KR101278652B1 - 협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법 - Google Patents

협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법 Download PDF

Info

Publication number
KR101278652B1
KR101278652B1 KR1020100106124A KR20100106124A KR101278652B1 KR 101278652 B1 KR101278652 B1 KR 101278652B1 KR 1020100106124 A KR1020100106124 A KR 1020100106124A KR 20100106124 A KR20100106124 A KR 20100106124A KR 101278652 B1 KR101278652 B1 KR 101278652B1
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
annotation
data
displaying
anchor
sequence
Prior art date
Application number
KR1020100106124A
Other languages
English (en)
Other versions
KR20120044690A (ko
Inventor
박민서
이정연
Original Assignee
삼성에스디에스 주식회사
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 삼성에스디에스 주식회사 filed Critical 삼성에스디에스 주식회사
Priority to KR1020100106124A priority Critical patent/KR101278652B1/ko
Priority to JP2011235331A priority patent/JP5695542B2/ja
Priority to EP11186602.6A priority patent/EP2447869A3/en
Priority to CN201110342773.4A priority patent/CN102609631B/zh
Priority to US13/283,899 priority patent/US8990231B2/en
Priority to US13/283,889 priority patent/US20120110033A1/en
Publication of KR20120044690A publication Critical patent/KR20120044690A/ko
Application granted granted Critical
Publication of KR101278652B1 publication Critical patent/KR101278652B1/ko

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B45/00—ICT specially adapted for bioinformatics-related data visualisation, e.g. displaying of maps or networks
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
    • G16B20/20—Allele or variant detection, e.g. single nucleotide polymorphism [SNP] detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G16B50/10—Ontologies; Annotations
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations

Abstract

협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법이 제공된다. 협업 기반 염기서열 데이터의 관리 방법은 염기서열의 적어도 하나의 베이스에 대응하는 앵커(anchor)에 대한 주석 데이터를 입력 받는 단계 및 주석 데이터에 대한 하나 이상의 컬럼(column)을 포함하는 염기서열 테이블에 상기 입력 받은 주석 데이터를 상기 입력 받은 주석 데이터에 대한 앵커를 나타내는 열(row)의 상기 주석 데이터에 대한 컬럼의 값으로 저장하는 단계를 포함한다.

Description

협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법{Method for managing, display and updating of cooperation based-DNA sequence data}
본 발명은 협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법에 관한 것이다. 보다 자세하게는, 염기서열 데이터에 포함된 하나 이상의 베이스에 대응하는 앵커에 대한 주석을 통해 연구자들의 협업이 가능하도록 하는 협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법에 관한 것이다.
세계의 많은 연구기관에서 활용하고 있는 유전정보 브라우저로서는 GBrowse가 있다. GBrowse는 유전정보를 mysqlTM이라는 데이터베이스를 기반으로 하며, 동시에 Read를 파일 기반의 데이터로 저장하는 특징이 있다. 일반적인 유전정보와 달리, NGS 데이터에 대해서는 워낙 대용량 데이터이기 때문에 기존의 방식이 그대로 적용될 수는 없다. 따라서, 2009년에 NGS데이터를 보여주기 위한 시도가 있었으며 그 결과로 현재 리드 데이터가 디스플레이 가능하도록 수정된 바 있다.
다음으로, 염기서열 데이터를 로컬컴퓨터에서 디스플레이 하기 위한 용도로 개발된 브라우저로서, IGV가 알려져 있다. 이것은 NGS 데이터뿐 아니라 마이크로 어레이 등의 실험 데이터를 같이 포함시킬 수 있도록 설계되어 있다. NGS 데이터의 경우에는 SAM 혹은 BAM 파일 형식 데이터를 인풋으로 받을 수 있다. 사용자는 이 툴을 직접 자신의 컴퓨터에 설치하고, 필요한 파일을 획득한 후 상기 파일을 툴로 임포트(import)하여 구동되는 방식이다.
그러나, 이와 같이 현재까지 알려진 종래의 유전자 브라우저는 오직 염기서열을 보여주는 역할만 할 뿐, 염기서열에 기반한 사용자 코멘트를 브라우저에 반영하는 기능은 가지고 있지 않다.
유전자 연구 분야는 매우 방대한 지식을 필요로 하므로, 특히 whole genome sequencing 을 통해, 유전자를 분석하는데 있어서 한 사람, 한 연구소의 연구인력들로서는 하기 힘들다. 실제, 과거부터 현재까지 진행되는 대부분은 whole genome sequencing 프로젝트는 다국가/다수의 연구소가 함께 참여하는 형식이 대다수이다. 이런 경우 학문/학술적 연구 데이터의 원활한 교류/교환이 있어야 하는데, 현재까지는 이 연구 성과가 개별로 발표되는 논문만 존재 하고 있음. 이를 발표하는 논문들로서 일일이 취합하여 판단하는 경우 시간을 비롯하여 분석 시 필요한 비용이 매우 크다. 전문 연구자에 의해 논문이 읽혀지고/해석되면, 연구 결과의 공유가 원활히 이루어 지지 못하는 경우가 많다. 현재 실험실 시스템이 폐쇄적이기에, 이를 손쉽게 취합 가능한 시스템이 요구 되고 있다.
본 발명이 해결하고자 하는 기술적 과제는 염기서열에 관련된 연구 내용을 자유롭게 공유할 수 있도록 하는 염기서열 관련 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법을 제공하는 것이다.
본 발명이 해결하고자 하는 다른 기술적 과제는 기록된 주석 정보를 필터링하여, 사용자가 원하는 주석을 골라서 디스플레이할 수 있도록 하는 염기서열 관련 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법을 제공하는 것이다.
본 발명이 해결하고자 하는 또 다른 기술적 과제는 특정 질병, 인종 등에 관련된 염기서열 지점 간의 관계를 표시하는 염기서열 관련 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 기술적 과제들은 이상에서 언급한 기술적 과제들로 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 기술적 과제들은 아래의 기재로부터 당업자에게 명확하게 이해 될 수 있을 것이다.
상기 기술적 과제를 달성하기 위한 본 발명의 일 태양에 따른 협업 기반 염기서열 데이터의 관리 방법은 염기서열의 적어도 하나의 베이스에 대응하는 앵커(anchor)에 대한 주석 데이터를 입력 받는 단계 및 주석 데이터에 대한 하나 이상의 컬럼(column)을 포함하는 염기서열 테이블에 상기 입력 받은 주석 데이터를 상기 입력 받은 주석 데이터에 대한 앵커를 나타내는 열(row)의 상기 주석 데이터에 대한 컬럼의 값으로 저장하는 단계를 포함한다.
상기 주석 데이터는 상기 앵커에 대하여 입력 된 각각의 주석에 관한 데이터를 포함하는 것으로, 예를 들어, 주석의 작성자, 작성 시간, 주석의 타입, 다른 사용자에 의한 평가로부터 산출 된 주석의 평가치 및 주석의 내용에 대한 데이터인 주석 콘텐츠를 포함할 수 있다. 하나의 앵커에 대하여 둘 이상의 주석이 달릴 수 있으므로, 상기 주석 데이터는 하나의 앵커에 대하여 둘 이상 존재할 수 있다.
상기 주석 데이터를 그룹화 하여 디스플레이 할 수 있도록 상기 주석 데이터에는 상기 주석 콘텐츠로부터 추출되거나 사용자로부터 상기 주석 콘텐츠와 별도로 입력 받은 키워드 데이터가 더 포함될 수 있다.
상기 기술적 과제를 달성하기 위한 본 발명의 다른 태양에 따른 협업 기반 염기서열 데이터의 디스플레이 방법은 염기서열의 적어도 하나의 베이스에 대응하는 앵커(anchor)의 상기 염기 서열 내 위치 데이터를 수신 받는 단계 및 상기 위치 데이터에 따른 앵커의 위치를 염기서열 맵 상에 디스플레이 하는 단계를 포함한다. 상기 협업 기반 염기서열 데이터의 디스플레이 방법은 상기 앵커에 대한 주석 데이터를 더 수신 받는 단계, 적어도 하나의 앵커를 선택 받는 단계 및 상기 선택 된 앵커에 대한 주석 데이터에 포함된 주석 콘텐츠를 디스플레이 하는 단계를 더 포함할 수 있다.
또한, 상기 협업 기반 염기서열 데이터의 디스플레이 방법은 상기 앵커에 대한 주석 데이터를 더 수신 받는 단계 및 동일한 키워드의 앵커 간 관계를 표현하기 위하여, 상기 주석 데이터에 포함된 주석 콘텐츠에 포함된 키워드를 기준으로 상기 앵커를 그룹화 하여, 상기 그룹화 정보를 상기 염기서열 맵 상에 디스플레이 하는 단계를 더 포함할 수 있다. 상기 그룹화 정보는 예를 들어, 하나의 그룹에 포함된 앵커를 선, 화살표로 연결하는 방식으로 상기 염기서열 맵 상에 디스플레이 될 수 있다. 서로 다른 그룹에 포함된 앵커는 서로 다른 색상, 모양 또는 크기로 표기 될 수 있다. 또한, 각 그룹 내의 앵커를 연결하는 상기 선 또는 화살표는 각 그룹 마다 서로 다를 수 있다.
상기 키워드는 예를 들어, 병명, 인종일 수 있다. 상기 키워드는 상기 언급된 바와 같이, 사용자에 의하여 상기 주석 콘텐츠와 별도로 입력 될 수 있으나, 상기 주석 콘텐츠에 포함된 단어 중 미리 저장된 키워드 사전을 비교하여 자동으로 추출 될 수 있다.
또한, 상기 협업 기반 염기서열 데이터의 디스플레이 방법은 상기 앵커에 대한 주석 데이터를 더 수신 받되, 상기 주석 데이터는 작성자 정보, 주석 타입 정보, 평가치 정보 및 주석 콘텐츠를 포함하는 단계 및 상기 작성자 정보, 상기 주석 타입 정보, 상기 평가치 정보 및 상기 주석 콘텐츠에서 추출된 키워드 중 적어도 하나를 기준으로 상기 주석 데이터를 필터링 하여 디스플레이 하는 단계를 더 포함할 수 있다. 상기 상기 주석 데이터를 필터링 하여 디스플레이 하는 단계는, 현재 사용자의 직업과 상기 주석 데이터에 포함된 작성자의 직업의 유사도, 현재 사용자의 관심 분야와 상기 주석 데이터에 포함된 작성자의 관심 분야의 유사도를 고려하여 산출된 수치를 기준으로 상기 주석 데이터를 필터링 하여 디스플레이 하는 단계를 포함할 수 있다.
상기 기술적 과제를 달성하기 위한 본 발명의 또 다른 태양에 따른 협업 기반 염기서열 데이터의 업데이트 방법은 염기서열 맵 상의 주석 입력 위치를 선택하는 단계, 주석 입력을 위한 편집 영역을 포함하는 주석 입력 인터페이스를 디스플레이 하는 단계 및 상기 편집 영역을 통하여 입력된 주석 콘텐츠 및 상기 주석 입력 위치를 포함하는 주석 데이터를 염기서열 데이터 저장 수단에 송신하는 단계를 포함한다.
상기 주석 입력 인터페이스를 디스플레이 하는 단계는, 주석 타입 선택 영역, 상기 선택 된 주석 타입이 기존 주석에 대한 답글 타입인 경우, 상기 기존 주석의 평가를 선택하는 평가 선택 영역을 더 포함하는 주석 입력 인터페이스를 디스플레이 하는 단계를 포함할 수 있다.
상기 기술적 과제를 달성하기 위한 본 발명의 다른 태양에 따른 협업 기반 염기서열 데이터 관리 시스템은 염기서열의 적어도 하나의 베이스에 대응하는 앵커(anchor)에 대한 주석 데이터 및 염기서열 데이터를 저장하는 DB 서버 및 클라이언트의 요청 영역에 대응하는 상기 주석 데이터 및 염기서열 데이터를 상기 클라이언트에 송신하고, 상기 클라이언트로부터 상기 앵커의 위치 정보를 포함하는 상기 주석 데이터를 수신하여 상기 DB 서버에 저장된 상기 주석 데이터 포맷에 부합하도록 가공한 후, 상기 DB 서버에 저장하는 서비스 서버를 포함한다.
상기 협업 기반 염기서열 데이터 관리 시스템은 상기 서버로부터 상기 주석 데이터 및 상기 염기서열 데이터를 수신하여 상기 주석 데이터에 포함된 앵커 위치가 표시된 염기서열 맵을 디스플레이하고, 사용자로부터 앵커의 위치 정보 및 주석 콘텐츠를 입력 받아 상기 서비스 서버에 송신하는 상기 클라이언트를 더 포함할 수 있다. 이 때, 상기 클라이언트는 상기 주석 데이터에 포함된 주석 콘텐츠에 포함된 키워드를 기준으로 상기 앵커를 그룹화 하여, 상기 그룹화 정보를 상기 염기서열 맵 상에 디스플레이하는 것일 수 있다.
상기와 같은 본 발명에 따르면, 염기서열에 관련된 연구 내용을 자유롭게 공유할 수 있도록 하는 연구자 간 협업을 지원하는 염기서열 브라우징 방법을 제공할 수 있는 효과가 있다.
또한, 기록된 주석 정보를 필터링하여, 사용자가 원하는 주석을 골라서 디스플레이할 수 있도록 하는 효과가 있다.
또한, 특정 질병, 인종 등에 관련된 염기서열 지점 간의 관계를 표시할 수 있는 효과가 있다.
도 1은 본 발명의 일 실시 예에 따른 협업 기반 염기서열 디스플레이 및 업데이트 시스템의 구성도이다.
도 2는 본 발명의 일 실시 예에 따른 협업 기반 염기서열 디스플레이 및 업데이트 시스템의 동작을 나타낸 순서도이다.
도 3은 염기서열 맵 및 앵커의 위치가 도시된 염기서열 맵이 도시된 도면이다.
도 4는 접속자가 신규 주석을 입력하고자 하는 경우, 디스플레이되는 주석 입력 인터페이스를 도시한 도면이다.
도 5는 본 발명의 일 실시 예에 따른 상기 주석 데이터의 예시 테이블이다.
도 6은 각 앵커가 그룹화되어 디스플레이된 예시도이다.
본 발명의 이점 및 특징, 그리고 그것들을 달성하는 방법은 첨부되는 도면과 함께 상세하게 후술되어 있는 실시 예들을 참조하면 명확해질 것이다. 그러나 본 발명은 이하에서 게시되는 실시 예들에 한정되는 것이 아니라 서로 다른 다양한 형태로 구현될 수 있으며, 단지 본 실시 예들은 본 발명의 게시가 완전하도록 하고, 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 발명의 범주를 완전하게 알려주기 위해 제공되는 것이며, 본 발명은 청구항의 범주에 의해 정의될 뿐이다. 명세서 전체에 걸쳐 동일 참조 부호는 동일 구성 요소를 지칭한다.
비록 제1, 제2 등이 다양한 구성요소들을 서술하기 위해서 사용되나, 이들 구성요소들은 이들 용어에 의해 제한되지 않음은 물론이다. 이들 용어들은 단지 하나의 구성요소를 다른 구성요소와 구별하기 위하여 사용하는 것이다. 따라서, 이하에서 언급되는 제1 구성요소는 본 발명의 기술적 사상 내에서 제2 구성요소일 수도 있음은 물론이다.
본 명세서에서 사용된 용어는 실시예들을 설명하기 위한 것이며 본 발명을 제한하고자 하는 것은 아니다. 본 명세서에서, 단수형은 문구에서 특별히 언급하지 않는 한 복수형도 포함한다. 명세서에서 사용되는 "포함한다(comprises)" 및/또는 "포함하는(comprising)"은 언급된 구성요소 외에 하나 이상의 다른 구성요소의 존재 또는 추가를 배제하지 않는다.
다른 정의가 없다면, 본 명세서에서 사용되는 모든 용어(기술 및 과학적 용어를 포함)는 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 공통적으로 이해될 수 있는 의미로 사용될 수 있을 것이다. 또 일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 용어들은 명백하게 특별히 정의되어 있지 않는 한 이상적으로 또는 과도하게 해석되지 않는다.
먼저, 본 발명의 일 실시예에 따른 협업 기반 염기서열 디스플레이 및 업데이트 시스템의 구성 및 동작을 도 1을 참조하여 설명하기로 한다.
도 1은 본 실시예에 따른 협업 기반 염기서열 디스플레이 및 업데이트 시스템의 구성도이다. 도 1에 도시된 바와 같이, 본 실시예에 따른 협업 기반 염기서열 디스플레이 및 업데이트 시스템은 서비스 서버(100), DB 서버(102), 고정 단말(108) 및 네트워크(104)를 포함할 수 있다. 또한, 경우에 따라 이동 단말(106)도 포함할 수 있다. 네트워크(104)는 서비스 서버(100), 고정 단말(108) 및 이동 단말(106)을 연결하는 것으로, 통신 방법의 종류 및 연결 기술의 제약이 존재하지 않는다. DB 서버(102)는 서비스 서버(100)에 직접 연결되어 있는 것으로 도시되어 있으나, DB 서버(102) 또한 네트워크(104)를 통하여 서비스 서버(100)에 연결될 수 있음을 유의하여야 한다. 또한, DB 서버(102)와 서비스 서버(100)가 별개의 장치로 도시되어 있으나, 하나의 장치를 통하여 각각이 구현될 수 도 있음을 유의하여야 한다.
DB 서버(102)는 염기서열 데이터를 저장한다. 상기 염기서열 데이터는 부가적으로 적어도 하나의 베이스에 대응되는 앵커에 대한 주석 데이터를 포함하는 것이 바람직하다. 상기 염기서열 데이터 저장 수단은, 예를 들어 DB 서버(102)일 수 있다. DB 서버(102)는 캐쉬(Cache), 롬(Read Only Memory; ROM), 피롬(Programable ROM; PROM), 이피롬(Erasable Programmable ROM; EPROM), 이이피롬(Electrically Erasable Programmable ROM; EEPROM) 및 플래쉬 메모리(Flash memory)와 같은 비휘발성 메모리 소자, 램(Random Access Memory; RAM)과 같은 휘발성 메모리 소자, 및 하드디스크 드라이브(Hard disk drive)와 같은 저장매체 중 적어도 하나로 구현될 수 있으나 이에 한정되지는 않는다.
상기 주석 데이터는 상기 앵커에 대하여 입력 된 각각의 주석에 관한 데이터를 포함하는 것으로, 예를 들어, 주석의 작성자, 작성 시간, 주석의 타입, 다른 사용자에 의한 평가로부터 산출 된 주석의 평가치 및 주석의 내용에 대한 데이터인 주석 콘텐츠를 포함할 수 있다. 하나의 앵커에 대하여 둘 이상의 주석이 달릴 수 있으므로, 상기 주석 데이터는 하나의 앵커에 대하여 둘 이상 존재할 수 있다.
도 5는 본 실시예에 따른 상기 주석 데이터의 예시 테이블이다. 도 5에 도시된 바와 같이, 특정 염색체의 특정 위치에 대하여 작성된 각각의 주석 정보가 DB 서버(102)에 저장될 수 있다. 이하, 데이터 베이스 테이블에 사용되는 일반적인 의미와 같이, 컬럼(column)은 테이블의 각 행의 명칭을 지칭하고, 새롭게 입력되는 각 세트 데이터는 열(row) 데이터로 지칭하기로 한다.
서비스 서버(100)는 이동 단말(106) 또는 고정 단말(108)로부터 수신된 상기 주석 데이터가 저장되도록 DB 서버(102)를 제어할 수 있다. 즉, 이동 단말(106) 또는 고정 단말(108)로부터 가 염기서열의 적어도 하나의 베이스에 대응하는 앵커(anchor)에 대한 주석 데이터를 입력 받아 상기 주석 데이터를 서비스 서버(100)에 송신 하면, 서비스 서버(100)는 DB 서버(102)를 제어 하여, 상기 주석 데이터를 수신하여 주석 데이터에 대한 하나 이상의 컬럼(column)을 포함하는 염기서열 테이블에 상기 입력 받은 주석 데이터를 상기 입력 받은 주석 데이터에 대한 앵커를 나타내는 열(row)의 상기 주석 데이터에 대한 컬럼의 값으로 DB 서버(102)에 저장할 수 있다.
상기 주석 데이터에 대한 컬럼에는 상기 주석의 기 지정된 종류 중 하나가 저장되는 주석 타입 컬럼이 포함될 수 있다. 주석 타입은 예를 들어, '실험 결과 메모' 타입, 기존의 주석에 대한 '답변' 타입, 기존의 주석에 대한 '정정/의견' 타입일 수 있다. 특히, 기존의 주석에는 주석 작성자 이외의 평가에 의하여 산출되는 평가치가 존재할 수 있다. 상기 평가치가 저장되는 주석 평가값 컬럼이 상기 주석 데이터에 대한 컬럼에 더 포함될 수 있다.
또한, 상기 언급된 바와 같이, 주석의 키워드를 관리하기 위해, 상기 주석 데이터에 대한 컬럼에는 주석 내용인 문자열이 저장되는 콘텐츠 컬럼 및 상기 문자열을 키워드 사전과 비교하여 상기 문자열로부터 추출한 키워드에 대한 정보가 저장되는 키워드 컬럼이 포함될 수 있다.
이하, 본 실시예에 따른 협업 기반 염기서열 디스플레이 및 업데이트 시스템의 동작을 도2를 참조하여 설명하기로 한다.
먼저, 이동 단말(106) 또는 고정 단말(108)이 염기서열 디스플레이 및 업데이트 서비스 사이트에 접속 한다(S200). 상기 서비스 사이트는 서비스 서버(100)가 제공하는 것일 수 있다. 즉, 서비스 서버(100)는 웹 서버의 기능을 구비하는 것일 수 있다.
다음으로, 접속자의 로그인이 수행된다. 이때, 회원 미가입자라면 회원 가입이 이루어 진다(S202). 회원 가입 시, 이름, 직업 및 흥미 분야에 대한 정보를 입력 할 수 있다. 상기 직업 및 흥미 분야는 미리 입력 된 리스트 중의 하나의 항목을 선택하는 방식으로 입력 될 수 있다. 회원 가입 시 입력 된 정보는 DB 서버(102)에 저장될 수 있다.
접속자의 로그인이 수행되는 경우, 접속자 또는 타인이 지정한 앵커의 위치가 도시된 염기서열 맵이 디스플레이 된다(S204). 물론, 도시되는 범위 내의 염기서열 맵에 앵커가 전혀 포함되어 있지 않은 경우, 염기서열 맵 만이 디스플레이 될 수 있다. 상기 염기서열 맵은 기존의 유전자 브라우저에서 염기서열이 줌 아웃 된 상태에서 염기서열의 배치를 나타낸 이미지를 의미할 수 있다.
도 3에, 염기서열 맵(300) 및 앵커(302a, 302b, 302c)의 위치가 도시된 염기서열 맵(301)이 도시되어 있다. 설정에 따라, 접속자의 로그인이 수행되는 경우, 접속자 자신 또는, 접속자가 지정한 사람이 생성한 앵커만 표시될 수 있으며, 접속자 자신 또는 접속자가 지정한 사람이 작성한 주석에 대한 앵커만 표시될 수도 있다.
또한, 각 앵커는 염기서열 맵 상에 존재하는 그 속성에 따라 그룹화 될 수 있다. 예를 들어, 질병 A에 관련된 앵커는 하나의 형상으로 디스플레이 되거나, 각 앵커간의 연결 관계가 표시될 수 있다.
도 6에는 각 앵커가 그룹화되어 디스플레이 된 예시이다. 먼저, 염기서열 맵 600에는 Leukemia(백혈병)에 관련된 앵커(602, 604, 606)가 빨간색 화살표로 서로 연결되어 있다. 또한, Jak2 Marker에 관련된 앵커(608, 610)가 파란색 화살표로 서로 연결되어 있다. 또한, 특정 인종과 관련 된 앵커(602, 608, 604)가 검은색 점선 화살표로 서로 연결되어 있다.
각 앵커의 그룹화는, 상기 키워드 칼럼에 기재된 값을 기준으로 할 수 있다. 즉, 키워드로 Leukemia가 저장된 주석을 하나라도 가지고 있거나, 미리 정해지 개수 이상 가지고 있는 앵커는 Leukemia에 관련된 앵커로 그룹지어질 수 있다.
또한 각 앵커의 그룹화는, 상기 주석 콘텐츠에 저장된 단어 중 추출 된 키워드를 기준으로 할 수도 있다.
사용자는, 특정 앵커에 대하여 기재된 주석을 열람하고자 하는 경우, 해당 앵커를 선택하여 상기 주석을 열람할 수 있다. 주석을 열람하는 상태의 인터페이스가 도 6의 염기서열 맵 620에 도시되어 있다.
염기서열 맵 620에는 세 개의 주석만이 도시되고 있으나, 연구가 활발한 앵커의 경우, 주석이 다수일 수 있다. 상기 선택 된 앵커에 대한 주석이 두 개 이상 존재하는 경우, 현재 사용자의 직업과 상기 주석 데이터에 포함된 작성자의 직업의 유사도, 현재 사용자의 관심 분야와 상기 주석 데이터에 포함된 작성자의 관심 분야의 유사도 및 상기 주석 데이터의 평가치를 고려하여 산출된 점수를 기준으로 주석을 배열하여 디스플레이할 수 있다. 이경우, 사용자의 성향에 가장 적합할 것으로 판단되는 주석을 최 상단에 디스플레이할 수 있는 효과가 있다.
물론, 일반적인 최근에 입력된 주석을 먼저 디스플레이 하거나, 사용자 프로파일을 고려하여 같은 관심사나 직업을 가진 사람들의 주석을 먼저 디스플레이 하거나, 특정 주석 타입을 먼저 디스플레이할 수 도 있다.
이하, 도 4를 참조하여, 접속자가 신규 주석을 입력하고자 하는 경우, 디스플레이 되는 주석 입력 인터페이스를 설명하기로 한다.
접속자가 신규 주석을 입력하고자 하는 경우, 미리 지정된 주석 입력 명령을 입력한다(S208). 상기 주석 입력 명령은 예를 들어, 마우스 오른쪽 버튼 입력 시 생성되는 팝업 메뉴의 한 항목을 선택하는 것일 수 있다. 즉, 기 생성된 앵커에 대하여 주석을 입력하고자 하는 경우, 기 생성된 앵커에 커서를 위치시키고 상기 주석 입력 명령을 입력할 수 있다. 또한, 신규 앵커를 생성하여 주석을 달고자 하는 경우, 앵커를 생성하고자 하는 염기서열 위치에 커서를 위치(401)시키고 상기 주석 입력 명령을 입력할 수 있다.
상기 주석 입력 명령이 입력 되는 경우, 도 4에 도시된 바와 같은 주석 입력 인터페이스가 디스플레이 될 수 있다. 상기 주석 입력 인터페이스에는 주석 타입 입력 영역(402), 평가치 입력 영역(403) 및 편집 영역(404)이 포함될 수 있다.
주석 타입 입력 영역(402)은 미리 정해진 주석 타입 중 하나를 선택하는 사용자 인터페이스로 구성될 수 있다. 또한, 평가치 입력 영역(403)은 기존 주석에 대하여 답글 형식으로 주석을 입력하는 경우, 상기 기존 주석의 평가를 위한 평가 항목을 입력하기 위한 것일 수 있다. 편집 영역(404)은 문자열의 입력이 가능한 편집 컨트롤로 구성될 수 있다.
또한, 입력된 주석의 공개 여부를 지정하는 영역(미도시)이 상기 주석 입력 인터페이스에 포함될 수도 있다. 상기 주석의 공개 여부는 특정 가입자의 설정에 의해 일괄 적용될 수도 있다. 또한, 특정 타입의 주석에 대하여 주석의 공개 여부가 적용될 수도 있다. 또한, 서비스 접속 수단이 이동 단말(106)인 경우에는 일괄적으로 입력된 주석이 비공개로 지정될 수 있다. 비공개로 지정된 주석은 작성자 자신만 열람할 수 있다.
사용자가 상기 주석 입력 인터페이스를 통하여 입력한 데이터는 서비스 서버(100)에 송신된다. 서비스 서버(100)는 상기 데이터를 수신하여, 상기 염기서열 테이블에 저장하기 위한 주석 열(row) 데이터를 생성하고, 상기 주석 열 데이터를 DB 서버(102)에 제공하여 염기서열 테이블에 삽입할 수 있다(S210).
서비스 서버(100)는 신규 주석 입력으로 인한 신규 주석 또는 앵커 입력 결과를 반영하여 염기서열 맵을 업데이트 할 수 있도록 고정 단말(108) 또는 이동 단말(106)에 데이터를 송신한다. 고정 단말(108) 또는 이동 단말(106)은 상기 데이터를 수신 하여, 염기서열 맵을 업데이트 하여 디스플레이 할 수 있다.
사용자는 주석들에 대한 검색 조건을 입력하여, 검색 조건에 부합하는 주석 및 그에 관련된 앵커만이 디스플레이 될 수 있도록 할 수 있다(S214). 이 경우, 키워드, 작성자, 주석 타입, 평가치가 그 기준이 될 수 있다. 이 경우, 필터링 된 주석과 관련된 앵커가 디스플레이 된다(S216).
이상 첨부된 도면을 참조하여 본 발명의 실시예들을 설명하였지만, 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자는 본 발명이 그 기술적 사상이나 필수적인 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적이 아닌 것으로 이해해야만 한다.
앵커 602, 604, 606, 608, 610

Claims (17)

  1. 서비스 서버가 염기서열의 적어도 하나의 베이스에 대응하는 앵커(anchor)에 대한 주석 데이터를 입력 받는 단계; 및
    상기 서비스 서버가 주석 데이터에 대한 하나 이상의 컬럼(column)을 포함하는 염기서열 테이블에 상기 입력 받은 주석 데이터를 상기 입력 받은 주석 데이터에 대한 앵커를 나타내는 열(row)의 상기 주석 데이터에 대한 컬럼의 값으로 저장하는 단계를 포함하되,
    상기 주석 데이터에 대한 컬럼에는,
    상기 주석의 기 지정된 종류 중 하나가 저장되는 주석 타입 컬럼, 주석 작성자 이외의 평가에 의해 산출되는 평가치가 저장되는 주석 평가값 컬럼 및 문자열을 키워드 사전과 비교하여 상기 문자열로부터 추출한 키워드에 대한 정보가 저장되는 키워드 컬럼 중 하나 이상과, 주석 내용인 문자열이 저장되는 콘텐츠 컬럼이 포함 되는 협업 기반 염기서열 데이터의 관리 방법.
  2. 삭제
  3. 삭제
  4. 삭제
  5. 서비스 서버가 염기서열의 적어도 하나의 베이스에 대응하는 앵커(anchor)의 상기 염기 서열 내 위치 데이터를 수신 받는 단계;
    상기 서비스 서버가 상기 위치 데이터에 따른 앵커의 위치를 염기서열 맵 상에 디스플레이 하는 단계;
    상기 서비스 서버가 상기 앵커에 대한 주석 데이터를 더 수신 받는 단계;
    상기 서비스 서버가 적어도 하나의 앵커를 선택 받는 단계; 및
    상기 서비스 서버가 상기 선택 된 앵커에 대한 주석 데이터에 포함된 주석 콘텐츠를 디스플레이 하는 단계를 포함하는 협업 기반 염기서열 데이터의 디스플레이 방법.
  6. 삭제
  7. 제5 항에 있어서,
    상기 선택 된 앵커에 대한 주석 데이터에 포함된 주석 콘텐츠를 디스플레이 하는 단계는,
    상기 선택 된 앵커에 대한 주석이 두 개 이상 존재하는 경우, 현재 사용자의 직업과 상기 주석 데이터에 포함된 작성자의 직업의 유사도, 현재 사용자의 관심 분야와 상기 주석 데이터에 포함된 작성자의 관심 분야의 유사도 및 상기 주석 데이터의 평가치를 고려하여 산출된 점수를 기준으로 주석을 배열하여 디스플레이 하는 단계를 포함하는 협업 기반 염기서열 데이터의 디스플레이 방법.
  8. 제5 항에 있어서,
    상기 디스플레이 하는 단계 이후에,
    상기 서비스 서버가, 상기 주석 데이터에 포함된 주석 콘텐츠에 포함된 키워드를 기준으로 상기 앵커를 그룹화 하여, 상기 그룹화 정보를 상기 염기서열 맵 상에 디스플레이 하는 단계를 더 포함하는 협업 기반 염기서열 데이터의 디스플레이 방법.
  9. 제5 항에 있어서,
    상기 디스플레이 하는 단계 이후에,
    상기 서비스 서버가 상기 앵커에 대한 주석 데이터를 더 수신 받되, 상기 주석 데이터는 작성자 정보, 주석 타입 정보, 평가치 정보 및 주석 콘텐츠를 포함하는 단계; 및
    상기 서비스 서버가 상기 작성자 정보, 상기 주석 타입 정보, 상기 평가치 정보 및 상기 주석 콘텐츠에서 추출된 키워드 중 적어도 하나를 기준으로 상기 주석 데이터를 필터링 하여 디스플레이 하는 단계를 더 포함하는 협업 기반 염기서열 데이터의 디스플레이 방법.
  10. 제9 항에 있어서,
    상기 주석 데이터를 필터링 하여 디스플레이 하는 단계는,
    현재 사용자의 직업과 상기 주석 데이터에 포함된 작성자의 직업의 유사도, 현재 사용자의 관심 분야와 상기 주석 데이터에 포함된 작성자의 관심 분야의 유사도를 고려하여 산출된 수치를 기준으로 상기 주석 데이터를 필터링 하여 디스플레이 하는 단계를 포함하는 협업 기반 염기서열 데이터의 디스플레이 방법.
  11. 클라이언트가 염기서열 맵 상의 주석 입력 위치를 선택받는 단계;
    상기 클라이언트가 주석 입력을 위한 편집 영역 및 주석 타입 선택 영역을 포함하는 주석 입력 인터페이스를 디스플레이하는 단계; 및
    상기 클라이언트가 상기 편집 영역을 통하여 입력된 주석 콘텐츠, 상기 주석 타입 선택 영역을 통하여 선택 된 주석 타입 정보 및 상기 주석 입력 위치를 포함하는 주석 데이터를 염기서열 데이터 저장 수단에 송신하는 단계를 포함하는 협업 기반 염기서열 데이터의 업데이트 방법.
  12. 삭제
  13. 제11 항에 있어서,
    상기 염기서열 맵 상의 주석 입력 위치를 선택하는 단계는 염기서열 맵 상의 앵커 중 하나를 선택하는 단계이고,
    상기 주석 입력 인터페이스를 디스플레이하는 단계는, 상기 선택 된 주석 타입이 기존 주석에 대한 답글 타입인 경우, 상기 기존 주석의 평가를 선택하는 평가 선택 영역을 더 포함하는 주석 입력 인터페이스를 디스플레이하는 단계를 포함하고,
    상기 염기서열 데이터 저장 수단에 송신하는 단계는, 상기 평가 선택 영역을 통하여 선택된 상기 기존 주석에 대한 평가 정보를 더 상기 염기서열 데이터 저장 수단에 송신하는 단계를 포함하는 협업 기반 염기서열 데이터의 업데이트 방법.
  14. 제11 항에 있어서,
    상기 주석 데이터에는 상기 주석 콘텐츠의 공개 여부에 대한 데이터가 포함 되는 협업 기반 염기서열 데이터의 업데이트 방법.
  15. 염기서열의 적어도 하나의 베이스에 대응하는 앵커(anchor)에 대한 주석 데이터 및 염기서열 데이터를 저장하는 DB 서버; 및
    클라이언트의 요청 영역에 대응하는 상기 주석 데이터 및 염기서열 데이터를 상기 클라이언트에 송신하고, 상기 클라이언트로부터 상기 앵커의 위치 정보를 포함하는 상기 주석 데이터를 수신하여 상기 DB 서버에 저장된 상기 주석 데이터 포맷에 부합하도록 가공한 후, 상기 DB 서버에 저장하는 서비스 서버를 포함하되,
    상기 주석 데이터에는 상기 주석의 기 지정된 종류 중 하나가 저장되는 주석 타입, 주석 작성자 이외의 평가에 의해 산출되는 평가치가 저장되는 주석 평가값 및 문자열을 키워드 사전과 비교하여 상기 문자열로부터 추출한 키워드에 대한 정보가 저장되는 키워드 중 하나 이상과, 주석 내용인 문자열이 저장되는 콘텐츠가 포함 되는 협업 기반 염기서열 데이터 관리 시스템.
  16. 제15 항에 있어서,
    상기 서버로부터 상기 주석 데이터 및 상기 염기서열 데이터를 수신하여 상기 주석 데이터에 포함된 앵커 위치가 표시된 염기서열 맵을 디스플레이하고, 사용자로부터 앵커의 위치 정보 및 주석 콘텐츠를 입력 받아 상기 서비스 서버에 송신하는 상기 클라이언트를 더 포함하는 협업 기반 염기서열 데이터 관리 시스템.
  17. 제16 항에 있어서,
    상기 클라이언트는,
    상기 주석 데이터에 포함된 주석 콘텐츠에 포함된 키워드를 기준으로 상기 앵커를 그룹화 하여, 상기 그룹화 정보를 상기 염기서열 맵 상에 디스플레이하는 협업 기반 염기서열 데이터 관리 시스템.
KR1020100106124A 2010-10-28 2010-10-28 협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법 KR101278652B1 (ko)

Priority Applications (6)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020100106124A KR101278652B1 (ko) 2010-10-28 2010-10-28 협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법
JP2011235331A JP5695542B2 (ja) 2010-10-28 2011-10-26 協業基盤の塩基配列データの管理、表示およびアップデート方法
EP11186602.6A EP2447869A3 (en) 2010-10-28 2011-10-26 Cooperation-based method of managing, displaying, and updating DNA sequence data
CN201110342773.4A CN102609631B (zh) 2010-10-28 2011-10-27 基于合作的碱基序列数据的管理、显示及更新方法
US13/283,899 US8990231B2 (en) 2010-10-28 2011-10-28 Cooperation-based method of managing, displaying, and updating DNA sequence data
US13/283,889 US20120110033A1 (en) 2010-10-28 2011-10-28 Cooperation-based method of managing, displaying, and updating dna sequence data

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
KR1020100106124A KR101278652B1 (ko) 2010-10-28 2010-10-28 협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법

Publications (2)

Publication Number Publication Date
KR20120044690A KR20120044690A (ko) 2012-05-08
KR101278652B1 true KR101278652B1 (ko) 2013-06-25

Family

ID=45023585

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020100106124A KR101278652B1 (ko) 2010-10-28 2010-10-28 협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법

Country Status (5)

Country Link
US (2) US8990231B2 (ko)
EP (1) EP2447869A3 (ko)
JP (1) JP5695542B2 (ko)
KR (1) KR101278652B1 (ko)
CN (1) CN102609631B (ko)

Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9444880B2 (en) 2012-04-11 2016-09-13 Illumina, Inc. Cloud computing environment for biological data
AU2013286622B2 (en) * 2012-07-06 2018-10-04 Nant Holdings Ip, Llc Healthcare analysis stream management
CN106603591B (zh) * 2015-10-14 2020-02-07 北京聚道科技有限公司 一种面向基因组检测数据传输和预处理的处理方法及系统
US10565291B2 (en) * 2017-10-23 2020-02-18 International Business Machines Corporation Automatic generation of personalized visually isolated text

Family Cites Families (49)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP3146051B2 (ja) * 1992-02-17 2001-03-12 株式会社三菱総合研究所 文書レビュー支援方式
US5717922A (en) * 1995-07-31 1998-02-10 International Business Machines Corporation Method and system for management of logical links between document elements during document interchange
US5912126A (en) * 1995-08-30 1999-06-15 Darzynkiewicz; Zbigniew Methods for labeling DNA ends with halogenated nucleotides and detecting same with antibodies
US5759375A (en) * 1996-05-17 1998-06-02 Purdue Research Foundation Miniaturized disposable gels for DNA analysis
JP2003526133A (ja) * 1998-09-17 2003-09-02 アフィメトリックス・インコーポレーテッド 発現データ・マイニング・データベースおよび実験室情報管理を提供する方法および装置
JP2000105731A (ja) * 1998-09-29 2000-04-11 Fuji Xerox Co Ltd 共同作業支援装置
US6687878B1 (en) * 1999-03-15 2004-02-03 Real Time Image Ltd. Synchronizing/updating local client notes with annotations previously made by other clients in a notes database
EP1067466A2 (en) * 1999-07-09 2001-01-10 Smithkline Beecham Genome browser interface
US6470277B1 (en) * 1999-07-30 2002-10-22 Agy Therapeutics, Inc. Techniques for facilitating identification of candidate genes
US6941317B1 (en) * 1999-09-14 2005-09-06 Eragen Biosciences, Inc. Graphical user interface for display and analysis of biological sequence data
US6775622B1 (en) * 2000-01-31 2004-08-10 Zymogenetics, Inc. Method and system for detecting near identities in large DNA databases
GB0006153D0 (en) * 2000-03-14 2000-05-03 Inpharmatica Ltd Database
AUPR480901A0 (en) * 2001-05-04 2001-05-31 Genomics Research Partners Pty Ltd Diagnostic method for assessing a condition of a performance animal
EP1429259A4 (en) * 2001-08-21 2005-08-31 Inst Med Molecular Design Inc METHOD FOR READING INFORMATION OF BIOLOGICAL SEQUENCE AND STORAGE METHOD
US20040194021A1 (en) * 2001-09-14 2004-09-30 Fuji Xerox Co., Ltd. Systems and methods for sharing high value annotations
EP1300778A1 (en) * 2001-10-04 2003-04-09 Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung des öffentlichen Rechts Microarray data warehouse
US7650343B2 (en) * 2001-10-04 2010-01-19 Deutsches Krebsforschungszentrum Stiftung Des Offentlichen Rechts Data warehousing, annotation and statistical analysis system
US20030220820A1 (en) * 2001-11-13 2003-11-27 Sears Christopher P. System and method for the analysis and visualization of genome informatics
AUPS111802A0 (en) * 2002-03-13 2002-04-18 Proteome Systems Intellectual Property Pty Ltd Annotation of genome sequences
US20040012633A1 (en) * 2002-04-26 2004-01-22 Affymetrix, Inc., A Corporation Organized Under The Laws Of Delaware System, method, and computer program product for dynamic display, and analysis of biological sequence data
US20080125978A1 (en) * 2002-10-11 2008-05-29 International Business Machines Corporation Method and apparatus for deriving the genome of an individual
US20040101903A1 (en) * 2002-11-27 2004-05-27 International Business Machines Corporation Method and apparatus for sequence annotation
WO2004090100A2 (en) * 2003-04-04 2004-10-21 Agilent Technologies, Inc. Visualizing expression data on chromosomal graphic schemes
FI117068B (fi) * 2003-07-04 2006-05-31 Medicel Oy Informaationhallintajärjestelmä biokemiallista informaatiota varten
JP2005087160A (ja) * 2003-09-19 2005-04-07 Hitachi Software Eng Co Ltd 機能性核酸の設計支援方法
WO2005071058A2 (en) * 2004-01-27 2005-08-04 Compugen Ltd. Methods and systems for annotating biomolecular sequences
US7844431B2 (en) * 2004-02-20 2010-11-30 The Mathworks, Inc. Method and apparatus for integrated modeling, simulation and analysis of chemical and biochemical reactions
JP4557609B2 (ja) * 2004-06-08 2010-10-06 株式会社日立製作所 スプライスバリアント配列のマッピング表示方法
US20060085138A1 (en) * 2004-10-15 2006-04-20 Genomatix Software Gmbh Identification and assignment of functionally corresponding regulatory sequences for orthologous loci in eukaryotic genomes
US8230326B2 (en) * 2004-12-17 2012-07-24 International Business Machines Corporation Method for associating annotations with document families
JP2006252541A (ja) * 2005-02-10 2006-09-21 Institute Of Physical & Chemical Research アノテーション方法、アノテーションシステム、プログラムおよびコンピューター読み取り可能な記録媒体
US20070005592A1 (en) * 2005-06-21 2007-01-04 International Business Machines Corporation Computer-implemented method, system, and program product for evaluating annotations to content
US20070021919A1 (en) * 2005-07-19 2007-01-25 Leproust Eric M Silico design of chemical arrays
US7779347B2 (en) * 2005-09-02 2010-08-17 Fourteen40, Inc. Systems and methods for collaboratively annotating electronic documents
US20070255512A1 (en) * 2006-04-28 2007-11-01 Delenstarr Glenda C Methods and systems for facilitating analysis of feature extraction outputs
US7958444B2 (en) * 2006-06-15 2011-06-07 Xerox Corporation Visualizing document annotations in the context of the source document
JP2008097320A (ja) * 2006-10-12 2008-04-24 Hitachi Software Eng Co Ltd 遺伝子情報管理システム
US8140270B2 (en) * 2007-03-22 2012-03-20 National Center For Genome Resources Methods and systems for medical sequencing analysis
US20080085284A1 (en) * 2007-04-09 2008-04-10 Patell Villoo M Construction of a Comparative Database and Identification of Virulence Factors Comparison of Polymorphic Regions in Clinical Isolates of Infectious Organisms
WO2008129459A2 (en) * 2007-04-18 2008-10-30 Koninklijke Philips Electronics N.V. A method for visualizing a dna sequence
WO2009046021A1 (en) * 2007-10-01 2009-04-09 Rosetta Inpharmatics Llc Integrated genomic system
ES2456240T3 (es) * 2007-11-29 2014-04-21 Smartgene Gmbh Método y sistema informático para evaluar anotaciones de clasificación asignadas a secuencias de ADN
US20090240441A1 (en) * 2008-03-20 2009-09-24 Helicos Biosciences Corporation System and method for analysis and presentation of genomic data
EP2329018B1 (en) * 2008-04-25 2014-09-10 GenQuad AG Method for the annotation of natural product gene-clusters and for the generation of novel biologically active chemical entities from dna sequences in silico
JP4352156B1 (ja) * 2008-08-25 2009-10-28 兵庫県 地図情報処理装置、ナビゲーションシステム、およびプログラム
JP2010072827A (ja) * 2008-09-17 2010-04-02 Hitachi Software Eng Co Ltd 生体高分子の表示方法及び装置
KR101054040B1 (ko) 2008-12-29 2011-08-03 한국과학기술원 의미론적 소셜 네트워크 기반 커뮤니티 추천 장치 및 방법
JP4547522B1 (ja) * 2009-01-29 2010-09-22 スパイバー株式会社 Ｄｎａタグの構築方法
KR101044240B1 (ko) 2009-03-23 2011-06-27 강환국 냉각 장치를 구비한 ｌｅｄ 조명 장치

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
논문 1(2002) *

Also Published As

Publication number Publication date
EP2447869A2 (en) 2012-05-02
US20120110430A1 (en) 2012-05-03
US8990231B2 (en) 2015-03-24
KR20120044690A (ko) 2012-05-08
JP2012094149A (ja) 2012-05-17
JP5695542B2 (ja) 2015-04-08
CN102609631A (zh) 2012-07-25
EP2447869A3 (en) 2015-02-18
US20120110033A1 (en) 2012-05-03
CN102609631B (zh) 2016-02-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20190311784A1 (en) Genome explorer system to process and present nucleotide variations in genome sequence data
JP4041080B2 (ja) データ検索装置及びデータ検索プログラム
US20150082196A1 (en) Simultaneous editing/accessing of content by collaborator invitation through a web-based or mobile application to a cloud-based collaboration platform
US20020178184A1 (en) Software system for biological storytelling
US20120324392A1 (en) Page-based electronic book reading with community interaction system and method
CN104541265A (zh) 电子阅读器系统
Stover et al. Tetrahymena Genome Database Wiki: a community-maintained model organism database
US10930373B2 (en) Methods and systems for knowledge discovery using biological data
CN103995802A (zh) 管理电子书笔记的方法与设备
US20200143264A1 (en) Systems and methods for knowledge management
KR101278652B1 (ko) 협업 기반 염기서열 데이터의 관리, 디스플레이 및 업데이트 방법
US20120173227A1 (en) Method, terminal, and computer-readable recording medium for supporting collection of object included in the image
US20190278615A1 (en) Iinteractive library system and method of interactive, real-time creation and customization
US20130185644A1 (en) Network model integration device, network model integration system, network model integration method, and computer program product
JP2004302678A (ja) データベース検索経路表示方法
US10452412B2 (en) Graphical user interface for non-hierarchical file system
JP6145222B2 (ja) ユーザの関連情報を記録および管理するためのユーザインターフェースの提供方法、サーバーおよびコンピュータ読み取り可能な記録媒体
JP6836185B2 (ja) ファイル管理装置、ファイル管理システム、ファイル管理方法、及びプログラム
US20200159400A1 (en) Graphical user interface for non-hierarchichal file system
Chang et al. Cavatica: A pipeline for identifying author adoption trends among software or methods
Meinel et al. Data Visualization
Thomasson Theatre and Performance in the Asia-Pacific: Regional Modernities in the Global Era by Denise Varney, Peter Eckersall, Chris Hudson, and Barbara Hatley
KR20160130955A (ko) 지능형 정보 제공 시스템과 그 정보 표시 방법 및 그에 대한 기록매체
JP2006072522A (ja) 画像管理装置及び画像管理方法
JP2008165423A (ja) メタデータ管理装置及び方法

Legal Events

Date Code Title Description
A201 Request for examination
E902 Notification of reason for refusal
E90F Notification of reason for final refusal
E701 Decision to grant or registration of patent right
GRNT Written decision to grant
FPAY Annual fee payment

Payment date: 20160330

Year of fee payment: 4