KR20210024481A - 설계된 박테리아 조성물 및 이의 용도 - Google Patents

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아순시온 마르티네즈
에드워드 제이. 오브라이언
쉐리 린 시몬스
데이비드 쿡
메튜 알. 헨
크리스토퍼 비. 포드
디브야 바라슈브라마니안
엠바 피나
리양 디아오
메간 채피
마린 블릭
수몬 다타
라타 자야라만
마드후미타 난다쿠마르
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세레스 테라퓨틱스, 인코포레이티드
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Abstract

당소 고객인 Seres Therapeutics에서는 박테리아 조성물 및 염증성 대장 질환의 치료를 위한 이러한 조성물의 용도에 관한 신규 가출원을 제출하도록 우리에게 요청하였다.

Description

설계된 박테리아 조성물 및 이의 용도
EFS-WEB를 통해 전자 제출된 서열 목록에 대한 언급
본 출원과 함께 제출된 ASCII 텍스트 파일(명칭: 4268.016PC01_SequenceListing_ST25.txt; 크기: 836,765바이트; 및 생성일: 2019년 5월 24일)로 전자 제출된 서열 목록의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
개시 분야
본 개시는 위장관 마이크로바이옴의 미생물불균형(dysbiosis)과 연관된 것들(예컨대, 염증성 대장 질환(IBD), 예를 들어, 궤양성 결장염 및 특정한 암)과 같은 다양한 질환 및 장애의 치료 및/또는 방지를 위해 유용한 특정한 기능적 특징을 갖도록 설계된 박테리아 조성물에 관한 것이다.
건강한 장 미생물총은 개체의 전반적 웰빙을 위해 필수적이다. 따라서, 장 미생물총의 미생물불균형은 염증성 대장 질환(예컨대, 결장염), 자극성 대장 증후군, 셀리악병, 알러지, 천식, 대사 증후군, 심혈관 질환, 및 비만과 같은 여러 질환 및 장애의 발병기전에 연루되었다. 문헌[Carding, S. 등, Micro Ecol Health Dis 26 (2015)].
미생물불균형-관련 병태의 치료 방법에는 위장관(GI)에 미생물을 제공할 수 있는, 대변 마이크로바이옴 이식(FMT)이 포함되었다. 그러나, 대변 이식은 일반적으로 병원-내 절차를 필요로 하고 유해 사례를 도입할 수 있는, 안전성 및 코-십이지장-, 경-대장내시경-, 또는 관장-기반 방법과 같은 전달 방법에 관련된 것들을 포함하는, 여러 문제를 제시한다. FMT를 사용하는 치료는 이식을 위한 대변을 공여하는 개체 간 변동성으로 인해 내재적으로 일관되지 않을 가능성이 있다. FMT 방법은 또한 원천 물질에서 바이러스, 박테리아, 진균 및 원생생물을 포함하는, 병원성 유기체에 의한 감염 위험을 도입한다. 더욱이, 공여된 대변의 안정성 및 보관에 관련된, 예를 들어, 박테리아 종의 생존에 관련된 문제가 존재할 수 있다. 캡슐 중에 전달되는 대변 박테리아를 사용하는 일부 치료는 환자가 다수의 캡슐을 복용할 것을 필요로 하였으며, 이는 GI 질병을 가진 사람에 있어서 어려울 수 있고 전체 치료에 대한 순응성을 감소시킬 수 있다.
따라서, 충분히 복잡하고 미생물불균형 또는 미생물불균형-관련 병태의 치료를 위해 유용한 핵심적인 기능적 특징을 나타낼 수 있는 배양된 박테리아를 함유하는 일관된 산물을 전달하는 조성물에 대한 필요성이 존재한다.
제1 정제된 박테리아 집단 및 제2 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물이 본원에서 제공되며, 제1 정제된 박테리아 집단은 서열번호 215, 서열번호 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 212, 서열번호 160, 서열번호 186, 서열번호 203, 서열번호 104, 서열번호 208, 서열번호 189, 서열번호 187, 서열번호 207, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 209, 서열번호 110, 서열번호 150, 서열번호 175, 서열번호 158, 서열번호 210, 또는 서열번호 106에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 선택된 하나 이상의 박테리아를 포함하고, 제2 정제된 박테리아 집단은 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
또한 제1 정제된 박테리아 집단 및 제2 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물이 본원에서 제공되며, 제1 박테리아 집단은 서열번호 118, 서열번호 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 또는 서열번호 137에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하며, 제2 정제된 박테리아 집단은 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
또한 제1 정제된 박테리아 집단 및 제2 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물이 본원에서 제공되며, 제1 박테리아 집단은 서열번호 117, 서열번호 137, 서열번호 111, 또는 서열번호 103에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하며, 제2 정제된 박테리아 집단은 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질을 생산할 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 특징은 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음; (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, 또는 (xi) 이의 임의의 조합으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 장기 접목체(engrafter) 및/또는 일시적 접목체를 포함한다. 특정 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함한다. 추가 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 2개, 3개 또는 초과의 일시적 접목체를 포함한다. 특정 구현예에서, 제1 정제된 박테리아 집단 및 제2 정제된 박테리아 집단의 조합은 3개 또는 초과의 일시적 접목체 및/또는 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함한다.
일부 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 트립토판 대사체를 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 이차 담즙산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 항염증성 활성을 가질 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 특정 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 친염증성 활성을 유도할 수 없는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 단쇄 지방산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 중쇄 지방산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 제2 정제된 박테리아 집단은 HDAC를 억제할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
또한 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물이 본원에서 제공되며, 조성물은 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 포함한다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 특징은 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음; (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, 또는 (xi) 이의 임의의 조합으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 조성물의 정제된 박테리아 집단은 서열번호 215, 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 212, 서열번호 160, 서열번호 186, 서열번호 104, 서열번호 208, 서열번호 189, 서열번호 187, 서열번호 207, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 209, 서열번호 110, 서열번호 159, 서열번호 175, 서열번호 158, 서열번호 210, 또는 서열번호 106에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 102, 서열번호 214, 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 216, 서열번호 217, 서열번호 218, 서열번호 219, 서열번호 220, 서열번호 221, 서열번호 222, 서열번호 223, 서열번호 224, 서열번호 225, 서열번호 226, 서열번호 227, 서열번호 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 109, 서열번호 138, 서열번호 139, 서열번호 140, 서열번호 141, 서열번호 142, 서열번호 143, 서열번호 144, 서열번호 145, 서열번호 146, 서열번호 147, 서열번호 192, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 107, 서열번호 137, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 133, 서열번호 193, 서열번호 194, 서열번호 195, 서열번호 196, 서열번호 197, 서열번호 126, 서열번호 127, 서열번호 103, 서열번호 108, 서열번호 124, 서열번호 165, 서열번호 136, 서열번호 125, 서열번호 111, 서열번호 164, 서열번호 205, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 162, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 105, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 170, 서열번호 171, 서열번호 172, 서열번호 173, 서열번호 174, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181, 서열번호 203, 또는 서열번호 213에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
2개 또는 초과의 박테리아를 포함하는, 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물이 본원에서 제공되며, 2개 또는 초과의 박테리아는 장기 접목체 및 일시적 접목체를 포함한다.
일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 하나 이상의 박테리아를 추가로 포함하며, 이는 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 갖는다.
일부 구현예에서, 하나 이상의 특징은 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음; (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, 또는 (xi) 이의 임의의 조합으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물은 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함한다. 특정 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개 또는 초과의 일시적 접목체를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 3개 또는 초과의 일시적 접목체 및/또는 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함한다.
일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 트립토판 대사체를 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 이차 담즙산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 특정 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 항염증성 활성을 가질 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 다른 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 친염증성 활성을 유도할 수 없는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 단쇄 지방산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 중쇄 지방산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 HDAC를 억제할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 트립토판 대사체는 인돌, 3-메틸 인돌, 인돌아크릴레이트, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다. 특정 구현예에서, 트립토판 대사체는 인돌이다. 특정 구현예에서, 트립토판 대사체는 3-메틸 인돌이다.
일부 구현예에서, 이차 담즙산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아는 7α-탈하이드록실라제 활성을 갖는다. 일부 구현예에서, 이차 담즙산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아는 담즙산 염 하이드롤라제(BSH) 활성을 갖는다. 특정 구현예에서, 본원에서 개시되는 조성물의 제1 정제된 박테리아 집단 및/또는 제2 정제된 박테리아 집단은 7β-하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제(7β-HSDH) 활성을 갖는 박테리아를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 이차 담즙산은 데옥시콜산(DCA), 3α 12-옥소-데옥시콜산, 3β 12α-데옥시콜산(3-이소데옥시콜산), 7α 3-옥소-케노데옥시콜산, 리토콜산(LCA), 3-옥소 LCA, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 항염증성 활성을 가질 수 있는 하나 이상의 박테리아는 (i) 단쇄 지방산을 생산할 수 있는 박테리아, (ii) 히스톤 탈아세틸라제(HDAC) 활성을 억제할 수 있는 박테리아, (iii) 시험관내 상피 세포에서 TNF-α-유도 IL-8 분비를 억제할 수 있는 박테리아, 또는 (iv) 이의 임의의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 친염증성 활성을 유도할 수 없는 하나 이상의 박테리아는 (i) 시험관내 상피 세포에서 IL-8 분비를 유도할 수 없는 박테리아 및/또는 (ii) 시험관내 톨-유사 수용체 4(TLR4) 및/또는 톨-유사 수용체 5(TLR5)를 활성화할 수 없는 박테리아를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 단쇄 지방산은 포르메이트, 아세테이트, 프로피오네이트, 부티레이트, 이소부트리에이트, 발레레이트, 이소발레레이트, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다. 특정 구현예에서, 단쇄 지방산은 프로피오네이트이다. 특정 구현예에서, 단쇄 지방산은 부티레이트이다. 일부 구현예에서, 중쇄 지방산은 헥사노에이트, 옥타노에이트, 데카노에이트, 도데카노에이트, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다. 특정 구현예에서, 중쇄 지방산은 헥사노에이트 또는 펜타노에이트이다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 조성물에 포함될 수 있는 장기 접목체는 표 5에 제공되는 장기 접목체의 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는다. 특정 구현예에서, 장기 접목체는 서열번호 161, 서열번호 211, 서열번호 185, 서열번호 208, 서열번호 203, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 206, 서열번호 159, 서열번호 182, 서열번호 183, 서열번호 135, 서열번호 165, 서열번호 209, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181, 또는 서열번호 189에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 일시적-접목체는 표 5에 제공되는 일시적 접목체의 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는다. 일부 구현예에서, 일시적 접목체는 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 103, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 118, 서열번호 163, 서열번호 133, 서열번호 192, 서열번호 134, 서열번호 137, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 또는 서열번호 175에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는다.
정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물이 본원에서 제공되며, 이는 서열번호 215, 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 212, 서열번호 160, 서열번호 186, 서열번호 104, 서열번호 208, 서열번호 189, 서열번호 187, 서열번호 207, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 209, 서열번호 110, 서열번호 159, 서열번호 175, 서열번호 158, 서열번호 210, 또는 서열번호 106에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 102, 서열번호 214, 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 216, 서열번호 217, 서열번호 218, 서열번호 219, 서열번호 220, 서열번호 221, 서열번호 222, 서열번호 223, 서열번호 224, 서열번호 225, 서열번호 226, 서열번호 227, 서열번호 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 109, 서열번호 138, 서열번호 139, 서열번호 140, 서열번호 141, 서열번호 142, 서열번호 143, 서열번호 144, 서열번호 145, 서열번호 146, 서열번호 147, 서열번호 192, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 107, 서열번호 137, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 133, 서열번호 193, 서열번호 194, 서열번호 195, 서열번호 196, 서열번호 197, 서열번호 126, 서열번호 127, 서열번호 103, 서열번호 108, 서열번호 124, 서열번호 165, 서열번호 136, 서열번호 125, 서열번호 111, 서열번호 164, 서열번호 205, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 162, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 105, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 170, 서열번호 171, 서열번호 172, 서열번호 173, 서열번호 174, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181, 서열번호 203, 또는 서열번호 213에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 추가로 포함한다.
(1) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 186, 서열번호 104, 서열번호 187; (2) 서열번호 186; (3) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 186, 서열번호 104, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 175; (4) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 186, 서열번호 203, 서열번호 104; (5) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 186, 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 175; (6) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 104; (7) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 104, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 175; (8) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 203, 서열번호 104; (9) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 175; (10) 서열번호 159, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211; (11) 서열번호 212, 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175, 서열번호 210; (12) 서열번호 212, 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175; (13) 서열번호 212, 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159; (14) 서열번호 212, 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159; (15) 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 211, 서열번호 175; (16) 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 175; (17) 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 175; (18) 서열번호 203, 서열번호 208, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175; (19) 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175; (20) 서열번호 203, 서열번호 208, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175; (21) 서열번호 203, 서열번호 208, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175; (22) 서열번호 203, 서열번호 208, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 21, 서열번호 209, 서열번호 159; (23) 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 209, 서열번호 159; (24) 서열번호 215, 서열번호 160, 서열번호 158, 서열번호 106; 및 (25) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물이 본원에서 개시된다.
일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 (1) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 216, 서열번호 217, 서열번호 218, 서열번호 219, 서열번호 220, 서열번호 221, 서열번호 222, 서열번호 223, 서열번호 224, 서열번호 225, 서열번호 226, 서열번호 227, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 126, 서열번호 127, 서열번호 103, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 162, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123; (2) 서열번호 204, 서열번호 103; (3) 서열번호 204, 서열번호 103, 서열번호 205; (4) 서열번호 185, 서열번호 204, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 117; (5) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 103, 서열번호 162, 서열번호 134; (6) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 162, 서열번호 182; (7) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 162, 서열번호 182, 서열번호 134; (8) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 162, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123; (9) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 162, 서열번호 118, 서열번호 134; (10) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 162, 서열번호 118, 서열번호 182; (11) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 162, 서열번호 118, 서열번호 182, 서열번호 134; (12) 서열번호 111, 서열번호 135, 서열번호 134; (13) 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 111, 서열번호 135, 서열번호 134; (14) 서열번호 183, 서열번호 204, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 163, 서열번호 135, 서열번호 134; (15) 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 193, 서열번호 194, 서열번호 195, 서열번호 196, 서열번호 197, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 170, 서열번호 171, 서열번호 172, 서열번호 173, 서열번호 174, 서열번호 135, 서열번호 134; (16) 서열번호 133, 서열번호 111, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134; (17) 서열번호 111, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134; (18) 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134; (19) 서열번호 184, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 135, 서열번호 134; (20) 서열번호 183, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 136, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 135, 서열번호 134; (21) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 137:, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163; (22) 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 134; (23) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 134; (24) 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 182, 서열번호 13; (25) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 192, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 163; (26) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182; (27) 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182; (28) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135; (29) 서열번호 185, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135; (30) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 192, 서열번호 137, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163; (31) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135; (32) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 192, 서열번호 137, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134; (33) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 192, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 134, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181; (34) 서열번호 185, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181; (35) 서열번호 102, 서열번호 216, 서열번호 217, 서열번호 218, 서열번호 219, 서열번호 220, 서열번호 221, 서열번호 222, 서열번호 223, 서열번호 224, 서열번호 225, 서열번호 226, 서열번호 227, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 109, 서열번호 107, 서열번호 103, 서열번호 108, 서열번호 117, 서열번호 105, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181; 및 (36) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 조성물은 하나 이상의 장용성 중합체를 추가로 포함한다.
본 개시는 또한 본원에서 개시되는 임의의 박테리아 조성물, 및 약학적으로 허용 가능한 부형제를 포함하는 약학 제형물을 제공한다. 일부 구현예에서, 부형제는 글리세롤이다. 특정 구현예에서, 조성물은 동결건조된다. 추가 구현예에서, 조성물은 경구 전달을 위해 제형화된다.
본원에서 개시되는 유효량의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 염증성 질환을 치료하는 방법이 본원에서 제공된다. 특정 구현예에서, 유효량의 조성물 투여는 염증성 질환의 하나 이상의 징후 또는 증상을 완화하거나 염증성 질환의 관해를 유지한다. 일부 구현예에서, 염증성 질환은 염증성 대장 질환을 포함한다. 특정 구현예에서, 염증성 대장 질환은 크론병, 자가면역-매개 위장관 질환, 위장관 염증, 또는 결장염, 예컨대 궤양성 결장염, 궤양 결장암, 미시적 결장염, 콜라겐성 결장염, 용종 결장암, 괴사성 소장결장염, 경점막 결장염, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다.
또한, 이를 필요로 하는 대상체에서 염증성 질환을 치료하기 위한 약제의 제조에서 본원에서 개시되는 조성물(예컨대, 설계된 박테리아 조성물)의 용도가 본원에서 제공된다. 본 개시는 또한 대상체에 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 염증성 질환을 치료하는 방법에서 사용하기 위한 본원에서 개시되는 조성물을 제공한다.
본원에서 개시되는 유효량의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 생물학적 분자의 수준을 조절하는 방법이 본원에서 제공된다. 특정 구현예에서, 생물학적 분자는 대변 칼프로텍틴, 이차 담즙산, 트립토판 대사체, 단쇄 지방산, 중쇄 지방산, 스핑고지질, 키누레닌, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 대변 칼프로텍틴의 수준은 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 감소된다.
특정 구현예에서, 이차 담즙산의 수준은 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 증가된다. 일부 구현예에서, 이차 담즙산은 데옥시콜산(DCA), 3α 12-옥소-데옥시콜산, 3β 12α-데옥시콜산(3-이소데옥시콜산), 7α 3-옥소-케노데옥시콜산, 리토콜산(LCA), 3-옥소 LCA, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 트립토판 대사체의 수준은 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 증가된다. 일부 구현예에서, 트립토판 대사체는 인돌, 3-메틸인돌, 및 이의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 단쇄 지방산의 수준은 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 증가된다. 특정 구현예에서, 단쇄 지방산은 포르메이트, 아세테이트, 프로피오네이트, 부티레이트, 이소부트리에이트, 발레레이트, 이소발레레이트, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 참조는 사전결정된 수준 또는 투여 전 대상체에서의 수준이다. 일부 구현예에서, 생물학적 분자의 조절은 염증성 질환의 관해와 연관된다.
또한, 본 개시의 유효량의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법이 본원에서 제공된다. 본 개시는 이를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하기 위한 약제의 제조에서의 본원에서 개시되는 임의의 조성물의 용도를 추가로 제공한다. 또한, 대상체에 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법에서 사용하기 위한 본원에서 개시되는 조성물이 개시된다.
본원에서 개시되는 유효량의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 종양의 성장을 억제하거나 종양의 크기를 감소시키는 방법이 본원에서 제공된다. 또한 이를 필요로 하는 대상체에서 종양의 성장을 억제하거나 종양의 크기를 감소시키기 위한 약제의 제조에서의 본원 57에서 개시되는 조성물의 용도가 제공된다. 또한 대상체에 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법에서 사용하기 위한 본 개시의 조성물이 본원에서 개시된다.
본원에서 개시되는 유효량의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 면역 반응을 강화하는 방법이 본원에서 제공된다. 또한 이를 필요로 하는 대상체에서, 면역 반응을 강화하기 위한 약제의 제조에서의 본 개시의 조성물의 용도가 본원에서 개시된다. 또한 이를 필요로 하는 대상체에서 면역 반응을 강화하는 방법에서 사용하기 위한 본 개시의 조성물이 본원에서 개시된다.
일부 구현예에서, 대상체는 암을 갖는다.
일부 구현예에서, 방법, 용도, 또는 사용하기 위한 조성물은 대상체에 추가적인 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 특정 구현예에서, 추가적인 치료제는 면역 체크포인트 억제제를 포함한다. 일부 구현예에서, 면역 체크포인트 억제제는 항-PD-1 항체, 항-PD-L1 항체, 또는 항-CTLA-4 항체를 포함한다.
일부 구현예에서, 암은 방광암, 유방암, 자궁/자궁경부암, 난소암, 전립샘암, 정소암, 식도암, 위장관암, 췌장암, 결장직장암, 결장암, 신장암, 두부경부암, 폐암, 위암, 생식세포암, 뼈암, 간암, 갑상샘암, 피부암, 중추신경계의 종양, 림프종, 백혈병, 골수종, 육종, 바이러스-관련 암, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체에 본원에서 개시되는 조성물을 투여하는 단계는 대상체의 종양에서 증가된 수의 종양 침윤 림프구를 생성한다. 일부 구현예에서, 종양에서 종양 침윤 림프구의 수는 참조 대비 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90% 또는 초과만큼 증가된다. 일부 구현예에서, 참조는 조성물을 수여받지 않은 대상체의 종양에서의 종양 침윤 림프구의 수를 포함한다.
구현예
구현예 1. 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서, 상기 정제된 박테리아 집단이 루미노코카세애(Ruminococcaceae), 라크노스피라세애(Lachnospiraceae), 수테렐라세애(Sutterellaceae), 클로스트리디아세애(Clostridiaceae), 에리시펠로트리카세애(Erysipelotrichaceae), 박테로이다세애(Bacteroidaceae), 악케르만시아세애(Akkermansiaceae), 또는 데설포비브리오나세애(Desulfovibrionaceae) 과로부터의 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
구현예 2. 구현예 1에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 또는 전체 과로부터의 박테리아를 포함하는 조성물.
구현예 3. 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서, 상기 정제된 박테리아 집단이 젬미거 포르미실리스(Gemmiger formicilis), 로제부리아 호미니스(Roseburia hominis), 클로스트리듐 볼테애(Clostridium bolteae), 파라수테렐라 엑스크레멘티호미니스(Parasutterella excrementihominis), 홀데마니아 필리포르미스(Holdemania filiformis), 홀데마니아 마씰리엔시스(Holdemania massiliensis), 박테로이데스 오바투스(Bacteroides ovatus), 악케만시아 뮤시니필라(Akkemansia muciniphila), 클로스트리듐 렙텀(Clostridium leptum), 빌로필라 와즈워티아(Bilophila wadsworthia), 디엘마 파스티디오사(Dielma fastidiosa), 클로스트리듐 심바이오섬(Clostridium symbiosum), 유박테리움 시래움(Eubacterium siraeum), 아가토바쿨럼 데스몰란스(Agathobaculum desmolans), 아가토바쿨럼 부티리시프로두센스(Agathobaculum butyriciproducens), 및 박테로이데스 불가투스(Bacteroides vulgatus)로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
구현예 4. 구현예 3에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 젬미거 포르미실리스, 로제부리아 호미니스, 클로스트리듐 볼테애, 홀데마니아 필리포르미스, 홀데마니아 마씰리엔시스, 클로스트리듐 렙텀, 디엘마 파스티디오사, 클로스트리듐 심바이오섬, 유박테리움 시래움, 또는 이의 조합인 조성물.
구현예 5. 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서, 상기 정제된 박테리아 집단이 언에어로트룬커스 콜리호미니스(Anaerotruncus colihominis), 블라우티아 프로덕타(Blautia producta), 클로스트리듐 볼테애, 클로스트리듐 디스포리쿰(Clostridium disporicum), 클로스트리듐 고니이(Clostridium ghonii), 클로스트리듐 글라이콜리쿰(Clostridium glycolicum), 클로스트리듐 인노쿠움(Clostridium innocuum), 클로스트리듐 락타티페르멘탄스(Clostridium lactatifermentans), 클로스트리듐 비리데(Clostridium viride), 유박테리움(Eubacterium) 종 WAL 14571, 라크노스피라세애 박테리움(Lachnospiraceae bacterium) 3 1 57FA, 라크노스피라세애 박테리움 경구 분류군 F15, 락토니팩터 롱고비포르미스(Lactonifactor longoviformis), 및 루미노코커스 락타리스(Ruminococcus lactaris)로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
구현예 6. 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서, 상기 정제된 박테리아 집단이 서열번호 1~14, 16~30, 32~36, 39, 41, 44, 45, 47~51, 59~62, 64~68, 및 72~76에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
구현예 7. 구현예 1 내지 6 중 어느 하나에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 또는 초과의 박테리아를 포함하는 조성물.
구현예 8. 구현예 1 내지 7 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 염증성 대장 질환의 관해와 연관되는 조성물.
구현예 9. 구현예 1 내지 8 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 생물학적 분자의 수준을 조절할 수 있고, 상기 생물학적 분자는 대변 칼프로텍틴, 이차 담즙산, 트립토판 대사체, 단쇄 지방산, 중쇄 지방산, 스핑고지질, 키누레닌, 또는 이의 조합을 포함하는 조성물.
구현예 10. 구현예 9에 있어서, 상기 트립토판 대사체가 인돌, 3-메틸인돌, 키누레닌, 인돌아크릴레이트, 또는 이의 조합을 포함하는 조성물.
구현예 11. 구현예 9 또는 10에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 생체내 생물학적 분자의 수준을 조절할 수 있는 조성물.
구현예 12. 구현예 9 내지 11 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 궤양성 결장염으로 진단받은 대상체 또는 궤양성 결장염의 동물 모델에서 생물학적 분자의 수준을 조절할 수 있는 조성물.
구현예 13. 구현예 9에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 시험관내 생물학적 분자의 수준을 조절할 수 있는 조성물.
구현예 14. 구현예 9에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 배양 또는 합성 위장관계에서 생물학적 분자의 수준을 조절할 수 있는 조성물.
구현예 15. 구현예 9에 있어서, 대변 칼프로텍틴의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%만큼 감소되는 조성물.
구현예 16. 구현예 9에 있어서, 이차 담즙산의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%만큼 증가되는 조성물.
구현예 17. 구현예 16에 있어서, 상기 이차 담즙산이 데옥시콜산(DCA), 3α 12-옥소-데옥시콜산, 3β 12α-데옥시콜산(3-이소데옥시콜산), 7α 3-옥소-케노데옥시콜산, 리토콜산(LCA), 3-옥소 LCA, 및 이의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 조성물.
구현예 18. 구현예 9에 있어서, 트립토판 대사체의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%만큼 증가되는 조성물.
구현예 19. 구현예 1 내지 18 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 대상체의 마이크로바이옴에서 포자-형성 박테리아의 수를 증강시키는 조성물.
구현예 20. 구현예 1 내지 19 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 대상체의 마이크로바이옴에서 포자-비형성 박테리아의 수를 증강시키는 조성물.
구현예 21. 구현예 15, 16, 및 18 중 어느 하나에 있어서, 상기 참조가 사전결정된 수준 또는 상기 조성물로의 치료 전 대상체에서의 수준인 조성물.
구현예 22. 구현예 1 내지 21 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 포자-형성 박테리아인 조성물.
구현예 23. 구현예 1 내지 22 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 대상체에 투여되는 경우, 대상체의 마이크로바이옴 내로 접목할 수 있는 조성물.
구현예 24. 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서, 상기 정제된 박테리아 집단에 유박테리움 콘토르툼(Eubacterium contortum), 클로스트리듐 알데넨세(Clostiridium aldenense), 플라보니프락터 플라우티이(Flavonifractor plautii), 루미노코커스 그나부스(Ruminococcus gnavus), 클로스트리듐 해서웨이이(Clostiridium hathewayi), 에리시펠라토클로스트리듐 라모섬, 클로스트리듐 SC174, 블라우티아 SC109, 루미노코커스 SC103, 비피도박테리움 덴티움(Bifidobacterium dentium), 디알리스터 인비서스(Dialister invisus), 프레보텔라 코프리(Prevotella copri), 베일로넬라 아티피카(Veillonella atypica), 베일로넬라 디스파르(Veillonella dispar), 베일로넬라 파르불라(Veillonella parvula), 또는 베일로넬라 라티(Veillonella ratti)로부터 선택되는 하나 이상의 박테리아가 포함되지 않는 조성물.
구현예 25. 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서, 상기 정제된 박테리아 집단에 서열번호 15, 31, 37, 38, 40, 42, 43, 46, 52~58, 63, 69~71, 및 83~101에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아가 포함되지 않는 조성물.
구현예 26. 구현예 24 또는 25에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단에 제외된 박테리아 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 또는 전체가 포함되지 않는 조성물.
구현예 27. 구현예 24 내지 26 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 제외된 박테리아가 염증성 대장 질환의 관해와 연관되지 않는 조성물.
구현예 28. 하기 특징 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 또는 7개를 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물: (i) 헥사노에이트를 생산하는 능력, (ii) 발레레이트를 생산하는 능력, (iii) 인돌을 생산하는 능력, (iv) 3-메틸인돌을 생산하는 능력, (v) 조절 T 세포(Treg)(예컨대, CD4+/FoxP3+ 세포)를 유도하는 능력, (vi) HDAC 활성을 억제하는 능력, 또는 (vii) 응집된 T-세포 모델에서 유효성을 나타내는 능력(예컨대, 질환 대조군 대비 유의미하게 더 낮은 병리학 스코어를 가짐).
구현예 29. 구현예 28에 있어서, 상기 하나 이상의 박테리아가 7-알파 탈하이드로게나제 활성을 갖지 않는 조성물.
구현예 30. 구현예 28 또는 29에 있어서, 상기 특징이 염증성 대장 질환의 개선과 연관되는 조성물.
구현예 31. 구현예 8, 27, 및 30 중 어느 하나에 있어서, 상기 염증성 대장 질환이 궤양성 결장염인 조성물.
구현예 32. 구현예 1 내지 31 중 어느 하나의 조성물 및 약학적으로 허용 가능한 부형제를 포함하는 약학 제형물.
구현예 33. 구현예 32에 있어서, 상기 부형제가 글리세롤인 약학 제형물.
구현예 34. 구현예 32 또는 33에 있어서, 상기 조성물이 동결건조되는 약학 제형물.
구현예 35. 구현예 32 내지 34 중 어느 하나에 있어서, 상기 조성물이 경구 전달을 위해 제형화되는 약학 제형물.
구현예 36. 유효량의 구현예 1 내지 31 중 어느 하나의 조성물 또는 구현예 32 내지 35 중 어느 하나의 약학 제형물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 염증성 대장 질환을 치료하는 방법.
구현예 37. 구현예 36에 있어서, 유효량의 조성물을 투여하는 단계가 염증성 대장 질환의 하나 이상의 징후 또는 증상을 완화하거나 염증성 대장 질환의 관해를 유지하는 방법.
구현예 38. 구현예 36 또는 37에 있어서, 상기 염증성 대장 질환이 크론병, 자가면역-매개 위장관 질환, 위장관 염증, 또는 궤양성 결장염, 궤양 결장암, 미시적 결장염, 콜라겐성 결장염, 용종 결장암, 괴사성 소장결장염, 또는 경점막 결장염과 같은 결장염을 포함하는 방법.
구현예 39. 유효량의 구현예 1 내지 31 중 어느 하나의 조성물 또는 구현예 32 내지 35 중 어느 하나의 약학 제형물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 생물학적 분자의 수준을 조절하는 방법.
구현예 40. 구현예 39에 있어서, 상기 생물학적 분자가 대변 칼프로텍틴, 이차 담즙산, 트립토판 대사체, 단쇄 지방산, 중쇄 지방산, 스핑고지질, 키누레닌, 또는 이의 조합을 포함하는 방법.
구현예 41. 구현예 40에 있어서, 대변 칼프로텍틴의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%만큼 감소되는 방법.
구현예 42. 구현예 40에 있어서, 이차 담즙산의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%만큼 증가되는 방법.
구현예 43. 구현예 42에 있어서, 상기 이차 담즙산이 데옥시콜산(DCA), 3α 12-옥소-데옥시콜산, 3β 12α-데옥시콜산(3-이소데옥시콜산), 7α 3-옥소-케노데옥시콜산, 리토콜산(LCA), 3-옥소 LCA, 및 이의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 방법.
구현예 44. 구현예 40에 있어서, 트립토판 대사체의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 또는 적어도 90%만큼 증가되는 방법.
구현예 45. 구현예 44에 있어서, 상기 트립토판 대사체가 인돌, 3-메틸인돌, 및 이의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 방법.
구현예 46. 구현예 41, 42, 또는 44 중 어느 하나에 있어서, 상기 참조가 사전결정된 수준 또는 투여 전 대상체에서의 수준인 방법.
구현예 47. 구현예 39 내지 46 중 어느 하나에 있어서, 상기 생물학적 분자의 조절이 염증성 대장 질환의 관해와 연관되는 방법.
구현예 48. 하기 단계: a) 대상체로부터 마이크로바이옴 샘플을 수득하는 단계; b) 마이크로바이옴 샘플에서 하나 이상의 박테리아의 유병률을 결정하는 단계; 및 c) 마이크로바이옴이 젬미거 포르미실리스, 로제부리아 호미니스, 클로스트리듐 볼테애, 파라수테렐라 엑스크레멘티호미니스, 홀데마니아 필리포르미스, 홀데마니아 마씰리엔시스, 박테로이데스 오바투스, 악케만시아 뮤시니필라, 클로스트리듐 렙텀, 빌로필라 와즈워티아, 디엘마 파스티디오사, 클로스트리듐 심바이오섬, 유박테리움 시래움, 아가토바쿨럼 데스몰란스, 아가토바쿨럼 부티리시프로두센스, 및 박테로이데스 불가투스로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 경우 대상체가 적합한 공여체임을 결정하는 단계를 포함하는, 대상체가 대변 박테리아치료법을 위해 적합한 공여체인지를 확인하는 방법.
구현예 49. 하기 단계: a) 대상체로부터 마이크로바이옴 샘플을 수득하는 단계; b) 마이크로바이옴 샘플에서 하나 이상의 박테리아의 유병률을 결정하는 단계; 및 c) 마이크로바이옴이 서열번호 1~14, 16~30, 32~36, 39, 41, 44, 45, 47~51, 59~62, 64~68, 및 72~76에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 경우 대상체가 적합한 공여체임을 결정하는 단계를 포함하는, 대상체가 대변 박테리아치료법을 위해 적합한 공여체인지를 확인하는 방법.
도 1은 하기 치료 요법 중 하나를 수여받은 궤양성 결장염 환자에서 최초 치료 후 8주째의 임상적 관해(왼쪽 그래프) 및 내시경 개선(오른쪽 그래프)의 비교를 나타낸다: (a) 위약 사전-치료/위약 1일 1회; (b) 위약 사전-치료/건강한 인간 공여체의 대변으로부터 유도된 정제된 포자 집단(건강한 인간 포자 산물; HHSP) 주 1회; (c) 반코마이신 사전-치료/HHSP 주 1회; 또는 (d) 반코마이신 사전-치료/HHSP 1일 1회. 사전-치료 기간은 6일였고 치료 기간은 8주였다. 임상적 관해로 들어간(총 변형 마요(Total Modified Mayo(TMM)) 스코어 ≤2와 내시경 하위스코어 ≤1) 또는 내시경 개선을 나타낸(내시경 스코어의 감소 ≥1) 각 군으로부터의 환자 백분율을 각각의 막대 위에 나타낸다.
도 2a 내지 2c는 4개 아암(arm)(A, B, C, 및 D) 각각으로부터의 궤양성 결장염 환자의 대변 샘플에서 검출된 HHSP와 연관된 "고신뢰도 접목 박테리아" 종의 수 비교를 나타낸다. 도 2a에서, 접목된 관련 박테리아 종의 총 수를 위약 또는 HHSP로의 치료 개시 후 0, 3, 7, 10, 14, 56, 및 84일째에 대변 샘플에서 정량하였다. 도 2b 및 2c에서, 접목 박테리아 종은 장기 접목 종(장기 접목체)(도 2b) 또는 일시적 접목 종(일시적 접목체)(도 2c)으로 추가 구분되었다. 접목은 기준선(즉, 사전-치료 요법 전)에 존재하는 박테리아 집단에 대비해서 결정되었다. 고신뢰도 접목 박테리아는 완제 의약품(즉, HHSP)에 존재하고 개별 환자에 대한 사전-치료 기준선 샘플에는 존재하지 않는 종을 포함하지만, 치료-후 임의의 시점에 환자에서 관찰되었다. 이는 완제 의약품에서의 고유한 균주로서 및 기준선에서 환자 마이크로바이옴 중 동일한 종의 상이한 균주로서 존재하는 종의 접목이 포함되지 않는다는 점에서 접목의 보수적 척도이다.
도 3은 최초 용량의 HHSP 후 다양한 시점에, 아암 A, B, C, 및 D로부터의 궤양성 결장염 환자의 마이크로바이옴의 포자-형성부에서의 변화 비교를 나타낸다. 기준선 조성물으로부터의 마이크로바이옴에서의 변화는 환자 및 이의 매칭되는 용량 로트 간 이원 자카드(Jaccard) 거리로서 나타난다. 이원 자카드는 환자 마이크로바이옴의 포자-형성 성분과 HHSP의 유사성을 측정한다. 양의 값은 HHSP에 대해 더 큰 유사성을 시사한다. 수평선은 기준선에서 환자 마이크로바이옴의 포자-형성 성분의 조성물을 나타낸다(정의 상 거리 = 0).
도 4는 7-α-탈하이드록실화 이차 담즙산의 농도 및 임상적 결과 간 연관성을 나타낸다. 최초 치료 후 8주째에, 모든 치료 아암으로부터의 궤양성 결장염 환자는 관해 및 비-관해로 분류되었다. 이어서, 7-α-탈하이드록실화 이차 담즙산의 농도가 측정되었다.
도 5a 및 5b는 시험관내 LPS-자극 말초혈 단핵 세포(PBMC)에서 TNF-α(도 5a) 및 IL-10(도 5b)의 생산에 대한 이차 담즙산 데옥시콜산(DCA) 및 리토콜산(LCA)의 효과를 나타낸다. 도 5a 및 5b 둘 다에서, 나타낸 막대는 사용된 담즙산의 농도(12.5, 25, 및 50 μM)에 대응하며, 농도 증가는 왼쪽에서 오른쪽으로 진행된다.
도 6a, 6b, 및 6c는 최초 투약 후 8주째(즉, 치료 기간의 종료 시)에 HHSP 투여 후(즉, 아암 B, C, 및 D) 관해체(관해) 및 비-관해체(비-관해)의 대변 샘플에서 상이한 트립토판 대사체 수준의 비교를 나타낸다. 도 6a는 인돌 수준의 비교를 나타낸다. 도 6b는 3-메틸인돌 수준의 비교를 나타낸다. 도 6c는 또한 3-메틸인돌 수준의 비교를 나타내지만, 환자 샘플은 루미노코커스 브로미이(Ruminococcus bromii) 및 유박테리움 시래움의 존재에 기반하여 구분되었다: (i) 없음"(0)", (ii) 1개(즉, 두 종 중 어느 하나)"(1)", 또는 (iii) 둘 다"(2)".
도 7a 및 7b는 상이한 트립토판 대사체(도 7a) 또는 박테리아 상청액(도 7b)이 상피 결장 기관모양체에서 β-액틴 대비 AhR-매개 cyp1a1 발현을 유도하는 능력의 비교를 나타낸다. 도 7a에서, 대사체(3-인돌 아세트산, 3-메틸인돌, 인돌, 인돌아크릴레이트, 3-인돌 부티르산, 및 인돌프로피온산, IPA)은 3개의 상이한 농도(50, 100, 및 200 μM)로 첨가되었고, 오른쪽에서 왼쪽으로 갈수록 농도가 증가한다. 미처리 상피 기관모양체(Untd)가 음성 대조군으로 사용되었다. 도 7b에서, 상청액은 상이한 박테리아(클로스트리듐 스포로게네스(Clostridium sporogenes) 1, 클로스트리듐 스포로게네스 2, 펩토스트렙토코커스 스토마티스(Peptostreptococcus stomatis), 클로스트리듐 글라이콜리쿰, 박테로이데스 종 4 1 36)를 함유하는 배양으로부터 수집되었고 2개의 상이한 농도(5% 및 2% 최종 농도)로 상피 기관모양체에 제공되었으며, 왼쪽 막대가 더 높은 농도에 대응한다. 각각의 상청액(도 17 및 18로부터)에 존재하는 SCFA 및 트립토판 대사체가 나타난다. IPA: 인돌프로피온산; IAcryl: 인돌 아크릴레이트; 3Mind: 3-메틸인돌; I3Carb: 인돌-3-카비놀; C3: 프로피오네이트; C4: 부티레이트; C5: 발레레이트; C6: 헥사노에이트; BCFA: 분기쇄 지방산.
도 8a는 상피 배리어 온전성 검정의 도식적 다이어그램을 제공하며 도 8b는 상이한 농도의 IFN-γ에 대한 노출 후 상피 투과도의 비교를 제공한다.
도 9a 및 9b는 상이한 박테리아 대사체(부티레이트, 프로피오네이트, 및 IPA)(도 9a) 및 상이한 박테리아 종(도 9b)이 도 8a에 나타낸 상피 배리어 온전성 검정에 의해 측정되는, IFN-γ의 존재 하에 배리어 온전성을 복원하는 능력의 비교를 나타낸다. 도 9a에서, 평가된 각각의 대사체는 4개의 상이한 농도(오른쪽에서 왼쪽으로: 0.625 mM, 1.25 mM, 5 mM, 및 10 mM) 검정에 첨가되었다. 미처리 샘플(즉, 대사체 없음, IFN-γ 없음)이 음성 대조군으로 사용되었다. 5 ng/mL의 IFN-γ 단독(대사체 없음)으로 처리된 샘플이 양성 대조군으로 사용되었다. 수평 점선은 음성 대조군의 투과도를 나타낸다. 점선 아래의 투과도 값은 배리어 보호를 나타내는 반면 위의 값은 IFN-γ 단독(박테리아 없음)에 의해 유도된 것에 비해 추가적인 배리어 손상을 나타낸다. 도 9b에서, 평가된 상이한 박테리아 종의 배양 상청액에는 에스체리키아 콜리(Escherichia coli), 애시드아미노코커스(Acidaminococcus) 종 D21, 박테로이데스 프라길리스(Bacteroides fragilis), 콜린셀라 인테스티날리스(Collinsella intestinalis)., 비피도박테리움 비피덤(Bifidobacterium bifidum), 펩토니필러스 하레이(Peptoniphilus harei)(15% 최종 상청액 농도)가 포함되었다. 미처리 샘플(즉, 박테리아 없음, IFN-γ 없음)이 IFN-γ 유도 배리어 결함의 부재 하에 배리어 투과도를 측정하기 위해 사용되었다. 부티레이트(5 mM)는 여러 기전을 통해 상피 배리어 이음부 온전성을 강화하는 것으로 알려져 있으므로 양성 대조군으로 첨가되었다. 이들 검정 조건 하에, 5 mM 부티레이트의 첨가는 투과도를 50%만큼 감소시키는 것으로 알려졌다.
도 10은 차용 T 세포 전달 동물 모델에서 궤양성 결장염에 대한 포자-형성 박테리아의 효과를 평가하기 위한 치료 일정을 나타낸다.
도 11은 (i) 항생제 단독(ABX), (ii) HHSP, 또는 (iii) DE1(무균 발효에 의해 수득된 14개 포자 형성 인간 공생 종의 조성물)로의 치료 후 궤양성 결장염 동물 모델에서 총 병리학 스코어의 비교를 나타낸다. 나이브 동물 및 미치료 질환 동물(질환)이 각각 음성 및 양성 대조군으로 사용되었다. 모든 비교는 ABX 아암에 대해 수행되었다. "**"는 항생제 단독 대조군 대비 p 값 < 0.01을 나타낸다. "***"은 항생제 단독 대조군 p 값 < 0.001을 나타낸다.
도 12a, 12b, 12c, 12d, 및 12e는 하기: (i) 항생제 단독(ABX), (ii) HHSP 또는 (iii) DE1 중 하나로의 치료 후 궤양성 결장염 동물 모델에서 결장의 고유판으로부터의 상이한 유전자의 qPCR에 의해 측정된 mRNA 발현 수준의 비교를 나타낸다. 나이브 동물, 미치료 질환 동물(질환) 및 ABX 단독 동물이 대조군으로 사용되었다. 도 12a 및 12b는 친염증성 유전자, Il1b 및 TNFa 각각의 발현 수준을 나타낸다. 도 12c, 12d, 및 12e는 상이한 상피 치밀 이음부 단백질 분자, Tjp1, Tjp2, 및 Ocln 각각의 발현 수준을 나타낸다. 도 12a, 12b, 12c, 12d, 및 12e에서, 상이한 유전자의 mRNA 발현 수준이 GAPDH 발현에 대비하여 나타난다. 통계적 비교는 ABX 단독 동물에 대한 것이다.
도 13은 상이한 박테리아 균주가 히스톤 탈아세틸레이트(HDAC) 활성을 억제하는 능력을 나타내는 표를 제공한다. 평가된 박테리아 균주는 0.5% 최종 농도로 7개의 상이한 영양소원(글루코스, 푸코스, 수크로스, 펙틴, 포스(fos)/이눌린, 전분, 또는 뮤신) 중 하나가 보충된 PY 배지 중에 성장시켰다. HDAC 억제 활성은 배지 단독 대조군 대비 분율로서 나타난다(HDACi = 1 - (HDAC샘플/HDAC배지 대조군). 균주가 임의의 영양소에서 적어도 0.25, 또는 푸코스에서 0.18의 HDACi 활성을 나타내는 경우, 이는 HDACi 활성을 갖는 것을 간주되며 "1"로 표시된다. 컷오프를 통과하지 못하는 균주는 "0"으로 표시된다. 상이한 박테리아 균주는 영양소원에 걸쳐 HDAC 억제 활성의 패턴에 기반하여 7개의 상이한 클러스터(0 내지 6)로 분류된다(가장 오른쪽 열).
도 14a 및 14b는 상이한 박테리아 대사체(도 14a) 또는 건강한 인간 포자 제조물(HHSP)의 상청액(도 14b)이 TNF-α로의 자극 후 HT29 상피 세포(IEC)에 의한 IL-8 분비를 억제하는 능력을 나타낸다. 도 14a에서, 부티레이트(왼쪽 막대 세트), 프로피오네이트(가운데 막대 세트), 및 아세테이트(오른쪽 막대 세트)의 SCFA는 TNF-α 단독 대조군 대비 IL-8 억제%로 나타낸 IEC 상의 용량-의존적 항염증성 효과를 나타낸다. 도 14b는 TNF-α 처리 후 IEC에 의해 생산된 IL-8 단백질 수준의 감소로 나타낸 HHSP 배양 상청액의 용량-의존적 항염증성 효과를 나타낸다. TNF-α로 자극되지 않은 또는 TNF-α 단독을 가진 IEC가 대조군으로 사용되었다(각각 음성 및 양성 대조군).
도 15a 및 15b는 상이한 박테리아 종으로부터의 상청액을 사용하는 IEC에서의 HDAC 억제(x-축) 및 항염증성 효과(TNF-α 자극 후 IL-8 생산에서의 상대 감소로 측정됨) 간 상관관계를 나타낸다. 각각의 원은 도 13에 나타낸 바와 같은 박테리아 균주/영양소 조합으로부터의 별도 상청액을 나타낸다. 양의 y-축 값은 항염증성 활성을 나타낸다. 음의 y-축 값은 TNF-α 단독 대조군보다 높은 IL-8 생산을 나타낸다. 도 15a는 HDAC 억제 및 항염증성 활성 간 일반적인 양의 연관성(단속선)을 나타내지만, 일부 상청액은 HDAC에 의해 예상되는 것보다 유의미하게 더 낮은 항염증성 활성을 가졌다. 도 15b는 별도 검정에서 친염증성 활성을 갖는 데이터 지점(TNF-α 자극의 부재 하에 증가된 IL-8 분비)을 구분한다. 이들 상청액에서, HDAC 억제는 IEC에서 항염증성 활성으로 반영되지 않았다.
도 16은 상이한 박테리아 종으로부터의 상청액을 사용하는 HEK-293 Wnt-STF에서의 HDAC 억제(x-축) 및 Wnt 활성화(y-축) 간 상관관계(박테리아 상청액 자극 후 루시퍼라제 활성에 의해 측정됨)를 나타낸다. 각각의 원은 도 13에 나타낸 바와 같은 박테리아 균주/영양소 조합으로부터의 별도의 상청액을 나타낸다.
도 17은 하나의 라크노스피라세애 종의 여러 균주의 표현형 스크리닝 결과를 제공한다. 각각의 줄은 고유한 균주에 대응하며, 각각의 열은 시험관내 스크리닝 표현형에 대응한다. 어두운 색조는 균주가 특정 표현형에 대해 양성임을 시사하고; 밝은 색조는 균주가 그 표현형에 대해 약하게 양성임을 시사하고; 흰색은 균주가 음성임을 시사한다. 상이한 시험관내 스크리닝 표현형에는 담즙산 활성(담즙산 염 하이드롤라제(BSH), 하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제(HSDH), 7α-탈하이드록실라제) 및 친염증성 효과(개별 균주로부터의 배양 상청액에 노출되는 경우 IEC에 의한 IL-8의 생산에 의해 측정됨)가 포함된다.
도 18은 박테리아 종 및 각각의 종에 의해 생산된 단쇄 지방산(SCFA), 중쇄 지방산(MCFA), 및 분기쇄 지방산(BCFA)을 기재하는 표를 제공한다. "<LOD"는 지방산의 농도가 검출 한계 미만이었음을 나타낸다. 각각의 지방산에 대한 검출 한계는 "검출 한계(LOD)"로 표지된 줄에 제공된다. 측정된 SCFA에는 아세트산, 프로판산, 및 부탄산이 포함되었다. 측정된 MCFA에는 펜탄산, 헥산산, 헵탄산이 포함되었다. 측정된 BCFA에는 2-메틸-프로파노핀산, 3-메틸-부탄산, 및 4-메틸-펜타산(pentaoic acid)이 포함되었다.
도 19는 박테리아 종 및 종에 의해 생산된 트립토판 대사체를 기재하는 표를 제공한다. "<LOD"는 지방산의 농도가 검출 한계 미만이었음을 나타낸다. 각각의 지방산에 대한 검출 한계는 "검출 한계(LOD)"로 표지된 줄에 제공된다. 측정된 트립토판 대사체에는 인돌, 3-메틸인돌, 인돌-3-프로판산, 인돌-3-부티르산, 3-인돌아크릴산, 트립타민, 인돌-3-아세트산, 3-인돌-글리콕실산, 2-피콜린산, 및 5-하이드록시트립타민이 포함되었다.
도 20a 내지 20t는 본원에서 개시되는 8개 DE: (1) DE1(DE286037.1); (2) DE3(DE984662.1); (3) DE4(DE002165.1); (4) DE5(DE464167.1); (5) DE6(DE522292.1); (6) DE7(DE247030.1); (7) DE8(DE349441.1); 및 (8) DE9(DE821956.1)가 시험관내 배양된 후의 다양한 기능적 속성의 비교를 제공한다. 하기 기능적 속성: (i) 바이오매스(도 20a); (ii) HDAC 활성을 억제하는 능력(도 20b); (iii) TNF-α로의 자극 후 HT29 상피 세포(IEC)에 의한 IL-8 분비를 억제하는 능력(도 20c); (iv) IEC에 의한 IL-8 생산을 유도하는 능력(도 20d); (v) 상피 배리어 온전성 검정에 의해 측정되는, IFN-γ의 존재 하에 배리어 온전성을 복원하는 능력(도 20e); (vi) 카탈라제 활성을 발현하는 능력(도 20f); (vii) 톨-유사 수용체 4(TLR4)를 활성화하는 능력(도 20g); (viii) TLR5를 활성화하는 능력(도 20h); (ix) 부티레이트를 생산하는 능력(도 20i); (x) 프로피오네이트를 생산하는 능력(도 20j); (xi) 발레레이트를 생산하는 능력(도 20k); (xii) 헥사노에이트를 생산하는 능력(도 20l); (xiii) 인돌을 생산하는 능력(도 20m); (xiv) 상피 결장 기관모양체에서 CXCL1, CXCL2, CXCL3, 및 CXCL11(궤양성 결장염(UC) 환자에서 발현되는 친염증성 사이토카인)의 전사를 하향조절하는 능력(각각 도 20n, 20o, 20p, 및 20q); 및 (xv) CD44 및 LRP6 유전자 발현, 및 HEK-293 Wnt-STF 리포터 검정 둘 다에 의해 결정되는, Wnt 신호전달 경로를 활성화하는 능력(각각 도 20r, 20s, 및 20t)을 나타낸다.
도 21a 내지 21q는 본원에서 개시되는 14개의 추가적인 DE: (1) DE1(DE286037.1); (2) DE6(DE522292.1); (1) DE10(DE698478.1); (2) DE11(DE559846.1); (3) DE12(DE405816.1); (4) DE13(DE056280.1); (5) DE14(DE390874.1); (6) DE15(DE299561.1); (7) DE16(DE504874.1); (8) DE17(DE608959.1); (9) DE18(DE124702.1); (10) DE19(DE211714.1); (11) DE20(DE313669.1); (12) DE21(DE762708.1); (13)(13) DE22(DE787951.1); 및 (14) DE23(DE291114.1이 시험관내 배양된 후의 다양한 기능성 속성의 비교를 제공한다. 비교 목적을 위해, DE1 및 DE6이 포함되었다. 하기 기능적 속성: (i) 바이오매스(도 21a); (ii) HDAC 활성을 억제하는 능력(도 21b); (iii) TNF-α로의 자극 후 HT29 상피 세포(IEC)에 의한 IL-8 분비를 억제하는 능력(도 21c); (iv) 상피 배리어 온전성 검정에 의해 측정되는, IFN-γ의 존재 하에 배리어 온전성을 복원하는 능력(도 21d); (v) IEC에 의한 IL-8 생산을 유도하는 능력(도 21e); (vi) TLR4를 활성화하는 능력(도 21f); (v) TLR5를 활성화하는 능력(도 21g); (vii) 부티레이트를 생산하는 능력(도 21h); (viii) 프로피오네이트를 생산하는 능력(도 21i); (ix) 발레레이트 및 헥사노에이트를 생산하는 능력(각각 도 21j 및 21k); (x) 인돌 및 3-메틸 인돌을 생산하는 능력(각각 도 21l 및 21m); (x) 담즙산 염 하이드롤라제 활성(생산되는 일차 담즙산의 양에 의해 측정됨)(도 21n); 및 (xi) 7α-탈하이드록실라제, α-하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제, 및 7β-하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제 활성(생산되는 상이한 이차 담즙산의 양에 의해 측정됨)(각각 도 21n, 21o, 및 21p)을 나타낸다. 항염증성이 아니도록 설계된 도 21b 내지 21e에서는 DE9(DE821956.1)가 음성 대조군으로 사용되었다.
도 22a 내지 22r은 본원에서 개시되는 12개의 상이한 DE: (1) DE24(DE070875.1); (2) DE26(DE343482.1); (3) DE25(DE616787.1); (4) DE30(DE068851.1); (5) DE28(DE055548.1); (6) DE27(DE033849.1); (7) DE29(DE865106.1); (8) DE32(DE779249.1); (9) DE33(DE433598.1); (10) DE31(DE502105.1); (11) DE34(DE266386.1); 및 (12) DE35(DE278442.1)가 시험관내 배양된 후의 다양한 기능성 속성의 비교를 제공한다. 음성 대조군으로서, DE9 및 DE38(DE533175.1)이 사용되었다. 본원에 기재된 바와 같이, DE9 및 DE38은 본원에서 개시되는 하나 이상의 기능적 특성(예컨대, 항염증성 활성)을 갖지 않도록 설계된 박테리아 조성물이다. 하기 기능적 속성: (i) 바이오매스(도 22a); (ii) HDAC 활성을 억제하는 능력(도 22b); (iii) 항염증성 활성(TNF-α로의 자극 후 HT29 상피 세포(IEC)에 의한 IL-8 분비를 억제하는 능력에 의해 측정됨 (도 22c); (iv) 친염증성 활성(IEC에 의한 IL-8 생산을 유도하는 능력에 의해 측정됨)(도 22d); (v) 상피 배리어 온전성 검정에 의해 측정되는, IFN-γ의 존재 하에 배리어 온전성을 복원하는 능력(도 22e); (vi) 부티레이트를 생산하는 능력(도 22f); (vii) 발레레이트를 생산하는 능력(도 22g); (viii) 헥사노에이트를 생산하는 능력(도 22h); (ix) 인돌을 생산하는 능력(도 22i); (x) 3-메틸 인돌을 생산하는 능력(도 22j); (xi) 담즙산 염 하이드롤라제 활성(생산되는 일차 담즙산의 양에 의해 측정됨)(도 22k); (xii) 7α-탈하이드록실라제 활성(생산된 데옥시콜산(DCA) 및 리토콜산(LCA) 이차 담즙산의 양에 의해 측정됨)(도 22l); (xiii) α-HSDH 활성(생산된 옥소-이차 담즙산의 양에 의해 측정됨)(도 22m); (xiv) 상피 결장 기관모양체에서 CXCL1 및 ICAM1(친염증성 반응과 연관된 단백질)의 전사를 하향조절하는 능력(각각 도 22n 및 22p); (xv) 상피 결장 기관모양체에서 AhR-매개 Cyp1a1 발현을 증가시키는 능력(도 22o) (xvi) TLR4를 활성화하는 능력(도 22q); 및 (xvii) TLR5를 활성화하는 능력(도 22r)을 나타낸다;
도 23a 내지 23h는 FMT(대변 미생물총 이식) 및 HHSP(포자-제조 조성물)에 대한 본원에서 개시되는 DE의 추가적인 특성(예컨대, 기능적 특징)의 비교를 제공한다. 도 23a 내지 23d에서, DE1(DE286037.1) 및 DE2(DE924221.1)가 모두 FMT 및 HHSP에 대해 비교되었다. 도 23e 내지 23h에서, DE1이 HHSP에 대해 비교되었다. 나타낸 상이한 특성에는 (i) 바이오매스(도 23a); (ii) HDAC 활성의 억제(도 23b); (iii) 친염증성 활성(도 23c); (iv) 항염증성 활성(도 23d); (v) 발레레이트 생산(도 23e); (vi) 헥사노에이트 생산(도 23f); (vii) 인돌 생산(도 23g); 및 (viii) 3-메틸 인돌(스카톨) 생산(도 23h)이 포함된다.
도 24a 및 24b는 x-축 상에 HMP2 데이터베이스에서 IBD가 없는 대상체 대비 IBD가 있는 대상체에서의 결장 생검에서 관찰된 차별적 유전자 발현을 나타내며; y-축 상에는 TNFα 포함 배지 대비 단독 배지에 노출된 경우 결장 기관모양체에서의 차별적 유전자 발현을 나타낸다; 각각의 점은 인간 대상체의 결장 기관모양체 및 결장 생검에서 시험관내 측정된 유전자에 대응한다. 각각의 점은 결장 기관모양체가 건강한 공여체로부터의 포자 제조물인, 배양된 HSSP로부터의 상청액(24a, 왼쪽) 또는 DE1(DE286037.1)로부터의 상청액(24b, 오른쪽)에 노출된 경우의 유전자 발현에서의 변화에 기반한다. TNFα로의 처리 후 기관모양체에서 차별적으로 발현된 유전자만(p<0.05) 나타낸다. 더 밝은 색조의 점은 TNFα 처리 후 기관모양체 및 HMP2 둘 다에서 차별적으로 발현되었고, 박테리아 상청액으로의 처리에 의해 유의미하게 변화하지 않은 유전자를 나타낸다. 더 진한 색조의 점은 TNFα 처리 후 기관모양체 및 HMP2 둘 다에서 차별적으로 발현되었고, 박테리아 상청액 처리에 반응한(즉, 이의 발현이 TNF로 처리된 기관모양체에서 상승되었고 상청액 처리로 저하되었거나, 이의 발현이 TNF로 처리된 기관모양체에서는 감소되었지만 상청액 처리로는 증가된) 유전자를 나타낸다.
도 25a 내지 25c는 DE1, FMT, 및 HHSP의 상피 결장 기관모양체에서 TNF-α-매개 CXCL1(도 25a), CXCL3(도 25b), 및 ICAM1(도 25c) 발현의 전사를 하향조절하는 이의 능력에서의 비교를 제공한다. FMT에 있어서, 샘플 중 2개는 건강한 공여체(FMT #1 및 FMT #3) 유래였고 1개의 샘플은 궤양성 결장염을 갖는 환자(FMT #2) 유래였다. "배지(+)"(TNF-α 함유 배지) 및 "배지(-)"(배지 단독, TNF-α 비함유)가 각각 양성 및 음성 대조군으로 사용되었다.
도 26a 및 26b는 본원에서 개시되는 상이한 DE와 FMT 및 DXE(HHSP)가 각각 인돌 및 부티레이트를 생산하는 이의 능력에서의 비교를 제공한다.
도 27a 내지 27c는 동물 모델에서의 MC38 종양 치료에서 DE1 및 항-PD-1 항체 조합의 유효성을 나타낸다. 도 27a는 치료 일정을 나타낸다. 모든 동물이 DE1 조성물로 치료되었다. 일부 동물은 추가적으로 항-PD-1 항체를 수여받은 반면, 대조군 동물은 이소형 대조군 항체를 수여받았다. 도 27b는 종양 접종 후 6일 내지 17일에 상이한 치료군으로부터의 동물에서의 종양 부피 비교를 나타낸다. 도 27c는 상이한 치료군으로부터의 동물의 종양에서 CD8 T 세포의 백분율(왼쪽 그래프) 및 CD8 T 세포:Treg 비(오른쪽 그래프)의 비교를 제공한다.
도 28a 내지 28c는 동물 모델에서의 MC38 종양 치료에서 DE2 및 항-PD-1 항체 조합의 유효성을 나타낸다. 전반적인 치료 일정은 도 27a에서와 동일하다. DE1 대신, 동물은 DE2 조성물로 치료받았다. 일부 동물은 추가적으로 항-PD-1 항체를 수여받은 반면, 대조군 동물은 이소형 대조군 항체를 수여받았다. 도 28a는 종양 접종 후 6일 내지 17일에 상이한 치료군으로부터의 동물에서의 종양 부피 비교를 나타낸다. 도 28b 및 28c는 상이한 치료군으로부터의 동물의 종양에서 각각 CD8 T 세포의 백분율 및 CD8 T 세포:Treg 비의 비교를 제공한다.
도 29a 내지 29e는 동물 모델에서의 BP 종양 치료에서 DE1 및 항-PD-1 항체 조합의 유효성을 나타낸다. 29a는 치료 일정을 나타낸다. 모든 동물은 DE1 조성물로 치료받았다. 일부 동물은 추가적으로 항-PD-L1 항체를 수여받은 반면, 대조군 동물은 이소형 대조군 항체를 수여받았다. 도 29b는 종양 접종 후 15일 과정에 걸쳐 상이한 치료군으로부터의 동물에서의 종양 부피의 비교를 나타낸다. 도 29c, 29d 및 29e는 상이한 치료군으로부터의 동물의 종양에서 각각 CD8 T 세포의 백분율, CD8 T 세포:Treg 비, 및 CD4 T 세포의 백분율의 비교를 나타낸다.
도 30은 설계된 조성물 DE1~DE9에 포함된 박테리아 종을 확인하는 표를 제공한다. 박테리아 종의 16S 서열에 대한 서열번호가 또한 제공된다. "0"은 박테리아 종이 포함되지 않음을 나타낸다; "1"은 박테리아 종이 주어진 조성물에 포함됨을 나타낸다.
도 31은 설계된 조성물 DE10~DE23에 포함된 박테리아 종을 확인하는 표를 제공한다. 박테리아 종의 16S 서열에 대한 서열번호가 또한 제공된다. "0"은 박테리아 종이 포함되지 않음을 나타낸다; "1"은 박테리아 종이 주어진 조성물에 포함됨을 나타낸다.
도 32는 설계된 조성물 DE24~DE38에 포함된 박테리아 종을 확인하는 표를 제공한다. 박테리아 종의 16S 서열에 대한 서열번호가 또한 제공된다. "0"은 박테리아 종이 포함되지 않음을 나타낸다; "1"은 박테리아 종이 주어진 조성물에 포함됨을 나타낸다.
본 출원인은 특정한 종의 공생 박테리아를 포함하는 박테리아 조성물이 특정한 기능적 특징(예컨대, 본원에 개시된 것들)을 나타내고 이러한 조성물이 다양한 질환 및 장애, 예컨대 내장 마이크로바이옴의 미생물불균형과 연관된 것들을 치료하고/하거나 방지하기 위해 사용될 수 있음을 발견하였다. 따라서, 본 출원인은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물을 설계하기 위해 조합될 수 있는 공생 박테리아 종을 확인하였다. 박테리아 종 및 관심이 가는 기능적 특징의 상세한 개시가 본 개시에서 제공된다.
I. 박테리아(마이크로바이옴) 조성물
특정한 기능적 특징(예컨대, 본원에서 개시된 것들)과 연관된 것으로 발견된 박테리아가 다양한 질환 및 장애, 예컨대 내장 마이크로바이옴의 미생물불균형과 연관된 것들을 치료하고/하거나 방지하기 위한 치료 조성물(예컨대, 박테리아 조성물)을 설계하기 위해 사용될 수 있다. 이러한 조성물에는 건강한 인간의 대변으로부터 직접 유래된 물질이 포함될 수 있다. 인간 대변으로부터 직접 유래된 물질을 포함하는 조성물은, 일부 경우에서, 조성물에 존재하는 유일한 유형의 박테리아로서 인간 대변 유래 포자-형성 박테리아(SFB)를 함유할 수 있다. 다른 구현예에서, 이러한 조성물은 조성물에 존재하는 유일한 유형의 박테리아로서 포자를 포함할 수 있다(건강한 인간 포자 산물; HHSP). 종합해서, SFB 및 HHSP는 본원에서 "포자 조성물"로 나타낸다.
일부 경우에서, 질환 또는 장애(예컨대, 염증성 질환)의 개선과 연관된 하나 이상의 박테리아가 본원에서 개시되는 설계된 조성물(DE)을 제조하기 위해 조합될 수 있다. 특정 구현예에서, 관심이 가는 특정한 기능적 특징(예컨대, 본원에서 개시된 것들)과 연관된 하나 이상의 박테리아가 본원에서 개시되는 박테리아 조성물에서 조합될 수 있다. 본원에서 개시되는 상이한 박테리아 종을 조합함으로써, 본원에서 개시되는 설계된 조성물은 상이한 생물학적 경로를 표적화할 수 있다. 임의의 특정 이론에 구애받지 않고, 이러한 능력은 본원에서 개시되는 설계된 조성물이 광범위한 질환 및 장애, 예컨대, 내장 마이크로바이옴의 미생물불균형과 연관된 것들의 치료를 위해 유용할 수 있게 한다. 설계된 조성물에서의 종은 포자-형성체(일부 경우에서, 포자 형태임), 포자-비형성체, 또는 이의 조합일 수 있다. 종합하면, 포자 조성물 및 설계된 조성물은 본원에서 "마이크로바이옴 조성물"로 나타낸다. 따라서 본 출원인은 유효한 마이크로바이옴 조성물이 확인된 특징의 조합에 기반하여 제조되고/되거나 설계될 수 있음을 발견하였다.
이에 따라, 위장관 마이크로바이옴의 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애, 예컨대, 궤양성 결장염의 하나 이상의 징후 또는 증상을 치료하거/하거나 방지하기 위해 유용한 박테리아 및 박테리아 조합이 본원에서 제공된다. 일반적으로, 이러한 조성물에는 본원에서 개시되는 하나 이상의 관심이 가는 기능적 특징을 나타내는(예컨대, UC에서 관해와 연관되거나 UC에서의 관해와 연관된 하나 이상의 특징을 갖는) 것으로 본원에서 기재되는 하나 이상의 박테리아가 포함된다.
일부 구현예에서, 대상체의 마이크로바이옴(예컨대, 위장관 마이크로바이옴)에서 박테리아의 양, 수준, 정체, 존재, 및/또는 비는 위장관 마이크로바이옴의 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염과 같은 IBD)의 하나 이상의 징후 또는 증상을 치료하거나, 방지하거나, 지연하거나, 완화하기 위해 조작된다.
용어 "미생물 접목" 또는 "접목"은 치료 전에 치료받는 대상체에서 부재하거나 검출 불가능한 표적 틈새영역에서, 치료 미생물 조성물, 예컨대, 박테리아 조성물을 포함하는 OTU(박테리아 종 또는 균주)의 확립을 나타낸다. 접목된 생태를 포함하는 미생물이 치료 미생물 조성물에 존재하며 대상체의 미생물 생태의 구성분으로서 확립된다. 접목된 OTU는 일시적 시기 동안 확립되거나, 치료 미생물 조성물로의 치료 후 대상체에 군집하는 미생물 생태에서의 장기 안정성을 실증할 수 있다. 임의의 이론에 구애받지 않고, 완제 의약품(즉, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물)은 완제 의약품 종의 접목에 의해, 환자에 존재하는 비-산물 공생 미생물의 성장에 우호적인 생태적 상태의 촉진에 의해, 또는 둘 다에 의해, 미생물균형이상 생태에서 건강한 상태를 대표하는 생태로의 변화를 촉매할 수 있다.
본원에서 사용되는 접목은 하기 결과: (i) 균주 수준 접목, (ii) 종-수준 집단 접목, (iii) 종-수준 대상체 접목, 및 (iv) 추정 접목 중 하나 이상으로 시사된다. "균주 수준 접목"은 치료받은 대상체에서 검출되는 종의 균주가 치료 전 대상체에서 검출된 종의 균주에 비해 조성물에서의 균주와 유의미하게 더 유사한지 여부를 결정하기 위해 완제 의약품 조성물에 고유한 단일 뉴클레오티드 변이체(SNV) 빈도가 사용되는 검정을 사용하여 결정된다. 균주 수준 접목은 대상체 별, 그리고 종 별 기준으로 측정된다. "종-수준 집단 접목"은 피셔(Fisher's)의 정확도 평가로 측정되는 임의의 치료 후 시점에 비-치료 대상체 대비 치료받은 대상체에서 종의 유의미하게 증가된 유병률(p <= 0.05)을 나타내며, 단 그 종은 조성물에서는 검출되었지만 치료 전의 치료받는 대상체에서는 검출되지 않았어야 한다. 종-수준 집단 접목은 집단-수준 척도이며 위약 대비 특정 요법으로 치료받은 집단에 걸친 유의차(p <= 0.05)를 요구한다. "종-수준 대상체 접목"은 상기 종이 그 대상체에서 치료-전 검출되지 않았을 때의, 치료-후 대상체에서 HHSP에 존재하는 종의 검출을 나타낸다. "추정 접목"은 피셔 정확도 평가로 측정되는 임의의 치료-후 시점에 비-치료 대상체 대비 치료받은 대상체에서의 종의 유의미하게 증가된 유병률(p <= 0.05)을 나타낸다. 추정 접목은 그 종이 완제 의약품 조성물에서 검출되었고 치료 전에 치료받는 대상체에 존재할 수도 존재하지 않을 수도 있을 것을 추가로 요구한다. "추정 접목"은 집단 수준 통계이다. 추정 접목은 접목을 위한 균주 수준 계측을 사용하여 추가로 평가될 수 있다.
일부 구현예에서, 용어 접목은 장기 접목 및 일시적 접목으로 추가로 구분될 수 있다. "장기 접목"은 본원에서 개시되는 박테리아 종 또는 균주가 치료 후 대상체의 위장관에 오래 체류하는 능력을 나타낸다. 이러한 종 또는 균주는 본원에서 "장기 접목체"(LTE)로 기재된다. 일부 구현예에서, 장기 접목체는 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투약 시작 후 약 4주, 약 8주, 약 12주 또는 그 초과 동안 대상체에(예컨대, 위장관에) 계속 존재한다. "일시적 접목"은 박테리아 종 또는 균주(예컨대, 본원에서 개시되는 것들)가 치료 후 대상체의 위장관에 체류하는 능력을 나타내지만, 제한된 시기 동안 대상체의 대변 샘플에서만 검출된다. 일부 구현예에서, 박테리아 또는 박테리아 조합이 대상체의 대변 샘플에서 검출되는 경우, 일반적으로 이들 박테리아 또는 박테리아 조합이 위장관 내에 남아 존재하는 것으로 여겨진다. 이러한 종 또는 균주는 본원에서 "일시적 접목체"(TE)로 기재된다. 일부 구현예에서, 일시적-접목체는 투약(즉, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 시작 후 약 1주, 약 2주, 또는 약 4주째에 대상체에 더 이상 존재하지 않는다(예컨대, 대상체의 대변 샘플에서 더 이상 검출되지 않음). LTE 및 TE의 비제한적 예는 표 5에 제공된다.
마이크로바이옴 조성물에서의 하나 이상의 종 또는 OTU의 박테리아가 조성물로 치료받은 대상체, 예컨대 치료받는 질환의 적어도 하나의 징후 또는 증상의 개선에 의해 치료에 반응하는 대상체에 접목하는 것이 본원에서 제공되는 마이크로바이옴 조성물(예컨대, 설계된 조성물)의 핵심적인 특징이다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 마이크로바이옴 조성물은 장기 접목체인 하나 이상의 종 또는 OTU의 박테리아를 포함한다. 다른 구현예에서, 마이크로바이옴 조성물은 일시적 접목체인 하나 이상의 종 또는 OTU의 박테리아를 포함한다. 특정 구현예에서, 마이크로바이옴 조성물은 장기 접목체 및 일시적 접목체를 모두 포함한다. 특정 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개 또는 초과의 장기 접목체를 포함한다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개 또는 초과의 일시적 접목체를 포함한다. 추가 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 3개 또는 초과의 일시적 접목체 및/또는 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함한다.
본원에서 사용되는 "증강"은 (i) 투여된 치료 마이크로바이옴 조성물에 부재하거나 검출 불가능한(알려진 및/또는 특정된 게놈 또는 미생물학 기법의 사용에 의해 결정됨), (ii) 마이크로바이옴 조성물로의 치료 후에 비해 마이크로바이옴 조성물로의 치료 전에 숙주 틈새영역(예로서, 위장관(GI관), 피부, 전방-콧구멍, 또는 질)에 부재하거나, 검출 불가능하거나, 저빈도로 존재하는, 그리고 (iii) 마이크로바이옴 조성물의 투여 후 숙주(대상체)에서 확인되거나 치료 후 유의미하게, 예를 들어 저빈도로 존재하는 경우, 약 2배, 약 5배, 약 1×102, 약 1×103, 약 1×104, 약 1×105, 약 1×106, 약 1×107배, 또는 1×108배 초과로 증가되는, 미생물, 또는 선택된 종 또는 OTU 집단의 확립 또는 유의미한 증가를 나타낸다. 증강된 집단을 포함하는 미생물은 식품 및 환경과 같은 외인성 원천으로부터 유래되거나 이들이 저빈도로 체류하는 숙주 내 마이크로-틈새영역에서 성장할 수 있다. 본 발명의 일부 양태에서, 본원에서 제공되는 마이크로바이옴 조성물로의 치료 후, 하나 이상의 종 또는 OTU의 박테리아는 치료받은 대상체, 예컨대 치료받는 질환의 적어도 하나의 징후 또는 증상에서의 개선에 의해 치료에 반응하는 대상체에서 증강된다.
임의의 이론에 구애받지 않고, 치료 마이크로바이옴 조성물의 투여는 표적 틈새영역, 예컨대, GI 관에서 변화를 유도할 수 있고, 이는 특정한 공생 미생물의 성장에 대해 우호적인 상태를 촉진한다, 즉 이들이 증강된다. 치료 마이크로바이옴 조성물로의 치료 부재 하에서는, 숙주가 이들 공생 미생물에 노출되었거나 이를 보유할 수 있더라도, 이들 미생물의 지속된 성장 및 이와 연관된 긍정적 건강 효과가 관찰되지 않거나, 마이크로바이옴 조성물로 치료받은 집단에서 관찰되는 것보다 빈도가 적다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 포유류 공여체 대상체(예컨대, 건강한 인간)로부터 수득된 생물학적 물질(예컨대, 대변 물질, 예컨대 대변 또는 소장 및 대장의 다양한 구획으로부터 단리된 물질)로부터 정제된 박테리아 집단을 포함한다. 일부 구현예에서, 생물학적 물질(예컨대, 대변 물질)은 여러 공여체(예컨대, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100, 200, 300, 400, 500, 750, 1000, 또는 1000 초과의 공여체)로부터 수득되며, 물질은 요망되는 박테리아의 정제 전에 또는 정제 후에 풀링된다. 다른 구현예에서, 생물학적 물질(샘플)은 여러 번 단일 공여체 대상체로부터 수득되고, 2개 또는 초과의 샘플, 예컨대 단일 공여체로부터 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 32, 35, 40, 45, 48, 50, 100개 샘플이 풀링될 수 있다. 이러한 제조물을 제조하는 방법에는 클로로포름, 아세톤, 에탄올 등으로의 대변 처리가 포함되며, 예컨대, 이의 전문이 본원에 참조로 포함되는 PCT/US2014/014745 및 U.S. 특허 번호 9,011,834를 참고한다.
구현예에서, 대변에서 유래된 마이크로바이옴 조성물에는 잔여 거주부위 산물이 고갈되어 있다. "잔여 거주부위 산물"은 미생물총을 제외한, 인간 또는 동물 내의 또는 상의 미생물총의 거주부위로부터 유래되는 물질을 나타낸다. 개체의 미생물총은, 예를 들어, 위장관의 대변 내에, 그 피부 상에, 타액, 호흡관의 점액, 또는 비뇨생식관의 분비물 내에 있고, 그 모두는 미생물 커뮤니티와 연관된 생물학적 및 다른 물질을 함유한다. "잔여 거주부위 산물이 실질적으로 없는"이란 박테리아 조성물이 인간 또는 동물 대상체 상에서 또는 내에서 미생물 환경과 연관된 생물학적 물질의 감소된 양을 함유하며 미생물 커뮤니티와 연관된 임의의 오염 생물학적 물질이 약 100% 없음, 약 99% 없음, 약 98% 없음, 약 97% 없음, 약 96% 없음, 또는 약 95% 없음 또는 오염 물질이 검출 수준 미만임을 의미한다. 잔여 거주부위 산물에는 비생물 물질(소화되지 않은 음식 포함)이 포함될 수 있거나 원치않는 미생물이 포함될 수 있다. 잔여 거주부위 산물이 실질적으로 없는이란 또한 박테리아 조성물 인간 또는 동물로부터 검출 가능한 세포를 함유하지 않으며 미생물 세포만이 검출 가능함을 의미할 수 있다. 일부 구현예에서, 잔여 거주부위 산물이 실질적으로 없는이란 박테리아 조성물이 검출 가능한 바이러스(박테리아 바이러스(즉, 파지) 포함), 진균, 미코플라즈마 오염물을 함유하지 않음을 의미할 수 있다. 다른 구현예에서, 이는 박테리아 조성물에서 약 1×10-2%, 약 1×10-3%, 약 1×10-4%, 약 1×10-5%, 약 1×10-6%, 약 1×10-7%, 약 1×10-8% 미만의 생활성 세포가 미생물 세포 대비 인간 또는 동물 세포임을 의미한다. 잔여 거주부위 산물의 감소된 존재를 달성하기 위해 여러 방식이 존재하며, 그 중 어느 것에도 제한되지 않는다. 따라서, 일련의 단일 콜로니로부터의 복제(예컨대, 비제한적으로 2회) 스트리킹이 하나의 콜로니 형태만을 나타내었을 때까지, 고체 배지 상에서 다회 스트리킹 단계를 통해 요망되는 구성분을 단일 콜로니로 단리하여 오염이 감소될 수 있다. 대안적으로, 다회 10배 연속 희석을 통한 것과 같이, 요망되는 단일 세포로의 다회 연속 희석(예컨대, 약 10-8 또는 약 10-9의 희석)에 의해, 오염 감소가 달성될 수 있다. 이는 여러 단리된 콜로니가 유사한 세포 형태 및 그람(Gram) 염색 거동을 가짐을 나타내어 추가로 확인될 수 있다. 잔여 거주부위 산물의 적절한 감소를 확인하기 위한 다른 방법에는 유전적 분석(예컨대, PCR, DNA 서열분석), 혈청학 및 항원 분석, 효소적 및 대사적 분석, 및 요망되는 구성분을 오염물과 구별하기 위해 시약을 이용하는 유세포측정과 같이, 기기를 사용하는 방법이 포함된다.
HHSP 조성물
일반적으로, 본원에서 개시되는 HHSP 조성물에서, 박테리아 물질은 살아있는 성분으로서 실질적으로 생활성 박테리아 포자로 이루어진다.
본원에서 사용되는 용어 "포자" 또는 "내생포자"는 휴면, 비-생장 및 비-생식 단계에 있는, 실체, 특히 박테리아 실체를 나타낸다. 포자는 일반적으로 방사선, 건조, 효소적 처리, 온도 변이, 영양소 고갈, 산소, 및 화학 살균제와 같은 환경적 스트레스에 내성이다. 일부 구현예에서, 포자 또는 포자 집단은 50% 에탄올에 내성이다.
"포자 집단"은 조성물에 존재하는 복수의 포자를 나타낸다. 본원에서 사용되는 동의 용어에는 포자 조성물, 포자 제조물, 에탄올 처리된 포자 분획 및 포자 생태가 포함된다. 포자 집단은 대변 공여로부터, 예컨대 에탄올 또는 열 처리, 또는 밀도 구배 분리 또는 샘플에서 포자의 순도, 효력 및/또는 농도를 증가시키기 위해 본원에서 기재된 임의의 방법 조합을 통해 정제될 수 있다. 대안적으로, 포자 집단은 단리된 포자 형성체 종 또는 포자 형성체 OTU로부터 또는 생장 또는 포자 형태인 이러한 종의 혼합물로부터 시작해서 배양 방법을 통해 유도될 수 있다.
일부 구현예에서, 포자 제조물은 포자 형성 종을 포함하며, 잔여 포자-비형성 종은 에탄올, 세제, 열, 초음파처리 등을 포함하는 화학적 또는 물리적 처리에 의해 불활성화되었거나; 포자-비형성 종은 밀도 구배, 원심분리, 여과 및/또는 크로마토그래피를 포함하는 다양한 분리 단계에 의해 포자 제조물로부터 제거되었거나; 불활성화 및 분리 방법이 조합되어 포자 제조물을 제조한다. 또 다른 구현예에서, 포자 제조물은 생활성 포자-비형성체 또는 포자 형성체의 생장 형태에 비해 농축된 포자 형성 종을 포함한다. 상기 구현예에서, 포자는 박테리아의 모든 생장 형태에 비해 약 2배, 약 5배, 약 10배, 약 50배, 약 100배, 약 1000배, 약 10,000배 또는 약 10,000배 초과만큼 농축된다. 또 다른 구현예에서, 포자 제조물에서의 포자는 최종 조성물이 포자 형성 종으로부터 유도되는 포자 및 생장 박테리아를 포함하도록 가공 및 제형화 동안 부분적 발아를 거친다.
용어 "발아성"은 숙주 유기체에서 및/또는 시험관내 직접적으로 또는 간접적으로 휴면 포자 형태인 박테리아, 또는 포자 형태인 박테리아 그룹의 생장성 성장을 유도할 수 있는 물질 또는 조성물 또는 물리-화학적 방법을 나타낸다.
용어 "포자형성 유도제"는 숙주 유기체에서 및/또는 시험관내 직접적으로 또는 간접적으로 박테리아에서 포자형성을 유도할 수 있는 물질 또는 물리-화학적 방법을 나타낸다.
용어 "박테리아 포자의 생산을 증가시키는"에는 활성 또는 포자형성 유도제가 포함된다. 상기 맥락에서 "생산"에는 생장 박테리아 세포의 포자로의 전환 및 이러한 전환율의 증강뿐만 아니라 포자 형태의 박테리아 발아의 감소, 생체내 또는 생체외 포자 붕괴율의 감소, 또는 포자의 전체 결과물의 증가(예컨대 대변 물질의 부피 결과물의 증가를 통해)가 포함된다.
일부 구현예에서, HHSP의 제조물에는 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100% 에탄올 중 샘플의 현탁이 포함된다. 일부 경우에서, HHSP의 제조물에는 약 30 내지 약 100% 에탄올, 약 40 내지 약 80% 에탄올, 약 50 내지 약 80% 에탄올, 약 30% 에탄올, 약 40% 에탄올, 약 50% 에탄올, 약 55% 에탄올, 약 60% 에탄올, 약 65% 에탄올, 약 70% 에탄올, 약 75% 에탄올, 약 80% 에탄올, 약 85% 에탄올, 약 90% 에탄올, 약 95% 에탄올, 또는 약 100% 중 샘플의 현탁이 포함된다.
본원에서 사용되는 용어 "정제한다", "정제된" 및 "정제하는"은 하나 이상의 정제 공정, 예컨대 요망되는 박테리아 및/또는 박테리아 포자의 선택 또는 농축, 또는 대안적으로 본원에서 기재되는 잔여 거주부위 산물의 제거 또는 감소를 거친, 요망되는 박테리아 또는 박테리아 포자 집단(예컨대, 복수의 알려진 또는 알려지지 않은 양 및/또는 농도)의 상태를 나타낸다. 일부 구현예에서, 정제된 집단은 검출 가능한 요망되지 않는 활성을 갖지 않거나, 대안적으로, 요망되지 않는 활성의 수준 또는 양이 허용 가능한 수준 또는 양이거나 그 미만이다. 다른 구현예에서, 정제된 집단은 허용 가능한 양 및/또는 농도이거나 그 초과인, 요망되는 박테리아 또는 박테리아 포자, 예컨대 일반적인 또는 선택된 종의 양 및/또는 농도를 갖는다. 다른 구현예에서, 요망되는-대-요망되지 않는 활성의 비(예컨대, 생장 박테리아 대비 포자)는 약 2배, 약 5배, 약 10배, 약 30배, 약 100배, 약 300배, 약 1×104, 약 1×105, 약 1×106, 약 1×107, 약 1×108, 또는 약 1×108 초과만큼 변화했다. 다른 구현예에서, 정제된 박테리아 포자 집단은 집단이 수득되는 시작 물질(예컨대, 대변 물질) 대비 농축된다. 상기 농축은 시작 물질 대비 약 10%, 약 20%, 약 30%, 약 40%, 약 50%, 약 60%, 약 70%, 약 80%, 약 90%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 약 99.9%, 약 99.99%, 약 99.999%, 약 99.9999%, 약 99.9999%, 또는 약 99.999999% 초과만큼일 수 있다.
일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 감소되거나 검출 불가능한 수준의 하나 이상의 병원체(예컨대, 병원성 박테리아, 바이러스, 또는 진균)의 독성, 포유류 수신체 대상체의 감염을 유도하는 능력, 요망되지 않는 면역조절 활성, 자가면역 반응, 대사 반응, 또는 염증성 반응 또는 신경학적 반응과 같은 하나 이상의 병원성 활성을 갖는다. 일부 구현예에서, 박테리아의 병원성 활성은 참조 박테리아 대비 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 적어도 약 99%만큼 감소된다. 일부 구현예에서, 정제된 박테리아 집단은 대변 물질 대비 감소된 감각 성분, 예컨대 감소된 향, 맛, 외관, 및 감칠맛을 갖는다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물에는 잔여 거주부위 산물이 실질적으로 없고/없거나 검출 가능한 수준의 병원성 물질(예컨대, 검출 가능한 바이러스(박테리아 바이러스(즉, 파지) 포함)를 함유하지 않음), 진균, 미코플라즈마, 또는 톡소플라즈마 오염물, 또는 연충과 같은 진핵 기생충이 실질적으로 없거나; 상기의 허용 가능한 수준을 갖는다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물에는 비세포 물질(예컨대, DNA, 바이러스 피막 물질, 또는 비-생활성 박테리아 물질)이 실질적으로 없다.
설계된 조성물(DE)
본 출원인은 HHSP에서 특정한 과, 속, 종, 및 OTU의 박테리아가 위장관 마이크로바이옴의 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염)의 개선(예컨대, 임상적 관해)과 연관됨을 발견하였다. 추가로, 일부 이러한 과, 속, 종, 및 OTU는 접목과 연관되었다. 또한, 일부 과, 속, 종, 및 OTU는 위장관의 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애를 겪는 대상체에서(예컨대, 궤양성 결장염 환자에서) 존재하지 않고/않거나 검출되지 않았고, 그 질환 상태가 HHSP로의 치료 후 개선된 대상체에서 증강되었다. 대상체에서의 개선과 연관된 이러한 박테리아는 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애(예컨대, IBD와 같은 염증성 질환, 예컨대, 궤양성 결장염)를 치료하기 위한 조성물에서 유용하다. 또한, 본 출원인은 특정한 종이 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애에서의 개선과 부정적으로 연관됨을 발견하였다. 일반적으로, 이러한 종은 이러한 질환을 치료하기 위해 유용한 조성물에 포함되지 않는다. 본 출원인은 위장관의 미생물불균형과 연관된 것들(예컨대, 염증성 질환)을 포함하는, 광범위한 질환 및 장애를 치료하는 데 유용할 수 있는 특정한 기능적 특징을 나타내는 박테리아의 과, 속, 종, 및 OTU를 추가로 확인하였다.
따라서, 특정한 특징을 나타내도록 설계된 마이크로바이옴 조성물이 본원에서 개시된다. 이러한 특징의 비제한적 예에는 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음(7α-탈하이드록실라제 및 담즙산 염 하이드롤라제 활성), (v) 우르소데옥시콜산을 생산할 수 없음(7β-하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제 활성); (vi) 트립토판 대사체(예컨대, 인돌, 3-메틸 인돌, 인돌프로피온산)를 생산할 수 있음, (vii) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (viii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (ix) 염증성 대장 질환의 임상적 비-관해와 연관될 수 없음, (x) 단쇄 지방산(예컨대, 부티레이트, 프로피오네이트)을 생산할 수 있음, (xi) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (xii) 중쇄 지방산(예컨대, 발레레이트, 헥사노에이트)을 생산할 수 있음, (xiii) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xiv) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xv) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xvi) B 비타민을 생산할 수 있음, (xvii) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xviii) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xix) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xxi) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xxii) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxiii) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 있음, 또는 (xxiv) 이의 임의의 조합이 포함된다. 이러한 마이크로바이옴 조성물은 본원에서 "설계된 조성물" 또는 DE로 기재된다. 설계된 조성물의 비제한적 예는, 예컨대, 도 3334, 및 35에 기재된다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 설계된 조성물은 상기 특징의 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 또는 전체를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 개시의 설계된 조성물은 여러 생물학적 경로를 표적화하는 특징을 포함할 수 있어서, 동일한 조성물이 광범위한 질환 및 장애를 치료하기 위해 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음; (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, 또는 (xi) 이의 임의의 조합으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 포함한다. 일부 구현예에서, 마이크로바이옴 조성물에서의 박테리아는 복잡한 마이크로바이옴 조성물, 예컨대, HHSP 조성물로의 치료 전에 위장관의 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애를 겪는 환자(예컨대, 궤양성 결장염 환자) 또는 환자 집단의 GI 마이크로바이옴에서 증가되고, HHSP 조성물로의 치료 후 대상체 또는 대상체의 집단에서 증가되는 하나 이상의 과, 속, 종, 또는 OTU를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 선택된 과, 속, 종, 또는 OTU의 박테리아를 포함한다. 일반적으로, 박테리아는, 예를 들어, GI 관, 전형적으로 인간의 GI 관으로부터 최초 유래되고, DE에서 사용될 수 있는 순수한 배양으로 단리되고 성장시킨 공생 박테리아이다. 이들 박테리아는 본원에서 기재되고 설계된 조성물에서 사용되는 바와 같은 요망되는 특성에 대해 선택된다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물(예컨대, 본원에서 개시되는 설계된 조성물)은 2개 초과 유형의 박테리아를 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 본 개시의 박테리아 조성물은 종 또는 운영 분류 단위(OTU)로 정의되거나, 다르게 본원에서 제공되는 바와 같은 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 적어도 12, 적어도 13, 적어도 14, 적어도 15, 적어도 16, 적어도 17, 적어도 18, 적어도 19, 적어도 20, 또는 적어도 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 적어도 40, 적어도 50, 또는 50 초과 유형의 박테리아를 포함한다. 조성물에서 박테리아는 대략 동량의 생활성 박테리아 또는 각각의 과, 속, 종의 OTU로 존재할 수 있다. 본 발명의 다른 구현예에서, 박테리아는 조성물에 다양한 양으로 존재한다. 본원에서 개시되는 마이크로바이옴 조성물의 설계에서 사용될 수 있는 박테리아 종의 비제한적 예는 표 4, 표 5, 도 13, 도 17, 도 30, 도 31, 및/또는 도 32에서 제공된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 마이크로바이옴 조성물에서의 박테리아는 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애를 겪는 대상체(예컨대, 궤양성 결장염 환자)에서 고갈되고/되거나 전형적으로 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염)로 진단받은 환자에서 저수준으로만 존재하거나 부재하는 과, 속, 종, 또는 OTU로부터 유래된다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물에는 건강한 인간 또는 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애를 갖지만(예컨대, 궤양성 결장염 환자) 활성 질환과 연관된 증상을 나타내지 않는(즉, 임상적 관해 중인) 대상체의 집단에서 높은 빈도로 존재하는 하나 이상의 추가적인 박테리아가 포함된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 루미노코카세애, 라크노스피라세애, 수테렐라세애, 클로스트리디아세애, 에리시펠로트리카세애, 박테로이다세애, 악케르만시아세애, 펩토스트렙토코카세애, 유박테리아세애, 또는 데설포비브리오나세애 과로부터의 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 기재된 과 중 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 또는 전체를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 하기 박테리아 종: 젬미거 포르미실리스, 로제부리아 호미니스, 클로스트리듐 볼테애, 파라수테렐라 엑스크레멘티호미니스, 홀데마니아 필리포르미스, 홀데마니아 마씰리엔시스, 박테로이데스 오바투스, 악케르만시아 뮤시니필라, 클로스트리듐 렙텀, 빌로필라 와즈워티아, 디엘마 파스티디오사, 클로스트리듐 심바이오섬, 유박테리움 시래움, 클로스트리듐 인노쿠움, 아가토바쿨럼 데스몰란스, 아가토바쿨럼 부티리시프로두센스, 또는 박테로이데스 불가투스 중 하나 이상과 적어도 약 97%, 예컨대, 적어도 약 99% 동일한 16S rDNA 서열(예컨대, 16S DNA 서열의 전장 또는 가변 영역)을 갖는 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물에서 하나 이상의 박테리아는 상기 종의 16S rDNA와 적어도 약 97% 동일성, 예컨대, 약 99% 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 기재된 종 중 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 또는 전체를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 하기 박테리아 종: 젬미거 포르미실리스, 로제부리아 호미니스, 클로스트리듐 볼테애, 파라수테렐라 엑스크레멘티호미니스, 홀데마니아 필리포르미스, 홀데마니아 마씰리엔시스, 박테로이데스 오바투스, 악케르만시아 뮤시니필라, 클로스트리듐 렙텀, 빌로필라 와즈워티아, 디엘마 파스티디오사, 클로스트리듐 심바이오섬, 유박테리움 시래움, 클로스트리듐] 인노쿠움, 에리시펠로트리카세애 SC11, 로즈베리아 종 CAG 45 SC195, 라크노스피라세애 SC188, 라크노스피라세애 SC52, 클로스트리듐 SC125, 플린티박터 SC49, 아가토바쿨럼 데스몰란스, 아가토바쿨럼 부티리시프로두센스, 또는 박테로이데스 불가투스 중 하나 이상과 16S rDNA 서열(예컨대, 전장 또는 가변 영역 또는 16S DNA 서열)에 대해 적어도 약 97% 동일성, 예컨대, 약 99% 동일성을 갖는 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물에서 하나 이상의 박테리아는 상기 종의 16S rDNA와 적어도 97% 동일성, 예컨대, 99% 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 기재된 종 중 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 또는 전체를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 젬미거 포르미실리스, 로제부리아 호미니스, 클로스트리듐 볼테애, 홀데마니아 필리포르미스, 홀데마니아 마씰리엔시스, 클로스트리듐 렙텀, 디엘마 파스티디오사, 클로스트리듐 심바이오섬, 유박테리움 시래움, 및 이의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 박테리아를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물에서 하나 이상의 박테리아는 상기 종의 16S rDNA와 적어도 약 97% 동일성, 예컨대, 약 99% 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 기재된 박테리아 종 중 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 또는 전체를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 하기 박테리아 종: 언에어로트룬커스 콜리호미니스, 블라우티아 프로덕타, 클로스트리듐 볼테애, 클로스트리듐 디스포리쿰, 클로스트리듐 고니이, 클로스트리듐 글라이콜리쿰, 클로스트리듐 인노쿠움, 클로스트리듐 락타티페르멘탄스, 클로스트리듐 비리데, 유박테리움 종 WAL 14571, 라크노스피라세애 박테리움 3 1 57FA, 라크노스피라세애 박테리움 경구 분류군 F15, 락토니팩터 롱고비포르미스, 또는 루미노코커스 락타리스 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물에서 하나 이상의 박테리아는 상기 종의 16S rDNA와 적어도 97% 동일성, 예컨대, 99% 동일성을 갖는다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물(예컨대, 설계된 조성물)은 표 4, 표 5, 도 13, 도 17, 도 30, 도 31, 및/또는 도 32에 개시되는 하나 이상의 박테리아 종을 포함한다.
일부 구현예에서, 본 개시의 박테리아 조성물은 서열번호 1~14, 16~30, 32~36, 39, 41, 44, 45, 47~51, 59~62, 64~68, 72~76, 및 102~398에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 97.5%, 적어도 약 98%, 적어도 약 98.5%, 적어도 약 99%, 적어도 약 99.5%, 또는 약 100% 동일한 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
용어 "16S 서열분석" 또는 "16S rDNA" 또는 "16S"는 16S 리보솜 RNA 유전자(들)를 포함하는 뉴클레오티드를 특징으로 하여 유도되는 서열을 나타낸다. 박테리아 16S rDNA는 대략 1500 뉴클레오티드 길이이며 계통유전학적 접근을 사용하여 하나의 박테리아 단리물의 또 다른 박테리아 단리물과의 진화적 상관관계 및 서열 유사성 재구성에서 사용된다. 16S 서열은 이들이 일반적으로 고도로 보존되지만, 대부분의 박테리아의 속 및 종을 구별하기 충분한 뉴클레오티드 다양성을 보유하는 특정 고가변 영역을 함유하므로 계통유전학적 재구성을 위해 사용된다.
용어 16S rRNA의 "V1~V9 영역"은 박테리아 샘플의 유전형 분석을 위해 사용되는 16S rRNA 유전자의 제1 내지 제9 고가변 영역을 나탄내다. 박테리아에서의 이들 영역은 에스체리키아 콜리(E. coli) 명명 시스템에 기반한 넘버링을 사용하여 각각 뉴클레오티드 69~99, 137~242, 433~497, 576~682, 822~879, 986~1043, 1117~1173, 1243~1294 및 1435~1465에 의해 정의된다(문헌[Brosius 등 Complete nucleotide sequence of a 16S ribosomal RNA gene from Escherichia coli, PNAS 75(10):4801-4805 (1978)). 일부 구현예에서, V1, V2, V3, V4, V5, V6, V7, V8, 및 V9 영역 중 적어도 하나가 OTU를 특성규명하기 위해 사용된다. 일부 구현예에서, V1, V2, 및 V3 영역이 OTU를 특성규명하기 위해 사용된다. 또 다른 구현예에서, V3, V4, 및 V5 영역이 OTU를 특성규명하기 위해 사용된다. 또 다른 구현예에서, V4 영역이 OTU를 특성규명하기 위해 사용된다. 당업자는 관심 후보 서열을 참조 서열과 비교하고 참조 고가변 영역과의 유사성에 기반하여 고가변 영역을 확인함으로써 후보 16S rRNA의 특정한 고가변 영역을 확인할 수 있거나, 대안적으로, 미생물 또는 미생물 커뮤니티의 전체 게놈 샷건(WGS) 서열 특성규명을 채택할 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물(예컨대, 설계된 조성물)은 포자-형성 박테리아 및 포자-비형성 박테리아를 모두 포함한다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 포자-형성 박테리아만 포함한다. 일부 경우에서, 조성물의 박테리아는 포자 형태이다.
본 출원인은 또한 특정한 박테리아 종이 위장관 마이크로바이옴의 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염)의 적어도 하나의 징후 또는 증상의 악화 또는 비-개선과 연관됨을 발견하였다. 박테리아 조성물에서 이러한 종의 존재는 요망되지 않을 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 박테리아 조성물(예컨대, 설계된 조성물)에는 하기 박테리아 종: 유박테리움 콘토르툼, 클로스트리듐 해서웨이이, 에리시펠라토클로스트리듐 라모섬, 비피도박테리움 덴티움, 디알리스터 인비서스, 프레보텔라 코프리, 베일로넬라 아티피카, 베일로넬라 디스파르, 베일로넬라 파르불라, 또는 베일로넬라 라티 중 하나 이상이 포함되지 않는다. 특정 구현예에서, 박테리아 조성물에는 상기 종의 16S rDNA와 적어도 약 97%, 예컨대, 약 99% 동일성을 갖는 하나 이상의 박테리아가 포함되지 않는다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물에는 기재된 종 중 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 또는 전체가 포함되지 않는다.
일부 구현예에서, 본 개시의 박테리아 조성물은 서열번호 15, 31, 37, 38, 40, 42, 43, 46, 52~58, 63, 69~71, 및 83~101에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 97.5%, 적어도 98%, 적어도 약 98.5%, 적어도 약 99%, 적어도 약 99.5%, 또는 약 100% 동일한 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아를 포함하지 않는다.
상술된 바와 같이, 본 출원인은 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염)의 치료를 위해 유익한 박테리아가 특정한 생물학적 기능과 연관됨을 발견하였다. 따라서, 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물(예컨대, 설계된 조성물)에 존재하는 박테리아의 유형은 특정한 생물학적 기능과 연관되며, 이는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염)와 연관된 하나 이상의 징후 또는 증상의 치료, 방지, 지연, 또는 완화에서 유용하다. 관련된 기능적 특징의 비제한적 예가 아래에서 추가로 기재된다.
기능적 특징
본 발명의 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 마이크로바이옴 조성물(예컨대, 설계된 조성물)은 본 출원인에 의해 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애(예컨대, UC와 같은 IBD)의 치료 및/또는 방지를 위해 유용한 것으로 확인되는 특정 기능을 수행할 수 있는 박테리아가 포함되는 조성물이다. 특정 구현예에서, 본 개시를 위해 유용한 박테리아 종은 하기 특징: (1) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음(장기 및/또는 일시적); (2) 항염증성을 가질 수 있음(예컨대, 시험관내 상피 세포에서 TNF-α-유도 IL-8 분비를 억제하여, 염증성 유전자(예컨대, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL11, ICAM1)의 발현을 하향조절하는 능력); (3) 친염증성 활성을 유도할 수 없음(예컨대, IEC에 의해 IL-8 생산을 유도하지 않음); (4) 이차 담즙산을 생산할 수 있음(예컨대, 7α-탈하이드록실라제 및 담즙산 염 하이드롤라제 활성); (5) 우르소데옥시콜산을 생산할 수 없음(예컨대, 7β-하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제 활성); (6) 트립토판 대사체(예컨대, 인돌, 3-메틸 인돌, 인돌프로피온산)를 생산할 수 있음; (7) 중쇄 지방산(발레레이트 및 헥사노에이트) 및/또는 단쇄 지방산(부티레이트 및 프로피오네이트)을 생산할 수 있음; (8) HDAC 활성을 억제할 수 있음; (9) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는, 상피 온전성을 복원할 수 있음; (10) 염증성 대장 질환의 임상적 관해와 연관될 수 있음; (11) 염증성 대장 질환의 임상적 비-관해와 연관될 수 없음 (12) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음; (13) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음; (14) Wnt 활성화를 유도할 수 있음; (15) B 비타민(예컨대, 티아민(B1) 및 피리독사민(B6))을 생산할 수 있음; (16) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음; (17) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음; 18) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음; (19) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음; (20) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음; (21) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음; 또는 (22) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2)를 활성화할 수 있음 중 하나 이상을 포함한다. 특정 구현예에서, 본 개시를 위해 유용한 종은 상기 특징 중 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 또는 전체를 포함한다.
예시적인 기능적 특징에 관한 추가적인 개시가 아래에서 제공된다.
접목
상술된 바와 같이, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 핵심적인 특징은 조성물에 포함된 하나 이상의 박테리아 종(또는 박테리아 OTU)이 대상체에 투여되는 경우 대상체에서 접목하는 능력이다. 따라서, 본 출원인은 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있는 박테리아 및 박테리아 조합을 확인하였다. 임의의 하나의 이론에 구애받고자 하지 않고, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합의 접목은 대상체의 위장관 마이크로바이옴에서 재집락할 수 있다. 일부 구현예에서, 일단 접목하면, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합은 숙주에서 염증성 반응을 일으킬 수 있는 비-공생 미생물(예컨대, 병원성 박테리아, 예컨대 클로스트리듐 디피실레)의 성장을(예컨대, 성장 영양소에 대해 경쟁함으로써) 방지한다. 추가 구현예에서, 일단 접목하면, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합은 대상체 내의 다른 공생 박테리아의 성장을 촉진하거나 증강시킬 수 있다. 추가 구현예에서, 접목 박테리아 및 박테리아 조합은 본원에서 개시되는 질환 또는 장애와 연관된 하나 이상의 증상을 치료하고/하거나 방지하는 것을 돕는 다양한 인자(예컨대, 트립토판 대사체, 지방산, 이차 담즙산)를 생산하거나 다른 기능(예컨대, 본원에서 개시되는 것들)을 실시할 수 있다.
박테리아 또는 박테리아 조합이 접목할 수 있는지 여부는 당분야에 알려진 다양한 방법에 의해 결정될 수 있다. 대상체 샘플은 박테리아 또는 박테리아 조합의 투여 전에 및/또는 후에 먼저 수집될 수 있다(예컨대, 전체 대변 샘플, 직장 스왑, 조직 생검, 또는 점액 샘플에 의해). 이후, 이들 샘플은 박테리아 또는 박테리아 조합을 확인하기 위해 특성규명될 수 있다. 투여된 박테리아 균주는 균주의 유전형, 표현형, 및 다른 분자적 특성, 예를 들어 a) 특정 유전자의 서열(예컨대, 16S rRNA 서열) b) 다른 균주에서 드물게 존재하거나, 다른 마이크로바이옴 샘플에서 드물게 존재하거나, 표적 환자 집단에서 드물게 존재하거나, 박테리아의 투여 전 특정 대상체(들)의 마이크로바이옴에 부재하는 DNA의 하나 이상의 영역(즉, 선형 구획)의 존재 및/또는 서열 동일성, c) 다른 균주에서 드물게 존재하거나, 다른 마이크로바이옴 샘플에서 드물게 존재하거나, 표적 환자 집단에서 드물게 존재하거나, 박테리아의 투여 전 특정 대상체(들)의 마이크로바이옴에 부재하는 SNV, 삽입 및 결실(즉, 삽입결실), 구조적 변이, 유전자 카피수 변이, 또는 다른 DNA 변이체를 포함하는 DNA 변이체, d) 투여되는 균주의 다른 확인 표현형, 게놈, 프로테옴, 대사체 또는 다른 특성에 기반하여 샘플에서 확인될 수 있다. 투여된 박테리아 또는 박테리아 조합을 확인하기 위해 사용되는 분자적 기술에는 비제한적으로 PCR 및 qPCR, 앰플리콘 서열분석, 전체 게놈 서열분석, 샷건 메타게놈 서열분석을 포함하는 다양한 DNA 서열분석 기술이 포함되고; 사용될 수 있는 다른 분자적 기술에는 비제한적으로 마이크로어레이, 나노스트링 및 질량 분광측정이 포함된다. 이들 데이터를 분석하기 위해 사용되는 바이오인포마틱스 방법에는 서열 정렬 및 맵핑, 게놈 또는 메타게놈 어셈블리, 또는 다른 방법이 포함될 수 있다. 미생물학 및 배양 방법이 균주를 확인하고 특성규명하기 위해 사용될 수 있다. 투여된 박테리아 또는 박테리아 조합의 이러한 언급된 확인 및 특성규명 방법은 단독으로 또는 조합으로 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물에 포함되는 하나 이상의 박테리아 종은 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있다. 특정 구현예에서, 박테리아 조성물에 포함되는 각각의 박테리아 종은 접목할 수 있다. 일부 구현예에서, 접목할 수 있는 박테리아 및 박테리아 조합은 장기 접목체이다. 특정 구현예에서, 접목할 수 있는 박테리아 및 박테리아 조합은 일시적 접목체이다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물(예컨대, 설계된 조성물)은 하나 이상의 장기 접목체 및 하나 이상의 일시적 접목체를 포함한다. 특정 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개 또는 초과의 장기 접목체를 포함한다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개 또는 초과의 일시적 접목체를 포함한다. 추가 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 3개 또는 초과의 일시적 접목체 및/또는 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함한다. 본 개시와 함께 사용될 수 있는 장기 접목체 및/또는 일시적 접목체의 비제한적 예가 표 5에 제공된다.
담즙산
본 출원인은 특정 이차 담즙산이 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 치료 및/또는 방지(예컨대, UC의 관해)와 연관됨을 발견하였다. 용어 "담즙산"은 4개 고리, 스테로이드 골격의 17-위치에서 연결된 카복실산으로 종결되는 5개 또는 8개 탄소 측쇄, 및 상이한 수의 하이드록시기의 존재 및 배향을 갖는 스테로이드 구조로 이루어진 분자 패밀리를 나타낸다. 조직에 따라, 담즙산의 구조는 변할 수 있다. 예를 들어, 간에서의 이의 합성 시, 담즙산은 타우린 또는 글리신 잔기에 콘주게이션되고(또한 담즙산 염으로 알려진 "콘주게이션된 일차 담즙산") 이후 배설되고 담낭에 저장된다. 이어서 소화 동안, 콘주게이션된 일차 담즙산이 내장 관강 내로 분비된다. 일부 구현예에서, 일차 콘주게이션된 담즙산은 글리콜산(gCA), 타우로콜산(tCA), 글리코케노데옥시콜산(gCDCA), 또는 타우로케노데옥시콜산(tCDCA)이다.
내장 관강 내에서, 체류 내장 박테리아는 효소(예컨대, 담즙산 염 하이드롤라제(BSH))를 발현하며, 이는 콘주게이션된 일차 담즙산을 탈콘주게이션하여 "일차 담즙산"을 생산한다. 일부 구현예에서, 일차 담즙산은 콜산(CA) 또는 케노데옥시콜산(CDCA)을 포함한다. 이어서 일차 담즙산은 추가 가공되어(하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제(HSDH) 또는 7α-탈하이드록실라제와 같은 효소를 통해) "이차 담즙산"이 된다. 일부 구현예에서, 이차 담즙산은 데옥시콜산(DCA), (3 또는 12)-옥소-데옥시콜산, (3 또는 12)-이소-데옥시콜산, (3, 7 또는 12)-옥소-콜산, (3, 7 또는 12)-이소-콜산, 리토콜산(LCA), 옥소-LCA, 이소-LCA, (3 또는 7)-옥소-케노데옥시 콜산, 또는 (3 또는 7)-이소-케노데옥시 콜산을 포함한다.
내장 관강에서 생산된 이차 담즙산은 간으로 재순환될 수 있고, 이들은 재콘주게이션되어 "콘주게이션된 이차 담즙산"이 된다. 일부 구현예에서, 본 개시의 2차 콘주게이션된 담즙산은 (3 또는 12)-글리코-이소-데옥시콜산, (3 또는 12)-타우로-이소-데옥시콜산, 글리코-데옥시콜산, 타우로-데옥시콜산, (3, 7 또는 12)-글리코-이소-콜산, (3, 7 또는 12)-타우로-이소-콜산, 설포-리토콜산, 글리코-설포-리토콜산, 타우로-설포-리토콜산, (3 또는 7)-글리코-이소-케노데옥시콜산, (3 또는 7)-타우로-이소-케노데옥시콜산, (3 또는 7)-글리코-옥소-케노데옥시콜산, 또는 (3 또는 7)-타우로-옥소-케노데옥시콜산을 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 설계된 조성물의 구축에서 사용될 수 있는 하나 이상의 박테리아 종은 이차 담즙산 생산에 관여되는 효소를 포함한다. 특정 구현예에서, 효소는 BSH 또는 HSDH를 포함한다. 일부 구현예에서, 본 개시를 위해 유용한 박테리아 종은 BSH 및 HSDH를 모두 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합은 대상체에서 담즙산(예컨대, 이차 담즙산, 예컨대, 데옥시콜산(DCA), 3-α-12-옥소-데옥시콜산, 3-β-12-α-데옥시콜산(3-이소데옥시콜산), 7-α-3-옥소-케노데옥시콜산, 리토콜산(LCA), 3-옥소LCA, 옥소-LCA, 이소-LCA, 및 이의 조합)의 수준을 증가시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 이차 담즙산의 수준은 참조 샘플에서의 대응 수준에 비해 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 증가된다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상(예컨대, 궤양성 결장염 촉발)을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다.
일부 구현예에서, 이차 담즙산의 수준 증가는 활성화된 세포(예컨대, LPS-자극 단핵구, LPS-자극 PBMC, 또는 TNF-α-자극 내장 상피 세포)에 의해 생산되는 친염증성 매개체(예컨대, TNF-α 또는 IL-8)의 수준을 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 이차 담즙산의 수준 증가는 활성화된 세포에 의해 생산되는 항염증성 매개체(예컨대, IL-10)의 수준을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 이차 담즙산의 수준 증가는 질환 상태의 적어도 하나의 양태의 개선(예컨대, 임상적 관해 또는 내시경/조직학적 반응 또는 대변 칼프로텍틴의 감소된 수준)과 연관된다.
특정 구현예에서, 활성화된 세포에 의해 생산되는 친염증성 매개체의 양은 참조 샘플(예컨대, 증가된 농도의 이차 담즙산으로 처리되지 않은 활성화된 세포) 대비 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 감소된다. 일부 구현예에서, 생산되는 항염증성 매개체의 수준은 참조 샘플(예컨대, 증가된 농도의 이차 담즙산으로 처리되지 않은 활성화된 세포) 대비 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 증가된다.
일부 구현예에서, 특정 이차 담즙산의 수준 감소는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애의 효과적인 치료에 있어서 중요할 수 있다. 이러한 이차 담즙산의 비제한적 예는 우르소데옥시콜산이다. 따라서, 특정 구현예에서, 본 개시를 위해 유용한 박테리아 및 박테리아 조합은 대상체에서 이차 담즙산의 수준을 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 이차 담즙산의 수준은 참조 샘플에서의 대응 수준에 비해 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 감소된다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상(예컨대, 궤양성 결장염 촉발)을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다.
항염증성 활성
본 출원인은 대상체에 투여되는 경우 항염증성 활성을 나타낼 수 있는 박테리아 및 박테리아 조합을 확인하였다. 본원에서 사용되는 용어 "항염증성 활성"은 염증을 방지하고/하거나 감소시키는 능력을 나타낸다. 용어 "염증" 또는 "친염증성"은 병원체, 손상된 세포, 또는 자극인자와 같은 개체의 면역계의 유해한 자극에 대한 복잡한 생물학적 반응을 나타내며, 친염증성 사이토카인, 즉, 주로 대식구 및 수지상 세포와 같은 활성화된 면역 세포에 의해 생산되며 염증성 반응의 증폭에 관여되는 사이토카인과 같은 친염증성 매개체의 분비가 포함된다.
임의의 하나의 특정 이론에 제한되지 않고, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합으로 관찰되는 항염증성 활성은 박테리아 또는 박테리아 조합의 다른 기능적 양태와 관련될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 항염증성 활성은 박테리아 또는 박테리아 조합이 시험관내 상피 세포에서 이차 담즙산, 트립토판 대사체, 단쇄 지방산을 생산하고, HDAC 억제를 억제하고/하거나 TNF-α-유도 IL-8 분비를 억제하는 능력과 관련된다. 따라서, 일부 구현예에서, 항염증성 활성을 갖는 박테리아 및 박테리아 조합은 하기 특징: (i) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ii) 히스톤 탈아세틸라제(HDAC) 활성을 억제할 수 있음, (iii) 시험관내 상피 세포에서 TNF-α-유도 IL-8 분비를 억제할 수 있음, 또는 (iv) NF-kB 및 NF-kB 표적 유전자를 억제할 수 있음 (v) 이의 임의의 조합 중 하나 이상을 갖는다. 박테리아 또는 박테리아 조합이 항염증성 활성을 갖는지 여부는 단쇄 지방산과 같은 대사체를 측정하기 위한 방법(예컨대, MS, LC-MS, GS-MS, LC-MS/MS), RNA 및/또는 단백질 수준에서 유전자 발현을 측정하는 방법(예컨대, Luminex 비드-기반 사이토카인 패널, 마이크로어레이, 나노스트링, 및 RNA-서열분석)을 포함하는, 당분야에 알려진 검정을 사용하여 측정될 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합의 항염증성 활성은 대상체(예컨대, 본원에서 개시되는 질환 또는 장애를 겪음)에서 생산되는/되거나 이에 존재하는 친염증성 매개체의 양을 감소시킬 수 있다. 특정 구현예에서, 대상체에서 생산되는/되거나 이에 존재하는 친염증성 매개체의 양은 참조 샘플 대비 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 감소된다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상(예컨대, 궤양성 결장염 촉발)을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플이다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합의 항염증성 활성은 대상체에서 항염증성 매개체의 양을 증가시킬 수 있다. 항염증성 매개체의 비제한적 예에는 비제한적으로 IL-1 수용체 길항제(IL-1RA), IL-4, IL-6, IL-10, IL-11, IL-13, TGF-β, 및 이의 조합이 포함된다. 특정 구현예에서, 항염증성 활성을 나타낼 수 있는 박테리아 및 박테리아 조합은 대상체에서 항염증성 매개체의 양을 참조 샘플 대비 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상(예컨대, 궤양성 결장염 촉발)을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플이다.
트립토판 대사 및 아릴 탄화수소 수용체
본원에서 사용되는 용어 "트립토판"은 필수 아미노산 트립토판을 나타내며, 이는 α-아미노산이고 화학식 C11H12N2O2를 갖는다. 단백질 합성에서의 그 용도에 더하여, 트립토판은, 예를 들어, 세로토닌(5-하이드록시트립타민), 멜라토닌, 키누레닌, 및 트립타민의 생산을 야기하는 여러 경로에서 중요하다. 트립토판 및 그 대사체는, 예를 들어, 면역억제, 면역 기능, 암, 염증성 질환, 상피 배리어 기능, 및 감염에 영향을 미칠 수 있다.
특정 트립토판 경로 산물은 아릴 탄화수소 수용체(Ahr) 작용제로 기능하는 것으로 나타났다. 상기 대사체에는, 예를 들어, 인돌, 인돌-3 알데하이드, 인돌-3 아세테이트, 인돌-3 프로피온산, 인돌, 3-메틸인돌, 인돌-3 아세트알데하이드, 인돌-3 아세토니트릴, 6-포르밀인돌로[3,2-b]카바졸(FICZ), 및 트립타민이 포함된다. Ahr은 특정한 T 세포 하위집단의 분화 및 활성 제어에서 역할을 담당한다. 이는 T 세포 및 항원 제시 세포(APC) 둘 다에서의 그 효과를 통해 차용 면역 반응에 영향을 미칠 수 있음이 보고되었다. Ahr은 CD4+ T 조절 세포(Treg)뿐만 아니라 FoxP3-IL-10+ CD4+ Tr1의 발생 및 유지, 그리고 Th17 세포의 유도에 관여되는 것으로 여겨진다. Ahr은 또한 3형 선천성 림프구 세포(ILC3)에 의한 사이토카인 발현을 변경한다. 이러한 세포성 효과에는 IL-22의 증가된 생산이 포함된다. Trp 대사체에 의한 AhR 유도는 생체내 모델에서 상피 배리어 온전성을 강화하고 결장염을 완화하는 것으로 보고되었다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 또는 박테리아 조합은 대상체에서 트립토판 대사체의 수준을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 트립토판 대사체는 인돌, 3-메틸 인돌, 인돌아크릴레이트, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다. 특정 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 또는 박테리아 조합은 대상체에서 인돌 및/또는 3-메틸인돌의 수준을 증가시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 트립토판 대사체의 수준은 참조 샘플에서의 대응 수준에 비해 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 증가된다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상(예컨대, 궤양성 결장염 촉발)을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 또는 박테리아 조합은 대상체에서 AhR-매개 Cyp1a1 발현의 수준을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, AhR-매개 Cyp1a1 발현의 수준은 참조 샘플에서의 대응 수준에 비해 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 증가된다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상(예컨대, 궤양성 결장염 촉발)을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다.
특정 기전에 제한되지 않고, 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아는 트립토판 대사체 생산에서의 증가를 통해 AhR-매개 Cyp1a1 발현 수준을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 트립토판 대사체(예컨대, 인돌 또는 3-메틸인돌) 수준의 증가는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애의 개선(예컨대, 임상적 관해)과 연관된다. 따라서, 일부 구현예에서, AhR-매개 Cyp1a1 발현의 수준 증가는 대상체의 병태, 예컨대 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염과 같은 IBD)로 진단받은 대상체에서의 개선과 연관된 하나 이상의 특징과 연관된다.
일부 구현예에서, 대상체에서 트립토판 대사체의 수준 감소는 질환 또는 장애의 치료에서 유용할 수 있다. 따라서, 특정 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합은 대상체에서 트립토판 대사체의 수준을 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 트립토판 대사체의 수준은 참조 샘플에서의 대응 수준에 비해 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 감소된다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다.
지방산
본 출원인은 대상체에서 특정 지방산을 생산할 수 있는 박테리아 및 박테리아 조합을 확인하였다. 일부 구현예에서, 지방산은 단쇄 지방산을 포함한다. 다른 구현예에서, 지방산은 중쇄 지방산을 포함한다. 본원에서 사용되는 용어 "단쇄 지방산"은 6개 미만의 탄소 원자를 갖는 지방산을 나타낸다. 단쇄 지방산의 비제한적 예에는 포르메이트, 아세테이트, 프로피오네이트, 부티레이트, 이소부트리에이트, 발레레이트, 이소발레레이트, 및 이의 조합이 포함된다. 특정 구현예에서, 단쇄 지방산은 아세테이트, 프로피오네이트, 부티레이트, 또는 이의 조합을 포함한다. 본원에서 사용되는 용어 "중쇄 지방산"은 중쇄 트리글리세리드를 형성할 수 있는, 6개 내지 12개 탄소 원자의 지방족 꼬리를 갖는 지방산을 나타낸다. 중쇄 지방산의 비제한적 예에는 헥사노에이트, 옥사타노에이트, 데카노에이트, 도데카노에이트, 및 이의 조합이 포함된다. 일부 구현예에서, 중쇄 지방산은 헥사노에이트를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 또는 박테리아 조합은 대상체에서 단쇄 지방산의 수준을 증가시킨다. 특정 구현예에서, 단쇄 지방산은 포르메이트, 아세테이트, 프로피오네이트, 부티레이트, 이소부트리에이트, 발레레이트, 이소발레레이트, 또는 이의 임의의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 단쇄 지방산은 프로피오네이트, 부티레이트, 아세테이트, 또는 이의 조합을 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체에서 단쇄 지방산의 수준은 참조 샘플에서의 대응 수준에 비해 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 증가된다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상(예컨대, 궤양성 결장염 촉발)을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 또는 박테리아 조합은 대상체에서 중쇄 지방산의 수준을 증가시킨다. 특정 구현예에서, 중쇄 지방산은 헥사노에이트를 포함한다. 일부 구현예에서, 대상체에서 중쇄 지방산의 수준은 참조 샘플에서의 대응 수준에 비해 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 증가된다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상(예컨대, 궤양성 결장염 촉발)을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플(예컨대, 대변 샘플)이다.
히스톤 탈아세틸라제(HDAC) 활성의 억제
히스톤 탈아세틸라제(HDAC)는 히스톤의 N-말단 끝에서의 특정한 부위로부터 아세틸 잔기를 제거할 수 있는 효소 패밀리이며, 이는 진핵 세포에서 DNA 염색질 구조의 일부이다. 히스톤 아세틸화의 항정 상태는 히스톤 아세틸트랜스퍼라제(HAT) 효소에 의한 아세틸화 및 HDAC에 의한 탈아세틸화의 균형의 결과이다. HDAC는 억제되지만 HAT 활성은 계속되는 경우, 히스톤이 과아세틸화되고, 이에 따라 고수준의 염색질 구조를 손상시키고 RNA 폴리머라제 III에 의한 전사를 자극한다. 유전자 발현에서 HDAC 억제의 효과는 일반화되지 않으며, 포유류 유전자의 2%만이 HDAC 억제에 의해 영향을 받는다.
내장 인간 마이크로바이옴에 의해 생산되는 일부 단쇄 지방산(SCFA)은 HDAC 억제제이다. 특히 부티레이트는 시험관내 및 생체내 HDAC 억제제로서 확인되었고, 고아세틸화 히스톤 H3 및 H4의 축적을 야기하였다(Candido 등, 1978 Cell 14:105-113; Boffa 등 1978 J Biol Chem 253:3364-3366; Vidali 등 1978 Proc Natl Acad Sci USA 75:2239-2243; Davie. 2003 J Nutrition 133:2485S-2493S). 프로피오네이트, 이소부티레이트, 이소발레레이트, 발레레이트, 락테이트, 및 아세테이트와 같은 다른 SCFA도 히스톤 탈아세틸화를 억제할 수 있지만, 부티레이트보다 덜 효과적인 것으로 보고되었다(Sealy 및 Chalkley. 1978 Cell 14:115-121; Latham 등 Nucl Acids Res 40:4794-4803, Waldecker 등 2008 J Nutr Biochem 19:587-593). 부티레이트의 특정 치료 효과는, 적어도 부분적으로, HDAC의 억제에 의해 매개되는 것으로 보고되어 있다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합은 HDAC 활성을 억제할(또는 감소시킬) 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 및 박테리아 조합은 참조 샘플에 비해 대상체에서의 HDAC 활성을 적어도 약 1%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 적어도 약 100%만큼 억제할(또는 감소시킬) 수 있다. 일부 구현예에서, 참조 샘플은 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 투여 전에 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플이다. 다른 구현예에서, 참조 샘플은 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 활성 증상(예컨대, 궤양성 결장염 촉발)을 갖는 대상체로부터 수득된 생물학적 샘플이다.
일부 구현예에서, HDAC 활성을 억제할 수 있는 본원에서 개시되는 박테리아는 상이한 영양소원에서 성장시키는 경우 HDAC 활성을 억제하는 이의 능력에 기반하여 7개의 표현형 클러스터(도 13에서 0~6으로 나타냄; 본원에서 "HDAC 클러스터"로 명명됨) 중 하나로 추가 그룹화될 수 있다. 사용될 수 있는 영양소원의 비제한적 예에는 단독 또는 비제한적으로 7개의 C원(글루코스, 푸코스, 수크로스, 전분, 펙틴, 포스/이눌린, 또는 뮤신) 중 하나가 0.5% 보충된 펩톤/효모 추출물 배지(PY)가 포함된다. 본원에서 사용되는 "HDAC 클러스터 0"은 다른 기질 상에서가 아니라 푸코스(뮤신 당단백질의 성분으로 확인된 당) 상에서 성장시키는 경우 HDAC를 억제할 수 있는 균주에 대응한다. 이들 균주는 프로피오네이트 생산을 위한 기질로서 푸코스를 이용할 수 있지만, 기본 배지에 존재하는 아미노산 또는 다른 조건에서 첨가되는 다른 단순 및 복합 탄수화물은 이용할 수 없다. "HDAC 클러스터 1"은 본원에서 개시되는 임의의 영양소원에서 성장시키는 경우 HDAC를 억제할 수 없는 균주에 대응한다. "HDAC 클러스터 2"는 수크로스, 이눌린, 글루코스, 또는 펙틴의 존재 하에 성장시키는 경우 HDAC를 억제할 수 있고 감소된 억제를 갖는 균주에 대응한다. "HDAC 클러스터 3"은 수크로스, 이눌린, 글루코스, 또는 펙틴의 존재 하에 성장시키는 경우 HDAC를 억제할 수 있고 감소된 억제를 갖는 균주에 대응한다. HDAC 클러스터 3에 속하는 균주는 뮤신의 존재 하에 성장시키는 경우 HDAC의 증가된 억제를 가질 수 있다. "HDAC 클러스터 4"는 본원에서 개시되는 모든 조건에서 HDAC를 억제할 수 있는 균주에 대응한다. 또한, 당, 다당류, 또는 뮤신의 첨가는 이들 균주의 HDAC 억제 활성을 증가시키거나 감소시키지 않는다. "HDAC 클러스터 5"는 수크로스, FOS/이눌린, 글루코스, 펙틴, 또는 전분의 존재 하에서만 성장시키는 경우 HDAC를 억제할 수 있는 균주에 대응한다. "HDAC 클러스터 6"은 수크로스, FOS/이눌린, 글루코스, 펙틴, 또는 뮤신의 존재 하에 성장시키는 경우 HDAC 억제를 증가시킬 수 있는 균주에 대응한다.
다른 기능적 특징
상술된 바와 같이, 상기에 상세히 기재된 특정한 기능에 부가하여, 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 또는 박테리아 조합은 하기 기능적 특징: (i) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (ii) B 비타민(예컨대, 티아민(B1) 및 피리독사민(B6))을 생산할 수 있음, (iii) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (iv) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (v) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (vi) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (vii) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, 또는 (viii) 이의 임의의 조합 중 하나 이상을 추가로 포함할 수 있다. 추가 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 또는 박테리아 조합은 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 없다. 특정 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 또는 박테리아 조합은 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 있다.
본원에서 개시되는 질환 또는 장애를 겪는 대상체에서의 임의의 생물학적 분자(예컨대, 상술된 것들)의 수준은 (본 개시(예컨대, 실시예 참고)에 기재된 바와 같이 또는 당분야에 알려진 임의의 다른 방법에 의해 측정될 수 있다.
일부 구현예에서, 본 개시의 박테리아 조성물(예컨대, 설계된 조성물)은 포자를 형성할 수 있는 하나 이상의 박테리아(즉, 포자-형성 박테리아)를 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 정제된 박테리아 집단을 포함하며, 박테리아는 포자 형태이다. 일부 구현예에서, 모든 박테리아는 포자 형태이다. 다른 구현예에서, 일부 박테리아는 포자 형태인 반면, 다른 박테리아는 포자 형태가 아니다(즉, 생장-상태). 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 포자-형성 박테리아의 정제된 집단을 포함하며, 박테리아는 모두 생장-상태이다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 인간에서 사용될 수 있는 하나 이상의 항생제에 민감한 박테리아 집단을 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물의 박테리아는 위장관의 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애(예컨대, 활성 IBD(예컨대, 크론병의 촉발))을 갖는 환자를 예방적으로 치료하기 위해 사용되는 하나 이상의 항생제에 내성이다. 이러한 항생제에는 비제한적으로 β-락탐, 반코마이신, 아미노글리코시드, 플루오로퀴놀론, 및 답토마이신이 포함된다.
일부 구현예에서, 본 개시를 위해 유용한 OTU(예컨대, 본원에서 개시되는 OTU)의 균주는 ATCC(atcc.org), DSMZ(dsmz.de), 또는 Riken BioResource Center(en.brc.riken.jp)와 같은 공공 생물학 자원 센터로부터 수득될 수 있다. 서열 동일성을 결정하는 방법은 당분야에 알려져 있다.
일부 구현예에서, 조성물은 설계된 조성물이다. DE1은 이러한 설계된 조성물의 일례이다. 추가적인 설계된 조성물의 비제한적 예가 도 30, 31, 및 32에 제공된다. 본원에서 사용되는 용어 "DE1"은 14개의 포자-형성 박테리아 종으로 구성되는 합성 조성물을 나타낸다. 도 30을 참조한다. DE1(뿐만 아니라 본원에서 개시되는 다른 예시적인 DE)은 본 출원인이 (예컨대, 본원에서 개시되는 질환 또는 장애의) 임상적 관해에 연관되고/되거나 항염증성 활성 및/또는 상피 배리어 온전성의 증강을 반영하는 특성을 갖는 것으로 나타난 것으로 확인한 핵심적인 기능적 및 계통유전학적 속성을 포착하도록 설계되었다. 따라서, DE1은 임상적 관해의 기능적 및 계통유전학적 연관성의 임상적 식견을 균주의 기능적 표현형에 대한 시험관내 스크리닝 데이터와 함께 통합한다. 구체적으로, DE1은 하기 기능적 속성: a) 트립토판 대사능, 구체적으로 인돌 및 3-메틸인돌을 생산하는 능력, b) 다양한 영양소 조건에 걸친 HDAC 억제능(예컨대 SCFA를 생산하는 능력), c) 중쇄 지방산, 구체적으로 발레레이트 및 헥사노에이트를 생산하는 능력, d) 콜레이트 및 케노데옥시콜레이트로부터의 데옥시콜산(DCA) 및 리토콜산(LCA)의 생산, e) 내장 상피 세포에서 IL-8의 유도를 억제하는 능력, f) 조절 T 세포를 유도하는 능력, 및 g) Wnt 신호전달 경로를 활성화하는 능력을 갖는 박테리아 조성물을 제공하도록 설계되었다. 이러한 기능적 특성이 DE1에 존재함을 확실히 하면서, FMT 연구에서 UC의 관해와 연관된 계통유전학적 다양성 및 계통유전학적 분기의 커버율을 나타내었다.
II. 제형물
이를 필요로 하는 인간 및 다른 대상체(예컨대, 본원에서 개시되는 질환 또는 장애를 겪는 대상체)에 대한 투여를 위한 제형물이 본원에서 추가로 제공된다. 일반적으로, 본원에서 기재되는 박테리아 조성물은 추가적인 활성 및/또는 비활성 물질과 조합되어 제형물을 제조한다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 단위 투여형으로 제형화되며, 각각의 투여형은, 예컨대, 약 102 내지 약 109개 포자, 예를 들어, 약 104 내지 약 108개 포자를 함유한다. 다른 구현예에서, 박테리아 조성물은 다회 용량 포맷으로 제형화된다. 본원에서 개시되는 제형물은 넓은 투여량 범위에 걸쳐 효과적일 수 있고 일반적으로 약학적 유효량으로 투여된다.
용어 "유효 용량" 또는 "유효 투여량"은 요망되는 효과를 달성하거나 적어도 부분적으로 달성하기 충분한 양으로서 정의된다. 약물 또는 치료제의 "치료 유효량" 또는 "치료 유효 투여량"은 단독으로 또는 또 다른 치료제와의 조합으로 사용되는 경우, 질환 증상의 중증도 감소, 질환 증상-부재 시기의 빈도 및 기간 증가, 또는 질환 이환으로 인한 손상 또는 장애의 방지로 입증되는 질환 퇴행을 촉진하는 약물의 임의의 양이다. 약물의 치료 유효량 또는 투여량에는 "예방 유효량" 또는 "예방 유효 투여량"이 포함되며, 이는 질환의 발생 위험이 있거나 질환 재발을 겪는 대상체에 단독으로 또는 또 다른 치료제와의 조합으로 투여되는 경우, 질환의 발생 또는 재발을 억제하는 약물의 임의의 양이다. 치료제가 질환 퇴행을 촉진하거나 질환의 발생 또는 재발을 억제하는 능력은 숙련된 임상 시험 동안 인간 대상체에서, 인간에서의 유효성을 예측하는 동물 모델 시스템에서, 또는 시험관내 검정에서 제제의 활성 검정에 의한 것과 같은 실시자에게 알려진 다양한 방법을 사용하여 평가될 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "투여량"은 각각의 개별 종 또는 균주의 콜로니 형성 단위(CFU)의 총 수를 나타낼 수 있거나; 용량 중 미생물의 총 수를 나타낼 수 있다. 투여량 중 유기체의 수 결정은 정확하지 않으며 존재하는 유기체의 수를 결정하기 위해 사용되는 방법에 의존할 수 있음이 당분야에서 이해된다. 예를 들어, 조성물에 포자가 포함되는 경우, 조성물 중 포자의 수는 디피콜린산 검정을 사용하여 결정될 수 있다(Fichtel 등, FEMS Microbiol Ecol 61: 522-532 (2007)). 유효 용량은 시험관내 또는 동물 모델 평가 시스템으로부터 유도되는 용량-반응 곡선으로부터 외삽될 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "단위 투여형"은 인간 대상체 및 다른 포유류를 위한 단위 투여량으로서 적합한 물리적 개별 단위를 나타내며, 각각의 단위는 적합한 약학 부형제와 함께, 요망되는 치료 효과를 생성하기 위해 계산된 사전 결정된 양의 활성 성분을 함유한다. 일부 경우에서, 1 단위를 초과하는 투여형이 용량을 구성한다. 예를 들어, 단회 용량은 1 단위 투여형, 2 투여량 단위 형태, 3 투여량 단위 형태, 4 단위 투여형, 5 단위 투여형, 또는 초과일 수 있다. 일부 경우에서, 단회 용량을 구성하는 단위 투여형의 수는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 20, 25, 또는 30 단위 투여형이다. 단회 용량은, 예컨대, 약 103 내지 약 109개 포자, 예를 들어, 약 104 내지 약 108개 포자일 수 있다. 일부 구현예에서, 용량은 용량 중 총 약 102 내지 약 108개 포자를 함유하는 1, 2, 3, 또는 4 캡슐이다. 여러 투여형을 갖는 단회 용량의 경우, 투여형은 일반적으로 처방 기간 내에, 예컨대 1시간, 2시간, 5시간, 10시간, 15시간, 또는 24시간 내에 전달된다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 적어도 하나의 탄수화물을 포함한다. "탄수화물"은 당 또는 당의 중합체를 나타낸다. 용어 "당류", "다당류", "탄수화물", 및 "올리고류"는 상호 교환적으로 사용될 수 있다. 대부분의 탄수화물은 여러 하이드록실기, 보통 분자의 각각의 탄소 원자 상에 하나씩을 갖는 알데하이드 또는 케톤이다. 탄수화물은 일반적으로 분자식 CnH2nOn을 갖는다. 탄수화물은 단당류, 이당류, 삼당류, 올리고당류, 또는 다당류일 수 있다. 가장 기본적인 탄수화물은 글루코스, 수크로스, 갈락토스, 만노스, 리보스, 아라비노스, 자일로스, 및 프룩토스와 같은 단당류이다. 이당류는 2개의 연결된 단당류이다. 예시적인 이당류에는 수크로스, 말토스, 셀로바이오스, 및 락토스가 포함된다. 전형적으로, 올리고당류에는 3 내지 6개의 단당류 단위(예컨대, 라피노스, 스타키오스)가 포함되며, 다당류에는 6개 또는 초과의 단당류 단위가 포함된다. 예시적인 다당류에는 전분, 글리코겐, 및 셀룰로스가 포함된다. 탄수화물은 하이드록실기가 제거된 2'-데옥시리보스, 하이드록실기가 불소로 대체된 2'-플루오로리보스, 또는 글루코스의 질소 함유 형태인 N-아세틸글루코사민(예컨대, 2'-플루오로리보스, 데옥시리보스, 및 헥소스)과 같은 변형된 당류 단위를 함유할 수 있다. 탄수화물은 여러 상이한 형태로, 예를 들어, 이형태체, 고리형 형태, 비고리형 형태, 입체이성질체, 호변이체, 아노머, 및 이성질체로 존재할 수 있다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 적어도 하나의 지질을 포함한다. 본원에서 사용되는 "지질"에는 지방, 오일, 트리글리세리드, 콜레스테롤, 인지질, 자유 지방산을 포함하는 임의의 형태의 지방산이 포함된다. 지방, 오일 및 지방산은 포화, 불포화(시스 또는 트랜스) 또는 부분 불포화(시스 또는 트랜스)일 수 있다. 일부 구현예에서 지질은 라우르산(12:0), 미리스트산(14:0), 팔미트산(16:0), 팔미톨산(16:1), 마가린산(17:0), 헵타데센산(17:1), 스테아르산(18:0), 올레산(18:1), 리놀레산(18:2), 리놀렌산(18:3), 옥타데카테트라엔산(18:4), 아라키드산(20:0), 아이코센산(20:1), 아이코사디엔산(20:2), 아이코사테트라엔산(20:4), 아이코사펜타엔산(20:5)(EPA), 도코산산(22:0), 도코센산(22:1), 도코사펜타엔산(22:5), 도코사헥사엔산(22:6)(DHA), 및 테트라코산산(24:0)으로부터 선택되는 적어도 하나의 지방산을 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 적어도 하나의 변형된 지질, 예를 들어 요리에 의해 변형된 지질을 포함한다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 적어도 하나의 보충 미네랄 또는 미네랄원을 포함한다. 미네랄의 예에는 비제한적으로 클로라이드, 나트륨, 칼슘, 철, 크롬, 구리, 요오드, 아연, 마그네슘, 망간, 몰리브덴, 인, 칼륨, 및 셀레늄이 포함된다. 임의의 상기 미네랄의 적합한 형태에는 가용성 미네랄 염, 약가용성 미네랄 염, 불용성 미네랄 염, 킬레이트화된 미네랄, 미네랄 복합체, 카보닐 미네랄과 같은 비반응성 미네랄, 및 환원된 미네랄, 그리고 이의 조합이 포함된다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 적어도 하나의 보충 비타민을 포함한다. 적어도 하나의 비타민은 지용성 또는 수용성 비타민일 수 있다. 적합한 비타민에는 비제한적으로 비타민 C, 비타민 A, 비타민 E, 비타민 B12, 비타민 K, 리보플라빈, 니아신, 비타민 D, 비타민 B6, 엽산, 피리독신, 티아민, 판토텐산, 및 바이오틴이 포함된다. 임의의 상기의 적합한 형태는 비타민의 염, 비타민의 유도체, 비타민의 동일하거나 유사한 활성을 갖는 화합물, 및 비타민의 대사체이다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 부형제를 포함한다. 적합한 부형제의 비제한적 예에는 완충제, 희석제, 보존제, 안정화제, 결합제, 압축제, 윤활제, 분산강화제, 붕해제, 풍미제, 감미제, 및 착색제가 포함된다.
일부 구현예에서, 부형제는 완충제이다. 적합한 완충제의 비제한적 예에는 나트륨 시트레이트, 마그네슘 카보네이트, 마그네슘 바이카보네이트, 칼슘 카보네이트, 및 칼슘 바이카보네이트가 포함된다.
일부 구현예에서, 부형제는 희석제로 작용한다. 이러한 구현예에서, 부형제는 활성 성분(예컨대, 본원에서 개시되는 조성물의 박테리아)에 대한 비히클, 담체, 또는 배지로서 작용하는 고체, 반고체, 또는 액체 물질일 수 있다. 따라서, 제형물은, 예컨대, 정제, 알약, 분말, 로젠지, 사체트, 카체트, 엘릭서, 현탁액, 에멀젼, 용액, 시럽, 에어로졸(고체로서 또는 액체 매질 중), 예를 들어 최대 10중량%의 활성 성분을 함유하는 연고, 연질 캡슐, 경질 캡슐, 젤-캡, 정제, 좌약, 용액, 또는 패키지화된 분말 형태일 수 있다. 일부 경우에서, 생활성 박테리아의 전달 최대화는 제형물 중 위-내성 중합체, 부착 강화제, 또는 제어 방출 강화제의 포함에 의해 강화된다.
일부 구현예에서, 부형제는 보존제를 포함한다. 적합한 보존제의 비제한적 예에는 항산화제, 예컨대 알파-토코페롤 및 아스코르베이트, 및 항생제, 예컨대 파라벤, 클로로부탄올, 및 페놀이 포함된다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 부형제로서 결합제를 포함한다. 적합한 결합제의 비제한적 예에는 전분, 사전 젤라틴화된 전분, 젤라틴, 폴리비닐피롤리돈, 셀룰로스, 메틸셀룰로스, 나트륨 카복시메틸셀룰로스, 에틸셀룰로스, 폴리아크릴아미드, 폴리비닐옥소아졸리돈, 폴리비닐알코올, C12~C18 지방산 알코올, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리올, 당류, 올리고당류, 및 이의 조합이 포함된다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 부형제로서 윤활제를 포함한다. 적합한 윤활제의 비제한적 예에는 마그네슘 스테아레이트, 칼슘 스테아레이트, 아연 스테아레이트, 수소화 식물성 오일, 스테로텍스, 폴리옥시에틸렌 모노스테아레이트, 활석, 폴리에틸렌글리콜, 나트륨 벤조에이트, 나트륨 라우릴 설페이트, 마그네슘 라우릴 설페이트, 및 경질 미네랄 오일이 포함된다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 부형제로서 분산 강화제를 포함한다. 적합한 분산제의 비제한적 예에는 전분, 알긴산, 폴리비닐피롤리돈, 구아 검, 카올린, 벤토나이드, 정제된 목재 셀룰로스, 나트륨 전분 글리콜레이트, 이소무정형 실리케이트, 및 마이크로결정형 셀룰로스가 고 HLB 유화제 계면활성제로서 포함된다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 부형제로서 붕해제를 포함한다. 일부 구현예에서, 붕해제는 비-발포성 붕해제이다. 적합한 비-발포성 붕해제의 비제한적 예에는 옥수수 전분, 감자 전분, 이의 사전 젤라틴화된 및 변형된 전분과 같은 전분, 감미제, 벤토나이트와 같은 점도, 마이크로결정성 셀룰로스, 알기네이트, 나트륨 전분 글리콜레이트, 아가, 구아, 로커스트 빈, 카라야, 펙틴, 및 트래거캔스와 같은 검이 포함된다. 일부 구현예에서, 붕해제는 발포성 붕해제이다. 적합한 발포성 붕해제의 비제한적 예에는 시트르산과 조합된 나트륨 바이카보네이트, 및 타르타르산과 조합된 나트륨 바이카보네이트가 포함된다.
일부 구현예에서, 부형제는 풍미제를 포함한다. 풍미제는 합성 풍미 오일 및 풍미 방향제; 천연 오일; 식물, 잎, 꽃, 및 과일로부터의 추출물; 및 이의 조합으로부터 선택될 수 있다. 일부 구현예에서, 풍미제는 계피유; 동록유; 박하유; 정향유; 건초유; 회향유; 유칼립투스; 바닐라; 레몬 오일, 오렌지 오일, 포도 및 자몽 오일과 같은 시트러스 오일; 및 사과, 복숭아, 배, 딸기, 라즈베리, 체리, 자두, 파인애플, 및 살구를 포함하는 과일 에센스로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 부형제는 감미제를 포함한다. 적합한 감미제의 비제한적 예에는 글루코스(옥수수 시럽), 덱스트로스, 전화당, 프룩토스, 및 이의 혼합물(담체로서 사용되지 않는 경우); 사카린 및 나트륨 염과 같은 그 다양한 염; 아스파탐과 같은 디펩티드 감미제; 디하이드로칼콘 화합물, 글리시리진; 스테비아 레바우디아나(Stevia Rebaudiana(스테비오시드(Stevioside))); 수크랄로스와 같은 수크로스의 클로로 유도체; 및 소르비톨, 만니톨, 실리톨과 같은 당 알코올 등이 포함된다. 수소화된 전분 가수분해물 및 합성 감미제 3,6-디하이드로-6-메틸-1,2,3-옥사티아진-4-온-2,2-디옥시드, 특히 이의 칼륨 염(아세설팜-K), 및 나트륨 및 칼슘 염이 또한 고려된다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 착색제를 포함한다. 적합한 착색제의 비제한적 예에는 식품, 약품 및 화장품 컬러(FD&C), 약품 및 화장품 컬러(D&C), 및 외부 약품 및 화장품 컬러(Ext. D&C)가 포함된다. 착색제는 염료 또는 이의 대응하는 레이크 안료로 사용될 수 있다.
추가적인 적합한 부형제에는, 예를 들어, 식염수, 인산염 완충 식염수(PBS), 코코아 버터, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리알코올(예컨대, 글리세롤, 소르비톨, 또는 만니톨) 및 이눌린과 같은 프리바이오틱 올리고당류, Crystalean® 전분, 또는 덱스트린이 포함된다. 부형제는 또한, 적어도 부분적으로, 특정 조성물에서 OTU가 위 pH(경구 또는 GI 관으로 직접 전달되는 경우) 및/또는 담즙산, 또는 대상체(예컨대, 궤양성 결장염 환자)로의 전달 시 제형물이 직면하는 다른 조건을 견디는 능력의 원인이 되도록 선택될 수 있다.
제형물 중 부형제 또는 부형제 조합의 중량 분율은 보통 조성물 총 중량의 약 95% 이하, 약 90% 이하, 약 85% 이하, 약 80% 이하, 약 75% 이하, 약 70% 이하, 약 65% 이하, 약 60% 이하, 약 55% 이하, 50% 이하, 약 45% 이하, 약 40% 이하, 약 35% 이하, 약 30% 이하, 약 25% 이하, 약 20% 이하, 약 15% 이하, 약 10% 이하, 약 5% 이하, 약 2% 이하, 또는 약 1% 이하와 같은 약 99% 이하이다.
본 개시의 제형물의 제조에서, 박테리아 조성물은 다른 성분, 예컨대, 본원에서 개시된 것들과의 조합 전에 적절한 입자 크기를 제공하도록 제분될 수 있다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 대상체로의 투여 후 활성 성분의 신속, 지속, 또는 지연 방출을 제공하기 위해, 예를 들어 결장에서의 방출을 위해 당분야에 알려진 방법 및 형태를 채택하여 제형화된다.
본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 다양한 형태로 제형화되고 여러 상이한 수단에 의해 투여될 수 있다. 박테리아 조성물은 요망되는 바에 따라 통상적으로 허용 가능한 담체, 아주반트, 및 비히클을 함유하는 제형물로 경구, 직장, 또는 비경구 투여될 수 있다. 본원에서 사용되는 용어 "비경구"에는 피하, 정맥내, 근육내, 또는 흉골내 주사 및 주입 기법이 포함된다. 하나의 예시적인 구현예에서, 박테리아 조성물은 경구 투여된다.
경구 투여용 고체 투여형에는 캡슐, 정제, 캐플릿, 알약, 트로키, 로젠지, 분말, 및 과립이 포함된다. 캡슐은 전형적으로 박테리아 조성물을 포함하는 코어 물질 및 코어 물질을 캡슐화하는 셸 벽을 포함한다. 일부 구현예에서 코어 물질은 고체, 액체, 및 에멀젼 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 구현예에서 셸 벽 물질은 연질 젤라틴, 경질 젤라틴, 및 중합체 중 적어도 하나를 포함한다. 적합한 중합체에는 비제한적으로 하이드록시프로필 셀룰로스, 하이드록시에틸 셀룰로스, 하이드록시프로필 메틸 셀룰로스(HPMC), 메틸 셀룰로스, 에틸 셀룰로스, 셀룰로스 아세테이트, 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트, 셀룰로스 아세테이트 트리멜리테이트, 하이드록시프로필메틸 셀룰로스 프탈레이트, 하이드록시프로필메틸 셀룰로스 숙시네이트 및 카복시메틸셀룰로스 나트륨과 같은 셀룰로스계 중합체; 아크릴산, 메타크릴산, 메틸 아크릴레이트, 암모니오 메틸아크릴레이트, 에틸 아크릴레이트, 메틸 메타크릴레이트 및/또는 에틸 메타크릴레이트로부터 형성된 것들과 같은 아크릴산 중합체 및 공중합체(예컨대, 상표명 "Eudragit" 하에 판매되는 공중합체); 폴리비닐 피롤리돈, 폴리비닐 아세테이트, 폴리비닐아세테이트 프탈레이트, 비닐아세테이트 크로톤산 공중합체, 및 에틸렌-비닐 아세테이트 공중합체와 같은 비닐 중합체 및 공중합체; 및 셸락(정제된 락)이 포함된다. 일부 구현예에서 적어도 하나의 중합체는 맛-차폐제로 기능한다.
정제, 알약 등은 압축되거나, 다층 압축되거나, 다층 층화되거나, 및/또는 코팅될 수 있다. 코팅은 단층 또는 다층일 수 있다. 일부 구현예에서, 코팅 물질은 식물, 진균, 및 미생물 중 적어도 하나로부터 추출된 당류, 다당류, 및 당단백질 중 적어도 하나를 포함한다. 비제한적 예에는 옥수수 전분, 밀 전분, 감자 전분, 타피오카 전분, 셀룰로스, 헤미셀룰로스, 덱스트란, 말토덱스트린, 사이클로덱스트린, 이눌린, 펙틴, 만난, 아라비아 검, 로커스트 빈 검, 메스콰이트 검, 구아 검, 카라야 검, 가티 검, 트래거캔스 검, 푸노리, 카라기난, 한천, 알기네이트, 키토산, 또는 겔란 검이 포함된다. 일부 구현예에서 코팅 물질은 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서 코팅 물질은 지방 및 오일 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 구현예에서 지방 및 오일 중 적어도 하나는 고온 용융성이다. 일부 구현예에서 지방 및 오일 중 적어도 하나는 수소화되거나 부분 수소화된다. 일부 구현예에서 지방 및 오일 중 적어도 하나는 식물로부터 유래된다. 일부 구현예에서 지방 및 오일 중 적어도 하나는 글리세리드, 자유 지방산, 및 지방산 에스테르 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 구현예에서 코팅 물질은 적어도 하나의 식용 왁스를 포함한다. 식용 왁스는 동물, 곤충, 또는 식물로부터 유래될 수 있다. 비제한적 예에는 밀랍, 라놀린, 소귀나무 왁스, 카르나우바 왁스, 및 쌀겨 왁스가 포함된다.
일부 구현예에서, 정제 또는 알약은 조성물을 둘러싼 내부 성분 및 외부 성분을 포함하며, 후자는 전자 상에 걸쳐 외피로 작용한다. 2개 성분은 위에서의 붕해에 저항할 수 있고 내부 성분이 십이지장 내로 온전히 통과하거나 방출이 지연되도록 허용하는 장용성 코팅층에 의해 분리될 수 있다.
대안적으로, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물을 구체화하는 분말 또는 과립은 식품 제품 내로 포함될 수 있다. 일부 구현예에서, 식품 제품은 경구 투여용 드링크이다. 적합한 드링크의 비제한적 예에는 과일 주스, 과일 드링크, 인공 풍미가미 드링크, 인공 감미 드링크, 탄산 음료, 스포츠 드링크, 액체 유제품, 셰이크, 알코올성 음료, 카페인화 음료, 유아식 등이 포함된다. 경구 투여를 위한 다른 적합한 수단에는 수성 및 비수성 용액, 에멀젼, 현탁액 및 적합한 용매, 보존제, 유화제, 현탁화제, 희석제, 감미제, 착색제, 및 풍미제 중 적어도 하나를 함유하는, 비-발포성 과립으로부터 재구성된 용액 및/또는 현탁액이 포함된다.
일부 구현예에서, 식품 제품은 고체 식량이다. 고체 식량의 적합한 예에는 비제한적으로 식품 바, 스낵 바, 쿠키, 브라우니, 머핀, 크래커, 아이스크림 바, 프로즌 요거트 바 등이 포함된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 치료 식품 내로 포함된다. 일부 구현예에서, 치료 식품은 선택적으로 일부 또는 전체 필수 다량영양소 및 미량영양소를 함유하는, 사용-준비된 식품이다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 기존 식사 내로 배합되도록 설계되는 보충 식품 내로 포함된다. 일부 구현예에서, 보충 식품은 일부 또는 전체 필수 다량영양소 및 미량영양소를 함유한다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 식품의 단백질 영양을 강화하기 위해 기존 식품과 배합되거나 이에 첨가된다. 예에는 기본 식품(곡물, 염, 당, 요리 오일, 마가린), 음료(커피, 차, 소다, 맥주, 술, 스포츠 드링크), 스낵, 단 것(sweets) 및 다른 식품이 포함된다.
일부 구현예에서, 제형물은 경구 투여를 위해 젤라틴 캡슐 내로 충전된다. 적절한 캡슐의 예는 10(최대 100 mg)의 동결건조된 분말(108 내지 1011 박테리아), 160 mg 마이크로결정성 셀룰로스, 77.5 mg 젤라틴, 및 2.5 mg 마그네슘 스테아레이트를 함유하는 250 mg 젤라틴 캡슐이다. 다른 구현예에서, 약 105 내지 약 1012 박테리아가 사용될 수 있고, 필요한 경우 주치의의 부형제 조정과 함께 약 105 내지 약 107, 약 106 내지 약 107, 또는 약 108 내지 약 1010 박테리아가 사용될 수 있다. 추가 구현예에서, 장용성-코팅 캡슐 또는 정제 또는 완충 또는 보호 조성물을 갖는 것들이 사용될 수 있다. 장용성 중합체(예컨대 본원에서 기재되는 캡슐 또는 정제를 코팅하기 위해 사용되는 것들)의 사용은 경구 투여를 위해 본원에서 개시되는 박테리아 조성물을 제형화하는 경우 유용할 수 있다. 특정 구현예에서, 장용성 중합체는 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 대상체의 위장관으로의 보다 효율적인 전달을 허용한다. 일부 구현예에서, 장용성-코팅 캡슐 또는 정제는 장용성-코팅 캡슐 또는 정제가 위를 통과한 후 pH가 알칼리성이 되었을 때 이의 내용물(즉, 본원에서 개시되는 박테리아 또는 박테리아 조합)을 방출한다. pH 민감성 조성물(예컨대, 장용성 중합체)이 박테리아 조성물을 제형화하기 위해 사용되는 경우, pH 민감성 조성물은 바람직하게는 조성물 분해의 pH 역치가 6.8 내지 7.5인 중합체이다. 이러한 수치 값 범위는 pH가 위의 원위부에서 알칼리쪽으로 변화하는 경우의 범위이며, 이에 따라 결장으로의 전달에서 사용하기 위해 적합한 범위이다.
또한, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물의 결장으로의 전달을 개선하기 위한 접근에는 구체적으로 내용물의 방출을 소장 통과 시간에 대응하는, 대략 3 내지 5시간만큼 지연함으로써 위장관으로의 전달을 확보하는 조성물이 포함될 수 있다. 방출을 지연하기 위한 조성물을 포함하는 약학 제조물의 제형화의 일례에서, 하이드로겔이 셸로서 사용된다. 하이드로겔은 수화되며 위장관 유체와의 접촉 시 팽윤하여, 내용물이 효과적으로 방출된다. 또한 지연 방출 투여량 단위에는 약물을 코팅하거나 선택적으로 코팅하는 물질을 갖는 약물-함유 조성물이 포함된다. 이러한 선택적 코팅 물질의 예에는 생체내 분해성 중합체, 점차적으로 가수분해 가능한 중합체, 점차적으로 수용성인 중합체, 및/또는 효소 분해성 중합체가 포함된다. 방출을 효율적으로 지연하기 위해 바람직한 코팅 물질은 특별히 제한되지 않으며, 이의 예에는 하이드록시프로필 셀룰로스와 같은 셀룰로스계 중합체, 메타크릴산 중합체 및 공중합체와 같은 아크릴산 중합체 및 공중합체, 그리고 폴리비닐피롤리돈과 같은 비닐 중합체 및 공중합체가 포함된다.
결장으로의 전달을 표적화하는 추가적인 조성물에는 구체적으로 결장 점막에 부착하는 생체부착성 조성물(예를 들어, U.S. 특허 번호 6,368,586의 명세서에 기재된 중합체), 및 특히 프로테아제의 활성으로 인한 위장관에서의 본원에서 개시되는 박테리아 조성물을 분해로부터 보호하기 위해 프로테아제 억제제가 포함되는 조성물이 포함된다.
추가적인 결장-전달 기전은 내용물이 위의 원위부에서 박테리아 발효에서의 가스 발생에 의해 결장으로부터 방출되도록 하는 압력 변화를 통한다. 이러한 압력-변화는 특별히 제한되지 않으며, 이의 보다 구체적인 예는 좌약 기재 중에 분산된 내용물을 가지며 소수성 중합체(예를 들어, 에틸 셀룰로스)로 코팅되는 캡슐이다.
결장으로의 전달을 위한 추가 조성물에는, 예를 들어, 결장에 존재하는 효소(예를 들어, 탄수화물 가수분해효소 또는 탄수화물 환원효소)에 민감성인 성분을 포함하는 본원에서 개시되는 박테리아 조성물이 포함된다. 이러한 조성물은 특별히 제한되지 않으며, 이의 보다 구체적인 예에는 비-전분 다당류, 아밀로스, 잔탄 검, 및 아조중합체와 같은 식품 성분을 사용하는 조성물이 포함된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 접목 또는 유효성을 강화하기 위해 발아제와 함께 제형화된다. 일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 접목 또는 유효성을 강화하기 위해 프리바이오틱 성분과 함께 제형화되거나 투여된다.
일부 구현예에서, 각각의 유형의 박테리아의 수는 동일한 수준 또는 양 또는 상이한 수준 또는 양으로 존재할 수 있다. 예를 들어, 2가지 유형의 박테리아를 갖는 박테리아 조성물에서, 박테리아는 약 1:10,000 비 내지 약 1:1 비, 약 1:10,000 비 내지 약 1:1,000 비, 약 1:1,000 비 내지 약 1:100 비, 약 1:100 비 내지 약 1:50 비, 약 1:50 비 내지 약 1:20 비, 약 1:20 비 내지 약 1:10 비, 약 1:10 비 내지 약 1:1 비로 존재할 수 있다. 적어도 3가지 유형의 박테리아를 갖는 박테리아 조성물에 있어서, 박테리아 유형의 비는 2가지 유형의 박테리아를 갖는 박테리아 조성물에 대한 비로부터 페어식으로 선택될 수 있다. 예를 들어, 박테리아 A, B, 및 C를 포함하는 박테리아 조성물에서, 박테리아 A 및 B 간의 비, 박테리아 B 및 C 간의 비, 및 박테리아 A 및 C 간의 비 중 적어도 하나가 상기 페어식 조합으로부터 독립적으로 선택될 수 있다.
III. 대상체를 치료하는 방법
본원에서 개시되는 조성물 및 제형물은, 예컨대, 질환의 하나 이상의 징후 또는 증상을 완화함으로써(예컨대, 임상적 관해를 유도하여), 및/또는 활성 질환의 재발을 감소시킴으로써(예컨대, 임상적 관해를 유지하여) 위장관의 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애(예컨대, IBD, 예를 들어, 궤양성 결장염)의 치료 및/또는 방지를 위해 사용될 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "치료한다", "치료하는", 및 "치료"는 질환과 연관된 증상, 합병증, 병태 또는 생화학적 표시의 진행, 발생, 중증도 또는 재발을 역전시키거나, 경감시키거나, 완화하거나, 억제하거나, 늦추거나 방지하는 또는 전반적 생존을 강화하는 목적으로 대상체 상에서 수행되는 임의의 유형의 개입 또는 공정, 또는 대상체에 대한 활성 제제의 투여를 나타낸다. 치료에는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애, 예컨대, 궤양성 결장염과 연관된 적어도 하나의 징후 또는 증상의 감소가 포함될 수 있다. 치료는 질환을 갖는 대상체 또는 질환을 갖지 않는 대상체(예컨대, 예방을 위한)에 대한 것일 수 있다. "방지"는 질환의 위험 감소, 관해의 길이 증가, 또는 재발율의 감소를 의미할 수 있는 것으로 이해된다.
일부 구현예에서, 제형물을 이용하는 치료는 하기: (i) 대상체에서 위장관(GI) 마이크로바이옴의 다양성 증가, (ii) 대상체에서 GI 염증 감소, (iii) 참조 대조군(예컨대, 미치료 환자 또는 치료 전 대상체) 대비 대상체에서 점막 및/또는 상피 배리어 온전성 개선, (iv) 점막 치유의 촉진 및 (v) 본원에서 개시되는 질환 또는 장애의 적어도 하나의 징후 또는 증상의 다른 개선 중 적어도 하나와 연관된다. 이러한 개선에는 또한, 예를 들어, 치료 후 특정 생물학적 분자(예컨대, 대변 칼프로텍틴, 이차 담즙산, 트립토판 대사체, 단쇄 및 중쇄 지방산, 스피노지질, 및 키누레닌)의 수준 감소 또는 증가와 같은 바이오마커를 통해 검출되는 개선이 포함될 수 있다.
일부 구현예에서, 염증성 질환(예컨대, 궤양성 결장염)을 겪는 대상체를 치료하는 경우, 점막 치유와 같은 질환의 개선은 내시경 마요 스코어에서의 감소에 의해 평가될 수 있다. 마요 스코어는 당분야에 알려져 있고, 예컨대, globalrph.com/mayo clinic score.htm을 참고한다. 치료-전 스코어(즉, 기준선)로부터의 총 마요 스코어의 감소 및/또는 직장 출혈 및/또는 내시경 하위스코어의 개선은 치료 효과를 시사한다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 제형물을 이용한 치료 후 개선율(예컨대, 임상적 관해율)은 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 약 100%이다. 일부 구현예에서, 개선율(예컨대, 임상적 관해율)은 위약 대비, 예컨대, 적어도 각각 25% 대 10% 개선된다. 일부 구현예에서, 임상적 관해는 마요 스코어 2 이하, 1 초과의 개별 하위스코어 없음이다.
일부 구현예에서, 본 개시의 제형물을 이용한 치료에 대한 임상적 반응은 위약 대비, 예컨대, 각각 10%에 대비하여 적어도 25%이다. 염증성 질환, 예컨대, 궤양성 결장염을 겪는 대상체를 치료하는 경우, 점막 치유는 마요 스코어의 내시경 하위스코어 상에서 0 또는 1로 정의된다. 임상적 반응은, 일부 구현예에서, 직장 출혈 하위스코어 1 이상의 감소 또는 직장 출혈 하위스코어 0 또는 1이 수반되는, 마요 스코어의 기준선으로부터의 30% 이상 및/또는 3포인트 이상의 감소이다. 일부 구현예에서, 임상적 반응은 직장 출혈 하위스코어의 1포인트 초과 감소 또는 절대 직장 출혈 하위스코어 0 또는 1 중 적어도 하나와 함께, 기준선으로부터 총 변형 마요 스코어(TMMS)의 3포인트 이상의 감소로 정의된다. 완전 관해는 홍반 부재, 혈액 부재, 및 염증의 증거 부재와 함께 TMMS 2 미만 및 내시경 하위스코어 0으로 정의된다. 내시경 개선은 내시경 하위스코어 1 초과의 감소로 정의된다.
본원에서 개시되는(예컨대, 설계된 박테리아 조성물을 포함하는) 제형물은 위장관의 미생물불균형과 연관된 임의의 질환 또는 장애를 치료하기 위해 사용될 수 있다. 이러한 질환 또는 장애의 비제한적 예가 본 개시에 걸쳐 제공된다.
본원에서 기재되는 제형물은 대상체, 예컨대 치료를 필요로 하는 인간과 같은 포유류에 대한 투여를 위해, 예컨대, 본원에서 개시되는 질환 또는 장애 또는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애의 징후 또는 증상을 방지하거나 치료하기 위해 또는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애의 재발을 방지하기 위해 유용하다. 일부 구현예에서, 포유류 대상체는 인간 대상체이다. 일부 구현예에서, 인간 대상체(예컨대, 환자)는 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 하나 이상의 징후 또는 증상을 갖는다. 이러한 징후 또는 증상의 비제한적 예에는 비제한적으로 설사(예컨대, 혈액 또는 고름 함유); 복통 및 경련; 직장통; 직장 출혈; 긴급한 변의; 긴급성에도 불구하고 배변 불능; 체중 감소; 피로; 열; 성장 부전(어린이에서); 중증 출혈; 결장 천공; 중증 탈수; 간 질환; 골다공증; 피부, 관절, 또는 눈의 염증; 구강 궤양; 증가된 결장암 위험; 독성 큰결장증; 또는 정맥 및 동맥에서의 증가된 혈액 응고의 위험이 포함될 수 있다. 본원에서 제공되는 제형물을 사용하는 치료 유효 처리는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애의 이러한 징후 및 증상 중 하나 이상을 완화할 수 있다. 일부 구현예에서, 환자는 관해 상태이며 미생물 조성물은 유지 치료법을 통해 관해 기간을 증가시키기 위해 투여된다.
치료의 유효성은 징후 및 또는 증상을 평가함으로써 그리고 개선의 유도 및/또는 관해의 유지 또는 개선된 병태가, 예컨대 적어도 약 1주, 적어도 약 2주, 적어도 약 3주, 적어도 약 4주, 적어도 약 8주, 또는 적어도 약 12주 동안 달성되는지 여부에 따라 결정될 수 있다. 예를 들어, 본원에서 개시되는 질환 또는 장애(예컨대, 결장염)의 경우, 점막 치유(내시경으로, 조직학적으로, 또는 조영 기법을 통해 판단됨)가 치료의 유효성을 평가하기 위해 사용될 수 있다. 특정 구현예에서, 이러한 접근은 질환 또는 장애로 진단받은 대상체에서의 장기 임상 결과를 예측하기 위해 특히 유용할 수 있다. 관해 또는 징후 또는 증상은 크론병에 대해 크론병 활성 지수(CDAI), PCDAI와 같은 임상적 지수, 또는 에컨대 액체 또는 부드러운 대변의 횟수, 복통, 일반적인 웰빙, 합병증(예컨대 관절통 또는 관절염, 포도막염; 홍채의 염증; 결절 홍반, 괴저고름 피부증, 또는 아프타 궤양의 존재; 항문 열창, 누공, 또는 농양; 다른 누공, 또는 열)의 존재, 설사에 대한 오피에이트 또는 디페녹실레이트/아트로핀 복용, 복부 물질의 존재, 적혈구 용적율 0.47 미만(남성) 또는 0.42 미만(여성); 또는 표준 체중으로부터의 편차 백분율과 같은 PCDAI 또는 CDAI의 하나 이상의 요소의 완화를 사용하여 결정될 수 있다. 일부 구현예에서 본원에서 기재되는 방법에 따라 치료받는 대상체는 150 미만의 CDAI를 획득하고/하거나 유지한다. 일부 구현예에서, 방법에 대한 양성 반응은 대상체 CDAI의 적어도 70포인트 만큼의 감소이다.
궤양성 결장염에 있어서, 치료 유효성의 표시에는, 예를 들어, 대변 빈도의 정상화, 긴급성 상실, 또는 대변 중 혈액의 부재가 포함된다. 임상적 개선(예컨대, 임상적 관해)은 적어도 하나의 징후 또는 증상이 치료 완료 후 감소되는 경우 달성된 것으로 간주된다. 점막 치유는 임상적 개선의 척도의 일례이다. 다른 징후/증상에는 C-반응성 단백질 및/또는 다른 급성기 표시자의 정상화, 대변 칼프로텍틴 및/또는 락토페린의 수준 감소, 및 삶의 질과 관련된 것들과 같은 주관적 지수가 포함될 수 있다. 지수의 다른 예에는 몬트리얼 분류(Montreal Classification), 마요 스코어(내시경 하위스코어를 포함하거나 포함하지 않음), 또는 소아 궤양성 결장염 지수를 사용하여 중증도부터 경도까지의 개선이 포함될 수 있다. 일반적으로, 본원에서 기재되는 방법 및 조성물은 결장염으로 진단받은 대상체를 치료하기 위해 유용하다.
미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애를 치료하기 위한 치료 조성물 및/또는 방법의 유효성의 다른 표시자에는, 예를 들어, 마이크로바이옴 조성물로의 최초 투약 후 약 2주, 약 3주, 약 4주, 약 5주, 약 6주, 약 7주, 약 8주, 약 9주, 약 10주, 약 11주, 약 12주, 또는 초과 동안 마이크로바이옴 조성물에서 확인되는 적어도 하나의 박테리아 종 또는 OTU의 접목; 마이크로바이옴 조성물로의 최초 투약 후 0주, 약 1주, 약 4주, 약 5주, 약 6주, 약 7주, 약 8주, 약 9주, 약 10주, 약 11주, 약 12주 또는 초과에서의 임상적 관해(예컨대, 결장염에 있어서, 마요 스코어 2 이하 및 1 초과 하위스코어의 부재); 또는 마이크로바이옴 조성물로의 최초 투약 후 0주, 약 1주, 약 4주, 약 5주, 약 6주, 약 7주, 약 8주, 약 9주, 약 10주, 약 11주, 약 12주, 또는 초과에서의 내시경 관해(예컨대, 결장염에 있어서, 마요 내시경 스코어 0)가 포함된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 제형물로의 치료는 비제한적으로 미생물불균형과 연관된 질환 또는 장애를 겪는 대상체(예컨대, 활성 질환을 갖는 UC 환자) 집단에서 감소되는 것으로 확인되는 하나 이상의 OTU의 표시에서의 개선을 포함하는 미생물불균형을 개선할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 개시의 제형물을 이용한 치료는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애와 연관되는 하나 이상의 미생물 종의 표시를 감소시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 제형물을 이용한 치료는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애의 개선(예컨대, 임상적 관해)과 연관되는 미생물 종의 표시를 증가시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 제형물은 본원에서 개시되는 질환 또는 장애를 겪는 대상체에서(예컨대, GI 마이크로바이옴에서)) 하기 박테리아 종: 젬미거 포르미실리스, 로제부리아 호미니스, 클로스트리듐 볼테애, 파라수테렐라 엑스크레멘티호미니스, 홀데마니아 필리포르미스, 홀데마니아 마씰리엔시스, 박테로이데스 오바투스, 악케만시아 뮤시니필라, 클로스트리듐 렙텀, 빌로필라 와즈워티아, 디엘마 파스티디오사, 클로스트리듐 심바이오섬, 유박테리움 시래움, 아가토바쿨럼 데스몰란스, 아가토바쿨럼 부티리시프로두센스, 또는 박테로이데스 불가투스, 또는 플린티박터 SC49 중 하나 이상의 유병률을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 제형물은 하기: 젬미거 포르미실리스, 로제부리아 호미니스, 클로스트리듐 볼테애, 홀데마니아 필리포르미스, 홀데마니아 마씰리엔시스, 클로스트리듐 렙텀, 디엘마 파스티디오사, 클로스트리듐 심바이오섬, 유박테리움 시래움, 및 이의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 박테리아의 유병률을 증가시킬 수 있다. 특정 구현예에서, 본원에서 개시되는 설계된 조성물을 포함하는 제형물은 표 4, 표 5, 도 13, 도 17, 도 30, 도 31, 및/또는 도 32에 개시되는 것들로부터 선택되는 하나 이상의 박테리아의 유병률을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 제형물은 서열번호 1~14, 16~30, 32~36, 39, 41, 44, 45, 47~51, 59~62, 64~68, 72~76, 102~398에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 97.5%, 적어도 약 98%, 적어도 약 98.5%, 적어도 약 99%, 적어도 약 99.5%, 또는 약 100% 동일한 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아, 또는 임의의 상기 종의 유병률을 증가시킬 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 제형물은 치료받은 환자에서, 분기 155, 예컨대 박테로이데스 패시스(Bacteroides faecis)와 같은 하나 이상의 박테리아 문, 속, 또는 종의 표시를 증가시킬 수 있으며, 이는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애를 겪는 대상체에서 감소된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 제형물로의 치료는 본원에서 개시되는 질환 또는 장애(예컨대, UC)를 갖는 대상체에서 감소되거나 달리 이상 GI 기능을 개선할 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 제형물은 치료받은 대상체에서 특정 생물학적 분자(예컨대, 대변 칼프로텍틴, 이차 담즙산, 트립토판 대사체, 단쇄 및 중쇄 지방산, 스핑고지질, 및 키누레닌)의 수준을 증가시키거나 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 생물학적 분자의 증가 또는 감소는 질환의 개선(예컨대, 임상적 관해)과 연관된다.
본원에서 개시되는 제형물은 다양한 임상적 상황에서 유용할 수 있다. 예를 들어, 제형물은 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애에 대한 표준 치료 요법에 대한 보완적 치료로서 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 개시의 제형물은 표준 치료 요법에 대한 대안으로서 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 제형물은, 표준 치료 요법(예컨대, 항생제 또는 항염증성 약물, 예컨대, LIALDA®, PENTASA®, UCERIS®, REMICADE®, ENTYVIO®, SIMPONI®)에 비해 더 우수하지는 않더라도, 필적하는 임상적 유효성(예컨대, 임상적 관해율)을 갖는다. 일부 구현예에서, 본 개시의 제형물은 이의 활성을 강화하기 위해 표준 치료 요법과 동시에 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 개시의 제형물은 이의 유해 사례 프로필을 악화시키지 않고 표준 치료 요법과 동시에 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 제형물로 치료받을 대상체는 본원에서 개시되는 것들과 같은 경도 내지 중등도 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염, 예컨대, 마요 스코어 4 이상 및 10 이하)를 갖는다. 일부 구현예에서, 환자는 표준 케어에 실패한다. 일부 구현예에서, 제형물은 항-TNF, 항-IL23, 항-인테그린 또는 다른 항체 치료를 포함하는 면역조절제 또는 면역억제제로 치료받는 중등도 내지 중증 질환을 갖는 환자에서 임상적 관해 또는 임상적 이익을 유지하기 위해 사용된다.
일부 구현예에서, 대상체는 제형물의 투여 전 사전치료 프로토콜을 수여받으며, 사전치료 프로토콜은 위장관이 박테리아 조성물을 수여받도록 준비시킨다. 특정 구현예에서, 사전치료 프로토콜은 경구 항생제 치료를 포함하며, 항생제 치료는 환자에서의 박테리아를 변경한다. 특정 구현예에서, 항생제는 장을 통해 흡수되지 않거나 전신 분포를 위해 최소로 생체 이용 가능하다. 다른 구현예에서, 사전치료 프로토콜은 결장 클렌징(예컨대, 관장)을 포함하며, 결장 클렌징은 실질적으로 환자의 결장 내용물을 비운다. 본원에서 사용되는 "실질적으로 결장 내용물을 비우는"이란 결장 내용물의 일반 부피 함량의 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 또는 약 100%의 제거를 나타낸다. 항생제 치료가 결장-클렌징 프로토콜에 선행할 수 있다.
일부 구현예에서, 사전치료 프로토콜은 본원에서 기재되는 제형물 투여의 적어도 1일, 2일, 3일, 5일, 6일, 7일, 10일, 또는 15일 전에 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 대상체는 다회 용량의 제형물을 수여받는다. 일부 구현예에서, 대상체는 제형물의 투여 전에 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애의 적어도 하나의 징후 또는 증상을 갖는다. 다른 구현예에서, 대상체는 제형물의 투여 전에 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애의 징후 또는 증상을 나타내지 않으며, 예컨대, 제형물은 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애의 징후 또는 증상의 위험을 감소시키기 위해 예방적으로 투여된다.
일부 구현예에서, 본원에서 기재되는 제형물은 장으로, 다시 말하면 위장관에 대한 접근 경로에 의해 투여된다. 여기에는 경구 투여, 직장 투여(관장, 좌약, 또는 결장내시경 포함), 경구 또는 코 튜브에 의해(코위, 코공장, 입위, 또는 입공장), 또는 당분야에 알려진 임의의 다른 방법이 포함된다.
일부 구현예에서, 제형물은 입, 식도, 위, 소장, 대장, 및 직장을 포함하는 위장관의 적어도 하나의 영역으로 투여된다. 다른 구현예에서, 제형물은 위장관의 모든 영역으로 투여된다. 특정 구현예에서, 제형물은 분말, 캡슐, 정제, 젤 또는 액체와 같은 약제 형태로 경구 투여된다. 제형물은 또한 경구 경로에 의해 또는 코위 튜브를 통해 겔 또는 액체 형태로, 또는 겔 또는 액체 형태로 직장 경로에 의해, 관장 또는 결장내시경을 통한 점적에 의해 또는 좌약에 의해 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 박테리아 및 박테리아 조성물은 투여형으로 제공된다. 일부 구현예에서, 투여형은 본원에서 개시되는 적어도 하나의 OTU 또는 이의 조합의 투여를 위해 설계되며, 투여되는 박테리아 조성물의 총량은 약 0.1 ng 내지 약 10 g, 약 10 ng 내지 약 1 g, 약 100 ng 내지 약 0.1 g, 약 0.1 mg 내지 약 500 mg, 약 1 mg 내지 약 1000 mg, 약 1000 내지 약 5000 mg, 또는 초과로 선택된다.
일부 구현예에서, 치료 기간은 적어도 약 1일, 적어도 약 2일, 적어도 약 3일, 적어도 약 4일, 적어도 약 5일, 적어도 약 6일, 적어도 약 1주, 적어도 약 2주, 적어도 약 3주, 적어도 약 4주, 적어도 약 1개월, 적어도 약 2개월, 적어도 약 3개월, 적어도 약 4개월, 적어도 약 5개월, 적어도 약 6개월, 또는 적어도 약 1년이다. 일부 구현예에서, 치료 기간은 약 1일 내지 1주, 약 1주 내지 4주, 약 1개월, 내지 3개월, 약 3개월 내지 6개월, 약 6개월 내지 1년, 또는 1년 초과 동안이다.
일부 구현예에서, 총 약 105 내지 약 1012 미생물이 주어진 투여형으로 환자에게 투여된다. 특정 구현예에서, 유효량은 ml 당 또는 g 당 약 107 내지 약 1011 박테리아를 갖는 약 1 내지 약 500 ml 또는 약 1 내지 약 500 g의 박테리아 조성물, 또는 약 107 내지 약 1011 박테리아를 갖는 약 1 mg 내지 약 1000 mg 동결건조된 분말을 갖는 캡슐, 정제, 또는 좌약으로 제공될 수 있다. 일부 구현예에서, 급성 치료를 수여받는 자들은 만성 투여를 수여받는 자들(예컨대 병원 근무자 또는 장기 케어 시설에 입원한 자들)보다 높은 용량을 수여받는다.
일부 구현예에서, 본원에서 기재되는 제형물은 투여일에 1일 1회가 아닌 수 일 또는 초과 동안 1일 1회와 같은 단회 경우 또는 다회 경우 1회(1일 2회, 1일 3회, 또는 1일 최대 5회 포함) 투여된다. 일부 구현예에서, 제형물은 설정된 일정에 따라 간헐적으로, 예컨대, 1일 1회, 1주 1회, 또는 1월 1회로, 또는 환자가 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애의 임상적 개선(예컨대, 임상적 관해)으로부터 재발하거나, 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애의 징후 또는 증상을 나타내는 경우 투여된다. 다른 구현예에서, 제형물은 활성 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애의 위험이 있거나 질환 또는 장애의 발생 위험이 있는 것으로 진단되는(예컨대 UC의 가족력 또는 개체에 의한 이소트레티노인 사용 이력을 갖는) 개체에 장기 기준으로 투여된다.
일부 구현예에서, 본 개시의 박테리아 조성물은 조합 치료법 모드로 다른 제제(예컨대, 항-미생물 제제 또는 프리바이오틱)와 함께 투여된다. 특정 구현예에서, 투여는 수 시간 또는 수 일의 기간에 걸쳐 순차적이다. 다른 구현예에서, 투여는 동시적이다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 항-박테리아제, 항-진균제, 항-바이러스제 및 항-기생충제를 포함하는, 하나 이상의 항-미생물제와의 조합 치료법에 포함된다.
항-박테리아제에는 세팔로스포린 항생제(세팔렉신, 세푸록심, 세파드록실, 세파졸린, 세팔로틴, 세파클로르, 세파만돌, 세폭시틴, 세프프로질, 및 세프토비프롤); 플루오로퀴놀론 항생제(시프로, 레바퀸(Levaquin), 플록신, 테퀸, 아벨록스, 및 노르플록스); 테트라사이클린 항생제(테트라사이클린, 미노사이클린, 옥시테트라사이클린, 및 독시사이클린); 페니실린 항생제(아목시실린, 암피실린, 페니실린 V, 디클록사실린, 카르베니실린, 반코마이신, 및 메티실린); 및 카바페넴 항생제(에르타페넴, 도리페넴, 이미페넴/실라스타틴, 및 메로페넴)가 포함된다.
항-바이러스제에는 아바카비어(Abacavir), 아시클로비어(Acyclovir), 아데포비어(Adefovir), 암프레나비어(Amprenavir), 아타자나비어(Atazanavir), 시도포비어(Cidofovir), 다루나비어(Darunavir), 델라비르딘(Delavirdine), 디다노신(Didanosine), 도코사놀(Docosanol), 에파비렌즈(Efavirenz), 엘비테그라비어(Elvitegravir), 엠트리시타빈(Emtricitabine), 엔푸비르티드(Enfuvirtide), 에트라비린(Etravirine), 팜시클로비어(Famciclovir), 포스카르네트(Foscarnet), 포미비르센(Fomivirsen), 갱시클로비어(Ganciclovir), 인디나비어(Indinavir), 이독수리딘(Idoxuridine), 라미부딘(Lamivudine), 로피나비어(Lopinavir) 마라비록(Maraviroc), MK-2048, 넬피나비어(Nelfinavir), 네비라핀(Nevirapine), 펜시클로비어(Penciclovir), 랄테그라비어(Raltegravir), 릴피비린(Rilpivirine), 리토나비어(Ritonavir), 사퀴나비어(Saquinavir), 스타부딘(Stavudine), 테노포비어(Tenofovir) 트리플루리딘(Trifluridine), 발라시클로비어(Valaciclovir), 발갱시클로비어(Valganciclovir), 비다라빈(Vidarabine), 이바시타빈(Ibacitabine), 아만타딘(Amantadine), 오셀타미비어(Oseltamivir), 리만티딘(Rimantidine), 티프라나비어(Tipranavir), 잘시타빈(Zalcitabine), 자나미비어(Zanamivir) 및 지도부딘(Zidovudine)이 포함된다.
항진균 화합물의 예에는 비제한적으로 폴리엔 항진균제, 예컨대 나타마이신, 리모시딘, 필리핀, 나이스타틴, 암포테리신 B, 칸디신, 및 하마이신; 이미다졸 항진균제, 예컨대 미코나졸, 케토코나졸, 클로트리마졸, 에코나졸, 오모코나졸, 비포나졸, 부토코나졸, 펜티코나졸, 이소코나졸, 옥시코나졸, 세르타코나졸, 설코나졸, 및 티오코나졸; 트리아졸 항진균제, 예컨대 플루코나졸, 이트라코나졸, 이사부코나졸, 라부코나졸, 포사코나졸, 보리코나졸, 테르코나졸, 및 알바코나졸; 티아졸 항진균제, 예컨대 아바펑긴; 알릴아민 항진균제, 예컨대 테르비나핀, 나프티핀, 및 부테나핀; 및 에키노칸딘 항진균제, 예컨대 아니둘라펑긴, 카스포펑긴, 및 미카펑긴이 포함된다. 항진균 특성을 갖는 다른 화합물에는 비제한적으로 폴리고디알, 벤조산, 시클로피록스, 톨나프테이트, 운데실렌산, 플루시토신 또는 5-플루오로시토신, 그리세오풀빈, 및 할로프로긴이 포함된다.
일부 구현예에서, 박테리아 조성물은 하나 이상의 코르티코스테로이드, 메살라진, 메살라민, 설파살라진, 설파살라진 유도체, 면역억제 약물, 사이클로스포린 A, 메르캅토퓨린, 아자티오퓨린, 프레드니손, 메토트렉세이트, 항히스타민, 글루코코르티코이드, 에피네프린, 테오필린, 크로몰린 나트륨, 항-류코트리엔, 비염에 대한 항-콜린성 약물, 항-콜린성 충혈제거제, 비만-세포 안정화제, 모노클로날 항-IgE 항체, 백신, 및 이의 조합과의 조합 치료법에 포함된다.
프리바이오틱은 치료받는 대상체의 웰빙 및 건강에 이익을 부여하는 위장관 미생물총에서의 조성 및/또는 활성 모두에 특정한 변화를 허용하는 선택적으로 발효되는 성분이다. 프리바이오틱에는 복합 탄수화물, 아미노산, 펩티드, 또는 박테리아 조성물의 생존을 위한 다른 필수 영양 성분이 포함될 수 있다. 프리바이오틱에는 비제한적으로 아미노산, 바이오틴, 프룩토올리고당류, 갈락토올리고당류, 이눌린, 락툴로스, 만난 올리고당류, 올리고프룩토스-농축 이눌린, 올리고프룩토스, 올리고덱스트로스, 타가토스, 트랜스-갈락토올리고당류, 및 자일로올리고당류가 포함된다.
대상체를 평가하기 위해, 유해 사례 또는 질환 재발의 징후 또는 증상은, 예컨대, 제형물의 투여 후 약 1일 내지 약 6개월 범위로 치료-후 평가된다. 하나의 평가 방법에는 대상체로부터 대변 물질의 수득 및 예컨대 16S rDNA 또는 메타게놈 샷건 서열분석 또는 당분야에 알려진 다른 분석을 사용하는, 위장관에 존재하는 미생물 평가가 관여된다. 제형물에 존재하는 박테리아 종에 의한 위장관 집단뿐만 아니라 제형물에 존재하지 않는 공생 미생물에 의한 증강이, 예컨대, UC와 연관된 GI 미생물불균형에서의 개선을, 이에 따라 유해 사례의 위험 감소 또는 유해 사례의 중증도 감소를 시사하기 위해 사용될 수 있다.
본원에서 개시되는 상이한 염증성 질환(예컨대, 결장염)의 치료에 부가하여, 본 출원인은 놀랍게도 본원에서 개시되는 설계된 조성물이 또한 일반적으로 친염증성 반응과 연관되지 않는 질환 또는 장애를 치료하기 위해 사용될 수 있음을 발견하였다. 이러한 질환 또는 장애의 비제한적 예는 암이다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물(예컨대, 설계된 조성물)은, 예컨대, 다른 항암제와의 조합으로 투여되는 경우, 특정 암을 치료하기 위해 사용될 수 있다. 임의의 하나의 특정 이론으로 제한되지 않고, 본원에서 개시되는 조성물은 여러 생물학적 경로를 표적화하는 기능적 특징을 갖도록 설계된다. 일부 구현예에서, 기능적 특징은 염증성 질환의 치료를 위해 중요하다. 다른 구현예에서, 기능적 특징은 암의 치료를 위해 중요하다. 특정 구현예에서, 기능적 특징은 염증성 질환 및 암 모두의 치료를 위해 중요하다. 염증성 질환 및 암 모두의 치료를 위해 중요할 수 있는 기능적 특징의 비제한적 예에는 비제한적으로 HDAC 활성의 억제, 단쇄 지방산의 생산, 트립토판 대사체의 생산, IL-18의 생산, 대사체(예컨대, 단쇄 지방산) 또는 거대분자에 의한 CD8 T 세포의 활성화, 박테리아 항원, 거대분자 및 대사체에 의한 수지상 세포와 같은 항원 제시 세포의 활성화, 또는 원부에 위치하는 종양으로 CD8 T 세포의 모집을 구현하는 감소된 결장성 염증(예컨대, Treg의 상향조절을 통함)이 포함된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 설계된 조성물은 암 치료를 위해 사용되는 추가적인 치료제와의 조합으로 투여된다. 이러한 추가적인 치료제에는, 예를 들어, 화학치료법 약물, 주어진 암에 대한 면역 반응을 자극하는 소분자 약물 또는 항체가 포함될 수 있다. 일부 경우에서, 치료 조성물에는 면역 체크포인트 억제제, 예컨대 항-PD-1 항체, 항-PD-L1 항체, 또는 항-CTLA-4 항체가 포함될 수 있다. 본 개시의 설계된 조성물과의 조합으로 사용될 수 있는 다른 항체의 비제한적 예에는 항-OX40(CD134, TNFRSF4, ACT35 및/또는 TXGP1L로도 알려져 있음) 항체, 항-CD137 항체, 항-LAG-3 항체, 또는 항-GITR 항체가 포함된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 설계된 조성물은 항암제(예컨대, 면역 체크포인트 억제제, 예컨대, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체)와의 조합으로 투여되는 경우, 대상체에서 종양 부피를 감소시킬 수 있다. 특정 구현예에서, 종양 부피는 참조(예컨대, 투여 전 대상체 또는 본원에서 개시되는 조성물을 수여받지 않은 대응하는 대상체에서의 종양 부피) 대비 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 감소된다.
일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 설계된 조성물은 항암제(예컨대, 면역 체크포인트 억제제, 예컨대, 항-PD-1 항체 또는 항-PD-L1 항체)와의 조합으로 투여되는 경우, 대상체의 종양에서 CD8 T 세포 및/또는 CD4 T 세포(종양 침윤 림프구)의 백분율을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 종양에서 CD8 T 세포 및/또는 CD4 T 세포의 백분율은 참조(예컨대, 투여 전 대상체 또는 본원에서 개시되는 조성물을 수여받지 않은 대응하는 대상체에서의 종양 부피) 대비 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 증가된다. CD8 T 세포의 백분율 증가 결과, 일부 구현예에서, 종양에서 CD8 T 세포 대 조절 T 세포의 비는, 예컨대 참조 대비 대상체에서, 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 증가된다.
본 개시로 치료받을 수 있는 암의 비제한적 예에는 편평 상피 세포 암종, 소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 편평 상피 비-소세포 폐암(NSCLC), 비편평 상피 NSCLC, 교종, 위장관암, 신장암(예컨대, 투명 세포 암종), 난소암, 간암, 결장직장암, 자궁내막암, 신장암(예컨대, 신장 세포 암종(RCC)), 전립샘암(예컨대, 호르몬 불응성 전립샘 샘암종), 갑상샘암, 신경모세포종, 췌장암, 교모세포종(다형성 교모세포종), 경부암, 위암, 방광암, 간암, 유방암, 결장 암종, 및 두부경부암(또는 암종), 위암, 생식 세포 종양, 소아 육종, 부비동 내츄럴 킬러, 흑색종(예컨대, 피부 또는 안내 악성 흑색종과 같은 전이성 악성 흑색종), 뼈암, 피부암, 자궁암, 항문 영역의 암, 정소암, 나팔관의 암종, 자궁내막의 암종, 자궁경부의 암종, 질의 암종, 외음부의 암종, 식도의 암, 소장의 암, 내분비계의 암, 부갑상샘의 암, 부신의 암, 연조직의 육종, 요도의 암, 음경의 암, 아동기의 고형 종양, 요관의 암, 신우의 암종, 중추신경계의 종양(CNS), 원발성 CNS 림프종, 종양 혈관 신생, 척추 종양, 뇌암, 뇌간 교종, 뇌하수체 샘종, 카포시 육종, 표피모양 암, 편평 상피 세포 암, T-세포 림프종, 석면에 의해 유도된 것들을 포함하는 환경-유도 암, 바이러스-관련 암 또는 바이러스 기원의 암(예컨대, 인간 유두종 바이러스(HPV-관련 또는 -기원 종양)), 및 모든 유형의 백혈병, 림프종, 및 골수종과 같은 2개의 주요 혈액 세포 계통 중 하나, 즉 골수 세포 계통(과립구, 적혈구, 혈소판, 대식구 및 비만 세포를 생성함) 또는 림프 세포 계통(B, T, NK 및 형질 세포를 생성함)에서 유래되는 혈액학적 종양, 예컨대 급성, 만성, 림프구 및/또는 골수성 백혈병, 예컨대 급성 백혈병(ALL), 급성 골수성 백혈병(AML), 만성 림프구 백혈병(CLL), 및 만성 골수성 백혈병(CML), 미분화 AML(MO), 골수모구 백혈병(M1), 골수모구 백혈병(M2; 세포 성숙을 포함함), 전골수구 백혈병(M3 또는 M3 변이체[M3V]), 골수단핵구 백혈병(M4 또는 호산구증가증을 갖는 M4 변이체[M4E]), 단핵구 백혈병(M5), 적혈백혈병(M6), 거핵백혈모구 백혈병(M7), 단리된 과립구 육종, 및 녹색종; 호지킨 림프종(HL), 비-호지킨 림프종(NHL), B 세포 혈액 악성물, 예컨대, B-세포 림프종, T-세포 림프종, 림프형질세포모양 림프종, 단핵구모양 B-세포 림프종, 점막-연관 림프 조직(MALT) 림프종, 역형성(예컨대, Ki 1+) 큰 세포 림프종, 성체 T-세포 림프종/백혈병, 맨틀 세포 림프종, 혈관 림프모구 T-세포 림프종, 혈관기원 림프종, 내장 T-세포 림프종, 원발성 종격 B-세포 림프종, 전구체 T-림프모구 림프종, T-림프모구와 같은 림프종; 및 림프종/백혈병(T-Lbly/T-ALL), 말초 T-세포 림프종, 림프모구 림프종, 이식-후 림프증식성 장애, 진성 조직구성 림프종, 원발성 중추 신경계 림프종, 원발성 삼출 림프종, B 세포 림프종, 림프모구 림프종(LBL), 림프 계통의 조혈 종양, 급성 림프모구 백혈병, 미만성 큰 B-세포 림프종, 버키트 림프종, 소포성 림프종, 미만성 조직구성 림프종(DHL), 면역모구 큰세포 림프종, 전구체 B-림프모구 림프종, 피부 T-세포 림프종(CTLC)(균상 식육종 또는 세자리 증후군으로도 불림), 및 발덴스트롬 거대글로불린혈증을 갖는 림프형질세포모양 림프종(LPL); IgG 골수종, 경쇄 골수종, 비분비성 골수종, 무증상 골수종(무통성 골수종으로도 불림), 고립 형질세포종, 및 다발 골수종, 만성 림프구 백혈병(CLL), 털세포 림프종과 같은 골수종; 골수 계통의 조혈 종양, 섬유육종 및 횡문근육종을 포함하는 중간엽 기원의 종양; 고환종, 기형암종, 별아교세포종, 신경집종을 포함하는 중추 및 말초 신경의 종양; 섬유육종, 횡문근육종, 및 골육종을 포함하는 중간엽 기원의 종양; 및 흑색종, 색소성 건피증, 각질가시세포종, 고환종, 갑상샘 소포암 및 기형세포종을 포함하는 다른 종양, 림프 계통의 조혈 종양, 예를 들어 비제한적으로 소세포 및 대뇌모양 세포 유형을 포함하는 T-전림프구 백혈병(T-PLL)과 같은 T-세포 장애를 포함하는 T-세포 및 B-세포 종양; T-세포 유형의 큰 과립 림프구 백혈병(LGL); a/d T-NHL 간비장 림프종; 말초/가슴샘-후 T 세포 림프종(다형태 및 면역모구 서브타입); 혈관유래(코) T-세포 림프종; 두부 또는 경부의 암, 신장암, 직장암, 갑상샘의 암; 급성 골수 림프종 뿐만 아니라 상기 암의 임의의 조합이 포함된다. 본원에서 기재되는 방법은 또한 전이성 암, 절제 불가능한, 불응성 암(예컨대, 이전 면역치료법, 예컨대 차단된 CTLA-4 또는 PD-1 항체에 불응성인 암), 및/또는 재발 암의 치료를 위해 사용될 수 있다.
IV. 적합한 FMT 공여체의 확인 방법
본 출원인은 특정한 마이크로바이옴 프로필, 예컨대, 과, 속, 및/또는 종이 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염 환자)에서 개선된 임상적 유효성과 연관됨을 발견하였다. 따라서, 특정한 양태에서, 본 개시는 그 대변이 본원에서 개시되는 박테리아 조성물 및 제형물의 제조를 위해 유용한 공여체의 선택 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 방법은 하기 단계: a) 대상체(즉, 잠재적 공여체)로부터 마이크로바이옴 샘플을 수득하는 단계, 및 b) 마이크로바이옴 샘플에서 박테리아의 과, 속, 및/또는 종의 유병률을 결정하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 루미노코카세애, 라크노스피라세애, 수테렐라세애, 클로스트리디아세애, 에리시펠로트리카세애, 박테로이다세애, 악케르만시아세애, 펩토스트렙토코카세애, 유박테리아세애, 또는 데설포비브리오나세애 과로부터의 하나 이상의 박테리아를 포함하는 경우 적합한 공여체이다. 일부 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 하기 박테리아 종: 젬미거 포르미실리스, 로제부리아 호미니스, 클로스트리듐 볼테애, 파라수테렐라 엑스크레멘티호미니스, 홀데마니아 필리포르미스, 홀데마니아 마씰리엔시스, 박테로이데스 오바투스, 악케만시아 뮤시니필라, 클로스트리듐 렙텀, 빌로필라 와즈워티아, 디엘마 파스티디오사, 클로스트리듐 심바이오섬, 유박테리움 시래움, 아가토바쿨럼 데스몰란스, 아가토바쿨럼 부티리시프로두센스, 또는 박테로이데스 불가투스 중 하나 이상을 포함하는 경우 적합한 공여체이다. 일부 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 하기 박테리아 종: 언에어로트룬커스 콜리호미니스, 블라우티아 프로덕타, 클로스트리듐 볼테애, 클로스트리듐 디스포리쿰, 클로스트리듐 고니이, 클로스트리듐 글라이콜리쿰, 클로스트리듐 인노쿠움, 클로스트리듐 락타티페르멘탄스, 클로스트리듐 비리데, 유박테리움 종 WAL 14571, 라크노스피라세애 박테리움 3 1 57FA, 라크노스피라세애 박테리움 경구 분류군 F15, 락토니팩터 롱고비포르미스, 또는 루미노코커스 락타리스 중 하나 이상을 포함하는 경우 적합한 공여체이다. 특정 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 표 4, 표 5, 도 13, 도 17, 도 30, 도 31, 및/또는 도 32에 개시되는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 경우 적합한 공여체이다. 일부 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 서열번호 1~14, 16~30, 32~36, 39, 41, 44, 45, 47~51, 59~62, 64~68, 72~76, 102~398에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 97.5%, 적어도 약 98%, 적어도 약 98.5%, 적어도 약 99%, 적어도 약 99.5%, 또는 약 100% 동일한 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 또는 임의의 상기 종을 포함하는 경우 적합한 공여체이다.
일부 구현예에서, 다른 공여체보다 대변 물질에 상대적으로 더 높은 농도의 포자를 생산하는 공여체가 선택된다. 추가 구현예에서, 증가된 유효성을 갖는 포자가 정제되는 대변 물질을 제공하는 공여체가 선택된다; 상기 증가된 유효성은 시험관내 연구를 사용하여 또는 본원에서 기재된 바와 같은 동물 연구에서 또는 당분야에 알려진 임의의 다른 방법에 의해 측정된다. 일부 구현예에서, 공여체는 대변 물질에서 요망되지 않는 물질을 감소시키고/시키거나 요망되는 포자 집단을 증가시키기 위해 하나 이상의 공여-전 치료를 거칠 수 있다.
대변 물질의 수집 전에 그리고 선택적으로 그 후 1회 이상 공여체 대상체의 건강을 스크리닝하는 것이 유리하다. 이러한 스크리닝은 바이러스(HIV, 간염, 폴리오) 및 병원성 박테리아와 같은 병원성 물질을 보유하는 공여체를 확인한다. 수집-후, 공여체는 약 1주, 2주, 3주, 1개월, 2개월, 3개월, 6개월, 1년 또는 1년 초과로 스크리닝되며, 이러한 스크리닝의 빈도는 매일, 매주, 2주 1회, 매월, 2월 1회, 반년 1회 또는 매년일 수 있다. 일부 구현예에서, 공여 전에 또는 후에 또는 모두, 스크리닝되고 양성으로 평가되지 않는 공여체는 "검증된" 또는 적합한 공여체로 간주된다.
V. 설계된 조성물로의 치료를 위한 후보의 확인 방법
본 출원인은 특정 마이크로바이옴 프로필, 예컨대, 과, 속, 및/또는 종이 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애(예컨대, 궤양성 결장염)의 악화 또는 비-개선(예컨대, 임상적 관해 없음)과 연관됨을 발견하였다. 따라서, 특정 양태에서, 본 개시는 본원에서 개시되는 박테리아 조성물 또는 제형물에 반응할 가능성이 감소된 대상체의 확인 방법을 제공한다. 대안적으로, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물 또는 제형물에 반응(예컨대, 임상적 관해)할 수 있는 대상체의 확인 방법이 본원에서 제공된다. 일부 구현예에서, 방법은 하기 단계: a) 대상체(즉, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물을 수여받은 궤양성 결장염 환자)로부터 마이크로바이옴 샘플을 수득하는 단계, 및 b) 마이크로바이옴 샘플에서 박테리아의 과, 속, 및/또는 종의 유병률을 결정하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 하기 박테리아 종: 유박테리움 콘토르툼, 클로스트리듐 해서웨이이, 에리시펠라토클로스트리듐 라모섬, 비피도박테리움 덴티움, 디알리스터 인비서스, 프레보텔라 코프리, 베일로넬라 아티피카, 베일로넬라 디스파르, 베일로넬라 파르불라, 또는 베일로넬라 라티 중 하나 이상을 포함하는 경우, 대상체는 본원에서 개시되는 치료에 반응하지 않을 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 서열번호 15, 31, 37, 38, 40, 42, 43, 46, 52~58, 63, 69~71, 및 83~101에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 97.5%, 적어도 약 98%, 적어도 약 98.5%, 적어도 약 99%, 적어도 약 99.5%, 또는 약 100% 동일한 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 또는 임의의 상기 종을 포함하는 경우, 반응하지 않을 수 있다.
일부 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 하기 박테리아 종: 유박테리움 콘토르툼, 클로스트리듐 해서웨이이, 에리시펠라토클로스트리듐 라모섬, 비피도박테리움 덴티움, 디알리스터 인비서스, 프레보텔라 코프리, 베일로넬라 아티피카, 베일로넬라 디스파르, 베일로넬라 파르불라, 또는 베일로넬라 라티 중 하나 이상을 포함하지 않는 경우, 본원에서 개시되는 치료에 반응할 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 서열번호 15, 31, 37, 38, 40, 42, 43, 46, 52~58, 63, 69~71, 및 83~101에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 97.5%, 적어도 98%, 적어도 약 98.5%, 적어도 99%, 적어도 약 99.5%, 또는 약 100% 동일한 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 또는 임의의 상기 종을 포함하지 않는 경우, 치료에 반응할 수 있다.
일부 구현예에서, 대상체, 예컨대, 본원에서 개시되는 것들과 같은 질환 또는 장애로 진단받은 개체는 대상체로부터의 GI 마이크로바이옴 샘플이 하기 박테리아 종: 젬미거 포르미실리스, 로제부리아 호미니스, 클로스트리듐 볼테애, 파라수테렐라 엑스크레멘티호미니스, 홀데마니아 필리포르미스, 홀데마니아 마씰리엔시스, 박테로이데스 오바투스, 악케만시아 뮤시니필라, 클로스트리듐 렙텀, 빌로필라 와즈워티아, 디엘마 파스티디오사, 클로스트리듐 심바이오섬, 유박테리움 시래움, 아가토바쿨럼 데스몰란스, 아가토바쿨럼 부티리시프로두센스, 또는 박테로이데스 불가투스 중 하나 이상을 포함하는 경우, 본원에서 개시되는 조성물로의 치료에 대한 후보이다. 일부 구현예에서, 대상체는 GI 마이크로바이옴 샘플이 언에어로트룬커스 콜리호미니스, 블라우티아 프로덕타, 클로스트리듐 볼테애, 클로스트리듐 디스포리쿰, 클로스트리듐 고니이, 클로스트리듐 글라이콜리쿰, 클로스트리듐 인노쿠움, 클로스트리듐 락타티페르멘탄스, 클로스트리듐 비리데, 유박테리움 종 WAL 14571, 라크노스피라세애 박테리움 3 1 57FA, 라크노스피라세애 박테리움 경구 분류군 F15, 락토니팩터 롱고비포르미스, 또는 루미노코커스 락타리스를 포함하는 경우, 본원에서 개시되는 조성물로의 치료에 대한 후보이다. 일부 구현예에서, 대상체는 대상체로부터의 마이크로바이옴 샘플이 표 4, 표 5, 도 13, 도 17, 도 30, 도 31, 및/또는 도 32에 개시되는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 경우, 적합한 공여체이다. 일부 구현예에서, 대상체는 마이크로바이옴 샘플이 서열번호 1~14, 16~30, 32~36, 39, 41, 44, 45, 47~51, 59~62, 64~68, 72~76, 102~398에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 97.5%, 적어도 약 98%, 적어도 약 98.5%, 적어도 약 99%, 적어도 약 99.5%, 또는 약 100% 동일한 16S rDNA 서열을 포함하는 하나 이상의 박테리아 또는 임의의 상기 종을 포함하는 경우, 본원에서 개시되는 조성물로의 치료에 대한 후보이다. 치료에 대한 후보는 미생물불균형과 연관된 것들과 같은 질환 또는 장애의 하나 이상의 징후 또는 증상에서의 개선에 의해 본원에서 제공되는 조성물로의 치료에 반응할 수 있는 대상체이다.
추가적인 정보
본 출원에서 사용되는 특정 용어는 하기와 같이 정의된다. 추가적인 정의는 상세한 설명을 통해 나타낸다.
용어 하나의("a" 또는 "an") 실체는 하나 이상의 실체를 나타냄이 주지되어야 한다; 예를 들어, "하나의(a) 뉴클레오티드 서열"은 하나 이상의 뉴클레오티드 서열을 나타내는 것으로 이해된다. 이와 같이, 용어 "하나의"("a"(또는 "an")), "하나 이상의", 및 "적어도 하나의"는 본원에서 상호 교환적으로 사용될 수 있다.
또한, "및/또는"은 본원에서 사용되는 경우 다른 것을 포함하는 또는 포함하지 않는 2개의 특정된 특징 또는 성분 각각의 구체적 개시로서 간주되어야 한다. 따라서, 본원에서 어구 "A 및/또는 B"에서 사용되는 바와 같은 용어 "및/또는"는 "A 및 B", "A 또는 B", "A"(단독), 및 "B"(단독)를 포함하려는 것이다. 마찬가지로, "A, B, 및/또는 C"와 같은 어구에서 사용되는 용어 "및/또는"은 하기 양태: A, B, 및 C; A, B, 또는 C; A 또는 C; A 또는 B; B 또는 C; A 및 C; A 및 B; B 및 C; A(단독); B(단독); 및 C(단독) 각각을 포괄하려는 것이다.
본원의 어느 곳에서든 언어 "포함하는"과 함께 기재되는 양태에는 "~로 구성되는" 및/또는 "본질적으로 ~로 구성되는"의 측면에서 기재되는 다른 유사한 양태가 또한 제공되는 것이 이해된다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용되는 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 개시가 관련되는 분야의 당업자에게 일반적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다.
단위, 접두어, 및 기호는 이의 국제 단위 체계(SI) 허용 형태로 표시된다. 수치 범위는 범위를 정의하는 수치를 포함한다. 달리 나타내지 않는 한, 뉴클레오티드 서열은 왼쪽에서 오른쪽으로 5'에서 3' 배향으로 기재된다. 아미노산 서열은 왼쪽에서 오른쪽으로 아미노에서 카복시 배향으로 기재된다. 본원에서 기재되는 제목은 본 개시의 다양한 양태의 제한이 아니며, 이는 전체로서 명세서에 대한 참조로 포함될 수 있다. 따라서, 바로 아래에서 정의되는 용어는 명세서의 그 전문에 대해 참조하여 보다 자세히 정의된다.
용어 "약"은 본원에서 사용되어 대략, 거의, 주위의, 또는 그 영역임을 의미한다. 용어 "약"이 수치 범위와 함께 사용되는 경우, 이는 나타낸 수치 값 위 및 아래 경계를 연장함으로써 그 범위를 수식한다. 일반적으로, 용어 "약"은 언급된 값 위 및 아래의 수치 값을, 예컨대, 10%, 5%, 3%, 2%, 또는 1%; 위 또는 아래(초과 또는 미만)의 가변성에 의해 수식할 수 있다.
용어 "분기"는 계통유전학적 트리의 통계적으로 유효한 노드의 하류에 있는 계통유전학적 트리의 OTU 또는 구성원을 나타낸다. 분기는 구별되는 단일계통 진화 단위이며 어느 정도의 서열 유사성을 공유하는 계통유전학적 트리에서의 말단 잎의 세트를 포함한다.
용어 "미생물총"은 동물 대상체, 전형적으로 진핵생물, 원시세균, 박테리아, 및 바이러스(박테리아 바이러스, 즉 파지 포함)를 포함하는 인간과 같은 포유류 내에서 및 상에서 (지속적으로 또는 일시적으로) 생기는 미생물의 생태적 커뮤니티를 나타낸다.
용어 "마이크로바이옴"은 진핵생물, 원시세균, 박테리아, 및 바이러스(박테리아 바이러스(즉 파지 포함))를 포함하는, 지속적으로 및 일시적으로 모두, 인체 내에 및 상에 사는 미생물을 나타낸다. 본원에서 사용되는, "유전적 내용물"에는 게놈 DNA, 리보솜 RNA와 같은 RNA, 에피게놈, 플라스미드, 및 모든 다른 유형의 유전 정보가 포함된다.
용어 "생태학적 틈새영역" 또는 "틈새영역"은 유기체 또는 유기체 그룹이 점유하는 생태학적 공간을 나타낸다. 틈새영역은 유기체 또는 집단 또는 유기체들이 어떻게 자원 분포, 물리적 파라미터(예컨대, 숙주 조직 공간) 및 경쟁자(예컨대, 자원이 풍부한 경우, 그리고 포식자, 기생충 및 병원체가 드문 경우 성장함으로써)에 반응하는지 그리고 이것이 다시 어떻게 이러한 동일한 요인을 변경하는지(예컨대, 다른 유기체에 의한 자원 접근을 제한하여, 포식자 및 먹이 소비자에 대한 식품원으로서 작용하여) 설명한다.
용어 "미생물불균형"은 생태학적 네트워크의 정상적인 다양성 및/또는 기능이 손상된 점막 또는 피부 표면을 포함하는, 대상체에서의 GI 관 또는 다른 신체 영역의 미생물총의 상태를 나타낸다. 이러한 건강하지 않은 상태는 다양성 감소, 하나 이상의 병원체 또는 병원성생물체의 과성장, 특정 유전적 및/또는 환경적 조건이 대상체에 존재할 경우에만 질환을 유도할 수 있는 공생 유기체, 또는 더 이상 숙주 대상체에 대한 필수 기능을 제공하지 않고, 이에 따라 더 이상 건강을 촉진하지 않는 생태학적 미생물 네트워크로의 변화에 기인할 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "운영 분류 단위" 또는 "OTU"(또는 복수의 "OTU들")는 계통유전학적 트리에서의 말단 잎을 나타내며 핵산 서열, 예컨대, 전체 게놈, 또는 특정한 유전적 서열, 및 종 수준에서 상기 핵산 서열과 서열 동일성을 공유하는 모든 서열에 의해 정의된다. 일부 구현예에서 특정한 유전 서열은 16S rDNA 서열 또는 16S rDNA 서열의 일부일 수 있다. 다른 구현예에서, 두 실체의 전체 게놈이 서열분석되고 비교된다. 또 다른 구현예에서, 선택 영역, 예컨대 다중유전자위 서열 태그(MLST), 특정한 유전자, 또는 유전자 세트가 유전적으로 비교될 수 있다. 16S 구현예에서, 전체 16S 또는 16S rDNA의 가변 영역, 예컨대, V4 영역에 걸쳐 97% 이상의 평균 뉴클레오티드 동일성을 공유하는 OTU는 동일한 OTU로 간주된다(예컨대, Claesson M J, Wang Q, O'Sullivan O, Greene-Diniz R, Cole J R, Ros R P, 및 O'Toole P W. 2010. Comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiome composition using tandem variable 16S rRNA gene regions. Nucleic Acids Res 38: e200. Konstantinidis K T, Ramette A, 및 Tiedje J M. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940 참고). 전체 게놈이 관여되는 구현예에서, 95% 이상의 평균 뉴클레오티드 동일성을 공유하는 MLST, 특정한 유전자, 또는 유전자 세트 OTU는 동일한 OTU로 간주된다(예컨대, Achtman M, 및 Wagner M. 2008. Microbial diversity and the genetic nature of microbial species. Nat. Rev. Microbiol. 6: 431-440. Konstantinidis K T, Ramette A, 및 Tiedje J M. 2006. The bacterial species definition in the genomic era. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 361: 1929-1940 참고). OTU는 빈번하게 유기체 간 서열을 비교하여 정의된다. 일반적으로, 95% 미만 서열 동일성을 갖는 서열은 동일한 OTU의 일부를 형성하는 것으로 간주되지 않는다. 일부 경우에서, OTU는 뉴클레오티드 마커, 유전자, 및/또는 단일 뉴클레오티드 변이체(SNV)의 조합을 특징으로 한다. 일부 경우에서, 참조되는 유전자는 고도로 보존된 유전자(예컨대, "하우스-키핑" 유전자)이다. OTU를 정의하는 특징은 상기의 조합일 수 있다. 이러한 특징은, 예컨대 WGS 데이터 또는 전체 게놈 서열을 채택한다.
본원에서 사용되는 용어 "계통유전학적 트리"는 정의된 세트의 계통유전학적 재구축 알고리즘(예컨대, 절감, 최대 가능성, 또는 베이스(Bayesian))을 사용하여 생성되는 하나의 유전적 서열과 또 다른 서열의 진화적 상관관계의 그래픽 표시를 나타낸다. 트리에서의 노드는 구별되는 조상 서열을 나타내며, 임의의 노드의 신뢰도는 분기 불확실성을 측정하는 부트스트랩 또는 베이스 사후 확률에 의해 제공된다.
명세서는 명세서 내에서 인용되는 참고문헌의 교시의 견지에서 가장 철저하게 이해된다. 명세서 내의 구현예는 구현예의 예시를 제공하며 그 범위를 제한하는 것으로 간주되어서는 안 된다. 당업자는 여러 다른 구현예가 포괄됨을 쉽게 인식한다. 본 개시에서 인용되는 모든 공보 및 특허는 이의 전문이 참조로 포함된다. 참조로 포함되는 자료가 본 명세서와 상충되거나 불일치하는 범위에 대해서는, 본 명세서가 임의의 이러한 자료를 우선할 것이다. 본원에서의 임의의 참고문헌의 인용은 이러한 참고문헌이 선행 기술이라는 인정이 아니다.
본원에서 사용되는 용어 "대상체"는 인간, 실험실 동물(예컨대, 영장류, 래트, 마우스), 가축(예컨대, 소, 양, 염소, 돼지, 칠면조, 및 닭), 및 가정 애완 동물(예컨대, 개, 고양이, 및 설치류)을 포함하는 임의의 동물 대상체를 나타낸다. 대상체는 비제한적으로 위장관 병원체로 인한 감염을 포함하는 미생물불균형을 겪을 수 있거나 위장관 병원체로 인한 감염이 발생하거나 이를 다른 이에게 전파할 위험이 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 대상체는 궤양성 결장염을 겪는다.
궤양성 결장염(UC)은 경련 복통을 갖는 만성 설사, 직장 출혈, 및 피, 고름 및 점액의 묽은 배출을 특징으로 하는 대장(결장)의 질환이다. 궤양성 결장염의 발현은 매우 다르다. 악화 및 개선 패턴은 대부분의 UC 환자(70%)의 임상적 경과를 대표하지만, 일부 UC 환자에서는 개선이 없는 연속 증상이 존재한다. UC의 국소 및 전신 합병증에는 관절염, 포도막염과 같은 눈 염증, 피부 궤양 및 간 질환이 포함된다. 또한, 궤양성 결장염, 특히 장기, 광범위 질환은 결장 암종의 증가된 위험과 연관된다. 본원에서 제공되는 박테리아 조성물은 궤양성 결장염 또는 다른 IBD의 하나 이상의 특징을 완화하기 위해 사용될 수 있다.
몇몇 병리적 특징은 다른 염증성 대장 질환과의 구별에서 UC를 특성규명한다. 궤양성 결장염은 보통 직장의 가장 원위부로부터 가변 거리에 대해 근위로 연장되는 미만성 질환이다. 용어 좌측(left-sided) 결장염은 결장의 원위부가 관여되며, 비장 굴곡까지 멀리 연장되는 염증을 설명한다. 직장의 비관여 또는 결장의 우측(근위부)만의 관여는 궤양성 결장염에서 비일반적이다. 궤양성 결장염의 염증성 과정은 결장으로 제한되며, 예를 들어, 소장, 위 또는 식도는 관여되지 않는다. 또한, 궤양성 결장염은 대장벽의 더 심부층이 일반적으로 비관여되는 점막의 표면적 염증으로 구별된다. 변성된 내장 선와가 호중구로 채워지는 선와 농양도 궤양성 결장염의 전형이다(Rubin 및 Farber, 상기 문헌, 1994).
궤양성 결장염은 "경도", "중등도", "중증" 또는 "전격성"(매우 중증)으로 추가 분류될 수 있다. 일부 구현예에서, 치료받을 궤양성 결장염은 경도 내지 중등도, 예컨대, 마요 스코어 4 이상 및 10 이하이다. 일부 구현예에서 마이크로바이옴 조성물로 치료받을 환자는 중등도 내지 중증 활성 UC로 진단받았다. 일부 구현예에서, UC로 진단받은 환자는 통상적인 또는 생물학적 치료법에 대해 부적절한 반응, 반응의 손실을 갖거나, 이에 비관용성이다. 일부 구현예에서, 마이크로바이옴 조성물로 치료받은 대상체는 하기 개선: 마요 스코어, 예컨대, 변형된 마요 스코어(MMS)에 기반한 임상적 반응, MMS 내시경 하위스코어(ES)에 기반한 내시경 관해, MMS 대변 빈도(SF) 및 직장 출혈(RB) 하위스코어에 기반한 증상적 관해, MMS SF 및 RB 하위스코어에 기반한 증상성 반응, 조직학적 질환 활성 지수에 기반한 점막 치유(게보스(Geboes) 스코어 또는 로바드(Robards) 조직학 지수), MMS ES에 기반한 내시경 반응, NRS 스코어에 기반한 UC 증상, IBDQ 스코어에 기반한 건강 관련 삶의 질, 및 대변 칼프로텍틴 수준에서 기준선으로부터 7, 8, 또는 12주까지의 변화 중 하나 이상을 나타낸다.
궤양성 결장염에 부가하여, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 또한 위장관의 미생물불균형과 연관된 것들을 포함하는 다른 질환 또는 장애의 치료를 위해 유용할 수 있다. 임의의 하나의 이론에 구애받지 않고, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 대상체의 위장관의 접목 및 재집락에 의해 이러한 질환 또는 장애를 치료하고, 이에 의해 대상체의 마이크로바이옴을 미생물불균형으로부터 건강한 상태와 보다 유사한 것으로 변화시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 본원에서 개시되는 질환 또는 장애와 연관된 병원체의 성장을 방지할 수 있다(예컨대, 성장 영양소에 대해 경쟁함으로써). 일부 구현예에서, 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은, 예컨대, 친염증성 염증 반응을 감소시키고/시키거나 억제할 수 있는 다양한 인자를 생산하도록 설계될 수 있다(예컨대, 트립토판 대사체, 지방산, 이차 담즙산과 같은 인자를 생산함으로써, 또는 HDAC 활성화를 억제함으로써).
이러한 질환 또는 장애의 비제한적 예에는 비제한적으로 크론병, 림프구 결장염을 포함하는 면역-매개 위장관 장애; 미시적 결장염; 콜라겐성 결장염; 자가면역 장염 및 자가면역 소장결장염을 포함하는 자가면역 장병증; 알러지성 위장관 질환; 및 호산구성 위장염 및 호산구성 장병증을 포함하는 호산구성 위장관 질환이 포함된다. 본원에서 기재되는 조성물로 치료받을 수 있는 다른 면역-매개 장애의 비제한적 예에는 관절염(류마티스 윤활막염, 통풍 또는 통풍성 관절염, 급성 면역학적 관절염, 만성 염증성 관절염, 퇴행성 관절염, II형 콜라겐-유도 관절염, 감염성 관절염, 라임 관절염, 증식성 관절염, 건선 관절염, 스틸씨병, 척추 관절염, 골관절염, 만성 진행성 관절염, 변형 관절염, 만성 프리마리아 다관절염, 반응성 관절염, 폐경 관절염, 에스트로겐-고갈 관절염, 및 강직 척추염/류마티스 척추염과 같은 소아-개시 류마티스 관절염 및 병기를 포함하는 급성 및 만성 류마티스 관절염), 자가면역 림프증식성 질환, 염증성 과증식성 피부 질환, 판상 건선, 방울 건선, 농포 건선, 및 손발톱의 건선과 같은 건선, 건초열 및 욥 증후군과 같은 아토피 질환을 포함하는 아토피, 접촉성 피부염, 만성 접촉성 피부염, 박리성 피부염, 알러지성 피부염, 알러지성 접촉성 피부염, 두드러기, 포진성 피부염, 동전 피부염, 지루성 피부염, 비-특이적 피부염, 원발성 자극인자 접촉성 피부염, 및 아토피성 피부염을 포함하는 피부염, x-연관 고 IgM 증후군, 알러지성 안내 염증성 질환, 만성 자가면역 두드러기를 포함하는 만성 알러지성 두드러기 및 만성 특발성 두드러기와 같은 두드러기, 근육염, 다발근육염/피부근육염, 소아 피부근육염, 독성 표피 괴사용해증, 피부경화증(전신 피부경화증 포함), 전신 경화증, 척추-눈 MS, 원발 진행성 MS(PPMS), 및 재발 완화형 MS(RRMS)와 같은 다발 경화증(MS), 진행성 전신 경화증, 동맥경화증, 파종성 경화증, 실조 경화증과 같은 경화증, 시신경 척수염(NMO), 염증성 대장 질환(IBD)(예를 들어, 크론병, 자가면역-매개 위장관 질환, 위장관 염증, 궤양성 결장염, 궤양 결장암, 미시적 결장염, 콜라겐성 결장염, 용종 결장암, 괴사성 소장결장염, 및 경점막 결장염과 같은 결장염, 및 자가면역 염증성 대장 질환), 대장 염증, 괴저 고름피부증, 결절 홍반, 원발성 경화 담관염, 성인 또는 급성 호흡 곤란 증후군(ARDS)을 포함하는 호흡 곤란 증후군, 수막염, 포도막의 전부 또는 일부의 염증, 홍채염, 맥락막염, 자가면역 혈액 장애, 이식편-대-숙주병, 유전 혈관부종과 같은 혈관부종, 수막염에서와 같은 두개 신경 손상, 임신 헤르페스, 임신 천포창, 음낭 소양증, 자가면역 조기 난소 부전, 자가면역 병태로 인한 돌발성 난청, 아나필락시스 및 알러지성 및 아토피성 비염과 같은 IgE-매개 질환, 라무센(Rasmussen's) 뇌염 및 변연 및/또는 뇌간 뇌염과 같은 뇌염, 전방 포도막염, 급성 전방 포도막염, 육아종 포도막염, 비육아종 포도막염, 파코항원성 포도막염, 후방 포도막염, 또는 자가면역 포도막염과 같은 포도막염, 만성 또는 급성 사구체신염과 같은 신증후군을 갖는 및 갖지 않는 사구체신염(GN), 예컨대 원발성 GN, 면역-매개 GN, 막 GN(막 신장병증), 특발성 막 GN 또는 특발성 막 신장병증, I형 및 II형을 포함하는, 막성- 또는 막 증식성 GN(MPGN), 및 신속 진행성 GN(RPGN), 증식성 신장염, 자가면역 다분비선 내분비 부전, 형질세포 국한성 귀두염을 포함하는 귀두염, 귀두포피염, 중심 원심성 윤상 홍반, 지속 색소이상 홍반, 다형성 홍반, 고리 육아종, 광택 태선, 경화성 경피성 위축성 태선, 만성 단순 태선, 가시양 태선, 편평 태선, 판상 어린선, 표피박리 과다각화증, 전악성 각화증, 괴저화농 피부증, 알러지성 병태 및 반응, 식품 알러지, 약물 알러지, 곤충 알러지, 비만세포증과 같은 드문 알러지성 장애, 알러지성 반응, 알러지성 또는 아토피성 습진, 건조 습진, 발한이상 습진, 및 물집 손발바닥 습진을 포함하는 습진, 세기관지 천식, 기관지 천식, 및 자가-면역 천식과 같은 천식, T 세포의 침윤 및 만성 염증성 반응이 관여되는 병태, 임신 동안의 태아 A-B-O 혈액 그룹과 같은 외래 항원에 대한 면역 반응, 만성 폐 염증성 질환, 자가면역 심근염, 백혈구 부착 결핍, 루푸스 신장염, 루푸스 뇌염, 소아 루푸스, 비-신장 루푸스, 신장-외 루푸스, 원반모양 루푸스 및 원반모양 홍반성 루푸스를 포함하는 루푸스, 루푸스 탈모, 피부 SLE 또는 아급성 피부 SLE와 같은 SLE, 신생아 루푸스 증후군(NLE), 및 파종상 홍반성 루푸스, 소아 IDDM을 포함하는 소아 개시(I형) 당뇨병, 성인 개시 당뇨병(II형 당뇨병), 자가면역 당뇨병, 특발성 당뇨병 요붕증, 당뇨성 망막병증, 당뇨성 신장병증, 당뇨성 결장염, 당뇨성 대동맥 장애, 사이토카인 및 T-림프구에 의해 매개되는 급성 및 지연 과민성과 연관된 면역 반응, 결핵, 사르코이드증, 림프종모양 육아종증을 포함하는 육아종증, 무과립구증, 혈관염(류마티스 다발성근육통 및 거대-세포(다카야스) 동맥염과 같은 대혈관 혈관염, 가와사키병 및 결절 다발동맥염/결절 동맥주위염과 같은 중혈관 혈관염, 면역혈관염, CNS 혈관염, 피부 혈관염, 과민성 혈관염, 섬유소모양 괴사성 혈관염 및 전신 괴사성 혈관염과 같은 괴사성 혈관염, ANCA-음성 혈관염, 및 처크-스트라우스 증후군(CSS)과 같은 ANCA-연관 혈관염, 베게너 육아종증, 및 현미경 다발혈관염 포함), 측두 동맥염, 재생불량 빈혈, 자가면역 재생불량 빈혈, 쿰즈 양성 빈혈, 다이아몬드 블랙팬 빈혈, 자가면역 용혈성 빈혈(AIHA)을 포함하는 용혈성 빈혈 또는 면역 용혈성 빈혈, 악성 빈혈, 애디슨병, 진성 적혈구 빈혈 또는 무형성(PRCA), 인자 VIII 결핍, 혈우병 A, 자가면역 호중구감소증(들), 범혈구감소증과 같은 혈구감소증, 백혈구감소증, 백혈구 혈구누출이 관여되는 질환, CNS 염증성 장애, 알츠하이머병, 파킨슨병, 패혈증, 외상 또는 출혈에 부차적인 것들과 같은 다기관 손상 증후군, 항원-항체 복합체-매개 질환, 항-사구체 기저막 질환, 항-인지질 항체 증후군, 운동신경염, 알러지성 신경염, 베체트병/증후군, 캐슬맨 증후군, 굿파스처 증후군, 레이노드 증후군, 쇼그렌 증후군, 스티븐스-존슨 증후군, 물집 유사천포창, 흉터(점막) 유사천포창, 피부 유사천포창, 보통 천포창, 신생물딸림 천포창, 낙엽성 천포창, 천포창 점막 유사천포창, 및 홍반성 천포창과 같은 유사천포창 또는 천포창, 후천성 표피 수포증, 알러지성 결막염과 같은 알러지성 눈 염증을 포함하는 눈 염증, 선형 IgA 물집 질환, 자가면역-유도 결막 염증, 자가면역 다내분비병증, 라이터 질환 또는 증후군, 자가면역 병태로 인한 열 손상, 전자간증, 면역 복합 신장염과 같은 면역 복합 장애, 항체-매개 신장염, 신경염증성 장애, 다신경병증, IgM 다신경병증 또는 IgM-매개 신경병증과 같은 만성 신경병증, 혈전성 혈소판감소성 자반증(TTP), 수혈-후 자반증(PTP), 헤파린-유도 혈소판감소증, 및 예를 들어, 만성 또는 급성 특발성 혈소판감소성 자반증(ITP)를 포함하는 ITP를 포함하는 자가면역 또는 면역-매개 혈소판감소증을 포함하는 혈소판감소증(예를 들어, 심근 경색 환자에 의해 발생함), 특발성 세라토-공막염과 같은 공막염, 공막바깥염, 자가면역 고환염 및 난소염을 포함하는 고환 및 난소의 자가면역 질환, 원발성 갑상샘저하증, 부갑상샘저하증, 자가면역 갑상샘염, 하시모토병, 만성 갑상샘염(하시모토 갑상샘염), 또는 아급성 갑상샘염을 포함하는 갑상샘염을 포함하는 자가면역 내분비 질환, 자가면역 갑상샘 질환, 특발성 갑상샘저하증, 그레이브스병, 그레이브스 눈 질환(눈병증 또는 갑상샘-연관 눈병증), 자가면역 다분비선 증후군과 같은 다분비선 증후군, 예를 들어, I형(또는 다분비선 내분비병증 증후군), 램버트-이튼 근무력 증후군 또는 이튼-램버트 증후군과 같은 신경학적 신생물딸림 증후군을 포함하는 신생물딸림 증후군, 강직 증후군, 알러지성 뇌척수염 또는 알러지 뇌척수염 및 실험적 알러지성 뇌척수염(EAE)과 같은 뇌척수염, 가슴샘종-연관 중증 근무력증과 같은 중증 근무력증, 소뇌 변성, 신경근긴장증, 눈간대경련 또는 눈간대경련 근간대경련 증후군(OMS), 및 감각 신경병증, 다초점 운동 신경병증, 시한 증후군, 자가면역 간염, 만성 간염, 루푸스모양 간염, 거대-세포 간염, 만성 활성 간염 또는 자가면역 만성 활성 간염, 림프구 사이질 폐렴(LIP)과 같은 폐렴, 폐쇄 세기관지염(비-이식) 대 NSIP, 길랭-바레 증후군, 버거병(IgA 신장병증), 특발성 IgA 신장병증, 선형 IgA 피부병, 급성 발열성 호중구성 피부병, 각질하 농포 피부병, 일시적 가시세포분리 피부병, 원발성 쓸개관 간경화 및 폐경화와 같은 경화, 자가면역 장병증 증후군, 셀리악병, 복강 스프루(글루텐 장병증), 불응성 스프루, 특발성 스프루, 혼합 한랭글로불린혈증과 같은 한랭글로불린혈증, 근위축 측삭 경화증(ALS; 루게릭병), 관상 동맥 질환, 자가면역 내이 질환(AIED)과 같은 자가면역 귀 질환, 자가면역 난청, 불응성 또는 재발 또는 재발성 다발연골염과 같은 다발연골염, 폐포 단백증, 코간 증후군/비매독성 사이질 각막염과 같은 각막염, 얼굴 마비, 스위츠(Sweet's)병/증후군, 자가면역 장미증, 띠-연관 통증, 아밀로이드증, 비-암성 림프구증가증, 모노클로날 B 세포 림프구증가증(예컨대, 양성 모노클로날 감마글로불린병증 및 의미 미결정 모노클로날 감마글로불린병증, MGUS)을 포함하는 원발성 림프구증가증, 말초 신경병증, 신생물딸림 증후군, 간질, 편두통, 부정맥, 근육 장애, 청각 상실, 시각 상실, 주기적 마비, 및 CNS의 채널병증과 같은 채널병증, 자폐증, 염증성 근육병증, 국소 또는 분절 또는 국소 분절 사구체경화증(FSGS), 내분비 눈병증, 포도막망막염, 맥락망막염, 자가면역 간 장애, 섬유근육통, 다발 내분비 부전, 슈미트 증후군, 부신염, 위 위축, 노년 전 치매, 자가면역 말이집탈락 질환 및 만성 염증성 말이집탈락 다신경병증과 같은 말이집탈락 질환, 드레슬러 증후군, 원형 탈모, 온머리 탈모, CREST 증후군(석회증, 레이노 현상, 식도 운동장애, 가락경화증, 및 모세혈관확장증), 예컨대, 항-정자 항체로 인한, 남성 및 여성 자가면역 불임, 혼합 결합 조직병, 샤가스 질환, 류마티스열, 반복 유산, 농부 폐, 다형 홍반, 심장절개-후 증후군, 쿠싱 증후군, 새-애호가의 폐, 알러지성 육아종 혈관염, 양성 림프구 혈관염, 알포트 증후군, 알러지성 폐포염 및 섬유화 폐포염과 같은 폐포염, 사이질 폐 질환, 수혈 반응, 나병, 말라리아, 리슈만편모충증, 키파노소마증, 주혈흡충증, 회충증과 같은 기생충 질환, 아스페르길루스증, 샘프터 증후군, 카플란 증후군, 뎅기, 심내막염, 심내막 심근섬유증, 미만성 사이질 폐 섬유증, 사이질 폐 섬유증, 섬유화 종격염, 폐 섬유증, 특발성 폐 섬유증, 낭성 섬유증, 안구내염, 장기 융기성 홍반, 태아 적혈모구증, 호산구성 근막염, 슐만 증후군, 펠티 증후군, 사상충증, 만성 섬모체염, 이종만성 섬모체염, 홍채섬모체염(급성 또는 만성), 또는 푹스 섬모체염과 같은 섬모체염, 헤노흐-쇤라인 자색반, 인간 면역결핍 바이러스(HIV) 감염, SCID, 후천성 면역 결핍 증후군(AIDS), 에코바이러스 감염, 패혈증(전신 염증성 반응 증후군(SIRS)), 내독소증, 췌장염, 갑상샘중독증, 파보바이러스 감염, 루벨라 바이러스 감염, 백신접종-후 증후군, 선천 루벨라 감염, 엡스타인-바 바이러스 감염, 볼거리, 에반 증후군, 자가면역 생식샘 부전, 시덴함 무도병, 스트렙토코커스-후 신장염, 폐쇄 혈전혈관염, 갑상샘중독증, 척수 매독, 맥락막염, 거대-세포 다발근육통증, 만성 과민성 폐렴, 봄철 카타르, 건성 각결막염, 및 유행 각결막염과 같은 결막염, 특발성 신장염 증후군, 미세 변화 신장병증, 양성 가족성 및 허혈-재관류 손상, 이식 기관 재관류, 망막 자가면역, 관절 염증, 기관지염, 만성 폐색성 기도/폐 질환, 규폐증, 아프타, 아프타 구내염, 동맥경화 뇌병증 및 동맥경화 망막병증과 같은 동맥경화 장애(뇌 혈관 부족), 아스퍼미오게네스, 자가면역 용혈, 베크병, 한랭글로불린혈증, 뒤피트렌 구축, 수정체과민 안내염, 알러지성 장염, 나병 결절 홍반, 특발성 안면 마비, 만성 피로 증후군, 류마티스 열, 해먼-리치병, 감각신경 난청, 발작성 혈색소뇨증, 생식샘저하증, 국한 회장염, 백혈구감소증, 감염성 단핵구증, 횡단 척수염, 원발성 특발성 점액부종, 신장증, 교감성 눈염증(교감성 안염), 신생아 안염, 시신경염, 육아종성 고환염, 췌장염, 급성 다발신경근염, 괴저 화농피부염, 퀘르뱅 갑상샘염, 후천성 비장 위축, 비-악성 가슴샘종, 림프여포성 가슴샘염, 백반증, 독성-쇼크 증후군, 식품 중독, T 세포의 침윤이 관여되는 병태, 백혈구-부착 결핍, 사이토카인 및 T-림프구에 의해 매개되는 급성 및 지연된 과민성과 연관된 면역 반응, 백혈구 혈구누출이 관여되는 질환, 다중 기관 손상 증후군, 항원-항체 복합체-매개 질환, 항-사구체 기저막 질환, 자가면역 다발내분비병증, 난소염, 원발성 점액부종, 자가면역 위축 위염, 류마티스 질환, 혼합 연결 조직 질환, 신증후군, 췌도염, 다발내분비 부전, 다분비선 증후군 I형을 포함하는 자가면역 다분비선 증후군, 성인-개시 특발성 부갑상샘기능저하증(AOIH), 확장 심근병증과 같은 심근병증, 후천성 표피 수포증(EBA), 혈색소증, 심근염, 신증후군, 원발성 경화 담관염, 화농성 또는 비화농성 굴염, 급성 또는 만성 굴염, 벌집, 전방, 상악, 또는 나비뼈 굴염, 알러지성 굴염, 호산구증가증, 폐 침윤 호산구증가증, 호산구증가증-근육통 증후군, 로플러 증후군, 만성 호산구성 폐렴, 열대성 폐 호산구증가증, 기관지폐 아스페르길루스증, 아스페르길루스종, 또는 호산구 함유 육아종과 같은 호산구-관련 장애, 아나필락시스, 척추관절병증, 혈청음성 척추관절병증, 다발내분비 자가면역 질환, 경화 담관염, 공막, 공막바깥, 만성 점막피부 칸디다, 브루통 증후군, 유아의 일시적 저감마글로불린혈증, 위스콧-알드리치 증후군, 모세관 확장실조 증후군, 혈관확장증, 콜라겐 질환과 연관된 자가면역 장애, 만성 관절류마티스와 같은 류마티스, 림프절염, 혈압 반응의 감소, 혈관 기능부전, 조직 손상, 심혈관 허혈, 통각과민, 신장 허혈, 뇌 허혈, 및 혈관화가 동반되는 질환, 알러지성 과민성 장애, 사구체신염, 재관류 손상, 허혈성 재관류 장애, 심근 또는 다른 조직의 재관류 손상, 림프종성 기관기관지염, 염증성 피부병, 급성 염증성 성분을 갖는 피부병, 다발 기관 부전, 물집성 질환, 신장 피질 괴사, 급성 화농성 수막염 또는 다른 중추 신경계 염증성 장애, 눈 및 안와 염증성 장애, 과립구 수혈-연관 증후군, 사이토카인-유도 독성, 기면증, 급성 심각 염증, 만성 난치성 염증, 신우염, 동맥내 과다증식, 위 궤양, 판막염, 및 자궁내막증이 포함된다.
숙주 유기체의 "집락"에는 박테리아 또는 다른 미시적 유기체의 비-이행성 체류가 포함된다. 치료의 경우, 숙주는 일반적으로 본원에서 "대상체"로 나타내며, 전형적으로 인간 또는 다른 포유류로 나타낸다. 본원에서 사용되는 병원성 박테리아에 의한 숙주 대상체의 위장관(또는 임의의 다른 미생물총 틈새영역)의 "집락 감소"에는 위장관에서 병원체의 체류 시간 감소뿐만 아니라 위장관내 또는 위장관의 관강 표면에 부착된 병원체의 수(또는 농도) 감소가 포함된다. 부착성 병원체의 감소 측정은, 예컨대, 생검 샘플에 의해 실증될 수 있거나, 감소는 간접적으로, 예컨대 포유류 숙주의 대변에서 병원성 부담을 측정함으로써 측정될 수 있다.
2개 또는 초과의 박테리아의 "조합"에는 동일한 물질 또는 산물에서 또는 물리적으로 연결된 산물에서의 2개 박테리아의 물리적 공존뿐만 아니라 2개 박테리아의 시간적 공동-투여 또는 공동-편재가 포함된다.
"세포독성" 활성 또는 박테리아에는 병원성 박테리아 세포와 같은 박테리아 세포를 사멸시키는 능력이 포함된다. "세포증식억제" 활성 또는 박테리아에는 병원성 박테리아 세포와 같은 박테리아 세포의 성장, 대사, 및/또는 증식을 부분적으로 또는 전체적으로 억제하는 능력이 포함된다.
"먹을 수 없는 산물"이 없는 것은 본원에서 제공되는 박테리아 조성물 또는 다른 물질이 비식용이거나, 유해하거나, 투여, 예컨대 인간 대상체에 대한 경구 투여에 적합한 산물에서 달리 요망되지 않는 산물 또는 물질과 같은 먹을 수 없는 산물의 실질적인 양을 갖지 않음을 의미한다. 먹을 수 없는 산물은 종종 선행 기술로부터의 박테리아 제조물에서 확인된다.
"생물학적으로 순수한 배양"은 선택된 생활성 종만 존재하고 미생물의 다른 생활성 종은 검출되지 않는 배지에서의 박테리아 배양 배양이다.
핵산에 있어서, 용어 "실질적 상동성"은 2개의 핵산, 또는 이의 지명된 서열이, 최적으로 정렬되고 비교되는 경우, 적어도 약 80%의 뉴클레오티드, 적어도 약 90% 내지 95%, 또는 적어도 약 98% 내지 99.5%의 뉴클레오티드에서, 적절한 뉴클레오티드 삽입 또는 결실과 함께, 동일함을 시사한다. 대안적으로, 절편이 선택적 혼성화 조건 하에 혼성화할 경우 가닥의 상보체에 대해 실질적 상동성이 존재한다.
폴리펩티드에 있어서, 용어 "실질적 상동성"은 2개의 폴리펩티드, 또는 이의 지명된 서열이, 최적으로 정렬되고 비교되는 경우, 적어도 약 80%의 아미노산, 적어도 약 90% 내지 95%, 또는 적어도 약 98% 내지 99.5%의 아미노산에서, 적절한 아미노산 삽입 또는 결실과 함께, 동일함을 시사한다.
두 서열 간 동일성%는 두 서열의 최적 정렬을 위해 도입되어야 하는, 갭의 수 및 각각의 갭의 길이를 고려하여, 서열 간에 공유되는 동일한 위치의 수의 함수이다(즉, 상동성% = 동일한 위치의 #/총 위치의 # x 100). 두 서열 간 서열 비교 및 동일성%의 결정은 아래에서 비제한적 실시예에 기재된 바와 같이, 수학적 알고리즘을 사용하여 달성될 수 있다.
두 뉴클레오티드 서열 간 동일성%는 NWSgapdna.CMP 매트릭스 및 갭 가중치 40, 50, 60, 70, 또는 80 및 길이 가중치 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6을 사용하여, GCG 소프트웨어 패키지(www..gcg.com에서 이용 가능함)에서 GAP 프로그램을 사용하여 결정될 수 있다. 두 뉴클레오티드 또는 아미노산 서열 간 동일성%는 또한 PAM120 가중치 잔기 표, 갭 길이 페널티 12 및 갭 페널티 4를 사용하여, ALIGN 프로그램(버전 2.0) 내에 포함된 E. Meyers 및 W. Miller의 알고리즘(CABIOS, 4:11-17 (1989))을 사용하여 결정될 수 있다. 또한, 두 아미노산 서열 간 동일성%는 Blossum 62 매트릭스 또는 PAM250 매트릭스, 및 갭 가중치 16, 14, 12, 10, 8, 6, 또는 4 및 길이 가중치 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6을 사용하여, GCG 소프트웨어 패키지(www.gcg.com에서 이용 가능함)에서 GAP 프로그램 내에 포함된 Needleman 및 Wunsch의 알고리즘(J. Mol. Biol. (48):444-453 (1970))을 사용하여 결정될 수 있다.
본원에서 기재되는 핵산 및 단백질 서열은, 예를 들어, 관련된 서열을 확인하기 위해, 공개 데이터베이스에 대한 검색을 수행하기 위한 "쿼리 서열"로서 추가로 사용될 수 있다. 이러한 검색은 문헌[Altschul, 등 (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10]의 NBLAST 및 XBLAST 프로그램(버전 2.0)을 사용하여 수행될 수 있다. BLAST 뉴클레오티드 검색은 본원에서 기재되는 핵산 분자와 상동성인 뉴클레오티드 서열을 수득하기 위해 NBLAST 프로그램, 스코어 = 100, 단어길이 = 12로 수행될 수 있다. BLAST 단백질 검색은 본원에서 기재되는 단백질 분자와 상동성인 아미노산 서열을 수득하기 위해 XBLAST 프로그램, 스코어 = 50, 단어길이 = 3으로 수행될 수 있다. 비교 목적을 위한 갭을 포함하는 정렬을 수득하기 위해, Gapped BLAST가 문헌[Altschul 등, (1997) Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402]에 기재된 바와 같이 이용될 수 있다. BLAST 및 Gapped BLAST 프로그램을 이용하는 경우, 각 프로그램(예컨대, XBLAST 및 NBLAST)의 디폴트 파라미터가 사용될 수 있다. www.cbi.nlm.nih.gov를 참고한다. 당분야에 알려진 다른 동일성 결정 방법이 사용될 수 있다.
용어 "환자"에는 예방적 또는 치료적 처치를 수여받는 인간 및 다른 포유류 대상체가 포함된다.
본원에서 사용되는 용어 "대상체"에는 임의의 인간 또는 비-인간 동물이 포함된다. 예를 들어, 본원에서 기재되는 방법 및 조성물은 암을 가진 대상체를 치료하기 위해 사용될 수 있다. 용어 "비-인간 동물"에는 모든 척추동물, 예컨대, 비-인간 영장류, 양, 개, 소, 닭, 양서류, 파충류 등과 같은 포유류 및 비-포유류가 포함된다.
본원에서 사용되는 용어 "ug" 및 "uM"은 각각 "μg" 및 "μM"과 상호 교환적으로 사용된다.
본원에서 기재된 다양한 양태는 명세서에 걸쳐 추가로 상세히 기재된다.
달리 나타내지 않는 한, 청구범위를 포함하여 명세서에서 사용되는 성분, 반응 조건 등의 양을 표현하는 모든 수치는 모든 경우에서 용어 "약"에 의해 수식되는 것으로 이해되어야 한다. 따라서, 달리 반대로 나타내지 않는 한, 수치 파라미터는 근사치이며 수득하고자 요망되는 특성에 따라 변할 수 있다. 적어도, 그리고 청구범위의 범위의 균등부 원칙의 적용을 제한하려 하지 않고, 각각의 수치 파라미터는 유효 자리수 및 일반 반올림 접근의 견지에서 해석되어야 한다.
하기 실시예는 제한으로서가 아니라 예시로서 제공된다. 본 출원에 걸쳐 인용되는 모든 참고문헌의 내용은 본원에 참조로 명시적으로 포함된다.
실시예
실시예 1: 궤양성 결장염 환자에서 임상적 유효성에 대한 포자 제조물(HHSP)의 투여 효과
1b상 다기관, 무작위화, 이중-맹검, 위약-대조 다회 용량 연구(ClinicalTrials.gov 식별자: NCT02618187)를 수행하여 표준 케어가 실패한 환자에서의 경도 내지 중등도 궤양성 결장염의 치료를 위해 건강한 인간 공여체(HHSP)의 대변에서 유래된 정제된 포자 집단을 포함하는 조성물의 안전성 및 관용성을 평가하였다. 구체적 포함/제외 기준은 www.ClinicalTrials.gov/ct2/show/NCT02618187?term=SERES-101&rank=1에서 이용 가능하다.
간략하게, 58명의 경도 내지 중등도 UC 대상체(마요 스코어 4~10)를 하기와 같이 6일 사전치료기가 선행되는, 4개의 8주 유도 치료 아암 중 하나에 무작위 할당하였다: 아암 A) 위약/위약(n=11); 아암 B) 위약/매주 HHSP(n=15); 아암 C) 반코마이신(vanco)/HHSP 매주(qwk)(n=17); 또는 아암 D) 반코(vanco)/HHSP 매일(qD)(n=15). 임상적 유효성(즉, 궤양성 결장염의 개선)을 하기 기준 중 하나 이상에 기반하여 결정하였다: (i) 임상적 관해(총 변형 마요(TMM) 스코어 2 이하 + 내시경 하위스코어 1 이하); 및 (ii) 내시경 개선(내시경 스코어 감소 1 이상).
기준선에서의 환자 특징을 아래에서 표 1에 제공한다.
Figure pct00001
임상적 관해 및 내시경 치유
위약(아암 A) 대비 모든 치료 아암은 환자에서 증가된 임상적 관해를 일으켜서, HHSP가 궤양성 결장염을 치료하기 위해 사용될 수 있음을 실증하였다. 관해에 대한 최대 영향은 아암 D(도 1, 왼쪽 그래프, 반코/HHSP 매일)에서 관찰되어, 대략 40%의 환자가 관해되었다. 아암 B(즉, 위약/HHSP 매주) 및 아암 C(즉, 반코/HHSP 매주)에서, 대략 13.3% 및 17.7%의 환자가 각각 관해되었다. 유사하게, 모든 치료 아암은 위약에서 관찰된 비율을 초과하는 내시경 개선을 일으켰다; 더 높은 백분율의 HHSP의 매일 투여를 수여받은 환자(아암 D, 40%)가 위약 단독(아암 A, 9.1%) 또는 HHSP의 매주 투여(아암 B 및 C, 각각 33.3% 및 23.5%)를 수여받은 환자에 비해 내시경 개선을 나타내었다(도 1, 오른쪽 그래프).
이들 데이터는 건강한 인간의 대변에서 유래된 포자 조성물이 궤양성 결장염을 완화하기 위해 사용될 수 있고 임상적 관해 및 내시경 개선의 파라미터가 궤양성 결장염을 치료하기 위한 마이크로바이옴 조성물의 유효성을 평가하기 위해 사용될 수 있음을 실증한다. 이들 데이터는 또한 FMT에 의해 제공되는 '전체' 마이크로바이옴이 UC를 효과적으로 완화하기 위해 필요하지 않음을 실증한다.
장기 임상적 관해
궤양성 결장염의 HHSP 투여의 장기 임상적 유효성을 결정하기 위해, 8주 유도 치료 기간의 종료 시 관해된 환자, 관해된 치료받은 환자를 추가 26주 동안 추적하고, 질환이 촉발된 관해체의 수를 결정하였다. 대상체에서 관해 유도 후 관해의 계속은 "유지"로 명명된다.
아래에서 표 2에 나타낸 바와 같이, 어느 관해체도 26주 기간 동안 UC 촉발을 갖지 않았다. 이는 환자가 HHSP를 매주(아암 B 및 C) 또는 매일(아암 D) 수여받았는지와 무관하게 해당되었다.
이들 데이터는 마이크로바이옴 조성물, 예컨대, HHSP가 관해에 대해 내구성 있는 효과를 유발할 수 있음을 실증한다.
Figure pct00002
유해 사례
임상 시험 프로토콜의 일환으로, 8주 유도 기간의 종료 시 유해 사례를 기록하고 평가하였다. 일반적으로, HHSP로 치료받은 환자는 위약 대조군 대비 더 적은 위장관-관련 유해 사례를 가졌다. 가장 큰 유의차는 HHSP를 매일 수여받은 환자(아암 D)에서 관찰되었고, 이는 HHSP의 투여량-의존적 효과와 일치한다.
마이크로바이옴 조성물로의 치료와 연관된 유해 사례의 낮은 수준은 건강한 인간 공여체의 대변으로부터 유래된 정제된 포자 집단을 포함하는 마이크로바이옴 조성물이 경도 내지 중등도 UC를 포함하는 궤양성 결장염을 치료하기 위해 안전하게 사용될 수 있음을 실증하였다. 위약 및 치료받은 대상체 간 유해 사례에서의 가장 큰 차이는 GI 장애 분류에 속했다(위약 아암에서의 45.5% 대 매일 치료 아암에서의 13.3%). 상기 차이는 정제된 포자 집단의 매일 투여를 수여받은 환자에서 가장 뚜렷하였다(위약에서의 45.5% 대 아암 D에서의 13.3%).
실시예 2: 포자 제조물(HHSP)로 치료받은 궤양성 결장염 환자에서의 접목 및/또는 증강
실시예 1에 기재된 바와 같이, HHSP의 치료는 UC 환자에서 내구성 있는 치료효과를 제공할 수 있었다. 질환을 치료하기 위한 마이크로바이옴 조성물의 하나의 잠재적 장점은 마이크로바이옴 조성물의 적어도 일부 유익한 종이 치료받은 대상체에서 접목할 수 있고, 이에 따라 계속되는 유익한 기능의 원천을 제공할 수 있으며, 조성물에서 유리한 박테리아의 증식(증강)을 촉진할 수 있으므로, 마이크로바이옴 조성물이 내구성 있는 효과를 제공할 수 있다는 것이다. 치료 수준을 달성하기 위해 정기적으로 투약받아야 하는 약제의 문제는 내구성 있는 효과가 부재한다는 것 뿐만 아니라, 여러 프로바이오틱이 치료 효과를 유지하기 위해 고빈도로 복용되어야 한다는 것이 주지되었다(Walter J., 등, Curr Opin Biotechnol 49: 129-139, 2018). 따라서 접목하는 능력은 다른 특징들 중, 약제 또는 비-접목 프로바이오틱으로 요구될 수 있는 것보다 덜 빈번한 투약을 구현하는, 마이크로바이옴 조성물에서의 박테리아에 대해 요망되는 특징이다. 특정 마이크로바이옴 조성물의 두 번째 신규한 특징은 마이크로바이옴 조성물로의 치료 전에 환자에서 검출 불가능하거나 저수준으로 존재하는 유익한 박테리아 종의 강화이다.
본 출원인은 접목하거나 증강되고 또한 관해와 연관되는 특정한 OTU 또는 종을 확인하였다. 이러한 OTU 또는 종은 IBD, 예컨대, 궤양성 결장염의 치료를 위해 설계된 조성물에서 유용하다.
마이크로바이옴 조성물이 접목하고/하거나 증강될 수 있는지 여부를 결정하기 위해, 사전치료(기준선) 및 HHSP로의 최초 투여 후 최대 12주(즉, HHSP로의 마지막 치료 후 최대 4주)에 궤양성 결장염 환자의 미생물총을 특성규명하기 위해 보완적 게놈 방법을 사용하였다. UC 대상체의 대변 마이크로바이옴 및 HHSP 용량을 전체 게놈 샷건 서열분석(WGS)을 사용하여 특성규명하였다. WGS는 종-수준 분류군 확인을 구현하는(Truong 등, Nature Meth 12:203-209, 2015), 널리 사용되며 문헌에서 보고된 고분해능 방법이다(예컨대, Lloyd-Price 등, Nature 550:61-66, 2017). 대변 샘플 및 HHSP에 존재하는 종의 상대 존재비를 전용 내부 데이터베이스 업데이트와 커플링된 오픈-소스 소프트웨어 MetaPhlAn2(ver 2.6.0)를 사용하여 수득하였다. 접목의 분석을 위해, UC 환자 및 HHSP에서 MetaPhlAn2에 의해 확인된 종 세트를 포자-형성 종의 전용, 큐레이트된 데이터베이스에 대해 필터링하였다.
도 2a에 나타낸 바와 같이, HHSP에서 확인된 접목 종의 수 분석은 HHSP 종의 접목이 위약 대조군(아암 A) 대비 모든 치료 아암(즉, 아암 B, C, 및 D)에서 최초 용량의 HHSP 후 1주만큼 빠르게 일어남을 나타내었다. 접목의 결정은 치료의 개시 후 대상체의 대변 중 HHSP에서 포자 형성 박테리아 종의 존재 또는 부재의 평가에 기반하여 수행되었다. 접목은 반코마이신으로 사전치료받은 환자에서 더 컸다(예컨대, 아암 B 대 아암 C). 가장 큰 접목은 반코마이신으로 사전 치료받은 후, HHSP를 매일 수여받은 환자에서 관찰되었다. 접목은 또한 최종 HHSP 투여 후 적어도 4주 동안 지속되었다(도 2a에서 56일 및 84일 참고). 흥미롭게도, 도 2b 및 2c에 나타낸 바와 같이, 접목 종은 장기 접목체인 것들(도 2b) 및 일시적 접목체인 것들(도 2c)로 추가 구분될 수 있었다. 장기 대 일시적 접목체로의 종 분류는 환자 샘플에 걸쳐 2개의 구별되는 공동-발생 접목 종의 클러스터 확인에 기반하여 결정하였다. 일시적 접목체(TE)는 HHSP로의 투약 시작 1~2주 후 접목에서 피크를 형성하였고, 아암 C 및 아암 D에서 유사한 접목 프로필을 나타낸다. 장기 접목체(LTE)는 초기 시점에 용량-의존적 반응을 나타내었고 마지막 용량의 투여 후 적어도 4주(방문 13)를 넘어 환자에서 내구성있게 유지되었다. 표 5는 장기 접목체 또는 일시적 접목체로 확인된 상이한 박테리아 종의 목록을 제공한다. 중요하게는, HHSP에 존재하는 여러 종은 검출 가능한 수준으로 접목하지 않아, 접목이 HHSP에서의 종에서 일반적인 특성이 아님을 나타내었다.
상기 접목 데이터는 UC 환자에서의 안정하지만 미생물불균형인 마이크로바이옴을 손상시키기 위한 요건을 반영한다. 여러 생태계에 걸쳐, 커뮤니티는 이들이 강력한 손상을 경험하는 경우를 제외하고는 안정하다. 여기서, 반코마이신 사전치료가 기존 UC 마이크로바이옴을 손상시키고 HHSP 박테리아의 접목을 위한 틈새영역을 개방하기 위해 요구된다. 생태계의 손상 후, 최종적으로 안정한 클라이막스 커뮤니티에 도달하기 전에 종종 후속 커뮤니티가 나타난다. 천이 커뮤니티(또는 천이계열)로서 나타내는 중간 커뮤니티가 종종 환경을 변화시켜 후속 커뮤니티의 확립을 구현하기 위해 필요하다. 반코마이신을 이용한 UC 마이크로바이옴의 손상 후, TE 종은 천이 커뮤니티를 형성하고 안정한 클라이막스 커뮤니티를 형성하는, LTE 종의 확립이 뒤따른다. 따라서, 내구성 있는 치료적 개입은 TE 및 LTE 종 둘 다의 투여를 필요로 할 수 있다(반코마이신으로의 기존 커뮤니티의 손상 후); TE 및 LTE 종은 둘 다 UC에서 위장관의 환경을 변경하기 위해 요구되는 구별되는 역할을 담당할 수 있다.
TE 및 LTE 종의 구별되는 역할을 뒷받침하여, 이들 두 그룹의 종의 비교 게놈 분석은 이들은 이들이 기능적으로 구별됨을 나타내었다. 예를 들어, 카탈라제, 수퍼옥시드 디스뮤타제, 삼투보호 수송계, 및 수퍼옥시드 환원효소를 포함하는 산소 및 반응성 산소종 대사를 위한 경로가 TE 종에서 농축되었다. 반응성 산소중이 염증 동안 숙주에 의해 생산되므로, 이는 염증이 생긴 장에서 TE 종의 조기 접목을 위한 중요한 특징일 수 있다. TE 종에 의한 반응성 산소종의 제거는 LTE 종의 후속 접목을 구현할 수 있다.
실시예 3: 궤양성 결장염 환자의 마이크로바이옴에 대한 치료 효과
증가된 접목이 궤양성 결장염 환자의 마이크로바이옴에 대한 임의의 효과를 가졌는지 결정하기 위해, 치료받은 환자의 마이크로바이옴의 포자 형성체 조성물을 최초 HHSP 투여 후 다양한 시점에 기준선(즉, HHSP 투여-전)과 비교하였다. 구체적으로, 대상체 마이크로바이옴의 포자-형성 분획 및 풀링된 HHSP 투약 종 함량 간 이원-자카드 거리를 샘플링된 모든 시점에 모든 아암에 대해 계산하였다. 이원 자카드 거리는 -1 내지 1 범위이며, 0은 정확히 동일한 종 세트를 공유하는 샘플을 시사하고, 1은 공통 종을 갖지 않는 샘플을 시사한다. 종의 존재비는 계량의 계산에서 고려되지 않는다. 유사성 계량에 있어서 더 높은 값은 대상체 마이크로바이옴 및 HHSP 간 더 큰 유사성을 시사한다.
도 3에 나타낸 바와 같이, 8주 유도 치료법 처치의 종료 시, 아암 C(반코마이신 사전치료/HHSP 매주) 및 D(반코마이신 사전치료/HHSP 매일)로부터의 환자의 마이크로바이옴의 포자 형성체 부분은 기준선보다 HHSP 조성물에서와 더 유사하였다. 임상적 유효성을 가지고 관찰된 바와 같이(실시예 1 참고), 다른 치료 아암 대비 반코마이신 및 HHSP의 매일 용량으로 사전-치료받은 환자(아암 D)에서 효과가 더 현저하였다.
실시예 4: 마이크로바이옴 변화와 임상적 결과의 연관
HHSP 조성물로의 치료는 관해체 및 비-관해체에서 마이크로바이옴의 포자 형성체 및 포자-비형성체 부분을 모두 변화시켰다. 추가 분석을 수행하여 특정 종의 박테리아가 임상 시험 대상체에서 관찰된 임상적 관해와 연관되는지 여부를 결정하였다. 대상체 대변 마이크로바이옴의 분류학적 프로필 및 MetaPhlAn 데이터베이스(상기 문헌에 기재된 바와 같음)로 수득된 HHSP를 사용하여, 부트스트렙 처리 라쏘 로지스틱 회귀를 사용해서, 아암 D에서의 임상적 결과와 연관된 종을 확인하였다.
본 출원인은 최초 HHSP 투약 후 7일만큼 빠르게 관해된 환자(관해체) 및 관해되지 않은 환자(비-관해체)에 존재하는 특정 박테리아 종의 유병률에서 명확한 구별이 존재함을 확인하였다. 상기 구별은 HHSP 치료와 연관된 치료 효과의 내구성(유지) 관찰과 일치하게, 치료 기간의 종료 후 적어도 4주 동안 지속되었다.
종합하면, 31개의 상이한 박테리아 종이 임상적 결과를 예측하는 것으로 확인되었다. 확인된 종에는 적어도 일부 HHSP 조성물에 존재하는 종뿐만 아니라 치료에 의해 증강된(즉, HHSP 조성물에 존재하지 않았거나 검출 한계 미만의 농도로 존재한) 것들이 포함되었다. 20개 종이 관해와 연관되었고 11개가 비-관해와 연관되었다. 표 3은 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 16S rDNA 서열을 갖는 참조 종의 명칭과 함께, 31개의 확인된 박테리아 종의 16S rDNA 서열에 대한 서열번호를 제공한다.
Figure pct00003
Figure pct00004
관해와 연관된 표 3에서의 박테리아 종은 DE에서 유용하다. 따라서, 본 발명의 일부 구현예에서, 마이크로바이옴 조성물은 표 3에서 확인된 관해체-연관 종 또는 관해체-연관 종과 적어도 97% 동일성을 갖는 16S rDNA를 갖는 종 중 적어도 하나를 포함한다. 일부 경우에서, 마이크로바이옴 조성물은 HHSP이다. 다른 경우에서, 마이크로바이옴 조성물은 DE이다. 일반적으로, 조성물이 DE인 경우, 비-관해와 연관된 박테리아는 포함되지 않는다.
일부 구현예에서, 포자 조성물의 제조에서 사용되는 HHSP 또는 물질을 비-관해와 연관된 하나 이상의 종에 대해 평가한다. 이러한 종의 존재는 마이크로바이옴 조성물에서 HHSP 또는 물질을 제외하기 위한 기준으로 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 포자 조성물의 제조에서 사용되는 HHSP 또는 물질을 관해와 연관된 박테리아 종의 존재에 대해 평가하고, 하나 이상의 이러한 종의 존재가 마이크로바이옴 조성물에서 HHSP 또는 물질을 사용하기 위한 기준이다.
실시예 5: 대사체 분석
여러 박테리아 종이 유사한 기능을 수행할 수 있음이 당분야에 알려져 있다. 본 출원인들은 관해와 연관된 박테리아의 핵심 기능을 확인함으로써, 표 3에서 관해와 연관된 것으로 확인된 박테리아 및/또는 표 3에서 확인되지 않았지만 달리 하나 이상의 확인된 기능을 갖는 것으로 실증된 박테리아 종을 사용하여 이러한 기능을 갖는 박테리아를 포함하는 조성물을 설계할 수 있음을 상정하였다. 따라서, 본 출원인은 모든 치료 아암으로부터의 환자에서 임상적 관해 및 비-관해와 연관된 박테리아의 대사 특징부를 추가로 특성규명하였다. 확인된 박테리아 종과 이의 연관성을 후술되는 바와 같이 결정하였다.
모든 방법에서 Waters ACQUITY Ultra Performance 액체 크로마토그래피(UPLC®) 및 가열 전기분무 이온화(HESI-II)원 및 35,000 질량 해상도로 작동하는 Orbitrap 질량 분석기와 인터페이스로 연결된 Thermo Scientific Q-Exactive™ 고해상/정확도 질량 분광측정기를 이용하였다. 4개의 상이한 조합의 이온 및 크로마토그래피적으로 최적화된 조건을 사용하여 다양한 친수성 및 소수성 화합물을 포착하였다.
MS 분석은 동적 제외를 사용하여 MS 및 데이터-의존적 MSn 스캔을 교대하였다. 스캔 범위는 방법 간에 약간 달랐지만 70~1000 m/z를 커버하였다.
대사체는 잔류 시간/지수(RI), 질량 대 전하 비(m/z), 및 크로마토그래피 데이터(MS/MS 분광 데이터 포함)에 기반하여 정제된 표준물질의 라이브러리 엔트리와의 비교에 의해 확인하였다. 이들 요인 중 하나에 기반하여 이들 분자 간에 유사성이 존재할 수 있으나, 모든 3개 데이터 포인트의 사용을 이용하여 생화학물질을 구별하고 구분할 수 있다. 곡선-하-면적을 사용하여 피크를 정량하였다.
이들 분석의 결과는 임상적 결과와 연관된 종 및 특정 대사체 간 강력한 연관성을 실증하였다. 예를 들어, 도 4에 나타낸 바와 같이, 관해로 들어간 궤양성 결장염 환자(치료 아암과 무관)는 임상적 관해로 들어가지 않은 환자에 비해, 이의 대변 샘플에서 유의미하게 더 높은 수준의 7-α-탈하이드록실화 이차 담즙산을 가졌다. 2개의 이러한 이차 담즙산(데옥시콜산 및 리토콜산)은 TNF-α 생산을 감소시킬 뿐만 아니라 LPS-자극 PBMC에 의한 IL-10 생산을 증가시킬 수 있었다. 각각 도 5a 및 5b를 참고한다. 임상적 결과와 연관된 대사체의 다른 비제한적 예에는 하기가 포함되었다: (i) 트립토판-유래 대사체(예컨대, 인돌 및 3-메틸인돌), (ii) 중쇄 지방산, (iii) 엔도칸나비노이드, (iv) 스핑고지질, 및 (v) 키누레닌. 놀랍게도, 특정 SCFA는 관해와 음성적으로 연관되었다. 강력한 연관성은 이들 종이 임상적 결과와 연관되는 핵심 대사체의 활성을 매개할 수 있음을 제시하는 것으로 나타났다. 임상적 관해의 대사체 특징부에는 여러 다양한 기능적 경로가 포함되었고, 여러 경로가 염증성 대장 질환, 예컨대, 궤양성 결장염에 연루되었다.
대사체와 임상적 결과의 연관성
종 및 특정 대사체 간 상기 확인된 연관성을 확인하기 위해, 선택된 확인 대사체(즉, 선택된 트립토판 대사체(인돌 및 3-메틸인돌))의 수준을 8주 치료 기간의 종료 시 임상 시험의 모든 치료 아암(아암 B, C, 및 D)으로부터의 관해체 및 비-관해체 간에 비교하였다.
페어링된 분류학 및 대사체학 프로필의 표준 분석에는 일반적으로 그 존재비가 대사체의 존재비와 연관되는 종을 확인하기 위한 종 및 대사체 존재비 간 페어식 연관성(예컨대, 스피어만 또는 피어슨 연관성)이 관여된다. 상기 유형의 연관성 분석은 전형적으로 코호트 및 개입 연구 모두에서 나타난 바와 같이, 큰 그룹의 대사체와 연관된 큰 그룹의 종을 생성한다. 이는 상기 유형의 표준 연관성 분석이 선택된 대사 기능에 실제로 기계적으로 관여되는 종을 적절하게 확인하지 못함을 의미한다.
표준 연관성 분석의 부적절성을 설명하기 위해, 본 출원인은 페어링된 분류학 및 대사체학 프로필에서 특정한 종-대사체 상관관계를 확인하기 위한 신규한 접근을 사용하였다. (i) 상이한 대사체의 존재 및 수준 및 (ii) 개별 박테리아 종 및 박테리아 종 조합의 존재 간 상관관계를 분석하는 컴퓨터 분석을 수행하였다. 또한, 박테리아 종 및 대사체의 상대 존재비를 평가하는 분석을 수행하였다.
도 6a 및 6b에 나타낸 바와 같이, HHSP 투여 후 관해에 들어간 궤양성 결장염 환자는 인돌 및 3-메틸인돌 둘 다의 더 높은 수준을 가져서, 이들 트립토판 대사체의 증가된 수준 및 임상적 관해 간 양의 연관성을 제시하였다. 도 6c는 3-메틸인돌에 대해 나타난 큰 변동성(도 6b)을 설명한다. 증가된 트립토판 대사체 수준이 HHSP 조성물에서 확인된 두 박테리아 종: 루미노코커스 브로미이 및 유박테리움 시래움과 연관되었다. 따라서, 도 6b에서 나타난 3-메틸인돌 수준의 변동성은 이의 GI 마이크로바이옴에 이들 두 박테리아 종 중 0개, 1개, 또는 2개 모두를 갖는 일부 궤양성 결장염 환자에 기인할 수 있다. 예를 들어, 도 6c에서 나타난 바와 같이, 이의 마이크로바이옴에 두 박테리아 종을 모두 가진 환자는 이들 종을 보유하지 않는 환자에 비해 더 높은 3-메틸인돌 수준 및 더 높은 임상적 관해율을 가졌다. 이들 데이터는 또한 일부 구현예에서, 마이크로바이옴 조성물 중 루미노코커스 브로미이 및/또는 유박테리움 시래움의 포함이, 예컨대, 관해를 유도하고/하거나 유지하기 위해 유리함을 시사한다. 또한, 하나의 또는 두 종 모두의 포함이 치료받은 대상체에서 3-메틸인돌의 생산을 증가시키기 위해 유용하다.
AhR 활성화는 유전자 발현에서 광범위한 변화를 유도함으로써 내장 상피 배리어의 강화 및 내장에서의 점막 항상성과 연관된 것으로 보고된다. 도 7a에 나타낸 바와 같이, 궤양성 결장염 환자에서 마이크로바이옴 조성물의 임상적 유효성과 연관된 인돌 및 3-메틸인돌뿐만 아니라 다른 관련된 대사체(예컨대, 3-인돌 아세트산 및 인돌아크릴레이트)는 내장 상피 기관모양체에서 AhR-매개 cyp1a1 발현을 유도하였다. Cyp1a1 발현의 증가는 AhR-매개 유전자 발현의 구체적 척도로 간주된다. 상피 기관모양체가 상기 대사체를 생산하는 것으로 알려진 박테리아의 상청액으로 처리된 경우, cyp1a1 발현의 증가가 또한 일어났다. 도 7b를 참고한다. 트립토판 대사체에 부가하여, 박테리아 상청액은 또한 다양한 SCFA, MCFA를 함유하였고, BCFA 및 SCFA는 AhR-반응성 유전자의 발현을 강화하는 것으로 보고되어, 두 클래스의 대사체 모두의 조합이 박테리아 균주의 보호 효과를 강화할 수 있음을 시사하였다(Jin U.H., 등, Sci Rep 7(10):10163 (2017)).
따라서, 이들 결과는 HHSP와 연관된 박테리아가 UC에서 개선을 일으키는 하나의 기전이 AhR-매개 cyp1a1 발현을 유도하는 대사체의 조절을 통한 상피 배리어 온전성의 복원에 의한다는 것을 시사한다.
이들 데이터는, 예컨대 비제한적으로 인돌 및/또는 3-메틸인돌을 포함하는, 특정 트립토판 대사체의 수준을 증가시킬 수 있는 박테리아를 포함하는 조성물이 UC를 치료하기 위해 유용함을 시사한다.
실시예 6: 배리어 온전성 분석
상기 보고된 바와 같이, UC의 관해와 연관된 특정 박테리아는 특정한 트립토판 대사체를 생산할 수 있고 이들 대사체는 보다 강력한 내장 상피 배리어 및 점막 항상성과 연관된다. 상피 세포 간 치밀 이음부의 파괴 및 만성 염증에 의해 유도되는 아폽토시스로 인한 정상 배리어 기능의 손상은 염증성 대장 질환의 발병기전에서 중요한 요인이다. 점막 치유 및 배리어 온전성의 재구축은 궤양성 결장염의 개선(예컨대, 임상적 관해)뿐만 아니라 개선된 환자 결과와 연관된다(Lee S.H., Intest Res 13:11-18, 2015). 상기 효과를 배리어 온전성의 복원을 평가하는 검정에서 몇몇 박테리아 종 및 추가적인 대사체를 사용하여 추가 연구하였다.
검정을 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정을 사용하여 수행하였다. 도 8a 및 8b에 예시된 바와 같이, 검정 장치는 투과막 상에서 상피 세포의 단층에 의해 구분되는 단부측 및 기부측을 갖는다. 인터페론-감마(IFN-γ)의 첨가는 상피 단층의 치밀 이음부를 손상시키며 상피 세포의 아폽토시스를 유도한다. 막의 누출성은 장치의 단부측에 FITC-덱스트란을 첨가하고 이것이 얼마나 빠르게 기저측면 구획으로 통과할 수 있는지를 측정하여 평가할 수 있다. 누출성 단층은 온전한 단층을 갖는 단층에 비해 FITC-덱스트란을 장치의 기부측으로 더 빠르게 허용할 것이다.
간략하게, 배리어 온전성 검정을 하기와 같이 수행하였다. 단리된 결장 선와로부터 확립된 일차 인간 결장 기관모양체 배양을 성장시키고 10 uM Y-27632 및 10 uM SB43152를 함유하는 VanDussen 등(Gut 64:911-920, 2015)에 의해 기재된 바와 같은 Wnt3a, R-스폰딘 3 및 Noggin(L-WRN)을 함유하는 50% L-세포 컨디셔닝된 배지 및 Matrigel®(Corning) 중에 증식시켰다. 결장 기관모양체를 수확하고 소수의 세포 클러스터를 함유하는 현탁액으로 트립신처리하여 10 μM Y-27632(Millipore Sigma)가 보충된 50% L-WRN 배지 중에서 삽입물 당 100,000 세포 밀도로 매트리겔(Matrigel) 코팅된 트랜스웰 삽입물(Corning) 상에 접종하였다. 상피 세포 단층이 50% L-WRN 배지 중에 4~5일에 걸쳐 형성되었다. 이들 일차 줄기 세포 집단은 배양 배지를 5% L-WRN으로 48시간 동안 전환시켜 결장세포로 분화되었다. 24시간 분화 후, 특정한 SCFA 또는 5% 박테리아 배양 상청액 처리를 100 μL의 5% L-WRN 배지 중 단부 계면에 첨가하고, 실험에 따라, 5~25 ng/ml INFγ(Peprotech)을 175 μL의 5% L-WRN 배지 중에서 기저측면 계면으로 첨가하고, 37℃에서 48시간 동안 인큐베이션하였다. 48시간 인큐베이션 후, 10 μL의 10 ng/ml FITC-덱스트란(4 kDa, Sigma)을 단부 계면에 첨가하여 결장 상피 단층 투과도를 평가하고, 기관모양체를 1시간 동안 인큐베이션한 후 100 μL의 배지를 각각의 트랜스웰의 기저측면 구획으로부터 수집하여 형광 검출을 위해 96웰 플레이트로 전달하였다.
도 9a에 나타낸 바와 같이, 약 5 mM의 농도에서 시작하여, 단쇄 지방산(부티레이트 및 프로피오네이트) 또는 트립토판 대사체(3-인돌프로피온산; IPA)의 첨가로 이들 조건 하에 배리어 온전성을 복원하였다. 도 9b는 임상적 관해와 연관되었다고 보고된 특정 박테리아 종(예컨대, 콜린셀라 인테스티날리스)의 첨가가 또한 배리어 온전성을 복원할 수 있음을 실증한다. 도 9b는 또한 특정 박테리아(예컨대, 에스체리키아 콜리 및 애시드아미노코커스 종 D21)가 상피 배리어 온전성에 대해 유해한 효과를 가질 수 있음을 나타낸다. 이는 IBD를 처리하기 위한 박테리아의 선택이 기능적 특징에 근거할 수 있음을 실증한다.
일반적으로, 이들 데이터는 배리어 온전성의 복원과 연관되고/되거나 배리어 온전성의 복원과 연관된 특정 대사체를 생산하는 박테리아가 궤양성 결장염의 치료를 위해 유용할 수 있음을 실증한다. 따라서, 이러한 박테리아는 IBD와 같은 손상된 GI 배리어 온전성과 연관된 병태를 치료하기 위한 박테리아 조성물에서 유용하다. 이들 데이터는 또한 특정 박테리아, 에스체리키아 종 및 애시드아미노코커스 종이 손상된 배리어 온전성이 특징인 병태의 치료에서 사용하기 위해 마이크로바이옴 조성물에 포함시키기 위해 요망되지 않을 수 있음을 시사한다.
실시예 7: 궤양성 결장염의 동물 모델에서 항염증성 효과의 평가
임상적 관해에 대해, 설계된 조성물을 포함하는 마이크로바이옴 조성물의 효과를 추가 평가하기 위해, 궤양성 결장염의 동물 모델을 사용하였다. 간략하게, C57Bl/6 마우스 비장으로부터 수득된(RAG IBD 세포 분리 프로토콜을 사용함) 나이브 T 세포(CD4+CD45RBhigh)를 RAGn12 마우스 내로 차용 전달하였다. 10일 후, 마우스를 5일 동안 항생제로 경구 치료하여 이의 천연 내장 미생물총을 고갈시켰다. T 세포 전달 후 14일째에 시작하여, 일부 마우스는 경구 급식을 사용해서 총 21개 용량의 포자 조성물(SP) 또는 설계된 조성물(DE1)을 수여받았다. DE1은 14개 박테리아 종: 언에어로트룬커스 콜리호미니스, 블라우티아 프로덕타, 클로스트리듐 볼테애, 클로스트리듐 디스포리쿰, 클로스트리듐 고니이, 클로스트리듐 글라이콜리쿰, 클로스트리듐 인노쿠움, 클로스트리듐 락타티페르멘탄스, 클로스트리듐 비리데, 유박테리움 종 WAL 14571, 라크노스피라세애 박테리움 3 1 57FA, 라크노스피라세애 박테리움 경구 분류군 F15, 락토니팩터 롱고비포르미스, 및 루미노코커스 락타리스로 구성되는 합성 조성물이다. 모든 상이한 실험군에는 하기가 포함되었다: (i) 나이브 동물(질환 없음, 즉, T 세포 전달 없음; n=5); (ii) 미치료 질환 대조군(T 세포만 전달; n=15); (iii) 항생제-치료 질환 대조군(T 세포 전달 + 항생제 치료만; n=15); (iv) HHSP 치료(T 세포 전달 + 항생제 치료 + HHSP 치료; n=15); 및 (v) DE1 치료(T 세포 전달 + 항생제 치료 + SP 치료; n=15). 도 10은 프로토콜의 모식도를 제공한다.
도 11에 나타낸 바와 같이, HHSP 또는 DE1을 수여받은 동물은 미치료 질환 대조군 동물 및 항생제 단독 치료 질환 대조군 동물에 비해 유의미하게 감소된 병리학 스코어를 가졌다. 병리학 스코어는 4개의 개별 파라미터: 염증, 샘 상실, 침식, 및 과다형성의 합계(0~5로 스코어링됨, 0=정상, 5=중증)에 기반하였다. Nanostring 유전자 발현 데이터를 마우스 결장으로부터 단리된 총 RNA로 nCounter Mouse Immunology Panel을 사용하여 생성하였다. RNA를 제조업체의 프로토콜에 따라 Qiagen RNeasy Plus Mini Kit를 사용하여 -80℃에서 RNAlater(ThermoFisher) 내에 보관된 결장 조직으로부터 단리하였다. 이어서 cDNA를 후속 RT-qPCR 분석을 위해 Invitrogen™ SuperScript™ III First-Strand Synthesis System을 사용하여 마우스 총-RNA로부터 생성하였다.
이들 데이터는 건강한 공여체의 대변으로부터 유래된 포자-형성 박테리아 또는 포자-형성체 종의 하위세트를 포함하는 조성물이 UC의 치료를 위해 효과적일 수 있음을 실증한다.
마우스로부터의 결장 샘플의 NanoString 유전자 발현 프로필은 상이한 군 간에 몇몇 유전자의 발현에서 차이를 시사하였다. 하기 유전자가 질환 대조군 대비 HHSP로 치료받은 동물에서 하향조절되었다: (i) T 세포 활성화(예컨대, Ctla4, Il18r1, Cxcl10/11, Lilrb3/4, Ifng, Nos2), (ii) 친염증성 사이토카인(예컨대, Tnf, Il1b, Ifng), 및 (iii) 선천성 면역 세포 모집 또는 활성화(예컨대, Cxcl1, Cxcl3, Ccl2, Cxcr6, Ltb, Cybb). 하기 유전자가 질환 대조군 동물 대비 HHSP로 치료받은 동물에서 상향조절되었다: (i) 염증의 억제(예컨대, C4bp, Zeb1, Cd109), 및 (ii) 부착 분자(예컨대, Ncam1, Cd34/36, Fn1, Cdh5, Tjp1, Tjp2, 및 Ocln). 친염증성 사이토카인 유전자 Il1b(도 12a), Tnfa(도 12b)의 발현 수준 감소, 및 부착 분자 유전자 Tjp1(도 12c), Tjp2(도 12d), 및 Ocln(도 12e)의 발현 증가가 qPCR 및/또는 ELISA에 의해 추가 확인되었다. RT-qPCR 기반 유전자 발현 데이터를 Applied Biosystems QuantStudio 7 Flex 시스템 상에서 Applied Biosystems™ TaqMan™ Fast Advanced Master Mix를 사용하여 생성하였다.
임의의 특정한 이론에 구애받지 않고, 상기 데이터는 이러한 박테리아가 환자의 미생물총을 변경하고, 다양한 생물학적 물질(예컨대, 대변 칼프로텍틴, 이차 담즙산, 트립토판 대사체, 단쇄 및 중쇄 지방산, 스핑고지질, 및 키누레닌)의 생산을 조절하는 것과 같은 여러 경로를 통해 궤양성 결장염을 치료할 수 있음을 제시한다. 이들 대사체 및 박테리아 대사의 다른 산물은 결장, 예컨대, GI 고유판에서 상이한 면역 유전자의 발현을 전반적으로 조절하여 염증 및 그 연관된 조직병리를 감소시킬 수 있다.
실시예 8: HDAC 억제 검정에 의한 SCFA 생산의 평가
단쇄 지방산(SCFA)은 숙주 면역성의 조절에서 역할을 담당하는 것으로 설명되었다. 연구에서는 결장염과 같은 상이한 위장관 질환의 환자에서 SCFA의 변경된 패턴을 설명하였고, 부티레이트 및 프로피오네이트의 투여는 결장염 동물 모델에서 치료 효과를 갖는 것으로 보고되었다. 시험관내 및 생체내 모두에서, SCFA는 히스톤 탈아세틸레이트(HDAC) 활성을 억제하는 것으로 나타났고, 이는 다시 면역 반응의 여러 양태(예컨대, FoxP3+ 조절 T 세포의 유도)를 조절할 수 있다. 따라서, SCFA를 생산할 수 있는 박테리아는 IBD(예컨대, UC) 환자의 치료를 위해 유용할 수 있다.
대변 슬러리의 발효에서 SCFA 생산 유형 및 수준은 사용되는 탄소원에 의존하므로(Yang 등, Anaerobe 23:74-81 (2013)), HDAC 억제를 일당류, 이당류, 다당류, 및 돼지 뮤신을 포함하는 다양한 탄소(C)원에서 성장시킨 박테리아 균주의 상청액에서 평가하였다. 이들 실험을 위해, 펩톤/효모 추출물 배지(PY) 단독 또는 0.5%의 7개 C원 중 하나(글루코스, 푸코스, 수크로스, 전분, 펙틴, FOS/이눌린, 또는 뮤신)가 보충된 600 μL 배양을 96 깊은형-웰 플레이트에 접종하고 4일 동안 혐기성으로 성장시켰다. 미생물 세포를 원심분리에 의해 펠렛화하고, HDAC 억제 검정(HDAC-Glo I/II 검정 키트, Promega) 및 HDAC 효소원으로서 HeLa 핵 추출물(Promega)을 위해 상청액을 사용하였다. 발색 시약의 첨가 전 15분 동안 사전인큐베이션한 15 μL 상청액, 10 μL 1M Tris pH 8, 희석된 HeLa 핵 추출물을 함유하는 75 μL의 검정 완충액으로 검정을 수행하였다. 20분 후 발광을 측정하였다. 이들 조건 하에, 15 mM 부티레이트를 스파이크 처리한 멸균 상청액은 65~75% HDAC 억제를 일으켰다.
도 13에 나타낸 바와 같이, 여러 박테리아 균주가 HDAC 활성을 억제하는 능력과 연관되었다. 박테리아를 상이한 영양소원에서 성장시킨 경우 이의 HDAC 활성을 억제하는 능력에 기반하여 7개의 표현형 클러스터(본원에서 "HDAC 클러스터"로 명명됨) 중 하나(도 13에서 0~6으로 나타냄)로 그룹화하였다. 예를 들어, 클러스터 0은 다른 기질이 아니라 푸코스(뮤신 당단백질의 성분으로 확인된 당) 상에서 성장시킨 경우, HDAC를 억제할 수 있는 균주에 대응한다. 이들 균주는 프로피오네이트 생산을 위한 기질로서 기재 배지 중에 존재하는 아미노산 또는 다른 조건에 첨가된 다른 단순 및 복합 탄수화물이 아닌 푸코스를 이용하였다. 표현형 클러스터 5는 단순 당 또는 전분의 존재 하에 성장시킨 경우에만 HDAC를 억제한 균주에 대응한다. 표현형 클러스터 4는 모든 조건에서 HDAC를 억제하였으나 이의 활성이 당 또는 다당류의 첨가에 의해 증가하지 않은 균주에 대응한다. 따라서, 여러 박테리아 균주가 HDAC 억제능을 가진 반면, 이들은 특정 기질(예컨대, 푸코스, 뮤신, 또는 전분)의 존재 하에서만 그 능력을 발현할 수 있었다.
상기 데이터는 생체내 SCFA 생산을 최대화하기 위해, 각각의 표현형 클러스터로부터 적어도 하나의 대표 박테리아를 염증성 질환(예컨대, 궤양성 결장염)의 치료 박테리아 조성물에 포함시키는 것이 유용할 수 있음을 시사한다. 실시예 7에 상술된 DE1 조성물은 이러한 조성물(즉, HDAC 클러스터 당 적어도 하나의 대표물이 포함됨)의 일례이다. 일부 구현예에서, 마이크로바이옴 조성물의 박테리아는, 종합하면, 이들 C원 중 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 또는 7개를 이용할 수 있다.
실시예 9: 내장 상피 세포와의 항염증성 활성
IL-8 수준은 일반적으로 UC 환자의 염증을 가진 내장 점막에서 상승된다. 따라서, 내장 상피 세포에서 IL-8을 억제하는 능력은 UC 환자에서 항염증성 선천성 면역 반응을 조절할 수 있는 박테리아 종을 확인하기 위해 관련된 판독이다. 간략하게, 10% FBS, GlutaMAX 및 Pen/Strep이 보충된 McCoys 배지에서 배양된 HT29 세포(결장직장 암종으로부터 유래된 상피 세포주)를 96-웰 포맷으로 50k 세포/웰의 밀도로 플레이트접종하고 완전 융합성이 될 때까지 5일 동안 성장하도록 두었다. 배양 배지를 2일마다 교환하였다. 5일째에, 세포를 박테리아 대사체(부티레이트, 프로피오네이트, 또는 아세테이트; 도 14a) 또는 박테리아 상청액(세포 배양 배지 중 10%; 도 14b)으로 1시간 동안 사전-처리한 후 1.25 ng/ml 재조합 인간 TNF-α(Peprotech)에 노출시켰다. 세포를 4시간 동안 인큐베이션하였다. 배양 상청액을 수집하고 ELISA(R&D systems) 또는 AlphaLISA(Perkin Elmer)에 의해 인간 IL-8 단백질에 대해 검정하였다. 평가 샘플의 IL-8 수준을 1.25 ng/ml TNF-α에 노출된 10% 블랭크 박테리아 배양 배지 사전-처리 샘플인 염증성 대조군에 대해 정상화하였다. 개별 박테리아 균주의 친염증성 능력을 측정하기 위해, 인간 IL-8 농도를 TNF-α 자극의 부재 하에 10% 박테리아 상청액으로 처리된 세포 배양 상청액에서 측정하였다.
도 14a에 나타낸 바와 같이, 평가된 임의의 단쇄 지방산(즉, 부티레이트, 프로피오네이트, 또는 아세테이트)으로의 IEC 평가는 감소된 수준의 TNF-α-의존적 IL-8 분비를 일으켰다. 중요하게는, 시험관내 성장시킨 HHSP의 상청액도 용량-의존적 방식으로 IEC에 의해 IL-8 분비를 억제할 수 있어서(도 14b 참고), 마이크로바이옴 조성물이, 예컨대, 궤양성 결장염과 같은 IBD에서 염증을 감소시키는 능력을 실증하였다.
박테리아가 또한 톨-유사 수용체(TLR) 활성화를 통해 IL-8을 직접 유도할 수 있으므로, 상기 능력을 갖는 박테리아 균주(즉, TNF-α-비의존적 IL-8 활성화가 가능한 박테리아)를 확인하기 위한 친염증성 검정을 설계하였다. 이러한 균주는 생체내 친염증성일 수 있고, 이에 따라 UC 환자에서 염증을 악화시킬 수 있다. 따라서, 상기 활성을 나타낼 수 있는 박테리아 균주를 마이크로바이옴 조성물에 포함시키는 것이 요망되지 않을 수 있다.
도 15a 및 15b에 나타낸 바와 같이, 여러 상청액(각각의 원은 개별 상청액을 나타냄)은 TNF-α-의존적 IL-8 분비를 조절하는(예컨대, 감소시키는) 능력을 나타내었고(y-축), 항염증성 활성은 일반적으로 상청액의 HDAC 활성의 억제와 연관되었다(x-축). 그러나, 일부 상청액은 HDAC 억제 활성을 가짐에도 불구하고 IEC에서 항염증성 활성을 갖지 않았거나, 심지어 TNF-α에 의해 유도되는 것을 초과하는 추가적인 IL-8 생산을 일으켰다(즉, 이들은, y-축 상의 IL-8 항염증성 활성이 x-축 상의 HDAC 억제와 연관되지 않은 지점임). 대부분의 이러한 특이값은 친염증성 검정에서 활성을 갖는 상청액이었다(밝은 회색); 즉, 이들 균주는 IL-8 분비를 일으켰고, 이는 이의 HDAC 활성 억제의 항염증성 효과를 경감시키거나 심지어 능가할 수 있다. 또한, 균주-수준 변동성이 가깝게 관련된 균주의 친염증성 특성에서 관찰되어, 담즙산 활성 및 친염증성 특성이 항상 동일한 종의 상이한 균주 간에(적어도 라크노스피라세애 종 간에) 관찰되지 않음을 시사하였다(도 17). 유사한 결과가 Wnt 활성에 대해 관찰되었다(도 16).
이들 결과는 항염증성 활성이 SCFA를 생산하고 HDAC를 억제하는 박테리아 균주의 내재적 특성이 아니며, 오히려 균주는, 예컨대, 자체가 친염증성 활성을 갖는 것들을 확인하기 위해 세포-기반 검정에서 직접 평가되어야 한다는 사실을 강조한다. 이들 데이터는 마이크로바이옴 조성물을 작제하는 경우, 가깝게 관련된 박테리아(예컨대, 종 또는 OTU)가 전형적으로, 예를 들어, 친염증성 또는 항염증성 활성을 야기하는 기능적 특성을 공유할 수 있지만, 조성물에서 사용될 특정한 균주뿐만 아니라 면역 조절을 위해 적절한 기능 세트를 정의하기 위한 전체 조성물을 검정하는 것이 유리할 수 있음을 실증한다.
실시예 10: 단일 균주 상청액에서 SCFA 및 트립토판 대사체학 프로필의 결정
상술된 바와 같이, 특정 트립토판(Trp) 대사체가 HHSP로 치료받은 환자에서 관해와 연관되었다. 따라서, 본 출원인은 이의 상청액 중 SCFA 또는 트립토판 대사체의 존재에 대해 다양한 박테리아 종을 평가하였다. 트립토판 대사체의 존재를 인돌 화합물의 검출을 위해 비색 검정(인돌 시약, Anaerob Systems)을 사용하여 결정하였다. 인돌은 상기 검정에서 담청색을 생성하는 반면, 다른 Trp 대사체는 보라색을 생성한다. SCFA의 존재를 HDAC 검정(상술됨)을 사용하여 평가하였다. 비색 인돌 검정에 의해 Trp 대사체의 생산체, 및/또는 HDAC 검정에 의해 SCFA의 생산체로 확인된 선택된 균주의 상청액을 GC-MS에 의해 추가 분석하여 생산되는 특정 대사체를 확인하였다.
SCFA 분석 결과를 도 18에 나타내며 Trp 대사체의 결과를 도 19에 나타낸다. 여러 박테리아 상청액은 일반적으로 문헌에서 항염증성 활성과 연관된 하나 이상의 SCFA(부티레이트 및 프로피오네이트)를 함유하였다(도 18 참고).
또한, 몇몇 박테리아 종은 분기쇄 지방산, 2-메틸-프로파노에이트, 3-메틸-부타노에이트, 및 3-메틸-펜타노에이트를 생산하였고, 이는 분기형 아미노산의 박테리아 발효에 의해 생산되며 HDAC 억제 활성을 갖는 것으로 나타났다.
몇몇 종은 중쇄 지방산(MCFA), 예컨대, 발레레이트 및 헥사노에이트의 생산체로 확인되었고, 둘 다 놀랍게도 대사체 임상 데이터에서의 유효성과 연관되었으며 이에 따라 이들을 생산하는 종은 UC 치료에서 사용하기 위한 후보이다. 발레레이트 생산 종에는 언에어로트룬커스 콜리호미니스, 클로스트리듐 스포로게네스, 플라보니프락터 플라우티이, 펩토스트렙토코커스 언에어로비우스, 및 펩토스트렙토코커스 스토마티스가 포함되었다. 헥사노에이트 생산 균주에는 언에어로트룬커스 콜리호미니스, 클로스트리듐 스포로게네스, 플라보니프락터 플라우티이, 클로스트리듐 글라이콜리쿰, 클로스트리듐 인노쿠움, 및 로제부리아 인테스티날리스가 포함되었다.
종합하면, 상기 데이터는 박테리아의 기능적 속성이 궤양성 결장염과 같은 질환을 치료하고 여러 숙주 경로를 표적화하기 위해 사용될 수 있는 박테리아 종을 확인하기 위해 이용될 수 있음을 시사한다. 본원에서 개시되는 상이한 박테리아 균주의 표현형 프로필의 요약을 아래에서 표 4에 제공한다.
실시예 11: 카탈라제 활성
본원에서 개시되는 질환 또는 장애(예컨대, IBD)와 연관된 염증성 병태는 여러 공생 유기체에 독성인 반응성 산소종(ROS)의 높은 존재비를 유도한다. 예를 들어, UC 및 크론병 환자의 내장 상피 세포는 과산화수소를 관강 내로 방출하는 고수준의 DouxA를 발현할 수 있다. 추가적인 ROS는 활성화된 대식구에 의해 방출될 수 있다. 일부 박테리아는 이들로 하여금 염증성 병태 하에 생존할 수 있도록 하는 카탈라제 및 수퍼옥시드 디스뮤타제와 같은 ROS 해독 효소를 가지며, 이에 따라 UC 환자에서 특히 잘 적응되어 접목할 수 있다.
다수의 박테리아 공생체의 배양을 5 ul의 30% 과산화수소 용액의 첨가에 의해 카탈라제 활성에 대해 스크리닝하였다. 카탈라제 활성을 배양에서 산소 기포의 출현에 의해 검출하였다. 평가된 약 400개 균주 중 19개 균주만이 카탈라제 활성에 대해 양성이어서, 이것이 스크리닝된 종 중에서 드문 기능임을 시사하였다. 카탈라제 양성 종의 비제한적 예에는 박테로이데스 종 1 1 6, 박테로이데스 종 1 1 30, 박테로이데스 오바투스, 박테로이데스 인테스티날리스, 박테로이데스 패시스, 박테로이데스 살예르시애, 박테로이데스 에게르티이, 에게르텔라 렌타, 라크노스피라세애 박테리움 5 1 57FAA, 클로스트리듐 라발렌세, 루미노코커스 그나부스, 및 클로스트리듐 해서웨이이가 포함되었다. 박테리아 조성물(예컨대, 본원에서 개시되는 것들)에서 하나 이상의 이러한 종의 포함은 본원에서 개시되는 질환 또는 장애(예컨대, UC 및 크론병)를 겪는 환자에서 투여된 박테리아 조성물의 생존에 유익할 수 있었다.
실시예 12: 박테리아 상청액에 의한 Wnt 경로 활성화
내장 상피의 세포는 조직 항상성을 유지하기 위해 계속적으로 보충된다. 조직 재생은 Wnt 경로 활성화에 의존적인 활성 내장 줄기 세포 구획에 의해 유도된다. 내장 줄기 세포는 Lgr5의 특이적 발현으로 인해 Wnt에 대해 특히 민감성이다. Lgr5는 세포 표면으로부터의 제거를 위해 Wnt 수용체를 표적화하는 막 E3 유비퀴틴 리가제이며 Wnt 경로 음성-피드백 조절인자인 ZNRF3과 R-스폰딘 공동-수용체 복합체를 형성한다. R-스폰딘의 존재 하에, Lgr5+ 내장 줄기 세포는 세포 표면 상에서 상승된 수준의 Wnt 수용체, Frizzled를 유지하여 지속된 경로 활성화를 구현한다(Clevers 등 Science. 2014). R-스폰딘은 내장 줄기 세포 유도된 조직 회복을 촉진하여 내장 상피를 손상으로부터 보호하는 것으로 나타났다(Takashima 등, The Journal of Experimental Medicine. 2011).
공생 박테리아에 의한 내장 줄기 세포에서의 Wnt 경로 활성화의 증폭이 상피 배리어 및 조직 항상성의 강화에 기여할 수 있는지를 평가하기 위해, Wnt 경로 리포터 세포주(HEK 293 STF(ATCC CRL-3249))를 이용하였다. 세포주를 사용하여 박테리아 배양 상청액 및 대사체가 R-스폰딘과 유사한 방식으로 리포터를 활성화하는 능력을 평가하였다. Wnt 경로 자극인자 화합물, 예컨대 Wnt3a 단백질 또는 R-스폰딘의 배양된 HEK 293 STF 세포로의 첨가는 발광 검출에 의해 측정될 수 있는 루시퍼라제의 생산으로 이어진다. 박테리아 상청액이 Wnt 경로 활성화를 강화하는 능력을 측정하기 위해, 10% FBS, GlutaMAX 및 Pen/Strep이 보충된 DMEM 배지 중에 배양된 HEK 293 STF 세포를 96웰 포맷으로 웰 당 50k 세포의 밀도로 플레이트접종하고 완전 융합성이 될 때까지 3일 동안 성장하도록 두었다. 배양 배지를 2일마다 교환하였다. 3일째에, 세포를 Wnt3a 컨디셔닝된 배지(L-Wnt3a 세포 ATCC CRL-2647로부터 생산됨) 중 10% 박테리아 상청액으로 처리하고 하룻밤 동안 인큐베이션하였다. 250 ng/ml 재조합 인간 R-스폰딘(R&D systems Cat#4645)이 보충된 Wnt3a 컨디셔닝된 배지를 강화된 Wnt 경로 활성화에 대한 양성 대조군으로 사용하였다. 처리 인큐베이션 후, Bright-Glo 루시퍼라제 검출 시약(Promega)을 모든 웰에 첨가하고 실온에서 20분 동안 인큐베이션하였다. Perkin Elmer Envision 멀티-모드 플레이트 판독기를 사용하여 발광을 측정하였다. 시험관내 성장시킨 DE로부터의 상청액은 Wnt3a 컨디셔닝된 배지로 첨가되는 경우 HEK 293 STF 리포터를 차별적으로 활성화한다. 도 16에서 알 수 있듯이, 박테리아 상청액은 Wnt 경로 발현을 강화할 수 있었고 HDAC 억제 및 Wnt 활성화 간 양의 연관성이 존재하였다. 이들 결과는 박테리아 조성물의 설계에서 Wnt 경로 활성화를 강화할 수 있는 박테리아 종의 포함이 상피 손상을 특징으로 하는 질환, 예컨대 본원에서 개시되는 것들(예컨대, UC 및 이식편-대-숙주병)의 치료에서 유익할 수 있음을 실증한다.
실시예 13: 박테리아 조성물의 설계 및 기능적 특성에 대한 스크리닝
본 개시의 박테리아 조성물의 설계에서, 조성물을 하기 특징 중 하나 이상을 갖도록 작제하였다: (1) 대상체에 투여되는 경우 하나 이상의 종을 접목할 수 있음(장기 및/또는 일시적); (2) 항염증성 활성을 가질 수 있음(예컨대, 시험관내 상피 세포에서 TNF-α-유도 IL-8 분비를 억제하고/하거나 염증성 유전자(예컨대, CXCL1, CXCL2, CXCL3, CXCL11, ICAM1)의 발현을 하향조절하는 능력); (3) 친염증성 활성을 유도할 수 없음(예컨대, IEC에 의해 IL-8 생산을 유도하지 않음); (4) 이차 담즙산을 생산할 수 있음(예컨대, 7α-탈하이드록실라제 및 담즙산 염 하이드롤라제 활성); (5) 우르소데옥시콜산을 생산할 수 없음(예컨대, 7β-하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제 활성) (6) 트립토판 대사체(예컨대, 인돌, 3-메틸 인돌, 인돌프로피온산)를 생산할 수 있음; (7) 중쇄 지방산(예컨대, 발레레이트 및 헥사노에이트) 및/또는 단쇄 지방산(예컨대, 부티레이트 및 프로피오네이트)를 생산할 수 있음; (8) 적어도 하나의 탄소원과 함께 성장시키는 경우 HDAC 활성을 억제할 수 있음; (9) 하나 이상의 HDAC 클러스터에 속하는 종을 포함함; (10) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는, 상피 온전성을 복원할 수 있음; (11) 염증성 대장 질환의 임상적 관해와 연관될 수 있는 박테리아 종을 가짐; (12) 염증성 대장 질환의 비-관해와 연관될 수 있는 박테리아 종이 없음; (13) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음; (14) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음; (15) Wnt 활성화를 유도할 수 있음; 및 (16) 톨-유사 수용체 경로, 예컨대, 톨-유사 수용체 5(TLR5) 및/또는 톨-유사 수용체 4(TLR4)를 활성화할 수 없음. 이를 상이한 설계된 조성물에 상기 특징을 갖는 하나 이상의 박테리아 종을 포함시켜 달성하였다.
종합하면, 38개의 상이한 설계된 조성물을 작제하고(DE1~DE38) 하기와 같이 시험관내 박테리아 커뮤니티로 성장시켰을 때 나타낸 기능적 특성에 대해 스크리닝하였다. 설계된 박테리아 조성물을 약 1~5x107 콜로니 형성 단위(CFU)/ml의 생장 박테리아 및 약 1x104~1x105 CFU/ml의 포자 형성 박테리아(관련된 경우)와 동일한 비로 혼합하고 15% 글리세롤 중에 냉동하였다. 배양을 위해, 박테리아 조성물을 해동하고, 글리세롤을 제거하고, 혼합물을 이들이 포자 제조물을 함유한 경우 실온에서 1시간 동안 0.5% BHI/Oxgall 중에 발아시켰다. 생장 박테리아를 함유하는 조성물은 발아를 거치지 않았다. 이어서 발아체를 세척하고 배양을 5x107 cfu/ml의 최종 농도로 희석하고 여러 혐기성 장 박테리아의 성장을 지지하는, 합성 유도된, 대변 배양 배지 4(FCM4)에 생물학적 반복물로 플레이트접종하였다. 박테리아 커뮤니티에 의한 이차 담즙산 생산을 검정하는 실험에서는, FCM4를 50 uM의 최종 농도로 콘주게이션된 담즙산(글리코콜산, 타우로콜산, 글리코케노데옥시콜산 및 타우로케노데옥시콜산)으로 보충하였다. 박테리아 배양을 7일 동안 37℃에서 혐기적으로 인큐베이션한 후, 이의 바이오매스를 600 nm에서 100 μL 배양의 흡광도에 의해 측정하였다. 잔여 배양을 4000 rpm에서 원심분리하고, 상청액을 0.2 uM 필터를 통해 통과시키고 생화학 및 세포-기반 검정에서 사용하였다. HDAC 억제 검정, IEC에서의 친염증성 검정, IEC에서의 항염증성 검정, 상피 온전성 검정, 및 Wnt 활성화 검정, SCFA, MCFA, 및 트립토판 대사체Tr의 결정을 이전 실시예에 기재된 바와 같이 수행하였다. 이어서 담즙산 대사체의 결정을 위해, 100 μL의 박테리아 세포-비함유 상청액을 동일 부피의 아세토니트릴로 추출하고 0.2 μm 필터를 통해 여과하여, LC-MS 분석을 위한 샘플을 생성하였다. 담즙산을 0.2 μm 칼럼-전 필터가 선행되는 Microsolv 2족 C18 칼럼이 장착된 Agilent 1260 HPLC를 사용하여 분리하였다. 0.4 ml/분의 유속으로 물 및 0.1% 포름산을 포함하는 아세토니트릴 구배를 사용해서 분리를 달성하였다. 샘플을 5 μL의 부피로 주입하였다. HPLC 시스템을 Agilent 저질량 튜닝 혼합물을 사용하여 50 내지 1700 m/z의 질량 범위로 검정된 Bruker Compass™ qTOF 질량 분광측정기에 커플링하였다. 각각의 수행을 각각의 수행 시작 시 주입된 참조 질량 용액에 대해 추가로 검정하였다. 담즙산을 음성 모드로 검출하고 알려진 순수 표준물질 대비 고유한 m/z 및 잔류 시간에 의해 확인하였다. 피크 하 영역을 Bruker 데이터 분석 소프트웨어를 사용해서 결정하였다. 대사체를 0.001 μM 내지 100 μM 농도 범위의, 순수 표준물질로부터 생성된 검정 곡선을 사용하여 정량하였다.
DE로부터의 상청액을 또한 이의 TLR4 및 TLR5 경로를 활성화하는 능력에 대해 검정하였다. 톨-유사 수용체(TLR)는 박테리아 세포 벽 성분과 같은 병원체-연관 분자 패턴(PAMP), 즉 펩티도글리칸, 지질다당류, 표면 단백질 등에 결합하는 패턴 인식 수용체(PRR)이다. TLR4 및 TLR5 수용체는 항원에 결합하고 친염증성 반응을 유도하는 것으로 알려져 있다. TLR4는 그람-음성 박테리아에 존재하는 지질다당류(LPS)에 결합하는 반면 TLR5는 운동성 박테리아에서 확인되는 플라겔린(FLA)에 결합한다. 본 발명자들은 그람-음성 및 IL-8 유도 박테리아 균주를 제외한 설계된 박테리아 조성물이 TLR4 또는 TLR5를 활성화할 수 없다고 예측한다. 본 발명자들은 TLR 수용체 리포터 세포주, HEK-Blue hTLR4(Invivogen, cat#hkb-htlr4), hTLR5(Invivogen, cat#hkb-htlr5)를 이용하여 박테리아 배양 상청액 및 대사체가 TLR4 및 TLR5 리포터를 활성화하는 능력을 평가하였다. HEK-Blue Null1(Invivogen, cat#hkb-null1) 세포를 배경 HEK-Blue 신호의 측정을 허용하는 모체 세포주 HEK 293에서 내인성으로 발현되는 TLR 수용체에 대한 대조군 리포터 세포주로서 포함시켰다. HEK-Blue TLR 리포터 세포주를 NF-kB 및 AP-1 프로모터(Invivogen)의 제어 하에 주어진 TLR 수용체 및 분비 알칼리 포스파타제(SEAP) 유전자를 과발현하도록 설계된 플라스미드와 공동-전달감염시킨다. 주어진 TLR 리포터의 활성화는 흡광도(655 nm)에 의해 측정되는 용액 중 SEAP의 분비를 야기한다. 박테리아 상청액에 의한 R4 및 TLR5 활성화를 측정하기 위해, 10% FBS, GlutaMAX 및 Pen/Strep이 보충된 DMEM 배지 중에 배양된 HEK-Blue hTLR4, hTLR5 및 HEK-Blue Null1 세포를 96웰 포맷으로 50,000 세포/웰의 밀도로 플레이트접종하고 배양 5~7일 후 100% 융합성에 도달하도록 하였다. 배양 배지를 2일마다 대체하였다. 웰이 일단 100% 융합성이 되면, 세포를 세포 배양 배지 중 10% 박테리아 상청액으로 처리하고 하룻밤 동안 인큐베이션하였다. HEK-Blue hTLR4 리포터 검정 양성 대조군을 위해, 본 발명자들은 100 ng/ml LPS-EK(Invivogen cat#tlrl-peklps) 및 10% FCM4+ 배지가 보충된 세포 배양 배지를 사용하였다. HEK-Blue hTLR5 리포터 검정 양성 대조군을 위해, 본 발명자들은 60 ng/ml의 FLA-BS(invivogen cat#tlrl-pbsfla) 및 10% FCM4+ 배지가 보충된 세포 배양 배지를 사용하였다. 각각의 TLR 리포터 세포주는 동일한 처리를 갖는 빈(Null) 플레이트 및 각각의 양성 대조군을 가졌다. 하룻밤 동안 처리 인큐베이션 후, HEK-Blue 검출 배지(Invivogen, cat#hb-det3)를 모든 웰에 첨가하고 37℃, 5% CO2에서 2시간 동안 인큐베이션하였다. Spectramax 플레이트 판독기를 사용하여 SEAP 분비를 흡광도(655 nm)로 측정하였다.
박테리아 조성 상청액을 또한 하기와 같이 일차 인간 결장 기관모양체에서 유전자 발현을 조절하는 이의 능력에 대해 평가하였다. 단리된 결장 선와로부터 확립된 일차 인간 결장 기관모양체 배양을 성장시키고 VanDussen 등(Gut 64:911-920, 2015)에 의해 기재된 바와 같이 Wnt3a, R-스폰딘 3 및 Noggin(L-WRN)을 함유하는 50% L-세포 컨디셔닝된 배지 및 Matrigel®(Corning) 중에 증식시켰다. 결장 기관모양체를 50% L-WRN 배지에서 5일 동안 24-웰 플레이트에서 성장시켰다. 50% L-WRN 배지에서의 미니-장 구조 형성 5일 후, 기관모양체 배양 배지를 5% L-WRN 배지로 전환하여 기관모양체의 분화를 유도하였다. 5% L-WRN 배지에서 24시간 후, 기관모양체를 염증성 사이토카인 12.5 ng/ml 인간 TNFa(Peperotech)가 보충된 신선 5% L-WRN 배지 중 10% DE 상청액으로 처리하였다. 대조군 조건에는 5% L-WRN +10% 박테리아 배양 배지 및 5% L-WRN + 10% 박테리아 배양 배지 + 12.ng/ml 인간 TNFa로 처리된 기관모양체가 포함된다. 기관모양체를 하룻밤 동안 처리 조건에서 인큐베이션한 후, RNA 분석용 Qiagen RLT 완충액 중에 수집하였다. 샘플 용해액을 Qiagen RNeasy 미니 프렙 키트를 사용하여 RNA로 정제하거나 용해액을 Nanostring nCounter 플랫폼 상에서 직접 검정하였다.
표 6은 본원에서 개시되는 예시적인 설계된 조성물에서 몇몇 이들 특성을 보유하는 균주의 수를 요약한다. 표 6은 하기 컨소시엄: a) HDAC 억제 표현형을 갖는 것들(HDAC 클러스터 0, HDAC 클러스터 1, HDAC 클러스터 2, HDAC 클러스터 3, HDAC 클러스터 4, HDAC 클러스터 5, HDAC 클러스터 6 줄), b) 단쇄 및 중쇄 지방산(프로판산, 부탄산, 펜탄산, 헥산산 줄)을 생산하는 것들, c) 트립토판 대사체(인돌, 3-메틸 인돌, 3-인돌아크릴산 줄)를 생산하는 것들, d) 담즙산 대사 활성을 갖는 것들(BSH gCA[글리코콜산에 대한 담즙산 염 하이드롤라제 활성에 대한], BSH tCA[타우로콜산에 대한 담즙산 염 하이드롤라제 활성에 대한], BSH gCDCA[글리코케노데옥시콜산에 대한 담즙산 염 하이드롤라제 활성에 대한], BSH tCDCA[타우로케노데옥시콜산에 대한 담즙산 염 하이드롤라제 활성에 대한], 7aD CA[콜산에 대한 7α-탈하이드록실라제 활성에 대한], 7aD CDCA[케노데옥시콜산에 대한 7α-탈하이드록실라제 활성에 대한], 7bHSDH UDCA[CDCA에 대한 7β-하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제 활성에 대한] 줄), e) 카탈라제 활성을 발현하는 것들(카탈라제 줄), f) 푸코시다제 활성을 갖는 것들(a-L-푸코시다제 줄), g) IL-8을 유도하는 것들(IL8 염증성 줄), h) 장기 접목체인 것들(LTE 줄) 또는 일시적 접목체인 것들(TE 줄); i) 임상적 관해에 연관된 것들(관해 연관 줄) 또는 비-관해에 연관된 것들(비관해-연관 줄)에 존재하는 균주의 수를 기재한다.
도 30, 31, 및 32는 상이한 설계된 조성물에 포함된 박테리아 종을 확인시켜준다. 이의 박테리아 종 구성에 따라, 설계된 박테리아 조성물은 다양한 기능적 활성을 나타내었다 - 예컨대, 도 20b, 21b, 및 24b(HDAC 활성의 억제); 도 20c, 21c, 및 22c(항염증성 활성); 도 20d, 21e, 및 22d(친염증성 활성); 도 20e, 21d, 및 22e(상피 온전성의 복원); 도 20i~20l, 21h~21k, 및 22f~22h(단쇄 및 중쇄 지방산 생산); 도 20m, 21l, 21m, 22i, 및 22j(트립토판 대사체 생산); 도 21n~21p 및 22k~m(이차 담즙산 생산); 도 20n~20q, 22n, 및 22p(염증성 반응과 연관된 유전자의 조절); 도 20r~20t(Wnt 활성화와 연관된 유전자의 조절); 및 도 20g, 20h, 21f, 21g, 22q, 및 22r(톨-유사 수용체 경로의 활성화) 참고. 또한, 도 25a 및 25b에 나타낸 바와 같이, 본원에서 개시되는 여러 설계된 조성물은 FMT 및 심지어 특정 건강한 인간 포자 산물(DXE)에 비해 인돌 및 부탄산(항염증성 반응과 연관되는 대사체)의 생산에 있어서 유사하거나 더 우수하였다.
38개의 상이한 설계된 조성물(DE1~DE38)을 작제하고, 36개는 UC에 대해 유익한 특성을 갖도록 설계한 반면 2개(DE9 및 DE38)는 IEC 검정에서 강력한 친염증성 활성을 갖는 균주의 포함과 같은 유해한 특성을 포함하도록 설계하여 이러한 균주를 치료 조성물에서 제외하는 중요성을 평가하였다. 본원에서 제시되는 결과는 2개의 음성 대조군 조성물(DE9 및 DE38)이, HDAC 억제 활성을 가짐에도 불구하고, TNF알파-유도 IL8 생산을 억제하지 못하고, 이들 자체가 IL8을 자극하고, 인터페론 감마에 의해 유도되는 상피 일차 단층의 손상을 억제하지 못함을 뚜렷이 나타내었다. 또한, 음성 대조군 조성물은 TLR4 및 TLR5 활성화 검정에서 양성이었고(도 20g 및 20h), 결장 기관모양체에서 친염증성 유전자의 TNFa-유도 발현을 억제하지 못했다(도 20c). 대조적으로, 평가된 모든 다른 36개 조성물은 임의의 이러한 유해한 기능을 나타내지 않아, 본 실시예에서 기재된 바와 같이 조성물로부터 IL8-유도 균주를 제외하는 중요성을 실증하였다.
또한, 모든 박테리아 조성물을 HDAC 억제 활성을 갖는 종을 포함하도록 설계하였으나, 더 적은 수의 이러한 균주 또는 더 적은 커버율의 본원에서 기재되는 상이한 HDAC 클러스터를 갖는 조성물(예컨대, DE984662.1(DE3) 및 DE698478.1(DE10))이 배양이 포화에 도달한 이후에도, 감소된 전반적 HDAC 억제 활성을 유도하였다. 상기 결과는 SCFA의 생산 및 HDAC 억제를 위한 영양소의 최대 이용을 허용하기 위한 HDAC 억제 균주 및 클러스터의 다수 표시를 포함시키는 중요성을 강조한다.
36개 치료 조성물을 IEC 검정에서 단일 균주 활성에 기반하여 항염증성 활성을 위해 설계하였으나, 상청액의 효과를 또한 상술된 일차 결장 기관모양체에서 평가하여 항염증성 활성의 범위를 탐색하고 추가적인 질환-관련 경로의 조절을 평가하였다. TNFa로 처리된 결장 기관모양체의 전사 분석은 CXCL1, CXCL2, CXCL3, 및 CXCL11과 같은 궤양성 결장염과 관련된 친염증성 사이토카인(HMP2에서의 UC에서 보다 고도 발현됨)이 모두 시험관내 유도되었음을 드러내었다. 또한, TNFa 처리된 결장 기관모양체에서 이들 전사체의 이러한 수준은 최고 수준의 HDAC 억제를 갖는 DE의 존재 하에 감소되어(도 20h, 20i, 20j, 및 20k) 본원에서 기재된 바와 같이 최대 HDAC 억제능을 위한 조성물 설계의 중요성을 강조하였다. 흥미롭게도, 비효과적인 DE로 설계된 DE8은, TNFa 유도 전사체의 존재비에서 임의의 감소를 야기하지 않아서, 설계된 조성물로부터 IL8-유도 균주의 제외를 검증하였다. 또한, Wnt 경로 표적 유전자, CD44 및 LRP6은 HEK 293 STF Wnt 경로 리포터 세포 검정을 강력히 활성화한 DE에 반응하여 증가된 발현을 갖는 것으로 나타났다(도 20l, 도 20m 및 도 20n). 이들 데이터는 Wnt 활성화 컨소시엄이 지지하는 Wnt 경로 유도 내장 상피 항상성에 기여하여 본원에서 개시되는 질환 또는 장애(예컨대, IBD)와 연관된 점막 손상의 보수를 촉진할 수 있음을 제시한다.
추가적으로, 배리어 보호 및 면역조절에 관여되는 Ahr 경로의 제어 하의 유전자 발현을 또한 인간 기관모양체 시스템에서 평가하였다. 예컨대, 도 20o에서 볼 수 있듯이, 설계된 조성물은 AhR 경로에서 시토크롬 P450 수퍼패밀리의 효소를 인코딩하는 Cyp1A1 유전자의 발현을 유도할 수 있었다. 중요하게는, Cyp1A1을 유도하는 능력이 상청액 중 인돌, 및 기재된 AhR 작용제의 존재비와 직접 연관되었고, Wnt 및 항염증성 활성과는 대조적으로, SCFA 및 HDAC 억제와 비례하지 않아 설계 조성물이 하나를 초과하는 작용 기전에 의해 숙주 반응에 성공적으로 영향을 미침을 시사한다.
마지막으로, 도 25a 내지 25c, 26a, 및 26b에서 알 수 있듯이, 본원에서 기재되는 설계 조성물은 건강한 공여체의 FMT 및 포자 분획(HHSP)과 (더 우수하지 않은 경우) 유사한 특성: HDAC 억제, 항염증성 활성 및 SCFA 생산을 가졌다. 중요하게는, 결장 기관모양체에서의 유전자 발현 분석은 TNF알파 처리된 기관모양체의 유전자 발현 특징부 및 UC 대상체의 생검에서의 유전자 발현 간에 매우 상당한 중첩이 존재하며, HHSP 및 조성물 상청액이 둘 다 Cxcl1, Cxcl2 및 ICAM1과 같은 몇몇 염증 관련된 유전자를 포함하는 그 특징부의 상당부를 역전시킬 수 있음을 나타내었다. 이들 결과는 본원에서 기재된 기준에 의해 설계된 조성물이 복합 천연 산물의 여러 특징을 되풀이하고, 내장 건강을 복원하기 위해 숙주 유전자 발현을 조절할 가능성을 가짐을 시사한다.
이들 결과는 박테리아 조성물이 특정한 기능적 특징을 갖도록 설계될 수 있음을 실증한다. 이러한 능력은 관여되는 경로에 따라, 상이한 조성물이 광범위한 질환 및/또는 장애를 치료하기 위해 설계될 수 있음을 제시한다. 결과는 또한 훨씬 더 복잡한 산물(예컨대, FMT 및 포자-제조 조성물)에 비해, 본원에서 개시되는 설계된 조성물이 특정 염증성 질환의 치료에서 중요할 수 있는 특정 대사체의 생산에 있어서 더 우수함을 나타낸다.
종합하면, 본원에서 개시되는 결과는 균주 및 박테리아 컨소시엄의 기능적 특징에 대한 데이터와 어느 종이 인간 대상체에 접목할 것인지에 대한 데이터(표 5)의 조합이 컨소시엄이 인간 대상체에 투여되는 경우 이러한 기능적 특징을 발현할 것을 보장함을 나타낸다. 중요하게는, 결과는 본원에서 개시되는 하나 이상의 요망되는 기능적 특징을 보유할 수 있는 여러 균주가 선택될 수 있는 반면, 이러한 종이 반드시 인간 대상체에 투여되는 경우 접목하지는 않을 것임을 추가로 실증한다. 따라서, 이러한 종은 환자에게 투여되는 경우 이러한 기능적 특징을 발현하고 요망되는 효과를 갖지 않을 수 있을 것이므로 치료적 가치가 없을 수 있을 것이다. 본원에서 개시되는 박테리아 조성물은 조성물이 본원에서 개시되는 상이한 기능적 특징을 발휘할 수 있도록 할 뿐만 아니라, 인간 대상체에 투여되는 경우 또한 접목할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함한다.
또한, 균주의 기능적 특징에 대한 데이터와 인간 대상체에서의 임상적 관해와의 이의 연관성(표 3)의 조합은 컨소시엄이 치료 이익을 갖는 기능적 특징을 발현할 뿐만 아니라 다른 기전을 통해 비-관해를 촉진하지 않음을 보장한다.
이들 컨소시엄에 걸친 데이터는 추가로, 예를 들어: 1) 때때로 구별되는 HDAC 클러스터에서 유래되는, 여러(예컨대, 5, 7, 10, 15, 18개) HDAC 억제 균주를 함유하는 컨소시엄이 소수의 HDAC 억제 균주(예컨대, 2, 3, 4, 5개)를 갖는 것들에 비해 더 강력한 HDAC 억제를 가지며, 2) HDAC와는 달리, 컨소시엄은 그 기능을 보유하는 단 하나 또는 소수의 균주가 존재하는 경우에도 불구하고 특정 다른 기능적 표적에 동일하게 영향을 미치고, 3) 친염증성 균주의 제외는 내장 상피 배리어의 더 우수한 보수를 일으키며, 4) 이러한 설계된 조성물은 궤양성 결장염과 연관된 광범위한 유전자의 숙주 발현에 대해 공여체-유래 HHSP 또는 대변 미생물 이식과 동일한 효과를 갖고, 5) 몇몇 구별되는 분자(예컨대 단쇄 지방산 및 트립토판 대사체)의 수준에 영향을 미치도록 설계된 조성물은 다양한 질환-관련 경로를 조절하고 여러 작용 기전(각각 친염증성 사이토카인 발현의 감소 및 Wnt 경로 발현의 증가 또는 AhR 경로의 발현 증가)을 가질 수 있음을 나타낸다.
실시예 14: 면역 체크포인트 억제제로의 항-종양 반응에 대한 설계된 조성물의 효과 분석
본원에서 개시되는 설계된 조성물이 또한 암 치료에서 유용할 수 있는지를 평가하기 위해, MC38 종양 모델을 사용하였다. 간략하게, 종양 접종 대략 3주 전, DE286037.1(DE1) 조성물을 동물에 투여하였다. DE1을 -3주째에 1회, 균주 당 107의 용량으로 투여하였다; 0일째의 종양 세포 접종 전 3주의 집락을 허용하였다. 이어서, MC38 종양 세포를 동물 내로(피하 투여를 통해) 이식하였다. 항-PD-1 항체를 종양 접종 7, 10, 13, 및 16일 후에 동물에 투여하였다. 대조군 동물은 대조군 이소형 항체를 대신 수여받았다. 종양 부피를 종양 접종 8, 10, 13, 15, 및 17일 후에 측정하였다. 17일째에, 동물을 희생시키고, 종양 침윤 CD8 T 세포 및 조절 T 세포의 백분율을 동물의 종양에서 결정하였다.
놀랍게도, 도 27b에 나타난 바와 같이, DE1 조성물 및 항-PD-1 항체를 모두 수여받은 동물은 대조군 동물에 비해 종양 부피에서 더 큰 감소를 가졌다. 종양 부피의 증가된 감소는 종양 접종 후 8~10일만큼 일찍 뚜렷하였다. 종양 부피에 대한 개선된 효과는 종양에서 CD8 T 세포의 증가된 백분율과 연관되어, 증가된 CD8 T 세포:Treg 비를 유도하였다(도 27c). 유사한 결과가 항-PD-1 항체와 조합된 DE2 조성물로 관찰되었다(도 28a, 28b, 및 28c).
다음으로, 상술된 DE1 조성물의 항-종양 효과를 확인하기 위해, BP 종양 모델을 사용하였다. 종양은 Braf/pTEN 녹아웃 마우스로부터 유래된 흑색종이었다. 간략하게, DE1 조성물을 동물에 투여한 후, 대략 3주 후, 동물에 BP 종양 세포를 피하 접종하였다. 항-PD-L1 항체 또는 대조군 이소형 항체를 종양 접종 5, 8, 11, 및 14일 후에 동물에 투여하였다. 종양 부피를 종양 접종 8, 10, 12, 및 15일 후에 측정하였다. 15일째에, 동물을 희생시키고, 종양을 분석하였다.
이전 데이터와 일치하게, DE286037.1(DE1) 조성물과 조합된 항-PD-L1 항체를 수여받은 동물은 대조군 대비, 종양 부피에서 증가된 감소를 가졌다(도 29b). 또 다시, 항-PD-L1 항체 및 DE1의 조합으로 치료받은 동물은 이의 종양에서 더 큰 백분율의 CD8 T 세포를 가져서, 증가된 CD8 T 세포:Treg 비를 유도하였다(도 29c 및 29d). 종양은 또한 대조군 동물 대비 더 큰 백분율의 CD4 T 세포를 가졌다(도 29e).
종합하면, 상기 데이터는 면역 체크포인트 억제제와의 조합으로 투여되는 경우, DE286037.1(DE1) 조성물이 특정 암의 치료에서 유용할 수 있음을 실증한다. 상술된 바와 같이, 암은 일반적으로 친염증성 반응과 연관된 것으로 여겨지지 않으며, 암 면역치료법은 일반적으로 암 세포를 표적화하는 숙주 친염증성 반응을 증가시키는 것을 목표로 한다. 따라서, 항염증성 특성을 갖도록 설계된 박테리아 조성물(즉, DE1 및 DE2)이 항-종양 반응을 강화하기 위해 효과적일 것임은 합리적으로 예상되지 않았다. 결과는 박테리아 조성물이 여러 면역 경로를 표적화하도록 설계될 수 있고, 이에 따라 염증성 질환 및 암을 모두 포함하는, 광범위한 질환을 치료하도록 설계될 수 있음을 추가로 강조한다.
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본 PCT 출원은, 그 전문이 본원에 참조로 포함되는, 2018년 5월 24일에 출원된 U.S. 가출원 번호 62/676,236의 우선권 이익을 청구한다.
SEQUENCE LISTING <110> SERES THERAPEUTICS, INC. <120> DESIGNED BACTERIAL COMPOSITIONS AND USES THEREOF <130> IF20P271/US <150> US 62/676,236 <151> 2018-05-24 <160> 398 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1253 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_bolteae <220> <221> misc_feature <222> (207)..(207) <223> n is a, c, g, or t <400> 1 cgtgtatacc ctgcctcact gtgggggata acagttaaaa gtgagtgcta ataccgcata 60 agcgcacagt accgcgtggt acggtgtgaa aaactccggt ggtgtgagat ggatccgcgt 120 ctgattaccc tggtgggggg gtaacggccc cccaaagcga ctatcaatac ccgacctgag 180 agggtgaccg gccactttgg gactganaca cggcccactc tcctacggga ggcagcagtg 240 gggaatattg cacagtggga gaaagcctga tgcagccacc ccgcgtgagt gaaaatttcg 300 aaggaaaaaa tgacggcctg ataaaacccc ggctaactac gtgccagcac cgcggtaata 360 ctagggggca agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtaacg gcaacagtct 420 gaagtgaaaa cccgggctca ccctggactg ctttggaaac tgttttgcta gagtgtcgag 480 aggtaagtga ttcctagtgt agcggtgatg cgtaatatta gagaacacca gtggcagcgg 540 cttactgtac 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(16)..(16) <223> n is a, c, g, or t <400> 8 gtcttcggat ggaagngttg gatacttagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggcaacc 60 tgccccatac cgggggataa cagccagaaa tggctgctaa taccgcataa gcgcacagcg 120 cctcatggcg cggtgtgaaa aactccggtg gtatgggatg ggcccgcgtc tgattaggta 180 gttggcgggg taacggccca ccaagccgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgaccgg 240 ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 300 acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc cgcgtgagcg aagaagtatt tcggtatgta 360 aagctctatc agcagggaag aaaaatgacg gtacctgact aagaagcccc ggctaactac 420 gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat ccggatttac tgggtgtaaa 480 gggagcgtag acggccaggc aagtctgatg tgaaaggcag gggctcaacc cctggactgc 540 attggaaact gtcaggctgg agtgccggag aggtaagcgg aattcctagt gtagcggtga 600 aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg cttactggac ggtaactgac 660 gttgatgctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata ccctggtagt ccacgccgta 720 aacgatgaat actaggtgtc ggggggcaaa gcccttcggt gccgccgcaa acgcattaag 780 tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 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cggcggtatg agatggatcc 180 gcgtttgatt agctagttgg tggggtaaag gcctaccaag gcgacgatca atagccgacc 240 tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc 300 agtggggaat attgcacaat gggggaaacc ctgatgcagc gacgccgcgt gaaggaagaa 360 gtatttcggt atgtaaactt ctatcagcag ggaagaaaat gacggtacct gactaagaag 420 ccccggctaa ttacgtgncc agcagccgcg gtaatacgta aggggcaagc gttatccgga 480 tttactgggt gtaaagggag cgtagacggc agtgcaagtc tgatgtgaaa gcccggggct 540 caaccccggg actgcattgg aaactgtgca gctagagtgt cggagaggta agtggaattc 600 ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac 660 tggacgataa ctgacgttga ggctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg 720 gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactag gtgtcgggcg ccaaaggcgt tcggtgccgc 780 agcaaacgca ataagtattc cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa 840 ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac 900 cttaccaagt cttgacatct gcctgaccgg tccgtaacag gaccctttcc ttcgggacag 960 gcaagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 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aaacgatgaa 720 tactaggtgt cggggcttac gggtctcggt gccgcagcta acgcattaag tattccacct 780 gggaagtacg accgcaaggt tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg 840 gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac ctaaacttga catcctnttt 900 gaccggacgg taatgcnttc ttcactagct tgctagtgca aaagtgacag gtggtgcatg 960 gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta 1020 tctttagtag ccatcattca gttgggcact ctagagagac tgccagggat aacctggagg 1080 aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgttt agggctacac acgtgctaca 1140 atgggtgcta caaagggaag caaatccgcg aggccgagca aatctcaaaa aagcactccc 1200 agttcggatt gtagtctgca actcgactac atgaagttgg aatcgctagt aatcgcgaat 1260 cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca ccgcccgtca caccatggga 1320 gttggggggg cccaacgc 1338 <210> 15 <211> 1305 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_SC174.GCA_900066055.CNDBEJEM_03146 16S ribosomal RNA <400> 15 tccggtggta tgagatggac ccgcgtctga ttagctagtt ggtgaggtaa cggcccacca 60 aggcgacgat cagtagccga cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc 120 ccagactcct acgggaggca gcagtggggg atattgcaca atggaggaaa ctctgatgca 180 gcgacgccgc gtgagtgaag aagtatttcg gtatgtaaag ctctatcagc agggaagaaa 240 atgacggtac ctgactaaga agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt 300 agggggcaag cgttatccgg atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg cgacgcaagt 360 ctgaagtgaa atacccgggc tcaacctggg aactgctttg gaaactgtgt tgctagagtg 420 ctggagaggt aagcggaatt cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaagaaca 480 ccagtggcga aggcggctta ctggacagta actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag 540 caaacaggat tagataccct ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgttggtg 600 agcaaagctc atcggtgccg ccgcaaacgc aataagtatt ccacctgggg agtacgttcg 660 caagaatgaa actcaaagga attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta 720 attcgaagca acgcgaagaa ccttaccaaa tcttgacatc cctctgaaaa gcctttaatc 780 gggctcctcc ttcgggacag aggtgacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt 840 gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccctat tgtcagtagc cagcaggtaa 900 agctgggcac tctgatgaga ctgccaggga taacctggag gaaggtgggg 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ggggaaaccc tgatggtgcg acgccgcgtg ggggaatgaa ggtcttcgga ttgtaaaccc 420 ctgtcatgtg ggagcaaatt aaaaagatag taccacaaga ggaagagacg gctaactctg 480 tgccagcagc cgcggtaata cagaggtctc aagcgttgtt cggaatcact gggcgtaaag 540 cgtgcgtagg ctgtttcgta agtcgtgtgt gaaaggcgcg ggctcaaccc gcggacggca 600 catgatactg cgagactaga gtaatggagg gggaaccgga attctcggtg tagcagtgaa 660 atgcgtagat atcgagagga acactcgtgg cgaaggcggg ttcctggaca ttaactgacg 720 ctgaggcacg aaggccaggg gagcgaaagg gattagatac ccctgtagtc ctggcagtaa 780 acggtgcacg cttggtgtgc ggggaatcga ccccctgcgt gccggagcta acgcgttaag 840 cgtgccgcct ggggagtacg gtcgcaagat taaaactcaa agaaattgac ggggacccgc 900 acaagcggtg gagtatgtgg cttaattcga tgcaacgcga agaaccttac ctgggcttga 960 catgtaatga acaacatgtg aaagcatgcg actcttcgga ggcgttacac aggtgctgca 1020 tggccgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt ttggttaagt ccagcaacga gcgcaacccc 1080 tgttgccagt taccagcacg tgaaggtggg gactctggcg agactgccca gatcaactgg 1140 gaggaaggtg gggacgacgt caggtcagta tggcccttat gcccagggct gcacacgtac 1200 tacaatgccc agtacagagg gggccgaagc cgcgaggcgg aggaaatcct aaaaactggg 1260 cccagttcgg actgtaggct gcaacccgcc tacacgaagc cggaatcgct agtaatggcg 1320 catcagctac ggcgccgtga atacgttccc gggtcttgta cacaccgccc gtcacatcat 1380 ggaagccggt cgcacccgaa gtatctgaag ccaaccgcaa ggaggcaggg tcctaaggtg 1440 agactggtaa ctgggatgaa gtcgtaacaa ggtagccgta ggggaacctg cggctggatc 1500 acctccttt 1509 <210> 17 <211> 1509 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Akkermansia_muciniphila.GCF_000020225.FDANIDBG_00864 16S ribosomal RNA <400> 17 atggagagtt tgattctggc tcagaacgaa cgctggcggc gtggataaga catgcaagtc 60 gaacgagaga attgctagct tgctaataat tctctagtgg cgcacgggtg agtaacacgt 120 gagtaacctg cccccgagag cgggatagcc ctgggaaact gggattaata ccgcatagta 180 tcgaaagatt aaagcagcaa tgcgcttggg gatgggctcg cggcctatta gttagttggt 240 gaggtaacgg ctcaccaagg cgatgacggg tagccggtct gagaggatgt ccggccacac 300 tggaactgag acacggtcca gacacctacg ggtggcagca gtcgagaatc attcacaatg 360 ggggaaaccc tgatggtgcg acgccgcgtg ggggaatgaa ggtcttcgga ttgtaaaccc 420 ctgtcatgtg ggagcaaatt aaaaagatag taccacaaga ggaagagacg gctaactctg 480 tgccagcagc cgcggtaata cagaggtctc aagcgttgtt cggaatcact gggcgtaaag 540 cgtgcgtagg ctgtttcgta agtcgtgtgt gaaaggcgcg ggctcaaccc gcggacggca 600 catgatactg cgagactaga gtaatggagg gggaaccgga attctcggtg tagcagtgaa 660 atgcgtagat atcgagagga acactcgtgg cgaaggcggg ttcctggaca ttaactgacg 720 ctgaggcacg aaggccaggg gagcgaaagg gattagatac ccctgtagtc ctggcagtaa 780 acggtgcacg cttggtgtgc ggggaatcga ccccctgcgt gccggagcta acgcgttaag 840 cgtgccgcct ggggagtacg gtcgcaagat taaaactcaa agaaattgac ggggacccgc 900 acaagcggtg gagtatgtgg cttaattcga tgcaacgcga agaaccttac ctgggcttga 960 catgtaatga acaacatgtg aaagcatgcg actcttcgga ggcgttacac aggtgctgca 1020 tggccgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt ttggttaagt ccagcaacga gcgcaacccc 1080 tgttgccagt taccagcacg tgaaggtggg gactctggcg agactgccca gatcaactgg 1140 gaggaaggtg gggacgacgt caggtcagta tggcccttat gcccagggct gcacacgtac 1200 tacaatgccc agtacagagg gggccgaagc cgcgaggcgg aggaaatcct aaaaactggg 1260 cccagttcgg actgtaggct gcaacccgcc tacacgaagc cggaatcgct agtaatggcg 1320 catcagctac ggcgccgtga atacgttccc gggtcttgta cacaccgccc gtcacatcat 1380 ggaagccggt cgcacccgaa gtatctgaag ccaaccgcaa ggaggcaggg tcctaaggtg 1440 agactggtaa ctgggatgaa gtcgtaacaa ggtagccgta ggggaacctg cggctggatc 1500 acctccttt 1509 <210> 18 <211> 1509 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Akkermansia_muciniphila.GCF_000020225.FDANIDBG_01254 16S ribosomal RNA <400> 18 atggagagtt tgattctggc tcagaacgaa cgctggcggc gtggataaga catgcaagtc 60 gaacgagaga attgctagct tgctaataat tctctagtgg cgcacgggtg agtaacacgt 120 gagtaacctg cccccgagag cgggatagcc ctgggaaact gggattaata ccgcatagta 180 tcgaaagatt aaagcagcaa tgcgcttggg gatgggctcg cggcctatta gttagttggt 240 gaggtaacgg ctcaccaagg cgatgacggg tagccggtct gagaggatgt ccggccacac 300 tggaactgag acacggtcca gacacctacg ggtggcagca gtcgagaatc attcacaatg 360 ggggaaaccc tgatggtgcg acgccgcgtg ggggaatgaa ggtcttcgga ttgtaaaccc 420 ctgtcatgtg ggagcaaatt aaaaagatag taccacaaga ggaagagacg gctaactctg 480 tgccagcagc cgcggtaata cagaggtctc aagcgttgtt cggaatcact gggcgtaaag 540 cgtgcgtagg ctgtttcgta agtcgtgtgt gaaaggcgcg ggctcaaccc gcggacggca 600 catgatactg cgagactaga gtaatggagg gggaaccgga attctcggtg tagcagtgaa 660 atgcgtagat atcgagagga acactcgtgg cgaaggcggg ttcctggaca ttaactgacg 720 ctgaggcacg aaggccaggg gagcgaaagg gattagatac ccctgtagtc ctggcagtaa 780 acggtgcacg cttggtgtgc ggggaatcga ccccctgcgt gccggagcta acgcgttaag 840 cgtgccgcct ggggagtacg gtcgcaagat taaaactcaa agaaattgac ggggacccgc 900 acaagcggtg gagtatgtgg cttaattcga tgcaacgcga agaaccttac ctgggcttga 960 catgtaatga acaacatgtg aaagcatgcg actcttcgga ggcgttacac aggtgctgca 1020 tggccgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt ttggttaagt ccagcaacga gcgcaacccc 1080 tgttgccagt taccagcacg tgaaggtggg gactctggcg agactgccca gatcaactgg 1140 gaggaaggtg gggacgacgt caggtcagta tggcccttat gcccagggct gcacacgtac 1200 tacaatgccc agtacagagg gggccgaagc cgcgaggcgg aggaaatcct aaaaactggg 1260 cccagttcgg actgtaggct gcaacccgcc tacacgaagc cggaatcgct agtaatggcg 1320 catcagctac ggcgccgtga atacgttccc gggtcttgta cacaccgccc gtcacatcat 1380 ggaagccggt cgcacccgaa gtatctgaag ccaaccgcaa ggaggcaggg tcctaaggtg 1440 agactggtaa ctgggatgaa gtcgtaacaa ggtagccgta ggggaacctg cggctggatc 1500 acctccttt 1509 <210> 19 <211> 1244 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_ovatus.GCF_000273195.POLEICMM_00001 16S ribosomal RNA (partial) <400> 19 cgatggatag gggttctgag aggaaggtcc cccacattgg aactgagaca cggtccaaac 60 tcctacggga ggcagcagtg aggaatattg gtcaatgggc gagagcctga accagccaag 120 tagcgtgaag gatgaaggct ctatgggtcg taaacttctt ttatatggga ataaagtttt 180 ccacgtgtgg aattttgtat gtaccatatg aataaggatc ggctaactcc gtgccagcag 240 ccgcggtaat acggaggatc cgagcgttat ccggatttat tgggtttaaa gggagcgtag 300 gtggattgtt aagtcagttg tgaaagtttg cggctcaacc gtaaaattgc agttgaaact 360 ggcagtcttg agtacagtag aggtgggcgg aattcgtggt gtagcggtga aatgcttaga 420 tatcacgaag aactccgatt gcgaaggcag ctcactagac tgtcactgac actgatgctc 480 gaaagtgtgg gtatcaaaca ggattagata ccctggtagt ccacacagta aacgatgaat 540 actcgctgtt tgcgatatac agtaagcggc caagcgaaag cattaagtat tccacctggg 600 gagtacgccg gcaacggtga aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcggaggaa 660 catgtggttt aattcgatga tacgcgagga accttacccg ggcttaaatt gcaacagaat 720 atattggaaa cagtatagcc gtaaggctgt tgtgaaggtg ctgcatggtt gtcgtcagct 780 cgtgccgtga ggtgtcggct taagtgccat aacgagcgca acccttatct ttagttacta 840 acaggtcatg ctgaggactc tagagagact gccgtcgtaa gatgtgagga aggtggggat 900 gacgtcaaat cagcacggcc ccttacgtcc ggggctacac acgtgttaca atggggggta 960 cagaaggcgg ctacctggtg acaggatgct aatcccaaaa acctctctca gttcggatcg 1020 aagtctgcaa cccgacttcg tgaagctgga ttcgctagta atcgcgcatc agccatggcg 1080 cggtgaatac gttcccgggc cttgtacaca ccgcccgtca agccatgaaa gccgggggta 1140 cctgaagtac gtaaccgcaa ggagcgtcct agggtaaaac tggtaattgg ggctaagtcg 1200 taacaaggta gccgtaccgg aaggtgcggc tggaacacct cctt 1244 <210> 20 <211> 1526 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_ovatus.GCF_000273195.POLEICMM_03664 16S ribosomal RNA <400> 20 atgaagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggcagc attttagttt gcttgcaaac tgaagatggc gaccggcgca cgggtgagta 120 acacgtatcc aacctgccga taactccgga atagcctttc gaaagaaaga ttaataccgg 180 atagcatacg aatatcgcat gatattttta ttaaagaatt tcggttatcg atggggatgc 240 gttccattag tttgttggcg gggtaacggc ccaccaagac tacgatggat aggggttctg 300 agaggaaggt cccccacatt ggaactgaga cacggtccaa actcctacgg gaggcagcag 360 tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct gaaccagcca agtagcgtga aggatgaagg 420 ctctatgggt cgtaaacttc ttttatatgg gaataaagtt ttccacgtgt ggaattttgt 480 atgtaccata tgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggagga 540 tccgagcgtt atccggattt attgggttta aagggagcgt aggtggattg ttaagtcagt 600 tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt gcagttgaaa ctggcagtct tgagtacagt 660 agaggtgggc ggaattcgtg gtgtagcggt gaaatgctta gatatcacga agaactccga 720 ttgcgaaggc agctcactag actgtcactg acactgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa 780 caggattaga taccctggta gtccacacag taaacgatga atactcgctg tttgcgatat 840 acagtaagcg gccaagcgaa agcattaagt attccacctg gggagtacgc cggcaacggt 900 gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggagg aacatgtggt ttaattcgat 960 gatacgcgag gaaccttacc cgggcttaaa ttgcaacaga atatattgga aacagtatag 1020 ccgtaaggct gttgtgaagg tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg 1080 cttaagtgcc ataacgagcg caacccttat ctttagttac taacaggtta tgctgaggac 1140 tctagagaga ctgccgtcgt aagatgtgag gaaggtgggg atgacgtcaa atcagcacgg 1200 ccccttacgt ccggggctac acacgtgtta caatgggggg tacagaaggc ggctacctgg 1260 tgacaggatg ctaatcccaa aaacctctct cagttcggat cgaagtctgc aacccgactt 1320 cgtgaagctg gattcgctag taatcgcgca tcagccatgg cgcggtgaat acgttcccgg 1380 gccttgtaca caccgcccgt caagccatga aagccggggg tacctgaagt acgtaaccgc 1440 aaggagcgtc ctagggtaaa actggtaatt ggggctaagt cgtaacaagg tagccgtacc 1500 ggaaggtgcg gctggaacac ctcctt 1526 <210> 21 <211> 1525 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_ovatus.GCF_000273195.POLEICMM_06357 16S ribosomal RNA <400> 21 atgaagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggcagc attttagttt gcttgcaaac tgaagatggc gaccggcgca cgggtgagta 120 acacgtatcc aacctgccga taactccgga atagcctttc gaaagaaaga ttaataccgg 180 atagcatacg aatatcgcat gatattttta ttaaagaatt tcggttatcg atggggatgc 240 gttccattag tttgttggcg gggtaacggc ccaccaagac tacgatggat aggggttctg 300 agaggaaggt cccccacatt ggaactgaga cacggtccaa actcctacgg gaggcagcag 360 tgaggaatat tggtcaatgg gcgagagcct gaaccagcca agtagcgtga aggatgaagg 420 ctctatgggt cgtaaacttc ttttatatgg gaataaagtt ttccacgtgt ggaattttgt 480 atgtaccata tgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggagga 540 tccgagcgtt atccggattt attgggttta aagggagcgt aggtggattg ttaagtcagt 600 tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt gcagttgaaa ctggcagtct tgagtacagt 660 agaggtgggc ggaattcgtg gtgtagcggt gaaatgctta gatatcacga agaactccga 720 ttgcgaaggc agctcactag actgtcactg acactgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa 780 caggattaga taccctggta gtccacacag taaacgatga atactcgctg tttgcgatat 840 acagtaagcg gccaagcgaa agcattaagt attccacctg gggagtacgc cggcaacggt 900 gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggagg aacatgtggt ttaattcgat 960 gatacgcgag gaaccttacc cgggcttaaa ttgcaacaga atatattgga aacagtatag 1020 ccgtaaggct gttgtgaagg tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg 1080 cttaagtgcc ataacgagcg caacccttat ctttagttac taacaggtta tgctgaggac 1140 tctagagaga ctgccgtcgt aagatgtgag gaaggtgggg atgacgtcaa atcagcacgg 1200 cccttacgtc cggggctaca cacgtgttac aatggggggt acagaaggca gctacacggc 1260 gacgtgatgc taatcccaaa aacctctctc agttcggatc gaagtctgca acccgacttc 1320 gtgaagctgg attcgctagt aatcgcgcat cagccatggc gcggtgaata cgttcccggg 1380 ccttgtacac accgcccgtc aagccatgaa agccgggggt acctgaagta cgtaaccgca 1440 aggagcgtcc tagggtaaaa ctggtaattg gggctaagtc gtaacaaggt agccgtaccg 1500 gaaggtgcgg ctggaacacc tcctt 1525 <210> 22 <211> 1525 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_ovatus.GCF_000273195.POLEICMM_06418 16S ribosomal RNA <400> 22 atgaagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggcagc attttagttt gcttgcaaac taaagatggc gaccggcgca cgggtgagta 120 acacgtatcc aacctgccga taactcgggg atagcctttc gaaagaaaga ttaatatccg 180 atggtatatt ttctccgcat ggtgagaata ttaaagaatt tcggttatcg atggggatgc 240 gttccattag tttgttggcg gggtaacggc ccaccaagac cacgatggat aggggttctg 300 agaggaaggt cccccacatt ggaactgaga cacggtccaa actcctacgg gaggcagcag 360 tgaggaatat tggtcaatgg acgagagtct gaaccagcca agtagcgtga aggatgactg 420 ccctatgggt tgtaaacttc ttttatatgg gaataaagtg ttccacgtgt gggattttgt 480 atgtaccata tgaataagga tcggctaact ccgtgccagc agccgcggta atacggagga 540 tccgagcgtt atccggattt attgggttta aagggagcgt aggtggattg ttaagtcagt 600 tgtgaaagtt tgcggctcaa ccgtaaaatt gcagttgaaa ctggcagtct tgagtacagt 660 agaggtgggc ggaattcgtg gtgtagcggt gaaatgctta gatatcacga agaactccga 720 ttgcgaaggc agctcactag actgttactg acactgatgc tcgaaagtgt gggtatcaaa 780 caggattaga taccctggta gtccacacag taaacgatga atactcgctg tttgcgatat 840 acagtaagcg gccaagcgaa agcattaagt attccacctg gggagtacgc cggcaacggt 900 gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggagg aacatgtggt ttaattcgat 960 gatacgcgag gaaccttacc cgggcttaaa ttgcaacaga atatattgga aacagtatag 1020 ccgtaaggct gttgtgaagg tgctgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgccgt gaggtgtcgg 1080 cttaagtgcc ataacgagcg caacccttat ctttagttac taacaggtca tgctgaggac 1140 tctagagaga ctgccgtcgt aagatgtgag gaaggtgggg atgacgtcaa atcagcacgg 1200 cccttacgtc cggggctaca cacgtgttac aatggggggt acagaaggcg gctacctggt 1260 gacaggatgc taatcccaaa aacctctctc agttcggatc gaagtctgca acccgacttc 1320 gtgaagctgg attcgctagt aatcgcgcat cagccatggc gcggtgaata cgttcccggg 1380 ccttgtacac accgcccgtc aagccatgaa agccgggggt acctgaagta cgtaaccgca 1440 aggagcgtcc tagggtaaaa ctggtaattg gggctaagtc gtaacaaggt agccgtaccg 1500 gaaggtgcgg ctggaacacc tcctt 1525 <210> 23 <211> 1051 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_vulgatus.GCF_000273295.HJEBCINN_01362 16S ribosomal RNA (partial) <400> 23 tttgcatgta ctttatgaat aaggatcggc taactccgtg ccagcagccg cggtaatacg 60 gaggatccga gcgttatccg gatttattgg gtttaaaggg agcgtagatg gatgtttaag 120 tcagttgtga aagtttgcgg ctcaaccgta aaattgcagt tgatactgga tatcttgagt 180 gcagttgagg caggcggaat tcgtggtgta gcggtgaaat gcttagatat cacgaagaac 240 tccgattgcg aaggcagcct gctaagctgc aactgacatt gaggctcgaa agtgtgggta 300 tcaaacagga ttagataccc tggtagtcca cacggtaaac gatgaatact cgctgtttgc 360 gatatacggc aagcggccaa gcgaaagcgt taagtattcc acctggggag tacgccggca 420 acggtgaaac tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc ggaggaacat gtggtttaat 480 tcgatgatac gcgaggaacc ttacccgggc ttaaattgca gatgaattac ggtgaaagcc 540 gtaagccgca aggcatctgt gaaggtgctg catggttgtc gtcagctcgt gccgtgaggt 600 gtcggcttaa gtgccataac gagcgcaacc cttgttgtca gttactaaca ggttctgctg 660 aggactctga caagactgcc atcgtaagat gtgaggaagg tggggatgac gtcaaatcag 720 cacggccctt acgtccgggg ctacacacgt gttacaatgg ggggtacaga gggccgctac 780 cacgcgagtg gatgccaatc ccaaaaacct ctctcagttc ggactggagt ctgcaacccg 840 actccacgaa gctggattcg ctagtaatcg cgcatcagcc acggcgcggt gaatacgttc 900 ccgggccttg tacacaccgc ccgtcaagcc atgggagccg ggggtacctg aagtgcgtaa 960 ccgcgaggag cgccctaggg taaaactggt gactggggct aagtcgtaac aaggtagccg 1020 taccggaagg tgcggctgga acacctcctt t 1051 <210> 24 <211> 1524 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_vulgatus.GCF_000273295.HJEBCINN_01365 16S ribosomal RNA <400> 24 atgaagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggcagc atggtcttag cttgctaagg ccgatggcga ccggcgcacg ggtgagtaac 120 acgtatccaa cctgccgtct actcttggac agccttctga aaggaagatt aatacaagat 180 ggcatcatga gttcacatgt tcacatgatt aaaggtattc cggtagacga tggggatgcg 240 ttccattaga tagtaggcgg ggtaacggcc cacctagtct tcgatggata ggggttctga 300 gaggaaggtc ccccacattg gaactgagac acggtccaaa ctcctacggg aggcagcagt 360 gaggaatatt ggtcaatggg cgagagcctg aaccagccaa gtagcgtgaa ggatgactgc 420 cctatgggtt gtaaacttct tttataaagg aataaagtcg ggtatggata cccgtttgca 480 tgtactttat gaataaggat cggctaactc cgtgccagca gccgcggtaa tacggaggat 540 ccgagcgtta tccggattta ttgggtttaa agggagcgta gatggatgtt taagtcagtt 600 gtgaaagttt gcggctcaac cgtaaaattg cagttgatac tggatatctt gagtgcagtt 660 gaggcaggcg gaattcgtgg tgtagcggtg aaatgcttag atatcacgaa gaactccgat 720 tgcgaaggca gcctgctaag ctgcaactga cattgaggct cgaaagtgtg ggtatcaaac 780 aggattagat accctggtag tccacacggt aaacgatgaa tactcgctgt ttgcgatata 840 cggcaagcgg ccaagcgaaa gcgttaagta ttccacctgg ggagtacgcc ggcaacggtg 900 aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg 960 atacgcgagg aaccttaccc gggcttaaat tgcagatgaa ttacggtgaa agccgtaagc 1020 cgcaaggcat ctgtgaaggt gctgcatggt tgtcgtcagc tcgtgccgtg aggtgtcggc 1080 ttaagtgcca taacgagcgc aacccttgtt gtcagttact aacaggttct gctgaggact 1140 ctgacaagac tgccatcgta agatgtgagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcagcacggc 1200 ccttacgtcc ggggctacac acgtgttaca atggggggta cagagggccg ctaccacgcg 1260 agtggatgcc aatcccaaaa acctctctca gttcggactg gagtctgcaa cccgactcca 1320 cgaagctgga ttcgctagta atcgcgcatc agccacggcg cggtgaatac gttcccgggc 1380 cttgtacaca ccgcccgtca agccatggga gccgggggta cctgaagtgc gtaaccgcga 1440 ggagcgccct agggtaaaac tggtgactgg ggctaagtcg taacaaggta gccgtaccgg 1500 aaggtgcggc tggaacacct cctt 1524 <210> 25 <211> 1524 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_vulgatus.GCF_000273295.HJEBCINN_02805 16S ribosomal RNA <400> 25 atgaagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggcagc atggtcttag cttgctaagg ccgatggcga ccggcgcacg ggtgagtaac 120 acgtatccaa cctgccgtct actcttggac agccttctga aaggaagatt aatacaagat 180 ggcatcatga gtccgcatgt tcacatgatt aaaggtattc cggtaggcga tggggatgcg 240 ttccattaga tagtaggcgg ggtaacggcc cacctagtct tcgatggata ggggttctga 300 gaggaaggtc ccccacattg gaactgagac acggtccaaa ctcctacggg aggcagcagt 360 gaggaatatt ggtcaatggg cgagagcctg aaccagccaa gtagcgtgaa ggatgactgc 420 cctatgggtt gtaaacttct tttataaagg aataaagtcg ggtatgtata cccgtttgca 480 tgtactttat gaataaggat cggctaactc cgtgccagca gccgcggtaa tacggaggat 540 ccgagcgtta tccggattta ttgggtttaa agggagcgta gatggatgtt taagtcagtt 600 gtgaaagttt gcggctcaac cgtaaaattg cagttgatac tggatatctt gagtgcagtt 660 gaggcaggcg gaattcgtgg tgtagcggtg aaatgcttag atatcacgaa gaactccgat 720 tgcgaaggca gcctgctaag ctgcaactga cattgaggct cgaaagtgtg ggtatcaaac 780 aggattagat accctggtag tccacacggt aaacgatgaa tactcgctgt ttgcgatata 840 cagcaagcgg ccaagcgaaa gcgttaagta ttccacctgg ggagtacgcc ggcaacggtg 900 aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg 960 atacgcgagg aaccttaccc gggcttaaat tgcagatgaa ttacggtgaa agccgtaagc 1020 cgcaaggcat ctgtgaaggt gctgcatggt tgtcgtcagc tcgtgccgtg aggtgtcggc 1080 ttaagtgcca taacgagcgc aacccttgtt gtcagttact aacaggttct gctgaggact 1140 ctgacaagac tgccatcgta agatgtgagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcagcacggc 1200 ccttacgtcc ggggctacac acgtgttaca atggggggta cagagggccg ctaccacgcg 1260 agtggatgcc aatcccaaaa acctctctca gttcggactg gagtctgcaa cccgactcca 1320 cgaagctgga ttcgctagta atcgcgcatc agccacggcg cggtgaatac gttcccgggc 1380 cttgtacaca ccgcccgtca agccatggga gccgggggta cctgaagtgc gtaaccgcga 1440 ggagcgccct agggtaaaac tggtgactgg ggctaagtcg taacaaggta gccgtaccgg 1500 aaggtgcggc tggaacacct cctt 1524 <210> 26 <211> 1524 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_vulgatus.GCF_000273295.HJEBCINN_03454 16S ribosomal RNA <400> 26 atgaagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggcagc atggtcttag cttgctaagg ccgatggcga ccggcgcacg ggtgagtaac 120 acgtatccaa cctgccgtct actcttggac agccttctga aaggaagatt aatacaagat 180 ggcatcatga gtccgcatgt tcacatgatt aaaggtattc cggtagacga tggggatgcg 240 ttccattaga tagtaggcgg ggtaacggcc cacctagtct tcgatggata ggggttctga 300 gaggaaggtc ccccacattg gaactgagac acggtccaaa ctcctacggg aggcagcagt 360 gaggaatatt ggtcaatggg cgcaggcctg aaccagccaa gtagcgtgaa ggatgactgc 420 cctatgggtt gtaaacttct tttataaagg aataaagtcg ggtatgcata cccgtttgca 480 tgtactttat gaataaggat cggctaactc cgtgccagca gccgcggtaa tacggaggat 540 ccgagcgtta tccggattta ttgggtttaa agggagcgta gatggatgtt taagtcagtt 600 gtgaaagttt gcggctcaac cgtaaaattg cagttgatac tggatatctt gagtgcagtt 660 gaggcaggcg gaattcgtgg tgtagcggtg aaatgcttag atatcacgaa gaactccgat 720 tgcgaaggca gcctgctaag ctgcaactga cattgaggct cgaaagtgtg ggtatcaaac 780 aggattagat accctggtag tccacacggt aaacgatgaa tactcgctgt ttgcgatata 840 cagcaagcgg ccaagcgaaa gcgttaagta ttccacctgg ggagtacgcc ggcaacggtg 900 aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg 960 atacgcgagg aaccttaccc gggcttaaat tgcagatgaa ttacggtgaa agccgtaagc 1020 cgcaaggcat ctgtgaaggt gctgcatggt tgtcgtcagc tcgtgccgtg aggtgtcggc 1080 ttaagtgcca taacgagcgc aacccttgtt gtcagttact aacaggttcc gctgaggact 1140 ctgacaagac tgccatcgta agatgtgagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcagcacggc 1200 ccttacgtcc ggggctacac acgtgttaca atggggggta cagagggtcg ctaccacgcg 1260 agtggatgcc aatccccaaa acctctctca gttcggactg gagtctgcaa cccgactcca 1320 cgaagctgga ttcgctagta atcgcgcatc agccacggcg cggtgaatac gttcccgggc 1380 cttgtacaca ccgcccgtca agccatggga gccgggggta cctgaagtgc gtaaccgcga 1440 ggagcgccct agggtaaaac tggtgactgg ggctaagtcg taacaaggta gccgtaccgg 1500 aaggtgcggc tggaacacct cctt 1524 <210> 27 <211> 1524 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_vulgatus.GCF_000273295.HJEBCINN_03696 16S ribosomal RNA <400> 27 atgaagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggcagc atggtcttag cttgctaagg ccgatggcga ccggcgcacg ggtgagtaac 120 acgtatccaa cctgccgtct actcttggac agccttctga aaggaagatt aatacaagat 180 ggcatcatga gtccgcatgt tcacatgatt aaaggtattc cggtagacga tggggatgcg 240 ttccattaga tagtaggcgg ggtaacggcc cacctagtct tcgatggata ggggttctga 300 gaggaaggtc ccccacattg gaactgagac acggtccaaa ctcctacggg aggcagcagt 360 gaggaatatt ggtcaatggg cgagagcctg aaccagccaa gtagcgtgaa ggatgactgc 420 cctatgggtt gtaaacttct tttataaagg aataaagtcg ggtatggata cccgtttgca 480 tgtactttat gaataaggat cggctaactc cgtgccagca gccgcggtaa tacggaggat 540 ccgagcgtta tccggattta ttgggtttaa agggagcgta gatggatgtt taagtcagtt 600 gtgaaagttt gcggctcaac cgtaaaattg cagttgatac tggatatctt gagtgcagtt 660 gaggcaggcg gaattcgtgg tgtagcggtg aaatgcttag atatcacgaa gaactccgat 720 tgcgaaggca gcctgctaag ctgcaactga cattgaggct cgaaagtgtg ggtatcaaac 780 aggattagat accctggtag tccacacggt aaacgatgaa tactcgctgt ttgcgatata 840 cagcaagcgg ccaagcgaaa gcgttaagta ttccacctgg ggagtacgcc ggcaacggtg 900 aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg 960 atacgcgagg aaccttaccc gggcttaaat tgcagatgaa ttacggtgaa agccgtaagc 1020 cgcaaggcat ctgtgaaggt gctgcatggt tgtcgtcagc tcgtgccgtg aggtgtcggc 1080 ttaagtgcca taacgagcgc aacccttgtt gtcagttact aacaggttct gctgaggact 1140 ctgacaagac tgccatcgta agatgtgagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcagcacggc 1200 ccttacgtcc ggggctacac acgtgttaca atggggggta cagagggccg ctaccacgcg 1260 agtggatgcc aatcccaaaa acctctctca gttcggactg gagtctgcaa cccgactcca 1320 cgaagctgga ttcgctagta atcgcgcatc agccacggcg cggtgaatac gttcccgggc 1380 cttgtacaca ccgcccgtca agccatggga gccgggggta cctgaagtgc gtaaccgcga 1440 ggagcgccct agggtaaaac tggtgactgg ggctaagtcg taacaaggta gccgtaccgg 1500 aaggtgcggc tggaacacct cctt 1524 <210> 28 <211> 1054 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_vulgatus.GCF_000273295.HJEBCINN_04056 16S ribosomal RNA (partial) <400> 28 ccgtttgcat gtactttatg aataaggatc ggctaactcc gtgccagcag ccgcggtaat 60 acggaggatc cgagcgttat ccggatttat tgggtttaaa gggagcgtag atggatgttt 120 aagtcagttg tgaaagtttg cggctcaacc gtaaaattgc agttgatact ggatatcttg 180 agtgcagttg aggcaggcgg aattcgtggt gtagcggtga aatgcttaga tatcacgaag 240 aactccgatt gcgaaggcag cctgctaagc tgcaactgac attgaggctc gaaagtgtgg 300 gtatcaaaca ggattagata ccctggtagt ccacacggta aacgatgaat actcgctgtt 360 tgcgatatac agcaagcggc caagcgaaag cgttaagtat tccacctggg gagtacgccg 420 gcaacggtga aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca agcggaggaa catgtggttt 480 aattcgatga tacgcgagga accttacccg ggcttaaatt gcagatgaat tacggtgaaa 540 gccgtaagcc gcaaggcatc tgtgaaggtg ctgcatggtt gtcgtcagct cgtgccgtga 600 ggtgtcggct taagtgccat aacgagcgca acccttgttg tcagttacta acaggttctg 660 ctgaggactc tgacaagact gccatcgtaa gatgtgagga aggtggggat gacgtcaaat 720 cagcacggcc cttacgtccg gggctacaca cgtgttacaa tggggggtac agagggccgc 780 taccacgcga gtggatgcca atccccaaaa cctctctcag ttcggactgg agtctgcaac 840 ccgactccac gaagctggat tcgctagtaa tcgcgcatca gccacggcgc ggtgaatacg 900 ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcaa gccatgggag ccgggggtac ctgaagtgcg 960 taaccgcgag gagcgcccta gggtaaaact ggtgactggg gctaagtcgt aacaaggtag 1020 ccgtaccgga aggtgcggct ggaacacctc cttt 1054 <210> 29 <211> 1523 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_vulgatus_SC203.GCA_900066655.JNKMEEPB_01845 16S ribosomal RNA <400> 29 taaagagttt gatcctggct caggacgaac gctggcggcg cgcttaacac atgcaagtcg 60 aacggacaca tccgacggaa tagcttgcta ggaagatgga tgttgttagt ggcggacggg 120 tgagtaacac gtgagcaacc tacctcagag tgggggacaa cagttggaaa cgactgctaa 180 taccgcataa gatggcaggg tcgcatggcc tggtcataaa aggagcaatt cgctctgaga 240 tgggctcgcg tctgattagc tagttggtga ggtaacggct caccaaggca acgatcagta 300 gccggactga gaggttgaac ggccacattg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg 360 aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg ggaaaccctg atgcagcgac gccgcgtgag 420 ggaagacggt tttcggattg taaacctctg tcttgtggga cgatagtgac ggtaccacag 480 gaggaagcca tggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagatg gcgagcgttg 540 tccggaatta ctgggtgtaa agggagtgta ggcgggctgg taagttgaat gtgaaacctt 600 cgggctcaac ccggagcgtg cgttcaaaac tgctggtctt gagtgaagta gaggcaggcg 660 gaattcccgg tgtagcggtg gaatgcgtag atatcgggag gaacaccagt ggcgaaggcg 720 gcctgctggg cttttactga cgctgaggct cgaaagcatg ggtagcaaac aggattagat 780 accctggtag tccatgccgt aaacgatgat tactaggtgt ggggggattg accccctccg 840 tgccggagtt aacacaataa gtaatccacc tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca 900 aaggaattga cgggggcccg cacaagcagt ggagtatgtg gtttaattcg aagcaacgcg 960 aaaaacctta ccaggtcttg acatccatcg ccaggctaag agattagctg ttccctccgg 1020 ggacgatgag acaggtggtg catggttgtc gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa 1080 gtcccgcaac gagcgcaacc cttactatta gttgctacgc aagagcactc taatgggact 1140 gccgttgaca aaacggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatgacct 1200 gggctacaca cgtactacaa tggccgttaa cagagagcag cgataccgcg aggtggagcg 1260 aatctagaaa aacggtctca gttcggattg caggctgaaa ctcgcctgca tgaagtcgga 1320 attgctagta atcgcggatc agcatgccgc ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac 1380 cgcccgtcac accatgagag ccggtaacac ccgaagtcag tagcctaacc gcaaggaggg 1440 cgctgccgaa ggtggggctg gtaattgggg tgaagtcgta acaaggtagc cgtatcggaa 1500 ggtgcggctg gatcacctcc ttt 1523 <210> 30 <211> 1524 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bacteroides_vulgatus_SC203.GCA_900066655.JNKMEEPB_02609 16S ribosomal RNA <400> 30 atgaagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggcagc atggtcttag cttgctaagg ccgatggcga ccggcgcacg ggtgagtaac 120 acgtatccaa cctgccgtct actcttggac agccttctga aaggaagatt aatacaagat 180 ggcatcatga gtccgcatgt tcacatgatt aaaggtattc cggtagacga tggggatgcg 240 ttccattaga tagtaggcgg ggtaacggcc cacctagtct tcgatggata ggggttctga 300 gaggaaggtc ccccacattg gaactgagac acggtccaaa ctcctacggg aggcagcagt 360 gaggaatatt ggtcaatggg cgagagcctg aaccagccaa gtagcgtgaa ggatgactgc 420 cctatgggtt gtaaacttct tttataaagg aataaagtcg ggtatgtata cccgtttgca 480 tgtactttat gaataaggat cggctaactc cgtgccagca gccgcggtaa tacggaggat 540 ccgagcgtta tccggattta ttgggtttaa agggagcgta gatggatgtt taagtcagtt 600 gtgaaagttt gcggctcaac cgtaaaattg cagttgatac tggatatctt gagtgcagtt 660 gaggcaggcg gaattcgtgg tgtagcggtg aaatgcttag atatcacgaa gaactccgat 720 tgcgaaggca gcctgctaag ctgcaactga cattgaggct cgaaagtgtg ggtatcaaac 780 aggattagat accctggtag tccacacggt aaacgatgaa tactcgctgt ttgcgatata 840 cggcaagcgg ccaagcgaaa gcgttaagta ttccacctgg ggagtacgcc ggcaacggtg 900 aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggagga acatgtggtt taattcgatg 960 atacgcgagg aaccttaccc gggcttaaat tgcagatgaa ttacggtgaa agccgtaagc 1020 cgcaaggcat ctgtgaaggt gctgcatggt tgtcgtcagc tcgtgccgtg aggtgtcggc 1080 ttaagtgcca taacgagcgc aacccttgtt gtcagttact aacaggtttt gctgaggact 1140 ctgacaagac tgccatcgta agatgtgagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcagcacggc 1200 ccttacgtcc ggggctacac acgtgttaca atggggggta cagagggccg ctaccacgcg 1260 agtggatgcc aatccccaaa acctctctca gttcggactg gagtctgcaa cccgactcca 1320 cgaagctgga ttcgctagta atcgcgcatc agccacggcg cggtgaatac gttcccgggc 1380 cttgtacaca ccgcccgtca agccatggga gccgggggta cctgaagtgc gtaaccgcga 1440 ggagcgccct agggtaaaac tggtgactgg ggctaagtcg taacaaggta gccgtaccgg 1500 aaggtgcggc tggaacacct cctt 1524 <210> 31 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bifidobacterium_dentium.GCF_000146775.BPHFADFC_02149 16S ribosomal RNA <400> 31 tatggagggt tcgattctgg ctcaggatga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt 60 cgaacgggat cccgggggtt cgctcccggg tgagagtggc gaacgggtga gtaatgcgtg 120 accgacctgc cccatacacc ggaatagctc ctggaaacgg gtggtaatgc cggatgctcc 180 ggttggatgc atgtccttcc gggaaagatt ccatcggtat gggatggggt cgcgtcctat 240 cagcttgatg gcggggtaac ggcccaccat ggcttcgacg ggtagccggc ctgagagggc 300 gaccggccac attgggactg agatacggcc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa 360 tattgcacaa tgggcgcaag cctgatgcag cgacgccgcg tgcgggatgg aggccttcgg 420 gttgtaaacc gcttttgatc gggagcaagc ccttcggggt gagtgtacct ttcgaataag 480 caccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggtgcaagcg ttatccggaa 540 ttattgggcg taaagggctc gtaggcggtt cgtcgcgtcc ggtgtgaaag cccatcgctt 600 aacggtgggt ctgcgccggg tacgggcggg ctggagtgcg gtaggggaga ctggaattcc 660 cggtgtaacg gtggaatgtg tagatatcgg gaagaacacc aatggcgaag gcaggtctct 720 gggccgtcac tgacgctgag gagcgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg 780 tagtccacgc cgtaaacggt ggatgctgga tgtggggccc gttccacggg ttccgtgtcg 840 gagctaacgc gttaagcatc ccgcctgggg agtacggccg caaggctaaa actcaaagaa 900 attgacgggg gcccgcacaa gcggcggagc atgcggatta attcgatgca acgcgaagaa 960 ccttacctgg gcttgacatg ttcccgacag ccgtagagat atggcctccc ttcggggcgg 1020 gttcacaggt ggtgcatggt cgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1080 caacgagcgc aaccctcgcc ctgtgttgcc agcacgtcat ggtgggaact cacgggggac 1140 cgccggggtc aactcggagg aaggtgggga tgacgtcaga tcatcatgcc ccttacgtcc 1200 agggcttcac gcatgctaca atggccggta cagcgggatg cgacatggcg acatggagcg 1260 gatccctgaa aaccggtctc agttcggatt ggagtctgca acccgactcc atgaaggcgg 1320 agtcgctagt aatcgcggat cagcaacgcc gcggtgaatg cgttcccggg ccttgtacac 1380 accgcccgtc aagtcatgaa agtgggcagc acccgaagcc ggtggcctaa ccccttgcgg 1440 gatggagccg tctaaggtga ggctcgtgat tgggactaag tcgtaacaag gtagccgtac 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 32 <211> 1548 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bilophila_sp_4_1_30.GCF_000224655.HINPIMKF_01376 16S ribosomal RNA <400> 32 ctggagagtt tgattctggc tcagattgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgtgaaa gtccttcggg atgagtaaag tggcgcacgg gtgagtaacg cgtggataat 120 ctacccttaa gatggggata acggctggaa acggtcgcta ataccgaata cgctcccgat 180 tttatcgttg gggggaaaga tggcctctgc ttgcaagcta tcgcttaagg atgagtccgc 240 gtcccattag ctagttggcg gggtaacggc ccaccaaggc aacgatgggt agccggtctg 300 agaggatgac cggccacact ggaactggaa cacggtccag actcctacgg gaggcagcag 360 tggggaatat tgcgcaatgg gcgaaagcct gacgcagcga cgccgcgtga gggatgaagg 420 ttctcggatc gtaaacctct gtcagggggg aagaaacccc ctcgtgtgaa taatgcgagg 480 gcttgacggt acccccaaag gaagcaccgg ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac 540 ggagggtgca agcgttaatc ggaatcactg ggcgtaaagc gcacgtaggc ggcttggtaa 600 gtcaggggtg aaatcccaca gcccaactgt ggaactgcct ttgatactgc caggcttgag 660 taccggagag ggtggcggaa ttccaggtgt aggagtgaaa tccgtagata tctggaggaa 720 caccggtggc gaaggcggcc acctggacgg taactgacgc tgaggtgcga aagcgtgggt 780 agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgctgtaaa cgatgggtgc tgggtgctgg 840 gatgtatgtc tcggtgccgt agctaacgcg ataagcaccc cgcctgggga gtacggtcgc 900 aaggctgaaa ctcaaagaaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa 960 ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacccagg cttgacatct agggaaccct tcggaaatga 1020 aggggtgccc ttcggggagc cctaagacag gtgctgcatg gctgtcgtca gctcgtgccg 1080 tgaggtgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta tcttcagttg ccagcaggta 1140 aggctgggca ctctggagag accgccccgg tcaacgggga ggaaggtggg gacgacgtca 1200 agtcatcatg gcccttacgc ctggggctac acacgtacta caatggcgcg cacaaagggt 1260 agcgagaccg cgaggtggag ccaatcccaa aaaacgcgtc ccagtccgga ttggagtctg 1320 caactcgact ccatgaagtc ggaatcgcta gtaattcgag atcagcatgc tcgggtgaat 1380 gcgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga aagtcggttt tacccgaagc 1440 cggtgagcta actcgcaaga ggagcagccg tctacggtag ggccgatgat tggggtgaag 1500 tcgtaacaag gtagccgtag gggaacctgc ggctggatca cctccttt 1548 <210> 33 <211> 1548 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bilophila_wadsworthia.GCF_000185705.BLECPLCK_00498 16S ribosomal RNA <400> 33 ctggagagtt tgattctggc tcagattgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgtgaaa gtccttcggg gcgagtaaag tggcgcacgg gtgagtaacg cgtggataat 120 ctacccttaa gatggggata acggctggaa acggtcgcta ataccgaata cgctcccgat 180 tttatcattg gggggaaaga tggcctctgc ttgcaagcta tcgcttaagg atgagtccgc 240 gtcccattag ctagttggcg gggtaacggc ccaccaaggc gacgatgggt agccggtctg 300 agaggatgac cggccacact ggaactggaa cacggtccag actcctacgg gaggcagcag 360 tggggaatat tgcgcaatgg gcgaaagcct gacgcagcga cgccgcgtga gggatgaagg 420 ttctcggatc gtaaacctct gtcagggggg aagaaacccc ctcgtgtgaa taatgcgagg 480 gcttgacggt acccccaaag gaagcaccgg ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac 540 ggagggtgca agcgttaatc ggaatcactg ggcgtaaagc gcacgtaggc ggcttggtaa 600 gtcaggggtg aaatcccaca gcccaactgt ggaactgcct ttgatactgc caggcttgag 660 taccggagag ggtggcggaa ttccaggtgt aggagtgaaa tccgtagata tctggaggaa 720 caccggtggc gaaggcggcc acctggacgg taactgacgc tgaggtgcga aagcgtgggt 780 agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgctgtaaa cgatgggtgc tgggtgctgg 840 gatgtatgtc tcggtgccgt agctaacgcg ataagcaccc cgcctgggga gtacggtcgc 900 aaggctgaaa ctcaaagaaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa 960 ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacccagg cttgacatct agggaaccct tcggaaatga 1020 aggggtgccc ttcggggagc cctaagacag gtgctgcatg gctgtcgtca gctcgtgccg 1080 tgaggtgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta tcttcagttg ccagcaggta 1140 aggctgggca ctctggagag accgccccgg tcaacgggga ggaaggtggg gacgacgtca 1200 agtcatcatg gcccttacgc ctggggctac acacgtacta caatggcgcg cacaaagggt 1260 agcgagaccg cgaggtggag ccaatcccaa aaaacgcgtc ccagtccgga ttggagtctg 1320 caactcgact ccatgaagtc ggaatcgcta gtaattcgag atcagcatgc tcgggtgaat 1380 gcgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga aagtcggttt tacccgaagc 1440 cggtgagcta actcgcaaga ggagcagccg tctacggtag ggccgatgat tggggtgaag 1500 tcgtaacaag gtagccgtag gggaacctgc ggctggatca cctccttt 1548 <210> 34 <211> 1548 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bilophila_wadsworthia.GCF_000185705.BLECPLCK_01077 16S ribosomal RNA <400> 34 ctggagagtt tgattctggc tcagattgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgtgaaa gtccttcggg gcgagtaaag tggcgcacgg gtgagtaacg cgtggataat 120 ctacccttaa gatggggata acggctggaa acggtcgcta ataccgaata cgctcccgat 180 tttatcgttg gggggaaaga tggcctctgc ttgcaagcta tcgcttaagg atgagtccgc 240 gtcccattag ctagttggcg gggtaacggc ccaccaaggc gacgatgggt agccggtctg 300 agaggatgac cggccacact ggaactggaa cacggtccag actcctacgg gaggcagcag 360 tggggaatat tgcgcaatgg gcgaaagcct gacgcagcga cgccgcgtga gggatgaagg 420 ttctcggatc gtaaacctct gtcagggggg aagaaacccc ctcgtgtgaa taatgcgagg 480 gcttgacggt acccccaaag gaagcaccgg ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac 540 ggagggtgca agcgttaatc ggaatcactg ggcgtaaagc gcacgtaggc ggcttggtaa 600 gtcaggggtg aaatcccaca gcccaactgt ggaactgcct ttgatactgc caggcttgag 660 taccggagag ggtggcggaa ttccaggtgt aggagtgaaa tccgtagata tctggaggaa 720 caccggtggc gaaggcggcc acctggacgg taactgacgc tgaggtgcga aagcgtgggt 780 agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgctgtaaa cgatgggtgc tgggtgctgg 840 gatgtatgtc tcggtgccgt agctaacgcg ataagcaccc cgcctgggga gtacggtcgc 900 aaggctgaaa ctcaaagaaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa 960 ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacccagg cttgacatct agggaaccct tcggaaatga 1020 aggggtgccc ttcggggagc cctaagacag gtgctgcatg gctgtcgtca gctcgtgccg 1080 tgaggtgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta tcttcagttg ccagcaggta 1140 aggctgggca ctctggagag accgccccgg tcaacgggga ggaaggtggg gacgacgtca 1200 agtcatcatg gcccttacgc ctggggctac acacgtacta caatggcgcg cacaaagggt 1260 agcgagaccg cgaggtggag ccaatcccaa aaaacgcgtc ccagtccgga ttggagtctg 1320 caactcgact ccatgaagtc ggaatcgcta gtaattcgag atcagcatgc tcgggtgaat 1380 gcgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga aagtcggttt tacccgaagc 1440 cggtgagcta actcgcaaga ggagcagccg tctacggtag ggccgatgat tggggtgaag 1500 tcgtaacaag gtagccgtag gggaacctgc ggctggatca cctccttt 1548 <210> 35 <211> 1548 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bilophila_wadsworthia.GCF_000185705.BLECPLCK_01159 16S ribosomal RNA <400> 35 ctggagagtt tgattctggc tcagattgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgtgaaa gtccttcggg gcgagtaaag tggcgcacgg gtgagtaacg cgtggataat 120 ctacccttaa gatggggata acggctggaa acggtcgcta ataccgaata cgctcccgat 180 tttatcattg gggggaaaga tggcctctgc ttgcaagcta tcgcttaagg atgagtccgc 240 gtcccattag ctagttggcg gggtaacggc ccaccaaggc gacgatgggt agccggtctg 300 agaggatgac cggccacact ggaactggaa cacggtccag actcctacgg gaggcagcag 360 tggggaatat tgcgcaatgg gcgaaagcct gacgcagcga cgccgcgtga gggatgaagg 420 ttctcggatc gtaaacctct gtcagggggg aagaaacccc ctcgtgtgaa taatgcgagg 480 gcttgacggt acccccaaag gaagcaccgg ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac 540 ggagggtgca agcgttaatc ggaatcactg ggcgtaaagc gcacgtaggc ggcttggtaa 600 gtcaggggtg aaatcccaca gcccaactgt ggaactgcct ttgatactgc caggcttgag 660 taccggagag ggtggcggaa ttccaggtgt aggagtgaaa tccgtagata tctggaggaa 720 caccggtggc gaaggcggcc acctggacgg taactgacgc tgaggtgcga aagcgtgggt 780 agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgctgtaaa cgatgggtgc tgggtgctgg 840 gatgtatgtc tcggtgccgt agctaacgcg ataagcaccc cgcctgggga gtacggtcgc 900 aaggctgaaa ctcaaagaaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa 960 ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacccagg cttgacatct agggaaccct tcggaaatga 1020 aggggtgccc ttcggggagc cctaagacag gtgctgcatg gctgtcgtca gctcgtgccg 1080 tgaggtgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta tcttcagttg ccagcaggta 1140 aggctgggca ctctggagag accgccccgg tcaacgggga ggaaggtggg gacgacgtca 1200 agtcatcatg gcccttacgc ctggggctac acacgtacta caatggcgcg cacaaagggt 1260 agcgagaccg cgaggtggag ccaatcccaa aaaacgcgtc ccagtccgga ttggagtctg 1320 caactcgact ccatgaagtc ggaatcgcta gtaattcgag atcagcatgc tcgggtgaat 1380 gcgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga aagtcggttt tacccgaagc 1440 cggtgagcta actcgcaaga ggagcagccg tctacggtag ggccgatgat tggggtgaag 1500 tcgtaacaag gtagccgtag gggaacctgc ggctggatca cctccttt 1548 <210> 36 <211> 1548 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Bilophila_wadsworthia.GCF_000185705.BLECPLCK_02201 16S ribosomal RNA <400> 36 ctggagagtt tgattctggc tcagattgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgtgaaa gtccttcggg gcgagtaaag tggcgcacgg gtgagtaacg cgtggataat 120 ctacccttaa gatggggata acggctggaa acggtcgcta ataccgaata cgctcccgat 180 tttatcgttg gggggaaaga tggcctctgc ttgcaagcta tcgcttaagg atgagtccgc 240 gtcccattag ctagttggcg gggtaacggc ccaccaaggc gacgatgggt agccggtctg 300 agaggatgac cggccacact ggaactggaa cacggtccag actcctacgg gaggcagcag 360 tggggaatat tgcgcaatgg gcgaaagcct gacgcagcga cgccgcgtga gggatgaagg 420 ttctcggatc gtaaacctct gtcagggggg aagaaacccc ctcgtgtgaa taatgcgagg 480 gcttgacggt acccccaaag gaagcaccgg ctaactccgt gccagcagcc gcggtaatac 540 ggagggtgca agcgttaatc ggaatcactg ggcgtaaagc gcacgtaggc ggcttggtaa 600 gtcaggggtg aaatcccaca gcccaactgt ggaactgcct ttgatactgc caggcttgag 660 taccggagag ggtggcggaa ttccaggtgt aggagtgaaa tccgtagata tctggaggaa 720 caccggtggc gaaggcggcc acctggacgg taactgacgc tgaggtgcga aagcgtgggt 780 agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgctgtaaa cgatgggtgc tgggtgctgg 840 gatgtatgtc tcggtgccgt agctaacgcg ataagcaccc cgcctgggga gtacggtcgc 900 aaggctgaaa ctcaaagaaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa 960 ttcgatgcaa cgcgaagaac cttacccagg cttgacatct agggaaccct tcggaaatga 1020 aggggtgccc ttcggggagc cctaagacag gtgctgcatg gctgtcgtca gctcgtgccg 1080 tgaggtgttg ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccccta tcttcagttg ccagcaggta 1140 aggctgggca ctctggagag accgccccgg tcaacgggga ggaaggtggg gacgacgtca 1200 agtcatcatg gcccttacgc ctggggctac acacgtacta caatggcgcg cacaaagggt 1260 agcgagaccg cgaggtggag ccaatcccaa aaaacgcgtc ccagtccgga ttggagtctg 1320 caactcgact ccatgaagtc ggaatcgcta gtaattcgag atcagcatgc tcgggtgaat 1380 gcgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccacga aagtcggttt tacccgaagc 1440 cggtgagcta actcgcaaga ggagcagccg tctacggtag ggccgatgat tggggtgaag 1500 tcgtaacaag gtagccgtag gggaacctgc ggctggatca cctccttt 1548 <210> 37 <211> 1526 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Blautia_SC109.SPC10877.OHAPKBMM_03334 16S ribosomal RNA <400> 37 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60 agcgaagcaa tttaagtgaa gttttcggat ggatcttaga ttgactgagc ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtggataacc tgcctcacac agggggataa cagttagaaa tgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacggta ccgcatggta cagtgtgaaa aactccggtg gtgtgagatg 240 gatccgcgtc tgattaggta gttggtgagg taacggccca ccaagccgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg 420 aagaagtatc tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480 agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540 cggatttact gggtgtaaag ggagcgcaga cggcactgca agtctgaagt gaaagcccgg 600 ggctcaaccc cgggactgct ttggaaactg tagagctaga gtgctggaga ggcaagcgga 660 attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggaaga acaccagtgg cgaaggcggc 720 ttgctggaca gtaactgacg ttcaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780 cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaata ctaggtgttg gtgggcaaag cccatcggtg 840 ccgccgcaaa cgcaataagt attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900 ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960 gaaccttacc aagtcttgac atcgtgatga ccggaactta accgttcctt cccttcgggg 1020 catcatagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080 cccgcaacga gcgcaaccct tatcctcagt agccagcagt aagatgggca ctctggggag 1140 actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200 tttgggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcaagaggg tgacctggag 1260 caaatcccaa aaataacgtc ccagttcgga ctgtagtctg caacccgact acacgaagct 1320 ggaatcgcta gtaatcgcag atcagaatgc tgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380 caccgcccgt cacaccatgg gagtcagcaa cgcccgaagt cagtgactca accgcaagga 1440 gagagctgcc gaaggcgggg caggtaactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500 gaaggtgcgg ctggatcacc tccttt 1526 <210> 38 <211> 1526 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Blautia_SC109.SPC10877.OHAPKBMM_03923 16S ribosomal RNA <400> 38 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60 agcgaagcaa tttaagtgaa gttttcggat ggatcttaga ttgactgagc ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtggataacc tgcctcacac agggggataa cagttagaaa tgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacggta ccgcatggta cagtgtgaaa aactccggtg gtgtgagatg 240 gatccgcgtc tgattaggta gttggtgagg taacggccca ccaagccgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg 420 aagaagtatc tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480 agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540 cggatttact gggtgtaaag ggagcgcaga cggcactgca agtctgaagt gaaagcccgg 600 ggctcaaccc cgggactgct ttggaaactg tagagctaga gtgctggaga ggcaagcgga 660 attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggaaga acaccagtgg cgaaggcggc 720 ttgctggaca gtaactgacg ttcaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780 cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaata ctaggtgttg gtgggcaaag cccatcggtg 840 ccgccgcaaa cgcaataagt attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900 ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960 gaaccttacc aagtcttgac atcgtgatga ccggaactta accgttcctt cccttcgggg 1020 catcatagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080 cccgcaacga gcgcaaccct tatcctcagt agccagcagt aagatgggca ctctgtggag 1140 actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200 tttgggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcaagaggg tgacctggag 1260 caaatcccaa aaataacgtc ccagttcgga ctgtagtctg caacccgact acacgaagct 1320 ggaatcgcta gtaatcgcag atcagaatgc tgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380 caccgcccgt cacaccatgg gagtcagcaa cgcccgaagt cagtgactca accgcaagga 1440 gagagctgcc gaaggcgggg caggtaactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500 gaaggtgcgg ctggatcacc tccttt 1526 <210> 39 <211> 1531 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridiaceae_bacterium_JC118.GCF_000313565.GNHMFION_03462 16S ribosomal RNA <400> 39 atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc atgcctaata catgcaagtc 60 gaacgaagtg aagatagctt gctattggaa cttagtggcg aacgggtgag taacacgtag 120 ataacctgcc tgtatgaccg ggataacagt tggaaacgac tgctaatacc ggataggcag 180 agaggaggca tctcttctct gttaaagttg ggacacaacg caaacagatg gatctgcggt 240 gcattagcta gttggtgagg taacggccca ccaaggcgat gatgcatagc cggcctgaga 300 gggcgaacgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag gcagcagtag 360 ggaattttcg gcaatggggg aaaccctgac cgagcaatgc cgcgtgagtg aagacggcct 420 tcgggttgta aagctctgtt gtaagggaag aacggcatag agagggaatg ctctatgagt 480 gacggtacct taccagaaag ccacggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag 540 gtggcaagcg ttatccggaa ttattgggcg taaagggtgc gtaggcggcg agataagtct 600 gaggtaaaag cccgtggctc aaccacggta agccttggaa actgtctggc tggagtgcag 660 gagaggacaa tggaattcca tgtgtagcgg taaaatgcgt agatatatgg aggaacacca 720 gtggcgaagg cggttgtctg gcctgtaact gacgctgaag cacgaaagcg tggggagcaa 780 ataggattag ataccctagt agtccacgcc gtaaacgatg agaactaagt gttggggaaa 840 ctcagtgctg cagttaacgc aataagttct ccgcctgggg agtatgcacg caagtgtgaa 900 actcaaagga attgacgggg gcccgcacaa gcggtggagt atgtggttta attcgacgca 960 acgcgaagaa ccttaccagg ccttgacatg gtatcaaagg ccctagagat agggagatag 1020 ttatggtaca cacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta 1080 agtcccgcaa cgagcgcaac ccttgtttct agttaccaac agtaagatgg ggactctaga 1140 gagactgccg gtgacaaacc ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta 1200 tggcctgggc tacacacgta ctacaatggc gtctacaaag agcagcgagc aggtgactgt 1260 gagcgaatct cataaaggac gtctcagttc ggattgaagt ctgcaactcg acttcatgaa 1320 gtcggaatcg ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg aatacgttct cgggccttgt 1380 acacaccgcc cgtcaaacca tgggagttga taatacccga agccggtggc ctaaccattt 1440 atggagggag ccgtcgaagg taggatcgat gactggggtt aagtcgtaac aaggtatccc 1500 tacgggaacg tggggatgga tcacctcctt t 1531 <210> 40 <211> 1531 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_aldenense_SC114.SPC11276.OLKKOKAM_04952 16S ribosomal RNA <400> 40 tttgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcctaaca catgcaagtc 60 gaacgaagcg attaggatga agttttcgga tggattcctg gttgactgag tggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtggataac ctgcctcaca ctgggggata acagttagaa atggctgcta 180 ataccgcata agcgcacagt accgcatggt acggtgtgaa aaacccaggt ggtgtgagat 240 ggatccgcgt ctgattagcc agttggcggg gtaacggccc accaaagcga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggc ggaagcctga tgcagcgacg ccgcgtgagt 420 gaagaagtat ctcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggcgacgc aagtctggag tgaaagcccg 600 gggcccaacc ccgggactgc tttggaaact gtgctgctgg agtgcaggag aggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac tgtaactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat gctaggtgtc ggggggcaaa gcccttcggt 840 gccgccgcta acgcaataag cattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac caagtcttga catccccctg accggcgcgt aacggtgccc ttccttcggg 1020 acaggggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ttatccttag tagccagcac gtcgtggtgg gcactctagg 1140 gagactgcca gggataacct ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta 1200 tgatttgggc tacacacgtg ctacaatggc gtaaacaaag ggaggcgacc ctgcgaaggt 1260 aagcaaatcc caaaaataac gtcccagttc ggactgtagt ctgcaacccg actacacgaa 1320 gctggaatcg ctagtaatcg cggatcagaa tgccgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt 1380 acacaccgcc cgtcacacca tgggagtcag caacgcccga agtcagtgac ccaaccttaa 1440 caggagggag ctgccgaagg cggggcaggt aactggggtg aagtcgtaac aaggtagccg 1500 tatcggaagg tgcggctgga tcacctcctt t 1531 <210> 41 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_bolteae.GCF_000154365.IEEMCAGI_02026 16S ribosomal RNA <400> 41 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcctaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcaa ttgaaggaag ttttcggatg gaattcgatt gactgagtgg cggacgggtg 120 agtaacgcgt ggataacctg cctcacactg ggggataaca gttagaaatg actgctaata 180 ccgcataagc gcacagtacc gcatggtaca gtgtgaaaaa ctccggtggt gtgagatgga 240 tccgcgtctg attagccagt tggcggggta acggcccacc aaagcgacga tcagtagccg 300 acctgagagg gtgaccggcc acattgggac tgagacacgg cccaaactcc tacgggaggc 360 agcagtgggg aatattgcac aatgggcgaa agcctgatgc agcgacgccg cgtgagtgaa 420 gaagtatttc ggtatgtaaa gctctatcag cagggaagaa aatgacggta cctgactaag 480 aagccccggc taactacgtg ccagcagccg cggtaatacg tagggggcaa gcgttatccg 540 gatttactgg gtgtaaaggg agcgtagacg gcgaagcaag tctgaagtga aaacccaggg 600 ctcaaccctg ggactgcttt ggaaactgtt ttgctagagt gtcggagagg taagtggaat 660 tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaggaac accagtggcg aaggcggctt 720 actggacgat aactgacgtt gaggctcgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc 780 tggtagtcca cgccgtaaac gatgaatgct aggtgttggg gggcaaagcc cttcggtgcc 840 gtcgcaaacg cagtaagcat tccacctggg gagtacgttc gcaagaatga aactcaaagg 900 aattgacggg gacccgcaca agcggtggag catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga 960 accttaccaa gtcttgacat cctcttgacc ggcgtgtaac ggcgccttcc cttcggggca 1020 agagagacag gtggtgcatg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc 1080 cgcaacgagc gcaaccctta tccttagtag ccagcaggta aagctgggca ctctagggag 1140 actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200 tttgggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcaagacag tgatgtggag 1260 caaatcccaa aaataacgtc ccagttcgga ctgtagtctg caacccgact acacgaagct 1320 ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380 caccgcccgt cacaccatgg gagtcagcaa cgcccgaagt cagtgaccca actcgcaaga 1440 gagggagctg ccgaaggcgg ggcaggtaac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 42 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_hathewayi.GCF_000371445.MHGGNMMN_02421 16S ribosomal RNA <400> 42 atgagagttc gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60 agcgaagcgg tttcaatgaa gttttcggat ggaattgaaa ttgacttagc ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtgggtaacc tgccttacac tgggggataa cagttagaaa 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caatggagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080 cccgcaacga gcgcaaccct tatccttagt agccagcaca tgatggtggg cactctgggg 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gatttgggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcaaagg agcgatctgg 1260 agcaaacccc aaaaataacg tctcagttcg gattgcaggc tgcaactcgc ctgcatgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagttggt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggcgg gactgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 43 <211> 927 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_hathewayi.GCF_000371445.MHGGNMMN_05914 16S ribosomal RNA (partial) <400> 43 atgagagttc gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60 agcgaagcgg tttcaatgaa gttttcggat ggatttgaaa ttgacttagc ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtgggtaacc tgccttacac tgggggataa cagttagaaa tgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacaggg ccgcatggtc tggtgtgaaa aactccggtg gtgtaagatg 240 gacccgcgtc tgattaggta gttggtgggg taacggccca ccaagccgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgg acaatgggcg aaagcctgat ccagcgacgc cgcgtgagtg 420 aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480 agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540 cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggttaagca agtctgaagt gaaagcccgg 600 ggctcaaccc cggtactgct ttggaaactg tttgacttga gtgcaggaga ggtaagtgga 660 attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc 720 ttactggact gtaactgacg ttgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780 cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaata ctaggtgtcg ggggacaaag tccttcggtg 840 ccgccgctaa cgcaataagt attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900 ggaattgacg gggacccgca caagcgg 927 <210> 44 <211> 1548 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_leptum.GCF_000154345.EBFLKIBH_01280 16S ribosomal RNA <400> 44 tttagagagt ttgatcctgg ctcaggacga acgctggcgg cgtgcctaac acatgcaagt 60 cgaacggagt taaattcgac acccgagtat ccggccggga ggcggggtgc tgggggttgg 120 atttaactta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgagtaa cctgcctttc agagggggat 180 aacgttctga aaagaacgct aataccgcat aacatcaatt tatcgcatga taggttgatc 240 aaaggagcaa tccgctggaa gatggactcg cgtccgatta gccagttggc ggggtaacgg 300 cccaccaaag cgacgatcgg tagccggact gagaggttga acggccacat tgggactgag 360 acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtgggggata ttgcacaatg ggggaaaccc 420 tgatgcagca acgccgcgtg agggaagaag gttttcggat tgtaaacctc tgttcttagt 480 gacgataatg acggtagcta aggagaaagc tccggctaac tacgtgccag cagccgcggt 540 aatacgtagg gagcgagcgt tgtccggatt tactgggtgt aaagggtgcg taggcggcga 600 ggcaagtcag gcgtgaaatc tatgggctta acccataaac tgcgcttgaa actgtcttgc 660 ttgagtgaag tagaggtagg cggaattccc ggtgtagcgg tgaaatgcgt agagatcggg 720 aggaacacca gtggcgaagg cggcctactg ggctttaact gacgctgaag cacgaaagca 780 tgggtagcaa acaggattag ataccctggt agtccatgcc gtaaacgatg attactaggt 840 gtggggggtc tgaccccctc cgtgccgcag ttaacacaat aagtaatcca cctggggagt 900 acggccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacgggggcc cgcacaagca gtggagtatg 960 tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct taccaggtct tgacatccgt ctaacgaagc 1020 agagatgcat taggtgccct tcggggaaag gcgagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag 1080 ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt ttctagttgc 1140 tacgcaagag cactctagag agactgccgt tgacaaaacg gaggaaggtg gggacgacgt 1200 caaatcatca tgccccttat gacctgggcc acacacgtac tacaatggct gtaaacagag 1260 ggaagcaaag ccgcgaggtg gagcaaaacc ctaaaagcag tcccagttcg gatcgcaggc 1320 tgcaacccgc ctgcgtgaag tcggaattgc tagtaatcgc ggatcagcat gccgcggtga 1380 atacgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gggagccggt aatacccgaa 1440 gccagtagtt caaccgcaag gagagcgctg tcgaaggtag gattggcgac tggggtgaag 1500 tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1548 <210> 45 <211> 1548 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_leptum.GCF_000154345.EBFLKIBH_02083 16S ribosomal RNA <400> 45 tttagagagt ttgatcctgg ctcaggacga acgctggcgg cgtgcctaac acatgcaagt 60 cgaacggagt taaattcgac acccgagtat ccggccggga ggcggggtgc tgggggttgg 120 atttaactta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgagtaa cctgcctttc agagggggat 180 aacgttctga aaagaacgct aataccgcat aacatcaatt tatcgcatga taggttgatc 240 aaaggagcaa tccgctggaa gatggactcg cgtccgatta gccagttggc ggggtaacgg 300 cccaccaaag cgacgatcgg tagccggact gagaggttga acggccacat tgggactgag 360 acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtgggggata ttgcacaatg ggggaaaccc 420 tgatgcagca acgccgcgtg agggaagaag gttttcggat tgtaaacctc tgttcttagt 480 gacgataatg acggtagcta aggagaaagc tccggctaac tacgtgccag cagccgcggt 540 aatacgtagg gagcgagcgt tgtccggatt tactgggtgt aaagggtgcg taggcggcga 600 ggcaagtcag gcgtgaaatc tatgggctta acccataaac tgcgcttgaa actgtcttgc 660 ttgagtgaag tagaggtagg cggaattccc ggtgtagcgg tgaaatgcgt agagatcggg 720 aggaacacca gtggcgaagg cggcctactg ggctttaact gacgctgaag cacgaaagca 780 tgggtagcaa acaggattag ataccctggt agtccatgcc gtaaacgatg attactaggt 840 gtggggggtc tgaccccctc cgtgccgcag ttaacacaat aagtaatcca cctggggagt 900 acggccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacgggggcc cgcacaagca gtggagtatg 960 tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct taccaggtct tgacatccgt ctaacgaagc 1020 agagatgcat taggtgccct tcggggaaag gcgagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag 1080 ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt ttctagttgc 1140 tacgcaagag cactctagag agactgccgt tgacaaaacg gaggaaggtg gggacgacgt 1200 caaatcatca tgccccttat gacctgggcc acacacgtac tacaatggct gtaaacagag 1260 ggaagcaaag ccgcgaggtg gagcaaaacc ctaaaagcag tcccagttcg gatcgcaggc 1320 tgcaacccgc ctgcgtgaag tcggaattgc tagtaatcgc ggatcagcat gccgcggtga 1380 atacgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcacaccat gggagccggt aatacccgaa 1440 gccagtagtt caaccgcaag gagagcgctg tcgaaggtag gattggcgac tggggtgaag 1500 tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1548 <210> 46 <211> 1524 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_ramosum.GCF_000154485.DBDELJNL_00399 16S ribosomal RNA <400> 46 atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcctaata catgcaagtc 60 gaacgcgagc acttgtgctc gagtggcgaa cgggtgagta atacataagt aacctgccct 120 agacaggggg ataactattg gaaacgatag ctaagaccgc ataggtacgg acactgcatg 180 gtgaccgtat taaaagtgcc tcaaagcact ggtagaggat ggacttatgg cgcattagct 240 ggttggcggg gtaacggccc accaaggcga cgatgcgtag ccgacctgag agggtgaccg 300 gccacactgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga ggcagcagta gggaattttc 360 ggcaatgggg gaaaccctga ccgagcaacg ccgcgtgaag gaagaaggtt ttcggattgt 420 aaacttctgt tataaaggaa gaacggcggc tacaggaaat ggtagccgag tgacggtact 480 ttattagaaa gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc 540 gttatccgga attattgggc gtaaagaggg agcaggcggc agcaagggtc tgtggtgaaa 600 gcctgaagct taacttcagt aagccataga aaccaggcag ctagagtgca ggagaggatc 660 gtggaattcc atgtgtagcg gtgaaatgcg tagatatatg gaggaacacc agtggcgaag 720 gcgacgatct ggcctgcaac tgacgctcag tcccgaaagc gtggggagca aataggatta 780 gataccctag tagtccacgc cgtaaacgat gagtactaag tgttggatgt caaagttcag 840 tgctgcagtt aacgcaataa gtactccgcc tgagtagtac gttcgcaaga atgaaactca 900 aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg aagcaacgcg 960 aagaacctta ccaggtcttg acatactcat aaaggctcca gagatggaga gatagctata 1020 tgagatacag gtggtgcatg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc 1080 cgcaacgagc gcaaccctta tcgttagtta ccatcattaa gttggggact ctagcgagac 1140 tgccagtgac aagctggagg aaggcgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgacc 1200 tgggctacac acgtgctaca atggatggtg cagagggaag cgaagccgcg aggtgaagca 1260 aaacccataa aaccattctc agttcggatt gtagtctgca actcgactac atgaagttgg 1320 aatcgctagt aatcgcgaat cagcatgtcg cggtgaatac gttctcgggc cttgtacaca 1380 ccgcccgtca caccacgaga gttgataaca cccgaagccg gtggcctaac cgcaaggaag 1440 gagctgtcta aggtgggatt gatgattggg gtgaagtcgt aacaaggtat ccctacggga 1500 acgtggggat ggatcacctc cttt 1524 <210> 47 <211> 1522 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Erysipelotrichaceae_SC11.GCA_900066915.NFPLMCGC_00592 16S ribosomal RNA <400> 47 atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcctaata catgcaagtc 60 gaacgcttca cttcggtgaa gagtggcgaa cgggtgagta atacataagt aacctggcat 120 ctacaggggg ataactgatg gaaacgtcag ctaagaccgc ataggtgtag agatcgcatg 180 aactctatat gaaaagtgct acgggactgg tagatgatgg acttatggcg cattagctgg 240 ttggtagggt aacggcctac caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaccggc 300 cacactggga ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaattttcgg 360 caatggggga aaccctgacc gagcaacgcc gcgtgaagga agaagtaatt cgttatgtaa 420 acttctgtca tagaggaaga acggtggata tagggaatga tatccaagtg acggtactct 480 ataagaaagc cacggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt 540 tatccggaat tattgggcgt aaagagggag caggcggcac taagggtctg tggtgaaaga 600 tcgaagctta acttcggtaa gccatggaaa ccgtagagct agagtgtgtg agaggatcgt 660 ggaattccat gtgtagcggt gaaatgcgta gatatatgga ggaacaccag tggcgaaggc 720 gacgatctgg cgcataactg acgctcagtc ccgaaagcgt ggggagcaaa taggattaga 780 taccctagta gtccacgccg taaacgatga gtactaagtg ttgggtgtca aagctcagtg 840 ctgcagttaa cgcaataagt actccgcctg agtagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900 ggaattgacg ggggcccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960 gaaccttacc aggtcttgac atcgatctaa aggctccaga gatggagaga tagctataga 1020 gaagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1080 caacgagcgc aacccctgtt gccagttgcc agcattaagt tggggactct ggcgagactg 1140 ccggtgacaa gccggaggaa ggcggggatg acgtcaaatc atcatgcccc ttatgacctg 1200 ggctacacac gtgctacaat ggacagagca gagggaagcg aagccgcgag gtggagcgaa 1260 acccataaaa ctgttctcag ttcggactgc agtctgcaac tcgactgcac gaagatggaa 1320 tcgctagtaa tcgcgaatca gcatgtcgcg gtgaatacgt tctcgggcct tgtacacacc 1380 gcccgtcaca ccatgagagt cggtaacacc cgaagccggt ggcctaaccg caaggaagga 1440 gctgtctaag gtgggactga tgattggggt gaagtcgtaa caaggtatcc ctacgggaac 1500 gtggggatgg atcacctcct tt 1522 <210> 48 <211> 1526 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_SC125.GCA_900066805.HEBHMANF_02162 16S ribosomal RNA <400> 48 tttagagagt ttgatcctgg ctcaggatga acgctggcgg cgtgcctaac acatgcaagt 60 cgaacggggt tattttggaa atctcttcgg agatggaatt cttaacctag tggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgagcaat ctgcctttag gagggggata acagtcggaa acggctgcta 180 ataccgcata atacgtttgg gaggcatctc ttgaacgtca aagattttat cgcctttaga 240 tgagctcgcg tctgattagc tggttggcgg ggtaacggcc caccaaggcg acgatcagta 300 gccggactga gaggttgaac ggccacattg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg 360 aggcagcagt ggggaatatt gcgcaatggg ggaaaccctg acgcagcaac gccgcgtgat 420 tgaagaaggc cttcgggttg taaagatctt taatcaggga cgaaaaatga cggtacctga 480 agaataagct ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg agcaagcgtt 540 atccggattt actgggtgta aagggcgcgc aggcgggccg gcaagttggg agtgaaatcc 600 cggggcttaa ccccggaact gctttcaaaa ctgctggtct tgagtgatgg agaggcaggc 660 ggaattccgt gtgtagcggt gaaatgcgta gatatacgga ggaacaccag tggcgaaggc 720 ggcctgctgg acattaactg acgctgaggc gcgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga 780 taccctggta gtccacgccg taaacgatgg atactaggtg tgggaggtat tgaccccttc 840 cgtgccgcag ttaacacaat aagtatccca cctggggagt acggccgcaa ggttgaaact 900 caaaggaatt gacgggggcc cgcacaagca gtggagtatg tggtttaatt cgaagcaacg 960 cgaagaacct taccaggtct tgacatcccg atgaccggcg tagagatacg ccctctcttc 1020 ggagcatcgg tgacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080 aagtcccgca acgagcgcaa cccttacggt tagttgatac gcaagatcac tctagccgga 1140 ctgccgttga caaaacggag gaaggtgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgac 1200 ctgggctaca cacgtactac aatggcagtc atacagaggg aagcaatacc gcgaggtgga 1260 gcaaatccct aaaagctgtc ccagttcaga ttgcaggctg caacccgcct gcatgaagtc 1320 ggaattgcta gtaatcgcgg atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca 1380 caccgcccgt cacaccatga gagccgtcaa tacccgaagt ccgtagccta accgcaaggg 1440 gggcgcggcc gaaggtaggg gtggtaatta gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500 gaaggtgcgg ctggatcacc tccttt 1526 <210> 49 <211> 1515 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Lachnospiraceae_SC188.GCA_900066365.OIBDOBNI_03045 16S ribosomal RNA <400> 49 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcctaacac atgcaagtcg 60 aacggaattt acatgaagcc tagcgattgt aaatttagtg gcggacgggt gagtaacgcg 120 tgggtaacct gccttgtact gggggacaac agttggaaac gactgctaat accgcataag 180 cgcacagctt cgcatgaagc agtgtgaaaa actccggtgg tacaagatgg acccgcgtct 240 gattagctgg ttggtgaggt aacggcccac caaggcgacg atcagtagcc ggcctgagag 300 ggtgaacggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg cagcagtggg 360 gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcaacgcc gcgtgagtga agaagtattt 420 cggtatgtaa agctctatca gcaggaaaga aaatgacggt acctgactaa gaagccccgg 480 ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc ggatttactg 540 ggtgtaaagg gagcgtagac ggttttgcaa gtctgaagtg aaagcccggg gcttaacccc 600 gggactgctt tggaaactgt aggactagag tgcaggagag gtaagtggaa ttcctagtgt 660 agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct tactggactg 720 taactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc 780 acgccgtaaa cgatgattac taggtgttgg tgggtacgac ccatcggtgc cgcagcaaac 840 gcaataagta atccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag gaattgacgg 900 ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag aaccttacct 960 ggtcttgaca tccctatgaa taacgggcaa tgccgttagt acttcggtac ataggagaca 1020 ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag 1080 cgcaaccctt atctttagta gccagcagta agatgggcac tctagagaga ctgccgggga 1140 taacccggag gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cccttatgac cagggctaca 1200 cacgtgctac aatggcgtaa acaaagagaa gcgaagtcgt gaggcagagc gaatctcaaa 1260 aataacgtct cagttcggat tgtagtctgc aactcgacta catgaagctg gaatcgctag 1320 taatcgcaga tcagaatgct gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac accgcccgtc 1380 acaccatggg agtcggaaat gcccgaagtc ggtgacctaa ccgaaaggaa ggagccgccg 1440 aaggcaggtc tgataactgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg aaggtgcggc 1500 tggatcacct ccttt 1515 <210> 50 <211> 1420 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Lachnospiraceae_SC52.SPC10801.PLHJGIDB_03707 16S ribosomal RNA <400> 50 tagtggcgga cgggtgagta acgcgtgggt aacctgcctt gtactggggg acaacagttg 60 gaaacgactg ctaataccgc ataagcgcac agcttcgcat gaagcagtgt gaaaaactcc 120 ggtggtacaa gatggacccg cgtctgatta gctggttggt gaggtaacgg cccaccaagg 180 cgacgatcag tagccggcct gagagggtga acggccacat tgggactgag acacggccca 240 aactcctacg ggaggcagca gtggggaata ttgcacaatg ggggaaaccc tgatgcagca 300 acgccgcgtg agtgaagaag tatttcggta tgtaaagctc tatcagcagg aaagaaaatg 360 acggtacctg actaagaagc cccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg 420 gggcaagcgt tatccggatt tactgggtgt aaagggagcg tagacggttt tgcaagtctg 480 aagtgaaagc ccggggctta accccgggac tgctttggaa actgtagaac tagagtgcag 540 gagaggtaag tggaattcct agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca 600 gtggcgaagg cggcttactg gactgtaact gacgttgagg ctcgaaagcg tggggagcaa 660 acaggattag ataccctggt agtccacgcc gtaaacgatg attactaggt gttggtgggt 720 acgacccatc ggtgccgcag caaacgcaat aagtaatcca cctggggagt acgttcgcaa 780 gaatgaaact caaaggaatt gacggggacc cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt 840 cgaagcaacg cgaagaacct tacctggtct tgacatccct atgaataacg ggcaatgccg 900 ttagtacttc ggtacatagg agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag 960 atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccttatctt tagtagccag cagtaagatg 1020 ggcactctag agagactgcc ggggataacc cggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat 1080 catgcccctt atgaccaggg ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gagaagcgaa 1140 gtcgtgaggc agagcgaatc tcaaaaataa cgtctcagtt cggattgtag tctgcaactc 1200 gactacatga agctggaatc gctagtaatc gcagatcaga atgctgcggt gaatacgttc 1260 ccgggtcttg tacacaccgc ccgtcacacc atgggagtcg gaaatgcccg aagtcggtga 1320 cctaaccgca aggaaggagc cgccgaaggc aggtctgata actggggtga agtcgtaaca 1380 aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1420 <210> 51 <211> 1527 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Clostridium_symbiosum.GCF_000466485.MLALJMBA_01519 16S ribosomal RNA <400> 51 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcctaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcga tttaacggaa gttttcggat ggaagttgaa ttgactgagt ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtgggtaacc tgccttgtac tgggggacaa cagttagaaa tgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacagta ttgcatgata cagtgtgaaa aactccggtg gtacaagatg 240 gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg taacggctta ccaaggcgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcgacgc cgcgtgagtg 420 aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480 agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540 cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggtaaagca agtctgaagt gaaagcccgc 600 ggctcaactg cgggactgct ttggaaactg tttaactgga gtgtcggaga ggtaagtgga 660 attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcgac 720 ttactggacg ataactgacg ttgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780 cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaata ctaggtgttg gggagcaaag ctcttcggtg 840 ccgtcgcaaa cgcagtaagt attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900 ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960 gaaccttacc aggtcttgac atcgatccga cgggggagta acgtcccctt cccttcgggg 1020 cggagaagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080 cccgcaacga gcgcaaccct tattctaagt agccagcggt tcggccggga actcttggga 1140 gactgccagg gataacctgg aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg 1200 atctgggcta cacacgtgct acaatggcgt aaacaaagag aagcaagacc gcgaggtgga 1260 gcaaatctca aaaataacgt ctcagttcgg actgcaggct gcaactcgcc tgcacgaagc 1320 tggaatcgct agtaatcgcg aatcagaatg tcgcggtgaa tacgttcccg ggtcttgtac 1380 acaccgcccg tcacaccatg ggagtcagta acgcccgaag tcagtgaccc aaccgcaagg 1440 agggagctgc cgaaggcggg accgataact ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtatc 1500 ggaaggtgcg gctggatcac ctccttt 1527 <210> 52 <211> 1565 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dialister_invisus.GCF_000160055.ONFICEAE_00534 16S ribosomal RNA <400> 52 atggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaaaag acggaaagag cttgctcttt tcagaattga gtggcaaacg ggtgagtaac 120 acgtaaacaa cctgccttca ggatggggac aacagacgga aacgactgct aataccgaat 180 aagttccaag agccgcatgg cccatggaag aaaaggtggc ctctacctgt aagctatcgc 240 ctgaagaggg gtttgcgtct gattagctgg ttggaggggt aacggcccac caaggcgacg 300 atcagtagcc ggtctgagag gatgaacggc cacactggaa ctgagacacg gtccagactc 360 ctacgggagg cagcagtggg gaatcttccg caatgggcga aagcctgacg gagcaacgcc 420 gcgtgagtga tgacggcctt cgggttgtaa aactctgtga tccgggacga aaaggcagag 480 tgcgaagaac aaactgcatt gacggtaccg gaaaagcaag ccacggctaa ctacgtgcca 540 gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggaa ttattgggcg taaagcgcgc 600 gcaggcggct tcccaagtcc ctcttaaaag tgcggggctt aaccccgtga tgggaaggaa 660 actgggaagc tggagtatcg gagaggaaag tggaattcct agtgtagcgg tgaaatgcgt 720 agagattagg aagaacaccg gtggcgaagg cgactttctg gacgaaaact gacgctgagg 780 cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc gtaaacgatg 840 gatactaggt gtaggaggta tcgacccctc ctgtgccgga gttaacgcaa taagtatccc 900 gcctgggaag tacgatcgca agattaaaac tcaaaggaat tgacggggcc cgcacaagcg 960 gtggagtatg tggtttaatt cgacgcaacg cgaagaacct taccaggtct tgacattgat 1020 cgcgatctgc agaaatgcgg agttcttctt cggaagacga gaaaacaggt ggtgcacggc 1080 tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aacccctatc 1140 atttgttacc agcacgtaaa ggtggggact caaatgagac cgccgcggac aacgcggagg 1200 aaggcgggga cgacgtcaag tcatcatgcc ccttatgacc tgggctacac acgtactaca 1260 atgggtgtca acaaagagaa gcgaacccgc gaggaagagc aaacctcaaa aacacacccc 1320 cagttcagat cgcaggctgc aacccgcctg cgtgaagtag gaatcgctag taatcgcggg 1380 tcagcatacc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acactatgag 1440 agtcagaaac acccgaagcc ggtgaggtaa ccgcaaggag ccagccgtcg aaggcggagc 1500 tgatgattgg agtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg aaggtgcggc tggatcacct 1560 ccttt 1565 <210> 53 <211> 1566 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dialister_invisus.GCF_000160055.ONFICEAE_00810 16S ribosomal RNA <400> 53 atggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaaaag agggaaagag cttgctcttt ccggaattga gtggcaaacg ggtgagtaac 120 acgtaaacaa cctgccttca ggatggggac aacagacgga aacgactgct aataccgaat 180 aagttccaag agccgcatgg cccatggaag aaaaggtggc ctctacctgt aagctatcgc 240 ctgaagaggg gtttgcgtct gattagctgg ttggaggggt aacggcccac caaggcgacg 300 atcagtagcc ggtctgagag gatgaacggc cacactggaa ctgagacacg gtccagactc 360 ctacgggagg cagcagtggg gaatcttccg caatgggcga aagcctgacg gagcaacgcc 420 gcgtgagtga tgacggcctt cgggttgtaa aactctgtga tccgggacga aaaggcagag 480 tgcgaagaac aaactgcatt gacggtaccg gaaaagcaag ccacggctaa ctacgtgcca 540 gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggaa ttattgggcg taaagcgcgc 600 gcaggcggct tcccaagtcc ctcttaaaag tgcggggctt aaccccgtga tgggaaggaa 660 actgggaagc tggagtatcg gagaggaaag tggaattcct agtgtagcgg tgaaatgcgt 720 agagattagg aagaacaccg gtggcgaagg cgactttctg gacgaaaact gacgctgagg 780 cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc gtaaacgatg 840 gatactaggt gtaggaggta tcgacccctc ctgtgccgga gttaacgcaa taagtatccc 900 gcctgggaag tacgatcgca agattaaaac tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc 960 ggtggagtat gtggtttaat tcgacgcaac gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacattga 1020 tcgcgatctg cagaaatgcg gagttcttct tcggaagacg agaaaacagg tggtgcacgg 1080 ctgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccctat 1140 catttgttac cagcacgtaa aggtggggac tcaaatgaga ccgccgcgga caacgcggag 1200 gaaggcgggg acgacgtcaa gtcatcatgc cccttatgac ctgggctaca cacgtactac 1260 aatgggtgtc aacaaagaga agcgaacccg cgaggaagag caaacctcaa aaacacaccc 1320 ccagttcaga tcgcaggctg caacccgcct gcgtgaagta ggaatcgcta gtaatcgcgg 1380 gtcagcatac cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacactatga 1440 gagtcagaaa cacccgaagc cggtgaggta accgcaagga gccagccgtc gaaggcggag 1500 ctgatgattg gagtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcacc 1560 tccttt 1566 <210> 54 <211> 1566 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Dialister_invisus.GCF_000160055.ONFICEAE_01219 16S ribosomal RNA <400> 54 atggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaaaag acggaaagag cttgctcttt tcagaattga gtggcaaacg ggtgagtaac 120 acgtaaacaa cctgccttca ggatggggac aacagacgga aacgactgct aatgccgaat 180 aagttccaag agccgcatgg cccatggaag aaaaggtggc ctctacctgt aagctatcgc 240 ctgaagaggg gtttgcgtct gattagctgg ttggaggggt aacggcccac caaggcgacg 300 atcagtagcc ggtctgagag gatgaacggc cacactggaa ctgagacacg gtccagactc 360 ctacgggagg cagcagtggg gaatcttccg caatgggcga aagcctgacg gagcaacgcc 420 gcgtgagtga tgacggcctt cgggttgtaa aactctgtga tccgggacga aaaggcagag 480 tgcgaagaac aaactgcatt gacggtaccg gaaaagcaag ccacggctaa ctacgtgcca 540 gcagccgcgg taatacgtag gtggcaagcg ttgtccggaa ttattgggcg taaagcgcgc 600 gcaggcggct tcccaagtcc ctcttaaaag tgcggggctt aaccccgtga tgggaaggaa 660 actgggaagc tggagtatcg gagaggaaag tggaattcct agtgtagcgg tgaaatgcgt 720 agagattagg aagaacaccg gtggcgaagg cgactttctg gacgaaaact gacgctgagg 780 cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc gtaaacgatg 840 gatactaggt gtaggaggta tcgacccctc ctgtgccgga gttaacgcaa taagtatccc 900 gcctgggaag tacgatcgca agattaaaac tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc 960 ggtggagtat gtggtttaat tcgacgcaac gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacattga 1020 tcgcgatctg cagaaatgcg gagttcttct tcggaagacg agaaaacagg tggtgcacgg 1080 ctgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg caacccctat 1140 catttgttac cagcacgtaa aggtggggac tcaaatgaga ccgccgcgga caacgcggag 1200 gaaggcgggg acgacgtcaa gtcatcatgc cccttatgac ctgggctaca cacgtactac 1260 aatgggtgtc aacaaagaga agcgaacccg cgaggaagag caaacctcaa aaacacaccc 1320 ccagttcaga tcgcaggctg caacccgcct gcgtgaagta ggaatcgcta gtaatcgcgg 1380 gtcagcatac cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacactatga 1440 gagtcagaaa cacccgaagc cggtgaggta accgcaagga gccagccgtc gaaggcggag 1500 ctgatgattg gagtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcacc 1560 tccttt 1566 <210> 55 <211> 1530 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Eubacterium_contortum_SC46.SPC10987.PGIJJNHC_00268 16S ribosomal RNA <400> 55 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gagcgaagcg ctttacttag atttcttcgg attgaagagt tttgcgactg agcggcggac 120 gggtgagtaa cgcgtgggta acctgcctca tacaggggga taacagttag aaatgactgc 180 taataccgca taagaccaca gtaccgcatg gtaccgtggg aaaaactccg gtggtatgag 240 atggacccgc gtctgattag ctagttggta aggtaacggc ttaccaaggc gacgatcagt 300 agccgacctg agagggtgac cggccacatt gggactgaga cacggcccaa actcctacgg 360 gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga 420 aggatgaagt atttcggtat gtaaacttct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga 480 ctaagaagcc ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt 540 atccggattt actgggtgta aagggagcgt agacggttat gtaagtctga tgtgaaaacc 600 cggggctcaa ccccgggact gcattggaaa ctatgtaact agagtgtcgg agaggtaagt 660 ggaattccta gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc 720 ggcttactgg acgatgactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga 780 taccctggta gtccacgccg taaacgatgc atactaggtg tcgggtggca aagccattcg 840 gtgccgcagc aaacgcaata agtatgccac ctggggagta cgttcgcaag aatgaaactc 900 aaaggaattg acggggaccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc 960 gaagaacctt acctgctctt gacatccccc tgaccggcgc gtaatggtgc ctttccttcg 1020 ggacagggga gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta 1080 agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcttt agtagccagc ggttcggccg ggcactctag 1140 agagactgcc agggataacc tggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt 1200 atgagcaggg ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gggaggcgaa gccgcgaggt 1260 ggagcaaatc ccaaaaataa cgtctcagtt cggattgtag tctgcaactc gactacatga 1320 agctggaatc gctagtaatc gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgttc ccgggtcttg 1380 tacacaccgc ccgtcacacc atgggagttg gtaacgcccg aagtcagtga cccaaccgta 1440 aggagggagc tgccgaaggt gggaccgata actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500 atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1530 <210> 56 <211> 1530 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Eubacterium_contortum_SC46.SPC10987.PGIJJNHC_03558 16S ribosomal RNA <400> 56 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gagcgaagcg ctttacttag atttcttcgg attgaagagt tttgcgactg agcggcggac 120 gggtgagtaa cgcgtgggta acctgcctca tacaggggga caacagttag aaatgactgc 180 taataccgca taagaccacg gtaccgcatg gtacagtggg aaaaactccg gtggtatgag 240 atggacccgc gtctgattag ctagttggta aggtaacggc ttaccaaggc gacgatcagt 300 agccgacctg agagggtgac cggccacatt gggactgaga cacggcccaa actcctacgg 360 gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga 420 aggatgaagt atttcggtat gtaaacttct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga 480 ctaagaagcc ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt 540 atccggattt actgggtgta aagggagcgt agacggttat gtaagtctga tgtgaaaacc 600 cggggctcaa ccccgggact gcattggaaa ctatgtaact agagtgtcgg agaggtaagt 660 ggaattccta gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc 720 ggcttactgg acgatgactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga 780 taccctggta gtccacgccg taaacgatgc atactaggtg tcgggtggca aagccattcg 840 gtgccgcagc aaacgcaata agtatgccac ctggggagta cgttcgcaag aatgaaactc 900 aaaggaattg acggggaccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc 960 gaagaacctt acctgctctt gacatccccc tgaccggcgc gtaatggtgc ctttccttcg 1020 ggacagggga gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta 1080 agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcttt agtagccagc ggttcggccg ggcactctag 1140 agagactgcc agggataacc tggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt 1200 atgagcaggg ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gggaggcgaa gccgcgaggt 1260 ggagcaaatc ccaaaaataa cgtctcagtt cggattgtag tctgcaactc gactacatga 1320 agctggaatc gctagtaatc gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgttc ccgggtcttg 1380 tacacaccgc ccgtcacacc atgggagttg gtaacgcccg aagtcagtga cccaaccgta 1440 aggagggagc tgccgaaggt gggaccgata actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500 atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1530 <210> 57 <211> 1530 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Eubacterium_contortum_SC46.SPC10987.PGIJJNHC_03567 16S ribosomal RNA <400> 57 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gagcgaagcg ctttacttag atttcttcgg attgaagagt tttgcgactg agcggcggac 120 gggtgagtaa cgcgtgggta acctgcctca tacaggggga taacagttag aaatgactgc 180 taataccgca taagaccacg gtaccgcatg gtacagtggg aaaaactccg gtggtatgag 240 atggacccgc gtctgattag ctagttggta aggtaacggc ttaccaaggc gacgatcagt 300 agccgacctg agagggtgac cggccacatt gggactgaga cacggcccaa actcctacgg 360 gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga 420 aggatgaagt atttcggtat gtaaacttct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga 480 ctaagaagcc ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt 540 atccggattt actgggtgta aagggagcgt agacggttat gtaagtctga tgtgaaaacc 600 cggggctcaa ccccgggact gcattggaaa ctatgtaact agagtgtcgg agaggtaagt 660 ggaattccta gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc 720 ggcttactgg acgatgactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga 780 taccctggta gtccacgccg taaacgatgc atactaggtg tcgggtggca aagccattcg 840 gtgccgcagc aaacgcaata agtatgccac ctggggagta cgttcgcaag aatgaaactc 900 aaaggaattg acggggaccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc 960 gaagaacctt acctgctctt gacatccccc tgaccggcgc gtaatggtgc ctttccttcg 1020 ggacagggga gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta 1080 agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcttt agtagccagc ggttcggccg ggcactctag 1140 agagactgcc agggataacc tggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt 1200 atgagcaggg ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gggaggcgaa gccgcgaggt 1260 ggagcaaatc ccaaaaataa cgtctcagtt cggattgtag tctgcaactc gactacatga 1320 agctggaatc gctagtaatc gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgttc ccgggtcttg 1380 tacacaccgc ccgtcacacc atgggagttg gtaacgcccg aagtcagtga cccaaccgta 1440 aggagggagc tgccgaaggt gggaccgata actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500 atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1530 <210> 58 <211> 1530 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Eubacterium_contortum_SC46.SPC10987.PGIJJNHC_04151 16S ribosomal RNA <400> 58 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gagcgaagca ctttacttag atttcttcgg aatgaagagt gttgtgactg agcggcggac 120 gggtgagtaa cgcgtgggta acctgcctca tacaggggga taacagttag aaatgactgc 180 taataccgca taagaccacg gtaccgcatg gtacagtggg aaaaactccg gtggtatgag 240 atggacccgc gtctgattag ctagttggta aggtaacggc ttaccaaggc gacgatcagt 300 agccgacctg agagggtgac cggccacatt gggactgaga cacggcccaa actcctacgg 360 gaggcagcag tggggaatat tgcacaatgg gggaaaccct gatgcagcga cgccgcgtga 420 aggatgaagt atttcggtat gtaaacttct atcagcaggg aagaaaatga cggtacctga 480 ctaagaagcc ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg ggcaagcgtt 540 atccggattt actgggtgta aagggagcgt agacggttat gtaagtctga tgtgaaaacc 600 cggggctcaa ccccgggact gcattggaaa ctatgtaact agagtgtcgg agaggtaagt 660 ggaattccta gtgtagcggt gaaatgcgta gatattagga ggaacaccag tggcgaaggc 720 ggcttactgg acgatgactg acgttgaggc tcgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga 780 taccctggta gtccacgccg taaacgatgc atactaggtg tcgggtggca aagccattcg 840 gtgccgcagc aaacgcaata agtatgccac ctggggagta cgttcgcaag aatgaaactc 900 aaaggaattg acggggaccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc 960 gaagaacctt acctgctctt gacatccccc tgaccggcgc gtaatggtgc ctttccttcg 1020 ggacagggga gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta 1080 agtcccgcaa cgagcgcaac ccttatcttt agtagccagc ggttcggccg ggcactctag 1140 agagactgcc agggataacc tggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt 1200 atgagcaggg ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gggaggcgaa gccgcgaggt 1260 ggagcaaatc ccaaaaataa cgtctcagtt cggattgtag tctgcaactc gactacatga 1320 agctggaatc gctagtaatc gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgttc ccgggtcttg 1380 tacacaccgc ccgtcacacc atgggagttg gtaacgcccg aagtcagtga cccaaccgta 1440 aggagggagc tgccgaaggt gggaccgata actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500 atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1530 <210> 59 <211> 1505 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Eubacterium_siraeum.GCF_000154325.NCECJGME_00373 16S ribosomal RNA <400> 59 caaagagttt gatcctggct caggacgaac gctggcggcg cgcctaacac atgcaagtcg 60 aacggtgaag aggagcttgc tcctcggatc agtggcggac gggtgagtaa cacgtgagca 120 acctggctct aagaggggga caacagttgg aaacgactgc taataccgca taacgtatcg 180 ggatggcatc ttcctgatac caaagatttt atcgcttaga gatgggctcg cgtctgatta 240 gatagttggc ggggtaacgg cccaccaagt cgacgatcag tagccggact gagaggttga 300 acggccacat tgggactgag acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtgggggata 360 ttggacaatg ggggcaaccc tgatccagcg acgccgcgtg agggaagaag gttttcggat 420 tgtaaacctc tgttgacgga gaaaaaaatg atggtatccg tttagaaagc cacggctaac 480 tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggaat tactgggtgt 540 aaagggagtg taggcgggat atcaagtcag aagtgaaaat tacgggctca actcgtaacc 600 tgcttttgaa actgacattc ttgagtgaag tagaggcaag cggaattcct agtgtagcgg 660 tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttgctg ggcttttact 720 gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780 gtaaacgatg attactaggt gtggggggat tgaccccttc cgtgccggag taaacacaat 840 aagtaatcca cctggggagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900 cgcacaagca gtggagtatg tggtttaatt cgacgcaacg cgaagaacct taccaggtct 960 tgacatcgag tgaccgccta agagattagg ctttcccttc ggggacacaa agacaggtgg 1020 tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa 1080 cccttatcat tagttgctac gcaagagcac tctaatgaga ctgccgttga caaaacggag 1140 gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cctttatgac ctgggctaca cacgtactac 1200 aatggcgttt aacaaagaga agcaaagccg cgaggcagag caaatctcca aaaaacgtct 1260 cagttcggat tgtaggctgc aactcgccta catgaagtcg gaattgctag taatcgtagg 1320 tcagcatact acggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc aaaccatgag 1380 agttggcaac acccgaagtc ggtagtctaa ccgcaaggag gacgccgccg aaggtggggt 1440 tgatgattag ggttaagtcg taacaaggta gccgtatcgg aaggtgcggc tggatcacct 1500 ccttt 1505 <210> 60 <211> 1505 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Eubacterium_siraeum.GCF_000154325.NCECJGME_01093 16S ribosomal RNA <400> 60 caaagagttt gatcctggct caggacgaac gctggcggcg cgcctaacac atgcaagtcg 60 aacggtgaag aggagcttgc tcctcggaac agtggcggac gggtgagtaa cacgtgagca 120 acctggctct aagaggggga caacagttgg aaacgactgc taataccgca taacgtatcg 180 ggatggcatc ttcctgatac caaagatttt atcgcttaga gatgggctcg cgtctgatta 240 gatagttggc ggggtaacgg cccaccaagt cgacgatcag tagccggact gagaggttga 300 acggccacat tgggactgag acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtgggggata 360 ttggacaatg ggggcaaccc tgatccagcg acgccgcgtg agggaagaag gttttcggat 420 tgtaaacctc tgttgacgga gaaaaaaatg atggtatccg tttagaaagc cacggctaac 480 tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggaat tactgggtgt 540 aaagggagtg taggcgggat atcaagtcag aagtgaaaat tacgggctca actcgtaacc 600 tgcttttgaa actgacattc ttgagtgaag tagaggcaag cggaattcct agtgtagcgg 660 tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttgctg ggcttttact 720 gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780 gtaaacgatg attactaggt gtggggggat tgaccccttc cgtgccggag taaacacaat 840 aagtaatcca cctggggagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900 cgcacaagca gtggagtatg tggtttaatt cgacgcaacg cgaagaacct taccaggtct 960 tgacatcgag tgaccgccta agagattagg ctttcccttc ggggacacaa agacaggtgg 1020 tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa 1080 cccttatcat tagttgctac gcaagagcac tctaatgaga ctgccgttga caaaacggag 1140 gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cctttatgac ctgggctaca cacgtactac 1200 aatggcgttt aacaaagaga agcaaagccg cgaggcagag caaatctcca aaaaacgtct 1260 cagttcggat tgtaggctgc aactcgccta catgaagtcg gaattgctag taatcgtagg 1320 tcagcatact acggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc aaaccatgag 1380 agttggcaac acccgaagtc ggtagtctaa ccgcaaggag gacgccgccg aaggtggggt 1440 tgatgattag ggttaagtcg taacaaggta gccgtatcgg aaggtgcggc tggatcacct 1500 ccttt 1505 <210> 61 <211> 1505 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Eubacterium_siraeum.GCF_000154325.NCECJGME_01403 16S ribosomal RNA <400> 61 caaagagttt gatcctggct caggacgaac gctggcggcg cgcctaacac atgcaagtcg 60 aacggtgaag aggagcttgc tcctcggatc agtggcggac gggtgagtaa cacgtgagca 120 acctggctct aagaggggga caacagttgg aaacgactgc taataccgca tgatgtatcg 180 ggatggcatc ttcctgatac caaagatttt atcgcttaga gatgggctcg cgtctgatta 240 gatagttggc ggggtaacgg cccaccaagt cgacgatcag tagccggact gagaggttga 300 acggccacat tgggactgag acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtgggggata 360 ttggacaatg ggggcaaccc tgatccagcg acgccgcgtg agggaagaag gttttcggat 420 tgtaaacctc tgttgacgga gaaaaaaatg atggtatccg tttagaaagc cacggctaac 480 tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggaat tactgggtgt 540 aaagggagtg taggcgggat atcaagtcag aagtgaaaat tacgggctca actcgtaacc 600 tgcttttgaa actgacattc ttgagtgaag tagaggcaag cggaattcct agtgtagcgg 660 tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttgctg ggcttttact 720 gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780 gtaaacgatg attactaggt gtggggggat tgaccccttc cgtgccggag taaacacaat 840 aagtaatcca cctggggagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900 cgcacaagca gtggagtatg tggtttaatt cgacgcaacg cgaagaacct taccaggtct 960 tgacatcgag tgaccgccta agagattagg ctttcccttc ggggacacaa agacaggtgg 1020 tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa 1080 cccttatcat tagttgctac gcaagagcac tctaatgaga ctgccgttga caaaacggag 1140 gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cctttatgac ctgggctaca cacgtactac 1200 aatggcgttt aacaaagaga agcaaagccg cgaggcagag caaatctcca aaaaacgtct 1260 cagttcggat tgtaggctgc aactcgccta catgaagtcg gaattgctag taatcgtagg 1320 tcagcatact acggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc aaaccatgag 1380 agttggcaac acccgaagtc ggtagtctaa ccgcaaggag gacgccgccg aaggtggggt 1440 tgatgattag ggttaagtcg taacaaggta gccgtatcgg aaggtgcggc tggatcacct 1500 ccttt 1505 <210> 62 <211> 1505 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Eubacterium_siraeum.GCF_000154325.NCECJGME_01403 16S ribosomal RNA <400> 62 caaagagttt gatcctggct caggacgaac gctggcggcg cgcctaacac atgcaagtcg 60 aacggtgaag aggagcttgc tcctcggatc agtggcggac gggtgagtaa cacgtgagca 120 acctggctct aagaggggga caacagttgg aaacgactgc taataccgca taacgtatcg 180 ggatggcatc ttcctgatac caaagatttt atcgcttaga gatgggctcg cgtctgatta 240 gatagttggc ggggtaacgg cccaccaagt cgacgatcag tagccggact gagaggttga 300 acggccacat tgggactgag acacggccca gactcctacg ggaggcagca gtgggggata 360 ttggacaatg ggggcaaccc tgatccagcg acgccgcgtg agggaagaag gttttcggat 420 tgtaaacctc tgttgacgga gaaaaaaatg atggtatccg tttagaaagc cacggctaac 480 tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggaat tactgggtgt 540 aaagggagtg taggcgggat atcaagtcag aagtgaaaat tacgggctca actcgtaacc 600 tgcttttgaa actgacattc ttgagtgaag tagaggcaag cggaattcct agtgtagcgg 660 tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttgctg ggcttttact 720 gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780 gtaaacgatg attactaggt gtggggggat tgaccccttc cgtgccggag taaacacaat 840 aagtaatcca cctggggagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacgggggcc 900 cgcacaagca gtggagtatg tggtttaatt cgacgcaacg cgaagaacct taccaggtct 960 tgacatcgag tgaccgccta agagattagg ccttcccttc ggggacacaa agacaggtgg 1020 tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa 1080 cccttatcat tagttgctac gcaagagcac tctaatgaga ctgccgttga caaaacggag 1140 gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cctttatgac ctgggctaca cacgtactac 1200 aatggcgttt aacaaagaga agcaaagccg cgaggcagag caaatctcca aaaaacgtct 1260 cagttcggat tgtaggctgc aactcgccta catgaagtcg gaattgctag taatcgtagg 1320 tcagcatact acggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc aaaccatgag 1380 agttggcaac acccgaagtc ggtagtctaa ccgcaaggag gacgccgccg aaggtggggt 1440 tgatgattag ggttaagtcg taacaaggta gccgtatcgg aaggtgcggc tggatcacct 1500 ccttt 1505 <210> 63 <211> 1530 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Flavonifractor_plautii.GCF_000239295.GPJGAEFO_00132 16S ribosomal RNA <400> 63 tattgagagt ttgatcctgg ctcaggatga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt 60 cgaacggggt gctcatgacg gaggattcgt ccaatggatt gagttaccta gtggcggacg 120 ggtgagtaac gcgtgaggaa cctgccttgg agaggggaat aacactccga aaggagtgct 180 aataccgcat gaagcagttg ggtcgcatgg ctctgactgc caaagattta tcgctctgag 240 atggcctcgc gtctgattag ctagtaggcg gggtaacggc ccacctaggc gacgatcagt 300 agccggactg agaggttgac cggccacatt gggactgaga cacggcccag actcctacgg 360 gaggcagcag tggggaatat tgggcaatgg gcgcaagcct gacccagcaa cgccgcgtga 420 aggaagaagg ctttcgggtt gtaaacttct tttgtcgggg acgaaacaaa tgacggtacc 480 cgacgaataa gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc 540 gttatccgga tttactgggt gtaaagggcg tgtaggcggg attgcaagtc agatgtgaaa 600 actgggggct caacctccag cctgcatttg aaactgtagt tcttgagtgc tggagaggca 660 atcggaattc cgtgtgtagc ggtgaaatgc gtagatatac ggaggaacac cagtggcgaa 720 ggcggattgc tggacagtaa ctgacgctga ggcgcgaaag cgtggggagc aaacaggatt 780 agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tggatactag gtgtgggggg tctgaccccc 840 tccgtgccgc agttaacaca ataagtatcc cacctgggga gtacgatcgc aaggttgaaa 900 ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa ttcgaagcaa 960 cgcgaagaac cttaccaggg cttgacatcc cactaacgag gcagagatgc gttaggtgcc 1020 cttcggggaa agtggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt 1080 gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt attgttagtt gctacgcaag agcactctag 1140 cgagactgcc gttgacaaaa cggaggaagg tggggacgac gtcaaatcat catgcccctt 1200 atgtcctggg ccacacacgt actacaatgg tggttaacag agggaggcaa taccgcgagg 1260 tggagcaaat ccctaaaagc catcccagtt cggattgcag gctgaaaccc gcctgtatga 1320 agttggaatc gctagtaatc gcggatcagc atgccgcggt gaatacgttc ccgggccttg 1380 tacacaccgc ccgtcacacc atgagagtcg ggaacacccg aagtccgtag cctaaccgca 1440 aggagggcgc ggccgaaggt gggttcgata attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500 atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1530 <210> 64 <211> 1529 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Flintibacter_SC49.GCA_900066645.DBEMCOBG_02766 16S ribosomal RNA <400> 64 tattgagagt ttgatcctgg ctcaggatga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt 60 cgaacggagt gctcatgaca gaggattcgt ccaatggagt gagttactta gtggcggacg 120 ggtgagtaac gcgtgagtaa cctgccttgg agtggggaat aacaggtgga aacatctgct 180 aataccgcat gatgcagttg ggtcgcatgg ctctgactgc caaagattta tcgctctgag 240 atggactcgc gtctgattag ctggttggcg gggtaacggc ccaccaaggc gacgatcagt 300 agccggactg agaggttggc cggccacatt gggactgaga cacggcccag actcctacgg 360 gaggcagcag tggggaatat tgggcaatgg gcgcaagcct gacccagcaa cgccgcgtga 420 aggaagaagg ctttcgggtt gtaaacttct tttctcaggg acgaagcaag tgacggtacc 480 tgaggaataa gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcgagc 540 gttatccgga tttactgggt gtaaagggcg tgtaggcggg actgcaagtc agatgtgaaa 600 accatgggct caacctgtgg cctgcatttg aaactgtagt tcttgagtac tggagaggca 660 gacggaattc ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa 720 ggcggtctgc tggacagcaa ctgacgctga ggcgcgaaag cgtggggagc aaacaggatt 780 agataccctg gtagtccacg ctgtaaacga tggatactag gtgtgggggg tctgaccccc 840 tccgtgccgc agttaacaca ataagtatcc cacctgggga gtacgatcgc aaggttgaaa 900 ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa ttcgaagcaa 960 cgcgaagaac cttaccaggg cttgacatcc cggtgaccgg tgtagagata caccttcttc 1020 ttcggaagcg ccggtgacag gtggtgcatg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg 1080 ggttaagtcc cgcaacgagc gcaaccctta ttgttagttg ctacgcaaga gcactctagc 1140 gagactgccg ttgacaaaac ggaggaaggt ggggacgacg tcaaatcatc atgcccctta 1200 tgtcctgggc cacacacgta ctacaatggt ggtcaacaga gggaagcaag accgcgaggt 1260 ggagcaaacc cctaaaagcc atcccagttc ggattgcagg ctgcaactcg cctgtatgaa 1320 gttggaatcg ctagtaatcg cggatcagca tgccgcggtg aatacgttcc cgggccttgt 1380 acacaccgcc cgtcacacca tgagagtcgg gaacacccga agtccgtagc ctaaccgcaa 1440 ggggggcgcg gccgaaggtg ggttcgataa ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500 tcggaaggtg cggctggatc acctccttt 1529 <210> 65 <211> 1307 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Gemmiger_formicilis_SC193.SPC10676.BNNMOMCD_02995 16S ribosomal RNA <400> 65 aaaaggattt attcgcttta ggatggactc gcgtccaatt agctagttgg tgaggtaacg 60 gcccaccaag gcgacgattg gtagccggac tgagaggttg aacggccaca ttgggactga 120 gacacggccc agactcctac gggaggcagc agtgggggat attgcacaat gggggaaacc 180 ctgatgcagc gacgccgcgt ggaggaagaa ggttttcgga ttgtaaactc ctgtcgttag 240 ggacgataat gacggtacct aacaagaaag caccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg 300 taaaacgtag ggtgcaagcg ttgtccggaa ttactgggtg taaagggagc gcaggcggga 360 agacaagttg gaagtgaaaa ccatgggctc aacccatgaa ttgctttcaa aactgttttt 420 cttgagtagt gcagaggtag atggaattcc cggtgtagcg gtggaatgcg tagatatcgg 480 gaggaacacc agtggcgaag gcggtctact gggcaccaac tgacgctgag gctcgaaagc 540 atgggtagca aacaggatta gataccctgg tagtccatgc cgtaaacgat gattactagg 600 tgttggggga ttgaccccct cagtgccgca gttaacacaa taagtaatcc acctggggag 660 tacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc agtggagtat 720 gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacatccg atgcatagca 780 cagagatgtg tgaaatcctt cgggacatcg agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc 840 gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccttattgc cagttactac 900 gttaagagga ctctggcgag actgccgttg acaaaacgga ggaaggtggg gatgacgtca 960 aatcatcatg ccctttatga cctgggctac acacgtacta caatggcgtt aaacaaagag 1020 aagcaagacc gcgaggtgga gcaaaactca aaaacaacgt ctcagttcag attgcaggct 1080 gcaactcgcc tgcatgaagt cggaattgct agtaatcgcg gatcagcatg ccgcggtgaa 1140 tacgttcccg ggccttgtac acaccgcccg tcacaccatg agagccgggg ggacccgaag 1200 tcgatagtct aaccgcaagg aggacgtcgc cgaaggtaaa actggtgatt ggggtgaagt 1260 cgtaacaagg tagccgtatc ggaaggtgcg gctggatcac ctccttt 1307 <210> 66 <211> 1264 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Holdemania_filiformis.GCF_000157995.GAIEDKPD_00018 16S ribosomal RNA (partial) <400> 66 acctaggcga tgatacgtag ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca 60 cggcccaaac tcctacggga ggcagcagta gggaattttc ggcaatgggc gaaagcctga 120 ccgagcaacg ccgcgtgagt gaagaaggcc ttcgggttgt aaagctctgt tgtgaaggaa 180 gaacggctca tacagggaat ggtatgggag tgacggtact ttaccagaaa gccacggcta 240 actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcgagc gttatccgga attattgggc 300 gtaaagggtg cgcaggcggt ttgttaagtt taaggtgaaa gcgtggggct taaccccata 360 tagccttaga aactgacaga ctagagtaca ggagagggca atggaattcc atgtgtagcg 420 gtaaaatgcg tagatatatg gaggaacacc agtggcgaag gcggttgcct ggcctgtaac 480 tgacgctcat gcacgaaagc gtggggagca aataggatta gataccctag tagtccacgc 540 cgtaaacgat gagaactaag tgttggggaa actcagtgct gcagttaacg caataagttc 600 tccgcctggg gagtatgcac gcaagtgtga aactcaaagg aattgacggg ggcccgcaca 660 agcggtggag tatgtggttt aattcgacgc aacgcgaaga accttaccag gtcttgacat 720 cccctgcaaa gacatagaga tatgttggag gttatcaggg agacaggtgg tgcatggttg 780 tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccttgtctt 840 tagttgctaa cattaagttg aggactctag agagactgcc ggtgacaaac cggaggaagg 900 tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgacctggg ctacacacgt actacaatgg 960 cggatacaac gagaagcaag acagtgatgt ggagcaaaac tcagaaagtc cgtctcagtt 1020 cggattgaag tctgcaaccc gacttcatga agccggaatc gctagtaatc gcggatcagc 1080 atgccgcggt gaatacgttc tcgggccttg tacacaccgc ccgtcaaacc atgagagttg 1140 gcaatacccg aagccggtgg cctaacctcg caagaggagg gagccgtcga aggtagggct 1200 gatgattggg gttaagtcgt aacaaggtat ccctacggga acgtggggat ggatcacctc 1260 cttt 1264 <210> 67 <211> 1535 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Holdemania_sp_AP2.GCF_000327285.CMMLILNL_03489 16S ribosomal RNA <400> 67 atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcctaata catgcaagtc 60 gaacgctttg taaaggagct tgcttcttta cgaggagtgg cgaacgggtg agtaatacat 120 aagcaatctg cccatcggcc tgggataaca gttggaaacg gctgctaata ccggataggt 180 tagtttctgg catcagggac taattaaagt tgggatacaa cacggatgga tgagcttatg 240 gcgtattagc tagtaggtga ggtaacggcc cacctaggcg atgatacgta gccgacctga 300 gagggtgacc ggccacattg ggactgagac acggcccaaa ctcctacggg aggcagcagt 360 agggaatttt cggcaatggg cgaaagcctg accgagcaac gccgcgtgag tgaagaaggc 420 cttcgggttg taaagctctg ttgtgaagga agaacggctc atagagggaa tgctatggga 480 gtgacggtac tttaccagaa agccacggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt 540 aggtggcgag cgttatccgg aattattggg cgtaaagggt gcgcaggcgg tttgaaaagt 600 ttaaggtgaa agcgtggggc ttaaccccat acagccttag aaactgtcag actagagtac 660 aggagagggc aatggaattc catgtgtagc ggtaaaatgc gtagatatat ggaggaacac 720 cagtggcgaa ggcggttgcc tggcctgtaa ctgacgctca tgcacgaaag cgtggggagc 780 aaataggatt agatacccta gtagtccacg ccgtaaacga tgagaactaa gtgttgggga 840 aactcagtgc tgcagttaac gcaataagtt ctccgcctgg ggagtatgca cgcaagtgtg 900 aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggtgga gtatgtggtt taattcgacg 960 caacgcgaag aaccttacca ggtcttgaca taccaggcaa agctatagag atatagtgga 1020 ggttatcctg gatacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt 1080 taagtcccgc aacgagcgca acccttgtct ttagttacta acattaagtt gaggactcta 1140 gagagactgc cggtgacaaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct 1200 tatgacctgg gctacacacg tactacaatg gcggatacaa cgagaagcaa gacagcaatg 1260 tggagcaaac ctcagaaagt ccgtctcagt tcggattgaa gtctgcaacc cgacttcatg 1320 aagccggaat cgctagtaat cgcggatcag catgccgcgg tgaatacgtt ctcgggcctt 1380 gtacacaccg cccgtcaaac catgagagtt ggcaataccc gaagccggtg gcctaaccct 1440 gcaaagggag ggagccgtcg aaggtagggc tgatgattgg ggttaagtcg taacaaggta 1500 tccctacggg aacgtgggga tggatcacct ccttt 1535 <210> 68 <211> 1537 <212> DNA <213> 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ctgacgctca ggcacgaaag cgtggggagc 780 aaacaggatt agataccctg gtagtccacg ccctaaacga tgttaactag ttgttgggaa 840 gtaaaattct cagtaacgca gccaacgcga gaagttaacc gcctgggaag tacggtcgca 900 agactaaaac tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc ggtggatgat gtggattaat 960 tcgatgcaac gcgaaaaacc ttacctaccc ttgacatgtc aggaagctct tgtaatgaga 1020 gcgtgcccgc aagggagcct gaacacaggt gctgcatggc tgtcgtcagc tcgtgtcgtg 1080 agatgttggg ttaagtcccg caacgagcgc aacccttgtc actagttgct acgaaagggc 1140 actctagtga gactgccggt gacaaaccgg aggaaggtgg ggatgacgtc aagtcctcat 1200 ggcccttatg ggtagggctt cacacgtcat acaatggtcg gaacagaggg cagcgaagcc 1260 gtgaggcgga gccaatccca gaaaaccgat cgtagtccgg attgcagtct gcaactcgac 1320 tgcatgaagt cggaatcgct agtaatcgcg gatcagcatg ccgcggtgaa tacgttcccg 1380 ggtcttgtac acaccgcccg tcaaacaatg ggagtggtgt ttaccagaag tcgttagcct 1440 aaccgcaagg agggcggcga ccacggtgag caccgtgact aatgttaagt cgtaacaagg 1500 tagccgtacc ggaaggtgcg gctggatcac ctccttt 1537 <210> 69 <211> 1221 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella_copri.GCF_000157935.POCBOFGG_01227 16S ribosomal RNA (partial) <400> 69 atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggaaac gatattggaa gcttgcttcc gataggcgtc gaccggcgca cgggtgagta 120 acgcgtatcc aacctgccca tcacttgggg ataaccttgc gaaagtaaga ctaataccca 180 atgatatctc tagaagacat ctgaaagaga ttaaagattt atcggtgatg gatggggatg 240 cgtctgatta gcttgttggc ggggtaacgg cccaccaagg cgacgatcag taggggttct 300 gagaggaagg tcccccacat tggaactgag acacggtcca aactcctacg ggaggcagca 360 gtgaggaata ttggtcaatg gacgagagtc tgaaccagcc aagtagcgtg caggaagacg 420 gccctatggg ttgtaaactg cttttataag ggaataaagt gagcctcgtg aggctttttg 480 catgtacctt atgaataagg accggctaat tccgtgccag cagccgcggt aatacggaag 540 gtccgggcgt tatccggatt tattgggttt aaagggagcg taggccggag attaagcgtg 600 ttgtgaaatg tagacgctca acgtctgcac tgcagcgcga actggtttcc ttgagtacgc 660 acaaagtggg cggaattcgt ggtgtagcgg tgaaatgctt agatatcacg aagaactccg 720 attgcgaagg cagctcgctg gagcgcaact gacgctgaag ctcgaaagtg cgggtatcga 780 acaggattag ataccctggt agtccgcacg gtaaacgatg gatgcccgct gttggtctga 840 acaggtcagc ggccaagcga aagcattaag catcccacct ggggagtacg ccggcaacgg 900 tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggag gaacatgtgg tttaattcga 960 tgatacgcga ggaaccttac ccgggcttga attgcagagg aagaatttgg agacaatgac 1020 gcccttcggg ccgtctgtga aggtgctgca tggttgtcgt cagctcgtgc cgtgaggtgt 1080 cggcttaagt gccataacga gcgcaacccc tctccttagt tgccatcagg ttatgctggg 1140 cactctgggg acactgccac cgtaaggtgt gaggaaggtg gggatgacgt caaatcagca 1200 cggcccttac gtccggggct a 1221 <210> 70 <211> 1529 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella_copri.GCF_000157935.POCBOFGG_01492 16S ribosomal RNA <400> 70 atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggaaac gacatcgaaa gcttgctttt gatgggcgtc gaccggcgca cgggtgagta 120 acgcgtatcc aacctgccca ccacttgggg ataaccttgc gaaagtaaga ctaataccca 180 atgatatctc tagaagacat ctgaaagaga ttaaagattt atcggtgatg gatggggatg 240 cgtctgatta gcttgttggc ggggtaacgg cccaccaagg cgacgatcag taggggttct 300 gagaggaagg tcccccacat tggaactgag acacggtcca aactcctacg ggaggcagca 360 gtgaggaata ttggtcaatg ggcgagagcc tgaaccagcc aagtagcgtg caggatgacg 420 gccctatggg ttgtaaactg cttttataag ggaataaagt tagtctcgtg agactttttg 480 catgtacctt atgaataagg accggctaat tccgtgccag cagccgcggt aatacggaag 540 gtccgggcgt tatccggatt tattgggttt aaagggagcg taggccggag attaagcgtg 600 ttgtgaaatg taggcgctca acgtctgcac tgcagcgcga actggtttcc ttgagtacgc 660 acaaagtggg tggaattcgt ggtgtagcgg tgaaatgctt agatatcacg aagaactccg 720 attgcgaagg cagctcactg gagcgcaact gacgctgaag ctcgaaagtg cgggtatcga 780 acaggattag ataccctggt agtccgcacg gtaaacgatg gatgcccgct gttggtctga 840 acaggtcagc ggccaagcga aagcattaag catcccacct ggggagtacg ccggcaacgg 900 tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggag gaacatgtgg tttaattcga 960 tgatacgcga ggaaccttac ccgggcttga attgcagagg aaggatttgg agacaatgac 1020 gcccttcggg gcctctgtga aggtgctgca tggttgtcgt cagctcgtgc cgtgaggtgt 1080 cggcttaagt gccataacga gcgcaacccc tctccttagt tgccatcagg ttatgctggg 1140 cactctgggg acactgccac cgtaaggtgt gaggaaggtg gggatgacgt caaatcagca 1200 cggcccttac gtccggggct acacacgtgt tacaatggca ggtacagaga gacggttgta 1260 cgtaagtacg atcaaatcct taaagcctgt ctcagttcgg attggggtct gcaacccgac 1320 cccacgaagc tggattcgct agtaatcgcg catcagccat ggcgcggtga atacgttccc 1380 gggccttgta cacaccgccc gtcaagccat gaaagccggg ggcgcctaaa gtccgtgacc 1440 gtaaggagcg gcctagggcg aaactggtaa ttggggctaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500 ccggaaggtg cggctggaac acctccttt 1529 <210> 71 <211> 1529 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Prevotella_copri.GCF_000157935.POCBOFGG_01527 16S ribosomal <400> 71 atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctagctac aggcttaaca catgcaagtc 60 gaggggaaac gacatcaaaa gcttgctttt gatgggcgtc gaccggcgca cgggtgagta 120 acgcgtatcc aacctgccca ccacttgggg ataaccttgc gaaagtaaga ctaataccca 180 atgatatctc tagaagacat ctgaaagaga ttaaagattt atcggtgatg gatggggatg 240 cgtctgatta ccttgttggc ggggtaacgg cccaccaagg cgacgatcag taggggttct 300 gagaggaagg tcccccacat tggaactgag acacggtcca aactcctacg ggaggcagca 360 gtgaggaata ttggtcaatg gacgagagtc tgaaccagcc aagtagcgtg caggatgacg 420 gccctatggg ttgtaaactg cttttataag ggaataaagt gagcctcgtg aggctttttg 480 catgtacctt atgaataagg accggctaat tccgtgccag cagccgcggt aatacggaag 540 gtccgggcgt tatccggatt tattgggttt aaagggagcg taggccggag attaagcgtg 600 ttgtgaaatg tagacgctca acgtctgcac tgcagcgcga actggtttcc ttgagtacgc 660 acaaagtggg cggaattcgt ggtgtagcgg tgaaatgctt agatatcacg aagaactccg 720 attgcgaagg cagctcactg gagcgcaact gacgctgaag ctcgaaagtg cgggtatcga 780 acaggattag ataccctggt agtccgcacg gtaaacgatg gatgcccgct gttggtctga 840 acaggtcagc ggccaagcga aagcattaag catcccacct ggggagtacg ccggcaacgg 900 tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggag gaacatgtgg tttaattcga 960 tgatacgcga ggaaccttac ccgggcttga attgcagagg aaggatttgg agacaatgac 1020 gcccttcggg gcctctgtga aggtgctgca tggttgtcgt cagctcgtgc cgtgaggtgt 1080 cggcttaagt gccataacga gcgcaacccc tctccttagt tgccatcagg tcaagctggg 1140 cactctgggg acactgccac cgtaaggtgt gaggaaggtg gggatgacgt caaatcagca 1200 cggcccttac gtccggggct acacacgtgt tacaatggca ggtacagaga gacggttgta 1260 cgtaagtacg atcaaatcct taaagcctgt ctcagttcgg actggggtct gcaacccgac 1320 cccacgaagc tggattcgct agtaatcgcg catcagccat ggcgcggtga atacgttccc 1380 gggccttgta cacaccgccc gtcaagccat gaaagccggg ggcgcctaaa gtccgtgacc 1440 gtaaggagcg gcctagggcg aaactggtaa ttggggctaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500 ccggaaggtg cggctggaac acctccttt 1529 <210> 72 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Roseburia_hominis.GCF_000225345.MLGHKGPC_00026 16S ribosomal RNA <400> 72 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcac tttaattgat ttcttcggaa tgaagttttt gtgactgagt ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac agggggataa cagttggaaa cgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacagga ttgcatgatc cagtgtgaaa aactccggtg gtatgagatg 240 gacccgcgtc tgattagcca gttggcgggg taacggccca ccaaagcgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc cgcgtgagcg 420 aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aagaatgacg gtacctgact 480 aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgcag gcggtacggc aagtctgatg tgaaatcccg 600 gggctcaacc ccggtactgc attggaaact gtcggactag agtgtcggag gggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac gattactgac gctgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaggtgtc ggggagcatt gctcttcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac caagtcttga catcccactg acaaagtatg taatgtactt tctcttcgga 1020 gcagtggtga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctattcttag tagccagcgg ttcggccggg cactctaggg 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gacttgggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcaatcc cgcgaggggg 1260 agcaaatctc aaaaataacg tctcagttcg gactgtagtc tgcaactcga ctacacgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagttggt aatgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggcag gactgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 73 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Roseburia_hominis.GCF_000225345.MLGHKGPC_00569 16S ribosomal RNA <400> 73 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcac tttaattgat ttcttcggaa tgaagttttt gtgactgagt ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac agggggataa cagttggaaa cgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacagga ttgcatgatc cagtgtgaaa aactccggtg gtatgagatg 240 gacccgcgtc tgattagcca gttggcgggg taacggccca ccaaagcgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc cgcgtgagcg 420 aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aagaatgacg gtacctgact 480 aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgcag gcggtacggc aagtctgatg tgaaatcccg 600 gggctcaacc ccggtactgc attggaaact gtcggactag agtgtcggag gggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac gattactgac gctgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaggtgtc ggggagcatt gctcttcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac caagtcttga catcccactg acagagtatg taatgtactt tctcttcgga 1020 gcagtggtga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctattcttag tagccagcgg ttcggccggg cactctaggg 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gacttgggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcaatcc cgcgaggggg 1260 agcaaatctc aaaaataacg tctcagttcg gactgtagtc tgcaactcga ctacacgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagttggt aatgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggcag gactgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 74 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Roseburia_hominis.GCF_000225345.MLGHKGPC_00947 16S ribosomal RNA <400> 74 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcac tttaattgat ttcttcggaa tgaagttttt gtgactgagt ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac agggggataa cagttggaaa cgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacagga ttgcatgatc cagtgtgaaa aactccggtg gtatgagatg 240 gacccgcgtc tgattagcca gttggcgggg taacggccca ccaaagcgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc cgcgtgagcg 420 aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aagaatgacg gtacctgact 480 aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgcag gcggtacggc aagtctgatg tgaaatcccg 600 gggctcaacc ccggtactgc attggaaact gtcggactag agtgtcggag gggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac gattactgac gctgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaggtgtc ggggagcatt gctcttcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac caagtcttga catcccactg acagagtatg taatgtactt tctcttcgga 1020 gcagtggtga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctattcttag tagccagcgg ttcggccggg cactctaggg 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gacttgggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcaatcc cgcgaggggg 1260 agcaaatctc aaaaataacg tctcagttcg gactgtagtc tgcaactcga ctacacgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagttggt aatgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggcag gactgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 75 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Roseburia_hominis.GCF_000225345.MLGHKGPC_02811 16S ribosomal RNA <400> 75 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcac tttaattgat ttcttcggaa tgaagttttt gtgactgagt ggcggacggg 120 tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac agggggataa cagttggaaa cgactgctaa 180 taccgcataa gcgcacagga ttgcatgatc cggtgtgaaa aactccggtg gtatgagatg 240 gacccgcgtc tgattagcca gttggcgggg taacggccca ccaaagcgac gatcagtagc 300 cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360 gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc cgcgtgagcg 420 aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aagaatgacg gtacctgact 480 aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgcag gcggtacggc aagtctgatg tgaaatcccg 600 gggctcaacc ccggtactgc attggaaact gtcggactag agtgtcggag gggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac gattactgac gctgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaggtgtc ggggagcatt gctcttcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac caagtcttga catcccactg acagagtatg taatgtactt tctcttcgga 1020 gcagtggtga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctattcttag tagccagcgg ttcggccggg cactctaggg 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gacttgggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcaatcc cgcgaggggg 1260 agcaaatctc aaaaataacg tctcagttcg gactgtagtc tgcaactcga ctacacgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagttggt aatgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggcag gactgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 76 <211> 1531 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Roseburia_sp_CAG_45_SC195.GCA_900066395.DFLPCHGC_01805 16S ribosomal RNA <400> 76 atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcttaacac atgcaagtcg 60 aacgaagcac tttattacga tttcttcgga atgacgattt agtgactgag tggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgccttata cagggggata acagttagaa atgactgcta 180 ataccgcata agcgcacagg attgcatgat ctggtgtgaa aaactccggt ggtataagat 240 ggacccgcgt ctgattagct ggttggtgag gtaacggccc accaaggcga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gaagaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaaaaatg acggtacctg 480 actaagaagc cccggctaac tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gggcaagcgt 540 tatccggatt tactgggtgt aaagggagcg caggcggtgc ggcaagtctg atgtgaaagc 600 ccggggctca accccgggac tgcattggaa actgtcgtac ttgagtatcg gagaggtaag 660 tggaattcct agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg 720 cggcttactg gacgataact gacgctgagg ctcgaaagcg tggggagcaa acaggattag 780 ataccctggt agtccacgcc gtaaacgatg aatactaggt gtcgggggac atagtccttc 840 ggtgccgcag caaacgcaat aagtattcca cctggggagt acgttcgcaa gaatgaaact 900 caaaggaatt gacggggacc cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg 960 cgaagaacct taccaagtct tgacatcccg gtgacaaagt atgtaatgta ctctttcttc 1020 ggaacaccgg tgacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080 aagtcccgca acgagcgcaa cccctgttct tagtagccag cggttcggcc gggcactcta 1140 gggagactgc cagggataac ctggaggaag gcggggatga cgtcaaatca tcatgcccct 1200 tatgacttgg gctacacacg tgctacaatg gcgtaaacaa agggaagcga aaaggtgact 1260 tctagcaaat cccaaaaata acgtcccagt tcggactgta gtctgcaact cgactacacg 1320 aagctggaat cgctagtaat cgcgaatcag aatgtcgcgg tgaatacgtt cccgggtctt 1380 gtacacaccg cccgtcacac catgggagtc gggaatgccc gaagccggtg actcaaccga 1440 aaggagagag ccgtcgaagg caggtctgat aactggggtg aagtcgtaac aaggtagccg 1500 tatcggaagg tgcggctgga tcacctcctt t 1531 <210> 77 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ruminococcus_gnavus.GCF_000507805.ONIFJNBG_02190 16S ribosomal RNA <400> 77 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gagcgaagca cttttgcgga tttcttcgga ttgaagcaat tgtgactgag cggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttggaa acggctgcta 180 ataccgcata agcgcacagt accgcatggt accgtgtgaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattagct agttggtggg gtaacggcct accaaggcga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gatgaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggcatggc aagccagatg tgaaagcccg 600 gggctcaacc ccgggactgc atttggaact gtcaggctag agtgtcggag aggaaagcgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 ctttctggac gatgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac ctggtcttga catccccctg accgctcttt aatcggagct ttccttcggg 1020 acaggggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctatctttag tagccagcat ttcggatggg cactctagag 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gaccagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgagcc cgcgaggggg 1260 agcaaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggtgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 78 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ruminococcus_gnavus.GCF_000507805.ONIFJNBG_02411 16S ribosomal RNA <400> 78 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gagcgaagca ccttgacgga tttcttcgga ttgaagcctt ggtgactgag cggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttggaa acggctgcta 180 ataccgcata agcgcacagt accgcatggt acggtgtgaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattaggt agttggtggg gtaacggcct accaagccga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gatgaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggcatggc aagccagatg tgaaagcccg 600 gggctcaacc ccgggactgc atttggaact gtcaggctag agtgtcggag aggaaagcgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 ctttctggac gatgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac ctggtcttga catccctctg accgctcttt aatcggagct ttccttcggg 1020 acagaggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctatctttag tagccagcat tttggatggg cactctagag 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gatcagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgagcc cgcgaggggg 1260 agcaaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggtgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 79 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ruminococcus_gnavus.GCF_000507805.ONIFJNBG_02808 16S ribosomal RNA <400> 79 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gagcgaagca ccttgacgga tttcttcgga ttgaagcctt ggtgactgag cggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttggaa acggctgcta 180 ataccgcata agcgcacagt accgcatggt acggtgtgaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattaggt agttggtggg gtaacggcct accaagccga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gatgaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggcatggc aagccagatg tgaaagcccg 600 gggctcaacc ccgggactgc atttggaact gtcaggctag agtgtcggag aggaaagcgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 ctttctggac gatgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac ctggtcttga catccccctg accgctcttt aatcggagct ttccttcggg 1020 acagaggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctatctttag tagccagcat tttggatggg cactctagag 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gatcagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgagcc cgcgaggggg 1260 agcaaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggtgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 80 <211> 1242 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ruminococcus_gnavus.GCF_000507805.ONIFJNBG_02871 16S ribosomal RNA (partial) <220> <221> misc_feature <222> (1)..(1) <223> n is a, c, g, or t <400> 80 ncgacgatca gtagccgacc tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc 60 aaactcctac gggaggcagc agtggggaat attgcacaat gggggaaacc ctgatgcagc 120 gacgccgcgt gagcgatgaa gtatttcggt atgtaaagct ctatcagcag ggaagaaaat 180 gacggtacct gactaagaag ccccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag 240 ggggcaagcg ttatccggat ttactgggtg taaagggagc gtagacggca tggcaagcca 300 gatgtgaaag cccggggctc aaccccggga ctgcatttgg aactgtcagg ctagagtgtc 360 ggagaggaaa gcggaattcc tagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattag gaggaacacc 420 agtggcgaag gcggctttct ggacgatgac tgacgttgag gctcgaaagc gtggggagca 480 aacaggatta gataccctgg tagtccacgc cgtaaacgat gaatactagg tgtcgggtgg 540 caaagccatt cggtgccgca gcaaacgcaa taagtattcc acctggggag tacgttcgca 600 agaatgaaac tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat 660 tcgaagcaac gcgaagaacc ttacctggtc ttgacatccc tctgaccgct ctttaatcgg 720 aactttcctt cgggacagag gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga 780 gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca acccctatct ttagtagcca gcattttgga 840 tgggcactct agagagactg ccagggataa cctggaggaa ggtggggatg acgtcaaatc 900 atcatgcccc ttatgaccag ggctacacac gtgctacaat ggcgtaaaca aagggaagcg 960 agcccgcgag ggggagcaaa tcccaaaaat aacgtctcag ttcggattgt agtctgcaac 1020 tcgactacat gaagctggaa tcgctagtaa tcgcgaatca gaatgtcgcg gtgaatacgt 1080 tcccgggtct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgggagt cagtaacgcc cgaagtcagt 1140 gacccaaccg caaggaggga gctgccgaag gtgggaccga taactggggt gaagtcgtaa 1200 caaggtagcc gtatcggaag gtgcggctgg atcacctcct tt 1242 <210> 81 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ruminococcus_gnavus.GCF_000507805.ONIFJNBG_03037 16S ribosomal RNA <400> 81 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gagcgaagca ccttgacgga tttcttcgga ttgaagcctt ggtgactgag cggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttggaa acggctgcta 180 ataccgcata agcgcacagt accgcatggt acggtgtgaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattaggt agttggtggg gtaacggcct accaagccga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gatgaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggcatggc aagccagatg tgaaagcccg 600 gggctcaacc ccgggactgc atttggaact gtcaggctag agtgtcggag aggaaagcgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 ctttctggac gatgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac ctggtcttga catccctctg accgctcttt aatcggagct ttccttcggg 1020 acagaggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctatctttag tagccagcat ttcggatggg cactctagag 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gaccagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgagcc cgcgaggggg 1260 agcaaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggtgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 82 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ruminococcus_gnavus_SC145.SPC11233.DDNHIDEK_02634 16S ribosomal RNA <400> 82 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gagcgaagcg cttttgcgga tttcttcgga ttgaagcaac tgtgactgag cggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttggaa acggctgcta 180 ataccgcata agcgcacagt accgcatggt accgtgtgaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattagct agttggtggg gtaacggcct accaaggcga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gatgaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggcatggc aagccagatg tgaaagcccg 600 gggctcaacc ccgggactgc atttggaact gtcaggctag agtgtcggag aggtaagcgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac gatgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgaat actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tattccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac ctggtcttga catccctatg accgctcttt aatcggagct ttccttcggg 1020 acagaggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctatctttag tagccagcat tttggatggg cactctagag 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gaccagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgaacc tgcgaggggg 1260 agcaaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgtaag 1440 gagggagctg ccgaaggtgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 83 <211> 1528 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Ruminococcus_SC103.GCA_900066095.HKFAEPAM_02180 16S ribosomal RNA <400> 83 tacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagca cttaagtttg attcttcgga tgaagacttt tgtgactgag tggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttagaa atggctgcta 180 ataccgcata agaccacagc accgcatggt gcaggggtaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattagct ggttggtggg gtaacggcct accaaggcga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgaag 420 gatgaagtat ttcggtatgt aaacttctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggtatggc aagtctgatg tgaaaggcca 600 gggctcaacc ctgggactgc attggaaact gtcgaactag agtgtcggag aggcaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttgctggac gatgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact actaggtgtc gggtagcaga gctattcggt 840 gccgcagcca acgcaataag tagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac ctgctcttga catctccctg accggcaagt aatgttgcct ttccttcggg 1020 acagggatga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctatctttag tagccagcgg tacggccggg cactctagag 1140 agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gagcagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgagcc tgcgagggta 1260 agcaaatctc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagttggt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgcaag 1440 gagggagctg ccgaaggtgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 84 <211> 1560 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_atypica.GCF_000179755.LBHEMEMC_00479 16S ribosomal RNA <400> 84 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatccaatct cggcatcgag actggatgaa aggtggcctc tatttataag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcgatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaatg gttcttgtgc 480 gaatagtgcg aggatttgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggattag ttagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gctgatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaactag agatagttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca cttcgggtgg gaactcatga gagactgccg cagacaatgc ggaggaaggc 1200 ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgta ctacaatggg 1260 agttaataga cggaagcgaa accgcgaggt ggagcaaacc cgagaaacac tctctcagtt 1320 cggatcgtag gctgcaactc gcctacgtga agtcggaatc gctagtaatc gcaggtcagc 1380 atactgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acgaaagtcg 1440 gaagtgccca aagccggtgg ggtaaccttc gggagccagc cgtctaaggt aaagtcgatg 1500 attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1560 <210> 85 <211> 1560 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_dispar.GCF_000160015.BDENPNGG_00523 16S ribosomal RNA <400> 85 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatctaacct cggcatcgag gatagatgaa aggtggcctc tatttataag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcgatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaaag gccttcttgc 480 gaatagttag aaggattgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggattgg tcagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gccaatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaactag agatagttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca ctttgggtgg gaactcatga gagactgccg cagacaatgc ggaggaaggc 1200 ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgta ctacaatggg 1260 agttaataga cggaagcaat accgcgaggt ggagcaaacc cgagaaacac tctctcagtt 1320 cggatcgtag gctgcaactc gcctacgtga agtcggaatc gctagtaatc gcaggtcagc 1380 atactgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acgaaagtcg 1440 gaagtgccca aagccggtgg ggtaaccttc gggagccagc cgtctaaggt aaagtcgatg 1500 attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat tacctccttt 1560 <210> 86 <211> 1560 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_dispar.GCF_000160015.BDENPNGG_01115 16S ribosomal RNA <400> 86 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatctaacct cggcatcgag gatagatgaa aggtggcctc tatttataag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcgatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaaag gccttcttgc 480 gaatagttag aaggattgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggattgg tcagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gccaatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaactag agatagttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca ctttgggtgg gaactcatga gagactgccg cagacaatgc ggaggaaggc 1200 ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgta ctacaatggg 1260 agttaataga cggaagcaat accgcgaggt ggagcaaacc cgagaaacac tctctcagtt 1320 cggatcgtag gctgcaactc gcctacgtga agtcggaatc gctagtaatc gcaggtcagc 1380 atactgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acgaaagtcg 1440 gaagtgccca aagccggtgg ggtaaccttc gggagccagc cgtctaaggt aaagtcgatg 1500 attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1560 <210> 87 <211> 1561 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_parvula.GCF_000215025.NBPOCHED_00439 16S ribosomal RNA <400> 87 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatctaatct cggcatcgag gatagatgaa aggtggcctc tacatgtaag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcgatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaaag gccttcttgc 480 gaacagttag aaggattgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggatcag tcagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gctgatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaactag agatagttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca cgtaatggtg ggaactcatg agagactgcc gcagacaatg cggaggaagg 1200 cggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgacctggg ctacacacgt actacaatgg 1260 gagttaatag acggaagcga gatcgcgaga tggagcaaac ccgagaaaca ctctctcagt 1320 tcggatcgta ggctgcaact cgcctacgtg aagtcggaat cgctagtaat cgcaggtcag 1380 catactgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac cacgaaagtc 1440 ggaagtgccc aaagccggtg gggtaacctt cgggagccag ccgtctaagg taaagtcgat 1500 gattggggtg aagtcgtaac aaggtagccg tatcggaagg tgcggctgga tcacctcctt 1560 t 1561 <210> 88 <211> 1560 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_ratti.GCF_000315505.DOIPMBPC_01633 16S ribosomal RNA <400> 88 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacggagag agatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaaccaacc tgcccttcag agggggataa caacgggaaa ccgttgctaa taccgcgtac 180 gaatgaactt cggcatcgga gctcattgaa aggtggcctc tatttataag ctatcgctga 240 aggagggggt tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcaatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc caaactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaatg gtctttgtgt 480 gaataatgca aagatttgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggtttca taagtctgtc ttaaaagtgc ggggcttaac cccgtgaggg gatggaaact 660 atggaactgg agtatcggag aggaaagcgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcgg ctttctggac gacaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac ggtcgcaagg ctgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acgaaacaag agattgtttt tctccttcgg gagccagaaa acaggtggtg cacggctgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca cttcgggtgg gaactcatga gagactgccg cagacaatgc ggaggaaggc 1200 ggggatgacg tcaagtcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgta ctacaatggg 1260 ctttaataga gggaagcgaa accgcgaggt ggagcaaacc ccagaaacaa gctctcagtt 1320 cggatcgtag gctgcaactc gcctacgtga agtcggaatc gctagtaatc gcaggtcagc 1380 atactgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acgaaagtcg 1440 gaagtaccca aagccggtgg ggtaaccttc gggagccagc cgtctaaggt aaagtcgatg 1500 attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1560 <210> 89 <211> 1562 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_3_1_44.GCF_000163715.NFDDHLDP_00010 16S ribosomal RNA <400> 89 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatctaatct cggcatcgag gatagatgaa aggtggcctc tacatgtaag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcgatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaaag gccttcttgc 480 gaatagtgag aaggattgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggatagg tcagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gccaatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaaccag agatggttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca cgtaaaggtg gggaactcat gagagactgc cgcagacaat gcggaggaag 1200 gcggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgacctgg gctacacacg tactacaatg 1260 ggagttaata gacggaagcg agatcgcgag atggagcaaa cccgagaaac actctctcag 1320 ttcggatcgt aggctgcaac tcgcctacgt gaagtcggaa tcgctagtaa tcgcaggtca 1380 gcatactgcg gtgaatacgt tcccgggcct tgtacacacc gcccgtcaca ccacgaaagt 1440 cggaagtgcc caaagccggt ggggtaacct tcgggagcca gccgtctaag gtaaagtcga 1500 tgattggggt gaagtcgtaa caaggtagcc gtatcggaag gtgcggctgg atcacctcct 1560 tt 1562 <210> 90 <211> 1560 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_6_1_27.GCF_000163735.LEKPOLAK_00006 16S ribosomal RNA <400> 90 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatctaatct cggcatcgag gatagatgaa aggtggcctc tacatgtaag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcgatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaaag gccttcttgc 480 gaatagtgag aaggattgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggatcag tcagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gctgatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaaccag agatggttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca ctttgggtgg ggactcatga gagactgccg cagacaatgc ggaggaaggc 1200 ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgta ctacaatggg 1260 agttaataga cggaagcgag atcgcgagat ggagcaaacc cgagaaacac tctctcagtt 1320 cggatcgtag gctgcaactc gcctacgtga agtcggaatc gctagtaatc gcaggtcagc 1380 atactgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acgaaagtcg 1440 gaagtgccca aagccggtgg ggtaaccttc gggagccagc cgtctaaggt aaagtcgatg 1500 attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1560 <210> 91 <211> 1560 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_HPA0037.GCF_000411535.CBIHEBNK_00803 16S ribosomal RNA <400> 91 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagaa cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatccaatct cggcatcgag actggatgaa aggtggcctc tatttataag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcgatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaatg gttcttgtgc 480 aaatagtgcg aggatttgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggattgg tcagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gccaatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaactag agatagttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca cttcgggtgg gaactcatga gagactgccg cagacaatgc ggaggaaggc 1200 ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgta ctacaatggg 1260 agttaataga cggaagcgaa accgcgaggt ggagcaaacc cgagaaacac tctctcagtt 1320 cggatcgtag gctgcaactc gcctacgtga agtcggaatc gctagtaatc gcaggtcagc 1380 atactgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acgaaagtcg 1440 gaagtgccca aagccggtgg ggtaaccttc gggagccagc cgtctaaggt aaagtcgatg 1500 attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1560 <210> 92 <211> 1560 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_HPA0037.GCF_000411535.CBIHEBNK_01213 16S ribosomal RNA <400> 92 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatccaatct cggcatcgag actggatgaa aggtggcctc tatttataag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcgatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaatg gttcttgtgc 480 aaatagtgcg aggatttgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggattgg tcagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gccaatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaaccag agatggttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca cttcgggtgg gaactcatga gagactgccg cagacaatgc ggaggaaggc 1200 ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgta ctacaatggg 1260 agttaataga cggaagcgaa accgcgaggt ggagcaaacc cgagaaacac tctctcagtt 1320 cggatcgtag gctgcaactc gcctacgtga agtcggaatc gctagtaatc gcaggtcagc 1380 atactgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acgaaagtcg 1440 gaagtgccca aagccggtgg ggtaaccttc gggagccagc cgtctaaggt aaagtcgatg 1500 attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gtggctggat cacctccttt 1560 <210> 93 <211> 1560 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_HPA0037.GCF_000411535.CBIHEBNK_01774 16S ribosomal RNA <400> 93 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tacccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatccaatct cggcatcgag actggatgaa aggtggcctc tatttataag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcgatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tattccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaatg gttcttgtgc 480 gaatagtgcg aggatttgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggattgg tcagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gccaatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaaccag agatggttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca cttcgggtgg gaactcatga gagactgccg cagacaatgc ggaggaaggc 1200 ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgta ctacaatggg 1260 agttaataga cggaagcgaa accgcgaggt ggagcaaacc cgagaaacac tctctcagtt 1320 cggatcgtag gctgcaactc gcctacgtga agtcggaatc gctagtaatc gcaggtcagc 1380 atactgcggt gaatacgttc ccgggccttg tacacaccgc ccgtcacacc acgaaagtcg 1440 gaagtgccca aagccggtgg ggtaaccttc gggagccagc cgtctaaggt aaagtcgatg 1500 attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1560 <210> 94 <211> 885 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_oral_taxon_158.GCF_000183505.MDJKJNHE_00001 16S ribosomal RNA (partial) <400> 94 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatccaatct cggcatcgag gatggatgaa aggtggcctc tatttataag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcaatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaaag gtcttcttgc 480 gaatagttag aagaattgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggatcag ttagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gctgatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgc 885 <210> 95 <211> 884 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_oral_taxon_158.GCF_000183505.MDJKJNHE_01282 16S ribosomal RNA (partial) <400> 95 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatccaacct cggcatcgag gatggatgaa aggtggcctc tatttataag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcaatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaaag gtcctcttgc 480 gaatagttag aggaattgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggatcag tcagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gctgatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tataggaaga acaccagtgg cgaaggcgac tttctggacg aaaactgacg ctgaggcgcg 780 aaagccaggg gagcgaacgg gattagatac cccggtagtc ctggccgtaa acgatgggta 840 ctaggtgtag gaggtatcga ccccttctgt gccggagtta acgc 884 <210> 96 <211> 1561 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_oral_taxon_158.GCF_000183505.MDJKJNHE_01728 16S ribosomal RNA <400> 96 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacgaagag cgatggaagc ttgcttctat caatcttagt ggcgaacggg tgagtaacgc 120 gtaatcaacc tgcccttcag agggggacaa cagttggaaa cgactgctaa taccgcatac 180 gatccaacct cggcatcgag gatggatgaa aggtggcctc tatttataag ctatcactga 240 aggaggggat tgcgtctgat tagctagttg gaggggtaac ggcccaccaa ggcaatgatc 300 agtagccggt ctgagaggat gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta 360 cgggaggcag cagtggggaa tcttccgcaa tggacgaaag tctgacggag caacgccgcg 420 tgagtgatga cggccttcgg gttgtaaagc tctgttaatc gggacgaaag gtcttcttgc 480 gaatagttag aagaattgac ggtaccggaa tagaaagcca cggctaacta cgtgccagca 540 gccgcggtaa tacgtaggtg gcaagcgttg tccggaatta ttgggcgtaa agcgcgcgca 600 ggcggatcag ttagtctgtc ttaaaagttc ggggcttaac cccgtgatgg gatggaaact 660 gctgatctag agtatcggag aggaaagtgg aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga 720 tattaggaag aacaccagtg gcgaaggcga ctttctggac gaaaactgac gctgaggcgc 780 gaaagccagg ggagcgaacg ggattagata ccccggtagt cctggccgta aacgatgggt 840 actaggtgta ggaggtatcg accccttctg tgccggagtt aacgcaataa gtaccccgcc 900 tggggagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cgggggcccg cacaagcggt 960 ggagtatgtg gtttaattcg acgcaacgcg aagaacctta ccaggtcttg acattgatgg 1020 acagaactag agatagttcc tcttcttcgg aagccagaaa acaggtggtg cacggttgtc 1080 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcttat 1140 gttgccagca cgtaatggtg ggaactcatg agagactgcc gcagacaatg cggaggaagg 1200 cggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgacctggg ctacacacgt actacaatgg 1260 gagttaatag acggaagcga gatcgcgaga tggagcaaac ccgagaaaca ctctctcagt 1320 tcggatcgta ggctgcaact cgcctacgtg aagtcggaat cgctagtaat cgcaggtcag 1380 catactgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg cccgtcacac cacgaaagtc 1440 ggaagtgccc aaagccggtg gggtaacctt cgggagccag ccgtctaagg taaagtcgat 1500 gattggggtg aagtcgtaac aaggtagccg tatcggaagg tgcggctgga tcacctcctt 1560 t 1561 <210> 97 <211> 887 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_oral_taxon_158.GCF_000183505.MDJKJNHE_01900 16S ribosomal RNA (partial) <400> 97 ttggagagtt tgatcctggc gtcaggacga acggctggcg gcgtgcttaa cacatgcaag 60 tcgaacgaag agcgatggaa gcttgcttct atcaatctta gtggcgaacg ggtgagtaac 120 gcgtaatcaa cctgcccttc agagggggac aacagttgga aacgactgct aataccgcat 180 acgattcgac ctcggcatcg aggatggatg aaaggtggcc tctatttata agctatcact 240 gaaggagggg attgcgtctg attagctagt tggaggggta acggcccacc aaggcaatga 300 tcagtagccg gtctgagagg atgaacggcc acattgggac tgagacacgg cccagactcc 360 tacgggaggc agcagtgggg aatcttccgc aatggacgaa agtctgacgg agcaacgccg 420 cgtgagtgat gacggccttc gggttgtaaa gctctgttaa tcgggacgaa aggtcctctt 480 gcgaatagtt agaggaattg acggtaccgg aatagaaagc cacggctaac tacgtgccag 540 cagccgcggt aatacgtagg tggcaagcgt tgtccggaat tattgggcgt aaagcgcgcg 600 caggcggatc agttagtctg tcttaaaagt tcggggctta accccgtgat gggatggaaa 660 ctgctgatct agagtatcgg agaggaaagt ggaattccta gtgtagcggt gaaatgcgta 720 gatattagga agaacaccag tggcgaaggc gactttctgg acgaaaactg acgctgaggc 780 gcgaaagcca ggggagcgaa cgggattaga taccccggta gtcctggccg taaacgatgg 840 gtactaggtg taggaggtat cgaccccttc tgtgccggag ttaacgc 887 <210> 98 <211> 1016 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_oral_taxon_780.GCF_000221605.ANLHGNCD_00377 16S ribosomal RNA (partial) <400> 98 cttggagagt ttgatcctgg ctcaggacga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt 60 cgaacggaca gacagagagc ttgctctctt gaagttagtg gcgaacgggt gagtaacgcg 120 taatcaacct gcccttcaga gggggataac aacgggaaac cgttgctaat accgcgtacg 180 attcataagt ggcatcgctt gtgaatgaaa ggtggcctct atgtataagc tatcgctgaa 240 ggaggggatt gcgtctgatt agctagttgg aggggtaacg gcccaccaag gcaatgatca 300 gtagccggtc tgagaggatg aacggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac 360 gggaggcagc agtggggaat cttccgcaat ggacgaaagt ctgacggagc aacgccgcgt 420 gagtgatgaa ggtcttcgga ttgtaaagct ctgttaatcg ggacgaaaga gttctgtgtg 480 aataatgcag aaaagtgacg gtaccggaat agaaagccac ggctaactac gtgccagcag 540 ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttgt ccggaattat tgggcgtaaa gcgcgcgcag 600 gcggcctatc cagtctgtct taaaagttcg gggctcaacc ccgtgatggg atggaaacta 660 gtaggctaga gtatcggaga ggaaagcgga attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat 720 attaggaaga acaccagtgg cgaaggcggc tttctggacg aaaactgacg ctgaggcgcg 780 aaagccaggg gagcgaacgg gattagatac cccggtagtc ctggccgtaa acgatgggta 840 ctaggtgtag gaggtatcga ccccttctgt gccggagtta acgcaataag taccccgcct 900 ggggagtacg gtcgcaaggc tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg 960 gagtatgtgg tttaattcga cgcaacgcga agaaccttac caggtcttga cattga 1016 <210> 99 <211> 1559 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_oral_taxon_780.GCF_000221605.ANLHGNCD_00528 16S ribosomal RNA <400> 99 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacggacag acagagagct tgctctcttg aagttagtgg cgaacgggtg agtaacgcgt 120 aatcaacctg cccttcagag ggggataaca acgggaaacc gttgctaata ccgcgtacga 180 ttcacaggcg gcatcgcttg tgaatgaaag gtggcctcta tatataagct atcgctgaag 240 gaggggattg cgtctgatta gctagttgga ggggtaacgg cccaccaagg caatgatcag 300 tagccggtct gagaggatga acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg 360 ggaggcagca gtggggaatc ttccgcaatg gacgaaagtc tgacggagca acgccgcgtg 420 agtgatgaag gtcttcggat tgtaaagctc tgttaatcgg gacgaaagag ttctgtgtga 480 ataatgcaga aaagtgacgg taccggaata gaaagccacg gctaactacg tgccagcagc 540 cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggaattatt gggcgtaaag cgcgcgcagg 600 cggcctatcc agtctgtctt aaaagttcgg ggctcaaccc cgtgatggga tggaaactag 660 taggctagag tatcggagag gaaagcggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 720 ttaggaagaa caccagtggc gaaggcggct ttctggacga aaactgacgc tgaggcgcga 780 aagccagggg agcgaacggg attagatacc ccggtagtcc tggccgtaaa cgatgggtac 840 taggtgtagg aggtatcgac cccttctgtg ccggagttaa cgcaataagt accccgcctg 900 gggagtacgg tcgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggtgg 960 agtatgtggt ttaattcgac gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac attgatggac 1020 gaaacaagag attgtttttc tccttcggga gccagaaaac aggtggtgca cggctgtcgt 1080 cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaacccc tatcttatgt 1140 tgccagcacg taaaggtggg aactcatgag agactgccgc agacaatgcg gaggaaggcg 1200 gggatgacgt caagtcatca tgccccttat gacctgggct acacacgtac tacaatgggc 1260 tttaatagag ggaagcgaag ccgcgaggtg gagcaaaccc cagaaacaag ctctcagttc 1320 ggatcgtagg ctgcaactcg cctacgtgaa gtcggaatcg ctagtaatcg caggtcagca 1380 tactgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca cgaaagtcgg 1440 aagtacccaa agccggtggg gtaaccttcg ggagccagcc gtctaaggta aagtcgatga 1500 ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtagccgta tcggaaggtg cggctggatc acctccttt 1559 <210> 100 <211> 1559 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_oral_taxon_780.GCF_000221605.ANLHGNCD_00834 16S ribosomal RNA <400> 100 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacggacag acagagagct tgctctcttg aagttagtgg cgaacgggtg agtaacgcgt 120 aatcaacctg cccttcagag ggggataaca acgggaaacc gttgctaata ccgcgtacga 180 ttcacaggcg gcatcgcttg tgaatgaaag gtggcctcta tatataagct atcgctgaag 240 gaggggattg cgtctgatta gctagttgga ggggtaacgg cccaccaagg caatgatcag 300 tagccggtct gagaggatga acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg 360 ggaggcagca gtggggaatc ttccgcaatg gacgaaagta ctgacggagc aacgccgcgt 420 gagtgatgaa ggtcttcgga ttgtaaagct ctgttaatcg ggacgaaaga gttctgtgtg 480 aataatgcag aaaagtgacg gtaccggaat agaaagccac ggctaactac gtgccagcag 540 ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttgt ccggaattat tgggcgtaaa gcgcgcgcag 600 gcggcctatc cagtctgtct taaaagttcg gggctcaacc ccgtgatggg atggaaacta 660 gtaggctaga gtatcggaga ggaaagcgga attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat 720 attaggaaga acaccagtgg cgaaggcggc tttctggacg aaaactgacg ctgaggcgcg 780 aaagccaggg gagcgaacgg gattagatac cccggtagtc ctggccgtaa acgatgggta 840 ctaggtgtag gaggtatcga ccccttctgt gccggagtta acgcaataag taccccgcct 900 ggggagtacg gtcgcaaggc tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg 960 gagtatgtgg tttaattcga cgcaacgcga agaaccttac caggtcttga cattgatgga 1020 cgaagcaaga gattgttttt ctccttcggg agccagaaaa caggtggtgc acggctgtcg 1080 tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ctatcttatg 1140 ttgccagcac ttcgggtggg aactcatgag agactgccgc agacaatgcg gaggaaggcg 1200 gggatgacgt caagtcatca tgccccttat gacctgggct acacacgtac tacaatgggc 1260 tttaatagag ggaagcgaag ccgcgaggtg gagcaaaccc cagaaacaag ctctcagttc 1320 ggatcgtagg ctgcaactcg cctacgtgaa gtcggaatcg ctagtaatcg caggtcagca 1380 tactgcggtg aatacgttcc cgggccttgt acacaccgcc cgtcacacca cgaaagtcgg 1440 aagtacccaa agccggtggg gtaaccttcg ggagccagcc gtctaaggta aagtcgatga 1500 ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtagccgta tcggaaggtg cggctggatc acctccttt 1559 <210> 101 <211> 1558 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Veillonella_sp_oral_taxon_780.GCF_000221605.ANLHGNCD_01072 16S ribosomal RNA <400> 101 ttggagagtt tgatcctggc tcaggacgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60 gaacggacag acagagagct tgctctcttg aagttagtgg cgaacgggtg agtaacgcgt 120 aatcaacctg cccttcagag ggggataaca acgggaaacc gttgctaata ccgcgtacga 180 ttcataggcg gcatcgcttg tgaatgaaag gtggcctcta tatataagct atcgctgaag 240 gaggggattg cgtctgatta gctagttgga ggggtaacgg cccaccaagg caatgatcag 300 tagccggtct gagaggatga acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg 360 ggaggcagca gtggggaatc ttccgcaatg gacgaaagtc tgacggagca acgccgcgtg 420 agtgatgaag gtcttcggat tgtaaagctc tgttaatcgg gacgaaagag ttctgtgtga 480 ataatgcaga aaagtgacgg taccggaata gaaagccacg gctaactacg tgccagcagc 540 cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggaattatt gggcgtaaag cgcgcgcagg 600 cggcctatcc agtctgtctt aaaagttcgg ggctcaaccc cgtgatggga tggaaactag 660 taggctagag tatcggagag gaaagcggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 720 ttaggaagaa caccagtggc gaaggcggct ttctggacga aaactgacgc tgaggcgcga 780 aagccagggg agcgaacggg attagatacc ccggtagtcc tggccgtaaa cgatgggtac 840 taggtgtagg aggtatcgac cccttctgtg ccggagttaa cgcaataagt accccgcctg 900 gggagtacgg tcgcaaggct gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggtgg 960 agtatgtggt ttaattcgac gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac attgatggac 1020 gaaacaagag attgtttttc tccttcggga gccagaaaac aggtggtgca cggctgtcgt 1080 cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaacccc tatcttatgt 1140 tgccagcact tcgggtggga actcatgaga gactgccgca gacaatgcgg aggaaggcgg 1200 ggatgacgtc aagtcatcat gccccttatg acctgggcta cacacgtact acaatgggct 1260 ttaatagagg gaagcgaagc cgcgaggtgg agcaaacccc agaaacaagc tctcagttcg 1320 gatcgtaggc tgcaactcgc ctacgtgaag tcggaatcgc tagtaatcgc aggtcagcat 1380 actgcggtga atacgttccc gggccttgta cacaccgccc gtcacaccac gaaagtcgga 1440 agtacccaaa gccggtgggg taaccttcgg gagccagccg tctaaggtaa agtcgatgat 1500 tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1558 <210> 102 <211> 1248 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> SPC11312_contig000132_1_1248 <400> 102 ggctcaccaa ggcgacgatc agtagccgga ctgagaggtt ggccggccac attgggactg 60 agacacggcc cagactccta cgggaggcag cagtggggaa tattgggcaa tgggcgaaag 120 cctgacccag caacgccgcg tgaaggaaga aggccctcgg gttgtaaact tcttttgtca 180 gggacgaagc aagtgacggt acctgacgaa taagccacgg ctaactacgt gccagcagcc 240 gcggtaatac gtaggtggca agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg gcgtgtaggc 300 gggagtgcaa gtcagatgtg aaaactatgg gctcaaccca tagcctgcat ttgaaactgt 360 acttcttgag tgatggagag gcaggcggaa ttccctgtgt agcggtgaaa tgcgtagata 420 tagggaggaa caccagtggc gaaggcggcc tgctggacat taactgacgc tgaggcgcga 480 aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatggatac 540 taggtgtggg gggtctgacc ccctccgtgc cgcagttaac acaataagta tcccacctgg 600 ggagtacgat cgcaaggttg aaactcaaag gaattgacgg gggcccgcac aagcggtgga 660 gtatgtggtt taattcgaag caacgcgaag aaccttacca ggacttgaca tcctactaac 720 gaagcagaga tgcataaggt gcccttcggg gaaagtagag acaggtggtg catggttgtc 780 gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa gtcccgcaac gagcgcaacc cttattgtta 840 gttgctacgc aagagcactc tagcgagact gccgttgaca aaacggagga aggtggggac 900 gacgtcaaat catcatgccc cttatgtcct gggccacaca cgtactacaa tggcggtcaa 960 cagagggaag caaagccgcg aggtggagca aatccctaaa agccgtccca gttcggattg 1020 caggctgaaa ctcgcctgta tgaagtcgga atcgctagta atcgcggatc agcatgccgc 1080 ggtgaatacg ttcccgggcc ttgtacacac cgcccgtcac accatgagag tcgggaacac 1140 ccgaagtccg tagcctaaca gcaatggggg cgcggccgaa ggtgggttcg ataattgggg 1200 tgaagtcgta acaaggtagc cgtatcggaa ggtgcggctg gatcacct 1248 <210> 103 <211> 1491 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> SPC10925_contig000052_38_1528 <400> 103 agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg 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ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gaagaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggatgggc aagtctgatg tgaaaacccg 600 gggctcaacc ccgggactgc attggaaact gttcatctag agtgctggag aggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac agtaactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac ctgctcttga catcccgctg accggacggt aatgcgtcct tcccttcggg 1020 gcagcggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tccccgcaac gagcgcaacc cctatcttta gtagccagcg gccaggccgg gcactctaga 1140 gagactgccg gggataaccc ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta 1200 tgagcagggc tacacacgtg ctacaatggc gtaaacaaag ggaagcgaga ccgcgaggtg 1260 gagcaaatcc caaaaataac gtctcagttc ggattgtagt ctgcaactcg actacatgaa 1320 gctggaatcg ctagtaatcg cgaatcagaa tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt 1380 acacaccgcc cgtcacacca tgggagtcag taacgcccga agtcagtgac ccaaccgtaa 1440 ggagggagct gccgaaggcg ggaccgataa ctggggtgaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500 tcggaaggtg cggctggatc acctccttt 1529 <210> 394 <211> 1056 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> GCF_000153925|COOEMKBM_01235 16S ribosomal RNA (partial) <400> 394 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcctaaca catgcaagtc 60 gagcgaagca ctttgcttag attcttcgga tgaagaggat tgtgactgag cggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttagaa atgactgcta 180 ataccgcata agaccacagc accgcatggt gcgggggtaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattagct agttggtaag gtaacggctt accaaggcga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gaagaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggatgggc aagtctgatg tgaaaacccg 600 gggctcaacc ccgggactgc attggaaact gttcatctag agtgctggag aggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac agtaactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg ggagcatgtg gtttaattcg aagcaacgcg 960 aagaacctta cctgctcttg acatcccgct gaccggacgg taatgcgtcc ttcccttcgg 1020 gcagcggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagct 1056 <210> 395 <211> 1529 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> GCF_000153925|COOEMKBM_01236 16S ribosomal RNA <400> 395 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcctaaca catgcaagtc 60 gagcgaagca ctttgcttag attcttcgga tgaagaggat tgtgactgag cggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttagaa atgactgcta 180 ataccgcata agaccacagc accgcatggt gcgggggtaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattagct agttggtaag gtaacggctt accaaggcga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtggccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gaagaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggatgggc aagtctgatg tgaaaacccg 600 gggctcaacc ccgggactgc attggaaact gttcatctag agtgctggag aggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac agtaactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac ctgctcttga catcccgctg accggacggt aatgcgtcct tcccttcggg 1020 gcagcggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctatctttag tagccagcgg ccaggccggg cactctagag 1140 agactgccgg ggataacccg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gagcagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgagac cgcgaggtgg 1260 agcaaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgtaag 1440 gagggagctg ccgaaggcgg gaccgataac tgggggtgaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500 tcggaaggtg cggctggatc acctccttt 1529 <210> 396 <211> 1177 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> GCF_000153925|COOEMKBM_01246 16S ribosomal RNA (partial) <400> 396 aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcctaaca catgcaagtc 60 gagcgaagca ctttgcttag attcttcgga tgaagaggat tgtgactgag cggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttagaa atgactgcta 180 ataccgcata agaccacagc accgcatggt gcgggggtaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattagct ggttggtaag gtaacggctt accaaggcga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gaagaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggatgggc aagtctgatg tgaaaacccg 600 gggctcaacc ccgggactgc attggaaact gttcatctag agtgctggag aggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac agtaactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tagtccacct gggggagtac gttcgcaaga atgaaactca 900 aaggaattga cgggggaccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc 960 gaagaacctt acctgctctt gacatcccgc tgaccggacg gtaatgcgtc cttcccttcg 1020 gggcagcgga gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta 1080 agtcccgcac gagcgcaacc ctatctttag tagcagcggc caggccgggc actctaaaag 1140 agactgccgg ggataatccc gggaggaagg tggggat 1177 <210> 397 <211> 1528 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> GCF_000153925|COOEMKBM_01507 16S ribosomal RNA <400> 397 tacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgcgggcggc gtgcctaaca catgcaagtc 60 gagcgaagca ctttgcttag attcttcgga tgaagaggat tgtgactgag cggcggacgg 120 gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttagaa atgactgcta 180 ataccgcata agaccacagc accgcatggt gcgggggtaa aaactccggt ggtatgagat 240 ggacccgcgt ctgattagct agttggtaag gtaacggctt accaaggcga cgatcagtag 300 ccgacctgag agggtggccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360 ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgagc 420 gaagaagtat ttcggtatgt aaagctctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480 aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540 ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggatgggc aagtctgatg tgaaaacccg 600 gggctcaacc ccgggactgc attggaaact gttcatctag agtgctggag aggtaagtgg 660 aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720 cttactggac agtaactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780 ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact actaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840 gccgcagcaa acgcaataag tagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900 aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960 agaaccttac ctgctcttga catcccgctg accggacggt aatgcgtcct tcccttcggg 1020 gcagcggaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080 tcccgcaacg agcgcaaccc ctatctttag tagccagcgg ccaggccggg cactctagag 1140 agactgccgg ggataacccg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200 gagcagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgagac cgcgaggtgg 1260 agcaaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320 ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380 cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgtaag 1440 gagggagctg ccgaaggcgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500 cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528 <210> 398 <211> 1526 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> GCF_000238635|HAPADMKB_02106 16S ribosomal RNA <400> 398 aatgaagagt ttgatcctgg ctcaggacga acgctggcgg cgcgcctaac acatgcaagt 60 cgaacggagc tgttttctct gaagttttcg gatggaagag agttcagctt agtggcgaac 120 gggtgagtaa cacgtgagca acctgccttt cagtggggga caacatttgg aaacgaatgc 180 taataccgca taagaccaca gtgtcgcatg gcacaggggt caaaggattt atccgctgaa 240 agatgggctc gcgtccgatt agctagatgg tgaggtaacg gcccaccatg gcgacgatcg 300 gtagccggac tgagaggttg aacggccaca ttgggactga gacacggccc agactcctac 360 gggaggcagc agtggggaat attgcacaat gggggaaacc ctgatgcagc gacgccgcgt 420 ggaggaagaa ggtcttcgga ttgtaaactc ctgtcccagg ggacgataat gacggtaccc 480 tgggaggaag caccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taaaacgtag ggtgcaagcg 540 ttgtccggaa ttactgggtg taaagggagc gcaggcggat tggcaagttg ggagtgaaat 600 ctatgggctc aacccataaa ttgctttcaa aactgtcagt cttgagtggt gtagaggtag 660 gcggaattcc cggtgtagcg gtggaatgcg tagatatcgg gaggaacacc agtggcgaag 720 gcggcctact gggcactaac tgacgctgag gctcgaaagc atgggtagca aacaggatta 780 gataccctgg tagtccatgc cgtaaacgat gattactagg tgtgggagga ttgacccctt 840 ccgtgccgca gttaacacaa taagtaatcc acctggggag tacgaccgca aggttgaaac 900 tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc agtggagtat gtggtttaat tcgaagcaac 960 gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacatcgg atgcatacct aagagattag ggaagtcctt 1020 cgggacatcc agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080 aagtcccgca acgagcgcaa cccttatcgt tagttactac gcaagaggac tctagcgaga 1140 ctgccgttga caaaacggag gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cctttatgac 1200 ctgggctaca cacgtactac aatggctatt aacagagaga agcgataccg cgaggtggag 1260 caaacctcac aaaaatagtc tcagttcgga tcgcaggctg caacccgcct gcgtgaagcc 1320 ggaattgcta gtaatcgcgg atcagcatgc cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca 1380 caccgcccgt cacaccatga gagccggggg gacccgaagt cggtagtcta accgcaagga 1440 ggacgccgcc gaaggtaaaa ctggtgattg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500 gaaggtgcgg ctggatcacc tccttt 1526

Claims (94)

  1. 제1 정제된 박테리아 집단 및 제2 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서,
    상기 제1 정제된 박테리아 집단이 서열번호 215, 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 212, 서열번호 160, 서열번호 186, 서열번호 203, 서열번호 104, 서열번호 208, 서열번호 189, 서열번호 187, 서열번호 207, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 209, 서열번호 110, 서열번호 150, 서열번호 175, 서열번호 158, 서열번호 210, 또는 서열번호 106에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하며,
    상기 제2 정제된 박테리아 집단이 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2 또는 TLR5)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  2. 제1 정제된 박테리아 집단 및 제2 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서,
    상기 제1 박테리아 집단이 서열번호 118, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 또는 서열번호 137에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하며,
    상기 제2 정제된 박테리아 집단이 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR4 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  3. 제1 정제된 박테리아 집단 및 제2 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서,
    상기 제1 박테리아 집단이 서열번호 117, 서열번호 137, 서열번호 111, 또는 서열번호 103에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하며,
    상기 제2 정제된 박테리아 집단이 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질을 생산할 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2 또는 TLR5)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 특징이 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음; (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, 또는 (xi) 이의 임의의 조합으로부터 선택되는 조성물.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 장기 접목체 및/또는 일시적 접목체를 포함하는 조성물.
  6. 제5항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 2, 3, 4, 5, 6, 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함하는 조성물.
  7. 제5항 또는 제6항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 2, 3개 또는 초과의 일시적 접목체를 포함하는 조성물.
  8. 제5항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제1 정제된 박테리아 집단 및 상기 제2 정제된 박테리아 집단의 조합이 3개 또는 초과의 일시적 접목체 및/또는 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함하는 조성물.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 트립토판 대사체를 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 이차 담즙산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 항염증성 활성을 가질 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 친염증성 활성을 유도할 수 없는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 단쇄 지방산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 중쇄 지방산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 HDAC를 억제할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  16. 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서, 상기 정제된 박테리아 집단이 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2 또는 TLR5)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 2개 또는 초과의 특징을 포함하는 조성물.
  17. 제16항에 있어서, 상기 2개 또는 초과의 특징이 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음; (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, 또는 (xi) 이의 임의의 조합으로부터 선택되는 조성물.
  18. 제16항 또는 제17항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 서열번호 215, 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 212, 서열번호 160, 서열번호 186, 서열번호 203, 서열번호 104, 서열번호 208, 서열번호 189, 서열번호 187, 서열번호 207, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 209, 서열번호 110, 서열번호 159, 서열번호 175, 서열번호 158, 서열번호 210, 또는 서열번호 106에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  19. 제16항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 102, 서열번호 214, 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 216, 서열번호 217, 서열번호 218, 서열번호 219, 서열번호 220, 서열번호 221, 서열번호 222, 서열번호 223, 서열번호 224, 서열번호 225, 서열번호 226, 서열번호 227, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 109, 서열번호 138, 서열번호 139, 서열번호 140, 서열번호 141, 서열번호 142, 서열번호 143, 서열번호 144, 서열번호 145, 서열번호 146, 서열번호 147, 서열번호 192, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 107, 서열번호 137, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 133, 서열번호 193, 서열번호 194, 서열번호 195, 서열번호 196, 서열번호 197, 서열번호 126, 서열번호 127, 서열번호 103, 서열번호 108, 서열번호 124, 서열번호 165, 서열번호 136, 서열번호 125, 서열번호 111, 서열번호 164, 서열번호 205, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 162, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 105, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 170, 서열번호 171, 서열번호 172, 서열번호 173, 서열번호 174, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181, 또는 서열번호 213에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  20. 2개 또는 초과의 박테리아를 포함하는, 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서, 상기 2개 또는 초과의 박테리아가 장기 접목체 및 일시적 접목체를 포함하는 조성물.
  21. 제20항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 하나 이상의 박테리아를 추가로 포함하며, 이는 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음, (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, (xi) 카탈라제 활성을 발현할 수 있음, (xii) 알파-푸코시다제 활성을 가질 수 있음, (xiii) Wnt 활성화를 유도할 수 있음, (xiv) B 비타민을 생산할 수 있음, (xv) 엔도칸나비노이드의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvi) 폴리아민을 생산할 수 있고/있거나 폴리아민의 숙주 대사를 조절할 수 있음, (xvii) 스핑고지질의 대변 수준을 감소시킬 수 있음, (xviii) 키누레닌의 숙주 생산을 조절할 수 있음, (xix) 대변 칼프로텍틴 수준을 감소시킬 수 있음, (xx) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2 또는 TLR5)를 활성화할 수 없음, (xxi) 톨-유사 수용체 경로(예컨대, TLR2 또는 TLR5)를 활성화할 수 있음, 및 (xxii) 이의 임의의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 특징을 갖는 조성물.
  22. 제21항에 있어서, 상기 하나 이상의 특징이 (i) 대상체에 투여되는 경우 접목할 수 있음; (ii) 항염증성 활성을 가질 수 있음, (iii) 친염증성 활성을 유도할 수 없음, (iv) 이차 담즙산을 생산할 수 있음, (v) 트립토판 대사체를 생산할 수 있음, (vi) 일차 상피 세포 단층 배리어 온전성 검정에 의해 결정되는 상피 온전성을 복원할 수 있음, (vii) 염증성 대장 질환의 관해와 연관될 수 있음, (viii) 단쇄 지방산을 생산할 수 있음, (ix) HDAC 활성을 억제할 수 있음, (x) 중쇄 지방산을 생산할 수 있음, 또는 (xi) 이의 임의의 조합으로부터 선택되는 조성물.
  23. 제16항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 2, 3, 4, 5, 6, 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함하는 조성물.
  24. 제16항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 2, 3, 4, 5, 6, 7개 또는 초과의 일시적 접목체를 포함하는 조성물.
  25. 제16항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 3개 또는 초과의 일시적 접목체 및/또는 7개 또는 초과의 장기 접목체를 포함하는 조성물.
  26. 제16항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 트립토판 대사체를 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  27. 제16항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 이차 담즙산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  28. 제16항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 항염증성 활성을 가질 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  29. 제16항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 친염증성 활성을 유도할 수 없는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  30. 제16항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 단쇄 지방산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  31. 제16항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 중쇄 지방산을 생산할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  32. 제16항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 HDAC를 억제할 수 있는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  33. 제1항 내지 제19항 및 제21항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 트립토판 대사체가 인돌, 3-메틸 인돌, 인돌아크릴레이트, 또는 이의 임의의 조합을 포함하는 조성물.
  34. 제33항에 있어서, 상기 트립토판 대사체가 인돌인 조성물.
  35. 제33항 또는 제34항에 있어서, 상기 트립토판 대사체가 3-메틸 인돌인 조성물.
  36. 제1항 내지 제19항 및 제21항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이차 담즙산을 생산할 수 있는 박테리아가 7α-탈하이드록실라제 활성을 갖는 조성물.
  37. 제1항 내지 제19항 및 제21항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이차 담즙산을 생산할 수 있는 박테리아가 담즙산 염 하이드롤라제(BSH) 활성을 갖는 조성물.
  38. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 제1 정제된 박테리아 집단 및/또는 상기 제2 정제된 박테리아 집단이 7β-하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제(7β-HSDH) 활성을 갖는 박테리아를 포함하지 않는 조성물.
  39. 제16항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 7β-하이드록시스테로이드 탈하이드로게나제(7β-HSDH) 활성을 갖는 박테리아를 포함하지 않는 조성물.
  40. 제1항 내지 제19항 및 제21항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 이차 담즙산이 데옥시콜산(DCA), 3α 12-옥소-데옥시콜산, 3β 12α-데옥시콜산(3-이소데옥시콜산), 7α 3-옥소-케노데옥시콜산, 리토콜산(LCA), 3-옥소 LCA, 또는 이의 임의의 조합을 포함하는 조성물.
  41. 제1항 내지 제19항 및 제21항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항염증성 활성을 가질 수 있는 박테리아가 (i) 단쇄 지방산을 생산할 수 있는 박테리아, (ii) 히스톤 탈아세틸라제(HDAC) 활성을 억제할 수 있는 박테리아, (iii) 시험관내 상피 세포에서 TNF-α-유도 IL-8 분비를 억제할 수 있는 박테리아, 또는 (iv) 이의 임의의 조합을 포함하는 조성물.
  42. 제1항 내지 제19항 및 제21항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 친염증성 활성을 유도할 수 없는 하나 이상의 박테리아가 (i) 시험관내 상피 세포에서 IL-8 분비를 유도할 수 없는 박테리아 및/또는 (ii) 시험관내 톨-유사 수용체 4(TLR4) 및/또는 톨-유사 수용체 5(TLR5)를 활성화할 수 없는 박테리아를 포함하는 조성물.
  43. 제1항 내지 제19항 및 제21항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단쇄 지방산이 포르메이트, 아세테이트, 프로피오네이트, 부티레이트, 이소부트리에이트, 발레레이트, 이소발레레이트, 또는 이의 임의의 조합으로부터 선택되는 조성물.
  44. 제43항에 있어서, 상기 단쇄 지방산이 프로피오네이트인 조성물.
  45. 제43항 또는 제44항에 있어서, 상기 단쇄 지방산이 부티레이트인 조성물.
  46. 제1항 내지 제19항 및 제21항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 중쇄 지방산이 헥사노에이트, 옥타노에이트, 데카노에이트, 도데카노에이트, 또는 이의 임의의 조합을 포함하는 조성물.
  47. 제46항에 있어서, 상기 중쇄 지방산이 헥사노에이트 또는 펜타노에이트인 조성물.
  48. 제5항 내지 제15항 및 제20항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 장기 접목체가 표 5에서 제공되는 장기 접목체의 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 조성물.
  49. 제5항 내지 제15항 및 제20항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 장기 접목체가 서열번호 161, 서열번호 211, 서열번호 185, 서열번호 208, 서열번호 203, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 206, 서열번호 159, 서열번호 182, 서열번호 183, 서열번호 135, 서열번호 165, 서열번호 209, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181 또는 서열번호 189에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 조성물.
  50. 제5항 내지 제15항 및 제20항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 일시적 접목체가 표 5에서 제공되는 일시적 접목체의 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 조성물.
  51. 제5항 내지 제15항 및 제20항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 일시적 접목체가 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 103, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 118, 서열번호 163, 서열번호 133, 서열번호 192, 서열번호 134, 서열번호 137, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 또는 서열번호 175에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 조성물.
  52. 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서, 서열번호 215, 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 212, 서열번호 160, 서열번호 186, 서열번호 203, 서열번호 104, 서열번호 208, 서열번호 189, 서열번호 187, 서열번호 207, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 209, 서열번호 110, 서열번호 159, 서열번호 175, 서열번호 158, 서열번호 210, 또는 서열번호 106에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 포함하는 조성물.
  53. 제52항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 102, 서열번호 214, 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 216, 서열번호 217, 서열번호 218, 서열번호 219, 서열번호 220, 서열번호 221, 서열번호 222, 서열번호 223, 서열번호 224, 서열번호 225, 서열번호 226, 서열번호 227, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 109, 서열번호 138, 서열번호 139, 서열번호 140, 서열번호 141, 서열번호 142, 서열번호 143, 서열번호 144, 서열번호 145, 서열번호 146, 서열번호 147, 서열번호 192, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 107, 서열번호 137, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 133, 서열번호 193, 서열번호 194, 서열번호 195, 서열번호 196, 서열번호 197, 서열번호 126, 서열번호 127, 서열번호 103, 서열번호 108, 서열번호 124, 서열번호 165, 서열번호 136, 서열번호 125, 서열번호 111, 서열번호 164, 서열번호 205, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 162, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 105, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 170, 서열번호 171, 서열번호 172, 서열번호 173, 서열번호 174, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181, 또는 서열번호 213에 나타내는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 갖는 하나 이상의 박테리아를 추가로 포함하는 조성물.
  54. 정제된 박테리아 집단을 포함하는 조성물로서,
    (1) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 186, 서열번호 104, 서열번호 187;
    (2) 서열번호 186;
    (3) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 186, 서열번호 104, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 175;
    (4) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 188, 서열번호 186, 서열번호 203, 서열번호 104;
    (5) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 186, 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 175;
    (6) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116 또는 서열번호 104;
    (7) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 104, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 175;
    (8) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 203, 서열번호 104;
    (9) 서열번호 112, 서열번호 113, 서열번호 114, 서열번호 115, 서열번호 116, 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 175;
    (10) 서열번호 159; 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211;
    (11) 서열번호 212, 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175, 서열번호 210;
    (12) 서열번호 212, 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175;
    (13) 서열번호 212, 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159;
    (14) 서열번호 212, 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159;
    (15) 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 211, 서열번호 175;
    (16) 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 175;
    (17) 서열번호 203, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 175;
    (18) 서열번호 203, 서열번호 208, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175;
    (19) 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175;
    (20) 서열번호 203, 서열번호 208, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175;
    (21) 서열번호 203, 서열번호 208, 서열번호 189, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 159, 서열번호 175;
    (22) 서열번호 203, 서열번호 208, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 209, 서열번호 159;
    (23) 서열번호 203, 서열번호 190, 서열번호 191, 서열번호 211, 서열번호 209, 서열번호 159;
    (24) 서열번호 215, 서열번호 160, 서열번호 158, 서열번호 106; 및
    (25) 이의 임의의 조합
    으로 구성되는 군으로부터 선택되는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 포함하는 조성물.
  55. 제54항에 있어서, 상기 정제된 박테리아 집단이
    (1) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 216, 서열번호 217, 서열번호 218, 서열번호 219, 서열번호 220, 서열번호 221, 서열번호 222, 서열번호 223, 서열번호 224, 서열번호 225, 서열번호 226, 서열번호 227, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 126, 서열번호 127, 서열번호 103, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 162, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123;
    (2) 서열번호 204, 서열번호 103;
    (3) 서열번호 204, 서열번호 103, 서열번호 205;
    (4) 서열번호 185, 서열번호 204, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 117;
    (5) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 103, 서열번호 162, 서열번호 134;
    (6) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 198, 서열번호 199, 서열번호 200, 서열번호 201, 서열번호 202, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 162, 서열번호 182;
    (7) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 162, 서열번호 182, 서열번호 134;
    (8) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 162, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123;
    (9) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 162, 서열번호 118, 서열번호 134;
    (10) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 162, 서열번호 118, 서열번호 182
    (11) 서열번호 184, 서열번호 204, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 162, 서열번호 118, 서열번호 182, 서열번호 134;
    (12) 서열번호 111, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (13) 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 111, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (14) 서열번호 183, 서열번호 204, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 163, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (15) 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 193, 서열번호 194, 서열번호 195, 서열번호 196, 서열번호 197, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 170, 서열번호 171, 서열번호 172, 서열번호 173, 서열번호 174, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (16) 서열번호 133, 서열번호 111, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (17) 서열번호 111, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (18) 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (19) 서열번호 184, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (20) 서열번호 183, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 176, 서열번호 177, 서열번호 178, 서열번호 137, 서열번호 136, 서열번호 111, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (21) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163
    (22) 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 134;
    (23) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 134;
    (24) 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 182, 서열번호 135;
    (25) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 192, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 163;
    (26) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182;
    (27) 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182;
    (28) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135;
    (29) 서열번호 185, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135;
    (30) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 192, 서열번호 137, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163;
    (31) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135;
    (32) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 192, 서열번호 137, 서열번호 133, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 135, 서열번호 134;
    (33) 서열번호 185, 서열번호 183, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 192, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 165, 서열번호 111, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 134, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181;
    (34) 서열번호 185, 서열번호 161, 서열번호 206, 서열번호 137, 서열번호 103, 서열번호 111, 서열번호 128, 서열번호 129, 서열번호 130, 서열번호 131, 서열번호 132, 서열번호 117, 서열번호 118, 서열번호 119, 서열번호 120, 서열번호 121, 서열번호 122, 서열번호 123, 서열번호 163, 서열번호 182, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181;
    (35) 서열번호 102, 서열번호 216, 서열번호 217, 서열번호 218, 서열번호 219, 서열번호 220, 서열번호 221, 서열번호 222, 서열번호 223, 서열번호 224, 서열번호 225, 서열번호 226, 서열번호 227, 서열번호 166, 서열번호 167, 서열번호 168, 서열번호 169, 서열번호 109, 서열번호 107, 서열번호 103, 서열번호 108, 서열번호 117, 서열번호 105, 서열번호 179, 서열번호 180, 서열번호 181; 및
    (36) 이의 임의의 조합
    으로 구성되는 군으로부터 선택되는 16S rDNA 서열과 적어도 97%, 적어도 97.5%, 적어도 98%, 적어도 98.5%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 동일한 16S rDNA 서열을 추가로 포함하는 조성물.
  56. 제1항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 장용성 중합체를 추가로 포함하는 조성물.
  57. 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항의 조성물, 및 약학적으로 허용 가능한 부형제를 포함하는 약학 제형물.
  58. 제57항에 있어서, 상기 부형제가 글리세롤인 약학 제형물.
  59. 제57항에 있어서, 상기 조성물이 동결건조되는 약학 제형물.
  60. 제57항에 있어서, 상기 조성물이 경구 전달을 위해 제형화되는 약학 제형물.
  61. 유효량의 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 염증성 질환을 치료하는 방법.
  62. 제61항에 있어서, 유효량의 조성물을 투여하는 단계가 상기 염증성 질환의 하나 이상의 징후 또는 증상을 완화하거나 상기 염증성 질환의 관해를 유지하는 방법.
  63. 제61항 또는 제62항에 있어서, 상기 염증성 질환이 염증성 대장 질환을 포함하는 방법.
  64. 제63항에 있어서, 상기 염증성 대장 질환이 크론병, 자가면역-매개 위장관 질환, 위장관 염증, 또는 궤양성 결장염, 궤양 결장암, 미시적 결장염, 콜라겐성 결장염, 용종 결장암, 괴사성 소장결장염, 경점막 결장염과 같은 결장염, 또는 이의 임의의 조합을 포함하는 방법.
  65. 염증성 질환 치료를 필요로 하는 대상체에서의 염증성 질환 치료용 약제의 제조에서 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 조성물의 용도.
  66. 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체에 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 염증성 질환의 치료 방법에서 사용하기 위한 조성물.
  67. 유효량의 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 생물학적 분자의 수준을 조절하는 방법.
  68. 제67항에 있어서, 상기 생물학적 분자가 대변 칼프로텍틴, 이차 담즙산, 트립토판 대사체, 단쇄 지방산, 중쇄 지방산, 스핑고지질, 키누레닌, 또는 이의 임의의 조합을 포함하는 방법.
  69. 제68항에 있어서, 대변 칼프로텍틴의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 감소되는 방법.
  70. 제68항 또는 제69항에 있어서, 이차 담즙산의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 증가되는 방법.
  71. 제70항에 있어서, 상기 이차 담즙산이 데옥시콜산(DCA), 3α 12-옥소-데옥시콜산, 3β 12α-데옥시콜산(3-이소데옥시콜산), 7α 3-옥소-케노데옥시콜산, 리토콜산(LCA), 3-옥소 LCA, 또는 이의 임의의 조합을 포함하는 방법.
  72. 제68항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, 트립토판 대사체의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 증가되는 방법.
  73. 제72항에 있어서, 상기 트립토판 대사체가 인돌, 3-메틸인돌, 및 이의 조합으로 구성되는 군으로부터 선택되는 방법.
  74. 제68항 내지 제73항 중 어느 한 항에 있어서, 단쇄 지방산의 수준이 참조에서의 대응 수준에 비해 대상체에서 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90%만큼 증가되는 방법.
  75. 제74항에 있어서, 상기 단쇄 지방산이 포르메이트, 아세테이트, 프로피오네이트, 부티레이트, 이소부트리에이트, 발레레이트, 이소발레레이트, 또는 이의 임의의 조합으로부터 선택되는 방법.
  76. 제68항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 참조가 사전결정된 수준 또는 투여 전 대상체에서의 수준인 방법.
  77. 제68항 내지 제76항 중 어느 한 항에 있어서, 생물학적 분자의 조절이 염증성 질환의 관해와 연관되는 방법.
  78. 유효량의 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법.
  79. 암 치료를 필요로 하는 대상체에서의 암 치료용 약제의 제조에서 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 조성물을 용도.
  80. 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체에 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법에서 사용하기 위한 조성물.
  81. 유효량의 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 종양의 성장을 억제하거나 종양의 크기를 감소시키는 방법.
  82. 종양의 성장을 억제하거나 종양의 크기를 감소시키는 것을 필요로 하는 대상체에서의 종양의 성장을 억제하거나 종양의 크기를 감소시키기 위한 약제의 제조에서 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 조성물의 용도.
  83. 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체에 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 암을 치료하는 방법에서 사용하기 위한 조성물.
  84. 유효량의 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 이를 필요로 하는 대상체에서 면역 반응을 강화하는 방법.
  85. 면역 반응의 강화를 필요로 하는 대상체에서의 면역 반응의 강화용 약제의 제조에서 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항의 조성물의 용도.
  86. 제1항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 이를 필요로 하는 대상체에서 면역 반응을 강화하는 방법에서 사용하기 위한 조성물.
  87. 제81항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체가 암을 갖는 방법, 용도, 또는 사용하기 위한 조성물.
  88. 제78항 내지 제83항 또는 제87항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체에 추가적인 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법, 용도, 또는 사용하기 위한 조성물.
  89. 제88항에 있어서, 상기 추가적인 치료제가 면역 체크포인트 억제제를 포함하는 방법, 용도, 또는 사용하기 위한 조성물.
  90. 제89항에 있어서, 상기 면역 체크포인트 억제제가 항-PD-1 항체, 항-PD-L1 항체, 항-CTLA-4 항체, 또는 이의 조합으로부터 선택되는 방법, 용도, 또는 사용하기 위한 조성물.
  91. 제78항 내지 제83항 또는 제87항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암이 방광암, 유방암, 자궁/자궁경부암, 난소암, 전립샘암, 정소암, 식도암, 위장관암, 췌장암, 결장직장암, 결장암, 신장암, 두부경부암, 폐암, 위암, 생식세포암, 뼈암, 간암, 갑상샘암, 피부암, 중추신경계의 종양, 림프종, 백혈병, 골수종, 육종, 바이러스-관련 암, 또는 이의 임의의 조합을 포함하는 방법, 용도, 또는 사용하기 위한 조성물.
  92. 제78항 내지 제83항 및 제87항 내지 제91항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 투여하는 단계가 대상체의 종양에서 증가된 수의 종양 침윤 림프구를 생성하는 방법, 용도, 또는 사용하기 위한 조성물.
  93. 제92항에 있어서, 종양에서의 종양 침윤 림프구의 수가 참조 대비 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 20%, 적어도 약 30%, 적어도 약 40%, 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 또는 적어도 약 90% 또는 초과만큼 증가되는 방법, 용도, 또는 사용하기 위한 조성물.
  94. 제93항에 있어서, 상기 참조가 조성물을 수여받지 않은 대상체의 종양에서의 종양 침윤 림프구의 수를 포함하는 방법, 용도, 또는 사용하기 위한 조성물.
KR1020207036979A 2018-05-24 2019-05-24 설계된 박테리아 조성물 및 이의 용도 KR20210024481A (ko)

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