KR20060119737A - Multiple snp for diagnosing cardiovascular disease, microarray and kit comprising the same, and method for diagnosing cardiovascular disease using the same - Google Patents

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Abstract

A multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease is provided to be able to diagnose an attack and the possibility of the cardiovascular disease at the initial stage by using specific SNPs. And a method for diagnosing cardiovascular disease is provided to be able to effectively diagnose the existence or danger of the cardiovascular disease by analyzing the SNP related with the cardiovascular disease. The multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease comprises at least one polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof selected from the group consisting of polynucleotides consisting of at least 10 consecutive nucleotides including each SNP position nucleotide of polynucleotides consisting of SEQ ID : NOs. 1 to 35(76th for the SEQ ID : NO. 4, 85th for the SEQ ID : NO. 8, 51st for SEQ ID : NO. 9, 35th for the SEQ ID : NO. 10, 85th for the SEQ ID : NO. 19, and 101st for number of the remaining SEQ ID). The microarray comprises the polynucleotide, a polynucleotide encoded by the same or a cDNA thereof. The method for diagnosing cardiovascular disease comprises the steps of: (a) separating a nucleic acid sample from an object to be tested; and (b) determining a genotype of the polymorphic portion of the each SNP position nucleotide consisting of SEQ ID : NOs. 1 to 35(76th for the SEQ ID : NO. 4, 85th for the SEQ ID : NO. 8, 51st for the SEQ ID : NO. 9, 35th for the SEQ ID : NO. 10, 85th for the SEQ ID : NO. 19, and 101st for number of the remaining SEQ ID).

Description

심혈관 질환 진단용 다중 SNP, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 키트 및 그를 이용한 심혈관 질환 진단 방법{Multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease, microarray and kit comprising the same, and method for diagnosing cardiovascular disease using the same} Multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease, microarray and kit comprising the same, and method for diagnosing cardiovascular disease using the same

본 발명은 심혈관 질환 진단용 다중 SNP, 그를 포함하는 마이크로어레이 및 키트 및 그를 이용한 심혈관 질환 진단 방법에 관한 것이다. The present invention relates to multiple SNPs for diagnosing cardiovascular disease, microarrays and kits including the same, and a method for diagnosing cardiovascular disease using the same.

모든 생물의 게놈은 진화의 과정에서 자손의 서열에 변이체를 생기게 하는 자발적 돌연변이를 겪는다(Gusella, Ann. Rev. Biochem . 55, 831-854, 1986). 변이체는 자손 형태에 비하여 진화적으로 이익 또는 불이익을 주거나 중성적일 수 있다. 어떤 경우는 변이체가 치사적 불이익을 주어 자손에게 전달되지 않는 경우도 있다. 다른 경우에는, 종에게 진화학적인 이익을 주고, 결국에는 종의 대부분에 DNA가 삽입되어 효과적으로 선조 형태가 된다. 많은 경우 이 선조 형태 및 변이체는 살아남아 종집단 중에 공존하게 된다. 서열의 복수 형태의 공존에 의하여, 다형(polymorphism)이 발생한다. The genomes of all organisms undergo spontaneous mutations that result in variants in the sequence of progeny during evolution (Gusella, Ann. Rev. Biochem . 55, 831-854, 1986). Variants may be evolutionarily beneficial or disadvantageous or neutral compared to progeny forms. In some cases, variants may be fatally penalized and not passed on to their offspring. In other cases, it gives evolutionary benefit to the species, and eventually DNA is inserted into most of the species, effectively forming a ancestral form. In many cases, these ancestral forms and variants survive and coexist among species. By coexistence of plural forms of sequences, polymorphism occurs.

이러한 다형에는 RFLP(restriction fragment length polymorphism), STR(short tandem repeats) 및 SNP(single nucleotide polymorphism) 등이 알려져 있다. 이중 SNP는 동일한 종의 개체 사이의 단일뉴클레오티드 변이의 형태를 취한다. SNP는 코딩 영역 서열에 발생하는 경우, 다형 형태 중 어느 하나에 의하여 결함 있거나 변이된 단백질이 발현될 수도 있다. 다른 경우에는 비코딩 영역 서열에 SNP가 발생할 수 있다. 이들 중 일부는 예컨대, 결함 있는 스플라이싱의 결과로서 결함 있거나 변이된 단백질의 발현을 초래할 수 있다. 어떤 SNP는 표현형에 아무런 영향을 미치지 않을 수도 있다. Such polymorphisms include restriction fragment length polymorphism (RFLP), short tandem repeats (STR), and single nucleotide polymorphism (SNP). Dual SNPs take the form of single nucleotide variations between individuals of the same species. When SNPs occur in the coding region sequence, a defective or mutated protein may be expressed by any of the polymorphic forms. In other cases, SNPs may occur in the non-coding region sequence. Some of these may result in the expression of defective or mutated proteins, for example as a result of defective splicing. Some SNPs may have no effect on the phenotype.

SNP는 인간의 경우 약 1,000bp 마다 1회의 빈도로 발생하는 것으로 알려져 있다. 이들 SNP가 질병과 같은 표현형에 영향을 미치는 경우, 상기 단일 염기 다형을 포함하는 폴리뉴클레오티드는 이러한 질병을 진단하는 데에 프라이머 또는 프로브로서 사용될 수 있다. 상기 SNP에 특이적으로 결합하는 모노클로날 항체 또한, 질병의 진단에 사용될 수 있다. 현재 여러 연구 기관에서 단일염기 분석 및 그 기능 분석에 관한 연구를 수행하고 있다. 이렇게 찾아낸 SNP의 염기서열 및 기타 실험결과를 데이터베이스화하여 공개, 누구나 접근하여 연구에 이용할 수 있도록 하고 있다. SNPs are known to occur once in about 1,000bp in humans. Where these SNPs affect phenotypes such as disease, polynucleotides comprising such single base polymorphs can be used as primers or probes to diagnose such disease. Monoclonal antibodies that specifically bind to the SNPs can also be used for the diagnosis of diseases. Currently, several research institutes are conducting research on single base analysis and its functional analysis. The sequencing and other experimental results of the SNPs found in this database are made public so that anyone can access and use them for research.

그러나 이러한 SNP는 단순히 인간의 게놈 또는 cDNA 상에 SNP가 존재한다는 것만을 발견하였을 뿐, 이들이 표현형에 미치는 영향을 밝힌 것은 아니었다. 이들 중 일부에 대하여는 그 기능이 알려진 것도 있으나, 대부분이 알려지지 않았다. However, these SNPs only discovered the presence of SNPs in the human genome or cDNA, and did not reveal their effect on the phenotype. Some of these functions are known, but most are unknown.

심혈관 질환(cardiovascular disease)은 전세계적으로 산업화된 국가들에서 주요 사망 원인이고, 우리나라에서도 1970년대부터 주요 사망 원인이 되고 있다. 통계청에 따르면, 2003년 한해 동안 우리나라 전체 사망자(24만 6천명)의 9.1%인 2만 2천명(10만명당 사망률 9087명)이 심장질환 및 고혈압으로 사망하여 암(1위) 및 뇌혈관 질환(2위)에 이어 사망원인 순위 3위를 기록하였다. Cardiovascular disease is a leading cause of death in industrialized countries around the world, and has been a leading cause of death in Korea since the 1970s. According to the National Statistical Office, 22,000 people (9087 deaths per 100,000 people), 9.1% of all Korean deaths (246,000) during 2003, died of heart disease and hypertension, leading to cancer (first place) and cerebrovascular disease ( Second place) followed by third place of death cause.

심혈관 질환은 심근경색증, 협심증, 죽상경화증, 고혈압, 심부전, 동맥류, 동맥경화증, 색전증, 뇌졸중 및 혈전증을 포함한다. Cardiovascular diseases include myocardial infarction, angina pectoris, atherosclerosis, high blood pressure, heart failure, aneurysms, arteriosclerosis, embolism, stroke and thrombosis.

심혈관 질환 중에 중요한 부분을 차지하는 관상동맥질환은 대개 동맥경화에 의해서 심장에 혈액을 공급하는 관상동맥이 막히거나, 좁아져서 발생한다. 동맥경화에 의해 관상동맥이 완전히 막히는 것을 심근경색증, 좁아지는 것을 협심증이라고 한다. 관상동맥질환의 원인으로는 고지혈증(고콜레스테롤혈증), 고혈압, 흡연, 당뇨, 유전, 비만, 운동부족, 스트레스 및 여성의 폐경 등이 알려져 있다. 여러 가지 위험 요인을 복합적으로 가질수록 병의 위험도 증가한다. 다른 많은 질병들과 마찬가지로 심혈관 질환도 유전적 요인에 큰 영향을 받는다. Coronary artery disease, which is an important part of cardiovascular disease, is usually caused by blockage or narrowing of coronary arteries that supply blood to the heart by arteriosclerosis. The complete blockage of coronary arteries by atherosclerosis is called myocardial infarction and narrowing is called angina. The causes of coronary artery disease are hyperlipidemia (hypercholesterolemia), hypertension, smoking, diabetes, heredity, obesity, lack of exercise, stress and menopause of women. The combination of risk factors increases the risk of illness. Like many other diseases, cardiovascular disease is strongly influenced by genetic factors.

종래 심혈관 질환을 비롯한 복잡한 질병을 진단 혹은 조기 예측하는데 가장 큰 문제점은 이들 질환은 어느 정도 진행되어야 물리적인 방법을 사용하여 진단해 낼 수 있다는 것이다. 현재 심혈관 질환의 경우 조영 장비를 이용하여 심장 내부 및 관상동맥을 X-선 및 초음파 촬영하여 진단을 하고 있지만, 이는 발병 후에야 진단이 가능하다. 그러나, 최근의 여러 가지 분자생물학적 기술의 발전과 인간 유전체에 대한 연구가 1차적으로 완료됨에 따라 질병과 직접 또는 간접적으로 관련있는 유전자 혹은 유전적 변이를 찾아내어 질병의 조기진단에 사용할 수 있게 됨으로써, 기존의 표현형 혹은 외형적인 질병의 특징에 의존하던 진단법으로부터 유전적 요인 을 가지고 질병의 발병 여부를 예측할 수 있는 조기진단이 가능하게 되었다. The biggest problem in diagnosing or early predicting complex diseases, including conventional cardiovascular diseases, is that these diseases can be diagnosed using physical methods only to some extent. Currently, cardiovascular disease is diagnosed by X-ray and ultrasound imaging of the inside of the heart and coronary artery using an imaging device, but this can only be diagnosed after onset. However, as recent advances in the development of various molecular biology techniques and studies of the human genome have led to the discovery of genes or genetic variants directly or indirectly related to the disease, which can be used for early diagnosis of the disease. From diagnostic methods that depended on the characteristics of existing phenotypes or external diseases, it is possible to make early diagnosis that can predict the onset of disease with genetic factors.

본 발명자들은 심혈관 질환의 발병 및 그의 확률을 조기에 진단할 수 있는 SNP를 발굴하기 위하여 연구를 계속하던 중, 심혈관 질환이 발병된 개체들의 경우 특정 SNP들을 동시에 갖고 있고 상기 특정 SNP들을 이용하여 심혈관 질환의 발병 확률 및 유전적 감수성을 예측할 수 있음을 확인함으로써 본 발명을 완성하였다. The inventors of the present invention continue to research SNPs for early diagnosis of the onset of cardiovascular disease and its probability, and individuals with cardiovascular disease have specific SNPs at the same time and use the specific SNPs for cardiovascular disease. The present invention was completed by confirming that the occurrence probability and genetic susceptibility of can be predicted.

본 발명의 목적은 심혈관 질환 진단용 다중 SNP를 제공하는 것이다. It is an object of the present invention to provide multiple SNPs for diagnosing cardiovascular disease.

본 발명의 다른 목적은 상기 다중 SNP의 폴리뉴클레오티드와 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 제공한다. Another object of the present invention is to provide a polynucleotide that hybridizes with the polynucleotide of the multiple SNP.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 심혈관 질환 진단용 마이크로어레이를 제공하는 것이다.It is still another object of the present invention to provide a microarray for diagnosing cardiovascular disease comprising the polynucleotide, a polypeptide encoded by the polypeptide, or a cDNA thereof.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 마이크로어레이를 포함하는 심혈관 질환 진단용 키트를 제공하는 것이다.Still another object of the present invention is to provide a kit for diagnosing a cardiovascular disease including the microarray.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 다중 SNP를 이용하는 심혈관 질환을 진단하는 방법을 제공하는 것이다. Still another object of the present invention is to provide a method for diagnosing cardiovascular disease using the multiple SNPs.

본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 내지 35로 구성된 폴리뉴클레오티드들에 있어서 각 SNP 위치 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드들로부터 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티 드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 심혈관 질환 진단용 다중 SNP를 제공한다. In order to achieve the object of the present invention, the present invention provides a polynucleotide consisting of at least one polynucleotide selected from the polynucleotide consisting of 10 or more consecutive bases comprising each SNP position base in the polynucleotide consisting of SEQ ID NO: 1 to 35 Provided are multiple SNPs for diagnosing cardiovascular disease comprising a teat or complementary polynucleotides thereof.

본 발명의 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 혼성화하는 폴리뉴클레오티드를 제공한다. In order to achieve another object of the present invention, the present invention provides a polynucleotide that hybridizes with the polynucleotide or its complementary polynucleotide.

본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 심혈관 질환 진단용 마이크로어레이를 제공한다. In order to achieve another object of the present invention, the present invention provides a microarray for diagnosing a cardiovascular disease comprising the polynucleotide or a complementary polynucleotide thereof or a polynucleotide hybridizing thereto, a polypeptide encoded therein or a cDNA thereof. .

본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 상기 마이크로어레이를 포함하는 심혈관 질환 진단용 키트를 제공한다.In order to achieve another object of the present invention, the present invention provides a cardiovascular disease diagnostic kit comprising the microarray.

본 발명의 또 다른 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 a) 피검체로부터 핵산 시료를 분리하는 단계; 및 b) 서열번호 1 내지 35 중에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 각 다형성 부위의 유전자형을 결정하는 단계;를 포함하는 심혈관 질환 진단 방법을 제공한다. In order to achieve another object of the present invention, the present invention comprises the steps of: a) separating the nucleic acid sample from the subject; And b) determining the genotype of each polymorphic site of at least one polynucleotide selected from SEQ ID NOs: 1 to 35.

이하 본 발명을 보다 상세히 설명한다. Hereinafter, the present invention will be described in more detail.

본 발명의 일면은 심혈관 질환 진단용 다중 SNP에 관한 것이다. One aspect of the invention relates to multiple SNPs for diagnosing cardiovascular disease.

본 발명에 따른 심혈관 질환 진단용 다중 SNP는 서열번호 1 내지 35로 구성된 폴리뉴클레오티드들에 있어서 각 SNP 위치(서열번호 4의 경우 76번째, 서열번호 8의 경우 85번째, 서열번호 9의 경우 51번째, 서열번호 10의 경우 35번째, 서열번호 19의 경우 85번째 및 나머지 서열번호의 경우 101번째) 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드들로부터 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 한다. Multiple SNPs for diagnosing cardiovascular disease according to the present invention are polynucleotides consisting of SEQ ID NOs: 1 to 35, respectively SNP positions (76th for SEQ ID NO: 4, 85th for SEQ ID NO: 8, 51th for SEQ ID NO: 9, One or more polynucleotides selected from polynucleotides consisting of at least 10 consecutive bases comprising the 35th base for SEQ ID NO. 10, the 85th for SEQ ID NO. 19 and the 101st for remaining SEQ ID NO. It is characterized in that it comprises a polynucleotide.

<표 1>TABLE 1

SNP의 NCBI 젠 뱅크 등록번호SNP NCBI Zen Bank Registration Number SNP가 포함된 폴리뉴클레오티드Polynucleotide with SNP SNP의 NCBI 젠 뱅크 등록번호SNP NCBI Zen Bank Registration Number SNP가 포함된 폴리뉴클레오티드Polynucleotide with SNP rs4459610rs4459610 서열번호 1SEQ ID NO: 1 rs731710rs731710 서열번호 19SEQ ID NO: 19 rs20568rs20568 서열번호 2SEQ ID NO: 2 rs991827rs991827 서열번호 20SEQ ID NO: 20 rs5050rs5050 서열번호 3SEQ ID NO: 3 rs1566307rs1566307 서열번호 21SEQ ID NO: 21 rs1404396rs1404396 서열번호 4SEQ ID NO: 4 rs1467523rs1467523 서열번호 22SEQ ID NO: 22 rs511678rs511678 서열번호 5SEQ ID NO: 5 rs378660rs378660 서열번호 23SEQ ID NO: 23 rs1916382rs1916382 서열번호 6SEQ ID NO: 6 rs1546642rs1546642 서열번호 24SEQ ID NO: 24 rs995717rs995717 서열번호 7SEQ ID NO: 7 rs209176rs209176 서열번호 25SEQ ID NO: 25 rs2611rs2611 서열번호 8SEQ ID NO: 8 rs1056409rs1056409 서열번호 26SEQ ID NO: 26 rs1805564rs1805564 서열번호 9SEQ ID NO: 9 rs1859754rs1859754 서열번호 27SEQ ID NO: 27 rs1469876rs1469876 서열번호 10SEQ ID NO: 10 rs1527509rs1527509 서열번호 28SEQ ID NO: 28 rs251692rs251692 서열번호 11SEQ ID NO: 11 rs1028140rs1028140 서열번호 29SEQ ID NO: 29 rs1409765rs1409765 서열번호 12SEQ ID NO: 12 rs1983628rs1983628 서열번호 30SEQ ID NO: 30 rs889179rs889179 서열번호 13SEQ ID NO: 13 rs557831rs557831 서열번호 31SEQ ID NO: 31 rs882432rs882432 서열번호 14SEQ ID NO: 14 rs1194029rs1194029 서열번호 32SEQ ID NO: 32 rs1801rs1801 서열번호 15SEQ ID NO: 15 rs388332rs388332 서열번호 33SEQ ID NO: 33 rs973126rs973126 서열번호 16SEQ ID NO: 16 rs2055018rs2055018 서열번호 34SEQ ID NO: 34 rs361594rs361594 서열번호 17SEQ ID NO: 17 rs1557771rs1557771 서열번호 35SEQ ID NO: 35 rs734072rs734072 서열번호 18SEQ ID NO: 18

SNP(단일염기다형; single nucleotide polymorphism)는 개인과 개인간의 DNA에 존재하는 한 염기쌍(single base-pair variation)의 차이로 DNA 서열 다형성(polymorphism) 중에서 가장 많이 존재하는 형태이다(약 1개/1kb).SNP (single nucleotide polymorphism) is the most common form of DNA polymorphism due to the difference in single base-pair variation in individual DNA between individuals (approximately 1 / 1kb). ).

또한, 상기 SNP의 NCBI 젠 뱅크 등록번호는 상기 각 SNP의 서열 및 그 위치를 나타내는 것이다. 당업자라면 상기 등록번호를 이용하여 SNP의 위치 및 서열을 용이하게 확인할 수 있을 것이다. NCBI에 등록되어 있는 SNP의 rs 번호에 해당하는 구체적인 서열은 시간이 지남에 따라 약간 변경될 수 있다. 본 발명의 범위가 상기 변경된 서열에도 미치는 것은 당업자에게 자명할 것이다. In addition, the NCBI genbank registration number of the SNP indicates the sequence and position of each SNP. Those skilled in the art will be able to easily identify the position and sequence of the SNP using the registration number. The specific sequence corresponding to the rs number of the SNP registered in the NCBI may change slightly over time. It will be apparent to those skilled in the art that the scope of the present invention also applies to such altered sequences.

또한, 상기 서열번호 1 내지 35은 상기 SNP 부위의 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드이다. 상기 폴리뉴클레오티드 및 상기 폴리뉴클레오티드에 존재하는 각 SNP의 특성에 관하여는 하기 표 2에 기재되어 있다. In addition, SEQ ID NO: 1 to 35 is a polynucleotide containing the nucleotide sequence of the SNP site. The properties of the polynucleotide and each SNP present in the polynucleotide are described in Table 2 below.

상기 서열번호 1 내지 35는 다형성 부위를 포함하는 다형성 서열이다. 다형성 서열(polymorphic sequence)이란 폴리뉴클레오티드 서열 중에 SNP를 나타내는 다형성 부위(polymorphic site)를 포함하는 서열을 말한다. 상기 폴리뉴클레오티드 서열은 DNA 또는 RNA가 될 수 있다. SEQ ID NOs: 1 to 35 are polymorphic sequences including polymorphic sites. A polymorphic sequence refers to a sequence comprising a polymorphic site representing SNP in a polynucleotide sequence. The polynucleotide sequence may be DNA or RNA.

<표 2>TABLE 2

SNP의 NCBI 젠 뱅크 등록번호SNP NCBI Zen Bank Registration Number SNP가 포함된 폴리뉴클레오티드Polynucleotide with SNP 다중 SNP 참여 횟수Multiple SNP Participation Count 밴드band 유전자gene SNP 역할SNP Role rs4459610rs4459610 서열번호 1SEQ ID NO: 1 1One 17q23.317q23.3 ACEACE 코딩 엑손Coding exon rs20568rs20568 서열번호 2SEQ ID NO: 2 1One 3q13.333q13.33 ADPRHADPRH 코딩 엑손Coding exon Rs5050Rs5050 서열번호 3SEQ ID NO: 3 1One 1q42.21q42.2 AGTAGT 프로모터Promoter rs1404396rs1404396 서열번호 4SEQ ID NO: 4 1One 7p21.17p21.1 ANKMY2ANKMY2 인트론Intron rs511678rs511678 서열번호 5SEQ ID NO: 5 1One 1q32.21q32.2 CR2CR2 인트론Intron rs1916382rs1916382 서열번호 6SEQ ID NO: 6 1One 10q21.310q21.3 CTNNA3CTNNA3 인트론Intron rs995717rs995717 서열번호 7SEQ ID NO: 7 1One 21q22.1321q22.13 DSCR4DSCR4 인트론Intron Rs2611Rs2611 서열번호 8SEQ ID NO: 8 1One 10q22.110q22.1 FLJ22761FLJ22761 엑손Exon rs1805564rs1805564 서열번호 9SEQ ID NO: 9 1One 3q26.333q26.33 FXR1FXR1 인트론Intron rs1469876rs1469876 서열번호 10SEQ ID NO: 10 1One 1p31.31p31.3 KIAA1573KIAA1573 인트론Intron rs251692rs251692 서열번호 11SEQ ID NO: 11 1One 19q13.3219q13.32 LIG1LIG1 엑손Exon rs1409765rs1409765 서열번호 12SEQ ID NO: 12 1One 1p31.11p31.1 LPHN2LPHN2 인트론 (boundary)Intron rs889179rs889179 서열번호 13SEQ ID NO: 13 1One 19p13.219p13.2 MGC15716MGC15716 3' UTR3 'UTR rs882432rs882432 서열번호 14SEQ ID NO: 14 1One 22q12.122q12.1 MYO18BMYO18B 인트론Intron Rs1801Rs1801 서열번호 15SEQ ID NO: 15 1One 4q244q24 NFKB1NFKB1 인트론Intron rs973126rs973126 서열번호 16SEQ ID NO: 16 1One 4q254q25 PAPSS1PAPSS1 코딩 엑손Coding exon rs361594rs361594 서열번호 17SEQ ID NO: 17 1One 22q11.2122q11.21 PEX26PEX26 3' UTR3 'UTR rs734072rs734072 서열번호 18SEQ ID NO: 18 1One 3p21.313p21.31 SCOTINSCOTIN 인트론Intron

<표 2(계속)>Table 2 (continued)

SNP의 NCBI 젠 뱅크 등록번호SNP NCBI Zen Bank Registration Number SNP가 포함된 폴리뉴클레오티드Polynucleotide with SNP 다중 SNP 참여 횟수Multiple SNP Participation Count 밴드band 유전자gene SNP 역할SNP Role rs731710rs731710 서열번호 19SEQ ID NO: 19 1One 16q24.216q24.2 SLC7A5SLC7A5 인트론Intron rs991827rs991827 서열번호 20SEQ ID NO: 20 1One 12q24.3212q24.32 rs1566307rs1566307 서열번호 21SEQ ID NO: 21 1One 12q24.2112q24.21 rs1467523rs1467523 서열번호 22SEQ ID NO: 22 1One 14q22.114q22.1 rs378660rs378660 서열번호 23SEQ ID NO: 23 22 16q23.116q23.1 rs1546642rs1546642 서열번호 24SEQ ID NO: 24 1One 2p212p21 rs209176rs209176 서열번호 25SEQ ID NO: 25 1One 6p22.16p22.1 rs1056409rs1056409 서열번호 26SEQ ID NO: 26 1One 9q33.19q33.1 rs1859754rs1859754 서열번호 27SEQ ID NO: 27 1One 7q21.137q21.13 rs1527509rs1527509 서열번호 28SEQ ID NO: 28 1One 21q21.121q21.1 rs1028140rs1028140 서열번호 29SEQ ID NO: 29 1One 2q14.12q14.1 rs1983628rs1983628 서열번호 30SEQ ID NO: 30 1One 20q13.220q13.2 rs557831rs557831 서열번호 31SEQ ID NO: 31 1One 11q24.211q24.2 rs1194029rs1194029 서열번호 32SEQ ID NO: 32 1One 12q24.3212q24.32 rs388332rs388332 서열번호 33SEQ ID NO: 33 1One 21q22.221q22.2 rs2055018rs2055018 서열번호 34SEQ ID NO: 34 1One 11p14.111p14.1 rs1557771rs1557771 서열번호 35SEQ ID NO: 35 1One 7p21.17p21.1

표 2에서 '다중 SNP 참여 횟수'는 각 단일 SNP가 본 발명에 따른 12개의 다중 SNP의 조합에 인용된 횟수를 나타내는 것이다(표 3 참조). In Table 2, the number of participation of multiple SNPs represents the number of times each single SNP is cited in the combination of 12 multiple SNPs according to the present invention (see Table 3).

상기 '밴드'는 각 단일 SNP가 위치하는 염색체 번호, 각 염색체 상의 동원체를 중심으로 한 단완(short arm; p) 부분 또는 장완(long arm; q) 부분 및 밴드 번호를 의미한다. 예컨대, 서열번호 1에 포함되어 있는 SNP의 위치는 17q23.3이며, 이는 17번 염색체 상의 장완 부분(q)의 23.3 밴드 상에 존재함을 의미한다. The 'band' refers to a chromosome number where each single SNP is located, a short arm (p) portion or a long arm (q) portion and a band number centered on a centromere on each chromosome. For example, the position of the SNP included in SEQ ID NO: 1 is 17q23.3, which means that it is on the 23.3 band of the arm portion (q) on chromosome 17.

상기 '유전자'는 각 SNP를 포함하는 유전자를 의미한다. The 'gene' means a gene including each SNP.

상기 'SNP의 역할'은 상기 유전자 내에서 상기 각 단일 SNP가 수행하는 역할을 의미한다.The 'role of SNP' means a role of each single SNP in the gene.

본 발명에 따른 진단용 다중 SNP에 있어서, 상기 하나 이상의 폴리뉴클레오티드가 서열번호 1 내지 35로 구성된 폴리뉴클레오티드들에 있어서 각 SNP 위치(서열번호 4의 경우 76번째, 서열번호 8의 경우 85번째, 서열번호 9의 경우 51번째, 서열번호 10의 경우 35번째, 서열번호 19의 경우 85번째 및 나머지 서열번호의 경 우 101번째) 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드들로부터 표 3의 조합으로 선택되는 1 내지 12로 구성된 군에서 선택되는 것이 바람직하다. In the diagnostic multiple SNP according to the present invention, the one or more polynucleotides in the polynucleotide consisting of SEQ ID NO: 1 to 35 each SNP position (76th for SEQ ID NO: 4, 85 for SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9 from polynucleotides consisting of 10 or more consecutive bases, including the 51st, 35th for SEQ ID NO. 10, 85th for SEQ ID NO. 19, and 101th for the remaining SEQ ID NO. It is preferably selected from the group consisting of 1 to 12 selected in combination.

<표 3>TABLE 3

번호number 다중 SNPMulti SNP 1One (서열번호 2, 서열번호 25, 서열번호 3)(SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 3) 22 (서열번호 11, 서열번호 15, 서열번호 35)(SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 35) 33 (서열번호 6, 서열번호 23, 서열번호 16)(SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 16) 44 (서열번호 20, 서열번호 22, 서열번호 13)(SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 13) 55 (서열번호 17, 서열번호 1, 서열번호 31)(SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 31) 66 (서열번호 5, 서열번호 29, 서열번호 8)(SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 8) 77 (서열번호 27, 서열번호 30, 서열번호 32)(SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32) 88 (서열번호 26, 서열번호 19, 서열번호 7)(SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 7) 99 (서열번호 23, 서열번호 9, 서열번호 28)(SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 28) 1010 (서열번호 21, 서열번호 14, 서열번호 4)(SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 4) 1111 (서열번호 10, 서열번호 18, 서열번호 33)(SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 33) 1212 (서열번호 24, 서열번호 12, 서열번호 34)(SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34)

본 발명에 따른 심혈관 질환 진단용 다중 SNP에 있어서, 상기 선택된 폴리뉴클레오티드들의 상기 각 SNP 위치(서열번호 4의 경우 76번째, 서열번호 8의 경우 85번째, 서열번호 9의 경우 51번째, 서열번호 10의 경우 35번째, 서열번호 19의 경우 85번째 및 나머지 서열번호의 경우 101번째) 염기의 유전자형이 각각 표 4와 같은 것이 바람직하다.In the multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease according to the present invention, each of the SNP positions of the selected polynucleotides (76th for SEQ ID NO: 4, 85th for SEQ ID NO: 8, 51st for SEQ ID NO: 9, and SEQ ID NO: 10) In the case of the 35th, the 85th in the case of SEQ ID NO: 19 and the 101st in the case of the remaining SEQ ID NO :) It is preferable that the genotypes of the bases are as shown in Table 4, respectively.

<표 4>TABLE 4

번호number 다중 SNPMulti SNP 대립 유전자형Allele 1One (서열번호 2, 서열번호 25, 서열번호 3)(SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 3) (CC, CC, TG)(CC, CC, TG) 22 (서열번호 11, 서열번호 15, 서열번호 35)(SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 35) (CC, GC, TT)(CC, GC, TT) 33 (서열번호 6, 서열번호 23, 서열번호 16)(SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 16) (CC, AG, TT or TC)(CC, AG, TT or TC) 44 (서열번호 20, 서열번호 22, 서열번호 13)(SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 13) (AA or AC, CG, TT or TG)(AA or AC, CG, TT or TG) 55 (서열번호 17, 서열번호 1, 서열번호 31)(SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 31) (TC or CC, TT or TA, TT or TG)(TC or CC, TT or TA, TT or TG) 66 (서열번호 5, 서열번호 29, 서열번호 8)(SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 8) (GC, TT or TC, GC)(GC, TT or TC, GC) 77 (서열번호 27, 서열번호 30, 서열번호 32)(SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32) (CC, CC, AA or AG)(CC, CC, AA or AG) 88 (서열번호 26, 서열번호 19, 서열번호 7)(SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 7) (TG, TC or CC, GG)(TG, TC or CC, GG) 99 (서열번호 23, 서열번호 9, 서열번호 28)(SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 28) (AG, GG, TC or CC)(AG, GG, TC or CC) 1010 (서열번호 21, 서열번호 14, 서열번호 4)(SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 4) (CT, AG or GG, CT or TT)(CT, AG or GG, CT or TT) 1111 (서열번호 10, 서열번호 18, 서열번호 33)(SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 33) (TT or TC, CG or GG, AC)(TT or TC, CG or GG, AC) 1212 (서열번호 24, 서열번호 12, 서열번호 34)(SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34) (AC, CC or CG, TA)(AC, CC or CG, TA)

본 발명에 따른 다중 SNP는 상기 각 단일 SNP들을 조합한 12개의 다중 SNP에 특징이 있다. 상기 각 단일 SNP들의 조합 및 그들의 유전자형은 표 3 및 표 4에 기재되어 있는 바와 같다. 표 3 및 표 4에서, '다중 SNP' 칼럼은 선택된 4개의 단일 SNP의 조합을 나타내는 것이고, '유전자형' 칼럼은 동일한 순서의 각 단일 SNP의 SNP 위치에서의 유전자형을 나타낸다. 예컨대, 표 4의 다중 SNP 1번에 있어서, rs20568의 유전자형은 CC이고, rs209176의 유전자형은 CC이고, rs5050의 유전자형은 TG이다. Multiple SNPs according to the present invention are characterized by 12 multiple SNPs combining each single SNP. Combinations of each of the single SNPs and their genotypes are as described in Tables 3 and 4. In Tables 3 and 4, the 'multiple SNP' column represents the combination of four single SNPs selected, and the 'genotype' column represents the genotype at the SNP position of each single SNP in the same order. For example, in multiple SNP No. 1 of Table 4, genotype of rs20568 is CC, genotype of rs209176 is CC, and genotype of rs5050 is TG.

본 발명에 있어서, 심혈관 질환은 심근경색증, 협심증, 죽상경화증, 고혈압, 심부전, 동맥류, 동맥경화증, 색전증, 뇌졸중 및 혈전증으로 구성된 군에서 선택될 수 있고, 심근경색증인 것이 바람직하다. In the present invention, the cardiovascular disease may be selected from the group consisting of myocardial infarction, angina pectoris, atherosclerosis, hypertension, heart failure, aneurysm, arteriosclerosis, embolism, stroke and thrombosis, preferably myocardial infarction.

본 발명의 일 실시예에서는 상기 각 단일 SNP들로부터 심혈관 질환 발병과의 연관성이 매우 큰 단일 SNP들의 조합, 즉 다중 SNP를 개발하기 위하여 일련의 선별 과정을 거쳤다. 상기 다중 SNP 선별 과정은 남성을 대상으로 하였다. 즉, 남성 심혈관 질환 환자들 및 남성 정상인들의 혈액으로부터 DNA를 분리 및 증폭하고, 상기 DNA 중 SNP 부위의 서열을 분석한 다음, 남성 심혈관 질환 환자들에서만 특이적으로 나타나지만, 남성 정상인들에게서는 거의 나타나지 않는 SNP의 특정 조합 및 그들의 유전자형을 확인하였다. 본 발명의 실시예에서 확인된 SNP 조합 및 그들의 유전자형을 표 3 및 표 4에 나타내었다. 각 다중 SNP의 특성에 관하여는 하기 표 5에 기재되어 있다. In one embodiment of the present invention, a series of screening processes were performed to develop a combination of single SNPs, i.e., multiple SNPs, which are highly associated with the development of cardiovascular disease from each single SNP. The multiple SNP screening process was aimed at men. That is, DNA is isolated and amplified from the blood of male cardiovascular disease patients and normal males, and the sequence of the SNP region of the DNA is analyzed, and is specifically shown only in male cardiovascular disease patients, but rarely in male normal people. Specific combinations of SNPs and their genotypes were identified. The SNP combinations and their genotypes identified in the examples of the present invention are shown in Tables 3 and 4. The properties of each multiple SNP are listed in Table 5 below.

<표 5>TABLE 5

번호number 환자군 출현 빈도Patient frequency 정상군 출현 빈도Frequency of normal group appearance 오즈비Ozbee 95% 신뢰 구간95% confidence interval 1One 3030 00 61.361.3 3.73.7 10101010 22 3030 00 61.361.3 3.73.7 10101010 33 2828 00 56.756.7 3.43.4 935.5935.5 44 2525 00 5050 33 826.5826.5 55 2525 00 5050 33 826.5826.5 66 2424 00 47.847.8 2.92.9 790.9790.9 77 2323 00 45.645.6 2.82.8 755.7755.7 88 2828 1One 27.727.7 3.73.7 205.7205.7 99 3333 1One 33.533.5 4.54.5 247.6247.6 1010 3535 33 11.911.9 3.63.6 39.2239.22 1111 2929 22 14.414.4 3.43.4 60.9860.98 1212 3434 33 11.511.5 3.53.5 37.9437.94

표 5에서, '번호'는 다중 SNP의 번호를 나타내는 것으로, 표 3에 기재되어 있는 번호와 동일한 것이다. In Table 5, 'number' indicates the number of multiple SNPs, which is the same as the number described in Table 3.

'환자군 출현 빈도' 및 '정상군 출현 빈도'는 각각 시험된 221명의 환자 및 192명의 정상인 중 해당 다중 SNP를 갖는 것으로 판명된 환자 및 정상인의 수를 나타낸다. 'Patient emergence frequency' and 'normal group appearance frequency' refer to the number of normal persons and patients who were found to have the corresponding multiple SNPs among the 221 patients and 192 normal persons tested, respectively.

상기 '오즈비(odds ratio)'는 정상군 중에서 해당 다중 SNP를 가질 확률에 대한 환자군 중에서 해당 다중 SNP를 가질 확률의 비율을 나타낸다. 즉, 오즈비는 ad/bc로서, 상기 식에서 a는 표 5에서 환자군의 출현 빈도를 나타내고, c는 표 5에서 정상군의 출현 빈도를 나타낸다. 그리고 b = [(총 환자군 수) - a]이고, d = [(총 정상군 수) - c]이다. 시험된 환자 및 정상군이 각각 221명 및 192명이므로 결국 b = [221 - a]이고, d = [192 - c]이다. The 'odds ratio' represents a ratio of the probability of having the corresponding multiple SNP among the patient group to the probability of having the corresponding multiple SNP in the normal group. That is, the odds ratio is ad / bc, where a represents the frequency of appearance of the patient group in Table 5, and c represents the frequency of appearance of the normal group in Table 5. And b = [(total number of patients)-a] and d = [(total number of normal groups)-c]. The patients tested and the normal group were 221 and 192 respectively, so b = [221-a] and d = [192-c].

상기 오즈비가 1을 초과하는 경우 해당 다중 SNP가 환자군과 연관성이 있음을 나타낸다. 오즈비가 클수록 상기 연관성도 증가한다. 표 5에 나타낸 바와 같이, 본 발명에 따른 다중 SNP 1 내지 12는 11.5 내지 61.3의 오즈비를 갖는다. 이 수치는 1 보다 훨씬 큰 수치이므로, 본 발명에 따른 다중 SNP 1 내지 12는 심혈관 질환의 발병과 큰 연관성이 있음을 알 수 있다. When the odds ratio exceeds 1, it indicates that the corresponding multiple SNP is associated with the patient group. The larger the odds ratio, the higher the association. As shown in Table 5, multiple SNPs 1 to 12 according to the present invention have an odds ratio of 11.5 to 61.3. Since this value is much larger than 1, it can be seen that multiple SNPs 1 to 12 according to the present invention have a great correlation with the development of cardiovascular disease.

상기 '95% 신뢰구간'은 해당 오즈비가 존재할 확률이 95%인 구간을 나타내는 것으로, 하기의 식으로 계산된다. 신뢰구간이 1을 포함하는 경우, 즉 신뢰구간의 하계가 1 이하이고 상계가 1 이상인 경우에는 질병과의 연관성을 유의하다고 판단할 수 없다. The '95% confidence interval 'indicates a section having a 95% probability that the odds ratio exists, and is calculated by the following equation. If the confidence interval contains 1, that is, if the confidence interval is less than 1 and the upper bound is 1 or more, the association with disease cannot be considered significant.

- 95% 신뢰구간 = (하계, 상계) = (오즈비×exp(-1.960

Figure 112006013859635-PAT00001
), 오즈비×exp(1.960
Figure 112006013859635-PAT00002
)) (상기 식에서, V=1/a + 1/b + 1/c +1/d)95% confidence interval = (summer, upper bound) = (oz ratio × exp (-1.960)
Figure 112006013859635-PAT00001
), Ozbi × exp (1.960)
Figure 112006013859635-PAT00002
)) (Wherein, V = 1 / a + 1 / b + 1 / c + 1 / d)

본 발명에 따른 심혈관 질환 진단용 다중 SNP는 상기 다중 SNP 각각으로 구성될 수 있고, 보다 바람직하게 2 이상의 다중 SNP로 구성될 수 있고, 가장 바람직하게 상기 다중 SNP 1 내지 12 전부로 구성될 수 있다. The multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease according to the present invention may be composed of each of the multiple SNPs, more preferably, two or more multiple SNPs, and most preferably, all of the multiple SNPs 1 to 12.

본 발명에 따른 심혈관 질환 진단용 다중 SNP를 구성하는 각 단일 SNP의 폴리뉴클레오티드는 10개 이상의 연속 염기인 것이 바람직하고, 10 내지 100개의 연속 염기인 것이 보다 바람직하다. The polynucleotide of each single SNP constituting the multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease according to the present invention is preferably 10 or more consecutive bases, more preferably 10 to 100 consecutive bases.

본 발명의 다른 일면은 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 혼성화하는 심혈관 질환 진단용 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드에 관한 것이다. Another aspect of the invention relates to an allele specific polynucleotide for diagnosing cardiovascular disease which hybridizes to a polynucleotide according to the invention or a complementary polynucleotide thereof.

상기 대립형질 특이적(allele-specific) 폴리뉴클레오티드란 각 대립형질에 특이적으로 혼성화하는 것을 의미한다. 즉, 서열번호 1 내지 35의 각 다형성 서열 중의 다형성 부위의 염기를 특이적으로 구별할 수 있도록 혼성화하는 것을 말한다. 상기 혼성화는 엄격한 조건에서 수행된다. 예컨대, 상기 엄격한 조건은 1M 이하의 염 농도 및 25 ℃ 이상의 온도하에서 수행된다. 다르게는, 5×SSPE(750 mM NaCl, 50 mM Na Phosphate, 5 mM EDTA, pH 7.4) 및 25∼30℃의 조건이 대립형질 특이적 프로브 혼성화에 적합할 수 있다. 상기 혼성화 조건은 당업자에 의해 용이하게 변형되어 사용될 수 있을 것이다. The allele-specific polynucleotide means to hybridize specifically to each allele. That is, it means hybridizing so that the base of the polymorphic site in each polymorphic sequence of SEQ ID NO: 1-35 can be distinguished specifically. The hybridization is performed under stringent conditions. For example, the stringent conditions are carried out at salt concentrations below 1 M and at temperatures above 25 ° C. Alternatively, conditions of 5 × SSPE (750 mM NaCl, 50 mM Na Phosphate, 5 mM EDTA, pH 7.4) and 25-30 ° C. may be suitable for allele specific probe hybridization. The hybridization conditions may be easily modified and used by those skilled in the art.

본 발명에 있어서 상기 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드는 프라이머일 수 있다. 여기서 프라이머(primer)란 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리뉴클레오티드를 말한다. 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 뉴클레오티드이다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 프라이머 서열은 주형과 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 주형과 혼성화할 정도로 충분히 상보적이어야 한다. 상기 프라이머는 그 3′말단이 서열번호 1 내지 35의 다형성 부위와 정렬하는 것이 바람직하다. 상기 프라이머는 다형성 부위를 포함하는 표적 DNA에 혼성화하고, 상기 프라이머가 완전한 상동성을 보이는 대립형질 형태의 증폭을 개시한다. 이 프라이머는 반대편에 혼성화하는 제2 프라이머와 쌍을 이루어 사용된다. 증폭에 의하여 두개의 프라이머로부터 산물이 증폭되고, 이는 특정 대립형질 형태가 존재한다는 것을 의미한다. 본 발명의 프라이머에는 리가제 연쇄 반응(ligase chain reaction : LCR)에서 사용되는 폴리 뉴클레오티드 단편을 포함한다.In the present invention, the allele specific polynucleotide may be a primer. Here primers are the starting point for template-directed DNA synthesis under appropriate conditions (e.g. four different nucleoside triphosphates and polymerizers such as DNA, RNA polymerase or reverse transcriptase) in appropriate buffers and at appropriate temperatures. Refers to a single stranded oligonucleotide that can act. The appropriate length of the primer may vary depending on the purpose of use, but is usually 15 to 30 nucleotides. Short primer molecules generally require lower temperatures to form stable hybrids with the template. The primer sequence need not be completely complementary to the template, but should be sufficiently complementary to hybridize with the template. It is preferred that the primer 3 'end is aligned with the polymorphic site of SEQ ID NO: 1 to 35. The primer hybridizes to the target DNA comprising the polymorphic site and initiates amplification of an allelic form in which the primer shows complete homology. This primer is used in pairs with a second primer that hybridizes to the other side. By amplification the product is amplified from the two primers, which means that certain allelic forms are present. Primers of the invention include polynucleotide fragments used in ligase chain reaction (LCR).

본 발명에 있어서, 상기 대립형질 특이적 폴리뉴클레오티드는 프로브일 수 있다. 본 발명에서 프로브(probe)란 혼성화 프로브를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 이러한 프로브에는 Nielsen 등, Science 254, 1497-1500 (1991)에 기재된 펩티드 핵산을 포함한다. 본 발명의 프로브는 대립형질 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립형질간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립형질 중 하나에만 혼성화하도록 충분히 엄격해야 한다. 이러한 본 발명의 프로브는 중앙부위(즉, 15 개의 뉴클레오티드로 된 프로브이면 7번 위치가, 16 개의 뉴클레오티드로 된 프로브이면 8 또는 9번 위치)가 상기 서열의 다형성 부위와 정렬하는 것이 바람직하다. 이렇게 함으로써 다른 대립형질성 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다. 본 발명의 상기 프로브는 대립형질을 검출하기 위한 진단 방법 등에 사용될 수 있다. 상기 진단 방법에는 서던 블롯팅 등과 같은 핵산의 혼성화에 근거한 검출방법들이 포함되며, 마이크로어레이를 이용한 방법에서 마이크로어레이의 기판에 미리 결합된 형태로 제공될 수도 있다. In the present invention, the allele specific polynucleotide may be a probe. Probe (probe) in the present invention means a hybridization probe, it means an oligonucleotide capable of sequence-specific binding to the complementary strand of the nucleic acid. Such probes include peptide nucleic acids described in Nielsen et al., Science 254, 1497-1500 (1991). The probe of the present invention is an allele-specific probe, in which polymorphic sites exist in nucleic acid fragments derived from two members of the same species, and hybridize to DNA fragments derived from one member, but not to fragments derived from other members. . Hybridization conditions in this case show significant differences in hybridization strength between alleles and should be sufficiently stringent to hybridize to only one of the alleles. In the probe of the present invention, the central region (that is, position 7 when the probe is 15 nucleotides and position 8 or 9 when the probe is 16 nucleotides) is preferably aligned with the polymorphic site of the sequence. This can lead to good hybridization differences between different allelic forms. The probe of the present invention can be used for diagnostic methods for detecting alleles. The diagnostic method includes detection methods based on hybridization of nucleic acids such as Southern blotting, or the like, and may be provided in a form that is pre-coupled to a substrate of the microarray in a method using a microarray.

본 발명의 다른 일면은 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 심혈관 질환 진단용 마이크로어레이에 관한 것이다. Another aspect of the present invention relates to a microarray for diagnosing a cardiovascular disease comprising a polynucleotide according to the present invention or a complementary polynucleotide thereof or a polynucleotide hybridizing thereto, a polypeptide encoded by the same, or a cDNA thereof.

본 발명에 따른 마이크로어레이는 본 발명에 따른 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 프로브 또는 그들과 혼성화하는 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 이용하여 본 분야의 당업자에게 알려져 있는 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. Microarrays according to the invention are conventional methods known to those skilled in the art using polynucleotides according to the invention or polynucleotides which hybridize with the probes or their complementary polynucleotides, polypeptides encoded by them or cDNAs thereof. It can be prepared by.

예컨대, 상기 폴리뉴클레오티드는 아미노-실란(amino-silane), 폴리-L-라이신(poly-L-lysine) 및 알데히드(aldehyde)로 이루어진 군에서 선택되는 활성기가 코팅된 기판 상에 고정될 수 있다. 또한, 상기 기판은 실리콘 웨이퍼, 유리, 석영, 금속 및 플라스틱으로 이루어진 군에서 선택될 수 있다. 상기 폴리뉴클레오티드를 기판에 고정화시키는 방법으로는 피에조일렉트릭(piezoelectric) 방식을 이용한 마이크로피펫팅(micropipetting) 법, 핀(pin) 형태의 스폿터(spotter)를 이용한 방법 등을 사용할 수 있다. For example, the polynucleotide may be immobilized on a substrate coated with an active group selected from the group consisting of amino-silane, poly-L-lysine, and aldehyde. In addition, the substrate may be selected from the group consisting of silicon wafer, glass, quartz, metal and plastic. As a method of immobilizing the polynucleotide on a substrate, a micropipetting method using a piezoelectric method, a method using a pin-shaped spotter, or the like can be used.

본 발명의 또 다른 일면은 본 발명에 따른 마이크로어레이를 포함하는 심혈관 질환 진단용 키트에 관한 것이다. Another aspect of the present invention relates to a cardiovascular disease diagnostic kit comprising a microarray according to the present invention.

본 발명에 따른 키트는 본 발명의 마이크로어레이 이외에 피검체로부터 해당 SNP를 포함하는 DNA를 분리 및 증폭하는데 사용되는 프라이머 세트를 추가로 포함할 수 있다. 상기 적절한 프라이머 세트는 본 발명의 서열을 참조하여 당업자는 용이하게 설계할 수 있을 것이다. 예컨대, 상기 프라이머 세트로서 표 6에 도시된 것을 이용할 수 있다. The kit according to the present invention may further comprise a primer set used to separate and amplify DNA containing the SNP from the subject in addition to the microarray of the present invention. Such suitable primer sets will be readily apparent to those skilled in the art with reference to the sequences of the present invention. For example, those shown in Table 6 may be used as the primer set.

본 발명의 또 다른 일면은 본 발명에 따른 다중 SNP를 이용하는 심혈관 질 환을 진단하는 방법에 관한 것이다. Another aspect of the present invention relates to a method for diagnosing cardiovascular disease using multiple SNPs according to the present invention.

본 발명에 따른 심혈관 질환을 진단하는 방법은 a) 피검체로부터 핵산 시료를 분리하는 단계; 및 b) 서열번호 1 내지 35 중에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 각 SNP 위치(서열번호 4의 경우 76번째, 서열번호 8의 경우 85번째, 서열번호 9의 경우 51번째, 서열번호 10의 경우 35번째, 서열번호 19의 경우 85번째 및 나머지 서열번호의 경우 101번째) 염기인 다형성 부위의 유전자형을 결정하는 단계를 포함한다. A method for diagnosing cardiovascular disease according to the present invention comprises the steps of: a) separating a nucleic acid sample from a subject; And b) each SNP position of at least one polynucleotide selected from SEQ ID NOs: 1 to 35 (76th for SEQ ID NO: 4, 85th for SEQ ID NO: 8, 51st for SEQ ID NO: 9, 35 for SEQ ID NO: 10), and Second, determining the genotype of the polymorphic site, which is the 85th base for SEQ ID NO: 19 and the 101st base for the remaining SEQ ID NO: 19).

본 발명의 방법에 있어서, 피검체로부터 DNA를 분리하는 방법은 당업계에 알려진 방법을 통하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 조직 또는 세포로부터 DNA를 직접적으로 정제하거나 PCR과 같은 증폭 방법을 사용하여 특정한 영역을 특이적으로 증폭하고 이를 분리함으로써 이루어질 수 있다. 본 발명에 있어서, DNA란 DNA 뿐만 아니라 mRNA로부터 합성되는 cDNA도 포함하는 의미이다. 피검체로부터 핵산을 얻는 단계는 예를 들면, PCR 증폭법, 리가제 연쇄 반응(LCR)(Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification) (Kwoh 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 1173(1989)) 및 자가유지 서열 복제 (Guatelli 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭 (NASBA)이 사용될 수 있다.In the method of the present invention, the method of separating DNA from the subject can be made through a method known in the art. For example, it can be done by directly purifying DNA from tissue or cells or by specifically amplifying and isolating specific regions using amplification methods such as PCR. In the present invention, DNA is meant to include not only DNA but also cDNA synthesized from mRNA. Obtaining nucleic acids from a subject may include, for example, PCR amplification, ligase chain reaction (LCR) (Wu and Wallace, Genomics 4, 560 (1989), Landegren et al., Science 241, 1077 (1988)), transcription amplification. transcription amplification (Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 1173 (1989)) and self-sustaining sequence replication (Guatelli et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 1874 (1990)) and Nucleic acid based sequence amplification (NASBA) can be used.

분리된 DNA의 염기서열의 결정은 당업계에 알려진 다양한 방법에 의하여 이루어질 수 있다. 예를 들면, 디데옥시 법에 의하여 직접적인 핵산의 뉴클레오티드 서열의 결정을 통하여 이루어지거나 SNP 부위의 서열을 포함하는 프로브 또는 그에 상보적인 프로브를 상기 DNA와 혼성화시키고 그로부터 얻어지는 혼성화 정도를 측정함으로써 다형성 부위의 뉴클레오티드 서열을 결정하는 방법 등이 이용될 수 있다. 혼성화의 정도는 예를 들면, 검출가능한 표지를 표적 DNA에 표지하여, 혼성화된 표적 DNA 만을 특이적으로 검출함으로써 이루어질 수 있으나, 그외 전기적 신호 검출방법 등이 사용될 수 있다. 보다 바람직하게, 상기 b) 단계는 b-1) 상기 피검체로부터 분리한 핵산 시료를 본 발명에 따른 SNP를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드, 또는 그와 혼성화하는 폴리뉴클레오티드와 혼성화 시키는 단계; 및 b-2) 상기 혼성화 결과를 검출하는 단계를 포함할 수 있다. Determination of the nucleotide sequence of the isolated DNA can be made by various methods known in the art. For example, a nucleotide of a polymorphic site is determined by the dideoxy method by hybridizing the probe or complementary probes comprising the sequence of the SNP site or through the determination of the nucleotide sequence of the nucleic acid with the DNA and measuring the degree of hybridization obtained therefrom. Methods for determining sequences may be used. The degree of hybridization may be achieved by, for example, labeling a detectable label on the target DNA to specifically detect only the hybridized target DNA, but other electrical signal detection methods may be used. More preferably, the step b) hybridizes the nucleic acid sample isolated from the subject to a polynucleotide comprising a SNP according to the present invention or a complementary polynucleotide thereof, or a polynucleotide hybridizing thereto. ; And b-2) detecting the hybridization result.

본 발명에 따른 심혈관 질환을 진단하는 방법은 c) 상기 서열번호 1 내지 35 중에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 유전자형이 표 4의 1 내지 12 중 하나 이상인 경우 상기 피검체를 심혈관 질환에 걸릴 확률이 높은 위험군에 속하는 것으로 판정하는 단계를 추가적으로 포함할 수 있다. The method for diagnosing cardiovascular disease according to the present invention includes c) subjecting the subject to cardiovascular disease when the genotype of the polymorphic site of at least one polynucleotide selected from SEQ ID NOs: 1 to 35 is at least one of 1 to 12 in Table 4. The method may further include determining that the group belongs to a high risk group.

이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다. Hereinafter, the present invention will be described in more detail with reference to Examples. However, these examples are for illustrative purposes only and the scope of the present invention is not limited to these examples.

실시예 1Example 1

본 발명에 따른 다중 SNP의 선별Selection of Multiple SNPs According to the Invention

본 실시예에서는 한국인 중 심혈관 질환 환자로 판명되어 치료 중인 환자군과 아직 심혈관 질환 증상이 없는 정상인의 혈액으로부터 DNA를 분리하고, 특정한 SNP의 출현 빈도를 분석하였다. 본 실시예에 선택된 SNP는 공개된 데이터베이스 (NCBI dbSNP:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/) 또는 Sequenom 사의 realsnp.com (http:://www.realsnp.com/)으로부터 선택하였으며, 선택된 SNP 주변의 서열을 이용한 프라이머를 이용하여 시료 중의 SNP 서열을 분석하였다. In this example, DNA was isolated from blood of a Korean patient who was found to be a cardiovascular disease patient and a normal patient without cardiovascular disease symptoms, and the frequency of occurrence of a specific SNP was analyzed. The SNPs selected in this example are published databases (NCBI dbSNP: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/) or realsnp.com (http: //: //www.realsnp.com/) of Sequenom. SNP sequences in the samples were analyzed using primers using sequences around the selected SNP.

1-1. DNA 시료의 준비1-1. Preparation of DNA Samples

심근경색증으로 판명되어 치료 중인 남성 환자군(221 명)과 아직 심근경색 증상이 없는 남성 정상인(192 명)의 혈액으로부터 DNA를 추출하였다. 염색체 DNA 추출은 공지의 추출 방법(Molecular cloning : A Laboratory Manual, p 392, Sambrook, Fritsch and Maniatis, 2nd edition, Cold Spring Harbor Press, 1989)과 상업용 키트(Gentra system, D-50K)의 설명서에 따라 이루어졌다. 추출된 DNA 중 순도 기준이 UV 측정비율(260/280nm)로 최소 1.7 이상 되는 것만을 선별하여 사용하였다. DNA was extracted from the blood of male patients treated with myocardial infarction (221) and normal males (192) without myocardial infarction. Chromosome DNA extraction was performed according to known extraction methods (Molecular cloning: A Laboratory Manual, p 392, Sambrook, Fritsch and Maniatis, 2nd edition, Cold Spring Harbor Press, 1989) and the instructions of the commercial kit (Gentra system, D-50K). Was done. Among the extracted DNA, the purity standard was selected and used only at least 1.7 in the UV measurement ratio (260 / 280nm).

1-2. 표적 DNA의 증폭1-2. Amplification of Target DNA

분석하고자 하는 705개의 SNP가 포함된 일정한 DNA 영역인 표적 DNA를 PCR을 이용하여 증폭하였다. PCR은 통상적인 방법으로 진행하였으며, 그 조건은 다음과 같았다. 먼저, 염색체 DNA를 2.5 ng/ml로 준비하였다. 다음으로 다음의 PCR 반응액을 준비하였다. Target DNA, a constant DNA region containing 705 SNPs to be analyzed, was amplified by PCR. PCR proceeded in a conventional manner, the conditions were as follows. First, chromosomal DNA was prepared at 2.5 ng / ml. Next, the following PCR reaction solution was prepared.

물(HPLC 급) 2.24㎕2.24 µl of water (HPLC grade)

10x 버퍼 (15 mM MgCl2, 25 mM MgCl2 함유) 0.5㎕0.5 μl 10x buffer (with 15 mM MgCl 2 and 25 mM MgCl 2 )

dNTP 믹스(GIBCO)(25 mM/각) 0.04㎕0.04 μl dNTP Mix (GIBCO) (25 mM / each)

Taq pol(HotStart)(5U/㎕) 0.02㎕Taq pol (HotStart) (5U / μl) 0.02μl

전위/후위 프라이머 믹스 (1μM/각) 0.02㎕0.02 μl of potential / back primer mix (1 μM / each)

DNA 1.00㎕1.00 μl DNA

총 반응 부피 5.00㎕5.00 μl total reaction volume

여기서, 상기 전위(forward) 및 후위(reverse) 프라이머는 공지의 데이데이터 베이스의 SNP의 상류와 하류로부터, 적당한 위치에서 선택하였다. 상기 프라이머 705개 세트 중 일부를 표 6에 정리하였다. Here, the forward and reverse primers were selected at appropriate positions from upstream and downstream of the SNPs of known data bases. Some of the 705 primer sets are summarized in Table 6.

PCR의 열 순환은, 95 ℃에서 15분 동안 유지하고, 95 ℃에서 30초, 56 ℃에서 30초, 72 ℃에서 1분을 45회 반복하고, 72 ℃에서 3분 동안 유지한 후, 4 ℃에 보관하였다. 그 결과, 200개 뉴클레오티드 이하의 길이를 가진 표적 DNA 단편을 얻었다. Thermal cycling of PCR was maintained at 95 ° C. for 15 minutes, repeated for 30 seconds at 95 ° C., 30 seconds at 56 ° C., 1 minute at 72 ° C., and maintained at 72 ° C. for 3 minutes, followed by 4 ° C. Stored in. As a result, a target DNA fragment having a length of 200 nucleotides or less was obtained.

1-3. 증폭된 표적 DNA 중의 SNP의 분석1-3. Analysis of SNPs in Amplified Target DNA

표적 DNA 단편 중의 SNP의 분석은 시쿼넘 (Sequenom)사의 균질적 MassEXTEND (homogeneous Mass Extend: 이하 hME라고도 한다) 기법을 이용하였다. 상기 MassEXTEND 기법의 원리는 다음과 같다. 먼저, 표적 DNA 단편 중의 SNP 바로 전까지의 염기에 상보적인 프라이머(연장용 프라이머(extension primer)라고도 한다.)를 제작한다. 다음으로, 상기 프라이머를 표적 DNA 단편에 혼성화시키고, DNA 중합 반응을 일으킨다. 이 때, 반응액 중에 대상 SNP 대립인자 중 제1 대립인자 염기(예를 들면, A 대립인자)에 상보적인 염기가 첨가된 후 반응이 멈추도록 하는 시약(Termination mix; 예를 들면, ddTTP)을 포함시킨다. 그 결과, 표적 DNA 단편 에 제1 대립인자(예를 들면, A 대립인자)가 존재하는 경우에는, 상기 제1 대립인자에 상보적인 염기(예를 들면, T) 하나만이 첨가된 산물이 얻어진다. 반면, 표적 DNA 단편에 제2 대립인자(예를 들면, G 대립인자)가 존재하는 경우에는, 상기 제2 대립인자에 상보적인 염기(예를 들면, C)가 첨가된 가장 근접한 제1 대립인자 염기 (예를 들면, A)까지 연장된 산물을 얻게 된다. 이렇게 얻어진 상기 프라이머로부터 연장된 산물의 길이를 질량 분석을 통하여 결정함으로써, 표적 DNA에 존재하는 대립인자의 종류를 결정할 수 있다. 구체적인 실험조건은 다음과 같았다. The analysis of SNPs in the target DNA fragments was carried out using a homogeneous Mass Extend (hME) technique from Sequenom. The principle of the MassEXTEND technique is as follows. First, a primer (also called extension primer) complementary to the base immediately before the SNP in the target DNA fragment is prepared. Next, the primer is hybridized to the target DNA fragment, and a DNA polymerization reaction is caused. At this time, a reagent (Termination mix; for example, ddTTP) to stop the reaction after the base complementary to the first allele base (for example, A allele) among the target SNP alleles is added to the reaction solution. Include it. As a result, when a first allele (eg, A allele) is present in the target DNA fragment, a product is obtained in which only one base (eg, T) complementary to the first allele is added. . On the other hand, if a second allele (eg, G allele) is present in the target DNA fragment, the closest first allele added with a base (eg, C) complementary to the second allele A product extending to the base (eg A) is obtained. By determining the length of the product extended from the primer thus obtained by mass spectrometry, it is possible to determine the type of allele present in the target DNA. Specific experimental conditions were as follows.

먼저, 상기 PCR 산물로부터 결합되지 않는 dNTP를 제거하였다. 이를 위하여 순수 1.53㎕, hME 버퍼 0.17㎕, SAP(shrimp alkaline phosphatase) 0.30㎕를 1.5 ml 튜브에 넣고 혼합하여 SAP 효소 용액을 준비하였다. 상기 튜브를 5,000 rpm에서 10 초 동안 원심분리하였다. 그 후, PCR(Polymerase Chain Reaction) 산물을 상기 SAP 용액 튜브에 넣고, 밀봉한 다음 37 ℃에서 20분, 85 ℃에서 5분 동안 유지한 후, 4 ℃에 보관하였다. First, unbound dNTPs were removed from the PCR product. To this end, 1.53 μl of pure water, 0.17 μl of hME buffer, and 0.30 μl of SAP (shrimp alkaline phosphatase) were added to a 1.5 ml tube to prepare a SAP enzyme solution. The tube was centrifuged at 5,000 rpm for 10 seconds. After that, the PCR (Polymerase Chain Reaction) product was placed in the SAP solution tube, sealed, and kept at 37 ° C. for 20 minutes and 85 ° C. for 5 minutes, and then stored at 4 ° C.

다음으로, 상기 표적 DNA 산물을 주형으로 하여 균질적 연장 반응을 실시하였다. 반응액은 다음과 같았다.Next, a homogeneous extension reaction was performed using the target DNA product as a template. The reaction solution was as follows.

물(나노급 순수) 1.728㎕1.728 μl of water (nano-grade pure water)

hME 연장 믹스 (2.25 mM d/ddNTPs를 포함하는 10x버퍼) 0.200㎕0.200 μl hME extension mix (10 × buffer with 2.25 mM d / ddNTPs)

연장 프라이머 (각 100μM) 0.054㎕0.054 μL extension primer (100 μM each)

Thermosequenase(32U/㎕) 0.018㎕0.018 μl Thermosequenase (32U / μl)

총부피 2.00㎕Total volume 2.00 μl

상기 반응액을 잘 혼합한 후, 스핀다운 원심분리하였다. 상기 반응액이 든 튜브 또는 플레이트를 잘 밀봉한 다음, 94℃에서 2분 동안 유지한 다음, 94 ℃에서 5초, 52 ℃에서 5초, 72 ℃에서 5초를 40회 반복 한 다음, 4 ℃에 보관하였다. 이렇게 얻어진 균질적 연장 반응 산물로부터 레진(SpectroCLEAN, Sequenom사 #10053)을 사용하여 염들을 제거하였다. 연장 반응에 사용된 연장 프라이머 705개 중 일부를 표 6에 나타내었다. The reaction solution was mixed well, followed by spin down centrifugation. Seal the tube or plate containing the reaction solution well, hold for 2 minutes at 94 ℃, then repeat 5 seconds at 94 ℃, 5 seconds at 52 ℃, 5 seconds at 72 ℃ 40 times, and then 4 ℃ Stored in. The salts were removed from the homogeneous extended reaction product thus obtained using Resin (SpectroCLEAN, Sequenom company # 10053). Some of the 705 extension primers used in the extension reaction are shown in Table 6.

<표 6>TABLE 6

SNP 포함 서열번호SEQ ID No. including SNP 표적 DNA 증폭용 프라이머(서열번호)Target DNA Amplification Primer (SEQ ID NO :) 연장 프라이머(서열번호)Extension Primer (SEQ ID NO) 전위 프라이머Potential primer 후위 프라이머Back primer 1One 3636 3737 3838 22 3939 4040 4141 33 4242 4343 4444 44 4545 4646 4747 55 4848 4949 5050 66 5151 5252 5353 77 5454 5555 5656 88 5757 5858 5959 99 6060 6161 6262 1010 6363 6464 6565 1111 6666 6767 6868 1212 6969 7070 7171 1313 7272 7373 7474 1414 7575 7676 7777 1515 7878 7979 8080 1616 8181 8282 8383 1717 8484 8585 8686 1818 8787 8888 8989

<표 6(계속)>Table 6 (continued)

SNP 포함 서열번호SEQ ID No. including SNP 표적 DNA 증폭용 프라이머(서열번호)Target DNA Amplification Primer (SEQ ID NO :) 연장 프라이머(서열번호)Extension Primer (SEQ ID NO) 전위 프라이머Potential primer 후위 프라이머Back primer 1919 9090 9191 9292 2020 9393 9494 9595 2121 9696 9797 9898 2222 9999 100100 101101 2323 102102 103103 104104 2424 105105 106106 107107 2525 108108 109109 110110 2626 111111 112112 113113 2727 114114 115115 116116 2828 117117 118118 119119 2929 120120 121121 122122 3030 123123 124124 125125 3131 126126 127127 128128 3232 129129 130130 131131 3333 132132 133133 134134 3434 135135 136136 137137 3535 138138 139139 140140

얻어진 연장 반응 산물을 질량 분석 방법 중 MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption and Ionization-Time of Flight)를 이용하여 다형성 부위의 서열을 분석하였다. 상기 MALDI-TOF는 분석하고자 하는 물질이 레이저 빔을 받으면, 이온화된 매트릭스(3-Hydorxypicolinic acid)와 함께 비행하여 진공상태에서 반대편에 있는 검출기까지 날아가는 데 걸린 시간을 계산하여 질량을 분석해내는 원리에 의하여 작동한다. 질량이 작은 물질은 검출기에 빨리 도달하게 되는데, 이렇게 얻어지는 질량의 차이와 이미 알고 있는 SNP의 서열을 근거로 하여 표적 DNA의 SNP의 서열을 결정할 수 있는 것이다.The obtained extended reaction product was analyzed by using a matrix assisted laser desorption and ionization-time of flight (MALDI-TOF) in the mass spectrometry. The MALDI-TOF is based on the principle of mass analysis by calculating the time taken to fly with an ionized matrix (3-Hydorxypicolinic acid) to fly to the opposite detector under vacuum when the material to be analyzed receives a laser beam. Works. The smaller mass arrives at the detector quickly, and the sequence of SNPs in the target DNA can be determined based on the difference in mass and the known sequence of SNPs.

상기와 같은 MALDI-TOF를 사용한 표적 DNA의 SNP의 서열을 결정한 결과의 일부는 표 1 내지 표 2에 나타내었다. 이 때, 각 대립인자는 각 개체에 있어서 동형접합자(homozygote) 또는 이형접합자(heterozygote)의 형태로 존재할 수 있다. 멘델의 유전법칙과 하디-와인버그(Hardy-Weinberg) 법칙에 의하면, 집단을 구성하는 대립인자의 조성은 일정한 빈도로 유지되며, 통계적으로 유의한 경우 생물학적 기능상의 의미를 부여할 수 있다. 본 발명의 705개의 단일 SNP는 심혈관 질환 환자에게서 통계적으로 유의한 수준으로 출현되어, 심혈관 질환의 진단 등에 사용될 수 있음을 알 수 있었다. Some of the results of determining the sequence of the SNP of the target DNA using the MALDI-TOF as described above are shown in Tables 1-2. At this time, each allele may exist in the form of a homozygote or heterozygote in each individual. Mendel's genetic and Hardy-Weinberg law states that the composition of the alleles that make up a group is maintained at a constant frequency and, if statistically significant, can give a biological function meaning. The 705 single SNPs of the present invention appeared in a statistically significant level in patients with cardiovascular disease, it can be seen that it can be used for diagnosis of cardiovascular disease.

1-4. 다중 SNP의 선별1-4. Screening of Multiple SNPs

상기에서 분석한 221명의 심혈관 질환 환자(남성)와 192명의 정상인(남성)의 705개의 SNP 서열을 기초로 하여, 심혈관 질환 환자에서 자주 발견되는 SNP의 조합, 즉 다중 SNP를 선별하였다. Based on the 705 SNP sequences of 221 cardiovascular disease patients (males) and 192 normal persons (males) analyzed above, a combination of SNPs frequently found in cardiovascular disease patients, ie, multiple SNPs, was selected.

먼저, 상기 705개의 SNP 서열 중 1 내지 3개의 조합으로 이루어진 다중 SNP의 가능한 수는 대략 7.3×109 개임을 확인하였다. First, it was confirmed that the possible number of multiple SNPs consisting of 1 to 3 combinations of the 705 SNP sequences is approximately 7.3 × 10 9 .

1차 스크리닝 기준으로 하기의 식으로 계산되는 유전자형 비가 2 이상이고, 하기의 식으로 계산되는 유전자형 차이가 0.1×(전체 환자의 수, 즉 221) 이상인 것을 이용하여 11,582,361개의 다중 SNP를 선별하였다. 11,582,361 multiple SNPs were selected using a genotype ratio calculated by the following formula based on the primary screening and having a genotype difference of 0.1 or more (the total number of patients, 221).

- 유전자형 비 = (어느 한 유전자형을 갖는 환자의 수)/(어느 한 유전자형을 갖는 정상인의 수) Genotype ratio = (number of patients with any genotype) / (number of normal persons with any genotype)

- 유전자형 차이 = (어느 한 유전자형을 갖는 환자의 수) - (어느 한 유전자형을 갖는 정상인의 수) -Genotype difference = (number of patients with any genotype)-(number of normal persons with any genotype)

추가적으로 p-value가 10-6 이하인 5,348개의 다중 SNP를 선별하였다. 상기 p-value는 Fisher's exact test를 나타내는 것으로, 보다 정확한 통계적 유의성(p-value)을 검정하는데 사용되는 변수이다. 상기와 같이, 본 발명에서는 p-value≤ 10-6인 경우 그 유전자형이 위험요인(risk factor) 또는 보호요인(protective factor)로 작용한다. 즉, 질병과 유의한 연관관계가 있다고 판단하였다. In addition, 5,348 multiple SNPs with p-values less than 10 −6 were selected. The p-value represents Fisher's exact test and is a variable used to test more accurate statistical significance (p-value). As described above, in the present invention, when p-value ≦ 10 −6 , the genotype acts as a risk factor or a protective factor. In other words, there was a significant correlation with the disease.

2차 스크리닝 기준으로 하기 식으로 계산되는 오즈비(odds ratio), 그의 95% 신뢰구간(confidential interval) 및 99% 신뢰구간을 이용하였다. The odds ratio, its 95% confidence interval, and 99% confidence interval, used in the second screening criterion, was calculated.

- 오즈비(odds ratio): 어느 한 유전자형을 갖거나 갖지 않는 환자 및 정상인의 수가 각각 하기 표 7과 같은 경우, 오즈비(odds ratio)=ad/bc (오즈비가 1을 초과하는 경우 상기 유전자형은 심혈관 질환에 위험 요인으로 작용함을 의미.)Odds ratio: The number of patients with or without a genotype and normal persons, respectively, is as shown in Table 7 below: Odds ratio = ad / bc (when the odds ratio exceeds 1, the genotype is It is a risk factor for cardiovascular disease.)

<표 7>TABLE 7

특정 다중 SNP 유전자형을 갖는 수Numbers with specific multiple SNP genotypes 특정 다중 SNP 유전자형을 갖지 않는 수Numbers that do not have a specific multiple SNP genotype 환자군 빈도Patient group frequency aa bb 정상군 빈도Normal group frequency cc dd

- 상기 오즈비(odds ratio)의 95% 신뢰구간 = (오즈비×exp(-1.960

Figure 112006013859635-PAT00003
), 오즈비×exp(1.960
Figure 112006013859635-PAT00004
)) (상기 식에서, V=1/a + 1/b + 1/c +1/d)95% confidence interval of the odds ratio = (odds ratio xexp (-1.960)
Figure 112006013859635-PAT00003
), Ozbi × exp (1.960)
Figure 112006013859635-PAT00004
)) (Wherein, V = 1 / a + 1 / b + 1 / c + 1 / d)

- 상기 오즈비(odds ratio)의 99% 신뢰구간 = (오즈비×exp(-2.576

Figure 112006013859635-PAT00005
), 오즈비×exp(2.576
Figure 112006013859635-PAT00006
)) (상기 식에서, V=1/a + 1/b + 1/c +1/d)99% confidence interval of the odds ratio = (odds ratio xexp (-2.576)
Figure 112006013859635-PAT00005
), Ozbi × exp (2.576
Figure 112006013859635-PAT00006
)) (Wherein, V = 1 / a + 1 / b + 1 / c + 1 / d)

상기에서 선별된 5,348개의 다중 SNP에 대해 먼저 상기 오즈비(odds ratio)의 95% 신뢰구간의 하계가 2.0 이상인 것을 선별하고, 상기 오즈비(odds ratio)가 3.0 이상인 것을 선별한 다음, 상기 오즈비(odds ratio)의 99% 신뢰구간의 하계가 2.0 이상인 것을 선별하여 2,826개의 다중 SNP를 선별하였다. 상기 각 수치가 1.0을 초과하면 통계적으로 유의한 것이지만, 강력한 마커를 선별하기 위해 그의 기준 수치를 각 2.0, 3.0 및 2.0으로 하였다. For the 5,348 multiple SNPs selected above, the lower bound of the 95% confidence interval of the odds ratio is 2.0 or more, and the odds ratio is selected to be 3.0 or more, and then the odds ratio 2,826 multiple SNPs were selected by selecting the lower summer of the 99% confidence interval (odds ratio) of 2.0 or higher. Although each of these values is statistically significant above 1.0, their baseline values were 2.0, 3.0 and 2.0, respectively, in order to select strong markers.

상기에서 선별한 2,826개의 다중 SNP에 대해 최적화 문제의 해결 방법 중 하나인 그리디 방법(greedy method)(Cormen et al., "Introduction to Algorithms", MIT Press, 2001)을 이용하여 다중 SNP의 수를 적게 사용하고, 각각의 오즈비가 높으며, 환자군에 대한 커버리지는 높으면서도 정상군에 대한 커버리지는 낮은 12개의 다중 SNP를 선별하였다. 상기 12개의 다중 SNP는 표 3 내지 표 4에 도시되어 있다. The number of multiple SNPs is determined using the greedy method (Cormen et al. , "Introduction to Algorithms", MIT Press, 2001), which is one of the optimization methods for the 2,826 multiple SNPs selected above . Twelve multiple SNPs were selected that used less, each had a higher odds ratio, higher coverage for the patient group, and lower coverage for the normal group. The twelve multiple SNPs are shown in Tables 3-4.

실시예 2Example 2

본 발명에 따른 다중 SNP가 고정된 마이크로어레이의 제작Fabrication of Multiple SNP-Finished Microarrays According to the Present Invention

상기에서 선별된 다중 SNP를 기판 상에 고정하여 마이크로어레이를 제작하였다. 즉, 표 1에 나타낸 각 서열번호로 구성된 폴리뉴클레오티드에서 각 SNP 위치(서열번호 4의 경우 76번째, 서열번호 8의 경우 85번째, 서열번호 9의 경우 51번째, 서열번호 10의 경우 35번째, 서열번호 19의 경우 85번째 및 나머지 서열번호의 경우 101번째) 염기를 포함하는 20개의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드들(각 SNP는 상기 20개 중 11번째에 위치 함)을 기판상에 고정하였다. 각 SNP 위치에 두 개의 대립형질이 존재하므로 각 서열마다 2개씩의 폴리뉴클레오티드가 기판상에 고정화된다. The multiple SNPs selected above were fixed on a substrate to prepare a microarray. That is, in the polynucleotide consisting of each sequence number shown in Table 1, each SNP position (76th for SEQ ID NO: 4, 85th for SEQ ID NO: 8, 51st for SEQ ID NO: 9, 35th for SEQ ID NO: 10), A polynucleotide consisting of 20 contiguous bases containing 85 bases for SEQ ID No. 19 and 101 bases for the remaining SEQ ID Nos. (Each SNP is located on 11 of 20) was immobilized on a substrate. . Since there are two alleles at each SNP position, two polynucleotides are immobilized on the substrate for each sequence.

먼저, 상기 각 폴리뉴클레오티드의 N-말단을 아민기로 치환한 다음 실릴화 슬라이드(Telechem 사)에 스팟팅하였으며, 이 때 상기 스팟팅 버퍼는 2×SSC(pH 7.0)를 사용하였다. 스팟팅 후 건조기에 두어 결합을 유도한 후 0.2% SDS로 2분 간, 3차 증류수로 2분간 세척하여 결합되지 않는 올리고를 제거하였다. 상기 슬라이드를 95℃에서 2분간 처리하여 변성을 유도한 후, 블로킹 용액(1.0g NaBH4, PBS(pH 7.4) 300 mL, EtOH 100 mL)으로 15분간, 0.2% SDS 용액으로 1분간, 3차 증류수로 2분간 각각 세척하고 상온에서 건조시켜 마이크로어레이를 제작하였다. First, the N-terminus of each polynucleotide was substituted with an amine group and then spotted on a silylation slide (Telechem), wherein the spotting buffer was 2 × SSC (pH 7.0). After spotting, the mixture was placed in a dryer to induce binding, followed by washing with 0.2% SDS for 2 minutes and tertiary distilled water for 2 minutes to remove unbound oligos. The slides were treated at 95 ° C. for 2 minutes to induce denaturation, followed by 15 minutes with blocking solution (1.0 g NaBH 4 , PBS (pH 7.4) 300 mL, EtOH 100 mL), 1 minute with 0.2% SDS solution, 3rd Each was washed with distilled water for 2 minutes and dried at room temperature to prepare a microarray.

실시예 3Example 3

본 발명에 따른 마이크로어레이를 이용한 심혈관 질환 진단Cardiovascular disease diagnosis using microarray according to the present invention

상기 실시예 1의 1-1 단계 및 1-2 단계에 설명되어 있는 방법을 이용하여 심혈관 질환 발병 또는 발병 가능성을 진단하고자 하는 대상의 혈액으로부터 표적 DNA를 분리하고, 형광 표지 시켰다. UniHyb 혼성화 용액(TeleChem 사) 하에서 상기 실시예 2에서 제조된 마이크로어레이과 형광 표지된 표적 DNA의 혼성화를 42℃에서 4시간 동안 수행하였다. 2×SSC로 실온에서 5분간 두 번 세척한 후 공기 중에서 건조시켰다. 건조 후 슬라이드를 스캔어레이 5000(ScanArray 5000; GSI Lumonics 사)으로 스캔하고 스캔 결과를 퀀트어레이(QuantArray)(GSI Lumonics 사)와 ImaGene 소프트웨어(BioDiscover 사)로 분석하여 상기 대상이 본 발명에 따른 다중 SNP 전부 또는 일부를 갖고 있는지를 확인함으로써, 심혈관 질환의 발병 가능성 및 심혈관 질환에 대한 감수성을 측정하였다. Target DNA was isolated and fluorescently labeled from blood of a subject to diagnose the onset or possibility of developing cardiovascular disease using the method described in steps 1-1 and 1-2 of Example 1. Hybridization of the microarray prepared in Example 2 and the fluorescently labeled target DNA under UniHyb hybridization solution (TeleChem) was performed at 42 ° C. for 4 hours. It was washed twice with 2 x SSC for 5 minutes at room temperature and then dried in air. After drying, the slides were scanned with ScanArray 5000 (GSI Lumonics), and the scan results were analyzed with QuantArray (GSI Lumonics) and ImaGene software (BioDiscover), and the subjects were subjected to multiple SNPs according to the present invention. By confirming whether they had all or part, the likelihood of developing cardiovascular disease and susceptibility to cardiovascular disease was measured.

본 발명의 SNP에 의하면, 심혈관 질환의 진단 및 치료와 같은 심혈관 질환과 관련된 용도로 사용될 수 있다. 또한, 본 발명의 SNP를 포함하는 마이크로어레 이 및 키트에 의하여, 심혈관 질환을 효과적으로 진단할 수 있다. 또한, 본 발명의 심혈관 질환과 관련된 SNP를 분석하는 방법에 의하여, 심혈관 질환의 존재 또는 위험의 유무를 효과적으로 진단할 수 있다. According to the SNP of the present invention, it can be used for applications related to cardiovascular diseases such as diagnosis and treatment of cardiovascular diseases. In addition, the microarray and kit including the SNP of the present invention can effectively diagnose cardiovascular disease. In addition, by the method of analyzing the SNP associated with the cardiovascular disease of the present invention, it is possible to effectively diagnose the presence or risk of the cardiovascular disease.

<110> Samsung Electronics Co., Ltd <120> Multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease, microarray and kit comprising the same, and method for diagnosing cardiovascular disease using the same <130> PN067732 <160> 140 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 caccacatct cctgccccca tcccaagcaa gaggaacaag ggaagcccca gtgtacatgt 60 caaagagggc tgcaagctct gggcctcctg gaagccctaa wcttcctcca ggcaagaatc 120 tcttgcttct tgtcctttgt aaatctcacc tccttgcttt tagagatcca ggtttctgcc 180 ctctccctct cagcaaatct t 201 <210> 2 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 tggtgctgag tgcagctgga gatgccctgg ggtactacaa tgggaagtgg gagttcctcc 60 aggatgggga gaagatacac cggcagttgg cccagctggg yggcttggat gccctagacg 120 tgggaaggtg gagagttagt gacgacacag tgatgcactt ggccacagca gaagctcttg 180 tggaagctgg gaaagcccct a 201 <210> 3 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 3 tgagagagac aagaccgaga aggagctgag ggggcccccg gcttaccttc tgctgtagta 60 cccagaacaa cggcagcttc ttcccccggc cgggtcacga kgccctattt atagctgagg 120 ggtggggatg gagctgttcc caggctgcct gtgcacaggc tggagaggag ggttacatca 180 cttggccaga ccacaggctg g 201 <210> 4 <211> 176 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 4 gttctatatc tttatatttt caagtgacat gaaaacttct ttcttctctt gatcaaacag 60 ttgccatgac agagcygtct gtttgcctca ctggcactta tgtactaaat atgatgatcc 120 ctttagaaac ttactcggat ttgtattgtt tattatttgc tgaataagga caattt 176 <210> 5 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 5 gaccttgtga tctgccgccc tcagcctcct gaagtgctgg gattataggc gtgagccact 60 gtgcctggtc ctttttactt tttatttaca ttctctggac stcctagtct gtagtcttat 120 gccaacttta cagaagaaag gctagagttt cagaggagtt gtacaagtgg tccaaggtct 180 cacactagta agcagtagag a 201 <210> 6 <211> 170 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 6 tttccctttc tgggccagtg agaatcttcc aggccacacc catagtacaa ggacttcacc 60 agtcacggcc ttcctcatct gtttctctag cctcctcttg mtagcgtcca tgctctcatt 120 tcatcatcca tgggacttct tgtatgcctt tccctcttcc tgaaccttcc 170 <210> 7 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 7 ttcaatggta atgcaaagct aaatatcaat taattaaaga gttctggggg tggaaaaggg 60 gacaagggaa aggaaccact cttggttctt acaagatgga rtttgcaaga gaacttaaat 120 tacaaaggaa aaatggcatt aaattaatat ctaatttcta agctagttga ccaaattatt 180 tgaggcttat tggcgttctc t 201 <210> 8 <211> 185 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 8 tgcaaagttt attggaaaat caaaattttt ttattaattt actggatttc ctatacctaa 60 caatccttaa aacaactatc aacasctgca acacaaacca caggcaaaat gaaaaacaga 120 tgccccagac agcaccccac cacatggcac acacttaata aggaacaaaa tcctacaggg 180 tgctg 185 <210> 9 <211> 101 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 9 cttttttccc ctcctcttac cccgtatagg cagaagacac acatttggcc rtaagtgtga 60 attgccattg atgagtttca aagtcagtta tcatgccttg a 101 <210> 10 <211> 135 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 10 caaattcaaa gtctgtgtgc tcatgcactc gctgyggtgc ctcagacaaa ccaaacctaa 60 aagaagctgc aatggtggct tgaaatatta aaatatgaca aatcacacag gctgagaatt 120 tctgttaaca taatc 135 <210> 11 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 11 gctgtggatt ttgagagtca ggggaggggt gtgtgtgtga gggggtggct tactccggag 60 tctgggattc atcccgtcat ttctttcaat aaataattat yggatagcta ctttgtgaca 120 gggtctgtgc tgggctctgg gggcaaagct gtcatgggtg tcacctgcat agcatgtagc 180 catgtagcca tggcctagga a 201 <210> 12 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 12 ggaggattaa atgcccctta gttgcttagt aaataaacaa tagatattgt tagttttaga 60 ccagaaaaaa cacacattct ttaaaaggcc accagataat sctacatagg ttgtttaggg 120 taaatccttg tatgtcttta ataaggtaag tttggggaaa ctaacaaaac atatttgtct 180 tgctgttttg tattaataga g 201 <210> 13 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 13 gggacagccc ttcctgtgtg tacagcgggc ccacggccac cacactaccc tctggagtga 60 actgactgcc gcgaggcctg gggagctggc tcaccacctg kcctccgccg ttcaccctgt 120 ccactgcaga aacgacctcc taccctcaag ccggccccca acccccatgc acaggagccc 180 agccctcttg ggccccggct c 201 <210> 14 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 14 tcaaggagca aagctagtct gtgagcaaca agctacagca tcaaaagata caagcaagtg 60 tgggtttggg agccaggttt ctgcctggtg tgtgagtctg rgaaagtcag ttcctttcct 120 tgagccttgg tttcttcatt tttcttgtga ggattagagg agattagtga ctggcacata 180 ataagcagcc agcaaatggc c 201 <210> 15 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 15 gcatagtact cagactcatt gaaagtttat agaatttggc ctgtgtggaa aactctgtgc 60 tccaagtaca acaactaact gaattctcta atttaaacaa stttgaaggg aagtgaaagg 120 ttataaaatg atacagactc ataccgcaga atcaccttaa aatgcagctg ttggagaaaa 180 aaaaaaagga agctttatgc t 201 <210> 16 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 16 agaggcggcg gctccggaac gagctgctcc cacagcccct ccgctcctcg ccgtctcgcc 60 ttcgtcccca gcttacccag ttctgcgcgt tattgctcag yttgactttc ttgcacaggc 120 tcccggggat ctccatgacc gcggagcgcg ctgagcagcc ggggttctct gcgccgggan 180 ggtagcaaga ggagggcagg c 201 <210> 17 <211> 151 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 17 gattacaggc gtgagccacg gcacctggag agaaaaaagc ttctttaatg acgacctcaa 60 cataatttac atggagaagt ttcttaggtg gaaaaccgat ytgtatggtc ctcagaatgt 120 aacctacagg ttcttgccct cagaaaaatg c 151 <210> 18 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 18 cctccaaagg ggaaaccctg ccctcctggg cagacctttt 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a 21 <210> 87 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 87 acgttggatg ggagacagca agtggaacag 30 <210> 88 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 88 acgttggatg atcttcctgg aggtggaatg 30 <210> 89 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 89 agcaagtgga acagacccag 20 <210> 90 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 90 acgttggatg gagacaccca gcaaaatacc 30 <210> 91 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 91 acgttggatg agagtgagtg tgaaacagcc 30 <210> 92 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 92 caactgtgtc agtccacgtc 20 <210> 93 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 93 acgttggatg gtaggattct accttagaag c 31 <210> 94 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 94 acgttggatg taaggagttt cagtgcaccc 30 <210> 95 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 95 accttagaag cttgggg 17 <210> 96 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 96 acgttggatg ctgttgtatg tgtgtgcacg 30 <210> 97 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 97 acgttggatg attggcacag aatggatggg 30 <210> 98 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 98 gcacacacac taacacg 17 <210> 99 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 99 acgttggatg tgcaagtatg tgtggtacag 30 <210> 100 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 100 acgttggatg gtaggaaact gacctagagc 30 <210> 101 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 101 aattgtatct gcgctgataa 20 <210> 102 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 102 acgttggatg agagttttca ctcattccag 30 <210> 103 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 103 acgttggatg gatactgtca tagcacatcc 30 <210> 104 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 104 tccagaattt tacaggcaat 20 <210> 105 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 105 acgttggatg gggtttgagg acatgcattt 30 <210> 106 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 106 acgttggatg cagagaacca atgagggatg 30 <210> 107 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 107 ctgctttgct ttttgac 17 <210> 108 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 108 acgttggatg tcaagaaagt ctgggtcctc 30 <210> 109 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 109 acgttggatg ctcagattaa gatgtcttgg g 31 <210> 110 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 110 ctgggtcctc agtacta 17 <210> 111 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 111 acgttggatg cgtgataaat ctcctgatac 30 <210> 112 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 112 acgttggatg gtccagaaaa agatttacat g 31 <210> 113 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 113 tcctgatact caaatgttct gtt 23 <210> 114 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 114 acgttggatg ggaaatgtac tctgggcatg 30 <210> 115 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 115 acgttggatg tgttcttaga accatgcagg 30 <210> 116 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 116 catgaacaat aatttttctg aag 23 <210> 117 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 117 acgttggatg aatgtaggat gccccagatg 30 <210> 118 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 118 acgttggatg cagctgctgt gagttagttc 30 <210> 119 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 119 ttgtcagaaa tgaaaaatac atc 23 <210> 120 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 120 acgttggatg gtacagcaaa ttctccagtc 30 <210> 121 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 121 acgttggatg aagccaagtt ccagtgaagg 30 <210> 122 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 122 tctccagtct cccaaac 17 <210> 123 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 123 acgttggatg ccagactccc cagaaattac 30 <210> 124 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 124 acgttggatg tgtactattt catgggaggg 30 <210> 125 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 125 ttactgtgag agagtagata c 21 <210> 126 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 126 acgttggatg atcctctctt tccctccttc 30 <210> 127 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 127 acgttggatg ttgcacagtg cagagcacag 30 <210> 128 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 128 ccccttccca aggagcttca 20 <210> 129 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 129 acgttggatg caaacaggaa ccagaccatc 30 <210> 130 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 130 acgttggatg agcaacctca cattgacacg 30 <210> 131 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 131 accagaccat cagatcc 17 <210> 132 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 132 acgttggatg tgttaatgac ctagacttcc 30 <210> 133 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 133 acgttggatg tgagcaaacc aaatgagtgg 30 <210> 134 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 134 tagacttcct atctattcct gt 22 <210> 135 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 135 acgttggatg caagacccat ttcagatgac 30 <210> 136 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 136 acgttggatg cacagaaagg acagactagc 30 <210> 137 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 137 ttccagaaaa accttcctta g 21 <210> 138 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 138 acgttggatg gaaccttgga atcattggcc 30 <210> 139 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 139 acgttggatg taagtaccct ttaggcactg 30 <210> 140 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 140 agttcactgt ccatcac 17 <110> Samsung Electronics Co., Ltd <120> Multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease, microarray          and kit comprising the same, and method for diagnosing          cardiovascular disease using the same <130> PN067732 <160> 140 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 caccacatct cctgccccca tcccaagcaa gaggaacaag ggaagcccca gtgtacatgt 60 caaagagggc tgcaagctct gggcctcctg gaagccctaa wcttcctcca ggcaagaatc 120 tcttgcttct tgtcctttgt aaatctcacc tccttgcttt tagagatcca ggtttctgcc 180 ctctccctct cagcaaatct t 201 <210> 2 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 tggtgctgag tgcagctgga gatgccctgg ggtactacaa tgggaagtgg gagttcctcc 60 aggatgggga gaagatacac cggcagttgg cccagctggg yggcttggat gccctagacg 120 tgggaaggtg gagagttagt gacgacacag tgatgcactt ggccacagca gaagctcttg 180 tggaagctgg gaaagcccct a 201 <210> 3 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 3 tgagagagac aagaccgaga aggagctgag ggggcccccg gcttaccttc tgctgtagta 60 cccagaacaa cggcagcttc ttcccccggc cgggtcacga kgccctattt atagctgagg 120 ggtggggatg gagctgttcc caggctgcct gtgcacaggc tggagaggag ggttacatca 180 cttggccaga ccacaggctg g 201 <210> 4 <211> 176 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 4 gttctatatc tttatatttt caagtgacat gaaaacttct ttcttctctt gatcaaacag 60 ttgccatgac agagcygtct gtttgcctca ctggcactta tgtactaaat atgatgatcc 120 ctttagaaac ttactcggat ttgtattgtt tattatttgc tgaataagga caattt 176 <210> 5 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 5 gaccttgtga tctgccgccc tcagcctcct gaagtgctgg gattataggc gtgagccact 60 gtgcctggtc ctttttactt tttatttaca ttctctggac stcctagtct gtagtcttat 120 gccaacttta cagaagaaag gctagagttt cagaggagtt gtacaagtgg tccaaggtct 180 cacactagta agcagtagag a 201 <210> 6 <211> 170 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 6 tttccctttc tgggccagtg agaatcttcc aggccacacc catagtacaa ggacttcacc 60 agtcacggcc ttcctcatct gtttctctag cctcctcttg mtagcgtcca tgctctcatt 120 tcatcatcca tgggacttct tgtatgcctt tccctcttcc tgaaccttcc 170 <210> 7 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 7 ttcaatggta atgcaaagct aaatatcaat taattaaaga gttctggggg tggaaaaggg 60 gacaagggaa aggaaccact cttggttctt acaagatgga rtttgcaaga gaacttaaat 120 tacaaaggaa aaatggcatt aaattaatat ctaatttcta agctagttga ccaaattatt 180 tgaggcttat tggcgttctc t 201 <210> 8 <211> 185 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 8 tgcaaagttt attggaaaat caaaattttt ttattaattt actggatttc ctatacctaa 60 caatccttaa aacaactatc aacasctgca acacaaacca caggcaaaat gaaaaacaga 120 tgccccagac agcaccccac cacatggcac acacttaata aggaacaaaa tcctacaggg 180 tgctg 185 <210> 9 <211> 101 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 9 cttttttccc ctcctcttac cccgtatagg cagaagacac acatttggcc rtaagtgtga 60 attgccattg atgagtttca aagtcagtta tcatgccttg a 101 <210> 10 <211> 135 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 10 caaattcaaa gtctgtgtgc tcatgcactc gctgyggtgc ctcagacaaa ccaaacctaa 60 aagaagctgc aatggtggct tgaaatatta aaatatgaca aatcacacag gctgagaatt 120 tctgttaaca taatc 135 <210> 11 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 11 gctgtggatt ttgagagtca ggggaggggt gtgtgtgtga gggggtggct tactccggag 60 tctgggattc atcccgtcat ttctttcaat aaataattat yggatagcta ctttgtgaca 120 gggtctgtgc tgggctctgg gggcaaagct gtcatgggtg tcacctgcat agcatgtagc 180 catgtagcca tggcctagga a 201 <210> 12 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 12 ggaggattaa atgcccctta gttgcttagt aaataaacaa tagatattgt tagttttaga 60 ccagaaaaaa cacacattct ttaaaaggcc accagataat sctacatagg ttgtttaggg 120 taaatccttg tatgtcttta ataaggtaag tttggggaaa ctaacaaaac atatttgtct 180 tgctgttttg tattaataga g 201 <210> 13 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 13 gggacagccc ttcctgtgtg tacagcgggc ccacggccac cacactaccc tctggagtga 60 actgactgcc gcgaggcctg gggagctggc tcaccacctg kcctccgccg ttcaccctgt 120 ccactgcaga aacgacctcc taccctcaag ccggccccca acccccatgc acaggagccc 180 agccctcttg ggccccggct c 201 <210> 14 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 14 tcaaggagca aagctagtct gtgagcaaca agctacagca tcaaaagata caagcaagtg 60 tgggtttggg agccaggttt ctgcctggtg tgtgagtctg rgaaagtcag ttcctttcct 120 tgagccttgg tttcttcatt tttcttgtga ggattagagg agattagtga ctggcacata 180 ataagcagcc agcaaatggc c 201 <210> 15 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 15 gcatagtact cagactcatt gaaagtttat agaatttggc ctgtgtggaa aactctgtgc 60 tccaagtaca acaactaact gaattctcta atttaaacaa stttgaaggg aagtgaaagg 120 ttataaaatg atacagactc ataccgcaga atcaccttaa aatgcagctg ttggagaaaa 180 aaaaaaagga agctttatgc t 201 <210> 16 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 16 agaggcggcg gctccggaac gagctgctcc cacagcccct ccgctcctcg ccgtctcgcc 60 ttcgtcccca gcttacccag ttctgcgcgt tattgctcag yttgactttc ttgcacaggc 120 tcccggggat ctccatgacc gcggagcgcg ctgagcagcc ggggttctct gcgccgggan 180 ggtagcaaga ggagggcagg c 201 <210> 17 <211> 151 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 17 gattacaggc gtgagccacg gcacctggag agaaaaaagc ttctttaatg acgacctcaa 60 cataatttac atggagaagt ttcttaggtg gaaaaccgat ytgtatggtc ctcagaatgt 120 aacctacagg ttcttgccct cagaaaaatg c 151 <210> 18 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 18 cctccaaagg ggaaaccctg ccctcctggg cagacctttt ctttaagcgg cttctagatc 60 caccagggaa gaggggagac agcaagtgga acagacccag scaggaaagc ccgccctagt 120 ggctgcacac ccattccacc tccaggaaga tgtcacaact cctgttacgg tggcaataac 180 acaggccgga gcccagccaa g 201 <210> 19 <211> 185 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 19 ctgctttttc tcttggggct ggtagaagga ataaagagag tgagtgtgaa acagcccccg 60 cccctttgca cctgtgttct ctgtygacgt ggactgacac agttggtatt ttgctgggtg 120 tctctggacc ctttaacaca cactccatag atctgtgttc tgtgtctgcc tgcagagcct 180 ccacc 185 <210> 20 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 20 tgatttgatt ttatccagtg ttgcaaactg ggtttcgtaa gtgactcttt tgtaaggagt 60 ttcagtgcac cccgtctgca acccatgcat atcttattta mccccaagct tctaaggtag 120 aatcctactt ttttcaagtg ctattgatta gttgcctgtt tagacttttg ttatatgatt 180 taaaatttta aaaatgataa t 201 <210> 21 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 21 gggtatgttg gtcaagtatc ttgagcagat aaattttact aatagaaaag gaacaataat 60 gatactgttg tatgtgtgtg cacgcacaca cactaacacg ygcacaggaa agaaagaaaa 120 atgtactctg gcccatccat tctgtgccaa tttcccctgt tgggacttag tttaatccag 180 ccttttggct tgttcatcat a 201 <210> 22 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 22 tttttctgtt ctccatttcc tttaagtttg tttttagata cactgcattg caagtatgtg 60 tggtacagta aaatgttgct aattgtatct gcgctgataa satgccattt gctctaggtc 120 agtttcctac cccctccccc aactattcct agccagtggt agcatgcttc ttacttccaa 180 atatatgtgt gtgtgtgtgt g 201 <210> 23 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 23 gaagtattgg gaaaagatgt ccttaaccga aattataagc acatttagaa ggaaacaaaa 60 taaaaagagt tttcactcat tccagaattt tacaggcaat rgctattttc taatataatt 120 attttagcaa ataaatgttt gatttggatg tgctatgaca gtatcttcca tatttcattt 180 tattcattac atatttctga t 201 <210> 24 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 24 gctccatgga cttagtacct gggtgaccac cgtcagcaga gaagcatgtt tggaagacag 60 agaaccaatg agggatgttt cacactcttg aggagtttgc mgtcaaaaag caaagcagga 120 taagcaaaaa atgcatgtcc tcaaacccca gataacaaac acaaaacatc atagatagaa 180 ccagagctga ggtagataca c 201 <210> 25 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 25 ttaggaaatt ttcaatggag aaaataagtt ccaaaagtca ttctttctca gattaagatg 60 tcttgggttt cagtttactt ctttaaagaa agattcagag ytagtactga ggacccagac 120 tttcttgatg tgggaaatag ataattttct gttctgttga cattttttct ctctcttctc 180 tcattttcaa agtacagttc c 201 <210> 26 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 26 tagattaatt ggtgatttcg tacaataatt tgggagaaat taacattgca tttttatgtc 60 tttcgacgtg ataaatctcc tgatactcaa atgttctgtt ktgtacttca acaagtttca 120 taattttgtt cttatttaaa attcatgtaa atctttttct ggacttattt cttcatattg 180 tatagctgat gttactatca t 201 <210> 27 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 27 ataccattcc aaaaaatcta aaatatgcat tactgaagat tcttttggat aagaaaaaaa 60 aggaaatgta ctctgggcat gaacaataat ttttctgaag mcttaattct ttctaaaatg 120 gaaaactatt ggaaaactaa cctgcatggt tctaagaaca ttttccacaa aaaaaaaaaa 180 taataattca attcaaagat c 201 <210> 28 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 28 aaagctgagt aagcacctat agtaacaggt aacaaagtat tctagggatc agctgctgtg 60 agttagttca caagtgcttt aagtacgtgt taatcaaaga ygatgtattt ttcatttctg 120 acaataaaca tctggggcat cctacatttt tcctgggcaa tttgccttta tcattatatt 180 ttaatctctg atgcaatctt t 201 <210> 29 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 29 atgggagaga acaatagctc cctaggcaag aaaaagttac atatttgcaa aagccaagtt 60 ccagtgaagg agaataggta cagggattgc tctgagaagt ygtttgggag actggagaat 120 ttgctgtaca tgaagactac aatgagttgt gtttaagagt ctggtgcttt ggaatcagaa 180 agtttgagtt taaatcttta t 201 <210> 30 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 30 tgatatgact tcttgctagt gatttgtttc caggatctcc tcctagtata tccaaggcaa 60 tgtactattt catgggaggg gaatggcttt ataaagcttt ygtatctact ctctcacagt 120 aatttctggg gagtctgggg atttggatga caactttctt catttccaaa tctgaatcag 180 cattctggtt tcttggctat 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cctccaagac 60 ccatttcaga tgacttctct tccagaaaaa ccttccttag wtcctgagac cgagctagtc 120 tgtcctttct gtgtgctccc acaaagcttt gttaaacact agtcacctca actatatgat 180 attctctctc tgactacctc a 201 <210> 35 <211> 201 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 35 gcaccattct caccctccta catcactctt gccagaaatt tgatgtacat ttgctattta 60 taagtaccct ttaggcactg tggattaaaa aaatacaaaa wgtgatggac agtgaactaa 120 agaacatttg gccaatgatt ccaaggttca atgaagctta gtacagttat tattattcaa 180 aatttagtac tttgtctttc a 201 <210> 36 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 36 acgttggatg ccccagtgta catgtcaaag 30 <210> 37 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 37 acgttggatg agcaagagat tcttgcctgg 30 <210> 38 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 38 cctcctggaa gccctaa 17 <210> 39 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 39 acgttggatg tgtgtcgtca ctaactctcc 30 <210> 40 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> 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cagctgctgt gagttagttc 30 <210> 119 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 119 ttgtcagaaa tgaaaaatac atc 23 <210> 120 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 120 acgttggatg gtacagcaaa ttctccagtc 30 <210> 121 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 121 acgttggatg aagccaagtt ccagtgaagg 30 <210> 122 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 122 tctccagtct cccaaac 17 <210> 123 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 123 acgttggatg ccagactccc cagaaattac 30 <210> 124 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 124 acgttggatg tgtactattt catgggaggg 30 <210> 125 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 125 ttactgtgag agagtagata c 21 <210> 126 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 126 acgttggatg atcctctctt tccctccttc 30 <210> 127 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 127 acgttggatg ttgcacagtg cagagcacag 30 <210> 128 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 128 ccccttccca aggagcttca 20 <210> 129 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 129 acgttggatg caaacaggaa ccagaccatc 30 <210> 130 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 130 acgttggatg agcaacctca cattgacacg 30 <210> 131 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 131 accagaccat cagatcc 17 <210> 132 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 132 acgttggatg tgttaatgac ctagacttcc 30 <210> 133 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <133> 133 acgttggatg tgagcaaacc aaatgagtgg 30 <210> 134 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 134 tagacttcct atctattcct gt 22 <210> 135 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 135 acgttggatg caagacccat ttcagatgac 30 <210> 136 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 136 acgttggatg cacagaaagg acagactagc 30 <210> 137 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 137 ttccagaaaa accttcctta g 21 <210> 138 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 138 acgttggatg gaaccttgga atcattggcc 30 <139> <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 139 acgttggatg taagtaccct ttaggcactg 30 <210> 140 <211> 17 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer <400> 140 agttcactgt ccatcac 17

Claims (16)

서열번호 1 내지 35로 구성된 폴리뉴클레오티드들에 있어서 각 SNP 위치(서열번호 4의 경우 76번째, 서열번호 8의 경우 85번째, 서열번호 9의 경우 51번째, 서열번호 10의 경우 35번째, 서열번호 19의 경우 85번째 및 나머지 서열번호의 경우 101번째) 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드들로부터 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드를 포함하는 심혈관 질환 진단용 다중 SNP. In the polynucleotides consisting of SEQ ID NOs: 1 to 35, each SNP position (76 th for SEQ ID NO: 4, 85 th for SEQ ID NO: 8, 51 th for SEQ ID NO: 9, 35 th for SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: Multiple SNPs for diagnosing cardiovascular disease comprising one or more polynucleotides selected from polynucleotides consisting of at least 10 consecutive bases comprising the 85th for 19 and the 101th for the remaining SEQ ID NOs) or complementary polynucleotides thereof . 제 1항에 있어서, The method of claim 1, 상기 하나 이상의 폴리뉴클레오티드가 서열번호 1 내지 35로 구성된 폴리뉴클레오티드들에 있어서 각 SNP 위치(서열번호 4의 경우 76번째, 서열번호 8의 경우 85번째, 서열번호 9의 경우 51번째, 서열번호 10의 경우 35번째, 서열번호 19의 경우 85번째 및 나머지 서열번호의 경우 101번째) 염기를 포함하는 10개 이상의 연속 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드들로부터 표 3의 조합으로 선택되는 1 내지 12로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 심혈관 질환 진단용 다중 SNP. Wherein the at least one polynucleotide polynucleotide consisting of SEQ ID NOS: 1 to 35 each SNP position (76th for SEQ ID NO: 4, 85th for SEQ ID NO: 8, 51th for SEQ ID NO: 9, of SEQ ID NO: 10 The 35th, the 85th for SEQ ID NO: 19 and the 101st for the remaining SEQ ID NO: 19) in the group consisting of 1 to 12 selected from the combination of Table 3 from the polynucleotides consisting of 10 or more consecutive bases Multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease, characterized in that the selected. <표 3>TABLE 3 번호number 다중 SNPMulti SNP 1One (서열번호 2, 서열번호 25, 서열번호 3)(SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 3) 22 (서열번호 11, 서열번호 15, 서열번호 35)(SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 35) 33 (서열번호 6, 서열번호 23, 서열번호 16)(SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 16) 44 (서열번호 20, 서열번호 22, 서열번호 13)(SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 13) 55 (서열번호 17, 서열번호 1, 서열번호 31)(SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 31) 66 (서열번호 5, 서열번호 29, 서열번호 8)(SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 8) 77 (서열번호 27, 서열번호 30, 서열번호 32)(SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32) 88 (서열번호 26, 서열번호 19, 서열번호 7)(SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 7) 99 (서열번호 23, 서열번호 9, 서열번호 28)(SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 28) 1010 (서열번호 21, 서열번호 14, 서열번호 4)(SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 4) 1111 (서열번호 10, 서열번호 18, 서열번호 33)(SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 33) 1212 (서열번호 24, 서열번호 12, 서열번호 34)(SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34)
제 2항에 있어서, The method of claim 2, 상기 선택된 폴리뉴클레오티드들의 상기 각 SNP 위치(서열번호 4의 경우 76번째, 서열번호 8의 경우 85번째, 서열번호 9의 경우 51번째, 서열번호 10의 경우 35번째, 서열번호 19의 경우 85번째 및 나머지 서열번호의 경우 101번째) 염기의 대립 유전자형이 각각 표 4와 같은 것을 특징으로 하는 심혈관 질환 진단용 다중 SNP. The respective SNP positions of the selected polynucleotides (76th for SEQ ID NO: 4, 85th for SEQ ID NO: 8, 51st for SEQ ID NO: 9, 35th for SEQ ID NO: 10, 85th for SEQ ID NO: 19, and In the case of the remaining SEQ ID NO: 101) multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease, wherein the alleles of the bases are shown in Table 4, respectively. <표 4>TABLE 4 번호number 다중 SNPMulti SNP 대립 유전자형Allele 1One (서열번호 2, 서열번호 25, 서열번호 3)(SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 3) (CC, CC, TG)(CC, CC, TG) 22 (서열번호 11, 서열번호 15, 서열번호 35)(SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 35) (CC, GC, TT)(CC, GC, TT) 33 (서열번호 6, 서열번호 23, 서열번호 16)(SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 16) (CC, AG, TT or TC)(CC, AG, TT or TC) 44 (서열번호 20, 서열번호 22, 서열번호 13)(SEQ ID NO: 20, SEQ ID NO: 22, SEQ ID NO: 13) (AA or AC, CG, TT or TG)(AA or AC, CG, TT or TG) 55 (서열번호 17, 서열번호 1, 서열번호 31)(SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 31) (TC or CC, TT or TA, TT or TG)(TC or CC, TT or TA, TT or TG) 66 (서열번호 5, 서열번호 29, 서열번호 8)(SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 8) (GC, TT or TC, GC)(GC, TT or TC, GC) 77 (서열번호 27, 서열번호 30, 서열번호 32)(SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 32) (CC, CC, AA or AG)(CC, CC, AA or AG) 88 (서열번호 26, 서열번호 19, 서열번호 7)(SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 7) (TG, TC or CC, GG)(TG, TC or CC, GG) 99 (서열번호 23, 서열번호 9, 서열번호 28)(SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 28) (AG, GG, TC or CC)(AG, GG, TC or CC) 1010 (서열번호 21, 서열번호 14, 서열번호 4)(SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 4) (CT, AG or GG, CT or TT)(CT, AG or GG, CT or TT) 1111 (서열번호 10, 서열번호 18, 서열번호 33)(SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 33) (TT or TC, CG or GG, AC)(TT or TC, CG or GG, AC) 1212 (서열번호 24, 서열번호 12, 서열번호 34)(SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 34) (AC, CC or CG, TA)(AC, CC or CG, TA)
제 1항에 있어서, The method of claim 1, 상기 심혈관 질환은 심근경색증, 협심증, 죽상경화증, 고혈압, 심부전, 동맥류, 동맥경화증, 색전증, 뇌졸중 및 혈전증로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 심혈관 질환 진단용 다중 SNP. The cardiovascular disease is multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease, characterized in that selected from the group consisting of myocardial infarction, angina pectoris, atherosclerosis, hypertension, heart failure, aneurysm, arteriosclerosis, embolism, stroke and thrombosis. 제 1항에 있어서, The method of claim 1, 상기 심혈관 질환은 심근경색증인 것을 특징으로 하는 심혈관 질환 진단용 다중 SNP. The cardiovascular disease is myocardial infarction, characterized in that multiple SNP for cardiovascular disease diagnosis. 제 2항에 있어서, The method of claim 2, 상기 다중 SNP 1 내지 12로 구성되는 것을 특징으로 하는 심혈관 질환 진단용 다중 SNP.Multiple SNP for diagnosing cardiovascular disease, characterized in that consisting of the multiple SNP 1 to 12. 제 1항에 있어서, The method of claim 1, 상기 10개 이상의 연속 염기는 10 내지 100개의 연속 염기인 것을 특징으로 하는 심혈관 질환 진단용 다중 SNP.The 10 or more consecutive base is a multi-SNP for diagnosing cardiovascular disease, characterized in that 10 to 100 consecutive base. 제 1항의 폴리뉴클레오티드 또는 그의 상보적 폴리뉴클레오티드와 혼성화하는 폴리뉴클레오티드.A polynucleotide hybridizing with the polynucleotide of claim 1 or a complementary polynucleotide thereof. 제 1항 또는 제 8항의 폴리뉴클레오티드, 그에 의해 코딩되는 폴리펩티드 또는 그의 cDNA를 포함하는 심혈관 질환 진단용 마이크로어레이. A microarray for diagnosing cardiovascular disease, comprising the polynucleotide of claim 1 or 8, a polypeptide encoded by the same, or a cDNA thereof. 제 9항에 있어서, The method of claim 9, 상기 폴리뉴클레오티드는 아미노-실란, 폴리-L-라이신 및 알데히드로 이루어진 군에서 선택되는 활성기가 코팅된 기판에 고정되는 것을 특징으로 하는 심혈관 질환 진단용 마이크로어레이. The polynucleotide microarray for diagnosing cardiovascular disease, characterized in that the polynucleotide is immobilized on a substrate coated with an active group selected from the group consisting of amino-silane, poly-L- lysine and aldehyde. 제 10항에 있어서, The method of claim 10, 상기 기판은 실리콘 웨이퍼, 유리, 석영, 금속 및 플라스틱으로 이루어진 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 심혈관 질환 진단용 마이크로어레이. The substrate is a microarray for diagnosing cardiovascular disease, characterized in that selected from the group consisting of silicon wafer, glass, quartz, metal and plastic. 제 9항의 마이크로어레이를 포함하는 심혈관 질환 진단용 키트.Cardiovascular disease diagnostic kit comprising the microarray of claim 9. a) 피검체로부터 핵산 시료를 분리하는 단계; 및a) separating the nucleic acid sample from the subject; And b) 서열번호 1 내지 35 중에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 각 SNP 위치(서열번호 4의 경우 76번째, 서열번호 8의 경우 85번째, 서열번호 9의 경우 51번째, 서열번호 10의 경우 35번째, 서열번호 19의 경우 85번째 및 나머지 서열번호의 경우 101번째) 염기인 다형성 부위의 유전자형을 결정하는 단계;를 포함하는 심혈관 질환 진단 방법. b) each SNP position of at least one polynucleotide selected from SEQ ID NOs: 1 to 35 (76 th for SEQ ID NO: 4, 85 th for SEQ ID NO: 8, 51 th for SEQ ID NO: 9, 35 th for SEQ ID NO: 10) , 85th in the case of SEQ ID NO: 19 and 101th in the case of the remaining SEQ ID NO: 19) determining the genotype of the polymorphic site that is the base; cardiovascular disease diagnostic method comprising a. 제 13항에 있어서, The method of claim 13, 상기 b) 단계는 b-1) 상기 피검체로부터 분리한 핵산 시료를 제 1항 또는 제 8항의 폴리뉴클레오티드와 혼성화 시키는 단계; 및 b-2) 상기 혼성화 결과를 검출하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법. B) hybridizing the nucleic acid sample isolated from the subject with the polynucleotide of claim 1 or claim 8; And b-2) detecting the hybridization result. 제 13항에 있어서, The method of claim 13, c) 상기 서열번호 1 내지 35 중에서 선택되는 하나 이상의 폴리뉴클레오티드의 다형성 부위의 유전자형이 표 4의 1 내지 12 중 하나 이상인 경우 상기 피검체를 심혈관 질환에 걸릴 확률이 높은 위험군에 속하는 것으로 판정하는 단계를 추가적으로 포함하는 방법. c) determining that the subject belongs to a high risk group for cardiovascular disease when the genotype of the polymorphic site of at least one polynucleotide selected from SEQ ID NOs: 1 to 35 is at least one of 1 to 12 of Table 4. Additionally comprising. 제 13항에 있어서, The method of claim 13, 상기 피검체는 남성인 것을 특징으로 하는 방법.Wherein said subject is a male.
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