체에서 USP18, ILR4, 및/또는 IFIH1의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 증가되지 않는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 비-반응성으로 예측되고/되거나;
대상체에서 KRT2 및/또는 SOX5의 수준이 바이오마커의 대조군 수준에 비해 감소되지 않는 경우, 대상체는 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 비-반응성으로 예측되는, 용도.
제53항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 USP18인, 용도.
제53항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 KRT2인, 용도.
제53항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 IL4R인, 용도.
제53항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 SOX5인, 용도.
제53항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 IFIH1인, 용도.
제53항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 또는 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합인, 용도.
제53항에 있어서, 적어도 하나의 바이오마커가 표 1에서 임의의 조합으로 나타낸 바와 같은 USP18, KRT2, IL4R, SOX5, 또는 IFIH1 중 임의의 2개 이상의 조합인, 용도.
제53항 또는 제54항에 있어서, USP18의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 86% 이상 증가되는, 용도.
제53항 또는 제55항에 있어서, KRT2의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 99% 이상 감소되는, 용도.
제53항 또는 제56항에 있어서, IL4R의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 36% 이상 증가되는, 용도.
제53항 또는 제57항에 있어서, SOX5의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 89% 이상 감소되는, 용도.
제53항 또는 제58항에 있어서, IFIH1의 수준이 대조군 수준 대비 적어도 약 49% 이상 증가되는, 용도.
제53항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 수준이 생물학적 샘플에 존재하는 핵산 또는 단백질의 수준의 측정치인, 용도.
제66항에 있어서, 핵산이 데옥시리보핵산인, 용도.
제66항에 있어서, 핵산이 리보핵산인, 용도.
제53항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 항-TNF 제제가 에타네르셉트, 인플릭시맙, 아달리무맙, 세르톨리주맙 페곳, 또는 골리무맙인, 용도.
제53항 내지 제68항 중 어느 한 항에 있어서, 항-TNF 제제가 탈리도마이드, 레날리도마이드, 포말리도마이드, 잔틴 유도체, 또는 부프로피온인, 용도.
제53항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서, 건선이 판 건선, 물방울 건선, 부위바뀜 건선, 접힘부위 건선, 농포 건선, 홍색피부 건선, 또는 건선 관절염인, 용도.
제53항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 인간 대상체인, 용도.
제53항 내지 제72항 중 어느 한 항에 있어서, 바이오마커의 수준이 면역검정, 노던 블롯 분석, 역전사 정량적 폴리머라제 연쇄 반응, RNA 시퀀싱, 또는 고-처리량 시퀀싱으로 측정되는, 용도.
제53항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 항-TNF 제제를 이용한 치료에 대해 반응성일 것으로 예측되는 대상체가 치료 약 12주째까지 PASI 개선을 나타낼 것으로 예상되는, 용도.
제74항에 있어서, PASI 개선이 PASI 개선의 적어도 약 10%일 것으로 예상되는, 용도.