JPWO2005028645A1 - ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域におけるＳＮＰｓ - Google Patents
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Abstract
頂膜側に発現し、幅広い基質を輸送するＡＢＣトランスポーター、Ｐ−ｇｐに注目し、Ｐ−ｇｐをコードするＭＤＲ１遺伝子の５’上流調節領域を標的としたＭＤＲ１遺伝子のハプロタイプやディプロタイプを判定する方法を提供するものである。ＭＤＲ１遺伝子の５’上流調節領域の塩基配列において、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置における多型に加えて、−９３４位及び／又は−６９２位の位置における多型を検出することにより、ＭＤＲ１遺伝子の５’上流調節領域のハプロタイプやディプロタイプを判定する。上記多型を検出する位置は、ＡＴＧ開始コドンの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示されている。ＡＴＧ開始コドンは、エクソン２に位置し、転写開始サイトはこの番号方式では、−６９９に相当する。
Description
本発明は、ＭＤＲ１（ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ １）遺伝子の５’制御領域のハプロタイプやディプロタイプを判定する方法、より詳しくは、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置におけるＳＮＰ（一塩基多型）を検出して、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプやディプロタイプを判定する方法等に関する。
薬剤はインビボで解毒、共役され、その後細胞外に排出される。解毒システムの活性は、薬剤の薬剤動態に影響する。多くの近年の研究は、シトクロムＰ４５０ｓ（ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ Ｐ４５０ｓ）及びグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ Ｓ−ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ）等の解毒関連遺伝子の多型と薬剤の効能と副作用とを関連づけている（例えばＲｏｄｅｎ，Ｄ．Ｍ．ａｎｄ Ｇｅｏｒｇｅ，Ａ．Ｌ．，Ｊｒ．Ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｂａｓｉｓ ｏｆ ｖａｒｉａｂｉｌｉｔｙ ｉｎ ｄｒｕｇ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ，１：３７−４４．，２００２．、Ｅｖａｎｓ，Ｗ．Ｅ．ａｎｄ Ｒｅｌｌｉｎｇ，Ｍ．Ｖ．Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ：ｔｒａｎｓｌａｔｉｎｇ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｏｍｉｃｓ ｉｎｔｏ ｒａｔｉｏｎａｌ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，２８６：４８７−４９１．，１９９９．、Ｇｏｎｚａｌｅｚ，Ｆ．Ｊ．，Ｓｋｏｄａ，Ｒ．Ｃ．，Ｋｉｍｕｒａ，Ｓ．，Ｕｍｅｎｏ，Ｍ．，Ｚａｎｇｅｒ，Ｕ．Ｍ．，Ｎｅｂｅｒｔ，Ｄ．Ｗ．，Ｇｅｌｂｏｉｎ，Ｈ．Ｖ．，Ｈａｒｄｗｉｃｋ，Ｊ．Ｐ．，ａｎｄ Ｍｅｙｅｒ，Ｕ．Ａ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｃｏｍｍｏｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｅｆｅｃｔ ｉｎ ｈｕｍａｎｓ ｄｅｆｉｃｉｅｎｔ ｉｎ ｄｅｂｒｉｓ ｏｑｕｉｎｅ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ．Ｎａｔｕｒｅ，３３１：４４２−４４６．，１９８８．参照）。他方、薬剤の排出は、ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ３）トランスポーターに属するタンパク質のグループに関与する（例えばＫｏｎｉｇ，Ｊ．，Ｎｉｅｓ，Ａ．Ｔ．，Ｃｕｉ，Ｙ．，Ｌｅｉｅｒ，Ｉ．，ａｎｄ Ｋｅｐｐｌｅｒ，Ｄ．Ｃｏｎｊｕｇａｔｅ ｅｘｐｏｒｔ ｐｕｍｐｓ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＭＲＰ）ｆａｍｉｌｙ：ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ，ｓｕｂｓｔｒａｔｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ，ａｎｄ ＭＲＰ２−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ．Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ，１４６１：３７７−３９４．，１９９９．、Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，Ｍ．Ｍ．，Ｆｏｊｏ，Ｔ．，ａｎｄ Ｂａｔｅｓ，Ｓ．Ｅ．Ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｉｎ ｃａｎｃｅｒ：ｒｏｌｅ ｏｆ ＡＴＰ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒｓ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ，２：４８−５８．，２００２．、Ｂｏｒｓｔ，Ｐ．，Ｅｖｅｒｓ，Ｒ．，Ｋｏｏｌ，Ｍ．，ａｎｄ Ｗｉｊｎｈｏｌｄｓ，Ｊ．Ａ ｆａｍｉｌｙ ｏｆ ｄｒｕｇ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒｓ：ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ，９２：１２９５−１３０２．，２０００．、Ｈｏｌｌａｎｄ，Ｉ．Ｂ．，Ｃｏｌｅ，Ｓ．Ｐ．Ｃ．，Ｋｕｃｈｌｅｒ，Ｋ．，ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｃ．Ｆ．ＡＢＣ ｐｒｏｔｅｉｎｓ，ｆｒｏｍ ｂａｃｔｅｒｉａ ｔｏ ｍａｎ，ｐ．４２３−４４３．ＵＫ：Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，２００３．、Ｗａｄａ，Ｍ．，Ｕｃｈｉｕｍｉ，Ｔ．，ａｎｄ Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．Ｃａｎａｌｉｃｕｌａｒ ｍｕｌｔｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ｏｒｇａｎｉｃ ａｎｉｏｎ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ，ＡＢＣＣ２．Ｉｎ：Ｓ．Ｂｒｏｅｒ ａｎｄ Ｃ．Ａ．Ｗａｇｎｅｒ（ｅｄｓ．），ＭＥＭＢＲＡＮＥ ＴＲＡＮＳＰＯＲＴ ＤＩＳＥＡＳＥＳ−Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂａｓｉｓ ｏｆ ｉｎｈｅｒｉｔｅｄ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｄｅｆｅｃｔｓ−，ＮＹ：Ｋｌｕｗｅｒ Ａｃａｄｅｍｉｃ／Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，ｉｎ ｐｒｅｓｓ，２００３．、Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．，Ｕｃｈｉｕｍｉ，Ｔ．，Ｈａｙａｋａｗａ，Ｈ．，Ｏｎｏ，Ｍ．，Ｗａｄａ，Ｍ．，Ｉｚｕｍｉ，Ｈ．，ａｎｄ Ｋｏｈｎｏ，Ｋ．Ｔｈｅ ｂａｓｉｃ ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ＡＢＣ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒｓ，Ｙ−ｂｏｘ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ−１（ＹＢ−１）ａｎｄ ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ−ｒｅｌａｔｅｄ ｆａｃｔｏｒｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｍａｌｉｇｎａｎｃｉｅｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ，９４：９−１４．，２００３．参照）。ＡＢＣトランスポーターのメンバーである、Ｐ−糖タンパク質（Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ）（Ｐ−ｇｐ）は、吸収される比率を制限しながら、薬剤の薬剤動態に影響を及ぼす。したがって、ＡＢＣトランスポーターの活性及び発現レベルの個体間変動は、薬剤動態の発展における重要な要素となると考えられている。
ＭＤＲ１遺伝子は、細胞の細胞質表面に位置する１７０ｋＤａの膜貫通タンパク質であるＰ−ｇｐをコードする公知の遺伝子であり、その塩基配列も知られている。Ｐ−ｇｐは、２つの膜貫通領域及び２つのヌクレオチド結合領域で構成されている。さまざまな標的分子の内、Ｐ−ｇｐの発現は、抗ガン剤の広い多様性に対する細胞の耐性を引き起こす（例えばＳｃｈｅｒｆ，Ｕ．，Ｒｏｓｓ，Ｄ．Ｔ．，Ｗａｌｔｈａｍ，Ｍ．，Ｓｍｉｔｈ，Ｌ．Ｈ．，Ｌｅｅ，Ｊ．Ｋ．，Ｔａｎａｂｅ，Ｌ．，Ｋｏｈｎ，Ｋ．Ｗ．，Ｒｅｉｎｈｏｌｄ，Ｗ．Ｃ．，Ｍｙｅｒｓ，Ｔ．Ｇ．，Ａｎｄｒｅｗｓ，Ｄ．Ｔ．，Ｓｃｕｄｉｅｒｏ，Ｄ．Ａ．，Ｅｉｓｅｎ，Ｍ．Ｂ．，Ｓａｕｓｖｉｌｌｅ，Ｅ．Ａ．，Ｐｏｍｍｉｅｒ，Ｙ．，Ｂｏｔｓｔｅｉｎ，Ｄ．，Ｂｒｏｗｎ，Ｐ．Ｏ．，ａｎｄ Ｗｅｉｎｓｔｅｉｎ，Ｊ．Ｎ．Ａ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａｂａｓｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ．Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ，２４：２３６−２４４．，２０００．、Ｆｏｊｏ，Ａ．Ｔ．，Ｕｅｄａ，Ｋ．，Ｓｌａｍｏｎ，Ｄ．Ｊ．，Ｐｏｐｌａｃｋ，Ｄ．Ｇ．，Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，Ｍ．Ｍ．，ａｎｄ Ｐａｓｔａｎ，Ｉ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ａ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｔｕｍｏｒｓ ａｎｄ ｔｉｓｓｕｅｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，８４：２６５−２６９．，１９８７．参照）。Ｐ−ｇｐの過剰発現は、様々なガン細胞における薬剤耐性の獲得に重要な役割を果たしている。悪性のガン細胞でのＭＤＲ１遺伝子の発現は、ＹＢ−１の核転位（例えばＢａｒｇｏｕ，Ｒ．Ｃ．，Ｊｕｒｃｈｏｔｔ，Ｋ．，Ｗａｇｅｎｅｒ，Ｃ．，Ｂｅｒｇｍａｎｎ，Ｓ．，Ｍｅｔｚｎｅｒ，Ｓ．，Ｂｏｍｍｅｒｔ，Ｋ．，Ｍａｐａｒａ，Ｍ．Ｙ．，Ｗｉｎｚｅｒ，Ｋ．Ｊ．，Ｄｉｅｔｅｌ，Ｍ．，Ｄｏｒｋｅｎ，Ｂ．，ａｎｄ Ｒｏｙｅｒ，Ｈ．Ｄ．Ｎｕｃｌｅａｒ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｌｅｖｅｌｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ＹＢ−１ ｉｎ ｐｒｉｍａｒｙ ｈｕｍａｎ ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒｓ ａｒｅ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｉｎｔｒｉｎｓｉｃ ＭＤＲ１ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｎａｔ Ｍｅｄ，３：４４７−４５０．，１９９７．、Ｏｈｇａ，Ｔ．，Ｕｃｈｉｕｍｉ，Ｔ．，Ｍａｋｉｎｏ，Ｙ．，Ｋｏｉｋｅ，Ｋ．，Ｗａｄａ，Ｍ．，Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．，ａｎｄ Ｋｏｈｎｏ，Ｋ．Ｄｉｒｅｃｔ ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ Ｙ−ｂｏｘ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ＹＢ−１ ｉｎ ｇｅｎｏｔｏｘｉｃ ｓｔｒｅｓｓ−ｉｎｄｕｃｅｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ １ ｇｅｎｅ．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２７３：５９９７−６０００．，１９９８．参照）、プロモーターの再構成（例えばＨａｒａｄａ，Ｔ．，Ｎａｇａｙａｍａ，Ｊ．，Ｋｏｈｎｏ，Ｋ．，Ｍｉｃｋｌｅｙ，Ｌ．Ａ．，Ｆｏｊｏ，Ｔ．，Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．，ａｎｄ Ｗａｄａ，Ｍ．Ａｌｕ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｉｎｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ ｄｅｌｅｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ ｒｅ−ａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ ｉｎ ２ ｈｕｍａｎ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ．Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ，８６：５０６−５１１．，２０００．参照）及びＭＤＲ１プロモーターのＣｐＧ部位のメチル化状態の変異（例えばＫｕｓａｂａ，Ｈ．，Ｎａｋａｙａｍａ，Ｍ．，Ｈａｒａｄａ，Ｔ．，Ｎｏｍｏｔｏ，Ｍ．，Ｋｏｈｎｏ，Ｋ．，Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．，ａｎｄ Ｗａｄａ，Ｍ．Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｏｆ ５’ＣｐＧ ｄｅｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｌｔｅｒｅｄ ｃｈｒｏｍａｔｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｏｍｏｔｅｒ ｒｅｇｉｏｎ ｗｉｔｈ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ １ ｇｅｎｅ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌｓ．Ｅｕｒ Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ，２６２：９２４−９３２．，１９９９．、Ｎａｋａｙａｍａ，Ｍ．，Ｗａｄａ，Ｍ．，Ｈａｒａｄａ，Ｔ．，Ｎａｇａｙａｍａ，Ｊ．，Ｋｕｓａｂａ，Ｈ．，Ｏｈｓｈｉｍａ，Ｋ．，Ｋｏｚｕｒｕ，Ｍ．，Ｋｏｍａｔｓｕ，Ｈ．，Ｕｅｄａ，Ｒ．，ａｎｄ Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．Ｈｙｐｏｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｓｔａｔｕｓ ｏｆ ＣｐＧ ｓｉｔｅｓ ａｔ ｔｈｅ ｐｒｏｍｏｔｅｒ ｒｅｇｉｏｎ ａｎｄ ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ＭＤＲ１ ｇｅｎｅ ｉｎ ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａｓ．Ｂｌｏｏｄ，９２：４２９６−４３０７．，１９９８．、Ｔａｄａ，Ｙ．，Ｗａｄａ，Ｍ．，Ｋｕｒｏｉｗａ，Ｋ．，Ｋｉｎｕｇａｗａ，Ｎ．，Ｈａｒａｄａ，Ｔ．，Ｎａｇａｙａｍａ，Ｊ．，Ｎａｋａｇａｗａ，Ｍ．，Ｎａｉｔｏ，Ｓ．，ａｎｄ Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．ＭＤＲ１ ｇｅｎｅ ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ａｌｔｅｒｅｄ ｄｅｇｒｅｅ ｏｆ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ａｔ ｔｈｅ ｐｒｏｍｏｔｅｒ ｒｅｇｉｏｎ ｉｎ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ ｄｕｒｉｎｇ ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，６：４６１８−４６２７．，２０００．参照）を含む様々なメカニズムに起因している。
Ｐ−ｇｐは腸、肝臓、腎臓、脳、胎盤等様々な臓器の正常な細胞で発現する（例えばＴｈｉｅｂａｕｔ，Ｆ．，Ｔｓｕｒｕｏ，Ｔ．，Ｈａｍａｄａ，Ｈ．，Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，Ｍ．Ｍ．，Ｐａｓｔａｎ，Ｉ．，ａｎｄ Ｗｉｌｌｉｎｇｈａｍ，Ｍ．Ｃ．Ｃｅｌｌｕｌａｒ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｐｒｏｄｕｃｔ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｎｏｒｍａｌ ｈｕｍａｎ ｔｉｓｓｕｅｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，８４：７７３５−７７３８．，１９８７．、Ｓｕｇａｗａｒａ，Ｉ．，Ｋａｔａｏｋａ，Ｉ．，Ｍｏｒｉｓｈｉｔａ，Ｙ．，Ｈａｍａｄａ，Ｈ．，Ｔｓｕｒｕｏ，Ｔ．，Ｉｔｏｙａｍａ，Ｓ．，ａｎｄ Ｍｏｒｉ，Ｓ．Ｔｉｓｓｕｅ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｅｎｃｏｄｅｄ ｂｙ ａ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｇｅｎｅ ａｓ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ａ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ，ＭＲＫ １６．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，４８：１９２６−１９２９．，１９８８．、Ｃｏｒｄｏｎ−Ｃａｒｄｏ，Ｃ．，Ｏ’Ｂｒｉｅｎ，Ｊ．Ｐ．，Ｃａｓａｌｓ，Ｄ．，Ｒｉｔｔｍａｎ−Ｇｒａｕｅｒ，Ｌ．，Ｂｉｅｄｌｅｒ，Ｊ．Ｌ．，Ｍｅｌａｍｅｄ，Ｍ．Ｒ．，ａｎｄ Ｂｅｒｔｉｎｏ，Ｊ．Ｒ．Ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ（Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ）ｉｓ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｂｙ ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ ｃｅｌｌｓ ａｔ ｂｌｏｏｄ−ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ ｓｉｔｅｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，８６：６９５−６９８．，１９８９．参照）。Ｐ−ｇｐの広い基質特異性及び頂膜側の局在は、動物モデルでもヒトの体でも薬の性向（ｄｒｕｇ ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ）に決定的な役割を果たしていることを強く示唆している（例えばＳｃｈｉｎｋｅｌ，Ａ．Ｈ．，Ｍａｙｅｒ，Ｕ．，Ｗａｇｅｎａａｒ，Ｅ．，Ｍｏｌ，Ｃ．Ａ．，ｖａｎ Ｄｅｅｍｔｅｒ，Ｌ．，Ｓｍｉｔ，Ｊ．Ｊ．，ｖａｎ ｄｅｒ Ｖａｌｋ，Ｍ．Ａ．，Ｖｏｏｒｄｏｕｗ，Ａ．Ｃ．，Ｓｐｉｔｓ，Ｈ．，ｖａｎ Ｔｅｌｌｉｎｇｅｎ，Ｏ．，Ｚｉｊｌｍａｎｓ，Ｊ．Ｍ．，Ｆｉｂｂｅ，Ｗ．Ｅ．，ａｎｄ Ｂｏｒｓｔ，Ｐ．Ｎｏｒｍａｌ ｖｉａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ａｌｔｅｒｅｄ ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ｉｎ ｍｉｃｅ ｌａｃｋｉｎｇ ｍｄｒ１−ｔｙｐｅ（ｄｒｕｇ−ｔｒａｎｓｐｏｒｔｉｎｇ）Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，９４：４０２８−４０３３．，１９９７．、Ｓｃｈｉｎｋｅｌ，Ａ．Ｈ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｓｉｇｈｔｓ ｆｒｏｍ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｋｎｏｃｋｏｕｔ ｍｉｃｅ．Ｉｎｔ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，３６：９−１３．，１９９８．、Ａｍｂｕｄｋａｒ，Ｓ．Ｖ．，Ｄｅｙ，Ｓ．，Ｈｒｙｃｙｎａ，Ｃ．Ａ．，Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａ，Ｍ．，Ｐａｓｔａｎ，Ｉ．，ａｎｄ Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，Ｍ．Ｍ．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ，ｃｅｌｌｕｌａｒ，ａｎｄ ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ ａｓｐｅｃｔｓ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ．Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｏｘｉｃｏｌ，３９：３６１−３９８．，１９９９．、Ｗａｔｋｉｎｓ，Ｐ．Ｂ．Ｔｈｅ ｂａｒｒｉｅｒ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｏｆ ＣＹＰ３Ａ４ ａｎｄ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｔｈｅ ｓｍａｌｌ ｂｏｗｅｌ．Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ，２７：１６１−１７０．，１９９７．、Ｆｒｏｍｍ，Ｍ．Ｆ．Ｔｈｅ ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｆ ＭＤＲ１ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｏｎ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ ｈｕｍａｎｓ．Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ，５４：１２９５−１３１０．，２００２．参照）。腸では、Ｐ−ｇｐは、薬剤摂取後、薬剤の吸収に参画していると考えられている（例えばＣｏｒｄｏｎ−Ｃａｒｄｏ，Ｃ．，Ｏ’Ｂｒｉｅｎ，Ｊ．Ｐ．，Ｂｏｃｃｉａ，Ｊ．，Ｃａｓａｌｓ，Ｄ．，Ｂｅｒｔｉｎｏ，Ｊ．Ｒ．，ａｎｄ Ｍｅｌａｍｅｄ，Ｍ．Ｒ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｐｒｏｄｕｃｔ（Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ）ｉｎ ｈｕｍａｎ ｎｏｒｍａｌ ａｎｄ ｔｕｍｏｒ ｔｉｓｓｕｅｓ．Ｊ Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ Ｃｙｔｏｃｈｅｍ，３８：１２７７−１２８７．，１９９０．、Ｓｃｈｕｅｔｚ，Ｅ．Ｇ．，Ｓｃｈｉｎｋｅｌ，Ａ．Ｈ．，Ｒｅｌｌｉｎｇ，Ｍ．Ｖ．，ａｎｄ Ｓｃｈｕｅｔｚ，Ｊ．Ｄ．Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ：ａ ｍａｊｏｒ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔ ｏｆ ｒｉｆａｍｐｉｃｉｎ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ Ｐ４５０３Ａ ｉｎ ｍｉｃｅ ａｎｄ ｈｕｍａｎｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，９３：４００１−４００５．，１９９６．、Ｇｒｅｉｎｅｒ，Ｂ．，Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ，Ｍ．，Ｆｒｉｔｚ，Ｐ．，Ｋｒｅｉｃｈｇａｕｅｒ，Ｈ．Ｐ．，ｖｏｎ Ｒｉｃｈｔｅｒ，Ｏ．，Ｚｕｎｄｌｅｒ，Ｊ．，ａｎｄ Ｋｒｏｅｍｅｒ，Ｈ．Ｋ．Ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｔｈｅ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｄｉｇｏｘｉｎ ａｎｄ ｒｉｆａｍｐｉｎ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１０４：１４７−１５３．，１９９９．参照）。血液脳関門では、Ｐ−ｇｐは、脳内への基質の取り込みに影響を及ぼす（例えばＴｈｉｅｂａｕｔ，Ｆ．，Ｔｓｕｒｕｏ，Ｔ．，Ｈａｍａｄａ，Ｈ．，Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，Ｍ．Ｍ．，Ｐａｓｔａｎ，Ｉ．，ａｎｄ Ｗｉｌｌｉｎｇｈａｍ，Ｍ．Ｃ．Ｃｅｌｌｕｌａｒ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ ｐｒｏｄｕｃｔ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｎｏｒｍａｌ ｈｕｍａｎ ｔｉｓｓｕｅｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，８４：７７３５−７７３８．，１９８７．、Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ，Ｕ．ａｎｄ Ｍｏｌｌｇａｒｄ，Ｋ．Ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ（Ｐｇｐ，ＭＤＲ１）ｉｓ ａｎ ｅａｒｌｙ ｍａｒｋｅｒ ｏｆ ｂｌｏｏｄ−ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｉｎ ｔｈｅ ｍｉｃｒｏｖｅｓｓｅｌｓ ｏｆ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｉｎｇ ｈｕｍａｎ ｂｒａｉｎ．Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，１０８：１７９−１８２．，１９９７．、Ｒａｏ，Ｖ．Ｖ．，Ｄａｈｌｈｅｉｍｅｒ，Ｊ．Ｌ．，Ｂａｒｄｇｅｔｔ，Ｍ．Ｅ．，Ｓｎｙｄｅｒ，Ａ．Ｚ．，Ｆｉｎｃｈ，Ｒ．Ａ．，Ｓａｒｔｏｒｅｌｌｉ，Ａ．Ｃ．，ａｎｄ Ｐｉｗｎｉｃａ−Ｗｏｒｍｓ，Ｄ．Ｃｈｏｒｏｉｄ ｐｌｅｘｕｓ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ＭＤＲ１ Ｐ ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ａｎｄ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅ ｔｏ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ−ｃｅｒｅｂｒｏｓｐｉｎａｌ−ｆｌｕｉｄ ｄｒｕｇ−ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｔｙ ｂａｒｒｉｅｒ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，９６：３９００−３９０５．，１９９９．、Ｔｈｉｅｂａｕｔ，Ｆ．，Ｔｓｕｒｕｏ，Ｔ．，Ｈａｍａｄａ，Ｈ．，Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，Ｍ．Ｍ．，Ｐａｓｔａｎ，Ｉ．，ａｎｄ Ｗｉｌｌｉｎｇｈａｍ，Ｍ．Ｃ．Ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｉｎ ｎｏｒｍａｌ ｔｉｓｓｕｅｓ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐ１７０：ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｉｎ ｂｒａｉｎ ｃａｐｉｌｌａｒｉｅｓ ａｎｄ ｃｒｏｓｓｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｏｎｅ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｗｉｔｈ ａ ｍｕｓｃｌｅ ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｊ Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ Ｃｙｔｏｃｈｅｍ，３７：１５９−１６４．，１９８９．参照）。ＭＤＲ１発現レベルは、個人によって幅広く変動するため（例えばＨｉｎｏｓｈｉｔａ，Ｅ．，Ｕｃｈｉｕｍｉ，Ｔ．，Ｔａｇｕｃｈｉ，Ｋ．，Ｋｉｎｕｋａｗａ，Ｎ．，Ｔｓｕｎｅｙｏｓｈｉ，Ｍ．，Ｍａｅｈａｒａ，Ｙ．，Ｓｕｇｉｍａｃｈｉ，Ｋ．，ａｎｄ Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．Ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ａｎ ＡＴＰ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｃａｓｓｅｔｔｅ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ，ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ２，ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，６：２４０１−２４０７．，２０００．参照）、これらの変動は、個体から個体へ、異なった薬の性向を通じて、薬剤の毒性及び薬剤の処理の有効性に、影響を及ぼす可能性が考えられている。さらに、これらの変動は、ガンの危険因子等の他の臨床的な関連性がありうる。なぜなら、本発明者ら及び他の研究者らは、近年、ＭＤＲ１のマウス相同遺伝子であるｍｄｒ１ａが欠損しているマウスで、ポリープの形成の抑制を観察したからである（例えばＭｏｃｈｉｄａ，Ｙ．，Ｔａｇｕｃｈｉ，Ｋ．，Ｔａｎｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｓｕｎｅｙｏｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｗａｎｏ，Ｈ．，Ｔｓｕｚｕｋｉ，Ｔ．，Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．，ａｎｄ Ｗａｄａ，Ｍ．Ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｔｕｍｏｒｇｅｎｅｓｉｓ：ｄｉｓｒｕｐｔｉｏｎ ｏｆ ｍｄｒ１ａ ｓｕｐｐｒｅｓｓｅｓ ｐｏｌｙｐ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｉｎ ＡｐｃＭｉｎ／＋ ｍｉｃｅ．Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ，２４：１２１９−１２２４．，２００３．、Ｙａｍａｄａ，Ｔ．，Ｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｈａｙａｓｈｉ，Ｒ．，Ｔａｋａｄａ，Ｍ．，Ｉｎｏ，Ｙ．，Ｎａｉｓｈｉｒｏ，Ｙ．，Ｋｏｎｄｏ，Ｔ．，ａｎｄ Ｈｉｒｏｈａｓｈｉ，Ｓ．Ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｐｏｌｙｐｏｓｉｓ ｉｎ Ｍｄｒ１−ｄｅｆｉｃｉｅｎｔ ＡｐｃＭｉｎ／＋ ｍｉｃｅ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，６３：８９５−９０１．，２００３．参照）。しかし、分子を基盤とする、基本的な発現レベルでの個体間変異におけるメカニズムは、知られていない。
また、ＭＤＲ１における遺伝的多型とＰ−ｇｐレベルとの関連性が、近年報告されている（例えばＨｏｆｆｍｅｙｅｒ，Ｓ．，Ｂｕｒｋ，Ｏ．，ｖｏｎ Ｒｉｃｈｔｅｒ，Ｏ．，Ａｒｎｏｌｄ，Ｈ．Ｐ．，Ｂｒｏｃｋｍｏｌｌｅｒ，Ｊ．，Ｊｏｈｎｅ，Ａ．，Ｃａｓｃｏｒｂｉ，Ｉ．，Ｇｅｒｌｏｆｆ，Ｔ．，Ｒｏｏｔｓ，Ｉ．，Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ，Ｍ．，ａｎｄ Ｂｒｉｎｋｍａｎｎ，Ｕ．Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ：ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｎｅ ａｌｌｅｌｅ ｗｉｔｈ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｖｉｖｏ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，９７：３４７３−３４７８．，２０００．、Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｔａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｓｕｚｕｋｉ，Ａ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ＡＢＣ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ ｇｅｎｅｓ，ＭＤＲ１，ＭＲＰ１ ａｎｄ ＭＲＰ２／ｃＭＯＡＴ，ｉｎ ｈｅａｌｔｈｙ Ｊａｐａｎｅｓｅ ｓｕｂｊｅｃｔｓ．Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ，１１：１７５−１８４．，２００１．参照）。Ｈｏｆｆｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．により、健康な白人における、コード領域に６つ含まれる１５の一塩基多型（ＳＮＰ）が報告されている。そのうちの１つのＳＮＰである、ｃ．３４３５Ｃ＜Ｔ（エクソン２６）は、腸内のＰ−ｇｐ発現と、Ｐ−ｇｐ基質である経口ジコキシンの取り込みとに関与していることを示唆した。しかし、日本人の被験者では、ｃ．３４３５Ｃ＞Ｔは、Ｐ−ｇｐの胎盤での発現と関連していないことが報告されている（例えばＴａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｎａｇａｔａ，Ｎ．，Ｉｎｏｕｅ，Ｋ．，Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｋａｎａｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｒａｔａ，Ｙ．，Ｋｉｇａｗａ，Ｊ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｅｒａｋａｗａ，Ｎ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｐｌａｃｅｎｔａ：ｒｅｌａｔｉｏｎ ｔｏ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ）−１ ｇｅｎｅ．Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ，２９７：１１３７−１１４３．，２００１．参照）。さらに、Ｈｏｆｆｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．の報告とは対照的に、ｃ．３４３５Ｃ＞ＴのＴ対立遺伝子は、健康な日本人の被験者の十二指腸の腸細胞のＭＤＲ１ ｍＲＮＡ発現レベルを上昇させた（例えばＮａｋａｍｕｒａ，Ｔ．，Ｓａｋａｅｄａ，Ｔ．，Ｈｏｒｉｎｏｕｃｈｉ，Ｍ．，Ｔａｍｕｒａ，Ｔ．，Ａｏｙａｍａ，Ｎ．，Ｓｈｉｒａｋａｗａ，Ｔ．，Ｍａｔｓｕｏ，Ｍ．，Ｋａｓｕｇａ，Ｍ．，ａｎｄ Ｏｋｕｍｕｒａ，Ｋ．Ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｔａｔｉｏｎ（Ｃ３４３５Ｔ）ａｔ ｅｘｏｎ ２６ ｏｆ ｔｈｅ ＭＤＲ１ ｇｅｎｅ ｏｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｌｅｖｅｌ ｏｆ ＭＤＲ１ ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｉｎ ｄｕｏｄｅｎａｌ ｅｎｔｅｒｏｃｙｔｅｓ ｏｆ ｈｅａｌｔｈｙ Ｊａｐａｎｅｓｅ ｓｕｂｊｅｃｔｓ．Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，７１：２９７−３０３．，２００２．参照）。ｃ．３４３５Ｃ＞Ｔは、アミノ酸置換を伴わないサイレント変異である。Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．により、Ｐ−ｇｐ機能が、Ａｌａ８９３Ｔｈｒ及びＡｌａ８９３Ｓｅｒをそれぞれ生成し、部分的にｃ．３４３５Ｃ＞Ｔとリンクしているエクソン２１におけるＳＮＰであるｃ．２６７７Ｇ＞Ｔ、Ａによって影響を受け得ることが報告されている（例えばＫｉｍ，Ｒ．Ｂ．，Ｌｅａｋｅ，Ｂ．Ｆ．，Ｃｈｏｏ，Ｅ．Ｆ．，Ｄｒｅｓｓｅｒ，Ｇ．Ｋ．，Ｋｕｂｂａ，Ｓ．Ｖ．，Ｓｃｈｗａｒｚ，Ｕ．Ｉ．，Ｔａｙｌｏｒ，Ａ．，Ｘｉｅ，Ｈ．Ｇ．，ＭｃＫｉｎｓｅｙ，Ｊ．，Ｚｈｏｕ，Ｓ．，Ｌａｎ，Ｌ．Ｂ．，Ｓｃｈｕｅｔｚ，Ｊ．Ｄ．，Ｓｃｈｕｅｔｚ，Ｅ．Ｇ．，ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ，Ｇ．Ｒ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｌｙ ｖａｒｉａｎｔ ＭＤＲ１ ａｌｌｅｌｅｓ ａｍｏｎｇ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎｓ ａｎｄ Ａｆｒｉｃａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎｓ．Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，７０：１８９−１９９．，２００１．参照）。Ｔａｎａｂｅ ｅｔ ａｌ．により、胎盤のＰ−ｇｐ発現レベルは、ｃ．２６７７Ｇ＞Ｔ、Ａによって影響を受けることが報告されている（例えばＴａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｎａｇａｔａ，Ｎ．，Ｉｎｏｕｅ，Ｋ．，Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｋａｎａｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｒａｔａ，Ｙ．，Ｋｉｇａｗａ，Ｊ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｅｒａｋａｗａ，Ｎ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｐｌａｃｅｎｔａ：ｒｅｌａｔｉｏｎ ｔｏ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ）−１ ｇｅｎｅ．Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ，２９７：１１３７−１１４３．，２００１．参照）。したがって、ｃ．３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型と生化学的な表現型Ｐ−ｇｐ活性との関係は、近年報告（例えばＳａｋａｅｄａ，Ｔ．，Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｔ．，ａｎｄ Ｏｋｕｍｕｒａ，Ｋ．Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ＭＤＲ１ ａｎｄ ｉｔｓ ｉｍｐａｃｔ ｏｎ ｔｈｅ ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃｓ ｏｆ ｄｒｕｇｓ．Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ，４：３９７−４１０，２００３．参照）されているように、明確でないように思われる。
その他、ヒトＭＤＲ１遺伝子の、ｃＤＮＡ配列のコード領域における位置で第２６７７番目の塩基がグアニンであるか、アデニン又はチミンであるかを調べて、タクロリムスやシクロスポリン等の免疫抑制剤の副作用を予測する方法（例えば特開２００２−２２３７６９号公報参照）や、ｐ５３遺伝子が正常に機能しないことが関与して発生している癌において、ｐ５３遺伝子に生じた機能変化が癌の発生に関与していることを、ｐ５３遺伝子の機能変化によって影響を受けているＩＬ−１α遺伝子、ＰＡＩ−１遺伝子、ＭＤＲ１遺伝子、ＭＭＰ−３遺伝子等の下流遺伝子群の発現状態を測定することによって判定する疾病原因の診断方法（例えば特開２００２−２６９号公報参照）が提案されている。
ＡＢＣトランスポータは抗ガン剤の感受性や体内動態の鍵を握る分子標的であり、その発現の個人差が生じる分子的背景を明らかにすることは個別化治療に重要である。また、多くの薬剤がＰ−ｇｐの基質であるため、Ｐ−ｇｐの発現及び活性の程度が、かかる薬剤の治療効果に直接影響を及ぼす可能性がある。薬理学的な関連性の他に、Ｐ−ｇｐ ＳＮＰの個体間変異及び発現レベルには、以下のような他の臨床的な影響も考えられる。近年、本発明者らは、マウスの結腸直腸の発ガンにおけるＰ−ｇｐの役割を見い出し（Ｍｏｃｈｉｄａ，Ｙ．，Ｔａｇｕｃｈｉ，Ｋ．，Ｔａｎｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｓｕｎｅｙｏｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｗａｎｏ，Ｈ．，Ｔｓｕｚｕｋｉ，Ｔ．，Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．，ａｎｄ Ｗａｄａ，Ｍ．Ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｔｕｍｏｒｇｅｎｅｓｉｓ：ｄｉｓｒｕｐｔｉｏｎ ｏｆ ｍｄｒ１ａ ｓｕｐｐｒｅｓｓｅｓ ｐｏｌｙｐ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｉｎ Ａｐｃ Ｍｉｎ／＋ ｍｉｃｅ．Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ，２４：１２１９−１２２４．，２００３．、Ｙａｍａｄａ，Ｔ．，Ｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｈａｙａｓｈｉ，Ｒ．，Ｔａｋａｄａ，Ｍ．，Ｉｎｏ，Ｙ．，Ｎａｉｓｈｉｒｏ，Ｙ．，Ｋｏｎｄｏ，Ｔ．，ａｎｄ Ｈｉｒｏｈａｓｈｉ，Ｓ．Ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ｐｏｌｙｐｏｓｉｓ ｉｎ Ｍｄｒ１−ｄｅｆｉｃｉｅｎｔ ＡｐｃＭｉｎ／＋ ｍｉｃｅ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，６３：８９５−９０１．，２００３．参照）、ヒトＭＤＲ１の相同遺伝子であるｍｄｒ１ａが欠損しているマウスは、野生型マウスと比較すると、ＤＮＡの損傷が著しく増加していることも見い出した。驚くことに、本発明者ら及び他の研究者らは、ＡＰＣＭｉｎバックグラウンド下の野生型マウスと比較すると、ｍｄｒ１ａ欠損マウスでは、ポリープの発生数が統計的に少ないことも見い出している。大腸でのＰ−ｇｐ発現の個体間変動は、ヒトの結腸直腸の発ガンと関連性が考えられる。ヒトＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のＳＮＰは、日本人の結腸直腸粘膜及び肝臓における、ＭＤＲ１ ｍＲＮＡ及びＰ−ｇｐ発現と関連性があり、このことは、ＭＤＲ１のＳＮＰと薬剤反応性との関係のさらなる分析にも、薬剤反応性の個体間変動及びガンのリスクにおけるＰ−ｇｐの重要性のさらなる評価にも、スキームを提供すると考えられる。またＭＤＲ１遺伝子は、異物の排除による生体防御に関与すると考えられるので、炎症性腸疾患や、その他、異物の排除による生体防御機能の破綻により発症する病態・疾患や、細胞の生存・抗アポトーシス機能に依存する病態・疾患や、その破綻による病態・疾患の発症を予測、診断出来ると考えられる。さらに、予測、診断を超えてＭＤＲ１を標的とした薬剤開発により、上記疾患の予防と治療に展開することが可能である。本発明の課題は、頂膜側に発現し、幅広い基質を輸送するＡＢＣトランスポータ、Ｐ−ｇｐに注目し、Ｐ−ｇｐをコードするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域を標的としたＭＤＲ１遺伝子のハプロタイプやディプロタイプを判定する方法を提供することにある。
本発明者らは、日本人のＭＤＲ１遺伝子の転写開始部位から４ｋｂにわたる５’制御領域（５’ｕｐｓｔｒｅａｍ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｒｅｇｉｏｎ）のヌクレオチド配列多型を分析し、この領域内で８個の一塩基多型（ＳＮＰ）を同定した（図１参照）。これら同定した８個のＳＮＰｓの内の２個（−６９２Ｔ＞Ｃ及び−９３４Ａ＞Ｇ）は既知であったが、残りの６個（−１３２５Ａ＞Ｇ、−１７１７Ｔ＞Ｃ、−１９１０Ｔ＞Ｃ、−２３５２Ｇ＞Ａ、−２４１０Ｔ＞Ｃ及び−２９０３Ｔ＞Ｃ）のＳＮＰｓは未報告のものであり、その内の３個（−１９１０Ｔ＞Ｃ、−２３５２Ｇ＞Ａ、−２４１０Ｔ＞Ｃ）は完全な連鎖不均衡を示した。そして、ハプロタイプやディプロタイプと大腸正常粘膜におけるＭＤＲ１遺伝子の発現レベルとが相関することや、大腸癌患者にはＭＤＲ１遺伝子の発現レベルが低いと予想されるディプロタイプが見い出せなかったことや、逆に、ＭＤＲ１遺伝子の発現レベルが高いと予想されるディプロタイプの出現頻度は一般健常者対照群に比べ、大腸癌患者疾患群において高いことや（統計解析により、ＭＤＲ１が高いディプロタイプＡ、中間的なディプロタイプＢとＣそして、ＭＤＲ１が低いディプロタイプＤとＥをまとめて解析してオッズ比を出すと、ディプロタイプＡを１としたとき、ディプロタイプＤ，Ｅが半分の０．５２４、ディプロタイプＢ，Ｃは中間的な値の０．８９２を示した）、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域に結合する蛋白質の結合能がＳＮＰｓにより大きく変化することや、９５％以上が３つのハプロタイプに収束することなどを見い出し、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のＳＮＰｓが薬剤応答性及び発癌リスクを予測するマーカーとして有用であるとの知見を得た。本発明はこれら知見に基づき完成するに至ったものである。
すなわち本発明は、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置における多型を検出することを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法（請求項１）や、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置における多型に加えて、−９３４位及び／又は−６９２位の位置における多型を検出することを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法（請求項２）や、−２９０３位の塩基が、チミン又はシトシンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１又は２記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法（請求項３）や、−２４１０位の塩基が、チミン又はシトシンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜３のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法（請求項４）や、−２３５２位の塩基が、グアニン又はアデニンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜４のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法（請求項５）や、−１９１０位の塩基が、チミン又はシトシンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜５のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法（請求項６）や、−１７１７位の塩基が、チミン又はシトシンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜６のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法（請求項７）や、−１３２５位の塩基が、グアニン又はアデニンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜７のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法（請求項８）に関する。
また本発明は、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２４１０位の塩基がチミン、−２３５２位の塩基がアデニン、−１９１０位の塩基がチミン、−９３４位の塩基がアデニン、−６９２位の塩基がチミンに置換されていることを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域ＤＮＡ（請求項９）や、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２４１０位の塩基がシトシン、−２３５２位の塩基がグアニン、−１９１０位の塩基がシトシン、−９３４位の塩基がグアニン、−６９２位の塩基がシトシンに置換されていることを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域ＤＮＡ（請求項１０）や、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２４１０位の塩基がシトシン、−２３５２位の塩基がアデニン、−１９１０位の塩基がシトシン、−９３４位の塩基がグアニン、−６９２位の塩基がシトシンに置換されていることを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域ＤＮＡ（請求項１１）や、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２４１０位の塩基がチミン、−２３５２位の塩基がアデニン、−１９１０位の塩基がチミン、−９３４位の塩基がグアニン、−６９２位の塩基がチミンに置換されていることを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域ＤＮＡ（請求項１２）に関する。
さらに本発明は、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置における多型を検出するＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプを判定する方法に用いられるプライマーセットであって、多型を検出する位置の上流の領域とハイブリダイズするフォワード側プライマーと、多型を検出する位置の下流の領域とハイブリダイズするリバース側プライマーとからなることを特徴とするプライマーセット（請求項１３）や、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２３５２位の位置と、−２４１０位、−１９１０位、−６９２位から選ばれる位置とにおける多型を検出することを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法（請求項１４）に関する。
また本発明は、ＴａｑＭａｎ（登録商標）法により遺伝子タイピングを実施することを特徴とする請求項１４記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法（請求項１５）や、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２３５２位の位置と、−２４１０位、−１９１０位、−６９２位から選ばれる位置とにおける多型を検出するＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法に用いられるプローブ及びプライマーセット（請求項１６）や、ＴａｑＭａｎ（登録商標）法によりＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法に用いられることを特徴とする請求項１６記載のプローブ及びプライマーセット（請求項１７）や、請求項１〜８のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法又は請求項１４若しくは１５記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法を用いることを特徴とする大腸癌発症の予測方法（請求項１８）や、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位、−９３４位、−６９２位から選ばれる１以上の位置を標的とすることを特徴とするＭＤＲ１発現制御薬の開発方法（請求項１９）に関する。
Ａ：５’制御領域で５つの多型（−２４１０、−２３５２、−１９１０、−９３４及び−６９２）を分析し、ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルを７２の正常な直腸結腸粘膜で、リアルタイムＰＣＲにより測定した。７２のサンプルは、ディプロタイプにより分けた：ディプロタイプＡ（ハプロタイプ１／１）、ディプロタイプＢ（ハプロタイプ１／２）、ディプロタイプＣ（ハプロタイプ１／３）、ディプロタイプＤ（ハプロタイプ２／２）。ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルは、ＧＡＰＤＨ ｍＲＮＡレベルでノーマライズした。
Ｂ：５’制御領域で５つの多型（−２４１０、−２３５２、−１９１０、−９３４及び−６９２）を分析し、ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルを、４３の正常な肝臓組織で測定した。第３図は、ＪＳＢ−１抗体による、Ｐ−ｇｐの免疫組織学的染色の結果をを示す図である。
Ｐ−ｇｐの陽性染色は、上皮領域の表面の頂膜側組織で観察した。塗りつぶした矢頭は、抗Ｐ−ｇｐ抗体（ＪＳＢ−１）により染色されたＰ−ｇｐを示す。各サンプルのＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルの値が示されている。第４図は、電気泳動度シフトアッセイによる、ＭＤＲ１遺伝子の５’調節領域に結合するタンパク質の検出結果を示す図である。
実験は、３回ずつ行い、同様の結果を得た。図４中、ＮＥは核抽出物を示す。
結合緩衝液Ｂ（−２３５２Ｇ＞Ａ；パネルＡ）又は結合緩衝液Ａ（−６９２Ｔ＞Ｃ；パネルＢ）中で３２Ｐ標識オリゴヌクレオチドとインキュベートした核抽出物（１−２μｇのタンパク質）は、ゲル電気泳動により分別した。コンペティション用に、１０倍過剰の未標識オリゴヌクレオチド（−２３５２Ｇ又は−２３５２Ａ）を追加した。塗りつぶした矢頭は、遅延したＤＮＡタンパク質複合体を示し、アステリックスは、核タンパク質の非特異結合を示す。
本発明のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法としては、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる１又は２以上の位置における多型を検出する方法であれば特に制限されるものではないが、上記−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置に加えて、−９３４位及び／又は−６９２位の位置における多型を検出する方法が好ましく、中でも−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−９３４位及び−６９２位の位置における多型を検出する方法が好ましい。ここで、多型を検出する位置は、ＡＴＧ開始コドンの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示されている。ＡＴＧ開始コドンは、エクソン２に位置し、転写開始サイトはこの番号方式では、−６９９に相当する。なお、遺伝子タイピング実験により得られるデータは直接的にはディプロタイプであるが、ディプロタイプから逆にハプロタイプを予測することは可能である。発現レベルや発がんリスクとの相関解析は何れもディプロタイプとの相関を解析しており、また、ＴａｑＭａｎ（登録商標）法による遺伝子タイピングで得られるデータもディプロタイプである。また、配列番号１には、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の相補配列（ＭＤＲ１遺伝子領域からみて相補配列情報であるＧｅｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｏｓ．ｇｉ｜１９６９７５５６｜ｇｂ｜ＡＣ００２４５７．２｜の一部）が示されている。したがって、例えば、配列番号１の２４１０番目の塩基“Ａ”と塩基対を形成する相補的塩基“Ｔ”が、上記−２４１０位の塩基であることがわかる。
上記−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位、−１３２５位、−９３４位及び−６９２位から選ばれる位置（以下、「所定の変異位置」ということがある。）における多型を検出する方法として、具体的には、−２９０３位の塩基がチミン又はシトシンであるか、−２４１０位の塩基がチミン又はシトシンであるか、−２３５２位の塩基がグアニン又はアデニンであるか、−１９１０位の塩基がチミン又はシトシンであるか、−１７１７位の塩基がチミン又はシトシンであるか、−１３２５位の塩基がアデニン又はグアニンであるか、−９３４位の塩基がアデニン又はグアニンであるか、−６９２位の塩基がチミン又はシトシンであるかをそれぞれ調べる方法を例示することができる。なお、配列番号１には、−２９０３位の塩基がチミン、−２４１０位の塩基がチミン、−２３５２位の塩基がグアニン、−１９１０位の塩基がチミン、−１７１７位の塩基がチミン、−１３２５位の塩基がアデニン、−９３４位の塩基がアデニン、−６９２位の塩基がチミンである通常のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列の相補的塩基配列が示されている。
所定の変異位置における多型を検出する方法として、ＰＣＲ、リガンドストリングス反応、制限酵素消化法、直接塩基配列決定法、核酸増幅技法、ハイブリダイゼーション技法、免疫アッセイ法、質量分析法等を用いる従来公知のＳＮＰを検出しうる方法であれば特に制限されず、例えば、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列は既にわかっていることから（配列番号１参照）、後述する表１に示すような所定の変異位置（多型を検出する位置）の上流の領域とハイブリダイズするフォワード側プライマーと、所定の変異位置の下流の領域とハイブリダイズするリバース側プライマーとからなるプライマーセット（配列番号２〜２５）を用いて、ＰＣＲ等の公知の核酸増幅法により増幅し、その増幅断片の塩基配列を決定するダイレクトシーケンシングする方法、ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブを用いる方法や、増幅断片の制限酵素断片長多型（ＲＦＬＰ）を調べる方法や、ＳＳＣＰ（ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄ ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）のような方法の他、ＡＳＯハイブリダイゼーション、ＡＲＭＳ法、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法、ＲＮａｓｅＡ切断法、化学切断法、ＤＯＬ法、インベーダー法、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法、ＴＤＩ法、モレキュラー・ビーコン法、ダイナミック・アレルスペシフィック・ハイブリダイゼーション法、パドロック・プローブ法、ＵＣＡＮ法、ＤＮＡチップ又はＤＮＡマイクロアレイを用いた核酸ハイブリダイゼーション法、ＥＣＡ法によっても行うことができる。上記プライマーはＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列に特異的にハイブリダイズするサイズを有していればよく、通常、１５塩基〜４０塩基、好ましくは２０塩基程度のサイズを有するものが用いられ、増幅領域のサイズも特に限定されるものではない。また、ＰＣＲの鋳型となるゲノムＤＮＡは、ＭＤＲ１発現の有無に拘わらず、抹消血、毛根、口腔粘膜、血液塗抹標本など、生細胞や死細胞が含まれる試料から、常法により調製することができる。
ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプやディプロタイプの判定は、すべての所定の変異位置における多型を検出して判定してもよいが、一部の所定の変異位置における多型を検出して判定してもよい。例えば、マイナー対立遺伝子の頻度がある程度−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−９３４位及び−６９２位の各位置における多型を検出した場合、ハプロタイプやディプロタイプを集約することができる。
本発明のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域ＤＮＡとしては、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２４１０位の塩基がチミン、−２３５２位の塩基がアデニン、−１９１０位の塩基がチミン、−９３４位の塩基がアデニン、−６９２位の塩基がチミンに置換されているＤＮＡや、−２４１０位の塩基がシトシン、−２３５２位の塩基がグアニン、−１９１０位の塩基がシトシン、−９３４位の塩基がグアニン、−６９２位の塩基がシトシンに置換されているＤＮＡや、−２４１０位の塩基がシトシン、−２３５２位の塩基がアデニン、−１９１０位の塩基がシトシン、−９３４位の塩基がグアニン、−６９２位の塩基がシトシンに置換されているＤＮＡや、−２４１０位の塩基がチミン、−２３５２位の塩基がアデニン、−１９１０位の塩基がチミン、−９３４位の塩基がグアニン、−６９２位の塩基がチミンに置換されているＤＮＡを挙げることができる。これらＤＮＡは、−２４１０位の塩基がチミン、−２３５２位の塩基がグアニン、−１９１０位の塩基がチミン、−９３４位の塩基がアデニン、−６９２位の塩基がチミンに置換されているＤＮＡと共に、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプを構成する。
本発明のプライマーセットとしては、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置における多型を検出するＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプを判定する方法に用いられるプライマーセットであって、多型を検出する位置の上流の領域とハイブリダイズするフォワード側プライマーと、多型を検出する位置の下流の領域とハイブリダイズするリバース側プライマーとからなり、これら各プライマーはＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列に特異的にハイブリダイズするサイズを有していればよく、通常、１５塩基〜４０塩基、好ましくは２０塩基程度のサイズを有するものが用いられ、増幅領域のサイズも特に限定されないが、例えば、表１記載に示される、−２４１０位における多型を検出するＰ５Ｆ／Ｒ（配列番号１０と１１）、−２３５２位における多型を検出するＰ６Ｆ／Ｒ（配列番号１２と１３）、−１９１０位における多型を検出するＰ７Ｆ／Ｒ（配列番号１４と１５）、−１７１７位における多型を検出するＰ８Ｆ／Ｒ（配列番号１６と１７）、及び−１３２５位における多型を検出するＰ９Ｆ／Ｒ（配列番号１８と１９）の各プライマーセットを具体的に例示することができる。
また、本発明のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法としては、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２３５２位の位置と、−２４１０位、−１９１０位、−６９２位から選ばれる位置とにおける多型を検出する方法であれば特に制限されず、後述する実施例１２の表３に示すように、−２４１０Ｔ（Ｃ）、−１９１０Ｔ（Ｃ）及び−６９２Ｔ（Ｃ）は連鎖不平衡のために、ほとんどの場合、各クローンで一緒に検出されるが、−２３５２位Ｇ（Ａ）は独立していることから、−２３５２位と−２４１０位との位置とにおける多型を検出する方法、−２３５２位と−１９１０位との位置とにおける多型を検出する方法、−２３５２位と−６９２位との位置とにおける多型を検出する方法を具体的に挙げることができる。例えば、−２３５２位Ｇ（Ａ）と−６９２位Ｔ（Ｃ）との位置とにおける多型を検出し、（−２３５２位，−６９２位／−２３５２位，−６９２位）が、（Ｇ，Ｔ／Ｇ，Ｔ）、（Ｇ，Ｔ／Ａ，Ｔ）、（Ｇ，Ｔ／Ｇ，Ｃ）、（Ａ，Ｔ／Ａ，Ｔ）、（Ｇ，Ｃ／Ｇ，Ｃ）等のディプロタイプに判定・分類することができる。かかるＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法には、ＴａｑＭａｎ法により遺伝子タイピングを実施する方法を有利に例示することができる。ＴａｑＭａｎ法により遺伝子タイピングを実施する際に用いられるプローブ及びプライマーセットとしては、−２３５２タイピング用には配列番号６１に示されるＧ検出用プローブ、配列番号６２に示されるＡ検出用プローブ、配列番号６３及び６４に示されるプライマーセット、−６９２タイピング用には配列番号６９に示されるＴ検出用プローブ、配列番号７０に示されるＣ検出用プローブ、配列番号７１及び７２に示されるプライマーセットを好適に例示することができる。
前記のように、ＭＤＲ１遺伝子の発現レベルが高いと予想されるディプロタイプの出現頻度は一般健常者対照群に比べ、大腸癌患者疾患群において高い（統計解析により、ＭＤＲ１遺伝子の発現が高いディプロタイプＡ、中間的なディプロタイプＢとＣ、そして、ＭＤＲ１が低いディプロタイプＤとＥをまとめて解析してオッズ比を出すと、ディプロタイプＡを１としたとき、ディプロタイプＤ，Ｅが半分の０．５２４、ディプロタイプＢ，Ｃは中間的な値の０．８９２を示した）ことから、上記本発明のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法や、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法を用いると、大腸癌発症の予測が可能となる。また、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位、−９３４位、−６９２位から選ばれる１以上の位置を標的とするＭＤＲ１発現制御薬の開発が可能となる。
以下、実施例により本発明をより具体的に説明するが、本発明の技術的範囲はこれらの例示に限定されるものではない。
（ボランティアと患者）
血液サンプルは、九州大学の２５人の健康な日本人のボランティアから入手した。正常な結腸直腸粘膜の臨床サンプルは、１９９３年９月から１９９８年８月の間に、九州大学病院第二外科（福岡県）、大腸肛門病センター高野病院（熊本県）又は群馬大学病院第一外科（前橋市）でガンの外科的切除を受けた７２人の日本人の患者から入手した。これらの血液サンプル及び非ガン性粘膜は、倫理審査委員会（ＩＲＢ）承認のプロトコルに準じて入手した。被験者は全員、インフォームドコンセントに同意している。サンプルは、液体窒素内で冷凍し、ＲＮＡ及びＤＮＡを抽出するまで−８０℃で保存した。どの患者も、外科的切除まで化学療法を受けていなかった。正常な肝臓組織の臨床サンプルは、九州大学病院第二外科（福岡県）で、ガンの外科的切除を受けた４３人の肝臓ガン患者の、ガンの周囲の非ガン性組織とした。
血液サンプルは、九州大学の２５人の健康な日本人のボランティアから入手した。正常な結腸直腸粘膜の臨床サンプルは、１９９３年９月から１９９８年８月の間に、九州大学病院第二外科（福岡県）、大腸肛門病センター高野病院（熊本県）又は群馬大学病院第一外科（前橋市）でガンの外科的切除を受けた７２人の日本人の患者から入手した。これらの血液サンプル及び非ガン性粘膜は、倫理審査委員会（ＩＲＢ）承認のプロトコルに準じて入手した。被験者は全員、インフォームドコンセントに同意している。サンプルは、液体窒素内で冷凍し、ＲＮＡ及びＤＮＡを抽出するまで−８０℃で保存した。どの患者も、外科的切除まで化学療法を受けていなかった。正常な肝臓組織の臨床サンプルは、九州大学病院第二外科（福岡県）で、ガンの外科的切除を受けた４３人の肝臓ガン患者の、ガンの周囲の非ガン性組織とした。
（ＤＮＡ及びＲＮＡの単離）
ボランティアの血液サンプルのゲノムＤＮＡは、ＱｉａＡｍｐ ｂｌｏｏｄ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社製）を使用して単離し、患者の組織のＤＮＡは、Ｅａｓｙ ＤＮＡ Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）を製造者のプロトコルに従って使用して単離した。ＲＮＡは、ＲＮＡ抽出剤であるＴＲＩｚｏｌ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社製）又はＲｎｅａｓｙ（Ｑｉａｇｅｎ社製）をそれぞれ製造者のプロトコルに従って使用して単離した。
ボランティアの血液サンプルのゲノムＤＮＡは、ＱｉａＡｍｐ ｂｌｏｏｄ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社製）を使用して単離し、患者の組織のＤＮＡは、Ｅａｓｙ ＤＮＡ Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）を製造者のプロトコルに従って使用して単離した。ＲＮＡは、ＲＮＡ抽出剤であるＴＲＩｚｏｌ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社製）又はＲｎｅａｓｙ（Ｑｉａｇｅｎ社製）をそれぞれ製造者のプロトコルに従って使用して単離した。
（ＤＮＡシーケンシング及びＭＤＲ１遺伝子におけるＳＮＰの同定）
ＭＤＲ１遺伝子断片のＰＣＲ増幅用の特異的なオリゴヌクレオチドプライマーは、既知の配列から派生させた［ＧｅｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｏｓ．：５’制御領域、エクソン１−７にはＡＣ００２４５７及びエクソン８−２８にはＡＣ００５０６８］。エクソン内のＳＮＰの位置は、ＡＴＧ開始コドンの最初の塩基が＋１にセットされたＭＤＲ１ ｃＤＮＡ［ＧｅｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｏ．：Ｍ１４７５８、エクソン１０のコドンＴＴＣ、Ｆ３３５はこの配列で欠如している］の位置に相当する。Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．によりエクソンが定義され（Ｃｈｅｎ，Ｃ．Ｊ．，Ｃｌａｒｋ，Ｄ．，Ｕｅｄａ，Ｋ．，Ｐａｓｔａｎ，Ｉ．，Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，Ｍ．Ｍ．，ａｎｄ Ｒｏｎｉｎｓｏｎ，Ｉ．Ｂ．Ｇｅｎｏｍｉｃ ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ１）ｇｅｎｅ ａｎｄ ｏｒｉｇｉｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２６５：５０６−５１４．，１９９０）、ヒトゲノム機能（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｏｒｇａｎｉｓａｔｉｏｎ）推薦の命名法（Ａｎｔｏｎａｒａｋｉｓ，Ｓ．Ｅ．Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ａ ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ．Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ Ｗｏｒｋｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ．Ｈｕｍ Ｍｕｔａｔ，１１：１−３．，１９９８）をＳＮＰ命名法に使用した。プライマーは、以前に報告されているＳＮＰを含む配列を含む領域を増幅するか、又は表１に示すようにＭＤＲ１上流調節領域の約４ｋｂをカバーするように、設定した。これらのプライマーのＰＣＲの条件は、本発明者らに依頼すれば入手できる。精製したＰＣＲ断片の配列は、ＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｃｙｃｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｒｅａｃｔｉｏｎｓ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ社製）を使用して、ＡＢＩ３７００（毛細血管）シークエンサーで、自動ＤＮＡシーケンシングにより入手した。
ＭＤＲ１遺伝子断片のＰＣＲ増幅用の特異的なオリゴヌクレオチドプライマーは、既知の配列から派生させた［ＧｅｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｏｓ．：５’制御領域、エクソン１−７にはＡＣ００２４５７及びエクソン８−２８にはＡＣ００５０６８］。エクソン内のＳＮＰの位置は、ＡＴＧ開始コドンの最初の塩基が＋１にセットされたＭＤＲ１ ｃＤＮＡ［ＧｅｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｏ．：Ｍ１４７５８、エクソン１０のコドンＴＴＣ、Ｆ３３５はこの配列で欠如している］の位置に相当する。Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．によりエクソンが定義され（Ｃｈｅｎ，Ｃ．Ｊ．，Ｃｌａｒｋ，Ｄ．，Ｕｅｄａ，Ｋ．，Ｐａｓｔａｎ，Ｉ．，Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，Ｍ．Ｍ．，ａｎｄ Ｒｏｎｉｎｓｏｎ，Ｉ．Ｂ．Ｇｅｎｏｍｉｃ ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ１）ｇｅｎｅ ａｎｄ ｏｒｉｇｉｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２６５：５０６−５１４．，１９９０）、ヒトゲノム機能（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｏｒｇａｎｉｓａｔｉｏｎ）推薦の命名法（Ａｎｔｏｎａｒａｋｉｓ，Ｓ．Ｅ．Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ａ ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｅ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ．Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ Ｗｏｒｋｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ．Ｈｕｍ Ｍｕｔａｔ，１１：１−３．，１９９８）をＳＮＰ命名法に使用した。プライマーは、以前に報告されているＳＮＰを含む配列を含む領域を増幅するか、又は表１に示すようにＭＤＲ１上流調節領域の約４ｋｂをカバーするように、設定した。これらのプライマーのＰＣＲの条件は、本発明者らに依頼すれば入手できる。精製したＰＣＲ断片の配列は、ＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｃｙｃｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｒｅａｃｔｉｏｎｓ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ社製）を使用して、ＡＢＩ３７００（毛細血管）シークエンサーで、自動ＤＮＡシーケンシングにより入手した。
（ＰＣＲ増幅及びシーケンシングによる５’制御領域におけるハプロタイプの特定）
少なくとも１つのＳＮＰの座位でヘテロ接合型である個体のハプロタイプは、フォーワードプライマーＭＤＲ１Ｐ５Ｆ及びリバースプライマーＭＤＲ１Ｐ１１Ｒを使用して、ＰＣＲ増幅及びシーケンシングにより特定した。約４ｋｂにわたるＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のＳＮＰのスクリーニングに使用した１２のプライマーセットのヌクレオチド配列（配列番号２〜２５）を表１に示す。製造者のプロトコルに従って高い適合性を有するＤＮＡポリメラーゼ、ＫＯＤ−Ｐｌｕｓ（東洋紡株式会社製）を使用し、ＰＣＲ増幅を行った。断片は、ｐＴ７Ｂｌｕｅ−３ベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ社製）内に挿入し、サブクローニングした。少なくとも６つのコロニーを選択し、プラスミドは、製造者のプロトコルに従ってＱｉａｇｅｎ ＤＮＡ Ｋｉｔで精製した。ＳＮＰ部位は、シーケンシングにより分析し、ハプロタイプを確認した。
少なくとも１つのＳＮＰの座位でヘテロ接合型である個体のハプロタイプは、フォーワードプライマーＭＤＲ１Ｐ５Ｆ及びリバースプライマーＭＤＲ１Ｐ１１Ｒを使用して、ＰＣＲ増幅及びシーケンシングにより特定した。約４ｋｂにわたるＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のＳＮＰのスクリーニングに使用した１２のプライマーセットのヌクレオチド配列（配列番号２〜２５）を表１に示す。製造者のプロトコルに従って高い適合性を有するＤＮＡポリメラーゼ、ＫＯＤ−Ｐｌｕｓ（東洋紡株式会社製）を使用し、ＰＣＲ増幅を行った。断片は、ｐＴ７Ｂｌｕｅ−３ベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ社製）内に挿入し、サブクローニングした。少なくとも６つのコロニーを選択し、プラスミドは、製造者のプロトコルに従ってＱｉａｇｅｎ ＤＮＡ Ｋｉｔで精製した。ＳＮＰ部位は、シーケンシングにより分析し、ハプロタイプを確認した。
（定量的逆転写（ＲＴ）−ＰＣＲ分析）
文献（Ｇｉｂｓｏｎ，Ｕ．Ｅ．，Ｈｅｉｄ，Ｃ．Ａ．，ａｎｄ Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｐ．Ｍ．Ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｒｅａｌ ｔｉｍｅ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ＲＴ−ＰＣＲ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ，６：９９５−１００１．，１９９６）記載に準じて、ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ Ｔａｑｍａｎ ＴＭ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｄｅｌ ７９００ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｏｒｓ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ社製）により、定量的ＰＣＲを行った。本発明で使用したプライマーの対の配列及びプローブは、文献（Ｈｉｎｏｓｈｉｔａ，Ｅ．，Ｕｃｈｉｕｍｉ，Ｔ．，Ｔａｇｕｃｈｉ，Ｋ．，Ｋｉｎｕｋａｗａ，Ｎ．，Ｔｓｕｎｅｙｏｓｈｉ，Ｍ．，Ｍａｅｈａｒａ，Ｙ．，Ｓｕｇｉｍａｃｈｉ，Ｋ．，ａｎｄ Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．Ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ａｎ ＡＴＰ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｃａｓｓｅｔｔｅ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ，ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ２，ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，６：２４０１−２４０７．，２０００．）記載の通りである。
文献（Ｇｉｂｓｏｎ，Ｕ．Ｅ．，Ｈｅｉｄ，Ｃ．Ａ．，ａｎｄ Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｐ．Ｍ．Ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｒｅａｌ ｔｉｍｅ ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ＲＴ−ＰＣＲ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ，６：９９５−１００１．，１９９６）記載に準じて、ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ Ｔａｑｍａｎ ＴＭ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｄｅｌ ７９００ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｏｒｓ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ社製）により、定量的ＰＣＲを行った。本発明で使用したプライマーの対の配列及びプローブは、文献（Ｈｉｎｏｓｈｉｔａ，Ｅ．，Ｕｃｈｉｕｍｉ，Ｔ．，Ｔａｇｕｃｈｉ，Ｋ．，Ｋｉｎｕｋａｗａ，Ｎ．，Ｔｓｕｎｅｙｏｓｈｉ，Ｍ．，Ｍａｅｈａｒａ，Ｙ．，Ｓｕｇｉｍａｃｈｉ，Ｋ．，ａｎｄ Ｋｕｗａｎｏ，Ｍ．Ｉｎｃｒｅａｓｅｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ａｎ ＡＴＰ−ｂｉｎｄｉｎｇ ｃａｓｓｅｔｔｅ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ，ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ２，ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ，６：２４０１−２４０７．，２０００．）記載の通りである。
（ＭＤＲ１の５’制御領域のルシフェラーゼレポーター遺伝子ベクターへのクローニング）
タイプ３の対立遺伝子を抽出するために、−２６０４から−５７０を含む断片は、ハプロタイプ１及び２のホモ接合体、並びにハプロタイプ１及び３のヘテロ接合体に相当するテンプレートから増幅した。それぞれＮｈｅＩ部位を含む、フォーワードプライマー５’−ＡＡＡＧＣＴＡＧＣＴＧＴＣＡＧＴＧＧＡＧＣＡＡＡＧＡＡＡＴＧ−３’（配列番号２６）及びリバースプライマー５’−ＡＡＡＧＣＴＡＧＣＣＴＣＧＣＧＣＴＣＣＴＴＧＧＡＡ−３’（配列番号２７）を使用した。これらの増幅後の産生物を、ｐＧＬ３ベーシックベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ社製）のＮｈｅＩ部位に挿入した。コンストラクトのＳＮＰ部位は、シーケンシングにより確認した。
タイプ３の対立遺伝子を抽出するために、−２６０４から−５７０を含む断片は、ハプロタイプ１及び２のホモ接合体、並びにハプロタイプ１及び３のヘテロ接合体に相当するテンプレートから増幅した。それぞれＮｈｅＩ部位を含む、フォーワードプライマー５’−ＡＡＡＧＣＴＡＧＣＴＧＴＣＡＧＴＧＧＡＧＣＡＡＡＧＡＡＡＴＧ−３’（配列番号２６）及びリバースプライマー５’−ＡＡＡＧＣＴＡＧＣＣＴＣＧＣＧＣＴＣＣＴＴＧＧＡＡ−３’（配列番号２７）を使用した。これらの増幅後の産生物を、ｐＧＬ３ベーシックベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ社製）のＮｈｅＩ部位に挿入した。コンストラクトのＳＮＰ部位は、シーケンシングにより確認した。
（細胞の培養及びトランジェント・トランスフェクション）
本発明では、ヒト肝臓ガン細胞株（ＨｅｐＧ２）を使用した。細胞は、二酸化炭素５％を含む加湿された条件下で、３７℃にて培養した。全量１μｇのｐＧＬ３ベーシックベクターＤＮＡ又はレポーターコンストラクトをトランスフェクトし、製造者のプロトコルに従ってＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ ２０００（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社製）試薬を使用して、１００ｎｇのｐｈＲＬ−ＴＫベクターＤＮＡ（Ｐｒｏｍｅｇａ社製）を、トランスフェクションコントロールとして、全てのウェルにコトランスフェクションした。プレートは、ＤＮＡ−ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ複合体を加えた後、３７℃にて６時間インキュベートし、その後成長培地を交換した。プレートは、ルシフェラーゼアッセイまで、さらに２４時間インキュベートした。デュアル・ルシフェラーゼレポーターアッセイシステム（Ｐｒｏｍｅｇａ社製）を使用して、ホタル及びウミシイタケ（ｒｅｎｉｌｌａ）のルシフェラーゼ活性を照度計で測定した。データは、トランスフェクションの効率用にウミシイタケルシフェラーゼ活性（Ｒｅｎｉｌｌａ ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ）により、ノーマライズ（ｎｏｒｍａｌｉｚｅ）した。同一のトランスフェクション反応を含む、２４ウェルプレートの３ウェルを使用して、全ての実験でトランスフェクションを３回行った。
本発明では、ヒト肝臓ガン細胞株（ＨｅｐＧ２）を使用した。細胞は、二酸化炭素５％を含む加湿された条件下で、３７℃にて培養した。全量１μｇのｐＧＬ３ベーシックベクターＤＮＡ又はレポーターコンストラクトをトランスフェクトし、製造者のプロトコルに従ってＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ ２０００（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社製）試薬を使用して、１００ｎｇのｐｈＲＬ−ＴＫベクターＤＮＡ（Ｐｒｏｍｅｇａ社製）を、トランスフェクションコントロールとして、全てのウェルにコトランスフェクションした。プレートは、ＤＮＡ−ＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ複合体を加えた後、３７℃にて６時間インキュベートし、その後成長培地を交換した。プレートは、ルシフェラーゼアッセイまで、さらに２４時間インキュベートした。デュアル・ルシフェラーゼレポーターアッセイシステム（Ｐｒｏｍｅｇａ社製）を使用して、ホタル及びウミシイタケ（ｒｅｎｉｌｌａ）のルシフェラーゼ活性を照度計で測定した。データは、トランスフェクションの効率用にウミシイタケルシフェラーゼ活性（Ｒｅｎｉｌｌａ ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ）により、ノーマライズ（ｎｏｒｍａｌｉｚｅ）した。同一のトランスフェクション反応を含む、２４ウェルプレートの３ウェルを使用して、全ての実験でトランスフェクションを３回行った。
（定量的免疫組織学）
最初に使用した抗体は、Ｐ−ｇｐ（ＪＳＢ−１）（マウスモノクローナル、Ｓａｎｂｉｏ社製）であった。Ｐ−ｇｐの免疫染色は、文献（３２）記載に準じて行った。免疫組織学による確実な定量的検出を行うために、腸細胞で発現する追加的マーカタンパク質であるビリン（ｖｉｌｌｉｎ）を使用した。定量化には、ＩｍａｇｅＧａｕｇｅソフトウエア（富士写真フィルム株式会社製）を使用した。
最初に使用した抗体は、Ｐ−ｇｐ（ＪＳＢ−１）（マウスモノクローナル、Ｓａｎｂｉｏ社製）であった。Ｐ−ｇｐの免疫染色は、文献（３２）記載に準じて行った。免疫組織学による確実な定量的検出を行うために、腸細胞で発現する追加的マーカタンパク質であるビリン（ｖｉｌｌｉｎ）を使用した。定量化には、ＩｍａｇｅＧａｕｇｅソフトウエア（富士写真フィルム株式会社製）を使用した。
電気泳動度シフトアッセイ
各オリゴヌクレオチドのセンス鎖のＤＮＡ配列は、５’−ＡＡＡＴＧＡＡＡＧＧＴＧＡＧＡＴＡＡＡＧＣＡＡＣＡＡ−３’（−２３５２Ｇ；配列番号２８）、５’−ＡＡＡＴＧＡＡＡＧＧＴＧＡＡＡＴＡＡＡＧＣＡＡＣＡＡ−３’（−２３５２Ａ；配列番号２９）、５’−ＧＡＧＣＴＣＡＴＴＣＧＡＧＴＡＧＣＧＧＣＴＣＴＴＣＣ−３’（−６９２Ｔ；配列番号３０）及び５’−ＧＡＧＣＴＣＡＴＴＣＧＡＧＣＡＧＣＧＧＣＴＣＴＴＣＣ−３’（−６９２Ｃ；配列番号３１）であった。核抽出物（タンパク質２μｇ／μｌ）は、文献（４０、４１）記載に準じて、ＨｅｐＧ２細胞から調製した。次に、２μｌの５ｘ結合緩衝液；５ｍＭ ＤＴＴ；１０ｎｇポリ（ｄＩ−ｄＣ）；及び１×１０４ｃｐｍ ３２Ｐ標識オリゴヌクレオチドプローブを含む最終容量１０μｌの反応混合物中で、様々なコンペティターの存在下又は非存在下で、室温にて３０分間インキュベートした。本発明者らは、５つの異なった種類の結合緩衝液で試みて、最も鮮明で遅れて現れるバンドを作成するものを特定し、それを次の研究に使用した。
各オリゴヌクレオチドのセンス鎖のＤＮＡ配列は、５’−ＡＡＡＴＧＡＡＡＧＧＴＧＡＧＡＴＡＡＡＧＣＡＡＣＡＡ−３’（−２３５２Ｇ；配列番号２８）、５’−ＡＡＡＴＧＡＡＡＧＧＴＧＡＡＡＴＡＡＡＧＣＡＡＣＡＡ−３’（−２３５２Ａ；配列番号２９）、５’−ＧＡＧＣＴＣＡＴＴＣＧＡＧＴＡＧＣＧＧＣＴＣＴＴＣＣ−３’（−６９２Ｔ；配列番号３０）及び５’−ＧＡＧＣＴＣＡＴＴＣＧＡＧＣＡＧＣＧＧＣＴＣＴＴＣＣ−３’（−６９２Ｃ；配列番号３１）であった。核抽出物（タンパク質２μｇ／μｌ）は、文献（４０、４１）記載に準じて、ＨｅｐＧ２細胞から調製した。次に、２μｌの５ｘ結合緩衝液；５ｍＭ ＤＴＴ；１０ｎｇポリ（ｄＩ−ｄＣ）；及び１×１０４ｃｐｍ ３２Ｐ標識オリゴヌクレオチドプローブを含む最終容量１０μｌの反応混合物中で、様々なコンペティターの存在下又は非存在下で、室温にて３０分間インキュベートした。本発明者らは、５つの異なった種類の結合緩衝液で試みて、最も鮮明で遅れて現れるバンドを作成するものを特定し、それを次の研究に使用した。
詳細な分析に使用した５×結合緩衝液の構成は以下の通りである。緩衝液Ａ：６０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、３００ｍＭ ＫＣｌ、２０ｍＭ ＭｇＣｌ２、５ｍＭ ＥＤＴＡ、６０％（ｖ／ｖ）グリセロール；緩衝液Ｂ：５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、２５０ｍＭ ＮａＣｌ、１２．５ｍＭ ＣａＣｌ２、５ｍＭ ＥＤＴＡ、４０％（ｖ／ｖ）グリセロール。次に、サンプルを、トリス−ホウ酸−ＥＤＴＡ緩衝液（０．０８９Ｍ Ｔｒｉｓ、０．０８９Ｍホウ酸及び０．００２Ｍ ＥＤＴＡ）中で、４％ポリアクリルアミドゲル（ポリアクリルアミド／ビスアクリルアミドの比率、７９：１）で電気泳動した。ゲルをイメージングプレートにさらし、Ｆｕｊｉｘ ＢＡＳ ２０００バイオイメージングアナライザー（富士フィルム写真株式会社製）を使用して分析した。
統計学的分析
Ｓｔａｔｖｉｅｗ ５．０ソフトウエア（ＳＡＳ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ社製）を統計学的分析に使用した。ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベル対ディプロタイプの結果は、Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ ｔｅｓｔで分析した。差異はｐ＜０．０５で統計的に有意であると考えられた。ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルとＰ−ｇｐレベルとの相関性は、Ｓｐｅａｒｍａｎ’ｓ ｔｅｓｔで特定した。この試験は、通常、変数が普通の分配を示すかどうか明確でない時に、ノンパラメトリック分析に使用する。０．０５未満の確率値が有意とされた。Ｓｐｅａｒｍａｎの係数（ｒ）及び関連した確率（Ｐ）を計算した。トランスフェクション実験で、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域においてハプロタイプ１、２又は３を含むレポーターコンストラクトの相対的なルシフェラーゼ活性を比較するために、無対のｔ−検定を行った。
Ｓｔａｔｖｉｅｗ ５．０ソフトウエア（ＳＡＳ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ社製）を統計学的分析に使用した。ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベル対ディプロタイプの結果は、Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ ｔｅｓｔで分析した。差異はｐ＜０．０５で統計的に有意であると考えられた。ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルとＰ−ｇｐレベルとの相関性は、Ｓｐｅａｒｍａｎ’ｓ ｔｅｓｔで特定した。この試験は、通常、変数が普通の分配を示すかどうか明確でない時に、ノンパラメトリック分析に使用する。０．０５未満の確率値が有意とされた。Ｓｐｅａｒｍａｎの係数（ｒ）及び関連した確率（Ｐ）を計算した。トランスフェクション実験で、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域においてハプロタイプ１、２又は３を含むレポーターコンストラクトの相対的なルシフェラーゼ活性を比較するために、無対のｔ−検定を行った。
（日本人のＭＤＲ１の５’制御領域における新しい６つのＳＮＰの同定）
５’制御領域におけるＭＤＲ１多型を見い出すために、２５人の健康な日本人のボランティアの末梢血から単離したゲノムＤＮＡを分析した。転写開始部位から約４ｋｂ広がる上流領域は、ＰＣＲにより増幅し、ダイレクトシーケンシング（ｄｉｒｅｃｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）により分析した。５’制御領域において、８つのＳＮＰを同定した。その内の６つは以前に報告されていなかった。５０の染色体で観察したこれらのＳＮＰの対立遺伝子頻度（ａｌｌｅｌｅ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ）を表２に示す。ＡＴＧ開始コドンは、エクソン２に位置し、転写開始部位は、ゲノムＤＮＡのＡＴＧから−６９９に相当する。この番号方式で、ＳＮＰ−６９２Ｔ＞Ｃ及び−９３４Ａ＞Ｇは、以前に報告（Ｔａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｎａｇａｔａ，Ｎ．，Ｉｎｏｕｅ，Ｋ．，Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｋａｎａｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｒａｔａ，Ｙ．，Ｋｉｇａｗａ，Ｊ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｅｒａｋａｗａ，Ｎ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｐｌａｃｅｎｔａ：ｒｅｌａｔｉｏｎ ｔｏ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ）−１ ｇｅｎｅ．Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ，２９７：１１３７−１１４３．，２００１．）されている−１２９Ｔ＞Ｃ及び−４１ａＡ＞Ｇとそれぞれ同一であった。
５’制御領域におけるＭＤＲ１多型を見い出すために、２５人の健康な日本人のボランティアの末梢血から単離したゲノムＤＮＡを分析した。転写開始部位から約４ｋｂ広がる上流領域は、ＰＣＲにより増幅し、ダイレクトシーケンシング（ｄｉｒｅｃｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）により分析した。５’制御領域において、８つのＳＮＰを同定した。その内の６つは以前に報告されていなかった。５０の染色体で観察したこれらのＳＮＰの対立遺伝子頻度（ａｌｌｅｌｅ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ）を表２に示す。ＡＴＧ開始コドンは、エクソン２に位置し、転写開始部位は、ゲノムＤＮＡのＡＴＧから−６９９に相当する。この番号方式で、ＳＮＰ−６９２Ｔ＞Ｃ及び−９３４Ａ＞Ｇは、以前に報告（Ｔａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｎａｇａｔａ，Ｎ．，Ｉｎｏｕｅ，Ｋ．，Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｋａｎａｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｒａｔａ，Ｙ．，Ｋｉｇａｗａ，Ｊ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｅｒａｋａｗａ，Ｎ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｐｌａｃｅｎｔａ：ｒｅｌａｔｉｏｎ ｔｏ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ）−１ ｇｅｎｅ．Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ，２９７：１１３７−１１４３．，２００１．）されている−１２９Ｔ＞Ｃ及び−４１ａＡ＞Ｇとそれぞれ同一であった。
本発明者らがメジャー型と定義した本来のＭＤＲ１配列（ＧｅｎＢａｎｋ ａｃｅｓｓｅｓｉｏｎ ｎｏｓ．：ＡＣ００２４５７；ＡＣ００５０６８）からの偏差を見るために配列を検査した。５’制御領域の８個のＳＮＰ（配列番号３２〜４７）、他の６個のＳＮＰ（配列番号４８〜６０）もエクソン及びイントロンで分析した。これらの６つのＳＮＰは、白人でも日本人でも、０．０５以上の対立遺伝子頻度を有することが以前に報告されている（Ｈｏｆｆｍｅｙｅｒ，Ｓ．，Ｂｕｒｋ，Ｏ．，ｖｏｎ Ｒｉｃｈｔｅｒ，Ｏ．，Ａｒｎｏｌｄ，Ｈ．Ｐ．，Ｂｒｏｃｋｍｏｌｌｅｒ，Ｊ．，Ｊｏｈｎｅ，Ａ．，Ｃａｓｃｏｒｂｉ，Ｉ．，Ｇｅｒｌｏｆｆ，Ｔ．，Ｒｏｏｔｓ，Ｉ．，Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ，Ｍ．，ａｎｄ Ｂｒｉｎｋｍａｎｎ，Ｕ．Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ：ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｎｅ ａｌｌｅｌｅ ｗｉｔｈ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｖｉｖｏ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，９７：３４７３−３４７８．，２０００．、Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｔａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｓｕｚｕｋｉ，Ａ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ＡＢＣ ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒ ｇｅｎｅｓ，ＭＤＲ１，ＭＲＰ１ ａｎｄ ＭＲＰ２／ｃＭＯＡＴ，ｉｎ ｈｅａｌｔｈｙ Ｊａｐａｎｅｓｅ ｓｕｂｊｅｃｔｓ．Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ，１１：１７５−１８４．，２００１．及びＴａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｎａｇａｔａ，Ｎ．，Ｉｎｏｕｅ，Ｋ．，Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｋａｎａｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｒａｔａ，Ｙ．，Ｋｉｇａｗａ，Ｊ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｅｒａｋａｗａ，Ｎ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｐｌａｃｅｎｔａ：ｒｅｌａｔｉｏｎ ｔｏ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ）−１ ｇｅｎｅ．Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ，２９７：１１３７−１１４３．，２００１．）。本発明者らの分析により入手したこれらのＳＮＰの対立遺伝子頻度を、表２に示す。表２中の頻度は、５’調節領域、コード領域及びイントロン領域のＳＮＰの、２５人の健康なボランティアの末梢血のゲノムＤＮＡ分析の結果から算出した。対立遺伝子頻度は、以前に報告されているサンプルのサイズから予測した範囲内であった。ｃ．３４３５Ｃ＞Ｔとｃ．２６７７Ｇ＞Ｔ、Ａとの強い関連性を、以前報告（Ｔａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｎａｇａｔａ，Ｎ．，Ｉｎｏｕｅ，Ｋ．，Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｋａｎａｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｒａｔａ，Ｙ．，Ｋｉｇａｗａ，Ｊ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｅｒａｋａｗａ，Ｎ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｐｌａｃｅｎｔａ：ｒｅｌａｔｉｏｎ ｔｏ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ）−１ ｇｅｎｅ．Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ，２９７：１１３７−１１４３．，２００１．、Ｋｉｍ，Ｒ．Ｂ．，Ｌｅａｋｅ，Ｂ．Ｆ．，Ｃｈｏｏ，Ｅ．Ｆ．，Ｄｒｅｓｓｅｒ，Ｇ．Ｋ．，Ｋｕｂｂａ，Ｓ．Ｖ．，Ｓｃｈｗａｒｚ，Ｕ．Ｉ．，Ｔａｙｌｏｒ，Ａ．，Ｘｉｅ，Ｈ．Ｇ．，ＭｃＫｉｎｓｅｙ，Ｊ．，Ｚｈｏｕ，Ｓ．，Ｌａｎ，Ｌ．Ｂ．，Ｓｃｈｕｅｔｚ，Ｊ．Ｄ．，Ｓｃｈｕｅｔｚ，Ｅ．Ｇ．，ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ，Ｇ．Ｒ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｌｙ ｖａｒｉａｎｔ ＭＤＲ１ ａｌｌｅｌｅｓ ａｍｏｎｇ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎｓ ａｎｄ Ａｆｒｉｃａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎｓ．Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，７０：１８９−１９９．，２００１．）されている通りに観察した。しかし、５’制御領域とｃ．１２３６Ｃ＞Ｔ、ｃ．２６７７Ｇ＞Ｔ、Ａ及びｃ．３４３５Ｃ＞Ｔを含むコード領域の多型との間には、関連性がなかった。−６９２Ｔ＞Ｃとｃ．２６７７Ｇ＞Ｔ、Ａ又はｃ．３４３５Ｃ＞Ｔとの関連性も、以前の報告（Ｋｉｍ，Ｒ．Ｂ．，Ｌｅａｋｅ，Ｂ．Ｆ．，Ｃｈｏｏ，Ｅ．Ｆ．，Ｄｒｅｓｓｅｒ，Ｇ．Ｋ．，Ｋｕｂｂａ，Ｓ．Ｖ．，Ｓｃｈｗａｒｚ，Ｕ．Ｉ．，Ｔａｙｌｏｒ，Ａ．，Ｘｉｅ，Ｈ．Ｇ．，ＭｃＫｉｎｓｅｙ，Ｊ．，Ｚｈｏｕ，Ｓ．，Ｌａｎ，Ｌ．Ｂ．，Ｓｃｈｕｅｔｚ，Ｊ．Ｄ．，Ｓｃｈｕｅｔｚ，Ｅ．Ｇ．，ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ，Ｇ．Ｒ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｌｙ ｖａｒｉａｎｔ ＭＤＲ１ ａｌｌｅｌｅｓ ａｍｏｎｇ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎｓ ａｎｄ Ａｆｒｉｃａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎｓ．Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，７０：１８９−１９９．，２００１．、Ｈｏｒｉｎｏｕｃｈｉ，Ｍ．，Ｓａｋａｅｄａ，Ｔ．，Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｔ．，Ｍｏｒｉｔａ，Ｙ．，Ｔａｍｕｒａ，Ｔ．，Ａｏｙａｍａ，Ｎ．，Ｋａｓｕｇａ，Ｍ．，ａｎｄ Ｏｋｕｍｕｒａ，Ｋ．Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｇｅｎｅｔｉｃ ｌｉｎｋａｇｅ ｏｆ ＭＤＲ１ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ａｔ ｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ３４３５ ａｎｄ ２６７７：ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｒｅｌｅｖａｎｃｅ ｔｏ ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ｄｉｇｏｘｉｎ．Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ，１９：１５８１−１５８５，２００２）と一致しなかった。
（日本人の５’制御領域におけるハプロタイプの特定）
調節領域におけるハプロタイプの頻度を明白に特定するために、−２４１０、−２３５２、−１９１０、−９３４及び−６９２でこれらの多型部位を含む２ｋｂ断片を、ＰＣＲにより増幅した。２５の血液サンプルの内、これらの全ての部位のホモ接合体の分析を省略し、少なくともこれらの部位の１つにおいて、ヘテロ接合体のサンプルを使用した。ｐＴ７Ｂｌｕｅ３ベクター内に、増幅した断片をサブクローニングした後、そのヌクレオチド配列を特定した。−２９０３、−１７１７及び−１３２５におけるマイナー対立遺伝子の頻度が、統計学分析には低すぎた（０．０２）ため、この３つの対立遺伝子を分析から除外した。頻度は、領域の対応する断片をＰＣＲ増幅及びシークエンシングにより確認した、健康な日本人ボランティアの２５サンプルの遺伝子型より計算した。表３に示すように、−２４１０Ｔ（Ｃ）、−１９１０Ｔ（Ｃ）及び−６９２Ｔ（Ｃ）は、各クローンで一緒に検出されたが、−２３５２Ｇ（Ａ）は独立していた。次に、以下の通りにハプロタイプを定義した：ハプロタイプ１（−２４１０Ｔ、−２３５２Ｇ、−１９１０Ｔ、−９３４Ａ、−６９２Ｔ）、ハプロタイプ２（−２４１０Ｔ、−２３５２Ａ，−１９１０Ｔ，−９３４Ａ，−６９２Ｔ）及びハプロタイプ３（−２４１０Ｃ、−２３５２Ｇ、−１９１０Ｃ、−９３４Ｇ、−６９２Ｃ）。３つのハプロタイプ（ハプロタイプ１、２及び３）は、人口の９５％以上を占めた。プロモーターハプロタイプは、日本人で調べたコード領域でもイントロン領域のいずれのＳＮＰとも関連していなかった。
調節領域におけるハプロタイプの頻度を明白に特定するために、−２４１０、−２３５２、−１９１０、−９３４及び−６９２でこれらの多型部位を含む２ｋｂ断片を、ＰＣＲにより増幅した。２５の血液サンプルの内、これらの全ての部位のホモ接合体の分析を省略し、少なくともこれらの部位の１つにおいて、ヘテロ接合体のサンプルを使用した。ｐＴ７Ｂｌｕｅ３ベクター内に、増幅した断片をサブクローニングした後、そのヌクレオチド配列を特定した。−２９０３、−１７１７及び−１３２５におけるマイナー対立遺伝子の頻度が、統計学分析には低すぎた（０．０２）ため、この３つの対立遺伝子を分析から除外した。頻度は、領域の対応する断片をＰＣＲ増幅及びシークエンシングにより確認した、健康な日本人ボランティアの２５サンプルの遺伝子型より計算した。表３に示すように、−２４１０Ｔ（Ｃ）、−１９１０Ｔ（Ｃ）及び−６９２Ｔ（Ｃ）は、各クローンで一緒に検出されたが、−２３５２Ｇ（Ａ）は独立していた。次に、以下の通りにハプロタイプを定義した：ハプロタイプ１（−２４１０Ｔ、−２３５２Ｇ、−１９１０Ｔ、−９３４Ａ、−６９２Ｔ）、ハプロタイプ２（−２４１０Ｔ、−２３５２Ａ，−１９１０Ｔ，−９３４Ａ，−６９２Ｔ）及びハプロタイプ３（−２４１０Ｃ、−２３５２Ｇ、−１９１０Ｃ、−９３４Ｇ、−６９２Ｃ）。３つのハプロタイプ（ハプロタイプ１、２及び３）は、人口の９５％以上を占めた。プロモーターハプロタイプは、日本人で調べたコード領域でもイントロン領域のいずれのＳＮＰとも関連していなかった。
（ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ又はディプロタイプと日本人の大腸及び肝臓のＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルとの関連性）
５’制御領域の５つの多型（−２４１０、−２３５２、−１９１０、−９３４及び−６９２）と、ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルとの関連性を調べるために、７２の正常な結腸直腸粘膜をそれぞれ検査した。７２のサンプルは、ディプロタイプにより、４つのグループに分けた：ディプロタイプＡ（ハプロタイプ１／１）、ディプロタイプＢ（ハプロタイプ１／２）、ディプロタイプＣ（ハプロタイプ１／３）及びディプロタイプＤ（２／２）である。そこで、ハプロタイプ１を２つ有するディプロタイプＡのＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルの平均値が、ハプロタイプ１を有さないディプロタイプＤの値より高いことを見い出した（ｐ＝０．０４）（図２Ａ）。それぞれハプロタイプ１を１つ有する、ディプロタイプＢ及びＣのＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルの平均値は、ディプロタイプＡとＤと値の中間であった。ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルは、ＧＡＰＤＨ ｍＲＮＡレベルでノーマライズした。ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルを正常な肝臓のサンプルで分析したところ、大腸からのサンプルと同様の結果を得た（図２Ｂ）。しかし、大腸と比較すると、関連性は、統計的にかなり低かった（ｐ＝０．２）。
５’制御領域の５つの多型（−２４１０、−２３５２、−１９１０、−９３４及び−６９２）と、ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルとの関連性を調べるために、７２の正常な結腸直腸粘膜をそれぞれ検査した。７２のサンプルは、ディプロタイプにより、４つのグループに分けた：ディプロタイプＡ（ハプロタイプ１／１）、ディプロタイプＢ（ハプロタイプ１／２）、ディプロタイプＣ（ハプロタイプ１／３）及びディプロタイプＤ（２／２）である。そこで、ハプロタイプ１を２つ有するディプロタイプＡのＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルの平均値が、ハプロタイプ１を有さないディプロタイプＤの値より高いことを見い出した（ｐ＝０．０４）（図２Ａ）。それぞれハプロタイプ１を１つ有する、ディプロタイプＢ及びＣのＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルの平均値は、ディプロタイプＡとＤと値の中間であった。ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルは、ＧＡＰＤＨ ｍＲＮＡレベルでノーマライズした。ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルを正常な肝臓のサンプルで分析したところ、大腸からのサンプルと同様の結果を得た（図２Ｂ）。しかし、大腸と比較すると、関連性は、統計的にかなり低かった（ｐ＝０．２）。
また、ｍＲＮＡレベルとの個別の関連性を、それぞれのＳＮＰで観察した。−６９２Ｔ＞Ｃと大腸のｍＲＮＡレベルとの関連は、本発明では統計的に有意でなかったが、Ｔ／Ｃヘテロ接合体の方が、Ｔ／Ｔホモ接合体よりもｍＲＮＡレベルが低い傾向性があった（ｐ＝０．２、データは示されていない）。−２３５２Ｇ＞Ａでは、Ａ／Ａホモ接合体は、Ｇ／Ｇホモ接合体よりも低いｍＲＮＡレベルを示した（ｐ＝０．０７）。
次に、ＭＤＲ１のｍＲＮＡ発現レベルとＰ−ｇｐ発現レベルとの相関性を確認した。各サンプルが、ウエスタンブロッティングに必要な量を入手できなかったので、ＪＳＢ−１抗体を使用して免疫組織学分析法により、Ｐ−ｇｐレベルを測定した。したがって、測定は、定量的というより半定量的であった。７２のサンプルの内、１４を調査し、ＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルが、Ｐ−ｇｐレベルと有意な相関性を示すことを、Ｓｐｅａｒｍａｎ’ｓ ｔｅｓｔにより見い出した（ｒ＝０．４２８、ｐ＝０．０１）。代表的なデータを図３に示す。
腸のＰ−ｇｐレベル及び／又は機能に影響すると報告（Ｈｏｆｆｍｅｙｅｒ，Ｓ．，Ｂｕｒｋ，Ｏ．，ｖｏｎ Ｒｉｃｈｔｅｒ，Ｏ．，Ａｒｎｏｌｄ，Ｈ．Ｐ．，Ｂｒｏｃｋｍｏｌｌｅｒ，Ｊ．，Ｊｏｈｎｅ，Ａ．，Ｃａｓｃｏｒｂｉ，Ｉ．，Ｇｅｒｌｏｆｆ，Ｔ．，Ｒｏｏｔｓ，Ｉ．，Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ，Ｍ．，ａｎｄ Ｂｒｉｎｋｍａｎｎ，Ｕ．Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ−ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｇｅｎｅ：ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｎｅ ａｌｌｅｌｅ ｗｉｔｈ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｖｉｖｏ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，９７：３４７３−３４７８．，２０００．、Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｔ．，Ｓａｋａｅｄａ，Ｔ．，Ｈｏｒｉｎｏｕｃｈｉ，Ｍ．，Ｔａｍｕｒａ，Ｔ．，Ａｏｙａｍａ，Ｎ．，Ｓｈｉｒａｋａｗａ，Ｔ．，Ｍａｔｓｕｏ，Ｍ．，Ｋａｓｕｇａ，Ｍ．，ａｎｄ Ｏｋｕｍｕｒａ，Ｋ．Ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｔａｔｉｏｎ（Ｃ３４３５Ｔ）ａｔ ｅｘｏｎ ２６ ｏｆ ｔｈｅ ＭＤＲ１ ｇｅｎｅ ｏｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｌｅｖｅｌ ｏｆ ＭＤＲ１ ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｉｎ ｄｕｏｄｅｎａｌ ｅｎｔｅｒｏｃｙｔｅｓ ｏｆ ｈｅａｌｔｈｙ Ｊａｐａｎｅｓｅ ｓｕｂｊｅｃｔｓ．Ｃｌｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，７１：２９７−３０３．，２００２．）されているｃ．３４３５Ｃ＞Ｔは、本発明では大腸及び肝臓のＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルと関連性がなく（ｐ＝０．７）、腸（Ｇｏｔｏ，Ｍ．，Ｍａｓｕｄａ，Ｓ．，Ｓａｉｔｏ，Ｈ．，Ｕｅｍｏｔｏ，Ｓ．，Ｋｉｕｃｈｉ，Ｔ．，Ｔａｎａｋａ，Ｋ．，ａｎｄ Ｉｎｕｉ，Ｋ．Ｃ３４３５Ｔ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｉｎ ｔｈｅ ＭＤＲ１ ｇｅｎｅ ａｆｆｅｃｔｓ ｔｈｅ ｅｎｔｅｒｏｃｙｔｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｌｅｖｅｌ ｏｆ ＣＹＰ３Ａ４ ｒａｔｈｅｒ ｔｈａｎ Ｐｇｐ ｉｎ ｒｅｃｉｐｉｅｎｔｓ ｏｆ ｌｉｖｉｎｇ−ｄｏｎｏｒ ｌｉｖｅｒ ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ，１２：４５１−４５７，２００２）又は胎盤（Ｔａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｎａｇａｔａ，Ｎ．，Ｉｎｏｕｅ，Ｋ．，Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｋａｎａｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｒａｔａ，Ｙ．，Ｋｉｇａｗａ，Ｊ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｅｒａｋａｗａ，Ｎ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｐｌａｃｅｎｔａ：ｒｅｌａｔｉｏｎ ｔｏ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ）−１ ｇｅｎｅ．Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ，２９７：１１３７−１１４３．，２００１．）を分析した以前の報告と一致した。胎盤のＭＤＲ１／Ｐ−ｇｐ発現レベルと相関すると報告（Ｔａｎａｂｅ，Ｍ．，Ｉｅｉｒｉ，Ｉ．，Ｎａｇａｔａ，Ｎ．，Ｉｎｏｕｅ，Ｋ．，Ｉｔｏ，Ｓ．，Ｋａｎａｍｏｒｉ，Ｙ．，Ｔａｋａｈａｓｈｉ，Ｍ．，Ｋｕｒａｔａ，Ｙ．，Ｋｉｇａｗａ，Ｊ．，Ｈｉｇｕｃｈｉ，Ｓ．，Ｔｅｒａｋａｗａ，Ｎ．，ａｎｄ Ｏｔｓｕｂｏ，Ｋ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ Ｐ−ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｐｌａｃｅｎｔａ：ｒｅｌａｔｉｏｎ ｔｏ ｇｅｎｅｔｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｔｈｅ ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ（ＭＤＲ）−１ ｇｅｎｅ．Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ，２９７：１１３７−１１４３．，２００１．）されているｃ．２６７７Ｇ＞Ｔ、Ａは、本発明では大腸及び肝臓のＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルと関連性がなく（ｐ＝０．８９）、腸のｍＲＮＡレベルを分析した結果と一致した（上記Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｅｔｉｃｓ，１２：４５１−４５７，２００２）。本発明で調べた他のＳＮＰはどれも、結腸直腸の上皮組織又は肝臓でのＭＤＲ１ ｍＲＮＡレベルと関連性がなかった。
（大腸癌患者と一般健常者におけるＭＤＲ１遺伝子ＳＮＰ頻度の比較解析）
九州北部地区の大腸癌患者４４３人と地域一般住民７５８人に対して、研究目的を説明し同意を得た上で、末梢血１０ｃｃを採取し、抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として、ＡＢＩ７９００ＨＴ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社製）を用いてＴａｑＭａｎ法によりタイピングをした。結果を表４に示す。表４から明らかなように、ディプロタイプＥは対照（一般健常者）では９人見受けられるが、大腸癌患者では１人も見受けられなかった。また、ＭＤＲ１遺伝子発現量が高いディプロタイプＡ、ＭＤＲ１遺伝子発現量が中間的なディプロタイプＢ，Ｃ、ＭＤＲ１遺伝子発現量が低いディプロタイプＤ，Ｅをまとめて解析してオッズ比を求めると、ディプロタイプＡを１としたとき、ディプロタイプＤ，Ｅは約半分の０．５２４、ディプロタイプＢ，Ｃは中間的な値の０．８９２であった。これらのことから、ディプロタイプＤ，Ｅは、ディプロタイプＡと比べて、大腸癌の発症のリスクが約半減すると推定できる。
九州北部地区の大腸癌患者４４３人と地域一般住民７５８人に対して、研究目的を説明し同意を得た上で、末梢血１０ｃｃを採取し、抽出したゲノムＤＮＡを鋳型として、ＡＢＩ７９００ＨＴ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社製）を用いてＴａｑＭａｎ法によりタイピングをした。結果を表４に示す。表４から明らかなように、ディプロタイプＥは対照（一般健常者）では９人見受けられるが、大腸癌患者では１人も見受けられなかった。また、ＭＤＲ１遺伝子発現量が高いディプロタイプＡ、ＭＤＲ１遺伝子発現量が中間的なディプロタイプＢ，Ｃ、ＭＤＲ１遺伝子発現量が低いディプロタイプＤ，Ｅをまとめて解析してオッズ比を求めると、ディプロタイプＡを１としたとき、ディプロタイプＤ，Ｅは約半分の０．５２４、ディプロタイプＢ，Ｃは中間的な値の０．８９２であった。これらのことから、ディプロタイプＤ，Ｅは、ディプロタイプＡと比べて、大腸癌の発症のリスクが約半減すると推定できる。
上記ＴａｑＭａｎ法は、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社が開発した方法であり、それぞれのＳＮＰを持つａｌｌｅｌｅ特異的なプローブと領域特異的ＰＣＲプライマーを用いる。ＰＣＲの増幅領域にプローブがハイブリダイズした場合、ＰＣＲの増幅に伴ってプローブのクエンチャーがはずれ蛍光が発生する。この蛍光を測定することにより、ａｌｌｅｌｅ特異的なプローブがハイブリダイズしたか否かを判定できる。各ＳＮＰを検出するためのプローブ、プライマーのセットは以下である。
−２３５２タイピング用
Ｇ検出用プローブ：ＡＧＧＴＧＡＧＡＴＡＡＡＧＣＡＡ（配列番号６１）
Ａ検出用プローブ：ＴＧＡＡＡＧＧＴＧＡＡＡＴＡＡＡ（配列番号６２）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＡＡＧＧＣＣＡＴＴＣＡＡＡＡＧＧＡＴＡＣＡＴＡＡＡＡ（配列番号６３）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＴＣＴＧＴＴＴＴＣＡＣＴＴＴＴＧＴＴＴＴＧＣＴＴＴＧ（配列番号６４）
−９３４タイピング用
Ａ検出用プローブ：ＴＣＣＣＣＡＡＴＧＡＴＴＣＡＧ（配列番号６５）
Ｇ検出用プローブ：ＣＣＣＣＡＧＴＧＡＴＴＣＡＧ（配列番号６６）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＴＧＴＧＡＡＣＴＴＴＧＡＡＡＧＡＣＧＴＧＴＣＴＡＣＡ（配列番号６７）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＣＡＡＧＴＡＧＡＧＡＡＡＣＧＣＧＣＡＴＣＡＧ（配列番号６８）
−６９２タイピング用
Ｔ検出用プローブ：ＴＴＣＧＡＧＴＡＧＣＧＧＣＴＣ（配列番号６９）
Ｃ検出用プローブ：ＴＣＧＡＧＣＡＧＣＧＧＣＴ（配列番号７０）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＣＣＧＣＴＴＣＧＣＴＣＴＣＴＴＴＧＣ（配列番号７１）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＣＣＴＣＴＧＣＴＴＣＴＴＴＧＡＧＣＴＴＧＧＡ（配列番号７２）
３４３５タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＣＴＣＡＣＧＡＴＣＴＣＴＴＣ（配列番号７３）
Ｔ検出用プローブ：ＣＣＴＣＡＣＡＡＴＣＴＣＴＴ（配列番号７４）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＡＡＣＡＧＣＣＧＧＧＴＧＧＴＧＴＣＡ（配列番号７５）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＡＴＧＴＡＴＧＴＴＧＧＣＣＴＣＣＴＴＴＧＣＴ（配列番号７６）
−２３５２タイピング用
Ｇ検出用プローブ：ＡＧＧＴＧＡＧＡＴＡＡＡＧＣＡＡ（配列番号６１）
Ａ検出用プローブ：ＴＧＡＡＡＧＧＴＧＡＡＡＴＡＡＡ（配列番号６２）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＡＡＧＧＣＣＡＴＴＣＡＡＡＡＧＧＡＴＡＣＡＴＡＡＡＡ（配列番号６３）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＴＣＴＧＴＴＴＴＣＡＣＴＴＴＴＧＴＴＴＴＧＣＴＴＴＧ（配列番号６４）
−９３４タイピング用
Ａ検出用プローブ：ＴＣＣＣＣＡＡＴＧＡＴＴＣＡＧ（配列番号６５）
Ｇ検出用プローブ：ＣＣＣＣＡＧＴＧＡＴＴＣＡＧ（配列番号６６）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＴＧＴＧＡＡＣＴＴＴＧＡＡＡＧＡＣＧＴＧＴＣＴＡＣＡ（配列番号６７）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＣＡＡＧＴＡＧＡＧＡＡＡＣＧＣＧＣＡＴＣＡＧ（配列番号６８）
−６９２タイピング用
Ｔ検出用プローブ：ＴＴＣＧＡＧＴＡＧＣＧＧＣＴＣ（配列番号６９）
Ｃ検出用プローブ：ＴＣＧＡＧＣＡＧＣＧＧＣＴ（配列番号７０）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＣＣＧＣＴＴＣＧＣＴＣＴＣＴＴＴＧＣ（配列番号７１）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＣＣＴＣＴＧＣＴＴＣＴＴＴＧＡＧＣＴＴＧＧＡ（配列番号７２）
３４３５タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＣＴＣＡＣＧＡＴＣＴＣＴＴＣ（配列番号７３）
Ｔ検出用プローブ：ＣＣＴＣＡＣＡＡＴＣＴＣＴＴ（配列番号７４）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＡＡＣＡＧＣＣＧＧＧＴＧＧＴＧＴＣＡ（配列番号７５）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＡＴＧＴＡＴＧＴＴＧＧＣＣＴＣＣＴＴＴＧＣＴ（配列番号７６）
（ハプロタイプとレポーターコンストラクトの基礎プロモーター活性との関連性）
ハプロタイプとＭＤＲ１プロモーター活性との直接の関連性を調査するために、自然発生する３つのハプロタイプ（ハプロタイプ１、２及び３）を保有するボランティアのゲノムＤＮＡの−２６０４と−５７０間の５’制御領域をクローニングした。次に、断片をｐＧＬ３ベーシックベクター内のレポーター遺伝子に連結した。−１７１７及び−１３２５における多型の頻度が低いため、−１７１７でＴ単一形態を有し、−１３２５でＡ単一形態形性を有するゲノムＤＮＡを使用してレポータープラスミドを構築した。次にこれらの３つのコンストラクトは、ヒト肝臓ガン細胞株ＨｅｐＧ２に、トランジェンド・トランスフェクションした。４８時間のトランスフェクション後、プロモーター活性を分析し、コトランスフェクションしたｐｈＲＬ−ＴＫ活性でノーマライズした。また、相対的ルシフェラーゼ活性は、ハプロタイプ１コンストラクトの活性を１００％としたときの比率で示されている。データは、４つの個別実験における、平均値±関連した発現のＳ．Ｄ．（標準偏差）として示す。各実験は、３枚のディッシュを使用して評価した（※Ｐ＜０．０５）。表４に示すように、ハプロタイプ２及び３を保有するマイナー型コンストラクトは、ハプロタイプ１を保有するメジャー型コンストラクトのそれぞれ８５．３±４．６５％及び８７．１±１．６４％で発現した。これらの実験は、５’制御領域における多型が、ヒトＭＤＲ１遺伝子上流プロモーター領域を含むレポーターコンストラクトの基礎プロモーター活性に影響を及ぼすことを示した。
ハプロタイプとＭＤＲ１プロモーター活性との直接の関連性を調査するために、自然発生する３つのハプロタイプ（ハプロタイプ１、２及び３）を保有するボランティアのゲノムＤＮＡの−２６０４と−５７０間の５’制御領域をクローニングした。次に、断片をｐＧＬ３ベーシックベクター内のレポーター遺伝子に連結した。−１７１７及び−１３２５における多型の頻度が低いため、−１７１７でＴ単一形態を有し、−１３２５でＡ単一形態形性を有するゲノムＤＮＡを使用してレポータープラスミドを構築した。次にこれらの３つのコンストラクトは、ヒト肝臓ガン細胞株ＨｅｐＧ２に、トランジェンド・トランスフェクションした。４８時間のトランスフェクション後、プロモーター活性を分析し、コトランスフェクションしたｐｈＲＬ−ＴＫ活性でノーマライズした。また、相対的ルシフェラーゼ活性は、ハプロタイプ１コンストラクトの活性を１００％としたときの比率で示されている。データは、４つの個別実験における、平均値±関連した発現のＳ．Ｄ．（標準偏差）として示す。各実験は、３枚のディッシュを使用して評価した（※Ｐ＜０．０５）。表４に示すように、ハプロタイプ２及び３を保有するマイナー型コンストラクトは、ハプロタイプ１を保有するメジャー型コンストラクトのそれぞれ８５．３±４．６５％及び８７．１±１．６４％で発現した。これらの実験は、５’制御領域における多型が、ヒトＭＤＲ１遺伝子上流プロモーター領域を含むレポーターコンストラクトの基礎プロモーター活性に影響を及ぼすことを示した。
（メジャー及びマイナー対立遺伝子に個別に結合するタンパク質の同定）
ＭＤＲ１ ５’制御領域のＳＮＰが、核タンパク質の結合を変化させるかどうかを調べてみるために、電気泳動度シフトアッセイを用いた。まず、−２３５２Ｇ＞Ａを調べた（図４Ａ）。プローブ−２３５２Ｇが肝臓細胞の核抽出物とインキュベートしたときに、遅れて現れるバンドが観察された。このバンドは、−２３５２Ａをインキュベートしたときより３倍弱かった。ＤＮＡ−タンパク質の相互作用の特異性は、適切なコンペティションアッセイにより証明された。すなわち、上方のバンドは、１０倍過剰の未標識オリゴヌクレオチド−２３５２Ｇの存在下にほぼ完全に消失したが、マイナー型オリゴヌクレオチド−２３５２Ａの過剰量の追加は、プローブ−２３５２Ｇへのタンパク質の結合を抑制しなかった。次に、−６９２Ｔ＞Ｃを調べた（図４Ｂ）。対立遺伝子に特異的な、遅れて現れるバンドの出現は、プローブ−６９２Ｔが核抽出物とインキュベートしたときにも観察された。コンペティションアッセイにおいては、上方のバンドは、１０倍過剰の未標識オリゴヌクレオチド−６９２Ｔの存在下にほぼ完全に消失し、コンペティター−６９２Ｃでは、かなり弱い（−６９２Ｔと比較して９倍）結合の抑制が観察された。他のオリゴヌクレオチドプローブ（−２４１０Ｔ＞Ｃ、−１９１０Ｔ＞Ｃ及び−９３４Ａ＞Ｇ）は、この条件下では、メジャー型とマイナー型との間で、タンパク質結合特性になんの相違も示さなかった。
ＭＤＲ１ ５’制御領域のＳＮＰが、核タンパク質の結合を変化させるかどうかを調べてみるために、電気泳動度シフトアッセイを用いた。まず、−２３５２Ｇ＞Ａを調べた（図４Ａ）。プローブ−２３５２Ｇが肝臓細胞の核抽出物とインキュベートしたときに、遅れて現れるバンドが観察された。このバンドは、−２３５２Ａをインキュベートしたときより３倍弱かった。ＤＮＡ−タンパク質の相互作用の特異性は、適切なコンペティションアッセイにより証明された。すなわち、上方のバンドは、１０倍過剰の未標識オリゴヌクレオチド−２３５２Ｇの存在下にほぼ完全に消失したが、マイナー型オリゴヌクレオチド−２３５２Ａの過剰量の追加は、プローブ−２３５２Ｇへのタンパク質の結合を抑制しなかった。次に、−６９２Ｔ＞Ｃを調べた（図４Ｂ）。対立遺伝子に特異的な、遅れて現れるバンドの出現は、プローブ−６９２Ｔが核抽出物とインキュベートしたときにも観察された。コンペティションアッセイにおいては、上方のバンドは、１０倍過剰の未標識オリゴヌクレオチド−６９２Ｔの存在下にほぼ完全に消失し、コンペティター−６９２Ｃでは、かなり弱い（−６９２Ｔと比較して９倍）結合の抑制が観察された。他のオリゴヌクレオチドプローブ（−２４１０Ｔ＞Ｃ、−１９１０Ｔ＞Ｃ及び−９３４Ａ＞Ｇ）は、この条件下では、メジャー型とマイナー型との間で、タンパク質結合特性になんの相違も示さなかった。
ＭＤＲ１遺伝子同様に、ＡＢＣトランスポータをコードするヒトＭＲＰ２遺伝子のＳＮＰｓについても調べた。小児白血病患者から同意を得て採取した白血球細胞を含む骨髄よりゲノムＤＮＡを抽出し、ＭＲＰ２遺伝子の全３２エクソン及びプロモータ領域上流４ｋｂについてダイレクトシークエンス法により多型を検索し、２１箇所のＳＮＰｓを同定した。結果を表５に示す。ＭＤＲ１遺伝子と同様に、ＴａｑＭａｎ法による遺伝子タイピング用のプローブ、プライマーセットは以下のようである。
−３９２５タイピング用
Ｇ検出用プローブ：ＣＴＧＧＴＴＧＴＡＧＧＧＣＴＴＴ（配列番号７７）
Ａ検出用プローブ：ＣＣＴＧＧＴＴＡＴＡＧＧＧＣＴＴＴ（配列番号７８）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＣＧＧＧＣＴＴＣＡＴＴＣＡＧＡＡＴＴＴＴＴＴＡＴＣＴＴＴＧＡＴＴ（配列番号７９）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＣＡＣＣＡＡＧＴＡＧＡＡＣＡＡＡＴＧＣＣＡＡＡＣＡ（配列番号８０）
３９７２タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＡＴＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＴＣＡＣ（配列番号８１）
Ｔ検出用プローブ：ＡＴＧＣＴＡＣＣＡＡＴＧＴＣＡＣ（配列番号８２）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＴＧＧＴＣＣＴＣＡＧＡＧＧＧＡＴＣＡＣＴＴ（配列番号８３）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＴＣＣＴＴＣＡＣＴＣＣＡＣＣＴＡＣＣＴＴＣＴＣ（配列番号８４）
−３９９３タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＡＡＧＴＡＡＧＧＴＣＴＣＴＴＴＣＣ（配列番号８５）
Ｔ検出用プローブ：ＡＡＧＴＡＡＧＧＴＣＴＴＴＴＴＣＣ（配列番号８６）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＧＣＴＴＧＣＴＧＡＧＧＡＡＡＡＧＴＴＧＧＡＣＡＴＡ（配列番号８７）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＡＧＴＴＧＣＡＧＧＡＡＡＴＣＡＡＡＧＡＴＡＡＡＡＡＡＴＴＣＴＧＡＡ（配列番号８８）
２３６６タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＣＡＴＣＣＡＣＴＧＣＡＧＡＣＡＧ（配列番号８９）
Ｔ検出用プローブ：ＴＣＣＡＣＴＧＣＡＡＡＣＡＧ（配列番号９０）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＧＣＣＡＧＡＧＣＴＡＣＣＴＡＣＣＡＡＡＡＴＴＴＡＧＡ（配列番号９１）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＧＣＣＴＴＴＣＡＡＣＡＧＧＣＣＡＴＴＧＧ（配列番号９２）
−９２４タイピング用
Ｇ検出用プローブ：ＡＧＧＣＣＡＡＧＧＣＡＧＡＡＧ（配列番号９３）
Ａ検出用プローブ：ＡＧＧＣＣＡＡＧＡＣＡＧＡＡＧ（配列番号９４）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＧＣＡＡＴＣＣＣＡＧＣＣＣＴＴＴＧＧ（配列番号９５）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＣＴＣＡＡＡＣＴＣＣＡＧＧＣＴＴＣＡＡＣＡＡＴＣ（配列番号９６）
１２４９タイピング用
Ｇ検出用プローブ：ＣＴＧＴＴＴＣＴＣＣＡＡＣＧＧＴＧＴＡ（配列番号９７）
Ａ検出用プローブ：ＡＣＴＧＴＴＴＣＴＣＣＡＡＴＧＧＴＧＴＡ（配列番号９８）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＣＣＡＡＣＴＴＧＧＣＣＡＧＧＡＡＧＧＡ（配列番号９９）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＧＧＣＡＴＣＣＡＣＡＧＡＣＡＴＣＡＧＧＴＴ（配列番号１００）
イントロン１９タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＴＣＡＡＡＧＧＡＧＡＡＧＴＧＧＴＴＴＡ（配列番号１０１）
Ｔ検出用プローブ：ＴＴＣＡＡＡＧＧＡＧＡＡＡＴＧＧＴＴＴＡ（配列番号１０２）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＣＴＧＧＡＴＣＴＧＡＧＴＴＴＣＴＧＧＡＴＴＣＴＧＴ（配列番号１０３）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＧＧＧＡＴＧＴＴＴＴＧＣＡＡＡＣＴＧＴＴＣＴＴＴＧ（配列番号１０４）
−３９２５タイピング用
Ｇ検出用プローブ：ＣＴＧＧＴＴＧＴＡＧＧＧＣＴＴＴ（配列番号７７）
Ａ検出用プローブ：ＣＣＴＧＧＴＴＡＴＡＧＧＧＣＴＴＴ（配列番号７８）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＣＧＧＧＣＴＴＣＡＴＴＣＡＧＡＡＴＴＴＴＴＴＡＴＣＴＴＴＧＡＴＴ（配列番号７９）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＣＡＣＣＡＡＧＴＡＧＡＡＣＡＡＡＴＧＣＣＡＡＡＣＡ（配列番号８０）
３９７２タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＡＴＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＴＣＡＣ（配列番号８１）
Ｔ検出用プローブ：ＡＴＧＣＴＡＣＣＡＡＴＧＴＣＡＣ（配列番号８２）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＴＧＧＴＣＣＴＣＡＧＡＧＧＧＡＴＣＡＣＴＴ（配列番号８３）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＴＣＣＴＴＣＡＣＴＣＣＡＣＣＴＡＣＣＴＴＣＴＣ（配列番号８４）
−３９９３タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＡＡＧＴＡＡＧＧＴＣＴＣＴＴＴＣＣ（配列番号８５）
Ｔ検出用プローブ：ＡＡＧＴＡＡＧＧＴＣＴＴＴＴＴＣＣ（配列番号８６）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＧＣＴＴＧＣＴＧＡＧＧＡＡＡＡＧＴＴＧＧＡＣＡＴＡ（配列番号８７）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＡＧＴＴＧＣＡＧＧＡＡＡＴＣＡＡＡＧＡＴＡＡＡＡＡＡＴＴＣＴＧＡＡ（配列番号８８）
２３６６タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＣＡＴＣＣＡＣＴＧＣＡＧＡＣＡＧ（配列番号８９）
Ｔ検出用プローブ：ＴＣＣＡＣＴＧＣＡＡＡＣＡＧ（配列番号９０）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＧＣＣＡＧＡＧＣＴＡＣＣＴＡＣＣＡＡＡＡＴＴＴＡＧＡ（配列番号９１）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＧＣＣＴＴＴＣＡＡＣＡＧＧＣＣＡＴＴＧＧ（配列番号９２）
−９２４タイピング用
Ｇ検出用プローブ：ＡＧＧＣＣＡＡＧＧＣＡＧＡＡＧ（配列番号９３）
Ａ検出用プローブ：ＡＧＧＣＣＡＡＧＡＣＡＧＡＡＧ（配列番号９４）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＧＣＡＡＴＣＣＣＡＧＣＣＣＴＴＴＧＧ（配列番号９５）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＣＴＣＡＡＡＣＴＣＣＡＧＧＣＴＴＣＡＡＣＡＡＴＣ（配列番号９６）
１２４９タイピング用
Ｇ検出用プローブ：ＣＴＧＴＴＴＣＴＣＣＡＡＣＧＧＴＧＴＡ（配列番号９７）
Ａ検出用プローブ：ＡＣＴＧＴＴＴＣＴＣＣＡＡＴＧＧＴＧＴＡ（配列番号９８）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＣＣＡＡＣＴＴＧＧＣＣＡＧＧＡＡＧＧＡ（配列番号９９）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＧＧＣＡＴＣＣＡＣＡＧＡＣＡＴＣＡＧＧＴＴ（配列番号１００）
イントロン１９タイピング用
Ｃ検出用プローブ：ＴＣＡＡＡＧＧＡＧＡＡＧＴＧＧＴＴＴＡ（配列番号１０１）
Ｔ検出用プローブ：ＴＴＣＡＡＡＧＧＡＧＡＡＡＴＧＧＴＴＴＡ（配列番号１０２）
プライマーペア：Ｆｏｒｗａａｒｄ：ＣＴＧＧＡＴＣＴＧＡＧＴＴＴＣＴＧＧＡＴＴＣＴＧＴ（配列番号１０３）
Ｒｅｖｅｒｓｅ：ＧＧＧＡＴＧＴＴＴＴＧＣＡＡＡＣＴＧＴＴＣＴＴＴＧ（配列番号１０４）
本発明によると、頂膜側に発現し、幅広い基質を輸送するＡＢＣトランスポータであるＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域を標的としたＭＤＲ１遺伝子のハプロタイプやディプロタイプを判定することができ、ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のＳＮＰｓに関する基礎的知見の他、各個人におけるＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプやディプロタイプの判定結果を薬剤応答性のマーカーとして利用することにより、テーラーメード治療が可能となる。加えて、発癌リスクと進行を予測するマーカーとしても有用であるので、癌のリスク評価によるテーラーメード予防へと展開が可能である。
Claims (19)
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置における多型を検出することを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法。
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置における多型に加えて、−９３４位及び／又は−６９２位の位置における多型を検出することを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法。
- −２９０３位の塩基が、チミン又はシトシンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１又は２記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法。
- −２４１０位の塩基が、チミン又はシトシンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜３のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法。
- −２３５２位の塩基が、グアニン又はアデニンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜４のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法。
- −１９１０位の塩基が、チミン又はシトシンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜５のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法。
- −１７１７位の塩基が、チミン又はシトシンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜６のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法。
- −１３２５位の塩基が、グアニン又はアデニンであるかを調べることを含むことを特徴とする請求項１〜７のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法。
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２４１０位の塩基がチミン、−２３５２位の塩基がアデニン、−１９１０位の塩基がチミン、−９３４位の塩基がアデニン、−６９２位の塩基がチミンに置換されていることを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域ＤＮＡ。
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２４１０位の塩基がシトシン、−２３５２位の塩基がグアニン、−１９１０位の塩基がシトシン、−９３４位の塩基がグアニン、−６９２位の塩基がシトシンに置換されていることを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域ＤＮＡ。
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２４１０位の塩基がシトシン、−２３５２位の塩基がアデニン、−１９１０位の塩基がシトシン、−９３４位の塩基がグアニン、−６９２位の塩基がシトシンに置換されていることを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域ＤＮＡ。
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２４１０位の塩基がチミン、−２３５２位の塩基がアデニン、−１９１０位の塩基がチミン、−９３４位の塩基がグアニン、−６９２位の塩基がチミンに置換されていることを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域ＤＮＡ。
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位から選ばれる位置における多型を検出するＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプを判定する方法に用いられるプライマーセットであって、多型を検出する位置の上流の領域とハイブリダイズするフォワード側プライマーと、多型を検出する位置の下流の領域とハイブリダイズするリバース側プライマーとからなることを特徴とするプライマーセット。
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２３５２位の位置と、−２４１０位、−１９１０位、−６９２位から選ばれる位置とにおける多型を検出することを特徴とするＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法。
- ＴａｑＭａｎ（登録商標）法により遺伝子タイピングを実施することを特徴とする請求項１４記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法。
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２３５２位の位置と、−２４１０位、−１９１０位、−６９２位から選ばれる位置とにおける多型を検出するＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法に用いられるプローブ及びプライマーセット。
- ＴａｑＭａｎ（登録商標）法によりＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法に用いられることを特徴とする請求項１６記載のプローブ及びプライマーセット。
- 請求項１〜８のいずれか記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のハプロタイプ及び／又はディプロタイプを判定する方法又は請求項１４若しくは１５記載のＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域のディプロタイプを判定する方法を用いることを特徴とする大腸癌発症の予測方法。
- ＭＤＲ１遺伝子の５’制御領域の塩基配列において、翻訳開始コドンＡＴＧの最初の塩基を＋１とした場合に対応する位置で表示したとき、−２９０３位、−２４１０位、−２３５２位、−１９１０位、−１７１７位及び−１３２５位、−９３４位、−６９２位から選ばれる１以上の位置を標的とすることを特徴とするＭＤＲ１発現制御薬の開発方法。
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