JP2012094149A - 協業基盤の塩基配列データの管理、表示およびアップデート方法 - Google Patents

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Abstract

【課題】協業基盤の塩基配列データの管理、表示およびアップデート方法を提供する。
【解決手段】協業基盤の塩基配列データの管理方法は塩基配列の少なくとも1つのベースに対応するアンカー(anchor)に対する注釈データを入力受けるステップおよび前記サービスサーバが注釈データに対する1つ以上のカラム(column)を含む注釈データテーブルに、前記受信した注釈データを格納するステップを含む。
【選択図】図6

Description

本発明は、協業基盤の塩基配列データの管理、表示およびアップデート方法に関するものである。より詳しくは、塩基配列データに含まれている1つ以上のベースに対応するアンカーに注釈を付けることにより、研究者間の協業ができるようにする協業基盤の塩基配列データの管理、表示およびアップデート方法に関するものである。
Gbrowseは世界の多くの研究機関で活用されている遺伝情報ブラウザである。GBrowseは遺伝情報をmysqlTMというデータベースを基盤とすると共にリード(Read)をファイル基盤のデータとして格納する特徴がある。一般的な遺伝情報とは異なって、NGSデータはあまりにも大容量データであるため、既存の方式をそのまま適用することができない。したがって、2009年にNGSデータを表示する試みが行われた。その結果、現在リードデータを表示できるように修正された。
また、塩基配列データをローカルコンピュータで表示するために開発されたブラウザとしてIGVが知られている。これはNGSデータだけではなく、マイクロアレイなどの実験データを共に含むように設計されている。NGSデータの場合はSAMあるいはBAMファイル形式のデータを入力データとして受け取ることができる。ユーザはこのツールをユーザのコンピュータにインストールし、前記SAMあるいはBAMファイル形式のデータをツールによりインポート(import)してIGVブラウザを駆動する。
しかし、このように現在知られている従来の遺伝子ブラウザは、単に塩基配列を表示するだけで、塩基配列を基盤としたユーザのコメントをブラウザに反映する機能は有していない。
遺伝子研究分野は、非常に膨大な知識を必要とする。特に一人あるいは一つの研究所の研究人力だけで全ゲノム解析(whole genome sequencing)により遺伝子を解析することは難しい。実際、多くの全ゲノム解析プロジェクトは多国家あるいは多数の研究所が共に参加して行われている。このような場合、学問・学術的研究データの円滑な交流や交換は重要である。しかし、その研究結果に関する情報は研究者によって発表された論文しかないため、これを集めて分析をするには相当な時間及びコストがかかる。論文が専門の研究者によってのみ読まれたり、解釈されたりすると、自由に研究結果を共有できない場合が多い。現在の実験室のシステムは閉鎖的であるため、研究結果を容易に集められるシステムが要求されている。
本発明が解決しようとする技術的課題は、塩基配列に関連する研究内容を自由に共有できるようにする塩基配列関連データの管理、表示およびアップデート方法を提供することにある。
本発明が解決しようとする他の技術的課題は、記録された注釈情報をフィルタリングし、ユーザが所望する注釈を集めて表示できるようにする塩基配列関連データの管理、表示およびアップデート方法を提供することにある。
本発明が解決しようとするまた他の技術的課題は、特定疾患、人種などに関連する塩基配列地点間の関係を表示する塩基配列関連データの管理、表示およびアップデート方法を提供することにある。
本発明の技術的課題は、以上で言及した技術的課題に制限されず、言及されていないまた他の技術的課題は次の記載から当業者に明確に理解されるであろう。
前記技術的課題を達成するための本発明の一実施形態による協業基盤の塩基配列データの管理方法は、サービスサーバが塩基配列の少なくとも1つのベースに対応するアンカー(anchor)に対して入力された注釈データを受信するステップ、およびサービスサーバが、注釈データに対する1つ以上のカラム(column)を含む注釈データテーブルに前記受信された注釈データを格納するステップを含む。
前記注釈データは、前記アンカーに対して入力された各々の注釈に関するデータを含むものであって、例えば、注釈の作成者、作成時間、注釈のタイプ、他のユーザによる評価から計算された注釈の評価値および注釈内容に対するデータである注釈コンテンツを含み得る。1つのアンカーに対して2つ以上の注釈を付けることができるため、前記注釈データは1つのアンカーに対して2つ以上であり得る。
前記注釈データをグループ化して表示できるように前記注釈データには前記注釈コンテンツから抽出したキーワードデータあるいはユーザから前記注釈コンテンツとは別途に入力されたキーワードデータをさらに含み得る。
前記技術的課題を達成するための本発明の他の実施形態によるクライアントの協業基盤の塩基配列データの表示方法は、塩基配列の少なくとも1つのベースに対応するアンカー(anchor)の前記塩基配列内の位置データを受信するステップおよび前記位置データに基づきアンカーの位置を塩基配列マップ上に表示するステップを含む。
前記協業基盤の塩基配列データの表示方法は、前記アンカーに対する注釈データをさらに受信するステップ、少なくとも1つのアンカーの選択を受けるステップおよび前記選択されたアンカーに対する注釈データに含まれている注釈コンテンツを表示するステップをさらに含み得る。
また、前記協業基盤の塩基配列データの表示方法は、前記アンカーに対する注釈データをさらに受信するステップおよび同一キーワードのアンカー間の関係を示すため、前記注釈データに含まれた注釈コンテンツのキーワードに基づき前記アンカーをグループ化し、グループ化情報を前記塩基配列マップに表示するステップをさらに含み得る。前記グループ化情報は例えば、1つのグループに含まれているアンカーを線、矢印で連結する方式により前記塩基配列マップに表示することができる。互いに異なるグループに含まれているアンカーは互いに異なる色相、模様またはサイズで示すことができる。また、各グループ内のアンカーを連結する前記線または矢印は各グループごとに異なることもある。
前記キーワードは例えば、病名、人種であり得る。前記キーワードは前記言及したように、前記注釈コンテンツと別途にユーザにより入力され得るが、前記注釈コンテンツに含まれている単語のうち予め格納されたキーワード辞書に含まれている単語と一致する単語を前記キーワードとして判定することにより自動抽出することもできる。
また、前記協業基盤の塩基配列データの表示方法は、前記アンカーに対する注釈データをさらに受信し、前記注釈データは作成者情報、注釈タイプ情報、評価値情報および注釈コンテンツを含むステップおよび前記作成者情報、前記注釈タイプ情報、前記評価値情報および前記注釈コンテンツから抽出したキーワードのうち少なくとも1つに基づき前記注釈データをフィルタリングして表示するステップをさらに含み得る。前記前記注釈データをフィルタリングして表示するステップは、現在のユーザの職業と前記注釈データに含まれている作成者の職業の類似性、現在のユーザの関心分野と前記注釈データに含まれている作成者の関心分野の類似性を考慮して計算した数値に基づき前記注釈データをフィルタリングして表示するステップを含み得る。
前記技術的課題を達成するための本発明のまた他の実施形態によるクライアントの協業基盤の塩基配列データのアップデート方法は、塩基配列マップ上の注釈入力位置の選択を受けるステップ、注釈入力のための編集領域を含む注釈入力インターフェースを表示するステップおよび前記編集領域を介して入力された注釈コンテンツおよび前記注釈入力位置を含む注釈データを塩基配列データ格納装置に送信するステップを含む。
前記注釈入力インターフェースを表示するステップは、注釈タイプ選択領域、前記選択された注釈タイプが既存注釈に対するリプライタイプである場合、前記既存注釈の評価を選択する評価選択領域をさらに含む注釈入力インターフェースを表示するステップを含み得る。
前記技術的課題を達成するための本発明の他の実施形態による協業基盤の塩基配列データ管理システムは、塩基配列の少なくとも1つのベースに対応するアンカー(anchor)に対する注釈データおよび塩基配列データを格納するDBサーバおよびクライアントの要請領域に対応する前記注釈データおよび塩基配列データを前記クライアントに送信し、前記クライアントから前記アンカーの位置情報を含む前記注釈データを受信し、前記DBサーバに格納された前記注釈データのフォーマットに合わせて変換した後、前記DBサーバに格納するサービスサーバを含む。
前記協業基盤の塩基配列データ管理システムは、前記サービスサーバから前記注釈データおよび前記塩基配列データを受信し、前記注釈データに含まれているアンカー位置が表示された塩基配列マップを表示し、ユーザからアンカーの位置情報および注釈コンテンツの入力を受け、前記サービスサーバに送信する前記クライアントをさらに含み得る。このとき、前記クライアントは、前記注釈データに含まれた注釈コンテンツのキーワードに基づき前記アンカーをグループ化し、グループ化情報を前記塩基配列マップに表示するものであり得る。
以上説明したように本発明によれば次のような効果がある。
塩基配列に関連する研究内容を自由に共有できるようにする研究者間の協業をサポートする塩基配列ブラウジング方法を提供することができる。
また、記録された注釈情報をフィルタリングしてユーザの所望する注釈を選択して表示することができる。
また、特定疾患、人種などに関連する塩基配列地点間の関係を表示することができる。
本発明の一実施形態による協業基盤の塩基配列表示およびアップデートシステムの構成図である。 本発明の一実施形態による協業基盤の塩基配列表示およびアップデートシステムの動作を図示する順序図である。 本発明の一実施形態による塩基配列マップを図示する図である。 本発明の一実施形態によるユーザが新規注釈を入力しようとする場合表示される注釈インターフェースを図示する図である。 本発明の一実施形態による注釈データを格納するテーブルの一例を図示する図である。 本発明による一実施形態による各アンカーをグループ化して表示することを図示する図である。
本発明の本発明の利点、特徴、及びそれらを達成する方法は、添付される図面と共に詳細に後述する実施形態を参照すれば明確になるであろう。しかし、本発明は、以下で開示する実施形態に限定されるものではなく、異なる多様な形態で具現することが可能である。本実施形態は、単に本発明の開示が完全になるように、本発明が属する技術分野で通常の知識を有する者に対して発明の範疇を完全に知らしめるために提供するものであり、本発明は、請求項の範疇によってのみ定義される。明細書全体において同一参照符号は同一構成要素を指す。
第1、第2などが、多様な素子、構成要素を説明するために使用される。しかしながら、これら構成要素は、これらの用語によって制限されないことはもちろんである。これらの用語は、単に1つの構成要素を構成要素と区別するために使用されるものである。したがって、以下で言及される第1素子は、本発明の技術的思想の範囲内で第2素子あり得ることはもちろんである。
本明細書で使用された用語は、実施形態を説明するためであり、本発明を制限しようとするものではない。本明細書において単数形は、文言で特別に言及しない限り、複数形をも含む。明細書で使用される「含む(comprises)」および/または「含む(comprising)」は、言及した構成要素以外の1つ以上の他の構成要素の存在または追加を排除しない。
他に定義されなければ、本明細書で使用されるすべての用語(技術および科学的用語を含む)は、本発明が属する技術分野で通常の知識を有する者に共通に理解され得る意味において使用されるものである。また、一般的に使用される辞典に定義されている用語は、明確に特別に定義されていない限り理想的にまたは過度に解釈されない。
先に、図1を参照して本発明の一実施形態による協業基盤の塩基配列の表示、アップデートシステムの構成、動作について説明する。
図1は、本実施形態による協業基盤の塩基配列の表示およびアップデートシステムの構成図である。図1に図示するように、本実施形態による協業基盤の塩基配列の表示およびアップデートシステムは、サービスサーバ100、DBサーバ102、固定端末108およびネットワーク104を含み得る。また、場合によっては移動端末106を含むこともできる。本発明でクライアントは固定端末108または移動端末106を意味する。
ネットワーク104は、サービスサーバ100、固定端末108および移動端末106を連結するものであり、通信方法の種類および連結技術の制限はない。DBサーバ102はサービスサーバ100に直接接続しているものと図示しているが、ネットワーク104を介してサービスサーバ100に接続することもできる。また、DBサーバ102とサービスサーバ100が別の装置として図示しているが、1つの装置により各々が実現することができる。
DBサーバ102は、塩基配列データおよび注釈データテーブルを格納する。DBサーバ102はキャッシュ(Cache)、ロム(Read Only Memory、ROM)、ピーロム(Programmable ROM、PROM)、イーピーロム(Erasable Programmable ROM、EPROM)、イーイーピーロム(Electrically Erasable Programmable ROM、EEPROM)およびフラッシュメモリ(Flash memory)のような不揮発性メモリ素子、ラム(Random Access Memory、RAM)のような揮発性メモリ素子、およびハードディスクドライブ(Hard disk drive)のような格納媒体のうち少なくとも1つで実現できるが、これに限定されない。
塩基配列データは塩基配列を構成する各々のベース(base)を含む。前記ベースは、本発明が属する技術分野で広く知られているように、塩基配列を構成する各々の塩基(nucleobase)を意味し、アデニン(Adenine)、グアニン(Guanine)、シトシン(Cytosine)およびチミン(Thymine)のうち1つである。
注釈データは塩基配列の少なくとも1つのベースに対応するアンカー(anchor)に対して入力された各々の注釈に関するデータである。前記注釈データは、例えば、注釈の作成者、作成時間、注釈のタイプ、他のユーザによる評価から計算された注釈の評価値および注釈の内容に対するデータである注釈コンテンツを含み得る。1つのアンカーに対して2つ以上の注釈を付けることができるため、前記注釈データは1つのアンカーに対して2つ以上であり得る。注釈データテーブルは前記注釈データを含むデータベーステーブルとして理解することができる。
図5は、本実施形態による前記注釈データテーブルの一例である。特定染色体の特定位置に対して作成された各々の注釈情報は図5に図示するようにDBサーバ102に格納され得る。以下、通常データベーステーブルに使用される意味と同様に、カラム(column)はデータベーステーブルの各行の名をいい、新たに入力される各注釈データセットはロウ(row)データをいう。図5において1つの列データは1つの注釈を意味する。したがって、注釈データテーブルのそれぞれのロウデータは1つの注釈を意味し、それぞれの注釈に対する属性値が前記注釈データテーブルのカラムとして格納される。
DBサーバ102が注釈データを格納するため、構成するデータセットは多様なフォーマットで構成することができ、図5に図示するように注釈データテーブルを利用して格納することに制限されない。
サービスサーバ100は、移動端末106または固定端末108から受信した前記注釈データを格納するようにDBサーバ102を制御することができる。例えば、移動端末106または固定端末108が入力を受けた前記注釈データをサービスサーバ100に送信すれば、サービスサーバ100は前記注釈データを前記注釈データテーブルに格納するための注釈ロウ(row)データを生成し、前記注釈ロウデータをDBサーバ102に送信し、前記注釈データテーブルに挿入することができる。
前記注釈データに対するカラムには前記予め指定した注釈のタイプのうち1つを格納する注釈タイプカラムが含まれ得る。注釈タイプは例えば、「実験結果のメモ」タイプ、既存の注釈に対する「リプライ」タイプ、既存の注釈に対する「訂正/意見」タイプであり得る。特に、既存の注釈には注釈作成者以外の評価に基づいて計算される評価値が存在し得る。前記評価値が格納される注釈評価値カラムが前記注釈データに対するカラムにさらに含まれ得る。
また、前述したように、注釈のキーワードを管理するため、前記注釈データに対するカラムには注釈内容である文字列を格納するコンテンツカラムおよび前記文字列をキーワード辞書と比較して前記文字列から抽出したキーワードに対する情報を格納するキーワードカラムが含まれ得る。
以下、図2を参照して本実施形態による協業基盤の塩基配列表示およびアップデートシステムの動作について説明する。
先に、移動端末106または固定端末108が塩基配列表示およびアップデートサービスサイトにアクセスする(S200)。前記サービスサイトはサービスサーバ100が提供するものであり得る。すなわち、サービスサーバ100はウェブサーバの機能を有するものであり得る。
次に、ユーザがサービスサイトにログインをする。このとき、未登録会員の場合、会員登録をする(S202)。会員登録の際、名前、職業および関心分野に対する情報を入力することができる。前記職業および関心分野は予め入力されたリスト中から1つの項目を選択する方式で入力する。会員登録の際に入力した情報はDBサーバ102に格納される。
ユーザがログインをすると、ユーザまたは他人が指定したアンカーの位置が図示された塩基配列マップが表示される(S204)。もちろん、図示される範囲内の塩基配列マップにアンカーが全く含まれていない場合、塩基配列マップのみが表示される。前記塩基配列マップは、既存の遺伝子ブラウザで塩基配列をズームアウトした状態の塩基配列の配置を示すイメージを意味する。
図3は、塩基配列マップ300およびアンカー(302a、302b、302c)の位置を図示する塩基配列マップ301である。設定によってユーザがログインすると、ユーザ本人または、ユーザが指定した者が生成したアンカーのみが表示され得、ユーザ本人またはユーザが指定した者が作成した注釈に対するアンカーのみが表示されることもある。
また、各アンカーは塩基配列マップ上に存在するその属性によりグループ化することができる。例えば、疾患Aに関連するアンカーは1つの形状で表示されるか、または各アンカー間の連結関係が表示され得る。
図6は、各アンカーのグループ化を表示している例示図である。先に、塩基配列マップ600にはLeukemia(白血病)に関連するアンカー(602、604、606)が矢印で連結されている。また、Jak2 Markerに関連するアンカー(608、610)が矢印で連結されている。また、特定人種と関連するアンカー(602,608,604)が点線矢印で連結されている。
各アンカーのグループ化は、前記キーワードカラムに記載された値を基準に行われる。すなわち、キーワードとしてLeukemiaが格納されている注釈を1つでも有したり、あるいは予め定められた個数以上を有しているアンカーはLeukemiaに関連するアンカーとしてグループとなる。
また各アンカーのグループ化は、前記注釈コンテンツに格納された単語のうち抽出されたキーワードに基づき行われることもできる。
ユーザは、特定アンカーに対して記載された注釈を閲覧しようとする場合、該当アンカーを選択して前記注釈を閲覧することができる。注釈を閲覧する状態のインターフェースは図6の塩基配列マップ620に図示されている。
塩基配列マップ620には3つの注釈のみを図示するが、盛んに研究されているアンカーの場合、注釈が多数ある場合もある。前記選択されたアンカーに対する注釈が2つ以上である場合、現在のユーザの職業と前記注釈データに含まれている作成者の職業の類似性、現在のユーザの関心分野と前記注釈データに含まれている作成者の関心分野の類似性および前記注釈データの評価値を考慮して計算された点数を基準に注釈を配列して表示することができる。この場合、ユーザの性向に最も適すると判断される注釈を最上段に表示することができる。
もちろん、通常のように、最新の注釈を最初に表示したり、ユーザのプロファイルを考慮して同じ関心分野や職業を有する人々の注釈を最初に表示したり、特定の注釈タイプを最初に表示したりすることもできる。
以下、図4を参照してユーザが新規注釈を入力しようとする場合、表示される注釈入力インターフェースについて説明する。
ユーザが新規注釈を入力しようと場合(S206−Y)、予め指定された注釈入力命令を入力する(S208)。前記注釈入力命令は例えば、マウスの右ボタンをクリック時に生成されるポップアップメニューの一項目を選択することである。すなわち、既に生成されたアンカーに対して注釈を入力しようとする場合、既に生成されたアンカーにカーソルを位置し、前記注釈入力命令を入力することができる。また、新規アンカーを生成して注釈を付けようとする場合、アンカーを生成しようとする塩基配列位置にカーソルを位置401し、前記注釈入力命令を入力することができる。
前記注釈入力命令が入力されると、図4に図示するような注釈入力インターフェースが表示される。前記注釈入力インターフェースは注釈タイプ入力領域402、評価値入力領域403および編集領域404を含み得る。
注釈タイプ入力領域402は予め定められた注釈タイプのうち1つを選択するユーザインターフェースで構成され得る。また、評価値入力領域403は既存の注釈に対してリプライ形式で注釈を入力する場合、前記既存注釈の評価のための評価項目を入力するためのものである。編集領域404は文字列の入力が可能な編集コントロールで構成され得る。
また、入力された注釈の公開可否を設定する領域(図示せず)は前記注釈入力インターフェースに含まれ得る。前記注釈の公開可否は特定登録者の設定によって一括適用されることもできる。また、特定タイプの注釈に対して注釈の公開可否が適用されることもできる。また、サービスにアクセスする手段が移動端末106である場合には一括入力された注釈を非公開に設定することができる。非公開に設定した注釈は作成者のみ閲覧することができる。
ユーザが前記注釈入力インターフェースを介して入力したデータはサービスサーバ100に送信される。サービスサーバ100は前記データを受信して前記注釈データテーブルに格納するための注釈ロウ(row)データを生成し、前記注釈ロウデータをDBサーバ102に送信して注釈データテーブルに挿入することができる(S210)。
サービスサーバ100は、新規注釈の入力による新規注釈またはアンカーの入力結果を反映して塩基配列マップをアップデートできるように固定端末108または移動端末106にデータを送信する。固定端末108または移動端末106は前記データを受信し、塩基配列マップをアップデートして表示することができる(S212)。
ユーザは、注釈に対する検索条件を入力して検索条件を満たす注釈およびそれに関連するアンカーのみを表示できるようにすることができる(S214)。この場合、キーワード、作成者、注釈タイプ、評価値がその基準になる。この場合、フィルタリングした注釈と関連するアンカーが表示される(S216)。
以上添付する図面を参照して本発明の実施形態について説明したが、本発明が属する技術分野で通常の知識を有する者は、本発明が、その技術的思想や必須の特徴を変更しない範囲で他の具体的な形態で実施され得ることを理解することができる。したがって、上記実施形態はすべての面で例示的なものであり、限定するものではと理解しなければならない。
アンカー 602,604,606,608,610

Claims (17)

  1. サービスサーバが塩基配列の少なくとも1つのベースに対応するアンカー(anchor)に対して入力された注釈データを受信するステップ、および
    サービスサーバが、注釈データに対する1つ以上のカラム(column)を含む注釈データテーブルに前記受信された注釈データを格納するステップを含む協業基盤の塩基配列データの管理方法。
  2. 前記注釈データに対するカラムは予め定められた注釈タイプのうち1つが格納される注釈タイプのカラムが含む塩基配列データに結合された請求項1に記載の協業基盤の塩基配列データの管理方法。
  3. 前記注釈データに対するカラムは注釈の作成者以外の評価に基づいて計算する評価値が格納される注釈評価値カラムを含む請求項1に記載の協業基盤の塩基配列データの管理方法。
  4. 前記注釈データに対するカラムには注釈内容である文字列を格納するコンテンツコンテンツカラムおよび前記文字列をキーワード辞書と比較し、前記文字列から抽出したキーワードに対する情報が格納されるキーワードコンテンツカラムが含まれる請求項1に記載の協業基盤の塩基配列データの管理方法。
  5. クライアントが塩基配列の少なくとも1つのベースに対応するアンカー(anchor)の前記塩基配列内の位置データをサーバから受信するステップ、および
    前記クライアントが前記受信した位置データに基づきアンカーの位置を塩基配列マップに表示するステップを含む協業基盤の塩基配列データの表示方法。
  6. 前記クライアントが前記アンカーに対する注釈データをさらに受信するステップと、
    前記クライアントが少なくとも1つのアンカーの選択を受けるステップ、および
    前記クライアントが前記選択されたアンカーに対する注釈データに含まれている注釈コンテンツを表示するステップをさらに含む請求項5に記載の協業基盤の塩基配列データの表示方法。
  7. 前記選択されたアンカーに対する注釈データに含まれている注釈コンテンツを表示するステップは、
    前記クライアントが前記選択されたアンカーに対する注釈が2つ以上存在する場合、現在のユーザの職業と前記注釈データに含まれている作成者の職業の類似性、現在のユーザの関心分野と前記注釈データに含まれている作成者の関心分野の類似性および前記注釈データの評価値を考慮して計算した点数を基準に注釈を配列して表示するステップを含む請求項6に記載の協業基盤の塩基配列データの表示方法。
  8. 前記クライアントが前記アンカーに対する注釈データをさらに受信するステップ、および
    前記クライアントが前記注釈データに含まれた注釈コンテンツのキーワードに基づき前記アンカーをグループ化し、グループ化情報を前記塩基配列マップに表示するステップをさらに含む請求項5に記載の協業基盤の塩基配列データの表示方法。
  9. 前記クライアントが前記アンカーに対する注釈データをさらに受信し、前記注釈データは作成者情報、注釈タイプ情報、評価値情報および注釈コンテンツを含むステップ、および
    前記クライアントが前記作成者情報、前記注釈タイプ情報、前記評価値情報および前記注釈コンテンツから抽出したキーワードのうち少なくとも1つに基づき前記注釈データをフィルタリングして表示するステップをさらに含む請求項5に記載の協業基盤の塩基配列データの表示方法。
  10. 前記注釈データをフィルタリングして表示するステップは、
    前記クライアントが現在のユーザの職業と前記注釈データに含まれている作成者の職業の類似性、現在のユーザの関心分野と前記注釈データに含まれている作成者の関心分野の類似性を考慮して計算した数値に基づき前記注釈データをフィルタリングして表示するステップを含む請求項9に記載の協業基盤の塩基配列データの表示方法。
  11. クライアントが塩基配列マップ上の注釈入力位置の選択を受けるステップと、
    前記クライアントが注釈入力のための編集領域を含む注釈入力インターフェースを表示するステップ、および
    前記クライアントが前記編集領域を介して入力された注釈コンテンツおよび前記注釈入力位置を含む注釈データを塩基配列データ格納装置に送信するステップを含む協業基盤の塩基配列データのアップデート方法。
  12. 前記注釈入力インターフェースを表示するステップは、前記クライアントが注釈タイプの選択領域をさらに含む注釈入力インターフェースを表示するステップを含み、
    前記塩基配列データ格納装置に送信するステップは、前記クライアントが前記注釈タイプ選択領域を介して選択した注釈タイプ情報をさらに含む注釈データを前記塩基配列データ格納装置に送信するステップを含む請求項11に記載の協業基盤の塩基配列データのアップデート方法。
  13. 前記塩基配列マップ上の注釈入力位置を選択するステップは塩基配列マップ上のアンカーのうち1つを選択するステップであり、
    前記注釈入力インターフェースを表示するステップは、前記選択された注釈タイプが既存の注釈に対するリプライタイプである場合、前記クライアントが前記既存の注釈評価を選択する評価選択領域をさらに含む注釈入力インターフェースを表示するステップを含み、
    前記塩基配列データ格納装置に送信するステップは、前記クライアントが前記評価選択領域を介して選択された前記既存の注釈に対する評価情報をさらに前記塩基配列データ格納装置に送信するステップを含む請求項12に記載の協業基盤の塩基配列データのアップデート方法。
  14. 前記クライアントが前記注釈データを公開可否の入力を受けるステップをさらに含む請求項11に記載の協業基盤の塩基配列データのアップデート方法。
  15. 塩基配列の少なくとも1つのベースに対応するアンカー(anchor)に対する注釈データおよび塩基配列データを格納するDBサーバ、および
    クライアントの要請領域に対応する前記注釈データおよび塩基配列データを前記クライアントに送信し、前記クライアントから前記アンカーの位置情報を含む前記注釈データを受信し、前記DBサーバに格納された前記注釈データのフォーマットに合わせて変換した後、前記DBサーバに格納するサービスサーバを含む協業基盤の塩基配列データ管理システム。
  16. 前記サービスサーバから前記注釈データおよび前記塩基配列データを受信し、前記注釈データに含まれているアンカー位置が表示された塩基配列マップを表示し、ユーザからアンカーの位置情報および注釈コンテンツの入力を受け、前記サービスサーバに送信する前記クライアントをさらに含む請求項15に記載の協業基盤の塩基配列データ管理システム。
  17. 前記クライアントは、
    前記注釈データに含まれた注釈コンテンツのキーワードに基づき前記アンカーをグループ化して、グループ化情報を前記塩基配列マップ上に表示する請求項16に記載の協業基盤の塩基配列データ管理システム。
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