JPWO2020092807A5

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Publication number: JPWO2020092807A5
Application number: JP2021523280A
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Publication date: 2022-11-09

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本明細書において引用されている特許、特許出願、ウェブサイト、他の刊行物または文書、受託番号などは全て、各項目が参照により組み込まれることが具体的にかつ個別に示されたものと同じく、あらゆる目的に関してその全体が参照により組み込まれる。異なるバージョンの配列が違う時間に受託番号に関連付けられている場合、本出願の有効な出願日に受託番号に関連付けられたバージョンが意図される。有効な出願日とは、実際の出願日よりも前または該当する場合には受託番号を参照する優先出願の出願日を意味する。同様に、異なるバージョンの刊行物、ウェブサイトなどが違う時間に公開されている場合、別段の指定のない限り、本出願の有効な出願日のごく最近に公開されたバージョンが意図される。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
エピジェネティック対照核酸分子の２つまたはそれよりも多くのサブセットを含むエピジェネティック対照核酸分子のセットであって、
前記エピジェネティック対照核酸分子の２つまたはそれよりも多くのサブセットのうちの１つのサブセットが、エピジェネティック修飾領域を含む複数のエピジェネティック対照核酸分子を含む、
エピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目２)
前記エピジェネティック対照核酸分子が、識別子領域をさらに含む、項目１に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目３)
前記識別子領域が、前記エピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域の片側または両側に存在する、項目２に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目４)
少なくとも１つのサブセット内の前記エピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、エピジェネティック修飾を有するヌクレオチドを少なくとも１つ含む、上記項目のいずれかに記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目５)
前記サブセットが、エピジェネティック修飾を有するヌクレオチドを同数有するエピジェネティック対照核酸分子を含む、項目４に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目６)
第１のサブセット内のエピジェネティック修飾を有するヌクレオチドの数が、第２のサブセット内のエピジェネティック修飾を有するヌクレオチドの数と異なる、項目４に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目７)
前記エピジェネティック対照核酸分子の前記識別子領域が、分子バーコードを含む、項目２に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目８)
前記２つまたはそれよりも多くのサブセット内の前記複数のエピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、同一の核酸配列を含む、前記項目のいずれか一項に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目９)
前記識別子領域が、少なくとも１つのエピジェネティック状態バーコードをさらに含む、項目２に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１０)
前記識別子領域が、１つまたは複数のプライマー結合部位を含む、項目２に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１１)
第１のサブセット内の前記複数のエピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、第２のサブセット内の前記複数のエピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域の核酸配列とは区別可能な核酸配列を含む、項目１または２に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１２)
前記エピジェネティック修飾が、ＤＮＡメチル化である、前記項目のいずれか一項に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１３)
前記エピジェネティック修飾を有するヌクレオチドが、メチル化ヌクレオチドを含む、前記項目のいずれか一項に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１４)
前記メチル化ヌクレオチドが、５－メチルシトシンを含む、項目１３に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１５)
前記メチル化ヌクレオチドが、５－ヒドロキシメチルシトシンを含む、項目１３に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１６)
エピジェネティック対照核酸分子の各サブセットが、等モル濃度で存在する、項目１に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１７)
エピジェネティック対照核酸分子の各サブセットが、非等モル濃度で存在する、項目１に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１８)
前記サブセットのうちの少なくとも１つにおける前記エピジェネティック対照核酸分子内のメチル化ヌクレオチドの数が、０個、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、少なくとも１２個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも４０個または少なくとも５０個である、項目１３に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目１９)
前記エピジェネティック対照核酸分子が、ラムダファージＤＮＡ、ヒトゲノム領域またはその両方の組合せに対応する配列を含む、項目１に記載のエピジェネティック対照核酸分子のセット。
(項目２０)
（ｉ）エピジェネティック対照核酸分子の２つまたはそれよりも多くのサブセットを含むエピジェネティック対照核酸分子のセットであって、
前記エピジェネティック対照核酸分子の２つまたはそれよりも多くのサブセットのうちの１つのサブセットが、エピジェネティック修飾領域を含む複数のエピジェネティック対照核酸分子を含む、エピジェネティック対照核酸分子のセットと、
（ｉｉ）対象由来のポリヌクレオチドの試料中の核酸分子のセットと
を含む、核酸の集団。
(項目２１)
前記エピジェネティック対照核酸分子が、識別子領域をさらに含む、項目２０に記載の核酸の集団。
(項目２２)
前記識別子領域が、前記エピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域の片側または両側に存在する、項目２１に記載の核酸の集団。
(項目２３)
前記エピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、エピジェネティック修飾を有するヌクレオチドを少なくとも１つ含む、上記項目のいずれかに記載の核酸の集団。
(項目２４)
前記サブセットが、エピジェネティック修飾を有するヌクレオチドを同数有するエピジェネティック対照核酸分子を含む、項目２３に記載の核酸の集団。
(項目２５)
第１のサブセット内のエピジェネティック修飾を有するヌクレオチドの数が、第２のサブセット内のエピジェネティック修飾を有するヌクレオチドの数と異なる、項目２３に記載の核酸の集団。
(項目２６)
前記エピジェネティック対照核酸分子の前記識別子領域が、分子バーコードを含む、項目２１に記載の核酸の集団。
(項目２７)
前記２つまたはそれよりも多くのサブセット内の前記複数のエピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、同一の核酸配列を含む、前記項目のいずれか一項に記載の核酸の集団。
(項目２８)
前記識別子領域が、少なくとも１つのエピジェネティック状態バーコードをさらに含む、項目２１に記載の核酸の集団。
(項目２９)
前記識別子領域が、１つまたは複数のプライマー結合部位を含む、項目２１に記載の核酸の集団。
(項目３０)
第１のサブセット内の前記複数のエピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、第２のサブセット内の前記複数のエピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域の核酸配列とは区別可能な核酸配列を含む、項目２０または２１に記載の核酸の集団。
(項目３１)
前記エピジェネティック修飾が、ＤＮＡメチル化である、前記項目のいずれか一項に記載の核酸の集団。
(項目３２)
前記エピジェネティック修飾を有するヌクレオチドが、メチル化ヌクレオチドを含む、前記項目のいずれか一項に記載の核酸の集団。
(項目３３)
前記メチル化ヌクレオチドが、５－メチルシトシンを含む、項目３２に記載の核酸の集団。
(項目３４)
前記メチル化ヌクレオチドが、５－ヒドロキシメチルシトシンを含む、項目３２に記載の核酸の集団。
(項目３５)
エピジェネティック対照核酸分子の各サブセットが、等モル濃度で存在する、項目２０に記載の核酸の集団。
(項目３６)
エピジェネティック対照核酸分子の各サブセットが、非等モル濃度で存在する、項目２０に記載の核酸の集団。
(項目３７)
前記サブセットのうちの少なくとも１つにおける前記エピジェネティック対照核酸分子内のメチル化ヌクレオチドの数が、０個、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、少なくとも１２個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも４０個または少なくとも５０個である、項目３２に記載の核酸の集団。
(項目３８)
前記エピジェネティック対照核酸分子が、ラムダファージＤＮＡ、ヒトゲノム領域またはその両方の組合せに対応する配列を含む、項目２０に記載の核酸の集団。
(項目３９)
ポリヌクレオチドの試料中の核酸分子のエピジェネティック状態に基づく区画を評価するための方法であって、
ａ．エピジェネティック対照核酸分子のセットを前記ポリヌクレオチドの試料中の前記核酸分子に添加し、それにより、スパイクイン試料を作製するステップと、
ｂ．前記スパイクイン試料の少なくとも１つのサブセットの核酸分子を複数の区画化セットに区画するステップと、
ｃ．前記複数の区画化セットから分子の少なくとも１つのサブセットを富化させて、富化された分子のセットを生成するステップであって、前記富化された分子のセットが、エピジェネティック対照核酸分子の群および前記ポリヌクレオチドの試料由来の核酸分子の群を含む、ステップと、
ｄ．前記富化された分子のセットの少なくとも１つのサブセットをシーケンシングして、シーケンシングリードのセットを作製するステップと、
ｅ．前記エピジェネティック対照核酸分子の１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを生成するために、前記シーケンシングリードのセットの少なくとも１つのサブセットを解析するステップと、
ｆ．前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを１つまたは複数のエピジェネティック区画カットオフと比較するステップと
を含む方法。
(項目４０)
ポリヌクレオチドの試料中の核酸分子のエピジェネティック状態に基づく区画を評価するための方法であって、
ａ．エピジェネティック対照核酸分子のセットを前記ポリヌクレオチドの試料中の前記核酸分子に添加し、それにより、スパイクイン試料を作製するステップと、
ｂ．前記スパイクイン試料の少なくとも１つのサブセットの核酸分子を複数の区画化セットに区画するステップと、
ｃ．前記複数の区画化セットから分子の少なくとも１つのサブセットを富化させて、富化された分子のセットを生成するステップであって、前記富化された分子のセットが、エピジェネティック対照核酸分子の群および前記ポリヌクレオチドの試料由来の核酸分子の群を含み、前記ポリヌクレオチドの試料由来の核酸分子の群が、内在性対照分子のセットを含む、ステップと、
ｄ．前記富化された分子のセットの少なくとも１つのサブセットをシーケンシングして、シーケンシングリードのセットを作製するステップと、
ｅ．前記エピジェネティック対照核酸分子および前記内在性対照分子のセットについて１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを生成するために、前記シーケンシングリードのセットの少なくとも１つのサブセットを解析するステップと、
ｆ．前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを１つまたは複数のエピジェネティック区画カットオフと比較するステップと
を含む方法。
(項目４１)
ポリヌクレオチドの試料中の核酸分子のエピジェネティック状態に基づく区画を評価するための方法であって、
ａ．前記ポリヌクレオチドの試料の少なくとも１つのサブセット由来の核酸分子を複数の区画化セットに区画するステップと、
ｂ．前記複数の区画化セットから分子の少なくとも１つのサブセットを富化させて、富化された分子のセットを生成するステップであって、前記富化された分子のセットが、前記ポリヌクレオチドの試料由来の核酸分子の群を含み、前記ポリヌクレオチドの試料由来の核酸分子の群が、内在性対照分子のセットを含む、ステップと、
ｃ．前記富化された分子のセットの少なくとも１つのサブセットをシーケンシングして、複数のシーケンシングリードを作製するステップと、
ｄ．前記内在性対照分子のセットについて１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを生成するために、前記シーケンシングリードのセットの少なくとも１つのサブセットを解析するステップと、
ｅ．前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを１つまたは複数のエピジェネティック区画カットオフと比較するステップと
を含む方法。
(項目４２)
前記複数の区画化セットのうちのある１つの区画化セット内の核酸分子に、タグのセットを用いてタグ付けして、タグ付けされた核酸分子の集団を作製するステップであって、前記タグ付けされた核酸分子が、１つまたは複数のタグを含む、ステップをさらに含む、項目３９、４０または４１に記載の方法。
(項目４３)
前記複数の区画化セットのうちの第１の区画化セットに使用される前記タグのセットが、前記複数の区画化セットのうちの第２の区画化セットに使用される前記タグのセットと異なる、項目４２に記載の方法。
(項目４４)
前記タグのセットを前記核酸分子に、アダプターを前記核酸分子にライゲーションすることによって付着させ、前記アダプターが、１つまたは複数のタグを含む、項目４３に記載の方法。
(項目４５)
ｇ）（ｉ）前記エピジェネティック対照核酸分子および／または前記内在性対照分子のセットの前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアが前記対応するエピジェネティック区画カットオフの範囲内に入る場合には、成功と分類するか、または、（ｉｉ）前記エピジェネティック対照分子および／または前記内在性対照分子のセットの前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアのうちの少なくとも１つが前記対応するエピジェネティック区画カットオフの範囲外である場合には、失敗に分類するステップをさらに含む、項目３９、４０または４１に記載の方法。
(項目４６)
前記エピジェネティック対照核酸分子のセットが、エピジェネティック対照核酸分子の２つまたはそれよりも多くのサブセットを含み、
前記エピジェネティック対照核酸分子の２つまたはそれよりも多くのサブセットのうちの１つのサブセットが、エピジェネティック修飾領域を含む複数のエピジェネティック対照核酸分子を含む、項目３９または４０に記載の方法。
(項目４７)
前記エピジェネティック対照核酸分子が、識別子領域をさらに含む、項目４６に記載の方法。
(項目４８)
前記識別子領域が、前記エピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域の片側または両側に存在する、項目４７に記載の方法。
(項目４９)
少なくとも１つのサブセット内の前記エピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、エピジェネティック修飾を有する少なくとも１つヌクレオチドを含む、上記項目のいずれかに記載の方法。
(項目５０)
前記サブセットが、エピジェネティック修飾を有するヌクレオチドを同数有するエピジェネティック対照核酸分子を含む、項目４９に記載の方法。
(項目５１)
第１のサブセット内のエピジェネティック修飾を有するヌクレオチドの数が、第２のサブセット内のエピジェネティック修飾を有するヌクレオチドの数と異なる、項目４９に記載の方法。
(項目５２)
前記エピジェネティック対照核酸分子の前記識別子領域が、分子バーコードを含む、項目４７に記載の方法。
(項目５３)
前記２つまたはそれよりも多くのサブセット内の前記複数のエピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、同一の核酸配列を含む、前記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目５４)
前記識別子領域が、少なくとも１つのエピジェネティック状態バーコードをさらに含む、項目４７に記載の方法。
(項目５５)
前記識別子領域が、１つまたは複数のプライマー結合部位を含む、項目４７に記載の方法。
(項目５６)
第１のサブセット内の前記複数のエピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、第２のサブセット内の前記複数のエピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域の核酸配列とは区別可能な核酸配列を含む、項目４６に記載の方法。
(項目５７)
前記エピジェネティック修飾が、ＤＮＡメチル化である、前記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目５８)
前記エピジェネティック修飾を有するヌクレオチドが、メチル化ヌクレオチドを含む、前記項目のいずれか一項に記載の方法。
(項目５９)
前記メチル化ヌクレオチドが、５－メチルシトシンを含む、項目５８に記載の方法。
(項目６０)
前記メチル化ヌクレオチドが、５－ヒドロキシメチルシトシンを含む、項目５８に記載の方法。
(項目６１)
エピジェネティック対照核酸分子の各サブセットが、等モル濃度で存在する、項目４６に記載の方法。
(項目６２)
エピジェネティック対照核酸分子の各サブセットが、非等モル濃度で存在する、項目４６に記載の方法。
(項目６３)
前記サブセットのうちの少なくとも１つにおける前記エピジェネティック対照核酸分子内のメチル化ヌクレオチドの数が、０個、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、少なくとも１２個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも４０個または少なくとも５０個である、項目５８に記載の方法。
(項目６４)
前記エピジェネティック対照核酸分子が、ラムダファージＤＮＡのゲノム領域、ヒトのゲノム領域、またはその両方の組合せに対応する配列を含む、項目４６に記載の方法。
(項目６５)
前記エピジェネティック状態が、前記核酸分子のメチル化レベルである、上記項目のいずれかに記載の方法。
(項目６６)
前記複数の区画化セットが、前記核酸分子のメチル化レベルに基づいて区画された前記スパイクイン試料の核酸分子を含む、項目３９、４０または４１に記載の方法。
(項目６７)
前記エピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、約１６０ｂｐの長さで構成される、項目４６に記載の方法。
(項目６８)
前記複数の富化された分子のシーケンシングを核酸シーケンサーによって実施する、項目３９、４０または４１に記載の方法。
(項目６９)
前記核酸シーケンサーが次世代シーケンサーである、項目６８に記載の方法。
(項目７０)
前記エピジェネティック対照核酸分子の前記エピジェネティック修飾領域が、非ヒトゲノムに対応する核酸配列を含む、項目４６に記載の方法。
(項目７１)
前記ポリヌクレオチドの試料が、ＤＮＡの試料、ＲＮＡの試料、ポリヌクレオチドの試料、無細胞ＤＮＡの試料、および無細胞ＲＮＡの試料からなる群から選択される、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目７２)
前記ポリヌクレオチドの試料が、無細胞ＤＮＡである、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目７３)
前記サブセットのうちの少なくとも１つにおける前記エピジェネティック対照核酸分子内のメチル化ヌクレオチドの数が、０個、２個、４個、６個、８個、１０個、１２個、１４個、少なくとも１６個、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個または少なくとも５０個である、項目７２に記載の方法。
(項目７４)
前記無細胞ＤＮＡが、１ｎｇから５００ｎｇの間である、項目７２に記載の方法。
(項目７５)
前記エピジェネティック対照核酸分子が、１フェムトモルから２００フェムトモルの間である、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目７６)
前記区画が、前記核酸分子を、エピジェネティック修飾を有するヌクレオチドを含む核酸分子に優先的に結合する結合性物質に対する前記核酸分子の示差的な結合親和性に基づいて区画することを含む、前記項目のいずれかに記載の方法。
(項目７７)
ポリヌクレオチドの試料中の核酸分子をエピジェネティック状態に基づいて区画する方法を評価するためのシステムであって、
通信ネットワークを通じて、核酸シーケンサーによって生成されたスパイクイン試料のシーケンシングリードのセットを受信する通信インターフェースであって、
前記シーケンシングリードのセットが、（ｉ）前記試料を起源とするポリヌクレオチドから生成されたシーケンシングリードの少なくともある１つの第１の集団であって、前記第１の集団由来のシーケンシングリードが、タグ配列および前記試料を起源とするポリヌクレオチドに由来する配列を含む、第１の集団；および（ｉｉ）エピジェネティック対照核酸分子から生成されたシーケンシングリードの少なくともある１つの第２の集団であって、前記第２の集団から生成されたシーケンシングリードが、エピジェネティック修飾領域および必要に応じて識別子領域を含む、第２の集団を含む、通信インターフェースと、
前記通信インターフェースと通信するコンピュータであって、１つまたは複数のコンピュータプロセッサ、および、前記１つまたは複数のコンピュータプロセッサにより実行されると、
（ｉ）前記通信ネットワークを通じて、前記核酸シーケンサーによるシーケンシングリードの前記第１の集団および第２の集団由来のシーケンシングリードのセットを受信するステップと、
（ｉｉ）前記エピジェネティック対照核酸分子および／または内在性対照分子の１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを生成するために、前記シーケンシングリードのセットの少なくとも１つのサブセットを解析するステップと、
（ｉｉｉ）前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを１つまたは複数のエピジェネティック区画カットオフと比較するステップと、
を含む方法をインプリメントする、機械により実行可能なコードを含むコンピュータ可読媒体を含む、コンピュータと
を含む、システム。
(項目７８)
少なくとも１つの電子プロセッサによって実行されると、少なくとも、
（ａ）核酸シーケンサーによって生成されたスパイクイン試料のシーケンシングリードのセットを得るステップであって、前記スパイクイン試料が、試料のポリヌクレオチドおよびエピジェネティック対照核酸分子を含み、前記シーケンシングリードのセットが、（ｉ）試料のポリヌクレオチドから生成されたシーケンシングリードの第１の集団および（ｉｉ）エピジェネティック対照核酸分子から生成されたシーケンシングリードの第２の集団を含む、ステップと、
（ｂ）前記エピジェネティック対照核酸分子および／または内在性対照分子の１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを生成するために、前記シーケンシングリードのセットの少なくとも１つのサブセットを解析するステップと、
（ｃ）前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを１つまたは複数のエピジェネティック区画カットオフと比較するステップと、
を実施する、非一時的なコンピュータで実行可能な命令を含むコンピュータ可読媒体を含む、またはそれにアクセスすることができるコントローラを含むシステム。
(項目７９)
少なくとも１つの電子プロセッサによって実行されると、少なくとも、
ａ．核酸シーケンサーによって生成された試料のシーケンシングリードのセットを得るステップであって、前記シーケンシングリードのセットが、前記試料のポリヌクレオチドから生成されたシーケンシングリードを含む、ステップと、
ｂ．前記内在性対照分子の１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを生成するために、シーケンシングリードのセットの少なくとも１つのサブセットを解析するステップと、
ｃ．前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアを１つまたは複数のエピジェネティック区画カットオフと比較するステップと
を実施する、非一時的なコンピュータで実行可能な命令を含むコンピュータ可読媒体を含む、またはそれにアクセスすることができるコントローラを含むシステム。
(項目８０)
ｇ）前記区画方法の結果の状態を前記エピジェネティック区画スコアの比較に基づいて生成するステップをさらに含む、前記項目のいずれか一項に記載のシステム。
(項目８１)
前記区画方法の結果の状態が、（ｉ）前記エピジェネティック対照核酸分子および／または前記内在性対照分子のセットの前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアが前記対応するエピジェネティック区画カットオフの範囲内に入る場合には成功に分類されるか、または、（ｉｉ）前記エピジェネティック対照分子および／または前記内在性対照分子の前記１つまたは複数のエピジェネティック区画スコアのうちの少なくとも１つが前記対応するエピジェネティック区画カットオフの範囲外である場合には失敗に分類される、項目４に記載のシステム。
(項目８２)
前記エピジェネティック区画スコアが、区画化セット内の高メチル化エピジェネティック対照核酸分子および／または高メチル化対照分子の数のフラクションまたはパーセンテージを含む、前記項目のいずれか一項に記載のシステム。
(項目８３)
前記エピジェネティック区画スコアが、区画化セット内の低メチル化エピジェネティック対照核酸分子および／または低メチル化対照分子の数のフラクションまたはパーセンテージを含む、項目７８から８０までのいずれか一項に記載のシステム。
(項目８４)
前記区画化セットが、高メチル化区画化セットである、項目８２または８３に記載のシステム。
(項目８５)
前記区画化セットが、低メチル化区画化セットである、項目８２または８３に記載のシステム。
(項目８６)
前記エピジェネティック区画スコアが、０ＣＧスコアである、項目７８から８０までのいずれか一項に記載のシステム。
(項目８７)
前記エピジェネティック区画スコアが、ｈｙｐｏスコアである、項目７８から８０までのいずれか一項に記載のシステム。
(項目８８)
前記エピジェネティック区画スコアが、ｍｅｔｈｙｌ－ｈａｌｆである、項目７８から８０までのいずれか一項に記載のシステム。
(項目８９)
前記エピジェネティック区画スコアが、ｍｅｔｈｙｌ－５である、項目７８から８０までのいずれか一項に記載のシステム。
(項目９０)
前記０ＣＧスコアについての前記エピジェネティック区画カットオフが、０．０１％、０．０２％、０．０５％、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、５％、少なくとも５％または少なくとも１０％である、項目８６に記載のシステム。
(項目９１)
前記ｈｙｐｏスコアについての前記エピジェネティック区画カットオフが、０．１％、０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、７％または少なくとも１０％である、項目８７に記載のシステム。
(項目９２)
前記ｍｅｔｈｙｌ－ｈａｌｆについての前記エピジェネティック区画カットオフが、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５または４０ｍＣＧである、項目８８に記載のシステム。
(項目９３)
前記ｍｅｔｈｙｌ－５についての前記エピジェネティック区画カットオフが、５、１０、２０、３０、４０または５０ｍＣＧである、項目８９に記載のシステム。
(項目９４)
核酸分子の区画に関する情報および／または核酸分子の区画から導き出された情報を必要に応じて含むレポートを作成するステップをさらに含む、項目３９から９３までのいずれか一項に記載の方法またはシステム。
(項目９５)
前記レポートを、試料が由来する対象または健康管理実践者などの第三者に伝達するステップをさらに含む、項目９４に記載の方法またはシステム。

Claims

本願明細書に記載の発明。