JPWO2018168801A1 - 変異型ヒスチジン脱炭酸酵素およびその用途 - Google Patents
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Abstract
Description
ヒスチジン脱炭酸酵素は、ヒスチジンに作用してヒスタミンを生成する酵素であり、ヒスチジン測定への実用化が模索されているが、実用化に際しより高い安定性(例、熱安定性、保存安定性、および酸化耐性)および活性を有する酵素が求められている。
〔1〕モチーフ(1)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフを有する野生型ヒスチジン脱炭酸酵素において、モチーフ(1)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基が変異しており、
ヒスチジン脱炭酸酵素活性および/または安定性が野生型ヒスチジン脱炭酸酵素よりも高い、変異型ヒスチジン脱炭酸酵素:
モチーフ(1):GDWX1X2X3CNYX4モチーフ(X1はA、SまたはGを、X2はE、AまたはDを、X3はYまたはEを、X4はLまたはRを、それぞれ示す);
モチーフ(2):EX5NX6X7X8CYLX9モチーフ(X5はSまたはGを、X6はMまたはLを、X7はFまたはYを、X8はGまたはSを、X9はG、SまたはAを、それぞれ示す);
モチーフ(3):GSRNGX10TPX11X12MWX13AX14X15Sモチーフ(X10はHまたはQを、X11はLまたはMを、X12はMまたはIを、X13はC、EまたはAを、X14はVまたはIを、X15はKまたはRを、それぞれ示す);
モチーフ(4):GX16X17AWX18X19モチーフ(X16はIまたはVを、X17はN、D、Q、HまたはPを、X18はC、RまたはLを、X19はN、HまたはCを、それぞれ示す);
モチーフ(5):TVX20FPCPSX21X22モチーフ(X20はVまたはIを、X21はE、VまたはAを、X22はA、D、SまたはNを、それぞれ示す);
モチーフ(6):VWKX23X24CLAX25Sモチーフ(X23はKまたはRを、X24はHまたはYを、X25はTまたはIを、それぞれ示す)。
〔2〕少なくとも1つのアミノ酸残基は、含硫アミノ酸残基、芳香族アミノ酸残基、酸性アミノ酸残基、水酸基を含有するアミノ酸残基、アミド基を含有するアミノ酸残基、および分枝鎖アミノ酸残基からなる群より選ばれる少なくとも1つのアミノ酸残基を含む、〔1〕の酵素。
〔3〕含硫アミノ酸残基は、システインおよびメチオニンからなる群より選ばれる少なくとも1つであり、
芳香族アミノ酸残基は、トリプトファン、フェニルアラニン、ヒスチジンおよびチロシンからなる群より選ばれる少なくとも1つであり、
酸性アミノ酸残基は、グルタミン酸およびアスパラギン酸からなる群より選ばれる少なくとも1つであり、
水酸基を含有するアミノ酸残基は、セリンおよびスレオニンからなる群より選ばれる少なくとも1つであり、
アミド基を含有するアミノ酸残基は、アスパラギンおよびグルタミンからなる群より選ばれる少なくとも1つであり、および
分枝鎖アミノ酸残基は、バリン、ロイシンおよびイソロイシンからなる群より選ばれる少なくとも1つである、
〔2〕の酵素。
〔4〕含硫アミノ酸残基の変異は、アラニン、グリシン、セリン、スレオニン、アルギニン、リジン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシンおよびバリンからなる群より選ばれるいずれかへの置換であり、
芳香族アミノ酸残基の変異は、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、ヒスチジン、アスパラギン、グルタミン、リジンおよびアルギニンからなる群より選ばれるいずれかへの置換であり、
酸性アミノ酸残基の変異は、セリンまたはスレオニンへの置換であり、
水酸基を含有するアミノ酸残基の変異は、グリシンまたはアラニンへの置換であり、
アミド基を含有するアミノ酸残基の変異は、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、ヒスチジン、アルギニン、リジン、セリンおよびスレオニンからなる群より選ばれるいずれかへの置換であり、および
分枝鎖アミノ酸残基の変異は、イソロイシン、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選ばれるいずれかへの置換である、
〔2〕または〔3〕の酵素。
〔5〕モチーフ(1)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基は、以下のいずれかを含む、〔1〕〜〔4〕のいずれかの酵素。
モチーフ(1)中のCNYモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異;
モチーフ(1)中のX2の変異;
モチーフ(2)中のCYLモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異;
モチーフ(2)中のX5の変異;
モチーフ(2)中のX6の変異;
モチーフ(3)中のX12の変異;
モチーフ(3)中のMの変異;
モチーフ(3)中のX13の変異;
モチーフ(4)中のX18の変異;
モチーフ(5)中のX20の変異;
モチーフ(5)中のFPCPSモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異;および
モチーフ(6)中のCLATSモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異。
〔6〕CNYモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基、CYLモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基、FPCPSモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基、およびCLATSモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基からなる群より選ばれる少なくとも1つのアミノ酸残基は、システインである、〔5〕の酵素。
〔7〕以下の群から選ばれる少なくとも1つの変異を有する、〔4〕〜〔6〕のいずれかの酵素:
モチーフ(1)中のCNYモチーフ中のシステインのアラニン、セリン、スレオニン、アルギニンまたはグリシンへの置換;
モチーフ(1)中のX2のセリンへの置換;
モチーフ(2)中のCYLモチーフ中のシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換;
モチーフ(2)中のCYLモチーフ中のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
モチーフ(2)中のX5のグリシンへの置換;
モチーフ(2)中のX6のバリンへの置換;
モチーフ(3)中のX12のイソロイシンへの置換;
モチーフ(3)中のMのロイシンまたはイソロイシンへの置換;
モチーフ(3)中のX13のアラニン、セリンまたはバリンへの置換;
モチーフ(4)中のX18のアラニン、セリンまたはバリンへの置換;
モチーフ(5)中のX20のイソロイシンへの置換;
モチーフ(5)中のFPCPSモチーフ中のシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換;および
モチーフ(6)中のCLATSモチーフ中のシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換。
〔8〕野生型ヒスチジン脱炭酸酵素は、
(a)配列番号3で表されるアミノ酸配列、
(b)配列番号3で表されるアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸残基の置換、欠失、挿入、もしくは付加を含むアミノ酸配列、または
(c)配列番号3で表されるアミノ酸配列に対して90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を有する、〔1〕〜〔7〕のいずれかの酵素。
〔9〕(a)配列番号3で表されるアミノ酸配列、
(b)配列番号3で表されるアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸残基の置換、欠失、挿入、もしくは付加を含むアミノ酸配列、または
(c)配列番号3で表されるアミノ酸配列に対して90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を有する野生型ヒスチジン脱炭酸酵素において、以下の群より選ばれる少なくとも1つのアミノ酸残基の変異を含み、
ヒスチジン脱炭酸酵素活性および/または安定性が野生型ヒスチジン脱炭酸酵素よりも高い、変異型ヒスチジン脱炭酸酵素:
15位のトリプトファンの変異;
21位のアスパラギンの変異;
22位のグルタミンの変異;
43位のメチオニンの変異;
55位のグルタミン酸の変異;
57位のシステインの変異;
96位のセリンの変異;
98位のメチオニンの変異;
101位のシステインの変異;
102位のチロシンの変異;
114位のチロシンの変異;
130位のロイシンの変異;
132位のイソロイシンの変異;
147位のチロシンの変異;
185位のメチオニンの変異;
196位のチロシンの変異;
234位のメチオニンの変異;
279位のメチオニンの変異;
280位のメチオニンの変異;
282位のシステインの変異;
319位のシステインの変異;
327位のバリンの変異;
330位のシステインの変異;
340位のシステインの変異;および
377位のメチオニンの変異。
〔10〕以下の群より選ばれる少なくとも1つのアミノ酸残基の変異を含む、〔9〕の酵素:
15位のトリプトファンのフェニルアラニンへの置換;
21位のアスパラギンのヒスチジンへの置換;
22位のグルタミンのアルギニンへの置換;
43位のメチオニンのロイシンへの置換;
55位のグルタミン酸のセリンへの置換;
57位のシステインのアラニン、セリン、スレオニン、アルギニン、またはグリシンへの置換;
96位のセリンのグリシンへの置換;
98位のメチオニンのバリンへの置換;
101位のシステインのアラニン、セリン、またはバリンへの置換;
102位のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
114位のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
130位のロイシンのイソロイシンへの置換;
132位のイソロイシンのロイシンまたはメチオニンへの置換;
147位のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
185位のメチオニンのスレオニン、ロイシン、イソロイシン、セリンまたはアラニンへの置換;
196位のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
234位のメチオニンのアラニンへの置換;
279位のメチオニンのイソロイシンへの置換;
280位のメチオニンのロイシン、またはイソロイシンへの置換;
282位のシステインのアラニン、セリン、またはバリンへの置換;
319位のシステインのアラニン、セリン、またはバリンへの置換;
327位のバリンのイソロイシンへの置換;
330位のシステインのアラニン、セリン、またはバリンへの置換;
340位のシステインのアラニンへの置換;および
377位のメチオニンのスレオニン、ロイシン、イソロイシンまたはアラニンへの置換。
〔11〕安定性は、熱安定性、保存安定性、および酸化耐性からなる群より選ばれる少なくとも1つである、〔1〕〜〔10〕のいずれかの酵素。
〔12〕〔1〕〜〔11〕のいずれかの酵素をコードするポリヌクレオチド。
〔13〕〔12〕のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
〔14〕〔13〕の発現ベクターを含む形質転換体。
〔15〕〔1〕〜〔11〕のいずれかの酵素を含むヒスチジン分析用キット。
〔16〕4−イミダゾリルアセトアルデヒド生成酵素を更に含む〔15〕のヒスチジン分析用キット。
〔17〕反応用緩衝液または緩衝塩、4−イミダゾリルアセトアルデヒド検出試薬、過酸化水素検出試薬、アンモニア検出試薬および還元型電子供与体試薬の少なくとも一つをさらに含む、〔16〕のキット。
〔18〕〔1〕〜〔11〕のいずれかの酵素を含む、ヒスチジン分析用システム。
〔19〕〔1〕〜〔11〕のいずれかの酵素により測定された被検試料中のヒスチジンの量が基準量よりも低ければ被験者は潰瘍性大腸炎、心臓悪液質、生活習慣病またはがんに罹患していると判定し、被検試料中のヒスチジンの量が基準量よりも高ければ被検者はヒスチジン血症に罹患していると判定する、潰瘍性大腸炎、心臓悪液質、生活習慣病、がんまたはヒスチジン血症の判定方法。
〔20〕〔1〕〜〔11〕のいずれかの酵素により測定された潰瘍性大腸炎の寛解期にある被検者の被検試料中のヒスチジンの量が基準量よりも低ければ被験者は炎症性腸疾患の再燃リスクが高いと判定し、被検試料中のヒスチジンの量が基準量よりも高ければ被検者は再燃リスクが低いと判定する、潰瘍性大腸炎の判定方法。
モチーフ(1):GDWX1X2X3CNYX4モチーフ(X1はA、SまたはGを、X2はE、AまたはDを、X3はYまたはEを、X4はLまたはRを、それぞれ示す);
モチーフ(2):EX5NX6X7X8CYLX9モチーフ(X5はSまたはGを、X6はMまたはLを、X7はFまたはYを、X8はGまたはSを、X9はG、SまたはAを、それぞれ示す);
モチーフ(3):GSRNGX10TPX11X12MWX13AX14X15Sモチーフ(X10はHまたはQを、X11はLまたはMを、X12はMまたはIを、X13はC、EまたはAを、X14はVまたはIを、X15はKまたはRを、それぞれ示す);
モチーフ(4):GX16X17AWX18X19モチーフ(X16はIまたはVを、X17はN、D、Q、HまたはPを、X18はC、RまたはLを、X19はN、HまたはCを、それぞれ示す);
モチーフ(5):TVX20FPCPSX21X22モチーフ(X20はVまたはIを、X21はE、VまたはAを、X22はA、D、SまたはNを、それぞれ示す);
モチーフ(6):VWKX23X24CLAX25Sモチーフ(X23はKまたはRを、X24はHまたはYを、X25はTまたはIを、それぞれ示す)。
配列番号3の15位に相当するトリプトファンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
配列番号3の21位に相当するアスパラギンの変異(好ましくは、ヒスチジンへの置換);
配列番号3の22位に相当するグルタミンの変異(好ましくは、アルギニンへの置換);
配列番号3の43位に相当するメチオニンの変異(好ましくは、ロイシンへの置換);
配列番号3の55位に相当するグルタミン酸の変異(好ましくは、セリンへの置換);
配列番号3の57位に相当するシステインの変異(好ましくは、アラニン、グリシン、アルギニン、セリンまたはスレオニンへの置換);
配列番号3の96位に相当するセリンの変異(好ましくは、グリシンへの置換);
配列番号3の98位に相当するメチオニンの変異(好ましくは、バリンへの置換);
配列番号3の101位に相当するシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリンまたはバリンへの置換);
配列番号3の102位に相当するチロシンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
配列番号3の114位に相当するチロシンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
配列番号3の130位に相当するロイシンの変異(好ましくは、イソロイシンへの置換);
配列番号3の132位に相当するイソロイシンの変異(好ましくは、ロイシンまたはメチオニンへの置換);
配列番号3の147位に相当するチロシンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
配列番号3の185位に相当するメチオニンの変異(好ましくは、スレオニン、ロイシン、イソロイシン、セリンまたはアラニンへの置換);
配列番号3の196位に相当するチロシンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
配列番号3の234位に相当するメチオニンの変異(好ましくは、アラニンへの置換);
配列番号3の279位に相当するメチオニンの変異(好ましくは、イソロイシンへの置換);
配列番号3の280位に相当するメチオニンの変異(好ましくは、ロイシン、またはイソロイシンへの置換);
配列番号3の282位に相当するシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリンまたはバリンへの置換);
配列番号3の319位に相当するシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリンまたはバリンへの置換);
配列番号3の327位に相当するバリンの変異(好ましくは、イソロイシンへの置換);
配列番号3の330位に相当するシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリンまたはバリンへの置換);
配列番号3の340位に相当するシステインの変異(好ましくは、アラニンへの置換);および
配列番号3の377位に相当するメチオニンの変異(好ましくは、スレオニン、ロイシン、イソロイシンまたはアラニンへの置換)。
モチーフ(1)中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異と、モチーフ(2)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異の組み合わせが好ましく、
モチーフ(1)中の少なくとも1つのシステインの変異と、モチーフ(2)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのシステインの変異との組み合わせがより好ましく、
モチーフ(1)中の少なくとも1つのシステインのセリンへの置換と、モチーフ(2)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換との組み合わせがより好ましく、
(i)モチーフ(1)中のCNYモチーフ中のシステインのセリンへの置換と、
(ii)モチーフ(2)中のCYLモチーフ中のシステイン、モチーフ(3)中のX12であるシステイン、モチーフ(4)中のX18であるシステイン、モチーフ(5)中のX20であるシステイン、およびモチーフ(6)中のCLATSモチーフ中のシステインからなる群より選ばれる少なくとも1つのシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換
との組み合わせがさらに好ましい。
モチーフ(1)中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異と、モチーフ(2)中の少なくとも1つのアミノ酸残基と、モチーフ(3)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異の組み合わせが好ましく、
モチーフ(1)中の少なくとも1つのシステインの変異と、モチーフ(2)中の少なくとも1つのシステインの変異と、モチーフ(3)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのシステインの変異との組み合わせがより好ましく、
モチーフ(1)中の少なくとも1つのシステインのセリンへの置換と、モチーフ(2)中の少なくとも1つのシステインのバリンへの置換と、モチーフ(3)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換との組み合わせがより好ましく、
(i)モチーフ(1)中のCNYモチーフ中のシステインのセリンへの置換と、
(ii)モチーフ(2)中のCYLモチーフ中のシステインのバリンへの置換と、
(iii)モチーフ(3)中のX12であるシステイン、モチーフ(4)中のX18であるシステイン、モチーフ(5)中のX20であるシステイン、およびモチーフ(6)中のCLATSモチーフ中のシステインからなる群より選ばれる少なくとも1つのシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換との組み合わせがさらに好ましい。
(a)配列番号3で表されるアミノ酸配列
(b)配列番号3で表されるアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸残基の置換、欠失、挿入、もしくは付加を含むアミノ酸配列
(c)配列番号3で表されるアミノ酸配列に対して90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
15位のトリプトファンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
21位のアスパラギンの変異(好ましくは、ヒスチジンへの置換);
22位のグルタミンの変異(好ましくは、アルギニンへの置換);
43位のメチオニンの変異(好ましくは、ロイシンへの置換);
55位のグルタミン酸の変異(好ましくは、セリンへの置換);
57位のシステインの変異(好ましくは、アラニン、グリシン、アルギニン、セリンまたはスレオニンへの置換);
96位のセリンの変異(好ましくは、グリシンへの置換);
98位のメチオニンの変異(好ましくは、バリンへの置換);
101位のシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリンまたはバリンへの置換);
102位のチロシンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
114位のチロシンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
130位のロイシンの変異(好ましくは、イソロイシンへの置換);
132位のイソロイシンの変異(好ましくは、ロイシンまたはメチオニンへの置換);
147位のチロシンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
185位のメチオニンの変異(好ましくは、スレオニン、ロイシン、イソロイシン、セリンまたはアラニンへの置換);
196位のチロシンの変異(好ましくは、フェニルアラニンへの置換);
234位のメチオニンの変異(好ましくは、アラニンへの置換);
279位のメチオニンの変異(好ましくは、イソロイシンへの置換);
280位のメチオニンの変異(好ましくは、ロイシン、またはイソロイシンへの置換);
327位のバリンの変異(好ましくは、イソロイシンへの置換);および
377位のメチオニンの変異(好ましくは、スレオニン、ロイシン、イソロイシンまたはアラニンへの置換)。
さらに、モチーフ(1)〜(6)のいずれかが保存されていない場合も以下から選ばれる少なくとも1つの変異を有していてもよい:
21位のアスパラギンの変異(好ましくは、ヒスチジンへの置換);
22位のグルタミンの変異(好ましくは、アルギニンへの置換);
43位のメチオニンの変異(好ましくは、ロイシンへの置換);
55位のグルタミンの変異(好ましくは、セリンへの置換);
57位のシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリン、スレオニン、アルギニンまたはグリシンへの置換);
96位のセリンの変異(好ましくは、グリシンへの置換);
98位のメチオニンの変異(好ましくは、バリンへの置換);
101位のシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリンまたはバリンへの置換);
130位のロイシンの変異(好ましくは、イソロイシンへの置換);
132位のイソロイシンの変異(好ましくは、ロイシンまたはメチオニンへの置換);
185位のメチオニンの変異(好ましくは、スレオニン、ロイシン、イソロイシン、セリンまたはアラニンへの置換);
234位のメチオニンの変異(好ましくは、アラニンへの置換);
279位のメチオニンの変異(好ましくは、イソロイシンへの置換);
280位のメチオニンの変異(好ましくは、ロイシンまたはイソロイシンへの置換);
282位のシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリンまたはバリンへの置換);
319位のシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリンまたはバリンへの置換);
327位のバリンの変異(好ましくは、イソロイシンへの置換);
330位のシステインの変異(好ましくは、アラニン、セリンまたはバリンへの置換);
340位のシステインの変異(好ましくは、アラニンへの置換);および
377位のメチオニンの変異(好ましくは、スレオニン、ロイシン、イソロイシン、またはアラニンへの置換)。
(i)モチーフ(1)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフを有するヒスチジン脱炭酸酵素のアミノ酸配列において、モチーフ(1)〜(6)中のアミノ酸残基が変異(例えば、置換)したアミノ酸配列を含み、かつ、ヒスチジン脱炭酸酵素活性および/または安定性(例、熱安定性、保存安定性、および酸化耐性)が野生型ヒスチジン脱炭酸酵素よりも高い、変異型ヒスチジン脱炭酸酵素
(ii)(a)配列番号3で表されるアミノ酸配列、(b)配列番号3で表されるアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸残基の置換、欠失、挿入、もしくは付加を含むアミノ酸配列、または(c)配列番号3で表されるアミノ酸配列に対して90%以上の同一性を有するアミノ酸配列を有するヒスチジン脱炭酸酵素のアミノ酸配列における少なくとも1つのアミノ酸残基が変異(例えば、置換)したアミノ酸配列を有し、かつ、ヒスチジン脱炭酸酵素活性および/または安定性(例、熱安定性、保存安定性、および酸化耐性)が野生型ヒスチジン脱炭酸酵素よりも高い変異型ヒスチジン脱炭酸酵素。
ヒスチジン→ヒスタミン+CO2
ヒスタミン+酸化型電子供与体→4−イミダゾリルアセトアルデヒド+NH2+還元型電子供与体1−PMSH2
還元型電子供与体+テトラゾリウム塩(WST−8)→酸化型電子供与体+WST−8(赤色)
ヒスチジン→ヒスタミン+CO2
ヒスタミン+H2O+O2→4−イミダゾリルアセトアルデヒド+NH3+H2O2
2H2O2+4−アミノアンチピリン+フェノール→キノンイミン色素+4H2O
大腸菌を用いたHisDCの組換え発現系を構築した。まず、組換え発現用のプラスミドを構築した。フォトバクテリウム・フォスフォリウム由来のHisDCのアミノ酸配列(配列番号3)をコードする遺伝子(コドン最適化HisDC、配列番号2)を取得するため、DNAプライマー1(配列番号4:5’TATCGAAGGTCGTCATATGACCACCC3’)およびDNAプライマー2(配列番号5:5’TTTGTTAGCAGCCGGATCCTTAGGC3’)を用いて、標準的なPCR法に従って目的遺伝子を増幅した。続いて、NdeI(タカラバイオ株式会社)とHindIII(タカラバイオ株式会社)を用いてpET16b(メルク株式会社)を制限酵素消化し、Wizard SV Gel and PCR clean−up System (Promega社)を用いて除タンパク質および不要なDNA断片を除去した。得られた産物から、標準的な方法に従ってライゲーション産物を得て、大腸菌XL−10 goldの形質転換体を取得した。大腸菌XL−10 goldの形質転換体からプラスミドを抽出した。このプラスミドを鋳型として標準的なDNA配列の解析法を用いて、プラスミドへの目的遺伝子の挿入を確認した。目的遺伝子が挿入されたプラスミドをPCRの鋳型としてDNAプライマー3(配列番号6:5’GCCGCACTCGAGCACCACCACCACCACCACTGAGGATCCGGCTGCTAACAAAGCCCGAAAGGAAGC3’)およびDNAプライマー4(配列番号7:5’GGCTGCAATCATTTCACCG 3’)を用いて、標準的なPCR法に従って目的遺伝子の3’末端にHis−tagを付加した。このプラスミドをDNAリガーゼによって連結して、大腸菌XL−10 goldの形質転換体を取得し、プラスミドを抽出した。このプラスミドを鋳型として標準的なDNA配列の解析法を用いて、プラスミドへの目的遺伝子の挿入を確認した。標準的な方法に従って大腸菌BL21(DE3)の形質転換体を取得した。以後、His−tagがN,C末に付加されたHisDC配列を含むプラスミドをpET16b−HisDC、pET16b−HisDCによるBL21(DE3)の形質転換体をpET16b−HisDC−BL21(DE3)と呼ぶ。
HisDC(野生型および変異体)の大量調製は、下記のようにして行った。まず、pET16b−HisDC−BL21(DE3)のグリセロールストックから100μg/mlアンピシリンを含むLBプレートへ植菌し、37℃で一晩、静置培養した。100μg/mlアンピシリンを含むLB液体培地50mlを250ml容量のフラスコに入れ、LBプレート上のシングルコロニーを植菌し、37℃で一晩培養した。100μg/mlアンピシリンを含むLB液体培地2L培養液20mlを添加し、37℃でOD600の値が0.6程度になるまで旋回振盪にて培養した。16℃の下30分間静置し、IPTGを終濃度0.1mMとなるように添加し、16℃で旋回振盪にて一晩培養した後に50mlチューブに集菌した。
HisDC変異体を、下記のようにして調製した。QuikChange Lightning site−Directed Mutagenesis Kits(アジレント・テクノロジー株式会社)を用いて、pET16b−HisDCを鋳型として製品添付のプロトコルに従い、HisDC遺伝子への変異導入を行った。変異を複数導入する際には、変異を入れたプラスミドを鋳型として用い変異を追加していくことで行った。この変異導入済みプラスミドを用いて、実施例1に記載の方法に従って、組換え発現、精製を行うことで様々なHisDC変異体を取得した。
実施例1および実施例3で調製したHisDC(野生型および変異体)の活性評価は下記手順にて行った。0.2mg/ml HisDC溶液を、マイクロチューブに分注し、4℃、30℃、35℃、40℃のいずれかの温度で15分間インキュベートした。次にこのHisDC 5μLに対して0.2Mリン酸ナトリウム緩衝液,pH6.5を25μL、超純水15μL、ヒスチジン溶液5μLを加え混合した溶液を25℃、60分間インキュベートした。この溶液50μLに対してヒスタミン脱水素酵素(チェックカラーヒスタミン、キッコーマンバイオケミファ社)を50μL、検出溶液50μLを加えた溶液の波長470nmにおける吸光度の経時変化をマイクロプレートリーダー(Varioskan LUX、ThermoFisher SCIENTIFIC社)で30分間測定した。単変異、2重変異、および3重変異導入した変異体の結果をそれぞれ、表7、8、および9に示す。コントロールと比較した相対活性および、各温度で15分間熱処理後の残存活性を示す。それぞれコントロールとして表7は野生型、表8はC57S変異体、表9はC57S/C101V変異体を用いた。
実施例2で調製したHisDC(野生型および変異体)の基質特異性評価を下記手順にて行った。HisDCを0.6mg/mlに調製し、5μLのHisDCに対して0.2Mリン酸ナトリウム緩衝液,pH6.5を25μL、超純水10μL、100μMの各アミノ酸溶液10μLを加え混合した溶液を25℃、60分間インキュベートした。この溶液50μLに対してヒスタミン脱水素酵素(チェックカラーヒスタミン、キッコーマンバイオケミファ社)を50μL、検出溶液50μLを加えた溶液の波長470nmにおける吸光度の経時変化をマイクロプレートリーダー(Varioskan LUX、ThermoFisher SCIENTIFIC社)で測定した。野生型およびC57S変異体に対してそれぞれ、ヒスチジン溶液測定時の60秒後の吸光度値を100%とした際の相対活性を表10に示す。
実施例2で調製したHisDC(野生型および変異体)を用いて熱安定性の評価を実施した。HisDCを1mg/mlとなるように調製し、4、20、25、30、35、40、45、50、55、60、70℃で10分間インキュベートした。HisDCを0.2mg/mlに希釈した後、実施例4に記載した方法にしたがって10mMヒスチジン溶液に対する活性を測定した。4℃でインキュベートをしたHisDCの15分間後の吸光度値を100%として各温度の相対活性を野生型、C57S変異体のそれぞれで算出した。結果を図7に示す。野生型およびC57S変異体のTm値(残存活性が50%を示す温度)を表11に示す。
実施例2で調製したHisDC(野生型および変異体)の長期保存安定性を評価した。HisDCを0.2mg/mlとなるように調製し、野生型およびC57S変異体の緩衝液をPD−10カラム(GEヘルスケア・ジャパン株式会社)によりTris−HCl,pH8.0およびMES,pH7.0に置換した。HisDC酵素溶液を4℃、遮光条件下で保存し、保存開始日を0日目とした際の各日数における活性を実施例4の方法に従い測定した。図8にHisDC野生型およびC57Sの各緩衝液における保存日数に伴う活性の変化を0日目の活性をコントロールとした相対活性で示す。結果から、本実施例で使用した変異体の長期保存安定性が向上していること、および、この変異体に含まれる変異の導入により、HisDCの長期保存安定性を向上させることができることが分かる。
実施例2で調製したHisDC(野生型および変異体)の酸化耐性を評価した。HisDC野生型およびC57S変異体の緩衝液をPD−10カラム(GEヘルスケア・ジャパン株式会社)により62.5mM Tris−HCl,625mM NaCl,pH8.0に置換した。HisDC溶液:過酸化水素溶液:アスコルビン酸溶液を8:1:1の比で混合し、35℃で15分間インキュベートした。過酸化水素溶液は0、0.001、0.005、0.01、0.1%およびアスコルビン酸溶液は1mMを用いた。各条件で処理したHisDC溶液の活性測定は基本的には実施例4の方法に従って測定した。図9にHisDC野生型およびC57Sの各条件における活性を、過酸化水素溶液0%をコントロールとした相対活性で示す。ここで(−)はアスコルビン酸添加なし、(+)は1mMアスコルビン酸添加ありを示す。結果から、本実施例で使用した変異体の酸化耐性が向上していること、および、この変異体に含まれる変異の導入により、HisDCの酸化耐性を向上させることができることが分かる。
実施例2で調製したHisDC(野生型および変異体)の酸化耐性を評価した。HisDC野生型、C57S変異体、およびC57S/C101V/C282V変異体の緩衝液をPD−10カラム(GEヘルスケア・ジャパン株式会社)により62.5mM Tris−HCl,625mM NaCl,pH8.0に置換した。HisDC溶液:過酸化水素溶液:アスコルビン酸溶液を8:1:1の比で混合し、40℃で15分間インキュベートした。過酸化水素溶液は0、0.01、0.03%およびアスコルビン酸溶液は1mMを用いた。各条件で処理したHisDC溶液の活性測定は基本的には実施例4の方法に従って測定した。図10にHisDC野生型およびC57Sの各条件における活性を、過酸化水素溶液0%をコントロールとした相対活性で示す。ここで(−)はアスコルビン酸添加なし、(+)は1mMアスコルビン酸添加ありを示す。結果から、本実施例で使用した変異体の酸化耐性が向上していること、および、この変異体に含まれる変異の導入により、HisDCの酸化耐性を向上させることができることが分かる。
Claims (20)
- モチーフ(1)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフを有する野生型ヒスチジン脱炭酸酵素において、モチーフ(1)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基が変異しており、
ヒスチジン脱炭酸酵素活性および/または安定性が野生型ヒスチジン脱炭酸酵素よりも高い、変異型ヒスチジン脱炭酸酵素:
モチーフ(1):GDWX1X2X3CNYX4モチーフ(X1はA、SまたはGを、X2はE、AまたはDを、X3はYまたはEを、X4はLまたはRを、それぞれ示す);
モチーフ(2):EX5NX6X7X8CYLX9モチーフ(X5はSまたはGを、X6はMまたはLを、X7はFまたはYを、X8はGまたはSを、X9はG、SまたはAを、それぞれ示す);
モチーフ(3):GSRNGX10TPX11X12MWX13AX14X15Sモチーフ(X10はHまたはQを、X11はLまたはMを、X12はMまたはIを、X13はC、EまたはAを、X14はVまたはIを、X15はKまたはRを、それぞれ示す);
モチーフ(4):GX16X17AWX18X19モチーフ(X16はIまたはVを、X17はN、D、Q、HまたはPを、X18はC、RまたはLを、X19はN、HまたはCを、それぞれ示す);
モチーフ(5):TVX20FPCPSX21X22モチーフ(X20はVまたはIを、X21はE、VまたはAを、X22はA、D、SまたはNを、それぞれ示す);
モチーフ(6):VWKX23X24CLAX25Sモチーフ(X23はKまたはRを、X24はHまたはYを、X25はTまたはIを、それぞれ示す)。 - 少なくとも1つのアミノ酸残基は、含硫アミノ酸残基、芳香族アミノ酸残基、酸性アミノ酸残基、水酸基を含有するアミノ酸残基、アミド基を含有するアミノ酸残基、および分枝鎖アミノ酸残基からなる群より選ばれる少なくとも1つのアミノ酸残基を含む、請求項1に記載の酵素。
- 含硫アミノ酸残基は、システインおよびメチオニンからなる群より選ばれる少なくとも1つであり、
芳香族アミノ酸残基は、トリプトファン、フェニルアラニン、ヒスチジンおよびチロシンからなる群より選ばれる少なくとも1つであり、
酸性アミノ酸残基は、グルタミン酸およびアスパラギン酸からなる群より選ばれる少なくとも1つであり、
水酸基を含有するアミノ酸残基は、セリンおよびスレオニンからなる群より選ばれる少なくとも1つであり、
アミド基を含有するアミノ酸残基は、アスパラギンおよびグルタミンからなる群より選ばれる少なくとも1つであり、および
分枝鎖アミノ酸残基は、バリン、ロイシンおよびイソロイシンからなる群より選ばれる少なくとも1つである、
請求項2に記載の酵素。 - 含硫アミノ酸残基の変異は、アラニン、グリシン、セリン、スレオニン、アルギニン、リジン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシンおよびバリンからなる群より選ばれるいずれかへの置換であり、
芳香族アミノ酸残基の変異は、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、ヒスチジン、アスパラギン、グルタミン、リジンおよびアルギニンからなる群より選ばれるいずれかへの置換であり、
酸性アミノ酸残基の変異は、セリンまたはスレオニンへの置換であり、
水酸基を含有するアミノ酸残基の変異は、グリシンまたはアラニンへの置換であり、
アミド基を含有するアミノ酸残基の変異は、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、ヒスチジン、アルギニン、リジン、セリンおよびスレオニンからなる群より選ばれるいずれかへの置換であり、および
分枝鎖アミノ酸残基の変異は、イソロイシン、ロイシンおよびメチオニンからなる群より選ばれるいずれかへの置換である、
請求項2または3に記載の酵素。 - モチーフ(1)〜(6)からなる群より選ばれる少なくとも1つのモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基は、以下のいずれかを含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の酵素。
モチーフ(1)中のCNYモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異;
モチーフ(1)中のX2の変異;
モチーフ(2)中のCYLモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異;
モチーフ(2)中のX5の変異;
モチーフ(2)中のX6の変異;
モチーフ(3)中のX12の変異;
モチーフ(3)中のMの変異;
モチーフ(3)中のX13の変異;
モチーフ(4)中のX18の変異;
モチーフ(5)中のX20の変異;
モチーフ(5)中のFPCPSモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異;および
モチーフ(6)中のCLATSモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基の変異。 - CNYモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基、CYLモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基、FPCPSモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基、およびCLATSモチーフ中の少なくとも1つのアミノ酸残基からなる群より選ばれる少なくとも1つのアミノ酸残基は、システインである、請求項5に記載の酵素。
- 以下の群から選ばれる少なくとも1つの変異を有する、請求項4〜6のいずれか1項に記載の酵素:
モチーフ(1)中のCNYモチーフ中のシステインのアラニン、セリン、スレオニン、アルギニンまたはグリシンへの置換;
モチーフ(1)中のX2のセリンへの置換;
モチーフ(2)中のCYLモチーフ中のシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換;
モチーフ(2)中のCYLモチーフ中のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
モチーフ(2)中のX5のグリシンへの置換;
モチーフ(2)中のX6のバリンへの置換;
モチーフ(3)中のX12のイソロイシンへの置換;
モチーフ(3)中のMのロイシンまたはイソロイシンへの置換;
モチーフ(3)中のX13のアラニン、セリンまたはバリンへの置換;
モチーフ(4)中のX18のアラニン、セリンまたはバリンへの置換;
モチーフ(5)中のX20のイソロイシンへの置換;
モチーフ(5)中のFPCPSモチーフ中のシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換;および
モチーフ(6)中のCLATSモチーフ中のシステインのアラニン、セリンまたはバリンへの置換。 - 野生型ヒスチジン脱炭酸酵素は、
(a)配列番号3で表されるアミノ酸配列、
(b)配列番号3で表されるアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸残基の置換、欠失、挿入、もしくは付加を含むアミノ酸配列、または
(c)配列番号3で表されるアミノ酸配列に対して90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を有する、請求項1〜7のいずれか1項に記載の酵素。 - (a)配列番号3で表されるアミノ酸配列、
(b)配列番号3で表されるアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸残基の置換、欠失、挿入、もしくは付加を含むアミノ酸配列、または
(c)配列番号3で表されるアミノ酸配列に対して90%以上の同一性を有するアミノ酸配列
を有する野生型ヒスチジン脱炭酸酵素において、以下の群より選ばれる少なくとも1つのアミノ酸残基の変異を含み、
ヒスチジン脱炭酸酵素活性および/または安定性が野生型ヒスチジン脱炭酸酵素よりも高い、変異型ヒスチジン脱炭酸酵素:
15位のトリプトファンの変異;
21位のアスパラギンの変異;
22位のグルタミンの変異;
43位のメチオニンの変異;
55位のグルタミン酸の変異;
57位のシステインの変異;
96位のセリンの変異;
98位のメチオニンの変異;
101位のシステインの変異;
102位のチロシンの変異;
114位のチロシンの変異;
130位のロイシンの変異;
132位のイソロイシンの変異;
147位のチロシンの変異;
185位のメチオニンの変異;
196位のチロシンの変異;
234位のメチオニンの変異;
279位のメチオニンの変異;
280位のメチオニンの変異;
282位のシステインの変異;
319位のシステインの変異;
327位のバリンの変異;
330位のシステインの変異;
340位のシステインの変異;および
377位のメチオニンの変異。 - 以下の群より選ばれる少なくとも1つのアミノ酸残基の変異を含む、請求項9に記載の酵素:
15位のトリプトファンのフェニルアラニンへの置換;
21位のアスパラギンのヒスチジンへの置換;
22位のグルタミンのアルギニンへの置換;
43位のメチオニンのロイシンへの置換;
55位のグルタミン酸のセリンへの置換;
57位のシステインのアラニン、セリン、スレオニン、アルギニン、またはグリシンへの置換;
96位のセリンのグリシンへの置換;
98位のメチオニンのバリンへの置換;
101位のシステインのアラニン、セリン、またはバリンへの置換;
102位のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
114位のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
130位のロイシンのイソロイシンへの置換;
132位のイソロイシンのロイシンまたはメチオニンへの置換;
147位のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
185位のメチオニンのスレオニン、ロイシン、イソロイシン、セリンまたはアラニンへの置換;
196位のチロシンのフェニルアラニンへの置換;
234位のメチオニンのアラニンへの置換;
279位のメチオニンのイソロイシンへの置換;
280位のメチオニンのロイシン、またはイソロイシンへの置換;
282位のシステインのアラニン、セリン、またはバリンへの置換;
319位のシステインのアラニン、セリン、またはバリンへの置換;
327位のバリンのイソロイシンへの置換;
330位のシステインのアラニン、セリン、またはバリンへの置換;
340位のシステインのアラニンへの置換;および
377位のメチオニンのスレオニン、ロイシン、イソロイシンまたはアラニンへの置換。 - 安定性は、熱安定性、保存安定性、および酸化耐性からなる群より選ばれる少なくとも1つである、請求項1〜10のいずれか1項に記載の酵素。
- 請求項1〜11のいずれか1項に記載の酵素をコードするポリヌクレオチド。
- 請求項12に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
- 請求項13に記載の発現ベクターを含む形質転換体。
- 請求項1〜11のいずれか1項に記載の酵素を含むヒスチジン分析用キット。
- 4−イミダゾリルアセトアルデヒド生成酵素を更に含む請求項15に記載のヒスチジン分析用キット。
- 反応用緩衝液または緩衝塩、4−イミダゾリルアセトアルデヒド検出試薬、過酸化水素検出試薬、アンモニア検出試薬および還元型電子供与体試薬の少なくとも一つをさらに含む、請求項16に記載のキット。
- 請求項1〜11のいずれか1項に記載の酵素を含む、ヒスチジン分析用システム。
- 請求項1〜11のいずれか1項に記載の酵素により測定された被検試料中のヒスチジンの量が基準量よりも低ければ被験者は潰瘍性大腸炎、心臓悪液質、生活習慣病またはがんに罹患していると判定し、被検試料中のヒスチジンの量が基準量よりも高ければ被検者はヒスチジン血症に罹患していると判定する、潰瘍性大腸炎、心臓悪液質、生活習慣病、がんまたはヒスチジン血症の判定方法。
- 請求項1〜11のいずれか1項に記載の酵素により測定された潰瘍性大腸炎の寛解期にある被検者の被検試料中のヒスチジンの量が基準量よりも低ければ被験者は炎症性腸疾患の再燃リスクが高いと判定し、被検試料中のヒスチジンの量が基準量よりも高ければ被検者は再燃リスクが低いと判定する、潰瘍性大腸炎の判定方法。
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