KR20210124374A - 화합물의 응축물-연관된 특징을 특징규명하는 방법 및 그의 용도 - Google Patents
화합물의 응축물-연관된 특징을 특징규명하는 방법 및 그의 용도 Download PDFInfo
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Abstract
화합물, 예컨대 시험 화합물의 응축물-연관된 특징을 평가하는, 예컨대 특징규명하거나 또는 결정하는 방법, 및 그의 적용이 제공된다. 예를 들어, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법, 및 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법이 제공된다. 추가적으로, 목적하는 상대적 응축물 분배 특징을 갖는 화합물 또는 그의 부분을 설계 및/또는 식별 및/또는 제조하는 방법이 제공된다.
Description
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2019년 2월 8일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 62/803,365 및 2019년 6월 25일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 62/866,526에 대한 우선권 이익을 주장하며, 상기 가출원 각각의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
기술분야
본 발명은 생물학적 응축물 분야에 관한 것이다.
세포는, 막-결합 세포소기관, 예컨대 미토콘드리아, 리소솜, 및 소포체 외에도, 이들과 이들이 직접 접해 있는 용액 사이에 막을 포함하지 않는 별개의 하위-구획을 함유한다. 다수의 이들 막이 없는 분자 조립체가 액체-액체 상 분리 또는 응축이라 칭해지는 프로세스를 통해 형성되는 것으로 제시된 바 있다. 이러한 프로세스 동안, 생물학적 거대분자를 포함하는 용액은 서로 다른 상, 즉, 이들 거대분자의 일부가 풍부화된 응축물 및 이들 거대분자가 상대적으로 고갈된 주위 상으로 분리된다. 다수의 세포성 응축물이 인식되어 있다. 추가로, 상-분리된 응축물은 세포 외부에서도, 예컨대 용액 중에서 또는 세포 밖에서 형성될 수 있다 (Alberti et al., J Mol Biol, 430(23), 2018, 4806-4820; Muiznieks et al., J Mol Biol, 430(23), 2018, 4741-4753). 그러나, 화합물의 응축물 내로의 분배 또는 화합물의 응축물로부터의 배제 또는 다양한 응축물 간의 화합물의 분배에서의 차이를 지배하는 메카니즘에 대해서는 공지된 바가 거의 또는 전혀 없다.
다양한 응축물이 세포성 프로세스를 조정하는데 있어서 중요한 것으로 공지되어 있다. 예를 들어, 응축물은 분자들을 상승된 농도로 집합시켜 응축물 내부에서의 반응을 가속화할 수 있거나 또는 응축물에 분자들을 격리시켜 주위 매질에서의 그의 농도를 감소시킬 수 있다. 또한 비정상적인 응축물 기능은 다양한 인간 질환, 예컨대 신경변성 및 증식성 질환에 연루된 것으로 시사된 바 있다 (Naumann et al., Nat Commun, 9(1), 2018, 335; Wegmann et al., EMBO J, 37(7), 2018, e98049; Aguzzi et al., Trends Cell Biol, 26(7), 2016, 547-558). 그러나, 화합물의 응축물 분배를 지배하는 메카니즘에 대한 이해가 부족할 뿐만 아니라, 응축물과 상호작용하는 시험 화합물을 식별하는 방법, 응축물과의 상호작용을 개선시키도록 화합물을 설계하는 방법, 및 이러한 정보를 질환의 치료를 개선시키는데 사용할 수 있는 방법과 관련하여 공지된 바가 거의 또는 전혀 없다.
특허 출원 및 공개를 포함한, 본원에 인용된 모든 참고문헌은 그 전문이 참조로 포함된다.
일부 측면에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계; (b) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 방법은 단계 (a) 전에 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; 및 (b) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 방법은 단계 (a) 전에 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물의 존재 하에 표적 응축물의 형성을 유발하여 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 수득하는 단계; 및 (b) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 측면에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 전구체 분자를 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 표적 응축물의 형성을 유발하여 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 수득하는 단계; 및 (c) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 방법은 단계 (a) 전에 시험 화합물 및 전구체 분자를 포함하는 전구체 조성물을 조합하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 단계 (a) 전에 전구체 분자를 포함하는 전구체 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양은 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정된다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양의 비를 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 응축물외 용액으로부터 표적 응축물을 분리하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에 표적 응축물을 식별하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물의 이상조절은 질환과 연관된다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물에 포함된 1종 이상의 거대분자를 식별함으로써 표적 응축물을 특징규명하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 식별하는 것은 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양의 비를 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 본질적으로 무질서한 서열을 포함하는 단백질을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물을 가시화하기 위해 표적 응축물을 표지하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 방사성 표지, 비색법 표지, 화학적-반응성 표지, 또는 형광 표지로 표지된다.
일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함한다. 일부 실시양태에서, 세포는 미생물 또는 동물 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 이상조절되는 것으로 결정된 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 세포는 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포성 응축물이다. 일부 실시양태에서, 세포성 응축물은 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, 신호전달 클러스터, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클이다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포에 존재한다. 일부 실시양태에서, 세포는 미생물 또는 동물 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는다. 일부 실시양태에서, 응축물외 용액은 세포내액이다. 일부 실시양태에서, 세포내액은 시토졸 또는 뉴클레오졸이다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포에 존재하지 않는다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포외 응축물이다. 일부 실시양태에서, 응축물외 용액은 세포외액이다. 일부 실시양태에서, 세포외액은 간질액이다.
일부 실시양태에서, 방법은 무세포 검정 방법이다. 일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 거대분자, 염, 및 완충제 중 1종 이상을 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 2종 이상의 표적 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 1종 이상의 추가의 응축물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 시험 화합물은 소분자, 폴리펩티드, 또는 핵산이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 시험 화합물 표지를 포함한다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물 표지는 방사성 표지, 비색법 표지, 화학적-반응성 표지, 또는 형광 표지이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물 표지는 형광 표지이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 양은 시험 화합물 표지를 검출함으로써 결정된다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 양은 질량 분광측정법, 액체 크로마토그래피, 정량적 형광 현미경검사 및 분광분석법, 핵 자기 공명 분광분석법, 라만 분광분석법, 및/또는 자외선-가시선 분광광도측정법에 의해 결정된다.
일부 측면에서, 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 본원에 기재된 분배 특징을 결정하는 방법을 수행하는 것을 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 특징을 포함하지 않는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (i) 시험 화합물을 사용하여 본원에 기재된 분배 특징을 결정하는 방법을 수행함으로써 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (ii) 참조 화합물을 사용하여 본원에 기재된 분배 특징을 결정하는 방법을 수행함으로써 참조 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (iii) (i) 및 (ii)에서 결정된 분배 특징의 비를 계산하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 시험 화합물 표지를 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 화합물은 시험 화합물 표지이다.
일부 측면에서, 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (1) 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법을 수행하는 단계; 및 (2) 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 단계 (i) 및 (iii)을 반복하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 방법은 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 특징을 포함하지 않는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 본원에 개시된 방법에 따라 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 본원에 개시된 방법에 따라 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (c) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 분배 특징의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물은 동일한 조성물에 존재한다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물은 상이한 조성물에 존재한다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징은 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정된다.
일부 측면에서, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 본원에 개시된 방법에 따라 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 본원에 개시된 방법에 따라 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (c) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 분배 특징의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물은 동일한 조성물에 존재한다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물은 상이한 조성물에 존재한다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징은 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정된다.
일부 측면에서, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; (c) 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; 및 (d) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 양의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 방법은 단계 (a) 전에 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 전구체 분자를 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 조성물에서 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물의 형성을 유발하는 단계; (c) 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; (d) 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; 및 (e) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 양의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양은 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정된다.
일부 실시양태에서, 방법은 조성물로부터 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 분리하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 제1 응축물 및/또는 제2 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물을 식별하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물의 이상조절은 질환과 연관된다. 일부 실시양태에서, 방법은 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물에 포함된 1종 이상의 거대분자를 식별함으로써 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물을 특징규명하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물을 가시화하기 위해 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물을 표지하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 가시화하기 위해 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 표지하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물은 상이한 표지로 표지된다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물은 방사성 표지, 비색법 표지, 화학적-반응성 표지, 또는 형광 표지로 표지된다.
일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함한다. 일부 실시양태에서, 세포는 미생물 또는 동물 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 이상조절되는 것으로 결정된 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 세포는 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는다.
일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물은 세포성 응축물이다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물은 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, 신호전달 클러스터, 바이러스 응축물, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클이다. 일부 실시양태에서, 제2 표적 응축물은 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, 신호전달 클러스터, 바이러스 응축물, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클이다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물은 세포에 존재한다.
일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물은 세포외 응축물이다.
일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 거대분자, 염, 및 완충제 중 1종 이상을 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 1종 이상의 추가의 표적 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 1종 이상의 추가의 표적 응축물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 본원에 기재된 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법을 수행하는 것을 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 방법은 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 특징을 포함하지 않는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 화합물을 응축물 내로 또는 밖으로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 측면에서, 화합물을 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 측면에서, 화합물을 응축물 내로 또는 밖으로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 측면에서, 화합물을 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 측면에서, 화합물을 응축물 내로 또는 밖으로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 측면에서, 화합물을 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 측면에서, 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) (i) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하거나; 또는 (ii) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하며, 그에 의해 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 부착시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 제거하며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 제1 모이어티를 식별된 특징을 포함하는 제2 모이어티로 변화시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물은, 전체적으로 또는 부분적으로, 모델링, 컴퓨터, 및/또는 연산-기반 기술을 포함하는 접근법, 예를 들어, 생물정보학, 화학정보학, 및/또는 인공 지능 (AI)-기반 기술을 사용하여 설계된다.
일부 측면에서, 표적 응축물로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 부착시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 제1 모이어티를 식별된 특징을 포함하는 제2 모이어티로 변화시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물은, 전체적으로 또는 부분적으로, 모델링, 컴퓨터, 및/또는 연산-기반 기술을 포함하는 접근법, 예를 들어, 생물정보학, 화학정보학, 및/또는 인공 지능 (AI)-기반 기술을 사용하여 설계된다.
일부 측면에서, 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 본원에 개시된 방법에 따라 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) (i) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하거나; 또는 (ii) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하며, 그에 의해 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 부착시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 상대적 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 제거하며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 제1 모이어티를 식별된 특징을 포함하는 제2 모이어티로 변화시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물은, 전체적으로 또는 부분적으로, 모델링, 컴퓨터, 및/또는 연산-기반 기술을 포함하는 접근법, 예를 들어, 생물정보학, 화학정보학, 및/또는 인공 지능 (AI)-기반 기술을 사용하여 설계된다.
일부 측면에서, 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 부착시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 상대적 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 제1 모이어티를 식별된 특징을 포함하는 제2 모이어티로 변화시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물은, 전체적으로 또는 부분적으로, 모델링, 컴퓨터, 및/또는 연산-기반 기술을 포함하는 접근법, 예를 들어, 생물정보학, 화학정보학, 및/또는 인공 지능 (AI)-기반 기술을 사용하여 설계된다.
일부 측면에서, 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 본원에 개시된 방법에 따라 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) (i) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하거나; 또는 (ii) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하며, 그에 의해 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 방법은 화합물을 제조하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 부착시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 제거하며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 제1 모이어티를 식별된 특징을 포함하는 제2 모이어티로 변화시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물은, 전체적으로 또는 부분적으로, 모델링, 컴퓨터, 및/또는 연산-기반 기술을 포함하는 접근법, 예를 들어, 생물정보학, 화학정보학, 및/또는 인공 지능 (AI)-기반 기술을 사용하여 설계된다.
일부 측면에서, 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 본원에 기재된 방법에 따라 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징, 예컨대 화학적 모이어티 또는 모티프를 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 부착시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 제1 모이어티를 식별된 특징을 포함하는 제2 모이어티로 변화시키며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 방법에 의해 설계된 복수 종의 화합물이 제공된다. 일부 실시양태에서, 화합물은, 전체적으로 또는 부분적으로, 모델링, 컴퓨터, 및/또는 연산-기반 기술을 포함하는 접근법, 예를 들어, 생물정보학, 화학정보학, 및/또는 인공 지능 (AI)-기반 기술을 사용하여 설계된다. 일부 실시양태에서, 방법은 화합물을 제조하는 것을 추가로 포함한다.
일부 측면에서, 목적하는 분배 특징에 대해 후보 화합물의 그룹으로부터 시험 화합물을 스크리닝하는 방법으로서, (a) 후보 화합물의 각각의 그룹의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (b) 목적하는 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 후보 화합물의 각각의 그룹의 분배 특징은 시험관내에서 결정된다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 개체에서 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는다.
일부 측면에서, 질환의 치료를 필요로 하는 개체에서 질환을 치료하는데 유용한 시험 화합물을 식별하는 방법으로서, (a) 질환과 연관된 표적 응축물을 식별하는 단계; 및 (b) 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계, 및 (c) 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다.
일부 측면에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계; (b) 참조 대조군을 수득하는 단계; (c) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (d) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; 및 (e) 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 조성물과 조합되는 시험 화합물의 양은 100 nM 이하이고, 표적 응축물을 포함한, 조성물에서의 전구체 분자의 양은 약 5 μM이다.
일부 측면에서, 복수 종의 화합물을 포함하며, 여기서 복수 종의 화합물의 각각의 화합물이 목적하는 분배 특징을 갖는 특징을 포함하는 동일한 모이어티를 포함하는 것인 라이브러리가 본원에 제공된다.
일부 측면에서, 목적하는 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 설계하는 방법으로서, 모이어티를 화합물에 부착시킴으로써 시험 화합물의 전구체를 변형시키는 것을 포함하며, 여기서 모이어티는 목적하는 분배 특징을 갖는 특징을 포함하는 것인 방법이 본원에 제공된다.
또한, 본 개시내용의 범주로부터 벗어나지 않으면서, 본원에 기재된 구현예의 형태 및 세부사항에 변화가 있을 수 있다는 것이 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 이해될 것이다. 추가로, 다양한 이점, 측면, 및 목적이 다양한 구현예를 참조로 하여 기재되어 있지만, 본 개시내용의 범주는 이러한 이점, 측면, 및 목적에 대한 언급에 의해 제한되지 않아야 한다.
도 1은 응축물에서의 염료 분배의 예시적인 형광 영상을 제시한다. 염료 #10은 응축물에서 풍부화되지 않는 반면, 다른 염료들은 응축물에서 풍부화된다.
도 2a 및 2b는 염료의 존재 (도 2a) 및 부재 (도 2b) 하에 강도를 측정하기 위해 선택된 예시적인 응축물의 내부 및 외부 영역을 나타낸다.
도 3은 2회의 서로 다른 날의 실험으로부터 FUS-SNAP 응축물에서 각각의 염료에 대해 결정된 평균 강도-내부 대 강도-외부 (I-내부:I-외부) 비를 제시한다. 오차 막대는 두 독립적 실험의 표준 편차를 제시한다.
도 4는 2회의 서로 다른 날의 실험으로부터 PGL-3 응축물에서 각각의 염료에 대해 결정된 평균 강도-내부 대 강도-외부 (I-내부:I-외부) 비를 제시한다. 오차 막대는 두 독립적 실험의 표준 편차를 제시한다.
도 5는 FUS-SNAP 응축물에서의 각각의 염료에 대한 평균 I-내부:I-외부 비 대 PGL-3 응축물에서의 각각의 염료에 대한 평균 I-내부:I-외부 비의 비 (FUS-SNAP:PGL-3 비)를 제시한다.
도 6은 FUS-GFP 채널, 로다민 800 채널, 및 다른 영상들의 병합을 사용한 로다민 800의 존재 또는 부재 하의 GFP-태그 표지된 FUS 응축물의 형광 영상을 제시한다.
도 7은 형광-기반 검정 및 질량 분광측정법-기반 검정 둘 다를 사용한 예시적인 화합물의 상청액 (응축물 외부) 내 화합물의 분율의 히스토그램을 제시한다.
도 8은 다양한 화합물 농도에서 평가된 예시적인 화합물의 상청액 내 화합물의 분율의 히스토그램을 제시한다.
도 9a 및 9b는 단일 관심 화합물을 갖는 시스템 및 관심 화합물을 포함한 화합물의 혼합물을 갖는 시스템에서 측정된 응축물 외부에서의 관심 화합물의 분율의 히스토그램을 제시한다. 도 9a에서의 관심 화합물은 플루오레세인이다. 도 9b에서의 관심 화합물은 로다민 B이다.
도 10은 여러 멀티플렉스화 시스템에서의 특정 화합물에 대한 상청액 내 화합물의 분율의 히스토그램을 제시한다.
도 2a 및 2b는 염료의 존재 (도 2a) 및 부재 (도 2b) 하에 강도를 측정하기 위해 선택된 예시적인 응축물의 내부 및 외부 영역을 나타낸다.
도 3은 2회의 서로 다른 날의 실험으로부터 FUS-SNAP 응축물에서 각각의 염료에 대해 결정된 평균 강도-내부 대 강도-외부 (I-내부:I-외부) 비를 제시한다. 오차 막대는 두 독립적 실험의 표준 편차를 제시한다.
도 4는 2회의 서로 다른 날의 실험으로부터 PGL-3 응축물에서 각각의 염료에 대해 결정된 평균 강도-내부 대 강도-외부 (I-내부:I-외부) 비를 제시한다. 오차 막대는 두 독립적 실험의 표준 편차를 제시한다.
도 5는 FUS-SNAP 응축물에서의 각각의 염료에 대한 평균 I-내부:I-외부 비 대 PGL-3 응축물에서의 각각의 염료에 대한 평균 I-내부:I-외부 비의 비 (FUS-SNAP:PGL-3 비)를 제시한다.
도 6은 FUS-GFP 채널, 로다민 800 채널, 및 다른 영상들의 병합을 사용한 로다민 800의 존재 또는 부재 하의 GFP-태그 표지된 FUS 응축물의 형광 영상을 제시한다.
도 7은 형광-기반 검정 및 질량 분광측정법-기반 검정 둘 다를 사용한 예시적인 화합물의 상청액 (응축물 외부) 내 화합물의 분율의 히스토그램을 제시한다.
도 8은 다양한 화합물 농도에서 평가된 예시적인 화합물의 상청액 내 화합물의 분율의 히스토그램을 제시한다.
도 9a 및 9b는 단일 관심 화합물을 갖는 시스템 및 관심 화합물을 포함한 화합물의 혼합물을 갖는 시스템에서 측정된 응축물 외부에서의 관심 화합물의 분율의 히스토그램을 제시한다. 도 9a에서의 관심 화합물은 플루오레세인이다. 도 9b에서의 관심 화합물은 로다민 B이다.
도 10은 여러 멀티플렉스화 시스템에서의 특정 화합물에 대한 상청액 내 화합물의 분율의 히스토그램을 제시한다.
본 발명은, 일부 측면에서, 화합물, 예컨대 시험 화합물의 응축물-연관된 특징을 평가하는, 예컨대 특징규명하거나 또는 결정하는 방법, 및 그의 적용을 포함한다.
본 출원의 개시내용은, 부분적으로, 화합물의 응축물-연관된 특징을 평가하는, 예컨대 결정하거나 또는 특징규명하는 방법, 및 이러한 방법이, 예를 들어, 응축물과의 목적하는 상호작용 (상호작용의 결여 포함)이 가능한 화합물 또는 그의 모이어티를 식별하고, 특징규명하고, 개발하는데 유용할 수 있다는 본 발명자들의 특별한 통찰에 기반한다. 일부 실시양태에서, 응축물과의 목적하는 상호작용은 화합물과 연관된 목적하는 생물학적 활성을 초래한다. 일부 측면에서, 본 출원의 개시내용은, 부분적으로, 화합물의 응축물-연관된 특징, 예컨대 표적 응축물에 대한 시험 화합물의 분배 특징을 결정하기 위해 정량적 기술, 예컨대 질량 분광측정법을 사용하는 것과 관련된 본 발명자들의 발견 및 개발에 기반한다. 이러한 방법은, 예를 들어, 단순 및 복합 시스템 둘 다에 사용하기에 적합한 고처리량 방식으로 표적 응축물에 대한 시험 화합물의 분배 특징을 정확하고 신뢰할 수 있게 결정할 수 있도록 한다. 추가적으로, 예를 들어, 이들 방법은 가설이 필요 없고 (즉, 기지의, 표지된 화합물 또는 응축물, 또는 그의 구성요소를 요구하지 않음), 고도의 화합물 멀티플렉스화와 양립될 수 있으며, 화합물 풍부화를 요구하지 않고, 응축물로부터의 화합물 추출을 요구하지 않으며, 동형 및 이형 시스템에 사용될 수 있고, 보다 소량의 화합물 및/또는 응축물 전구체 거대분자를 사용하여 수행될 수 있으며, 이는 생물학적으로 보다 적절한 모델을 나타내고 출발 물질 및 시약의 사용을 감소시킨다. 이들 방법은 목적하는 분배 특징을 갖는 1종 이상의 화합물의 추가의 식별 및/또는 설계로 인도하는데 사용될 수 있는 시험 화합물 또는 그의 부분의 식별을 가능하게 함으로써, 개선된 효력, 치료 지수, 및/또는 안전성을 갖는 표적 화합물을 식별하는 방법을 제공한다. 시험 화합물 또는 그의 부분의 식별은 또한 이러한 지식을 사용하여 특정 약물 개발 응용 프로그램의 진보, 예를 들어, 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물의 특화된 라이브러리, 및 약물 발굴 및 스크리닝을 위한 모델링 및/또는 연산-기반 기술의 개발을 가능하게 한다.
본원에 기재된 바와 같이, 화합물의 응축물-연관된 특징을 평가하는 방법은 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법, 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법, 응축물 회합과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법, 목적하는 응축물 회합을 갖는 화합물을 설계하는 방법, 및 개체에서 질환을 치료하는데 유용한 화합물을 식별하는 방법을 포함한, 많은 방법 및 그의 형태에 적용될 수 있다. 본원에 기재된 방법의 형태는, 예를 들어, 단일 시험 화합물 또는 그의 부분의 단일 표적 응축물과의 상호작용의 평가, 단일 시험 화합물 또는 그의 부분의 복수 종의 표적 응축물과의 상호작용의 평가, 및 복수 종의 시험 화합물 또는 그의 하위세트의 단일 표적 응축물과의 상호작용의 평가를 위한 검정을 포함한다. 본원에 기재된 바와 같이, 본 발명자들의 특별한 통찰로 인해, 예를 들어, 개체에서의 질환의 치료에 유용한 화합물, 예컨대 제약상 허용되는 화합물의 식별, 개발, 및 최적화가 가능해진다.
따라서, 일부 측면에서, 본 발명은 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다.
다른 측면에서, 본 발명은 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 전구체 분자를 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 표적 응축물의 형성을 유발하여 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 수득하는 단계; (c) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다.
다른 측면에서, 본 발명은 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 본원에 기재된 임의의 1종 이상의 방법을 수행하는 것을 포함하는 방법을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 발명은 화합물을 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 표적 응축물로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다.
다른 측면에서, 본 발명은 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (i) 시험 화합물을 사용하여 본원에 기재된 임의의 1종 이상의 방법을 수행함으로써 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (ii) 참조 화합물을 사용하여 본원에 기재된 임의의 1종 이상의 방법을 수행함으로써 참조 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (iii) (i) 및 (ii)에서 결정된 분배 특징의 비를 계산하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 단계 (i) 및 (iii)을 반복하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 화합물을 표적 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다.
다른 측면에서, 본 발명은 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; (c) 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; 및 (d) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 양의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다.
다른 측면에서, 본 발명은 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 전구체 분자를 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 조성물에서 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물의 형성을 유발하는 단계; (c) 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; (d) 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; (e) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 양의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다.
다른 측면에서, 본 발명은 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하기 위한 본원에 기재된 방법 중 임의의 1종 이상을 수행하는 것을 포함하는 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 화합물을 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다.
정의
본 명세서를 해석하려는 목적을 위해 하기 정의가 적용될 것이고, 적절한 모든 경우에, 단수형으로 사용된 용어는 복수형을 또한 포함할 것이며, 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 하기 제시된 임의의 정의가 본원에 참조로 포함된 임의의 문헌과 상충할 경우에는, 제시된 정의가 우선할 것이다.
용어 "폴리펩티드" 및 "단백질"은 아미노산 잔기의 중합체를 지칭하기 위해 상호교환가능하게 사용되며, 최소 길이로 제한되지 않는다. 이러한 아미노산 잔기의 중합체는 천연 또는 비-천연 아미노산 잔기를 함유할 수 있고, 펩티드, 올리고펩티드, 아미노산 잔기의 이량체, 삼량체 및 다량체를 포함하나 이에 제한되지는 않는다. 전장 단백질 및 그의 단편 둘 다가 상기 정의에 의해 포괄된다. 상기 용어는 또한 폴리펩티드의 번역후 변형, 예를 들어, 글리코실화, 시알릴화, 아세틸화, 인산화 등을 포함한다.
본원에 사용된 용어 "포함하는", "갖는", "함유하는" 및 "포함한", 및 그의 다른 유사한 형태 및 문법적 등가물은 의미가 같고, 이들 단어 중 어느 하나의 앞에 있는 항목 또는 항목들이 이러한 항목 또는 항목들의 완전한 목록인 것으로 의도되지 않거나, 또는 열거된 항목 또는 항목들로만 제한되는 것으로 의도되지 않는다는 점에서 개방형인 것으로 의도된다. 예를 들어, 구성요소 A, B, 및 C를 "포함하는" 물품은 구성요소 A, B, 및 C로 이루어질 수 있거나 (즉, 이들만을 함유할 수 있음), 또는 구성요소 A, B, 및 C 뿐만 아니라 1종 이상의 다른 구성요소를 함유할 수 있다. 그러므로, "포함한다" 및 그의 유사한 형태 및 그의 문법적 등가물은 "로 본질적으로 이루어진" 또는 "로 이루어진"의 실시양태의 개시를 포함하는 것으로 의도되며 그렇게 이해된다.
값의 범위가 제공되는 경우에, 문맥이 달리 명백하게 지시하지 않는 한, 그 범위의 상한치와 하한치 사이에서의 하한치 단위의 1/10까지의 각각의 개재된 값 및 그 언급된 범위 내의 임의의 다른 언급되거나 또는 개재된 값이, 언급된 범위에서 임의의 구체적으로 배제된 제한을 조건으로, 본 개시내용 내에 포괄되는 것으로 이해된다. 언급된 범위가 한계치 중 하나 또는 둘 다를 포함하는 경우에, 이들 포함된 한계치 중 어느 하나 또는 둘 다를 배제한 범위가 또한 본 개시내용에 포함된다.
본원에서 값 또는 파라미터에 "약"이 언급된 것은 그 값 또는 파라미터 자체에 관한 변형예를 포함한다 (그리고 기재한다). 예를 들어, "약 X"를 언급하는 설명은 "X"의 설명을 포함한다.
첨부된 청구범위를 포함하여 본원에 사용된 바와 같이, 단수 형태는, 문맥이 달리 명백하게 지시하지 않는 한, 복수 지시대상을 포함한다.
본원에 사용된 섹션 표제는 단지 구성의 목적을 위한 것이며, 기재된 대상을 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다.
화합물의 응축물-연관된 특징을 평가하는 방법
본 출원의 일부 측면에서, 화합물, 예컨대 시험 화합물의 응축물-연관된 특징을 평가하는 방법, 및 그의 적용이 제공된다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 "응축물"은 1종 이상의 단백질 및/또는 다른 거대분자의 상 분리 (상 분리의 모든 스테이지 포함)에 의해 형성된 비막성 캡슐화된 구획을 지칭한다.
화합물의 응축물-연관된 특징을 평가하기 위한 기술, 및 많은 방법 및 그의 형태에 대한 적용이 하기에서 보다 상세히 기재된다. 관련 기술분야의 통상의 기술자라면, 제공된 설명을 고려하여, 본 출원의 개시내용의 범주 및 취지 내에서 여러 실시양태가 가능하다는 것을 인식할 것이다.
일부 측면에서, 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것은 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정한다.
일부 측면에서, 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하고, 표적 응축물 내 참조 화합물의 양을 결정하고, 표적 응축물 내 시험 화합물 및 참조 화합물의 양의 비를 계산하는 것을 포함하는 방법이 본원에 제공된다.
추가적으로, 일부 측면에서, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하고, 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하고, 제1 및 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양의 비를 계산하는 것을 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법은 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징 또는 상대적 분배 특징을 결정하고, 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징 또는 상대적 분배 특징을 결정하고, 제1 및 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징 또는 상대적 분배 특징의 비를 계산하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 복수 종의 시험 화합물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 추가로 포함한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 방법은 적어도 약 임의의 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 25, 40, 50, 75, 100, 250, 500, 1,000, 10,000, 100,000종 또는 그 초과의 화합물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 시험 화합물, 및 응축물 전구체 분자를 포함하는 전구체 조성물을 조합하고, 이어서 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 응축물 전구체 분자를 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하고, 이어서 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 시험 화합물, 및 세포를 포함하는 조성물을 조합하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 시험 화합물, 및 세포를 포함하는 조성물을 조합하고, 이어서 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 세포를 포함하는 조성물에서 표적 응축물의 형성을 유발하고, 이어서 시험 화합물 및 조성물을 조합하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 화합물이 세포에 진입하도록 유발하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 세포를 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 세포를 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하고, 이어서 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 세포를 포함하는 조성물에서 표적 응축물의 형성을 유발하고, 이어서 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 화합물이 세포에 진입하도록 유발하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은, 예를 들어, 응축물 또는 응축물외 용액에서의 표적 화합물을 정량화하려는 목적으로, 응축물외 용액으로부터 표적 응축물을 분리하는 것을 추가로 포함한다. 무세포 용액에서, 응축물은 전형적으로 응축물외 용액보다 더 고밀도이며, 침강할 것이다. 따라서, 일부 실시양태에서, 응축물외 용액으로부터 표적 응축물을 분리하는 것은 침전물로부터 상청액을 분리하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 조성물을 원심분리하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 응축물이 침강하도록 하는 것을 포함한다.
화합물의 응축물-연관된 특징을 결정하기 위한 기술
일부 측면에서, 화합물의 응축물-연관된 특징을 결정하는 방법으로서, 표적 응축물의 존재, 형성, 및/또는 조정으로 인해 응축물외 용액으로부터 고갈되는 시험 화합물의 양을 결정하는 것 (고갈이 결여되어 있음을 결정하는 것 포함)을 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 화합물의 응축물-연관된 특징을 결정하는 방법은 질량 분광측정법-기반 기술의 사용을 포함한다 (예를 들어, 시험 화합물의 양을 결정하기 위해). 일부 실시양태에서, 화합물의 응축물-연관된 특징을 결정하는 방법은 액체 크로마토그래피 (예를 들어, HPLC), 현미경검사, 정량적 영상 분석, 정량적 형광 현미경검사 및 분광분석법, 핵 자기 공명 분광분석법, 라만 분광분석법, 및/또는 자외선-가시선 분광광도측정법 중 임의의 1종 이상의 사용을 포함한다 (예를 들어, 시험 화합물의 양을 결정하기 위해). 일부 실시양태에서, 이러한 방법은 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물에서의 시험 화합물의 분배 특징, 상대적 분배 특징, 및/또는 응축물 선호도 프로파일을 결정하는데 유용하다.
일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물의 존재 및/또는 형성으로 인해 시스템으로부터 고갈되는 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 응축물외 용액에 존재하며 표적 응축물의 전구체 분자와 회합되지 않은 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물과 회합된, 예컨대 표적 응축물에 존재하는 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물의 전구체 분자와 회합된 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물의 존재 및/또는 형성으로 인해 시스템으로부터 고갈되는 시험 화합물의 양은 표적 응축물에 대한 시험 화합물의 응축물-연관된 특징, 예를 들어, 분배 특징을 결정하는데 사용된다.
일부 실시양태에서, 방법은 응축물외 용액 또는 그의 부분으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군 또는 그의 부분으로부터의 시험 화합물의 MS 신호를 비교하는 것, 예컨대 응축물외 용액 또는 그의 부분으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군 또는 그의 부분으로부터의 시험 화합물의 MS 신호의 비를 통해 비교하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 MS 신호의 비는 고갈 값을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 고갈 값은 표적 응축물의 존재 및/또는 형성으로 인해 시스템으로부터 고갈되는 시험 화합물의 양을 나타내는 것이다. 일부 실시양태에서, 방법은 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 이온 신호를 획득하는 것, 예컨대 측정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 이온 신호를 획득하는 것, 예컨대 측정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 시험 화합물의 존재 하에 표적 응축물의 형성을 유발하여 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 수득하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물에서 표적 응축물을, 예컨대 조성물에서 표적 응축물을 펠릿화함으로써 분리하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 참조 대조군을 수득하는 것, 예컨대 생성하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물, 또는 그의 전구체에 첨가되는 시험 화합물의 양은 응축물외 용액으로부터 시험 화합물의 총량의 상대적으로 적은 고갈이 결정될 수 있도록 하는 양 (예컨대 응축물외에서의 화합물의 양의 측정치 및 참조 대조군에서의 화합물의 양의 측정치를 비교함으로써 결정됨)에 기반한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물에 첨가되는 시험 화합물의 양은 조성물 내 표적 응축물, 및/또는 그의 1종 이상의 전구체 분자의 양에 기반한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물에 첨가되는 시험 화합물의 양은 표적 응축물의 화합물 용량에 기반한다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 양은 약 1 μM 이하, 예컨대 임의의 약 900 nM 이하, 800 nM 이하, 700 nM 이하, 600 nM 이하, 500 nM 이하, 450 nM 이하, 400 nM 이하, 350 nM 이하, 300 nM 이하, 250 nM 이하, 200 nM 이하, 150 nM 이하, 125 nM 이하, 100 nM 이하, 90 nM 이하, 80 nM 이하, 70 nM 이하, 60 nM 이하, 50 nM 이하, 40 nM 이하, 30 nM 이하, 20 nM 이하, 10 nM 이하, 9 nM 이하, 8 nM 이하, 7 nM 이하, 6 nM 이하, 5 nM 이하, 4 nM 이하, 3 nM 이하, 2 nM 이하, 또는 1 nM 이하이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 하한치는 시험 화합물의 양을 측정하는데 사용된 분석 방법에 기반한다. 일부 실시양태에서, 조성물 내 전구체 분자의 양은 약 1 μM 내지 약 10 μM이고, 시험 화합물의 양은 약 1 μM 이하, 예컨대 임의의 약 900 nM 이하, 800 nM 이하, 700 nM 이하, 600 nM 이하, 500 nM 이하, 450 nM 이하, 400 nM 이하, 350 nM 이하, 300 nM 이하, 250 nM 이하, 200 nM 이하, 150 nM 이하, 125 nM 이하, 100 nM 이하, 90 nM 이하, 80 nM 이하, 70 nM 이하, 60 nM 이하, 50 nM 이하, 40 nM 이하, 30 nM 이하, 20 nM 이하, 10 nM 이하, 9 nM 이하, 8 nM 이하, 7 nM 이하, 6 nM 이하, 5 nM 이하, 4 nM 이하, 3 nM 이하, 2 nM 이하, 또는 1 nM 이하이다.
일부 실시양태에서, 방법은 참조 대조군의 사용 및/또는 참조 대조군을 제조하는 방법을 포함한다. 본원에 기재된 참조 대조군은 표적 응축물의 존재 및/또는 형성으로 인해 시스템으로부터 고갈되는 시험 화합물의 양을 결정하는데 유용한 참조 측정치를 제공한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 (a) 소정의 양의 표적 응축물, (b) 응축물외 용액, (c) 응축물외 용액 내 소정의 양, 예컨대 농도의 표적 응축물의 전구체 거대분자, 및 (d) (i) 표적 응축물과 회합된, 예컨대 표적 응축물에 존재하는 소정의 양의 시험 화합물, 및 (ii) 응축물외 용액 내 소정의 양, 예컨대 농도의 시험 화합물을 포함한, 조성물 내 소정의 양, 예컨대 농도의 시험 화합물을 포함하고, 참조 대조군은 응축물외 용액 내 소정의 양, 예컨대 농도의 표적 응축물의 전구체 거대분자, 및 조성물 내 소정의 양, 예컨대 농도의 시험 화합물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물로부터, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 표적 응축물의 전구체 거대분자의 양, 예컨대 농도를 측정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 참조 대조군은 조성물이 표적 응축물의 펠릿화에 적용된 후에 응축물외 용액에 존재하는 전구체 거대분자의 양에 기반하여 소정의 양의 표적 응축물의 전구체 거대분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 대조군은 조성물이 표적 응축물의 펠릿화에 적용된 후에 응축물외 용액에서의 전구체 거대분자의 농도와 동일한 농도의 전구체 거대분자를 갖는다. 일부 실시양태에서, 참조 대조군은 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물과 조합되는 것과 동일한 농도의 시험 화합물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 대조군은 표적 응축물을 실질적으로 함유하지 않는다. 일부 실시양태에서, 방법은 참조 대조군 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 참조 대조군 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것은 질량 분광측정법-기반 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 양을 측정하는 것을 포함한다.
다양한 질량 분광측정법-기반 기술이 본원에 기재된 방법에 적합하다. 일부 실시양태에서, 질량-분광측정법-기반 기술은 1종 이상의 화합물, 예컨대 1종 이상의 시험 화합물의 1종 이상의 이온 종의 MS 신호를 측정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, MS 신호는 시험 화합물의 1종 이상의 이온 종, 예컨대 시험 화합물의 1종 이상의 하전 상태의 이온의 것이다. 일부 실시양태에서, MS 신호는 질량-대-전하 (m/z) 측정치로부터 유래된다. 일부 실시양태에서, MS 신호는 이온화 강도이다. 일부 실시양태에서, MS 신호는 피크 높이이다. 일부 실시양태에서, MS 신호는 피크 면적, 예컨대 MS 이온 신호와 상응하는 신호의 적분이다. 일부 실시양태에서, MS 신호는 피크 부피, 예컨대 MS 이온 신호와 상응하는 신호의 적분이다. 일부 실시양태에서, MS 신호는 시험 화합물의 이온의 측정된 신호의 누적 측정치이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 액체 크로마토그래피/질량 분광측정법 (LC/MS) 기술, 액체 크로마토그래피/탠덤 질량 분광측정법 (LC/MS) 기술 및/또는 직접적 샘플 도입 기술 (예를 들어, 직접적 분무)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 기체 크로마토그래피/질량 분광측정법 (GC/MS)을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 데이터-의존적 수집법, 데이터-비의존적 수집법, 선택 반응 모니터링 (SRM), 및 다중 반응 모니터링 (MRM)으로부터 선택된 수집 기술을 포함한다.
본 출원에 의해 고려되는 액체 크로마토그래피 기술은 질량 분광측정법 기술과 양립될 수 있는 전구체 거대분자 및/또는 시험 화합물을 분리하는 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 액체 크로마토그래피 기술은 고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC) 기술을 포함한다. 일부 실시양태에서, 액체 크로마토그래피 기술은 고유량 액체 크로마토그래피 기술을 포함한다. 일부 실시양태에서, 액체 크로마토그래피 기술은 저유량 액체 크로마토그래피 기술, 예컨대 마이크로-유량 액체 크로마토그래피 기술 또는 나노-유량 액체 크로마토그래피 기술을 포함한다. 일부 실시양태에서, 액체 크로마토그래피 기술은 질량 분광계와 결합된 온라인 액체 크로마토그래피 기술을 포함한다. 일부 실시양태에서, 모세관 전기영동 (CE) 기술, 또는 전기분무 또는 MALDI 기술이 샘플을 질량 분광계에 도입하는데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 직접적 샘플 도입 기술이 샘플을 질량 분광계에 도입하는데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법 기술은 이온화 기술을 포함한다. 본 출원에 의해 고려되는 이온화 기술은 전구체 거대분자 및/또는 시험 화합물을 하전시킬 수 있는 기술을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이온화 기술은 전기분무 이온화이다. 일부 실시양태에서, 이온화 기술은 나노-전기분무 이온화이다. 일부 실시양태에서, 이온화 기술은 대기압 화학 이온화이다. 일부 실시양태에서, 이온화 기술은 대기압 광이온화이다. 일부 실시양태에서, 이온화 기술은 매트릭스-보조 레이저 탈착 이온화 (MALDI)이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법 기술은 전기분무 이온화, 나노-전기분무 이온화, 또는 매트릭스-보조 레이저 탈착 이온화 (MALDI) 기술을 포함한다.
온라인 액체 크로마토그래피 기술이 결합될 수 있는, 본 출원에 의해 고려되는 질량 분광계는 고분해능 질량 분광계 및 저분해능 질량 분광계를 포함한다. 따라서, 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 비행-시간형 (TOF) 질량 분광계이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 사중극자 비행-시간형 (Q-TOF) 질량 분광계이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 사중극자 이온 트랩 비행-시간형 (QIT-TOF) 질량 분광계이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 이온 트랩이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 단일 사중극자이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 삼중 사중극자 (QQQ)이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 오비트랩이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 사중극자 오비트랩이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 푸리에 변환 이온 사이클로트론 공명 (FT) 질량 분광계이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광계는 사중극자 푸리에 변환 이온 사이클로트론 공명 (Q-FT) 질량 분광계이다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법 기술은 양이온 모드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법 기술은 음이온 모드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법 기술은 비행-시간형 (TOF) 질량 분광측정법 기술을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법 기술은 사중극자 비행-시간형 (Q-TOF) 질량 분광측정법 기술을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법 기술은 이온 이동성 질량 분광측정법 기술을 포함한다. 일부 실시양태에서, 저분해능 질량 분광측정법 기술, 예컨대 이온 트랩, 또는 단일 또는 삼중-사중극자 접근법이 적절하다.
일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 전구체 거대분자 및/또는 시험 화합물의 획득된 MS 신호를 프로세싱하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 피크 검출을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 이온화 강도를 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 피크 높이를 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 피크 면적을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 피크 부피를 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 질량 분광측정법-기반 기술은 시험 화합물을 식별하는 것을 포함한다.
따라서, 예를 들어, 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 이온의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 이온의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 것을 포함하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법은 (a) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 획득하는, 예컨대 측정하는 단계; (b) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 이온 신호를 획득하는, 예컨대 측정하는 단계; 및 (c) 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 이온의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 이온의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 소분자 시험 화합물 (예컨대 1,000 Da 이하이고/거나 리핀스키의 5법칙(Lipinski's rule of five)을 충족시키는 치료용 소분자)의 응축물-연관된 특징을 결정하는 방법으로서, 표적 응축물의 존재, 형성, 및/또는 조정으로 인해 응축물외 용액으로부터 고갈되는 소분자 시험 화합물의 양을 결정하는 것 (고갈이 결여되어 있음을 결정하는 것 포함)을 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 소분자 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 응축물외 용액으로부터의 소분자 시험 화합물의 이온의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 소분자 시험 화합물의 이온의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 소분자 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 것을 포함하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 소분자 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법은 (a) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 소분자 시험 화합물의 MS 신호를 획득하는, 예컨대 측정하는 단계; (b) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 소분자 시험 화합물의 MS 이온 신호를 획득하는, 예컨대 측정하는 단계; 및 (c) 응축물외 용액으로부터의 소분자 시험 화합물의 이온의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 소분자 시험 화합물의 이온의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 소분자 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 치료용 화합물 (예컨대 외인성 화합물, 소분자, 폴리펩티드, 올리고뉴클레오티드, 핵산, 항체, 또는 그의 단편, 세포 배양 생산된 화합물을 포함한, 합성적으로 생산된 화합물, 또는 응축물 전구체 거대분자가 아닌 화합물 중 임의의 것, 또는 그의 임의의 조합)의 응축물-연관된 특징을 결정하는 방법으로서, 표적 응축물의 존재, 형성, 및/또는 조정으로 인해 응축물외 용액으로부터 고갈되는 치료용 화합물의 양을 결정하는 것 (고갈이 결여되어 있음을 결정하는 것 포함)을 포함하는 방법이 본원에 제공된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 치료용 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 응축물외 용액으로부터의 치료용 화합물의 이온의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 치료용 화합물의 이온의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 치료용 화합물의 분배 특징을 결정하는 것을 포함하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 치료용 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법은 (a) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 치료용 화합물의 MS 신호를 획득하는, 예컨대 측정하는 단계; (b) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 치료용 화합물의 MS 이온 신호를 획득하는, 예컨대 측정하는 단계; 및 (c) 응축물외 용액으로부터의 치료용 화합물의 이온의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 치료용 화합물의 이온의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 치료용 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계; (b) 참조 대조군을 수득하는, 예컨대 제조하는 단계; (c) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (d) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (e) 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계; (b) 참조 대조군을 수득하는, 예컨대 제조하는 단계; (c) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (d) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (e) 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계; (b) 시험 화합물 및 조성물을 인큐베이션하는 단계; (c) 원심분리 기술을 사용하여 조성물에서 표적 응축물을 펠릿화하는 단계; (d) 참조 대조군을 수득하는, 예컨대 제조하는 단계; (e) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (f) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (g) 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계; (b) 시험 화합물 및 조성물을 인큐베이션하는 단계; (c) 원심분리 기술을 사용하여 조성물에서 표적 응축물을 펠릿화하는 단계; (d) 참조 대조군을 수득하는, 예컨대 제조하는 단계; (e) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (f) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (g) 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
본원에 기재된 임의의 방법 또는 방법 단계의 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물을 포함하는 단일 조성물에서 복수 종의 시험 화합물 각각에 대해 응축물-연관된 특징을 결정하는데 적합하다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, (a) 복수 종의 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계; 및 (b) 응축물외 용액으로부터의 복수 종의 시험 화합물 중 제1 시험 화합물의 이온의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 제1 시험 화합물의 이온의 MS 신호를 비교하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다. 일부 실시양태에서, 응축물외 용액으로부터의 복수 종의 시험 화합물의 각각의 시험 화합물의 이온의 MS 신호는 참조 대조군으로부터의 각각의 개별 시험 화합물의 이온의 개별 MS 신호와 비교된다. 일부 실시양태에서, 참조 대조군은 복수 종의 화합물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 복수 종의 시험 화합물의 화합물 수는 각각의 화합물의 양을 측정하는데 사용되는 분석 방법의 용량에 의해서만 제한된다. 일부 실시양태에서, 복수 종의 시험 화합물은 적어도 5종, 예컨대 적어도 임의의 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100, 125, 150, 175, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 600, 700, 800, 900, 또는 1,000종의 화합물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 각각의 시험 화합물의 MS 신호를 획득하는 것, 예컨대 측정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 각각의 시험 화합물의 MS 신호를 획득하는 것, 예컨대 측정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 응축물외 용액 또는 참조 대조군에서의 각각의 시험 화합물의 MS 신호는 단일 질량 분광측정법 분석으로 획득된다.
시험 화합물 및 분석
일부 실시양태에서, 시험 화합물은 소분자, 폴리펩티드, 펩티드모방체, 지질, 또는 핵산이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 승인된 화합물, 예컨대 미국 식품 의약품국에 의해 의학적 치료용으로 승인된 화합물이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 신규 화합물이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 하전되어 있다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 소수성이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 친수성이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 소분자이다. 일부 실시양태에서, 소분자는 알칼로이드, 글리코시드, 페나진, 페놀, 폴리케티드, 테르펜, 또는 테트라피롤이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 항체이다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포외 응축물이고, 시험 화합물은 항체이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 핵산이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 RNA, 예컨대 siRNA, miRNA, mRNA, 또는 lnRNA이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 siRNA, miRNA, 또는 mRNA이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 비-자연 발생 화합물이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 단백질이다.
일부 실시양태에서, 본원의 방법은 2종 이상의 시험 화합물을 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 2종 이상의 화합물은 각각 임의의 소분자, 폴리펩티드, 지질, 또는 핵산으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 2종 이상의 시험 화합물은 순차적으로 또는 동시에 첨가된다.
일부 실시양태에서, 시험 화합물은 표지를 포함한다. 일부 실시양태에서, 표지는 방사성 표지, 비색법 표지, 발광 표지, 화학적-반응성 표지 (예컨대 클릭 화학에서 사용되는 구성요소 모이어티), 또는 형광 표지이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 표지를 포함하는 소분자이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 형광단을 포함하는 소분자이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 표지를 포함하는 폴리펩티드이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 형광단을 포함하는 폴리펩티드이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 표지를 포함하는 핵산이다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 형광단을 포함하는 핵산이다. 시험 화합물 표지는 시험 화합물에 공유적으로 또는 비-공유적으로 접합될 수 있다.
시험 화합물의 양을 결정하는 방법은 공지되어 있다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 양을 결정하는 것은 시험 화합물을 정량화하여 검출하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 양을 결정하는 것은 시험 화합물 표지를 정량화하여 검출하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 양을 결정하는 것은 시험 화합물의 활성을 검출하고, 검출된 활성의 양을 유발하기 위해 필요한 시험 화합물의 양을 계산하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 양은 질량 분광측정법, 액체 크로마토그래피, 및/또는 자외선-가시선 분광광도측정법에 의해 결정된다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물의 양은 형광 현미경검사에 의해 결정된다. 표준 곡선이 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 보조하기 위해 사용될 수 있다. 대안적으로 또는 추가적으로, 시험 화합물의 양은 참조 화합물과 비교될 수 있다. 일부 실시양태에서, 참조 화합물은 시험 화합물 표지이다.
응축물 내 화합물, 예컨대 시험 화합물 또는 참조 화합물의 양을 결정하는 것을 포함하는, 본원에 기재된 방법은 응축물 내 화합물의 양을 결정하기 위한 직접적 및 간접적 기술을 포괄하도록 구상된다. 일부 실시양태에서, 응축물 내 화합물의 양은 직접적으로 결정된다. 일부 실시양태에서, 응축물 내 화합물의 양은 간접적으로 결정된다. 일부 실시양태에서, 응축물 내 화합물의 양은 응축물과 회합되지 않은 화합물의 양, 예컨대 응축물외 용액 내 화합물의 양을 결정하는 것을 통해 결정된다. 일부 실시양태에서, 응축물 내 화합물의 양은 리포터 화합물의 양을 결정하는 것을 통해 결정된다. 일부 실시양태에서, 리포터 화합물은 응축물과 회합된다. 일부 실시양태에서, 리포터 화합물은 응축물과 회합되지 않는다.
표적 응축물 내 시험 화합물의 양은 다른 용액 내 시험 화합물의 양 또는 조성물에 첨가된 양과 비교될 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 조성물에 첨가된 양; 및/또는 응축물외 용액 내 양; 및/또는 세포 내 시험 화합물의 양; 및/또는 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양과 비교하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 조성물에 첨가된 양과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 비교하는 것은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 조성물에 첨가된 시험 화합물의 양의 비 또는 백분율을 계산하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 비교하는 것은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양의 비 또는 백분율을 계산하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양은 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정된다.
일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 세포 내 시험 화합물의 양과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 비교하는 것은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 세포 내 시험 화합물의 양의 비 또는 백분율을 계산하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 세포 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 비교하는 것은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양의 비 또는 백분율을 계산하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양은 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정된다.
일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양과 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 비교하는 것은 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양의 비 또는 백분율을 계산하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양을 결정하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양은 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정된다.
응축물을 형성하는 방법은 공지되어 있으며, 응축물에 따라 달라질 수 있다. 예를 들어, 응축물은 조성물의 온도를 변경시킴으로써, 예컨대 조성물을 보다 낮은 또는 보다 높은 온도에 노출시킴으로써; 조성물의 염 함량을 변경시킴으로써, 예컨대 조성물 내 염을 희석함으로써 또는 염을 조성물에 첨가함으로써; 전구체 거대분자의 농도를 증가시킴으로써, 예컨대 조성물에 핵산, 예를 들어, RNA를 첨가함으로써; 조성물에 완충제를 첨가하거나 또는 교체함으로써; 조성물의 이온 강도를 변경시킴으로써; pH를 변경시킴으로써, 예컨대 pH를 등전점으로부터 1 단위 미만의 차이가 나도록 변경시킴으로써; 또는 군집 작용제, 예컨대 PEG 또는 덱스트란을 첨가함으로써 형성될 수 있다. 응축물을 형성하는 일부 예시적인 방법은 또한 문헌 [Alberti et al., J Mol Biol, 430(23), 2018, 4806-4820]에 개시되어 있으며, 상기 문헌은 본원에 참조로 포함된다.
조성물
일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포에 존재한다. 일부 실시양태에서, 응축물외 용액은 세포내액, 예컨대 시토졸 또는 뉴클레오졸이다.
일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포에 존재하지 않는다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포외 응축물, 예컨대 세포외 기질에 있는 응축물이다. 일부 실시양태에서, 세포외액은 간질액 또는 혈장이다.
일부 실시양태에서, 세포는 미생물 또는 동물 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 인간 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 뉴런이다. 일부 실시양태에서, 세포는 암 세포이다. 일부 실시양태에서, 세포는 유도 만능 줄기 세포 (iPS 세포), HeLa 세포, 또는 HEK293 세포이거나 또는 그로부터 유래된다. 일부 실시양태에서, 세포는 이상조절되는 것으로 결정된 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 세포는 질환과 연관된 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 세포는 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는다. 일부 실시양태에서, 세포는 아르세네이트 (및/또는 응축물을 조정하는 것으로 공지된 또 다른 화합물), 온도 변화, 또는 pH 변화로 처리된 것이다. 일부 실시양태에서, 세포는 형광 단백질로 표지된 단백질을 발현한다. 일부 실시양태에서, 단백질은 표적 응축물에 농축되는 것으로 공지된 단백질이다. 일부 실시양태에서, 세포는 제1 단백질 및 제2 단백질을 발현하며, 여기서 제1 단백질은 제1 표지로 표지되고, 여기서 제1 단백질은 제1 표적 응축물에 농축되는 것으로 공지되어 있고, 여기서 제2 단백질은 제2 표지로 표지되고, 여기서 제2 단백질은 제2 표적 응축물에 농축되는 것으로 공지되어 있고, 여기서 제1 표지 및 제2 표지는 구별가능하다. 일부 실시양태에서, 세포는 제1 단백질 및 제2 단백질을 발현하며, 여기서 제1 단백질은 제1 형광 단백질로 표지되고, 여기서 제1 단백질은 제1 표적 응축물에 농축되는 것으로 공지되어 있고, 여기서 제2 단백질은 제2 형광 단백질로 표지되고, 여기서 제2 단백질은 제2 표적 응축물에 농축되는 것으로 공지되어 있고, 여기서 제1 형광 단백질 및 제2 형광 단백질은 구별가능하다.
일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 무세포이다. 일부 실시양태에서, 조성물은 상 분리되지 않은 구성요소인 전구체 분자를 포함하며, 이는 응축물 내로 혼입될 수 있고/거나 응축물 내로 혼입되어 있을 수 있다. 응축물은 극소수의 구성요소로 이루어진 무세포 시스템에서 형성될 수 있다. 예를 들어, 조성물은 응축물을 형성할 수 있는 단백질 또는 단백질 단편, 예컨대 단백질의 부분 또는 펩티드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 조성물은 저복잡도 도메인 또는 본질적으로 무질서한 서열을 포함하는 단백질 또는 단백질 단편을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 핵산 올리고머 또는 중합체, 예컨대 RNA를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 소분자를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 완충제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 또한 1종 이상의 염 및/또는 1종 이상의 거대분자 군집 작용제 (예를 들어, 폴리 에틸렌 글리콜 또는 덱스트란)를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 조성물은 전구체 분자를 포함하는 세포를 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함하고, 방법은 세포에서 표적 응축물을 형성하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 세포의 온도를 변경시키는 것, 예컨대 조성물을 보다 낮은 또는 보다 높은 온도에 노출시키는 것; 세포의 염 함량을 변경시키는 것; 세포 주위에 완충제를 첨가하거나 또는 교체하는 것; 세포의 pH를 변경시키는 것; 또는 군집 작용제, 예컨대 PEG 또는 덱스트란을 세포에 첨가하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함하고, 세포는 표적 응축물이 형성되도록 유발하고/거나 표적 응축물을 변형시키는 돌연변이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 돌연변이는 하기 중 1종 이상을 변형시킨다: 표적 응축물의 크기, 표적 응축물의 형상, 표적 응축물의 1종 이상의 구성요소의 농도, 및 표적 응축물 내 구성요소의 이질적 분포. 일부 실시양태에서, 조성물은 세포를 포함하고, 세포는 응축물이 형성되도록 유발하는 돌연변이를 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 복수 종의 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 임의의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 또는 25종의 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 2종 이상의 표적 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 임의의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 또는 25종의 표적 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 1종 이상의 추가의 표적 응축물에 대해, 예컨대 적어도 임의의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 또는 25종의 표적 응축물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 임의의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 또는 25종의 동일한 응축물 유형의 응축물, 예를 들어, 동일한 조성 및/또는 분배 특성을 갖는 응축물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 임의의 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 또는 25종의 상이한 응축물 유형, 예를 들어, 동일한 조성 및/또는 분배 특성을 갖지 않는 응축물을 포함한다.
응축물
많은 응축물이 관련 기술분야에 널리 공지되어 있다. 공지된 응축물의 예는 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, 신호전달 클러스터, 바이러스 응축물, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클을 포함한다. 많은 응축물이 현미경검사를 사용하여 식별될 수 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물을 식별하는 것을 추가로 포함한다.
본원에 기재된 방법에 사용되는 응축물은 자연 발생 또는 비-자연 발생 응축물일 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 응축물은 자연 발생 응축물이다. 일부 실시양태에서, 응축물은 비-자연 발생 응축물이다. 일부 실시양태에서, 응축물은 인공 응축물이다. 일부 실시양태에서, 응축물은 합성 응축물이다. 일부 실시양태에서, 응축물은 반합성 응축물이다. 일부 실시양태에서, 응축물은 변형된 것이다. 일부 실시양태에서, 응축물은 변형된 응축물이며, 여기서 변형된 응축물의 모 응축물은 1종 이상의 응축물 구성요소를 첨가, 제거, 및/또는 치환함으로써 변형된다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 방법은 2종 이상의 응축물을 평가하며, 2종 이상의 응축물의 제1 응축물 및 제2 응축물은 응축물의 임의의 조합일 수 있다. 일부 실시양태에서, 제1 응축물은 변형된 응축물이다. 일부 실시양태에서, 제1 응축물은 변형된 응축물이고, 제2 응축물은 제1 응축물의 모 응축물이다. 일부 실시양태에서, 제1 응축물은 제1 시스템, 예컨대 제1 조성물에서의 표적 응축물이고, 제2 응축물은 제2 시스템, 예컨대 제2 조성물에서의 표적 응축물이다. 일부 실시양태에서, 제1 응축물은 정상 응축물이고, 제2 응축물은 이상조절된 응축물이다.
일부 실시양태에서, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물, 및 제1 표적 응축물을 포함하는 제1 조성물을 조합하는 단계; (b) 시험 화합물, 및 제2 표적 응축물을 포함하는 제2 조성물을 조합하는 단계; (c) 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; 및 (d) 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다.
일부 실시양태에서, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 제1 표적 응축물을 포함하는 제1 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 제2 표적 응축물을 포함하는 제2 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (c) 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; 및 (d) 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다.
응축물의 식별은 표지의 사용으로 보조될 수 있다. 예를 들어, 염료 또는 표지된 화합물이 응축물에 첨가될 수 있다. 일부 실시양태에서, 염료 또는 표지된 화합물은 표적 응축물에 우선적으로 진입할 수 있다. 일부 실시양태에서, 표지는 방사성 표지, 비색법 표지, 화학적-반응성 표지, 또는 형광 표지이다. 일부 실시양태에서, 조성물은 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 포함하고, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물은 각각 상이한 표지로 표지되며, 예컨대 제1 표적 응축물은 RFP로 표지되고 제2 표적 응축물은 GFP로 표지된다.
일부 응축물은 특정한 거대분자를 포함할 수 있다. 따라서, 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물 내 거대분자를 특징규명하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 거대분자는 단백질 또는 단백질 단편이다. 일부 실시양태에서, 단백질 또는 단백질 단편은 저복잡도 도메인 또는 본질적으로 무질서한 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 거대분자는 전사 인자 또는 RNA 결합 단백질이다. 일부 실시양태에서, 거대분자는 타우, FUS, 헌팅틴 단백질, hnRNPA1, TDP43, PGL-3, 또는 그의 단편 또는 응집체이다. 일부 실시양태에서, 거대분자는 핵산, 예컨대 RNA 또는 DNA이다. 일부 실시양태에서, 거대분자는 RNA이다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포성 응축물이다. 수많은 세포성 응축물이 기재된 바 있으며, 더 많은 것이 형성되는 것으로 공지되어 있지만, 아직 기재된 바는 없다. 일부 실시양태에서, 세포성 응축물은 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, 신호전달 클러스터, 바이러스 응축물, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클이다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 표적 응축물 내 표적 화합물의 양이 결정될 때 세포에 존재한다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물은 세포외 응축물이다. 세포외 응축물은 세포 외부의 생물학적 용액, 예컨대 세포외 기질 또는 혈장에서 형성되어 반응을 촉진시키거나 또는 분자를 격리시킬 수 있다 (Muiznieks et al., J Mol Biol, 430(23), 2018, 4741-4753).
다양한 응축물의 이상조절은 질환과 연관될 수 있다. 예를 들어, 세포성 및 무세포 응축물 실험에 기반하여, FUS(fused in sarcoma) 단백질에서의 질환-연관된 돌연변이는 운동 뉴런 질환인 근위축성 측삭 경화증 (ALS)의 발병에 직접적으로 기여하는 비정상적인 상-분리 거동을 유발하는 것으로 제시된 바 있다 (Naumann et al., Nat Commun, 9(1), 2018, 335). 따라서, 일부 실시양태에서, 표적 응축물의 이상조절은 질환과 연관된다. 일부 실시양태에서, 이상조절은 하기 중 1종 이상에서의 변경을 포함한다: 표적 응축물의 크기; 표적 응축물의 형상; 표적 응축물의 1종 이상의 구성요소의 농도; 및 응축물 내 구성요소의 이질적 분포, 예를 들어, 응축물의 쉘 대신에 코어에 위치한 구성요소. 일부 실시양태에서, 변경은 유사한 비-이상조절된 표적 응축물과 비교된다.
시험 화합물의 분배와 연관된 화합물 특징을 결정하는 방법
일부 실시양태에서, 본 발명은 응축물에서의, 예컨대 응축물의 표면 및/또는 코어와 회합된 화합물 또는 그의 부분의 분배와 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 본원에 개시된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 응축물로의 화합물 또는 그의 부분의 분배에 전체적으로 또는 부분적으로 기여하는, 화합물 또는 그의 부분의 속성을 식별하거나 또는 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 목적하는, 예컨대 유사한 분배 특징을 갖는 화합물 또는 그의 부분의 분배와 연관된 화합물 특징을 식별하는 것은 목적하는, 예컨대 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물의 공통적인 모이어티 또는 모티프를 식별하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물 또는 그의 부분의 화합물 특징은 전하 및 소수성 중 하나 이상에 기반한다.
일부 실시양태에서, 화합물의 분배 특징은 응축물 내 화합물의 양, 예컨대 상대적 양을 결정하는 것, 또는 1종 이상의 응축물과 비교하는 것, 예컨대 응축물 선호도 프로파일에 기반한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (b) 응축물에서의 목적하는 분배 특징, 예컨대 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물 또는 그의 부분을 식별하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (b) 응축물에서의 목적하는 상대적 분배 특징, 예컨대 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물 또는 그의 부분을 식별하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; 및 (b) 응축물에서의 목적하는 응축물 선호도 프로파일, 예컨대 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물 또는 그의 부분을 식별하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함한다.
본원에 기재된 방법의 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징, 상대적 분배 특징, 또는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것은 표적 응축물의 임의의 부분과 회합된 2종 이상의 시험 화합물을 식별하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법의 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징, 상대적 분배 특징, 또는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것은 표적 응축물의 임의의 부분과 회합되지 않은 2종 이상의 시험 화합물을 식별하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 방법은 본원에 기재된 방법을 사용하여 식별 및/또는 설계된 화합물을 제조하는 것을 추가로 포함한다.
목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법
일부 실시양태에서, 본 발명은 표적 응축물과 관련하여 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명은 표적 응축물로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물과 관련하여 목적하는 분배 특징을 포함하는 화합물 또는 그의 부분을 식별하거나 또는 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물과 관련하여 목적하는 분배 특징에 전체적으로 또는 부분적으로 기여하는, 화합물 또는 그의 부분의 속성을 식별하거나 또는 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물로의 목적하는 분배 특징을 포함하는 화합물 또는 그의 부분을 식별하거나 또는 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물로의 목적하는 분배 특징에 전체적으로 또는 부분적으로 기여하는, 화합물 또는 그의 부분의 속성을 식별하거나 또는 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 식별된 화합물 또는 그의 부분을 변형시켜 목적하는 분배 특징을 최적화하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물 각각에 대한 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (b) 복수 종의 시험 화합물 중 표적 응축물에서의 목적하는, 예컨대 유사한 분배 특징을 갖는 1종 이상 또는 그의 부분을 식별하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 복수 종의 시험 화합물 중 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물 또는 그의 부분을 선택하고/거나 설계하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물과 관련하여 목적하는 분배 특징과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 화합물을 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 목적하는, 예컨대 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물 또는 그의 부분을 식별하는 것은 목적하는, 예컨대 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물의 공통적인 모이어티 또는 모티프를 식별하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물 또는 그의 부분의 화합물 특징은 전하 및 소수성 중 하나 이상에 기반한다.
일부 실시양태에서, 식별된 시험 화합물 또는 그의 부분(들)은 목적하는 분배 특징을 갖는 1종 이상의 화합물의 식별 및/또는 설계를 위한 근거로서 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 화합물은 특화된 라이브러리를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 특화된 라이브러리는 식별된 화합물 또는 그의 부분(들)을 구성하는 모이어티를 포함하는 1종 이상의 화합물의 세트를 포함하며, 상기 세트는 특화된 라이브러리의 일부 또는 전체이다. 일부 실시양태에서, 특화된 라이브러리의 각각의 화합물은 유사한 분배 특징, 예컨대 서로의 적어도 약 20% 내에서의 분배 특징을 갖는다. 일부 실시양태에서, 특화된 라이브러리의 각각의 화합물은 임계 분배 특징을 충족시키거나 또는 초과한다. 일부 실시양태에서, 특화된 라이브러리는 적어도 약 10종의 화합물, 예컨대 적어도 약 임의의 25종의 화합물, 50종의 화합물, 150종의 화합물, 200종의 화합물, 250종의 화합물, 300종의 화합물, 350종의 화합물, 400종의 화합물, 450종의 화합물, 500종의 화합물, 1,000종의 화합물, 1,500종의 화합물, 2,000종의 화합물, 2,500종의 화합물, 3,000종의 화합물, 3,500종의 화합물, 4,000종의 화합물, 4,500종의 화합물, 5,000종의 화합물, 10,000종의 화합물, 20,000종의 화합물, 30,000종의 화합물, 40,000종의 화합물, 또는 50,000종의 화합물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 특화된 라이브러리의 세트의 각각의 화합물은 개체에게 투여하기에 적합하다. 일부 실시양태에서, 특화된 라이브러리의 각각의 화합물은 1,000 Da 미만, 예컨대 500 Da 이하의 분자량을 갖는다. 일부 실시양태에서, 특화된 라이브러리의 각각의 화합물은 리핀스키의 5법칙을 충족시킨다. 일부 실시양태에서, 특화된 라이브러리는 단일 조성물에 존재하는 화합물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 특화된 라이브러리는 표적 응축물을 표적화하는데 유용한 1종 이상의 화합물을 식별하는데 사용될 수 있으며, 여기서 1종 이상의 화합물은 1종 이상의 전통적인 약물 스크리닝 방법을 사용하여 특화된 라이브러리로부터 식별된다.
일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 화합물에 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 첨가하며 (예컨대 부착시키며, 예를 들어, 공유적으로 부착시키며), 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함하다. 일부 실시양태에서, 화합물을 설계하는 것은 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 제거하며, 그에 의해 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물은, 전체적으로 또는 부분적으로, 모델링, 컴퓨터, 및/또는 연산-기반 기술을 포함하는 접근법, 예를 들어, 생물정보학, 화학정보학, 및/또는 인공 지능 (AI)-기반 기술을 사용하여 설계된다.
일부 실시양태에서, 방법은 응축물-연관된 특징을 통해 식별된 특징, 예컨대 화학적 구조 또는 모티프를 포함하는 모이어티를 부착시키며, 그에 의해 시험 화합물에 목적하는 분배 특징을 부여하는 것에 기반하여 시험 화합물 또는 그의 부분을 설계하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 식별된 특징은, 전체적으로 또는 부분적으로, 시험 화합물의 응축물-연관된 특징, 예컨대 분배 특징을 조정하며, 예컨대 시험 화합물이 시험 응축물에 분배되는 정도를 증가시키거나 또는 감소시킨다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물을 설계하는 방법은 시험 화합물의 전구체에 응축물-연관된 특징을 통해 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 여러 위치 및/또는 입체화학적 배향으로 부착시키는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물을 설계하는 방법은 응축물-연관된 특징을 통해 식별된 특징을 포함하는 모이어티를 제거하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물을 설계하는 방법은 시험 화합물의 전구체에 대해 모이어티를 응축물-연관된 특징을 통해 식별된 특징을 포함하는 또 다른 모이어티로 여러 위치 및/또는 입체화학적 배향으로 변화시키는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물을 설계하는 방법은 시험 화합물의 전구체에 대해 응축물-연관된 특징을 통해 식별된 특징을 포함하는 1개 초과의 모이어티를 부착시키고/거나, 제거하고/거나, 변화시키는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 시험 화합물은 모이어티의 조정 (예컨대 부착, 제거, 변화)을 용이하게 하기 위한 특색, 예컨대 화합물 표지 (예를 들어, 클릭 화학에서 사용되는 구성요소 모이어티)를 포함한다.
일부 실시양태에서, 식별된 시험 화합물 또는 그의 부분(들)은 목적하는 생물학적 활성을 갖는 1종 이상의 화합물의 식별 및/또는 설계를 위한 근거로서 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 1종 이상의 화합물은 특화된 라이브러리를 나타낸다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 방법은 응축물-연관된 특징을 통해 식별된 특징, 예컨대 화학적 구조 또는 모티프를 포함하는 모이어티를 부착시키거나, 제거하거나, 또는 변화시키며, 그에 의해 시험 화합물에 목적하는 생물학적 활성을 부여하는 것에 기반하여 시험 화합물 또는 그의 부분을 설계하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 전구체 화합물의 목적하는 생물학적 활성은 전구체 화합물의 응축물-연관된 특징을 조정함으로써 개선된다. 일부 실시양태에서, 전구체 화합물의 바람직하지 않은 생물학적 활성은 전구체 화합물의 응축물-연관된 특징을 조정함으로써 감소된다.
일부 실시양태에서, 응축물-연관된 특징 데이터, 예컨대 분배 특징 데이터, 및/또는 식별된 시험 화합물 또는 그의 부분은 하나 이상의 규칙 세트를 개발하는데 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 규칙 세트는 모델링, 컴퓨터, 및/또는 연산-기반 기술을 포함하는 접근법을 사용하는 1종 이상의 화합물의 식별 및/또는 설계, 예를 들어, 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물의 생물정보학, 화학정보학, 및/또는 인공 지능 (AI)-기반 식별을 위한 근거로서 사용될 수 있다. 하나 이상의 규칙 세트를 결정하고/거나 적용하기 위한 컴퓨터 소프트웨어가 또한 제공된다.
일부 실시양태에서, 화합물의 분배 특징은 응축물 내 화합물의 양, 예컨대 상대적 양을 결정하는 것, 또는 1종 이상의 응축물과 비교하는 것, 예컨대 응축물 선호도 프로파일에 기반한다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법은 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법은 (a) 본원에 기재된 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 방법은 본원에 개시된 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 방법은 (a) 본원에 개시된 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 방법은 (a) 본원에 개시된 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 방법은 본원에 기재된 방법을 사용하여 식별 및/또는 설계된 화합물을 제조하는 것을 추가로 포함한다.
시험 화합물을 스크리닝하는 방법
일부 실시양태에서, 본 발명은 목적하는 분배 특징에 대해 후보 화합물의 그룹으로부터 시험 화합물을 스크리닝하는 방법으로서, (a) 후보 화합물의 각각의 그룹의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (b) 목적하는 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다.
일부 실시양태에서, 목적하는 분배 특징은 표적 응축물과 연관된 분배 특징에 기반한다. 일부 실시양태에서, 목적하는 분배 특징은 복수 종의 표적 응축물과 연관된 분배 특징에 기반한다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물을 식별하거나 또는 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물은 질환과 연관된다. 일부 실시양태에서, 질환과 연관된 표적 응축물은 관련 기술분야에 공지되어 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물, 예컨대 질환과 연관된 표적 응축물을 수득하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 후보 화합물의 그룹, 예컨대 1종 초과의 후보 화합물의 분배 특징이 본원에 기재된 방법에 따라 결정된다. 일부 실시양태에서, 후보 화합물의 그룹은 적어도 약 임의의 2, 5, 10, 15, 50, 75, 100, 150, 200, 300, 400, 또는 500종의 후보 화합물이다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징은 시험관내에서 결정된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징은 세포성 시스템에서 결정된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징은 비-세포성 시스템, 예컨대 표적 응축물 또는 그의 구성요소를 포함하는 조성물에서 결정된다.
일부 실시양태에서, 목적하는 분배 특징을 갖는 시험 화합물 또는 그의 부분을 식별하는 것은 표적 응축물의 임의의 부분과 회합된, 예컨대 표적 응축물의 외면, 표면, 및/또는 코어와 회합된 시험 화합물 또는 그의 부분을 식별하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 목적하는 분배 특징은 개체에서 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징이다.
일부 실시양태에서, 본 발명은 질환의 치료를 필요로 하는 개체에서 질환을 치료하는데 유용한 시험 화합물을 식별하는 방법을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 (a) 질환과 연관된 표적 응축물을 식별하는 단계; 및 (b) 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계, 및 (c) 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는 시험 화합물 또는 그의 부분을 식별하는 단계를 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 질환과 연관된 표적 응축물을 식별하거나 또는 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 질환과 연관된 표적 응축물은 관련 기술분야에 공지되어 있다. 일부 실시양태에서, 방법은 질환과 연관된 표적 응축물을 수득하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 질환과 연관된 1종 이상의 표적 응축물을 식별하거나 또는 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 시험 화합물을 스크리닝하는 방법은 (a) 제2 화합물의 존재 하의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (b) 제2 화합물의 부재 하의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 제2 화합물의 존재 하의 시험 화합물의 분배 특징 및 제2 화합물의 부재 하의 시험 화합물의 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 제2 화합물의 존재 또는 부재 하의 시험 화합물의 분배 특징의 변경을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 시험 화합물을 스크리닝하는 방법은 (a) 시험 화합물의 존재 하의 제2 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (b) 시험 화합물의 부재 하의 제2 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 시험 화합물의 존재 하의 제2 화합물의 분배 특징 및 시험 화합물의 부재 하의 제2 화합물의 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 제2 화합물의 분배 특징을 변경시키는 시험 화합물의 능력을 결정하는 것을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 후보 화합물, 예컨대 1종 이상의 후보 화합물의 분배 특징이 본원에 기재된 방법에 따라 결정된다. 일부 실시양태에서, 방법은 표적 응축물에 대한 복수 종의 후보 화합물의 분배 특징을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 복수 종의 후보 화합물은 적어도 약 임의의 2, 5, 10, 15, 50, 75, 100, 150, 200, 300, 400, 또는 500종의 후보 화합물이다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징은 시험관내에서 결정된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징은 세포성 시스템에서 결정된다. 일부 실시양태에서, 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징은 비-세포성 시스템, 예컨대 표적 응축물 또는 그의 구성요소를 포함하는 조성물에서 결정된다.
일부 실시양태에서, 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는 시험 화합물 또는 그의 부분을 식별하는 것은 표적 응축물의 임의의 부분과 회합된, 예컨대 표적 응축물의 외면, 표면, 및/또는 코어와 회합된 시험 화합물 또는 그의 부분을 식별하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 화합물, 예컨대 후보 화합물의 그룹으로부터의 화합물에 대해 식별, 결정, 설계, 및/또는 스크리닝하는 것을 포함하는 본원에 개시된 방법은 화합물의 추가의 파라미터에 기반하여 화합물을 평가하는 것을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 화합물을 식별하는 것은 화합물의 응축물-연관된 특징 및 1종 이상의 추가의 파라미터, 예컨대 분자량 및 제약 유용성을 평가하는 것, 예컨대 특징규명하거나 또는 결정하는 것에 기반한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 방법은 본원에 기재된 방법을 사용하여 식별, 설계, 및/또는 스크리닝된 화합물을 제조하는 것을 추가로 포함한다.
예시적 실시양태
제공되는 실시양태는 하기 중 하나이다:
실시양태 1. 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; 및 (b) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 2. 실시양태 1에 있어서, 단계 (a) 전에 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 3. 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 전구체 분자를 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 표적 응축물의 형성을 유발하여 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 수득하는 단계; 및 (c) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 4. 실시양태 1-3 중 어느 하나에 있어서, 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 5. 실시양태 4에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양이 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정되는 것인 방법.
실시양태 6. 실시양태 4 또는 5에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양의 비를 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 7. 실시양태 1-6 중 어느 하나에 있어서, 응축물외 용액으로부터 표적 응축물을 분리하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 8. 실시양태 1-7 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에 표적 응축물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 9. 실시양태 1-8 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물의 이상조절이 질환과 연관되는 것인 방법.
실시양태 10. 실시양태 1-9 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물에 포함된 1종 이상의 거대분자를 식별함으로써 표적 응축물을 특징규명하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 11. 실시양태 1-10 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물이 본질적으로 무질서한 서열을 포함하는 단백질을 포함하는 것인 방법.
실시양태 12. 실시양태 1-11 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물을 가시화하기 위해 표적 응축물을 표지하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 13. 실시양태 12에 있어서, 표적 응축물이 방사성 표지, 비색법 표지, 또는 형광 표지로 표지되는 것인 방법.
실시양태 14. 실시양태 1-13 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 세포를 포함하는 것인 방법.
실시양태 15. 실시양태 14에 있어서, 세포가 미생물 또는 동물 세포인 방법.
실시양태 16. 실시양태 14 또는 15에 있어서, 세포가 이상조절되는 것으로 결정된 응축물을 포함하는 것인 방법.
실시양태 17. 실시양태 14-16 중 어느 하나에 있어서, 세포가 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는 것인 방법.
실시양태 18. 실시양태 1-17 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물이 세포성 응축물인 방법.
실시양태 19. 실시양태 18에 있어서, 세포성 응축물이 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클인 방법.
실시양태 20. 실시양태 1-19 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물이 세포에 존재하는 것인 방법.
실시양태 21. 실시양태 1-20 중 어느 하나에 있어서, 응축물외 용액이 세포내액인 방법.
실시양태 22. 실시양태 21에 있어서, 세포내액이 시토졸 또는 뉴클레오졸인 방법.
실시양태 23. 실시양태 1-17 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물이 세포외 응축물인 방법.
실시양태 24. 실시양태 23에 있어서, 응축물외 용액이 세포외액인 방법.
실시양태 25. 실시양태 24에 있어서, 세포외액이 간질액인 방법.
실시양태 26. 실시양태 1-13 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 세포를 포함하지 않는 것인 방법.
실시양태 27. 실시양태 1-26 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 거대분자, 염, 및 완충제 중 1종 이상을 포함하는 것인 방법.
실시양태 28. 실시양태 1-27 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 2종 이상의 표적 응축물을 포함하는 것인 방법.
실시양태 29. 실시양태 1-28 중 어느 하나에 있어서, 방법이 1종 이상의 추가의 응축물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 포함하는 것인 방법.
실시양태 30. 실시양태 1-29 중 어느 하나에 있어서, 시험 화합물이 소분자, 폴리펩티드, 또는 핵산인 방법.
실시양태 31. 실시양태 1-30 중 어느 하나에 있어서, 시험 화합물이 시험 화합물 표지를 포함하는 것인 방법.
실시양태 32. 실시양태 31에 있어서, 시험 화합물 표지가 방사성 표지, 비색법 표지, 또는 형광 표지인 방법.
실시양태 33. 실시양태 31 또는 32에 있어서, 시험 화합물 표지가 형광 표지인 방법.
실시양태 34. 실시양태 31-33 중 어느 하나에 있어서, 시험 화합물의 양이 시험 화합물 표지를 검출함으로써 결정되는 것인 방법.
실시양태 35. 실시양태 1-34 중 어느 하나에 있어서, 시험 화합물의 양이 질량 분광측정법, 액체 크로마토그래피, 및/또는 자외선-가시선 분광광도측정법에 의해 결정되는 것인 방법.
실시양태 36. 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 실시양태 1-35 중 어느 하나의 방법을 수행하는 것을 포함하는 방법.
실시양태 37. 실시양태 36에 있어서, 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 38. 실시양태 37에 있어서, 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 39. 실시양태 38에 있어서, 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 40. 실시양태 39에 있어서, 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 41. 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (i) 시험 화합물을 사용하여 실시양태 1-35 중 어느 하나의 방법을 수행함으로써 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (ii) 참조 화합물을 사용하여 실시양태 1-35 중 어느 하나의 방법을 수행함으로써 참조 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (iii) (i) 및 (ii)에서 결정된 분배 특징의 비를 계산하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 42. 실시양태 41에 있어서, 시험 화합물이 시험 화합물 표지를 포함하는 것인 방법.
실시양태 43. 실시양태 42에 있어서, 참조 화합물이 시험 화합물 표지인 방법.
실시양태 44. 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (1) 실시양태 41-43 중 어느 하나의 방법을 수행하는 단계; 및 (2) 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 단계 (i) 및 (iii)을 반복하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 45. 실시양태 44에 있어서, 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 46. 실시양태 45에 있어서, 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 47. 실시양태 46에 있어서, 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 48. 실시양태 47에 있어서, 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 49. 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; (c) 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; 및 (d) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 양의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 50. 실시양태 49에 있어서, 단계 (a) 전에 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 51. 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 전구체 분자를 포함하는 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 단계; (b) 조성물에서 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물의 형성을 유발하는 단계; (c) 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; (d) 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하는 단계; 및 (e) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 양의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 52. 실시양태 49-51 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물 내 시험 화합물의 양이 제2 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정되는 것인 방법.
실시양태 53. 실시양태 49-52 중 어느 하나에 있어서, 조성물로부터 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 분리하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 54. 실시양태 49-53 중 어느 하나에 있어서, 제1 응축물 및/또는 제2 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 55. 실시양태 49-54 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물의 이상조절이 질환과 연관되는 것인 방법.
실시양태 56. 실시양태 49-55 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물에 포함된 1종 이상의 거대분자를 식별함으로써 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물을 특징규명하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 57. 실시양태 49-56 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물을 가시화하기 위해 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물을 표지하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 58. 실시양태 57에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 상이한 표지로 표지되는 것인 방법.
실시양태 59. 실시양태 57 또는 58에 있어서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물이 방사성 표지, 비색법 표지, 또는 형광 표지로 표지되는 것인 방법.
실시양태 60. 실시양태 49-56 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 세포를 포함하는 것인 방법.
실시양태 61. 실시양태 60에 있어서, 세포가 미생물 또는 동물 세포인 방법.
실시양태 62. 실시양태 60 또는 61에 있어서, 세포가 이상조절되는 것으로 결정된 응축물을 포함하는 것인 방법.
실시양태 63. 실시양태 60-62 중 어느 하나에 있어서, 세포가 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는 것인 방법.
실시양태 64. 실시양태 49-56 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물이 세포성 응축물인 방법.
실시양태 65. 실시양태 64에 있어서, 제1 표적 응축물이 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클인 방법.
실시양태 66. 실시양태 64 또는 65에 있어서, 제2 표적 응축물이 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클인 방법.
실시양태 67. 실시양태 49-66 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물이 세포에 존재하는 것인 방법.
실시양태 68. 실시양태 49-63 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물 및/또는 제2 표적 응축물이 세포외 응축물인 방법.
실시양태 69. 실시양태 49-59 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 세포를 포함하지 않는 것인 방법.
실시양태 70. 실시양태 49-69 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 거대분자, 염, 및 완충제 중 1종 이상을 포함하는 것인 방법.
실시양태 71. 실시양태 49-70 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 1종 이상의 추가의 표적 응축물을 포함하는 것인 방법.
실시양태 72. 실시양태 49-71 중 어느 하나에 있어서, 방법이 1종 이상의 추가의 표적 응축물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 포함하는 것인 방법.
실시양태 73. 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 실시양태 49-72 중 어느 하나의 방법을 수행하는 것을 포함하는 방법.
실시양태 74. 실시양태 73에 있어서, 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 75. 실시양태 74에 있어서, 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 76. 실시양태 75에 있어서, 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 77. 실시양태 76에 있어서, 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 78. 화합물을 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 실시양태 36의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 79. 화합물을 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 실시양태 44의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 80. 화합물을 응축물 내로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 실시양태 73의 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 81. 표적 응축물로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 실시양태 36의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 82. 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 실시양태 44의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 83. 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 실시양태 73의 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 84. 실시양태 81-83 중 어느 하나에 있어서, 화합물을 제조하는 것을 추가로 포함하는 방법.
실시양태 85. 목적하는 분배 특징에 대해 후보 화합물의 그룹으로부터 시험 화합물을 스크리닝하는 방법으로서, (a) 후보 화합물의 각각의 그룹의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (b) 목적하는 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
실시양태 86. 실시양태 85에 있어서, 후보 화합물의 각각의 그룹의 분배 특징이 시험관내에서 결정되는 것인 방법.
실시양태 87. 실시양태 85 또는 85에 있어서, 시험 화합물이 개체에서 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는 것인 방법.
실시양태 88. 질환의 치료를 필요로 하는 개체에서 질환을 치료하는데 유용한 시험 화합물을 식별하는 방법으로서, (a) 질환과 연관된 표적 응축물을 식별하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계, 및 (c) 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
추가의 예시적 실시양태
또한 제공되는 실시양태는 하기 중 하나이다:
E1. 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계; (b) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
E2. 실시양태 E1에 있어서, 단계 (a) 전에 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E3. 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물의 존재 하에 표적 응축물의 형성을 유발하여 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 수득하는 단계; 및 (b) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
E4. 실시양태 E3에 있어서, 단계 (a) 전에 시험 화합물 및 전구체 분자를 포함하는 전구체 조성물을 조합하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E5. 실시양태 E3에 있어서, 단계 (a) 전에 전구체 분자를 포함하는 전구체 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E6. 실시양태 E1-E5 중 어느 하나에 있어서, 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E7. 실시양태 E6에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양이 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정되는 것인 방법.
E8. 실시양태 E6 또는 E7에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양의 비를 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E9. 실시양태 E1-E8 중 어느 하나에 있어서, 응축물외 용액으로부터 표적 응축물을 분리하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E10. 실시양태 E1-E9 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에 표적 응축물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E11. 실시양태 E1-E10 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물의 이상조절이 질환과 연관되는 것인 방법.
E12. 실시양태 E1-E11 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물에 포함된 1종 이상의 거대분자를 식별함으로써 표적 응축물을 특징규명하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E13. 실시양태 E12에 있어서, 식별하는 것이 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양을 결정하는 것을 포함하는 것인 방법.
E14. 실시양태 E13에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양의 비를 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E15. 실시양태 E1-E14 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물이 본질적으로 무질서한 서열을 포함하는 단백질을 포함하는 것인 방법.
E16. 실시양태 E1-E15 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물을 가시화하기 위해 표적 응축물을 표지하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E17. 실시양태 E16에 있어서, 표적 응축물이 방사성 표지, 비색법 표지, 또는 형광 표지로 표지되는 것인 방법.
E18. 실시양태 E1-E17 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 세포를 포함하는 것인 방법.
E19. 실시양태 E18에 있어서, 세포가 미생물 또는 동물 세포인 방법.
E20. 실시양태 E18 또는 E19에 있어서, 세포가 이상조절되는 것으로 결정된 응축물을 포함하는 것인 방법.
E21. 실시양태 E18-E20 중 어느 하나에 있어서, 세포가 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는 것인 방법.
E22. 실시양태 E1-E21 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물이 세포성 응축물인 방법.
E23. 실시양태 E22에 있어서, 세포성 응축물이 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클인 방법.
E24. 실시양태 E1-E23 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물이 세포에 존재하는 것인 방법.
E25. 실시양태 E24에 있어서, 세포가 미생물 또는 동물 세포인 방법.
E26. 실시양태 E24 또는 E25에 있어서, 세포가 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는 것인 방법.
E27. 실시양태 E1-E26 중 어느 하나에 있어서, 응축물외 용액이 세포내액인 방법.
E28. 실시양태 E27에 있어서, 세포내액이 시토졸 또는 뉴클레오졸인 방법.
E29. 실시양태 E1-E21 중 어느 하나에 있어서, 표적 응축물이 세포에 존재하지 않는 것인 방법.
E30. 실시양태 E29에 있어서, 표적 응축물이 세포외 응축물인 방법.
E31. 실시양태 E1-E22 또는 E29-E30 중 어느 하나에 있어서, 응축물외 용액이 세포외액인 방법.
E32. 실시양태 E31에 있어서, 세포외액이 간질액인 방법.
E33. 실시양태 E1-E17 중 어느 하나에 있어서, 방법이 무세포 검정 방법인 방법.
E34. 실시양태 E1-E33 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 거대분자, 염, 및 완충제 중 1종 이상을 포함하는 것인 방법.
E35. 실시양태 E1-E34 중 어느 하나에 있어서, 조성물이 2종 이상의 표적 응축물을 포함하는 것인 방법.
E36. 실시양태 E1-E35 중 어느 하나에 있어서, 방법이 1종 이상의 추가의 응축물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 포함하는 것인 방법.
E37. 실시양태 E1-E36 중 어느 하나에 있어서, 시험 화합물이 소분자, 폴리펩티드, 또는 핵산인 방법.
E38. 실시양태 E1-E37 중 어느 하나에 있어서, 시험 화합물이 시험 화합물 표지를 포함하는 것인 방법.
E39. 실시양태 E38에 있어서, 시험 화합물 표지가 방사성 표지, 비색법 표지, 또는 형광 표지인 방법.
E40. 실시양태 E38 또는 E39에 있어서, 시험 화합물 표지가 형광 표지인 방법.
E41. 실시양태 E38-E40 중 어느 하나에 있어서, 시험 화합물의 양이 시험 화합물 표지를 검출함으로써 결정되는 것인 방법.
E42. 실시양태 E1-E41 중 어느 하나에 있어서, 시험 화합물의 양이 질량 분광측정법, 액체 크로마토그래피, 및/또는 자외선-가시선 분광광도측정법에 의해 결정되는 것인 방법.
E43. 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 실시양태 E1-E42 중 어느 하나의 방법을 수행하는 것을 포함하는 방법.
E44. 실시양태 E43에 있어서, 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E45. 실시양태 E44에 있어서, 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E46. 실시양태 E45에 있어서, 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E47. 실시양태 E46에 있어서, 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E48. 실시양태 E46 또는 E47에 있어서, 식별된 특징을 포함하지 않는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E49. 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (i) 시험 화합물을 사용하여 실시양태 E1-E42 중 어느 하나의 방법을 수행함으로써 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (ii) 참조 화합물을 사용하여 실시양태 E1-E42 중 어느 하나의 방법을 수행함으로써 참조 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (iii) (i) 및 (ii)에서 결정된 분배 특징의 비를 계산하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
E50. 실시양태 E49에 있어서, 시험 화합물이 시험 화합물 표지를 포함하는 것인 방법.
E51. 실시양태 E50에 있어서, 참조 화합물이 시험 화합물 표지인 방법.
E52. 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (1) 실시양태 E49-E51 중 어느 하나의 방법을 수행하는 단계; 및 (2) 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 단계 (i) 및 (iii)을 반복하는 단계를 포함하는 방법.
E53. 실시양태 E52에 있어서, 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E54. 실시양태 E53에 있어서, 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E55. 실시양태 E54에 있어서, 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E56. 실시양태 E55에 있어서, 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E57. 실시양태 E55 또는 E56에 있어서, 식별된 특징을 포함하지 않는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E58. 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 실시양태 E1-E42 중 어느 하나의 방법을 사용하여 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 실시양태 E1-E42 중 어느 하나의 방법을 사용하여 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (c) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 분배 특징의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
E59. 실시양태 E58에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 동일한 조성물에 존재하는 것인 방법.
E60. 실시양태 E58에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 상이한 조성물에 존재하는 것인 방법.
E61. 실시양태 E58-E60 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징이 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정되는 것인 방법.
E62. 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, (a) 실시양태 E49-E51 중 어느 하나의 방법을 사용하여 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 실시양태 E49-E51 중 어느 하나의 방법을 사용하여 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (c) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 분배 특징의 비를 계산하며, 그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
E63. 실시양태 E62에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 동일한 조성물에 존재하는 것인 방법.
E64. 실시양태 E62에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 상이한 조성물에 존재하는 것인 방법.
E65. 실시양태 E62-E64 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징이 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정되는 것인 방법.
E66. 실시양태 E58-E65 중 어느 하나에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 가시화하기 위해 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 표지하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E67. 실시양태 E66에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 상이한 표지로 표지되는 것인 방법.
E68. 실시양태 E58-E67 중 어느 하나에 있어서, 방법이 1종 이상의 추가의 표적 응축물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 포함하는 것인 방법.
E69. 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 실시양태 E58-E68 중 어느 하나의 방법을 수행하는 것을 포함하는 방법.
E70. 실시양태 E69에 있어서, 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E71. 실시양태 E70에 있어서, 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E72. 실시양태 E71에 있어서, 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E73. 실시양태 E72에 있어서, 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E74. 실시양태 E72 또는 E73에 있어서, 식별된 특징을 포함하지 않는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E75. 화합물을 응축물 내로 또는 밖으로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 실시양태 E43의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
E76. 화합물을 응축물 내로 또는 밖으로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 실시양태 E52의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
E77. 화합물을 응축물 내로 또는 밖으로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법으로서, (a) 실시양태 E69의 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및 (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
E78. 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 실시양태 E43의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) (i) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하거나; 또는 (ii) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하며, 그에 의해 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법.
E79. 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 실시양태 E52의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; (b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계; (c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) (i) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하거나; 또는 (ii) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하며, 그에 의해 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법.
E80. 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 방법으로서, (a) 실시양태 E69의 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계; (b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계; (c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; (d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및 (e) (i) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하거나; 또는 (ii) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하며, 그에 의해 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 단계를 포함하는 방법.
E81. 실시양태 E78-E80 중 어느 하나에 있어서, 화합물을 제조하는 것을 추가로 포함하는 방법.
E82. 목적하는 분배 특징에 대해 후보 화합물의 그룹으로부터 시험 화합물을 스크리닝하는 방법으로서, (a) 후보 화합물의 각각의 그룹의 분배 특징을 결정하는 단계; 및 (b) 목적하는 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
E83. 실시양태 E82에 있어서, 후보 화합물의 각각의 그룹의 분배 특징이 시험관내에서 결정되는 것인 방법.
E84. 실시양태 E82 또는 E83에 있어서, 시험 화합물이 개체에서 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는 것인 방법.
E85. 질환의 치료를 필요로 하는 개체에서 질환을 치료하는데 유용한 시험 화합물을 식별하는 방법으로서, (a) 질환과 연관된 표적 응축물을 식별하는 단계; 및 (b) 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계, 및 (c) 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계를 포함하는 방법.
E86. 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, (a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계; (b) 참조 대조군을 수득하는 단계; (c) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; (d) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; 및 (e) 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 MS 신호를 비교하며, 그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
E87. E86에 있어서, 조성물과 조합되는 시험 화합물의 양이 100 nM 이하이고, 표적 응축물을 포함한, 조성물에서의 전구체 분자의 양이 약 5 μM인 방법.
E88. 복수 종의 화합물을 포함하며, 여기서 복수 종의 화합물의 각각의 화합물이 목적하는 분배 특징을 갖는 특징을 포함하는 동일한 모이어티를 포함하는 것인 라이브러리.
E89. 목적하는 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 설계하는 방법으로서, 모이어티를 화합물에 부착시킴으로써 시험 화합물의 전구체를 변형시키는 것을 포함하며, 여기서 모이어티는 목적하는 분배 특징을 갖는 특징을 포함하는 것인 방법.
관련 기술분야의 통상의 기술자라면 본 출원의 개시내용의 범주 및 취지 내에서 여러 실시양태가 가능하다는 것을 인식할 것이다. 본 개시내용은 하기 실시예에 의해 추가로 예시되며, 이는 범주 또는 취지에 있어서 본 개시내용을 본원에 기재된 구체적 절차로 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다.
실시예
실시예 1
용액-기반 응축물에서의 1종 이상의 화합물의 특징규명
응축물을 용액에서 형성한다. 예를 들어, 고농도의 염 및 응축물을 형성할 수 있는 고농도의 1종 이상의 단백질을 포함하는 용액을 완충제로 희석하며, 이는 생리학적 염 조건을 모방한다.
대안적으로, 응축물을 형성할 수 있는 1종 이상의 단백질을 포함하는 용액을 완충제로 희석하고, 군집 작용제를 첨가한다. 하나의 구체적 실시양태에서, 응축물을 형성할 수 있는 단백질을 25 mM 트리스-HCl (pH 7.4), 150 mM KCl, 2.5% 글리세롤, 및 0.5 mM DTT를 함유하는 완충제 중에서 10% 덱스트란과 혼합한다.
시험 화합물을 응축물 형성 전에 또는 그 후에 용액에 첨가한다. 응축물 형성 후에 첨가하는 경우에는, 용액을 시험 화합물의 분배가 가능하도록 인큐베이션한다.
응축물의 밀도가 전형적으로 주위 용액보다 더 크기 때문에, 응축물은 침강하게 된다. 일부 경우에, 응축물을 영상화한다. 예를 들어, 응축물에 농축되는 것으로 공지된 염료 또는 표지된 단백질을 사용하여 응축물을 가시화한다.
일부 경우에, 상청액 액체를 응축물로부터 제거한다. 일부 경우에, 상청액 액체를 분석하여 존재하는 화합물의 양을 결정한다.
응축물을 분석하여 존재하는 화합물의 양을 결정한다. 일부 경우에, 응축물 내 화합물 대 상청액 내 화합물의 비를 계산한다.
실시예 2
용액-기반 FUS 및 PGL-3 응축물에서의 염료 화합물의 특징규명
다양한 예시적인 시험 화합물을 예시적인 방법을 사용하여 검정함으로써 분배 특징, 상대적 분배 특징, 및 응축물 선호도 프로파일을 결정하였다. 본 실시예를 위해 사용된 예시적인 시험 화합물은 염료이지만; 그러나 시험 화합물이 염료로 제한되지는 않는다. 전체 절차를 서로 다른 날에 서로 다른 순서로 두 독립적 실험으로 2회 수행하였다.
샘플 제조
모든 염료-스톡을 100% DMSO 중 1 mM 용액으로서 보관하였다. 사용된 염료는 표 1에 제시되어 있다. 염료를 희석 완충제 (DB: 14.7 mM 트리스, pH 7.25, 1 mM DTT)에 용해시켜 1.1765% DMSO 중 11.765 μM 염료를 수득하였다. 17 μl의 염료를 384 웰 비-결합 플레이트 (그라이너(Greiner))에 분배하였다.
표 1. 검정된 염료.
SNAP-태그부착된 FUS 단백질 또는 태그부착되지 않은 PGL-3 단백질을 적어도 10 min 동안 실온에서 해동시키고, 완충제를 분배 완충제 (PB: 50 mM 트리스 pH 7.25, 500 mM KCl, 5% 글리세롤, 및 1 mM DTT)로 교체하였다. 이어서, 단백질을 PB 중 33.3 μM로 희석하였다. 3 μl의 단백질 용액을 75 mM KCl, 0.75% 글리세롤, 20 mM 트리스, 1 mM DTT, 및 1% DMSO 중 5 μM 단백질 및 10 μM 염료의 20 μl 또는 무염료 대조군 반응을 위해서는 75 mM KCl, 0.75% 글리세롤, 20 mM 트리스, 1 mM DTT 중 5 μM 단백질의 20 μl를 수득하도록 384 웰 플레이트에 첨가하여 상 분리를 개시하였다.
영상화
회전 디스크 공초점 현미경을 사용하여 샘플의 영상을 수집하였다. 60x 오일 고-NA 대물 렌즈를 사용하여 응축물 액적을 포착하였다. 레이저 출력은 20%로 설정하였고, 노출 시간은 각각의 염료에 대해 특정한 형광 방출 강도에 따라 조정하였다. 노출 시간은 1-1000 ms의 범위였다. 각각의 염료의 여기 및 방출 스펙트럼에 매칭되는, 적절한 필터 설정을 사용하였다. 각각의 염료를 위해 사용된 채널은 표 1에 제시되어 있다. 웰당 3개의 영상을 촬영하였다. 예시적인 영상이 도 1에 제시되어 있다. 염료의 부재 하에서의 단백질 액적의 배경 신호는 모든 적용된 영상화 조건에 대해 기록되었다.
영상 및 데이터 분석
영상 분석 소프트웨어 Fiji를 사용하여 수동으로 영상마다 하나의 예시적인 표적 응축물 내부에서 (강도 내부, I-내부) 및 예시적인 표적 응축물에 인접한 영역에서 (강도 외부, I-외부) 형광 강도를 측정하였다. 측정된 영역을 나타내는 예가 도 2a에 제시되어 있다. 각각의 실험에서 각각의 염료에 대해 총 3개의 I-내부 및 3개의 I-외부 값을 측정하였고, 이를 평균하였다. 하루의 실험에서 FUS-SNAP 응축물에 대해 측정된 I-내부 및 I-외부 값이 각각 표 2 및 표 3에 제시되어 있다. 하루의 실험에서 PGL-3 응축물에 대해 측정된 I-내부 및 I-외부 값이 각각 표 4 및 표 5에 제시되어 있다. 모든 값은 동일한 현미경 조건으로 촬영된 배경 영상 (무염료 대조군)에 기반하여 배경 보정되었다. 예시적인 배경 영상이 도 2b에 제시되어 있으며, 측정된 I-내부 또는 I-외부 배경 측정치가 표 3-5에 제시되어 있다.
표 2. FUS-SNAP 응축물 내부에서의 염료의 측정치.
표 3. FUS-SNAP 응축물 외부에서의 염료의 측정치.
표 4. PGL-3 응축물 내부에서의 염료의 측정치.
표 5. PGL-3 응축물 외부에서의 염료의 측정치.
표적 응축물 내에서 및 표적 응축물의 외부에서 측정된 평균 강도의 비를 I-내부를 I-외부로 나누어 계산하였으며, 하지만 I-외부를 I-내부로 나누는 것 또한 사용될 수 있었다. 이어서, 2회의 서로 다른 날의 실험으로부터 결정된 I-내부:I-외부 비를 평균하였다. 개별 날 및 평균한 I-내부:I-외부 비가 표 6에 제시되어 있다. FUS-SNAP 응축물에 대한 평균 I-내부:I-외부 비가 도 3에 제시되어 있고, PGL-3 응축물에 대한 평균 I-내부:I-외부 비가 도 4에 제시되어 있다. 두 실험 간의 표준 편차는 도 3 및 도 4에서 오차 막대로 표시된다.
FUS-SNAP I-내부:I-외부 대 PGL-3 I-내부:I-외부의 비를 또한 계산하였고, 이는 표 6 및 도 5에 제시되어 있다.
표 6. 염료 강도의 계산된 비.
N/A: 염료의 낮은 신호로 인해 오차가 너무 크기 때문에, 적용가능하지 않음.
시험된 모든 화합물은 PGL-3에 의해 형성된 응축물보다 FUS-SNAP 응축물 내로 우선적으로 분배되는 것으로 보인다. 화합물 #1 (DAPI), #11 (플루오레세인-12-UTP), #16 (로다민 B), #17 (로다민 101 내부 염) 및 #18 (로다민 800)은 FUS-SNAP 응축물에 대해 4 이상의 I-내부:I-외부 비를 갖는다. 화합물 #11, #16, #17, 및 #18은 3 이상의 비로, PGL-3과 비교하여 FUS-SNAP 응축물에 우선적으로 분배된다.
실시예 3
FUS 응축물에서의 분배된 화합물 및 FUS의 공동-국재화
실시예 2에서 응축물 내로 분배된 화합물이 FUS를 함유하는 응축물 내로 분배되었는지를 확증하기 위해, 9.3의 평균 I-내부:I-외부 비를 갖는 염료 #18 (로다민 800)을 추가로 평가하였다.
샘플 제조
FUS-GFP 응축물을 염료 18을 사용하여 실시예 2에서 FUS-SNAP에 대해 기재된 바와 같이 제조하였다.
영상화
회전 디스크 공초점 현미경을 사용하여 샘플의 영상을 수집하였다. 60x 오일 고-NA 대물 렌즈를 사용하여 응축물 액적을 포착하였다. 레이저 출력은 20%로 설정하였고, 노출 시간은 각각의 염료에 대해 특정한 형광 방출 강도에 따라 조정하였다. 노출 시간은 1-1000 ms의 범위였다. 염료 및 GFP의 여기 및 방출 스펙트럼에 매칭되는, 적절한 필터 설정을 사용하였다. 염료 없이 FUS-GFP를 함유하는 응축물의 대조군 영상을 촬영하였다.
결과
이와 같이 얻어진 영상이 도 6에 제시되어 있다. GFP-표지된 FUS가 염료의 존재 또는 부재 하에 응축물에서 검출되었다. 염료 18도 응축물에서 검출되었으며, FUS 단백질 및 염료는 응축물에 공동-국재화되어 있었다. 무염료 대조군의 경우에는, 로다민 800 채널을 사용하여 영상을 수집하였을 때 응축물에서 형광이 검출되지 않았다.
실시예 4
질량 분광측정법 검정을 사용하는 일련의 화합물의 분배 특징의 결정
질량 분광측정법-기반 방법을 전개하여 예시적인 시험 화합물의 분배 특징을 측정하였다. 질량 분광측정법-기반 방법으로부터의 측정치를 실시예 2에 개시된 형광-기반 검정을 사용하여 획득된 측정치와 비교하였다.
방법
단백질 완충제를 제조하였다 (50 mM 트리스, pH 7.25, 500 mM KCl, 1 mM DTT, 및 5% 글리세롤). 단백질 완충제의 높은 염 농도는 그에 함유된 거대분자, 예를 들어, 단백질의 상 분리를 방지한다. 70 μM FUS-SNAP 단백질 스톡 용액의 20 μl의 분취물을 단백질 완충제로 제조하였다. FUS-SNAP 단백질 스톡 용액의 분취물을 사용 전에 냉동 보관하였다. 희석 완충제를 제조하였다 (14.7 mM 트리스, pH 7.25, 및 1 mM DTT).
70 μM FUS-SNAP 단백질 스톡 용액의 분취물을 약 10분 동안 실온에서 해동시켰다. 단백질 스톡 용액의 분취물은 가시적인 침전물 없이 투명해 보였다. 해동된 단백질 스톡 용액을 원심분리 필터 (밀리포어(Millipore), UFC30VV00)를 사용하여 여과하였다. 간략하게 설명하면, 단백질 스톡 용액의 분취물을 원심분리 필터에 첨가하고, 실온에서 20,000 rcf로 1분 동안 원심분리하였다. 관통물을 수집하였다. 관통물의 단백질 농도를 측정하였고, 여과된 관통물 및 희석 완충제를 희석함으로써 33.3 μM FUS-SNAP의 용액을 제조하였다.
PCR-튜브 또는 PCR-스트립 (8개 웰; 악시젠(AXYGEN)™ 8-스트립 PCR 튜브, 0.2mL) 내부에서 하기를 사용하여 40 μL의 시험 반응물을 제조하였다: (i) 주어진 농도에서의 시험 화합물 및 1%의 최종 DMSO 농도를 획득하기 위한 DMSO와 함께, 34 μL의 희석 완충제, 및 (ii) 6 μL의 33.3 μM FUS-SNAP 여과된 단백질 용액. 40 μL의 반응물의 최종 농도는 5 μM FUS-SNAP, 75 mM KCl, 20 mM 트리스, 0.75% 글리세롤, 1 mM DTT, 1% DMSO, 및 목적하는 시험 화합물 농도 (시험 화합물을 함유하는 반응물의 경우)였다.
40 μL의 참조 반응물을 시험 반응물에 대해 기재된 바와 같이 제조하나, 이 스테이지에서는 시험 화합물이 첨가되지 않았다.
시험 반응물 및 참조 반응물을 실온에서 15분 동안 인큐베이션하였다. 시험 반응물 내에서는, FUS-SNAP 단백질의 응축된 고밀도 액체 액적 (mM 농도의 단백질) (응축 상)이 FUS-SNAP 희석 상의 보다 덜 농축된 용액 (μM 농도의 단백질)의 환경에 존재할 것이라 예상된다. 시험 화합물은 외부 농도 감소 (희석 상 내 시험 화합물) 및 내부 농도 증가 (액적 내 시험 화합물)를 유발하면서, 응축 상 내로 분배될 수 있거나 또는 그렇지 않을 수도 있다. 고밀도 액체 액적의 부피는 반응물의 총 부피보다 적어도 1000배 더 적을 것이라 추정되며, 예를 들어, 20 μL의 반응물에서 응축 상은 20 nL일 것이라 추정된다.
15분의 인큐베이션 기간 이후에, 시험 반응물 및 참조 반응물을 프로세싱하여 상청액 (희석 상)으로부터 응축물 (고밀도 액체 액적)을 분리하였다. 간략하게 설명하면, 시험 반응물 및 참조 반응물을 20℃의 냉각된 원심분리기에서 10분 동안 10,000 rcf로 원심분리하였다. PCR-스트립을 사용하였을 경우에, 사용된 회전자는 에펜도르프(Eppendorf) F-45-48-5-PCR이었다. 각각의 튜브로부터 35 μL의 상청액을 제거하였고, 이를 응축물을 함유하는 펠릿이 훼손되지 않도록 주의하면서 새로운 튜브로 옮겼다.
참조 반응물의 경우에는, 최종 화합물 농도가 시험 반응물에서의 화합물의 초기 농도와 동일하도록, 기지의 양의 시험 화합물을 상청액 (이는 응축물과 회합되지 않은 단백질을 함유함)을 함유하는 튜브에 첨가하였다. 참조 반응물은 또한 시험 반응물의 상청액 내 단백질의 양을 측정하고, 획득된 정보에 기반하여 상청액 용액을 복제함으로써 형성될 수 있다. 참조 반응물로부터의 상청액에 첨가된 기지의 양의 화합물은 시험 반응물의 질량 분광측정법 신호를 보정하는데 사용되었다.
추가적으로, 형성된 응축물 내 화합물의 양을 직접 측정하기 위해 시험 반응물로부터 화합물을 추출하였다. 소정의 양의 시험 화합물을 포함하는 상청액을 응축된 단백질을 포함하는 펠릿으로부터 분리하였다. 간략하게 설명하면, 각각의 PCR 튜브의 뚜껑을 가위로 제거하고, 각각의 PCR 튜브를 1.5 mL 에펜도르프 튜브에 거꾸로 위치시켰다. 이어서, 튜브를 표준 테이블탑 원심분리기에서 5초 동안 2,000 rcf로 원심분리하였다. PCR-스트립을 사용하였을 경우에는, PCR-스트립을 에펜도르프 마이크로플레이트 96/V-PP (Cat# 951040188)에 거꾸로 플러깅하고, 1분 동안 4,500 rcf로 원심분리하였다. 후속적으로, 화합물을 ACN:MeOH (1:1)의 용액을 사용하여 각각의 펠릿으로부터 단리하였다. 샘플은 필요에 따라 초음파처리될 수 있다.
시험 반응물 및 참조 반응물로부터 생성된 샘플을 질량 분광측정법에 의해 분석하였다. 관련 상청액 시험 반응물과 참조 반응물 간의 상응하는 MS 신호의 적분의 비는 형성된 응축물 내로의 분배로 인한 시험 화합물의 고갈을 반영하였다.
시험 화합물의 분배 특징을 또한 실시예 2에 개시된 형광-기반 검정 방법을 사용하여 결정하였다.
결과
로다민 101 (Rho 101), 로다민 800 (Rho 808), 로다민 B (Rho B), 로다민 123 (Rho 123), 및 플루오레세인을 상기 논의된 바와 같이, 형광-기반 검정 및 질량 분광측정법-기반 검정 둘 다를 사용하여 평가하였다. 도 7에 제시된 바와 같이, 두 시험 방법은 모든 시험된 화합물에 대해 잘 일치하는 분배 특징 측정치를 산출하였다. 측정치를 사용하여, 응축물과 회합되지 않은 화합물 농도 대비 응축물과 회합된 화합물 농도의 비를 각각의 화합물에 대해 계산하였다. 외부 상과 관련하여 1/1000의 응축물 부피 분율을 사용하였다. 결과가 표 7에 제공되어 있다.
표 8. 내부에서의 화합물 농도 대 외부에서의 화합물 농도의 비.
추가적으로, 펠릿화된 응축물 샘플을 프로세싱하여 그의 시험 화합물을 추출하고 정량화하였다. 결과는 응축물 내 시험 화합물의 양 및 상청액 내 시험 화합물의 양의 합계가 시험 반응물에 첨가된 시험 화합물의 총량과 일치한다는 것을 입증하였다 (데이터는 제공되지 않음).
본원에서 입증된 바와 같이, 질량 분광측정법-기반 검정은 화합물의 분배 특징을 정량적으로 결정하기 위한 강건한 고감도의 검정이다. 이 기술은 고처리량 스크린으로서 유용하다. 특정의 추가의 이점이 이러한 질량 분광측정법-기반 검정에서 실현된다. 예를 들어, 질량 분광측정법-기반 검정은 형광 화합물로 제한되지 않고, 가설이 필요 없는 기술이며 (즉, 시험 화합물의 정체를 검정 전에 알아야 할 필요가 없음), 액적 내부에서 발생할 수 있는 형광 소광에 의해 제한되지 않고, 실시예 5에서 입증되는 바와 같이 멀티플렉스화가 용이하게 가능하다.
실시예 5
본 실시예는 시험 반응물에 시험 화합물의 상이한 농도를 사용하는 것이 상청액 내 시험 화합물의 측정치에 미치는 영향을 평가한다.
시험 반응물 및 참조 대조군을 실시예 4에 기재된 바와 같이 제조하였다. 플루오레세인 (이는 FUS-응축물 내로 분배되지 않는 것으로 식별되었음) 및 로다민 101 (이는 FUS-응축물 내로 분배되는 것으로 식별되었음)을 별개의 시험 반응물 내 0.01μM, 0.1 μM, 1 μM, 및 10 μM에서 평가하였다.
결과
도 8에 제시된 바와 같이, 플루오레세인은 임의의 시험된 농도에서 FUS-응축물 내로 분배되지 않으며, 플루오레세인의 분배 특징은 농도에 독립적이다. 로다민 101은 보다 낮은 화합물 농도에서 FUS-응축물 내로 분배되는 것으로 관찰되었다 (도 8; 0.01μM 및 0.1 μM 참조). 데이터는 N=3회의 기술적 반복에서의 평균 ± SD를 나타낸다. 도 8에 예시된 바와 같이, 분배 특징의 검출 효율은 감소된 화합물 농도에서 개선된다. 시험 반응물에 첨가되는 시험 화합물의 양을 보다 적게 사용할수록, 응축물 내로 분배되는 화합물의 양이 적을 수 있기 때문에, 참조 대조군에 대비하여 상청액 화합물 농도에서의 약간의 변화도 검출할 수 있게 된다.
실시예 6
멀티플렉스화 질량 분광측정법 고갈 검정
본 실시예는 복수 종의 시험 화합물을 포함하는 시스템을 연구하기 위해 실시예 4에 개시된 질량 분광측정법-기반 검정을 사용하는 것을 입증한다.
방법
FUS-SNAP 단백질 반응물 및 참조 반응물을 실시예 4에 기재된 바와 같이 제조하였다. 시험 반응물을 위해, 플루오레세인 및 로다민 B를 포함한, 4종의 화합물 세트를 사용하여 0.01 μM, 0.1 μM, 및 1 μM의 농도로 단일 화합물을 갖는 시험 반응물, 및 4종의 화합물 모두의 혼합물을 갖는 시험 반응물을 생성하였다. 모든 샘플을 삼중으로 제조하였다. 모든 샘플을 실시예 4에 기재된 질량 분광측정법-기반 검정을 사용하여 분석하였다.
결과
도 9a에 제시된 바와 같이, 단일 화합물 시험 반응물에 대해 FUS-SNAP 응축물의 외부에서 측정된 플루오레세인의 분율은 4종의 화합물의 혼합물의 존재 하에 FUS-SNAP 응축물의 외부에서 측정된 플루오레세인의 분율과 일치하였다. 도 9b에 제시된 바와 같이, 단일 화합물 시험 반응물에 대해 FUS-SNAP 응축물의 외부에서 측정된 로다민 B (Rho B)의 분율은 4종의 화합물의 혼합물의 존재 하에 FUS-SNAP 응축물의 외부에서 측정된 로다민 B의 분율과 일치하였다. 이는 질량 분광측정법-기반 기술이, 예를 들어, 보다 고처리량 및/또는 보다 복합적인 시스템의 연구를 가능하게 하는 멀티플렉스화 검정을 위해서도 사용될 수 있음을 입증한다.
실시예 7
질량 분광측정법-기반 검정을 사용하는 멀티플렉스화
본 실시예는 복수 종의 시험 화합물을 포함하는 시스템을 연구하기 위해 실시예 4에 개시된 질량 분광측정법-기반 검정을 사용하는 것을 추가로 입증한다.
방법
FUS-SNAP 단백질 반응물 및 참조 반응물을 실시예 4에 기재된 바와 같이 제조하였다. 시험 반응물을 위해, 플루오레세인 및 로다민 101을 개별적으로 검정하였고, 3세트의 풀링된 화합물을 또한 검정하였다. 제1 풀은 10종의 화합물을 갖고 (그리고 플루오레세인을 포함함), 제2 풀은 15종의 화합물을 갖고 (그리고 플루오레세인 및 로다민 101을 포함함), 제3 풀은 20종의 화합물을 가졌다 (그리고 플루오레세인 및 로다민 101을 포함함). 모든 샘플을 삼중으로 제조하고 검정하였다. 모든 샘플을 실시예 4에 기재된 질량 분광측정법-기반 검정을 사용하여 분석하였다.
결과
도 10에 제시된 바와 같이, 예를 들어, 응축물의 존재로 인한 상청액에서의 시험 화합물의 고갈을 측정하는 기재된 검정은 화합물 풀 크기와 상관없이 개별 화합물의 분배 특징을 측정할 수 있다. 이들 결과는 화합물이 대량의 풀 크기로 혼합될 수 있으며, 측정치가 개별적으로 평가된 단일 화합물 분배 특징 측정치와 여전히 비슷하도록 한다는 것을 입증한다. 따라서, 본원에 기재된 질량 분광측정법-기반 검정은 고처리량 스크리닝을 가능하게 한다.
Claims (89)
- 하기 단계를 포함하는, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법:
(a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계;
(b) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며,
그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계. - 제1항에 있어서, 단계 (a) 전에 표적 응축물의 형성을 유발하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 하기 단계를 포함하는, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법:
(a) 시험 화합물의 존재 하에 표적 응축물의 형성을 유발하여 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 수득하는 단계; 및
(b) 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하며,
그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계. - 제3항에 있어서, 단계 (a) 전에 시험 화합물 및 전구체 분자를 포함하는 전구체 조성물을 조합하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제3항에 있어서, 단계 (a) 전에 전구체 분자를 포함하는 전구체 조성물에 시험 화합물을 첨가하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제6항에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양이 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정되는 것인 방법.
- 제6항 또는 제7항에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 응축물외 용액 내 시험 화합물의 양의 비를 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 응축물외 용액으로부터 표적 응축물을 분리하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양을 결정하기 전에 표적 응축물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 응축물의 이상조절이 질환과 연관되는 것인 방법.
- 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 응축물에 포함된 1종 이상의 거대분자를 식별함으로써 표적 응축물을 특징규명하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제12항에 있어서, 식별하는 것이 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양을 결정하는 것을 포함하는 것인 방법.
- 제13항에 있어서, 표적 응축물 내 시험 화합물의 양 및 표적 응축물 내 1종 이상의 거대분자의 양의 비를 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 응축물이 본질적으로 무질서한 서열을 포함하는 단백질을 포함하는 것인 방법.
- 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 응축물을 가시화하기 위해 표적 응축물을 표지하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제16항에 있어서, 표적 응축물이 방사성 표지, 비색법 표지, 또는 형광 표지로 표지되는 것인 방법.
- 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 세포를 포함하는 것인 방법.
- 제18항에 있어서, 세포가 미생물 또는 동물 세포인 방법.
- 제18항 또는 제19항에 있어서, 세포가 이상조절되는 것으로 결정된 응축물을 포함하는 것인 방법.
- 제18항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 세포가 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는 것인 방법.
- 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 응축물이 세포성 응축물인 방법.
- 제22항에 있어서, 세포성 응축물이 절단 소체, P-과립, 히스톤 로커스 소체, 다소포체, 신경 RNA 과립, 핵 젬, 핵공, 핵 스펙클, 핵 스트레스 소체, 핵소체, Oct1/PTF/전사 (OPT) 도메인, 파라스펙클, 핵소체주위 구획, PML 핵체, PML 종양원성 도메인, 폴리콤 소체, 프로세싱 소체, Sam68 핵체, 스트레스 과립, 또는 스플라이싱 스펙클인 방법.
- 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 응축물이 세포에 존재하는 것인 방법.
- 제24항에 있어서, 세포가 미생물 또는 동물 세포인 방법.
- 제24항 또는 제25항에 있어서, 세포가 신경변성 또는 증식성 질환의 1종 이상의 특색을 갖는 것인 방법.
- 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 응축물외 용액이 세포내액인 방법.
- 제27항에 있어서, 세포내액이 시토졸 또는 뉴클레오졸인 방법.
- 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 표적 응축물이 세포에 존재하지 않는 것인 방법.
- 제29항에 있어서, 표적 응축물이 세포외 응축물인 방법.
- 제1항 내지 제22항, 제29항 및 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 응축물외 용액이 세포외액인 방법.
- 제31항에 있어서, 세포외액이 간질액인 방법.
- 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 방법이 무세포 검정 방법인 방법.
- 제1항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 거대분자, 염, 및 완충제 중 1종 이상을 포함하는 것인 방법.
- 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 2종 이상의 표적 응축물을 포함하는 것인 방법.
- 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 방법이 1종 이상의 추가의 응축물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 포함하는 것인 방법.
- 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 시험 화합물이 소분자, 폴리펩티드, 또는 핵산인 방법.
- 제1항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 시험 화합물이 시험 화합물 표지를 포함하는 것인 방법.
- 제38항에 있어서, 시험 화합물 표지가 방사성 표지, 비색법 표지, 또는 형광 표지인 방법.
- 제38항 또는 제39항에 있어서, 시험 화합물 표지가 형광 표지인 방법.
- 제38항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 시험 화합물의 양이 시험 화합물 표지를 검출함으로써 결정되는 것인 방법.
- 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 시험 화합물의 양이 질량 분광측정법, 액체 크로마토그래피, 및/또는 자외선-가시선 분광광도측정법에 의해 결정되는 것인 방법.
- 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항의 방법을 수행하는 것을 포함하는 방법.
- 제43항에 있어서, 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제44항에 있어서, 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제45항에 있어서, 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제46항에 있어서, 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제46항 또는 제47항에 있어서, 식별된 특징을 포함하지 않는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 하기 단계를 포함하는, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법:
(i) 시험 화합물을 사용하여 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항의 방법을 수행함으로써 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계;
(ii) 참조 화합물을 사용하여 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항의 방법을 수행함으로써 참조 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및
(iii) (i) 및 (ii)에서 결정된 분배 특징의 비를 계산하며,
그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계. - 제49항에 있어서, 시험 화합물이 시험 화합물 표지를 포함하는 것인 방법.
- 제50항에 있어서, 참조 화합물이 시험 화합물 표지인 방법.
- 하기 단계를 포함하는, 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 방법:
(1) 제49항 내지 제51항 중 어느 한 항의 방법을 수행하는 단계; 및
(2) 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 단계 (i) 및 (iii)을 반복하는 단계. - 제52항에 있어서, 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제53항에 있어서, 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제54항에 있어서, 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제55항에 있어서, 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제55항 또는 제56항에 있어서, 식별된 특징을 포함하지 않는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 표적 응축물에서의 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 하기 단계를 포함하는, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법:
(a) 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항의 방법을 사용하여 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계;
(b) 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항의 방법을 사용하여 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계; 및
(c) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 분배 특징의 비를 계산하며,
그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계. - 제58항에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 동일한 조성물에 존재하는 것인 방법.
- 제58항에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 상이한 조성물에 존재하는 것인 방법.
- 제58항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징이 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정되는 것인 방법.
- 하기 단계를 포함하는, 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법:
(a) 제49항 내지 제51항 중 어느 한 항의 방법을 사용하여 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계;
(b) 제49항 내지 제51항 중 어느 한 항의 방법을 사용하여 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계; 및
(c) 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물에서 결정된 시험 화합물의 분배 특징의 비를 계산하며,
그에 의해 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계. - 제62항에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 동일한 조성물에 존재하는 것인 방법.
- 제62항에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 상이한 조성물에 존재하는 것인 방법.
- 제62항 내지 제64항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징이 제2 표적 응축물에서의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하기 전에, 그와 동시에, 또는 그 후에 결정되는 것인 방법.
- 제58항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 가시화하기 위해 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물을 표지하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제66항에 있어서, 제1 표적 응축물 및 제2 표적 응축물이 상이한 표지로 표지되는 것인 방법.
- 제58항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 방법이 1종 이상의 추가의 표적 응축물에 대해 방법의 단계들을 반복하는 것을 포함하는 것인 방법.
- 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 방법으로서, 복수 종의 시험 화합물을 사용하여 제58항 내지 제68항 중 어느 한 항의 방법을 수행하는 것을 포함하는 방법.
- 제69항에 있어서, 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제70항에 있어서, 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제71항에 있어서, 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제72항에 있어서, 식별된 특징을 포함하는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 제72항 또는 제73항에 있어서, 식별된 특징을 포함하지 않는 1종 이상의 추가의 시험 화합물에 대한 상대적 분배 특징을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 하기 단계를 포함하는, 화합물을 응축물 내로 또는 밖으로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법:
(a) 제43항의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계;
(b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계;
(c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및
(d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계. - 하기 단계를 포함하는, 화합물을 응축물 내로 또는 밖으로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법:
(a) 제52항의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계;
(b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계;
(c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및
(d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계. - 하기 단계를 포함하는, 화합물을 응축물 내로 또는 밖으로 분배하는 것과 연관된 화합물 특징을 식별하는 방법:
(a) 제69항의 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계;
(b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계;
(c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계; 및
(d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계. - 하기 단계를 포함하는, 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법:
(a) 제43항의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계;
(b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 분배 특징을 비교하는 단계;
(c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계;
(d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및
(e) (i) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하거나; 또는
(ii) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하며,
그에 의해 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 단계. - 하기 단계를 포함하는, 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 방법:
(a) 제52항의 방법을 수행함으로써 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 상대적 분배 특징을 결정하는 단계;
(b) 표적 응축물에서의 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 상대적 분배 특징을 비교하는 단계;
(c) 표적 응축물에서의 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계;
(d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 상대적 분배 특징 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및
(e) (i) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하거나; 또는
(ii) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하며,
그에 의해 표적 응축물 내로의 또는 밖으로의 목적하는 상대적 분배 특징을 갖는 화합물을 설계하는 단계. - 하기 단계를 포함하는, 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 방법:
(a) 제69항의 방법을 수행함으로써 복수 종의 시험 화합물의 응축물 선호도 프로파일을 결정하는 단계;
(b) 복수 종의 시험 화합물의 하위세트의 또는 전부의 응축물 선호도 프로파일을 비교하는 단계;
(c) 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계;
(d) 식별된 시험 화합물의 하위세트 또는 전부가 동일하거나 또는 유사한 응축물 선호도 프로파일 이외에 공통적으로 갖는 특징을 식별하는 단계; 및
(e) (i) 식별된 특징을 포함하는 화합물을 설계하거나; 또는
(ii) 식별된 특징을 포함하지 않는 화합물을 설계하며,
그에 의해 목적하는 응축물 선호도 프로파일을 갖는 화합물을 설계하는 단계. - 제78항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 화합물을 제조하는 것을 추가로 포함하는 방법.
- 하기 단계를 포함하는, 목적하는 분배 특징에 대해 후보 화합물의 그룹으로부터 시험 화합물을 스크리닝하는 방법:
(a) 후보 화합물의 각각의 그룹의 분배 특징을 결정하는 단계; 및
(b) 목적하는 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계. - 제82항에 있어서, 후보 화합물의 각각의 그룹의 분배 특징이 시험관내에서 결정되는 것인 방법.
- 제82항 또는 제83항에 있어서, 시험 화합물이 개체에서 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는 것인 방법.
- 하기 단계를 포함하는, 질환의 치료를 필요로 하는 개체에서 질환을 치료하는데 유용한 시험 화합물을 식별하는 방법:
(a) 질환과 연관된 표적 응축물을 식별하는 단계; 및
(b) 표적 응축물에서의 후보 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계, 및
(c) 질환을 치료하는데 유용하도록 하는 적합한 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 식별하는 단계. - 하기 단계를 포함하는, 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 방법:
(a) 시험 화합물, 및 표적 응축물 및 응축물외 용액을 포함하는 조성물을 조합하는 단계;
(b) 참조 대조군을 수득하는 단계;
(c) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 응축물외 용액 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계;
(d) 질량 분광측정법 기술을 사용하여, 참조 대조군 또는 그의 부분에서의 시험 화합물의 MS 신호를 측정하는 단계; 및
(e) 응축물외 용액으로부터의 시험 화합물의 MS 신호 및 참조 대조군으로부터의 시험 화합물의 MS 신호를 비교하며,
그에 의해 표적 응축물에서의 시험 화합물의 분배 특징을 결정하는 단계. - 제86항에 있어서, 조성물과 조합되는 시험 화합물의 양이 100 nM 이하이고, 표적 응축물을 포함한, 조성물에서의 전구체 분자의 양이 약 5 μM인 방법.
- 복수 종의 화합물을 포함하며, 여기서 복수 종의 화합물의 각각의 화합물이 목적하는 분배 특징을 갖는 특징을 포함하는 동일한 모이어티를 포함하는 것인 라이브러리.
- 목적하는 분배 특징을 갖는 시험 화합물을 설계하는 방법으로서, 모이어티를 화합물에 부착시킴으로써 시험 화합물의 전구체를 변형시키는 것을 포함하며, 여기서 모이어티는 목적하는 분배 특징을 갖는 특징을 포함하는 것인 방법.
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