JP2005352590A - スプライスバリアント配列のマッピング表示方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】大量のcDNA配列に対して、ゲノム配列へのマッピング結果に基づきエクソン・イントロン構造を決め、それらの構造を互いに比較して、同じスプライスバリアントに由来すると推定されるタイプにcDNAを分類し、各バリアントタイプごとにそのエクソン・イントロン構造をゲノム配列に沿って表示し、併せて、タイプごとに発現情報の内訳107を表示し、また、転写開始位置ごとに発現情報の内訳111を表示する。
【選択図】 図1
Description
図3に、大量のcDNA配列に対して、本発明によりスプライスバリアント解析した結果を表示した例を示す。
図4に、大量のcDNA配列に対して、本発明によりスプライスバリアント解析した結果を表示した例を示す。101、103、106〜113は図1と同様である。401は、一つのタイプに含まれる一つのエクソンを表すボックスである。一つのタイプのエクソン・イントロン構造は、エクソンを表す401のボックスを幾つか、ゲノム配列座標402に沿って並べることにより表現される。ボックス401を連結する折れ線403はイントロンを表す。ただし、一つのタイプの両端にあるエクソンを表すボックスは、そのタイプに属するその端点側のエクソンの中で最も伸びているものを表す。これは、一つのタイプに属するcDNA配列どうしは、スプライスサイトは共通であっても両端点は異なるためである。
104:エクソンを表す線分
107:各タイプ別の発現情報
111:各転写開始位置別の発現情報
114:遺伝子領域を選択するためのリストボックス
118:検索ウィンドウ
301:リストボックス
305:検索ウィンドウ
401:エクソンを表すボックス
403:イントロンを表す折れ線
Claims (4)
- cDNA配列をゲノム配列へマッピングするマッピング処理、ゲノム配列上で塩基を共有するcDNA配列を纏めてクラスタを構成するクラスタリング処理、スプライトサイトの組み合わせが同じcDNA配列を一つのバリアントタイプとして纏めるバリアントタイプ分類処理、処理結果を表示部に表示する処理を行う処理部を用いたスプライスバリアント表示方法であって、
前記処理部が、入力されたゲノム配列と複数のcDNA配列を用いて、
前記複数のcDNA配列の各々を前記ゲノム配列にマッピングする工程、
マッピングの結果に基づいて前記複数のcDNA配列を複数のクラスタに分けるクラスタリング工程、
クラスタ毎に、前記マッピング処理の結果得られたcDNA配列のスプライトサイトの情報を用いて、前記複数のcDNA配列をスプライスサイトの組み合わせを共有するバリアントのタイプ別に纏める工程、
表示部に、クラスタ毎に、前記バリアントのタイプ別にエクソン・イントロン構造を表示する工程、
を実行することを特徴とするスプライスバリアント表示方法。 - cDNA配列をゲノム配列へマッピングするマッピング処理、ゲノム配列上で塩基を共有するcDNA配列を纏めてクラスタを構成するクラスタリング処理、スプライトサイトの組み合わせが同じcDNA配列を一つのバリアントタイプとして纏めるバリアントタイプ分類処理、各バリアントタイプに属するcDNA配列の発現情報を集めて分類する発現情報分類処理、処理結果を表示部に表示する処理を行う処理部を用いたスプライスバリアント表示方法であって、
前記処理部が、入力されたゲノム配列、複数のcDNA配列、各cDNA配列の発現情報を用いて、
前記複数のcDNA配列の各々を前記ゲノム配列にマッピングする工程、
マッピングの結果に基づいて前記複数のcDNA配列を複数のクラスタに分けるクラスタリング工程、
クラスタ毎に、前記マッピング処理の結果得られたcDNA配列のスプライトサイトの情報を用いて、前記複数のcDNA配列をスプライスサイトの組み合わせを共有するバリアントのタイプ別に纏める工程、
前記バリアントのタイプ別にそれらの発現情報を纏める工程、
表示部に、クラスタ毎に、前記バリアントのタイプ別にエクソン・イントロン構造の表示と一対一に対応するように、各バリアントのタイプの発現情報の内訳を表示する工程、
を実行することを特徴とするスプライスバリアント表示方法。 - cDNA配列をゲノム配列へマッピングするマッピング処理、ゲノム配列上で塩基を共有するcDNA配列を纏めてクラスタを構成するクラスタリング処理、スプライトサイトの組み合わせが同じcDNA配列を一つのバリアントタイプとして纏めるバリアントタイプ分類処理、転写開始位置が同じcDNA配列同士を纏める転写開始位置分類処理、各転写開始位置に属するcDNAの発現情報を集めて分類する発現情報分類処理、処理結果を表示部に表示する処理を行う処理部を用いたスプライスバリアント表示方法であって、
前記処理部が、入力されたゲノム配列、複数のcDNA配列、各cDNA配列の発現情報、各cDNA配列の配列末端に関する情報を用いて、
前記複数のcDNA配列の各々を前記ゲノム配列にマッピングする工程、
マッピングの結果に基づいて前記複数のcDNA配列を複数のクラスタに分けるクラスタリング工程、
クラスタ毎に、前記マッピング処理の結果得られたcDNA配列のスプライトサイトの情報を用いて、前記複数のcDNA配列をスプライスサイトの組み合わせを共有するバリアントのタイプ別に纏める工程、
前記マッピングの結果と前記各cDNA配列の配列末端に関する情報とから求められた転写開始位置を共有するcDNA配列同士を纏める工程、
各cDNA配列の発現情報を用いて前記纏めた転写開始位置ごとにそれらの発現情報を纏める工程、
表示部に、クラスタ毎に、前記バリアントのタイプ別にエクソン・イントロン構造を表示すると共に、エクソン・イントロン構造を表示する際に用いたゲノム配列座標に沿って、各転写開始位置における発現情報の内訳を表示する工程、
を実行することを特徴とする、スプライスバリアント表示方法。 - cDNA配列をゲノム配列へマッピングするマッピング処理、ゲノム配列上で塩基を共有するcDNA配列を纏めてクラスタを構成するクラスタリング処理、スプライトサイトの組み合わせが同じcDNA配列を一つのバリアントタイプとして纏めるバリアントタイプ分類処理、各バリアントタイプに属するcDNA配列の発現情報を集めて分類するバリアントタイプ別発現情報分類処理、転写開始位置が同じcDNA配列同士を纏める転写開始位置分類処理、各転写開始位置に属するcDNAの発現情報を集めて分類する転写開始位置別発現情報分類処理、処理結果を表示部に表示する処理を行う処理部を用いたスプライスバリアント表示方法であって、
前記処理部が、入力されたゲノム配列、複数のcDNA配列、各cDNA配列の発現情報、各cDNA配列の配列末端に関する情報を用いて、
複数のcDNA配列の各々を前記ゲノム配列にマッピングする工程、
マッピングの結果に基づいて前記複数のcDNA配列を複数のクラスタに分けるクラスタリング工程、
クラスタ毎に、前記マッピング処理の結果得られたcDNA配列のスプライトサイトの情報を用いて、前記複数のcDNA配列をスプライスサイトの組み合わせを共有するバリアントのタイプ別に纏める工程、
前記バリアントのタイプ別にそれらの発現情報を纏める工程、
前記マッピングの結果と前記各cDNA配列の配列末端に関する情報とから求められた転写開始位置を共有するcDNA配列同士を纏める工程、
各cDNA配列の発現情報を用いて前記纏めた転写開始位置ごとにそれらの発現情報を纏める工程、
表示部に、クラスタ毎に、前記バリアントのタイプ別にエクソン・イントロン構造の表示と一対一に対応するように、各タイプの発現情報の内訳を表示すると共に、エクソン・イントロン構造を表示する際に用いたゲノム配列座標に沿って、各転写開始位置における発現情報の内訳を表示する工程、
を実行することを特徴とするスプライスバリアント表示方法。
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