JPWO2020095985A5

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Publication number: JPWO2020095985A5
Application number: JP2020555580A
Authority: JP
Filing date: 2019-11-07
Publication date: 2022-11-11
Anticipated expiration: 2039-11-07

Claims

ペプチドと、前記ペプチドをコードする核酸と、を含むペプチド－核酸複合体の製造方法であって、
（Ａ１）トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフが付加された核酸であって、
前記ペプチドをコードする第１のコード配列と、前記トランスペプチダーゼをコードする第２のコード配列と、前記トランスペプチダーゼの認識モチーフをコードする第３のコード配列と、を含む、核酸を準備する工程と、
（Ｂ１）前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフが付加された前記核酸から、無細胞タンパク質合成系を用いて、前記ペプチドのドメインと、前記トランスペプチダーゼのドメインと、前記トランスペプチダーゼ認識モチーフとを含むキメラタンパク質を合成する工程と、
（Ｃ１）前記トランスペプチダーゼドメインによるペプチド転移反応により、前記ペプチド－核酸複合体を形成させる工程と、
を含む、ペプチド－核酸複合体の製造方法。
前記核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第１のコード配列、前記第３のコード配列、及び前記第２のコード配列が、この順で、配置されている、請求項１に記載のペプチド－核酸複合体の製造方法。
前記核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第２のコード配列、前記第１のコード配列、及び前記第３のコード配列が、この順で、配置されている、請求項１に記載のペプチド－核酸複合体の製造方法。
前記核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第１のコード配列、前記第２のコード配列、及び前記第３のコード配列が、この順で、配置されている、請求項１に記載のペプチド－核酸複合体の製造方法。
前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフが付加された核酸が、固相担体に固定化されている、請求項１～４のいずれか一項に記載のペプチド－核酸複合体の製造方法。
ペプチドと、前記ペプチドをコードする核酸と、を含むペプチド－核酸複合体の製造方法であって、
（Ａ２）トランスペプチダーゼ認識モチーフが付加された核酸であって、
前記ペプチドをコードする第１のコード配列と、前記トランスペプチダーゼをコードする第２のコード配列と、前記トランスペプチダーゼのＮ末端基質モチーフをコードする第３のコード配列と、を含む、核酸を準備する工程と、
（Ｂ２）前記トランスペプチダーゼ認識モチーフが付加された前記核酸から、無細胞タンパク質合成系を用いて、前記ペプチドのドメインと、前記トランスペプチダーゼのドメインと、前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフとを含むキメラタンパク質を合成する工程と、
（Ｃ２）前記トランスペプチダーゼドメインによるペプチド転移反応により、前記ペプチド－核酸複合体を形成させる工程と、
を含む、ペプチド－核酸複合体の製造方法。
前記核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第３のコード配列、前記第１のコード配列、及び前記第２のコード配列が、この順で、配置されている、請求項６に記載のペプチド－核酸複合体の製造方法。
前記核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第３のコード配列、前記第２のコード配列、及び前記第１のコード配列が、この順で、配置されている、請求項６に記載のペプチド－核酸複合体の製造方法。
前記核酸が、さらに、前記第３のコード配列の５’末端に隣接する、プロテアーゼ認識モチーフをコードする第４のコード配列を含み、
前記プロテアーゼは、前記プロテアーゼ認識モチーフと前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフとの間の結合を切断する活性を有しており、
前記工程（Ｂ２）の後、且つ前記工程（Ｃ２）の前に、さらに、
（Ｄ２）前記プロテアーゼを用いて、前記プロテアーゼ認識モチーフと前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフとの間の結合を切断する工程、
を含む、請求項６～８のいずれか一項に記載のペプチド－核酸複合体の製造方法。
前記トランスペプチダーゼ認識モチーフが付加された核酸が、固相担体に固定化されている、請求項６～９のいずれか一項に記載のペプチド－核酸複合体の製造方法。
（ａ）ペプチドと、
（ｂ）前記ペプチドのコード配列を含む核酸と、
（ｃ）トランスペプチダーゼによるペプチド転移反応により、前記トランスペプチダーゼの認識モチーフとＮ末端基質モチーフとが、結合して生じる配列と、を含み、
前記（ｃ）の配列が、前記（ａ）のペプチドと前記（ｂ）の核酸との間に位置する、
ペプチド－核酸複合体。
前記（ｂ）の核酸が、前記（ａ）のペプチドをコードする第１のコード配列と、前記トランスペプチダーゼをコードする第２のコード配列と、前記トランスペプチダーゼ認識モチーフ又は前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフをコードする第３のコード配列と、を含む、請求項１１に記載のペプチド－核酸複合体。
前記第３のコード配列が、前記トランスペプチダーゼ認識モチーフをコードする配列であり、
前記（ｂ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第１のコード配列、前記第３のコード配列、及び前記第２のコード配列が、この順で、配置されている、
請求項１２に記載のペプチド－核酸複合体。
前記第３のコード配列が、前記トランスペプチダーゼ認識モチーフをコードする配列であり、
前記（ｂ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第２のコード配列、前記第１のコード配列、及び前記第３のコード配列が、この順で、配置されている、
請求項１２に記載のペプチド－核酸複合体。
前記第３のコード配列が、前記トランスペプチダーゼ認識モチーフをコードする配列であり、
前記（ｂ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第１のコード配列、前記第２のコード配列、及び前記第３のコード配列が、この順で、配置されている、
請求項１２に記載のペプチド－核酸複合体。
前記第３のコード配列が、前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフをコードする配列であり、
前記（ｂ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第３のコード配列、前記第１のコード配列、及び前記第２のコード配列が、この順で、配置されている、
請求項１２に記載のペプチド－核酸複合体。
前記第３のコード配列が、前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフをコードする配列であり、
前記（ｂ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第３のコード配列、前記第２のコード配列、及び前記第１のコード配列が、この順で、配置されている、
請求項１２に記載のペプチド－核酸複合体。
前記（ｂ）の核酸が、前記第３のコード配列の５’末端に隣接する、プロテアーゼ認識モチーフをコードする第４のコード配列をさらに含み、
前記プロテアーゼは、前記プロテアーゼ認識モチーフと前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフとの間の結合を切断する活性を有している、
請求項１６又は１７に記載のペプチド－核酸複合体。
請求項１１～１８のいずれか一項に記載のペプチド－核酸複合体が固定化された固相担体。
請求項１９に記載の固相担体を含む反応槽を備えた、ペプチドアレイ。
前記反応槽１個当たり、１種類の前記ペプチド－核酸複合体を含む、請求項２０に記載のペプチドアレイ。
トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフが付加された核酸であって、
ペプチドをコードする第１のコード配列と、
前記トランスペプチダーゼをコードする第２のコード配列と、
前記トランスペプチダーゼの認識モチーフをコードする第３のコード配列と、を含む、核酸。
５’側から３’側に向かって、前記第１のコード配列、前記第３のコード配列、及び前記第２のコード配列が、この順で、配置されている、請求項２２に記載の核酸。
５’側から３’側に向かって、前記第２のコード配列、前記第１のコード配列、及び前記第３のコード配列が、この順で、配置されている、請求項２２に記載の核酸。
前記核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第１のコード配列、前記第２のコード配列、及び前記第３のコード配列が、この順で、配置されている、請求項２２に記載の核酸。
トランスペプチダーゼ認識モチーフが付加された核酸であって、
ペプチドをコードする第１のコード配列と、
前記トランスペプチダーゼをコードする第２のコード配列と、
前記トランスペプチダーゼのＮ末端基質モチーフをコードする第３のコード配列と、を含む、核酸。
５’側から３’側に向かって、前記第３のコード配列、前記第１のコード配列、及び前記第２のコード配列が、この順で、配置されている、請求項２６に記載の核酸。
５’側から３’側に向かって、前記第３のコード配列、前記第２のコード配列、及び前記第１のコード配列が、この順で、配置されている、請求項２６に記載の核酸。
前記核酸は、さらに、前記第３のコード配列の５’末端に隣接する、プロテアーゼ認識モチーフをコードする第４のコード配列を含み、
前記プロテアーゼは、前記プロテアーゼ認識モチーフと前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフとの間の結合を切断する活性を有する、
請求項２６～２８のいずれか一項に記載の核酸。
請求項２２～２９のいずれか一項に記載の核酸が固定化された固相担体。
下記（ａ）～（ｄ）を含む、ペプチド－核酸複合体の作製キット。
（ａ）任意のペプチドをコードする第１のコード配列若しくは前記第１のコード配列を含む核酸断片を挿入可能なクローニングサイトと、トランスペプチダーゼをコードする第２のコード配列と、前記トランスペプチダーゼの認識モチーフをコードする第３のコード配列と、を含む核酸
（ｂ）前記（ａ）の核酸における、前記第１のコード配列若しくは前記クローニングサイト、前記第２のコード配列、及び前記第３のコード配列を含む領域を増幅可能なプライマーセットであって、フォワードプライマー及びリバースプライマーのいずれか一方に、前記トランスペプチダーゼのＮ末端基質モチーフが付加されている、プライマーセット
（ｃ）核酸増幅試薬
（ｄ）無細胞タンパク質合成反応液
前記（ａ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第１のコード配列若しくは前記クローニングサイト、前記第３のコード配列、及び前記第２のコード配列が、この順で、配置されている、請求項３１に記載のペプチド－核酸複合体の作製キット。
前記（ａ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第２のコード配列、前記第１のコード配列若しくは前記クローニングサイト、及び前記第３のコード配列が、この順で、配置されている、請求項３１に記載のペプチド－核酸複合体の作製キット。
前記（ａ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第１のコード配列若しくは前記クローニングサイト、前記第２のコード配列、及び前記第３のコード配列が、この順で、配置されている、請求項３１に記載のペプチド－核酸複合体の作製キット。
下記（ａ）～（ｄ）を含む、ペプチド－核酸複合体の作製キット。
（ａ）任意のペプチドをコードする第１のコード配列若しくは前記第１のコード配列を含む核酸断片を挿入可能なクローニングサイトと、トランスペプチダーゼをコードする第２のコード配列と、前記トランスペプチダーゼのＮ末端基質モチーフをコードする第３のコード配列と、を含む核酸
（ｂ）前記（ａ）の核酸における、前記第１のコード配列若しくは前記クローニングサイト、前記第２のコード配列、及び前記第３のコード配列を含む領域を増幅可能なプライマーセットであって、フォワードプライマー及びリバースプライマーのいずれか一方に、前記トランスペプチダーゼの認識モチーフが付加されている、プライマーセット
（ｃ）核酸増幅試薬
（ｄ）無細胞タンパク質合成反応液
前記（ａ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第３のコード配列、前記第１のコード配列若しくは前記クローニングサイト、及び前記第２のコード配列が、この順で、配置されている、請求項３５に記載のペプチド－核酸複合体の作製キット。
前記（ａ）の核酸において、５’側から３’側に向かって、前記第３のコード配列、前記第２のコード配列、及び前記第１のコード配列若しくは前記クローニングサイトが、この順で、配置されている、請求項３５に記載のペプチド－核酸複合体の作製キット。
前記（ａ）の核酸は、さらに、前記第３のコード配列の５’末端に隣接する、プロテアーゼ認識モチーフをコードする第４のコード配列を含み、
前記プロテアーゼは、前記プロテアーゼ認識モチーフと前記トランスペプチダーゼＮ末端基質モチーフとの間の結合を切断する活性を有する、
請求項３５～３７のいずれか一項に記載のペプチド－核酸複合体の作製キット。