KR100785391B1 - 비만 발생위험도 예측용 Ｗｎｔ10Β 단일염기 다형성 마커 - Google Patents

비만 발생위험도 예측용 Ｗｎｔ10Β 단일염기 다형성 마커 Download PDF

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Abstract

본 발명은 비만 발생위험도 예측용 Wnt10B 다형성 마커 및 이를 이용하여 상기 질병 발생위험도를 예측하는 방법에 관한 것으로, 구체적으로 Wnt10B의 단일염기 다형성과 체지방량 및 복부지방 면적의 연관성을 측정함으로써 비만 및 관련 질환의 발생위험도를 예측하는 마커 및 이를 이용한 예측방법에 관한 것이다. 본 발명의 마커를 이용하면 비만 및 각종 관련 질환의 발생위험도를 미리 예측할 수 있다.
Wnt10B, 다형성, 체지방량, 복부지방 면적

Description

비만 발생위험도 예측용 Ｗｎｔ10Β 단일염기 다형성 마커{Wnt10B SNP makers for the prediction of susceptibility to obesity}
도 1은 CT를 이용하여 지방조직 단면의 면적을 측정한 결과를 나타낸 것으로, (A)는 복부지방 단면, (B)는 복부피하지방 면적, (C)는 복부내장지방 면적을 나타낸 그림이다.
도 2는 Wnt10B 유전자의 유전자 지도 및 일배체형을 나타낸 것으로, (A)는 Wnt10B의 다형성, (B)는 여섯 개의 SNP간의 연관비평형상수 D'와 r2, (C)는 Wnt10B의 일배체형을 나타낸 그림이다.
* SNP는 괄호와 화살표로 나타낸 소수 대립 유전자 빈도(minor allele frequency)를 갖는 SNP의 Wnt10B 게놈 DNA의 시퀀싱을 위한 프라이머 부위를 나타냄.
도 3A는 Wnt10B의 -607C>G(서열번호 20의 2594번째) SNP와 전체 복부지방 면적의 관련성을 나타낸 그림이고, 도 3B는 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2594번째) SNP와 복부피하지방 면적과의 관련성을 나타낸 그림이다.
본 발명은 비만 발생위험도 예측용 Wnt10B 다형성 마커 및 이를 이용하여 상기 질병 발생위험도를 예측하는 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 Wnt10B의 단일염기 다형성과 체지방량 및 복부지방 면적의 연관성을 측정함으로써 비만 및 관련 질환의 발생위험도를 예측하는 마커 및 이를 이용한 예측방법에 관한 것이다.
Wnt는 다양한 발달과정을 조절하는 분비 신호 단백질의 패밀리를 포함하는데, Wnt 신호전달은 지방생성 전사인자 CEBPA와 PPAR-γ의 억제를 통하여 전구지방세포(preadipocyte)를 미분화 상태로 유지한다고 알려져 있다(Ross et al. Science 289: 950-953, 2000). 전구지방세포에서 WNT 신호전달은 axin 또는 우성-음성(dominant-negative) TCF4 의 과발현에 의해 억제되고 이러한 세포들은 지방세포로 분화한다. WNT 신호전달의 파괴는 또한 시험관내에서 근원세포(myoblast)가 지방세포로 전환분화(transdifferentiation)하도록 하는데 이는 이러한 경로가 지방세포 분화 뿐 아니라 중간엽 세포의 운명을 결정하는데에도 중요하다는 것을 나타낸다. 이러한 WNT 신호전달은 Wnt10B에 의해 매개된다고 알려져 있는데 Wnt10B 유전자는 마우스 Wnt10B와 96.6% 서열이 동일한 389 아미노산 단백질을 암호화하고 상기 유전자는 성체의 심장근과 골격근에서 매우 높게 합성된다고 알려져 있다(Hardiman et al. Cytogenet. Cell Genet. 77: 278-282, 997). 또한, Wnt10B는 골 발달에 있어서도 중요한 역할을 하는데, 골아세포 생성 전사인자 Runx2, Dlx5 및 OSX(osterix)의 유도에 의해 골아세포 계통으로 세포가 분화하도록 하고 PPAR-γ의 발현 억제를 통해 골아세포 형성을 촉진한다. 마지막으로 Wnt10B-/- 마우스 는 해면골과 혈청내 오스테오칼신을 감소시키는 내생의 골형성 조절자이다 (Bennett et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Mar 1;102(9):3324-3329, 2005)
상기와 같이 Wnt10B는 Wnt 신호전달이 지방생성 전사인자 C/EBPalpha의 발현을 억제하여 양능성(bipotential) 중간엽 전구세포(mesenchymal precursor)의 지방생성을 억제하고 PPAR-γ 발현을 억제하여 골아세포생성(osteoblastogenesis)을 촉진하는데 있어 중요한 역할을 한다.
Wnt10B의 변이가 인간의 비만에 관여하는지 알아보기 위하여 비만환자를 대상으로 유전자에 변이가 있는지 알아보는 연구가 진행된 바 있다. 10살 미만에 시작된 심각한 비만환자 96(UK Genetics of Obesity Study)명과 115명의 유럽계 이탈리아 비만환자를 연구한 결과, 어릴 때 나타난 비만을 가진 한명의 발단자(proband)는 C256Y 돌연변이에 대해 이형접합 상태(heterozygous)임이 밝혀졌는데 이는 Wnt10B가 정상의 WNT 신호전달을 활성화하는 능력을 없앰으로써 지방생성을 촉진하기 때문이다. 이러한 대립유전자를 갖는 발단자의 친척들은 과체중이거나 비만이었는데, 세 가지의 다른 드문 미스센스 돌연변이가(missense variant) 비만 발단자에서 발견되었지만 이들은 가계연구에서 명확히 비만과 관련이 있다고 하기 어려워 가계도 분석이 이러한 변이와 비만과의 명확한 관계를 밝혀주지는 않았다(Christodoulides C, et al.,Diabetologia. 494:678-684. 2006).
이에, 본 발명자들은 한국인 여성 비만환자에 대한 유전자 분석 및 통계조사 결과, Wnt10B의 -607C>G(서열번호 20의 2594번째) 단일염기 다형성 및 상기 다형성을 포함하는 일배체형이 비만 발생위험도와 관련성을 갖음으로써 비만 발생위험도 예측용 마커로 사용할 수 있음을 확인하여 본 발명을 완성하였다.
본 발명의 목적은 비만 발생위험도 예측용 Wnt10B 다형성 마커 및 이를 이용한 비만 예측방법을 제공하는 것이다.
본 발명은 비만 발생위험도 예측용 Wnt10B 다형성 마커를 제공한다.
또한, 본 발명은 비만 발생위험도 예측용 Wnt10B 일배체형을 제공한다.
또한, 본 발명은 Wnt10B 유전자의 -607C>G(서열번호 20의 2594번째) 다형성 부위를 확인하여 비만 발생위험도를 예측하는 방법을 제공한다.
아울러, 본 발명은 Wnt10B 유전자의 -607C>G(서열번호 20의 2594번째) 다형성 부위를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 포함하는 비만 발생위험도 예측용 키트를 제공한다.
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.
본 발명은 비만 발생위험도 예측용 Wnt10B 다형성 마커를 제공한다.
본 발명자들은 비만클리닉에 내원한 여성 1020명을 대상으로 하여 게놈 DNA를 추출하고 미국 국립생명공학정보센터(National Center for Biotechnology Information)로부터 Wnt10B 게놈 염기서열(GeneBank Accession No.:AC073610), 프로모터 지역 및 코딩 지역에 대한 염기서열(서열번호 20)을 입수하였다.
본 발명자들은 Wnt10B 유전자의 프로모터 지역 및 코딩지역에 존재하는 SNP를 탐색하기 위하여, Wnt10B 프로모터 및 코딩 부위의 PCR과 염기서열 분석을 실시하였다(표 1 참조). PCR 결과 수득한 산물에 대해 염기서열 분석을 실시한 결과, 12q13 염색체상에 존재하는 Wnt10B SNP 부위는 다형성 부위는 -1347A>T(서열번호 20의 1854번째), -607C>G(서열번호 20의 2594번째), -295C>T(서열번호 20의 2906번째), +121T>G(서열번호 20의 3321번째), +5555T>C(서열번호 20의 8755번째), +5957C>A(서열번호 20의 9157번째)의 6가지가 확인되었고 이는 기존에 이미 알려진 SNP 부위임이 확인되었다.
상기에서 탐색된 SNP들에 대한 연관성을 조사한 결과, 이들 모든 SNP들이 모두 연관되어 1개의 SNP처럼 연동되기 때문에 1개의 SNP를 분석하면 나머지 6개의 SNP에 대한 타입을 결정할 수 있기 때문에 대표적으로 표 3의 프라이머를 사용하여 SNPshot 방법으로 -607C>G(서열번호 20의 2594번째)에 대한 유전자형을 동정하였다.
본 발명자들은 먼저, -607C>G(서열번호 20의 2594번째) 다형성과 체형과의 상관성을 조사한 결과, 상기 다형성이 체중과는 유의적이지는 않으나 체중 감소와 연관성이 있을 가능성을 가지고 있었으며 허리골반비(waist hip ratio, WHR) 및 체질량 지수(Body Mass Index, BMI)와는 열성 모델(recessive model)에서 유의적인 연관성을 가지고 있었다(표 4 참조)
또한, Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2594번째) 다형성과 체성분과의 상관성 조사한 결과, 체지방량 감소 및 체지방률과 밀접한 연관이 있었으며, 다른 성분과의 연관성은 관찰되지 않았다(표 5 참조). 지방 면적에 대해서는 전체복부지방 면적 및 피하지방면적의 감소와 연관이 있었으며, 복부내장지방 면적과는 유의적인 차이가 관찰되지 않았다(표 6 및 도 3 참조). 혈중 지질성분 및 GOT(Glutamate Oxaloacetate Transaminase), GPT(Glutamate Pyruvate Transaminase), 혈압과의 연관성도 관찰되지 않았다(표 7 및 8 참조).
상기 실험결과를 정리해보면, Wnt10B의 프로모터 및 코딩 부위에 존재하는 SNP의 마이너 대립유전자(minor allele)인 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2594번째)는 체지방량 감소 및 복부지방 면적 감소와 유의적인 연관성이 있음을 확인할 수 있다.
또한, 본 발명은 비만 발생위험도 예측용 Wnt10B 일배체형을 제공한다.
본 발명자들은 Wnt10B 프로모터 및 코딩 부위의 SNP 위치에 대한 지도 및 이들을 이용한 LD 블록(block)을 조사한 결과, 이들은 모두 연관되어 일배체형을 이루고 있는 것을 확인하였다(도 2). 상기에서와 같이 연관된 SNP 중 하나인 -607C>G(서열번호 20의 2594번째)에 대한 비만 관련도와의 조사 결과, 둘 사이에 유의한 관련성이 있었으므로 SNP의 집합인 일배체형도 체지방량 감소 및 복부지방 면적 감소와 유의적인 연관성이 있음을 추론할 수 있다.
또한, 본 발명은
1) 개체의 혈액 시료로부터 게놈 DNA를 분리하는 단계;
2) 단계 1에서 분리한 게놈 DNA에서 제 1항의 마커 내의 다형성 부위를 검출하는 단계; 및
3) 단계 2에서 검출된 다형성 부위를 확인하는 단계를 포함하는 비만 발생위험도 예측방법을 제공한다.
단계 2)는 시퀀싱 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allele-specific hybridization, DASH), PCR 연장 분석 또는 TaqMan 기법에 의하여 수행될 수 있다.
아울러, 본 발명은 Wnt10B 유전자의 -607C>G(서열번호 20의 2594번째) 다형성 부위를 증폭시킬 수 있는 프라이머를 포함하는 비만 발생위험도 예측용 키트를 제공한다.
상기 키트는 Wnt10B 유전자의 -607C>G(서열번호 20의 2594번째) 다형성 부위를 증폭시킬 수 있는 프라이머쌍을 포함하고 상기 프라이머는 바람직하게는 -607C>G(서열번호 20의 2594번째) 다형성 부위에 대해 순서대로 각각 서열번호 10과 11 및 표 2에서 제공한 프라이머로, 이를 이용한 PCR 산물을 수득하여 그 염기서열을 분석함으로써 -607C>G(서열번호 20의 2594번째) 다형성 부위의 서열을 확인하여 비만 발생 위험도를 예측할 수 있다. 상기 프라이머쌍은 크기에 상관없고 당업자라면 통상의 프라이머 선정용 소프트웨어를 이용하여 용이하게 프라이머 디자인이 가능하다.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐 본 발명을 한정하는 것은 아니다.
<실시예 1> 염색체 12q13 상에 존재하는 Wnt10B SNP 동정
<1-1> 실험 대상의 선정 및 검체로부터 DNA 시료 추출
기린한방병원 비만클리닉(서울, 대한민국)에 내원한 여성 1020명을 대상으로 하여 게놈 DNA를 추출하였다. 한국한의학연구원 기관생명윤리심의위원회 승인 하에 검사 대상의 혈액시료 습득 후, 게놈 DNA 추출 kit(LaboPass™ Blood kit, COSMO Co., Korea)를 이용하여 제조사의 지침에 따라 추출하였다.
<1-2> PCR 분석 및 SNP 탐색
미국 국립생명공학정보센터(National Center for Biotechnology Information, NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)로부터 Wnt10B 게놈 염기서열(GeneBank Accession No.:AC073610), 프로모터 지역 및 코딩 지역에 대한 염기서열(서열번호 20)을 입수하였고, 한국인에서 Wnt10B 유전자의 프로모터 지역 및 코딩지역에 존재하는 SNP를 탐색하기 위하여, 45명을 대상으로 Wnt10B 프로모터 및 코딩 부위의 PCR과 염기서열 분석을 실시하였다. 이를 위한 프라이머 서열 및 위치는 표 1에 나타난 바와 같다.
표 1: Wnt10B 프로모터와 엑손 부위의 SNP를 알아내기 위한 프라이머 부위와 서열
부위 프라이머명 서열 서열번호 부위
프로모터 및 엑손 1 Pe1_F1 TTT TCC AGC GAG ACC CCA TGT 6 -3155~-3175
Pe1_F2 GGG GCC TTC CTG AGA GTC 7 -2544~-2561
Pe1_F3 TGG TTT GGC TCT TGT CCT CTA 8 -1382~-1402
Pe1_R2 GGG GTC ACT GTT GGA TAG C 9 -1150~-1168
Pe1_F4 TTC GCT GCC ACT GGG TCT C 10 -832~-850
Pe1_R1 GGG GGC ACT CCT TTA TTC TCT G 11 458~479
엑손 2,3 e2-F1 GGG GTG TTT CTT CTT GTT TTG 12 1044~1064
e2-R1 ACG CAG GTG GAA GTT AGG C 13 1851~1869
엑손 4 e4-F1 GCT TTT TGT ACC CTT CCT TGT 14 3262~3282
e4-R1 TGG GTG ACT TGC TGA TGG TGA G 15 3920~3941
엑손 5 e5-F1 TGT CTT CAA TTC TGC CAT CAT A 16 5011~5032
e5-R2 GCC CAG GCT GCA GTA AAG GAG 17 6109~6129
PCR 증폭 조건은 DNA 중합효소 (Taq polymerase, Takara사)를 사용하여 상기에 기재된 프라미어 쌍에 게놈 DNA, Taq polymerase, 완충액을 부가하여 PCR 반응액을 제조하였고, 이를 94℃에서 5분 동안 변성시키고, 94℃에서 1분, 60℃에서 1분 및 72℃에서 4분간 30회 반응시키고, 72℃에서 10분간 연장 (extension)시켜 반응을 종결하였다 .
PCR 결과 수득한 산물을 1.5% 아가로스 겔에 전기영동하여 각각의 크기를 확인하고 염기서열 분석 킷트(DynamicTM ET Dye Terminator Kit, Amersham Biosciences, UK) 및 유전자 분석기(ABI 377 DNA Sequencers, Global Medical Instrumentation Inc, USA)를 이용하여 제조사의 지침에 따라 염기서열 분석을 수행하였다.
그 다음, 위치정렬 소프트웨어(ClustalX alignment software, Ver 1, http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/)를 이용하여 잠재적 이형접합체 위치들을 표기한 결과, 12q13 염색체상에 존재하는 Wnt10B SNP 다형성 부위는 -1347A>T(서열번호 20의 1854번째), -607C>G(서열번호 20의 2594번째), -295C>T(서열번호 20의 2906번째), +121T>G(서열번호 20의 3321번째), +5555T>C(서열번호 20의 8755번째), +5957C>A(서열번호 20의 9157번째)의 6가지가 확인되었다. 각 SNP의 위치 및 타입은 표 2에 표기하였고 염기서열 분석결과 상기 SNP들은 기존에 알려진 SNP들로 확인되었다.
표 2: 한국 여성 45명의 Wnt10B 프로모터 또는 엑손 부위의 SNP 부위
샘플 ID 좌위
-1347(서열번호 20의 1854번째) -607(서열번호 20의 2594번째) -295(서열번호 20의 2906번째) +121(서열번호 20의 3321번째) +5555(서열번호 20의 8755번째) +5957(서열번호 20의 9157번째)
1 AA GG CC TT TT CC
2 AA GG CC TT TT CC
3 AA GG CC TT TT CC
4 AT CG CT GT CT CA
5 AT CG CT GT CT CA
6 TT CC TT GG CC AA
7 AT CG CT GT CT CA
8 AA GG CC TT TT CC
9 AT CG CT GT CT CA
10 AA GG CC TT TT CC
11 AT CG CT GT CT CA
12 AA GG CC TT TT CC
13 AT CG CT GT CT CA
14 TT CC TT GG CC AA
15 AT CG CT GT CT CA
16 AT CG CT GT CT CA
17 AT CG CT GT CT CA
18 AA GG CC TT TT CC
19 AT CG CT GT CT CA
20 AA GG CC TT TT CC
21 AT CG CT GT CT CA
22 AT CG CT GT CT CA
23 AA GG CC TT TT CC
24 AT CG CT GT CT CA
25 AT CG CT GT CT AC
26 AA GG CC TT TT CC
27 AT CG CT GT CT AC
28 AT CG CT GT CT AC
29 AT CG CT GT CT AC
30 AT CG CT GT CT AC
31 AT CG CT GT CT AC
32 AT CG CT GT CT AC
33 TT CC TT GG CC AA
34 AA GG CC TT TT CC
35 TT CC TT GG CC AA
36 AA GG CC TT CT AC
37 TT CC TT GG CC AA
38 AT CG CT GT CT AC
39 AA GG CC TT TT CC
40 AT CG CT GT CT AC
41 AT CG CT GT CT AC
42 AA GG CC TT TT CC
43 AT CG CT GT CT AC
44 AT CG CT GT CT AC
45 AA GG CC TT TT CC
<실시예 1-3> SNP간의 위치 및 연관정도 확인
도 2은 한국인의 12q13 염색체상에 존재하는 Wnt10B SNP 다형성 부위 및 각 SNP들 간의 연관성을 나타낸다. 개체간의 집단 내 각 위치의 평형성(equilibrium)을 갖는지를 확인하기 위해서 하디-웨인버그 평형을 계산하였고, 두 대립형질 사이에서 발생할 수 있는 모든 쌍의 연관 불균형을 측정하기 위해서 ┃D'┃및 r2로 평가하였다(Hedric, P.W., Genetics, 117:331-341, 1987). 그 결과, -1347A>T(서열번호 20의 1854번째), -607C>G(서열번호 20의 2594번째), -295C>T(서열번호 20의 2906번째), +121T>G(서열번호 20의 3321번째), +5555T>C(서열번호 20의 8755번째), +5957C>A(서열번호 20의 9157번째)간의 연관 불균형 계수(┃D'┃) 값이 1 이였으며, r2 값 또한 0.995 ~ 1로 매우 높았으며, 따라서 이들 6개 SNP들이 모두 연관되었음을 의미한다.
<실시예 2> 연구대상의 SNP 동정
상기 실시예에서 탐색된 SNP들은 모두 연관되어 있기 때문에 상기 실시예 <1-1>의 실험대상 1020명에 대하여 대표적으로 -607C>G(서열번호 20의 2954번째) SNP에 대한 동정을 실시하였다. -607C>G SNP 동정에 사용된 프라이머는 표 3에 표기하였으며, SNP 동정은 ABI PRISM SNaPshot™ Multiplex Kit(Foster City, CA, U.S.A.)를 이용하여 제조사의 지침에 따라 수행하였다.
표 3: Wnt10B의 -607C>G SNP(서열번호 20의 2954번째) 유전자형의 PCR 반응을 위한 프라이머 서열
프라이머 서열
PCR 정방향 GAGCACTTTTATGGCACAAATGA(서열번호 18)
역방향 TATAGTAGACAACATACGACCACGCTAA(서열번호 19)
유전자형 분석 GCTAAACCCAAATACATCTXCCAGGAT
<실시예 3> 연구대상의 특징 파악
본 발명자들은 상기 실시예 <1-1>에서 혈액을 수득한 1020 명의 연구대상의 일반적인 특징을 표 4에 표기하였다. 구체적으로 연령, 신장 및 체중을 측정하였고, 체지방 중량(body fat mass)은 시판되는 생체-교류저항 분석장치(Inbody 2.0, Biospace Co., Korea)를 이용하여 측정하였다. 측정한 신장 및 체중으로부터 체질량지수(body mass index, BMI) 및 허리골반비(waist hip ratio, WHR)를 계산하였다. 이때, 체질량지수는 질량(kg)을 신장(m)의 제곱으로 나눈 값을 의미하며, 허리골반비는 허리둘레를 골반둘레로 나눈 값을 의미한다. 복부 체지방 면적은 컴퓨터 단층촬영(computerized tomography (CT) cross sectional picture, Hispeed CT/e, GE, US)을 이용하여 특정하였다. 연구대상의 일반적인 신체적 특징을 하기 표 4에 표기하였다. 모든 측정값들을 평균± 표준편차(standard deviation, SD)로 나타내었다.
표 4: 연구 대상 여성들의 일반적인 신체적 특징
지표 평균 ± S.D.
나이(년수) 28.27 ± 8.14
체중 (kg) 66.49 ± 11.53
키 (cm) 160.73 ± 5.41
WHR 0.8796 ± 0.0655
BMI (kg/m2) 25.72 ± 4.07
편차의 연령 보정 단일변량(univariate) 분석은 하기에서 시행될 변수에 따라 달라지는 Wnt10b SNP와 체성분, 복부 지방면적, 복부 피하지방 면적, HDL-cholesterol, 전체 콜레스테롤 지수 간의 개별적인 상관관계를 알아보기 위하여 선형모델(general linear model)을 이용하여 수행하였다. 통계학적 유의성은 p<0.05의 수준에서 확립하였고 모든 분석은 통계학적 분석 소프트웨어(SPSS10.1,SPSS Korea, Seoul, Korea)를 사용하여 수행하였다.
<실시예 4> Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 체형과의 상관성 조사
본 발명자들은 -607C>G(서열번호 20의 2954번째)와 체형과의 상관성을 조사한 결과, 체중과는 유의적이지는 않으나 체중 감소와 연관성이 있을 가능성을 가지고 있었으며 허리골반비(waist hip ratio, WHR) 및 체질량 지수(Body Mass Index, BMI)와는 열성 모델(recessive model)에서 유의적인 연관성을 가지고 있었다(표 5).
표 5: 한국 여성에서 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 체질간의 상관성 분석
표현형 C/C C/G G/G p 값
공동-우성 우성 열성
체중 264(66.60 ± 11.58 ) 509(67.00 ± 12.24 ) 256(65.35 ± 9.87 ) 0.195 0.849 0.079
WHR 264(0.8787 ± 0.0621 ) 509(0.8852 ± 0.0705 ) 256(0.8695 ± 0.0570 ) 0.021 0.824 0.011
BMI 264(25.69 ± 3.82 ) 509(25.99 ± 4.40 ) 256(25.23 ± 3.56 ) 0.079 0.905 0.038
<실시예 5> Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 체성분과의 상관성 조사
본 발명자들은 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 체성분과의 상관성 조사하였다. 실험 대상자의 체성분은 Inbody 2.0(Biospace Co., Seoul, Kore)를 이용하여 측정하였다.
그 결과, Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째)는 체지방량 감소 및 체지방률과 밀접한 연관이 있었으며, 다른 성분과의 연관성은 관찰되지 않았다(도 5).
표 6: 한국여성에서 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 체성분과의 관련성 분석
표현형 C/C C/G G/G p 값
공동-우성 우성 열성
FAT_MASS 264(23.26 ± 7.27 ) 509(23.86 ± 8.12 ) 256(22.41 ± 6.40 ) 0.046 0.843 0.024
Total_Body_Water 264(30.96 ± 4.28 ) 509(30.82 ± 3.93 ) 256(30.66 ± 3.59 ) 0.72 0.485 0.533
Fat_Free_Mass 264(43.42 ± 5.74 ) 509(43.17 ± 5.30 ) 256(43.08 ± 4.85 ) 0.745 0.448 0.717
Percent_Body_FAT 264(34.25 ± 5.67 ) 509(34.81 ± 5.82 ) 256(33.69 ± 4.96 ) 0.032 0.648 0.023
<실시예 6> Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 복부지방 면적과의 상관성 조사
본 발명자들은 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째)와 복부지방 면적과의 상관성을 조사하였다. 실험 대상자의 체지방 면적은 CT를 이용하여 측정하였다.
그 결과, Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째)는 전체복부지방 면적 및 피하지방면적의 감소와 연관이 있었으며, 복부내장지방 면적과는 유의적인 차이가 관찰되지 않았다(표 7 및 도 4).
표 7: 한국여성에서 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 복부 지방면적과의 관련성 분석
표현형 C/C C/G G/G p 값
공동-우성 우성 열성
복부지방 면적 (mm2) 263(28559.1 ± 729.6) 504(29255.5 ± 575.0) 253(26576.6 ± 646.6) 0.026 0.796 0.009
복부내장지방 면적 (mm2) 263(5930.2 ± 222.7) 504(6245.81 ± 80.0) 253(5641.8 ± 194.1) 0.291 0.74 0.182
복부피하지방 면적(mm2) 263(22540.0 ± 584.4) 504(23009.7 ± 472.0) 253(20934.7 ± 530.3) 0.020 0.775 0.007
*연령 표준화 일반선형모델의 환자수(평균 SE)와 P 값을 나타내었다.
*0.05보다 작은 P 값은 볼드체로 나타내었다.
*C/C, C/G 및 G/G는 각각 일반적인 대립유전자, 이형접합체 및 드물게 나타나는 대립유전자의 동형 접합체를 나타낸다.
<실시예 7> Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 혈액성분과의 상관성 조사
본 발명자들은 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 혈액성분과의 상관성을 조사하였다. 혈중 지질 분석은 먼저 12시간이상 금식한 대상자로부터 혈액을 채취한 후, 채취된 혈액을 2,000rpm에서 10분간 원심분리하여 상층액을 수득하고 다시 혈청만을 수득하였다. 이를 자동-생화학분석기(auto-biochemical analyzer, SP-4410, Arkray Co., Japan)를 이용하여 혈액성분을 측정하였다.
Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째)와 혈중 지질성분 및 GOT(Glutamate Oxaloacetate Transaminase), GPT(Glutamate Pyruvate Transaminase)와의 상관성을 조사한 결과, 모든 SNP들이 이들과 상관성이 없는 것으로 확인되었다(표 8).
표 8: 한국 여성의 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 혈청의 화학적 프로파일의 관련성 분석
표현형 C/C C/G G/G p 값
공동-우성 우성 열성
GOT 258(16.74 ± 12.68 ) 503(16.83 ± 16.47 ) 251(18.18 ± 16.62 ) 0.457 0.637 0.211
GPT 126(20.46 ± 22.75 ) 253(19.41 ± 19.54 ) 118(20.44 ± 30.78 ) 0.883 0.775 0.768
GLU 257(107.20 ± 31.36 ) 500(110.93 ± 36.63 ) 252(103.18 ± 29.39 ) 0.018 0.658 0.013
HDL_C 226(57.99 ± 27.01 ) 436(58.31 ± 25.02 ) 228(56.35 ± 21.97 ) 0.659 0.846 0.365
T_CHO 255(177.79 ± 71.65 ) 498(174.89 ± 62.24 ) 253(174.54 ± 59.14 ) 0.794 0.497 0.855
TG 258(80.61 ± 49.67 ) 501(81.19 ± 50.04 ) 253(84.57 ± 49.04 ) 0.461 0.643 0.213
<실시예 8> Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 혈압과의 상관성 조사
본 발명자들은 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째)와 혈압과의 상관성을 조사한 결과, 연관성은 관찰되지 않았다(표 9).
표 9: 한국 여성의 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째) 다형성과 혈압의 관련성 분석
표현형 C/C C/G G/G p 값
공동-우성 우성 열성
SBP 264(114.83 ± 13.94 ) 509(117.18 ± 47.68 ) 256(114.02 ± 12.40 ) 0.483 0.611 0.392
DBP 264(71.71 ± 10.01 ) 509(72.24 ± 11.34 ) 256(72.22 ± 10.10 ) 0.766 0.515 0.596
상기 실험결과를 정리해보면, Wnt10B의 프로모터 및 코딩 부위에 존재하는 SNP는 모두 연관되어 하나의 블록을 형성하고 있으며, 이들 SNP의 마이너 대립유전자(minor allele)인 Wnt10B -607C>G(서열번호 20의 2954번째)는 체지방량 감소 및 복부지방 면적 감소와 유의적인 연관성이 있음을 확인하였다.
상기와 같이, 본 발명에 따른 Wnt10B 유전자의 -607C>G(서열번호 20의 2954번째) SNP는 체지방량 및 복부지방 면적과 밀접한 관련이 있으므로 이들의 연관성은 상기 Wnt10B 유전자의 다형성과 비만 및 관련 질환의 발생위험도를 효과적으로 예측하는데 유용하게 사용될 수 있다.
서열목록 전자파일 첨부

Claims (8)

  1. 서열번호 20으로 기재되는 Wnt10B 유전자의 2954번째 염기가 G이고, 상기 서열번호 20의 2954번째 염기를 포함하는 20-100개의 연속적인 뉴클레오티드인 것을 특징으로 하는 비만 발생위험도 예측용 Wnt10B 다형성 마커.
  2. 삭제
  3. Wnt10B 유전자의 서열번호 20의 1854번째 염기가 T, 2954번째 염기가 G, 2906번째 염기가 T, 3321번째 염기가 G, 8755번째 염기가 C 또는 9157번째 염기가 A인 것을 특징으로 하는 비만 발생위험도 예측용 Wnt10B 일배체형(haplotype) 마커.
  4. 삭제
  5. 삭제
  6. 삭제
  7. 제 1항의 다형성 부위를 증폭시킬 수 있는 서열번호 11과 12 또는 서열번호 18과 19 프라이머쌍을 포함하는 비만 발생위험도 예측용 키트.
  8. 삭제
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