KR102323441B1 - 해수온 변화에 대응하는 감태 암배우체 유래 유전자 및 이를 이용한 해양 생태계 환경 변화 진단 방법 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 해수온 변화에 대응하는 감태(Ecklonia cava) 암배우체 유래의 유전자 및 이를 이용한 고온 및 저온 노출 여부 확인 방법에 관한 것으로, 더욱 구체적으로는 감태 암배우체로부터 유래한 특정 유전자군이 기후변화에 따른 해수온 변화에 의해 특이적인 발현 변화를 나타내어, 이들을 생체지표로 이용함으로써 해수온 상승에 따른 해양 생태계의 고온 및 저온 스트레스 노출 여부를 확인하거나, 감태 암배우체의 생리 및 대사변화를 예측할 수 있는 마이크로어레이 및 키트로 유용하게 이용될 수 있다.
Description
본 발명은 해수온 변화에 대응하는 감태(Ecklonia cava) 암배우체의 유전자 및 이를 이용한 해양 생태계의 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부를 진단하거나 이에 의한 감태 암배우체의 생리 및 대사변화를 예측하는 방법에 관한 것이다.
감태(Ecklonia cava)는 갈조식물 문(Phaeophyta), 다시마 목(Laminariales), 다시마 과(Laminariaceae), 감태 속(Ecklonia)에 속하는 해조류로서, 한국 연안에서는 동해안 중남부, 남해안 전역, 서해안 남부 및 제주도 연안에 흔하게 분포하며, 중국의 중남부와 일본 중부 해안을 포함한 북태평양 서해안에 한정되어 분포한다.
엽상체는 갈색이고 가죽질이며 수지상의 부착기로부터 50-100 cm 길이의 원주상 줄기를 낸다. 줄기는 어릴 때는 속이 차 있으나 성숙하면 중심부가 대롱처럼 비게 된다. 줄기의 중심부는 피층 아래에 위치한 점액강도로부터 분비된 점액질로 채워진다. 줄기의 끝은 점차 편편하고 얇게 펴져 길이 20-30 cm, 폭 4-5 cm의 중앙엽을 이룬 다음 양쪽으로 우상엽을 낸다. 우상엽은 양쪽 가장자리로부터 다시 폭이 좁은 소엽을 우상으로 어긋나게 낸다. 성숙하면 중앙엽은 5 mm까지 두꺼워진다. 중앙엽과 소엽은 주름이 없이 매끈하다.
엽상체는 포자체로서 성숙하면 중앙엽의 중심부에 짙은 갈색의 자낭군이 형성된다. 감수분열한 자낭군으로부터 유주자가 방출되어 현미경적 크기의 분지 사상체인 암수 배우체로 발달한다. 수배우체로부터 편모성 정자가 방출되어 암배우체 정단부에 위치한 난자로 이동하여 수정이 일어나고 이어서 대형 포자체로 발달하는 이형세대교번 생활사를 보인다. 초기 포자체로부터 성숙한 대형 포자체로 성숙하기까지는 2-3년이 소요된다. 성숙한 엽상체의 피층조직에 함유된 알긴산염을 추출하여 식품 제조, 산업, 의약학적으로 다양하게 이용된다.
감태는 암반 기질이 잘 발달된 조하대 수심 5-20 m 범위에서 해중림을 형성한다. 특히, 다른 생물들의 서식처를 제공함으로써, 연안의 해양생물 다양성에 큰 공헌을 하고 있는 생물이다. 따라서 연안의 해양생물 다양성을 기후변화로부터 보존하기 위해서는 본 종의 보호가 우선되어야한다.
기후변화는 다양한 시간과 공간 속에서 변화하고 있는 지구의 기후에 대하여 그 변화를 총칭하여 가리키는 것으로, 현재의 기후계가 자연적 요인 및 인위적 요인에 의하여 점차 변화하는 것을 말한다. 자연적 요인에는 대기, 해양, 육지, 설빙, 생물권 자신의 내적 요인 외에, 화산 분화에 의한 성층권의 에어로졸(부유 미립자) 증가, 태양 활동의 변화, 태양과 지구의 천문학적 상대위치 관계 등의 외적 요인이 있다. 인위적 요인에는 화석연료 과다 사용에 따른 이산화탄소 등 대기 조성의 변화, 토지 피복의 변화, 삼림파괴 등이 있다. 기후변화의 결과로 인하여, 이상 기상, 지구온난화 및 해수온 상승을 비롯한 각종 지구 환경의 악화 문제가 발생하고 있다.
특히, 최근에는 인간의 활동에 의한 온실 가스의 대기 중 농도 증가로 인하여 지구온난화가 가속화되고 있다. 온실효과로 인하여 지구온난화의 지표인 지구표면 온도는 지난 100년 동안(1906~2005) 0.74±0.18℃ 상승한 것으로 파악된다. 지구온난화에 의해 해수온이 상승하고 있으며, 극지방을 제외한 전 세계의 빙하가 감소하는 현상이 관측되고 있다. 이러한 급격한 수온 변화는 해양 생태계에 큰 영향을 준다. 즉, 해양 생물의 대사를 변화시켜, 결과적으로는 해양 어장 및 해양 동식물종을 교란시킨다.
이러한 환경의 변화에 대응하기 위해, 해양 생물은 자신의 특정 유전자의 발현량을 조절하여 생리 또는 대사를 변화시킴으로써 능동적으로 환경변화에 대처한다. 그러므로 기후변화와 같은 외부 환경변화에 발현량이 변화되는 유전자들을 발굴하여 생체지표로 이용함으로써, 환경변화에 반응하는 생물체의 유전자 발현 변화를 이용한다면 특정지역의 환경변화에 관한 정보뿐만 아니라, 이러한 환경변화가 생명현상에 미치는 영향 및 해당 생물의 건강진단에 관한 정보를 얻을 수 있다. 이러한 기법은 미세한 환경변화도 감지 가능하고, 조기 진단적 가치를 갖으며, 유전자 기능에 대한 고찰을 통해 미래 예측적 기능도 갖을 수 있다. 기후변화에 의한 생태계의 교란에 대한 위험성이 제기되고 있는 현 상황에서, 생명현상의 기본인 유전자와 핵산 물질의 분석을 통하여 환경변화의 영향과 생태계 파급효과를 정확히 진단하는 첨단기술 개발의 필요성이 절실하다.
이에, 본 발명자들은 해수온 변화에 대응하는 생체지표를 발굴하던 중, 해양 생물다양성 유지에 큰 역할을 하고 있는 대형 갈조류의 일종인 감태(Ecklonia cava)의 암배우체를 대상으로 온도변화에 의한 특정 유전자의 발현량 변화를 규명하였고, 이들을 이용한 감태 암배우체의 생리/ 대사 변화 예측을 수행하였다. 고수온 특이 유전자 후보군은 해수온의 변화 정도 및 이에 따른 해양 생태계의 환경 변화를 파악할 수 있는 바이오센서로 유용하게 이용될 수 있음을 제시함으로써 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은 기후 변화에 따른 해수온 변화에 대응하는 감태(Ecklonia cava) 암배우체 유래의 유전자, 및 이를 이용한 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인 방법 또는 이에 의한 감태 암배우체의 생리 및 대사변화를 예측하는 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 해수온 변화에 대응하여 발현이 증가 또는 감소하는 하기 유전자 염기서열의 전부 또는 일부를 포함하는 올리고뉴클레오티드, 또는 상기 올리고뉴클레오티드에 상보적인 올리고뉴클레오티드 분자가 집적된 감태 암배우체의 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 마이크로어레이를 제공한다:
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또한, 본 발명은 상기 유전자들을 이용한 감태 암배우체의 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측 방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 마이크로어레이를 포함하는 감태 암배우체의 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 키트를 제공한다.
아울러, 본 발명은 상기 유전자들에 대해서 각 유전자에 상보적이고 유전자를 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 모두를 포함하는 감태 암배우체의 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 키트를 제공한다.
본 발명의 해수온 변화에 대응하는 감태(Ecklonia cava) 암배우체 유래 유전자 및 이를 이용한 해양 생태계 진단 방법은 기후변화에 따른 해수온 변화에 대응하는 감태 유래 특정 유전자의 발현량 변화를 측정함으로써, 해수온 변화에 의한 고온 및 저온 스트레스 노출 여부를 확인할 수 있고, 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화를 예측할 수 있는 바이오 센서 및 키트로 유용하게 이용될 수 있다.
도 1은 감태숲을 나타낸 사진이다.
도 2은 실시예 3에 따른 차등발현 유전자 발굴을 위한 흐름도를 나타낸 것이다.
도 2은 실시예 3에 따른 차등발현 유전자 발굴을 위한 흐름도를 나타낸 것이다.
이하에서 본 발명을 구체적으로 설명한다.
본 발명은 해수온에 대응하여 발현이 변화하는 감태(Ecklonia cava) 암배우체 유래의 유전자를 발굴하였으며, 그 중에서, 고온 및 저온 스트레스에 대한 자기 방어 기작과 깊이 관련되어 있는 유전자를 발굴하였다. 따라서, 상기 고온 및 저온 노출에 대하여 발현량이 변화하는 감태 수 배우체 유래 유전자를 집적한 마이크로어레이를 해수 시료의 고온 및 저온 스트레스 노출 여부 검출 및 수 생태계의 건강 상태를 진단하는데 이용할 수 있다.
감태의 성숙한 엽체로부터 방출된 포자는 발아하여 주로 수온이 낮은 가을에서 겨울철 암 배우체, 수 배우체로 생장하고 성숙한다. 감태의 생활사 중 배우체 단계는 개체군을 유지하고 새로운 세대를 형성하는 단계이며 환경 변화의 영향, 특히 수온에 영향을 받는다 (한수지 48(5), 704-711, 2015, 강진우, 정익교). 그렇기에 종래 성숙한 감태보다 감태 암배우체는 해수온 변화와 관련하여 더욱 민감한 반응을 나타내고, 그로인해 해수온 변화에 대한 직접적이고 근본적인 감태 암 배우체의 생리 및 대사변화를 예측을 할 수 있다. 또한, 이를 근거로 노출 환경에 따른 감태 개체군의 운명을 예측할 수 있다.
본 발명은 하기의 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 유전자의 핵산 서열의 올리고뉴클레오티드 또는 그의 상보가닥 분자가 집적된 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인용 마이크로어레이를 제공한다:
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상기 유전자는 감태(Ecklonia cava) 암배우체로부터 유래되는 것이다.
상기 마이크로어레이는 기후변화에 의한 해수온 변화에 대응하는 해양 생태계 반응을 확인하는 것이다.
또한, 본 발명은
1) 실험군인 감태 암배우체와 대조군인 감태 암배우체에서 각각 RNA를 분리하는 단계; 2) 단계 1)의 실험군 및 대조군의 RNA로부터 cDNA를 합성하면서 실험군과 대조군을 각기 다른 형광물질로 표지 하는 단계; 3) 단계 2)의 각기 다른 형광물질로 표지된 cDNA를 상기 마이크로어레이와 혼성화시키는 단계; 4) 반응한 마이크로어레이를 분석하는 단계; 및 5) 분석한 데이터에서 상기 마이크로어레이에 집적된 유전자 발현 정도를 대조군과 비교하여 확인하는 단계를 포함하는 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인 방법을 제공한다.
상기 단계 1)은 실험군과 대조군 감태 암배우체의 RNA를 분리하는 단계로, 기술분야에 알려진 방법으로 이루어질 수 있으나, 구체적으로는 감태 암배우체를 모아 막자사발에서 갈아 조직 분말을 만들고, 조직 분말에 CTAB buffer(3% CTAB, 1.0 M NaCL, 0.7 % PVP, 10 mM EDTA, 100 mM Tris-Cl, pH 9.0)를 넣어 잘 섞은 후, 65 ℃에서 5분간 배양하고, 상기 배양한 감태 암배우체를 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분)하여 층을 분리하고, 상등액을 취하였다. 그리고, 상등액의 1/2 volume의 클로로폼을 넣어 잘 섞은 뒤 다시 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분간)하여 상등액을 취하고, Equilibrated Phenol A (pH 4.3) 1/4 volume 및 클로로폼 1/4 volume을 첨가하여 잘 섞은 후, 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분)하여 상등액을 취하였다. 페놀/클로로폼 용액(5:1)을 넣어 잘 섞고, 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분)하여 상등액을 취하고, LiCl 용액(8M)을 1/2 volume 첨가하여 조심스럽게 섞은 후, 4 ℃에서 최소 2시간 동안 배양하였다. 배양액을 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 30분)하여, 용액을 제거하여 침전물을 얻었다. 이후 에탄올(70% DEPC-처리수)을 넣고 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분)하여, 침전물을 수세하고, 에탄올을 제거하였다. 그 후 침전물을 건조시키고, 약 500 μl의 DEPC-처리수에 녹이는 방법으로 이루어질 수 있다.
상기 단계 2)는 실험군과 대조군의 차이를 확인하기 위해 다른 형광물질로 표지하는 단계로서, 구체적으로는 Cy3, Cy5, FITC(poly L-lysine-fluorescein isothiocyanate), RITC(rhodamine-B-isothiocyanate) 및 로다민(rhodamine)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것일 수 있다.
상기 단계 3)은 상기한 마이크로어레이와 형광물질로 표지된 cDNA를 혼성화 시키는 단계이다.
상기 단계 4)는 반응된 마이크로어레이를 분석하는 단계로서, 유전자 발현 증감 여부를 확인, 분석할 수 있다.
상기 단계 5)는 분석한 데이터를 통해 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인하는 단계이다. 구체적으로, 유전자의 발현 증감 여부를 확인함으로써 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인할 수 있다.
또한, 본 발명은
1) 실험군인 감태와 대조군인 감태에서 각각 RNA를 분리하는 단계; 2) 단계 1)의 RNA를 상기 각각의 유전자에 상보적이며 유전자 증폭이 가능한 프라이머 쌍 모두를 사용하여 실시간 RT-PCR(Real-time reverse transcript polymerase chain reaction)을 수행하는 단계를 포함하는 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인 방법을 제공한다.
또한, 본 발명은 상기한 마이크로어레이를 포함하는 것을 특징으로 하는 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인용 키트를 제공한다.
상기 키트는 기후변화에 의한 해수온 변화에 대응하는 해양 생태계 반응을 확인하는 것이다.
상기 키트는 스트렙타비딘-알칼리 탈인화효소 접합물질(streptavidin-like phosphatase conjugate), 화학 형광물질(chemifluorescent) 및 화학발광물질(chemiluminescent)로 이루어진 형광물질 군으로부터 선택되는 어느 하나를 추가적으로 포함하는 것이다.
상기 키트는 혼성화에 사용되는 완충용액, RNA로부터 cDNA를 합성하기 위한 역전사효소, dNTP 및 rNTP(사전 혼합형 또는 분리 공급형), 표식시약, 및 세척 완충용액으로 이루어진 반응시약 군으로부터 선택되는 어느 하나를 추가적으로 포함하는 것이다.
아울러, 본 발명은 상기 각각의 유전자에 상보적이고 상기 유전자를 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 모두를 포함하는 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인용 키트를 제공한다.
상기 키트는 기후변화에 의한 해수온 변화에 대응하는 해양 생태계 반응을 확인하는 것이다.
따라서, 상기 유전자들은 해수온 증가에 따른 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부의 확인을 위한 마이크로 어레이 및 키트로 유용하게 사용할 수 있다
이하에서 본 발명을 더욱 구체적으로 설명한다. 실시예는 본 발명을 설명하기 위한 일 예시일 뿐, 본 발명의 범위가 실시예로 한정되는 것은 아니다.
<실시예 1> 감태(Ecklonia cava) 암배우체의 배양 및 고수온 조건 배양
<1-1> 감태 암배우체의 배양
온도변화에 대해 발현량이 변화되는 감태 암배우체의 유전자들을 발굴하기 위해, 국립수산과학원 해조류연수센터에서 감태의 암배우체를 분양받아 15℃에서 배양하였다. 배양액의 조성은 아래와 같다.
<1-2> 감태의 고수온 조건 배양
상기 <1-1>의 감태 암배우체를 정상적인 배양조건보다 2℃ 높은 17℃ 조건에서 0.5, 1, 3, 5일간 배양하였고, 15℃ 배양군을 대조군으로 이용하였다.
<실시예 2> 온도 상승에 의한 감태 암배우체의 유전자 변화 측정
<2-1> 감태 암배우체의 RNA 추출
온도 상승에 의한 감태 암배우체의 유전자 변화를 측정하기 위하여 <1-2>의 고온 노출된 감태 암배우체의 RNA를 분리하였다.
구체적으로, 상기 <1-1>과 <1-2>의 각 온도조건에서 배양한 감태 암배우체를 모아 막자사발에서 갈아 조직 분말을 만들었다. 조직 분말에 CTAB buffer(3% CTAB, 1.0 M NaCL, 0.7 % PVP, 10 mM EDTA, 100 mM Tris-Cl, pH 9.0)를 넣어 잘 섞은 후, 65 ℃에서 5분간 배양하였다. 상기 배양한 감태 암배우체를 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분)하여 층을 분리하고, 상등액을 취한다. 상등액의 1/2 volume의 클로로폼을 넣어 잘 섞은 뒤 다시 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분간)하여 상등액을 취한다. Equilibrated Phenol A (pH 4.3) 1/4 volume 및 클로로폼 1/4 volume을 첨가하여 잘 섞은 후, 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분)하여 상등액을 취하였다. 페놀/클로로폼 용액(5:1)을 넣어 잘 섞고, 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분)하여 상등액을 취한다. LiCl 용액(8M)을 1/2 volume 첨가하여 조심스럽게 섞은 후, 4 ℃에서 최소 2시간 동안 배양하였다. 배양액을 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 30분)하여, 용액을 제거하여 침전물을 얻었다. 이후 에탄올(70% DEPC-처리수)을 넣고 원심분리(12,000 rpm, 4 ℃, 10분)하여, 침전물을 수세하고, 에탄올을 제거하였다. 그 후 침전물을 건조시키고, 약 500 μl의 DEPC-처리수에 녹인다. 추출한 RNA 용액은 변성된 아가로스 겔(agarose gel)을 이용한 전기영동법으로 분리한다. RNA의 순도는 UV spectrometer를 이용하여 확인하였다.
그 결과, 260 nm/280 nm의 값이 1.6-1.8 사이에 있음을 확인하였고, 두 ribosomal RNA subunit(large/small)의 비가 1.5-2.0이 되는 것을 확인함으로써 RNA 변성되지 않음을 판단하였다.
<2-2> cDNA 라이브러리 작성 및 형광표지
상기 감태 암배우체의 정제된 실험군 및 대조군의 전체 cDNA를 작성하였고 Agilent's Low RNA Input Linear Amplification Kit Plus(Agilent Technologies, USA)를 사용하여 Cy3 및 Cy5로 표지하였다.
구체적으로, 감태 암배우체 시료 각각의 single strand cDNA는 random primer를 이용하여 만들어졌으며, 이를 주형으로 second stand cDNA를 합성하였다. 각 double strand cDNA의 말단에는 adaptor를 부가하여, cDNA library를 완성하였다. 염기서열은 Illumina사의 Hi-Seq 2500 염기서열분석기를 이용하여 해독하였다. 각 시료에서 6.0-9.0 Gb에 달하는 정보를 생산하였다. 대조군과 실험군에서 생산된 염기서열 정보를 조립하여, 각 시료들로부터 최소 약 116,000종, 최대 약 128,000종의 unigene을 얻었다.
그 후, T7 중합효소(T7 polymerase)를 첨가하여 40 ℃에서 2시간 동안 선형 증폭(linear amplification)을 수행하였다. 이와 같은 증폭과정을 통해 실험군 및 대조군의 시료를 각각 Cy3-CTP와 Cy5-CTP로 표지하였다.
<실시예 3> 마이크로어레이(microarray) 혼성화(hybridization) 및 분석
<3-1>혼성화(Hybridization) 및 스캐닝(scanning)
형광물질이 라벨링된 감태 암배우체의 cDNA 시료를 PCR purification kit(Qiagen, Germany)을 사용하여 정제하고, 증류수로 용출하였다. 정제된 형광표지-cDNA 시료를 혼성화 완충액(hybridization buffer)(3x SSC,0.3% SDS, 50% 포름아미드(formamide), 20 ㎍ Cot-1 DNA, 20 ㎍ yeast tRNA)에 첨가한 후, microcon YM-30으로 농축하여 혼성화 혼합물을 만들었다. 상기 혼성화 혼합물을 95 ℃로 3분 동안 가열하여 변성시키고, 12,000 g 에서 30초간 원심분리하여 가열된 혼성화 화합물의 온도를 떨어뜨렸다. 제조된 감태 cDNA 마이크로어레이(microarray)에 커버슬립(coverslip)을 덮고, 변성시킨 혼성화 혼합물을 파이펫팅(pipetting)하였다. 마이크로어레이를 GT-Hyb 챔버(Chamber)에 넣고 65 ℃에서 16시간 동안 반응시켰다. 혼성화가 끝난 후, 챔버에서 마이크로어레이를 꺼내어 세척과정을 수행하고, 마이크로어레이를 회전하여 건조한 후 스캐닝(scanning)할 때까지 암실에서 보관하였다. 실험이 완료된 감태 마이크로어레이를 Axon GenePix 4000B scanner(Axon Instrument, USA)를 사용하여 스캔하였다. GenePix Pro 6.0 program에서, 스캔 이미지로부터 각 점을 그리딩 파일(gridding file)을 이용하여 그리딩하고, 정량화하여 각 점의 Cy5/Cy3 강도 및 비율 등의 분석값이 포함된 GPR 파일(GPR file)을 얻었다.
<3-2> 차등 유전자의 발굴 및 선별
상기 <3-1>의 대조군 및 각 실험군에서 얻어진 약 200,000 종의 unigene들을 대상으로 각 실험군에서 발현량이 증가하거나, 감소한 유전자들을 발굴하였다 (도 2 참조).
구체적으로, <3-1>에서 얻은 GenePix Pro Program에서 얻어진 GPR 파일로부터, 분석 프로그램인 GeneSpring 7.3.1(Agilent Technologies, USA)를 이용하여 아래와 같이 분석을 수행하였다. 표준화(Normalization)는 LOWESS(locally weighted regression scatterplot smoothing)를 이용하여 수행하였고, 신뢰할 수 있는 유전자(Reliable gene)는 중앙값의 합이 배경(background)보다 낮거나, 각 화소(pixel) 값의 표준편차가 유의하지 않은 점을 플래그 아웃(flag-out)함으로써 유의한 유전자를 얻었다. 유의한 유전자(Significant genes)는 정규화된 비율(normalized ratio) 값이 2배 이상 차이를 보이는 것들을 선별하였다.
그 결과, 노출 초기인 0.5 d 노출군과 1 d 노출군에서 각각 70 종(증가 51, 감소 19), 32 종(증가 28, 감소 4)의 unigene의 발현량이 2배 이상 변화된 것으로 파악되었다(표 1). 이중 18종이 unigene이 두 실험군에서 공통으로 나타났다(표 2).
노출 후기인 3 d 노출군과 5 d 노출군에서 각각 unigene 846 종(증가 696, 감소 150) 및 252 종 unigene(증가 233, 감소 19)의 발현량이 2배 이상 변화된 것으로 파악되었다(표 1). 이들 두 노출군에서는 33종의 unigene이 공통으로 확인되었다(표 3).
0.5 d | 1 d | 3 d | 5 d | |
발현량 증가 | 51 | 28 | 696 | 233 |
발현량 감소 | 19 | 4 | 150 | 19 |
No. Unigene | Symbol | Description | 유전자발현량 변화 | |
0.5 d | 1 d | |||
1 | amiC | Aliphatic amidase expression-regulating protein [Source:UniProtKB/Swiss-Prot P27017] | -10.58 | -6.81 |
2 | At3g57050 | Cystathionine beta-lyase, chloroplastic [Source:UniProtKB/Swiss-Prot P53780] | 4.86 | 4.53 |
3 | atad3-a | ATPase family AAA domain-containing protein 3-A [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q58E76] | 4.50 | 5.09 |
4 | Cyb5a | Cytochrome b5 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot P00173] | 11.84 | 12.01 |
5 | fsjC | Putative rRNA methyltransferase {ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_03163} [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q54NX0] | 3.52 | 4.15 |
6 | glnII | Glutamine synthetase 2 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot P04772] | -6.95 | -8.82 |
7 | grpE | Protein GrpE {ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_01151} [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q7VEJ7] | 3.49 | 4.20 |
8 | heatr1 | HEAT repeat-containing protein 1 homolog [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q54ML4] | 3.60 | 4.41 |
9 | hisC | Histidinol-phosphate aminotransferase {ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_01023} [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q11VM5] | 3.73 | 4.40 |
10 | infB | Translation initiation factor IF-2 {ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_00100} [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q2VZV0] | 3.88 | 4.26 |
11 | kap123 | Probable importin subunit beta-4 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot O60100] | 3.80 | 4.58 |
12 | KCS1 | 3-ketoacyl-CoA synthase 1 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q9MAM3] | 5.16 | 5.27 |
13 | Larp1 | La-related protein 1 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q6ZQ58] | 3.30 | 4.49 |
14 | mfd | Transcription-repair-coupling factor {ECO:0000255|HAMAP-Rule:MF_00969} [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q55750] | 4.49 | 5.22 |
15 | Pdk | [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase, mitochondrial [Source:UniProtKB/Swiss-Prot P91622] | 3.63 | 4.20 |
16 | R00823 | Putative sugar lactone lactonase [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q92RN9] | 5.04 | 5.48 |
17 | RCH2 | Receptor-like protein kinase 2 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q9LHP4] | -3.85 | -5.02 |
18 | rpsA | 30S ribosomal protein S1 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q49XT0] | 5.02 | 6.06 |
No. UniGene | Symbol | Desc | 유전자발현량 변화 | |
3 d | 5 d | |||
19 | Ank2 | Ankyrin-2 {ECO:0000250|UniProtKB:Q01484} [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q8C8R3] | 5.47 | 4.98 |
20 | B8ASK4_ORYSI | None [Source:UniProtKB/Swiss-Prot B8ASK4] | -2.23 | 2.57 |
21 | cfaD | Counting factor associated protein D [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q54TR1] | -2.18 | 2.41 |
22 | crtp3 | Crt homolog 3 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q55C66] | 5.06 | 4.92 |
23 | Ctsz | Cathepsin Z [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q9R1T3] | -2.18 | 2.57 |
24 | dcd1A | Protein dcd1A [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q55BZ5] | -2.22 | 2.47 |
25 | DDB_G0274487 | CTL-like protein DDB_G0274487 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q869R1] | -2.51 | 2.46 |
26 | Dnah17 | Dynein heavy chain 17, axonemal [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q69Z23] | -3.10 | 2.49 |
27 | eEF1delta | Probable elongation factor 1-delta [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q9VL18] | -3.09 | 2.63 |
28 | ENDO2 | Endonuclease 2 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q9C9G4] | -2.54 | 2.50 |
29 | glnII | Glutamine synthetase 2 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot P04772] | -4.14 | -3.08 |
30 | GNAI_LYMST | Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha [Source:UniProtKB/Swiss-Prot P30682] | -2.51 | 2.44 |
31 | HIF1AN | Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q9NWT6] | -1.88 | 2.46 |
32 | HSF24 | Heat shock factor protein HSF24 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot P22335] | 6.37 | 4.80 |
33 | oxt | Xylosyltransferase oxt [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q7KVA1] | 3.48 | 3.60 |
34 | PCKR1 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q39613] | -1.79 | 2.42 |
35 | PRKG2 | cGMP-dependent protein kinase 2 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot Q13237] | -2.27 | 2.43 |
36 | psmb3 | Proteasome subunit beta type-3 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot O73817] | -2.87 | 2.60 |
<3-3> 고수온 노출에 의한 감태 암배우체의 생리/ 대사변화 예측
상기 <3-2>에서 선별된 노출 초기 차등발현 unigene 및 노출 후기 차등발현 unigene들을 대상으로 DAVID (the database for annotation, visualization and integrated discovery) Bioinformatics Resources를 이용한 분석을 수행하였다. 그 결과, 고수온 노출 초기에는 Novobiocin biosynthesis; Tyrosine, Phenylalanine, Histidine metabolism; cationic antimicrobial peptide (CAMP) resistance 등이 영향을 받으며, pyridoxal phosphate binding, peptidoglycan catabolic process transaminase activity 등이 변화되는 것으로 나타났다(표 4). 노출 후기에는 Ribosome 이 영향을 받으며, translation 과정과 extracellular exosome 등이 변화되는 것으로 파악되었다(표 5).
이와 같이 제시된 51종의 차등발현 유전자들은 감태 암배우체의 고수온 노출 여부와 이에 의한 생리 및 대사변화를 예측하는 생물학적 지표로 사용될 수 있다.
Category | Term | P-Value | Symbol |
KEGG PATHWAY | Novobiocin biosynthesis | 1.90E-04 | aminotransferase(hisC) |
histidinol-phosphate aminotransferase(hisC) | |||
Tyrosine metabolism | 1.50E-03 | aminotransferase(hisC) | |
histidinol-phosphate aminotransferase(hisC) | |||
Phenylalanine metabolism | 1.70E-03 | aminotransferase(hisC) | |
histidinol-phosphate aminotransferase(hisC) | |||
Histidine metabolism | 2.50E-03 | aminotransferase(hisC) | |
histidinol-phosphate aminotransferase(hisC) | |||
Cationic antimicrobial peptide (CAMP) resistance | 7.50E-02 | N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase(amiC) | |
GO TERM | pyridoxal phosphate binding | 6.20E-03 | aminotransferase(hisC) |
histidinol-phosphate aminotransferase(hisC) | |||
peptidoglycan catabolic process | 2.40E-02 | N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase(amiC) | |
transaminase activity | 4.10E-02 | aminotransferase(hisC) |
Category | Term | P-Value | Symbol |
KEGG PATHWAY | Ribosome | 2.90E-06 | ribosomal protein L32(RPL32) |
ribosomal protein L35(RPL35) | |||
ribosomal protein L35a(RPL35A) | |||
ribosomal protein L9(RPL9) | |||
ribosomal protein S16(RPS16) | |||
ribosomal protein S28(RPS28) | |||
GO TERM | translation | 8.10E-03 | ribosomal protein L32(RPL32) |
ribosomal protein L35(RPL35) | |||
ribosomal protein S16(RPS16) | |||
extracellular exosome | 7.00E-02 | cathepsin Z(CTSZ) | |
receptor accessory protein 5(REEP5) | |||
ribosomal protein L35a(RPL35A) | |||
ribosomal protein S16(RPS16) |
<110> KIOST
<120> Seawater temperature change responsive genes in female
gametophyte of Ecklonia cava and the method for diagnosing marine
environmental changes using the same
<130> 2021P-03-007
<160> 51
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 1614
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 1
gctcaatcaa atcttccgac tcggccacca attcgatttg accatttttg agcatcttac 60
caatcttaga tttactccac aggtgctgat tggaatcgtg gacacgcacg taaccttcag 120
gtgcattgag ctcgatgcca gggtgtgccg cgtgaatctt gtcgatgtcg aagcttccag 180
ccttttcaac ggcagccttc cagatccaag gacctaagta acccgcttgc gtcacatcac 240
cgataacgga atcttcgccc cacatttcct tgaatgcttt aacgaactcg atgttttcag 300
gaatgtcgag agattggaaa tacttcatgc tagtgtagaa accatccgca ttctcaccac 360
caataccgag aagttcgtcc tctgtagtag aaatcgtcaa catgtcatac tttttagaag 420
tgacaccggc cgccttgagc tgcttgtacc aagccacgtt actaccaccc acaacagcag 480
tgaacatgag gtcaggcttc ttcagcttta ccttattgat caaagaacgg aaatttgtgt 540
gtccaagcgg atagtattcc tcacccacaa ccttacactt aggatccttt ttcttaagaa 600
cacgctcaat gtgattgcgc gcaatcttca tggatgtacg tggccaaatg tagtcagatc 660
caatcaaata gaaagtacga gaaccgagca catcatacgc ccagtctaga ccaaatatga 720
tttgctgagt cgcttcttga cctgtgtaca caacattctt agaagcctcg agaccttcat 780
agaaagttgg gtagtaaagc atgttgtttt ccttttcaaa aataggaagc accgccttac 840
gagaagcaga cgtccagcaa ccaaaaacac aagctacctt gtcttgaata atcagcttct 900
tggacttctc cgcaaaagta ggccaatcgg aagccccatc ttcttgaatg atctcgatct 960
tgcgccccaa gacaccgccc atctcattga tttgtttgat agccaaacgc tctgcttcca 1020
ccgaacccgt ttcactaata gccatagtac cggtaataga gtgtaattgg cccacaatca 1080
ctttatcatc atatacagcc aagcccgtag tgtttacctc tgaagtaggg tactctttcg 1140
ccgaaacacc ggtaccacaa aaagtcgcga cacccgtggc taaagtcaat aacccccgaa 1200
tagttttatt tagttttttt attttcattt tctttttctt tattagttaa ggagtaatcc 1260
tatgctgctt tgagtagacc ctgggcttcc tcaaaaagat ccatccgaaa aaagtgctca 1320
atctgctcat ccgtcaaacg aggcgaaggt gctccgagat gattggcatc aatttcatct 1380
aacacccacc tcgccttggc tacagtggga gcattggcat tgttccggta aaatacaatc 1440
gcatcacgag cactgctttg ctgacccatt ccacgctgaa aaggcccctg caagccattg 1500
agcagagcct cttgactcac attgaaataa tggggctggg ccagtattcc agccaattct 1560
tctcggtgaa tcggcttatc acaaaactcc gccgcctcca tcaaggccgc catc 1614
<210> 2
<211> 3949
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 2
ccaggatgaa acgatcccct ccctccaaat gaagcaaaac atcaccgtcg cctccttgta 60
gtacaatgga cggctaaacg cgagcgagca ccaaccaacg actctctacc ggaaacgatg 120
ccagaatcac cagttatata caccaccagg ctccacacgg ctttcaaccg aagggtgcgg 180
gagggggaca cgcatgagta ttggcttggc ccatgttttg ctggtgcgcc tactctctat 240
acagcagtgt gagacaggcc cggttgcgat ttcacgcttt accgaaaaag caacctataa 300
aagaagtgcc cgtgcctcct tcgtcatttc tgcgggcgca gcatactcat cgagtgcaag 360
actagggcgc agcgccaaac cgcagcagca gcagcagcag tagcgtcaga cctcgcgcga 420
gtaccgtctc tgccgtcgtc gaggccggca cctttagtca tgtctcattg ttgggttttt 480
ccgtcgcagc agcaaggctt gacggaaagc gcttgtcgga cgaaaagtaa tatagatccg 540
agacaaacta tgtagtctat gcatatatat gcgaccgata cacagtacaa taacaacgtg 600
acggtagacg cccacctgag acacccatac cttaccgaac gggaacgaaa acacgcctac 660
cagaacgata ccaccctaaa cgatgcagaa gccccggcac cacgagctag ttgctgattg 720
gctggggtgc gtgaagccag tccagccgga gaagacacca tctcaccgcc ggatcagaaa 780
tccttccata catctttcat cgacaggggg aaaacctgcc agcatggtac gcaccaggta 840
cgacacggcc cgatattgcc gctgaaacgt cggaagccct cgtgccgcat cgaacttacc 900
gaaagaagaa caaaaacacg cctagcgacc gaggagaaac ccctttcgcg cgaaccgcgc 960
aggagcggga gacgcgcttc cagtcggcac atacttcgta tgaacaaccg tactcctggg 1020
ctagaaagaa catccacaag caaacgacgt atatatatac ggtcagcgat acaatcctac 1080
gcagtcagcc agcgctgccc ggccagcccc cgacatttag caaccgctca cacccatcag 1140
cattcgtagc ggcaaccatt tgttgtgttt tgagagattt gggtcttgac caaaaaggca 1200
aactcctacc ctcgcccctg cctcgcatta ttagaagcgt gcgggtccct cggtaaaaca 1260
gcagggcctg caggggaaga ctcgtacgct ctgtacattc tctgtaaagt ttctgccgcg 1320
acaacggcat cctatcttcg gtcggggtgc atgcggaaaa ttgcacacac ctcactagtc 1380
tccgtcccgt caatctccat cccatcctat cctcgacgca ccggcgggtt agccggctca 1440
acggctaaaa agaatacctc tctcgccaaa aagagaactc agaatccacc ctcatataag 1500
gaaggaacga acgaaccatc actcgggttg gcaaaagaaa acggcctgtc ttgtcagatt 1560
gacctgccag aacgaccatt cagattcacc acccaaaatt accagtctaa tcgaccaatc 1620
agaaccacca gtgaaaagaa atgaacacct gttgatacta atagccgact tattactttg 1680
aaccaatcgt ttttactcaa ttccctaagt ccagtcggtt gaaaggccga agcgaaaagg 1740
ccaagcaact gtccgttcaa cccaccaaga gacgaaagag gagaaagcgc tttcaactag 1800
acccccctcc aagcatcact tggtggtggc cgcggcagaa gcagcagcct tagctgccgc 1860
cgcaggcccg ggcgcggtgt aggactgcat ggctcgggag aggtccgcga tgaggtcctc 1920
ggcggactcg atcccgatgg aaagccgcac caaatcttcc gggaactccc gtgcagcacg 1980
cacctcagcc gggatggagg cgtgggacat ggccccaggc atggagatga ggctgttcac 2040
gctgccgaag ctcaccgtga tcttgaacag cttcgtcacc gagacaatgt gctgggagaa 2100
gacgagggac ccagtacgga agcagactac gctgccgcca ccgctggcct gagccatgtg 2160
gatgtcgtgg tcggggtggc tctccaagcc cgtgtagtgc acgtgcgtgg tgcaagggtg 2220
cgccttgagg aagcgcgcga cgcggatggc gttctcctgc tgcttctgca ctcggaggtg 2280
catggtcttc actcctcgca acagcagcca cgagtcaaac gggcttagcc cggtgccttc 2340
agcgttctgg tagaagtaga tctgctccga gagctcctgg ttcttcgcca ccaccacccc 2400
ggccatcaca tctgagtgcc ccgagataaa cttcgtcgcg ctgtggacga tcagatccgc 2460
gccgagcttg atgggctgct gcaggcaggg cgtcatcatg gtgctgtcca cctccactag 2520
ggcattcttc gagtgtgcca cgcggcagat gtccgggatg ttgatgatgc gctgcatagg 2580
gttggtaggg ctctcgatca tgatgagcct cgtcttgtcc gagatgacgg ccgagaggtt 2640
ggcgggaccc gcgctgcccg acatatcgac gtagcggacc ttcacgttgt tacgggaggc 2700
caccttgcta agcaggcggt acgtgccacc gtagctgtcg ttgttgagga tgatctcctg 2760
ccccgccctc acgaggcgcg tgaccgccga gagagcggcc atccccgtgc tgaacgcgaa 2820
ggccttgtgc ccgtcctcca gctggcagat ctgtttttcc agcgccagcc gggtggggtt 2880
ccccgagcgt gagtagtcgt attcaccgaa tgtcgtcgct gacggttggg cgaacgtgga 2940
aacctggtaa ataggcatgc tgctcgcgcc gtaggggtcg ttggcgcaag ggttgtatga 3000
ggggatcttc gtggccatgc taatctccgt gtcgggcgtg ggccccgctg ttgccgctgc 3060
cgctgccgca gcagacgctt cttcctctgg ggaaagcccg gccaggacag cgtcgaggtt 3120
ggttcggcga cgcttcgagg taacgccccc gaaggagtgc gcaacgtggg acttctccag 3180
caagtcttcc agccgcgacc ctgactgctg gttggagctc tgcttcttgg tacttcctcc 3240
cgaggcagac acggactgac ggagggtctg ctcggcctcc acgaagccct tggtggcgag 3300
gtagtctagt accaggttga gcacgtccgc ctcgccgagc ttgtcggtcg tcgagttacc 3360
gcccaccatc ttcccctttc ccttctcagc catggttgcc tcgagcttcc tcctgctacg 3420
tgcctccttg tagcgctgta gctgctgcga tagcgggtct gttcacccac gagtcacagc 3480
tccacggtgt aggcgaccac gatatcacga ctgccacaac cttgacttgt ggctgggtgg 3540
aggatacgat gcctcagatt acgttcctaa tcacaagtct ctgggatcga gagacggtcg 3600
gagttctttg tggtggtacg tacagcagca gtagttcagt gacgatggtg gttgaaaaat 3660
tatcttgtcg gcgtttttat tcgggaaaca ggggatcgat ttactacaag tacacggagg 3720
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<223> Ecklonia cava
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gcccgctctt gcgcttctcc agcatctctc ggatcgcctt cgtcaccttg cgaagggcga 60
gcgctttgac caccttgtac tgctcggaga tgggcagcac gaacggcccg agcgaagtga 120
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<210> 13
<211> 2716
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 13
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<213> Unknown
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<223> Ecklonia cava
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aacgcgggga tggcgcgtga tgggacgacc gcaactcgtc ccggagtacc actccgaaaa 1560
tcgctggcgt gccacgtcga aatcctcctc cagctcctgc agcatgcact ctgtgtcgct 1620
tgtgtcttgt acttgagcac caactccaag gctgacgcaa gcaaagagag agagcacgaa 1680
aagaggattc atagaaagac gctcggttgg taaccgcaac cttcaat 1727
<210> 18
<211> 1663
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 18
cccggtccgg gtaaaaccaa tcctcttcat catcatcatc atcctcatcg tattcatttt 60
catcgcgatc ctccccatcc tcccctcctt cctctccccc atcccagtca tcgaaaccct 120
cgcgagtatc gtcgtactcg aactcctcca agtcggcatc gctggcgagg gtcgacacgg 180
gactgcatcg gggcaagctc ctagggcgct tgcaggttag cttgatgcgg agaccctcgc 240
ggtcaacctc tttcgcatac acgcgcagcc gcttgttcct ccggagcacc tggggcgccg 300
ccaggccctt gggcctcccc ggaatctcct tgagcaacag gaaccccggc acctccgctc 360
ccacgttaac gtaagcgccc atgttggtca cgcgctccac gtagccccag agctccgccc 420
ccctcgacac gtccgccagc gatatctggg gcctgggagg agggagcgga aggtctccgt 480
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tgaccctggc catgatgaca tccttcgtcg ccaccagtgc tcccgcggtg ggcgtgaagg 600
tctcccccat gtctctcacg tgcaggagac cgtcgcgctc ggcgttaacg tccacccaag 660
ccccgtagct ctctacgttg cggactttcc cctcgatcca gtccccttct tgcaggtcct 720
ccagcttgcg agtgacctgg cggggccacc tggtggccca ggtggcctcc ctgacggcct 780
tcctgcccct ctccttcacg atgtcggaga ttttctttct tcggaagaac ttcttcgtgt 840
acttctctcg cctagcggca gcaatgtccc tgttcttctg cgcctcgtcg aggtactcga 900
ggtgcttctt cggcatggac ttccgcttct cctgccacgc cgcctccttc agcttctccg 960
ccttcatgcg ctccttgtag ctcgcgtacc acaccctcgt tttccgcccc tccccctccc 1020
ggccatcatc gtcgtccaga tcaccaccct ccgttgcgtc cgtcaacagc agctcctcgt 1080
cgctcaaagt catcgatgct ccatcatcgt cgtcctcatc gtcatcatct tcgtcgtcgt 1140
cgtcgtcgct ggcgaggatg gcgtcccact ccgcgtccat ctcctctgag ctcgggggtc 1200
gcttgagggc acagatagcg gtgggggatg aggcaaagga tgatagtcgc gacgatgatg 1260
gtgatggtga caccaaccgc tgtctcaggc cagcaacgac cgccaaggtg gcaccagcac 1320
cagcactgcc gaagctgttt tcaacaccat cgtgaacagc accgagagca cccgacccgt 1380
aaggaactct tcgacggcgc ttgcagcgcg aggaggagga aagtctgcta ctgctgctgc 1440
tgctgctgct gctgctgata gcgatagcgg tgtgagcggc tgtgctacga cgtcggcagc 1500
acgaagttga aggtcgaggg gcggccaaga acccagtggc cgtgtgcgcg ccaccgctgc 1560
cgccgccacc tcctgctgca agacaggctg cgagcagcga agttccgaca gaatatcgac 1620
gaggcatctt cgtatacctc tttagctgtg ctgtacagcc agc 1663
<210> 19
<211> 1469
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 19
cccaacgtca ccaaccaggt tctttcgaac aaacagcacc acgcccacac ggatcacatt 60
taaagggggg aggggggggg ggtagagata tattccgccg cgatttcgtt tgggctatca 120
caccttagcg gcagcagtat tagtgcttag caggttagct ttgcagataa aactttgcag 180
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caaacaccat caaaaaacac tccatccctc tccagcaaaa ccgcacatca cgccgactgc 300
atcataacct cgcaccgtcc cacctcaacg taaaagccaa cagcaaacag cacatccacc 360
ccctgcggac ccagacatca tcacgccgac ttgcatcata acttcccgct catttgatgg 420
ccagaaacat caagagccca tccgcctcca actaaaacta cacatcaagc atcacgccga 480
ctgcatcaaa gccgctcgtt ggtctctcct gagctgagtg aggaaagact cttcagagtg 540
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cccacagtct ttgggcgctt ggcccgctat gaaggcggcc actttcatat gcctggcgac 1200
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<210> 20
<211> 497
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 20
tttttttttt tttttaaacg caaatcaagt tgttgcacga gaaacgaaga agctacgttt 60
tgcgttgggc cccaagacgc gctgcggcgc ctgggggcat gcacgggcgg gagccagctt 120
aggcgcacac ctcgttgatg gcggcgacga tgcgcgacga ctcgtagtcg ttctcgcaca 180
ggtgcacgag cgtcttgacg tacttgaagc cgtagtcggt gaagcggccg cagctgttgg 240
cgaaggcctc gaccgtctcc ttctggcacg cgtgctgcgt gatgcgcgtc accggcgtcg 300
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actcgtccgc ctgcgtgtag cggttgatga ggtagtgcag cttggcgtcg cgcgagtcga 480
cctgggcgcg ggcgccc 497
<210> 21
<211> 1798
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 21
gtccagacac acaacgattt cctacgccac caccgggtac acgccctcgt cgagcgcgcc 60
gcagatgttg cccgtctgcg cgatgcgcac gtagccgtcc tcgccccagt gcgtcgacca 120
gctgttctgc acgatcgtgt acacggagcc gtcctcctgc gtctcgtagc cgacggccag 180
cacctcgtgg tcgaggtcgt cctcgccgtt gaggcagatg gggtcgtcgt agaggccgcc 240
ctcgtagaag tagaagctgt cgggcgtggc gtcgatggcg atggagagcg ggccgatggt 300
ggccagcgcc gagttgaacg cgtcggcgtc gttcgacgtc acgttgacgt agctcgtgag 360
cgtggcgccg cccgtggccg agtcggagcg gcagaagccg tcctggttct cgtactggta 420
cgtggcggcc gtgtccatga cgccggcgtt gccctcgagc acgtaggaga aggccttgga 480
ggccgtcgag ccctggcagc ccttgttgcc ccactcccag ccgcagtcca tgagctgctg 540
cgccgagagc ggcgtcacgt ccgagtccgg gtgcgccagg aactgcgcgg cggcagcagc 600
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ggcgcccttc tggcgccagt ccacgttggc aggcagctgc ggcacgacct cgtcgtacac 720
gcccgcggcg ggcacggcgg gcggcacgcc gtcgtccacg cggccgagca gctggtggcg 780
cgcctcgcgc ggcatgtcgg cgaagtggtt gagccccacc gtgaagctgg cgcccttgtg 840
gttgtgcgcg ttgatgtagt gcatggcgcg ggcaaagtgg ccaaaagcct cggccttgtg 900
cccggccgtc tcgtactcct tgtcaaagta atcgacaaag gcggcgaaga tctcggcctt 960
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gtcgtcgggc gtgaacagcg aggggtcctg cgcgcccgtg gtgatctcgt ggtagtccat 1140
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cgacgaccag cactgcatct cgttgaaggc ggggctcagc tggtagctct cgccgccctc 1440
gctggcgtcc tggatgtaga cgtcgcggtc gtcgtagtac gacacgcgct gcttctgcag 1500
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gccggcgctg cagtggccgc ccgactccac gaaggagccc gagtcgtcca cgcgctggcc 1680
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ggcggccagg cccagcacgg cggaggtgga gatgatcttg agcatcgtcg aagtgcgt 1798
<210> 22
<211> 1858
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 22
cacgccgtta ctttgtattg cgcagctgca gttcccgcgg gaaatgcgag ggcttgctgg 60
gggagtgaga acttgtgaat cctctgctcc gaccaggcac accacaccag catcaactct 120
ccagctctgt gacatctctt ctcttcatca acccgctgcc aatacgcttc cattcatcgt 180
cgtagcctta accttgtcat atcatgtaca gcacaatcgt atcatcatgc tcgccactcg 240
tgagtgaact tatcggttct tgctccttcc cttcgccaga gccttctgca gctgcgcctc 300
agaggccgca gccgagtgcg atgacctgtt ccggaaggtt ccaggaactc gcggtgatgc 360
caccgccaac ttcatcgtcg cgatgtcatc cgggtcaagc tccgcctggt ccttctcgtt 420
gtcgggctcc gagtagtaca cgaagatggc catcaccagc gacacgaggc tgaagtagtc 480
gtacttgccg atggtctcgc gggccacgcc agacacgaac ttcacggagt tcagtgcatc 540
cacgaggggc agacggacag cgttggcgac cacgaagagc acagatgaac ccttcttgaa 600
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gttgccgttg gagatgcagt cgttgtggaa ggcggtgctg ttggccgtca ggtccacgct 780
ctcgccgaag aagcactggt tggcgttctt cacgaaggtc gggaactgcg agatgttgat 840
gggcgggtgc ggggcgacga agggggggat gaacacggtc cagaaggtga gggctcccca 900
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caggccggtc tccttgtaca cgttggaggc tgcggacggg atgttggaca gcactgccag 1020
caggatccag ccgaagctgc cggagaaggc tggggtgccc aggctgggag acagcttcac 1080
catgatgccg tacaccacca ggatggcgcc ccagtagtgc accttcttgt agcgggtctt 1140
caggaagaag aaggagccga tcatgttaat gggcaggatg gtctggctca gcacgttgct 1200
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ctcgatgtcg ctaagctgcc gcactcgctc gctgccgccg ctgagcacgc ggtcgcggtg 1620
ggctacatcg ttagacccga agcctgtctc cgggtctgcc tcaatcaata atggctggct 1680
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tccggactgg aatgtgggtg gcttggagag tgaaaagtgc caacactgcg gtgcaccgcg 1800
tagcaatcct agacctccaa gtgttgcgca gcgcttgggg actgcgctga tgtttgca 1858
<210> 23
<211> 971
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 23
gccagctgtc gcgcgagatg cggccgtcga agccgtcggg gcgggcgcgt cggagtatgc 60
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cctgctcgcc gtcctcgggg ccgcccgtgc cgtagccgcc gatggacacg acgtggttgg 300
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cgtgcgccca gcagctgccg cagtacacgg ggatgtgctg gttcaggttg gggctggcgt 780
agctgacgcc gtcgatgttg cggatgtcgt acgacgtggg cgtgtcgtcg ccgaactggg 840
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<223> Ecklonia cava
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gcccacagcg ccgccgctaa accaaatcga ttattcattc cttagggtac ccctccgccc 60
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<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 25
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ctgacgtgcg cctgcgcgtc tctgctgcag cacaagagcg tgctcaacgt ggcgtacgtg 660
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ggcagcagca acgtggtctc ctcggcgctg aagcgctccg tgacgacgag cttcggctcc 1020
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cggctgatgg agttcttcaa cctgtacgcg ttcacgttcg tgggcatcta cggctacagc 1200
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atgggcatcg tcggcttcct ggtgggctac gcgatggcgg ccgtggtgat gcgcgtgctg 1440
cactcggccg tggtcaccgt gttcgtgtgc ttcgccagcg acccctacgc gctgagccag 1500
acgcacccgg ccgagtacaa cgcgatcctc gcggcctggc agcagttcca cccgacgtac 1560
gtgacgtgga tcgtggtagc gtagtcttca ttcccatctc ccccgtcgtc ccgtcgtccg 1620
ccgccccatc aacgaactta cccgatcatc gggtcctgcg acggcagcgc cccggtactc 1680
cagcacggtc tgcggcggca acgtcccaac agagtacttg agcaggagtt cattgccgcc 1740
cgccgcactc cggcactcca gcagtcgtcc cgtcgccccg ccgccccatc aacgatcttc 1800
gacgggtcct gcgacggcaa cgcccgcccc cacgctcgcc ttgtagcgcc caaagctcat 1860
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gccccggcac tccagcagtc gccccaacga acttacccga tcttcgacgg gtcctgcgac 1980
ggcaacgccc gccccacgct cgccttgtag cgcccaaagc tcatggactg gatgatgacc 2040
gtccccggcc ccgtcagcgt cgacgagcag cagccctcgc cgccgcagca catcatcagc 2100
ggcgaccccg ccgcgcgcgc gcccagcgac accgtcgagg accagcccac gatcgactgc 2160
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caccagcccg tgcacccgtt gaacgccagc gacacgtcgt actcggtgcc cagcgcgccc 2340
agcagcgagc ccaggcggca gtgcaccgtg cccagcgacg agaggtccca cggcacaatc 2400
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gtgatcttgc agggcgactg ccgcgcgcag caccgcgtgc agcacgacgt cacgtcctcg 2520
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tcgac 2705
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<220>
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<400> 26
atccactcta ctctagtact ccgactgaat catgtctgga cgcggcaagg gcggcaaggg 60
cctcggcaag ggcggcgcga agcgccaccg caaggttctg cgtgacaaca tccagggcat 120
caccaagccc gcgatccggc gcctggcgcg ccgcggcggc gtgaagcgca tctcgggcct 180
catctacgag gagacccgcg gcgtcctcaa ggtcttcctc gagaacgtga tccgcgactc 240
ggtcacctac accgagcacg cgcgccgcaa gacggtcacg gccatggacg tggtctacgc 300
gctcaagcgc cagggccgca ccctgtacgg cttcggcggc taagcgcctc cggtgtcgtc 360
tacgaccccc ccaacacaac tctggtgttc ctaaacacca ccctgcggac aaacgctgtt 420
ctcgtcggtc gttctgtgtc atgaaactgc gccgcgccgc accctgtacg gctccggttc 480
ctcggcaagc aaactatcct ttactccgct ccgtccgact gcatcacaat cgccgtcccc 540
gcgctgatcc acttgctggt tccgtcgatg accggcagcg tggcgaggaa cacgtacgtg 600
gggccgcgga aggtggtgat gtagcagggc gtctcgtaga tgttggggtc gtggcgcagg 660
tagccgacgg acgagggctc ccagcgcgcg tcgacctgca cggccttgac gtagacgacg 720
gggagcgcgg gcagcagctc cttgaggcgc gactcgacga ggtagccggc gcagggcgtg 780
ttggcgacgt tgacggggtc gcctgcctcg tcgcccatgg gccagcgcgc gccctcgatg 840
aagaggccgt gcacaaaggc gccgtcctcg gggtagtagg tgcactcctc gggcagcagc 900
atggtggtga cgtgcgtctc gagcgtcatc ttgtcgagcg gcagcgagcg cttgcgcgcc 960
gtgacctgca tgacggccgt gaggaaggcc gtggggttga agaggccggg cagccagagg 1020
ctcttgggcg tctcgagcgt ctcgatccac tcgttgagct ggtcgatgcg gcgcagcagg 1080
tccgcgaacc agttgttgag caccttcttg gaccaccagg cgagcttctc ccacgagcag 1140
agcgagaagg ggtcgcggcc gggcacctgg ttgatgctca gcgccgtggc caggtcctcc 1200
atggcctgcg tcatgttgag ctggcccttg aggcccttgt cgagctccac gagcgagcgc 1260
cgcatctcgg ccagcagcac gttcatgcgc gtgcactcct gcacggccac cacgatgaag 1320
ggcgcgtcgg gcgactcgaa cttctccttg gcgcgcatct tgagcgtgac cagctcgaac 1380
tgctcgggca tgcgctcgag caggcccttg acgaggaagc gcgagaaggg gctcagctcc 1440
acgtcgggca gcagcagcac ggcctggaac ggccgcacgt cggccacgac gggcgcagcg 1500
gcgtcgtcgt cgtcgta 1517
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<211> 501
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
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caccttgtcg tgcacctcgc cccacgtgag cccctccatg gtgacgttgg cgcggatctc 60
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cgacgagcga aagaccagct ttgttgccac caaccgaaga ctacttaaag gcggttcatc 180
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gccacgtcca ccttgtcgtg cacctcgccc cacgtgagcc cctccatggt gacgttggcg 360
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<211> 923
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
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tttttttttt tttttcaaag aataacgagt attgtacgca ccatcaccac tctagtactg 60
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ctccacgccg tggtacgccg tcgtgcacgc cagcagcatg ccctcctccg cgtactccgt 240
cgcgcacgcc tccaccttgc tcacgtcgag ggcgtcgatg caggccgtcc agcgctccac 300
gtcgcccgcg tacagccccg agtcgatgtc cgtctgcagc gccgcgaacc actcgtcctg 360
cgagtcgtcg tagtcctccg cgatgctgcg ctcgatcagg ctgtagtccc agagcccgtg 420
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<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
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atcattttct tttatacatc tgcggattta accgtcttaa tgataactgc agctactttg 60
taagggtcag cagctgagtt ggggcgacgg tcttctaagt aaccattcca tcctgcatca 120
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cagaaatcat tatcatcatc ctgaatggta gcgcgaccat tagttgggtg cggtgtacca 780
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tattgattag tttgtgtatg tttaacaaat aggttgtcac catcgacact gtatcaatac 3840
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tgattttctt agatggcgtc tgcgccattt tctcctgttc taattcttgt cactttactt 4080
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atctatctaa ctaattatca ataacttaa 4589
<210> 30
<211> 1161
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 30
caccgcacac acaccgcaca caccgcacgc accgcgcaca cccctactcc atgaagccgc 60
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gaactggcga agatactcgc aatcccgtcc gtgttttaca ttcaagtaaa cagggatctt 480
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ttgggtccag cccattcata cgactccctc gcagaatccg attttggggt gaggtacaga 780
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cgacaaacac cgctattgat gtagaatact cagcactaga cgcctgcctt tccaccggtg 1200
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gaacaacgtg tgacgttccc gaggaaaacc tcatatttca tgatttcact gccccacttg 1560
gtagacgctc atggcccact ttccaccgca tatttccccg tttttagcgc ccgagcaggg 1620
cttgttgcag tcggccttgc cgtgcctgtc gaactcgatt ttggagtgac cgcaccagca 1680
ctctctgccg tactgggtcg cgacgaactc gttacccttg cagtctttcg cgcatttctt 1740
ggtggtcatg gtgtctccag atgaccttaa agcgaacacg cggtcctccc gggtgtcccg 1800
gaagcatccc ttgtaattgt acccctcgag ctgagctttc tcattgtctt cgctgtccgt 1860
gatggcagat ctgatcgttc cgttaggccc ctcgatcgaa acgttcttgt aaataacctc 1920
ttggtcatgt acgttgc 1937
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<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
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cccgagatcg tgacggccgc cgacgtgcgg cccgagcgcg agcccacggc ctcgatggcc 60
tggatgacct cgtagccctc gatgacctgg ccgaagacgg accggcggaa gacggcggac 120
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ggcgagggcg cttagagcgc gccgcagccc gagatcgtga cggccgccga cgtgcggccc 240
gagcgcgagc ccacggcctc gatggcctgg atgacctcgt agccctcgat gacctggccg 300
aagacgacgt gcttgccgtc gaggtggggc gtgtcggcgg tgcagatgaa gaactgcgag 360
ccgttggtgt tggggccggc gttggccatc gacaggcagc cggggccggt gtggcggccg 420
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agctggcgga agttctcggc ggtgcggggc acggtgtcgt tgtagagctc catggtgacg 660
cggccggcgg cgttgtcgcc gatggacatg tcgaagaaca cgcgggggtt ctcggggttg 720
acgggggtgg cgggcgtgta ggacatggtg ggaacggggg cggtcgaatt cagcgggtgc 780
t 781
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<211> 1899
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 35
cagtcaaagg cgtcgcggca cggcggcacc cacggcgcgt cgagcgtgcg cgcgagcagc 60
gcgttgaagt cgaagtcggc gaaccaggcg tgctccttga tgtcctgcgc gccgccgcgc 120
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gcctggtcgc gcacgtgctt gggccacgtg aactcgccgc gcacgatgtt ccggcagatg 240
gccatctcgt cggcctgcgt gtcggcgaac ggcgagtagc cgcagagcat ctcgtagatg 300
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<213> Unknown
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<223> Ecklonia cava
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gctgcagctg tgcttcctca tctcggacgg gttcttcgag caggaccgcg agcgcgtgcg 60
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tttttttttt tttttcaccg aaaccaaccc ttcaatgcgc caacgcacac aaacgaccga 60
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<223> Ecklonia cava
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ctgcagaagc ccactcaagt ttccctaccc agcgaagaga caacagctta gttgtcctcc 60
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<212> DNA
<213> Unknown
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<223> Ecklonia cava
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<212> DNA
<213> Unknown
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<223> Ecklonia cava
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<212> DNA
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<220>
<223> Ecklonia cava
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<223> Ecklonia cava
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ctgaaccagc tttcaatgac gcctcccaac ttgcctccga cacggacgac cgacggacga 60
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<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
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<223> Ecklonia cava
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<212> DNA
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<223> Ecklonia cava
<400> 46
tttttttttt tgaaagaatc cctgatttga ttcccgacac gaccgtagca ctgcaagcct 60
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<223> Ecklonia cava
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<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
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ttttttttca ggacgaaaaa cagttcgttc agcttgggct aaggcaacgc cagcgccgcc 60
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gccgagccca cgcccgagtc gccgctggcg aacatgatgg agatgccgcg caggccctgc 660
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atgccgggct tcttctccga gttgtcgccc acaaacacca ccgacgtggt gttggccgag 960
ggcatgtact tggcccagaa cttctccagg tccgacgtgg acacgtactg ctcgaggaac 1020
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tacaggtcgc gcagcaccga gggcgtgttg gtggtcacgt cgggctcgac gctcgtgacg 1140
gccagctgct gcacggccgg caggcgcacc gtgggcgaca caaagtcgac gtgctcggcg 1200
accgactcgg gcagcgagta gcccgcggcc gtggtgcgga tggccaggcg gcccgtctcg 1260
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<223> Ecklonia cava
<400> 49
acggaaatga aagggtttag ggtacttctg ggccgctggg ccgcacttcg atccccactc 60
cgttcggagt tcgccgcccg ccgcacgact gacgcggcaa gacgacgacg acgacggccg 120
agggacctta aaccgtgctc ggcacgctct ggtagtgccc aaacgcgctc ttcttggtgt 180
cggcgaggta cttgcgcagc ccgtcgccgg cgaactggcc gcccgtgtcc tggtcgtcgc 240
agtagcacag caggatggtg tcgatgctca tgctgaacac ggccaggaac gacgtggcca 300
cgccgtaggc catgatgccc gtcaccagca gcgggaagat gggcgacgag atgtcggcca 360
cgtcgccgag cgccgtcgcc ggcatgttct ccggcgggtc gtcgatcacc gtgaacatgg 420
ccagcatgct cagccccacc acgcccacct tgcccatgag gatcaggtac gagctgatga 480
tgttcaccgt ggccaccgac gccaggttgc ccagcacgag gtcgaacgcg cgcttcatgg 540
ccgagcagaa cgacgagccc ttcatggcga cgatgatgta cgcgttgaag ctgatgaact 600
tgaggcactt ctcgaagcac cacaggtaca cgcggcagca gcagagggcc atcttgacga 660
tcttgttgtc gtcctgcagc tgcttcgtct tctggtcaat gtactcggcg atgatgcgca 720
tcagctgcac gatggccacg atgagcgagc ccaggatgag cgagcccagg tggtacttga 780
acgcgcgctt gaacgagcgc cacacgggcg agggcttcag ctcgcccttg tccatcgtga 840
agtaccactc gcacacggcg cccgccacgg tgcacatcag tacggccgag accagctggt 900
tgacccacag cagcccgaag aggtggtaga gcatcaggta cggcccgatg tcgtcctgcg 960
actggtccac ctcgatctcg ctgcccgtgt tggggtccgt gtacgactcg gtgatgtccg 1020
acgtggtgat gttctccgcc gaggcgatgt acatgccgaa ccagacccag atgccgagcc 1080
ccacgagcat gaaggccgcg gccgccatgg gcgtcagcgc cagcgtaggc atggcggcca 1140
gcgcgtgcga ggcctccttg acgatgccga tggccacgtt gatgcgcgag cgcaggaaga 1200
tgagcgccag cagcacaatg acgtcggccg cgatgaagca gtaggccgcg taggcgtagt 1260
agtccttcag gtccgacgcc tccaggtccg tcggctgcgc ctcgtcctcg ttcacctggt 1320
acaggtaccg gtccagcagc ccgccgcggt cgcacaggaa aatcgtcgcc gccagcagga 1380
tcgcgcacat gaggataatc gtgctccaga ccatgcactt ggcgaaccgt ttcaggagga 1440
tgatccacac gaacgacgcg gccagcgcca cgaagccgcc gcacagcatg atcgcggcct 1500
cggccttctc cacgtcgccg atccagcgcg ccaccagctg cccgcccgag ttgagcatgt 1560
cgtacagcgg gtcgtcctcg gcctccttga ccacgtactt ctccgtgtac gtctccgagg 1620
tgatgcactc gggctcgttg tcctccagca cctcgtcgca gtcgcggtcg ccgcacgagt 1680
acgacacgcc cgagtcgggg ttgacgcagc ggatcaccga cgtctcgtcc acgtccttgt 1740
tgctcaggca gcggaacagc accgacaccg tgtccatcgg gatcacccac ggcgagcccg 1800
ccgactcggc gccctcctcc acaaactcgc cgtcggccag catcgggcac tcgtccacgc 1860
acacgccgta gaacgggatg tcgaacgggt tgccgccgca gctggggtcg aaggggcacg 1920
aggcctgcga gtaggcccag ttcaggtcct ccgtgatgcg cgggtagtag atgttcttct 1980
tgtcagagta cttgccgtag ccgcacacgt cgccattgtg gtcggtgccg tagatcaggc 2040
gctcgggcat gcccttggcg tagcccacga agcagatggc 2080
<210> 50
<211> 1169
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 50
cccgagtccg ggcgtttgcc caccaccgac acgcggtggt cctggttggt gccgctgttg 60
gcgttgtcga agacgccgcc cgagtacagc tggaacgcca gcttgtcggc ctcgatggcg 120
accgagacga ccgtctgcgc ggccgcggcc tgcagcgagt cctcgtcgtc ctcgggcacg 180
tccgtgaacg aggagatctg ggccgcgggc gagcagctct ggcacgagcc gtccttgccc 240
gtgtacgagt agtccgactc gaggcactgg ccgccgttgt cgatgatgta ctggaacgcc 300
gtgtccatga ggccgccgtt gcagccgtcg tccgtcgtgt cgcagtcgac gatctgctgc 360
tccgagagcg acacgaggtc gcccgtggcg atggcgtgcg cgccctcgat cgaggccgtg 420
gccgagaagg cccagcacga gccgcactgg ccctggtcct tgacgtcgtt gacggcgccg 480
ttgtcgcgcc agtcgaccga cgagtccagc gaggacacgt cgacgtcgcg gccttgaact 540
cgtcccacgt caggtgcgag taggcgttgt ggccgagcgt gtacgacagg cccttggcgt 600
tgtgctcctt gatgtaggcg tcgttctccg cgaagacgtc gaggcgcttc acgtactccg 660
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cggggaccgt gaagggcagg tcggccgtcc agtcgccctt ggtgccctgg ccggggcacg 900
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cgttgcactt ctcaaagtcc gaggcggcgg cgaagccgag gacagcggcg gcggtgagct 1140
tgaacatggg taacgttatc gagtttcct 1169
<210> 51
<211> 927
<212> DNA
<213> Unknown
<220>
<223> Ecklonia cava
<400> 51
cgacaagaca ccagcagtag catcagcagc acgggcacca gcagcggtgg cggcaagcga 60
ctggccgaca ggccgctcaa agcaaaaatc gagacacctc gtcctcctcg ggtatgcgac 120
acgagaggct ttccgtcccg aaggcgtgtc ttcttcggct aacccaggcg tacatctcgt 180
cgcgcacgct ctcggggacg gcgttgaaca acgccgccag caaggggtaa ggagcgttca 240
tccgagacat gatctccaca agtgccgacg agcgcgtgaa caggtgcccg tccttgttaa 300
ggacggcgat gctgctcaga cgctcctggt cttgcccgaa ggagtggagg agcgacagac 360
ccatctcgct gttttgggcg cagaagcgca tgttcccggc gtccgagtta gaaatcatca 420
tccacacgcc agagttgcag aagttgcact cgccgtcgaa gagcaccacc gcgctgtccg 480
cgcactggaa cactgcgtgc tccaccccac ctctcacgtg cgcatcgccc caaaaccaac 540
tgtcgaagtc actccctgac acgttcgggg tcctctccga ctgcggcggc accgtcgagc 600
tcatccccac cacatgtcgg catggccggg gcgttgtttt atgtcgggat tcgactcggc 660
ccacttggtt gccaagtgtt gctgcggact tgccaccaat agttgtgcga acaaccgagg 720
gaaccgcgaa cccagcggcc ccgtgcgcga gcaagagcac tgctgttgcg aacagtccgg 780
tagagtgcat gctgtgaggt gtgttgatgc gactctaggc tctgcacgag gaggcgcgta 840
gggctcgggc ggcgagacgg ctccgatggc gaaggcgaac gaatggagac taagcgtgga 900
agcaaagtcg aagaagaagc agcaggc 927
Claims (12)
- 하기 모든 유전자의 핵산 서열의 올리고뉴클레오티드 또는 그의 상보가닥 분자가 모두 집적된, 감태 암배우체의 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 마이크로어레이(microarray):
서열번호 1로 기재되는 유전자, 서열번호 2로 기재되는 유전자, 서열번호 3으로 기재되는 유전자, 서열번호 4로 기재되는 유전자, 서열번호 5로 기재되는 유전자, 서열번호 6으로 기재되는 유전자, 서열번호 7로 기재되는 유전자, 서열번호 8로 기재되는 유전자, 서열번호 9로 기재되는 유전자, 서열번호 10으로 기재되는 유전자, 서열번호 11로 기재되는 유전자, 서열번호 12로 기재되는 유전자, 서열번호 13으로 기재되는 유전자, 서열번호 14로 기재되는 유전자, 서열번호 15로 기재되는 유전자, 서열번호 16으로 기재되는 유전자, 서열번호 17로 기재되는 유전자, 서열번호 18로 기재되는 유전자, 서열번호 19로 기재되는 유전자, 서열번호 20으로 기재되는 유전자, 서열번호 21로 기재되는 유전자, 서열번호 22로 기재되는 유전자, 서열번호 23으로 기재되는 유전자, 서열번호 24로 기재되는 유전자, 서열번호 25로 기재되는 유전자, 서열번호 26으로 기재되는 유전자, 서열번호 27로 기재되는 유전자, 서열번호 28로 기재되는 유전자, 서열번호 29로 기재되는 유전자, 서열번호 30으로 기재되는 유전자, 서열번호 31로 기재되는 유전자, 서열번호 32로 기재되는 유전자, 서열번호 33으로 기재되는 유전자, 서열번호 34로 기재되는 유전자, 서열번호 35로 기재되는 유전자, 서열번호 36으로 기재되는 유전자, 서열번호 37로 기재되는 유전자, 서열번호 38로 기재되는 유전자, 서열번호 39로 기재되는 유전자, 서열번호 40으로 기재되는 유전자, 서열번호 41로 기재되는 유전자, 서열번호 42로 기재되는 유전자, 서열번호 43으로 기재되는 유전자, 서열번호 44로 기재되는 유전자, 서열번호 45로 기재되는 유전자, 서열번호 46으로 기재되는 유전자, 서열번호 47로 기재되는 유전자, 서열번호 48로 기재되는 유전자, 서열번호 49로 기재되는 유전자, 서열번호 50으로 기재되는 유전자, 서열번호 51로 기재되는 유전자.
- 제 1항에 있어서,
상기 유전자는 감태(Ecklonia cava) 암배우체로부터 유래되는 것을 특징으로 하는 감태 암배우체의 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 마이크로어레이.
- 제 1항에 있어서,
상기 마이크로어레이는 기후변화에 의한 해수온 변화에 대응하는 감태 암배우체의 반응을 확인하는 것을 특징으로 하는 감태 암배우체의 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 마이크로어레이.
- 1) 실험군인 감태 암배우체와 대조군인 감태 암배우체에서 각각 RNA를 분리하는 단계;
2) 단계 1)의 실험군 및 대조군의 RNA로부터 cDNA를 합성하면서 실험군과 대조군을 각기 다른 형광물질로 표지 하는 단계;
3) 단계 2)의 각기 다른 형광물질로 표지된 cDNA를 제 1항의 마이크로어레이와 혼성화시키는 단계;
4) 반응한 마이크로어레이를 분석하는 단계; 및
5) 분석한 데이터에서 제 1항의 마이크로어레이에 집적된 유전자 발현 정도를 대조군과 비교하여 확인하는 단계를 포함하는 감태 암배우체의 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측 방법.
- 제 4항에 있어서,
단계 2)의 형광물질은 Cy3, Cy5, FITC(poly L-lysine-fluorescein isothiocyanate), RITC(rhodamine-B-isothiocyanate) 및 로다민(rhodamine)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 감태 암배우체의 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측 방법.
- 1) 실험군인 감태와 대조군인 감태에서 각각 RNA를 분리하는 단계;
2) 단계 1)의 RNA를 하기 각각의 유전자에 상보적이며 유전자 증폭이 가능한 프라이머 쌍 모두를 사용하여 실시간 RT-PCR(Real-time reverse transcript polymerase chain reaction)을 수행하는 단계:
서열번호 1로 기재되는 유전자, 서열번호 2로 기재되는 유전자, 서열번호 3으로 기재되는 유전자, 서열번호 4로 기재되는 유전자, 서열번호 5로 기재되는 유전자, 서열번호 6으로 기재되는 유전자, 서열번호 7로 기재되는 유전자, 서열번호 8로 기재되는 유전자, 서열번호 9로 기재되는 유전자, 서열번호 10으로 기재되는 유전자, 서열번호 11로 기재되는 유전자, 서열번호 12로 기재되는 유전자, 서열번호 13으로 기재되는 유전자, 서열번호 14로 기재되는 유전자, 서열번호 15로 기재되는 유전자, 서열번호 16으로 기재되는 유전자, 서열번호 17로 기재되는 유전자, 서열번호 18로 기재되는 유전자, 서열번호 19로 기재되는 유전자, 서열번호 20으로 기재되는 유전자, 서열번호 21로 기재되는 유전자, 서열번호 22로 기재되는 유전자, 서열번호 23으로 기재되는 유전자, 서열번호 24로 기재되는 유전자, 서열번호 25로 기재되는 유전자, 서열번호 26으로 기재되는 유전자, 서열번호 27로 기재되는 유전자, 서열번호 28로 기재되는 유전자, 서열번호 29로 기재되는 유전자, 서열번호 30으로 기재되는 유전자, 서열번호 31로 기재되는 유전자, 서열번호 32로 기재되는 유전자, 서열번호 33으로 기재되는 유전자, 서열번호 34로 기재되는 유전자, 서열번호 35로 기재되는 유전자, 서열번호 36으로 기재되는 유전자, 서열번호 37로 기재되는 유전자, 서열번호 38로 기재되는 유전자, 서열번호 39로 기재되는 유전자, 서열번호 40으로 기재되는 유전자, 서열번호 41로 기재되는 유전자, 서열번호 42로 기재되는 유전자, 서열번호 43으로 기재되는 유전자, 서열번호 44로 기재되는 유전자, 서열번호 45로 기재되는 유전자, 서열번호 46으로 기재되는 유전자, 서열번호 47로 기재되는 유전자, 서열번호 48로 기재되는 유전자, 서열번호 49로 기재되는 유전자, 서열번호 50으로 기재되는 유전자, 서열번호 51로 기재되는 유전자; 및
3) 단계 2)의 유전자 산물을 대조군과 비교하여 발현 정도를 확인하는 단계를 포함하는 감태 암배우체의 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측 방법.
- 제 1항의 마이크로어레이를 포함하는 것을 특징으로 하는 감태 암배우체의 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 키트.
- 제 7항에 있어서,
상기 키트는 기후변화에 의한 해수온 변화에 대응하는 감태 암배우체의 반응을 확인하는 것을 특징으로 하는 감태 암배우체의 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 키트.
- 제 7항에 있어서,
상기 키트는 스트렙타비딘-알칼리 탈인화효소 접합물질(streptavidin-like phosphatase conjugate), 화학 형광물질(chemifluorescent) 및 화학발광물질(chemiluminescent)로 이루어진 형광물질 군으로부터 선택되는 어느 하나를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 감태 암배우체의 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 키트.
- 제 7항에 있어서,
상기 키트는 혼성화에 사용되는 완충용액, RNA로부터 cDNA를 합성하기 위한 역전사효소, dNTP 및 rNTP, 표식시약, 및 세척 완충용액으로 이루어진 반응시약 군으로부터 선택되는 어느 하나를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 감태 암배우체의 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 키트.
- 하기 각각의 유전자에 상보적이고 상기 유전자를 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 모두를 포함하는 감태 암배우체의 해수온 변화에 의한 스트레스 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 키트:
서열번호 1로 기재되는 유전자, 서열번호 2로 기재되는 유전자, 서열번호 3으로 기재되는 유전자, 서열번호 4로 기재되는 유전자, 서열번호 5로 기재되는 유전자, 서열번호 6으로 기재되는 유전자, 서열번호 7로 기재되는 유전자, 서열번호 8로 기재되는 유전자, 서열번호 9로 기재되는 유전자, 서열번호 10으로 기재되는 유전자, 서열번호 11로 기재되는 유전자, 서열번호 12로 기재되는 유전자, 서열번호 13으로 기재되는 유전자, 서열번호 14로 기재되는 유전자, 서열번호 15로 기재되는 유전자, 서열번호 16으로 기재되는 유전자, 서열번호 17로 기재되는 유전자, 서열번호 18로 기재되는 유전자, 서열번호 19로 기재되는 유전자, 서열번호 20으로 기재되는 유전자, 서열번호 21로 기재되는 유전자, 서열번호 22로 기재되는 유전자, 서열번호 23으로 기재되는 유전자, 서열번호 24로 기재되는 유전자, 서열번호 25로 기재되는 유전자, 서열번호 26으로 기재되는 유전자, 서열번호 27로 기재되는 유전자, 서열번호 28로 기재되는 유전자, 서열번호 29로 기재되는 유전자, 서열번호 30으로 기재되는 유전자, 서열번호 31로 기재되는 유전자, 서열번호 32로 기재되는 유전자, 서열번호 33으로 기재되는 유전자, 서열번호 34로 기재되는 유전자, 서열번호 35로 기재되는 유전자, 서열번호 36으로 기재되는 유전자, 서열번호 37로 기재되는 유전자, 서열번호 38로 기재되는 유전자, 서열번호 39로 기재되는 유전자, 서열번호 40으로 기재되는 유전자, 서열번호 41로 기재되는 유전자, 서열번호 42로 기재되는 유전자, 서열번호 43으로 기재되는 유전자, 서열번호 44로 기재되는 유전자, 서열번호 45로 기재되는 유전자, 서열번호 46으로 기재되는 유전자, 서열번호 47로 기재되는 유전자, 서열번호 48로 기재되는 유전자, 서열번호 49로 기재되는 유전자, 서열번호 50으로 기재되는 유전자, 서열번호 51로 기재되는 유전자.
- 제 11항에 있어서,
상기 키트는 기후변화에 의한 해수온 변화에 대응하는 감태 암배우체의 반응을 확인하는 것을 특징으로 하는 감태 암배우체의 고온 및 저온 스트레스에 대한 노출 여부 확인용, 또는 감태 암배우체의 생리 또는 대사 변화 예측용 키트.
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