JPH11504220A

JPH11504220A - 診断剤および治療剤のためのヘリコバクター・ピロリに関連する核酸およびアミノ酸配列

Info

Publication number: JPH11504220A
Application number: JP9501519A
Authority: JP
Inventors: スミス，ダグラス; ベルイリンド，ウー・トマス; メツルイエード，ビヨルン・エル
Original assignee: アストラ・アクチエボラーグ
Priority date: 1995-06-07
Filing date: 1996-06-06
Publication date: 1999-04-20
Also published as: EP0842270A4; CA2223395A1; HUP9900766A3; AU6327896A; NZ311874A; CN1186516A; CZ388697A3; AU710880B2; KR19990022600A; IS4630A; PL324826A1; BR9609430A; EE9700373A; HUP9900766A2; RU98100081A; EP0842270A1; TR199701538T1

Abstract

(57)【要約】ヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替えまたは実質的に純粋な調製物について説明されている。また、該ポリペプチド類をコード化する核酸類についても説明されている。ヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類は診断法およびワクチン組成物にとって有用である。

Description

【発明の詳細な説明】診断剤および治療剤のためのヘリコバクター・ピロリに関連する核酸およびアミノ酸配列発明の背景ヘリコバクター・ピロリはグラム陰性のＳ字形をした好気性マイクロバクテリアであり、人の胃の生検試料から発見され培養された(Warren．J.R．および B． Marshall,（1983）Lancet 1:1273-1275;および Marshall et al.,（1984）Micro bios Lett．25:83-88)。ヘリコバクター・ピロリは慢性胃炎および十二指腸潰瘍の病気に強力に結びついていた(Rathbone et．al.，(1986)Gut 27:635-641)。さらに、ヘリコバクター・ピロリが非潰瘍性の消化不良、胃潰瘍病、および胃の腺癌の病因であるという証拠が多数集まっている(Blaser M.J.,（1993）Trends Mi crobiol．1: 255-260)。バクテリアの伝染は口径伝染であり、感染の危険は年齢と共に増加する(Taylor，D.N.および M.J．Blaser.（1991）Epidemiol．Rev 13: 42-50)。ヘリコバクター・ピロリはヒトの胃の粘膜にコロニーを作り、感染を定着させ、通常は数十年も生き残る。ヘリコバクター・ピロリによる感染は世界的に流行している。先進国の感染率は成人の人口の５０％以上であるが、開発途上国の感染率は２０歳以上の成人の９０％に達している(Hopkins R.J．および J.G ．Morris（1994）Am.J.Med．97:265-277)。胃の環境にコロニーをつくることおよびこの病原体の毒性にとって必要なバクテリアの因子はよく理解されていない。推定される毒性因子の例としては下記のものが挙げられる、すなわち：尿素、胃酸のpHを中和する役割を演じているかもしれない酵素(Eaton et al.,（1991）Infect．Immunol．59:2470-2475;Ferrero ，R.L．および A.Lee(1991)Microb．Ecol．Hlth．Dis．4:121-134;Labigne et a l.,（1991）J.Bacteriol．173:1920-1931); 粘液層を横切る運動性の原因であるバクテリアの鞭毛の蛋白質(Hazell et al.,（1986）J．Inf．Dis．153:658-663; Leying et al.，(1992)Mol．Microbiol.6:2 863-2874:および Haas et al.,(1993)Mol．Microbiol．8:753-760); Vac A.上皮細胞中に細胞内空砲を形成させるバクテリア毒性(Schmitt．W．および R.Haas，（1994）Molecular Microbiol．12(2):307-319); および胃の組織に特定の複数の粘着因子(Boren et al.,（1993）Science 262: 1892-1895; Evans et al.,（1 993）J．Bacteriol．175:674-683; および Falk et al.,（1993）Proc．Natl．A cad．Sci．USA 90:2035-203)。試験管内においてヘリコバクター・ピロリの感染を根絶する多数の治療剤を現在入手することができる(Huesca et．al.，(1993)Zbl.Bakt.280:244-252; Hopki ns，R.J．および J.G．Morris．supra)。しかし、これらの治療の多くは、バクテリアの耐性、薬剤の販売法の変更、患者の非協力、または薬剤の入手が十分でないなどの理由により生体内で最適状態で効果を上げることができない(Hopkins ．R.J．および J.G．Morris，supra)。ビスマスと組み合わせた抗生物質での治療はヘリコバクター・ピロリ感染を治療するのに使用する標準的な養生法の一部である(Malfertheiner，P．および J.E.Dominguez-Munoz(1993)Clinical Terape utics 15 Supp．B: 37-48)。最近、プロトン・ポンプ阻害剤と単一の抗生物質とを組み合わせたものが十二指腸潰瘍の病気を改善することが明らかにされた(Mal fertheiner．P．および J.E．Dominguez-Munoz supra)。しかし、抗生物質剤を使用する方法はこれらの薬剤に耐性を有するバクテリアの菌株を発生させるという問題が起こる(Hopkins．R.J．および J.G．Morris，supra)。これらの制限は生体内におけるヘリコバクター・ピロリの感染を撲滅するために新しいさらに有効な方法が必要であることを実証している。特にこのバクテリアによる感染を予防する新しいワクチンの設計が嘱望されている。発明の要約本発明は新規な遺伝子、例えば、微生物ヘリコバクター・ピロリ由来のバクテリア表面蛋白質などのポリペプチド類をコード化する遺伝子、および他の関連遺伝子、その産出物およびその用途に関与するものである。本発明の核酸類およびペプチド類はヘリコバクター・ピロリおよび他のヘリコバクター種の診断および治療に利用できる。また、試料中にヘリコバクター・ピロリおよび他のヘリコバクター種が存在するかを検出するために使用できるし、ヘリコバクター・ピロリの生活サイクルを妨害するまたはヘリコバクター・ピロリ感染を抑制する能力について化合物を検査するために使用できる。さらに特定して、本発明は、例えば表面蛋白質または分泌蛋白質またはその一部、ヘリコバクター・ピロリ蛋白質由来のmRNAをブロック蛋白質翻訳へ結合することのできる核酸類などのヘリコバクター・ピロリの蛋白質の全体の遺伝暗号を指定する配列に対応する核酸類の組成物類、およびペプチド合成および組み換えDNA技術を使ってヘリコバクター・ピロリ蛋白質またはその一部を生成する方法を特徴とする。本発明はまたヘリコバクター・ピロリ感染を検出するためのプローブとして有用である抗体類および核酸類を特徴とする。さらに、ヘリコバクター・ピロリの感染予防または治療のためのワクチン組成物およびその方法も本発明の範囲内である。図面の説明図１は特定のヘリコバクター・ピロリ抗原で免疫化した後のマウスの血清中の抗体の滴定濃度を示す棒グラフである。図２は特定のヘリコバクター・ピロリ抗原で免疫化した後のマウスの粘液中の抗体の滴定濃度を示す棒グラフである。図３はHEPES緩衝液に溶解した特定の抗原で行われたヘリコバクター・ピロリ感染マウスの治療用免疫化を示す棒グラフである。図４はDOCを含有する緩衝液中に溶解した特定の抗原で行われたヘリコバクター・ピロリ感染マウスの治療用免疫化を示す棒グラフである。本発明の詳細な説明一態様において、本発明はSEQ ID NO:384のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまたSEQ ID NO: 384のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの遺伝暗号を指定する実質的に純粋な核酸も包含し、このような核酸はSEQ ID NO: 1に含まれる。ここに説明した本発明のヘリコバクター・ピロリのポリペプチド配列は配列リストに含まれており、本発明のヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類をコード化する核酸類は配列リストに含まれる。別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 384 から SEQ ID NO: 389，SEQ ID NO: 391 から SEQ ID NO: 400， SEQ ID NO: 402 から SEQ ID NO: 406，SEQ ID NO: 408，SEQ ID NO: 411 から SEQ ID NO: 412，SEQ ID NO: 414 から SEQ ID NO: 430，SEQ ID NO: 432 から SEQ ID NO: 434，SEQ ID NO: 436 から SEQ ID NO: 441，および SEQ ID NO: 44 3．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸は SEQ ID NO: 1からSEQ ID NO: 50までに含まれている： SEQ ID NO: 384 から SEQ ID NO: 389，SEQ ID NO: 391 から SEQ ID NO: 400， SEQ ID NO: 402 から SEQ ID NO: 406，SEQ ID NO: 408，SEQ ID NO: 411から S EQ ID NO: 412，SEQ ID NO: 414 から SEQ ID NO: 430，SEQ ID NO: 432 から S EQ ID NO: 434，SEQ ID NO: 436 から SEQ ID NO: 441，および SEQ ID NO: 443 ．別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 444，SEQ ID NO: 446 から SEQ ID NO: 448，SEQ ID NO: 450から S EQ ID NO: 462，SEQ ID NO: 465 から SEQ ID NO: 466，SEQ ID NO: 468 から S EQ ID NO: 469，SEQ ID NO: 471 から SEQ ID NO: 473，SEQ ID NO: 475，SEQ I D NO: 478 から SEQ ID NO: 479，SEQ ID NO: 481から SEQ ID N O: 484，SEQ ID NO: 486，SEQ ID NO: 488 から SEQ ID NO: 501，および SEQ I D NO: 503 から SEQ ID NO: 506．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 51からSEQ ID NO: 100までに含まれている： SEQ ID NO: 444，SEQ ID NO: 446 から SEQ ID NO: 448，SEQ ID NO: 450 から SEQ ID NO: 462，SEQ ID NO: 465 から SEQ ID NO: 466，SEQ ID NO: 468 から SEQ ID NO: 469，SEQ ID NO: 471 から SEQ ID NO: 473，SEQ ID NO: 475，SEQ ID NO: 478 から SEQ ID NO: 479，SEQ ID NO: 481 から SEQ ID NO: 484，SEQ ID NO: 486，SEQ ID NO: 488 から SEQ ID NO: 501，および SEQ ID NO: 503 から SEQ ID NO: 506．別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 509 から SEQ ID NO: 510，SEQ ID NO: 512 から SEQ ID NO: 514， SEQ ID NO: 516，SEQ ID NO: 518 から SEQ ID NO: 520，SEQ ID NO: 522 から SEQ ID NO: 525，SEQ ID NO: 527 から SEQ ID NO: 533，SEQ ID NO: 535 から SEQ ID NO: 537，SEQ ID NO: 539 から SEQ ID NO: 540，SEQ ID NO: 542 から SEQ ID NO: 544，SEQ ID NO: 546 から SEQ ID NO: 548，SEQ ID NO: 550，SEQ ID NO: 553 から SEQ ID NO: 556，SEQ ID NO: 558，SEQ ID NO: 560，SEQ ID N O: 562 から SEQ ID NO: 568，SEQ ID NO: 570，および SEQ ID NO: 572 から S EQ ID NO: 575．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸は SEQ ID NO: 101からSEQ ID NO: 150までに含まれている： SEQ ID NO: 509 から SEQ ID NO: 510，SEQ ID NO: 512 から SEQ ID NO: 514， SEQ ID NO: 516，SEQ ID NO: 518 から SEQ ID NO: 520，SEQ ID NO: 522 から SEQ ID NO: 525，SEQ ID NO: 527 から SEQ ID NO: 533，SEQ ID N O: 535 から SEQ ID NO: 537，SEQ ID NO: 539 から SEQ ID NO: 540，SEQ ID N O: 542 から SEQ ID NO: 544，SEQ ID NO: 546 から SEQ ID NO: 548，SEQ ID N O: 550，SEQ ID NO: 553 から SEQ ID NO: 556，SEQ ID NO: 558，SEQ ID NO: 5 60，SEQ ID NO: 562 から SEQ ID NO: 568，SEQ ID NO: 570，および SEQ ID NO : 572 から SEQ ID NO: 575．別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 576 から SEQ ID NO: 579，SEQ ID NO: 581 から SEQ ID NO: 583， SEQ ID NO: 585 から SEQ ID NO: 593，SEQ ID NO: 596 から SEQ ID NO: 614， SEQ ID NO: 617 から SEQ ID NO: 623，SEQ ID NO: 625，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 629 から SEQ ID NO: 631，SEQ ID NO: 633，および SEQ ID NO: 635 から SEQ ID NO: 636．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸は SEQ ID NO: 151からSEQ ID NO: 200までに含まれている： SEQ ID NO: 576 から SEQ ID NO: 579，SEQ ID NO: 581 から SEQ ID NO: 583， SEQ ID NO: 585 から SEQ ID NO: 593，SEQ ID NO: 596 から SEQ ID NO: 614， SEQ ID NO: 617 から SEQ ID NO: 623，SEQ ID NO: 625，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 629 から SEQ ID NO: 631，SEQ ID NO: 633，および SEQ ID NO: 635 から SEQ ID NO: 636 別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 638 から SEQ ID NO: 640，SEQ ID NO: 642 から SEQ ID NO: 643， SEQ ID NO: 647，SEQ ID NO: 649 から SEQ ID NO: 651，SEQ ID NO: 653 から SEQ ID NO: 661，SEQ ID NO: 663 から SEQ ID NO: 670，SEQ ID NO: 673 から SEQ ID NO: 674，SEQ ID NO: 676，SEQ ID NO: 678 から SEQ ID NO: 683，SEQ ID NO: 687 から SEQ ID NO: 692，および SEQ ID NO: 694 から SEQ ID NO: 702．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸は SEQ ID NO: 201からSEQ ID NO: 250までに含まれている： SEQ ID NO: 638 から SEQ ID NO: 640，SEQ ID NO: 642 から SEQ ID NO: 643， SEQ ID NO: 647，SEQ ID NO: 649 から SEQ ID NO: 651，SEQ ID NO: 653 から SEQ ID NO: 661，SEQ ID NO: 663 から SEQ ID NO: 670，SEQ ID NO: 673 から SEQ ID NO: 674，SEQ ID NO: 676，SEQ ID NO: 678 から SEQ ID NO: 683，SEQ ID NO: 687 から SEQ ID NO: 692，および SEQ ID NO: 694 から SEQ ID NO: 70 2．別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 705 から SEQ ID NO: 708，SEQ ID NO: 712 から SEQ ID NO: 714， SEQ ID NO: 716 から SEQ ID NO: 722，SEQ ID NO: 725 から SEQ ID NO: 730， SEQ ID NO: 732 から SEQ ID NO: 733，SEQ ID NO: 735 から SEQ ID NO: 744， SEQ ID NO: 746 から SEQ ID NO: 752，SEQ ID NO: 755 から SEQ ID NO: 757， SEQ ID NO: 759，SEQ ID NO: 761 から SEQ ID NO: 763，および SEQ ID NO: 76 7 から SEQ ID NO: 770 本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸は SEQ ID NO: 251からSEQ ID NO: 300までに含まれている： SEQ ID NO: 705 から SEQ ID NO: 708，SEQ ID NO: 712 から SEQ ID NO: 714， SEQ ID NO: 716 から SEQ ID NO: 722，SEQ ID NO: 725 から SEQ ID NO: 730， SEQ ID NO: 732 から SEQ ID NO: 733，SEQ ID NO: 735 から SEQ ID NO: 744， SEQ ID NO: 746 から SEQ ID NO: 752，SEQ ID NO: 755 から SEQ ID NO: 757， SEQ ID NO: 759，SEQ ID NO: 761 から SEQ ID NO: 763，および SEQ ID NO: 767 から SEQ ID NO: 770 別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 771 から SEQ ID NO: 773，SEQ ID NO: 775，SEQ ID NO: 777，SEQ ID NO: 779 から SEQ ID NO: 784，SEQ ID NO: 786 から SEQ ID NO: 787，SEQ ID NO: 789 から SEQ ID NO: 792，SEQ ID NO: 794，SEQ ID NO: 796，SEQ ID N O: 798 から SEQ ID NO: 805，SEQ ID NO: 807 から SEQ ID NO: 811，SEQ ID N O: 813 から SEQ ID NO: 819，SEQ ID NO: 821 から SEQ ID NO: 822，SEQ ID N O: 824 から SEQ ID NO: 826，SEQ ID NO: 828 から SEQ ID NO: 832，および S EQ ID NO: 835．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸は SEQ ID NO: 301からSEQ ID NO: 350までに含まれている： SEQ ID NO: 771 から SEQ ID NO: 773，SEQ ID NO: 775，SEQ ID NO: 777，SEQ ID NO: 779 から SEQ ID NO: 784，SEQ ID NO: 786 から SEQ ID NO: 787，SEQ ID NO: 789 から SEQ ID NO: 792，SEQ ID NO: 794，SEQ ID NO: 796，SEQ ID N O: 798 から SEQ ID NO: 805，SEQ ID NO: 807 から SEQ ID NO: 811，SEQ ID N O: 813 から SEQ ID NO: 819，SEQ ID NO: 821 から SEQ ID NO: 822，SEQ ID N O: 824 から SEQ ID NO: 826，SEQ ID NO: 828 から SEQ ID NO: 832，および S EQ ID NO: 835 別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 836 から SEQ ID NO: 841，SEQ ID NO: 843 から SEQ ID NO: 851， SEQ ID NO: 853，SEQ ID NO: 855 から SEQ ID NO: 857，SEQ ID NO: 859 から SEQ ID NO: 862，SEQ ID NO: 866，SEQ ID NO: 868 から SEQ ID NO: 871，SEQ ID NO: 873 から SEQ ID NO: 876，および SEQ ID NO: 879．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸は SEQ ID NO: 351からSEQ ID NO: 383までに含まれている： SEQ ID NO: 836 から SEQ ID NO: 841，SEQ ID NO: 843 から SEQ ID NO: 851， SEQ ID NO: 853，SEQ ID NO: 855 から SEQ ID NO: 857，SEQ ID NO: 859 から SEQ ID NO: 862，SEQ ID NO: 866，SEQ ID NO: 868 から SEQ ID NO: 871，SEQ ID NO: 873 から SEQ ID NO: 876，および SEQ ID NO: 879．別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 385，SEQ ID NO: 390，SEQ ID NO: 401，SEQ ID NO: 407，SEQ ID N O: 409 から SEQ ID NO: 410，SEQ ID NO: 413，SEQ ID NO: 431，SEQ ID NO: 4 35，SEQ ID NO: 442，SEQ ID NO: 445，SEQ ID NO: 449，SEQ ID NO: 463 から SEQ ID NO: 464，SEQ ID NO: 467，SEQ ID NO: 470，SEQ ID NO: 474，SEQ ID N O: 476 から SEQ ID NO: 477，SEQ ID NO: 480，SEQ ID NO: 485，SEQ ID NO: 4 87，SEQ ID NO: 502，SEQ ID NO: 507 から SEQ ID NO: 508，SEQ ID NO: 511， SEQ ID NO: 515，SEQ ID NO: 517，SEQ ID NO: 521，SEQ ID NO: 526，SEQ ID N O: 534，SEQ ID NO: 538，SEQ ID NO: 541，SEQ ID NO: 545，SEQ ID NO: 549， SEQ ID NO: 551 から SEQ ID NO: 552，SEQ ID NO: 557，SEQ ID NO: 559，SEQ ID NO: 561，SEQ ID NO: 569，SEQ ID NO: 571，SEQ ID NO: 580，SEQ ID NO: 5 84，SEQ ID NO: 594 から SEQ ID NO: 595，SEQ ID NO: 615 から SEQ ID NO: 6 16，SEQ ID NO: 624，および SEQ ID NO: 626．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸は SEQ ID NO: 881からSEQ ID NO: 930までに含まれている： SEQ ID NO: 385，SEQ ID NO: 390，SEQ ID NO: 401，SEQ ID NO: 407，SEQ ID N O: 409 から SEQ ID NO: 410，SEQ ID NO: 413，SEQ ID NO: 431，SEQ ID NO: 435，SEQ ID NO: 442，SEQ ID NO: 445，SEQ ID NO: 449，SEQ ID NO: 4 63 から SEQ ID NO: 464，SEQ ID NO: 467，SEQ ID NO: 470，SEQ ID NO: 474， SEQ ID NO: 476 から SEQ ID NO: 477，SEQ ID NO: 480，SEQ ID NO: 485，SEQ ID NO: 487，SEQ ID NO: 502，SEQ ID NO: 507 から SEQ ID NO: 508，SEQ ID N O: 511，SEQ ID NO: 515，SEQ ID NO: 517，SEQ ID NO: 521，SEQ ID NO: 526， SEQ ID NO: 534，SEQ ID NO: 538，SEQ ID NO: 541，SEQ ID NO: 545，SEQ ID N O: 549，SEQ ID NO: 551 から SEQ ID NO: 552，SEQ ID NO: 557，SEQ ID NO: 5 59，SEQ ID NO: 561，SEQ ID NO: 569，SEQ ID NO: 571，SEQ ID NO: 580，SEQ ID NO: 584，SEQ ID NO: 594 から SEQ ID NO: 595，SEQ ID NO: 615 から SEQ ID NO: 616，SEQ ID NO: 624，および SEQ ID NO: 626 別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 628，SEQ ID NO: 632，SEQ ID NO: 634，SEQ ID NO: 637，SEQ ID N O: 641，SEQ ID NO: 644 から SEQ ID NO: 646，SEQ ID NO: 648，SEQ ID NO: 6 52，SEQ ID NO: 662，SEQ ID NO: 671 から SEQ ID NO: 672，SEQ ID NO: 675， SEQ ID NO: 677，SEQ ID NO: 684 から SEQ ID NO: 686，SEQ ID NO: 693，SEQ ID NO: 703 から SEQ ID NO: 704，SEQ ID NO: 709 から SEQ ID NO: 711，SEQ ID NO: 715，SEQ ID NO: 723 から SEQ ID NO: 724，SEQ ID NO: 731，SEQ ID N O: 734，SEQ ID NO: 745，SEQ ID NO: 753 から SEQ ID NO: 754，SEQ ID NO: 7 58，SEQ ID NO: 760，SEQ ID NO: 764 から SEQ ID NO: 766，SEQ ID NO: 774， SEQ ID NO: 776，SEQ ID NO: 778，SEQ ID NO: 785，SEQ ID NO: 788，SEQ ID N O: 793，SEQ ID NO: 795，SEQ ID NO: 797，SEQ ID NO: 806，SEQ ID NO: 812， SEQ ID NO: 820，SEQ ID NO: 823，および SEQ ID NO: 827．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 931からSEQ ID NO: 980までに含まれている： SEQ ID NO: 628，SEQ ID NO: 632，SEQ ID NO: 634，SEQ ID.NO: 637，SEQ ID N O: 641，SEQ ID NO: 644 から SEQ ID NO: 646，SEQ ID NO: 648，SEQ ID NO: 6 52，SEQ ID NO: 662，SEQ ID NO: 671 から SEQ ID NO: 672，SEQ ID NO: 675， SEQ ID NO: 677，SEQ ID NO: 684 から SEQ ID NO: 686，SEQ ID NO: 693，SEQ ID NO: 703 から SEQ ID NO: 704，SEQ ID NO: 709 から SEQ ID NO: 711，SEQ ID NO: 715，SEQ ID NO: 723 から SEQ ID NO: 724，SEQ ID NO: 731，SEQ ID N O: 734，SEQ ID NO: 745，SEQ ID NO: 753 から SEQ ID NO: 754，SEQ ID NO: 7 58，SEQ ID NO: 760，SEQ ID NO: 764 から SEQ ID NO: 766，SEQ ID NO: 774， SEQ ID NO: 776，SEQ ID NO: 778，SEQ ID NO: 785，SEQ ID NO: 788，SEQ ID N O: 793，SEQ ID NO: 795，SEQ ID NO: 797，SEQ ID NO: 806，SEQ ID NO: 812， SEQ ID NO: 820，SEQ ID NO: 823，および SEQ ID NO: 827．別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 833 から SEQ ID NO: 834，SEQ ID NO: 842，SEQ ID NO: 852，SEQ ID NO: 854，SEQ ID NO: 858，SEQ ID NO: 863，SEQ ID NO: 864 から SEQ ID N O: 865，SEQ ID NO: 867，SEQ ID NO: 872，SEQ ID NO: 877 から SEQ ID NO: 8 78，および SEQ ID NO: 880．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 981からSEQ ID NO: 994までに含まれている： SEQ ID NO: 833 から SEQ ID NO: 834，SEQ ID NO: 842，SEQ ID NO: 852，SEQ ID NO: 854，SEQ ID NO: 858，SEQ ID NO: 863，SEQ ID NO: 864 から SEQ ID N O: 865，SEQ ID NO: 867，SEQ ID NO: 872，SEQ ID NO: 877 から SEQ ID NO: 8 78，および SEQ ID NO: 880．別の態様において、本発明は下記の配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする： SEQ ID NO: 1446-SEQ ID NO: 1461，SEQ ID NO: 1463，SEQ ID NO: 1465-SEQ ID NO: 1495．本発明はまた下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する： SEQ ID NO: 1446-SEQ ID NO: 1461，SEQ ID NO: 1463，SEQ ID NO: 1465-SEQ ID NO: 1495。このような核酸はSEQ ID NO: 995からSEQ ID NO: 1010まで，および SEQ ID NO: 1012，SEQ ID NO: 1014からSEQ ID NO: 1044までに含まれている。別の態様において、本発明は、SEQ ID NO: 1497からSEQ ID NO: 1515まで，SE Q ID NO: 1517からSEQ ID NO: 1545までの配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまたSEQ ID NO: 1497からSEQ ID NO: 1515まで，SEQ ID N O: 1517からSEQ ID NO: 1545までの配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 1046からSEQ ID NO: 1064まで，SEQ ID NO: 1066からSEQ ID NO: 1094までに含まれている。別の態様において、本発明は、SEQ ID NO: 1546からSEQ ID NO: 1595までの配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまたSEQ ID NO: 1546 からSEQ ID NO: 1595までの配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 1095からSEQ ID NO: 1144まで含まれている。別の態様において、本発明は、SEQ ID NO: 1596からSEQ ID NO: 1617まで，SE Q ID NO: 1620からSEQ ID NO: 1645までの配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまたSEQ ID NO: 1596からSEQ ID NO: 1617まで，SEQ ID N O: 1620からSEQ ID NO: 1645までの配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 1145からSEQ ID.NO: 1166まで，SEQ ID NO: 1169からSEQ ID NO: 1194までに含まれている。別の態様において、本発明は、SEQ ID NO: 1646からSEQ ID NO: 1681まで，SE Q ID NO: 1683からSEQ ID NO: 1695までの配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまたSEQ ID NO: 1646からSEQ ID NO: 1681まで，SEQ ID N O: 1683からSEQ ID NO: 1695までの配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 1195からSEQ ID NO: 1230まで，SEQ ID NO: 1232からSEQ ID NO: 1244までに含まれている。別の態様において、本発明は、SEQ ID NO: 1696からSEQ ID NO: 1745までの配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまたSEQ ID NO: 1696 からSEQ ID NO: 1745までの配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 1245からSEQ ID NO: 1294までに含まれている。別の態様において、本発明は、SEQ ID NO: 1746からSEQ ID NO: 1783まで，SE Q ID NO: 1786からSEQ ID NO: 1795までの配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまたSEQ ID NO: 1746からSEQ ID NO: 1783まで，SEQ ID N O: 1786からSEQ ID NO: 1795までの配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 1295からSEQ ID NO: 1332まで，SEQ ID NO: 1335からSEQ ID NO: 1344までに含まれている。別の態様において、本発明は、SEQ ID NO: 1796からSEQ ID NO: 1817まで，SE Q ID NO: 1819，SEQ ID NO: 1821，SEQ ID NO: 1823からSEQ ID NO: 1836まで、 SEQ ID NO: 1838からSEQ ID NO: 1845までの配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまたSEQ ID NO: 1796からSEQ ID NO: 1817まで，SEQ ID NO: 1819，SEQ ID NO: 1821，SEQ ID NO: 1823からSEQ ID NO: 1836まで，SEQ ID NO: 1838からSEQ ID NO: 1845までの配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 1345からSEQ ID NO: 1366まで，SEQ ID NO: 136 8，SEQ ID NO: 1370，SEQ ID NO: 1372からSEQ ID NO: 1385まで，SEQ ID NO: 1 387からSEQ ID NO: 1394までに含まれている。別の態様において、本発明は、SEQ ID NO: 1846からSEQ ID NO: 1896までの配列番号から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまたSEQ ID NO: 1846 からSEQ ID NO: 1896までの配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。このような核酸はSEQ ID NO: 1395からSEQ ID NO: 1445までに含まれている。別の態様において、本発明は、配列リストに示される本発明のヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのポリピプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を特徴とする。本発明はまた配列リストの示される本発明のヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類から成る群から選ばれた１個のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸を包含する。本発明はヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類および与えられた配列番号により配列リストにおいて同定されるようなポリペプチド類をコード化する核酸類のそれぞれを包含することが理解されるべきである。例えば、代表的なヘリコバクター・ピロリのポリペプチドはSEQ ID NO: 1450に含まれる。従って、本発明はSEQ ID NO: 1450のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの組み替え体または実質的に純粋な調製物を包含する。本発明はまたSEQ ID NO: 1450のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する実質的に純粋な核酸も包含する。別の態様において、本発明は個々のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドメンバーまたはヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類(例えば、SEQ ID NO: 15 46-SEQ ID NO: 1595)の前記同定された群からのこのようなメンバーをコード化する核酸または核酸類(例えば、SEQ ID NO: 1095-SEQ ID NO: 1144)ばかりでなく、前記同定群内からの小群にも関連するものである。さらに、この小群は好ましくは前記同定群のいずれかばかりでなくその組み合わせたものの内の1，3，5 ，10，15，20，30，40のメンバーから成る。例えば、ヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類SEQ ID NO: 1846からSEQ ID NO: 1896までから成る群は下記のように１個以上の小群に分けることができる： SEQ ID NO: 1846-SEQ ID NO: 1860: SEQ ID NO: 1861-SEQ ID NO: 1875: SEQ ID NO: 1876-SEQ ID NO: 1885，SEQ ID NO: 1886-SEQ ID NO: 1896;またはその組み合わせ。特に好ましいものは、ヘリコバクター・ピロリ細胞エンペロープのポリペプチドまたはそのフラグメントをコード化するヌクレオチド配列から成る単離された核酸である。このような核酸は下記の配列番号から成る群から選ばれる： SEQ ID NO: 1020，SEQ ID NO: 1021，SEQ ID NO: 1036，SEQ ID NO: 1050，SEQ ID NO: 1071，SEQ ID NO: 1101，SEQ ID NO: 1135，SEQ ID NO: 1276，SEQ ID N O: 1150，SEQ ID NO: 1187，SEQ ID NO: 1192，SEQ ID NO: 1361，SEQ ID NO: 1 379，SEQ ID NO: 1399，SEQ ID NO: 1403，SEQ ID NO: 1400，SEQ ID NO: 1189 ，SEQ ID NO: 1002，SEQ ID NO: 1213，SEQ ID NO: 1214，SEQ ID NO: 1215，SE Q ID NO: 1234，SEQ ID NO: 1236，SEQ ID NO: 1237，SEQ ID NO: 1224，SEQ ID NO: 1251，SEQ ID NO: 1262，SEQ ID NO: 1149，SEQ ID NO: 1220，SEQ ID NO: 1240，SEQ ID NO: 1164，SEQ ID NO: 1165，SEQ ID NO: 1404，SEQ ID NO: 114 4，SEQ ID NO: 1182，SEQ ID NO: 1157，SEQ ID NO: 1160，SEQ ID NO: 1300，S EQ ID NO: 1321，SEQ ID NO: 1323， SEQ ID NO: 1329，SEQ ID NO: 1332，SEQ ID NO: 1345，SEQ ID NO: 1358，SEQ ID NO: 1375，SEQ ID NO: 1417，SEQ ID NO: 1283，SEQ ID NO: 1335，SEQ ID N O: 1368，SEQ ID NO: 1179，SEQ ID NO: 1255，SEQ ID NO: 1258，SEQ ID NO: 1 044，SEQ ID NO: 1273，SEQ ID NO: 1219，SEQ ID NO: 1274，SEQ ID NO: 1210 ，SEQ ID NO: 1422，SEQ ID NO: 1302，SEQ ID NO: 1308，SEQ ID NO: 1310，SE Q ID NO: 1331，SEQ ID NO: 1432，SEQ ID NO: 1052，SEQ ID NO: 1091，SEQ ID NO: 1421，SEQ ID NO: 1069，SEQ ID NO: 1005，SEQ ID NO: 1007，SEQ ID NO: 1166，SEQ ID NO: 1177，SEQ ID NO: 1193，SEQ ID NO: 1206，SEQ ID NO: 120 7，SEQ ID NO: 1304，SEQ ID NO: 1305，SEQ ID NO: 1346，SEQ ID NO: 1348，S EQ ID NO: 1350，SEQ ID NO: 1032，SEQ ID NO: 1053，SEQ ID NO: 1081，SEQ I D NO: 1124，SEQ ID NO: 1382，SEQ ID NO: 1437，SEQ ID NO: 1263，SEQ ID NO : 1173，SEQ ID NO: 1405，SEQ ID NO: 1406，SEQ ID NO: 1410，SEQ ID NO: 10 86，SEQ ID NO: 1322，SEQ ID NO: 1266，SEQ ID NO: 1282，SEQ ID NO: 1271， SEQ ID NO: 1208，SEQ ID NO: 1126，SEQ ID NO: 1270，SEQ ID NO: 1278，SEQ ID NO: 1419，SEQ ID NO: 1125，SEQ ID NO: 1181，SEQ ID NO: 1416，SEQ ID N O: 1096，SEQ ID NO: 1082，SEQ ID NO: 1146，SEQ ID NO: 1145，SEQ ID NO: 1 108，SEQ ID NO: 1148，SEQ ID NO: 1337，SEQ ID NO: 1338，SEQ ID NO: 1424 ，SEQ ID NO: 1000，SEQ ID NO: 1027，SEQ ID NO: 1175，SEQ ID NO: 1330，SE Q ID NO: 217，SEQ ID NO: 217，SEQ ID NO: 367，SEQ ID NO: 911，SEQ ID NO: 944，SEQ ID NO: 18，SEQ ID NO: 107，SEQ ID NO: 894，SEQ ID NO: 943，SEQ ID NO: 203，SEQ ID NO: 85，SEQ ID NO: 290，SEQ ID NO: 5，SEQ ID NO: 199 ，SEQ ID NO: 992，SEQ ID NO: 934，SEQ ID NO: 899，SEQ ID NO: 302，SEQ ID NO: 215，SEQ ID NO: 893，SEQ ID NO: 984，SEQ ID NO: 97，SEQ ID NO: 22， SEQ ID NO: 49，SEQ ID NO: 309，SEQ ID NO: 150，SEQ ID NO: 240，SEQ ID NO : 957，SEQ ID NO: 57，SEQ ID NO: 2，SEQ ID NO: 92，SEQ ID NO: 255，SEQ I D NO: 164，SEQ ID NO: 201，SEQ ID NO: 278，SEQ ID NO: 245，SEQ ID NO: 92 1，SEQ ID NO: 896，SEQ ID NO: 248， SEQ ID NO: 159，SEQ ID NO: 979，SEQ ID NO: 194，SEQ ID NO: 194，SEQ ID N O: 946，SEQ ID NO: 916，SEQ ID NO: 76，SEQ ID NO: 905，SEQ ID NO: 914，S EQ ID NO: 931，SEQ ID NO: 50，SEQ ID NO: 250，SEQ ID NO: 969，SEQ ID NO: 66，SEQ ID NO: 275，SEQ ID NO: 330，SEQ ID NO: 204，SEQ ID NO: 383，SEQ ID NO: 303，SEQ ID NO: 70，SEQ ID NO: 983，SEQ ID NO: 972，SEQ ID NO: 9 29，SEQ ID NO: 972，SEQ ID NO: 936，SEQ ID NO: 267，SEQ ID NO: 197，SEQ ID NO: 55，SEQ ID NO: 54，SEQ ID NO: 210，SEQ ID NO: 90，SEQ ID NO: 15， SEQ ID NO: 913，SEQ ID NO: 227，SEQ ID NO: 79，SEQ ID NO: 191，SEQ ID NO : 238，SEQ ID NO: 274，SEQ ID NO: 27，SEQ ID NO: 258，SEQ ID NO: 295，SE Q ID NO: 10，SEQ ID NO: 160，SEQ ID NO: 225，SEQ ID NO: 964，SEQ ID NO: 166，SEQ ID NO: 56，SEQ ID NO: 980，SEQ ID NO: 903，SEQ ID NO: 261，SEQ ID NO: 71，SEQ ID NO: 955，SEQ ID NO: 361，SEQ ID NO: 58，SEQ ID NO: 114 ，SEQ ID NO: 940，SEQ ID NO: 960，SEQ ID NO: 144，SEQ ID NO: 362，SEQ ID NO: 40，SEQ ID NO: 285，SEQ ID NO: 11，SEQ ID NO: 161，SEQ ID NO: 974， SEQ ID NO: 111，SEQ ID NO: 316，SEQ ID NO: 257，SEQ ID NO: 78，SEQ ID NO : 966，SEQ ID NO: 352，SEQ ID NO: 981，SEQ ID NO: 158，SEQ ID NO: 989，S EQ ID NO: 963，SEQ ID NO: 48，SEQ ID NO: 68，SEQ ID NO: 135，SEQ ID NO: 910，SEQ ID NO: 236，SEQ ID NO: 241，SEQ ID NO: 949，SEQ ID NO: 945，SEQ ID NO: 207，SEQ ID NO: 977，SEQ ID NO: 978，SEQ ID NO: 994，SEQ ID NO: 163，SEQ ID NO: 256，SEQ ID NO: 287，SEQ ID NO: 184，SEQ ID NO: 45，SEQ ID NO: 136，SEQ ID NO: 214，SEQ ID NO: 16，SEQ ID NO: 192，SEQ ID NO: 37 3，SEQ ID NO: 892，SEQ ID NO: 239，SEQ ID NO: 34，SEQ ID NO: 340，SEQ ID NO: 41，SEQ ID NO: 332，SEQ ID NO: 134，および SEQ ID NO: 330．１つの実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞エンベロープのポリペプチドまたはそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリ鞭毛関連ポリペプチドまたはそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1020，SEQ ID NO: 1021，SEQ ID NO: 1036，SEQ ID NO: 1050，SEQ ID NO: 1071，SEQ ID NO: 1101，SEQ ID NO: 1135，SEQ ID NO: 1276，SEQ ID N O: 1150，SEQ ID NO: 1187，SEQ ID NO: 1192，SEQ ID NO: 1361，SEQ ID NO: 1 379，SEQ ID NO: 1399，SEQ ID NO: 1403，SEQ ID NO: 1400，SEQ ID NO: 1189 ，SEQ ID NO: 217，SEQ ID NO: 367，SEQ ID NO: 911，SEQ ID NO: 944，SEQ ID NO: 18，SEQ ID NO: 107，SEQ ID NO: 894，SEQ ID NO: 943，SEQ ID NO: 203 ，SEQ ID NO: 85，SEQ ID NO: 290，SEQ ID NO: 5，SEQ ID NO: 199，SEQ ID NO : 992，SEQ ID NO: 934，SEQ ID NO: 899，SEQ ID NO: 302，および SEQ ID NO: 215．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞エンベロープのポリペプチドまたはそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリ内膜ポリペプチドまたはそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1002，SEQ ID NO: 1213，SEQ ID NO: 1214，SEQ ID NO: 1215，SEQ ID NO: 1234，SEQ ID NO: 1236，SEQ ID NO: 1237，SEQ ID NO: 1224，SEQ ID N O: 1251，SEQ ID NO: 1262，SEQ ID NO: 1149，SEQ ID NO: 1220，SEQ ID NO: 1 240，SEQ ID NO: 1164，SEQ ID NO: 1165，SEQ ID NO: 1404，SEQ ID NO: 1144 ，SEQ ID NO: 1182，SEQ ID NO: 1157，SEQ ID NO: 1160，SEQ ID NO: 1300，SE Q ID NO: 1321，SEQ ID NO: 1323，SEQ ID NO: 1329，SEQ ID NO: 1332，SEQ ID NO: 1345，SEQ ID NO: 1358，SEQ ID NO: 1375，SEQ ID NO: 1417，SEQ ID NO: 1283，SEQ ID NO: 1335，SEQ ID NO: 1368，SEQ ID NO: 1179，SEQ ID NO: 125 5，SEQ ID NO: 1258，SEQ ID NO: 1044，SEQ ID NO: 1273，SEQ ID NO: 893，SE Q ID NO: 984，SEQ ID NO: 97，SEQ ID NO: 22，SEQ ID NO: 49，SEQ ID NO: 30 9，SEQ ID NO: 150，SEQ ID NO: 240，SEQ ID NO: 957，SEQ ID NO: 57，SEQ ID NO: 2，SEQ ID NO: 92，SEQ ID NO: 255，SEQ ID NO: 164，SEQ ID NO: 201，S EQ ID NO: 278，SEQ ID NO: 245，SEQ ID NO: 921，SEQ ID NO: 896，SEQ ID NO : 248，SEQ ID NO: 159，SEQ ID NO: 979，SEQ ID NO: 194，SEQ ID NO: 194，SEQ ID NO: 946，SEQ ID NO: 916，SEQ ID NO: 76，SEQ ID NO: 905，SEQ ID NO: 914，SEQ ID NO: 9 31，SEQ ID NO: 50，SEQ ID NO: 250，SEQ ID NO: 969，SEQ ID NO: 66，SEQ ID NO: 275，SEQ ID NO: 330，SEQ ID NO: 204，SEQ ID NO: 383，SEQ ID NO: 303 ，SEQ ID NO: 70，SEQ ID NO: 983，SEQ ID NO: 972，SEQ ID NO: 929，SEQ ID NO: 972，SEQ ID NO: 936，SEQ ID NO: 267，SEQ ID NO: 197，SEQ ID NO: 55， SEQ ID NO: 54，および SEQ ID NO: 210．さらに別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞エンベロープのポリペプチドまたはそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリ輸送体ポリペプチドまたはそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1219，SEQ ID NO: 1274，SEQ ID NO: 1210，SEQ ID NO: 1422，SEQ ID NO: 1302，SEQ ID NO: 1308，SEQ ID NO: 1310，SEQ ID NO: 1331，SEQ ID N O: 1432，SEQ ID NO: 1052，SEQ ID NO: 1091，SEQ ID NO: 1421，SEQ ID NO: 1 069，SEQ ID NO: 1005，SEQ ID NO: 1007，SEQ ID NO: 1166，SEQ ID NO: 1177 ，SEQ ID NO: 1193，SEQ ID NO: 1206，SEQ ID NO: 1207，SEQ ID NO: 1304，SE Q ID NO: 1305，SEQ ID NO: 1346，SEQ ID NO: 1348，SEQ ID NO: 1350，SEQ ID NO: 1032，SEQ ID NO: 1053，SEQ ID NO: 1081，SEQ ID NO: 1124，SEQ ID NO: 1382，SEQ ID NO: 1437，SEQ ID NO: 1263，SEQ ID NO: 90，SEQ ID NO: 15，S EQ ID NO: 913，SEQ ID NO: 227，SEQ ID NO: 79，SEQ ID NO: 191，SEQ ID NO: 238，SEQ ID NO: 274，SEQ ID NO: 27，SEQ ID NO: 258，SEQ ID NO: 295，SEQ ID NO: 10，SEQ ID NO: 160，SEQ ID NO: 225，SEQ ID NO: 964，SEQ ID NO: 1 66，SEQ ID NO: 56，SEQ ID NO: 980，SEQ ID NO: 903，SEQ ID NO: 261，SEQ I D NO: 71，SEQ ID NO: 955，SEQ ID NO: 361，SEQ ID NO: 58，SEQ ID NO: 114 ，SEQ ID NO: 940，SEQ ID NO: 960，SEQ ID NO: 144，SEQ ID NO: 362，SEQ ID NO: 40，SEQ ID NO: 285，SEQ ID NO: 11，SEQ ID NO: 161，SEQ ID NO: 974， SEQ ID NO: 111，SEQ ID NO: 316，SEQ ID NO: 257，SEQ ID NO: 78，および SE Q ID N O: 966．さらに別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞エンベロープのポリペプチドまたはそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリ外膜ポリペプチドまたはそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1173，SEQ ID NO: 1405，SEQ ID NO: 1406，SEQ ID NO: 1410，SEQ ID NO: 1086，SEQ ID NO: 1322，SEQ ID NO: 1266，SEQ ID NO: 1282，SEQ ID N O: 1271，SEQ ID NO: 1208，SEQ ID NO: 1126，SEQ ID NO: 1270，SEQ ID NO: 1 278，SEQ ID NO: 1419，SEQ ID NO: 1125，SEQ ID NO: 1181，SEQ ID NO: 1416 ，SEQ ID NO: 1096，SEQ ID NO: 1082，SEQ ID NO: 1146，SEQ ID NO: 1145，SE Q ID NO: 1108，SEQ ID NO: 1148，SEQ ID NO: 1337，SEQ ID NO: 1338，SEQ ID NO: 1424，SEQ ID NO: 1000，SEQ ID NO: 1027，SEQ ID NO: 1175，SEQ ID NO: 1330，SEQ ID NO: 352，SEQ ID NO: 981，SEQ ID NO: 158，SEQ ID NO: 989，S EQ ID NO: 963，SEQ ID NO: 48，SEQ ID NO: 68，SEQ ID NO: 135，SEQ ID NO: 910，SEQ ID NO: 236，SEQ ID NO: 241，SEQ ID NO: 949，SEQ ID NO: 945，SEQ ID NO: 207，および SEQ ID NO: 977．特に好ましいものは、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントをコード化するヌクレオチド配列から成る単離された核酸である。このような核酸は下記の配列番号から成る群から選ばれる： SEQ ID NO: 1147，SEQ ID NO: 1288，SEQ ID NO: 1324，SEQ ID NO: 1363，SEQ ID NO: 997，SEQ ID NO: 1015，SEQ ID NO: 1084，SEQ ID NO: 1094，SEQ ID NO : 1099，SEQ ID NO: 1229，SEQ ID NO: 1250，SEQ ID NO: 1268，SEQ ID NO: 12 93，SEQ ID NO: 1339，SEQ ID NO: 1408，SEQ ID NO: 1429，SEQ ID NO: 1434， SEQ ID NO: 1228，SEQ ID NO: 1031，SEQ ID NO: 1034，SEQ ID NO: 1008，SEQ ID NO: 1061，SEQ ID NO: 1064，SEQ ID NO: 1191，SEQ ID NO: 1217，SEQ ID N O: 1365，SEQ ID NO: 1394，SEQ ID NO: 1414，SEQ ID NO: 1415，SEQ ID NO: 1 435，SEQ ID NO: 1058，SEQ ID NO: 1059，S EQ ID NO: 1080，SEQ ID NO: 1128，SEQ ID NO: 1133，SEQ ID NO: 1211，SEQ I D NO: 1252，SEQ ID NO: 1253，SEQ ID NO: 1286，SEQ ID NO: 1289，SEQ ID NO : 1291，SEQ ID NO: 1303，SEQ ID NO: 1396，SEQ ID NO: 996，SEQ ID NO: 109 5，SEQ ID NO: 1156，SEQ ID NO: 1158，SEQ ID NO: 1159，SEQ ID NO: 1277，S EQ ID NO: 1038，SEQ ID NO: 1257，SEQ ID NO: 1357，SEQ ID NO: 1436，SEQ I D NO: 1047，SEQ ID NO: 1055，SEQ ID NO: SEQ ID NO: 1141，SEQ ID NO: 1227 ，SEQ ID NO: 1327，SEQ ID NO: 1412，SEQ ID NO: 1003，SEQ ID NO: 1087，SE Q ID NO: 1116，SEQ ID NO: 1130，SEQ ID NO: 1132，SEQ ID NO: 1185，SEQ ID NO: 1188，SEQ ID NO: 1198，SEQ ID NO: 1218，SEQ ID NO: 1244，SEQ ID NO: 1306，SEQ ID NO: 1325，SEQ ID NO: 1397，SEQ ID NO: 1398，SEQ ID NO: 140 7，SEQ ID NO: 1433，SEQ ID NO: 1216，SEQ ID NO: 1239，SEQ ID NO: 1362，S EQ ID NO: 1017，SEQ ID NO: 1019，SEQ ID NO: 1360，SEQ ID NO: 1423，SEQ I D NO: 1425，SEQ ID NO: 1374，SEQ ID NO: 1028，SEQ ID NO: 1037，SEQ ID NO : 1077，SEQ ID NO: 1115，SEQ ID NO: 1232，SEQ ID NO: 1241，SEQ ID NO: 12 67，SEQ ID NO: 1163，SEQ ID NO: 1068，SEQ ID NO: 1025，SEQ ID NO: 1042， SEQ ID NO: 1046，SEQ ID NO: 1056，SEQ ID NO: 1039，SEQ ID NO: 1072，SEQ ID NO: 1073，SEQ ID NO: 1092，SEQ ID NO: 1100，SEQ ID NO: 1102，SEQ ID N O: 1103，SEQ ID NO: 1104，SEQ ID NO: 1111，SEQ ID NO: 1119，SEQ ID NO: 1 136，SEQ ID NO: 1137，SEQ ID NO: 1140，SEQ ID NO: 1142，SEQ ID NO: 1233 ，SEQ ID NO: 1238，SEQ ID NO: 1243，SEQ ID NO: 1245，SEQ ID NO: 1247，SE Q ID NO: 1249，SEQ ID NO: 1261，SEQ ID NO: 1269，SEQ ID NO: 1279，SEQ ID NO: 1284，SEQ ID NO: 1290，SEQ ID NO: 1297，SEQ ID NO: 1328，SEQ ID NO: 1370，SEQ ID NO: 1372，SEQ ID NO: 1377，SEQ ID NO: 1383，SEQ ID NO: 138 4，SEQ ID NO: 1385，SEQ ID NO: 1388，SEQ ID NO: 1401，SEQ ID NO: 1402，S EQ ID NO: 1418，SEQ ID NO: 1420，SEQ ID NO: 1427，SEQ ID NO: 1070，SEQ I D NO: 1151，SEQ ID NO: 1176，SEQ ID NO: 999，SEQ ID NO: 1006，SEQ ID NO: 1012，SEQ ID NO: 1018，SEQ ID N O: 1030，SEQ ID NO: 1033，SEQ ID NO: 1041，SEQ ID NO: 1049，SEQ ID NO: 1 054，SEQ ID NO: 1057，SEQ ID NO: 1090，SEQ ID NO: 1097，SEQ ID NO: 1129 ，SEQ ID NO: 1139，SEQ ID NO: 1143，SEQ ID NO: 1152，SEQ ID NO: 1153，SE Q ID NO: 1155，SEQ ID NO: 1161，SEQ ID NO: 1162，SEQ ID NO: 1169，SEQ ID NO: 1170，SEQ ID NO: 1171，SEQ ID NO: 1180，SEQ ID NO: 1194，SEQ ID NO: 1195，SEQ ID NO: 1199，SEQ ID NO: 1200，SEQ ID NO: 1201，SEQ ID NO: 120 2，SEQ ID NO: 1205，SEQ ID NO: 1312，SEQ ID NO: 1336，SEQ ID NO: 1349，S EQ ID NO: 1355，SEQ ID NO: 1359，SEQ ID NO: 1413，SEQ ID NO: 1426，SEQ I D NO: 1430，SEQ ID NO: 882，SEQ ID NO: 382，SEQ ID NO: 130，SEQ ID NO: 2 30，SEQ ID NO: 269，SEQ ID NO: 312，SEQ ID NO: 211，SEQ ID NO: 959，SEQ ID NO: 938，SEQ ID NO: 110，SEQ ID NO: 244，SEQ ID NO: 328，SEQ ID NO: 2 35，SEQ ID NO: 315，SEQ ID NO: 296，SEQ ID NO: 976，SEQ ID NO: 321，SEQ ID NO: 43，SEQ ID NO: 281，SEQ ID NO: 326，SEQ ID NO: 272，SEQ ID NO: 34 4，SEQ ID NO: 139，SEQ ID NO: 30，SEQ ID NO: 220，SEQ ID NO: 364，SEQ ID NO: 369，SEQ ID NO: 372，SEQ ID NO: 991，SEQ ID NO: 128，SEQ ID NO: 347 ，SEQ ID NO: 52，SEQ ID NO: 12，SEQ ID NO: 247，SEQ ID NO: 64，SEQ ID NO : 101，SEQ ID NO: 338，SEQ ID NO: 83，SEQ ID NO: 46，SEQ ID NO: 348，SEQ ID NO: 223，SEQ ID NO: 39，SEQ ID NO: 232，SEQ ID NO: 168，SEQ ID NO: 6 5，SEQ ID NO: 952，SEQ ID NO: 341，SEQ ID NO: 69，SEQ ID NO: 924，SEQ ID NO: 4，SEQ ID NO: 197，SEQ ID NO: 313，SEQ ID NO: 119，SEQ ID NO: 188， SEQ ID NO: 956，SEQ ID NO: 935，SEQ ID NO: 246，SEQ ID NO: 196，SEQ ID N O: 376，SEQ ID NO: 172，SEQ ID NO: 25，SEQ ID NO: 126，SEQ ID NO: 951，S EQ ID NO: 147，SEQ ID NO: 895，SEQ ID NO: 14，SEQ ID NO: 154，SEQ ID NO: 277，SEQ ID NO: 363，SEQ ID NO: 342，SEQ ID NO: 378，SEQ ID NO: 130，SE Q ID NO: 198，SEQ ID NO: 243，SEQ ID NO: 19，SEQ ID NO: 9，SEQ ID NO: 14 9，SEQ ID NO: 167，SEQ ID NO: 349，SEQ ID NO: 209，SEQ ID NO: 990，SEQ I D NO: 185，SEQ ID NO: 883，SEQ ID NO: 8，SEQ ID NO: 887，SEQ ID NO: 350，SEQ ID NO: 987，SEQ ID NO: 63 ，SEQ ID NO: 249，SEQ ID NO: 118，SEQ ID NO: 132，SEQ ID NO: 47，SEQ ID NO: 106，SEQ ID NO: 324，SEQ ID NO: 155，SEQ ID NO: 121，SEQ ID NO: 153 ，SEQ ID NO: 87，SEQ ID NO: 986，SEQ ID NO: 262，SEQ ID NO: 333，SEQ ID NO: 36，SEQ ID NO: 982，SEQ ID NO: 180，SEQ ID NO: 84，SEQ ID NO: 900，S EQ ID NO: 20，SEQ ID NO: 7，SEQ ID NO: 61，SEQ ID NO: 253，SEQ ID NO: 12 0，SEQ ID NO: 268，SEQ ID NO: 299，SEQ ID NO: 942，SEQ ID NO: 173，SEQ I D NO: 187，SEQ ID NO: 187，SEQ ID NO: 234，SEQ ID NO: 112，SEQ ID NO: 32 4，SEQ ID NO: 971，SEQ ID NO: 62，SEQ ID NO: 308，SEQ ID NO: 74，SEQ ID NO: 1，SEQ ID NO: 266，SEQ ID NO: 337，SEQ ID NO: 93，SEQ ID NO: 44，SEQ ID NO: 335，SEQ ID NO: 368，SEQ ID NO: 208，SEQ ID NO: 358，SEQ ID NO: 923，SEQ ID NO: 310，SEQ ID NO: 26，SEQ ID NO: 279，SEQ ID NO: 890，SEQ ID NO: 325，SEQ ID NO: 109，SEQ ID NO: 143，SEQ ID NO: 918，SEQ ID NO: 2 52，SEQ ID NO: 953，SEQ ID NO: 902，SEQ ID NO: 174，SEQ ID NO: 73，SEQ I D NO: 898，SEQ ID NO: 300，SEQ ID NO: 356，SEQ ID NO: 298，SEQ ID NO: 35 4，SEQ ID NO: 138，SEQ ID NO: 319，SEQ ID NO: 80，SEQ ID NO: 933，SEQ ID NO: 891，SEQ ID NO: 366，SEQ ID NO: 113，SEQ ID NO: 320，SEQ ID NO: 915 ，SEQ ID NO: 351，SEQ ID NO: 162，SEQ ID NO: 965，SEQ ID NO: 67，SEQ ID NO: 314，SEQ ID NO: 904，SEQ ID NO: 345，SEQ ID NO: 374，SEQ ID NO: 962 ，SEQ ID NO: 270，SEQ ID NO: 186，SEQ ID NO: 60，SEQ ID NO: 379，SEQ ID NO: 889，SEQ ID NO: 967，SEQ ID NO: 973，SEQ ID NO: 280，SEQ ID NO: 170 ，SEQ ID NO: 985，および SEQ ID NO: 932．１つの実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントは、SEQ ID NO: 1147，SEQ ID NO: 1288，SEQ ID NO: 1324，S EQ ID NO: 1363，SEQ ID NO: 882，SEQ ID NO: 382，SEQ ID NO: 130，およびSE Q ID NO: 230から成る群から選ばれる核酸によりコード化された、エネルギー転化に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである。別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる核酸によりコード化された、アミノ酸代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである： SEQ ID NO: 997，SEQ ID NO: 1015，SEQ ID NO: 1084，SEQ ID NO: 1094，SEQ I D NO: 1099，SEQ ID NO: 1229，SEQ ID NO: 1250，SEQ ID NO: 1268，SEQ ID NO : 1293，SEQ ID NO: 1339，SEQ ID NO: 1408，SEQ ID NO: 1429，SEQ ID NO: 14 34，SEQ ID NO: 1228，SEQ ID NO: 1031，SEQ ID NO: 1034，SEQ ID NO: 1008， SEQ ID NO: 269，SEQ ID NO: 312，SEQ ID NO: 211，SEQ ID NO: 959，SEQ ID N O: 938，SEQ ID NO: 110，SEQ ID NO: 244，SEQ ID NO: 328，SEQ ID NO: 235， SEQ ID NO: 315，SEQ ID NO: 296，SEQ ID NO: 976，SEQ ID NO: 321，SEQ ID N O: 43，SEQ ID NO: 281，SEQ ID NO: 326，および SEQ ID NO: 272．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる核酸によりコード化された、ヌクレオチド代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1061，SEQ ID NO: 1064，SEQ ID NO: 1191，SEQ ID NO: 1217，SEQ ID NO: 1365，SEQ ID NO: 1394，SEQ ID NO: 1414，SEQ ID NO: 1415，SEQ ID N O: 1435，SEQ ID NO: 1058，SEQ ID NO: 1059，SEQ ID NO: 344，SEQ ID NO: 13 9，SEQ ID NO: 30，SEQ ID NO: 220，SEQ ID NO: 364，SEQ ID NO: 369，SEQ ID NO: 372，SEQ ID NO: 991，SEQ ID NO: 128，SEQ ID NO: 347，および SEQ ID NO: 52．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる核酸によりコード化された、炭水化物代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1080，SEQ ID NO: 1128，SEQ ID NO: 1133，SEQ ID NO: 1211，SEQ ID NO: 1252，SEQ ID NO: 1253，SEQ ID NO: 1286，SEQ ID NO: 1289，SEQ ID N O: 1291，SEQ ID NO: 1303，SEQ ID NO: 1396，SEQ ID NO: 996，SEQ ID NO: 12 ，SEQ ID NO: 247，SEQ ID NO: 64，SEQ ID NO: 101，SEQ ID NO: 338，SEQ ID NO: 83，SEQ ID NO: 46，SEQ ID NO: 348，SEQ ID NO: 223，SEQ ID NO: 39，SE Q ID NO: 232，および SEQ ID NO: 168．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる核酸によりコード化された、補因子代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1095，SEQ ID NO: 1156，SEQ ID NO: 1158，SEQ ID NO: 1159，SEQ ID NO: 1277，SEQ ID NO: 1038，SEQ ID NO: 65，SEQ ID NO: 952，SEQ ID NO: 341，SEQ ID NO: 69，SEQ ID NO: 924，および SEQ ID NO: 4．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントは、SEQ ID NO: 1257，SEQ ID NO: 1357，SEQ ID NO: 1436，SEQ ID NO: 197，SEQ ID NO: 313，およびSEQ ID NO: 119の配列番号から成る群から選ばれる核酸によりコード化された、脂質代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである。別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントは、SEQ ID NO: 1047，SEQ ID nO: 1055，SEQ ID NO: 1141，SEQ ID NO: 1227，SEQ ID NO: 1327，SEQ ID NO: 1412，SEQ ID NO: 188，SEQ ID N O: 956，SEQ ID NO: 935，SEQ ID NO: 246，SEQ ID NO: 196，および SEQ ID NO : 376の配列番号から成る群から選ばれる核酸によりコード化された、mRNA翻訳およびリボソーム生物発生に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである。別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる核酸によりコード化された、ゲノム複製、転写、組み替えおよび修復に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1003，SEQ ID NO: 1087，SEQ ID NO: 1116，SEQ ID NO: 1130，SEQ ID NO: 1132，SEQ ID NO: 1185，SEQ ID NO: 1188，SEQ ID NO: 1198，SEQ ID N O: 1218，SEQ ID NO: 1244，SEQ ID NO: 1306，SEQ ID NO: 1325，SEQ ID NO: 1 397，SEQ ID NO: 1398，SEQ ID NO: 1407，SEQ ID NO: 1433，SEQ ID NO: 172， SEQ ID NO: 25，SEQ ID NO: 126，SEQ ID NO: 951，SEQ ID NO: 147，SEQ ID NO : 895，SEQ ID NO: 14，SEQ ID NO: 154，SEQ ID NO: 277，SEQ ID NO: 363，SE Q ID NO: 342，SEQ ID NO: 378，SEQ ID NO: 130，SEQ ID NO: 198，SEQ ID NO: 243，SEQ ID NO: 19，および SEQ ID NO: 9．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる核酸によりコード化された、外膜又は細胞壁の生合成に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1216，SEQ ID NO: 1239，SEQ ID NO: 1362，SEQ ID NO: 1017，SEQ ID NO: 1019，SEQ ID NO: 1360，SEQ ID NO: 149，SEQ ID NO: 167，SEQ ID NO: 349，SEQ ID NO: 209，SEQ ID NO: 990，SEQ ID NO: 185，SEQ ID NO: 883，および SEQ ID NO: 8．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドは、下記の配列番号から成る群から選ばれる核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリのシャペロンポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1423，SEQ ID NO: 1425，SEQ ID NO: 1374，SEQ ID NO: 887，SEQ I D NO: 350，および SEQ ID NO: 987．特に好ましいのは、ヘリコバクター・ピロリの分泌ポリペプチド又はペリプラズムポリペプチド又はそのフラグメントをコード化するヌクレオチド配列から成る単離された核酸である。このような核酸は下記の配列番号から成る群から選ばれる： SEQ ID NO: 1004，SEQ ID NO: 1138，SEQ ID NO: 1067，SEQ ID NO: 1078，SEQ ID NO: 1314，SEQ ID NO: 1319，SEQ ID NO: 1378，SEQ ID NO: 1105，SEQ ID N O: 1114，SEQ ID NO: 1118，SEQ ID NO: 1120，SEQ ID NO: 1123，SEQ ID NO: 1 127，SEQ ID NO: 1212，SEQ ID NO: 1223，SEQ ID NO: 1225，SEQ ID NO: 1246 ，SEQ ID NO: 1248，SEQ ID NO: 1259，SEQ ID NO: 1264，SEQ ID NO: 1265，SE Q ID NO: 1281，SEQ ID NO: 1285，SEQ ID NO: 1294，SEQ ID NO: 1298，SEQ ID NO: 1299，SEQ ID NO: 1315，SEQ ID NO: 1316，SEQ ID NO: 1317，SEQ ID NO: 1318，SEQ ID NO: 1344，SEQ ID NO: 1351，SEQ ID NO: 1353，SEQ ID NO: 137 3，SEQ ID NO: 1380，SEQ ID NO: 1387，SEQ ID NO: 1389，SEQ ID NO: 1393，S EQ ID NO: 1411，SEQ ID NO: 1428，SEQ ID NO: 1431，SEQ ID NO: 1439，SEQ I D NO: 1043，SEQ ID NO: 1183，SEQ ID NO: 1184，SEQ ID NO: 1196，SEQ ID NO : 1197，SEQ ID NO: 1203，SEQ ID NO: 995，SEQ ID NO: 998，SEQ ID NO: 1001 ，SEQ ID NO: 1022，SEQ ID NO: 1023，SEQ ID NO: 1029，SEQ ID NO: 1040，SE Q ID NO: 1051，SEQ ID NO: 1062，SEQ ID NO: 1154，SEQ ID NO: 1320，SEQ ID NO: 1075，SEQ ID NO: 1106，SEQ ID NO: 1109，SEQ ID NO: 1134，SEQ ID NO: 1221，SEQ ID NO: 1226，SEQ ID NO: 1235，SEQ ID NO: 1301，SEQ ID NO: 131 1，SEQ ID NO: 1326，SEQ ID NO: 1341，SEQ ID NO: 1354，SEQ ID NO: 1364，S EQ ID NO: 1366，SEQ ID NO: 1376，SEQ ID NO: 1391，SEQ ID NO: 1395，SEQ I D NO: 1445，SEQ ID NO: 1079，SEQ ID NO: 1186，SEQ ID NO: 1010，SEQ ID NO : 1016，SEQ ID NO: 1172，SEQ ID NO: 1174，SEQ ID NO: 117，SEQ ID NO: 254 ，SEQ ID NO: 24，SEQ ID NO: 242，SEQ ID NO: 950，SEQ ID NO: 263，SEQ ID NO: 286，SEQ ID NO: 947，SEQ ID NO: 51，SEQ ID NO: 177，SEQ ID NO: 156， SEQ ID NO: 190，SEQ ID NO: 375，SEQ ID NO: 222，SEQ ID NO: 21，SEQ ID NO : 912，SEQ ID NO: 148，SEQ ID NO: 202，SEQ ID NO: 224，SEQ ID NO: 112，S EQ ID NO: 32，SEQ ID NO: 339，SEQ ID NO: 182，SEQ ID NO: 228，SEQ ID NO: 152，SEQ ID NO: 219，SEQ ID NO: 137，SEQ ID NO: 318，SEQ ID NO: 141，SEQ ID NO: 165，SEQ ID NO: 334，SEQ ID NO: 13， SEQ ID NO: 297，SEQ ID NO: 35，SEQ ID NO: 216，SEQ.ID NO: 908，SEQ ID NO : 124，SEQ ID NO: 75，SEQ ID NO: 927，SEQ ID NO: 221，SEQ ID NO: 178，SE Q ID NO: 169，SEQ ID NO: 293，SEQ ID NO: 289，SEQ ID NO: 926，SEQ ID NO: 948，SEQ ID NO: 115，SEQ ID NO: 251，SEQ ID NO: 345，SEQ ID NO: 17，SEQ ID NO: 920，SEQ ID NO: 95，SEQ ID NO: 86，SEQ ID NO: 360，SEQ ID NO: 27 1，SEQ ID NO: 970，SEQ ID NO: 288，SEQ ID NO: 282，SEQ ID NO: 98，SEQ ID NO: 29，SEQ ID NO: 317，SEQ ID NO: 343，SEQ ID NO: 291，SEQ ID NO: 108 ，SEQ ID NO: 377，SEQ ID NO: 305，SEQ ID NO: 305，SEQ ID NO: 100，SEQ ID NO: 988，SEQ ID NO: 212，SEQ ID NO: 884，SEQ ID NO: 37，SEQ ID NO: 968 ，SEQ ID NO: 975，SEQ ID NO: 237，SEQ ID NO: 335，6EQ ID NO: 260，SEQ ID NO: 370，SEQ ID NO: 91，SEQ ID NO: 276，SEQ ID NO: 311，SEQ ID NO: 173 ，SEQ ID NO: 102，SEQ ID NO: 304，SEQ ID NO: 380，SEQ ID NO: 127，SEQ ID NO: 993，SEQ ID NO: 925，SEQ ID NO: 181，および SEQ ID NO: 171．特に好ましいのは、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントをコード化するヌクレオチド配列から成る単離された核酸である。このような核酸は下記の配列番号から成る群から選ばれる： SEQ ID NO: 1060，SEQ ID NO: 1110，SEQ ID NO: 1112，SEQ ID NO: 1230，SEQ ID NO: 1260，SEQ ID NO: 1280，SEQ ID NO: 1292，SEQ ID NO: 1296，SEQ ID N O: 1307，SEQ ID NO: 1442，SEQ ID NO: 1444，SEQ ID NO: 1122，SEQ ID NO: 1 254，SEQ ID NO: 1256，SEQ ID NO: 1272，SEQ ID NO: 1275，SEQ ID NO: 1309 ，SEQ ID NO: 1313，SEQ ID NO: 1347，SEQ ID NO: 1352，SEQ ID NO: 1356，SE Q ID NO: 1438，SEQ ID NO: 1441，SEQ ID NO: 1009，SEQ ID NO: 1026，SEQ ID NO: 1048，SEQ ID NO: 1063，SEQ ID NO: 1190，SEQ ID NO: 1083，SEQ ID NO: 1113，SEQ ID NO: 1222，SEQ ID NO: 1295，SEQ ID NO: 1343，SEQ ID NO: 139 2，SEQ ID NO: 1443，SEQ ID NO: 1085，SEQ ID NO: 1093，SEQ ID NO: 1117，S EQ ID NO: 1121，SEQ ID NO: 1131，SE Q ID NO: 1287，SEQ ID NO: 1440，SEQ ID NO: 1209，SEQ ID NO: 1342，SEQ ID NO: 1381，SEQ ID NO: 1390，SEQ ID NO: 1409，SEQ ID NO: 1035，SEQ ID NO: 1014，SEQ ID NO: 1088，SEQ ID NO: 1242，SEQ ID NO: 1178，SEQ ID NO: 108 9，SEQ ID NO: 1340，SEQ ID NO: 1074，SEQ ID NO: 1107，SEQ ID NO: 1204，S EQ ID NO: 1066，SEQ ID NO: 381，SEQ ID NO: 229，SEQ ID NO: 323，SEQ ID N O: 371，SEQ ID NO: 284，SEQ ID NO: 116，SEQ ID NO: 3，SEQ ID NO: 6，SEQ ID NO: 907，SEQ ID NO: 193，SEQ ID NO: 145，SEQ ID NO: 59，SEQ ID NO: 32 2，SEQ ID NO: 94，SEQ ID NO: 306，SEQ ID NO: 939，SEQ ID NO: 205，SEQ ID NO: 123，SEQ ID NO: 906，SEQ ID NO: 928，SEQ ID NO: 346，SEQ ID NO: 129 ，SEQ ID NO: 307，SEQ ID NO: 133，SEQ ID NO: 131，SEQ ID NO: 886，SEQ ID NO: 179，SEQ ID NO: 104，SEQ ID NO: 213，SEQ ID NO: 359，SEQ ID NO: 140 ，SEQ ID NO: 146，SEQ ID NO: 327，SEQ ID NO: 365，SEQ ID NO: 33，SEQ ID NO: 331，SEQ ID NO: 175，SEQ ID NO: 200，SEQ ID NO: 292，SEQ ID NO: 23， SEQ ID NO: 336，SEQ ID NO: 301，SEQ ID NO: 28，SEQ ID NO: 941，SEQ ID NO : 103，SEQ ID NO: 231，SEQ ID NO: 176，SEQ ID NO: 31，SEQ ID NO: 917，SE Q ID NO: 151，SEQ ID NO: 922，SEQ ID NO: 265，SEQ ID NO: 142，SEQ ID NO: 259，SEQ ID NO: 122，SEQ ID NO: 206，SEQ ID NO: 96，SEQ ID NO: 353，SEQ ID NO: 38，SEQ ID NO: 89，SEQ ID NO: 77，SEQ ID NO: 954，SEQ ID NO: 264 ，SEQ ID NO: 937，SEQ ID NO: 226，SEQ ID NO: 283，SEQ ID NO: 88，SEQ ID NO: 125，SEQ ID NO: 183，SEQ ID NO: 195，SEQ ID NO: 81，SEQ ID NO: 901， SEQ ID NO: 82，SEQ ID NO: 42，SEQ ID NO: 881，および SEQ ID NO: 885．１つの実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化された少なくとも１つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1060，SEQ ID NO: 1110，SEQ ID NO: 1112，SEQ ID NO: 1230， SEQ ID NO: 1260，SEQ ID NO: 1280，SEQ ID NO: 1292，SEQ ID NO: 1296，SEQ ID NO: 1307，SEQ ID NO: 1442，SEQ ID NO: 1444，SEQ.ID NO: 381，SEQ ID NO : 229，SEQ ID NO: 323，SEQ ID NO: 371，SEQ ID NO: 284，SEQ ID NO: 116，S EQ ID NO: 3，SEQ ID NO: 6，SEQ ID NO: 907，SEQ ID NO: 193，SEQ ID NO: 14 5，SEQ ID NO: 59，SEQ ID NO: 322，SEQ ID NO: 94，SEQ ID NO: 306，および SEQ ID NO: 881．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化された少なくとも２つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1122，SEQ ID NO: 1254，SEQ ID NO: 1256，SEQ ID NO: 1272，SEQ ID NO: 1275，SEQ ID NO: 1309，SEQ ID NO: 1313，SEQ ID NO: 1347，SEQ ID N O: 1352，SEQ ID NO: 1356，SEQ ID NO: 1438，SEQ ID NO: 1441，SEQ ID NO: 1 009，SEQ ID NO: 1026，SEQ ID NO: 1048，SEQ ID NO: 1063，SEQ ID NO: 1190 ，SEQ ID NO: 939，SEQ ID NO: 205，SEQ ID NO: 123，SEQ ID NO: 906，SEQ ID NO: 928，SEQ ID NO: 346，SEQ ID NO: 129，SEQ ID NO: 307，SEQ ID NO: 133 ，SEQ ID NO: 131，SEQ ID NO: 886，SEQ ID NO: 179，SEQ ID NO: 104，SEQ ID NO: 213，SEQ ID NO: 359，SEQ ID NO: 140，SEQ ID NO: 146，SEQ ID NO: 327 ，および SEQ ID NO: 365．さらに別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化された少なくとも３つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1083，SEQ ID NO: 1113，SEQ ID NO: 1222，SEQ ID NO: 1295，SEQ ID NO: 1343，SEQ ID NO: 1392，SEQ ID NO: 1443，SEQ ID NO: 33，SEQ ID NO: 331，SEQ ID NO: 175，SEQ ID NO: 200，SEQ ID NO: 292，SEQ ID NO: 23，および SEQ ID NO: 336．さらに別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化された少なくとも４つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1085，SEQ ID NO: 1093，SEQ ID NO: 1117，SEQ ID NO: 1121，SEQ ID NO: 1131，SEQ ID NO: 1287，SEQ ID NO: 1440，SEQ ID NO: 1209，SEQ ID N O: 301，SEQ ID NO: 28，SEQ ID NO: 941，SEQ ID NO: 103，SEQ ID NO: 231，S EQ ID NO: 176，SEQ ID NO: 31，SEQ ID NO: 917，SEQ ID NO: 151，および SEQ ID NO: 922．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化された少なくとも５つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1342，SEQ ID NO: 1381，SEQ ID NO: 1390，SEQ ID NO: 1409，SEQ ID NO: 1035，SEQ ID NO: 265，SEQ ID NO: 142，SEQ ID NO: 259，SEQ ID NO: 122，SEQ ID NO: 206，および SEQ ID NO: 885．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化された少なくとも６つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1014，SEQ ID NO: 1088，SEQ ID NO: 1242，SEQ ID NO: 1178，SEQ ID NO: 96，SEQ ID NO: 353，SEQ ID NO: 38，SEQ ID NO: 89，SEQ ID NO: 77， SEQ ID NO: 954，SEQ ID NO: 264．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれた核酸によりコード化された少なくとも７つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1089，SEQ ID NO: 1340，SEQ ID NO: 1074，SEQ ID NO: 1107，SEQ ID NO: 1204，SEQ ID NO: 1066，SEQ ID NO: 937，SEQ ID NO: 226，SE Q ID NO: 283，SEQ ID NO: 88，SEQ ID NO: 125，SEQ ID NO: 183，SEQ ID NO: 195，SEQ ID NO: 81，SEQ ID NO: 901，SEQ ID NO: 82，および SEQ ID NO: 42 ．特に好ましいものは、ポリペプチドが下記の配列番号から成る群から選ばれることを特徴とする、精製又は単離されたヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1471，SEQ ID NO: 1472，SEQ ID NO: 1487，SEQ ID NO: 1501，SEQ ID NO: 1522，SEQ ID NO: 1552，SEQ ID NO: 1586，SEQ ID NO: 1727，SEQ ID N O: 1601，SEQ ID NO: 1638，SEQ ID NO: 1643，SEQ ID NO: 1812，SEQ ID NO: 1 830，SEQ ID NO: 1850，SEQ ID NO: 1854，SEQ ID NO: 1851，SEQ ID NO: 1640 ，SEQ ID NO: 1453，SEQ ID NO: 1664，SEQ ID NO: 1665，SEQ ID NO: 1666，SE Q ID NO: 1685，SEQ ID NO: 1687，SEQ ID NO: 1688，SEQ ID NO: 1675，SEQ ID NO: 1702，SEQ ID NO: 1713，SEQ ID NO: 1600，SEQ ID NO: 1671，SEQ ID NO: 1691，SEQ ID NO: 1615，SEQ ID NO: 1616，SEQ ID NO: 1855，SEQ ID NO: 159 5，SEQ ID NO: 1633，SEQ ID NO: 1608，SEQ ID NO: 1611，SEQ ID NO: 1751，S EQ ID NO: 1772，SEQ ID NO: 1774，SEQ ID NO: 1780，SEQ ID NO: 1783，SEQ I D NO: 1796，SEQ ID NO: 1809，SEQ ID NO: 1826，SEQ ID NO: 1868，SEQ ID NO : 1734，SEQ ID NO: 1786，SEQ ID NO: 1819，SEQ ID NO: 1630，SEQ ID NO: 17 06，SEQ ID NO: 1709，SEQ ID NO: 1495，SEQ ID NO: 1724，SEQ ID NO: 1670， SEQ ID NO: 1725，SEQ ID NO: 1661，SEQ ID NO: 1873，SEQ ID NO: 1753，SEQ ID NO: 1759，SEQ ID NO: 1761，SEQ ID NO: 1782，SEQ ID NO: 1883，SEQ ID N O: 1503，SEQ ID NO: 1542，SEQ ID NO: 1872，SEQ ID NO: 1520，SEQ ID NO: 1 456，SEQ ID NO: 1458，SEQ ID NO: 1617，SEQ ID NO: 1628，SEQ ID NO: 1644 ，SEQ ID NO: 1657，SEQ ID NO: 1658，SEQ ID NO: 1755，SEQ ID NO: 1756，SE Q ID NO: 1797，SEQ ID NO: 1799，SEQ ID NO: 1801，SEQ ID NO: 1483，SEQ ID NO: 1504，SEQ ID NO: 1532，SEQ ID NO: 1575，SEQ ID NO: 1833，SEQ ID NO: 1888，SEQ ID NO: 1714，SEQ ID NO: 1624，SEQ ID NO: 1856， SEQ ID NO: 1857，SEQ ID NO: 1861，SEQ ID NO: 1537，SEQ ID NO: 1773，SEQ ID NO: 1717，SEQ ID NO: 1733，SEQ ID NO: 1722，SEQ ID NO: 1659，SEQ ID N O: 1577，SEQ ID NO: 1721，SEQ ID NO: 1729，SEQ ID NO: 1870，SEQ ID NO: 1 576，SEQ ID NO: 1632，SEQ ID NO: 1867，SEQ ID NO: 1547，SEQ ID NO: 1533 ，SEQ ID NO: 1597，SEQ ID NO: 1596，SEQ ID NO: 1559，SEQ ID NO: 1599，SE Q ID NO: 1788，SEQ ID NO: 1789，SEQ ID NO: 1875，SEQ ID NO: 1451，SEQ ID NO: 1478，SEQ ID NO: 1626，SEQ ID NO: 1781，SEQ ID NO: 660，SEQ ID NO: 660，SEQ ID NO: 855，SEQ ID NO: 534，SEQ ID NO: 675，SEQ ID NO: 404，SEQ ID NO: 518，SEQ ID NO: 464，SEQ ID NO: 672，SEQ ID NO: 640，SEQ ID NO: 490，SEQ ID NO: 755，SEQ ID NO: 389，SEQ ID NO: 635，SEQ ID NO: 877，SEQ ID NO: 637，SEQ ID NO: 477，SEQ ID NO: 772，SEQ ID NO: 658，SEQ ID NO: 463，SEQ ID NO: 852，SEQ ID NO: 503，SEQ ID NO: 411，SEQ ID NO: 441，SEQ ID NO: 782，SEQ ID NO: 575，SEQ ID NO: 691，SEQ ID NO: 724，SEQ ID NO: 452，SEQ ID NO: 386，SEQ ID NO: 497，SEQ ID NO: 712，SEQ ID NO: 591，SEQ ID NO: 638，SEQ ID NO: 740，SEQ ID NO: 697，SEQ ID NO: 569，SEQ ID NO: 470，SEQ ID NO: 700，SEQ ID NO: 586，SEQ ID NO: 823，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 684，SEQ ID NO: 551，SEQ ID NO: 478，SEQ ID NO: 508，SEQ ID NO: 545，SEQ ID NO: 628，SEQ ID NO: 443，SEQ ID NO: 702，SEQ ID NO: 776，SEQ ID NO: 461，SEQ ID NO: 737，SEQ ID NO: 809，SEQ ID NO: 642，SEQ ID NO: 879，SEQ ID NO: 773，SEQ ID NO: 468，SEQ ID NO: 842，SEQ ID NO: 788，SEQ ID NO: 624，SEQ ID NO: 788，SEQ ID NO: 644，SEQ ID NO: 727，SEQ ID NO: 631，SEQ ID NO: 450，SEQ ID NO: 448，SEQ ID NO: 653，SEQ ID NO: 495，SEQ ID NO: 400，SEQ ID NO: 541，SEQ ID NO: 673，SEQ ID NO: 482，SEQ ID NO: 622，SEQ ID NO: 689，SEQ ID NO: 736，SEQ ID NO: 417，SEQ ID NO: 716，SEQ ID NO: 762，SEQ ID NO: 395，SEQ ID NO: 587，SEQ ID NO: 669，SEQ ID NO: 758，SEQ ID NO: 593，SEQ ID NO: 451，SEQ ID NO: 827，SEQ ID NO: 502，SEQ ID NO: 719，SEQ ID NO: 469，SEQ ID NO: 715，SEQ ID NO: 847，SEQ ID NO: 453，SEQ ID NO: 5 27，SEQ ID NO: 652，SEQ ID NO: 745，SEQ ID NO: 567，SEQ ID NO: 848，SEQ ID NO: 430，SEQ ID NO: 748，SEQ ID NO: 396，SEQ ID NO: 588，SEQ ID NO: 7 95，SEQ ID NO: 523，SEQ ID NO: 791，SEQ ID NO: 714，SEQ ID NO: 481，SEQ ID NO: 765，SEQ ID NO: 837，SEQ ID NO: 833，SEQ ID NO: 585，SEQ ID NO: 8 65，SEQ ID NO: 764，SEQ ID NO: 440，SEQ ID NO: 465，SEQ ID NO: 555，SEQ ID NO: 526，SEQ ID NO: 687，SEQ ID NO: 692，SEQ ID NO: 693，SEQ ID NO: 6 77，SEQ ID NO: 649，SEQ ID NO: 812，SEQ ID NO: 820，SEQ ID NO: 880，SEQ ID NO: 590，SEQ ID NO: 713，SEQ ID NO: 750，SEQ ID NO: 613，SEQ ID NO: 4 37，SEQ ID NO: 556，SEQ ID NO: 657，SEQ ID NO: 402，SEQ ID NO: 623，SEQ ID NO: 862，SEQ ID NO: 449，SEQ ID NO: 690，SEQ ID NO: 424，SEQ ID NO: 8 21，SEQ ID NO: 432，SEQ ID NO: 811，SEQ ID NO: 554，および SEQ ID NO: 80 9．１つの実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリの鞭毛関連ポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1471，SEQ ID NO: 1472，SEQ ID NO: 1487，SEQ ID NO: 1501，SEQ ID NO: 1522，SEQ ID NO: 1552，SEQ ID NO: 1586，SEQ ID NO: 1727，SEQ ID N O: 1601，SEQ ID NO: 1638，SEQ ID NO: 1643，SEQ ID NO: 1812，SEQ ID NO: 1 830，SEQ ID NO: 1850，SEQ ID NO: 1854，SEQ ID NO: 1851，SEQ ID NO: 1640 ，SEQ ID NO: 660，SEQ ID NO: 660，SEQ ID NO: 855，SEQ ID NO: 534，SEQ ID NO: 675，SEQ ID NO: 404，SEQ ID NO: 518，SEQ ID NO: 464，SEQ ID NO: 672 ，SEQ ID NO: 640，SEQ ID NO: 490，SEQ ID NO: 755，SEQ ID NO: 389，SEQ ID NO: 635，SEQ ID NO: 877，SEQ ID NO: 637，SEQ ID NO: 477，SEQ ID NO: 772 ，および SEQ ID NO: 658．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリの内膜ポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1453，SEQ ID NO: 1664，SEQ ID NO: 1665，SEQ ID NO: 1666，SEQ ID NO: 1685，SEQ ID NO: 1687，SEQ ID NO: 1688，SEQ ID NO: 1675，SEQ ID N O: 1702，SEQ ID NO: 1713，SEQ ID NO: 1600，SEQ ID NO: 1671，SEQ ID NO: 1 691，SEQ ID NO: 1615，SEQ ID NO: 1616，SEQ ID NO: 1855，SEQ ID NO: 1595 ，SEQ ID NO: 1633，SEQ ID NO: 1608，SEQ ID NO: 1611，SEQ ID NO: 1751，SE Q ID NO: 1772，SEQ ID NO: 1774，SEQ ID NO: 1780，SEQ ID NO: 1783，SEQ ID NO: 1796，SEQ ID NO: 1809，SEQ ID NO: 1826，SEQ ID NO: 1868，SEQ ID NO: 1734，SEQ ID NO: 1786，SEQ ID NO: 1819，SEQ ID NO: 1630，SEQ ID NO: 170 6，SEQ ID NO: 1709，SEQ ID NO: 1495，SEQ ID NO: 1724，SEQ ID NO: 463，SE Q ID NO: 852，SEQ ID NO: 503，SEQ ID NO: 411，SEQ ID NO: 441，SEQ ID NO: 782，SEQ ID NO: 575，SEQ ID NO: 691，SEQ ID NO: 724，SEQ ID NO: 452，SE Q ID NO: 386，SEQ ID NO: 497，SEQ ID NO: 712，SEQ ID NO: 591，SEQ ID NO: 638，SEQ ID NO: 740，SEQ ID NO: 697，SEQ ID NO: 569，SEQ ID NO: 470，SE Q ID NO: 700，SEQ ID NO: 586，SEQ ID NO: 823，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 684，SEQ ID NO: 551，SEQ ID NO: 478，SEQ ID NO: 508，SE Q ID NO: 545，SEQ ID NO: 628，SEQ ID NO: 443，SEQ ID NO: 702，SEQ ID NO: 776，SEQ ID NO: 461，SEQ ID NO: 737，SEQ ID NO: 809，SEQ ID NO: 642，SE Q ID NO: 879，SEQ ID NO: 773，SEQ ID NO: 468，SEQ ID NO: 842，SEQ ID NO: 788，SEQ ID NO: 624，SEQ ID NO: 788，SEQ ID NO: 644，SEQ ID NO: 727，SE Q ID NO: 631，SEQ ID NO: 450，SEQ ID NO: 448，および SEQ ID NO: 653．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリの転送体ポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1670，SEQ ID NO: 1725，SEQ ID NO: 1661，SEQ ID NO: 1873，SEQ ID NO: 1753，SEQ ID NO: 1759，SEQ ID NO: 1761，SEQ ID NO: 1782，SEQ ID N O: 1883，SEQ ID NO: 1503，SEQ ID NO: 1542，SEQ ID NO: 1872，SEQ ID NO: 1 520，SEQ ID NO: 1456，SEQ ID NO: 1458，SEQ ID NO: 1617，SEQ ID NO: 1628 ，SEQ ID NO: 1644，SEQ ID NO: 1657，SEQ ID NO: 1658，SEQ ID NO: 1755，SE Q ID NO: 1756，SEQ ID NO: 1797，SEQ ID NO: 1799，SEQ ID NO: 1801，SEQ ID NO: 1483，SEQ ID NO: 1504，SEQ ID NO: 1532，SEQ ID NO: 1575，SEQ ID NO: 1833，SEQ ID NO: 1888，SEQ ID NO: 1714，SEQ ID NO: 495，SEQ ID NO: 400 ，SEQ ID NO: 541，SEQ ID NO: 673，SEQ ID NO: 482，SEQ ID NO: 622，SEQ ID NO: 689，SEQ ID NO: 736，SEQ ID NO: 417，SEQ ID NO: 716，SEQ ID NO: 762 ，SEQ ID NO: 395，SEQ ID NO: 587，SEQ ID NO: 669，SEQ ID NO: 758，SEQ ID NO: 593，SEQ ID NO: 451，SEQ ID NO: 827，SEQ ID NO: 502，SEQ ID NO: 719 ，SEQ ID NO: 469，SEQ ID NO: 715，SEQ ID NO: 847，SEQ ID NO: 453，SEQ ID NO: 527，SEQ ID NO: 652，SEQ ID NO: 745，SEQ ID NO: 567，SEQ ID NO: 848 ，SEQ ID NO: 430，SEQ ID NO: 748，SEQ ID NO: 396，SEQ ID NO: 588，SEQ ID NO: 795，SEQ ID NO: 523，SEQ ID NO: 791，SEQ ID NO: 714，SEQ ID NO: 481 ，および SEQ ID NO: 765．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチド又はそのフラグメントは下記の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリの外膜ポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1624，SEQ ID NO: 1856，SEQ ID NO: 1857，SEQ ID NO: 1861，SEQ ID NO: 1537，SEQ ID NO: 1773，SEQ ID NO: 1717，SEQ ID NO: 1733，SEQ ID N O: 1722，SEQ ID NO: 1659，SEQ ID NO: 1577，SEQ ID NO: 1721，SEQ ID NO: 1 729，SEQ ID NO: 1870，SEQ ID NO: 1576，SEQ ID NO: 1632，SEQ ID NO: 1867，SEQ ID NO: 1547，SEQ ID N O: 1533，SEQ ID NO: 1597，SEQ ID NO: 1596，SEQ ID NO: 1559，SEQ ID NO: 1 599，SEQ ID NO: 1788，SEQ ID NO: 1789，SEQ ID NO: 1875，SEQ ID NO: 1451 ，SEQ ID NO: 1478，SEQ ID NO: 1626，SEQ ID NO: 1781，SEQ ID NO: 837，SEQ ID NO: 833，SEQ ID NO: 585，SEQ ID NO: 865，SEQ ID NO: 764，SEQ ID NO: 440，SEQ ID NO: 465，SEQ ID NO: 555，SEQ ID NO: 526，SEQ ID NO: 687，SEQ ID NO: 692，SEQ ID NO: 693，SEQ ID NO: 677，SEQ ID NO: 649，および SEQ ID NO: 812．特に好ましいものは、ポリペプチドが下記の配列番号から成る群から選ばれる、精製された又は単離されたヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1598，SEQ ID NO: 1739，SEQ ID NO: 1775，SEQ ID NO: 1814，SEQ ID NO: 1448，SEQ ID NO: 1466，SEQ ID NO: 1535，SEQ ID NO: 1545，SEQ ID N O: 1550，SEQ ID NO: 1680，SEQ ID NO: 1701，SEQ ID NO: 1719，SEQ ID NO: 1 744，SEQ ID NO: 1790，SEQ ID NO: 1859，SEQ ID NO: 1880，SEQ ID NO: 1885 ，SEQ ID NO: 1679，SEQ ID NO: 1482，SEQ ID NO: 1485，SEQ ID NO: 1459，SE Q ID NO: 1512，SEQ ID NO: 1515，SEQ ID NO: 1642，SEQ ID NO: 1668，SEQ ID NO: 1816，SEQ ID NO: 1845，SEQ ID NO: 1865，SEQ ID NO: 1866，SEQ ID NO: 1886，SEQ ID NO: 1509，SEQ ID NO: 1510，SEQ ID NO: 1531，SEQ ID NO: 157 9，SEQ ID NO: 1584，SEQ ID NO: 1662，SEQ ID NO: 1703，SEQ ID NO: 1704，S EQ ID NO: 1737，SEQ ID NO: 1740，SEQ ID NO: 1742，SEQ ID NO: 1754，SEQ I D NO: 1847，SEQ ID NO: 1447，SEQ ID NO: 1546，SEQ ID NO: 1607，SEQ ID NO : 1609，SEQ ID NO: 1610，SEQ ID NO: 1728，SEQ ID NO: 1489，SEQ ID NO: 17 08，SEQ ID NO: 1808，SEQ ID NO: 1887，SEQ ID NO: 1498，SEQ ID NO: 1506， SEQ ID NO: 1592，SEQ ID NO: 1678，SEQ ID NO: 1778，SEQ ID NO: 1863，SEQ ID NO: 1454，SEQ ID NO: 1538，SEQ ID NO: 1567，SEQ ID NO: 1581，SEQ ID N O: 1583，SE Q ID NO: 1636，SEQ ID NO: 1639，SEQ ID NO: 1649，SEQ ID NO: 1669，SEQ ID NO: 1695，SEQ ID NO: 1757，SEQ ID NO: 1776，SEQ ID NO: 1848，SEQ ID NO: 1849，SEQ ID NO: 1858，SEQ ID NO: 1884，SEQ ID NO: 1667，SEQ ID NO: 169 0，SEQ ID NO: 1813，SEQ ID NO: 1468，SEQ ID NO: 1470，SEQ ID NO: 1811，S EQ ID NO: 1874，SEQ ID NO: 1876，SEQ ID NO: 1825，SEQ ID NO: 1479，SEQ I D NO: 1488，SEQ ID NO: 1528，SEQ ID NO: 1566，SEQ ID NO: 1683，SEQ ID NO : 1692，SEQ ID NO: 1718，SEQ ID NO: 1614，SEQ ID NO: 1519，SEQ ID NO: 14 76，SEQ ID NO: 1493，SEQ ID NO: 1497，SEQ ID NO: 1507，SEQ ID NO: 1490， SEQ ID NO: 1523，SEQ ID NO: 1524，SEQ ID NO: 1543，SEQ ID NO: 1551，SEQ ID NO: 1553，SEQ ID NO: 1554，SEQ ID NO: 1555，SEQ ID NO: 1562，SEQ ID N O: 1570，SEQ ID NO: 1587，SEQ ID NO: 1588，SEQ ID NO: 1591，SEQ ID NO: 1 593，SEQ ID NO: 1684，SEQ ID NO: 1689，SEQ ID NO: 1694，SEQ ID NO: 1696 ，SEQ ID NO: 1698，SEQ ID NO: 1700，SEQ ID NO: 1712，SEQ ID NO: 1720，SE Q ID NO: 1730，SEQ ID NO: 1735，SEQ ID NO: 1741，SEQ ID NO: 1748，SEQ ID NO: 1779，SEQ ID NO: 1821，SEQ ID NO: 1823，SEQ ID NO: 1828，SEQ ID NO: 1834，SEQ ID NO: 1835，SEQ ID NO: 1836，SEQ ID NO: 1839，SEQ ID NO: 185 2，SEQ ID NO: 1853，SEQ ID NO: 1869，SEQ ID NO: 1871，SEQ ID NO: 1878，S EQ ID NO: 1521，SEQ ID NO: 1602，SEQ ID NO: 1627，SEQ ID NO: 1450，SEQ I D NO: 1457，SEQ ID NO: 1463，SEQ ID NO: 1469，SEQ ID NO: 1481，SEQ ID NO : 1484，SEQ ID NO: 1492，SEQ ID NO: 1500，SEQ ID NO: 1505，SEQ ID NO: 15 08，SEQ ID NO: 1541，SEQ ID NO: 1548，SEQ ID NO: 1580，SEQ ID NO: 1590， SEQ ID NO: 1594，SEQ ID NO: 1603，SEQ ID NO: 1604，SEQ ID NO: 1606，SEQ ID NO: 1612，SEQ ID NO: 1613，SEQ ID NO: 1620，SEQ ID NO: 1621，SEQ ID N O: 1622，SEQ ID NO: 1631，SEQ ID NO: 1645，SEQ ID NO: 1646，SEQ ID NO: 1 650，SEQ ID NO: 1651，SEQ ID NO: 1652，SEQ ID NO: 1653，SEQ ID NO: 1656 ，SEQ ID NO: 1763，SEQ ID NO: 1787，SEQ ID NO: 1800，SEQ ID NO: 1806，SE Q ID NO: 1810，SEQ ID NO: 1864，SE Q ID NO: 1877，SEQ ID NO: 1881，SEQ ID NO: 390，SEQ ID NO: 876，SEQ ID N O: 547，SEQ ID NO: 678，SEQ ID NO: 729，SEQ ID NO: .786，SEQ ID NO: 654 ，SEQ ID NO: 734，SEQ ID NO: 646，SEQ ID NO: 522，SEQ ID NO: 696，SEQ ID NO: 807，SEQ ID NO: 683，SEQ ID NO: 790，SEQ ID NO: 763，SEQ ID NO: 806 ，SEQ ID NO: 799，SEQ ID NO: 434，SEQ ID NO: 743，SEQ ID NO: 804，SEQ ID NO: 733，SEQ ID NO: 826，SEQ ID NO: 562，SEQ ID NO: 420，SEQ ID NO: 664 ，SEQ ID NO: 850，SEQ ID NO: 857，SEQ ID NO: 861，SEQ ID NO: 872，SEQ ID NO: 544，SEQ ID NO: 830，SEQ ID NO: 446，SEQ ID NO: 397，SEQ ID NO: 699 ，SEQ ID NO: 459，SEQ ID NO: 509，SEQ ID NO: 818，SEQ ID NO: 488，SEQ ID NO: 438，SEQ ID NO: 831，SEQ ID NO: 667，SEQ ID NO: 429，SEQ ID NO: 680 ，SEQ ID NO: 597，SEQ ID NO: 46O，SEQ ID NO: 709，SEQ ID NO: 822，SEQ ID NO: 466，SEQ ID NO: 584，SEQ ID NO: 388，SEQ ID NO: 631，SEQ ID NO: 787 ，SEQ ID NO: 532，SEQ ID NO: 619，SEQ ID NO: 723，SEQ ID NO: 641，SEQ ID NO: 698，SEQ ID NO: 630，SEQ ID NO: 869，SEQ ID NO: 601，SEQ ID NO: 415 ，SEQ ID NO: 542，SEQ ID NO: 704，SEQ ID NO: 572，SEQ ID NO: 467，SEQ ID NO: 399，SEQ ID NO: 579，SEQ ID NO: 739，SEQ ID NO: 849，SEQ ID NO: 824 ，SEQ ID NO: 871，SEQ ID NO: 547，SEQ ID NO: 633，SEQ ID NO: 695，SEQ ID NO: 405，SEQ ID NO: 394，SEQ ID NO: 761，SEQ ID NO: 574，SEQ ID NO: 596 ，SEQ ID NO: 832，SEQ ID NO: 651，SEQ ID NO: 867，SEQ ID NO: 614，SEQ ID NO: 401，SEQ ID NO: 393，SEQ ID NO: 413，SEQ ID NO: 835，SEQ ID NO: 863 ，SEQ ID NO: 458，SEQ ID NO: 701，SEQ ID NO: 531，SEQ ID NO: 550，SEQ ID NO: 439，SEQ ID NO: 516，SEQ ID NO: 802，SEQ ID NO: 581，SEQ ID NO: 535 ，SEQ ID NO: 578，SEQ ID NO: 492，SEQ ID NO: 858，SEQ ID NO: 720，SEQ ID NO: 813，SEQ ID NO: 426，SEQ ID NO: 834，SEQ ID NO: 609，SEQ ID NO: 489 ，SEQ ID NO: 480，SEQ ID NO: 406，SEQ ID NO: 392，SEQ ID NO: 456，SEQ ID NO: 707，SEQ ID NO: 533，SEQ ID NO: 728，SEQ ID NO: 769，SEQ ID NO: 671 ，SEQ ID NO: 602，SEQ ID NO: 618，SEQ I D NO: 618，SEQ ID NO: 682，SEQ ID NO: 524，SEQ ID NO: 802，SEQ ID NO: 78 5，SEQ ID NO: 457，SEQ ID NO: 781，SEQ ID NO: 473，SEQ ID NO: 384，SEQ I D NO: 726，SEQ ID NO: 817，SEQ ID NO: 498，SEQ ID NO: 436，SEQ ID NO: 81 5，SEQ ID NO: 856，SEQ ID NO: 650，SEQ ID NO: 844，SEQ ID NO: 580，SEQ I D NO: 783，SEQ ID NO: 416，SEQ ID NO: 741，SEQ ID NO: 442，SEQ ID NO: 80 3，SEQ ID NO: 520，SEQ ID NO: 566，SEQ ID NO: 557，SEQ ID NO: 706，SEQ I D NO: 710，SEQ ID NO: 487，SEQ ID NO: 603，SEQ ID NO: 472，SEQ ID NO: 47 6，SEQ ID NO: 770，SEQ ID NO: 841，SEQ ID NO: 768，SEQ ID NO: 839，SEQ I D NO: 560，SEQ ID NO: 796，SEQ ID NO: 483，SEQ ID NO: 634，SEQ ID NO: 44 5，SEQ ID NO: 853，SEQ ID NO: 525，SEQ ID NO: 798，SEQ ID NO: 549，SEQ I D NO: 836，SEQ ID NO: 589，SEQ ID NO: 760，SEQ ID NO: 462，SEQ ID NO: 78 9，SEQ ID NO: 507，SEQ ID NO: 828，SEQ ID NO: 866，SEQ ID NO: 754，SEQ I D NO: 730，SEQ ID NO: 617，SEQ ID NO: 455，SEQ ID NO: 873，SEQ ID NO: 43 5，SEQ ID NO: 766，SEQ ID NO: 793，SEQ ID NO: 742，SEQ ID NO: 599，SEQ I D NO: 854，および SEQ ID NO: 632．１つの実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、SEQ ID NO: 1598，SEQ ID NO: 1739，SEQ ID NO: 1775，SEQ ID NO: 1814，SEQ ID NO: 390，SEQ ID NO: 876 SEQ ID NO: 547およびSEQ ID NO: 678から成る群から選ばれるエネルギー転化に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである。別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれるアミノ酸代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1448，SEQ ID NO: 1466，SEQ ID NO: 1535，SEQ ID NO: 1545，SEQ ID NO: 1550，SEQ ID NO: 1680，SEQ ID NO: 1701，SEQ ID NO: 1719，SEQ ID N O: 1744，SEQ ID NO: 1790，SEQ ID NO: 1859，SEQ ID NO: 1880， SEQ ID NO: 1885，SEQ ID NO: 1679，SEQ ID NO: 1482，SEQ ID NO: 1485，SEQ ID NO: 1459，SEQ ID NO: 729，SEQ ID NO: 786，SEQ ID.NO: 654，SEQ ID NO: 734，SEQ ID NO: 646，SEQ ID NO: 522，SEQ ID NO: 696，SEQ ID NO: 807，SEQ ID NO: 683，SEQ ID NO: 790，SEQ ID NO: 763，SEQ ID NO: 806，SEQ ID NO: 799，SEQ ID NO: 434，SEQ ID NO: 743，SEQ ID NO: 804，および SEQ ID NO: 7 33．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれるヌクレオチド代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1512，SEQ ID NO: 1515，SEQ ID NO: 1642，SEQ ID NO: 1668，SEQ ID NO: 1816，SEQ ID NO: 1845，SEQ ID NO: 1865，SEQ ID NO: 1866，SEQ ID N O: 1886，SEQ ID NO: 1509，SEQ ID NO: 1510，SEQ ID NO: 826，SEQ ID NO: 56 2，SEQ ID NO: 420，SEQ ID NO: 664，SEQ ID NO: 850，SEQ ID NO: 857，SEQ I D NO: 861，SEQ ID NO: 872，SEQ ID NO: 544，SEQ ID NO: 830，および SEQ ID NO: 446．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる炭水化物代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1531，SEQ ID NO: 1579，SEQ ID NO: 1584，SEQ ID NO: 1662，SEQ ID NO: 1703，SEQ ID NO: 1704，SEQ ID NO: 1737，SEQ ID NO: 1740，SEQ ID N O: 1742，SEQ ID NO: 1754，SEQ ID NO: 1847，SEQ ID NO: 1447，SEQ ID NO: 3 97，SEQ ID NO: 699，SEQ ID NO: 459，SEQ ID NO: 509，SEQ ID NO: 818，SEQ ID NO: 488，SEQ ID NO: 438，SEQ ID NO: 831，SEQ ID NO: 667，SEQ ID NO: 4 29，SEQ ID NO: 680，および SEQ ID NO: 597．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる補因子代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1546，SEQ ID NO: 1607，SEQ ID NO: 1609，SEQ ID NO: 1610，SEQ ID NO: 1728，SEQ ID NO: 1489，SEQ ID NO: 460，SEQ ID NO: 709，SEQ ID NO: 822，SEQ ID NO: 466，SEQ ID NO: 584，および SEQ ID NO: 388．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる脂質代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1708，SEQ ID NO: 1808，SEQ ID NO: 1887，SEQ ID NO: 631，SEQ I D NO: 787，および SEQ ID NO: 532．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれるmRNA翻訳およびリボソーム生物発生に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1498，SEQ ID NO: 1506，SEQ ID NO: 1592，SEQ ID NO: 1678，SEQ ID NO: 1778，SEQ ID NO: 1863，SEQ ID NO: 619，SEQ ID NO: 723，SEQ ID NO: 641，SEQ ID NO: 698，SEQ ID NO: 630，および SEQ ID NO: 869．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれるゲノム複製、転写、組み替えおよび修復に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1454，SEQ ID NO: 1538，SEQ ID NO: 1567，SEQ ID NO: 1581，SEQ ID NO: 1583，SEQ ID NO: 1636，SEQ ID NO: 1639，SEQ ID NO: 1649，SEQ ID N O: 1669，SEQ ID NO: 1695，SEQ ID NO: 1757，SEQ ID NO: 1776，SEQ ID NO: 1 848，SEQ ID NO: 1849，SEQ ID NO: 1858，SEQ ID NO: 1884，SEQ ID NO: 601， SEQ ID NO: 415，SEQ ID NO: 542，SEQ ID NO: 704，SEQ ID NO: 572，SEQ ID N O: 467，SEQ ID NO: 399，SEQ ID NO: 579，SEQ ID NO: 739，SEQ ID NO: 849，SEQ ID NO: 824，SEQ ID NO: 871，SEQ ID NO: 547，SEQ ID NO: 633，SEQ ID NO: 695，SEQ ID NO: 405，SEQ ID NO: 394，および SEQ ID NO: 761．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、下記の配列番号から成る群から選ばれる外膜又は細胞壁の生合成に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1667，SEQ ID NO: 1690，SEQ ID NO: 1813，SEQ ID NO: 1468，SEQ ID NO: 1470，SEQ ID NO: 1811，SEQ ID NO: 574，SEQ ID NO: 596，SEQ ID NO: 832，SEQ ID NO: 651，SEQ ID NO: 867，SEQ ID NO: 614，SEQ ID NO: 401，および SEQ ID NO: 393．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチド又はそのフラグメントは、SEQ ID NO: 1874，SEQ ID NO: 1876，SEQ ID NO: 1825，SEQ I D NO: 413，SEQ ID NO: 835およびSEQ ID NO: 863の配列番号から成る群から選ばれたヘリコバクター・ピロリのシャペロンポリペプチド又はそのフラグメントである。特に好ましいのは、ポリペプチドが下記の配列番号から成る群から選ばれる、精製された又は単離されたヘリコバクター・ピロリの分泌ポリペプチド又はペリプラズムポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1455，SEQ ID NO: 1589，SEQ ID NO: 1518，SEQ ID NO: 1529，SEQ ID NO: 1765，SEQ ID NO: 1770，SEQ ID NO: 1829，SEQ ID NO: 1556，SEQ ID N O: 1565，SEQ ID NO: 1569，SEQ ID NO: 1571，SEQ ID NO: 1574，SEQ ID NO: 1 578，SEQ ID NO: 1663，SEQ ID NO: 1674，SEQ ID NO: 1676，SEQ ID NO: 1697 ，SEQ ID NO: 1699，SEQ ID NO: 1710，SEQ ID NO: 1715，SEQ ID NO: 1716，SE Q ID NO: 1732，SEQ ID NO: 1736，SEQ ID NO: 1745，SEQ ID NO: 1749，SEQ ID NO: 1750，SEQ ID NO: 1766，SEQ ID NO: 1767，SEQ ID NO: 1768，SEQ ID NO: 1769，SEQ ID NO: 1795，SEQ ID NO: 1802，SEQ ID NO: 1804，SEQ ID NO: 182 4，SEQ ID NO: 1831，SEQ ID NO: 1838，SE Q ID NO: 1840，SEQ ID NO: 1844，SEQ ID NO: 1862，SEQ ID NO: 1879，SEQ ID NO: 1882，SEQ ID NO: 1890，SEQ ID NO: 1494，SEQ ID NO: 1634，SEQ ID NO: 1635，SEQ ID NO: 1647，SEQ ID NO: 1648，SEQ ID NO: 1654，SEQ ID NO: 144 6，SEQ ID NO: 1449，SEQ ID NO: 1452，SEQ ID NO: 1473，SEQ ID NO: 1474，S EQ ID NO: 1480，SEQ ID NO: 1491，SEQ ID NO: 1502，SEQ ID NO: 1513，SEQ I D NO: 1605，SEQ ID NO: 1771，SEQ ID NO: 1526，SEQ ID NO: 1557，SEQ ID NO : 1560，SEQ ID NO: 1585，SEQ ID NO: 1672，SEQ ID NO: 1677，SEQ ID NO: 16 86，SEQ ID NO: 1752，SEQ ID NO: 1762，SEQ ID NO: 1777，SEQ ID NO: 1792， SEQ ID NO: 1805，SEQ ID NO: 1815，SEQ ID NO: 1817，SEQ ID NO: 1827，SEQ ID NO: 1842，SEQ ID NO: 1846，SEQ ID NO: 1896，SEQ ID NO: 1530，SEQ ID N O: 1637，SEQ ID NO: 1461，SEQ ID NO: 1467，SEQ ID NO: 1623，SEQ ID NO: 1 625，SEQ ID NO: 530，SEQ ID NO: 708，SEQ ID NO: 414，SEQ ID NO: 694，SEQ ID NO: 703，SEQ ID NO: 721，SEQ ID NO: 749，SEQ ID NO: 685，SEQ ID NO: 444，SEQ ID NO: 606，SEQ ID NO: 582，SEQ ID NO: 621，SEQ ID NO: 868，SEQ ID NO: 666，SEQ ID NO: 408，SEQ ID NO: 538，SEQ ID NO: 573，SEQ ID NO: 639，SEQ ID NO: 668，SEQ ID NO: 524，SEQ ID NO: 422，SEQ ID NO: 819，SEQ ID NO: 611，SEQ ID NO: 674，SEQ ID NO: 577，SEQ ID NO: 663，SEQ ID NO: 558，SEQ ID NO: 794，SEQ ID NO: 564，SEQ ID NO: 592，SEQ ID NO: 814，SEQ ID NO: 398，SEQ ID NO: 767，SEQ ID NO: 425，SEQ ID NO: 659，SEQ ID NO: 517，SEQ ID NO: 539，SEQ ID NO: 475，SEQ ID NO: 615，SEQ ID NO: 665，SEQ ID NO: 607，SEQ ID NO: 598，SEQ ID NO: 759，SEQ ID NO: 752，SEQ ID NO: 595，SEQ ID NO: 686，SEQ ID NO: 528，SEQ ID NO: 705，SEQ ID NO: 828，SEQ ID NO: 403，SEQ ID NO: 561，SEQ ID NO: 500，SEQ ID NO: 491，SEQ ID NO: 846，SEQ ID NO: 732，SEQ ID NO: 778，SEQ ID NO: 751，SEQ ID NO: 744，SEQ ID NO: 504，SEQ ID NO: 419，SEQ ID NO: 792，SEQ ID NO: 825，SEQ ID NO: 756，SEQ ID NO: 519，SEQ ID NO: 870，SEQ ID NO: 777，SEQ ID NO: 808，SEQ ID NO: 506，SEQ ID NO: 864，SEQ ID N O: 655，SEQ ID NO: 407，SEQ ID NO: 427，SEQ ID NO: 774，SEQ ID NO: 797， SEQ ID NO: 688，SEQ ID NO: 815，SEQ ID NO: 718，SEQ ID NO: 859，SEQ ID N O: 775，SEQ ID NO: 874，SEQ ID NO: 543，SEQ ID NO: 878，SEQ ID NO: 594， SEQ ID NO: 610，および SEQ ID NO: 600．特に好ましいのは、ポリペプチドが下記の配列番号から成る群から選ばれる、精製された又は単離されたヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1511，SEQ ID NO: 1561，SEQ ID NO: 1563，SEQ ID NO: 1681，SEQ ID NO: 1711，SEQ ID NO: 1731，SEQ ID NO: 1743，SEQ ID NO: 1747，SEQ ID N O: 1758，SEQ ID NO: 1893，SEQ ID NO: 1895，SEQ ID NO: 1573，SEQ ID NO: 1 705，SEQ ID NO: 1707，SEQ ID NO: 1723，SEQ ID NO: 1726，SEQ ID NO: 1760 ，SEQ ID NO: 1764，SEQ ID NO: 1798，SEQ ID NO: 1803，SEQ ID NO: 1807，SE Q ID NO: 1889，SEQ ID NO: 1892，SEQ ID NO: 1460，SEQ ID NO: 1477，SEQ ID NO: 1499，SEQ ID NO: 1514，SEQ ID NO: 1641，SEQ ID NO: 1534，SEQ ID NO: 1564，SEQ ID NO: 1673，SEQ ID NO: 1746，SEQ ID NO: 1794，SEQ ID NO: 184 3，SEQ ID NO: 1894，SEQ ID NO: 1536，SEQ ID NO: 1544，SEQ ID NO: 1568，S EQ ID NO: 1572，SEQ ID NO: 1582，SEQ ID NO: 1738，SEQ ID NO: 1891，SEQ I D NO: 1660，SEQ ID NO: 1793，SEQ ID NO: 1832，SEQ ID NO: 1841，SEQ ID NO : 1860，SEQ ID NO: 1486，SEQ ID NO: 1465，SEQ ID NO: 1539，SEQ ID NO: 16 93，SEQ ID NO: 1629，SEQ ID NO: 1540，SEQ ID NO: 1791，SEQ ID NO: 1525， SEQ ID NO: 1558，SEQ ID NO: 1655，SEQ ID NO: 1517，SEQ ID NO: 875，SEQ I D NO: 676，SEQ ID NO: 801，SEQ ID NO: 860，SEQ ID NO: 747，SEQ ID NO: 52 9，SEQ ID NO: 387，SEQ ID NO: 391，SEQ ID NO: 515，SEQ ID NO: 625，SEQ I D NO: 568，SEQ ID NO: 454，SEQ ID NO: 800，SEQ ID NO: 499，SEQ ID NO: 77 9，SEQ ID NO: 648，SEQ ID NO: 643，SEQ ID NO: 537，SEQ ID NO: 511，SEQ I D NO: 616，SEQ ID NO: 829，SEQ ID NO: 546，SEQ ID NO: 780，SEQ ID N0: 55 3，SEQ ID NO: 549，SEQ ID NO: 410，SEQ ID NO: 608，SEQ ID NO: 5 13，SEQ ID NO: 656，SEQ ID NO: 845，SEQ ID NO: 563，SEQ ID NO: 570，SEQ ID NO: 805，SEQ ID NO: 851，SEQ ID NO: 423，SEQ ID NO: 810，SEQ ID NO: 6 04，SEQ ID NO: 636，SEQ ID NO: 757，SEQ ID NO: 412，SEQ ID NO: 816，SEQ ID NO: 771，SEQ ID NO: 418，SEQ ID NO: 662，SEQ ID NO: 512，SEQ ID NO: 6 79，SEQ ID NO: 605，SEQ ID NO: 421，SEQ ID NO: 552，SEQ ID NO: 576，SEQ ID NO: 571，SEQ ID NO: 725，SEQ ID NO: 565，SEQ ID NO: 717，SEQ ID NO: 5 36，SEQ ID NO: 647，SEQ ID NO: 501，SEQ ID NO: 838，SEQ ID NO: 428，SEQ ID NO: 494，SEQ ID NO: 479，SEQ ID NO: 711，SEQ ID NO: 722，SEQ ID NO: 6 45，SEQ ID NO: 670，SEQ ID NO: 746，SEQ ID NO: 493，SEQ ID NO: 540，SEQ ID NO: 612，SEQ ID NO: 629，SEQ ID NO: 484，SEQ ID NO: 485，SEQ ID NO: 4 86，SEQ ID NO: 433，SEQ ID NO: 385，および SEQ ID NO: 409．１つの実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントが、下記の配列番号から成る群から選ばれた少なくとも１つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1511，SEQ ID NO: 1561，SEQ ID NO: 1563，SEQ ID NO: 1681，SEQ ID NO: 1711，SEQ ID NO: 1731，SEQ ID NO: 1743，SEQ ID NO: 1747，SEQ ID N O: 1758，SEQ ID NO: 1893，SEQ ID NO: 1895，SEQ ID NO: 875，SEQ ID NO: 67 6，SEQ ID NO: 801，SEQ ID NO: 860，SEQ ID NO: 747，SEQ ID NO: 529，SEQ I D NO: 387，SEQ ID NO: 391，SEQ ID NO: 515，SEQ ID NO: 625，SEQ ID NO: 56 8，SEQ ID NO: 454，SEQ ID NO: 800，SEQ ID NO: 499，SEQ ID NO: 779，および SEQ ID NO: 385．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントが、下記の配列定番号から成る群から選ばれた少なくとも２つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1573，SEQ ID NO: 1705，SEQ ID NO: 1707，SEQ ID NO: 1723， SEQ ID NO: 1726，SEQ ID NO: 1760，SEQ ID NO: 1764，SEQ ID NO: 1798，SEQ ID NO: 1803，SEQ ID NO: 1807，SEQ ID NO: 1889，SEQ.ID NO: 1892，SEQ ID N O: 1460，SEQ ID NO: 1477，SEQ ID NO: 1499，SEQ ID NO: 1514，SEQ ID NO: 1 641，SEQ ID NO: 648，SEQ ID NO: 643，SEQ ID NO: 537，SEQ ID NO: 511，SEQ ID NO: 616，SEQ ID NO: 829，SEQ ID NO: 546，SEQ ID NO: 780，SEQ ID NO: 553，SEQ ID NO: 549，SEQ ID NO: 410，SEQ ID NO: 608，SEQ ID NO: 513，SEQ ID NO: 656，SEQ ID NO: 845，SEQ ID NO: 563，SEQ ID NO: 570，SEQ ID NO: 805，および SEQ ID NO: 851．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントが、下記の配列番号から成る群から選ばれた少なくとも３つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1534，SEQ ID NO: 1564，SEQ ID NO: 1673，SEQ ID NO: 1746，SEQ ID NO: 1794，SEQ ID NO: 1843，SEQ ID NO: 1894，SEQ ID NO: 423，SEQ ID NO : 810，SEQ ID NO: 604，SEQ ID NO: 636，SEQ ID NO: 757，SEQ ID NO: 412，および SEQ ID NO: 816．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントが、下記の配列番号から成る群から選ばれた少なくとも４つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1536，SEQ ID NO: 1544，SEQ ID NO: 1568，SEQ ID NO: 1572，SEQ ID NO: 1582，SEQ ID NO: 1738，SEQ ID NO: 1891，SEQ ID NO: 1660，SEQ ID N O: 771，SEQ ID NO: 418，SEQ ID NO: 662，SEQ ID NO: 512，SEQ ID NO: 679， SEQ ID NO: 605，SEQ ID NO: 421，SEQ ID NO: 552，SEQ ID NO: 576，SEQ ID N O: 571．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントが、下記の配列番号から成る群から選ばれた少なくとも５つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1793，SEQ ID NO: 1832，SEQ ID NO: 1841，SEQ ID NO: 1860，SEQ ID NO: 1486，SEQ ID NO: 725，SEQ ID NO: 565，SEQ ID NO: 717，SEQ ID NO: 536，SEQ ID NO: 647，および SEQ ID NO: 409．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントが、下記の配列番号から成る群から選ばれた少なくとも６つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1465，SEQ ID NO: 1539，SEQ ID NO: 1693，SEQ ID NO: 1629，SEQ ID NO: 501，SEQ ID NO: 838，SEQ ID NO: 428，SEQ ID NO: 494，SEQ ID NO: 4 79，SEQ ID NO: 711，および SEQ ID NO: 722．別の実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの表面又は膜のポリペプチド又はそのフラグメントが、下記の配列番号から成る群から選ばれた少なくとも７つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリポリペプチド又はそのフラグメントである： SEQ ID NO: 1540，SEQ ID NO: 1791，SEQ ID NO: 1525，SEQ ID NO: 1558，SEQ ID NO: 1655，SEQ ID NO: 1517，SEQ ID NO: 645，SEQ ID NO: 670，SEQ ID NO: 746，SEQ ID NO: 493，SEQ ID NO: 540，SEQ ID NO: 612，SEQ ID NO: 629，SE Q ID NO: 484，SEQ ID NO: 485，SEQ ID NO: 486，および SEQ ID NO: 433．別の態様において、本発明は個々のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドメンバー、又はヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類の上記同定された群から選ばれたこのようなメンバーをコード化する核酸に関与するものである。別の態様において、本発明はヘリコバクター・ピロリのmRNAを結合できる核酸を特徴とする。このような核酸はヘリコバクター・ピロリのmRNAの翻訳を制御するアンチセンス核酸として作用することができる。別の態様は特異的にヘリコバクターピロリ核酸に結合することのできる核酸を特徴とする。これらの核酸はまたここで補体として言及され、プローブおよび捕捉試薬として利用される。別の態様において、本発明はヘリコバクター・ピロリ核酸に対応するオープンリーデイングフレームから成る発現系を特徴とする。核酸はさらに目的の宿主と両立できる制御配列から成る。発現系はヘリコバクター・ピロリ核酸に対応するポリペプチド類を作るのに有用である。別の態様において、本発明はヘリコバクター・ピロリポリペプチド類を生成するために発現系で形質転換された細胞を特徴とする。別の態様において、本発明は特異的にヘリコバクター・ピロリポリペプチド類に結合できるヘリコバクター・ピロリポリペプチド類に対して抗体を発生させる方法を特徴とする。このような抗体はヘリコバクター・ピロリに特異的な抗原の豊富さと分配性を評価するための免疫検定のための試薬として利用できる。別の態様において、本発明はヘリコバクター・ピロリに対する固体の免疫化のためにワクチンを生成する方法を特徴とする。その方法は、被験者をヘリコバクター・ピロリポリペプチド、例えば表面または分泌ポリペプチド、またはその活性部分および製剤上許容しうる担体で免疫化することから成る。このようなワクチンは治療および予防に利用する。別の態様において、本発明は変性免疫原ヘリコバクター・ピロリのポリペプチド、例えば表面または分泌ポリペプチド、またはその活性部分および製剤上許容しうる担体から成るワクチンを生成する方法を提供する。別の態様において、本発明は、ヘリコバクター・ピロリのポリペプチドを結合する能力について、例えば、ポリペプチド、例えば宿主細胞ポリペプチドのフラグメントなどの化合物を評価する方法を特徴とする。この方法は、候補の化合物をヘリコバクター・ピロリのポリペプチドと接触させ、この化合物がヘリコバクター・ピロリのポリペプチドと結合するか、または他の方法で相互作用するかを決定することから成る。ヘリコバクター・ピロリに結合する化合物はそのバクテリアの生活サイクルの活性剤または抑制剤としての候補者となる。これらの検定は試験管内または生体内で実施できる。別の態様において、本発明は、ポリペプチド、例えば宿主細胞ポリペプチドのフラグメントなどの化合物について、ヘリコバクター・ピロリの核酸、例えばDN AまたはRNAに対する結合能力を評価する方法を特徴とする。この方法は、候補の化合物をヘリコバクター・ピロリのポリペプチドと接触させ、この化合物がヘリコバクター・ピロリのポリペプチドと結合するか、または他の方法で相互作用するかを決定することから成る。ヘリコバクター・ピロリに結合する化合物は、そのバクテリアの生活サイクルの活性剤または抑制剤としての候補者となる。これらの検定は試験管内または生体内で実施できる。本発明はヘリコバクター・ピロリポリペプチド、好ましくはヘリコバクター・ピロリポリペプチドの実質的に純粋な調製物、または組み替えヘリコバクター・ピロリポリペプチドを特徴とする。好ましい実施態様において、このヘリコバクター・ピロリポリペプチドは生物学的活性を有する。このヘリコバクター・ピロリポリペプチドは配列リストに含まれる本発明のアミノ酸配列と少なくとも60％，70％，80％，90％，95％，98％または99％同じであるアミノ酸配列を有するが、好ましくは配列リストに含まれる本発明のアミノ酸配列と約65％同じである配列を有し、最も好ましくは配列リストに含まれる本発明のアミノ酸配列と約92％から約99％まで同じ配列を有する。このヘリコバクター・ピロリポリペプチドは配列リストに含まれる本発明のアミノ酸配列と本質的に同じアミノ酸配列を有する。このヘリコバクター・ピロリポリペプチドは少なくとも5、10、20 、50、100または150個のアミノ酸残基の長さを有する。このヘリコバクター・ピロリポリペプチドは配列リストに含まれる本発明の少なくとも5個、好ましくは少なくとも10個、さらに好ましくは少なくとも20個、さらに好ましくは少なくとも50個，100個または150個の隣接するアミノ酸残基を有する。さらに別の好ましい実施例において、配列リストに含まれる本発明のヘリコバクター・ピロリ・ポリペプチド・アミノ酸配列とは約７％から約８％まで配列同定が異なるアミノ酸配列も本発明の範囲に包含される。好ましい実施態様において、このヘリコバクター・ピロリポリペプチドは配列リストに含まれる本発明の核酸により、または配列リストに含まれる本発明の核酸と少なくとも60％，70％，80％、90％，95％，98％または99％同族体である核酸によりコードされる。好ましい実施態様において、本発明のヘリコバクター・ピロリポリペプチドは配列リストに含まれる本発明の配列とは少なくとも１個、２個、３個、５個、10 個またはそれ以上の残基がアミノ酸配列で異なることである。しかし、その相違点とは、ヘリコバクター・ピロリポリペプチドがヘリコバクター・ピロリポリペプチドの生物学的活性を示すこと、例えば、ヘリコバクター・ピロリポリペプチドが天然に産生のヘリコバクター・ピロリ酵素の生物学的活性を保持していることである。好ましい実施態様において、このポリペプチドは配列リストに含まれる本発明のアミノ酸配列の全てまたはフラグメントを有する；リーディングクレームにおいて別のアミノ酸残基、好ましくは配列リストに含まれる本発明の配列をコード化するゲノムDNAに対しゲノムDNA5'または3'によりコード化された残基に融合されたものを含む。さらに別の好ましい実施態様において、このヘリコバクター・ピロリ・ポリペプチドは最初のヘリコバクター・ピロリ・ポリペプチド部分と第二のポリペプチド部分、例えばヘリコバクター・ピロリに関係のないアミノ酸配列を有する第二ポリペプチド部分を有する組み替え融合蛋白質である。第二のポリペプチド部分は、例えば、グルタチオン-S-トランスフェラーゼ、DNA結合ドメイン、またはポリメラーゼ活性化ドメインのいずれかであることができる。好ましい実施態様において、融合蛋白質は２交雑検定法において使用できる。本発明のポリペプチド類は第二の転写発生、第二のRNAスライシング発生、および第二の翻訳と翻訳後の発生の結果として起きたものが挙げられる。本発明はまた免疫原調製物中にヘリコバクター・ピロリ・ポリペプチドを含む免疫原成分をその範囲に包含する。免疫原成分はヘリコバクター・ピロリ・ポリペプチドに特定の免疫反応、例えば、体液反応、抗体反応または細胞反応などを引き起こすことができる。好ましい実施態様において、免疫原成分は配列リストに含まれる本発明のポリペプチドからの少なくとも１個の抗原決定子から成る。別の態様において、本発明はヘリコバクター・ピロリ・ポリペプチドをコード化するヌクレオチド配列を有する実質的に純粋な核酸を提供する。好ましい実施態様において、コード化されたポリペプチドは生物活性を有する。コード化されたポリペプチドは配列リストに含まれる本発明のアミノ酸配列と少なくとも60%, 70%,80%,90%,95%,98%または99%同じであるアミノ酸配列を有する。コード化されたポリペプチドは配列リストに含まれる本発明のアミノ酸配列と本質的に同じアミノ酸配列を有する。コード化されたポリペプチドは少なくとも5、10、20、50、100または150個のアミノ酸残基の長さを有する。コード化されたポリペプチドは配列リストに含まれる本発明の少なくとも5個、好ましくは少なくとも10個、さらに好ましくは少なくとも20個、さらに好ましくは少なくとも50個，100個または150個の隣接するアミノ酸残基を有する。好ましい実施態様において、本発明の核酸は配列リストに含まれるものであり、配列リストに含まれる本発明の核酸と少なくとも60％，70％，80％、90％，95 ％，98％または99％同族体である。好ましい実施態様において、コード化されたヘリコバクター・ピロリ・ポリペプチドは（例えばアミノ酸置換、少なくとも１個のアミノ酸残基の添加または削除により）配列リストに含まれる本発明の配列とは１個、２個、３個、５個、10 個またはそれ以上の残基がアミノ酸配列で異なる。しかし、その相違点とは、ヘリコバクター・ピロリコード化ポリペプチドがヘリコバクター・ピロリの生物学的活性を示すこと、例えば、コード化されたヘリコバクター・ピロリ酵素が天然に発生するヘリコバクター・ピロリの生物学的活性を保持していることである。好ましい実施態様において、コード化されたポリペプチドは配列リストに含まれる本発明のアミノ酸配列の全てまたはフラグメントを有する；リーディングクレームにおいて別のアミノ酸残基、好ましくは配列リストに含まれる本発明の配列をコード化するゲノムDNAに対しゲノムDNA5'または3'によりコード化された残基に融合されたものを含む。好ましい実施態様において、主題のヘリコバクター・ピロリの核酸は、組み替え宿主細胞においてヘリコバクター・ピロリ遺伝子配列が発現に適するようにヘリコバクター・ピロリ遺伝子配列に操作して結合される、転写の規則的な配列、例えば転写プロモーターまたは転写エンハンサー配列の少なくとも１つを有するようになることである。さらに別の好ましい実施態様において、本発明のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する核酸は配列リストに含まれる発明の少なくとも８個の連続ヌクレオチド、さらに好ましくは少なくとも12個の連続ヌクレオチド、さらに好ましくは少なくとも20個の連続ヌクレオチド、さらに好ましくは少なくとも40個の連続ヌクレオチドに対応する核酸プローブに厳しい条件下で雑種形成する。好ましい実施態様において、核酸は配列リストに含まれる本発明の配列とは少なくとも１個のアミノ酸残基が異なるペプチドをコード化する。好ましい実施態様において、核酸は配列リストに含まれる本発明のヌクレオチド配列とは少なくとも１個のヌクレオチドが異なり、配列リストに含まれる本発明のアミノ酸類をコード化する。別の態様において、本発明はここに説明されたようにヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはヘリコバクター・ピロリのペプチドの変異体をコード化する核酸を含むベクター；該ベクターでトランスフェクションされた宿主細胞；および該宿主細胞を例えば細胞培地で培養し、該細胞または細胞培地からヘリコバクター・ピロリまたはヘリコバクター・ピロリのポリペプチド変異体を単離することから成る組み替えヘリコバクター・ピロリのポリピプチドまたはヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの変異体を生産する方法をその範囲に包含する。別の態様において、本発明は配列リストに含まれる本発明の配列と少なくとも 50％，60％，70％，80％、90％，95％，98％または99％同族体である精製された組み替え核酸を特徴とする。本発明はまた実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含むプローブまたはプライマーを提供する。オリゴヌクレオチドは配列リストに含まれる本発明のセンスまたはアンチセンスの配列の少なくとも10個の連続ヌクレオチドまたは天然に発生するその変異体に厳しい条件下で雑種形成するヌクレオチド配列の領域を有する。好ましい実施態様において、プローブまたはプライマーはさらにそれに付着される標識基を有する。この標識基は例えばラジオアイソトープ、蛍光化合物、酵素、および／または酵素補因子が挙げられる。好ましくは、オリゴヌクレオチドは少なくとも10個ヌクレオチドから成り、20個未満、30個、50個、１00個または150個のヌクレオチドの長さから成る。本発明はさらに本発明のポリペプチドをコード化する例えばRNAまたはDNAなどの核酸を提供する。これは二本鎖核酸ばかりでなく遺伝暗号を指定するアンチセンス一本鎖も包含する。ヘリコバクター・ピロリ菌株は、それからゲノム配列が作られ、菌株HP-J99としてAmerican Type Culture Collection（ATCC#55679）に寄託された。本発明に包含されるものとしては、対立遺伝子の変形物、自然変異体、誘導変異体、配列リストに含まれる本発明のポリペプチドをコード化する核酸に高度のまたは低度の厳しさの条件下で雑種形成するDNAによりコード化された蛋白質（高度および低度の厳しさの定義については、Current Protocols in Molecular B iology(分子生物学における現在のプロトコル),John Wikey & Sons，New York， 1989，6.6.1-6.3.6が参照によりここに組み込まれる）およびヘリコバクター・ピロリのポリペプチドに抗血清により、特にヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの活性部位または結合ドメインに抗血清により特異的に結合したポリペプチド類が挙げられる。本発明はまたフラグメント、好ましくは生物学的に活性なフラグメントを包含する。これらのポリペプチド類および他のポリペプチド類もここではヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類似体または変異体と呼ばれる。表１に示されるように、本発明のヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類のいくつかについて推定される機能が決定された。従って、これらの確認された機能における請求されたヘリコバクター・ピロリポリペプチドの用途も本発明の範囲内である。さらに、本発明は、下記の表１に示されるような特徴を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドを包含し、これにはヘリコバクター・ピロリ細胞エンベロープ蛋白質、ヘリコバクター・ピロリの細胞周辺蛋白質／分泌蛋白質、ヘリコバクター・ピロリ細胞質蛋白質および他のヘリコバクター・ピロリ表面および膜蛋白質が含まれる。これらの群に含まれるものはBLAST同族体探査および分泌シグナルまたは経膜的蛋白質モティーフの探査により確認された。（表１の同じ列のポリペプチド類、すなわち、１列と３列、または２列と４列は後記の表３に示されるように互いに関連している）。定義精製または単離されたポリペプチド、またはポリペプチドの実質的に純粋な調製物はここではどちらでも互換性を持って同じ意味に使われており、ここで使われているように天然発生したものに混じっている他の蛋白質、脂質および核酸を分離して取り除いたポリペプチドを意味する。好ましくは、このポリペプチドはまたそれを精製するために使用された例えば抗体またはゲルマトリックス、例えばポリアクリルアミドなどの物質からも分離される。好ましくは、このポリペプチドは精製された調製物の少なくとも10，20，50，70，80、または95乾燥重量％を占める。好ましくは、この調製物には蛋白質を配列させることのできる充分なポリペプチド、少なくとも1，10，または100μgのポリペプチド；少なくとも1， 10，100mgのポリペプチドが含まれる。精製された細胞調製物は、植物または動物の細胞の場合、細胞の試験管内調製物のことを指しており、完全な無傷の植物または動物のことではない。培養された細胞または微生物細胞の場合、その精製された細胞調製物は、核細胞の少なくとも10%、さらに好ましくは50%を含む調製物から成る。精製または単離されたまたは実質的に純粋な核酸、例えば実質的に純粋なDNA （これらの用語はここでは互換性がある）とは、下記の内の１つまたは両方の核酸である：すなわち、核酸が誘導される微生物体の天然に発生したゲノムにおいて直接隣接している遺伝暗号指定配列（すなわち、5'末端にあるものおよび3'末端にあるもの）の両方と直接に隣接していない核酸；または核酸が誘導される微生物体に発生する核酸を実質的に含まない核酸である。この用語には、ベクター、例えば、自律的に複製するプラスミドまたはウイルスまたは原核生物または真核生物のゲノムDNAに取り込まれる組み替えDNA、または他のDNA配列とは無関係の別の分子（例えば、PCRまたは制限エンドヌクレアーゼ処理により生成されたc DNAまたはゲノムDNAフラグメント）として存在する組み換えDNAが含まれる。実質的に純粋なDNAには、別のヘリコバクター・ピロリDNA配列をコード化するハイブリッド遺伝子の一部である組み替えDNAも含まれる。ここで使用する「コンティグ(contig)」とは、微生物のゲノム配列の連続的広がりを示す核酸のことである。ここではORFとも称されるが、「オープンリーディングフレーム」はポリペプチドをコード化する核酸の領域である。この領域は遺伝暗号指定配列の一部または全配列を表し、ストップコドンからストップコドンまでまたはスタートコドンからストップコドンまで決定できる。ここで使用する「遺伝暗号指定配列」とは、適当な規則的配列の制御下に置かれた場合にメッセンジャーRNAに転写されるおよび／またはポリペプチドに翻訳される核酸のことである。遺伝暗号指定配列の境界は５プライム末端にある翻訳スタートコドンおよび３プライム末端にある翻訳ストップコードにより決定される。遺伝暗号指定配列には、メッセンジャーRNA、合成DNA、および組み換え核酸配列が含まれるがこれに限定されない。ここで使用する核酸の「補体」とは、元の配列と共にワトソンークリック塩基対に参加するアンチパラレルまたはアンチセンス配列を指す。「遺伝子産出物」とは遺伝子により特異的にコード化される蛋白質または構造 RNAのことである。ここで使用する「プローブ」とは、関心の分子に特異的に結合する核酸、ペプチドまたは他の化学的物体を指す。プローブはしばしば標識と連結されまたは連結できる。標識は検出可能な化学的物体の一部分である。典型的な標識としては、染料、ラジオアイソトープ、蛍光および化学ルミネセンスの部分、発蛍光団、酵素、沈殿剤、増幅配列などが挙げられる。同様に、核酸、ペプチドまたは関心の分子に特異的に結合し固定化させる他の化学物質はここでは「捕獲配位子」と呼ばれる。捕獲配位子は典型的には例えばニトロセルロース、ガラス、ナイロン膜、ビーズ、粒子などの支持体と結合しまたは結合できる。雑種形成の特異性はヌクレオチドの塩基対組成物、反応の温度および塩濃度などの条件次第で決定される。これらの条件は当該技術に通常の知識を持つものなら決まった実験を行うことにより容易に認識できることである。同族体とは、２つのポリペプチドまたは２つの核酸分子が類似のまたは同じ配列であることを指す。２つの比較配列の両方の位置が同じ塩基またはアミノ酸単量体サブユニットで占められている場合、例えばもし２つのDNA分子のそれぞれの位置がアデニンで占められているなら、その分子はその位置で同族である。２つの配列の間の同族である割合は２つの配列が共有する、一致する、または同族の位置の数を比較する位置の数の100倍で割って得られる関数である。例えば、２つの配列の位置の10の内の６が一致または同族であるなら、その２つの配列は 60%同族である。例を挙げると、DNA配列ATTGCCおよびTATGGCは50%同族である。一般に、２つの配列が最大同族性を与えるように配列される場合に比較がされる。核酸はその少なくとも１本鎖が他の核酸に限定された厳しい条件下でアニールできる場合、互いに交雑形成可能である。交雑形成の厳しさは、(a)交雑形成および／または洗浄が行われる温度、および(b)交雑形成および洗浄溶液のイオン性強度と極性により決定される。雑種形成は２つの核酸が補足し合う配列を含んでいることが必要である。しかし、雑種形成の厳しさによるが、不適合は大目に見られるかもしれない。典型的なものとして、高度の厳しさで（例えば、65℃で 0.5XSSCの溶液の場合）２つの配列の雑種形成は、その配列が本質的に完全に同族である必要がある。中位の厳しさの条件（例えば,65℃で2XSSCの場合）および低度の厳しさの条件（例えば55℃で2XSSCの場合）は、雑種形成する配列の間の総合的な相補性はそれに対応して少なくなる必要がある。（1XSSCは0.15MのNaCl であり、0.015M のクエン酸ナトリウムである）。ここで使用されるペプチド類、蛋白質類およびポリペプチド類の用語は互換性がある。ここで使用されているように、「表面蛋白質」とは全ての表面の接近可能な蛋白質のことを指し、例えば、内膜および外膜の蛋白質類、細胞壁に接着している蛋白質類、および分泌された蛋白質類のことである。ポリペプチドは下記の特性を１つ、２つおよび好ましくはそれ以上備えている場合にヘリコバクター・ピロリ生物活性を有する：（１）ヘリコバクター・ピロリの中で発現される場合にポリペプチドが細胞にヘリコバクター・ピロリを接着させるのを促進または仲介できる場合；（２）ポリペプチドがヘリコバクター・ピロリの蛋白質の特徴を有する酵素活性、構造的または規則的機能を有する場合；（３）またはポリペプチドをコード化する遺伝子がヘリコバクター・ピロリの遺伝子の致死的突然変異を救うことができる場合。ポリペプチドが上記特性の１つを有するポリペプチドの拮抗剤、作用剤、または超作用剤である場合に生物活性を有する。生物学的活性フラグメントまたは類似体は配列リストに含まれる本発明のヘリコバクター・ピロリポリペプチド類、または他の天然のヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類、例えば、ここに説明された生物学的活性の１つ以上の特徴を有する生体内または試験管内活性を有するものである。特に好ましいものは、生体内に存在するフラグメントであり、例えば、翻訳後の過程で発生するフラグメントまたは代わりにスライスされたRNAの翻訳から発生するフラグメントである。フラグメントは本来の細胞または外生の細胞ばかりでなく発現系で作られたもの例えばCHO細胞において発現されたものを包含する。ヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類などのペプチド類はしばしば一定の範囲の生理学的特性を示し、このような特性は分子の様々な異なる部分に属するものなので、有用なヘリコバクター・ピロリのフラグメントまたはヘリコバクター・ピロリの類似体はヘリコバクター・ピロリの活性の生物学的検定において生物活性を示すものである。最も好ましくは、フラグメントまたは類似体は生体内または生体外の検定においてヘリコバクター・ピロリの活性の10%、好ましくは40%、さらに好ましくは60% ，70%，80%，90%，またはそれ以上を有する。類似体は天然のヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類とはアミノ酸配列または配列に関係ない方法、またはその両方において相違する。非配列変更としては、アセチル化、メチル化、ホスホリル化、カルボキシル化またはグリコシル化の変更が挙げられる。好ましい類似体としては、配列が野性型の配列と１個以上の保存性アミノ酸置換または１個以上の非保存性アミノ酸置換または削除またはヘリコバクター・ピロリポリペプチドの生物活性を実質的に減少させない挿入により異なるヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類（またはその生物活性フラグメント）が挙げられる。保存性置換の典型的なものとしては、１つのアミノ酸を類似の特性を有する別のアミノ酸と置換する、例えば下記の群の範囲内の置換が挙げられる：バリン、グリシン；グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパルギン酸、グルタミン酸；アルパラギン、グルタミン；セリン、トレオニン；リシン、アルギニン；およびフェニルアラニン、チロシンが挙げられる。他の保存性置換も下記の表を見て行うことができる。本発明の範囲内の他の類似体は、ペプチド安定性を増加させた変性させたものが挙げられる。このような類似体は、例えば、ペプチド配列内に１個以上の非ペプチド結合（ペプチド結合と置換する）を含有するかもしれない。また、天然の L-アミノ酸類以外の残基、例えば、D-アミノ酸類または非天然または合成のアミノ酸類、例えばβアミノ酸類またはγアミノ酸類；および環式類似体が挙げられる。ここで使用されている「フラグメント」という用語は、ヘリコバクター・ピロリの類似体にも使用できるが、その長さは通常少なくとも約20個の残基、さらに典型的なものとしては少なくとも約４０個の残基、好ましくは少なくとも約６０個の残基から成る。ヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類のフラグメントは当該技術に精通した者に周知の方法により生成できる。ヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの生物活性を示す候補のフラグメントの能力はここに説明したように当該技術に精通した者に周知の方法で検定できる。ペプチドの生物活性に必要とされない残基または代わりのmRNAスライシングまたは代わりの蛋白質加工から発生する残基を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類も含まれる。ここで使用される「免疫原成分」は一部分であり、例えばヘリコバクター・ピロリのポリペプチド、類似体またはフラグメントであり、宿主動物に体液および／または細胞免疫反応を引き起こすことができる。ここで使用される「抗原成分」は一部分であり、例えばヘリコバクター・ピロリのポリペプチド、類似体またはフラグメントであり、十分に高度の親和性を持って特定の抗体に結合し、検出可能な抗原−抗体複合体を形成できる。ここで使用される「導入遺伝子」とは、導入されるトランスジェニック動物または細胞にとって一部または全部異質、すなわち異物である、または導入されるトランスジェニック動物または細胞の内生遺伝子にとって同族であるが、挿入される細胞のゲノムを変更するように細胞のゲノムに挿入されるように設計されているかまたは挿入される（例えば、天然の遺伝子とは異なる位置に挿入される、またはその挿入がノックアウトを引き起こす）核酸（例えば、１個以上のポリペプチドをコード化する）を意味する。導入遺伝子は１個以上の転写性の規則的な配列および他の核酸で例えばイントロンなどを含むことができるが、選ばれた核酸の最適発現に必要であり、選ばれた核酸に操作により全て結合され、エンハンサー配列を含んでもよい。ここに使用される「トランスジェニック」という用語は、導入遺伝子を含む細胞を指す。ここで使用する「トランスジェニック」は動物の細胞の１個以上、好ましくは本質的に全てが導入遺伝子を含む動物を指す。導入遺伝子は細胞の前駆体に直接または間接的に導入することにより、慎重な遺伝子操作、例えば反応能を持つ細胞の形質転換またはマイクロインジェクションまたは組み換えウイルスでの感染によるなどして細胞に導入できる。この分子は染色体内に一体化される、または染色体外でDNAを複製してもよい。ここで使用する「抗体」は特にヘテロバクター・ピロリのポリペプチド類と反応性を示すフラグメントを含むものとする。ここで使用する「細胞特異的プロモーター」はプロモーターとして役立つ、すなわち、プロモーターに操作により結合された選ばれたDNA配列の発現を調節し、組織の特定の細胞の選ばれたDNA配列の発現を行うDNA配列を意味する。この用語には、いわゆる「漏出」プロモーターも含まれ、これは最初に１つの組織で選ばれたDNAの発現を調節するが、他の組織にも発現を引き起こす。ここで使用される誤発現は遺伝子発現の非野性型パターンを指す。これには、非野性型レベル、すなわち発現以上または発現以下の発現；遺伝子が発現される時期または段階に関して野性型とは異なる発現のパターン、例えば、一定の発展期間または段階における（野性型に比べて）発現が減少または増加するなど；一定の細胞型または組織型における（野性型と比べて）発現が減少する点で野性型と異なる発現のパターン；発現されたポリペプチドのスライスのサイズ、アミノ酸配列、翻訳後修正、または生物活性に関して野性型と異なる発現のパターン；遺伝子の発現に及ぼす環境刺激または細胞外刺激の影響に関して野性型と異なる発現のパターン、例えば、刺激の強さが増減した場合に(野性型と比べて)発現が増減するパターンなどが挙げられる。ここで使用される「宿主細胞」および他の単一細胞体として培養された微生物またはさらに高度な真核細胞系を示すこのような用語は、組み換えベクターまたは他の転移DNAの受容体として使用されてきた細胞を指し、トランスフェクションされた元の細胞の子孫を含む。当該技術に精通した者なら誰でも単一の親の細胞の子孫は最初の親とゲノムまたは全DNA補体が完全に同じであることは、偶然または計画的な突然変異のせいで、あり得ないことをよく理解している。ここで使用されている「制御配列」という用語は、コード化された配列の発現を行うために配位されている宿主の微生物により認識されている塩基配列を有する核酸を指す。このような制御配列の性質は宿主の微生物次第で異なる。原核生物の場合、このような制御配列としては一般にプロモーター、リボゾーム結合部位、ターミネータ、および場合によりオペレータが挙げられる。真核生物の場合一般にこのような制御配列にはプロモーター、ターミネータ、および場合によりエンハンサーが含まれる。制御配列という用語は最低限、発現に必要な全ての成分を含むものであり、また例えばリーダー配列など存在すると有利である別の成分も含まれる。ここで使用される「操作により結合」という用語は、それらの意図する方法で機能に接合または配位される配列を指す。例えば、制御配列は遺伝暗号指定配列の発現が制御配列および宿主細胞と匹敵する条件下で達成されるような方法で配位により遺伝暗号指定配列に操作で結合される。ここで使用される物質の代謝とは、物質の発現、機能、作用または調節の態様を意味する。物質の代謝には変性、例えば物質の共有または非共有変性が挙げられる。物質の代謝にはその物質が他の物質に引き起こす変性、例えば共有または非共有変性が挙げられる。物質の代謝は物質の分配の変更も挙げられる。物質の代謝は他の物質の分配にその物質が引き起こす変更も含まれる。ここで使用する「試料」は生物学的試料を指し、例えば固体から単離された組織または流体（血漿、血清、脳脊髄液、リンパ液、涙、唾液および組織の部分などが挙げられるがこれに限定されない）または試験管内細胞培養構成成分および環境からの試料が挙げられる。本発明の実施に当たり、特に指定されない限り、従来の化学、分子生物学、微生物学、組み換えDNA、および免疫学の方法を使用するが、当該技術の範囲内である。このような方法は文献で十分に説明されている。例えば、Sambrook，Frit sch，and Maniatis，Molecular Cloning; Laboratory Manual 2nd ed．(1989); DNA Cloning，Volumes I and II(D.N Glover ed．1985); Oligonucleotide Synt hesis(M.J．Gait ed，1984); Nucleic Acid Hybridization(B.D．Hames & S.J． Higgins eds．1984); the series，Methods in Enzymology(Academic Press，In c.)，particularly Vol．154 and Vol 155（Wu and Grossman，eds.）and PCR-A Practical Approach(McPherson，Qurke，and Taylor，eds.，1991)．Ｉ．ヘリコバクター・ピロリの核酸の単離およびその用途ヘリコバクター・ピロリのゲノム配列本発明はヘリコバクター・ピロリのゲノムのヌクレオチド配列を提供し、これはヘリコバクター・ピロリゲノムDNAのDNA配列ライブラリーから成る。以下の詳細な説明でヘリコバクター・ピロリのヌクレオチド配列を提供し、またその配列が得られる方法、およびORFおよび蛋白質の遺伝暗号指定配列が同定される方法を説明する。診断および治療用途を含む方法で開示されたヘリコバクター・ピロリの配列を使用する方法も説明する。さらに、該ライブラリーがヘリコバクター・ピロリのこの菌株および他の菌株の医療上重要な配列について同定および比較するためのデータベースとして使用できる。ヘリコバクター・ピロリのゲノム配列を決定するために、DNAをヘリコバクター・ピロリの菌株(ATCC#55679)から単離し、噴霧により機械的にせん断して２kbのメジアンサイズにした。ゲル電気泳動によりサイズ分画を行った後で、フラグメントをブラントエンド化し、調製材のオリゴヌクレオチド類に配位結合し、20個の異なるpMPXベクターのそれぞれにクローン化し(RICE ET AL.，ABST RACTS OF MEETING OF GENOME MAPPING AND SEQUENCING，COLD SPRING HARBOR，N Y，5/11-5/15，1994，P.225)、一連の「ショットガン」サブクローンライブラリーを構成した。 DNA配列の作成は、Church et al.，1988，Science 240:185; 米国特許第4,942 ,124号および5,149,625号に開示されているように主として多数の配列作成方法を使って達成された。DNAは集められた培養物から抽出され、化学的または酵素による配列化が行われた。配列反応は電気泳動により分解され、得られた産出物はナイロン膜に送られ共役結合された。最後に、このナイロン膜は様々なショットガンクローン化ベクターに存在する「タグ」配列に相補的である一連の標識を付けられたオリゴヌクレオチドと連続的に雑種形成された。このようにして、多数の配列が１組の配列反応から得られた。クローン化および配列化の方法はさらに詳細に実施例で説明する。このようにして得られた個々の配列読み取りは FALCONＴＭプログラム(Church et al.，1994，Automated DNA Sequencing and Analysis，J.c．Venter，ed.， Academic Press)およびPHRAP(P．Green，Abstracts of DOE Human Genome Progr am Contractor-Grantee Workshop V，Jan．1996，p.157)を使って集められた。平均のコンティグ(contig)の長さは約3-4kbであった。ヘリコバクター・ピロリのゲノム全体を表す連続的な配列を得るために様々な方法を用いてコンティグを並べた。各コンティグの末端にある配列を補う合成オリゴヌクレオチド類が設計されている。これらのオリゴヌクレオチド類は、個々のコンティグ間の接合領域に対応する配列を含むクローン類を同定するために、例えばラムダファージベクターまたはプラスミドベクターのヘリコバクター・ピロリゲノムDNAのライブラリーに雑種形成される。このようなクローン類は鋳型D NAを単離するために使用され、同じオリゴヌクレオチド類は連接フラグメントを増幅するためにポリメラーゼ鎖反応（PCR）におけるプライマー類として使用され、そのヌクレオチド配列が次に決定される。ヘリコバクター・ピロリ配列は少なくとも180個のヌクレオチドから成る解放読み取り枠（ORF）の存在に関して分析された。ストップからストップまでのコドンの読み取りに基づくORFの分析結果として、これらのORFは天然のヘリコバクター・ピロリポリペプチドのORFに対応しないことが理解されるべきである。これらのORFは天然のヘリコバクター・ピロリポリペプチドの蛋白質合成の開始を指示するスタートコドンを有するかもしれない。ここに提供されるこのようなOR F内のスタートコドンは関連技術に普通の知識を持つ者なら容易に同定することができるし、得られたORFおよびコード化されたヘリコバクター・ピロリポリペプチドは本発明の範囲内である。例えば、ORFのコドンの内部では、蛋白質合成の開始シグナルの一部である例えばAUGまたはGUG（メチオニンまたはバリンをコード化する）は同定することができ、ORFは天然のヘリコバクター・ピロリポリペプチドに対応するように変性される。予測される遺伝暗号指定領域はプログラムGENEMARKＴＭ(Borodovsky and McIninch．1993，Comp．Chem．17:123)を使ってこのような配列の遺伝暗号指定能力を評価することにより限定される。他のヘリコバクター・ピロリ核酸類本発明の核酸類はポリメラーゼ鎖反応（PCR）を使うことにより上記ヘリコバクター・ピロリ菌株のDNAから直接的に得られる。PCRの詳細については、"PCR， A Practical Approach"(McPherson，Quirke，and Taylor，eds.，IRL Press．Ox ford，UK，1991)を参照せよ。発現前に忠実なDNAの複製を得るために極めて現物そっくりなPCRが使用できる。さらに、増幅された産出物の忠実性は従来の配列方法により検査することができる。本発明で説明された所望の配列を有するクローン類はまた、当該技術において周知のライブラリーコロニーまたはプラークのリフトをふるいにかけるためにPCRによりまたは合成オリゴヌクレオチドプローブの雑種形成によりライブラリーを精査することによっても得られる(Sambrook et al.，Molecular Cloning，A aboratory Manual 2nd edition，1989，Cold Spring Harbor Press，NY 参照)。ここに記載のプロトコルに従ってcDNAライブラリーからヘリコバクター・ピロリポリペプチド類をコード化する核酸を得ることも可能である。ヘリコバクター・ピロリポリペプチドをコード化するcDNAは適当な菌株からmRNA全部を単離することにより得られる。二重ストランドのcDNAはこの全mRNAから調製できる。その後で、cDNAが適当なプラスミドまたはウイルス（例えば、バクテリオファージ）ベクターに任意の周知の方法で挿入できる。ヘリコバクター・ピロリポリペプチド類をコード化する遺伝子は本発明により提供されるヌクレオチド配列情報に従って既成のポリメラーゼ鎖反応技術を使ってクローン化することができる。本発明の核酸はDNAまたはRNAであり得る。本発明の好ましい核酸は配列表に含まれる。本発明の核酸類はまた標準的な技術を使って化学的に合成できる。ポリデオキシヌクレオチド類を化学的に合成する様々な方法が知られており、固体相合成も含まれるが、これはペプチド合成のように、市販のDNA合成装置で完全に自動化されている。（参照により本明細書に取り入れてある、板倉らの米国特許第4,59 8,049号、カルーサーらの米国特許第4,458,066号、および板倉らの米国特許第4, 401,796号および4,373,071号参照）。本発明の特徴に従って単離または合成された核酸は、例えばプローブ、プライマー、捕獲配位子、アンチセンス遺伝子として、またこのような配列に対応する蛋白質およびペプチド類の合成のために発現系を開発するのに有用であるが、これらに限定されるものではない。プローブ、プライマー、捕獲配位子およびアンチセンス剤として核酸は通常配列表に含まれる本発明の核酸類の全てまたは一部（安定な雑種形成産出物を形成するための能力と同様特異性のためにも約２０個以上のヌクレオチド）から構成される。これらの用途はさらに以下詳細に説明する。プローブ配列表に含まれる本発明の配列に従って単離または合成された核酸は特にヘリコバクター・ピロリを検出するためのプローブとして使用できる。本出願において示された配列情報で、ヘリコバクター・ピロリに関する所望の包含性および排除性を提供する20個以上のヌクレオチドの配列が同定され、外部の核酸は雑種形成条件中に遭遇するようである。さらに好ましくは、プローブと目的の標的分子との間で形成された雑種形成産出物に安定性を与えるために配列は少なくとも２０個から３０個のヌクレオチドから成る。長さが1000個以上のヌクレオチドの配列は合成が難しいが、組み替えDNAの方法により生成できる。当該技術に精通した者なら、プローブとして使用するための核酸は雑種形成産出物の検出を容易にするために標識付けができることを容易に認識するであろう。配列表に含まれる本発明の配列に従って単離および合成された核酸は、ここに記載の適度に厳しい雑種形成条件を使ってヘリコバクターの他の種の同族領域（特に同族遺伝子類）を検出するためのプローブとして有用である。捕獲配位子捕獲配位子として使用するために、プローブについて上記説明したような方法で選ばれた核酸は容易に支持体と連結できる。核酸が支持体と連結する方法は周知である。配列表に含まれる本発明の配列中２０個以上のヌクレオチドを有する核酸はヘリコバクター・ピロリの核酸を互いの核酸からまた他の微生物の核酸から分離するのに利用する。配列表に含まれる本発明の配列中に２０個以上のヌクレオチドを有する核酸は他のヘリコバクター種を相互にまた他の微生物から分離するのに利用できる。好ましくは、プローブと目的の標的分子との間で形成された雑種形成産出物に安定性を与えるために配列は少なくとも２０個のヌクレオチドから成る。長さが1000個を超えるヌクレオチドの配列は合成が難しいが、組み替えDNAの方法により生成できる。プライマーここに記載の配列に従って単離また合成された核酸はヘリコバクター・ピロリの核酸の増幅のためのプライマーとして利用できる。これらの核酸はまた他のヘリコバクター種に核酸を増幅するためのプライマーとして利用できる。ポリメラーゼ鎖反応（PCR）方法に関しては、配列表に含まれる本発明の１０個以上１５個までのヌクレオチド類の核酸配列はヘリコバクター・ピロリの核酸の複製を作るために適当な酵素と試薬と共に利用できる。さらに好ましくは、配列はプライマーと目的の標的分子との間で形成された雑種形成産出物に安定性を与えるために２０個以上のヌクレオチドから成る。100個を超えるヌクレオチドのプライマーの結合条件は特異性を得るために制御するのがさらに困難である。高度の忠実性のPCRを使用して発現の前に忠実なDNA複製を確保できる。さらに、増幅された産出物は従来の配列方法により検査することができる。複製は、ヘリコバクター・ピロリおよび／または他のヘリコバクター種由来の遺伝子を含む特定の配列を検出するための診断検定で使用できる。複製はまたPC Rにより合成された核酸に対応するポリペプチド類を生成するためにクローンおよび発現ベクターに取り入れることができるが、ここでさらに詳細に説明する。アンチセンスここに記載の配列に従って単離または合成された核酸または核酸雑種形成誘導体はヘリコバクター・ピロリ遺伝子の発現を防ぐためのアンチセンス剤として利用できる。これらの配列はまた他のヘリコバクター種の遺伝子の発現を防ぐためのアンチセンス剤として利用できる。１つの実施態様において、ヘリコバクター・ピロリの核酸に対応する核酸または誘導体はバクテリアの細胞に導入するためにリポソームまたはバクテリオファージなどの適当な担体に搭載される。例えば、２０個以上のヌクレオチドを有する核酸はバクテリア核酸またはバクテリアメッセンジャーRNAに結合できる。好ましくは、アンチセンス核酸は非天然発生核酸およびバクテリア核酸および／またはバクテリアメッセンジャーRNAの雑種形成産出物の必要な安定性を提供するために２０個以上のヌクレオチドから成る。長さが1000個を超えるヌクレオチドの配列を有する核酸は合成が困難であるが、組み替えDNA法により生成できる。リポソームにアンチセンス核酸を搭載する方法は1980年12月23日に発行された米国特許第4,241,046号に例示されているように当該技術において知られている。II．ヘリコバクターピロリ核酸の発現ここに記載の配列に従って単離または合成された核酸はポリペプチド類を生成するのに利用できる。ヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類の活性部分をコード化する、配列表に示される本発明の核酸または前記核酸のフラグメントは適当なベクターにクローン化され、または核酸を単離するのに使用できる。単離された核酸は適当なDNA結合子と結合され、適当なベクターにクローン化される。特定の遺伝子またはオペロンの機能は、問題の遺伝子またはオペロンにより特定される遺伝子産出物の活性が特異的に測定できる条件下でバクテリア菌株に発現することにより確かめることができる。あるいは、遺伝子産出物は抗原、産業用試薬として使用するため、構造的研究のためなどの目的で発現菌株に大量に産出される。この発現は試験されるべき遺伝子の活性が欠けている変異体菌株、または同じ遺伝子産出物を生成しない菌株において達成できる。これには、ヘリコバクターの他の菌株、または他のバクテリア菌株で例えば大腸菌、ノルカールディア、コリネバクテリウム、カンピロバクター、およびストレプトマイセス種などが挙げられるが、これに限定されない。発現宿主が天然のヘリコバクター・プロモーターを利用する場合もあるが、他の場合は発現微生物から誘導されたプロモーター配列を有する遺伝子を誘導する必要がある（例えば、大腸菌における発現のために大腸菌ベーターガラクトシダーゼ・プロモーター）。天然のヘリコバクター・ピロリのプロモーターを使って遺伝子産出物を発現させるために、下記のような方法が使用できる。関心のある遺伝子を含有する制限フラグメントがその関連の天然のプロモーター要素および調節配列（DNA配列データを使って同定されたもの）と共に、宿主の生物体中で機能する複製の元を含有する適当な組み替えプラスミドおよび適当な選択性のマーカーの中にクローン化される。これは当該技術に精通した者に周知の複数の方法により達成できる。それは最も好ましくは、２つの断片を接合するための配位結合を可能にする和合性端部を生成するために、同じ制限酵素でクローン化されるプラスミドとフラグメントを切断することにより行われる。組み替えプラスミドは、例えば電気泳動などにより宿主の生物体内に導入され、組み替えプラスミドを含有する細胞はプラスミド上のマーカーを選択することにより同定される。所望の遺伝子産出物の発現はその遺伝子産出物に特定の検定法を使って検出される。別のプロモーターを必要とする遺伝子の場合は、遺伝子の本体（遺伝コード指定配列）は特に摘出され、適当な発現プラスミド中にクローン化される。このサブクローン化は複数の方法により行われるが、特定のフラグメントのPCR増幅およびクローン化のための適当な末端部を作るために制限酵素またはエクソヌクレアーゼでPCR産出物を処理した後で発現プラスミド中に配位結合することにより最も簡単に達成される。遺伝子の発現のための適当な宿主細胞は原核生物または真核生物の細胞である。例えば、ヘリコバクター・ピロリのポリペプチドは大腸菌、昆虫の細胞（バキュロウイルス）、酵母などのバクテリア細胞、またはチャイニーズハムスターの卵巣細胞(CHO)など哺乳類の細胞に発現される。他の適当な宿主細胞は当該技術に精通した者に周知である。哺乳類、酵母または昆虫の細胞など真核生物の細胞における発現は、組み替えペプチド産出物の部分的または完全なグリコシル化および／または組み替えペプチド産出物の関連の鎖内または鎖間のジスルフィド結合形成をもたらすことができる。酵母S.cerivisaeにおける発現のためのベクターの例としては、pYepSecl( Baldari,et al.，(1987)Embo J.6:229-234)，pMFa(Kurjan and Herskowitzs，(1 982)Cell 30:933-943)，pJRY88(Schultz et al.，(1987)Gene 54:113-123)，およびpYES2(Invitrogen Corporation，San Diego，CA)が挙げられる。培養された昆虫細胞の蛋白質の発現のために入手できるバキュロウイルスベクターとしては、pAcシリーズ(Smith et al.，(1983)Mol．Cell Biol．3:2156-2165)およびpVL シリーズ(Lucklow，V.A．and Summers，M.D.，(1989)Virology 170:31-39)が挙げられる。一般に、COS細胞(gluzman．Y.，(1981)Cell 23:175-182)は哺乳類細胞における一時的な増幅／発現のためのpCDM8(Aruffo，A．and Seed，B.，(1987 )Proc．Natl．Acad．Sci．USA 84:8573-8577)などのベクターと共に使用されるが、CHO（d hfr-チャイニーズハムスター卵巣）細胞は哺乳類細胞における安定な増幅／発現のために例えばpMT2PC（Kaufman et al．(1987)，EMBO J．6:187-195）などのベクターと共に使用される。ベクターDNAは、例えばリン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈、DEAEーデキストランー仲介トランスフェクション、または電気泳動などの従来の方法により哺乳類の細胞に導入できる。宿主細胞を形質転換する適当な方法はSambrook et al.(Molecular Cloning: A Laboratory Manual，2n d Edition，Cold Spring Harbor Laboratory press(1989))および他の研究室の教科書に見つけることができる。原核生物における発現は融合または非融合誘発発現ベクターのいずれかで大腸菌において最も頻繁に実施される。融合ベクターは通常かなりの数のNH２末端アミノ酸を発現された標的遺伝子に加える。これらのNH₂末端アミノ酸はしばしばリポーター基と呼ばれる。このようなリポーター基は通常２つの目的に役立つ、すなわち（１）標的組み替え蛋白質の溶解性を増加させるため；および（２）親和性精製において配位子として作用することにより標的組み替え蛋白質の精製を助けるために働く。しばしば、融合発現ベクターにおいて、蛋白質分解による分割部位はリポーター基と標的組み替え蛋白質の接合点に導入され、標的組み替え蛋白質をリポーター基から融合蛋白質の精製の後で分離することができる。このような酵素およびその同起源の確認配列としては、因子Xa、トロンビンおよびエンテロキナーゼが挙げられる。典型的な融合発現ベクターとしては、pGEX(Amrad Corp.，Melbourne，Australia)，pMAL(New England Biolabs，Beverly，MA)およびpRIT5(Pharmacia，Piscataway，NJ)が挙げられ、それぞれ標的組み替え蛋白質にグルタチオンS-トランスフェラーゼ、マルトースE結合蛋白質、または蛋白質Aを融合する。好ましいリポーター基はポリ(His)であり、蛋白質のアミノまたはカルボキシ末端基に融合され、金属キレートクロマトグラフィにより組み換え融合蛋白質を容易に精製できるようにする。誘導可能な非融合発現ベクターとしては、pTrc（Amann et al.，(1988)Gene 6 9:301-315）およびpET11d(Studier et al.，Gene Expression Technology: Meth ods in Enzymology 185，Academic Press，San Diego，Californ ia(1990)60-89)が挙げられる。標的遺伝子発現は、pTrcにおけるハイブリッドtr p-lac融合プロモーターからの宿主RNAポリメラーゼ転写により決められるが、pE T11dへ挿入された標的遺伝子の発現は同時発現されたウイルスRNAポリメラーゼ( T7 gn1)により仲介されたT7gn10-lac0融合プロモーターからの転写により決められる。このウイルスのポリメラーゼはlacUV5プロモーターの転写制御の下でT7gn 1を収容しているレジデントλプロファージからの宿主菌株BL21(DE3)またはHMS1 74(DE3)により供給される。例えば、ヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化しているヌクレオチド配列の発現に関する核酸ベクターでトランスフェクションされた宿主細胞は適当な条件下で培養されポリペプチドを発現させることができる。このポリペプチドはペプチドを含有する細胞と培地の混合物から分泌され単離される。または、ポリペプチドは細胞質を保持して、細胞が収穫され、分解され、蛋白質が単離される。細胞の培養基には宿主細胞、培地および他の副生成物が含まれている。細胞培養基に適した培地は当該技術で周知である。本発明のポリペプチドは、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラフィー、限外濾過、電気泳動、このようなポリペプチド類に特定の抗体類を使う免疫親和性精製などの当該技術で周知の蛋白質精製方法で、細胞培養地、宿主細胞またはその両方から単離できる。さらに、多くの状況において、ポリペプチド類は本来の蛋白質を化学的に開裂することにより生成でき、次に、開裂生成物を標準的な方法で精製できる。膜結合蛋白質の場合、膜連結蛋白質分画を洗浄剤と接触させることにより宿主細胞から単離し、溶解された複合体を形成する。その場合に、膜結合蛋白質はもはや膜分画の中に全部埋め込まれていることはなく、少なくとも膜分画からクロマトグラフィで単離される程度まで溶解されている。いくつかの異なる基準がこれらの複合体を溶解するのに適した洗浄剤を選ぶために使用される。例えば、考えられる１つの特性は、蛋白質を再構成する際に元に戻るための膜連結蛋白質の活性または機能性の変性を最小限に抑えて膜分画内のヘリコバクター・ピロリ蛋白質を溶解できる洗浄剤の能力である。洗浄剤を選択する場合に考えられる別の特性は、選ばれた洗浄剤は再構成後に除去しやすいように高いCMC値を有するのが好ましいので、洗浄剤の臨界ミセル濃度(CMC)である。洗浄剤を選択する際に考慮される第三の特性は洗浄剤の疎水性である。典型的なものとして、膜結合蛋白質は極めて疎水性が高く、従って、疎水性の洗浄剤例えばトリトン系は疎水性蛋白質を溶解するのに有用であるはずである。洗浄剤にとって重要な別の特性は、さらに精製しやすいように蛋白質と蛋白質の相互作用を最小限に抑えてヘリコバクター・ピロリ蛋白質を除去する洗浄剤の能力である。考慮されるべき洗浄剤の第五の特性は、洗浄剤の電荷である。例えば、精製工程でイオン交換樹脂を使用したい場合、好ましくは、洗浄剤は電荷されるべきではない。最終精製工程で使用されるクロマトグラフィ法は当該技術で周知であり、疎水性相互作用、レクチン親和性、イオン交換、染料親和性および免疫親和性などが挙げられる。大腸菌における組み替えヘリコバクター・ピロリペプチド発現を最大にする１つの戦略は、組み替え蛋白質を蛋白質分解により開裂する能力を傷つけられた宿主バクテリアに蛋白質を発現させることである(Gottesman．S．Gene Expression Technology:Methods in Enzymology 185，Academic Press，San Diego，Califo rnia（1990）119-128)。別の戦略は発現ベクターに挿入されるべきヘリコバクター・ピロリのペプチドをコード化する核酸を変えて、各アミノ酸の個々のコドンが高度に発現された大腸菌の蛋白質において優先的に利用されるようにすることである(Wada et al.，(1992)Nuc．Acids Res．20:2111-2118)。このような本発明の核酸の変更は標準的なDNA合成法により実施できる。本発明の核酸は標準的な方法で化学的に合成できる。ポリデオキシヌクレオチドを化学的に合成する様々な方法が知られており、ペプチド合成のように市販の DNA合成装置で完全に自動化された固体相合成が挙げられる(例えば、板倉の米国特許第4,598,049号；カルーサーらの米国特許第4,458,066号；板倉の米国特許第 4,401,796号および4,373,071号を参照せよ。参照として本明細書に組み込む)。III ．ヘリコバクター・ピロリのポリペプチド本発明は、配列表に含まれる本発明のポリペプチド類を含む、開示されたヘリコバクター・ピロリのゲノム配列によりコード化された単離ヘリコバクター・ピロリのポリペプチドを包含する。本発明のポリペプチド類は好ましくは少なくとも５個のアミノ酸残基から成る長さを有する。ここに提供されたDNA配列情報を使って、本発明の範囲内であるポリペプチド類のアミノ酸配列は当該技術で周知の方法で論理的に推理される。ヘリコバクター・ピロリのポリペプチドをコード化する全核酸の配列は同族蛋白質の遺伝コード指定領域のフラグメントだけをコード化するORFに基づいて単離同定できることは理解される。これは、例えば、ゲノム・ヘリコバクター・ピロリDNAとのポリメラーゼ鎖反応を鋳型として用意するために、ORFをコード化する単離核酸またはそのフラグメントを使用することにより達成される。この後で増幅された産出物を配列する。本発明のポリペプチド類は、ヘリコバクター・ピロリの核酸が導入され発現された野性型または変異体のヘリコバクター・ピロリ細胞から、または異質の生物または細胞から単離される（バクテリア、酵母、昆虫、植物および哺乳類の細胞を含むが、これに限定されない）。さらに、ポリペプチド類は組み替え融合蛋白質の一部でもよい。本発明のヘリコバクター・ピロリのポリペプチド類は既に述べた市販の自動化された工程により化学的に合成できる。本発明のポリペプチド類の多くは相互に関連している。これらの関係のいくつかは下記の表３に示されている。表３に記載のほとんどのポリピプチド類は最後の２つの欄に記されているように90%以上相互に同じである。７０％から９０％まで相互に同じであるものがあるが、６０％から７０％まで同じであるというのは極めて少ない。表３の第３欄の配列同定番号により表されるポリペプチド類は本発明のゲノムヌクレオチド配列のストップコドンからストップコドンまで実施された翻訳から得られるが、第１欄のものはヌクレオチド配列における最初のストップコドンの後の第一メチオニンまたはバリンコドンから最終ストップコドンまで実施された翻訳から得られる。関連のポリペプチド類をコード化するヌクレオチド配列が僅かに異なっており、関連のポリペプチド類のアミノ酸残基がいくつかの相違点を有する場合もある。多くの場合、関連のポリペプチド類は長さが有意に異なり、１つのポリペプチドは２つのポリペプチドに共通のアミノ酸残基の他にさらにアミノ酸残基を含んでいる。全ての場合に、表３に記載の関係は非常に有意であり、これら関連のポリペプチド類をコード化するヌクレオチド配列はまた相互に非常に類似している。例えば、第１欄のポリペプチド類の遺伝コード指定配列から誘導されたヌクレオチドのプローブは第３欄のポリペプチド類をコード化するヌクレオチド配列を有するクローンを同定するためにPCRまたは雑種形成実験において使用できる。表３に示されるポリペプチド間の関係は以下のように５つに広く部類に分類できる。第一は、多くのポリペプチド類（表３の最後の欄でＡと表示されている）について、第１欄のポリペプチドは、N-末端に少数の推定のアミノ酸残基がときどき加わる以外は第３欄のポリペプチドと同じである。これは、第３欄のポリペプチド類は第１欄のポリペプチド類について行われた予測されたスタートコドン（すなわち、MetまたはVal）からストップコドンまでの翻訳の代わりに、ストップコドンからストップコドンまで翻訳することにより誘導されたという事実によるものである。第二に、ほとんどのポリペプチド類（表３の最後の欄でＢと表示されている）について、第３欄のポリペプチドは１個以上のアミノ酸残基だけ長くなっている（１端部または両端部で）がそれ以外は、第１欄のポリペプチドは第３欄のポリペプチドと少なくとも95%同じである。その差はスタートコドンからストップコドンまでの代わりにストップコドンからストップコドンまで読みとったことによって発生したものではない。第三に、いくつかのポリペプチド類について（表３の最後の欄でＣと表示）、逆も真である。第１欄のポリペプチドは第３欄のポリペプチドが第１欄のより短い（片側または両側端部において）以外は第３欄のものと少なくとも９５％同じである。第四に、いくつかのポリペプチド類について（表３の最後の欄でＤと表示）、第１欄のポリペプチドは第３のポリペプチドと重なっている領域において高いレベルでアミノ酸が同じ（少なくとも９５％）であるが、片側または両側の端部ではほとんどまたは全く同一点はない（９５％未満）。分類Ｂ，Ｃ，Ｄにおいて第１欄と３欄のポリペプチドが同一であるレベルは極めて有意である。例えば、典型的なヘリコバクター・ピロリの遺伝子産出物はヒトの患者から単離されたヘリコバクター・ピロリの菌株の間で92%から100%までアミノ酸配列が同一であることを示す（表10参照）。最後に、第１欄のポリペプチド類の第５分類（表３の最後の欄でＥと表示されたもの）は密接に関係があるが、第３欄のポリペプチドとは有意に異なる（すなわち、95%未満同じ）。これらのポリペプチド類はヘリコバクター・ピロリの関連遺伝子族の「偽推理」の仲間のようである。 IV．ヘリコバクター・ピロリに対して有効な薬剤に関するワクチン成分と標的をコード化する核酸の同定開示されたヘリコバクター・ピロリのゲノム配列はリボ核酸類およびポリペプチド類の合成に関連する切片部分ばかりでなく、複製の元、プロモーター類、他の型の調節配列、および遺伝子内核酸も含む。本発明の範囲はヘリコバクター・ピロリに対して有効な薬剤に関するワクチンおよび標的の免疫原成分をコード化する核酸を包含する。前記免疫原成分の同定は開示された配列の機能の決定に関与し、様々な方法を用いて達成できる。これらの方法の実施例を以下に簡単に説明するがこれに限定されるものではない。周知の配列の同族性：開示されたヘリコバクター・ピロリ配列を公開データベースの既に報告済みの配列とコンピュータを使って比較すると、機能的なヘリコバクター・ピロリ核酸とポリペプチド配列を同定するのに有用である。例えば、蛋白質コード化配列は全体として比較され、２つの蛋白質の間のアミノ酸レベルで高度な配列同族性（例えば、＞80-90%）はこの２つの蛋白質はある程度機能も一致しており、例えば、代謝に関与する酵素、DNA合成、または細胞壁合成、および輸送、細胞分割などに関与する蛋白質などの間に同族性があることを示していることは理解されよう。さらに、特別な蛋白質の部類の多くの構造上の特徴は同定されており、例えば、ヌクレオチド類、DNA,金属イオン類、および他の小さな分子の結合ドメイン；ホスホリル化、アシル化などの共役変性の部位；蛋白質：蛋白質相互作用の部位などの特定の一致した配列と相関関係がある。これらの一致した配列は極めて短いので、全蛋白質の遺伝コード指定配列のほんの一部の分画を表しているのかもしれない。ヘリコバクター・ピロリの配列のこのような特徴を同定することは、コード化された蛋白質の機能を決定し、抗細菌剤の有用な標的を同定するのに有用である。分泌蛋白質、経膜蛋白質および表面蛋白質および分泌シグナルペプチド類および疎水性経膜ドメインに共通の構造上の特徴は本発明に特に関連がある。推定シグナル配列および／または経膜ドメインを含んでいると同定確認されたヘリコバクター・ピロリの蛋白質はワクチンの免疫原成分として有用である。必修遺伝子の同定：ヘリコバクター・ピロリの成長または生存力にとって絶対必要な蛋白質をコード化する核酸は好ましい薬剤標的である。ヘリコバクター・ピロリの遺伝子は、関連技術に精通した者に周知の技術を使って、遺伝子を削除および／または破壊する効果を検査すること、すなわち、いわゆる遺伝子の「ノックアウト」により微生物に対するそれらの生物学的関連性について試験することができる。この方法で、重要な遺伝子が同定確認される。菌株に特異性を示す配列：様々なヘリコバクターピロリ菌株の間に進化論的関係があるので、本発明で現在開示されたヘリコバクター・ピロリの配列は既に知られているヘリコバクター・ピロリの菌株と新しい菌株との同定および／または識別に有用であると思われる。他のヘリコバクター・ピロリ菌株は少なくとも70%の配列が本発明の配列と一致していることを示すと思われる。ヘリコバクター・ピロリ菌株を含有する試料から誘導されたDNA配列を系統的にまた通常の手段で分析することにより、また本発明の配列と比較することにより、菌株を識別するために使用できる配列を同定するばかりでなく、全てのヘリコバクター・ピロリ菌株に共通の配列を同定することができる。１つの実施態様において、本発明は、核酸、プローブ、ペプチドおよび様々なヘリコバクター・ピロリ菌株を識別するポリペプチド配列を提供する。菌株に特定の成分も、選択的に１個以上のヘリコバクター・ピロリ菌株を認識する抗体を引き出しまたはそれと反応させる能力により機能を同定することができる。別の実施例において、本発明は核酸、プローブ、ペプチドおよび全てのヘリコバクター・ピロリ菌株に共通であるが他のバクテリア種には見つけられないポリペプチド配列を提供する。特定の実施例：抗体およびワクチン開発のための候補蛋白抗原の決定ワクチン開発のための候補蛋白抗原の選択は、H.pyloriポリペプチドをコード化する核酸から導く事ができる。第一に、ORF は、他の既知の輸送および膜蛋白との相同性について分析でき、輸送蛋白および膜蛋白を予測するため、Klein ら (Klein，p.，Kanehsia，M.,DeLisi，C．(1985)Biochimica et Biophysica Acta 815，468-476)が述べた識別体分析を使って分析できる。相同性の検索は、Wisconsin sequence Analysis Package（Genetics Computer Group，University Research Park．575 Science Drive．Madison，WI 53711）に含まれるBLAST アルゴリズムを使って実施し、各予測したORF アミノ酸配列を現在のGenBank，SWISS-PROT およびPIR データベースにある全配列と比較できる。BLAST は、ORF 配列とデータベース配列の局所アラインメントを検索し、データベースの変更により、この配列を発見する確率を示す確率スコアを報告する。膜もしくは輸送蛋白への有意な相同性（例; 相同性がランダムな偶然だけによる１×10^-6以下の確率を持つ）を持つORF は、ワクチン開発用蛋白抗原である。他の生体でクローン化された遺伝子との配列の相同性に基づいて、H.pyloriに考えうる機能を与える事ができる。識別体分析(Kleinら、上記)は、ORF アミノ酸配列を調べるのに使用できる。このアルゴリズムは、ORF アミノ酸配列に含まれる固有の情報を使って、それを既知の膜および輸送蛋白の性質から導いた情報と比較する。この比較は、どの蛋白が輸送性であるか、膜結合性であるか、あるいは、細胞質性であるかを予測する。このアルゴリズムによって輸送性か膜結合性として同定されるORF アミノ酸配列は、ワクチン開発の蛋白抗原になるようだ。まれに、核酸配列の特定の位置の複数の予想ヌクレオチドを識別できない事がある。その場合、以下の通りに、アンビギュイティーを大文字アルファベットで表す。これらは、公式のIUPAC-IUB 単一文字塩基コードである。コード塩基の内容ＧグアニンＡアデニンＴチミンＣシトシンＲプリン（ＡまたはＧ）Ｙピリミジン（ＣまたはＴまたはＵ）Ｍアミノ（ＡまたはＣ）Ｋケトン（ＧまたはＴ）Ｓ強力な相互作用（ＣまたはＧ）Ｗ弱い相互作用（ＡまたはＴ）Ｈ非Ｇ（ＡまたはＣまたはＴ）Ｂ非Ａ（ＣまたはＧまたはＴ）Ｖ非Ｔ（非Ｕ）（ＡまたはＣまたはＧ）Ｄ非Ｃ（ＡまたはＧまたはＴ）Ｎ何でも（ＡまたはＣまたはＴ）本発明のアミノ酸翻訳は、文字Ｘとしてアンビギュアスコドンを翻訳する事によって、核酸配列におけるアンビギュイティーの説明になる。いずれの場合も、ある位置の許容アミノ酸配列残基は、標準遺伝コードに基づいた核酸配列の検査から明らかである。Ｖ．H.pylori核酸およびポリペプチドの断片と類似体の産生 Sequence Listingに示された本発明のH.pylori遺伝子産物の発見に基づいて、当業者は、開示された(H.pulori 遺伝子の）構造を、例えば断片もしくは類似体を産生する事によって改変でき、新たに産生した構造を活性について検査できる。断片と類似体の産生と検査を可能にする関連技術に熟練した者に既知の技術例を以下に述べる。これらの方法や類似法は、ポリペプチドライブラリー、例えばランダムペプチドライブラリー、あるいは、細胞蛋白の断片または類似体のライブラリーを作成し、H.Pyloriポリペプチド結合能についてスクリーンするのに使用できる。このようなスクリーンは、H.pyloriの阻害物質の同定に有用である。断片の生成ある蛋白の断片を、数通りの方法、例えば組換えで、蛋白消化で、あるいは、化学合成で産生できる。ポリペプチドの内部または末端断片は、ポリペプチドをコード化する核酸の一端(末端断片用)または両端(内部断片用)から１個以上のヌクレオチドを除去する事によって生成できる。変異誘発されたDNA の発現は、ポリペプチド断片を産生する。従って、「末端ニブリング」エンドヌクレアーゼによる消化は、並んだ断片をコード化するDNA's(DNA 断片)を生成できる。蛋白断片をコード化するDNA's は、無作為剪断、制限消化、あるいは、上段で論じた方法によっても生成できる。断片は、従来のMerrifield固相 f-Mocまたはt-Boc 化学などの技術上既知の技法を使って化学的に合成する事もできる。例えば、本発明のペプチドは、任意に、重なり断片でない、望みの長さの断片に分割でき、あるいは、望みの長さの重なり断片に分割できる。核酸とポリペプチドの改変: ランダム法蛋白のアミノ酸配列変異体は、蛋白または蛋白の特定のドメインもしくは領域をコード化するDNA のランダム突然変異誘発によって調製できる。有用な方法には、PCR 突然変異誘発と飽和突然変異誘発がある。ランダムアミノ酸配列変異体のライブラリーは、一組の縮重オリゴヌクレオチド配列の合成によっても生成できる(変異体ライブラリー中の蛋白ノスクリーニング法は、本報の他の箇所に収載)。 (A)PCR突然変異誘発 PCR 突然変異誘発では、還元 Taqポリメラーゼ忠実度を使って、ランダム変異を DNA のクローン化断片に導入する(Leungら、1989、Technique 1:11-15)。突然変異を誘発されるDNA 領域をポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を使って増幅する。プールした増幅DNA 断片を適当なクローニングベクターに挿入し、ランダム変異体ライブラリーとする。 (B)飽和突然変異誘発飽和突然変異誘発は、大型の単一塩基置換数のクローン化DNA 断片への迅速な導入を可能にする(Mayersら、1985、Science 229:242)。この技術は、in vitro での一本鎖DNA の化学処理または放射線照射や、相補的DNA 鎖の合成などによる突然変異体の生成を含む。突然変異の頻度は、処理の厳密さを調節する事によって調節でき、本質的にすべての考え得る塩基の置換を得る事ができる。この手法は、変異体断片の遺伝子選択を含まないので、両中性置換、並びに、機能改変置換が得られる。点変異の分布は、保存された配列要素に偏らない。 (C)縮重オリゴヌクレオチド相同体ライブラリーも、一組の縮重オリゴヌクレオチドから生成できる。縮重配列の化学合成は、自動DNA 合成機で実施でき、次に、合成遺伝子を適当な発現ベクターに連結する。縮重オリゴヌクレオチドの合成は、周知である(例、Naran g，SA（1983）Tetrahedron 39:3; Itakura ら(1981)Recombinant DNA，Proc 3rd Cleveland Sympos．Macromolecules,ed．AG Walton，Amsterdam: Elsevier pp2 73-289; Itakuraら（1984）Annu．Rev．Biochem．53: 323; Itakuraら(1984)Sci ence 198: 1056; Ike ら(1983)Nucleic Acid Res．11: 477参照)。このような技術は、他の蛋白の指向進展に使用されている(例、Scott ら(1990)Science 249: 386-390; Roberts ら(1992)PNAS 89: 2429-2433; Devlinら(1990)Science 249: 404-406; Cwirla ら(1990)PNAS 87: 6378-6382; 並びに U.S.patent No．5,223, 409，5,198,346，5,096,815 参照)。核酸およびポリペプチドの改変: 指向突然変異誘発非ランダムまたは指向突然変異誘発技術を使用して、特定領域で特定配列または変異を生じる事ができる。これらの技術は、蛋白の既知アミノ酸配列残基の欠失、挿入、置換などを含めて、変異体を生成するのに使用できる。変異部位は、個々に、もしくは連続して、例えば、(1)最初に保存アミノ酸で、次に、得られた結果に応じて、より根本的な選択で置換する事によって、あるいは、(2)標的残基を欠失する事によって、(3)位置決定部位に隣接する同一または異なるクラスの残基を挿入する事によって、あるいは、(1)から(3)までの組み合わせによって修飾できる。 (A)アラニンスキャニング突然変異誘発アラニンスキャニング突然変異誘発は、突然変異の優先位置またはドメインである望みの蛋白の数ケの残基または領域の同定に有用な方法である(Cunningham とWells(Science 244: 1081-1085,1989)．アラニンスキャニングにおいて、標的残基の１ケの残基または残基群が同定され（例、Arg 、Asp 、His 、Lys 、Glu などのい荷電残基）、中性か負に荷電したアミノ酸(アラニンかポリアラニンであるのが最も望ましい)で置換される。アミノ酸の置換は、細胞内外の水性環境の周囲とのアミノ酸の相互作用に影響を与える可能性がある。次に、置換に対する機能的感受性を示すそれらのドメインは、置換部位で、あるいは置換のために、さらに、あるいは、他の変異体を導入する事によって精製される。従って、アミノ酸配列変異を導入する部位は予定されるが、変異自体の性質は、予定する必要がない。例えば、特定部位の変異の性能を至適化するためには、アラニンスキャニングかランダム突然変異を実施するのがよく、望みの活性の至適組み合わせについて、発現された望みの蛋白サブユニット変異体をスクリーンする。 (B)オリゴヌクレオチド介在突然変異オリゴヌクレオチド介在突然変異は、DNA の置換、欠失、挿入変異体を準備する上で有用な方法であり、Adelman ら(DNA 2: 183，1983)を参照されたい。手短に言うと、望みのDNA は、DNA 鋳型への突然変異をコード化するオリゴヌクレオチドをハイブリダイズする事によって改変されるが、その場合、鋳型は、望みの蛋白の非改変または未変性DNA 配列を含有する一本鎖型のプラスミドまたはバクテリオファージである。ハイブリダイゼーション後、DNA ポリメラーゼを使用し、鋳型の第二相補鎖全体を合成し、従って、それが、オリゴヌクレオチドプライマーを取り込み、望みの蛋白DNA 中で選択した改変について、解読する事になる。一般に、少なくとも長さがヌクレオチド25ケのオリゴヌクレオチドを使用する。至適オリゴヌクレオチドには、変異を解読するヌクレオチドの両側で鋳型に完全相補する12−15ケのヌクレオチドを持たせる。これは、オリゴヌクレオチドが適切に一本鎖DNA 鋳型分子にハイブリダイズする事を保証する。オリゴヌクレオチドは、Creaら(Proc．Natl．Acad．Sci ．USA，75:5765[1987])が述べたもののような技術上周知の技法を使って容易に合成される。 (C)カセット突然変異変異体を調製する別法、カッセト突然変異、は、Wells ら(Gene，34:315[1985 ])が述べた技術に基づいている。出発物質は、変異対象の蛋白サブユニットを含むプラスミド(または他のベクター)である。変異対象の蛋白サブユニット中のコドンが同定される。同定された変異部位の各側に独自の制限エンドヌクレアーゼがなければならない。そのような制限部位がなければ、上述のオリゴヌクレオチド介在突然変異法を使って生成し、望みの蛋白サブユニットDNA の適当な位置に導入する。制限部位がプラスミドに導入された後、プラスミドをこれらの部位で切断し、直線化する。制限部位間のDNA 配列をコード化するが、望みの変異体を含有する二本鎖オリゴヌクレオチドは、標準法を使って合成する。２つの鎖を別個に合成し、その後、標準技術を使って一緒にハイブリダイズする。この二本鎖オリゴヌクレオチドをカセットと呼ぶ。このカセットは、直接、プラスミドに連結できるように、直線化プラスミドの末端と比較できる３’および５’末端を持つように設計する。そこで、このプラスミドは、変異した望みの蛋白サブユニットDNA 配列を含有する。 (D)組み合わせ突然変異変異体の生成に、組み合わせ突然変異も使用できる(Ladner ら、WO88/06630) 。この方法では、一群の相同体もしくは他の関連蛋白のアミノ酸配列が並べられ、好ましくは、考え得る最高の相同性を促進する。整列した配列の特定部位に現れるアミノ酸は、すべて、縮重組み合わせ配列セットを生成するために選択できる。変異体の斑入りライブラリーを、核酸レベルの組み合わせ突然変異によって生成でき、斑入り遺伝子ライブラリーによってコード化される。例えば、合成オリゴヌクレオチド混合物は、酵素で遺伝子配列に連結できるので、考え得る縮重配列セットは、個々のペプチドとして、あるいは、言い換えれば、縮重配列を含有する大型融合蛋白群として発現できる。H.pylori核酸とポリペプチドの他の修飾溶解性を高め、安定性を強化する目的(ex vivoでの貯蔵寿命とin vivo での蛋白分解変性への抵抗)で、H.pyloriのポリペプチド構造を修飾する事が可能である。修飾したH.pylori蛋白またはペプチドは、アミノ酸配列が改変されているが、ここで述べたアミノ酸置換、欠失、付加などによって産生できる。 H.pyloriペプチドは、ジスルフィド結合からの二量化を最小限に抑えるため、好ましくは、アラニン、セリン、スレオニン、ロイシン、グルタミン酸残基でのシステイン残基の置換によっても修飾できる。さらに、本発明の蛋白の断片のアミノ酸側鎖を、化学修飾できる。別の修飾法は、ペプチドの環化である。 H.pylori ペプチドは、安定性ないし反応性を強化するため、修飾して、自然対立遺伝子変異から生じるアミノ酸配列に１ケ以上の多形性を取り込む事ができる。さらに、D-アミノ酸、非自然アミノ酸、あるいは、非アミノ酸類似体を、置換または付加して、本発明の範囲内で修飾蛋白を産生できる。また、H.pyloriは、A.Sehon と共同研究者(Wieら、上記)の方法に従って、ポリエチレングリコール(PEG)を使って修飾し、PEG と共役した蛋白を産生できる。また、PEG は、蛋白の化学合成中、付加できる。H.pylori蛋白の他の修飾法には、還元/ アルキル化(Tarr，Method of Protein Microcharacterization，J.E.Silver ed.，Humana Press，Clifton NJ 155-194(1986); アシル化(Tarr,上記); 適当な担体への化学結合(MishellとShigi，ed.，Selected Methods in Cellular Immunology，WH Freeman，San Francisco，CA(1980)，U.S.Patent 4,939,239;または温和ホルマリン処理(Marsh，（1971）Int.Arch．of Allergy and Appl．Immunol.，41: 199 -215)がある。 H.pylori蛋白またはペプチドの精製を容易にし、予想される溶解性を高めるためには、ペプチドバックボーンにアミノ酸の一方の融合部分を付加する事ができる。例えば、ヘキサ- ヒスチジンは、固定化金属イオンアフィニティークロマトグラフィーによる精製のために蛋白に付加できる(Hochuli，E.ら、（1988） Bio/Technology，6: 1321-1325)。さらに、非関連配列を持たないペプチドの単離を容易にするため、融合の一方の部分の配列とペプチドの間に、特定のエンドプロテアーゼ開裂部位を導入できる。 H.pyloriポリペプチド内でエピトープを処理する適正な抗原を救済できるようにするには、規定プロテアーゼ感受性部位を領域間で加工し、それぞれ、少なくとも組換え法または合成法を経て１ケのエピトープを含む事がきる。例えば、KK やRRのような荷電アミノ酸ペアを、蛋白または断片内で領域間にその組換え構成中に導入できる。得られたペプチドには、カテプシン（１ケ以上のエピトープを含有する蛋白の各部分を生成すると思われる）ないし他のトリプシン様酵素による開裂への感受性を持たせる事ができる。さらに、そのような荷電アミノ酸残基は、ペプチドの溶解性を高める事ができる。ポリペプチドおよび類似体の一次スクリーニング法生成された変異体遺伝子産物をスクリーンするには、各種の技術が周知である。大型の遺伝子ライブラリーをスクリーンする技術は、しばしば、複製可能な発現ベクターに遺伝子ライブラリーをクローン化し、得られたベクターのライブラリーで適正な細胞を形質転換し、（望みの活性(この場合、H.pyloriポリペプチドか相互作用蛋白に結合する)の検出が、その産物が検出対象である遺伝子をコード化するベクターの比較的容易な単離を促進する）条件下で、遺伝子を発現する。以下に述べる技術は、それぞれ、ランダム突然変異誘発技術によって生成される高配列数をスクリーンする高スループット分析に供する事ができる。 (A)２−ハイブリッド系上述（ここで述べる他のスクリーニング法の場合など）の系のような２−ハイブリッドアッセイは、細胞蛋白のような自然発生H.pyloriポリペプチドや、H.py lori蛋白に結合する無作為生成ポリペプチドの断片または類似体を同定するのに使用できる(H.pylori ドメインをbait(餌)蛋白として使用し、変異体ライブラリーがfish融合蛋白として発現される)。同様に、２−ハイブリッドアッセイは、H.pyloriポリペプチドを結合するポリペプチドを発見するのに使用できる。 (B)ディスプレイライブラリーあるスクリーニングアッセイ法では、候補ペプチドが細胞もしくはウイルス粒子表面に表示され、特定の細胞もしくはウイルス粒子の表示産物を経た適当なレセプター蛋白結合能が「panning assey 」で検出される。例えば、遺伝子ライブラリーを細菌細胞の表面膜蛋白の遺伝子にクローン化し、得られた融合蛋白をpa nning で検出できる(Ladner ら、WO 88/06630; Fuchsら(1991)Bio/Technology 9 :1370-1371; Goward ら(1992)TIBS 18: 136-140)。同様に、検出可能な標識リガンドを使用して、機能的と考えられる蛋白相同体を評価できる。レセプターなどの蛍光標識リガンドを使用して、リガンド結合能を保持する相同体を検出できる。蛍光標識リガンドの使用により、蛍光顕微鏡下で細胞を視覚的の点検、分離でき、あるいは、細胞の形態によって可能ならば、蛍光活性化細胞ソーターで分離できる。遺伝子ライブラリーは、ウイルス粒子表面で融合蛋白として発現できる。例えば、繊維状ファージ系では、異物蛋白配列を感染性ファージ表面の発現し、それによって、２つの重要な利益を付与する事ができる。第一に、これらのファージは、ファージ10¹³ケ/ml を十分に上回る濃度でアフィニティーマトリックスにかける事ができるので、高ファージ数を一度にクリーンできる。第二に、各感染性ファージがその表面に遺伝子産物を示すので、特定ファージをアフィニティーマトリックスから低収率で回収されれば、そのファージを次の感染周期によって増幅できる。ほぼ同一のE.coli繊維状ファージM13,fd、およびfl群は、ファージディスプレイライブラリーに最も多く使用される。ファージgIIIまたはgVIII コート蛋白のいずれかを使って、融合蛋白を生成でき、ウイルス粒子の究極のパッキングを破壊しない。異物エピトープをpIIIにNH₂−末端で発現でき、そのようなエピトープを保持するファージを、このエピトープの欠損した大過剰のファージから回収できる(Landn erら、PCT 出版WO 90/02909; Garrardら PTC出版 WO 92/09690; Marks ら(1992) J．Biol．Chem．267: 16007-16010; Griffithsら(1993)EMBO J 12: 725-734; Cl ackson ら(1991)Nature 352: 624-628; Barbasら（1992）PNAS 89: 4457-4461) 。一般的方法は、ペプチド融合のパートナーとして、E.coliのマルトースレセプター(外膜蛋白、LamB)を使用する(Charbitら(1986)EMBO 5,3029-3037)。LamB遺伝子をコード化するプラスミドにオリゴヌクレオチドを挿入して、蛋白の細胞外ループの１つに融合するペプチドを産生している。これらのペプチドは、リガンド、例えば抗体、への結合に利用でき、細胞を動物に投与した時、免疫応答を誘発できる。他の細胞表面蛋白、例えばOmpA(Schorr ら(1991)Vaccines 91，pp．3 87-392)、PhoE(Agterbergら(1990)Gene 88，37-45)、PAL(Fuchs ら(1991)Bio/Te ch 9，1369-1372)、並びに、大型細菌表面構造がペプチドディスプレイの伝達体として使用されている。ペプチドは、重合して遺伝情報の細菌間交換用の線毛− 導管を形成する蛋白、ピリンに融合できる(Thiryら(1989)Appl．Environ．Micro biol．55．984-993)。線毛は、他の細胞と相互作用する上で役割を果たすために、細胞外環境にペプチドを渡すための有用な補助手段となる。ペプチドディスプレイに使用する別の大型表面構造は、細菌を動かす器官、鞭毛である。サブユニット蛋白フラジリンへのペプチドの融合は、宿主細胞上の多くのペプチドコピーの稠密な整列をもたらす(Kuwajima ら(1988)Bio/Tech．6，1080-1083)。他の細菌種の表面蛋白も、ペプチドの融合パートナーとして働く。例としては、Staphy lococcus蛋白A とNeisseria の外膜IgA プロテアーゼがある(Hanssonら(1992)J ．Bacteriol．174，4239-4245 、Klauser ら(1990)EMBO J.9，1991-1999)。上述の繊維状ファージ系とLamB系では、ペプチドとそのコード化するDNA の間の物理的結合は、その表面にペプチドを運ぶ粒子(細胞またはファージ)内でのDN A の封じ込めによって起こる。ペプチドの捕獲は、その内部の粒子とDNA を捕獲する事になる。代りの計画では、DNA 結合蛋白Lac1を使用してペプチドとDNA の間に結合を形成する(Cull ら(1992)PNAS USA 89: 18 65-1869)。この系は、3'- 末端で部位をクローン化するオリゴヌクレオチドを持つプラスミドを使用する。アラビノースによる誘発制御下で、Lac1- ペプチド融合蛋白が産生される。この融合は、LacOオペレーター(LacO)として既知の短DNA 配列へのLacIの自然結合能を保持する。LacI- ペプチド融合は、発現プラスミド上にLacOの２つのコピーを据える事によって、それをコード化するプラスミドに緊密に結合する。各細胞のプラスミドは、単一のオリゴヌクレオチド配列のみを含有し、各細胞は、単一ペプチド配列のみを発現するので、ペプチドは、特異的にかつ安定に、その合成を指向するDNA 配列と会合する。ライブラリーの細胞は、穏やかに分解され、ペプチド-DNA複合体が固定化されたレセプターのマトリックスに曝され、活性ペプチドを含有する複合体を回収する。次に、会合されたプラスミドDNA は増幅とDNA 配列決定のために細胞に再導入され、ペプチドリガンドの実体を決定する。本法の実用性の証明として、ドデカペプチドの大型ランダムライブラリーを作成し、オピオイドペプチド、ジノルフィンB 、に対抗して生じたモノクロナール抗体について選択した。ペプチド群を回収し、すべて、ジノルフィンB の６残基部分に相当する共通配列によって関連付けた（Cullら(1992) Proc．Natl．Acad．Sci．U.S.A．89-1869）。この計画、時にはペプチド- オン- プラスミドと称するが、ファージディスプレイ法とは２つの重要な点が異なる。第一に、ペプチドは、融合蛋白のＣ−末端に接続され、ライブラリーメンバーをペプチドが遊離カルボキシ末端を持つとして表示される。繊維状ファージコート蛋白のpIIIとpVIII を、共に、そのC-末端からファージに固定し、ゲストペプチドを外部に延びるN-末端ドメインに静置する。ある計画では、ファージディスプレイペプチドは、ちょうど融合蛋白のアミノ末端に存在する(Cwirla ら(1990)Proc．Natl．Acad．Sci．U.S.A．87，6378-6 382)。第二の相違は、実際にライブラリーに存在するペプチド群に影響する一群の生物学的偏りである。LacI融合分子は、宿主細胞の細胞質に制限される。翻訳中、ファージコート融合は、短時間に細胞質に曝されるが、内膜を通って外質コンパートメントに迅速に分泌され、それらのC-末端疎水性ドメインによって、N- 末端で、膜に固定されたままになり、ペプチドを含有し、ファージ粒子内への集合を待ちながら、外質に突出する。LacIおよびファージライブラリー中のペプチドは、異なる蛋白分解活性への被曝の結果として、有意差があると思われる。ファージコート蛋白は、ファージ内への取り込みの序曲として内膜を横断する運搬とシグナルペプチダーゼ処理を必要とする。一定のペプチドは、これらの処理に対する有害作用を発揮し、ライブラリーの下位に表される(underrepresent)(Gallopら(1994)J．Med．Chem．37( 9):1233-1251)。これらの特定の偏りは、LacIディスプレイ系の要因ではない。組換えランダムライブラリーで利用できる小型ペプチド数は、莫大である。通常、10⁷-10⁹ケの独立クローンのライブラリーを調製する。10¹¹ケ程度の組換え体のライブラリーが作成されているが、このサイズは、クローンライブラリーの実際の制限に近づく。ライブラリーサイズのこの制限は、無作為化分節を含有するDNA の宿主細菌細胞への形質転換の段階で起こる。この制限を避けるため、ポリソーム複合体中の形成されつつあるペプチドのディスプレイの基づいたin vit ro系が、最近、開発されている。このディスプレイライブラリー法は、現在利用できるファージ/ ファーゲミドまたはプラスミドライブラリーよりも３−６の次数の規模で大きなライブラリーを産生する事ができる。さらに、ライブラリー、ペプチドの発現、スクリーニングの構成が、完全に無細胞フォーマットで実施される。この方法の応用では(Gallop ら(1994)J．Med．Chem.37(9):1233-1251)、10¹² デカペプチドをコード化する分子DNA ライブラリーを構築し、E.coli S30中に発現されたライブラリーは、in vitroで転写/ 翻訳系を結合した。mRNA上にリボソームを入れるため、条件を選択し、ポリソーム中のかなりの比率のRNA の蓄積を引き起こし、コード化RNA に依然として結合された形成されつつあるポリペプチドを含有する複合体を得た。ポリソームは、十分に頑強であるので、さらに多くの従来の組換えペプチドディスプレイライブラリーをスクリーンするのとほぼ同じように、固定化レセプター上でアフィニティー精製できる。結合複合体からの RNA は回収され、cDNAに変換され、PCRによって増幅され、次の合成およびスクリーニング周期用の鋳型を産生する。ポリソームディスプレイ法は、ファージディスプレイ系と組み合わせる事ができる。数回のスクリーニング後、強化されたポリソームプールをファーゲミドベクターにクローン化した。このベクターは、コート蛋白に融合されたペプチドを表示するペプチド発現ベクターとして、ペプチド同定のためのDNA 配列決定ベクターとして働く。ファージ上のポリソーム由来ペプチドを発現する事によって、このフォーマットで、アフィニティー選択処置を継続し、あるいは、ファージELIS A で結合活性について、もしくは、完成ファージELISA で結合特異性についてペプチドをアッセイする(Barret ら(1992)Anal．Biochem．204，357-364)。活性ペプチドの配列を同定するには、ファーゲミド宿主によって産生されたDNA を配列決定する。ポリペプチドおよび類似体の二次スクリーニング上述の高スループットアッセイは、例えば当業者が拮抗薬から作用薬を鑑別する事のできる生物学的活性を確認するため、その後、二次スクリーンを行う。使用する二次スクリーンのタイプは、検査が必要とされる所望の活性に依存する。例えば、上述の一次スクリーンの１つを通して単離した一群のペプチド断片から拮抗物質を同定するために、当該蛋白とその各々のリガンドの相互作用の阻害能を使用できるアッセイを開発できる。そのため、断片および類似体を生成し、活性についてそれらを検査する方法は、技術上周知である。いったん、当該コア配列が同定されると、類似体および断片を得る事は、当業者にとって日常的作業である。H.pyloriポリペプチドの模擬ペプチド本発明は、模擬ペプチド、例えばペプチドまたは非ペプチド物質、を生成するための対象H.pyloriポリペプチドのドメインを結合する蛋白の還元も提供する。摸擬ペプチドは、例えば、自然発生リガンドに結合するH.pyloriポリペプチドの場合、ポリペプチドのその対リガンドへの結合を分裂させる事ができる。ポリペプチドの分子認識に関与する対象H.pyloriの重要な残基を決定し、H.pyloriの、相互作用ポリペプチドとの結合を競合的にも、非競合的にも阻害するH.pylori由来の模擬ペプチドを生成するのに使用できる(例、欧州特許出願書EP-412.762A 、EP-B31,080A 参照)。例えば、相互作用ポリペプチドの結合に関与する特定H.pyloriポリペプチド、のアミノ酸残基の地図を作成するために、スキャニング突然変異を使用でき、ペプチド模倣化合物(例、ジアゼパムまたはイソキノリン誘導体)（相互作用ポリペプチドへの結合において、それらの残基を模倣し、そのために、相互作用ポリペプチドへのH.pyloriポリペプチドの結合を阻害し、それによって、H.pyloriポリペプチドの機能を妨害する）を生成できる。例えば、このような残基の加水分解不能ペプチド類似体を、ベンゾジアゼピン(例、Freidingerら Peptides: Chemis try and Biology，G.R.Marshall ed.ESCOM出版社: Leiden．オランダ，1988 参照）、アゼピン(例、Huffman ら、Peptides: Chemistry and Biology，G.R．Mar shall ed．ESCOM出版社: Leiden，オランダ．1988参照)、置換型γ- ラクタム環 (Garvey ら Peptides: Chemistry and Biology，G.R．Marshall ed.，ESCOM出版社：Leiden，オランダ，1988)、ケト- メチレンシュードペプチド(Ewensonら（1 986）J.MedChem 29: 295; Ewenson ら PePtides: Structure and Function（Pro ceedings of the 9th American Peptide Symposium）Pierce Chemical Co.，Roc kland，IL，1985)、β- ターンジペプチドコア(Nagai ら(1985)Tetrahedron Let t 26: 647; Sato ら（1986）J.Chem Sco Perkin Trans 1: 1231)、β-アミノアルコール(Gordon ら(1985)Biochem Biophys Res Commun 126: 419; Dannら(1986 )Biochem Biophys Res Commun 134:71)を使って生成できる。VI．H.pylori 核酸およびポリペプチドに対するワクチン製剤本発明は、グラム陰性螺旋微小好気性細菌であるH.pyloriの感染に対する防御、あるいは、H.pylori感染症の治療のためのワクチン組成物であることも特徴とする。ある実施態様では、ワクチン組成物は、H.pyloriからの表面蛋白、あるいはその一部のような免疫原性の成分１種以上と製剤学的に受入れられる担体を含有する。発明の範囲内の核酸を、Sequence Listingに収載される核酸(H.pylori 表面蛋白をコード化する)によって例示する。例えば、表１に概略を述べたように、本発明のワクチン組成物のための好ましい核酸は、細胞エンベロープ蛋白をコード化する核酸群から単離される。さらに明確に言えば、本発明のワクチン組成物の処方にSEQ ID NO: 812，SEQ ID NO: 880，SEQ ID N O: 880，SEQ ID NO: 658，SEQ ID NO: 865，SEQ ID NO: 1729，SEQ ID NO: 1861 のアミノ酸かその断片を、単独または配合して使用でき、並びに、それらの対応するSEQ ID NO: 977，SEQ ID NO: 978，SEQ ID NO: 994，SEQ ID NO: 215，SEQ ID NO: 989，SEQ ID NO: 1278，SEQ ID NO: 1410 を使用できる。しかし、細胞で発現能力のある免疫原性H.pylori蛋白かその一部をコード化する核酸は、いずれも、本発明で使用できる。これらのワクチンは、治療上、予防上有用である本発明のある態様は、H.Pylori感染に対する防御にワクチン組成物を提供し、少なくとも１ケのH.pylori蛋白の免疫原性断片と製剤学的に受け入れられる担体を含有する。優先される断片は、長さが、少なくとも約10ケのアミノ酸残基のペプチド、好ましくは、長さが約10−20ケのアミノ酸残基、さらに好ましくは、長さが約12−16ケのアミノ酸残基のペプチドである。本発明の免疫原性成分は、例えば、H.Pylori全長をコード化する核酸の対応断片から組換えで産生したポリペプチドのスクリーニングによって入手できる。さらに、従来のMerrifield固相 f-Mocまたはt-Boc 化学などの技術上既知の技法を使って化学合成できる。ある実施態様では、免疫原性成分は、ペプチドのＴ−細胞への刺激能によって同定でき。Ｔ- 細胞を刺激するペプチドは、例えば、Ｔ- 細胞増殖またはサイトカイン分泌で決定する場合、少なくとも１ケのＴ- 細胞エピトープを含むと、この中で規定されている。Ｔ- 細胞エピトープは、アレルギーの臨床症状の原因となる蛋白アレルゲンへの免疫応答の開始と永続に関与すると思われる。これらのＴ- 細胞エピトープは、抗原発現細胞の表面上の適当なHLA 分子に結合し、それによって、Ｔ- 細胞小群をエピトープへの関連Ｔ- 細胞レセプターで刺激する事によって、Ｔ- ヘルパー細胞のレベルで早期事象を引き起こすと考えられる。これらの事象は、Ｔ−細胞増殖、リンホカイン分泌、局所炎症反応、抗原/Ｔ- 細胞相互作用部位への追加免疫細胞のリクルートメント、Ｂ- 細胞カスケードの活性化を招き、抗体の産生をもたらす。Ｔ - 細胞エピトープは、Ｔ- 細胞レセプターによる認識の基本要素、即ち、最小単位で、その場合、エピトープは、レセプター認識に不可欠のアミノ酸を含む(例、約６−７ケのアミノ酸残基)。Ｔ- 細胞エピトープの配列を模倣したアミノ酸配列は、本発明の範囲内である。免疫原性成分のスクリーニングは、数種の異なるアッセイの１種以上を使用して達成できる。例えば、in vitroペプチドＴ- 細胞刺激活性は、Ｔ- 細胞培養液中で適当なMHC 分子を付与する抗原付与細胞と免疫原性が既知または予想されるペプチドを接触させる事によってアッセイする。必要な同時刺激と関連した、適当なMHC 分子と会合する免疫原性ペプチドのＴ- 細胞への付与は、Ｔ- 細胞へのシグナル伝達作用を有し、増加レベルのサイトカイン、特にインターロイキン-2 とインターロイキン-4の産生を誘発する。培養上清を入手し、インターロイキン -2か他の既知サイトカインについてアッセイできる。例えば、インターロイキン -2用の数種の従来のアッセイの１種を使用できる。Proc．Natl.Acad．Sci USA， 86: 1333（1989）に記述されるアッセイなどであるが、その該当部分をここに参考として挙げる。インターフェロン産生アッセイ用キットも、Genzyme Corporat ion(Cambridge，MA)から入手できる。別法として、Ｔ- 細胞の増殖の一般的アッセイは、トリチウム標識チミジン取り込みの測定が必要である。Ｔ- 細胞の増殖は、in vitroで、培養細胞の複製DN A に取り込まれた3 H-標識チミジン量を定量する事によって測定できる。そのため、DNA 合成速度、順次、細胞分裂速度を定量化できる。免疫原性成分(例、H.pyloriポリペプチドまたはその断片、あるいは、H.pylor iポリペプチドまたはその断片をコード化する核酸)を含有する本発明のワクチン組成物は、好ましくは、製剤学的に受け入れられる担体を含む。「製剤学的に受け入れられる担体」とは、投与患者にアレルギー反応や他の不都合な作用を引き起こさない担体を指す。適切な製剤学的に受け入れられる担体は、水、塩、リン酸緩衝食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノールなどの１種以上、あるいは、それらを配合したものである。製剤学的に受け入れられる担体は、さらに、少量の補助物質を含む事ができ、湿潤剤、乳化剤、保存剤、緩衝液などで、抗体の貯蔵寿命と有効性を高める。H.pyloriポリペプチドを含有する本発明のワクチンの場合、そのポリペプチドを適切なアジュバントと同時に投与する。DNA や本発明の蛋白の治療有効量は、中でも、投与スケジュール、投与する抗体の単位量、他の治療薬との併用で蛋白またはDNA を投与するか否か、患者の免疫状態と健康、特殊な蛋白またはDNA の治療活性に依存する点が、当業者にとって周知となる。ワクチン組成物は、従来、皮下または筋肉内注入によって、非経口的に投与する。筋肉内免疫化法は、Wolff ら(1990)Science 247: 1465-1468、Sedegah ら(1 994)Immunology 91: 9866-9870 によって記述されている。他の投与法は、経口および吸入処方、坐薬、経皮的塗布である。経口免疫化は、H.pylori感染への防御を誘発する上で、非経口法に優先される。Czinn ら(1993)Vaccine 11: 637-64 2。経口処方は、例えば、製剤用純度のマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどの賦形剤を通常使用する。本発明のワクチン組成物は、水酸化アルミニウム; N-アセチル- ムラミル-L- スレオニル-D- イソグルタミン(thr-MDP);N-アセチル- ノル- ムラミル-L- アラニル-D- イソグルタミン(CGP 11637，nor-MDP と称する);N-アセチルムラミル-L - アラニル-D- イソグルタミニル-L- アラニン-2-(1'-2'-ジパルミトイル-sn-グリセロ-3- ヒドロキシフォス- フォリルオキシ)-エチルアミン(CGP 19835A，MTP -PE と称する);細菌からの３種の成分を含有するRIBI 、モノフォスフォリル脂質A; トレハロースジミコロエート; 2%スクワラン/Tween 80 エマルジョン中細胞壁構造物質(MPL + TDM + CWS);コレラ毒素を含めて、アジュバントを含む事ができるが、これらに限定されない。使用可能な他のものは、B サブユニットを含む無毒のコレラ毒素誘導体、コレラ毒素またはそのB サブユニットとのH.pylori の接合体ないし遺伝子工学的融合体、プロコレラゲノイド、スキゾフィリンを含む真菌ポリサッカライド、ムラミルジペプチド、ムラミルジペプチド誘導体、フォーボルエステル、E.coliの不安定毒素、非H.pylori細菌分解物、ブロックポリマーまたはサポニンである。他の適したデリバリー方法は、生体分解可能マイクロカプセルまたは免疫刺激複合体(ISCOM)、コキリエート、あるいは、リポソーム、ウイルスや細菌などの遺伝子工学で減弱した生ベクター、bluetongueなどの組換え(キメラ)ウイルス様粒子である。使用するアジュバントの量は、使用するアジュバントの種類に依存する。例えば、粘膜アジュバントがコレラ毒素である時、５−50μg 、例えば、 10−35μg の量で使用するのが適している。マイクロカプセルで使用する時は、所望の投与量を達成するには、マイクロカプセルのマトリックス中で使用する量に依存する。この量の決定は、技術における普通の技術を有する者の熟練の範囲内である。ヒトでの担体系は、抗原を胃の酸性環境から保護する腸溶カプセルであるのがよく、融合蛋白のような不溶性のH.pyloriポリペプチドを含むのがよい。本発明のワクチンに適した担体は、腸溶カプセルとポリラクチド- グリコリドミクロスフェアである。適した希釈剤は0.2N NaHCO₃ないし塩である。本発明のワクチンは、H.pylori感染を防止するため、感受性の高い宿主に免疫応答を誘発する事を目的に、成人や小児の一次予防薬として、二次防止剤として、治療薬として投与できる。本発明のワクチンは、普通の技術を有する者によって容易に決定される量を投与する。従って、成人の場合、適量は、10μg − 10g 、好ましくは、10μg −100 mg、例えば、50μg −50 mg の範囲になる。成人の適量は、５μg −500 mgの範囲内にもなる。同様の用量範囲は、小児に適用できる。当業者は、至適用量が、多かれ少なかれ、患者の体重、疾病、投与経路、他の要因に依存する事を認識する。当業者は、適正な用量レベルが既知経口ワクチン、例えば、E.coli分解物に基づいたワクチン(１日量６mg、合計540 mgまで)、や、腸管毒産生性E.coli精製抗原(１mgの４回投与)(Schulmanら、J．Urol ．150: 917 −921(1993); Boedeckerら、American Gastroenterological Assoc ．999: A-222(1993))での結果に基づいて入手できる事も認識する。投与回数は、疾病、処方、臨床試験の効果データに依存する。治療経過に関して制限を設ける事なく、治療は、１ヶ月に渡る一次免疫化スケジュールに対して３−８回の投与ができる(Boedeker，American gastroenterological Assoc．888: A-222(1993 ))。好適な実施態様では、本発明のワクチン組成物は、表面に発現された本発明の H.pylori蛋白の免疫原性断片を有する死菌完全E.coli調製液に基づくか、あるいは、死菌E.coliが担体かアジュバントとして作用するE.coli分解物に基づく事ができる。本発明のワクチン組成物のあるものはH.pylori感染症の予防にのみ有用で、あるものはH.pylori感染症の治療にのみ有用で、あるものはH.pylori感染症の予防と治療の両方に有用である事が当業者に周知となる。ある好適な実施態様では、本発明のワクチン組成物は、H.pyloriに対する体液ないし細胞介在免疫性を刺激する事によって、H.pylori感染症から保護する。H.pylori起因疾患を治療するために使用する投薬量の減量、あるいは、患者の血清または粘液中の抗体の産生増加を含めて、H.pylori感染症の症状のいずれかの緩和が望ましい臨床目標である事を理解すべきである。VII．H.pyloriポリペプチドと反応する抗体本発明は、主題であるH.pyloriポリペプチドと特異的に反応する抗体も含む。抗−蛋白/ 抗−ペプチド抗血清またはモノクロナール抗体を標準プロトコールで作成できる（例、Antibodies: A Laboratory Manual ed．by Harlow and Lane(C old Spring Harbor Press: 1988)参照）。マウス、ハムスター、ウサギのような哺乳類を、免疫原性型ペプチドで免疫化できる。蛋白やペプチドに免疫原性を付与する技術は、担体への結合や、技術上周知の他の技術である。主題H.pyloriポリペプチドの免疫原性部分を、アジュバントの存在下で投与できる。免疫化の進度は、血漿または血清中の抗体力価の検出でモニターできる。抗体レベルを検定するには、抗原にイムノゲンを使って、標準ELISA または他のイムノアッセイで実施できる。好適な実施態様では、主題の抗体は、本発明のH.pyloriポリペプチドの抗原決定因子に免疫特異性を有する。例えば、Sequence Listingに収載される本発明のポリペプチドの抗原決定因子、あるいは、密接に関連するヒトまたは非ヒト哺乳類相同体(例、90% 相同、さらに好ましくは、少なくとも95% 相同)である。しかし、さらに好適な本発明の実施態様では、抗−H.pylori抗体は、例えば、Sequen ce Listingに収載される本発明の配列に85% 以下の相同である蛋白とは実質的に交差反応しない(即ち、特異的に反応する)。「実質的に交差反応しない」事によって、抗体は、10% 以下、さらに好ましくは５% 以下、最も好ましくは１% 以下の非相同蛋白の結合親和性を持つ事を意味する。最も優先される実施態様では、細菌と哺乳類の抗原の間に交差反応性はない。ここで使用する抗体とは、H.pyloriとも特異的に反応するその断片を含む事を意図している。抗体は、従来の技術を使って切断でき、その断片を抗体全体について上記したのも同じ方法で有用性についてスクリーンできる。例えば、F(ab')₂ 断片は、抗体をペプシンで処理して得られる。得られたF(ab')₂断片は、処理してジスルフィド架橋を還元し、Fab'断片を産生できる。本発明の抗体は、さらに、抗−H.pylori部分を有する二重特異性およびキメラ分子を含む。 H.pyloriポリペプチドまたはH.pyloriポリペプチド変異体、さらには、Fa b'やF(ab')₂のような抗体断片に対して指向されたモノクロナール抗体とポリクロナール抗体は、共に、H.pyloriポリペプチドの作用を遮断し、異常または不都合な細胞内シグナリングにおける特定の本発明H.pyloriポリペプチドの役割、並びに、H.pyloriの正常な細胞機能の検討を、本発明の抗−H.pyloriポリペプチド抗体のミクロ注入によって可能にする。 H.pylori抗原の発現量と発現パターンを評価するため、特異的にH.pyloriエピトープに結合する抗体を、組織サンプルの免疫組織化学染色で使用できる。臨床検査手法の一部として、組織や体液中のH.pyloriレベルを検出、評価するため、抗−H.pyloriポリペプチド抗体を免疫沈降法とイムノブロッティングで診断に利用できる。同様に、個人におけるH.pyloriポリペプチドレベルのモニターができれば、そのような疾患に罹った個人のための特定の治療法の効果を決定できる。 H.pyloriポリペプチドレベルは、尿サンプルなどの体液中に認められる細胞で測定でき、あるいは、胃生検で得たような組織で測定できる。抗−H.pylori抗体を使った診断アッセイは、例えば、H,pylori感染症の早期診断を補助するために考案されたイムノアッセイを含む。本発明は、この細菌の感染者からのサンプルに含まれる抗体をH.pylori抗原を使って検出する方法としても使用できる。本発明の抗−H.pyloriポリペプチド抗体の別の応用は、λgt11、λgt18-23 、 λZAP 、λORF8などの発現ベクターに構築されたcDNAライブラリーの免疫学的スクリーニングにある。この種のメッセンジャーライブラリーは、正しいリーディングフレームと配向に挿入された解読配列を有し、融合蛋白を産生できる。例えば、λgt11は、アミノ末端がβ- ガラクトシダーゼアミノ酸配列から成り、カルボキシ末端が異物ポリペプチドから成る融合蛋白を産生する。次に、主題のH.py loriポリペプチドの抗原エピトープを抗体によって、例えば、感染平板から引き上げたニトロセルロースフィルターを抗−H.pyloriポリペプチド抗体と反応するとして、検出できる。次に、ファージを、このアッセイで評価すると、感染平板から単離できる。従って、H.pylori遺伝子相同体の存在を検出し、他種からクローン化でき、代替イソフォーム(スプライシング変異体を含む)を検出し、クローン化できる。VIII．本発明の核酸、ポリペプチドまたは抗体含有キット本発明の核酸、ポリペプチド、抗体は、他の試薬およびキット形成品目と組み合わせることができる。診断目的のキットは、核酸、ポリペプチドまたは抗体をバイアルや他の適した容器に入れるのが典型的である。キットは、ハイブリダイゼーション反応、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を実施するため、あるいは、水性溶媒、塩、緩衝液などの凍結乾燥成分の還元のため、他の試薬を含むのが典型的である。キットは、洗浄剤、chaotropic塩などのサンプル処理試薬を含む事もできる。キットは、粒子、支持体、ウエル（容器）、ディップスティックなどの固定手段も含む事ができる。キットは、染料、展開試薬、放射性同位元素、蛍光試薬、発光または化学発光試薬、酵素、挿入試薬なども含む事ができる。ここで、提供する核酸およびアミノ酸情報により、当業者は、特定の目的に供するキットを容易に組み立てる事ができる。キットは、さらに、使用説明書を含む事ができる。IX．H.pyloriペプチドを使った薬物スクリーニングアッセイ精製および組換えH.pyloriポリペプチドを利用させる事によって、本発明は、正常な細胞機能、この場合、主題のH.pyloriポリペプチド、あるいは、細胞内シグナリングにおけるその役割、の作用薬または拮抗薬である薬物をスクリーンするのに使用できるアッセイを提供する。そのような阻害物質または増強物質は、ヒトにおけるH.pylori感染症と戦う新しい治療薬として有用であると思われる。多様なアッセイフォーマットが満足させ、本発明に照らして、熟練技術者に理解されるだろう。化合物や天然抽出物のライブラリーを検査する多くの薬物スクリーニング計画で、一定の期間に検索する化合物数を最大にするためには、高スループットアッセイが望ましい。精製または半精製蛋白で誘導できるような無細胞系で実施するアッセイは、生成して被験化合物介在の分子標的の改変の迅速な発生と比較的容易な検出を可能にするという点で、しばしば、「一次」スクリーンとして優先される。さらに、細胞毒性の作用ないし被験化合物の生体利用率は、in vitro系では、一般に無視でき、その代わり、他の蛋白との結合親和性の改変、あるいは、分子標的の酵素的性質の変化に現れるように、本アッセイは、主として分子標的への薬物の作用に焦点を合わせる。従って、本発明の典型的なスクリーニングでは、当該化合物を単離、精製したH.pyloriポリペプチドと接触させる。スクリーニングアッセイは、H.pyloriポリペプチド活性が検出可能な反応精製物を生じるように、酵素活性を持つH.pyloriポリペプチドなど、in vitroで精製 H.pyloriポリペプチドまたはその断片で構成させる事ができる。化合物の効果は、各種濃度の被験化合物を使って得たデータから用量−応答曲線を作成する事によって、評価できる。さらに、比較アッセイも実施して、比較のためのベースライン値を提供できる。適した産物は、例えば、検出を容易に自動化できるので、際立った吸収、蛍光あるいは化学発光の性質を持つものである。多様な合成または天然の化合物を本アッセイで検査し、H.pyloriポリペプチドの活性を阻害または増強するものを同定できる。これらの活性化合物のいくつかは、直接、あるいは、膜透過性または溶解性を促進するために化学的に改変して、生きたH.pylori 細胞全体の同活性(例、酵素活性)を阻害または増強する事もできる。実施例 I．H.pylori DNAのクローニングと配列決定 Schleif R.F.とWensink P.C.の"Practical Methods in Molecular Biology,"p .98，Springer-Verlag，NY.,1981に概説された基本的DNAプロトコルに多少の変更を施したものに従い、H.pylori染色体DNAを分離した。簡単に説明すれば、細胞群を粒状にし、TE(10 mM Tris，1mM EDTA，pH7.6)中で再懸濁し、そしてGES溶菌緩衝液(5.1Mのチオシアン酸グアニジウム(guanidium thiocyanate)，0.1 M ED TA,pH8.0，0.5% N-ラウリルサルコシン)を加えた。懸濁液を冷却し、酢酸アンモニウム(NH₄Ac)を加えて最終濃度を2.0Mにした。DNAを、先ずクロロホルムで、次いでフェノール-クロロホルムで抽出し、そしてクロロホルムで再抽出した。DNA をイソプロパノールで沈殿させ、70% EtOHで二回洗浄し、乾燥させそしてTE中に再懸濁した。分離に続いて、全ゲノムH.pylori DNAを中間サイズ2000 bpに噴霧化した(Bode nteich et al.,"Automated DNA Sequencing and Analysis"(J.C.Venter,ed.),Ac ademic Press,1994)。噴霧化の後、そのDNAを濃縮し、標準の1%アガロースゲル上に分離した。サイズ約900-1300 bp，1300-1700 bp，1700-2200 bp，2200-2700 bpに対応する数画分をそのゲルから削り取り、GeneCleanの手順で精製した(Bio 101,Inc.)。次いで、精製したDNAフラグメントをT4 DNAポリメラーゼを使って平滑末端化( blunt-ended)した。その後、治癒したDNAを特異的BstXI-リンカーアダプター(10 0-1000倍のモル過剰の5'TCTAGACCACCTGC及び5'GTGGTCTAGA)に結合した。これらのリンカーは、BstXI-カット pMPXベクターに相補性であり、一方、その張出し（オーバーハング）は、自己相補性でない。故に、リンカーは鎖状に成らず、またカットベクターはそれ自身容易に結合しない。リンカー取入れ挿入断片(linke r-adopted inserts)を1%アガロースゲル上の未混和リンカーから分離し、GeneCl eanを使って精製した。次いで、リンカー取入れ挿入断片を20 pMPXベクターの各々に結合して一組の"ショットガン"サブクローンライブラリーを構成した。ベクターは、クローニング部位で枠外(out-of-frame)lacZ遺伝子を含み、これは、アダプター二量体がクローンされる場合に枠内(in-frame)になり、それらの青色によってそれらを回避させることができる。以後の全ての処置は、Church G.M.とKieffer-Higgins S.,Science 240:185-18 8,1988に概説された複合DNA配列決定プロトコルに基づいて実施した。そのプロトコルに施した大きな変更点だけを強調して説明する。簡単には、その後、20ベクターの各々をDH5αコンピテン細胞に形質転換した（Gibco/BRL,DH5α形質転換プロトコル）。そのライブラリーは、アンピシリン、メチシリン及びIPTG/Xga1 を含んでいる抗生物質のプレート上で平板培養して効力検定した。そのプレートを37℃で一晩インキュベートした。次いで、クローンを平板培養し且つ複合プールにプールするのにその好結果の形質転換細胞を用いた。クローンを取り出し、 40 mlの成長培地培養にプールした。その培養物を37℃で一晩成長させた。Qiage n Midi-prepキットとTip-100カラム(Qiagen.Inc.)を使ってDNAを精製した。この方法で、プール当り100μgのDNA を得た。DNAの96-wellプレート15個を生成して250-300塩基平均読み長さの5-10 倍の配列重複性を得た。次いで、これらの精製したDNA試料は、化学分解法に基づく複合DNA配列決定法 (Church G.M.and Kieffer-Higgins S.,Science 240:185-188,1988)を使うか又は Sequithrem(Epicenter Technologies)のジデオキシ配列決定プロトコルによって配列決定した。配列決定用反応物を電気泳動させ、40 cmゲルからの直接移動電気泳動(Richterich P.and Church G.M.,Methods in Enzymology 218:187-222,19 93)によるか又はエレクトロブロッティング（上記のChurch）によってナイロン膜上に移動した。ゲル当り24試料をランさせた。化学的配列決定によって45の好結果の膜を及びジデオキシ配列決定で8つを作った。紫外線を照射してDNAをそれらの膜に共有結合させ、ベクター上のタグ(tag)配列に相補的な標識(labeled)オリゴヌクレオチドとハイブリッド形成させた（上記Church）。膜を洗浄して非特異的結合プローブを洗い流し、そしてX線フィルムにさらして個々の配列ラダーを可視化した。オートラジオグラフィー後、65℃のインキュベートによってハイブリッド形成されたプローブを除去し、そして膜が化学的配列決定用膜に関して 38回及びジデオキシ配列決定用膜に関して10回探査終了するまで別のタグ配列を使ってハイブリッド形成サイクルを繰り返した。このようにして、各ゲルにより、それぞれが新規の配列決定情報を包含している多数のフィルムが作り出された。新しいブロットを処理した時は何時も、プールの各々に付加された内部標準配列に関してそれが先ず探査された。レーザ走査式濃度計(Molecular Dynamics,Sunnyvale,CA)を使ってフィルムのディジタル画像を生成した。そのディジタル化画像は、プログラムREPLICA^TM(Ch urch et al.,Automated DNA Sequencing and Analysis(J.C.Venter,ed.),Academ ic Press,1994)を使ってコンピュータのワークステーション(VaxStation 4000's )で処理した。画像処理には、レーン直線化、強度差を平らにするためのコントラスト調整、及び反復ガウス逆たたみ込みによる分解能向上が含まれた。次いで、その配列群をREPLICA^TMで自動的に取り出して対話型の校正ができるよう表示し、その後でプロジェクトデータベースに格納した。その校正は、フィルム画像の急速画面走査とそれに続く表示画像のバンド上のマウスクリックによってベースコールを変更して実施した。多くの配列エラーを検出して補正した：何故なら、ゲノムDNAの同一部分を網羅する複数の配列の読みは、編集のための適当な配列の重複性を与えるからである。各配列は、自動的に、（マイクロタイタープレート、プローブ情報、及びレーン設定数に対応する）識別ナンバーを受けた。このナンバーは、その配列の永久識別名として役立ち、そのため、特殊データベースによらないで任意の特定配列の起源を識別することがいつも可能である。プログラムFALCON(Church,Church et al.,Automated DNA Sequencing and Ana lysis(J.C.Venter,ed.)Academic Press，1994)を使ってH.pylori配列の規定集合を実施した。このプログラムは、ほとんどの配列に対して迅速で且つ信頼できることが分かっている。集合contigsは、REPLICA^TMと影響し合うところの、Geneti cs Computer Group(GCG)(Devereux et al.，Nucleic Acid Res.12:387-95,1984) によって開発されたGelAssembleの修正バージョンを使って表示した。これにより、複合配列のゲル画像をREPLICAＴＭデータベースから即座に呼び出し且つ表示させて、集合における異なった配列の読みの間に食違いが生じた場合にゲルトレースのcontigsと校正の急速走査を可能にするところの統合エディタが規定された。II．組換えH.pylori DNA配列の識別、クローニング及び発現 H.pylori由来の膜と分泌タンパク質のクローニング、発現及び純化を促進できるよう、強力な遺伝子発現系、pET系(Novagen)を、E.coliにおける組換えタンパク質のクローニング及び発現用として選択した。また、組換えタンパク質生成物の純化を助長するため、ペプチドタグ、His-TagをエンコードするDNA配列を対象のDNA配列の3'末端に融合させた。3'末端は、5'末端（ターミナル）信号配列のいずれかの改変を避けるために融合用として選択した。上記に対する例外は、pp iB、発現の研究でコントロールとして使えるようクローン化された遺伝子、であった。この研究では、H.pylori ppiBに関する配列は、全長遺伝子の5'末端に融合したHis-TagをエンコードするDNA配列を含んでおり、何故なら、この遺伝子のタンパク質生成物は、信号配列を含まず且つ細胞質ゾルタンパク質として発現されるからである。 Helicobacter pyloriのJ99菌株由来の膜及び分泌タンパク質に対するORF's含有D NA配列のPCR増幅とクローニング H.pyloriのJ99 菌株からのクローニングのために（発明のDNA配列リストから）選択した配列群は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による増幅クローニング用として準備した。開放読み枠(ORFs)の5'及び3'末端に特異的な合成オリゴヌクレオチド・プライマー（表４）を設計し、購入した(GibcoBRL Life Technologies,Ga ithersburg,MD.USA)。（配列の5'末端に特異的な）全ての前進プライマーは、Nd eIが使われた場合のHpSeq.4821082(SEQ ID NO: 820)を除く、最端の5'末端でのN coIクローニング部位を含むよう設計した。これらのプライマーは、メチオニン残基、続いてバリン残基でのタンパク質翻訳の開始と未変性のH.pylori DNA配列の残部に対するコーディング配列を可能にするよう設計した。例外は、イニシエーター・メチオニンの直ぐ後に未変性のH.pylori DNA配列の残部が続くところの H.pylori DNA配列4821082(SEQ ID NO: 820)である。（任意のH.pylori ORFの3' 末端に特異的な）逆プライマーの全ては、pET-28bの読み枠内への各H.pylori配列のクローニングができるよう最端の5'末端でEcoRIを包含した。pET-28bベクターは、His-Tagから成るところの、（最端C-末端において）6個のヒスチジン残基を含んでいる付加的20カルボキシー末端アミノ酸（HpSeq.26380318(SEQ ID NO: 658)とHpSeq.14640637(SEQ ID NO: 447)における19アミノ酸のみ）をエンコードする配列を与える。先に述べたように、上記に対する例外は、ppiB遺伝子に対するベクター構造である。ppiB遺伝子の5'末端に特異的な合成オリゴヌクレオチド・プライマーは、その最端5'末端でBamHI部位をエンコードし且つppiB遺伝子の3 '末端に対するプライマーは、その最端5'末端でXhoI部をエンコードした。 H.pyloriのJ99菌株(ATCC#55679)から準備したゲノムDNAを、PCR増幅反応用の鋳型DNAのソースとして用いた(Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley and Sons,Inc.,F.Ausubel et al.,eds.,1994)。H.pylori ORFを含有しているDNA配列を増幅するため、2 mMのMgCl₂、定義したH.pylori ORFに相補的であり且つその両端に隣接している1マイクロモルの合成オリゴヌクレオチド・プライマー（前進及び逆プライマー）、0.2 mMの各デオキシヌクレオチド・三リン酸塩；dATP、dGTP、dCTP、dTTP及び2.5単位の熱安定性DNAポリメラーゼ(Amplitaq, Roche Molecular Systems,Inc.,Branchburg,NJ,USA)を含んでいる反応びん中にゲノムDNA(50ナノグラム)を入れ、最終容積を100マイクロリットルにした。Perk in Elmer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 thermal cyclerを使用して、以下の熱サイクリング条件を用いて各ORFに対する増幅DNA生成物を得た：配列26054702(SEQ ID NO: 649)，7116626(SEQ ID NO: 865)，29479681(SEQ ID N O: 677)，30100332(SEQ ID NO: 685)，4821082(SEQ ID NO: 820)及び978477(SEQ ID NO: 880)； 94℃で2分間変性、 94℃-15秒間、30℃-15秒間及び72℃-1.5分間の2サイクル 94℃-15秒間、55℃-15秒間及び72℃-1.5分間の23サイクル 72℃-6分間で反応を終了。配列16225006(SEQ ID NO: 465)； 94℃で2分間変性、 95℃-15秒間、55℃-15秒間及び72℃-1.5分間の25サイクル 72℃-6分間で反応を終了。配列4721061(SEQ ID NO: 812)； 94℃で2分間変性、 94℃-15秒間、36℃-15秒間及び72℃-1.5分間の2サイクル 94℃-15秒間、60℃-15秒間及び72℃-1.5分間の23サイクル 72℃-6分間で反応を終了。配列26380318(SEQ ID NO: 658)； 94℃で2分間変性、 94℃-15秒間、38℃-15秒間及び72℃-1.5分間の2サイクル 94℃-15秒間、62℃-15秒間及び72℃-1.5分間の23サイクル 72℃-6分間で反応を終了。配列14640637(SEQ ID NO: 447)； 94℃で2分間変性、 94℃-15秒間、33℃-15秒間及び72℃-1.5分間の2サイクル 94℃-15秒間、55℃-15秒間及び72℃-1.5分間の30サイクル 72℃-6分間で反応を終了。 H.pylori ppiBの増幅条件； 94℃で2分間変性、 94℃-15秒間、32℃-15秒間及び72℃-1.5分間の2サイクル 94℃-15秒間、56℃-15秒間及び72℃-1.5分間の25サイクル 72℃-6分間で反応を終了。熱サイクリング反応の完了後、増幅したDNAの各試料は、Qiaquick Spin PCR精製キット(Qiagen，Gaithersburg,MD,USA)を使って洗浄・精製した。増幅した全てのDNA試料は、制限エンドヌクレアーゼ、Ncol及びEcoRI(New England BioLabs ,Beverly,MA,USA)を使い、又はHpSeq.4821082(SEQ ID NO: 820)の場合は、NdeI 及びEcoRI(Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley and Sons,Inc .,F.Ausubel et al.,eds.,1994)を使って、消化させた。次いで、DNA試料を、1. 0% NuSeive(FMC BioProducts,Rockland,ME USA)アガロースゲル上で電気泳動にかけた。臭化エチジウムと長波長uv照射に晒してDNAを可視化した。アガロースゲルから分離したスライスに含まれているDNAは、Bio 101 GeneClean Kitプロトコル(Bio 101 Vista,CA,USA)を使って精製した。 pET-28b原核発現ベクターへのH.pylori DNA配列のクローニング Ncol及びEcoRIにより、又はH.pylori配列4821082(SEQ ID NO: 820)の場合は、NdeI及びEcoRI(Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley and Sons,Inc.,F.Ausubel et al.,eds.,1994)による消化によってクローニングするためにpET-28bベクターを準備した。ppiBをクローニングする場合は、挿入遺伝子の5'末端に融合し得るHis-Tagをエンコードするところの、pET-28aベクターを用い、クローニング部位は、ppiB遺伝子を使いBamHI及びXhol制限エンドヌクレアーゼによる消化によってクローニングできるようにした。消化に続き、DNAの挿入断片は、pET-28a発現ベクターにクローン化されたところの、ppiBに対する増幅挿入断片を除き、前に消化されたpET-28b発現ベクターにクローン化された(Current Protocols in Molecular Biology,John Wileyand Sons,Inc.,F.Ausubel et al.,eds.,1994)。次いで、その連結反応の生成物を用いて、下記のように、E.coliのBL21菌株を形質転換した。組換えプラスミドによるコンピテントバクテリアの形質転換標準法(Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley and Sons,Inc. ,F.Ausubel et al.,eds.,1994)に従い、クローン化H.pylori配列を保持している組換えpET発現プラスミドによってコンピテントバクテリア、E coli菌株BL21又はE.coli菌株BL21(DE3)を形質転換した。簡単に説明すれば、１マイクロリットルの連結反応物を50マイクロリットルのエレクトロコンピテント細胞と混合して高電圧パルスにかけ、その後、試料を、0.45ミリリットルのSOC培地（0.5%酵母抽出物、2.0%トリプトン、10 mM NaCl、2.5 mM KCl、10 mM MgCl₂、10 mM MgSO₄ 及び20 mMグルコース）において37℃で振とうしながら1時間温置した。次いで、試料を、25マイクログラム/mlの硫酸カナマイシンを含んでいるLB寒天プレート上に広げ、一晩成長させた。その後、転換させたBL21のコロニーを取り出して分析し、以下に述べるようにクローン化挿入断片を評価した。 H.pylori配列を保持している組換えpET発現プラスミドの識別組換えpET-28b-H.pylori ORFsを使って転換された個々のBL21のクローンは、元のPCR増幅クローン化反応に用いられたところの、各H.pylori配列に特異的な同一の前進及び逆プライマーを使って、クローン化挿入断片のPCR増幅によって分析した。好結果を得た増幅によって、発現ベクターにおけるH.pylori配列の組込みが立証された(Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley and S ons,Inc.,F.Ausubel et al.,eds.,1994)。 BL21形質転換細胞からのプラスミドDNAの分離と作製適当なクローン化H.pylori ORFsを保持している組換えpET-28bベクターの個々のクローンを取り出し、5 mlのLB肉汁に25マイクログラム/mlの硫酸カナマイシンを加えたものの中で一晩インキュベートした。次の日、プラスミドDNAを取り出し、Qiagenのプラスミド精製プロトコル(Qiagen Inc.,Chatsworth,CA,USA)を使って精製した。 E.coliにおける組換えH.pylori配列の発現 pETベクターは、E.coli K-12菌株の何れにおいても、例えば、HMS174、HB101 、JM109、DH5等において、クローン化又はプラスミド作製の目的で増殖することができる。発現の宿主は、T7 RNAポリメラーゼに対する遺伝子の染色体コピーを含んでいるE.coli菌株を含む。これらの宿主は、バクテリオファージDE3の溶原菌、lacI遺伝子を保持しているλ誘導体、lacUV5プロモーター及びT7 RNAポリメラーゼに対する遺伝子である。T7 RNAポリメラーゼは、イソプロピル-B-D-チオガラクトシド(IPTG)の付加によって誘導され、そしてそのT7 RNAポリメラーゼは、T7プロモーター及び対象の遺伝子を保持している、pET-28bのような標的プラスミドを何れも転写する。使用菌株には、BL21(DE3)が含まれる(Studier,F.W.,R osenberg,A.H.,Dunn,J.J.,及びDubendorff,J.W.(1990)Meth.Enzymol.185,60-89) 。組換えH.pylori配列を発現させるため、上述のように分離した50ナノグラムのプラスミドDNAを使って上述のようにコンピテントBL21(DE3)バクテリアを形質転換した（pET発現系キットの一部としてNovagenにより提供）。lacZ遺伝子（β- ガラクトシダーゼ）は、H.pylori組換え構造に関して記述したようにpET-系で発現させた。形質転換細胞をSOC培地で1時間培養し、次にその培養物を25マイクログラム/mlの硫酸カナマイシン含有のLBプレート上で平板培養した。次の日、バクテリアのコロニーを（25マイクログラム/mlの）硫酸カナマイシン含有のLB培地にプールして成長させ,600 nMで0.5〜1.0 O.D.単位の光学濃度にし、その点で、１ミリモルのIPTGを培養物に３時間加えてH.pylori組換えDNA構造の遺伝子発現を誘発した。 IPTGによる遺伝子発現の誘発後、3500 x gのSorvall RC-3B型遠心機を使ってバクテリアを4℃で15分間遠心分離してペレット化した。ペレットは、冷10 mM T ris-HCl,pH8.0，0.1 M NaCl及び0.1 mM EDTA(STE緩衝液)の50ミリリットルで再懸濁した。次いで、細胞を4℃-20分間2000 x gで遠心分離した。湿りペレットを秤量し、そしてタンパク質精製に使うまで-80℃で凍結した。III．組換えタンパク質のE.coliからの精製分析方法精製したタンパク質標品の濃度は、アミノ酸含量から計算した吸光度係数を使って吸光分光的に定量化した(Perkins,S.J．1986 Eur.J.Biochem.157,169-180) 。またタンパク質の濃度は、標準としてウシの血清アルブミンを使って、Bradfo rd,M.M.(1976)Anal.Biochem.72,248-254,及びLowry,O.H.,Rosebrough,N.,Farr,A .L.& Randall,R.J.(1951)J.Biol.Chem.193,pages 265-275の方法によって測定した。 SDS-ポリアクリルアミド・ゲル(12%又は4.0〜25%のアクリルアミド傾斜ゲル) をBioRad(Hercules,CA,USA)から購入し、Coomassie blueで染色した。分子量マーカーとしては、ラビットの骨格筋ミオシン(200 kDa)、E.coli(-ガラクトシダーゼ(116 kDa)、ラビット筋ホスホリラーゼB(97.4 kDa)、ウシの血清アルブミン (66.2 kDa)、オボアルブミン(45 kDa)、ウシのカルボニック・アンヒドラーゼ(3 1 kDa)、大豆トリプシン阻害剤(21.5 kDa)、卵白リゾチーム(14.4 kDa)及びウシのアプロチニン(6.5 kDa)が含まれた。 1．可溶性タンパク質の精製全ての処理は、4℃で実施した。凍結した細胞を溶かし、溶菌緩衝液（20mM Tr is,pH 7.9、0.5 M NaCl、10%グリセロール．0.1%2-メルカプトエタノール．200 μg/mlリゾチーム含有の5 mMイミダゾール、1 mMフェニルメチルフッ化スルホニル(PMSF)、及び各10μg/mlのロイペプチン、アプロチニン、ペプスタチン、L-1- クロロ-3-[4-トシルアミド]-7-アミノ-2-ヘプタノン(TLCK)、L-1-クロロ-3-[4- トシルアミド]-4-フェニル-2-ブタノン(TPCK)、及び大豆トリプシン阻害剤）の5 容積で再懸濁し、そして小容積の微小流動化剤（Model M-110S，Microfluidics International Corporation,Newton,MA）中を数回通過させて破壊した。生ずるホモジネートを0.1%Brij 35にし、100,000×gで1時間遠心分離して透明の上澄み（粗抽出物）を産した。 0.8μm Suporフィルター(Gelman Sciences,FRG)を通す濾過に続いて、粗抽出物を、10%グリセロール、0.1% Brij 35及び1 mM PMSF含有の溶菌緩衝液で事前平衡化させた5ミリリットルの床体積を有するNi²⁺-ニトリロ三酢酸-アガロース(NTA)上に直接載せた(Hochuli,E.,Dbeli.H.,and Schacheer,A.(1987)J.Ch romatography 411,177-184)。カラムを、10%グリセロール、0.1%Brij 35含有の2 50 ml（50床体積）の溶菌緩衝液で洗浄し、10%グリセロール、0.05% Brij 35、1 mM PMSF、及び連続して20、100、200、及び500 mMのイミダゾール含有の溶菌緩衝液の継続処理で溶出させた。フラクションをOD₂₈₀nmの吸光度でモニタし、ピークフラクションをSDS-PAGEで分析した。組換えタンパク質を含んでいるフラクションは、100 mMのイミダゾールで溶出した。組換えタンパク質 14640637（SEQ ID NO: 447）とタンパク質群、β-ガラクトシダーゼ(lacZ)及びペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼ(ppiB) Ni²⁺-NTA-アガロースのカラム由来の組換えタンパク質を含んでいるフラクションをプールし、次いで遠心濾過(Centriprep-10,Amicon,MA)により約5 mlに濃縮し、緩衝液A(10 mM Hepes,pH 7.5，150 mM NaCl，0.1 mM EGTA)で平衡化したS ephacryl S-100 HRのゲル濾過培地の180-mlカラム(1.6×91 cm)上に直接充填しそして18ml/hで緩衝液A中を走らせた。組換えタンパク質含有フラクションは、2 80 nmの吸光度で識別しそしてSDS-PAGEによって分析した。フラクションをプールし、遠心濾過により濃縮した。組換えタンパク質 7116626(SEQ ID NO: 865) Ni²⁺-NTA-アガロースのカラム由来の組換えタンパク質を含んでいるフラクションをプールし、1リットルの透析緩衝液(10 mM MOPS,pH 6,5，50 mMNaCl，0.1 mM EGTA，0.02% Brij 35及び1 mMPMSF)に対して一晩透析した。その朝、微細な白色沈殿物を遠心分離で除去しそして50 mM NaCl含有の緩衝液B(10 mM MOPS,pH 6.5,0.1 mMEGTA)で平衡化した8 ml(8×5 mm)MonoSの高性能液体クロマトグラフィーカラム(Pharmacia Biotechnology,Inc.,Piscataway,NJ,USA)上に充填した。そのカラムを10ベッド体積の50 mM NaCl含有の緩衝液Bで洗浄し、そしてNaClを増やした(50〜500 mM)50-mlの直線傾斜で展開した。組換えタンパク質 7116626(SEQ ID NO: 865)は、300 mM NaClでシャープなピークとして溶出した。 2．封入体からの不溶性タンパク質の精製以下の処理は、4℃で実施した。細胞ペレットは、10%グリセロール、200μg/m lリゾチーム、5 mM EDTA、1 mM PMSF及び0.1%メルカプトエタノールを含む溶菌緩衝液で再懸濁した。細胞破壊機を通した後、生ずるホモジネートを0.2%デオキシコール酸塩にし、10分間攪拌し、次いで20,000×gで30分間遠心分離した。そのペレットは、10%グリセロール、10 mM EDTA、1 % Triton X-100、1 mM PMSF及び0.1%メルカプトエタノールを含む溶菌緩衝液で洗浄し、続いて、1 M 尿素、1 mMPMSF及び0.1% 2-メルカプトエタノールを含む溶菌緩衝液で数回洗浄した。生ずる白色ペレットは、主として、未破壊の細胞と膜物質の無い、封入体から成った。組換えタンパク質26054702(SEQ ID NO: 649)，16225006(SEQ ID NO: 465)，3010 0332(SEQ ID NO: 685)，4721061(SEQ ID NO: 812) 以下の処理は、室温で実施した。精製した封入体は、1 mM PMSF及び0.1%2-メルカプトエタノールを含む溶菌緩衝液に溶かした20 ml 8.0 M尿素で溶解し、そして室温で１時間インキュベートした。溶解しなかった物質は、遠心分離で除去した。透明な上澄みを濾過し、次いで、溶菌緩衝液に溶かした8.0 M尿素で事前平衡化したNi²⁺-NTA-アガロースカラムに充填した。カラムを、8 M尿素、1.0 mM PMSF及び0.1% 2-メルカプトエタノール含有の250 ml（50ベッド体積）の溶菌緩衝液で洗浄し、8M尿素、1 mM PMSF、0.1% 2-メルカプトエタノール、及び連続して20、100、200、及び500 mMのイミダゾール含有の溶菌緩衝液の継続処理で展開した。フラクションをOD₂₈₀nmの吸光度でモニタし、ピークフラクションをSDS-P AGEで分析した。組換えタンパク質を含んでいるフラクションは、100 mMのイミダゾールで溶出した。組換えタンパク質29479681(SEQ ID NO: 677)，978477(SEQ ID NO: 880)，263803 18(SEQ ID NO: 658) 封入体を含んでいるペレットを8 M尿素、1 mM PMSF及び0.1% 2-メルカプトエタノール含有の緩衝液Bで可溶化し、そして室温で１時間インキュベートした。不溶性物質を20,000×gで30分間の遠心分離で除去し、その透明な上澄みを、6 M 尿素、1 mM PMSF及び0.1% 2-メルカプトエタノール含有の緩衝液Bで事前平衡化した15 ml(1.6×7.5 cm)SP-Sepharoseカラムに充填した。10ベッド体積でそのカラムを洗浄した後、0から500 mM NaClの直線傾斜で展開した。タンパク質試料の透析と濃縮 0.5%デオキシコール酸塩(DOC)含有のトリス緩衝塩溶液(TBS; 10 mM Tris pH 8 .0，150 mM NaCl)に対する透析によって、タンパク質試料から尿素を徐々に取り除き、結果的に次のような尿素濃度；6M，4M，3M，2M，1M,そして0.5Mに連続して減らして最終的に何ら尿素を含まないTBSとした。各透析処理は、室温で最低4 時間行った。透析後、試料は、Amicon stirred cellsを使って加圧濾過により濃縮した。タンパク質の濃度は、Perkins(1986 Eur.J.Biochem.157，169-180)、Bradford((19 76)Anal.Biochem.72，248-254)及びLowry((1951)J.Bio1.Chem.193,page 265-275 )の方法を用いて測定した。上述の方法で精製した組換えタンパク質を次の表５に要約する。 IV．ワクチン候補としてのH.pyloriタンパク質の分析 H.pyloriタンパク質の免疫調節効果を調べるため、マウス/H.pyloriモデルを用いた。このモデルは、多くの点でヒトのH.pylori感染によく類似している。治療的経口免疫治療の概念を試験するためH.pylori感染動物における経口免疫化の効果に焦点を絞る。動物雌のSPF BALB/cマウスをBomholt Breedingセンター(Denmark)から購入した。それらを通常のmakrolon cageに入れ、水と食料を自由に与えた。動物は、到着時4-6週の歳であった。感染最低1週間の慣らしの後、動物をH.pylori（元は潰瘍患者から分離したstrain 244）のtype 2 strain(VacA negative)で感染させた。我々の手元では、この菌株は、マウスの胃の良き開拓者(colonizer)であることが早くから分かっていた。バクテリアは、37℃の微好気性雰囲気(10% CO₂，5% O₂)において10%の胎児子牛血清を追加したBrucella肉汁中で一晩成長させた。動物には、オメプラゾール (omeprazole)の経口用量(400 μmol/kg)を与えそしてこの後3-5hに肉汁中のH.py lori（約10⁸cfu/動物）の経口接種を施した。接種後2-3週に数動物で感染の陽性反応をチェックした。抗原組換えH,pylori抗原は、外部露出したH.pylori細胞膜とのそれらの組合せに基づいて選んだ。これらの抗原は、次の群から選択した：(1.)外膜タンパク質；(2 .)ペリプラズム／分泌タンパク質；(3.)外表面タンパク質；及び(4.)内膜タンパク質。全ての組換えタンパク質は、精製反応に対するhexa-HIS標識を使って構成し、非Helicobacter pyloriのコントロールタンパク質(E.coli;LacZ由来のβ-ガラクトシダーゼ)も同様の方法で構成した。全ての抗原は、可溶型で与えられた：即ち、HEPES緩衝液に溶けるか又は0. 5%デオキシコール酸塩(DOC)含有の緩衝液に溶解するものであった。抗原群を下記の表６に列挙する。免疫化各グループ10動物を34日の期間にわたって4回(1、15、25及び35日)免疫化した。溶液又は懸濁液に溶かした精製抗原を100μg/マウスの用量で与えた。アジュバントとして、また動物に10μg/マウスのコレラ毒素(CT)を投与して各々を免疫化した。抗原が酸性劣化するのを防ぐ一方法として免疫化前3-5hに動物にオメプラゾール(omeprazole)(400μmol/kg)を経口投与した。感染させたコントロール動物には、HEPE,S緩衝液＋CT又はDOC緩衝液＋CTを投与した。最終的免疫化後2-4 週で動物を犠牲にした。研究の全般的アウトラインを下記の表７に示す。感染の分析粘膜性感染：マウスをCO₂と頸部切断により犠牲にした。腹部を開いて胃を除去した。その胃を大きめの湾曲に沿って切開後、食塩水で洗浄した。幽門洞(ant rum)と胃体(corpus)とから別々に25mm²の面積の粘膜を外科用メスを使って掻き取った。こすり取った粘膜はBrucella Brothに懸濁し、Blood Skirrow選択プレート上に載せた。そのプレートを微好気性条件で3-5日間インキュベートし、コロニー数を計数した。H.pyloriの同一性は、ウレアーゼ及びカタラーゼ試験によって及び直接顕微鏡法又はグラム染色法によって確認した。ウレアーゼ試験は、本質的に以下のようにして実行した。試薬、Urea Agar Ba se ConcentrateをDIFCO研究所(Detroit,MI)から購入（カタログ＃0284-61-3）。尿素寒天培養基の濃縮物(urea agar base concentrate)を水で1:10に希釈。1 ml の希釈濃縮物を100-200μlの活性成長しているH.pylori細胞群と混合。マゼンタへの色変化から、細胞群がウレアーゼ陽性であることが示された。カタラーゼ試験は、本質的に以下のようにして実行した。試薬、N,N,N',N'-テトラメチル-p-フェニレンジアミンをSigma(St.Louis,MO)から購入(カタログ＃T3 134)。試薬の溶液（水中1%w/v）を準備。H.pylori細胞群をWhatmanの濾紙上にぬり付け、1%溶液を上塗りした。暗青色への色変化から、細胞群がカタラーゼ陽性であることが示された。血清抗体：全てについてマウスの血清は、心臓穿刺術で取り出した血液から準備した。血清の抗体は、Helicobacter pyloriの特異的抗原を平板培養して行うところの、通例のELISA技法によって識別した。粘膜抗体：体の特定部分及び4 cmの十二指腸の軽い破片化を50%のマウスで実施してその粘膜における抗体の存在を検出した。抗体タイターは血清抗体用の通常のELISA技法によって測定した。統計的分析：Helicobacter pyloriのコロニー化に及ぼす抗原の顕著な効果を判定できるよう、Wilcoxon-Mann-Whitneyのサインランク(sign rank)試験を用いた。P＜0.05が顕著であると考えた。洞がHelicobacterの主なコロニー化部位である故、洞のコロニー化の変化に最も注目した。結果血清における抗体：CTと共に与えられた全ての被検抗原は、血清における測定可能な特定タイターを呈した。最高応答は、SEQ ID NOs: 865、812、658、447、及び820について見られた（図１参照）。粘膜における抗体：粘膜の断片においては、全ての被検抗原に対する特定抗体が見られた。群を抜いた最強の応答は、SEQ ID NOs: 685、続いて447、865、及び658について見られた（図２参照）。治療的免疫化の効果：全てのコントロール動物(BALB/cマウス)は、胃の幽門洞と胃体の両方ともH.py lori(菌株 AH244)で十分コロニー化した。被検抗原については、3タンパク質(SE Q ID NOs: 812、820、及び447)が、H.pylori感染の良好且つ顕著な減少及び／又は根絶を呈した。洞のコロニー化の程度は、SEQ ID NOs: 880、658、及び865による免疫化に続いては、コントロールと比べて低かった。SEQ ID NOs: 465、677 、及び685は、コントロールとは異ならなかった。コントロール用タンパク質 la cZ、即ち、非-H.pyloriタンパク質は、根絶効果が無く、事実、HEPES＋CTコントロールと比べて高いHelicobacterのコロニー化を示した。HEPESとDOCにそれぞれ溶解したタンパク質に関して全てのデータを図３と４に示す。データは幾何平均値として示してある。n=8-10 Wilcoxon-Mann-Whitney sign rank試験*=p＜0.05; x/10=非検マウスの全数にわたってH.pyloriの根絶を示すマウス数。提示したデータから、本研究に含まれたH.pylori組込みタンパク質の全ては、経口アジュバントCTと共に経口免疫原として用いられる時は、特異的血清及び粘膜の抗体によって測定されるような免疫応答の刺激を招来したことが示された。大部分のタンパク質は、この動物モデルにおけるH.pyloriコロニー化の減少に帰着し、そして幾つかの場合、完全な一掃に至った。留意すべきは、減少又は一掃は、相同保護というよりむしろ非相同保護に起因したもので（ポリペプチドはH. pylori J99菌株配列に基づいており且つ異なった(AH244)対抗菌株に対する治療的免疫化の研究に利用）、様々なH.pylori菌株に対するワクチンポテンシャルを示すということである。洞における最高のコロニー化は、非-Helicobacterタンパク質LacZで処理した動物に見られ、Helicobacter pylori抗原について見られる効果は特異的である、ということを示している。それと共に、これらのデータは、H.pylori感染を処理し及び／又は防御するためにヒトに使用される製薬処方にこれらのH.pyloriタンパク質を使用することを強力に支持するものである。Ｖ．Helicobacter pylori菌株における遺伝子の配列変異分析 4遺伝子をクローン化し、そのDNAと推理されたアミノ酸配列とを比較するため数株のH.pyloriから配列した。この情報を用いて、H.pylori菌株、J99と、ヒトの患者から分離したその他のH.pylori菌株との間の配列変異を測定した。染色体DNAの作製（表 10に列挙したような）H.pylori菌株の培養をBLBB（1%トリプトン、1%ペプタミン 0.1%グルコース、0.2%酵母抽出物0.5%塩化ナトリウム、5%ウシ胎児血清）においてOD₆₀₀0.2まで成長させた。細胞群をSorvall RC-3Bを使って、3500 ×g、4℃で15分間遠心分離し、そのペレットを10 mM Tris-HCl,0.1 mM EDTA(TE) の0.95 mlに再懸濁した。リゾチームを加え、併せて、それぞれ、SDSを1%に、及びRNAse A＋T1を0.5mg/ml及び5単位/mlにして最終濃度1 mg/mlとし、そして37℃ で1時間インキュベートした。次いで、プロテイナーゼ Kを加えて最終濃度0.4 m g/mlとし、その試料を55℃で1時間を超える時間インキュベートした。試料に0.6 5Mの濃度までNaClを加えて、注意深く混合させ、そして0.7M NaCLに10% CTABを溶かしたもの0.15 ml（最終は1% CTAB/70mM NaCL）を加え、続いて65℃で20分間インキュベートした。この時点で、試料をクロロホルム：イソアミルアルコールで抽出し、フェノールで抽出し、そして、再度、クロロホルム：イソアミルアルコールで抽出した。dnaはEtOH(1.5×volumes)又はイソプロパノール(0.6×volum es)の何れかを使って-70℃で10分間沈殿させ、70% EtOHで洗浄しそしてTE中に再懸濁させた。 PCR増幅とクローニング 12株のHelicobacter pyloriから作製したゲノムDNAをPCR増幅反応のための鋳型DNAのソースとして用いた(Current Protocols in Molecular Biology,John Wi ley and Sons,Inc.,F.Ausubel et al.,editors,1994)。H.pylori ORFを含んでいるDNA配列を増幅するため、2 mMのMgCl２、定義したH.pylori O RFに相補的であり且つその両端に隣接している1マイクロモルの合成オリゴヌクレオチド・プライマー（前進及び逆プライマー，表８参照）、0.2 mMの各デオキシヌクレオチド・三リン酸塩；dATP、dGTP、dCTP、dTTP及び0.5単位の熱安定性D NAポリメラーゼ(Amplitaq,Roche Molecular Systems,Inc.,Branchburg,NJ,USA) を含んでいる反応びん中にゲノムDNA(10ナノグラム)を入れ、重複反応で最終容積を20マイクロリットルにした。 Perkin Elemer Cetus/GeneAmp PCR System 9600型熱サイクル装置を使い、以下の熱サイクリング条件を用いて各ORFについての増幅DNA生成物を得た: 配列（SEQ ID NO: 表示で）865及び764； 94℃で2分間変性、 94℃-15秒間、30℃-15秒間及び72℃-1.5分間の2サイクル 94℃-15秒間、55℃-15秒間及び72℃-1.5分間の23サイクル 72℃-6分間で反応を終了。配列(SEQ ID NO: 表示で)649（対菌株AH5，5155，7958，AH24,及びJ99）； 94℃で2分間変性、 94℃-15秒間、30℃-15秒間及び72℃-1.5分間の2サイクル 94℃-15秒間、55℃-15秒間及び72℃-1.5分間の25サイクル 72℃-6分間で反応を終了。配列（SEQ ID NO: 表示で）677及び649（対菌株AH4，AH15，AH61，5294，5640 ，AH18,及びHp244）； 94℃で2分間変性、 94℃-15秒間、30℃-20秒間及び72℃-2分間の2サイクル 94℃-15秒間、55℃-20秒間及び72℃-2分間の25サイクル 72℃-8分間で反応を終了。熱サイクリング反応完了後、試料の各対を結合し、下記のようにpCRクローニングベクターにクローニングできるよう直接用いた。 pCR TAクローニングベクターへのH.pylori DNA配列のクローニング増幅した全ての挿入断片は、Original TAクローニングキット(Invitrogen,San Diego,CA)に記述された方法で、pCR 2.1（H.pylori配列865の場合はpCRII）ベクターにクローン化した。次いで、連結反応の生成物を用いて後述のようにE.coli のTOP10F’（H.pylori配列865の場合はINVaF'）菌株を形質転換した。組換えプラスミドによる感応バクテリアの形質転換標準法(Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley and Sons,Inc. ,F.Ausubel et al.,eds.,1994)に従い、クローン化H.pyloriを保持している組換えpCR発現プラスミドによって感応バクテリア、Ecoli菌株TOP10F'又はE.coli菌株INVaF′を形質転換した。簡単に説明すれば、2マイクロリットルの0.5マイクロモルBMEを50マイクロリットルの感応細胞が入った各びんに加えた。続いて、2 マイクロリットルの連結反応物を感応細胞と混合して氷上で30分間温置した。次いで、その細胞と連結反応物とを42℃で30秒間"熱ショック"にかけ、その後、さらに2分間氷上に置き、その後、試料を、0.45ミリリットルのSOC培地（0.5%酵素抽出物、2.0%トリプトン、10 mM NaCl、2.5 mM KCl、10 mM MgCl２、10 mM MgSO ４及び20 mMグルコース）において37℃で振とうしながら1時間温置した。次いで、試料を、25マイクログラム/mlの硫酸カナマイシン又は100マイクログラム/ml のアンピシランを含んでいるLB寒天プレート上に広げ、一晩成長させた。その後、転換させたTOP10F'又はINVaF'のコロニーを取り出して分析し、以下に述べるようにクローン化挿入断片を評価した。 H.pylori配列を保持している組換えPCRプラスミドの識別組換えpCR-H.pylori ORFsを使って転換された個々のTOP10F'又はINVaF'のクローンは、元のPCR増幅クローン化反応に用いられたところの、各H.pylori配列に特異的な同一の前進及び逆プライマーを使って、クローン化挿入断片のPCR増幅によって分析した。好結果を得た増幅によって、クローン化ベクターにおけるH. pylori配列の組込みが立証された(Current Protocols in Molecular Biology,Jo hn Wiley and Sons,Inc.,F.Ausubel et al.,eds.,1994)。適当にクローン化したH.pylori ORFsを保持している組換えpCRベクターの個々のクローンを取り出して配列分析した。配列分析は、（PCRII又はpCR2.1，Invit rogen,San Diego,CAに見られるような）ベクター特定プライマーと下記の表９に列挙したようなORFに特異的な配列決定プライマーとを使う標準プロトコル(Perk in Elmer)を用いてABIシークエンサーで実行した。結果これらの実験におけるPCRの誤差率を確定するため、H.pylori菌株J99由来の5 つの別々のPCR反応混合物から作った、SEQ ID NO: 649の5つの個別クローンを配列させて、DNA配列の4485塩基の累積トータルについて全長897ヌクレオチド以上とした。5つのクローンについてのDNA配列を、別の方法、すなわち、ランダム" ショットガン"クローン化及び配列決定法によって前もって得られたSEQ ID NO: 649のDNA配列と比較した。本明細書に記述した実験についてのPCRの誤差率は、4 485塩基の中から2塩基変化であると測定され、これは、0.04%以下という推定誤差率と等価である。 DNA配列分析は、遺伝子として識別され且つバクテリアHelicobacter pyloriの２種の異なった菌株からPCR法によって増幅された4つの異なった開放読み枠で実施した。この研究用に選択された4つの開放読み枠のうち3つの推定アミノ酸配列は、他のバクテリア種に存在する限定タンパク質との統計的に顕著なBLAST相同関係を示した。これらのORFsには、F.novicidaにおけるABC輸送体をエンコードするval A & Bに相同な、SEQ ID NO: 649；H.influenzaeの外膜に存在するlipop rotein e(P4)に相同な、SEQ ID NO: 865；fecA、E.coliのiron(III)dicitrate輸送における外膜受容体に相同の、SEQ ID NO: 677が含まれた。SEQ ID NO: 764は、それが公のデータベースにおける配列とは相同性が低かったので、未知の開放読み枠として同定された。 H.pyloriの種々の菌株にわたるORFsの保存と分散の程度を評価するため、DNA 配列と推定タンパク質配列における変化をH.pyloriのJ99菌株に見られたDNAと推定タンパク質配列と比較した（下記の表10参照）。結果は、ランダムショットガンクローニングによって配列されたH.pyloriのJ99菌株に対する同一性をパーセントとして提示する。J99配列における任意の変化に対するコントロールに、4つの開放読み枠のそれぞれをクローン化しそして再度J99バクテリア菌株から配列決定し、その配列情報をJ99菌株のランダムショットガン配列でクローン化された挿入断片から既に収集されていた配列情報と比較した。そのデータから、0.12 %程の小さい差異（SEQ ID NO: 764，J99菌株）からほぼ7%の変化（SEQ ID NO: 6 49，菌株AH5）までの範囲でDNA配列に変種があることが立証される。推定タンパク質配列は、変化を示さないか（SE Q ID NO: 764，菌株AH18とAH24）または7.66%程の大きさまでのアミノ酸変化（S EQ ID NO: 649，菌株AH5）を示す。 VI．潜在的な治療標的としての基本的H.pylori遺伝子決定のための実験上のノックアウト・プロトコル治療標的は、そのタンパク質生成物が、細胞エンペロープ合成、DNA合成、転写、翻訳、調節及びコロニー化／病原性のような本質的細胞経路において主要な役割を演ずると思われる遺伝子群から選択される。細胞にとって重要な遺伝子群を識別するためのH.pylori遺伝子群/ORFsの部分の欠失及びカナマイシン耐性カセットの挿入突然変異誘発についてのプロトコルは、以前に公にされた諸方法(Labigne-Roussel et al.,1988,J.Bacteriology 17 0,pp.1704-1708; Cover et al.,1994,J.Biological Chemistry 269,pp.10566-10 573; Reyrat et al.,1995,Proc.Natl.Acad.Sci.92,pp.8768-8772)から変更したものである。その結果は、遺伝子"ノックアウト"である。 H.pylori遺伝子配列の識別とクローニングノックアウト標的として選択された遺伝子又はORFs（開放読み枠）の配列をH. pyloriゲノム配列から識別し、特異的に遺伝子/ORFsを増幅するプライマーを設計するのに用いる。全ての合成オリゴヌクレオチド・プライマーは、OLIGOプログラム(National Biosciences,Inc.,Plymouth,MN 55447,USA)の支援で設計したものであり、また、Gibco/BRL Life Technologies(Gaithersburg,MD,USA)から購入することができる。もしORFsが800〜1000塩基対より小さい場合、開放読み枠の外でフランキング・プライマーを選択する。 Helicobacter pylori HpJ99菌株(ATCC 55679)から作ったゲノムDNAを、PCR（ポリメラーゼ連鎖反応）によるORFsの増幅用の鋳型DNAのソースとして用いた(Cu rrent Protocols in Molecular Biology,John Wiley and Sons,Inc.,F.Ausubel et al.,eds.,1994)。H.pylori由来のゲノムDNAの作製に関しては、実施例I参照。 PCR増幅は、10ナノグラムのゲノムHpJ99 DNAを、10 mM Tris pH8.3、50 mM KC l、2 mMのMgCl₂、2マイクロモルの合成オリゴヌクレオチド・プライマー(前進=F 1及び逆=R1)、0.2 mMの各デオキシヌクレオチド・三リン酸塩（dA TP、dGTP、dCTP、dTTP）及び1.25単位の熱安定性DNAポリメラーゼ(Amplitaq,Roc he Molecular Systems,Inc.,Branchburg,NJ,USA)を含んでいる反応びんに入れて、最終容積を40マイクロリットルにすることにより実施する。PCRは、Perkin El mer Cetus/GeneAmp PCR System 9600 thermal cyclerを用いて実施する。熱サイクリング反応の完了後、増幅したDNAの各試料を臭化エチジウムで染色した2% TAEアガロースゲル上で可視化して、期待した寸法の単一生成物がその反応から生じていたことを確認する。次いで、増幅したDNAを洗浄し、Qiaquick Sp inPCR精製キット(Qiagen,Gaithersburg,MD,USA)を使って精製する。 PCR生成物は、TAクローニング方策(Current Protocols in Molecular Biology ,John Wiley and Sons,Inc.,F.Ausubel et al.,eds.,1994)を用いてpT7Blue T-V ector(カタログ＃69820-1,Novagen,Inc.,Madison,WI,USA)にクローン化する。ベクターへのそのPCR生成物の連結は、6倍のモル超過のPCR生成物、10 ngのpT7Blu e T-Vector(Novagen)、1マイクロリットルのT4 DNA Ligase Buffer(New England Biolabs,Beverly,MA,USA)、及び200単位のT4 DNA Ligase(New England Biolabs )を混合して最終の反応容積を10マイクロリットルにすることによって行う。連結は、16℃で16時間進行させる。連結生成物は、電気穿孔法(Current Protocols in Molecular Biology,John W iley and Sons,Inc.,F.Ausubel et al.,eds.,1994)によりエレクトロポレーション感応XL-1 Blue又はDH5-α E.coli細胞(Clontech Lab.,Inc.Palo Alto,CA,USA) の中に導入する。簡単に説明すれば、1マイクロリットルの連結反応物を40マイクロリットルの電気感応細胞と混合し、そして高電圧パルス(25 マイクロファラッド,2.5 kV,200 ohm)にかけ、その後、試料を0.45mlのSOC培地（0.5%酵母抽出物、2%トリプトン、10 mM NaCl、2.5 mM KCl、10 mM MgCl₂、10 mM MgSO₄及び20 mMグルコース）において37℃で振とうしながら1時間温置した。次いで、試料を、100マイクログラム/mlのアンピシリン、0.3% X-gal、及び100マイクログラム/ mlIPTGを含んでいるLB(10 g/lバクトトリプトン、5 g/lバクト酵母抽出物、10 g /lの塩化ナトリウム)プレート上に広げる。これらのプレートを37℃で一晩温置する。白色を帯びたアンピシリン耐性コロニーを選択し、100マイクログラム/mlのアンピシリン含有５ml の液体LBで成長させ、そしてQiagen miniprep protocol(Qiagen,Gaithersburg,M D,USA)を使ってプラスミドDNAを分離する。適切なH.pylori DNA挿入断片がクローン化され終わったことを確証するため、これらのpT7BlueプラスミドDNAsをクローン化挿入断片のPCR増幅の鋳型として用い、J99 H.pylori配列の初期増幅に用いたものと同じ前進及び逆プライマーを使う。2% TAE、臭化エチジウム染色アガロースゲル上で可視化されるときに適切な寸法をもったプライマーとPCR生成物が認められれば、適切な挿入断片がクローン化されていたことの証拠である。2〜6の確証された該クローンを各ノックアウト標的から得、貯蔵のため-70℃で凍結する。PCRに起因する誤差を最小にするため、これらの確証クローンからのプラスミドDNAをプールし、後続のクローニング処理で使う。遺伝子／ORFsの配列は、再度、第二のプライマー対を設計するのに使用し、これは、ORFsの範囲内で（250塩基対まで）分断もしくは欠失されるH.pylori DNA の領域に隣接するが、お互いに離れて置かれる。先に分離したクローンの円形プラスミドDNAのプールをこのPCRラウンドの鋳型として使う。この欠失プライマー対の増幅の配向は相互に離れているので、プライマー間のORFsの部分は、得られるPCR生成物には含まれない。PCR生成物は、両末端にH.pylori DNAを有するDNA の直線片であり、実質上ORFsの部分の欠失に帰着するそれらの間のpT7Blueベクターバックボーンである。PCR生成物は、適切な寸法を持った単一生成物だけが増幅されたことを確認するために、1% TAE、臭化エチジウム染色アガロースゲル上で可視化する。カナマイシン耐性カセット(Labigne-Roussel et al.,1988J.Bacteriology 170 ,1704-1708)を先に用いたTAクローニング法(Current Protocols in Molecular B iology,John Wiley and Sons,Inc.,F.Ausubel et al.,eds.,1994)によってこのP CR生成物に連結する。組換えプラスミドpCTB8:kan(Cover et al.,1994,J.Biolog ical Chemistry 269,pp.10566-10573)のEcoRI消化を実行することによってCampy lobacterカナマイシン耐性遺伝子を含むカナマイシンカセットを得る。適当なプラグメント(1.4 kb)は、1% TAEゲル上に分離し、そしてQIAquick gel extraction kit(Qiagen,Gaithersburg,MD,USA)を使って分離する。Klenow fill-in protocolを使ってそのフラグメントを末端修復(end repa ired)し、これには、4ugのDNAフラグメント、1マイクロリットルの(0.5 mMの)dA TP、dGTP、dCTP、dTTP、2マイクロリットルのKlenow Buffer(New England Biola bs)及び5単位のKlenow DNAポリメラーゼI Large(Klenow)Fragment(New England Biolabs)を混合して20マイクロリットルの反応物にし、30℃で15分間温置し、75 ℃で10分間加熱して酵素を不活性にする操作が含まれる。次いで、平滑末端化カナマイシンカセットをQiaquickカラム(Qiagen,Gaithersburg,MD,USA)を通して精製し、ヌクレオチドを除去する。次いで、5マイクログラムの末端平滑カナマイシンカセット、10 mM Tris pH8.3、50 mM KCl、2 mM MgCl₂、5単位のDNAポリメラーゼ(Amplitaq,Roche Molecular Systems，Inc.,Branchburg,NJ,USA)、20マイクロリットルの5 mM dTTPを混合して100マイクロリットルの反応物にしそして37 ℃で2時間温置することにより、"T"オーバーハングを生成する。"Kan-T"カセットは、QIAquickカラム(Qiagen,Gaithersburg,MD,USA)を使って精製する。欠失プライマー(F2及びR2)のPCR生成物は、10 - 25 ngの欠失プライマーPCR生成物、50 - 75ng Kan-TカセットDNA、1マイクロリットルの10×T4 DNAリガーゼ反応混合物、0.5マイクロリットルのT4 DNAリガーゼ(New England Biolabs,Beverly,MA,U SA)を混合して10マイクロリットルの反応物にしそして16℃で16時間温置することによって、Kan-Tカセットに連結する。連結生成物を、前述のようにエレクトロポレーションによってXL-1 Blue又はD H5-α E.coli細胞に形質転換する。SOCにおいて回復後、100マイクログラム/ml のアンピシリン含有のLBプレート上に細胞群を載せて37℃で一晩成長させる。次いで、これらのプレートは、25マイクログラム/mlのカナマイシン含有プレート上でレプリカ平板培養し(replica plated)、一晩成長させる。生ずるコロニー群は、pT7Blueベクターに存在するアンピシリン耐性遺伝子と、新たに導入されたカナマイシン耐性遺伝子の両方を含む。コロニー群を25マイクログラム/mlのカナマイシン含有LBに取り出し、そしてQiage n miniprep protocol(Qiagen,Gaithersburg,MD,USA)を使ってプラスミドDNAを培養した細胞から分離する。 PCR増幅によるいくつかの試験をこれらのプラスミドについて実行して、カナマイシンがH.pylori遺伝子/ORFに挿入されていることを立証し、且つH.pylori遺伝子/ORFに関するカナマイシン耐性遺伝子の挿入方位を決定する。カナマイシンカセットがH.pylori配列に挿入されていることを立証するために、元々H.pylori 遺伝子/ORFsをクローン化するのに用いたプライマーセットによるPCR増幅の鋳型としてプラスミドDNA群を使う。適切なPCR生成物は、欠失遺伝子/ORFのサイズであるが、1.4 kilobaseカナマイシンカセットの付加によってサイズが増大する。 H.pylori遺伝子の発現に及ぼすカナマイシン耐性カセットの可能な極性効果を避けるため、ノックアウト遺伝子/ORFに関するカナマイシン耐性遺伝子の方位を決め、両方位を結果としてH.pylori転換に使う（下記参照）。カナマイシン耐性遺伝子の挿入方位を決定するため、カナマイシン耐性遺伝子の末端からプライマー群を設計する("Kan-1"5'-ATCTTACCTATCACCTCAAAT-3'、及び"kan-2"5'-AGACAGCAA CATCTTTGTGAA-3')。Kanプライマー群（プライマー群の4つの組合せ）のそれぞれと共にクローニングプライマーのそれぞれを使うことにより、H.pylori配列に関するカナマイシンカセットの方位を決定する。正のクローンは、"A"方位（同一の転写方位がH.pylori遺伝子とカナマイシン耐性遺伝子の両方に存在）にあるか、または"B"方位（H.pylori遺伝子の転写方位がカナマイシン耐性遺伝子のそれとは反対）にあるとして分類する。同一の方位（A又はB）を共有するクローンは、後続の実験のためにプールし、独立してH.pyloriに転換する。 H.pylori細胞へのプラスミドDNAの形質転換 H.pyloriの2つの菌株を転換に用いる：ATCC 55679、H.pylori配列のデータベースが得られるDNAを与えた臨床アイソレート、及びAH244、そこで継代されたもので、且つマウスの胃を移植する能力を有するアイソレート。転換用細胞は、Sh eep-Blood寒天プレート上又はBrucella Broth液中の何れかで、37℃、10%CO₂、1 00%湿度の条件下で成長させる。細胞群は、指数的成長相に成長させ、そして顕微鏡で検査して、その細胞群が"健康"（活発に動く細胞）であり且つ汚染されていないことを確認する。プレート上で成長させる時は、細胞群は、無菌ループを使ってプレートから細胞を削って回収し、1 mlのBruc ella Brothに懸濁し、スピンダウンさせ（1分、eppendorf microfugeでトップスピード）そして200マイクロリットルのBrucella Brothに再懸濁する。Brucella Broth液中で成長させる場合は、細胞群を遠心分離し（Beckman TJ6遠心機で3000 rpmで15分）そして細胞ペレットを200マイクロリットルのBrucella Brothに再懸濁する。細胞の濃度を計算するために、分割量（アリコート）の細胞を取り出し、600 nmにおける光学濃度を測定する。分割量（1 - 5 OD₆₀₀単位／25マイクロリットル）の再懸濁細胞を予備加熱したSheep-Blood寒天プレート上に載せ、そのプレートをさらに37℃、6%CO２、100%湿度で4時間温置する。この温置処理の後、10マイクロリットルのプラスミドDNA（マイクロリットル当り100マイクログラム）をこれらの細胞上に点滴する。正のコントロール（リボヌクレアーゼ H 遺伝子がカナマイシン耐性遺伝子で乱されたプラスミドDNA）と負のコントロール（プラスミドDNA無し）を平行に行う。プレートを37℃、6%CO₂に戻してさらに 4時間温置する。次いで、Brucella Brothで濡らした綿棒を使ってそのプレート上に細胞群を広げ、37℃、6%CO２で20時間成長させる。次いで、細胞群を25マイクログラム/mlのカナマイシン含有Sheep-Blood寒天プレートに移し、そして37℃ 、6%CO₂、100%湿度で3〜5日間成長させる。コロニーが現れたら、それらを取り出し、25マイクログラム/mlのカナマイシン含有の新鮮なSheep-Blood寒天プレート上でパッチ様に再成長させる。形質転換細胞のコロニーが適当な染色体配置の同種組換えから生じたことを立証するため、3組のPCR試験を実施する。PCR用鋳型（コロニーからのDNA）は、下記のように急速ボイリングDNA作製法で得る。分割量のコロニー（つまようじによるコロニーの穿刺）を、100マイクロリットルの1% Triton X-100、20 mM Tris ，pH 8.5に入れ、6分間煮沸する。等容積のフェノール：クロロホルム(1:1)を付加して渦動させる。その混合物を5分間マイクロ遠心分離し、その上澄みを、次のプライマーの組換えによるPCRのDNA鋳型として用いて、適当な染色体配置の同種組換えを立証する。試験1．最初は、遺伝子/ORFを増幅するのに使用したクローニングプライマーによるPCR。適切な染色体配置での同種組換えの明確な結果から、サイズが欠失遺伝子/ORFのサイズであると予想されるが1.4 kilobaseカナマイシンカセットの付加によってサイズが増大する、単一のPCR生成物が示されるはずである。丁度、遺伝子/ORFのサイズをもつPCR生成物は、遺伝子がノックアウトされなかったこと及び形質転換細胞は適切な染色体配置での同種組換えの結果でないということの証明である。試験2．F3（遺伝子／ORFの上流の配列から設計されたもので、プラスミドには存在しないプライマー）によるか、及び使用プラスミドDNAが"A"又は"B"方位であったかどうかに依存して、プライマーKan-1又はKan-2の何れかによるPCR。適切な染色体配置での同種組換えによって、予想サイズ（即ち、F3の配置からカナマイシン耐性遺伝子の挿入部位まで）の単一PCR生成物が得られるであろう。不適切な単数又は複数のサイズをもつ単数又は複数のPCR生成物からは、プラスミドが適切な部位で組み入れなかったこと及び遺伝子がノックアウトされなかったことが証明されないであろう。試験3．R3（遺伝子／ORFの下流の配列から設計されたもので、プラスミドには存在しないプライマー）によるか、及び使用プラスミドDNAが"A"又は"B"方位であったかどうかに依存して、プライマーKan-1又はKan-2の何れかによるPCR。適切な染色体配置での同種組換えによって、予想サイズ（即ち、カナマイシン耐性遺伝子の挿入部位からR3の下流位置まで）の単一PCR生成物が得られるであろう。再度、不適切な単数又は複数のサイズをもつ単数又は複数のPCR生成物からは、プラスミドが適切な部位で組み入れなかったこと及び遺伝子がノックアウトされなかったことが証明されないであろう。上記の3つの試験全てに正の結果を示す形質転換細胞から示されることは、その遺伝子は生体外生存には重要でないということである。各形質転換細胞についての上記の3つの試験の何れかに負の結果が示されるということは、遺伝子が乱されなかったこと、及びその遺伝子は生体外生存には不可欠である、ということを示す。 2つの独立した転換からコロニーが生じないが、乱されたリボヌクレアーゼ H プラスミドDNAを有する正のコントロールが形質転換細胞を生成する場合、コロニー形成のための平板培養に先立ち形質転換細胞集団由来のDNAに関しPCRでプラスミドDNAをさらに分析する。このことから、プラスミドが細胞に入り込むことができ、そして適切な部位で同種組換えを受け得ることが立証されるであろう。簡単には、上述の転換プロトコルに従ってプラスミドDNAを温置する。プラスミドDNA群に対する温置後直ぐにH.pylori細胞群からDNAを抽出し、そのDNAを上記試験2及び試験3の鋳型として使用する。試験2及び試験3における正の結果から、プラスミドDNAが細胞に入り込むことができ、そして適切な染色体部位で同種組換えを受け得たことが立証されるであろう。試験2と試験3が正である時、生存できる形質転換細胞の獲得に失敗するということは、その遺伝子が不可欠であり、且つその遺伝子が分裂を被る細胞群はコロニー形成ができない、ということを示している。VII．高スループット薬剤スクリーニング検定クローニング、発現及びタンパク質精製高スループット薬剤スクリーニング検定に使用されるH.pylori標的遺伝子及びそのタンパク質生成物、例えば、H.pylori酵素のクローニング、形質転換、発現及び精製は、本質的には、上記実施例II及びIIIに記述したように実施する。特定H.pylori遺伝子生成物、ペプチジル-プロピルcis-transイソメラーゼに対するスクリーニング検定の展開と応用を具体的実施例として以下に説明する。酵素検定該検定は、本質的には、Fisher(Fisher,G.,et.al.(1984)Biomed.Biochim.Acta 43:1101-1111)によって説明されているようなものである。検定では、試験ペプチド N-スクシニル-Ala-Ala-Pro-Phe-p-ニトロアリニド(Sigma #S-7388，lot # 84H5805)におけるAla-Pro結合のcis-trans異性化を測定する。検定は、α-キモトリプシンと結合され、この場合、試験ペプチドを開裂するプロテアーゼの能力は、Ala-Pro結合がtransにある時にだけ生ずる。検定において試験ペプチドのtrans異性体への変換は、Beckman Model DU-650型分光光度計で390 nmにおいて行われる。データは、0.5秒の平均時間走査で毎秒収集する。検定は、10 μM α-キモトリプシン（ウシ膵臓由来のタイプ1-5,Sigma # C-7762，lot 23H7020）及び10 nM PPIaseと共に、最終容積 400 ulの、35 mM He pes,pH 8.0中で実施する。反応を開始するには、室温で390μlの反応混合物に、 10μlの物質（DMSOに溶かした2 mMのN-スクシニル-Ala-Ala-Pro-Phe-p-ニトロアリニド）を付加する。粗バクテリア抽出物における酵素検定 Brucella Broth中のHelicobacter pylori(菌株 J99)の50 ml 培養を中間対数期(mid-log phase)(OD₆₀₀nm〜1)で採取し、次のプロテアーゼ阻止剤：1 mM PMSF 、及びそれぞれ10μg/mlのアプロチニン、ロイペプチン、ペプスタチン、TLCK、 TPCK、及び大豆トリプシン阻害剤を含む溶菌緩衝液で再懸濁する。懸濁液を3サイクルの凍結融解（-70℃で15分、次いで、室温で30分）にかけ、続いて音波処理(3回の20秒バースト)を施す。ライゼートを遠心分離（12,000 g×30分）し、その上澄みを上述のように酵素活性について検定する。多くのH.pylori酵素を高レベルで且つE.coliの活性形で発現させることができる。前述の高収量の精製タンパク質によって、種々の高スループット薬剤スクリーニング検定の設計が考えられるのである。等価物熟練した当業者は、極く日常的な実験だけを使っても、本明細書に記述された特定の実施例と方法に適合する多くの等価物を認め、もしくは確認できるであろう。当該等価物も、以下の請求の範囲に包含されるものとする。！

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号ＦＩＣ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｐ 21/02 ＣＣ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ //(Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｒ 1:19） (Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｒ 1:19） (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＺ，ＵＧ)，ＵＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＥ，ＨＵ，ＩＬ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ (72)発明者メツルイエード，ビヨルン・エルスウエーデン国エス−413 20 イエーテボルイ．レウテルスガタン４

Claims

【特許請求の範囲】１．下記の群から選ばれる、ヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチドまたはそのフラグメントをコード化するヌクレオチド配列からなる単離された核酸： SEQ ID NO: 1020，SEQ ID NO: 1021，SEQ ID NO: 1036，SEQ ID NO: 1050，SEQ ID NO: 1071，SEQ ID NO: 1101，SEQ ID NO: 1135，SEQ ID NO: 1276，SEQ ID N O: 1150，SEQ ID NO: 1187，SEQ ID NO: 1192，SEQ ID NO: 1361，SEQ ID NO: 1 379，SEQ ID NO: 1399，SEQ ID NO: 1403，SEQ ID NO: 1400，SEQ ID NO: 1189 ，SEQ ID NO: 1002，SEQ ID NO: 1213，SEQ ID NO: 1214，SEQ ID NO: 1215，SE Q ID NO: 1234，SEQ ID NO: 1236，SEQ ID NO: 1237，SEQ ID NO: 1224，SEQ ID NO: 1251，SEQ ID NO: 1262，SEQ ID NO: 1149，SEQ ID NO: 1220，SEQ ID NO: 1240，SEQ ID NO: 1164，SEQ ID NO: 1165，SEQ ID NO: 1404，SEQ ID NO: 114 4，SEQ ID NO: 1182，SEQ ID NO: 1157，SEQ ID NO: 1160，SEQ ID NO: 1300，S EQ ID NO: 1321，SEQ ID NO: 1323，SEQ ID NO: 1329，SEQ ID NO: 1332，SEQ I D NO: 1345，SEQ ID NO: 1358，SEQ ID NO: 1375，SEQ ID NO: 1417，SEQ ID NO : 1283，SEQ ID NO: 1335，SEQ ID NO: 1368，SEQ ID NO: 1179，SEQ ID NO: 12 55，SEQ ID NO: 1258，SEQ ID NO: 1044，SEQ ID NO: 1273，SEQ ID NO: 1219， SEQ ID NO: 1274，SEQ ID NO: 1210，SEQ ID NO: 1422，SEQ ID NO: 1302，SEQ ID NO: 1308，SEQ ID NO: 1310，SEQ ID NO: 1331，SEQ ID NO: 1432，SEQ ID N O: 1052，SEQ ID NO: 1091，SEQ ID NO: 1421，SEQ ID NO: 1069，SEQ ID NO: 1 005，SEQ ID NO: 1007，SEQ ID NO: 1166，SEQ ID NO: 1177，SEQ ID NO: 1193 ，SEQ ID NO: 1206，SEQ ID NO: 1207，SEQ ID NO: 1304，SEQ ID NO: 1305，SE Q ID NO: 1346，SEQ ID NO: 1348，SEQ ID NO: 1350，SEQ ID NO: 1032，SEQ ID NO: 1053，SEQ ID NO: 1081，SEQ ID NO: 1124，SEQ ID NO: 1382，SEQ ID NO: 1437，SEQ ID NO: 1263，SEQ ID NO: 1173，SEQ ID NO: 1405，SEQ ID NO: 140 6，SEQ ID NO: 1410，SEQ ID NO: 1086，SEQ ID NO: 1322，SEQ ID NO: 1266，S EQ ID NO: 1282，SEQ ID NO: 1271，SEQ ID NO: 1208，SEQ ID NO: 1126，SEQ I D NO: 1270，SEQ ID NO: 1278，SEQ ID NO: 1419，SEQ ID NO: 1125，SEQ ID NO : 1181， SEQ ID NO: 1416，SEQ ID NO: 1096，SEQ ID NO: 1082，SEQ ID NO: 1146，SEQ ID NO: 1145，SEQ ID NO: 1108，SEQ ID NO: 1148，SEQ ID NO: 1337，SEQ ID N O: 1338，SEQ ID NO: 1424，SEQ ID NO: 1000，SEQ ID NO: 1027，SEQ ID NO: 1 175，SEQ ID NO: 1330，SEQ ID NO: 217，SEQ ID NO: 217，SEQ ID NO: 367，SE Q ID NO: 911，SEQ ID NO: 944，SEQ ID NO: 18，SEQ ID NO: 107，SEQ ID NO: 894，SEQ ID NO: 943，SEQ ID NO: 203，SEQ ID NO: 85，SEQ ID NO: 290，SEQ ID NO: 5，SEQ ID NO: 199，SEQ ID NO: 992，SEQ ID NO: 934，SEQ ID NO: 899 ，SEQ ID NO: 302，SEQ ID NO: 215，SEQ ID NO: 893，SEQ ID NO: 984，SEQ ID NO: 97，SEQ ID NO: 22，SEQ ID NO: 49，SEQ ID NO: 309，SEQ ID NO: 150，S EQ ID NO: 240，SEQ ID NO: 957，SEQ ID NO: 57，SEQ ID NO: 2，SEQ ID NO: 9 2，SEQ ID NO: 255，SEQ ID NO: 164，SEQ ID NO: 201，SEQ ID NO: 278，SEQ I D NO: 245，SEQ ID NO: 921，SEQ ID NO: 896，SEQ ID NO: 248，SEQ ID NO: 15 9，SEQ ID NO: 979，SEQ ID NO: 194，SEQ ID NO: 194，SEQ ID NO: 946，SEQ I D NO: 916，SEQ ID NO: 76，SEQ ID NO: 905，SEQ ID NO: 914，SEQ ID NO: 931 ，SEQ ID NO: 50，SEQ ID NO: 250，SEQ ID NO: 969，SEQ ID NO: 66，SEQ ID N O: 275，SEQ ID NO: 330，SEQ ID NO: 204，SEQ ID NO: 383，SEQ ID NO: 303， SEQ ID NO: 70，SEQ ID NO: 983，SEQ ID NO: 972，SEQ ID NO: 929，SEQ ID NO : 972，SEQ ID NO: 936，SEQ ID NO: 267，SEQ ID NO: 197，SEQ ID NO: 55，SE Q ID NO: 54，SEQ ID NO: 210，SEQ ID NO: 90，SEQ ID NO: 15，SEQ ID NO: 91 3，SEQ ID NO: 227，SEQ ID NO: 79，SEQ ID NO: 191，SEQ ID NO: 238，SEQ ID NO: 274，SEQ ID NO: 27，SEQ ID NO: 258，SEQ ID NO: 295，SEQ ID NO: 10， SEQ ID NO: 160，SEQ ID NO: 225，SEQ ID NO: 964，SEQ ID NO: 166，SEQ ID N O: 56，SEQ ID NO: 980，SEQ ID NO: 903，SEQ ID NO: 261，SEQ ID NO: 71，SE Q ID NO: 955，SEQ ID NO: 361，SEQ ID NO: 58，SEQ ID NO: 114，SEQ ID NO: 940，SEQ ID NO: 960，SEQ ID NO: 144，SEQ ID NO: 362，SEQ ID NO: 40，SEQ ID NO: 285，SEQ ID NO: 11，SEQ ID NO: 161，SEQ ID NO: 974，SEQ ID NO: 11 1，SEQ ID NO: 316，SEQ ID NO: 257，SEQ ID NO: 78，SEQ ID NO: 966，SEQ ID NO: 352，SEQ ID NO: 981，SEQ ID NO: 158，SEQ ID NO: 989，SEQ ID NO: 963，SEQ ID NO: 48，SEQ ID NO: 68，SEQ ID NO: 135，SEQ ID NO: 910，S EQ ID NO: 236，SEQ ID NO: 241，SEQ ID NO: 949，SEQ ID NO: 945，SEQ ID NO : 207，SEQ ID NO: 977，SEQ ID NO: 978，SEQ ID NO: 994，SEQ ID NO: 163，S EQ ID NO: 256，SEQ ID NO: 287，SEQ ID NO: 184，SEQ ID NO: 45，SEQ ID NO: 136，SEQ ID NO: 214，SEQ ID NO: 16，SEQ ID NO: 192，SEQ ID NO: 373，SEQ ID NO: 892，SEQ ID NO: 239，SEQ ID NO: 34，SEQ ID NO: 340，SEQ ID NO: 4 1，SEQ ID NO: 332，SEQ ID NO: 134，および SEQ ID NO: 330．２．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリの鞭毛結合ポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項１に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1020，SEQ ID NO: 1021，SEQ ID NO: 1036，SEQ ID NO: 1050，SEQ ID NO: 1071，SEQ ID NO: 1101，SEQ ID NO: 1135，SEQ ID NO: 1276，SEQ ID N O: 1150，SEQ ID NO: 1187，SEQ ID NO: 1192，SEQ ID NO: 1361，SEQ ID NO: 1 379，SEQ ID NO: 1399，SEQ ID NO: 1403，SEQ ID NO: 1400，SEQ ID NO: 1189 ，SEQ ID NO: 217，SEQ ID NO: 367，SEQ ID NO: 911，SEQ ID NO: 944，SEQ ID NO: 18，SEQ ID NO: 107，SEQ ID NO: 894，SEQ ID NO: 943，SEQ ID NO: 203 ，SEQ ID NO: 85，SEQ ID NO: 290，SEQ ID NO: 5，SEQ ID NO: 199，SEQ ID NO : 992，SEQ ID NO: 934，SEQ ID NO: 899，SEQ ID NO: 302，および SEQ ID NO: 215．３．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリの内膜ポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項１に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1002，SEQ ID NO: 1213，SEQ ID NO: 1214，SEQ ID NO: 1215，SEQ ID NO: 1234，SEQ ID NO: 1236，SEQ ID NO: 1237，SEQ ID NO: 1224，SEQ ID N O: 1251，SEQ ID NO: 1262，SEQ ID NO: 1149，SEQ ID NO: 1220，SEQ ID NO: 1 240，SEQ ID NO: 1164，SEQ ID NO: 1165，SEQ ID NO: 1404，SEQ ID NO: 1144 ， SEQ ID NO: 1182，SEQ ID NO: 1157，SEQ ID NO: 1160，SEQ ID NO: 1300，SEQ ID NO: 1321，SEQ ID NO: 1323，SEQ ID NO: 1329，SEQ ID NO: 1332，SEQ ID N O: 1345，SEQ ID NO: 1358，SEQ ID NO: 1375，SEQ ID NO: 1417，SEQ ID NO: 1 283，SEQ ID NO: 1335，SEQ ID NO: 1368，SEQ ID NO: 1179，SEQ ID NO: 1255 ，SEQ ID NO: 1258，SEQ ID NO: 1044，SEQ ID NO: 1273，SEQ ID NO: 893，SEQ ID NO: 984，SEQ ID NO: 97，SEQ ID NO: 22，SEQ ID NO: 49，SEQ ID NO: 309 ，SEQ ID NO: 150，SEQ ID NO: 240，SEQ ID NO: 957，SEQ ID NO: 57，SEQ ID NO: 2，SEQ ID NO: 92，SEQ ID NO: 255，SEQ ID NO: 164，SEQ ID NO: 201，SE Q ID NO: 278，SEQ ID NO: 245，SEQ ID NO: 921，SEQ ID NO: 896，SEQ ID NO: 248，SEQ ID NO: 159，SEQ ID NO: 979，SEQ ID NO: 194，SEQ ID NO: 194，SE Q ID NO: 946，SEQ ID NO: 916，SEQ ID NO: 76，SEQ ID NO: 905，SEQ ID NO: 914，SEQ ID NO: 931，SEQ ID NO: 50，SEQ ID NO: 250，SEQ ID NO: 969，SEQ ID NO: 66，SEQ ID NO: 275，SEQ ID NO: 330，SEQ ID NO: 204，SEQ ID NO: 38 3，SEQ ID NO: 303，SEQ ID NO: 70，SEQ ID NO: 983，SEQ ID NO: 972，SEQ ID NO: 929，SEQ ID NO: 972，SEQ ID NO: 936，SEQ ID NO: 267，SEQ ID NO: 197 ，SEQ ID NO: 55，SEQ ID NO: 54，および SEQ ID NO: 210．４．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリの輸送体ポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項１に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1219，SEQ ID NO: 1274，SEQ ID NO: 1210，SEQ ID NO: 1422，SEQ ID NO: 1302，SEQ ID NO: 1308，SEQ ID NO: 1310，SEQ ID NO: 1331，SEQ ID N O: 1432，SEQ ID NO: 1052，SEQ ID NO: 1091，SEQ ID NO: 1421，SEQ ID NO: 1 069，SEQ ID NO: 1005，SEQ ID NO: 1007，SEQ ID NO: 1166，SEQ ID NO: 1177 ，SEQ ID NO: 1193，SEQ ID NO: 1206，SEQ ID NO: 1207，SEQ ID NO: 1304，SE Q ID NO: 1305，SEQ ID NO: 1346，SEQ ID NO: 1348，SEQ ID NO: 1350，SEQ ID NO: 1032，SEQ ID NO: 1053，SEQ ID NO: 1081，SEQ ID NO: 1124，SEQ ID NO: 1382，SEQ ID NO: 1437，SEQ ID NO: 1263，SEQ ID NO: 90，SEQ ID NO: 15， SEQ ID NO: 913，SEQ ID NO: 227，SEQ ID NO: 79，SEQ ID NO: 191，SEQ ID NO : 238，SEQ ID NO: 274，SEQ ID NO: 27，SEQ ID NO: 258，SEQ ID NO: 295，SE Q ID NO: 10，SEQ ID NO: 160，SEQ ID NO: 225，SEQ ID NO: 964，SEQ ID NO: 166，SEQ ID NO: 56，SEQ ID NO: 980，SEQ ID NO: 903，SEQ ID NO: 261，SEQ ID NO: 71，SEQ ID NO: 955，SEQ ID NO: 361，SEQ ID NO: 58，SEQ ID NO: 114 ，SEQ ID NO: 940，SEQ ID NO: 960，SEQ ID NO: 144，SEQ ID NO: 362，SEQ ID NO: 40，SEQ ID NO: 285，SEQ ID NO: 11，SEQ ID NO: 161，SEQ ID NO: 974， SEQ ID NO: 111，SEQ ID NO: 316，SEQ ID NO: 257，SEQ ID NO: 78，および SE Q ID NO: 966．５．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞エンベロープポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリの外膜ポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項１に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1173，SEQ ID NO: 1405，SEQ ID NO: 1406，SEQ ID NO: 1410，SEQ ID NO: 1086，SEQ ID NO: 1322，SEQ ID NO: 1266，SEQ ID NO: 1282，SEQ ID N O: 1271，SEQ ID NO: 1208，SEQ ID NO: 1126，SEQ ID NO: 1270，SEQ ID NO: 1 278，SEQ ID NO: 1419，SEQ ID NO: 1125，SEQ ID NO: 1181，SEQ ID NO: 1416 ，SEQ ID NO: 1096，SEQ ID NO: 1082，SEQ ID NO: 1146，SEQ ID NO: 1145，SE Q ID NO: 1108，SEQ ID NO: 1148，SEQ ID NO: 1337，SEQ ID NO: 1338，SEQ ID NO: 1424，SEQ ID NO: 1000，SEQ ID NO: 1027，SEQ ID NO: 1175，SEQ ID NO: 1330，SEQ ID NO: 352，SEQ ID NO: 981，SEQ ID NO: 158，SEQ ID NO: 989，S EQ ID NO: 963，SEQ ID NO: 48，SEQ ID NO: 68，SEQ ID NO: 135，SEQ ID NO: 910，SEQ ID NO: 236，SEQ ID NO: 241，SEQ ID NO: 949，SEQ ID NO: 945，SEQ ID NO: 207，および SEQ ID NO: 977．６．転写調節要素に操作により連結された、請求項１に記載の核酸から成る組み替え発現ベクター。７．請求項６に記載の組み替え発現ベクターから成る細胞。８．ポリペプチドを発現させる条件下で請求項７に記載の細胞を培養することから成るヘリコバクター・ピロリのポリペプチドを生成する方法。９．下記の群から選ばれるヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントをコード化するヌクレオチド配列からなる単離された核酸： SEQ ID NO: 1147，SEQ ID NO: 1288，SEQ ID NO: 1324，SEQ ID NO: 1363，SEQ ID NO: 997，SEQ ID NO: 1015，SEQ ID NO: 1084，SEQ ID NO: 1094，SEQ ID NO : 1099，SEQ ID NO: 1229，SEQ ID NO: 1250，SEQ ID NO: 1268，SEQ ID NO: 12 93，SEQ ID NO: 1339，SEQ ID NO: 1408，SEQ ID NO: 1429，SEQ ID NO: 1434， SEQ ID NO: 1228，SEQ ID NO: 1031，SEQ ID NO: 1034，SEQ ID NO: 1008，SEQ ID NO: 1061，SEQ ID NO: 1064，SEQ ID NO: 1191，SEQ ID NO: 1217，SEQ ID N O: 1365，SEQ ID NO: 1394，SEQ ID NO: 1414，SEQ ID NO: 1415，SEQ ID NO: 1 435，SEQ ID NO: 1058，SEQ ID NO: 1059，SEQ ID NO: 1080，SEQ ID NO: 1128 ，SEQ ID NO: 1133，SEQ ID NO: 1211，SEQ ID NO: 1252，SEQ ID NO: 1253，SE Q ID NO: 1286，SEQ ID NO: 1289，SEQ ID NO: 1291，SEQ ID NO: 1303，SEQ ID NO: 1396，SEQ ID NO: 996，SEQ ID NO: 1095，SEQ ID NO: 1156，SEQ ID NO: 1158，SEQ ID NO: 1159，SEQ ID NO: 1277，SEQ ID NO: 1038，SEQ ID NO: 1257 ，SEQ ID NO: 1357，SEQ ID NO: 1436，SEQ ID NO: 1047，SEQ ID NO: 1055，SE Q ID NO: SEQ ID NO: 1141，SEQ ID NO: 1227，SEQ ID NO: 1327，SEQ ID NO: 1 412，SEQ ID NO: 1003，SEQ ID NO: 1087，SEQ ID NO: 1116，SEQ ID NO: 1130 ，SEQ ID NO: 1132，SEQ ID NO: 1185，SEQ ID NO: 1188，SEQ ID NO: 1198，SE Q ID NO: 1218，SEQ ID NO: 1244，SEQ ID NO: 1306，SEQ ID NO: 1325，SEQ ID NO: 1397，SEQ ID NO: 1398，SEQ ID NO: 1407，SEQ ID NO: 1433，SEQ ID NO: 1216，SEQ ID NO: 1239，SEQ ID NO: 1362，SEQ ID NO: 1017，SEQ ID NO: 101 9，SEQ ID NO: 1360，SEQ ID NO: 1423，SEQ ID NO: 1425，SEQ ID NO: 1374，S EQ ID NO: 1028，SEQ ID NO: 1037，SEQ ID NO: 1077，SEQ ID NO: 1115，SEQ I D NO: 1232，SEQ ID NO: 1241，SEQ ID NO: 1267，SEQ ID NO: 1163，SEQ ID NO : 1068，SEQ ID NO: 1025，SEQ ID NO: 1042，SEQ ID NO: 1046，SEQ ID NO: 10 56，SEQ ID NO: 1039，SEQ ID NO: 1072，SEQ ID NO: 1073，SEQ ID NO: 1092， SEQ ID NO: 1100，SEQ ID NO: 1102，SEQ ID NO: 1103，SEQ ID NO: 1104，SEQ ID NO: 1111，SEQ ID NO: 1119，SEQ ID NO: 1136，SEQ ID NO: 1137，SEQ ID NO: 1140 ，SEQ ID NO: 1142，SEQ ID NO: 1233，SEQ ID NO: 1238，SEQ ID NO: 1243，SE Q ID NO: 1245，SEQ ID NO: 1247，SEQ ID NO: 1249，SEQ ID NO: 1261，SEQ ID NO: 1269，SEQ ID NO: 1279，SEQ ID NO: 1284，SEQ ID NO: 1290，SEQ ID NO: 1297，SEQ ID NO: 1328，SEQ ID NO: 1370，SEQ ID NO: 1372，SEQ ID NO: 137 7，SEQ ID NO: 1383，SEQ ID NO: 1384，SEQ ID NO: 1385，SEQ ID NO: 1388，S EQ ID NO: 1401，SEQ ID NO: 1402，SEQ ID NO: 1418，SEQ ID NO: 1420，SEQ I D NO: 1427，SEQ ID NO: 1070，SEQ ID NO: 1151，SEQ ID NO: 1176，SEQ ID NO : 999，SEQ ID NO: 1006，SEQ ID NO: 1012，SEQ ID NO: 1018，SEQ ID NO: 103 0，SEQ ID NO: 1033，SEQ ID NO: 1041，SEQ ID NO: 1049，SEQ ID NO: 1054，S EQ ID NO: 1057，SEQ ID NO: 1090，SEQ ID NO: 1097，SEQ ID NO: 1129，SEQ I D NO: 1139，SEQ ID NO: 1143，SEQ ID NO: 1152，SEQ ID NO: 1153，SEQ ID NO : 1155，SEQ ID NO: 1161，SEQ ID NO: 1162，SEQ ID NO: 1169，SEQ ID NO: 11 70，SEQ ID NO: 1171，SEQ ID NO: 1180，SEQ ID NO: 1194，SEQ ID NO: 1195， SEQ ID NO: 1199，SEQ ID NO: 1200，SEQ ID NO: 1201，SEQ ID NO: 1202，SEQ ID NO: 1205，SEQ ID NO: 1312，SEQ ID NO: 1336，SEQ ID NO: 1349，SEQ ID N O: 1355，SEQ ID NO: 1359，SEQ ID NO: 1413，SEQ ID NO: 1426，SEQ ID NO: 1 430，SEQ ID NO: 882，SEQ ID NO: 382，SEQ ID NO: 130，SEQ ID NO: 230，SEQ ID NO: 269，SEQ ID NO: 312，SEQ ID NO: 211，SEQ ID NO: 959，SEQ ID NO: 938，SEQ ID NO: 110，SEQ ID NO: 244，SEQ ID NO: 328，SEQ ID NO: 235，SEQ ID NO: 315，SEQ ID NO: 296，SEQ ID NO: 976，SEQ ID NO: 321，SEQ ID NO: 43，SEQ ID NO: 281，SEQ ID NO: 326，SEQ ID NO: 272，SEQ ID NO: 344，SEQ ID NO: 139，SEQ ID NO: 30，SEQ ID NO: 220，SEQ ID NO: 364，SEQ ID NO: 36 9，SEQ ID NO: 372，SEQ ID NO: 991，SEQ ID NO: 128，SEQ ID NO: 347，SEQ I D NO: 52，SEQ ID NO: 12，SEQ ID NO: 247，SEQ ID NO: 64，SEQ ID NO: 101， SEQ ID NO: 338，SEQ ID NO: 83，SEQ ID NO: 46，SEQ ID NO: 348，SEQ ID NO: 223，SEQ ID NO: 39，SEQ ID NO: 232，SEQ ID NO: 168，SEQ ID NO: 65，SEQ ID NO: 952，SEQ ID NO: 341，SEQ ID NO: 69，SEQ ID NO: 924，SEQ ID NO: 4 ，SEQ ID NO: 197，SEQ ID NO: 313，SEQ ID NO: 119，SEQ ID NO: 188，SEQ ID NO: 956，SEQ ID NO: 935，SEQ ID NO: 246，SEQ ID NO: 196，SEQ ID NO: 376 ，SEQ ID NO: 172，SEQ ID NO: 25，SEQ ID NO: 126，SEQ ID NO: 951，SEQ ID NO: 147，SEQ ID NO: 895，SEQ ID NO: 14，SEQ ID NO: 154，SEQ ID NO: 277， SEQ ID NO: 363，SEQ ID NO: 342，SEQ ID NO: 378，SEQ ID NO: 130，SEQ ID N O: 198，SEQ ID NO: 243，SEQ ID NO: 19，SEQ ID NO: 9，SEQ ID NO: 149，SEQ ID NO: 167，SEQ ID NO: 349，SEQ ID NO: 209，SEQ ID NO: 990，SEQ ID NO: 185，SEQ ID NO: 883，SEQ ID NO: 8，SEQ ID NO: 887，SEQ ID NO: 350，SEQ I D NO: 987，SEQ ID NO: 63，SEQ ID NO: 249，SEQ ID NO: 118，SEQ ID NO: 132 ，SEQ ID NO: 47，SEQ ID NO: 106，SEQ ID NO: 324，SEQ ID NO: 155，SEQ ID NO: 121，SEQ ID NO: 153，SEQ ID NO: 87，SEQ ID NO: 986，SEQ ID NO: 262， SEQ ID NO: 333，SEQ ID NO: 36，SEQ ID NO: 982，SEQ ID NO: 180，SEQ ID NO : 84，SEQ ID NO: 900，SEQ ID NO: 20，SEQ ID NO: 7，SEQ ID NO: 61，SEQ ID NO: 253，SEQ ID NO: 120，SEQ ID NO: 268，SEQ ID NO: 299，SEQ ID NO: 942 ，SEQ ID NO: 173，SEQ ID NO: 187，SEQ ID NO: 187，SEQ ID NO: 234，SEQ ID NO: 112，SEQ ID NO: 324，SEQ ID NO: 971，SEQ ID NO: 62，SEQ ID NO: 308 ，SEQ ID NO: 74，SEQ ID NO: 1，SEQ ID NO: 266，SEQ ID NO: 337，SEQ ID NO : 93，SEQ ID NO: 44，SEQ ID NO: 335，SEQ ID NO: 368，SEQ ID NO: 208，SEQ ID NO: 358，SEQ ID NO: 923，SEQ ID NO: 310，SEQ ID NO: 26，SEQ ID NO: 2 79，SEQ ID NO: 890，SEQ ID NO: 325，SEQ ID NO: 109，SEQ ID NO: 143，SEQ ID NO: 918，SEQ ID NO: 252，SEQ ID NO: 953，SEQ ID NO: 902，SEQ ID NO: 1 74，SEQ ID NO: 73，SEQ ID NO: 898，SEQ ID NO: 300，SEQ ID NO: 356，SEQ I D NO: 298，SEQ ID NO: 354，SEQ ID NO: 138，SEQ ID NO: 319，SEQ ID NO: 80 ，SEQ ID NO: 933，SEQ ID NO: 891，SEQ ID NO: 366，SEQ ID NO: 113，SEQ ID NO: 320，SEQ ID NO: 915，SEQ ID NO: 351，SEQ ID NO: 162，SEQ ID NO: 965 ，SEQ ID NO: 67，SEQ ID NO: 314，SEQ ID NO: 904，SEQ ID NO: 345，SEQ ID NO: 374，SEQ ID NO: 962，SEQ ID NO: 270，SEQ ID NO: 186，SEQ ID NO: 60，SEQ ID NO: 379，SEQ ID NO: 889，SEQ ID NO: 967，SEQ ID NO: 97 3，SEQ ID NO: 280，SEQ ID NO: 170，SEQ ID NO: 985，および SEQ ID NO: 932 ．１０．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質またはそのフラグメントが、SEQ ID NO: 1147，SEQ ID NO: 1288，SEQ ID NO: 1324，SEQ ID NO: 1363，SEQ ID NO: 882，SEQ ID NO: 382，SEQ ID NO: 130，およびSEQ ID NO: 230から成る群から選ばれる核酸によりコード化されたエネルギー転換に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項９に記載の精製された核酸。１１．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化されたアミノ酸代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項９に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 997，SEQ ID NO: 1015，SEQ ID NO: 1084，SEQ ID NO: 1094，SEQ I D NO: 1099，SEQ ID NO: 1229，SEQ ID NO: 1250，SEQ ID NO: 1268，SEQ ID NO : 1293，SEQ ID NO: 1339，SEQ ID NO: 1408，SEQ ID NO: 1429，SEQ ID NO: 14 34，SEQ ID NO: 1228，SEQ ID NO: 1031，SEQ ID NO: 1034，SEQ ID NO: 1008， SEQ ID NO: 269，SEQ ID NO: 312，SEQ ID NO: 211，SEQ ID NO: 959，SEQ ID N O: 938，SEQ ID NO: 110，SEQ ID NO: 244，SEQ ID NO: 328，SEQ ID NO: 235， SEQ ID NO: 315，SEQ ID NO: 296，SEQ ID NO: 976，SEQ ID NO: 321，SEQ ID N O: 43，SEQ ID NO: 281，SEQ ID NO: 326，および SEQ ID NO: 272．１２．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化されたヌクレオチド代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項９に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1061，SEQ ID NO: 1064，SEQ ID NO: 1191，SEQ ID NO: 1217，SEQ ID NO: 1365，SEQ ID NO: 1394，SEQ ID NO: 1414，SEQ ID NO: 1415，SEQ ID N O: 1435，SEQ ID NO: 1058，SEQ ID NO: 1059，SEQ ID NO: 344，SEQ ID NO: 139，SEQ ID NO: 30，SEQ ID NO: 220，SEQ ID NO: 364，SEQ ID NO: 369，SEQ ID NO: 372，SEQ ID NO: 991，SEQ ID NO: 128，SEQ ID NO: 347，および SEQ I D NO: 52．１３．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化された炭水化物代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項９に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1080，SEQ ID NO: 1128，SEQ ID NO: 1133，SEQ ID NO: 1211，SEQ ID NO: 1252，SEQ ID NO: 1253，SEQ ID NO: 1286，SEQ ID NO: 1289，SEQ ID N O: 1291，SEQ ID NO: 1303，SEQ ID NO: 1396，SEQ ID NO: 996，SEQ ID NO: 12 ，SEQ ID NO: 247，SEQ ID NO: 64，SEQ ID NO: 101，SEQ ID NO: 338，SEQ ID NO: 83，SEQ ID NO: 46，SEQ ID NO: 348，SEQ ID NO: 223，SEQ ID NO: 39，SE Q ID NO: 232，および SEQ ID NO: 168．１４．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、SEQ ID NO: 1095，SEQ ID NO: 1156，SEQ ID NO: 1158，SEQ ID NO: 1159 ，SEQ ID NO: 1277，SEQ ID NO: 1038，SEQ ID NO: 65，SEQ ID NO: 952，SEQ I D NO: 341，SEQ ID NO: 69，SEQ ID NO: 924，およびSEQ ID NO: 4から成る群から選ばれる核酸によりコード化された共同因子代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項９に記載の精製された核酸。１５．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、SEQ ID NO: 1257，SEQ ID NO: 1357，SEQ ID NO: 1436，SEQ ID NO: 197 ，SEQ ID NO: 313，およびSEQ ID NO: 119から成る群から選ばれる核酸によりコード化された脂質代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項９に記載の精製された核酸。１６．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化された mRNA 翻訳およびリボソーム生物発生に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項９に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1047，SEQ ID NO: 1055，SEQ ID NO: SEQ ID NO: 1141，SEQ ID NO: 1227，SEQ ID NO: 1327，SEQ ID NO: 1412，SEQ ID NO: 188，SEQ ID NO: 956 ，SEQ ID NO: 935，SEQ ID NO: 246，SEQ ID NO: 196，および SEQ ID NO: 376 ．１７．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化されたゲノム複製、転写、組み替えおよび修復に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである請求項９に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1003，SEQ ID NO: 1087，SEQ ID NO: 1116，SEQ ID NO: 1130，SEQ ID NO: 1132，SEQ ID NO: 1185，SEQ ID NO: 1188，SEQ ID NO: 1198，SEQ ID N O: 1218，SEQ ID NO: 1244，SEQ ID NO: 1306，SEQ ID NO: 1325，SEQ ID NO: 1 397，SEQ ID NO: 1398，SEQ ID NO: 1407，SEQ ID NO: 1433，SEQ ID NO: 172， SEQ ID NO: 25，SEQ ID NO: 126，SEQ ID NO: 951，SEQ ID NO: 147，SEQ ID NO : 895，SEQ ID NO: 14，SEQ ID NO: 154，SEQ ID NO: 277，SEQ ID NO: 363，SE Q ID NO: 342，SEQ ID NO: 378，SEQ ID NO: 130，SEQ ID NO: 198，SEQ ID NO: 243，SEQ ID NO: 19，and SEQ ID NO: 9．１８．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる核酸によりコード化された外膜または細胞壁生合成に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項９に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1216，SEQ ID NO: 1239，SEQ ID NO: 1362，SEQ ID NO: 1017，SEQ ID NO: 1019，SEQ ID NO: 1360，SEQ ID NO: 149，SEQ ID NO: 167，SEQ ID NO: 349，SEQ ID NO: 209，SEQ ID NO: 990，SEQ ID NO: 185，SEQ ID NO: 883，および SEQ ID NO: 8．１９．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントがSEQ ID NO: 1423，SEQ ID NO: 1425，SEQ ID NO: 1374，SEQ ID NO: 887，S EQ ID NO: 350，およびSEQ ID NO: 987 から成る群から選ばれる核酸によりコード化されたヘリコバクター・ピロリシャペロンのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項９に記載の精製された核酸。２０．転写調節要素に操作により連結された、請求項９に記載の核酸から成る組み替え発現ベクター。２１．請求項２０に記載の組み替え発現ベクターから成る細胞。２２．ポリペプチドを発現させる条件下で請求項２１に記載の細胞を培養することから成るヘリコバクター・ピロリのポリペプチドを生成する方法。２３．下記の群から選ばれる、ヘリコバクター・ピロリの分泌もしくはペリプラズムのポリペプチドまたはそのフラグメントをコード化するヌクレオチド配列から成る単離された核酸： SEQ ID NO: 1004，SEQ ID NO: 1138，SEQ ID NO: 1067，SEQ ID NO: 1078，SEQ ID NO: 1314，SEQ ID NO: 1319，SEQ ID NO: 1378，SEQ ID NO: 1105，SEQ ID N O: 1114，SEQ ID NO: 1118，SEQ ID NO: 1120，SEQ ID NO: 1123，SEQ ID NO: 1 127，SEQ ID NO: 1212，SEQ ID NO: 1223，SEQ ID NO: 1225，SEQ ID NO: 1246 ，SEQ ID NO: 1248，SEQ ID NO: 1259，SEQ ID NO: 1264，SEQ ID NO: 1265，SE Q ID NO: 1281，SEQ ID NO: 1285，SEQ ID NO: 1294，SEQ ID NO: 1298，SEQ ID NO: 1299，SEQ ID NO: 1315，SEQ ID NO: 1316，SEQ ID NO: 1317，SEQ ID NO: 1318，SEQ ID NO: 1344，SEQ ID NO: 1351，SEQ ID NO: 1353，SEQ ID NO: 137 3，SEQ ID NO: 1380，SEQ ID NO: 1387，SEQ ID NO: 1389，SEQ ID NO: 1393，S EQ ID NO: 1411，SEQ ID NO: 1428，SEQ ID NO: 1431，SEQ ID NO: 1439，SEQ I D NO: 1043，SEQ ID NO: 1183，SEQ ID NO: 1184，SEQ ID NO: 1196，SEQ ID NO : 1197，SEQ ID NO: 1203，SEQ ID NO: 995，SEQ ID NO: 998，SEQ ID NO: 1001 ，SEQ ID NO: 1022，SEQ ID NO: 1023，SEQ ID NO: 1029，SEQ ID NO: 1040，SE Q ID NO: 1051，SEQ ID NO: 1062，SEQ ID NO: 1154，SEQ ID NO: 1320，SEQ ID NO: 1075，SEQ ID NO: 1106，SEQ ID NO: 1109，SEQ ID NO: 1134，SEQ ID NO: 1221，SEQ ID NO: 1226，SEQ ID NO: 1235，SEQ ID NO: 1301，SEQ ID NO: 131 1，SEQ ID NO: 1326，SEQ ID NO: 1341，SEQ ID NO: 1354，SEQ ID NO: 1364，S EQ ID NO: 1366，SEQ ID NO: 1376，SEQ ID NO: 1391，SEQ ID NO: 1395，SEQ I D NO: 1445，SEQ ID NO: 1079，SEQ ID NO: 1186，SEQ ID NO: 1010，SEQ ID NO: 1016，SEQ ID NO: 1172，SEQ ID NO: 1174，SEQ ID NO: 117，SEQ ID NO: 254， SEQ ID NO: 24，SEQ ID NO: 242，SEQ ID NO: 950，SEQ ID NO: 263，SEQ ID NO : 286，SEQ ID NO: 947，SEQ ID NO: 51，SEQ ID NO: 177，SEQ ID NO: 156，SE Q ID NO: 190，SEQ ID NO: 375，SEQ ID NO: 222，SEQ ID NO: 21，SEQ ID NO: 912，SEQ ID NO: 148，SEQ ID NO: 202，SEQ ID NO: 224，SEQ ID NO: 112，SEQ ID NO: 32，SEQ ID NO: 339，SEQ ID NO: 182，SEQ ID NO: 228，SEQ ID NO: 1 52，SEQ ID NO: 219，SEQ ID NO: 137，SEQ ID NO: 318，SEQ ID NO: 141，SEQ ID NO: 165，SEQ ID NO: 334，SEQ ID NO: 13，SEQ ID NO: 297，SEQ ID NO: 35 ，SEQ ID NO: 216，SEQ ID NO: 908，SEQ ID NO: 124，SEQ ID NO: 75，SEQ ID NO: 927，SEQ ID NO: 221，SEQ ID NO: 178，SEQ ID NO: 169，SEQ ID NO: 293 ，SEQ ID NO: 289，SEQ ID NO: 926，SEQ ID NO: 948，SEQ ID NO: 115，SEQ ID NO: 251，SEQ ID NO: 345，SEQ ID NO: 17，SEQ ID NO: 920，SEQ ID NO: 95， SEQ ID NO: 86，SEQ ID NO: 360，SEQ ID NO: 271，SEQ ID NO: 970，SEQ ID NO : 288，SEQ ID NO: 282，SEQ ID NO: 98，SEQ ID NO: 29，SEQ ID NO: 317，SEQ ID NO: 343，SEQ ID NO: 291，SEQ ID NO: 108，SEQ ID NO: 377，SEQ ID NO: 305，SEQ ID NO: 305，SEQ ID NO: 100，SEQ ID NO: 988，SEQ ID NO: 212，SEQ ID NO: 884，SEQ ID NO: 37，SEQ ID NO: 968，SEQ ID NO: 975，SEQ ID NO: 2 37，SEQ ID NO: 335，SEQ ID NO: 260，SEQ ID NO: 370，SEQ ID NO: 91，SEQ I D NO: 276，SEQ ID NO: 311，SEQ ID NO: 173，SEQ ID NO: 102，SEQ ID NO: 30 4，SEQ ID NO: 380，SEQ ID NO: 127，SEQ ID NO: 993，SEQ ID NO: 925，SEQ I D NO: 181，および SEQ ID NO: 171．２４．転写調節要素に操作により連結された、請求項２３に記載の核酸から成る組み替え発現ベクター。２５．請求項２４に記載の組み替え発現ベクターから成る細胞。２６．ポリペプチドを発現させる条件下で請求項２５に記載の細胞を培養することから成るヘリコバクター・ピロリのポリペプチドを生成する方法。２７．下記の群から選ばれる、ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントをコード化するヌクレオチド配列から成る単離された核酸： SEQ ID NO: 1060，SEQ ID NO: 1110，SEQ ID NO: 1112，SEQ ID NO: 1230，SEQ ID NO: 1260，SEQ ID NO: 1280，SEQ ID NO: 1292，SEQ ID NO: 1296，SEQ ID N O: 1307，SEQ ID NO: 1442，SEQ ID NO: 1444，SEQ ID NO: 1122，SEQ ID NO: 1 254，SEQ ID NO: 1256，SEQ ID NO: 1272，SEQ ID NO: 1275，SEQ ID NO: 1309 ，SEQ ID NO: 1313，SEQ ID NO: 1347，SEQ ID NO: 1352，SEQ ID NO: 1356，SE Q ID NO: 1438，SEQ ID NO: 1441，SEQ ID NO: 1009，SEQ ID NO: 1026，SEQ ID NO: 1048，SEQ ID NO: 1063，SEQ ID NO: 1190，SEQ ID NO: 1083，SEQ ID NO: 1113，SEQ ID NO: 1222，SEQ ID NO: 1295，SEQ ID NO: 1343，SEQ ID NO: 139 2，SEQ ID NO: 1443，SEQ ID NO: 1085，SEQ ID NO: 1093，SEQ ID NO: 1117，S EQ ID NO: 1121，SEQ ID NO: 1131，SEQ ID NO: 1287，SEQ ID NO: 1440，SEQ I D NO: 1209，SEQ ID NO: 1342，SEQ ID NO: 1381，SEQ ID NO: 1390，SEQ ID NO : 1409，SEQ ID NO: 1035，SEQ ID NO: 1014，SEQ ID NO: 1088，SEQ ID NO: 12 42，SEQ ID NO: 1178，SEQ ID NO: 1089，SEQ ID NO: 1340，SEQ ID NO: 1074， SEQ ID NO: 1107，SEQ ID NO: 1204，SEQ ID NO: 1066，SEQ ID NO: 381，SEQ I D NO: 229，SEQ ID NO: 323，SEQ ID NO: 371，SEQ ID NO: 284，SEQ ID NO: 11 6，SEQ ID NO: 3，SEQ ID NO: 6，SEQ ID NO: 907，SEQ ID NO: 193，SEQ ID NO : 145，SEQ ID NO: 59，SEQ ID NO: 322，SEQ ID NO: 94，SEQ ID NO: 306，SEQ ID NO: 939，SEQ ID NO: 205，SEQ ID NO: 123，SEQ ID NO: 906，SEQ ID NO: 928，SEQ ID NO: 346，SEQ ID NO: 129，SEQ ID NO: 307，SEQ ID NO: 133，SEQ ID NO: 131，SEQ ID NO: 886，SEQ ID NO: 179，SEQ ID NO: 104，SEQ ID NO: 213，SEQ ID NO: 359，SEQ ID NO: 140，SEQ ID NO: 146，SEQ ID NO: 327，SEQ ID NO: 365，SEQ ID NO: 33，SEQ ID NO: 331，SEQ ID NO: 175，SEQ ID NO: 2 00，SEQ ID NO: 292，SEQ ID NO: 23，SEQ ID NO: 336，SEQ ID NO: 301，SEQ I D NO: 28，SEQ ID NO: 941，SEQ ID NO: 103，SEQ ID NO: 231，SEQ ID NO: 176 ，SEQ ID NO: 31，SEQ ID NO: 917，SEQ ID NO: 151，SEQ ID NO: 922，SEQ ID NO: 265，SEQ ID NO: 142，SEQ ID NO: 259，SEQ ID NO: 122，SEQ ID NO: 206，SEQ ID NO: 96，SEQ ID NO: 353，SEQ ID NO: 38，SEQ ID NO: 89，SEQ ID NO: 77，SEQ ID NO: 954，SEQ ID NO: 264，SEQ ID NO: 937，SEQ ID NO: 226 ，SEQ ID NO: 283，SEQ ID NO: 88，SEQ ID NO: 125，SEQ ID NO: 183，SEQ ID NO: 195，SEQ ID NO: 81，SEQ ID NO: 901，SEQ ID NO: 82，SEQ ID NO: 42，SE Q ID NO: 881，および SEQ ID NO: 885．２８．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる核酸によりコード化された少なくとも１つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項２７に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1060，SEQ ID NO: 1110，SEQ ID NO: 1112，SEQ ID NO: 1230，SEQ ID NO: 1260，SEQ ID NO: 1280，SEQ ID NO: 1292，SEQ ID NO: 1296，SEQ ID N O: 1307，SEQ ID NO: 1442，SEQ ID NO: 1444，SEQ ID NO: 381，SEQ ID NO: 22 9，SEQ ID NO: 323，SEQ ID NO: 371，SEQ ID NO: 284，SEQ ID NO: 116，SEQ I D NO: 3，SEQ ID NO: 6，SEQ ID NO: 907，SEQ ID NO: 193，SEQ ID NO: 145，S EQ ID NO: 59，SEQ ID NO: 322，SEQ ID NO: 94，SEQ ID NO: 306，および SEQ ID NO: 881．２９．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる核酸によりコード化された少なくとも２つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項２７に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1122．SEQ ID NO: 1254，SEQ ID NO: 1256，SEQ ID NO: 1272，SEQ ID NO: 1275，SEQ ID NO: 1309，SEQ ID NO: 1313，SEQ ID NO: 1347，SEQ ID N O: 1352，SEQ ID NO: 1356，SEQ ID NO: 1438，SEQ ID NO: 1441，SEQ ID NO: 1 009，SEQ ID NO: 1026，SEQ ID NO: 1048，SEQ ID NO: 1063，SEQ ID NO: 1190 ，SEQ ID NO: 939，SEQ ID NO: 205，SEQ ID NO: 123，SEQ ID NO: 906，SEQ ID NO: 928，SEQ ID NO: 346，SEQ ID NO: 129，SEQ ID NO: 307，SEQ ID NO: 133 ，SEQ ID NO: 131，SEQ ID NO: 886，SEQ ID NO: 179，SEQ ID NO: 104，SEQ ID NO: 213，SEQ ID NO: 359，SEQ ID NO: 140，SEQ ID NO: 146，SEQ ID NO: 327 ，および SEQ ID NO: 365．３０．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる核酸によりコード化された少なくとも３つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項２７に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1083，SEQ ID NO: 1113，SEQ ID NO: 1222，SEQ ID NO: 1295，SEQ ID NO: 1343，SEQ ID NO: 1392，SEQ ID NO: 1443，SEQ ID NO: 33，SEQ ID NO: 331，SEQ ID NO: 175，SEQ ID NO: 200，SEQ ID NO: 292，SEQ ID NO: 23，および SEQ ID NO: 336．３１．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる核酸によりコード化された少なくとも４つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項２７に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1085，SEQ ID NO: 1093，SEQ ID NO: 1117，SEQ ID NO: 1121，SEQ ID NO: 1131，SEQ ID NO: 1287，SEQ ID NO: 1440，SEQ ID NO: 1209，SEQ ID N O: 301，SEQ ID NO: 28，SEQ ID NO: 941，SEQ ID NO: 103，SEQ ID NO: 231，S EQ ID NO: 176，SEQ ID NO: 31，SEQ ID NO: 917，SEQ ID NO: 151，および SEQ ID NO: 922．３２．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドもしくはそのフラグメントが下記の群から選ばれる核酸によりコード化された少なくとも５つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項２７に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1342，SEQ ID NO: 1381，SEQ ID NO: 1390，SEQ ID NO: 1409，SEQ ID NO: 1035，SEQ ID NO: 265，SEQ ID NO: 142，SEQ ID NO: 259，SEQ ID NO: 122，SEQ ID NO: 206，および SEQ ID NO: 885．３３．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる核酸によりコード化された少なくとも６つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項２７に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1014，SEQ ID NO: 1088，SEQ ID NO: 1242，SEQ ID NO: 1178，SEQ ID NO: 96，SEQ ID NO: 353，SEQ ID NO: 38，SEQ ID NO: 89，SEQ ID NO: 77， SEQ ID NO: 954，および SEQ ID NO: 264．３４．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる核酸によりコード化された少なくとも７つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項２７に記載の精製された核酸： SEQ ID NO: 1089，SEQ ID NO: 1340，SEQ ID NO: 1074，SEQ ID NO: 1107，SEQ ID NO: 1204，SEQ ID NO: 1066，SEQ ID NO: 937，SEQ ID NO: 226，SEQ ID NO: 283，SEQ ID NO: 88，SEQ ID NO: 125，SEQ ID NO: 183，SEQ ID NO: 195，SEQ ID NO: 81，SEQ ID NO: 901，SEQ ID NO: 82，および SEQ ID NO: 42．３５．転写調節要素に操作により連結された請求項２７に記載の核酸から成る組み替え発現ベクター。３６．請求項３５に記載の組み替え発現ベクターから成る細胞。３７．ポリペプチドを発現させる条件下で請求項３６に記載の細胞を培養することから成る、ヘリコバクター・ピロリのポリペプチドを生成する方法。３８．請求項１に記載の核酸の有効量を含有する、ヘリコバクター・ピロリ感染の予防または治療のためのワクチン組成物。３９．さらに製剤用担体を含有する、請求項３８に記載のワクチン組成物。４０．前記製剤用担体が補助剤である、請求項３９に記載のワクチン組成物。４１．ヘリコバクター・ピロリ感染者に請求項３８に記載のワクチン組成物を投与して、ヘリコバクター・ピロリ感染を処置することから成る、ヘリコバクター・ピロリ感染者を処置する方法。４２．前記処置が予防処置である、請求項４１に記載の方法。４３．前記処置が治療処置である、請求項４１に記載の方法。４４．請求項９に記載の核酸の有効量を含有する、ヘリコバクター・ピロリ感染の予防または治療のためのワクチン組成物。４５．さらに製剤用担体を含有する、請求項４４に記載のワクチン組成物。４６．前記製剤用担体が補助剤である、請求項４５に記載のワクチン組成物。４７．ヘリコバクター・ピロリ感染者に請求項４４に記載のワクチン組成物を投与して、ヘリコバクター・ピロリ感染を処置することから成る、ヘリコバクター・ピロリ感染者を処置する方法。４８．前記処置が予防処置である、請求項４７に記載の方法。４９．前記処置が治療処置である、請求項４７に記載の方法。５０．請求項２３に記載の核酸の有効量を含有する、ヘリコバクター・ピロリ感染の予防または治療のためのワクチン組成物。５１．さらに製剤用担体を含有する、請求項５０に記載のワクチン組成物。５２．前記製剤用担体が補助剤である、請求項５１に記載のワクチン組成物。５３．ヘリコバクター・ピロリ感染者に請求項５０に記載のワクチン組成物を投与して、ヘリコバクター・ピロリ感染を処置することから成る、ヘリコバクター・ピロリ感染者を処置する方法。５４．前記処置が予防処置である、請求項５３に記載の方法。５５．前記処置が治療処置である、請求項５３に記載の方法。５６．前記ポリペプチドが下記の群から選ばれる、精製されたヘリコバクター・ピロリ細胞エンペロープのポリペプチドまたはそのフラグメント： SEQ ID NO: 1471，SEQ ID NO: 1472，SEQ ID NO: 1487，SEQ ID NO: 1501，SEQ ID NO: 1522，SEQ ID NO: 1552，SEQ ID NO: 1586，SEQ ID NO: 1727，SEQ ID N O: 1601，SEQ ID NO: 1638，SEQ ID NO: 1643，SEQ ID NO: 1812，SEQ ID NO: 1 830，SEQ ID NO: 1850，SEQ ID NO: 1854，SEQ ID NO: 1851，SEQ ID NO: 1640 ，SEQ ID NO: 1453，SEQ ID NO: 1664，SEQ ID NO: 1665，SEQ ID NO: 1666，SE Q ID NO: 1685，SEQ ID NO: 1687，SEQ ID NO: 1688，SEQ ID NO: 1675，SEQ ID NO: 1702，SEQ ID NO: 1713，SEQ ID NO: 1600，SEQ ID NO: 1671，SEQ ID NO: 1691，SEQ ID NO: 1615，SEQ ID NO: 1616，SEQ ID NO: 1855，SEQ ID NO: 159 5，SEQ ID NO: 1633，SEQ ID NO: 1608，SEQ ID NO: 1611，SEQ ID NO: 1751，S EQ ID NO: 1772，SEQ ID NO: 1774，SEQ ID NO: 1780，SEQ ID NO: 1783，SEQ I D NO: 1796，SEQ ID NO: 1809，SEQ ID NO: 1826，SEQ ID NO: 1868，SEQ ID NO: 1734，SEQ ID NO: 1786，SEQ ID NO: 1819，SEQ ID NO: 1630，SEQ ID NO: 1706 ，SEQ ID NO: 1709，SEQ ID NO: 1495，SEQ ID NO: 1724，SEQ ID NO: 1670，SE Q ID NO: 1725，SEQ ID NO: 1661，SEQ ID NO: 1873，SEQ ID NO: 1753，SEQ ID NO: 1759，SEQ ID NO: 1761，SEQ ID NO: 1782，SEQ ID NO: 1883，SEQ ID NO: 1503，SEQ ID NO: 1542，SEQ ID NO: 1872，SEQ ID NO: 1520，SEQ ID NO: 145 6，SEQ ID NO: 1458，SEQ ID NO: 1617，SEQ ID NO: 1628，SEQ ID NO: 1644，S EQ ID NO: 1657，SEQ ID NO: 1658，SEQ ID NO: 1755，SEQ ID NO: 1756，SEQ I D NO: 1797，SEQ ID NO: 1799，SEQ ID NO: 1801，SEQ ID NO: 1483，SEQ ID NO : 1504，SEQ ID NO: 1532，SEQ ID NO: 1575，SEQ ID NO: 1833，SEQ ID NO: 18 88，SEQ ID NO: 1714，SEQ ID NO: 1624，SEQ ID NO: 1856，SEQ ID NO: 1857， SEQ ID NO: 1861，SEQ ID NO: 1537，SEQ ID NO: 1773，SEQ ID NO: 1717，SEQ ID NO: 1733，SEQ ID NO: 1722，SEQ ID NO: 1659，SEQ ID NO: 1577，SEQ ID N O: 1721，SEQ ID NO: 1729，SEQ ID NO: 1870，SEQ ID NO: 1576，SEQ ID NO: 1 632，SEQ ID NO: 1867，SEQ ID NO: 1547，SEQ ID NO: 1533，SEQ ID NO: 1597 ，SEQ ID NO: 1596，SEQ ID NO: 1559，SEQ ID NO: 1599，SEQ ID NO: 1788，SE Q ID NO: 1789，SEQ ID NO: 1875，SEQ ID NO: 1451，SEQ ID NO: 1478，SEQ ID NO: 1626，SEQ ID NO: 1781，SEQ ID NO: 660，SEQ ID NO: 660，SEQ ID NO: 8 55，SEQ ID NO: 534，SEQ ID NO: 675，SEQ ID NO: 404，SEQ ID NO: 518，SEQ ID NO: 464，SEQ ID NO: 672，SEQ ID NO: 640，SEQ ID NO: 490，SEQ ID NO: 7 55，SEQ ID NO: 389，SEQ ID NO: 635，SEQ ID NO: 877，SEQ ID NO: 637，SEQ ID NO: 477，SEQ ID NO: 772，SEQ ID NO: 658，SEQ ID NO: 463，SEQ ID NO: 8 52，SEQ ID NO: 503，SEQ ID NO: 411，SEQ ID NO: 441，SEQ ID NO: 782，SEQ ID NO: 575，SEQ ID NO: 691，SEQ ID NO: 724，SEQ ID NO: 452，SEQ ID NO: 3 86，SEQ ID NO: 497，SEQ ID NO: 712，SEQ ID NO: 591，SEQ ID NO: 638，SEQ ID NO: 740，SEQ ID NO: 697，SEQ ID NO: 569，SEQ ID NO: 470，SEQ ID NO: 7 00，SEQ ID NO: 586，SEQ ID NO: 823，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 684，SEQ ID NO: 551，SEQ ID NO: 478，SEQ ID NO: 508，SEQ ID NO: 5 45， SEQ ID NO: 628，SEQ ID NO: 443，SEQ ID NO: 702，SEQ ID NO: 776，SEQ ID N O: 461，SEQ ID NO: 737，SEQ ID NO: 809，SEQ ID NO: 642，SEQ ID NO: 879， SEQ ID NO: 773，SEQ ID NO: 468，SEQ ID NO: 842，SEQ ID NO: 788，SEQ ID N O: 624，SEQ ID NO: 788，SEQ ID NO: 644，SEQ ID NO: 727，SEQ ID NO: 631， SEQ ID NO: 450，SEQ ID NO: 448，SEQ ID NO: 653，SEQ ID NO: 495，SEQ ID N O: 400，SEQ ID NO: 541，SEQ ID NO: 673，SEQ ID NO: 482，SEQ ID NO: 622， SEQ ID NO: 689，SEQ ID NO: 736，SEQ ID NO: 417，SEQ ID NO: 716，SEQ ID N O: 762，SEQ ID NO: 395，SEQ ID NO: 587，SEQ ID NO: 669，SEQ ID NO: 758， SEQ ID NO: 593，SEQ ID NO: 451，SEQ ID NO: 827，SEQ ID NO: 502，SEQ ID N O: 719，SEQ ID NO: 469，SEQ ID NO: 715，SEQ ID NO: 847，SEQ ID NO: 453， SEQ ID NO: 527，SEQ ID NO: 652，SEQ ID NO: 745，SEQ ID NO: 567，SEQ ID N O: 848，SEQ ID NO: 430，SEQ ID NO: 748，SEQ ID NO: 396，SEQ ID NO: 588， SEQ ID NO: 795，SEQ ID NO: 523，SEQ ID NO: 791，SEQ ID NO: 714，SEQ ID N O: 481，SEQ ID NO: 765，SEQ ID NO: 837，SEQ ID NO: 833，SEQ ID NO: 585， SEQ ID NO: 865，SEQ ID NO: 764，SEQ ID NO: 440，SEQ ID NO: 465，SEQ ID N O: 555，SEQ ID NO: 526，SEQ ID NO: 687，SEQ ID NO: 692，SEQ ID NO: 693， SEQ ID NO: 677，SEQ ID NO: 649，SEQ ID NO: 812，SEQ ID NO: 820，SEQ ID N O: 880，SEQ ID NO: 590，SEQ ID NO: 713，SEQ ID NO: 750，SEQ ID NO: 613， SEQ ID NO: 437，SEQ ID NO: 556，SEQ ID NO: 657，SEQ ID NO: 402，SEQ ID N O: 623，SEQ ID NO: 862，SEQ ID NO: 449，SEQ ID NO: 690，SEQ ID NO: 424， SEQ ID NO: 821，SEQ ID NO: 432，SEQ ID NO: 811，SEQ ID NO: 554，および S EQ ID NO: 809．５７．前記ヘリコバクター・ピロリ細胞エンベロープポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれるヘリコバクター・ピロリ鞭毛連結ポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項５６に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1471，SEQ ID NO: 1472，SEQ ID NO: 1487，SEQ ID NO: 1501，SEQ ID NO: 1522，SEQ ID NO: 1552，SEQ ID NO: 1586，SEQ ID NO: 1727，SEQ ID NO: 1601，SEQ ID NO: 1638，SEQ ID NO: 1643，SEQ ID NO: 1812，SEQ ID NO: 1830，SEQ ID NO: 1850，SEQ ID NO: 1854，SEQ ID NO: 1851，SEQ ID NO: 1640 ，SEQ ID NO: 660，SEQ ID NO: 660，SEQ ID NO: 855，SEQ ID NO: 534，SEQ ID NO: 675，SEQ ID NO: 404，SEQ ID NO: 518，SEQ ID NO: 464，SEQ ID NO: 672 ，SEQ ID NO: 640，SEQ ID NO: 490，SEQ ID NO: 755，SEQ ID NO: 389，SEQ ID NO: 635，SEQ ID NO: 877，SEQ ID NO: 637，SEQ ID NO: 477，SEQ ID NO: 772 ，および SEQ ID NO: 658．５８．前記ヘリコバクター・ピロリ細胞エンベロープポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれるヘリコバクター・ピロリ内膜ポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項５６に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1453，SEQ ID NO: 1664，SEQ ID NO: 1665，SEQ ID NO: 1666，SEQ ID NO: 1685，SEQ ID NO: 1687，SEQ ID NO: 1688，SEQ ID NO: 1675，SEQ ID N O: 1702，SEQ ID NO: 1713，SEQ ID NO: 1600，SEQ ID NO: 1671，SEQ ID NO: 1 691，SEQ ID NO: 1615，SEQ ID NO: 1616，SEQ ID NO: 1855，SEQ ID NO: 1595 ，SEQ ID NO: 1633，SEQ ID NO: 1608，SEQ ID NO: 1611，SEQ ID NO: 1751，SE Q ID NO: 1772，SEQ ID NO: 1774，SEQ ID NO: 1780，SEQ ID NO: 1783，SEQ ID NO: 1796，SEQ ID NO: 1809，SEQ ID NO: 1826，SEQ ID NO: 1868，SEQ ID NO: 1734，SEQ ID NO: 1786，SEQ ID NO: 1819，SEQ ID NO: 1630，SEQ ID NO: 170 6，SEQ ID NO: 1709，SEQ ID NO: 1495，SEQ ID NO: 1724，SEQ ID NO: 463，SE Q ID NO: 852，SEQ ID NO: 503，SEQ ID NO: 411，SEQ ID NO: 441，SEQ ID NO: 782，SEQ ID NO: 575，SEQ ID NO: 691，SEQ ID NO: 724，SEQ ID NO: 452，SE Q ID NO: 386，SEQ ID NO: 497，SEQ ID NO: 712，SEQ ID NO: 591，SEQ ID NO: 638，SEQ ID NO: 740，SEQ ID NO: 697，SEQ ID NO: 569，SEQ ID NO: 470，SE Q ID NO: 700，SEQ ID NO: 586，SEQ ID NO: 823，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 627，SEQ ID NO: 684，SEQ ID NO: 551，SEQ ID NO: 478，SEQ ID NO: 508，SE Q ID NO: 545，SEQ ID NO: 628，SEQ ID NO: 443，SEQ ID NO: 702，SEQ ID NO: 776，SEQ ID NO: 461，SEQ ID NO: 737，SEQ ID NO: 809，SEQ ID NO: 642，SE Q ID NO: 879，SEQ ID NO: 773，SEQ ID NO: 468，SEQ ID NO: 842，SEQ ID NO: 7 88，SEQ ID NO: 624，SEQ ID NO: 788，SEQ ID NO: 644，SEQ ID NO: 727，SEQ ID NO: 631，SEQ ID NO: 450，SEQ ID NO: 448，および SEQ ID NO: 653．５９．前記ヘリコバクター・ピロリ細胞エンベロープポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれるヘリコバクター・ピロリ輸送体ポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項５６に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1670，SEQ ID NO: 1725，SEQ ID NO: 1661，SEQ ID NO: 1873，SEQ ID NO: 1753，SEQ ID NO: 1759，SEQ ID NO: 1761，SEQ ID NO: 1782，SEQ ID N O: 1883，SEQ ID NO: 1503，SEQ ID NO: 1542，SEQ ID NO: 1872，SEQ ID NO: 1 520，SEQ ID NO: 1456，SEQ ID NO: 1458，SEQ ID NO: 1617，SEQ ID NO: 1628 ，SEQ ID NO: 1644，SEQ ID NO: 1657，SEQ ID NO: 1658，SEQ ID NO: 1755，SE Q ID NO: 1756，SEQ ID NO: 1797，SEQ ID NO: 1799，SEQ ID NO: 1801，SEQ ID NO: 1483，SEQ ID NO: 1504，SEQ ID NO: 1532，SEQ ID NO: 1575，SEQ ID NO: 1833，SEQ ID NO: 1888，SEQ ID NO: 1714，SEQ ID NO: 495，SEQ ID NO: 400 ，SEQ ID NO: 541，SEQ ID NO: 673，SEQ ID NO: 482，SEQ ID NO: 622，SEQ ID NO: 689，SEQ ID NO: 736，SEQ ID NO: 417，SEQ ID NO: 716，SEQ ID NO: 762 ，SEQ ID NO: 395，SEQ ID NO: 587，SEQ ID NO: 669，SEQ ID NO: 758，SEQ ID NO: 593，SEQ ID NO: 451，SEQ ID NO: 827，SEQ ID NO: 502，SEQ ID NO: 719 ，SEQ ID NO: 469，SEQ ID NO: 715，SEQ ID NO: 847，SEQ ID NO: 453，SEQ ID NO: 527，SEQ ID NO: 652，SEQ ID NO: 745，SEQ ID NO: 567，SEQ ID NO: 848 ，SEQ ID NO: 430，SEQ ID NO: 748，SEQ ID NO: 396，SEQ ID NO: 588，SEQ ID NO: 795，SEQ ID NO: 523，SEQ ID NO: 791，SEQ ID NO: 714，SEQ ID NO: 481 ，および SEQ ID NO: 765．６０．前記ヘリコバクター・ピロリ細胞エンベロープポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれるヘリコバクター・ピロリ外膜ポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項５６に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1624，SEQ ID NO: 1856，SEQ ID NO: 1857，SEQ ID NO: 1861，SEQ ID NO: 1537，SEQ ID NO: 1773，SEQ ID NO: 1717，SEQ ID NO: 1733，SEQ ID N O: 1722，SEQ ID NO: 1659，SEQ ID NO: 1577，SEQ ID NO: 1721，SEQ ID NO: 1 729，SEQ ID NO: 1870，SEQ ID NO: 1576，SEQ ID NO: 1632，SEQ ID NO: 1867 ，SEQ ID NO: 1547，SEQ ID NO: 1533，SEQ ID NO: 1597，SEQ ID NO: 1596，SE Q ID NO: 1559，SEQ ID NO: 1599，SEQ ID NO: 1788，SEQ ID NO: 1789，SEQ ID NO: 1875，SEQ ID NO: 1451，SEQ ID NO: 1478，SEQ ID NO: 1626，SEQ ID NO: 1781，SEQ ID NO: 837，SEQ ID NO: 833，SEQ ID NO: 585，SEQ ID NO: 865，S EQ ID NO: 764，SEQ ID NO: 440，SEQ ID NO: 465，SEQ ID NO: 555，SEQ ID NO : 526，SEQ ID NO: 687，SEQ ID NO: 692，SEQ ID NO: 693，SEQ ID NO: 677，S EQ ID NO: 649，および SEQ ID NO: 812．６１．前記ポリペプチドが下記の群から選ばれる、精製されたヘリコバクター・ピロリ細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメント： SEQ ID NO: 1598，SEQ ID NO: 1739，SEQ ID NO: 1775，SEQ ID NO: 1814，SEQ ID NO: 1448，SEQ ID NO: 1466，SEQ ID NO: 1535，SEQ ID NO: 1545，SEQ ID N O: 1550，SEQ ID NO: 1680，SEQ ID NO: 1701，SEQ ID NO: 1719，SEQ ID NO: 1 744，SEQ ID NO: 1790，SEQ ID NO: 1859，SEQ ID NO: 1880，SEQ ID NO: 1885 ，SEQ ID NO: 1679，SEQ ID NO: 1482，SEQ ID NO: 1485，SEQ ID NO: 1459，SE Q ID NO: 1512，SEQ ID NO: 1515，SEQ ID NO: 1642，SEQ ID NO: 1668，SEQ ID NO: 1816，SEQ ID NO: 1845，SEQ ID NO: 1865，SEQ ID NO: 1866，SEQ ID NO: 1886，SEQ ID NO: 1509，SEQ ID NO: 1510，SEQ ID NO: 1531，SEQ ID NO: 157 9，SEQ ID NO: 1584，SEQ ID NO: 1662，SEQ ID NO: 1703，SEQ ID NO: 1704，S EQ ID NO: 1737，SEQ ID NO: 1740，SEQ ID NO: 1742，SEQ ID NO: 1754，SEQ I D NO: 1847，SEQ ID NO: 1447，SEQ ID NO: 1546，SEQ ID NO: 1607，SEQ ID NO : 1609，SEQ ID NO: 1610，SEQ ID NO: 1728，SEQ ID NO: 1489，SEQ ID NO: 17 08，SEQ ID NO: 1808，SEQ ID NO: 1887，SEQ ID NO: 1498，SEQ ID NO: 1506， SEQ ID NO: 1592，SEQ ID NO: 1678，SEQ ID NO: 1778，SEQ ID NO: 1863，SEQ ID NO: 1454，SEQ ID NO: 1538，SEQ ID NO: 1567，SEQ ID NO: 1581，SEQ ID N O: 1583，SEQ ID NO: 1636，SEQ ID NO: 1639，SEQ ID NO: 1649，SEQ ID NO: 1669 ，SEQ ID NO: 1695，SEQ ID NO: 1757，SEQ ID NO: 1776，SEQ ID NO: 1848，SE Q ID NO: 1849，SEQ ID NO: 1858，SEQ ID NO: 1884，SEQ ID NO: 1667，SEQ ID NO: 1690，SEQ ID NO: 1813，SEQ ID NO: 1468，SEQ ID NO: 1470，SEQ ID NO: 1811，SEQ ID NO: 1874，SEQ ID NO: 1876，SEQ ID NO: 1825，SEQ ID NO: 147 9，SEQ ID NO: 1488，SEQ ID NO: 1528，SEQ ID NO: 1566，SEQ ID NO: 1683，S EQ ID NO: 1692，SEQ ID NO: 1718，SEQ ID NO: 1614，SEQ ID NO: 1519，SEQ I D NO: 1476，SEQ ID NO: 1493，SEQ ID NO: 1497，SEQ ID NO: 1507，SEQ ID NO : 1490，SEQ ID NO: 1523，SEQ ID NO: 1524，SEQ ID NO: 1543，SEQ ID NO: 15 51，SEQ ID NO: 1553，SEQ ID NO: 1554，SEQ ID NO: 1555，SEQ ID NO: 1562， SEQ ID NO: 1570，SEQ ID NO: 1587，SEQ ID NO: 1588，SEQ ID NO: 1591，SEQ ID NO: 1593，SEQ ID NO: 1684，SEQ ID NO: 1689，SEQ ID NO: 1694，SEQ ID N O: 1696，SEQ ID NO: 1698，SEQ ID NO: 1700，SEQ ID NO: 1712，SEQ ID NO: 1 720，SEQ ID NO: 1730，SEQ ID NO: 1735，SEQ ID NO: 1741，SEQ ID NO: 1748 ，SEQ ID NO: 1779，SEQ ID NO: 1821，SEQ ID NO: 1823，SEQ ID NO: 1828，SE Q ID NO: 1834，SEQ ID NO: 1835，SEQ ID NO: 1836，SEQ ID NO: 1839，SEQ ID NO: 1852，SEQ ID NO: 1853，SEQ ID NO: 1869，SEQ ID NO: 1871，SEQ ID NO: 1878，SEQ ID NO: 1521，SEQ ID NO: 1602，SEQ ID NO: 1627，SEQ ID NO: 145 0，SEQ ID NO: 1457，SEQ ID NO: 1463，SEQ ID NO: 1469，SEQ ID NO: 1481，S EQ ID NO: 1484，SEQ ID NO: 1492，SEQ ID NO: 1500，SEQ ID NO: 1505，SEQ I D NO: 1508，SEQ ID NO: 1541，SEQ ID NO: 1548，SEQ ID NO: 1580，SEQ ID NO : 1590，SEQ ID NO: 1594，SEQ ID NO: 1603，SEQ ID NO: 1604，SEQ ID NO: 16 06，SEQ ID NO: 1612，SEQ ID NO: 1613，SEQ ID NO: 1620，SEQ ID NO: 1621， SEQ ID NO: 1622，SEQ ID NO: 1631，SEQ ID NO: 1645，SEQ ID NO: 1646，SEQ ID NO: 1650，SEQ ID NO: 1651，SEQ ID NO: 1652，SEQ ID NO: 1653，SEQ ID N O: 1656，SEQ ID NO: 1763，SEQ ID NO: 1787，SEQ ID NO: 1800，SEQ ID NO: 1 806，SEQ ID NO: 1810，SEQ ID NO: 1864，SEQ ID NO: 1877，SEQ ID NO: 1881 ，SEQ ID NO: 390，SEQ ID NO: 876，SEQ ID NO: 547，SEQ ID NO: 678，SEQ ID NO: 729， SEQ ID NO: 786，SEQ ID NO: 654，SEQ ID NO: 734，SEQ ID NO: 646，SEQ ID N O: 522，SEQ ID NO: 696，SEQ ID NO: 807，SEQ ID NO: 683，SEQ ID NO: 790， SEQ ID NO: 763，SEQ ID NO: 806，SEQ ID NO: 799，SEQ ID NO: 434，SEQ ID N O: 743，SEQ ID NO: 804，SEQ ID NO: 733，SEQ ID NO: 826，SEQ ID NO: 562， SEQ ID NO: 420，SEQ ID NO: 664，SEQ ID NO: 850，SEQ ID NO: 857，SEQ ID N O: 861，SEQ ID NO: 872，SEQ ID NO: 544，SEQ ID NO: 830，SEQ ID NO: 446， SEQ ID NO: 397，SEQ ID NO: 699，SEQ ID NO: 459，SEQ ID NO: 509，SEQ ID N O: 818，SEQ ID NO: 488，SEQ ID NO: 438，SEQ ID NO: 831，SEQ ID NO: 667， SEQ ID NO: 429，SEQ ID NO: 680，SEQ ID NO: 597，SEQ ID NO: 460，SEQ ID N O: 709，SEQ ID NO: 822，SEQ ID NO: 466，SEQ ID NO: 584，SEQ ID NO: 388， SEQ ID NO: 631，SEQ ID NO: 787，SEQ ID NO: 532，SEQ ID NO: 619，SEQ ID N O: 723，SEQ ID NO: 641，SEQ ID NO: 698，SEQ ID NO: 630，SEQ ID NO: 869， SEQ ID NO: 601，SEQ ID NO: 415，SEQ ID NO: 542，SEQ ID NO: 704，SEQ ID N O: 572，SEQ ID NO: 467，SEQ ID NO: 399，SEQ ID NO: 579，SEQ ID NO: 739， SEQ ID NO: 849，SEQ ID NO: 824，SEQ ID NO: 871，SEQ ID NO: 547，SEQ ID N O: 633，SEQ ID NO: 695，SEQ ID NO: 405，SEQ ID NO: 394，SEQ ID NO: 761， SEQ ID NO: 574，SEQ ID NO: 596，SEQ ID NO: 832，SEQ ID NO: 651，SEQ ID N O: 867，SEQ ID NO: 614，SEQ ID NO: 401，SEQ ID NO: 393，SEQ ID NO: 413， SEQ ID NO: 835，SEQ ID NO: 863，SEQ ID NO: 458，SEQ ID NO: 701，SEQ ID N O: 531，SEQ ID NO: 550，SEQ ID NO: 439，SEQ ID NO: 516，SEQ ID NO: 802， SEQ ID NO: 581，SEQ ID NO: 535，SEQ ID NO: 578，SEQ ID NO: 492，SEQ ID N O: 858，SEQ ID NO: 720，SEQ ID NO: 813，SEQ ID NO: 426，SEQ ID NO: 834， SEQ ID NO: 609，SEQ ID NO: 489，SEQ ID NO: 480，SEQ ID NO: 406，SEQ ID N O: 392，SEQ ID NO: 456，SEQ ID NO: 707，SEQ ID NO: 533，SEQ ID NO: 728， SEQ ID NO: 769，SEQ ID NO: 671，SEQ ID NO: 602，SEQ ID NO: 618，SEQ ID N O: 618，SEQ ID NO: 682，SEQ ID NO: 524，SEQ ID NO: 802，SEQ ID NO: 785， SEQ ID NO: 457，SEQ ID NO: 781，SEQ ID NO: 473，SEQ ID NO: 384，SEQ ID N O: 726，SEQ ID NO: 817，SEQ ID NO: 498，SEQ ID NO: 436，SEQ ID NO: 815， SEQ ID NO: 856，SEQ ID NO: 650，SEQ ID NO: 844，SEQ ID NO: 580，SEQ ID N O: 783，SEQ ID NO: 416，SEQ ID NO: 741，SEQ ID NO: 442，SEQ ID NO: 803， SEQ ID NO: 520，SEQ ID NO: 566，SEQ ID NO: 557，SEQ ID NO: 706，SEQ ID N O: 710，SEQ ID NO: 487，SEQ ID NO: 603，SEQ ID NO: 472，SEQ ID NO: 476， SEQ ID NO: 770，SEQ ID NO: 841，SEQ ID NO: 768，SEQ ID NO: 839，SEQ ID N O: 560，SEQ ID NO: 796，SEQ ID NO: 483，SEQ ID NO: 634，SEQ ID NO: 445， SEQ ID NO: 853，SEQ ID NO: 525，SEQ ID NO: 798，SEQ ID NO: 549，SEQ ID N O: 836，SEQ ID NO: 589，SEQ ID NO: 760，SEQ ID NO: 462，SEQ ID NO: 789， SEQ ID NO: 507，SEQ ID NO: 828，SEQ ID NO: 866，SEQ ID NO: 754，SEQ ID N O: 730，SEQ ID NO: 617，SEQ ID NO: 455，SEQ ID NO: 873，SEQ ID NO: 435， SEQ ID NO: 766，SEQ ID NO: 793，SEQ ID NO: 742，SEQ ID NO: 599，SEQ ID N O: 854，および SEQ ID NO: 632．６２．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが SEQ ID NO: 1598，SEQ ID NO: 1739，SEQ ID NO: 1775，SEQ ID NO: 1814 ，SEQ ID NO: 390，SEQ ID NO: 876，SEQ ID NO: 547，および SEQ ID NO: 678 から成る群から選ばれるエネルギー転換に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求範囲第 61 項に記載の精製されたポリペプチド。６３．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれるアミノ酸代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求範囲第 61 項に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1448，SEQ ID NO: 1466，SEQ ID NO: 1535，SEQ ID NO: 1545，SEQ ID NO: 1550，SEQ ID NO: 1680，SEQ ID NO: 1701，SEQ ID NO: 1719，SEQ ID N O: 1744，SEQ ID NO: 1790，SEQ ID NO: 1859，SEQ ID NO: 1880，SEQ ID NO: 1 885，SEQ ID NO: 1679，SEQ ID NO: 1482，SEQ ID NO: 1485，SEQ ID NO: 1459 ，SEQ ID NO: 729，SEQ ID NO: 786，SEQ ID NO: 654，SEQ ID NO: 734，SEQ ID NO: 646，SEQ ID NO: 522，SEQ ID NO: 696，SEQ ID NO: 807，SEQ ID NO: 683 ， SEQ ID NO: 790，SEQ ID NO: 763，SEQ ID NO: 806，SEQ ID NO: 799，SEQ ID N O: 434，SEQ ID NO: 743，SEQ ID NO: 804，SEQ ID NO: 733．６４．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれるヌクレオチド代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求範囲第 61 の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1512，SEQ ID NO: 1515，SEQ ID NO: 1642，SEQ ID NO: 1668，SEQ ID NO: 1816，SEQ ID NO: 1845，SEQ ID NO: 1865，SEQ ID NO: 1866，SEQ ID N O: 1886，SEQ ID NO: 1509，SEQ ID NO: 1510，SEQ ID NO: 826，SEQ ID NO: 56 2，SEQ ID NO: 420，SEQ ID NO: 664，SEQ ID NO: 850，SEQ ID NO: 857，SEQ I D NO: 861，SEQ ID NO: 872，SEQ ID NO: 544，SEQ ID NO: 830，and SEQ ID NO : 446．６５．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる炭水化物代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求範囲第 61 項に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1531，SEQ ID NO: 1579，SEQ ID NO: 1584，SEQ ID NO: 1662，SEQ ID NO: 1703，SEQ ID NO: 1704，SEQ ID NO: 1737，SEQ ID NO: 1740，SEQ ID N O: 1742，SEQ ID NO: 1754，SEQ ID NO: 1847，SEQ ID NO: 1447，SEQ ID NO: 3 97，SEQ ID NO: 699，SEQ ID NO: 459，SEQ ID NO: 509，SEQ ID NO: 818，SEQ ID NO: 488，SEQ ID NO: 438，SEQ ID NO: 831，SEQ ID NO: 667，SEQ ID NO: 4 29，SEQ ID NO: 680，および SEQ ID NO: 597．６６．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、SEQ ID NO: 1546，SEQ ID NO: 1607，SEQ ID NO: 1609，SEQ ID NO: 1610 ，SEQ ID NO: 1728，SEQ ID NO: 1489，SEQ ID NO: 460，SEQ ID NO: 709，SEQ ID NO: 822，SEQ ID NO: 466，SEQ ID NO: 584，および SEQ ID NO: 388 から成る群から選ばれる共同因子代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項６１に記載の精製されたポリペプチド。６７．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、SEQ ID NO: 1708，SEQ ID NO: 1808，SEQ ID NO: 1887，SEQ ID NO: 631 ，SEQ ID NO: 787，およびSEQ ID NO: 532から成る群から選ばれる脂質代謝に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項６１に記載の精製されたポリペプチド。６８．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる mRNA 翻訳およびリボソーム生物発生に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項６１に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1498，SEQ ID NO: 1506，SEQ ID NO: 1592，SEQ ID NO: 1678，SEQ ID NO: 1778，SEQ ID NO: 1863，SEQ ID NO: 619，SEQ ID NO: 723，SEQ ID NO: 641，SEQ ID NO: 698，SEQ ID NO: 630，および SEQ ID NO: 869．６９．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれるゲノム複製、転写、組み替えおよび修復に関するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項６１に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1454，SEQ ID NO: 1538，SEQ ID NO: 1567，SEQ ID NO: 1581，SEQ ID NO: 1583，SEQ ID NO: 1636，SEQ ID NO: 1639，SEQ ID NO: 1649，SEQ ID N O: 1669，SEQ ID NO: 1695，SEQ ID NO: 1757，SEQ ID NO: 1776，SEQ ID NO: 1 848，SEQ ID NO: 1849，SEQ ID NO: 1858，SEQ ID NO: 1884，SEQ ID NO: 601， SEQ ID NO: 415，SEQ ID NO: 542，SEQ ID NO: 704，SEQ ID NO: 572，SEQ ID N O: 467，SEQ ID NO: 399，SEQ ID NO: 579，SEQ ID NO: 739，SEQ ID NO: 849， SEQ ID NO: 824，SEQ ID NO: 871，SEQ ID NO: 547，SEQ ID NO: 633，SEQ ID N O: 695，SEQ ID NO: 405，SEQ ID NO: 394，および SEQ ID NO: 761．７０．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる外膜または細胞壁生合成に関与するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項６１に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1667，SEQ ID NO: 1690，SEQ ID NO: 1813，SEQ ID NO: 1468，SEQ ID NO: 1470，SEQ ID NO: 1811，SEQ ID NO: 574，SEQ ID NO: 596，SEQ ID NO: 832，SEQ ID NO: 651，SEQ ID NO: 867，SEQ ID NO: 614，SEQ ID NO: 401，および SEQ ID NO: 393．７１．前記ヘリコバクター・ピロリの細胞質ポリペプチドまたはそのフラグメントが、SEQ ID NO: 1874，SEQ ID NO: 1876，SEQ ID NO: 1825，SEQ ID NO: 413 ，SEQ ID NO: 835，およびSEQ ID NO: 863から成る群から選ばれるヘリコバクター・ピロリのシャペロンポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項６１に記載の精製されたポリペプチド。７２．前記ポリペプチドが、下記の群から選ばれる、精製されたヘリコバクター・ピロリの分泌されたポリペプチドまたはペリプラズムポリペプチドまたはそのフラグメント： SEQ ID NO: 1455，SEQ ID NO: 1589，SEQ ID NO: 1518，SEQ ID NO: 1529，SEQ ID NO: 1765，SEQ ID NO: 1770，SEQ ID NO: 1829，SEQ ID NO: 1556，SEQ ID N O: 1565，SEQ ID NO: 1569，SEQ ID NO: 1571，SEQ ID NO: 1574，SEQ ID NO: 1 578，SEQ ID NO: 1663，SEQ ID NO: 1674，SEQ ID NO: 1676，SEQ ID NO: 1697 ，SEQ ID NO: 1699，SEQ ID NO: 1710，SEQ ID NO: 1715，SEQ ID NO: 1716，SE Q ID NO: 1732，SEQ ID NO: 1736，SEQ ID NO: 1745，SEQ ID NO: 1749，SEQ ID NO: 1750，SEQ ID NO: 1766，SEQ ID NO: 1767，SEQ ID NO: 1768，SEQ ID NO: 1769，SEQ ID NO: 1795，SEQ ID NO: 1802，SEQ ID NO: 1804，SEQ ID NO: 182 4，SEQ ID NO: 1831，SEQ ID NO: 1838，SEQ ID NO: 1840，SEQ ID NO: 1844，S EQ ID NO: 1862，SEQ ID NO: 1879，SEQ ID NO: 1882，SEQ ID NO: 1890，SEQ I D NO: 1494，SEQ ID NO: 1634，SEQ ID NO: 1635，SEQ ID NO: 1647，SEQ ID NO : 1648，SEQ ID NO: 1654，SEQ ID NO: 1446，SEQ ID NO: 1449，SEQ ID NO: 14 52，SEQ ID NO: 1473，SEQ ID NO: 1474，SEQ ID NO: 1480，SEQ ID NO: 1491， SEQ ID NO: 1502，SEQ ID NO: 1513，SEQ ID NO: 1605，SEQ ID NO: 1771，SEQ ID NO: 1526，SEQ ID NO: 1557，SEQ ID NO: 1560，SEQ ID NO: 1585，SEQ ID N O: 1672，SEQ ID NO: 1677，SEQ ID NO: 1686，SEQ ID NO: 1752，SEQ ID NO: 1 762， SEQ ID NO: 1777，SEQ ID NO: 1792，SEQ ID NO: 1805，SEQ ID NO: 1815，SEQ ID NO: 1817，SEQ ID NO: 1827，SEQ ID NO: 1842，SEQ ID NO: 1846，SEQ ID N O: 1896，SEQ ID NO: 1530，SEQ ID NO: 1637，SEQ ID NO: 1461，SEQ ID NO: 1 467，SEQ ID NO: 1623，SEQ ID NO: 1625，SEQ ID NO: 530，SEQ ID NO: 708，S EQ ID NO: 414，SEQ ID NO: 694，SEQ ID NO: 703，SEQ ID NO: 721，SEQ ID NO : 749，SEQ ID NO: 685，SEQ ID NO: 444，SEQ ID NO: 606，SEQ ID NO: 582，S EQ ID NO: 621，SEQ ID NO: 868，SEQ ID NO: 666，SEQ ID NO: 408，SEQ ID NO : 538，SEQ ID NO: 573，SEQ ID NO: 639，SEQ ID NO: 668，SEQ ID NO: 524，S EQ ID NO: 422，SEQ ID NO: 819，SEQ ID NO: 611，SEQ ID NO: 674，SEQ ID NO : 577，SEQ ID NO: 663，SEQ ID NO: 558，SEQ ID NO: 794，SEQ ID NO: 564，S EQ ID NO: 592，SEQ ID NO: 814，SEQ ID NO: 398，SEQ ID NO: 767，SEQ ID NO : 425，SEQ ID NO: 659，SEQ ID NO: 517，SEQ ID NO: 539，SEQ ID NO: 475，S EQ ID NO: 615，SEQ ID NO: 665，SEQ ID NO: 607，SEQ ID NO: 598，SEQ ID NO : 759，SEQ ID NO: 752，SEQ ID NO: 595，SEQ ID NO: 686，SEQ ID NO: 528，S EQ ID NO: 705，SEQ ID NO: 828，SEQ ID NO: 403，SEQ ID NO: 561，SEQ ID NO : 500，SEQ ID NO: 491，SEQ ID NO: 846，SEQ ID NO: 732，SEQ ID NO: 778，S EQ ID NO: 751，SEQ ID NO: 744，SEQ ID NO: 504，SEQ ID NO: 419，SEQ ID NO : 792，SEQ ID NO: 825，SEQ ID NO: 756，SEQ ID NO: 519，SEQ ID NO: 870，S EQ ID NO: 777，SEQ ID NO: 808，SEQ ID NO: 506，SEQ ID NO: 864，SEQ ID NO : 655，SEQ ID NO: 407，SEQ ID NO: 427，SEQ ID NO: 774，SEQ ID NO: 797，S EQ ID NO: 688，SEQ ID NO: 815，SEQ ID NO: 718，SEQ ID NO: 859，SEQ ID NO : 775，SEQ ID NO: 874，SEQ ID NO: 543，SEQ ID NO: 878，SEQ ID NO: 594，S EQ ID NO: 610，および SEQ ID NO: 600．７３．前記ポリペプチドが、下記の群から選ばれる、精製されたヘリコバクター・ピロリの表面または膜のポリペプチドまたはそのフラグメント： SEQ ID NO: 1511，SEQ ID NO: 1561，SEQ ID NO: 1563，SEQ ID NO: 1681，SEQ ID NO: 1711，SEQ ID NO: 1731，SEQ ID NO: 1743，SEQ ID NO: 1747，SEQ ID N O: 1758，SEQ ID NO: 1893，SEQ ID NO: 1895，SEQ ID NO: 1573，SEQ ID NO: 1705，SEQ ID NO: 1707，SEQ ID NO: 1723，SEQ ID NO: 1726，SEQ ID NO: 1760 ，SEQ ID NO: 1764，SEQ ID NO: 1798，SEQ ID NO: 1803，SEQ ID NO: 1807，SE Q ID NO: 1889，SEQ ID NO: 1892，SEQ ID NO: 1460，SEQ ID NO: 1477，SEQ ID NO: 1499，SEQ ID NO: 1514，SEQ ID NO: 1641，SEQ ID NO: 1534，SEQ ID NO: 1564，SEQ ID NO: 1673，SEQ ID NO: 1746，SEQ ID NO: 1794，SEQ ID NO: 184 3，SEQ ID NO: 1894，SEQ ID NO: 1536，SEQ ID NO: 1544，SEQ ID NO: 1568，S EQ ID NO: 1572，SEQ ID NO: 1582，SEQ ID NO: 1738，SEQ ID NO: 1891，SEQ I D NO: 1660，SEQ ID NO: 1793，SEQ ID NO: 1832，SEQ ID NO: 1841，SEQ ID NO : 1860，SEQ ID NO: 1486，SEQ ID NO: 1465，SEQ ID NO: 1539，SEQ ID NO: 16 93，SEQ ID NO: 1629，SEQ ID NO: 1540，SEQ ID NO: 1791，SEQ ID NO: 1525， SEQ ID NO: 1558，SEQ ID NO: 1655，SEQ ID NO: 1517，SEQ ID NO: 875，SEQ I D NO: 676，SEQ ID NO: 801，SEQ ID NO: 860，SEQ ID NO: 747，SEQ ID NO: 52 9，SEQ ID NO: 387，SEQ ID NO: 391，SEQ ID NO: 515，SEQ ID NO: 625，SEQ I D NO: 568，SEQ ID NO: 454，SEQ ID NO: 800，SEQ ID NO: 499，SEQ ID NO: 77 9，SEQ ID NO: 648，SEQ ID NO: 643，SEQ ID NO: 537，SEQ ID NO: 511，SEQ I D NO: 616，SEQ ID NO: 829，SEQ ID NO: 546，SEQ ID NO: 780，SEQ ID NO: 55 3，SEQ ID NO: 549，SEQ ID NO: 410，SEQ ID NO: 608，SEQ ID NO: 513，SEQ I D NO: 656，SEQ ID NO: 845，SEQ ID NO: 563，SEQ ID NO: 570，SEQ ID NO: 80 5，SEQ ID NO: 851，SEQ ID NO: 423，SEQ ID NO: 810，SEQ ID NO: 604，SEQ I D NO: 636，SEQ ID NO: 757，SEQ ID NO: 412，SEQ ID NO: 816，SEQ ID NO: 77 1，SEQ ID NO: 418，SEQ ID NO: 662，SEQ ID NO: 512，SEQ ID NO: 679，SEQ I D NO: 605，SEQ ID NO: 421，SEQ ID NO: 552，SEQ ID NO: 576，SEQ ID NO: 57 1，SEQ ID NO: 725，SEQ ID NO: 565，SEQ ID NO: 717，SEQ ID NO: 536，SEQ I D NO: 647，SEQ ID NO: 501，SEQ ID NO: 838，SEQ ID NO: 428，SEQ ID NO: 49 4，SEQ ID NO: 479，SEQ ID NO: 711，SEQ ID NO: 722，SEQ ID NO: 645，SEQ I D NO: 670，SEQ ID NO: 746，SEQ ID NO: 493，SEQ ID NO: 540，SEQ ID NO: 61 2，SEQ ID NO: 629，SEQ ID NO: 484，SEQ ID NO: 485，SEQ ID NO: 486，SEQ I D NO: 433，SEQ ID NO: 385，および SEQ ID NO: 409．７４．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる少なくとも１つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項第７３項に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1511，SEQ ID NO: 1561，SEQ ID NO: 1563，SEQ ID NO: 1681，SEQ ID NO: 1711，SEQ ID NO: 1731，SEQ ID NO: 1743，SEQ ID NO: 1747，SEQ ID N O: 1758，SEQ ID NO: 1893，SEQ ID NO: 1895，SEQ ID NO: 875，SEQ ID NO: 67 6，SEQ ID NO: 801，SEQ ID NO: 860，SEQ ID NO: 747，SEQ ID NO: 529，SEQ I D NO: 387，SEQ ID NO: 391，SEQ ID NO: 515，SEQ ID NO: 625，SEQ ID NO: 56 8，SEQ ID NO: 454，SEQ ID NO: 800，SEQ ID NO: 499，SEQ ID NO: 779，および SEQ ID NO: 385．７５．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる少なくとも２つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項７３に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1573，SEQ ID NO: 1705，SEQ ID NO: 1707，SEQ ID NO: 1723，SEQ ID NO: 1726，SEQ ID NO: 1760，SEQ ID NO: 1764，SEQ ID NO: 1798，SEQ ID N O: 1803，SEQ ID NO: 1807，SEQ ID NO: 1889，SEQ ID NO: 1892，SEQ ID NO: 1 460，SEQ ID NO: 1477，SEQ ID NO: 1499，SEQ ID NO: 1514，SEQ ID NO: 1641 ，SEQ ID NO: 648，SEQ ID NO: 643，SEQ ID NO: 537，SEQ ID NO: 511，SEQ ID NO: 616，SEQ ID NO: 829，SEQ ID NO: 546，SEQ ID NO: 780，SEQ ID NO: 553 ，SEQ ID NO: 549，SEQ ID NO: 410，SEQ ID NO: 608，SEQ ID NO: 513，SEQ ID NO: 656，SEQ ID NO: 845，SEQ ID NO: 563，SEQ ID NO: 570，SEQ ID NO: 805 ，および SEQ ID NO: 851．７６．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる少なくとも３つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項７３に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1534，SEQ ID NO: 1564，SEQ ID NO: 1673，SEQ ID NO: 1746，SEQ ID NO: 1794，SEQ ID NO: 1843，SEQ ID NO: 1894，SEQ ID NO: 423，SEQ ID NO : 810，SEQ ID NO: 604，SEQ ID NO: 636，SEQ ID NO: 757，SEQ ID NO: 412，および SEQ ID NO: 816．７７．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが下記の群から選ばれる少なくとも４つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項７３に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1536，SEQ ID NO: 1544，SEQ ID NO: 1568，SEQ ID NO: 1572，SEQ ID NO: 1582，SEQ ID NO: 1738，SEQ ID NO: 1891，SEQ ID NO: 1660，SEQ ID N O: 771，SEQ ID NO: 418，SEQ ID NO: 662，SEQ ID NO: 512，SEQ ID NO: 679， SEQ ID NO: 605，SEQ ID NO: 421，SEQ ID NO: 552，SEQ ID NO: 576，および S EQ ID NO: 571．７８．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる少なくとも５つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項７３に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1793，SEQ ID NO: 1832，SEQ ID NO: 1841，SEQ ID NO: 1860，SEQ ID NO: 1486，SEQ ID NO: 725，SEQ ID NO: 565，SEQ ID NO: 717，SEQ ID NO: 536，SEQ ID NO: 647，SEQ ID NO: 409．７９．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる少なくとも６つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項７３に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1465，SEQ ID NO: 1539，SEQ ID NO: 1693，SEQ ID NO: 1629，SEQ ID NO: 501，SEQ ID NO: 838，SEQ ID NO: 428，SEQ ID NO: 494，SEQ ID NO: 4 79，SEQ ID NO: 711，および SEQ ID NO: 722．８０．前記ヘリコバクター・ピロリの表面もしくは膜のポリペプチドまたはそのフラグメントが、下記の群から選ばれる少なくとも７つの膜のスパン領域を有するヘリコバクター・ピロリのポリペプチドまたはそのフラグメントである、請求項７３に記載の精製されたポリペプチド： SEQ ID NO: 1540，SEQ ID NO: 1791，SEQ ID NO: 1525，SEQ ID NO: 1558，SEQ ID NO: 1655，SEQ ID NO: 1517，SEQ ID NO: 645，SEQ ID NO: 670，SEQ ID NO: 746，SEQ ID NO: 493，SEQ ID NO: 540，SEQ ID NO: 612，SEQ ID NO: 629，SE Q ID NO: 484，SEQ ID NO: 485，SEQ ID NO: 486，および SEQ ID NO: 433．８１．請求項５６に記載のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの有効量を含有する、ヘリコバクター・ピロリ感染の予防または治療のためのワクチン組成物。８２．さらに製剤用担体を含有する、請求項８１に記載のワクチン組成物。８３．前記製剤用担体が補助剤である、請求項８２に記載のワクチン組成物。８４．ヘリコバクター・ピロリ感染者に請求項８１に記載のワクチン組成物を投与して、ヘリコバクター・ピロリ感染を処置することから成る、ヘリコバクター・ピロリ感染者を処置する方法。８５．前記処置が予防処置である、請求項８４に記載の方法。８６．前記処置が治療処置である、請求項８４に記載の方法。８７．請求項６１に記載のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの有効量を含有する、ヘリコバクター・ピロリ感染の予防または治療のためのワクチン組成物。８８．さらに製剤用担体を含有する、請求項８７に記載のワクチン組成物。８９．前記製剤用担体が補助剤である、請求項８８に記載のワクチン組成物。９０．ヘリコバクター・ピロリ感染者に請求項８７に記載のワクチン組成物を投与して、ヘリコバクター・ピロリ感染を処置することから成る、ヘリコバクター・ピロリ感染者を処置する方法。９１．前記処置が予防処置である、請求項９０に記載の方法。９２．前記処置が治療処置である、請求項９０に記載の方法。９３．請求項７２に記載のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの有効量を含有する、ヘリコバクター・ピロリ感染の予防または治療のためのワクチン組成物。９４．さらに製剤用担体を含有する、請求項９３に記載のワクチン組成物。９５．前記製剤用担体が補助剤である、請求項９４に記載のワクチン組成物。９６．ヘリコバクター・ピロリ感染者に請求項９３に記載のワクチン組成物を投与して、ヘリコバクター・ピロリ感染を処置することから成る、ヘリコバクター・ピロリ感染者を処置する方法。９７．前記処置が予防処置である、請求項96に記載の方法。９８．前記処置が治療処置である、請求項96に記載の方法。９９．請求項７３に記載のヘリコバクター・ピロリのポリペプチドの有効量を含有する、ヘリコバクター・ピロリ感染の予防または治療のためのワクチン組成物。 100．さらに製剤用担体を含有すること、請求項９９に記載のワクチン組成物。 101．前記製剤用担体が補助剤である、請求項100に記載のワクチン組成物。 102．ヘリコバクター・ピロリ感染者に請求項９９に記載のワクチン組成物を投与して、ヘリコバクター・ピロリ感染を処置することから成る、ヘリコバクター・ピロリ感染者を処置する方法。 103．前記処置が予防処置である、請求項１０２に記載の方法。 104．前記処置が治療処置である、請求項１０２に記載の方法。 105．(a)プローブと試料中のヘリコバクター核酸との間でハイブリッドが形成できるような条件下で試料と請求項１に記載の核酸とを接触させる工程；および(b )工程(a)で形成されたハイブリッドを検出し、ハイブッリドの検出が試料中のヘリコバクター核酸の存在を示す工程から成る、試料中のヘリコバクター核酸の存在を検出する方法。 106．(a)プローブと試料中のヘリコバクター核酸との間でハイブリッドが形成できるような条件下で試料と請求項９に記載の核酸とを接触させる工程；および(b )工程(a)で形成されたハイブリッドを検出し、ハイブッリドの検出が試料中のヘリコバクター核酸の存在を示す工程から成る、試料中のヘリコバクター核酸の存在を検出する方法。 107．(a)プローブと試料中のヘリコバクター核酸との間でハイブリッドが形成できるような条件下で試料と請求項２３に記載の核酸とを接触させる工程；および (b)工程(a)で形成されたハイブリッドを検出し、ハイブッリドの検出が試料中のヘリコバクター核酸の存在を示す工程から成る、試料中のへリコバクター核酸の存在を検出する方法。 108．(a)プローブと試料中のヘリコバクター核酸との間でハイブリッドが形成できるような条件下で試料と請求項２７に記載の核酸とを接触させる工程；および (b)工程(a)で形成されたハイブリッドを検出し、ハイブリッドの検出が試料中のヘリコバクター核酸の存在を示す工程から成る、試料中のヘリコバクター核酸の存在を検出する方法。