KR20220040983A - 편집 효율이 향상된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물 및 이의 용도 - Google Patents

편집 효율이 향상된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물 및 이의 용도 Download PDF

Info

Publication number
KR20220040983A
KR20220040983A KR1020210106637A KR20210106637A KR20220040983A KR 20220040983 A KR20220040983 A KR 20220040983A KR 1020210106637 A KR1020210106637 A KR 1020210106637A KR 20210106637 A KR20210106637 A KR 20210106637A KR 20220040983 A KR20220040983 A KR 20220040983A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
leu
lys
glu
ala
asp
Prior art date
Application number
KR1020210106637A
Other languages
English (en)
Other versions
KR102699756B1 (ko
Inventor
김경미
박수지
정태영
신승균
성제경
Original Assignee
고려대학교 산학협력단
서울대학교산학협력단
재단법인 국가마우스표현형분석사업단
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 고려대학교 산학협력단, 서울대학교산학협력단, 재단법인 국가마우스표현형분석사업단 filed Critical 고려대학교 산학협력단
Priority to US18/246,420 priority Critical patent/US20240218358A1/en
Priority to JP2023519164A priority patent/JP2023544987A/ja
Priority to PCT/KR2021/010740 priority patent/WO2022065689A1/ko
Publication of KR20220040983A publication Critical patent/KR20220040983A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR102699756B1 publication Critical patent/KR102699756B1/ko

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/102Mutagenizing nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/62DNA sequences coding for fusion proteins
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/10Transferases (2.)
    • C12N9/12Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
    • C12N9/1241Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12N9/1276RNA-directed DNA polymerase (2.7.7.49), i.e. reverse transcriptase or telomerase
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14Hydrolases (3)
    • C12N9/16Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22Ribonucleases RNAses, DNAses
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12YENZYMES
    • C12Y207/00Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
    • C12Y207/07Nucleotidyltransferases (2.7.7)
    • C12Y207/07049RNA-directed DNA polymerase (2.7.7.49), i.e. telomerase or reverse-transcriptase
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10Type of nucleic acid
    • C12N2310/20Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Abstract

본 발명은 유전자 편집 효율이 향상된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물, 상기 조성물을 이용한 유전자 교정 방법, 유전자 교정용 키트 및 유전자 변형 포유동물의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에서 개발한 프라임 편집기는 현저히 증진된 게놈 편집 효율 및 표적 특이성을 나타내며 이를 이용해 제작한 돌연변이 동물모델에서 다음 세대로의 변이 전달 및 표현형 변화가 나타나는 것을 확인하였는바, 상기 개선된 프라임 편집기 또는 이를 포함하는 유전자 교정용 조성물은 인간화 동물모델의 제작 및 연구, 유전공학 기술 분야 및 유전질환의 치료 수단 등의 다양한 용도로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

Description

편집 효율이 향상된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물 및 이의 용도{Prime editing-based gene editing composition with improved editing efficiency and use thereof}
본 발명은 유전자 편집 효율이 향상된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물, 상기 조성물을 이용한 유전자 교정 방법, 유전자 교정용 키트 및 유전자 변형 포유동물의 제조방법에 관한 것이다.
CRISPR-Cas 시스템은 원하는 표적 돌연변이를 효율적으로 유도할 수 있는 뉴클레아제 (nucleases), 염기 편집기 (base editors), 유전자전위효소 (transposases)와 같은 다양한 진보된 게놈 편집 도구로 진화되어왔다. 특히 크리스퍼 (CRISPR) 시스템을 기반으로 개발된 사이토신 염기 교정 유전자가위 (cytosine base editor, CBE)와 아데닌 염기 교정 유전자가위 (adenine base editor, ABE)는 마우스를 포함하는 다양한 유기체에서 C·G를 T·A로, A·T를 G· C로 효율적으로 치환할 수 있다. 또한 최근 연구를 통해 인간 세포에서 C에서 G로 염기 교정이 가능한 C-to-G 염기 편집기 (C-to-G base editors)로써 CGBE1이 보고되었다. 그러나 하나 이상 염기의 삽입, 치환 또는 절단과 같은 정확한 표적 돌연변이의 생성은 세포 내 상동직접수선 (homology-directed repair, HDR)의 낮은 효율성으로 인한 유전자 편집의 제한으로 인해 여전히 어려운 실정이다.
이러한 요구에 따라 개발된 새로운 개념의 게놈 편집 도구인 프라임 편집기 (Prime editor, PE)는 DNA 이중가닥 중 한 가닥만 절단하도록 변형된 Cas9 니카아제 (Cas9 nickase-H840A) 및 역전사효소 (Reverse transcriptase, RT)로 구성된 융합단백질이다. 프라임 편집기는 원하는 편집 서열을 암호화하는 새로운 형태의 가이드 RNA인 pegRNA (prime editing guide RNA)를 필요로 한다. 상기 pegRNA는 표적 유전자의 비표적 가닥에 상보적인 염기서열 (primer binding site, PBS) 및 교정하고자 하는 염기서열을 포함하는 역전사효소의 주형 가닥 부위 (RT template)를 가진다. 프라임 편집기의 Cas9 니카아제는 표적 유전자의 비표적 가닥을 절단하고 역전사효소가 pegRNA의 RT 주형 가닥을 기반으로 교정된 염기서열이 포함된 새로운 DNA 가닥을 합성하고, 이후 세포 내 복구과정에 의해 기존의 DNA 염기서열이 제거되고 새로 합성된 교정된 형태의 DNA 염기서열이 이를 대신한다. 이러한 정교한 게놈 편집 시스템을 통해 이중 가닥 DNA의 절단이나 공여 DNA 없이 염기에서 염기로의 치환, 작은 크기의 삽입 및 결실을 포함한 표적 돌연변이 생성이 가능하다. 그러나 프라임 편집기 역시 염기 편집기보다 그 빈도는 낮으나 오프-타겟 (off-target)의 문제가 발생하고, 특히 역전사효소에 의해 추가적인 염기서열의 삽입 및 결실이 발생하여 정확한 편집이 어려운 문제가 있다. 더욱이, 상기 문제점과 함께 현재 개발된 염기 편집기 및 프라임 편집기는 매우 낮은 효율의 한계점이 있다. 예컨대, 프라임 편집기 중에서 가장 효율이 좋은 PE3는 유전자 편집 효율이 20~50%에 불과하다.
인간을 포함한 생명체의 세포 내 유전 물질은 항상 돌연변이에 노출되어 있으며, 돌연변이의 축적은 다양한 변이 표현형을 유도하고 그 일부는 질환과 관련이 있다. 따라서 프라임 편집을 이용한 정교한 유전자 교정 기술은 유전질환의 치료를 위한 도구로 이용될 수 있으며, 병원성 변이 인자를 확인하고 질병의 기전 연구 등에 폭넓게 이용될 수 있다. 따라서 공지된 프라임 편집기보다 더욱 정교하고 편집 효율이 개선된 프라임 편집기 및 이를 이용한 유전자 교정 기술의 개발이 필요하다.
Int J Mol Sci. 2020 Aug 28;21(17):6240.
프라임 편집 기반 유전자 교정의 상기 문제점들을 극복하기 위하여, 본 발명자들은 proxymal dead sgRNA (dsgRNA) 및/또는 염색질-조절 펩타이드 (chromatin-modulating peptides, CMPs)를 사용하여 개선된 프라임 편집기를 개발하고 이의 현저히 증진된 게놈 편집 효율 및 표적 특이성 등을 구체적인 실험을 통해 확인함으로써 본 발명을 완성하게 되었다.
이에, 본 발명은 유전자 편집 효율이 개선된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물을 제공하는 것을 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 유전자 교정용 조성물을 이용한 유전자 교정 방법을 제공하는 것을 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 유전자 교정용 조성물을 포함하는 유전자 교정용 키트를 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
또한, 본 발명은 상기 유전자 교정용 조성물을 이용하여 인간을 제외한 유전자 변형 포유동물을 제조하는 방법을 제공하는 것을 또 다른 목적으로 한다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당업자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
상기와 같은 본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 (a) i) CRISPR/Cas9 단백질 또는 이의 변이체, 및 ii) 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체를 포함하는, 융합단백질 또는 이를 암호화하는 핵산; 및
(b) 가이드 RNA 또는 이를 암호화하는 핵산을 포함하고,
이때, 상기 가이드 RNA는 pegRNA (prime editing guide RNA) 및 데드 단일 가닥 RNA (dead single guide RNA, dsgRNA)를 포함하며, 상기 dsgRNA는 10~20bp 길이인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일구현예로, 상기 dsgRNA는 pegRNA 결합 부위로부터 5 내지 70개 뉴클레오티드가 떨어진 위치에 결합하여 상기 융합단백질의 염색질 접근성을 증가시킬 수 있다.
본 발명의 다른 구현예로, 상기 유전자 교정용 조성물은 비표적 DNA 가닥에 상보적으로 결합하여 표적 DNA 가닥의 절단을 유도하는 단일 가이드 RNA (single guide RNA, sgRNA)를 추가로 포함할 수 있다.
또한, 본 발명은 (a) i) CRISPR/Cas9 단백질 또는 이의 변이체, ii) 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체, 및 iii) 염색질 조절 펩타이드 (Chromatin-modulating peptides)를 포함하는, 융합단백질 또는 이를 암호화하는 핵산; 및
(b) 가이드 RNA 또는 이를 암호화하는 핵산을 포함하고,
상기 가이드 RNA는 pegRNA (prime editing guide RNA) 및 데드 단일 가닥 RNA (dead single guide RNA, dsgRNA)인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일 구현예로, 상기 염색질 조절 펩타이드는 고-이동성 그룹 뉴클레오솜 결합 도메인 1 (high-mobility group nucleosome binding domain 1, HN1), 히스톤 H1 중심 구형 도메인 (histone H1 central globular domain, H1G), 또는 이의 조합일 수 있다.
본 발명의 다른 구현예로, 상기 염색질 조절 펩타이드는 화학적 결합에 의해 직접적으로, 링커에 의해 간접적으로, 또는 이의 조합으로 상기 CRISPR/Cas9 단백질 또는 역전사효소에 연결될 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 융합단백질은
N말단-[HN1]-[Cas9]-[H1G]-[역전사효소]-C말단; 또는 N말단-[HN1]-[Cas9]-[역전사효소]-[H1G]-C말단의 구성으로 이루어진 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 융합단백질은 N-말단 및 C-말단에 각각 핵 위치화 신호 (nuclear localization signal, NLS) 서열을 추가로 포함하는 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 CRISPR/Cas9 단백질 변이체는 니카아제 (nickase)일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 CRISPR/Cas9 단백질 변이체는 RuvC 도메인 또는 HNH 도메인 중 어느 하나가 불활성화된 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체는 몰로니 마우스 백혈병 바이러스 (Moloney murine leukemia virus, M-MLV) 유래인 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 융합단백질은 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열로 이루어진 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 dsgRNA는 10 내지 20개 뉴클레오티드 길이로 이루어진 것일 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 dsgRNA는 pegRNA 결합 부위로부터 5 내지 70개 뉴클레오티드가 떨어진 위치에 결합하여 상기 융합단백질의 염색질 접근성을 향상시킬 수 있다.
본 발명의 또 다른 구현예로, 상기 유전자 교정용 조성물은 유전자 교정 효율 및 표적 특이성이 증진된 것을 특징으로 한다.
또한, 본 발명은 (a) i) CRISPR/Cas9 단백질 또는 이의 변이체; ii) 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체; 및 iii) 염색질 조절 펩타이드 (Chromatin-modulating peptides)를 포함하는 단백질 또는 이를 암호화하는 핵산; 및
(b) 가이드 RNA 또는 이를 암호화하는 핵산을 포함하고,
상기 가이드 RNA는 pegRNA (prime editing guide RNA) 및 데드 단일 가닥 RNA (dead single guide RNA, dsgRNA)인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일 구현예로 상기 i) CRISPR/Cas9 단백질 또는 이의 변이체; 및 상기 ii) 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체는 융합되어 세포 내로 전달되거나, i) 및 ii)를 각각 별도로 발현시켜서 플라스미드 DNA, RNA, 또는 단백질 형태로 세포 내로 전달할 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 유전자 교정용 조성물을 in vitro 또는 ex vivo 상에서 표적 핵산 서열을 포함하는 표적 영역 (region)과 접촉시키는 단계를 포함하는, 유전자 교정 방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 유전자 교정용 조성물을 포함하는, 유전자 교정용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 유전자 교정용 조성물을 인간을 제외한 포유동물 세포에 도입하여 유전자 변형 포유동물 세포를 얻는 단계; 및
상기 얻어진 유전자 변형 포유동물 세포를 인간을 제외한 포유동물 위탁모 난관에 이식하는 단계를 포함하는, 인간을 제외한 유전자 변형 포유동물의 제조방법을 제공한다.
본 발명의 일 구현예로, 상기 포유동물 세포는 포유동물의 배아 세포일 수 있다.
본 발명에서는 dead sgRNA (dsgRNA) 및/또는 염색질-조절 펩타이드 (chromatin-modulating peptides, CMPs)를 사용하여 성능이 개선된 프라임 편집기를 개발하였고, 이의 현저히 증진된 게놈 편집 효율 및 표적 특이성을 확인하였으며 표적 유전자의 돌연변이 동물모델을 제작하여 다음 세대로의 돌연변이 전달 및 표현형 변화 등을 확인하였다. 따라서 본 발명에 따른 개선된 프라임 편집기를 포함하는 유전자 교정용 조성물은 인간화 동물모델의 제작 및 연구, 유전공학 기술 분야 및 유전질환의 치료 수단 등의 다양한 용도로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.
도 1은 포유동물의 게놈에서 프라임 편집 시스템을 검증한 결과로서, 도 1a는 tdTomato를 발현하는 리포터 HEK293T 세포의 AAVS1 유전자에서 tdTomato 유전자에 대한 표적 돌연변이 설계를 도시한 개략도, 및 상기 세포에서 PE3의 편집 효율을 나타낸 현미경 이미지 및 생어 염기서열분석 크로마토그램 결과를 나타낸 것이고, 도 1b는 PE3를 형질감염시키거나 시키지 않은 세포를 11일간 배양한 후 FACS를 통해 tdTomato-음성 및 tdTomato-양성 세포를 계수한 결과이다.
도 2는 마우스 유전자 Igf2Adamts20의 표적 부위에서 다양한 길이의 pegRNAs 및 dsgRNA를 이용하여 프라임 편집 효율을 최적화한 결과로서, 도 2a는 상기 2종의 유전자 표적에서 각각 표적 돌연변이 설계를 도시한 개략도이고, 도 2b는 마우스 유래 NIH/3T3 세포에서 프라이머 결합 부위 (PBS) 및 역전사효소 주형 길이의 다양한 조합에 따른 PE3 및 CMR-PE3의 프라임 편집 효율을 비교하여 나타낸 결과이다.
도 3은 마우스 유래 NIH/3T3 또는 C2C12 세포에서 순서대로 Igf2, Adamts20, Casp1, Hoxd13, Angpt1Ksr2 각각의 유전자 내 표적에 대하여 dsgRNA 사용 여부 (PE3, PE3 + dsgRNA)에 따른 PE3의 프라임 편집 효율을 비교 분석한 결과이다.
도 4는 염색질 조절 펩타이드 (CMP) 결합에 의한 프라임 편집 효율 증진 효과를 확인한 결과로서, 도 4a는 CMP가 결합된 2종류의 융합단백질 (CMP-PE-V1, CMP-PE-V2) 구조를 그림으로 도시한 것이고, 도 4b 및 도 4c는 각각 CMP-PE-V1 및 CMP-PE-V2의 아미노산 서열을 구성별로 구분하여 나타낸 것이며, 도 4d는 NIH/3T3 또는 C2C12 세포에서 Igf2, Adamts20, Casp1, Hoxd13, Angpt1Ksr2 각각의 유전자 내 표적에 대하여 CMP (HN1, H1G) 결합 여부에 따른 프라임 편집 효율을 비교 분석한 결과이다. 도 4e는 인간세포인 HEK293T 세포에서 HEK3 서열을 표적으로 프라임 편집 효율을 비교 분석한 결과이다.
도 5는 NIH/3T3 및 C2C12 세포에서 Igf2, Adamts20, Casp1, Hoxd13, Angpt1Ksr2 각각의 유전자 내 표적에 대하여 PE3, dsgRNA를 이용한 PE3 + dsgRNA, CMP가 결합된 CMP-PE3-V1, 및 CMP와 dsgRNA를 함께 이용한 CMP-PE3-V1 + dsgRNA의 프라임 편집 효율을 비교 분석한 결과이다.
도 6은 PE3, PE3 + dsgRNA, CMP-PE3-V1 및 CMP-PE3-V1 + dsgRNA의 각 프라임 편집 시스템이 주입된 마우스 배아에서 표적 돌연변이의 생성 빈도를 분석한 결과로서, 도 6a는 Igf2에서의 결과이고, 도 6b는 Adamts20, Hoxd13, Angpt1, Ksr2 Ar에서의 결과를 나타낸 것이다.
도 7은 NIH/3T3 및 C2C12 세포에서 DNase I digestion 분석 후 실시간 qPCR을 통해 각각 온전한 게놈 DNA의 분획을 측정한 결과로서, 도 7a는 상기 각 세포에서 Igf2, Adamts20, Casp1, Hoxd13, Angpt1Ksr2 표적 유전자좌에서 온전한 게놈 DNA의 분획을 측정한 결과이고, 도 7b는 상기 두 세포주에 DNase I을 2 내지 16U으로 상이하게 처리하고 온전한 게놈 DNA의 분획을 측정한 결과이며, 도 7c는 C2C12 세포에 PE3, PE3 + dsgRNA, CMP-PE3-V1, 또는 CMP-PE3-V1 + dsgRNA를 암호화하는 플라스미드를 형질감염시킨 후 Igf2 표적 유전자좌에서 온전한 게놈 DNA의 분획을 측정한 결과이다.
도 8은 dsgRNA를 이용한 PE3를 매개로 마우스에서 표적 돌연변이 생성을 유도한 결과로서, 도 8a는 Igf2 유전자의 exon4에서 표적 돌연변이 설계를 나타낸 개략도이고, 도 8b는 Igf2에서 proximal dsgRNA +7를 이용한 PE3에 의해 유도된 표적 돌연변이 (G에서 C로의 치환 및 TA 삽입)를 갖는 두 마우스의 유전형 및 생어 염기서열분석 크로마토그램 결과를 나타낸 것이며, 도 8c는 제작된 Igf2 돌연변이 마우스의 F1 세대 마우스 7마리에 대하여 생어 염기서열분석 및 유전형 분석을 통해 표적 돌연변이 여부를 확인한 결과이다.
도 9는 본 발명에 따른 프라임 편집기의 오프-타겟 효과를 분석한 결과로서, 도 9a는 야생형 및 상기 도 8에서 제작된 돌연변이 Igf2 #1 및 Igf2 #2 마우스에 대하여 Igf2 표적 돌연변이 생성에 이용된 pegRNA 및 nsgRNA의 잠재적 오프-타겟 부위에서 삽입/결실 (indel) 빈도를 측정하여 나타낸 결과이고, 도 9b는 야생형 (Igf2 WT) 및 Igf2 #1 마우스에 대하여 전장 유전체 염기서열분석을 실시하고 비교한 결과이며, 도 9c는 잠재적 오프-타겟 (OT) 위치에 대한 염기서열을 비교하고 생어 염기서열분석 크로마토그램을 나타낸 결과이다.
도 10은 Igf2 돌연변이 마우스의 표현형을 확인한 결과로서, 도 10a는 Igf2 p+/m- 수컷 (F1)을 야생형 암컷 마우스와 교배하여 얻어진 Igf2 돌연변이 마우스 (MUT(Igf2 p-/m+ ))의 왜소증 표현형을 보여주는 이미지이고, 도 10b는 상기 Igf2 돌연변이 마우스와 Igf2 야생형 마우스의 체중을 측정하여 비교한 결과이다.
도 11은 본 발명에 따른 3종류의 편집 효율이 개선된 프라임 편집 시스템의 구성 및 작용 기전을 종래 공지된 PE3와 비교하여 그림으로 도시한 것이다.
본 발명자들은 proxymal dsgRNA (dead sgRNA) 및/또는 염색질-조절 펩타이드 (chromatin-modulating peptides, CMPs)를 사용하여 종래의 문제점이 개선된 프라임 편집기를 개발하고 이의 우수한 편집 효율 및 표적 특이성을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다.
이에, 본 발명은 (a) i) CRISPR/Cas9 단백질 또는 이의 변이체, 및 ii) 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체를 포함하는, 융합단백질 또는 이를 암호화하는 핵산; 및
(b) 가이드 RNA 또는 이를 암호화하는 핵산을 포함하고,
이때, 상기 가이드 RNA는 pegRNA (prime editing guide RNA) 및 데드 단일 가닥 RNA (dead single guide RNA, dsgRNA)를 포함하며, 상기 dsgRNA는 10~20nt 길이인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물을 제공한다.
상기 유전자 교정용 조성물은 비표적 DNA 가닥에 상보적으로 결합하여 표적 DNA 가닥의 절단을 유도하는 단일 가이드 RNA (single guide RNA, sgRNA)를 추가로 포함할 수 있으며, 바람직하게 상기 가이드 RNA는 본 발명에서 nicking sgRNA를 의미하는 것일 수 있다.
본 발명에서 사용되는 용어, "유전자 교정 (gene editing)"은 유전자 편집, 게놈 편집 등과 동일한 의미로 사용될 수 있다. 유전자 교정은 표적 유전자 내의 표적 부위에 하나 이상의 염기에 대하여 돌연변이를 유발하는 변이 (치환, 삽입 또는 결실)를 의미하는 것이다. 바람직하게 상기 유전자 교정은 표적 유전자의 이중가닥 절단 (double-stranded DNA cleavage)을 수반하지 않는 것일 수 있으며, 더욱 바람직하게는 프라임 편집 (prime editing)을 매개로 이루어지는 것일 수 있다.
본 발명의 일 구현예에서, 상기 하나 이상의 염기에 대하여 돌연변이를 유발하는 변이 또는 유전자 교정은 표적 부위에 종결코돈을 생성시키거나, 야생형과 다른 아미노산을 코딩하는 코돈을 생성시킴으로써 표적 유전자를 불활성화 (knock-out) 시킨다. 또는 개시 코돈을 다른 아미노산으로 바꾸어서 유전자를 불활성화 시키거나 또는 유전자 변이를 교정하거나, 삽입 또는 결실에 의한 프레임쉬프트로(frameshift)로 유전자를 불활성화 시키거나 또는 유전자 변이를 교정하거나, 단백질을 생성하지 않는 비코딩 DNA 서열에 변이를 도입하거나, 질병을 유발하는 야생형과 다른 서열의 DNA를 야생형과 동일한 서열로 변화시키는 등의 다양한 형태일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 용어 "염기서열"은 해당 염기를 포함하는 뉴클레오타이드의 서열을 의미하는 것으로, 뉴클레오타이드 서열, 핵산 서열 또는 DNA 서열과 동일한 의미로 사용될 수 있다.
본 발명에서, 상기 '표적 유전자 (target gene)'는 유전자 교정의 대상이 되는 유전자를 의미하고, '표적 부위 (target site 또는 target region)'는 표적 유전자 내의 표적 특이적 뉴클레아제에 의한 유전자 편집 또는 교정이 일어나는 부위를 의미하는 것으로, 일 예에서 상기 표적 특이적 뉴클레아제가 RNA-가이드 뉴클레아제 (RNAguided engineered nuclease, RGEN)를 포함하는 것인 경우, 표적 유전자 내의 RNA-가이드 뉴클레아제가 인식하는 서열 (PAM 서열)의 5' 말단 및/또는 3' 말단에 인접하여 위치하는 것일 수 있다.
또한, 본 발명은 (a) i) CRISPR/Cas9 단백질 또는 이의 변이체, ii) 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체, 및 iii) 염색질 조절 펩타이드 (Chromatin-modulating peptides)를 포함하는, 융합단백질 또는 이를 암호화하는 핵산; 및
(b) 가이드 RNA 또는 이를 암호화하는 핵산을 포함하고,
상기 가이드 RNA는 pegRNA (prime editing guide RNA) 및 데드 단일 가닥 RNA (dead single guide RNA, dsgRNA)인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물을 제공한다.
상기 유전자 교정용 조성물은 비표적 DNA 가닥에 상보적으로 결합하여 표적 DNA 가닥의 절단을 유도하는 단일 가이드 RNA (single guide RNA, sgRNA)를 추가로 포함할 수 있으며, 바람직하게 상기 가이드 RNA는 본 발명에서 nicking sgRNA를 의미하는 것일 수 있다.
본 발명에서, 상기 염색질 조절 펩타이드는 뉴클레오솜 재배열 및/또는 염색질 재형성을 용이하게 하기 위하여 뉴클레오솜 및/또는 염색체 단백질들과 상호작용하는 염색체 단백질 또는 이의 단편들을 의미한다. 보다 구체적으로, 상기 염색질 조절 펩타이드는 고-이동성 그룹 뉴클레오솜 결합 도메인 1 (high-mobility group nucleosome binding domain 1, HN1) 또는 이의 단편, 히스톤 H1 중심 구형 도메인 (histone H1 central globular domain, H1G) 또는 이의 단편, 또는 이의 조합일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
상기 고-이동성 그룹 뉴클레오솜 결합 도메인 (HMGN)은 염색질의 구조 및 기능을 조절하는 염색체 단백질이고, 상기 히스톤 H1 중심 구형 도메인 (histone H1 central globular domain, H1G)은 '링커 히스톤'이라고도 알려진 히스톤 H1을 구성하는 도메인이다. 히스톤 H1은 뉴클레오좀 어레이의 압축 상태를 조절하고 형태에 영향을 주며, 상기 중심 구형 도메인은 뉴클레오솜 상의 링커 DNA의 entry/exit 부위 근처에 결합한다고 알려져 있다.
상기 염색질 조절 펩타이드는 화학적 결합에 의해 직접적으로, 링커에 의해 간접적으로, 또는 이의 조합으로 상기 CRISPR/Cas9 단백질 또는 역전사효소에 연결될 수 있다. 구체적으로, 최소한 하나의 염색질 조절 펩타이드는 CRISPR/Cas9 단백질의 N-말단, C-말단, 및/또는 내부 위치에 연결될 수 있다. 바람직하게, 본 발명의 융합단백질은 CRISPR/Cas9 단백질 또는 역전사효소에 연결된 2개의 염색질 조절 펩타이드를 포함한다. 보다 바람직하게, 상기 융합단백질에서 HMGN1 (HN1)은 Cas9 단백질 또는 이의 변이체의 N-말단에 연결될 수 있고, 상기 히스톤 H1 중심 구형 도메인 (H1G)은 Cas9 단백질 또는 이의 변이체의 C-말단 또는 역전사효소의 C-말단에 연결될 수 있다. 가장 바람직하게 상기 융합단백질은 i) N말단-[HN1]-[Cas9]-[H1G]-[역전사효소]-C말단; 또는 ii) N말단-[HN1]-[Cas9]-[역전사효소]-[H1G]-C말단의 구성으로 이루어진 것일 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 융합단백질은 최소한 하나의 핵 위치화 신호, 최소한 하나의 세포-침투 도메인, 최소한 하나의 마커 도메인, 또는 이의 조합을 추가로 포함할 수 있으며, 바람직하게는 N-말단 및 C-말단에 각각 핵 위치화 신호 (nuclear localization signal, NLS) 서열을 추가로 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에 따른 상기 융합단백질은 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열로 이루어진 것일 수 있다. 이때, 상기 융합단백질은 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열과 70% 이상, 바람직하게는 80% 이상, 더욱 바람직하게는 90% 이상, 가장 바람직하게는 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 서열 상동성을 가지는 아미노산 서열을 포함할 수 있다.
본 발명에서, 'Cas9 (CRISPR associated protein 9) 단백질'은 DNA 바이러스에 대한 특정 박테리아의 면역학적 방어에서 중요한 역할을 하는 단백질로 유전공학 응용에 많이 사용되는데, 상기 단백질의 주요 기능이 DNA를 절단하는 것이기 때문에 세포의 게놈을 변형하는 데에 적용할 수 있다. 구체적으로, CRISPR/Cas9은 3세대 유전자가위로써 이용하고자 하는 특정 염기서열을 인식하여 절단하고 편집하며, 게놈의 목적 장소에 특정 유전자를 삽입하거나 특정 유전자의 활동을 정지시키는 조작을 간단하고 신속하고 효율성 있게 실시하는데 유용하다. Cas9 단백질 또는 유전자 정보는 NCBI (National Center for Biotechnology Information)의 GenBank와 같은 공지의 데이터베이스에서 얻을 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 또한, Cas9 단백질은 그 목적에 따라 당업자가 추가적인 도메인을 적절하게 연결할 수 있다. 본 발명에 있어서, Cas9 단백질은 야생형 Cas9 뿐만 아니라, 유전자 편집을 위한 핵산분해효소의 기능을 갖는 것이라면 Cas9의 변이체를 모두 포함할 수 있다.
본 발명에 있어서, 상기 Cas9 변이체는 DNA 이중 가닥을 절단하는 엔도뉴클레아제 활성을 상실하도록 변이된 것을 의미할 수 있다. 예컨대, 상기 Cas9 변이체는 엔도뉴클레아제 활성을 상실하고 니카아제 활성을 갖도록 변이된 Cas9 단백질 및 엔도뉴클레아제 활성과 니카아제 활성을 모두 상실하도록 변이된 Cas9 단백질 중에서 선택된 1종 이상일 수 있으며, 바람직하게는 Cas9 니카아제 (Cas9 nickase)일 수 있다.
상기 Cas9 니카아제는 뉴클레아제의 촉매 활성 도메인 (예컨대, Cas9의 RuvC 또는 HNH 도메인)에서 변이가 일어나 불활성화된 것일 수 있다. 구체적으로, 10번째 위치의 아스파르트산 (D10), 762번째 위치의 글루탐산 (E762), 840번째 위치의 히스티딘 (H840), 854번째 위치의 아스파라긴 (N854), 863번째 위치의 아스파라긴 (N863) 및 986번째 위치의 아스파르트산 (D986) 등으로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상이 임의의 다른 아미노산으로 치환된 돌연변이를 포함할 수 있으며, 바람직하게 본 발명의 Cas9 니카아제는 840번째 위치의 히스티딘이 알라닌으로 치환 (H840A)된 변이를 포함하는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
상기 Cas9 단백질 또는 이의 변이체는 그 유래가 제한되지 않으며, 비제한적인 예시로써 스트렙토코커스 피요제네스 (Streptococcus pyogenes), 프란시셀라 노비시다 (Francisella novicida), 스트렙토코커스 써모필러스 (Streptococcus thermophilus), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 리스테리아 이노큐아 (Listeria innocua), 또는 스트렙토코커스 뮤탄스 (Streptococcus mutans) 유래일 수 있다.
상기 Cas9 단백질 또는 이의 변이체는 미생물에서 분리된 것 또는 재조합적 방법 또는 합성적 방법 등과 같이 인위적 또는 비자연적 생산된 것 (non-naturally occurring)일 수 있다. 상기 Cas9은 in vitro에서 미리 전사된 mRNA 또는 미리 생산된 단백질 형태, 또는 표적 세포 또는 생체 내에서 발현하기 위하여 재조합 벡터에 포함된 형태로 사용될 수 있다. 일 실시예에서, 상기 Cas9은 재조합 DNA(Recombinant DNA, rDNA)에 의하여 만들어진 재조합 단백질일 수 있다. 재조합 DNA는 다양한 유기체로부터 얻어진 이종 또는 동종 유전 물질을 포함하기 위하여 분자 클로닝과 같은 유전자 재조합 방법에 의해 인공적으로 만들어진 DNA 분자를 의미한다.
본 발명에서, '역전사효소 (reverse transcriptase)'는 RNA를 주형으로 삼아 DNA를 합성해내는 능력을 갖고 있는 효소를 말한다. 본 발명에 있어서, 역전사효소는 야생형 역전사효소뿐만 아니라 상기와 같이 RNA를 주형으로 삼아 DNA를 합성해내는 기능을 갖는 것이라면 역전사효소의 변이체를 모두 포함할 수 있으며, 역전사효소 또는 이의 변이체는 바람직하게 몰로니 마우스 백혈병 바이러스 (Moloney murine leukemia virus, M-MLV)에서 유래된 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서, 사용되는 용어 "가이드 RNA (guide RNA)"는 표적 유전자 내 표적 부위 내의 특이적인 염기 서열 (표적서열)에 혼성화 가능한 표적화 서열을 포함하는 RNA를 의미하며, 생체 외 (in vitro) 또는 생체 (또는 세포) 내에서 Cas와 같은 뉴클레아제 단백질과 결합하여 이를 표적 유전자 (또는 표적 부위)로 인도하는 역할을 한다.
상기 가이드 RNA는 복합체를 형성할 뉴클레아제의 종류 및/또는 그 유래 미생물에 따라서 적절히 선택될 수 있다. 예컨대, 본 발명의 가이드 RNA는 pegRNA, dead sgRNA 또는 nicking sgRNA일 수 있다.
상기 가이드 RNA는 표적 유전자 (표적 부위) 내의 표적 서열과 상보적인 서열 (표적화 서열)을 가지는 부분인 스페이서 영역 (Spacer region, Target DNA recognition sequence, base pairing region 등으로도 명명함) 및 Cas9 단백질 결합을 위한 hairpin 구조를 포함할 수 있다. 보다 구체적으로는 표적 유전자 내의 표적 서열과 상보적인 서열을 포함하는 부분, Cas 단백질 결합을 위한 hairpin 구조, 및 Terminator 서열을 포함할 수 있다. 추가적으로 상기 pegRNA는 표적 유전자의 비표적 가닥에 상보적인 염기서열 (primer binding site, PBS) 및 교정하고자 하는 염기서열을 포함하는 역전사효소의 주형가닥 부위 (RT template)를 갖는다.
상기 가이드 RNA의 표적 서열과 혼성화 가능한 가이드 RNA의 표적화 서열은 상기 표적 서열이 위치하는 DNA 가닥 (즉, PAM 서열(5'-NGG-3' (N은 A, T, G, 또는 C임)이 위치하는 DNA 가닥) 또는 이의 상보적인 가닥의 뉴클레오타이드 서열과 50% 이상, 60% 이상, 70% 이상, 80% 이상, 90% 이상, 95% 이상, 99% 이상, 또는 100%의 서열 상보성을 갖는 뉴클레오타이드 서열을 의미하는 것으로, 상기 상보적 가닥의 뉴클레오타이드 서열과 상보적 결합이 가능하다.
상기 가이드 RNA는 RNA 형태로 사용 (또는 상기 조성물에 포함)되거나, 이를 코딩하는 DNA를 포함하는 플라스미드 형태로 사용 (또는 상기 조성물에 포함)될 수 있다.
본 발명에서, 상기 dsgRNA는 10~20nt (뉴클레오티드) 길이로 구성된 것일 수 있고, 바람직하게는 11 내지 19nt, 12 내지 18nt, 13 내지 17nt, 13 내지 16nt, 가장 바람직하게는 14 내지 15nt 길이일 수 있으나, 이것으로 한정되는 것은 아니다.
또한 상기 dsgRNA는 pegRNA 결합 부위, 바람직하게는 pegRNA의 스페이서 (spacer) 부위로부터 5 내지 70nt (뉴클레오티드), 바람직하게는 6 내지 65nt, 가장 바람직하게는 7 내지 62nt 떨어진 위치에 결합하여 상기 융합단백질의 염색질 접근성을 증가시킬 수 있다.
본 발명에서 사용되는 용어, "염색질 접근성 (Chromatin accessibility)"이란 주로 히스톤 (histone), 전사인자 (transcription factor, TF), 염색질 변형 효소 (chromatin-modifying enzymes) 및 염색질 리모델링 복합체 (chromatin-remodelling complexes)로 구성된 DNA 및 관련 단백질에 의해 형성된 복합체인 염색질의 물리적 압축 수준을 의미한다. 진핵생물 게놈은 일반적으로 히스톤 8량체 (octamer)를 감싸고 있는 ~147bp의 DNA를 포함하는 뉴클레오솜으로 압축되지만, 뉴클레오솜의 점유율은 게놈에서 균일하지 않으며 조직 및 세포 유형에 따라 다르게 나타난다. 뉴클레오솜은 일반적으로 전사 조절제 (ex. 전사인자)와 상호작용하는 시스 조절 요소 (인핸서 및 프로모터)가 존재하는 게놈 위치에서 고갈되어 접근 가능한 염색질을 생성하게 된다. 유전자 교정 (유전자 편집)과 관련해서는 닫힌 게놈 영역 보다 열린 게놈 영역을 표적하는 gRNA의 활성에 유의한 차이가 있어 Cas9의 효율이 국소적 염색질 접근성에 의해 영향을 받으므로 염색질 접근성과 CRISPR-Cas9 매개 유전자 편집 효율성 사이의 양의 상관관계가 있음이 공지되어 있다.
본 발명의 다른 양태로서, 본 발명은 상기 유전자 교정용 조성물을 in vitro 또는 ex vivo 상에서 표적 핵산 서열을 포함하는 표적 영역 (region)과 접촉시키는 단계를 포함하는, 유전자 교정 방법을 제공한다.
상기 유전자 교정용 조성물은 바람직하게 진핵세포에 적용될 수 있으며, 상기 진핵세포는 바람직하게 인간 등의 영장류, 마우스 등의 설치류를 포함하는 포유동물에서 유래된 것일 수 있으나 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 양태로서, 본 발명은 상기 유전자 교정용 조성물을 포함하는, 유전자 교정용 키트를 제공한다.
본 발명에 있어서, 상기 키트는 상기 유전자 교정용 조성물과 함께 버퍼 (buffer) 및 데옥시리보뉴클레오티드-5-트리포스페이트 (dNTP)와 같은 유전자 교정을 실시하는데 필요한 물질 (시약)을 모두 포함할 수 있다. 또한, 상기 키트의 특정 반응에서 사용되는 시약의 최적량은, 본 명세서에 개시 사항을 습득한 당업자에 의해서 용이하게 결정될 수 있다.
본 발명의 또 다른 양태로서, 상기 유전자 교정용 조성물을 인간을 제외한 포유동물 세포에 주입하여 유전자 변형 포유동물 세포를 얻는 단계; 및 상기 얻어진 유전자 변형 포유동물 세포를 인간을 제외한 포유동물 위탁모 난관에 이식하는 단계를 포함하는, 인간을 제외한 유전자 변형 포유동물의 제조방법을 제공한다.
본 발명의 상기 유전자 교정 조성물의 도입에 의해 포유동물 세포에서 40% 이상, 45% 이상, 50% 이상, 55% 이상, 60% 이상, 65% 이상, 70% 이상, 75% 이상, 80% 이상, 85% 이상, 90% 이상, 95% 이상, 97% 이상, 99% 이상 또는 100%의 유전자 교정효율 (예컨대, 염기 치환, 삽입 또는 결실)을 달성할 수 있다.
본 발명에서, 상기 포유동물 세포에 유전자 교정용 조성물을 도입하는 단계는, i) 상기 세포를 본 발명에 따른 프라임 편집용 융합단백질, pegRNA, nsgRNA 및 dsgRNA을 암호화하는 플라스미드 벡터 또는 바이러스 벡터로 형질감염시키거나,
ii) 상기 세포에 융합단백질을 암호화하는 mRNA, pegRNA, nsgRNA 및 dsgRNA의 혼합물 또는 이들 각각을 직접 주입하거나,
iii) 상기 세포에 융합단백질, pegRNA, nsgRNA 및 dsgRNA의 혼합물 또는 복합체 형태의 리보핵산단백질을 직접 주입하여 수행될 수 있다.
상기 직접 주입은 상기 ii) 또는 iii)의 각 mRNA 및 가이드 RNA 또는 리보핵산단백질이 재조합 벡터를 사용하지 않고, 세포막 및/또는 핵막을 통과하여 유전체(genome)에 전달되는 것을 의미할 수 있으며, 예컨대, 나노입자, 전기천공법, 리포펙션 (lipofection), 미세주입 (microinjection) 등에 의하여 수행될 수 있다.
상기 유전자 교정 조성물이 도입되는 포유동물 세포는 인간 등의 영장류, 마우스 등의 설치류를 포함하는 포유동물의 배아일 수 있으며, 바람직하게는 인간을 제외한 포유동물의 배아일 수 있다. 예컨대, 상기 배아는 과배란 유도된 암컷 포유동물과 수컷 포유동물을 교배하여 얻어진 수정된 배아를 상기 암컷 포유동물의 난관에서 채취한 것일 수 있다. 상기 염기 교정용 조성물이 적용 (주입)되는 배아는 수정된 1-세포기의 배아 (zygote)일 수 있다.
상기 얻어진 유전자 변형 포유동물 세포는 상기 유전자 교정 조성물의 도입에 의하여 표적 유전자에 염기 치환, 삽입 또는 결실 돌연변이가 발생한 세포일 수 있다.
상기 유전자 변형 포유동물 세포, 바람직하게 유전자 변형 배아 세포를 난관에 이식받는 포유동물은 상기 배아 세포가 유래하는 포유동물과 동종의 포유류 (위탁모)일 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 방법에 의해 제조된, 유전자 변형 포유동물을 제공한다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 하기 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.
[실시예]
실시예 1. 실험방법
1-1. 플라스미드 DNA 구축
NEBuilder® HiFi DNA Assembly Master Mix (E2621L, NEB)를 사용하여 HN1 (High-mobility group nucleosome binding domain 1) 및 H1G (Histone H1 central globular domain) 올리고를 pCMV-PE2 (#132775, Addgene)에서 nCas9의 양면에 융합시켜 제조사의 프로토콜에 따라 염색질 조절 펩타이드 프라임 편집기 (chromatin-modulating peptide prime editor)를 구축하였다.
또한 Igf2, Adamts20, Casp1, 및 Hoxd13 유전자에 특정 돌연변이를 유발시키기 위한 pegRNA 발현 벡터를 제작하기 위해, pU6-pegRNA-GG-수용체 벡터 (#132777, Addgene)에 스페이서 (spacer), 프라임 결합 부위 (prime binding site) 및 역전사효소 주형 (reverse transcriptase template oligos) 서열들을 BsaI 효소 절단 부위에 삽입하였다. nsgRNA 및 dsgRNA 발현 벡터는 pRG2-GG 벡터 (#104174, Addgene)로 삽입하였다. 추가적으로 본 실시예에서 이용된 각 표적 유전자에 특이적인 pegRNAs, nsgRNA 및 dsgRNA의 서열을 하기 표 1 내지 3에 정리하여 나타내었다.
[표 1]
Figure pat00001
[표 2]
Figure pat00002
[표 3]
Figure pat00003
1-2. 리포펙션 (lipofection) 및 전기천공 (electroporation)
AAVS1 유전자좌에서 tdTomato를 발현하는 리포터 시스템이 도입된 HEK293T 세포, NIH/3T3 세포 (ATCC, CRL-1658) 및 C2C12 세포 (ATCC, CRL-1772)는 10% FBS (S 001-01, Welgene) 또는 BCS (26170-043, Gibco)가 보충된 Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM; LM001-05, Welgene)에서 5% CO2 및 37℃ 조건하에 배양되었다. 본 실시예에서는 제조사의 프로토콜에 따라 0.5㎍ pegRNA, 2.15㎍ PE2, 0.22㎍ nsgRNA의 3가지 플라스미드와 1㎕ Lipofectamine 2000 시약 (11668019, Thermo Fisher Scientific)이 포함된 50㎕ Opti-MEM (31985070, Gibco)을 2 x 104 세포에 처리하여 형질감염시킨 후 11일 동안 세포를 배양하였다.
전기천공은 각각 1 x 105개의 NIH/3T3 세포 및 C2C12 세포에 대해 실시하였으며, 상기 각 세포주를 3㎍ PE2 또는 CMP-PE, 0.7㎍ pegRNA, 0.3㎍ nsgRNA 및 0.25㎍ dsgRNA의 플라스미드와 혼합하고 제조사의 프로토콜에 따라 Neon™ Transfection System (MPK1096, Thermo Fisher Scientific)을 이용하여 형질감염시켰다. 이후 72시간 동안 세포를 배양한 다음 회수하고 표적 심층 염기서열분석 (targeted deep sequencing)을 실시하였다.
1-3. DNA 앰플리콘의 제조
형질감염 후 tdTomato 발현 리포터 HEK293T, NIH/3T3, C2C12 세포 및 마우스 배아로부터 DNeasy Blood & Tissue Kits (69506, Qiagen)를 사용하여 게놈 DNA를 추출하였다. 이후 Phusion™ High-Fidelity DNA 중합효소 (F-530XL, Thermo Fisher Scientific) 및 Sungen (SG-PT02, Sun genetics)을 사용하여 편집된 표적 서열을 증폭시켰다.
1-4. In vitro 전사
mMESSAGE mMACHINE T7 Ultra Kit(AM1345, Invitrogen)를 사용하여 PE2 및 CMP-PE의 전사체를 제조하고 MEGAclear™ Transcription Clean-Up Kit(AM1908, Invitrogen)를 이용하여 정제하였다. 제조사의 프로토콜에 따라 T7 RNA 중합효소(M0251, NEB)를 사용하여 pegRNA, nsgRNA, 및 dsgRNA의 전사를 유도하였고, ExpinTM CleanUp SV(113-150, GeneAll)를 사용하여 전사된 RNAs를 정제하였다. 이후 NanoDrop One UV-Vis(Thermo Fisher Scientific)를 이용해 상기 정제된 RNAs를 정량화하였다.
1-5. 실험동물
본 실시예의 in vivo 실험은 서울대학교 동물실험윤리위원회 (Institutional Animal Care and Use Committee, IACUC)의 승인을 받고 진행하였다. 배아 기증을 위해 C57BL/6N 및 ICR 마우스를 이용하였고, 대리모는 특정 병원체가 없는 실험실에서 사육되었다.
1-6. 미세주입 (Microinjection)
C57BL/6N 암컷 마우스에 HyperOva (KYD-010-EX-x5, CARD) 및 hCG (CG10-1vl, Sigma)를 48시간 간격으로 주입하여 난소 과자극을 유도하였고, hCG 호르몬을 주입한 후 암컷 마우스를 야생형 C57BL/6N 수컷 마우스와 교배시켰다. 수정된 1세포 단계의 배아를 팽대부 (ampulla)에서 얻었고 두 개의 전핵 (pronuclei)이 나타날 때까지 M2 배지 (M7167, Sigma)에서 배양하였다. 미세주입을 위한 프라임 편집용 혼합물은 100㎕의 Tris-EDTA (pH 7.4)하에 100ng의 PE2 또는 CMP-PE mRNA, 65ng pegRNA, 32.5ng nsgRNA, 22ng dsgRNA의 농도로 준비하였다. 미세주입 후에는 배반포 (blastocyst)로의 발달을 위해 배아를 KSOM 배지 (MR-121-D, Millipore)하에 37℃ 배양기에서 4일 동안 배양하였다. 이후 2세포 단계 배아의 일부를 가임신 양모의 난관으로 이식하였다.
1-7. 유전형 분석 (Genotyping) 및 표적 심층 염기서열분석 (targeted deep sequencing)
각 표적은 특이적 프라이머를 사용하여 nested PCR을 통해 증폭시켰다. PCR 앰플리콘으로 구성된 라이브러리에 대하여 iSeq™ 100 시퀀싱 시스템 (Illumina, Inc.)을 이용하여 염기서열분석을 실시하였다. 이후 CRISPR REGN Tools 프로그램 (http://www.rgenome.net/)과 EUN 프로그램 (https://daeunyoon.com/)을 통해 서열분석 데이터를 분석하였다.
1-8. 전장 유전체 염기서열분석 (Whole genome sequencing) 및 변이 검출 (variant calling)
DNeasy Blood & Tissue kit (69506, Qiagen)를 사용하여 마우스 (C57BL/6N) 귀에서 게놈 DNA를 분리한 다음, 제조사의 지침에 따라 Covaris S2 초음파 장치 시스템을 사용하여 게놈 DNA를 전단하고 Truseq Nano DNA sample prep kit를 사용하여 paired-end DNA 라이브러리를 제조하였다. 딥 커버리지 (30x) 전장 유전체 염기서열분석은 Illumina Novaseq 6000 플랫폼 (Illumina)에서 101 base paired-end 시퀀싱을 통해 수행되었고, 서열 판독은 BWA-MEM을 사용하여 마우스 참조 게놈 GRCm38/mm10에 정렬하여 수행되었다. 단일 뉴클레오티드 변이와 작은 삽입/결실 (indel)은 GATK4 HaplotypeCaller를 이용하여 검출하였고, 마우스 v142 (dbSNP142)에 대하여 dbSNP에서 존재하는 공지된 변이들은 ANNOVAR로 주석을 달았다. dbSNP142에 존재하지 않는 새로운 변이체들은 추가로 분석하여 오프-타겟 부위에서 위치를 확인하였다. 추정되는 오프-타겟 부위는 최대 7-bp 또는 2-bp 벌지 + 5bp 불일치를 고려하여 Cas-OFFinder의 후보와 비교하였다. 모든 변이는 판독 플롯을 시각화하여 수동으로 확인하였다.
1-9. DNase I digestion assay 및 qPCR
본 발명자들은 종래 공지된 방법에 따라 DNase I digestion assay를 실시하였다. 구체적으로, 세포를 떼어내고 차가운 1X PBS로 반복해서 씻어낸 다음 900rpm에서 5분 동안 2회 스핀 다운하였다. 이어서 차가운 RSB 완충액 (10mM Tris-HCl, 10mM NaCl 및 3mM MgCl2) + 0.1% IGEPAL CA-630 (I8896, Sigma)을 사용하여 세포를 용해시키고 4deg에서 10분 동안 500g로 스핀 다운하여 핵을 펠렛화하였다. 다음으로 상층액을 제거하고 DNase I (2-16U)을 처리하거나 처리하지 않은 조건에서 핵을 37℃에서 20-30분 동안 배양하였다. 이후 50mM EDTA를 첨가하여 반응을 정지시키고, DNeasy Blood & Tissue kit (69506, Qiagen)를 이용하여 DNase I으로 분해된 DNA를 정제하였다. 실시간 qPCR (real-time qPCR)은 KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix Kit (KR0389, Kapa Biosystems)를 이용해 수행하였으며, 온전한 게놈 DNA의 분획은 비교 CT 방법을 이용하여 측정되었다. 상기 실시간 qPCR에 사용된 프라이머 서열은 하기 표 4에 나열하였다.
[표 4]
Figure pat00004
1-10. 통계분석
데이터는 평균과 표준 편차로 제시하였고, 3 또는 5회 독립적 반복 실험을 수행하였다. P값은 unpaired 및 two-sided Student’s t-검정을 사용하여 계산되었다.
실시예 2. 포유류 게놈에서 프라임 편집 시스템의 검증 및 편집 효율 확인
본 발명자들은 먼저 포유류 게놈에서 프라임 편집 시스템의 적용 가능성을 검증하고자 하였으며, 이를 위해 HEK293T 세포의 AAVS1 유전자좌에서 tdTomato를 발현하는 리포터 시스템을 이용하였다. 구체적으로, 도 1a에 그림으로 도시한 바와 같이 프라이머 결합 부위 (PBS) 길이가 8 nt이고 역전사효소 (RT) 주형의 길이가 17 nt (PBS8-RT17)인 프라임 편집기 3 (prime editor 3, PE3)를 이용하여 상기 tdTomato 서열 내에 티민 (thymine, T) 염기를 삽입함으로써 정지 코돈을 생성시켰다. 또한, pegRNA (prime-editing guide RNA)는 편집되는 가닥에서 편집을 억제하기 위해 비표적 가닥 상의 PAM 서열을 제거하도록 설계되었다. 이후 본 발명자들은 상기 PE3에 의한 tdTomato 유전자의 편집 효율을 확인하기 위해 유세포 분석 (flow cytometry)을 통해 tdTomato-음성 세포를 게이팅하여 편집 효율을 평가하였다.
그 결과, 도 1b에서 볼 수 있는 바와 같이 tdTomato를 발현하는 양성대조군(tdTomato expressing HEK293T)과 비교할 때 PE3를 이용해 tdTomato 유전자 편집을 유도한 경우 (tdTomato expressing HEK293T + PE3) 32%의 세포가 tdTomato 음성인 것을 확인하였다. 이러한 결과는 프라임 편집기가 본 발명의 시스템에서 원하는 표적 돌연변이의 생성을 가능하게 함을 시사하는 것이다.
다음으로, 프라임 편집기를 이용하여 마우스 모델을 제작하기 위해, 8개의 전이 돌연변이 또는 하나 이상의 뉴클레오티드 삽입 또는 결실을 포함하는 표적을 설계하고자 하였다. 먼저, 도 2a에 도시한 바와 같이 2종의 마우스 유전자 즉, Igf2 (insulin-like growth factor 2) 및 Adamts20 (a disintegrin and metalloproteinase domain with thrombospondin type-1 motifs 20)에서 종결 코돈의 생성을 유도하였다. Igf2 유전자는 부계로부터 유전된 Igf2 대립 유전자의 돌연변이에 의해 왜소증 표현형을 유도할 수 있다. 구체적으로, 본 발명자들은 Igf2 유전자의 exon4에 TA 염기를 삽입함으로써 종결 코돈을 생성시켜 유전자의 기능 상실을 유도하였다. 또한, 편집되는 가닥의 지속적 편집을 억제하기 위해 PAM 서열의 뉴클레오티드를 NGG에서 NCG로 치환시켰다. 한편, Adamts20은 멜라닌 세포 (melanocytes)의 발달에 관여하는 유전자로서, Adamts20 유전자좌의 E584 부위에서 조기 정지 코돈의 생성은 전형적인 백색 벨트 표현형과 관련이 있다고 알려져 있다. 본 발명자들은 Adamts20 유전자좌의 exon12에서 CG를 TT로 치환을 유도하여 조기 종결 코돈 (E584*) 및 PAM 서열의 변형 (NGG에서 NAG로)을 유도하였다. 또한 상기와 같은 마우스 유전자 표적에서 상기 돌연변이를 유도하기 위해 PE (조작된 M-MLV RT와 융합된 nCas9), pegRNA 및 nicking sgRNA (nsgRNA)로 구성된 PE3 시스템을 사용했다. 이때, 상기 nsgRNA는 표적 DNA 가닥 즉, 비-편집 가닥의 절단을 통해 DNA 복구 활성을 촉진함으로써 편집 효율성을 향상시키기 위한 목적으로 이용된 것이다.
다음으로, 본 발명자들은 Igf2Adamts20 표적 부위에서 프라임 편집을 최적화하기 위해 다양한 PBS 길이 (8-14 nt) 및 RT 주형 길이 (10-18 nt)로 구성된 pegRNA에 따른 편집 효율성을 평가하였다. 이때, 전사 종결 신호의 일부가 될 수 있는 3'-말단에 티민이 있는 PBS의 길이와 pegRNA 구조를 방해할 수 있는 5'-말단에 시토신이 있는 RT의 길이는 제외하였다. 이후 전기천공법을 통해 PE, pegRNA 및 nsgRNA를 암호화하는 3가지 플라스미드를 NIH/3T3 세포로 형질감염시키고 72시간 동안 세포를 배양한 후 회수하여 표적 심층 염기서열분석을 실시하였다.
실험 결과, 도 2b에 나타낸 바와 같이 NIH/3T3 세포에서 Igf2Adamts20 표적에 대한 PE3 매개 편집 효율은 3% 미만으로 나타난 것을 확인하였다. 이러한 결과로부터 프라임 편집기를 마우스 모델 제작에 이용하기 위해서는 편집 효율의 개선이 필요할 것으로 판단하였다.
실시예 3. dsgRNA에 의한 프라임 편집기의 편집 효율 증진 확인
본 발명자들은 프라임 편집기의 편집 효율성을 개선시키기 위한 시도로써 proxy-CRISPR 아이디어에 기반하여 촉매적으로 불활성인 엔도뉴클레아제 (catalytically dead endonuclease) 대신 표적 부위의 염색질 구조를 풀기 위한 dsgRNAs를 이용하였다. dsgRNA는 불활성화된 촉매 작용을 나타내면서 Cas 엔도뉴클레아제를 안내하고 표적 부위에 결합하는 14~15 nt 길이의 가이드 RNA이다. 이에, 본 발명자들은 프라임 편집기가 다음과 같은 두 가지 역할을 할 것이라고 가정하였다. 한가지는 표적 부위에서 pegRNA와 함께 프라임 편집 기능을 하는 것이고, 다른 하나는 dsgRNA와 표적 부위에 인접한 염색질을 조절하는 것이다. 본 발명자들은 pegRNA의 스페이서 (spacer)로부터 7-62 뉴클레오티드 위치 범위에서 Igf2Adamts20 표적 부위에 인접한 proximal dsgRNAs를 설계하였다. 이후 편집 효율을 확인하기 위해 Igf2Adamts20 부위에서 다양한 pegRNA 길이에 proximal dsgRNA를 적용하였으며, 흥미롭게도 proximal dsgRNA를 이용한 PE3의 편집 효율은 대부분의 그룹에서 향상된 것으로 나타났다. 따라서 본 발명자들은 Igf2Adamts20 표적에 대하여 각각 가장 높은 효율을 나타낸 PBS9-RT14 pegRNA 및 PBS11-RT13 pegRNA를 선택하여 후속 실험을 진행하였다.
다음으로, 편집 효율이 높은 dsgRNA를 선별하기 위해 Igf2, Adamts20, Casp1 (4bp 결실), Hoxd13 (G에서 T로 치환), Angpt1 (CGG에서 TGA로 치환) 및 Ksr2 (TGAT 삽입) 유전자에 대한 추가적인 proximal dsgRNA를 설계하고 테스트하고자 하였다. 이를 위해, PE, pegRNA, nsgRNA 및 각각의 proximal dsgRNA를 암호화하는 플라스미드를 전기천공법을 통해 NIH/3T3 및 C2C12 세포로 형질감염시켰으며, 이후 표적 심층 염기서열분석을 실시하였다.
그 결과, 도 3에서 볼 수 있는 바와 같이 proximal dsgRNA가 PE3에 비해 대부분의 표적에서 편집 효율성을 선택적으로 개선시켰음을 확인하였다. 이러한 결과로부터, dsgRNA 적용에 따른 유전자 편집 효율은 proximal dsgRNA의 위치에 따라 다르며, 효과적인 표적 돌연변이를 유도하기 위해서는 각 표적 및 세포 유형별로 최적의 dsgRNA를 위한 스크리닝 프로세스가 필요하다는 것을 알 수 있었다.
실시예 4. CMP가 결합된 프라임 편집기의 편집 효율 증진 확인
본 발명자들은 프라임 편집기의 편집 효율성을 개선시키기 위한 다른 시도로서, 염색질 조절 펩타이드 (chromatin-modulating peptides, CMP)인 고-이동성 그룹 뉴클레오솜 결합 도메인 1 (high-mobility group nucleosome binding domain 1, HN1) 및 히스톤 H1 중앙 구상 도메인 (histone H1 central globular domain, H1G)을 사용해 프라임 편집기를 조작하였다. 구체적으로, 프라임 편집기의 Cas9 니카아제 (Cas9 nickase, nCas9)와 역전사효소가 융합된 단백질에 상기 HN1 및 H1G를 추가하여 2가지 버전으로 제조하였다. 도 4a에 도시된 바와 같이 nCas9의 N-말단 쪽에 HN1 및 C-말단 쪽에 H1G을 결합시킨 구성의 융합단백질을 CMP-PE-V1으로 명명하였고, nCas9의 N-말단 쪽에 HN1, nCas9의 C-말단 쪽에 조작된 M-MLV RT 및 상기 RT의 C-말단에 H1G가 결합되도록 조작한 융합단백질을 CMP-PE-V2로 명명하였다. 또한 상기 CMP-PE-V1 및 CMP-PE-V2의 아미노산 서열을 도 4b 및 도 4c에 각각 나타내었다.
본 발명자들은 상기 CMP-PE3-V1 (pegRNA/nsgRNA와 CMP-PE-V1) 또는 CMP-PE3-V2 (pegRNA/nsgRNA와 CMP-PE-V2)를 두 가지 마우스 세포주에 각각 전달하고 CMP를 결합시키지 않은 PE3를 세포에 도입한 경우와 편집 효율을 비교하였다. 그 결과, 도 4b에 나타낸 바와 같이 대부분의 표적 부위에서 CMP-PE3-V1의 경우 PE3에 비해 훨씬 더 편집 효율이 높게 나타난 것을 확인하였다. 특히, CMP-PE3-V1에 의한 편집 효율은 NIH/3T3 세포에서 Igf2의 경우 2.55배, Adamts20의 경우 3.92배 더 높게 나타났다. 또한 인간세포인 HEK293T 세포에서 HEK3 서열을 표적으로 향상된 프라임 편집기와 dead sgRNA를 적용하여 편집 효율을 확인하였다. 그 결과를 도 4e에 나타내었다. PE3에 비해 향상된 프라임 편집 방법인 CMP-PE-V1또는 CMP-PE-V2에서 편집 효율이 향상되는 것을 확인할 수 있었다. 또한, dead sgRNA를 향상된 프라임 편집기에 함께 적용하였을 때 PE3나 향상된 편집기만을 처리했을 때 보다 향상된 효율을 보이는 것을 확인할 수 있었다(CMP-PE3-V2 + dsgRNA(-11). 이러한 결과는 염색질 조절 펩타이드 HN1 및 H1G를 이용하여 조작된 프라임 편집기가 편집 효율성을 유의하게 향상시킬 수 있음을 보여주는 것이다.
실시예 5. dsgRNA 및 CMP가 적용된 프라임 편집기의 편집 효율 상승효과 확인
나아가 상기 실시예 3 및 4의 결과를 바탕으로 본 발명자들은 CMP-PE3-V1 및 dsgRNA (CMP-PE3-V1 + dsgRNA)를 마우스 세포에 함께 전달하여 편집 효율에 대한 시너지 효과가 나타나는지 여부를 분석하였다.
그 결과, 도 5에서 볼 수 있는 바와 같이 CMP-PE3-V1 및 dsgRNA를 마우스 세포에 함께 전달한 경우 (CMP-PE3-V1 + dsgRNA), PE3 대조군에 비해 Igf2, Adamts20Hoxd13 표적 부위에서 각각 편집 효율이 최대 4.20배, 5.11배 및 3.56배 향상된 것으로 나타났으며, 이러한 시너지 효과는 세포주와 표적에 따라 상이한 수준으로 나타났다. 또한, 상기 결과로부터 CMP-PE3만을 세포로 도입시킨 경우 (CMP-PE3-V1) 실험한 모든 표적 및 두 가지 세포 유형에서 프라임 편집기의 효율이 유의하게 향상된 반면, dsgRNA만을 세포로 도입한 경우 (PE3 + dsgRNA) 또는 CMP-PE3-V1 및 dsgRNA를 함께 도입한 경우 (CMP-PE3 + dsgRNA)에는 편집 효율이 표적 부위 및 세포 유형에 따라 달라질 수 있음을 알 수 있었다.
나아가, 본 발명자들은 진보된 프라임 편집기 시스템을 미세주입을 통해 마우스 배아에 주입하여 표적화 돌연변이 생성을 유도하고 그 효율을 분석하고자 하였다. 구체적으로, 설계된 마우스 표적 중에서 원치 않는 돌연변이가 상대적으로 낮은 Igf2 표적 부위를 선택하였다. 그 결과, 도 6a에서 볼 수 있는 바와 같이 CMP-PE3-V1가 주입된 배아 및 CMP-PE3-V1 + dsgRNA가 주입된 배아에서 Igf2 표적에 대하여 상당히 높은 수준의 편집 효율을 보였다. 특히 CMP-PE3-V1 + dsgRNA의 경우, Igf2 유전자의 표적 부위에서 원하는 돌연변이가 22개 배아 중 21개 (95%)에서 관찰되어 CMP-PE3-V1 + dsgRNA가 PE3 및 PE3+dsgRNA에 비해 매우 높은 편집 효율을 나타내는 것을 확인하였다.
이에 더하여, 마우스 배아에서 Adamts20, Hoxd13, Angpt1, Ksr2, Ar 유전자에서 편집 효율성을 검증하기 위해 CMP-PE-V1 및 proximal dsgRNA를 사용하여 테스트하였다. 표적화 심층 시퀀싱 수행 결과, 도 6b에 나타낸 바와 같이 PE3를 주입한 경우 비해 CMP-PE-V1 및 proximal dsgRNA를 주입한 배아에서 Ksr2 및 Ar 표적을 제외하고 Adamts20, Hoxd13, 및 Angpt1 표적에서 편집 효율이 개선되었음을 확인하였다. 종합적으로, 이러한 결과는 마우스 배아에서 proximal dsgRNA 및 염색질 조절 펩타이드를 이용하여 편집 효율이 증진된 프라임 편집이 가능함을 시사하는 것이다.
실시예 6. dsgRNA 및 CMP에 의한 표적 부위 염색질 접근성 향상 확인
본 발명자들은 CMP-PE-V1과 dsgRNA가 표적 부위의 염색질 구조를 풀어 염색질 접근성을 향상시킬 수 있는지 여부를 확인하기 위해, DNaseI digestion 분석 및 qPCR을 수행하여 각 표적 부위의 염색질 상태를 확인하였다. 이때, 음성 대조군 (닫힌 염색질)으로 Chr 3 : 71,026,628-71,026,685 (마우스 게놈 build mm9)에 위치한 유전자를 사용하였고, 양성 대조군 (열린 염색질)으로는 Col6a1 유전자를 사용하였다. 실험 결과, 도 7a 및 도 7b에 나타낸 바와 같이 NIH/3T3 세포주에서 Igf2, Adamts20Hoxd13은 상대적으로 닫힌 상태의 염색질 (closed chromatin)로 나타났으며, C2C12에서는 Igf2를 제외한 모든 표적이 열린 상태의 염색질인 것으로 분석되었다. 이러한 결과는 두 세포주에서 표적 서열이 동일하더라도 염색질 구조의 상태가 다르다는 것을 시사한다.
나아가 닫힌 염색질 구조를 갖는 것으로 확인된 대표적 유전자인 Igf2의 표적 부위에서 CMP-PE-V1 또는 dsgRNA가 염색질 상태를 변화시킬 수 있는지 분석하였다. 그 결과, 도 7c에서 볼 수 있는 바와 같이 PE3와 비교할 때 CMP-PE-V1, dsgRNA 또는 CMP-PE-V1 + dsgRNA에 의해 닫힌 상태의 염색질 구조가 열린 상태로 점진적으로 바뀌는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 CMP-PE-V1 또는 dsgRNA를 이용하면 닫힌 상태의 염색질 구조를 풀고 염색질 접근성을 개선하여 프라임 편집의 효율성을 향상시킬 수 있음을 입증하는 직접적인 증거이다.
실시예 7. 표적 돌연변이가 유발된 마우스 모델 제작 및 오프-타겟 효과 분석
다음으로, 본 발명자들은 원치 않는 돌연변이의 발생 빈도가 상대적으로 낮은 PBS9-RT14 및 dsgRNA +7을 사용하여 미세주입을 통해 마우스 배아에서 도 8a에 도시된 바와 같은 Igf2의 표적 돌연변이 생성을 유도하였으며, 상기 마우스 배아를 대리모에게 이식하였다. 이후 상기 대리모로부터 태어난 새끼를 관찰 및 분석한 결과, 도 8b에서 볼 수 있는 바와 같이 최대 47%의 편집 빈도 (10마리 중 2마리)로 Igf2 유전자좌에서 G에서 C로의 치환 및 TA 삽입이 일어난 것을 확인하였다. 또한, 상기와 같은 Igf2 돌연변이가 다음 세대로 전달되는지 여부를 분석한 결과, 도 8c와 같이 Igf2 돌연변이 마우스로부터 태어난 F1 한배 새끼 9마리 중에서 7마리가 동일한 돌연변이를 갖는 것을 통해 표적 돌연변이의 생식세포를 통한 다음 세대로의 전달이 가능함을 알 수 있었다.
본 발명자들은 프라임 편집기의 오프-타겟 효과 (off-target effect)를 평가하기 위해, Cas-OFFinder를 사용하여 마우스 게놈에서 각각 최대 3개의 뉴클레오티드 불일치가 있는 Igf2 타겟의 pegRNA 및 nsgRNA에 의한 잠재적인 오프 타겟 부위를 확인하였다. 그 결과, 도 9a에 나타낸 바와 같이 야생형(Wild type)과 비교하였을 때 잠재적인 오프-타겟 돌연변이는 검출되지 않았다. 또한, 제작된 Igf2 돌연변이 마우스에서 오프-타겟 효과를 확인하기 위해 전장 유전체 염기서열분석(WGS)을 실시하였다. 그 결과, 도 9b 및 도 9c에 나타낸 바와 같이 nsgRNA의 단일 오프-타겟 부위를 발견되었으나, 게놈 DNA를 이용한 Sanger 시퀀싱을 통해 상기 부위가 위양성임을 확인하였다.
마지막으로, Igf2 돌연변이 마우스의 표현형을 확인하기 위해, Igf2 p+/m- 수컷 (F1)을 야생형 암컷 마우스와 교배시켰다. 그 결과, 도 10a 및 도 10b에서 볼 수 있는 바와 같이 부계 대립 유전자로부터 유전된 Igf2 유전자의 돌연변이를 보유한 Igf2 p-/m+ 마우스는 원하는 돌연변이 유전자형과 일치하는 왜소증 표현형을 나타냈다. 이러한 결과는 개선된 본 발명에 따른 프라임 편집 시스템이 마우스 모델 제작에 효과적으로 적용될 수 있음을 시사하는 것이다.
상기 진술한 본 발명의 설명은 예시를 위한 것이며, 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자는 본 발명의 기술적 사상이나 필수적인 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 쉽게 변형이 가능하다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적이 아닌 것으로 이해해야만 한다.
<110> Korea University Research and Business Foundation Seoul National University R&DB Foundation Korea Mouse Phenotyping Center <120> Prime editing-based gene editing composition with improved editing efficiency and use thereof <130> DHP20-561-P1 <150> KR 10-2020-0123432 <151> 2020-09-24 <160> 73 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 2308 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CMP-PE-V1 <400> 1 Met Lys Arg Thr Ala Asp Gly Ser Glu Phe Glu Ser Pro Lys Lys Lys 1 5 10 15 Arg Lys Val Met Pro Lys Arg Lys Val Ser Ser Ala Glu Gly Ala Ala 20 25 30 Lys Glu Glu Pro Lys Arg Arg Ser Ala Arg Leu Ser Ala Lys Pro Pro 35 40 45 Ala Lys Val Glu Ala Lys Pro Lys Lys Ala Ala Ala Lys Asp Lys Ser 50 55 60 Ser Asp Lys Lys Val Gln Thr Lys Gly Lys Arg Gly Ala Lys Gly Lys 65 70 75 80 Gln Ala Glu Val Ala Asn Gln Glu Thr Lys Glu Asp Leu Pro Ala Glu 85 90 95 Asn Gly Glu Thr Lys Thr Glu Glu Ser Pro Ala Ser Asp Glu Ala Gly 100 105 110 Glu Lys Glu Ala Lys Ser Asp Thr Gly Ser Gly Asp Lys Lys Tyr Ser 115 120 125 Ile Gly Leu Asp Ile Gly Thr Asn Ser Val Gly Trp Ala Val Ile Thr 130 135 140 Asp Glu Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Phe Lys Val Leu Gly Asn Thr 145 150 155 160 Asp Arg His Ser Ile Lys Lys Asn Leu Ile Gly Ala Leu Leu Phe Asp 165 170 175 Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu Lys Arg Thr Ala Arg Arg 180 185 190 Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Ile Cys Tyr Leu Gln Glu Ile Phe 195 200 205 Ser Asn Glu Met Ala Lys Val Asp Asp Ser Phe Phe His Arg Leu Glu 210 215 220 Glu Ser Phe Leu Val Glu Glu Asp Lys Lys His Glu Arg His Pro Ile 225 230 235 240 Phe Gly Asn Ile Val Asp Glu Val Ala Tyr His Glu Lys Tyr Pro Thr 245 250 255 Ile Tyr His Leu Arg Lys Lys Leu Val Asp Ser Thr Asp Lys Ala Asp 260 265 270 Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His Met Ile Lys Phe Arg Gly 275 280 285 His Phe Leu Ile Glu Gly Asp Leu Asn Pro Asp Asn Ser Asp Val Asp 290 295 300 Lys Leu Phe Ile Gln Leu Val Gln Thr Tyr Asn Gln Leu Phe Glu Glu 305 310 315 320 Asn Pro Ile Asn Ala Ser Gly Val Asp Ala Lys Ala Ile Leu Ser Ala 325 330 335 Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn Leu Ile Ala Gln Leu Pro 340 345 350 Gly Glu Lys Lys Asn Gly Leu Phe Gly Asn Leu Ile Ala Leu Ser Leu 355 360 365 Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp Leu Ala Glu Asp Ala 370 375 380 Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp Asp Asp Leu Asp Asn Leu 385 390 395 400 Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp Leu Phe Leu Ala Ala Lys 405 410 415 Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp Ile Leu Arg Val Asn Thr 420 425 430 Glu Ile Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser Met Ile Lys Arg Tyr Asp 435 440 445 Glu His His Gln Asp Leu Thr Leu Leu Lys Ala Leu Val Arg Gln Gln 450 455 460 Leu Pro Glu Lys Tyr Lys Glu Ile Phe Phe Asp Gln Ser Lys Asn Gly 465 470 475 480 Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Gly Ala Ser Gln Glu Glu Phe Tyr Lys 485 490 495 Phe Ile Lys Pro Ile Leu Glu Lys Met Asp Gly Thr Glu Glu Leu Leu 500 505 510 Val Lys Leu Asn Arg Glu Asp Leu Leu Arg Lys Gln Arg Thr Phe Asp 515 520 525 Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu Gly Glu Leu His Ala Ile 530 535 540 Leu Arg Arg Gln Glu Asp Phe Tyr Pro Phe Leu Lys Asp Asn Arg Glu 545 550 555 560 Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile Pro Tyr Tyr Val Gly Pro 565 570 575 Leu Ala Arg Gly Asn Ser Arg Phe Ala Trp Met Thr Arg Lys Ser Glu 580 585 590 Glu Thr Ile Thr Pro Trp Asn Phe Glu Glu Val Val Asp Lys Gly Ala 595 600 605 Ser Ala Gln Ser Phe Ile Glu Arg Met Thr Asn Phe Asp Lys Asn Leu 610 615 620 Pro Asn Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser Leu Leu Tyr Glu Tyr Phe 625 630 635 640 Thr Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys Tyr Val Thr Glu Gly Met 645 650 655 Arg Lys Pro Ala Phe Leu Ser Gly Glu Gln Lys Lys Ala Ile Val Asp 660 665 670 Leu Leu Phe Lys Thr Asn Arg Lys Val Thr Val Lys Gln Leu Lys Glu 675 680 685 Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser Val Glu Ile Ser Gly 690 695 700 Val Glu Asp Arg Phe Asn Ala Ser Leu Gly Thr Tyr His Asp Leu Leu 705 710 715 720 Lys Ile Ile Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Asn Glu Glu Asn Glu Asp 725 730 735 Ile Leu Glu Asp Ile Val Leu Thr Leu Thr Leu Phe Glu Asp Arg Glu 740 745 750 Met Ile Glu Glu Arg Leu Lys Thr Tyr Ala His Leu Phe Asp Asp Lys 755 760 765 Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg Arg Tyr Thr Gly Trp Gly Arg Leu 770 775 780 Ser Arg Lys Leu Ile Asn Gly Ile Arg Asp Lys Gln Ser Gly Lys Thr 785 790 795 800 Ile Leu Asp Phe Leu Lys Ser Asp Gly Phe Ala Asn Arg Asn Phe Met 805 810 815 Gln Leu Ile His Asp Asp Ser Leu Thr Phe Lys Glu Asp Ile Gln Lys 820 825 830 Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly Asp Ser Leu His Glu His Ile Ala Asn 835 840 845 Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile Leu Gln Thr Val Lys 850 855 860 Val Val Asp Glu Leu Val Lys Val Met Gly Arg His Lys Pro Glu Asn 865 870 875 880 Ile Val Ile Glu Met Ala Arg Glu Asn Gln Thr Thr Gln Lys Gly Gln 885 890 895 Lys Asn Ser Arg Glu Arg Met Lys Arg Ile Glu Glu Gly Ile Lys Glu 900 905 910 Leu Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Val Glu Asn Thr Gln Leu 915 920 925 Gln Asn Glu Lys Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn Gly Arg Asp Met 930 935 940 Tyr Val Asp Gln Glu Leu Asp Ile Asn Arg Leu Ser Asp Tyr Asp Val 945 950 955 960 Asp Ala Ile Val Pro Gln Ser Phe Leu Lys Asp Asp Ser Ile Asp Asn 965 970 975 Lys Val Leu Thr Arg Ser Asp Lys Asn Arg Gly Lys Ser Asp Asn Val 980 985 990 Pro Ser Glu Glu Val Val Lys Lys Met Lys Asn Tyr Trp Arg Gln Leu 995 1000 1005 Leu Asn Ala Lys Leu Ile Thr Gln Arg Lys Phe Asp Asn Leu Thr Lys 1010 1015 1020 Ala Glu Arg Gly Gly Leu Ser Glu Leu Asp Lys Ala Gly Phe Ile Lys 1025 1030 1035 1040 Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln Ile Thr Lys His Val Ala Gln Ile 1045 1050 1055 Leu Asp Ser Arg Met Asn Thr Lys Tyr Asp Glu Asn Asp Lys Leu Ile 1060 1065 1070 Arg Glu Val Lys Val Ile Thr Leu Lys Ser Lys Leu Val Ser Asp Phe 1075 1080 1085 Arg Lys Asp Phe Gln Phe Tyr Lys Val Arg Glu Ile Asn Asn Tyr His 1090 1095 1100 His Ala His Asp Ala Tyr Leu Asn Ala Val Val Gly Thr Ala Leu Ile 1105 1110 1115 1120 Lys Lys Tyr Pro Lys Leu Glu Ser Glu Phe Val Tyr Gly Asp Tyr Lys 1125 1130 1135 Val Tyr Asp Val Arg Lys Met Ile Ala Lys Ser Glu Gln Glu Ile Gly 1140 1145 1150 Lys Ala Thr Ala Lys Tyr Phe Phe Tyr Ser Asn Ile Met Asn Phe Phe 1155 1160 1165 Lys Thr Glu Ile Thr Leu Ala Asn Gly Glu Ile Arg Lys Arg Pro Leu 1170 1175 1180 Ile Glu Thr Asn Gly Glu Thr Gly Glu Ile Val Trp Asp Lys Gly Arg 1185 1190 1195 1200 Asp Phe Ala Thr Val Arg Lys Val Leu Ser Met Pro Gln Val Asn Ile 1205 1210 1215 Val Lys Lys Thr Glu Val Gln Thr Gly Gly Phe Ser Lys Glu Ser Ile 1220 1225 1230 Leu Pro Lys Arg Asn Ser Asp Lys Leu Ile Ala Arg Lys Lys Asp Trp 1235 1240 1245 Asp Pro Lys Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Ser Pro Thr Val Ala Tyr Ser 1250 1255 1260 Val Leu Val Val Ala Lys Val Glu Lys Gly Lys Ser Lys Lys Leu Lys 1265 1270 1275 1280 Ser Val Lys Glu Leu Leu Gly Ile Thr Ile Met Glu Arg Ser Ser Phe 1285 1290 1295 Glu Lys Asn Pro Ile Asp Phe Leu Glu Ala Lys Gly Tyr Lys Glu Val 1300 1305 1310 Lys Lys Asp Leu Ile Ile Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Glu Leu 1315 1320 1325 Glu Asn Gly Arg Lys Arg Met Leu Ala Ser Ala Gly Glu Leu Gln Lys 1330 1335 1340 Gly Asn Glu Leu Ala Leu Pro Ser Lys Tyr Val Asn Phe Leu Tyr Leu 1345 1350 1355 1360 Ala Ser His Tyr Glu Lys Leu Lys Gly Ser Pro Glu Asp Asn Glu Gln 1365 1370 1375 Lys Gln Leu Phe Val Glu Gln His Lys His Tyr Leu Asp Glu Ile Ile 1380 1385 1390 Glu Gln Ile Ser Glu Phe Ser Lys Arg Val Ile Leu Ala Asp Ala Asn 1395 1400 1405 Leu Asp Lys Val Leu Ser Ala Tyr Asn Lys His Arg Asp Lys Pro Ile 1410 1415 1420 Arg Glu Gln Ala Glu Asn Ile Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn Leu 1425 1430 1435 1440 Gly Ala Pro Ala Ala Phe Lys Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp Arg Lys 1445 1450 1455 Arg Tyr Thr Ser Thr Lys Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu Ile His Gln 1460 1465 1470 Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu Ser Gln Leu Gly 1475 1480 1485 Gly Asp Leu Glu Gly Gly Gly Gly Ser Ser Thr Asp His Pro Lys Tyr 1490 1495 1500 Ser Asp Met Ile Val Ala Ala Ile Gln Ala Glu Lys Asn Arg Ala Gly 1505 1510 1515 1520 Ser Ser Arg Gln Ser Ile Gln Lys Tyr Ile Lys Ser His Tyr Lys Val 1525 1530 1535 Gly Glu Asn Ala Asp Ser Gln Ile Lys Leu Ser Ile Lys Arg Leu Val 1540 1545 1550 Thr Thr Gly Val Leu Lys Gln Thr Lys Gly Val Gly Ala Ser Gly Ser 1555 1560 1565 Phe Arg Leu Ala Lys Ser Asp Glu Pro Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly 1570 1575 1580 Ser Ser Gly Ser Glu Thr Pro Gly Thr Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu 1585 1590 1595 1600 Ser Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ser Thr Leu Asn Ile Glu Asp 1605 1610 1615 Glu Tyr Arg Leu His Glu Thr Ser Lys Glu Pro Asp Val Ser Leu Gly 1620 1625 1630 Ser Thr Trp Leu Ser Asp Phe Pro Gln Ala Trp Ala Glu Thr Gly Gly 1635 1640 1645 Met Gly Leu Ala Val Arg Gln Ala Pro Leu Ile Ile Pro Leu Lys Ala 1650 1655 1660 Thr Ser Thr Pro Val Ser Ile Lys Gln Tyr Pro Met Ser Gln Glu Ala 1665 1670 1675 1680 Arg Leu Gly Ile Lys Pro His Ile Gln Arg Leu Leu Asp Gln Gly Ile 1685 1690 1695 Leu Val Pro Cys Gln Ser Pro Trp Asn Thr Pro Leu Leu Pro Val Lys 1700 1705 1710 Lys Pro Gly Thr Asn Asp Tyr Arg Pro Val Gln Asp Leu Arg Glu Val 1715 1720 1725 Asn Lys Arg Val Glu Asp Ile His Pro Thr Val Pro Asn Pro Tyr Asn 1730 1735 1740 Leu Leu Ser Gly Leu Pro Pro Ser His Gln Trp Tyr Thr Val Leu Asp 1745 1750 1755 1760 Leu Lys Asp Ala Phe Phe Cys Leu Arg Leu His Pro Thr Ser Gln Pro 1765 1770 1775 Leu Phe Ala Phe Glu Trp Arg Asp Pro Glu Met Gly Ile Ser Gly Gln 1780 1785 1790 Leu Thr Trp Thr Arg Leu Pro Gln Gly Phe Lys Asn Ser Pro Thr Leu 1795 1800 1805 Phe Asn Glu Ala Leu His Arg Asp Leu Ala Asp Phe Arg Ile Gln His 1810 1815 1820 Pro Asp Leu Ile Leu Leu Gln Tyr Val Asp Asp Leu Leu Leu Ala Ala 1825 1830 1835 1840 Thr Ser Glu Leu Asp Cys Gln Gln Gly Thr Arg Ala Leu Leu Gln Thr 1845 1850 1855 Leu Gly Asn Leu Gly Tyr Arg Ala Ser Ala Lys Lys Ala Gln Ile Cys 1860 1865 1870 Gln Lys Gln Val Lys Tyr Leu Gly Tyr Leu Leu Lys Glu Gly Gln Arg 1875 1880 1885 Trp Leu Thr Glu Ala Arg Lys Glu Thr Val Met Gly Gln Pro Thr Pro 1890 1895 1900 Lys Thr Pro Arg Gln Leu Arg Glu Phe Leu Gly Lys Ala Gly Phe Cys 1905 1910 1915 1920 Arg Leu Phe Ile Pro Gly Phe Ala Glu Met Ala Ala Pro Leu Tyr Pro 1925 1930 1935 Leu Thr Lys Pro Gly Thr Leu Phe Asn Trp Gly Pro Asp Gln Gln Lys 1940 1945 1950 Ala Tyr Gln Glu Ile Lys Gln Ala Leu Leu Thr Ala Pro Ala Leu Gly 1955 1960 1965 Leu Pro Asp Leu Thr Lys Pro Phe Glu Leu Phe Val Asp Glu Lys Gln 1970 1975 1980 Gly Tyr Ala Lys Gly Val Leu Thr Gln Lys Leu Gly Pro Trp Arg Arg 1985 1990 1995 2000 Pro Val Ala Tyr Leu Ser Lys Lys Leu Asp Pro Val Ala Ala Gly Trp 2005 2010 2015 Pro Pro Cys Leu Arg Met Val Ala Ala Ile Ala Val Leu Thr Lys Asp 2020 2025 2030 Ala Gly Lys Leu Thr Met Gly Gln Pro Leu Val Ile Leu Ala Pro His 2035 2040 2045 Ala Val Glu Ala Leu Val Lys Gln Pro Pro Asp Arg Trp Leu Ser Asn 2050 2055 2060 Ala Arg Met Thr His Tyr Gln Ala Leu Leu Leu Asp Thr Asp Arg Val 2065 2070 2075 2080 Gln Phe Gly Pro Val Val Ala Leu Asn Pro Ala Thr Leu Leu Pro Leu 2085 2090 2095 Pro Glu Glu Gly Leu Gln His Asn Cys Leu Asp Ile Leu Ala Glu Ala 2100 2105 2110 His Gly Thr Arg Pro Asp Leu Thr Asp Gln Pro Leu Pro Asp Ala Asp 2115 2120 2125 His Thr Trp Tyr Thr Asp Gly Ser Ser Leu Leu Gln Glu Gly Gln Arg 2130 2135 2140 Lys Ala Gly Ala Ala Val Thr Thr Glu Thr Glu Val Ile Trp Ala Lys 2145 2150 2155 2160 Ala Leu Pro Ala Gly Thr Ser Ala Gln Arg Ala Glu Leu Ile Ala Leu 2165 2170 2175 Thr Gln Ala Leu Lys Met Ala Glu Gly Lys Lys Leu Asn Val Tyr Thr 2180 2185 2190 Asp Ser Arg Tyr Ala Phe Ala Thr Ala His Ile His Gly Glu Ile Tyr 2195 2200 2205 Arg Arg Arg Gly Trp Leu Thr Ser Glu Gly Lys Glu Ile Lys Asn Lys 2210 2215 2220 Asp Glu Ile Leu Ala Leu Leu Lys Ala Leu Phe Leu Pro Lys Arg Leu 2225 2230 2235 2240 Ser Ile Ile His Cys Pro Gly His Gln Lys Gly His Ser Ala Glu Ala 2245 2250 2255 Arg Gly Asn Arg Met Ala Asp Gln Ala Ala Arg Lys Ala Ala Ile Thr 2260 2265 2270 Glu Thr Pro Asp Thr Ser Thr Leu Leu Ile Glu Asn Ser Ser Pro Ser 2275 2280 2285 Gly Gly Ser Lys Arg Thr Ala Asp Gly Ser Glu Phe Glu Pro Lys Lys 2290 2295 2300 Lys Arg Lys Val 2305 <210> 2 <211> 2308 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CMP-PE-V2 <400> 2 Met Lys Arg Thr Ala Asp Gly Ser Glu Phe Glu Ser Pro Lys Lys Lys 1 5 10 15 Arg Lys Val Met Pro Lys Arg Lys Val Ser Ser Ala Glu Gly Ala Ala 20 25 30 Lys Glu Glu Pro Lys Arg Arg Ser Ala Arg Leu Ser Ala Lys Pro Pro 35 40 45 Ala Lys Val Glu Ala Lys Pro Lys Lys Ala Ala Ala Lys Asp Lys Ser 50 55 60 Ser Asp Lys Lys Val Gln Thr Lys Gly Lys Arg Gly Ala Lys Gly Lys 65 70 75 80 Gln Ala Glu Val Ala Asn Gln Glu Thr Lys Glu Asp Leu Pro Ala Glu 85 90 95 Asn Gly Glu Thr Lys Thr Glu Glu Ser Pro Ala Ser Asp Glu Ala Gly 100 105 110 Glu Lys Glu Ala Lys Ser Asp Thr Gly Ser Gly Asp Lys Lys Tyr Ser 115 120 125 Ile Gly Leu Asp Ile Gly Thr Asn Ser Val Gly Trp Ala Val Ile Thr 130 135 140 Asp Glu Tyr Lys Val Pro Ser Lys Lys Phe Lys Val Leu Gly Asn Thr 145 150 155 160 Asp Arg His Ser Ile Lys Lys Asn Leu Ile Gly Ala Leu Leu Phe Asp 165 170 175 Ser Gly Glu Thr Ala Glu Ala Thr Arg Leu Lys Arg Thr Ala Arg Arg 180 185 190 Arg Tyr Thr Arg Arg Lys Asn Arg Ile Cys Tyr Leu Gln Glu Ile Phe 195 200 205 Ser Asn Glu Met Ala Lys Val Asp Asp Ser Phe Phe His Arg Leu Glu 210 215 220 Glu Ser Phe Leu Val Glu Glu Asp Lys Lys His Glu Arg His Pro Ile 225 230 235 240 Phe Gly Asn Ile Val Asp Glu Val Ala Tyr His Glu Lys Tyr Pro Thr 245 250 255 Ile Tyr His Leu Arg Lys Lys Leu Val Asp Ser Thr Asp Lys Ala Asp 260 265 270 Leu Arg Leu Ile Tyr Leu Ala Leu Ala His Met Ile Lys Phe Arg Gly 275 280 285 His Phe Leu Ile Glu Gly Asp Leu Asn Pro Asp Asn Ser Asp Val Asp 290 295 300 Lys Leu Phe Ile Gln Leu Val Gln Thr Tyr Asn Gln Leu Phe Glu Glu 305 310 315 320 Asn Pro Ile Asn Ala Ser Gly Val Asp Ala Lys Ala Ile Leu Ser Ala 325 330 335 Arg Leu Ser Lys Ser Arg Arg Leu Glu Asn Leu Ile Ala Gln Leu Pro 340 345 350 Gly Glu Lys Lys Asn Gly Leu Phe Gly Asn Leu Ile Ala Leu Ser Leu 355 360 365 Gly Leu Thr Pro Asn Phe Lys Ser Asn Phe Asp Leu Ala Glu Asp Ala 370 375 380 Lys Leu Gln Leu Ser Lys Asp Thr Tyr Asp Asp Asp Leu Asp Asn Leu 385 390 395 400 Leu Ala Gln Ile Gly Asp Gln Tyr Ala Asp Leu Phe Leu Ala Ala Lys 405 410 415 Asn Leu Ser Asp Ala Ile Leu Leu Ser Asp Ile Leu Arg Val Asn Thr 420 425 430 Glu Ile Thr Lys Ala Pro Leu Ser Ala Ser Met Ile Lys Arg Tyr Asp 435 440 445 Glu His His Gln Asp Leu Thr Leu Leu Lys Ala Leu Val Arg Gln Gln 450 455 460 Leu Pro Glu Lys Tyr Lys Glu Ile Phe Phe Asp Gln Ser Lys Asn Gly 465 470 475 480 Tyr Ala Gly Tyr Ile Asp Gly Gly Ala Ser Gln Glu Glu Phe Tyr Lys 485 490 495 Phe Ile Lys Pro Ile Leu Glu Lys Met Asp Gly Thr Glu Glu Leu Leu 500 505 510 Val Lys Leu Asn Arg Glu Asp Leu Leu Arg Lys Gln Arg Thr Phe Asp 515 520 525 Asn Gly Ser Ile Pro His Gln Ile His Leu Gly Glu Leu His Ala Ile 530 535 540 Leu Arg Arg Gln Glu Asp Phe Tyr Pro Phe Leu Lys Asp Asn Arg Glu 545 550 555 560 Lys Ile Glu Lys Ile Leu Thr Phe Arg Ile Pro Tyr Tyr Val Gly Pro 565 570 575 Leu Ala Arg Gly Asn Ser Arg Phe Ala Trp Met Thr Arg Lys Ser Glu 580 585 590 Glu Thr Ile Thr Pro Trp Asn Phe Glu Glu Val Val Asp Lys Gly Ala 595 600 605 Ser Ala Gln Ser Phe Ile Glu Arg Met Thr Asn Phe Asp Lys Asn Leu 610 615 620 Pro Asn Glu Lys Val Leu Pro Lys His Ser Leu Leu Tyr Glu Tyr Phe 625 630 635 640 Thr Val Tyr Asn Glu Leu Thr Lys Val Lys Tyr Val Thr Glu Gly Met 645 650 655 Arg Lys Pro Ala Phe Leu Ser Gly Glu Gln Lys Lys Ala Ile Val Asp 660 665 670 Leu Leu Phe Lys Thr Asn Arg Lys Val Thr Val Lys Gln Leu Lys Glu 675 680 685 Asp Tyr Phe Lys Lys Ile Glu Cys Phe Asp Ser Val Glu Ile Ser Gly 690 695 700 Val Glu Asp Arg Phe Asn Ala Ser Leu Gly Thr Tyr His Asp Leu Leu 705 710 715 720 Lys Ile Ile Lys Asp Lys Asp Phe Leu Asp Asn Glu Glu Asn Glu Asp 725 730 735 Ile Leu Glu Asp Ile Val Leu Thr Leu Thr Leu Phe Glu Asp Arg Glu 740 745 750 Met Ile Glu Glu Arg Leu Lys Thr Tyr Ala His Leu Phe Asp Asp Lys 755 760 765 Val Met Lys Gln Leu Lys Arg Arg Arg Tyr Thr Gly Trp Gly Arg Leu 770 775 780 Ser Arg Lys Leu Ile Asn Gly Ile Arg Asp Lys Gln Ser Gly Lys Thr 785 790 795 800 Ile Leu Asp Phe Leu Lys Ser Asp Gly Phe Ala Asn Arg Asn Phe Met 805 810 815 Gln Leu Ile His Asp Asp Ser Leu Thr Phe Lys Glu Asp Ile Gln Lys 820 825 830 Ala Gln Val Ser Gly Gln Gly Asp Ser Leu His Glu His Ile Ala Asn 835 840 845 Leu Ala Gly Ser Pro Ala Ile Lys Lys Gly Ile Leu Gln Thr Val Lys 850 855 860 Val Val Asp Glu Leu Val Lys Val Met Gly Arg His Lys Pro Glu Asn 865 870 875 880 Ile Val Ile Glu Met Ala Arg Glu Asn Gln Thr Thr Gln Lys Gly Gln 885 890 895 Lys Asn Ser Arg Glu Arg Met Lys Arg Ile Glu Glu Gly Ile Lys Glu 900 905 910 Leu Gly Ser Gln Ile Leu Lys Glu His Pro Val Glu Asn Thr Gln Leu 915 920 925 Gln Asn Glu Lys Leu Tyr Leu Tyr Tyr Leu Gln Asn Gly Arg Asp Met 930 935 940 Tyr Val Asp Gln Glu Leu Asp Ile Asn Arg Leu Ser Asp Tyr Asp Val 945 950 955 960 Asp Ala Ile Val Pro Gln Ser Phe Leu Lys Asp Asp Ser Ile Asp Asn 965 970 975 Lys Val Leu Thr Arg Ser Asp Lys Asn Arg Gly Lys Ser Asp Asn Val 980 985 990 Pro Ser Glu Glu Val Val Lys Lys Met Lys Asn Tyr Trp Arg Gln Leu 995 1000 1005 Leu Asn Ala Lys Leu Ile Thr Gln Arg Lys Phe Asp Asn Leu Thr Lys 1010 1015 1020 Ala Glu Arg Gly Gly Leu Ser Glu Leu Asp Lys Ala Gly Phe Ile Lys 1025 1030 1035 1040 Arg Gln Leu Val Glu Thr Arg Gln Ile Thr Lys His Val Ala Gln Ile 1045 1050 1055 Leu Asp Ser Arg Met Asn Thr Lys Tyr Asp Glu Asn Asp Lys Leu Ile 1060 1065 1070 Arg Glu Val Lys Val Ile Thr Leu Lys Ser Lys Leu Val Ser Asp Phe 1075 1080 1085 Arg Lys Asp Phe Gln Phe Tyr Lys Val Arg Glu Ile Asn Asn Tyr His 1090 1095 1100 His Ala His Asp Ala Tyr Leu Asn Ala Val Val Gly Thr Ala Leu Ile 1105 1110 1115 1120 Lys Lys Tyr Pro Lys Leu Glu Ser Glu Phe Val Tyr Gly Asp Tyr Lys 1125 1130 1135 Val Tyr Asp Val Arg Lys Met Ile Ala Lys Ser Glu Gln Glu Ile Gly 1140 1145 1150 Lys Ala Thr Ala Lys Tyr Phe Phe Tyr Ser Asn Ile Met Asn Phe Phe 1155 1160 1165 Lys Thr Glu Ile Thr Leu Ala Asn Gly Glu Ile Arg Lys Arg Pro Leu 1170 1175 1180 Ile Glu Thr Asn Gly Glu Thr Gly Glu Ile Val Trp Asp Lys Gly Arg 1185 1190 1195 1200 Asp Phe Ala Thr Val Arg Lys Val Leu Ser Met Pro Gln Val Asn Ile 1205 1210 1215 Val Lys Lys Thr Glu Val Gln Thr Gly Gly Phe Ser Lys Glu Ser Ile 1220 1225 1230 Leu Pro Lys Arg Asn Ser Asp Lys Leu Ile Ala Arg Lys Lys Asp Trp 1235 1240 1245 Asp Pro Lys Lys Tyr Gly Gly Phe Asp Ser Pro Thr Val Ala Tyr Ser 1250 1255 1260 Val Leu Val Val Ala Lys Val Glu Lys Gly Lys Ser Lys Lys Leu Lys 1265 1270 1275 1280 Ser Val Lys Glu Leu Leu Gly Ile Thr Ile Met Glu Arg Ser Ser Phe 1285 1290 1295 Glu Lys Asn Pro Ile Asp Phe Leu Glu Ala Lys Gly Tyr Lys Glu Val 1300 1305 1310 Lys Lys Asp Leu Ile Ile Lys Leu Pro Lys Tyr Ser Leu Phe Glu Leu 1315 1320 1325 Glu Asn Gly Arg Lys Arg Met Leu Ala Ser Ala Gly Glu Leu Gln Lys 1330 1335 1340 Gly Asn Glu Leu Ala Leu Pro Ser Lys Tyr Val Asn Phe Leu Tyr Leu 1345 1350 1355 1360 Ala Ser His Tyr Glu Lys Leu Lys Gly Ser Pro Glu Asp Asn Glu Gln 1365 1370 1375 Lys Gln Leu Phe Val Glu Gln His Lys His Tyr Leu Asp Glu Ile Ile 1380 1385 1390 Glu Gln Ile Ser Glu Phe Ser Lys Arg Val Ile Leu Ala Asp Ala Asn 1395 1400 1405 Leu Asp Lys Val Leu Ser Ala Tyr Asn Lys His Arg Asp Lys Pro Ile 1410 1415 1420 Arg Glu Gln Ala Glu Asn Ile Ile His Leu Phe Thr Leu Thr Asn Leu 1425 1430 1435 1440 Gly Ala Pro Ala Ala Phe Lys Tyr Phe Asp Thr Thr Ile Asp Arg Lys 1445 1450 1455 Arg Tyr Thr Ser Thr Lys Glu Val Leu Asp Ala Thr Leu Ile His Gln 1460 1465 1470 Ser Ile Thr Gly Leu Tyr Glu Thr Arg Ile Asp Leu Ser Gln Leu Gly 1475 1480 1485 Gly Asp Ser Gly Gly Ser Ser Gly Gly Ser Ser Gly Ser Glu Thr Pro 1490 1495 1500 Gly Thr Ser Glu Ser Ala Thr Pro Glu Ser Ser Gly Gly Ser Ser Gly 1505 1510 1515 1520 Gly Ser Ser Thr Leu Asn Ile Glu Asp Glu Tyr Arg Leu His Glu Thr 1525 1530 1535 Ser Lys Glu Pro Asp Val Ser Leu Gly Ser Thr Trp Leu Ser Asp Phe 1540 1545 1550 Pro Gln Ala Trp Ala Glu Thr Gly Gly Met Gly Leu Ala Val Arg Gln 1555 1560 1565 Ala Pro Leu Ile Ile Pro Leu Lys Ala Thr Ser Thr Pro Val Ser Ile 1570 1575 1580 Lys Gln Tyr Pro Met Ser Gln Glu Ala Arg Leu Gly Ile Lys Pro His 1585 1590 1595 1600 Ile Gln Arg Leu Leu Asp Gln Gly Ile Leu Val Pro Cys Gln Ser Pro 1605 1610 1615 Trp Asn Thr Pro Leu Leu Pro Val Lys Lys Pro Gly Thr Asn Asp Tyr 1620 1625 1630 Arg Pro Val Gln Asp Leu Arg Glu Val Asn Lys Arg Val Glu Asp Ile 1635 1640 1645 His Pro Thr Val Pro Asn Pro Tyr Asn Leu Leu Ser Gly Leu Pro Pro 1650 1655 1660 Ser His Gln Trp Tyr Thr Val Leu Asp Leu Lys Asp Ala Phe Phe Cys 1665 1670 1675 1680 Leu Arg Leu His Pro Thr Ser Gln Pro Leu Phe Ala Phe Glu Trp Arg 1685 1690 1695 Asp Pro Glu Met Gly Ile Ser Gly Gln Leu Thr Trp Thr Arg Leu Pro 1700 1705 1710 Gln Gly Phe Lys Asn Ser Pro Thr Leu Phe Asn Glu Ala Leu His Arg 1715 1720 1725 Asp Leu Ala Asp Phe Arg Ile Gln His Pro Asp Leu Ile Leu Leu Gln 1730 1735 1740 Tyr Val Asp Asp Leu Leu Leu Ala Ala Thr Ser Glu Leu Asp Cys Gln 1745 1750 1755 1760 Gln Gly Thr Arg Ala Leu Leu Gln Thr Leu Gly Asn Leu Gly Tyr Arg 1765 1770 1775 Ala Ser Ala Lys Lys Ala Gln Ile Cys Gln Lys Gln Val Lys Tyr Leu 1780 1785 1790 Gly Tyr Leu Leu Lys Glu Gly Gln Arg Trp Leu Thr Glu Ala Arg Lys 1795 1800 1805 Glu Thr Val Met Gly Gln Pro Thr Pro Lys Thr Pro Arg Gln Leu Arg 1810 1815 1820 Glu Phe Leu Gly Lys Ala Gly Phe Cys Arg Leu Phe Ile Pro Gly Phe 1825 1830 1835 1840 Ala Glu Met Ala Ala Pro Leu Tyr Pro Leu Thr Lys Pro Gly Thr Leu 1845 1850 1855 Phe Asn Trp Gly Pro Asp Gln Gln Lys Ala Tyr Gln Glu Ile Lys Gln 1860 1865 1870 Ala Leu Leu Thr Ala Pro Ala Leu Gly Leu Pro Asp Leu Thr Lys Pro 1875 1880 1885 Phe Glu Leu Phe Val Asp Glu Lys Gln Gly Tyr Ala Lys Gly Val Leu 1890 1895 1900 Thr Gln Lys Leu Gly Pro Trp Arg Arg Pro Val Ala Tyr Leu Ser Lys 1905 1910 1915 1920 Lys Leu Asp Pro Val Ala Ala Gly Trp Pro Pro Cys Leu Arg Met Val 1925 1930 1935 Ala Ala Ile Ala Val Leu Thr Lys Asp Ala Gly Lys Leu Thr Met Gly 1940 1945 1950 Gln Pro Leu Val Ile Leu Ala Pro His Ala Val Glu Ala Leu Val Lys 1955 1960 1965 Gln Pro Pro Asp Arg Trp Leu Ser Asn Ala Arg Met Thr His Tyr Gln 1970 1975 1980 Ala Leu Leu Leu Asp Thr Asp Arg Val Gln Phe Gly Pro Val Val Ala 1985 1990 1995 2000 Leu Asn Pro Ala Thr Leu Leu Pro Leu Pro Glu Glu Gly Leu Gln His 2005 2010 2015 Asn Cys Leu Asp Ile Leu Ala Glu Ala His Gly Thr Arg Pro Asp Leu 2020 2025 2030 Thr Asp Gln Pro Leu Pro Asp Ala Asp His Thr Trp Tyr Thr Asp Gly 2035 2040 2045 Ser Ser Leu Leu Gln Glu Gly Gln Arg Lys Ala Gly Ala Ala Val Thr 2050 2055 2060 Thr Glu Thr Glu Val Ile Trp Ala Lys Ala Leu Pro Ala Gly Thr Ser 2065 2070 2075 2080 Ala Gln Arg Ala Glu Leu Ile Ala Leu Thr Gln Ala Leu Lys Met Ala 2085 2090 2095 Glu Gly Lys Lys Leu Asn Val Tyr Thr Asp Ser Arg Tyr Ala Phe Ala 2100 2105 2110 Thr Ala His Ile His Gly Glu Ile Tyr Arg Arg Arg Gly Trp Leu Thr 2115 2120 2125 Ser Glu Gly Lys Glu Ile Lys Asn Lys Asp Glu Ile Leu Ala Leu Leu 2130 2135 2140 Lys Ala Leu Phe Leu Pro Lys Arg Leu Ser Ile Ile His Cys Pro Gly 2145 2150 2155 2160 His Gln Lys Gly His Ser Ala Glu Ala Arg Gly Asn Arg Met Ala Asp 2165 2170 2175 Gln Ala Ala Arg Lys Ala Ala Ile Thr Glu Thr Pro Asp Thr Ser Thr 2180 2185 2190 Leu Leu Ile Glu Asn Ser Ser Pro Ser Gly Gly Ser Leu Glu Gly Gly 2195 2200 2205 Gly Gly Ser Ser Thr Asp His Pro Lys Tyr Ser Asp Met Ile Val Ala 2210 2215 2220 Ala Ile Gln Ala Glu Lys Asn Arg Ala Gly Ser Ser Arg Gln Ser Ile 2225 2230 2235 2240 Gln Lys Tyr Ile Lys Ser His Tyr Lys Val Gly Glu Asn Ala Asp Ser 2245 2250 2255 Gln Ile Lys Leu Ser Ile Lys Arg Leu Val Thr Thr Gly Val Leu Lys 2260 2265 2270 Gln Thr Lys Gly Val Gly Ala Ser Gly Ser Phe Arg Leu Ala Lys Ser 2275 2280 2285 Asp Glu Pro Lys Arg Thr Ala Asp Gly Ser Glu Phe Glu Pro Lys Lys 2290 2295 2300 Lys Arg Lys Val 2305 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> tdTomato_G to C / T ins_8-17_spacer <400> 3 cgcatggagg gctccatgaa 20 <210> 4 <211> 8 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> tdTomato_G to C / T ins_8-17_PBS <400> 4 atggagcc 8 <210> 5 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> tdTomato_G to C / T ins_8-17_RT template <400> 5 gaactcagtg gcggttc 17 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2_G to C / TA ins_9-14_Spacer <400> 6 tattggaaga acttgcccac 20 <210> 7 <211> 9 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2_G to C / TA ins_9-14_PBS <400> 7 ggcaagttc 9 <210> 8 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2_G to C / TA ins_9-14_RT template <400> 8 agataccgcg tgta 14 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamts20_CG to AA_11-13_Spacer <400> 9 agtgaataag aagacgtact 20 <210> 10 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamts20_CG to AA_11-13_PBS <400> 10 acgtcttctt a 11 <210> 11 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamts20_CG to AA_11-13_RT template <400> 11 gaccggcctt agt 13 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1_TAGG del_12-12_Spacer <400> 12 gtcttgtctc ttataggaga 20 <210> 13 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1_TAGG del_12-12_PBS <400> 13 cctataagag ac 12 <210> 14 <211> 12 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1_TAGG del_12-12_RT template <400> 14 acctctttca ct 12 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13_G to T_10-15_Spacer <400> 15 gaggcataca tctccatgga 20 <210> 16 <211> 10 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13_G to T_10-15_PBS <400> 16 atggagatgt 10 <210> 17 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13_G to T_10-15_RT template <400> 17 gactggtaga cctcc 15 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1_CGG to TGA_11-13_Spacer <400> 18 cacattgccc atgttgaatc 20 <210> 19 <211> 11 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1_CGG to TGA_11-13_PBS <400> 19 tcaacatggg c 11 <210> 20 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1_CGG to TGA_11-13_RT template <400> 20 gatataactg aat 13 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ksr2_TGAT ins_8-14_Spacer <400> 21 tcctgccctg gctccgtggt 20 <210> 22 <211> 8 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ksr2_TGAT ins_8-14_PBS <400> 22 acggagcc 8 <210> 23 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ksr2_TGAT ins_8-14_RT template <400> 23 gtggcccacc tgat 14 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ar_G to T_13-13_Spacer <400> 24 tctcacttgt ggcagctgca 20 <210> 25 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ar_G to T_13-13_PBS <400> 25 agctgccaca agt 13 <210> 26 <211> 13 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ar_G to T_13-13_RT template <400> 26 aagaagacct tga 13 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> tdTomato-nsgRNA <400> 27 gccctcgatc tcgaactcag 20 <210> 28 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2-nsgRNA <400> 28 cttccccaga taccgcgtgt 20 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamt20-nsgRNA <400> 29 agctcgtgtt caaggacatg 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1-nsgRNA <400> 30 ctgtcagaag tcttgtgctc 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13-nsgRNA <400> 31 gatccttggc acagtacacc 20 <210> 32 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1-nsgRNA <400> 32 gatataactg aattcaacat 20 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ksr2-nsgRNA <400> 33 acctgatacg gagccagggc 20 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ar-nsgRNA <400> 34 aggggaaaat atcaggaagt 20 <210> 35 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2_dsgRNA_-34 <400> 35 agtcagcagg tttc 14 <210> 36 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2_dsgRNA_-27 <400> 36 aggtgctagt cagc 14 <210> 37 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2_dsgRNA_+7 <400> 37 tggagacagt ccgc 14 <210> 38 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2_dsgRNA_+22 <400> 38 ggacgcctgc gcag 14 <210> 39 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamts20_dsgRNA_-13 <400> 39 tcaagagcac agcc 14 <210> 40 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamts20_dsgRNA_+14 <400> 40 tttctggtgc ttgg 14 <210> 41 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamts20_dsgRNA_+24 <400> 41 cgattttgac tttc 14 <210> 42 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamts20_dsgRNA_+41 <400> 42 cttccgctca cttc 14 <210> 43 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1_dsgRNA_-13 <400> 43 ctttgacttc tcta 14 <210> 44 <211> 15 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1_dsgRNA_-12 <400> 44 actttgactt ctcta 15 <210> 45 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1_dsgRNA_+7 <400> 45 cagcaaattc tttc 14 <210> 46 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1_dsgRNA_+62 <400> 46 gtattcatgt ctca 14 <210> 47 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13_dsgRNA_-12 <400> 47 cccggatcca aaag 14 <210> 48 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13_dsgRNA_-11 <400> 48 cacttttgga tccg 14 <210> 49 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13_dsgRNA_+20 <400> 49 gctgttccac ccgt 14 <210> 50 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13_dsgRNA_+24 <400> 50 cgggtggaac agcc 14 <210> 51 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1_dsgRNA_-15 <400> 51 cgaaatccag aaaa 14 <210> 52 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1_dsgRNA_-11 <400> 52 atccagaaaa cgga 14 <210> 53 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1_dsgRNA_+14 <400> 53 cttccagaac acga 14 <210> 54 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1_dsgRNA_+17 <400> 54 ttcccgtcgt gttc 14 <210> 55 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ksr2_dsgRNA_-12 <400> 55 tctccaaaca agat 14 <210> 56 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ksr2_dsgRNA_+7 <400> 56 tccggggggc acac 14 <210> 57 <211> 14 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ar_dsgRNA_-15 <400> 57 ggagatgaag cttc 14 <210> 58 <211> 27 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Closed chromatin_Forward <400> 58 gcagcagatg gcaagtaata ctaagat 27 <210> 59 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Closed chromatin_Reverse <400> 59 cccttattct ctgagcatta gacagttata 30 <210> 60 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Open chromatin_Forward <400> 60 tgagtcacag catcagcatc gggtctct 28 <210> 61 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Open chromatin_Reverse <400> 61 ggagagggcc tttttctctt caaggttc 28 <210> 62 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2_Forward <400> 62 tctccaggac gacttcccca ga 22 <210> 63 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Igf2_Reverse <400> 63 ctccaggtgt catattggaa gaac 24 <210> 64 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamts20_Forward <400> 64 gtggaatcaa gagcacagc 19 <210> 65 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Adamts20_Reverse <400> 65 cagtgaataa gaagacgtac 20 <210> 66 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1_Forward <400> 66 aaatcactgg tcttgtctct tatag 25 <210> 67 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Casp1_Reverse <400> 67 cagcaaattc tttcacctct ttc 23 <210> 68 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13_Forward <400> 68 tcggcacgag gcatacatct ccatg 25 <210> 69 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Hoxd13_Reverse <400> 69 cgttggctag cgtccaggac tg 22 <210> 70 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1_Forward <400> 70 ccagaaaacg gagggagaag a 21 <210> 71 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Angpt1_Reverse <400> 71 taggcacatt gcccatgttg a 21 <210> 72 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ksr2_Forward <400> 72 tctctccaaa caagattgga tcat 24 <210> 73 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ksr2_Reverse <400> 73 tctcctgccc tggctcc 17

Claims (20)

  1. (a) i) CRISPR/Cas9 단백질 또는 이의 변이체, 및
    ii) 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체를 포함하는, 융합단백질 또는 이를 암호화하는 핵산; 및
    (b) 가이드 RNA 또는 이를 암호화하는 핵산을 포함하고,
    이때, 상기 가이드 RNA는 pegRNA (prime editing guide RNA) 및 데드 단일 가닥 RNA (dead single guide RNA, dsgRNA)를 포함하며,
    상기 dsgRNA는 10~20 뉴클레오티드 (nt) 길이인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 dsgRNA는 pegRNA 결합 부위로부터 5 내지 70nt 떨어진 위치에 결합하여 상기 융합단백질의 염색질 접근성을 증가시키는 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 유전자 교정용 조성물은 비표적 DNA 가닥에 상보적으로 결합하여 표적 DNA 가닥의 절단을 유도하는 단일 가이드 RNA (single guide RNA, sgRNA)를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  4. (a) i) CRISPR/Cas9 단백질 또는 이의 변이체,
    ii) 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체, 및
    iii) 염색질 조절 펩타이드 (Chromatin-modulating peptides)를 포함하는, 융합단백질 또는 이를 암호화하는 핵산; 및
    (b) 가이드 RNA 또는 이를 암호화하는 핵산을 포함하고,
    상기 가이드 RNA는 pegRNA (prime editing guide RNA) 및 데드 단일 가닥 RNA (dead single guide RNA, dsgRNA)인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  5. 제4항에 있어서,
    상기 염색질 조절 펩타이드는 고-이동성 그룹 뉴클레오솜 결합 도메인 1 (high-mobility group nucleosome binding domain 1, HN1), 히스톤 H1 중심 구형 도메인 (histone H1 central globular domain, H1G), 또는 이의 조합인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  6. 제4항에 있어서,
    상기 염색질 조절 펩타이드는 화학적 결합에 의해 직접적으로, 링커에 의해 간접적으로, 또는 이의 조합으로 상기 CRISPR/Cas9 단백질 또는 역전사효소에 연결된 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  7. 제4항 또는 제5항에 있어서,
    상기 융합단백질은
    N말단-[HN1]-[Cas9]-[H1G]-[역전사효소]-C말단; 또는
    N말단-[HN1]-[Cas9]-[역전사효소]-[H1G]-C말단의 구성으로 이루어진 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  8. 제4항 또는 제5항에 있어서,
    상기 융합단백질은 N-말단 및 C-말단에 각각 핵 위치화 신호 (nuclear localization signal, NLS) 서열을 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  9. 제4항에 있어서,
    상기 CRISPR/Cas9 단백질 변이체는 니카아제 (nickase)인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  10. 제9항에 있어서,
    상기 CRISPR/Cas9 단백질 변이체는 RuvC 도메인 또는 HNH 도메인 중 어느 하나가 불활성화된 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  11. 제4항에 있어서,
    상기 역전사효소 (Reverse Transcriptase) 또는 이의 변이체는 몰로니 마우스 백혈병 바이러스 (Moloney murine leukemia virus, M-MLV) 유래인 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  12. 제4항에 있어서,
    상기 융합단백질은 서열번호 1 또는 서열번호 2로 표시되는 아미노산 서열로 이루어진 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  13. 제4항에 있어서,
    상기 dsgRNA는 10~20 뉴클레오티드 (nt) 길이로 구성된 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  14. 제4항에 있어서,
    상기 dsgRNA는 pegRNA 결합 부위로부터 5 내지 70 nt 떨어진 위치에 결합하여 상기 융합단백질의 염색질 접근성을 향상시키는 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  15. 제4항에 있어서,
    상기 유전자 교정용 조성물은 비표적 DNA 가닥에 상보적으로 결합하여 표적 DNA 가닥의 절단을 유도하는 단일 가이드 RNA (single guide RNA, sgRNA)를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  16. 제1항 또는 제4항에 있어서,
    상기 조성물은 유전자 교정 효율 및 표적 특이성이 증진된 것을 특징으로 하는, 유전자 교정용 조성물.
  17. 제1항 또는 제4항의 유전자 교정용 조성물을 in vitro 또는 ex vivo 상에서 표적 핵산 서열을 포함하는 표적 영역 (region)과 접촉시키는 단계를 포함하는, 유전자 교정 방법.
  18. 제1항 또는 제4항의 유전자 교정용 조성물을 포함하는, 유전자 교정용 키트.
  19. 제1항 또는 제4항의 유전자 교정용 조성물을 인간을 제외한 포유동물 세포에 도입하여 유전자 변형 포유동물 세포를 얻는 단계; 및
    상기 얻어진 유전자 변형 포유동물 세포를 인간을 제외한 포유동물 위탁모 난관에 이식하는 단계를 포함하는, 인간을 제외한 유전자 변형 포유동물의 제조방법.
  20. 제19항에 있어서,
    상기 포유동물 세포는 포유동물의 배아 세포인 것을 특징으로 하는, 제조방법.

KR1020210106637A 2020-09-24 2021-08-12 편집 효율이 향상된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물 및 이의 용도 KR102699756B1 (ko)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US18/246,420 US20240218358A1 (en) 2020-09-24 2021-08-12 Prime editing-based gene editing composition with enhanced editing efficiency and use thereof
JP2023519164A JP2023544987A (ja) 2020-09-24 2021-08-12 編集効率が向上したプライム編集ベースの遺伝子編集用組成物およびその用途
PCT/KR2021/010740 WO2022065689A1 (ko) 2020-09-24 2021-08-12 편집 효율이 향상된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물 및 이의 용도

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR20200123432 2020-09-24
KR1020200123432 2020-09-24

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20220040983A true KR20220040983A (ko) 2022-03-31
KR102699756B1 KR102699756B1 (ko) 2024-08-29

Family

ID=80935039

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020210106637A KR102699756B1 (ko) 2020-09-24 2021-08-12 편집 효율이 향상된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물 및 이의 용도

Country Status (2)

Country Link
EP (1) EP4230738A1 (ko)
KR (1) KR102699756B1 (ko)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR102472344B1 (ko) * 2022-05-31 2022-11-30 주식회사 엠케이바이오텍 프라임 편집을 이용한 개의 고관절 이형성증 치료용 조성물

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019236081A1 (en) * 2018-06-06 2019-12-12 Salk Institute For Biological Studies Targeted gene activation using modified guide rna
WO2020124257A1 (en) * 2018-12-21 2020-06-25 Tremblay Jacques P App modification via base editing using the crispr/cas9 system

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2019236081A1 (en) * 2018-06-06 2019-12-12 Salk Institute For Biological Studies Targeted gene activation using modified guide rna
WO2020124257A1 (en) * 2018-12-21 2020-06-25 Tremblay Jacques P App modification via base editing using the crispr/cas9 system

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Genome biology, Vol. 20, 1-11(2019.07.26)* *
Int J Mol Sci. 2020 Aug 28;21(17):6240.
Nature. vol. 576, 149-157 (2019.10.21)* *
The CRISPR Journal. Vol. 2, No.1, 51-63(2019.12.31.)* *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR102472344B1 (ko) * 2022-05-31 2022-11-30 주식회사 엠케이바이오텍 프라임 편집을 이용한 개의 고관절 이형성증 치료용 조성물

Also Published As

Publication number Publication date
KR102699756B1 (ko) 2024-08-29
EP4230738A1 (en) 2023-08-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN113831407B (zh) 用于使用多个引导rna来破坏免疫耐受性的方法
JP7083364B2 (ja) 配列操作のための最適化されたCRISPR-Cas二重ニッカーゼ系、方法および組成物
JP7430358B2 (ja) Dnaが編集された真核細胞を製造する方法、および当該方法に用いられるキット
US11535871B2 (en) Optimized gene editing utilizing a recombinant endonuclease system
CN108473998B (zh) 用于以高效率从植物原生质体生成基因组工程改造的植物的方法
An et al. Polyglutamine disease modeling: epitope based screen for homologous recombination using CRISPR/Cas9 system
EP3222728A1 (en) Method for regulating gene expression using cas9 protein expressed from two vectors
CN106795521A (zh) 用于修饰所靶向基因座的方法和组合物
CN110592089A (zh) 用于切割靶dna的组合物及其用途
CN110914423A (zh) 经修饰的Cas9蛋白及其用途
JP6958917B2 (ja) 遺伝子ノックイン細胞の作製方法
KR20180127339A (ko) 복제 트랜스포존 시스템
CN110300802A (zh) 用于动物胚胎碱基编辑的组合物和碱基编辑方法
US20240218358A1 (en) Prime editing-based gene editing composition with enhanced editing efficiency and use thereof
KR20230123492A (ko) 프로그래밍 가능한 트랜스포사제 및 이의 용도
KR102699756B1 (ko) 편집 효율이 향상된 프라임 편집 기반 유전자 교정용 조성물 및 이의 용도
Qin et al. Programmable base editing in zebrafish using a modified CRISPR-Cas9 system
Weuts et al. Telomere length homeostasis and telomere position effect on a linear human artificial chromosome are dictated by the genetic background
CN111051509A (zh) 用于电介质校准的含有c2cl核酸内切酶的组合物以及使用其进行电介质校准的方法
CN104212778A (zh) 基于TALEN和pMD18载体的定点突变系统及应用
KR102679001B1 (ko) 신규의 개량된 염기 편집 또는 교정용 융합단백질 및 이의 용도
US20230365992A1 (en) Novel enhanced base editing or revising fusion protein and use thereof
JP2024501892A (ja) 新規の核酸誘導型ヌクレアーゼ
RU2829155C2 (ru) Способы преодоления иммунологической толерантности с использованием множества направляющих рнк
JP2024518413A (ja) 修飾ヌクレアーゼ

Legal Events

Date Code Title Description
E902 Notification of reason for refusal
AMND Amendment
E601 Decision to refuse application
X091 Application refused [patent]
AMND Amendment
X701 Decision to grant (after re-examination)