KR20160120593A - 스테노트로포모나스 대저넨시스 동정 방법 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정 방법에 관한 것으로 보다 상세하게는 시료로부터 분리한 23S rRNA의 염기를 확인하여 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)를 동정하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정 방법 및 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정용 프로브를 이용할 경우, 스테노트로포모나스 속(Stenotrophomonas)으로부터 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)를 효과적으로 동정할 수 있다.
Description
본 발명은 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정 방법에 관한 것으로 보다 상세하게는 시료로부터 분리한 23S rRNA의 염기를 확인하여 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)를 동정하는 방법에 관한 것이다.
병원성 세균의 유전자 진단방법으로는 Dot-blot, 중합효소 연쇄반응(PCR) 등의 방법이 이용된다. 특히 PCR 은 Dot-blot 방법보다 시간, 노력, 인력 등이 경제적이기 때문에 최근 널리 사용되고 있는 방법이다. PCR(중합효소 연쇄반응, polymerase chain reaction) 진단 방법은 10~20bp로 구성된 특정 DNA 단편(프라이머)을 세균의 게놈유전자(genomic DNA)에 접촉(annealing)한 후 내열성 DNA 중합효소(Taq polymerase)를 첨가하고 합성반응을 반복적으로 행하게 되면, 프라이머가 결합된 영역이 급속히 증폭하게 되며, 그 PCR 증폭산물을 아가로스 젤(agarose gel) 또는 아크릴아마이드 젤(acrylamide gel)에 전기영동하고 에티디움 브로마이드(ethidium bromide) 및 은 염색(silver stain)으로 DNA를 염색한 후 나타나는 DNA 밴드의 유무 혹은 형태의 차이와 같은 세균종의 DNA 다형성을 검출 진단하는 방법이다. 현재, 이러한 PCR에 의한 세균의 진단법은 인체나 동물의 세균성 질병을 진단에 주로 이용되나, 최근에는 식물 병원균을 진단할 수 있도록 PCR 진단법이 개발되어 병의 진단과 함께 수출입 농산물의 검역에 이용되고 있다. 또한, PCR 진단 방법은 다른 방법에 비해 소요되는 시간이 짧고, 진단에 소요되는 비용이 저렴하며 또한, 많은 샘플을 동시에 검정할 수 있어 경제적이다. 그러나 기존의 PCR 동정 방법으로는 유전적 유사도로 인한 종간 구분의 어려움이 있어서 이를 극복할 수 있는 해결책이 필요한 실정이다.
스테노트로포모나스 속(Stenotrophomonas) 미생물로는 스테노트로포모나스 애시다미니필라(Stenotrophomonas acidaminiphila)(Assih et al. 2002), 스테노트로포모나스 아프리카나(Stenotrophomonas africana)(Drancourt et al. 1997), 스테노트로포모나스 말토필리아(Stenotrophomonas maltophilia)(Palleroni and Bradbury 1993), 스테노트로포모나스 니트리티레두센스(Stenotrophomonas nitritireducens)(Finkmann et al. 2000), 및 스테노트로포모나스 리조필라(Stenotrophomonas rhizophila)(Wolf et al. 2002) 등이 알려져 있다. 이 가운데 스테노트로포모나스 말토필리아(Stenotrophomonas maltophilia)는 포도당 비발효 그람음성 막대균으로 흙, 물, 식물, 음식 등의 자연환경과 병원 환경에 존재하며, 면역 기능이 저하된 환자에게 심각한 감염을 일으키는 감염균이다. 또한 스테노트로포모나스 말토필리아(Stenotrophomonas maltophilia)는 여러 계열의 항균제에 고도 내성이므로 치료에 어려움이 많다.
스테노트로포모나스 말토필리아(Stenotrophomonas maltophilia)의 동정에 사용되는 개별적인 PCR 프라이머는 개발되었으나, 스테노트로포모나스 속(Stenotrophomonas)으로부터 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)를 동정하는 방법에 대해서는 아직까지 연구된 바 없다.
따라서 병원성 세균 간의 종 또는 병원형 특이적 염기 및 염기 조합을 통해 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)를 동정할 수 있는 방법의 개발이 요구된다.
본 발명이 해결하고자 하는 과제는, 스테노트로포모나스 속(Stenotrophomonas)으로부터 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)를 정확하고 신속하게 동정하는 방법 또는 동정용 프로브를 제공하는 것이다.
상기 기술적 과제를 달성하기 위하여, 본 발명은 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정 방법을 제공한다. 즉, 본 발명은 스테노트로포모나스 속(Stenotrophomonas)의 23S rRNA 유전자의 염기조합을 확보하여 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)를 정확하고 신속하게 동정할 수 있다.
보다 구체적으로 본 발명의 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정 방법은 (a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이
서열번호 1의 109번째 염기 A,
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서열번호 1의 1723번째 염기 C,
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서열번호 1의 1886-1888번째 염기 CAA,
서열번호 1의 2540번째 염기 C,
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서열번호 1의 2580-2582번째 염기 AAC,
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서열번호 1의 2603번째 염기 A,
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서열번호 1의 2630번째 염기 C,
서열번호 1의 2649번째 염기 C,
서열번호 1의 2651번째 염기 G,
서열번호 1의 2678번째 염기 C,
서열번호 1의 2704번째 염기 G,
서열번호 1의 2743-2745번째 염기 TGC,
서열번호 1의 2747번째 염기 G,
서열번호 1의 2749-2752번째 염기 AGCA 인 경우 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)로 판단하는 단계를 포함한다.
또한 본 발명은 유전자 염기 조합으로 구성된 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정용 프로브를 제공한다. 즉, 본 발명은 스테노트로포모나스 속(Stenotrophomonas)의 23S rRNA 유전자의 염기조합을 확보하여 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)를 동정한다.
보다 구체적으로 본 발명의 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정용 프로브는
서열번호 1의 109번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 111번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
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서열번호 1의 272번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 273번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 527번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
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서열번호 1의 1532번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
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서열번호 1의 1539번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
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서열번호 1의 1723번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
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서열번호 1의 1753번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
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서열번호 1의 1755번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1886-1888번째 염기 CAA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2540번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2553번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2564번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2580-2582번째 염기 AAC를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2591-2593번째 염기 GTT를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2599번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2603번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2609번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2610번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2630번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2649번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2651번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2678번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2704번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2743-2745번째 염기 TGC를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2747번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2749-2752번째 염기 AGCA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
본 발명에서 상기 (a) 단계에서 핵산의 분리는 당업계에서 통상적으로 사용되는 방법에 따라 수행될 수 있으며, 상업적으로 판매되는 추출 키트를 이용하여 수행할 수 있다.
또한 상기 (b) 단계에서 염기서열은 당업계에 공지된 자동 또는 수동의 염기서열 분석방법에 따라 수행될 수 있으며, 바람직하게는 검사체 또는 시료를 대상으로 PCR을 수행하여 23S rRNA에 상응하는 PCR 산물을 제조한 다음 이의 서열을 공지의 염기서열 분석방법에 따라서 분석하여 수행할 수 있다.
상기 (c) 단계에서는 서열번호 1을 기준으로 본 발명의 미생물에서의 판단점에 해당하는 염기서열을 확인하여 본 발명의 미생물에 해당하는지 여부를 판별할 수 있다.
한편, 본 발명은 본 발명의 프로브가 기질상에 집적되어 있는 것을 특징으로 하는 본 발명의 미생물의 동정용 마이크로어레이를 제공한다. 상기 마이크로어레이는 본 발명의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어지며, 마커로 사용되는 폴리뉴클레오티드를 기관 상에 고정화하여 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다.
또한, 본 발명은 본 발명의 미생물의 동정용 마커로서 서열번호 1로 표시되는 염기서열을 가지는 뉴클레오티드에서, 본 발명의 미생물의 판단점에 해당하는 각각의 염기가 치환된 것을 특징으로 하는 동정용 마커를 제공한다. 상기 판단점은 상기 동정 방법에 개시된 내용과 동일하다.
본 발명의 뉴클레오티드, 프로브 또는 마커는 DNA 또는 RNA일 수 있으며, RNA의 경우 서열에 기재된 티민이 우라실로 대체되는 것은 당업자에게 자명하다.
본 발명의 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정 방법 및 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정용 프로브를 이용할 경우, 스테노트로포모나스 속(Stenotrophomonas)으로부터 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)를 효과적으로 동정할 수 있다.
도 1은 스테노트로포모나스 말토필라(Stenotrophomonas maltophilla) 및 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)의 염기서열 비교분석 결과를 나타낸 것이다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 실시예 등을 들어 상세하게 설명하기로 한다. 그러나, 본 발명에 따른 실시예들은 여러 가지 다른 형태로 변형될 수 있으며, 본 발명의 범위가 하기 실시예들에 한정되는 것으로 해석되어서는 안 된다. 본 발명의 실시예들은 당업계에서 평균적인 지식을 가진 자에게 본 발명을 보다 완전하게 설명하기 위해 제공되는 것이다.
Stenotrophomonas
속 및
Stenotrophomonas daejeonensis
23S rRNA 분석
하기 실험 방법을 통하여, Stenotrophomonas 속 세균에 대한 동정용 프로브를 설계하였다. 본 발명에서 사용한 전체 RNA 분리 및 염기서열 증폭, 분석방법은 다음과 같다.
<1-1> 23S rRNA 증폭
Stenotrophomonas daejeonensis의 DNA를 분리한 후, Stenotrophomonas 속 세균의 23s rRNA를 분리할 수 있는 하기 표 1과 같은 프라이머 쌍들을 이용하여, PCR을 수행하였다.
| 프라이머 명칭 | 프라이머 서열 |
| Xan23SF5 (정방향) | 5‘-TGGTCAAGCCGCACGGATCATTAGTAT-3’ |
| Xan23SR6 (역방향) | 5‘-ACGTGGATAGCCTGCGAAAAGTGTC-3’ |
| Xan23SF7 (정방향) | 5‘-GAGACCGCCCCAGTCAAACTAC-3’ |
| Xan23SR7 (역방향) | 5‘-ACCTTTTGTATAATGGGTCAACG-3’ |
PCR 반응은 분리한 전체 DNA 20 ng, 다운스트림 프라이머(downstream primer) 10 pmole, 업스트림 프라이머(upstream primer) 10 pmole, Taq DNA polymerase 0.2 U, 10배 중합효소연쇄반응 완충액(100 mM Tris-HCl, 500 mM KCl, 15 mM MgCl2, pH 8.3) 5 ul를 첨가하고 증류수를 첨가하여 반응액을 50 ul로 만들었다.
이 반응액을 95℃에서 5분 동안 가열 후, 95℃ 30초, 58℃ 60초, 72℃ 180초로 30회 증폭시켰으며 마지막에는 72℃에서 10분간 PCR 기계(DNA Engine PTC-200)에서 처리하였다. 증폭 후 PCR 산물은 1 X TBE 완충액과 1.5% 아가로즈 겔을 사용하여 전기영동한 후 ethidium bromide로 염색한 후 ultraviolet lamp에서 확인하였다.
<1-2> 증폭한 23s rRNA 서열 분석
상기 실시예 <1-1>에서 얻은 PCR 산물들의 염기서열은 BioEdit Sequence Alignment Editor를 이용하여 분석하였다.
분석한 후, Stenotrophomonas maltophilla의 23S rRNA 염기서열과 비교해 보았다. Stenotrophomonas maltophilla의 염기서열은 Genbank에 게제된 정보(NC_010943)를 이용하였다. 본 실험에서 사용된 균들의 23s rRNA 서열들은 하기 표 2와 같이 서열번호로 나타내었다.
| 서열번호 | 균 |
| 1 | Stenotrophomonas maltophilla |
| 2 | Stenotrophomonas daejeonensis |
상기 표 2의 서열번호 1 내지 2 간에 염기서열 차이를 비교하였다. 염기서열은 BioEdit Sequence Alignment Editor를 이용하여 비교하였다.
분석 결과는 도 1에 나타내었고, Stenotrophomonas daejeonensis의 염기서열은 Stenotrophomonas maltophilla의 염기서열(서열번호 1)을 기준으로 109, 111, 121, 122, 272, 273, 527, 532, 691, 695, 697, 751, 757, 764, 1163, 1170, 1172, 1173, 1175, 1180, 1182, 1197, 1364, 1365, 1392, 1398, 1415, 1438, 1453, 1532, 1533, 1538, 1539, 1692, 1723, 1731, 1753, 1754, 1755, 1886∼1888, 2348(결손), 2357(결손), 2540, 2553, 2564, 2580∼2582, 2591∼2593, 2599, 2603, 2609, 2610, 2630, 2649, 2651, 2678, 2704, 2743∼2745, 2747, 2749∼2752 번째 위치에 각각 A, A A, G, C, T, C, G, G, T, C, A, A, G, T, C, T, G, A, C, T, G, G, T, A, G, A, T, G, C, C, A, T, G, C, C, G, T, G, CAA, T(결손), A(결손), C, A, G, AAC, GTT, T, A, T, G, C, C, G, C, G, TGC, G, AGCA 염기가 존재하는 차이가 있다. 상기 염기의 차이를 이용하여 Stenotrophomonas 속으로부터 Stenotrophomonas daejeonensis 균주를 동정할 수 있다.
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION)
<120> Method for identification of Stenotrophomonas daejeonensis
<130> 2014-0310-10-A / P14-320
<160> 2
<170> KopatentIn 2.0
<210> 1
<211> 2883
<212> RNA
<213> Stenotrophomonas maltophilia K279a 23S rRNA
<400> 1
tatatggtca agccgcacgg atcattagta tcagttagct caatacattg ctgtacttac 60
acacctgacc tatcaaccac gtagtctaca tggttccttc agggggcttg tgccccggga 120
gatctcatct tgaggcgcgc ttcccgctta gatgctttca gcggttatcg cttccgaaca 180
tagctacccg gcaatgccac tggcgtgaca accggaacac cagaggttcg tccactccgg 240
tcctctcgta ctaggagcag cccctctcaa atctccaacg cccatggcag atagggaccg 300
aactgtctca cgacgttctg aacccagctc gcgtaccact ttaaatggcg aacagccata 360
cccttgggac cgactacagc cccaggatgt gatgagccga catcgaggtg ccaaacaccg 420
ccgtcgatat gaactcttgg gcggtatcag cctgttatcc ccggagtacc ttttatccgt 480
tgagcgatgg cccttccata cagaaccacc ggatcactaa gtcctagttt cctacctgct 540
tgatccgtcg atcttgcagt caagcacgct tatgcctttg cacacagtgc gcgatgtccg 600
accgcgctga gcgtaccttc gagctcctcc gttactcttt aggaggagac cgccccagtc 660
aaactaccca ccatacacgg tccccgaccc agataatggg cccaggttag aacgtcaagc 720
acgacagggt ggtatttcaa ggatggctcc gccacagcta gcgccatggt ttcatagcct 780
cccacctatc ctacacagac gaactcaacg ttcagtgtaa agctatagta aaggttcacg 840
gggtctttcc gtcttgccac gggaacgctg catcttcaca gcgatttcaa tttcactgag 900
tctcgggtgg agacagcgcc gctgtcgtta cgccattcgt gcaggtcgga acttacccga 960
caaggaattt cgctacctta ggaccgttat agttacggcc gccgtttact ggggcttcga 1020
tcaagagctt cgccttgcgg ctgaccccat caattaacct tccagcaccg ggcaggcgtc 1080
acaccctata cgtccacttt cgtgtttgca gagtgctgtg tttttgataa acagtcgcag 1140
cggcctggtt actgcgaccc tcttcagcta tagctcgcac gagccaccaa aaagggtgca 1200
ccttctcccg aagttacggt gccatgttgc ctagttcctt cacccgagtt ctctcaagcg 1260
cctgagaatt ctcatcctac ccacctgtgt cggtttacgg tacggtctgc gtaagctgaa 1320
gcttaggagc ttttcctgga agcgtggtat cagtgacttc gccataaagg ctcgtctcgg 1380
tgctcggtct taaaggatcc cggatttgcc aaagatccaa acctaccgcc tttccccagg 1440
acaaccaacg cctggtacac ctaaccttct ccgtccctcc atcgcactta cgcgaggtgc 1500
aggaatatta acctgcttcc catcgactac gactttcgtc ctcgccttag gggccgactc 1560
accctgcgcc gattaacgtt gcgcaaggaa accttgggct ttcggcgtgc gggtttttca 1620
cccgcattat cgttactcat gtcagcattc gcacttccga tacctccagc agacttctca 1680
atccaccttc aacggcttac ggaacgctcc tctaccgcgc ataacaaagt tatgcacccc 1740
aagcttcggt tcactgctta gccccgttaa atcttccccg cagaccgact cgaccagtga 1800
gctattacgc tttctttaaa gggtggctgc ttctaagcca acctcctggc tgtctgtgcc 1860
tttccacatg gttttccact tagcagtgaa tttgggacct tagctgtggg tctgggttgt 1920
ttcccttttc acgacggacg ttagcacccg ccgtgtgtct cccatacagt ccgtctcggt 1980
attcggagtt tgcaatggtt tggtaagtcg cgatgacccc ctagccataa cagtgctcta 2040
cccccgagag gatacatatg aggcgctacc taaatagctt tcgaggagaa ccagctatct 2100
ccgggttcga ttagcttttc actcctaatc acacctcatc ccctaccttt gcaacgggag 2160
tgggttcggg cctccagtgc gtgttaccgc accttcaccc tgggcatgac tagatcaccc 2220
ggtttcgggt ctactgcccg cgactatgcg cccttatcag actcggtttc ccttcgcctc 2280
ccctatacgg ttaagcttgc cacgaacagt aagtcgctga cccattatac aaaaggtacg 2340
cagtcactcc ttgcggagct cctactgctt gtacgcacac ggtttcaggt tctatttcac 2400
tcccctctcc ggggttcttt tcgcctttcc ctcacggtac tggttcacta tcggtcggtc 2460
agtagtattt agccttggag gatggtcccc ccatgttcag acagggtttc acgtgccccg 2520
ccctactcgt cttcactgga atggcccttt cagatacagg gctatcacct tctatggccg 2580
ctctttccag agcgttttcc tagaaccaat ccagcttaag ggctagtccg cgttcgctcg 2640
tcgctactta cggaatctcg gttgatttct tttcctctgg ttacttagat atttcagttc 2700
accaggttcg cttccagcag ctatgtattc actgcaggat acccgcaagc gggtgggttt 2760
ccccattcgg acattaccgg atcaaagctt gttgccagct ccccgatact tttcgcaggc 2820
tgccacgtcc ttcatcgcct ctgaccgcca aggcatccac cgtgtgcgct tattcgcttg 2880
acc 2883
<210> 2
<211> 2711
<212> RNA
<213> stenotrophomonas daejeonensis 23S rRNA
<400> 2
acacacctga cctatcaacc acgtagtcta catggttcct tcagggggct agagccccgg 60
gaagtctcat cttgaggcgc gcttcccgct tagatgcttt cagcggttat cgcttccgaa 120
catagctacc cggcaatgcc actggcgtga caaccggaac accagaggtt cgtccactcc 180
ggtcctctcg tactaggagc agcccctctc aaacttccaa cgcccatggc agatagggac 240
cgaactgtct cacgacgttc tgaacccagc tcgcgtacca ctttaaatgg cgaacagcca 300
tacccttggg accgactaca gccccaggat gtgatgagcc gacatcgagg tgccaaacac 360
cgccgtcgat atgaactctt gggcggtatc agcctgttat ccccggagta ccttttatcc 420
gttgagcgat ggcccttcca tacagaacca ccggatcact aagtcctact ttcgtacctg 480
cttgatccgt cgatcttgca gtcaagcacg cttatgcctt tgcacacagt gcgcgatgtc 540
cgaccgcgct gagcgtacct tcgagctcct ccgttactct ttaggaggag accgccccag 600
tcaaactacc caccatacac ggtccccgac ccggattacg ggcccaggtt agaacgtcaa 660
gcacgacagg gtggtatttc aaggatggct ccaccacaac tggcgtcatg gtttcatagc 720
ctcccaccta tcctacacag acgaactcaa cgttcagtgt aaagctatag taaaggttca 780
cggggtcttt ccgtcttgcc acgggaacgc tgcatcttca cagcgatttc aatttcactg 840
agtctcgggt ggagacagcg ccgctgtcgt tacgccattc gtgcaggtcg gaacttaccc 900
gacaaggaat ttcgctacct taggaccgtt atagttacgg ccgccgttta ctggggcttc 960
gatcaagagc ttcgccttgc ggctgacccc atcaattaac cttccagcac cgggcaggcg 1020
tcacacccta tacgtccact ttcgtgtttg cagagtgctg tgtttttgat aaacagtcgc 1080
agcggcctgg ttactgcgac cctcctcagc tttgacccgc atgggccacc aaagagggtg 1140
caccttctcc cgaagttacg gtgccatgtt gcctagttcc ttcacccgag ttctctcaag 1200
cgcctgagaa ttctcatcct acccacctgt gtcggtttac ggtacggtct gcgtaagctg 1260
aagcttagga gcttttcctg gaagcgtggt atcagtgact tcgcctaaaa ggctcgtctc 1320
ggtgctcggt cttgaaggaa cccggatttg ccaaagttcc aaacctaccg cctttccccg 1380
ggacaaccaa cgcccggtac acctaacctt ctccgtccct ccatcgcact tacgcgaggt 1440
gcaggaatat taacctgctt cccatcgact acgcatttct gcctcgcctt aggggccgac 1500
tcaccctgcg ccgattaacg ttgcgcaagg aaaccttggg ctttcggcgt gcgggttttt 1560
cacccgcatt atcgttactc atgtcagcat tcgcacttcc gatacctcca gcagacttct 1620
caatccacct tcaccggctt acggaacgct cctctaccgc gcatcacaaa gtgatgcacc 1680
ccaagcttcg gttctgtgct tagccccgtt aaatcttccc cgcagaccga ctcgaccagt 1740
gagctattac gctttcttta aagggtggct gcttctaagc caacctcctg gctgtctgtg 1800
cctttccaca tggttttcca cttagcacaa aatttgggac cttagctgtg ggtctgggtt 1860
gtttcccttt tcacgacgga cgttagcacc cgccgtgtgt ctcccataca gtccgtctcg 1920
gtattcggag tttgcaatgg tttggtaagt cgcgatgacc ccctagccat aacagtgctc 1980
tacccccgag aggatacata tgaggcgcta cctaaatagc tttcgaggag aaccagctat 2040
ctccgggttc gattagcttt tcactcctaa tcacacctca tcccctacct ttgcaacggg 2100
agtgggttcg ggcctccagt gcgtgttacc gcaccttcac cctgggcatg actagatcac 2160
ccggtttcgg gtctactgcc cgcgactatg cgcccttatc agactcggtt tcccttcgcc 2220
tcccctatac ggttaagctt gccacgaaca gtaagtcgct gacccattat acaaaaggta 2280
cgcagtcacc cttgcgggct cctactgctt gtacgcacac ggtttcaggt tctatttcac 2340
tcccctctcc ggggttcttt tcgcctttcc ctcacggtac tggttcacta tcggtcggtc 2400
agtagtattt agccttggag gatggtcccc ccatgttcag acagggtttc acgtgccccg 2460
ccctactcgt cttcactggc atggcccttt caaatacagg gctgtcacct tctatggcca 2520
acctttccag gttgtttttc taaaaccatg ccagcttaag ggctagtccc cgttcgctcg 2580
tcgctactca gggaatctcg gttgatttct tttcctccgg ttacttagat atttcagttc 2640
accgggttcg cttccagcag ctatgtattc actgcaggat actgccgaag cagtgggttt 2700
ccccattcgg a 2711
Claims (4)
- (a) 시료로부터 23S rRNA를 분리하는 단계; (b) 상기 (a) 단계에서 분리한 23S rRNA의 염기서열을 확인하는 단계; 및 (c) 상기 (b) 단계에서 확인된 염기서열이
서열번호 1의 109번째 염기 A,
서열번호 1의 111번째 염기 A,
서열번호 1의 121번째 염기 A,
서열번호 1의 122번째 염기 G,
서열번호 1의 272번째 염기 C,
서열번호 1의 273번째 염기 T,
서열번호 1의 527번째 염기 C,
서열번호 1의 532번째 염기 G,
서열번호 1의 691번째 염기 G,
서열번호 1의 695번째 염기 T,
서열번호 1의 697번째 염기 C,
서열번호 1의 751번째 염기 A,
서열번호 1의 757번째 염기 A,
서열번호 1의 764번째 염기 G,
서열번호 1의 1163번째 염기 T,
서열번호 1의 1170번째 염기 C,
서열번호 1의 1172번째 염기 T,
서열번호 1의 1173번째 염기 G,
서열번호 1의 1175번째 염기 A,
서열번호 1의 1180번째 염기 C,
서열번호 1의 1182번째 염기 T,
서열번호 1의 1197번째 염기 G,
서열번호 1의 1364번째 염기 G,
서열번호 1의 1365번째 염기 T,
서열번호 1의 1392번째 염기 A,
서열번호 1의 1398번째 염기 G,
서열번호 1의 1415번째 염기 A,
서열번호 1의 1438번째 염기 T,
서열번호 1의 1453번째 염기 G,
서열번호 1의 1532번째 염기 C,
서열번호 1의 1533번째 염기 C,
서열번호 1의 1538번째 염기 A,
서열번호 1의 1539번째 염기 T,
서열번호 1의 1692번째 염기 G,
서열번호 1의 1723번째 염기 C,
서열번호 1의 1731번째 염기 C,
서열번호 1의 1753번째 염기 G,
서열번호 1의 1754번째 염기 T,
서열번호 1의 1755번째 염기 G,
서열번호 1의 1886-1888번째 염기 CAA,
서열번호 1의 2540번째 염기 C,
서열번호 1의 2553번째 염기 A,
서열번호 1의 2564번째 염기 G,
서열번호 1의 2580-2582번째 염기 AAC,
서열번호 1의 2591-2593번째 염기 GTT,
서열번호 1의 2599번째 염기 T,
서열번호 1의 2603번째 염기 A,
서열번호 1의 2609번째 염기 T,
서열번호 1의 2610번째 염기 G,
서열번호 1의 2630번째 염기 C,
서열번호 1의 2649번째 염기 C,
서열번호 1의 2651번째 염기 G,
서열번호 1의 2678번째 염기 C,
서열번호 1의 2704번째 염기 G,
서열번호 1의 2743-2745번째 염기 TGC,
서열번호 1의 2747번째 염기 G,
서열번호 1의 2749-2752번째 염기 AGCA 인 경우 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis)로 판단하는 단계를 포함하는 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정 방법. - 서열번호 1의 109번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 111번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 121번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 122번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 272번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 273번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 527번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 532번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 691번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 695번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 697번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 751번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 757번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 764번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1163번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1170번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1172번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1173번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1175번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1180번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1182번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1197번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1364번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1365번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1392번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1398번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1415번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1438번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1453번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1532번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1533번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1538번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1539번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1692번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1723번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1731번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1753번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1754번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1755번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 1886-1888번째 염기 CAA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2540번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2553번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2564번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2580-2582번째 염기 AAC를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2591-2593번째 염기 GTT를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2599번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2603번째 염기 A를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2609번째 염기 T를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2610번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2630번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2649번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2651번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2678번째 염기 C를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2704번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2743-2745번째 염기 TGC를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2747번째 염기 G를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
서열번호 1의 2749-2752번째 염기 AGCA를 포함하는 20-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드,
및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상을 포함하는 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정용 프로브. - 제2항의 프로브가 기질상에 집적되어 있는 것을 특징으로 하는 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정용 마이크로어레이.
- 서열번호 1로 표시되는 염기서열을 가지는 뉴클레오티드에서,
서열번호 1의 109번째 염기 A,
서열번호 1의 111번째 염기 A,
서열번호 1의 121번째 염기 A,
서열번호 1의 122번째 염기 G,
서열번호 1의 272번째 염기 C,
서열번호 1의 273번째 염기 T,
서열번호 1의 527번째 염기 C,
서열번호 1의 532번째 염기 G,
서열번호 1의 691번째 염기 G,
서열번호 1의 695번째 염기 T,
서열번호 1의 697번째 염기 C,
서열번호 1의 751번째 염기 A,
서열번호 1의 757번째 염기 A,
서열번호 1의 764번째 염기 G,
서열번호 1의 1163번째 염기 T,
서열번호 1의 1170번째 염기 C,
서열번호 1의 1172번째 염기 T,
서열번호 1의 1173번째 염기 G,
서열번호 1의 1175번째 염기 A,
서열번호 1의 1180번째 염기 C,
서열번호 1의 1182번째 염기 T,
서열번호 1의 1197번째 염기 G,
서열번호 1의 1364번째 염기 G,
서열번호 1의 1365번째 염기 T,
서열번호 1의 1392번째 염기 A,
서열번호 1의 1398번째 염기 G,
서열번호 1의 1415번째 염기 A,
서열번호 1의 1438번째 염기 T,
서열번호 1의 1453번째 염기 G,
서열번호 1의 1532번째 염기 C,
서열번호 1의 1533번째 염기 C,
서열번호 1의 1538번째 염기 A,
서열번호 1의 1539번째 염기 T,
서열번호 1의 1692번째 염기 G,
서열번호 1의 1723번째 염기 C,
서열번호 1의 1731번째 염기 C,
서열번호 1의 1753번째 염기 G,
서열번호 1의 1754번째 염기 T,
서열번호 1의 1755번째 염기 G,
서열번호 1의 1886-1888번째 염기 CAA,
서열번호 1의 2540번째 염기 C,
서열번호 1의 2553번째 염기 A,
서열번호 1의 2564번째 염기 G,
서열번호 1의 2580-2582번째 염기 AAC,
서열번호 1의 2591-2593번째 염기 GTT,
서열번호 1의 2599번째 염기 T,
서열번호 1의 2603번째 염기 A,
서열번호 1의 2609번째 염기 T,
서열번호 1의 2610번째 염기 G,
서열번호 1의 2630번째 염기 C,
서열번호 1의 2649번째 염기 C,
서열번호 1의 2651번째 염기 G,
서열번호 1의 2678번째 염기 C,
서열번호 1의 2704번째 염기 G,
서열번호 1의 2743-2745번째 염기 TGC,
서열번호 1의 2747번째 염기 G,
서열번호 1의 2749-2752번째 염기 AGCA로 치환된 것을 특징으로 하는 스테노트로포모나스 대저넨시스(Stenotrophomonas daejeonensis) 동정용 마커.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020150049854A KR20160120593A (ko) | 2015-04-08 | 2015-04-08 | 스테노트로포모나스 대저넨시스 동정 방법 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020150049854A KR20160120593A (ko) | 2015-04-08 | 2015-04-08 | 스테노트로포모나스 대저넨시스 동정 방법 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR20160120593A true KR20160120593A (ko) | 2016-10-18 |
Family
ID=57244492
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020150049854A KR20160120593A (ko) | 2015-04-08 | 2015-04-08 | 스테노트로포모나스 대저넨시스 동정 방법 |
Country Status (1)
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| KR (1) | KR20160120593A (ko) |
-
2015
- 2015-04-08 KR KR1020150049854A patent/KR20160120593A/ko not_active Application Discontinuation
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