JPWO2020231863A5 - - Google Patents
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Description
本開示は以下の実施形態を含む。
実施形態1
B型肝炎ウイルス（HBV）ゲノムの核酸塩基の編集方法であって、前記方法が、前記HBVゲノムを、1つ以上のガイドRNA、及びポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインとアデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼドメインとを含む塩基編集体と接触させることを含み、前記ガイドRNAが、前記塩基編集体を標的指向化して前記HBVゲノムの前記核酸塩基の改変をもたらす、前記編集方法。
実施形態2
前記核酸塩基が、HBVタンパク質をコードするポリヌクレオチド中にある、実施形態1に記載の方法。
実施形態3
前記接触を、真核細胞、哺乳類細胞、またはヒト細胞において行う、実施形態1または2に記載の方法。
実施形態4
前記細胞が、in vivoまたはex vivoである、実施形態1～3のいずれか一項に記載の方法。
実施形態5
前記シチジンデアミナーゼが、前記HBVゲノム中の標的CをUに転換させる、実施形態1～4のいずれか一項に記載の方法。
実施形態6
前記シチジンデアミナーゼが、前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド内の標的C・GをT・Aに転換させる、実施形態1～4のいずれか一項に記載の方法。
実施形態7
前記アデノシンデアミナーゼが、前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド内の標的A・TをG・Cに転換させる、実施形態1～4のいずれか一項に記載の方法。
実施形態8
前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド中の前記核酸塩基の改変が、未成熟終止コドンを生じさせる、実施形態2～7のいずれか一項に記載の方法。
実施形態9
前記核酸塩基の前記改変が、HBV Xタンパク質において、R87*またはW120*終結を生じさせる、実施形態8に記載の方法。
実施形態10
前記核酸塩基の前記改変が、HBV Sタンパク質において、W35*またはW36*を生じさせる、実施形態8に記載の方法。
実施形態11
前記HBVポリヌクレオチドの前記改変がミスセンス変異である、実施形態2～7のいずれか一項に記載の方法。
実施形態12
前記ミスセンス変異が、HBV pol遺伝子にある、実施形態11に記載の方法。
実施形態13
前記ミスセンス変異が、前記HBV pol遺伝子によってコードされるHBVポリメラーゼタンパク質中のE24G、L25F、P26F、R27C、V48A、V48I、S382F、V378I、V378A、V379I、V379A、L377F、D380G、D380N、F381P、R376G、A422T、F423P、A432V、M433V、P434S、D540G、A688V、D689G、A717T、E718K、P713S、P713L、またはL719Pを生じさせる、実施形態12に記載の方法。
実施形態14
前記ミスセンス変異が、HBVコア遺伝子にある、実施形態11に記載の方法。
実施形態15
前記ミスセンス変異が、前記HBVコア遺伝子によってコードされるHBVコアタンパク質において、T160A、T160A、P161F、S162L、C183R、または*184Qを生じさせる、実施形態14に記載の方法。
実施形態16
前記ミスセンス変異が、HBV X遺伝子にある、実施形態11に記載の方法。
実施形態17
前記ミスセンス変異が、前記HBV X遺伝子によってコードされるHBV Xタンパク質において、H86R、W120R、E122K、E121K、またはL141Pを生じさせる、実施形態16に記載の方法。
実施形態18
前記ミスセンス変異が、HBV S遺伝子にある、実施形態11に記載の方法。
実施形態19
前記ミスセンス変異が、前記HBV S遺伝子によってコードされるHBV Sタンパク質において、S38F、L39F、W35R、W36R、T37I、T37A、R78Q、S34L、F80P、またはD33Gを生じさせる、実施形態18に記載の方法。
実施形態20
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)、Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)、Streptococcus thermophilus 1 Cas9 (St1Cas9)、Steptococcus canis Cas9 (ScCas9)、またはそのバリアントから選択されるCas9である、実施形態1～19のいずれか一項に記載の方法。
実施形態21
前記Cas9が、5’-NGG-3’、5’-NAG-3’、5’-NGA-3’、5’-NAA-3’、5’-NNAGGA-3’、または5’-NNACCA-3’から選択される核酸配列に対するプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する、実施形態18に記載の方法。
実施形態22
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する改変されたCas9を含む、実施形態1～20のいずれか一項に記載の方法。
実施形態23
前記改変されたPAMの核酸配列が、5’-NNNRRT-3’、NGA-3’、5’-NGCG-3’、5’-NGN-3’、NGCN-3’、5’-NGTN-3’、または5’-NAA-3’から選択される、実施形態19に記載の方法。
実施形態24
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントである、実施形態1～23のいずれか一項に記載の方法。
実施形態25
前記ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントが、アミノ酸置換D10Aまたはそれに対応するアミノ酸置換を含むヌクレアーゼ不活性化Cas9（dCas9）である、実施形態24に記載の方法。
実施形態26
前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸（DNA）中のアデニンを脱アミノ化することができる、実施形態1～25のいずれか一項に記載の方法。
実施形態27
前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼである、実施形態1～26のいずれか一項に記載の方法。
実施形態28
前記TadAデアミナーゼが、TadA*7.10、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24である、実施形態27に記載の方法。
実施形態29
前記シチジンデアミナーゼドメインが、DNA中のシチジンを脱アミノ化することができる、実施形態1～25のいずれか一項に記載の方法。
実施形態30
前記シチジンデアミナーゼが、APOBECまたはその誘導体である、実施形態29に記載の方法。
実施形態31
前記塩基編集体が、1つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）をさらに含む、実施形態1～30のいずれか一項に記載の方法。
実施形態32
前記1つ以上のガイドRNAが、CRISPR RNA（crRNA）及びトランスコードされた低分子RNA（tracrRNA）を含み、前記crRNAが、HBV核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態1～31のいずれか一項に記載の方法。
実施形態33
前記塩基編集体が、HBV核酸配列に相補的な核酸配列を含む単一のガイドRNA（sgRNA）と複合体を形成している、実施形態1～32のいずれか一項に記載の方法。
実施形態34
前記HBVタンパク質が、S、pol、コアまたはXタンパク質である、実施形態2～33のいずれか一項に記載の方法。
実施形態35
1つ以上の核酸塩基を編集することを含む、実施形態1～34のいずれか一項に記載の方法。
実施形態36
2つ以上のHBV核酸配列を標的とする2つ以上のガイドRNAを含む、実施形態1～35のいずれか一項に記載の方法。
実施形態37
前記ガイドRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA；もしくはAAUCCACACUCCGAAAGACAの1つ以上から選択される配列またはその1、2、3、4、もしくは5ヌクレオチドの5’短縮断片を含む、実施形態1～36のいずれか一項に記載の方法。
実施形態38
対象におけるB型肝炎ウイルス（HBV）感染症の治療方法であって、前記方法が、それを必要とする対象に、ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインとアデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼドメインである塩基編集体ドメインとを含む融合タンパク質または前記融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、ならびに、前記塩基編集体ドメインを標的指向化して、HBVポリペプチドをコードする核酸配列のA・TからG・C、C・GからT・A、またはC・GからU・Aへの改変をもたらす1つ以上のガイドポリヌクレオチドを投与することを含む、前記治療方法。
実施形態39
対象におけるB型肝炎ウイルス（HBV）感染症の治療方法であって、前記方法が、それを必要とする対象に、ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインとアデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼドメインである塩基編集体ドメインとをコードする1つ以上のポリヌクレオチド、ならびに、前記塩基編集体ドメインを標的指向化して、HBVポリペプチドをコードする前記核酸配列のA・TからG・C、C・GからT・A、またはC・GからU・Aへの改変をもたらす1つ以上のガイドポリヌクレオチドを投与することを含む、前記治療方法。
実施形態40
前記対象が、哺乳類またはヒトである、実施形態38または39に記載の方法。
実施形態41
前記融合タンパク質、前記融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインと前記塩基編集体ドメインとをコードする前記1つ以上のポリヌクレオチド、ならびに前記1つ以上のガイドポリヌクレオチドを、前記対象の細胞に送達することを含む、実施形態38～40のいずれか一項に記載の方法。
実施形態42
前記細胞が肝細胞である、実施形態38～41のいずれか一項に記載の方法。
実施形態43
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)、Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)、Streptococcus thermophilus 1 Cas9 (St1Cas9)、Steptococcus canis Cas9 (ScCas9)、またはそのバリアントから選択されるCas9である、実施形態38～42のいずれか一項に記載の方法。
実施形態44
前記Cas9が、5’-NGG-3’、5’-NAG-3’、5’-NGA-3’、5’-NAA-3’、5’-NNAGGA-3’、または5’-NNACCA-3’から選択される核酸配列に対するプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する、実施形態43に記載の方法。
実施形態45
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する改変されたCas9を含む、実施形態38～44のいずれか一項に記載の方法。
実施形態46
前記改変されたPAMの核酸配列が、5’-NNNRRT-3’、NGA-3’、5’-NGCG-3’、5’-NGN-3’、NGCN-3’、5’-NGTN-3’、または5’-NAA-3’から選択される、実施形態45に記載の方法。
実施形態47
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントである、実施形態38～46のいずれか一項に記載の方法。
実施形態48
前記ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントが、アミノ酸置換D10Aまたはそれに対応するアミノ酸置換を含むヌクレアーゼ不活性化Cas9（dCas9）である、実施形態47に記載の方法。
実施形態49
前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸（DNA）中のアデニンを脱アミノ化することができる、実施形態38～48のいずれか一項に記載の方法。
実施形態50
前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼである、実施形態49に記載の方法。
実施形態51
前記TadAデアミナーゼが、TadA*7.10、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24である、実施形態50に記載の方法。
実施形態52
前記シチジンデアミナーゼドメインが、DNA中のシチジンを脱アミノ化することができる、実施形態38～48のいずれか一項に記載の方法。
実施形態53
前記シチジンデアミナーゼが、APOBECまたはその誘導体である、実施形態52に記載の方法。
実施形態54
前記塩基編集体が、1つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）をさらに含む、実施形態52～54のいずれか一項に記載の方法。
実施形態55
前記塩基編集体が、ウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）を含まない、実施形態52～54のいずれか一項に記載の方法。
実施形態56
前記1つ以上のガイドRNAが、CRISPR RNA（crRNA）及びトランスコードされた低分子RNA（tracrRNA）を含み、前記crRNAが、HBV核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態38～55のいずれか一項に記載の方法。
実施形態57
前記塩基編集体が、HBV核酸配列に相補的な核酸配列を含む単一のガイドRNA（sgRNA）と複合体を形成している、実施形態38～56のいずれか一項に記載の方法。
実施形態58
前記sgRNAが、前記HBV核酸配列に相補的な少なくとも10個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含む、実施形態57に記載の方法。
実施形態59
前記sgRNAが、前記HBV核酸配列に相補的な15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含む、実施形態58に記載の方法。
実施形態60
1つ以上の核酸塩基を編集することを含む、実施形態38～59のいずれか一項に記載の方法。
実施形態61
2つ以上のHBV核酸配列を標的とする2つ以上のガイドRNAを含む、実施形態38～60のいずれか一項に記載の方法。
実施形態62
3、4、または5つのHBV核酸配列を標的とする2つ以上のガイドRNAを含む、実施形態61に記載の方法。
実施形態63
前記HBV核酸配列が、HBVポリメラーゼ、HBVコアタンパク質、HBV Sタンパク質、HBV Xタンパク質、またはそれらの組み合わせから選択される1つ以上のHBVタンパク質をコードする、実施形態61または実施形態62に記載の方法。
実施形態64
前記1つ以上のガイドRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA；もしくは
AAUCCACACUCCGAAAGACAの1つ以上から選択される配列、またはその1、2、3、4、もしくは5ヌクレオチドの5’短縮断片を含む、実施形態38～63のいずれか一項に記載の方法。
実施形態65
前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドの改変が、未成熟終止コドンである、実施形態38～64のいずれか一項に記載の方法。
実施形態66
前記核酸配列の改変が、前記核酸にコードされるHBV Xタンパク質において、R87*またはW120*を生じさせる、実施形態38～65のいずれか一項に記載の方法。
実施形態67
前記核酸配列の改変が、前記核酸にコードされるHBV Sタンパク質において、W35*またはW36*を生じさせる、実施形態66に記載の方法。
実施形態68
前記HBVをコードする前記ポリヌクレオチドの前記改変がミスセンス変異である、実施形態38～64の実施形態に記載の方法。
実施形態69
前記ミスセンス変異が、HBV pol遺伝子にある、実施形態68に記載の方法。
実施形態70
前記HBV pol遺伝子内の前記ミスセンス変異が、前記HBV pol遺伝子によってコードされるHBVポリメラーゼ中にE24G、L25F、P26F、R27C、V48A、V48I、S382F、V378I、V378A、V379I、V379A、L377F、D380G、D380N、F381P、R376G、A422T、F423P、A432V、M433V、P434S、D540G、A688V、D689G、A717T、E718K、P713S、P713L、またはL719Pを生じさせる、実施形態69に記載の方法。
実施形態71
前記ミスセンス変異が、HBVコア遺伝子にある、実施形態68に記載の方法。
実施形態72
前記HBVコア遺伝子内の前記ミスセンス変異が、前記HBVコア遺伝子によってコードされるHBVコアタンパク質において、T160A、T160A、P161F、S162L、C183R、または*184Qを生じさせる、実施形態71に記載の方法。
実施形態73
前記ミスセンス変異が、HBV X遺伝子にある、実施形態68に記載の方法。
実施形態74
前記HBV X遺伝子内の前記ミスセンス変異が、前記HBV X遺伝子によってコードされるHBV Xタンパク質において、H86R、W120R、E122K、E121K、またはL141Pを生じさせる、実施形態73に記載の方法。
実施形態75
前記ミスセンス変異が、HBV S遺伝子にある、実施形態68に記載の方法。
実施形態76
前記HBV S遺伝子内の前記ミスセンス変異が、前記HBV S遺伝子によってコードされるHBV Sタンパク質において、S38F、L39F、W35R、W36R、T37I、T37A、R78Q、S34L、F80P、またはD33Gを生じさせる、実施形態75に記載の方法。
実施形態77
前記塩基編集体が、BE4またはBE4のバリアントであり、APOBEC-1がAPOBEC-3Aの配列で置き換えられており、及び/またはCas9が、V1134、R1217、Q1334、及びR1336を含むCas9バリアント（SpCas9-VRQRと呼ばれる）で置き換えられている、実施形態1～76のいずれか一項に記載の方法。
実施形態78
ガイドRNAに結合した塩基編集体を含む組成物であって、前記ガイドRNAが、HBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、前記組成物。
実施形態79
前記塩基編集体が、アデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼを含む、実施形態78に記載の組成物。
実施形態80
前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸（DNA）中のアデニンを脱アミノ化することができる、実施形態79に記載の組成物。
実施形態81
前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼである、実施形態80に記載の組成物。
実施形態82
前記TadAデアミナーゼが、TadA*7.10、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24である、実施形態81に記載の組成物。
実施形態83
前記シチジンデアミナーゼドメインが、DNA中のシチジンを脱アミノ化することができる、実施形態79に記載の組成物。
実施形態84
前記シチジンデアミナーゼが、APOBECまたはその誘導体である、実施形態83に記載の組成物。
実施形態85
前記塩基編集体が、1つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）をさらに含む、実施形態83または実施形態84に記載の組成物。
実施形態86
前記塩基編集体が、ウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）を含まない、実施形態83または実施形態84に記載の組成物。
実施形態87
前記塩基編集体が、
(i) Cas9ニッカーゼを含むか；
(ii) ヌクレアーゼ不活性Cas9を含むか；
(iii) UGIドメインを含まないか；
(iv) APOBEC-1もしくはAPOBEC-3Aシチジンデアミナーゼを含むか；
(v)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含むか；または
(vi)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含む、
実施形態78～86のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態88
前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼ、HBVコアタンパク質、HBV Sタンパク質、またはHBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、実施形態78～87のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態89
前記ガイドRNAが、HBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態78～88のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態90
前記ガイドRNAが、HBV Sタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態78～88のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態91
前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼをコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態78～8888のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態92
前記ガイドRNAが、HBVコアタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態78～88のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態93
前記ガイドRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA、及び
AAUCCACACUCCGAAAGACAからなる群から選択される核酸の5’末端からの1、2、3、4、または5個の核酸のトランケーションを含む、実施形態78～92のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態94
前記ガイドRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA、及び
AAUCCACACUCCGAAAGACAからなる群から選択される核酸を含む、実施形態78～92のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態95
脂質をさらに含み、任意選択で前記脂質がカチオン性脂質である、実施形態78～94のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態96
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、実施形態78～95のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態97
HBV感染症の治療のための医薬組成物であって、
(i) 薬学的に許容される賦形剤中に、塩基編集体、または前記塩基編集体をコードする核酸、ならびにHBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む1つ以上のガイドRNA（gRNA）を含む、前記医薬組成物。
実施形態98
前記塩基編集体が、
(i) Cas9ニッカーゼを含むか；
(ii) ヌクレアーゼ不活性Cas9を含むか；
(iii) UGIドメインを含まないか；
(iv) APOBEC-1もしくはAPOBEC-3Aシチジンデアミナーゼを含むか；
(v)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含むか；または
(vi)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含む、
実施形態97に記載の医薬組成物。
実施形態99
前記塩基編集体が、Cas9、またはV1134、R1217、Q1334、及びR1336を含むCas9バリアント（SpCas9-VRQR）を含む、実施形態97または実施形態98に記載の医薬組成物。
実施形態100
前記gRNA及び前記塩基編集体を一緒にまたは別々に製剤化する、実施形態97～99のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態101
前記gRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA；もしくはAAUCCACACUCCGAAAGACAの1つ以上から選択される核酸配列、またはその1、2、3、4、もしくは5ヌクレオチドの5’短縮断片を含む、実施形態97～100のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態102
哺乳類細胞での発現に適したベクターをさらに含み、前記ベクターが、前記塩基編集体をコードするポリヌクレオチドを含む、実施形態97～101のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態103
前記ベクターがウイルスベクターである、実施形態102に記載の医薬組成物。
実施形態104
前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、レンチウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、またはアデノ随伴ウイルスベクター（AAV）である、実施形態103に記載の医薬組成物。
実施形態105
哺乳類細胞での発現に適したリボ核粒子をさらに含む、実施形態97～101のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態106
HBV感染症の治療方法であって、それを必要とする対象に実施形態96に記載の組成物を投与することを含む、前記治療方法。
実施形態107
HBV感染症の治療方法であって、それを必要とする対象に実施形態97～105のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記治療方法。
実施形態108
X遺伝子にR87STOPまたはW120STOPを導入する未成熟終止コドン；
S遺伝子にW35STOPまたはW36STOPを導入する未成熟終止コドン；
HBVポリメラーゼに、E24G、L25F、P26F、R27C、V48A、V48I、S382F、V378I、V378A、V379I、V379A、L377F、D380G、D380N、F381P、R376G、A422T、F423P、A432V、M433V、P434S、D540G、A688V、D689G、A717T、E718K、P713S、P713L、またはL719Pを導入するHBV pol遺伝子内のミスセンス変異；
HBVコアポリペプチドに、T160A、T160A、P161F、S162L、C183R、またはSTOP184Qを導入するHBVコア遺伝子内のミスセンス変異；
HBV Xポリペプチドに、H86R、W120R、E122K、E121K、またはL141Pを導入するX遺伝子内のミスセンス変異；及び
HBV Sポリペプチドに、S38F、L39F、W35R、W36R、T37I、T37A、R78Q、S34L、F80P、またはD33Gを導入するS遺伝子内のミスセンス変異
からなる群から選択される改変を含む、HBVゲノム。
実施形態109
前記ゲノムが、前記改変のうちの2つ以上を含む、実施形態108に記載のHBVゲノム。
実施形態110
前記HBVが、遺伝子型Cまたは遺伝子型Dのものである、実施形態1～77のいずれか一項に記載の方法、または実施形態108もしくは実施形態109に記載のHBVゲノム。
実施形態111
対象におけるHBV感染症の治療における実施形態78～96のいずれか一項に記載の組成物の使用。
実施形態112
対象におけるHBV感染症の治療における実施形態97～105のいずれか一項に記載の医薬組成物の使用。
実施形態113
前記対象が哺乳類である、実施形態111または実施形態112に記載の使用。
実施形態114
前記対象がヒトである、実施形態111～113のいずれか一項に記載の使用。
実施形態115
前記1つ以上のガイドRNAが表26に記載されたものである、実施形態1～77のいずれか一項に記載の方法、実施形態97～100のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態116
HBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、ガイドRNA。
実施形態117
前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼ、HBVコアタンパク質、HBV Sタンパク質、またはHBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、実施形態116に記載のガイドRNA。
実施形態118
HBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態119
HBV Sタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態120
HBVポリメラーゼをコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態121
HBVコアタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態122
5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA、及び
AAUCCACACUCCGAAAGACAからなる群から選択される核酸の5’末端からの1、2、3、4、または5個の核酸のトランケーションを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態123
5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA、及び
AAUCCACACUCCGAAAGACAからなる群から選択される核酸を含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態124
(i) 塩基編集体をコードする核酸、及び(ii) 実施形態116～123のいずれか一項に記載のガイドRNAを含む、医薬組成物。
実施形態125
脂質をさらに含む、実施形態124に記載の医薬組成物。
実施形態126
前記塩基編集体をコードする前記核酸がmRNAである、実施形態124または125に記載の医薬組成物。
本発明の実施は、別途示されない限り、分子生物学(組換え技術を含む)、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来の技術を使用し、これらは十分に当業者の範囲内である。そのような技術は、”Molecular Cloning:A Laboratory Manual”,second edition (Sambrook,1989);”Oligonucleotide Synthesis” (Gait,1984);”Animal Cell Culture” (Freshney,1987);”Methods in Enzymology” ”Handbook of Experimental Immunology” (Weir,1996);”Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells” (Miller and Calos,1987);”Current Protocols in Molecular Biology” (Ausubel,1987);”PCR:The Polymerase Chain Reaction”, (Mullis,1994);”Current Protocols in Immunology” (Coligan,1991)などの文献で完全に説明されている。これらの技術は、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの製造に適用可能であり、したがって、本発明を作成及び実施する際に考慮され得る。特定の実施形態に特に有用な技術については、以下の節で説明する。
実施形態1
B型肝炎ウイルス（HBV）ゲノムの核酸塩基の編集方法であって、前記方法が、前記HBVゲノムを、1つ以上のガイドRNA、及びポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインとアデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼドメインとを含む塩基編集体と接触させることを含み、前記ガイドRNAが、前記塩基編集体を標的指向化して前記HBVゲノムの前記核酸塩基の改変をもたらす、前記編集方法。
実施形態2
前記核酸塩基が、HBVタンパク質をコードするポリヌクレオチド中にある、実施形態1に記載の方法。
実施形態3
前記接触を、真核細胞、哺乳類細胞、またはヒト細胞において行う、実施形態1または2に記載の方法。
実施形態4
前記細胞が、in vivoまたはex vivoである、実施形態1～3のいずれか一項に記載の方法。
実施形態5
前記シチジンデアミナーゼが、前記HBVゲノム中の標的CをUに転換させる、実施形態1～4のいずれか一項に記載の方法。
実施形態6
前記シチジンデアミナーゼが、前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド内の標的C・GをT・Aに転換させる、実施形態1～4のいずれか一項に記載の方法。
実施形態7
前記アデノシンデアミナーゼが、前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド内の標的A・TをG・Cに転換させる、実施形態1～4のいずれか一項に記載の方法。
実施形態8
前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド中の前記核酸塩基の改変が、未成熟終止コドンを生じさせる、実施形態2～7のいずれか一項に記載の方法。
実施形態9
前記核酸塩基の前記改変が、HBV Xタンパク質において、R87*またはW120*終結を生じさせる、実施形態8に記載の方法。
実施形態10
前記核酸塩基の前記改変が、HBV Sタンパク質において、W35*またはW36*を生じさせる、実施形態8に記載の方法。
実施形態11
前記HBVポリヌクレオチドの前記改変がミスセンス変異である、実施形態2～7のいずれか一項に記載の方法。
実施形態12
前記ミスセンス変異が、HBV pol遺伝子にある、実施形態11に記載の方法。
実施形態13
前記ミスセンス変異が、前記HBV pol遺伝子によってコードされるHBVポリメラーゼタンパク質中のE24G、L25F、P26F、R27C、V48A、V48I、S382F、V378I、V378A、V379I、V379A、L377F、D380G、D380N、F381P、R376G、A422T、F423P、A432V、M433V、P434S、D540G、A688V、D689G、A717T、E718K、P713S、P713L、またはL719Pを生じさせる、実施形態12に記載の方法。
実施形態14
前記ミスセンス変異が、HBVコア遺伝子にある、実施形態11に記載の方法。
実施形態15
前記ミスセンス変異が、前記HBVコア遺伝子によってコードされるHBVコアタンパク質において、T160A、T160A、P161F、S162L、C183R、または*184Qを生じさせる、実施形態14に記載の方法。
実施形態16
前記ミスセンス変異が、HBV X遺伝子にある、実施形態11に記載の方法。
実施形態17
前記ミスセンス変異が、前記HBV X遺伝子によってコードされるHBV Xタンパク質において、H86R、W120R、E122K、E121K、またはL141Pを生じさせる、実施形態16に記載の方法。
実施形態18
前記ミスセンス変異が、HBV S遺伝子にある、実施形態11に記載の方法。
実施形態19
前記ミスセンス変異が、前記HBV S遺伝子によってコードされるHBV Sタンパク質において、S38F、L39F、W35R、W36R、T37I、T37A、R78Q、S34L、F80P、またはD33Gを生じさせる、実施形態18に記載の方法。
実施形態20
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)、Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)、Streptococcus thermophilus 1 Cas9 (St1Cas9)、Steptococcus canis Cas9 (ScCas9)、またはそのバリアントから選択されるCas9である、実施形態1～19のいずれか一項に記載の方法。
実施形態21
前記Cas9が、5’-NGG-3’、5’-NAG-3’、5’-NGA-3’、5’-NAA-3’、5’-NNAGGA-3’、または5’-NNACCA-3’から選択される核酸配列に対するプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する、実施形態18に記載の方法。
実施形態22
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する改変されたCas9を含む、実施形態1～20のいずれか一項に記載の方法。
実施形態23
前記改変されたPAMの核酸配列が、5’-NNNRRT-3’、NGA-3’、5’-NGCG-3’、5’-NGN-3’、NGCN-3’、5’-NGTN-3’、または5’-NAA-3’から選択される、実施形態19に記載の方法。
実施形態24
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントである、実施形態1～23のいずれか一項に記載の方法。
実施形態25
前記ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントが、アミノ酸置換D10Aまたはそれに対応するアミノ酸置換を含むヌクレアーゼ不活性化Cas9（dCas9）である、実施形態24に記載の方法。
実施形態26
前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸（DNA）中のアデニンを脱アミノ化することができる、実施形態1～25のいずれか一項に記載の方法。
実施形態27
前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼである、実施形態1～26のいずれか一項に記載の方法。
実施形態28
前記TadAデアミナーゼが、TadA*7.10、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24である、実施形態27に記載の方法。
実施形態29
前記シチジンデアミナーゼドメインが、DNA中のシチジンを脱アミノ化することができる、実施形態1～25のいずれか一項に記載の方法。
実施形態30
前記シチジンデアミナーゼが、APOBECまたはその誘導体である、実施形態29に記載の方法。
実施形態31
前記塩基編集体が、1つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）をさらに含む、実施形態1～30のいずれか一項に記載の方法。
実施形態32
前記1つ以上のガイドRNAが、CRISPR RNA（crRNA）及びトランスコードされた低分子RNA（tracrRNA）を含み、前記crRNAが、HBV核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態1～31のいずれか一項に記載の方法。
実施形態33
前記塩基編集体が、HBV核酸配列に相補的な核酸配列を含む単一のガイドRNA（sgRNA）と複合体を形成している、実施形態1～32のいずれか一項に記載の方法。
実施形態34
前記HBVタンパク質が、S、pol、コアまたはXタンパク質である、実施形態2～33のいずれか一項に記載の方法。
実施形態35
1つ以上の核酸塩基を編集することを含む、実施形態1～34のいずれか一項に記載の方法。
実施形態36
2つ以上のHBV核酸配列を標的とする2つ以上のガイドRNAを含む、実施形態1～35のいずれか一項に記載の方法。
実施形態37
前記ガイドRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA；もしくはAAUCCACACUCCGAAAGACAの1つ以上から選択される配列またはその1、2、3、4、もしくは5ヌクレオチドの5’短縮断片を含む、実施形態1～36のいずれか一項に記載の方法。
実施形態38
対象におけるB型肝炎ウイルス（HBV）感染症の治療方法であって、前記方法が、それを必要とする対象に、ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインとアデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼドメインである塩基編集体ドメインとを含む融合タンパク質または前記融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、ならびに、前記塩基編集体ドメインを標的指向化して、HBVポリペプチドをコードする核酸配列のA・TからG・C、C・GからT・A、またはC・GからU・Aへの改変をもたらす1つ以上のガイドポリヌクレオチドを投与することを含む、前記治療方法。
実施形態39
対象におけるB型肝炎ウイルス（HBV）感染症の治療方法であって、前記方法が、それを必要とする対象に、ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインとアデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼドメインである塩基編集体ドメインとをコードする1つ以上のポリヌクレオチド、ならびに、前記塩基編集体ドメインを標的指向化して、HBVポリペプチドをコードする前記核酸配列のA・TからG・C、C・GからT・A、またはC・GからU・Aへの改変をもたらす1つ以上のガイドポリヌクレオチドを投与することを含む、前記治療方法。
実施形態40
前記対象が、哺乳類またはヒトである、実施形態38または39に記載の方法。
実施形態41
前記融合タンパク質、前記融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、またはポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインと前記塩基編集体ドメインとをコードする前記1つ以上のポリヌクレオチド、ならびに前記1つ以上のガイドポリヌクレオチドを、前記対象の細胞に送達することを含む、実施形態38～40のいずれか一項に記載の方法。
実施形態42
前記細胞が肝細胞である、実施形態38～41のいずれか一項に記載の方法。
実施形態43
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)、Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)、Streptococcus thermophilus 1 Cas9 (St1Cas9)、Steptococcus canis Cas9 (ScCas9)、またはそのバリアントから選択されるCas9である、実施形態38～42のいずれか一項に記載の方法。
実施形態44
前記Cas9が、5’-NGG-3’、5’-NAG-3’、5’-NGA-3’、5’-NAA-3’、5’-NNAGGA-3’、または5’-NNACCA-3’から選択される核酸配列に対するプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する、実施形態43に記載の方法。
実施形態45
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する改変されたCas9を含む、実施形態38～44のいずれか一項に記載の方法。
実施形態46
前記改変されたPAMの核酸配列が、5’-NNNRRT-3’、NGA-3’、5’-NGCG-3’、5’-NGN-3’、NGCN-3’、5’-NGTN-3’、または5’-NAA-3’から選択される、実施形態45に記載の方法。
実施形態47
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントである、実施形態38～46のいずれか一項に記載の方法。
実施形態48
前記ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントが、アミノ酸置換D10Aまたはそれに対応するアミノ酸置換を含むヌクレアーゼ不活性化Cas9（dCas9）である、実施形態47に記載の方法。
実施形態49
前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸（DNA）中のアデニンを脱アミノ化することができる、実施形態38～48のいずれか一項に記載の方法。
実施形態50
前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼである、実施形態49に記載の方法。
実施形態51
前記TadAデアミナーゼが、TadA*7.10、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24である、実施形態50に記載の方法。
実施形態52
前記シチジンデアミナーゼドメインが、DNA中のシチジンを脱アミノ化することができる、実施形態38～48のいずれか一項に記載の方法。
実施形態53
前記シチジンデアミナーゼが、APOBECまたはその誘導体である、実施形態52に記載の方法。
実施形態54
前記塩基編集体が、1つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）をさらに含む、実施形態52～54のいずれか一項に記載の方法。
実施形態55
前記塩基編集体が、ウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）を含まない、実施形態52～54のいずれか一項に記載の方法。
実施形態56
前記1つ以上のガイドRNAが、CRISPR RNA（crRNA）及びトランスコードされた低分子RNA（tracrRNA）を含み、前記crRNAが、HBV核酸配列に相補的な核酸配列を含む、実施形態38～55のいずれか一項に記載の方法。
実施形態57
前記塩基編集体が、HBV核酸配列に相補的な核酸配列を含む単一のガイドRNA（sgRNA）と複合体を形成している、実施形態38～56のいずれか一項に記載の方法。
実施形態58
前記sgRNAが、前記HBV核酸配列に相補的な少なくとも10個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含む、実施形態57に記載の方法。
実施形態59
前記sgRNAが、前記HBV核酸配列に相補的な15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含む、実施形態58に記載の方法。
実施形態60
1つ以上の核酸塩基を編集することを含む、実施形態38～59のいずれか一項に記載の方法。
実施形態61
2つ以上のHBV核酸配列を標的とする2つ以上のガイドRNAを含む、実施形態38～60のいずれか一項に記載の方法。
実施形態62
3、4、または5つのHBV核酸配列を標的とする2つ以上のガイドRNAを含む、実施形態61に記載の方法。
実施形態63
前記HBV核酸配列が、HBVポリメラーゼ、HBVコアタンパク質、HBV Sタンパク質、HBV Xタンパク質、またはそれらの組み合わせから選択される1つ以上のHBVタンパク質をコードする、実施形態61または実施形態62に記載の方法。
実施形態64
前記1つ以上のガイドRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA；もしくは
AAUCCACACUCCGAAAGACAの1つ以上から選択される配列、またはその1、2、3、4、もしくは5ヌクレオチドの5’短縮断片を含む、実施形態38～63のいずれか一項に記載の方法。
実施形態65
前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドの改変が、未成熟終止コドンである、実施形態38～64のいずれか一項に記載の方法。
実施形態66
前記核酸配列の改変が、前記核酸にコードされるHBV Xタンパク質において、R87*またはW120*を生じさせる、実施形態38～65のいずれか一項に記載の方法。
実施形態67
前記核酸配列の改変が、前記核酸にコードされるHBV Sタンパク質において、W35*またはW36*を生じさせる、実施形態66に記載の方法。
実施形態68
前記HBVをコードする前記ポリヌクレオチドの前記改変がミスセンス変異である、実施形態38～64の実施形態に記載の方法。
実施形態69
前記ミスセンス変異が、HBV pol遺伝子にある、実施形態68に記載の方法。
実施形態70
前記HBV pol遺伝子内の前記ミスセンス変異が、前記HBV pol遺伝子によってコードされるHBVポリメラーゼ中にE24G、L25F、P26F、R27C、V48A、V48I、S382F、V378I、V378A、V379I、V379A、L377F、D380G、D380N、F381P、R376G、A422T、F423P、A432V、M433V、P434S、D540G、A688V、D689G、A717T、E718K、P713S、P713L、またはL719Pを生じさせる、実施形態69に記載の方法。
実施形態71
前記ミスセンス変異が、HBVコア遺伝子にある、実施形態68に記載の方法。
実施形態72
前記HBVコア遺伝子内の前記ミスセンス変異が、前記HBVコア遺伝子によってコードされるHBVコアタンパク質において、T160A、T160A、P161F、S162L、C183R、または*184Qを生じさせる、実施形態71に記載の方法。
実施形態73
前記ミスセンス変異が、HBV X遺伝子にある、実施形態68に記載の方法。
実施形態74
前記HBV X遺伝子内の前記ミスセンス変異が、前記HBV X遺伝子によってコードされるHBV Xタンパク質において、H86R、W120R、E122K、E121K、またはL141Pを生じさせる、実施形態73に記載の方法。
実施形態75
前記ミスセンス変異が、HBV S遺伝子にある、実施形態68に記載の方法。
実施形態76
前記HBV S遺伝子内の前記ミスセンス変異が、前記HBV S遺伝子によってコードされるHBV Sタンパク質において、S38F、L39F、W35R、W36R、T37I、T37A、R78Q、S34L、F80P、またはD33Gを生じさせる、実施形態75に記載の方法。
実施形態77
前記塩基編集体が、BE4またはBE4のバリアントであり、APOBEC-1がAPOBEC-3Aの配列で置き換えられており、及び/またはCas9が、V1134、R1217、Q1334、及びR1336を含むCas9バリアント（SpCas9-VRQRと呼ばれる）で置き換えられている、実施形態1～76のいずれか一項に記載の方法。
実施形態78
ガイドRNAに結合した塩基編集体を含む組成物であって、前記ガイドRNAが、HBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、前記組成物。
実施形態79
前記塩基編集体が、アデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼを含む、実施形態78に記載の組成物。
実施形態80
前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸（DNA）中のアデニンを脱アミノ化することができる、実施形態79に記載の組成物。
実施形態81
前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼである、実施形態80に記載の組成物。
実施形態82
前記TadAデアミナーゼが、TadA*7.10、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24である、実施形態81に記載の組成物。
実施形態83
前記シチジンデアミナーゼドメインが、DNA中のシチジンを脱アミノ化することができる、実施形態79に記載の組成物。
実施形態84
前記シチジンデアミナーゼが、APOBECまたはその誘導体である、実施形態83に記載の組成物。
実施形態85
前記塩基編集体が、1つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）をさらに含む、実施形態83または実施形態84に記載の組成物。
実施形態86
前記塩基編集体が、ウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）を含まない、実施形態83または実施形態84に記載の組成物。
実施形態87
前記塩基編集体が、
(i) Cas9ニッカーゼを含むか；
(ii) ヌクレアーゼ不活性Cas9を含むか；
(iii) UGIドメインを含まないか；
(iv) APOBEC-1もしくはAPOBEC-3Aシチジンデアミナーゼを含むか；
(v)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含むか；または
(vi)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含む、
実施形態78～86のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態88
前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼ、HBVコアタンパク質、HBV Sタンパク質、またはHBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、実施形態78～87のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態89
前記ガイドRNAが、HBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態78～88のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態90
前記ガイドRNAが、HBV Sタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態78～88のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態91
前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼをコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態78～8888のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態92
前記ガイドRNAが、HBVコアタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態78～88のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態93
前記ガイドRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA、及び
AAUCCACACUCCGAAAGACAからなる群から選択される核酸の5’末端からの1、2、3、4、または5個の核酸のトランケーションを含む、実施形態78～92のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態94
前記ガイドRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA、及び
AAUCCACACUCCGAAAGACAからなる群から選択される核酸を含む、実施形態78～92のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態95
脂質をさらに含み、任意選択で前記脂質がカチオン性脂質である、実施形態78～94のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態96
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、実施形態78～95のいずれか一項に記載の組成物。
実施形態97
HBV感染症の治療のための医薬組成物であって、
(i) 薬学的に許容される賦形剤中に、塩基編集体、または前記塩基編集体をコードする核酸、ならびにHBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む1つ以上のガイドRNA（gRNA）を含む、前記医薬組成物。
実施形態98
前記塩基編集体が、
(i) Cas9ニッカーゼを含むか；
(ii) ヌクレアーゼ不活性Cas9を含むか；
(iii) UGIドメインを含まないか；
(iv) APOBEC-1もしくはAPOBEC-3Aシチジンデアミナーゼを含むか；
(v)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含むか；または
(vi)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含む、
実施形態97に記載の医薬組成物。
実施形態99
前記塩基編集体が、Cas9、またはV1134、R1217、Q1334、及びR1336を含むCas9バリアント（SpCas9-VRQR）を含む、実施形態97または実施形態98に記載の医薬組成物。
実施形態100
前記gRNA及び前記塩基編集体を一緒にまたは別々に製剤化する、実施形態97～99のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態101
前記gRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA；もしくはAAUCCACACUCCGAAAGACAの1つ以上から選択される核酸配列、またはその1、2、3、4、もしくは5ヌクレオチドの5’短縮断片を含む、実施形態97～100のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態102
哺乳類細胞での発現に適したベクターをさらに含み、前記ベクターが、前記塩基編集体をコードするポリヌクレオチドを含む、実施形態97～101のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態103
前記ベクターがウイルスベクターである、実施形態102に記載の医薬組成物。
実施形態104
前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、レンチウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、またはアデノ随伴ウイルスベクター（AAV）である、実施形態103に記載の医薬組成物。
実施形態105
哺乳類細胞での発現に適したリボ核粒子をさらに含む、実施形態97～101のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態106
HBV感染症の治療方法であって、それを必要とする対象に実施形態96に記載の組成物を投与することを含む、前記治療方法。
実施形態107
HBV感染症の治療方法であって、それを必要とする対象に実施形態97～105のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記治療方法。
実施形態108
X遺伝子にR87STOPまたはW120STOPを導入する未成熟終止コドン；
S遺伝子にW35STOPまたはW36STOPを導入する未成熟終止コドン；
HBVポリメラーゼに、E24G、L25F、P26F、R27C、V48A、V48I、S382F、V378I、V378A、V379I、V379A、L377F、D380G、D380N、F381P、R376G、A422T、F423P、A432V、M433V、P434S、D540G、A688V、D689G、A717T、E718K、P713S、P713L、またはL719Pを導入するHBV pol遺伝子内のミスセンス変異；
HBVコアポリペプチドに、T160A、T160A、P161F、S162L、C183R、またはSTOP184Qを導入するHBVコア遺伝子内のミスセンス変異；
HBV Xポリペプチドに、H86R、W120R、E122K、E121K、またはL141Pを導入するX遺伝子内のミスセンス変異；及び
HBV Sポリペプチドに、S38F、L39F、W35R、W36R、T37I、T37A、R78Q、S34L、F80P、またはD33Gを導入するS遺伝子内のミスセンス変異
からなる群から選択される改変を含む、HBVゲノム。
実施形態109
前記ゲノムが、前記改変のうちの2つ以上を含む、実施形態108に記載のHBVゲノム。
実施形態110
前記HBVが、遺伝子型Cまたは遺伝子型Dのものである、実施形態1～77のいずれか一項に記載の方法、または実施形態108もしくは実施形態109に記載のHBVゲノム。
実施形態111
対象におけるHBV感染症の治療における実施形態78～96のいずれか一項に記載の組成物の使用。
実施形態112
対象におけるHBV感染症の治療における実施形態97～105のいずれか一項に記載の医薬組成物の使用。
実施形態113
前記対象が哺乳類である、実施形態111または実施形態112に記載の使用。
実施形態114
前記対象がヒトである、実施形態111～113のいずれか一項に記載の使用。
実施形態115
前記1つ以上のガイドRNAが表26に記載されたものである、実施形態1～77のいずれか一項に記載の方法、実施形態97～100のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態116
HBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、ガイドRNA。
実施形態117
前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼ、HBVコアタンパク質、HBV Sタンパク質、またはHBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、実施形態116に記載のガイドRNA。
実施形態118
HBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態119
HBV Sタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態120
HBVポリメラーゼをコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態121
HBVコアタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態122
5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA、及び
AAUCCACACUCCGAAAGACAからなる群から選択される核酸の5’末端からの1、2、3、4、または5個の核酸のトランケーションを含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態123
5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA、及び
AAUCCACACUCCGAAAGACAからなる群から選択される核酸を含む、実施形態116または117に記載のガイドRNA。
実施形態124
(i) 塩基編集体をコードする核酸、及び(ii) 実施形態116～123のいずれか一項に記載のガイドRNAを含む、医薬組成物。
実施形態125
脂質をさらに含む、実施形態124に記載の医薬組成物。
実施形態126
前記塩基編集体をコードする前記核酸がmRNAである、実施形態124または125に記載の医薬組成物。
本発明の実施は、別途示されない限り、分子生物学(組換え技術を含む)、微生物学、細胞生物学、生化学及び免疫学の従来の技術を使用し、これらは十分に当業者の範囲内である。そのような技術は、”Molecular Cloning:A Laboratory Manual”,second edition (Sambrook,1989);”Oligonucleotide Synthesis” (Gait,1984);”Animal Cell Culture” (Freshney,1987);”Methods in Enzymology” ”Handbook of Experimental Immunology” (Weir,1996);”Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells” (Miller and Calos,1987);”Current Protocols in Molecular Biology” (Ausubel,1987);”PCR:The Polymerase Chain Reaction”, (Mullis,1994);”Current Protocols in Immunology” (Coligan,1991)などの文献で完全に説明されている。これらの技術は、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの製造に適用可能であり、したがって、本発明を作成及び実施する際に考慮され得る。特定の実施形態に特に有用な技術については、以下の節で説明する。
Claims (46)
- B型肝炎ウイルス（HBV）ゲノムの核酸塩基のin vitroまたはex vivo編集方法であって、前記方法が、前記HBVゲノムを、1つ以上のガイドRNA、及びポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインとアデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼドメインとを含む塩基編集体と接触させることを含み、前記ガイドRNAが、前記塩基編集体を標的指向化して前記HBVゲノムの前記核酸塩基の改変をもたらす、前記編集方法。
- 前記核酸塩基が、HBVタンパク質をコードするポリヌクレオチド中にある、請求項１に記載の方法。
- 前記接触を、真核細胞、哺乳類細胞、またはヒト細胞において行う、請求項１または２に記載の方法。
- 前記シチジンデアミナーゼが、前記HBVゲノム中の標的CをUに転換させる、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
- 前記シチジンデアミナーゼが、前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド内の標的C・GをT・Aに転換させるか；または
前記アデノシンデアミナーゼが、前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド内の標的A・TをG・Cに転換させる、
請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。 - 前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチド中の前記核酸塩基の改変が、未成熟終止コドンを生じさせる、請求項２～５のいずれか一項に記載の方法。
- 前記核酸塩基の前記改変が、HBV Xタンパク質において、R87*またはW120*終結を生じさせるか；または
前記核酸塩基の前記改変が、HBV Sタンパク質において、W35*またはW36*を生じさせる、
請求項６に記載の方法。 - 前記HBVポリヌクレオチドの前記改変がミスセンス変異である、請求項２～５のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ミスセンス変異が、HBV pol遺伝子にある、請求項８に記載の方法。
- 前記ミスセンス変異が、前記HBV pol遺伝子によってコードされるHBVポリメラーゼタンパク質中のE24G、L25F、P26F、R27C、V48A、V48I、S382F、V378I、V378A、V379I、V379A、L377F、D380G、D380N、F381P、R376G、A422T、F423P、A432V、M433V、P434S、D540G、A688V、D689G、A717T、E718K、P713S、P713L、またはL719Pを生じさせる、請求項９に記載の方法。
- 前記ミスセンス変異が、HBVコア遺伝子にある、請求項８に記載の方法。
- 前記ミスセンス変異が、前記HBVコア遺伝子によってコードされるHBVコアタンパク質において、T160A、T160A、P161F、S162L、C183R、または*184Qを生じさせる、請求項１１に記載の方法。
- 前記ミスセンス変異が、HBV X遺伝子にある、請求項８に記載の方法。
- 前記ミスセンス変異が、前記HBV X遺伝子によってコードされるHBV Xタンパク質において、H86R、W120R、E122K、E121K、またはL141Pを生じさせる、請求項１３に記載の方法。
- 前記ミスセンス変異が、HBV S遺伝子にある、請求項８に記載の方法。
- 前記ミスセンス変異が、前記HBV S遺伝子によってコードされるHBV Sタンパク質において、S38F、L39F、W35R、W36R、T37I、T37A、R78Q、S34L、F80P、またはD33Gを生じさせる、請求項１５に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)、Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)、Streptococcus thermophilus 1 Cas9 (St1Cas9)、Steptococcus canis Cas9 (ScCas9)、またはそのバリアントから選択されるCas9であるか；または
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、5’-NGG-3’、5’-NAG-3’、5’-NGA-3’、5’-NAA-3’、5’-NNAGGA-3’、または5’-NNACCA-3’から選択される核酸配列に対するプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有するCas9であるか；または
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する改変されたCas9を含むか；または
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する改変されたCas9を含み、前記改変されたPAMの核酸配列が、5’-NNNRRT-3’、NGA-3’、5’-NGCG-3’、5’-NGN-3’、NGCN-3’、5’-NGTN-3’、または5’-NAA-3’から選択される、
請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。 - 前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントである、請求項１～１７のいずれか一項に記載の方法。
- 前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼであるか；または
前記アデノシンデアミナーゼが、TadA*7.10、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24から選択されるTadAデアミナーゼである、
請求項１～１８のいずれか一項に記載の方法。 - 前記シチジンデアミナーゼドメインが、DNA中のシチジンを脱アミノ化することができ；および／または
前記シチジンデアミナーゼが、APOBECまたはその誘導体である、
請求項１～１９のいずれか一項に記載の方法。 - 前記塩基編集体が、1つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）をさらに含む、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。
- （ｉ）ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインとアデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼドメインである塩基編集体ドメインとを含む融合タンパク質または前記融合タンパク質をコードするポリヌクレオチド、ならびに、前記塩基編集体ドメインを標的指向化して、HBVポリペプチドをコードする核酸配列のA・TからG・C、C・GからT・A、またはC・GからU・Aへの改変をもたらす1つ以上のガイドポリヌクレオチド；または
（ｉｉ）ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインとアデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼドメインである塩基編集体ドメインとをコードする1つ以上のポリヌクレオチド、ならびに、前記塩基編集体ドメインを標的指向化して、HBVポリペプチドをコードする前記核酸配列のA・TからG・C、C・GからT・A、またはC・GからU・Aへの改変をもたらす1つ以上のガイドポリヌクレオチド
を含む、対象におけるB型肝炎ウイルス（HBV）感染症の治療用の医薬組成物。 - 哺乳類またはヒト対象の細胞に送達され、および／または肝細胞に送達される、請求項２２に記載の医薬組成物。
- 前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)、Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)、Streptococcus thermophilus 1 Cas9 (St1Cas9)、Steptococcus canis Cas9 (ScCas9)、またはそのバリアントから選択されるCas9であり；および／または
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、5’-NGG-3’、5’-NAG-3’、5’-NGA-3’、5’-NAA-3’、5’-NNAGGA-3’、または5’-NNACCA-3’から選択される核酸配列に対するプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有するCas9であり；および／または
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する改変されたCas9を含み；および／または
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有する改変されたCas9を含み、前記改変されたPAMの核酸配列が、5’-NNNRRT-3’、NGA-3’、5’-NGCG-3’、5’-NGN-3’、NGCN-3’、5’-NGTN-3’、または5’-NAA-3’から選択される、
請求項２２または２３に記載の医薬組成物。 - 前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、ヌクレアーゼ不活性バリアントまたはニッカーゼバリアントであり；および／または
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、アミノ酸置換D10Aまたはそれに対応するアミノ酸置換を含むヌクレアーゼ不活性化Cas9（dCas9）であるヌクレアーゼ不活性またはニッカーゼバリアントである、
請求項２２～２４のいずれか一項に記載の医薬組成物。 - 前記アデノシンデアミナーゼドメインが、デオキシリボ核酸（DNA）中のアデニンを脱アミノ化することができ；および／または
前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼであり；および／または
前記アデノシンデアミナーゼが、TadA*7.10、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24から選択されるTadAデアミナーゼである、
請求項２２～２５のいずれか一項に記載の医薬組成物。 - 前記シチジンデアミナーゼドメインが、DNA中のシチジンを脱アミノ化することができ；および／または
前記シチジンデアミナーゼが、APOBECまたはその誘導体であり；および／または
前記塩基編集体が、1つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）をさらに含む、
請求項２２～２５のいずれか一項に記載の医薬組成物。 - 前記塩基編集体が、HBV核酸配列に相補的な核酸配列を含む単一のガイドRNA（sgRNA）と複合体を形成している、請求項２２～２７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 前記sgRNAが、前記HBV核酸配列に相補的な少なくとも10個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含むか；または
前記sgRNAが、前記HBV核酸配列に相補的な15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40個の連続ヌクレオチドを含む核酸配列を含む、
請求項２８に記載の医薬組成物。 - （Ｉ）前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドの改変が、未成熟終止コドンであり；および／または
前記核酸配列の改変が、前記核酸にコードされるHBV Xタンパク質において、R87*またはW120*を生じさせ；および／または
前記核酸配列の改変が、前記核酸にコードされるHBV Sタンパク質において、W35*またはW36*を生じさせるか、または
（ＩＩ）前記HBVタンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドの前記改変がミスセンス変異であり；および／または
前記ミスセンス変異が、HBV pol遺伝子にあり；および／または
前記HBV pol遺伝子内の前記ミスセンス変異が、前記HBV pol遺伝子によってコードされるHBVポリメラーゼ中にE24G、L25F、P26F、R27C、V48A、V48I、S382F、V378I、V378A、V379I、V379A、L377F、D380G、D380N、F381P、R376G、A422T、F423P、A432V、M433V、P434S、D540G、A688V、D689G、A717T、E718K、P713S、P713L、またはL719Pを生じさせるか；または
前記ミスセンス変異が、HBVコア遺伝子にあるか；または
前記ミスセンス変異が、HBVコア遺伝子にあり、前記HBVコア遺伝子によってコードされるHBVコアタンパク質において、T160A、T160A、P161F、S162L、C183R、または*184Qを生じさせるか；または
（ＩＩＩ）前記ミスセンス変異が、HBV X遺伝子にあり；および／または
前記ミスセンス変異が、HBV X遺伝子にあり、かつ前記HBV X遺伝子によってコードされるHBV Xタンパク質において、H86R、W120R、E122K、E121K、またはL141Pを生じさせるか；または
（ＩＶ）前記ミスセンス変異が、HBV S遺伝子にあり；および／または
前記ミスセンス変異が前記HBV S遺伝子内にあり、かつ前記HBV S遺伝子によってコードされるHBV Sタンパク質において、S38F、L39F、W35R、W36R、T37I、T37A、R78Q、S34L、F80P、またはD33Gを生じさせる、
請求項２２～２９のいずれか一項に記載の医薬組成物。 - ガイドRNAに結合した塩基編集体を含む組成物であって、前記ガイドRNAが、HBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、前記組成物。
- 前記塩基編集体が、アデノシンデアミナーゼまたはシチジンデアミナーゼを含む、請求項３１に記載の組成物。
- 前記アデノシンデアミナーゼが、デオキシリボ核酸（DNA）中のアデニンを脱アミノ化することができるか；または
前記アデノシンデアミナーゼが、TadAデアミナーゼであり；および／または
前記アデノシンデアミナーゼが、TadA*7.10、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24から選択されるTadAデアミナーゼである、
請求項３２に記載の組成物。 - 前記シチジンデアミナーゼドメインが、DNA中のシチジンを脱アミノ化することができ；および／または
前記シチジンデアミナーゼが、APOBECまたはその誘導体であり；および／または
前記塩基編集体が、1つ以上のウラシルグリコシラーゼ阻害因子（UGI）をさらに含む、
請求項３２に記載の組成物。 - 前記塩基編集体が、
(i) Cas9ニッカーゼを含むか；
(ii) ヌクレアーゼ不活性Cas9を含むか；
(iii) UGIドメインを含まないか；
(iv) APOBEC-1もしくはAPOBEC-3Aシチジンデアミナーゼを含むか；
(v)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含むか；または
(vi)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含む、
請求項３１～３４のいずれか一項に記載の組成物。 - 前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼ、HBVコアタンパク質、HBV Sタンパク質、またはHBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に相補的な核酸配列を含み；および／または
前記ガイドRNAが、HBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含み；および／または
前記ガイドRNAが、HBV Sタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含み；および／または
前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼをコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含み；および／または
前記ガイドRNAが、HBVコアタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含む、
請求項３１～３５のいずれか一項に記載の組成物。 - 脂質をさらに含み、任意選択で前記脂質がカチオン性脂質であり；および／または
薬学的に許容される賦形剤をさらに含む、
請求項３１～３６のいずれか一項に記載の組成物。 - HBV感染症の治療のための医薬組成物であって、
(i) 薬学的に許容される賦形剤中に、塩基編集体、または前記塩基編集体をコードする核酸、ならびにHBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む1つ以上のガイドRNA（gRNA）を含む、前記医薬組成物。 - 前記塩基編集体が、
(i) Cas9ニッカーゼを含むか；
(ii) ヌクレアーゼ不活性Cas9を含むか；
(iii) UGIドメインを含まないか；
(iv) APOBEC-1もしくはAPOBEC-3Aシチジンデアミナーゼを含むか；
(v)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含むか；または
(vi)
MSSETGPVAVDPTLRRRIEPHEFEVFFDPRELRKETCLLYEINWGGRHSIWRHTSQNTNKHVEVNFIEKFTTERYFCPNTRCSITWFLSWSPCGECSRAITEFLSRYPHVTLFIYIARLYHHADPRNRQGLRDLISSGVTIQIMTEQESGYCWRNFVNYSPSNEAHWPRYPHLWVRLYVLELYCIILGLPPCLNILRRKQPQLTFFTIALQSCHYQRLPPHILWATGLKSGGSSGGSSGSETPGTSESATPESSGGSSGGSDKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGDSGGSKRTADGSEFESPKKKRKVEに対して少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%の同一性であるアミノ酸配列を含み；および／または
前記塩基編集体が、Cas9、またはV1134、R1217、Q1334、及びR1336を含むCas9バリアント（SpCas9-VRQR）を含み；および／または
前記gRNA及び前記塩基編集体は一緒にまたは別々に製剤化されている、
請求項３８に記載の医薬組成物。 - HBV感染症の治療用の、請求項３８または３９に記載の医薬組成物。
- X遺伝子にR87STOPまたはW120STOPを導入する未成熟終止コドン；
S遺伝子にW35STOPまたはW36STOPを導入する未成熟終止コドン；
HBVポリメラーゼに、E24G、L25F、P26F、R27C、V48A、V48I、S382F、V378I、V378A、V379I、V379A、L377F、D380G、D380N、F381P、R376G、A422T、F423P、A432V、M433V、P434S、D540G、A688V、D689G、A717T、E718K、P713S、P713L、またはL719Pを導入するHBV pol遺伝子内のミスセンス変異；
HBVコアポリペプチドに、T160A、T160A、P161F、S162L、C183R、またはSTOP184Qを導入するHBVコア遺伝子内のミスセンス変異；
HBV Xポリペプチドに、H86R、W120R、E122K、E121K、またはL141Pを導入するX遺伝子内のミスセンス変異；及び
HBV Sポリペプチドに、S38F、L39F、W35R、W36R、T37I、T37A、R78Q、S34L、F80P、またはD33Gを導入するS遺伝子内のミスセンス変異
からなる群から選択される改変を含む、HBVゲノム。 - HBV遺伝子に相補的な核酸配列を含む、ガイドRNA。
- 前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼ、HBVコアタンパク質、HBV Sタンパク質、またはHBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に相補的な核酸配列を含むか；または
前記ガイドRNAが、HBV Xタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含むか；または
前記ガイドRNAが、HBV Sタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含むか；または
前記ガイドRNAが、HBVポリメラーゼをコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含むか；または
前記ガイドRNAが、HBVコアタンパク質をコードするHBV遺伝子に完全に相補的である15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、または30個の連続ヌクレオチドを含むか；または
前記ガイドRNAが、5’から3’にかけて、
UCAAUCCCAACAAGGACACC；GGGAACAAGAUCUACAGCAU；
AAGCCCAGGAUGAUGGGAUG；CUGCCAACUGGAUCCUGCGC；
GACACAUCCAGCGAUAACCA；GCUGCCAACUGGAUCCUGCG；
UAUGGAUGAUGUGGUAUUGG；CCAUGCCCCAAAGCCACCCA；
AAGCCACCCAAGGCACAGCU；GAGAAGUCCACCACGAGUCU；
CUUCUCUCAAUUUUCUAGGG；GACGACGAGGCAGGUCCCCU；
CCCAACAAGGACACCUGGCC；UGCCAACUGGAUCCUGCGCG；
AGGAGUUCCGCAGUAUGGAU；CCGCAGUAUGGAUCGGCAGA；
CCUCUGCCGAUCCAUACUGC；CGCCCACCGAAUGUUGCCCA；
GACUUCUCUCAAUUUUCUAG；GUUCCGCAGUAUGGAUCGGC；
UACUAACAUUGAGGUUCCCG；UCCGCAGUAUGGAUCGGCAG；
UCCUCUGCCGAUCCAUACUG；GUAGCUCCAAAUUCUUUAUA、及び
AAUCCACACUCCGAAAGACAからなる群から選択される核酸を含む、
請求項４２に記載のガイドRNA。 - (i) 塩基編集体をコードする核酸、及び(ii) 請求項４２または４３に記載のガイドRNAを含む、医薬組成物。
- 脂質をさらに含む、請求項４４に記載の医薬組成物。
- 前記塩基編集体をコードする前記核酸がmRNAである、請求項４４または４５に記載の医薬組成物。
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