KR20150006581A - Escherichia coli for high production of d-galactonate and use thereof - Google Patents

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Abstract

The present invention relates to a D-galactonate high producing recombinant strain and uses thereof. More specifically, the present invention manufactures a recombinant E. coli strain which mass produces D-galactonate from D-galactose by: transducing an E. coli strain with an expression vector including a gld gene which codes GalDH originated from P.syringae using metabolic engineering, and expressing the GalDH; and reducing consumption of the D-galactose and D-galactonate produced by breaking genes which code each galactokinase and 2-dehydro-3-deoxygalactonate kinase involved in D-galactose and D-galactonate metabolic pathways in a host strain. Therefore, the D-galactonate high producing recombinant strain can be useful for mass production of D-galactonate used as food and cosmetic raw materials.

Description

Ｄ―갈락토네이트 고생산 대장균 균주 및 이의 용도{ESCHERICHIA COLI FOR HIGH PRODUCTION OF D―GALACTONATE AND USE THEREOF}D-galactonate-producing Escherichia coli strains and their use {ESCHERICHIA COLI FOR HIGH PRODUCTION OF D-GALACTONATE AND USE THEREOF}

본 발명은 대사 공학(metabolic engineering)에 의해 제조된 D-갈락토네이트(D-galactonate)를 대량 생산하는 재조합 균주, 상기 균주의 제조 방법, 및 상기 균주를 이용하여 D-갈락토오스(D-galactose)로부터 D-갈락토네이트를 대량으로 생산하는 방법에 관한 것이다.
The present invention relates to a recombinant strain producing a large amount of D-galactonate produced by metabolic engineering, a method for producing the strain, and a method for producing D-galactose using the strain, ≪ / RTI > to a process for the production of D-galactonates in large quantities.

D-갈락토오스(D-galactose)는 자연에서 발견된 많은 탄수화물 중 하나이고, 특히 거대 홍조류에 25 ~ 35% 건조 중량으로 존재한다(특허문헌 1). 이것은 생물학적 및/또는 화학적 방법을 통해 다양한 바이오연료 및 플랫폼 화학물질의 생산에 활용되어 진다. 최근 보고서는 폴리머 합성, 제약 및 기타 석유 유사 화학물질의 유용한 전구체 화합물인 푸르푸랄(furfural) 내로 D-갈락토오스의 화학적 전환을 강조한 바 있다. D-galactose is one of many carbohydrates found in nature, especially in giant red algae with 25-35% dry weight (Patent Document 1). It is used for the production of a variety of biofuels and platform chemicals through biological and / or chemical methods. Recent reports have highlighted the chemical conversion of D-galactose into furfural, a useful precursor compound for polymer synthesis, pharmaceuticals and other petroleum-like chemicals.

D-갈락토오스 유도체인 D-갈락토네이트(D-galactonate)는 폴리에스테르 전구체, 식품첨가물, 약학적 중간체 및 화장품 원료로 사용되는 가치있는 유기산이다(특허문헌 2). D-갈락토네이트는 일반적으로 산소의 존재 하에서 pH 8-10 내에서 60℃로 알루미나(alumina) 담지된 금촉매를 거쳐서 D-갈락토오스의 대기의 산화를 통해 화학적으로 생산된다(도 1의 A). 이런 반응은 4시간 내에 완료되지만 상기 반응의 pH 감도가 종종 락톤 중간체 축적을 야기하는 촉매 활성을 감소시킨다. D-galactonate, which is a D-galactose derivative, is a valuable organic acid used as a polyester precursor, a food additive, a pharmaceutical intermediate, and a cosmetic raw material (Patent Document 2). D-galactonate is chemically produced through oxidation of the atmosphere of D-galactose via gold catalysts supported on alumina in the presence of oxygen in the presence of oxygen at pH 8-10 at 60 ° C (FIG. 1 A) . This reaction is complete within 4 hours, but the pH sensitivity of the reaction often reduces the catalytic activity causing lactone intermediate accumulation.

한편, D-갈락토오스로부터 D-갈락토네이트의 생물학적 전환은 지금까지도 여전히 완전하게 탐구되지 않았다. 일부 미생물들이 D-갈락토오스를 D-갈락토네이트로 전환할 수 있음에도 불구하고, 이런 미생물들에 대한 유전적 정보의 부족 및 이용가능한 제한적인 유전적 툴(tool)이 D-갈락토네이트 생산에 대한 추가적인 대사 공학을 지연시켰다. D-갈락토오스가 대사 작용될 수 있는 여러 루트가 있다. 대장균(Escherichia coli) 및 락토코커스 락티스(Lactococcus lactis)과 같은 미생물들은 레르와르 경로(Leloir pathway)를 통해 D-갈락토오스를 본질적으로 대사 작용을 할 수 있다. 상기 경로는 처음 D-갈락토오스 인산화와 관련되고, 뒤이어 유리딜리디포스페이트 글루코즈(uridylyldiphosphate-glucose; UDP-glucose) 유래 유리딜리모노포스페이트(uridylylmonophosphate; UMP)를 갈락토오스-1-포스페이트(galactose-1-phosphate)로의 전환이 관련된다. 마지막으로, 분비된 글루코즈-1-포스페이트(glucose-1-phosphate)는 중앙의 해당경로로 들어간다(도 1의 B). D-갈락토네이트는 레르와르 경로로부터 생산된다. 또다른 D-갈락토오스 대사는 아조토박터 비넬란디이이(Azotobacter vinelandii), 카울로박터 크레센투스(CauLobacter crescentus) 및 슈도모나스 플루오레센스(Pseudomonas fluorescens)에서 발견되는 디레이-도우돌오프 경로(DeLey-Doudoroff pathway)이다. 이런 경로에 있어서, D-갈락토오스에서 D-갈락토네이트로의 초기 환원은 갈락토오스 탈수소효소(galactose dehydrogenase enzyme; GalDH)에 의해 촉진되고, 그런 다음 2-케토-3-데옥시-갈락토네이트(2-keto-3-deoxy-D-galactonate)를 형성하도록 D-갈락토네이트 탈수가 잇따르고, 그런 다음 피루빈산염(pyruvate) 및 글리세르알데하이드 포스페이트(glyceraldehyde phosphate)를 분비하기 위해 절단되기 전에 인산화된다(도 1의 B). 그러므로, D-갈락토네이트는 디레이-도우돌오프 경로로부터 생산될 수 있다. On the other hand, the biological conversion of D-galactonate from D-galactose has not yet been completely explored. Despite the fact that some microorganisms can convert D-galactose to D-galactonate, a lack of genetic information on these microorganisms and available limited genetic tools have led to the development of D-galactonate Delayed additional metabolic engineering. There are several routes by which D-galactose can be metabolized. Microorganisms such as Escherichia coli and Lactococcus lactis can inherently metabolize D-galactose through the Leloir pathway. This pathway was first associated with D-galactose phosphorylation, followed by uridyllylphosphate (UDP-glucose) uridylylmonophosphate (UMP) in the presence of galactose-1-phosphate . ≪ / RTI > Finally, secreted glucose-1-phosphate enters the corresponding path in the center (Fig. 1B). D-galactonate is produced from the pathway of Lewar. Another D-galactose metabolite is the DeLey-Doudoroff pathway found in Azotobacter vinelandii, CauLobacter crescentus and Pseudomonas fluorescens. pathway. In this pathway, the initial reduction of D-galactose to D-galactonate is catalyzed by galactose dehydrogenase enzyme (GalDH), then 2-keto-3-deoxy-galactonate -keto-3-deoxy-D-galactonate), followed by phosphorylation before cleavage to secrete pyruvate and glyceraldehyde phosphate ( 1B). Therefore, D-galactonate can be produced from the Draey-Dowdoll off pathway.

이와 같이, D-갈락토네이트 생산을 위한 적절한 생물학적 접근의 부족에 따라, D-갈락토네이트를 대량으로 생산할 수 있는 방법이 요구된다.
Thus, in accordance with the lack of a suitable biological approach to D-galactonate production, a method is needed that can produce D-galactonate in large quantities.

이에, 본 발명자들은 최소 배지로부터 D-갈락토네이트를 생산할 수 있는 대사 작용이 조작된 E. coli를 제작하였다(도 1의 B). Thus, the present inventors produced E. coli whose metabolism was engineered to produce D-galactonate from minimal medium (FIG. 1B).

구체적으로, 본 발명자들은 E. coli는 그것의 잘 확립된 대사 배경, 실현 가능한 유전적 툴, 단순 배지에서의 빠른 성장률 및 D-갈락토오스를 포함하는 넓은 범위의 탄소원을 대사 작용하는 능력 때문에 숙주생물로 선별하였다. 그런 다음, 슈도모나스 시린가에(Pseudomona ssyringae)로부터 유래된 GalDH를 암호화하는 gld 유전자를 상기 E. coli 내로 도입하였고, 상기 E. coli는 D-갈락토오스 및 D-갈락토네이트 이화 경로(catabolic pathway)에 대한 관련된 천연의 galK 및 dgoK 유전자 둘 모두를 세포성장을 위한 그들의 소비를 방지하기 위해 블락시켜 대사경로를 조작하였다. 본 발명에 따라 제조된 재조합 균주의 D-갈락토네이트 생산성을 혼합된 탄소원을 포함하는 M9 최소 배지에서 확인한 결과, 발효 브루스로부터 D-갈락토네이트 생산을 현저히 증가시켰음을 확인하였다.
Specifically, the present inventors have found that E. coli is a host organism due to its well-established metabolic background, feasible genetic tools, rapid growth rate in simple medium, and ability to metabolize a wide range of carbon sources including D-galactose Respectively. That was then introduced into the gld gene coding for GalDH derived from (Pseudomona ssyringae) Pseudomonas siringa into the E. coli, the E. coli is of the Lactobacillus carbonate Physicochemical path (catabolic pathway) D- galactose, and D- go Both the relevant native galK and dgoK genes were engineered to block metabolic pathways to prevent their consumption for cell growth. The productivity of D-galactonate of the recombinant strain produced according to the present invention was confirmed in the M9 minimal medium containing the mixed carbon source, and it was confirmed that D-galactonate production from the fermented bruce was significantly increased.

US 2010/0124774 A1US 2010/0124774 A1 US 5650436 BUS 5650436 B

본 발명의 목적은 대사공학을 이용하여 D-갈락토네이트를 효율적으로 생산할 수 있는 재조합 균주를 제작하고자, 1) 야생형 E. coli 균주는 D-갈락토오스를 D-갈로토네이트로 전환할 수 있는 천연의 효소를 포함하지 않기 때문에, 슈도모나스 시린가에(Pseudomona ssyringae; P. syringae) 유래 갈락토오스 탈수소효소(galactose dehydrogenase; GalDH)를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 상기 GalDH를 발현할 수 있게 하고, 또한 2) 야생형 E. coli 균주는 레르와르 경로(Leloir pathway) 및 디레이-도우돌오프 경로(DeLey-Doudoroff pathway)를 통하여 세포 성장을 위해 D-갈락토오스 및 D-갈락토네이트 둘 모두를 이용할 수 있으므로 두 대사 경로가 기질 경쟁 및 생산물 소비를 통하여 D-갈락토네이트를 감소시키는 것을 막기 위해, D-갈락토오스 및 D-갈락토네이트 대사 경로에 관여하는 갈락토키나아제 및 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제를 각각 암호화하는 유전자들을 유전자 파괴시켜 D-갈락토오스 및 D-갈락토네이트의 소비를 줄임으로써, 야생형에 비해 D-갈락토네이트를 현저히 대량으로 생산할 수 있는 재조합 E. coli를 개발함으로써, 상기 재조합 균주, 대사공학을 이용한 상기 균주의 제조 방법, 및 상기 균주를 배양하여 D-갈락토네이트를 대량 생산하는 방법을 제공하는 것이다.
An object of the present invention is to provide a recombinant strain capable of efficiently producing D-galactonate by using metabolic engineering. 1) A wild-type E. coli strain is a natural strain capable of converting D-galactose into D- because of not including enzymes, (Pseudomona Pseudomonas siringa ssyringae ; P. syringae) derived from galactose dehydrogenase (galactose dehydrogenase; can be transduced by an expression vector comprising a gene coding for GalDH gld) expressing the GalDH, and also 2) wild-type E. coli strain LES Loire path ( Both the D-galactose and D-galactonate can be used for cell growth through the Leloir pathway and the DeLey-Doudoroff pathway, so that both metabolic pathways can be used for D To prevent the reduction of galactonate, genes coding for galactokinase and 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase, respectively, involved in the D-galactose and D-galactonate metabolic pathways, was destroyed by reducing the consumption of Lactobacillus Nate go D- galactose and D-, compared to wild-type recombination can produce D- galactosidase Nate go considerably large amount of E. c By developing a oli, the recombinant strain, the method of producing a strain with a metabolic engineering, and to the culturing said strain provides a method for mass-producing Lactobacillus carbonate D- go.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 대장균(Escherichia coli; E. coli)에 슈도모나스 시린가에(Pseudomona ssyringae; P. syringae) 유래 갈락토오스 탈수소효소(galactose dehydrogenase; GalDH)를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된, D-갈락토네이트(D-galactonate) 고생산 대장균 균주를 제공한다.In order to accomplish the above object, the present invention provides an Escherichia coli coli ; E. coli ) with Pseudomonas ssyringae ; D-galactonate-producing Escherichia coli strain prepared by transfecting an expression vector containing a gld gene encoding galactose dehydrogenase (GalDH) derived from P. syringae .

또한, 본 발명은 갈락토키나아제(galactokinase)를 암호화하는 galK 유전자가 녹아웃(knock out)된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주를 제공한다.The present invention also relates to a method for producing a galactopyranosyltransferase gene, which comprises the step of transforming an E. coli knocked out with a galK gene encoding galactokinase into an expression vector comprising a gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae, Galactonate-producing E. coli strain.

또한, 본 발명은 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자 및 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제(2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase)를 암호화하는 dogK 유전자를 녹아웃된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주를 제공한다.The present invention also relates to a method for producing a galK gene encoding a galactokinase and a dog K gene encoding 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase, Galactonate-producing Escherichia coli strain, which is prepared by transfecting an expression vector containing a gld gene encoding a galactosidase dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae.

또한, 본 발명은 In addition,

1) 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 제조하는 단계; 및1) preparing an expression vector containing a gld gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae; And

2) 상기 단계 1)의 발현벡터를 대장균에 형질도입하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법을 제공한다.2) introducing the expression vector of step 1) into Escherichia coli.

또한, 본 발명은In addition,

1) 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 제조하는 단계;1) preparing an expression vector containing a gld gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae;

2) 대장균에서 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자를 녹아웃(knock out)시키는 단계; 및2) knocking the galK gene encoding galactokinase in E. coli; And

3) 상기 단계 1)의 발현벡터를 상기 단계 2)의 대장균에 형질도입하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법을 제공한다.3) a step of transfecting the Escherichia coli of step 2) with the expression vector of step 1).

또한, 본 발명은In addition,

1) 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 제조하는 단계;1) preparing an expression vector containing a gld gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae;

2) 대장균에서 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자 및 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제를 암호화하는 dogK 유전자를 녹아웃시키는 단계; 및2) knocking out a galK gene encoding galactokinase in E. coli and a dogK gene encoding 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase; And

3) 상기 단계 1)의 발현벡터를 상기 단계 2)의 대장균에 형질도입하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법을 제공한다.3) a step of transfecting the Escherichia coli of step 2) with the expression vector of step 1).

또한, 본 발명은In addition,

1) 상기 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된 재조합 대장균 균주를 배양하는 단계; 및1) culturing a recombinant Escherichia coli strain produced by transfecting the Escherichia coli with an expression vector containing a gld gene encoding a galactosidase enzyme derived from Pseudomonas syringae; And

2) 상기 단계 1)에서 배양된 배양액에서 D-갈락토네이트를 회수하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트의 대량 생산 방법을 제공한다.2) recovering D-galactonate in the culture medium cultivated in the step 1). The present invention also provides a method for mass production of D-galactonate.

또한, 본 발명은In addition,

1) 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자가 녹아웃된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된 재조합 대장균 균주를 배양하는 단계; 및1) culturing a recombinant E. coli strain produced by transfecting an E. coli knockout galK gene encoding galactokinase with an expression vector containing a gld gene encoding a galactosidase enzyme derived from Pseudomonas syringae; And

2) 상기 단계 1)에서 배양된 배양액에서 D-갈락토네이트를 회수하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트의 대량 생산 방법을 제공한다.2) recovering D-galactonate in the culture medium cultivated in the step 1). The present invention also provides a method for mass production of D-galactonate.

아울러, 본 발명은In addition,

1) 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자 및 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제를 암호화하는 dogK 유전자를 녹아웃된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된 재조합 대장균 균주를 배양하는 단계; 및1) a galK gene encoding a galactokinase and a dog gene encoding a 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase, and a gld gene encoding a galactosidase dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae Culturing a recombinant E. coli strain prepared by transfecting an expression vector; And

2) 상기 단계 1)에서 배양된 배양액에서 D-갈락토네이트를 회수하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트의 대량 생산 방법을 제공한다.
2) recovering D-galactonate in the culture medium cultivated in the step 1). The present invention also provides a method for mass production of D-galactonate.

본 발명에서는 P. syringae로부터 D-갈락토오스 탈수소화효소 유전자를 클론시켜 이런 유전자를 E. coli 균주에서 발현시킴으로써, D-갈락토네이트 생산 균주를 제조하였다. 또한, D-갈락토네이트 생산을 최대화하기 위해, 숙주 E. coli 균주에서 천연의 D-갈락토오스 및 D-갈락토네이트 대사경로 모두를 블락시켰다. 이렇게 제조된 재조합 균주에 대해 실험실 규모의 비연속 발효(Lab-scale batch fermentation)를 수행한 결과, 20 g L-1 D-갈락토오스로부터 17.6 g L-1의 D-갈락토네이트를 생산하고(즉, 88% 수율) 평균 생산성이 0.24 g L-1 h- 1를 가지는 것을 확인하였다. 따라서, 본 발명의 재조합 균주를 이용하여 D-갈락토오스로부터 D-갈락토네이트를 산업적으로 대량 생산할 수 있다.
In the present invention, a D-galactonate dehydrogenase gene was cloned from P. syringae and this gene was expressed in an E. coli strain to produce a D-galactonate-producing strain. In addition, to maximize D-galactonate production, both the native D-galactose and D-galactonate metabolic pathways were blocked in the host E. coli strain. Lab-scale batch fermentation of the recombinant strains thus produced produced 17.6 g L -1 of D-galactonate from 20 g L -1 D-galactose (that is, , 88% yield) of the average productivity 0.24 g L -1 h - it was confirmed that with the first. Therefore, D-galactonate can be industrially mass-produced from D-galactose using the recombinant strain of the present invention.

도 1은 화학적 방법(A) 및 대사 조작 E. coli(B)에 의한 D-갈락토네이트 생산 과정을 보여주는 그림이다:
여기서, galK은 갈락토키나아제(galactokinase)를 암호화하는 유전자이고;
galT는 UDP-글루코즈:α-D-갈락토오스-1-포스페이트 유리딜일트랜스퍼라아제(UDT-glucose:α-D-galactose-1-phosphate uridylyltransferase)를 암호화하는 유전자이며;
dgoD는 D-갈락토네이트 데히드라타아제(D-galactonate dehydratase)를 암호화하는 유전자이고;
dgoK는 2-데히드로-3-데옥시갈락토네이트 키나아제(2-dehydro-3-deoxygalactonate kinase)를 암호화하는 유전자이며;
dgoA는 2-데히드로-3-데옥시갈락토네이트-6-포스페이트 알도라아제(2-dehydro-3-deoxygalactonate-6-phosphate aldolase)를 암호화하는 유전자이고;
gld는 D-갈락토오스 데하이드로게나아제(D-galactose dehydrogenase)를 암호화하는 유전자이며;
X는 상기 유전자가 파괴된 것을 나타내고;
점선은 상기 유전자가 도입된 것을 나타낸다.
도 2는 pH에 따른 GalDH의 활성을 보여주는 그래프이다.
도 3은 탄소원으로 D-갈락토오스 또는 D-갈락토네이트를 포함하는 고체 배지에서 E. coli BW25113 야생형, 및 galK 및/또는 dgoK 유전자가 파괴된 균주의 성장을 보여주는 그림이다.
도 4는 진탕 플라스크 배양 동안 EWG1, EWG2 및 EWG3의 바이오매스, 글루코즈, D-갈락토오스 및 D-갈락토네이트의 농도를 보여주는 그래프이다.
도 5는 5L 반응기에서 비연속 발효 동안 EWG3의 D-갈락토오스 및 D-갈락토네이트 농도를 보여주는 그래프이다.
도 6은 5L 반응기에서 비연속 발효 동안 EWG3의 성장, 글루코즈 및 아세트산 농도를 보여주는 그래프이다.
도 7은 NMR 분석을 통해 비연속 발효로부터 회수된 D-갈락토네이트 생산물을 동정한 확인을 보여주는 그래프이다:
(a) 13C-NMR: C1, 179.88 ppm; C2, 71.62 ppm; C3, 70.29 ppm; C4, 69.94 ppm; C5, 71.98 ppm; C6, 63.52 ppm. (b) 1H-NMR: σ 4.22 (d, 1H, J 1.5, H2), σ3.89 (m, 2H, J 1.5, J5.5, J 9.5, H3, H4), σ 3.61 (dd, 2H, J 1.5, J 5.5, H6), σ 3.57 (dd, 1H, J 1.5, J 9.5, H5).Brief Description of the Drawings Figure 1 is a diagram showing the process of D-galactonate production by chemical method (A) and metabolic manipulation E. coli (B)
Here, galK is a gene encoding galactokinase;
galT is a gene encoding UDP-glucose:? -D-galactose-1-phosphate UDT-glucose (? -D-galactose-1-phosphate uridyl lransferase);
dgoD is a gene encoding D-galactonate dehydratase;
dgoK is a gene encoding 2-dehydro-3-deoxygalactonate kinase;
dgoA is a gene that encodes 2-dehydro-3-deoxy-galactonate-6-phosphate aldolase;
gld is a gene encoding D-galactose dehydrogenase;
X indicates that the gene has been destroyed;
The dotted line indicates that the gene was introduced.
2 is a graph showing the activity of GalDH according to pH.
FIG. 3 is a diagram showing the growth of E. coli BW25113 wild type and galK and / or dgoK gene-deficient strains in solid medium containing D-galactose or D-galactonate as a carbon source.
Figure 4 is a graph showing the concentrations of biomass, glucose, D-galactose and D-galactonate of EWG1, EWG2 and EWG3 during shake flask culture.
Figure 5 is a graph showing D-galactose and D-galactonate concentrations of EWG3 during discontinuous fermentation in a 5 L reactor.
Figure 6 is a graph showing growth, glucose and acetic acid concentrations of EWG3 during discontinuous fermentation in a 5 L reactor.
Figure 7 is a graph showing the identification of D-galactonate products recovered from discontinuous fermentation through NMR analysis:
(a) < 13 > C-NMR: Cl, 179.88 ppm; C2, 71.62 ppm; C3, 70.29 ppm; C4, 69.94 ppm; C5, 71.98 ppm; C6, 63.52 ppm. 2H, J 1.5, J 5.5, J 9.5, H 3, H 4),? 3.61 (dd, 2H, J 1.5, J 5.5, H 6),? 3.57 (dd, 1H, J 1.5, J 9.5, H 5).

이하, 본 발명을 상세히 설명한다.
Hereinafter, the present invention will be described in detail.

본 발명은 대장균(Escherichia coli; E. coli)에 슈도모나스 시린가에(Pseudomona ssyringae; P. syringae) 유래 갈락토오스 탈수소효소(galactose dehydrogenase; GalDH)를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된, D-갈락토네이트(D-galactonate) 고생산 대장균 균주를 제공한다.The present invention relates to Escherichia coli coli ; E. coli ) with Pseudomonas ssyringae ; D-galactonate-producing Escherichia coli strain prepared by transfecting an expression vector containing a gld gene encoding galactose dehydrogenase (GalDH) derived from P. syringae .

또한, 본 발명은 갈락토키나아제(galactokinase)를 암호화하는 galK 유전자가 녹아웃(knock out)된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주를 제공한다.The present invention also relates to a method for producing a galactopyranosyltransferase gene, which comprises the step of transforming an E. coli knocked out with a galK gene encoding galactokinase into an expression vector comprising a gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae, Galactonate-producing E. coli strain.

또한, 본 발명은 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자 및 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제(2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase)를 암호화하는 dogK 유전자를 녹아웃된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주를 제공한다.The present invention also relates to a method for producing a galK gene encoding a galactokinase and a dog K gene encoding 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase, Galactonate-producing Escherichia coli strain, which is prepared by transfecting an expression vector containing a gld gene encoding a galactosidase dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae.

상기 gld 유전자는 서열번호 1의 염기서열로 구성되고, 상기 galK 유전자는 서열번호 2의 염기서열로 구성되며, 상기 dogK 유전자는 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 것이 바람직하며, 상기 유전자는 상기 염기서열에 한정되지 않으며, 상기 서열에서 하나 또는 소수의 염기가 첨가, 결실 또는 치환된 서열로서 동일한 기능을 나타내는 염기서열을 가질 수 있다. The gld gene is composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, the galK gene is composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, the dogK gene is preferably composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4, And the base sequence having the same function as the sequence in which one or a few bases are added, deleted or substituted in the above sequence may be used.

상기 대장균은 E. coli BL21(DE3)인 것이 바람직하나 상기 종에 한정되지 않으며 당업계에 알려진 대장균 종은 모두 사용가능하다.The Escherichia coli is preferably E. coli BL21 (DE3), but the Escherichia coli is not limited to the above species and any Escherichia coli known in the art can be used.

상기 발현벡터는 pET28a 발현벡터인 것이 바람직하나 상기 벡터의 종류는 이에 한정되지 않으며 당업계에 일반적으로 사용되는 발현벡터는 모두 사용가능하다.
Preferably, the expression vector is a pET28a expression vector, but the type of the vector is not limited thereto, and all expression vectors commonly used in the art can be used.

본 발명에서는 야생형 E. coli 균주가 D-갈락토오스를 D-갈로토네이트로 전환할 수 있는 천연의 효소를 포함하지 않으나, 레르와르 경로(Leloir pathway) 및 디레이-도우돌오프 경로(DeLey-Doudoroff pathway)를 통하여 세포 성장을 위해 D-갈락토오스 및 D-갈락토네이트 둘 모두를 이용할 수 있는 점(도 1의 B 및 도 3)을 고려하여, 대사공학을 이용하여 대사경로를 조작하였다.In the present invention, the wild-type E. coli strain does not contain natural enzymes capable of converting D-galactose into D-galactonate, but the Leloir pathway and the DeLey-Doudoroff pathway galactonose and D-galactonate for cell growth (FIG. 1B and FIG. 3) for the growth of the cells through the pathway, the metabolic pathways were manipulated using metabolic engineering.

우선, 본 발명자들은 야생형 E. coli 균주는 D-갈락토오스를 D-갈로토네이트로 전환할 수 있는 천연의 효소를 포함하지 않기 때문에, 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소(GalDH)를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 상기 GalDH를 발현할 수 있는 재조합 E. coli 균주를 제조하였다. 상기 균주를 진탕 플라스크 배양한 후, D-갈락토네이트 생산량을 분석한 결과, EWG1는 0.17 g L-1 D-갈락토네이트를 생산하였고 8.3%의 동등한 수율을 나타내었다First, the inventors of the present invention found that a wild-type E. coli strain does not contain a natural enzyme capable of converting D-galactose to D-galactonate, so that a gld gene encoding galactosidase dehydrogenase (GalDH) derived from Pseudomonas syringae To produce recombinant E. coli strains capable of expressing the GalDH. After the strain was cultured in a shaking flask, the yield of D-galactonate was analyzed. As a result, EWG1 produced 0.17 g L -1 D-galactonate and showed an equivalent yield of 8.3%

또한, 본 발명자들은 D-갈락토오스에서 D-갈락토네이트로의 전환을 선호하고 최대화하는 것으로 합리적으로 조작하기 위해, 야생형 E. coli 균주는 2개의 다른 대사 경로를 통해 기질 경쟁 및 생산물 소비를 통하여 D-갈락토네이트를 감소시키는 것을 고려하여, 천연의 D-갈락토오스 대사 경로를 통하여 D-갈락토오스 소비를 방지하도록 D-갈락토오스 대사의 첫번째 단계를 촉진시키는 갈락토키나아제를 암호화하는 유전자 galK를 파괴시킨 다음, 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소(GalDH)를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 상기 GalDH를 발현할 수 있는 재조합 E. coli 균주를 제조하였다. 상기 균주를 진탕 플라스크 배양한 후, D-갈락토네이트 생산량을 분석한 결과, 0.44 g L-1 D-갈락토네이트를 생산하였고 22.0%의 수율을 나타내었다.In order to rationally manipulate the preference and maximization of the conversion of D-galactose to D-galactonate, the present inventors have also found that wild-type E. coli strains are able to produce D In view of reducing galactonate, the gene galK encoding the galactokinase promoting the first step of D-galactose metabolism is destroyed to prevent D-galactose consumption through the natural D-galactose metabolic pathway, A recombinant E. coli strain capable of expressing GalDH was prepared by transfecting an expression vector containing the gld gene encoding galactosidase dehydrogenase (GalDH) derived from Pseudomonas syringae. After the strain was cultured in a shake flask, the yield of D-galactonate was analyzed. As a result, 0.44 g L -1 D-galactonate was produced and a yield of 22.0% was obtained.

또한, 본 발명자들은 D-갈락토네이트 대사 경로를 막기 위한 대체적인 접근으로서 D-갈락토네이트 대사의 두 번째 단계를 촉진시키는 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제를 암호화하는 유전자 dgoK를 파괴시킨 다음, 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소(GalDH)를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 상기 GalDH를 발현할 수 있는 재조합 E. coli 균주를 제조하였다. 상기 균주를 진탕 플라스크 배양한 후, D-갈락토네이트 생산량을 분석한 결과, 1.24 g L-1 D-갈락토네이트를 생산하였으며, 62.0%의 동등한 수율을 나타내었다.
In addition, the present inventors have found that a gene encoding a 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase that promotes the second step of D-galactonate metabolism as an alternative approach to block the D- galactonate metabolic pathway After destroying dgoK, an expression vector containing a gld gene encoding galactosidase dehydrogenase (GalDH) derived from Pseudomonas syringae was transduced to prepare a recombinant E. coli strain capable of expressing the GalDH. After the strain was cultured in a shake flask, the yield of D-galactonate was analyzed. As a result, 1.24 g L -1 D-galactonate was produced, and an equivalent yield of 62.0% was obtained.

또한, 본 발명은In addition,

1) 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 제조하는 단계;1) preparing an expression vector containing a gld gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae;

2) 대장균에서 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자를 녹아웃(knock out)시키는 단계; 및2) knocking the galK gene encoding galactokinase in E. coli; And

3) 상기 단계 1)의 발현벡터를 상기 단계 2)의 대장균에 형질도입하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법을 제공한다.3) a step of transfecting the Escherichia coli of step 2) with the expression vector of step 1).

또한, 본 발명은In addition,

1) 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 제조하는 단계;1) preparing an expression vector containing a gld gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae;

2) 대장균에서 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자 및 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제를 암호화하는 dogK 유전자를 녹아웃시키는 단계; 및2) knocking out a galK gene encoding galactokinase in E. coli and a dogK gene encoding 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase; And

3) 상기 단계 1)의 발현벡터를 상기 단계 2)의 대장균에 형질도입하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법을 제공한다.3) a step of transfecting the Escherichia coli of step 2) with the expression vector of step 1).

상기 방법들에 있어서, 대장균은 E. coli BL21(DE3)인 것이 바람직하나 상기 종에 한정되지 않으며 당업계에 알려진 대장균 종은 모두 사용가능하다.In these methods, Escherichia coli is preferably E. coli BL21 (DE3), but not limited to the above species, and Escherichia coli species known in the art are all usable.

상기 방법들에 있어서, 발현벡터는 pET28a 발현벡터인 것이 바람직하나 상기 벡터의 종류는 이에 한정되지 않으며 당업계에 일반적으로 사용되는 발현벡터는 모두 사용가능하다. In the above methods, the expression vector is preferably a pET28a expression vector, but the type of the vector is not limited thereto, and all expression vectors commonly used in the art can be used.

상기 방법들에 있어서, 유전자 녹아웃은 유전자 파괴 카세트(gene disruption cassette)를 이용하여 유전자를 파괴시키는 것으로 수행하는 것이 바람직하나 이에 한정되지 않으며, 당업계에 사용되고 있는 유전자 녹아웃 방법은 모두 사용가능하다. In the above methods, the gene knockout is preferably performed by disrupting the gene using a gene disruption cassette. However, the gene knockout method used in the art can be used.

상기 방법들에 있어서, 유전자의 삽입은 전기 천공법(electroporation)을 이용하여 수행하는 것이 바람직하나 상기 방법에 한정되지 않으며, 당업계에 사용되고 있는 형질전환 방법은 모두 사용가능하다.
In the above methods, the insertion of the gene is preferably carried out using electroporation, but the method is not limited to the above method, and any transformation methods used in the art can be used.

또한, 본 발명은In addition,

1) 상기 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된 재조합 대장균 균주를 배양하는 단계; 및1) culturing a recombinant Escherichia coli strain produced by transfecting the Escherichia coli with an expression vector containing a gld gene encoding a galactosidase enzyme derived from Pseudomonas syringae; And

2) 상기 단계 1)에서 배양된 배양액에서 D-갈락토네이트를 회수하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트의 대량 생산 방법을 제공한다.2) recovering D-galactonate in the culture medium cultivated in the step 1). The present invention also provides a method for mass production of D-galactonate.

또한, 본 발명은In addition,

1) 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자가 녹아웃된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된 재조합 대장균 균주를 배양하는 단계; 및1) culturing a recombinant E. coli strain produced by transfecting an E. coli knockout galK gene encoding galactokinase with an expression vector containing a gld gene encoding a galactosidase enzyme derived from Pseudomonas syringae; And

2) 상기 단계 1)에서 배양된 배양액에서 D-갈락토네이트를 회수하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트의 대량 생산 방법을 제공한다.2) recovering D-galactonate in the culture medium cultivated in the step 1). The present invention also provides a method for mass production of D-galactonate.

아울러, 본 발명은In addition,

1) 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자 및 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제를 암호화하는 dogK 유전자를 녹아웃된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된 재조합 대장균 균주를 배양하는 단계; 및1) a galK gene encoding a galactokinase and a dog gene encoding a 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase, and a gld gene encoding a galactosidase dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae Culturing a recombinant E. coli strain prepared by transfecting an expression vector; And

2) 상기 단계 1)에서 배양된 배양액에서 D-갈락토네이트를 회수하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트의 대량 생산 방법을 제공한다.2) recovering D-galactonate in the culture medium cultivated in the step 1). The present invention also provides a method for mass production of D-galactonate.

상기 방법들에 있어서, 배양은 탄소원 및 D-갈락토오스(D-galactose)를 포함하는 최소 배지인 것이 바람직하나 상기 배지의 종류는 특별히 한정되지 않는다. In the above methods, the culture is preferably a minimal medium containing a carbon source and D-galactose, but the type of the medium is not particularly limited.

상기 방법들에 있어서, 배양은 배지가 pH 7 내지 8로 유지시키는 것이 바람직하고, pH 7.5로 유지시키는 것이 더욱 바람직하나 이에 한정되지 않는다.In these methods, the culture is preferably maintained at a pH of from 7 to 8, more preferably at a pH of 7.5, but is not limited thereto.

상기 방법들에 있어서, 배양은 36시간 이상 배양시키는 것이 바람직하고, 36 내지 72시간 동안 배양시키는 것이 더욱 바람직하나 이에 한정되지 않는다.In the above methods, the culture is preferably cultured for at least 36 hours, more preferably at 36 to 72 hours, but not always limited thereto.

상기 방법들에 있어서, 상기 D-갈락토네이트의 회수는 세포를 제거하고 침전시켜 회수할 수 있으며, 회수된 D-갈락토네이트는 추가적으로 정제시킬 수 있다.
In these methods, the recovery of the D-galactonate can be recovered by removing the cells and precipitating, and the recovered D-galactonate can be further purified.

이하, 본 발명은 실시예 및 실험예에 의해 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail with reference to Examples and Experimental Examples.

단, 하기 실시예 및 실험예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예 및 실험예에 한정되는 것은 아니다.
However, the following Examples and Experimental Examples are merely illustrative of the present invention, and the present invention is not limited to the following Examples and Experimental Examples.

<< 실시예Example 1> 슈도모나스 시린가에 유래 D-갈락토오스 탈수소효소가 발현되는 재조합 대장균의 제조 1 > Production of recombinant Escherichia coli expressing D-galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringa

<1-1> 균주의 준비<1-1> Preparation of strain

슈도모나스 시린가에(Pseudomona ssyringae; P. syringae)는 미생물자원센터(Korean Collection for Type CuLture; KCTC)에서 구입하였고, E. coli BL21(DE3)는 인비트로겐(Invitrogen)(USA) 사로부터 구입하였다. E. coli BW25113 야생형은 내셔널 바이오리소스 프로젝트(National BioResource Project; NIG)(Japan)로부터 획득하였다. Pseudomona ssyringae ; P. syringae was purchased from the Korean Collection for Type CuLture (KCTC), and E. coli BL21 (DE3) was purchased from Invitrogen (USA). The E. coli BW25113 wild type was obtained from the National BioResource Project (NIG) (Japan).

<1-2> 유전자의 &Lt; 1-2 > 클로닝Cloning 및 형질도입 And transduction

슈도모나스 시린가에로부터 갈락토오스 탈수소효소(galactose dehydrogenase; GalDH)를 암호화하는 유전자 gld(GeneBank 등록번호: YP_237399)(서열번호: 1)를 클로닝하였다. The gene gld (GeneBank registration number: YP_237399) (SEQ ID NO: 1) encoding galactose dehydrogenase (GalDH) from Pseudomonas syringae was cloned.

그런 다음, 상기 gld를 E. coli 발현벡터 pET28a 내로 연결시켜 pET28a-gld 플라스미드를 제조하였다. 구체적으로, E. coli 숙주에서 T7 프로모터의 조절 하에 gld를 위치하기 위해, 69734 λDE3 용원화 키트(Lysogenization Kit)(Novagen, EMD Millipore, USA)를 E. coli 염색체 내로 λDE3 프로파아지를 삽입하는데 사용하였다. 용원(lysogen)은 Novagen 유저 프로토콜 TB031에 따라 T7 테스터 파아지를 이용하여 확인하였다. gld는 주형으로 슈도모나스 시린가에 게놈 DNA를 이용하여 증폭시켰다. 상기 증폭된 서열을 NdeI 및 BamHI로 절단시킨 다음, E. coli 발현벡터 pET28a 내로 연결시켰다. 최종 컨스트럭트는 'pET28a-gld'로 명명하였다. Then, the gld was ligated into the E. coli expression vector pET28a to prepare a pET28a-gld plasmid. Specifically, 69734 lambda DE3 lysogenization kit (Novagen, EMD Millipore, USA) was used to insert lambda DE3 prophage into the E. coli chromosome to locate gld under the control of the T7 promoter in E. coli hosts . The lysogen was confirmed using a T7 tester phage according to the Novagen user protocol TB031. gld was amplified using genomic DNA in Pseudomonas syringae as a template. The amplified sequence was digested with NdeI and BamHI and ligated into E. coli expression vector pET28a. The final construct was named 'pET28a-gld'.

그런 다음, 상기 pET28a-gld 플라스미드를 gld의 발현을 위해 전기천공(electroporation)을 이용하여 E. coli BL21(DE3) 내로 형질도입하여 'E. coli BL21 (DE3)/pET28a-gld'를 제조하였다. 이하, 본 발명의 실험예에서는 'E. coli BL21 (DE3)/pET28a-gld' 균주를 EWG1으로 나타내었다(표 1).
The pET28a-gld plasmid was then transformed into E. coli BL21 (DE3) using electroporation for the expression of gld to generate E. coli BL21 (DE3) / pET28a-gld '. Or less, in the experimental example of the present invention 'E. coli The strain BL21 (DE3) / pET28a-gld 'was designated as EWG1 (Table 1).

<< 실시예Example 2>  2> 대장균내In E. coli 갈락토키나아제Galactokinase (( galactokinasegalactokinase ) 유전자가 파괴되고, 슈도모나스 시린가에 유래 D-갈락토오스 탈수소효소가 발현되는 재조합 대장균의 제조) &Lt; / RTI &gt; gene, and production of recombinant Escherichia coli expressing D-galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringa

D-갈락토오스 대사의 첫번째 단계를 촉진시키는 갈락토키나아제(galactokinase)를 암호화하는 유전자 galK(서열번호: 2)를 E. coli BW25113에서 파괴시킨 균주(△galK 균주)를 내셔널 바이오리소스 프로젝트(National BioResource Project; NIG)(Japan)로부터 획득하였다. A strain (? GalK strain), in which the gene galK (SEQ ID NO: 2) encoding galactokinase promoting the first step of D-galactose metabolism was disrupted in E. coli BW25113 was transfected with the National BioResource Project ; NIG) (Japan).

그런 다음, 상기 △galK(E. coli BW25113 △galK::kanr) 균주 내로 pET28a-gld를 형질도입하여 'E. coli BW25113 △galK (DE3)/pET28a-gld' 균주를 제조하였다. 이하, 본 발명의 실험예에서는 'E. coli BW25113 △galK (DE3)/pET28a-gld' 균주를 EWG2로 나타내었다(표 1).
Then, E. coli BW25113Δ galK (DE3) / pET28a-gld 'strain was prepared by transfecting pET28a-gld into the Δ galK ( E. coli BW25113Δ galK :: kan r ) strain. Hereinafter, the E. coli BW25113Δ galK (DE3) / pET28a-gld 'strain was designated as EWG2 in the experimental examples of the present invention (Table 1).

<< 비교예Comparative Example 1>  1> 대장균내In E. coli 갈락토키나아제Galactokinase 유전자 및 D- Gene and D- 갈락토네이트Galactonate 데히드라타아제(D-galactonate  D-galactonate dehydratasedehydratase ) 유전자가 파괴된 재조합 대장균의 제조) Production of Recombinant Escherichia coli with Gene Disruption

상기 △galK 균주에서 D-갈락토네이트 대사의 첫 번째 단계를 촉진시키는 D-갈락토네이트 데히드라타아제(D-galactonate dehydratase)를 암호화하는 유전자 dgoD(서열번호: 3)를 파괴시킨 균주(△galK△dgoD)를 제조하였다. A strain (SEQ ID NO: 3) in which the gene dgoD (SEQ ID NO: 3) encoding D-galactonate dehydratase promoting the first step of D-galactonate metabolism in the? GalK strain was destroyed galK &lt; / RTI &gt; dgoD).

구체적으로, 유전자 파괴 및 제거 실험은 OPENWETWARE의 상세한 프로토콜에 따라 수행하였다(Liu H, et al., Bioresour Technol 115:244-248, 2012). 이때 유전자 파괴를 위해 사용된 프라이머 및 이에 상응하는 입증을 위해 사용된 프라이머들은 하기 표 2에 나타내었다. 유전자 파괴 카세트는 주형으로 pKD3를 이용하고 표 2에 기재된 관련된 프라이머를 이용하여 증폭시켰다. pKD46 플라스미드는 레드 재조합효소(Red recombinase) 발현 벡터로 사용하였고, pCP20은 저항성 유전자 제거 플라스미드로 사용하였다. 이하, 본 발명의 실험예에서는 'E. coli BW25113 △galK::Kanr, △dgoD::Cmr)' 균주를 '△galK△dgoD'로 나타내었다(표 1).
Specifically, gene destruction and removal experiments were performed according to the detailed protocol of OPENWETWARE (Liu H, et al., Bioresour Technol 115: 244-248, 2012). The primers used for gene disruption and the primers used for the corresponding verification are shown in Table 2 below. The gene disruption cassette was amplified using pKD3 as template and using the relevant primers listed in Table 2. pKD46 plasmid was used as a red recombinase expression vector, and pCP20 was used as a resistance gene deletion plasmid. Hereinafter, the ' E. coli BW25113Δ galK :: Kan r and ΔdgoD :: Cm r ' strains were expressed as 'Δ galK ΔdgoD' in the experimental examples of the present invention (Table 1).

<< 실시예Example 4>  4> 대장균내In E. coli 갈락토키나아제Galactokinase 유전자 및 2- Gene and 2- 데히드로Dehidlo -3--3- 데옥시Deoxy -- 갈락토네이트Galactonate 키나아제(2- Kinase (2- dehydrodehydro -3--3- deoxydeoxy -- galactonategalactonate kinasekinase ) 유전자가 파괴되고, 슈도모나스 시린가에 유래 D-갈락토오스 탈수소효소가 발현되는 재조합 대장균의 제조) &Lt; / RTI &gt; gene, and production of recombinant Escherichia coli expressing D-galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringa

D-갈락토네이트 대사 경로를 막기 위한 대체적인 접근으로서, 상기 △galK 균주에서 D-갈락토네이트 대사의 두 번째 단계를 촉진시키는 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제(2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase)를 암호화하는 유전자 dgoK(서열번호: 4)를 파괴시킨 균주(△galK△dgoK)를 제조하였다. As an alternative approach to inhibit the D-galactonate metabolic pathway, the 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase (2- (? galK? dgoK) which was obtained by disrupting the gene dgoK (SEQ ID NO: 4) encoding the dehydro-3-deoxy-galactonate kinase was prepared.

구체적으로, 유전자 파괴 및 제거 실험은 OPENWETWARE의 상세한 프로토콜에 따라 수행하였다(Liu H, et al., Bioresour Technol 115:244-248, 2012). 이때 유전자 파괴를 위해 사용된 프라이머 및 이에 상응하는 입증을 위해 사용된 프라이머들은 하기 표 2에 나타내었다. 유전자 파괴 카세트는 주형으로 pKD3를 이용하고 표 2에 기재된 관련된 프라이머를 이용하여 증폭시켰다. pKD46 플라스미드는 레드 재조합효소(Red recombinase) 발현 벡터로 사용하였고, pCP20은 저항성 유전자 제거 플라스미드로 사용하였다. Specifically, gene destruction and removal experiments were performed according to the detailed protocol of OPENWETWARE (Liu H, et al., Bioresour Technol 115: 244-248, 2012). The primers used for gene disruption and the primers used for the corresponding verification are shown in Table 2 below. The gene disruption cassette was amplified using pKD3 as template and using the relevant primers listed in Table 2. pKD46 plasmid was used as a red recombinase expression vector, and pCP20 was used as a resistance gene deletion plasmid.

그런 다음, 상기 △galK△dgoK(E. coli BW25113 △galK::Kanr, △dgoK::Cmr) 균주 내로 pET28a-gld를 형질도입하여 'E. coli BW25113 △galK△dgoK (DE3)/ pET28a-gld' 균주를 제조하였다. 이하, 본 발명의 실험예에서는 'E. coli BW25113 △galK△dgoK (DE3)/ pET28a-gld' 균주를 EWG3로 나타내었다(표 1).
Then, pET28a-gld was transfected into the above-mentioned? GalK? DgoK ( E. coli BW25113? GalK :: Kan r ,? DgoK :: Cm r ) strain to obtain E. coli BW25113Δ galKΔdgoK (DE3) / pET28a -gld &lt; / RTI &gt; Hereinafter, the ' E. coli BW25113Δ galKΔdgoK (DE3) / pET28a-gld' strain was designated as EWG3 in the experimental examples of the present invention (Table 1).

실험에 사용된 균주들The strains used in the experiment 균주(Strain)Strain 특징/유전형Features / Genotype 자원resource P. P. syringaesyringae 야생형(Wild-type)Wild-type KCTC No. 23665KCTC No. 23665 BL21(DE3)BL21 (DE3) E. coli B F-dcm ompT hsdS(rB- mB-)gal λDE3) E. coli B F-dcm ompT hsdS (r B - m B -) gal lambda DE3) InvitrogenInvitrogen BW25113BW25113 E. coli BW25113F-, △(araD-araB)567, △ lacZ4787(::rrnB-3), λ-1, rph-1, △(rhaD-rhaB)568, hsdR514(RhaD-rhaB) 568, hsdR514 (SEQ ID NO: 5), E. coli BW25113F-, NBRP No. ME9092NBRP No. ME9092 △galKGalK E. coli BW25113 △galK::Kanr E. coli BW25113Δ galK :: kan r NBRP No. JW0740NBRP No. JW0740 △galK△dgoD? GalK? DgoD E. coli BW25113 △galK::Kanr, △dgoD::Cmr E. coli BW25113Δ galK :: kan r , ΔdgoD :: Cm r 직접 제조Direct manufacturing △galK△dgoK△ galK △ dgoK E. coli BW25113 △galK::Kanr, △dgoK::Cmr E. coli BW25113Δ galK :: kan r , ΔdgoK :: C m r 직접 제조Direct manufacturing BL21(DE3)-gldBL21 (DE3) -gld E. coli BL21 (DE3)/ pET28a-gld E. coli BL21 (DE3) / pET28a-gld 직접 제조Direct manufacturing EWG1EWG1 E. coli BW25113 (DE3)/ pET28a-gld E. coli BW25113 (DE3) / pET28a-gld 직접 제조Direct manufacturing EWG2EWG2 E. coli BW25113 △galK (DE3)/ pET28a-gld E. coli BW25113? GalK (DE3) / pET28a-gld 직접 제조Direct manufacturing EWG3EWG3 E. coli BW25113 △galK△dgoK (DE3)/ pET28a-gld E. coli BW25113? GalK? D? KO (DE3) / pET28a-gld 직접 제조Direct manufacturing

유전자 파괴 및 PCR 증폭에 사용된 프라이머들Primers used for gene disruption and PCR amplification 프라이머primer 서열(5'－3')The sequence (5'-3 ') 기능function KdgoD-FKdgoD-F GCCTGGTTCGCGACAAAATTAAAGCCTACAGTTGGGTTGGCATATGAATATCCTCCTTAGT (서열번호: 5)GCCTGGTTCGCGACAAAATTAAAGCCTACAGTTGGGTTGGCATATGAATATCCTCCTTAGT (SEQ ID NO: 5) dgoD 파괴 카세트(disruption cassette)의 증폭용

 dgoD For amplification of the disruption cassette

KdgoD-RKdgoD-R CTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGATTAGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG (서열번호: 6)CTCTGCTACGCTGTTATCTTCATGACGCCAGAGCGGATTAGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG (SEQ ID NO: 6) KdgoK-FKdgoK-F GCCTGAACGGAAAATCTCCGGCTGCGGTGTTAGCAGAAGTCATATGAATATCCTCCTTAGT (서열번호: 7)GCCTGAACGGAAAATCTCCGGCTGCGGTGTTAGCAGAAGTCATATGAATATCCTCCTTAGT (SEQ ID NO: 7) dgoK 파괴 카세트의 증폭용for amplification of dgoK destruction cassette KdgoK-RKdgoK-R GCATGAGCGATGCTCCTTATACCAGCCTGAAATGCCGTGTGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG (서열번호: 8)GCATGAGCGATGCTCCTTATACCAGCCTGAAATGCCGTGTGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG (SEQ ID NO: 8) dgoD-FdgoD-F CGGTCTGGCAACTGATGG (서열번호: 9)CGGTCTGGCAACTGATGG (SEQ ID NO: 9) dgoD 파괴의 PCR 확인용
 For PCR verification of dgoD breakdown
dgoD-RdgoD-R GGCTTACGTGGCAGGAAT (서열번호: 10)GGCTTACGTGGCAGGAAT (SEQ ID NO: 10) dgoK-FdgoK-F GCAGGCAATCAGAAGCAG (서열번호: 11)GCAGGCAATCAGAAGCAG (SEQ ID NO: 11) dgoK 파괴의 PCR 확인용
 dgoK For PCR verification of destruction
dgoK-RdGOK-R CGATCAGCGGGAGTTTAGT (서열번호: 12)CGATCAGCGGGAGTTTAGT (SEQ ID NO: 12) gld-Fgld-F CGATCCATGGATGCAATCGATTCG (서열번호: 13)CGATCCATGGATGCAATCGATTCG (SEQ ID NO: 13) gld 파괴의 PCR 확인용 gld For PCR verification of destruction gld-Rgld-R CGATGGATCCTCAATCGTAGAACGG (서열번호: 14)CGATGGATCCTCAATCGTAGAACGG (SEQ ID NO: 14)

<< 실험예Experimental Example 1> 본 발명에 따른 재조합 대장균의 표현형 및 효소 활성 분석 1> Analysis of phenotype and enzyme activity of recombinant E. coli according to the present invention

<1-1> 표현형 분석 <1-1> Phenotypic analysis

E. coli BW25113, 및 상기 <실시예 1> 내지 <실시예 3>의 각각의 균주들에 대해, PCR을 통해 각 균주의 유전형을 확인한 후 표현형을 테스트하였다. The strains of E. coli BW25113 and the strains of Examples 1 to 3 were tested for their phenotype by PCR after confirming the genotype of each strain.

구체적으로, 표현형 테스트는 2 g L-1 아가 및 단독 탄소원으로서 2 g L-1의 D-갈락토오스 또는 D-갈락토네이트를 포함하는 M9 최소 염 배지에서 각 균주들에 대해 테스트하였다. 상기 균주들을 밤새 배양한 배양물을 OD600에서 0.1 AU, 0.01 AU 및 0.001 AU으로 희석시켰다. 연속적으로 희석된 배양물의 부분 표본(5 μL)을 고체 배지의 표면에 떨어뜨린 후 37℃에서 배양한 다음, 성장을 관찰하였다. Specifically, phenotypic tests were tested for each strain in M9 minimal salt medium containing 2 g L- 1 agar and 2 g L- 1 D-galactose or D-galactonate as the sole carbon source. Cultures overnight incubated with these strains were diluted to 0.1 AU, 0.01 AU and 0.001 AU at OD600. Partial samples (5 [mu] L) of the continuously diluted culture were dropped onto the surface of the solid medium and incubated at 37 [deg.] C, and growth was observed.

<1-2> 효소 활성 분석<1-2> Enzyme activity assay

E. coli BW25113, 및 상기 <실시예 1> 내지 <실시예 3>의 각각의 균주들에 대해, Berghall 등(Biotechnol Lett 8:541-546, 1986)에서 보고된 방법에 따라 조세포 추출물(crude cell extract)로부터 GalDH 활성을 측정하였다. E. coli BW25113 and strains of each of the above Examples 1 to 3 were cultured in the crude cell extract according to the method reported by Berghall et al. (Biotechnol Lett 8: 541-546, 1986) cell extracts.

구체적으로, GalDH 활성 측정을 위해, 반응 혼합물은 1.46 mL 탈이온화된 물(de-ionized water), 200 μL pH 8.5 Tris-HCl 완충용액(1 M), 200 μL 조효소(crude enzyme), 100 μL D-갈락토오스 저장액(300 gL-1), 20 μL MgCl2 저장액(200 mM) 및 20 μL NAD+ 또는 NADP+ 저장액(100 mM)을 포함시켰다. 단백질 농도는 브래드포드에 의해 개발된 방법(Pao SS, et al., MicrobiolMol Biol Rev 62:1-34, 1998)을 기초로 하는 바이오-래드 단백질 키트(Bio-Rad protein kit)를 이용하여 측정하였다. 효소 활성의 한가지 단위를 분(minute)당 1 μmol의 D-갈락토오스가 D-갈락토네이트로 전환할 수 있는 효소의 농도로 정의하였고, 특이적 활성은 mg 단백질 당 효소 활성으로 산출하였다. GalDH 활성에 대한 최적의 pH는 아세트산 칼륨(potassium acetate)(100 mM, pH 5.3-6.8), Tris-HCl(100 mM, pH 8.0-9.8) 및 글리신(Glycine)(100 mM, pH 10.4-11.6) 완충용액을 이용하여 5.3 내지 11.6 범위에서 결정하였다. 기질 특이성 및 운동 분석은 100 mM Tris-HCl 완충용액(pH=8.5), 0.1 mg D-갈락토오스 탈수소효소 조효소, 2 mM MgCl2 및 연속적으로 희석된 농도의 기질을 포함하는 시스템에서 수행하였다. Specifically, for the measurement of GalDH activity, the reaction mixture contained 1.46 mL of de-ionized water, 200 μL pH 8.5 Tris-HCl buffer (1 M), 200 μL crude enzyme, 100 μL D - Galactose stock solution (300 gL -1 ), 20 μL MgCl 2 stock solution (200 mM) and 20 μL NAD + or NADP + stock solution (100 mM) were included. Protein concentrations were determined using a Bio-Rad protein kit based on the method developed by Bradford (Pao SS, et al., Microbiol Mol Biol Rev 62: 1-34, 1998) . One unit of enzyme activity was defined as the concentration of enzyme capable of converting 1 μmol of D-galactose into D-galactonate per minute, and the specific activity was calculated as the enzyme activity per mg protein. The optimum pH for GalDH activity was 100 mM potassium acetate (100 mM, pH 5.3-6.8), Tris-HCl (100 mM, pH 8.0-9.8) and glycine (100 mM, pH 10.4-11.6) &Lt; / RTI &gt; using a buffer solution. Substrate specificity and motion analysis was performed on a system containing 100 mM Tris-HCl buffer solution (pH = 8.5), 0.1 mg D- galactose dehydrogenase a coenzyme, 2 mM MgCl 2, and subsequently the concentration of substrate dilution.

<1-3> D-&Lt; 1-3 > D- 갈락토네이트의Galactonate 생합성을 위한 배양 조건 Culture conditions for biosynthesis

2 g L-1 글루코즈를 포함하는 100 mL M9 최소 염 배지, 2 g L-1 D-갈락토오스 및 40 mg L-1 카나마이신을 포함하는 250 mL 삼각 플라스크에서 진탕 플라스크 배양을 수행하였다. 상기 배지는 2 mL의 밤새 배양한 배양액으로 접종하였고, 150 rpm 교반으로 37℃에서 배양하였다. gld 발현을 유도하기 위해, OD600 값이 0.3 AU에 도달할 때 0.5 mM IPTG(Isopropyl ß-D-1-thiogalactopyranoside)를 첨가하였고, 24시간 후에 다시 첨가하였다. pH 7.0을 유지하기 위해, 1 N NaOH를 주기적으로 첨가하였다. Shake flask culture was performed in a 250 mL Erlenmeyer flask containing 100 mL M9 minimal salt medium containing 2 g L-1 glucose, 2 g L - D-galactose and 40 mg L- 1 kanamycin. The medium was inoculated with 2 ml of overnight culture and incubated at 37 ° C with stirring at 150 rpm. To induce gld expression, 0.5 mM IPTG (Isopropyl ß-D-1-thiogalactopyranoside) was added when OD600 reached 0.3 AU and added again after 24 hours. To maintain a pH of 7.0, 1 N NaOH was added periodically.

<1-4> D-<1-4> D- 갈락토네이트Galactonate 생산에 대한 배양 배지의  Of the culture medium for production pHpH 효과 effect

GalDH는 pH 9.8에서 가장 높은 활성을 가지는 반면, E. coli는 중성 및 미 알칼리성 환경을 선호한다. 이런 이유로, D-갈락토네이트 생산에 대한 세포외 pH의 영향을 확인하였다. GalDH has the highest activity at pH 9.8, while E. coli prefer neutral and alkaline environments. For this reason, the effect of extracellular pH on D-galactonate production was confirmed.

구체적으로, D-갈락토네이트 생산에 대한 배지의 pH의 효과는 무균 NaOH 용액(2M) 및 HCl 용액(3M)의 첨가를 통해 배지에서 pH 6.5, 7.0, 7.5, 8.0 각각을 유지시키고, 진탕 플라스크 배양에서의 동일한 조건을 이용하여 테스트하였다.
Specifically, the effect of the pH of the medium on D-galactonate production was maintained at pH 6.5, 7.0, 7.5, 8.0 in the medium through addition of sterile NaOH solution (2M) and HCl solution (3M) Were tested using the same conditions in culture.

상기 각각의 분석 결과, EWG1(E. coli BL21 (DE3)/pET28a-gld) 균주는 GalDH 활성의 존재를 나타내었다. 다만, 동력학적 분석(kinetic analysis) 결과는 NAD+의 Km이 NADP+의 그것에 비해 낮아지는 것을 나타내었으며, 이는 GalDH가 그것의 공동인자로서 NAD+를 선호하는 것을 나타내는 것이다(표 3). 한편, EWG1 균주는 글루코즈 산화에 대한 활성은 검출되지 않았으며, 이는 GalDH가 혼합된 탄소원의 존재 하에서 선택적으로 D-갈락토네이트 생산을 위한 좋은 후보물질인 것을 나타내는 것이다. As a result of each of the above analyzes, EWG1 ( E. coli BL21 (DE3) / pET28a-gld) showed the presence of GalDH activity. Kinetic analysis showed that the Km of NAD + is lower than that of NADP +, indicating that GalDH prefers NAD + as its cofactor (Table 3). On the other hand, the EWG1 strain did not detect activity for glucose oxidation, indicating that GalDH is a good candidate for D-galactonate production selectively in the presence of a mixed carbon source.

재조합 대장균으로부터 획득된 GalDH의 동력학적 분석a Kinetic analysis of GalDH obtained from recombinant E. coli a Km (mM)K m (mM) Vmax
(μM/min)V max
(μM / min) Kcat c
(min-1)K cat c
(min -1 ) 특이적 활성
(U/mg)Specific activity
(U / mg) NADP+NADP + NAD+NAD + D-갈락토오스b Galactose b D-글루코즈b D-glucose b 3.37±0.863.37 ± 0.86 0.67±0.030.67 + 0.03 0.75±0.270.75 + 0.27 N.dN.d 4.22±0.164.22 ± 0.16 47.34±3.3747.34 ± 3.37 1.42±0.111.42 ± 0.11

a제시된 데이타는 두번의 독립적인 실험 결과이다. a The data presented are the results of two independent experiments.

bNAD+는 공동인자로 사용하였으며, N.d(not detected)는 검출되지 않은 것이다. b NAD + was used as a cofactor and Nd (not detected) was not detected.

cD-갈락토오스 칼수소효소는 33.3 kDa 분자량을 갖는 모노-효소로 추정된다. c D-galactose oxidase was estimated to be a mono-enzyme with a molecular mass of 33.3 kDa.

EWG1 균주는 진탕 플라스크 배양을 수행하여 72시간 후, EWG1는 0.17 g L-1 D-갈락토네이트를 생산하였고 8.3%의 동등한 수율을 나타내었다(표 4). 처음에 D-글루코즈가 소비되었고 36시간 배양 후 D-갈락토오스가 고갈되었다. 게다가, 생산된 D-갈락토네이트의 소비가 관찰되었는데, 이는 생산물이 연장된 배양 시간 하에서 D-갈락토네이트 대사 경로로 들어가는 것을 입증한 것이다. The strain EWG1 was cultivated in shake flask and after 72 hours, EWG1 produced 0.17 g L -1 D-galactonate and yielded an equivalent yield of 8.3% (Table 4). Initially, D-glucose was consumed and D-galactose was depleted after 36 hours of incubation. In addition, consumption of the produced D-galactonate was observed, demonstrating that the product enters the D-galactonate metabolic pathway under prolonged incubation time.

EWG2(E. coli BW25113 △galK (DE3)/pET28a-gld) 균주는 표현형 테스트 결과, △galK 균주가 D-갈락토오스에 대한 성장 능력을 잃은 것으로 나타내었다(도 3). 상기 균주는 0.44 g L-1 D-갈락토네이트를 생산하였고 22.0%의 수율을 나타내었으며, 이는 EWG1에 비해 2.6배 높은 것이었다(표 4). 이런 결과는 천연의 D-갈락토오스 대사 경로의 블라킹이 D-갈락토네이트 생산을 연속적으로 증가시켰던 기질 경쟁을 제거시켰음을 입증하였다. 그러나, EWG2에 의해 생상된 최종 바이오매스는 EWG1의 그것과 유사하였다. 게다가, D-갈락토네이트의 농도는 그것이 소비되는 것으로 나타내어졌다(도 4). EWG2 ( E. coli BW25113Δ galK (DE3) / pET28a-gld) showed that the Δ galK strain lost growth ability for D-galactose as a result of phenotypic tests (FIG. 3). The strain produced 0.44 g L -1 D-galactonate and showed a yield of 22.0%, 2.6 times higher than EWG1 (Table 4). These results demonstrate that the blocking of the natural D-galactose metabolic pathway eliminated matrix competition that continuously increased D-galactonate production. However, the final biomass produced by EWG2 was similar to that of EWG1. In addition, the concentration of D-galactonate was shown to be consumed (Fig. 4).

△galK△dgoD(E. coli BW25113 △galK::Kanr, △dgoD::Cmr) 균주는 표현형 테스트 분석 결과, D-갈락토네이트에 대해 성장되는 것을 보여주었으나, 여전히 D-갈락토네이트의 농도는 그것이 소비되는 것으로 나타내어졌다.The expression of galK △ dgoD ( E. coli BW25113 △ galK :: Kan r , △ dgoD :: Cm r ) showed that the strain was grown against D-galactonate as a result of phenotypic test analysis, but still D- galactonate Was shown to be consumed.

EWG3(E. coli BW25113 △galK△dgoK (DE3)/ pET28a-gld) 균주는 1.24 g L-1 D-갈락토네이트를 생산하였으며, 62.0%의 동등한 수율을 나타내었다. 즉, EWG3의 생산성은 EWG1의 그것에 비해 7.3배 높으며, EWG2의 그것에 비해 2.8배 높은 것으로 나타내었다(표 4). The strain EWG3 ( E. coli BW25113Δ galKΔdgoK (DE3) / pET28a-gld) produced 1.24 g L -1 D-galactonate and showed an equivalent yield of 62.0%. In other words, productivity of EWG3 was 7.3 times higher than that of EWG1 and 2.8 times higher than that of EWG2 (Table 4).

따라서, D-갈락토네이트 생산이 EWG3에서 유의적으로 증진된 반면, 그것의 바이오매스 생산은 EWG1 및 EWG2의 그것에 비해 유의적으로 감소하였다(도 4). 즉, EWG3는 세포 성장을 위한 D-갈락토네이트의 소비가 방지되는 것으로 나타났다. 이런 결과는 생산물 소비의 제거가 E. coli의 D-갈락토네이트 생산을 위해 필수적이었음을 제시하는 것이다. Thus, while D-galactonate production was significantly enhanced in EWG3, its biomass production was significantly reduced compared to that of EWG1 and EWG2 (FIG. 4). That is, EWG3 appeared to prevent the consumption of D-galactonate for cell growth. These results suggest that elimination of product consumption was essential for the production of D- galactonate in E. coli .

진탕 플라스크 배양에서 재조합 대장균 균주의 D-갈락토오스 및 바이오매스 생산Production of D-galactose and biomass of recombinant E. coli strain in shake flask cultivation 균주Strain 갈락토네이트
(g L-1)Galactonate
(g L -1 ) 수율
(g D-갈락토네이
per g D-갈락토오스)yield
(g D-galactonase
per g D-galactose) omass
(g L-1)omass
(g L -1 ) EWG1EWG1 0.17±0.000.17 ± 0.00 0.08±0.000.08 ± 0.00 0.55±0.110.55 + 0.11 EWG2EWG2 0.44±0.010.44 ± 0.01 0.22±0.010.22 ± 0.01 0.57±0.000.57 ± 0.00 EWG3EWG3 1.24±0.111.24 ± 0.11 0.62±0.060.62 ± 0.06 0.28±0.020.28 ± 0.02

GalDH는 pH 9.8에서 가장 높은 활성을 가지는 반면, E. coli는 중성 및 미 알칼리성 환경을 선호한다. 이런 이유로, D-갈락토네이트 생산에 대한 세포외 pH의 영향을 다양한 pH 수준(6.5 - 8.0)에서 EWG3의 진탕 플라스크 배양으로 테스트하였다. 그 결과, EWG3는 pH7.5에서 가장 높은 D-갈락토네이트 생산을 보여주는 것으로 나타났다(표 5). GalDH has the highest activity at pH 9.8, while E. coli prefer neutral and alkaline environments. For this reason, the effect of extracellular pH on D-galactonate production was tested in EWG3 shake flask cultures at various pH levels (6.5 - 8.0). As a result, EWG3 showed the highest D-galactonate production at pH 7.5 (Table 5).

한편, GalDH 활성에 대한 pH 효과의 측정 결과, EWG 3은 pH 9.8에서 가장 높은 효소 활성을 나타내었고, pH 6.8 및 11.6 사이의 넓은 범위 내에서 유의적인 활성을 나타내었다(도 2 참조).
On the other hand, as a result of measurement of the pH effect on the activity of GalDH, EWG 3 showed the highest enzyme activity at pH 9.8, and significant activity within a wide range between pH 6.8 and 11.6 (see FIG. 2).

<< 실험예Experimental Example 2> 실험실 스케일의  2> Laboratory scale 비연속Noncontinuous 발효를 통한 본 발명에 따른 재조합 균주의 D-갈락토네이트의 생산 및 수율 확인 Production and yield of D-galactonate of the recombinant strain according to the present invention through fermentation

<2-1> <2-1> 비연속Noncontinuous 발효( Fermentation( BatchBatch fermentationfermentation ))

EWG3의 D-갈락토네이트 생산성 및 수율을 평가하기 위해, 5L 스케일의 실험실 비연속 발효기를 사용하여 비연속 발효를 수행하였다. To evaluate the D-galactonate productivity and yield of EWG3, discontinuous fermentation was performed using a 5 L scale laboratory discontinuous fermentor.

구체적으로, 비연속 발효는 2L의 M9 최소 염 배지, 20 g L-1의 D-글루코즈 및 20 g L-1의 D-갈락토오스가 포함된 5L 실험실 스케일 발효기에서 수행하였다. 카나마이신(40 mg L-1)는 발효 시작에 첨가하였다. 접종제는 아가 플레이트로부터 단일 콜로니를 선발함으로써 초기에 성장시키고, 40 mgL-1 카나마이신을 포함하는 5 mL 배지에 이동시켰다. 배양물은 150 rpm 교반으로 37℃에서 성장시켰다. 그리고 12시간 후에, 40 mgL-1 카나마이신을 포함하는 100 mL 새 배지에 이동시키고 또다른 12시간 동안 추가적으로 배양시켰다. 그런 다음, 접종제를 발효기 내로 이동시킨 후 비연속 발효를 개시하였다(t = 0 h). 발효는 pH 7.5로 37℃에서 650 rpm의 속도로 교반시키고 0.5vvm 기류에서 수행하였다. OD600 값이 3.0 AU에 도달할 때 0.5 mM IPTG를 첨가하였고, 온도는 34℃로 감소하였다. 교반 속도는 20% 공기포화(air saturation)에서 용존산소(dissolved oxygen; D.O.)를 유지시키기 위해 PID에 의해 조절하였다. 거품 발생은 거품억제제의 첨가에 의해 조절하였고, pH는 2N H2SO4 산, 또는 30% NH4OH 또는 30% CaCO3 용액 중 어느 하나인 염기를 이용하여 유지시켰다.Specifically, discontinuous fermentation was carried out in a 5 L laboratory scale fermenter containing 2 L of M9 minimal salt medium, 20 g L -1 of D-glucose and 20 g L -1 of D-galactose. Kanamycin (40 mg L -1 ) was added at the start of fermentation. The inoculum was initially grown by selecting a single colony from agar plates and transferred to 5 mL medium containing 40 mgL-1 kanamycin. The cultures were grown at 37 [deg.] C with stirring at 150 rpm. And after 12 hours, it was transferred to 100 mL fresh medium containing 40 mgL- 1 kanamycin and further incubated for another 12 hours. The inoculant was then transferred into the fermenter and discontinued fermentation was initiated (t = 0 h). The fermentation was carried out at a speed of 650 rpm at 37 DEG C at pH 7.5 and was carried out in a 0.5 vvm air flow. When the OD600 value reached 3.0 AU, 0.5 mM IPTG was added and the temperature decreased to 34 占 폚. The stirring rate was controlled by PID to maintain dissolved oxygen (DO) at 20% air saturation. Foaming was controlled by the addition of a foam inhibitor, and the pH was maintained using a base of either 2N H 2 SO 4 acid, or 30% NH 4 OH or 30% CaCO 3 solution.

<2-2> 세포 성장 및 대사 산물 분석<2-2> Cell growth and metabolism analysis

세포 성장은 측정된 건조 세포 중량과 관련된 표준곡선(standard curve)을 근거로 OD600 값의 관점에서 측정하였다. 샘플은 2 mL 전건조되고 전계량된 원심분리 튜브에 채취하고, 10분 동안 8,000 xg에서 펠릿화하고, 희석된 물로 2번 세척한 후 105℃에서 건조시켰다. 한 개의 OD600 단위는 0.32 gdry cellL- 1으로 동등화시켰다. Cell growth was measured in terms of OD600 values based on the standard curve associated with the measured dry cell weight. Samples were dried 2 mL prior to collection in electropneumatic centrifuge tubes, pelleted at 8,000 xg for 10 minutes, washed twice with diluted water, and then dried at 105 ° C. One OD600 unit was equated with 0.32 gdry cellL - 1 .

D-글루코즈, 아세트산, 젖산, D-갈락토오스 및 D-갈락토네이트와 같은 세포 밖 및 세포 내의 대사물질은 HPLC로 분석하였다. 세포 내 샘플은 다음과 같이 제조하였다: 세포를 4,000 xg 및 4℃에서 원심분리에 의해 채취하였다. 채취된 세포를 Tris-HCl(25 mM, pH 8.0), NaCl(20 mM) 및 10 mg mL-1의 라이소자임을 포함하는 용해 완충용액에서 재현탁하였다. 샘플 혼합액은 30분 동안 37℃에서 배양한 다음, 뒤이어 2번 동결-융해 주기를 거쳤다. 마지막으로 4℃에서 10분 동안 세포 용해물의 원심분리(20,000 xg) 후 상등액으로서 세포 내 샘플을 획득하였다.Extracellular and intracellular metabolites such as D-glucose, acetic acid, lactic acid, D-galactose and D-galactonate were analyzed by HPLC. Intracellular samples were prepared as follows: Cells were harvested by centrifugation at 4,000 xg and 4 ° C. The harvested cells were resuspended in lysis buffer containing Tris-HCl (25 mM, pH 8.0), NaCl (20 mM) and lysozyme at 10 mg mL -1 . The sample mixture was incubated at 37 [deg.] C for 30 minutes, followed by two freeze-thaw cycles. Finally, an intracellular sample was obtained as supernatant after centrifugation of the cell lysate (20,000 xg) at 4 ° C for 10 minutes.

대사산물을 Bio-Rad Aminex HPX-87H 컬럼(300×7.8 mm)이 장착된 Waters HPLC를 이용하여 분석하였다. 용리액(5 mM H2SO4)은 0.4 mL min-1의 흐름율로 펌프하였다. 컬럼 온도는 55℃으로 유지시켰고, 피크는 Waters 2414 시처 굴절률 검출기(refractive index detector)를 이용하여 검출하였다. D-갈락토네이트는 D-갈락토오스와 부분적으로 함께 용해되기 대문에 HPLC 방법을 이용하여 정확히 정량될 수 없다. 그러므로, D-갈락토네이트 농도는 이전에 보고된 하이드록시아마이트(hydroxamate)를 이용하여 측정하였다(Puigbo P, et al., Nucleic Acids Res 35:W126-131, 2007). 샘플(300 μL)를 1 mL의 0.7 M HCl에서 희석하고 15분 동안 100℃에서 끓였다. 끓인 샘플(500 μL)을 1 mL 히드록실 아민 시약(hydroxylamine reagent)(2 M 히드록실아민 HCl를 포함한 2 M NaOH)에 첨가한 다음, 650 μL의 3.2 M HCl를 첨가한 후, 마지막으로 500 μL의 FeCl3 용액(100 g/L를 포함하는 0.1 M HCl)를 첨가하였다. 흡광도는 550 nm에서 즉시 측정하였다. D-갈락토네이트 농도는 표준곡선에 대하여 흡광도를 비교함으로써 결정하였다.
Metabolites were analyzed using a Waters HPLC equipped with Bio-Rad Aminex HPX-87H column (300 x 7.8 mm). The eluant (5 mM H 2 SO 4 ) was pumped at a flow rate of 0.4 mL min -1. The column temperature was maintained at 55 ° C and the peaks were detected using a Waters 2414 refractive index detector. Since D-galactonate is partially dissolved with D-galactose, it can not be accurately quantified using HPLC methods. Therefore, the D-galactonate concentration was measured using a previously reported hydroxamate (Puigbo P, et al., Nucleic Acids Res 35: W126-131, 2007). Samples (300 μL) were diluted in 1 mL of 0.7 M HCl and boiled at 100 ° C. for 15 minutes. The boiled sample (500 μL) was added to 1 mL hydroxylamine reagent (2 M NaOH containing 2 M hydroxylamine HCl), then 650 μL of 3.2 M HCl was added and finally 500 μL Of FeCl 3 solution (0.1 M HCl containing 100 g / L) was added. Absorbance was measured immediately at 550 nm. The D-galactonate concentration was determined by comparing the absorbance against a standard curve.

상기 분석 결과, 72시간의 발효 후에 D-갈락토네이트 농도는 17.6 g L-1(즉, D-갈락토오스 당 0.88 g D-갈락토네이트)에 달하였고, 88%의 동등한 수율 및 0.24 g L-1 h-1의 평균 생산성을 나타내었다(도 5). After the analysis results, the fermentation for 72 hours D- galactosyl carbonate concentration of 17.6 g L -1 was reached (i.e., per D- galactose 0.88 g D- galacto-sulfonate), 88% of the equivalent yield and 0.24 g L - 1 h &lt; -1 &gt; (Figure 5).

한편, 세포 내 대사물질 분석 결과, D-갈락토네이트의 축적이 없는 것으로 나타냄으로써 효율적인 생산 분비를 나타내는 것으로 보여주었다. 또한, EWG3는 글루코즈로부터 거대한 양의 아세트산을 생산함으로써, 균주 성장의 강한 억제가 관찰되었는데(도 6), 이것은 모든 D-갈락토오스의 불완전한 전환을 야기하는 이유 중 하나이다.
On the other hand, an intracellular metabolite analysis showed that there was no accumulation of D-galactonate, thereby showing efficient production of secretion. In addition, EWG3 produced an enormous amount of acetic acid from glucose, indicating strong inhibition of strain growth (Fig. 6), which is one of the reasons for incomplete conversion of all D-galactose.

<< 실험예Experimental Example 3> 본 발명에 따른 재조합 균주에 의해 생산된 D- 3 > The D- 갈락토네이트의Galactonate 회수, 순도 및 구조 분석  Recovery, purity and structure analysis

EWG3에 의해 생산된 D-갈락토네이트를 회수한 후, 순도 및 구조를 분석하였다.The D-galactonate produced by EWG3 was recovered and its purity and structure were analyzed.

구체적으로, D-갈락토네이트는 이전 보고된 방법에 의해 배양 브로스(culture broth)로부터 회수하였다(Zeng AP, et al., Curr Opin Biotechnol 22:749-757, 2011). D-카보네이트 회수를 촉진시키기 위해 발효 동안 배양액에 칼슘카보네이트(Calcium carbonate; CaCO3) 슬러리를 첨가하였고, 또한 배양액의 pH를 유지시켰다. 1몰의 Ca2 +은 2몰의 당산(sugar acid)으로 활용할 수 있다(Kuivanen J, et al., Appl Environ Microbiol 78:8676-8683, 2012). 발효시킨 후, 원심분리하여 세포가 제거된 상등액을 획득하였다. 우선, 세포를 10분 동안 2,500 xg에서의 원심분리를 통해 제거하였다. 상등액을 활성화된 탄소를 이용하여 탈색하고 진공에서 1 L 내지 200 mL로 농축한 다음, 뒤이어 EtOH (3:1, v/v)를 첨가하였다. 4℃에서 12시간 저장한 후, D-갈락토네이트 침전물을 채취하고 진공 건조시켰다. Specifically, D-galactonate was recovered from the culture broth by the previously reported method (Zeng AP, et al., Curr Opin Biotechnol 22: 749-757, 2011). To promote D-carbonate recovery, calcium carbonate (CaCO 3 ) slurry was added to the culture medium during fermentation and the pH of the culture was maintained. 1 mole of Ca &lt; 2 + &gt; can be utilized as 2 moles of sugar acid (Kuivanen J, et al., Appl Environ Microbiol 78: 8676-8683, 2012). After fermentation, centrifugation was performed to obtain a supernatant from which cells had been removed. First, the cells were removed by centrifugation at 2,500 xg for 10 minutes. The supernatant was decolorized with activated carbon and concentrated in vacuo to 1 L to 200 mL, followed by EtOH (3: 1, v / v). After storing at 4 DEG C for 12 hours, the D-galactonate precipitate was collected and vacuum dried.

D-갈락토네이트의 구조는 5 mm PFG indirect NMR 프로브를 갖는 500 MHz에서의 Varian Unity Inova 분광기를 이용하여 13C- 및 1H-NMR 분석을 통해 확인하였다. 건조된 D-갈락토네이트 샘플은 NMR 분석 이전에 중수소화된 물로 재용해시켰다.
The structure of D-galactonate was confirmed by 13C- and 1H-NMR analysis using a Varian Unity Inova spectrometer at 500 MHz with a 5 mm PFG indirect NMR probe. The dried D-galactonate sample was redissolved in deuterated water prior to NMR analysis.

상기 분석 결과, 회수 절차를 통해 발효 브로스로부터 82.9%의 D-갈락토네이트를 회수하였다. As a result of the above analysis, 82.9% of D-galactonate was recovered from the fermentation broth through the recovery procedure.

또한, 회수된 D-갈락토네이트의 순도를 확인하기 위해 HPLC 분석을 수행한 결과, 순도가 97.6% 만큼 높게 나타내는 것을 보여주었다. Further, HPLC analysis was carried out to confirm the purity of the recovered D-galactonate, and it was shown that the purity was as high as 97.6%.

또한, 정제된 D-갈락토네이트의 구조를 확인하기 13C-NMR 및 1H-NMR 분석을 수행한 결과, 생산물은 활성형에 존재하고 락톤 중간체가 검출되지 않는 것을 보여주었다(도 7).
Further, 13 C-NMR and 1 H-NMR analyzes were carried out to confirm the structure of the purified D-galactonate. As a result, the product was present in the active form and lactone intermediate was not detected (FIG. 7).

본 발명에서 개발된 대사공학적 전략 기술은 D-갈락토네이트의 산업적 생산이 가능하여, D-갈락토네이트가 사용되고 있는 폴리에스테르 전구체, 식품첨가물, 약물 중간체 및 화장품 원료 공급을 위해 유용하게 사용될 수 있다. The metabolic engineering technique developed in the present invention is industrially applicable to the production of D-galactonate, and thus can be usefully used for supplying polyester precursors, food additives, drug intermediates and cosmetic raw materials in which D-galactonate is used .

<110> MYONGJI UNIVERSITY INDUSTRY AND ACADEMIA COOPERATION FOUNDATION <120> ESCHERICHIA COLI FOR HIGH PRODUCTION OF D-GALACTONATE AND USE THEREOF <130> P13-0171 <160> 14 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 927 <212> DNA <213> Pseudomonas syringae <400> 1 atgcaatcga ttcgtctcgg tctggtgggc tacggcaaga ttgcgcagga tcaacacgtc 60 ccggcgatcc acgccaaccc cgcgtttgag ctggtggccg tggccacgca aggccagccg 120 tgcgccgggg tagagaattt caaatccctg ggcgaactgc ttgcgagcgg gctgcaggtt 180 gacgcgattg cgttctgtac gcccccgcaa ggtcgctttg ccctggtgca ggaagcgttg 240 gcggctggca aacatgtgtt ggtcgagaaa ccgccgtgcg cgaccctggg ggaggcgatg 300 gcgttggtag cccaggtgca agagcagggc gtcagcggtc tgtttgcctg gcattcgcgt 360 tacgcgcaag gtatcgaagc ggcgcgtgag tggttgtcca cccgcaccct gcacagcgtg 420 cagatcgact ggaaagaaga cgtgcgcaaa tggcaccccg gtcaggcgtg gatctggcag 480 cccggtggcc ttggcgtgtt cgatccgggc atcaatgccc tgtcgatcgt gacccacctg 540 ctgccactgt cattgttcgt cgagtctgcc gaactgcgcg tgccgagcaa ttgccagtcg 600 cctatcgctg cgtccatcaa aatgtccgac acgcgccatc 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<220> <223> Forward primer for dgoD <400> 9 cggtctggca actgatgg 18 <210> 10 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for dgoD <400> 10 ggcttacgtg gcaggaat 18 <210> 11 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for dgoK <400> 11 gcaggcaatc agaagcag 18 <210> 12 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for dgoK <400> 12 cgatcagcgg gagtttagt 19 <210> 13 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for gld <400> 13 cgatccatgg atgcaatcga ttcg 24 <210> 14 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for gld <400> 14 cgatggatcc tcaatcgtag aacgg 25 <110> MYONGJI UNIVERSITY INDUSTRY AND ACADEMIA COOPERATION FOUNDATION <120> ESCHERICHIA COLI FOR HIGH PRODUCTION OF D-GALACTONATE AND USE          THEREOF <130> P13-0171 <160> 14 <170> Kopatentin 2.0 <210> 1 <211> 927 <212> DNA <213> Pseudomonas syringae <400> 1 atgcaatcga ttcgtctcgg tctggtgggc tacggcaaga 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900 gcatccgttg aaccgttcta cgattga 927 <210> 2 <211> 1149 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 2 atgagtctga aagaaaaaac acaatctctg tttgccaacg catttggcta ccctgccact 60 cacaccattc aggcgcctgg ccgcgtgaat ttgattggtg aacacaccga ctacaacgac 120 ggtttcgttc tgccctgcgc gattgattat caaaccgtga tcagttgtgc accacgcgat 180 gaccgtaaag ttcgcgtgat ggcagccgat tatgaaaatc agctcgacga gttttccctc 240 gatgcgccca ttgtcgcaca tgaaaactat caatgggcta actacgttcg tggcgtggtg 300 aaacatctgc aactgcgtaa caacagcttc ggcggcgtgg acatggtgat cagcggcaat 360 gtgccgcgg gtgccgggtt aagttcttcc gcttcactgg aagtcgcggt cggaaccgta 420 ttgcagcagc tttatcatct gccgctggac ggcgcacaaa tcgcgcttaa cggtcaggaa 480 gcagaaaacc agtttgtagg ctgtaactgc gggatcatgg atcagctaat ttccgcgctc 540 ggcaagaaag atcatgcctt gctgatcgat tgccgctcac tggggaccaa agcagtttcc 600 atgcccaaag gtgtggctgt cgtcatcatc aacagtaact tcaaacgtac cctggttggc 660 agcgaataca acacccgtcg tgaacagtgc gaaaccggtg cgcgtttctt ccagcagcca 720 gccctgcgtg atgtcaccat tgaagagttc aacgctgttg cgcatgaact ggacccgatc 780 gtggcaaaac gcgtgcgtca tatactgact gaaaacgccc gcaccgttga agctgccagc 840 gcgctggagc aaggcgacct gaaacgtatg ggcgagttga tggcggagtc tcatgcctct 900 atgcgcgatg atttcgaaat caccgtgccg caaattgaca ctctggtaga aatcgtcaaa 960 gctgtgattg gcgacaaagg tggcgtacgc atgaccggcg gcggatttgg cggctgtatc 1020 gtcgcgctga tcccggaaga gctggtgcct gccgtacagc aagctgtcgc tgaacaatat 1080 gaagcaaaaa caggtattaa agagactttt tacgtttgta aaccatcaca aggagcagga 1140 cagtgctga 1149 <210> 3 <211> 1149 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 3 atgaaaatca ccaaaattac cacgtatcgt ttacctcccc gctggatgtt cctgaaaatt 60 gaaaccgatg aaggcgtggt cggttggggc gagcccgtga tcgaaggccg cgcccgtacg 120 gtggaagcgg cagttcacga gctgggtgac tatttgattg gtcaggatcc atcgcgcatc 180 aatgacttat ggcaagtgat gtatcgcgcc ggattctatc gcggcggtcc gatcctgatg 240 agcgccatcg ccgggattga ccaggcgtta tgggatatca aaggtaaagt gctgaatgcg 300 ccggtctggc aactgatggg cggcctggtt cgcgacaaaa ttaaagccta cagttgggtt 360 ggcggcgatc gtccggcgga tgttatcgac ggcattaaaa cgctacgcga aatcggcttc 420 gataccttca aactgaacgg ttgtgaagaa ctggggctaa ttgataactc ccgcgcggta 480 gatgcggcgg ttaacaccgt ggcacaaatt cgtgaagctt ttggcaatca gattgagttt 540 ggtcttgatt tccacggtcg cgtcagcgcg ccgatggcga aagtgctgat taaagaactg 600 gagccgtatc gcccgctgtt tattgaggag ccggtgctgg cggaacaagc cgaatactac 660 ccgaaactgg cggcacaaac gcatattcca ctggcggcgg gtgaacgcat gttctcacgc 720 ttcgatttta aacgcgtgct ggaggcaggt ggtatttcga ttctgcaacc ggatctctcc 780 cacgcgggcg gtattaccga atgctacaaa atcgccggaa tggcagaagc ctatgacgtg 840 acccttgcgc cgcactgtcc gctcggaccg attgcactgg cggcttgcct gcatatcgac 900 tttgtttcct ataacgccgt acttcaggaa caaagtatgg gaattcatta caacaaaggc 960 gcggagttac tcgactttgt gaaaaacaaa gaagacttca gcatggtcgg cggcttcttt 1020 aaaccgttaa cgaaaccggg cttaggcgtg gaaatcgacg aagctaaagt gattgagttc 1080 agtaaaaatg ccccggactg gcgtaatccg ctctggcgtc atgaagataa cagcgtagca 1140 gagtggtaa 1149 <210> 4 <211> 879 <212> DNA <213> Escherichia coli <400> 4 atgacagctc gctacatcgc aattgactgg ggatcgacca atctgcgcgc ctggctttat 60 cagggcgacc actgcctgga gagcaggcaa tcagaagcag gcgtcacgcg cctgaacgga 120 aaatctccgg ctgcggtgtt agcagaagtc acgaccgact ggcgtgaaga gaaaacgcca 180 gtggtactgg caggaatggt tggcagcaac gtcggctgga aagttgcacc gtatttatct 240 gttcctgcct gtttttcgtc tattggcgaa caattaacgt cagttggcga caatatctgg 300 attattcccg gattatgtgt ctctcatgac gataaccaca atgtgatgcg cggcgaagaa 360 acacaattga tcggcgcgcg agctctggct ccttcctctc tttatgtcat gcccggaacc 420 cattgcaaat gggtgcaggc cgatagccag caaatcaacg attttcgcac cgtgatgacc 480 ggtgaattac atcatttact gttaaatcac tcattgattg gcgcaggttt gccgccgcag 540 gaaaactctg ccgatgcctt cacagctggc cttgagcgtg gtcttaatac gcccgccata 600 ttgccgcagc tttttgaagt tcgcgcctcg catgtgctgg gaacacttcc ccgcgaacag 660 gtcagcgaat ttctctctgg tttgttgatt ggcgcagagg tcgccagtat gcgcgactat 720 gtggcccatc aacacgccat cacccttgtc gccggaacat cgctgaccgc gcgctaccag 780 caagcctttc aggcgatggg ttgcgacgtg acggcggtgg cgggcgacac ggcatttcag 840 gctggtataa ggagcatcgc tcatgcagtg gcaaactaa 879 <210> 5 <211> 61 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for KdgoD <400> 5 gcctggttcg cgacaaaatt aaagcctaca gttgggttgg catatgaata tcctccttag 60 t 61 <210> 6 <211> 61 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for KdgoD <400> 6 ctctgctacg ctgttatctt catgacgcca gagcggatta gtgtaggctg gagctgcttc 60 g 61 <210> 7 <211> 61 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for KdgoK <400> 7 gcctgaacgg aaaatctccg gctgcggtgt tagcagaagt catatgaata tcctccttag 60 t 61 <210> 8 <211> 61 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for KdgoK <400> 8 gcatgagcga tgctccttat accagcctga aatgccgtgt gtgtaggctg gagctgcttc 60 g 61 <210> 9 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for dgoD <400> 9 cggtctggca actgatgg 18 <210> 10 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for dgoD <400> 10 ggcttacgtg gcaggaat 18 <210> 11 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for DPoK <400> 11 gcaggcaatc agaagcag 18 <210> 12 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for dgoK <400> 12 cgatcagcgg gagtttagt 19 <210> 13 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Forward primer for gld <400> 13 cgatccatgg atgcaatcga ttcg 24 <210> 14 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Reverse primer for gld <400> 14 cgatggatcc tcaatcgtag aacgg 25

Claims (20)

대장균(Escherichia coli; E. coli)에 슈도모나스 시린가에(Pseudomona ssyringae; P. syringae) 유래 갈락토오스 탈수소효소(galactose dehydrogenase; GalDH)를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된, D-갈락토네이트(D-galactonate) 고생산 대장균 균주.
 Escherichia coli ; Pseudomonas siringa in E. coli) (Pseudomona ssyringae; P. syringae) derived from galactose dehydrogenase (galactose dehydrogenase; GalDH) a transformant prepared by introducing an encryption gld expression vector containing the gene, D- galacto go carbonate (D -galactonate) high producing E. coli strain.
갈락토키나아제(galactokinase)를 암호화하는 galK 유전자가 녹아웃(knock out)된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주.
A galactokinase gene encoding galactokinase is knocked out of Escherichia coli and an expression vector containing a gld gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae is transduced into D-galactonate Producing E. coli strains.
갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자 및 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제(2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase)를 암호화하는 dogK 유전자를 녹아웃된 대장균에 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 형질도입시켜 제조된, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주.
The dogK gene encoding the galK gene encoding the galactokinase and the 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase is knocked out into Escherichia coli, and galactose derived from Pseudomonas syringae Galactonate-producing E. coli strain prepared by transfecting an expression vector containing a gld gene encoding a dehydrogenase.
제 1항 내지 제 3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 gld 유전자는 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주.
The D-galactonate-producing Escherichia coli strain according to any one of claims 1 to 3, wherein the gld gene comprises the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1.
제 2항 또는 제 3항에 있어서, 상기 galK 유전자는 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주.
The D-galactonate-producing Escherichia coli strain according to claim 2 or 3, wherein the galK gene is composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2.
제 3항에 있어서, 상기 dogK 유전자는 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주.
4. The D-galactonate-producing Escherichia coli strain according to claim 3, wherein the dogK gene comprises the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4.
1) 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 제조하는 단계; 및
2) 상기 단계 1)의 발현벡터를 대장균에 형질도입하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법.
1) preparing an expression vector containing a gld gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae; And
2) A method for producing D-galactonate-producing Escherichia coli strain, which comprises the step of transfecting the expression vector of step 1) into E. coli.
1) 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 제조하는 단계;
2) 대장균에서 갈락토키나아제(galactokinase)를 암호화하는 galK 유전자를 녹아웃(knock out)시키는 단계; 및
3) 상기 단계 1)의 발현벡터를 상기 단계 2)의 대장균에 형질도입하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법.
1) preparing an expression vector containing a gld gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae;
2) knocking off the galK gene encoding galactokinase in E. coli; And
3) A method for producing D-galactonate-producing Escherichia coli strain, comprising the step of transfecting the Escherichia coli of step 2) with the expression vector of step 1).
1) 슈도모나스 시린가에 유래 갈락토오스 탈수소효소를 암호화하는 gld 유전자를 포함하는 발현벡터를 제조하는 단계;
2) 대장균에서 갈락토키나아제를 암호화하는 galK 유전자 및 2-데히드로-3-데옥시-갈락토네이트 키나아제를 암호화하는 dogK 유전자를 녹아웃시키는 단계; 및
3) 상기 단계 1)의 발현벡터를 상기 단계 2)의 대장균에 형질도입하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법.
1) preparing an expression vector containing a gld gene encoding a galactose dehydrogenase derived from Pseudomonas syringae;
2) knocking out a galK gene encoding galactokinase in E. coli and a dogK gene encoding 2-dehydro-3-deoxy-galactonate kinase; And
3) A method for producing D-galactonate-producing Escherichia coli strain, comprising the step of transfecting the Escherichia coli of step 2) with the expression vector of step 1).
제 7항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단계 1)의 발현벡터는 pET28a 발현벡터인 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법.
10. The method for producing D-galactonate-producing Escherichia coli strain according to any one of claims 7 to 9, wherein the expression vector of step 1) is a pET28a expression vector.
제 7항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단계 2)의 대장균은 E. coli BL21(DE3)인 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법.
10. The method according to any one of claims 7 to 9, wherein the Escherichia coli in step 2) is E. coli BL21 (DE3).
제 8항 또는 제 9항에 있어서, 상기 녹아웃은 유전자 파괴 카세트(gene disruption cassette)를 이용하여 유전자를 파괴시키는 것으로 수행하는 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법.
[9] The method according to claim 8 or 9, wherein the knockout is performed by destroying a gene using a gene disruption cassette.
제 7항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 형질도입은 전기 천공법(electroporation)을 이용하여 수행하는 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트 고생산 대장균 균주의 제조방법.
10. The method according to any one of claims 7 to 9, wherein the transduction is carried out using electroporation.
1) 제 1항의 대장균 균주를 배양하는 단계; 및
2) 상기 단계 1)에서 배양된 배양액에서 D-갈락토네이트를 회수하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트의 대량 생산 방법.
1) culturing the Escherichia coli strain of claim 1; And
2) recovering D-galactonate in the culture medium cultured in the step 1).
1) 제 2항의 대장균 균주를 배양하는 단계; 및
2) 상기 단계 1)에서 배양된 배양액에서 D-갈락토네이트를 회수하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트의 대량 생산 방법.
1) culturing the Escherichia coli strain of claim 2; And
2) recovering D-galactonate in the culture medium cultured in the step 1).
1) 제 3항의 대장균 균주를 배양하는 단계; 및
2) 상기 단계 1)에서 배양된 배양액에서 D-갈락토네이트를 회수하는 단계를 포함하는, D-갈락토네이트의 대량 생산 방법.
1) culturing the Escherichia coli strain of claim 3; And
2) recovering D-galactonate in the culture medium cultured in the step 1).
제 14항 내지 제 16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단계 1)의 배양은 탄소원 및 D-갈락토오스(D-galactose)를 포함하는 배지인 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트의 대량 생산 방법.
17. The method for mass production of D-galactonate according to any one of claims 14 to 16, wherein the culture in step 1) is a medium containing a carbon source and D-galactose.
제 14항 내지 제 16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단계 1)의 배양은 pH 7 내지 8에서 수행하는 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트의 대량 생산 방법.
17. The method for mass-producing D-galactonate according to any one of claims 14 to 16, wherein the cultivation in step 1) is carried out at a pH of 7 to 8.
제 14항 내지 제 16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단계 1)의 배양은 36 내지 72시간 동안 수행하는 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트의 대량 생산 방법.
17. The method for mass production of D-galactonate according to any one of claims 14 to 16, wherein the step 1) is carried out for 36 to 72 hours.
제 14항 내지 제 16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단계 2)에서 회수한 후 정제하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는 D-갈락토네이트의 대량 생산 방법.





17. The method for mass production of D-galactonate according to any one of claims 14 to 16, further comprising the step of recovering and purifying in step 2).





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KR20190075269A (en) * 2017-12-21 2019-07-01 명지대학교 산학협력단 Alpha neoagarobiose hydrolase derived from cellulophaga omnivescoria w5c strain and application thereof

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