KR101380971B1 - 타이로신 키나아제 저해제인 닐로티닙 및 이마티닙에 대한 저항성을 가지는 유전자 - Google Patents

Abstract

본 발명은 타이로신 키나아제 저해제인 닐로티닙 및 이마티닙에 대한 저항성을 가지는 유전자 및 이를 이용한 닐로티닙 및 이마티닙에 대한 저항성의 진단 및 치료에 관한 것이다.

Description

타이로신 키나아제 저해제인 닐로티닙 및 이마티닙에 대한 저항성을 가지는 유전자{Gene signatures associated with the in vitro resistance to two tyrosine kinase inhibitors, nilotinib and imatinib}

본 발명은 타이로신 키나아제 저해제인 닐로티닙 및 이마티닙에 대한 저항성을 가지는 유전자 및 이를 이용한 닐로티닙 및 이마티닙에 대한 저항성의 진단 및 치료에 관한 것이다.

만성 골수성 백혈병(이하, 'CML'이라 함)은 성인 발명 백혈병의 약 15%를 구성한다(Hehlmann R, Hochhaus A, Baccarani M. Chronic myeloid leukaemia. Lancet 2007 Jul 28;370(9584):342-50). 이 질환의 가장 명확한 핵형 변화는 Philadelphia 염색체(Ph) 및 키메릭 BCR-ABL 유전자를 야기하는 상호전좌 t(9;22)(q34;q11)이다. 이 융합 유전자는 항시적으로 활성화된 타이로신 키나제 활성을 가지는 Bcr-Abl 종양단백질을 코딩하고 그것은 비조절된 세포 증식 및 CML 및 Ph+ ALL 발생에 관여한다(Bartram CR, 등. Nature 1983 Nov 17;306(5940):277-80;Daley GQ, 등 Science 1990 Feb 16;247(4944):824-30).

강력한 화학요법제 imatinib mesylate (Gleevec, STI571)는 Bcr-Abl 타이로신 키나제의 선택적 저해제로 최근 제안되고, 새롭게 진단된 CML 경우에 최전방 치료제 선택으로 사용된다(Deininger M, 등. Blood 2005 Apr 1;105(7):2640-53.).통상적인 치료제와 비교한 세포학적 완화(cytological remission)의 현저한 비율은 초기 임상 고찰과 최근 추가 연구에서 나타내었다(Druker BJ, 등. N Engl J Med 2006 Dec 7;355(23):2408-17;O'Brien SG, 등. N Engl J Med 2003 Mar 13;348(11):994-1004). 뛰어난 효과에도 불구하고, 초기 연구들은 초기 치료에서 종종 CML 환자들이 완전한 혈액 또는 세포유전학적 반응을 얻을 수 없었고(내인성 저항성) 또는 치료 동안 반응을 유지하는데 실패하였다(후천성 저항성)는 것을 나타내었다. imatinib의 용량의 증가는 저항성 환자를 치료하는 하나의 대안이나, 저항성이 용량 증대로 극복될 수 있는지는 여전히 논쟁이 있다(Kantarjian H, 등. Blood 2004 Apr 15;103(8):2873-8;Marin D, 등. Blood 2003 Oct 1;102(7):2702-3).

최근, nilotinib (Tasigna, AMN107) 및 dasatinib (Sprycel)과 같은 더 강력한 이차 타이로신 키나제 저해제가 imatinib-저항성 CML 환자들의 치료에 사용될 수 있는 획기적인 후보물질로 부상하고 있다(Kantarjian H, 등. N Engl J Med 2006 Jun 15;354(24):2542-51;Kantarjian H, 등. Blood 2007 Jun 15;109(12):5143-50).

임상적 유리한 점에 대한 주된 장애로, TKI에 대한 저항성의 획득에 관여하는 분자적 기작이 심도있게 연구되었다. Bcr-Abl 단백질의 키나제 도메인에 관여하는 포인트 돌연변이는 임상 케이스에서 저항성의 주된 원인일 수 있다(Shah NP, 등. Cancer Cell 2002 Aug;2(2):117-25). BCR - ABL 로커스의 유전자 증폭 또는 전사 활성화는 저항성의 가능한 원인으로 예상된다(Gorre ME, 등. Science 2001 Aug 3;293(5531):876-80). 다른 Bcr-Abl 키나제 경로 독립적인 기작이 보고되었다. 예를 들어 Lyn 또는 Hck와 같은 Src 계열 키나제 활성화(Donato NJ, 등. Blood 2003 Jan 15;101(2):690-8), 약제 유출과 관련된 트랜스포터(Mahon FX, 등 2003 Mar 15;101(6):2368-7314) 및 세포외 매트릭스에 의하여 부여된 항에팝토시스 역할(Bueno-da-Silva AE, 등. Cell Death Differ 2003 May;10(5):592-8)이다.

TKI 저항성의 분자 기작의 설명은 넓은 임상적 가능성을 가진다; 임상적 반응을 예측하여 저항성 케이스의 초기 동정, 약 용법의 개인화된 조절(즉 용량 증가 또는 약제의 조합) 또는 imatinib-저항성 CML 케이스를 처리하기 위한 새로운 타겟의 스크리닝을 가능하게 함.

K562 세포주와 같은 ppBcr-Abl- 양성 세포주 모델은 TKI 저항성과 관련된 근본적인 분자적 기작을 조사할 수 있는 적당한 인비트로 모델로 작용할 수 있다. 예를 들어 저항성 세포주의 대규모 발현 프로파일은 마이크로어레이 분석으로부터 얻어질 수 있고 잠재적인 임상 유리한 점을 가지는 분자적 경로 또는 유전자 마커의 동정을 가능하게 할 것이다(Tipping AJ, 등. Exp Hematol 2003 Nov;31(11):1073-80;Ohmine K, 등. Stem Cells 2003;21(3):315-21;Chung YJ, 등. Leukemia 2006 Sep;20(9):1542-50).

본 발명은 상기의 필요성에 의하여 안출된 것으로서 본 발명의 목적은 닐로티닙에 대한 저항성을 진단하는 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 다른 목적은 타이로신 키나제 저해제에 대한 저항성을 진단하는 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 닐로티닙에 대한 저항성을 진단하는 방법을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 타이로신 키나제 저해제에 대한 저항성을 진단하는 방법을 제공하는 것이다.

상기의 목적을 달성하기 위하여 본 발명은 진뱅크 ID 209977051의 TMEM51(transmembrane protein 51), 113722110의 PLA2G4A(phospholipase A2, group IVA (cytosolic, calcium-dependent)), 41327743의 KIF1A(kinesin family member 1A),319996740의 OSBPL6(oxysterol binding protein-like 6), 166197701의 ENTPD3(ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 3), 189491643의 ENC1(ectodermal-neural cortex ), 310750346의 MAP7(microtubule-associated protein 7), 167614503의 LAMB1(laminin, beta 1), 188536061의 CD36[CD36 antigen (collagen type I receptor)], 318037598의 ABCB1(ATP-binding cassette, sub-family B member 1), 14150131의 C9orf125(chromosome 9 open reading frame 125), 73622123의 CASP4(caspase 4), 62912480의 HMGA2(high mobility group AT-hook 2), 317008624의 NTS(neurotensin), 218751879의 TRHDE(thyrotropin-releasing hormone degrading enzyme), 38348355의 TEX9(testis expressed sequence 9), 226371703의 ZNF447(zinc finger protein 447), 62865638의 AURKC(aurora kinase C), 216547806의 FAM9B(family with sequence similarity 9, member B), 254039591의 NXF5(nuclear RNA export factor 5), 13430853의 NXF2, 28559007의 SSX3(synovial sarcoma, X breakpoint 3),27894331의 IL1R1(interleukin 1 receptor, type I), 40548418의 COLEC11(collectin sub-family member 11), 37537688의 ZNF354A(zinc finger protein 354A),306966129의 SPTAN1(spectrin, alpha, non-erythrocytic 1), 26051274의 KCNMB4(potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, beta member 4), 56676392의 ARHGDIB(Rho GDP dissociation inhibitor beta), 19923900 의 MGC16044, 284004924의 FAM9A(family with sequence similarity 9, member A), 49355825의 VCY(variable charge, Y-linked), 49355827의 VCY1B, 188497641의 ARHGAP15(Rho GTPase activating protein 15), 62821786의 COBLL1(COBL-like 1), 208022656의 ANTXR1(anthrax toxin receptor 1), 67191026의 ITGA4(integrin, alpha 4), 94421465의 FMNL2(formin-like 2), 300193030의 TNFSF10(tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 10), 149274647의 FLJ31033(DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 60-like), 109134337의 APIN(odontogenic, ameloblast asssociated), 196162714의 ZDHHC11(zinc finger, DHHC-type containing 11), 38679889의 SLCO4C1(solute carrier organic anion transporter family, member 4C1), 223717957의 CD109(CD109 antigen), 114431235의 ZNF462(zinc finger protein 462), 224493825의 CHST3(carbohydrate sulfotransferase 3), 59889572의 MRPS16(mitochondrial ribosomal protein S16), 23110994의 MS4A4A(membrane-spanning 4-domains, subfamily A, member 4), 190886455의 PAK1(p21/Cdc42/Rac1-activated kinase 1), 259490233의 DACH1(dachshund homolog 1), 193788638의 DCT(dopachrome delta-isomerase, tyrosine-related protein 2), 217330577의 STRA6(stimulated by retinoic acid gene 6 homolog ), 및 271398121의 ASB9(ankyrin repeat and SOCS box-containing 9) 유전자로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 유효성분으로 하는 닐로티닙에 대한 저항성 진단용 조성물을 제공한다.

또 본 발명은 진뱅크 ID 312261211의 SERINC2(serine incorporator 2), 74101435의 KYNU(kynureninase), 58331245의 GAD1(glutamate decarboxylase 1 (brain, 67kDa)), 88953362의 ANKRD20B(ankyrin repeat domain 20B), 56549680의 CTDSPL(carboxy-terminal domain, RNA polymerase II, polypeptide A) small phosphatase-like), 194018569의 FLJ20647, 225690600의 SNCA(synuclein, alpha (non A4 component of amyloid precursor)), 194688145의 PPP3CA(protein phosphatase 3, catalytic subunit, alpha isoform), 157388946의 ELOVL7(ELOVL family member 7), 316983120의 PANK3(pantothenate kinase 3), 123701899의 SLC12A7(solute carrier family 12 member 7), 53759115의 TAP1(transporter 1, ATP-binding cassette, sub-family B), 105990527의 HEY1(hairy/enhancer-of-split related with YRPW motif 1), 208973250의 RGS20(regulator of G-protein signalling 20), 291167748의 ZFHX4(zinc finger homeodomain 4), 63025205의C10orf38(chromosome 10 open reading frame 38), 34147396의 AKR1CL2(aldo-keto reductase family 1, member C-like 2), 206597544의 C10orf71(chromosome 10 open reading frame 71), 48255934의 CD44(CD44 antigen), 148612841의 IFITM3(interferon induced transmembrane protein 3), 19743915의PTPRR(protein tyrosine phosphatase, receptor type, R), 22209007의 SPRY2(sprouty homolog 2), 62750355의 MGAT2(mannosyl (alpha-1,6-)-glycoprotein beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase), 47717140의 PRKCH(protein kinase C, eta), 190610009의 C14orf39(chromosome 14 open reading frame 39), 23510452의 COTL1(coactosin-like 1 (Dictyostelium)), 24430161의 PMP22(peripheral myelin protein 22), 34303923의 ZNF420(zinc finger protein 420), 300388185의 ZNF85, 34303940의 ZNF567, 116488409의 LILRB1(leukocyte immunoglobulin-like receptor, subfamily B, member 1), 115527111의 ZNF626, 193804859의 SYTL4(synaptotagmin-like 4), 28559018의 SSX6(synovial sarcoma, X breakpoint 6), 65505872의 TCEAL4(transcription elongation factor A-like 4), 4757733의 AIM2(absent in melanoma 2), 115385975의 PTPRC(protein tyrosine phosphatase, receptor type, C), 39979637의 FAM5C(family with sequence similarity 5, member C), 315259099의 TNFRSF9(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9), 45505141의 NR5A2(nuclear receptor subfamily 5, group A, member 2), 110618228의 CD1D(CD1D antigen, d polypeptide), 30089964의 CDC42EP3(CDC42 effector protein 3), 45006902의 MEIS1(myeloid ecotropic viral integration site 1 homolog), 27886567의 IFIH1(interferon induced with helicase C domain 1), 212276173의 GCA(grancalcin, EF-hand calcium binding protein), 167900483의 PTX3(pentraxin-related gene, rapidly induced by IL-1 beta), 156546889의 BOMB(WW and C2 domain containing 2), 296011011의 EGF(epidermal growth factor), 148491081의 DAB2(disabled homolog 2, mitogen-responsive phosphoprotein), 192455697의 LOC493869, 157419121의 LAMA4(laminin, alpha 4), 262205658의TPBG(trophoblast glycoprotein), 293332490의 SYK(spleen tyrosine kinase), 38327621의 TLE4(transducin-like enhancer of split 4 homolog), 49472836의 SFXN3(sideroflexin 3), 71274106의 MCAM(melanoma cell adhesion molecule), 4501944의 ADM(adrenomedullin), 31542657의 MLSTD1(male sterility domain containing 1), 42789728의 LRMP(lymphoid-restricted membrane protein), 291167746의 NIN(ninein), 146231981의 CHES1(checkpoint suppressor 1), 41327761의ABCA8(ATP-binding cassette, sub-family A member 8), 149192840의 ZNF527, 34330189의HKR1(GLI-Kruppel family member), 168480146의 JAG1(jagged 1 ), 296040429의 CPXM(carboxypeptidase X), 109948261의 SLC35E4(solute carrier family 35, member E4), 및 32528292의 COVA1(cytosolic ovarian carcinoma antigen 1)유전자로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자를 유효성분으로 하는 타이로신 키나제 저해제에 대한 저항성 진단용 조성물을 제공한다.

본 발명의 일 구현예에 있어서, 상기 타이로신 키나제 저해제는 이마티닙 및 닐로티닙 화합물 중 하나 이상인 것이 바람직하나 이에 한정하지 아니한다.

또한 본 발명은 시료에서 진뱅크 ID 209977051의 TMEM51(transmembrane protein 51), 113722110의 PLA2G4A(phospholipase A2, group IVA (cytosolic, calcium-dependent)), 41327743의 KIF1A(kinesin family member 1A),319996740의 OSBPL6(oxysterol binding protein-like 6), 166197701의 ENTPD3(ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 3), 189491643의 ENC1(ectodermal-neural cortex ), 310750346의 MAP7(microtubule-associated protein 7), 167614503의 LAMB1(laminin, beta 1), 188536061의 CD36[CD36 antigen (collagen type I receptor)], 318037598의 ABCB1(ATP-binding cassette, sub-family B member 1), 14150131의 C9orf125(chromosome 9 open reading frame 125), 73622123의 CASP4(caspase 4), 62912480의 HMGA2(high mobility group AT-hook 2), 317008624의 NTS(neurotensin), 218751879의 TRHDE(thyrotropin-releasing hormone degrading enzyme), 38348355의 TEX9(testis expressed sequence 9), 226371703의 ZNF447(zinc finger protein 447), 62865638의 AURKC(aurora kinase C), 216547806의 FAM9B(family with sequence similarity 9, member B), 254039591의 NXF5(nuclear RNA export factor 5), 13430853의 NXF2, 28559007의 SSX3(synovial sarcoma, X breakpoint 3),27894331의 IL1R1(interleukin 1 receptor, type I), 40548418의 COLEC11(collectin sub-family member 11), 37537688의 ZNF354A(zinc finger protein 354A),306966129의 SPTAN1(spectrin, alpha, non-erythrocytic 1), 26051274의 KCNMB4(potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, beta member 4), 56676392의 ARHGDIB(Rho GDP dissociation inhibitor beta), 19923900 의 MGC16044, 284004924의 FAM9A(family with sequence similarity 9, member A), 49355825의 VCY(variable charge, Y-linked), 49355827의 VCY1B, 188497641의 ARHGAP15(Rho GTPase activating protein 15), 62821786의 COBLL1(COBL-like 1), 208022656의 ANTXR1(anthrax toxin receptor 1), 67191026의 ITGA4(integrin, alpha 4), 94421465의 FMNL2(formin-like 2), 300193030의 TNFSF10(tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 10), 149274647의 FLJ31033(DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 60-like), 109134337의 APIN(odontogenic, ameloblast asssociated), 196162714의 ZDHHC11(zinc finger, DHHC-type containing 11), 38679889의 SLCO4C1(solute carrier organic anion transporter family, member 4C1), 223717957의 CD109(CD109 antigen), 114431235의 ZNF462(zinc finger protein 462), 224493825의 CHST3(carbohydrate sulfotransferase 3), 59889572의 MRPS16(mitochondrial ribosomal protein S16), 23110994의 MS4A4A(membrane-spanning 4-domains, subfamily A, member 4), 190886455의 PAK1(p21/Cdc42/Rac1-activated kinase 1), 259490233의 DACH1(dachshund homolog 1), 193788638의 DCT(dopachrome delta-isomerase, tyrosine-related protein 2), 217330577의 STRA6(stimulated by retinoic acid gene 6 homolog ), 및 271398121의 ASB9(ankyrin repeat and SOCS box-containing 9) 유전자로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 업-레귤레이션을 확인하는 단계를 포함하는 닐로티닙에 대한 저항성 진단방법을 제공한다.

또한 본 발명은 시료에서 진뱅크 ID 312261211의 SERINC2(serine incorporator 2), 74101435의 KYNU(kynureninase), 58331245의 GAD1(glutamate decarboxylase 1 (brain, 67kDa)), 88953362의 ANKRD20B(ankyrin repeat domain 20B), 56549680의 CTDSPL(carboxy-terminal domain, RNA polymerase II, polypeptide A) small phosphatase-like), 194018569의 FLJ20647, 225690600의 SNCA(synuclein, alpha (non A4 component of amyloid precursor)), 194688145의 PPP3CA(protein phosphatase 3, catalytic subunit, alpha isoform), 157388946의 ELOVL7(ELOVL family member 7), 316983120의 PANK3(pantothenate kinase 3), 123701899의 SLC12A7(solute carrier family 12 member 7), 53759115의 TAP1(transporter 1, ATP-binding cassette, sub-family B), 105990527의 HEY1(hairy/enhancer-of-split related with YRPW motif 1), 208973250의 RGS20(regulator of G-protein signalling 20), 291167748의 ZFHX4(zinc finger homeodomain 4), 63025205의C10orf38(chromosome 10 open reading frame 38), 34147396의 AKR1CL2(aldo-keto reductase family 1, member C-like 2), 206597544의 C10orf71(chromosome 10 open reading frame 71), 48255934의 CD44(CD44 antigen), 148612841의 IFITM3(interferon induced transmembrane protein 3), 19743915의PTPRR(protein tyrosine phosphatase, receptor type, R), 22209007의 SPRY2(sprouty homolog 2), 62750355의 MGAT2(mannosyl (alpha-1,6-)-glycoprotein beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase), 47717140의 PRKCH(protein kinase C, eta), 190610009의 C14orf39(chromosome 14 open reading frame 39), 23510452의 COTL1(coactosin-like 1 (Dictyostelium)), 24430161의 PMP22(peripheral myelin protein 22), 34303923의 ZNF420(zinc finger protein 420), 300388185의 ZNF85, 34303940의 ZNF567, 116488409의 LILRB1(leukocyte immunoglobulin-like receptor, subfamily B, member 1), 115527111의 ZNF626, 193804859의 SYTL4(synaptotagmin-like 4), 28559018의 SSX6(synovial sarcoma, X breakpoint 6), 65505872의 TCEAL4(transcription elongation factor A-like 4), 4757733의 AIM2(absent in melanoma 2), 115385975의 PTPRC(protein tyrosine phosphatase, receptor type, C), 39979637의 FAM5C(family with sequence similarity 5, member C), 315259099의 TNFRSF9(tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9), 45505141의 NR5A2(nuclear receptor subfamily 5, group A, member 2), 110618228의 CD1D(CD1D antigen, d polypeptide), 30089964의 CDC42EP3(CDC42 effector protein 3), 45006902의 MEIS1(myeloid ecotropic viral integration site 1 homolog), 27886567의 IFIH1(interferon induced with helicase C domain 1), 212276173의 GCA(grancalcin, EF-hand calcium binding protein), 167900483의 PTX3(pentraxin-related gene, rapidly induced by IL-1 beta), 156546889의 BOMB(WW and C2 domain containing 2), 296011011의 EGF(epidermal growth factor), 148491081의 DAB2(disabled homolog 2, mitogen-responsive phosphoprotein), 192455697의 LOC493869, 157419121의 LAMA4(laminin, alpha 4), 262205658의TPBG(trophoblast glycoprotein), 293332490의 SYK(spleen tyrosine kinase), 38327621의 TLE4(transducin-like enhancer of split 4 homolog), 49472836의 SFXN3(sideroflexin 3), 71274106의 MCAM(melanoma cell adhesion molecule), 4501944의 ADM(adrenomedullin), 31542657의 MLSTD1(male sterility domain containing 1), 42789728의 LRMP(lymphoid-restricted membrane protein), 291167746의 NIN(ninein), 146231981의 CHES1(checkpoint suppressor 1), 41327761의ABCA8(ATP-binding cassette, sub-family A member 8), 149192840의 ZNF527, 34330189의HKR1(GLI-Kruppel family member), 168480146의 JAG1(jagged 1 ), 296040429의 CPXM(carboxypeptidase X), 109948261의 SLC35E4(solute carrier family 35, member E4), 및 32528292의 COVA1(cytosolic ovarian carcinoma antigen 1)유전자로 구성된 군으로부터 선택된 하나 이상의 유전자의 업-레귤레이션을 확인하는 단계를 포함하는 타이로신 키나제 저해제에 대한 저항성 진단방법을 제공한다.

이하 본 발명을 설명한다.

본 발명에서는 imatinib 및 nilotinib의 1^st 및 2^nd 라인 TKI에 대한 약제 저항성을 획득한 K562 인 비트로 세포주 모델의 전체 전사체(global transcriptome) 분석은 TKI 저항성과 관련된 잠재적인 분자적 기능 및 후보 유전자들을 동정하였다. TKI-저항성 세포 클론의 발현 프로파일은 주로 두 특징으로 구성됨; 하나는 생존 잇점(예를 들어, 카이네이즈 및 공지된 발암유전자)을 부여할 수 있는 유전자들의 업 레귤레이션을 나타내고, 다른 하나는 TKI-저해(예를 들어 에팝토시스)의 효과를 나타내는 것. 특히 본 발명자들은 TKI-저항성 클론에서 여러 종류의 카이네이즈 코딩 유전자(AURKC, FYN, SYK, BTK, 및 YES1)의 업 레귤레이션을 관찰하였다. 그것은 내생적인 Bcr-Abl 발암단백질이 TKI-저해제에 의해서 불활성화될 때 활성화된 카이네이즈 분자가 대안적인 생존 특징을 부여할 수 있는 것이 예상된다. The use of 대안적인 카이네이즈의 사용은 이미 발암 Bcr-Abl 단백질에 중독된 클론에 대한 약재 저항성을 얻는 효과적인 방법일 수 있다. 이 특징은 현재 구할 수 있는(또는 임상 평가 중인) 카이네이즈 저해제가 타겟 선택성을 가지고 그 효과는 상승효과를 가지는 저해제 조합을 발견하는 것이 진행중인 점에서 중요한 임상적 적용을 가진다.

본 발명자들은 활성화가 그 클론이 공지된 암 관련 유전자(EGF 및 JAG1) 및 운반체 코팅 유전자(ABCB1 및 TAP1)와 같은 저항성 표현형을 획득하는 것을 돕는 다수의 유전자를 관찰하였다. 이들 분자들은 잠재적인 저항성 케이스를 스크리닝하고 평가하는 것을 가능하게 하는 바이오마커로 사용될 수 있고, 치료용 개입의 타겟으로 사용될 수 있다.

본 발명자들은 imatinib 저항성 환자 및 우수한 응답자군(good responders)에서 4 카이네이즈 유전자들(AURKC, FYN, SYK, 및 BTK)의 발현 프로파일을 관찰하였다(도 5). 모든 세 만성기(chronic phase) 빈약한(poor) 반응자는 우수한 반응자와 비교하여 AURKC 발현의 상대적인 업 레귤레이션을 나타내었다. 그러나 다른 3 종의 카이네이즈 유전자들은 빈약한 반응자 및 우수한 반응자 사이에 현저한 발현의 차이를 나타내지 않았다.

본 발명의 유전자들의 분석 전략들은 TKI에 대한 획득된 저항성 또는 불응성(refractory) 질환을 치료에 임상적으로 적절한 마커들을 스크리닝하거나 분자적 상태를 평가하는데 도움이 될 것이다.

도 1은 TKI-저항성 K562 서브라인 및 TKI-감수성 parental K562 사이에 차별적인 발현을 나타내는 455 유전자의 Unsupervised 계층적 클러스터링을 나타낸 그림.
도 2는 차별적으로 발현된 455 유전자로부터 범주화된 12 유전자 클로스터의 유전자 발현 패턴을 나타낸 그림.
도 3은 TKI-저항성 K562 서브라인에서 전사적 업-레귤레이션을 가지는 유전자 클러스터를 나타낸 그림. (A)세 유전자 클러스터는 imatinb-저항성 또는 모 K562 서브라인과 비교하여 두 nilotinib-저항성 서브라인에서 업-레귤레이션을 나타냄. (B) nilotinib 및 imatinib 처리된 두 서브라인 모두에서 전사적 업-레귤레이션이 두 유전자 클러스터(클러스터 2 및 9)에서 관찰됨.
도 4는 TKI-저항성 K562 서브라인에서 다섯 카이네이즈의 발현 수준을 나타낸 그림. (A) 네 K562 서브라인에서 다섯 카이네이즈의 발현 수준은 정량적 실시간 PCR을 사용하여 측정하였다. 세 TKI-저항성 서브라인에 대한 AURKC 및 FYN의 상대적인 발현 레벨은 TKI-민감성 모 세포주의 것과 비교하여 나타냄. (B) SYK, BTK 및 YES1의 발현 수준을 같은 방법으로 나타냄.
도 5는 imatinib 저항성 환자 및 우수한 반응자에서 4 카이네이즈 유전자의 프로파일을 나타낸 그림. 12 CML 샘플을 선택, 3 만성기(CP) 및 3 급성기(AP)를 포함하는 6명의 빈약한 반응자(P); 3 만성기(CP) 및 3 급성기(AP)를 포함하는 6 명의 우수한 반응자(G). 실시예에 기재된 방법과 프라이머를 사용하여qRT-PCR를 수행하였다. 모든 세명의 만성기 빈약한 반응자들은 우수한 반응자들에 비하여 AURKC 발현의 상대적인 업 레귤레이션을 나타내었으나, 다른 세 종의 카이네이즈 유전자들은 양 반응자들 사이에서 현저한 차이를 나타내지 않았다.

이하 비한정적인 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명한다. 단 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 의도로 기재된 것으로서 본 발명의 범위는 하기 실시예에 의하여 제한되는 것으로 해석되지 아니한다.

실시예 1: 타이로신 키나제 저해제에 저항성을 가지는 세포주

Bcr-Abl 양성 세포주 중에서, 본 발명자들은 imatinib-저항성의 획들과 관련된 Bcr-Abl 과발현을 나타내지 않는 적혈구계 백혈병 K562 세포주를 선택하였다(Mahon FX, 등. Blood 2000 Aug 1;96(3):1070-9). TKI-저항성 K562 서브라인을 구축하기 위해서, 그 K562 세포주들을 50 nM 및 250 nM의 nilotinib 및 800 nM의 imatinib에 노출시켰다. 그 배양 조건 및 관련 실험 프로토콜은 Chung YJ, 등. Leukemia 2006 Sep;20(9):1542-50에 기재되었다. 돌연변이 기반 저항성 획득을 `배제하기 위하여, 세 저항성 K562 서브라인의 BCR - ABL 로커스를 뉴크레오타이드 시퀀싱에 의하여 스크리닝하고 T315I을 포함한 주된 임상적으로 관련된 포인트 돌연변이의 부존재를 세 서브라인 모두에서 확인하였다(Shah NP, 등. Cancer Cell 2002 Aug;2(2):117-25). The expression level of BCR-ABL 키나제의 발현 수준을 Chung YJ, 등. Leukemia 2006 Sep;20(9):1542-50.에 기재한 것과 같은 전사 업-레귤레이션에 의한 저항성을 배제하기 위하여 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응을 사용항여 체크하였다.

실시예 2: 마이크로어레이 분석

RNA를 제조업자의 지시에 따라서 Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA)을 사용하여 모계 및 TKI-저항성 K562 세포로부터 추출하였다. 본 발명자들은 추출된 RNA의 정량 및 정성을 위해서 Bioanalyzer 2100 (Agilent Technologies, Waldbronn, Germany)를 사용하였다. 고효율 발현 프로파일링을 위해서, 본 발명자들은 28,000 인간 유전자들을 나타내는 Applied Biosystems Human Genome Survey Microarray Version 2.0 (Applied Biosystems, Foster, CA)을 사용하였다. 교잡을 위해서, digoxigenin-UTP-표지된 cRNA를 생성하고 Applied Biosystems Chemiluminescent RT-IVT Labeling Kit V2.0. Array 교잡을 사용하여 5ug의 전체 RNA로부터 선형적으로 증폭되었고, 화학발광 검출 및 이미지 획득은 Applied Biosystems Chemiluminescence Detection Kit 및 Applied Biosystems 1700 Chemiluminescent Microarray Analyzer를 제조업자의 프로토콜에 따라서 수행하였다. 그 교잡은 샘플 당 3회 수행하였다. 각 어레이 교잡의 이미지는 유전자 발현 분석을 위해서 5초 노출을 가지는 두 짧은 화학발광 이미지를 포함하는 고배율 라지 포맷 CCD카메라가 구비된 AB 1700 Analyzer를 사용하여 수집하였다. 두 형광 이미지들을 특징 발견(feature finding)을 위하여 얻어서 스팟 노말라이제이션을 위하여 가공하였다. 이미지들을 오토 그리드하였고 그 화학발광 신호들을 정량화하였다. 배경 제거 후, 스팟 강도 데이터를 사분수위(quantile) 노말라이즈하였다.

실시예 3: 발현 프로파일의 분석

배경 강도에 대하여 보정된 신호값들을 사용하여, 그 프로브들을 걸러내고 15,000 유전자들을 후속 분석에 사용하였다. 클러스터링을 위해서, 본 발명자들은 원-웨이 analysis of variance analysis (ANOVA)를 수행하고 P 값 < 0.10 이하의 유전자들을 선택하였다. 발현 유사성에 따라서, 12 K-means 유전자 클러스터를 Cluster 및 Treeview 소프트웨어를 사용하여 그룹화하였다(Eisen MB, 등. Proc Natl Acad Sci U S A 1998 Dec 8;95(25):14863-8). 유전자 세트 증진 분석(gene set enrichment analysis;GSEA)를 위해서, 본 발명자들은 세 공용 데이터베이스, GO, KEGG 및 GenMAPP (Dahlquist KD, 등. Nat Genet 2002 May;31(1):19-20;Harris MA, 등. Nucleic Acids Res 2004 Jan 1;32(Database issue):D258-D261;Kanehisa M, 등. Nucleic Acids Res 2002 Jan 1;30(1):42-6)으로부터 기능적 유전자 세트를 수집하였다. 너무 큰(> 200 유전자들) 또는 작은 유전자 세트(< 10 유전자들)을 배제하고 전체 642 기능적 유전자 세트를 차후 증진 분석에 사용하였다. 증진(enrichment)의 유의성은 z-통계학 기반 계수 유전자 세트 증진분석(parametric gene set enrichment analysis;PAGE)을 사용하여 계산되었다(Kim SY, 등. BMC Bioinformatics 2005 Jun 8;6:144). PAGE를 적용하기 위해서, 그 signal-to-noise 비(SNR)를 TKI-저항성 대 TKI- 민감성 K562 세포주의 비교에 모든 15,000 유전자들에 대해서 계산하였다. 공지된 전사 인자의 잠재적인 유전자 타겟을 나타내는 조절 모티프 유전자 세트들을 위해서, 본 발명자들은 MSigDB Ver2.5 (c3 심벌 세트)로부터 615 유전자 세트를 다운로드하였다(Subramanian A, 등. Proc Natl Acad Sci U S A 2005 Oct 25;102(43):15545-50). 의약 섭동(perturbation)-관련 유전자 세트들은 Kim TM, 등. Bioinformatics Sep 1;24(17):1957-8에 기재된 것과 같이 Connectivity Map로부터 얻었다. 요약하면, 발현 log₂ 비율은 개별 유전자에 대해서 계산되었고 순서화된 유전자 랭크 리스트는 각각의 281 배치들[퍼투바겐(perturbagen) 대 비히클 쌍들]에 대해서 구축되었다. 랭크 리스트에서, 탑 랭킹 100 유전자들(업-레귤레이트된) 및 밑에서 100 유전자들(다운-레귤레이트된)을 562 의약 섭동-관련 유전자 세트를 포함하여 선택하였다.

실시예 4: 실시간 정량 RT -중합효소 연쇄반응

세 TKI-저항성 K562 서브라인 및 모계 세포주로부터 추출된 전체 RNA를 다섯 키나제 유전자들(AURKC, FYN, SYK, BTK, 및 YES1)에 대하여 실시간 정량적 PCR (qPCR) 분석에 사용하였다. 첫번 가닥 cDNA를 Moloney-murine leukemia 바이러스 역전사효소(Invitrogen, USA)를 사용하여 합성하였고 추후 증폭 반응에 사용하였다. 실시간 qPCR 분석을 Mx3000P 시스템을 사용하여 수행하였고 분석을 MxPro 3.00 (Strategene, La Jolla, CA) 소프트웨어를 사용하여 수행하였다. 20 ul의 반응 혼합물은 10 ng의 cDNA, 1XYBR Green Tbr polymerase 혼합물(Finnzymes, Finland), 0.5XROX 및 20 pmol 프라이머 쌍을 포함한다. 주기는 다음과 같다:95℃에서 10분, 그 다음 94℃에서 10초간 40사이클, 55-60℃에서 30초 및 72℃에서 30초. 특이적인 증폭을 확인하기 위하여, 멜팅 커브 분석을 수행하였다(55-95℃, 0.5℃/s). 상대적인 정량화를 △△C_T 방법에 의하여 수행하였다. 실시간 qPCR에 사용된 프라이머의 서열정보는 실시간 qPCR에 사용된 프라이머의 서열정보는 표 1과 같다.

표 1은 실시간 qPCR에 사용된 프라이머의 서열정보에 대한 표이다.

TKI 에 저항성과 관련된 유전자의 동정

TKI에 저항성과 관련된 유전자를 동정하기 위하여, 본 발명자들은 TKI-저항성 K562 서브라인 대 TKI-민감성 모 K562 대조군의 유전자 발현 프로파일을 비교하고 ANOVA에서 P<0.10을 나타내는 다르게 발현되는 455 유전자들을 선택하였다. 455 유전자들의 자율(Unsupervised) 클러스터링을 도 1에 나타내었다. 변화에 따라 455 유전자들을 범주화하기 위하여, 본 발명자들은 K-means 클러스터링(n = 12)을 수행하였다. 12 유전자 클러스터의 발현 패턴을 도 2에 확인가능하다. 클러스터 중, 본 발명자들은 TKI-저항성 서브라인에서 업-레귤레이션을 나타내는 5 클러스터; nilotinib-특이적인 업-레귤레이션을 가지는 세 클러스터(클러스터 1, 4 및 8; 도 3A) 및 nilotinib- 및 imatinib-저항성 서브라인 모두에서 업-레귤레이션을 나타내는 두 클러스터(클러스터 2 및 9; 도 3B)를 선택하였다. 이들 다섯 클러스터가 속한 유전자들은 표 2에 리스트하였다.

ABCB1 유전자(클러스터 1)은 ATP-의존 약제 유출 펌프를 코딩한다. CASP4 (클러스터 1), TNFSF10 (클러스터 8) 및 TNFRSF9 (클러스터 9)와 같은 에팝토시스 관련 유전자들의 업-레귤레이션은 에팝토시스가 TKI-처리된 세포주에서 주된 세포 반응 중 하나인 것을 나타낸다. EGF, JAG1 및 CDC42EP3와 같은 신호전달과 관련된 유전자들은 또한 클러스터 9에서 관찰된다. AURKC (클러스터 1), PRKCH (클러스터 2), PAK1 (클러스터 8), 및 SYK (클러스터 9)와 같은 일부 키나제 유전자들도 TKI- 저항성 서브라인에서 높게 업-레귤레이트되게 관찰된다. TKI 저항성 세포주에서 업-레귤레이션되는 전사체에서 관찰된 일부 유전자들은 세포 부착(ITGA4 및 MCAM) 및 사이토스켈레톤(LAMB1, KIF1A, MAP7, 및 LAMA4)에 관여하는 것으로 알려졌다.

TKI -저항성과 관련된 발현 프로파일의 경로 분석

경로분석을 위해서 본 발명자들은 미리 결정된 기능적 유전자 세트에 대하여 차별적으로 발현되는 유전자의 풍부화(enrichment)를 측정하는 PAGE 방법을 사용하였다(Kim SY, Volsky DJ. PAGE: parametric analysis of gene set enrichment. BMCBioinformatics.2005;6:144). 표 3은 현저하게 증진된(P<.001) 유전자 세트 및 그들의 리딩 에지 유전자 서브세트들의 설명된 분자적인 기능성을 리스트한 것이다. 탑 업-레귤레이트된 분자적 기능은 ABCB1 및 TAP1와 같은 ATP-결합 카세트 운반체를 포함하는 'ATPase 활성'이다 그들의 협동적인 업-레귤레이션은 'ATPase 활성'이 TKI에 대한 저항성의 취득에 중요한 역할을 한다는 것을 나타낸다. solute carrier(SLC) 유전자 계열에 속하는 유전자들의 업-레귤레이션은 'Amino acid transport'범주의 풍부화에 관여한다. 이 발견은 주어진 용량에서 세포 감수성 및 약물 유출/유입을 변화시키는 다양한 막횡단 운반체 분자들의 전사적 활성화와 TKI-저항성의 획득과 관련이 있다는 것을 나타낸다.

본 발명자들은 또한 '세포 부착' 및 '인테그린 매개된 세포 부착' 범주가 TKI-저항성 서브라인에서 업-레귤레이션된다는 것을 관찰하였다.

본 발명의 결과는 인테그린을 포함하는 세포 부착 분자(ITGB5 및 ITGA4)는 TKI 저항성의 획득에 관여할 수 있다는 것을 나타낸다. 본 발명의 결과는 TKI 치료제는 다양한 면역 관련 분자들의 전사적 업-레귤레이션을 촉발할 수 있고 그러한 발현 특징이 TKI-저항성 서브라인에도 남아있다는 것을 암시한다.

키나제 분자들의 저항성 관련 전사적 업- 레귤레이션

본 발명자들은 이미 클러스터 분석에서 여러 카이네이즈-코딩하는 유전자의 업-레귤레이션을 관찰하였다(표 2). 경로 분석은 'Tyrosine kinase activity'범주의 증대에 관여하는 두 비-수용체 타이로신 카이네이즈 SYK 및 FYN의 업-레귤레이션을 동정하였다(표 3). 따라서, 본 발명자들은 TKI-저항성과 관련된 현저한 발현 특성 중 하나로 카이네이즈 분자의 전사적 업-레귤레이션에 초점을 맞추었다.

다수의 카이네이즈 분자들의 활성화는 TKI-저항성 BCR - ABL(+) 세포주에서 통상의 일이고, 또한 imatinib-저항성을 조절하는 다중-카이네이즈 저해제의 이용을 강조한다.

본 발명자들은 실시간 qPCR을 사용하여 TKI-저항성 및 TKI-민감성 K562 세포주에서 다섯 키나제들(AURKC, FYN, SYK, BTK, 및 YES1)의 발현 변화를 더 입증하였다. 노출과 무관하게 AURKC 및 FYN의 항시적인 업-레귤레이션이 모든 세 TKI-저항성 서브라인에서 관찰된 반면, 다른 세 키나제, SYK, BTK 및 YES1은 전사 수준에서 용량 의존적으로 업-레귤레이션되었다(도 4).

TKI -저항성 발현 프로파일과 관련된 약물 및 조절 모티프의 분석

조절 모티프 유전자 세트(예를 들어, 특정 조절 모티프에 대하여 증대된 cis-조절 서열의 유전자의 세트; MSigDB C3 범주)를 TKI-저항성에 관여하는 잠재적인 조절자를 추론하기 위한 경로 분석에 사용하였다. TKI-저항성 versus TKI-감수성 K562 서브라인의 비교에서, 'V$ICSBP_Q6'의 잠재적인 전사 타겟은 TKI-저항성 서브라인에가 가장 현저하게 업-레귤레이트되었다(P = 5.2 x 10^-7) (표 4). 관련 조절 모티프 유전자 세트,'V＄IRF_Q6'(1.8 x 10^-5) 및 'V＄IRF_Q6'(1.9 x 10^-4)도 또한 TKI-저항성 서브라인에서 업-레귤레이트된 유전자로 실질적인 증대를 나타내었다. 클러스터링 분석은 다수의 에팝토시스 관련 유전자(CASP4, TNFSF10 및 TNFRSF9)가 저항성 클론에서 업-레귤레이트된다는 것을 나타내었다.

본 발명자들은 유전자 발현의 관점에서 TKI-저항성을 조절하거나 모방할 수 있는 잠재적인 화학물질을 조사하기 위하여 인 비트로 세포주의 약물 변화(perturbation)와 관련된 발현 프로파일(Connectivity Map)을 사용하였다(표 4).³⁷ 약물 변화-관련 유전자 세트 중,'Imatinib(PC3)_Up'은 TKI-저항성 서브라인에서 다운 레귤레이션을 나타내었다(즉, imatinib-처리된 in vitro PC3 세포주에서 업 레귤레이션된 유전자들은 본 발명의 TKI-저항성 K562 서브라인에서 상대적으로 다운 레귤레이션됨). 이것은 TKI-저항성 클론의 발현 특징은 에팝토시스 범주의 업-레귤레이션의 예에서 나타낸 것과 같이 TKI 저해로 주로 구성된다는 것을 나타낸다.

본 발명자들은 다음으로 두 다른 TKI-저항성 세포주(nilotinib-versus-imatinib)를 비교하여 경로 분석을 수행하였다. 표 5는 각각 nilotinib- 또는 imatinib-저항성 세포주에서 상대적으로 업 레귤레이트된 유전자에 증대된 분자적 기능을 리스트하였다. 본 발명자들은 '프로스타그란딘 생합성' 및 '글라이세로리피드 대사'는 이마티닙-저항성 클론에 비하여 nilotinib-저항성 서브라인에서 상대적으로 업-레귤레이트되는 것을 관찰하였다. 본 발명자들의 경로 분석은 nilotinib- 및 imatinib-저항성 케이스 사이에서 차별적인 발현은 주로 'Prostaglandin 대사' 범주와 관련이 있고, 그것은 eicosanoid 대사의 방해가 nilotinib-저항성 케이스에서는 덜 심하거나 그러한 방해가 다른 경로 분자와 관련된다는 것을 나타낸다.

Up - regulation	Cluster	유전자 기호
Nilotinib	1	TMEM51 , PLA2G4A , KIF1A , C2orf14 , OSBPL6 , LOC152078 , ENTPD3 , ENC1, MAP7 , LAMB1 , CD36 , ABCB1 , C9orf125 , CASP4 , HMGA2 , NTS , TRHDE, LOC144766 , TEX9 , ZNF447 , AURKC , FAM9B , NXF5 , NXF2 , SSX3
	4	IL1R1 , COLEC11 , ZNF354A , C6orf85 , SPTAN1 , KCNMB4 , ARHGDIB , MGC16044, FAM9A , VCY , VCY1B
	8	ARHGAP15 , COBLL1 , ANTXR1 , ITGA4 , FMNL2 , TNFSF10 , FLJ31033 , APIN, ZDHHC11 , SLCO4C1 , CD109 , ZNF462 , CHST3 , MRPS16 , MS4A4A, PAK1 , DACH1 , DCT , STRA6 , BC036928 , ASB9
Nilotinib 및 imatinib	2	SERINC2 , KYNU , GAD1 , ANKRD20B , CTDSPL , FLJ20647 , SNCA , PPP3CA, ELOVL7 , PANK3 , SLC12A7 , TAP1 , HEY1 , RGS20 , ZFHX4 , LOC441395, C10orf38 , AKR1CL2 , C10orf71 , CD44 , IFITM3 , PTPRR , SPRY2, MGAT2 , PRKCH , C14orf39 , COTL1 , PMP22 , ZNF420 , ZNF85 , ZNF567, LILRB1 , ZNF626 , SYTL4 , SSX6 , TCEAL4
	9	AIM2 , PTPRC , FAM5C , TNFRSF9 , NR5A2 , CD1D , CDC42EP3 , MEIS1 , IFIH1, GCA , PTX3 , BOMB , EGF , DAB2 , LOC493869 , LAMA4 , TPBG , SYK, TLE4 , SFXN3 , MCAM , ADM , MLSTD1 , LRMP , NIN , CHES1 , ABCA8 , ZNF527, HKR1 , JAG1 , CPXM , SLC35E4 , COVA1

표 2는 12 K-means 클러스터 중에서 다섯 유전자 클러스터를 선택하고 그 유전자들을 나타낸 표이다. 세 클러스터(Cluster 1, 4 및 8; 상단)는 nilotinib-저항성 세포주에서 업-레귤레이트되고 다른 두 클러스터(Cluster 2 및 9; 하단)는 nilotinib- 및 imatinib-저항성 세포주 모두에서 업-레귤레이션을 나타내는 유전자를 포함한다.

표 3은 TKI-저항성 발현 프로파일에서 증진된 분자적 기능/기능성을 나타낸 표이다.^a특징은 TKI-저항성 서브라인에서 업-레귤레이션 및 다운-레귤레이션되는 유전자 세트에 대해서 구별됨. ^b세 데이터베이스(GO, KEGG 및 GenMAPP)를 각 유전자 세트에서 나타낸 유전자 세트를 수집하는데 사용함. ^c증진에 대한 유의성을 z-통계 기반한 PAGE 알고리즘을 사용하여 계산하고, 비수정된 P < 0.10을 유의성으로 간주함. ^d유전자 세트에 속하는 유전자들 중에서, '리딩 에지 부분집합(Leading edge subset)'를 해당하는 SNR이 평균+SD 이상(업-레귤레이션됨) 또는 평균-SD 이하(다운-레귤레이션됨)인 유전자에 대해서 리스트하였다.

표 4는 TKI-저항성 서브라인에서 발현 프로파일과 관련된 화학물질과 추정 전사 조절자에 대한 표이다.

표 5는 TKIs 사이에 발현 프로파일의 비교 표이다.

Claims (6)

1. 진뱅크 ID 209977051의 TMEM51(막횡단 단백질 51), 113722110의 PLA2G4A(포스포리페이즈 A2, 그룹 IVA), 41327743의 KIF1A(키네신 계열 멤버 1A),319996740의 OSBPL6(옥시스테롤 결합 단백질-유사 6), 166197701의 ENTPD3(엑토뉴크레오사이드 트리포스페이트 디포스포하이드로레이즈 3), 189491643의 ENC1(엑토더말-뉴럴 코텍스1), 310750346의 MAP7(마이크로튜불-관련 단백질 7), 167614503의 LAMB1(라미닌 베타 1), 188536061의 CD36(CD36 항원), 318037598의 ABCB1(ATP-결합 카세트 서브- 패밀리 B 멤버1), 14150131의 C9orf125(염색체 9 오픈 리딩 프레임 125), 73622123의 CASP4(카스파제 4), 62912480의 HMGA2(고 이동성 그룹 AT-후크 2), 317008624의 NTS(뉴로텐신), 218751879의 TRHDE(타이로트로핀-분비 호르몬 분해 효소), 38348355의 TEX9(테스티스 발현 서열 9), 226371703의 ZNF447(징크 핑거 단백질 447), 62865638의 AURKC(아우로라 카이네이즈 C), 216547806의 FAM9B(서열 유사성 9을 갖는 패밀리 9, 멤버 B), 254039591의 NXF5(핵 RNA 배출 인자 5), 13430853의 NXF2, 28559007의 SSX3(활액막 육종, X 브레이크포인트 3),27894331의 IL1R1(인터루킨 1 수용체, 타입 I), 40548418의 COLEC11(콜렉틴 서브-패밀리 멤버 11), 37537688의 ZNF354A,306966129의 SPTAN1(스펙트린, 알파, 비-적혈구 1), 26051274의 KCNMB4(칼륨 라지 컨덕턴스 칼슘-활성화된 채멀, 서브패밀리 M, 베타 멤버 4), 56676392의 ARHGDIB(Rho GDP 해리 저해제 베타), 19923900의 MGC16044, 284004924의 FAM9A(서열 유사성 9을 갖는 패밀리 9, 멤버 A), 49355825의 VCY(가변적 차지e, Y-링크된), 49355827의 VCY1B, 188497641의 ARHGAP15(Rho GTPase 활성 단백질 15), 62821786의 COBLL1(COBL-유사 1), 208022656의 ANTXR1(안트락스 톡신 수용체 1), 67191026의 ITGA4(인테그린 알파 4), 94421465의 FMNL2(포르민-유사 2), 300193030의 TNFSF10[종양 괴사 인자(리간드) 슈퍼패밀리, 멤버 10], 149274647의 FLJ31033(DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) 박스 폴리펩타이드 60-유사), 109134337의 APIN(치원성, 아메로브라스트 관련), 196162714의 ZDHHC11(징크 핑거, DHHC-타입 함유 11), 38679889의 SLCO4C1(용질 캐리어 유기 음이온 트랜스포터 계열, 멤버 4C1), 223717957의 CD109(CD109 항원), 114431235의 ZNF462, 224493825의 CHST3(탄수화물 설포트랜스퍼레이즈 3), 59889572의 MRPS16(미토콘드리아 리보좀 단백질 S16), 23110994의 MS4A4A(막-스패닝 4-도메인, 서브패밀리 A, 멤버 4), 190886455의 PAK1(p21/Cdc42/Rac1-활성화된 카이네즈 1), 259490233의 DACH1(닥스훈트 호모로그 1), 193788638의 DCT(도파크롬 델타-이성화효소, 타이로신-관련 단백질 2), 217330577의 STRA6(레티노익산 유전자 6 호모로그에 의해 활성화된), 및 271398121의 ASB9(안키린 반복 및 SOCS 박스-함유 9) 유전자로 구성된 닐로티닙에 대한 저항성 진단용 조성물.
2. 진뱅크 ID 312261211의 SERINC2(세린 인코포레이터 2), 74101435의 KYNU(키누레니네이즈), 58331245의 GAD1(글루탐산 디카르복실레이즈 1), 88953362의 ANKRD20B(안키린 반복 도메인 20B), 56549680의 CTDSPL(카로복시-말단 도메인, RNA 중합효소 II, 폴리펩타이드 A) 스몰 포스파테이즈-유사), 194018569의 FLJ20647, 225690600의 SNCA(시누클레인, 알파), 194688145의 PPP3CA(프로틴 포스파테이즈 3, 카탈리틱 소단위체, 알파 이소폼), 157388946의 ELOVL7(ELOVL 패밀리 계열 7), 316983120의 PANK3(판토테네이트 키네이즈 3), 123701899의 SLC12A7(용질 캐리어 패밀리 12 멤버 7), 53759115의 TAP1(트랜스포터 1, ATP-결합 카세트, 서브-패밀리 B), 105990527의 HEY1(YRPW 모티프 1 관련 헤어리/인헨서-오브-스프릿), 208973250의 RGS20(G-단백질 신호전달의 조절자 20), 291167748의 ZFHX4(징크 핑거 호메오도메인 4), 63025205의 C10orf38(염색체 10 오픈 리딩 프레임 38), 34147396의 AKR1CL2(알도-케토 리덕테이즈 패밀리 1, 멤버 C-유사 2), 206597544의 C10orf71(염색체 10 오픈 리딩 프레임 71), 48255934의 CD44(CD44 항원), 148612841의 IFITM3(인터페론 유도된 막횡단 단백질 3), 19743915의 PTPRR(단백질 타이로신 포스파테이즈 수용체 타입, R), 22209007의 SPRY2(스프라우티 호모로그 2), 62750355의 MGAT2(만노실(알파-1,6-)-당단백질 베타-1,2-N-아세틸글루코사미닐트랜스퍼레이즈), 47717140의 PRKCH(단백질 키네이즈 C, 에타), 190610009의 C14orf39(염색체 14 오픈 리딩 프레임 39), 23510452의 COTL1(코악토신-유사 1), 24430161의 PMP22(페리페랄 마이에린 단백질 22), 34303923의 ZNF420(징크 핑거 단백질 420), 300388185의 ZNF85, 34303940의 ZNF567, 116488409의 LILRB1(루코사이트 면역글로블린-유사 수용체, 서브패밀리 B, 멤버 1), 115527111의 ZNF626, 193804859의 SYTL4(시냅토태그민-유사 4), 28559018의 SSX6(활액막 육종, X 브레이크포인트 6), 65505872의 TCEAL4(전사 연장 인자 A-유사 4), 4757733의 AIM2(앱센트 인 멜라노마 2), 115385975의 PTPRC(단백질 타이로신 포스페테이즈, 수용체 타입, C), 39979637의 FAM5C(서열 유사성을 갖는 패밀리 5, 멤버 C), 315259099의 TNFRSF9(종양 괴사 인자 수용체 슈퍼패밀리, 멤버 9), 45505141의 NR5A2(핵 수용체 서브패밀리 5, 그룹 A, 멤버 2), 110618228의 CD1D(CD1D 항원, d 폴리펩타이드), 30089964의 CDC42EP3(CDC42 이펙터 단백질 3), 45006902의 MEIS1(골수 에코트로픽 바이럴 인테그레이션 사이트 1 호모로그), 27886567의 IFIH1(헬리케이즈 C 도메인 1으로 유도된 인터페론), 212276173의 GCA(그란칼신, EF-핸드 칼슘 결합 단백질), 167900483의 PTX3(펜트라신-관련 유전자), 156546889의 BOMB(WW 및 C2 도메인 함유 2), 296011011의 EGF(상피 생장 인자), 148491081의 DAB2(디스애블드 호모로그 2, 마이토젠-반응 포스포프로틴), 192455697의 LOC493869, 157419121의 LAMA4(라미틴, 알파 4), 262205658의TPBG(트로포브라스트 당단백질), 293332490의 SYK(비장 타이로신 키네이즈), 38327621의 TLE4(트랜스듀신-유사 인헨서 오브 스프릿 4 호모로그), 49472836의 SFXN3(시데로프레신 3), 71274106의 MCAM(멜라노마 세포 부착 분자), 4501944의 ADM(아드레노메둘린), 31542657의 MLSTD1(웅성 불임 도메인 함유 1), 42789728의 LRMP(림포이드-한정된 막 단백질), 291167746의 NIN(니네인), 146231981의 CHES1(체크포인트 써프레서 1), 41327761의 ABCA8(ATP-결합 카세트, 서브-패밀리 A 멤버 8), 149192840의 ZNF527, 34330189의 HKR1(GLI-크룹펠 패밀리 멤버), 168480146의 JAG1(재기드 1 ), 296040429의 CPXM(카르복시펩티데이즈 X), 109948261의 SLC35E4(용질 캐리어 패밀리 35, 멤버 E4), 및 32528292의 COVA1(사이토졸릭 난소 암종 항원 1)유전자로 구성된 이마티닙 또는 닐로티닙에 대한 저항성 진단용 조성물.
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