KR20220054644A - 환자 상태를 결정하기 위한 방법 및 제제 - Google Patents

환자 상태를 결정하기 위한 방법 및 제제 Download PDF

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Abstract

치료법에 대한 반응, 면역 상태 및/또는 질병 진행을 예측하기 위한 방법 및 제제를 기술하고 있다. 보다 구체적으로, 핵 국소화를 포함하여 PD-L2의 세포 분포를 분석하기 위한, 환자를 치료법에 대한 가능한 반응자 또는 비반응자로 계층화하기 위한, 치료법으로 환자의 치료 결과를 예측하기 위한, 치료법으로 환자의 치료를 관리하기 위한, 치료법으로 치료한 후 환자의 질병을 모니터링하기 위한, 질병의 상태를 결정하기 위한 및/또는 환자의 면역 상태를 결정하기 위한 방법, 제제 및 키트를 기술하고 있다.

Description

환자 상태를 결정하기 위한 방법 및 제제
관련 출원
본 출원은 2019년 9월 3일에 출원된 "환자 상태를 결정하기 위한 방법 및 제제"라는 제목의 호주 가출원 번호 제2019903243호에 대한 우선권을 주장하며, 그 내용은 전문이 본 명세서에 참조로 포함된다.
발명의 분야
본 발명은 일반적으로 치료법에 대한 반응, 면역 상태 및/또는 질병 진행을 예측하기 위한 방법 및 제제에 관한 것이다. 보다 구체적으로, 본 발명은 핵 국소화를 포함하여 PD-L2의 세포 분포를 분석하기 위해, 환자를 치료법에 대한 가능한 반응자 또는 비반응자로 계층화하기 위해, 치료법으로 환자의 치료 결과를 예측하기 위해, 치료법으로 환자의 치료를 관리하기 위해, 치료법으로 치료한 후 환자의 질병을 모니터링하기 위해, 질병의 상태를 결정하기 위해 및/또는 환자의 면역 상태를 결정하기 위한 방법, 제제, 및 키트에 관한 것이다.
명세서에서 번호로 언급되는 다양한 참고 문헌은 상세한 설명의 마지막 문단에 나열된다.
조직에 머무르고 있는 수지상 세포(DC)는 병원체 및 암세포를 감시하는데 중요하다. 이러한 타고난 면역 세포는 병원체와 암 특이적 분자를 인식하여 여러 면역 세포 유형(예를 들어, T 세포)을 통해 면역을 개시한다. 이 후, 수지상 세포는 질병을 조절하는 면역 활성화와 면역 억제의 균형을 유지하여 염증에 의한 조직 손상을 최소화한다. 이제 일부 병원체와 암세포가 면역 억제 메커니즘을 지휘하여 면역을 파괴하고 질병을 촉진할 수 있음이 분명하다. 중요한 면역 억제 메커니즘은 수지상 세포의 프로그램된 세포 사멸-1 리간드 1(PD-L1) 및 T-세포의 프로그램된 세포 사멸-1(PD-1)이 있는 종양 세포 사이의 상호 작용이다.
PD-1의 두 번째 리간드인 PD-L2는 면역에서 이중 역할을 한다. 여러 연구에서 T 세포 반응 내 PD-L2의 억제 역할을 보여주었으나(참고문헌: Latchman 외, 2001. Nat Immunol 2: 261-268; Brown 외, 2003. J Immunol 170:1257-1266; Cai 외, 2004. Cell Immunol 230: 89-98; Xiao 외, 2014. J Exp Med 211: 943-959), 다른 연구에서는 수지상 세포에서 발현된 PD-L2가 T-세포 기능의 PD-1/PD-L1 매개 손실의 억제에 의해(Karunarathne. 외, 2016. Immunity 45: 333-345) 면역을 강화시키는 것으로 나타났다(Liu 외, 2003. J Exp Med 197: 1721-1730; Shin 외, 2003. J Exp Med 198: 31-38). 또한 PD-L1 및/또는 PD-L2를 통한 수지상 세포로의 역 신호전달은 수지상 세포 성숙을 감소시킨다(Kuipers 외, 2006. Eur J Immunol 36: 2472-2482).
말라리아 면역에 대한 PD-1 리간드의 기여를 조사하면서, 열대열원충(Plasmodium falciparum)에 감염된 개체의 혈액 수지상 세포에서 높은 PD-L2 발현이 낮은 기생충혈증과 상관관계가 있는 것으로 밝혀졌다(Karunarathne 외, 2016, 상기 참조). 마우스를 대상으로 한 역학 연구에서는 PD-L2가 PD-L1에서 PD-1로의 활성을 억제할 뿐만 아니라 T-세포에 대한 CD3 및 ICOS(유도성 공동 자극 인자) 발현을 증가시키기 때문에 말라리아에 대한 효과적인 CD4+ T 세포 면역을 확립하는데 필수 불가결한 것으로 나타났다. 또한, 치명적 및 비치명적 말라리아에 걸린 마우스의 수지상 세포를 비교한 결과 후자는 PD-L2 수준이 높았지만 두 그룹의 수지상 세포는 동일한 양의 PD-L1 및 PD-L2 mRNA를 가지는 것을 명확히 나타내었다.
요약
본 발명은 세포(항원-제시 세포(예를 들어, DC), 면역 이펙터 세포(예를 들어, B-세포 및 T-세포) 및 종양 세포를 포함함)의 핵에 대한 PD-L2의 증가된 전위가 치료법에 대한 내성 뿐만 아니라 질병의 중증도 증가(예를 들어, 병원성 감염 및 암과 관련된 질병), 감소된 면역(예를 들어, T 세포 소진과 같은 T 세포 기능 장애 및 항원-제시 세포 기능 장애를 포함한 면역 기능 장애)과 관련되어 있다는 발견에 부분적으로 기초한다. 추가로, 핵 국소화 PD-L2(본 명세서에서 "핵 PD-L2" 또는 "핵내 PD-L2"로도 지칭됨)가 적어도 하나의 히스톤 폴리펩타이드(예를 들어, H2A, H2AX 또는 H4)와 공동-국소화되고, 이러한 공동-국소화가 증가된 질병 중증도, 감소된 면역, 및 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 내성에 대한 대리 표지자인 것으로 밝혀졌다. 이러한 발견은 이후에 설명되는 바와 같이 환자의 치료법에 대한 반응 가능성을 예측하기 위한 방법 및 키트에서 실행하기 위해 맞추어졌다.
따라서, 하나의 국면에서, 본 발명은 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 반응 가능성을 예측하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 환자의 PD-L2-발현 세포에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석함으로써, 치료법에 대한 환자의 반응 가능성을 예측하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다. PD-L2-발현 세포는 항원-제시 세포(예를 들어, 수지상 세포(DC), 면역 이펙터 세포(예를 들어, B-세포 또는 T-세포) 및 종양 세포로부터 적합하게 선택된다. 치료법은 항감염 치료법, 세포독성 치료법 또는 면역치료법일 수 있다.
일부 실시양태에서, 상기 방법은 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 세포의 핵 내 PD-L2의 존재 또는 세포의 핵 내 PD-L2의 수준(변종 또는 비정상 핵 수준의 PD-L2를 나타냄) 을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 세포 핵에서 대조군에 비해 높은 수준의 PD-L2를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 상이한 세포 성분(예를 들어, 핵, 세포질, 세포막) 사이의 PD-L2 수준을 비교함으로써 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다.
적절하게는, 상기 방법은 대조군에 비해(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포의 핵에 비해, 또는 세포의 표면 및/또는 세포질과 같은 환자의 세포 핵 외부의 PD-L2 수준에 비해) 세포의 핵에서 높은 수준의 PD-L2를 검출하여 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함한다. 이들 실시양태의 비제한적인 예에서, 세포의 핵에서 높은 수준의 PD-L2는, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포의 핵에서 PD-L2 수준의 적어도 약 120%, 130%, 140% 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, 200%, 250%, 300%, 400%, 500%, 600%, 700%, 800%, 900%, 또는 1000%(및 이들 사이의 모든 정수)인 수준을 나타낸다. 이들 실시양태의 동일하거나 다른 비제한적인 예의 일부에서, 세포의 핵에서 높은 수준의 PD-L2는 세포의 핵 외부(예를 들어, 표면 및/또는 세포질로, "핵외(extranuclear)"로 통칭함)보다 세포의 핵에서 높은 수준의 PD-L2를 나타낸다. 이러한 유형의 대표적인 예에서, 높은 수준은 약 0.55, 0.60, 0.65, 0.70, 0.75, 0.85, 0.90 또는 0.95를 초과하는 핵 PD-L2 대 핵외 PD-L2의 비율을 나타낸다. 동일하거나 다른 비제한적인 예의 일부에서, 상기 방법은 환자 세포(예를 들어, DC와 같은 항원-제시 세포, B-세포 및 T-세포와 같은 면역 이펙터 세포, 및/또는 종양 세포)의 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 또는 95%를 초과하는 높은 수준의 핵 PD-L2를 검출하여 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 상기 방법은 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 세포의 핵 내 PD-L2의 부재 또는 세포의 핵 내 PD-L2의 수준(정상적인 핵 수준의 PD-L2를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다. 동일하거나 다른 실시양태의 일부에서, 상기 방법은 대조군에 비해(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 세포의 핵에 비해, 또는 환자의 세포 핵 외부의 PD-L2 수준에 비해) 세포의 핵 내 PD-L2의 수준(정상적인 핵 수준의 PD-L2를 나타냄)을 검출하여 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함한다. 동일하거나 다른 실시양태의 일부에서, 상기 방법은 세포의 핵 외부(예를 들어, 표면 및/또는 세포질)의 PD-L2의 존재를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다. 적절하게는, 상기 방법은 대조군에 비해(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 세포의 핵 외부에 비해, 또는 환자의 세포 핵 내부의 PD-L2 수준에 비해) 세포 핵 외부의 PD-L2의 수준(정상 수준의 핵외 PD-L2를 나타냄)을 검출하여 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함한다. 이들 실시양태의 비제한적인 예에서, 세포 핵 외부의 PD-L2의 수준이, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포의 핵 외부에 있는 PD-L2의 대략 동일한 수준(예를 들어, 약 85% 내지 약 115% 사이의 모든 정수 수준)인 수준을 나타낸다. 이들 실시양태의 동일하거나 다른 비제한적인 예의 일부에서, 세포의 핵 외부의 PD-L2 수준이, 세포의 핵 내부보다 세포의 핵 외부(예를 들어, 표면 및/또는 세포질)의 높은 수준의 PD-L2를 나타낸다. 이러한 유형의 대표적인 예에서, 높은 수준은 약 0.55, 0.60, 0.65, 0.70, 0.75, 0.85, 0.90 또는 0.95를 초과하는 핵외 PD-L2 대 핵 PD-L2의 비율을 나타낸다. 동일하거나 다른 비제한적인 예의 일부에서, 상기 방법은 환자 세포(예를 들어, DC와 같은 항원-제시 세포, B-세포 및 T-세포와 같은 면역 이펙터 세포, 및/또는 종양 세포)의 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 또는 95%를 초과하는 정상 수준의 핵외 PD-L2를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함한다.
적절하게는, 임의의 상기 실시양태에서, 상기 방법은 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)와 PD-L2의 공동-국소화를 검출하는 단계를 포함한다. 이들 실시양태의 일부 예에서, 상기 방법은 환자의 세포 또는 세포의 용해물을 포함하는 시료를 PD-L2에 특이적으로 결합하는 제1 항원-결합 분자 및 핵 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 제2 항원-결합 분자와 접촉시키는 단계, 및 제1 항원-결합 분자 및 제2 항원-결합 분자를 포함하는 복합체의 존재를 시료에서 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포)에 비해 높은 수준의 복합체를 검출하여 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함한다. 기타 실시양태에서, 상기 방법은 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포)에 비해 핵 내 복합체의 수준(정상 수준의 복합체를 나타냄)을 검출하여 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함한다.
본 발명의 다른 국면은 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 내성 가능성을 결정하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포와 같은 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)의 공동-국소화 또는 공동-국소화 수준(변종 또는 비정상 수준의 공동-국소화를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조군 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 비해 높은 수준의 공동-국소화를 시료에서 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다. 기타 실시양태에서, 상기 방법은 대조군(예를 들어, 변종 수준의 핵 PD-L2를 갖는 상응하는 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 대해 대략 동일한 수준의 공동-국소화를 시료에서 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다.
관련 국면에서, 본 발명은 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 내성 가능성을 결정하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포와 같은 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)를 포함하는 복합체의 존재 또는 복합체의 수준(변종 또는 비정상 수준의 복합체를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조군 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 비해 높은 수준의 복합체를 시료에서 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다. 기타 실시양태에서, 상기 방법은 대조군(예를 들어, 변종 수준의 핵 PD-L2를 갖는 상응하는 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 대해 대략 동일한 수준의 복합체를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다.
본 발명의 또 다른 국면은 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 민감도 가능성을 결정하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포와 같은 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)의 공동-국소화의 부재 또는 공동-국소화 수준(정상 수준의 공동-국소화를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조군 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 대해 대략 동일한 수준의 공동-국소화를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다. 기타 실시양태에서, 상기 방법은 대조군(예를 들어, 변종 수준의 핵 PD-L2를 갖는 상응하는 대조군 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 비해 낮은 수준의 공동-국소화를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함함다.
관련 국면에서, 본 발명은 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 민감도 가능성을 결정하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포와 같은 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)를 포함하는 복합체의 부재 또는 복합체의 수준(정상 수준의 복합체를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조군 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 대해 대략 동일한 수준의 복합체를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함한다. 기타 실시양태에서, 상기 방법은 대조군(예를 들어, 변종 수준의 핵 PD-L2를 갖는 상응하는 대조군 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 비해 낮은 수준의 공동-국소화를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함함다.
다른 국면에서, 본 발명은 PD-L2(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포 또는 종양 세포에서)의 세포 국소화를 분석하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)와 PD-L2의 공동-국소화의 존재, 부재 또는 수준을 검출함으로써, 세포 내 PD-L2의 국소화를 결정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다. 일부 실시양태에서, 공동-국소화의 존재는 PD-L2의 핵 국소화를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 공동-국소화의 부재는 PD-L2의 핵외 국소화를 나타낸다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 PD-L2의 핵 국소화보다 PD-L2의 핵외 국소화가 높음을 나타내는, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 세포 또는 이의 용해물에서의 공동-국소화 수준)에 비해 정상 수준의 공동-국소화를 검출하는 단계를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 방법은 PD-L2의 핵외 국소화보다 PD-L2의 핵 국소화가 높음을 나타내는, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 세포 또는 이의 용해물에서의 공동-국소화 수준)에 비해 높은 수준의 공동-국소화를 검출하는 단계를 포함한다. 이들 실시양태의 대표적인 예에서, 공동-국소화는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너를 포함하는 복합체로 나타난다.
본 개시내용의 또 다른 국면은 환자를 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 가능한 반응자 또는 비반응자로 계층화하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된, 환자의 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하고 환자가 치료법에 대한 민감도 또는 내성의 가능성이 증가했는지 여부를 결정하여 환자를 치료법에 대한 가능한 반응자 또는 비반응자로 계층화하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다.
본 발명의 추가 국면은 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)으로 환자의 치료를 관리하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 환자가 치료법에 대해 가능한 반응자인 것을 기초로 치료법으로 치료할 환자를 선택하거나, 또는 환자가 치료법에 대한 비-반응자일 가능성이 있다는 것을 기초로 치료법으로 치료하지 않을 환자를 선택하고, 선택에 기초하여 치료법으로 환자를 치료하거나 치료하지 않는 단계(여기서 선택은 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된 계층화 방법에 기초함)를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다.
본 발명의 다른 국면에서, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)으로 환자의 치료 결과를 예측하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된, 환자의 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하고 환자가 치료법에 대한 민감도 또는 내성의 가능성이 증가했는지 여부를 결정함으로써, 환자의 치료 결과를 예측하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된 바와 같이, 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는, 대조군에 비해 핵-국소화된 PD-L2의 존재 또는 수준을 검출하고, 부정적인 치료 결과를 예측하는 단계를 포함한다. 적절하게는, 부정적인 치료 결과는 큰 질병 중증도 또는 진행성 질병이다. 기타 실시양태에서, 상기 방법은 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된 바와 같이, 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는, 대조군에 비해 핵-국소화된 PD-L2의 부재 또는 수준을 검출하고, 긍정적인 치료 결과를 예측하는 단계를 포함한다. 긍정적인 치료 결과는 치료법 및 안정 질병(Stable Disease, SD)에 대한 부분 또는 완전 반응으로부터 선택될 수 있다. 이들 중 임의의 실시양태에서, 상기 방법은 적절하게는 예측된 치료 결과에 기초하여 환자에 대한 임상 결과를 예측하는 단계를 추가로 포함한다. 이 유형의 비제한적인 예에서, 환자가 암 환자이고 임상 결과는 종양 반응(TR), 전체 생존(OS), 무진행 생존(PFS), 무질병 생존, 종양 재발까지의 시간(TTR), 종양 진행까지의 시간(TTP), 상대 위험(RR), 독성 또는 부작용으로부터 선택된다.
본 발명의 추가 국면은 치료법으로 치료한 후 환자의 질병을 모니터링하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)으로 환자를 치료한 후 환자로부터 시료를 수득하는 단계[여기서 시료는 PD-L2-발현 세포(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포에서)를 포함함]; 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된, 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하는 단계[여기서 치료 전에 채취한 환자의 대조 시료에 비해 낮은 수준의 핵-국소화된 PD-L2는 환자에 대한 치료법의 증가된 임상적 이점(예를 들어, 낮은 질병 중증도, 질병의 진행 지연, 질병 진행 속도 감소, 또는 질병의 부재 또는 개선)을 나타내고 대조 시료와 비교하여 유사하거나 높은 수준의 핵-국소화된 PD-L2는 대상체에 대한 치료법의 임상적 이점이 없거나 무시할 수 있음을 나타냄]를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다.
본 발명의 또 다른 국면은 환자에서 질병의 상태를 결정하기 위한 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된, 환자의 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하여 환자의 질병 상태를 결정하는 단계[여기서, 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 핵-국소화된 PD-L2의 존재 또는 수준은, 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된 바와 같이, 환자에 있어서 질병의 큰 중증도 또는 진행을 나타내고, 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 핵-국소화된 PD-L2의 부재 또는 수준은, 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된 바와 같이, 환자에 있어서 질병의 부재 또는 질병의 낮은 중증도 또는 진행을 나타냄]를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다.
본 발명의 또 다른 국면은 환자의 면역 상태를 결정하는 방법을 제공한다. 이들 방법은 일반적으로, 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된, 환자의 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하여 환자의 면역 상태를 결정하는 단계[여기서 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 핵-국소화된 PD-L2의 존재 또는 수준은, 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된 바와 같이, 환자가 면역약화되거나 면역성이 감소함(예를 들어, T 세포 소진과 같은 T 세포 기능 장애 및 항원-제시 세포 기능 장애를 포함한 면역 기능 장애)을 나타내고, 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 핵-국소화된 PD-L2의 부재 또는 수준은, 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된 바와 같이, 환자가 면역능력이 있음을 나타냄]를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다.
본 발명의 또 다른 국면은 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 세포의 반응 가능성을 예측하기 위한, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 환자의 내성 가능성을 결정하기 위한, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 환자의 민감도 가능성을 결정하기 위한, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 가능한 반응자 또는 비반응자로 환자를 계층화하기 위한, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)으로 환자의 치료를 관리하기 위한, 치료법으로 치료한 후 환자의 질병을 모니터링하기 위한, 환자의 질병 상태 및/또는 환자의 면역 상태를 결정하기 위한, 세포의 세포 위치(예를 들어, 표면, 세포질 또는 핵)에서 PD-L2의 위치를 검출하기 위한 키트를 제공한다. 이들 키트는 일반적으로 PD-L2에 특이적으로 결합하는 제1 항원-결합 분자를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성된다. 일부 실시양태에서, 키트는 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)에 특이적으로 결합하는 제2 항원-결합 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 키트는 제1 및 제2 항원-결합 분자에 결합하는, 검출가능한 표지를 적합하게 포함하는 제3 항원-결합 분자를 추가로 포함한다. 적합하게는, 키트는 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 설명된 방법 중 임의의 하나 이상을 수행하기 위한 지침 자료를 추가로 포함한다.
본 발명의 또 다른 국면은 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 또는 H4 폴리펩타이드), 복합체의 PD-L2에 특이적으로 결합되는 제1 항원-결합 분자, 및 복합체의 핵 결합 파트너에 결합되는 제2 항원-결합 분자를 포함하는 복합체를 제공한다. 일부 실시양태에서, 복합체는 세포 또는 이의 용해물에 위치한다. 적합하게는, 복합체는 복합체의 제1 및 제2 항원-결합 분자 각각에 결합하는 적절하게 검출가능하게 표지된 제3 항원-결합 분자를 추가로 포함한다.
추가의 국면에서, 본 발명은 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된 복합체를 포함하는 세포 또는 이의 용해물을 제공한다.
임의의 상기 국면의 특정 실시양태에서, 치료법은 면역치료법(예를 들어, 면역 체크포인트 분자에 특이적으로 결합하는 길항제 항원-결합 분자와 같은 면역 체크포인트 억제제)을 포함한다. 이러한 유형의 예시적인 예에서, 면역치료법은 PD-1에 특이적으로 결합하는 길항제 항원-결합 분자를 포함한다. 임의의 상기 국면의 특정 실시양태에서, 치료법은 세포독성 치료법(예를 들어, 화학요법제)을 포함한다. 임의의 상기 국면의 특정 실시양태에서, 치료법은 항감염 치료법(예를 들어, 항-말라리아제와 같은 항-원충제)을 포함한다.
도 1은 말라리아에 감염된 지원자의 수지상 세포(DC)에서 핵 PD-L2가 열악한 기생충 제어와 관련되어 있음을 보여주는 그래프 및 사진이다. 11명의 건강한 인간 지원자에게 악성 말라리아 원충(P. falciparum)을 접종하고 약물 치료 직전, 감염 전 및 감염 후 7-9일째에 (A) PD-L1 및 (B) PD-L2를 발현하는 CD11c+ DC의 백분율에 대해 혈액을 조사하였다. (C) 기생충 수/0.5 μL 혈액 대 PD-L2를 발현하는 CD11c+ DC(%)를 보여주는 플롯. R103 내지 R108 및 S002 내지 S008은 2개의 다른 연구에서 각 지원자를 나타내며 K13은 다른 기생충 균주를 나타낸다. P 값은 전체 기울기가 0이라는 귀무 가설을 시험하고 있다.(D) 감염 전 및 핵 PD-L2가 밝혀진 감염 후 9일째에 PD-L1 및 PD-L2를 발현하는 DC를 나타내는 지원자 R104의 대표적인 현미경 검사. 파란색, 빨간색 및 녹색 선이 있는 직교 뷰(orthogonal View)는 3D z-스택에서 핵에서 빨간색의 PD-L2가 파란색의 DAPI와 공동-국소화하는 지점을 강조표시한다. 화살표는 공동-국소화 지역을 나타낸다. 매칭된 D0 및 D7-9 인간 시료 사이의 유의성을 윌콕슨(Wilcoxon) 부호순위 검정에 의해 분석하였다.
도 2는 말라리아에 감염된 마우스의 DC에서 핵 PD-L2가 열악한 면역 반응 및 치사율과 관련되어 있음을 보여주는 사진 및 그래프이다. C57BL/6 마우스(WT) 및 PD-L2 녹아웃 마우스(C57BL/6 배경에서; Pdcdlg2 -/-)를 플라스모디엄 요엘리(P. yoelii YM)로 감염시키고 7일째에 DC를 분리시켰다. (A, B) (A) 감염후 PD-L1 및 PD-L2 및 (B) MHC 클래스 II 및 PD-L2를 발현하는 WT 마우스의 DC를 나타내는 대표 현미경. 파란색, 빨간색 및 녹색 선이 있는 직교 뷰(orthogonal View)는 3D z-스택에서 핵에서 빨간색의 PD-L2가 파란색의 DAPI과 공동-국소화하는 지점을 강조표시한다. (C, D) 순수(naive) 및 플라스모디엄 요엘리에 감염된 마우스의 DC를 (C) 표면/세포질 및 (D) 핵 분획으로 분획하고, SDS 페이지에서 실행하고 PD-L2 및 해당 대조군 단백질에 대해 표지된 웨스턴 블롯. (E, F) WT 및 Pdcdlg2 -/- 마우스를 플라스모디엄 요엘리에 감염시킨 다음, 2회 반복 실험(총 N=9)에서 40일 동안의 일반적인 감염 과정에 대한 (E) 생존 및 (F) 평균 기생충혈증 백분율에 대해 모니터링하였다.
도 3은 건강한 대조군(HC) 및 IV기 흑색종(Mel) 환자의 DC에서 PD-L1 및 PD-L2 발현을 보여주는 그래프이다. 11명의 적십자 헌혈자와 23명의 IV기 흑색종 환자로부터 PBMC를 채취하고 (A) PD-L1 및 (B) PD-L2를 발현하는 리니지-MHC 클래스 II+ CD11c+ DC의 백분율에 대해 혈액을 조사하였다. 시료 간의 유의성은 양측 꼬리를 기반으로 하는 비모수적 만-휘트니 검정(non-parametric Mann-Whitney U test)을 사용하여 분석하였다.
도 4는 혈액 DC에서 표면 PD-L2의 손실이 T-세포 소진과 상관관계가 있음을 보여주는 그래프이다. 18명의 IV기 흑색종 환자로부터 PBMC를 채취하고 (A) PD-L1 및 (B) PD-L2를 발현하는 MHC 클래스 II+ CD11c+ DC의 백분율 및 높은 PD-1 수준을 발현하는 CD8+ T-세포와의 연관성에 대해 혈액을 조사하였다. (C) PD-L2 및 높은 TIM3 수준을 발현하는 CD8+ T-세포와의 연관성. P 값은 전체 기울기가 0이라는 귀무 가설을 시험한다. R2는 적합도의 척도이다.
도 5는 DC에서 표면 PD-L2의 손실이 핵 PD-L2의 증가와 상관관계가 있음을 보여주는 그래프이다. (A) 현미경을 사용하여 9명의 IV기 흑색종 환자의 표면과 핵 PD-L2 사이의 상관관계를 측정하였다. P 값은 전체 기울기가 0이라는 귀무 가설을 시험한다. R2는 적합도의 척도이다. (B) 표면 PD-L2 발현이 감소하는 환자의 혈액 DC의 표면 및 핵 내 PD-L2 분포를 보여주는 현미경 검사의 3가지 대표적인 예.
도 6은 CT26 종양 세포에서 핵 PD-L2 축적을 보여주는 사진이다. BALB/c 마우스에 CT26 결장 종양 세포를 이식하고 종양이 약 100 내지 200 mm3에 도달한 15일째 및 또한 종양이 약 500 mm3에 도달한 21일째에 현미경 검사를 위해 종양을 수거하였다. 수거된 종양은 CD45-자성 비드로 표지하였고 조혈 세포를 제거하기 위해 자석에 배치되었다. 종양 세포를 슬라이드에 놓고 DAPI(파란색), PD-L1(녹색) 및 PD-L2(빨간색)로 표지하였다. PD-L2 및 핵 사이의 공동-국소화는 분홍색으로 나타난다.
도 7은 근접 리가제 검정(PLA)에 의한 히스톤 H2A에 결합된 핵 PD-L2의 게이팅 전략 및 검출을 보여주는 그래프이다. 3명의 진행성 흑색종 환자의 PBMC를 PLA를 사용하여 핵 내 PD-L2 및 히스톤 H2A에 대해 표지하였다. (A) CD19, CD3, CD56 또는 CD14를 발현하지 않는 생존 세포를 연구하기 위해 유세포 분석에 사용되는 게이팅 전략. (B) PD-L2 및 히스톤 H2A가 40nM 근접 범위 내에 있음을 검출하도록 표지된 CD19, CD3, CD56 또는 CD14를 발현하지 않는 CD11c 세포. (C) 대조군 항체 및 PLA로 표지된 CD19, CD3, CD56 또는 CD14를 발현하지 않는 CD11c 세포.
도 8은 흑색종 환자의 PBMC에서 PLA에 의해 측정된 핵 PD-L2를 갖는 DC의 수 및 자극이 주어진 경우 PBMC에 의해 방출되는 사이토카인 사이의 연관성을 보여주는 그래프이다. 3명의 흑색종 환자의 PBMC에 근접 리가제 검정을 적용하여 히스톤 H2A에 매우 근접한 PD-L2를 측정하여 핵 국소화를 확인했다. (A) 천만 PBMC 중 PLA+(PD-L2+H2A+)인 리니지 음성(CD3-CD19-CD56-CD14-)CD11c+ DC의 수. (B-E) PBMC를 항-CD3 항체로 배양하고 항-PD1 항체(니볼루맙) 또는 대조군 IgG로 처리하였다. 72시간 및/또는 120시간 후에 상청액을 수집한 다음, 사이토카인 (B) TNF; (C) IFN-γ; 또는 (D-E) IL-1ß에 대해 시험하였다. 오차 막대는 SEM을 나타낸다. 검정에 대한 유의성은 양측 꼬리를 기반으로 하는 비모수적 만-휘트니 U 검정을 사용하여 분석하였다(NS는 유의성이 없음을 나타냄).
도 9는 흑색종 환자의 PBMC에서 PLA에 의해 측정된 핵 PD-L2를 갖는 CD4+ T 세포의 수 및 CD4+FoxP3+Tbet+ 조절 T 세포의 수 사이의 연관성을 보여주는 그래프이다. 3명의 흑색종 환자의 PBMC에 근접 리가제 검정을 적용하여 히스톤 H2A에 매우 근접한 PD-L2를 측정하여 핵 국소화를 확인했다. (A) 천만 PBMC 중 PLA+(PD-L2+H2A+)인 CD3+CD4+ T-세포의 수. (B) 핵 PD-L2를 갖는 CD4+ T-세포의 수 및 CD4+FoxP3+Tbet+ 조절 T-세포의 수 사이의 연관성.
도 10은 흑색종 환자의 PBMC에서 PLA에 의해 측정된 핵 PD-L2를 갖는 CD8+ T-세포의 수 및 CD+FoxP3+ 조절 T 세포의 수 사이의 연관성을 보여주는 그래프이다. 3명의 흑색종 환자의 PBMC에 근접 리가제 검정을 적용하여 히스톤 H2A에 매우 근접한 PD-L2를 측정하여 핵 국소화를 확인했다. (A) 천만 PBMC 중 PLA+(PD-L2+H2A+)인 CD3+CD8+ T-세포의 수. (B) 핵 PD-L2를 갖는 CD8+ T-세포의 수 및 CD8+FoxP3+ 조절 T-세포의 수 사이의 연관성.
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1. 정의
달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 본 발명이 관련된 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 본 명세서에 기재된 것과 유사하거나 동등한 임의의 방법 및 재료가 개시된 제품, 방법 또는 용도의 실시 또는 시험에서 사용될 수 있지만, 바람직한 제품, 방법 또는 용도가 기재되어 있다. 본 발명의 목적을 위해, 다음의 용어들이 아래에 정의되어 있다.
관사 "하나" 및 "하나의"는 본 명세서에서 관사의 문법적 대상 중 하나 또는 둘 이상(즉, 적어도 하나)을 지칭하는 데 사용된다. 예를 들어, "요소"는 하나의 요소 또는 하나 이상의 요소를 의미한다.
본 명세서에 사용된 용어 "약(대략)"은 이 기술 분야의 숙련자에게 용이하게 알려진 각각의 값에 대한 통상적인 오차 범위를 지칭한다. 본 명세서에서 값 또는 매개변수에 대한 "약(대략)"에 대한 언급은 그 값 또는 매개변수 자체에 관한 실시양태를 포함(및 설명)한다.
용어 "동시에 투여" 또는 "동시에 투여하는" 또는 "공동 투여하는" 등은, 2개 이상의 활성제를 함유하는 단일 조성물의 투여, 또는 효과적인 결과가 이러한 모든 활성제가 단일 조성물로 투여될 때 수득되는 것과 동등한 충분히 짧은 기간 내에 동시에 또는 일제히 또는 순차적으로 각각의 활성제를 별도의 조성물로서 투여 및/또는 별도의 경로로 전달하는 것을 지칭한다. "일제히"는 활성제가 실질적으로 동시에, 바람직하게는 동일한 제형으로 함께 투여됨을 의미한다. "동시에"는 활성제가 시간적으로 밀접하게 투여됨을 의미하며, 예를 들어 한 제제는 다른 제제 전 또는 후에 약 1분 내지 약 1일 이내에 투여되는 것을 의미한다. 모든 동일 시간이 유용하다. 그러나, 일제히 투여되지 않는 경우, 제제는 약 1분 내지 약 8시간 이내, 적절하게는 약 1 내지 약 4시간 이내 투여되는 경우가 종종 발생한다. 동시에 투여되는 경우, 제제는 대상체의 동일한 부위에 적절하게 투여된다. 용어 "동일한 부위"는 정확한 위치를 포함하지만, 약 0.5 내지 약 15 센티미터 이내, 바람직하게는 약 0.5 내지 약 5 센티미터 이내일 수 있다. 본 명세서에 사용된 용어 "별도의"는 제제가 간격, 예를 들어 대략 하루 내지 몇 주 또는 몇 달의 간격으로 투여됨을 의미한다. 활성제는 어느 순서로든 투여될 수 있다. 본 명세서에 사용된 용어 "순차적으로"는 제제가 예를 들어 분, 시간, 일 또는 주 간격 또는 간격들로 순서대로 투여됨을 의미한다. 적절한 경우 활성제는 규칙적인 반복 주기로 투여될 수 있다.
용어 "제제"는 바람직한 약리학적 및/또는 생리학적 효과를 유도하는 화합물을 포함한다. 용어는 또한 염, 에스테르, 아미드, 전구약물, 활성 대사산물, 유사체 등을 포함하나 이에 제한되지 않는 본 명세서에 구체적으로 언급된 화합물의 약제학적으로 허용되는 약리학적 활성 성분을 포괄한다. 상기 용어가 사용되는 경우, 활성제 그 자체 뿐만 아니라 약제학적으로 허용되는 약리학적 활성 염, 에스테르, 아미드, 전구약물, 대사산물, 유사체 등을 포함하는 것으로 이해되어야 한다. 용어 "제제"는 좁은 의미로 해석되어서는 안 되며, 소분자, 펩타이드, 폴리펩타이드 및 단백질과 같은 단백질성 분자 뿐만 아니라 이들을 포함하는 조성물 및 RNA, DNA 및 모방체와 같은 유전 분자 및 이들의 화학적 유사체 뿐만 아니라 세포 제제로 확장된다. 용어 "제제"는 본 명세서에 언급된 폴리펩타이드 뿐만 아니라 그 폴리펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 생성 및 분비할 수 있는 세포를 포함한다. 따라서, 용어 "제제"는 다양한 세포 내에서 발현 및 분비를 위한 바이러스 또는 비-바이러스 벡터, 발현 벡터 및 플라스미드와 같은 벡터를 포함하는 핵산 구성물로 확장된다.
본 명세서에 사용된 "증폭"은 일반적으로 바람직한 서열의 다중 복제를 생성하는 과정을 의미한다. "다중 복제"는 최소 2번의 복제를 의미한다. "복제"는 주형 서열에 대한 완전한 서열 상보성 또는 동일성을 반드시 의미하는 것은 아니다. 예를 들어, 복제는 데옥시이노신과 같은 뉴클레오타이드 유사체, 의도적 서열 변경(예를 들어, 주형에 혼성화 가능하지만 상보적이지 않은 서열을 포함하는 프라이머를 통해 도입된 서열 변경) 및/또는 증폭 중에 발생하는 서열 오류를 포함할 수 있다.
바이오마커의 "양" 또는 "수준"은 시료에서 검출 가능한 수준이다. 이들은 당업자에게 공지되어 있고 또한 본원에 개시되어 있는 방법에 의해 측정될 수 있다. 평가된 바이오마커의 발현 수준 또는 양은 치료에 대한 반응을 결정하는데 사용될 수 있다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, "및/또는"은 대안(또는)으로 해석될 때 연관된 나열된 항목 중 하나 이상의 모든 가능한 조합 뿐만 아니라 조합의 결여를 지칭하고 포괄한다.
"길항제" 또는 "억제제"라는 용어는 효소 또는 수용체와 같은 다른 분자의 생물학적 활성 또는 효과를 방지, 차단, 억제, 중화 또는 감소시키는 물질을 지칭한다.
"길항제 항체"라는 용어는 표적에 결합하고 그 표적의 생물학적 효과를 방지하거나 감소시키는 항체를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 상기 용어는 표적, 예를 들어, PD-1에 결합되어 생물학적 기능을 수행하는 것을 방지하는 항체를 나타낼 수 있다.
본 명세서에 사용된 "항-PD-1 길항제 항체"는 PD-1 생물학적 활성 및/또는 PD-1에 의해 매개되는 후속 사건(들)을 억제할 수 있는 항체를 지칭한다. 항-PD-1 길항제 항체는, PD-1을 통한 억제 신호 전달 및 PD-1에 의해 매개되는 후속 사건, 예를 들어 PD-L1 결합 및 후속 신호전달, PD-L2 결합 및 후속 신호전달, T 세포 증식 억제, T 세포 활성화 억제, IFN 분비의 억제, IL-2 분비의 억제, TNF 분비의 억제, IL-10의 유도, 및 항종양 면역 반응의 억제를 포함하여 PD-1 생물학적 활성을 차단, 길항, 억제 또는 감소시키는(상당한 정도로 포함함) 항체를 포괄한다. 본 발명의 목적을 위해, 용어 "항-PD-1 길항제 항체"("길항제 PD-1 항체", "길항제 항-PD-1 항체" 또는 "PD-1 길항제 항체"로 상호교환적으로 지칭됨)"는 PD-1 자체, PD-1 생물학적 활성 또는 생물학적 활성의 결과가 의미 있는 정도로 실질적으로 무효화, 감소 또는 중화되는 이전에 확인된 모든 용어, 제목, 기능적 상태 및 특성을 포괄하고 있음이 명백하게 이해될 것이다. 일부 실시양태에서, 항-PD-1 길항제 항체는 PD-1에 결합하고 항-종양 또는 항-감염성 면역 반응을 상향조절한다. 항-PD-1 길항제 항체의 예가 본 명세서에 제공되어 있다.
본 명세서에서 용어 "항체"는 가장 넓은 의미로 사용되며, 바람직한 생물학적 활성을 나타내는 한, 구체적으로 단일클론 항체(전장 단일클론 항체 포함), 다중클론 항체, 키메라 항체, 인간화 항체, 인간 항체, 다중특이성 항체(예를 들어, 이중특이성 항체) 및 항체 단편을 포함한다.
본 명세서에 사용된 용어 "항원" 및 이의 문법적으로 동등한 표현(예를 들어, "항원성")은 항체 분자 또는 T 세포 수용체와 같은 특정 체액성 또는 세포성 면역의 생성물에 의해 특이적으로 결합될 수 있는 화합물, 조성물 또는 물질을 지칭한다. 항원은 예를 들어 합텐, 단순 중간 대사 산물, 당(예를 들어, 올리고당), 지질 및 호르몬 뿐만 아니라 복합 탄수화물(예를 들어, 다당류), 인지질 및 단백질과 같은 거대분자를 포함하는 모든 유형의 분자일 수 있다. 일반적인 범주의 항원은 바이러스 항원, 박테리아 항원, 진균 항원, 원생동물 및 기타 기생충 항원, 종양 항원, 자가면역 질병에 관여하는 항원, 알레르기 및 이식 거부, 독소 및 기타 다양한 항원을 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
용어 "항원-제시 세포"(APC)는 면역계의 특정 이펙터 세포(본 명세서에서 "면역 이펙터 세포로도 지칭됨)에 의해 인식될 수 있는 펩타이드-MHC 복합체 형태의 하나 이상의 항원을 제시하여 제시되는 항원 또는 항원들에 대한 면역 반응을 조절(예를 들어, 자극/강화 또는 감소/관용/에너지 공급)할 수 있는 세포 부류를 지칭한다. 본 발명의 특정 실시양태에서, APC는 CD8+ 및/또는 CD4+ 림프구를 포함하는 T 림프구와 같은 면역 이펙터 세포를 활성화할 수 있다. 생체 내(in vivo)에서 APC로 작용할 가능성이 있는 세포는 예를 들어, 수지상 세포, 대식 세포, 랑게르한스 세포, 단핵구 및 B 세포와 같은 전문 APC 뿐만 아니라 활성화된 상피 세포, 섬유아세포, 신경교 세포, 췌장 베타 세포 및 혈관 내피 세포를 포함하는 비전문 APC의 예를 포함한다. 많은 유형의 세포는, T 세포를 포함하는 면역 이펙터 세포 인식을 위해 세포 표면에 항원을 제시할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 "항-감염제"는 박테리아, 바이러스, 선충, 기생충 등과 같은 감염성 미생물과 같은 감염원의 전파를 억제할 수 있는 제제를 지칭한다. 예시적인 항-감염제는 항미생물제, 항생제, 항바이러스제, 항진균제, 항결핵제, 항기생충제, 항-원충제 및 항-선충제를 포함할 수 있다. 예시적인 항생제는 퀴놀론(예를 들어, 아미플록사신, 시녹사신, 시프로플록사신, 에녹사신, 플레록사신, 플루메퀸, 로메플록사신, 날리딕산, 노르플록사신, 오플록사신, 레보플록사신, 로메플록사신, 옥솔린산, 페플록사신, 로속사신, 테마플록사신, 토수플록사신, 스파플록사신, 클리나플록사신, 가티플록사신, 목시플록사신; 제미플록사신; 및 가레녹사신), 테트라사이클린, 글리실사이클린 및 옥사졸리디논(예를 들어, 클로르테트라사이클린, 데메클로사이클린, 독시사이클린, 라이메사이클린, 메타사이클린, 미노사이클린, 옥시테트라사이클린, 테트라사이클린, 티게사이클린; 리네졸리드, 에페로졸리드), 글리코펩타이드, 아미노글리코사이드(예를 들어, 아미카신, 아르베카신, 부티로신, 디베카신, 포르티마이신, 겐타마이신, 카나마이신, 메오마이신, 네틸마이신, 리보스타마이신, 시소마이신, 스펙티노마이신, 스트렙토마이신, 토브라마이신), β-락탐(예를 들어, 이미페넴, 메로페넴, 비아페넴, 세파클로르, 세파드록실, 세파만돌, 세파트리진, 세파제돈, 세파졸린, 세픽심, 세프메녹심, 세포디짐, 세포니시드, 세포페라존, 세포라니드, 세포탁심, 세포티암, 세프피미졸, 세프피라미드, 세프포독심, 세프술로딘, 세프타지딤, 세프테람, 세프테졸, 세프티부텐, 세프티족심, 세프트리악손, 세푸록심, 세푸조남, 세파아세트릴, 세팔렉신, 세팔로글리신, 세팔로리딘, 세팔로틴, 세파피린, 세프라딘, 세피네타졸, 세폭시틴, 세포테탄, 아즈트레오남, 카루모남, 플로목세프, 목살락탐, 아미디노실린, 아목시실린, 암피실린, 아즈로실린, 카르베니실린, 벤질페니실린, 카르페실린, 클록사실린, 디클록사실린, 메티실린, 메즐로실린, 나프실린, 옥사실린, 페니실린 G, 피페라실린, 설베니실린, 테모실린, 티카르실린, 세프디토렌, SC004, KY-020, 세프디니르, 세프티부텐, FK-312, S-1090, CP-0467, BK-218, FK-037, DQ-2556, FK-518, 세포조프란, ME1228, KP-736, CP-6232, Ro 09-1227, OPC-20000, LY206763), 리파마이신, 마크롤라이드(예를 들어, 아지트로마이신, 클래리트로마이신, 에리트로마이신, 올레안도마이신, 로키타마이신, 로사라마이신, 록시트로마이신, 트롤레안도마이신), 케톨리드(예를 들어, 텔리트로마이신, 세트로마이신), 쿠머마이신, 린코사미드(예를 들어, 클린다마이신, 린코마이신) 및 클로람페니콜을 포함한다.
예시적인 항바이러스제는 아바카비르 설페이트, 아시클로비르 나트륨, 아만타딘 히드로클로라이드, 암프레나비르, 시도포비르, 델라비르딘 메실레이트, 디다노신, 에파비렌즈, 팜시클로비르, 포미비르센 나트륨, 포스카넷 나트륨, 간시클로비르, 인디나비르 설페이트, 라미부딘, 라미부딘/지도부딘, 넬피나비르 메실레이트, 네비라핀, 오셀타미비르 포스페이트, 리바비린, 리만타딘 히드로클로라이드, 리토나비르, 사퀴나비르, 사퀴나비르 메실레이트, 스타부딘, 발라시클로비르 히드로클로라이드, 잘시타빈, 자나미비르 및 지도부딘을 포함한다.
아메바박멸제(amebicide) 또는 항-원충제의 비제한적인 예는 아토바쿠온, 클로로퀸 히드로클로라이드, 클로로퀸 포스페이트, 메트로니다졸, 메트로니다졸 히드로클로라이드, 및 펜타미딘 이세티오네이트를 포함한다. 대표적인 구충제는 메벤다졸, 피란텔 파모에이트, 알벤다졸, 이베르멕틴 및 티아벤다졸로부터 적절하게 선택된다. 예시적인 항진균제는 암포테리신 B, 암포테리신 B 콜레스테릴 설페이트 복합체, 암포테리신 B 지질 복합체, 암포테리신 B 리포솜, 플루코나졸, 플루시토신, 그리세오풀빈 마이크로사이즈, 그리세오풀빈 울트라마이크로사이즈, 이트라코나졸, 케토코나졸, 니스타틴 및 테르비나핀 히드로클로라이드로부터 선택될 수 있다. 항말라리아제의 비제한적 예는 클로로퀸 히드로클로라이드, 클로로퀸 포스페이트, 독시사이클린, 히드록시클로로퀸 설페이트, 메플로퀸 히드로클로라이드, 프리마퀸 포스페이트, 피리메타민, 및 설파독신과 피리메타민을 포함한다. 항결핵제는 클로파지민, 시클로세린, 답손, 에탐부톨 히드로클로라이드, 이소니아지드, 피라진아미드, 리파부틴, 리팜핀, 리파펜틴 및 스트렙토마이신 설페이트를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "결합하다", "에 특이적으로 결합하다" 또는 "에 특이적이다"는 생물학적 분자를 포함한 분자의 이종 집단이 존재할 때 표적의 존재를 결정하는 표적과 항체 간의 결합과 같은 측정 가능하고 재현 가능한 상호 작용을 지칭한다. 예를 들어, 표적(에피토프일 수 있음)에 결합하거나 특이적으로 결합하는 항체는 다른 표적에 결합하는 것보다 큰 친화성, 결합력, 보다 용이하게 및/또는 더 긴 기간으로 이 표적에 결합하는 항체이다. 하나의 실시양태에서, 관련되지 않은 표적에 대한 항체의 결합 정도는, 예를 들어 방사성면역검정(RIA)에 의해 측정된 표적에 대한 항체의 결합의 약 10% 미만이다. 특정 실시양태에서, 표적에 특이적으로 결합하는 항체는 ≤1 μM, ≤100 nM, ≤10 nM, ≤1 nM, 또는 ≤0.1 nM의 해리 상수(Kd)를 갖는다. 특정 실시양태에서, 항체는 상이한 종의 단백질 중에서 보존되는 단백질 상의 에피토프에 특이적으로 결합한다. 또 다른 실시양태에서, 특이적 결합은 배타적 결합을 포함할 수 있지만 이를 필요로 하지는 않는다.
본 명세서에 사용된 용어 "바이오마커"는 시료에서 검출될 수 있는 지표, 예를 들어 예측, 진단 및/또는 예후를 지칭한다.
용어 "암" 및 "암성"은 조절되지 않은 세포 성장을 전형적으로 특징으로 하는 대상체의 생리학적 상태를 지칭하거나 설명한다. 암의 예는 암종, 림프종, 모세포종, 육종 및 백혈병 또는 림프성 악성종양을 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 이러한 암의 보다 특정한 예는 편평 세포암(예를 들어, 상피 편평 세포암), 소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 선암 및 폐의 편평상피암을 포함하는 폐암, 복막암, 간세포암, 위장관암과 위장관기질암을 포함하는 위 또는 복부암, 췌장암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 요로암, 간암, 유방암, 결장암, 직장암, 결장직장암, 자궁내막암 또는 자궁암, 타액선 암종, 신장암 또는 콩팥암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 간암, 항문암, 음경 암종, 흑색종, 표재성 전이 흑색종, 흑색점 악성 흑색종, 말단흑자흑색종, 결절성 흑색종, 다발성 골수종 및 B 세포 림프종(저등급/여포성 비호지킨 림프종(NHL) 포함함); 소림프구(SL) NHL; 중급/여포성 NHL; 중간 등급 확산 NHL; 고급 면역모세포 NHL; 고급 림프모구 NHL; 고급 소형 비절단 세포 NHL; 큰 덩어리 질병 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS 관련 림프종; 및 발덴스트롬(Waldenstrom)의 거대글로불린혈증); 만성 림프구성 백혈병(CLL); 급성 림프구성 백혈병(ALL); 모세포 백혈병; 만성 골수성 백혈병; 및 이식후 림프증식성 장애(PTLD), 뿐만 아니라 모반증과 관련된 비정상 혈관 증식, 부종(예를 들어, 뇌종양과 연관된 것), 메이그 증후군, 뇌, 이에 더하여 두경부암 및 관련 전이를 포함하지만, 이에 제한되지는 않는다. 특정 실시양태에서, 본 발명의 항체에 의해 치료될 수 있는 암은 유방암, 결장직장암, 직장암, 비-소세포 폐암, 교모세포종, 비호지킨 림프종(NHL), 신장 세포암, 전립선암, 간암, 췌장암, 연조직 육종, 카포시 육종, 카르시노이드 암종, 두경부암, 난소암, 중피종 및 다발성 골수종을 포함한다. 일부 실시양태에서, 암은 소세포 폐암, 교모세포종, 신경모세포종, 흑색종, 유방암, 위암, 결장직장암(CRC) 및 간세포 암종으로부터 선택된다. 그러나, 일부 실시양태에서, 암은 비-소세포성 폐암, 결장직장암, 교모세포종 및 유방암, 및 이들 암의 전이성 형태로부터 선택된다. 특정 실시양태에서, 암은 흑색종 또는 결장직장암, 적절하게는 전이성 흑색종 또는 전이성 결장직장암이다.
"화학요법제"는 암 치료에 유용한 화합물을 포함한다. 화학요법제의 예로는 에를로티닙(TARCEVA®, Genentech/OSI Pharm.), 보르테조밉(VELCADE®, Millennium Pharm.), 디설피람, 에피갈로카테킨 갈레이트, 살리노스포라미드 A, 카르필조밉, 17-AAG(겔다나마이신), 라디시콜, 젖산 탈수소효소 A(LDH-A), 풀베스트란트(FASLODEX®, AstraZeneca), 수니팁(SUTENT®, Pfizer/Sugen), 레트로졸(FEMARA®, Novartis), 이마티닙 메실레이트(GLEEVEC®, Novartis), 피나수네이트(VATALANIB®, Novartis), 옥살리플라틴(ELOXATIN®, Sanofi), 5-FU(5-플루오로우라실), 류코보린, 라파마이신(Sirolimus, RAPAMUNE®, Wyeth), 라파티닙(TYKERB®, GSK572016, Glaxo Smith Kline), 로나파밉(SCH 66336), 소라페닙(NEXAVAR®, Bayer Labs), 제피티닙(IRESSA®, AstraZeneca), AG1478, 티오테파 및 CYTOXAN® 사이클로포스파미드와 같은 알킬화제;부술판, 임프로술판 및 피포술판과 같은 알킬 술포네이트; 벤조도파, 카르보쿠온, 메투레도파, 및 우레도파와 같은 아지리딘; 알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포르아미드, 트리에틸렌티오포스포르아미드 및 트리메틸로멜라민을 포함하는 에틸렌이민 및 메틸아멜라민; 아세토게닌(특히 불라타신 및 불라타시논);캄프토테신(토포테칸 및 이리노테칸 포함함); 브리오스타틴; 칼리스타틴; CC-1065(이의 아도젤레신, 카르젤레신 및 비젤레신 합성 유사체 포함);크립토피신(특히 크립토피신 1 및 크립토피신 8); 부신피질호르몬(프레드니손 및 프레드니솔론 포함함); 사이프로테론 아세테이트; 피나스테리드 및 두타스테리드를 포함하는 5α-리덕타제);보리노스타트, 로미뎁신, 파노비노스타트, 발프로산, 모세티노스타트 돌라스타틴; 알데스루킨, 탈크 듀오카르마이신(합성 유사체, KW-2189 및 CB1-TM1 포함함); 엘류테로빈; 판크라티스타틴; 사르코딕틴; 스폰지스타틴; 클로람부실, 클로마파진, 클로로포스파미드, 에스트라무스틴, 이포스파미드, 메클로레타민, 메클로레타민 옥사이드 히드로클로라이드, 멜팔란, 노벤비친, 페네스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파미드, 우라실 머스타드와 같은 질소 머스타드; 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴 및 라님누스틴과 같은 니트로소우레아; 에네다인 항생제(예를 들어, 칼리케아미신, 특히 칼리케아미신 γ1I 및 칼리케아미신 ω1I(Angew Chem. Intl. Ed. Engl. 1994 33:183-186))와 같은 항생제; 다이네미신 A를 포함하는 다이네미신; 클로드로네이트와 같은 비스포스포네이트; 에스페라미신; 뿐만 아니라 네오카르지노스타틴 발색단 및 관련 발색단백 에네다인 항생 발색단), 아클라시노마이신, 악티노마이신, 아우트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 카라비신, 카미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이신, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, ADRIAMYCIN®(독소루비신), 모르폴리노-독소루비신, 시아노모르폴리노-독소루비신, 2-피롤리노-독소루비신 및 데옥시독소루비신), 에피루비신, 에소루비신, 이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신 C와 같은 미토마이신, 마이코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포르피로마이신, 퓨로마이신, 켈라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 메토트렉세이트 및 5-플루오로우라실(5-FU)과 같은 항대사물질; 데놉테린, 메토트렉세이트, 프테롭테린, 트리메트렉세이트와 같은 엽산 유사체; 플루다라빈, 6-메르캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌과 같은 퓨린 유사체; 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카르모푸르, 시타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘과 같은 피리미딘 유사체; 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스타놀, 메피티오스탄, 테스토락톤과 같은 안드로겐; 아미노글루테티미드, 미토탄, 트릴로스탄과 같은 항부신; 프롤린산과 같은 엽산 보충제; 아세글라톤; 알도포스파미드 글리코시드; 아미노레불린산; 에닐우라실; 암사크린; 베스트라부실; 비산트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포미틴; 엘립티늄 아세테이트; 에포틸론; 에토글루시드; 질산갈륨; 하이드록시우레아; 렌티난; 로니다이닌; 메이탄신 및 아사미토신과 같은 메이탄시노이드; 미토구아존; 미톡산트론; 모피담놀; 니트라에린; 펜토스타틴; 페나멧; 피라루비신; 로속산트론; 포도필린산; 2-에틸히드라지드; 프로카바진; PSK® 다당류 복합체(JHS Natural Products, Eugene, Oreg.); 라족산; 리족신; 시조푸란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2''-트리클로로트리에틸아민; 트리코테센(특히 T-2 독소, 베라쿠린 A, 로리딘 A 및 안귀딘); 우레탄; 빈데신; 다카르바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미톨락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라비노사이드("Ara-C"); 시클로포스파미드; 티오테파; 탁소이드, 예를 들어 탁솔(파클리탁셀; Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, NJ), ABRAXANE®(크레모포르-프리), 파클리탁셀의 알부민 가공 나노입자 제형(American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Ill.) 및 TAXOTERE®(도세탁셀, 독세탁셀, Sanofi-Aventis); 클로란부실; GEMZAR®(젬시타빈); 6-티오구아닌; 머캅토퓨린; 메토트렉세이트; 시스플라틴 및 카르보플라틴과 같은 백금 유사체; 빈블라스틴; 에토포사이드(VP-16); 이포스파미드; 미톡산트론; 빈크리스틴; NAVELBINE®(비노렐빈); 노반트론; 테니포사이드; 에다트렉세이트; 다우노마이신; 아미노프테린; 카페시타빈(XELODA®); 이반드로네이트; CPT-11; 토포이소머라제 억제제 RFS 2000; 디플루오로메틸오르니틴(DMFO); 레티노산과 같은 레티노이드; 및 상기 중 임의의 것의 약제학적으로 허용되는 염, 산 및 유도체가 포함된다.
화학요법제는 또한 (i) 종양에 대한 호르몬 작용을 조절하거나 억제하는 작용을 하는 항호르몬제, 예를 들어 타목시펜(NOLVADEX®; 타목시펜 시트레이트 포함함), 랄록시펜, 드롤록시펜, 요오독시펜, 4-히드록시타목시펜, 트리옥시펜, 케옥시펜, LY117018, 오나프리스톤 및 FARESTON®(토레미핀 시트레이트)를 포함하는 항에스트로겐 및 선택적 에스트로겐 수용체 조절제(SERM); (ii) 부신에서 에스트로겐 생성을 조절하는 효소 아로마타제를 억제하는 아로마타제 억제제, 예를 들어 4(5)-이미다졸, 아미노글루테티미드, MEGASE®(메게스트롤 아세테이트), AROMASIN®(엑세메스탄; Pfizer), 포르메스타니, 파드로졸, RIVISOR®(보로졸), FEMARA®(레트로졸; Novartis) 및 ARIMIDEX®(아나스트로졸; AstraZeneca); (iii) 항안드로겐, 예를 들어, 플루타미드, 닐루타미드, 비칼루타미드, 류프롤리드 및 고세렐린; 부세렐린, 트립테렐린, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 디에틸스틸베스트롤, 프레마린, 플루옥시메스테론, 모든 트랜스레티온산, 펜레티나이드, 뿐만 아니라 트록사시타빈(1,3-디옥솔란 뉴클레오시드 시토신 유사체); (iv) 단백질 키나제 억제제; (v) 지질 키나제 억제제; (vi) 안티센스 올리고뉴클레오타이드, 특히 예를 들어 PKC-α, Ralf 및 H-Ras와 같은 변종 세포 증식과 관련된 신호 전달 경로에서 유전자의 발현을 억제하는 제제; (vii) VEGF 발현 억제제(예를 들어, ANGIOZYME®) 및 HER2 발현 억제제와 같은 리보자임; (viii) 유전자 치료법 백신, 예를 들어 ALLLOVECTIN®, LEUVECTIN® 및 VAXID®와 같은 백신; PROLEUKIN®, rIL-2; LURTOTECAN®과 같은 토포이소머라제 1 억제제; ABARELIX® rmRH; 및 (ix) 상기 중 임의의 것의 약제학적으로 허용되는 염, 산 및 유도체를 포함한다.
화학요법제는 또한 항체, 예를 들어 알렘투주맙(Campath), 베바시주맙(AVASTIN®, Genentech); 세툭시맙(ERBITUX®, Imclone); 파니투무맙(VECTIBIX®, Amgen), 리툭시맙(RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec), 퍼투주맙(OMNITARG®, 2C4, Genentech), 트라스투주맙(HERCEPTIN®, Genentech), 토시투모맙(Bexxar, Corixia), 및 항체 약물 접합체 젬투주맙 오조가미신(MYLOTARG®, Wyeth)를 포함한다. 치료 가능성이 있는 추가의 인간화 단일클론 항체는 아폴리주맙, 아셀리주맙, 아틀리주맙, 바피뉴주맙, 비바투주맙 메르탄신, 칸투주맙 메르탄신, 세델리주맙, 세르톨리주맙 페골, 시드푸시투주맙, 시드투주맙, 다클리주맙, 에쿨리주맙, 에팔리주맙, 에프라투주맙, 에를리주맙, 펠비주맙, 폰톨리주맙, 젬투주맙 오조가미신, 이노투주맙 오조가미신, 이필리무맙, 라베투주맙, 린투주맙, 마투주맙, 메폴리주맙, 모타비주맙, 모토비주맙, 나탈리주맙, 니모투주맙, 놀로비주맙, 누마비주맙, 오크렐리주맙, 오말리주맙, 팔리비주맙, 파스콜리주맙, 펙푸시투주맙, 펙투주맙, 펙셀리주맙, 랄리비주맙, 라니비주맙, 레슬리비주맙, 레슬리주맙, 레시비주맙, 로벨리주맙, 루플리주맙, 시브로투주맙, 시플리주맙, 손투주맙, 타카투주맙 테트라세탄, 타도시주맙, 탈리주맙, 테피바주맙, 토실리주맙, 토랄리주맙, 투코투주맙 셀모루킨, 투쿠시투주맙, 우마비주맙, 우르톡사주맙, 우스테키누맙, 비실리주맙, 및 인터루킨-12 p40 단백질을 인식하도록 유전적으로 변형된 재조합형 독점적 인간 서열, 전장 IgG1λ 항체인 항-인터루킨-12(ABT-874/J695, Wyeth Research 및 Abbott Laboratories)를 포함한다.
화학요법제는 또한 "EGFR 억제제"를 포함하며, 이는 EGFR에 결합하거나 그렇지 않으면 EGFR과 직접 상호작용하고 이의 신호전달 활성을 예방하거나 감소시키는 화합물을 지칭하며 대안적으로 "EGFR 길항제"로 지칭된다. 이러한 제제의 예에는 EGFR에 결합하는 항체 및 소분자가 포함된다. EGFR에 결합하는 항체의 예는 MAb 579(ATCC CRL HB 8506), MAb 455(ATCC CRL HB8507), MAb 225(ATCC CRL 8508), MAb 528(ATCC CRL 8509)(미국 특허 번호 제4,943,533호 참조, Mendelsohn 외) 및 이의 변이체, 예를 들어 키메라화된 225(C225 또는 세툭시맙; ERBUTIX®) 및 재형성된 인간 225(H225)(WO 96/40210, Imclone Systems Inc. 참조); IMC-11F8, 완전한 인간, EGFR-표적화 항체(Imclone); II형 돌연변이체 EGFR에 결합하는 항체(미국 특허 번호 제5,212,290호); 미국 특허 번호 제5,891,996호에 기술된 바와 같은 EGFR에 결합하는 인간화 및 키메라 항체; 및 ABX-EGF 또는 파니투무맙과 같은 EGFR에 결합하는 인간 항체(WO98/50433, Abgenix/Amgen 참조); EMD 55900(Stragliotto 외 Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996)); EMD7200(마투주맙) EGFR 결합에 대해 EGF 및 TGF-α 모두와 경쟁하는 EGFR에 대한 인간화 EGFR 항체(EMD/Merck); 인간 EGFR 항체, HuMax-EGFR(GenMab); E1.1, E2.4, E2.5, E6.2, E6.4, E2.11, E6.3 및 E7.6.3으로 공지되어 있으며 미국 특허 번호 제6,235,883호; MDX-447(Medarex Inc)에 기재된 완전 인간 항체; 및 mAb 806 또는 인간화 mAb 806(Johns 외, J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004))를 포함한다. 항-EGFR 항체는 세포독성제와 접합되어 면역접합체를 생성할 수 있다(예를 들어, EP659439A2, Merck Patent GmbH 참조). EGFR 길항제는 미국 특허 번호 제5,616,582호, 제5,457,105호, 제5,475,001호, 제5,654,307호, 제5,679,683호, 제6,084,095호, 제6,265,410호, 제6,455,534호, 제6,521,620호, 제6,596,726호, 제6,713,484호, 제5,770,599호, 제6,140,332호, 제5,866,572호, 제6,399,602호, 제6,344,459호, 제6,602,863호, 제6,391,874호, 제6,344,455호, 제5,760,041호, 제6,002,008호, 및 제5,747,498호, 뿐만 아니라 PCT 공보: 제WO98/14451호, 제WO98/50038호, 제WO99/09016호 및 제WO99/24037호에 기재된 화합물과 같은 소분자를 포함한다. 특정 소분자 EGFR 길항제는 OSI-774(CP-358774, 에를로티닙, TARCEVA® Genentech/OSI Pharmaceuticals); PD 183805 (CI 1033, 2-프로펜아미드, N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-7-[3-(4-모르폴리닐)프로폭시]-6-퀸-아졸리닐]-, 디히드로클로라이드, Pfizer Inc.); ZD1839, 게피티닙(IRESA®) 4-(3'-클로로-4'-플루오로아닐리노)-7-메톡시-6-(3-모르폴리노프로폭시)퀴나졸린, AstraZeneca); ZM 105180((6-아미노-4-(3-메틸페닐-아미노)-퀴나졸린, Zeneca); BIBX-1382(N8-(3-클로로-4-플루오로-페닐)-N2-(1-메틸-피페리딘-4-일)-피리미도[5,4-d]피리미딘-2,8-디아민, Boehringer Ingelheim); PKI-166((R)-4-[4-[(1-페닐에틸)아미노]-1H-피롤로[2,3-d]피리미딘-6-일]-페놀)-; (R)-6-(4-히드록시페닐)-4-[(1-페닐에틸)아미노]-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘); CL-387785(N-[4-[(3-브로모페닐)아미노]-6-퀴나졸리닐]-2-부틴아미드);EKB-569(N-[4-[(3-클로로-4-플루오로페닐)아미노]-3-시아노-7-에톡시-6-퀴놀리닐]-4-(-디메틸아미노)-2-부텐아미드)(Wyeth); AG1478(Pfizer); AG1571(SU 5271, Pfizer); 이중 EGFR/HER2 티로신 키나제 억제제, 예를 들어 라파티닙(TYKERB®, GSK572016 또는 N-[3-클로로-4-[(3 플루오로페닐)메톡시]페닐]-6[5[[[2메틸술포닐)에틸]아미노]메틸]-2--푸라닐]-4-퀴나졸린아민)을 포함한다.
화학요법제는 또한 이전 단락에서 언급된 EGFR-표적화된 약물; 타케다(Takeda)로부터 입수가능한 TAK165와 같은 소분자 HER2 티로신 키나제 억제제; ErbB2 수용체 티로신 키나제의 경구 선택적 억제제인 CP-724,714(Pfizer 및 OSI); EGFR에 우선적으로 결합하지만 HER2 및 EGFR-과발현 세포 둘 다를 억제하는 EKB-569(Wyeth로부터 입수가능함)와 같은 이중-HER 억제제; 경구 HER2 및 EGFR 티로신 키나제 억제제인 라파티닙(GSK572016; Glaxo-SmithKline에서 입수가능함); PKI-166(Novartis 로부터 입수가능함); 카네르티닙(CI-1033; Pharmacia)과 같은 pan-HER 억제제; Raf-1 신호전달을 억제하는 ISIS Pharmaceuticals로부터 입수가능한 안티센스 제제 ISIS-5132와 같은 Raf-1 억제제; 이마티닙 메실레이트(GLEEVEC®, Glaxo SmithKline로부터 입수 가능함)와 같은 비-HER 표적 TK 억제제; 수니티닙(SUTENT®, Pfizer로부터 입수가능)과 같은 다중 표적 티로신 키나제 억제제; 바탈라닙(PTK787/ZK222584, Novartis/Schering AG로부터 입수 가능함)과 같은 VEGF 수용체 티로신 키나제 억제제; MAPK 세포외 조절된 키나제 I 억제제 CI-1040(Pharmacia로부터 입수 가능함); PD 153035,4-(3-클로로아닐리노) 퀴나졸린과 같은 퀴나졸린; 피리도피리미딘; 피리미도피리미딘; CGP 59326, CGP 60261 및 CGP 62706과 같은 피롤로피리미딘; 피라졸로피리미딘, 4-(페닐아미노)-7H-피롤로[2,3-d]피리미딘; 커큐민(디페룰로일 메탄, 4,5-비스(4-플루오로아닐리노)프탈이미드); 니트로티오펜 잔기를 함유하는 티르포스틴; PD-0183805(Warner-Lamber); 안티센스 분자(예를 들어, HER-암호화 핵산에 결합하는 분자); 퀴녹살린(미국 특허 번호 제5,804,396호); 트리포스틴(미국 특허 번호 제5,804,396호); ZD6474(Astra Zeneca); PTK-787(Novartis/Schering AG); CI-1033(Pfizer)과 같은 pan-HER 억제제; 아피니탁(ISIS 3521; Isis/Lilly); 이마티닙 메실레이트(GLEEVEC®); PKI 166(Novartis); GW2016(Glaxo SmithKline); CI-1033(Pfizer); EKB-569(Wyeth); 세막시닙(Pfizer); ZD6474(AstraZeneca); PTK-787(Novartis/Schering AG); INC-1C11(Imclone), 라파마이신(시롤리무스, RAPAMUNE®)을 포함하거나; 또는 다음 특허 공보: 미국 특허 번호 제5,804,396호; WO 제1999/09016호(American Cyanamid); WO 제1998/43960호(American Cyanamid); WO 제1997/38983호(Warner Lambert); WO 제1999/06378호(Warner Lambert); WO 제1999/06396호(Warner Lambert); WO 제1996/30347호(Pfizer, Inc); WO 제1996/33978호(Zeneca); WO 제1996/3397호(Zeneca) 및 WO 제1996/33980호(Zeneca) 중 임의의 것에 기재된 바와 같은 "티로신 키나제 억제제"를 포함한다.
화학요법제는 또한, 덱사메타손, 인터페론, 콜히친, 메토프린, 사이클로스포린, 암포테리신, 메트로니다졸, 알렘투주맙, 알리트레티노인, 알로퓨리놀, 아미포스틴, 삼산화비소, 아스파라기나제, BCG 라이브, 베바쿠지맙, 벡사로텐, 클라드리빈, 클로파라빈, 다베포에틴 알파, 데닐루킨, 덱사조산, 에포에틴 알파, 엘로티닙, 필그라스팀, 히스트렐린 아세테이트, 이브리투모맙, 인터페론 알파-2a, 인터페론 알파-2b, 레날리도마이드, 레바미솔, 메스나, 메톡살렌, 난드롤론, 넬라라빈, 노페투모맙, 오프렐베킨, 팔리페민, 파미드로네이트, 페가데마제, 페가스파가제, 페그필그라스팀, 페메트렉시드 이나트륨(pemetrexed disodium), 플리카마이신, 포르피머 나트륨, 퀴나크린, 라스부리카제, 사그라모스팀(sargramostim), 테모졸로미드, VM-26, 6-TG, 토레미펜, 트레티노인, ATRA, 발루비신, 졸레드로네이트, 및 졸레드론산, 및 이들의 약제학적으로 허용되는 염을 포함한다.
화학요법제는 또한 히드로코르티손, 히드로코르티손 아세테이트, 코르티손 아세테이트, 틱소코르톨 피발레이트, 트리암시놀론 아세토나이드, 트리암시놀론 알코올, 모메타손, 암시노나이드, 부데소나이드, 데소나이드, 플루오시노나이드, 플루오시놀론 아세토나이드, 베타메타손, 베타메타손 나트륨 포스페이트, 덱사메타손, 덱사메타손 나트륨 포스페이트, 플루오코르톨론, 히드로코르티손-17-부티레이트, 히드로코르티손-17-발레레이트, 아클로메타손 디프로피오네이트, 베타메타손 발레레이트, 베타메타손 디프로피오네이트, 프레드니카르베이트, 클로베타손-17-부티레이트, 클로베타솔-17-프로피오네이트, 플루오코르톨론 카프로에이트, 플루오코르톨론 피발레이트 및 플루프레드니덴 아세테이트; 면역 선택적 항염증 펩타이드(ImSAID), 예를 들어, 페닐알라닌-글루타민-글리신(FEG) 및 이의 D-이성체 형태(feG)(IMULAN BioTherapeutics, LLC); 항류마티스 약물, 예를 들어, 아자티오프린, 사이클로스포린(사이클로스포린 A), D-페니실라민, 금염, 하이드록시클로로퀸, 레플루노미데미노사이클린, 설파살라진, 종양 괴사 인자 α(TNF-α) 차단제, 예를 들어, 에타너셉트(Enbrel), 인플릭시맙(Remicade), 아달리무맙(Humira), 세르톨리주맙 페골(Cimzia), 골리무맙(Simponi), 인터루킨 1(IL-1) 차단제, 예를 들어, 아나킨라(Kineret), T-세포 공동자극 차단제, 예를 들어, 아바타셉트(Orencia), 인터루킨 6(IL-6) 차단제, 예를 들어, 토실리주맙(ACTEMERA®); 레브리키주맙과 같은 인터루킨 13(IL-13) 차단제; 론탈리주맙과 같은 인터페론 α(IFN) 차단제; rhuMAb Beta7과 같은 베타 7 인테그린 차단제; Anti-M1 프라임과 같은 IgE 경로 차단제; 항림프독소 α(LTa)와 같은 분비된 동종삼량체 LTa3 및 막 결합 이종삼량체 LTa1/β2 차단제; 방사성 동위원소(예를 들어, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 및 Lu의 방사성 동위원소); 티오플라틴, PS-341, 페닐부티레이트, ET-18-OCH3 또는 파르네실 트랜스퍼라제 억제제(L-739749, L-744832)와 같은 기타 연구용 제제; 케르세틴, 레스베라트롤, 피세아탄놀, 에피갈로카테킨 갈레이트, 테아플라빈, 플라바놀, 프로시아니딘, 베툴린산 및 이의 유도체와 같은 폴리페놀; 클로로퀸과 같은 자가포식 억제제; 델타-9-테트라히드로칸나비놀(드로나비놀, MARINOL®); 베타-라파콘; 라파콜; 콜히친; 베툴린산; 아세틸캄프토테신, 스코폴렉틴 및 9-아미노캄프토테신); 포도필로톡신; 테가푸르(UFTORAL®); 벡사로텐(TARGRETIN®); 클로드로네이트(예를 들어, BONEFOS® 또는 OSTAC®), 에티드로네이트(DIDROCAL®), NE-58095, 졸레드론산/졸레드로네이트(ZOMETA®), 알렌드로네이트(FOSAMAX®), 파미드로네이트(AREDIA®), 틸루드로네이트(SKELID®), 또는 리세드로네이트(ACTONEL®)와 같은 비스포스포네이트; 및 표피 성장 인자 수용체(EGF-R); THERATOPE® 백신과 같은 백신; 페리포신, COX-2 억제제(예를 들어, 셀레콕시브 또는 에토리콕시브), 프로테오솜 억제제(예를 들어, PS341); CCI-779; 티피파르닙(R11577); 오라페닙, ABT510; 오블리머센 나트륨(GENASENSE®)과 같은 Bcl-2 억제제; 픽산트론; 로나파르닙(SCH 6636, SARASARTM)과 같은 파르네실트랜스퍼라제 억제제; 및 상기 중 임의의 것의 약제학적으로 허용되는 염, 산 또는 유도체; 뿐만 아니라 사이클로포스파미드, 독소루비신, 빈크리스틴 및 프레드니솔론의 병용 치료법에 대한 약어인 CHOP 및 5-FU 및 류코보린과 결합된 옥살리플라틴(ELOXATINTM)을 사용한 치료 섭생의 약어인 FOLFOX와 같은 상기 둘 이상의 조합을 포함한다.
화학요법제는 또한 진통, 해열 및 항염 효과를 갖는 비스테로이드성 항염증제를 포함한다. NSAID는 시클로옥시게나제 효소의 비선택적 억제제를 포함한다. NSAID의 구체적인 예에는 아스피린, 이부프로펜, 페노프로펜, 케토프로펜, 플루르비프로펜, 옥사프로진 및 나프록센과 같은 프로피온산 유도체, 인도메타신, 술린닥, 에토돌락, 디클로페낙과 같은 아세트산 유도체, 피록시캄, 멜록시캄, 테녹시캄, 드록시캄, 로녹시캄 및 이속시캄과 같은 에놀산 유도체, 메페남산, 메클로페남산, 플루페남산, 톨페남산과 같은 페남산 유도체, 및 셀레콕십, 에토리콕십, 루미라콕십, 파레콕십, 로페콕십, 로페콕십 및 발데콕십과 같은 COX-2 억제제가 포함된다. NSAID는 류마티스 관절염, 골관절염, 염증성 관절병증, 강직성 척추염, 건선성 관절염, 라이터 증후군, 급성 통풍, 월경통, 전이성 뼈 통증, 두통 및 편두통, 수술 후 통증, 염증 및 조직 손상으로 인한 경도 내지 중등도의 통증, 발열, 장폐색 및 신장 산통과 같은 상태의 증상 완화를 위해 권고될 수 있다.
용어 "화학치료법"은 하나 이상의 화학요법제를 이용한 인간 또는 동물의 의학적 치료를 의미한다.
본 명세서에 사용된 용어 "공동-국소화" 또는 "공동-국소화된"은 세포에서 동일하거나 중첩되는 국소화를 갖는 2개 이상의 분자를 지칭한다. 분자 및 단백질의 공동-국소화는 예를 들어 고정 또는 살아있는 세포에서 형광 현미경을 포함하는 당업계에 공지된 임의의 적합한 방법을 사용하여 검출할 수 있다. 예를 들어, PD-L2 및 PD-2 핵 결합 파트너(예를 들어, H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 또는 H4 폴리펩타이드와 같으나 이에 제한되지 않는 히스톤 폴리펩타이드)는 형광 표지된 항-PD-L2 및 항-핵 결합 파트너 1차 항체 및 선택적으로 하나 이상의 2차 항체를 사용하여 세포에 공동-국소화될 수 있다. 세포 분자의 공동-국소화 방법은 잘 알려져 있다.
본 명세서에 사용된 "동반 진단"은 특정 치료로 치료할 수 있는 대상체를 식별하거나 치료를 모니터링하고/하거나 대상체 또는 하위 그룹 또는 대상체의 다른 그룹에 대한 유효 용량을 확인하는 데 사용되는 진단 방법 및/또는 시약을 지칭한다. 본 명세서의 목적을 위해, 동반 진단은 시료에서 PD-L2 세포 국소화(예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같음)를 검출하거나 측정하기 위한 시약과 같은 시약을 지칭한다. 동반 진단은 시약 및 시약으로 수행되는 검사(들)를 지칭한다.
본 명세서에 사용된 용어 "복합체"는 서로 직접 및/또는 간접적으로 접촉하는 분자(예를 들어, 펩타이드, 폴리펩타이드 등)의 조합체 또는 집합체를 지칭한다. 특정 실시양태에서, "접촉", 또는 보다 구체적으로 "직접 접촉"은 2개 이상의 분자가 충분히 가까워서 반데르발스 힘, 수소 결합, 이온 및 소수성 상호작용 등과 같은 매력적인 비공유 상호작용이 분자의 상호 작용을 우세함을 의미한다. 이러한 실시양태에서, 분자의 복합체(예를 들어, 펩타이드 및 폴리펩타이드)는 복합체가 열역학적으로 유리(예를 들어, 이의 성분 분자의 비응집 또는 비복합 상태와 비교)하도록 하는 조건 하에 형성된다. 본 명세서에 사용된 용어 "폴리펩타이드 복합체" 또는 "단백질 복합체"는 트리머, 테트라머, 펜타머, 헥사머, 헵타머, 옥타머, 노나머, 데카머, 운데카머, 도데카머, 또는 고차 올리고머를 지칭한다. 특정 실시양태에서, 폴리펩타이드 복합체는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 또는 H4 폴리펩타이드)의 자가 조립에 의해 형성된다.
본 명세서 전반에 걸쳐, 문맥이 달리 요구하지 않는 한, "포함되다", "포함하다" 및 "포함하는"이라는 단어는 기재된 단계 또는 요소 또는 단계 또는 요소의 그룹을 포함하지만 다른 단계 또는 요소 또는 단계 또는 요소의 그룹을 배제하는 것은 아님을 의미하는 것으로 이해될 것이다. 따라서, "포함하는" 등의 용어의 사용은 나열된 요소가 필요하거나 필수이지만, 다른 요소는 선택적이며 존재할 수도 있고 부재할 수도 있음을 나타낸다. "구성되는(consisting of)"은 "구성되는"이라는 문구 뒤에 오는 모든 것을 포함하고 이에 제한되는 것을 의미한다. 따라서 "구성되는"이라는 문구는 나열된 요소가 필요하거나 필수이며 다른 요소가 존재하지 않을 수 있음을 나타낸다. "본질적으로 구성되는"은 문구 뒤에 나열된 임의의 요소를 포함하며, 나열된 요소에 대한 개시 내용에 명시된 활동 또는 작용을 방해하거나 기여하지 않는 다른 요소로 제한됨을 의미한다. 따라서 "본질적으로 구성되는"이라는 문구는 나열된 요소가 필요하거나 필수이지만 다른 요소는 선택 사항이며 나열된 요소의 활동 또는 동작에 영향을 미치는지 여부에 따라 존재할 수도 있고 부재할 수도 있음을 나타낸다.
"상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"이라는 용어는 한 유형의 데이터와 다른 유형 또는 상태(예를 들어, 중간엽 상태, T 세포 활성화를 포함한 면역 상태, 면역 능력, T 세포 소진과 같은 T 세포 기능 장애 및 항원-제시 세포 기능 장애를 포함한 면역 기능 장애, 치료에 대한 반응, 질병 중증도 또는 진행 등) 간의 관계를 결정하는 것을 지칭한다. 일부 실시양태에서, "상관관계가 있다" 또는 "상관관계가 있는"은 어떠한 방식으로든 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과를 두 번째 분석 또는 프로토콜의 성능 및/또는 결과와 비교하는 것을 의미한다. 예를 들어, 두 번째 프로토콜을 수행할 때 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있고/있거나 두 번째 분석 또는 프로토콜을 수행해야 하는지 여부를 결정하기 위해 첫 번째 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용할 수 있다. 폴리펩타이드 분석 또는 프로토콜의 실시양태와 관련하여, 폴리펩타이드 발현 또는 세포 국소화 분석 또는 프로토콜의 결과를 사용하여 특정 치료 섭생을 수행해야 하는지 여부를 결정할 수 있다.
본원에 사용된 용어 "세포독성제"는 세포에 유해한(예를 들어, 세포 사멸을 유발하거나, 증식을 억제하거나, 그렇지 않으면 세포 기능을 방해하는) 임의의 제제를 지칭한다. 세포독성제는 방사성 동위원소(예를 들어, At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 및 Lu의 방사성 동위원소); 화학요법제; 성장 억제제; 핵산분해효소와 같은 효소 및 이의 단편; 및 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 소분자 독소 또는 효소 활성 독소 및 이의 단편 및/또는 변이체를 포함하는 독소를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 예시적인 세포독성제는 항미세소관제, 백금 배위 복합체, 알킬화제, 항생제, 토포이소머라제 II 억제제, 항대사물질, 토포이소머라제 I 억제제, 호르몬 및 호르몬 유사체, 신호 전달 경로 억제제, 비수용체 티로신 키나제 혈관신생 억제제, 면역치료제, 세포자멸사 촉진제, LDH-A 억제제, 지방산 생합성 억제제, 세포 주기 신호전달 억제제, HDAC 억제제, 프로테아좀 억제제 및 암 대사 억제제로부터 선택될 수 있다. 일부 실시양태에서, 세포독성제는 탁산이다. 이러한 유형의 대표적인 예에서 탁산은 파클리탁셀 또는 도세탁셀이다. 일부 실시양태에서, 세포독성제는 백금 제제이다. 일부 실시양태에서, 세포독성제는 EGFR의 길항제이다. 이러한 유형의 대표적인 예에서, EGFR의 길항제는 N-(3-에티닐페닐)-6,7-비스(2-메톡시에톡시)퀴나졸린-4-아민(예를 들어, 에를로티닙)이다. 일부 실시양태에서, 세포독성제는 RAF 억제제이다. 이러한 유형의 비제한적인 예에서, RAF 억제제는 BRAF 및/또는 CRAF 억제제이다. 다른 비제한적인 예에서, RAF 억제제는 베무라페닙이다. 하나의 실시양태에서, 세포독성제는 PI3K 억제제이다.
본 명세서에 사용된 용어 "세포독성 치료법"은 방사선, 화학치료법, 광역학 치료법, 고주파 절제술, 항혈관신생 치료법 및 이의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는 세포 손상을 유도하는 치료법을 지칭한다. 세포독성 치료제는 세포에 적용될 때 DNA 손상을 유발할 수 있다.
본 명세서에 사용된 "질병 진행 지연" 또는 "질병 진행 속도 감소"는 질병(예를 들어, 암 또는 병원성 감염)의 진행을 지연, 방해, 지체, 저지, 안정화 및/또는 보류하는 것을 의미한다. 이러한 지연 시간은 질병의 병력 및/또는 치료받는 개체에 따라 다양한 길이가 될 수 있다. 당업자에게 명백한 바와 같이, 충분하거나 상당한 지연은 사실상 개체가 질병을 발병하지 않는다는 점에서 예방을 포괄할 수 있다. 예를 들어, 전이 진행과 같은 말기 암이 지연될 수 있다.
"검출"이라는 용어는 직접 및 간접 검출을 포함한 모든 검출 수단을 포함한다.
용어 "진단"은 분자 또는 병리학적 상태, 질병 또는 상태(예를 들어, 암, 병원성 감염, T-세포 기능 장애 및 항원-제시 세포 기능 장애를 포함하는 면역 기능 장애 등)의 식별 또는 분류를 지칭하기 위해 본 명세서에 사용된다. 예를 들어, "진단"은 특정 유형의 암, 병원성 감염 및 면역 기능 장애의 식별을 지칭할 수 있다. "진단"은 또한 예를 들어, 조직병리학적 기준, 또는 분자 특징(예를 들어, 하나 이상의 세포 성분(예를 들어, 핵, 세포질, 원형질막 등)을 특징으로 하는 서브타입), 또는 PD-L2의 국소화 또는 PD-L2 및 PD-L2 핵 결합 파트너를 포함하는 복합체의 존재, 부재 또는 수준에 의한 암, 병원성 감염 또는 면역 기능 장애의 특정 서브타입의 분류를 지칭할 수 있다. 용어 "진단 지원"은 질병 또는 장애(예를 들어, 암, 병원성 감염, 면역 기능 장애 등)의 특정 유형의 증상 또는 상태의 존재 또는 특성에 관한 임상적 결정을 내리는 데 도움이 되는 방법을 지칭하는데 본 명세서에서 사용된다. 예를 들어, 질병 또는 상태(예를 들어, 암, 병원성 감염, 면역 기능 장애 등)의 진단을 지원하는 방법은 PD-L2(예를 들어, 핵, 세포질, 원형질막 등)의 세포 국소화를 결정하하는 단계, 또는 개체의 생물학적 시료에서 PD-L2 및 PD-L2 핵 결합 파트너를 포함하는 복합체의 존재, 부재 또는 수준을 검출하는 단계를 포함할 수 있다.
"장애"는 만성 및 급성 장애 또는 해당 장애에 걸리기 쉬운 병리학적 상태를 포함하는 질병을 포함하지만 이에 제한되지 않는 치료로부터 이익을 얻을 수 있는 모든 상태이다.
면역 기능 장애의 맥락에서 용어 "기능 장애"는 항원 자극에 대한 면역 반응성이 감소된 상태를 지칭한다. 이 용어는 감소되거나 약화된 면역 이펙터 세포 기능 및/또는 항원-제시 세포 기능을 포함하며, 항원 인식이 발생할 수 있지만 후속 면역 반응이 감염 또는 종양 성장을 제어하는 데 효과가 없는 소진 및/또는 아네르기(anergy)의 공통 요소를 포괄한다.
또한 본 명세서에 사용된 용어 "기능 장애"는 증식, 사이토카인 생산(예를 들어, IL-2, IFN-γ, TNF-α 등) 및/또는 표적 세포 사멸과 같은 T 세포 이펙터 기능을 포함한 다운스트림 면역 이펙터 세포 기능으로 항원 인식을 번역하는 항원 인식에 대한 불응성 또는 무반응, 특히 손상된 능력을 포함한다.
약물 및 유사한 표현으로 치료하는 환자의 "유효 반응" 또는 환자의 "반응성"은 암, 병원성 감염 또는 면역 기능 장애와 같은 질병 또는 장애의 위험이 있거나 이를 앓고 있는 환자에게 부여되는 임상적 또는 치료적 이점을 지칭한다. 하나의 실시양태에서, 이러한 이점은 생존 연장(전체 생존 및 무진행 생존을 포함함); 객관적인 반응(완전 반응 또는 부분 반응을 포함함) 생성; 또는 암의 징후 또는 증상 개선 중 임의의 하나 이상을 포함한다. 치료에 "효과적인 반응이 없는" 환자는 연장된 생존(전체 생존 및 무진행 생존을 포함함); 객관적인 반응(완전 반응 또는 부분 반응을 포함함) 생성; 또는 암의 징후 또는 증상 개선 중 어느 것도 갖지 않는 환자를 지칭한다.
입양 세포 전이라고도 알려진 "조작된 자가 세포 치료법"이라는 용어는 환자 자신의 T 세포를 수집하고 하나 이상의 항원(예를 들어, 바이러스에 의해 발현되거나 하나 이상의 특정 종양 세포 또는 악성 종양의 세포 표면에서 발현되는 하나 이상의 항원)을 인식하고 표적화하도록 유전적으로 변경되는 과정이다. T-세포는 예를 들어 키메라 항원 수용체(CAR) 또는 T-세포 수용체(TCR)를 발현하도록 조작될 수 있다. CAR+ T-세포는 공동자극 도메인 및 활성화 도메인을 포함하는 세포내 신호전달 부분에 연결된 특정 항원(예를 들어, 종양 항원)에 대한 특이성을 갖는 세포외 단일 사슬 가변 단편(scFv)을 발현하도록 조작된다. 공동자극 도메인은 예를 들어 CD28로부터 유래될 수 있고, 활성화 도메인은 예를 들어 CD3-제타로부터 유래될 수 있다. 예시적인 CAR+ T-세포 치료법 및 작제물 뿐만 아니라 이들의 생산 방법은 미국 특허 공개 번호 제2013/0287748호, 제2014/0227237호, 제2014/0099309호, 제2014/0050708호 및 제2015/0344844호에 기재되어 있다.
"T-세포 기능 강화"는 T-세포가 지속 또는 증폭된 생물학적 기능을 갖도록 유도, 유발 또는 자극하거나, 소진되거나 비활성화된 T-세포를 재생 또는 재활성화하는 것을 의미한다. T 세포 기능 강화의 예에는 IFN-γ 분비 증가, TNF-α 분비 증가, CD8+ T 세포에서 IL-2 분비 증가, 증식 증가, 개입 전 이러한 수준에 비해 증가된 항원 반응성(예를 들어, 바이러스, 병원체 또는 종양 제거) 중 임의의 하나 이상이 포함된다. 일부 실시양태에서, 강화 수준은 적어도 50%, 대안적으로 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 120%, 150%, 200%이다. 이러한 강화를 측정하는 방식은 당업자에게 공지되어 있다.
용어 "소진" 및 이의 문법적 동등어는 많은 만성 감염 및 암 동안 발생하는 지속적인 TCR 신호 전달로 인해 발생하는 T 세포 기능 장애의 상태로서 T 세포 소진을 지칭한다. 불완전하거나 부족한 신호를 통해서가 아니라 지속적인 신호에서 발생한다는 점에서 아네르기와 구별된다. 이는 불량한 이펙터 기능, 억제 수용체의 지속적인 발현 및 기능적 이펙터 또는 기억 T-세포와 구별되는 전사 상태로 정의된다. 소진은 감염과 종양의 최적 제어를 방지한다. 소진은 외인성 음성 조절 경로(예를 들어, 면역 조절 사이토카인) 뿐만 아니라 세포 고유 음성 조절(공자극) 경로(PD-1, B7-H3, B7-H4 등) 모두에서 발생할 수 있다.
바이오마커 또는 바이오마커 복합체 측정과 관련하여 본 명세서에 사용된 "높은"이라는 용어는 다른 바이오마커 또는 바이오마커 복합체 수준 또는 바이오마커 또는 바이오마커 복합체 측정값이 기타 바이오마커 또는 바이오마커 복합체의 수준 또는 대조군 수준 보다 큰 수준인 대조 수준과 비교하여 바이오마커 또는 바이오마커 복합체 측정값의 수준에서 통계적으로 유의하고 측정 가능한 차이를 지칭한다. 그 차이는 바람직하게는 적어도 약 10%, 또는 적어도 20%, 또는 적어도 약 30%, 또는 적어도 40%, 또는 적어도 50%이다.
본 발명의 맥락에서 용어 "면역 이펙터 세포"는 면역 반응 동안 이펙터 기능을 발휘하는 세포에 관한 것이다. 예를 들어, 이러한 세포는 사이토카인 및/또는 케모카인을 분비하고, 미생물을 죽이고, 항체를 분비하고, 감염 또는 암 세포를 인식하며, 선택적으로 이러한 세포를 제거한다. 예를 들어, 면역 이펙터 세포는 T-세포(세포독성 T-세포, 헬퍼 T-세포, 종양 침윤 T-세포), B-세포, 자연 살해(NK) 세포, 림포카인-활성화 살해(LAK) 세포, 호중구, 대식세포 및 수지상 세포를 포함한다.
본 발명의 맥락에서 용어 "면역 이펙터 기능"은 예를 들어, 바이러스에 감염된 세포 또는 종양 세포의 사멸, 또는 종양 성장의 억제 및/또는 종양 전파 및 전이의 억제를 포함한 종양 발달 억제를 초래하는 면역계의 구성요소에 의해 매개되는 임의의 기능을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 맥락에서 면역 이펙터 기능은 T-세포 매개된 이펙터 기능이다. 이러한 기능은 헬퍼 T-세포(CD4+ T-세포)의 경우에 T-세포 수용체에 의한 MHC 클래스 II 분자의 맥락에서 항원 또는 항원으로부터 유래된 항원 펩타이드의 인식, 사이토카인의 방출 및 /또는 CD8+ 림프구(CTL) 및/또는 B-세포의 활성화를 포함하고, CTL의 경우에 T-세포 수용체에 의한 MHC 클래스 I 분자의 맥락에서 항원 또는 항원으로부터 유래된 항원 펩타이드의 인식, MHC 클래스 I 분자의 맥락에서 제시된 세포의 제거, 즉, 예를 들어 세포자멸사 또는 퍼포린 매개 세포 용해를 통해 클래스 I MHC로 항원의 제시를 특징으로 하는 세포의 제거, IFN-γ 및 TNF-α와 같은 사이토카인 생성, 항원 발현 표적 세포의 특이적 세포용해성 사멸을 포함한다.
본 명세서에서 용어 "면역 반응"은 대상체의 면역계에 의한 반응을 지칭한다. 예를 들어, 면역 반응은 Toll 수용체 활성화, 림포카인(예를 들어, 사이토카인(예를 들어, Th1 또는 Th2 유형 사이토카인) 또는 케모카인) 발현 및/또는 분비, 대식세포 활성화, 수지상 세포 활성화, T-세포 활성화(예를 들어, CD4+ 또는 CD8+ T-세포), NK 세포 활성화, 및/또는 B 세포 활성화(예를 들어, 항체 생성 및/또는 분비)의 검출 가능한 변경(예를 들어, 증가)을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 면역 반응의 추가 예는 MHC 분자에 대한 면역원(예를 들어, 항원(예를 들어, 면역원성 폴리펩타이드))의 결합 및 세포독성 T 림프구("CTL") 반응 유도, B 세포 반응(예를 들어, 항체 생산) 유도, 및/또는면역원성 폴리펩타이드가 유래된 항원에 대한 T-헬퍼 림프구 반응 및/또는 지연형 과민성(DTH) 반응, 면역계 세포(예를 들어, T- 세포, B 세포(예를 들어, 모든 발달 단계의 세포(예를 들어, 혈장 세포))의 확장(예를 들어, 세포 집단의 성장), 및 항원-제시 세포에 의한 항원의 처리 및 제시의 증가를 포함한다. 면역 반응은 대상체의 면역계가 외부물질로 인식하는 면역원(예를 들어, 미생물(예를 들어, 병원체)의 비-자기 항원 또는 외부물질로 인식되는 자가 항원)에 관한 것일 수 있다. 따라서, 본 명세서에 사용된 "면역 반응"은 선천 면역 반응(예를 들어, Toll 수용체 신호 전달 캐스케이드의 활성화) 세포 매개 면역 반응(예를 들어, T 세포(예를 들어, 항원 특이적 T 세포) 및 면역계의 비특이적 세포에 의해 매개되는 반응) 및 체액성 면역 반응(예를 들어, B 세포에 의해 매개되는 반응(예를 들어, 혈장, 림프 및/또는 조직액으로의 항체 생성 및 분비를 통함)을 포함하나 이에 제한되지 않는 임의의 유형의 면역 반응을 지칭하는 것으로 이해되어야 한다. 용어 "면역 반응"은 항원 및/또는 면역원에 반응하는 대상체의 면역계 능력의 모든 국면(예를 들어, 항원(예를 들어, 병원체)에 대한 초기 반응 뿐만 아니라 적응 면역 반응의 결과인 후천성(예를 들어, 기억) 반응 모두를 포함함)을 포괄하는 의미이다.
본 명세서에 사용된 용어 "면역"은 면역원에 노출 시 질병으로부터의 보호(예를 들어, 질병의 징후, 증상 또는 상태(예를 들어, 종양 또는 암 성장 및/또는 전이)의 예방 또는 약화(예를 들어, 억제))를 지칭한다. 면역은 선천적(예를 들어, 면역원에 대한 이전 노출이 없는 상태에서 존재하는 비적응(예를 들어, 비후천적) 면역 반응) 및/또는 후천적/적응적(예를 들어, 이전에 면역원에 노출 후 T 및/또는 B 세포에 의해 매개되는 면역 반응(예를 들어, 면역원에 대한 증가된 특이성 및 반응성을 나타내는 반응)일 수 있다.
"면역능력"은 항원 또는 면역원에 면역학적으로 반응하는 능력을 지칭한다.
본 명세서에 사용된 용어 "면역원"은 면역 반응을 유도하거나 면역을 생성할 수 있는 제제 또는 물질을 지칭한다. 면역 반응의 자극을 언급할 때, 용어 "면역원"은 용어 "항원"의 부분집합이며, 따라서 일부 경우에 용어 "항원"과 상호교환적으로 사용될 수 있다. 본 명세서에 사용된 면역원은 체액성 및/또는 세포 매개 면역 반응(즉, 면역원성임)을 유발하는 항원을 설명하는 것으로, 개체에 대한 면역원의 투여는 개체의 면역계에 의해 접하게 되는 동일하거나 유사한 항원에 대한 항원-특이적 면역 반응을 일으킨다.
용어 "면역치료법"은 전신 및/또는 국소 효과, 예방 및/또는 치유 효과를 포함한 일부 치료 이점을 직접 또는 간접적으로 달성하기 위해 인간 또는 동물의 면역계의 하나 이상의 구성 요소를 의도적으로 조절하는 모든 치료법을 지칭한다. 면역치료법은 전신, 국부 또는 둘 다의 임의의 경로(예를 들어, 경구, 정맥내, 피부, 주사, 흡입 등)로 인간 또는 동물 대상체에게 단독으로 또는 임의의 조합으로 하나 이상의 면역치료제를 투여하는 것을 포함할 수 있다. 면역치료법은 사이토카인 생성을 유발, 증가, 감소, 정지, 방지, 차단 또는 조절하고/하거나 사이토카인 또는 면역 세포를 활성화 또는 비활성화하고/하거나 면역 세포의 수준을 조절하고/하거나 하나 이상의 치료 또는 진단 물질을 신체의 특정 위치 또는 특정 유형의 세포 또는 조직에 전달하고/하거나 특정 세포 또는 조직을 파괴함을 포함할 수 있다. 면역 치료법은 국소 효과, 전신 효과 또는 이 둘의 조합을 달성하는 데 사용할 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "면역치료제"는 간접적으로 또는 직접적으로 암세포에 대한 신체의 면역 반응을 회복, 강화, 자극 또는 증가시키고/거나 다른 항암 치료법의 부작용을 감소시키는 임의의 제제, 화합물 또는 생물학적 제제를 지칭한다. 따라서 면역치료법은 암 세포에 대한 면역계의 반응을 직간접적으로 자극하거나 강화시키고/거나 기타 항암제로 인해 발생할 수 있는 부작용을 줄이는 치료법이다. 면역치료법은 또한 당업계에서 면역 치료법, 생물학적 치료법, 생물학적 반응 조절 치료법 및 생물치료법으로 지칭된다. 당업계에 공지된 통상적인 면역치료제의 예는 사이토카인, 암 백신, 모노클로날 항체 및 비-사이토카인 보조제를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 대안적으로 면역치료법 치료는 일정량의 면역 세포(T-세포, NK, 세포, DC, B-세포 등)를 대상체에 투여하는 것으로 구성될 수 있다. 면역치료제는 비특이적일 수 있으며, 즉, 인체가 암세포의 성장 및/또는 확산을 이겨내는데 보다 효과적이 되도록 일반적으로 면역계를 강화하거나 또는 특이적, 즉 암세포 자체에 표적화 할 수 있다. 면역치료법 섭생은 비특이적 및 특이적 면역치료법제의 사용을 조합할 수 있다. 비특이적 면역치료제는 면역계를 자극하거나 간접적으로 개선하는 물질이다. 비특이적 면역치료제는 암 치료의 주요 치료법으로 단독으로 사용되며, 뿐만 아니라 주요 치료법과 함께 사용되는 경우 비특이적 면역 치료제가 기타 치료법(예를 들어, 암 백신)의 효과를 강화시키는 보조제로 기능한다. 비특이적 면역치료제는 또한 후자의 맥락에서 다른 치료의 부작용, 예를 들어 특정 화학요법제에 의해 유도된 골수 억제를 감소시키는 기능을 할 수 있다. 비특이적 면역치료제는 주요 면역계 세포에 작용하여 사이토카인 및 면역글로불린 생성 증가와 같은 2차 반응을 유발할 수 있다. 대안적으로, 제제는 그 자체로 사이토카인을 포함할 수 있다. 비특이적 면역치료제는 일반적으로 사이토카인 또는 비사이토카인 보조제로 분류된다. 많은 사이토카인이 암 치료에서 면역계를 강화하도록 설계된 일반 비특이적 면역 치료법으로 또는 다른 치료법과 함께 제공되는 보조제로서 적용되는 것으로 밝혀졌다. 적합한 사이토카인은 인터페론, 인터루킨 및 콜로니-자극 인자를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 본 발명에 의해 고려되는 인터페론(IFN)은 일반적인 유형의 IFN, IFN-알파(IFN-α), IFN-베타(IFN-β) 및 IFN-감마(IFN-γ)를 포함한다. IFN은 예를 들어 암세포의 성장을 늦추고, 보다 정상적인 행동을 하는 세포로의 발달을 촉진하고/하거나 항원 생성을 증가시켜 암세포에 직접 작용할 수 있으므로 면역계가 암세포를 더 쉽게 인식하고 파괴할 수 있도록 한다. IFN은 또한 예를 들어, 혈관신생을 늦추고, 면역계를 강화하고/하거나 자연 살해(NK) 세포, T 세포 및 대식세포를 자극함으로써 간접적으로 암세포에 작용할 수 있다. 재조합 IFN-알파는 로페론(Roferon, Roche Pharmaceuticals) 및 인트론 에이(Intron A, Schering Corporation)로 시판되고 있다. 본 발명에 의해 고려되는 인터루킨은 IL-2, IL-4, IL-11 및 IL-12를 포함한다. 시판 중인 재조합 인터루킨의 예는 프로루킨®(IL-2; Chiron Corporation) 및 뉴메가®(IL-12; Wyeth Pharmaceuticals)를 포함한다. 자이모제네틱스 회사(Seattle, Wash.)는 현재 IL-21의 재조합 형태를 시험하고 있으며, 이는 또한 본 발명의 조합에 사용하기 위해 고려된다. 본 발명에 의해 고려되는 콜로니-자극 인자(CSF)는 과립구 콜로니 자극 인자(G-CSF 또는 필그라스팀), 과립구-대식세포 콜로니 자극 인자(GM-CSF 또는 사그라모스팀) 및 에리트로포이에틴(에포에틴 알파, 다보포이에틴)을 포함한다. 하나 이상의 성장 인자로 치료하면 전통적인 화학치료법을 받는 대상체에서 새로운 혈구 생성을 자극하는 데 도움이 될 수 있다. 따라서 CSF를 사용한 치료는 화학치료법과 관련된 부작용을 줄이는 데 도움이 될 수 있으며 더 많은 양의 화학요법제를 사용하도록 할 수 있다. 다양한 재조합 콜로니 자극 인자는 시판되어 있으며, 예를 들어 뉴포젠(Neupogen)®(G-CSF; Amgen), 뉴라스타(Neulasta)(펠필그라스팀(pelfilgrastim), Amgen), 루킨(Leukine)(GM-CSF, Berlex), 프로크릿(Procrit)(에리트로포이에틴(erythropoietin), Ortho Biotech), 에포겐(Epogen)(에리트로포이에틴, Amgen), 아라네스프(Aranesp)(에리트로포이에틴)이다. 특이적 또는 비특이적 표적을 갖는 것 외에도 면역치료제는 활성, 즉 체액성 및 세포성 면역 반응을 포함한 신체 자체의 면역 반응을 자극할 수 있거나, 또는 수동적, 즉, 신체 외부에서 생성된 항체, 이펙터 면역 세포, 항원-제시 세포 등과 같은 면역계 성분을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 수동 면역치료법은 암 세포 또는 면역 세포의 표면에서 발견되는 특정 항원에 대해 특이적이거나 또는 특정 세포 성장 인자에 대해 특이적인 하나 이상의 모노클로날 항체의 사용을 포함한다. 단일클론 항체는 다양한 방식으로 암 치료에 사용될 수 있는데, 예를 들어, 특정 유형의 암에 대한 대상체의 면역 반응을 강화시키고, 혈관신생에 관여하는 바와 같은 특정 세포 성장 인자를 표적으로 함으로써 또는 화학요법제, 방사성 입자 또는 독소와 같은 제제에 연결되거나 접합될 때 암 세포에 대한 기타 항암제의 전달을 증진시킴으로써 암세포의 성장을 방해할 수 있다. 현재 암 면역치료제로 사용되는 모노클로날 항체에는 알렘투주맙(LEMTRADA®), 베바시주맙(AVASTIN®), 세툭시맙(ERBITUX®), 파니투무맙(VECTIBIX®), 퍼투주맙(OMNITARG®, 2C4), 트라스투주맙(HERCEPTIN®), 토시투모맙(Bexxar®), 압식시맙(REOPRO®), 아달리무맙(HUMIRA®), 아폴리주맙, 아셀리주맙, 아틀리주맙, 바피누주맙, 바실릭시맙(SIMULECT®), 바비툭시맙, 벨리무맙(BENLYSTA®), 브라이언키누맙, 카나키누맙(ILARIS®), 세델리주맙, 세르톨리주맙 페골(CIMZIA®), 시드푸시투주맙, 시드투주맙, 시수투무맙, 클라자키주맙, 크레네주맙, 다클리주맙(ZENAPAX®), 달로투주맙, 데노수맙(PROLIA®, XGEVA®), 에쿨리주맙(SOLIRIS®), 에팔리주맙, 에프라투주맙, 에를리주맙, 펠비주맙, 폰톨리주맙, 골리무맙(SIMPONI®), 이필리무맙, 임가투주맙, 인플릭시맙(REMICADE®), 라베투주맙, 레브리키주맙, 렉사투무맙, 린투주맙, 루카투무맙, 룰리주맙 페골, 룸레투주맙, 마파투무맙, 마투주맙, 메폴리주맙, 모가물리주맙, 모타비주맙, 모토비주맙, 무로노맙, 나탈리주맙(TYSABRI®), 네시투무맙(PORTRAZZA®), 니모투주맙(THERACIM®), 놀로비주맙, 누마비주맙, 올로키주맙, 오말리주맙(XOLAIR®), 오나르투주맙(MetMAb이라고도 함), 팔리비주맙(SYNAGIS®), 파스콜리주맙, 펙푸시투주맙, 펙투주맙, 펨브롤리주맙(KEYTRUDA®), 펙셀리주맙, 프릴릭시맙, 랄비주맙, 라니비주맙, (LUCENTIS®), 레슬리비주맙, 레슬리주맙, 레시비주맙, 로바투무맙, 론탈리주맙, 로벨리주맙, 루플리주맙, 사릴루맙, 세쿠키누맙, 세리반투맙, 시팔리무맙, 시브로투주맙, 실툭시맙(SYLVANT®) 시플리주맙, 손투주맙, 타도시주맙, 탈리주맙, 테피바주맙, 토실리주맙(ACTEMRA®), 토랄리주맙, 투쿠시투주맙, 우마비즈맙, 우르톡사주맙, 우스테키누맙(STELARA®), 베돌리주맙(ENTYVIO®), 비실리주맙, 자놀리무맙, 잘루투무맙을 포함하지만, 이에 제한되지는 않는다. 특정 실시양태에서, 면역치료법은 T-세포 치료법을 포함하고, 이의 대표적인 예는 입양 T-세포 치료법, 종양-침윤 림프구(TIL) 면역치료법, 자가 세포 치료법, 조작된 자가 세포 치료법, 및 동종 T-세포 이식을 포함한다. T-세포 치료법의 비제한적인 예가 미국 특허 공개 번호 제2014/0154228호 및 제2002/0006409호, 미국특허 제5,728,388호 및 국제 공개 번호 WO 제2008/081035호에 기재되어 있다. 면역치료법의 T-세포는 당업계에 공지된 임의의 공급원으로부터 유래할 수 있다. 예를 들어, T-세포는 조혈 줄기 세포 집단으로부터 시험관내 분화될 수 있거나, T-세포는 대상체로부터 수득될 수 있다. T-세포는 예를 들어 말초 혈액 단핵 세포, 골수, 림프절 조직, 제대혈, 흉선 조직, 감염 부위의 조직, 복수, 흉수, 비장 조직 및 종양, 이의 조합으로부터 수득할 수 있다. 대안적으로, 또는 추가로, T-세포는 당업계에서 이용가능한 하나 이상의 T-세포주로부터 유래될 수 있다. T-세포는 또한 FICOLLTM 분리 및/또는 성분채집과 같은 숙련된 기술자에게 공지된 임의의 수의 기술을 사용하여 대상체에게 수집된 혈액 단위로부터 수득할 수 있다. T-세포 치료법을 위해 T-세포를 분리하는 추가 방법은 미국 특허 공개 번호 제2013/0287748호에 개시되어 있다.
바이오마커 또는 바이오마커 복합체 수준과 관련하여 본 명세서에 사용된 "증가" 또는 "증가된"이라는 용어는 다른 바이오마커 또는 바이오마커 복합체의 수준 또는 대조군 수준과 비교하여 바이오마커 또는 바이오마커 복합체 수준의 통계적으로 유의하고 측정 가능한 증가를 지칭한다. 증가는 바람직하게는 적어도 약 10%의 증가, 또는 적어도 약 20%의 증가, 또는 적어도 약 30%의 증가, 또는 적어도 약 40%의 증가, 또는 적어도 약 50%의 증가이다.
용어 "감염"은 질병을 유발하는 미생물에 의한 신체 조직의 침입, 이의 증식 및 이들 미생물 및 미생물이 생성하는 독소에 대한 신체 조직의 반응을 지칭한다. "감염"은 바이러스, 프리온, 박테리아, 바이로이드, 기생충, 원생동물 및 진균에 의한 감염을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 바이러스의 비-제한적 예는 레트로바이러스과 인간 면역결핍 바이러스, 예를 들어 HIV-1(HTLV-III, LAV 또는 HTLV-III/LAV, 또는 HIV-III으로도 지칭됨); 및 HIV-LP와 같은 기타 분리주; 피코르나바이러스과(예를 들어, 소아마비 바이러스, A형 간염 바이러스; 엔테로바이러스, 인간 콕사키 바이러스, 리노바이러스, 에코바이러스); 칼시바이러스과(예를 들어, 노르와크(Norwalk) 및 관련 바이러스를 포함하여 위장염을 유발하는 균주); 토가바이러스과(예를 들어, 말 뇌염 바이러스, 풍진 바이러스); 플라바이러스과(예를 들어, 뎅기열 바이러스, 뇌염 바이러스, 황열병 바이러스); 코로나바이러스과(예를 들어, 코로나바이러스); 랍도바이러스과(예를 들어, 수포성 구내염 바이러스, 광견병 바이러스); 필로바이러스과(예를 들어, 에볼라 바이러스); 파라믹소바이러스과(예를 들어, 파라인플루엔자 바이러스, 볼거리 바이러스, 홍역 바이러스, 호흡기 세포융합 바이러스, 메타뉴모바이러스); 오르토믹소바이러스과(예를 들어, 인플루엔자 바이러스); 부냐바이러스과(예를 들어, 한탄 바이러스, 부냐 바이러스, 플레보바이러스 및 나이로 바이러스); 아레나바이러스과(출혈열 바이러스); 레오바이러스과(예를 들어, 레오바이러스, 오르비바이러스 및 로타바이러스); 비마바이러스과; 헤파드나바이러스과(B형 간염 바이러스); 파르보바이러스과(파르보바이러스); 파포바바이러스과(유두종 바이러스, 폴리오마 바이러스); 아데노바이러스과(대부분의 아데노바이러스); 헤르페스바이러스과(단순포진바이러스(HSV) 1 및 2, 수두 대상포진 바이러스, 거대세포바이러스(CMV), 헤르페스 바이러스); 폭스바이러스과 (바리올라 바이러스, VACV, 수두 바이러스); 및 이리도바이러스과(예를 들어, 아프리카돼지열병 바이러스); 및 분류되지 않은 바이러스(예를 들어, 해면형 뇌병증의 병인 인자, 델타 간염 인자(B형 간염 바이러스의 결함 위성으로 생각됨), 비-A형, 비-B형 간염 인자(클래스 1 = 내부 전염, 클래스 2 = 비경구로 전염됨(즉, C형 간염), 및 아스트로바이러스를 포함한다. 병원성으로 알려진 대표적인 박테리아는 병원성 파스퇴렐라 종(예를 들어, 파스퇴렐라 멀토시다), 포도상구균 종(예를 들어, 황색 포도구균), 스트렙토코커스 종(예를 들어, 스트렙토코커스 피오게네스(그룹 A 스트렙토코커스), 스트렙토코커스 아갈락티아에 (그룹 B 스트렙토코커스), 스트렙토코커스(비리단스 그룹), 스트렙토코커스 파에칼리스, 스트렙토코커스 보비스, 스트렙토코커스 (혐기성 종), 스트렙토코커스 뉴모니에), 나이세리아 종(예를 들어, 나이세리아 임질, 나이세리아 수막염), 대장균 종(예를 들어, 장독소원성 대장균(ETEC), 장병원성 대장균(EPEC), 장출혈성 대장균(EHEC) 및 장침습성 대장균(EIEC)), 보르데텔라 종, 캄필로박터 종, 레지오넬라 종(예를 들어, 레지오넬라 뉴모필라), 슈도모나스 종, 시겔라 종, 비브리오 종, 예르시니아 종, 살모넬라 종, 헤모필루스 종(예를 들어, 헤모필루스 인플루엔자), 브루셀라 종, 프란시셀라 종, 박테로이데스 종, 클로스트리디움 종(예를 들어, 클로스트리디움 디피실레, 클로스트리디움 퍼프린젠스, 클로스트리디움 테타니), 마이코박테리아 종(예를 들어, 결핵균(마이코박테리움 튜버쿨로시스), 마이코박테리움 아비움, 마이코박테리움 인트라셀룰라레, 마이코박테리움 칸사이, 마이코박테리움 고르도네), 헬리코박터 파일로리스, 보렐리아 부르그도르페리, 리스테리아 모노사이토제네스, 클라미디아 트라코마티스, 엔테로코커스 종, 탄저균, 코리네박테리움 디프테리아, 에리시펠로트릭스 루시오파티에, 엔테로박터 에어로게네스, 클렙시엘라 뉴모니아, 푸소박테리움 뉴클레아툼, 스트렙토바실러스 모닐리포르미스, 트레포네마 팔리디움, 트레포네마 퍼테뉴, 렙토스피라, 리케차, 및 악티노마이세스 이스라엘리를 포함한다. 비제한적인 병원성 진균은 크립토코커스 네오포르만스, 히스토플라스마 캡슐라툼, 콕시디오이데스 이미티스, 블라스토미세스 더마티티디스, 칸디다 알비칸스, 칸디다 글라브라타, 아스페르길루스 푸미가타, 아스페르길루스 플라부스, 및 스포로트릭스 셴키를 포함한다. 예시적인 병원성 원생동물, 기생충, 병원체는 예를 들어 열대열원충, 변형체 말라리아, 난형열원충, 및 삼일열원충; 톡소플라스마 곤디이; 트리파노소마 브루세이, 트리파노소마 크루지; 혈구 주혈흡충, 만손 주혈흡충, 일본 주혈흡충; 리슈마니아 도노바니; 장편모충; 크립토스포리디움 파르붐 등을 포함한다.
본 명세서에 사용된 바와 같이, "지침 자료"는 본 발명의 조성물 및 방법의 유용성을 전달하기 위해 사용될 수 있는 출판물, 기록, 도표, 또는 임의의 다른 표현 매체를 포함한다. 본 발명의 키트의 지침 자료는 예를 들어 본 발명의 치료제 또는 진단제를 함유하는 용기에 부착되거나 또는 본 발명의 치료제 또는 진단제 및/또는 예후제를 함유하는 용기와 함께 배송될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "표지"는 검출가능한 화합물 또는 조성물을 지칭한다. 표지는 일반적으로 폴리뉴클레오타이드 프로브 또는 항체와 같은 시약에 직접 또는 간접적으로 접합되거나 융합되며, 접합되거나 융합되는 시약의 검출을 용이하게 한다. 표지 자체가 검출 가능하거나(예를 들어, 방사성 동위원소 표지 또는 형광 표지), 또는 효소 표지의 경우 검출 가능한 제품을 생성하도록 기질 화합물 또는 조성물의 화학적 변경을 촉매할 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "백혈구" 또는 "백 혈액 세포"는 단핵구, 호중구, 호산구, 호염기구 및 림프구를 포함하는 임의의 면역 세포를 지칭한다.
본 명세서에 사용된 용어 "림프구"는 백혈구의 일종인 면역계의 세포를 지칭한다. 림프구에는 T-세포(세포독성 및 보조 T-세포), B-세포 및 자연 살해 세포(NK 세포)가 포함되지만 이에 제한되지는 않는다. 본 명세서에 사용된 용어 "종양 침윤 림프구"는 고형 종양에 존재하는 림프구를 지칭한다. 본 명세서에 사용된 용어 "순환 림프구"는 순환에 존재하는(예를 들어, 혈액에 존재하는) 림프구를 지칭한다.
본 명세서에 사용된 용어 "국소화하다" 및 이의 문법적 동등어는 특정 또는 제한된 공간 또는 영역, 예를 들어 특정 세포, 조직, 소기관, 또는 세포 구성요소(예를 들어, 핵, 세포질, 핵막, 원형질막 등)와 같은 세포내 영역에 축적되거나 제한되는 것을 의미한다.
바이오마커 또는 바이오마커 복합체 측정과 관련하여 본 명세서에 사용된 "낮은"이라는 용어는 다른 바이오마커 또는 바이오마커 복합체 수준 또는 바이오마커 또는 바이오마커 복합체 측정값이 기타 바이오마커 또는 바이오마커 복합체의 수준 또는 대조군 수준 보다 낮은 수준인 대조 수준과 비교하여 바이오마커 또는 바이오마커 복합체 측정값의 수준에서 통계적으로 유의하고 측정 가능한 차이를 지칭한다. 그 차이는 바람직하게는 적어도 약 10%, 또는 적어도 20%, 또는 적어도 약 30%, 또는 적어도 40%, 또는 적어도 50%이다.
"기억 T 이펙터 세포"는 앞서 이의 동족 항원과 접하고 이에 반응한 CTL 및 보조 T 세포를 포함하는 T 세포의 하위 집합을 의미하며; 따라서 항원 경험 T 세포라는 용어가 종종 적용된다. 이러한 T-세포는 박테리아나 바이러스와 같은 외래 미생물 뿐만 아니라 암세포를 인식할 수 있다. 기억 T 이펙터 세포는 앞선 감염, 암 발생 또는 이전 백신접종 중에 항원을 접함으로써 "경험"하게 되었다. 미생물과 두 번째 만남에서 기억 T 이펙터 세포는 면역계가 미생물에 처음 반응했을 때보다 더 빠르고 강력한 면역 반응을 일으키기 위해 번식할 수 있다. 이 행동은 특정 항원에 대한 노출을 밝힐 수 있는 T 림프구 증식 검정에 활용된다.
"수득하였다"는 것은 소유하게 되는 것을 의미한다. 이렇게 수득된 시료는 예를 들어 세포 용해물을 포함하는 특정 공급원으로부터 단리되거나 유래된 폴리펩타이드 추출물을 포함한다. 예를 들어, 추출물은 대상체의 생물학적 유체 또는 조직에서 직접 분리될 수 있다.
본 명세서에서 상호교환가능하게 사용되는 "환자", "대상체", "숙주" 또는 "개체"라는 용어는 치료 또는 예방이 필요한 임의의 대상체, 특히 척추동물 대상체, 보다 구체적으로 포유동물 대상체를 지칭한다. 본 발명의 범위에 속하는 적합한 척추동물은 영장류(예를 들어, 인간, 원숭이 및 유인원, 및 마카크 속(예를 들어, 필리핀 원숭이 및/또는 붉은털 원숭이(히말라야 원숭이)와 같은 사이노몰구스 원숭이) 및/또는 개코원숭이(차크마개코원숭이), 뿐만 아니라 마모셋(Callithrix 속의 종), 다람쥐 원숭이(Saimiri 속의 종) 및 타마린스(Saguinus 속의 종)와 같은 원숭이 종 뿐만 아니라 침팬지(Pan troglodytes)와 같은 유인원 종을 포함함), 설치류(예를 들어, 마우스 랫츠, 기니피그), 토끼목(예를 들어, 토끼, 산토끼), 소류(예를 들어, 소), 양류(예를 들어, 양), 염소류(예를 들어, 염소), 돼지류(예를 들어, 돼지), 말류(예를 들어, 말), 견류(예를 들어, 개), 고양이류(예를 들어, 고양이), 조류(예를 들어, 닭, 칠면조, 오리, 거위, 카나리아, 잉꼬 등과 같은 애완새), 해양 포유류(예를 들어, 돌고래, 고래), 파충류(뱀, 개구리, 도마뱀 등), 및 물고기를 포함하는 척색동물 아문의 임의의 구성원을 포함하지만, 이에 제한되지는 않는다. 바람직한 대상은 본 발명의 치료법 및/또는 분석/결정 방법을 필요로 하는 인간이다. 그러나 앞서 언급한 용어들이 증상이 있음을 의미하지는 않음을 이해해야 한다.
"약제학적 조성물" 또는 "약제학적 제형"이라는 용어는 활성 성분(들)의 생물학적 활성이 유효하도록 하는 형태이고 조성물 또는 제형이 투여될 대상에게 허용할 수 없을 정도로 독성이 있는 추가 성분을 함유하지 않는 제제를 지칭한다. 이러한 제제는 무균이다. "약제학적으로 허용되는" 부형제(비히클, 첨가제)는 사용된 활성 성분의 유효량을 제공하기 위해 대상 포유동물에게 합리적으로 투여될 수 있는 부형제이다.
본 명세서에 사용된 용어 "PD-1"은 PD-1 활성의 적어도 일부를 보유하는 임의의 형태의 PD-1 및 이의 변이체를 지칭한다. 인간 PD-1에 대한 특정 참조와 같이 다르게 표시되지 않는 한, PD-1은 천연 서열 PD-1의 모든 포유동물 종, 예를 들어 인간, 개, 고양이, 말 및 소를 포함한다. 하나의 예시적인 인간 PD-1은 UniProt 수탁 번호 Q15116에서 발견된다.
용어 "PD-1 결합 길항제"는 PD-L1, PD-L2와 같은 하나 이상의 결합 파트너와 PD-1의 상호작용으로 인한 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 방해하는 분자를 지칭한다. 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1이 이의 결합 파트너 중 하나 이상에 결합하는 것을 억제하는 분자이다. 특정 국면에서, PD-1 결합 길항제는 PD-L1 및/또는 PD-L2에 대한 PD-1의 결합을 억제한다. 예를 들어, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체, 이의 항원 결합 단편, 면역접합체, 융합 단백질, 올리고펩타이드 및 PD-L1 및/또는 PD-L2와 PD-1의 상호작용으로 인한 신호 전달을 감소, 차단, 억제, 폐지 또는 방해하는 기타 분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 PD-1을 통해 매개된 T-세포 상에서 발현된 세포 표면 단백질에 의해 또는 이를 통해 매개되는 음성 공동-자극 신호를 감소시켜 기능장애 T-세포를 기능장애가 덜 하도록 만든다(예를 들어, 항원 인식에 대한 이펙터 반응을 강화함). 일부 실시양태에서, PD-1 결합 길항제는 항-PD-1 항체이다. 특정 국면에서, PD-1 결합 길항제는 MDX-1106(니볼루맙)이다. 다른 특정 국면에서, PD-1 결합 길항제는 MK-3475(펨브롤리주맙)이다. 다른 특정 국면에서, PD-1 결합 길항제는 CT-011(피딜리주맙)이다. 또 다른 특정 국면에서, PD-1 결합 길항제는 AMP-224이다.
본 명세서에 사용된 "PD-L1"은 "프로그래밍된 세포 사멸 리간드 1", "분화 클러스터 274(즉, CD274)" 또는 "B7 상동체 1(즉, B7-H1)"로도 공지된 단백질을 지칭한다. 천연 단백질은 2개의 세포외 도메인, 막횡단 도메인 및 세포질 도메인을 포함한다. 이 용어는 전장 및/또는 처리되지 않은 PD-L1뿐만 아니라 세포에서의 처리로 인한 임의의 중간체를 포괄한다. PD-L1은 막횡단 단백질 또는 가용성 단백질로 존재할 수 있고; 따라서, 본 명세서에 사용된 용어는 단백질의 전장 또는 세포외 도메인을 지칭할 수 있다. 이 용어는 또한 PD-L1의 자연 발생 변이체, 예를 들어 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 단백질은 his 태그 또는 Fc 태그와 같은 태그를 추가로 함유할 수 있다. 예시적인 인간 전장 PD-L1 단백질의 아미노산 서열은 예를 들어 NCBI 단백질 데이터베이스 수탁 번호 NP_054862에서 발견될 수 있다.
"PD-L2"는 "프로그래밍된 세포 사멸 1 리간드 2", "B7-DC" 또는 "CD273"(분화 클러스터 273)으로도 알려진 단백질을 지칭한다. 본 명세서에 사용된 용어는 전장 및/또는 미처리된 PD-L2 뿐만 아니라 세포에서의 처리로 생성된 임의의 중간체를 포괄한다. PD-L2는 막횡단 단백질 또는 가용성 단백질로 존재할 수 있고; 따라서, 본 명세서에 사용된 용어는 단백질의 전장 또는 세포외 도메인을 지칭할 수 있다. 상기 용어는 또한 PD-L2의 자연 발생 변이체, 예를 들어 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포괄한다. 단백질은 his 태그 또는 Fc 태그와 같은 태그를 추가로 함유할 수 있다. 예시적인 인간 전장 PD-L2 단백질의 아미노산 서열은 예를 들어 NCBI 단백질 데이터베이스 수탁 번호 NP_079515에서 발견될 수 있다
용어 "예측" 및 이의 문법적 형태는 일반적으로 환자가 치료법에 반응하거나 치료법에 반응하여 임상 결과를 얻을 가능성을 직접 또는 간접적으로 식별하는 수단을 제공하는 바이오마커 또는 바이오마커 시그니처를 지칭한다.
용어 "예후" 및 이의 문법적 형태는 일반적으로 개체의 질병 또는 상태의 가능한 진행 또는 중증도에 관한 정보를 제공하는 제제 또는 방법을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 예후는 또한 대상체의 질병 또는 상태에 대한 치료법 또는 다른 치료법 섭생에 대해 양성 또는 음성 반응을 입증하는 능력을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 예후는 질병/상태 연관된 증상의 존재 또는 감소를 예측하는 능력을 지칭한다. 예후 인자 또는 방법은 대상체 또는 대상체로부터 얻은 시료를 여러 범주 중 하나로 분류하는 것을 포함할 수 있으며, 여기서 범주는 대상체가 특정 결과를 경험할 다양한 가능성과 관련된다. 예를 들어, 범주는 저위험 및 고위험일 수 있으며, 여기서 저위험 범주의 대상체는 고위험 범주의 대상체보다 좋지 않은 결과(예를 들어, 5년 또는 10년과 같은 주어진 기간 내)를 경험할 가능성이 낮다. 좋지 않은 결과란, 예를 들어, 질병의 진행, 질병의 재발 또는 질병으로 인한 사망일 수 있다.
"방사선 치료법"은 정상적으로 기능하는 능력을 제한하도록 세포에 충분한 손상을 유도하거나 또는 세포를 완전히 파괴하기 위해 유도된 감마선 또는 베타선의 사용을 의미한다. 투여량 및 치료 기간을 결정하기 위해 당업계에 공지된 많은 방법이 있음을 이해할 것이다. 전형적인 치료는 1회 투여로 주어지며 전형적인 투여량은 1일 10에서 200 유닛(그레이) 범위이다.
바이오마커 또는 바이오마커 복합체 수준과 관련하여 본 명세서에 사용된 "감소" 또는 "감소된"이라는 용어는 다른 바이오마커 또는 바이오마커 복합체의 수준 또는 대조군 수준과 비교하여 바이오마커 또는 바이오마커 복합체 수준의 통계적으로 유의하고 측정 가능한 감소를 지칭한다. 감소는 바람직하게는 적어도 약 10%의 감소, 또는 적어도 약 20%의 감소, 또는 적어도 약 30%의 감소, 또는 적어도 약 40%의 감소, 또는 적어도 약 50%의 감소이다.
본원에 사용된 바와 같이, 치료법으로 치료받은 암 환자는, 대상체가 증상의 예방, 중증도 감소, 또는 암 진행의 둔화와 같은 임상적으로 유의한 이점을 포함하여, 당해 분야에서 허용되는 객관적 기준 또는 이의 합리적인 수정 세트에 따른 항암 효과의 증거를 나타내는 경우 치료법에 "반응하다", "반응"을 가지다, "긍정 반응" 또는 "반응성"인 것으로 간주된다. 상기 언급된 용어는 또한 암과 관련하여 사용될 수 있음이 이해될 것이다. 암에 대한 항암 치료의 효과를 평가하기 위한 다양한 상이한 객관적 기준이 당업계에 공지되어 있다. 세계 보건 기구(WHO) 기준(Miller, AB 외, Cancer 1981; 47(1):207-14) 및 이의 수정된 버전, RECIST(고형 종양의 반응 평가 기준)(Therasse P 외, J Natl Cancer Inst 2000; 92:205-16), 및 이의 개정판(Eisenhauer E A, New response evaluation criteria in solid tumors: 개정된 RECIST 가이드라인(버전 1.1). Eur J Cancer 2009; 45(2):228-47)은 컴퓨터 단층촬영(CT), 자기공명영상촬영(MRI) 또는 통상적인 방사선 사진과 같이 종양 병변의 크기와 수에 대한 영상 측정 및 새로운 병변 감지를 기반으로 하는 객관적인 기준의 집합이다. 선택된 병변의 치수(표적 병변이라고 함)는 서로 다른 시점의 이미지 간의 종양 부담 변화를 계산하는데 사용된다. 이후, 계산된 반응은 완전 반응(CR), 부분 반응(PR), 안정 질병(SD) 또는 진행성 질병(PD)으로 분류된다. CR은 종양의 완전한 소실(약 100%)이고, PD는 약 20% 내지 25% 이상의 증가(특정 기준에 따라 다름) 및/또는 새로운 병변의 출현이다. PR은 (새로운 병변의 출현 없이) 종양 병변의 크기의 상당한 감소(적어도 약 30%)이지만 완전 반응보다는 작다. SD는 PR과 PD 사이를 지칭한다 (자세한 내용은 표 1 및 2를 참조한다). 이러한 기준은 예를 들어 전체 생존에 대한 대리인으로서 항암제의 효능을 평가하는 II상 시험에서 1차 평가변수로 널리 사용된다. 그러나 WHO, RECIST 및 RECIST 1.1 기준을 사용한 해부학적 영상 단독으로는 세포독성제의 조기 효과를 검출하도록 설계되었으며 특히 질병을 안정화시키는 새로운 암 치료법의 활성을 평가하는 데 특정 제한성이 있다. 면역치료제 항암제 또는 분자 표적 항암제로 치료받은 환자의 임상 반응 패턴은 세포독성제를 넘어 확장될 수 있으며 종양 부담의 초기 증가 또는 새로운 병변의 출현 후에 나타날 수 있다. 예를 들어, 면역 체크포인트 억제제에 대한 의미 있는 종양 반응은 지연 후에 발생할 수 있으며, 일부 경우에는 WHO 또는 RECIST에서 정의한 PD 이후에 발생할 수 있다. 기준 지정 면역 관련 반응 기준(irRC)은 면역 치료법으로 관찰되는 추가적인 유리한 반응 패턴을 포착하기 위한 시도로 정의되었다 (Wolchok, J D 외 (2009) 참조문헌: Guidelines for the evaluation of immune therapy activity in solid tumors: immune-related response criteria. Clin. Care Res. 15, 7412-7420.). 유리한 생존과 관련된 4가지 패턴, 즉, 새로운 병변 없이 감소된 기준선 병변; 내구성 안정 질병; 총 종양 부담의 초기 증가이지만 최종 반응; 및 새로운 병변(들)의 출현 동안 또는 이후에 총 종양 부담의 감소(이 중 후자의 두 가지는 WHO 또는 RECIST 기준에 따라 유리한 것으로 간주되는 반응 패턴과 구별됨)이 확인되었다. irRC는 완전 반응(irCR), 부분 반응(irPR), 안정 질병(irSD) 및 진행성 질병(irPD)에 대한 기준을 포함한다. 무엇보다도 irRC는 측정 가능한 새로운 병변을 "총 종양 부담"에 통합하고 새로운 병변이 반드시 진행성 질병을 나타낸다고 가정하기보다는 이 변수를 기준선 측정과 비교한다. 요약하면, 면역 관련 반응 기준에 따르면 irCR은 측정 가능 여부에 관계없이 모든 병변이 완전히 사라지고 새로운 병변이 없는 것이고; irPR은 기준선에 비해 종양 부담이 ≥50% 감소하는 것이고; irSD는 진행성 질병(irPD)이 없는 경우 irCR 또는 irPR에 대한 기준을 충족하지 않는 질병이며; irPD는 최하점(최소 기록된 종양 부담)에 비해 종양 부담이 25%의 증가하는 것이다(Wolchok, 상기 참조). irCR, irPR 및 irPD는 최초 문서화 날짜로부터 최소 4주 동안 반복적이고 연속적인 평가를 통해 확인을 받아야 한다. irCR, irPR 및 irSD에는 WHO 기준에 따라 CR, PR 또는 SD가 있는 모든 환자와 WHO PD에서 이러한 irRC 범주로 이동하는 환자가 포함된다. 그러나 WHO 또는 RECIST 기준에 따라 PD를 갖는 것으로 분류되는 일부 환자는 대신 irRC에 따라 PR 또는 SD를 갖는 것으로 분류되어 유리한 생존을 가질 가능성이 있는 것으로 인식한다. irRC는 면역 체크포인트 억제제 및 기타 면역치료제에 적용할 수 있다. 당업자는 감소된 생존 종양 조직(예를 들어, 종양 괴사로 인한)의 지표로서 감소된 동맥 강화 및 감소된 종양 밀도와 함께, 종양 생존 조직의 지표로서 종양 동맥 강화 및/또는 종양 밀도 정도의 변화와 같은 다양한 인자를 고려하는 추가 반응 기준이 당업계에 공지되어 있음을 이해할 것이다. 예를 들어, 수정된 RECIST 기준(mRECIST)은 종양 동맥 강화 정도의 변화를 고려한다 (Lencioni R and Llovet J M. Semin Liver Dis 30: 52-60, 2010). 참조문헌 [Choi H 외, J Clin Oncol 25: 1753-1759, 2007; Nathan P D 외, Cancer Biol Ther 9: 15-19, 2010; Smith A D 외, Am J Roentgenol 194: 157-165, 2010.]에 따라 참조문헌 저자인 최(Choi)의 기준 및 수정된 기준은 CT에서 종양 밀도의 감소를 고려한다. 이러한 기준은 특정 암 유형 및/또는 특정 부류의 치료제에서 특히 유용할 수 있다. 예를 들어, 종양 크기의 변화는 효과적인 치료에도 불구하고 림프종, 육종, 간종, 중피종 및 위장관 기질 종양과 같은 종양에서 최소화될 수 있다. CT 종양 밀도, 조영 증강 또는 MRI 특성은 크기보다 더 많은 정보를 제공한다. 특정 실시양태에서, 예를 들어 양전자 방출 단층촬영(PET)을 사용하는 기능적 영상화가 사용될 수 있다. 예를 들어, 고형 종양의 PET 반응 기준(PERCIST)이 사용될 수 있으며, 여기서 치료 반응은 추적자의 감소된 흡수를 나타내는 (18)F-FDG PET 영상으로 감정된 대사 변화에 의해 평가된다(Wahl R L 외, J Nucl Med 2009; 50, Suppl 1:122S-50S). 흑색종, 유방암 및 폐암과 같은 다양한 특정 암 유형에 대해 개발된 반응 기준이 당업계에 공지되어 있음이 또한 이해될 것이다. 대조적으로, 치료법으로 치료를 받은 암 환자는 치료법이 증상의 예방 또는 중증도 감소와 같은 임상적으로 유의미한 이점을 제공하지 않거나 암의 진행 속도를 증가시키는 경우 치료법에 대해 "반응하지 않음", "반응이 없는 것", "음성 반응을 갖는" 또는 "무반응"으로 간주된다.
본 발명의 목적을 위해, 단일치료법으로서 면역치료법(예를 들어, 면역 체크포인트 억제제) 또는 하나 이상의 다른 활성제(예를 들어, 보체 억제제, 추가 항암제 또는 둘 다)와 조합하여 치료되는 암 환자는 적어도 면역 관련 반응 기준에 따라 완전 반응, 부분 반응 또는 안정 질병이 있는 경우 치료에 "반응한다"거나 "반응 있음" 또는 "반응하는" 것으로 간주한다. (암 환자는 RECIST, RECIST 1.1, WHO 및/또는 위에서 기술한 바와 같은 기타 기준에 따라 반응할 수도 있다.) 마찬가지로, 이러한 경우에 암은 치료에 "반응하다", "반응하는" 또는 "민감한"이라고 말한다. 암 환자는 면역-관련 반응 기준에 따라 환자가 진행성 질병이 있는 경우 치료에 "반응하지 않음", "반응 없음" 또는 "무반응"으로 간주한다. (암 환자는 RECIST, RECIST 1.1, WHO 및/또는 위에서 기술한 바와 같은 기타 기준에 따라 반응하지 않을 수도 있다.) 마찬가지로, 이러한 경우에 암은 치료에 "반응하지 않음" 또는 "반응 없음", "무감각" 또는 "내성인"이라고 말한다. (초기에 반응하지만 이후에 치료가 있는 상태에서 환자가 진행성 질병을 나타내는 경우에도 암은 치료에 내성이 생긴 것으로 간주된다.) 따라서, 예를 들어, 암 치료에 대한 반응(예를 들어, 반응 가능성을 예측하는 방법, 예측된 반응에 따라 환자를 분류하는 방법, 반응 가능성을 높이는 방법)과 관련된 본 명세서에 설명된 방법 및 제품의 경우, irCR, irPR 또는 irSD로 반응이 정의되고, 반응 부족은 달리 명시되지 않는 한 irPD로 정의된다. 특정 실시양태에서, 임의의 유용한 반응 기준이 명시될 수 있다. 반응 기준은 전체적으로 증가된 생존 또는 기타 임상적으로 유의미한 이점과 같은 이점과 상관관계가 있는 것으로 나타날 수 있다. 예를 들어, 면역 체크포인트 억제제에 적용할 수 있는 추가적인 유리한 임상 활성 패턴(예를 들어, 전체적으로 증가된 생존과 상관관계가 있음)을 포괄하거나 또는 달리 유용한 기존 반응 기준의 개선 또는 수정이 미래에 개발될 수 있음을 인지할 것이다. 특정 실시양태에서, 이러한 반응 기준은 본 명세서에 설명된 방법에 사용하기 위해 명시될 수 있다.
본 명세서에서 사용된 용어 "시료"는 대상체로부터 추출, 미처리, 처리, 희석 또는 농축될 수 있는 임의의 생물학적 표본을 포함한다. 시료는 그 범위 내에 대상체로부터 분리된 유사한 체액, 세포 또는 조직(예를 들어, 미세 바늘 흡인을 포함하는 외과적으로 절제된 종양 조직, 생검)의 집합, 뿐만 아니라 대상체 내에 존재하는 체액, 세포 또는 조직을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시료는 생물학적 유체이다. 생물학적 유체는 전형적으로 생리학적 온도에서 액체이며 대상체 또는 생물학적 공급원에 존재하거나, 이로부터 인출되거나, 발현되거나 그렇지 않으면 추출된 자연 발생 유체를 포함할 수 있다. 특정 생물학적 유체는 특정 조직, 기관 또는 국소적 영역에서 유래하고 특정 다른 생물학적 유체는 대상체 또는 생물학적 공급원에 보다 전반적으로 또는 전신적으로 위치할 수 있다. 생물학적 유체의 예로는 혈액, 혈청 및 장액, 혈장, 림프, 소변, 타액, 낭포성 유체, 눈물 방울, 대변, 가래, 분비 조직 및 기관의 점막 분비물, 질 분비물, 비-고형 종양과 관련된 바와 같은 복수액, 흉막, 심낭, 복막, 복부 및 기타 체강의 유체, 기관지 세척에 의해 수집된 유체 등을 포함한다. 생물학적 유체는 또한 대상체 또는 생물학적 공급원, 예를 들어 세포 또는 기관 조절 배지, 세척액 등을 포함하는 세포 및 기관 배양 배지와 접촉된 액체 용액을 포함할 수 있다. 본 명세서에서 사용된 용어 "시료"는 대상체로부터 제거된 물질 또는 대상체에 존재하는 물질을 포괄한다.
본 명세서에 사용된 "참조 시료", "참조 세포", "참조 조직", "대조 시료", "대조 세포" 또는 "대조 조직"은 비교 목적으로 사용되는 시료, 세포, 조직, 표준 또는 수준을 지칭한다. 하나의 실시양태에서, 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 또는 대조 조직은 동일한 대상체 또는 개체의 신체의 건강한 부분 및/또는 질병이 없는 부분(예를 들어, 조직 또는 세포)에서 수득한다. 예를 들어, 건강한 및/또는 질병이 없는 세포 또는 질병에 걸린 세포 또는 조직에 인접한 조직(예를 들어, 종양에 인접한 세포 또는 조직)을 지칭한다. 또 다른 실시양태에서, 참조 시료는 동일한 대상체 또는 개체의 신체의 미처리 조직 및/또는 세포로부터 수득된다. 또 다른 실시양태에서, 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 하나의 개체의 신체에서 건강한 부분 및/또는 질병이 없는 부분(예를 들어, 조직 또는 세포)에서 수득한다. 또 다른 실시양태에서, 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 하나의 개체의 신체에서 미처리 조직 및/또는 세포로부터 수득한다.
"조직 시료" 또는 "세포 시료"은 대상체 또는 개체의 조직에서 얻은 유사한 세포의 집합을 의미한다. 조직 또는 세포 시료의 공급원은 신선하고 냉동된 및/또는 보존된 장기, 조직 시료, 생검 및/또는 흡인물에서 얻은 고형 조직; 혈액 또는 혈장과 같은 임의의 혈액 성분; 뇌척수액, 양수, 복막액 또는 간질액과 같은 체액; 대상체의 임신 또는 발달 중 어느 시점의 세포일 수 있다. 조직 시료는 또한 1차 또는 배양된 세포 또는 세포주일 수 있다. 선택적으로, 조직 또는 세포 시료는 질병 조직/기관에서 수득한다. 조직 시료는 보존제, 항응고제, 완충액, 고정제, 영양소, 항생제 등과 같이 자연에서 자연적으로 조직과 혼합되지 않는 화합물을 함유할 수 있다.
본 명세서에 사용된 용어 "계층화" 및 "분류하는"은 특정 생리학적 또는 병태생리학적 상태 또는 조건의 특징에 기초하여 대상체를 상이한 계층 또는 부류로 분류하는 것을 지칭하기 위해 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용된다. 예를 들어, 대상체 집단이 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 반응할 가능성이 있는지에 따라 대상체 집단을 계층화하는 것은 암 세포에서 적어도 하나의 히스톤 폴리펩타이드(예를 들어, H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드)와 선택적으로 조합하여 PD-L2를 포함하는 치료법 바이오마커에 대한 반응 수준에 기초하여 대상체를 할당하는 것을 포함한다.
"지속적인 반응"은 치료 중단 후 감염 또는 종양 성장을 감소시키는 지속적인 효과를 지칭한다. 예를 들어, 감염의 정도 또는 종양 크기는 투여 단계 시작 시의 정도 또는 크기와 비교하여 동일하거나 더 작게 유지될 수 있다. 일부 실시양태에서, 지속 반응은 치료 기간의 적어도 1.5x, 2.0x, 2.5x, 또는 3.0x 길이인 치료 기간과 적어도 동일한 기간을 갖는다.
"T-세포 기능장애"는 항원 자극에 대한 감소된 반응성을 특징으로 하는 T-세포의 장애 또는 상태이다. 특정 실시양태에서, T-세포 기능장애는 PD-1을 통한 부적절한 증가된 신호전달과 특이적으로 연관된 장애이다. 다른 실시양태에서, T-세포 기능장애는 T-세포가 무반응이거나 사이토카인을 분비하거나, 증식하거나, 세포용해 활성을 실행하는 능력이 감소된 질병이다. 특정 국면에서, 감소된 반응성은 면역원을 발현하는 병원체 또는 종양의 비효율적인 제어를 초래한다. T-세포 기능장애를 특징으로 하는 T-세포 기능장애의 예에는 해결되지 않은 급성 감염, 만성 감염 및 종양 면역이 포함된다.
본 명세서에 사용된 용어 "치료"는 임상 병리 과정 동안 치료되는 개체 또는 세포의 자연적 과정을 변경하도록 설계된 임상 개입을 지칭한다. 치료의 바람직한 효과는 질병 진행 속도 감소, 질병 상태의 개선 또는 완화, 및 차도 또는 개선된 예후를 포함한다. 예를 들어, 암과 관련된 하나 이상의 증상이 완화되거나 제거되는 경우 개체는 성공적으로 "치료"된 것으로, 암 세포의 증식 감소(또는 파괴), 병원체 감염 감소, 질병으로 인한 증상 감소가 포함하여, 질병으로 고통받는 사람들의 삶의 질 증가, 질병 치료에 필요한 다른 약물의 투여량 감소, 및/또는 개체의 생존 연장을 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. "치료법으로 치료", "치료법으로 치료하는", "제제로 치료", "제제로 치료하는" 등의 문구는, 환자에게 암 치료제 또는 제제(예를 들어, 세포독성제 또는 면역치료제)를 포함하는 유효량의 치료제 또는 제제의 투여, 또는 환자에게 암 치료제 또는 제제(예를 들어, 세포독성제 및 면역치료제로부터 선택되는 둘 이상의 제제)를 포함하는 유효량의 치료제 또는 제제의 공동 투여를 지칭한다.
본 명세서에 사용된 "치료 결과"는 환자가 특정 치료로 긍정적인 또는 부정적인 결과를 경험할 가능성을 포함하여, 선택된 치료법 또는 치료에 대한 암 환자의 반응을 예측하는 것을 지칭한다. 본원에 사용된 "긍정적인 치료 결과를 나타내는" 등은 환자가 선택된 치료로부터 유익한 결과(예를 들어, 완전 또는 부분 반응, 완전 또는 부분 차도, 종양 크기 감소, 안정 질병 등)를 경험할 가능성이 증가된 것을 의미한다. 대조적으로 "부정적인 치료 결과를 나타내는" 등은 환자가 기저 암의 진행(예를 들어, 진행성 질병, 질병 재발, 종양 크기 증가 등)과 관련하여 선택된 치료로부터 유익하지 않을 가능성이 증가된 것을 의미한다.
본 명세서에 사용된 "종양"은 악성이든 양성이든 모든 신생물 세포 성장 및 증식, 및 모든 전-암성 및 암성 세포 및 조직을 지칭한다. 용어 "암", "암성", "세포 증식성 장애", "증식성 장애", "과증식성 장애" 및 "종양"은 본 명세서에서 언급된 바와 같이 상호 배타적이지 않다.
"종양 면역"은 종양이 면역 인식 및 제거를 기피하는 과정을 지칭한다. 따라서 치료적 개념으로서 종양 면역은 이러한 기피가 약화될 때 "치료"되고 종양이 면역 시스템에 의해 인식되고 공격된다. 종양 인식의 예에는 종양 결합, 종양 수축 및 종양 제거가 포함된다.
본 명세서에 기술된 각 실시예는 달리 구체적으로 언급되지 않는 한 모든 실시예에 준용하여 적용된다.
2. 검출 및 예후/예측 방법
본 발명에 따르면, PD-L2의 핵 국소화는 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 반응, 질병 상태(예를 들어, 질병의 중증도 또는 진행) 및/또는 면역 상태(예를 들어, T 세포 기능 및 항원-제시 세포 기능을 포함한 면역 기능)의 바이오마커로서 이용될 수 있다. 특정 실시양태에서, PD-L2의 핵 국소화는 PD-L2와 히스톤 폴리펩타이드(예를 들어, H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 또는 H4 폴리펩타이드)의 공동-국소화를 검출함으로써 결정된다. PD-L2의 핵 국소화는 항원-제시 세포(예를 들어, DC), B 세포 및 T 세포와 같은 면역 이펙터 세포, 및 종양 세포를 포함하지만, 이에 제한되지 않는 PD-L2 발현 세포에서 적절하게 평가된다. 대표적인 PD-L2 발현 세포-함유 환자 시료에는 고형 종양과 같은 조직 시료 및 말초 혈액과 같은 유체 시료를 포함한다. 일부 실시양태에서, 시료는 치료법으로 치료하기 전에 수득된다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 포르말린 고정 및 파라핀 매립, 보관, 신선 또는 냉동된 상태이다. 일부 실시양태에서, 시료는 전혈이다. 일부 실시양태에서, 전혈은 면역 세포(예를 들어, DC와 같은 APC 및 B-세포 및 T-세포와 같은 면역 이펙터 세포), 순환 종양 세포 및 이들의 임의의 조합을 포함한다.
세포 위치(예를 들어, 표면, 세포질 또는 핵)에서 본 발명의 바이오마커(예를 들어, PD-L2(예를 들어, 핵 PD-L2, 핵외 PD-L2 등), 또는 PD-L2와 히스톤 폴리펩타이드(예를 들어, H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 또는 H4 폴리펩타이드)를 포함하는 복합체, 또한 "치료에 대한 반응 바이오마커" 또는 "RTT 바이오마커"로도 통칭됨)의 존재 및/또는 수준/양은 당업계에 공지된 임의의 적합한 기준에 기초하여 정성적으로 및/또는 정량적으로 결정될 수 있다. 특정 실시양태에서, 제1 시료의 세포 위치에서의 RTT 바이오마커의 존재 및/또는 수준/양은 제2 시료의 세포 위치에서의 존재/부재 및/또는 수준/양과 비교하여 증가되거나 상승된다. 특정 실시양태에서, 제1 시료의 세포 위치에서의 RTT 바이오마커의 존재/부재 및/또는 수준/양은 제2 시료의 세포 위치에서의 존재 및/또는 발현 수준/양과 비교하여 감소되거나 축소된다.
임의의 방법의 일부 실시양태에서, 상승된 또는 높은 수준/양은 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포 또는 대조 조직 내 세포 위치에서 RTT 바이오마커의 수준/양과 비교하여 세포 위치에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상 중 임의의 것의 전반적인 증가를 지칭하는 것으로, 예를 들어 본 명세서에 기술된 바와 같은 표준 기술 공지된 방법에 의해 검출된다. 특정 실시양태에서, 상승된 또는 높은 수준/양은 시료 세포 위치에서 RTT 바이오마커의 수준/양의 증가를 지칭하며, 여기서 증가는 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포 또는 대조 조직 내 세포 위치에서 적어도 약 1.2x, 1.3x, 1.4x, 1.5x, 1.75x, 2x, 3x, 4x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 25x, 50x, 75x, 또는 100x 중 임의의 것의 RTT 바이오마커의 수준/양이다. 일부 실시양태에서, 상승된 또는 높은 수준/양은 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 대조 조직 또는 내부 대조군에서의 세포 위치와 비교하여 약 1.5배, 약 1.75배, 약 2배, 약 2.25배, 약 2.5배, 약 2.75배, 약 3.0배, 또는 약 3.25배 초과하는 세포 위치에서의 전반적인 증가를 지칭한다.
임의의 방법 중 일부 실시양태에서, 상승된 또는 높은 수준/양은 제2 세포 위치(예를 들어, 핵외 PD-L2, 세포질 PD-L2, 원형질막 PD-L2 등)에서의 RTT 바이오마커의 수준/양에 대한 제1 세포 위치(예를 들어, 핵 PD-L2)에서의 RTT 바이오마커의 수준/양의 비를 지칭하며, 여기서 비는 약 0.55, 0.60, 0.65, 0.70, 0.75, 0.85, 0.90 또는 0.95 중 어느 것보다 크다.
임의의 방법 중 일부 실시양태에서, 상승된 또는 높은 수준/양은 약 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%,, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%의 환자 세포 중 임의의 것을 초과하는 높은 수준의 RTT 바이오마커를 지칭한다.
임의의 방법 중 일부 실시양태에서, 감소된 또는 낮은 수준/양은 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포 또는 대조 조직 내 세포 위치에서 수준/양과 비교하여 세포 위치 내 RTT의 수준에서 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상 중 임의의 것의 전반적인 감소를 지칭하는 것으로, 예를 들어 본 명세서에 기술된 바와 같은 표준 기술 공지된 방법에 의해 검출된다. 특정 실시양태에서, 감소된 또는 낮은 수준/양은 시료 내 세포 위치에서 RTT 바이오마커의 수준/양의 감소를 지칭하며, 여기서 감소는 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포 또는 대조 조직 내 세포 위치에서 적어도 약 0.9x, 0.8x, 0.7x, 0.6x, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, 또는 0.01x 중 임의의 것의 RTT 바이오마커의 수준/양이다.
시료에서 다양한 RTT 바이오마커의 존재 및/또는 수준/양은 면역조직화학("IHC"), 웨스턴 블롯 분석, 면역침전, 분자 결합 검정, ELISA, ELIFA, 형광 활성화 세포 분류("FACS"), 단백질체학을 포함하지만 이에 제한되지 않는 다수의 방법론에 의해 분석될 수 있으며, 이들 중 다수는 당업계에 알려져 있고 숙련된 기술자에 의해 이해된다.
일부 실시양태에 따르면, 존재 및/또는 수준/양은 단백질 수준/양을 관찰함으로써 측정된다. 특정 실시양태에서, 이러한 방법은 바이오마커(들)의 결합을 허용하는 조건하에, 선택적으로 적어도 하나의 히스톤 폴리펩타이드(예를 들어, H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및/또는 H4 폴리펩타이드)에 대한 항체와 조합하여, 시료를 RTT 바이오마커에 대한 항체(예를 들어, 항-PD-L2 항체)와 접촉시키는 단계, 및 항체/항체들 및 바이오마커(들) 사이에 복합체가 형성되는지 여부를 검출하는 단계를 포함한다. 이러한 방법은 시험관내 또는 생체내 방법일 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 항-RTT 바이오마커 항체를 사용하여 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)을 사용한 치료에 적합한 대상체를 선택한다.
특정 실시양태에서, 시료 내 바이오마커 단백질의 존재 및/또는 수준/양은 IHC 및 염색 프로토콜을 사용하여 조사된다. 조직 절편의 IHC 염색은 단백질의 세포 국소화를 포함하여 시료에서 단백질의 존재 또는 수준/양을 결정하거나 검출하는 신뢰할 수 있는 방법인 것으로 나타났다. 일부 실시양태에서, RTT 바이오마커의 수준/양은 다음을 포함하는 방법을 사용하여 결정된다: (a) 항체를 사용하여 시료(예를 들어, 종양 시료 또는 DC와 같은 APC를 포함하는 면역 세포를 포함하는 시료)의 IHC 분석을 수행하는 단계; 및 b) 시료의 세포 위치(예를 들어, 핵, 세포질 및/또는 원형질막)에서 바이오마커의 수준/양을 결정하는 단계. 일부 실시양태에서, IHC 염색 강도는 참조에 대해 결정된다. 일부 실시양태에서, 참조는 참조 값이다. 일부 실시양태에서, 참조는 참조 시료(예를 들어, 대조군 세포주 염색 시료 또는 비-암성 환자 또는 병원성 감염이 결여된 환자의 조직 시료)이다.
일부 실시양태에서, RTT 바이오마커의 존재 및/또는 수준/양은 종양 또는 종양 시료에 대해 평가된다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, 종양 또는 종양 시료는 종양 세포가 차지하는 종양 영역의 일부 또는 전부를 포괄할 수 있다. 일부 실시양태에서, 종양 또는 종양 시료는 종양 관련 종양내 세포 및/또는 종양 관련 기질(예를 들어, 인접 종양 주위 섬유조직형성 기질)이 차지하는 종양 영역을 추가로 포괄할 수 있다. 종양 관련 종양내 세포 및/또는 종양 관련 기질은 주요 종양 덩어리에 바로 인접하고/하거나 근접한 면역 침윤물의 영역(예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같은 종양 침윤 면역 세포)을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, RTT 바이오마커 발현은 종양 세포에 대해 평가된다. 일부 실시양태에서, RTT 바이오마커의 존재 및/또는 수준/양은 면역 세포(예를 들어, DC와 같은 APC 또는 T-세포), 예를 들어 종양 침윤 면역 세포와 같이 위에 기재된 바와 같은 종양 영역 내 또는 말초 혈액을 포함한 혈액과 같은 생물학적 유체 내에서 평가된다.
대안적인 방법에서, 시료는 항체-바이오마커 복합체가 형성되고 복합체를 검출하기에 충분한 조건 하에 RTT 바이오마커에 특이적인 항체와 접촉될 수 있다. 바이오마커의 존재 또는 수준/양은 혈장 또는 혈청을 비롯한 다양한 조직 및 시료를 검정하기 위한 웨스턴 블롯 및 ELISA 절차와 같은 다양한 방식으로 검출될 수 있다. 이러한 분석 형식을 사용하는 광범위한 면역검정 기술을 사용할 수 있고, 예를 들어, 미국 특허 번호 제4,016,043호, 제4,424,279호 및 제4,018,653호를 참조한다. 여기에는 단일 지점 및 2개 지점 또는 비경쟁 유형의 "샌드위치" 검정, 뿐만 아니라 전통적인 경쟁 결합 분석을 모두 포함한다. 이러한 검정에는 표적 바이오마커에 대한 표지된 항체의 직접 결합도 포함된다.
특정 실시양태에서, 시료는 검정된 바이오마커의 양의 차이 및 사용된 시료의 품질의 가변성, 및 검정 실행 간의 가변성 모두에 대해 정규화된다. 이러한 정규화는 잘 알려진 하우스키핑 유전자의 발현 생성물을 포함하는 특정 정규화 바이오마커의 발현을 검출하고 통합함으로써 달성될 수 있다. 대안적으로, 정규화는 모든 검정된 단백질 또는 이의 큰 부분집합(전반적인 정규화 접근)의 평균 또는 중앙값 신호를 기반으로 할 수 있다. 단백질 대 단백질 기준으로, 대상 종양 단백질의 측정된 정규화된 양을 참조 세트에서 발견된 양과 비교한다. 대상체마다 검사된 종양당 각 단백질에 대한 정규화된 수준은 참조 세트에서 측정된 발현 수준의 백분율로 표현될 수 있다. 분석하고자 하는 특정 환자 시료에서 측정된 존재 및/또는 수준/양은 이 범위 내의 일부 백분위수에 속할 것이며, 이는 당업계에 잘 알려진 방법에 의해 결정될 수 있다.
일부 실시양태에서, 시료는 임상학적 시료이다. 다른 실시양태에서, 시료는 진단 검정에 사용된다. 일부 실시양태에서, 시료는 원발성 또는 전이성 종양으로부터 수득된다. 조직 생검은 종양 조직의 대표적인 조각을 수득하기 위해 종종 사용된다. 대안적으로, 종양 세포는 관심 있는 종양 세포를 함유하는 것으로 알려져 있거나 고려되는 조직 또는 유체의 형태로 간접적으로 수득될 수 있다. 예를 들어, 폐암 병변의 시료는 절제, 기관지경 검사, 미세 바늘 흡인, 기관지 솔질에 의해 또는 가래, 흉수 또는 혈액에서 수득할 수 있다. 단백질은 암이나 종양 조직 또는 소변, 가래, 혈청 또는 혈장과 같은 기타 신체 시료에서 검출될 수 있다. 암 세포는 암 병변에서 벗어나 이러한 신체 시료에 나타날 수 있다. 이러한 신체 시료를 스크리닝함으로써 이러한 암에 대한 간단한 조기 진단을 달성할 수 있다. 또한, RTT 바이오마커에 대해 이러한 신체 시료를 검사함으로써 치료법에 대한 반응을 보다 쉽게 모니터링할 수 있다.
암 시료에서 표적 단백질의 검출을 위해 위에서 논의된 동일한 기술을 병원성 감염과 관련된 조직 및 생물학적 유체를 포함하는 다른 신체 시료에 적용할 수 있다.
특정 실시양태에서, 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 또는 대조 조직은 검사 시료를 수득한 시점과는 상이한 하나 이상의 시점에서 동일한 대상체 또는 개체로부터 수득되는 단일 시료 또는 조합된 다중 시료이다. 예를 들어, 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 또는 대조 조직은 검사 시료가 수득될 때보다 더 이른 시점에 동일한 대상 또는 개체로부터 수득된다. 이러한 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포 또는 대조 조직은 참조 시료가 암의 초기 진단 동안 수득되고, 후에 암이 전이되거나 치료법에 대한 치료에 내성이 있을 때 시험 시료를 수득하는 경우 유용할 수 있다.
특정 실시양태에서, 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 하나 이상의 건강한 개체로부터의 다중 시료의 조합이다. 특정 실시양태에서, 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 질병을 앓고 있는 하나 이상의 개체로부터의 다중 시료의 조합이다. 특정 실시양태에서, 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 하나 이상의 개체로부터의 혈액과 같은 정상 조직 또는 생물학적 유체으로부터 채취한 시료이다. 특정 실시양태에서, 참조 시료, 참조 세포, 참조 조직, 대조 시료, 대조 세포, 또는 대조 조직은 대상체 또는 개체가 아닌 질병(예를 들어, 암 또는 병원성 감염)을 앓고 있는 하나 이상의 개체로부터의 종양 조직의 채취 시료 또는 채취한 혈액 시료이다.
일부 실시양태에서, 시료는 개체의 조직 시료이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 종양 조직 시료(예를 들어, 생검 조직)이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 폐 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 신장 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 피부 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 췌장 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 위 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 방광 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 식도 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 중피 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 유방 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 갑상선 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 결장직장 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 두경부 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 골육종 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 전립선 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 난소 조직, HCC(간), 혈액 세포, 림프절, 및/또는 골/골수 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 결장 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 자궁내막 조직이다. 일부 실시양태에서, 조직 시료는 뇌 조직(예를 들어, 교모세포종, 신경모세포종 등)이다.
일부 실시양태에서, 종양 조직 시료(용어 "종양 시료"는 본 명세서에서 상호교환가능하게 사용됨)은 종양 세포가 차지하는 종양 영역의 일부 또는 전부를 포괄할 수 있다. 일부 실시양태에서, 종양 또는 종양 시료는 종양 관련 종양내 세포 및/또는 종양 관련 기질(예를 들어, 인접 종양 주위 섬유조직형성 기질)이 차지하는 종양 영역을 추가로 포괄할 수 있다. 종양 관련 종양내 세포 및/또는 종양 관련 기질은 주요 종양 덩어리에 바로 인접하고/하거나 근접한 면역 침윤물의 영역(예를 들어, 본 명세서에 기재된 바와 같은 종양 침윤 면역 세포)을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 종양 세포 염색은 임의의 강도의 핵 염색을 나타내는 모든 종양 세포의 백분율로 표현된다. 침윤성 면역 세포 염색은 모든 강도의 염색을 나타내는 면역 세포가 차지하는 전체 종양 면적의 백분율로 표현될 수 있다. 전체 종양 영역은 주요 종양 덩어리에 바로 인접하고 근접한 면역 침윤 영역을 포함하여 악성 세포 및 종양 관련 기질을 포괄한다. 또한, 침윤성 면역 세포 염색은 모든 종양 침윤성 면역 세포의 백분율로 표현될 수 있다.
일부 실시양태에서, 면역 세포 염색(예를 들어, DC와 같은 APC, 또는 B-세포 및/또는 T-세포와 같은 면역 이펙터 세포의 염색)은 임의의 강도의 핵 염색을 나타내는 모든 면역 세포의 백분율로 표현된다.
임의의 방법의 일부 실시양태에서, 질병은 종양이다. 일부 실시양태에서, 종양은 악성 암성 종양(즉, 암)이다. 일부 실시양태에서, 종양 및/또는 암은 고형 종양 또는 비-고형 또는 연조직 종양이다. 연조직 종양의 예로는 백혈병(예를 들어, 만성 골수성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 성인 급성 림프모구 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 성숙한 B-세포 급성 림프모구 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 전림프구성 백혈병, 또는 모세포 백혈병) 또는 림프종(예를 들어, 비호지킨 림프종, 피부 T 세포 림프종 또는 호지킨병)을 포함한다. 고형 종양에는 혈액, 골수 또는 림프계 이외의 신체 조직의 모든 암을 포함한다. 고형 종양은 상피 세포 기원의 종양과 비-상피 세포 기원의 종양으로 분류될 수 있다. 상피 세포 고형 종양의 예는 위장관, 결장, 결장직장(예를 들어, 기저성 결장직장 암종), 유방, 전립선, 폐, 신장, 간, 췌장, 난소(예를 들어, 자궁내막양 난소 암종), 두경부, 구강, 위, 십이지장, 소장, 대장, 항문, 담낭, 음순, 비인두, 피부, 자궁, 남성 생식기, 비뇨 기관(예를 들어, 요로상피암, 이형성 요로상피암, 이행세포암), 방광 및 피부의 종양을 포함한다. 비-상피 기원의 고형 종양에는 육종, 뇌종양 및 골종양을 포함한다. 일부 실시양태에서, 암은 비-소세포 폐암(NSCLC)이다. 일부 실시양태에서, 암은 2차 또는 3차 국소 진행성 또는 전이성 비-소세포 폐암이다. 일부 실시양태에서, 암은 선암종이다. 일부 실시양태에서, 암은 편평 세포 암종이다. 일부 실시양태에서, 암은 비-소세포 폐암(NSCLC), 교모세포종, 신경모세포종, 흑색종, 유방 암종(예를 들어, 삼중-음성 유방암), 위암, 결장직장암(CRC), 또는 간세포 암종이다. 일부 실시양태에서, 암은 원발성 종양이다. 일부 실시양태에서, 암은 임의의 상기 유형의 암으로부터 유래된 제2 부위의 전이성 종양이다.
임의의 방법의 일부 실시양태에서, 질병은 감염성 질병(즉, 병원성 감염에 의해 발병된 질병)이다. 감염은 만성 또는 급성일 수 있고 적절하게는 박테리아, 바이러스, 진균 및 원생생물로부터 선택된 병원체로부터 기인한다. 박테리아에 의해 유발되는 예시적인 질병은 선택적으로 패혈증, 패혈성 쇼크, 부비동염, 피부 감염, 폐렴, 기관지염, 수막염, 세균성 질염, 요로 감염(UTI), 세균성 위장염, 농가진 및 단독(erysipelas), 단독, 봉와직염, 탄저병, 백일해, 라임병, 브루셀라증, 장염, 급성 장염, 파상풍, 디프테리아, 위막성 대장염, 가스 괴저, 급성 식중독, 혐기성 봉와직염, 병원 감염, 설사, 영아 뇌수막염, 여행자 설사, 출혈성 대장염, 용혈성 요독 증후군, 야토병, 소화성 궤양, 위 및 십이지장 궤양, 군인병, 폰티악열, 렙토스피라증, 리스테리아증, 나병(한센병), 결핵, 임질, 신생아 안과, 패혈성 관절염, 수막염을 포함한 수막구균성 질병, 워터하우스 프리드리히센 증후군, 슈도모나스 감염, 로키산홍반열, 장티푸스형 살모넬라증, 위장염 및 장염을 동반한 살모넬라증, 세균성 이질/적리, 응고효소-양성 포도상 구균 감염: 확산 피부 감염(농가진)을 포함한 국소 피부 감염, 심부 국소 감염, 급성 감염성 심내막염, 패혈증, 괴사성 폐렴, 독성 쇼크 증후군 및 포도구균 식중독과 같은 독소, 방광염, 자궁내막염, 중이염, 연쇄상구균 인두염, 성홍열, 류마티스열, 산욕열, 괴사성 근막염, 콜레라, 페스트(선페스트, 폐렴페스트를 포함함), 뿐만 아니라 헬리코박터 파일로리, 보렐리아 부르그도르페리, 레지오넬라 뉴모필리아, 마이코박테리아 종(예를 들어, M. tuberculosis, M. avium, M. intracellulare, M. kansaii, M. gordonae)으로부터 선택되지만, 이에 제한되지 않는 박테리아에 의해 유발된 모든 감염, 황색포도상구균, 나이세리아 임질, 나이세리아 수막염, 리스테리아 모노사이토게네스, 스트렙토코커스 피오게네스(그룹 A 연쇄상 구균), 스트렙토코커스 아갈락티아에(그룹 B 연쇄상 구균), 스트렙토코커스(비리단스 그룹), 스트렙토코커스 파에칼리스, 스트렙토코커스 보비스, 스트렙토코커스(혐기성 종), 스트렙토코커스 뉴모니에, 병원성 캄필로박터 종, 엔테로코커스 종, 헤모필루스 인플루엔자, 안트라시스 바실러스, 코리네박테리움 디프테리아, 코리네박테리움 종, 에리시펠로트릭스 루시오파티에, 클로스트리디움 퍼프린저스, 클로스트리디움 테타니, 엔테로박터 에로게네스, 클렙시엘라 뉴모니에, 파스퇴렐라 멀티코다, 박테로이데스 종, 푸소박테리움 뉴클레아툼, 스트렙토바실러스 모닐리포르미스, 트레포네마 팔리디움, 트레포네마 퍼테뉴, 렙토스피라 및 악티노마이세스 이스라엘리 중 하나 이상을 선택적으로 포함할 수 있다.
바이러스에 의해 유발되는 감염성 질병의 비제한적인 예는 후천성 면역 결핍증(AIDS), 웨스트 나일 뇌염, 코로나바이러스 감염, 리노바이러스 감염, 인플루엔자, 뎅기열, 출혈열; 이과 감염; 중증급성호흡기증후군(SARS), 급성 열성 인두염, 인두결막열, 유행성 각결막염, 유아 위장염, 전염성단핵구증, 버킷림프종, 급성간염, 만성간염, 간경변증, 간세포암종, 원발성 HSV-1 감염(어린이의 치은구내염, 성인의 편도염 및 인두염, 각결막염), 잠복 HSV-1 감염(구순포진, 입술포진), 무균성 뇌수막염, 거대세포바이러스 감염, 세포비대 봉입질병, 카포시 육종, 캐슬만병, 원발성 삼출성 림프종, 인플루엔자, 홍역, 뇌염, 감염후 뇌척수염, 유행성 이하선염, 과형성 상피 병변(흔한, 편평한, 발바닥 및 항문 생식기 사마귀, 후두 유두종, 표피이형성증), 크루프, 폐렴, 세기관지염, 소아마비, 광견병, 세기관지염, 폐렴, 풍진, 선천성 풍진, 출혈열, 수두, 뎅기열, 에볼라 감염, 에코바이러스 감염, 엡스타인-바 바이러스(EBV) 감염, 제5병, 필로바이러스, 플라비바이러스, 수족구병, 대상포진 바이러스(대상포진), 인유두종 바이러스 관련 표피 병변, 라사열, 림프구성 맥락수막염, 파라인플루엔자 바이러스 감염, 파라믹소바이러스, 파보바이러스 B19 감염, 피코르나바이러스, 폭스바이러스 감염, 로타바이러스 설사, 풍진, 홍역, 수두, 바리올라 감염으로부터 선택된다.
진균에 의한 대표적인 질병은 알레르기성 기관지폐 아스페르길루스증, 아스페르길루스종, 아스페르길루스증, 담자균증, 분구균증, 칸디다증, 만성 폐 아스페르길루스증, 항아리곰팡이병, 콕시디오이드진균증, 분생포자균증, 속깜부비병(보리), 효모균증, 피부사상균, 피부사상균피진, 피부사상균증, 내분비균증, 곤충병원성 곰팡이, 후천성 림프관염, 후천성 궤양 증후군, 식도 칸디다증, 엑소트릭스, 진균혈증, 히스토플라스마증, 로보진균증, 마소포라 시카디나(massospora cicadina), 진균증, 미코스파에렐라 프라가리아에, 고막진균증, 파라콕시디오이드진균증, 병원성 진균, 페니실리증, 천구병, 백선, 제아스포라, 접합균증을 포함한다.
기생충에 의해 유발되는 예시적인 질병에는 가시메바, 아메바증, 회충증, 안구흡충증, 아니사키증, 바베시아증, 발란티다증, 아프리카너구리회충증(baylisascariasis), 블라스토시스티스증, 칸디루, 샤가스병, 간질성 결장염, 달팽이관 균증, 콕시디아, 중국간 흡충 크립토스포리디움증, 디엔타메바증, 디필로보트리아증, 디옥토피메 신염 감염, 드라쿤쿨리아증, 포충증, 상피증, 요충증, 간질병, 비대흡충증, 사상충증, 편모충증, 악구충증, 막양조충증(hymenolepiasis), 할존 증후군, 포자충증, 카타야마 발열, 리슈만편모충증, 림프 사상충증, 말라리아, 요코가와흡충증(metagonimiasis), 승저증(myiasis), 사상충증, 이기생증(pediculosis), 원발성 아메바성 수막뇌염, 기생충성 폐렴(parasitic pneumonia), 폐흡충증(paragonimiasis), 옴, 주혈흡충증, 수면병, 분선충증, 고충증, 리노스포리디움증, 사상충증, 태니아증(낭포충증의 원인), 톡소카리아증, 톡소플라스마증, 선모충증, 트리코모나스증(trichomoniasis), 트리쿠리아증, 트리파노소마증, 촌충 감염이 포함된다.
특정 실시양태에서, 감염성 질병은 B형 간염, C형 간염, 감염성 단핵구증, EBV, 거대세포바이러스, AIDS, HIV-1, HIV-2, 결핵, 말라리아 및 주혈흡충증 중 임의의 것에 의해 유발되는 질병이다.
일부 실시양태에서, RTT 바이오마커는 FACS, 웨스턴 블롯, ELISA, 면역침전, 면역조직화학, 면역형광, 방사선면역검정, 도트 블롯팅, 면역검출 방법, HPLC, 표면 플라즈몬 공명, 광학 분광법, 질량 분석법, HPLC 및 이의 조합으로 이루어진 그룹으로부터 선택된 방법을 사용하여 시료에서 검출된다. 일부 실시양태에서, RTT 바이오마커는 혈액 시료에서 검출된다. 일부 실시양태에서, RTT 바이오마커는 혈액 시료 내 순환 종양 세포에서 검출된다. 일부 실시양태에서, RTT 바이오마커는 면역 세포(예를 들어, 면역 이펙터 세포, 및 DC와 같은 APC)에서 검출된다. 세포 집단을 분리/농축하기 위한 임의의 적합한 방법(세포 분류를 포함하며 이에 제한되지 않음)이 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 핵 PD-L2의 수준/양은 치료법, 적합하게는 면역치료법(예를 들어, 항-PD-1 길항제 항체와 같은 항-면역 체크포인트 분자 항체를 포함하는 것)을 사용한 치료에 반응하는 개체로부터의 시료에서 감소된다. 일부 실시양태에서, 핵 PD-L2의 수준/양은 치료법, 적합하게는 면역치료법(예를 들어, 항-PD-1 길항제 항체와 같은 항-면역 체크포인트 분자 항체를 포함하는 것)을 사용한 치료에 반응하지 않거나 약하게 반응하는 개체로부터의 시료에서 상승된다. 일부 실시양태에서, 핵외 PD-L2의 수준/양은 치료법, 적합하게는 면역치료법(예를 들어, 항-PD-1 길항제 항체와 같은 항-면역 체크포인트 분자 항체를 포함하는 것)을 사용한 치료에 반응하지 않거나 약하게 반응하는 개체로부터의 시료에서 감소된다. 일부 실시양태에서, 핵외 PD-L2의 수준/양은 치료법, 적합하게는 면역치료법(예를 들어, 항-PD-1 길항제 항체와 같은 항-면역 체크포인트 분자 항체를 포함하는 것)을 사용한 치료에 반응하는 개체로부터의 시료에서 상승된다.
또한 본 발명에는 PD-L2가 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)와 핵에서 공동-극소화되고, 이러한 공동-국소화가 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 내성 또는 무반응, 질병 상태(예를 들어, 중증도 또는 질병의 진행) 및/또는 면역 상태(예를 들어, T 세포 기능 및 항원-제시 세포 기능을 포함한 면역 기능)에 적어도 부분적으로 기여하는 결정을 기반으로 하는 예측/예후 방법 및 키트가 제공된다. 이들 방법은 적절하게는 (i) PD-L2-발현 세포(예를 들어, 종양 세포 또는 면역 이펙터 세포를 포함하는 면역 세포, 및 APC, 예를 들어, DC)를 포함하는 시료를 환자로부터 수득하는 단계; (ii) 시료를 시료 내의 PD-L2에 결합하는 제1 항원-결합 분자 및 시료 내의 PD-L2-결합 파트너에 결합하는 제2 항원-결합 분자와 접촉시키는 단계; 및 (iii) PD-L2-발현 세포의 핵 내 제1 및 제2 항원-결합 분자(들)의 국소화를 검출하는 단계[여기서 PD-L2-발현 세포의 핵 내 제1 및 제2 항원-결합 분자의 국소화는 PD-L2-발현 세포가 치료법에 대한 내성 가능성을 증가하고, 환자가 치료법에 대해 반응하지 않을 가능성이 있으며, 환자가 치료법으로 치료하지 않기 위해 선택되고/거나 환자에 대한 치료 결과가 가능한 부정적인 치료 결과일 것으로 예측됨을 나타냄]를 포함한다.
PD-L2-발현 세포의 핵에서 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너의 국소화는 임의의 적합한 국소화 기술, 예를 들어 IHC에 의해, 전형적으로 항-PD-L2-결합 파트너 항체와 상이한 검출가능한 잔기 또는 표지를 갖는 항-PD-L2 항체를 사용하여 수행될 수 있다. 일부 실시양태에서, PD-L2와 PD-L2의 핵 결합 파트너 사이의 복합체 형성을 평가하는 데 사용될 수 있는 공간적 근접 검정("근접 검정"으로도 지칭됨)이 사용된다. 근접 검정은 "근접 프로빙"의 원리에 의존하며, 여기서 분석물, 일반적으로 항원은 다중(즉, 2개 이상, 일반적으로 2개, 3개 또는 4개) 결합제 또는 프로브의 동시 결합에 의해 검출되어 분석물(따라서 "근접 프로브")에 결합하여 근접하게 되면 신호가 생성될 수 있다.
일부 실시양태에서, 적어도 하나의 근접 프로브는 프로브의 분석물-결합 도메인(또는 잔기)에 연결된 핵산 도메인(또는 잔기)을 포함하고, 신호의 생성은 핵산 잔기 및/또는 또는 다른 프로브(들)에 의해 운반되는 추가의 기능적 잔기 사이에 상호 작용을 포함한다. 따라서 신호 생성은 프로브 사이의 상호작용(보다 구체적으로 핵산 또는 이들에 의해 운반되는 다른 기능적 잔기/도메인)에 의존하고, 이에 따라 필요한 두 개(또는 그 이상)의 프로브가 모두 분석물에 결합되는 경우에만 발생함으로써 탐지 시스템에 향상된 특이성을 제공한다. 근접 프로빙의 개념은 최근 몇 년 동안 개발되어왔으며 이 원리를 기반으로 하는 다수의 검정이 현재 당업계에 잘 공지되어 있다.
근접 검정은 전형적으로 두 개의 특정 단백질 또는 이의 부분이 근접해 있는지 여부, 예를 들어 서로 결합된 단백질, 융합 단백질, 및/또는 근접하게 위치한 단백질을 평가하는 데 사용된다. 근접 결찰 검정(PLA)으로 공지되고 본 발명의 일부 실시양태에서 사용되는 이러한 하나의 검정은 관심 표적에 결합된 2개의 항체(서로 다른 종에서 발생됨)를 특징으로 한다(Nature Methods 3, 995-1000 (2006) 참조). 이 후, 고유한 올리고뉴클레오타이드 가닥이 부착된 종-특이적 이차 항체인 PLA 프로브는 적절한 1차 항체에 결합된다. 표적이 근접하게 있는 경우 PLA 프로브의 올리고뉴클레오타이드 가닥은 추가 ssDNA 및 DNA 리가제와 상호작용할 수 있으므로 회전 원형 증폭(RCA)을 통해 순환 및 증폭될 수 있다. Phi29 DNA 중합효소와 같은 고도로 진행되는 DNA 중합효소를 사용하면 원형 DNA 주형이 수백에서 수천 배 더 오래 복제될 수 있으며 결과적으로 수백 나노미터 내지 미크론 길이의 ssDNA 분자를 생성할 수 있다(참조, Angewandte Chemie International Edition, 2008, 47, 6330-6337). 증폭 후, 복제된 DNA는 검출 시스템을 통해 검출될 수 있다. 따라서 가시적 신호는 관심 표적이 근접해 있다는 것을 나타낸다. 이러한 검정은 DNA 리가제 및 DNA 중합효소와 같은 효소뿐만 아니라 여러 DNA-항체 접합체의 사용을 특징으로 한다.
다른 실시양태에서, 이중 결합제(DB) 검정이 사용되며, 이는 유연한 링커에 의해 연결된 빠른 오프 속도 동역학을 갖는 2개의 Fab 단편으로 구성된 이중-특이적 검출제를 사용한다(Van dieck 외, 2014 Chemistry & Biology Vol.21(3):357-368). 원칙적으로, 이중 결합제는 빠른 오프 속도 동역학을 갖는 Fab 단편을 포함하기 때문에, Fab 단편 중 하나만 에피토프에 결합된 경우 이중 결합제는 세척된다(이중 결합제의 두 Fab 단편의 동시 협력 결합은 이중 결합제의 해리를 방지하고 양성 염색/가시성을 유도함).
본 발명의 실시에 포함되는 국제 공개 번호 제WO2014/139980호에 개시된 또 다른 접근법에 따르면, 근접 검정을 수행하기 위해 바이오틴 리가제 기질 및 효소를 사용하는 근접 검정 및 도구가 기재되어 있다. 이 방법은 시료의 세포 내용물을 유지하면서 표적 분자의 검출 및 근접성을 제공한다. E. coli의 효소와 같은 비오틴 리가제 및 해당 효소에 대한 아미노산 기질과 같은 펩타이드 기질을 사용하여 FFPE 시료에서 단백질-단백질 상호작용의 민감하고 특이적인 검출을 제공한다. 비오틴 리가제는 비오틴이 존재할 때 적절한 펩타이드 기질을 효율적으로 비오틴화할 수 있고, 효소가 펩타이드 기질과 물리적으로 접촉할 때만 반응이 일어날 수 있기 때문에, 비오틴 리가아제와 기질은 각각 관심 표적을 인식하는 2개의 항체에 별도로 접합될 수 있다.
일부 실시양태에서, 하나 이상의 바이오마커 단백질의 수준/양 및/또는 이들의 세포 위치/분포는 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법, 면역치료법)을 받지 않는 대상체로부터의 시료를 포함할 수 있는 참조와 비교할 수 있다. 일부 실시양태에서, 참조는 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)을 받기 전에 동일한 대상체로부터의 시료를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 참조는 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)을 받는 다른 대상체의 하나 이상의 시료로부터의 참조 값을 포함할 수 있다. 예를 들어, 환자 집단이 치료될 수 있고, 적어도 하나의 RTT 바이오마커 및/또는 이의 세포 위치/분포의 수준/양에 대한 중간, 평균 또는 중앙값이 집단 전체로부터 생성될 수 있다. 공통된 특성(예를 들어, 동일한 암 유형 또는 병원성 감염 및/또는 단계, 공통 치료법에 대한 노출)을 갖는 질병에서 수득한 시료 세트는 임상 결과 연구와 같이 집단에서 연구할 수 있다. 이 세트는 환자의 시료를 비교할 수 있는 참조(예를 들어, 참조 번호)를 도출하는 데 사용할 수 있다.
본 발명의 특정 국면은 시료에서 하나 이상의 RTT 바이오마커의 수준/양의 측정에 관한 것이다. 일부 실시양태에서, 시료는 암 세포를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 시료는 말초 혈액 시료(예를 들어, 종양 또는 병원성 감염이 있는 환자로부터)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 시료는 종양 시료이다. 종양 시료는 암세포, 림프구, 백혈구, 기질, 혈관, 결합 조직, 기저판 및 종양과 관련된 임의의 다른 세포 유형을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 시료는 종양-침윤성 백혈구를 함유하는 종양 조직 시료이다. 일부 실시양태에서, 시료는 하나 이상의 세포 유형(예를 들어, 백혈구)을 분리 또는 단리하기 위해 처리될 수 있다. 일부 실시양태에서, 시료는 세포 유형을 분리하거나 단리하지 않고 사용할 수 있다.
종양 시료는 생검, 내시경 검사 또는 수술 절차를 포함하나 이에 제한되지 않는 당업계에 공지된 임의의 방법에 의해 대상체로부터 수득될 수 있다. 일부 실시양태에서, 종양 시료는 동결, 고정(예를 들어, 포르말린 또는 유사한 고정제 사용) 및/또는 파라핀 왁스에 매립과 같은 방법에 의해 제조될 수 있다. 일부 실시양태에서, 종양 시료는 절단될 수 있다. 일부 실시양태에서, 새로운 종양 시료(즉, 상기 기재된 방법에 의해 제조되지 않은 시료)이 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 종양 시료는 mRNA 및/또는 단백질 무결성을 보존하기 위해 용액에서 배양함으로써 제조될 수 있다.
일부 실시양태에서, 시료는 말초 혈액 시료일 수 있다. 말초 혈액 시료는 백혈구, PBMC 등을 포함할 수 있다. 말초 혈액 시료로부터 백혈구를 분리하기 위해 당업계에 공지된 임의의 기술이 사용될 수 있다. 예를 들어, 혈액 시료를 채취하고 적혈구를 용해하고 백혈구 펠렛을 분리하여 시료에 사용될 수 있다. 또 다른 예에서, 밀도 구배 분리를 사용하여 적혈구로부터 백혈구(예를 들어, PBMC)를 분리할 수 있다. 일부 실시양태에서, 새로운 말초 혈액 시료(즉, 위에서 설명한 방법에 의해 준비되지 않은 시료)가 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 말초 혈액 시료는 mRNA 및/또는 단백질 무결성을 보존하기 위해 용액에서 배양함으로써 제조될 수 있다.
일부 실시양태에서, 치료법에 대한 반응성은 생존 연장(전체 생존 및 무진행 생존을 포함함); 객관적인 반응(완전 반응 또는 부분 반응을 포함함) 생성; 또는 암의 징후 또는 증상 개선 중 임의의 하나 이상을 지칭한다. 일부 실시양태에서, 반응성은 암 환자의 종양 상태, 즉, 반응, 안정화 또는 진행을 결정하기 위한 RECIST 가이드라인의 공개된 세트에 따른 하나 이상의 인자의 개선을 지칭할 수 있다. 이들 지침에 대한 자세한 내용은 문헌[Eisenhauer 외 (2009 Eur J Cancer 45: 228-47), Topalian 외 (2012 N Engl J Med 366:2443-54), Wolchok 외 (2009 Clin Can Res 15:7412-20) and Therasse 외 (2000 J. Natl. Cancer Inst. 92:205-16)]을 참조한다. 반응 대상체는 예를 들어 RECIST 기준에 기초한 하나 이상의 인자에 따라 암(들)이 개선을 나타내는 대상체를 지칭할 수 있다. 무반응 대상체는 예를 들어 RECIST 기준에 기초한 하나 이상의 인자에 따라 암(들)이 개선을 나타내지 않는 대상체를 지칭할 수 있다.
일부 실시양태에서, 통상적인 반응 기준은 새로운 병변의 출현을 포함하는 초기 명백한 방사선학적 진행이 선행될 수 있는 지연된 반응을 생성할 수 있는 항암 치료법의 활성을 특성화하기에 적절하지 않을 수 있다. 따라서 새로운 병변의 가능한 출현을 설명하고 후속 평가에서 방사선학적 진행을 확인할 수 있도록 수정된 반응 기준이 개발되어왔다. 따라서, 일부 실시양태에서, 반응성은 면역-관련 반응 기준(irRC)에 따른 하나 이상의 인자의 개선을 지칭할 수 있다. 예를 들어, 문헌[Wolchok 외 (2009, 상기)]을 참조한다. 일부 실시양태에서, 새로운 병변이 정의된 종양 부담에 추가되고, 예를 들어 후속 평가에서 방사선학적 진행에 대해 추적된다. 일부 실시양태에서, 비-표적 병변의 존재는 완전 반응의 평가에 포함되고 방사선학적 진행의 평가에는 포함되지 않는다. 일부 실시양태에서, 방사선학적 진행은 측정 가능한 질병에 기초하여만 결정될 수 있고/있거나 처음 기록된 날짜로부터 ≥4주 연속 평가에 의해 확인될 수 있다.
일부 실시양태에서, 반응성은 면역 활성화를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 반응성은 치료 효능을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 반응성은 면역 활성화 및 치료 효능을 포함할 수 있다.
3. 바이오마커 패널.
본 발명의 바이오마커는 환자의 치료법 시그니처 상태에 대한 반응을 평가, 결정 및/또는 검정(본 명세서에서 상호교환적으로 사용됨)하고 따라서 환자의 직접적인 치료를 위한 예측 및/또는 예후 시험에 사용될 수 있다. "치료법 시그니처 상태에 대한 반응"이라는 문구는 치료법 시그니처에 대한 높은 반응(RT 높음) 및 치료법 시그니처에 대한 낮은 반응(RT 낮음)을 포함한다. 이 상태를 기반으로 추가 검사 또는 치료 절차 또는 섭생을 포함한 추가 절차가 표시될 수 있다.
이들 및 기타 바이오마커가 본 명세서에 개시되어 있고, 이들 바이오마커의 조합, 부분집합, 상호작용, 그룹 등이 개시될 때, 각각의 다양한 개별 및 집합적 조합 및 이들 화합물의 순열에 대한 특정 참조가 명시적으로 개시되지 않을 수 있으나, 각각은 본 명세서에 구체적으로 고려되고 기재되어 있음을 이해해야한다. 따라서 바이오마커 A, B, C의 패널 뿐만 아니라 바이오마커 D, E, F의 부류와 조합 패널 AD의 예가 기술되고, 심지어 각각이 개별적으로 열거되지 않고 의미 조합으로 집합적으로 고려되어지더라도, AE, AF, BD, BE, BF, CD, CE 및 CF가 기술된 것으로 간주된다. 유사하게, 이들의 임의의 서브세트 또는 조합도 개시된다. 따라서 예를 들어 A-E, B-F 및 C-E의 하위 그룹이 개시된 것으로 간주된다. 이 개념은 개시된 바이오마커를 사용하는 방법 내 단계를 포함하지만 이에 국한되지 않는 본 출원의 모든 국면에 적용된다. 따라서, 수행될 수 있는 다양한 추가 단계가 있는 경우, 이들 추가 단계 각각은 개시된 방법의 임의의 특정 실시양태 또는 실시양태의 조합으로 수행될 수 있음을 이해해야 한다.
치료법 시그니처 패널에 대한 반응은 적절하게는 PD-L2(예를 들어, 핵 PD-L2 및 핵외 PD-L2 중 하나 또는 둘 다) 및 PD-L2의 하나 이상의 핵 결합 파트너(예를 들어, H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하지만 이에 제한되지 않는 히스톤 폴리펩타이드)를 포함한다. 이들 시그니처의 비제한적인 예는 핵 PD-L2:핵외 PD-L2; PD-L2:H2A; PD-L2:H2AX; 및 PD-L2:H4을 포함한다.
치료법에 대한 반응을 정확하게 예측하는 분석의 능력은 일반적으로 분석의 민감도, 분석의 특이도 또는 수신기 조작 특성("ROC") 곡선 아래 영역으로 측정된다. 민감도는 검사에서 긍정으로 예측되는 진짜 양성의 백분율이고, 특이도는 검사에서 부정으로 예측되는 진짜 음성의 백분율이다. ROC 곡선은 1-특이도의 함수로 검사의 민감도를 제공한다. ROC 곡선 아래 영역이 클수록 검사의 예측 값이 더 강력하다. 검사의 유용성에 대한 다른 유용한 측정값은 양성 예측값과 음성 예측값이다. 양성 예측값은 실제로 양성인 긍정 반응을 보인 사람의 비율이다. 음성 예측값은 실제로 음성인 부정 반응을 보인 사람의 비율이다.
특정 실시양태에서, 본 발명의 바이오마커 시그니처는 적어도 p<0.05, p<10-2, p<10-3, p<10-4 또는 p<10-5의 치료 상태에 대한 상이한 반응에서 통계적 차이를 나타낼 수 있다. 이들 바이오마커를 사용하는 예측 또는 예후 시험은 적어도 0.6, 적어도 약 0.7, 적어도 약 0.8, 또는 적어도 약 0.9의 ROC를 나타낼 수 있다.
특정 실시양태에서, 바이오마커는 본 명세서에 기재된 방법을 사용하여 환자 시료에서 측정되고 치료법 시그니처 상태에 대한 반응이 계산된다. 특정 실시양태에서, 이 후, 낮은 치료법 반응 시그니처(RT 낮음) 상태로부터 높은 치료법 반응 시그니처(RT 높음) 상태를 구별하는 관련 예측 또는 예후량(들), 컷오프(들), 또는 다변량 모델 점수와 비교하여 측정할 수 있다. 예측 또는 예후량(들)은 환자가 특정 치료법 반응 시그니처 상태를 갖는 것으로 분류되는 상기 또는 하기에 바이오마커(들)의 측정된 양을 나타낸다. 당업계에 잘 알려진 바와 같이, 분석에 사용되는 특정 예측 또는 예후 컷오프(들)를 조정함으로써, 숙련자의 선호도에 따라 분석의 민감도 또는 특이도를 증가시킬 수 있다. 특정 실시양태에서, 특정 예측 또는 예후 컷오프는 목적하는 수준의 특이도 및 민감도에 맞게 예를 들어 치료법 시그니처 상태에 대해 상이한 반응을 갖는 환자로부터 통계적으로 유의한 수의 시료에서 바이오마커의 수준 또는 양을 측정하고 컷오프를 도출함으로써 결정될 수 있다.
또한, 특정 실시양태에서, 바이오마커 패널의 바이오마커에 대해 측정된 값은 수학적으로 조합되고, 조합된 값은 치료법 시그니처에 대한 높거나 낮은 반응의 근본적인 예측 또는 예후 질문과 상관관계가 있다. 바이오마커 값은 당업계에 공지된 임의의 적절한 수학적 방법에 의해 조합될 수 있다. 바이오마커 조합을 질병 상태와 연관시키는 잘 알려진 수학적 방법은 판별 분석(DA)(예를 들어, 선형, 이차, 정규화된 DA), 판별 기능 분석(DFA), 커널 방법(예를 들어, SVM), 다차원 척도(MDS), 비모수 방법(예를 들어, k-최단인접- 이웃 분류기), PLS(부분 최소 제곱), 트리-기반 방법(예를 들어, 논리 회귀, CART, 랜덤 포레스트 방법, 부스팅/배깅 방법), 일반화 선형 모델(예를 들어, 로지스틱 회귀), 주성분 기반 방법(예를 들어, SIMCA), 일반화 가법 모델, 퍼지 논리 기반 방법, 신경망 및 유전 알고리즘 기반 방법과 같은 방법을 사용한다. 당업자는 본 발명의 바이오마커 조합을 평가하기 위한 적절한 방법을 선택하는 데 문제가 없을 것이다. 하나의 실시양태에서, 본 발명의 바이오마커 조합을 연관시키는 데 사용되는 방법은 DA(예를 들어, 선형-, 이차-, 정규화된 판별 분석), DFA, 커널 방법(예를 들어, SVM), MDS, 비모수 방법(예를 들어, k-최근접 이웃 분류기), PLS(부분 최소 제곱), 트리-기반 방법(예를 들어, 논리 회귀, CART, 랜덤 포레스트 방법, 부스팅 방법) 또는 일반화 선형 모델(예를 들어, 로지스틱 회귀) 및 주성분 분석으로부터 선택된다. 이들 통계 방법과 관련된 세부 정보는 다음 참조문헌에서 찾을 수 있다: Ruczinski 외, 12 J. OF COMPUTATIONAL AND GRAPHICAL STATISTICS 475-511 (2003); Friedman, J. H., 84 J. OF THE AMERICAN STATISTICAL ASSOCIATION 165-75 (1989); Hastie, Trevor, Tibshirani, Robert, Friedman, Jerome, The Elements of Statistical Learning, Springer Series in Statistics (2001); Breiman, L., Friedman, J. H., Olshen, R. A., Stone, C. J. Classification and regression trees, California: Wadsworth (1984); Breiman, L., 45 MACHINE LEARNING 5-32 (2001); Pepe, M. S., The Statistical Evaluation of Medical Tests for Classification and Prediction, Oxford Statistical Science Series, 28 (2003); and Duda, R. O., Hart, P. E., Stork, D. G., Pattern Classification, Wiley Interscience, 2nd Edition (2001).
본 발명의 바이오마커는 또한 환자의 질병(예를 들어, 중증도 및/또는 진행) 및/또는 면역 시그니처 상태를 평가, 결정 및/또는 검증하기 위한 예측 및/또는 예후 시험에 사용될 수 있다. 이들 실시양태에서, 환자의 RT 시그니처 상태는 환자의 질병 시그니처 상태와 역 상관관계가 있다. 예를 들어, RT 높음은 환자의 낮은 질병(예를 들어, 중증도 및/또는 진행) 특징 상태와 상관관계가 있고, RT 낮음은 환자의 높은 질병(예를 들어, 중증도 및/또는 진행) 특징 상태와 상관관계가 있다. 반대로, 환자의 RT 시그니처 상태는 환자의 면역 시그니처 상태와 직접적인 상관관계가 있다. 예를 들어, RT 높음은 환자의 높은 면역 시그니처 상태와 상관관계가 있고 RT 낮음은 환자의 낮은 면역 시그니처 상태와 상관관계가 있다.
4. 치료법 시그니처 상태에 대한 반응을 검증하기 위한 분류 알고리즘의 생성
일부 실시양태에서, "공지된 시료"와 같은 시료를 사용하여 생성된 데이터를 사용하여 분류 모델을 "훈련"할 수 있다. "공지된 시료"는 사전 분류된 시료이다. 분류 모델을 형성하는 데 사용되는 데이터는 "훈련 데이터 세트"라고 지칭할 수 있다. 분류 모델을 형성하는 데 사용되는 훈련 데이터 세트는 원 데이터 또는 사전-처리된 데이터를 포함할 수 있다. 일단 훈련되면 분류 모델은 미공지된 시료를 사용하여 생성된 데이터의 패턴을 인식할 수 있다. 이 후, 분류 모델을 사용하여 미공지된 시료를 등급으로 분류할 수 있다. 이는 예를 들어 특정 생물학적 시료가 특정 생물학적 조건과 관련되어 있는지 여부를 예측하는 데 유용할 수 있다.
분류 모델은 데이터에 존재하는 객관적인 매개변수를 기반으로 데이터 본문을 등급으로 구분하려는 적절한 통계적 분류 또는 학습 방법을 사용하여 형성할 수 있다. 분류 방법은 감독되거나 감독되지 않을 수 있다. 감독 및 비감독 분류 프로세스의 예는 교시 내용이 참고로 포함되어 있는 문헌 [Jain, "Statistical Pattern Recognition: A Review", IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Vol. 22, No. 1, January 2000]에 기재되어 있다.　
감독 분류에서, 공지된 범주의 예를 포함하는 훈련 데이터는 공지된 각 등급을 정의하는 하나 이상의 관계 세트를 학습하는 학습 메커니즘에 제공된다. 이 후, 새로운 데이터가 학습 메커니즘에 적용될 수 있으며, 그 다음 학습 메커니즘은 학습된 관계를 사용하여 새로운 데이터를 분류한다. 감독 분류 프로세스의 예는 선형 회귀 프로세스(예를 들어, 다중 선형 회귀(MLR), 부분 최소 제곱(PLS) 회귀 및 주성분 회귀(PCR)), 이진 결정 트리(예를 들어, CART와 같은 재귀적 분할 프로세스), 백 전파 네트워크와 같은 인공 신경망, 판별 분석(예를 들어, 베이지안 분류기 또는 피셔 분석), 로지스틱 분류기 및 지원 벡터 분류기(지원 벡터 기계)를 포함한다.
다른 감독 분류 방법은 재귀적 분할 프로세스이다. 재귀적 분할 프로세스는 재귀적 분할 트리를 사용하여 미공지된 시료에서 파생된 데이터를 분류한다. 재귀적 분할 프로세스에 대한 추가 세부사항은 미국 특허 출원 번호 2002 0138208 A1, Paulse 외 "질량 스펙트럼 분석 방법"에 제공되어 있다.　
다른 실시양태에서, 생성되는 분류 모델은 감독되지 않은 학습 방법을 사용하여 형성될 수 있다. 감독되지 않은 분류는 훈련 데이터 세트가 유래된 스펙트럼을 사전 분류하지 않고 훈련 데이터 세트의 유사성을 기반으로 분류를 학습하려고 시도한다. 감독되지 않은 학습 방법에는 클러스터 분석이 포함된다. 클러스터 분석은 서로 매우 유사하고 다른 클러스터의 구성원과 매우 다른 구성원을 이상적으로 갖는 "클러스터" 또는 "그룹"으로 데이터를 분할하려고 시도한다. 이후, 데이터 항목 간의 거리를 측정하고 서로 더 가까운 데이터 항목을 함께 클러스터링하는 일부 거리 측정법을 사용하여 유사성을 측정한다. 클러스터링 기술에는 맥퀸(MacQueen)의 K-평균 알고리즘과 코호넨(Kohonen)의 자기-조직화 지도(Self-Organizing Map) 알고리즘이 포함된다.
생물학적 정보를 분류하는 데 사용되는 학습 알고리즘은 예를 들어, PCT 국제 공개 번호 WO 제01/31580호(Barnhill 외, "Methods and devices for identifying patterns in biological systems and methods of use thereof"), 미국 특허 출원 공개 번호 제2002/0193950호(Gavin 외, "Method or analyzing mass spectra"), 미국 특허 출원 공개 번호 제2003/0004402호(Hitt 외, "Process for discriminating between biological states based on hidden patterns from biological data"), 및 미국 특허 출원 공개 번호 제2003/0055615호(Zhang and Zhang, "Systems and methods for processing biological expression data")에 기재되어 있다.
분류 모델은 적절한 디지털 컴퓨터에서 형성 및 사용될 수 있다. 적절한 디지털 컴퓨터에는 Unix, Windows® 또는 Linux™ 기반 운영 체제와 같은 표준 또는 특수 운영 체제를 사용하는 초소형, 소형, 또는 대형 컴퓨터가 포함된다. 질량 분석기를 사용하는 실시양태에서, 사용되는 디지털 컴퓨터는 관심 스펙트럼을 생성하는 데 사용되는 질량 분석기와 물리적으로 분리되거나 질량 분석기에 연결될 수 있다.
본 발명의 실시양태에 따른 트레이닝 데이터 세트 및 분류 모델은 디지털 컴퓨터에서 실행되거나 사용되는 컴퓨터 코드로 구현될 수 있다. 컴퓨터 코드는 광학 또는 자기 디스크, 스틱, 테이프 등을 포함하는 적절한 컴퓨터 판독 가능 매체에 저장될 수 있으며, R, C, C++, 비주얼 베이직 등을 포함하는 적절한 컴퓨터 프로그래밍 언어로 작성될 수 있다.
위에서 기재된 학습 알고리즘은 이미 발견된 바이오마커에 대한 분류 알고리즘을 개발하고 새로운 바이오마커를 찾는 데 모두 유용하다. 분류 알고리즘은 차례로 단독으로 또는 조합하여 사용되는 바이오마커에 대한 진단 값(예: 컷오프 지점)을 제공하여 진단 검사의 기반을 형성한다.
일부 실시양태에서, 본 명세서에 개시된 임의의 분류 방법은 하나 이상의 컴퓨터에 의해 적어도 부분적으로 수행될 수 있고/있거나 비일시적 컴퓨터 매체의 데이터베이스에 저장될 수 있다. 일부 실시 양태에서, 본 명세서에 개시된 임의의 분류 방법은 컴퓨터-실행가능 명령어들을 갖는 컴퓨터-판독가능 매체 상에 적어도 부분적으로 구현되거나 저장될 수 있다. 일부 실시양태에서 컴퓨터-판독가능 매체는 임의의 비일시적 및/또는 유형의 컴퓨터 판독가능 매체를 포함한다.
5. 키트
본 발명은 또한 바이오마커의 검출 및/또는 정량화를 가능하게 하는 시약을 포함하는, 본 명세서에 개시된 RTT 바이오마커의 수준/양 및/또는 세포 국소화를 결정하기 위한 키트로 확장된다. 이러한 시약은 예를 들어 바이오마커의 정량화를 가능하게 하는 화합물 또는 물질, 또는 화합물 또는 물질의 세트를 포함한다. 특정 실시양태에서, 화합물, 물질 또는 화합물 또는 물질의 세트는 RNA 물질의 추출, 상응하는 RNA 등, 상응하는 cDNA 합성용 프라이머, DNA 증폭용 프라이머, 및/또는 유전자에 의해 코딩된 RNA(또는 상응하는 cDNA)와 특이적으로 혼성화할 수 있는 프로브, TaqMan 프로브, 근접 검정 프로브, 리가제, 항체 등의 수준의 결정 등을 포함하지만, 이에 제한되지 않는 바이오마커의 수준을 결정할 수 있게 한다.
키트는 또한 선택적으로 표지, 양성 및 음성 대조군, 세척 용액, 블로팅 막, 미세역가 플레이트, 희석 완충액 등의 검출을 위한 적절한 시약을 포함할 수 있다. 예를 들어, 단백질-기반 검출 키트는 (i) 적어도 하나의 PD-L2 폴리펩타이드(양성 대조군으로 사용될 수 있음), (ii) PD-L2 폴리펩타이드에 특이적으로 결합하는 하나 이상의 항원-결합 분자, 및/또는 (iii) H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하지만 이에 제한되지 않는 히스톤 폴리펩타이드 또는 이들의 단편을 포함하는 PD-L2의 적어도 하나의 핵 결합 파트너를 포함할 수 있다. 항원-결합 분자는 적절하게 검출 가능하게 표지되어 있다. 키트는 또한 본 명세서에 설명된 검정 중 하나를 수행하기 위한 다양한 장치(예를 들어, 하나 이상) 및 시약(예를 들어, 하나 이상); 및/또는 RTT 바이오마커의 수준/양을 정량화하기 위한 키트를 사용하기 위해 인쇄된 지침 자료를 특징으로 할 수 있다. 검출 가능한 표지와 선택적으로 관련될 수 있는 본 명세서에 기술된 시약은 본 명세서에 기술된 검정과 함께 사용하기에 적합한 미세유체 카드, 칩 또는 챔버, 마이크로어레이 또는 키트의 형식으로 제공될 수 있다.
진단 키트의 구성 요소를 포장하는 데 적합한 재료는 크리스탈, 플라스틱(폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 폴리카보네이트 등), 병, 바이알, 종이, 봉투 등을 포함할 수 있다. 추가로, 본 발명의 키트는 키트에 함유된 상이한 구성요소의 동시, 순차적 또는 별도의 사용을 위한 지침 자료를 포함할 수 있다. 지침 자료는 인쇄물 형태이거나 전자 저장 매체(자기 디스크, 테이프 등), 광학 매체(CD-ROM, DVD) 등과 같은 대상체가 판독할 수 있도록 지침을 저장할 수 있는 전자 지원 형태일 수 있다. 대안으로 또는 추가로, 미디어는 지침 자료를 제공하는 인터넷 주소를 포함할 수 있다.
6. 환자 분류 및 치료 관리
본 발명은 질병(예를 들어, 병원성 감염 또는 암에 의해 유발된 질병)의 치료를 위한 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법, 면역치료법 등)을 사용한 치료에 적합한 후보인 개체를 선택하거나 식별하는 방법으로 확장된다. 이러한 개체는 치료법에 반응할 것으로 예측되고 이에 따라 상이한 특성(들)(예를 들어, 치료법에 대한 무반응)을 갖는 다른 환자에 비해 치료법의 투여로부터 이익을 얻을 가능성이 증가된 환자를 포함한다. 특정 실시양태에서, 적합한 후보는 치료로부터 합리적으로 이익을 얻을 가능성이 있는 또는 적어도 그 위험 및 부작용의 관점에서 치료를 투여하는 것을 정당화할 만큼 충분히 이익을 얻을 가능성이 있는 사람이다. 본 발명은 또한 질병(예를 들어, 병원성 감염 또는 암에 의해 유발된 질병)의 치료를 위한 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법 등)을 사용한 치료에 적합한 후보가 아닌 개체를 선택하거나 식별하는 방법을 포괄한다. 이러한 개체에는 치료법에 무반응하거나 약하게 반응할 것으로 예측됨에 따라 상이한 특성(예를 들어, 치료에 대한 반응성)을 갖는 다른 환자에 비해 치료법의 투여로부터 이익을 받을 가능성이 감소되거나, 또는 이러한 치료로부터 이익을 얻을 가능성이 낮거나 실질적으로 없어, 상이한 또는 추가 치료를 사용하는 것이 바람직할 수 있는 환자가 포함된다. 일부 실시양태에서, 대상체가 치료법을 사용한 치료에 적합한 후보인지에 대한 여부는 본 명세서에 기재된 바와 같이 환자로부터 수득된 시료에서 적어도 하나의 RTT 바이오마커의 검정에 기초하여 결정된다.
일부 국면에서, 예를 들어 적어도 하나의 RTT 바이오마커의 검정에 기초하여 질병(예를 들어, 병원성 감염 또는 암에 의해 유발된 질병)의 치료가 필요한 환자가 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법 등)을 사용한 치료에 반응할 가능성을 결정하는 단계, 및/또는 이러한 치료를 받을 환자를 식별 및/또는 선택하는 단계의 방법이 본 명세서에 기재되어 있다. 특정 실시양태에서, 치료법은 적합하게는 항-면역 체크포인트 억제제를 사용한 면역치료법이다. "면역 체크포인트 억제제 치료", "면역 체크포인트 억제제를 사용한 치료법" 또는 "면역 체크포인트 억제제 치료법"으로도 지칭되는 "면역 체크포인트 억제제를 사용한 치료"라는 문구는 단일 면역 체크포인트 억제제를 사용한 치료에 관한 실시양태 및 둘 이상의 면역 체크포인트 억제제를 조합하여 사용하는 치료에 관한 실시양태를 포괄한다. 일부 실시양태에서, 면역 체크포인트 억제제 치료는 단일 제제를 사용하거나 둘 이상의 개별 제제를 사용하여 2개 이상의 상이한 면역 체크포인트 경로를 억제하는 것을 포함한다.
본 발명이 용이하게 이해되고 실질적인 효과를 얻을 수 있도록, 특정한 바람직한 실시양태가 다음의 비제한적인 실시예에 의해 설명될 것이다.
실시예
실시예 1
인간 DC에 대한 PD-L2 발현의 핵 전이는 말라리아 중증도와 상관관계가 있다
DC에서 발현된 PD-L1과 PD-L2가 말라리아 면역에 영향을 미친다는 것을 나타내기 위해, 11명의 말라리아 경험이 없는 건강한 인간 지원자를 약물 개발을 위한 3건의 임상 시험에서 1800 또는 2700개의 악성 말라리아 원충(P. falciparum)에 감염된 적혈구(pRBC)로 감염시켰고, 감염 전 및 약 8일 후에 혈액을 조사하였다. 11명의 지원자 모두에서 DC의 약 82%가 감염 전에 PD-L1을 발현했으며 감염 8일째까지 이 리간드를 발현하는 DC의 백분율이 크게 감소하였다(약 18%)(도 1A). 대조적으로, DC의 약 78%는 감염 전에 PD-L2도 발현했지만 11명의 개체 중 8명은 감염 후 PD-L2+ DC의 백분율이 23-37% 감소한 것으로 나타났다(도 1B). 특히, 기생충혈증 및 감염 후(p.i.) PD-L2 발현 DC의 백분율 사이에는 상당한 역 상관관계(inverse correlation)가 있었다(도 1C). 실제로, 높은 PD-L2 발현은 더 나은 감염 제어와 관련되어 있었다.
DC의 핵으로의 PD-L2 전위가 이러한 관찰된 표면 PD-L1 및 PD-L2 발현의 변화에 기여했는지 결정하기 위해 DC를 0일 및 8일에 5명의 지원자의 혈액에서 분리하여 현미경 검사를 수행하였다(도 1D). 0일째에 PD-L1은 세포 표면에 고르게 분포된 반면 PD-L2는 얼룩덜룩한 것으로 나타났다(도 1D). 8일 후, 유세포 분석에 의해 표면 PD-L1 및 PD-L2 발현에서 가장 높은 손실을 보인 5명의 지원자 중 3명(RO3, RO4 및 RO6)은 이제 핵에서 PD-L2 발현을 나타냈다. 대조적으로, 유세포 분석에 의해 PD-L1 및 PD-L2에 더 적은 변화를 보인 지원자 R07 및 RO8은 현미경 검사에서 표면 PD-L1 및 PD-L2가 풍부했고 매우 가끔씩만 핵에서 소량의 PD-L2가 발견되었다. 전반적으로, PD-L2는 말라리아를 겪는 동안 DC의 핵으로 전위되는 것으로 밝혀졌으며 전위 수준은 감염의 중증도와 직접적인 상관관계가 있었다.
실시예 2
마우스 DC에서 PD-L2 발현의 핵 전이는 사망률과 상관관계가 있다
핵 PD-L2의 생물학적 관련성을 이해하기 위해 참고문헌7,9에 설명된 치명적인(P. yoelii YM) 말라리아의 마우스 모델을 조사하였다. DC를 플라스모디엄 요엘리에 감염된 마우스의 비장에서 분리하였고, 투과시킨 다음 공초점 현미경을 위해 표지하여 PD-L2 및 PD-L1(도 2A)을 위치시키고, MHC 클래스 II-표지화(도 2B)를 사용하여 세포 표면의 윤곽을 뚜렷이 나타냈다. 치명적인 감염 동안 DC의 >70%는 PD-L1(도 2A) 또는 MHC 클래스 II(도 2B)와 공동-국소화하지 않은 핵 PD-L2를 발현했다.
말라리아를 겪는 동안 PD-L2의 핵 및 표면 국소화를 확인하고 정량화하기 위해 순수 마우스와 치명적인 말라리아에 감염된 마우스의 DC를 세포막/세포질 또는 핵 단백질로 분획화하고 이들 단백질의 웨스턴 블롯을 PD-L2로 표지하였다(도 2C 및 D). 이들 블롯에서 순수 마우스의 DC가 표면 PD-L2를 가지고 있음이 밝혀졌다(도 2C). 대조적으로, PD-L2는 순수 마우스의 DC에서 나타나는 무시할 수 있는 수준과 비교하여 치명적인 말라리아의 DC 핵에서 발견되었다(도 2D).
마지막으로, 본 발명자가 DC가 치명적인 플라스모디엄 요엘리 말라리아 감염 7,10,11의 생존을 매개하고 이러한 치명적인 감염으로부터 DC가 주로 핵 PD-L2(도 2A, B 및 D)를 가졌음을 앞서 확립한 것을 감안하여, Pdcd1lg2 -/- 마우스(C57BL/6J 배경에서 PD-L2 결실)12 및 C57BL/6J WT 마우스를 치명적인 플라스모디엄 요엘리에 감염시켰다. 모든 WT 마우스는 10일 만에 감염에 굴복한 반면 PD-L2가 없는 마우스의 75%는 생존하고(도 2E) 감염을 제거하였다(도 2F). 전반적으로 이러한 연구는 DC의 핵에 국소된 PD-L2가 마우스의 치사율을 유발하고 있음을 나타냈다.
실시예 3
진행성 흑색종 환자의 DC에서 PD-L1 및 PD-L2 수준 감소
말라리아를 겪는 동안 DC의 변화가 암과 관련되어 있는지를 결정하기 위해, 본 발명자는 적십자 기증자의 혈액과 비교하여 IV기 흑색종 환자의 DC를 조사하였다. 약 80%가 리니지 음성인 반면, MHC 클래스 II+CD11c+ DC는 PD-L1(도 3A) 및 PD-L2(도 3B)를 발현하지만 PD-L1 및 PD-L2를 발현하는 DC의 비율은 흑색종 환자에서 상당히 감소한다. 본 발명자는 다음으로 이러한 손실이 소진된 T-세포와 상관관계가 있는지 조사하였다. 이를 위해 CD3+ CD8+ T 세포에서 PD-1 치료법14에 반응하지 않는 소진된 T 세포13의 표시인 PD-1 및 Tim3의 높은 발현을 조사하였다. DC에서의 PD-L1 발현 및 PD-1 발현이 높은 CD3+ CD8+ T-세포 사이에는 상관관계가 없었지만(도 4A), PD-1이 있는 DC에서의 PD-L2 발현(도 4B) 및 CD3+ CD8+ T-세포 상의 TIM3(도 4C) 사이에는 상당한 역 상관관계가 존재하였다. 이 연구는 PD-L2 발현의 손실이 소진된 CD8+ T-세포와 관련되어 있으며, PD-1 차단 치료법에 반응할 가능성이 낮음14을 보여주었다.
실시예 4
DC의 PD-L2 표면 손실은 핵 PD-L2 증가와 상관관계가 있다.
흑색종 환자에서 PD-L2가 DC의 핵으로 전위되는지 여부를 결정하기 위해 DC를 9명의 흑색종 환자의 혈액에서 분리하고, PD-L2 발현 범위를 갖는 것을 도 4에 나타내었다. 현미경 검사를 사용하여 핵 PD-L2가 있는 DC의 백분율을 식별하고 이를 표면 발현과 연관시켰다(도5A). 높은 비율의 DC가 표면 PD-L2를 발현할 때(60-70%), 핵 PD-L2가 있는 DC의 비율이 낮았다는(2-21%) 역 상관관계가 존재하였다. 반대로, 표면 PD-L2의 비율이 낮은 DC(11-22%)는 핵 PD-L2를 갖는 DC 비율(46-60%)이 높았다. 도 5B는 표면 및 핵 PD-L2가 상이한 DC의 대표적인 예에 대한 현미경 검사결과를 제공한다. 주목할만한 점은 중간 정도의 표면 PD-L2를 가진 시료 또한 핵 PD-L2를 가지고 있다는 점이다.
실시예 5
종양 세포 상의 PD-L2 표면 손실은 핵 PD-L2 증가와 상관관계가 있다.
PD-L2가 종양 세포의 핵으로 전위되었는지 결정하기 위해 마우스에 CT26 종양을 이식하고 종양이 약 100-200 mm3에 도달한 15일째와 종양이 다시 약 500 mm3에 도달한 21일째에 현미경 검사를 위해 종양을 수거하였다. 현미경 검사를 통해 15일째에 표면 발현과 함께 종양 세포의 약 30 내지 50%에서 핵 PD-L2의 존재를 밝혀냈으며(도 6A) 이는 21일까지 핵 PD-L2가 있는 종양 세포가 75%로 증가했지만 표면에서는 최소량이었다(도 6B). 중요하게도, 이들 데이터는 증가된 핵 PD-L2가 질병 진행과 상관관계가 있음을 보여준다.
본 발명자에 의한 예비 실험은 또한 PD-L2가 진행성 질병을 갖는 환자에서 B-세포 및 T-세포를 포함하는 면역 이펙터 세포의 핵으로 전위된다는 것을 시사하였다.
실시예 1 내지 5에 대한 논의
PD-1 치료법은 약 30%의 암 환자에서만 전반적으로 장기적인 임상적 이점을 가진다. 흑색종 환자와 같이 종양 세포에서 PD-L1 발현을 기반으로 환자를 선택하면 성공률이 38-50%로 약간 향상된다. 흑색종, 비소세포폐암 및 신세포암종16에서 종양 상의 PD-L1 발현 및 항PD-1 치료법의 효능 사이에는 상관관계가 존재한다. 그러나 임상 시험에서 일부 환자는 종양 PD-L1 발현 수준에 관계없이 임상 반응을 보이는 반면, 다른 환자는 종양 세포에서 PD-L1 발현에도 불구하고 치료의 이점을 얻지 못하는 것으로 나타났다. 종합하면, 이러한 발견은 다른 인자가 면역 치료법의 효능과 관련되어 있다는 가설을 강력하게 뒷받침한다17.
따라서 다수의 바이오마커 조사는 체크포인트 억제 치료법을 받고 있는 환자의 결과와 상관관계가 있는지 확인하기 위해 임상 실험실 매개변수를 조사하는 데 초점을 맞추고 있다18. 그러나 대부분의 연구는 T 세포 또는 암 유전자 시그니처에 초점을 맞추며1,2,6,19,20, 면역에서 PD-L2의 역할은 일반적으로 간과되었다. 이는 PD-L1 발현이 가장 중요한 지표가 아니며 PD-1 매개 소진 이외의 인자가 있음을 시사한다.
본 발명자는 면역치료법을 포함하여 치료법으로 치료하기 위한 환자의 선택이 아래의 인자들 중 임의의 하나 이상을 고려해야 한다고 제안하고 있다:
(1) DC와 같은 항원-제시 세포는 병원성 감염 및 종양을 제어하는 데 필수적인 적응 면역 반응을 조절한다. 본 명세서에 제시된 결과는 핵 PD-L2를 갖는 DC가 고도로 면역약화 및/또는 면역억제이고, 이에 따라, DC에 핵 PD-L2가 풍부한 환자는 이의 DC가 면역약화 및/또는 면역억제이기 때문에 PD-1/PD-L1 차단 또는 유사한 치료법을 포함하여 치료법으로부터 이득을 얻을 가능성이 낮음을 나타낸다. 대조적으로, 핵 PD-L2 수준은 낮지만 표면 PD-L2가 높은 수준인 환자는 면역적격 DC를 갖는다. 따라서 환자는 면역계의 건강을 나타내는 대리 지표로서 항원-제시 세포의 핵 PD-L2 상태를 기준으로 선택될 수 있다.
(2) B 세포 및 T 세포와 같은 면역 이펙터 세포는 또한 병원성 감염 및 종양을 제어하는 데 필수적인 적응 면역 반응을 조절한다. 예비 데이터에서는, DC와 마찬가지로 핵 PD-L2를 갖는 B 세포 및 T 세포는 면역약화 및/또는 면역억제가 높고, 이에 따라, B 세포 및 T 세포에 핵 PD-L2가 풍부한 환자는 이의 면역 이펙터 세포가 면역약화 및/또는 면역억제이기 때문에 PD-1/PD-L1 차단 또는 유사한 치료법을 포함하여 치료법으로부터 이득을 얻을 가능성이 낮음을 시사한다. 대조적으로, 핵 PD-L2 수준은 낮지만 표면 PD-L2가 높은 수준인 환자는 면역적격 면역 이펙터 세포를 갖는다. 따라서 환자는 면역계의 건강을 나타내는 대리 지표로서 면역 이펙터 세포의 핵 PD-L2 상태를 기준으로 선택될 수 있다.
(3) 치료법으로 치료하기 위한 암 환자를 선택하는 인자는 환자 종양의 PD-L2 핵 국소화 상태이다. 본 명세서에 제시된 결과에 따르면, 주로 핵에 국소화된 PD-L2를 갖는 종양은 실질적으로 진행되었으며 면역치료법을 포함하는 치료법에 반응할 가능성이 적다. 따라서 종양 세포에 핵 PD-L2가 적거나 전혀 없는 환자를 치료법으로 치료함으로써 가장 많은 이익을 얻을 가능성이 높다.
실시예 6
핵 PD-L2의 증가는 항암 면역치료법에 대한 반응을 감소시킨다
상기 데이터는 암(흑색종)을 겪는 중에 즉 이들 세포가 말라리아를 겪는 동안 사이토카인 분비에 반응할 수 없고 기생충혈증을 열악하게 제어하는 경우(도 1) DC의 핵 PD-L2 및 소진된 PD1hi T-세포 표현형(도 4B 참조) 사이의 상관관계를 보여준다. 또한 PD-1 차단 치료법은 T 세포 소진을 예방하기 위해 흑색종 환자에게 제공되지만 많은 환자 중 약 50%만이 반응하고 반응의 수명이 짧다. DC 내 핵 PD-L2가 PD-1 치료의 성공을 방해하고 이에 따라 반응하지 않는 환자의 예후를 결정하기 위해, 3명의 흑색종 환자의 반응을 비교하였다. 이에 따라, 환자로부터 얻은 PBMC의 DC를 PLA 검정을 사용하여 검사하여 히스톤 H2A의 40 nm 이내에 PD-L2를 갖는 세포의 수를 결정하여 PD-L2 단백질이 핵에 있음을 확인하였다. 이 실험의 근거는 세포질의 PD-L2가 핵막에 의해 분리되어 있기 때문에 핵의 히스톤에 결합할 수 없기 때문이다. 도 7(A 및 B)은 PLA 검정의 데이터를 나타낸다. 도 8A는 3명의 흑색종 환자에 대한 107개의 PBMC에서 핵 PD-L2를 갖는 DC의 수를 나타낸다.
동일한 3명의 환자로부터 얻은 PMBC를 대조군 IgG 또는 항-PD-1 항체(니볼루맙)와 함께 T-세포를 활성화하기 위해 항-CD3와 함께 배양하였다. DC의 핵 PD-L2가 T 세포 반응에 영향을 미친다면, 더 많은 양의 핵 PD-L2+ DC를 가진 환자는 열악한 사이토카인 반응을 가질 것이고 PD-1 차단은 사이토카인 반응을 개선하지 않을 것이다. 대조적으로, 핵 PD-L2를 갖는 DC가 더 적은(즉, 세포 표면에 PD-L2를 갖는) 환자는 T-세포 기능을 지원하는 데 우수할 것이고 이에 따라 PD-1 차단에 대한 반응이 개선될 것이다.
72시간 배양 후, 107개의 PBMC에서 핵 PD-L2를 갖는 DC의 가장 낮은 수를 갖는 환자 D8(도 8A)은 TNF(도 8B), IFN-γ(도 8C) 및 IL-1β(도 8D)를 최고 수준으로 분비하였다. 대조적으로, 환자 D6은 72시간 배양 후 107개의 PBMC에서 핵 PD-L2를 갖는 DC의 수가 가장 많았고(도 8A) TNF (도 8B), IFN-γ(도 8C), 및 IL-1β(도 8D)를 최저 수준으로 분비하는 것이 관찰되었다. IL-1β는 DC에 의해 분비되고 T 세포에 대해 CD40L 신호가 주어질 때 DC가 IL-12를 생성하도록 유도하여 면역 반응을 강화시키는 양성 루프를 설정한다. 환자 D9는 72시간 배양 후 107개의 PBMC에서 핵 PD-L2를 갖는 DC의 수가 중간 수준을 보였고(도 8A) TNF (도 8B), IFN-γ(도 8C), 및 IL-1β(도 8D)를 중간 내지 낮은 수준으로 분비하는 것이 관찰되었다.
유사하게, 동일한 3명의 환자에 대한 PMBC가 항-PD-1 항체(니볼루맙)와 함께 배양되었을 때, 환자 D8(즉, 낮은 핵 PD-L2)의 PBMC는 72시간 배양 후 TNF(도 8B), IFN-γ(도 8C) 및 IL-1β(도 8D)의 분비가 증가하는 반응을 보였다. 대조적으로, 환자 D6(즉, 가장 높은 핵 PD-L2)은 TNF(도 8B); IFN-γ(도 8C) 또는 IL-1β(도 8D)의 분비에서 개선을 보이지 않았다. 이들 데이터는 핵 PD-L2가 체크포인트 억제제(예를 들어, PD-1) 차단에 대한 열악한 반응과 관련되어 있음을 확인시켜 주었다. 주목할 점은, 환자 D9에서는 72시간 후에 중간 수준의 핵 PD-L2를 가지면서 PD-1 차단이 TNF(도 8B) 또는 IFN-γ(도 8C)의 분비를 증가시키지 않았다는 점이다. 그러나 IL-1β 수준은 72시간 후에 증가하다가 120시간에 감소하였다(도 8D 및 E). 이것은 수준이 120시간까지 계속 증가했던 환자 D8에서 관찰된 효과와 극명한 대조를 이룬다.
이 결과는 DC 내 핵 PD-L2가 DC에 의한 IL-1β 분비에 영향을 미치므로 면역 반응을 강화시키는 양성 루프를 방지한다는 것을 분명히 나타낸다. 중요하게도, 중간 핵 PD-L2를 가진 대상체(예를 들어, 환자 D9)가 72시간 이내에 IL-1β 분비가 증가하는 체크포인트 억제제(즉, PD-1) 차단에 대한 초기 반응이 있었지만 120시간 이후에는 그렇지 않은 제한된 반응을 보였다. 종합하면, 이들 데이터는 DC 내 핵 PD-L2 축적의 증가가 면역 반응의 상당한 감소를 초래한다는 것을 입증한다. 이러한 감소는 DC에 의한 IL-1β의 감소된 분비에 의해 적어도 부분적으로 설명된다. 또한, 이들 데이터는 핵 PD-L2를 가진 DC가 TNF 분비의 전반적인 손실에 더하여, 더 이상 T 세포를 자극하여 IFN-γ를 분비하도록 할 수 없음을 보여준다.
종합하면, 이들 데이터는 DC 내 핵 PD-L2 축적의 증가가 면역 반응의 상당한 감소를 초래한다는 것을 입증한다. 이러한 감소는 DC에 의한 IL-1β의 감소된 분비에 의해 적어도 부분적으로 설명된다. 또한, 이들 데이터는 핵 PD-L2를 가진 DC가 TNF 분비의 전반적인 손실에 더하여, 더 이상 T 세포를 자극하여 IFN-γ를 분비하도록 할 수 없음을 보여준다.
DC의 경우, 도 9는 3명의 흑색종 환자에 대한 107개의 PBMC에서 핵 PD-L2를 갖는 CD4+ T-세포의 수를 보여준다. 이들 세포는 또한 CD4+FoxP3+Tbet+ 조절 T-세포를 정량화하기 위해 표지되었다. CD4+ T-세포의 수 및 이 특정 조절 세포 하위집단의 수 사이에는 직접적인 연관성이 있다. 종합하면, 이들 데이터는 CD4+ T-세포가 핵 PD-L2를 발현한 후 이 세포의 표현형이 면역 반응 감쇠 특성을 갖는 조절 T-세포의 표현형23으로 변경됨을 시사한다.
DC의 경우, 도 10은 3명의 흑색종 환자에 대한 107개의 PBMC에서 핵 PD-L2를 갖는 CD8+ T-세포의 수를 보여준다. 이들 세포는 또한 CD8+FoxP3+ 조절 T-세포를 정량화하기 위해 표지되었다. CD8+ T-세포의 수 및 CD8+ 조절 세포의 수 사이에는 직접적인 연관성이 있다. 종합하면, 이들 데이터는 CD8+ T-세포가 핵 PD-L2를 발현한 후 이 세포의 표현형이 면역 반응 감쇠 특성을 갖는 조절 T-세포의 표현형24으로 변경됨을 시사한다.
재료 및 방법
시약 준비
Duolink® 세척 완충액과 1x PBS는 검정을 시작하기 전에 한 파우치의 내용물을 고순도 물에 용해시켜 최종 부피가 1000 mL가 되도록 제조되어야 한다. 1x PBS는 실온에 보관한다. 세척 완충액은 단기 보관(2주 미만)의 경우 실온에서 보관하거나 장기 보관의 경우 4℃에서 보관할 수 있다. 주의사항: 사용하기 전에 용액을 실온으로 가져온다.
많은 Duolink® PLA 시약은 농축된 원료로 공급되며 사용 직전에 희석해야 한다. 희석된 Duolink® PLA 시약은 보관하지 않는다.
Duolink® PLA 프로토콜
시작하기 전에 부유된 세포 시료는 고정 및 투과와 관련하여 사전 처리되어야 한다. 대량 용액에 세포를 고정, 투과 및 차단할 수 있고, 이후 이들 단계에 대한 고유한 조건을 조사하지 않는 한 Duolink® PLA 염색을 위해 튜브 또는 웰에 분취할 수 있다.
주의사항: Duolink® 차단 솔루션 및 항체 희석제는 Duolink® PLA 프로브와 함께 제공된다. 대체 용액이 기존의 유세포 분석에 의해 1차 항체 성능에 최적화된 경우 이들을 대신 사용할 수 있다.
차단(blocking)
고정 및 투과한 후, 원심분리하고 세포에서 세척 완충액을 제거한다.
세포 펠렛의 μL 부피당 10 μL의 Duolink® 차단 용액을 사용한다(1 방울은 약 30 μL).
37℃ 배양기에서 60분 동안 배양한다.
1차 항체 배양
1차 항체를 Duolink® 항체 희석제 또는 적절한 항체 희석제에 적절한 농도로 희석한다. U-바닥 또는 V-바닥 플레이트의 웰당 100,000개의 세포를 분주한다. 플레이트를 400 x g에서 5분 동안 원심분리하고 세포에서 Duolink® 차단 용액을 제거한다.
각 시료에 1차 항체 용액을 추가하고 잘 혼합한다.
1차 항체에 대한 최적의 배양 온도와 시간을 사용하여 플레이트를 배양한다.
Duolink® PLA 프로브 배양
Duolink® Antibody Diluent에 PLUS 및 MINUS PLA 프로브를 1:5로 희석한다. 100 μL 반응을 위해, PLA 프로브 MINUS 스톡 20 μL, PLA 프로브 PLUS 스톡 20 μL 및 항체 희석제 60 μL을 취한다. 모든 시료에 대해 충분한 용액을 제조한다.
400 x g에서 5분 동안 원심분리하고 세포에서 용액을 제거한다.
웰당 200μL의 Duolink® 세척 완충액으로 세포를 두 번 세척하고 400 x g에서 5분 동안 원심분리하고 세포에서 용액을 제거한다.
PLA 프로브 용액을 추가하고 잘 혼합한다.
37℃ 배양기에서 1 시간 동안 배양한다.
결찰
주의사항: 시료에 추가하기 직전까지 리가제(ligase) 추가를 기다린다. 사용하기 전에 결찰 완충액(Ligation buffer)이 완전히 해동되고 잘 혼합되었는지 확실히 확인한다.
5x Duolink® 결찰 완충액을 와동시킨다.
5x 결찰 완충액을 고순도 물에 1:5로 희석하고 혼합한다. 100 μL 반응을 위해, 5x 결찰 완충액 20 μL을 고순도 물 77.5 μL에 추가한다. 모든 시료에 대해 충분한 용액을 제조한다.
400 x g에서 5분 동안 원심분리하고 세포에서 용액을 제거한다.
웰당 200 μL의 Duolink® 세척 완충액으로 세포를 두 번 세척하고 400 xg에서 5분 동안 원심분리하고 세포에서 용액을 제거한다.
세척하는 동안 냉동고 블록(-20℃)을 사용하여 냉동고에서 리가제를 회수한다.
1:40 희석으로 1x 결찰 완충액에 리가제를 추가하고 혼합한다. 100 μL 결찰 용액을 위해, 1x 결찰 완충액 97.5 μL에 2.5 μL의 리가제를 추가한다.
결찰 용액을 추가하고 잘 혼합한다.
37℃ 배양기에서 30분 동안 배양한다.
증폭
주의사항: 시료에 추가하기 직전까지 중합효소 추가를 기다린다.
5x Duolink® 증폭 완충액을 와동시킨다.
5x 증폭 완충액을 고순도 물에 1:5로 희석하고 혼합한다. 100 μL 반응을 위해, 5x 증폭 완충액 20 μL을 고순도 물 78.75 μL에 추가한다. 모든 시료에 대해 충분한 용액을 제조한다.
400 x g에서 5분 동안 원심분리하고 세포에서 용액을 제거한다.
웰당 200μL의 Duolink® 세척 완충액으로 세포를 두 번 세척하고 400 x g에서 5분 동안 원심분리하고 세포에서 용액을 제거한다.
세척하는 동안 냉동고 블록(-20℃)을 사용하여 냉동고에서 중합효소를 회수한다.
중합효소를 1:80 희석으로 1x 증폭 완충액에 추가하고 혼합한다. 100 μL 증폭 용액의 경우 1.25 μL의 중합효소를 1x 증폭 완충액의 98.75 μL에 추가한다.
증폭 용액을 추가하고 잘 혼합한다. 37℃ 배양기에서 100분 동안 배양한다. 주의사항: 적은 양의 단백질 또는 단백질 상호 작용의 경우 더 긴 증폭 시간(최대 하룻밤)이 필요할 수 있다.
검출
주의사항: Duolink® 검출 완충액은 빛에 민감하다. 빛으로부터 보호해야 한다.
5x 검출 완충액을 와동시킨다.
고순도 물에 1:5로 희석하고 혼합한다. 100 μL 반응을 위해, 5x 검출 완충액 20 μL을 고순도 물 80 μL에 추가한다. 모든 시료에 대해 충분한 용액을 제조한다.
400 x g에서 5분 동안 원심분리하고 세포에서 용액을 제거한다.
웰당 200μL의 Duolink® 세척 완충액으로 세포를 두 번 세척하고 400 x g에서 5분 동안 원심분리하고 세포에서 용액을 제거한다.
검출 용액을 추가하고 잘 혼합한다.
37℃ 배양기에서 30분 동안 배양한다.
본 명세서에 인용된 모든 특허, 특허 출원 및 공보의 개시 내용은 그 전문이 참고로 본 명세서에 포함된다.
본 명세서에서 참조한 인용은 이러한 참조가 본 출원에 대한 "선행 기술"로 이용 가능하다는 승인으로 해석되어서는 안 된다.
명세서 전반에 걸쳐 본 발명을 임의의 일 실시양태 또는 특징들의 특정 집합으로 제한하지 않고 본 발명의 바람직한 실시양태를 설명하는 것을 목적으로 한다. 따라서, 당업자는 즉각적인 개시내용에 비추어, 본 발명의 범위를 벗어나지 않고 예시된 특정 실시양태에서 다양한 수정 및 변경이 이루어질 수 있음을 이해할 것이다. 이러한 모든 수정 및 변경은 첨부된 청구항의 범위 내에 포함되도록 의도된다.
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Claims (66)

  1. 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 반응 가능성을 예측하는 방법으로, 환자의 PD-L2-발현 세포에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석함으로써, 치료법에 대한 환자의 반응 가능성을 예측하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는, 방법.
  2. 제1항에 있어서, PD-L2-발현 세포가 항원-제시 세포(예를 들어, DC), 면역 이펙터 세포(예를 들어, B-세포 또는 T-세포) 및 종양 세포로부터 선택되는, 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 치료법이 항감염 치료법, 세포독성 치료법 또는 면역치료법인, 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 세포의 핵 내 PD-L2의 존재 또는 세포의 핵 내 PD-L2의 수준(변종 또는 비정상 핵 수준의 PD-L2를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  5. 제4항에 있어서, 세포 핵에서 대조군에 비해 높은 수준의 PD-L2를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 세포의 상이한 구성요소(예를 들어, 핵, 세포질, 세포막) 사이의 PD-L2 수준을 비교함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 대조군에 비해(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포의 핵에 비해, 또는 세포의 표면 및/또는 세포질과 같은 환자의 세포 핵 외부의 PD-L2 수준에 비해) 세포의 핵에서 높은 수준의 PD-L2를 검출하여 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함하는, 방법.
  8. 제7항에 있어서, 세포의 핵에서 높은 수준의 PD-L2는, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포의 핵에서 PD-L2 수준의 적어도 약 120%, 130%, 140% 150%, 160%, 170%, 180%, 190%, 200%, 250%, 300%, 400%, 500%, 600%, 700%, 800%, 900%, 또는 1000%(및 이들 사이의 모든 정수)인 수준을 나타내는, 방법.
  9. 제7항 또는 제8항에 있어서, 세포의 핵에서 높은 수준의 PD-L2는 세포의 핵 외부(예를 들어, 표면 및/또는 세포질로, "핵외(extranuclear)"로 통칭함)보다 세포의 핵에서 높은 수준의 PD-L2를 나타내는, 방법.
  10. 제9항에 있어서, 높은 수준은 약 0.55, 0.60, 0.65, 0.70, 0.75, 0.85, 0.90 또는 0.95를 초과하는 핵 PD-L2 대 핵외 PD-L2의 비율을 나타내는, 방법.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 환자 세포(예를 들어, DC와 같은 항원-제시 세포, B-세포 및 T-세포와 같은 면역 이펙터 세포, 및/또는 종양 세포)의 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 또는 95%를 초과하는 높은 수준의 핵 PD-L2를 검출하여 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함하는, 방법.
  12. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 세포의 핵 내 PD-L2의 부재 또는 세포의 핵 내 PD-L2의 수준(정상적인 핵 수준의 PD-L2를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  13. 제1항 내지 제3항 및 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 대조군에 비해(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 세포의 핵에 비해, 또는 환자의 세포 핵 외부의 PD-L2 수준에 비해) 세포의 핵 내 PD-L2의 수준(정상적인 핵 수준의 PD-L2를 나타냄)을 검출하여 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함하는, 방법.
  14. 제1항 내지 제3항, 제12항, 및 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 세포의 핵 외부(예를 들어, 표면 및/또는 세포질)의 PD-L2의 존재를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  15. 제1항 내지 제3항 및 제12항, 제13항, 및 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 대조군에 비해(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 세포의 핵 외부에 비해, 또는 환자의 세포 핵 내부의 PD-L2 수준에 비해) 세포 핵 외부의 PD-L2의 수준(정상 수준의 핵외 PD-L2를 나타냄)을 검출하여 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함하는, 방법.
  16. 제14항 또는 제15항에 있어서, 세포 핵 외부의 PD-L2의 수준이, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포의 핵 외부의 PD-L2와 대략 동일한 수준(예를 들어, 약 85% 내지 약 115% 사이의 모든 정수 수준)인 수준을 나타내는, 방법.
  17. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 세포의 핵 외부의 PD-L2 수준이, 세포의 핵 내부보다 세포의 핵 외부(예를 들어, 표면 및/또는 세포질)의 높은 수준의 PD-L2를 나타내는, 방법.
  18. 제17항에 있어서, 높은 수준은 약 0.55, 0.60, 0.65, 0.70, 0.75, 0.85, 0.90 또는 0.95를 초과하는 핵외 PD-L2 대 핵 PD-L2의 비율을 나타내는, 방법.
  19. 제1항 내지 제3항, 제12항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 환자 세포(예를 들어, DC와 같은 항원-제시 세포, B-세포 및 T-세포와 같은 면역 이펙터 세포, 및/또는 종양 세포)의 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 또는 95%를 초과하는 정상 수준의 핵외 PD-L2를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함하는, 방법.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)의 공동-국소화의 존재, 부재 또는 수준을 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  21. 제20항에 있어서, 환자의 세포 또는 세포의 용해물을 포함하는 시료를 PD-L2에 특이적으로 결합하는 제1 항원-결합 분자 및 핵 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 제2 항원-결합 분자와 접촉시키는 단계, 및 PD-L2, 핵 결합 파트너, 제1 항원-결합 분자 및 제2 항원-결합 분자를 포함하는 복합체의 존재를 시료에서 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  22. 제21항에 있어서, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포)에 비해 높은 수준의 복합체를 검출하여 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함하는, 방법.
  23. 제20항에 있어서, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조 세포)에 비해 핵 내 복합체의 수준(정상 수준의 복합체를 나타냄)을 검출하여 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 나타내는 단계를 포함하는, 방법.
  24. 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 내성 가능성을 결정하는 방법으로, 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포와 같은 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)의 공동-국소화 또는 공동-국소화 수준(변종 또는 비정상 수준의 공동-국소화를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는 방법.
  25. 제24항에 있어서, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조군 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 비해 높은 수준의 공동-국소화를 시료에서 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  26. 제24항 또는 제25항에 있어서, 대조군(예를 들어, 변종 수준의 핵 PD-L2를 갖는 상응하는 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 대해 대략 동일한 수준의 공동-국소화를 시료에서 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  27. 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 내성 가능성을 결정하는 방법으로, 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포와 같은 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)를 포함하는 복합체의 존재 또는 복합체의 수준(변종 또는 비정상 수준의 복합체를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는 방법.
  28. 제27항에 있어서, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조군 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 비해 높은 수준의 복합체를 시료에서 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  29. 제27항 또는 제28항에 있어서, 대조군(예를 들어, 변종 수준의 핵 PD-L2를 갖는 상응하는 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 대해 대략 동일한 수준의 복합체를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 내성 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  30. 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 민감도 가능성을 결정하는 방법으로, 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포와 같은 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)의 공동-국소화의 부재 또는 공동-국소화 수준(정상 수준의 공동-국소화를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  31. 제30항에 있어서, 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조군 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 대해 대략 동일한 수준의 공동-국소화를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  32. 제30항 또는 제31항에 있어서, 대조군(예를 들어, 변종 수준의 핵 PD-L2를 갖는 상응하는 대조군 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 비해 낮은 수준의 공동-국소화를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  33. 환자에서 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 민감도 가능성을 결정하는 방법으로, 환자의 시료(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포와 같은 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 시료)에서 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)를 포함하는 복합체의 부재 또는 복합체의 수준(정상 수준의 복합체를 나타냄)을 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는 방법.
  34. 제33항에 있어서, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 대조군 PD-L2-발현 세포, 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 대해 대략 동일한 수준의 복합체를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  35. 제33항 또는 제34항에 있어서, 대조군(예를 들어, 변종 수준의 핵 PD-L2를 갖는 상응하는 대조군 PD-L2-발현 세포 또는 이의 용해물을 포함하는 참조 시료)에 비해 낮은 수준의 복합체를 검출함으로써, 환자가 치료법에 대한 민감도 가능성이 증가함을 결정하는 단계를 포함하는, 방법.
  36. PD-L2(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포 또는 종양 세포에서)의 세포 국소화를 분석하는 방법으로, 세포에서 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)의 공동-국소화의 존재, 부재 또는 수준을 검출함으로써, 세포 내 PD-L2의 국소화를 결정하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는, 방법.
  37. 제36항에 있어서, 공동-국소화의 존재는 PD-L2의 핵 국소화를 나타내는, 방법.
  38. 제36항에 있어서, 공동-국소화의 부재는 PD-L2의 핵외 국소화를 나타내는, 방법.
  39. 제36항에 있어서, PD-L2의 핵 국소화보다 PD-L2의 핵외 국소화가 높음을 나타내는, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 세포 또는 이의 용해물에서의 공동-국소화 수준)에 비해 정상 수준의 공동-국소화를 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  40. 제36항에 있어서, PD-L2의 핵외 국소화보다 PD-L2의 핵 국소화가 높음을 나타내는, 대조군(예를 들어, 상응하는 정상 또는 면역적격 세포 또는 이의 용해물에서의 공동-국소화 수준)에 비해 높은 수준의 공동-국소화를 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  41. 제36항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 공동-국소화는 PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너를 포함하는 복합체로 나타나는, 방법.
  42. 환자를 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 가능한 반응자 또는 비반응자로 계층화하는 방법으로, 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 정의된 바와 같은, 환자의 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하고 환자가 치료법에 대한 민감도 또는 내성의 가능성이 증가했는지 여부를 결정하여 환자를 치료법에 대한 가능한 반응자 또는 비반응자로 계층화하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는, 방법.
  43. 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)으로 환자의 치료를 관리하는 방법으로서, 환자가 치료법에 대해 가능한 반응자인 것을 기초로 치료법으로 치료할 환자를 선택하거나, 또는 환자가 치료법에 대한 비-반응자일 가능성이 있다는 것을 기초로 치료법으로 치료하지 않을 환자를 선택하고, 선택에 기초하여 치료법으로 환자를 치료하거나 치료하지 않는 단계(여기서 선택은 제42항에 따른 계층화 방법에 기초함)를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는, 방법.
  44. 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)으로 환자의 치료 결과를 예측하는 방법으로서, 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 정의된 바와 같은, 환자의 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하고 환자가 치료법에 대한 민감도 또는 내성의 가능성이 증가했는지 여부를 결정함으로써, 환자의 치료 결과를 예측하는 단계를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는, 방법.
  45. 제44항에 있어서, 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는, 대조군에 비해 핵-국소화된 PD-L2의 존재 또는 수준을 검출하고, 부정적인 치료 결과를 예측하는 단계를 포함하는, 방법.
  46. 제45항에 있어서, 부정적인 치료 결과는 큰 질병 중증도 또는 진행성 질병인, 방법.
  47. 제44항에 있어서, 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는, 대조군에 비해 핵-국소화된 PD-L2의 부재 또는 수준을 검출하고, 긍정적인 치료 결과를 예측하는 단계를 포함하는, 방법.
  48. 제47항에 있어서, 긍정적인 치료 결과는 치료법 및 안정 질병(SD)에 대한 부분 또는 완전 반응으로부터 선택될 수 있는, 방법.
  49. 제44항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 예측된 치료 결과에 기초하여 환자에 대한 임상 결과를 예측하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  50. 제49항에 있어서, 환자가 암 환자이고 임상 결과는 종양 반응(TR), 전체 생존(OS), 무진행 생존(PFS), 무질병 생존, 종양 재발까지의 시간(TTR), 종양 진행까지의 시간(TTP), 상대 위험(RR), 독성 또는 부작용으로부터 선택되는, 방법.
  51. 치료법으로 치료한 후 환자의 질병을 모니터링하는 방법으로, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)으로 환자를 치료한 후 환자로부터 시료를 수득하는 단계[여기서 시료는 PD-L2-발현 세포(예를 들어, 항원-제시 세포, 면역 이펙터 세포, 또는 종양 세포에서)를 포함함]; 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 정의된 바와 같은, 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하는 단계[여기서 치료 전에 채취한 환자의 대조 시료에 비해 낮은 수준의 핵-국소화된 PD-L2는 환자에 대한 치료법의 증가된 임상적 이점(예를 들어, 낮은 질병 중증도, 질병의 진행 지연, 질병 진행 속도 감소, 또는 질병의 부재 또는 개선)을 나타내고 대조 시료와 비교하여 유사하거나 높은 수준의 핵-국소화된 PD-L2는 대상체에 대한 치료법의 임상적 이점이 없거나 무시할 수 있음을 나타냄]를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는, 방법.
  52. 환자의 질병 상태를 결정하는 방법으로서, 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 정의된 바와 같은, 환자의 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하여 환자의 질병 상태를 결정하는 단계[여기서, 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 핵-국소화된 PD-L2의 존재 또는 수준은 환자에 있어서 질병의 큰 중증도 또는 진행을 나타내고, 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 핵-국소화된 PD-L2의 부재 또는 수준은, 상기 및 기타 본 명세서에 광범위하게 기재된 바와 같이, 환자에 있어서 질병의 부재 또는 질병의 낮은 중증도 또는 진행을 나타냄]를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는, 방법
  53. 환자의 면역 상태를 결정하기 위한 방법으로서, 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 정의된 바와 같은 환자의 시료에서 PD-L2의 세포 국소화를 분석하여 환자의 면역 상태를 결정하는 단계[여기서 치료법에 대한 내성의 증가 가능성과 상관관계가 있는 핵-국소화된 PD-L2의 존재 또는 수준은 환자가 면역약화되거나 면역성이 감소함(예를 들어, T 세포 소진과 같은 T 세포 기능 장애 및 항원-제시 세포 기능 장애를 포함한 면역 기능 장애)을 나타내고, 치료법에 대한 민감도의 증가 가능성과 상관관계가 있는 핵-국소화된 PD-L2의 부재 또는 수준은 환자가 면역능력이 있음을 나타냄]를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는, 방법.
  54. 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 세포의 반응 가능성을 예측하기 위한, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 환자의 내성 가능성을 결정하기 위한, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 환자의 민감도 가능성을 결정하기 위한, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)에 대한 가능한 반응자 또는 비반응자로 환자를 계층화하기 위한, 치료법(예를 들어, 항감염 치료법, 세포독성 치료법 및/또는 면역치료법)으로 환자의 치료를 관리하기 위한, 치료법으로 치료한 후 환자의 질병을 모니터링하기 위한, 환자의 질병 상태 및/또는 환자의 면역 상태를 결정하기 위한, 세포의 세포 위치(예를 들어, 표면, 세포질 또는 핵)에서 PD-L2의 위치를 검출하기 위한 키트로, PD-L2에 특이적으로 결합하는 제1 항원-결합 분자를 포함하거나, 이로 구성되거나 본질적으로 구성되는, 키트.
  55. 제54항에 있어서, PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, 대표적인 예로 H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 및 H4 폴리펩타이드를 포함하는 히스톤 폴리펩타이드)에 특이적으로 결합하는 제2 항원-결합 분자를 추가로 포함하는, 키트.
  56. 제55항에 있어서, 제1 및 제2 항원-결합 분자에 결합하는, 검출가능한 표지를 적합하게 포함하는 제3 항원-결합 분자를 추가로 포함하는, 키트.
  57. 제54항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 제1항 내지 제53항 중 어느 한 항의 방법을 수행하기 위한 지침 자료를 추가로 포함하는, 키트.
  58. PD-L2 및 PD-L2의 핵 결합 파트너(예를 들어, H2A 폴리펩타이드, H2AX 폴리펩타이드 또는 H4 폴리펩타이드), 복합체의 PD-L2에 특이적으로 결합되는 제1 항원-결합 분자, 및 복합체의 핵 결합 파트너에 결합되는 제2 항원-결합 분자를 포함하는 복합체.
  59. 제58항에 있어서, 복합체가 세포 또는 이의 용해물에 위치하는, 복합체.
  60. 제58항 또는 제59항에 있어서, 복합체의 제1 및 제2 항원-결합 분자 각각에 결합하는 제3 항원-결합 분자를 추가로 포함하는, 복합체.
  61. 제60항에 있어서, 제3 항원-결합 분자가 검출가능하게 표지되어 있는, 복합체.
  62. 제58항 내지 제61항 중 어느 한 항의 복합체를 포함하는 세포 또는 세포 용해물.
  63. 제1항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 치료법은 면역치료법(예를 들어, 면역 체크포인트 분자에 특이적으로 결합하는 길항제 항원-결합 분자와 같은 면역 체크포인트 억제제)을 포함하는 방법 또는 제54항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 치료법은 면역치료법(예를 들어, 면역 체크포인트 분자에 특이적으로 결합하는 길항제 항원-결합 분자와 같은 면역 체크포인트 억제제)을 포함하는 키트.
  64. 제63항에 있어서, 면역치료법이 PD-1에 특이적으로 결합하는 길항제 항원-결합 분자를 포함하는, 방법.
  65. 제1항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 치료법이 세포독성 치료법(예를 들어, 화학요법제)을 포함하는 방법, 또는 제54항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 치료법이 세포독성 치료법(예를 들어, 화학요법제)을 포함하는, 키트.
  66. 제1항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 치료법이 항감염 치료법(예를 들어, 항-말라리아제와 같은 항-원충제)을 포함하는 방법, 또는 제54항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 치료법이 항감염 치료법(예를 들어, 항-말라리아제와 같은 항-원충제)을 포함하는 키트.
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