KR101135443B1 - Breeding method for genetically improved olive flounder which grows faster - Google Patents
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Abstract
본 발명은 넙치의 육종 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 유전학적 다양성을 가진 어미 집단을 구성하고, 이로부터 유전능력 평가에 의한 어미 선발과 유전적 유연관계를 바탕으로 인위적인 교배지침에 의한 인공수정을 통하여 넙치를 육종하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 육종 방법을 이용하여 생산된 육종 넙치가 기존의 양식산 및 자연산 넙치에 비하여 성장이 빠르고 체형이 개선된 것을 확인하였으므로, 본 발명의 넙치 육종 방법은 넙치 양식의 생산 원가 절감 및 양식 넙치의 상품성 향상에 유용할 것이다. The present invention relates to a method of breeding flounder, more specifically, to constitute a mother population having genetic diversity, from which artificial insemination by artificial mating guidelines based on genetic selection and genetic flexibility relationship Through a method for breeding the flounder. Since the breeding flounder produced using the breeding method of the present invention has been confirmed that the growth is faster and improved body shape compared to the conventional farmed and natural flounder, the flounder breeding method of the present invention reduces the production cost of the flounder culture and commercialization of the flounder It will be useful for improvement.
넙치, 선발육종, 체형 개선, 성장 효율 증가 Flounder, starter breeding, body shape improvement, growth efficiency increase
Description
본 발명은 넙치의 육종 방법에 관한 것이다.The present invention relates to a method of breeding flounder.
선발육종을 이용한 어류 품종개량을 위한 연구는 잉어, 무지개송어, 대서양연어, 틸라피아 등을 대상으로 세대 당 10% 정도 성장이 향상되는 등의 단편적인 연구 결과들이 보고되고 있다. 일본의 경우 1964년 참돔을 대상으로 개체선발 방법의 전통적 선발육종으로 체중 1 kg까지의 사육 소요 기간을 선발 전 36개월에서 선발 5세대에는 19개월로 단축하는 등의 연구 성과를 얻었으나 산업적인 성과로는 이어지지는 못했다. 육종 프로그램에 의한 본격적인 산업적 연구는 노르웨이의 경우 1971년부터 정책적으로 연어 육종 사업을 통해 꾸준한 가계선발을 통한 육종 연구가 시작된 이래, 생명공학기법을 육종에 접목하여 유전학적 다양성 유지에 근거하는 교배 프로그램을 개발하여 세대 당 12%의 성장률이 증가된 우량 종묘가 공급되고 있고, 그 규모는 노르웨이에서 생산되는 연어의 약 70% 이상을 차지하고 있 다. 또한 틸라피아에 대해서도 전통적 선발육종을 통하여 세대 당 10~15% 성장이 증가되는 결과를 얻었으며, 최근 유전학적 다양성 유지에 근거하는 육종 프로그램을 통해 세대 당 20~30%의 성장이 증가된 품종을 개발하려는 연구가 진행되고 있다.Few studies have been reported on the improvement of fish breeds using selective breeding such as 10% growth rate per generation in carp, rainbow trout, Atlantic salmon and tilapia. In the case of Japan, in 1964, the traditional selection breeding method of red snapper was shortened from 36 months before the selection to 19 months for the fifth generation. Did not lead to. Full-scale industrial research under the breeding program has been carried out in Norway in 1971, since the breeding research through the continuous breeding through the salmon breeding program has been carried out in Norway, and the breeding program based on the maintenance of genetic diversity by combining biotechnology techniques with breeding. The quality seedlings, which have been developed and increased by 12% per household, are supplied and account for more than 70% of the salmon produced in Norway. In addition, tilapia has resulted in an increase of 10-15% per generation through traditional selection breeding, and recently developed varieties with an increase of 20-30% per generation through breeding programs based on maintaining genetic diversity. A study is underway.
우리나라 넙치 양식의 사육 기술은 세계 최고 수준이나 양식 산업이 시작된 이후 지난 20년 동안 사육기술의 비약적인 발전에 비해 경쟁력 있는 우량품종의 개발을 위한 육종연구는 전무한 실정이다. 특히 정확한 유전능력 평가에 의하지 않고 기존의 외형적으로 성장이 우수한 어미만을 선발한다거나, 한정된 어미집단에서의 무작위적인 교배는 다음 세대에 기여하는 어미의 수, 부모의 성비의 불균형, 가계의 크기 등과 같은 요소들에 영향을 받아 전형적으로 양식 집단 전체의 유전적 다양성이 감소되는 것으로 알려져 있다(Sekino et al ., 2003, Aquaculture , 221: 255-263; Kang et al., 2006, Aquacul. Res., 37: 701-707). 양식 집단의 유전적 다양성 축소는 산란양 감소, 생존율 하락, 성장률 저하 뿐 아니라(Allendorf and Ryman, 1987, Genetic management of hatchery stocks.(in) N. Ryman and F. Utter(ed), Population Genetics and Fishery Management. University of Washington Press, 미국, 141-159) 질병 저항력을 약화시키고 환경에 대한 적응력을 감소시키는 등(Carvalho and Haeser, 1994, Rev . Fish Biol . Fish., 4:326-350) 양식 생산성 하락의 주요 원인이 된다. 따라서 지속 가능한 육종을 위해서는 처음 시작하는 어미 집단의 유전적인 다양성의 확보 및 거듭되는 세대를 통해서도 그 다양성이 유지될 수 있도록 하는 어미 집단의 유전적 관리가 매우 중요하다. 뿐만 아니라, 육종대상 형질에 대한 각 개체별, 가계별로 정확한 유전능력 평가를 바탕으로 이에 따른 어미 후보들의 교배조합 작성 및 가계생산 등 지속적이고 통합적인 육종 프로그램이 필요하다. The breeding technology of halibut farming in Korea is the world's best, but there has been no research on breeding for the development of competitive high-quality breeds compared to the rapid development of breeding technology for the past 20 years since the aquaculture industry started. In particular, it is possible to select only mothers with good external growth, not based on accurate genetic evaluation, or random mating in a limited group of mothers, such as the number of mothers contributing to the next generation, imbalance of parental ratio, household size, etc. Influence of factors is known to typically reduce genetic diversity across culture populations (Sekino et. al ., 2003, Aquaculture , 221: 255-263; Kang et al ., 2006, Aquacul. Res ., 37: 701-707). Reduction of genetic diversity in aquaculture populations is not only due to reduced egg production, lower survival rates, and lower growth rates (Allendorf and Ryman, 1987, Genetic management of hatchery stocks. (In) N. Ryman and F. Utter (ed), Population Genetics and Fishery) Management. University of Washington Press, USA, 141-159) such that weaken the disease resistance and reduce the adaptability to the environment (Carvalho and Haeser, 1994, Rev . Fish Biol . Fish ., 4: 326-350), is a major cause of declining aquaculture productivity. Therefore, for sustainable breeding, it is very important to secure the genetic diversity of the first mother population and to maintain the genetic diversity of the mother population so that it can be maintained through repeated generations. In addition, continuous and integrated breeding programs are needed, such as mating combinations of mother candidates and household production, based on accurate genetic assessment of individual and household breeding traits.
세대를 거듭하면서 지속적인 선발에 의해 목적하는 형질이 점차 개량되는 선발육종에 의한 신품종 개발은 그 소요 기간이 오래 걸릴 뿐 아니라, 일정 수 이상의 어미 집단의 유지 및 자손의 생산 및 사육 그리고 이들에 대한 정확한 유전능력평가가 이루어져야 하는 등의 어려움으로 산업적인 성과로 이어진 경우는 매우 드물다. 특히 기존의 양식 현장에서는 계측 자료 없이 눈짐작에 의해 외형적으로 성장이 우수한 선두 그룹만을 선발하는 것과 유전적 다양성에 대한 고려없이 선발된 어미 집단이 수조 내에서 통제되지 않은 무작위적 교배로 인하여 발생되어지는 산란 가입어미 수의 한정, 1:다수 교배에 의한 성비의 불균형 및 근친교배 등으로 오히려 유전적 열성화의 가능성이 심각해지고 최근 양식 생산성이 하락하고 있는 실정이다. The development of new varieties by selection breeding, where the desired traits are gradually improved over time, will not only take long periods of time, but also the maintenance and maintenance of a certain number of mother populations, the production and breeding of offspring, and the exact inheritance of them. It is very rare that industrial performance is caused by difficulties such as capacity assessment. In particular, existing farming sites select only the leading group with apparent growth without eye measurement, and the mother populations selected without regard for genetic diversity are generated by uncontrolled random breeding in the tank. Due to the limited number of spawning mothers and the 1: 1 imbalance and inbreeding due to multiple breeding, the possibility of genetic deterioration is serious and the productivity of aquaculture is decreasing recently.
종래, 본 발명자들은 대한민국 공개특허 제 10-2009-0069898호에서 넙치 각 개체의 유전자형을 분석하는 방법에 관한 내용을 개시한 바 있다. 이에 따라 상기 특허의 조성물을 이용한 유전자형 분석방법을 응용하여 넙치 집단의 유전학적 분석, 개체 식별 및 친자확인 등 넙치의 유전적 특성을 고려한 선별 육종이 가능할 것이다. Conventionally, the present inventors have disclosed the contents of a method for analyzing genotype of each individual of the flounder in Korean Patent Publication No. 10-2009-0069898. Accordingly, by applying the genotyping method using the composition of the patent it will be possible to select breeding considering the genetic characteristics of the flounder, such as genetic analysis, individual identification and paternity of the flounder population.
본 발명에서는 넙치 양식 생산성에 큰 영향을 미치는 성장 지체, 기형 발생 및 개체별 성장 차에 의한 도태 등의 문제를 해결하고, 넙치 양식 경쟁력 확보를 위해 획기적인 생산성 향상이 가능하도록 빨리 크고 체형이 우수한 신품종 넙치를 개발하고자 하였다. 이에, 유전학적 분석 및 친자확인 기술을 이용한 개체 및 가계관리를 통하여 육종 넙치 집단의 다양성을 유지하면서, 정확한 계측형질 자료를 바탕으로 유전능력 평가에 의한 어미 선발 및 계획적인 교배지침을 설계하고, 이를 바탕으로 우수한 어미들 간의 인공수정을 통해 성장 및 체형의 개선된 육종 넙치를 생산함으로써 본 발명을 완성하였다. The present invention solves problems such as growth retardation, malformation, and culling caused by individual growth differences, which have a great influence on the flounder culture productivity, and quickly and largely new breed of flounder with excellent body shape to enable breakthrough productivity improvement for securing flounder culture competitiveness. We wanted to develop. Therefore, while maintaining the diversity of breeding flounder populations through individual analysis and family management using genetic analysis and paternity technology, the mother selection and the planned mating guidelines based on heredity evaluation are designed based on accurate measurement data. The present invention has been completed by producing improved breeding flounder of growth and body shape through artificial insemination between excellent mothers.
본 발명의 목적은 넙치의 성장 효율을 증진시키는 육종 방법을 제공하는 것이다. It is an object of the present invention to provide a breeding method for enhancing the growth efficiency of the flounder.
본 발명의 또 다른 목적은 상기의 방법으로 육종된 성장 효율이 개선된 육종 넙치를 제공하는 것이다. Still another object of the present invention is to provide a breeding flounder with improved growth efficiency.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은In order to achieve the above object,
1) 넙치 암컷 집단 및 수컷 집단의 유전자형을 각각 분석하는 단계;1) analyzing genotypes of the flounder female population and the male population, respectively;
2) 하기 수학식 1에 따라 암컷 집단과 수컷 집단의 각각의 개체간의 유전학적 유연관계를 계산하는 단계;2) calculating genetic flexibility between the individual of the female group and the male group according to
<수학식 1>&Quot; (1) "
: x 및 y 개체 상호간의 유전학적 유연관계: Genetic relationship between x and y entities
P: 개체 x의 i번째 대립 유전자의 빈도 수P: frequency of the i allele of subject x
Px: x의 i번째 대립 유전자가 동형 접합체이면 1, 이형 접합체 이면 0.5(i=짝수일 경우, i-1번째와 비교해서 같으면 1, 다르면 0.5; i=홀수일 경우, i+1번째와 비교해서 같으면 1, 다르면 0.5)Px: 1 if the i allele of x is homozygous, 0.5 if heterozygous (i = even if i = even, 1 if equal to i-1, 0.5 if different; i + 1 if i = odd 1 if equal, 0.5 if different)
Py: x의 i번째 대립 유전자가 y의 두 대립 유전자와 비교해서 같은 것이 없으면 0, 같은 것이 하나 있으면 0.5, 같은 것이 두개 있으면 1(i=짝수일 경우 x의 i번째 대립 유전자와 y의 i-1과 i번째 대립 유전자를 비교; i=홀수일 경우 x의 i번째 대립 유전자와 y의 i와 i+1번째 대립 유전자를 비교)Py: The i allele of x is 0 compared to the two alleles of y and 0 if there is no equal, 0.5 if there is one, and 1 if there are two equals (i = i-allele of x and i- of y Compare 1 and i alleles; if i = odd, compare i alleles of x and i and i + 1 alleles of y)
3) 상기 암컷 집단 중의 암컷 개체와 상기 유전학적 유연관계의 계산 값이 0.2 이하인 수컷 집단 중의 수컷 개체를 선별하는 단계;3) selecting a male individual from the female population in the female population and a male population in which the calculated genetic relationship is 0.2 or less;
4) 상기 단계 3)에서 선별된 수컷 개체 중 표현 형질이 가장 우수한 1 내지 3위의 우수한 개체를 선별하는 단계;4) selecting the first to third excellent individuals having the best expression traits among the male individuals selected in step 3);
5) 상기 단계 4)에서 선별된 수컷 개체와 단계 3)의 암컷 개체를 인공수정을 통해 교배하는 단계;5) mating the male individual selected in step 4) and the female individual of step 3) through artificial insemination;
6) 단계 5)의 교배로 생산된 F1 세대를 150 내지 200일간 사육하는 단계;6) breeding the F1 generation produced by the crossing of step 5) for 150 to 200 days;
7) 상기 F1 세대의 친자관계를 확인하는 단계;7) confirming paternity of the F1 generation;
8) 상기 단계 7)의 친자관계가 확인된 F1 개체들의 형질 별 육종가를 측정하는 단계;8) measuring the breeding value for each trait of the F1 individuals identified in the paternity of step 7);
9) 상기 단계 5)의 교배 결과 생산된 가계 중 상위 순위의 가계내에서, 개체 순위도 상위인 암컷 및 수컷 개체를 선발하여 근친교배 시키는 단계; 및,9) selecting female and male individuals having higher rankings among the households produced as a result of the crossing of step 5), and then inbringing them; And,
10) 상기 단계 9)의 교배로 생산된 육종 F2 넙치의 성장 효율을 검정하는 단계를 포함하는 넙치의 성장 효율을 증진시키는 육종 방법을 제공한다.10) It provides a breeding method for increasing the growth efficiency of the flounder comprising the step of assaying the growth efficiency of the breeding F2 flounder produced by the cross of step 9).
또한, 본 발명은 상기의 방법으로 육종된 성장 효율이 개선된 육종 넙치를 제공한다.The present invention also provides a breeding flounder improved growth efficiency breeding by the above method.
본 발명의 육종 방법을 이용하여 생산된 육종 넙치가 기존의 양식산 및 자연산 넙치에 비하여 성장이 빠르고 체형이 개선된 것을 확인하였으므로, 본 발명의 넙치 육종 방법은 넙치 양식의 생산 원가 절감 및 양식 넙치의 상품성 향상에 유용할 것이다. 본 발명에 의해 제공되는 성장 속도가 빠른 육종 넙치는 사료효율의 개선 뿐 아니라 성장 기간 단축으로 인한 인건비, 약품비, 전력비, 유류비, 소모품비 및 감가상각비 등 양식원가의 절감효과로 육종넙치의 산업화에 따른 경제적 파급효과가 상당히 높을 것으로 분석된다.Since the breeding flounder produced using the breeding method of the present invention has been confirmed that the growth is faster and improved body shape compared to the conventional farmed and natural flounder, the flounder breeding method of the present invention reduces the production cost of the flounder culture and commercialization of the flounder It will be useful for improvement. The fast growing breeding flounder provided by the present invention not only improves feed efficiency but also reduces the cost of farming such as labor costs, chemical costs, power costs, oil costs, consumables, and depreciation costs due to the shortened growth period. The ripple effect is likely to be quite high.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail.
이하, 본 명세서의 용어를 설명한다. Hereinafter, the term of this specification is demonstrated.
선발육종이란 한 개체에서 특이하거나 우수한 것을 골라서 육종시키는 것으로, 부모로부터 물려받은 표현형의 변이를 이용하는 육종 프로그램이다. 본 발명자들은 다양한 유전자형을 가지는 어미 집단으로부터 우수한 표현 형질을 가지는 넙치를 선별하여 빠른 성장 속도 및 개선된 체형을 가지는 넙치를 육종하고자 하였다.Selective sarcoma is a breeding program that takes advantage of a phenotypic variation inherited from a parent by selecting and breeding a particular or superior one. The present inventors have tried to breed halibut with fast growth rate and improved body shape by selecting halibut with excellent expression traits from a population of mothers with various genotypes.
“유전모수(genetic parameter, 遺傳母數)”란 용어는 유전적 수량 형질(遺傳的數量形質)을 해석할 때 표본에서 실측(實測)에 의하여 얻어진 수치는 통계량(統計量)이지만 이것으로서 추측되는 모집단(母集團)의 유전적 속성(遺傳的屬性)을 말한다. The term "genetic parameter" refers to the numerical value obtained by actual measurement in a sample when interpreting genetic quantitative traits, It refers to the genetic properties of the population.
또한, “혈연계수(relationship coefficient, 血緣係數)”란 용어는 2개체간 유전 구성의 유사성을 상대적으로 나타낸 지수이다. 가축이나 실험 동물의 품종이나 품종 내의 계통에 있어서 개체 간의 혈연 관계의 정도를 나타내는 경우에 쓰인다.In addition, the term "relationship coefficient" is an index indicating the similarity of the genetic makeup between two individuals. Used to indicate the degree of kinship between individuals in the breed or lineage of livestock or experimental animals.
또한, “육종가(breeding value, 育種價)”란 용어는 특정 교잡의 차대에 있어서 특정한 양적형질의 평균치를 가리킨다.In addition, the term “breeding value” refers to the mean value of a particular quantitative trait for a particular hybrid subscale.
아울러, “유전력(heritability, 遺傳力)”이란 용어는 유전율(遺傳率) 양적 형질이 나타내는 변이를 분산으로 표시한 분산을 유전분산과 환경분산으로 나누며, 표현형 분산에 대한 유전분산의 정도를 유전력이라고 한다.In addition, the term “heritability” refers to the variance of variances expressed by quantitative traits as variances, divided into genetic and environmental variances, and the degree of genetic variance for phenotypic variance is called heritability. do.
본 발명은The present invention
1) 넙치 암컷 집단 및 수컷 집단의 유전자형을 각각 분석하는 단계;1) analyzing genotypes of the flounder female population and the male population, respectively;
2) 하기 수학식 1에 따라 암컷 집단과 수컷 집단의 각각의 개체간의 유전학적 유연관계를 계산하는 단계;2) calculating genetic flexibility between the individual of the female group and the male group according to
<수학식 1>&Quot; (1) "
: x 및 y 개체 상호간의 유전학적 유연관계 : Genetic relationship between x and y entities
P: 개체 x의 i번째 대립 유전자의 빈도 수P: frequency of the i allele of subject x
Px: x의 i번째 대립 유전자가 동형 접합체이면 1, 이형 접합체 이면 0.5(i=짝수일 경우, i-1번째와 비교해서 같으면 1, 다르면 0.5; i=홀수일 경우, i+1번째와 비교해서 같으면 1, 다르면 0.5)Px: 1 if the i allele of x is homozygous, 0.5 if heterozygous (i = even if i = even, 1 if equal to i-1, 0.5 if different; i + 1 if i = odd 1 if equal, 0.5 if different)
Py: x의 i번째 대립 유전자가 y의 두 대립 유전자와 비교해서 같은 것이 없으면 0, 같은 것이 하나 있으면 0.5, 같은 것이 두개 있으면 1(i=짝수일 경우 x의 i번째 대립 유전자와 y의 i-1과 i번째 대립 유전자를 비교; i=홀수일 경우 x의 i번째 대립 유전자와 y의 i와 i+1번째 대립 유전자를 비교)Py: The i allele of x is 0 compared to the two alleles of y and 0 if there is no equal, 0.5 if there is one, and 1 if there are two equals (i = i-allele of x and i- of y Compare 1 and i alleles; if i = odd, compare i alleles of x and i and i + 1 alleles of y)
3) 상기 암컷 집단 중의 암컷 개체와 상기 유전학적 유연관계의 계산 값이 0.2 이하인 수컷 집단 중의 수컷 개체를 선별하는 단계;3) selecting a male individual from the female population in the female population and a male population in which the calculated genetic relationship is 0.2 or less;
4) 상기 단계 3)에서 선별된 수컷 개체 중 표현 형질이 가장 우수한 1 내지 3위의 우수한 개체를 선별하는 단계;4) selecting the first to third excellent individuals having the best expression traits among the male individuals selected in step 3);
5) 상기 단계 4)에서 선별된 수컷 개체와 단계 3)의 암컷 개체를 인공수정을 통해 교배하는 단계;5) mating the male individual selected in step 4) and the female individual of step 3) through artificial insemination;
6) 단계 5)의 교배로 생산된 F1 세대를 150 내지 200일간 사육하는 단계;6) breeding the F1 generation produced by the crossing of step 5) for 150 to 200 days;
7) 상기 F1 세대의 친자관계를 확인하는 단계;7) confirming paternity of the F1 generation;
8) 상기 단계 7)의 친자관계가 확인된 F1 개체들의 형질 별 육종가를 측정하는 단계;8) measuring the breeding value for each trait of the F1 individuals identified in the paternity of step 7);
9) 상기 단계 5)의 교배 결과 생산된 가계 중 상위 순위의 가계내에서, 개체 순위도 상위인 암컷 및 수컷 개체를 선발하여 근친교배 시키는 단계; 및,9) selecting female and male individuals having higher rankings among the households produced as a result of the crossing of step 5), and then inbringing them; And,
10) 상기 단계 9)의 교배로 생산된 육종 F2 넙치의 성장 효율을 검정하는 단계를 포함하는 넙치의 성장 효율을 증진시키는 육종 방법을 제공한다.10) It provides a breeding method for increasing the growth efficiency of the flounder comprising the step of assaying the growth efficiency of the breeding F2 flounder produced by the cross of step 9).
우선, 본 발명자들은 유전학적 다양성이 풍부한 어미집단을 수집하기 위하여 기존의 양식산 뿐 아니라 자연산 넙치도 함께 수집하였다(표 1 참조). 자연산은 동해(동해안산), 태안 및 부안(서해안산) 및 거제도(남해안산)에서 포획된 3-5년생의 성숙된 어미들로 선별 수집하여 실내수조 적응 및 먹이 길들이기를 하였으며, 양식산은 종묘 이력을 추적하여 수정란 생산업체가 각기 다른 어미들로 수집하였다. First, the present inventors collected wild flounder as well as conventional farmed fish to collect mother populations rich in genetic diversity (see Table 1). Natural products were collected and collected in 3-5 year old mature mothers from the East Sea (East Coast), Taean and Buan (West Coast) and Geoje Island (South Coast) to adapt and tamper with indoor tanks. The eggs were collected by fertilized egg producers into different mothers.
본 발명의 구체적 실시예에서 수집한 어미 집단의 자연산 넙치 389마리, 양식산 넙치 735마리의 전장, 체고 및 체중을 측정한 결과(표 1 참조), 비만도와 전장에 대한 체고의 평균 비가 양식산이 자연산에 비해 유의적으로 높게 나타났 다(P<0.01)(표 2 참조). 또한, 상기 어미 집단의 유전자형을 분석한 뒤, 유전학적 다양성을 분석한 결과, 육종을 위해 수집된 자연산 집단 및 양식산 넙치 어미집단은 대립 유전자 수, 이형 접합률 및 대립유전자 빈도에 있어 유전적 다양성이 풍부한 집단으로 확인되었다(표 3 참조). 그 다음으로, 교배지침을 작성하기 위해 암컷 및 수컷의 유전학적 유연관계를 분석하여, 암컷 어미들 각각에 대해 상호 유전학적 유연관계가 낮고, 성장 및 체형의 표현형질이 우수한 개체를 선별하여 교배 우선순위를 결정하였다. 그 결과, 자연산 암컷 149마리, 양식산 암컷 371마리, 자연산 수컷 92마리 및 양식산 수컷 150마리의 총 762마리의 어미 후보에 의한 교배지침을 작성하였다(표 5 참조). 상기 교배지침을 바탕으로 2005년 4월 19일, 28일 2차에 거쳐 인공수정을 통하여 각각 147가계 및 181가계를 생산하였으며, 그 중 중복 가계를 제외하면 총 245가계를 생산하였다. F1 생산 가계별 유전능력 평가를 위해 각 F1 개체들의 친자관계를 확인하였다. 전체 F1 개체 각각을 분석한 결과, 95.6%인 6,435마리가 친자관계가 확인되었으며, 인공 수정된 245가계 가운데 89.0%인 218가계가 확인되었다(표 7 참조). 상기 F1 넙치 2,874 마리에서 유전적 다양성을 분석한 결과, 어미 그룹에 자연산 넙치를 포함시킴으로써 기존의 양식산 어미 집단과 비교하여 F1 넙치의 유전학적 다양성이 향상된 것으로 나타났다(표 8 참조). 또한, 상기 F1 개체 각각의 체중, 전장, 체장, 체고, 두장, 미병장 및 미병고의 계측 형질을 측정하여, 체형지수, 비만도, 유전력 및 육종가를 분석한 결과, 성장과 관련된 체중, 전장 및 체고의 표현형 상관 및 유전 상관이 모두 높은 것으로 나타나, 체중, 전장 및 체고 중 하나의 형질만 개량하면 다른 형질도 함께 개량이 이루어질 수 있음을 제시하였다(표 9 내지 표 13 참조). 또한, 전장에 대한 체고 비의 개량을 통해 체형의 육종 효과를 실험한 결과, 체중: 체고/전장 가중치 70:30이 체중 및 체형의 육종 효과가 가장 좋은 것을 확인하였다(도 2, 표 14 및 표 15 참조).As a result of measuring the total length, height and weight of 389 wild flounder and 735 cultured flounder of the mother population collected in the specific example of the present invention (see Table 1), the average ratio of body weight to obesity and total length was increased It was significantly higher than that (P <0.01) (see Table 2). In addition, after analyzing the genotype of the mother population and analyzing the genetic diversity, the natural population and the cultured flounder mother population collected for breeding showed that the genetic diversity in allele number, heterozygosity rate and allele frequency was increased. Abundant populations were identified (see Table 3). Next, genetic and genetic relationships of females and males were analyzed in order to draw crossbreeding instructions, and individuals with low mutual genetic flexibility and excellent growth and body phenotypes were selected for mating prior to breeding. Rank was determined. As a result, a mating guideline was prepared by a total of 762 parental candidates of 149 wild females, 371 wild females, 92 wild males and 150 wild males (see Table 5). Based on the mating guidelines, on April 19 and 28, 2005, 147 households and 181 households were produced through artificial insemination, and 245 households were produced except for duplicate households. To evaluate the genetic capacity of each F1 producing family, the paternity of each F1 individual was confirmed. As a result of analyzing each of the F1 individuals, 6,435 (95.6%) were identified as paternity, and 218 (89.0%) out of 245 artificially fertilized (see Table 7). As a result of analyzing the genetic diversity in the 2,874 F1 flounder, the genetic diversity of the F1 flounder improved compared to the conventional farmed mother population by including wild flounder in the mother group (see Table 8). In addition, the body weight index, obesity degree, heredity and breeding value of the body weight, total length, body length, height, head length, head length, length of disease, and length of the F1 individuals were analyzed. Phenotypic and genetic correlations of both were found to be high, suggesting that only one trait of weight, total length, and body weight could be improved with other traits (see Tables 9-13). In addition, as a result of experiments on the breeding effect of the body type by improving the height ratio for the total length, it was confirmed that the weight: height / height weight 70:30 is the best breeding effect of weight and body type (Fig. 2, Table 14 and Table 15).
또한, 본 발명의 구체적 실시예에서 F1 개체의 육종가 추정 결과를 바탕으로 하여 가계순위 1위인 CK-0042× CJ-0115 가계에서 개체별 순위가 1위인 암컷 D1-0138 및 10위인 수컷 D1-0103, 가계순위 33위의 CK-0181× CJ0114 가계에서 개체별 순위가 5위인 암컷 W1-0327 및 26위인 수컷 W1-0886 및, 가계순위 5위인 CJ-0009× CJ-0168 가계에서 개체별 순위가 35위인 암컷 W1-1059 및 4위인 수컷 W1-0017의 6마리의 F1 개체를 선발하여 근친교배를 시켜, C7-1, C7-2 및 C7-3의 육종 넙치를 생산하였다(표 16, 표 17 및 도 1 참조). 성장효율 비교에서 본 발명의 육종 넙치들은 양식산 넙치 및 자연산 넙치와 비교하여 성장이 빠른 것을 확인하였다(도 3 참조). 이로써, 본 발명의 육종 방법을 이용하여 생산된 육종 넙치가 기존의 양식산 및 자연산 넙치에 비하여 성장이 빠른 것을 확인하였으므로, 본 발명의 유전학적 다양성을 가진 어미 집단으로부터 선발육종을 통하여 넙치를 육종하는 방법은 넙치 양식의 경제성 및 생산력을 향상시키는데 유용할 것이다.In addition, in the specific example of the present invention, the female D1-0138 and the male D1-0103, the tenth-ranked females in the CK-0042 × CJ-0115 household, which are the first-ranked households based on the estimation result of the breeding price of the F1 individual, CK-0181 × CJ0114 ranked 33th in the household, female W1-0327 ranked 5th in the individual and male W1-0886 ranked 26th in the household, and CJ-0009 × CJ-0168 ranked 5th in the household ranked 5th in the household Six F1 individuals of female W1-1059 and fourth male W1-0017 were selected and inbred to produce breeding flounder of C7-1, C7-2 and C7-3 (Table 16, Table 17 and Figures). 1). In the growth efficiency comparison, the breeding flounder of the present invention was confirmed that the growth is faster compared to the cultured flounder and wild flounder (see Fig. 3). As a result, the breeding flounder produced by using the breeding method of the present invention was confirmed that the growth is faster than the conventional farmed and natural flounder, the method of breeding the flounder through selection breeding from the mother population having the genetic diversity of the present invention May be useful for improving the economics and productivity of flounder farming.
상기 단계 1)은 하기 중 어느 하나 이상의 프라이머 쌍으로 증폭된 넙치 미세위성마커의 크기 분석을 통해 수행되는 것이 바람직하나, 이에 제한되지 않으며 당업계에서 넙치의 유전자형 분석에 사용되는 유전자마커 및 이에 대한 프라이머 쌍이라면 모두 사용할 수 있다: Step 1) is preferably performed through the size analysis of the flounder microsatellite markers amplified by any one or more of the following primer pairs, but is not limited thereto. Gene markers and primers for the flounder genotyping in the art If you have a pair, you can use them all:
ⅰ) 서열번호 1의 넙치 미세위성마커를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 9 및 10을 각각 갖는 올리고뉴클레오티드로 구성된 프라이머 쌍, Iii) a primer pair consisting of oligonucleotides each having SEQ ID NOs: 9 and 10 capable of specifically amplifying the flounder microsatellite markers of SEQ ID NO: 1,
ⅱ) 서열번호 2의 넙치 미세위성마커를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 11 및 12를 각각 갖는 올리고뉴클레오티드로 구성된 프라이머 쌍, Ii) a primer pair consisting of oligonucleotides each having SEQ ID NOs: 11 and 12 capable of specifically amplifying the flounder microsatellite markers of SEQ ID NO: 2,
ⅲ) 서열번호 3의 넙치 미세위성마커를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 13 및 14를 각각 갖는 올리고뉴클레오티드로 구성된 프라이머 쌍, Iii) a primer pair consisting of oligonucleotides each having SEQ ID NO: 13 and 14 capable of specifically amplifying the flounder microsatellite marker of SEQ ID NO: 3,
ⅳ) 서열번호 4의 넙치 미세위성마커를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 15 및 16을 각각 갖는 올리고뉴클레오티드로 구성된 프라이머 쌍, Iii) a primer pair consisting of oligonucleotides having SEQ ID NOs: 15 and 16, respectively, capable of specifically amplifying the flounder microsatellite markers of SEQ ID NO: 4,
ⅴ) 서열번호 5의 넙치 미세위성마커를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 17 및 18을 각각 갖는 올리고뉴클레오티드로 구성된 프라이머 쌍, Iii) a primer pair consisting of oligonucleotides having SEQ ID NOs: 17 and 18, respectively, capable of specifically amplifying the flounder microsatellite markers of SEQ ID NO: 5,
ⅵ) 서열번호 6의 넙치 미세위성마커를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 19 및 20을 각각 갖는 올리고뉴클레오티드로 구성된 프라이머 쌍, Iii) a primer pair consisting of oligonucleotides each having SEQ ID NOs: 19 and 20 capable of specifically amplifying the flounder microsatellite marker of SEQ ID NO: 6,
ⅶ) 서열번호 7의 넙치 미세위성마커를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 21 및 22를 각각 갖는 올리고뉴클레오티드로 구성된 프라이머 쌍, 및,Iii) a primer pair consisting of oligonucleotides each having SEQ ID NO: 21 and 22 capable of specifically amplifying the flounder microsatellite marker of SEQ ID NO: 7, and
ⅷ) 서열번호 8의 넙치 미세위성마커를 특이적으로 증폭할 수 있는 서열번호 23 및 24를 각각 갖는 올리고뉴클레오티드로 구성된 프라이머 쌍.Iii) A primer pair consisting of oligonucleotides having SEQ ID NOs: 23 and 24, respectively, capable of specifically amplifying the flounder microsatellite markers of SEQ ID NO: 8.
상기 단계 4)의 표현 형질은 체중, 전장 및/또는 체고이며, 체장, 두장, 미병장 및 미병고로 이루어지는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 형질을 추가로 측정하여 지표로 사용할 수 있다. The expression trait of step 4) is body weight, full length and / or body weight, and may further measure and use one or more traits selected from the group consisting of body length, head length, head length, and head length.
또한, 상기 단계 7)의 친자 관계는 각 자손 개체의 대립 유전자형을 분석하 여 어미들의 대립 유전자형과 비교한 후, 멘델의 유전법칙에 위배되는 어미를 배제시키는 방법을 통해 확인하는 것이 바람직하나, 당업계에서 친자 감별에 사용되는 모든 방법을 이용하여도 무방하다. In addition, the paternity of step 7) is preferably confirmed by analyzing the alleles of each progeny individual and comparing them with the alleles of the mothers, and then excluding the mothers that are in violation of Mendel's genetic law. Any method used in the industry to identify paternity can be used.
아울러, 상기 단계 8)의 형질별 육종가는 In addition, the breeding value for each trait of step 8)
ⅰ) F1 넙치들의 체중, 전장, 체장, 체고, 두장, 미병고 및 미병장을 측정하는 단계;Iii) measuring the weight, full length, body length, height, head, tail disease and tail length of the F1 flounder;
ⅱ) 각 형질별 유전력 및 유전상관을 추정하는 단계; 및,Ii) estimating heritability and genetic correlation for each trait; And,
ⅲ) 각 형질에 대한 개체별 육종가를 추정하는 단계로 측정될 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다. Iii) can be measured by estimating individual breeding values for each trait, but is not limited thereto.
상기 유전력 및 유전상관은 REMLF90(Misztal, I., REMLF90 Manual, //nce.ads.uga.edu/~ignacy/numpub/blupf90/docs/remlf90.pdf) 소프트웨어를, 상기 육종가는 BLUPF90(Misztal, I., BLUPF90, //nce.ads.uga.edu/~ignacy/numpub/blupf90/docs/blupf90.pdf) 소프트웨어를 사용하여 추정하는 것이 바람직하나, 이제 제한되는 것은 아니며 당업계에서 사용되는 넙치를 포함한 양식어류 또는 가축의 유전력, 유전상관 또는 육종가를 추정할 수 있는 방법이라면 모두 사용할 수 있다. The heritability and genetic correlation is REMLF90 (Misztal, I., REMLF90 Manual, //nce.ads.uga.edu/~ignacy/numpub/blupf90/docs/remlf90.pdf) software, the breeder is BLUPF90 (Misztal, I ., BLUPF90, //nce.ads.uga.edu/~ignacy/numpub/blupf90/docs/blupf90.pdf), but it is preferred to estimate this, but is not limited and includes flounder used in the art. Any method can be used to estimate the heritability, genetic correlation or breeder value of farmed fish or livestock.
또한, 본 발명은 상기의 방법으로 육종된 성장 효율이 개선된 육종 넙치를 제공한다.The present invention also provides a breeding flounder improved growth efficiency breeding by the above method.
본 발명의 육종 넙치는 기존의 양식산 넙치에 비하여 성장 속도가 20% 이상, 바람직하게는 24% 이상 빠르다.The breeding flounder of the present invention has a growth rate of 20% or more, preferably 24% or more, as compared to conventional cultured flounder.
이하, 본 발명을 하기 실시예에 의해 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail by the following examples.
단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다. However, the following examples are illustrative of the present invention, and the contents of the present invention are not limited by the following examples.
실시예Example 1. 육종 넙치 어미 집단의 수집 1. Collection of breeding flounder mother population
육종을 위한 넙치 어미들의 유전적 다양성 확보를 위해 기존의 양식산 뿐 아니라 자연산 넙치도 함께 수집하였다(표 1). 자연산 중 동해안산은 동해, 서해안산은 태안 및 부안에서 그리고 남해안산은 거제도 지역에서 포획된 3-5년 이상 성숙된 어미들로 선별 수집하여 실내수조 적응 및 먹이 길들이기를 하였으며, 양식산은 종묘 이력을 추적하여 수정란 생산업체가 각기 다른 어미들로 수집하였다. 이 때 수집한 어미들 중 눈 위치가 체측의 우측이거나, 아가미 뚜껑 기형, 등 쪽 체색이 백화인 경우, 그리고 자연산의 경우 배 쪽에 흑화가 있는 경우 등 형태적 기형 개체들은 제외하였다. 어미들의 체형 계측결과 비만도와 전장에 대한 체고의 평균 비가 양식산이 자연산에 비해 유의적으로 높게 나타났다(P<0.01)(표 2).In order to secure genetic diversity of flounder mothers for breeding, natural flounder as well as conventional farmed fish were collected (Table 1). Among the wild products, Donghaeansan was collected from the East Sea, Westansan from Taean and Buan, and Namhaeansan was collected from mature mothers over 3-5 years, and the indoor tank was adapted and tamed. The producer collected them in different mothers. Among the collected mothers, morphological malformations such as eye position on the right side of the body side, gill cap malformation, dorsal body color on the white side, and blackening on the belly side in the wild were excluded. As a result of the body measurements of the mothers, the average ratio of obesity and height to total length was significantly higher than that of wild animals (P <0.01) (Table 2).
※전장(total length), 체고(body height), 체중(body weight)※ Total length, body height, body weight
실시예Example 2. 넙치 어미 집단의 유전자형( 2. Genotype of flounder mother population genotypegenotype ) 분석) analysis
육종을 위한 넙치 어미들의 유전자형을 조사하기 위하여 미세위성마커를 이용하였다. 분석에 이용된 K1 내지 K8의 미세위성마커(표 3, JH Kang et al., 2008, Int J Biol Sci , 4(3): 143-149)의 선별 및 이들 마커를 증폭, 구별할 수 있도록 FAM, NED, HEX 3종류의 형광염료를 표지하여 고안된 PCR 프라이머(표 4)의 제작 및 PCR 조건 등은 대한민국 공개특허 제 10-2009-0069898호를 따랐다.Microsatellite markers were used to investigate genotypes of flounder mothers for breeding. Microsatellite markers of K1 to K8 used in the analysis (Table 3, JH Kang et al., 2008, Int J Biol Sci , 4 (3): 143-149) and PCR primers (Table 4) designed to label three types of fluorescent dyes, FAM, NED, and HEX to amplify and distinguish these markers, and PCR conditions, etc. Korean Patent Publication No. 10-2009-0069898 was followed.
<2-1> 넙치 어미의 <2-1> flounder mother DNADNA 추출 extraction
수집한 어미 집단의 자연산 넙치 389마리, 양식산 넙치 735마리로부터 게놈 DNA를 추출하기 위하여, 넙치 가슴지느러미 조직의 일부를 절취하였다. 이 때 무선개체인식(RFID, Radio Frequency IDentification) 태그(표지)를 등근육 내에 삽입하여 리더기를 통해 읽어지는 알파벳과 숫자 조합의 고유번호를 통해 각 개체를 구별할 수 있도록 하였다. 지느러미 조직은 절취 후 재생이 용이하도록 가능한 극조 부위를 제외한 연조부위를 1 ㎝ 정도 절취하여 TNES-Urea 완충용액(10 mM Tris-Cl; pH 7.5, 125 mM NaCl, 10 mM EDTA, 1% SDS 및 6 M Urea 함유) 600 ㎕에 넣고, 단백질 분해효소 K(proteinase K, Sigma, 미국)를 최종농도 100 ㎍/㎖로 처리한 후 37℃에서 밤새 용해시켰다. 상기 시료에 동량의 페놀/클로로포름/이소프로판올(Sigma, 미국)을 넣고 흔들어 섞은 다음 12,000 rpm에서 1분간 원심분리 후 상층을 수거하는 과정을 두 번 수행하여 DNA가 함유된 상층액을 수득한 뒤, 상기 DNA 용액의 2배 분량의 100% 에탄올을 넣어 12,000 rpm에서 30초간의 원심분리 시킨 후 침전물을 수거하였고 70% 에탄올로 여분의 염을 수세한 후 TE(10 mM Tris-Cl; pH 8.0, 1 mM EDTA) 완충용액에 용해하여 냉장 보관하였다. 상기 DNA를 하기 유전자 분석에 이용하였다In order to extract genomic DNA from 389 wild flounder and 735 aquaculture flounder of the collected mother population, a part of the flounder pectoral fin tissue was cut out. At this time, RFID (Radio Frequency IDentification) tag (cover) was inserted in the back muscle so that each individual could be distinguished by the unique number of alphabet and number combination read through the reader. The dorsal tissue was cut by about 1 cm of the softened area except for the low-thickness area to facilitate regeneration after cutting, and TNES-Urea buffer solution (10 mM Tris-Cl; pH 7.5, 125 mM NaCl, 10 mM EDTA, 1% SDS and 6). M urea containing) 600 μl, protease K (proteinase K, Sigma, USA) was treated at a final concentration of 100 ㎍ / ㎖ and dissolved at 37 ℃ overnight. The same amount of phenol / chloroform / isopropanol (Sigma, USA) was added to the sample, shaken, and centrifuged at 12,000 rpm for 1 minute, and then the upper layer was collected twice to obtain a supernatant containing DNA. 100% ethanol, twice the amount of DNA solution, was centrifuged at 12,000 rpm for 30 seconds, and the precipitate was collected. The excess salt was washed with 70% ethanol, followed by TE (10 mM Tris-Cl; pH 8.0, 1 mM). EDTA) was dissolved in the buffer solution and stored refrigerated. The DNA was used for the following genetic analysis.
(Locus)
Seat
(Locus)
(Size range of repeat motifs; bp)Repeated center size
(Size range of repeat motifs; bp)
accession no.Genbank
accession no.
<2-2> 넙치 <2-2> olive flounder 어미집단의Mother-group 유전적 다양성 분석 Genetic Diversity Analysis
상기 실시예 2-1에서 넙치 가슴지느러미 조직으로부터 수득한 DNA를 주형 DNA로 하여 대한민국 공개특허 제 10-2009-0069898호에 따라 유전자 증폭반응을 실시하고 수득한 PCR 반응 산물을 유전자형 분석기(3130 genetic analyzer; ABI, 미국)를 이용하여 피크로 나타내어지는 유전자형을 분석하였다. 유전자형의 다양성 분석은 Cervus 2.0 (http://helios.bto.ed.ac.uk/evolgen/cervus/cervus.html) 및 MSA (Microsatellite Analyzer; Dieringer D & SchlC, 2003, Mol Ecol Notes 10:1046-1048) 프로그램을 이용하여 대립 유전자 수, 크기, 빈도와 이형접합률 및 다형성 지수를 분석하였다. Genetic amplification reaction according to the Republic of Korea Patent Publication No. 10-2009-0069898 using DNA obtained from the flounder pectoral fin tissue in Example 2-1 as a template DNA genotype analyzer (3130 genetic analyzer) ABI, USA) was used to analyze genotypes represented by peaks. Diversity analysis of genotypes is described in Cervus 2.0 (http://helios.bto.ed.ac.uk/evolgen/cervus/cervus.html) and MSA (Microsatellite Analyzer; Dieringer D & SchlC, 2003, Mol Ecol Notes 10: 1046-1048) were used to analyze allele number, size, frequency, heterozygosity, and polymorphism index.
넙치 어미집단의 대립유전자 수는 각 마커에 따라 5~33개 이었으며, 양식산이 평균 17개인데 비해 자연산 어미들은 평균 24.5개로 보다 다양한 대립유전자를 가지고 있는 것으로 나타났다. 뿐만 아니라 이형접합률의 기대치에서도 자연산 어미들이 마커 좌위에 따라 0.692~0.950으로 양식산의 0.599~0.899에 비해 매우 다양한 것으로 나타나(표 5), 육종을 위해 수집된 자연산 집단 및 양식산 넙치 어미집단은 대립 유전자 수, 이형 접합률 및 대립유전자 빈도에 있어 유전적 다양성이 풍부한 집단으로 확인되었다.The number of alleles in the flounder mother population ranged from 5 to 33 according to the markers. The average number of aquatic mothers was 17, while the wild mothers had an average of 24.5 alleles. In addition, the expectation of heterozygosity rate showed that the wild mothers were 0.692 ~ 0.950 depending on the position of the markers, which is much more diverse than the 0.599 ~ 0.899 of the cultured fish (Table 5). Genetic diversity in populations, heterozygotes, and allele frequencies was identified as abundant in genetic diversity.
N: 개체 수, A: 대립유전자 수, H(o): 관찰치 이형접합률(Observed heterozygosity), H(e): 기대치 이형접합률(Expected heterozygosity), PIC: 다형성 지수(Polymorphic information content), Fis: 근교계수(Inbreeding coefficient).N: population, A: allele, H (o): Observed heterozygosity, H (e): Expected heterozygosity, PIC: Polymorphic information content, Fis : Inbreeding coefficient.
실시예Example 3. 가계 생산을 위한 교배지침 작성 3. Preparation of mating guidelines for household production
교배지침의 작성을 위해 먼저 암컷 어미들과의 상호 유전학적 유연관계 매트릭스에 의해 수컷 개체들과의 유전학적 유연관계를 계산하였다. 구체적으로, 각 개체의 미세위성마커 유전자형 데이터로부터 유전학적 유연관계 알고리즘(Queller DC and Goodnight KF, 1989, Evolution 43:258-275)에 의해 각 개체들 간의 유전학적 유연관계를 계산하였다. In order to develop the mating guidelines, the genetic genetic relationship with male individuals was calculated by using the mutual genetic genetic relationship matrix with female mothers. Specifically, genetic flexibility between each subject was calculated by genetic genetic relation algorithm (Queller DC and Goodnight KF, 1989, Evolution 43: 258-275) from the microsatellite marker genotype data of each subject.
개체 x와 비교하고자 개체 y에 대해 N개의 마커에 대한 대립유전자가 표 6와 같을 때, 두 개체 상호간의 유전학적 유연관계에 대한 통계적 예측치를 하기 수학식 1을 이용하여 계산하였다.When the alleles for the N markers for the subject y were compared with the subject x as shown in Table 6, statistical predictions about the genetic flexibility between the two subjects were calculated using
: x 및 y 개체 상호간의 유전학적 유연관계: Genetic relationship between x and y entities
P: 개체 x의 i번째 대립 유전자의 빈도 수P: frequency of the i allele of subject x
Px: x의 i번째 대립 유전자가 동형 접합체이면 1, 이형 접합체 이면 0.5(i=짝수일 경우, i-1번째와 비교해서 같으면 1, 다르면 0.5; i=홀수일 경우, i+1번째와 비교해서 같으면 1, 다르면 0.5)Px: 1 if the i allele of x is homozygous, 0.5 if heterozygous (i = even if i = even, 1 if equal to i-1, 0.5 if different; i + 1 if i = odd 1 if equal, 0.5 if different)
Py: x의 i번째 대립 유전자가 y의 두 대립 유전자와 비교해서 같은 것이 없으면 0, 같은 것이 하나 있으면 0.5, 같은 것이 두개 있으면 1(i=짝수일 경우 x의 i번째 대립 유전자와 y의 i-1과 i번째 대립 유전자를 비교; i=홀수일 경우 x의 i번째 대립 유전자와 y의 i와 i+1번째 대립 유전자를 비교)Py: The i allele of x is 0 compared to the two alleles of y and 0 if there is no equal, 0.5 if there is one, and 1 if there are two equals (i = i-allele of x and i- of y Compare 1 and i alleles; if i = odd, compare i alleles of x and i and i + 1 alleles of y)
암컷 어미들 각각에 대해 상호 유전학적 유연관계 계산에 의해 수치가 0.2 이하의 유전적 거리가 먼 수컷들을 선별한 후, 이들 수컷 중 성장 및 체형의 표현형질이 우수한 개체를 1~3위까지 선별하여 교배 우선순위를 작성하였다. 그 결과 자연산 암컷 149마리, 양식산 암컷 371마리, 자연산 수컷 92마리 및 양식산 수컷 150마리의 총 762마리의 어미 후보에 의한 교배지침을 작성하였다(표 7).Each male mother was screened for males with a genetic distance of less than 0.2 by calculating the genetic genetic relationship, and the males with excellent growth and body phenotypes were selected from 1st to 3rd place. A mating priority was created. As a result, mating guidelines were prepared by a total of 762 parental candidates, 149 wild females, 371 aquaculture females, 92 wild males and 150 aquaculture males (Table 7).
실시예Example 4. 인공수정에 의한 육종 가계 생산 4. Breeding household production by artificial insemination
양식산 넙치 및 자연산 넙치가 혼합된 어미 집단으로부터 작성된 교배지침을 바탕으로 2005년 4월 19일, 28일 2차에 거쳐 인공수정을 통하여 각각 147가계 및 181가계를 생산하였으며, 그 중 중복 가계를 제외하고 총 245가계를 생산하였다. 구체적으로, 각 어미 개체에 삽입된 RFID 표지를 통하여 교배지침 상에 짝지어진 암수를 찾아 해수 및 배설물 등 외부 이물질의 혼입이 없도록 주의하며 복부 압박법으로 난자와 정자를 추출하였다. 이어 인공적으로 채정한 정자와 채란된 난자와 섞어주고 해수를 부어 정자를 활성시켜 2분간 인공수정 시킨 후 여분의 정자를 해수로 씻어내었다. 인공수정 후 2~3시간이 지나 난할이 시작될 때 인공 수정한 가계들의 수정률을 계산하여 각 가계당 5000마리가 포함되도록 수정란들을 혼합하여 수조에 수용하였다. 이 때 난 발생을 위한 수조 내 수온은 18℃를 유지하였으며, 부화이후 60일까지는 20℃, 70일까지는 18℃, 그리고 그 이후는 자연수온에서 사육하였다. 조도는 300 Lux, 광주기는 08:00~20:00까지로 조절하였으며, 먹이 급이 및 수조 내 사육 밀도는 표 8과 같은 조건에서 사육하였다.On the basis of the mating guidelines prepared from the mixed populations of cultured flounder and wild flounder, 147 households and 181 households were produced through artificial insemination on April 19 and 28, 2005, among which duplicate households were excluded. A total of 245 households were produced. Specifically, the male and female sperm were extracted by the abdominal compression method while paying attention to the male and female pairs on the mating instructions through the RFID markers inserted into the individual mothers, so that no foreign substances such as seawater and excreta were mixed. Next, the artificial sperm and the egg were mixed with the egg and pour the sea water to activate the sperm and artificially inseminated for 2 minutes, the excess sperm was washed with sea water. The fertilization rate of artificially fertilized households was calculated at 2 to 3 hours after artificial fertilization, and fertilized eggs were mixed in a tank to contain 5000 eggs per household. At this time, the water temperature in the tank for egg development was maintained at 18 ℃, 20 ℃ until 60 days after incubation, 18 ℃ until 70 days, and then raised in natural water temperature. The illuminance was adjusted to 300 Lux and the photoperiod from 08:00 to 20:00, and the feeding density and breeding density in the tank were bred under the conditions shown in Table 8.
실시예Example 5. F1 넙치의 유전자형 분석 5. Genotyping of F1 Flounder
<5-1> 가계별 유전능력 평가를 위한 친자확인<5-1> Parental Identification for Household Genetic Evaluation
F1 생산 가계별 유전능력 평가를 위해 각 개체들의 부모를 찾는 친자확인을 수행하였다. 2차에 걸쳐 생산된 F1 개체 6,731마리 각각에 대하여 170일째에 개체 식별을 위한 무선개체인식 태그를 등 근육 내에 삽입하면서 지느러미 조직을 절취하여 상기 실시예 2-1 및 2-2에서와 같은 방법으로 DNA를 추출하고, 중합효소연쇄반응을 실시한 후 유전자형 분석기를 통하여 각 마커들에 대한 유전자형을 얻었다. To evaluate the genetic capacity of each F1 family, paternity was performed to find the parents of each individual. For each of 6,731 F1 individuals produced during the second round, the dorsal tissue was cut out by inserting a wireless identification tag for identification of the individual into the back muscle at day 170, and then in the same manner as in Examples 2-1 and 2-2. DNA was extracted, polymerase chain reaction was performed, and genotypes of the respective markers were obtained by genotyping.
얻어진 각 F1 개체의 대립유전자형은 어미들의 대립유전자형과 비교를 통하여, 멘델의 유전법칙에 위배되는 어미를 배제시키는 방법(exclusion method)으로 추정된 부모 조합을 교배지침에 의해 인공 수정된 리스트와 비교하여 친자관계를 확인하였다. 전체 F1 개체 6,731마리를 분석한 결과, 95.6%인 6,435마리가 친자관계가 확인되었으며, 인공 수정된 245가계 가운데 89.0%인 218가계가 확인되었다(표 9). 이 때 친자확인 가계의 자손 수는 가계당 1마리가 확인된 경우부터 많게는 117마리가 확인된 가계까지 가계당 빈도는 매우 다양하였으며, 확인되지 않은 가계들은 부화 및 양성 사육 과정에서 자연 감모되거나, 현격한 성장차로 인해 도태시킨 열등어 집단에 포함되어 있을 것으로 사료되었다.The allelic type of each F1 individual obtained is compared with the allelic type of the mothers, and the parent combination estimated by the exclusion method that violates Mendel's genetic law is compared with the artificially modified list by the mating instructions. The paternity was confirmed. As a result of analyzing 6,731 F1 individuals, 6,435 (95.6%) were identified as paternity, and 218 (89.0%) of 245 artificially fertilized (Table 9). At this time, the number of descendants of the paternity households varied from one confirmed per household to as many as 117 identified, and the unidentified households were naturally reduced or hatched during hatching and breeding. It is thought to be included in the population of inferior sharks that are culled by one growth difference.
<5-2> F1 넙치의 유전학적 다양성 분석 <5-2> Genetic Diversity Analysis of F1 Flounder
미세위성마커를 이용하여 F1 넙치 2,874 마리의 유전적 다양성을 분석한 결과, 대립유전자 수는 20.38개, 이형접합 기대치는 0.840으로 나타나, 어미 그룹에 자연산 넙치를 포함시킴으로써 기존의 양식산 어미 집단과 비교하여 F1 넙치의 유전학적 다양성이 향상된 것으로 나타났다(표 10).Analysis of genetic diversity of 2,874 F1 flounder using microsatellite markers revealed that the number of alleles was 20.38 and heterozygosity expected to be 0.840. Genetic diversity of F1 flounder has been improved (Table 10).
H(o): 관찰치 이형접합률, H(e): 기대치 이형접합률, PIC: 다형성 지수H (o): observed heterojunction, H (e): expected heterojunction, PIC: polymorphism index
실시예Example 6. 유전능력 평가를 위한 계측 형질 측정 6. Measurement of Measurement Traits for Genetic Capacity Assessment
부화 후 170일째의 F1 넙치에서 유전능력 평가를 위하여 전장(total length), 체고(body height) 및 체중(body weight) 등 계측 형질을 측정하였으며, 전장/체고의 비로 체형지수(body shape)를, 체중/전장3으로 비만도(condition factor)를 계산하여 평가하였다.Measurement of traits such as total length, body height and body weight was performed to evaluate heritability in F1 flounder at day 170 after incubation, and body shape was determined by the ratio of the total length / height, The condition factor was evaluated by weight / length 3.
<6-1> <6-1> 유전력과Heredity and 육종가Breeder 추정 calculation
부화 후 170일째의 F1 개체의 측정치 자료를 이용하여 REMLF90(Misztal, I., REMLF90 Manual, 2002) 소프트웨어(//nce.ads.uga.edu/~ignacy/numpub/blupf90/docs/remlf90.pdf)를 이용하여 각 형질별 유전력 및 유전상관을 추정하고, BLUPF90(Misztal, I., BLUPF90, 2008) 소프트웨어(//nce.ads.uga.edu/~ignacy/numpub/blupf90/docs/blupf90.pdf)를 이용하여 각 형질에 대한 개체별 육종가를 추정하였다.REMLF90 (Misztal, I., REMLF90 Manual, 2002) software (//nce.ads.uga.edu/~ignacy/numpub/blupf90/docs/remlf90.pdf) using measurement data of F1 individuals at day 170 after hatching. Estimate the heritability and genetic correlation for each trait using BLUPF90 (Misztal, I., BLUPF90, 2008) software (//nce.ads.uga.edu/~ignacy/numpub/blupf90/docs/blupf90.pdf) Was used to estimate individual breeders for each trait.
육종넙치 1차 가계생산 그룹 1,197마리, 2차 가계생산 그룹 1,571마리에 대하여 유전모수를 추정한 결과 계측형질의 평균과 표준오차는 표 11 및 표 12과 같다.Genetic parameters were estimated for 1,197 primary production groups and 1,571 secondary production groups for breeding flounder.
※ 두장(頭長)- 물고기 주둥이 앞 끝에서 아가미 뚜껑 말단까지의 길이. ※ Two pieces-Length from the tip of the fish snout to the tip of the gill cap.
※ 미병고-미병부의 최소 높이(미병부: 뒷지느러미 마지막 연조 기저에서 꼬리지느러미 기저까지의 부분)※ The minimum height of the US Army-US Army (US Army: The area from the base of the last softening of the dorsal fin to the base of the caudal fin)
※ 미병장-뒷지느러미 마지막 연조의 기저로부터 꼬리지느러미 기부까지의 길이※ Length from base of last disease-dorsal fin to caudal fin base
또한, 본 발명자들은 유전모수 추정에 사용된 육종 넙치의 가계별 평균체중을 바탕으로 가계별 순위를 작성하여 가계별 성장을 비교하였다(표 13).In addition, the present inventors compared the growth of each household by making a ranking for each household based on the average weight of each family of flounder flounder used for genetic parameter estimation (Table 13).
육종 넙치(F1)의 체중, 전장, 체고, 두장, 미병고, 미병장, 비만도 및 체고/전장의 조사형질에 대한 유전력은 표 14에 나타내었고, 표현형 상관 및 유전 상관은 표 15에 나타내었다. 성장과 관련된 체중, 전장 및 체고의 형질 간 표현형 상관은 0.92~0.95, 그리고 유전상관은 0.98로 모두 높은 상관관계를 보였다. 따라서 성장과 관련이 높은 형질인 체중, 전장 및 체고는 서로 높은 상관을 보이므로, 그 중 한 형질만 개량하면 다른 형질도 따라서 개량이 이루어질 수 있을 것으로 사료되며, 체형의 육종은 전장에 대한 체고비의 개량을 통해 가능할 것으로 판단된다(표 15).The heritability for the irradiation traits of sarcoma flounder (F1), weight, length, height, head length, disease length, disease length, obesity, and height / length is shown in Table 14, and phenotypic and genetic correlations are shown in Table 15. Phenotypic correlations between traits related to growth, weight, height, and height were 0.92-0.95, and 0.98, respectively. Therefore, weight, height, and height, which are highly related to growth, are highly correlated with each other. Therefore, improvement of only one trait may lead to improvement in other traits. We believe that this will be possible through the improvement of (Table 15).
(SE)Heredity
(SE)
(0.057)0.53
(0.057)
(0.060)0.57
(0.060)
(0.059)0.57
(0.059)
(0.053)0.42
(0.053)
(0.055)0.47
(0.055)
(0.031)0.14
(0.031)
(0.046)0.34
(0.046)
(0.043)0.29
(0.043)
* 우측상단: 표현형상관, 좌측하단: 유전상관* Upper right: phenotypic correlation, lower left: genetic correlation
또한, 교배에 사용된 어미 넙치들의 체중에 대한 육종가 범위는 -27.54~35.14 g으로 나타났고, 육종 넙치 1세대(F1)들의 육종가는 -37.80 ~56.91 g으로 나타났다(표 16).In addition, the breeding value range of -27.54 to 35.14 g for the weight of the mother flounder used in the breeding, and the breeding value of the first generation (F1) of breeding flounder (F1) was -37.80 to 56.91 g (Table 16).
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또한, 성장과 체형을 동시에 고려하여 선발할 경우, 체중, 전장, 체고등 성장 형질과 체형은 (-) 상관관계로 성장만을 고려하면 체형이 나빠지고, 반대로 체고/전장의 체형비를 자연산 평균인 34.1까지 낮출 경우 성장 효과가 매우 적게 되므로, 두 상반되는 형질을 고루 개선하기 위하여 상기에서 추정된 육종가를 이용해서 체중과 체형 형질에 대해 각각 50:50, 60:40, 70:30, 80:20의 가중치를 두어 아래와 같이 선발지수를 계산하였다.In addition, when selecting the growth and body shape at the same time, the growth trait and body shape such as weight, length, and height are negative (-) correlation, the body shape worsens only considering growth, and conversely, the body / body length ratio If it is lowered to 34.1, the growth effect is very small. Thus, in order to evenly improve the two opposing traits, the estimated breeding value is used for 50:50, 60:40, 70:30, and 80:20 for body weight and body traits, respectively. The selection index was calculated as follows.
여기서 : 체중 육종가의 표준화 값,Where: standardized value of weight breeders,
: 체형 육종가의 표준화 값, : Standardized value of body breeders,
: 형질의 육종가를 전체 평균이 0이고, 표준편차가 ±1이 되도록 표준화시킨 값. : Values of the breeding values of the traits were normalized so that the total mean was 0 and the standard deviation was ± 1.
여기서 : 형질의 육종가Where: breeder of the trait
: 형질의 동기군의 평균 : Mean of motive group of traits
: 형질의 동기군의 표준편차 : Standard deviation of motive group of traits
동기군 : 분석에 사용된 전체 개체 Motivational group: whole entity used for analysis
상기 수학식 2를 사용하여 각 가중치에 따른 다음 세대의 육종효과를 예측한 결과, 80: 20에서 체중, 전장, 체고 및 비만도의 성장 형질의 육종효과가 가장 높았다. 그러나 체형(체고/전장)의 육종가는 50:50에서 가장 높았다. 이에 본 발명자들은 성장 및 체형의 육종효과를 모두 고려하여 성장의 증가가 둔화되는 체중: 체고/전장의 가중치가 70:30인 경우를 체중 및 체형의 육종 효과가 가장 좋은 것으로 판단하였다(도 2 및 표 17).As a result of predicting the breeding effect of the next generation according to each weight using Equation 2, the breeding effect of the growth trait of weight, total length, height and obesity was the highest at 80:20. However, the breeding value of body type (height / length) was the highest at 50:50. Thus, the inventors determined that the weight and body weight breeding effect is the best when the weight of body weight / height / length is 70:30 in which growth is slowed in consideration of both the growth and body breeding effects (FIG. 2 and Table 17).
실시예Example 7. 성장 및 체형 개선 가계의 생산 7. Production of growth and body improvement household
유전능력평가 결과를 바탕으로 상위의 가계 및 개체를 선발하는 것이 바람직하나 유전적 상동화를 위하여 가계내 암수간의 교배가 이루어져야 하므로 상위로 선발된 개체 중 암수 모두를 포함하는 상위 가계를 선별한 결과, 가계순위 1위인 CK-0042× CJ-0115 가계에서 개체별 순위가 1위인 암컷 D1-0138 및 10위인 수컷 D1-0103, 가계순위 33위의 CK-0181× CJ0114 가계에서 개체별 순위가 5위인 암컷 W1-0327 및 26위인 수컷 W1-0886 및, 가계순위 5위인 CJ-0009× CJ-0168 가계에서 개체별 순위가 35위인 암컷 W1-1059 및 4위인 수컷 W1-0017의 6마리의 F1 개체를 선발하여 근친교배를 시켜, C7-1, C7-2 및 C7-3의 유전적 순계 가계를 생산하였다(표 18, 표 19 및It is preferable to select the top households and individuals based on the result of the genetic ability evaluation, but because genetic homology requires crossbreeding between males and females in the family, the top households containing all the males and females among the selected individuals are selected. CK-0042 × CJ-0115, the No. 1 household ranking, female D1-0138 with the highest individual ranking in the household, male D1-0103 with the 10th largest ranking, and CK-0181 × CJ0114, ranked No. 5 in the household ranking 33th Six F1 individuals were selected: W1-0327 and male W1-0886, 26th, and CJ-0009 × CJ-0168, the fifth-largest household, female W1-1059 and 35th male W1-0017, respectively. Inbreeding was then performed to produce C7-1, C7-2 and C7-3 genetic net lineages (Tables 18, 19 and
실시예 8. 육종 넙치의 성장 효율 검정Example 8 Growth Efficiency Assay of Breeding Flounder
상기 실시예 7에서 생산한 육종 2세대 넙치들의 성장효율 검정을 위하여 양식산 넙치 및 자연산 넙치로부터 생산된 종묘들과 비교 사육하였다. 이 때 양식산 넙치는 암컷 15마리(평균 체중 2430 g) 및 수컷 18마리(평균 체중 1130 g), 자연산 넙치는 암컷 20마리(평균 체중 2560) 및 수컷 18마리(평균 체중 1260 g)로부터 자연 산란된 수정란을 이용하여 생산된 종묘를 사용하였다. 부화 후 215일째의 육종 넙치는 평균 체중 322.7 g 으로, 양식산 넙치의 257.8 g 보다 25.2%, 자연산 넙치의 146.2 g 보다 120.5% 성장이 빠른 것을 확인하였으며, 종묘 입식 후 12개월째의 육종 넙치의 평균 체중은 886.1 g 으로 같은 시기의 양식산 넙치의 평균 체중인 714.5 g에 비해 성장이 24% 빠른 것으로 나타났다(도 3).In order to test the growth efficiency of the second generation flounder produced in Example 7, the comparison was made with seedlings produced from cultured flounder and wild flounder. At this time, the farmed flounder was naturally spawned from 15 females (average weight 2430 g) and 18 males (average weight 1130 g), and the wild flounder was 20 females (average weight 2560) and 18 males (average weight 1260 g). Seeds produced using fertilized eggs were used. Breeding flounder at 215 days after hatching had an average weight of 322.7 g, which was 25.2% faster than 257.8 g of cultured flounder and 120.5% faster than 146.2 g of wild flounder, and average weight of breeding flounder at 12 months after seeding. Was 886.1 g, which showed 24% faster growth than the average weight of 714.5 g of cultured flounder at the same time (Figure 3).
도 1은 성장 및 체형 개선 육종 넙치 가계의 생산 모식도이다.Figure 1 is a schematic diagram of the production of growth and body type breeding flounder flounder family.
도 2는 성장 및 체형 개선 육종 1세대 넙치의 사진이다.Figure 2 is a photograph of the first generation flounder breeding growth and body shape.
도 3은 성장 및 체형 개선 육종 2세대 넙치의 성장 효율 검정 결과를 나타낸 도이다.Figure 3 is a diagram showing the growth efficiency test results of growth and body type breeding second generation flounder.
<110> National Fisheries Research and Development Institute <120> Breeding method for genetically improved olive flounder which grows faster <130> 9p-10-01 <160> 24 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> K1 <400> 1 cacacacaca cacgcacaca cacacacaca cacacacaca ca 42 <210> 2 <211> 38 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> K2 <400> 2 ctctctctct ctctctctct ctctctctat ctctctct 38 <210> 3 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> K3 <400> 3 tctctctctc tctctctctc tctctctctc tctctctctc tctctctc 48 <210> 4 <211> 40 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> K4 <400> 4 ctctctctct cactctctct ctctctctct ctctctctct 40 <210> 5 <211> 114 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> K5 <400> 5 gtgtgtgtgt atgtgtgtgt gtaagagaga gattgagaga aagagagaga gattgagaga 60 gagagagtaa gagagagtga gagagagaga gagagagaga gagagagaga gaga 114 <210> 6 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> K6 <400> 6 gacagacaca cacacacaca 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