KR20180023735A - 박테리아 시토크롬 p450 단백질 변이체 및 그를 이용한 시료 중 플루오르화된 메탄의 농도를 감소시키는 방법 - Google Patents
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Abstract
박테리아 시토크롬 P450 단백질을 코딩하는 외래 유전자를 포함하는 재조합 미생물, 시료 중 CHnF4-n (n은 0 내지 3의 정수)을 제거하는데 사용하기 위한 재조합 P450 단백질을 포함하는 조성물 및 시료 중 CHnF4-n의 농도를 감소시키는 방법을 제공한다.
Description
박테리아 시토크롬 P450 단백질을 코딩하는 외래 유전자를 포함하는 재조합 미생물, 시료 중 CHnF4-n (n은 0 내지 3의 정수)으로 표시되는 플루오로메탄을 제거하는데 사용하기 위한 재조합 P450 단백질을 포함하는 조성물 및 시료 중 CHnF4-n의 농도를 감소시키는 방법에 관한 것이다.
지구의 온난화를 가속시키는 온실가스의 배출은 심각한 환경 문제 중의 하나이며 이를 규제하고 방지하기 위해서 온실가스 배출량에 대한 규제가 강화되고 있다. 이 중 퍼플루오로카본(perfluorocarbons:PFCs), 히드로플루오로카본(hydrofluorocarbons:HFCs), 술퍼 헥사플루오리드(SF6)와 같은 불화가스 (F-가스)는 절대 배출량은 낮으나 반감기가 길고 지구온난화 계수가 월등히 높아 더욱 심각한 영향을 미치는 것으로 보고되고 있다. F-가스의 주요 배출원인 반도체 및 전자 산업 분야 등에서 F-가스의 발생량은 온실가스 배출 할당량을 초과하여 증가 추세에 있고 이에 따라 온실가스 분해 및 배출권 구입에 필요한 비용 부담이 매년 증가하고 있는 상황이다.
하지만, 기존의 F-가스 분해는 열분해 또는 촉매열산화 공정을 이용하고 있으나 제한된 분해율 및 2차 유해물질 배출, 고비용 등의 한계가 존재한다. 이를 해결하기 위해 미생물 생촉매를 이용한 생물학적 F-가스 분해 공정의 도입으로 기존의 화학적 분해 공정의 한계를 극복하고 보다 경제적이고 친환경적인 F-가스의 처리가 가능할 것으로 보인다.
시토크롬 P450 (CYP)은 헴 보조인자(heme cofactor)를 포함한 단백질의 수퍼패밀리에 속하며, 헤모단백질(hemoprotein)이다. 시토크롬 P450은 효소 반응에서 기질로서 다양한 작고 큰 분자를 기질로서 사용한다. 시토크롬 P450은 일반적으로, 넓게 P450 함유 시스템으로 카테고리화된, 전자 전달 사슬 (electron transfer chain)의 말단 옥시다제 효소이다.
박테리아 시토크롬 P450은 종종 가용성 효소이며, 다양한 대사 과정에 관여한다. 대장균과 같은 일부 박테리아는 시토크롬 P450을 포함하고 있지 않다. P. putida 유래의 시토크롬 P450 (CYP101)은 2Fe-2S 클러스터-함유 단백질 보조요소(cofactor)인 푸티다레독신(putidaredoxin)으로부터 2개 전자 전달 단계를 구성하는 캄포르-히드록실화 촉매 사이클(camphor-hydroxylating catalytic cycle)의 일부분이다.
B.megaterium 유래의 시토크롬 P450 BM3 (CYP102)은 ω-1 내지 ω-3 위치에서 여러 긴 사슬 지방산의 NADPH-의존성 히드록실화를 촉매한다. 시토크롬 P450 BM3은 CYP 도메인과 전자 공여 보조인자 (electron donating cofactor) 사이에 천연 융합 단백질(natural fusion protein)로 구성된다.
그러나, 박테리아 시토크롬 P450이 시료 중의 불화 메탄을 제거하는 것을 촉매하는지는 알려져 있지 않다.
일 양상은 박테리아 시토크롬 P450 단백질 또는 그의 변이체를 코딩하는 외래 유전자를 포함하는 재조합 미생물을 제공한다.
다른 양상은 시료 중 CHnF4-n (n은 0 내지 3의 정수)으로 표시되는 플루오로메탄을 제거하는데 사용하기 위한 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체를 포함하는 조성물을 제공한다.
다른 양상은 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체를 CHnF4-n (n은 0 내지 3의 정수)으로 표시되는 플루오로메탄 함유 시료와 접촉시켜 시료 중 플루오로메탄의 농도를 감소시키는 단계;를 포함하는, 시료 중 CHnF4-n의 농도를 감소시키는 방법을 제공한다.
다른 양상은 박테리아 시토크롬 P450 단백질의 변이체 및 그를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
일 양상은 박테리아 시토크롬 P450 단백질 또는 그의 변이체를 코딩하는 외래 유전자를 포함하는 재조합 미생물을 제공한다.
상기 재조합 미생물에 있어서, 상기 시토크롬 P450 단백질은 EC 1.14.15.1 또는 EC 1.14.14.1에 속하는 것일 수 있다. 상기 시토크롬 P450 단백질은 P450Cam 또는 P450BM3일 수 있다. P450Cam은 Pseudomonas putida PpG786 유래의 것일 수 있다. P450BM3은 Bacillus megaterium (ATCC 14581) 유래의 것일 수 있다. 상기 시토크롬 P450CAM 단백질은 CamA, CamB, 및 CamC의 복합체의 형태로 박테리아 CYP101 시스템을 구성할 수 있다. CamA는 FAD 함유 레덕타제(reductase)일 수 있다. CamA는 NADH 또는 NADPH 의존성일 수 있다. 상기 CamA는 EC 1.18.1.5에 속하는 것일 수 있다. CamB는 [2Fe2S]타입의 페레독신(ferredoxin)일 수 있다. CamC는 P450Cam(CYP101) 또는 P450Cam이라고도 하며, 시토크롬 450을 포함하고, EC 1.14.15.1에 속하는 것일 수 있다. CamA, CamB, 및 CamC는 각각 서열번호 2, 4, 및 6의 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있다. CamA, CamB, 및 CamC를 코딩하는 유전자는 각각 서열번호 1, 3, 및 5의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 6의 아미노산 서열의 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기에서 아미노산 변경(alteration)을 갖고 EC 1.14.15.1에 속하는 활성을 갖는 것일 수 있다. 상기 아미노산 변경은 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기를 다른 아미노산, 예를 들면, 19개 천연 아미노산으로 치환한 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 6의 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기를 Y, T, N, Q, H, 또는 D로 치환한 것일 수 있다. EC 1.14.15.1는 (+)-캄포르+환원된 푸티다레독신 + O2 ⇔ (+)-엑소-5-히드록시캄포르+산화된 푸티다레독신 + H2O의 반응을 촉매하는 효소를 나타낼 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 6의 아미노산을 갖는 P450CAM에서 F351을 다른 아미노산, 예를 들면, 19개 천연 아미노산으로 치환한 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 6의 아미노산을 갖는 P450CAM은 F351Y, F351T, F351N, F351Q, F351H, 또는 F351D 치환을 갖는 것일 수 있다. 상기 P450CAM 변이체를 코딩하는 유전자는 서열번호 6의 아미노산을 갖는 P450CAM에서 F351Y, F351T, F351N, F351Q, F351H, 또는 F351D 치환을 갖는 변이체를 코딩하는 유전자일 수 있다. 이 유전자는 서열번호 51, 52, 53, 54, 55, 또는 56의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다. 상기 미생물은 CamA를 코딩하는 유전자 및 CamB를 코딩하는 유전자를 더 포함할 수 있다.
P450BM3은 서열번호 8의 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드일 수 있다. P450BM3를 코딩하는 유전자는 서열번호 7의 뉴클레오티드 서열의 갖는 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 8의 아미노산 서열의 N320 위치에 해당하는 아미노산 잔기에서 아미노산 변경(alteration)을 갖고 EC 1.14.14.1에 속하는 활성을 갖는 것일 수 있다. 상기 아미노산 변경은 N320 위치에 해당하는 아미노산 잔기를 다른 아미노산, 예를 들면, 19개 천연 아미노산으로 치환한 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 8의 N320 위치에 해당하는 아미노산 잔기를 W, F, G, P, S, 또는 E로 치환한 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 8의 아미노산을 갖는 P450BM3에서 N320을 다른 아미노산, 예를 들면, 19개 천연 아미노산으로 치환한 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 8의 아미노산을 갖는 P450BM3에서 N320W, N320F, N320G, N320P, N320S, 또는 N320E 치환을 갖는 것일 수 있다. 상기 P450BM3 변이체를 코딩하는 유전자는 서열번호 8의 아미노산을 갖는 P450BM3에서 N320W, N320F, N320G, N320P, N320S, 또는 N320E 치환을 갖는 변이체를 코딩하는 유전자일 수 있다. 이 유전자는 서열번호 45, 46, 47, 48, 49, 또는 50의 뉴클레오티드 서열을 갖는 것일 수 있다. "EC 1.14.14.1"란 하기 반응을 촉매하는 것일 수 있다.
RH+ 환원된 NADPH---헤모단백질 레덕타제(hemoprotein reductase)+O2=ROH+산화된 NADPH---헤모단백질 레덕타제+H2O
본 명세서에 사용된 용어 "해당하는(corresponding)"은, BLAST 페어와이즈 정렬, 또는 잘 알려진 리프만-피어슨 단백질 정렬(Lipman-Pearson Protein Alignment) 프로그램과 같은 당업계에서 수용될 수 있는(art-acceptable) 단백질 정렬 프로그램(protein alignment program)을 하기 정렬 파라미터을 가지고 이용하여 관심 대상 단백질과 표준 단백질의 아미노산 서열(예, 서열번호 6 또는 서열번호 8)을 정렬하였을 때, 표준 단백질의 언급된 위치(예, 서열번호 6의 F351 위치 또는 서열번호 8의 N320 위치)와 정렬하는 관심 대상 단백질의 아미노산 위치를 나타낸다. 표준서열이 저장된 데이터베이스(DB)는 NCBI의 RefSeq non-redundant proteins일 수 있다. 서열의 정렬에 사용되는 파라미터는 다음과 같을 수 있다: Ktuple=2, Gap Penalty=4, 및 Gap length penalty=12. 이때 상기 "해당하는" 서열에 포함되는 범위는 E-value 0.00001 및 H-value 0.001의 범위 속하는 것일 수 있다.
상기 정렬 조건에 따라 얻어진 서열번호 6의 아미노산 서열의 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기를 갖는 단백질 (이하,이들을 "P450CAM의 호모로그(homolog)"라 한다)의 예는 아래 표 1, 2, 및 3과 같다.
또한, 상기 정렬 조건에 따라 얻어진 서열번호 8의 아미노산 서열의 N320 위치에 해당하는 아미노산 잔기를 갖는 단백질 (이하,이들을 "P450BM3의 호모로그(homolog)"라 한다)의 예는 아래 표 4, 및 5와 같다.
번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID |
1 | gi|163930960 | 31 | gi|551338874 | 61 | gi|728824802 |
2 | gi|612182735 | 32 | gi|730289226 | 62 | gi|746238551 |
3 | gi|497125935 | 33 | gi|654615031 | 63 | gi|494955160 |
4 | gi|310942843 | 34 | gi|656116930 | 64 | gi|496104589 |
5 | gi|657832383 | 35 | gi|826046029 | 65 | gi|567412687 |
6 | gi|498088271 | 36 | gi|737567226 | 66 | gi|98976470 |
7 | gi|544829275 | 37 | gi|98976439 | 67 | gi|358240604 |
8 | gi|861974080 | 38 | gi|612108073 | 68 | gi|494898237 |
9 | gi|738620841 | 39 | gi|515116019 | 69 | gi|504740033 |
10 | gi|499763441 | 40 | gi|817101463 | 70 | gi|648547795 |
11 | gi|746290673 | 41 | gi|398136480 | 71 | gi|808659667 |
12 | gi|503614840 | 42 | gi|757698965 | 72 | gi|551292036 |
13 | gi|861969570 | 43 | gi|126194726 | 73 | gi|551292470 |
14 | gi|662139213 | 44 | gi|737644672 | 74 | gi|502616812 |
15 | gi|544827262 | 45 | gi|496199226 | 75 | gi|545316934 |
16 | gi|498088269 | 46 | gi|654614522 | 76 | gi|491842667 |
17 | gi|861974085 | 47 | gi|759387698 | 77 | gi|750353906 |
18 | gi|737512009 | 48 | gi|739341634 | 78 | gi|858007594 |
19 | gi|817101596 | 49 | gi|783098869 | 79 | gi|665981585 |
20 | gi|494439068 | 50 | gi|783093808 | 80 | gi|806833869 |
21 | gi|496309894 | 51 | gi|783094059 | 81 | gi|504197805 |
22 | gi|746289514 | 52 | gi|759427060 | 82 | gi|564970689 |
23 | gi|753796069 | 53 | gi|861968800 | 83 | gi|499924508 |
24 | gi|545454562 | 54 | gi|497509581 | 84 | gi|765348796 |
25 | gi|648417306 | 55 | gi|497810537 | 85 | gi|497424876 |
26 | gi|666681698 | 56 | gi|783098865 | 86 | gi|739367531 |
27 | gi|567402060 | 57 | gi|739341585 | 87 | gi|517897868 |
28 | gi|826044703 | 58 | gi|783097592 | 88 | gi|702839727 |
29 | gi|826049125 | 59 | gi|783099978 | 89 | gi|739883834 |
30 | gi|806905723 | 60 | gi|783097681 | 90 | gi|750419370 |
번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID |
91 | gi|494019567 | 121 | gi|783096369 | 151 | gi|518973859 |
92 | gi|498089540 | 122 | gi|530258733 | 152 | gi|808102361 |
93 | gi|826041014 | 123 | gi|657922982 | 153 | gi|664078266 |
94 | gi|566044904 | 124 | gi|654614517 | 154 | gi|663221595 |
95 | gi|566044935 | 125 | gi|739616950 | 155 | gi|663326563 |
96 | gi|501296495 | 126 | gi|783098022 | 156 | gi|493424288 |
97 | gi|517247251 | 127 | gi|806908467 | 157 | gi|502993954 |
98 | gi|516019877 | 128 | gi|21467173 | 158 | gi|518949456 |
99 | gi|288913356 | 129 | gi|401808868 | 159 | gi|750417303 |
100 | gi|512734904 | 130 | gi|514397583 | 160 | gi|750543392 |
101 | gi|783100677 | 131 | gi|749201634 | 161 | gi|377530614 |
102 | gi|764994003 | 132 | gi|528182079 | 162 | gi|377532462 |
103 | gi|517247290 | 133 | gi|647795133 | 163 | gi|737965741 |
104 | gi|652940833 | 134 | gi|651636595 | 164 | gi|739538229 |
105 | gi|169821418 | 135 | gi|661269250 | 165 | gi|739543125 |
106 | gi|835531786 | 136 | gi|695263348 | 166 | gi|750407524 |
107 | gi|551362264 | 137 | gi|696511194 | 167 | gi|739645497 |
108 | gi|764960072 | 138 | gi|493217416 | 168 | gi|493919745 |
109 | gi|759387686 | 139 | gi|493377553 | 169 | gi|737792710 |
110 | gi|737512189 | 140 | gi|563565380 | 170 | gi|750519055 |
111 | gi|820802680 | 141 | gi|665834124 | 171 | gi|521297725 |
112 | gi|646534628 | 142 | gi|665888884 | 172 | gi|482632482 |
113 | gi|820802864 | 143 | gi|665827329 | 173 | gi|494797766 |
114 | gi|334103741 | 144 | gi|751294725 | 174 | gi|493993588 |
115 | gi|826041595 | 145 | gi|827106327 | 175 | gi|648280499 |
116 | gi|746241621 | 146 | gi|639165413 | 176 | gi|750519223 |
117 | gi|764993875 | 147 | gi|652899356 | 177 | gi|498814706 |
118 | gi|748599849 | 148 | gi|652914977 | 178 | gi|519015945 |
119 | gi|764997807 | 149 | gi|652694819 | 179 | gi|639007804 |
120 | gi|662354752 | 150 | gi|496153669 | 180 | gi|518767974 |
번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID |
181 | gi|739625293 | 213 | gi|652908779 | 245 | gi|499912932 |
182 | gi|820802866 | 214 | gi|503298839 | 246 | gi|657825087 |
183 | gi|739651753 | 215 | gi|740869740 | 247 | gi|655586613 |
184 | gi|502742128 | 216 | gi|503612867 | 248 | gi|739190742 |
185 | gi|515118033 | 217 | gi|646519758 | 249 | gi|518714103 |
186 | gi|820802677 | 218 | gi|494981163 | 250 | gi|503189844 |
187 | gi|391860290 | 219 | gi|490214493 | 251 | gi|739186131 |
188 | gi|737643185 | 220 | gi|736859678 | 252 | gi|739186149 |
189 | gi|544823238 | 221 | gi|739577671 | 253 | gi|516607102 |
190 | gi|763095543 | 222 | gi|736886954 | 254 | gi|522116265 |
191 | gi|739611016 | 223 | gi|654534319 | 255 | gi|522150263 |
192 | gi|145322598 | 224 | gi|549129549 | 256 | gi|703225980 |
193 | gi|825391797 | 225 | gi|653383901 | 257 | gi|703223632 |
194 | gi|759685456 | 226 | gi|703388673 | 258 | gi|703223663 |
195 | gi|836723496 | 227 | gi|653777500 | 259 | gi|494300956 |
196 | gi|488703345 | 228 | gi|655968891 | 260 | gi|808659227 |
197 | gi|763384158 | 229 | gi|655882347 | 261 | gi|489969104 |
198 | gi|528059914 | 230 | gi|630947972 | 262 | gi|806822276 |
199 | gi|783097229 | 231 | gi|495218410 | 263 | gi|556618018 |
200 | gi|494017068 | 232 | gi|768967538 | 264 | gi|738609029 |
201 | gi|739663478 | 233 | gi|746229913 | 265 | gi|403646243 |
202 | gi|739620206 | 234 | gi|746230981 | 266 | gi|737785331 |
203 | gi|746237691 | 235 | gi|746236533 | 267 | gi|703226655 |
204 | gi|567412712 | 236 | gi|544823589 | 268 | gi|602519307 |
205 | gi|550925359 | 237 | gi|746239269 | 269 | gi|739367513 |
206 | gi|746344573 | 238 | gi|490319630 | 270 | gi|737980497 |
207 | gi|530255704 | 239 | gi|494981649 | 271 | gi|737981631 |
208 | gi|739669024 | 240 | gi|494957004 | 272 | gi|817101442 |
209 | gi|654478200 | 241 | gi|763090173 | 273 | gi|497809551 |
210 | gi|490753280 | 242 | gi|738613213 | 274 | gi|545453717 |
211 | gi|497922631 | 243 | gi|746229737 | 275 | gi|497809089 |
212 | gi|740896970 | 244 | gi|754958228 |
번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID |
1 | gi|515136080 | 30 | gi|542116840 | 59 | gi|518469404 |
2 | gi|757757972 | 31 | gi|764608412 | 60 | gi|655084756 |
3 | gi|822528663 | 32 | gi|518088806 | 61 | gi|764415731 |
4 | gi|544838284 | 33 | gi|768926886 | 62 | gi|491699287 |
5 | gi|491696887 | 34 | gi|498013687 | 63 | gi|518251998 |
6 | gi|655149838 | 35 | gi|498020927 | 64 | gi|493730772 |
7 | gi|512150124 | 36 | gi|498487619 | 65 | gi|817723893 |
8 | gi|493729782 | 37 | gi|530665825 | 66 | gi|228697407 |
9 | gi|738856821 | 38 | gi|753200845 | 67 | gi|228736549 |
10 | gi|655112080 | 39 | gi|495633284 | 68 | gi|692165489 |
11 | gi|648634781 | 40 | gi|748815403 | 69 | gi|489315595 |
12 | gi|522106669 | 41 | gi|738932691 | 70 | gi|498015014 |
13 | gi|504462655 | 42 | gi|738896417 | 71 | gi|749037577 |
14 | gi|783152040 | 43 | gi|652405427 | 72 | gi|763303489 |
15 | gi|759010788 | 44 | gi|764371274 | 73 | gi|830323790 |
16 | gi|545381104 | 45 | gi|701527930 | 74 | gi|857573616 |
17 | gi|548617766 | 46 | gi|751587021 | 75 | gi|654951198 |
18 | gi|648623486 | 47 | gi|736758744 | 76 | gi|647569946 |
19 | gi|738714376 | 48 | gi|657859536 | 77 | gi|738784028 |
20 | gi|639453808 | 49 | gi|657039097 | 78 | gi|515717624 |
21 | gi|497281073 | 50 | gi|852221735 | 79 | gi|517613324 |
22 | gi|494207912 | 51 | gi|850337075 | 80 | gi|507035289 |
23 | gi|843075790 | 52 | gi|550547409 | 81 | gi|661257874 |
24 | gi|518517905 | 53 | gi|495772021 | 82 | gi|655116131 |
25 | gi|655094715 | 54 | gi|504454491 | 83 | gi|736161405 |
26 | gi|517805393 | 55 | gi|737572351 | 84 | gi|493687687 |
27 | gi|518469404 | 56 | gi|654483633 | 85 | gi|806498422 |
28 | gi|655084756 | 57 | gi|495911896 | 86 | gi|532550849 |
29 | gi|764415731 | 58 | gi|737423431 | 87 | gi|757435944 |
번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID | 번호 | NCBI ID |
88 | gi|491699287 | 117 | gi|737423433 | 145 | gi|737448097 |
89 | gi|518251998 | 118 | gi|515136080 | 146 | gi|542116840 |
90 | gi|493730772 | 119 | gi|757757972 | 147 | gi|764608412 |
91 | gi|817723893 | 120 | gi|822528663 | 148 | gi|518088806 |
92 | gi|228697407 | 121 | gi|544838284 | 149 | gi|768926886 |
93 | gi|228736549 | 122 | gi|491696887 | 150 | gi|498013687 |
94 | gi|692165489 | 123 | gi|655149838 | 151 | gi|498020927 |
95 | gi|489315595 | 124 | gi|512150124 | 152 | gi|498487619 |
96 | gi|498015014 | 125 | gi|493729782 | 153 | gi|530665825 |
97 | gi|749037577 | 126 | gi|738856821 | 154 | gi|753200845 |
98 | gi|763303489 | 127 | gi|655112080 | 155 | gi|495633284 |
99 | gi|830323790 | 128 | gi|648634781 | 156 | gi|748815403 |
100 | gi|857573616 | 129 | gi|522106669 | 157 | gi|738932691 |
101 | gi|654951198 | 130 | gi|504462655 | 158 | gi|738896417 |
102 | gi|647569946 | 131 | gi|783152040 | 159 | gi|652405427 |
103 | gi|738784028 | 132 | gi|759010788 | 160 | gi|764371274 |
104 | gi|515717624 | 133 | gi|545381104 | 161 | gi|701527930 |
105 | gi|517613324 | 134 | gi|548617766 | 162 | gi|751587021 |
106 | gi|507035289 | 135 | gi|648623486 | 163 | gi|736758744 |
107 | gi|661257874 | 136 | gi|738714376 | 164 | gi|657859536 |
108 | gi|655116131 | 137 | gi|639453808 | 165 | gi|657039097 |
109 | gi|736161405 | 138 | gi|497281073 | 166 | gi|852221735 |
110 | gi|493687687 | 139 | gi|494207912 | 167 | gi|850337075 |
111 | gi|806498422 | 140 | gi|843075790 | 168 | gi|550547409 |
112 | gi|532550849 | 141 | gi|518517905 | 169 | gi|495772021 |
113 | gi|757435944 | 142 | gi|655094715 | 170 | gi|504454491 |
114 | gi|737448097 | 143 | gi|517805393 | 171 | gi|737572351 |
115 | gi|654483633 | 144 | gi|495911896 | 172 | gi|737423431 |
116 | gi|737423433 |
상기 재조합 미생물은 박테리아 또는 진균(fungi)일 수 있다. 상기 박테리아는 그람 양성 또는 그람 음성 박테리아일 수 있다. 상기 그람 음성 박테리아는 엔테로박테리아세(Enterobacteriaceae) 패밀리에 속하는 것일 수 있다. 상기 그람 음성 박테리아는 에스케리키아(Escherichia) 속, 살모넬라(Samonella) 속, 잔토모나스(Xanthomonas) 속 또는 슈도모나스(Pseudomonas) 속에 속하는 것일 수 있다. 상기 에스케리키아 속 미생물은 대장균일 수 있다. 잔토박터 속 미생물은 잔토박터 아우토트로피쿠스를 포함하는 것일 수 있다. 그람 양성 박테리아는 코리네박테리움(Corynebacterium) 속, 또는 바실러스(Bacillus) 속에 속하는 것일 수 있다.
상기 재조합 미생물은 NADPH를 생성하는 반응을 촉매하는 효소로서, 상기 반응에 의하여 세포 내의 NADPH의 수준을 증가시키는 효소의 수준을 증가시키는 유전적 변형 (genetic modification)을 갖는 것일 수 있다. 상기 유전적 변형은 내재적 유전자의 증폭, 및 외래 유전자의 도입을 포함한다. 상기 효소는 EC 1.1.1.49에 속하는 단백질일 수 있다. 상기 효소는 글루코스-6-포스페이트 데히드로게나제(G6PD 또는 G6PDH)일 수 있다. 상기 재조합 미생물은 G6PDH를 코딩하는 외래 유전자를 더 포함하는 것일 수 있다.
다른 양상은 시료 중 CHnF4-n (n은 0 내지 3의 정수)으로 표시되는 플루오로메탄을 제거하는데 사용하기 위한 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체를 포함하는 조성물을 제공한다. 달리 언급이 없으면, 상기 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체는 상기한 바와 같다.
상기 조성물에 있어서, CHnF4-n으로 표시되는 플루오로메탄은 예를 들면, CHF3, CH2F2, CH3F, 또는 CF4일 수 있다. 용어 "제거"는 시료 중의 플루오로메탄의 농도를 감소시키는 것을 포함한다. 상기 감소는 완전하게 제거하는 것을 포함한다.
상기 조성물에 있어서, 상기 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체는 발현된 박테리아 시토크롬 P450 단백질을 포함하고 있는 재조합 미생물, 그 파쇄물(lysate), 그 파쇄물의 수용성 물질 분획, 또는 재조합 P450 단백질의 형태일 수 있다. 박테리아 시토크롬 P450 또는 그의 변이체는 외래 유전자로부터 발현된 것일 수 있다.
상기 재조합 미생물은 박테리아 또는 진균(fungi)일 수 있다. 상기 박테리아는 그람 양성 또는 그람 음성 박테리아일 수 있다. 상기 그람 음성 박테리아는 엔테로박테리아세(Enterobacteriaceae) 패밀리에 속하는 것일 수 있다. 상기 그람 음성 박테리아는 에스케리키아(Escherichia) 속, 살모넬라(Samonella) 속, 잔토모나스(Xanthomonas) 속 또는 슈도모나스(Pseudomonas) 속에 속하는 것일 수 있다. 상기 에스케리키아 속 미생물은 대장균일 수 있다. 잔토박터 속 미생물은 잔토박터 아우토트로피쿠스를 포함하는 것일 수 있다. 그람 양성 박테리아는 코리네박테리움(Corynebacterium) 속, 또는 바실러스(Bacillus) 속에 속하는 것일 수 있다.
상기 조성물에 있어서, 상기 제거는 플루오로메탄의 C-F의 결합을 절단하거나, 플루오로메탄을 다른 물질로 전환하거나, 세포 내에 축적하여, 플루오로화 메탄의 농도를 줄이는 것을 포함하는 것일 수 있다. 상기 전환은 플루오로화 메탄에 히드록실기와 같은 친수성 기를 도입하는 것, 또는 탄소-탄소 이중 결합 또는 탄소-탄소 삼중결합을 도입하는 것일 수 있다.
상기 조성물에 있어서, 상기 시료는 액체 또는 기체 상태일 수 있다. 상기 시료는 공장 폐수 또는 폐기체일 수 있다.
다른 양상은 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체를 CHnF4-n (n은 0 내지 3의 정수)으로 표시되는 플루오로메탄 함유 시료와 접촉시켜 시료 중 플루오로메탄의 농도를 감소시키는 단계;를 포함하는, 시료 중 플루오로메탄의 농도를 감소시키는 방법을 제공한다. 달리 언급이 없으면, 상기 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체는 상기한 바와 같다.
상기 방법에 있어서, 상기 접촉은 밀폐된 용기 중에서 수행되는 것일 수 있다. 상기 접촉은 기체 시료와 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체 함유 액체를 접촉시키는 기체-액체 접촉일 수 있다. 또한, 상기 접촉은 액체 시료와 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체 함유 액체를 접촉시키는 액체-액체 접촉일 수 있다. 상기 액체-액체 접촉은 혼합하는 것을 포함한다.
상기 방법에 있어서, 상기 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체는 발현된 박테리아 시토크롬 P450 단백질을 포함하고 있는 재조합 미생물, 그 파쇄물(lysate), 그 파쇄물의 수용성 물질 분획, 또는 재조합 P450 단백질의 형태인 것일 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 접촉은 밀폐된 용기 중에서 재조합 미생물이 생존가능한 조건에서 수행되는 것일 수 있다. 상기 생존가능한 조건은 재조합 미생물이 증식가능한 조건 또는 휴지 상태(resting sate)로 있게 하는 조건일 수 있다. 이 경우, 상기 접촉은 플루오로메탄의 존재하에서 미생물을 배양하는 것일 수 있다. 상기 배양은 호기 또는 혐기 조건에서 수행되는 것일 수 있다.
상기 재조합 미생물은 박테리아 또는 진균(fungi)일 수 있다. 상기 박테리아는 그람 양성 또는 그람 음성 박테리아일 수 있다. 상기 그람 음성 박테리아는 엔테로박테리아세(Enterobacteriaceae) 패밀리에 속하는 것일 수 있다. 상기 그람 음성 박테리아는 에스케리키아(Escherichia) 속, 살모넬라(Samonella) 속, 잔토모나스(Xanthomonas) 속 또는 슈도모나스(Pseudomonas) 속에 속하는 것일 수 있다. 상기 에스케리키아 속 미생물은 대장균일 수 있다. 잔토박터 속 미생물은 잔토박터 아우토트로피쿠스를 포함하는 것일 수 있다. 그람 양성 박테리아는 코리네박테리움(Corynebacterium) 속, 또는 바실러스(Bacillus) 속에 속하는 것일 수 있다.
상기 방법에 있어서, 상기 시료는 액체 또는 기체 상태일 수 있다. 상기 시료는 공장 폐수 또는 폐기체일 수 있다.
다른 양상은 박테리아 시토크롬 P450 단백질의 변이체 및 그를 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 제공한다.
상기 변이체는 서열번호 6의 아미노산 서열의 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기에서 아미노산 변경(alteration)을 갖고 EC 1.14.15.1에 속하는 활성을 갖는 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 6의 아미노산을 갖는 P450CAM의 camC에서 F351을 다른 아미노산, 예를 들면, 19개 천연 아미노산으로 치환한 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 6의 아미노산을 갖는 P450CAM의 camC에서 F351Y, F351T, F351N, F351Q, F351H, 또는 F351D 치환을 갖는 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 8의 아미노산 서열의 N320 위치에 해당하는 아미노산 잔기에서 아미노산 변경(alteration)을 갖고 EC 1.14.14.1에 속하는 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 8의 아미노산을 갖는 P450BM3에서 N320을 다른 아미노산, 예를 들면, 19개 천연 아미노산으로 치환한 것일 수 있다. 상기 변이체는 서열번호 8의 아미노산을 갖는 P450BM3에서 N320W, N320F,N320G,N320P,N320S,또는 N320E 치환을 갖는 것일 수 있다.
상기 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 벡터 중에 포함된 것일 수 있다. 상기 벡터는 폴리뉴클레오티드를 미생물 내로 도입하는데 사용될 수 있는 것이면 어느 것이나 포함된다. 상기 벡터는 플라스미드 또는 바이러스 벡터일 수 있다.
일 양상에 따른 재조합 미생물은 시료 중 CHnF4-n으로 표시되는 플루오로메탄을 제거하는데 사용될 수 있다.
일 양상에 따른 재조합 P450 단백질의 변이체는 시료 중 플루오로메탄을 제거하는데 사용될 수 있다.
다른 양상에 따른 재조합 P450 단백질 또는 그의 변이체를 포함하는 조성물은 시료 중 플루오로메탄을 제거하는데 사용될 수 있다.
다른 양상에 따른 시료 중 플루오로메탄의 농도를 감소시키는 방법은 시료 중 플루오로메탄의 농도를 효율적으로 감소시킬 수 있다.
도 1은 pETDuet-camC-camAB 벡터의 벡터 지도를 나타낸다.
도 2는 CHF3 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHF3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 3a는 CHCl3 함유 배지 중에서 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHCl3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 3b는 CF4 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CF4의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 3c는 돌연변이 camC 유전자가 도입된 대장균 BL21/pETDuet-camCmt-camAB의 시간에 따른 시료 중 CF4 정도를 나타낸다.
도 4는 pET28a-P450BM3 벡터의 벡터 지도를 나타낸다.
도 5는 pACYCDuet-zwf 벡터의 벡터 지도를 나타낸다.
도 6은 CHF3 함유 기체와 접촉된 용액 중에서 재조합 대장균 BL21/pET28a-P450BM3 또는 재조합 대장균 BL21/pET28a-P450BM3+pACYCDuet-zwf를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHF3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 7은 CHCl3 함유 용액 중에서 대장균 BL21/pET28a-P450BM3를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHCl3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 8은 CF4 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pET28a-P450BM3 균주를 7일 동안 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CF4의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 9는 돌연변이 P450BM3 유전자가 도입된 대장균 BL21/pET28a-P450BM3mt의 시간에 따른 시료 중 CF4 정도를 나타낸다.
도 2는 CHF3 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHF3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 3a는 CHCl3 함유 배지 중에서 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHCl3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 3b는 CF4 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CF4의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 3c는 돌연변이 camC 유전자가 도입된 대장균 BL21/pETDuet-camCmt-camAB의 시간에 따른 시료 중 CF4 정도를 나타낸다.
도 4는 pET28a-P450BM3 벡터의 벡터 지도를 나타낸다.
도 5는 pACYCDuet-zwf 벡터의 벡터 지도를 나타낸다.
도 6은 CHF3 함유 기체와 접촉된 용액 중에서 재조합 대장균 BL21/pET28a-P450BM3 또는 재조합 대장균 BL21/pET28a-P450BM3+pACYCDuet-zwf를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHF3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 7은 CHCl3 함유 용액 중에서 대장균 BL21/pET28a-P450BM3를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHCl3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 8은 CF4 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pET28a-P450BM3 균주를 7일 동안 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CF4의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 9는 돌연변이 P450BM3 유전자가 도입된 대장균 BL21/pET28a-P450BM3mt의 시간에 따른 시료 중 CF4 정도를 나타낸다.
이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예
1:
P450
CAM
유전자를 발현하는 재조합 대장균 및 그를 이용한 시료 중 할로메탄의 제거
본 실시예에서는 P450CAM 유전자를 발현하는 재조합 대장균을 제작하고, 그를 이용하여 시료 중 할로메탄, 즉, CHF3, CF4 또는 CHCl3의 제거 효과를 확인하였다.
(1)
P450
CAM
유전자를 발현하는 재조합 대장균의 제작
P450CAM 유전자는 Pseudomonas putida PpG786 균주의 CAM 플라스미드로부터 camC, camA, 및 camB 유전자를 증폭하였다. camC, camA, 및 camB 유전자는 각각 서열번호 5, 서열번호 1, 및 서열번호 3의 뉴클레오티드를 갖고 있으며 이들 유전자는 각각 서열번호 6, 서열번호 2, 및 서열번호 4의 아미노산 서열을 코딩한다. 구체적으로, P. putida PpG786 균주 DSM 7162를 LB 배지 중에서 30℃에서 230 rpm으로 교반하면서 밤새 배양한 후, 총 DNA 추출 키트(total DNA extraction kit)(Invitrogen Biotechnology)를 사용한 방법으로 CAM 플라스미드를 분리하고, 이 CAM 플라스미드를 주형으로 하고, 서열번호 11 및 12의 뉴클레오티드 서열의 프라이머 세트; 서열번호 13 및 14의 뉴클레오티드 서열의 프라이머 세트; 및 서열번호 15 및 16의 뉴클레오티드 서열의 프라이머 세트를 각각 프라이머로 하여 PCR을 수행하여, camA, camB, 및 camC 유전자를 각각 증폭하여 얻었다.
서열번호 11 및 12의 뉴클레오티드 서열의 프라이머 세트를 사용한 PCR에 의하여 증폭된 camC 유전자는 제한효소 NcoI 및 HindII를 사용하여 절단된 pETDuet (Novagen, Cat. No.71146-3)와 InFusion Cloning Kit (Clontech Laboratories, Inc.)를 통해 연결하여 pETDuet-camC 벡터를 제조하였다. 또한, 제조된 pETDuet-camC 벡터를 제한효소 NdeI 및 XhoI를 사용하여 절단하고, 상기 증폭된 camA 유전자와 상기 증폭된 camB 유전자 단편과 InFusion Cloning Kit를 통해 연결하여 pETDuet-camC-camAB 벡터를 제조하였다.
도 1은 pETDuet-camC-camAB 벡터의 벡터 지도를 나타낸다.
다음으로, 제작된 pETDuet-camC-camAB 벡터를 대장균 BL21 균주에 열충격 (heat shock) 방법에 의하여 도입하고, 암피실린 100㎍/mL이 포함된 LB 평판 배지 중에서 배양하여, 암피실린 내성을 보이는 균주를 선별하였다. 최종적으로 선별된 균주를 재조합 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB로 명명하였다.
(2)
P450
CAM
유전자를 발현하는 재조합 대장균에 의한 시료 중
CHF
3
또는 CHCl
3
제거 효과
본 절에서는 (1)절에서 제작된 P450CAM 유전자가 도입된 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB 균주가 시료 중 CHF3 또는 CHCl3를 제거하는데 미치는 효과를 확인하였다. 구체적으로, 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 TB 배지에서 30℃에서 230rpm으로 교반하면서 배양하여, OD600=0.5 정도에서 IPTG 0.5mM를 첨가한 후, 25℃에서 230rpm으로 교반하면서 밤새 배양하였다. 이 세포를 회수하고 OD600=2.5의 세포 농도가 되도록 4g/L 글루코스가 보충된 M9 배지 중에 현탁하였다. 이 세포액 10ml를 60ml 혈청병에 첨가하고 밀봉하였다. 상기 TB (Terrific broth) 배지는 증류수 1L 당 트립톤(tryptone) 12 g, 효모 추출물(yeast extract) 24 g, 글리세롤(glycerol) 5 g, 및 포스페이트 버퍼(phosphate buffer) 89mM의 성분을 포함하였다. 또한, 상기 M9 배지는 증류수 1L 당 Na2HPO4 6g, KH2PO4 3g, NaCl 0.5g, 및 NH4Cl 1g의 성분을 포함하였다.
다음으로, 기체 상의 CHF3를 헤드스페이스 대비 200ppm이 되도록 주사기를 사용하여 혈청병의 캡의 탄성 재질(rubber stopper)을 통하여 주입하였다. 또한, 액체 상의 CHCl3를 배지 중 0.02mM이 되도록 주사기를 사용하여 혈청병의 캡의 탄성 재질을 통하여 주입하였다. 그 후, 상기 혈청병을 30℃에서 200rpm으로 교반하면서 18 시간 내지 152 시간 동안 배양하였다. 실험은 3배수 (triplicate)로 하였다.
배양 중 일정한 시간 간격으로 혈청병 중 배지가 포함되지 않은 헤드스페이스 중의 기체를 1.0ml 헤드스페이스용 주사기를 사용하여 0.5ml를 채취하여, GC(Agilent 7890, Palo Alto, CA, USA)에 주입하였다. 주입된 CHF3 또는 CHCl3는 CP-PoraBOND Q 칼럼(25m length, 0.32mm i.d., 5um film thickness, Agilent)을 통해 분리되었고, 질량 분석(mass spectrometry)(Agilent 5973, Palo Alto, CA, USA)를 통해 CHF3 또는 CHCl3 농도 변화를 분석하였다. 운반 기체는 헬륨을 사용하였고 1.5ml/min 속도로 칼럼에 흘려 보냈다. 기체 크로마토그라피(GC) 조건은 주입구 온도 250℃, 초기 온도 40℃에 2분간 유지하고, 290℃까지 20℃/min으로 승온시켰다. 질량 분석 조건은 70eV의 이온화 에너지, interface 온도 280℃, ion source 온도 230℃, 및 quadrupole 온도 150℃였다.
도 2는 CHF3 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHF3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 3a은 CHCl3 함유 배지 중에서 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHCl3의 시간에 따른 변화를 나타낸다. 도 2, 도 3a 및 도 3b에서, NC는 음성 대조군, 'CAM'은 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 사용한 실험을 나타낸다. 도 2에 나타낸 바와 같이, 62시간 및 152 시간 동안 배양한 경우, 대조군에 비하여 헤드스페이스 중의 CHF3의 농도는 각각 5.6% 및 17.3% 감소하였다. 또한, 도 3a에 나타낸 바와 같이, 18시간 동안 배양한 경우, 대조군에 비하여 헤드스페이스 중의 CHCl3의 농도는 14.8% 감소하였다.
(3)
P450
CAM
유전자를 발현하는 재조합 대장균의 시료 중
CF
4
제거 효과
본 절에서는 (1)절에서 제작된 P450CAM 유전자가 도입된 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB 균주가 시료 중 CF4를 제거하는데 미치는 효과를 확인하였다.
실험은 (2)절에서 CHF3에 대하여 수행된 과정과 동일하게 수행하였으나, CHF3 대신에 CF4를 사용하고, 기체 상의 CF4를 헤드스페이스 대비 1000ppm이 되도록 주사기를 사용하여 혈청병의 캡의 탄성 재질을 통하여 주입하였다. 그 후, 상기 혈청병을 30℃에서 200rpm으로 교반하면서 7일 동안 배양한 것을 제외하고는 동일하게 수행하였다. 그 결과는 도 3b에 나타낸 바와 같다.
도 3b는 CF4 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pETDuet-camC-camAB를 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CF4의 시간에 따른 변화를 나타낸다. 도 3b에 나타낸 바와 같이, 7일 동안 배양한 경우, 대조군에 비하여 헤드스페이스 중의 CF4의 농도는 3.57% 감소하였다.
(4)
P450
CAM
돌연변이 유전자를 발현하는 재조합 대장균 및 그의 시료 중
CF
4
제거 효과
본 절에서는 P450CAM의 시료 중 플루오로메탄 제거 활성을 개선하기 위하여 돌연변이체를 제작하였다. 서열번호 6의 아미노산 서열 중 351번 위치의 페닐알라닌(phenylalanine)(이하 "F351"이라고도 함)을 다른 19개 천연 아미노산으로 치환(이하 "F351X"라고도 한다. 여기서, X는 페닐알라닌 외의 19개 천연 아미노산을 나타낸다.)하고, 얻어진 돌연변이체를 코딩하는 유전자를 대장균에 도입하여 얻어진 대장균의 시료 중 CF4 제거 활성을 확인하였다. camC는 헴 도메인(heme domain)에 해당하며, F351은 여러 종 유래의 camC의 아미노산 서열 중 보존된 아미노산(conserved amino acid) 중의 하나이다.
(4.1) 19개 돌연변이체의 제조
서열번호 6의 F354X 돌연변이체의 제작은 QuikChange II Site-Directed Mutagenesis Kit(Agilent Technology, USA)를 사용하여 이루어졌다. 상기 Kit를 사용한 위치-지향 돌연변이 유발 방법은 가장 높은 신뢰도(highest fidelity)를 갖는 두 플라스미드 가닥의 돌연변이유발성 프라이머-지향된 복제(mutagenic primer-directed replication)를 위하여 PfuUlta 고-신뢰도(high-fidelity:HF) DNA 폴리머라제를 사용하여 수행된다. 기본 과정은 원하는 삽입체(insert)를 가진 수퍼코일된 이중가닥 DNA(dsDNA) 벡터 및 둘다 원하는 돌연변이를 포함하는, 두 개 합성 올리고뉴클레오티드 프라이머를 이용한다. 상기 벡터의 마주보는 가닥(opposite strand)에 각각 상보적인 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머들은 프라이머 치환(primer displacement) 없이, PfuUlta HF DNA 폴리머라제에 의한 온도 순환(temperature cycling) 동안 연장된다. 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머들의 연장으로 인하여, 스태거 닉(staggered nick)을 포함한 돌연변이된 플라스미드가 생성된다. 상기 온도 순환 후, 산물을 DpnI으로 처리한다. DpnI 엔도뉴클레아제(표적 서열: 5'-Gm6ATC-3')는 메틸화 및 헤미메틸화 DNA에 특이적이고 부모(parental) DNA 주형을 분해하여 돌연변이-함유 합성된 DNA를 선택하기 위하여 사용된다. 그 후 원하는 돌연변이를 포함한 이 닉이 생성된 벡터 DNA는 XL1-Blue 수퍼콤페텐트 세포에 형질도입된다. F351X 돌연변이 유발을 위하여 사용된 각 프라이머 세트 중 시료 중 야생형 대장균 대비 플루오로메탄을 제거하는 활성이 증가된 것에 대한 것은 다음 표 6에 기재하였다.
번호 | 돌연변이 형태 | 프라이머 서열 |
1 | F351Y | 서열번호 21 및 22 |
2 | F351T | 서열번호 23 및 24 |
3 | F351N | 서열번호 25 및 26 |
4 | F351Q | 서열번호 27 및 28 |
5 | F351H | 서열번호 29 및 30 |
6 | F351D | 서열번호 31 및 32 |
구체적으로, (1)에서 제작된 pETDuet-camC-camAB 벡터를 주형으로 하고, 상기 표 6에 기재된 각 프라이머 세트를 프라이머로 하고 PfuUlta HF DNA 폴리머라제를 사용한 PCR을 통하여 돌연변이된 벡터를 얻었다. 이 벡터 산물을 DpnI으로 처리하여 돌연변이-함유 합성된 DNA를 선택하였다. 그 후 얻어진 원하는 돌연변이를 포함한 벡터 DNA를 XL1-Blue 수퍼콤페텐트 세포에 형질도입하여, pETDuet-camCmt-camAB 벡터를 클로닝하였다.
마지막으로, 클로닝된 pETDuet-camCmt-camAB 벡터와 pETDuet-camCwt-camAB 벡터를 (1)에 기재된 바와 동일한 과정을 거쳐서 대장균 BL21 균주에 도입하여 최종적으로 선별된 균주를 재조합 대장균 BL21/pETDuet-camCmt-camAB로 명명하였다.
(4.2) 재조합 대장균
BL21
/
pETDuet
-
camCmt
-
camAB
의 시료 중
CF
4
제거 효과
본 절에서는 (4.1)절에서 제작된 돌연변이 camC 유전자가 도입된 대장균 BL21/pETDuet-camCmt-camAB가 시료 중 CF4를 제거하는데 미치는 효과를 확인하였다.
실험은 (2)절에서 CHF3에 대하여 수행된 과정과 동일하게 수행하였으나, CHF3 대신에 CF4를 사용하고, 기체 상의 CF4를 헤드스페이스 대비 1000ppm이 되도록 주사기를 사용하여 혈청병의 캡의 탄성 재질을 통하여 주입하였다. 그 후, 상기 혈청병을 30℃에서 230rpm으로 교반하면서 6일 동안 배양한 것을 제외하고는 동일하게 수행하였다. 그 결과는 표 7에 나타낸 바와 같다.
번호 | 돌연변이 형태 | CF4 잔여율(대조군 대비 백분율) | CF4 감소율(대조군 대비 백분율) |
1 | F351Y | 91.82 | 8.18 |
2 | F351T | 95.42 | 4.58 |
3 | F351N | 92.56 | 7.44 |
4 | F351Q | 94.12 | 5.88 |
5 | F351H | 89.85 | 10.15 |
6 | F351D | 94.31 | 5.69 |
7 | F351* | 96.43 | 3.57 |
표 7에서 대조군은 pETDuet-camCmt-camAB 벡터 대신 pETDuet 벡터가 도입된 대장균이며, F351*는 야생형 camC를 나타낸다.
또한, 본 절에서는 (4.1)절에서 제작된 돌연변이 camC 유전자가 도입된 대장균 BL21/pETDuet-camCmt-camAB 20mL(OD600=3.0)을 175mL 플라스크에 주입하고 CHF3 대신에 CF4를 사용하고, 기체 상의 CF4를 헤드스페이스 대비 1000ppm이 되도록 주입하고, 상기 혈청병을 30℃에서 230rpm으로 교반하면서 6일 동안 배양한 것을 제외하고는 실험은 (2)절에서 CHF3에 대하여 수행된 과정과 동일하게 배양하여 시간에 따른 CF4 잔여율(residual rate) 즉, CF4 잔존량 백분율(CF4 remaining, %)을 확인하였다. 그 결과는 도 3c에 나타내었다.
도 3c는 돌연변이 camC 유전자가 도입된 대장균 BL21/pETDuet-camCmt-camAB의 시간에 따른 시료 중 CF4 정도를 나타낸다. 도 3c에 나타낸 바와 같이, 6일 배양한 경우, 재조합 대장균 P450CAM 균주 즉, F351N 및 F351H 돌연변이 유전자를 함유하는 균주는 대조군 대비 CF4의 수준을 7.02% 및 8.92% 더 감소시켰으나 야생형 균주는 대조군 대비 CF4의 수준을 3.14% 더 감소시켰다.
실시예
2:
P450
BM3
유전자를 발현하는 재조합 대장균 및 그를 이용한 시료 중 할로메탄의 제거
본 실시예에서는 P450BM3 유전자를 발현하는 재조합 대장균을 제작하고, 그를 이용하여 시료 중 할로메탄, 즉, CHF3, CF4 또는 CHCl3의 제거 효과를 확인하였다.
(1)
P450
BM3
유전자를 발현하는 재조합 대장균의 제작
P450BM3 유전자는 Bacillus megaterium (ATCC 14581) 균주의 P450BM3 유전자를 증폭하였다. P450BM3 유전자는 서열번호 7의 뉴클레오티드 서열을 각각 갖고 서열번호 8의 아미노산 서열을 코딩한다. 구체적으로, B.megaterium (ATCC 14581)를 LB 배지 중에서 30℃에서 230rpm으로 교반하면서 밤새 배양한 후, 총 DNA 추출 키트 (total DNA extraction kit)(Invitrogen Biotechnology)를 사용한 방법으로 게놈 DNA를 분리하고, 이 게놈 DNA를 주형으로 하고, 서열번호 17 및 18의 뉴클레오티드 서열을 프라이머 세트로 하여 PCR을 수행하여, P450BM3 유전자를 증폭하여 얻었다. 증폭된 P450BM3 유전자는 제한효소 NcoI 및 XhoI를 사용하여 절단된 pET28a (Novagen, Cat. No.69864-3)와 InFusion Cloning Kit (Clontech Laboratories, Inc.)를 통해 연결하여 pET28a-P450BM3 벡터를 제조하였다. 도 4는 pET28a-P450BM3 벡터의 벡터 지도를 나타낸다.
또한, 세포 내 NADPH 양을 증가시키기 위해 E. coli K12(MG1655)의 글루코스 6-포스페이트 데히드로게나제(glucose 6-phosphate dehydrogenase)를 코딩하는 zwf 유전자를 증폭하였다. Zwf 유전자는 서열번호 9의 뉴클레오티드 서열을 갖고 서열번호 10의 아미노산 서열을 코딩한다. 구체적으로, E. coli를 LB 배지 중에서 37℃에서 230rpm으로 교반하면서 밤새 배양한 후, 총 DNA 추출 키트 (total DNA extraction kit)(Invitrogen Biotechnology)를 사용한 방법으로 게놈 DNA를 분리하고, 이 게놈 DNA를 주형으로 하고, 서열번호 19 및 20의 뉴클레오티드 서열을 프라이머 세트로 하여 PCR을 수행하여, zwf 유전자를 증폭하여 얻었다. 증폭된 zwf 유전자는 제한효소 NcoI 및 SacI를 사용하여 절단된 pACYCDuet(Novagen, Cat. No. 71147-3)와 InFusion Cloning Kit(Clontech Laboratories, Inc.)를 통해 연결하여 pACYCDuet-zwf 벡터를 제조하였다.
도 5는 pACYCDuet-zwf 벡터의 벡터 지도를 나타낸다.
다음으로, 제작된 pET28a-P450BM3 벡터를 대장균 BL21에 열 충격(heat shock) 방법으로 도입하고, 카나미신 50㎍/mL이 포함된 LB 평판 배지에 배양하여, 카나미신 내성을 보이는 균주를 선별하였다. 최종적으로 선별된 균주를 재조합 대장균 BL21/pET28a-P450BM3로 명명하였다.
또한, 제작된 pET28a-P450BM3 벡터와 pACYCDuet-zwf 벡터를 대장균 BL21 균주에 열 충격 방법으로 도입하고, 카나미신 50㎍/mL과 클로람페니콜 35㎍/mL이 포함된 LB 평판 배지에 배양하여, 카나미신과 클로람페니콜 내성을 보이는 균주를 선별하였다. 최종적으로 선별된 균주를 재조합 대장균 BL21/pET28a-P450BM3+pACYCDuet-zwf로 명명하였다
(2)
P450
BM3
유전자를 발현하는 재조합 대장균의 시료 중
CHF
3
또는
CHCl
3
제거 효과
본 절에서는 (1)절에서 제작된 P450BM3 유전자가 도입된 재조합 대장균 BL21/pET28a-P450BM3 균주 또는 BL21/pET28a-P450BM3+pACYCDuet-zwf 균주가 시료 중 CHF3 또는 CHCl3를 제거하는데 미치는 효과를 확인하였다.
구체적으로, 대장균 BL21/pET28a-P450BM3 또는 BL21/pET28a-P450BM3+pACYCDuet-zwf 균주를 TB 배지에서 30℃에서 230rpm으로 교반하면서 배양하여 OD600=0.5 정도에서 IPTG 0.2mM을 첨가한 후, 25℃에서 230rpm으로 교반하면서 밤새 배양하였다. 이 세포를 수확하고, 세포 농도 OD600= 2.5가 되도록 M9 배지 중에 현탁하였다. 이 세포액 10ml을 60ml 혈청 병에 첨가하고 밀봉하였다. 상기 TB 배지 및 M9 배지는 실시예 1에 기재된 바와 같다.
다음으로, 기체 상의 CHF3를 헤드스페이스 대비 200ppm이 되도록 주사기를 사용하여 혈청병의 캡의 탄성 재질(rubber stopper)을 통하여 주입하였다. 또한, 액체 상의 CHCl3를 배지 중 0.02mM이 되도록 주사기를 사용하여 혈청병의 캡의 탄성 재질을 통하여 주입하였다. 그 후, 상기 혈청병을 30℃에서 230rpm으로 교반하면서 15 시간 내지 142 시간 동안 배양하였다. 실험은 3배수 (triplicate)로 하였다.
배양 중 일정한 시간 간격으로 혈청병 중 헤드스페이스 중의 CHF3 또는 CHCl3를 실시예2의 (2)에 기술된 조건과 동일하게 하여 분석하였다.
도 6은 CHF3 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pET28a-P450BM3 또는 BL21/pET28a-P450BM3+pACYCDuet-zwf 균주를 142시간 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHF3의 시간에 따른 변화를 나타낸다.
도 7은 CHCl3 함유 배지 중에서 대장균 BL21/pET28a-P450BM3을 15시간 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CHCl3의 변화를 나타낸다. 도 6, 도 7 및 8에서, NC는 음성 대조군, 'BM3'은 대장균 BL21/pET28a-P450BM3, 및 'BM3+Zwf'는 대장균 BL21/pET28a-P450BM3+pACYCDuet-zwf를 사용한 실험을 나타낸다. 도 6에 나타낸 바와 같이, 70시간 및 142시간 동안 배양한 경우, 대조군에 비하여 헤드스페이스 중의 CHF3의 농도는 대장균 BL21/pET28a-P450BM3, 및 대장균 BL21/pET28a-P450BM3+pACYCDuet-zwf에 대하여, 70시간 배양의 경우 각각 3.93% 및 4.57%, 및 142시간 배양의 경우 각각 4.15% 및 11.03% 감소하였다. 또한, 도 7에 나타낸 바와 같이, 15시간 동안 배양한 경우, 대조군에 비하여 헤드스페이스 중의 CHCl3의 농도는 4.1% 감소하였다.
(3)
P450
BM3
유전자를 발현하는 재조합 대장균의 시료 중
CF
4
제거 효과
본 절에서는 (1)절에서 제작된 P450BM3 유전자가 도입된 재조합 대장균 BL21/pET28a-P450BM3 균주가 시료 중 CF4를 제거하는데 미치는 효과를 확인하였다.
실험은 (2)절에서 CHF3에 대하여 수행된 과정과 동일하게 수행하였으나, CHF3 대신에 CF4를 사용하고, 기체 상의 CF4를 헤드스페이스 대비 1000ppm이 되도록 주사기를 사용하여 혈청병의 캡의 탄성 재질을 통하여 주입하고, 그 후, 상기 혈청병을 30℃에서 200rpm으로 교반하면서 7일 동안 배양한 것을 제외하고는 동일하게 수행하였다. 그 결과는 도 8에 나타낸 바와 같다.
도 8은 CF4 함유 기체와 접촉된 배지 중에서 대장균 BL21/pET28a-P450BM3 균주를 7일 동안 배양한 경우, 헤드스페이스 중의 CF4의 시간에 따른 변화를 나타낸다. 도 8에 나타낸 바와 같이, 7일 동안 배양한 경우, 대조군에 비하여 헤드스페이스 중의 CF4의 농도는 대장균 BL21/pET28a-P450BM3에 대하여, 3.03% 감소하였다.
(4)
P450
BM3
돌연변이 유전자를 발현하는 재조합 대장균 및 그의 시료 중
CF
4
제거 효과
본 절에서는 P450BM3의 시료 중 플루오로메탄 제거 활성을 개선하기 위하여 돌연변이체를 제작하였다. 서열번호 8의 아미노산 서열 중 320번 위치의 아스파라긴(asparagine)(이하 "N320"이라고도 함)을 다른 19개 천연 아미노산으로 치환(이하 "N320X"라고도 한다. 여기서, X는 아스파라긴 외의 19개 천연 아미노산을 나타낸다.)하고, 얻어진 돌연변이체를 코딩하는 유전자를 대장균에 도입하여 얻어진 대장균의 시료 중 CF4 제거 활성을 확인하였다. N320은 헴 도메인 P450 옥시게나제 도메인에 포함되어 있으며, N320은 동일 기능을 갖는 효소의 아미노산 서열 중 보존된 아미노산(conserved amino acid) 중의 하나이다.
(4.1) 19개 돌연변이체의 제조
서열번호 8의 N320X 돌연변이체의 제작은 QuikChange II Site-Directed Mutagenesis Kit(Agilent Technology, USA)를 사용하여 이루어졌다. 상기 Kit를 사용한 돌연변이 유발법은 상기한 바와 같다.
N320X 돌연변이 유발을 위하여 사용된 각 프라이머 세트 중 시료 중 야생형 대장균 대비 플루오로메탄을 제거하는 활성이 증가된 것에 대한 것은 다음 표 3에 기재하였다.
번호 | 돌연변이 형태 | 프라이머 서열 |
1 | N320W | 서열번호 33 및 34 |
2 | N320F | 서열번호 35 및 36 |
3 | N320G | 서열번호 37 및 38 |
4 | N320P | 서열번호 39 및 40 |
5 | N320S | 서열번호 41 및 42 |
6 | N320E | 서열번호 43 및 44 |
구체적으로, (1)에서 제작된 pET28a-P450BM3 벡터를 주형으로 하고, 상기 표8에 기재된 각 프라이머 세트를 프라이머로 하고 PfuUlta HF DNA 폴리머라제를 사용한 PCR을 통하여 돌연변이된 벡터를 얻었다. 이 벡터 산물을 DpnI으로 처리하여 돌연변이-함유 합성된 DNA를 선택하였다. 그 후 얻어진 원하는 돌연변이를 포함한 벡터 DNA를 XL1-Blue 수퍼콤페텐트 세포에 형질도입하여, pET28a-P450BM3mt 벡터를 클로닝하였다.
마지막으로, 클로닝된 pET28a-P450BM3 벡터와 pET28a-P450BM3mt 벡터를 (1)에 기재된 바와 동일한 과정을 거쳐서 대장균 BL21 균주에 도입하여 최종적으로 선별된 균주를 재조합 대장균 BL21/pET28a-P450BM3mt로 명명하였다.
(4.2) 재조합 대장균
BL21
/
pET28a
-
P450BM3mt
의 시료 중
CF
4
제거 효과
본 절에서는 (4.1)절에서 제작된 돌연변이 P450BM3mt 유전자가 도입된 대장균 BL21/pET28a-P450BM3mt가 시료 중 CF4를 제거하는데 미치는 효과를 확인하였다.
실험은 (2)절에서 CHF3에 대하여 수행된 과정과 동일하게 수행하였으나, CHF3 대신에 CF4를 사용하고, 기체 상의 CF4를 헤드스페이스 대비 1000ppm이 되도록 주사기를 사용하여 혈청병의 캡의 탄성 재질을 통하여 주입하였다. 그 후, 상기 혈청병을 30℃에서 230rpm으로 교반하면서 6일 동안 배양한 것을 제외하고는 동일하게 수행하였다. 그 결과는 표 9에 나타낸 바와 같다.
번호 | 돌연변이 형태 | CF4 잔여율(대조군 대비 백분율) | CF4 감소율(대조군 대비 백분율) |
1 | N320W | 94.42 | 5.58 |
2 | N320F | 87.38 | 12.62 |
3 | N320G | 89.82 | 10.18 |
4 | N320P | 86.89 | 13.11 |
5 | N320S | 82.03 | 17.97 |
6 | N320E | 88.48 | 11.52 |
7 | N320* | 96.97 | 3.03 |
표 9에서 대조군은 pET28a-P450BM3mt 벡터 대신 pET28a 벡터가 도입된 대장균이며, N320*는 야생형 P450BM3를 나타낸다.
또한, 본 절에서는 (4.1)절에서 제작된 돌연변이 P450BM3 유전자가 도입된 대장균 BL21/pET28a-P450BM3mt 100mL(OD600=15.0)을 250mL 플라스크에 주입하고 CHF3 대신에 CF4를 사용하고, 기체 상의 CF4를 헤드스페이스 대비 1000ppm이 되도록 주입하고, 상기 혈청병을 30℃에서 230rpm으로 교반하면서 48시간 동안 배양한 것을 제외하고는 실험은 (2)절에서 CHF3에 대하여 수행된 과정과 동일하게 배양하여 시간에 따른 CF4 잔여율(residual rate) 즉, CF4 잔존량 백분율(CF4 remaining, %)을 확인하였다. 그 결과는 도 9에 나타내었다.
도 9는 돌연변이 P450BM3 유전자가 도입된 대장균 BL21/pET28a-P450BM3mt의 시간에 따른 시료 중 CF4 정도를 나타낸다. 도 9에 나타낸 바와 같이, 48시간 배양한 경우, 재조합 대장균 P450BM3 균주 즉, N320E 돌연변이 유전자를 함유하는 균주는 대조군 대비 CF4의 수준을 14.3% 더 감소시켰으나 야생형 균주는 대조군 대비 CF4의 수준을 5.5% 더 감소시켰다.
<110> Samsung Electronics Co., Ltd.
<120> Bacterial cytochrome 450 protein and method for reducing
concentration of fluorinated methane in sample
<130> PN114291KR
<160> 56
<170> KopatentIn 2.0
<210> 1
<211> 1269
<212> DNA
<213> P. putida PpG786 strain DSM 7162
<400> 1
atgaacgcaa acgacaacgt ggtcatcgtc ggtaccggac tggctggcgt tgaggtcgcc 60
ttcggcctgc gcgccagcgg ctgggaaggc aatatccggt tggtggggga tgcgacggta 120
attccccatc acctaccacc gctatccaaa gcttacttgg ccggcaaagc cacagcggaa 180
agcctgtacc tgagaacccc agatgcctat gcagcgcaga acatccaact actcggaggc 240
acacaggtaa cggctatcaa ccgcgaccga cagcaagtaa tcctatcgga tggccgggca 300
ctggattacg accggctggt attggctacc ggagggcgtc caagacccct accggtggcc 360
agtggcgcag ttggaaaggc gaacaacttt cgatacctgc gcacactcga ggacgccgag 420
tgcattcgcc ggcagctgat tgcggataac cgtctggtgg tgattggtgg cggctacatt 480
ggccttgaag tggctgccac cgccatcaag gcgaacatgc acgtcaccct gcttgatacg 540
gcagcccggg ttctggagcg ggttaccgcc ccgccggtat cggcctttta cgagcaccta 600
caccgcgaag ccggcgttga catacgaacc ggcacgcagg tgtgcgggtt cgagatgtcg 660
accgaccaac agaaggttac tgccgtcctc tgcgaggacg gcacaaggct gccagcggat 720
ctggtaatcg ccgggattgg cctgatacca aactgcgagt tggccagtgc ggccggcctg 780
caggttgata acggcatcgt gatcaacgaa cacatgcaga cctctgatcc cttgatcatg 840
gccgtcggcg actgtgcccg atttcacagt cagctctatg accgctgggt gcgtatcgaa 900
tcggtgccca atgccttgga gcaggcacga aagatcgccg ccatcctctg tggcaaggtg 960
ccacgcgatg aggcggcgcc ctggttctgg tccgatcagt atgagatcgg attgaagatg 1020
gtcggactgt ccgaagggta cgaccggatc attgtccgcg gctctttggc gcaacccgac 1080
ttcagcgttt tctacctgca gggagaccgg gtattggcgg tcgatacagt gaaccgtcca 1140
gtggagttca accagtcaaa acaaataatc acggatcgtt tgccggttga accaaaccta 1200
ctcggtgacg aaagcgtgcc gttaaaggaa atcatcgccg ccgccaaagc tgaactgagt 1260
agtgcctaa 1269
<210> 2
<211> 422
<212> PRT
<213> P. putida PpG786 strain DSM 7162
<400> 2
Met Asn Ala Asn Asp Asn Val Val Ile Val Gly Thr Gly Leu Ala Gly
1 5 10 15
Val Glu Val Ala Phe Gly Leu Arg Ala Ser Gly Trp Glu Gly Asn Ile
20 25 30
Arg Leu Val Gly Asp Ala Thr Val Ile Pro His His Leu Pro Pro Leu
35 40 45
Ser Lys Ala Tyr Leu Ala Gly Lys Ala Thr Ala Glu Ser Leu Tyr Leu
50 55 60
Arg Thr Pro Asp Ala Tyr Ala Ala Gln Asn Ile Gln Leu Leu Gly Gly
65 70 75 80
Thr Gln Val Thr Ala Ile Asn Arg Asp Arg Gln Gln Val Ile Leu Ser
85 90 95
Asp Gly Arg Ala Leu Asp Tyr Asp Arg Leu Val Leu Ala Thr Gly Gly
100 105 110
Arg Pro Arg Pro Leu Pro Val Ala Ser Gly Ala Val Gly Lys Ala Asn
115 120 125
Asn Phe Arg Tyr Leu Arg Thr Leu Glu Asp Ala Glu Cys Ile Arg Arg
130 135 140
Gln Leu Ile Ala Asp Asn Arg Leu Val Val Ile Gly Gly Gly Tyr Ile
145 150 155 160
Gly Leu Glu Val Ala Ala Thr Ala Ile Lys Ala Asn Met His Val Thr
165 170 175
Leu Leu Asp Thr Ala Ala Arg Val Leu Glu Arg Val Thr Ala Pro Pro
180 185 190
Val Ser Ala Phe Tyr Glu His Leu His Arg Glu Ala Gly Val Asp Ile
195 200 205
Arg Thr Gly Thr Gln Val Cys Gly Phe Glu Met Ser Thr Asp Gln Gln
210 215 220
Lys Val Thr Ala Val Leu Cys Glu Asp Gly Thr Arg Leu Pro Ala Asp
225 230 235 240
Leu Val Ile Ala Gly Ile Gly Leu Ile Pro Asn Cys Glu Leu Ala Ser
245 250 255
Ala Ala Gly Leu Gln Val Asp Asn Gly Ile Val Ile Asn Glu His Met
260 265 270
Gln Thr Ser Asp Pro Leu Ile Met Ala Val Gly Asp Cys Ala Arg Phe
275 280 285
His Ser Gln Leu Tyr Asp Arg Trp Val Arg Ile Glu Ser Val Pro Asn
290 295 300
Ala Leu Glu Gln Ala Arg Lys Ile Ala Ala Ile Leu Cys Gly Lys Val
305 310 315 320
Pro Arg Asp Glu Ala Ala Pro Trp Phe Trp Ser Asp Gln Tyr Glu Ile
325 330 335
Gly Leu Lys Met Val Gly Leu Ser Glu Gly Tyr Asp Arg Ile Ile Val
340 345 350
Arg Gly Ser Leu Ala Gln Pro Asp Phe Ser Val Phe Tyr Leu Gln Gly
355 360 365
Asp Arg Val Leu Ala Val Asp Thr Val Asn Arg Pro Val Glu Phe Asn
370 375 380
Gln Ser Lys Gln Ile Ile Thr Asp Arg Leu Pro Val Glu Pro Asn Leu
385 390 395 400
Leu Gly Asp Glu Ser Val Pro Leu Lys Glu Ile Ile Ala Ala Ala Lys
405 410 415
Ala Glu Leu Ser Ser Ala
420
<210> 3
<211> 324
<212> DNA
<213> P. putida PpG786 strain DSM 7162
<400> 3
atgtctaaag tagtgtatgt gtcacatgat ggaacgcgtc gcgaactgga tgtggcggat 60
ggcgtcagcc tgatgcaggc tgcagtctcc aatggtatct acgatattgt cggtgattgt 120
ggcggcagcg ccagctgtgc cacctgccat gtctatgtga acgaagcgtt cacggacaag 180
gtgcccgccg ccaacgagcg ggaaatcggc atgctggagt gcgtcacggc cgaactgaag 240
ccgaacagca ggctctgctg ccagatcatc atgacgcccg agctggatgg catcgtggtc 300
gatgttcccg ataggcaatg gtaa 324
<210> 4
<211> 107
<212> PRT
<213> P. putida PpG786 strain DSM 7162
<400> 4
Met Ser Lys Val Val Tyr Val Ser His Asp Gly Thr Arg Arg Glu Leu
1 5 10 15
Asp Val Ala Asp Gly Val Ser Leu Met Gln Ala Ala Val Ser Asn Gly
20 25 30
Ile Tyr Asp Ile Val Gly Asp Cys Gly Gly Ser Ala Ser Cys Ala Thr
35 40 45
Cys His Val Tyr Val Asn Glu Ala Phe Thr Asp Lys Val Pro Ala Ala
50 55 60
Asn Glu Arg Glu Ile Gly Met Leu Glu Cys Val Thr Ala Glu Leu Lys
65 70 75 80
Pro Asn Ser Arg Leu Cys Cys Gln Ile Ile Met Thr Pro Glu Leu Asp
85 90 95
Gly Ile Val Val Asp Val Pro Asp Arg Gln Trp
100 105
<210> 5
<211> 1248
<212> DNA
<213> P. putida PpG786 strain DSM 7162
<400> 5
atgacgactg aaaccataca aagcaacgcc aatcttgccc ctctgccacc ccatgtgcca 60
gagcacctgg tattcgactt cgacatgtac aatccgtcga atctgtctgc cggcgtgcag 120
gaggcctggg cagttctgca agaatcaaac gtaccggatc tggtgtggac tcgctgcaac 180
ggcggacact ggatcgccac tcgcggccaa ctgatccgtg aggcctatga agattaccgc 240
cacttttcca gcgagtgccc gttcatccct cgtgaagccg gcgaagccta cgacttcatt 300
cccacctcga tggatccgcc cgagcagcgc cagtttcgtg cgctggccaa ccaagtggtt 360
ggcatgccgg tggtggataa gctggagaac cggatccagg agctggcctg ctcgctgatc 420
gagagcctgc gcccgcaagg acagtgcaac ttcaccgagg actacgccga acccttcccg 480
atacgcatct tcatgctgct cgcaggtcta ccggaagaag atatcccgca cttgaaatac 540
ctaacggatc agatgacccg tccggatggc agcatgacct tcgcagaggc caaggaggcg 600
ctctacgact atctgatacc gatcatcgag caacgcaggc agaagccggg aaccgacgct 660
atcagcatcg ttgccaacgg ccaggtcaat gggcgaccga tcaccagtga cgaagccaag 720
aggatgtgtg gcctgttact ggtcggcggc ctggatacgg tggtcaattt cctcagcttc 780
agcatggagt tcctggccaa aagcccggag catcgccagg agctgatcga gcgtcccgag 840
cgtattccag ccgcttgcga ggaactactc cggcgcttct cgctggttgc cgatggccgc 900
atcctcacct ccgattacga gtttcatggc gtgcaactga agaaaggtga ccagatcctg 960
ctaccgcaga tgctgtctgg cctggatgag cgcgaaaacg cctgcccgat gcacgtcgac 1020
ttcagtcgcc aaaaggtttc acacaccacc tttggccacg gcagccatct gtgccttggc 1080
cagcacctgg cccgccggga aatcatcgtc accctcaagg aatggctgac caggattcct 1140
gacttctcca ttgccccggg tgcccagatt cagcacaaga gcggcatcgt cagcggcgtg 1200
caggcactcc ctctggtctg ggatccggcg actaccaaag cggtataa 1248
<210> 6
<211> 415
<212> PRT
<213> P. putida PpG786 strain DSM 7162
<400> 6
Met Thr Thr Glu Thr Ile Gln Ser Asn Ala Asn Leu Ala Pro Leu Pro
1 5 10 15
Pro His Val Pro Glu His Leu Val Phe Asp Phe Asp Met Tyr Asn Pro
20 25 30
Ser Asn Leu Ser Ala Gly Val Gln Glu Ala Trp Ala Val Leu Gln Glu
35 40 45
Ser Asn Val Pro Asp Leu Val Trp Thr Arg Cys Asn Gly Gly His Trp
50 55 60
Ile Ala Thr Arg Gly Gln Leu Ile Arg Glu Ala Tyr Glu Asp Tyr Arg
65 70 75 80
His Phe Ser Ser Glu Cys Pro Phe Ile Pro Arg Glu Ala Gly Glu Ala
85 90 95
Tyr Asp Phe Ile Pro Thr Ser Met Asp Pro Pro Glu Gln Arg Gln Phe
100 105 110
Arg Ala Leu Ala Asn Gln Val Val Gly Met Pro Val Val Asp Lys Leu
115 120 125
Glu Asn Arg Ile Gln Glu Leu Ala Cys Ser Leu Ile Glu Ser Leu Arg
130 135 140
Pro Gln Gly Gln Cys Asn Phe Thr Glu Asp Tyr Ala Glu Pro Phe Pro
145 150 155 160
Ile Arg Ile Phe Met Leu Leu Ala Gly Leu Pro Glu Glu Asp Ile Pro
165 170 175
His Leu Lys Tyr Leu Thr Asp Gln Met Thr Arg Pro Asp Gly Ser Met
180 185 190
Thr Phe Ala Glu Ala Lys Glu Ala Leu Tyr Asp Tyr Leu Ile Pro Ile
195 200 205
Ile Glu Gln Arg Arg Gln Lys Pro Gly Thr Asp Ala Ile Ser Ile Val
210 215 220
Ala Asn Gly Gln Val Asn Gly Arg Pro Ile Thr Ser Asp Glu Ala Lys
225 230 235 240
Arg Met Cys Gly Leu Leu Leu Val Gly Gly Leu Asp Thr Val Val Asn
245 250 255
Phe Leu Ser Phe Ser Met Glu Phe Leu Ala Lys Ser Pro Glu His Arg
260 265 270
Gln Glu Leu Ile Glu Arg Pro Glu Arg Ile Pro Ala Ala Cys Glu Glu
275 280 285
Leu Leu Arg Arg Phe Ser Leu Val Ala Asp Gly Arg Ile Leu Thr Ser
290 295 300
Asp Tyr Glu Phe His Gly Val Gln Leu Lys Lys Gly Asp Gln Ile Leu
305 310 315 320
Leu Pro Gln Met Leu Ser Gly Leu Asp Glu Arg Glu Asn Ala Cys Pro
325 330 335
Met His Val Asp Phe Ser Arg Gln Lys Val Ser His Thr Thr Phe Gly
340 345 350
His Gly Ser His Leu Cys Leu Gly Gln His Leu Ala Arg Arg Glu Ile
355 360 365
Ile Val Thr Leu Lys Glu Trp Leu Thr Arg Ile Pro Asp Phe Ser Ile
370 375 380
Ala Pro Gly Ala Gln Ile Gln His Lys Ser Gly Ile Val Ser Gly Val
385 390 395 400
Gln Ala Leu Pro Leu Val Trp Asp Pro Ala Thr Thr Lys Ala Val
405 410 415
<210> 7
<211> 3150
<212> DNA
<213> Bacillus megaterium (ATCC 14581)
<400> 7
atgacaatta aagaaatgcc tcagccaaaa acgtttggag agcttaaaaa tttaccgtta 60
ttaaacacag ataaaccggt tcaagctttg atgaaaattg cggatgaatt aggagaaatc 120
tttaaattcg aggcgcctgg tcgtgtaacg cgctacttat caagtcagcg tctaattaaa 180
gaagcatgcg atgaatcacg ctttgataaa aacttaagtc aagcgcttaa atttgtacgt 240
gattttgcag gagacgggtt atttacaagc tggacgcatg aaaaaaattg gaaaaaagcg 300
cataatatct tacttccaag cttcagtcag caggcaatga aaggctatca tgcgatgatg 360
gtcgatatcg ccgtgcagct tgttcaaaag tgggagcgtc taaatgcaga tgagcatatt 420
gaagtaccgg aagacatgac acgtttaacg cttgatacaa ttggtctttg cggctttaac 480
tatcgcttta acagctttta ccgagatcag cctcatccat ttattacaag tatggtccgt 540
gcactggatg aagcaatgaa caagctgcag cgagcaaatc cagacgaccc agcttatgat 600
gaaaacaagc gccagtttca agaagatatc aaggtgatga acgacctagt agataaaatt 660
attgcagatc gcaaagcaag cggtgaacaa agcgatgatt tattaacgca tatgctaaac 720
ggaaaagatc cagaaacggg tgagccgctt gatgacgaga acattcgcta tcaaattatt 780
acattcttaa ttgcgggaca cgaaacaaca agtggtcttt tatcatttgc gctgtatttc 840
ttagtgaaaa atccacatgt attacaaaaa gcagcagaag aagcagcacg agttctagta 900
gatcctgttc caagctacaa acaagtcaaa cagcttaaat atgtcggcat ggtcttaaac 960
gaagcgctgc gcttatggcc aactgctcct gcgttttccc tatatgcaaa agaagatacg 1020
gtgcttggag gagaatatcc tttagaaaaa ggcgacgaac taatggttct gattcctcag 1080
cttcaccgtg ataaaacaat ttggggagac gatgtggaag agttccgtcc agagcgtttt 1140
gaaaatccaa gtgcgattcc gcagcatgcg tttaaaccgt ttggaaacgg tcagcgtgcg 1200
tgtatcggtc agcagttcgc tcttcatgaa gcaacgctgg tacttggtat gatgctaaaa 1260
cactttgact ttgaagatca tacaaactac gagctggata ttaaagaaac tttaacgtta 1320
aaacctgaag gctttgtggt aaaagcaaaa tcgaaaaaaa ttccgcttgg cggtattcct 1380
tcacctagca ctgaacagtc tgctaaaaaa gtacgcaaaa aggcagaaaa cgctcataat 1440
acgccgctgc ttgtgctata cggttcaaat atgggaacag ctgaaggaac ggcgcgtgat 1500
ttagcagata ttgcaatgag caaaggattt gcaccgcagg tcgcaacgct tgattcacac 1560
gccggaaatc ttccgcgcga aggagctgta ttaattgtaa cggcgtctta taacggtcat 1620
ccgcctgata acgcaaagca atttgtcgac tggttagacc aagcgtctgc tgatgaagta 1680
aaaggcgttc gctactccgt atttggatgc ggcgataaaa actgggctac tacgtatcaa 1740
aaagtgcctg cttttatcga tgaaacgctt gccgctaaag gggcagaaaa catcgctgac 1800
cgcggtgaag cagatgcaag cgacgacttt gaaggcacat atgaagaatg gcgtgaacat 1860
atgtggagtg acgtagcagc ctactttaac ctcgacattg aaaacagtga agataataaa 1920
tctactcttt cacttcaatt tgtcgacagc gccgcggata tgccgcttgc gaaaatgcac 1980
ggtgcgtttt caacgaacgt cgtagcaagc aaagaacttc aacagccagg cagtgcacga 2040
agcacgcgac atcttgaaat tgaacttcca aaagaagctt cttatcaaga aggagatcat 2100
ttaggtgtta ttcctcgcaa ctatgaagga atagtaaacc gtgtaacagc aaggttcggc 2160
ctagatgcat cacagcaaat ccgtctggaa gcagaagaag aaaaattagc tcatttgcca 2220
ctcgctaaaa cagtatccgt agaagagctt ctgcaatacg tggagcttca agatcctgtt 2280
acgcgcacgc agcttcgcgc aatggctgct aaaacggtct gcccgccgca taaagtagag 2340
cttgaagcct tgcttgaaaa gcaagcctac aaagaacaag tgctggcaaa acgtttaaca 2400
atgcttgaac tgcttgaaaa atacccggcg tgtgaaatga aattcagcga atttatcgcc 2460
cttctgccaa gcatacgccc gcgctattac tcgatttctt catcacctcg tgtcgatgaa 2520
aaacaagcaa gcatcacggt cagcgttgtc tcaggagaag cgtggagcgg atatggagaa 2580
tataaaggaa ttgcgtcgaa ctatcttgcc gagctgcaag aaggagatac gattacgtgc 2640
tttatttcca caccgcagtc agaatttacg ctgccaaaag accctgaaac gccgcttatc 2700
atggtcggac cgggaacagg cgtcgcgccg tttagaggct ttgtgcaggc gcgcaaacag 2760
ctaaaagaac aaggacagtc acttggagaa gcacatttat acttcggctg ccgttcacct 2820
catgaagact atctgtatca agaagagctt gaaaacgccc aaagcgaagg catcattacg 2880
cttcataccg ctttttctcg catgccaaat cagccgaaaa catacgttca gcacgtaatg 2940
gaacaagacg gcaagaaatt gattgaactt cttgatcaag gagcgcactt ctatatttgc 3000
ggagacggaa gccaaatggc acctgccgtt gaagcaacgc ttatgaaaag ctatgctgac 3060
gttcaccaag tgagtgaagc agacgctcgc ttatggctgc agcagctaga agaaaaaggc 3120
cgatacgcaa aagacgtgtg ggctgggtaa 3150
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<211> 1049
<212> PRT
<213> Bacillus megaterium (ATCC 14581)
<400> 8
Met Thr Ile Lys Glu Met Pro Gln Pro Lys Thr Phe Gly Glu Leu Lys
1 5 10 15
Asn Leu Pro Leu Leu Asn Thr Asp Lys Pro Val Gln Ala Leu Met Lys
20 25 30
Ile Ala Asp Glu Leu Gly Glu Ile Phe Lys Phe Glu Ala Pro Gly Arg
35 40 45
Val Thr Arg Tyr Leu Ser Ser Gln Arg Leu Ile Lys Glu Ala Cys Asp
50 55 60
Glu Ser Arg Phe Asp Lys Asn Leu Ser Gln Ala Leu Lys Phe Val Arg
65 70 75 80
Asp Phe Ala Gly Asp Gly Leu Phe Thr Ser Trp Thr His Glu Lys Asn
85 90 95
Trp Lys Lys Ala His Asn Ile Leu Leu Pro Ser Phe Ser Gln Gln Ala
100 105 110
Met Lys Gly Tyr His Ala Met Met Val Asp Ile Ala Val Gln Leu Val
115 120 125
Gln Lys Trp Glu Arg Leu Asn Ala Asp Glu His Ile Glu Val Pro Glu
130 135 140
Asp Met Thr Arg Leu Thr Leu Asp Thr Ile Gly Leu Cys Gly Phe Asn
145 150 155 160
Tyr Arg Phe Asn Ser Phe Tyr Arg Asp Gln Pro His Pro Phe Ile Thr
165 170 175
Ser Met Val Arg Ala Leu Asp Glu Ala Met Asn Lys Leu Gln Arg Ala
180 185 190
Asn Pro Asp Asp Pro Ala Tyr Asp Glu Asn Lys Arg Gln Phe Gln Glu
195 200 205
Asp Ile Lys Val Met Asn Asp Leu Val Asp Lys Ile Ile Ala Asp Arg
210 215 220
Lys Ala Ser Gly Glu Gln Ser Asp Asp Leu Leu Thr His Met Leu Asn
225 230 235 240
Gly Lys Asp Pro Glu Thr Gly Glu Pro Leu Asp Asp Glu Asn Ile Arg
245 250 255
Tyr Gln Ile Ile Thr Phe Leu Ile Ala Gly His Glu Thr Thr Ser Gly
260 265 270
Leu Leu Ser Phe Ala Leu Tyr Phe Leu Val Lys Asn Pro His Val Leu
275 280 285
Gln Lys Ala Ala Glu Glu Ala Ala Arg Val Leu Val Asp Pro Val Pro
290 295 300
Ser Tyr Lys Gln Val Lys Gln Leu Lys Tyr Val Gly Met Val Leu Asn
305 310 315 320
Glu Ala Leu Arg Leu Trp Pro Thr Ala Pro Ala Phe Ser Leu Tyr Ala
325 330 335
Lys Glu Asp Thr Val Leu Gly Gly Glu Tyr Pro Leu Glu Lys Gly Asp
340 345 350
Glu Leu Met Val Leu Ile Pro Gln Leu His Arg Asp Lys Thr Ile Trp
355 360 365
Gly Asp Asp Val Glu Glu Phe Arg Pro Glu Arg Phe Glu Asn Pro Ser
370 375 380
Ala Ile Pro Gln His Ala Phe Lys Pro Phe Gly Asn Gly Gln Arg Ala
385 390 395 400
Cys Ile Gly Gln Gln Phe Ala Leu His Glu Ala Thr Leu Val Leu Gly
405 410 415
Met Met Leu Lys His Phe Asp Phe Glu Asp His Thr Asn Tyr Glu Leu
420 425 430
Asp Ile Lys Glu Thr Leu Thr Leu Lys Pro Glu Gly Phe Val Val Lys
435 440 445
Ala Lys Ser Lys Lys Ile Pro Leu Gly Gly Ile Pro Ser Pro Ser Thr
450 455 460
Glu Gln Ser Ala Lys Lys Val Arg Lys Lys Ala Glu Asn Ala His Asn
465 470 475 480
Thr Pro Leu Leu Val Leu Tyr Gly Ser Asn Met Gly Thr Ala Glu Gly
485 490 495
Thr Ala Arg Asp Leu Ala Asp Ile Ala Met Ser Lys Gly Phe Ala Pro
500 505 510
Gln Val Ala Thr Leu Asp Ser His Ala Gly Asn Leu Pro Arg Glu Gly
515 520 525
Ala Val Leu Ile Val Thr Ala Ser Tyr Asn Gly His Pro Pro Asp Asn
530 535 540
Ala Lys Gln Phe Val Asp Trp Leu Asp Gln Ala Ser Ala Asp Glu Val
545 550 555 560
Lys Gly Val Arg Tyr Ser Val Phe Gly Cys Gly Asp Lys Asn Trp Ala
565 570 575
Thr Thr Tyr Gln Lys Val Pro Ala Phe Ile Asp Glu Thr Leu Ala Ala
580 585 590
Lys Gly Ala Glu Asn Ile Ala Asp Arg Gly Glu Ala Asp Ala Ser Asp
595 600 605
Asp Phe Glu Gly Thr Tyr Glu Glu Trp Arg Glu His Met Trp Ser Asp
610 615 620
Val Ala Ala Tyr Phe Asn Leu Asp Ile Glu Asn Ser Glu Asp Asn Lys
625 630 635 640
Ser Thr Leu Ser Leu Gln Phe Val Asp Ser Ala Ala Asp Met Pro Leu
645 650 655
Ala Lys Met His Gly Ala Phe Ser Thr Asn Val Val Ala Ser Lys Glu
660 665 670
Leu Gln Gln Pro Gly Ser Ala Arg Ser Thr Arg His Leu Glu Ile Glu
675 680 685
Leu Pro Lys Glu Ala Ser Tyr Gln Glu Gly Asp His Leu Gly Val Ile
690 695 700
Pro Arg Asn Tyr Glu Gly Ile Val Asn Arg Val Thr Ala Arg Phe Gly
705 710 715 720
Leu Asp Ala Ser Gln Gln Ile Arg Leu Glu Ala Glu Glu Glu Lys Leu
725 730 735
Ala His Leu Pro Leu Ala Lys Thr Val Ser Val Glu Glu Leu Leu Gln
740 745 750
Tyr Val Glu Leu Gln Asp Pro Val Thr Arg Thr Gln Leu Arg Ala Met
755 760 765
Ala Ala Lys Thr Val Cys Pro Pro His Lys Val Glu Leu Glu Ala Leu
770 775 780
Leu Glu Lys Gln Ala Tyr Lys Glu Gln Val Leu Ala Lys Arg Leu Thr
785 790 795 800
Met Leu Glu Leu Leu Glu Lys Tyr Pro Ala Cys Glu Met Lys Phe Ser
805 810 815
Glu Phe Ile Ala Leu Leu Pro Ser Ile Arg Pro Arg Tyr Tyr Ser Ile
820 825 830
Ser Ser Ser Pro Arg Val Asp Glu Lys Gln Ala Ser Ile Thr Val Ser
835 840 845
Val Val Ser Gly Glu Ala Trp Ser Gly Tyr Gly Glu Tyr Lys Gly Ile
850 855 860
Ala Ser Asn Tyr Leu Ala Glu Leu Gln Glu Gly Asp Thr Ile Thr Cys
865 870 875 880
Phe Ile Ser Thr Pro Gln Ser Glu Phe Thr Leu Pro Lys Asp Pro Glu
885 890 895
Thr Pro Leu Ile Met Val Gly Pro Gly Thr Gly Val Ala Pro Phe Arg
900 905 910
Gly Phe Val Gln Ala Arg Lys Gln Leu Lys Glu Gln Gly Gln Ser Leu
915 920 925
Gly Glu Ala His Leu Tyr Phe Gly Cys Arg Ser Pro His Glu Asp Tyr
930 935 940
Leu Tyr Gln Glu Glu Leu Glu Asn Ala Gln Ser Glu Gly Ile Ile Thr
945 950 955 960
Leu His Thr Ala Phe Ser Arg Met Pro Asn Gln Pro Lys Thr Tyr Val
965 970 975
Gln His Val Met Glu Gln Asp Gly Lys Lys Leu Ile Glu Leu Leu Asp
980 985 990
Gln Gly Ala His Phe Tyr Ile Cys Gly Asp Gly Ser Gln Met Ala Pro
995 1000 1005
Ala Val Glu Ala Thr Leu Met Lys Ser Tyr Ala Asp Val His Gln Val
1010 1015 1020
Ser Glu Ala Asp Ala Arg Leu Trp Leu Gln Gln Leu Glu Glu Lys Gly
1025 1030 1035 1040
Arg Tyr Ala Lys Asp Val Trp Ala Gly
1045
<210> 9
<211> 1476
<212> DNA
<213> E. coli K12 (MG1655)
<400> 9
atggcggtaa cgcaaacagc ccaggcctgt gacctggtca ttttcggcgc gaaaggcgac 60
cttgcgcgtc gtaaattgct gccttccctg tatcaactgg aaaaagccgg tcagctcaac 120
ccggacaccc ggattatcgg cgtagggcgt gctgactggg ataaagcggc atataccaaa 180
gttgtccgcg aggcgctcga aactttcatg aaagaaacca ttgatgaagg tttatgggac 240
accctgagtg cacgtctgga tttttgtaat ctcgatgtca atgacactgc tgcattcagc 300
cgtctcggcg cgatgctgga tcaaaaaaat cgtatcacca ttaactactt tgccatgccg 360
cccagcactt ttggcgcaat ttgcaaaggg cttggcgagg caaaactgaa tgctaaaccg 420
gcacgcgtag tcatggagaa accgctgggg acgtcgctgg cgacctcgca ggaaatcaat 480
gatcaggttg gcgaatactt cgaggagtgc caggtttacc gtatcgacca ctatcttggt 540
aaagaaacgg tgctgaacct gttggcgctg cgttttgcta actccctgtt tgtgaataac 600
tgggacaatc gcaccattga tcatgttgag attaccgtgg cagaagaagt ggggatcgaa 660
gggcgctggg gctattttga taaagccggt cagatgcgcg acatgatcca gaaccacctg 720
ctgcaaattc tttgcatgat tgcgatgtct ccgccgtctg acctgagcgc agacagcatc 780
cgcgatgaaa aagtgaaagt actgaagtct ctgcgccgca tcgaccgctc caacgtacgc 840
gaaaaaaccg tacgcgggca atatactgcg ggcttcgccc agggcaaaaa agtgccggga 900
tatctggaag aagagggcgc gaacaagagc agcaatacag aaactttcgt ggcgatccgc 960
gtcgacattg ataactggcg ctgggccggt gtgccattct acctgcgtac tggtaaacgt 1020
ctgccgacca aatgttctga agtcgtggtc tatttcaaaa cacctgaact gaatctgttt 1080
aaagaatcgt ggcaggatct gccgcagaat aaactgacta tccgtctgca acctgatgaa 1140
ggcgtggata tccaggtact gaataaagtt cctggccttg accacaaaca taacctgcaa 1200
atcaccaagc tggatctgag ctattcagaa acctttaatc agacgcatct ggcggatgcc 1260
tatgaacgtt tgctgctgga aaccatgcgt ggtattcagg cactgtttgt acgtcgcgac 1320
gaagtggaag aagcctggaa atgggtagac tccattactg aggcgtgggc gatggacaat 1380
gatgcgccga aaccgtatca ggccggaacc tggggacccg ttgcctcggt ggcgatgatt 1440
acccgtgatg gtcgttcctg gaatgagttt gagtaa 1476
<210> 10
<211> 491
<212> PRT
<213> E. coli K12 (MG1655)
<400> 10
Met Ala Val Thr Gln Thr Ala Gln Ala Cys Asp Leu Val Ile Phe Gly
1 5 10 15
Ala Lys Gly Asp Leu Ala Arg Arg Lys Leu Leu Pro Ser Leu Tyr Gln
20 25 30
Leu Glu Lys Ala Gly Gln Leu Asn Pro Asp Thr Arg Ile Ile Gly Val
35 40 45
Gly Arg Ala Asp Trp Asp Lys Ala Ala Tyr Thr Lys Val Val Arg Glu
50 55 60
Ala Leu Glu Thr Phe Met Lys Glu Thr Ile Asp Glu Gly Leu Trp Asp
65 70 75 80
Thr Leu Ser Ala Arg Leu Asp Phe Cys Asn Leu Asp Val Asn Asp Thr
85 90 95
Ala Ala Phe Ser Arg Leu Gly Ala Met Leu Asp Gln Lys Asn Arg Ile
100 105 110
Thr Ile Asn Tyr Phe Ala Met Pro Pro Ser Thr Phe Gly Ala Ile Cys
115 120 125
Lys Gly Leu Gly Glu Ala Lys Leu Asn Ala Lys Pro Ala Arg Val Val
130 135 140
Met Glu Lys Pro Leu Gly Thr Ser Leu Ala Thr Ser Gln Glu Ile Asn
145 150 155 160
Asp Gln Val Gly Glu Tyr Phe Glu Glu Cys Gln Val Tyr Arg Ile Asp
165 170 175
His Tyr Leu Gly Lys Glu Thr Val Leu Asn Leu Leu Ala Leu Arg Phe
180 185 190
Ala Asn Ser Leu Phe Val Asn Asn Trp Asp Asn Arg Thr Ile Asp His
195 200 205
Val Glu Ile Thr Val Ala Glu Glu Val Gly Ile Glu Gly Arg Trp Gly
210 215 220
Tyr Phe Asp Lys Ala Gly Gln Met Arg Asp Met Ile Gln Asn His Leu
225 230 235 240
Leu Gln Ile Leu Cys Met Ile Ala Met Ser Pro Pro Ser Asp Leu Ser
245 250 255
Ala Asp Ser Ile Arg Asp Glu Lys Val Lys Val Leu Lys Ser Leu Arg
260 265 270
Arg Ile Asp Arg Ser Asn Val Arg Glu Lys Thr Val Arg Gly Gln Tyr
275 280 285
Thr Ala Gly Phe Ala Gln Gly Lys Lys Val Pro Gly Tyr Leu Glu Glu
290 295 300
Glu Gly Ala Asn Lys Ser Ser Asn Thr Glu Thr Phe Val Ala Ile Arg
305 310 315 320
Val Asp Ile Asp Asn Trp Arg Trp Ala Gly Val Pro Phe Tyr Leu Arg
325 330 335
Thr Gly Lys Arg Leu Pro Thr Lys Cys Ser Glu Val Val Val Tyr Phe
340 345 350
Lys Thr Pro Glu Leu Asn Leu Phe Lys Glu Ser Trp Gln Asp Leu Pro
355 360 365
Gln Asn Lys Leu Thr Ile Arg Leu Gln Pro Asp Glu Gly Val Asp Ile
370 375 380
Gln Val Leu Asn Lys Val Pro Gly Leu Asp His Lys His Asn Leu Gln
385 390 395 400
Ile Thr Lys Leu Asp Leu Ser Tyr Ser Glu Thr Phe Asn Gln Thr His
405 410 415
Leu Ala Asp Ala Tyr Glu Arg Leu Leu Leu Glu Thr Met Arg Gly Ile
420 425 430
Gln Ala Leu Phe Val Arg Arg Asp Glu Val Glu Glu Ala Trp Lys Trp
435 440 445
Val Asp Ser Ile Thr Glu Ala Trp Ala Met Asp Asn Asp Ala Pro Lys
450 455 460
Pro Tyr Gln Ala Gly Thr Trp Gly Pro Val Ala Ser Val Ala Met Ile
465 470 475 480
Thr Arg Asp Gly Arg Ser Trp Asn Glu Phe Glu
485 490
<210> 11
<211> 37
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: camA_F
<400> 11
taagaaggag atatacatat gaacgcaaac gacaacg 37
<210> 12
<211> 42
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: camA_R
<400> 12
catgaattct gtttcctgtg tgattaggca ctactcagtt ca 42
<210> 13
<211> 42
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: camB_F
<400> 13
taatcacaca ggaaacagaa ttcatgtcta aagtagtgta tg 42
<210> 14
<211> 40
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: camB_R
<400> 14
ggtttcttta ccagactcga ttaccattgc ctatcgggaa 40
<210> 15
<211> 36
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: camC_F
<400> 15
aagaaggaga tataccatga cgactgaaac cataca 36
<210> 16
<211> 40
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: camC_R
<400> 16
gcattatgcg gccgcaagct ttataccgct ttggtagtcg 40
<210> 17
<211> 37
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: P450bm3_F
<400> 17
aagaaggaga tataccatga caattaaaga aatgcct 37
<210> 18
<211> 40
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: P450bm3_R
<400> 18
gtggtggtgg tggtgctcga ttacccagcc cacacgtctt 40
<210> 19
<211> 38
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: Zwf_F
<400> 19
ttaagaagga gatataccat ggcggtaacg caaacagc 38
<210> 20
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Primer: Zwf_R
<400> 20
tcgacctgca ggcgcgccgt tactcaaact cattccagg 39
<210> 21
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for F351Y
<400> 21
aaggtttcac acaccaccta tggccacggc agccatctg 39
<210> 22
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for F351Y
<400> 22
cagatggctg ccgtggccat aggtggtgtg tgaaacctt 39
<210> 23
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for F351T
<400> 23
aaggtttcac acaccaccac cggccacggc agccatctg 39
<210> 24
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for F351T
<400> 24
cagatggctg ccgtggccgg tggtggtgtg tgaaacctt 39
<210> 25
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for F351N
<400> 25
aaggtttcac acaccaccaa cggccacggc agccatctg 39
<210> 26
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for F351N
<400> 26
cagatggctg ccgtggccgt tggtggtgtg tgaaacctt 39
<210> 27
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for F351Q
<400> 27
aaggtttcac acaccaccca gggccacggc agccatctg 39
<210> 28
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for F351Q
<400> 28
cagatggctg ccgtggccct gggtggtgtg tgaaacctt 39
<210> 29
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for F351H
<400> 29
aaggtttcac acaccaccca tggccacggc agccatctg 39
<210> 30
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for F351H
<400> 30
cagatggctg ccgtggccat gggtggtgtg tgaaacctt 39
<210> 31
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for F351D
<400> 31
aaggtttcac acaccaccga tggccacggc agccatctg 39
<210> 32
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for F351D
<400> 32
cagatggctg ccgtggccat cggtggtgtg tgaaacctt 39
<210> 33
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for N320W
<400> 33
tatgtcggca tggtcttatg ggaagcgctg cgcttatgg 39
<210> 34
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for N320W
<400> 34
ccataagcgc agcgcttccc ataagaccat gccgacata 39
<210> 35
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for N320F
<400> 35
tatgtcggca tggtcttatt tgaagcgctg cgcttatgg 39
<210> 36
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for N320F
<400> 36
ccataagcgc agcgcttcaa ataagaccat gccgacata 39
<210> 37
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for N320G
<400> 37
tatgtcggca tggtcttagg cgaagcgctg cgcttatgg 39
<210> 38
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for N320G
<400> 38
ccataagcgc agcgcttcgc ctaagaccat gccgacata 39
<210> 39
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for N320P
<400> 39
tatgtcggca tggtcttacc ggaagcgctg cgcttatgg 39
<210> 40
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for N320P
<400> 40
ccataagcgc agcgcttccg gtaagaccat gccgacata 39
<210> 41
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for N320S
<400> 41
tatgtcggca tggtcttaag cgaagcgctg cgcttatgg 39
<210> 42
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for N320S
<400> 42
ccataagcgc agcgcttcgc ttaagaccat gccgacata 39
<210> 43
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Forward primer for N320E
<400> 43
tatgtcggca tggtcttaga agaagcgctg cgcttatgg 39
<210> 44
<211> 39
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Reverse primer for N320E
<400> 44
ccataagcgc agcgcttctt ctaagaccat gccgacata 39
<210> 45
<211> 3150
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> P450BM3 N320W gene
<400> 45
atgacaatta aagaaatgcc tcagccaaaa acgtttggag agcttaaaaa tttaccgtta 60
ttaaacacag ataaaccggt tcaagctttg atgaaaattg cggatgaatt aggagaaatc 120
tttaaattcg aggcgcctgg tcgtgtaacg cgctacttat caagtcagcg tctaattaaa 180
gaagcatgcg atgaatcacg ctttgataaa aacttaagtc aagcgcttaa atttgtacgt 240
gattttgcag gagacgggtt atttacaagc tggacgcatg aaaaaaattg gaaaaaagcg 300
cataatatct tacttccaag cttcagtcag caggcaatga aaggctatca tgcgatgatg 360
gtcgatatcg ccgtgcagct tgttcaaaag tgggagcgtc taaatgcaga tgagcatatt 420
gaagtaccgg aagacatgac acgtttaacg cttgatacaa ttggtctttg cggctttaac 480
tatcgcttta acagctttta ccgagatcag cctcatccat ttattacaag tatggtccgt 540
gcactggatg aagcaatgaa caagctgcag cgagcaaatc cagacgaccc agcttatgat 600
gaaaacaagc gccagtttca agaagatatc aaggtgatga acgacctagt agataaaatt 660
attgcagatc gcaaagcaag cggtgaacaa agcgatgatt tattaacgca tatgctaaac 720
ggaaaagatc cagaaacggg tgagccgctt gatgacgaga acattcgcta tcaaattatt 780
acattcttaa ttgcgggaca cgaaacaaca agtggtcttt tatcatttgc gctgtatttc 840
ttagtgaaaa atccacatgt attacaaaaa gcagcagaag aagcagcacg agttctagta 900
gatcctgttc caagctacaa acaagtcaaa cagcttaaat atgtcggcat ggtcttatgg 960
gaagcgctgc gcttatggcc aactgctcct gcgttttccc tatatgcaaa agaagatacg 1020
gtgcttggag gagaatatcc tttagaaaaa ggcgacgaac taatggttct gattcctcag 1080
cttcaccgtg ataaaacaat ttggggagac gatgtggaag agttccgtcc agagcgtttt 1140
gaaaatccaa gtgcgattcc gcagcatgcg tttaaaccgt ttggaaacgg tcagcgtgcg 1200
tgtatcggtc agcagttcgc tcttcatgaa gcaacgctgg tacttggtat gatgctaaaa 1260
cactttgact ttgaagatca tacaaactac gagctggata ttaaagaaac tttaacgtta 1320
aaacctgaag gctttgtggt aaaagcaaaa tcgaaaaaaa ttccgcttgg cggtattcct 1380
tcacctagca ctgaacagtc tgctaaaaaa gtacgcaaaa aggcagaaaa cgctcataat 1440
acgccgctgc ttgtgctata cggttcaaat atgggaacag ctgaaggaac ggcgcgtgat 1500
ttagcagata ttgcaatgag caaaggattt gcaccgcagg tcgcaacgct tgattcacac 1560
gccggaaatc ttccgcgcga aggagctgta ttaattgtaa cggcgtctta taacggtcat 1620
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ctaaaagaac aaggacagtc acttggagaa gcacatttat acttcggctg ccgttcacct 2820
catgaagact atctgtatca agaagagctt gaaaacgccc aaagcgaagg catcattacg 2880
cttcataccg ctttttctcg catgccaaat cagccgaaaa catacgttca gcacgtaatg 2940
gaacaagacg gcaagaaatt gattgaactt cttgatcaag gagcgcactt ctatatttgc 3000
ggagacggaa gccaaatggc acctgccgtt gaagcaacgc ttatgaaaag ctatgctgac 3060
gttcaccaag tgagtgaagc agacgctcgc ttatggctgc agcagctaga agaaaaaggc 3120
cgatacgcaa aagacgtgtg ggctgggtaa 3150
<210> 50
<211> 3150
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> P450BM3 N320E
<400> 50
atgacaatta aagaaatgcc tcagccaaaa acgtttggag agcttaaaaa tttaccgtta 60
ttaaacacag ataaaccggt tcaagctttg atgaaaattg cggatgaatt aggagaaatc 120
tttaaattcg aggcgcctgg tcgtgtaacg cgctacttat caagtcagcg tctaattaaa 180
gaagcatgcg atgaatcacg ctttgataaa aacttaagtc aagcgcttaa atttgtacgt 240
gattttgcag gagacgggtt atttacaagc tggacgcatg aaaaaaattg gaaaaaagcg 300
cataatatct tacttccaag cttcagtcag caggcaatga aaggctatca tgcgatgatg 360
gtcgatatcg ccgtgcagct tgttcaaaag tgggagcgtc taaatgcaga tgagcatatt 420
gaagtaccgg aagacatgac acgtttaacg cttgatacaa ttggtctttg cggctttaac 480
tatcgcttta acagctttta ccgagatcag cctcatccat ttattacaag tatggtccgt 540
gcactggatg aagcaatgaa caagctgcag cgagcaaatc cagacgaccc agcttatgat 600
gaaaacaagc gccagtttca agaagatatc aaggtgatga acgacctagt agataaaatt 660
attgcagatc gcaaagcaag cggtgaacaa agcgatgatt tattaacgca tatgctaaac 720
ggaaaagatc cagaaacggg tgagccgctt gatgacgaga acattcgcta tcaaattatt 780
acattcttaa ttgcgggaca cgaaacaaca agtggtcttt tatcatttgc gctgtatttc 840
ttagtgaaaa atccacatgt attacaaaaa gcagcagaag aagcagcacg agttctagta 900
gatcctgttc caagctacaa acaagtcaaa cagcttaaat atgtcggcat ggtcttagaa 960
gaagcgctgc gcttatggcc aactgctcct gcgttttccc tatatgcaaa agaagatacg 1020
gtgcttggag gagaatatcc tttagaaaaa ggcgacgaac taatggttct gattcctcag 1080
cttcaccgtg ataaaacaat ttggggagac gatgtggaag agttccgtcc agagcgtttt 1140
gaaaatccaa gtgcgattcc gcagcatgcg tttaaaccgt ttggaaacgg tcagcgtgcg 1200
tgtatcggtc agcagttcgc tcttcatgaa gcaacgctgg tacttggtat gatgctaaaa 1260
cactttgact ttgaagatca tacaaactac gagctggata ttaaagaaac tttaacgtta 1320
aaacctgaag gctttgtggt aaaagcaaaa tcgaaaaaaa ttccgcttgg cggtattcct 1380
tcacctagca ctgaacagtc tgctaaaaaa gtacgcaaaa aggcagaaaa cgctcataat 1440
acgccgctgc ttgtgctata cggttcaaat atgggaacag ctgaaggaac ggcgcgtgat 1500
ttagcagata ttgcaatgag caaaggattt gcaccgcagg tcgcaacgct tgattcacac 1560
gccggaaatc ttccgcgcga aggagctgta ttaattgtaa cggcgtctta taacggtcat 1620
ccgcctgata acgcaaagca atttgtcgac tggttagacc aagcgtctgc tgatgaagta 1680
aaaggcgttc gctactccgt atttggatgc ggcgataaaa actgggctac tacgtatcaa 1740
aaagtgcctg cttttatcga tgaaacgctt gccgctaaag gggcagaaaa catcgctgac 1800
cgcggtgaag cagatgcaag cgacgacttt gaaggcacat atgaagaatg gcgtgaacat 1860
atgtggagtg acgtagcagc ctactttaac ctcgacattg aaaacagtga agataataaa 1920
tctactcttt cacttcaatt tgtcgacagc gccgcggata tgccgcttgc gaaaatgcac 1980
ggtgcgtttt caacgaacgt cgtagcaagc aaagaacttc aacagccagg cagtgcacga 2040
agcacgcgac atcttgaaat tgaacttcca aaagaagctt cttatcaaga aggagatcat 2100
ttaggtgtta ttcctcgcaa ctatgaagga atagtaaacc gtgtaacagc aaggttcggc 2160
ctagatgcat cacagcaaat ccgtctggaa gcagaagaag aaaaattagc tcatttgcca 2220
ctcgctaaaa cagtatccgt agaagagctt ctgcaatacg tggagcttca agatcctgtt 2280
acgcgcacgc agcttcgcgc aatggctgct aaaacggtct gcccgccgca taaagtagag 2340
cttgaagcct tgcttgaaaa gcaagcctac aaagaacaag tgctggcaaa acgtttaaca 2400
atgcttgaac tgcttgaaaa atacccggcg tgtgaaatga aattcagcga atttatcgcc 2460
cttctgccaa gcatacgccc gcgctattac tcgatttctt catcacctcg tgtcgatgaa 2520
aaacaagcaa gcatcacggt cagcgttgtc tcaggagaag cgtggagcgg atatggagaa 2580
tataaaggaa ttgcgtcgaa ctatcttgcc gagctgcaag aaggagatac gattacgtgc 2640
tttatttcca caccgcagtc agaatttacg ctgccaaaag accctgaaac gccgcttatc 2700
atggtcggac cgggaacagg cgtcgcgccg tttagaggct ttgtgcaggc gcgcaaacag 2760
ctaaaagaac aaggacagtc acttggagaa gcacatttat acttcggctg ccgttcacct 2820
catgaagact atctgtatca agaagagctt gaaaacgccc aaagcgaagg catcattacg 2880
cttcataccg ctttttctcg catgccaaat cagccgaaaa catacgttca gcacgtaatg 2940
gaacaagacg gcaagaaatt gattgaactt cttgatcaag gagcgcactt ctatatttgc 3000
ggagacggaa gccaaatggc acctgccgtt gaagcaacgc ttatgaaaag ctatgctgac 3060
gttcaccaag tgagtgaagc agacgctcgc ttatggctgc agcagctaga agaaaaaggc 3120
cgatacgcaa aagacgtgtg ggctgggtaa 3150
<210> 51
<211> 1248
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CamC F351Y
<400> 51
atgacgactg aaaccataca aagcaacgcc aatcttgccc ctctgccacc ccatgtgcca 60
gagcacctgg tattcgactt cgacatgtac aatccgtcga atctgtctgc cggcgtgcag 120
gaggcctggg cagttctgca agaatcaaac gtaccggatc tggtgtggac tcgctgcaac 180
ggcggacact ggatcgccac tcgcggccaa ctgatccgtg aggcctatga agattaccgc 240
cacttttcca gcgagtgccc gttcatccct cgtgaagccg gcgaagccta cgacttcatt 300
cccacctcga tggatccgcc cgagcagcgc cagtttcgtg cgctggccaa ccaagtggtt 360
ggcatgccgg tggtggataa gctggagaac cggatccagg agctggcctg ctcgctgatc 420
gagagcctgc gcccgcaagg acagtgcaac ttcaccgagg actacgccga acccttcccg 480
atacgcatct tcatgctgct cgcaggtcta ccggaagaag atatcccgca cttgaaatac 540
ctaacggatc agatgacccg tccggatggc agcatgacct tcgcagaggc caaggaggcg 600
ctctacgact atctgatacc gatcatcgag caacgcaggc agaagccggg aaccgacgct 660
atcagcatcg ttgccaacgg ccaggtcaat gggcgaccga tcaccagtga cgaagccaag 720
aggatgtgtg gcctgttact ggtcggcggc ctggatacgg tggtcaattt cctcagcttc 780
agcatggagt tcctggccaa aagcccggag catcgccagg agctgatcga gcgtcccgag 840
cgtattccag ccgcttgcga ggaactactc cggcgcttct cgctggttgc cgatggccgc 900
atcctcacct ccgattacga gtttcatggc gtgcaactga agaaaggtga ccagatcctg 960
ctaccgcaga tgctgtctgg cctggatgag cgcgaaaacg cctgcccgat gcacgtcgac 1020
ttcagtcgcc aaaaggtttc acacaccacc tatggccacg gcagccatct gtgccttggc 1080
cagcacctgg cccgccggga aatcatcgtc accctcaagg aatggctgac caggattcct 1140
gacttctcca ttgccccggg tgcccagatt cagcacaaga gcggcatcgt cagcggcgtg 1200
caggcactcc ctctggtctg ggatccggcg actaccaaag cggtataa 1248
<210> 52
<211> 1248
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CamC F351T
<400> 52
atgacgactg aaaccataca aagcaacgcc aatcttgccc ctctgccacc ccatgtgcca 60
gagcacctgg tattcgactt cgacatgtac aatccgtcga atctgtctgc cggcgtgcag 120
gaggcctggg cagttctgca agaatcaaac gtaccggatc tggtgtggac tcgctgcaac 180
ggcggacact ggatcgccac tcgcggccaa ctgatccgtg aggcctatga agattaccgc 240
cacttttcca gcgagtgccc gttcatccct cgtgaagccg gcgaagccta cgacttcatt 300
cccacctcga tggatccgcc cgagcagcgc cagtttcgtg cgctggccaa ccaagtggtt 360
ggcatgccgg tggtggataa gctggagaac cggatccagg agctggcctg ctcgctgatc 420
gagagcctgc gcccgcaagg acagtgcaac ttcaccgagg actacgccga acccttcccg 480
atacgcatct tcatgctgct cgcaggtcta ccggaagaag atatcccgca cttgaaatac 540
ctaacggatc agatgacccg tccggatggc agcatgacct tcgcagaggc caaggaggcg 600
ctctacgact atctgatacc gatcatcgag caacgcaggc agaagccggg aaccgacgct 660
atcagcatcg ttgccaacgg ccaggtcaat gggcgaccga tcaccagtga cgaagccaag 720
aggatgtgtg gcctgttact ggtcggcggc ctggatacgg tggtcaattt cctcagcttc 780
agcatggagt tcctggccaa aagcccggag catcgccagg agctgatcga gcgtcccgag 840
cgtattccag ccgcttgcga ggaactactc cggcgcttct cgctggttgc cgatggccgc 900
atcctcacct ccgattacga gtttcatggc gtgcaactga agaaaggtga ccagatcctg 960
ctaccgcaga tgctgtctgg cctggatgag cgcgaaaacg cctgcccgat gcacgtcgac 1020
ttcagtcgcc aaaaggtttc acacaccacc accggccacg gcagccatct gtgccttggc 1080
cagcacctgg cccgccggga aatcatcgtc accctcaagg aatggctgac caggattcct 1140
gacttctcca ttgccccggg tgcccagatt cagcacaaga gcggcatcgt cagcggcgtg 1200
caggcactcc ctctggtctg ggatccggcg actaccaaag cggtataa 1248
<210> 53
<211> 1248
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CamC F351N
<400> 53
atgacgactg aaaccataca aagcaacgcc aatcttgccc ctctgccacc ccatgtgcca 60
gagcacctgg tattcgactt cgacatgtac aatccgtcga atctgtctgc cggcgtgcag 120
gaggcctggg cagttctgca agaatcaaac gtaccggatc tggtgtggac tcgctgcaac 180
ggcggacact ggatcgccac tcgcggccaa ctgatccgtg aggcctatga agattaccgc 240
cacttttcca gcgagtgccc gttcatccct cgtgaagccg gcgaagccta cgacttcatt 300
cccacctcga tggatccgcc cgagcagcgc cagtttcgtg cgctggccaa ccaagtggtt 360
ggcatgccgg tggtggataa gctggagaac cggatccagg agctggcctg ctcgctgatc 420
gagagcctgc gcccgcaagg acagtgcaac ttcaccgagg actacgccga acccttcccg 480
atacgcatct tcatgctgct cgcaggtcta ccggaagaag atatcccgca cttgaaatac 540
ctaacggatc agatgacccg tccggatggc agcatgacct tcgcagaggc caaggaggcg 600
ctctacgact atctgatacc gatcatcgag caacgcaggc agaagccggg aaccgacgct 660
atcagcatcg ttgccaacgg ccaggtcaat gggcgaccga tcaccagtga cgaagccaag 720
aggatgtgtg gcctgttact ggtcggcggc ctggatacgg tggtcaattt cctcagcttc 780
agcatggagt tcctggccaa aagcccggag catcgccagg agctgatcga gcgtcccgag 840
cgtattccag ccgcttgcga ggaactactc cggcgcttct cgctggttgc cgatggccgc 900
atcctcacct ccgattacga gtttcatggc gtgcaactga agaaaggtga ccagatcctg 960
ctaccgcaga tgctgtctgg cctggatgag cgcgaaaacg cctgcccgat gcacgtcgac 1020
ttcagtcgcc aaaaggtttc acacaccacc aacggccacg gcagccatct gtgccttggc 1080
cagcacctgg cccgccggga aatcatcgtc accctcaagg aatggctgac caggattcct 1140
gacttctcca ttgccccggg tgcccagatt cagcacaaga gcggcatcgt cagcggcgtg 1200
caggcactcc ctctggtctg ggatccggcg actaccaaag cggtataa 1248
<210> 54
<211> 1248
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CamC F351Q
<400> 54
atgacgactg aaaccataca aagcaacgcc aatcttgccc ctctgccacc ccatgtgcca 60
gagcacctgg tattcgactt cgacatgtac aatccgtcga atctgtctgc cggcgtgcag 120
gaggcctggg cagttctgca agaatcaaac gtaccggatc tggtgtggac tcgctgcaac 180
ggcggacact ggatcgccac tcgcggccaa ctgatccgtg aggcctatga agattaccgc 240
cacttttcca gcgagtgccc gttcatccct cgtgaagccg gcgaagccta cgacttcatt 300
cccacctcga tggatccgcc cgagcagcgc cagtttcgtg cgctggccaa ccaagtggtt 360
ggcatgccgg tggtggataa gctggagaac cggatccagg agctggcctg ctcgctgatc 420
gagagcctgc gcccgcaagg acagtgcaac ttcaccgagg actacgccga acccttcccg 480
atacgcatct tcatgctgct cgcaggtcta ccggaagaag atatcccgca cttgaaatac 540
ctaacggatc agatgacccg tccggatggc agcatgacct tcgcagaggc caaggaggcg 600
ctctacgact atctgatacc gatcatcgag caacgcaggc agaagccggg aaccgacgct 660
atcagcatcg ttgccaacgg ccaggtcaat gggcgaccga tcaccagtga cgaagccaag 720
aggatgtgtg gcctgttact ggtcggcggc ctggatacgg tggtcaattt cctcagcttc 780
agcatggagt tcctggccaa aagcccggag catcgccagg agctgatcga gcgtcccgag 840
cgtattccag ccgcttgcga ggaactactc cggcgcttct cgctggttgc cgatggccgc 900
atcctcacct ccgattacga gtttcatggc gtgcaactga agaaaggtga ccagatcctg 960
ctaccgcaga tgctgtctgg cctggatgag cgcgaaaacg cctgcccgat gcacgtcgac 1020
ttcagtcgcc aaaaggtttc acacaccacc cagggccacg gcagccatct gtgccttggc 1080
cagcacctgg cccgccggga aatcatcgtc accctcaagg aatggctgac caggattcct 1140
gacttctcca ttgccccggg tgcccagatt cagcacaaga gcggcatcgt cagcggcgtg 1200
caggcactcc ctctggtctg ggatccggcg actaccaaag cggtataa 1248
<210> 55
<211> 1248
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CamC F351H
<400> 55
atgacgactg aaaccataca aagcaacgcc aatcttgccc ctctgccacc ccatgtgcca 60
gagcacctgg tattcgactt cgacatgtac aatccgtcga atctgtctgc cggcgtgcag 120
gaggcctggg cagttctgca agaatcaaac gtaccggatc tggtgtggac tcgctgcaac 180
ggcggacact ggatcgccac tcgcggccaa ctgatccgtg aggcctatga agattaccgc 240
cacttttcca gcgagtgccc gttcatccct cgtgaagccg gcgaagccta cgacttcatt 300
cccacctcga tggatccgcc cgagcagcgc cagtttcgtg cgctggccaa ccaagtggtt 360
ggcatgccgg tggtggataa gctggagaac cggatccagg agctggcctg ctcgctgatc 420
gagagcctgc gcccgcaagg acagtgcaac ttcaccgagg actacgccga acccttcccg 480
atacgcatct tcatgctgct cgcaggtcta ccggaagaag atatcccgca cttgaaatac 540
ctaacggatc agatgacccg tccggatggc agcatgacct tcgcagaggc caaggaggcg 600
ctctacgact atctgatacc gatcatcgag caacgcaggc agaagccggg aaccgacgct 660
atcagcatcg ttgccaacgg ccaggtcaat gggcgaccga tcaccagtga cgaagccaag 720
aggatgtgtg gcctgttact ggtcggcggc ctggatacgg tggtcaattt cctcagcttc 780
agcatggagt tcctggccaa aagcccggag catcgccagg agctgatcga gcgtcccgag 840
cgtattccag ccgcttgcga ggaactactc cggcgcttct cgctggttgc cgatggccgc 900
atcctcacct ccgattacga gtttcatggc gtgcaactga agaaaggtga ccagatcctg 960
ctaccgcaga tgctgtctgg cctggatgag cgcgaaaacg cctgcccgat gcacgtcgac 1020
ttcagtcgcc aaaaggtttc acacaccacc catggccacg gcagccatct gtgccttggc 1080
cagcacctgg cccgccggga aatcatcgtc accctcaagg aatggctgac caggattcct 1140
gacttctcca ttgccccggg tgcccagatt cagcacaaga gcggcatcgt cagcggcgtg 1200
caggcactcc ctctggtctg ggatccggcg actaccaaag cggtataa 1248
<210> 56
<211> 1248
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CamC F351D
<400> 56
atgacgactg aaaccataca aagcaacgcc aatcttgccc ctctgccacc ccatgtgcca 60
gagcacctgg tattcgactt cgacatgtac aatccgtcga atctgtctgc cggcgtgcag 120
gaggcctggg cagttctgca agaatcaaac gtaccggatc tggtgtggac tcgctgcaac 180
ggcggacact ggatcgccac tcgcggccaa ctgatccgtg aggcctatga agattaccgc 240
cacttttcca gcgagtgccc gttcatccct cgtgaagccg gcgaagccta cgacttcatt 300
cccacctcga tggatccgcc cgagcagcgc cagtttcgtg cgctggccaa ccaagtggtt 360
ggcatgccgg tggtggataa gctggagaac cggatccagg agctggcctg ctcgctgatc 420
gagagcctgc gcccgcaagg acagtgcaac ttcaccgagg actacgccga acccttcccg 480
atacgcatct tcatgctgct cgcaggtcta ccggaagaag atatcccgca cttgaaatac 540
ctaacggatc agatgacccg tccggatggc agcatgacct tcgcagaggc caaggaggcg 600
ctctacgact atctgatacc gatcatcgag caacgcaggc agaagccggg aaccgacgct 660
atcagcatcg ttgccaacgg ccaggtcaat gggcgaccga tcaccagtga cgaagccaag 720
aggatgtgtg gcctgttact ggtcggcggc ctggatacgg tggtcaattt cctcagcttc 780
agcatggagt tcctggccaa aagcccggag catcgccagg agctgatcga gcgtcccgag 840
cgtattccag ccgcttgcga ggaactactc cggcgcttct cgctggttgc cgatggccgc 900
atcctcacct ccgattacga gtttcatggc gtgcaactga agaaaggtga ccagatcctg 960
ctaccgcaga tgctgtctgg cctggatgag cgcgaaaacg cctgcccgat gcacgtcgac 1020
ttcagtcgcc aaaaggtttc acacaccacc gatggccacg gcagccatct gtgccttggc 1080
cagcacctgg cccgccggga aatcatcgtc accctcaagg aatggctgac caggattcct 1140
gacttctcca ttgccccggg tgcccagatt cagcacaaga gcggcatcgt cagcggcgtg 1200
caggcactcc ctctggtctg ggatccggcg actaccaaag cggtataa 1248
Claims (19)
- 박테리아 시토크롬 P450 단백질의 변이체를 코딩하는 외래 유전자를 포함하는 재조합 미생물로서, 상기 변이체는 서열번호 6의 아미노산 서열의 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기에서 아미노산 변경(alteration)을 갖고 EC 1.14.15.1에 속하는 활성을 갖는 것인 미생물.
- 청구항 1에 있어서, 상기 아미노산 변경은 상기 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기가 Y, T, N, Q, H, 또는 D로 치환인 것인 미생물.
- 청구항 1에 있어서, 상기 아미노산 변경은 F351Y, F351T, F351N, F351Q, F351H, 또는 F351D 치환인 것인 미생물.
- 청구항 1에 있어서, P450 CamA를 코딩하는 외래 유전자, 및 P450 CamB를 코딩하는 외래 유전자를 더 포함하는 것인 미생물.
- 청구항 1에 있어서, EC 1.1.1.49에 속하는 단백질을 코딩하는 외래 유전자를 더 포함하는 것인 미생물.
- 시료 중 CHnF4-n (n은 0 내지 3의 정수)으로 표시되는 플루오로메탄을 제거하는데 사용하기 위한 재조합 P450 단백질의 변이체를 포함하는 조성물로서, 상기 변이체는 서열번호 6의 아미노산 서열의 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기에서 아미노산 변경(alteration)을 갖고 EC 1.14.15.1에 속하는 활성을 갖는 것인 조성물.
- 청구항 6에 있어서, 재조합 P450 단백질의 변이체는 외래 유전자로부터 발현된 박테리아 시토크롬 P450 단백질의 변이체를 포함하고 있는 재조합 미생물의 형태인 것인 조성물.
- 청구항 6에 있어서, 상기 아미노산 변경은 상기 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기가 Y, T, N, Q, H, 또는 D로 치환인 것인 미생물.
- 청구항 6에 있어서, 상기 아미노산 변경은 F351Y, F351T, F351N, F351Q, F351H, 또는 F351D 치환인 것인 조성물.
- 청구항 6에 있어서, 상기 시료는 액체 또는 기체 상태인 것인 조성물.
- 청구항 6에 있어서, 상기 미생물은 Escherichia 속 미생물인 것인 조성물.
- 재조합 P450 단백질의 변이체를 CHnF4-n (n은 0 내지 3의 정수)으로 표시되는 플루오로메탄 함유 시료와 접촉시켜 시료 중 플루오로메탄의 농도를 감소시키는 단계;를 포함하는, 시료 중 플루오로메탄의 농도를 감소시키는 방법으로서, 상기 변이체는 서열번호 6의 아미노산 서열의 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기에서 아미노산 변경(alteration)을 갖고 EC 1.14.15.1에 속하는 활성을 갖는 것인 방법.
- 청구항 12에 있어서, 상기 접촉은 밀폐된 용기 중에서 수행되는 것인 방법.
- 청구항 12에 있어서, 상기 재조합 P450 단백질의 변이체는 발현된 박테리아 시토크롬 P450 단백질의 변이체를 포함하고 있는 재조합 미생물의 형태인 것인 방법.
- 청구항 14에 있어서, 상기 접촉은 밀폐된 용기 중에서 재조합 미생물이 생존가능한 조건에서 수행되는 것인 방법.
- 청구항 14에 있어서, 상기 접촉은 상기 플루오로메탄의 존재하에서 미생물을 배양하는 것인 방법.
- 청구항 14에 있어서, 상기 시료는 공장 폐수 또는 폐기체인 것인 방법.
- 서열번호 6의 아미노산 서열의 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기에서 아미노산 변경(alteration)을 갖고 EC 1.14.15.1에 속하는 박테리아 P450CamC의 변이체.
- 서열번호 6의 아미노산 서열의 F351 위치에 해당하는 아미노산 잔기에서 아미노산 변경(alteration)을 갖고 EC 1.14.15.1에 속하는 박테리아 P450CamC의 변이체를 코딩하는 폴리뉴클레오티드.
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KR1020160109544A KR20180023735A (ko) | 2016-08-26 | 2016-08-26 | 박테리아 시토크롬 p450 단백질 변이체 및 그를 이용한 시료 중 플루오르화된 메탄의 농도를 감소시키는 방법 |
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Cited By (2)
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KR102252056B1 (ko) | 2020-05-13 | 2021-05-13 | 전남대학교산학협력단 | 재조합 벡터 및 이를 이용한 재조립 시토크롬 p450 옥시게나아제-리덕타아제 융합 단백질의 제조 방법 |
KR20230044129A (ko) | 2021-09-24 | 2023-04-03 | 전남대학교산학협력단 | 시토크롬 p450을 이용한 메탄가스로부터 메탄올 화합물의 생산방법 및 이의 용도 |
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2016
- 2016-08-26 KR KR1020160109544A patent/KR20180023735A/ko unknown
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KR102252056B1 (ko) | 2020-05-13 | 2021-05-13 | 전남대학교산학협력단 | 재조합 벡터 및 이를 이용한 재조립 시토크롬 p450 옥시게나아제-리덕타아제 융합 단백질의 제조 방법 |
US11236309B2 (en) | 2020-05-13 | 2022-02-01 | Industry Foundation Of Chonnam National University | Recombinant vector and method for producing reconstituted cytochrome P450 oxygenase-reductase fusion protein using the same |
KR20230044129A (ko) | 2021-09-24 | 2023-04-03 | 전남대학교산학협력단 | 시토크롬 p450을 이용한 메탄가스로부터 메탄올 화합물의 생산방법 및 이의 용도 |
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