KR102421787B1 - Gal3st1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 GAL3ST1 (Galactose-3-O-Sulfotransferase 1) 유전자의 프로모터 부위 메틸화 수준 분석을 통한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보 제공 방법, 고혈압의 예측 또는 진단용 조성물 및 키트에 관한 것으로, 본 발명에 따른 GAL3ST1 메틸화 바이오마커는 고혈압의 진단 또는 예측뿐만 아니라, 고혈압의 위험성 평가, 병명 확인, 병의 단계 진단 및 치료 타겟의 선정에도 활용될 수 있을 것이다.
Description
본 발명은 GAL3ST1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물에 관한 것으로, 구체적으로는 GAL3ST1 (Galactose-3-O-Sulfotransferase 1) 유전자의 프로모터 부위 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법, 고혈압의 예측 또는 진단용 조성물 및 키트에 관한 것이다.
고혈압(hypertension)은 수축기 혈압이 140mmHg 이상이거나 확장기 혈압이 90mmHg 이상인 경우를 말하며, 심혈관계 질환 중에서 가장 높은 빈도 발병률을 나타낸 질환으로써, 전세계적으로 10억명의 환자가 있고, 우리나라에서도 30세 이상 성인 중 30%가 고혈압 증상을 앓고 있다.
고혈압의 90%의 대부분을 차지하는 일차성 고혈압(본태성 고혈압)의 원인은 아직 확실치 않지만, 종족, 나이, 가족력, 비만, 운동부족, 흡연, 식생활 등 여러 가지 많은 요인들이 모여 질병을 발생시키며, 이차성 고혈압은 10%를 차지하는데 내분비계 질환, 대동맥 협착증, 신장 질환, 약물 등의 특정한 원인에 의해 발병된다고 보고되었다. 본태성 고혈압은 어린 나이보다 청소년기에 더 흔하고 대부분 가족력이 있다. 보통 여러 병태 생리가 관여하게 되는데, 유전적 요인으로 본태성 고혈압을 유발시키는 특이한 유전자의 이상은 밝혀진 바 없으나, 쌍둥이나 가족연구를 통해서 고혈압 발생의 30~60%가 유전적 요인에 의해 설명된다고 보고되었다. 이러한 유전적 요인의 임상적 중요성은 가족력상 고혈압이 있는 경우에 자주 혈압을 측정하고, 혈압 상승의 환경적 요인에 노출되는 것을 억제함으로써 고혈압의 합병증 발생을 예방해야 한다.
최근에는 DNA 메틸화 측정을 통하여 암과 같은 질병을 진단하는 방법들이 제시되고 있다. 특정 유전자의 CpG 섬이 과메틸화되어 있을 때, 그 유전자의 발현은 차단(gene silencing)되게 된다. 이는 생체 내에서 유전자의 단백질 지정 코딩서열(coding sequence)에 돌연변이(mutation)가 없이도 그 유전자의 기능이 소실되는 주요 기전이며, 특히 암에서 다수의 종양억제 유전자(tumor suppressor genes)의 기능이 소실되는 원인으로 해석되고 있다. 따라서 특정 유전자의 CpG 섬의 메틸화를 검색하는 것은 질병 연구에 큰 도움이 되며, 이를 메틸화 특이 PCR이나 자동염기분석 등의 방법으로 검사하여 질병의 진단과 스크리닝 등에 이용하려는 시도가 최근 활발하게 이루어지고 있다.
한편, 한국등록특허 제1992796호에는 'SGK1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물'이 개시되어 있고, 한국등록특허 제1992788호에는 'BZRAP1-AS1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물'이 개시되어 있으나, 본 발명의 'GAL3ST1 유전자의 메틸화 수준을 이용한 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 조성물'에 대해서는 보고된 바가 없다.
본 발명은 상기와 같은 요구에 의해 도출된 것으로서, 본 발명자들은 정상군과 고혈압군의 시료로부터 WGBS(whole genome bisulfite sequencing)을 수행하여, 두 그룹간에 메틸화 수준에 현저한 차이가 있는 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 (Galactose-3-O-Sulfotransferase 1) 유전자의 프로모터 부위를 선택하고, 해당 부위에 대한 DNA 메틸화 시퀀싱을 수행한 결과, 고혈압군에서 상기 부위의 메틸화 수준이 정상군에 비해 감소되어 있음을 확인함으로써, 본 발명을 완성하였다.
상기 과제를 해결하기 위해, 본 발명은 분리된 생물학적 시료로부터 GAL3ST1 (Galactose-3-O-Sulfotransferase 1) 유전자의 프로모터 부위 메틸화를 검출하는 단계; 및 상기 검출된 메틸화를 정상 대조군 시료의 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 메틸화 수준과 비교하는 단계;를 포함하는, 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질을 포함하는, 고혈압의 예측 또는 진단용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 고혈압 예측 또는 진단용 키트를 제공한다.
본 발명은 GAL3ST1 메틸화 바이오마커를 통해 고혈압 또는 전고혈압의 발병 여부에 대한 정보를 제공할 수 있으므로, 고혈압의 조기 진단 또는 예측, 고혈압의 위험성 평가, 병명 확인, 병의 단계 진단 및 치료 타겟의 선정에 활용될 수 있을 것이며, 고혈압의 후성유전학적(epigenetics) 연구 및 개인별 유전체 분석을 통한 맞춤 의학에도 도움이 될 것으로 판단된다.
도 1은 GAL3ST1의 염색체 상의 위치 및 게노믹 서열을 나타낸다. Tr: transcriptional variants of the GAL3ST1 gene.
도 2는 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 수준을 정상 대조군(Normal)과 고혈압군(HT)에서 비교분석한 결과이다. 도 2의 A는 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 수준의 평균값에 대한 비교이며, 도 2의 B는 각 위치의 메틸화 수준을 나타낸다. *는 대조군과 비교하여 고혈압군에서 유의적인 차이 (p<0.05)를 나타낸다.
도 2는 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 수준을 정상 대조군(Normal)과 고혈압군(HT)에서 비교분석한 결과이다. 도 2의 A는 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 수준의 평균값에 대한 비교이며, 도 2의 B는 각 위치의 메틸화 수준을 나타낸다. *는 대조군과 비교하여 고혈압군에서 유의적인 차이 (p<0.05)를 나타낸다.
본 발명의 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 분리된 생물학적 시료로부터 GAL3ST1 (Galactose-3-O-Sulfotransferase 1) 유전자의 프로모터 부위 메틸화를 검출하는 단계; 및 상기 검출된 메틸화를 정상 대조군 시료의 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 메틸화 수준과 비교하는 단계;를 포함하는, 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
상기 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위는 CpG 섬(island)을 포함하는 서열로서, 서열번호 1의 염기서열로 이루어질 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 상기 서열번호 1의 염기서열은 UCSC Genome Browser Human GRCh37/hg19 DNA 서열에서 22번 염색체의 음의 가닥(negative strand)의 30,970,554 ~ 30,970,946 위치의 염기이다. GAL3ST1 유전자가 코딩하고 있는 GAL3ST1 단백질은 마이엘린(myelin) 피복의 주요 지질 성분인 설파타이드(sulfatide) 합성의 마지막 단계를 포함하는 막(membrane) 당지질의 황화를 촉진하는 기능을 가지고 있다.
본 발명에 따른 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보 제공 방법은 구체적으로,
(a) 정상 대조군 및 의심 개체의 분리된 생물학적 시료로부터 게놈 DNA를 분리하는 단계;
(b) 상기 분리된 게놈 DNA를 메틸화된 DNA와 비메틸화된 DNA를 상이하게 변형시키는 시약으로 처리하는 단계;
(c) 상기 시약으로 처리된 게놈 DNA 또는 이의 단편에서 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화를 검출하는 단계; 및
(d) 정상 대조군의 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 메틸화 수준과 비교하여 의심 개체의 분리된 생물학적 시료로부터 검출된 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 메틸화 수준이 감소되면 고혈압으로 결정하는 단계;를 포함할 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 정보 제공 방법에 있어서, 상기 (a) 단계의 생물학적 시료는 개개인으로부터 얻어지는 폭넓은 범위의 모든 생물학적 체액을 포함하고, 바람직하게는 고혈압 의심 환자 또는 진단 대상 환자 유래의 세포, 조직, 생검, 파라핀조직, 혈액, 혈청, 혈장, 소변 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상일 수 있고, 더욱 바람직하게는 혈액일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 포유동물로부터 체액 및 조직, 생검 등을 획득하는 방법은 당업계에 알려진 통상의 방법을 이용할 수 있다.
본 발명에 따른 상기 고혈압 의심 대상 개체는, 고혈압 진단을 받지 않았으나, 고혈압 가족력이 있어 고혈압의 유전성 요인이 있는 개체일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 고혈압은 전고혈압 및 고혈압을 포함하는 의미이다.
본 발명의 정보 제공 방법에 있어서, 상기 (b) 단계의 시약은 바이설파이트, 다이설파이트, 하이드로젠 설파이트 또는 이들의 조합인 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
바이설파이트(bisulfite)가 처리된 DNA 상의 비메틸화된(unmethylated) 시토신(C) 염기는 탈아민화(deamination)되어 우라실(U) 염기로 바뀌는 반면, 메틸화된 시토신 염기는 그대로 시토신으로 남아있게 된다. 즉, 바이설파이트 처리에 의해 DNA 상에서 시토신 염기의 메틸화 유무에 따라 서로 구별할 수 있도록 다른 염기로 표지된다.
본 발명의 정보 제공 방법에 있어서 메틸화 검출을 위한 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 서열은 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않으며, 메틸화 검출을 위해 바이설파이트, 하이드로겐 설파이트, 다이설파이트 또는 이들의 조합으로 처리되어 변형된 염기서열도 본 발명에 따른 메틸화 검출을 위한 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 서열의 범위에 포함될 수 있다. 상기 변형된 염기서열은 서열번호 1의 염기서열에서 시토신 염기를 우라실 또는 혼성화 과정에서 시토신과 상이한 것으로 검출되는 다른 염기로 변환되도록 처리된 것일 수 있다.
본 발명의 정보 제공 방법에 있어서, 상기 (c) 단계의 메틸화 검출은 바이설파이트 시퀀싱, 시퀀싱 바이 신세시스(sequencing by synthesis), 시퀀싱 바이 라이게이션(sequencing by ligation), 메틸화 특이 PCR(methylation specific PCR), 실시간 메틸화 특이 PCR(real time methylation specific PCR), 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 메틸화 DNA 특이적 결합 항체 또는 압타머를 이용한 PCR 또는 핵산 칩의 방법에 의하여 수행되는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
바이설파이트 시퀀싱 방법은 메틸화 CpG를 함유한 핵산을 검출하는 방법으로, 핵산을 함유한 시료를 비메틸화 시토신을 변형시키는 제제와 접촉시키는 단계 및 메틸화-비의존적 올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용하여 시료의 CpG-함유 핵산을 증폭시키는 단계를 포함한다. 여기서, 상기 올리고뉴클레오티드 프라이머는 변형된 메틸화 및 비메틸화 핵산을 구별하지 않고 핵산을 증폭하는 것을 특징으로 할 수 있다. 상기 증폭된 산물을 시퀀싱 프라이머를 이용하여 Sanger 방법으로 시퀀싱하거나 차세대 시퀀싱(next generation sequencing, NGS) 방법으로 분석하여 메틸화 핵산을 검출할 수 있다. 여기서 차세대 시퀀싱 방법은 시퀀싱 바이 신세시스(Sequencing by synthesis)와 시퀀싱 바이 라이게이션(Sequencing by ligation) 방법으로 하는 것을 특징으로 할 수 있다. 이 방법의 특징은 bacterial clone을 만드는 대신 단일 DNA 단편을 공간적으로 분리하여 in situ로 증폭하고(clonal amplification), 시퀀싱을 해낸다는 것이다. 이때, 수십 만개의 단편을 동시에 읽어내기 때문에 매시브 페러럴 시퀀싱(massive parallel sequencing) 방법으로 불리기도 한다. 기본적으로는 시퀀싱 바이 신세시스 방법이며, 모노 혹은 디뉴클레오티드를 순차적으로 붙여가면서 시그널을 얻는 방법을 사용하는데 파이로시퀀싱, ion torrent, Solexa 방법들이 여기에 해당한다.
시퀀싱 바이 신세시스에 기반하는 NGS 장비로는 로슈(Roche)사의 454 플랫폼, 일루미나(Illumina)사의 HiSeq 플랫폼, 라이프테크놀로지(Life Technology)사의 Ion PGM 플랫폼, 마지막으로 퍼시픽바이오사이언스(Pacific BioSciences)사의 PacBio 플랫폼이 있다. 454와 Ion PGM은 클로날증폭(clonal amplification) 방법으로 emulsion PCR을 사용하며, HiSeq은 브릿지 증폭(Bridge amplification)을 사용한다. 시퀀싱 바이 신세시스 방법은 한 개의 뉴클레오티드를 순차적으로 붙여가며 DNA를 합성시켜 나갈 때 발생되는 인산(phosphate), 수소이온, 혹은 미리 붙여 놓은 형광을 검출하여 서열을 읽어 나간다. 서열을 검출하는 방법에 있어, 454는 인산을 이용하는 파이로시퀀싱(pyroseqeuncing) 방법을 사용하며, Ion PGM은 수소이온 검출을 이용한다. HiSeq과 PacBio는 형광을 검출하여 서열을 해독한다.
시퀀싱 바이 라이게이션은 DNA ligase를 이용하는 시퀀싱 기술로 DNA 염기서열에 존재하는 특정 위치의 뉴클레오티드를 확인하는 기술이다. 대부분의 시퀀싱 기술이 중합효소를 사용하는 것과 달리 중합효소를 사용하지 않으며 DNA ligase가 미스매치 서열을 라이게이션(ligation)하지 않는 특징을 이용한다. SOLiD 시스템이 여기에 해당한다. 이 기법에서는 간격을 두면서 두 개씩 염기를 읽는데, 프라이머 리셋(primer reset)을 통해 독립적으로 다섯 번을 반복하기 때문에, 최종적으로는 각 염기를 두 번씩 중복하여 읽어서 정확도를 높인다. 시퀀싱 바이 라이게이션의 경우, 16개 조합으로 만들어진 디뉴클레오티드 프라이머 세트 중, 해당 염기서열에 대응되는 디뉴클레오티드 프라이머가 순차적으로 라이게이션되며, 이 라이게이션들의 조합을 최종적으로 분석하여 해당 DNA의 염기서열이 완성된다.
본 발명의 일 구현 예에 따른 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보 제공 방법에 있어서, 상기 메틸화는 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위를 포함하는 단편을 증폭할 수 있는 프라이머로 증폭한 결과물의 생성 유무 또는 염기서열 변화를 통해 검출하는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 일 구현 예에 따른 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 정보 제공 방법에 있어서, 상기 (d) 단계의 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 수준 감소는 서열번호 1의 염기서열 중, 37, 43, 54, 60, 62, 65, 67, 71, 77, 88, 91, 114, 135, 210, 240 및 256번째 시토신에서 정상 대조군에 비해 메틸화가 감소된 것일 수 있다(표 4 참고; 상기 위치는 서열번호 1의 염기서열의 첫 번째 위치(30,970,554)를 기준으로 표 4의 p 값이 0.05 이하인 위치를 순차적으로 기재한 것임).
본 발명은 또한, GAL3ST1 (Galactose-3-O-Sulfotransferase 1) 유전자의 프로모터 부위 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질을 포함하는, 고혈압의 예측 또는 진단용 조성물을 제공한다.
본 발명의 조성물은 유효성분으로 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질을 포함하는데, GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 수준이 정상 대조군에 비해 감소한 경우 고혈압으로 예측 또는 진단될 수 있다. 상기 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위는 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않으며, 자세한 정보는 전술한 것과 같다.
본 발명의 고혈압 예측 또는 진단용 조성물에 있어서, 상기 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질은 메틸화된 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위를 포함하는 단편을 증폭할 수 있는 프라이머 세트, GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위와 혼성화할 수 있는 프로브, GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위와 결합할 수 있는 메틸화 특이적 결합 단백질, 메틸화 특이적 결합 항체 또는 압타머 및 시퀀성 프라이머로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상인 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
또한, 본 발명의 조성물에 있어서, 상기 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 여부의 검출은 메틸화된 DNA와 비메틸화된 DNA를 상이하게 변형시키는 시약으로 처리된 게놈 DNA를 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질과 접촉시켜 확인되는 것일 수 있고, 상기 게놈 DNA는 고혈압 의심 또는 진단 대상 개체 유래의 세포, 조직, 생검, 파라핀조직, 혈액, 혈청, 혈장, 소변 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 생물학적 시료로부터 분리된 것일 수 있고, 바람직하게는 혈액 시료로부터 분리된 게놈 DNA일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명에 따른 고혈압의 예측 또는 진단용 조성물에 있어서, 상기 메틸화는 바이설파이트 시퀀싱, 시퀀싱 바이 신세시스(sequencing by synthesis), 시퀀싱 바이 라이게이션(sequencing by ligation), 메틸화 특이 PCR(methylation specific PCR), 실시간 메틸화 특이 PCR(real time methylation specific PCR), 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 메틸화 DNA 특이적 결합 항체 또는 압타머를 이용한 PCR 또는 핵산 칩 등의 방법에 의하여 검출되는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 발명은 또한, 상기 조성물을 포함하는 고혈압 예측 또는 진단용 키트를 제공한다.
본 발명의 상기 고혈압 예측 또는 진단용 키트는, 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질을 포함하는 조성물을 유효성분으로 포함하고 있어, 생물학적 시료로부터 분리된 게놈 DNA 시료를 대상으로, GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화를 검출하여 고혈압을 예측 또는 진단할 수 있다.
상기 게놈 DNA 시료는 CpG-함유인 것이 바람직하다. 통상적으로, CpG-함유 핵산은 DNA이나, 이에 한정되지 않으며, DNA 또는 DNA와 mRNA를 포함하는 RNA를 함유하는 시료를 포함할 수 있다. 여기서 DNA 또는 RNA는 단일가닥 또는 이중가닥일 수 있으며, 또는 DNA-RNA 하이브리드를 함유할 수 있다.
본 발명의 키트는 샘플을 담는 구획된 캐리어 수단, 샘플의 5'-CpG-3' 염기서열 부위를 증폭할 수 있는 프라이머를 함유하는 두 번째 용기 및 메틸화 CpG 함유 핵산을 증폭하기 위한 절단된 또는 절단되지 않은 핵산의 존재를 검출하는 수단이 함유된 세번째 용기를 포함하는 하나 이상의 용기를 포함할 수 있다. 하나의 실시예에서, 상기 프라이머는 게놈상에서 메틸화가 일어났는지의 여부를 검출하기 위한 PCR, 메틸화 특이 PCR(methylation specific PCR), 실시간 메틸화 특이 PCR(real time methylation specific PCR), 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 메틸화 DNA 특이적 결합 항체 또는 압타머를 이용한 PCR, 정량 PCR, 핵산 칩, 시퀀싱, 시퀀싱 바이 신세시스 또는 시퀀싱 바이 라이게이션에 사용하기 위한 프라이머일 수 있다. 캐리어 수단은 병, 튜브와 같은 하나 이상의 용기를 함유하기에 적합하고, 각 용기는 본 발명의 방법에 사용되는 독립적 구성요소들을 함유한다. 본 발명의 명세서에서, 당해 분야의 통상의 지식을 가진 자는 용기 중의 필요한 제제를 손쉽게 분배할 수 있다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 한정되는 것은 아니다.
1. 시료 준비
본 발명의 고혈압 예측 또는 진단을 위한 DNA 메틸화 마커의 개발을 위해 하기 실험 대상을 모집하였고, 이들의 혈액 샘플로부터 게놈 DNA를 추출하여 메틸화 분석에 사용하였다. 모집된 실험 대상 중, 하기 표 1의 기준으로 선별하였고, 정상군은 총 97명, 고혈압군은 총 40명이 최종 선발되었다. 선발된 실험 대상 개체에 대해 신체적 특성 및 혈액 분석을 수행하였다(표 2 및 표 3).
| 정상군 | 고혈압, 당뇨, 고지혈, 심장질환, 중풍(인지,비인지) 없는 사람, 혈액응고제 미 복용자, BMI 25(남성) 또는 23(여성) 이하, 및 BMI 20 이상인 사람. 대사성 질환 및 중풍 질환 제외. * 비만의 기준은 한국인 비만 기준(한국비만학회 기준)에 따라 선정하였으며, 고혈압, 당뇨, 고지혈증은 과거력 자료에 기반하여 선정 |
| 고혈압군 | 당뇨, 고지혈, 심장질환, 중풍(인지,비인지) 없는 사람, 혈액응고제 미 복용자, BMI 조정 안함. |
또한, 본 발명은 한국한의학연구원 기관생명윤리심의위원회의 승인을 받아 진행되었으며, 임상 설문 자료 수집 및 인체유래물 수집은 피험자의 서면 동의를 획득한 후에 진행되었다.
2. 메틸화 분석
상기 정상군 및 고혈압군 실험 대상 중 각 4개체의 게놈 DNA 시료를 선별하여 WGBS(whole genome bisulfite sequencing)를 수행하였다. WGBS의 분석은 마크로젠(한국)에 의뢰하여 수행하였으며, WGBS의 분석을 통해 정상군과 고혈압군에서 메틸화 비율에 차이가 있는 지역을 선정하여, 정상군 97개 시료, 고혈압군 40개 시료를 대상으로 해당 위치에 대해 바이설파이트 시퀀싱(bisulfite sequencing)을 수행하였다. 바이설파이트 시퀀싱은 (주)엘에이에스(한국)에 의뢰하여 수행하였으며, 일루미나 MiSeq. 플랫폼을 사용하였다. 분석에 사용된 참조 서열은 UCSC Genome Browser(http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway)에서 Human GRCh37/hg19을 이용하였다.
실시예 1. WGBS를 통한 분석 지역 선정
정상군 및 고혈압군 유래 게놈 DNA 시료의 WGBS 분석을 통해 GAL3ST1 (Galactose-3-O-Sulfotransferase 1) 유전자의 프로모터 부위에서 양 그룹간 메틸화 수준에 유의성 있는 차이가 있는 지역이 확인되었다.
실시예 2.
GAL3ST1
유전자의 프로모터 부위(hg19:chr22: 30,970,554 ~ 30,970,946) 메틸화 분석을 통한 정상군과 고혈압군간의 검정
GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위를 대상으로 모집된 실험 대상 전부의 게놈 DNA 시료를 이용하여 메틸화 여부를 확인하였다. 그 결과, 하기 표 4에서와 같이 고혈압군에서 16개의 시토신 위치에서 정상군 대비 메틸화 수준이 감소된 것이 확인되었다(p < 0.05).
상기 결과를 통해, GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위(서열번호 1)에 메틸화 수준이 감소된 경우 고혈압으로 예측 또는 진단할 수 있을 것으로 사료되었으며, 본 발명의 GAL3ST1 유전자가 고혈압의 예측 또는 진단을 위한 후생유전학적 연구에 활용될 수 있을 것으로 예측되었다.
<110> Korea Institute of Oriental Medicine
KOREA FOOD RESEARCH INSTITUTE
<120> Method for providing information of prediction and diagnosis of
hypertension using methylation level of GAL3ST1 gene and
composition therefor
<130> PN20152
<160> 1
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 393
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
gctcccctcc ccaccaccac caagcctggg catcctcaag tcttctgggc tgggggctcc 60
gttgagccag aggaccgggg cgggacaatg gccccgttgg cgcgtccgag acaaacgggc 120
cttgttgggc cggcggcggg ggcgcagcgt tgcgccccag cgcgctgaat gcggcttctg 180
tgcgtctcgg gcgggcgcag aggggccggg atggggcggg gagggggccg gcccggggcg 240
gggaggggtc tggggtccgg ggcgtccatt ggccccggcg ccggaggctg ggccaggctg 300
gcggcggcac ctggccggga gcgggcgcgg cgcgggagcg ggcgcggcgc ggcagcggcg 360
gcgggggcgg gggcatggac caggcctggt gga 393
Claims (11)
- 분리된 생물학적 시료로부터 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 (Galactose-3-O-Sulfotransferase 1) 유전자의 프로모터 부위 메틸화를 검출하는 단계; 및 상기 검출된 메틸화를 정상 대조군 시료의 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 메틸화 수준과 비교하는 단계;를 포함하는, 고혈압의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
- 제1항에 있어서,
(a) 정상 대조군 및 의심 개체의 분리된 생물학적 시료로부터 게놈 DNA를 분리하는 단계;
(b) 상기 분리된 게놈 DNA를 메틸화된 DNA와 비메틸화된 DNA를 상이하게 변형시키는 시약으로 처리하는 단계;
(c) 상기 시약으로 처리된 게놈 DNA 또는 이의 단편에서 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화를 검출하는 단계; 및
(d) 정상 대조군의 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 메틸화 수준과 비교하여 의심 개체의 분리된 생물학적 시료로부터 검출된 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위 메틸화 수준이 감소되면 고혈압으로 결정하는 단계;를 포함하는 것을 특징으로 하는, 고혈압의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법. - 제2항에 있어서, 상기 (a) 단계의 생물학적 시료는 고혈압 의심 환자 또는 진단 대상 환자 유래의 세포, 조직, 생검, 파라핀조직, 혈액, 혈청, 혈장, 소변 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상인 것을 특징으로 하는, 고혈압의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
- 제2항에 있어서, 상기 (b) 단계의 시약은 바이설파이트, 다이설파이트, 하이드로젠 설파이트 또는 이들의 조합인 것을 특징으로 하는, 고혈압의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
- 제2항에 있어서, 상기 (c) 단계의 메틸화 검출은 바이설파이트 시퀀싱, 시퀀싱 바이 신세시스(sequencing by synthesis), 시퀀싱 바이 라이게이션(sequencing by ligation), 메틸화 특이 PCR(methylation specific PCR), 실시간 메틸화 특이 PCR(real time methylation specific PCR), 메틸화 DNA 특이적 결합 단백질을 이용한 PCR, 메틸화 DNA 특이적 결합 항체 또는 압타머를 이용한 PCR 또는 핵산 칩의 방법에 의하여 수행되는 것을 특징으로 하는 고혈압의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
- 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 메틸화는 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위를 포함하는 단편을 증폭할 수 있는 프라이머로 증폭한 결과물의 생성 유무 또는 염기서열 변화를 통해 검출하는 것을 특징으로 하는 고혈압의 진단을 위한 정보를 제공하는 방법.
- 삭제
- 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 (Galactose-3-O-Sulfotransferase 1) 유전자의 프로모터 부위 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질을 포함하는, 고혈압의 진단용 조성물.
- 제8항에 있어서, 상기 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위의 메틸화 여부를 검출할 수 있는 물질은 메틸화된 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위를 포함하는 단편을 증폭할 수 있는 프라이머 세트, 메틸화된 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위와 혼성화할 수 있는 프로브, 메틸화된 서열번호 1의 염기서열로 이루어진 GAL3ST1 유전자의 프로모터 부위와 결합할 수 있는 메틸화 특이적 결합 단백질, 메틸화 특이적 결합 항체 또는 압타머 및 시퀀성 프라이머로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상인 것을 특징으로 하는, 고혈압의 진단용 조성물.
- 삭제
- 제8항 또는 제9항의 조성물을 포함하는 고혈압 진단용 키트.
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-
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Non-Patent Citations (2)
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|---|
| Briefings in Functional Genomics, 15(6), 2016, 460-469 |
| Int. J. Mol. Sci. 2018, 19, 1174 |
Also Published As
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