KR102425195B1 - 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법 - Google Patents

도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명의 일 실시예에 의하면, 비정형 패턴으로 도말되는 슬라이드에서 관찰을 위한 최적 검사 영역을 비교적 정확하게 검출하고, 줄 스캔을 통해 도말 윤곽 또는 도말 경계를 찾아내며, 찾아낸 도말 윤곽 내부에서 최적 검사 영역을 결정함으로써 검출 효율을 높일 수 있다. 이를 위해 특히 본 발명의 일 실시예는, 저배율 카메라가 슬라이드를 도말 방향에 수직인 방향으로 제1 영역을 줄 스캔하는 제1 스캔단계(S10); 저배율 카메라가 줄 스캔된 제1 영역과 평행하고 제1 영역으로부터 제1 이격 거리만큼 이격된 제2 영역을 줄 스캔하는 제2 스캔단계(S20); 제1 영역과 제2 영역의 상관 관계에 기초하여 제2 이격 거리를 산출하는 이격 거리 산출단계(S30); 제2 영역과 평행하고 제2 영역으로부터 제2 이격 거리만큼 이격된 제3 영역을 줄 스캔하는 제3 스캔단계(S40); 및 제1 영역, 제2 영역 및 제3 영역에 기반하여 슬라이드 상의 최적 검사 영역을 검출하는 검사 영역 검출단계(S50)를 포함하는 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법을 포함한다.

Description

도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법{DETECTION METHOD OF OPTIMAL INSPECTION AREA FOR SMEAR SLIDE}
본 발명은 도말된 슬라이드의 검사 영역 검출 방법에 관한 것이다.
광학계를 이용한 생체 물질을 관찰하는 경우, 글라스 표면에 생체 물질을 얇게 펴서 바르는 도말에 의하여 검체 슬라이드(또는 슬라이드)를 제작하고 제작된 슬라이드에 대하여 검사 영역을 확정하고 관찰을 수행되는 것이 일반적이다.
또한 세포 병리 검사는 환자의 신체로부터 채취한 검체, 즉 시료를 글라스에 얇고 균일하게 도말한 후 다른 글라스로 시료를 덮는 방식으로 제작된다. 그리고, 병리 의사는 각각의 슬라이드를 현미경 등의 검사장비로 관찰하여 환자의 질병 유무를 판단하게 된다.
관찰자 또는 병리 의사가 직접 검사 영역을 찾는 경우에는 슬라이드마다 최적의 검사 영역을 직접 확정하겠지만 이미지 분석기 등의 자동화 장비를 이용하는 경우에는 검사 영역이 일정하지 않으면 확정에 어려움이 따른다.
한편 도 1은 다양한 도말 패턴을 가지는 슬라이드의 다양한 예시들(S1 ~ S7)을 나타낸 도면이다. 도 1에 도시된 바와 같이 슬라이드마다 염색되는 길이와 모양은 가변적이고, 슬라이드는 액체를 도말하는 방식이므로 규칙적인 염색에 한계가 있다. 아울러 병원, 혈액 등 다양한 변수와 이유로 인하여 도말 패턴(모양, 길이, 두께)은 다양할 수 밖에 없다. 결국 다양한 도말 패턴의 슬라이드에서 최적의 검사 영역을 확정할 필요성이 있다.
아울러 오차가 있겠지만 일반적으로 슬라이드의 도말 최대 사이즈는 56 mm * 26 mm 정도이고 검사 영역은 대략 48 mm * 20 mm 정도이므로 관찰의 효율성을 높이기 위해서도 검사 영역을 한정할 필요가 있다.
본 발명은 상기와 같은 필요성에 기하여 도출된 것으로서, 비정형 패턴으로 도말되는 슬라이드에서 관찰을 위한 최적 검사 영역을 비교적 정확하게 검출할 수 있는 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법을 제공하는 데 있다.
아울러 비정형 패턴으로 도말되는 슬라이드에서 줄 스캔을 통해 도말 윤곽 또는 도말 경계를 찾아내고, 찾아낸 도말 윤곽 내부에서 최적 검사 영역을 결정함으로써 검출 효율을 높일 수 있는 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법을 제공하는 데 있다.
상기와 같은 본 발명의 목적은, 저배율 카메라가 슬라이드를 도말 방향에 수직인 방향으로 제1 영역을 줄 스캔하는 제1 스캔단계(S10); 저배율 카메라가 줄 스캔된 제1 영역과 평행하고 제1 영역으로부터 제1 이격 거리만큼 이격된 제2 영역을 줄 스캔하는 제2 스캔단계(S20); 제1 영역과 제2 영역의 상관 관계에 기초하여 제2 이격 거리를 산출하는 이격 거리 산출단계(S30); 제2 영역과 평행하고 제2 영역으로부터 제2 이격 거리만큼 이격된 제3 영역을 줄 스캔하는 제3 스캔단계(S40); 및 제1 영역, 제2 영역 및 제3 영역에 기반하여 슬라이드 상의 최적 검사 영역을 검출하는 검사 영역 검출단계(S50)를 포함하는 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법을 제공함으로써 달성될 수 있다.
여기서 최적 검사 영역은 관찰에 적합한 영역인 아이디얼 존(ideal zone)으로도 볼 수 있으며, 윤곽보다 일정 범위에 한하여 그 안쪽을 의미하고, 아이디얼 존은 도말된 슬라이드 내에, 적혈구, 백혈구가 균일하게 분포되어 있는 부위를 일컫는다.
그리고 검사 영역 검출단계(S50)에서, 검출된 최적 검사 영역은, 슬라이드 상에 도말된 생체물질에 대한 촬상 타겟 영역일 수 있다.
도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법은 제1 스캔단계(S10) 이전에, 슬라이드의 저배율 이미지에 대한 평탄맵을 생성하는 평탄맵 생성단계(S5)를 더 포함할 수 있다.
이격 거리 산출단계(S30)는, 제1 이격 거리에 따른 제1 영역과 제2 영역 사이의 특징 값 변화에 대응하는 가중치에 기반하여 제2 이격 거리를 산출하는 단계일 수 있다.
특징 값 변화는 밝기, 질감 및 색상 중 적어도 어느 하나의 수치 변화일 수 있다.
검사 영역 검출단계(S50)는, 제1 영역, 제2 영역 및 제3 영역에 기반하여 도말 윤곽을 검출하는 윤곽 검출단계(S52); 및 도말 윤곽의 내측에서 최적 검사 영역을 결정하는 검사 영역 결정단계(S54)를 포함하는 것일 수 있다.
상기와 같은 본 발명의 일 실시예에 의하면, 비정형 패턴으로 도말되는 슬라이드에서 관찰을 위한 최적 검사 영역을 비교적 정확하게 검출할 수 있다.
그리고 비정형 패턴으로 도말되는 슬라이드에서 줄 스캔을 통해 도말 윤곽 또는 도말 경계를 찾아내고, 찾아낸 도말 윤곽 내부에서 최적 검사 영역을 결정함으로써 검출 효율을 높일 수 있다.
도 1은 다양한 도말 패턴을 가지는 슬라이드의 다양한 예시들을 나타낸 도면이고,
도 2는 슬라이드의 도말 패턴과 선정된 최적 검사 영역의 예시를 나타낸 도면이며,
도 3은 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예를 순차적으로 나타낸 순서도이고,
도 4는 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예 중 검사 영역 검출 단계를 순차적으로 나타낸 순서도이고,
도 5 (a), (b), (c)는 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예에 따른 윤곽 검출 방법의 예시를 나타낸 도면이고,
도 6은 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예에 따른 이미지 평탄맵의 예시를 나타낸 도면이고,
도 7은 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예에 따른 언포커스트 이미지(unfocused image)의 밝기 및 패턴을 기준으로 도말 유무를 판단한 사진들이고,
도 8은 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예에 따른 도말 여부 판단 프로세스를 나타낸 도면이고,
도 9 (a), (b), (c)는 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예에 따른 영상 처리를 나타낸 사진들이고,
도 10 (a), (b), (c)는 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예가 적용된 슬라이드(좌측)와, 확정된 도말 패턴(우측)을 나타낸 도면이다.
이하 첨부 도면들 및 첨부 도면들에 기재된 내용들을 참조하여 본 발명의 실시예를 상세하게 설명하지만, 본 발명이 실시예에 의해 제한되거나 한정되는 것은 아니다.
아래 설명하는 실시예들에는 다양한 변경이 가해질 수 있다. 아래 설명하는 실시예들은 실시 형태에 대해 한정하려는 것이 아니며, 이들에 대한 모든 변경, 균등물 내지 대체물을 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
한편, 본 발명을 설명함에 있어서, 관련된 공지 기능 또는 구성에 대한 구체적인 설명이 본 발명의 요지를 불필요하게 흐릴 수 있다고 판단되는 경우에는, 그 상세한 설명을 생략할 것이다. 그리고, 본 명세서에서 사용되는 용어(terminology)들은 본 발명의 실시예를 적절히 표현하기 위해 사용된 용어들로서, 이는 사용자, 운용자의 의도 또는 본 발명이 속하는 분야의 관례 등에 따라 달라질 수 있다. 따라서, 본 용어들에 대한 정의는 본 명세서 전반에 걸친 내용을 토대로 내려져야 할 것이다.
도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법
본 발명의 일 실시예에 의하면, 광학계를 이용하여 생체 물질이 도말된 슬라이드를 관찰함에 있어서, 도말 패턴을 빠르고 쉽게 찾을 수 있고 이를 통해 최적 검사 영역을 검출할 수 있도록 작용한다.
도 2는 슬라이드의 도말 패턴과 선정된 최적 검사 영역의 예시를 나타낸 도면이다. 도 2에 도시된 바와 같이, 슬라이드(S1)에 생체 물질을 슬라이드(S1)의 길이 방향과 동일한 도말 방향(D)으로 도말되고, 도말된 생체 물질은 끝으로 갈수록 도말 두께가 얇아지면서 다양한 형태의 도말 윤곽(C1) 또는 도말 경계를 형성한다.
이 경우 최적 검사 영역(A1)은 도말 윤곽(C1)을 따라 내측으로 정해질 수 있다. 이러한 최적 검사 영역(A1)은 도말 두께가 너무 두껍지도 않고 너무 얇지도 않아서 관찰하기에 적합한 단일 세포가 존재할 가능성이 높다. 즉 도말 두께가 너무 두꺼우면 깊이방향으로 세포가 중첩되거나 폐색될 수 있고 도말 두께가 너무 얇으면 단일 세포가 존재할 확률이 떨어진다. 따라서 최적 검사 영역(A1)은 도말 윤곽(C1)을 따라 내측으로 일정 범위안에서 결정된다.
도 3은 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예를 순차적으로 나타낸 순서도이고, 도 4는 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예 중 검사 영역 검출 단계를 순차적으로 나타낸 순서도이다. 이하 도 3 및 4를 참고하여 본 실시예에 대하여 상술한다.
우선 저배율 카메라가 슬라이드를 도말 방향에 수직인 방향으로 제1 영역을 줄 스캔하는 제1 스캔단계가 수행된다(S10). 여기서 도말 방향은 슬라이드의 길이 방향인 것이 일반적이지만, 이에 한정되지는 않으며 글라스의 누름 힘이 가해지는 방향 또는 도말 두께가 두꺼운 부분에서 얇은 부분으로 이어지는 방향으로 정의될 수 있다.
또한 줄 스캔된 제1 영역은 저배율 카메라의 화각(FOV; Field of View) 사이즈로 저배율 이미지가 한 줄로 촬상되는 영역을 의미한다. 그리고 줄 스캔은 최소 화각 사이즈로 수행될 수 있지만 화각 사이즈를 달리하여 수행될 수도 있다. 한 줄로 촬상한다고 하는 것은 시간의 흐름에 따라 일 방향으로 촬상하는 것을 의미한다. S10 단계가 수행되면 제1 영역에 대응하는 제1 영역 이미지가 획득된다.
다음, 저배율 카메라가 줄 스캔된 제1 영역과 평행하고 제1 영역으로부터 제1 이격 거리만큼 이격된 제2 영역을 줄 스캔하는 제2 스캔단계가 수행된다(S20). 여기서 제1 이격 거리는 도말 방향으로 더 이동하는 방향으로 이격된 거리이고, 제2 영역은 제1 영역과 동일한 화각 사이즈로 줄 스캔되어 촬상되는 영역을 의미한다. 여기서 제1 이격 거리는 기 설정된 거리이거나 제1 영역에 대응하는 제1 영역 이미지의 특징 값(밝기, 질감 및 색상 중 적어도 어느 하나의 값)에 따른 거리일 수 있다. S20 단계가 수행되면 제2 영역에 대응하는 제2 영역 이미지가 획득된다.
다음, 제1 영역과 제2 영역의 상관 관계에 기초하여 제2 이격 거리를 산출하는 이격 거리 산출단계(S30)가 수행된다. 이러한 제2 이격 거리의 산출은, CPU와 메모리를 포함하는 컴퓨터가 구비된 이격 거리 산출부가 수행할 수 있다.
이격 거리 산출단계(S30)는, 제1 이격 거리에 따른 제1 영역과 제2 영역 사이의 특징 값 변화에 대응하는 가중치에 기반하여 제2 이격 거리를 산출하는 단계일 수 있다. 여기서 제1 영역의 특징 값은 구체적으로는 제1 영역 이미지의 특징 값을 의미하고, 제2 영역의 특징 값은 구체적으로 제2 영역 이미지의 특징 값을 의미한다. 또한 특징 값 변화는 밝기, 질감 및 색상 중 적어도 어느 하나의 수치 변화일 수 있다. 가중치에 기반한 제2 이격 거리 산출은, 특징 값을 통해 도말 패턴의 유무를 파악하고 제1 영역과 제2 영역 간의 차이가 큰 경우에는 제2 이격 거리는 짧게 산출되고 제1 영역과 제2 영역 간의 차이가 작은 경우에는 제2 이격 거리는 길게 산출될 수 있다.
다음, 제2 영역과 평행하고 제2 영역으로부터 산출된 제2 이격 거리만큼 이격된 제3 영역을 줄 스캔하는 제3 스캔단계(S40)가 수행된다. 제3 영역은 전술한 제1 영역과 제2 영역과 동일한 화각 사이즈로 줄 스캔되어 촬상되는 영역을 의미한다.
마지막으로 제1 영역, 제2 영역 및 제3 영역에 기반하여 슬라이드 상의 최적 검사 영역을 검출하는 검사 영역 검출단계(S50)가 수행됨으로써 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법이 완료될 수 있다.
검사 영역 검출단계(S50)에서, 검출된 최적 검사 영역은, 슬라이드 상에 도말된 생체물질에 대한 촬상 타겟 영역일 수 있다. 즉 생체물질에 대하여 병리 정보 또는 진단 정보를 획득하기 위해 저배율 및/또는 고배율 촬상이 이루어지는 영역이고 의미있는 정보를 얻기 위한 광학적 이미지가 획득되는 영역이다.
특히 검사 영역 검출단계(S50)는, 제1 영역, 제2 영역 및 제3 영역에 기반하여 도말 윤곽을 검출하는 윤곽 검출단계(S52); 및 도말 윤곽의 내측에서 최적 검사 영역을 결정하는 검사 영역 결정단계(S54)를 포함하는 것이 바람직하다. 여기서 최적 검사 영역은 검출되는 도말 윤곽 또는 도말 패턴으로부터 유추될 수 있다.
구체적으로는 제1 영역, 제2 영역 및 제3 영역에 대응하는 제1 영역 이미지, 제2 영역 이미지 및 제3 영역 이미지의 특징 값을 활용하고, 제1 영역, 제2 영역 및 제3 영역이 상호 제1 이격거리 및 제2 이격거리로 이격되어 있으므로 2차원 도말 패턴 또는 도말 윤곽이 검출될 수 있다.
나아가 도말 윤곽의 내측에서 일정 범위 안에서 최적 검사 영역을 결정할 수 있다. 최적 검사 영역은 도말 윤곽으로부터 내측으로 기 설정된 범위로 결정될 수 있다.
도 5 (a), (b), (c)는 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예에 따른 윤곽 검출 방법의 예시를 나타낸 도면이다. 도 5 (a), (b), (c)에 도시된 바와 같이, 도말 방향에 수직한 방향으로 (a), (b), (c) 각각 아래에서 위로 4 줄의 줄 스캔(도말 패턴 위에 배열된 작은 사각형들)이 수행된다. 이어서 도말 패턴이 확인되는 경계점이 (a)의 경우 6 개, (b)의 경우 4개, (c)의 경우 6 개임을 알 수 있다. 도말 패턴이 확인되는 경계점들을 이은 선이 (a), (b), (c)d에서의 도말 윤곽들이 된다. 그리고 도말 윤곽들 내측으로 최적 검사 영역이 도출될 수 있다.
도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법은 제1 스캔단계(S10) 이전에, 슬라이드의 저배율 이미지에 대한 평탄맵을 생성하는 평탄맵 생성단계(S5)를 더 포함할 수 있다. 이는 도 6에 도시된 바와 같이, 그리퍼(Gripper)는 슬라이드의 양단 중 일단만 그립하므로 슬라이드는 일 방향으로 휘어지는 특성이 있다. 이러한 원인 이외에도 슬라이드는 여러 이유로 다양한 형태의 불균형 평탄 특성을 가질 수 있다.
본 실시예에서 저배율 카메라가 스캔함에 있어서, 포커싱으로 스캔이 이루어지면 슬라이드의 깊이 정보는 미리 슬라이드마다 획득되는 것이 바람직하다. 도 6에 도시된 바와 같은 깊이 맵(Depth map)은 4N 포인트 기반의 보간(Interpolation) 법을 통해 형성될 수 있다. 저배율 카메라의 포커싱 촬상은, 깊이 맵을 기초로 수행되는 것이 바람직하다.
도 7은 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예에 따른 언포커스트 이미지(unfocused image)의 밝기 및 패턴을 기준으로 도말 유무를 판단한 사진들이다. 도 7에서 (a), (b), (c)는 도말 패턴이 확인되는 사진이며, (d), (e)는 도말 패턴이 없는 사진들이다. 이러한 도말 패턴 유무(또는 도말 유무)는 도 8에 도시된 바와 같은 도말 여부 판단 프로세스를 통해 판단된다. 즉 특징 분석부에서 특징 값의 평균, 분산, 표준편차를 계산하고 일정 범위로 특징 값을 정규화하여 최종 염색 여부를 판단한다.
도 9 (a), (b), (c)는 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예에 따른 영상 처리를 나타낸 사진들이다. 도 9 (a)가 4 줄의 줄 스캔을 통해 획득한 영상들이라면, (b)는 (a)의 영상을 가중합한 영상(addweighted image)이며, (c)는 (b)의 영상을 이진화한 영상(binarization image)이다.
도 10 (a), (b), (c)는 본 발명인 도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법의 일 실시예가 적용된 슬라이드(좌측)와, 확정된 도말 패턴(우측)을 나타낸 도면이다. 도 10 (a), (b), (c)에 도시된 바와 같이, 본 실시예를 적용하면 실제 적용된 슬라이드(좌측)에서와 거의 유사한 도말 패턴(우측)을 획득할 수 있음을 알 수 있다.
이상 첨부된 도면을 참조하여 본 발명의 실시 예를 설명하였지만, 상술한 본 발명의 기술적 구성은 본 발명이 속하는 기술 분야의 당 업자가 본 발명의 그 기술적 사상이나 필수적 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시 예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적인 것이 아닌 것으로서 이해되어야 한다. 아울러, 본 발명의 범위는 상기의 상세한 설명보다는 후술하는 특허청구범위에 의하여 나타내어진다. 또한, 특허청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 등가 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.
S1~S10 : 슬라이드
C1 : 도말 윤곽
D : 도말 방향
A1 : 최적 검사 영역
10 : 제1 영역
12 : 제2 영역
14 : 제3 영역
16 : 제4 영역
20 : 평탄맵

Claims (6)

  1. 저배율 카메라가 슬라이드를 도말 방향에 수직인 방향으로 제1 영역을 줄 스캔하는 제1 스캔단계(S10);
    상기 저배율 카메라가 상기 줄 스캔된 제1 영역과 평행하고 상기 제1 영역으로부터 제1 이격 거리만큼 이격된 제2 영역을 줄 스캔하는 제2 스캔단계(S20);
    상기 제1 영역과 상기 제2 영역의 상관 관계에 기초하여 제2 이격 거리를 산출하는 이격 거리 산출단계(S30);
    상기 제2 영역과 평행하고 상기 제2 영역으로부터 상기 산출된 제2 이격 거리만큼 이격된 제3 영역을 줄 스캔하는 제3 스캔단계(S40); 및
    상기 제1 영역, 상기 제2 영역 및 상기 제3 영역에 기반하여 상기 슬라이드 상의 최적 검사 영역을 검출하는 검사 영역 검출단계(S50)를 포함하는
    도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법.
  2. 제1 항에 있어서,
    상기 검사 영역 검출단계(S50)에서,
    상기 검출된 최적 검사 영역은, 상기 슬라이드 상에 도말된 생체물질에 대한 촬상 타겟 영역인 것을 특징으로 하는
    도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법.
  3. 제1 항에 있어서,
    상기 제1 스캔단계(S10) 이전에,
    상기 슬라이드의 저배율 이미지에 대한 평탄맵을 생성하는 평탄맵 생성단계(S5)를 더 포함하는
    도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법.
  4. 제1 항에 있어서,
    상기 이격 거리 산출단계(S30)는,
    상기 제1 이격 거리에 따른 상기 제1 영역과 상기 제2 영역 사이의 특징 값 변화에 대응하는 가중치에 기반하여 상기 제2 이격 거리를 산출하는 단계인 것을 특징으로 하는
    도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법.
  5. 제4 항에 있어서,
    상기 특징 값 변화는 밝기, 질감 및 색상 중 적어도 어느 하나의 수치 변화인 것을 특징으로 하는
    도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법.
  6. 제1 항에 있어서,
    상기 검사 영역 검출단계(S50)는,
    상기 제1 영역, 상기 제2 영역 및 상기 제3 영역에 기반하여 도말 윤곽을 검출하는 윤곽 검출단계(S52); 및
    상기 도말 윤곽의 내측에서 상기 최적 검사 영역을 결정하는 검사 영역 결정단계(S54)를 포함하는 것인
    도말된 슬라이드의 최적 검사 영역 검출 방법.
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