JPWO2005033338A1 - ウイルス感染のリスク評価方法 - Google Patents
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Abstract
Description
(1)ウイルス感染のリスクを評価する方法であって、ヒトトル様レセプター3遺伝子における一塩基多型を少なくとも1つ検出し、検出される一塩基多型の遺伝子型に基づいてウイルス感染のリスクを評価することを特徴とする評価方法。
(2)ウイルスがライノウイルスであることを特徴とする上記(1)に記載の評価方法。
(3)前記少なくとも1つの一塩基多型が、−8921番目の一塩基多型、−7番目の一塩基多型、1638番目の一塩基多型、1656番目の一塩基多型、3519番目の一塩基多型、4792番目の一塩基多型、4960番目の一塩基多型、5252番目の一塩基多型、6301番目の一塩基多型、6444番目の一塩基多型および6444番目の一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型からなる群より選ばれることを特徴とする上記(2)に記載の評価方法。
(4)前記一塩基多型が6444番目の一塩基多型であることを特徴とする上記(3)に記載の方法。
(5)検出される一塩基多型の遺伝子型がCCである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする上記(4)に記載の評価方法。
(6)検出される一塩基多型の遺伝子型がCTである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする上記(4)に記載の評価方法。
(7)検出される一塩基多型の遺伝子型がTTである場合に、ウイルス感染のリスクが低いと評価することを特徴とする上記(4)に記載の評価方法。
(8)前記一塩基多型が3519番目の一塩基多型であることを特徴とする上記(3)に記載の方法。
(9)検出される一塩基多型の遺伝子型がAAである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする上記(8)に記載の評価方法。
(10)検出される一塩基多型の遺伝子型がATである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする上記(8)に記載の評価方法。
(11)検出される一塩基多型の遺伝子型がTTである場合に、ウイルス感染のリスクが低いと評価することを特徴とする上記(8)に記載の評価方法。
(12)前記一塩基多型が4792番目の一塩基多型であることを特徴とする上記(3)に記載の方法。
(13)検出される一塩基多型の遺伝子型がGGである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする上記(12)に記載の評価方法。
(14)検出される一塩基多型の遺伝子型がGCである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする上記(12)に記載の評価方法。
(15)検出される一塩基多型の遺伝子型がCCである場合に、ウイルス感染のリスクが低いと評価することを特徴とする上記(12)に記載の評価方法。
(16)ウイルス感染のリスクを評価するための、ヒトトル様レセプター3遺伝子における−8921番目の一塩基多型、−7番目の一塩基多型、1638番目の一塩基多型、1656番目の一塩基多型、3519番目の一塩基多型、4792番目の一塩基多型、4960番目の一塩基多型、5252番目の一塩基多型、6301番目の一塩基多型または6444番目の一塩基多型に対する特異的プライマーまたは特異的プローブの使用。
(17)ヒトまたは哺乳動物においてウイルス感染のリスクを減少させる方法であって、該ヒトまたは哺乳動物に有効量のヒトトル様レセプター3遺伝子の発現調節活性を有する化合物を投与することを特徴とする方法。
(18)ウイルス感染のリスクおよびアレルギー疾患の罹患性を評価する方法であって、ヒトトル様レセプター3遺伝子における少なくとも1つの一塩基多型を検出し、検出される一塩基多型の遺伝子型に基づいてウイルス感染およびアレルギー疾患の罹患性を評価することを特徴とする評価方法。
(19)ウイルスがライノウイルスであり、アレルギー疾患が小児喘息であることを特徴とする上記(18)に記載の評価方法。
(k)配列番号1または配列番号2で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−7番目に存在する一塩基多型部位;
(l)配列番号3または配列番号4で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1638番目に存在する一塩基多型部位;
(m)配列番号5または配列番号6で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1656番目に存在する一塩基多型部位;
(n)配列番号7または配列番号8で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の3519番目に存在する一塩基多型部位;
(o)配列番号9または配列番号10で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4792番目に存在する一塩基多型部位;
(p)配列番号11または配列番号12で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4960番目に存在する一塩基多型部位;
(q)配列番号13または配列番号14で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の5252番目に存在する一塩基多型部位;
(r)配列番号15または配列番号16で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6301番目に存在する一塩基多型部位;
(s)配列番号17または配列番号18で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6444番目に存在する一塩基多型部位;および
(t)配列番号19または配列番号20で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−8921番目に存在する一塩基多型部位。
1.a)6444番目の対立遺伝子として、CCを検出したとき、ウイルス感染リスクが高い被験体であることを示す、b)6444番目の対立遺伝子として、CTを検出したとき、ウイルス感染リスクが高い被験体であることを示す、c)6444番目の対立遺伝子として、TTを検出したときは、ウイルス感染リスクが低い被験体であることを示す。
2.a)3519番目の対立遺伝子として、AAを検出したとき、ウイルス感染リスクが高い被験体であることを示す、b)3519番目の対立遺伝子としてATを検出したとき、ウイルス感染リスクが低い被験体であることを示す、c)3519番目の対立遺伝子としてTTを検出したとき、ウイルス感染リスクが低い被験体であることを示す。
3.a)4792番目の対立遺伝子として、GGを検出したとき、ウイルス感染リスクが高い被験体であることを示す、b)4792番目の対立遺伝子として、GCを検出したとき、ウイルス感染リスクが高い被験体であることを示す、c)4792番目の対立遺伝子として、CCを検出したとき、ウイルス感染リスクが低い被験体であることを示す。
喘息と遺伝子多型との関連性研究
十分なインフォームドコンセントの上で、アレルギー疾患(小児喘息および成人喘息)患者および対照者(健常者)の検体を、臨床情報と共に収集した。なお、被験者は、全て日本人であった。
上述のようにTLR3遺伝子におけるアレル頻度を算出した。それぞれの多型について、小児喘息患者群と対照群との間の有意差を検定したところ、特に6444番目の塩基置換が小児喘息患者に多く存在することが分かった。すなわち、健常者におけるTのホモ接合体の場合が、Cのホモ接合体およびCTのヘテロ接合体の場合にくらべて有意に高かった(p=0.000020)。結果を表1に示す。したがって、TLR3遺伝子領域の6444番目の遺伝子多型がTのホモ接合体である場合、小児喘息疾患群に比べて健常者である確率が有意に高く、この特定の遺伝子多型が疾患の表現型との強い関連を有するという結果を得た。また、それぞれの多型について、成人喘息患者群と対照群との間の有意差を検定したところ、この場合も、特に6444番目の塩基置換が成人喘息患者に多く存在することが分かった。すなわち、健常者におけるTのホモ接合体の場合が、Cのホモ接合体およびCTのヘテロ接合体の場合にくらべて有意に高かった(p=0.0097)。結果を表2に示す。したがって、TLR3遺伝子領域の6444番目の遺伝子多型がTのホモ接合体である場合、成人喘息疾患群に比べて健常者である確率が有意に高く、この遺伝子多型が疾患の表現型との強い関連を有するという結果を得た。
小児喘息(ライノウイルス感染)と遺伝子多型との関連性研究
ライノウイルス感染の季節性
遺伝子多型と表現型の関連
TLR3遺伝子領域の6444番目における遺伝子多型のアレル型とTLR3遺伝子の発現についての相関を調べた。TLR3遺伝子領域の6444番目の遺伝子多型TまたはCアレル検体の末梢血から「リンフォプレップ」(Axis shield社製)を用いて、ヒト末梢血単球画分を得た。単離した末梢血単球画分は、磁気分離法(MACS,Miltenyi社製)に供し、分化抗原CD14を持つ単球画分を得た。この画分をTLR3リガンド(poly(I:C)、アマシャムファルマシア社製)10μg/mL濃度で添加したRPMI1640培養液において培養した。培養後の細胞からRNA抽出液(Trizol、Invitrogen社製)を用いて、総RNAを抽出した。抽出した総RNAからcDNA合成試薬(Thirmoscript、RT−PCR System、Invitrogen社製)を用いて、総RNA中のmRNAを鋳型にしてcDNAを合成した。TLR3のcDNA量をリアルタイムPCR(Taqman PCR、Applied Biosystems社製)により定量してTLR3の発現量を調べた。
6444番目の塩基の一塩基多型Tアレルのホモ接合体4名、Cアレルのホモ接合体4名を検体として、TLR3発現量を比較した。各アレル4検体分の発現量比の平均値を図2に示す。poly(I:C)を10μg/mLで添加し、培養した場合、Tアレル試料におけるTLR3発現量は、Cアレル試料よりも約8倍多かった。試験した各アレル4検体ともに同様の傾向であり、C6444Tの多型によりTLR3発現量に大きな差がみられることがわかった。すなわち、小児喘息に罹りやすい遺伝子型の検体では、TLR3の発現量が少なかった。
Claims (19)
- ウイルス感染のリスクを評価する方法であって、ヒトトル様レセプター3遺伝子における一塩基多型を少なくとも1つ検出し、検出される一塩基多型の遺伝子型に基づいてウイルス感染のリスクを評価することを特徴とする評価方法。
- ウイルスがライノウイルスであることを特徴とする請求項1に記載の評価方法。
- 前記少なくとも1つの一塩基多型が、−8921番目の一塩基多型、−7番目の一塩基多型、1638番目の一塩基多型、1656番目の一塩基多型、3519番目の一塩基多型、4792番目の一塩基多型、4960番目の一塩基多型、5252番目の一塩基多型、6301番目の一塩基多型、6444番目の一塩基多型および6444番目の一塩基多型と連鎖不平衡にある一塩基多型からなる群より選ばれることを特徴とする請求項2に記載の評価方法。
- 前記一塩基多型が6444番目の一塩基多型であることを特徴とする請求項3に記載の方法。
- 検出される一塩基多型の遺伝子型がCCである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする請求項4に記載の評価方法。
- 検出される一塩基多型の遺伝子型がCTである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする請求項4に記載の評価方法。
- 検出される一塩基多型の遺伝子型がTTである場合に、ウイルス感染のリスクが低いと評価することを特徴とする請求項4に記載の評価方法。
- 前記一塩基多型が3519番目の一塩基多型であることを特徴とする請求項3に記載の方法。
- 検出される一塩基多型の遺伝子型がAAである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする請求項8に記載の評価方法。
- 検出される一塩基多型の遺伝子型がATである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする請求項8に記載の評価方法。
- 検出される一塩基多型の遺伝子型がTTである場合に、ウイルス感染のリスクが低いと評価することを特徴とする請求項8に記載の評価方法。
- 前記一塩基多型が4792番目の一塩基多型であることを特徴とする請求項3に記載の方法。
- 検出される一塩基多型の遺伝子型がGGである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする請求項12に記載の評価方法。
- 検出される一塩基多型の遺伝子型がGCである場合に、ウイルス感染のリスクが高いと評価することを特徴とする請求項12に記載の評価方法。
- 検出される一塩基多型の遺伝子型がCCである場合に、ウイルス感染のリスクが低いと評価することを特徴とする請求項12に記載の評価方法。
- ウイルス感染のリスクを評価するための、ヒトトル様レセプター3遺伝子における−8921番目の一塩基多型、−7番目の一塩基多型、1638番目の一塩基多型、1656番目の一塩基多型、3519番目の一塩基多型、4792番目の一塩基多型、4960番目の一塩基多型、5252番目の一塩基多型、6301番目の一塩基多型または6444番目の一塩基多型に対する特異的プライマーまたは特異的プローブの使用。
- ヒトまたは哺乳動物においてウイルス感染のリスクを減少させる方法であって、該ヒトまたは哺乳動物に有効量のヒトトル様レセプター3遺伝子の発現調節活性を有する化合物を投与することを特徴とする方法。
- ウイルス感染のリスクおよびアレルギー疾患の罹患性を評価する方法であって、ヒトトル様レセプター3遺伝子における少なくとも1つの一塩基多型を検出し、検出される一塩基多型の遺伝子型に基づいてウイルス感染およびアレルギー疾患の罹患性を評価することを特徴とする評価方法。
- ウイルスがライノウイルスであり、アレルギー疾患が小児喘息であることを特徴とする請求項18に記載の評価方法。
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