KR102342198B1 - 이동성 유전인자 line-1 키메릭 전사체를 이용한 암 판별용 바이오마커 조성물 - Google Patents

이동성 유전인자 line-1 키메릭 전사체를 이용한 암 판별용 바이오마커 조성물 Download PDF

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Abstract

본 발명은 이동성 유전인자 LINE-1 키메릭 분자를 이용한 암 판별용 바이오마커 조성물에 관한 것으로서, 짧은 시간 내에 암 조직과 정상 조직의 발현율을 정량분석을 수행하기 위해 실시간 중합효소연쇄반응을 이용하였다. 본 발명은 암 조직에서 변화하는 L1 키메릭 전사체를 검출하여 암 조직을 효과적으로 구별할 수 있다. 본 발명은 실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 바이오마커 개발을 공유함으로써 다양한 암 조직에서 적용이 가능하다. 또한, 조직을 염색하여 확인하는 병리학적 방법은 전문 인력이 필요한 반면, 분자세포생물학적 방법은 빠르고 객관적인 판별이 가능하다. 따라서, 본 발명을 이용한 암 진단 마커 개발에 적용될 수 있을 것이라 기대된다.

Description

이동성 유전인자 LINE-1 키메릭 전사체를 이용한 암 판별용 바이오마커 조성물{Biomarker composition for cancer discrimination using LINE-1 chimeric transcriptome}
본 발명은 실시간 중합효소연쇄반응(real-time polymerase chain reaction; RT-PCR) 방법을 이용해 암 조직에서 특이적으로 발현의 변화가 일어나는 이동성 유전인자 LINE-1 키메릭 전사체의 정량분석을 통해 암을 판별할 수 있는 바이오마커 조성물에 대한 것이다.
실시간 중합효소연쇄반응(real-time polymerase chain reaction; RT-PCR)은 중합효소연쇄반응이 수행될 때 DNA 분자의 증폭과정을 실시간으로 정량분석을 시행할 수 있는 분자실험법이다. 중합효소연쇄반응이 수행할 때, 이중가닥의 주형 DNA는 고온(95℃)에서 물리적으로 단일가닥으로 풀린다. 단일가닥의 DNA는 탐침자(프라이머)가 결합하여 특정 영역을 증폭 및 이중가닥으로 합성될 때, 염색 시약(SYBR green; 핵산 착색용 비대칭 사이아닌(cyanine))이 합성된 이중가닥 DNA의 공유결합 중간에 결합하여 형광을 발광한다. 위 과정은 실시간 중합효소연쇄반응 장치의 형광측정기에서 검출된 형광값을 이용하여 실시간으로 특정 영역의 정량분석이 가능하다. 중합효소 연쇄반응에서 새로 만들어지는 주형 DNA에 염색 시약이 반복적으로 결합하기 때문에 증폭 주기가 증가할수록 형광값이 증가하며 S자형 곡선형 정량 수치가 측정된다. 따라서, 중합효소연쇄반응을 시작할 초기 샘플에 특정서열을 포함하는 DNA 분자가 많을수록 이른 주기에 형광이 급격히 증가한다. 반응 용액 속 DNA 농도에 대한 형광값이 역치(threshold)에 이르는 중합효소연쇄반응의 주기는 역치주기(threshold cycle, Ct)라고 부르며, 이를 이용하여 정량 분석이 수행된다. 실시간 중합효소연쇄반응은 상대적 정량법과 절대적 정량법으로 두 가지 정량법이 있다. 절대적 정량법은 DNA 분자 수를 이미 알고 있는 표준샘플에 대한 역치값 그래프에 분석하고자 하는 DNA 분자의 역치값을 대입하여 분석하는 방법이며, 상대적 정량법은 특정 유전자 분자 수 역치값과 비교하여 정량분석을 수행하는 방법이다.
이동성 유전인자 (Transposable Element, TE)는 인간 유전체의 약 45%를 차지하며, 긴 영장류의 진화적 시간 동안 “유전체 구조적 변이”와 “유전자 발현의 변화”에 직접적인 영향을 미쳐왔다. 이동성 유전인자는 DNA트랜스포손(DNA transposon) 과 레트로트렌스포손(retrotransposon) 두 클래스로 분류된다. 레트로스트렌스포손에는 크게 LINE, SINE, ERV 그리고 SVA로 분류가 된다. 이동성 유전인자 중 LINE-1 (L1)은 약 52만 카피 수로 인간 유전체의 17%를 차지한다. 그 중, 약 1,800 카피수가 인간에게만 존재하는 L1이며, 이는 인간과 침팬지 분기 이후 인간 유전체에게만 새롭게 삽입되었다. L1의 구조는 유전서열의 양 측면인 5'과 3'말단에 비번역 영역(Untranslated region; UTR)을 가지고 있으며, 두 개의 판독프레임 (Open reading frames; ORFs)을 가지고 있다. L1의 5'말단 비번역 영역은 방향성이 서로 다른 두 개의 내부 프로모터를 가지고 있으며, 두 개의 판독프레임은 RNA 결합 단백질(RNA binding protein), 엔도뉴클레아제(Endonuclease; EN) 그리고 역전사효소(Reverse transcriptase; RT)를 암호화하여 DNA에 이중사슬 손상(Double-strand break; DSB)를 만들고 목표영역 프라임 역전사(Target primed reverse transcription, TPRT)를 수행할 수 있게 해준다. 대부분의 L1은 긴 유전학적 진화의 시간에서 돌연변이 축적 또는 5'말단 방향의 염기서열 삭제로 레트로트렌스포지션 능력(Retrotransposition capability)을 상실했다. 그럼에도, 일부 L1은 유전자 발현 조절에 직접적으로 기여할 수 있다. L1의 5'말단 비번역 영역은 서로 다른 양방향성 프로모터를 포함하고 있어서 전사 관련 인자들이 부착하고 근처 유전자를 직접적으로 조절을 할 수 있다. L1은 총 6kb의 길이를 갖는 이동성 유전인자로 그 중 +1에서 909bp는 5'말단 비번역 영역이며, +100bp와 +450bp 부분에 양방향성 프로모터를 가진다. L1은 구아닌(Guanine)과 사이토신(Cytosine) 함량이 약 50% 이상을 가지는 CpG 섬 (CpG island)이 5'말단 비번역 영역의 +49bp와 +421bp에 위치한다. 유전자의 전사는 보통 유전자의 핵심 프로모터(core promoter)에 위치한 TATA box에서 전사인자들이 부착하여 전사가 시작된다. 그러나, L1은 이 부위에 TATA box를 포함하지 않아 다른 기작을 이용해 L1 구조 내부의 다른 전사인자 부착 영역에 부착됨으로써, 전사가 시작된다. 이전 연구의 보고에 의하면, YY1 전사인자가 L1의 +13bp에서 +21bp 위치에 있는 뉴클레오티드(nucleotide)에 부착하고, L1의 +1bp 위치에서 전사가 시작된다고 알려졌다. 또 다른 전사인자인 SRY는 L1의 두 영역 472-477bp와 572-572bp 에 부착하여 전사체 형성에 직접적인 영향을 준다. RUNX2 전사인자는 83-110bp 영역에 부착하여 L1의 전사량을 증가시킨다. 비록 숙주 유전체의 방어 기작인 돌연변이 축적으로 인해 이동성 유전인자 L1의 전사를 저해하기 때문에 대부분의 L1은 비활성화 되어 있다. 하지만, 5'말단 비번역 영역의 전사인자 부착부위는 인간 유전체에 대체로 보존적으로 존재한다.
일반적으로, L1의 순방향 프로모터(sense promoter)는 L1이 암호화하고 있는 전사체를 스스로를 전사하는 반면, L1 역방향 프로모터(antisense promoter)는 L1의 전사체 형성 반대 방향으로 전사가 일어나 다양한 새로운 전사체 형성에 기여할 수 있다. 최근 연구에서는 영장류에 특이적으로 존재하는 L1에서 새로운 ORF(ORF0)가 발견되었다. 이는 +236-+452bp 에 위치하며 L1전사의 역방향으로 존재한다. 또한, L1 키메릭 전사체를 생산하고 가까운 엑손(exon)을 포함한 융합단백질을 생산할 수 있는 두 개의 스플라이싱(Splicing) 제공 부위를 포함하고 있다. 2001년 Speek에 의해 L1 역방향 프로모터에 의한 L1 키메릭 전사체가 처음 기술된 이후로 여러 연구들에서 L1 역방향 프로모터가 조직에 특이적인 전사체 형성의 다양성에 직접적인 영향을 줄 수 있다는 가능성을 보고하고 있다.
현재, 암과 L1 키메릭 전사체에 대한 연관성을 밝히는 다양한 연구가 이루어지고 있다. 이전 연구에서는 L1 키메라 디스플레이(L1-chimera display)방법을 이용해 유방암과 대장암 세포주에서 18개의 암에 특이적인 L1 키메릭 전사체를 보고 하였다. 또한, 원종양 형성 유전자 내에 저메틸화(Hypomethylation) 된 L1 역방향 프로모터로부터 유래된 L1 키메릭 전사체가 결장암에서 확인되었으며, 수용체 타이로신 인산화효소(receptor tyrosine kinase)인 c-Met 유전자의 인트론 2번 영역에 위치한 L1 역방향 프로모터는 유방암과 방광암에서 기존과 다른 전사체를 생성한다는 연구들이 보고되었다. 이러한 연구들은 암을 조기 진단하여 효과적인 진단/치료를 위해 매우 중요하다. 따라서, L1 역방향 프로모터는 암 조직에서 정상 조직과 다른 전사체를 생성하며 전혀 다른 발현율을 보이기 때문에 L1키메릭 전사체의 검출은 암을 조기 진단하는 진단 마커로써 활용될 수 있다.
미국공개특허 US 2015/0240316 (2015.08.27 공개)
본 발명의 목적은 L1 역방향 프로모터에 의해 유래된 L1 키메릭 전사체를 판별할 수 있는 바이오마커 조성물 및 암 조직에서 특이적으로 변화하는 L1 키메릭 전사체 발현차이를 판별하는 방법을 제공하는데 있다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 14로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 15 및 서열번호 16으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 17 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 21 및 서열번호 22로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 23 및 서열번호 24로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 25 및 서열번호 26으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 서열번호 28로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 29 및 서열번호 30으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 서열번호 34로 표시되는 프라이머 세트 및; 서열번호 35 및 서열번호 36으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 이루어진 어느 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하는 암 진단용 조성물을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 암 진단용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 (1) 환자에서 분리된 시료로부터 RNA를 분리하는 단계; (2) 상기 분리된 RNA를 주형으로 하고, 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 14로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 15 및 서열번호 16으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 17 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 21 및 서열번호 22로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 23 및 서열번호 24로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 25 및 서열번호 26으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 서열번호 28로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 29 및 서열번호 30으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 서열번호 34로 표시되는 프라이머 세트 및; 서열번호 35 및 서열번호 36으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 이루어진 어느 하나 이상의 프라이머 세트 이용하여 RT-PCR 증폭을 수행하는 단계; 및 (3) 상기 RT-PCR 증폭 산물을 대조군 시료와 비교 분석하는 단계를 포함하는 암 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
본 발명은 이동성 유전인자 LINE-1 키메릭 분자를 이용한 암 판별용 바이오마커 조성물에 관한 것으로서, 짧은 시간 내에 암 조직과 정상 조직의 발현율을 정량분석을 수행하기 위해 실시간 중합효소연쇄반응을 이용하였다. 본 발명은 암 조직에서 변화하는 L1 키메릭 전사체를 검출하여 암 조직을 효과적으로 구별할 수 있다. 본 발명은 실시간 중합효소연쇄반응을 이용한 바이오마커 개발을 공유함으로써 다양한 암 조직에서 적용이 가능하다. 또한, 조직을 염색하여 확인하는 병리학적 방법은 전문 인력이 필요한 반면, 분자세포생물학적 방법은 빠르고 객관적인 판별이 가능하다. 따라서, 본 발명을 이용한 암 진단 마커 개발에 적용될 수 있을 것이라 기대된다.
도 1은 본 발명에서 기초가 되는 이동성 유전인자 L1의 구조 모식도를 나타낸다.
도 2는 L1 역방향 프로모터로부터 유래된 전사체의 구조(도 2a) 및 암 조직과 정상 조직 사이의 상대적인 발현 차이를 확인하는 그래프(도 2b)이다.
도 3은 같은 L1 역방향 프로모터로부터 유래된 다양한 전사체의 구조(도 3a) 및 발현 차이를 확인하는 그래프(도 3b)이다.
본 발명은 인간 유전자 발현에 영향력이 있는 이동성 유전인자 L1 내에 위치한 역방향 프로모터로부터 유래된 전사체를 검출 그리고 이들의 전사체 발현 차이를 확인하는 것이다. 이는 다양한 암 종을 이용한 집단연구를 통해 정확도 높은 진단 마커 개발을 가능하게 할 수 있다.
본 발명은 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 14로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 15 및 서열번호 16으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 17 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 21 및 서열번호 22로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 23 및 서열번호 24로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 25 및 서열번호 26으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 서열번호 28로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 29 및 서열번호 30으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 서열번호 34로 표시되는 프라이머 세트 및; 서열번호 35 및 서열번호 36으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 이루어진 어느 하나 이상의 프라이머 세트를 포함하는 암 진단용 조성물을 제공한다.
바람직하게는, 상기 암은 폐암, 간암, 위암, 신장암, 갑상선암, 유방암, 난소암, 자궁암 또는 전립선암일 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
바람직하게는, 상기 프라이머 세트는 이동성 유전인자 LINE-1(Long Interspersed Element-1)의 역방향 프로모터(antisense promoter)에 의한 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를 확인하기 위한 것일 수 있다.
본 발명에 있어서, "진단"은 특정 질병 또는 질환에 대한 한 객체의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 한 객체가 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 한 객체의 예후(prognosis)를 판정하는 것, 또는 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링하는 것)를 포함한다.
본 발명에 있어서, “마커(marker)”, “바이오마커(biomarker)”또는“분자 마커(molecular marker)”는 유전적으로 불특정 연관된 유전자좌를 동정할 때 참고점으로 사용되는 염기서열을 말한다. 이 용어는 또한 마커 서열을 증폭할 수 있는 프라이머 세트로 사용되는 핵산과 같은 마커 서열에 상보적인 핵산 서열에도 적용된다. 분자 마커(molecular marker)의 유전자 지도상의 위치는 유전자좌(genetic locus)로 일컬어진다.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 증폭하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity) 뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다. 본 발명에 있어서, 프라이머로 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 암 진단용 키트를 제공한다. 바람직하게는, 상기 키트는 실시간 중합효소연쇄반응(real-time polymerase chain reaction; RT-PCR) 반응을 수행하기 위한 것일 수 있다.
상기의 프라이머 세트 이외에, RT-PCR 키트에 포함되는 통상적인 구성성분을 포함할 수 있다. 상기 키트에 포함되는 통상적인 구성성분은 반응완충액, 중합효소, dNTP(dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP) 및 Mg2 +와 같은 보조인자(cofactor) 등일 수 있다. 다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭 단계에 이용될 수 있으며, E. coli DNA 중합효소 I의 클레나우 단편, 열안정성 DNA 중합효소 및 박테리오파아지 T7 DNA 중합효소를 포함한다. 바람직하게는, 중합효소는 다양한 박테리아 종으로부터 얻을 수 있는 열안정성 DNA 중합효소이다. 상기 중합효소 대부분은 박테리아 그 자체로부터 분리될 수 있고 또는 상업적으로 구입할 수 있다.
또한, 본 발명은 (1) 환자에서 분리된 시료로부터 RNA를 분리하는 단계; (2) 상기 분리된 RNA를 주형으로 하고, 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 14로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 15 및 서열번호 16으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 17 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 21 및 서열번호 22로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 23 및 서열번호 24로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 25 및 서열번호 26으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 서열번호 28로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 29 및 서열번호 30으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 서열번호 34로 표시되는 프라이머 세트 및; 서열번호 35 및 서열번호 36으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 군에서 이루어진 어느 하나 이상의 프라이머 세트 이용하여 RT-PCR 증폭을 수행하는 단계; 및 (3) 상기 RT-PCR 증폭 산물을 대조군 시료와 비교 분석하는 단계를 포함하는 암 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.
바람직하게는, 상기 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트는 FGGY 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트는 RABGAP1L 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트는 BIRC2 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트는 RGS6 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트는 NRXN3 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 14로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 15 및 서열번호 16으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 17 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 21 및 서열번호 22로 표시되는 프라이머 세트 또는 서열번호 23 및 서열번호 24로 표시되는 프라이머 세트는 BCAS3 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 25 및 서열번호 26으로 표시되는 프라이머 세트는 CNTLN 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 27 및 서열번호 28로 표시되는 프라이머 세트는 FEZ1 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 29 및 서열번호 30으로 표시되는 프라이머 세트는 LOC100996634 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트는 NELL2 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 33 및 서열번호 34로 표시되는 프라이머 세트는 TBC1D32 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 35 및 서열번호 36으로 표시되는 프라이머 세트는 MET 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를 확인하기 위한 것일 수 있다.
바람직하게는, 상기 암은 폐암, 간암, 위암, 신장암, 갑상선암, 유방암, 난소암, 자궁암 또는 전립선암일 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명에 있어서, "환자에서 분리된 시료"란 암 진단용 바이오 마커인 상기 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도에 있어서, 대조군과 차이가 나는 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액, 또는 뇨와 같은 시료를 포함하지만, 이에 한정되는 것은 아니다.
환자에서 분리된 시료에서 RNA를 분리하는 방법은 당업계에 공지된 방법을 이용할 수 있다. 또한, RT-PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 RT-PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.
이하에서는, 본 발명을 한정하지 않는 실시예에 따라 본 발명을 상세히 설명한다. 본 발명의 하기 실시예는 본 발명을 구체화하기 위한 것일 뿐 본 발명의 권리범위를 제한하거나 한정하는 것이 아님은 물론이다. 따라서, 본 발명의 상세한 설명 및 실시예로부터 본 발명이 속하는 기술분야의 전문가가 용이하게 유추할 수 있는 것은 본 발명의 권리범위에 속하는 것으로 해석된다.
< 실시예 >
1. L1의 역방향 프로모터에서 유래된 전사체 후보군 수집
(1) 이전 연구보고들을 통하여 L1의 역방향 프로모터에서 유래된 전사체 후보군을 수집하였다.
(2) 인간 참조유전체 데이터베이스인 UCSC genome 데이터베이스로부터 전사체들의 구조를 확인하였다.
(3) L1의 서열방향과 역방향 유전자 후보군만 선택적으로 수집하여 DNA 염기서열을 다운로드(Download) 하였다.
(4) L1 역방향 프로모터로부터 유래된 다양한 전사체들의 염기서열을 이용하여 목표 전사체 서열에 특이적인 탐침자(프라이머)를 설계하였다. 탐침자(프라이머)는 한쪽 방향은 L1 서열 내부에, 다른 한쪽 방향은 높은 서열 특이성을 나타내기 위해 엑손(exon)과 엑손(exon) 사이 접합부위(junction)에 설계하였다.
L1 키메릭 전사체 검출에 사용되는 탐침자(프라이머) 세트의 염기서열 및 증폭 산물의 크기는 표 1에 기재하였다. 탐침자(프라이머)는 증폭하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥인 올리고뉴클레오티드 서열을 의미하며 길이는 약 18-22개의 염기를 가진다.
L1ASP Gene Name L1 genomic position Name Forward primer Reverse primer Size
AS4 FGGY Chr1:59647748-59653779 AS4-2 GGTACACCGGGATTGAAACTG
(서열번호 1)		 CTCTTGCGACAGGACCACA
(서열번호 2)		 230
AS6 RABGAP1L Chr1:174233267-174239293 AS6-1 GCCAGAATTATAGACCAATCC
(서열번호 3)		 ACAAAATTCTGCTTACTGCC
(서열번호 4)		 196
AS15 BIRC2 Chr11:102369167-102375192 AS15-1 CGATTTTCCAGATGATTTGTC
(서열번호 5)		 ATGGTATCAATCAGTTCTCTCGC
(서열번호 6)		 183
AS19 RGS6 Chr14:71842965-71848996 AS19-2 CCAGATAATTGACAATAGGCTC
(서열번호 7)		 GGAAACTCTCGCTAGACGGC
(서열번호 8)		 202
AS20 NRXN3 Chr14:79308934-79314061 AS20-1 CCATCTGAGCTGGCGCTACG
(서열번호 9)		 GAAGTCACCAAGTCCTGGAGC
(서열번호 10)		 176
AS27 BCAS3 Chr17:60881441-60887474 AS27-2 CAGGCTGCTATCCATGTCC
(서열번호 11)		 TTCCCTACCATTGTCAGGC
(서열번호 12)		 196
AS27-3 GATTTTCCAGGCTGCTATCC
(서열번호 13)		 TTCCCTACCATTGTCAGGC
(서열번호 14)		 203
AS27-14 ACGGCTGCTATCCATGTCC
(서열번호 15)		 TTCCCTACCATTGTCAGGC
(서열번호 16)		 196
AS27-15 CCGTTGCTGGCTGCTATCC
(서열번호 17)		 TTCCCTACCATTGTCAGGC
(서열번호 18)		 202
AS27-16 CAGGCTGCTATCCATGTCC
(서열번호 19)		 TTCCCTACCATTGTCAGGC
(서열번호 20)		 196
AS27-17 CAGGCTGCTATCCATGTCC
(서열번호 21)		 TTCCCTACCATTGTCAGGC
(서열번호 22)		 211
AS27-18 GATTTTCCAGGCTGCTATCC
(서열번호 23)		 TTCCCTACCATTGTCAGGC
(서열번호 24)		 203
AS31 CNTLN Chr9:17285004-17291034 AS31-1 TCCAGGAAGGAACTGCAGG
(서열번호 25)		 AGCTGTGTGAACATCTTCC
(서열번호 26)		 147
AS34 FEZ1 Chr11:125536610-125542640 AS34-1 GCCAGATAAACTCATCCTG
(서열번호 27)		 GAAGCTGATTATTTCGGAAG
(서열번호 28)		 218
AS41 LOC100996634 Chr6:109245219-109251251 AS41-2 GAGCCAGTTACTTTGAAGCC
(서열번호 29)		 TATCTGCTGGTTGAGGATGC
(서열번호 30)		 201
AS43 NELL2 Chr12:44950959-44956988 AS43-1 CTCCTCCTCCGACACATTTC
(서열번호 31)		 CTGACGCACTCCGGTCGTG
(서열번호 32)		 199
AS48 TBC1D32 Chr6:121162717-121168725 AS48-1 CCAGGGACTTTATAATTGATGGC
(서열번호 33)		 CAGATAGCAGTTTGGCAATGG
(서열번호 34)		 173
AS60 MET Chr7:116718498-116724489 AS60-1 AGCCAGGCAGAAAATGTG
(서열번호 35)		 GATGTTAAGAGGACTTCGC
(서열번호 36)		 204
2. 실시간 중합효소연쇄반응 (real-time polymerase chain reaction; RT- PCR )
(1) 인체 유래물 은행으로부터 다양한 유형의 암 조직과 정상 조직을 분양 받았다.
(2) 유전자의 발현을 확인할 수 있는 전사체를 추출하였다.
(3) 추출된 전사체는 역전사 효소(reverse transcriptase)를 이용하여 cDNA로 합성한다.
(4) 합성된 cDNA는 전사체 특이적인 탐침자(프라이머)와 사이버그린(SYBR green) 시약을 사용하여 실시간 중합효소 연쇄반응을 진행하였다.
(5) 실시간 중합효소 연쇄반응 은 i) 95℃에서 10분 이후, ii) 95℃에서 10초, 적정한 온도에서 10초, 72℃에서 15초간 증폭되었고, 이는 총 40 사이클동안 진행되었다. 이후 탐침자(프라이머) 따로 분리하는 과정 즉, 중합효소연쇄반응 산물의 녹는 곡선(Melting curve)를 측정하여 탐침자의 목표서열에 대한 특이성을 확인하였다.
(6) 실시간 중합효소연쇄반응은 각 샘플에 대해 세 번 반복실험으로 진행하였다.
본 발명의 실시예에 따른 실시간 중합효소연쇄반응 표적 서열 증폭 조건은 표 2에 기재하였다.
Real-time PCR 조건
Pre-denaturation 95℃ 10 minutes
Denaturation 95℃ 10 seconds 40 cycles
Annealing Optimum temperature 10 seconds
Extension 72℃ 15 seconds
Melting curve 95℃ 0.3℃/min
60℃
95℃
3. L1 키메릭 전사체 발현 분석
(1) 세포 생존에 필수불가결한 유전자(하우스키핑 유전자, Housekeeping gene)은 암 그리고 정상조직에서 일정하게 발현하는 것으로 알려져 있다. 하우스키핑 유전자 GAPDH 유전자를 대조군으로 이용하여 L1 키메릭 전사체의 발현 수준을 표준화(Normalization)하였다.
(2) L1 키메릭 전사체 발현은 각 암 샘플에 대해 2- ΔΔCt 방법을 이용하여 계산되었다.
4. 분석 결과
도 1은 본 발명에 기초가 되는 일반적인 L1의 구조 모식도를 나타낸다. L1의 비번역부분은 +1부터 909bp에 위치하여 약 100bp의 위치와 +450bp 부분에 양방향성의 프로모터를 포함한다. L1의 비번역 부위 중 약 49bp부터 421bp까지 뉴클레오티드의 구성 중 하나인 시토신(C)과 구아닌(G)이 풍부한 CpG 섬을 포함하고 있다. CpG 섬은 메틸화에 의해 조절되며, 메틸화의 유무에 따라 유전자의 전사가 조절될 수 있다. CpG섬은 주로 프로모터 부분에 풍부하다고 알려져 있다. 따라서, L1의 +49bp부터 +421bp까지 프로모터를 포함한 유전자 발현 조절 부위가 있다는 것을 보여준다.
도 2a는 L1 역방향 프로모터로부터 유래된 대표적인 전사체의 구조이고, 도 2b는 암 조직과 정상 조직 내에서의 상대적인 발현 수준을 보여주는 그래프이다. L1은 유전자의 인트론 또는 상류에 유전자의 반대방향으로 삽입되어 있으며, L1이 전사를 위한 역방향 프로모터를 제공하여 유전자가 새로운 전사체를 생성한다. 정상조직과 암조직에서 각 전사체의 발현을 검출하여 비교하였다. 다양한 조직에서 정상조직과 암조직의 발현을 비교하였을 때, AS4-2 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체는 폐, 위, 갑상선, 유방, 난소 암 조직에서 정상조직보다 낮게 발현하는 것을 확인할 수 있으며, 간과 전립선 조직에서는 정상조직보다 암조직에서 크게 발현하는 것을 확인할 수 있다. AS6-1 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체는 대부분의 조직에서 정상조직보다 암 조직에서 발현이 감소하는 것이 확인되며, 폐는 정상조직보다 암 조직에서 1.5배 이상 발현이 증가하는 것을 확인할 수 있다. AS43-1 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체는 대부분의 정상조직에서 검출되지 않았으며, 특히 간암, 위암, 난소암 조직에서 정상조직보다 발현이 크게 증가하는 것을 확인할 수 있다. AS60-1 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체는 대부분의 암 조직에서 정상조직보다 발현이 증가하며, 특히 폐, 신장, 갑상선암에서 크게 발현이 증가하는 것을 확인 할 수 있다. 그러나, 다른 암 조직과는 달리, AS60-1 LINE-1 키메릭（chimeric) 전사체는 전립선암 조직에서는 검출되지 않았다.
도 3a는 본 발명의 일 실시예에 따른 같은 L1 역방향 프로모터로부터 유래된 다양한 전사체의 구조이고, 도 3b는 암 조직과 정상 조직 내에서 그에 대한 발현 수준을 보여주는 그래프이다. AS27 LINE-1은 7개의 LINE-1 키메릭 (chimeric) 전사체를 생성하며, L1의 비번역부위의 다양한 부위에서 전사가 시작된다. 하나의 L1으로부터 발현된 다양한 전사체는 각 조직마다 다르게 발현하며, 같은 조직 내에서도 서로 다른 전사체의 발현도 차이가 난다. 대부분의 AS27 L1 키메릭 (chimeric) 전사체는 폐암, 간암, 전립선암에서 발현이 크게 증가하였으며, 위암, 유방암, 자궁암에서는 몇몇의 전사체만 발현이 증가하였다. 신장, 갑상선, 난소암에는 LINE-1 키메릭 (chimeric) 전사체는 정상조직보다 발현이 감소하였다.
본 발명을 통해 인간 암 조직과 정상 조직 사이에서 서로 다르게 발현되는 L1 키메릭 전사체의 정량분석을 통해 빠르고 쉽게 암 조직에 대한 판별이 가능하다. 이 발명을 적용, 폭 넓은 암 종에서 특이적으로 발현하는 L1 키메릭 전사체의 추가적인 검출이 가능하다.
<110> Dankook University Cheonan Campus Industry Academic Cooperation Foundation <120> Biomarker composition for cancer discrimination using LINE-1 chimeric transcriptome <130> ADP-2019-0637 <160> 36 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS4-2 Forward primer <400> 1 ggtacaccgg gattgaaact g 21 <210> 2 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS4-2 Reverse primer <400> 2 ctcttgcgac aggaccaca 19 <210> 3 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS6-1 Forward primer <400> 3 gccagaatta tagaccaatc c 21 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS6-1 Reverse primer <400> 4 acaaaattct gcttactgcc 20 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS15-1 Forward primer <400> 5 cgattttcca gatgatttgt c 21 <210> 6 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS15-1 Reverse primer <400> 6 atggtatcaa tcagttctct cgc 23 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS19-2 Forward primer <400> 7 ccagataatt gacaataggc tc 22 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS19-2 Reverse primer <400> 8 ggaaactctc gctagacggc 20 <210> 9 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS20-1 Forward primer <400> 9 ccatctgagc tggcgctacg 20 <210> 10 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS20-1 Reverse primer <400> 10 gaagtcacca agtcctggag c 21 <210> 11 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-2 Forward primer <400> 11 caggctgcta tccatgtcc 19 <210> 12 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-2 Reverse primer <400> 12 ttccctacca ttgtcaggc 19 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-3 Forward primer <400> 13 gattttccag gctgctatcc 20 <210> 14 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-3 Reverse primer <400> 14 ttccctacca ttgtcaggc 19 <210> 15 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-14 Forward primer <400> 15 acggctgcta tccatgtcc 19 <210> 16 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-14 Reverse primer <400> 16 ttccctacca ttgtcaggc 19 <210> 17 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-15 Forward primer <400> 17 ccgttgctgg ctgctatcc 19 <210> 18 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-15 Reverse primer <400> 18 ttccctacca ttgtcaggc 19 <210> 19 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-16 Forward primer <400> 19 caggctgcta tccatgtcc 19 <210> 20 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-16 Reverse primer <400> 20 ttccctacca ttgtcaggc 19 <210> 21 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-17 Forward primer <400> 21 caggctgcta tccatgtcc 19 <210> 22 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-17 Reverse primer <400> 22 ttccctacca ttgtcaggc 19 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-18 Forward primer <400> 23 gattttccag gctgctatcc 20 <210> 24 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS27-18 Reverse primer <400> 24 ttccctacca ttgtcaggc 19 <210> 25 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS31-1 Forward primer <400> 25 tccaggaagg aactgcagg 19 <210> 26 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS31-1 Reverse primer <400> 26 agctgtgtga acatcttcc 19 <210> 27 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS34-1 Forward primer <400> 27 gccagataaa ctcatcctg 19 <210> 28 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS34-1 Reverse primer <400> 28 gaagctgatt atttcggaag 20 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS41-2 Forward primer <400> 29 gagccagtta ctttgaagcc 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS41-2 Reverse primer <400> 30 tatctgctgg ttgaggatgc 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS43-1 Forward primer <400> 31 ctcctcctcc gacacatttc 20 <210> 32 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS43-1 Reverse primer <400> 32 ctgacgcact ccggtcgtg 19 <210> 33 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS48-1 Forward primer <400> 33 ccagggactt tataattgat ggc 23 <210> 34 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS48-1 Reverse primer <400> 34 cagatagcag tttggcaatg g 21 <210> 35 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS60-1 Forward primer <400> 35 agccaggcag aaaatgtg 18 <210> 36 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AS60-1 Reverse primer <400> 36 gatgttaaga ggacttcgc 19

Claims (8)

  1. 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 14로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 15 및 서열번호 16으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 17 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 21 및 서열번호 22로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 23 및 서열번호 24로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 25 및 서열번호 26으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 서열번호 28로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 29 및 서열번호 30으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 서열번호 34로 표시되는 프라이머 세트 및; 서열번호 35 및 서열번호 36으로 표시되는 프라이머 세트를 포함하는 폐암, 간암, 위암, 신장암, 갑상선암, 유방암, 난소암, 자궁암 또는 전립선암 진단용 조성물.
  2. 삭제
  3. 제1항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 이동성 유전인자 LINE-1(Long Interspersed Element-1)의 역방향 프로모터(antisense promoter)에 의한 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를 확인하기 위한 것을 특징으로 하는 폐암, 간암, 위암, 신장암, 갑상선암, 유방암, 난소암, 자궁암 또는 전립선암 진단용 조성물.
  4. 제1항 또는 제3항에 따른 조성물을 포함하는 폐암, 간암, 위암, 신장암, 갑상선암, 유방암, 난소암, 자궁암 또는 전립선암 진단용 키트.
  5. 제4항에 있어서, 상기 키트는 실시간 중합효소연쇄반응(real-time polymerase chain reaction; RT-PCR) 반응을 수행하기 위한 것을 특징으로 하는 폐암, 간암, 위암, 신장암, 갑상선암, 유방암, 난소암, 자궁암 또는 전립선암 진단용 키트.
  6. (1) 환자에서 분리된 시료로부터 RNA를 분리하는 단계;
    (2) 상기 분리된 RNA를 주형으로 하고, 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 14로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 15 및 서열번호 16으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 17 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 21 및 서열번호 22로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 23 및 서열번호 24로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 25 및 서열번호 26으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 서열번호 28로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 29 및 서열번호 30으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 서열번호 34로 표시되는 프라이머 세트 및; 서열번호 35 및 서열번호 36으로 표시되는 프라이머 세트를 이용하여 RT-PCR 증폭을 수행하는 단계; 및
    (3) 상기 RT-PCR 증폭 산물을 대조군 시료와 비교 분석하는 단계를 포함하는 폐암, 간암, 위암, 신장암, 갑상선암, 유방암, 난소암, 자궁암 또는 전립선암 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법.
  7. 제6항에 있어서, 상기 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트는 FGGY 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 3 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트는 RABGAP1L 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 5 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트는 BIRC2 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 7 및 서열번호 8로 표시되는 프라이머 세트는 RGS6 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 9 및 서열번호 10으로 표시되는 프라이머 세트는 NRXN3 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 서열번호 11 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 14로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 15 및 서열번호 16으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 17 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 21 및 서열번호 22로 표시되는 프라이머 세트 또는 서열번호 23 및 서열번호 24로 표시되는 프라이머 세트는 BCAS3 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 25 및 서열번호 26으로 표시되는 프라이머 세트는 CNTLN 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 27 및 서열번호 28로 표시되는 프라이머 세트는 FEZ1 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 29 및 서열번호 30으로 표시되는 프라이머 세트는 LOC100996634 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트는 NELL2 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 33 및 서열번호 34로 표시되는 프라이머 세트는 TBC1D32 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를, 상기 서열번호 35 및 서열번호 36으로 표시되는 프라이머 세트는 MET 유전자 내 LINE-1 키메릭(chimeric) 전사체의 발현 정도를 확인하기 위한 것을 특징으로 하는 폐암, 간암, 위암, 신장암, 갑상선암, 유방암, 난소암, 자궁암 또는 전립선암 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법.
  8. 삭제
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