JPS611388A - ヌクレオチド雑種形成プローブ - Google Patents

ヌクレオチド雑種形成プローブ

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JPS611388A
JPS611388A JP60103617A JP10361785A JPS611388A JP S611388 A JPS611388 A JP S611388A JP 60103617 A JP60103617 A JP 60103617A JP 10361785 A JP10361785 A JP 10361785A JP S611388 A JPS611388 A JP S611388A
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human
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JP60103617A
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クレイグ・ダブリユウ・アダムス
ジエフリイ・ジヨセフ・リアリイ
マーチン・ローゼンバーグ
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SmithKline Beecham Corp
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 発明の分野 本発明はポリヌクレオチド雑種形成プローブ。
さらに詳しくは、改良されたそのようなプローブおよび
その調製法Jこ関する。
発明の背景 ポリヌクレオチド雑種形成プローフハ臨床および研究目
的のための、「標的」ヌクレオチド配列を検出し、局在
化し、単離する安価な、効率のよい、迅速な手段を提供
する。クラウスナーら、バイオテクノロジー(Klau
sner et al、、 Biotechnolog
y)1983年8月号、411〜418頁は調製法およ
び使用法の検討を含め、ポリヌクレオチド雑種形成プロ
ーブに関する興味ある背景を記載していポリヌクレオチ
ド雑種形成プローブの公知の調製法および使用は文献に
よく紹介されている。例えば、サザーン、ジャーナル・
オブ・モレキュラー・バイオロジー(5outhern
、 J、 M)1.Biol、 ) 98:503〜5
17(1975)iファルコフら(FaIkaset 
al、) 、米国特許第4385535号;し’J  
’)%プロシーディンゲス・オブ・ナショナル・アカデ
ミ−拳オブ拳サイエンス(Leary et al、。
1’roc、 Natl、Acad、Sci、) B 
□ : 4045〜404 g(1983)iランが一
一セーファーら、プロシーディンゲス・オブ・ナショナ
ル・アカデミ−・オブ・”j−イエンス(L71nge
r −5afer et al、、I’roc。
Natl、Acad、Sci、)79 : 4381〜
4385(1982)iランガーら、プロシーディンゲ
スφオブ・ナショナル・アカデミ−・オブ・サイエンス
(Langer et al。Proc、 Natl、
 Acad、 Sci、)78:6633〜6637(
1981)iおよびコーン(Kohne )、WO34
−02721(1984年7月19日公開〕参照。
これらおよび他の文献に記載されているとと(、公知の
プローブの調製法は、典型的には、プローブ領域を二本
鎖DNAプラスミド中ヘ中口クローンことからなる。こ
のプラスミド担持プローブは。
典型的には、酵素重合技術によりラベルされる。
コノような技術には、例えば、ニックトランスレーショ
ン〔リグビイら、ジャーナル・オブ・モレキュラー・バ
イオロジー(Rigby etal 、 、 J、Mo
l 、 Bi ol 、)113:237(1977)
〕、ギャップ充填〔ボールグイグノンら、ジャーナルー
オブ骨バイロロジー(Bourguignon et 
al、、 J、Virol、 )20 : 290(1
976))および末端付加が包含され、これらの方法は
修飾ヌクレオチド玉リン酸の存在下に行なわれる。以下
に示す文献中に報告されているものも含め、化学的修飾
技術を用いることもできる。
ブリガチら、パイロロジイ(Brigati et a
l、。
ViroJogy)126432〜50(1983)は
、ビオチンが長い鎖(11または16個の原子)を介し
てデオキシウリジン玉リン酸(dUTP)に結合してい
るビオチン・ラベル・プローブの方が、短い鎖(4原子
)を介して該ヌクレオチドに結合しているビオチン・ラ
ベル・プローブより有利であることを報告している。こ
れらのポリヌク1/オチド・プローブは、I) N A
ポリメラーゼ■を用い。
ニックトランスレーションによるビオチニル化dT’k
 −r p の酵素的とり込みによってラベルされてい
る。
ワードら(′wa、rd ecal 、)のヨーロッパ
特許出願EP−A−63879号では、ラベル分子を、
プローブの標的配列に対する水素結合を干渉するような
ヌクレオチド環の部位には結合させないことがでましい
ことを開示している。この文献ではこのための解決策と
して、ピリミジン(チミン、シトシンおよびウラシル)
の5位、プリン(アデニンおよびグアニン)の7位およ
びデアサブリンの7位におりる結合ラベル分子を開示し
ている。さらに解決策として、ワードらは、前記ブリガ
チらのような長いリンカ−・アームでヌクレオチドと結
合する結合ラベル分)を開示している。
−y−リルス4  ; (Kourilsky et 
al、)の英国特、?F第20 ]、 9408号は、
マニングら、バイオケミストリー(Manning e
t al 、 +’ Bioehem、 ) 16: 
1364(1977)によって報告されているシトクロ
ームC−ビオチン法によるポリヌクレオチド雑種分)形
成プローブの化学的修飾および試料との雑種分子形成前
または後にそのような修飾プローブのラベル付けを開示
している。化学的う3435(1984)およびトケン
ら、フ・°ロシーデイングス・オブ・ナショナル−アカ
デミ−・オブーザイjニンス脅メフ゛参ニー・ニス串ニ
ー(’]”chenet 31.、 Proc、 Na
tl、 Acad、 Sci、 USA)81 :34
66(1984)にも開示されている。レンツらの方法
は前記コーリルスキーらの英国特許第2019408号
およびマニングらの方法と同様な方法で酵素を直接プロ
ーブに結合させている。
トケンらの方法では、ヌクレオチド残基の5〜10%以
上の修飾はプローブ雑種分子形成に悪影響を及ぼす。
発明の概要 本発明の1つの態様は、一本鎖ポリヌクレオチド(DN
AまたはRNA)内のプローブ領域を、該ポリヌクレオ
チドの修飾前に該ブI]−ブ領域と相補配列との雑種分
子形成により、11に択的に保護することからなるポリ
ヌクレオチド雑種形成プローブの調製法を提供するもの
である。以下に記載のごとく、該プローブ領域は、一本
川ポリヌクレオチド特異反応により、非プローブ領域中
の塩基を化学的に誘導または修飾する前に、プローブ領
域を相補オリゴまたはポリヌクレオチド配列と雑種分子
形成させることにより、選捩的に保護される。
本発明の他の態様は、本発明の方法によって調製された
ポリヌクレオチド雑種形成プローブを提供するものであ
る。ことに、この態様において。
本発明は、非プr−J−ブ領域がラベル分子−との結合
用に透析的に修飾されているポリヌクレオチド雑種形成
プローブを提供するものである。
本発明のもう1つ別の態様は、本発明のポリヌクレオチ
ド雑種形成プローブからなるキットを提供するものであ
る。
発明の詳細 な説明のポリヌクレオチドプローブは、プローブ領域、
すなわち、標的配列と相補するヌクレオチド配列および
非プローブ領域、すなわち、標的配列と相補しないヌク
レオチド配列からなる。
該プローブ領域と相補する標的配列はゲノム様物質の全
体または・一部あるいは、生物、ウィルスまたは細胞か
らのリポソームRNA、転移RNA、伝令RNAまたは
インドV1ンRNAのような核酸遺伝子生産物のいずれ
てもよい。標的配列は、典型的には、数百ヌクレオチド
のオーダーである。
特に限定するものではないが1例えば、これらはヒトま
たは非ヒト病原体(いずれの感染性微生物、ウィルスま
たは寄生虫を含む生物をも包含する)に特有の配列また
は、遺伝的異常または他の状態に特有の配列や、例えば
、全mRNA  または全細胞D N Aのランダム・
フラグメントのようす遺伝子工学の実験から誘導される
配列のごときヒトまたは非ヒト(動物)DNAまたはR
NA配列とすることができる。標的配列を同定する方法
およびプローブ領域を調製する方法は前記の文献等にも
開示されているごとく、よく知られている。該標的配列
はまた、例えば、全腸内細菌または全クラミジアのよう
な一群の、ヒトまたは非ヒト病原体に特有な核酸配列と
相補性なものとすることもできる。また、該標的配列は
、例えば、組換型DNA生産物の製造において使用する
宿主細胞またはベクターに特有な核酸配列と相補性なも
のとして、該生産物中のそのようなDNAまたはRNA
混入物の存在を検出することも゛できる。種々のRNA
タイプ壱の雑種分子形成は、例えば、コーンのWQ s
 4−02721およびトレーパー、ヌクレイツク・ア
シツズ・リサーチ(Draper・Nucl。
Ac1ds  Res、 ) 137989 (198
4)に開示されている。「相補」なる語は実質的な補足
、すなわち、選択した雑種分子形成条件でプローブ領域
が標的配列と安定に雑種分子形成をするのに充分な相補
性を有することを意味する。
非プローブ領域は線形とすることができ、あるいは、プ
ローブ領域と一緒に共有結合的に閉じた環を形成しても
よい。該非プローブ領域は化学的に修飾された残基に結
合するラベル分子を担持する役割を有する。検出可能部
またはそれを含む多くのラベル分子が公知であり5本発
明のプローブの非プローブ領域中の、ラベルして修飾す
る塩基に用いることができる。ラベル分子は直接または
他の試薬と接触させることにより間接的に検出でき、例
えば、ラベル分子が酵素からなる場合、そのような他の
試薬として、該酵素の比色用基質を用いることができる
。本発明におけるラベル分子に用いることのできる検出
可能部の例には、とりわケ、同位元素、ハプテン、フル
オレスセイン、ローダミンおよび他の螢光化合物、化学
ルミネッセンス基、レクチン、β−ガラクトシダーゼの
ような酵素、抗体および%直接的または架橋法により間
接的に結合した他の蛋白が包含される。検出可能部を修
飾残基に結合させるのに有用な親和性基にはビオチンお
よびイミノビオチンのようなその誘導体が包なされ、こ
れらはアビジンに対する強い親和性を有するう 本発明のプローブ製造に用いるポリヌクレオチド分Pは
公知の方法で製造することができる。これらには合成法
および生物学的方?とか包含される。
生物学的合成法には、典型的には分)のクローニングが
包含され、この方法では宿主微生物によって多重コピー
が製造される、 コリファージM13のような一本鎖D N Aファージ
のクローニングは、以下に記載のごとく、そのようなり
ローニングが迅速なスケール・アップおよび非プローブ
領域の修飾前の、プローブ領域保護の都合よい手段を可
能とするので、プローフ分子製造の好ましい方法である
。Ml3は組換型DNAの研究に有用な糸状の一本鎖D
NAウィルスである。Ml3におけるクローニングは、
例えば、メツシング、メンッズ・オブ・エンサイモロシ
ー(Messing 、 Meth、Enzymql、
)101 : 20〜77(198,3)およびバーネ
スら、メソッズ・オブ−−T−:/ サイ% oジー(
Barnes etal、、Meth。
Enzymol、)101.:98〜122(1983
)に記載されている。他の有用な一本鎖ファージには、
例えば、S13、G4、Ph1X174、RNAファー
ジ(例えば、QB%MS2、R17および12)および
Ml 3]連フアージ(例えば% fdおよびEl) 
 が包含される。プラスミドおよび二本鎖ファージを含
め、他のクローニング・ベクターも使用できるが9.あ
まり好ましくはない。
M13m、10およびM13m、11におけるクローニ
ングに利用される制限エンドヌクレアーゼ開裂サイトに
は、例えばs A((I −Ba1nHI −ECoR
■、Hi n c Il、Hindll)、PstI、
 5alI。
SmaI、5stI  およびXba Iが包含される
。もちろん、他のサイトも、加えたり、代用することが
できる。すなわち1例えば、フラグメントが約1300
〜1400の塩基対を有し、肝炎Bウィルス表面抗原決
定子を担持する肝炎BウィルスのBamHIフラグメン
トはプローブ領域としてM13mplOまたはMl 3
mp 11のB am HIサイトにクローンできる。
このようなウィルス配列は肝炎Bウィルスに特有で、血
清中または肝、@生検におけるその配列の検出は肝炎B
ウィルス感染の78 候′cある。必須ではないが、好
ましくは、挿入されたプローグ領域を有するM13DN
Aは天然のM13DNAよりも約1000塩基対以下長
いサイズを有する。
ポリヌクレオチドを修飾する前に、プローグ領域が実質
的に修飾されないように、プローグ領域を選択的に遮断
または保護する。本発明の一具体例においては、この遮
1折は、ブ[コープ領域を含有する第1のM13DNA
分P(PJ、下、M13プローブ1と称する)を、該プ
ローブ領域を相補する領域を含む@2のM13DNA分
子(以下、M13プローブ2と称する〕と雑種形成させ
ることにより行なわれる。このような分子は、例えば、
プローブ領域を含む二本鎖DNAフラグメントを、二本
鎖形であるウィルス・ゲノムの複製型内で両方の可能な
方向でクローニングすることにより調製できる。標準的
な方法を用い、一本鎖ゲツムを有する後代用を製造する
。後代用の各々はプローブ1) N Aの2つの鎖、す
なわち、M13プローブ1またはM13プローブ2の一
万を担持している。
へ413プローブ1およびM13プローブ2はプローブ
領域で相互に相補し、プローブ領域を誘導体化から選択
的に保護するために相互に雑種形成することができる。
得られたポリヌクレオチド分子の一万または両方がプロ
ーブとして使用できる。
あるいは、M l 3プローブlおよびM13プローブ
2の1つを、該保護工程を行なう前に固体担体に結合さ
せることができる。これは、該DNAを固体担体に1百
接または間接的に共有的に結合させることにより、行な
うことができる。例えば、モスら、ジャーナル・オブ・
バイオケミストリー(Moss et al、、 J 
、 Biol、Chem、)256 : 12655(
1981)参照。例えば、M13プローブ1はセルロー
スに結合させることができる。ついで。
該領域をM13プローブ2と雑種形成させて保護し、部
分的に二本鎖の分子を修飾する。修飾後、M13プロー
ブ1およびM13プローブ2を脱雑種形成してM13プ
ローブ1を基質に結合させて残ス。M13プローブ1お
よび2を担持するファージは、さらにプローブ「製造者
」乏して使用することができる。
他の選択的遮断法は当業者に公知である。例えば、プロ
ーブ領域を有する糸状ポリヌクレオチドは組換型プラス
ミドまたは二本鎖1)NAバクテリオファージから単離
できる。ついで、該鎖は、エクソヌクレアーゼの処理に
より5例えば、3から5に、実質的にプローブ領域に切
り詰めることができ、プローブ領域の周囲側に一重鎖非
プローブ領域を有するプローブ分子を生成させることが
できる。プローブ領域は二本鎖のままであるので。
誘導体化から保護される。
プローブ領域を保護したら、得られる修飾残基のラベル
付は前またはそれと同時にlま1こはそれ以−1−の−
重鎖特異反応により無傷の分子−を修飾する。ラベル分
子の修飾残基への結合を可能にするいずれの一本鎖特異
性または実質的に一本鎖特異性の修飾方法も用いること
ができる。好ましくは、選択した一本鎖領域修飾方法は
、特定の同一反応条件下、二本鎖ポリヌクレオチドまた
は領域におけるよりも、−重鎖ポリヌクレオチドまたは
領域において少なくとも中位多い残基の修飾を生じる。
ポリヌクレオチド・プローブ分子の一本鎖領域修飾後、
多くのラベルのいずれもを、liI記のように、試料と
雑種分子形成前または後に修飾分子へ結合させることが
できる。いくつかの−重鎖特異反応は保護残基の修飾制
限をもたらせるが、プローブ領域の雑種分子形成が著し
く損なわれるほどではなく、換言すれば、プローブ領域
は実質的にラベル分)を含まずに残る。好ましくは、非
プローブ領域残基はビオチニル化により修飾され。
ラベル分子はアビジンおよび検出可能部よりなる。
好ましくは、アビジンは酵素と複合している。
一本鎖特毘的修飾方法は公知である。例えば。
マクマスターら、プロシーディンゲス・オブ・ナシヨナ
ル・アカデミ−・オブ・サイエンス(McMa s t
 e reta+、、 Proc、 Natl、 Ac
ad、Sci、)74 : 4835〜4838(19
77)は−重鎖ポリヌクレオチドのグリオキシル化を開
示している。グリオキサールは主にグアニジン残基に結
合する。得られたポリヌクレオチド環状ジオールを水性
溶液中、室温にて過ヨウ素酸ナトリウムで開裂して、ポ
リヌクレオチド上に複数の反応性ジアルデヒドを形成さ
せることができる。このポリヌクレオチドアルデヒドは
、例えば、トリチウム化水素化ホウ素ナトリウムと反応
させてトリチウム化ラベルを生成させることができ、あ
るいは水素化ホウ素ナトリウムの存在下、カダベリンの
ようなジアミノと反応させて1級アミノを生じさ吐るこ
とがてきる。このような1級アミノは、例えば、ビオチ
ニルN−ヒドロキシスクシンイミドエステルと反応させ
、ビオチン・ラベル・プローブを得ることかできる。
前記の方法の簡略法においては、アジピン酸ジヒドラジ
ドのようなジアミノを、ます1例えば、スルホスクシン
イミジルビオチン(ピアース・ケミカルtt(Pier
ce  Cbemical  Co1pany ))で
ビオチンと結合させる。得られたアミノ−ビオチンは1
亘接、過ヨウ素酸塩酸化、グリオキシルDNAに添加で
きる。
好ましい一本鎖特異的修飾法はバイサルファイド触媒ア
ミ7基転移である。ドレイパー、ニュータレイックφア
シッズーリサーチ(Draper、Nucl。
Ac1ds Res、) 12 : 989 (198
4)はこの方法を用いる修飾−重鎖RNAを報告してい
る(後記実施例3廖照)。
ヘテロニ官能性基も、−重鎖DNAまたはラベルによる
修飾一本5DNAの架橋に用いることができる。−例は
4−アジドフェニルグリオキサールで、これは温和な条
件下、一本鎖核酸中のグアノシンと相互作用する。この
ようにして、DNA上に導入されたアジド官能基を蛋白
質、例えば、紫外線の存在下におけるアルカリ性ホスフ
ァターゼおよびフルオレセイン化血清アルブミンと反応
さぜで核酸のラベルを行なう(ポリツクら、バイオケミ
ストリー(Po1icz 、 et al。Bioch
em、 )30:372(1981)#照〕。
他の一本鎖特異的修飾法は公知である。本発明のプロー
ブの製造においては、必要性および便利さに基いて、こ
れらの方法を適宜、容易に選択できる。修fIIi法の
例は、例えは、アカデミツク・プレス社のビイ・トソに
よる「核酸化学における基本原理」第H巻、(’Ba5
ic Pr1nciples  in Nucleic
Acld  Chernistry’、Volume[
、Academic  Press。
1974)、ことに、ディ・エム・ブラウン(D。
M、Brown )による2〜90頁に記載されている
修飾し、所望により、ラベル後、反応体を除去し、保護
プローブ領域を公邸の方法で変性し、これにより、プロ
ーブ領域を相補性標的配列にアニールする。
この一本鎖特異性化学の新規な適用の土な利点は、コウ
リルスキーら(Kourilsky et al )の
英国特許第2019408号に開示されている方法を含
め、プローブのラベル用の従来の酵素法と比較して、プ
ローブのラベルが容易かつ効率よく行なわれることであ
る。この方法はスケール・アップが非常に容易である。
一本鎖特異性化学修飾法により調製されたプローブは、
ラベルの存在がプローブ領域の標的配列との雑種分子形
成を有意に干渉しないので有利であり、したがって、そ
のような雑種分子形成が非常に効率的になる。さらに、
一本鎖特異的修飾は非プローブ領域の全塩基の80〜9
0%までのラベルにも使用できるが、従来の方法ではそ
のような広範囲のラベルがプローブ領域の雑種形成を許
容しえないほどに干渉し、はなはだ高価になりうる。す
なわち5本発明のプローブにおいては、雑種形成後の検
出用により多くのラベルを存在させることができる。非
プローブ領域の塩基の修飾も非プローブ領域の非特異性
水素結合を最少にすることによりバックグラウンドを減
少させ、ヌクレオチドの作用によるような分解に対して
プローブを安定化させる。本発明のプローブは、ワード
ラ(Ward etal、)のEP−A−63879号
に開示されているような、雑種形成の干渉を最少にする
位置のみでラベルされる必要はない。事実、他の位置の
ラベル付けはバックグラウンド雑種形成を、ことに、非
プローブ領域と相補性でありうる天然のゲノム様物質ま
たは核酸遺伝子生成物との雑種形成をさらに減じる。
本発明のプローブはキットとして包装するのに適シてお
り、キットは、単にプローブを含有する緩衝溶液のよう
な容器からなるものでもよく、あるいは、本発明のプロ
ーブを使用するのに有用な、別々の容器に入った種々の
成分からなっていてもよい。キットの成分はプローブの
!]的とする用途およびラベル分)の選択に存在する。
このようなキットはプローブおよび、ラベル分子(プロ
ーブが予めラベルされていない場合)、標的配列の雑腫
形成、検出および/または定置を可能にrる試薬および
月利、検出前に標的配列を操作するための試薬および材
料のような他の試薬からなることもできる。このような
キットは、例えば、ビオチンで修飾され、ヒト・サイト
メガロウィルスに特異的な配列のようなDNAまたはR
NA配列用の本発明のプローブおよび、アビジン・アル
カリ性ホスファターゼまfこは複合ペルオキシダーゼの
ような、雑種形成したプローブ分)と結合あるいは液分
)を検出するような酵素のごときラベル分子からなるこ
とができる。さらに、ラベル分子の存在を検出する。該
酵素用の基質、好ましくは、比色用基質のごとき試薬も
、別の容器に入れてキットに包含させることができる。
このような試薬には1例えば、ラベルがアルカリ性ホス
ファターゼの場合、ニトロブルー・テトラゾリウムの5
0%N、N−ジメチルホルムアミド−水中溶液および′
5−ブロモ%4−クロロ、3−インドリルホスフェート
のジメチルホルムアミド中溶液が包含される。
あるいは、プローブはビオニチル化およびアビジン酵素
複合体の結合により、予めラベルすることもでき、この
場合、キットには1つの容器に入れたプローブおよび他
の容器に入れたラベル分子・の存在を検出するための試
薬を包含させることができる。標準試薬および/または
標的配列に結合した特定のプローブの量を正確に定置す
るための装置も包含させることができる。より精巧なキ
ットは髄膜炎または性病のような病状の2J2+、上の
共通した原因物質に特異的なラベルしたプローブからな
ることもできる。ラベル分子および基質に加え、このさ
らに複雑なキットには異なった標的配列用の複数の異な
ったプローブを包含させることもできる。このようなキ
ットは感染性物質の同定ならひに感染性物質のサブクラ
スへの分類を可能とする。このような、さらに複雑なキ
ットは、さらに、標的配列のさらに詳細な分析に有用な
装置および試薬からなる。例えば、家族性遺伝的障吉ま
たは他のいずれの遺伝的特性または幀向の分析も患者か
らの染色体DNAの制限およびケル電気泳動分析により
検査できる。このようなキットには、制限酵素、制限酵
素緩衝液、電気泳動マトリックス(例えば、アガロース
およびアクリルアミド)ならびに、制限分析前の細胞溶
解およびそれからの核酸抽出用試薬のような染色体D 
N 、A A製用の他の試薬を包含させることができる
。前記のキットの組成物は説明のための具体例にすき゛
す、他の試薬および材q 11らひに試薬および祠、何
の組合せは当業苦に明らかである。
実施例 つぎに実施例を挙げて本発明をさらに詳しく説明するか
、これらに限定されるものではない。
実施例1 一重鎖特毘的修飾 グリオキシル化ニー木調Ml 3CA2DNA(Q、 
I M N a P 04251’ll中、25 μg
、 PH7,0)を、ジメチルスルホキシド変性を用い
ない以外は実質的にマクマスターら、プロシーディンゲ
ス・オブ・ナショナル・アカデミ−・オブ・サイエンス
(McMaster et al、、 Proc、 N
atl、 Acad、 Scす74 : 4835〜4
838(1977)の記載に従って、115容のグリオ
キサールの脱イオン化6M水性溶液と、50℃で1時間
反応させる。反応混合液を、氷1@ N a P 04
緩衝液(pH7,0)の添加により100μeに希釈す
る。得られた修飾、すなわち、グリオキシル化DNAを
、o、 I M NaPO4(pH7,0)中、セフ7
デツクス(5ephadex )G −50ゲル()r
ルマシア(Plxarmacia) )の1 ml床を
通ず遠心溶出で精製する。
過ヨウg m 1M 開裂:エルセピア/ノース・ホー
ランド・バイオメディカル・プレス社、ナツプら編、ウ
ィルソンら著、「免疫螢光および関連染色技術j(Wi
lson et al、、 Irrmurrofluo
resenceand  Re1ated   Sta
ining  Techniques  、  cd、
’byKnapp etal。 1 g 7 B 、 
 Elsevier /North1(oJJand 
 BiomedicaJ  Press ) 215〜
224頁(1978年〕の記載に実質的に従って、過ヨ
ウ素酸塩開裂により、グリオキシル化DNA20μgを
反応性アルデヒドDNAに変える。N□PO4緩衝液(
pF−17,0) 90 tte中、該DNAに50℃
で1.0Mメタ過ヨウ素酸ナトリウム(Narn 10
4 ) 10μeを加え、時々振とうしながら、室温(
21℃)で30分間インキュベートする。アルデヒドD
NAを含有する反応混合液を、101MNaPO4(P
I’−T7.O) 500wlづつを3回変更しながら
、これに対して4℃で一夜透析する。
ジアミノ付加:カダベリン(l、5−ジアミノペンタン
〕を、前記ウィルソンらの記載する過ヨウ素酸塩酸化糖
蛋白酵素、例えば、ペルオキシダーゼをイムノグロブリ
ンG分子の6−アミノ基へ複合させるために用いた方法
で該アルデヒドDNAに結合させる。カダベリンを含有
しない塩基を0.5M Na82PO4で濃度IMに希
釈する。カタベリン濃度10μeを、アルデヒドI)N
AIQμgを含有する0、1M NaPO4(PH7,
0)90μeに加える。
21℃、pH12,0で2時間シッフ塩基の形成を進行
させ、ついで、0.5 M NaOH中、0.25MN
aBH415μeての還元により、結合を共有結合に変
える。4℃で2時間後−20rnM Na P O,i
、2mMエチレンジアミノ四酢酸酢酸塩CpH7)中。
P−60樹脂(ハ(オラ)−(BioRad) )の4
.5 mlカラム上、少量の試薬からDNA生成物を除
外クロマトグラフィー分離により、還元を終了させる。
除外した物質(カダベリン−ラベルDNA)、p含有す
るフラクションを溜め、30mMl−リエタノールアミ
ノ酢酸塩(pH7,6,TE A )に対して透析し、
乾燥セファデックスG−200ゲル(ファルマシア)に
対して透析して濃縮する。
ビオチニル化:レーリーら、プロシーディンゲス・オブ
・ナショナル・アカデミ−・オブ・サイx :/ス(L
eary  et al、、 Proc、Natl、 
Acad、Scj+)80:4045〜4049 (1
983)のアルカリ性ホスファターゼのビオチン・ラベ
ルのための方法により、カダベリン−ラベルD、NAの
入手てきるアミノを実質的にビオチニル化する。ビオチ
ニル化ε−アミノカプロン酸N−ヒドロキシスクシンイ
ミドエステル(IIA−CS E ) (例えは、カス
ゾロら、クリニカル・ケミストリー(CIin。
Chem、)25:1572〜1580(1979)参
照)をN、N−ジメチルホルムアミドに溶解して、BA
CS Eの20■/ II溶液を調製する。この溶液の
2μeを、4℃でおだやかに攪拌しながら、30分間隔
で2回、3 QmM TEA150μe中、該−fミノ
DNA1,5μgに加える。、2.’5時間後、トリス
−グリシン緩衝液(0,1Mトリス、58τ9.’tl
グリシン、pH7,9)10μe の添加により反応を
終了させる。ビオチニル化DNAを、前記と同様にP−
60ffL!脂上で除外クロマトグラフィーにより精製
する。ビオチン含有フラクションは、各フラクション1
μaをジエチルアミノエチルポットし、前記のレーリー
らの比色アルカリ性ホスファターゼ分析で同定する。
生成物(〈3μg〕は、塩基加水分解に対する抵抗、ア
ガロース・ゲル移動度、紫外線吸収スペクトルおよび、
前記レーリーらの方法に従ったアビジン酵素複合体結合
能により、一本鎖ビオチ.mJlz化DNAであること
を確認した。
以上は一本鎖特異反応による化学修飾DNAの方法の一
具体例である。この方法は,公知の方法によりプローブ
領域の雑種形成によりプローブ領域を選択的に保護し、
ついで、前記のように一本鎖特異的化学法を採用するこ
とによるポリヌクレオチド・プローブのラベルに使用で
きる。前記の具体的に説明した化学修飾法を,保護プロ
ーブ領域を有するポリヌクレオチドに適用するには、ジ
アミノ付加工程はPH12 よりも温和なpH、例えば
、pH約8〜9にて、例えば、カダベリン遊離塩基を、
INHc/でpH約9.5まで滴定し,NaBH4の中
性溶液に用いることにより行なう。
このプローブは公知の方法による研究用,臨床または工
業試料中の特定のヌクレオチド分子の検出に使用され,
これには雑種分子形成前または後のラベル付り、標識配
列とプローブとの雑種分)形成が包含される。
実施例2 LT’プローブの比較 本発明のプローブR+、修飾されていない第2のプロー
ブ(B]、およびプローブおよび非プローブ領域が修飾
された第3のプローブ(C)を、t’l]補性を有しな
い第1のテストDNA、プローブ領域に相補性ヲ有スる
第2のテストI)NAおよび非プローブ領域に相補性を
有する第3のテス1−DNAと雑種分子形成させて比較
する。
プローブを修飾する前に、つぎのように32pでラベル
して雑種形成の比較を可能にする。イー・コリ(E、 
coli )熱不安定性トキシン(LT)の蛋白(75
0塩基)を含む一本鎖M13N)NA環(M13プロー
ブ1)を、5QmM)リスHC4!(pH7,5)、5
 rr+M MgCe2 、o、 05 ”f// 1
ullウシ血清アルブミン100μe中、0℃にてDN
Aアーゼ1 (12,5ng)で消化して線状にする。
ついて、ガニ/732P −d ATI’およびポリヌ
クレオチド・キナーゼを用いる標準的方法(例えば、ニ
ュー ヨーり州、コールド・スプリングハーバ−、コー
ルド・スプリング・ハーバ−・ラボラトリ−、マニアチ
スらfL1982%モレキュラー・クローニング、ラホ
ラトジ一番マニュアル(Maniaciset al。
eds、l 982 、 Mo1ecular  Cl
oning 、 ALaboratory  Manu
al、  Co1d  Spring  l−1abo
rLaboratory、 Co1d  Spring
  Harbor、  N 、 Y 、 )参照)によ
り、該1) N Aの5末端を32Pでラベフ ルする。得られたDNAはI X 10  dpm/p
g(D比 放射能を有し、イー・コリネ安定性トキシン
(LT)遺伝子の一部を表わす配列(プローブ領域)を
含む。
プローブ領域の保護、32P−ラベルM13プローブ1
DNAlμgを、M13プローブ1中のプローブ領域を
相補する領(750塩基)を含む一本鎖M13DNA環
(M13プローブ2)1μgと混合する。混合物を0.
1. M NaPO4緩衝液(pH7,0)25μe中
、65℃で10分間加熱し、50℃で1時間アニール(
もしくは雑種形成)させ、プローブ領域の二本鎖形を生
じさせ、非プローブ領域は実質的に一本鎖に残しておく
修飾:前記のようにして生じたプローブDNA混合物9
. Q、 l M NaPO4(P” 7.0 )中、
緩衝液のみ、2Mグリオキサールまたは2Mグリオキサ
ール+50%DMSOで処理し、各々、[AI  非修
飾ポリヌクレオチド・プローブ、FBI  非プローブ
領域のみ修飾されたプローブ。
または (C1非プL1−ブおよびプローブ領域両方が修飾され
たプローブ を得る。
雑種形成テスト:レーリーら、プV]シーデインダス・
オブ・ナショナル・アカデミ−・オブ・す(エン7、 
(Lcary  ct al、、 Proc、 Nat
l、Acad+SC’−) 80 : 4045〜40
49(1983)と同様に、加熱変性およびニトロセル
ロース・フィルター」二、50%ホルムアミドを含有す
る雑秤形成緩衝液1 ttti当り、プローブI)NA
25μgを用いる雑種形成により、プローブA、Bおよ
びCを5つのテストI)NA(1=ツト・プロット)と
雑種形成させる。2つのプローブA、1つのプローブB
および1つのプローブC(各5μg〕を各テスト1)N
  A の各    −−−−二11巳tF5 ハg、
   1ng、o、2ng、40 pgおよびspgと
雑種形成させる。テス)DNAをつぎの表に示す。
雑種形成は42℃で17時間行ない、ついで、フィルタ
ーを洗浄し、コダック(Kodak) X −A RX
線フィルムに暴露し、放射性プローブDNAを結合した
試料を同定する口 雑種形成実験結果をつぎの表にまとめる。表中、(−)
は雑種形成検出せず、c”)は非常に強い雑種形成、(
+)および(4+)は、各々、弱い雑種形成および強い
雑種形成を示す。(プローブBは本発明のプローブであ
る。プローブAは非修飾、プローブCは全ての領域が修
飾されている。
表に示すごとく、非修飾ポリヌクレオチド・プローブで
あるプローブAはテストDNA4と非″潜に強く、テス
トDNA2および3と強く、また、テス)DNAIおよ
び5と弱く雑種形成する。
非プローブ領域で修飾されているポリヌクレオチド・プ
ローブであるプローブBは、非修飾プローブと実質的に
同程度にテストDNA3と強く雑種形成する。テス)D
NA4との雑種形成においては約100倍もの減少が観
察される。I)NAI’。
2または5に対する雑種形成は見られない。全ての領域
で修飾されているポリヌクレオチド・プローブであるプ
ローブCはいずれのDNAに対しても顕著な雑種形成を
示さず、ただ、DNA4に対しては非常に弱い雑種形成
をする。
このように、一本鎖特異性修飾は、標的配列との雑種形
成についてのプローブ領域の能力は維持し、かつ、非プ
ローブ領域相補配列または関係のな゛い配列との非特異
的雑種形成を約2オーダー程度低下させる。
実施例3 ヒトβ−グロブリン遺伝子プローブの調製ヒトβ−グロ
ブリン遺伝子に特異的な本発明のプローブを、本発明の
方法を用いてパブテン、ジニトロフェノール(DNP)
でラベルスル。
プローブ領域の保護:β−グロブリン遺伝子と相補する
131o塩基を含有する一本鎖M13プローブIDNA
(M13株mP 1017 )の85μgを、10mM
エチレンジアミノ四酢酸塩(EDTA ) (pHs、
o )、0.6 M NaCe  オヨUO,06Mク
エン醇ナトリウムを含有する溶液0.4ゴ中、一本鎖M
13プローブ2DNA(M13株mP1135)85μ
gと混合する。混合物を100℃で2分間加熱し、65
℃で3!Iv間雑種形成させる。得られた保護プローブ
DNA、pエタノールで2回沈降させて精製し、最後に
lQmMN a P 04.1.0mM EDTA(p
H7,0)0.16ynlに溶解する。
修飾:保護プローブD N A ヲドレーパー、ヌクレ
イツク・アシツズーリサーチ(Draper 、 Nu
cl。
AcjdsRes、)  12:989(1984)に
記載される方法に実質的に従い、以下のようにしてエチ
レンジアミノによるバイサルファイド触媒アミノ基転移
により修飾する。
1) N A混合物50 Ill!をNa2S2051
59Mおヨヒエチレンジアミノ2.8Mの溶液(pH6
,0)0、45 mlと混合する。混合液を42℃で1
.5時間インキュベーションし、 氷N する。Q、 
5 N Na0I−160μeを添加してpHを8〜8
.5に調製し、氷−ヒて30分間インキュベーションを
つつける。30mMトリエタノールアミノ緩衝液(pH
7,6) ニ対して透析して反応体からエチレンアミノ
・ラベルDNAを分離する。
DNPハプテンのアミノ付加物との共有結合を。
DNP−N−ヒドロキシスクシンイミドエステル25〜
をジメチルホルムアミド0.5 tttlに溶解し。
この試薬lOμeを透析したアミノ・ラベルDNA0、
6 mlに加え、室温で1時間インキュベーションする
ことにより完了する。ついで、このDNPラベルDNA
を、等容量のクロロホルム−インアミルアルコール(2
4:1)で6回抽出し、水相をエタノールで沈降させる
ことにより5反応体から分層する。最終の黄色DNA沈
澱を10 mM ト!JスHC1,1mM  EDTA
(pH7,5)100 tteに溶解する。DNP−N
−ヒドロキシスクシンイミドエステルの代すにビオチニ
ル−アミノカプロイル−N−ヒドロキシスクシンイミド
エステルヲ用いて、同様にして、ビオチン・ラベルDN
Aプローブを調製するう 雑種形成テスト:プローブと標的DNAを混合し、標準
的な雑種形成条件下でインキュベーションした後、アガ
ロースゲル中での電気泳動移動度における変化で雑種形
成を測定する。DNPラベル・プローブは、ヒトβ−ク
ロプリン遺伝チ配列(ツクマキら、セ/I/ (Fuk
umaki ec al、、 Ce1l)23:585
)を含有するプラスミド(PTIBC6)と雑種形成す
る力ζプローブの非プローブ領域に相補するDNA試料
とは雑種形成しない。
DNPラベラベプローブの検出:DNPラベルD N 
A r、y Q、 5 M  N a Ce、0.06
 M  りX’J酸ナトリウム中で系列的に希釈し、二
1・−ハンプシャー州、−j−−ン、シュライバー・ア
ンド・シュエルのマニホールド・スロット−プロット装
置(Manifold  ’ 5lot −BloL”
 apparatus (Schleicherand
  5chuell、 Kcene 、 New Ha
+npshire ))を用い、ニトロセルロース・フ
ィルター・シートに結合させる。チェ7ら、プロンーデ
インクス・オフ・ナショナル・アカデミ−・メブ・サイ
エンス・オブーユ−、x x (Tchen  et 
al+、 Proc、 Natl。
Acad、 Sci、 U、S、) 81 : 346
6(1984)の他のハプテン(AAIF)によるD 
N A 鰹節についての記載に実質的に従い、DNI’
に対する抗血清(ミズーリ州、セントルイス、ゲートウ
ェイ・イムノセラ・カンパ= −(Gateway  
InynunoseraCo、、 St、 Louis
、 Mo+)およびアルカリ性ボスファターゼ複合ヤギ
抗ウサギIgG  (ペンシルベニア什1、コクランビ
ル、カッペル・ラボラドリース(Cappel  La
bs、、 Cochranville 、 PA)を用
いてI) N PラベルDNAの位置を決定する。DN
PラベルDNAの501g以下の検出感度が得られた。
以上1本発明の好ましい具体例について説明したが、本
発明の只想を逸脱しない範囲で種々の変形を加えること
ができ、それらも本発明範囲のものである。
特許出願人  スミスクライン・ベックマン・コーポレ
イション

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 (1)一本鎖ポリヌクレオチド内のプローブ領域を、該
    ポリヌクレオチドの修飾前に該プローブ領域と相補配列
    との雑種形成により選択的に保護することを特徴とする
    ポリヌクレオチド雑種形成プローブの調製法。 (2)該一本鎖ポリヌクレオチドを、プローブ領域の選
    択的保護前に直接的または間接的に固体担体に結合させ
    る前記第(1)項の調製法。 (3)プローブ領域を選択的に保護した後、アミノ基転
    移によりプローブを修飾する前記第(1)項の調製法。 (4)プローブ領域を選択的に保護した後、ビオチニル
    化によりプローブを修飾する前記第(1)項の調製法。 (5)検出可能部に複合したアビジンからなるラベルで
    修飾残基をラベルする前記第(4)項の調製法。 (6)プローブ領域がヒトDNAまたはRNA配列ある
    いはヒト病原体または一群のヒト病原体に特有な核酸配
    列に対して相補性である前記第1項の調製法。 (7)プローブ領域が非ヒトDNAまたはRNA配列あ
    るいは非ヒト病原体または一群の非ヒト病原体に特有な
    核酸配列に対して相補性である前記第(1)項の調製法
    。 (8)プローブ領域が組換型DNA生成物の製造に用い
    る宿主細胞またはベクターに特有なDNAまたはRNA
    配列に対して相補性である前記第(1)項の調製法。 (9)プローブがその中にプローブ領域を有する一本鎖
    ファージDNAまたはRNAである前記第(1)項の調
    製法。 (10)一本鎖ファージDNAまたはRNAがM13D
    NAである前記第(9)項の調製法。 (11)一本鎖ポリヌクレオチドをプローブ領域の選択
    的保護前に固体担体に直接的または間接的に結合させる
    前記第(10)項の調製法。 (12)プローブ領域の選択的保護後、アミノ基転移に
    よりプローブを修飾する前記第(10)項の調製法。 (13)プローブ領域の選択的保護後、ビオチニル化に
    よりプローブを修飾する前記第(10)項の調製法。 (14)検出可能部に複合したアビジンからなるラベル
    で修飾残基をラベルする前記第(13)項の調製法。 (15)プローブ領域がヒトDNAまたはRNA配列あ
    るいはヒト病原体または一群のヒト病原体に特有な核酸
    配列に対して相補性である前記第(10)項の調製法。 (16)プローブ領域が非ヒトDNAまたはRNA配列
    あるいは非ヒト病原体または一群の非ヒト病原体に特有
    な核酸配列に対して相補性である前記第(16)項の調
    製法。 (17)プローブ領域が、組換型DNA生成物の製造に
    用いる宿主細胞またはベクターに特有なDNAまたはR
    NA配列に対して相補性である前記第(10)項の調製
    法。 (18)非プローブ領域がラベル分子との結合のために
    選択的に修飾されたポリヌクレオチド雑種形成プローブ
    。 (19)修飾残基に結合したラベル分子を有する前記第
    (18)項のプローブ。 (20)プローブがアミノ基転移により選択的に修飾さ
    れた前記第(18)項のプローブ。 (21)プローブがビオチニル化により選択的に修飾さ
    れた前記第(18)項のプローブ。 (22)修飾残基が、検出可能部に複合したアビジンか
    らなるラベルでラベル付けされる前記第(21)項のプ
    ローブ。 (23)プローブ領域がヒトDNAまたはRNA配列あ
    るいはヒト病原体または一群のヒト病原体に特有な核酸
    配列に対して相補性である前記第(18)項のプローブ
    。 (24)プローブ領域が非ヒトDNAまたはRNA配列
    あるいは非ヒト病原体または一群の非ヒト病原体に特有
    な核酸配列に対して相補性である前記第(18)項のプ
    ローブ。 (25)プローブ領域が組換型DNA生成物の製造に用
    いる宿主細胞またはベクターに特有なDNAまたはRN
    A配列に対して相補性である前記第(18)項のプロー
    ブ。 (26)その中にとり込まれたプローブ領域を有する一
    本鎖ファージDNAまたはRNAからなる前記第(18
    )項のプローブ。 (27)一本鎖ファージDNAまたはRNAがM13D
    NAである前記第(26)項のプローブ。 (28)修飾残基に結合するラベル分子を有する前記第
    (27)項のプローブ。 (29)プローブがアミノ基転移で選択的に修飾されて
    いる前記第(27)項のプローブ。 (30)プローブがビオチニル化で選択的に修飾されて
    いる前記第(27)項のプローブ。 (31)修飾残基が、検出可能部に複合したアビジンか
    らなるラベルでラベルされる前記第(30)項のプロー
    ブ。 (32)プローブ領域がヒトDNAまたはRNA配列あ
    るいはヒト病原体または一群のヒト病原体に特有な核酸
    配列に対して相補性である前記第(27)項のプローブ
    。 (33)プローブ領域が非ヒトDNAまたはRNA配列
    あるいは非ヒト病原体または一群の非ヒト病原体に特有
    な核酸配列に相補性である前記第(27)項のプローブ
    。 (34)プローブ領域が組換型DNA生成物の製造に用
    いる宿主細胞またはベクターに特有のDNAまたはRN
    A配列に対して相補性である前記第(27)項のプロー
    ブ。 (35)前記第(18)項のプローブからなるキット。 (36)前記第(19)項のプローブからなるキット。 (37)さらに、別容器中のラベル分子からなる前記第
    (35)項のキット。 (38)さらに、別容器中の、ラベル分子存在検出用試
    薬からなる前記第(36)項のキット。 (39)さらに、別容器中の、ラベル分子存在検出用試
    薬からなる前記第(37)項のキット。 (40)プローブがアミノ基転移により選択的に修飾さ
    れている前記第(37)項のキット。 (41)プローブがビオチニル化により選択的に修飾さ
    れ、ラベル分子が酵素に複合したアビジンである前記第
    (37)項のキット。 (42)プローブ領域がヒトDNAまたはRNA配列あ
    るいはヒト病原体または一群のヒト病原体に特有な核酸
    配列に対して相補性である前記第(35)項のキット。 (43)プローブ領域が非ヒトDNAまたはRNA配列
    あるいは非ヒト病原体または一群の非ヒト病原体に特有
    な核酸配列に対して相補性である前記第(35)項のキ
    ット。 (44)プローブ領域が組換型DNA生成物の製造に用
    い、宿主細胞またはベクターに特有のDNAまたはRN
    A配列に対して相補性である前記第(35)項のキット
    。 (45)プローブがプローブ領域をとり込んだ一本鎖フ
    ァージDNAまたはRNAである前記第(35)項のキ
    ット。 (46)一本鎖ファージDNAまたはRNAがM13D
    NAである前記第(44)項のキット。 (41)プローブがアミノ基転移により選択的に修飾さ
    れている前記第(46)項のキット。 (48)非プローブ領域がビオチニル化により選択的に
    修飾されている前記第(46)項のキット。 (49)さらに、別容器中の、ラベル分子として用いる
    酵素に複合したアビジンからなる前記第(46)項のキ
    ット。
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