KR101867934B1

KR101867934B1 - 슈도모나스 속 세균의 동정 방법

Info

Publication number: KR101867934B1
Application number: KR1020150156917A
Authority: KR
Inventors: 명인식; 심홍식; 이영기
Original assignee: 대한민국
Priority date: 2015-11-09
Filing date: 2015-11-09
Publication date: 2018-06-15
Also published as: KR20170054150A

Abstract

본 발명은 시료로부터 분리한 식물 병원 세균의 23S rRNA 염기를 확인하여 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)를 동정하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 동정 방법 및 동정용 프로브를 이용할 경우, 슈도모나스 속으로부터 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)를 효과적으로 동정할 수 있다.

Description

슈도모나스 속 세균의 동정 방법{Method for identification of the Genus Pseudomonas}

본 발명은 슈도모나스(Pseudomonas) 속 세균의 동정 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 시료로부터 분리한 23S rRNA의 염기를 확인하여 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)를 동정하는 방법에 관한 것이다.

병원성 세균의 유전자 진단방법으로는 Dot-blot 또는 중합효소 연쇄반응(PCR) 등의 방법이 이용된다. 특히 PCR은 Dot-blot 방법보다 시간, 노력 또는 인력 등이 경제적이기 때문에 최근 널리 사용되고 있는 방법이다. PCR(중합효소 연쇄반응, polymerase chain reaction) 진단 방법은 10~20 bp로 구성된 특정 DNA 단편(프라이머)을 세균의 게놈유전자(genomic DNA)에 접촉(annealing)한 후 내열성 DNA 중합효소(Taq polymerase)를 첨가하고 합성반응을 반복적으로 행하게 되면, 프라이머가 결합된 영역이 급속히 증폭하게 되며, 그 PCR 증폭산물을 아가로스 젤(agarose gel) 또는 아크릴아마이드 젤(acrylamide gel)에 전기영동하고, 에티디움 브로마이드(ethidium bromide) 및 은 염색(silver stain)으로 DNA를 염색한 후, 나타나는 DNA 밴드의 유무 혹은 형태의 차이와 같은 세균종의 DNA 다형성을 검출 진단하는 방법이다. 현재, 이러한 PCR에 의한 세균의 진단법은 인체나 동물의 세균성 질병을 진단에 주로 이용되나, 최근에는 식물 병원균을 진단할 수 있도록 PCR 진단법이 개발되어 병의 진단과 함께 수출입 농산물의 검역에 이용되고 있다. 또한, PCR 진단 방법은 다른 방법에 비해 소요되는 시간이 짧고, 진단에 소요되는 비용이 저렴하며 또한, 많은 샘플을 동시에 검정할 수 있어 경제적이다. 그러나 기존의 PCR 동정 방법으로는 유전적 유사도로 인한 종간 구분의 어려움이 있어서 이를 극복할 수 있는 해결책이 필요한 실정이다.

슈도모나스 속(Pseudomonas) 미생물로는 인체 병원균인 P. aeruginosa, 식물 병원균인 P. syringae, 토양 박테리아인 P. putida 및 식물 성장을 촉진하는 P. fluorescens 등이 알려져 있다. 이들 가운데 슈도모나스 시링거(Pseudomonas syringae)는 극편모를 갖는 막대 형태의 그람 음성 박테리아이며, 식물 병원균으로서 광범위한 식물 종을 감염시킬 수 있으며, 50가지가 넘는 병원형으로 존재한다. 특히, 슈도모나스 시링거 pv. 시링거(Pseudomonas syringae pv. syringae)는 고광나무 속(Syringa), 살구 속(Prunus), 페세오루스 속(Phaseolus) 식물체를 감염시킬 수 있다.

슈도모나스 속에 속하는 일부 세균의 동정에 사용되는 개별적인 PCR 프라이머는 개발되어 알려져 있으나, 슈도모나스 속(Pseudomonas)으로부터 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)를 동정하는 방법에 대해서는 아직까지 연구된 바 없다.

따라서 병원성 세균 간의 종 또는 병원형 특이적 염기 및 염기 조합을 통해 슈도모나스 테아, 슈도모나스 톨라시, 슈도모나스 트레메 또는 슈도모나스 비리디플라바를 효과적으로 동정할 수 있는 방법의 개발이 요구된다.

본 발명이 해결하고자 하는 과제는, 슈도모나스(Pseudomonas) 속으로부터 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)를 정확하고 신속하게 동정하는 방법 또는 동정용 프로브를 제공하는 것이다.

상기 기술적 과제를 달성하기 위하여, 본 발명은 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)의 동정 방법을 제공한다. 즉, 본 발명은 슈도모나스 속의 23S rRNA 유전자의 염기조합을 확보하여 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)를 정확하고 신속하게 동정할 수 있다.

보다 구체적으로, 본 발명의 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae) 동정 방법은 (a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이 서열번호 1의 96번째 염기 C, 서열번호 1의 1032번째 염기 G, 서열번호 1의 1035번째 염기 A, 서열번호 1의 1162번째 염기 A, 서열번호 1의 1170번째 염기 G, 서열번호 1의 1173번째 염기 C, 서열번호 1의 1176번째 염기 G, 서열번호 1의 1178번째 염기 C, 서열번호 1의 1361~1363번째 염기 CACC(1 염기 삽입), 서열번호 1의 1368번째 염기 G, 서열번호 1의 1370~1372번째 염기 GTA, 서열번호 1의 1397번째 염기 G, 서열번호 1의 1399번째 염기 A, 서열번호 1의 1401번째 염기 C, 서열번호 1의 1420번째 염기 T, 서열번호 1의 1440번째 염기 T, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 1457번째 염기 A, 서열번호 1의 1563번째 염기 C, 서열번호 1의 1725번째 염기 C, 서열번호 1의 1727번째 염기 T, 서열번호 1의 1730~1731번째 염기 결실, 서열번호 1의 1732번째 염기 G, 서열번호 1의 2586번째 염기 C, 서열번호 1의 2587번째 염기 A, 서열번호 1의 2597번째 염기 G, 서열번호 1의 2722번째 염기 A, 서열번호 1의 2749번째 염기 G, 서열번호 1의 2750번째 염기 T 및 서열번호 1의 2755번째 염기 G인 경우 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae)로 판단하는 단계를 포함한다.

또한, 본 발명의 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii) 동정 방법은 (a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이 서열번호 1의 96번째 염기 C, 서열번호 1의 135번째 염기 T, 서열번호 1의 169번째 염기 A, 서열번호 1의 741번째 염기 A, 서열번호 1의 1032번째 염기 G, 서열번호 1의 1034번째 염기 T, 서열번호 1의 1035번째 염기 A, 서열번호 1의 1162번째 염기 A, 서열번호 1의 1170번째 염기 G, 서열번호 1의 1173번째 염기 C, 서열번호 1의 1176번째 염기 G, 서열번호 1의 1178번째 염기 C, 서열번호 1의 1360~1363번째 염기 CTAA, 서열번호 1의 1371~1374번째 염기 TTGA, 서열번호 1의 1440번째 염기 T, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 1457번째 염기 A, 서열번호 1의 1725번째 염기 C, 서열번호 1의 1728번째 염기 G, 서열번호 1의 1732번째 염기 G, 서열번호 1의 2351번째 염기 A, 서열번호 1의 2352번째 염기 G, 서열번호 1의 2361번째 염기 C, 서열번호 1의 2362번째 염기 T, 서열번호 1의 2409번째 염기 C, 서열번호 1의 2417번째 염기 G, 서열번호 1의 2447번째 염기 A, 서열번호 1의 2510번째 염기 A, 서열번호 1의 2522번째 염기 T, 서열번호 1의 2542번째 염기 G, 서열번호 1의 2543번째 염기 A, 서열번호 1의 2545번째 염기 T, 서열번호 1의 2549번째 염기 A, 서열번호 1의 2586번째 염기 C, 서열번호 1의 2587번째 염기 A, 서열번호 1의 2597번째 염기 G, 서열번호 1의 2615번째 염기 A, 서열번호 1의 2616번째 염기 G, 서열번호 1의 2618번째 염기 C, 서열번호 1의 2630번째 염기 A, 서열번호 1의 2717번째 염기 T, 서열번호 1의 2762번째 염기 T 및 서열번호 1의 2794번째 염기 A인 경우 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii)로 판단하는 단계를 포함한다.

또한, 본 발명의 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 동정 방법은 (a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이 서열번호 1의 697번째 염기 T, 서열번호 1의 723번째 염기 T, 서열번호 1의 1159번째 염기 G, 서열번호 1의 1370번째 염기 결실, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 2708번째 염기 T 및 서열번호 1의 2717번째 염기 T인 경우 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae)로 판단하는 단계를 포함한다.

또한, 본 발명의 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 동정 방법은 (a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이 서열번호 1의 96번째 염기 C, 서열번호 1의 1159번째 염기 G, 서열번호 1의 1365번째 염기 C, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 1725번째 염기 C, 서열번호 1의 1730번째 염기 G, 서열번호 1의 1732번째 염기 결실, 서열번호 1의 2182번째 염기 C, 서열번호 1의 2192번째 염기 T, 서열번호 1의 2301번째 염기 T, 서열번호 1의 2549번째 염기 A, 서열번호 1의 2552번째 염기 C, 서열번호 1의 2586번째 염기 C, 서열번호 1의 2587번째 염기 A, 서열번호 1의 2597번째 염기 G, 서열번호 1의 2608번째 염기 C, 서열번호 1의 2616번째 염기 C, 서열번호 1의 2717번째 염기 T, 서열번호 1의 2718번째 염기 C, 서열번호 1의 2720번째 염기 A, 서열번호 1의 2722번째 염기 A, 서열번호 1의 2739번째 염기 G, 서열번호 1의 2740번째 염기 T, 서열번호 1의 2744번째 염기 G, 서열번호 1의 2749번째 염기 T, 서열번호 1의 2750번째 염기 G, 서열번호 1의 2759번째 염기 C 및 서열번호 1의 2760번째 염기 A인 경우 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)로 판단하는 단계를 포함한다.

또한 본 발명은 유전자 염기 조합으로 구성된 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 동정용 프로브를 제공한다. 즉, 본 발명은 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)를 효과적으로 동정할 수 있다.

보다 구체적으로, 본 발명의 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae) 동정용 프로브는 서열번호 1의 96번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1032번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1035번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1162번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1170번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1173번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1176번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1178번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1361~1363번째 염기 CACC(1 염기 삽입)를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1368번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1370~1372번째 염기 GTA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1397번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1399번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1401번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1420번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1440번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1446번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1457번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1563번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1725번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1727번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1730~1731번째 염기 결실을 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1732번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2586번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2587번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2597번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2722번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2749번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2750번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2755번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다.

보다 구체적으로, 본 발명의 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii) 동정용 프로브는 서열번호 1의 96번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 135번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 169번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 741번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1032번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1034번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1035번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1162번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1170번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1173번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1176번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1178번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1360~1363번째 염기 CTAA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1371~1374번째 염기 TTGA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1440번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1446번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1457번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1725번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1728번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1732번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2351번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2352번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2361번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2362번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2409번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2417번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2447번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2510번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2522번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2542번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2543번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2545번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2549번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2586번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2587번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2597번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2615번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2616번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2618번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2630번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2717번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2762번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2794번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다.

보다 구체적으로, 본 발명의 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 동정용 프로브는 서열번호 1의 697번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 723번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1159번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1370번째 염기 결실을 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1446번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2708번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2717번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다.

보다 구체적으로, 본 발명의 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 동정용 프로브는 서열번호 1의 96번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1159번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1365번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1446번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1725번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1730번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1732번째 염기 결실을 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2182번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2192번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2301번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2549번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2552번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2586번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2587번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2597번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2608번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2616번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2717번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2718번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2720번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2722번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2739번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2740번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2744번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2749번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2750번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2759번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2760번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다.

본 발명에서 상기 (a) 단계에서 핵산의 분리는 당업계에서 통상적으로 사용되는 방법에 따라 수행될 수 있으며, 상업적으로 판매되는 추출 키트를 이용하여 수행할 수 있다.

또한 상기 (b) 단계에서 염기서열은 당업계에 공지된 자동 또는 수동의 염기서열 분석방법에 따라 수행될 수 있으며, 바람직하게는 검사체 또는 시료를 대상으로 PCR을 수행하여 23S rRNA에 상응하는 PCR 산물을 제조한 다음 이의 서열을 공지의 염기서열 분석방법에 따라서 분석하여 수행할 수 있다.

상기 (c) 단계에서는 서열번호 1을 기준으로 본 발명의 미생물에서의 판단점에 해당하는 염기서열을 확인하여 본 발명의 미생물에 해당하는지 여부를 판별할 수 있다.

또한, 본 발명은 상기 각각의 미생물을 효과적으로 동정하기 위해, 상기 동정용 프로브를 하나 이상 포함하는 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 동정용 키트를 제공한다.

한편, 본 발명은 본 발명의 프로브가 기질상에 집적되어 있는 것을 특징으로 하는 본 발명의 미생물의 동정용 마이크로어레이를 제공한다. 상기 마이크로어레이는 본 발명의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어지며, 마커로 사용되는 폴리뉴클레오티드를 기관 상에 고정화하여 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다.

또한, 본 발명은 본 발명의 미생물의 동정용 마커로서 서열번호 1로 표시되는 염기서열을 가지는 뉴클레오티드에서, 본 발명의 미생물의 판단점에 해당하는 각각의 염기가 치환된 것을 특징으로 하는 동정용 마커를 제공한다. 상기 판단점은 상기 동정 방법에 개시된 내용과 동일하다.

본 발명의 뉴클레오티드, 프로브 또는 마커는 DNA 또는 RNA일 수 있으며, RNA의 경우 서열에 기재된 티민이 우라실로 대체되는 것은 당업자에게 자명하다.

본 발명의 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae), 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii), 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 또는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 동정 방법 및 동정용 프로브를 이용할 경우, 슈도모나스 속으로부터 각각의 식물 병원 세균을 효과적으로 동정할 수 있다.

도 1은 슈도모나스 시링거 pv. 시링거(Pseudomonas syringae pv. syringae) 및 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae)의 염기서열 비교분석 결과를 나타낸 것이다.
도 2는 슈도모나스 시링거 pv. 시링거(Pseudomonas syringae pv. syringae) 및 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii)의 염기서열 비교분석 결과를 나타낸 것이다.
도 3은 슈도모나스 시링거 pv. 시링거(Pseudomonas syringae pv. syringae) 및 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae)의 염기서열 비교분석 결과를 나타낸 것이다.
도 4는 슈도모나스 시링거 pv. 시링거(Pseudomonas syringae pv. syringae) 및 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)의 염기서열 비교분석 결과를 나타낸 것이다.

이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 실시예 등을 들어 상세하게 설명하기로 한다. 그러나, 본 발명에 따른 실시예들은 여러 가지 다른 형태로 변형될 수 있으며, 본 발명의 범위가 하기 실시예들에 한정되는 것으로 해석되어서는 안 된다. 본 발명의 실시예들은 당업계에서 평균적인 지식을 가진 자에게 본 발명을 보다 완전하게 설명하기 위해 제공되는 것이다.

실험예 1: Pseudomonas 속 식물 병원 세균들의 23S rRNA 분석

하기 실험 방법을 통하여, 각각의 Pseudomonas 속 세균에 대한 동정용 프로브를 설계하였다. 본 발명에서 사용한 전체 RNA 분리 및 염기서열 증폭, 분석방법은 다음과 같다.

<1-1> Pseudomonas 속 세균들의 23S rRNA 증폭

Pseudomonas theae, Pseudomonas tolaasii, Pseudomonas tremae 및 Pseudomonas viridiflava의 DNA를 분리한 후, 각각의 Pseudomonas 속 세균의 23s rRNA를 분리할 수 있는 하기 표 1과 같은 프라이머 쌍들을 이용하여, PCR을 수행하였다.

프라이머 명칭	프라이머 서열
Pseudo23SF1 (정방향)	5‘-GGTTAGCTCAACGCCTCACA-3’
Pseudo23SR1 (역방향)	5‘-GGTGGATGCCCTGGCAG-3’
Xan23SF7 (정방향)	5‘-GAGACCGCCCCAGTCAAACTAC-3’
Xan23SR7 (역방향)	5‘-ACCTTTTGTATAATGGGTCAACG-3’

PCR 반응은 분리한 전체 DNA 20 ng, 다운스트림 프라이머(downstream primer) 10 pmole, 업스트림 프라이머(upstream primer) 10 pmole, Taq DNA polymerase 0.2 U, 10배 중합효소연쇄반응 완충액(100 mM Tris-HCl, 500 mM KCl, 15 mM MgCl₂, pH 8.3) 5 ul를 첨가하고 증류수를 첨가하여 반응액을 50 ul로 만들었다.

이 반응액을 95℃에서 5분 동안 가열 후, 95℃ 30초, 58℃ 60초, 72℃ 180초로 30회 증폭시켰으며 마지막에는 72℃에서 10분간 PCR 기계(DNA Engine PTC-200)에서 처리하였다. 증폭 후 PCR 산물은 1 X TBE 완충액과 1.5% 아가로즈 겔을 사용하여 전기영동한 후 ethidium bromide로 염색한 후 ultraviolet lamp에서 확인하였다.

<1-2> 증폭한 23s rRNA 서열 분석

상기 실시예 <1-1>에서 얻은 PCR 산물들의 염기서열은 BioEdit Sequence Alignment Editor를 이용하여 분석하였다.

분석한 후, 각각의 Pseudomonas 속 세균의 23S rRNA 염기서열을 Pseudomonas syringae pv. syringae의 23S rRNA 염기서열과 비교하였다. Pseudomonas syringae pv. syringae의 염기서열은 Genbank에 게제된 정보(Genbank accession number: CP006256)를 이용하였다. 본 실험에서 사용된 균들의 23s rRNA 서열들은 하기 표 2에 개시된 서열번호로 나타내었다.

서열번호	균
1	Pseudomonas syringae pv. syringae
2	Pseudomonas theae
3	Pseudomonas tolaasii
4	Pseudomonas tremae
5	Pseudomonas viridiflava

실험예 2: Pseudomonas 속 식물 병원 세균들의 23S rRNA의 염기서열 정렬

상기 표 2에 개시된 서열번호 1을 기준으로 서열번호 2 내지 5와 염기서열을 비교 분석하였다. 염기서열은 BioEdit Sequence Alignment Editor를 이용하여 비교하였다.

Pseudomonas theae에 대한 분석 결과는 도 1a 및 1b에 나타내었고, Pseudomonas theae의 염기서열(서열번호 2)은 Pseudomonas syringae pv. syringae의 염기서열(서열번호 1)을 기준으로 96, 1032, 1035, 1162, 1170, 1173, 1176, 1178, 1361∼1363, 1364∼1365사이 삽입 (C), 1369, 1371∼1373, 1397, 1399, 1401, 1420, 1440, 1446, 1457, 1563, 1725, 1727, 1730∼1731 결손(AG), 1732, 2586, 2587, 2597, 2722, 2749, 2750, 2755 번째 위치에 각각 C, G, A, A, G, C, G, C, CAA, 삽입(C), G, GTA, G, A, C, T, T, A, A, C, C, T, 결손(AG), G, C, A, G, A, G, T, G 염기가 존재하는 차이가 있다. 상기 염기의 차이를 이용하여 Pseudomonas 속으로부터 Pseudomonas theae 균주를 동정할 수 있다.

또한, Pseudomonas tolaasii에 대한 분석 결과는 도 2a 및 2b에 나타내었고, Pseudomonas tolaasii의 염기서열(서열번호 3)은 Pseudomonas syringae pv. syringae의 염기서열(서열번호 1)을 기준으로 96, 135, 169, 741, 1032, 1034, 1035, 1162, 1170, 1173, 1176, 1178, 1360∼1363, 1371∼1374, 1440, 1446, 1457, 1725, 1728, 1732, 2351, 2352, 2361, 2362, 2409, 2417, 2447, 2510, 2522, 2542, 2543, 2545, 2549, 2586, 2587, 2597, 2615, 2616, 2618, 2630, 2717, 2762, 2794 번째 위치에 각각 C, T, A, A, G, T, A, A, G, C, G, C, CTAA, TTGA, T, A, A, C, G, G, A, G, C, T, C, G, A, A, T, G, A, T, A, C, A, G, A, G, C, A, T, T, A 염기가 존재하는 차이가 있다. 상기 염기의 차이를 이용하여 Pseudomonas 속으로부터 Pseudomonas tolaasii 균주를 동정할 수 있다.

또한, Pseudomonas tremae에 대한 분석 결과는 도 3a 및 3b에 나타내었고, Pseudomonas tremae의 염기서열(서열번호 4)은 Pseudomonas syringae pv. syringae의 염기서열(서열번호 1)을 기준으로 697, 723, 1159, 1370(결손), 1446, 2708, 2717 번째 위치에 각각 T, T, G, 결손(A), A, T, T 염기가 존재하는 차이가 있다. 상기 염기의 차이를 이용하여 Pseudomonas 속으로부터 Pseudomonas tremae 균주를 동정할 수 있다.

또한, Pseudomonas viridiflava에 대한 분석 결과는 도 4a 및 4b에 나타내었고, Pseudomonas viridiflava의 염기서열(서열번호 5)은 Pseudomonas syringae pv. syringae의 염기서열(서열번호 1)을 기준으로 96, 1159, 1365, 1446, 1725, 1730, 1732(결손), 2182, 2192, 2301, 2549, 2552, 2586, 2587, 2597, 2608, 2616, 2717, 2718, 2720, 2722, 2739, 2740, 2744, 2749, 2750, 2759, 2760 번째 위치에 각각 C, G, C, A, C, G, 결실(A), C, T, T, A, C, C, A, G, C, C, T, C, A, A, G, T, G, T, G, C, A 염기가 존재하는 차이가 있다. 상기 염기의 차이를 이용하여 Pseudomonas 속으로부터 Pseudomonas viridiflava 균주를 동정할 수 있다.

<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Method for identification of the Genus Pseudomonas <130> 2015-0412-10-A/P15-292 <160> 5 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 2890 <212> DNA <213> Pseudomonas syringae pv_ syringae HS191 23S rRNA <400> 1 tggtcaagcc tcacgggcaa ttagtattgg ttagctcaac gcctcacagc gcttacacac 60 ccaacctatc aacgtcgtag tcttcgacgg ccctttaggg aactcaaggt tccagtgaga 120 tctcatcttg aggcaagttt cccgcttaga tgctttcagc ggttatcttt tccgaacata 180 gctacccggc aatgccactg gcgtgacaac cggaacacca gaggttcgtc cactccggtc 240 ctctcgtact aggagcagcc cctctcaaat ctcaaacgtc cacggcagat agggaccgaa 300 ctgtctcacg acgttctaaa cccagctcgc gtaccacttt aaatggcgaa cagccatacc 360 cttgggaccg gcttcagccc caggatgtga tgagccgaca tcgaggtgcc aaacaccgcc 420 gtcgatatga actcttgggc ggtatcagcc tgttatcccc ggagtacctt ttatccgttg 480 agcgatggcc cttccataca gaaccaccgg atcactaaga cctactttcg tacctgctcg 540 acgtgtctgt ctcgcagtca agcgcgcttt tgcctttata ctctacgacc gatttccgac 600 cggtctgagc gcaccttcgt actcctccgt tactctttag gaggagaccg ccccagtcaa 660 actacccacc atacactgtc ctcgatccgg ataacggacc tgagttagaa cctcaaagtt 720 gccagggtgg tatttcaagg ttggctccac gcagactggc gtccacgctt caaagcctcc 780 cacctatcct acacaagcaa attcaaagtc cagtgcaaag ctatagtaaa ggttcacggg 840 gtctttccgt ctagccgcgg atacactgca tcttcacagc gatttcaatt tcactgagtc 900 tcgggtggag acagcgccgc catcgttacg ccattcgtgc aggtcggaac ttacccgaca 960 aggaatttcg ctaccttagg accgttatag ttacggccgc cgtttaccgg ggcttcgatc 1020 aagagcttcg cttgcgctaa ccccatcaat taaccttccg gcaccgggca ggcgtcacac 1080 cctatacgtc cactttcgtg tttgcagagt gctgtgtttt taataaacag tcgcagcggc 1140 ctggtatctt cgaccggcat gggcttacgc agtaaatgct tcaccctcac cggcgcacct 1200 tctcccgaag ttacggtgcc attttgccta gttccttcac ccgagttctc tcaagcgcct 1260 tggtattctc tacccaacca cctgtgtcgg tttggggtac ggttcctggt tacctgaagc 1320 ttagaagctt ttcttggaag catggcatca accacttcgt gttctaaaag aacactcgtc 1380 atcagctctc ggccttaaga tcccggattt acctaagatc tcagcctacc accttaaacc 1440 tggactacca acgccaggct ggcctagcct tctccgtccc tccatcgcaa taaccagaag 1500 tacaggaata ttaacctgtt ttccatcgac tacgcttttc agcctcgcct tagggaccga 1560 ctaaccctgc gtcgattaac gttgcgcagg aaaccttggt ctttcggcgt gggtgttttt 1620 cacacccatt gtcgttactc atgtcagcat tcgcacttct gatacctcca gcaagcttct 1680 caactcacct tcacaggctt acagaacgct cctctaccgc atcatcaaaa gatgataccc 1740 gtagcttcgg tgcatggttt gagccccgtt acatcttccg cgcaggccga ctcgactagt 1800 gagctattac gctttcttta aagggtggct gcttctaagc caacctccta gctgtctaag 1860 ccttcccaca tcgtttccca cttaaccatg actttgggac cttagctgac ggtctgggtt 1920 gtttcccttt tcacgacgga cgttagcacc cgccgtgtgt ctcccatgct cggcacttgt 1980 aggtattcgg agtttgcatc ggtttggtaa gtcgggatga ccccctagcc gaaacagtgc 2040 tctaccccct acagtgatac atgaggcgct acctaaatag ctttcgagga gaaccagcta 2100 tctccgagct tgattagcct ttcactccga tccacaggtc atccgctaac ttttcaacgg 2160 tagtcggttc ggtcctccag ttagtgttac ccaaccttca acctgcccat ggatagatcg 2220 cccggtttcg ggtctattcc cagcgactag acgccctatt aagactcgct ttcgctacgc 2280 ctcccctatt cggttaagct cgccactgaa aataagtcgc tgacccatta tacaaaaggt 2340 acgcagtcac ccaacaaagt gggctcccac tgcttgtacg catacggttt caggatctat 2400 ttcactccgc tctccgcggt tcttttcgcc tttccctcac ggtactggtt cactatcggt 2460 cagtcagtag tatttagcct tggaggatgg tccccccata ttcagacaag gtttctcgtg 2520 ccccgtccta ctcgatttca ttgcaaaggg attttcgcgt acagggctat cacccactat 2580 ggccgtcctt tccagaacgt tccgctaatc tcaatacaac ttaagggctg gtccccgttc 2640 gctcgccact actaagggaa tctcggttga tttcttttcc tcagggtact tagatgtttc 2700 agttcccctg gttcgcctct tgcacctatg tattcagtac aagataacca tcttatgatg 2760 gctgggttcc cccattcaga catctccgga tcacagtctg tttgccgact ccccgaagct 2820 tttcgcaggc taccacgtct ttcatcgcct ctgactgcca aggcatccac cgtatgcgct 2880 tcttcacttg 2890 <210> 2 <211> 2768 <212> DNA <213> Pseudomonas theae 23S rRNA <400> 2 ctatcaacgt cgtagtcttc gacggccctt cagggaactc aaggttccag tgagatctca 60 tcttgaggca agtttcccgc ttagatgctt tcagcggtta tcttttccga acatagctac 120 ccggcaatgc cactggcgtg acaaccggaa caccagaggt tcgtccactc cggtcctctc 180 gtactaggag cagcccctct caaatctcaa acgtccacgg cagataggga ccgaactgtc 240 tcacgacgtt ctaaacccag ctcgcgtacc actttaaatg gcgaacagcc atacccttgg 300 gaccggcttc agccccagga tgtgatgagc cgacatcgag gtgccaaaca ccgccgtcga 360 tatgaactct tgggcggtat cagcctgtta tccccggagt accttttatc cgttgagcga 420 tggcccttcc atacagaacc accggatcac taagacctac tttcgtacct gctcgacgtg 480 tctgtctcgc agtcaagcgc gcttttgcct ttatactcta cgaccgattt ccgaccggtc 540 tgagcgcacc ttcgtactcc tccgttactc tttaggagga gaccgcccca gtcaaactac 600 ccaccataca ctgtcctcga tccggataac ggacctgagt tagaacctca aagttgccag 660 ggtggtattt caaggttggc tccacgcaga ctggcgtcca cgcttcaaag cctcccacct 720 atcctacaca agcaaattca aagtccagtg caaagctata gtaaaggttc acggggtctt 780 tccgtctagc cgcggataca ctgcatcttc acagcgattt caatttcact gagtctcggg 840 tggagacagc gccgccatcg ttacgccatt cgtgcaggtc ggaacttacc cgacaaggaa 900 tttcgctacc ttaggaccgt tatagttacg gccgccgttt accggggctt cgatcaagag 960 cttcgcgtga gctaacccca tcaattaacc ttccggcacc gggcaggcgt cacaccctat 1020 acgtccactt tcgtgtttgc agagtgctgt gtttttaata aacagtcgca gcggcctggt 1080 atcttcgacc ggcatgagct tacggagcaa gtccttcacc ctcaccggcg caccttctcc 1140 cgaagttacg gtgccatttt gcctagttcc ttcacccgag ttctctcaag cgccttggta 1200 ttctctaccc aaccacctgt gtcggtttgg ggtacggttc ctggttatct gaagcttaga 1260 agcttttctt ggaagcatgg catcaaccac ttcgtcaccc taaagggtaa ctcgtcatca 1320 gctctcggcc ttgaaacccc ggatttacct aagatttcag cctaccacct taaacttgga 1380 caaccaacgc caagctggcc tagccttctc cgtccctcca tcgcaataac cagaagtaca 1440 ggaatattaa cctgttttcc atcgactacg cttttcagcc tcgccttagg gaccgactca 1500 ccctgcgtcg attaacgttg cgcaggaaac cttggtcttt cggcgtgggt gtttttcaca 1560 cccattgtcg ttactcatgt cagcattcgc acttctgata cctccagcaa gcttctcaac 1620 tcaccttcac aggcttacag aacgctcctc taccgcatca cctaagtgat acccgtagct 1680 tcggtgcatg gtttgagccc cgttacatct tccgcgcagg ccgactcgac tagtgagcta 1740 ttacgctttc tttaaagggt ggctgcttct aagccaacct cctagctgtc taagccttcc 1800 cacatcgttt cccacttaac catgactttg ggaccttagc tgacggtctg ggttgtttcc 1860 cttttcacga cggacgttag cacccgccgt gtgtctccca tgctcggcac ttgtaggtat 1920 tcggagtttg catcggtttg gtaagtcggg atgaccccct agccgaaaca gtgctctacc 1980 ccctacagtg atacatgagg cgctacctaa atagctttcg aggagaacca gctatctccg 2040 agcttgatta gcctttcact ccgatccaca ggtcatccgc taacttttca acggtagtcg 2100 gttcggtcct ccagttagtg ttacccaacc ttcaacctgc ccatggatag atcgcccggt 2160 ttcgggtcta ttcccagcga ctagacgccc tattaagact cgctttcgct acgcctcccc 2220 tattcggtta agctcgccac tgaaaataag tcgctgaccc attatacaaa aggtacgcag 2280 tcacccaaca aagtgggctc ccactgcttg tacgcatacg gtttcaggat ctatttcact 2340 ccgctctccg cggttctttt cgcctttccc tcacggtact ggttcactat cggtcagtca 2400 gtagtattta gccttggagg atggtccccc catattcaga caaggtttct cgtgccccgt 2460 cctactcgat ttcattgcaa agggattttc gcgtacaggg ctatcaccca ctatggccgc 2520 actttccaga gcgttccgct aatctcaata caacttaagg gctggtcccc gttcgctcgc 2580 cactactaag ggaatctcgg ttgatttctt ttcctcaggg tacttagatg tttcagttcc 2640 cctggttcgc ctcttacacc tatgtattca gtgtaagata accatcttgt gatggctggg 2700 ttcccccatt cagacatctc cggatcacag tctgtttgcc gactccccga agcttttcgc 2760 aggctacc 2768 <210> 3 <211> 2767 <212> DNA <213> Pseudomonas tolaasii 23S rRNA <400> 3 ctatcaacgt cgtagtcttc gacggccctt cagggaactc aaggttccag tgagatctca 60 tcttgaggct agtttcccgc ttagatgctt tcagcggtta tctattccga acatagctac 120 ccggcaatgc cactggcgtg acaaccggaa caccagaggt tcgtccactc cggtcctctc 180 gtactaggag cagcccctct caaatctcaa acgtccacgg cagataggga ccgaactgtc 240 tcacgacgtt ctaaacccag ctcgcgtacc actttaaatg gcgaacagcc atacccttgg 300 gaccggcttc agccccagga tgtgatgagc cgacatcgag gtgccaaaca ccgccgtcga 360 tatgaactct tgggcggtat cagcctgtta tccccggagt accttttatc cgttgagcga 420 tggcccttcc atacagaacc accggatcac taagacctac tttcgtacct gctcgacgtg 480 tctgtctcgc agtcaagcgc gcttttgcct ttatactcta cgaccgattt ccgaccggtc 540 tgagcgcacc ttcgtactcc tccgttactc tttaggagga gaccgcccca gtcaaactac 600 ccaccataca ctgtcctcga tccggataac ggacctgagt tagaacctca aagttgccag 660 ggtggtattt caaggatggc tccacgcaga ctggcgtcca cgcttcaaag cctcccacct 720 atcctacaca agcaaattca aagtccagtg caaagctata gtaaaggttc acggggtctt 780 tccgtctagc cgcggataca ctgcatcttc acagcgattt caatttcact gagtctcggg 840 tggagacagc gccgccatcg ttacgccatt cgtgcaggtc ggaacttacc cgacaaggaa 900 tttcgctacc ttaggaccgt tatagttacg gccgccgttt accggggctt cgatcaagag 960 cttcgcgtta gctaacccca tcaattaacc ttccggcacc gggcaggcgt cacaccctat 1020 acgtccactt tcgtgtttgc agagtgctgt gtttttaata aacagtcgca gcggcctggt 1080 atcttcgacc ggcatgagct tacggagcaa gtccttcacc ctcaccggcg caccttctcc 1140 cgaagttacg gtgccatttt gcctagttcc ttcacccgag ttctctcaag cgccttggta 1200 ttctctaccc aaccacctgt gtcggtttgg ggtacggttc ctggttacct gaagcttaga 1260 agcttttctt ggaagcatgg catcaaccac ttcgctaact aaaagttagc tcgtcatcag 1320 ctctcggcct taagatcccg gatttaccta agatctcagc ctaccacctt aaacttggac 1380 aaccaacgcc aagctggcct agccttctcc gtccctccat cgcaataacc agaagtacag 1440 gaatattaac ctgttttcca tcgactacgc ttttcagcct cgccttaggg accgactaac 1500 cctgcgtcga ttaacgttgc gcaggaaacc ttggtctttc ggcgtgggtg tttttcacac 1560 ccattgtcgt tactcatgtc agcattcgca cttctgatac ctccagcaag cttctcaact 1620 caccttcaca ggcttacaga acgctcctct accgcatcac cagaaggtga tacccgtagc 1680 ttcggtgcat ggtttgagcc ccgttacatc ttccgcgcag gccgactcga ctagtgagct 1740 attacgcttt ctttaaaggg tggctgcttc taagccaacc tcctagctgt ctaagccttc 1800 ccacatcgtt tcccacttaa ccatgacttt gggaccttag ctgacggtct gggttgtttc 1860 ccttttcacg acggacgtta gcacccgccg tgtgtctccc atgctcggca cttgtaggta 1920 ttcggagttt gcatcggttt ggtaagtcgg gatgaccccc tagccgaaac agtgctctac 1980 cccctacagt gatacatgag gcgctaccta aatagctttc gaggagaacc agctatctcc 2040 gagcttgatt agcctttcac tccgatccac aggtcatccg ctaacttttc aacggtagtc 2100 ggttcggtcc tccagttagt gttacccaac cttcaacctg cccatggata gatcgcccgg 2160 tttcgggtct attcccagcg actagacgcc ctattaagac tcgctttcgc tacgcctccc 2220 ctattcggtt aagctcgcca ctgaaaataa gtcgctgacc cattatacaa aaggtacgca 2280 gtcacagaac aaagtctgct cccactgctt gtacgcatac ggtttcagga tctatttcac 2340 tcccctctcc ggggttcttt tcgcctttcc ctcacggtac tagttcacta tcggtcagtc 2400 agtagtattt agccttggag gatggtcccc ccatattcag acaaagtttc tcgtgctccg 2460 tcctactcga tttcatgact aagagatttt cgcgtacagg gctatcaccc actatggccg 2520 cactttccag agcgttccgc taatctcaaa gccacttaag ggctagtccc cgttcgctcg 2580 ccactactaa gggaatctcg gttgatttct tttcctcagg gtacttagat gtttcagttc 2640 ccctggttcg cttcttgcac ctatgtattc agtacaagat aaccatctta tgatggttgg 2700 gttcccccat tcagacatct ccggatcaaa gtctgtttgc cgactccccg aagcttttcg 2760 caggcac 2767 <210> 4 <211> 2763 <212> DNA <213> Pseudomonas tremae 23S rRNA <400> 4 ctatcaacgt cgtagtcttc gacggccctt tagggaactc aaggttccag tgagatctca 60 tcttgaggca agtttcccgc ttagatgctt tcagcggtta tcttttccga acatagctac 120 ccggcaatgc cactggcgtg acaaccggaa caccagaggt tcgtccactc cggtcctctc 180 gtactaggag cagcccctct caaatctcaa acgtccacgg cagataggga ccgaactgtc 240 tcacgacgtt ctaaacccag ctcgcgtacc actttaaatg gcgaacagcc atacccttgg 300 gaccggcttc agccccagga tgtgatgagc cgacatcgag gtgccaaaca ccgccgtcga 360 tatgaactct tgggcggtat cagcctgtta tccccggagt accttttatc cgttgagcga 420 tggcccttcc atacagaacc accggatcac taagacctac tttcgtacct gctcgacgtg 480 tctgtctcgc agtcaagcgc gcttttgcct ttatactcta cgaccgattt ccgaccggtc 540 tgagcgcacc ttcgtactcc tccgttactc tttaggagga gaccgcccca gtcaaactac 600 ccaccataca ctgtcctcga tccggataac ggacctgagt tagaacctca aagttgccag 660 ggtggtattt caaggttggc tccacgcaga ctggcgtcca cgcttcaaag cctcccacct 720 atcctacaca agcaaattca aagtccagtg caaagctata gtaaaggttc acggggtctt 780 tccgtctagc cgcggataca ctgcatcttc acagcgattt caatttcact gagtctcggg 840 tggagacagc gccgccatcg ttacgccatt cgtgcaggtc ggaacttacc cgacaaggaa 900 tttcgctacc ttaggaccgt tatagttacg gccgccgttt accggggctt cgatcaagag 960 cttcgcttgc gctaacccca tcaattaacc ttccggcacc gggcaggcgt cacaccctat 1020 acgtccactt tcgtgtttgc agagtgctgt gtttttaata aacagtcgca gcggcctggt 1080 atcttcgacc ggcgtgggct tacgcagtaa atgcttcacc ctcaccggcg caccttctcc 1140 cgaagttacg gtgccatttt gcctagttcc ttcacccgag ttctctcaag cgccttggta 1200 ttctctaccc aaccacctgt gtcggtttgg ggtacggttc ctggttacct gaagcttaga 1260 agcttttctt ggaagcatgg catcaaccac ttcgtgttct aaagaacact cgtcatcagc 1320 tctcggcctt aagatcccgg atttacctaa gatctcagcc taccacctta aacctggaca 1380 accaacgcca ggctggccta gccttctccg tccctccatc gcaataacca gaagtacagg 1440 aatattaacc tgttttccat cgactacgct tttcagcctc gccttaggga ccgactaacc 1500 ctgcgtcgat taacgttgcg caggaaacct tggtctttcg gcgtgggtgt ttttcacacc 1560 cattgtcgtt actcatgtca gcattcgcac ttctgatacc tccagcaagc ttctcaactc 1620 accttcacag gcttacagaa cgctcctcta ccgcatcatc aaaagatgat acccgtagct 1680 tcggtgcatg gtttgagccc cgttacatct tccgcgcagg ccgactcgac tagtgagcta 1740 ttacgctttc tttaaagggt ggctgcttct aagccaacct cctagctgtc taagccttcc 1800 cacatcgttt cccacttaac catgactttg ggaccttagc tgacggtctg ggttgtttcc 1860 cttttcacga cggacgttag cacccgccgt gtgtctccca tgctcggcac ttgtaggtat 1920 tcggagtttg catcggtttg gtaagtcggg atgaccccct agccgaaaca gtgctctacc 1980 ccctacagtg atacatgagg cgctacctaa atagctttcg aggagaacca gctatctccg 2040 agcttgatta gcctttcact ccgatccaca ggtcatccgc taacttttca acggtagtcg 2100 gttcggtcct ccagttagtg ttacccaacc ttcaacctgc ccatggatag atcgcccggt 2160 ttcgggtcta ttcccagcga ctagacgccc tattaagact cgctttcgct acgcctcccc 2220 tattcggtta agctcgccac tgaaaataag tcgctgaccc attatacaaa aggtacgcag 2280 tcacccaaca aagtgggctc ccactgcttg tacgcatacg gtttcaggat ctatttcact 2340 ccgctctccg cggttctttt cgcctttccc tcacggtact ggttcactat cggtcagtca 2400 gtagtattta gccttggagg atggtccccc catattcaga caaggtttct cgtgccccgt 2460 cctactcgat ttcattgcaa agggattttc gcgtacaggg ctatcaccca ctatggccgt 2520 cctttccaga acgttccgct aatctcaata caacttaagg gctggtcccc gttcgctcgc 2580 cactactaag ggaatctcgg ttgatttctt ttcctcaggg tacttagatg tttcagttcc 2640 cttggttcgc ttcttgcacc tatgtattca gtacaagata accatcttat gatggctggg 2700 ttcccccatt cagacatctc cggatcacag tctgtttgcc gactccccga agcttttcgc 2760 agg 2763 <210> 5 <211> 2762 <212> DNA <213> Pseudomonas viridiflava 23S rRNA <400> 5 ctatcaacgt cgtagtcttc gacggccctt cagggaactc aaggttccag tgagatctca 60 tcttgaggca agtttcccgc ttagatgctt tcagcggtta tcttttccga acatagctac 120 ccggcaatgc cactggcgtg acaaccggaa caccagaggt tcgtccactc cggtcctctc 180 gtactaggag cagcccctct caaatctcaa acgtccacgg cagataggga ccgaactgtc 240 tcacgacgtt ctaaacccag ctcgcgtacc actttaaatg gcgaacagcc atacccttgg 300 gaccggcttc agccccagga tgtgatgagc cgacatcgag gtgccaaaca ccgccgtcga 360 tatgaactct tgggcggtat cagcctgtta tccccggagt accttttatc cgttgagcga 420 tggcccttcc atacagaacc accggatcac taagacctac tttcgtacct gctcgacgtg 480 tctgtctcgc agtcaagcgc gcttttgcct ttatactcta cgaccgattt ccgaccggtc 540 tgagcgcacc ttcgtactcc tccgttactc tttaggagga gaccgcccca gtcaaactac 600 ccaccataca ctgtcctcga tccggataac ggacctgagt tagaacctca aagttgccag 660 ggtggtattt caaggttggc tccacgcaga ctggcgtcca cgcttcaaag cctcccacct 720 atcctacaca agcaaattca aagtccagtg caaagctata gtaaaggttc acggggtctt 780 tccgtctagc cgcggataca ctgcatcttc acagcgattt caatttcact gagtctcggg 840 tggagacagc gccgccatcg ttacgccatt cgtgcaggtc ggaacttacc cgacaaggaa 900 tttcgctacc ttaggaccgt tatagttacg gccgccgttt accggggctt cgatcaagag 960 cttcgcttgc gctaacccca tcaattaacc ttccggcacc gggcaggcgt cacaccctat 1020 acgtccactt tcgtgtttgc agagtgctgt gtttttaata aacagtcgca gcggcctggt 1080 atcttcgacc ggcgtgggct tacgcagtaa atgcttcacc ctcaccggcg caccttctcc 1140 cgaagttacg gtgccatttt gcctagttcc ttcacccgag ttctctcaag cgccttggta 1200 ttctctaccc aaccacctgt gtcggtttgg ggtacggttc ctggttacct gaagcttaga 1260 agcttttctt ggaagcatgg catcaaccac ttcgtgttcc aaaagaacac tcgtcatcag 1320 ctctcggcct taagatcccg gatttaccta agatctcagc ctaccacctt aaacctggac 1380 aaccaacgcc aggctggcct agccttctcc gtccctccat cgcaataacc agaagtacag 1440 gaatattaac ctgttttcca tcgactacgc ttttcagcct cgccttaggg accgactaac 1500 cctgcgtcga ttaacgttgc gcaggaaacc ttggtctttc ggcgtgggtg tttttcacac 1560 ccattgtcgt tactcatgtc agcattcgca cttctgatac ctccagcaag cttctcaact 1620 caccttcaca ggcttacaga acgctcctct accgcatcac caaaggtgat acccgtagct 1680 tcggtgcatg gtttgagccc cgttacatct tccgcgcagg ccgactcgac tagtgagcta 1740 ttacgctttc tttaaagggt ggctgcttct aagccaacct cctagctgtc taagccttcc 1800 cacatcgttt cccacttaac catgactttg ggaccttagc tgacggtctg ggttgtttcc 1860 cttttcacga cggacgttag cacccgccgt gtgtctccca tgctcggcac ttgtaggtat 1920 tcggagtttg catcggtttg gtaagtcggg atgaccccct agccgaaaca gtgctctacc 1980 ccctacagtg atacatgagg cgctacctaa atagctttcg aggagaacca gctatctccg 2040 agcttgatta gcctttcact ccgatccaca ggtcatccgc taacttttca acggtagtcg 2100 gttcggtcct ccagtcagtg ttacctaacc ttcaacctgc ccatggatag atcgcccggt 2160 ttcgggtcta ttcccagcga ctagacgccc tattaagact cgctttcgct acgcctcccc 2220 tattcggtta agcttgccac tgaaaataag tcgctgaccc attatacaaa aggtacgcag 2280 tcacccaaca aagtgggctc ccactgcttg tacgcatacg gtttcaggat ctatttcact 2340 ccgctctccg cggttctttt cgcctttccc tcacggtact ggttcactat cggtcagtca 2400 gtagtattta gccttggagg atggtccccc catattcaga caaggtttct cgtgccccgt 2460 cctactcgat ttcattgcaa agagactttc gcgtacaggg ctatcaccca ctatggccgc 2520 actttccaga gcgttccgct actctcaatc caacttaagg gctggtcccc gttcgctcgc 2580 cactactaag ggaatctcgg ttgatttctt ttcctcaggg tacttagatg tttcagttcc 2640 cctggttcgc tccatacacc tatgtattca gtgtaaggta actgtcttat gacagctggg 2700 ttcccccatt cagacatctc cggatcacag tctgtttgcc gactccccga agcttttcgc 2760 ag 2762

Claims

(a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이 서열번호 1의 96번째 염기 C, 서열번호 1의 1032번째 염기 G, 서열번호 1의 1035번째 염기 A, 서열번호 1의 1162번째 염기 A, 서열번호 1의 1170번째 염기 G, 서열번호 1의 1173번째 염기 C, 서열번호 1의 1176번째 염기 G, 서열번호 1의 1178번째 염기 C, 서열번호 1의 1361~1363번째 염기 CACC(1 염기 삽입), 서열번호 1의 1368번째 염기 G, 서열번호 1의 1370~1372번째 염기 GTA, 서열번호 1의 1397번째 염기 G, 서열번호 1의 1399번째 염기 A, 서열번호 1의 1401번째 염기 C, 서열번호 1의 1420번째 염기 T, 서열번호 1의 1440번째 염기 T, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 1457번째 염기 A, 서열번호 1의 1563번째 염기 C, 서열번호 1의 1725번째 염기 C, 서열번호 1의 1727번째 염기 T, 서열번호 1의 1730~1731번째 염기 결실, 서열번호 1의 1732번째 염기 G, 서열번호 1의 2586번째 염기 C, 서열번호 1의 2587번째 염기 A, 서열번호 1의 2597번째 염기 G, 서열번호 1의 2722번째 염기 A, 서열번호 1의 2749번째 염기 G, 서열번호 1의 2750번째 염기 T 및 서열번호 1의 2755번째 염기 G인 경우 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae)로 판단하는 단계를 포함하는 슈도모나스 테아 동정 방법.
(a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이 서열번호 1의 96번째 염기 C, 서열번호 1의 135번째 염기 T, 서열번호 1의 169번째 염기 A, 서열번호 1의 741번째 염기 A, 서열번호 1의 1032번째 염기 G, 서열번호 1의 1034번째 염기 T, 서열번호 1의 1035번째 염기 A, 서열번호 1의 1162번째 염기 A, 서열번호 1의 1170번째 염기 G, 서열번호 1의 1173번째 염기 C, 서열번호 1의 1176번째 염기 G, 서열번호 1의 1178번째 염기 C, 서열번호 1의 1360~1363번째 염기 CTAA, 서열번호 1의 1371~1374번째 염기 TTGA, 서열번호 1의 1440번째 염기 T, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 1457번째 염기 A, 서열번호 1의 1725번째 염기 C, 서열번호 1의 1728번째 염기 G, 서열번호 1의 1732번째 염기 G, 서열번호 1의 2351번째 염기 A, 서열번호 1의 2352번째 염기 G, 서열번호 1의 2361번째 염기 C, 서열번호 1의 2362번째 염기 T, 서열번호 1의 2409번째 염기 C, 서열번호 1의 2417번째 염기 G, 서열번호 1의 2447번째 염기 A, 서열번호 1의 2510번째 염기 A, 서열번호 1의 2522번째 염기 T, 서열번호 1의 2542번째 염기 G, 서열번호 1의 2543번째 염기 A, 서열번호 1의 2545번째 염기 T, 서열번호 1의 2549번째 염기 A, 서열번호 1의 2586번째 염기 C, 서열번호 1의 2587번째 염기 A, 서열번호 1의 2597번째 염기 G, 서열번호 1의 2615번째 염기 A, 서열번호 1의 2616번째 염기 G, 서열번호 1의 2618번째 염기 C, 서열번호 1의 2630번째 염기 A, 서열번호 1의 2717번째 염기 T, 서열번호 1의 2762번째 염기 T 및 서열번호 1의 2794번째 염기 A인 경우 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii)로 판단하는 단계를 포함하는 슈도모나스 톨라시 동정 방법.
(a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이 서열번호 1의 697번째 염기 T, 서열번호 1의 723번째 염기 T, 서열번호 1의 1159번째 염기 G, 서열번호 1의 1370번째 염기 결실, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 2708번째 염기 T 및 서열번호 1의 2717번째 염기 T인 경우 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae)로 판단하는 단계를 포함하는 슈도모나스 트레메 동정 방법.
(a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이 서열번호 1의 96번째 염기 C, 서열번호 1의 1159번째 염기 G, 서열번호 1의 1365번째 염기 C, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 1725번째 염기 C, 서열번호 1의 1730번째 염기 G, 서열번호 1의 1732번째 염기 결실, 서열번호 1의 2182번째 염기 C, 서열번호 1의 2192번째 염기 T, 서열번호 1의 2301번째 염기 T, 서열번호 1의 2549번째 염기 A, 서열번호 1의 2552번째 염기 C, 서열번호 1의 2586번째 염기 C, 서열번호 1의 2587번째 염기 A, 서열번호 1의 2597번째 염기 G, 서열번호 1의 2608번째 염기 C, 서열번호 1의 2616번째 염기 C, 서열번호 1의 2717번째 염기 T, 서열번호 1의 2718번째 염기 C, 서열번호 1의 2720번째 염기 A, 서열번호 1의 2722번째 염기 A, 서열번호 1의 2739번째 염기 G, 서열번호 1의 2740번째 염기 T, 서열번호 1의 2744번째 염기 G, 서열번호 1의 2749번째 염기 T, 서열번호 1의 2750번째 염기 G, 서열번호 1의 2759번째 염기 C 및 서열번호 1의 2760번째 염기 A인 경우 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava)로 판단하는 단계를 포함하는 슈도모나스 비리디플라바 동정 방법.
서열번호 1의 96번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1032번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1035번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1162번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1170번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1173번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1176번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1178번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1361~1363번째 염기 CACC(1 염기 삽입)를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1368번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1370~1372번째 염기 GTA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1397번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1399번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1401번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1420번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1440번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1446번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1457번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1563번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1725번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1727번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1730~1731번째 염기 결실을 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1732번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2586번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2587번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2597번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2722번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2749번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2750번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2755번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae) 동정용 프로브.
서열번호 1의 96번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 135번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 169번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 741번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1032번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1034번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1035번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1162번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1170번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1173번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1176번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1178번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1360~1363번째 염기 CTAA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1371~1374번째 염기 TTGA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1440번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1446번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1457번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1725번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1728번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1732번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2351번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2352번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2361번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2362번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2409번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2417번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2447번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2510번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2522번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2542번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2543번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2545번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2549번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2586번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2587번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2597번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2615번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2616번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2618번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2630번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2717번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2762번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2794번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii) 동정용 프로브.
서열번호 1의 697번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 723번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1159번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1370번째 염기 결실을 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1446번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2708번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2717번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 동정용 프로브.
서열번호 1의 96번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1159번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1365번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1446번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1725번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1730번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 1732번째 염기 결실을 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2182번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2192번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2301번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2549번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2552번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2586번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2587번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2597번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2608번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2616번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2717번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2718번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2720번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2722번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2739번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2740번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2744번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2749번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2750번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2759번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 1의 2760번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함하는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 동정용 프로브.
제5항의 프로브가 기질상에 집적되어 있는 것을 특징으로 하는 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae) 동정용 마이크로어레이.
제6항의 프로브가 기질상에 집적되어 있는 것을 특징으로 하는 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii) 동정용 마이크로어레이.
제7항의 프로브가 기질상에 집적되어 있는 것을 특징으로 하는 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 동정용 마이크로어레이.
제8항의 프로브가 기질상에 집적되어 있는 것을 특징으로 하는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 동정용 마이크로어레이.
서열번호 1로 표시되는 염기서열을 가지는 뉴클레오티드에서, 서열번호 1의 96번째 염기 C, 서열번호 1의 1032번째 염기 G, 서열번호 1의 1035번째 염기 A, 서열번호 1의 1162번째 염기 A, 서열번호 1의 1170번째 염기 G, 서열번호 1의 1173번째 염기 C, 서열번호 1의 1176번째 염기 G, 서열번호 1의 1178번째 염기 C, 서열번호 1의 1361~1363번째 염기 CACC(1 염기 삽입), 서열번호 1의 1368번째 염기 G, 서열번호 1의 1370~1372번째 염기 GTA, 서열번호 1의 1397번째 염기 G, 서열번호 1의 1399번째 염기 A, 서열번호 1의 1401번째 염기 C, 서열번호 1의 1420번째 염기 T, 서열번호 1의 1440번째 염기 T, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 1457번째 염기 A, 서열번호 1의 1563번째 염기 C, 서열번호 1의 1725번째 염기 C, 서열번호 1의 1727번째 염기 T, 서열번호 1의 1730~1731번째 염기 결실, 서열번호 1의 1732번째 염기 G, 서열번호 1의 2586번째 염기 C, 서열번호 1의 2587번째 염기 A, 서열번호 1의 2597번째 염기 G, 서열번호 1의 2722번째 염기 A, 서열번호 1의 2749번째 염기 G, 서열번호 1의 2750번째 염기 T 및 서열번호 1의 2755번째 염기 G로 치환된 것을 특징으로 하는 슈도모나스 테아(Pseudomonas theae) 동정용 마커.
서열번호 1로 표시되는 염기서열을 가지는 뉴클레오티드에서, 서열번호 1의 96번째 염기 C, 서열번호 1의 135번째 염기 T, 서열번호 1의 169번째 염기 A, 서열번호 1의 741번째 염기 A, 서열번호 1의 1032번째 염기 G, 서열번호 1의 1034번째 염기 T, 서열번호 1의 1035번째 염기 A, 서열번호 1의 1162번째 염기 A, 서열번호 1의 1170번째 염기 G, 서열번호 1의 1173번째 염기 C, 서열번호 1의 1176번째 염기 G, 서열번호 1의 1178번째 염기 C, 서열번호 1의 1360~1363번째 염기 CTAA, 서열번호 1의 1371~1374번째 염기 TTGA, 서열번호 1의 1440번째 염기 T, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 1457번째 염기 A, 서열번호 1의 1725번째 염기 C, 서열번호 1의 1728번째 염기 G, 서열번호 1의 1732번째 염기 G, 서열번호 1의 2351번째 염기 A, 서열번호 1의 2352번째 염기 G, 서열번호 1의 2361번째 염기 C, 서열번호 1의 2362번째 염기 T, 서열번호 1의 2409번째 염기 C, 서열번호 1의 2417번째 염기 G, 서열번호 1의 2447번째 염기 A, 서열번호 1의 2510번째 염기 A, 서열번호 1의 2522번째 염기 T, 서열번호 1의 2542번째 염기 G, 서열번호 1의 2543번째 염기 A, 서열번호 1의 2545번째 염기 T, 서열번호 1의 2549번째 염기 A, 서열번호 1의 2586번째 염기 C, 서열번호 1의 2587번째 염기 A, 서열번호 1의 2597번째 염기 G, 서열번호 1의 2615번째 염기 A, 서열번호 1의 2616번째 염기 G, 서열번호 1의 2618번째 염기 C, 서열번호 1의 2630번째 염기 A, 서열번호 1의 2717번째 염기 T, 서열번호 1의 2762번째 염기 T 및 서열번호 1의 2794번째 염기 A로 치환된 것을 특징으로 하는 슈도모나스 톨라시(Pseudomonas tolaasii) 동정용 마커.
서열번호 1로 표시되는 염기서열을 가지는 뉴클레오티드에서, 서열번호 1의 697번째 염기 T, 서열번호 1의 723번째 염기 T, 서열번호 1의 1159번째 염기 G, 서열번호 1의 1370번째 염기 결실, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 2708번째 염기 T 및 서열번호 1의 2717번째 염기 T로 치환된 것을 특징으로 하는 슈도모나스 트레메(Pseudomonas tremae) 동정용 마커.
서열번호 1로 표시되는 염기서열을 가지는 뉴클레오티드에서, 서열번호 1의 96번째 염기 C, 서열번호 1의 1159번째 염기 G, 서열번호 1의 1365번째 염기 C, 서열번호 1의 1446번째 염기 A, 서열번호 1의 1725번째 염기 C, 서열번호 1의 1730번째 염기 G, 서열번호 1의 1732번째 염기 결실, 서열번호 1의 2182번째 염기 C, 서열번호 1의 2192번째 염기 T, 서열번호 1의 2301번째 염기 T, 서열번호 1의 2549번째 염기 A, 서열번호 1의 2552번째 염기 C, 서열번호 1의 2586번째 염기 C, 서열번호 1의 2587번째 염기 A, 서열번호 1의 2597번째 염기 G, 서열번호 1의 2608번째 염기 C, 서열번호 1의 2616번째 염기 C, 서열번호 1의 2717번째 염기 T, 서열번호 1의 2718번째 염기 C, 서열번호 1의 2720번째 염기 A, 서열번호 1의 2722번째 염기 A, 서열번호 1의 2739번째 염기 G, 서열번호 1의 2740번째 염기 T, 서열번호 1의 2744번째 염기 G, 서열번호 1의 2749번째 염기 T, 서열번호 1의 2750번째 염기 G, 서열번호 1의 2759번째 염기 C 및 서열번호 1의 2760번째 염기 A로 치환된 것을 특징으로 하는 슈도모나스 비리디플라바(Pseudomonas viridiflava) 동정용 마커.