KR20190126311A - 후성유전적 조절제와 조합된 세마포린-4d 항체를 이용한 암의 치료 - Google Patents

후성유전적 조절제와 조합된 세마포린-4d 항체를 이용한 암의 치료 Download PDF

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Abstract

본 개시는 암을 가진 대상체에서 악성 세포 성장을 억제, 지연 또는 감소시키는 방법으로서, 유효량의 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편 및 유효량의 후성유전적 조절제, 예를 들면, 히스톤 데아세틸라제(HDAC) 억제제(HDACi), DNA 메틸트랜스퍼라제(DNMT) 억제제(DNMTi), 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 조합 요법을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 본 개시는 상기 조합 요법을 포함하는 약학 조성물도 제공한다.

Description

후성유전적 조절제와 조합된 세마포린-4D 항체를 이용한 암의 치료
관련 출원의 교차참조
본원은 전체로서 본원에 참고로 도입된, 2017년 3월 20일에 출원된 미국 가특허출원 제62/473,731호의 이익을 주장한다.
서열목록 진술
본원과 함께 출원된 ASCII 텍스트 파일(명칭: 58008_172854_Seq-List_ST25.txt; 크기: 5936 바이트; 생성일: 2018년 2월 28일)의 전자적으로 제출된 서열목록의 내용은 전체로서 본원에 참고로 도입된다.
CD100으로서도 공지되어 있는 세마포린(semaphorin) 4D(SEMA4D)는 세마포린 유전자 패밀리에 속하는 막횡단 단백질이다. SEMA4D는 동종이량체로서 세포 표면에서 발현되나, SEMA4D는 세포 활성화 시 단백질용해성 절단을 통해 세포 표면으로부터 방출되어, 이 단백질의 가용성 형태인 sSEMA4D를 생성할 수 있는데, 이 가용성 형태도 생물학적 활성을 가진다. 문헌(Suzuki et al., Nature Rev. Immunol. 3:159-167 (2003)) 및 문헌(Kikutani et al., Nature Immunol. 9:17-23 (2008))을 참조한다.
SEMA4D는 비장, 흉선 및 림프절을 포함하는 림프 기관, 및 비-림프 기관, 예컨대, 뇌 및 신장에서 높은 수준으로 발현된다. 림프 기관에서, SEMA4D는 휴면 T 세포에서 풍부하게 발현되나, 휴면 B 세포 및 항원 제시 세포(APC), 예컨대, 수지상 세포(DC)에서는 단지 약하게 발현된다. 그러나, 그의 발현은 다양한 면역학적 자극들에 의한 활성화 후 이 세포들에서 상향조절된다. 면역 세포로부터의 가용성 SEMA4D의 방출도 세포 활성화에 의해 증가된다. SEMA4D는 일부 암들의 발생에 관여하고(Ch'ng et al., Cancer 110:164-72 (2007); Campos et al., Oncology Letters 5:1527-35 (2013); Kato et al., Cancer Sci. 102:2029-37 (2011)), 여러 보고들은 이 영향의 한 기작이 종양 혈관신생을 촉진하는 데 있어서 SEMA4D의 역할이라는 것을 암시한다(Conrotto et al., Blood 105:4321-4329 (2005). Basile et al., J Biol. Chem. 282: 34888-34895 (2007); Sierra et.al. J. Exp. Med. 205:1673 (2008); Zhou et al., Angiogenesis 15:391-407 (2012)). 종양 성장 및 전이는 종양 세포, 간질(stroma) 및 면역 침윤물 사이의 소통의 복잡한 과정뿐만 아니라, 내피 세포 및 혈관구조도 수반한다. SEMA4D는 다양한 유형의 종양들에서 과다발현되고, 종양 미세환경에 집결된 염증 세포에 의해서도 생성된다. 최근의 연구는 SEMA4D가 종양 간질을 구성하는 상이한 유형의 세포들의 이동, 생존, 분화 및 조직화에 있어서 역할을 한다는 것을 암시한다(Evans et al., Cancer Immunol. Res. 3:689-701 (2015)).
암 세포는 게놈 DNA의 서열을 변경시키지 않으면서 후성유전적 기작을 통한 유전자 발현의 변형을 통해 숙주 면역 인식을 피하도록 적응될 수 있다. 후성유전적 기작은 주로 게놈 DNA 메틸화의 변경 및 히스톤의 번역 후 변형에 초점을 맞춤으로써, 예를 들면, 염색질 구조 및 전사를 위한 DNA의 이용률의 변경을 야기한다. 암 세포는 이 후성유전적 기작을 통해 증식 및 면역 회피를 촉진하는 변경된 유전 가능한 유전자 발현 프로파일을 확립할 수 있다. 예를 들면, 문헌(Maio, et al., Clin. Cancer Res. 21:4040-4047 (2015))을 참조한다.
세포는 코어 히스톤의 라이신 잔기를 아세틸화하여, 덜 조밀하고 더 높은 전사적 활성을 가진 염색질을 유발하는 히스톤 아세틸 트랜스퍼라제(transferase)(HAT), 및 상기 라이신 잔기로부터 아세틸 기를 제거하여, 응축되고 전사적으로 침묵된 염색질의 형성을 유발하는 히스톤 데아세틸라제(deacetylase)(HDAC)를 통해 히스톤 주위 DNA의 코일링(coiling) 및 언코일링(uncoiling)을 제어할 수 있다. 종양 세포에 의한 HAT/HDAC 활성의 조절은 종양 세포에서의 유전자 발현의 광범위한 후성유전적 조절을 야기하여, 세포가 환자의 면역 시스템에 의한 감시를 피할 수 있게 한다. 예를 들면, 문헌(Maio, et al., Clin. Cancer Res. 21:4040-4047 (2015))을 참조한다.
히스톤 데아세틸라제 억제제(HDACi(본원에서 단수형 및 복수형 둘 다로서 사용됨))는 암 치료제로서 등장하였다. HDACi는 히스톤 및/또는 비-히스톤 단백질, 예컨대, 전사 인자의 아세틸화/탈아세틸화의 조절을 통해 다양한 유전자들의 광범위한 전사적 변화, 활성화 및/또는 억제를 유도함으로써 종양 세포의 증식을 억제할 수 있다(Chueh, A.C., et al, Antioxidants & Redox Signaling 23:66-84 (2015)). HDACi는 암 세포의 세포 증식 및 생존, 예를 들면, 세포 주기, 분화 및 아폽토시스를 방해할 수 있다. HDACi는 종양 세포에 의한 면역원성 및 항원 제시도 향상시킬 수 있고 HDACi와 면역요법의 조합에 대한 근거를 제공한다(Gameiro SR et al., Oncotarget 7:7390-7402 (2016)). 여러 화합물들이 현재 단일요법로서, 및 세포독성제 및 분화제와 함께 사용되는 조합 요법으로서 고형 암 및 혈액 암에 대한 잠재적 치료제로서 초기 임상 개발 단계에 있다. 예를 들면, 문헌( Mottamal, M., et al., Molecules 20:3898-3941 (2015))을 참조한다.
게놈 DNA의 메틸화는 광범위하게 특징규명된 후성유전적 변형이다. DNA의 메틸화는 전사적 휴면을 유발하여, 유전자 침묵을 야기한다(Gravina G. L., et al., Mol. Cancer 9:305-320 (2010)). 메틸화는 메틸 기를 사이토신 잔기의 5' 탄소에 추가하는 과정의 촉매로서 작용하는 DNA 메틸트랜스퍼라제(methyltransferase)(DNMT)에 의해 용이해진다(상기 문헌). 과다메틸화된 DNA는 종양 및 다른 암 세포에서 공통된다. 다양한 DNA 메틸트랜스퍼라제 억제제들(DNMTi(본원에서 단수형 및 복수형 둘 다로서 사용됨))이 다양한 암들의 치료를 위해 현재 사용되고 있거나 시험되고 있다. 이들은 데옥시리보뉴클레오사이드 유사체, 예컨대, 아자사이티딘(azacytidine), 및 비-뉴클레오사이드 유사체, 예컨대, 안티센스 올리고뉴클레오타이드 및 소분자 효소 억제제를 포함한다(상기 문헌).
본 개시는 암을 가진 대상체에서 악성 세포 성장을 억제하거나, 지연시키거나 감소시키는 방법으로서, 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하는 유효량의 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 및 유효량의 후성유전적 조절제를 포함하는 조합 요법을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 제공된 방법에 따르면, 항-SEMA4D 항체 또는 이의 단편은 SEMA4D와 이의 수용체, 예를 들면, 플렉신(Plexin)-B1, 플렉신-B2 또는 CD72의 상호작용을 억제할 수 있다. 예를 들면, 제공된 방법에 따르면, 항-SEMA4D 항체 또는 이의 단편은 SEMA4D 매개 플렉신-B1 신호 전달을 억제할 수 있다.
일부 양태에서, 항-SEMA4D 항체 또는 이의 단편은 각각 아미노산 서열의 서열번호 2, 3 및 4를 가진 가변 중쇄(VH) CDR1, CDR2 및 CDR3을 포함하는 VH, 및 각각 아미노산 서열의 서열번호 6, 7 및 8을 가진 가변 경쇄(VL) CDR1, CDR2 및 CDR3을 포함하는 VL을 포함한다. 일부 양태에서, VH 및 VL의 아미노산 서열은 각각 서열번호 1 및 서열번호 5, 또는 서열번호 9 및 서열번호 10을 포함한다.
일부 양태에서, 후성유전적 조절제는 히스톤 데아세틸라제(HDAC) 억제제(HDACi), DNA 메틸트랜스퍼라제(DNMT) 억제제(DNMTi), 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
일부 양태에서, 후성유전적 조절제는 히스톤 데아세틸라제(HDAC) 억제제(HDACi)를 포함할 수 있다. 일부 양태에서, HDAC는 클래스 I HDAC, 클래스 IIA HDAC, 클래스 IIB HDAC, 클래스 IV HDAC, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있거나, HDAC는 아연 함유 촉매 도메인을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, HDACi는 HDAC의 아연 함유 촉매 도메인에 결합할 수 있다. 일부 양태에서, HDACi는 하이드록삼산 또는 이의 염, 고리형 테트라펩타이드, 뎁시펩타이드, 벤즈아미드, 친전자성 케톤, 지방족산 또는 이의 염, 또는 이들의 임의의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 화학적 모이어티를 포함할 수 있다. 예를 들면, 일부 양태에서, HDACi는 보리노스타트(Vorinostat), 로미뎁신(Romidepsin), 치다마이드(Chidamide), 파노비노스타트(Panobinostat), 벨리노스타트(Belinostat), 발프로산 또는 이의 염, 모세티노스타트(Mocetinostat), 아벡시노스타트(Abexinostat), 엔티노스타트(Entinostat), 프라시노스타트(Pracinostat), 레스미노스타트(Resminostat), 기비노스타트(Givinostat), 퀴시노스타트(Quisinostat), 케베트린(Kevetrin), CUDC-101, AR-42, 테피노스타트(Tefinostat)(CHR-2845), CHR-3996, 4SC-202, CG200745, ACY-1215, ACY-241, 이들의 임의의 조합, 또는 이들의 임의의 염, 결정, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 이성질체 또는 프로드러그일 수 있다. 일부 양태에서, HDACi는 엔티노스타트(피리딘-3-일메틸 N-[[4-[(2-아미노페닐)카바모일]페닐]메틸]카바메이트)이다.
일부 양태에서, 후성유전적 조절제는 DNA 메틸트랜스퍼라제(DNMT) 억제제(DNMTi)를 포함할 수 있다. 일부 양태에서, DNMT는 DNMT1, DNMT-3a, DNMT-3b, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다. 일부 양태에서, DNMTi는 뉴클레오사이드 유사체, 안티센스 올리고뉴클레오타이드, 소분자 효소 억제제, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다. 예를 들면, 일부 양태에서, DNMTi는 아자사이티딘, 데시타빈(decitabine), 제불라린(zebularine), SGI-110, 에피갈로카테킨 갈레이트(epigallocatechin gallate), MG98, RG108, 프로카인아미드(procainamide), 하이드랄라진(hydralazine), 이들의 임의의 조합, 또는 이들의 임의의 염, 결정, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 이성질체 또는 프로드러그일 수 있다. 일부 양태에서, DNMTi는 아자사이티딘이다.
제공된 방법의 일부 양태에서, 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 아미노산 서열의 서열번호 1을 포함하는 VH, 및 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 VL을 포함하고, 후성유전적 조절제는 HDACi 엔티노스타트를 포함한다. 제공된 방법의 또 다른 특정 양태에서, 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 아미노산 서열의 서열번호 1을 포함하는 VH, 및 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 VL을 포함하고, 후성유전적 조절제는 DNMTi 아자사이티딘을 포함한다.
제공된 방법에 따르면, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편 및 후성유전적 조절제는 별도로 투여될 수 있거나 동시에 투여될 수 있다.
제공된 방법의 일부 양태에서, 조합 요법의 투여는 항체 또는 이의 단편 또는 후성유전적 조절제 단독의 투여에 비해 치료 효능을 향상시킬 수 있다. 예를 들면, 일부 양태에서, 향상된 치료 효능은 상가적 효과보다 더 큰 효과, 예를 들면, 상승작용적 효과이다.
제공된 방법의 일부 양태에서, 치료되는 암은 고형 종양, 혈액 악성종양, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다. 일부 양태에서, 고형 종양은 예를 들면, 육종, 암종, 흑색종, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다. 보다 구체적으로, 고형 종양은 예를 들면, 편평 세포 암종, 선암종, 기저 세포암, 신장 세포 암종, 유방의 유관암, 연부조직 육종, 골육종, 흑색종, 소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 선암종, 복막암, 간세포 암종, 위장암, 위암, 췌장암, 신경내분비암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 뇌암, 간세포암, 유방암, 결장암, 대장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 식도암, 타액선 암종, 신장암, 간암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 두경부암, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다.
제공된 방법의 일부 양태에서, 치료되는 암은 혈액 악성종양 또는 이의 전이일 수 있다. 일부 양태에서, 혈액 악성종양은 백혈병, 림프종, 골수종, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 털세포 백혈병, 호지킨 림프종, 비-호지킨 림프종, 다발성 골수종, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다.
일부 양태에서, 본원에서 제공된 방법은 추가 암 요법, 예를 들면, 수술, 화학요법, 방사선요법, 암 백신, 면역자극제, 입양 T 세포 또는 항체 요법의 투여, 면역 체크포인트 차단 억제제의 투여, 조절 T 세포(Treg) 조절제의 투여, 및 이들의 조합의 투여를 추가로 포함할 수 있다.
본 개시는 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하는 유효량의 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편 및 유효량의 후성유전적 조절제를 포함하는 약학 조성물도 제공한다. 일부 양태에서, 상기 약학 조성물은 담체, 부형제, 또는 이들의 임의의 조합을 추가로 포함할 수 있다.
일부 양태에서, 제공된 조성물의 항체 또는 이의 단편은 각각 서열번호 2, 3 및 4를 포함하는 가변 중쇄(VH) CDR1, CDR2 및 CDR3을 포함하는 VH, 및 각각 서열번호 6, 7 및 8을 포함하는 가변 경쇄(VL) CDR1, CDR2 및 CDR3을 포함하는 VL을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 제공된 조성물의 항체 또는 이의 단편은 각각 서열번호 1 및 서열번호 5, 또는 서열번호 9 및 서열번호 10을 포함하는 VH 및 VL을 포함할 수 있다.
일부 양태에서, 제공된 약학 조성물에 포함되는 후성유전적 조절제는 히스톤 데아세틸라제(HDAC) 억제제(HDACi), DNA 메틸트랜스퍼라제(DNMT) 억제제(DNMTi), 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
조성물이 HDACi를 포함하는 경우, HDACi는 예를 들면, 보리노스타트, 로미뎁신, 치다마이드, 파노비노스타트, 벨리노스타트, 발프로산 또는 이의 염, 모세티노스타트, 아벡시노스타트, 엔티노스타트, 프라시노스타트, 레스미노스타트, 기비노스타트, 퀴시노스타트, 케베트린, CUDC-101, AR-42, 테피노스타트(CHR-2845), CHR-3996, 4SC-202, CG200745, ACY-1215, ACY-241, 이들의 임의의 조합, 또는 이들의 임의의 염, 결정, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 이성질체 또는 프로드러그일 수 있다. 일부 양태에서, HDACi는 엔티노스타트 (피리딘-3-일메틸 N-[[4-[(2-아미노페닐)카바모일]페닐]메틸]카바메이트)일 수 있다.
조성물이 DNMTi를 포함하는 경우, DNMTi는 예를 들면, 아자사이티딘, 데시타빈, 제불라린, SGI-110, 에피갈로카테킨 갈레이트, MG98, RG108, 프로카인아미드, 하이드랄라진, 이들의 임의의 조합, 또는 이들의 임의의 염, 결정, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 이성질체 또는 프로드러그일 수 있다. 일부 양태에서, DNMTi는 아자사이티딘일 수 있다.
특정 양태에서, 본 개시는 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하고 VH 아미노산 서열의 서열번호 1 및 VL 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 유효량의 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 및 유효량의 HDACi 엔티노스타트를 포함하는 약학 조성물을 제공한다. 또 다른 특정 양태에서, 본 개시는 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하고 VH 아미노산 서열의 서열번호 1 및 VL 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 유효량의 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 및 유효량의 DNMTi 아자사이티딘을 포함하는 약학 조성물을 제공한다.
도 1은 실시예 1 및 2의 조합 요법 실험을 위한 실험 디자인을 보여준다.
도 2a는 실시예 1의 다양한 치료들에 대한 평균 종양 부피를 시간에 따라 보여준다.
도 2b는 실시예 1의 다양한 치료들에 대한 퍼센트 생존을 시간에 따라 보여준다. 맨틀 콕스 로그 순위(Mantel Cox Log Rank) 검정을 이용하여 통계적 유의도를 측정하였다. 프리즘은 P > 0.05에서 유의하지 않음(ns), 0.01 < P ≤ 0.05에서 유의함("*" 부호로 표시됨), 0.001 < P ≤ 0.01에서 매우 유의함("**"), 및 P ≤ 0.001("***") 또는 P ≤ 0.0001("****")에서 극도로 유의함으로서 결과를 보고한다.
도 2c는 실시예 1의 다양한 치료들에 대한 완전한 종양 퇴행(종양 부피 < 50 mm3)의 퍼센트를 보여주는 막대 그래프이다. 피셔의 정확 검정을 이용하여 통계적 유의도를 측정하였고, 프리즘은 P > 0.05에서 유의하지 않음(ns), 0.01 < P ≤ 0.05에서 유의함("*" 부호로 표시됨), 0.001 < P ≤ 0.01에서 매우 유의함("**"), 및 P ≤ 0.001("***") 또는 P ≤ 0.0001("****")에서 극도로 유의함으로서 결과를 보고한다.
도 2d는 종양이 퇴행 전에 적어도 100 mm3을 초과하였는지 초과하지 않았는지에 대해 층화된, 도 2c와 동일한 데이터를 보여준다.
도 3a는 실시예 2의 다양한 치료들에 대한 평균 종양 부피를 시간에 따라 보여준다. 2원 ANOVA를 이용하여 통계적 유의도를 측정하였다. 프리즘은 P > 0.05에서 유의하지 않음(ns), 0.01 < P ≤ 0.05에서 유의함("*" 부호로 표시됨), 및 0.001 < P ≤ 0.01에서 매우 유의함("**")으로서 결과를 보고한다.
도 3b는 실시예 2에서 개별 대조군 동물들에 대한 종양 부피를 시간에 따라 보여준다.
도 3c는 실시예 2에서 항-SEMA4D 항체로 치료된 개별 동물들에 대한 종양 부피를 시간에 따라 보여준다.
도 3d는 실시예 2에서 엔티노스타트(ENT) 및 대조군 항체로 치료된 개별 동물들에 대한 종양 부피를 시간에 따라 보여준다.
도 3e는 실시예 2에서 ENT 및 항-SEMA4D 항체로 치료된 개별 동물들에 대한 종양 부피를 시간에 따라 보여준다.
도 3f는 실시예 2의 다양한 치료들에 대한 퍼센트 생존을 시간에 따라 보여준다. 맨틀 콕스 로그 순위 검정을 이용하여 통계적 유의도를 측정하였다. 프리즘은 0.01 < P ≤ 0.05에서 유의함("*" 부호로 표시됨), 및 0.001 < P ≤ 0.01에서 매우 유의함("**")으로서 결과를 보고한다.
도 4는 실시예 3의 조합 요법 실험을 위한 실험 디자인을 보여준다.
도 5a는 실시예 3의 다양한 치료들에 대한 평균 종양 부피를 시간에 따라 보여준다. 2원 ANOVA를 이용하여 통계적 유의도를 측정하였다. ** P ≤ 0.01
도 5b는 실시예 3의 다양한 치료들에 대한 퍼센트 생존을 시간에 따라 보여준다. 맨틀 콕스 로그 순위 검정을 이용하여 통계적 유의도를 측정하였다. 프리즘은 P > 0.05에서 유의하지 않음, 또는 P ≤ 0.01에서 매우 유의함("**")으로서 결과를 보고한다.
도 5c는 실시예 3의 다양한 치료들에 대한 완전한 종양 퇴행(종양 부피 < 50 mm3)의 퍼센트를 보여주는 막대 그래프이다. 피셔의 정확 검정을 이용하여 통계적 유의도를 측정하였고, 프리즘은 P ≤ 0.05에서 유의함("*" 부호로 표시됨), 또는 P ≤ 0.01에서 매우 유의함("**")으로서 결과를 보고한다.
정의
용어 "하나" 또는 "1개"의 실체는 하나 이상의 그 실체를 지칭한다는 것을 인식해야 한다; 예를 들면, "하나의 결합 분자"는 하나 이상의 결합 분자를 나타내는 것으로 이해된다. 따라서, 용어 "하나"(또는 "1개"), "하나 이상" 및 "적어도 하나"는 본원에서 상호교환 가능하게 사용될 수 있다.
나아가, "및/또는"는 본원에서 사용되는 경우 2개의 특정된 특징들 또는 성분들 각각을 다른 한 특정된 특징 또는 성분과 함께, 또는 다른 한 특정된 특징 또는 성분 없이 구체적으로 개시하는 것으로서 이해되어야 한다. 따라서, 본원에서 "A 및/또는 B"와 같은 어구에서 사용된 용어 "및/또는"은 "A 및 B", "A 또는 B", "A"(단독) 및 "B"(단독)를 포함하기 위한 것이다. 마찬가지로, "A, B 및/또는 C"와 같은 어구에서 사용된 용어 "및/또는"은 하기 실시양태들 각각을 포함하기 위한 것이다: A, B 및 C; A, B 또는 C; A 또는 C; A 또는 B; B 또는 C; A 및 C; A 및 B; B 및 C; A(단독); B(단독); 및 C(단독).
달리 정의되어 있지 않은 한, 본원에서 사용된 기술 용어 및 과학 용어는 본 개시와 관련된 분야에서 통상의 기술을 가진 자에 의해 통상적으로 이해되는 의미와 동일한 의미를 가진다. 예를 들면, 문헌(The Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei-Show, 2nd ed., 2002, CRC Press); 문헌(The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 3rd ed., 1999, Academic Press); 및 문헌(The Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology, Revised, 2000, Oxford University Press)은 본 개시에서 사용된 대다수의 용어들의 일반적인 사전을 숙련된 자에게 제공한다.
단위, 접두사 및 부호는 이들의 국제단위계(SI) 허용 형태로 표기된다. 수치 범위는 범위를 규정하는 숫자를 포함한다. 달리 표시되어 있지 않은 한, 아미노산 서열은 좌측에서 우측으로 아미노에서 카복시 배향으로 작성된다. 본원에서 제공된 제목은 본 명세서를 전체로서 참고함으로써 한정될 수 있는, 다양한 양태들 또는 본 개시의 양태들의 한정이 아니다. 따라서, 바로 아래에 정의된 용어들은 본 명세서를 전체로서 참고함으로써 더 완전히 정의된다.
실시양태들이 용어 "포함하는"으로 기재되어 있을 때마다, "구성된" 및/또는 "본질적으로 구성된"의 관점에서 기재된 다른 유사한 실시양태들도 제공된다.
아미노산은 그의 통상적으로 공지된 3 문자 부호, 또는 IUPAC-IUB 생화학 명명위원회에 의해 권장된 1 문자 부호로 본원에서 지칭된다. 마찬가지로, 뉴클레오타이드는 그의 통상적으로 허용된 단일 문자 코드로 지칭된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "암" 또는 "암성"은 세포의 집단이 조절되지 않은 세포 성장을 특징으로 하는 포유동물의 생리학적 상태를 지칭하거나 기술한다. 암은 예를 들면, 고형 종양 또는 악성종양, 또는 혈액 암 또는 악성종양으로서 분류될 수 있다. 이들 유형 둘 다가 전이로서 멀리 떨어진 부위로 이동할 수 있다. 고형 종양은 예를 들면, 육종, 암종, 흑색종 또는 이들의 전이로서 분류될 수 있다.
용어 "증식성 장애" 또는 "증식성 질환"은 비정상적인 세포 증식과 관련된 장애, 예컨대, 암을 지칭한다.
본원에서 사용된 "종양" 및 "신생물"은 과도한 세포 성장 또는 증식으로부터 비롯된, 전암성 병변을 포함하는 임의의 양성(비암성) 또는 악성(암성) 조직 덩어리를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 종양은 SEMA4D 수용체, 예를 들면, 플렉신-B1, 플렉신-B2 및/또는 CD72를 발현하고/하거나 SEMA4D를 발현할 수 있다.
본원에서 사용된 용어 "전이", "전이들", "전이성" 및 다른 문법적으로 동등한 용어는 새로운 위치에서 유사한 암성 병변을 발생시키면서 원래의 부위(예를 들면, 원발성 종양)로부터 신체의 다른 영역으로 퍼지거나 전달되는 암 세포를 지칭한다. "전이성" 또는 "전이" 세포는 인접 세포와의 부착성 접촉을 상실하고 혈류 또는 림프를 통해 질환의 원발성 부위로부터 이동하여 인접 신체 구조물을 침습하는 세포이다. 상기 용어들은 원발성 종양으로부터의 암 세포의 탈착, 순환계로의 종양 세포의 침습, 그의 생존 및 원위 부위로의 이동, 순환계로부터 새로운 부위로의 부착 및 혈관외유출, 및 원위 부위에서의 미세콜로니화, 및 원위 부위에서의 종양 성장 및 발생을 포함하나 이들로 한정되지 않는 전이 과정도 지칭한다.
이러한 고형 종양의 예로는 예를 들면, 편평 세포 암종, 선암종, 기저 세포암, 신장 세포 암종, 유방의 유관암, 연부조직 육종, 골육종, 흑색종, 소세포 폐암, 비-소세포 폐암(NSCLC), 폐의 선암종, 복막암, 간세포 암종, 위장암, 위암, 췌장암, 신경내분비암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 뇌암, 간세포암, 유방암, 결장암, 대장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 식도암, 타액선 암종, 신장암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 두경부암, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합이 있을 수 있다.
혈액 암 또는 악성종양의 예로는 백혈병, 림프종, 골수종, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 털세포 백혈병, 호지킨 림프종, 비-호지킨 림프종, 다발성 골수종, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합이 있으나 이들로 한정되지 않는다.
일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 방법을 통해 치료될 수 있는 암은 육종, 유방 암종, 난소암, 자궁경부암, 두경부암, NSCLC, 식도암, 위암, 신장암, 간암, 방광암, 대장암 및 췌장암을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 특정 실시양태에서, 본원에서 제공된 방법을 통해 치료될 수 있는 암 또는 종양 세포는 SEMA4D에 대한 플렉신-B1, 플렉신-B2 또는 CD72 수용체를 발현한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "폴리펩타이드"는 단일 "폴리펩타이드"뿐만 아니라 복수의 "폴리펩타이드들"도 포함하기 위한 것이고, 아미드 결합(펩타이드 결합으로서도 공지되어 있음)에 의해 선형으로 연결된 단량체들(아미노산들)로 구성된 분자를 지칭한다. 용어 "폴리펩타이드"는 2개 이상의 아미노산들의 임의의 쇄 또는 쇄들을 지칭하고, 생성물의 특정 길이를 지칭하지 않는다. 따라서, 펩타이드, 디펩타이드, 트리펩타이드, 올리고펩타이드, "단백질", "아미노산 쇄", 또는 2개 이상의 아미노산들의 쇄 또는 쇄들을 지칭하기 위해 사용된 임의의 다른 용어는 "폴리펩타이드"의 정의에 포함되고, 용어 "폴리펩타이드"는 이 용어들 중 임의의 용어 대신에 사용될 수 있거나 이러한 용어와 상호교환 가능하게 사용될 수 있다. 용어 "폴리펩타이드"는 글리코실화, 아세틸화, 인산화, 아미드화, 및 공지된 보호/차단 기에 의한 유도체화, 단백질용해성 절단, 또는 비천연 생성 아미노산에 의한 변형을 포함하나 이들로 한정되지 않는, 폴리펩타이드의 발현 후 변형의 생성물도 지칭하기 위한 것이다. 폴리펩타이드는 생물학적 공급원으로부터 유래할 수 있거나 재조합 기술에 의해 생성될 수 있으나, 지정된 핵산 서열로부터 번역될 필요는 없다. 폴리펩타이드는 화학적 합성을 비롯한 임의의 방식으로 생성될 수 있다.
본원에 개시된 폴리펩타이드는 크기가 약 3개 이상, 5개 이상, 10개 이상, 20개 이상, 25개 이상, 50개 이상, 75개 이상, 100개 이상, 200개 이상, 500개 이상, 1,000개 이상 또는 2,000개 이상의 아미노산일 수 있다. 폴리펩타이드는 규정된 3차원 구조를 가질 수 있지만, 반드시 그러한 구조를 가질 필요는 없다. 규정된 3차원 구조를 가진 폴리펩타이드는 폴딩된 폴리펩타이드로서 지칭되고, 규정된 3차원 구조를 갖지 않으나 오히려 큰 수의 상이한 입체구조들을 채택할 수 있는 폴리펩타이드는 언폴딩된 폴리펩타이드로서 지칭된다. 본원에서 사용된 바와 같이, 용어 당단백질은 아미노산, 예를 들면, 세린 또는 아스파라긴의 산소 함유 또는 질소 함유 측쇄를 통해 단백질에 부착된 적어도 하나의 탄수화물 모이어티에 커플링된 단백질을 지칭한다.
"단리된" 폴리펩타이드, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체는 그의 천연 환경에 존재하지 않는 폴리펩타이드를 의미한다. 특정 수준의 정제는 요구되지 않는다. 예를 들면, 단리된 폴리펩타이드는 그의 천연 또는 자연 환경으로부터 제거될 수 있다. 숙주 세포에서 발현된 재조합적으로 생성된 폴리펩타이드 및 단백질은 임의의 적합한 기법에 의해 분리되었거나, 분획화되었거나, 부분적으로 또는 실질적으로 정제된 천연 또는 재조합 폴리펩타이드이기 때문에 본원에 개시된 바와 같이 단리된 것으로서 간주된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "비천연 생성 폴리펩타이드" 또는 이의 임의의 문법적 파생어는 판사, 또는 행정 또는 사법 기관에 의해 "천연적으로 생성된" 것으로서 확인되거나 해석되거나, 확인될 또는 해석될 폴리펩타이드의 형태를 명확히 배제하나 이러한 형태만을 배제하는 조건부 정의이다.
본원에 개시된 다른 폴리펩타이드는 상기 폴리펩타이드의 단편, 유도체, 유사체 또는 변이체, 및 이들의 임의의 조합이다. 본원에 개시된 용어 "단편", "변이체", "유도체" 및 "유사체"는 상응하는 천연 항체 또는 폴리펩타이드의 성질들 중 적어도 일부, 예를 들면, 항원에 특이적으로 결합하는 성질을 보유하는 임의의 폴리펩타이드를 포함한다. 폴리펩타이드의 단편은 본원의 다른 곳에서 논의된 특정 항체 단편들 이외에, 예를 들면, 단백질용해성 단편뿐만 아니라 결실 단편도 포함한다. 예를 들면, 폴리펩타이드의 변이체는 상기 단편들뿐만 아니라, 아미노산 치환, 결실 또는 삽입으로 인해 변경된 아미노산 서열을 가진 폴리펩타이드도 포함한다. 일부 양태에서, 변이체는 비천연 생성 변이체일 수 있다. 비천연 생성 변이체는 당분야에서 공지되어 있는 돌연변유발 기법을 이용함으로써 생성될 수 있다. 변이체 폴리펩타이드는 보존적 또는 비보존적 아미노산 치환, 결실 또는 추가를 포함할 수 있다. 변이체는 원래의 폴리펩타이드에서 발견되지 않는 추가 특징을 나타내도록 변경된 폴리펩타이드이다. 예로는 융합 단백질이 있다. 변이체 폴리펩타이드는 본원에서 "폴리펩타이드 유사체"로서도 지칭될 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같이, 폴리펩타이드의 "유도체"는 측면 작용기의 반응에 의해 화학적으로 유도체화된 하나 이상의 아미노산을 가진 대상체 폴리펩타이드를 지칭할 수도 있다. 20종의 표준 아미노산들의 하나 이상의 유도체를 함유하는 펩타이드도 "유도체"로서 포함된다. 예를 들면, 프롤린을 4-하이드록시프롤린으로 치환할 수 있고; 라이신을 5-하이드록시라이신으로 치환할 수 있고; 히스티딘을 3-메틸히스티딘으로 치환할 수 있고; 세린을 호모세린으로 치환할 수 있고; 라이신을 오르니틴으로 치환할 수 있다.
"보존적 아미노산 치환"은 한 아미노산이 유사한 측쇄를 가진 또 다른 아미노산으로 대체되는 아미노산 치환이다. 염기성 측쇄(예를 들면, 라이신, 아르기닌, 히스티딘), 산성 측쇄(예를 들면, 아스파르트산, 글루탐산), 하전되지 않은 극성 측쇄(예를 들면, 아스파라긴, 글루타민, 세린, 쓰레오닌, 티로신, 시스테인), 비극성 측쇄(예를 들면, 글리신, 알라닌, 발린, 류신, 이소류신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌, 트립토판), 베타-분지된 측쇄(예를 들면, 쓰레오닌, 발린, 이소류신) 및 방향족 측쇄(예를 들면, 티로신, 페닐알라닌, 트립토판, 히스티딘)을 포함하는 유사한 측쇄를 가진 아미노산들의 패밀리는 당분야에서 정의되어 있다. 예를 들면, 티로신을 페닐알라닌으로 치환하는 것은 보존적 치환이다. 일부 실시양태에서, 본 개시의 폴리펩타이드 및 항체의 서열에서의 보존적 치환은 그 아미노산 서열을 함유하는 폴리펩타이드 또는 항체와, 결합 분자에 결합되는 항원의 결합을 없애지 않는다. 항원 결합을 없애지 않는 뉴클레오타이드 및 아미노산 보존적 치환을 확인하는 방법은 당분야에서 잘 공지되어 있다(예를 들면, 문헌(Brummell et al., Biochem. 32: 1180-1 187 (1993)); 문헌(Kobayashi et al., Protein Eng. 12(10):879-884 (1999)); 및 문헌(Burks et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:.412-417 (1997)) 참조).
용어 "폴리뉴클레오타이드"는 단일 핵산뿐만 아니라 복수의 핵산들도 포함하기 위한 것이고, 단리된 핵산 분자 또는 구축물, 예를 들면, 메신저 RNA(mRNA), cDNA 또는 플라스미드 DNA(pDNA)를 지칭한다. 폴리뉴클레오타이드는 통상적인 포스포디에스테르 결합 또는 비통상적인 결합(예를 들면, 펩타이드 핵산(PNA)에서 발견된 것과 같은 아미드 결합)을 포함할 수 있다. 용어 "핵산" 또는 "핵산 서열"은 폴리뉴클레오타이드에 존재하는 임의의 하나 이상의 핵산 분절, 예를 들면, DNA 또는 RNA 단편을 지칭한다.
"단리된" 핵산 또는 폴리뉴클레오타이드는 그의 천연 환경으로부터 분리되어 있는 핵산 또는 폴리뉴클레오타이드의 임의의 형태를 의미한다. 예를 들면, 겔-정제된 폴리뉴클레오타이드, 또는 벡터에 함유된 폴리펩타이드를 코딩하는 재조합 폴리뉴클레오타이드는 "단리된" 것으로서 간주될 것이다. 또한, 폴리뉴클레오타이드 분절, 예를 들면, 클로닝을 위한 제한 부위를 갖도록 조작된 PCR 생성물은 "단리된" 것으로서 간주된다. 단리된 폴리뉴클레오타이드의 추가 예로는 이종 숙주 세포에서 유지된 재조합 폴리뉴클레오타이드, 또는 비천연 용액, 예컨대, 완충제 또는 식염수 중의 (부분적으로 또는 실질적으로) 정제된 폴리뉴클레오타이드가 있다. 단리된 RNA 분자는 폴리뉴클레오타이드의 생체내 또는 시험관내 RNA 전사체를 포함하고, 이때 상기 전사체는 자연에서 발견될 전사체가 아니다. 단리된 폴리뉴클레오타이드 또는 핵산은 합성적으로 생성된 이러한 분자도 포함한다. 또한, 폴리뉴클레오타이드 또는 핵산은 조절 요소, 예컨대, 프로모터, 리보좀 결합 부위 또는 전사 터미네이터일 수 있거나 이들을 포함할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "비천연 생성 폴리뉴클레오타이드" 또는 이의 임의의 문법적 파생어는 판사, 또는 행정 또는 사법 기관에 의해 "천연적으로 생성된" 것으로서 확인되거나 해석되거나, 확인될 또는 해석될 핵산 또는 폴리뉴클레오타이드의 형태를 명확히 배제하나 이러한 형태만을 배제하는 조건부 정의이다.
본원에서 사용된 바와 같이, "코딩 영역"은 아미노산으로 번역되는 코돈으로 구성된 핵산의 일부이다. "정지 코돈"(TAG, TGA 또는 TAA)은 아미노산으로 번역되지 않을지라도, 코딩 영역의 일부인 것으로서 간주될 수 있으나, 임의의 플랭킹 서열, 예를 들면, 프로모터, 리보좀 결합 부위, 전사 터미네이터, 인트론 등은 코딩 영역의 일부가 아니다. 2개 이상의 코딩 영역들이 단일 폴리뉴클레오타이드 구축물, 예를 들면, 단일 벡터, 또는 별개의 폴리뉴클레오타이드 구축물들, 예를 들면, 별개의 (상이한) 벡터들에 존재할 수 있다. 나아가, 임의의 벡터는 단일 코딩 영역을 함유할 수 있거나, 2개 이상의 코딩 영역들을 포함할 수 있고, 예를 들면, 단일 벡터는 면역글로불린 중쇄 가변 영역 및 면역글로불린 경쇄 가변 영역을 별도로 코딩할 수 있다. 추가로, 벡터, 폴리뉴클레오타이드 또는 핵산은 또 다른 코딩 영역에 융합되어 있거나 융합되어 있지 않은 이종 코딩 영역을 포함할 수 있다. 이종 코딩 영역은 전문화된 요소 또는 모티프, 예컨대, 분비 신호 펩타이드 또는 이종 기능성 도메인을 코딩하는 영역들을 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오타이드 또는 핵산은 DNA이다. DNA의 경우, 폴리펩타이드를 코딩하는 핵산을 포함하는 폴리뉴클레오타이드는 통상적으로 하나 이상의 코딩 영역과 작동 가능하게 연결된 프로모터 및/또는 다른 전사 또는 번역 제어 요소를 포함할 수 있다. 작동 가능한 연결은 유전자 생성물, 예를 들면, 폴리펩타이드에 대한 코딩 영역이 유전자 생성물의 발현을 조절 서열(들)의 영향 또는 제어 하에 놓이게 하는 방식으로 하나 이상의 조절 서열과 연결되는 때이다. 프로모터 기능의 유도가 원하는 유전자 생성물을 코딩하는 mRNA의 전사를 야기하는 경우 및 2개의 DNA 단편들 사이의 연결의 성질이 유전자 생성물의 발현을 유도하는 발현 조절 서열의 능력을 방해하지 않거나 전사되는 DNA 주형의 능력을 방해하지 않는 경우 2개의 DNA 단편들(예컨대, 폴리펩타이드 코딩 영역과 이와 연결된 프로모터)은 "작동 가능하게 연결되어" 있다. 따라서, 프로모터가 폴리펩타이드를 코딩하는 핵산의 전사에 영향을 미칠 수 있는 경우 프로모터 영역은 그 핵산과 작동 가능하게 연결되어 있을 것이다. 프로모터는 소정의 세포에서 DNA의 실질적인 전사를 유도하는 세포 특이적 프로모터일 수 있다. 프로모터 이외의 다른 전사 제어 요소, 예를 들면, 인핸서, 오퍼레이터, 리프레서 및 전사 종결 신호는 세포 특이적 전사를 유도하도록 폴리뉴클레오타이드와 작동 가능하게 연결될 수 있다.
다양한 전사 제어 영역들이 당분야에서 숙련된 자에게 공지되어 있다. 이들은 사이토메갈로바이러스(인트론-A와 함께 즉시 초기 프로모터), 원숭이 바이러스 40(초기 프로모터) 및 레트로바이러스(예컨대, 라우스 육종 바이러스)로부터의 프로모터 및 인핸서 분절과 같은, 그러나 이들로 한정되지 않는, 척추동물 세포에서 작용하는 전사 제어 영역들을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 다른 전사 제어 영역은 척추동물 유전자, 예컨대, 액틴, 열 충격 단백질, 소 성장 호르몬 및 토끼 β-글로빈으로부터 유래한 전사 제어 영역뿐만 아니라, 진핵 세포에서 유전자 발현을 제어할 수 있는 다른 서열들도 포함한다. 추가 적합한 전사 제어 영역은 조직 특이적 프로모터 및 인핸서뿐만 아니라 림포카인 유도성 프로모터(예를 들면, 인터페론 또는 인터류킨에 의해 유도될 수 있는 프로모터)도 포함한다.
유사하게, 다양한 번역 제어 요소들이 당분야에서 통상의 기술을 가진 자에게 공지되어 있다. 이들은 리보좀 결합 부위, 번역 시작 및 종결 코돈, 및 피코르나바이러스로부터 유래한 요소(특히, CITE 서열로서도 지칭되는 내부 리보좀 도입 부위 또는 IRES)를 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
다른 실시양태에서, 폴리뉴클레오타이드는 예를 들면, 메신저 RNA(mRNA), 전달 RNA 또는 리보좀 RNA 형태의 RNA일 수 있다.
폴리뉴클레오타이드 및 핵산 코딩 영역은 본원에 개시된 폴리뉴클레오타이드에 의해 코딩된 폴리펩타이드의 분비를 유도하는 분비 또는 신호 펩타이드를 코딩하는 추가 코딩 영역과 연결될 수 있다. 신호 가설에 따르면, 포유동물 세포에 의해 분비된 단백질은 일단 성장하는 단백질 쇄가 조면 소포체를 가로질러 이출하기 시작하면 성숙 단백질로부터 절단되는 신호 펩타이드 또는 분비 리더 서열을 가진다. 당분야에서 통상의 기술을 가진 자는 척추동물 세포에 의해 분비된 폴리펩타이드가 완전한 또는 "전체 길이" 폴리펩타이드로부터 절단되어 상기 폴리펩타이드의 분비된 또는 "성숙" 형태를 생성하는, 상기 폴리펩타이드의 N-말단에 융합된 신호 펩타이드를 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 천연 신호 펩타이드, 예를 들면, 면역글로불린 중쇄 또는 경쇄 신호 펩타이드, 또는 그 자신과 작동 가능하게 연결된 폴리펩타이드의 분비를 유도하는 능력을 보유하는, 그 서열의 기능성 유도체가 사용된다. 대안적으로, 이종 포유동물 신호 펩타이드 또는 이의 기능성 유도체가 사용될 수 있다. 예를 들면, 야생형 리더 서열은 인간 조직 플라스미노겐 활성화제(TPA) 또는 마우스 β-글루쿠로니다제(glucuronidase)의 리더 서열로 치환될 수 있다.
본원은 특정 결합 분자들, 또는 이들의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체를 개시한다. 전체 크기의 항체를 구체적으로 지칭하지 않는 한, 용어 "결합 분자"는 전체 크기의 항체뿐만 아니라, 이러한 항체의 항원 결합 서브유닛, 단편, 변이체, 유사체 또는 유도체, 예를 들면, 항체 분자와 유사한 방식으로 항원에 결합하되 상이한 스카폴드를 사용하는 조작된 항체 분자 또는 단편도 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "결합 분자"는 그의 가장 넓은 의미로 수용체, 예를 들면, 에피토프 또는 항원성 결정인자에 특이적으로 결합하는 분자를 지칭한다. 본원에 더 기재된 바와 같이, 결합 분자는 본원에 기재된 하나 이상의 "항원 결합 도메인"을 포함할 수 있다. 결합 분자의 비한정적 예는 항원 특이적 결합을 가진 항체 또는 이의 단편이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "결합 도메인" 또는 "항원 결합 도메인"은 에피토프에 특이적으로 결합하기 위해 필요하고 충분한 결합 분자의 영역을 지칭한다. 예를 들면, 2개의 별개의 폴리펩타이드 서브유닛들 또는 단일 쇄로서 "Fv", 예를 들면, 항체의 가변 중쇄 및 가변 경쇄는 "결합 도메인"으로서 간주된다. 다른 결합 도메인은 낙타과 종으로부터 유래한 항체의 가변 중쇄(VHH), 또는 피브로넥틴 스카폴드로 발현된 6개의 면역글로불린 상보성 결정 영역들(CDR들)을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 본원에 기재된 "결합 분자"는 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개 또는 12개 이상의 "항원 결합 도메인"을 포함할 수 있다.
용어 "항체" 및 "면역글로불린"은 본원에서 상호교환 가능하게 사용될 수 있다. 항체(또는 본원에 개시된 이의 단편, 변이체 또는 유도체)는 (낙타과 종의 경우) 적어도 중쇄의 가변 도메인, 또는 적어도 중쇄 및 경쇄의 가변 도메인을 포함한다. 척추동물 시스템에서 기본 면역글로불린 구조는 상대적으로 잘 이해되어 있다. 예를 들면, 문헌(Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988))을 참조한다. 달리 언급되어 있지 않은 한, 용어 "항체"는 항체의 작은 항원 결합 단편부터 전체 크기의 항체, 예를 들면, 2개의 완전한 중쇄들 및 2개의 완전한 경쇄들을 포함하는 IgG 항체, 4개의 완전한 중쇄들 및 4개의 완전한 경쇄들을 포함하고 임의적으로 J 쇄 및/또는 분비 성분을 포함하는 IgA 항체, 또는 10개 또는 12개의 완전한 중쇄들 및 10개 또는 12개의 완전한 경쇄들을 포함하고 임의적으로 J 쇄를 포함하는 IgM 항체까지 망라한다.
이하에서 더 상세히 논의될 바와 같이, 용어 "면역글로불린"은 생화학적으로 식별될 수 있는 폴리펩타이드들의 다양한 넓은 클래스들을 포함한다. 당분야에서 숙련된 자는 중쇄가 감마, 뮤, 알파, 델타 또는 엡실론(γ, μ, α, δ, ε)으로서 분류되고 이들 중 일부는 서브클래스(예를 들면, γ1-γ4 또는 α1-α2)로서 분류된다는 것을 인식할 것이다. 항체의 "클래스"를 각각 IgG, IgM, IgA, IgG 또는 IgE로서 결정하는 것은 이 쇄의 성질이다. 면역글로불린 서브클래스(이소타입), 예를 들면, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1, IgA2 등은 잘 특징규명되어 있고 기능적 전문화를 부여하는 것으로 공지되어 있다. 이 클래스들 및 이소타입들 각각의 변형된 버전은 본 개시에 비추어 볼 때 숙련된 당업자에게 용이하게 인식될 수 있으므로, 본 개시의 범위 내에 있다.
경쇄는 카파 또는 람다(κ, λ)로서 분류된다. 각각의 중쇄 클래스는 카파 또는 람다 경쇄와 결합될 수 있다. 일반적으로, 경쇄 및 중쇄는 서로 공유결합되고, 면역글로불린이 하이브리도마, B 세포 또는 유전적으로 조작된 숙주 세포에 의해 생성될 때, 2개의 중쇄들의 "꼬리" 부분은 공유 디설파이드 결합 또는 비공유 결합에 의해 서로 결합된다. 중쇄에서, 아미노산 서열은 Y 입체구조의 갈라진 말단에 있는 N-말단부터 각각의 쇄의 기저부에 있는 C-말단까지 걸쳐 있다. 특정 항체들, 예를 들면, IgG 항체의 기본 구조는 디설파이드 결합을 통해 공유결합되어, 본원에서 "H2L2" 구조로서도 지칭되는 "Y" 구조를 형성하는 2개의 중쇄 서브유닛들 및 2개의 경쇄 서브유닛들을 포함한다.
경쇄 및 중쇄 둘 다가 구조적 및 기능적 상동성을 가진 영역들로 나누어진다. 용어 "불변" 및 "가변"은 기능적으로 사용된다. 이와 관련하여, 가변 경쇄(VL) 부분 및 가변 중쇄(VH) 부분 둘 다의 가변 도메인은 항원 인식 및 특이성을 결정한다는 것을 인식할 것이다. 대조적으로, 경쇄의 불변 도메인(CL) 및 중쇄의 불변 도메인(CH1, CH2 또는 CH3)은 생물학적 성질, 예컨대, 분비, 태반횡단 이동성, Fc 수용체 결합, 보체 결합 등을 부여한다. 관례적으로, 불변 영역 도메인의 넘버링은 이 도메인이 항체의 항원 결합 부위 또는 아미노-말단으로부터 더 멀어질수록 증가한다. N-말단 부분은 가변 영역이고 C-말단 부분은 불변 영역이고; CH3(또는 IgM의 경우 CH4) 및 CL 도메인은 실제로 각각 중쇄 및 경쇄의 카복시-말단을 포함한다.
상기 표시된 바와 같이, 가변 영역(즉, "결합 도메인")은 결합 분자가 항원의 에피토프를 선택적으로 인식하고 이 에피토프에 특이적으로 결합하게 한다. 즉, 결합 분자, 예를 들면, 항체의 VL 도메인 및 VH 도메인, 또는 상보성 결정 영역들(CDR들)의 서브세트는 조합되어, 3차원 항원 결합 부위를 규정하는 가변 영역을 형성한다. 보다 구체적으로, 항원 결합 부위는 VH 쇄 및 VL 쇄 각각의 3개의 CDR들에 의해 규정된다. 특정 항체들은 더 큰 구조를 형성한다. 예를 들면, IgA는 모두 디설파이드 결합을 통해 공유결합된 2개의 H2L2 유닛들, J 쇄 및 분비 성분을 포함하는 분자를 형성할 수 있고, IgM은 디설파이드 결합을 통해 공유결합된 5개 또는 6개의 H2L2 유닛들 및 임의적으로 J 쇄를 포함하는 오량체성 또는 육량체성 분자를 형성할 수 있다.
항체-항원 결합 도메인에 존재하는 6개의 "상보성 결정 영역들" 또는 "CDR들"은 항체가 수성 환경에서 그의 3차원 입체구조를 취할 때 결합 도메인을 형성하도록 특이적으로 위치하는 아미노산들의 짧은 비-인접 서열들이다. "프레임워크" 영역으로서 지칭되는, 결합 도메인의 나머지 아미노산들은 더 적은 분자간 가변성을 보인다. 프레임워크 영역은 주로 β-시트 입체구조를 채택하고 CDR들은 β-시트 구조를 연결하고 일부 경우 이 구조의 일부를 형성하는 루프를 형성한다. 따라서, 프레임워크 영역은 쇄간 비공유 상호작용에 의해 CDR들이 정확한 배향으로 위치하게 하는 스카폴드를 형성하도록 작용한다. 위치한 CDR들에 의해 형성된 결합 도메인은 면역반응성 항원의 에피토프에 상보적인 표면을 규정한다. 이 상보적 표면은 항체와 이의 동족 에피토프의 비공유 결합을 촉진한다. 임의의 소정의 중쇄 또는 경쇄 가변 영역에 대한 CDR 및 프레임워크 영역을 각각 구성하는 아미노산들은 다양한 상이한 방식들로 규정되었기 때문에 당분야에서 통상의 기술을 가진 자에 의해 용이하게 확인될 수 있다(전체로서 본원에 참고로 도입된 문헌("Sequences of Proteins of Immunological Interest," Kabat, E., et al., U.S. Department of Health and Human Services, (1983)); 및 문헌(Chothia and Lesk, J. Mol. Biol., 196:901-917 (1987)) 참조).
당분야에서 사용되고/되거나 허용되는 용어의 2개 이상의 정의가 있는 경우, 명확히 반대로 언급되어 있지 않은 한, 본원에서 사용된 용어의 정의는 모든 이러한 의미들을 포함하기 위한 것이다. 구체적인 예는 중쇄 폴리펩타이드 및 경쇄 폴리펩타이드 둘 다의 가변 영역 내에서 발견되는 비-인접 항원 조합 부위들을 기술하기 위한 용어 "상보성 결정 영역"("CDR")의 사용이다. 이 특정 영역은 예를 들면, 본원에 참고로 도입된 문헌(Kabat et al., U.S. Dept. of Health and Human Services, "Sequences of Proteins of Immunological Interest" (1983)) 및 문헌(Chothia et al., J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987))에 기재되어 있다. 카바트(Kabat) 및 초티아(Chothia) 정의는 서로 비교될 때 아미노산들의 중첩 또는 서브세트를 포함한다. 그럼에도 불구하고, 달리 표시되어 있지 않은 한, 항체 또는 이의 변이체의 CDR을 지칭하기 위한 어느 한 정의(또는 당분야에서 통상의 기술을 가진 자에게 공지되어 있는 다른 정의)의 적용은 본원에서 정의되고 사용된 용어의 범위 내에 있기 위한 것이다. 상기 인용된 참고문헌들 각각에 의해 정의된 CDR들을 포함하는 적절한 아미노산들은 비교로서 하기 표 1에 기재되어 있다. 특정 CDR을 포함하는 정확한 아미노산 번호는 CDR의 서열 및 크기에 따라 달라질 것이다. 당분야에서 숙련된 자는 항체의 가변 영역 아미노산 서열이 주어졌을 때 어느 아미노산이 특정 CDR을 구성하는 지를 관례적으로 확인할 수 있다.
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카바트와 그의 동료들은 임의의 항체에 적용될 수 있는 가변 도메인 서열에 대한 넘버링 시스템도 정의하였다. 당분야에서 통상의 기술을 가진 자는 서열 그 자체 이외의 임의의 실험 데이터에 의존하지 않으면서 이 "카바트 넘버링" 시스템을 임의의 가변 도메인 서열에 명확히 배정할 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같이, "카바트 넘버링"은 문헌(Kabat et al., U.S. Dept. of Health and Human Services, "Sequence of Proteins of Immunological Interest" (1983))에 기재된 넘버링 시스템을 지칭한다. 그러나, 카바트 넘버링 시스템의 사용이 명확히 인지되지 않는 경우, 본 개시에서 모든 아미노산 서열들에 대해 연속 넘버링이 사용된다.
결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체는 다중클론, 단일클론, 인간, 인간화된 또는 키메라 항체, 단일 쇄 항체, 에피토프 결합 단편, 예를 들면, Fab, Fab' 및 F(ab')2, Fd, Fv, 단일 쇄 Fv(scFv), 단일 쇄 항체, 디설파이드 결합된 Fv(sdFv), VL 또는 VH 도메인을 포함하는 단편, Fab 발현 라이브러리에 의해 생성된 단편을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. scFv 분자는 당분야에서 공지되어 있고, 예를 들면, 미국 특허 제5,892,019호에 기재되어 있다. 본 개시에 의해 포함되는 면역글로불린 또는 항체 분자는 임의의 유형(예를 들면, IgG, IgE, IgM, IgD, IgA 및 IgY), 클래스(예를 들면, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2) 또는 서브클래스의 면역글로불린 분자일 수 있다.
"특이적으로 결합한다"는 일반적으로 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체가 그의 항원 결합 도메인을 통해 에피토프에 결합하고 결합이 항원 결합 도메인과 에피토프 사이의 어느 정도의 상보성을 필요로 한다는 것을 의미한다. 이 정의에 따르면, 결합 분자는 그가 관련 없는 무작위 에피토프에 결합할 때보다 더 용이하게 그의 항원 결합 도메인을 통해 에피토프에 결합할 때 그 에피토프에 "특이적으로 결합한다"고 말한다. 용어 "특이성"은 특정 결합 분자가 특정 에피토프에 결합하는 상대적 친화성을 정량하기 위해 본원에서 사용된다. 예를 들면, 결합 분자 "A"는 소정의 에피토프에 대해 결합 분자 "B"보다 더 높은 특이성을 가진 것으로 간주될 수 있거나, 결합 분자 "A"는 그가 관련된 에피토프 "D"에 대해 가진 특이성보다 더 높은 특이성으로 에피토프 "C"에 결합하는 것으로 말할 수 있다.
본원에 개시된 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체는 5 X 10-2 sec-1, 10-2 sec-1, 5 X 10-3 sec-1, 10-3 sec-1, 5 X 10-4 sec-1, 10-4 sec-1, 5 X 10-5 sec-1, 10-5 sec-1, 5 X 10-6 sec-1, 10-6 sec-1, 5 X 10-7 sec-1 또는 10-7 sec-1 이하의 해리 속도(k(off))로 표적 항원에 결합하는 것으로 말할 수 있다.
본원에 개시된 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체는 103 M-1 sec-1, 5 X 103 M-1 sec-1, 104 M-1 sec-1, 5 X 104 M-1 sec-1, 105 M-1 sec-1, 5 X 105 M-1 sec-1, 106 M-1 sec-1, 5 X 106 M-1 sec-1 또는 107 M-1 sec-1 이상의 결합 속도(k(on))로 표적 항원에 결합한다고 말할 수 있다.
결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체는 그가 기준 항체 또는 항원 결합 단편과 에피토프의 결합을 어느 정도 차단할 정도까지 소정의 에피토프에 우선적으로 결합하는 경우 기준 항체 또는 항원 결합 단편과 그 에피토프의 결합을 경쟁적으로 억제한다고 말한다. 경쟁적 억제는 당분야에서 공지되어 있는 임의의 방법, 예를 들면, 경쟁 ELISA 어세이에 의해 측정될 수 있다. 결합 분자는 기준 항체 또는 항원 결합 단편과 소정의 에피토프의 결합을 적어도 90%, 적어도 80%, 적어도 70%, 적어도 60% 또는 적어도 50%까지 경쟁적으로 억제한다고 말할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "친화성"은 개별 에피토프와, 예를 들면, 면역글로불린 분자의 하나 이상의 결합 도메인의 결합의 강도의 척도를 지칭한다. 예를 들면, 문헌(Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988))의 제27면 및 제28면을 참조한다. 본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "결합력(avidity)"은 결합 도메인의 집단과 항원 사이의 복합체의 전체 안정성을 지칭한다. 예를 들면, 상기 문헌(Harlow)의 제29면 내지 제34면을 참조한다. 결합력은 특정 에피토프에 대한 상기 집단 내의 개별 결합 도메인의 친화성, 및 면역글로불린과 항원의 결합가 둘 다와 관련되어 있다. 예를 들면, 2가 단일클론 항체와 고도 반복 에피토프 구조를 가진 항원, 예컨대, 중합체 사이의 상호작용은 높은 결합력의 상호작용일 것이다. 2가 단일클론 항체와 세포 표면에 고밀도로 존재하는 수용체 사이의 상호작용도 높은 결합력의 상호작용일 것이다.
본원에 개시된 결합 분자, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체는 그의 교차반응성의 관점에서 기재될 수도 있거나 특정될 수도 있다. 본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "교차반응성"은 한 항원에 대한 특이성을 가진 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체가 제2 항원과 반응하는 능력을 지칭하고; 2종의 상이한 항원성 물질들 사이의 관련성의 척도이다. 따라서, 결합 분자는 그의 형성을 유도한 에피토프 이외의 에피토프에 결합하는 경우 교차반응성을 가진다. 교차반응성 에피토프는 일반적으로 유도 에피토프와 동일한 상보적 구조 특징들 대부분을 함유하고, 일부 경우, 실제로 원래의 에피토프보다 더 잘 피팅될 수 있다.
결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체는 항원에 대한 그의 결합 친화성의 관점에서 기재될 수도 있거나 특정될 수도 있다. 예를 들면, 결합 분자는 5 x 10-2 M, 10-2 M, 5 x 10-3 M, 10-3 M, 5 x 10-4 M, 10-4 M, 5 x 10-5 M, 10-5 M, 5 x 10-6 M, 10-6 M, 5 x 10-7 M, 10-7 M, 5 x 10-8 M, 10-8 M, 5 x 10-9 M, 10-9 M, 5 x 10-10 M, 10-10 M, 5 x 10-11 M, 10-11 M, 5 x 10-12 M, 10-12 M, 5 x 10-13 M, 10-13 M, 5 x 10-14 M, 10-14 M, 5 x 10-15 M, 또는 10-15 M 이하의 해리 상수 또는 KD로 항원에 결합할 수 있다.
단일 쇄 항체 또는 다른 결합 도메인을 비롯한 항체 단편은 단독으로, 또는 힌지 영역, CH1, CH2, CH3 또는 CH4 도메인, J 쇄 또는 분비 성분 중 하나 이상과 조합되어 존재할 수 있다. 가변 영역(들)과, 힌지 영역, CH1, CH2, CH3 또는 CH4 도메인, J 쇄 또는 분비 성분 중 하나 이상의 임의의 조합을 포함할 수 있는 항원 결합 단편도 포함된다. 결합 분자, 예를 들면, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 조류 및 포유동물을 비롯한 임의의 동물로부터 유래할 수 있다. 항체는 인간, 뮤린, 당나귀, 토끼, 염소, 기니 피그, 낙타, 라마, 말 또는 닭 항체일 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 가변 영역은 연골어류(예를 들면, 상어)로부터 유래할 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같이, "인간" 항체는 아래에 기재되어 있고, 예를 들면, 미국 특허 제5,939,598호(Kucherlapati et al.)에 기재된 바와 같이 인간 면역글로불린의 아미노산 서열을 가진 항체를 포함하고, 인간 면역글로불린 라이브러리 또는 하나 이상의 인간 면역글로불린에 대한 형질전환 동물로부터 단리된 항체를 포함하고, 일부 경우, 내생성 면역글로불린을 발현할 수 있고 일부 경우 발현하지 않을 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "중쇄 서브유닛"은 면역글로불린 중쇄로부터 유래한 아미노산 서열을 포함하고, 중쇄 서브유닛을 포함하는 결합 분자, 예를 들면, 항체는 VH 도메인, CH1 도메인, 힌지(예를 들면, 상부, 중간 및/또는 하부 힌지 영역) 도메인, CH2 도메인, CH3 도메인, CH4 도메인, 또는 이의 변이체 또는 단편 중 적어도 하나를 포함한다. 예를 들면, 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체는 VH 도메인 이외에 CH1 도메인; CH1 도메인, 힌지 및 CH2 도메인; CH1 도메인 및 CH3 도메인; CH1 도메인, 힌지 및 CH3 도메인; 또는 CH1 도메인, 힌지 도메인, CH2 도메인 및 CH3 도메인을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체는 VH 도메인 이외에 CH3 도메인 및 CH4 도메인; 또는 CH3 도메인, CH4 도메인 및 J 쇄를 포함할 수 있다. 추가로, 본 개시에서 사용할 결합 분자는 일부 불변 영역 부분들, 예를 들면, CH2 도메인의 전부 또는 일부를 결여할 수 있다. 당분야에서 통상의 기술을 가진 자는 이 도메인들(예를 들면, 중쇄 서브유닛)이 아미노산 서열에서 원래의 면역글로불린 분자와 상이하도록 변형될 수 있다는 것을 이해할 것이다.
결합 분자, 예를 들면, 항체 또는 이의 단편의 중쇄 서브유닛은 상이한 면역글로불린 분자들로부터 유래한 도메인들을 포함할 수 있다. 예를 들면, 폴리펩타이드의 중쇄 서브유닛은 IgG1 분자로부터 유래한 CH1 도메인 및 IgG3 분자로부터 유래한 힌지 영역을 포함할 수 있다. 또 다른 예에서, 중쇄 서브유닛은 부분적으로 IgG1 분자 및 부분적으로 IgG3 분자로부터 유래한 힌지 영역을 포함할 수 있다. 또 다른 예에서, 중쇄 서브유닛은 부분적으로 IgG1 분자 및 부분적으로 IgG4 분자로부터 유래한 키메라 힌지를 포함할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "경쇄 서브유닛"은 면역글로불린 경쇄로부터 유래한 아미노산 서열을 포함한다. 경쇄 서브유닛은 VL 또는 CL(예를 들면, Cκ 또는 Cλ) 도메인 중 적어도 하나를 포함한다.
결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체는 그가 인식하거나 특이적으로 결합하는 항원의 에피토프(들) 또는 부분(들)의 관점에서 기재될 수 있거나 특정될 수 있다. 항체의 항원 결합 도메인과 특이적으로 상호작용하는 표적 항원의 부분은 "에피토프" 또는 "항원성 결정인자"이다. 표적 항원은 단일 에피토프 또는 적어도 2개의 에피토프들을 포함할 수 있고, 항원의 크기, 입체구조 및 유형에 따라 임의의 수의 에피토프를 포함할 수 있다.
앞서 표시된 바와 같이, 다양한 면역글로불린 클래스들의 불변 영역의 서브유닛 구조 및 3차원 입체구조는 잘 공지되어 있다. 본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "VH 도메인"은 면역글로불린 중쇄의 아미노 말단 가변 도메인을 포함하고, 용어 "CH1 도메인"은 면역글로불린 중쇄의 첫 번째(가장 아미노 말단) 불변 영역 도메인을 포함한다. CH1 도메인은 VH 도메인에 인접하고 전형적인 면역글로불린 중쇄 분자의 힌지 영역의 아미노 말단 방향으로 존재한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "CH2 도메인"은 예를 들면, 통상적인 넘버링 체계를 이용할 때 IgG 항체의 약 아미노산 244부터 아미노산 360까지(아미노산 244부터 아미노산 360까지, 카바트 넘버링 시스템; 및 아미노산 231부터 아미노산 340까지, EU 넘버링 시스템; 앞서 언급된 문헌(Kabat EA et al.) 참조) 걸쳐 있는 중쇄 분자의 부분을 포함한다. CH3 도메인은 IgG 분자의 CH2 도메인부터 C-말단까지 걸쳐 있고, 대략 108개의 아미노산들을 포함한다. 일부 면역글로불린 클래스들, 예를 들면, IgM은 CH4 영역도 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "힌지 영역"은 CH1 도메인을 CH2 도메인에 연결하는 중쇄 분자의 부분을 포함한다. 이 힌지 영역은 대략 25개의 아미노산들을 포함하고 유연하므로, 2개의 N-말단 항원 결합 영역들이 독립적으로 움직일 수 있게 한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "디설파이드 결합"은 2개의 황 원자들 사이에 형성된 공유결합을 포함한다. 아미노산 시스테인은 제2 티올 기와 디설파이드 결합 또는 가교를 형성할 수 있는 티올 기를 포함한다. 일부 IgG 분자들에서, CH1 영역과 CL 영역은 디설파이드 결합에 의해 연결되고, 2개의 중쇄들은 카바트 넘버링 시스템을 이용할 때 239 및 242(위치 226 또는 229, EU 넘버링 시스템)에 상응하는 위치에서 2개의 디설파이드 결합들에 의해 연결된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "키메라 항체"는 면역반응성 영역 또는 부위가 제1 종으로부터 수득되거나 유래하고 불변 영역(온전한, 부분적 또는 변형된 불변 영역일 수 있음)이 제2 종으로부터 수득된 항체를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 표적 결합 영역 또는 부위는 비인간 공급원(예를 들면, 마우스 또는 영장류)로부터 유래할 것이고, 불변 영역은 인간 불변 영역이다.
용어 "다중특이적 항체" 또는 "이중특이적 항체"는 단일 항체 분자 내에 2개 이상의 상이한 에피토프들에 대한 결합 도메인을 가진 항체를 지칭한다. 다른 결합 분자는 정규 항체 구조 이외에 2종의 결합 특이성을 갖도록 구축될 수 있다. 이중특이적 또는 다중특이적 항체에 의한 에피토프 결합은 동시적일 수 있거나 순차적일 수 있다. 트리오마 및 하이브리드 하이브리도마는 이중특이적 항체를 분비할 수 있는 세포주의 두 예이다. 이중특이적 항체는 재조합 수단에 의해 구축될 수도 있다(Strohlein and Heiss, Future Oncol. 6:1387-94 (2010); Mabry and Snavely, IDrugs. 13:543-9 (2010)). 이중특이적 항체는 디아바디일 수도 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "조작된 항체"는 중쇄 또는 경쇄, 또는 이들 둘 다의 가변 도메인이 CDR 또는 프레임워크 영역 내의 하나 이상의 아미노산의 적어도 부분적 대체에 의해 변경된 항체를 지칭한다. 일부 양태에서, 공지된 특이성을 가진 항체로부터의 전체 CDR들은 이종 항체의 프레임워크 영역 내로 이식될 수 있다. 대안적 CDR이 프레임워크 영역의 기원이 된 항체와 동일한 클래스 또는 심지어 서브클래스의 항체로부터 유래할 수 있을지라도, CDR은 상이한 클래스의 항체, 예를 들면, 상이한 종으로부터의 항체로부터 유래할 수도 있다. 공지된 특이성을 가진 비인간 항체로부터의 하나 이상의 "기증자" CDR이 인간 중쇄 또는 경쇄 프레임워크 영역 내로 이식되어 있는 조작된 항체는 본원에서 "인간화된 항체"로서 지칭된다. 일부 양태에서, 모든 CDR들이 기증자 가변 영역으로부터의 완전한 CDR들로 대체되는 것은 아니지만, 기증자의 항원 결합 성능은 여전히 수용자 가변 도메인으로 전달될 수 있다. 예를 들면, 미국 특허 제5,585,089호, 제5,693,761호, 제5,693,762호 및 제6,180,370호에 기재된 설명을 고려할 때, 관례적인 실험을 수행하거나 시행착오 시험을 수행함으로써 기능적 조작된 또는 인간화된 항체를 수득하는 것은 당분야에서 숙련된 자의 능력 내에 있을 것이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "조작된"은 합성 수단(예를 들면, 재조합 기법, 시험관내 펩타이드 합성, 펩타이드의 효소적 또는 화학적 커플링, 또는 이 기법들의 일부 조합)에 의한 핵산 또는 폴리펩타이드 분자의 조작을 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "연결된", "융합된" 또는 "융합", 또는 다른 문법적으로 동등한 용어들은 상호교환 가능하게 사용될 수 있다. 이 용어들은 화학적 접합 또는 재조합 수단을 포함하는 임의의 수단에 의한 2개 이상의 요소들 또는 성분들의 연결을 의미한다. "인-프레임(in-frame) 융합"은 원래의 오픈 리딩 프레임(ORF)의 번역 리딩 프레임을 유지하는 방식으로 2개 이상의 폴리뉴클레오타이드 ORF들을 연결하여 연속적인 더 긴 ORF를 형성하는 것을 의미한다. 따라서, 재조합 융합 단백질은 원래의 ORF에 의해 코딩된 폴리펩타이드들에 상응하는 2개 이상의 분절들(이 분절들은 통상적으로 천연 상태에서 연결된 것처럼 연결되지 않음)을 함유하는 단일 단백질이다. 따라서, 리딩 프레임이 융합된 분절들 전체에 걸쳐 연속적이도록 만들어질지라도, 상기 분절들은 예를 들면, 인-프레임 링커 서열에 의해 물리적으로 또는 공간적으로 분리될 수 있다. 예를 들면, "융합된" CDR들이 연속적인 폴리펩타이드의 부분으로서 공-번역되는 한, 면역글로불린 가변 영역의 CDR들을 코딩하는 폴리뉴클레오타이드들은 인-프레임으로 융합될 수 있으나, 적어도 하나의 면역글로불린 프레임워크 영역 또는 추가 CDR 영역을 코딩하는 폴리뉴클레오타이드에 의해 분리될 수 있다.
폴리펩타이드와 관련하여, "선형 서열" 또는 "서열"은 아미노 말단에서 카복실 말단 방향으로 폴리펩타이드의 아미노산들의 순서이고, 이때 서열에서 서로 인접하는 아미노산들은 폴리펩타이드의 일차 구조에서 인접한다. 폴리펩타이드의 또 다른 부분의 "아미노-말단" 또는 "N-말단" 방향으로 존재하는 폴리펩타이드의 부분은 순차적인 폴리펩타이드 쇄에서 더 일찍 나타나는 부분이다. 유사하게, 폴리펩타이드의 또 다른 부분의 "카복시-말단" 또는 "C-말단" 방향으로 존재하는 폴리펩타이드의 부분은 순차적인 폴리펩타이드 쇄에서 더 나중에 나타나는 부분이다. 예를 들면, 전형적인 항체에서, 가변 도메인은 불변 영역의 "N-말단" 방향으로 존재하고, 불변 영역은 가변 도메인의 "C-말단" 방향으로 존재한다.
본원에서 사용된 용어 "발현"은 유전자가 생화학적 물질, 예를 들면, 폴리펩타이드를 생성하는 과정을 지칭한다. 상기 과정은 일시적인 발현 및 안정한 발현 둘 다뿐만 아니라 유전자 넉아웃도 포함하나 이들로 한정되지 않는, 세포 내에서의 유전자의 기능적 존재의 임의의 징후를 포함한다. 상기 과정은 메신저 RNA(mRNA)로의 유전자의 전사, 및 폴리펩타이드(들)로의 이러한 mRNA의 번역을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 최종 원하는 생성물이 생화학적 물질인 경우, 발현은 그 생화학적 물질 및 임의의 전구체의 생성을 포함한다. 유전자의 발현은 "유전자 생성물"을 생성한다. 본원에서 사용된 바와 같이, 유전자 생성물은 유전자의 전사에 의해 생성된 핵산, 예를 들면, 메신저 RNA, 또는 전사체로부터 번역된 폴리펩타이드일 수 있다. 본원에 기재된 유전자 생성물은 전사 후 변형, 예를 들면, 폴리아데닐화를 가진 핵산, 또는 번역 후 변형, 예를 들면, 메틸화, 글리코실화, 지질의 추가, 다른 단백질 서브유닛과의 회합, 단백질용해성 절단 등을 가진 폴리펩타이드도 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "후성유전적 변형(들)"은 DNA 서열의 변경이 없는 염색체 변경으로부터 비롯된 안정하게 유전될 수 있는 표현형(들)을 지칭한다. 후성유전적 변형은 일부 경우 질환 또는 장애, 예컨대, 암을 유발할 수 있다(Berger, SL, et al., Genes Dev. 23:781-783 (2009)). 후성유전적 변형은 전형적으로 세포 과정, 예컨대, 분화, 증식 및/또는 아폽토시스를 제어하는 유전자의 과다발현 및/또는 억제를 야기할 수 있는 염색질 구조의 변화를 수반한다. 이러한 변형은 예를 들면, DNA 메틸화 및 히스톤 아세틸화를 수반할 수 있다. 예를 들면, 문헌(Gnyska, A., et al., Anticancer Res. 33:2989-2996 (2013))을 참조한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "후성유전적 조절제"는 질환 야기 후성유전적 변형에 영향을 미침으로써, 예를 들면, 이러한 후성유전적 변형을 차단하거나, 감소시키거나, 역전시키거나 완화함으로써, 질환, 예를 들면, 암을 치료할 수 있는 약제, 예를 들면, 치료제를 지칭한다. 예시적 후성유전적 조절제는 DNA 메틸트랜스퍼라제 억제제(DNMTi) 및 히스톤 데아세틸라제 억제제(HDACi)를 포함한다. 다양한 HDACi 및 DNMTi가 일부 암들의 치료용으로 승인되어 있거나 시험되고 있다. 예시적 약제는 본원의 다른 곳에 개시되어 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "히스톤 데아세틸라제 억제제(들)" 또는 "HDAC 억제제(들)" 또는 "HDACi"는 생체내, 시험관내 또는 이들 둘 다에서 히스톤의 탈아세틸화를 억제할 수 있는 화합물 또는 화합물들을 지칭한다. HDAC는 적어도 하나의 히스톤 데아세틸라제의 활성을 억제한다. 적어도 하나의 히스톤의 탈아세틸화를 억제한 결과로서, 아세틸화된 히스톤의 증가가 일어나고 아세틸화된 히스톤의 축적이 HDAC의 활성을 평가하기 위한 생물학적 마커를 제공할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "DNA 메틸트랜스퍼라제 억제제(들)" 또는 "DNMT 억제제(들)" 또는 "DNMTi"는 생체내, 시험관내 또는 이들 둘 다에서 DNA 과다메틸화 및/또는 DNA 메틸트랜스퍼라제("DNMT") 과다발현을 억제할 수 있는 화합물 또는 화합물들을 지칭한다. DNMT 과다발현 및/또는 DNMT 활성을 억제한 결과로서, DNMTi는 예를 들면, 비정상적으로 침묵된 유전자, 예를 들면, 종양 억제 유전자의 발현을 회복시킬 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "항-SEMA4D 결합 분자"는 SEMA4D에 특이적으로 결합하는 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체를 지칭한다. 전체 크기의 항체, 예컨대, 천연 생성 항체를 구체적으로 지칭하지 않는 한, 용어 "항-SEMA4D 항체"는 전체 크기의 항체 및 이러한 항체의 항원 결합 단편, 변이체, 유사체 또는 유도체, 예를 들면, 천연 생성 항체 또는 면역글로불린 분자 또는 조작된 항체 분자, 또는 항체 분자와 유사한 방식으로 항원에 결합하는 단편을 포함한다.
"치료하는" 또는 "치료" 또는 "치료하기 위한" 또는 "완화하는" 또는 "완화하기 위한"과 같은 용어는 기존 진단된 병리학적 상태 또는 장애를 치유하고/하거나, 지연시키고/시키거나, 이러한 상태 또는 장애의 증상을 경감시키고/시키거나, 이러한 상태 또는 장애의 진행을 중단시키거나 늦추는 치료적 조치를 의미한다. "예방한다", "예방", "피한다", "저지한다" 등과 같은 용어는 진단되지 않은 표적화된 병리학적 상태 또는 장애의 발생을 방지하는 예방적 또는 방지적 조치를 의미한다. 따라서, "치료를 필요로 하는 대상체"는 이미 장애를 가진 대상체; 장애를 갖기 쉬운 대상체; 및 장애가 예방되어야 하는 대상체를 포함할 수 있다.
용어 "치료 유효량"은 대상체 또는 포유동물에서 질환 또는 장애를 "치료"하는 데 효과적인 항체, 폴리펩타이드, 폴리뉴클레오타이드, 유기 소분자 또는 다른 약물의 양을 지칭한다. 암의 경우, 치료 유효량의 약물은 암 세포의 수를 감소시킬 수 있거나; 암 세포 분열을 지연시킬 수 있거나 중단시킬 수 있거나; 종양 크기의 증가를 감소시킬 수 있거나 지연시킬 수 있거나; 예를 들면, 연부조직 및 골 내로의 암의 퍼짐을 포함하는, 말초 기관 내로의 암 세포 침윤을 억제할 수 있거나, 예를 들면, 저해할 수 있거나, 지연시킬 수 있거나, 방지할 수 있거나, 중단시킬 수 있거나, 지체시킬 수 있거나 역전시킬 수 있거나; 종양 전이를 억제할 수 있거나, 예를 들면, 저해할 수 있거나, 지연시킬 수 있거나, 방지할 수 있거나, 줄어들게 할 수 있거나, 중단시킬 수 있거나, 지체시킬 수 있거나 역전시킬 수 있거나; 종양 성장을 억제할 수 있거나, 예를 들면, 저해할 수 있거나, 지연시킬 수 있거나, 방지할 수 있거나, 중단시킬 수 있거나, 지체시킬 수 있거나 역전시킬 수 있거나; 암과 관련된 증상들 중 하나 이상을 어느 정도까지 경감시킬 수 있거나; 이환율 또는 사망률을 감소시킬 수 있거나; 삶의 질을 개선할 수 있거나; 이러한 효과들의 조합 효과를 나타낼 수 있다. 이러한 효과는 약물이 성장을 방지하고/하거나 기존 암 세포를 사멸시키는 정도까지 세포증식억제성 및/또는 세포독성으로서 지칭될 수 있다.
"대상체" 또는 "개체" 또는 "동물" 또는 "환자" 또는 "포유동물"은 진단, 예후 또는 요법이 요구되는 임의의 대상체, 특히 포유동물 대상체를 의미한다. 포유동물 대상체는 인간, 가축, 농장 동물, 및 동물원, 스포츠 또는 애완 동물, 예컨대, 개, 고양이, 기니 피그, 토끼, 래트, 마우스, 말, 돼지, 소, 곰 등을 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "요법으로부터 이익을 얻을 대상체" 및 "치료를 필요로 하는 동물"과 같은 어구는 본원에 기재된 요법, 예컨대, 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합과 조합된, 하나 이상의 항원 결합 도메인을 포함하는 항체를 투여하였을 때 이익을 얻을 대상체, 예컨대, 포유동물 대상체를 포함한다.
용어 "면역 조절 요법" 또는 "면역요법"은 대상체에서 면역 반응을 유도하고/하거나 향상시킴으로써 그 대상체에서 질환 또는 장애에 영향을 미치는 치료를 지칭한다. 면역 조절 요법은 암 백신, 면역자극제, 입양 T 세포 또는 항체 요법, 및 면역 체크포인트 차단을 포함한다(Lizee et al. Ann. Rev. Med. 64:71-90 (2013)).
용어 "면역 조절제"는 면역요법의 활성 약제를 지칭한다. 면역 조절제는 다양한 재조합 제제, 합성 제제 및 천연 제제를 포함한다. 면역 조절제의 예로는 인터류킨, 예컨대, IL-2, IL-7, IL-12; 사이토카인, 예컨대, 과립구 콜로니 자극 인자(G-CSF), 인터페론; 다양한 케모카인들, 예컨대, CXCL13, CCL26, CXCL7; 면역 체크포인트 차단의 길항제, 예컨대, 항-CTLA-4, 항-PD-1 또는 항-PD-L1(PD-1의 리간드), 항-LAG3, 항-TIM3, 항-B7-H3, 합성 사이토신 포스페이트-구아노신(CpG) 올리고데옥시뉴클레오타이드, 글루칸; 및 조절 T 세포(Treg)의 조절제, 예컨대, 사이클로포스프아미드가 있으나 이들로 한정되지 않는다.
표적 폴리펩타이드 설명 - SEMA4D
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "세마포린-4D", "SEMA4D" 및 "SEMA4D 폴리펩타이드"는 "SEMA4D" 및 "Sema4D"와 마찬가지로 상호교환 가능하게 사용된다. 일부 실시양태에서, SEMA4D는 세포의 표면에서 발현되거나 세포에 의해 분비된다. 또 다른 실시양태에서, SEMA4D는 막에 결합된다. 또 다른 실시양태에서, SEMA4D는 가용성 SEMA4D, 예를 들면, sSEMA4D이다. 또 다른 실시양태에서, SEMA4D는 전체 크기의 SEMA4D 또는 이의 단편, 또는 SEMA4D 변이체 폴리펩타이드를 포함할 수 있고, 이때 SEMA4D 또는 SEMA4D 변이체 폴리펩타이드의 단편은 전체 크기의 SEMA4D의 일부 또는 모든 기능적 성질들을 보유한다.
전체 크기의 인간 SEMA4D 단백질은 150 kDa의 2개의 폴리펩타이드 쇄들로 구성된 동종이량체성 막횡단 단백질이다. SEMA4D는 세포 표면 수용체들의 세마포린 패밀리에 속하고 CD100으로서도 지칭된다. 인간 및 마우스 SEMA4D/Sema4D 둘 다가 그들의 막횡단 형태로부터 단백질용해적으로 절단되어 120 kDa 가용성 형태를 생성함으로써, 2개의 Sema4D 이소폼들을 생성할 수 있다(Kumanogoh et al., J. Cell Science 116:3464 (2003)). 세마포린은 처음에 신경과 그의 적절한 표적 사이의 정확한 연결을 확립하는 데 있어서 중요한 역할을 하는 축삭-유도 인자로서 정의된 가용성 및 막-결합된 단백질로 구성된다. 구조적으로 클래스 IV 세마포린으로서 간주되는 SEMA4D는 아미노-말단 신호 서열에 이은, 17개의 보존된 시스테인 잔기들을 함유하는 특징적인 'Sema' 도메인, Ig 유사 도메인, 라이신 풍부 스트레치, 소수성 막횡단 영역 및 세포질 꼬리로 구성된다.
SEMA4D 폴리펩타이드는 약 13개 아미노산의 신호 서열에 이은, 약 512개 아미노산의 세마포린 도메인, 약 65개 아미노산의 면역글로불린 유사(Ig 유사) 도메인, 104개 아미노산의 라이신 풍부 스트레치, 약 19개 아미노산의 소수성 막횡단 영역 및 110개 아미노산의 세포질 꼬리를 포함한다. 세포질 꼬리에서 티로신 인산화에 대한 컨센서스 부위는 SEMA4D와 티로신 키나제의 예측된 회합을 뒷받침한다(Schlossman et al., Eds. (1995) Leucocyte Typing V (Oxford University Press, Oxford)).
SEMA4D는 적어도 3종의 기능적 수용체들, 즉 플렉신-B1, 플렉신-B2 및 CD72를 가진 것으로 공지되어 있다. 플렉신-B1은 비-림프 조직에서 발현되고 SEMA4D에 대한 높은 친화성(1 nM) 수용체인 것으로 밝혀졌다(Tamagnone et al., Cell 99:71-80 (1999)). 플렉신-B1 신호전달의 SEMA4D 자극은 신경의 성장 원추 붕괴를 유도하고 희소돌기아교세포(oligodendrocyte)의 과정 확장 붕괴 및 아폽토시스를 유도하는 것으로 밝혀졌다(Giraudon et al., J. Immunol. 172:1246-1255 (2004); Giraudon et al., NeuroMolecular Med. 7:207-216 (2005)). SEMA4D에의 결합 후, 플렉신-B1 신호전달은 R-Ras의 불활성화를 매개하여, 세포외 매트릭스에의 인테그린 매개 부착의 감소뿐만 아니라 RhoA의 활성화도 유발하여, 세포골격의 재조직화에 의한 세포 붕괴를 유발한다(Kruger et al., Nature Rev. Mol. Cell Biol. 6:789-800 (2005); Pasterkamp, TRENDS in Cell Biology 15:61-64 (2005)). 플렉신-B2는 SEMA4D에 대한 중간 친화성을 갖고, 최근 보고는 플렉신-B2가 각질세포에서 발현되고 SEMA4D 양성 γδ T 세포를 활성화시켜 상피 복구에 기여한다는 것을 시사한다(Witherden et al., Immunity 37:314-25 (2012)).
림프 조직에서, CD72는 저친화성(300 nM) SEMA4D 수용체로서 사용된다(Kumanogoh et al., Immunity 13:621-631 (2000)). B 세포 및 항원 제시 세포(APC)는 CD72를 발현하고, 항-CD72 항체는 sSEMA4D와 동일한 효과들 중 대부분의 효과들, 예컨대, CD40-유도된 B 세포 반응 및 CD23의 B 세포 쉐딩(shedding)의 향상을 가진다. CD72는 많은 억제 수용체들과 회합할 수 있는 티로신 포스파타제 SHP-1을 집결시킴으로써 B 세포 반응의 음성 조절제로서 작용하는 것으로 생각된다. SEMA4D와 CD72의 상호작용은 SHP-1의 해리 및 이 음성 활성화 신호의 상실을 야기한다. SEMA4D는 시험관내에서 T 세포 자극 및 B 세포 응집 및 생존을 촉진하는 것으로 확인되었다. SEMA4D 발현 세포 또는 sSEMA4D의 첨가는 시험관내에서 CD40-유도된 B 세포 증식 및 면역글로불린 생성을 향상시키고, 생체내 항체 반응을 가속화한다(Ishida et al., Inter. Immunol. 15:1027-1034 (2003); Kumanogoh and H. Kukutani, Trends in Immunol. 22:670-676 (2001)). sSEMA4D는 보조자극 분자의 상향조절 및 IL-12의 증가된 분비를 포함하는, DC의 CD40-유도된 성숙을 향상시킨다. 또한, sSEMA4D는 차단 항-SEMA4D 마우스 항체의 첨가에 의해 역전될 수 있는 면역 세포 이동을 억제할 수 있다(Elhabazi et al., J. Immunol. 166:4341-4347 (2001); Delaire et al., J. Immunol. 166:4348-4354 (2001)).
Sema4D는 비장, 흉선 및 림프절을 포함하는 림프 기관, 및 비-림프 기관, 예컨대, 뇌, 심장 및 신장에서 높은 수준으로 발현된다. 림프 기관에서, Sema4D는 휴면 T 세포에서 풍부하게 발현되나, 휴면 B 세포 및 항원 제시 세포(APC), 예컨대, 수지상 세포(DC)에서는 단지 약하게 발현된다.
세포 활성화는 SEMA4D의 표면 발현뿐만 아니라 가용성 SEMA4D(sSEMA4D)의 생성도 증가시킨다. SEMA4D의 발현 패턴은 SEMA4D가 면역 시스템에서 중요한 생리학적 역할 및 병리학적 역할을 한다는 것을 암시한다. SEMA4D는 B 세포 활성화, 응집 및 생존을 촉진하고; CD40-유도된 증식 및 항체 생성을 향상시키고; T 세포 의존적 항원에 대한 항체 반응을 향상시키고; T 세포 증식을 증가시키고; 수지상 세포 성숙 및 T 세포를 자극하는 능력을 향상시키고; 탈수초화 및 축삭 변성과 직접적으로 관련되어 있는 것으로 밝혀졌다(Shi et al., Immunity 13:633-642 (2000); Kumanogoh et al., J. Immunol. 169:1175-1181 (2002); and Watanabe et al., J. Immunol. 167:4321-4328 (2001)).
항-SEMA4D 항체
SEMA4D에 결합하는 항체는 당분야에서 기재되어 있다. 예를 들면, 전체로서 본원에 각각 참고로 도입된 미국 특허출원 공보 제2008/0219971 A1호, 제2010/0285036 A1호 및 제2006/0233793 A1호, 및 국제 특허출원 공보 제WO 93/14125호, 제WO 2008/100995호 및 제WO 2010/129917호, 및 문헌(Herold et al., Int. Immunol. 7:1-8 (1995))을 참조한다.
본 개시는 일반적으로 대상체, 예를 들면, 인간 암 환자에서 종양 성장 또는 전이를 억제하거나, 지연시키거나 감소시키는 방법으로서, SEMA4D에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체, 및 유효량의 후성유전적 조절제, 예를 들면, 히스톤 데아세틸라제(HDAC) 억제제(HDACi), DNA 메틸트랜스퍼라제(DNMT) 억제제(DNMTi) 또는 이들의 임의의 조합을 투여하는 단계를 포함하는 방법에 관한 것이다. HDACi 및 DNMTi는 본원의 다른 곳에 상세히 기재되어 있다. 일부 실시양태에서, 항-SEMA4D 항체는 SEMA4D와 이의 수용체들 중 하나 이상의 수용체, 예를 들면, 플렉신-B1, 플렉신-B2 및/또는 CD72의 상호작용을 차단한다. 일부 실시양태에서, 암 세포는 플렉신-B1 및/또는 플렉신-B2를 발현한다. 이 성질들을 가진 항-SEMA4D 항체는 본원에서 제공된 방법에서 사용될 수 있다. 사용될 수 있는 항체는 미국 특허출원 공보 제2010/0285036 A1호 및 제2008/0219971 A1호에 전체적으로 기재된 MAb VX15/2503, 67, 76, 2282 및 이들의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체를 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 본원에서 제공된 방법에서 사용될 수 있는 추가 항체는 미국 특허출원 공보 제2006/0233793 A1호에 기재된 BD16 항체 및 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체; 또는 미국 특허출원 공보 제2008/0219971 A1호에 기재된 MAb 301, MAb 1893, MAb 657, MAb 1807, MAb 1656, MAb 1808, Mab 59, MAb 2191, MAb 2274, MAb 2275, MAb 2276, MAb 2277, MAb 2278, MAb 2279, MAb 2280, MAb 2281, MAb 2282, MAb 2283, MAb 2284 및 MAb 2285 중 임의의 항체 및 이들의 임의의 단편, 변이체 또는 유도체를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 방법에서 사용될 항-SEMA4D 항체는 인간 SEMA4D, 뮤린 SEMA4D, 또는 인간 SEMA4D 및 뮤린 SEMA4D 둘 다에 결합한다. 상기 언급된 항체들 중 임의의 항체와 동일한 에피토프에 결합하는 항체, 및/또는 상기 언급된 항체들 중 임의의 항체의 결합 또는 활성을 경쟁적으로 억제하는 항체도 유용하다.
일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 방법에 유용한 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체는 기준 항-SEMA4D 항체 분자, 예를 들면, 앞서 기재된 기준 항-SEMA4D 항체 분자의 아미노산 서열과 적어도 약 80%, 약 85%, 약 88%, 약 89%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94% 또는 약 95% 서열 동일성을 가진 아미노산 서열을 가진다. 추가 실시양태에서, 결합 분자는 기준 항체와 적어도 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99% 또는 100% 서열 동일성을 공유한다.
일부 양태에서, 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체는 SEMA4D와 이의 수용체, 예를 들면, 플렉신-B1, 플렉신-B2 또는 CD72의 상호작용을 억제할 수 있다. 일부 양태에서, 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체는 SEMA4D 매개 플렉신-B1 신호 전달을 억제할 수 있다.
일부 양태에서, 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체는 아미노산 서열의 서열번호 1을 포함하는 가변 중쇄 영역(VH) 및 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 가변 경쇄 영역(VL)을 포함하는 기준 항체가 SEMA4D에 결합하는 것을 경쟁적으로 억제한다. 일부 양태에서, 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체는 아미노산 서열의 서열번호 1을 포함하는 VH 및 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 VL을 포함하는 기준 항체와 동일한 SEMA4D 에피토프에 결합한다. 일부 양태에서, 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체의 VH는 3개의 상보성 결정 영역들(CDR들) HCDR1, HCDR2 및 HCDR3을 포함하고, VL은 3개의 CDR들 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3을 포함하고, 이때 상기 CDR들은 CDR들 중 하나 이상의 CDR에서 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 6개의 단일 보존적 아미노산 치환이 있다는 점을 제외하고 각각 아미노산 서열의 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 서열번호 6, 서열번호 7 및 서열번호 8을 포함한다. 일부 양태에서, 상기 CDR들은 각각 아미노산 서열의 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 서열번호 6, 서열번호 7 및 서열번호 8을 포함한다.
일부 양태에서, 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체의 VH는 서열번호 1과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하고, 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체의 VL은 서열번호 5와 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하거나; VH는 서열번호 9와 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함하고, VL은 서열번호 10과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 양태에서, VH는 아미노산 서열의 서열번호 1을 포함하고, VL은 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하거나; VH는 아미노산 서열의 서열번호 9를 포함하고, VL은 아미노산 서열의 서열번호 10을 포함한다.
본원에 기재된 방법에서 사용될 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체를 생성하기 위한, 본원에 기재된 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체를 코딩하는 폴리펩타이드, 이러한 폴리펩타이드를 코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 이러한 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 벡터, 및 이러한 벡터 또는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 숙주 세포도 본원에서 제공된 방법에서 사용하기 위해 포함된다.
본 개시의 항-SEMA4D 항체의 적합한 생물학적 활성 변이체는 본 개시의 방법에서 사용될 수 있다. 이러한 변이체는 모 항-SEMA4D 항체의 원하는 결합 성질을 보유할 것이다. 항체 변이체를 제조하는 방법은 당분야에서 일반적으로 이용될 수 있다.
돌연변이유발 및 뉴클레오타이드 서열 변경 방법은 당분야에서 잘 공지되어 있다. 예를 들면, 본원에 참고로 도입된 문헌(Walker and Gaastra, eds. (1983) Techniques in Molecular Biology (MacMillan Publishing Company, New York)); 문헌(Kunkel, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:488-492 (1985)); 문헌(Kunkel et al., Methods Enzymol. 154:367-382 (1987)); 문헌(Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor, N.Y.)); 미국 특허 제4,873,192호; 및 이 문헌들에서 인용된 참고문헌을 참조한다. 관심 있는 폴리펩타이드의 생물학적 활성에 영향을 미치지 않는 적절한 아미노산 치환에 대한 지침은 전체로서 본원에 참고로 도입된 문헌(Dayhoff et al. (1978) in Atlas of Protein Sequence and Structure (Natl. Biomed. Res. Found., Washington, D.C.), pp. 345-352)의 모델에서 발견될 수 있다. 상기 문헌(Dayhoff et al.)의 모델은 점 허용된 돌연변이(PAM) 아미노산 유사성 매트릭스(PAM 250 매트릭스)를 이용하여 적합한 보존적 아미노산 치환을 확인한다. 일부 양태에서, 보존적 치환, 예컨대, 한 아미노산을 유사한 성질을 가진 또 다른 아미노산으로 교환하는 것이 이용된다. 상기 문헌(Dayhoff et al.) 모델의 PAM 250 매트릭스에 의해 교시된 보존적 아미노산 치환의 예로는 Gly↔Ala, Val↔Ile↔Leu, Asp↔Glu, Lys↔Arg, Asn↔Gln 및 Phe↔Trp↔Tyr이 있으나 이들로 한정되지 않는다.
본원에 기재된 바와 같이, 관심 있는 폴리펩타이드인 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체 또는 이의 항원 결합 단편의 변이체를 구축하는 데 있어서, 변이체가 계속 원하는 성질을 갖도록, 예를 들면, 세포의 표면에서 발현되었거나 세포에 의해 분비된 SEMA4D, 예를 들면, 인간 SEMA4D, 뮤린 SEMA4D, 또는 인간 SEMA4D 및 뮤린 SEMA4D 둘 다에 특이적으로 결합할 수 있고 SEMA4D 차단 활성을 가질 수 있도록 변형을 만든다. 일부 양태에서, 변이체 폴리펩타이드를 코딩하는 DNA에서 만들어진 돌연변이는 리딩 프레임을 유지하고 이차 mRNA 구조를 생성할 수 있는 상보적 영역을 생성하지 않는다. 유럽 특허출원 공보 제75,444호를 참조한다.
항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체의 결합 특이성을 측정하는 방법은 표준 경쟁 결합 어세이, T 세포 또는 B 세포에 의한 면역글로불린 분비를 모니터링하는 어세이, T 세포 증식 어세이, 아폽토시스 어세이, ELISA 어세이 등을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 예를 들면, 본원에 참고로 도입된 국제 특허출원 공보 제WO 93/14125호; 문헌(Shi et al., Immunity 13:633-642 (2000)); 문헌(Kumanogoh et al., J. Immunol. 169:1175-1181 (2002)); 문헌(Watanabe et al., J. Immunol. 167:4321-4328 (2001)); 문헌(Wang et al., Blood 97:3498-3504 (2001)); 및 문헌(Giraudon et al., J. Immunol. 172:1246-1255 (2004))에 개시된 이러한 어세이들을 참조한다.
항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체의 항-혈관신생 능력을 측정하는 방법은 당분야에서 잘 공지되어 있다.
본원에 개시된 불변 영역, CDR, VH 도메인 또는 VL 도메인을 포함하는 임의의 특정 폴리펩타이드가 또 다른 폴리펩타이드와 적어도 약 65%, 약 70%, 약 75%, 약 80%, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99% 또는 심지어 약 100% 동일한지를 본원에서 논의할 때, BESTFIT 프로그램(Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, 위스콘신주 53711, 매디슨, 사이언스 드라이브 575, 유니버시티 리서치 파크 소재)과 같은, 그러나 이것으로 한정되지 않는, 당분야에서 공지되어 있는 방법 및 컴퓨터 프로그램/소프트웨어를 이용하여 % 동일성을 측정할 수 있다. BESTFIT는 문헌(Smith and Waterman (1981) Adv. Appl. Math. 2:482-489)의 국소 상동성 알고리즘을 이용하여, 2개의 서열들 사이에 상동성이 가장 우수한 분절을 찾는다. BESTFIT 또는 임의의 다른 서열 정렬 프로그램을 이용하여, 특정 서열이 예를 들면, 본 개시에 따른 기준 서열과 95% 동일한지를 확인할 때, 당연히 동일성의 퍼센트가 기준 폴리펩타이드 서열의 전체 길이에 걸쳐 계산되고 기준 서열에서 총 아미노산 수의 5%까지 상동성의 갭이 허용되도록 파라미터를 설정한다.
본 개시의 목적을 위해, 12의 갭 개방 벌점 및 2의 갭 연장 벌점을 가진 아핀(affine) 갭 검색, 및 62의 BLOSUM 매트릭스를 이용하는 스미스-워터만(Smith-Waterman) 상동성 검색 알고리즘을 이용하여 퍼센트 서열 동일성을 측정할 수 있다. 스미스-워터만 상동성 검색 알고리즘은 문헌(Smith and Waterman (1981) Adv. Appl. Math. 2:482-489)에 교시되어 있다. 변이체는 예를 들면, 1개 내지 15개의 아미노산 잔기만큼 적은, 1개 내지 10개, 예컨대, 6개 내지 10개의 아미노산 잔기만큼 적은, 5개의 아미노산 잔기만큼 적은, 또는 4개, 3개, 2개 또는 심지어 1개의 아미노산 잔기만큼 적은 수의 아미노산 잔기에 의해 기준 항-SEMA4D 항체(예를 들면, MAb VX15/2503, 67, 76 또는 2282)와 상이할 수 있다.
항-SEMA4D 항체의 불변 영역은 다수의 방식으로 이펙터 기능을 변경하도록 돌연변이될 수 있다. 예를 들면, 항체와 Fc 수용체의 결합을 최적화하는 Fc 돌연변이를 개시하는 미국 특허 제6,737,056 B1호 및 미국 특허출원 공보 제2004/0132101 A1호를 참조한다.
본원에서 제공된 방법에 유용한 특정 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체에서, 당분야에서 공지되어 있는 기법을 이용하여 Fc 부분을 돌연변이시켜 이펙터 기능을 감소시킬 수 있다. 예를 들면, 불변 영역 도메인의 (점 돌연변이 또는 다른 수단을 통한) 결실 또는 불활성화는 순환하는 변형된 항체의 Fc 수용체 결합을 감소시킴으로써, 종양 국소화를 증가시킬 수 있다. 다른 경우, 본 개시와 일치하는 불변 영역 변형은 보체 결합을 완화함으로써 혈청 반감기를 감소시킨다. 불변 영역의 다른 변형을 이용하여, 증가된 항원 특이성 또는 항체 유연성으로 인해 향상된 국소화를 가능하게 하는 디설파이드 결합 또는 올리고사카라이드 모이어티를 변형시킬 수 있다. 수득된 생리학적 프로파일, 생체이용률 및 변형의 다른 생화학적 효과, 예컨대, 종양 국소화, 생체분포 및 혈청 반감기는 과도한 실험 없이 잘 공지되어 있는 면역학적 기법을 이용함으로써 용이하게 측정될 수 있고 정량될 수 있다.
본원에서 제공된 방법에서 사용될 항-SEMA4D 항체는 예를 들면, 공유부착이 항체로 하여금 그의 동족 에피토프에 특이적으로 결합하지 못하게 하도록 임의의 유형의 분자를 항체에 공유부착시킴으로써 변형된 유도체를 포함한다. 한정이 아닌 예를 들면, 항체 유도체는 예를 들면, 글리코실화, 아세틸화, 페길화, 인산화, 아미드화, 공지된 보호/차단기에 의한 유도체화, 단백질용해성 절단, 세포 리간드 또는 다른 단백질에의 연결 등에 의해 변형된 항체를 포함한다. 특이적 화학적 절단, 아세틸화, 포르밀화 등을 포함하나 이들로 한정되지 않는 공지되어 있는 기법으로 임의의 다수의 화학적 변형들을 수행할 수 있다. 추가로, 유도체는 하나 이상의 비고전적 아미노산을 함유할 수 있다.
"보존적 아미노산 치환"은 아미노산 잔기가 유사한 전하를 가진 측쇄를 가진 아미노산 잔기로 대체되는 치환이다. 유사한 전하를 가진 측쇄를 가진 아미노산 잔기들의 패밀리들은 당분야에서 정의되어 있다. 이 패밀리들은 염기성 측쇄를 가진 아미노산(예를 들면, 라이신, 아르기닌, 히스티딘), 산성 측쇄를 가진 아미노산(예를 들면, 아스파르트산, 글루탐산), 하전되지 않은 극성 측쇄를 가진 아미노산(예를 들면, 글리신, 아스파라긴, 글루타민, 세린, 쓰레오닌, 티로신, 시스테인), 비극성 측쇄를 가진 아미노산(예를 들면, 알라닌, 발린, 류신, 이소류신, 프롤린, 페닐알라닌, 메티오닌, 트립토판), 베타-분지된 측쇄를 가진 아미노산(예를 들면, 쓰레오닌, 발린, 이소류신) 및 방향족 측쇄를 가진 아미노산(예를 들면, 티로신, 페닐알라닌, 트립토판, 히스티딘)을 포함한다. 대안적으로, 예컨대, 포화 돌연변이유발로 코딩 서열의 전부 또는 일부를 따라 돌연변이를 무작위로 도입할 수 있고, 활성(예를 들면, 항-SEMA4D 폴리펩타이드에 결합하거나, SEMA4D와 이의 수용체의 상호작용을 차단하거나, 대상체, 예를 들면, 암 환자에서 전이를 억제하거나, 지연시키거나 감소시키는 능력)을 보유하는 돌연변이체를 확인하기 위해 생성된 돌연변이체를 생물학적 활성에 대해 스크리닝할 수 있다.
예를 들면, 항체 분자의 프레임워크 영역에서만 또는 CDR 영역에서만 돌연변이를 도입할 수 있다. 도입된 돌연변이는 침묵 또는 중성 미스센스 돌연변이일 수 있고, 즉 항원에 결합하는 항체의 능력에 전혀 또는 거의 형향을 미치지 않을 수 있다. 이 유형의 돌연변이는 코돈 사용을 최적화하거나 하이브리도마의 항체 생성을 개선하는 데 유용할 수 있다. 대안적으로, 비-중성 미스센스 돌연변이는 항원에 결합하는 항체의 능력을 변경시킬 수 있다. 당분야에서 숙련된 자는 원하는 성질을 가진, 예컨대, 항원 결합 활성의 변경 또는 결합 활성의 변경(예를 들면, 항원 결합 활성의 개선 또는 항원 특이성의 변화)을 갖지 않는 돌연변이체 분자를 디자인하고 시험할 수 있을 것이다. 돌연변이유발 후, 코딩된 단백질을 관례적으로 발현시킬 수 있고, 본원에 기재된 기법을 이용하거나 당분야에서 공지되어 있는 기법을 관례적으로 변형시킴으로써 코딩된 단백질의 기능적 및/또는 생물학적 활성(예를 들면, SEMA4D 폴리펩타이드의 적어도 하나의 에피토프에 면역특이적으로 결합하는 능력)을 측정할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 방법에서 사용될 항-SEMA4D 항체는 적어도 하나의 최적화된 상보성 결정 영역(CDR)을 포함한다. "최적화된 CDR"은 CDR이 최적화된 CDR을 포함하는 항-SEMA4D 항체에 부여된 결합 친화성 및/또는 항-SEMA4D 활성을 개선하도록 변형되고 최적화되었다는 것을 의미한다. "항-SEMA4D 활성" 또는 "SEMA4D 차단 활성"은 SEMA4D와 관련된 하기 활성들 중 하나 이상의 활성을 조절하는 활성을 포함할 수 있다: B 세포 활성화, 응집 및 생존; CD40-유도된 증식 및 항체 생성; T 세포 의존적 항원에 대한 항체 반응; T 세포 또는 다른 면역 세포 증식; 수지상 세포 성숙; 탈수초화 및 축삭 변성; 분화전능성 신경 전구체 및/또는 희소돌기아교세포의 아폽토시스; 내피 세포 이동의 유도; 자연발생적 단핵구 이동의 억제; 종양 세포 성장 또는 전이의 억제, 지연 또는 감소; 세포 표면 플렉신-B1 또는 다른 수용체에의 결합; 또는 가용성 SEMA4D, 또는 SEMA4D+ 세포의 표면에서 발현되는 SEMA4D와 관련된 임의의 다른 활성. 특정 실시양태에서, 항-SEMA4D 활성은 원발성 종양 세포 성장 및 종양 전이의 억제, 지연 또는 감소와 조합되거나 원발성 종양 세포 성장 및 종양 전이와 무관한, 종양 전이를 억제하거나, 지연시키거나 감소시키는 능력을 포함한다. 항-SEMA4D 활성은 림프종을 비롯한 특정 유형의 암들, 자가면역 질환, 중추신경계(CNS) 및 말초신경계(PNS) 염증 질환을 포함하는 염증 질환, 이식 거부 및 침습성 혈관신생을 포함하나 이들로 한정되지 않는, SEMA4D 발현과 관련된 질환의 발병률 또는 중증도의 감소에 기인할 수도 있다. 뮤린 항-SEMA4D MAb BD16에 기반을 둔 최적화된 항체의 예는 전체로서 본원에 각각 참고로 도입된 미국 특허출원 공보 제2008/0219971 A1호, 국제 특허출원 공보 제WO 93/14125호 및 문헌(Herold et al., Int. Immunol. 7:1-8 (1995))에 기재되어 있다. 변형은 항-SEMA4D 항체가 SEMA4D 항원에 대한 특이성을 보유하고 개선된 결합 친화성 및/또는 개선된 항-SEMA4D 활성을 갖도록 CDR 내의 아미노산 잔기의 대체를 수반할 수 있다.
히스톤 데아세틸라제 억제제(HDACi)
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "히스톤 데아세틸라제 억제제(들)", "HDAC 억제제(들)" 및 "HDACi"는 상호교환 가능하게 사용되고, 단일 HDACi 또는 복수의 HDACi를 지칭할 수 있다.
히스톤 아세틸 트랜스퍼라제(HAT) 및 히스톤 데아세틸라제(HDAC)는 히스톤의 아세틸화 상태를 조절한다. 히스톤 아세틸 트랜스퍼라제는 코어 히스톤의 라이신 잔기를 아세틸화하여, 덜 조밀하고 더 높은 전사적 활성을 가진 염색질을 야기함으로써 유전자 발현을 유발하는 효소이다. 대조적으로, HDAC는 뉴클레오좀 코어 히스톤의 아미노 말단 꼬리에서 아세틸 기가 라이신 잔기로부터 제거되는 과정의 촉매로서 작용하는 효소이다. HDAC는 구조적 상동성을 기반으로 3개의 클래스들로 나누어질 수 있다. 클래스 I HDAC(HDAC1, HDAC2, HDAC3 및 HDAC8)는 효모 RPD3 유전자와 관련되어 있다. 클래스 IIA(HDAC4, HDAC5, HDAC7 및 HDAC9)는 효모 Hda1 유전자와 유사성을 가진다. 시르투인(sirtuin)으로서도 공지되어 있는 클래스 III은 Sir2 유전자와 관련되어 있고 SIRT1-7을 포함한다. HDAC11만을 함유하는 클래스 IV는 클래스 I 및 II 둘 다의 특징을 공유한다. 예를 들면, 문헌(Mottamal, M., et al., Molecules 20:3898-3941 (2015))을 참조한다.
일부 HDAC 억제제들은 HDAC의 아연 함유 촉매 도메인에 결합함으로써 작용한다. 이들은 아연 이온에 결합하는 화학적 모이어티를 기반으로 분류될 수 있거나, 티올 기로 아연 이온에 결합하는 고리형 테트라펩타이드로서 분류될 수 있다. 예를 들면, 문헌(Drummond, D.C., et al., Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 45:495-528 (2005))을 참조한다. 이들은 하이드록삼산(또는 하이드록사메이트), 예컨대, 트리코스타틴(trichostatin) A; 고리형 테트라펩타이드(예컨대, 트라폭신(trapoxin) B) 및 뎁시펩타이드; 벤즈아미드; 친전자성 케톤; 및 지방족산 화합물(단쇄 지방산(SCFA), 예컨대, 페닐부티레이트 및 발프로산)을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 예를 들면, 문헌(Porcu, M., and Chiarugi, A., Trends Pharmacolog. Sci. 26:94-103 (2005))을 참조한다. 보다 구체적으로, HDAC 억제제는 하이드록삼산 보리노스타트(SAHA), 벨리노스타트(PXD101), LAQ824 및 파노비노스타트(LBH589); 및 벤즈아미드 엔티노스타트(MS-275), CI994 및 모세티노스타트(MGCD0103)를 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 시르투인 클래스 III HDAC는 NAD+에 의존하므로, NAD, 디하이드로쿠마린, 나프토피라논 및 2-하이드록시나프트알데하이드의 유도체뿐만 아니라 니코틴아미드에 의해서도 억제된다(상기 문헌).
히스톤 데아세틸라제를 억제하고/하거나, 악성 세포에서 말기 분화, 세포 성장 정지 및/또는 아폽토시스를 유도하고/하거나, 종양에서 종양 세포의 분화, 세포 성장 정지 및/또는 아폽토시스를 유도하는 데 사용될 HDAC 억제제의 비한정적 예는 표 2에 나열되어 있다. HDAC 억제제는 본원에 기재된 HDAC 억제제의 임의의 염, 결정 구조물, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 입체이성질체, 구조 이성질체 및 프로드러그를 포함한다는 것이 이해된다.
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일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 방법에 유용한 HDAC 억제제는 엔티노스타트, 보리노스타트, 로미뎁신, 치다마이드, 파노비노스타트, 벨리노스타트, 발프로산, 모세티노스타트, 아벡시노스타트, 프라시노스타트, 레스미노스타트, 기비노스타트, 퀴시노스타트, 케베트린, CUDC-101, 4SC-202, ACY-241, AR-42, 테피노스타트, CHR-3996, 리콜리노스타트(ACY-1215) 및/또는 CD200745를 포함한다. 암 치료용으로 FDA에 의해 승인된 일부 HDAC 억제제들뿐만 아니라, 현재 임상 시험이 진행되고 있거나 임상 시험을 완료한 HDAC 억제제들도 이하에 나열되어 있다.
식품의약청(FDA)에 의해 승인된 HDAC 억제제. 보리노스타트는 2006년 10월에 미국 FDA에 의해 피부 T 세포 림프종(CTCL)의 치료용으로 허가받았다. 로미뎁신(상표명 Istodax)은 2009년 11월에 미국 FDA에 의해 피부 T 세포 림프종(CTCL)의 치료용으로 허가받았다. 치다마이드는 2015년에 중국에 의해 말초 T 세포 림프종(PTCL)의 치료용으로 승인받았다. 파노비노스타트(상표명 Farydak)는 2015년 2월에 미국 FDA에 의해 다발성 골수종의 치료용으로 허가받았다. 벨리노스타트(PXD101)는 2014년에 FDA에 의해 말초 T 세포 림프종의 치료용으로 허가받았다.
한 비한정적 양태에서, HDAC 억제제는 엔티노스타트(ENT)이다. 엔티노스타트는 IUPAC 화학명 피리딘-3-일메틸 N-[[4-[(2-아미노페닐)카바모일]페닐]메틸]카바메이트를 가진다. SNDX-275 및 MS-275로서도 공지되어 있는 ENT는 클래스 I HDAC의 억제제이다(Syndax Pharmaceuticals). ENT는 0.51 μM 및 1.7 μM의 IC50으로 HDAC1 및 HDAC3을 억제하는 벤즈아미드 히스톤 데아세틸라제 억제제이다. ENT는 다양한 암들의 치료용으로 현재 임상 시험이 진행되고 있다.
DNA 메틸트랜스퍼라제 억제제
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "DNA 메틸트랜스퍼라제 억제제(들)", "DNMT 억제제(들)" 및 "DNMTi"는 상호교환 가능하게 사용되고, 단일 DNMTi 또는 복수의 DNMTi를 지칭할 수 있다.
DNA 메틸트랜스퍼라제는 메틸 기를 사이토신 잔기의 5' 탄소에 추가하는 과정의 촉매로서 작용한다. 암 세포에서, 종양 억제 유전자의 침묵은 DNMT 매개 메틸화를 통해 일어난다(Gravina et al., Molecular Cancer 9:305-320 (2010)). DNMT1, DNMT-3a 및 DNMT-3b를 비롯한 DNMT의 여러 이소폼들이 존재한다(상기 문헌). 다양한 DNMTi가 확인되었고, 2종이 미국에서 암 요법용으로 승인되었다. 분자의 클래스는 뉴클레오사이드 유사체, 안티센스 올리고뉴클레오타이드, 소분자 효소 억제제, 및 DNMT와 DNA의 상호작용을 차단하는 물질을 포함한다.
DNA 메틸트랜스퍼라제를 억제하고/하거나, 악성 세포에서 말기 분화, 세포 성장 정지 및/또는 아폽토시스를 유도하고/하거나, 종양에서 종양 세포의 분화, 세포 성장 정지 및/또는 아폽토시스를 유도하는 데 사용될 DNMTi의 비한정적 예는 표 3에 나열되어 있다. DNMTi는 본원에 기재된 DNMT 억제제의 임의의 염, 결정 구조물, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 입체이성질체, 구조 이성질체 및 프로드러그를 포함한다는 것이 이해된다.
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일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 방법에 유용한 DNMT 억제제는 아자사이티딘, 데시타빈, 제불라린, SGI-110, 에피갈로카테킨 갈레이트, MG98, RG108, 프로카인아미드 및/또는 하이드랄라진을 포함한다. 암 치료용으로 FDA에 의해 승인된 일부 DNMT 억제제들뿐만 아니라, 현재 임상 시험이 진행되고 있거나 임상 시험을 완료한 DNMT 억제제들도 이하에 나열되어 있다.
식품의약청(FDA)에 의해 승인되었고 시험이 진행되고 있는 DNMTi. VIDAZA®로서 시판되는 아자사이티딘은 2004년 5월 19일에 FDA에 의해 골수이형성 증후군(MDS)의 치료용으로 승인되었고, 진행된 고형 종양에 대해 임상 시험이 진행되고 있다. 아자사이티딘은 인터페론(IFN) 경로를 상향조절하고 바이러스 항원을 탈억제하여, 종양이 더 높은 면역원성을 갖고 효과적인 면역 체크포인트 억제제(ICP) 요법에 민감하게 만듦으로써, 임상전 골수종 및 결장암 모델에서 ICP의 활성을 향상시키는 것으로 밝혀졌다(Li et al., Oncotarget 5:587 (2014) and Roulois et al., Cell 162:961 (2015)). 아자사이티딘은 종양에서 암 고환 항원(CTA)의 발현을 상향조절함으로써, MDS, 급성 골수성 백혈병(AML) 및 만성 골수단핵구성 백혈병(CMML)을 가진 환자들에서 CTA에 대한 증가된 T 세포 활성을 유발한다는 것도 밝혀졌다(Gang, AO. et al. Blood Cancer J. doi:10.1038/bcj.2014.14.(2014)). 문헌(Juergens, RA. et al., Cancer Discov. 1:598-607 (2011))의 저자들은 불응성 진행된 NSCLC에서 아자사이티딘 및 엔티노스타트를 사용하였다. 이 시험으로부터의 6명의 환자들은 면역 체크포인트 억제제를 사용한 추가 시험(Wrangle, J., et al., Oncotarget 4:2067-2079 (2013))에 등록되었고, 이들 중 5명의 환자들은 반응을 발생시켰다. 웹사이트(blogs.biomedcentral.com/on-biology/2015/03/26/improving-lung-cancer-immunotherapy-using-epigenetic-approaches/)(2017년 3월 16일 방문)도 참조한다.
DACOGEN®로서 시판되는 데시타빈은 MDS의 치료용으로 승인되었고, AML의 치료용으로 유럽에서도 승인되었고, AML에 대한 임상 시험이 진행되고 있다. SGI-110은 AML의 치료를 위한 II 상 임상 시험이 진행되고 있다. MG98은 진행된 고형 종양에 대한 I 상 임상 시험을 완료하였다. ECGC는 전립선암에 대한 II 상 임상 시험을 완료하였다.
한 비한정적 양태에서, DNMTi는 아자사이티딘이다. 아자사이티딘은 뉴클레오사이드 사이토신의 화학적 유사체이다. 아자사이티딘은, 다른 활성들 중에서, DNA 내로 삽입되어 DNMT와의 공유결합을 통해 DNA의 과소메틸화를 야기할 수 있고, DNA 합성을 방해할 수 있고, 포획된 DNMT의 세포독성 및 분해를 유발할 수 있다(Stresemann, C., and Lyko, F., Int. J. Cancer 123:8-13 (2008)).
치료 항-SEMA4D 결합 분자 및 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi 및/또는 DNMTi를 사용하는 치료 방법
본 개시는 유효량의 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합과 조합된, SEMA4D에 특이적으로 결합하는 유효량의 단리된 결합 분자, 예를 들면, 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체를 포함하는 조합 요법을, 암을 가진 대상체에게 투여함으로써 상기 대상체에서 악성 세포 성장을 억제하거나, 지연시키거나 감소시키는 방법을 제공한다. 예시적 항-SEMA4D 항체 및 예시적 후성유전적 조절제는 본원의 다른 곳에 상세히 기재되어 있다. 일부 양태에서, 본원에서 제공된 조합 요법의 투여는 종양 또는 악성 세포 성장을 부분적으로 또는 완전히 억제할 수 있거나, 대상체에서 종양 및 악성 세포 성장의 진행을 지연시킬 수 있거나, 대상체에서 전이성 퍼짐을 예방할 수 있거나, 대상체의 종양 크기를 감소시켜, 예를 들면, 보다 더 성공적인 수술적 제거를 가능하게 하거나, 대상체에서 종양 혈관구조를 감소시킬 수 있거나, 대상체에서 양성 치료 반응들의 임의의 조합을 야기할 수 있다. 달성될 수 있는 예시적 치료 반응은 본원에 기재되어 있다.
일부 양태에서, 조합 요법의 투여는 항-SEMA4D 항체 또는 이의 단편, 또는 후성유전적 조절제 단독의 투여에 비해 치료 효능을 향상시킬 수 있다. 일부 양태에서, 개선된 치료 효능은 상승작용적이고 각각의 개별 약제의 상가적 효능보다 더 크다. 일부 양태에서, 예를 들면, 증가된 종양 성장 지연(TGD), 증가된 종양 퇴행 빈도, 예를 들면, 완전한 종양 퇴행 또는 증가된 생존으로 측정된, 단독으로 투여된 어느 한 약제에 비해 개선된 치료 효능은 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 100%, 적어도 150%, 적어도 200%, 적어도 250%, 적어도 300%, 적어도 350%, 적어도 400%, 적어도 450%, 적어도 500%, 적어도 550%, 적어도 600%, 적어도 650%, 적어도 700%, 적어도 750%, 적어도 800%, 적어도 850%, 적어도 900%, 적어도 950% 또는 적어도 1000%이다. 일부 양태에서, 예를 들면, 증가된 종양 성장 지연(TGD), 증가된 종양 퇴행 빈도, 예를 들면, 완전한 종양 퇴행 또는 증가된 생존으로 측정된, 개별적으로 투여된 약제들 둘 다의 상가적 효능에 비해 개선된 치료 효능은 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 100%, 적어도 150%, 적어도 200%, 적어도 250%, 적어도 300%, 적어도 350%, 적어도 400%, 적어도 450%, 적어도 500%, 적어도 550%, 적어도 600%, 적어도 650%, 적어도 700%, 적어도 750%, 적어도 800%, 적어도 850%, 적어도 900%, 적어도 950% 또는 적어도 1000%이다.
일부 양태에서, 항-SEMA4D 항체 또는 단편은 VX15/2503, mAb 67, 또는 이들의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체일 수 있다. 예를 들면, 항체 또는 이의 단편은 각각 서열번호 2, 3 및 4를 포함하는 가변 중쇄(VH) CDR1, CDR2 및 CDR3을 포함하는 VH, 및 각각 서열번호 6, 7 및 8을 포함하는 가변 경쇄(VL) CDR1, CDR2 및 CDR3을 포함하는 VL을 포함할 수 있거나, VH 및 VL은 각각 서열번호 1 및 서열번호 5, 또는 서열번호 9 및 서열번호 10을 포함한다.
일부 양태에서, 본원에서 제공된 방법은 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체; 및 클래스 I, 클래스 IIA, 클래스 IIB 또는 클래스 IV HDAC, 및/또는 이들의 임의의 조합일 수 있는 HDAC를 억제하는 HDACi를 투여하는 단계를 포함하고, 예를 들면, HDAC는 아연 함유 촉매 도메인을 포함한다. 일부 양태에서, HDACi는 HDAC의 아연 함유 촉매 도메인에 결합하는 모이어티를 포함할 수 있다. 예를 들면, 일부 양태에서, HDACi는 하이드록삼산 또는 이의 염, 고리형 테트라펩타이드, 뎁시펩타이드, 벤즈아미드, 친전자성 케톤 및/또는 지방족산 또는 이의 염과 같은, 그러나 이들로 한정되지 않는, 화학적 모이어티들 중 하나 이상 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 본원에서 제공된 치료 방법에서 사용될 수 있는 HDACi의 비한정적 예로는 보리노스타트, 로미뎁신, 치다마이드, 파노비노스타트, 벨리노스타트, 발프로산 또는 이의 염, 모세티노스타트, 아벡시노스타트, 엔티노스타트, 프라시노스타트, 레스미노스타트, 기비노스타트, 퀴시노스타트, 케베트린, CUDC-101, AR-42, 테피노스타트(CHR-2845), CHR-3996, 4SC-202, CG200745, ACY-1215, ACY-241 및/또는 이들의 임의의 조합이 있다. 일부 양태에서, HDACi는 엔티노스타트(피리딘-3-일메틸 N-[[4-[(2-아미노페닐)카바모일]페닐]메틸]카바메이트)일 수 있다.
일부 양태에서, 본원에서 제공된 방법은 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체; 및 DNMT1, DNMT-3a, DNMT-3b 및/또는 이들의 임의의 조합을 억제하는 DNMTi를 투여하는 단계를 포함한다. 예를 들면, 일부 양태에서, DNMTi는 아자사이티딘, 데시타빈, 제불라린, SGI-110, 에피갈로카테킨 갈레이트, MG98, RG108, 프로카인아미드, 하이드랄라진 및/또는 이들의 임의의 조합과 같은, 그러나 이들로 한정되지 않는, 화학적 모이어티들 중 하나 이상 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다. 일부 양태에서, DNMTi는 아자사이티딘일 수 있다.
본원에서 제공된 방법에 따르면, 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체, 및 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 또는 이들의 임의의 조합은 별도로 또는 동시에 투여될 수 있다. 어느 한 약제가 다른 약제의 투여 전에 투여될 수 있거나, 약제들이 동시에, 예를 들면, 단일 제형으로 투여될 수 있다. 게다가, 투약 경로, 약제의 제형 및/또는 투약 일정이 동일할 수 있거나 상이할 수 있다.
본원에서 제공된 방법에 따르면, SEMA4D에 특이적으로 결합하는 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체, 및 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 또는 이들의 임의의 조합은 암을 가진 대상체에게 투여된다. 대상체의 암은 새로 진단될 수 있거나, 일부 양태에서, 투여는 더 전통적인 암 치료 후에 수행될 수 있다. 일부 양태에서, 본원에서 제공된 조합 요법의 투여는 특정 암을 발생시킬 높은 민감성을 가진 대상체에서 예방적 조치로서 사용될 수 있거나, 이미 치료된 암의 재발을 예방하기 위해 사용될 수 있다. 대상체의 암은 예를 들면, 고형 종양, 혈액 악성종양, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다.
일부 양태에서, 대상체의 암은 고형 종양 또는 이의 전이이다. 고형 종양은 예를 들면, 육종, 암종, 흑색종, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합일 수 있다. 본원에서 제공된 방법에 따라 치료될 수 있는 고형 종양의 예로는 편평 세포 암종, 선암종, 기저 세포암, 신장 세포 암종, 유방의 유관암, 연부조직 육종, 골육종, 흑색종, 소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 선암종, 복막암, 간세포 암종, 위장암, 위암, 췌장암, 신경내분비암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 뇌암, 간세포암, 유방암, 결장암, 대장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 식도암, 타액선 암종, 신장암, 간암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 두경부암, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합이 있으나 이들로 한정되지 않는다.
일부 양태에서, 암은 혈액 악성종양 또는 이의 전이이다. 본원에서 제공된 방법에 따라 치료될 수 있는 혈액 악성종양의 예로는 백혈병, 림프종, 골수종, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 털세포 백혈병, 호지킨 림프종, 비-호지킨 림프종, 다발성 골수종, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합이 있으나 이들로 한정되지 않는다.
일부 양태에서, 본원에서 제공된 암 치료 방법은 추가 암 요법을 투여하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 추가 암 요법은 본원에서 제공된 조합 요법의 투여와 동시에, 본원에서 제공된 조합 요법 전에, 또는 본원에서 제공된 조합 요법 후에 투여될 수 있다. 일부 양태에서, 추가 요법은 수술, 화학요법, 방사선요법, 암 백신의 투여, 면역자극제, 입양 T 세포 또는 항체 요법의 투여, 면역 체크포인트 차단 억제제의 투여, 조절 T 세포(Treg) 조절제의 투여, 또는 이러한 요법들의 조합을 포함할 수 있으나 이들로 한정되지 않는다.
항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 임의의 조합의 투여는 다양한 악성 종양들 및 비-악성 종양들의 치료에 유용할 수 있다. "항-종양 활성"은 악성 세포 증식률 또는 축적률이 감소함으로써, 기존 종양의 성장률 또는 요법 동안 발생하는 종양이 감소하는 것, 및/또는 기존 신생물성 (종양) 세포 또는 새로 형성된 신생물성 세포가 파괴됨으로써, 요법 동안 종양의 전체 크기가 감소하는 것을 의미한다. "항-종양 활성"은 종양 내로의 면역 침윤의 촉진, 기능적이고 종양 특이적인 IFNγ 분비 CD8+ 세포독성 T 세포를 향한 이동, T 이펙터 세포 대 T 조절 세포의 비의 증가, 증가된 T 세포 활성, 종양 항원을 교차제시하고 종양 특이적 T 세포를 국소적으로 활성화시키는 항원 제시 세포의 침윤 및 활성화, 감소된 종양 관련 혈관신생, 종양 진행의 억제, 및 향상된 생존도 포함할 수 있다. 예를 들면, 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합, 및 항-SEMA4D 항체를 사용하는 요법은 인간에서 SEMA4D 발현 세포와 관련된 암의 치료에 유리한 생리학적 반응, 예를 들면, 종양 또는 악성 세포 성장 및 전이의 억제, 지연 또는 감소를 이끌어낼 수 있다.
일부 양태에서, 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합, 및 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편을 사용하는 조합 요법은 특히 암의 치료 또는 예방에 사용하거나, 전암성 상태 또는 병변에 사용하기 위한 약제로서 사용될 수 있다. 일부 양태에서, 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합, 및 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편을 사용하는 조합 요법은 SEMA4D 과다발현 암, 또는 SEMA4D 발현 세포와 관련된 암의 치료를 위해 사용될 수 있다.
본원에서 제공된 치료 방법에 따르면, 본원의 다른 곳에서 정의된 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합, 및 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체의 투여는 암을 갖거나 암에 걸릴 성향을 가진 대상체에서 양성 치료 반응을 촉진하는 데 사용될 수 있다. 암과 관련하여 "양성 치료 반응"은 "항-종양" 활성과 함께 질환의 개선을 포함하기 위한 것이고, "항-종양" 활성은 악성 세포 증식률 또는 축적률이 감소함으로써, 기존 종양의 성장률 또는 요법 동안 발생하는 종양이 감소하는 것, 및/또는 기존 신생물성 (종양) 세포 또는 새로 형성된 신생물성 세포가 파괴됨으로써, 요법 동안 종양의 전체 크기가 감소하는 것을 의미한다. 이러한 양성 치료 반응은 투여 경로로 한정되지 않는다. 본원에서 제공된 방법은 암을 가진 대상체에서 종양 성장, 악성 세포 성장 및 전이를 억제하거나, 지연시키거나 감소시키는 것에 관한 것일 수 있다. 따라서, 비한정적 예로서, 질환의 개선은 종양 성장의 감소 또는 종양의 부재로서 특징져질 수 있다. 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같이, 제공된 조합 요법의 투여 시 달성된 치료 반응은 후성유전적 조절제 또는 항-SEMA4D 결합 분자를 개별적으로 투여하였을 때 달성된 상응하는 치료 반응보다 더 클 수 있다. 일부 양태에서, 달성된 치료 반응은 두 약제들의 투여 시 예상된 상가적 반응보다 더 크다. 다시 말해, 달성된 치료 반응은 상승작용적이다. 일부 양태에서, 상승작용적 반응은 보다 더 효과적인 치료 또는 보다 더 빠른 치료로 귀결될 수 있거나, 조합 요법에서 감소된 용량의 약제를 사용하는 치료를 가능하게 할 수 있다.
약학 조성물 및 투여 방법
본 개시는 유효량의 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체, 및 유효량의 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합을 포함하는 조성물, 예를 들면, 약학 조성물을 제공한다. 상기 조성물은 하나 이상의 약학적으로 허용 가능한 담체 또는 부형제, 및/또는 하나 이상의 추가 치료제를 추가로 포함할 수 있고, 이들의 예는 본원의 다른 곳에 개시되어 있다. 이러한 약학 조성물에서 사용하기에 적합한 항-SEMA4D 결합 분자 및 후성유전적 조절제는 본원에서 제공된다.
일부 양태에서, 약학 조성물은 VH 및 VL을 포함하는 유효량의 항-SEMA4D 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하고, 이때 VH 및 VL은 MAbs VX15/2503 및 MAb 67에 함유된 CDR 아미노산 서열들, 즉 아미노산 서열의 서열번호 2를 포함하는 HCDR1, 아미노산 서열의 서열번호 3을 포함하는 HCDR2, 아미노산 서열의 서열번호 4를 포함하는 HCDR3, 아미노산 서열의 서열번호 6을 포함하는 LCDR1, 아미노산 서열의 서열번호 7을 포함하는 LCDR2 및 아미노산 서열의 서열번호 8을 포함하는 LCDR3을 포함한다. 일부 양태에서, 약학 조성물은 MAb VX15/2503의 VH 및 VL 아미노산 서열, 즉 아미노산 서열의 서열번호 1을 포함하는 VH 및 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 VL을 포함하는 유효량의 항-SEMA4D 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.
일부 양태에서, 약학 조성물은 유효량의 HDACi 엔티노스타트를 포함한다. 일부 양태에서, 약학 조성물은 유효량의 DNMTi 아자사이티딘을 포함한다.
본원에서 제공된 예시적 약학 조성물은 유효량의 MAb VX15/2503 및 유효량의 엔티노스타트를 포함한다. 본원에서 제공된 또 다른 예시적 약학 조성물은 유효량의 MAb VX15/2503 및 유효량의 아자사이티딘을 포함한다. 일부 양태에서, 제공된 약학 조성물에 포함된 특정 약제의 "유효량"은 상이할 수 있고, 예를 들면, 개별 요법으로서 효과적일 약제의 양보다 더 낮을 수 있다. 일부 양태에서, 본원에서 제공된 약학 조성물의 치료 효능은 포함된 약제들이 개별적으로 투여되었을 때 이 약제들의 상가적 효과보다 더 크다.
항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제의 투여 경로는 예를 들면, 경구, 비경구, 흡입 또는 국소일 수 있다. 본원에서 사용된 용어 비경구는 예를 들면, 정맥내, 동맥내, 복강내, 근육내, 피하, 직장 또는 질 투여를 포함한다. 두 약제들의 투여 방식은 동일할 수 있거나 상이할 수 있다. 투여의 모든 이들 형태들이 본원에서 제공된 방법의 범위 내에 있는 것으로서 분명히 간주되지만, 투여를 위한 형태의 비한정적 예는 주사, 특히 정맥내 또는 동맥내 주사 또는 점적을 위한 용액일 것이다. 주사에 적합한 약학 조성물은 완충제(예를 들면, 아세테이트, 포스페이트 또는 시트레이트 완충제), 계면활성제(예를 들면, 폴리소르베이트), 임의적으로 안정화제(예를 들면, 인간 알부민) 등을 포함할 수 있다. 그러나, 본원의 교시와 양립 가능한 다른 방법들에서, 후성유전적 조절제 및/또는 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체를 불리한 세포 집단의 부위에 직접적으로 전달함으로써, 치료제에의 병든 조직의 노출을 증가시킬 수 있다.
항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합을 포함하는, 본원에서 제공된 조합 요법을 제조하고 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 방법은 당분야에서 숙련된 자에게 잘 공지되어 있거나 이러한 숙련된 자에 의해 용이하게 결정된다.
본원에서 논의된 바와 같이, 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합은 암의 생체내 치료를 위해 약학적 유효량으로 투여될 수 있다. 이와 관련하여, 개시된 후성유전적 조절제 및 결합 분자는 투여를 용이하게 하고 활성 약제의 안정성을 촉진하도록 제형화될 수 있다는 것을 인식할 것이다. 일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 방법에 따른 약학 조성물은 약학적으로 허용 가능한 무독성 멸균 담체, 예컨대, 생리학적 식염수, 무독성 완충제, 보존제 등을 포함한다. 본원의 목적을 위해, 후성유전적 조절제 및 결합 분자의 약학적 유효량은 암 세포에서 적어도 하나의 후성유전적 변형의 활성에 영향을 미치는 양, 예를 들면, 히스톤 데아세틸라제 활성 또는 DNA 메틸트랜스퍼라제 활성을 감소시키고 표적에의 효과적인 결합을 달성하고 이익, 예를 들면, 항증식 효과, 종양 및 악성 세포 성장 및 전이의 억제, 지연 또는 감소, 추가 종양 성장의 방지, 종양 크기의 감소, 종양 혈관구조의 감소, 및 암을 가진 대상체 내의 암 세포 수의 감소 및/또는 관찰될 수 있는, 질환과 관련된 하나 이상의 증상의 감소를 달성하기에 충분한 양이다.
본원에서 제공된 방법에서 사용되는 약학 조성물은 약학적으로 허용 가능한 담체, 예를 들면, 이온 교환제, 알루미나, 스테아르산알루미늄, 레시틴, 혈청 단백질, 예컨대, 인간 혈청 알부민, 완충제 물질, 예컨대, 포스페이트, 글리신, 소르브산, 소르브산칼륨, 포화된 식물성 지방산의 부분적 글리세라이드 혼합물, 물, 염 또는 전해질, 예컨대, 황산프로타민, 인산수소이나트륨, 인산수소칼륨, 염화나트륨, 아연 염, 콜로이드성 실리카, 삼규산마그네슘, 폴리비닐 피롤리돈, 셀룰로스 기제 물질, 폴리에틸렌 글리콜, 나트륨 카복시메틸셀룰로스, 폴리아크릴레이트, 왁스, 폴리에틸렌-폴리옥시프로필렌-블록 중합체, 폴리에틸렌 글리콜, 및 양모 지방을 포함할 수 있다.
비경구 투여를 위한 제제는 멸균 수성 또는 비-수성 용액, 현탁액 및 에멀전을 포함할 수 있다. 비-수성 용매의 비한정적 예는 프로필렌 글리콜, 폴리에틸렌 글리콜, 식물성 오일, 예컨대, 올리브유, 및 주사 가능한 유기 에스테르, 예컨대, 에틸 올레에이트이다. 수성 담체는 예를 들면, 식염수 및 완충된 매질을 포함하는, 물, 알코올성/수성 용액, 에멀전 또는 현탁액을 포함한다. 약학적으로 허용 가능한 담체는 0.01 내지 0.1 M, 예를 들면, 0.05 M 포스페이트 완충제 또는 0.% 식염수를 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 다른 통상의 비경구 비히클은 인산나트륨 용액, 링거 덱스트로스, 덱스트로스 및 염화나트륨, 젖산이 첨가된 링거, 또는 고정유를 포함한다. 정맥내 비히클은 유체 및 영양분 보충제, 전해질 보충제, 예컨대, 링거 덱스트로스 기제 보충제 등을 포함한다. 보존제 및 다른 첨가제, 예를 들면, 항균제, 항산화제, 킬레이팅제 및 불활성 기체 등도 존재할 수 있다.
주사 사용에 적합한 약학 조성물의 비한정적 예로는 멸균 수성 용액(수용성인 경우) 또는 분산액, 및 멸균 주사 용액 또는 분산액의 즉석 제조를 위한 멸균 분말이 있다. 이러한 경우, 조성물은 멸균되어야 하고 용이한 주사 가능성이 존재할 정도로 유체이어야 한다. 조성물은 전형적으로 제조 및 저장 조건 하에서 안정하도록 제형화되고 미생물, 예컨대, 세균 및 진균의 오염 작용으로부터 보존될 수 있다. 담체는 예를 들면, 물, 에탄올, 폴리올(예를 들면, 글리세롤, 프로필렌 글리콜 및 액체 폴리에틸렌 글리콜 등) 및 이들의 적합한 혼합물을 함유하는 용매 또는 분산 매질일 수 있다. 적절한 유동성은 예를 들면, 코팅제, 예컨대, 레시틴의 사용, 분산액의 경우 요구된 입자 크기의 유지, 및 계면활성제의 사용에 의해 유지될 수 있다. 본원에 개시된 치료 방법에서 사용되기에 적합한 제형은 문헌(Remington's Pharmaceutical Sciences (Mack Publishing Co.) 16th ed. (1980))에 기재되어 있다.
미생물 작용의 방지는 다양한 항균제들 및 항진균제들, 예를 들면, 파라벤, 클로로부탄올, 페놀, 아스코르브산, 티메로살 등에 의해 달성될 수 있다. 등장화제, 예를 들면, 당, 폴리알코올, 예컨대, 만니톨, 소르비톨 또는 염화나트륨이 조성물에 포함될 수 있다. 주사 조성물의 연장된 흡수는 흡수를 지연시키는 물질, 예를 들면, 모노스테아르산알루미늄 및 젤라틴을 조성물에 포함시킴으로써 달성될 수 있다.
멸균 주사 용액은 요구된 양의 활성 성분(예를 들면, 그 자체로 사용되거나 다른 활성 약제와 조합된 항-SEMA4D 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합)을, 본원에 나열된 성분들 중 하나 또는 이 성분들의 조합을 가진 적절한 용매에 포함시킨 후, 요구된 경우 여과 멸균함으로써 제조될 수 있다. 일반적으로, 분산액은 활성 화합물을, 기본 분산 매질 및 상기 나열된 성분들 중 요구된 다른 성분을 함유하는 멸균 비히클에 포함시킴으로써 제조된다. 멸균 주사 용액의 제조를 위한 멸균 분말의 경우, 제조 방법의 두 비한정적 예는 활성 성분과 임의의 추가 요구된 성분의 분말을 이의 미리 멸균 여과된 용액으로부터 생성하는 진공 건조 및 냉동 건조이다. 주사용 제제는 당분야에서 공지되어 있는 방법에 따라 가공되고 용기, 예컨대, 앰플, 백, 병, 주사기 또는 바이알 내에 충전되고 무균 조건 하에서 밀봉된다. 추가로, 상기 제제는 포장되어 키트의 형태로 판매될 수 있다. 이러한 제품은 관련 조성물이 암을 앓고 있거나 암에 걸릴 성향을 가진 대상체를 치료하는 데 유용하다는 것을 표시하는 표지 또는 포장 삽입물을 가질 수 있다.
비경구 제형은 단일 볼루스 용량, 주입 또는 적재 볼루스 용량에 이은 유지 용량일 수 있다. 이 조성물은 특정 고정된 또는 가변적 간격으로, 예를 들면, 하루에 한 번, 또는 "필요에 따라" 투여될 수 있다.
사용된 일부 약학 조성물들은 예를 들면, 캡슐, 정제, 수성 현탁액 또는 용액을 포함하는 허용 가능한 제형으로 경구 투여될 수 있다. 일부 약학 조성물들은 코 에어로졸 또는 흡입에 의해 투여될 수도 있다. 이러한 조성물들은 벤질 알코올 또는 다른 적합한 보존제, 생체이용률을 향상시키기 위한 흡수 촉진제, 및/또는 다른 통상적인 가용화제 또는 분산제를 사용함으로써 식염수 중의 용액으로서 제조될 수 있다.
단일 제형을 생성하기 위해 담체 물질과 조합될 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합, 및 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체의 양은 치료될 대상체 및 구체적인 투여 방식에 따라 변경될 것이다. 조성물은 단일 용량으로서, 다회 용량으로서, 또는 주입에서 확립된 시간에 걸쳐 투여될 수 있다. 복용법은 최적 원하는 반응(예를 들면, 치료 또는 예방 반응)을 제공하도록 조절될 수도 있다.
본 개시의 범위와 일치하여, 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합은 치료 효과를 생성하기에 충분한 양으로 상기 언급된 치료 방법에 따라 인간 또는 다른 동물 대상체에게 투여될 수 있다. 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제는 공지되어 있는 기법에 따라 상기 항체 및 후성유전적 조절제를 통상적인 약학적으로 허용 가능한 담체 또는 희석제와 조합함으로써 제조된 통상적인 제형으로 이러한 인간 또는 다른 동물에게 투여될 수 있다. 당분야에서 숙련된 자는 약학적으로 허용 가능한 담체 또는 희석제의 형태 및 특성이 조합될 활성 성분의 양, 투여 경로 및 다른 잘 공지되어 있는 변수에 의해 좌우된다는 것을 인식할 것이다. 당분야에서 숙련된 자는 후성유전적 조절제 및 결합 분자를 포함하는 칵테일이 사용될 수 있다는 것도 인식할 것이다.
"유효량"은 투여되었을 때 치료될 질환을 가진 환자의 치료에 대한 양성 치료 반응, 예를 들면, 항증식 효과, 추가 종양 성장의 방지, 종양 크기의 감소, 종양 혈관구조의 감소, 암 세포 수의 감소, 암을 가진 대상체 내의 종양 및/또는 악성 세포 성장 및/또는 전이의 억제, 지연 또는 감소, 및/또는 관찰될 수 있는, 질환과 관련된 하나 이상의 증상의 감소를 가져오는, 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합의 양 및 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체의 양을 의미한다.
예를 들면, 항증식 효과, 추가 종양 성장의 방지, 종양 크기의 감소, 종양 혈관구조의 감소, 암 세포 수의 감소, 암을 가진 대상체 내의 종양 및/또는 악성 세포 성장 및/또는 전이의 억제, 지연 또는 감소, 및/또는 질환과 관련된 하나 이상의 증상의 감소를 위한, 본원에 기재된 조성물의 치료 유효 용량은 투여 수단, 표적 부위, 환자의 생리학적 상태, 환자가 인간인지 아니면 다른 동물인지, 투여되는 다른 약물, 및 치료가 예방적 치료인지 아니면 치료적 치료인지를 포함하는 많은 상이한 요인들에 따라 변경될 수 있다. 일부 실시양태에서, 환자는 인간이나, 형질전환 동물을 포함하는 비인간 동물도 치료될 수 있다. 안전성 및 효능을 최적화하기 위해 당분야에서 숙련된 자에게 공지되어 있는 상용적인 방법을 이용하여 치료 용량을 적정할 수 있다.
본원에서 제공된 개시를 고려할 때, 투여될 항-SEMA4D 결합 분자와 조합된 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합의 양은 과도한 실험 없이 당분야에서 통상의 기술을 가진 자에 의해 용이하게 결정된다. 후성유전적 조절제 및 결합 분자의 투여 방식 및 각각의 양에 영향을 미치는 요인은 질환의 중증도, 질환의 이력, 및 치료를 받는 개체의 연령, 신장, 체중, 건강 및 신체적 조건을 포함하나 이들로 한정되지 않는다. 유사하게, 투여될 후성유전적 조절제 및 결합 분자의 양은 투여 방식, 및 대상체가 이 약제의 단일 용량을 제공받는지 아니면 이 약제의 다회 용량을 제공받는지에 의해 좌우될 것이다.
일부 양태에서 적어도 하나의 다른 요법을 사용한 전치료를 추가로 포함하는, 암을 가진 대상체의 치료를 위한 약물의 제조에 있어서 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합의 용도도 제공된다. "전치료된" 또는 "전치료"는 대상체가 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제를 포함하는 약물을 제공받기 전에 하나 이상의 다른 요법을 제공받는다(예를 들면, 적어도 하나의 다른 암 요법으로 치료받는다)는 것을 의미한다. "전치료된" 또는 "전치료"는 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, 예를 들면, 엔티노스타트 및/또는 DNMTi, 예를 들면, 아자사이티딘, 및 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 본원에 개시된 단일클론 항체 VX15/2503, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체를 포함하는 약물을 사용한 치료의 시작 전 2년 이내, 18개월 이내, 1년 이내, 6개월 이내, 2개월 이내, 6주 이내, 1개월 이내, 4주 이내, 3주 이내, 2주 이내, 1주 이내, 6일 이내, 5일 이내, 4일 이내, 3일 이내, 2일 이내 또는 심지어 1일 이내에 적어도 하나의 다른 요법으로 치료받은 대상체를 포함한다. 대상체가 선행 요법 또는 요법들을 사용한 전치료에 대한 반응자였을 필요는 없다. 따라서, 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제를 포함하는 약물을 제공받는 대상체는 선행 요법을 사용한 전치료, 또는 전치료가 다수의 요법들을 포함하는 경우 선행 요법들 중 하나 이상의 요법에 반응하였을 수 있거나 반응하지 못하였을 수 있다.
본원에서 제공된 방법은 암을 가진 대상체를 치료하기 위한 약물의 제조에 있어서 항-SEMA4D 결합 분자, 예를 들면, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편, 변이체 또는 유도체와 조합된 후성유전적 조절제, 예를 들면, HDACi, DNMTi 및/또는 이들의 조합의 용도도 제공하고, 이때 상기 약물은 적어도 하나의 다른 요법으로도 치료받고 있는 대상체에서 사용된다. 본원에 개시된 이용 가능한 요법은 수술, 방사선요법, 암 백신, 면역자극제, 입양 T 세포 또는 항체 요법의 투여, 면역 체크포인트 차단 억제제의 투여, 조절 T 세포(Treg) 조절제의 투여, 또는 이들의 조합을 포함하나 이들로 한정되지 않는다.
달리 표시되어 있지 않은 한, 본 개시는 당분야의 기술 내에 있는 세포 생물학, 세포 배양, 분자 생물학, 형질전환 생물학, 미생물학, 재조합 DNA 및 면역학의 통상적인 기법들을 이용한다. 이러한 기법들은 문헌에 전체적으로 설명되어 있다. 예를 들면, 문헌(Sambrook et al., ed. (1989) Molecular Cloning A Laboratory Manual (2nd ed.; Cold Spring Harbor Laboratory Press)); 문헌(Sambrook et al., ed. (1992) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, (Cold Springs Harbor Laboratory, NY)); 문헌(D. N. Glover ed., (1985) DNA Cloning, Volumes I and II); 문헌(Gait, ed. (1984) Oligonucleotide Synthesis); 미국 특허 제4,683,195호(Mullis et al.); 문헌(Hames and Higgins, eds. (1984) Nucleic Acid Hybridization); 문헌(Hames and Higgins, eds. (1984) Transcription And Translation); 문헌(Freshney (1987) Culture Of Animal Cells (Alan R. Liss, Inc.)); 문헌(Immobilized Cells And Enzymes (IRL Press) (1986)); 문헌(Perbal (1984) A Practical Guide To Molecular Cloning); 논문(Methods In Enzymology (Academic Press, Inc., N.Y.)); 문헌(Miller and Calos eds. (1987) Gene Transfer Vectors For Mammalian Cells, (Cold Spring Harbor Laboratory)); 문헌(Wu et al., eds., Methods In Enzymology, Vols. 154 and 155); 문헌(Mayer and Walker, eds. (1987) Immunochemical Methods In Cell And Molecular Biology (Academic Press, London)); 문헌(Weir and Blackwell, eds., (1986) Handbook Of Experimental Immunology, Volumes I-IV); 문헌(Manipulating the Mouse Embryo, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., (1986)); 및 문헌(Ausubel et al. (1989) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley and Sons, Baltimore, Md.))을 참조한다.
일반적인 항체 조작 원칙은 문헌(Borrebaeck, ed. (1995) Antibody Engineering (2nd ed.; Oxford Univ. Press))에 기재되어 있다. 일반적인 단백질 조작 원칙은 문헌(Rickwood et al., eds. (1995) Protein Engineering, A Practical Approach (IRL Press at Oxford Univ. Press, Oxford, Eng.))에 기재되어 있다. 일반적인 항체 및 항원-햅텐 결합 원칙은 문헌(Nisonoff (1984) Molecular Immunology (2nd ed.; Sinauer Associates, Sunderland, Mass.)); 및 문헌(Steward (1984) Antibodies, Their Structure and Function (Chapman and Hall, New York, N.Y.))에 기재되어 있다. 추가로, 당분야에서 공지되어 있고 구체적으로 기재되어 있지 않은 면역학의 표준 방법들은 문헌(Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons, New York); 문헌(Stites et al., eds. (1994) Basic and Clinical Immunology (8th ed; Appleton & Lange, Norwalk, Conn.)); 및 문헌(Mishell and Shiigi (eds) (1980) Selected Methods in Cellular Immunology (W.H. Freeman and Co., NY))에 기재된 바와 같이 수행될 수 있다.
일반적인 면역학 원칙이 기재되어 있는 표준 참고문헌은 문헌(Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons, New York); 문헌(Klein J., Immunology: The Science of Self-Nonself Discrimination (John Wiley & Sons, NY (1982))); 문헌(Kennett et al., eds. (1980) Monoclonal Antibodies, Hybridoma: A New Dimension in Biological Analyses (Plenum Press, NY)); 문헌(Campbell (1984) "Monoclonal Antibody Technology" in Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology, ed. Burden et al., (Elsevier, Amsterdam)); 문헌(Goldsby et al., eds. (2000) Kuby Immunology (4th ed.; W.H. Freeman and Co., NY)); 문헌(Roitt et al. (2001) Immunology (6th ed.; London: Mosby)); 문헌(Abbas et al. (2005) Cellular and Molecular Immunology (5th ed.; Elsevier Health Sciences Division)); 문헌(Kontermann and Dubel (2001) Antibody Engineering (Springer Verlag)); 문헌(Sambrook and Russell (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Press)); 문헌(Lewin (2003) Genes VIII (Prentice Hall, 2003)); 문헌(Harlow and Lane (1988) Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Press)); 및 문헌(Dieffenbach and Dveksler (2003) PCR Primer (Cold Spring Harbor Press))을 포함한다.
상기 인용된 모든 참고문헌들뿐만 아니라, 이 참고문헌들에서 인용된 모든 참고문헌들도 전체로서 본원에 참고로 도입된다.
하기 실시예는 예시로써 제공되고, 한정으로써 제공되는 것이 아니다.
실시예
실시예 1: 엔티노스타트(ENT) 및 항-SEMA4D 항체의 투여는 생존을 증가시키고 종양 성장을 유의하게 지연시키고 퍼센트 완전한 종양 퇴행을 증가시킨다.
생존, 종양 성장 및 종양 퇴행에 대한 조합된 ENT와 항-SEMA4D MAb 투여의 효과를 종양 마우스 모델에서 시험하였다. Colon26 세포(500,000개의 세포)를 Balb/c 마우스 내로 피하 이식하였다. 마우스를 1) 대조군 Ig(10 mg/kg, 복강내, 주마다 x 5, 2일째 날 시작)(n=20); 2) 대조군 Ig(10 mg/kg, 복강내, 주마다 x 5, 2일째 날 시작) + ENT(20 mg/kg, 3x/주마다 x 2주, 평균 종양 부피가 약 300 mm3이었을 때 시작)(n=21); 3) 항-SEMA4D/MAb 67(10 mg/kg, 복강내, 주마다 x 5주, 2일째 날 시작)(n=24); 또는 4) 항-SEMA4D/MAb 67(10 mg/kg, 복강내, 주마다 x 5주, 2일째 날 시작) 및 ENT(20 mg/kg, 3x/주마다 x 2주, 평균 종양 부피가 약 300 mm3이었을 때 시작됨)(n=26)로 치료하였다(도 1에 묘사된 실험 디자인). 치료 시 종양 부피는 대조군과 실험군 사이에 유사하였다. 카플란-마이어(Kaplan-Meier) 생존 분석을 수행하여 생존 기능을 평가하였고, 종양 부피의 변화를 측정하여 종양 성장률을 측정하였고, 종양 부재 마우스의 퍼센트를 측정함으로써 완전한 종양 퇴행의 빈도를 평가하였다. 퍼센트 완전한 퇴행(%CR)은 퇴행 전 적어도 100 mm3을 초과한 종양에 의해서도 층화되었다. 생존에 대해 맨틀 콕스 로그 순위 검정을 이용하고 종양 부피에 대해 2원 ANOVA를 이용하고 CR에 대해 피셔의 정확 검정을 이용하여 통계적 유의도를 측정하였다. 프리즘은 P > 0.05에서 유의하지 않음(ns), 0.01 < P ≤ 0.05에서 유의함("*" 부호로 표시됨), 0.001 < P ≤ 0.01에서 매우 유의함("**"), P ≤ 0.001에서 극도로 유의함("***"), 및 P ≤ 0.0001에서 가장 높은 유의도("****")로서 결과를 보고한다. 종양을 발생시키지 않았거나 700 mm3의 종양 부피에 도달하기 전에 종양 궤양을 발생시킨 마우스는 분석으로부터 배제되었다.
어느 한 약제가 단독으로 투여된 군에 비해 조합된 ENT와 항-SEMA4D/MAb 67가 투여된 군에서 종양 성장 지연에 대한 상승작용적 효과가 관찰되었다(782%의 최대 종양 성장 지연(TGD)): SEMA4D/MAb 67의 사용 시 107% TGD 및 ENT의 사용 시 214% TGD(도 2a). ENT 및 항-SEMA4D/MAb 67로 치료받은 마우스는 ENT 또는 항-SEMA4D/MAb 67로 치료받은 마우스에 비해 생존의 유의한 개선도 나타내었다(p<0.05)(도 2b). 더욱이, 조합된 ENT와 항-SEMA4D/MAb 67 치료는 특히 퇴행 전 100 mm3을 초과한 종양들 중에서 어느 한 단일 약제에 비해 완전한 종양 퇴행의 빈도(62%***)를 유의하게 증가시켰다(도 2c 및 2d). 이 결과는 ENT와 항-SEMA4D MAb를 사용한 치료가 생존을 개선하였고 종양 성장을 감소시켰고 더 큰 확립된 종양의 퇴행을 야기하였다는 것을 보여준다.
실시예 2: ENT 및 항-SEMA4D 항체의 투여는 생존을 향상시키고, 종양 성장을 감소시키고, 완전한 퇴행의 빈도를 증가시킨다.
Colon26 세포(500,000개의 세포)를 Balb/c 마우스 내로 피하 이식하였다. 마우스를 1) 대조군 Ig(10 mg/kg, 주마다 x 5주, 2일째 날 시작(n=12)); 2) 대조군 Ig(10 mg/kg, 주마다 x 5주, 2일째 날 시작) 및 ENT(20 mg/kg, 3x/주 x 2주, 평균 종양 부피가 약 250 mm3이었을 때 시작)(n=9); 3) 항-SEMA4D/MAb 67(10 mg/kg, 복강내, 주마다 x 5주, 2일째 날 시작)(n=8); 또는 4) 항-SEMA4D/MAb 67(10 mg/kg, 주마다 x 5주, 2일째 날 시작) 및 ENT(20 mg/kg, 3x/주 x 2주, 평균 종양 부피가 약 250 mm3이었을 때 시작)(n=13)로 치료하였다. 치료 시 종양 부피는 대조군과 실험군 사이에 유사하였다. 각각의 군에 대한 평균 종양 부피, 카플란 마이어 생존 곡선 및 완전한 종양 퇴행의 빈도가 표시되어 있다. 각각 2원 ANOVA, 맨틀 콕스 로그 순위 검정 및 피셔의 정확 검정을 이용하여 통계적 유의도를 측정하였다. 프리즘은 P > 0.05에서 유의하지 않음(ns), 0.01 < P ≤ 0.05에서 유의함("*" 부호로 표시됨), 0.001 < P ≤ 0.01에서 매우 유의함("**"), 및 P ≤ 0.001에서 극도로 유의함("***")으로서 결과를 보고한다. 종양을 발생시키지 않았거나 700 mm3의 종양 부피에 도달하기 전에 종양 궤양을 발생시킨 마우스는 분석으로부터 배제되었다.
ENT 및 항-SEMA4D/MAb 67을 제공받은 마우스는 최대 705% TGD를 나타낸 반면, 항-SEMA4D/MAb 67로 치료받은 마우스는 종양 성장의 119% 지연을 보였다(도 3a). ENT 및 항-SEMA4D/MAb 67을 사용한 마우스의 조합된 치료는 대조군 Ig 및 ENT 치료군(25%*)에 비해 완전한 종양 퇴행의 빈도(62%**)도 증가시켰다(도 3b 내지 3d). 더욱이, ENT 및 항-SEMA4D/MAb 67을 제공받은 마우스는 대조군 Ig(P<0.001) 또는 대조군 Ig 및 ENT(p<0.01)로 치료받은 마우스에 비해 생존의 유의한 개선을 나타내었다(도 3e). 이 결과는 ENT 및 항-SEMA4D MAb를 사용한 조합된 치료가 향상된 생존, 감소된 종양 성장 및 종양의 박멸을 야기하였다는 것을 입증한다.
실시예 3: 아자사이티딘(AZA) 및 항-SEMA4D 항체의 투여는 생존을 증가시키고, 종양 성장을 유의하게 지연시키고 퍼센트 완전한 종양 퇴행을 증가시킨다.
생존, 종양 성장 및 종양 퇴행에 대한 조합된 AZA와 항-SEMA4D MAb 투여의 효과를 종양 마우스 모델에서 시험하였다. Colon26 세포(500,000개의 세포)를 Balb/c 마우스 내로 피하 이식하였다. 마우스를 하기 군들로 치료하였다: 군 1: 대조군 Ig(10 mg/kg, 복강내, 주마다 x 4, 2일째 날 시작(n=12)); 군 2: 항-SEMA4D/MAb 67(10 mg/kg, 복강내, 주마다 x 4, 2일째 날 시작(N=8)); 군 3: 대조군 Ig(10 mg/kg, 복강내, 주마다 x 4, 2일째 날 시작) + AZA(0.8 mg/kg, 3x/주 X 4회 용량, 평균 종양 부피가 약 200 mm3일 때 22일째 날 내지 24일째 날 시작(n=10)); 및 군 4: 항-SEMA4D/MAb 67(10 mg/kg, 복강내, 주마다 x 4, 2일째 날 시작) + AZA(0.8 mg/kg, 3x/주 X 4회 용량, 평균 종양 부피가 약 200 mm3일 때 22일째 날 내지 24일째 날 시작(n=9)). 실험 디자인은 도 4에 묘사되어 있다. 60일 동안, 또는 종양 부피가 약 1,500 mm3에 도달할 때까지 마우스를 모니터링하였다.
치료 시 종양 부피는 대조군과 실험군 사이에 유사하였다. 카플란-마이어 생존 분석을 수행하여 생존 기능을 평가하였고, 종양 부피의 변화를 측정하여 종양 성장률을 측정하였고, 종양 부재 마우스의 퍼센트를 측정함으로써 완전한 종양 퇴행의 빈도를 평가하였다. 생존에 대해 맨틀 콕스 로그 순위 검정을 이용하고 종양 부피에 대해 2원 ANOVA를 이용하고 완전한 종양 퇴행에 대해 피셔의 정확 검정을 이용하여 통계적 유의도를 측정하였다. 프리즘은 P > 0.05에서 유의하지 않음(ns), 0.01 < P ≤ 0.05에서 유의함("*" 부호로 표시됨), 또는 0.001 < P ≤ 0.01에서 매우 유의함("**")으로서 결과를 보고한다. 종양을 발생시키지 않았거나 700 mm3의 종양 부피에 도달하기 전에 종양 궤양을 발생시킨 마우스는 분석으로부터 배제되었다.
AZA 및 항-SEMA4D/MAb 67을 제공받은 마우스는 최대 705% TGD를 나타낸 반면, 항-SEMA4D/MAb 67로 치료받은 마우스는 종양 성장의 119% 지연을 보였다(도 5a). AZA 및 항-SEMA4D/MAb 67로 치료받은 마우스는 대조군 마우스에 비해 생존의 유의한 개선(p<0.001) 및 단일 약제 항-SEDMA4D/MAb 67에 비해 생존의 거의 유의한 개선(p=0.0697)도 나타내었다(도 5b). 나아가, 조합된 AZA 및 항-SEMA4D/MAb 67 치료는 대조군 Ig(17%)에 비해 완전한 종양 퇴행의 빈도를 78%까지 유의하게 증가시켰다(p<0.01). 이 결과는 AZA 및 항-SEMA4D MAb를 사용한 치료가 생존을 개선하였고 종양 성장을 감소시켰고 더 큰 확립된 종양의 퇴행을 야기하였다는 것을 보여준다.
본 개시의 폭 및 범위는 상기 예시적 실시양태들 중 임의의 실시양태에 의해 한정되어서는 안 되고, 하기 청구범위 및 이의 균등물에 따라서만 정의되어야 한다.
Figure pct00008
SEQUENCE LISTING <110> Vaccinex, Inc. EVANS, Elizabeth SMITH, Ernest ZAUDERER, Maurice <120> TREATMENT OF CANCER WITH A SEMAPHORIN-4D ANTIBODY IN COMBINATION WITH AN EPIGENETIC MODULATING AGENT <130> 58008-172854 <150> 62/473,731 <151> 2017-03-20 <160> 10 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 118 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VX15/2503 VH <400> 1 Gln Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Val Lys Lys Pro Gly Ser 1 5 10 15 Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ser Phe Ser Asp Tyr 20 25 30 Tyr Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Met 35 40 45 Gly Gln Ile Asn Pro Thr Thr Gly Gly Ala Ser Tyr Asn Gln Lys Phe 50 55 60 Lys Gly Lys Ala Thr Ile Thr Val Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Tyr Tyr Tyr Gly Arg His Phe Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr 100 105 110 Thr Val Thr Val Ser Ser 115 <210> 2 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VX15/2503 HCDR1 <400> 2 Gly Tyr Ser Phe Ser Asp Tyr Tyr Met His 1 5 10 <210> 3 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VX15/2503 HCDR2 <400> 3 Gln Ile Asn Pro Thr Thr Gly Gly Ala Ser Tyr Asn Gln Lys Phe Lys 1 5 10 15 Gly <210> 4 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VX15/2503 HCDR3 <400> 4 Tyr Tyr Tyr Gly Arg His Phe Asp Val 1 5 <210> 5 <211> 111 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VX15/2503 VL <400> 5 Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly 1 5 10 15 Glu Arg Ala Thr Ile Asn Cys Lys Ala Ser Gln Ser Val Asp Tyr Asp 20 25 30 Gly Asp Ser Tyr Met Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Pro Pro 35 40 45 Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Asn Leu Glu Ser Gly Val Pro Asp 50 55 60 Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser 65 70 75 80 Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Asn 85 90 95 Glu Asp Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys 100 105 110 <210> 6 <211> 15 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VX15/2503 LCDR1 <400> 6 Lys Ala Ser Gln Ser Val Asp Tyr Asp Gly Asp Ser Tyr Met Asn 1 5 10 15 <210> 7 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VX15/2503 LCDR2 <400> 7 Ala Ala Ser Asn Leu Glu Ser 1 5 <210> 8 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VX15/2503 LCDR3 <400> 8 Gln Gln Ser Asn Glu Asp Pro Tyr Thr 1 5 <210> 9 <211> 118 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Mab 67 VH <400> 9 Gln Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Pro Glu Leu Val Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Ser Phe Ser Asp Tyr 20 25 30 Tyr Met His Trp Val Lys Gln Ser Pro Glu Asn Ser Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Gln Ile Asn Pro Thr Thr Gly Gly Ala Ser Tyr Asn Gln Lys Phe 50 55 60 Lys Gly Lys Ala Thr Leu Thr Val Asp Lys Ser Ser Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Gln Leu Lys Ser Leu Thr Ser Glu Glu Ser Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Thr Arg Tyr Tyr Tyr Gly Arg His Phe Asp Val Trp Gly Gln Gly Thr 100 105 110 Thr Val Thr Val Ser Ser 115 <210> 10 <211> 111 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Mab 67 VL <400> 10 Asp Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Ala Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly 1 5 10 15 Gln Arg Ala Thr Ile Ser Cys Lys Ala Ser Gln Ser Val Asp Tyr Asp 20 25 30 Gly Asp Ser Tyr Met Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln Pro Pro 35 40 45 Lys Leu Leu Ile Tyr Ala Ala Ser Asn Leu Glu Ser Gly Ile Pro Ala 50 55 60 Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Asn Ile His 65 70 75 80 Pro Val Glu Glu Glu Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Ser Asn 85 90 95 Glu Asp Pro Tyr Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys 100 105 110

Claims (44)

  1. 암을 가진 대상체에서 악성 세포 성장을 억제, 지연 또는 감소시키는 방법으로서, 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편의 유효량 및 후성유전적 조절제의 유효량을 포함하는 조합 요법을 상기 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 SEMA4D와 이의 수용체의 상호작용을 억제하는 것인 방법.
  3. 제2항에 있어서, 수용체는 플렉신(Plexin)-B1, 플렉신-B2 또는 CD72인 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 SEMA4D 매개 플렉신-B1 신호 전달을 억제하는 것인 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 각각 서열번호 2, 3 및 4를 포함하는 가변 중쇄(VH) CDR 1-3을 포함하는 VH, 및 각각 서열번호 6, 7 및 8을 포함하는 가변 경쇄(VL) CDR 1-3을 포함하는 VL을 포함하는 것인 방법.
  6. 제5항에 있어서, VH 및 VL은 각각 서열번호 1 및 서열번호 5, 또는 서열번호 9 및 서열번호 10을 포함하는 것인 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 후성유전적 조절제는 히스톤 데아세틸라제(deacetylase)(HDAC) 억제제(HDACi), DNA 메틸트랜스퍼라제(methyltransferase)(DNMT) 억제제(DNMTi), 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 것인 방법.
  8. 제7항에 있어서, 후성유전적 조절제는 히스톤 데아세틸라제(HDAC) 억제제(HDACi)를 포함하는 것인 방법.
  9. 제8항에 있어서, HDAC는 클래스 I HDAC, 클래스 IIA HDAC, 클래스 IIB HDAC, 클래스 IV HDAC, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하거나, HDAC는 아연 함유 촉매 도메인을 포함하는 것인 방법.
  10. 제9항에 있어서, HDACi는 HDAC의 아연 함유 촉매 도메인에 결합할 수 있는 것인 방법.
  11. 제8항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, HDACi는 하이드록삼산 또는 이의 염, 고리형 테트라펩타이드, 뎁시펩타이드, 벤즈아미드, 친전자성 케톤, 지방족산 또는 이의 염, 또는 이들의 임의의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된 화학적 모이어티를 포함하는 것인 방법.
  12. 제8항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, HDACi는 보리노스타트(Vorinostat), 로미뎁신(Romidepsin), 치다마이드(Chidamide), 파노비노스타트(Panobinostat), 벨리노스타트(Belinostat), 발프로산 또는 이의 염, 모세티노스타트(Mocetinostat), 아벡시노스타트(Abexinostat), 엔티노스타트(Entinostat), 프라시노스타트(Pracinostat), 레스미노스타트(Resminostat), 기비노스타트(Givinostat), 퀴시노스타트(Quisinostat), 케베트린(Kevetrin), CUDC-101, AR-42, 테피노스타트(Tefinostat)(CHR-2845), CHR-3996, 4SC-202, CG200745, ACY-1215, ACY-241, 이들의 임의의 조합, 또는 이들의 임의의 염, 결정, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 이성질체 또는 프로드러그를 포함하는 것인 방법.
  13. 제12항에 있어서, HDACi는 엔티노스타트(피리딘-3-일메틸 N-[[4-[(2-아미노페닐)카바모일]페닐]메틸]카바메이트)인 방법.
  14. 제7항에 있어서, 후성유전적 조절제는 DNA 메틸트랜스퍼라제(DNMT) 억제제(DNMTi)를 포함하는 것인 방법.
  15. 제14항에 있어서, DNMT는 DNMT1, DNMT-3a, DNMT-3b, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 것인 방법.
  16. 제14항 또는 제15항에 있어서, DNMTi는 뉴클레오사이드 유사체, 안티센스 올리고뉴클레오타이드, 소분자 효소 억제제, 또는 이들의 임의의 조합인 방법.
  17. 제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, DNMTi는 아자사이티딘(azacytidine), 데시타빈(decitabine), 제불라린(zebularine), SGI-110, 에피갈로카테킨 갈레이트(epigallocatechin gallate), MG98, RG108, 프로카인아미드(procainamide), 하이드랄라진(hydralazine), 이들의 임의의 조합, 또는 이들의 임의의 염, 결정, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 이성질체 또는 프로드러그를 포함하는 것인 방법.
  18. 제17항에 있어서, DNMTi는 아자사이티딘인 방법.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편 및 후성유전적 조절제를 별도로 또는 동시에 투여하는 것인 방법.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 조합 요법의 투여는 항체 또는 이의 단편 또는 후성유전적 조절제 단독의 투여에 비해 향상된 치료 효능을 야기하는 것인 방법.
  21. 제20항에 있어서, 향상된 치료 효능은 상가적 효과보다 더 큰 것인 방법.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 암은 고형 종양, 혈액 악성종양, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 것인 방법.
  23. 제22항에 있어서, 암은 고형 종양 또는 이의 전이인 방법.
  24. 제23항에 있어서, 고형 종양은 육종, 암종, 흑색종, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합인 방법.
  25. 제24항에 있어서, 고형 종양은 편평 세포 암종, 선암종, 기저 세포암, 신장 세포 암종, 유방의 유관암, 연부조직 육종, 골육종, 흑색종, 소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 선암종, 복막암, 간세포 암종, 위장암, 위암, 췌장암, 신경내분비암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 뇌암, 간세포암, 유방암, 결장암, 대장암, 자궁내막 또는 자궁 암종, 식도암, 타액선 암종, 신장암, 간암, 전립선암, 외음부암, 갑상선암, 두경부암, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합인 방법.
  26. 제22항에 있어서, 암은 혈액 악성종양 또는 이의 전이인 방법.
  27. 제26항에 있어서, 혈액 악성종양은 백혈병, 림프종, 골수종, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 털세포 백혈병, 호지킨 림프종, 비-호지킨 림프종, 다발성 골수종, 이들의 임의의 전이, 또는 이들의 임의의 조합인 방법.
  28. 제1항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 추가 암 요법을 실시하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  29. 제28항에 있어서, 추가 요법은 수술, 화학요법, 방사선요법, 암 백신, 면역자극제, 입양 T 세포 또는 항체 요법의 투여, 면역 체크포인트 차단 억제제의 투여, 조절 T 세포(Treg) 조절제의 투여 및 이들의 조합을 포함하는 것인 방법.
  30. 제1항 내지 제13항 및 제19항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서,
    (a) 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 아미노산 서열의 서열번호 1을 포함하는 VH 및 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 VL을 포함하고,
    (b) 후성유전적 조절제는 HDACi 엔티노스타트를 포함하는 것인 방법.
  31. 제1항 내지 제7항 및 제14항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서,
    (a) 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 VH 아미노산 서열의 서열번호 1 및 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 VL을 포함하고,
    (b) 후성유전적 조절제는 DNMTi 아자사이티딘을 포함하는 것인 방법.
  32. 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편의 유효량 및 후성유전적 조절제의 유효량을 포함하는 약학 조성물.
  33. 제32항에 있어서, 담체, 부형제, 또는 이들의 임의의 조합을 추가로 포함하는 약학 조성물.
  34. 제32항 또는 제33항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 각각 서열번호 2, 3 및 4를 포함하는 가변 중쇄(VH) CDR 1-3을 포함하는 VH, 및 각각 서열번호 6, 7 및 8을 포함하는 가변 경쇄(VL) CDR 1-3을 포함하는 VL을 포함하는 것인 약학 조성물.
  35. 제34항에 있어서, VH 및 VL은 각각 서열번호 1 및 서열번호 5, 또는 서열번호 9 및 서열번호 10을 포함하는 것인 약학 조성물.
  36. 제32항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 후성유전적 조절제는 히스톤 데아세틸라제(HDAC) 억제제(HDACi), DNA 메틸트랜스퍼라제(DNMT) 억제제(DNMTi), 또는 이들의 임의의 조합을 포함하는 것인 약학 조성물.
  37. 제36항에 있어서, 후성유전적 조절제는 히스톤 데아세틸라제(HDAC) 억제제(HDACi)를 포함하는 것인 약학 조성물.
  38. 제37항에 있어서, HDACi는 보리노스타트, 로미뎁신, 치다마이드, 파노비노스타트, 벨리노스타트, 발프로산 또는 이의 염, 모세티노스타트, 아벡시노스타트, 엔티노스타트, 프라시노스타트, 레스미노스타트, 기비노스타트, 퀴시노스타트, 케베트린, CUDC-101, AR-42, 테피노스타트(CHR-2845), CHR-3996, 4SC-202, CG200745, ACY-1215, ACY-241, 이들의 임의의 조합, 또는 이들의 임의의 염, 결정, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 이성질체 또는 프로드러그를 포함하는 것인 약학 조성물.
  39. 제38항에 있어서, HDACi는 엔티노스타트(피리딘-3-일메틸 N-[[4-[(2-아미노페닐)카바모일]페닐]메틸]카바메이트)인 약학 조성물.
  40. 제36항에 있어서, 후성유전적 조절제는 DNA 메틸트랜스퍼라제(DNMT) 억제제(DNMTi)를 포함하는 것인 약학 조성물.
  41. 제40항에 있어서, DNMTi는 아자사이티딘, 데시타빈, 제불라린, SGI-110, 에피갈로카테킨 갈레이트, MG98, RG108, 프로카인아미드, 하이드랄라진, 이들의 임의의 조합, 또는 이들의 임의의 염, 결정, 비결정성 구조물, 수화물, 유도체, 대사물질, 이성질체 또는 프로드러그를 포함하는 것인 약학 조성물.
  42. 제41항에 있어서, DNMTi는 아자사이티딘인 약학 조성물.
  43. (a) 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하고 VH 아미노산 서열의 서열번호 1 및 VL 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편의 유효량, 및
    (b) HDACi 엔티노스타트의 유효량
    을 포함하는 약학 조성물.
  44. (a) 세마포린-4D(SEMA4D)에 특이적으로 결합하고 VH 아미노산 서열의 서열번호 1 및 VL 아미노산 서열의 서열번호 5를 포함하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편의 유효량, 및
    (b) DNMTi 아자사이티딘의 유효량
    을 포함하는 약학 조성물.
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