KR20100124326A

KR20100124326A - 염증성 장 질병 및 과민성 장 증후군에 대한 생체마커

Info

Publication number: KR20100124326A
Application number: KR1020107022873A
Authority: KR
Inventors: 콜 해리스; 존 얼소브룩
Original assignee: 엑사젠 다이어그노스틱스, 인코포레이티드
Priority date: 2008-03-14
Filing date: 2009-03-13
Publication date: 2010-11-26
Also published as: US7833721B2; US20100184967A1; WO2009114756A3; US8227589B2; WO2009114756A2; EP2252707A2; US7879553B2; US8222390B2; US7923544B2; US7833720B2; US20090233305A1; US20090233304A1; US20090233306A1; US20100184625A1; JP2011514162A; US20100152062A1

Abstract

본 발명은 염증성 장 질병 및 과민성 장 증후군을 진단하고/하거나 구분하는데 있어서 조성물 및 그의 용도를 제공한다.

Description

염증성 장 질병 및 과민성 장 증후군에 대한 생체마커{BIOMARKERS FOR INFLAMMATORY BOWEL DISEASE AND IRRITABLE BOWEL SYNDROME}

교차 참조

본원은 둘 모두 전문이 본원에 참조로 포함되는 미국 특허 가출원 61/036,632 (2008년 3월 14일 출원) 및 61/097,109 (2008년 9월 15일 출원)를 기초로 한 우선권을 주장한다.

발명의 분야

본 발명은 일반적으로 핵산, 핵산 검출 및 장병 분야에 관한 것이다.

과민성 장 증후군 (IBS)은 복통, 변비 및/또는 설사를 특징으로 하는 만성 병태이다. IBS는 매우 일반적이고, 소화기내과에 방문하는 이유의 20-50％를 차지한다. IBS는 위장관에 손상을 일으키지 않고, 대장암 또는 대장염과 같은 보다 심각한 위장 병태와 연관되지 않고 그로 발달하지 않고, 종종 증상 경감, 식이 변화 및 스트레스 관리 기술을 목적으로 하는 약물로 제어될 수 있다. 그러나, 보다 심각한 병태는 IBS의 확정적인 진단을 하기 전에, 따라서 적절한 치료 과정을 도입하기 전에 제거되어야 한다.

염증성 장 질병 (IBD)은 장관의 염증을 일으키는 적어도 2개의 구분되는 질병을 나타낸다: 궤양 대장염은 대장에 침범하는 반면, 크론 (Crohn) 병은 가장 종종 소장의 마지막 부위에 침범하지만, 소화관의 어떠한 부위도 공격할 수 있다. IBD는 IBS에 비해 드물고, IBD 환자는 IBS 환자와 동일한 증상을 많이 경험할 수 있어서, IBD의 진단이 복잡하게 된다. 또한, IBD 환자는 대장암을 발병할 위험이 더 크다. 현재, IBD는 다소 침습적인 절차인 대장내시경에 의해서만 확정적으로 진단할 수 있고; 심지어 상기 침습적인 절차는 대장내시경을 받는 환자의 약 10％를 진단할 수 없다 (Burczynski, J. Mol. Diag. 8(1): 51 (2006)). IBD는 소염 약물, 면역억제제, 및/또는 손상된 조직을 제거하기 위해 수술로 치료될 수 있다.

따라서, IBD와 IBS를 구분할 수 있는 보다 우수하고 보다 특이적인 진단 시험이 당업계에서 필요하다.

발명의 개요

제1 측면에서, 본 발명은 2 내지 35개의 상이한 핵산 프로브 세트로 이루어지고, 여기서

(a) 제1 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 서열 4 (TH1L), 서열 11 (HIST1H2AC), 서열 12 (TFE3), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 13 (NONO), 서열 14 (PCBP1), 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 10 (PPP2R5A), 서열 15 (PGRMC1), 서열 3 (BLCAP), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 16 (HMGB1) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하고;

(b) 제2 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 서열 4 (TH1L), 서열 11 (HIST1H2AC), 서열 12 (TFE3), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 13 (NONO), 서열 14 (PCBP1), 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 10 (PPP2R5A), 서열 15 (PGRMC1), 서열 3 (BLCAP), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 16 (HMGB1) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하고,

여기서 제1 프로브 세트 및 제2 프로브 세트는 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 생체마커를 제공한다.

제2 측면에서, 본 발명은

(a) 서열 4 (TH1L), 서열 11 (HIST1H2AC), 서열 12 (TFE3), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 13 (NONO), 서열 14 (PCBP1), 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 10 (PPP2R5A), 서열 15 (PGRMC1), 서열 3 (BLCAP), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 16 (HMGB1) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭할 수 있는 제1 프라이머쌍; 및

(b) 서열 4 (TH1L), 서열 11 (HIST1H2AC), 서열 12 (TFE3), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 13 (NONO), 서열 14 (PCBP1), 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 10 (PPP2R5A), 서열 15 (PGRMC1), 서열 3 (BLCAP), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 16 (HMGB1) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭할 수 있는 제2 프라이머쌍을 포함하고,

여기서 제1 프라이머쌍 및 제2 프라이머쌍은 동일한 핵산을 선택적으로 증폭하지 않는 것인 생체마커를 제공한다.

제3 측면에서, 본 발명은

(a) IBD 또는 IBS에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 혼성화 조건 하에 2개 이상의 프로브 세트와 접촉시키고 (여기서 적어도 제1 프로브 세트 및 제2 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 서열 4 (TH1L), 서열 11 (HIST1H2AC), 서열 12 (TFE3), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 13 (NONO), 서열 14 (PCBP1), 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 10 (PPP2R5A), 서열 15 (PGRMC1), 서열 3 (BLCAP), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 16 (HMGB1) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적에 선택적으로 혼성화하고; 제1 프로브 세트 및 제2 프로브 세트는 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는다);

(b) 2개 이상의 프로브 세트와 핵산 샘플 내의 핵산 표적 사이의 혼성화 복합체의 형성을 검출하고 (여기서 다수의 상기 혼성화 복합체는 핵산 표적의 유전자 발현의 척도 (measure)를 제공한다);

(c) 핵산 표적의 유전자 발현에 기초하여 대상의 IBD, IBS 또는 둘다의 존재 가능성을 진단하는 것

을 포함하는, IBD 및/또는 IBS를 진단하는 방법을 제공한다.

본 발명의 제3 측면의 한 실시태양에서, 대상의 IBD, IBS 또는 둘다의 존재 가능성을 진단하는 것은 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 혼성화 복합체의 수에 가중치 (weight)를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 포함한다.

제4 측면에서, 본 발명은

(a) IBD 또는 IBS에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 증폭 조건 하에 2개 이상의 프라이머쌍과 접촉시키고 (여기서 적어도 제1 프라이머쌍 및 제2 프라이머쌍은 서열 4 (TH1L), 서열 11 (HIST1H2AC), 서열 12 (TFE3), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 13 (NONO), 서열 14 (PCBP1), 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 10 (PPP2R5A), 서열 15 (PGRMC1), 서열 3 (BLCAP), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 16 (HMGB1) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭할 수 있고; 제1 프라이머쌍 및 제2 프라이머쌍은 동일한 핵산을 선택적으로 증폭하지 않는다);

(b) 2개 이상의 프라이머쌍에 의한 핵산 샘플 내의 핵산 표적의 증폭에 의해 생성된 증폭 생성물을 검출하고 (여기서 증폭 생성물은 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공한다);

(c) 핵산 표적의 증폭에 기초하여 대상의 IBD, IBS 또는 둘다의 존재 가능성을 진단하는 것

을 포함하는, IBD 및/또는 IBS를 진단하는 방법을 제공한다.

본 발명의 제4 측면의 한 실시태양에서, 핵산 표적의 증폭에 기초하여 대상의 IBD, IBS 또는 둘다의 존재 가능성을 진단하는 것은 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 증폭 생성물의 수에 가중치를 부여함으로써 증폭 생성물을 분석하는 것을 포함한다.

도 1은 IBD 대 정상 분석에서 각각의 훈련 세트 (training set) 환자에 대한 가중합 (weighted-sum) 회귀 스코어의 그래프이다.
도 2는 5개의 환자 코호트에 대해 8개의 유전자 중 5개의 발현 수준에 기초한 로지스틱 (logistic) 회귀 스코어의 상자그림 (boxplot)을 도시한 것이다. 정상 및 IBD 환자 (UC 및 크론병)의 분리에 주목한다.
도 3은 5개의 환자 코호트에 대해 8개의 유전자 중 7개의 발현 수준에 기초한 로지스틱 회귀 스코어의 상자그림을 도시한 것이다. IBD 환자 (UC 및 크론병)로부터 정상 및 IBS의 분리에 주목한다.
도 4는 5개의 환자 코호트에 대해 8개의 유전자 중 4개의 발현 수준에 기초한 로지스틱 회귀 스코어의 상자그림을 도시한 것이다. 정상 및 IBS 환자의 분리에 주목한다.
도 5는 그의 조합이 IBD 대 정상을 구별하는 5개의 유전자의 발현 수준에 기초한 로지스틱 회귀 스코어의 상자그림이다.

발명의 상세한 설명

인용된 모든 참조문헌은 그 전문이 본원에 참고로 포함된다.

본원에서 달리 진술하지 않으면, 사용된 기술은 임의의 몇몇 잘 알려진 참조문헌, 예를 들어 문헌 ([Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Sambrook, et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press)], [Gene Expression Technology (Methods in Enzymology, Vol. 185, edited by D. Goeddel, 1991. Academic Press, San Diego, CA)], ["Guide to Protein Purification" in Methods in Enzymology (M.P. Deutshcer, ed., (1990) Academic Press, Inc.)]; [PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innis, et al. 1990. Academic Press, San Diego, CA)], [Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique, 2^nd Ed. (R.I. Freshney. 1987. Liss, Inc. New York, NY)], [Gene Transfer and Expression Protocols, pp. 109-128, ed. E.J. Murray, The Humana Press Inc., Clifton, N. J.)]), 및 앰비온 1998 카탈로그 (앰비온 (Ambion, 미국 텍사스주 오스틴))에서 찾을 수 있다.

언급된 핵산은 서열 번호 및 유전자 명칭으로 언급되는 인간 핵산이고; 당업자가 이해할 바와 같이, 그러한 인간 핵산 서열은 본원에 개시된 서열에 대한 mRNA 상대물을 또한 포함한다. 쉽게 참조하기 위해, 핵산은 나머지 명세서 전체에서 유전자 명칭으로 칭해질 것이고; 본원에서 사용되는 바와 같이, 유전자 명칭은 표 1에 나열된 각각의 유전자, 그의 상보체, 및 그의 RNA 상대물에 대한 언급된 서열 번호(들)을 의미함이 이해될 것이다.

하나의 비제한적인 예에서, 제1 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하고, 따라서 고엄격성 조건 하에 서열 4 (NM_198978)의 핵산, 그의 mRNA 버전, 또는 그의 상보체에 선택적으로 혼성화하고, 제2 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하고, 따라서 고엄격성 조건 하에 서열 1-2의 하나 또는 두 핵산, 그의 mRNA 버전, 또는 그의 상보체에 선택적으로 혼성화한다. 추가의 실시태양은 본원의 교시내용 및 아래 표 1에 기초하여 당업자에게 쉽게 명백해질 것이다.

아래에서 보다 상세히 설명되는 바와 같이, 본 발명자들은 본 발명의 생체마커가 예를 들어 IBD 및 IBS를 진단하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다. 생체마커는 예를 들어 언급된 유전자에 대한 조직 mRNA에서 발현 수준을 결정하기 위해 사용될 수 있다. 본 발명의 상기 제1 측면의 생체마커는 관심있는 조직, 예를 들어 혈액 샘플 (예를 들어, 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC) 또는 RBC-고갈 전혈) 내의 유전자로부터 RNA의 발현 분석에서 사용하기 위해 특히 바람직하다.

본 발명의 모든 측면 및 실시태양에 관하여 본원에서 사용될 때, "프로브 세트"는 각각 고엄격성 조건 하에 동일한 표적 핵산 (예를 들어, 단일 특이적 mRNA)에 선택적으로 혼성화하는 하나 이상의 단리된 폴리뉴클레오티드이다. 따라서, 단일 "프로브 세트"는 고엄격성 조건 하에 동일한 표적 핵산, 예를 들어 mRNA 발현 생성물에 선택적으로 혼성화하는 임의의 수의 상이한 단리된 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들어, BLCAP mRNA에 선택적으로 혼성화하는 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 BLCAP mRNA에 선택적으로 혼성화하는 100개의 뉴클레오티드의 단일 폴리뉴클레오티드로 이루어질 수 있거나, 각각 고엄격성 조건 하에 BLCAP mRNA에 선택적으로 혼성화하는 100개 뉴클레오티드 길이의 2개의 별개의 폴리뉴클레오티드로 이루어질 수 있거나, 또는 각각 고엄격성 조건 하에 BLCAP mRNA에 선택적으로 혼성화하는 25개 뉴클레오티드 길이의 20개의 별개의 폴리뉴클레오티드로 이루어질 수 있다 (예를 들어, 보다 큰 프로브를 다수의 개별적인 보다 짧은 폴리뉴클레오티드로 단편화하는 것과 같이). 당업자는 다수의 그러한 순열이 가능함을 이해할 것이다.

본 발명의 생체마커는 2 내지 35개의 프로브 세트로 이루어진다. 다양한 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 또는 14개의 프로브 세트를 포함할 수 있고, 여기서 각각의 3-14개의 상이한 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 상이한 핵산 표적에 선택적으로 혼성화한다. 따라서, 당업자에게 명백할 바와 같이, 생체마커는 예를 들어, (a) 고엄격성 조건 하에 언급된 인간 핵산에 또한 선택적으로 혼성화하는 추가의 프로브 세트 (예를 들어, RAP1A는 다수의 오버랩 (overlap)을 공유하는 대체 생성물을 발현하고; 따라서, 하나의 프로브 세트는 하나의 전사체 (또는 그로부터 유도된 cDNA)에 선택적으로 혼성화할 수 있고, 다른 프로브 세트는 다른 대체 전사체 (또는 그로부터 유도된 cDNA; GPX는 대체 전사체를 갖는 유사한 예이다)에 선택적으로 혼성화할 수 있다)이거나; (b) 고엄격성 조건 하에 임의의 언급된 인간 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 추가의 프로브 세트를 포함할 수 있다. (b)형의 그러한 추가의 프로브 세트는 관심있는 다른 핵산에 선택적으로 혼성화하는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 것을 포함할 수 있고, 비교를 위한 혼성화의 표준을 제공하도록, 예를 들어 경쟁자 핵산 서열과 같은 대조 서열로 이루어지는 프로브 세트 등을 더 포함할 수 있다.

제1 측면의 다양한 실시태양에서, 생체마커는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34 또는 35개의 프로브 세트로 이루어진다. 다양한 추가의 실시태양에서, 적어도 10％, 15％, 20％, 25％, 30％, 35％, 40％, 45％, 50％, 55％, 60％, 65％, 70％, 75％, 80％, 85％, 90％, 95％ 이상의 상이한 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화한다. 당업자에게 명백할 바와 같이, 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하는 프로브 세트의 백분율이 증가함에 따라, 생체마커 내의 프로브 세트의 최대수는 따라서 감소할 것이다. 따라서, 예를 들어, 적어도 50％의 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산, 또는 그들의 상보체에 선택적으로 혼성화하는 경우에, 생체마커는 2 내지 28개의 프로브 세트로 이루어질 것이다. 당업자는 다양한 다른 순열이 본 발명의 상기 측면의 다양한 실시태양에 따른 조성물에 포함됨을 이해할 것이다.

본 발명의 각각의 측면 및 실시태양에 관하여 본원에서 사용될 때, 용어 "선택적으로 혼성화하다"는 단리된 폴리뉴클레오티드가 적어도 그들의 핵산 표적의 일부에 완전히 상보성이어서 언급된 혼성화 조건 하에 검출가능한 혼성화 복합체를 형성하는 것을 의미하고, 여기서 생성되는 혼성화 복합체는 다른 핵산을 사용하여 일어날 수도 있는 임의의 혼성화로부터 구분가능하다. 사용된 특이적 혼성화 조건은 사용되는 폴리뉴클레오티드 프로브의 길이, 그들의 GC 함량, 및 당업자에게 잘 알려진 바와 같이 다양한 다른 인자에 따라 결정될 것이다 (예를 들어, 문헌 [Tijssen (1993) Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization with Nucleic Acid Probes part I, chapter 2, "Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assays," Elsevier, N.Y. ("Tijssen")] 참조). 본원에서 사용될 때, "엄격한 혼성화 조건"은 규정된 이온 강도 및 pH에서 특정한 폴리뉴클레오티드에 대한 열 융점 (Tm)보다 최대 5℃ 더 낮도록 선택된다. Tm은 표적 서열의 50％가 정확하게 매칭된 프로브에 혼성화하는 온도 (규정된 이온 강도 및 pH 하의)이다. 고엄격성 조건은 특정 폴리뉴클레오티드 프로브에 대한 Tm에 동일하도록 선택된다. 엄격한 조건의 예는 0.2X SSC 내에서 65℃에서 목적하는 시간 동안 혼성화 복합체를 형성하도록 게놈 또는 다른 표적 핵산에 대한 단리된 폴리뉴클레오티드의 선택적 혼성화를 허용하는 것, 및 65℃에서 15분 동안 0.2X SSC의 세척 조건이다. 이들 조건은 다양한 버퍼 및 온도를 이용하여 마찬가지로 실시될 수 있음이 이해된다. SSC (예를 들어, 문헌 [Sambrook, Fritsch, and Maniatis, in: Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989] 참조)은 당업자에게 잘 알려져 있고, 다른 적합한 혼성화 버퍼도 잘 알려져 있다.

프로브 세트 내의 폴리뉴클레오티드는 고엄격성 조건 하에 관심있는 핵산에의 선택적 혼성화를 허용하는 임의의 길이일 수 있다. 본 발명의 상기 측면 및 아래 논의된 관련 측면 및 실시태양의 다양한 바람직한 실시태양에서, 단리된 폴리뉴클레오티드는 하나의 언급된 서열 번호, 그의 완전 상보체, 또는 상응하는 RNA 서열의 적어도 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000개 이상의 인접한 뉴클레오티드 길이이다.

용어 "폴리뉴클레오티드"는 본원에서 사용될 때, 단일가닥 또는 이중가닥 형태의 DNA 또는 RNA, 바람직하게는 DNA를 나타낸다. 바람직한 실시태양에서, 폴리뉴클레오티드는 언급된 핵산 (또는 그의 상응하는 RNA 서열)에 "안티센스"인 단일가닥 핵산이다. 용어 "폴리뉴클레오티드"는 합성 백본을 갖는 핵산-유사 구조를 포함한다. 본 발명에서 제공되는 DNA 백본 유사체는 포스포디에스테르, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 메틸포스포네이트, 포스포르아미데이트, 알킬 포스포트리에스테르, 술파메이트, 3'-티오아세탈, 메틸렌(메틸이미노), 3'-N-카르바메이트, 모르폴리노 카르바메이트, 및 펩티드 핵산 (PNA), 메틸포스포네이트 연결, 또는 교대하는 메틸포스포네이트 및 포스포디에스테르 연결 (Strauss-Soukup (1997) Biochemistry 36:8692-8698), 및 US 6,664,057에 논의된 바와 같은 벤질포스포네이트 연결을 포함한다 (또한, 문헌 [Oligonucleotides and Analogues, a Practical Approach, edited by F. Eckstein, IRL Press at Oxford University Press (1991)]; [Antisense Strategies, Annals of the New York Academy of Sciences, Volume 600, Eds. Baserga and Denhardt (NYAS 1992)]; [Milligan (1993) J. Med. Chem. 36:1923-1937]; [Antisense Research and Applications (1993, CRC Press)]을 참조한다).

본 발명의 모든 측면 및 실시태양에 대하여 본원에서 사용될 때 "단리된" 폴리뉴클레오티드는 핵산이 유래하는 유기체의 게놈 DNA 내의 폴리뉴클레오티드에 자연적으로 측면에 접하는 서열이 없고, 바람직하게는 핵산 라이브러리, 예를 들어 cDNA 라이브러리 내에서 발견되는 링커 (linker) 서열이 없는 것이다. 또한, "단리된" 폴리뉴클레오티드는 재조합체 기술에 의해 생산될 때 다른 세포성 물질, 겔 물질, 및 배양 배지가 실질적으로 없거나, 화학적으로 합성될 때 화학 전구체 또는 다른 화학물질이 실질적으로 없다. 본 발명의 폴리뉴클레오티드는 다양한 공급원으로부터, 예를 들어 게놈 DNA, mRNA, 또는 mRNA로부터 유래된 cDNA 라이브러리로부터 표준 기술을 이용하는 PCR 증폭에 의해 단리될 수 있거나; 이들은 US 6,664,057 및 여기에 개시된 참고문헌에 논의된 바와 같이 당업자에게 잘 알려진 방법에 의해 시험관 내에서 합성될 수 있다. 합성 폴리뉴클레오티드는 다양한 용액 또는 고체상 방법에 의해 제조할 수 있다. 포스파이트-트리에스테르, 포스포트리에스테르, 및 H-포스포네이트 화학에 의한 폴리뉴클레오티드의 고체상 합성을 위한 절차의 상세한 설명은 널리 이용가능하다 (예를 들어, US 6,664,057 및 여기에 개시된 참고문헌 참조). 폴리뉴클레오티드의 정제 방법은 문헌 [Pearson (1983) J. Chrom. 255:137-149]에 설명된 바와 같이 천연 아크릴아미드 겔 전기영동, 및 음이온-교환 HPLC를 포함한다. 합성 폴리뉴클레오티드의 서열은 표준 방법을 이용하여 입증될 수 있다.

한 실시태양에서, 폴리뉴클레오티드는 각각의 관심있는 유전자 또는 그의 상응하는 RNA 서열에 대해 상기 제시된 서열 번호의 전부 또는 일부에 "안티센스"인 가닥을 포함하는 이중 또는 단일가닥 핵산이다 (즉, 언급된 서열 번호에 완전히 상보성이다). 하나의 비제한적인 예에서, 제1 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하고 서열 4 (NM_198978)의 핵산 또는 그의 mRNA 버전의 전부 또는 일부에 완전히 상보성이고, 제2 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하고 서열 번호 1-2의 하나 또는 두 핵산 또는 그의 mRNA 버전에 완전히 상보성이다.

본 발명의 제1 측면의 하나의 바람직한 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2BK, UBE2G1, BLCAP 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하는 3, 4 또는 5개 이상의 프로브 세트를 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 상기 프로브 세트는 정상 대상을 IBS로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위한 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 사용될 수 있다. 그러한 바람직한 프로브 세트의 예를 표 17에 제시한다. 따라서, 바람직한 실시태양에서, 본 발명은 3 내지 35개의 상이한 핵산 프로브 세트로 이루어진 생체마커를 제공하고, 여기서

(a) 제1 프로브 세트는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;

(b) 제2 프로브 세트는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;

(c) 제3 프로브 세트는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고,

여기서 각각의 3 내지 35개의 상이한 프로브 세트는 다른 프로브 세트의 것과 상이한 단일 mRNA의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프로브로 이루어지고, 각각의 상이한 프로브 세트는 임의로 검출가능하게 표지된다. 상기 실시태양의 추가의 바람직한 버전에서, 제1 프로브 세트는 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제2 프로브 세트는 TH1L의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제3 프로브 세트는 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제4 프로브 세트는 HIST1H2BK의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어진다.

본 발명의 제1 측면의 다른 바람직한 실시태양에서, 생체마커는 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, GPX1, CALM3 및 NONO로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하는, 5 또는 6개 이상의 프로브 세트를 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프로브 세트는 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 정상 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 그러한 바람직한 프로브 세트의 예를 표 18에 제시한다. 상기 실시태양의 한 바람직한 버전에서, 생체마커는 5 내지 35개의 상이한 핵산 프로브 세트로 이루어지고, 여기서

(a) 제1 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;

(b) 제2 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;

(c) 제3 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;

(d) 제4 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;

(e) 제5 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고,

여기서 각각의 5 내지 35개의 상이한 프로브 세트는 다른 프로브 세트의 것과 상이한 단일 mRNA의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프로브로 이루어지고, 각각의 상이한 프로브 세트는 임의로 검출가능하게 표지된다. 또다른 버전에서, 제1 프로브 세트는 RAP1A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제2 프로브 세트는 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제3 프로브 세트는 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제4 프로브 세트는 CALM3의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제5 프로브 세트는 GPX1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제6 프로브 세트는 NONO의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어진다.

본 발명의 제1 측면의 추가의 바람직한 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, 및 PPP2R5A로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하는 6 또는 7개 이상의 프로브 세트를 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프로브 세트는 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 IBS로 고통받는 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 그러한 바람직한 프로브 세트의 예를 표 19에 제시한다. 하나의 바람직한 실시태양에서, 생체마커는

(a) 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지는 제1 프로브 세트;

(b) 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지는 제2 프로브 세트;

(c) 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지는 제3 프로브 세트;

(d) 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지는 제4 프로브 세트;

(e) 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지는 제5 프로브 세트; 및

(f) 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지는 제6 프로브 세트로 이루어지고,

여기서 각각의 6 내지 35개의 상이한 프로브 세트는 다른 프로브 세트의 것과 상이한 단일 mRNA의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프로브로 이루어지고, 각각의 상이한 프로브 세트는 임의로 검출가능하게 표지된다. 추가의 바람직한 실시태양에서, 제1 프로브 세트는 RAP1A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제2 프로브 세트는 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제3 프로브 세트는 CALM3의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제4 프로브 세트는 GPX1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제5 프로브 세트는 HIST1H2BK의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제6 프로브 세트는 PPP2R5A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제7 프로브 세트는 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어진다.

본 발명의 제1 측면의 하나의 특정 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트를 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBS 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 제1 측면의 제2 특정 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트를 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBS 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다

본 발명의 상기 제1 측면의 제3 특정 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트를 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제1 측면의 제4 특정 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트를 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제1 측면의 제5 특정 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 NONO에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트를 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제1 측면의 제6 특정 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 PPP2RR5A에 선택적으로 혼성화하는 제7 프로브 세트를 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제1 측면의 제7 특정 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK1에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 PPP2R5A에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트를 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제1 측면의 제8 특정 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 PPP2R5A에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제7 프로브 세트를 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제1 측면의 제9 특정 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 NONO에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트를 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 IBS 및 IBD 환자를 정상 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

따라서, 본 발명의 상기 제1 측면의 다양한 다른 실시태양에서, 생체마커는 다음 중 하나 이상을 포함하거나 그로 이루어진다:

(a) 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트 (정상 환자로부터 IBD 환자를; 정상 및 IBS 환자로부터 IBD 환자를; IBS 환자로부터 IBD 환자를; 및 정상 환자로부터 IBD 및 IBS 환자를 진단하기 위한 생체마커에 공통적인 프로브 세트쌍으로서 사용됨);

(b) 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트 (프로브 세트쌍 (a)에 첨가되어 정상으로부터 IBD를 진단하기 위해 특이적인 4-유전자 생체마커를 생성할 수 있는 프로브 세트쌍으로서 사용됨);

(c) 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트 (프로브 세트쌍 (a)에 첨가되어 정상으로부터 IBD를 진단하기 위한 5-유전자 생체마커를 생성할 수 있는 프로브 트리오 (trio)로서 사용됨);

(d) 고엄격성 조건 하에 NONO에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트 (프로브 세트 (a) 및 (b)에 첨가되어 정상으로부터 IBD를 진단하기 위한 6-유전자 생체마커를 생성할 수 있는 프로브 세트쌍으로서 사용됨);

(e) 고엄격성 조건 하에 PPP2R5A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트 (IBS 환자로부터 IBD 환자를 진단하기 위한 생체마커에 공통적인 프로브 세트쌍으로서 사용됨) (프로브 세트 (e)는 IBD를 정상으로부터 구분하기 위해 상기 개시된 프로브 세트 (a) 및 (c)와 조합될 때, IBD 환자로부터 정상 및 IBS 환자를 진단하기 위한 생체마커를 생성한다. 또한, (e), (a), 및 (c)의 프로브 세트 조합은 개별적인 유전자의 발현값에 본원에 논의된 바와 같이 상이한 가중치가 주어지는 경우에 IBS 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위해 생체마커로서 사용될 수 있다);

(f) 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트 (상기 기재된 프로브 세트 (a) 및 (e)에 첨가되어, IBD 환자를 IBS 환자로부터 구분하기 위해 사용될 수 있는 6-유전자 생체마커를 생성할 수 있는 프로브 세트쌍으로서 사용됨);

(g) 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트 (상기 (a) 및 (d)에 첨가될 때 IBS 또는 IBD가 있는 환자를 정상 환자로부터 구분할 수 있는 6-유전자 생체마커를 생성하기 위해 사용될 수 있는 프로브 세트쌍으로서 사용됨);

h) 고엄격성 조건 하에 HIST1H2KB에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트 (상기 (g)에 첨가될 때 IBS가 있는 환자를 정상 환자로부터 구분할 수 있는 4-유전자 생체마커를 생성하기 위해 사용될 수 있는 프로브 세트쌍으로서 사용됨); 및

i) 고엄격성 조건 하에 HIST1H2KB에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트 (상기 (g)에 첨가될 때 IBS가 있는 환자를 정상 환자로부터 구분할 수 있는 상이한 4-유전자 생체마커를 생성하기 위해 사용될 수 있는 프로브 세트쌍으로서 사용됨).

제2 측면에서, 본 발명은

(a) TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭할 수 있는 제1 프라이머쌍; 및

(b) TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭할 수 있는 제2 프라이머쌍

을 포함하거나 그로 이루어지는 생체마커를 제공하고,

여기서 제1 프라이머쌍 및 제2 프라이머쌍은 동일한 핵산을 선택적으로 증폭하지 않는다.

아래에 보다 상세히 설명되는 바와 같이, 본 발명자들은 본 발명의 생체마커가 예를 들어, IBD 및 IBS를 진단하기 위한 증폭 분석용 프라이머로서 사용될 수 있음을 발견하였다. 생체마커는 예를 들어 언급된 유전자에 대한 조직 mRNA에서 발현 수준을 결정하기 위해 사용될 수 있다. 본 발명의 상기 제2 측면의 생체마커는 관심있는 조직, 예를 들어 혈액 샘플 (PBMC 또는 RBC-고갈 전혈) 내의 유전자로부터 RNA 발현 분석에서 사용하기 위해 특히 바람직하다.

핵산 표적은 위에서 상세히 설명되었고, 폴리뉴클레오티드도 일반적으로 설명되었다. 본원에서 사용될 때, "선택적으로 증폭하는"은 프라이머쌍이 그들의 표적에 상보적이고, 비-특이적 증폭으로 인해 증폭 생성물로부터 구분가능한 핵산 표적의 검출가능 부분을 증폭하기 위해 사용될 수 있음을 의미한다. 바람직한 실시태양에서, 프라이머는 그들의 표적에 완전히 상보성이다.

당업계에 공지되어 있는 바와 같이, 폴리뉴클레오티드 프라이머는 그에 대해 프라이머가 상보성인 표적의 일부를 증폭하기 위해 다양한 분석 (PCR, RT-PCR, RTQ-PCR, spPCR, qPCR, 및 대립유전자-특이적 PCR 등)에서 사용될 수 있다. 따라서, 프라이머쌍은 "전방향" 및 "역방향" 프라이머 모두, 즉, 센스 가닥 (즉, 본원에 제공된 서열에 제시된 가닥)에 상보성인 하나 및 "안티센스" 가닥 (즉, 본원에 제공된 서열에 제시된 가닥에 상보성인 가닥)에 상보성인 하나를 포함할 것이고, 증폭 조건에 놓일 때 관심있는 표적으로부터 검출가능한 증폭 생성물을 생성할 수 있도록 표적에 혼성화하도록 설계된다. 각각의 표적 핵산의 서열이 본원에서 제공되고, 따라서, 본 명세서의 교시내용에 기초하여, 당업자는 관심있는 표적 (또는 그의 상보체)에 상보성인 적절한 프라이머쌍을 설계할 수 있다. 다양한 실시태양에서, 프라이머쌍의 각각의 구성원은 핵산 표적에 완전히 상보성인, 적어도 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30개 이상의 뉴클레오티드 길이의 단일가닥 DNA 폴리뉴클레오티드이다. 다양한 추가의 실시태양에서, 증폭되는 표적 핵산의 검출가능 부분은 적어도 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 150, 200, 250, 300, 350, 400, 450, 500, 550, 600, 650, 700, 750, 800, 850, 900, 950, 1000, 1100, 1200, 1300, 1400, 1500, 1600, 1700, 1800, 1900, 2000개 이상의 뉴클레오티드 길이이다.

다양한 실시태양에서, 생체마커는 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 또는 14개의 프라이머쌍 (여기서 3-14개의 프라이머쌍은 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는다)을 포함하거나 그로 이루어질 수 있다. 바람직한 실시태양에서, 프라이머는 그들의 표적에 완전히 상보성이다. 따라서, 당업자에게 명백할 바와 같이, 생체마커는 임의의 언급된 인간 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 추가의 프라이머쌍을 포함할 수 있다. 그러한 추가의 프라이머쌍은 관심있는 다른 핵산을 선택적으로 증폭시키는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 것을 포함할 수 있고, 예를 들어, 비교를 위한 증폭의 표준을 제공하기 위해 프라이머쌍 등을 더 포함할 수 있다.

상기 제2 측면의 다양한 실시태양에서, 생체마커는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 또는 35개의 프라이머쌍으로 이루어진다. 다양한 추가의 실시태양에서, 적어도 10％, 15％, 20％, 25％, 30％, 35％, 40％, 45％, 50％, 55％, 60％, 65％, 70％, 75％, 80％, 85％, 90％, 95％ 이상의 상이한 프라이머쌍은 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킨다.

본 발명의 제2 측면의 하나의 바람직한 실시태양에서, 생체마커는 TH1L, HIST1H2BK, UBE2G1, BLCAP 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 3, 4, 또는 5개 이상의 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프라이머쌍은 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 정상 대상을 IBS로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 그러한 바람직한 프라이머쌍의 예는 표 17에 제공된 핵산의 검출가능 부분을 증폭하는 것이다. 따라서, 상기 실시태양의 한 바람직한 버전에서, 생체마커는 3 내지 35개의 상이한 핵산 프라이머쌍으로 이루어지고, 여기서

(a) 제1 프라이머쌍은 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(b) 제2 프라이머쌍은 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(c) 제3 프라이머쌍은 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 상보체로 이루어지고;

여기서 각각의 3 내지 35개의 상이한 프라이머쌍은 다른 프라이머쌍의 것과 상이한 단일 mRNA의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프라이머쌍으로 이루어지고, 각각의 상이한 프라이머쌍은 임의로 검출가능하게 표지된다. 상기 실시태양의 추가의 바람직한 버전에서, 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 TH1L의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 HIST1H2BK의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어진다.

본 발명의 제2 측면의 다른 바람직한 실시태양에서, 생체마커는 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, GPX1, CALM3 및 NONO로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 5 또는 6개 이상의 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프라이머쌍은 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 정상 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 그러한 바람직한 프라이머쌍의 예는 표 18에 제공된 핵산의 검출가능 부분을 증폭하는 것이다. 상기 실시태양의 한 바람직한 버전에서, 생체마커는 5 내지 35개의 상이한 핵산 프라이머쌍으로 이루어지고, 여기서

(a) 제1 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(b) 제2 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(c) 제3 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(d) 제4 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(e) 제5 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제5 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

여기서 각각의 5 내지 35개의 상이한 프라이머쌍은 다른 프라이머쌍의 것과 상이한 단일 mRNA에 대한 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프라이머쌍으로 이루어지고, 각각의 상이한 프라이머쌍은 임의로 검출가능하게 표지된다. 추가의 실시태양에서, 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 RAP1A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 CALM3의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제5 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 GPX1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제6 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 NONO의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어진다.

본 발명의 제2 측면의 추가의 바람직한 실시태양에서, 생체마커는 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, 및 PPP2R5A로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 6 또는 7개 이상의 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프라이머쌍은 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 IBS로 고통받는 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 상기 바람직한 프라이머쌍의 예는 표 19에 제공된 핵산의 검출가능 부분을 증폭시키는 것이다. 하나의 바람직한 실시태양에서, 생체마커는 6 내지 35개의 상이한 핵산 프라이머쌍으로 이루어지고, 여기서

(a) 제1 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(b) 제2 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(c) 제3 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(d) 제4 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(e) 제5 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제5 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

(f) 제6 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제6 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;

여기서 각각의 6 내지 35개의 상이한 프라이머쌍은 다른 프라이머쌍의 것과 상이한 단일 mRNA에 대한 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프라이머쌍으로 이루어지고, 각각의 상이한 프라이머쌍은 임의로 검출가능하게 표지된다. 다른 바람직한 실시태양에서, 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 RAP1A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 CALM3의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 GPX1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제5 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 HIST1H2BK의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제6 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 PPP2R5A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제7 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어진다.

하나의 특정 실시태양에서, 본 발명의 상기 제2 측면에 따른 생체마커는 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, TH1L의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, 및 HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBS 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제2 측면의 제2 특정 실시태양에서, 본 발명의 상기 제2 측면에 따른 생체마커는 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, TH1L의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, 및 HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBS 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제2 측면의 제3 특정 실시태양에서, 생체마커는 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, 및 GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제2 측면의 제4 특정 실시태양에서, 상기 제2 측면의 생체마커는 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, 및 GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제2 측면의 제5 특정 실시태양에서, 상기 제2 측면의 생체마커는 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, 및 NONO의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제2 측면의 제6 특정 실시태양에서, 상기 제2 측면의 생체마커는 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 하나의 프라이머쌍, BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍, 및 PPP2RR5A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제7 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 정상 및 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제2 측면의 제7 특정 실시태양에서, 상기 제2 측면의 생체마커는 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, 및 PPP2R5A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 IBS 환자 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제2 측면의 제8 특정 실시태양에서, 상기 제2 측면의 생체마커는 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 하나의 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, PPP2R5A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍, 및 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제7 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제2 측면의 제9 특정 실시태양에서, 상기 제2 측면의 생체마커는 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, TH1L의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, 및 NONO의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍을 포함하거나 그로 이루어진다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 생체마커가 IBS 및 IBD 환자를 정상 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

따라서, 본 발명의 상기 제2 측면의 다양한 다른 실시태양에서, 생체마커는

(a) RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, 및 GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍 (정상 환자로부터 IBD 환자를; 정상 및 IBS 환자로부터 IBD 환자를; IBS 환자로부터 IBD 환자를; 및 정상으로부터 IBD 및 IBS 환자를 진단하기 위한 생체마커에 공통적인 프라이머쌍 세트로서 사용됨);

(b) UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, 및 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍 (프라이머쌍 세트 (a)에 첨가되어, 정상으로부터 IBD를 진단하기 위해 특이적인 4-유전자 생체마커를 생성할 수 있는 프라이머쌍 세트로서 사용됨);

(c) UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, 및 CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍 (프라이머쌍 (a)에 첨가되어, 정상으로부터 IBD를 진단하기 위한 5-유전자 생체마커를 생성할 수 있는 프라이머쌍 트리오로서 사용됨);

(d) NONO의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, 및 CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍 (프라이머쌍 세트 (a) 및 (b)에 첨가되어, 정상으로부터 IBD를 진단하기 위한 6-유전자 생체마커를 생성할 수 있는 프라이머쌍 세트로서 사용됨);

(e) PPP2R5A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, 및 HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍 (IBS 환자로부터 IBD 환자를 진단하기 위한 생체마커에 공통적인 프라이머쌍 세트로서 사용됨) (프라이머쌍 세트 (e)는 IBD를 정상으로부터 구분하기 위한 상기 개시된 프라이머쌍 세트 (a) 및 (c)와 조합될 때, IBD 환자로부터 정상 및 IBS 환자를 진단하기 위한 생체마커를 생성한다. 또한, (e), (a) 및 (c)의 프라이머쌍 세트 조합은 개별적인 유전자의 발현값에 본원에 논의된 바와 같이 상이한 가중치가 주어지는 경우에 IBS 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위해 생체마커로서 사용될 수 있다);

(f) UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, 및 CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍 (상기 기재된 프라이머쌍 세트 (a) 및 (e)에 첨가되어, IBD 환자를 IBS 환자로부터 구분하기 위해 사용될 수 있는 6-유전자 생체마커를 생성할 수 있는 프라이머쌍으로서 사용됨);

(g) BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, 및 TH1L의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍 (상기 (a) 및 (d)에 첨가될 때, IBS 또는 IBD가 있는 환자를 정상 환자로부터 구분할 수 있는 6-유전자 생체마커를 생성하기 위해 사용될 수 있는 프라이머쌍 세트로서 사용됨);

h) HIST1H2KB의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, 및 CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍 (상기 (g)에 첨가될 때, IBS가 있는 환자를 정상 환자로부터 구분할 수 있는 4-유전자 생체마커를 생성하기 위해 사용될 수 있는 프라이머쌍 세트로서 사용됨); 및

i) HIST1H2KB의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, 및 UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍 (상기 (h)에 첨가될 때, IBS가 있는 환자를 정상 환자로부터 구분할 수 있는 상이한 4-유전자 생체마커를 생성하기 위해 사용될 수 있는 프라이머쌍 세트로서 사용됨)

을 포함하거나 그로 이루어진다.

본 발명의 제1 및 제2 측면의 생체마커는 동결된, 동결건조된 형태로, 또는 상이한 프로브 세트 또는 프라이머쌍을 함유하는 용액으로서 저장될 수 있다. 상기 용액은 그 자체로 제조될 수 있거나, 조성물은 아래 논의된 바와 같이 폴리뉴클레오티드를 표적에 혼성화시킬 때 제조될 수 있다. 별법으로, 조성물은 고체 지지체 상에, 예를 들어 마이크로어레이 (microarray) 또는 마이크로플레이트 (microplate) 형식으로 배치될 수 있다.

모든 상기 측면 및 실시태양에서, 폴리뉴클레오티드는 검출가능한 표지로 표지될 수 있다. 바람직한 실시태양에서, 상이한 프로브 세트 내의 폴리뉴클레오티드에 대한 검출가능한 표지는 예를 들어 다수의 프로브 세트를 사용하여 혼성화 반응을 수행할 때 그들의 신호의 차별적인 결정을 용이하게 하기 위해 서로로부터 구분가능하다. 표지의 검출 방법은 분광학, 광화학적, 생화학적, 면역화학적, 물리적 또는 화학적 기술을 포함하고 이로 제한되지 않는다. 예를 들어, 유용한 검출가능한 표지는 방사성 표지, 예를 들어 ³²P, ³H 및 ¹⁴C; 형광 염료, 예를 들어 플루오레세인 이소티오시아네이트 (FITC), 로다민, 란탄족 인광체, 및 텍사스 레드 (Texas red), ALEXIS™ (애보트 랩스 (Abbott Labs)), CY™ 염료 (아머샴 (Amersham)); 전자-치밀 시약, 예를 들어 금; 효소, 예를 들어 양고추냉이 퍼옥시다제, 베타-갈락토시다제, 루시퍼라제, 및 알칼리성 포스파타제; 비색 표지, 예를 들어 콜로이드성 금; 자기 표지, 예를 들어 표지 DYNABEADS™ 하에 시판되는 것; 비오틴; 디옥시게닌; 또는 그에 대한 항혈청 또는 모노클로날 항체가 이용가능한 합텐 및 단백질을 포함하고 이로 제한되지 않는다. 표지는 폴리뉴클레오티드 내로 직접 포함될 수 있거나, 폴리뉴클레오티드에 혼성화하거나 결합하는 프로브 또는 항체에 부착될 수 있다. 표지는 당업자에게 공지된 임의의 적합한 수단에 의해 프로브에 결합될 수 있다. 다양한 실시태양에서, 폴리뉴클레오티드는 닉 번역 (nick translation), PCR, 또는 랜덤 프라이머 연장을 사용하여 표지된다 (예를 들어, 문헌 [Sambrook et al. 상기 문헌] 참조).

제3 측면에서, 본 발명은

(a) IBD 또는 IBS에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 혼성화 조건 하에 2개 이상의 프로브 세트와 접촉시키고 (여기서 적어도 제1 프로브 세트 및 제2 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적에 선택적으로 혼성화하고; 제1 프로브 세트 및 제2 프로브 세트는 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는다);

(b) 2개 이상의 프로브 세트와 핵산 샘플 내의 핵산 표적 사이의 혼성화 복합체의 형성을 검출하고 (여기서 다수의 상기 혼성화 복합체는 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공한다);

을 포함하는, IBD 및/또는 IBS를 진단하는 방법을 제공한다.

본 발명자들은 본 발명의 방법이 예를 들어, IBD 및 IBS를 진단하는데 사용될 수 있음을 발견하였다. 특이적 유전자, 프로브 세트, 혼성화 조건, 프로브 종류, 폴리뉴클레오티드 등은 본 발명의 제1 및/또는 제2 측면에 대해 상기 규정된 바와 같다.

대상은 IBS 또는 IBD로 고통받을 수 있는 임의의 인간 대상이다. 상기 논의된 바와 같이, IBS는 복통, 변비 및/또는 설사, 및/또는 배변 습관의 변화를 특징으로 하는 만성 병태인 반면, IBD 환자는 동일한 증상, 및 구토, 혈변, 체중 감소 및/또는 체중 증가로 고통받을 수 있고; 따라서, 예를 들어, 이들 증상 중 하나 이상이 있는 대상은 본 발명의 방법에 대한 후보 대상일 것이다.

본원에서 사용될 때, "mRNA-유래된 핵산 샘플"은 대상으로부터 얻은 mRNA, 또는 대상으로부터 얻은 mRNA로부터 생성된 cDNA (단일 또는 이중가닥)를 함유하는 샘플이다. 샘플은 혈액 샘플, 예를 들어 PBMC 또는 RBC-고갈 전혈을 포함하고 이로 제한되지 않는 임의의 적합한 조직 공급원으로부터 유래될 수 있다.

한 실시태양에서, mRNA 샘플은 인간 mRNA 샘플이다. 당업자는 계내 (in situ) 혼성화에 의해 분석된 세포 또는 조직 샘플과 같은, 시험할 RNA를 함유하는 복잡한 샘플 혼합물이 사용될 수 있으므로 RNA 샘플이 개별 또는 몇몇의 개별 종의 RNA 분자의 단리를 필요로 하지 않음을 이해할 것이다.

추가의 실시태양에서, 프로브 세트는 본 발명의 핵산 조성물의 단일가닥 안티센스 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들어, mRNA 형광 계내 혼성화 (FISH) (즉, 메신저 RNA를 검출하기 위한 FISH)에서, 단지 안티센스 프로브 가닥만이 RNA 샘플 내의 단일가닥 mRNA에 혼성화하고, 상기 실시태양에서 "센스" 가닥 올리고뉴클레오티드는 음성 대조군으로서 사용될 수 있다.

별법으로, 프로브 세트는 DNA 프로브를 포함할 수 있다. 이들 실시태양 중 하나 (안티센스 프로브 또는 cDNA 프로브)에서, 혼성화를 세포질 mRNA 또는 핵 DNA로 유도하는 과정 또는 조절을 사용하는 것이 바람직하다. 유도 (directed) 혼성화의 부재 하에, 세포질 RNA에 대한 혼성화와 핵 DNA에 대한 혼성화를 구분하는 것이 바람직하다.

샘플 내에 혼성화 생성물의 존재 또는 부재를 평가하기 위한 임의의 방법, 예를 들어 노던 (Northern) 블로팅 방법, 계내 혼성화 (예를 들어, 혈액 도말표본 (smear)에 대해), 중합효소 연쇄 반응 (PCR) 분석, qPCR (정량적 PCR), RT-PCR (실시간 PCR), 또는 어레이 기반 방법을 사용할 수 있다.

한 실시태양에서, 검출은 계내 혼성화 ("ISH")에 의해 수행한다. 계내 혼성화 분석은 당업자에게 잘 알려져 있다. 일반적으로, 계내 혼성화는 다음 주요 단계를 포함한다 (예를 들어, US 6,664,057 참조): (1) 분석할 샘플 또는 핵산 샘플의 고정; (2) 핵산 샘플의 접근가능성을 증가시키고 (이들 실시태양에서 샘플 내에서), 비특이적 결합을 감소시키기 위해 샘플 또는 핵산 샘플의 예비-혼성화 처리; (3) 핵산 샘플에 대한 프로브 세트의 혼성화; (4) 혼성화에서 결합되지 않은 폴리뉴클레오티드를 제거하기 위해 혼성화 후 세척; 및 (5) 혼성화된 핵산 단편의 검출. 각각의 이들 단계에서 사용되는 시약 및 그들의 사용 조건은 특정 용도에 따라 변한다. 특히 바람직한 실시태양에서, ISH는 그 전문이 본원에 참조로 포함되는 미국 특허 5,750,340 및/또는 6,022,689에 개시된 방법에 따라 수행한다.

전형적인 계내 혼성화 분석에서, 세포를 고체 지지체, 대개 유리 슬라이드에 고정시킨다. 세포를 대개 열 또는 알칼리로 변성시킨 후, 혼성화 용액과 접촉시켜 단백질을 코딩하는 핵산 서열에 특이적인 표지된 프로브의 어닐링 (annealing)을 허용한다. 본 발명의 폴리뉴클레오티드는 대개 상기 논의된 바와 같이 표지된다. 일부 용도에서, 반복 서열의 혼성화 능력을 차단하는 것이 필요하다. 이 경우에, 비-특이적 혼성화를 차단하기 위해 인간 게놈 DNA 또는 Cot-1 DNA가 사용된다.

고체 지지체, 대개 유리 슬라이드 상에 고정된 세포에 대한 계내 혼성화를 수행할 때, 세포질 RNA에 대한 혼성화와 핵 DNA에 대한 혼성화를 구분하는 것이 바람직하다. 상기 구분을 위한 2개의 주요 기준이 존재한다: (1) 통상 신호 강도의 유의한 차이를 생성시킬 표적의 종류들 사이의 카피 수 차이 (수백 내지 수천 카피의 RNA 대 2개 카피의 DNA), 및 (2) 세포질 (RNA 표적에 대한 혼성화가 일어날 경우)과 핵 사이의 명백한 형태학적 구분은 신호 위치를 분명하게 만들 것이다. 따라서, 이중가닥 DNA 프로브를 사용할 때, 방법이 체액 샘플 내에서 분석되는 세포에서 세포질 및 핵을 구분하는 것을 더 포함하는 것이 바람직하다. 그러한 구분은 당업계에 공지된 임의의 방법에 의해, 예를 들어 핵 염색, 예를 들어 분석되는 세포에서 핵 DNA를 묘사하는 획스트 (Hoeschst) 33342 또는 DAPI를 사용함으로써 달성할 수 있다. 상기 실시태양에서, 핵 염색이 검출가능한 프로브로부터 구분가능한 것이 바람직하다. 핵막이 유지되는 것이, 즉, 모든 획스트 또는 DAPI 염색이 핵의 가시적인 구조 내에 유지되는 것이 더욱 바람직하다.

추가의 실시태양에서, 프로브 세트가 표면 상에 어레이될 수 있고 RNA 샘플이 표면 상의 폴리뉴클레오티드에 혼성화되는 어레이-기반 형식을 사용할 수 있다. 상기 종류의 형식에서, 매우 다수의 상이한 혼성화 반응이 특히 "평행으로" 진행될 수 있다. 상기 실시태양은 하나의 시료 내에서 그의 발현이 측정되어야 하는 다수의 유전자가 존재할 때, 또는 시료로부터 단리된 핵산이 이용가능하지만 무손상 시료로부터의 것은 이용가능하지 않을 때 특히 유용하다. 다수의 수의 유전자 발현 분석의 신속한, 특히 동시의 평가를 제공한다. 어레이 기반 형식으로 혼성화 반응을 수행하는 방법은 또한 예를 들어 문헌 ([Pastinen (1997) Genome Res. 7:606-614]; [Jackson (1996) Nature Biotechnology 14:1685]; [Chee (1995) Science 274:610]); WO 96/17958에도 또한 기재되어 있다. 표면 상에 폴리뉴클레오티드를 고정시키고 표면을 유도체화하는 방법은 당업계에 공지되어 있다 (예를 들어, US 6,664,057 참조).

각각의 상기 측면 및 실시태양에서, 혼성화의 검출은 대개 프로브 세트, 예를 들어 상기 설명된 것 내의 폴리뉴클레오티드 상에 검출가능한 표지를 사용함으로써 수행되고; 일부 대체 방법에서, 표지는 표적 핵산 상에 존재할 수 있다. 표지는 폴리뉴클레오티드 내로 직접 포함될 수 있거나, 폴리뉴클레오티드에 혼성화하거나 결합하는 프로브 또는 항체에 부착될 수 있다. 표지는 상기 설명된 바와 같이 당업자에게 공지된 다양한 수단으로 프로브에 결합될 수 있다. 표지는 상기 논의된 바와 같이 분광학, 광화학적, 생화학적, 면역화학적, 물리적 또는 화학적 기술을 포함하고 이로 제한되지 않는 임의의 적합한 기술에 의해 검출될 수 있다.

방법은 핵산 표적의 유전자 발현을 대조군에 비교하는 것을 포함할 수 있다. 당업계에 공지된 임의의 적합한 대조군이 본 발명의 방법에서 사용될 수 있다. 예를 들어, IBS, IBD, 및 정상 환자에서 상대적으로 일정한 수준으로 발현되는 것으로 알려진 유전자의 발현 수준을 비교를 위해 사용할 수 있다. 별법으로, 프로브에 의해 표적화되는 유전자의 발현 수준을 시험 샘플에 동등한 정상 RNA 샘플에서 분석할 수 있다. 또다른 실시태양은 분석되는 유전자의 mRNA의 절대적인 카피 수를 제공하는 표준 농도 곡선의 사용이고; 발현 수준은 표준 농도 단위의 면에서 제공될 것이므로 이는 표준화 대조군의 필요성을 배제할 수도 있다. 당업자는 그러한 다수의 대조군이 본 발명의 방법에서 사용될 수 있음을 알 것이다.

방법은 핵산 표적의 유전자 발현에 기초하여 대상의 IBD, IBS 또는 둘다의 존재 가능성을 진단하는 것을 포함한다. 본원에서 사용될 때, "존재 가능성"은 진단이 정확할 통계상 유의한 가능성을 의미한다. 다양한 실시태양에서, 이 방법에 따라 사례의 적어도 70％; 보다 바람직하게는 사례의 적어도 75％, 80％, 85％, 90％ 이상에서 정확한 진단이 이루어진다.

본 발명의 방법은 당업계의 다양한 수단에 의해 유도된 가중치를 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 혼성화 복합체의 수에 부여할 수 있다. 그러한 수단은 IBD 또는 IBS를 진단하는데 있어서 본 발명의 생체마커를 사용하기 위한 분류 규칙을 규정하기 위한 임의의 적합한 것일 수 있다. 그러한 분류 규칙은 감독 (supervised) 또는 비감독 분류 기술을 포함하고 이로 제한되지 않는 당업계에 공지된 임의의 적합한 수단을 통해 생성될 수 있다. 바람직한 실시태양에서, 분류 규칙은 감독 분류 기술의 사용에 의해 생성된다. 본원에서 사용될 때, "감독 분류"는 그를 통해 각각의 측정 벡터가 명시된 결정 규칙에 따라 하나의 클래스에 배정되는 컴퓨터-수행 과정이고, 여기서 가능한 클래스는 공지의 정체의 대표적인 훈련 샘플에 기초하여 규정되었다. 그러한 감독 분류의 예는 분류 나무 (tree), 신경망 (neural network), k-최근린 (nearest neighbor) 알고리즘, 선형 판별 분석 (LDA; linear discriminant analysis), 2차 판별 분석 (QDA; quadratic discriminant analysis), 및 서포트 벡터 머신 (support vector machine)을 포함하고 이로 제한되지 않는다.

하나의 비제한적인 예에서, 유전자의 가중 조합은 예를 들어 개개의 환자 내의 모든 유전자로부터의 발현 데이타를 이용하는 감독 분류 기술에 의해 도달된다. 환자 내의 각각의 유전자의 발현 수준에 그 유전자에 대한 가중 인자를 곱하고, 각각의 유전자의 발현에 대한 가중값을 각각의 개개의 환자에 대해 합하고, 임의로, 그 비교를 위한 특이적인 별개의 계수를 합에 부가하여 최종 스코어를 제공한다. 각각의 비교 세트는 유전자 가중치의 그 자신의 특이적 세트를 생성할 수 있고; 아래 추가로 논의하는 바와 같이, IBD 대 정상은 IBS 대 정상에 비해 상이한 유전자 발현 가중치를 갖는다. 가중치는 또한 양성-신호 또는 음성-신호를 가질 수 있다. 하나의 분류 내의 모든 환자가 동일한 유전자 1 업 (up), 유전자 2 다운 (down) 등을 갖지는 않을 것이다 (하기 실시에 참조).

본 발명의 제3 측면의 다양한 실시태양에서, 2개 이상의 프로브 세트는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 또는 14개 이상의 프로브 세트를 포함하거나 그로 이루어지고, 여기서 3-14개의 프로브 세트는 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는다. 프로브 세트의 이들 실시태양은 본 발명의 제1 및 제2 측면에서 추가로 논의되고; 제1 및 제2 측면의 프로브 세트 및 폴리뉴클레오티드의 모든 다른 실시태양이 본 발명의 방법에서 사용될 수 있다.

본 발명의 제3 측면의 하나의 바람직한 실시태양에서, 3, 4 또는 5개 이상의 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2BK, UBE2G1, BLCAP 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 상기 방법은 정상 대상을 IBS로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위한 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 사용될 수 있다. 본 발명의 방법에서 사용하기 위한 그러한 바람직한 프로브 세트의 예를 표 17에 제시한다. 상기 실시태양의 한 바람직한 버전에서,

(a) 과민성 장 증후군 (IBS)에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 혼성화 조건 하에 3개 이상의 뉴클레오티드 프로브와 접촉시키고 (여기서 제1 뉴클레오티드 프로브, 제2 뉴클레오티드 프로브, 및 제3 뉴클레오티드 프로브는 각각 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고, 각각의 제1, 제2, 및 제3 뉴클레오티드 프로브는 상이한 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드로 이루어진다);

(b) 프로브와 핵산 샘플 내의 핵산 표적 사이의 혼성화 복합체의 형성을 검출하고 (여기서 다수의 상기 혼성화 복합체는 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공한다);

(c) 핵산 표적의 유전자 발현의 척도에 기초하여 대상의 IBS 존재 가능성을 진단하는 것

을 포함하는, IBS를 진단하는 방법을 제공한다. 상기 실시태양의 추가의 바람직한 버전에서, 핵산 표적은 BLCAP, TH1L, UBE2G1 및 HIST1H2BK를 포함한다. 상기 실시태양의 추가의 바람직한 버전에서, 대상은 복통, 변비, 설사, 및 배변 습관의 변화 중 하나 이상으로 고통받는다. 상기 실시태양의 다른 버전에서, mRNA-유래된 핵산 샘플은 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어진다. 상기 실시태양의 추가의 버전에서, 방법은 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 혼성화 복합체의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함한다.

본 발명의 제3 측면의 다른 바람직한 실시태양에서, 5 또는 6개 이상의 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, GPX1, CALM3 및 NONO로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프로브 세트는 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 정상 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 본 발명의 방법에서 사용하기 위한 그러한 바람직한 프로브 세트의 예를 표 18에 제시한다. 상기 실시태양의 한 바람직한 버전에서, 방법은

(a) IBD에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 혼성화 조건 하에 5개 이상의 뉴클레오티드 프로브와 접촉시키고 (여기서 제1 뉴클레오티드 프로브, 제2 뉴클레오티드 프로브, 제3 뉴클레오티드 프로브, 제4 뉴클레오티드 프로브, 및 제5 뉴클레오티드 프로브는 각각 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고, 각각의 제1, 제2, 제3, 제4 및 제5 뉴클레오티드 프로브는 상이한 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드로 이루어진다);

(b) 뉴클레오티드 프로브와 핵산 샘플 내의 핵산 표적 사이의 혼성화 복합체의 형성을 검출하고 (여기서 다수의 상기 혼성화 복합체는 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공한다);

(c) 핵산 표적의 유전자 발현의 척도에 기초하여 대상의 IBD 존재 가능성을 진단하는 것

을 포함한다. 추가의 바람직한 실시태양에서, 핵산 표적은 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, 및 NONO를 포함한다. 다른 실시태양에서, 대상은 복통, 변비, 설사, 배변 습관의 변화, 구토, 혈변, 및 체중 변화 중 하나 이상으로 고통받을 수 있다. 추가의 실시태양에서, mRNA-유래된 핵산 샘플은 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어진다. 추가의 실시태양에서, 방법은 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 혼성화 복합체의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함한다.

본 발명의 제3 측면의 추가의 바람직한 실시태양에서, 6 또는 7개 이상의 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, 및 PPP2R5A로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프로브 세트는 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 IBS로 고통받는 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 본 발명의 방법에서 사용하기 위한 그러한 바람직한 프로브 세트의 예를 표 19에 제시한다. 상기 실시태양의 한 바람직한 버전에서, 대상에서 염증성 장 질병 (IBD)과 과민성 장 증후군 (IBS)을 구별하기 위한 방법은

(a) IBD에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 혼성화 조건 하에 6개 이상의 뉴클레오티드 프로브와 접촉시키고 (여기서 제1 뉴클레오티드 프로브, 제2 뉴클레오티드 프로브, 제3 뉴클레오티드 프로브, 제4 뉴클레오티드 프로브, 제5 뉴클레오티드 프로브, 및 제6 뉴클레오티드 프로브는 각각 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 각각의 제1, 제2, 제3, 제4, 제5 및 제6 뉴클레오티드 프로브는 상이한 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드로 이루어진다);

(c) 핵산 표적의 유전자 발현의 척도에 기초하여 대상의 IBD 또는 IBS 존재 가능성을 진단하는 것

을 포함한다. 추가의 바람직한 실시태양에서, 핵산 표적은 RAP1A, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, PPP2R5A, 및 BLCAP를 포함한다. 다른 실시태양에서, 대상은 복통, 변비, 설사, 배변 습관의 변화, 구토, 혈변, 및 체중 변화 중 하나 이상으로 고통받는다. 추가의 실시태양에서, mRNA-유래된 핵산 샘플은 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어진다. 다른 실시태양에서, 방법은 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 혼성화 복합체의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함한다.

본 발명의 상기 제3 측면의 하나의 특정 실시태양에서, 방법은 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBS 환자 사이를 구분하기 위해 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제3 측면의 제2 특정 실시태양에서, 방법은 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBS 환자 사이를 구분하기 위해 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제3 측면의 제3 특정 실시태양에서, 방법은 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제3 측면의 제4 특정 실시태양에서, 방법은 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBD 환자 사이를 구분할 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제3 측면의 제5 특정 실시태양에서, 방법은 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 NONO에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBD 환자 사이를 구분할 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제3 측면의 제6 특정 실시태양에서, 방법은 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 PPP2RR5A에 선택적으로 혼성화하는 제7 프로브 세트의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분할 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제3 측면의 제7 특정 실시태양에서, 방법은 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK1에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 PPP2R5A에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제3 측면의 제8 특정 실시태양에서, 방법은 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 PPP2R5A에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제7 프로브 세트의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제3 측면의 제9 특정 실시태양에서, 방법은 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하는 제1 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하는 제2 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하는 제3 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하는 제4 프로브 세트, 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하는 제5 프로브 세트, 및 고엄격성 조건 하에 NONO에 선택적으로 혼성화하는 제6 프로브 세트의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 IBS 및 IBD 환자를 정상 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

제4 측면에서, 본 발명은

(a) IBD 또는 IBS에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 증폭 조건 하에 2개 이상의 프라이머쌍과 접촉시키고 (여기서 적어도 제1 프라이머쌍 및 제2 프라이머쌍은 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고; 제1 프라이머쌍 및 제2 프라이머쌍은 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는다);

을 포함하는, IBD 및/또는 IBS를 진단하기 위한 방법을 제공한다.

상기 사용되는 프라이머쌍의 정의 및 모든 다른 통상적인 용어는 본 발명의 상기 측면에 적용된다. 본 발명의 다른 측면에 대해 상기 개시된 모든 실시태양은 상기 제4 측면에도 적합하다.

상기 방법에서, 프라이머쌍을 사용한 표적 핵산의 증폭이 유전자 발현 산물을 검출하기 위해 혼성화 대신에 사용된다. PCR, RT-PCT, qPCR, spPCR 등을 포함하고 이로 제한되지 않는 임의의 적합한 증폭 기술을 사용할 수 있다. 적합한 증폭 조건은 본원의 교시내용을 기초로 하여 특정 프라이머쌍 설계 및 다른 인자를 고려하여 당업자가 결정할 수 있다. 다양한 실시태양에서, 2개 이상의 프라이머쌍은 3-14개 이상의 프라이머쌍을 포함하고, 여기서 3-14개의 프라이머쌍은 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는다.

본 발명의 제4 측면의 하나의 바람직한 실시태양에서, 3, 4 또는 5개 이상의 프라이머쌍은 TH1L, HIST1H2BK, UBE2G1, BLCAP 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킨다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프라이머쌍은 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 정상 대상을 IBS로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 상기 바람직한 프라이머쌍의 예는 표 17에 제시된 핵산의 검출가능 부분을 증폭시키는 것이다. 상기 실시태양의 한 바람직한 버전에서, 과민성 장 증후군 (IBS)을 진단하기 위한 방법은

(a) IBS에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 증폭 조건 하에 3개 이상의 프라이머쌍과 접촉시키고 (여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍 및 제3 프라이머쌍은 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 상이한 핵산 표적, 또는 그의 완전 상보체를 선택적으로 증폭시키고, 각각의 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 그의 각각의 핵산 표적의 15개 이상의 인접한 뉴클레오티드로 이루어진다);

(b) 3개 이상의 프라이머쌍에 의한 핵산 샘플 내의 핵산 표적의 증폭에 의해 생성된 증폭 생성물을 검출하고 (여기서 다수의 상기 증폭 생성물은 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공한다);

을 포함한다. 상기 실시태양의 추가의 버전에서, 핵산 표적은 BLCAP, TH1L, UBE2G1 및 HIST1H2BK를 포함한다. 또다른 버전에서, 대상은 복통, 변비, 설사 및 배변 습관의 변화 중 하나 이상으로 고통받는다. mRNA-유래된 핵산 샘플은 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻을 수 있다. 방법은 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 증폭 생성물의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함할 수 있다.

본 발명의 제4 측면의 다른 바람직한 실시태양에서, 5 또는 6개 이상의 프라이머쌍은 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, GPX1, CALM3 및 NONO로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킨다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프라이머쌍은 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 정상 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 상기 바람직한 프라이머쌍의 예는 표 18에 제시된 핵산의 검출가능 부분을 증폭시키는 것이다. 바람직한 실시태양에서, IBD 진단을 위한 방법은

(a) IBD에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 증폭 조건 하에 5개 이상의 프라이머쌍과 접촉시키고 (여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머, 제4 프라이머쌍 및 제5 프라이머쌍은 각각 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 상이한 핵산 표적, 또는 그의 완전 상보체를 선택적으로 증폭시키고, 각각의 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 그의 각각의 핵산 표적의 15개 이상의 인접한 뉴클레오티드로 이루어진다);

(b) 5개 이상의 프라이머쌍에 의한 핵산 샘플 내의 핵산 표적의 증폭에 의해 생성된 증폭 생성물을 검출하고 (여기서 다수의 상기 증폭 생성물은 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공한다);

을 포함한다. 추가의 바람직한 실시태양에서, 핵산 표적은 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, 및 NONO를 포함한다. 다른 실시태양에서, 대상은 복통, 변비, 설사, 배변 습관의 변화, 구토, 혈변, 및 체중 변화 중 하나 이상으로 고통받는다. 추가의 실시태양에서, mRNA-유래된 핵산 샘플은 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어진다. 다른 실시태양에서, 방법은 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 증폭 생성물의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함한다.

본 발명의 제4 측면의 추가의 바람직한 실시태양에서, 6 또는 7개 이상의 프라이머쌍은 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, 및 PPP2R5A으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킨다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 그러한 프라이머쌍은 본 발명의 방법의 바람직한 실시태양에서 IBS로 고통받는 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하기 위해 사용될 수 있다. 상기 바람직한 프라이머쌍의 예는 표 19에 제시된 핵산의 검출가능 부분을 증폭시키는 것이다. 한 바람직한 버전에서, 대상에서 염증성 장 질병 (IBD) 및 과민성 장 증후군 (IBS) 사이를 구별하기 위한 방법은

(a) IBD에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 증폭 조건 하에 6개 이상의 프라이머쌍과 접촉시키고 (여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머, 제4 프라이머쌍, 제5 프라이머쌍 및 제6 프라이머쌍은 각각 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 상이한 핵산 표적, 또는 그의 완전 상보체를 선택적으로 증폭시키고, 각각의 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 그의 각각의 핵산 표적의 15개 이상의 인접한 뉴클레오티드로 이루어진다);

(b) 6개 이상의 프라이머쌍에 의한 핵산 샘플 내의 핵산 표적의 증폭에 의해 생성된 증폭 생성물을 검출하고 (여기서 다수의 상기 증폭 생성물은 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공한다);

을 포함한다. 바람직한 실시태양에서, 핵산 표적은 RAP1A, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, PPP2R5A, 및 BLCAP를 포함한다. 추가의 실시태양에서, 대상은 복통, 변비, 설사, 배변 습관의 변화, 구토, 혈변, 및 체중 변화 중 하나 이상으로 고통받는다. 다른 실시태양에서, mRNA-유래된 핵산 샘플은 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어진다. 추가의 실시태양에서, 방법은 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 증폭 생성물의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함한다.

본 발명의 상기 제4 측면의 하나의 특정 실시태양에서, 방법은 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, TH1L의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, 및 HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBS 환자 사이를 구분할 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제4 측면의 제2 특정 실시태양에서, 방법은 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, TH1L의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, 및 HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBS 환자 사이를 구분할 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제4 측면의 제3 특정 실시태양에서, 방법은 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, 및 GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBD 환자 사이를 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제4 측면의 제4 특정 실시태양에서, 방법은 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, 및 GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBD 환자 사이를 구분할 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제4 측면의 제5 특정 실시태양에서, 방법은 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, 및 NONO의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBD 환자 사이를 구분할 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제4 측면의 제6 특정 실시태양에서, 방법은 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 하나의 프라이머쌍, BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍, 및 PPP2RR5A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제7 프라이머쌍의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 정상 및 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분할 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제4 측면의 제7 특정 실시태양에서, 방법은 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, 및 PPP2R5A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 IBS 환자 및 IBD 환자 사이를 구분할 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제4 측면의 제8 특정 실시태양에서, 방법은 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 하나의 프라이머쌍, UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, PPP2R5A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍, 및 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제7 프라이머쌍의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 IBS 환자를 IBD 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

본 발명의 상기 제4 측면의 제9 특정 실시태양에서, 방법은 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제1 프라이머쌍, CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제2 프라이머쌍, GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제3 프라이머쌍, TH1L의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제4 프라이머쌍, RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제5 프라이머쌍, 및 NONO의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 제6 프라이머쌍의 사용을 포함한다. 아래에 보다 상세히 개시되는 바와 같이, 본 발명자들은 상기 방법이 IBS 및 IBD 환자를 정상 환자로부터 구분하기 위한 프로브로서 사용될 수 있음을 발견하였다.

다양한 실시태양에서, 방법은 증폭 생성물을 대조군과 비교하는 것을 더 포함할 수 있다.

본 발명의 모든 방법의 추가의 실시태양에서, 방법은 자동화되고, 적절한 소프트웨어가 방법의 일부 또는 모든 단계를 수행하기 위해 사용된다.

추가의 측면에서, 본 발명은 본 발명의 생체마커 및/또는 프라이머쌍 세트 및 그의 사용 설명서를 포함하는, 본 발명의 방법에서 사용하기 위한 키트를 제공한다. 바람직한 실시태양에서, 폴리뉴클레오티드는 검출가능하게 표지되고, 여기서 가장 바람직하게는 주어진 프로브 세트 또는 프라이머쌍 내의 각각의 폴리뉴클레오티드 상의 검출가능한 표지는 동일하고, 상기 개시된 바와 같이 다른 프로브 세트 또는 프라이머쌍 내의 폴리뉴클레오티드 상의 검출가능한 표지와는 상이하다. 추가의 바람직한 실시태양에서, 프로브/프라이머쌍은 용액 내에, 가장 바람직하게는 본 발명의 방법에 사용될 혼성화 또는 증폭 버퍼 내에 제공된다. 추가의 실시태양에서, 키트는 세척 용액, 예비-혼성화 용액, 증폭 시약, 방법의 자동화를 위한 소프트웨어 등을 또한 포함한다.

실시예 1.

IBS, IBD 및 정상 환자에서 수집한 전혈 샘플 사이를 구별하고, 따라서 최소 침습 진단 시험의 기초를 제공할 수 있는 유전자 발현 프로파일을 확인하기 위한 노력으로, 본 발명자들은 크론병 (CD) 및 궤양 대장염 (UC) 환자로부터 수집한 공개적으로 이용가능한 데이타 (Burczynski et al., Molecular Classification of Crohn's Disease and Ulcerative Colitis Patients Using Transcriptional Profiles in Peripheral Blood Mononuclear Cells, Journal of Molecular Diagnostics 8(1):51-61, February 2006) (이하 "부르진스키 (Burczynski) 데이타"로 칭함)를 분석하기 위해 독점적인 데이타 마이닝 (mining) 프로그램을 사용하였다.

부르진스키 데이타는 개별적인 발현 수준 특징의 세트로 이루어지고, 상기 각각의 특징은 단일 마이크로어레이 스팟 (spot)으로부터 유도된 정량적 형광 신호이다. 문헌 [Burczynski et al (2006)]에 상세히 설명된 바와 같이, 신호는 1명의 환자로부터의 형광-표지된 RNA를 단일 DNA-기반 올리고뉴클레오티드 마이크로어레이 상의 모든 스팟에 혼성화함으로써 생성되었다. 이들 데이타로부터, 본 발명자들은 IBD 환자 및 비이환된 정상 대조 대상 사이를 효과적으로 구별하는 발현 수준 특징의 세트들로 이루어진 분자 시그너쳐를 확인하였다. 이어서, 이들 어레이 특징에 의해 제시된 유전자의 발현 수준을 환자의 유망하게 확인된 샘플에서 측정하였다 (아래에 설명되는 '파일롯 (pilot) 연구'). 부르진스키 발견 데이타세트는 26명의 궤양 대장염 환자, 59명의 크론병 환자, 및 42명의 정상 대조군으로부터의 RNA에 대한 127개의 별개의 Affymetrix 마이크로어레이 혼성화 실험으로 이루어졌다.

본 발명자들은 공개적으로 이용가능한 부르진스키 데이타를 분석하기 위해 본 발명자들의 독점적인 데이타 마이닝 프로그램을 사용하였다. 본 발명자들은 본 발명의 분석을 위해 부르진스키 데이타세트 내의 환자를 다음과 같은 2개의 대략 동일한 군으로 무작위로 나누었다: 생체마커 세트 발견을 위한 훈련 세트, 및 훈련 세트로부터 발견된 생체마커의 평가를 위한 별개의 비-중복 시험 세트. 훈련 세트는 30명의 CD 환자, 13명의 UC 환자, 및 21명의 정상 대조군으로 이루어졌다. 시험 세트는 29명의 CD 환자, 13명의 UC 환자, 및 21명의 대조군으로 이루어졌다. CD 및 UC 환자를 '이환된'으로 규정하고, 정상 대조군을 '비이환된'으로 규정하였다.

이어서, 본 발명자들의 독점적인 데이타 마이닝 프로그램을 사용하여, 이환된 및 비이환된 환자 세트에 걸쳐 조합에 대한 발현 수준 데이타의 유전자-알고리즘 검색을 수행하였다. 마커 세트 조합을 구성하는 특징의 수는 4로 고정되었다. 부르진스키 데이타 세트는 22,283 발현 수준 특징을 포함하였고; 그 데이타 세트 내에서 특징의 4-방식 (4-wise) 조합의 수는 (!22,283/(!4 * !22,279) = 10,269,905,646,716,170이다.

독점적인 데이타 마이닝 프로그램을 3개의 특이적 파라미터 세트를 사용하여 부르진스키 데이타세트에 대해 3개의 별개의 횟수로 실행하였다. (1) 제1 파라미터 세트는 보다 높은 감수성에 대해 가중치를 부여한 계산 결과를 제공하는 추가의 설정과 함께 상기 규정된 훈련 및 시험 세트를 사용하고 (위음성을 최소화하기 위해), (2) 제2 세트는 유사하게 보다 높은 특이성에 대해 가중치를 부여하고 (위양성을 최소화하기 위해), (3) 제3 세트는 특이성 또는 감수성을 향해 가중치를 부여하지 않으면서 무작위 교차검증 ('부트스트랩 (bootstrap)')을 사용하였다. 분석된 각각의 4-특징 조합에는 이환된 군 및 비이환된 군 사이를 식별하는데 있어서 그의 정확성을 특성화하는 스코어가 배정되었다. 발현 특징의 각각의 조합에 대한 스코어는 완전히 정확한 것에 대한 1.00에서 완전히 부정확한 것에 대한 0.00까지의 범위이다.

보다 높은 감수성을 향해 가중치를 부여한 세트 (세트 1)에 대해, 훈련 세트 상의 조합의 스코어가 0.995를 초과하거나 시험 세트 상의 조합의 스코어가 0.92를 초과하도록 상위-스코어링의 4-특징 세트가 얻어졌다. 보다 높은 특이성을 향해 가중치를 부여한 세트 (세트 2)에 대해, 훈련 세트 상의 조합의 스코어가 0.9975를 초과하거나 시험 세트 상의 조합의 스코어가 0.92를 초과하도록 상위-스코어링의 4-특징 세트가 얻어졌다. 감수성과 특이성 사이에 동일한 가중치를 부여한 부트스트랩 결과 세트 (세트 3)에 대해, 훈련 세트 상의 조합의 스코어가 0.995를 초과하도록 (즉, 약 99.5％ 정확성) 상위-스코어링의 4-특징 세트가 얻어졌다.

마커 세트의 유의성은 무작위 반복 재표지에 의해 경험적으로 평가하였다. 환자의 이환된 및 비이환된 상태를 무작위로 재-배정한 후, 독점적인 데이타 마이닝 프로그램을 실행하여, 무작위로 표지된 세트에 대한 상위 마커 용액을 결정하였다. 100,000개의 마커 세트를 얻도록 이를 반복하였다. 무작위로 재표지된 세트에서, 훈련 세트 스코어는 최대 0.927에 도달하였고; 용액의 95％ (경험적 p=0.05 수준)는 0.882 이하로 스코어링되고, 용액의 99％ (경험적 p=0.01 수준)는 0.893 이하로 스코어링되었다. 재표지된 용액에서 시험 세트 스코어는 최대 0.915에 도달하였고; 용액의 95％ (경험적 p=0.05 수준)는 0.753 이하로 스코어링되고, 용액의 99％ (경험적 p=0.01 수준)은 0.809 이하로 스코어링되었다.

각각 4개의 특징으로 이루어진 총 16개의 세트 (부르진스키 마이크로어레이 데이타에서, 일부 유전자는 1 초과의 특징으로 제시되고, 일부 특징은 1 초과의 유전자에 혼성화한다)를 임계값의 조합을 이용하여 얻었고: 훈련 세트 상의 스코어는 0.9975를 초과하고/하거나 시험 세트 상의 스코어는 0.92를 초과하였다.

표 2는 IBD 환자와 비이환된 정상 대조 대상 사이를 효과적으로 구별하는, 말초 혈액 단핵 세포의 유전자 발현 프로파일로부터 확인된 유전자들의 조합을 포함한다.

14개의 개별적인 발현 어레이 특징이 이들 16개의 세트를 구성한다. 특징 세트 및 그들의 구성원을 아래 표 3에 나타낸다. 각각의 특징은 단일 유전자로부터의 전사체의 발현 수준을 나타내고; 각각의 특징에 대한 HUGO 유전자 명칭을 나타낸다. IBD 환자에서 평균 발현 수준을 정상 환자에서 평균 발현 수준으로 나누어 계산된, IBD 및 정상 군 사이의 발현의 평균 배수 차이를 또한 제시한다. 1 초과의 배수 차이는 유전자가 정상 환자에 비해 IBD 환자에서 보다 높이 발현되는 것을 나타내는 반면, 1 미만의 배수 차이는 유전자가 정상 환자에 비해 IBD 환자에서 보다 낮게 발현됨을 나타낸다. "freq"로 표지된 열은 마이크로어레이 특징이 상위 16개의 마커 세트에서 나타나는 횟수를 보여준다.

유전자 목록 (표 4)은 이들 조합에서 유전자의 특유한 세트의 분석 (표 3)으로부터 유도되었다.

분석된 데이타세트에 대한 발견 생체마커 세트의 진단 성능의 예를 도 1에 제시한다. 로지스틱 회귀는 발견 마커 세트로부터의 4개 특징의 정량적 수준에 대항하여 환자의 이환된/비이환된 상태를 이용하여 수행하였다. 훈련 세트 환자 데이타를 회귀 분석을 수행하기 위해 사용하였다. 이어서, 생성되는 회귀 계수를 사용하여, 시험 세트 환자에서 4개 특징의 발현 수준의 가중합을 계산하였다. 이어서, 각각의 훈련 세트 환자에 대한 생성되는 가중합 회귀 스코어를 플로팅하였고, 여기서 IBD 환자는 빈 기호를 갖고, 정상 환자는 채워진 기호를 갖는다. 그래프 아래에 제시된 예에서, 약 2.75의 회귀-스코어 컷오프 (cutoff)가 '이환된' 시험 결과를 40명의 IBD 환자 및 1명의 정상 환자에 배정한다. '비이환된' 결과는 2명의 IBD 환자 및 20명의 정상 환자에 배정된다. 의료 진단학에 대한 표준 계산을 사용하여, 이는 감수성=40/42=0.952, 특이성=20/21=0.952, 양성 예측도 (predictive value)=40/41=0.976, 및 음성 예측도=20/22=0.909를 제공한다.

실시예 2.

표 3에 제시된 상위 세트에서 빈번하게 나타나는 표 4에 나열된 유전자 중 8개를 대조군 유전자로서 액틴 B와 함께, 98명의 정상 대조군, 91명의 궤양 대장염 환자, 98명의 크론병 환자, 98명의 IBS 환자 및 97명의 비-위장 염증 질병 환자로부터의 총 482개의 RBC (적혈구)-고갈 전혈 샘플에 대한 후속 연구에서 평가하였다. 샘플은 미국 내의 다양한 지리적 위치에서의 7개의 임상 현장으로부터 얻었다. 분석에서, 크론병과 UC는 구분되지 않았다.

상위 발견 마커 세트 내의 14개의 특징 중에서 8개의 유전자의 RNA 발현 수준을 이환된 환자 및 비이환된 대조군의 유망하게 확인된 샘플의 RBC-고갈 전혈에서 정량적 실시간 PCR에 의해 측정하였다. 추가의 제9 유전자를 환자 전체에서 내부 참조 표준물로서 사용하기 위해 측정하였다. 5개의 환자 코호트가 분석된 RNA를 가졌다:

o 98명의 정상

o 98명의 크론병

o 91명의 궤양 대장염

o 98명의 과민성 장 증후군

o 97명의 비-위장 염증 질병

5개의 환자 코호트에서 RNA 발현 수준에 대해 분석된 9개의 유전자 (1개의 대조군)는 다음과 같았다: (Human Genome Organization (HUGO) Gene Nomenclature Committee 명칭을 제공한다)

o RAP1A

o BLCAP

o PPP2R5A

o UBE2G1

o GPX1

o TH1-L

o CALM3

o HIST1H2BK

o ACTB (내부 참조 유전자).

전혈 샘플 및 임상 정보는 모든 환자로부터 얻었다. 각각의 IBD 환자는 소화기내과 전문의 (board-certified)가 진단하였고; IBD 진단은 내시경에 의해 확인하였다. 각각의 IBS 환자는 소화기내과 전문의가 Rome I 기준을 사용하여 진단하였다. 모든 프로토콜은 IRB 승인받았고; 모든 환자로부터 고지동의서 (informed consent)를 얻고, 말초 혈액 샘플 및 임상 데이타를 수집하였다. RNA를 단리하고, cDNA를 합성하고, 각각의 유전자에 대한 정량적 실시간 PCR을 Applied Biosystems 7300 실시간 PCR 시스템에서 수행하였다. 발현 수준은 Ct (사이클 또는 크로싱 (crossing) 임계값)으로서 출력하였다. 8개의 마커 유전자의 유전자 발현 수준을 개체내 기준 (intra-subject reference) 유전자 (ACTB는 또한 β-액틴으로도 칭함)에 대해 표준화하기 위해, 각각의 환자에 대한 각각의 유전자의 DeltaCt를 계산하였다. DeltaCt = Ct[마커 유전자] - Ct[ACTB]. 이어서, DeltaCt를 진단적 분류 성능의 분석을 위해 사용하였다.

2A. IBD 대 정상 5-유전자 조합

생체마커 성능의 예를 도 2 (그의 조합이 정상 및 IBD 환자 사이를 구별하는 8개의 유전자 중 5개의 유전자 (RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, 및 GPX1)의 발현 수준에 기초한 로지스틱 회귀 스코어의 상자그림)에 제시한다. IBD 대 정상에 대한 조합의 분류 매트릭스 및 진단 정확성 추정을 그래프 아래에 제시한다 (표 5a-b).

<표 5a>

<표 5b>

2B. IBD 대 정상 4-유전자 조합

8개의 모든 유전자에 대한 데이타를 사용하여 초기 로지스틱 회귀 모델을 제작하였다. 모델에 통계상 유의하게 기여하지 않는 유전자를 제거함으로써 모델을 정교하게 확립하였다. 상기 분석의 결과는 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, 및 GPX1을 포함한 4-유전자 모델이다. IBD 샘플을 정상 샘플로부터 구분하는데 있어서 상기 모델의 정확성은 상기 4-유전자 조합의 다른 성능 척도와 함께 아래 표 6b에 제시된 바와 같이 80.4％이다.

<표 6a>

<표 6b>

2C. 정상 & IBS 대 IBD 7 유전자 조합

생체마커 성능의 예를 도 3 (그의 조합이 정상/IBS 및 IBD 환자 사이를 구별하는 8개의 유전자 중 7개의 유전자 (RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, 및 PPP2R5A)의 발현 수준에 기초한 로지스틱 회귀 스코어의 상자그림)에 제시한다. IBD 대 정상/IBS에 대한 조합의 분류 매트릭스 및 진단 정확성 추정 (표 7a-b)을 그래프 아래에 제시한다.

<표 7a>

<표 7b>

2D. IBS 대 정상 4-유전자 조합

8개의 모든 유전자에 대한 데이타를 사용하여 초기 로지스틱 회귀 모델을 제작하였다. 모델에 통계상 유의하게 기여하지 않는 유전자를 제거함으로써 모델을 정교하게 확립하였다. 상기 분석의 결과는 BLCAP, TH1L, CALM3, 및 HIST1H2BK를 포함한 4-유전자 모델이다. IBS 샘플을 정상 샘플로부터 구분하는데 있어서 상기 모델의 정확성은 84.7％이다.

생체마커 성능을 도 4 (그의 조합이 정상 및 IBS 환자 사이를 구별하는 8개의 유전자 중 4개의 유전자의 발현 수준에 기초한 로지스틱 회귀 스코어의 상자그림)에 제시한다. 정상 대 IBS에 대한 조합의 분류 매트릭스 및 진단 정확성 추정을 그래프 아래에 표 8a-b에 제시한다.

<표 8a>

<표 8b>

2E. IBD 대 IBS 6-유전자 조합

위에서와 같이, 8개의 모든 유전자에 대한 데이타를 사용하여 초기 로지스틱 회귀 모델을 제작하였다. 모델에 통계상 유의하게 기여하지 않는 유전자를 제거함으로써 모델을 정교하게 확립하였다. 상기 분석의 결과는 RAP1A, UBE2G1, CALM3, GPX1, HISTH2BK, 및 PPP2R5A를 포함한 6-유전자 모델이다. IBS 샘플을 IBD 샘플로부터 구분하는데 있어서 상기 모델의 정확성은 83.0％이다.

<표 9a>

<표 9b>

요약: IBD 및 정상 대조군 사이를; IBD를 IBS로부터; IBD를 정상 & IBS로부터; 및 IBS를 정상으로부터 개별적으로 구분하는, RT-PCR에 의해 측정되고 액틴 B 발현에 의해 표준화된 이들 유전자의 발현 수준의 능력을 이들 유전자의 발현 수준의 능력을 표 10 (아래)에 제시한다. 각각의 코호트 쌍 사이에서 각각의 유전자에 대한 발현 수준의 유의한 차이에 대한 p 값을 제시한다. 각각의 p-값의 우측에, 실험값 (ΔCt)을 다른 것에 비해 대상 쌍의 하나의 구성원에 대한 보다 높은 (또는 보다 낮은) ΔCt를 나타내도록 "+" (또는 "-")로서 제시한다 (표 10에 대한 범주 참조). ΔCt는 발현 수준에 역비례한다.

8개의 모든 유전자가 IBD 또는 IBS와 통계상 유의하게 연관된 것으로 발견되었지만, 개별적인 유전자는 다양한 하위집단을 식별하는데 있어서 크게 정확하지 않다. 본 발명자들은 8개 중에서 선택된 유전자들의 조합이 임상적으로 유용한 마커 정확성을 가능하게 할지 여부를 조사하였다.

각각의 데이타 하위세트: IBD 대 정상 대조군, IBS 대 정상 대조군, IBS 및 정상 대 IBD, 및 IBD 대 IBS에 대해, 본 발명자들은 로지스틱 회귀를 이용하여 유전자 조합의 정확성을 평가하였다. 당업자는 측정치의 세트, 예를 들어 특정 유전자 세트에 대한 유전자 발현 값이 주어지고 특정 샘플 세트, 예를 들어 IBD 샘플의 집단 및 '정상' 샘플의 집단에 걸쳐 이들 측정치가 주어지면, 그 데이타로부터 샘플을, 예를 들어 IBD 또는 정상으로서 분류하기 위한 '규칙의 세트'를 유도하기 위한 다수의 기술이 존재함을 알 것이다. 당업자는 각각의 유전자 발현 수준에 대한 가중치를 포함한 알고리즘이 그 자체가 '데이타 마이닝'의 하위분야로 간주될 수 있는, '기계 학습'의 하위분야인 '감독 학습'으로서 공지된 지식의 요체의 하나의 방법에 따른, 로지스틱 회귀 분석으로부터 나올 것임을 알 것이다. 감독 학습은 데이타로부터 알고리즘 또는 규칙을 유도하기 위한 기술을 포함한다. 당업자는 표준 통계 방안과 '감독 학습' 방안 사이에 명백한 경계가 없고, 아래에 제시된 분류 식이 감독 학습 방안으로부터 유도되는 것으로 간주될 수 있지만 또한 표준 통계 방안으로 명명될 수 있음을 알 것이다.

상기 실시예에서 상자그림은 주어진 비교를 위해 최적화된 가중치에 대한 각각의 코호트 내에서 개별적인 스코어의 분포의 시각적 디스플레이이다. 분류 스코어에 대한 임계값은 모든 경우에 0이다. IBD 대 정상에 대해, IBD는 0 초과이고 정상은 0 미만이고; IBS 및 기타 카테고리가 정보로서 제공되지만, 이들은 유전자 발현 가중치를 결정하는데 사용되지 않았다. 유사하게 IBD 대 정상 & IBS에 대해, IBD는 0 초과이고 정상 & IBS는 0 미만이고, 기타 카테고리는 가중치를 유도하는데 사용되지 않았다. IBS 대 정상에 대해 동일하게: IBS는 0 초과이고 정상은 0 미만이고, IBD 및 기타 카테고리는 발현 가중치를 유도하기 위해 사용되지 않았다. 따라서, 마커 세트 내의 개별 유전자의 발현 수준의 특이적 업 및 다운은 분류자에서 중요하지만, 직접적 올웨이즈 (always)-업 또는 올웨이즈-다운 방식이 아니다. 가중 발현 값의 합이 0을 초과하는지 0 미만인지가 중요하다. 스코어가 마커 세트 내의 다른 유전자의 발현에서 적절하게 가중된 변화에 의해 "보상되면", 특이적 유전자가 하나의 정확하게 분류된 환자에서 증가된 발현을 가질 수 있고, 그 동일한 유전자가 다른 정확하게 분류된 환자에서 감소된 발현을 가질 수 있다.

비제한적인 예로써, 한 특이적인 측정에서, 다음의 유전자 가중치가 적용되었다:

IBS 대 정상

4개 유전자 BLCAP , TH1L , CALM3 , HIST1H2BK

만약

이면, IBS

그렇지 않으면, 정상.

IBS 대 정상에 대해, 상기한 유전자 가중치 및 0의 임계값 (IBS는 0 초과 및 정상은 0 이하)이 주어지면, 발현 수준이 BLCAP = 2.0, TH1L=1.0, CALM3=1.0, 및 HIST1H2BK=2.0인 가상 환자는 (-16.6856+11.2898(2.0)-4.9722(1.0)- 3.7663(1.0)+2.5060(2.0) = 2.1675의 가중 스코어를 가질 것이고, IBS의 분류에 속한다.

그러한 가중치의 다른 비-제한적인 예는 다음과 같다:

IBS & 정상 대 IBD

7-유전자 RAP1A , BLCAP , UBE2G1 , CALM3 , GPX1 , HIST1H2BK , PPP2R5A:

만약

이면, IBD

그렇지 않으면, IBS 또는 정상.

IBD 대 정상

4-유전자 RAP1A , BLCAP , UBE2G1 , GPX1

만약

이면, IBD

그렇지 않으면, 정상.

IBD 대 정상

5-유전자 RAP1A , BLCAP , UBE2G1 , CALM3 , GPX1:

식:

만약

이면, IBD

그렇지 않으면, 정상.

IBS 대 IBD

6-유전자 RAP1A , UBE2G1 , CALM3 , GPX1 , HIST1H2BK , PPP2R5A:

식:

만약

이면, IBD

그렇지 않으면, 정상.

5-유전자 IBD 대 정상 생체마커를 사용하여 IBD 대 정상을 분류하기 위한 문헌 [Burczynski et al (2006)] 데이타의 로지스틱 회귀 분석으로부터 유도된 하나의 예시적인 분류 규칙은 다음과 같을 것이다:

만약

이면, IBD

그렇지 않으면, 정상.

정확성 96.9％

감수성 96.5％

특이성 97.6％

PPV 98.8％

NPV 93.2％

도 5는 그의 조합이 IBD를 정상으로부터 구별하는 5개의 유전자 (RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, 및 GPX1)의 발현 수준에 기초한 회귀 스코어의 상자그림을 도시한 것이다.

상기 개시된 가중치가 최적의 예이고; 당업자에게 명백할 바와 같이, 가중치는 예를 들어 가중치를 생성하기 위해 상이한 분류자의 사용, 또는 정확성은 보다 낮지만 개선된 특이성을 제공할 수 있는 변형된 가중치의 사용 (또는 사용자에게 관심있는 분석에 일부 다른 변화)에 기초하여 넓게 변할 수 있다.

실시예 3.

별개의 연구에서, 표 3에 제시된 상위 세트에서 가장 빈번하게 나타나는 표 4에 나열된 유전자 중 10개를 대조군 유전자로서 액틴 B와 함께, 98명의 정상 대조군, 91명의 궤양 대장염 환자, 98명의 크론병 환자, 98명의 IBS 환자 및 97명의 비-위장 염증 질병 환자로부터의 총 482개의 RBC-고갈 전혈 샘플에 대한 후속 연구에서 평가하였다. 샘플은 미국 내의 다양한 지리적 위치에서의 7개의 임상 현장으로부터 얻었다; 분석에서, 크론병과 UC는 구분되지 않았다.

상위 발견 마커 세트 내의 15개의 특징 중에서 10개의 유전자의 RNA 발현 수준을 이환된 환자 및 비이환된 대조군의 유망하게 확인된 샘플의 RBC-고갈 전혈에서 정량적 실시간 PCR에 의해 측정하였다. 추가의 제11 유전자를 환자 전체에서 내부 참조 표준물로서 사용을 하기 위해 측정하였다. 5개의 환자 코호트가 분석된 RNA를 가졌다:

o 98명의 정상

o 98명의 크론병

o 91명의 궤양 대장염

o 98명의 과민성 장 증후군

o 97명의 비-위장 염증 질병

5개의 환자 코호트에서 RNA 발현 수준에 대해 분석된 11개의 유전자 (1개의 대조군)는 다음과 같았다: (Human Genome Organization (HUGO) Gene Nomenclature Committee 명칭을 제공한다)

o RAP1A

o BLCAP

o PPP2R5A

o UBE2G1

o GPX1

o TH1-L

o CALM3

o HIST1H2BK

o NONO

o HMGB1

o ACTB (내부 참조 유전자).

전혈 샘플 및 임상 정보는 모든 환자로부터 얻었다. 각각의 IBD 환자는 소화기내과 전문의가 진단하였고; IBD 진단은 내시경에 의해 확인하였다. 각각의 IBS 환자는 소화기내과 전문의가 Rome I 기준을 사용하여 진단하였다. 모든 프로토콜은 IRB 승인받았고; 모든 환자로부터 고지동의서를 얻고, 말초 혈액 샘플 및 임상 데이타를 수집하였다. 발현 데이타는 총 mRNA를 단리하고, cDNA를 합성하고, 실시간 정량적 PCR을 Applied Biosystems 7300 실시간 PCR 시스템에서 수행함으로써 말초 전혈 샘플 (단핵 농축 없이)로부터 얻었다. 발현 수준은 Ct (사이클 또는 크로싱 임계값)으로서 출력하였다. 10개의 마커 유전자의 유전자 발현 수준을 개체내 기준 유전자 (ACTB는 또한 β-액틴으로도 칭함)에 대해 표준화하기 위해, 각각의 환자에 대한 각각의 유전자의 DeltaCt를 계산하였다. DeltaCt = Ct[마커 유전자] - Ct[ACTB]. 이어서, DeltaCt를 진단적 분류 성능의 분석을 위해 사용하였다.

3A. IBD 대 정상 (6-유전자)

IBD 또는 정상으로서 환자의 분류를 위한 최적의 스코어링 알고리즘은 10개의 시험된 유전자 중 6개 (RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, NONO)에 기초하여 유도되었다. 상기 생체마커에 대한 분류 매트릭스 및 진단 성능 척도를 각각 표 11a 및 11b에 제시한다.

<표 11a>

<표 11b>

IBD의 조정된 25％ 사전 확률 (prior probability)에 대한 NPV (배제 (rule-out) 시나리오)는 95％이다. IBD의 조정된 75％ 사전 확률에 대한 PPV (포함 (rule-in) 시나리오)는 91％이다.

3B. IBS 대 정상 (4-유전자)

IBS 또는 정상으로서 환자의 분류를 위한 최적의 스코어링 알고리즘은 10개의 시험된 유전자 중 4개 (BLCAP, UBE2G1, TH1L, HIST1H2BK)에 기초하여 유도되었다. 임상 진단 및 검정 결과에 의한 환자의 분류를 표 12a에 제시한다. 분류의 진단 성능을 표 12b에 요약한다.

<표 12a>

<표 12b>

IBS의 조정된 25％ 사전 확률에 대한 NPV (배제 시나리오)는 96％이다. IBS의 조정된 75％ 사전 확률에 대한 PPV (포함 시나리오)는 93％이다.

3C. IBS 대 IBD (7 유전자)

IBS 또는 IBD로서 환자의 분류를 위한 최적의 스코어링 알고리즘은 10개의 시험된 유전자 중 7개 (RAP1A, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, PPP2R5A, BLCAP)에 기초하여 유도되었다. 임상 진단 및 검정 결과에 의한 환자의 분류를 표 13a에 제시한다. 분류의 진단 성능을 표 13b에 요약한다.

<표 13a>

<표 13b>

IBD의 조정된 75％ 사전 확률에 대한 PPV (포함 IBD 시나리오)는 90.9％이다. IBD의 조정된 25％ 사전 확률에 대한 NPV (배제 IBD 시나리오)는 95.1％이다.

3D. ( IBX 대 정상)

IBS 또는 IBD 대 정상으로서 환자의 분류를 위한 최적의 스코어링 알고리즘은 10개의 시험된 유전자 중 6개 (6-유전자 BLCAP, CALM3, GPX1, TH1L, RAP1A, NONO IBX 대 정상)에 기초하여 유도되었다. 임상 진단 및 검정 결과에 의한 환자의 분류를 표 14a에 제시한다. 분류의 진단 성능을 표 14b에 요약한다.

<표 14a>

<표 14b>

3E. 생체마커 내의 유전자의 공유된 생물학

실시예 3에서 10개의 후보 생체마커 유전자의 발현 수준을 각각의 환자 시료에 대해 분석하고, 환자내 기준 유전자에 대해 표준화하였다. 이들 파일롯 연구 환자에서 분석된 10개의 유전자의 발현 수준을 이용하는 IBD 대 정상 및 IBS 대 정상으로서 환자의 분류를 위한 최적의 스코어링 알고리즘은 따로 유도하였다. 각각의 검정 및 각각의 세트의 성능을 위한 최적의 유전자 세트를 표 15에 표시한다. 분류 결과는 각각 23.0 및 28.3의 교차비를 갖고, 둘 모두 p-값 < 2 x 10^-16이었다. 두 진단 마커 세트에 대해 2개의 유전자가 공통이었다. 비교를 위한 진단으로서 확인된 유전자는 IBD 및 IBS 환자 사이의 오버랩을 보여주었다. 통계상 고도로 유의한 생체마커의 상기 오버랩은 2개의 질병 상태 사이의 공유된 생물학을 제안한다. 2개의 유전자의 공통성은 유전자들이 원인 역할을 하거나 공통적인 반응 기전의 일부임을 나타낼 수 있다.

요약: IBD 및 정상 대조군 사이를; IBD를 IBS로부터; IBS를 정상으로부터; 및 IBS & IBD를 정상으로부터 개별적으로 구분하는, RT-PCR에 의해 측정되고 액틴 B 발현에 의해 표준화된 이들 10개의 유전자의 발현 수준의 능력을 표 16 (아래)에 제시한다. 각각의 대상 쌍 사이에서 각각의 유전자에 대한 발현 수준의 유의한 차이에 대한 p 값을 제시한다. 각각의 p-값의 우측에, 실험값 (ΔCt)를 다른 것에 비해 대상 쌍의 하나의 구성원에 대한 보다 높은 (또는 보다 낮은) ΔCt를 가리키도록 "+" (또는 "-")로서 제시한다 (표 16에 대한 범주 참조). ΔCt는 발현 수준에 역비례한다.

10개의 모든 유전자가 IBD 또는 IBS와 통계상 유의하게 연관된 것으로 발견되었지만, 개별적인 유전자는 다양한 하위집단을 식별하는데 있어서 크게 정확하지 않다. 본 발명자들은 10개 중에서 선택된 유전자들의 조합이 임상적으로 유용한 마커 정확성을 가능하게 할지의 여부를 조사하였다.

각각의 데이타 하위세트: IBD 대 정상 대조군, IBS 대 정상 대조군, IBS 대 IBD, 및 IBD&IBS 대 정상에 대해, 본 발명자들은 로지스틱 회귀를 이용하여 유전자 조합의 정확성을 평가하였다. 당업자는 측정치의 세트, 예를 들어 특정 유전자 세트에 대한 유전자 발현 값이 주어지고 특정 샘플 세트, 예를 들어 IBD 샘플의 집단 및 '정상' 샘플의 집단에 걸쳐 이들 측정치가 주어지면, 그 데이타로부터 샘플을 예를 들어 IBD 또는 정상으로서 분류하기 위한 '규칙의 세트'를 유도하기 위한 다수의 기술이 존재함을 알 것이다. 당업자는 각각의 유전자 발현 수준에 대한 가중치를 포함한 알고리즘이 그 자체가 '데이타 마이닝'의 하위분야로 간주될 수 있는, '기계 학습'의 하위분야인 '감독 학습'으로서 공지된 지식의 요체의 하나의 방법에 따른, 로지스틱 회귀 분석으로부터 나올 것임을 알 것이다. 감독 학습은 데이타로부터 알고리즘 또는 규칙을 유도하기 위한 기술을 포함한다. 당업자는 표준 통계 방안과 '감독 학습' 방안 사이에 명백한 경계가 없고, 아래에 제시된 분류 식이 감독 학습 방안으로부터 유도되는 것으로 간주될 수 있지만 또한 표준 통계 방안으로 명명될 수 있음을 알 것이다.

분류 스코어에 대한 임계값은 모든 경우에 0이다. IBD 대 정상에 대해, IBD는 0 초과이고 정상은 0 미만이고; IBS 및 기타는 유전자 발현 가중치를 결정하는데 사용되지 않았다. 유사하게 IBS 대 정상에 대해, IBS는 0 초과이고 정상은 0 미만이고, 기타 카테고리는 가중치를 유도하는데 사용되지 않았다. IBD 대 IBS의 경우에, IBD는 0 초과이고 IBS는 0 미만이고, 정상 및 기타 카테고리는 발현 가중치를 유도하기 위해 사용되지 않았다. 마지막으로, IBD 및 IBS 대 정상의 경우에, 0을 초과하는 스코어는 IBD 또는 IBS를 나타내고; 0 미만의 스코어는 정상을 나타내고, 기타 카테고리는 가중치를 유도하기 위해 사용되지 않았다. 따라서, 마커 세트 내의 개별 유전자의 발현 수준의 특이적 업 및 다운은 분류자에서 중요하지만, 질병 또는 비-질병 상태 환자에 관하여 직접적 올웨이즈-업 또는 올웨이즈-다운 방식이 아니다. 가중 발현 값의 합이 0을 초과하는지 0 미만인지가 중요하다. 스코어가 마커 세트 내의 다른 유전자의 발현에서 적절하게 가중된 변화에 의해 "보상되면", 특이적 유전자가 하나의 정확하게 분류된 환자에서 증가된 발현을 가질 수 있고, 그 동일한 유전자가 다른 정확하게 분류된 환자에서 감소된 발현을 가질 수 있다.

다음의 예시적인 유전자 가중치가 적용되었다:

IBD 대 정상

6-유전자 RAP1A , BLCAP , UBE2G1 , CALM3 , GPX1 , NONO:

IBD 진단 지표:

만약

이면, IBD

그렇지 않으면, 정상.

IBS 대 정상

4-유전자 BLCAP , TH1L , UBE2G1 , HIST1H2BK:

식:

만약

이면, IBS

그렇지 않으면, 정상.

IBD 대 IBS

7-유전자 RAP1A , UBE2G1 , CALM3 , GPX1 , HIST1H2BK , PPP2R5A , BLCAP:

식:

만약

이면, IBD

그렇지 않으면, IBS.

IBX 대 정상

6-유전자 BLCAP , CALM3 , GPX1 , TH1L , RAP1A , NONO:

식:

만약

이면, IBD 또는 IBS

그렇지 않으면, 정상.

본 발명자들은 그의 조합이 정상 및 IBS 환자 사이를 구별하는 상기 시험된 5개의 유전자 (실시예 2D 및 3B) (BLCAP, TH1L, CALM3, HIST1H2BK, 및 UBE2G1) 중 3개의 조합의 발현 수준에 기초하여 생체마커 성능을 후속적으로 분석하였다. IBS 대 정상에 대한 조합의 분류 매트릭스 및 진단 정확성 추정, 및 예시적인 유전자 가중치를 표 17에 제시한다.

본 발명자들은 그의 조합이 정상 및 IBD 환자 사이를 구별하는 상기 시험된 6개의 유전자 (실시예 2A, 2B, 및 3A) (RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1 및 NONO) 중 5개의 조합의 발현 수준에 기초하여 생체마커 성능을 후속적으로 분석하였다. IBD 대 정상에 대한 분류 매트릭스 및 진단 정확성 추정, 및 예시적인 유전자 가중치를 표 18에 제시한다. 상기 교시된 5-유전자 IBD 대 정상 조합 (RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3 및 GPX1, 실시예 2A)에 대한 등식 및 가중치는 표 18에 나열된 제1 조합과 동일하다. 추가의 환자가 표 18의 데이타에 포함되었기 때문에, 세트 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3 및 GPX1에 대한 표 5a 및 5b의 성능 척도는 약간 상이하고, 표 5a는 280명의 환자로부터의 결과를 요약하고, 표 18은 287명의 환자로부터의 결과를 요약한 것이다.

본 발명자들은 그의 조합이 IBS 및 IBD 환자 사이를 구별하는 상기 시험된 7개의 유전자 (실시예 2E 및 3C) (RAP1A, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK1, PPP2R5A 및 BLCAP) 중 6개의 조합의 발현 수준에 기초하여 생체마커 성능을 후속적으로 분석하였다. IBS 대 IBD에 대한 조합의 분류 매트릭스 및 진단 정확성 추정, 및 예시적인 유전자 가중치를 표 19에 제시한다.

SEQUENCE LISTING <110> Harris, Cole C. Alsobrook, John C. <120> Biomarkers for Inflammatory Bowel Disease and Irritable Bowel Syndrome <130> 08-252-US <150> 61/036632 <151> 2008-03-14 <160> 16 <170> PatentIn version 3.4 <210> 1 <211> 1906 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 ggcgccgccg ccgctcccga ggcccctgcc gccgccgctc ccgctgctgt cgccgcgcag 60 agccggagca ggagccacgg ccgagaggag ggaggaggag gaggaggagg tggaggaggt 120 ggaggaggtg gaggaggcgc cggaccgggg gggatagatt cccagaagtg ggataactgg 180 atcagagggt gattaccctg tgtataagag tatgtgtctc actgcacctt caatggcatt 240 gagtagatcg tcagtattta aacagatcac atcatgcgtg agtacaagct agtggtcctt 300 ggttcaggag gcgttgggaa gtctgctctg acagttcagt ttgttcaggg aatttttgtt 360 gaaaaatatg acccaacgat agaagattcc tacagaaagc aagttgaagt cgattgccaa 420 cagtgtatgc tcgaaatcct ggatactgca gggacagagc aatttacagc aatgagggat 480 ttgtatatga agaacggcca aggttttgca ctagtatatt ctattacagc tcagtccacg 540 tttaacgact tacaggacct gagggaacag attttacggg ttaaggacac ggaagatgtt 600 ccaatgattt tggttggcaa taaatgtgac ctggaagatg agcgagtagt 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1500 attacagctt ttatggatga ttaaatttta gtacattttc atttggtttg tgtgtttttg 1560 ttattgttta tagattaaag cgtttatttt ataatgacca cattgtttta aatgcgacag 1620 tagctccttt ctgcctagta tctgcagaac actggcttta aactatacta agtaactggt 1680 gatttctcta ggaacagacc tcgcactttc tgttctaaat atatttattc ctactataca 1740 gtaaaataca tcagacaaca tagaatagtt ttgtatattc tctcttgatc ttaaagattg 1800 tatcttattg aatatcccac tgtatattat ttttatatgt aaaaagataa gtttaatact 1860 gtatcagggt ttaactttta ctatttcaga tcttccacag cttgta 1906 <210> 2 <211> 1812 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 ggcgccgccg ccgctcccga ggcccctgcc gccgccgctc ccgctgctgt cgccgcgcag 60 agccggagca ggagccacgg ccgagaggag ggaggaggag gaggaggagg tggaggaggt 120 ggaggaggtg gaggaggcgc cggaccgggg ggatcgtcag tatttaaaca gatcacatca 180 tgcgtgagta caagctagtg gtccttggtt caggaggcgt tgggaagtct gctctgacag 240 ttcagtttgt tcagggaatt tttgttgaaa aatatgaccc aacgatagaa gattcctaca 300 gaaagcaagt tgaagtcgat tgccaacagt gtatgctcga aatcctggat actgcaggga 360 cagagcaatt tacagcaatg agggatttgt 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cccattaggt cggttcctgc 240 agcggtgccc ggcagccttg gtgaaggccc tgcccggcag agatcatgta ttgcctccag 300 tggctgctgc ccgtcctcct catccccaag cccctcaacc ccgccctgtg gttcagccac 360 tccatgttca tgggcttcta cctgctcagc ttcctcctgg aacggaagcc ttgcacaatt 420 tgtgccttgg ttttcctggc agccctgttc cttatctgct atagctgctg gggaaactgt 480 ttcctgtacc actgctccga ttccccgctt ccagaatcgg cgcatgatcc cggcgttgtg 540 ggcacctaac ggcctgccct gttagctttc caaggaagca gaagacggga ggggaggcat 600 tgacataggt cataaagcat tggagtttca aatcccgcag cctcgcgggt gtcacattcc 660 tgacggcgcc tttttggcct gtgatgtttt atccttacaa tgtgaataat ggcactgacc 720 ggtgctttta ttgtaaagtc ctatagtcgt gggtggtctt gtggttgtgt gtgttctgtc 780 cccatctagg tcctggctgg ccgcatgacc acccctctcg cctcattact gtgaggagtc 840 tgggtccatc ctggtcagct gccccaatgt gacctggggc agataaaatg ccagtctcat 900 tgtcacctct gtgacccctc cttgtcaggg tctccttcct tcccagaatg ttactgactc 960 ctcagtccct cttctggttt ccctttattt ctcttctacc cttttccttt tttggggagt 1020 acctgtccaa gacagggctc atttttgcac ttatctcgaa tttgaagaga 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ggttcttgtt 1080 ggtgcacagc acaaattagt tatatatggg gatggtagtt ttttcatctt cagttgtctc 1140 tgatgcagct tatacgaaat aattgttgtt ctgttaactg aataccactc tgtaattgca 1200 aaaaaaaaaa aaaagttgca gctgttttgt tgacattctg aatgcttcta agtaaataca 1260 atttttttta ttagtattgt tgtccttttc ataggtctga aatttttctt cttgagggga 1320 agctagtctt ttgcttttgc ccattttgaa tcacatgaat tattacagtg tttatccttt 1380 catatagtta gctaataaaa agcttttgtc tacacaccct gcatatcata atgggggtaa 1440 agttaagttg agatagtttt catccataac tgaacatcca aaatcttgat cagttaagaa 1500 atttcacata gcccacttac atttacaaac tgaagagtaa tcaatctact caaagcatgg 1560 gattattaga atcaaacatt ttgaaagtct gtccttgaag gactaataga aaagtatgtt 1620 ctaaccttta catgaggact ctattcttta actcccatta ccatgtaatg gcagttatat 1680 tttgcagttc ccacattaaa gaagacctga gaatgtatcc ccaaaagcgt gagcttaaaa 1740 tacaagactg ccatattaaa ttttttgttg acattagtct cagtgaagac tatgaaaatg 1800 ctggctatag atgtcttttc ccatttatct aaatatggac tgctcaggaa acgagacttt 1860 ccattacaag tatttttaat taattgggcc agcttttcaa acaaagatgc cacattcaaa 1920 atagggtata ttttcctata ttacggtttg cccctttata aatccaagta gataggaaga 1980 aagaagacaa actttgcatc tcagtatgaa ttattcaatt tatttgaatg atttttcttt 2040 acaaaacaaa ctcattcatt agtcatgttt atctgcttag gagtttaggg aacaatttgg 2100 caattttgtg gttttcgaga ttatcgtttt cttaaagtgc cagtatttta aaatagcgtt 2160 cttgtaattt tacacgcttt tgtgatggag tgctgttttg ttatataatt tagacttgga 2220 ttctttccat ttgcatttgt ttatgtaatt tcaggaggaa tactgaacat ctgagtcctg 2280 gatgatacta ataaactaat aattgcagag gttttaaata ctagttaaat ggctttcact 2340 taagaactta agattttgtt acatattttt aaatcttgtt tctaataata cctcttagca 2400 gtacctttta aataagtata agggatggca aagtttttcc ctttaaaaat actcacttta 2460 tgcttataaa taggttaatg ggctgataaa aggttttgtc aaacattgca agtattcggt 2520 gctatatata aaggaggaaa aactagtttt actttcagaa tgatttaaac aagattttta 2580 aaaacaagat acatgcaagc gaacagcagg gttagtgata ggctgcaatt gtgtcgaaca 2640 tcagattttt tgttaagagg agcaaatgac tcaatctgat ttagatggaa gtttctactg 2700 tatagaaatc accattaatc accaacatta ataattctga tccatttaaa atgaattctg 2760 gctcaaggag aatttgtaac tttagtaggt acgtcatgac aactaccatt tttttaagat 2820 gttgagaatg ggaacagttt ttttagggtt tattcttgac cacagatctt aagaaaatgg 2880 acaaaacccc tcttcaatct gaagattagt atggtttggt gttctaacag tatcccctag 2940 aagttggatg tctaaaactc aagtaaatgg aagtgggagg caatttagat aagtgtaaag 3000 ccttgtaact gaagatgatt ttttttagaa agtgtataga aactatttta atgccaagat 3060 agttacagtg ctgtggggtt taaagacttt gttgacatca agaaaagact aaatctataa 3120 ttaattgggc caacttttaa aatgaagatg ctttttaaaa ctaatgaact aagatgtata 3180 aatcttagtt tttttgtatt ttaaagatag gcatatggca tattgattaa cgagtcaaat 3240 ttcctaactt tgctgtgcaa aggttgagag ctattgctga ttagttacca cagttctgat 3300 gatcgtccca tcacagtgtt gttaatgttt gctgtattta ttaattttct taaagtgaaa 3360 tctgaaaaat gaaatttgtg tgtcctgtgt acccgagggg taatgattaa atgataaaga 3420 taagaaaa 3428

Claims

2 내지 35개의 상이한 핵산 프로브 세트로 이루어지고, 여기서
(a) 제1 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 서열 4 (TH1L), 서열 11 (HIST1H2AC), 서열 12 (TFE3), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 13 (NONO), 서열 14 (PCBP1), 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 10 (PPP2R5A), 서열 15 (PGRMC1), 서열 3 (BLCAP), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 16 (HMGB1) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하고;
(b) 제2 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 서열 4 (TH1L), 서열 11 (HIST1H2AC), 서열 12 (TFE3), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 13 (NONO), 서열 14 (PCBP1), 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 10 (PPP2R5A), 서열 15 (PGRMC1), 서열 3 (BLCAP), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 16 (HMGB1) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하고,
여기서 제1 프로브 세트 및 제2 프로브 세트는 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인, 생체마커.
제1항에 있어서, 제3 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트 및 제3 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 생체마커.
제2항에 있어서, 제4 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트, 제3 프로브 세트 및 제4 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 생체마커.
제3항에 있어서, 제5 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트, 제3 프로브 세트, 제4 프로브 세트 및 제5 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 생체마커.
제4항에 있어서, 제6 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트, 제3 프로브, 제4 프로브 세트, 제5 프로브 세트 및 제6 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 생체마커.
제5항에 있어서, 제7 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트, 제3 프로브, 제4 프로브 세트, 제5 프로브 세트, 제6 프로브 세트 및 제7 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 생체마커.
제2항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2BK, UBE2G1, BLCAP 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하는 것인 생체마커.
제3항에 있어서, 제1 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하고, 제2 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하고, 제3 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하고, 제4 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하는 것인 생체마커.
제4항 또는 제5항에 있어서, 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, GPX1, CALM3 및 NONO로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하는 것인 생체마커.
제5항에 있어서, 제1 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하고, 제2 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하고, 제3 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하고, 제4 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하고, 제5 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하고, 제6 프로브 세트가 NONO에 선택적으로 혼성화하는 것인 생체마커.
제5항 또는 제6항에 있어서, 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, 및 PPP2R5A로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하는 것인 생체마커.
제6항에 있어서, 제1 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하고, 제2 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하고, 제3 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하고, 제4 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하고, 제5 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하고, 제6 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하고, 제7 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 PPP2RR5A에 선택적으로 혼성화하는 것인 생체마커.
(a) TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있는 제1 프라이머쌍; 및
(b) TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있는 제2 프라이머쌍을 포함하고,
여기서 제1 프라이머쌍 및 제2 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인, 생체마커.
제13항에 있어서, TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있는 제3 프라이머쌍을 더 포함하고, 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍 및 제3 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 생체마커.
제14항에 있어서, TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있는 제4 프라이머쌍을 더 포함하고, 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머쌍 및 제4 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 생체마커.
제15항에 있어서, TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있는 제5 프라이머쌍을 더 포함하고, 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머쌍, 제4 프라이머쌍 및 제5 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 생체마커.
제16항에 있어서, TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있는 제6 프라이머쌍을 더 포함하고, 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머쌍, 제4 프라이머쌍, 제5 프라이머쌍 및 제6 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 생체마커.
제17항에 있어서, TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있는 제7 프라이머쌍을 더 포함하고, 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머쌍, 제4 프라이머쌍, 제5 프라이머쌍, 제6 프라이머쌍 및 제7 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 생체마커.
제14항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 프라이머쌍이 TH1L, HIST1H2BK, UBE2G1, BLCAP 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 것인 생체마커.
제15항에 있어서, 제1 프라이머쌍이 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제2 프라이머쌍이 TH1L의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제3 프라이머쌍이 UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제4 프라이머쌍이 HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 것인 생체마커.
제16항 또는 제17항에 있어서, 프라이머쌍이 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, GPX1, CALM3 및 NONO로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 것인 생체마커.
제17항에 있어서, 제1 프라이머쌍이 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제2 프라이머쌍이 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제3 프라이머쌍이 UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제4 프라이머쌍이 CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제5 프라이머쌍이 GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제6 프라이머쌍이 NONO의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 것인 생체마커.
제17항 또는 제18항에 있어서, 프라이머쌍이 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, 및 PPP2R5A로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 것인 생체마커.
제18항에 있어서, 프라이머쌍이 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제2 프라이머쌍이 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제3 프라이머쌍이 UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제4 프라이머쌍이 CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제5 프라이머쌍이 GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고; 제6 프라이머쌍이 HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제7 프라이머쌍이 PPP2RR5A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 것인 생체마커.
(a) 염증성 장 질병 (IBD) 또는 과민성 장 증후군 (IBS)에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 혼성화 조건 하에 2개 이상의 프로브 세트와 접촉시키고, 여기서 적어도 제1 프로브 세트 및 제2 프로브 세트는 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적에 선택적으로 혼성화하고; 제1 프로브 세트 및 제2 프로브 세트는 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않고;
(b) 2개 이상의 프로브 세트와 핵산 샘플 내의 핵산 표적 사이의 혼성화 복합체의 형성을 검출하고, 여기서 다수의 상기 혼성화 복합체는 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공하고;
(c) 핵산 표적의 유전자 발현에 기초하여 대상의 IBD, IBS 또는 둘다의 존재 가능성을 진단하는 것
을 포함하는, IBD 및/또는 IBS를 진단하는 방법.
제25항에 있어서, 2개 이상의 프로브 세트가 3개 이상의 프로브 세트를 포함하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트 및 제3 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 방법.
제26항에 있어서, 2개 이상의 프로브 세트가 4개 이상의 프로브 세트를 포함하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트, 제3 프로브 세트 및 제4 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 방법.
제27항에 있어서, 2개 이상의 프로브 세트가 5개 이상의 프로브 세트를 포함하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트, 제3 프로브 세트, 제4 프로브 세트 및 제5 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 방법.
제28항에 있어서, 2개 이상의 프로브 세트가 6개 이상의 프로브 세트를 포함하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트, 제3 프로브 세트, 제4 프로브 세트, 제5 프로브 세트 및 제6 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 방법.
제29항에 있어서, 2개 이상의 프로브 세트가 7개 이상의 프로브 세트를 포함하고, 제1 프로브 세트, 제2 프로브 세트, 제3 프로브 세트, 제4 프로브 세트, 제5 프로브 세트, 제6 프로브 세트 및 제7 프로브 세트가 동일한 핵산에 선택적으로 혼성화하지 않는 것인 방법.
제26항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L, HIST1H2BK, UBE2G1, BLCAP 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하며, 정상 대상을 IBS로 고통받는 대상으로부터 구분하는 방법.
제27항에 있어서, 제1 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하고, 제2 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 TH1L에 선택적으로 혼성화하고, 제3 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하고, 제4 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하며, 정상 대상을 IBS로 고통받는 대상로부터 구분하는 방법.
제28항 또는 제29항에 있어서, 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, GPX1, CALM3 및 NONO로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하며, 정상 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하는 방법.
<청구항 33>
제29항에 있어서, 제1 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하고, 제2 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하고, 제3 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하고, 제4 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하고, 제5 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하고, 제5 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 NONO에 선택적으로 혼성화하며, 정상 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하는 방법.
제28항 또는 제29항에 있어서, 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, 및 PPP2R5A로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산에 선택적으로 혼성화하며, IBS로 고통받는 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하는 방법.
제29항에 있어서, 제1 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 RAP1A에 선택적으로 혼성화하고, 제2 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 BLCAP에 선택적으로 혼성화하고, 제3 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 UBE2G1에 선택적으로 혼성화하고, 제4 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 CALM3에 선택적으로 혼성화하고, 제5 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 GPX1에 선택적으로 혼성화하고, 제6 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 HIST1H2BK에 선택적으로 혼성화하고, 제7 프로브 세트가 고엄격성 조건 하에 PPP2RR5A에 선택적으로 혼성화하는 것인 방법.
(a) 염증성 장 질병 (IBD) 또는 과민성 장 증후군 (IBS)에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 증폭 조건 하에 2개 이상의 프라이머쌍과 접촉시키고, 여기서 적어도 제1 프라이머쌍 및 제2 프라이머쌍은 TH1L, HIST1H2AC, TFE3, HIST1H2BK, UBE2G1, NONO, PCBP1, RAP1A, PPP2R5A, PGRMC1, BLCAP, GPX1, HMGB1 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 제1 프라이머쌍 및 제2 프라이머쌍은 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않고;
(b) 2개 이상의 프라이머쌍에 의한 핵산 샘플 내의 핵산 표적의 증폭에 의해 생성된 증폭 생성물을 검출하고, 여기서 증폭 생성물은 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공하고;
(c) 핵산 표적의 유전자 발현에 기초하여 대상의 IBD, IBS 또는 둘다의 존재 가능성을 진단하는 것
을 포함하는, IBD 및/또는 IBS를 진단하는 방법.
제36항에 있어서, 2개 이상의 프라이머쌍이 3개 이상의 프라이머쌍을 포함하고, 여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍 및 제3 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 방법.
제37항에 있어서, 2개 이상의 프라이머쌍이 4개 이상의 프라이머쌍을 포함하고, 여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머쌍 및 제4 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 방법.
제38항에 있어서, 2개 이상의 프라이머쌍이 5개 이상의 프라이머쌍을 포함하고, 여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머쌍, 제4 프라이머쌍 및 제5 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 방법.
제39항에 있어서, 2개 이상의 프라이머쌍이 6개 이상의 프라이머쌍을 포함하고, 여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머쌍, 제4 프라이머쌍, 제5 프라이머쌍 및 제6 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 방법.
제40항에 있어서, 2개 이상의 프라이머쌍이 7개 이상의 프라이머쌍을 포함하고, 여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머쌍, 제4 프라이머쌍, 제5 프라이머쌍, 제6 프라이머쌍 및 제7 프라이머쌍이 동일한 핵산을 선택적으로 증폭시키지 않는 것인 방법.
제37항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 프라이머쌍이 TH1L, HIST1H2BK, UBE2G1, BLCAP 및 CALM3으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키며, 정상 대상을 IBS로 고통받는 대상으로부터 구분하는 방법.
제38항에 있어서, 제1 프라이머쌍이 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제2 프라이머쌍이 TH1L의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제3 프라이머쌍이 UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제4 프라이머쌍이 HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 것인 방법.
제39항 또는 제40항에 있어서, 프라이머쌍이 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, GPX1, CALM3 및 NONO로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키며, 정상 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하는 방법.
제40항에 있어서, 제1 프라이머쌍이 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제2 프라이머쌍이 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제3 프라이머쌍이 UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제4 프라이머쌍이 CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제5 프라이머쌍이 GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제6 프라이머쌍이 NONO의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 것인 방법.
제40항 또는 제41항에 있어서, 프라이머쌍이 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, 및 PPP2R5A로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키며, IBS로 고통받는 대상을 IBD로 고통받는 대상으로부터 구분하는 방법.
제41항에 있어서, 프라이머쌍이 RAP1A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제2 프라이머쌍이 BLCAP의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제3 프라이머쌍이 UBE2G1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제4 프라이머쌍이 CALM3의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제5 프라이머쌍이 GPX1의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제6 프라이머쌍이 HIST1H2BK의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키고, 제7 프라이머쌍이 PPP2RR5A의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시키는 것인 방법.
제25항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산 표적의 증폭에 기초하여 대상의 IBD, IBS 또는 둘다의 존재 가능성을 진단하는 것이 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 혼성화 복합체의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 포함하는 것인 방법.
제36항 내지 제47항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산 표적의 증폭에 기초하여 대상의 IBD, IBS 또는 둘다의 존재 가능성을 진단하는 것이 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 증폭 생성물의 수에 가중치를 부여함으로써 증폭 생성물을 분석하는 것을 포함하는 것인 방법.
3 내지 35개의 상이한 핵산 프로브 세트로 이루어지고, 여기서
(a) 제1 프로브 세트는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(b) 제2 프로브 세트는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(c) 제3 프로브 세트는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
여기서 각각의 3 내지 35개의 상이한 프로브 세트는 다른 프로브 세트의 것과 상이한 단일 mRNA의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프로브로 이루어지고, 각각의 상이한 프로브 세트는 임의로 검출가능하게 표지되는 것인, 생체마커.
제50항에 있어서, 제1 프로브 세트가 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제2 프로브 세트가 TH1L의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제3 프로브 세트가 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제4 프로브 세트가 HIST1H2BK의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지는 것인 생체마커.
3 내지 35개의 상이한 핵산 프라이머쌍으로 이루어지고, 여기서
(a) 제1 프라이머쌍은 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(b) 제2 프라이머쌍은 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(c) 제3 프라이머쌍은 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
여기서 각각의 3 내지 35개의 상이한 프라이머쌍은 다른 프라이머쌍의 것과 상이한 단일 mRNA에 대한 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프라이머쌍으로 이루어지고, 각각의 상이한 프라이머쌍은 임의로 검출가능하게 표지되는 것인, 생체마커.
제52항에 있어서, 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 TH1L의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 HIST1H2BK의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 것인 생체마커.
(a) 과민성 장 증후군 (IBS)에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 혼성화 조건 하에 3개 이상의 뉴클레오티드 프로브와 접촉시키고, 여기서 제1 뉴클레오티드 프로브, 제2 뉴클레오티드 프로브, 및 제3 뉴클레오티드 프로브는 각각 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고, 각각의 제1, 제2 및 제3 뉴클레오티드 프로브는 상이한 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드로 이루어지고;
(b) 프로브와 핵산 샘플 내의 핵산 표적 사이의 혼성화 복합체의 형성을 검출하고, 여기서 다수의 상기 혼성화 복합체는 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공하고;
(c) 핵산 표적의 유전자 발현의 척도에 기초하여 대상의 IBS 존재 가능성을 진단하는 것
을 포함하는, IBS를 진단하는 방법.
제54항에 있어서, 핵산 표적이 BLCAP, TH1L, UBE2G1 및 HIST1H2BK를 포함하는 것인 방법.
제54항 또는 제55항에 있어서, 대상이 복통, 변비, 설사, 및 배변 습관의 변화 중 하나 이상으로 고통받는 것인 방법.
제54항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA-유래된 핵산 샘플이 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어지는 것인 방법.
제54항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 혼성화 복합체의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함하는 방법.
(a) 과민성 장 증후군 (IBS)에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 증폭 조건 하에 3개 이상의 프라이머쌍과 접촉시키고, 여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍 및 제3 프라이머쌍은 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 상이한 핵산 표적, 또는 그의 완전 상보체를 선택적으로 증폭시키고, 각각의 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 그의 각각의 핵산 표적의 15개 이상의 인접한 뉴클레오티드로 이루어지고;
(b) 3개 이상의 프라이머쌍에 의한 핵산 샘플 내의 핵산 표적의 증폭에 의해 생성된 증폭 생성물을 검출하고, 여기서 다수의 상기 증폭 생성물은 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공하고;
(c) 핵산 표적의 유전자 발현의 척도에 기초하여 대상의 IBS 존재 가능성을 진단하는 것
을 포함하는, IBS를 진단하는 방법.
제59항에 있어서, 핵산 표적이 BLCAP, TH1L, UBE2G1 및 HIST1H2BK를 포함하는 것인 방법.
제59항 또는 제60항에 있어서, 대상이 복통, 변비, 설사, 및 배변 습관의 변화 중 하나 이상으로 고통받는 것인 방법.
제59항 내지 제61항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA-유래된 핵산 샘플이 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어지는 것인 방법.
제59항 내지 제62항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 증폭 생성물의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함하는 방법.
5 내지 35개의 상이한 핵산 프로브 세트로 이루어지고, 여기서
(a) 제1 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(b) 제2 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(c) 제3 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(d) 제4 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(e) 제5 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
여기서 각각의 5 내지 35개의 상이한 프로브 세트가 다른 프로브 세트의 것과 상이한 단일 mRNA의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프로브로 이루어지고, 각각의 상이한 프로브 세트가 임의로 검출가능하게 표지되는 것인, 생체마커.
제64항에 있어서, 제1 프로브 세트가 RAP1A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제2 프로브 세트가 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제3 프로브 세트가 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제4 프로브 세트가 CALM3의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제5 프로브 세트가 GPX1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제6 프로브 세트가 NONO의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지는 것인 생체마커.
5 내지 35개의 상이한 핵산 프라이머쌍으로 이루어지고, 여기서
(a) 제1 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(b) 제2 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 4 (TH1L), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 5 (UBE2G1), 서열 3 (BLCAP) 및 서열 6 (CALM3)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(c) 제3 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(d) 제4 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(e) 제5 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제5 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
여기서 각각의 5 내지 35개의 상이한 프라이머쌍은 다른 프라이머쌍의 것과 상이한 단일 mRNA에 대한 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프라이머쌍으로 이루어지고, 각각의 상이한 프라이머쌍은 임의로 검출가능하게 표지되는 것인, 생체마커.
제66항에 있어서, 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 RAP1A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 CALM3의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제5 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 GPX1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제6 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 NONO의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 것인 생체마커.
(a) 염증성 장 질병 (IBD)에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 혼성화 조건 하에 5개 이상의 뉴클레오티드 프로브와 접촉시키고, 여기서 제1 뉴클레오티드 프로브, 제2 뉴클레오티드 프로브, 제3 뉴클레오티드 프로브, 제4 뉴클레오티드 프로브, 및 제5 뉴클레오티드 프로브는 각각 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고, 각각의 제1, 제2, 제3, 제4 및 제5 뉴클레오티드 프로브는 상이한 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드로 이루어지고;
(b) 뉴클레오티드 프로브와 핵산 샘플 내의 핵산 표적 사이의 혼성화 복합체의 형성을 검출하고, 여기서 다수의 상기 혼성화 복합체는 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공하고;
(c) 핵산 표적의 유전자 발현의 척도에 기초하여 대상의 IBD 존재 가능성을 진단하는 것
을 포함하는, IBD를 진단하는 방법.
제68항에 있어서, 핵산 표적이 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, 및 NONO를 포함하는 것인 방법.
제68항 또는 제69항에 있어서, 대상이 복통, 변비, 설사, 배변 습관의 변화, 구토, 혈변, 및 체중 변화 중 하나 이상으로 고통받는 것인 방법.
제68항 내지 제70항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA-유래된 핵산 샘플이 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어지는 것인 방법.
제68항 내지 제71항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 혼성화 복합체의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함하는 방법.
(a) 염증성 장 질병 (IBD)에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 증폭 조건 하에 5개 이상의 프라이머쌍과 접촉시키고, 여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머, 제4 프라이머쌍 및 제5 프라이머쌍은 각각 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 3 (BLCAP), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1) 및 서열 13 (NONO)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 상이한 핵산 표적, 또는 그의 완전 상보체를 선택적으로 증폭시키고, 각각의 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 그의 각각의 핵산 표적의 15개 이상의 인접한 뉴클레오티드로 이루어지고;
(b) 5개 이상의 프라이머쌍에 의한 핵산 샘플 내의 핵산 표적의 증폭에 의해 생성된 증폭 생성물을 검출하고, 여기서 다수의 상기 증폭 생성물은 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공하고;
(c) 핵산 표적의 유전자 발현의 척도에 기초하여 대상의 IBD 존재 가능성을 진단하는 것
을 포함하는, IBD를 진단하는 방법.
제73항에 있어서, 핵산 표적이 RAP1A, BLCAP, UBE2G1, CALM3, GPX1, 및 NONO를 포함하는 것인 방법.
제73항 또는 제74항에 있어서, 대상이 복통, 변비, 설사, 배변 습관의 변화, 구토, 혈변, 및 체중 변화 중 하나 이상으로 고통받는 것인 방법.
제73항 내지 제75항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA-유래된 핵산 샘플이 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어지는 것인 방법.
제73항 내지 제76항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 증폭 생성물의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함하는 방법.
6 내지 35개의 상이한 핵산 프로브 세트로 이루어지고, 여기서
(a) 제1 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(b) 제2 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(c) 제3 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(d) 제4 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(e) 제5 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
(f) 제6 프로브 세트는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고;
여기서 각각의 6 내지 35개의 상이한 프로브 세트는 다른 프로브 세트의 것과 상이한 단일 mRNA의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프로브로 이루어지고, 각각의 상이한 프로브 세트는 임의로 검출가능하게 표지되는 것인, 생체마커.
제78항에 있어서, 제1 프로브 세트가 RAP1A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제2 프로브 세트가 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제3 프로브 세트가 CALM3의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제4 프로브 세트가 GPX1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제5 프로브 세트가 HIST1H2BK의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제6 프로브 세트가 PPP2R5A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지고; 제7 프로브 세트가 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 뉴클레오티드 프로브로 이루어지는 것인 생체마커.
6 내지 35개의 상이한 핵산 프라이머쌍으로 이루어지고, 여기서
(a) 제1 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(b) 제2 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(c) 제3 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(d) 제4 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(e) 제5 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제5 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
(f) 제6 프라이머쌍은 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 검출가능 부분을 선택적으로 증폭시킬 수 있고, 여기서 제6 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고;
여기서 각각의 6 내지 35개의 상이한 프라이머쌍이 다른 프라이머쌍의 것과 상이한 단일 mRNA에 대한 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체의 하나 이상의 프라이머쌍으로 이루어지고, 각각의 상이한 프라이머쌍이 임의로 검출가능하게 표지되는 것인, 생체마커.
제80항에 있어서, 제1 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 RAP1A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제2 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 UBE2G1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제3 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 CALM3의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제4 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 GPX1의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제5 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 HIST1H2BK의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제6 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 PPP2R5A의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 제7 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머가 BLCAP의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지는 것인 생체마커.
(a) 염증성 장 질병 (IBD)에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 혼성화 조건 하에 6개 이상의 뉴클레오티드 프로브와 접촉시키고, 여기서 제1 뉴클레오티드 프로브, 제2 뉴클레오티드 프로브, 제3 뉴클레오티드 프로브, 제4 뉴클레오티드 프로브, 제5 뉴클레오티드 프로브, 및 제6 뉴클레오티드 프로브는 각각 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드 또는 그의 완전 상보체로 이루어지고; 각각의 제1, 제2, 제3, 제4, 제5, 및 제6 뉴클레오티드 프로브는 상이한 핵산 표적의 15개 이상의 연속적 뉴클레오티드로 이루어지고;
(b) 뉴클레오티드 프로브와 핵산 샘플 내의 핵산 표적 사이의 혼성화 복합체의 형성을 검출하고, 여기서 다수의 상기 혼성화 복합체는 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공하고;
(c) 핵산 표적의 유전자 발현의 척도에 기초하여 대상의 IBD 또는 과민성 장 증후군 (IBS) 존재 가능성을 진단하는 것
을 포함하는, 대상에서 IBD 및 IBS를 구별하기 위한 방법.
제82항에 있어서, 핵산 표적이 RAP1A, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, PPP2R5A, 및 BLCAP를 포함하는 것인 방법.
제82항 또는 제83항에 있어서, 대상이 복통, 변비, 설사, 배변 습관의 변화, 구토, 혈변, 및 체중 변화 중 하나 이상으로 고통받는 것인 방법.
제82항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA-유래된 핵산 샘플이 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어지는 것인 방법.
제82항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 혼성화 복합체의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함하는 방법.
(a) 염증성 장 질병 (IBD)에 걸린 것으로 의심되는 대상으로부터 얻은 mRNA-유래된 핵산 샘플을 증폭 조건 하에 6개 이상의 프라이머쌍과 접촉시키고, 여기서 제1 프라이머쌍, 제2 프라이머쌍, 제3 프라이머, 제4 프라이머쌍, 제5 프라이머쌍 및 제6 프라이머쌍은 각각 서열 1 및/또는 2 (RAP1A), 서열 5 (UBE2G1), 서열 6 (CALM3), 서열 7 및/또는 8 (GPX1), 서열 9 (HIST1H2BK), 서열 10 (PPP2R5A) 및 서열 3 (BLCAP)으로 이루어지는 군 중에서 선택되는 상이한 핵산 표적, 또는 그의 완전 상보체를 선택적으로 증폭시키고, 각각의 프라이머쌍 내의 각각의 프라이머는 그의 각각의 핵산 표적의 15개 이상의 인접한 뉴클레오티드로 이루어지고;
(b) 6개 이상의 프라이머쌍에 의한 핵산 샘플 내의 핵산 표적의 증폭에 의해 생성된 증폭 생성물을 검출하고, 여기서 다수의 상기 증폭 생성물은 핵산 표적의 유전자 발현의 척도를 제공하고;
(c) 핵산 표적의 유전자 발현의 척도에 기초하여 대상의 IBD 또는 과민성 장 증후군 (IBS) 존재 가능성을 진단하는 것
을 포함하는, 대상에서 IBD 및 IBS 사이를 구별하기 위한 방법.
제87항에 있어서, 핵산 표적이 RAP1A, UBE2G1, CALM3, GPX1, HIST1H2BK, PPP2R5A 및 BLCAP를 포함하는 것인 방법.
제87항 또는 제88항에 있어서, 대상이 복통, 변비, 설사, 배변 습관의 변화, 구토, 혈변, 및 체중 변화 중 하나 이상으로 고통받는 것인 방법.
제87항 내지 제89항 중 어느 한 항에 있어서, mRNA-유래된 핵산 샘플이 말초 혈액 단핵 세포 또는 적혈구-고갈 전혈로부터 얻어지는 것인 방법.
제87항 내지 제90항 중 어느 한 항에 있어서, 각각의 핵산 표적에 대해 형성된 증폭 생성물의 수에 가중치를 부여함으로써 핵산 표적의 유전자 발현을 분석하는 것을 더 포함하는 방법.