JPWO2020123753A5 - - Google Patents
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Description
ORF1のN22ドメイン中のYNPX2DXGX2Nモチーフ(配列番号829)の二次構造も、それを取り囲む保存二次構造を有する。5~6AAβ鎖で開始して、これは、モチーフの1位のチロシン(Y)後に切断し、モチーフのほとんどは、8~9AAランダムコイルとして末端アスパラギン(N)まで配列し、その地点で、7~8AAの別のβ鎖が開始する。例示的なアネロウイルス(Anellovirus)ORF1 N22モチーフ配列のアラインメントを図48に示す。このモチーフ中のチロシンはβ鎖を切断し、第2β鎖が、モチーフの末端アスパラギンで開始する。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
以下:
(I)以下:
(a)プロモータエレメントと、
(b)外性エフェクターをコード化する核酸配列であって、前記核酸配列が、前記プロモータエレメントに作動可能に連結されており、前記外性エフェクターが、IDH1阻害剤である、核酸配列と;
(c)以下:
配列番号54のヌクレオチド323~393の核酸配列、若しくはそれに対して少なくとも90%同一の核酸配列を含む5’UTRドメインと、
を含む遺伝子エレメント;
(II)アネロウイルス(Anellovirus)ORF1核酸によりコード化されるポリペプチド、例えばORF1分子を含むタンパク質性外層
を含む合成アネロソームにおいて;
前記遺伝子エレメントが、前記タンパク質性外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成アネロソームが、前記遺伝子エレメントをヒト細胞内に送達することができる、合成アネロソーム。
(項目2)
前記ORF1分子が、配列番号217のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目1に記載の合成アネロソーム。
(項目3)
前記ORF1分子が、配列番号54のヌクレオチド612~2612によりコード化される、項目1~2のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目4)
前記遺伝子エレメントが、配列番号54のヌクレオチド2868~2929の核酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有する核酸配列を含む、項目1~3のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目5)
前記ORF1分子が、表16に列挙されるargリッチ領域、ゼリーロールドメイン、超可変ドメイン、N22ドメイン、及び/又はC末端ドメインのアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列のうち1つ若しくは複数を含むアミノ酸配列を含む、項目1~4のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目6)
前記ORF1分子が、配列番号58のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有する核酸配列を含む、項目1~5のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目7)
表16に列挙されるORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをさらに含む、項目1~6のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目8)
前記遺伝子エレメントが、表16に列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列をコード化する、項目1~7のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目9)
前記合成アネロソームが、表16に列挙されるORF2、ORF2/2、ORF2/3、TAIP、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを含まない、項目1~8のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目10)
前記遺伝子エレメントが、表16に列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列をコード化しない、項目1~9のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目11)
前記ORF1分子が、アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)(X n は、各々独立して、任意のn個のアミノ酸の連続した配列である)を含む、項目1~10のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目12)
前記ORF1分子が、アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)とフランキングする第1β鎖及び第2β鎖をさらに含み、例えば、前記第1β鎖は、前記アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)のチロシン(Y)残基を含み、且つ/又は前記第2β鎖は、前記アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)の第2アスパラギン(N)残基(NからC)を含む、項目11に記載の合成アネロソーム。
(項目13)
前記ORF1分子が、N末端からC末端方向の順で、第1β鎖、第2β鎖、第1αヘリックス、第3β鎖、第4β鎖、第5β鎖、第2αヘリックス、第6β鎖、第7β鎖、第8β鎖、及び第9β鎖を含む、項目1~12のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目14)
前記遺伝子エレメントが、宿主細胞内でのローリングサークル複製により増幅されて、例えば、少なくとも8コピーを産生することができる、項目1~13のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目15)
前記遺伝子エレメントが、一本鎖である、項目1~14のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目16)
前記遺伝子エレメントが、環状である、項目1~15のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目17)
前記遺伝子エレメントが、DNAである、項目1~16のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目18)
前記遺伝子エレメントが、マイナス鎖DNAである、項目1~17のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目19)
前記遺伝子エレメントが、前記ヒト細胞に進入する前記アネロソームの10%、8%、6%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.2%、0.1%未満の頻度で組み込まれる、項目1~18のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目20)
前記遺伝子エレメントが、表16-1に示すコンセンサス5’UTR核酸配列の配列を含む、項目1~19のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目21)
前記遺伝子エレメントが、表16-2に示すコンセンサスGCリッチ領域の配列を含む、項目1~20のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目22)
前記遺伝子エレメントが、少なくとも100ヌクレオチド長の配列を含み、これは、少なくとも70%(例えば、約70~100%、75~95%、80~95%、85~95%、若しくは85~90%)の位置のG又はCから構成される、項目1~21のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目23)
前記遺伝子エレメントが、配列番号120の核酸配列を含む、項目1~22のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目24)
前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して外性である、項目1~23のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目25)
前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して内在性である、項目1~24のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目26)
前記外性エフェクターが、miRNAを含み、宿主遺伝子の発現を低減する、項目1~25のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目27)
前記遺伝子エレメントが、約1.5~2.0、2.0~2.5、2.5~3.0、3.0~3.5、3.1~3.6、3.2~3.7、3.3~3.8、3.4~3.9、3.5~4.0、4.0~4.5、又は4.5~5.0kbの長さを有する、項目1~26のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目28)
前記合成アネロソームが、ヒト細胞、例えば、免疫細胞、肝細胞、又は肺上皮細胞に感染することができる、項目1~27のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目29)
実質的に非免疫原性であり、例えば、実施例4に記載の方法に従って検出される場合、例えば、検出可能な及び/又は不要な免疫応答を誘導しない、項目1~28のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目30)
前記実質的に非免疫原性のアネロソームが、被験者において、免疫応答が欠損する対照被験者における効力の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%である効力を有する、項目29に記載の合成アネロソーム。
(項目31)
少なくとも1000の前記アネロソームの集団が、少なくとも約100コピー(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、10、20、30、40、50、100、200、300、400、500、600、700、800、900、又は1000コピー)の遺伝子エレメントを1つ若しくは複数のヒト細胞内に送達することができる、項目1~30のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目32)
以下:
(i)以下:
(a)プロモータエレメントと、
(b)外性エフェクターをコード化する核酸配列であって、前記核酸配列が、前記プロモータエレメントに作動可能に連結されており、前記外性エフェクターが、以下:
IDH1阻害剤;
IDH2阻害剤;
EGFR阻害剤;
LRP5阻害剤;
DKK2阻害剤;
DPP-4阻害剤;
KRAS阻害剤;
好中球エラスターゼ阻害剤;
FGFR3アクチベータ、若しくは
HTTアクチベータ
から選択される細胞内治療薬である、核酸配列と;
(c)以下:
配列番号54のヌクレオチド323~393の核酸配列、若しくはそれに対して少なくとも85%同一の核酸配列を含む5’UTRドメインと、
を含む遺伝子エレメント;並びに
(ii)ORF1核酸によりコード化されるポリペプチド、例えば、ORF1分子を含むタンパク質性外層
を含む合成アネロソームにおいて;
前記遺伝子エレメントが、前記タンパク質性外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成アネロソームが、前記遺伝子エレメントをヒト細胞内に送達することができる、合成アネロソーム。
(項目33)
項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム、及び薬学的に許容される担体又は賦形剤を含む、医薬組成物。
(項目34)
少なくとも10 3 、10 4 、105、10 6 、10 7 、10 8 、又は10 9 の合成アネロソームを含む、項目33に記載の医薬組成物。
(項目35)
前記医薬組成物が、予め定めた比の粒子:感染性単位(例えば、<300:1、<200:1、<100:1、若しくは<50:1)を有する、項目33又は34に記載の医薬組成物。
(項目36)
以下:
(i)項目1~35のいずれか1項に記載の合成アネロソームの前記遺伝子エレメントの配列を含む第1核酸(例えば、二本鎖又は一本鎖環状DNA)、及び
(ii)例えば、表16に列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ若しくは複数をコード化する第2核酸配列
を含む、反応混合物。
(項目37)
前記第1核酸及び第2核酸が、同じ核酸分子中にある、項目36に記載の反応混合物。
(項目38)
前記第1核酸及び第2核酸が、異なる核酸分子である、項目36に記載の反応混合物。
(項目39)
前記第1核酸及び第2核酸が、異なる核酸分子であり、且つ、前記第2核酸が、二本鎖環状DNAとして提供される、項目36に記載の反応混合物。
(項目40)
前記第1核酸及び第2核酸が、異なる核酸分子であり、且つ、前記第1及び第2核酸が、二本鎖環状DNAとして提供される、項目36に記載の反応混合物。
(項目41)
前記第2核酸配列が、ヘルパー細胞又はヘルパーウイルスに含まれる、項目38に記載の反応混合物。
(項目42)
合成アネロソームを作製する方法であって、前記方法が、以下:
a)以下:
(i)項目1~41のいずれか1項に記載の合成アネロソームの遺伝子エレメントの前記核酸配列を含む第1核酸分子と、
(ii)例えば、表16のいずれかに列挙される、ORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ若しくは複数をコード化する第2核酸分子と、
を含む宿主細胞を用意するステップ;及び
b)前記合成アネロソームを作製するのに好適な条件下で前記宿主細胞をインキュベートするステップを含み、
それによって前記合成アネロソームを作製する方法。
(項目43)
ステップ(a)の前に、前記第1核酸分子及び/又は前記第2核酸分子を前記宿主細胞に導入するステップをさらに含む、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記第2核酸分子が、前記第1核酸分子の前に、それと同時に、又はその後に前記宿主細胞に導入される、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記第2核酸分子が、前記宿主細胞のゲノム中に組み込まれる、項目42又は43のいずれか1項に記載の方法。
(項目46)
前記第2核酸分子が、ヘルパー(例えば、ヘルパープラスミド又はヘルパーウイルスのゲノム)である、項目42~45のいずれか1項に記載の方法。
(項目47)
第2核酸分子が、アミノ酸配列[W/F]X 7 HX 3 CX 1 CX 5 H(配列番号949)(X n は、任意のn個のアミノ酸の連続した配列である)を含むORF2分子をコード化する、項目42~45のいずれか1項に記載の方法。
(項目48)
合成アネロソーム調製物を製造する方法であって、前記方法が、以下:
a)項目1~32のいずれか1項に記載の複数の合成アネロソーム、項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物、又は項目36~41のいずれか1項に記載の反応混合物を用意するステップ;
b)任意選択で、以下:本明細書に記載の混入物、光学密度測定値(例えば、OD260)、粒子数(例えば、HPLCにより)、感染力(例えば、粒子:感染単位比)のうち1つ又は複数について前記複数を評価するステップ;並びに
c)例えば、(b)のパラメータの1つ又は複数が、指定閾値を満たす場合、例えば、被験者への投与に好適な医薬組成物として、前記複数の合成アネロソームを製剤化するステップ
を含む、方法。
(項目49)
以下:
(i)項目1~48のいずれか1項に記載の合成アネロソームの遺伝子エレメントの前記核酸配列を含む第1核酸分子、及び
(ii)任意選択で、表16のいずれかに列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ若しくは複数をコード化する第2核酸分子;
を含む宿主細胞。
(項目50)
外性エフェクター(例えば、治療用外性エフェクター)を哺乳動物細胞に送達する方法において、以下:
(a)項目1~49のいずれか1項に記載の合成アネロソームを用意するステップ;及び
(b)哺乳動物細胞を前記合成アネロソームと接触させるステップ
を含み;
ここで、前記合成アネロソームは、前記遺伝子エレメントを前記哺乳動物細胞に送達することができ;
任意選択で、前記遺伝子エレメントを宿主細胞中の前記タンパク質性外層内に閉じ込めるのに好適な条件下で、前記遺伝子エレメントを前記宿主細胞に導入することにより、前記合成アネロソームが生産され;
これによって、前記治療用外性エフェクターを前記哺乳動物細胞に送達する、方法。
(項目51)
前記遺伝子エレメントの宿主細胞への送達を目的とする、項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用。
(項目52)
被験者の疾患又は障害の治療を目的とする、項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用。
(項目53)
前記疾患又は障害が、癌である、項目52に記載の使用。
(項目54)
被験者の疾患又は障害の治療に使用するための、項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物。
(項目55)
被験者の疾患又は障害を治療する方法であって、前記方法が、項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物を前記被験者に投与するステップを含み、ここで、前記疾患又は障害が、癌である、方法。
(項目56)
被験者の疾患又は障害の治療のための薬剤の製造における項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用であって、任意選択で、前記疾患又は障害が癌である、使用。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
以下:
(I)以下:
(a)プロモータエレメントと、
(b)外性エフェクターをコード化する核酸配列であって、前記核酸配列が、前記プロモータエレメントに作動可能に連結されており、前記外性エフェクターが、IDH1阻害剤である、核酸配列と;
(c)以下:
配列番号54のヌクレオチド323~393の核酸配列、若しくはそれに対して少なくとも90%同一の核酸配列を含む5’UTRドメインと、
を含む遺伝子エレメント;
(II)アネロウイルス(Anellovirus)ORF1核酸によりコード化されるポリペプチド、例えばORF1分子を含むタンパク質性外層
を含む合成アネロソームにおいて;
前記遺伝子エレメントが、前記タンパク質性外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成アネロソームが、前記遺伝子エレメントをヒト細胞内に送達することができる、合成アネロソーム。
(項目2)
前記ORF1分子が、配列番号217のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目1に記載の合成アネロソーム。
(項目3)
前記ORF1分子が、配列番号54のヌクレオチド612~2612によりコード化される、項目1~2のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目4)
前記遺伝子エレメントが、配列番号54のヌクレオチド2868~2929の核酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有する核酸配列を含む、項目1~3のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目5)
前記ORF1分子が、表16に列挙されるargリッチ領域、ゼリーロールドメイン、超可変ドメイン、N22ドメイン、及び/又はC末端ドメインのアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列のうち1つ若しくは複数を含むアミノ酸配列を含む、項目1~4のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目6)
前記ORF1分子が、配列番号58のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有する核酸配列を含む、項目1~5のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目7)
表16に列挙されるORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをさらに含む、項目1~6のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目8)
前記遺伝子エレメントが、表16に列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列をコード化する、項目1~7のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目9)
前記合成アネロソームが、表16に列挙されるORF2、ORF2/2、ORF2/3、TAIP、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを含まない、項目1~8のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目10)
前記遺伝子エレメントが、表16に列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列をコード化しない、項目1~9のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目11)
前記ORF1分子が、アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)(X n は、各々独立して、任意のn個のアミノ酸の連続した配列である)を含む、項目1~10のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目12)
前記ORF1分子が、アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)とフランキングする第1β鎖及び第2β鎖をさらに含み、例えば、前記第1β鎖は、前記アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)のチロシン(Y)残基を含み、且つ/又は前記第2β鎖は、前記アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)の第2アスパラギン(N)残基(NからC)を含む、項目11に記載の合成アネロソーム。
(項目13)
前記ORF1分子が、N末端からC末端方向の順で、第1β鎖、第2β鎖、第1αヘリックス、第3β鎖、第4β鎖、第5β鎖、第2αヘリックス、第6β鎖、第7β鎖、第8β鎖、及び第9β鎖を含む、項目1~12のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目14)
前記遺伝子エレメントが、宿主細胞内でのローリングサークル複製により増幅されて、例えば、少なくとも8コピーを産生することができる、項目1~13のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目15)
前記遺伝子エレメントが、一本鎖である、項目1~14のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目16)
前記遺伝子エレメントが、環状である、項目1~15のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目17)
前記遺伝子エレメントが、DNAである、項目1~16のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目18)
前記遺伝子エレメントが、マイナス鎖DNAである、項目1~17のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目19)
前記遺伝子エレメントが、前記ヒト細胞に進入する前記アネロソームの10%、8%、6%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.2%、0.1%未満の頻度で組み込まれる、項目1~18のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目20)
前記遺伝子エレメントが、表16-1に示すコンセンサス5’UTR核酸配列の配列を含む、項目1~19のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目21)
前記遺伝子エレメントが、表16-2に示すコンセンサスGCリッチ領域の配列を含む、項目1~20のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目22)
前記遺伝子エレメントが、少なくとも100ヌクレオチド長の配列を含み、これは、少なくとも70%(例えば、約70~100%、75~95%、80~95%、85~95%、若しくは85~90%)の位置のG又はCから構成される、項目1~21のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目23)
前記遺伝子エレメントが、配列番号120の核酸配列を含む、項目1~22のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目24)
前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して外性である、項目1~23のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目25)
前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して内在性である、項目1~24のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目26)
前記外性エフェクターが、miRNAを含み、宿主遺伝子の発現を低減する、項目1~25のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目27)
前記遺伝子エレメントが、約1.5~2.0、2.0~2.5、2.5~3.0、3.0~3.5、3.1~3.6、3.2~3.7、3.3~3.8、3.4~3.9、3.5~4.0、4.0~4.5、又は4.5~5.0kbの長さを有する、項目1~26のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目28)
前記合成アネロソームが、ヒト細胞、例えば、免疫細胞、肝細胞、又は肺上皮細胞に感染することができる、項目1~27のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目29)
実質的に非免疫原性であり、例えば、実施例4に記載の方法に従って検出される場合、例えば、検出可能な及び/又は不要な免疫応答を誘導しない、項目1~28のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目30)
前記実質的に非免疫原性のアネロソームが、被験者において、免疫応答が欠損する対照被験者における効力の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%である効力を有する、項目29に記載の合成アネロソーム。
(項目31)
少なくとも1000の前記アネロソームの集団が、少なくとも約100コピー(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、10、20、30、40、50、100、200、300、400、500、600、700、800、900、又は1000コピー)の遺伝子エレメントを1つ若しくは複数のヒト細胞内に送達することができる、項目1~30のいずれか1項に記載の合成アネロソーム。
(項目32)
以下:
(i)以下:
(a)プロモータエレメントと、
(b)外性エフェクターをコード化する核酸配列であって、前記核酸配列が、前記プロモータエレメントに作動可能に連結されており、前記外性エフェクターが、以下:
IDH1阻害剤;
IDH2阻害剤;
EGFR阻害剤;
LRP5阻害剤;
DKK2阻害剤;
DPP-4阻害剤;
KRAS阻害剤;
好中球エラスターゼ阻害剤;
FGFR3アクチベータ、若しくは
HTTアクチベータ
から選択される細胞内治療薬である、核酸配列と;
(c)以下:
配列番号54のヌクレオチド323~393の核酸配列、若しくはそれに対して少なくとも85%同一の核酸配列を含む5’UTRドメインと、
を含む遺伝子エレメント;並びに
(ii)ORF1核酸によりコード化されるポリペプチド、例えば、ORF1分子を含むタンパク質性外層
を含む合成アネロソームにおいて;
前記遺伝子エレメントが、前記タンパク質性外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成アネロソームが、前記遺伝子エレメントをヒト細胞内に送達することができる、合成アネロソーム。
(項目33)
項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム、及び薬学的に許容される担体又は賦形剤を含む、医薬組成物。
(項目34)
少なくとも10 3 、10 4 、105、10 6 、10 7 、10 8 、又は10 9 の合成アネロソームを含む、項目33に記載の医薬組成物。
(項目35)
前記医薬組成物が、予め定めた比の粒子:感染性単位(例えば、<300:1、<200:1、<100:1、若しくは<50:1)を有する、項目33又は34に記載の医薬組成物。
(項目36)
以下:
(i)項目1~35のいずれか1項に記載の合成アネロソームの前記遺伝子エレメントの配列を含む第1核酸(例えば、二本鎖又は一本鎖環状DNA)、及び
(ii)例えば、表16に列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ若しくは複数をコード化する第2核酸配列
を含む、反応混合物。
(項目37)
前記第1核酸及び第2核酸が、同じ核酸分子中にある、項目36に記載の反応混合物。
(項目38)
前記第1核酸及び第2核酸が、異なる核酸分子である、項目36に記載の反応混合物。
(項目39)
前記第1核酸及び第2核酸が、異なる核酸分子であり、且つ、前記第2核酸が、二本鎖環状DNAとして提供される、項目36に記載の反応混合物。
(項目40)
前記第1核酸及び第2核酸が、異なる核酸分子であり、且つ、前記第1及び第2核酸が、二本鎖環状DNAとして提供される、項目36に記載の反応混合物。
(項目41)
前記第2核酸配列が、ヘルパー細胞又はヘルパーウイルスに含まれる、項目38に記載の反応混合物。
(項目42)
合成アネロソームを作製する方法であって、前記方法が、以下:
a)以下:
(i)項目1~41のいずれか1項に記載の合成アネロソームの遺伝子エレメントの前記核酸配列を含む第1核酸分子と、
(ii)例えば、表16のいずれかに列挙される、ORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ若しくは複数をコード化する第2核酸分子と、
を含む宿主細胞を用意するステップ;及び
b)前記合成アネロソームを作製するのに好適な条件下で前記宿主細胞をインキュベートするステップを含み、
それによって前記合成アネロソームを作製する方法。
(項目43)
ステップ(a)の前に、前記第1核酸分子及び/又は前記第2核酸分子を前記宿主細胞に導入するステップをさらに含む、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記第2核酸分子が、前記第1核酸分子の前に、それと同時に、又はその後に前記宿主細胞に導入される、項目43に記載の方法。
(項目45)
前記第2核酸分子が、前記宿主細胞のゲノム中に組み込まれる、項目42又は43のいずれか1項に記載の方法。
(項目46)
前記第2核酸分子が、ヘルパー(例えば、ヘルパープラスミド又はヘルパーウイルスのゲノム)である、項目42~45のいずれか1項に記載の方法。
(項目47)
第2核酸分子が、アミノ酸配列[W/F]X 7 HX 3 CX 1 CX 5 H(配列番号949)(X n は、任意のn個のアミノ酸の連続した配列である)を含むORF2分子をコード化する、項目42~45のいずれか1項に記載の方法。
(項目48)
合成アネロソーム調製物を製造する方法であって、前記方法が、以下:
a)項目1~32のいずれか1項に記載の複数の合成アネロソーム、項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物、又は項目36~41のいずれか1項に記載の反応混合物を用意するステップ;
b)任意選択で、以下:本明細書に記載の混入物、光学密度測定値(例えば、OD260)、粒子数(例えば、HPLCにより)、感染力(例えば、粒子:感染単位比)のうち1つ又は複数について前記複数を評価するステップ;並びに
c)例えば、(b)のパラメータの1つ又は複数が、指定閾値を満たす場合、例えば、被験者への投与に好適な医薬組成物として、前記複数の合成アネロソームを製剤化するステップ
を含む、方法。
(項目49)
以下:
(i)項目1~48のいずれか1項に記載の合成アネロソームの遺伝子エレメントの前記核酸配列を含む第1核酸分子、及び
(ii)任意選択で、表16のいずれかに列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ若しくは複数をコード化する第2核酸分子;
を含む宿主細胞。
(項目50)
外性エフェクター(例えば、治療用外性エフェクター)を哺乳動物細胞に送達する方法において、以下:
(a)項目1~49のいずれか1項に記載の合成アネロソームを用意するステップ;及び
(b)哺乳動物細胞を前記合成アネロソームと接触させるステップ
を含み;
ここで、前記合成アネロソームは、前記遺伝子エレメントを前記哺乳動物細胞に送達することができ;
任意選択で、前記遺伝子エレメントを宿主細胞中の前記タンパク質性外層内に閉じ込めるのに好適な条件下で、前記遺伝子エレメントを前記宿主細胞に導入することにより、前記合成アネロソームが生産され;
これによって、前記治療用外性エフェクターを前記哺乳動物細胞に送達する、方法。
(項目51)
前記遺伝子エレメントの宿主細胞への送達を目的とする、項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用。
(項目52)
被験者の疾患又は障害の治療を目的とする、項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用。
(項目53)
前記疾患又は障害が、癌である、項目52に記載の使用。
(項目54)
被験者の疾患又は障害の治療に使用するための、項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物。
(項目55)
被験者の疾患又は障害を治療する方法であって、前記方法が、項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物を前記被験者に投与するステップを含み、ここで、前記疾患又は障害が、癌である、方法。
(項目56)
被験者の疾患又は障害の治療のための薬剤の製造における項目1~32のいずれか1項に記載の合成アネロソーム又は項目33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用であって、任意選択で、前記疾患又は障害が癌である、使用。
Claims (22)
- 以下:
(I)以下:
(a)プロモータエレメントと、
(b)外性エフェクターをコード化する核酸配列であって、前記核酸配列が、前記プロモータエレメントに作動可能に連結されており、前記外性エフェクターが、細胞内ポリペプチド又は細胞内核酸である、核酸配列と;
(c)野生型アネロウイルス(Anellovirus)の5’UTR保存ドメインに対して、少なくとも75%の配列同一性を有する配列と
を含む遺伝子エレメント又はその相補体;
(II)アネロウイルス(Anellovirus)ORF1核酸によりコード化されるポリペプチド、例えばORF1分子を含むタンパク質性外層
を含む合成粒子において;
前記遺伝子エレメント又は前記その相補体が、前記タンパク質性外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成粒子が、前記遺伝子エレメント又は前記その相補体をヒト細胞内に送達することができる、合成粒子。 - アネロウイルス(Anellovirus)ORF1核酸によりコード化される前記ポリペプチドが、ORF1分子を含み、任意選択で:
(i)前記ORF1分子が、配列番号217のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む;
(ii)前記ORF1分子が、タンパク質分解プロセシングされたものである;
(iii)前記ORF1分子が、配列番号54のヌクレオチド612~2612によりコード化される;
(iv)前記ORF1分子が、表16に列挙されるargリッチ領域、ゼリーロールドメイン、超可変ドメイン、N22ドメイン、及び/又はC末端ドメインのアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列のうち1つ若しくは複数を含むアミノ酸配列を含む;且つ/或いは
(v)前記ORF1分子が、配列番号58のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有する核酸配列を含む、請求項1に記載の合成粒子。 - 前記遺伝子エレメント又は前記その相補体が:
(i)配列番号54のヌクレオチド2868~2929の核酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有する核酸配列;並びに/或いは
(ii)配列番号54のヌクレオチド323~393の核酸配列、若しくはそれに対して少なくとも90%同一の核酸配列を含む5’UTRドメイン
を含む、請求項1又は2に記載の合成粒子。 - (i)前記合成粒子が、表16に列挙されるORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをさらに含む;且つ/或いは
(ii)前記遺伝子エレメント又は前記その相補体が、表16に列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列をコード化する、請求項1~3のいずれか1項に記載の合成粒子。 - (i)前記合成粒子が、表16に列挙されるORF2、ORF2/2、ORF2/3、TAIP、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを含まない;且つ/或いは
(ii)前記遺伝子エレメント又は前記その相補体が、表16に列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2のアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の同一性を有するアミノ酸配列をコード化しない、請求項1~3のいずれか1項に記載の合成粒子。 - (i)前記ORF1分子が、アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)(X n は、各々独立して、任意のn個のアミノ酸の連続した配列である)を含む;
(ii)前記ORF1分子が、アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)とフランキングする第1β鎖及び第2β鎖をさらに含み、例えば、前記第1β鎖は、前記アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)のチロシン(Y)残基を含み、且つ/又は前記第2β鎖は、前記アミノ酸配列YNPX 2 DXGX 2 N(配列番号829)の第2アスパラギン(N)残基(NからC)を含む;
(iii)前記ORF1分子が、N末端からC末端方向の順で、第1β鎖、第2β鎖、第1αヘリックス、第3β鎖、第4β鎖、第5β鎖、第2αヘリックス、第6β鎖、第7β鎖、第8β鎖、及び第9β鎖を含む;且つ/或いは
(iv)前記外性エフェクターが、miRNAを含み、宿主遺伝子の発現を低減する、請求項1~5のいずれか1項に記載の合成粒子。 - 前記遺伝子エレメント又は前記その相補体が:
(i)宿主細胞内でのローリングサークル複製により増幅されて、例えば、少なくとも8コピーを産生することができる;
(ii)一本鎖である;
(iii)環状である;
(iv)DNAである;
(v)マイナス鎖DNAである;
(vi)前記ヒト細胞に進入する前記粒子の10%、8%、6%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.2%、0.1%未満の頻度で組み込まれる;
(vii)表38に示すコンセンサス5’UTR核酸配列の配列を含む;
(viii)表39に示すコンセンサスGCリッチ領域の配列を含む;
(ix)少なくとも100ヌクレオチド長の配列を含み、これは、少なくとも70%(例えば、約70~100%、75~95%、80~95%、85~95%、若しくは85~90%)の位置のG又はCから構成される;
(x)配列番号120の核酸配列を含む;且つ/或いは
(xi)約1.5~2.0、2.0~2.5、2.5~3.0、3.0~3.5、3.1~3.6、3.2~3.7、3.3~3.8、3.4~3.9、3.5~4.0、4.0~4.5、又は4.5~5.0kbの長さを有する、請求項1~6のいずれか1項に記載の合成粒子。 - 前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して外性であるか、又は前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して内在性である、請求項1~7のいずれか1項に記載の合成粒子。
- (i)前記合成粒子が、ヒト細胞、例えば、免疫細胞、肝細胞、又は肺上皮細胞に感染することができる;
(ii)前記合成粒子が、実質的に非免疫原性であり、例えば、実施例4に記載の方法に従って検出される場合、例えば、検出可能な及び/又は不要な免疫応答を誘導せず、任意選択で、前記実質的に非免疫原性の粒子が、被験者において、免疫応答が欠損する対照被験者における効力の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%である効力を有する;
(iii)少なくとも1000の前記粒子の集団が、少なくとも約100コピー(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、10、20、30、40、50、100、200、300、400、500、600、700、800、900、又は1000コピー)の遺伝子エレメント又はその相補体を1つ若しくは複数のヒト細胞内に送達することができる;
(vi)前記細胞内ポリペプチド又は細胞内核酸が、以下:
IDH1阻害剤;
IDH2阻害剤;
EGFR阻害剤;
LRP5阻害剤;
DKK2阻害剤;
DPP-4阻害剤;
KRAS阻害剤;
好中球エラスターゼ阻害剤;
FGFR3アクチベータ、若しくは
HTTアクチベータ
を含む;且つ/或いは
(v)前記外性エフェクターが、以下:
(i)ナノ-ルシフェラーゼ以外の細胞内ポリペプチド、又は
(ii)n-myc相互作用タンパク質に対するmiR-124、miR-518、miR-625、miRNA以外の細胞内核酸(例えば、miRNA若しくはsiRNA)、又は野生型アネロウイルス(Anellovirus)、例えば、本明細書に記載のように、例えば、TTV-tth8アネロウイルス(Anellovirus)の前記内在性miRNAを含む、請求項1~8のいずれか1項に記載の合成粒子。 - 以下:
(i)以下:
(a)プロモータエレメントと、
(b)外性エフェクターをコード化する核酸配列であって、前記核酸配列が、前記プロモータエレメントに作動可能に連結されており、前記外性エフェクターが、以下:
IDH1阻害剤;
IDH2阻害剤;
EGFR阻害剤;
LRP5阻害剤;
DKK2阻害剤;
DPP-4阻害剤;
KRAS阻害剤;
好中球エラスターゼ阻害剤;
FGFR3アクチベータ、若しくは
HTTアクチベータ
から選択される細胞内治療薬ポリペプチド若しくは細胞内治療薬核酸である、核酸配列と;
(c)野生型アネロウイルス(Anellovirus)の5’UTR保存ドメインに対して、少なくとも75%の配列同一性を有する配列と、
を含む遺伝子エレメント又はその相補体;並びに
(ii)アネロウイルス(Anellovirus)ORF1核酸によりコード化されるポリペプチド、例えば、ORF1分子を含むタンパク質性外層
を含む合成粒子において;
前記遺伝子エレメント又は前記その相補体が、前記タンパク質性外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成粒子が、前記遺伝子エレメント又は前記その相補体をヒト細胞内に送達することができる、合成粒子。 - 前記遺伝子エレメント又は前記その相補体が、配列番号54のヌクレオチド323~393の核酸配列、若しくはそれに対して少なくとも85%同一の核酸配列を含む5’UTRドメインを含む、請求項10に記載の合成粒子。
- 請求項1~11のいずれか1項に記載の合成粒子、及び薬学的に許容される担体又は賦形剤を含む、医薬組成物。
- (i)前記医薬組成物が、少なくとも10 3 、10 4 、105、10 6 、10 7 、10 8 、又は10 9 の合成粒子を含む;且つ/或いは
(ii)前記医薬組成物が、予め定めた比の粒子:感染性単位(例えば、<300:1、<200:1、<100:1、若しくは<50:1)を有する、請求項12に記載の医薬組成物。 - 以下:
(i)請求項1~11のいずれか1項に記載の合成粒子の前記遺伝子エレメント又は前記その相補体の配列を含む第1核酸(例えば、二本鎖又は一本鎖環状DNA)、及び
(ii)例えば、表16に列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ若しくは複数をコード化する第2核酸配列
を含む、反応混合物。 - (i)前記第1核酸及び第2核酸が、同じ核酸分子中にある;
(ii)前記第1核酸及び第2核酸が、異なる核酸分子であり、任意選択で、前記第2核酸配列が、ヘルパー細胞又はヘルパーウイルスに含まれる;
(iii)前記第1核酸及び第2核酸が、異なる核酸分子であり、且つ、前記第2核酸が、二本鎖環状DNAとして提供される;又は
(iv)前記第1核酸及び第2核酸が、異なる核酸分子であり、且つ、前記第1及び第2核酸が、二本鎖環状DNAとして提供される、請求項14に記載の反応混合物。 - 合成粒子を作製する方法であって、前記方法が、以下:
a)以下:
(i)請求項1~11のいずれか1項に記載の合成粒子の遺伝子エレメント又はその相補体の前記核酸配列を含む第1核酸分子と、
(ii)例えば、表16のいずれかに列挙される、ORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ若しくは複数をコード化する第2核酸分子と、
を含む宿主細胞を用意するステップ;及び
b)前記合成粒子を作製するのに好適な条件下で前記宿主細胞をインキュベートするステップを含み、
それによって前記合成粒子を作製する方法。 - (i)前記方法が、ステップ(a)の前に、前記第1核酸分子及び/又は前記第2核酸分子を前記宿主細胞に導入するステップをさらに含み、任意選択で、前記第2核酸分子が、前記第1核酸分子の前に、それと同時に、又はその後に前記宿主細胞に導入される;
(ii)前記第2核酸分子が、前記宿主細胞のゲノム中に組み込まれる;
(iii)前記第2核酸分子が、ヘルパー(例えば、ヘルパープラスミド又はヘルパーウイルスのゲノム)である;且つ/或いは
(iv)前記第2核酸分子が、アミノ酸配列[W/F]X 7 HX 3 CX 1 CX 5 H(配列番号949)(X n は、任意のn個のアミノ酸の連続した配列である)を含むORF2分子をコード化する、請求項16に記載の方法。 - 合成粒子調製物を製造する方法であって、前記方法が、以下:
a)請求項1~32のいずれか1項に記載の複数の合成粒子、請求項33~35のいずれか1項に記載の医薬組成物、又は請求項36~41のいずれか1項に記載の反応混合物を用意するステップ;
b)任意選択で、以下:本明細書に記載の混入物、光学密度測定値(例えば、OD260)、粒子数(例えば、HPLCにより)、感染力(例えば、粒子:感染単位比)のうち1つ又は複数について前記複数を評価するステップ;並びに
c)例えば、(b)のパラメータの1つ又は複数が、指定閾値を満たす場合、例えば、被験者への投与に好適な医薬組成物として、前記複数の合成粒子を製剤化するステップ
を含む、方法。 - 以下:
(i)請求項1~11のいずれか1項に記載の合成粒子の遺伝子エレメント又はその相補体の前記核酸配列を含む第1核酸分子、及び
(ii)任意選択で、表16のいずれかに列挙されるORF1、ORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ若しくは複数をコード化する第2核酸分子;
を含む宿主細胞。 - 外性エフェクター(例えば、治療用外性エフェクター)を哺乳動物細胞に送達するエクスビボの方法において、前記方法が、以下:
(a)請求項1~11のいずれか1項に記載の合成粒子を用意するステップ;及び
(b)哺乳動物細胞を前記合成粒子と接触させるステップ
を含み;
ここで、前記合成粒子は、前記遺伝子エレメント又は前記その相補体を前記哺乳動物細胞に送達することができ;
任意選択で、前記遺伝子エレメント又は前記その相補体を宿主細胞中の前記タンパク質性外層内に閉じ込めるのに好適な条件下で、前記遺伝子エレメント又は前記その相補体を前記宿主細胞に導入することにより、前記合成粒子が生産され;
これによって、前記治療用外性エフェクターを前記哺乳動物細胞に送達する、方法。 - 被験者の疾患又は障害の治療に使用するための組成物又は医薬組成物であって、請求項1~11のいずれか1項に記載の合成粒子を含む組成物又は請求項12若しくは13に記載の医薬組成物であり、任意選択で、前記疾患又は障害が、癌である、組成物又は医薬組成物。
- 被験者の疾患又は障害の治療のための薬剤の製造における請求項1~11のいずれか1項に記載の合成粒子又は請求項12若しくは13に記載の医薬組成物の使用であって、任意選択で、前記疾患又は障害が癌である、使用。
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