JPH114693A - 炭疽菌検出のためのオリゴヌクレオチドおよびそれを用いた検出法 - Google Patents

炭疽菌検出のためのオリゴヌクレオチドおよびそれを用いた検出法

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JPH114693A
JPH114693A JP9264059A JP26405997A JPH114693A JP H114693 A JPH114693 A JP H114693A JP 9264059 A JP9264059 A JP 9264059A JP 26405997 A JP26405997 A JP 26405997A JP H114693 A JPH114693 A JP H114693A
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bacillus
nucleic acid
seq
acid sequence
anthracis
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JP9264059A
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Shoichi Yamada
彰一 山田
Venkatesuwaran Kasutouuri
ヴェンカテスワラン カストゥーリ
Eiji Ohashi
英治 大橋
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Nissui Corp
Original Assignee
Nippon Suisan Kaisha Ltd
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Abstract

(57)【要約】 (修正有) 【解決手段】 配列番号5から得られる核酸配列を持
ち、炭疽菌に特徴的な核酸配列を増幅し得る部位を1つ
以上含むオリゴヌクレオチド。配列番号1及び配列番号
3から得られる核酸配列を持っていない該オリゴヌクレ
オチド。バチラスセレウス又はバチラスチュウリンジェ
ンシスに由来する核酸配列を増幅し得る部位を持ってい
ない該オリゴヌクレオチド。配列AATCGTAATA
TTAAACTGACG又は配列CCTTCATACG
TGTGAATGTTGである該オリゴヌクレオチド。
上記のいずれかを2種類組み合わせたプライマーセット
を用いて、検体中に炭疽菌に特異的なgyrBが存在す
るか否かを決定して炭疽菌の検出を行う方法。 【効果】 炭疽菌のgyrB遺伝子を特異的に増幅し
て、他のバチラス属およびバチラス属以外の菌株から区
別、同定できる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、炭疸菌(Baci
llus anthracis)に特徴的な核酸標的配
列の増幅のためのオリゴヌクレオチドプライマーに関す
る。本発明は、DNAジャイレースサブユニットB遺伝
子(gyrB)特異的プライマーを用いたポリメラーゼ
チェインリアクション(PCR)による炭疽菌の検出に
関する。本発明は、検体中のバチラスセレウスをバチラ
スセレウスをバチラスチュウリンジエンシスおよび炭疽
菌と遺伝子レベルで区別して検出する方法に関する。
【0002】
【従来の技術】炭疸菌はグラム陽性桿菌で胞子を形成す
るため耐熱性を示す。また、炭疸菌は人畜共通感染症で
ある炭疸の病原体であり、臨床的に重要である。
【0003】炭疸菌を単離、同定するには、通常、Ma
nnitol Egg−yolkPolymyxin
(MYP)寒天培地やNaCl Glycine Ki
mand Goepfert(NGKG)寒天培地に卵
黄液を加えた選択培地を用い、卵黄反応を生じた集落を
陽性とする。さらに、硝酸塩還元、クエン酸塩利用、ゼ
ラチン分解性、VP反応、ブドウ糖分解は陽性で、マン
ニット、アラビノース、キシロース分解は陰性であるこ
とを確認しなければいけない。
【0004】上記確認試験での性状は、炭疸菌と類縁菌
であるバチラスチュウリンジェンシス(Bacillu
thuringiensis)、バチラスチュウセ
レウス(Bacillus cereus)、バチラス
マイコイデス(Bacillus mycoides
でも同じである。バチラスセレウスと炭疸菌の区別は、
前者が運動性を示すのが多いのに対し、後者は非運動性
でガンマファージによる溶菌が起こる。前者が羊血球に
対する溶血性、チロシン分解を示すのに対し、後者は示
さない。
【0005】バチラスセレウスとバチラスマイコイデス
は、バチラスマイコイデスが非運動性で溶血性、チロシ
ン分解陰性で足根状集落を形成することで区別できる。
これら確認試験は判定までに時間がかかり、多くの労力
を要する。
【0006】類縁菌であるバチラスチュウリンジェンシ
スは、殺虫性タンパク質を産生する点でバチラスセレウ
スと区別されているが、その他の生化学的性状はバチラ
スセレウスと同一である。現在の分類では、この殺虫性
タンパク質が顕微鏡で確認されたものをバチラスチュウ
リンジェンシスとすることとしているが、血清型での両
者の区別も明確でない。また、バチラスチュウリンジェ
ンシスの中には、バチルスセレウス様のエンテロトキシ
ンを産生するという報告もある〔WorldJ.Mic
robiol.Biotechnol.10(199
4)p406−409〕。バチラスセレウスとバチルス
チュウリンジェンシスの間では、プラスミドの受け渡し
が行われるという報告があることから〔Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA79(1982)p6
951−6955〕、恐らく、もともとバチラスセレウ
スであったものに、殺虫性タンパク質をコードするプラ
スミドがなんらかの影響を受けて導入されたものと推測
される。従って、殺虫性タンパク質の有無による現在の
分類でバチラスチュウリンジェンシスとされているもの
の中にも、食中毒を起こす可能性のある菌が存在するこ
とが考えられる。また、バチラスチュウリンジェンシス
は生物農薬として土壌に散布されており、上記の理由か
らも安全性が危惧される。このような背景のもと、殺虫
性タンパク質とは別の観点から、バチラスセレウスとバ
チルスチュウリンジェンシスを区別する必要がでてき
た。
【0007】一方、バチラスセレウスの毒素について
は、下痢性のエンテロトキシンはクローン化され塩基配
列が決定されている〔Microbioligy,14
(1995),p983−988〕。しかし、下痢性
のエンテロトキシンはこれだけかどうかは明らかでな
い。このエンテロトキシンに対応するキットも市販され
ているが、バチラスセレウスのエンテロトキシンが全て
明らかにされていないため、十分な評価は受けていない
〔Appl.Environ.Microbiol.,
60(1994),p4614−4616〕。一方、嘔
吐型毒素はサイクリックペプチドという報告がある〔I
nt.J.Food Microbiology28
(1995),p129−144〕。また、バチラスセ
レウスの中には毒素を産生しないものもあり、毒素のみ
を指標としたバチラスセレウスの検出は確実でない。
【0008】また、遺伝子レベルでの解析に用いられて
いる16S rRNAでは、バチラスセレウスと炭疸菌
は99%以上の相同性を示すため、これは同定の指標と
なり得ない。
【0009】
【発明が解決しようとする課題】いわゆるバチラスセレ
ウスグループにはバチラスセレウスはじめバチラスチュ
ウリンジエンシス、炭疽菌、バチラスマイコイデスが含
まれている。その際、人畜に対する危険性を考慮する
と、バチラスセレウス、バチラスチュウリンジエンシ
ス、炭疽菌は毒素を産出する好ましくない菌である。一
方バチラスマイコイデスはそのような毒素を産出しない
ため、前述の3種とは安全性の面から区別してもよいと
考えられ、上記のようにバチラスセレウス、バチラスチ
ュウリンジエンシス、炭疽菌を検出できることは大きな
意義があると思われる。例えば、セレウスグループの食
中毒関連菌を食品から検出する場合、危険性を考慮して
セレウス特異的なプライマーだけでなく、チュウリンジ
ェンシスおよび炭疽菌特異的プライマーを用いて検出す
ることにより、安全性を確実に確認できる。本発明は、
炭疽菌を他の微生物と区別できる検査法の提供を目的と
する。炭疽菌特異的プライマーにより、DNAの抽出操
作をしなくても、菌から炭疽菌特異的な245bpの
yrB遺伝子断片をPCR法により検出する方法の提供
を目的とする。
【0010】
【課題を解決するための手段】本発明は、配列番号5か
ら得られる核酸配列を持ち、炭疽菌に特徴的な核酸配列
を増幅し得る少なくとも一つの部位を含むことを特徴と
するオリゴヌクレオチドであることを要旨としている。
また本発明は、配列番号5から得られる核酸配列を持
ち、配列番号1及び配列番号3から得られる核酸配列を
持っていない、炭疽菌に特徴的な核酸配列を増幅し得る
少なくとも一つの部位を含むことを特徴とするオリゴヌ
クレオチドであることを要旨としている。さらにまた本
発明は、配列番号5から得られる核酸配列を持ち、配列
番号1及び配列番号3から得られる核酸配列を持ってい
ない、炭疽菌に特徴的な核酸配列を増幅し得る少なくと
も一つの部位を含むが、バチラスセレウスまたはバチラ
スチュウリンジェンシスに由来する核酸配列を増幅し得
る部位を持っていないことを特徴とするオリゴヌクレオ
チドであることを要旨としている。好ましくは本発明
は、配列番号11または配列番号12で示される核酸配
列を持っているオリゴヌクレオチドであることを要旨と
している。配列番号2のアミノ酸配列は、上記配列番号
1の核酸配列がコードするアミノ酸配列であり、配列番
号4のアミノ酸配列は、配列番号3の核酸配列がコード
するアミノ酸配列であり、配列番号6のアミノ酸配列
は、配列番号5の核酸配列がコードするアミノ酸配列で
ある。
【0011】本発明は、上記のいずれかのオリゴヌクレ
オチドを2種類組合せたプライマーセットを用いて、検
体中のDNAジャイレースサブユニットB遺伝子配列を
標的とし、当該標的遺伝子を選択的に増幅させ、検体中
に炭疽菌に特異的なgyrBが存在するか否かを決定す
ることで、炭疽菌の検出を行う方法であることを要旨と
している。
【0012】
【発明の実施の形態】本発明は、炭疽菌に特異的な核酸
標的配列の在否を決定するために有用なオリゴヌクレオ
チドプライマーを基礎とするが、そのような決定を行う
ための方法は、PCRを用いた遺伝子増幅法にとどまら
ず、従来技術であるサザンハイブリダイゼーション法等
のプローブとしての使用も含む。
【0013】本発明において、「プライマー」は、標的
核酸配列へのハイブリダイズを許す特異的ヌクレオチド
配列をデザインまたは生物学的に生産されたオリゴヌク
レオチドである。プライマーは、ポリメラーゼまたは同
様な酵素により、伸長合成されて完全な標的核酸配列に
ハイブリダイズすることができる。プライマーは、核酸
配列増幅法、例えばPCR法及び鎖置換増幅(SDA)
において利用される。特定のプライマーに、特にSDA
技術において有用なものは、標的核酸にハイブリダイズ
可能な配列に加えて、制限エンドヌクレアーゼの認識配
列、及びポリメラーゼまたはポリメラーゼ様活性を継続
する他の酵素がそれ自身その鋳型特異的オリゴヌクレオ
チド合成の開始を指示するための任意の配列を含む。
【0014】本発明において、「ハイブリダイゼーショ
ン」は、予め決定された反応条件下にて、部分的または
完全に相補的な核酸鎖が、逆平行(アンチパラレル)様
式にて向かい合うようにして、特異的かつ安定な水素結
合により、二本鎖の核酸を形成する工程である。
【0015】本発明の炭疽菌に特徴的な核酸標的配列の
増幅のためのオリゴヌクレオチドプライマーは、好まし
くは配列番号11および配列番号12を含み、そしてこ
れらはプライマーセットとして、炭疽菌に特徴的な核酸
標的配列の在否の決定に関する方法に使用する。炭疽菌
特異的プライマーにより、DNAの抽出等の操作なし
で、菌からの炭疽菌特異的な245bpのgyrB遺伝
子断片が、PCR法により検出できる。本発明のプライ
マーは、バチラスセレウスのgyrB遺伝子配列に特異
的である。プローブは、プライマー増幅産物内の内部コ
ンセンサス配列に特異的である。
【0016】上記配列番号11または配列番号12で示
される核酸配列を持つオリゴヌクレオチドを組み合わせ
たプライマーセットの製造方法について説明する。高特
異性プローブとして、DNAジャイレース(トポイソメ
ラーゼII)のBサブユニットタンパク質をコードする
gyrB遺伝子を用いる。gyrB遺伝子を直接塩基配
列を決定したユニバーサルプライマーでPseudom
onasputidaを検出、分類する方法が報告され
ている〔Appl.Environ.Microbio
l.,61(1995),p1104−1109〕。こ
れらのユニバーサルプライマーは、種々のグラム陽性
菌、陰性菌に共通であり、gyrB遺伝子の一部がPC
R法により増幅された。
【0017】これら既存のプライマーを用いて、バチラ
スセレウスJCM2152、バチラスチュリンジエンシ
スIAM12077、炭疸菌Pasteur no.2
−H〔Journal of General Mic
robiology,131(1985),p363〕
の塩基配列を示した。
【0018】更に、バチラスセレウスのgyrB遺伝子
のみを増幅し、同定できるPCRプライマーを作製し
た。これらバチスルセレウス特異的プライマーの感度を
調べるため、15株のバチラスセレウスとバチラスチュ
ウリンジエンシス、炭疸菌、バチラスマイコイデス、枯
草菌、バチラスブレビス、大腸菌、サルモネラ、黄色ブ
ドウ球菌、腸炎ビブリオについて検討した。
【0019】山本、原山〔Appl.Environ.
Microbiol.,61(1995),p1104
−1109〕らは、DNAジャイレースBサブユニット
の保存された部位2箇所から、gyrB遺伝子の一部を
増幅させるPCRプライマーを作製した。これらのプラ
イマーを用いて、種々の細菌から約1.2kbのgyr
遺伝子部分が増幅された。
【0020】バチラスセレウスJCM2152、バチラ
スチュウリンジエンシスIAM12077と炭疸菌Pa
steur no.2−Hから増幅された1.2kbの
gyrB遺伝子を、遺伝子組換えの常法(Sambro
ok et al.,Molecular cloni
ng: a laboratorymanual,2n
d ed.,Cold Spring Harbou
r,New York.1989)に従って、適当なベ
クターにクローン化した。
【0021】好ましいベクターとしてpGEMzf
(+)があげられるが、一般的なベクターであれば適宜
選択して用いることができる。
【0022】有効なプライマーを作製するため、PCR
法により増幅した1.2kbのバチラスセレウス、バチ
ラスチュウリンジエンシスと炭疸菌のgyrB遺伝子
を、pGEMzf(+)にクローン化し、gyrB遺伝
子領域をDNAシーケンサーを用いて、常法に従って決
定した。
【0023】gyrB遺伝子の塩基配列を決定するた
め、増幅断片の5′、3′部分をUP−1S、UP−2
Srプライマー〔山本、原山Appl. Enviro
n.Microbiol.,61(1995),p11
04−1109〕を用いて、決定した。この場合、これ
らプライマーから決定できる塩基配列の領域は限られて
いるため、得られた配列をもとに新たなプライマーを作
製し、更に別の領域の塩基配列を決定した。配列番号1
にバチラスセレウスJCM2152を、配列番号3にバ
チラスチュウリンジエンシスを、配列番号5に炭疸菌P
asteurno.2−HのgyrB遺伝子の塩基配列
を示す。
【0024】この塩基配列の情報を用いて、バチラスセ
レウスを他の細菌から検出、同定する21merのプラ
イマーを作製した。このプライマーは配列番号7及び配
列番号8で示される核酸配列を持つオリゴヌクレオチド
であり、プライマーセットとして利用可能である。
【0025】これらの新規のプライマーは、既存のPC
Rを用いたアッセイ法〔Saikiet al.,Sc
ience239(1988),p487−491〕に
おいて有用である。このプライマーは、サンプル中の目
的とするDNAを増幅するのに用いる。増幅段階に続い
て検出段階は、DNA検出に有効な方法であればどんな
方法でもよい。例えばアガロースゲル電気泳動し、エチ
ジュウムブロマイド染色する方法もある。
【0026】目的とするDNAはテンペレートとして機
能する。サンプル中のテンペレートDNAの増幅は、プ
ライマーがテンペレートの相補的な領域に結合し、そこ
からテンペレートを鋳型にDNA伸長が起こる。この伸
長したDNAは、さらにプライマーのテンペレートとし
て機能する。このプロセスはDNAの変性、プライマー
とテンペレートとのアニーリング、DNAポリメラーゼ
(例、Taqポリメラーゼ)によるプライマーからの伸
長のサイクルを繰り返し、2組のプライマーを用いるこ
とで最終的には、ある一定の長さの2本鎖のDNAが検
出に必要な量まで増幅される。
【0027】しかしながら、プライマーに相補的な配列
をテンペレートDNAが持っていない場合は、この一定
の長さの2本鎖のDNAが生成されず、サンプル中に目
的とするテンペレートがないと判定できる。すなわち、
サンプル中に対象とする微生物の存在を否定できる。プ
ライマーセット<BC1(配列番号7)、BC2(配列
番号8)>はgyrB遺伝子の一部365bpの配列を
増幅する。JCM、IAM、IFO、ATCCのコレク
ションから得たバチラスセレウス15株に365bpの
増幅断片が確認された。
【0028】一方、炭疽菌と生化学的性状が極めて類似
している、バチラスセレウス、バチラスチュリンジエン
シス、バチラスマイコイデスでは増幅断片が確認されな
かった。これらの知見から、本発明のプライマーは、炭
疽菌に特異的であり、この食中毒菌を検出するのに用い
ることができる。
【0029】同様に、大腸菌、サルモネラ、黄色ブドウ
球菌、腸炎ビブリオの標準株についても、gyrBの存
在は認められたが、バチラスセレウス特異的365bp
の増幅断片は確認されなかった。
【0030】バチラスセレウス株の中にはバチラスセレ
ウス特異的プライマーを用いても、PCR後の電気泳動
で365bpのバンドは検出されないものもあった。
【0031】それらの株について、gryB遺伝子を指
標として、新たにバチラスチュウリンジエンシス、炭疽
菌にそれぞれ特異的な21〜24merのプライマーを
作成した。バチラスチュウリンジエンシス特異的プライ
マーは配列番号9及び配列番号10で示される核酸配列
を持つオリゴヌクレオチドであり、炭疽菌特異的プライ
マーは配列番号11及び配列番号12で示される核酸配
列を持つオリゴヌクレオチドである。PCR後、ゲル電
気泳動しエチジウムブロマイド染色すると、バチラスチ
ュウリンジエンシスは368bp、炭疽菌は245bp
のバンドが検出できる。
【0032】バチラスセレウス特異的プライマーで検出
できなかったバチラスセレウス株について、バチラスチ
ュウリンジエンシスないし炭疽菌特異的プライマーでP
CRを行ったところ、いずれかのプライマーで検出でき
た。つまりはgryB遺伝子を指標に、バチラスセレウ
ス、バチラスチュウリンジエンシス、炭疽菌を遺伝子レ
ベルで区別できた。バチラスセレウス、バチラスチュウ
リンジエンシス、炭疽菌を検出できることは大きな意義
があると思われる。
【0033】
【実施例】本発明の詳細を実施例で説明する。本発明は
これらの実施例によって何ら限定されるものではない。
【0034】実施例1 プライマーセット<BC1(配列番号7)、BC2(配
列番号8)>はgyrB遺伝子の一部365bpの配列
を増幅する。このプライマーセットの感度を調べるた
め、表1に示したJCM、IAM、IFO、ATCCの
コレクションから得た15株のバチラスセレウスとバチ
ラスチュウリンジエンシス、炭疸菌、バチラスマイコイ
デス、枯草菌、バチラスブレビス、大腸菌、サルモネ
ラ、黄色ブドウ球菌、腸炎ビブリオについて検討した。
【0035】《PCR法によるアッセイ》サンプル調製 DNAを抽出しない、菌をテンペレートに用いた場合を
試験した。この場合NaCl Glycine Kim
and Goepfert(NGKG)寒天培地(日
水製薬製)に卵黄液を加えた選択培地か、トリプトソイ
ブイヨン寒天培地(栄研化学製)で、35℃1晩培養し
た新鮮な菌を試験に供した。液体培地で生育した菌を用
いる場合には、遠心分離等により菌を分離し、PBS緩
衝液(pH7.5)に一度洗浄し、適当な菌数を用い
た。滅菌水50μlに菌量1コロニー程度懸濁し、95
℃で10分間熱処理を行う。
【0036】PCRの増幅条件 PCRアッセイは、DNA Thermal Cycl
er(PerkinElmer)で行った。上記熱処理
菌液5μlに、反応液10μl(Tris−HCl 1
00mM,MgCl2 15mM,KCl 500m
M,pH 8.3、濃度は最終濃度を示す。)を加え
る。この液はゲノムDNA100ng以上、200μM
のdNTP、1μMのプライマーを含む。DNA変性は
94℃、60秒、アニーリングは58℃、60秒、DN
A伸長反応は72℃、120秒間で30サイクル繰り返
した。
【0037】PCR産物の検出 増幅に次いで、検出はゲル電気泳動によって行った。P
CRサンプル12μlをアガロースゲル(3%アガロー
ス、Nusieve GTG Agarose,FMC
Bioproducts,Rockland)に供し
た。DNAのバンドは、エチジウムブロマイド溶液で1
0分間染色後、紫外線照射して観察し、確認した。結果
を表1に示す。表1中、菌株番号(Strain nu
mber)の寄託機関の略称は以下の通りである。 ATCC:American Type Cultur
eCollection JCM:Japan Collection ofMi
crorganisms IFO:Institute for Ferment
ation,Osaka IAM:Institute of AppliedM
icrobiology
【0038】
【表1】
【0039】表1に示すとおり、これらバチラスセレウ
スの15株全てに、365bpの増幅断片が確認され
た。一方、バチラスセレウスと生化学的性状が極めて類
似している、バチラスチュリンジエンシス、炭疸菌、バ
チラスマイコイデスでは増幅断片が確認されなかった。
同じバチラス属の枯草菌、バチラスブレビスについても
増幅断片が確認されなかった。これらの知見から、本発
明のプライマーは、バチラスセレウスに特異的であり、
この食中毒菌を検出するのに用いることができる。同様
に、大腸菌、サルモネラ、黄色ブドウ球菌、腸炎ビブリ
オの標準株についても、gyrBとバチラスセレウス特
異的な365bpの検出を行った。結果を表1に示し
た。表1に示したように、いずれの株においても、gy
rBの存在は認められたが、バチラスセレウス特異的3
65bpの増幅断片は確認されなかった。
【0040】実施例2 バチラスセレウス株の中にはバチラスセレウス特異的プ
ライマーを用いても、PCR後の電気泳動で365bp
のバンドは検出されないものもあった。
【0041】それらの株について、gryB遺伝子を指
標として、新たにバチラスチュウリンジエンシス、炭疽
菌にそれぞれ特異的な21〜24merのプライマーを
作成した。バチラスチュウリンジエンシス特異的プライ
マーは配列番号9及び配列番号10で示される核酸配列
を持つオリゴヌクレオチドであり、炭疽菌特異的プライ
マーは配列番号11及び配列番号12で示される核酸配
列を持つオリゴヌクレオチドである。PCR後、ゲル電
気泳動しエチジウムブロマイド染色すると、バチラスチ
ュウリンジエンシスは368bp、炭疽菌は245bp
のバンドが検出できる。
【0042】バチラスセレウス特異的プライマーで検出
できなかったバチラスセレウス株について、バチラスチ
ュウリンジエンシスないし炭疽菌特異的プライマーでP
CRを行ったところ、いずれかのプライマーで検出でき
た。つまりはgryB遺伝子を指標に、バチラスセレウ
ス、バチラスチュウリンジエンシス、炭疽菌を遺伝子レ
ベルで区別できた。表2に、gryBを指標としたバチ
ラスセレウス、バチラスチュウリンジエンシス、炭疽菌
特異的プライマーを用いたPCRの結果を示す。供試株
は、バチラスセレウス、バチラスチュウリンジエンシ
ス、炭疽菌、バチラスマイコイデスの標準株およびバチ
ラスセレウス特異的プライマーで検出できなかった株を
含むバチラスセレウス血清型、野生株である。
【0043】
【表2】
【0044】ただし、この遺伝子レベルでの分類は、現
状の生化学分類と必ずしも一致しない。生化学分類で
は、バチラスセレウスとバチラスチュウリンジエンシス
との相違点は、殺菌性タンパク質生産の有無のみであ
り、バチラスチュウリンジエンシスが殺菌性タンパク質
を生産する。炭疽菌のみが、γファージによって溶菌す
るのが特徴である。今回の試験のように、遺伝子レベル
での結果と生化学レベルでの結果が必ずしも一致しない
場合は、現状では、生化学的指標の方が優先され、遺伝
子レベルで炭疽菌になったからといって、その株が即病
原菌性の非常に強い炭疽菌になるとは限らない。いわゆ
るバチラスセレウスグループにはバチラスセレウスはじ
めバチラスチュウリンジエンシス、炭疽菌、バチラスマ
イコイデスが含まれている。その際、人畜に対する危険
性を考慮すると、バチラスセレウス、バチラスチュウリ
ンジエンシス、炭疽菌は毒素を産出する好ましくない菌
である。一方バチラスマイコイデスはそのような毒素を
産出しないため、前述の3種とは安全性の面から区別し
てもよいと考えられ、上記のようにバチラスセレウス、
バチラスチュウリンジエンシス、炭疽菌を検出できるこ
とは大きな意義があると思われる。
【0045】
【発明の効果】炭疽菌のgyrB遺伝子に特異的に反応
して、他のバチラス属やバチラス属以外の菌株から区
別、同定できるようなプライマーを提供することができ
た。炭疽菌特異的プライマーにより、DNAの抽出等の
操作なしに、菌から炭疽菌特異的な245bpのgyr
遺伝子断片をPCR法により検出できる。検体中の炭
疽菌をバチラスセレウスおよびバチラスチュウリンジエ
ンシスと遺伝子レベルで区別して検出することができ
る。
【配列表】
配列番号:1 配列の長さ:1212 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ゲノミックDNA 配列 CATGCAGGAG GCAAATTTGA CGGTGGCGGT TATAAAGTTT CTGGTGGTTT ACATGGTGTT 60 GGGGCATCGG TTGTAAATGC TCTATCAACA GAATTAGAAG TATTTGTACA TCGTGAAGGT 120 AAAATCCATT ACCAAAAATA CGAAAGAGGT ATTCCGGTTG CGGATTTAAA AGTCATTGGT 180 GACACCGATC AAACAGGAAC AATAACTCGA TTTAAACCAG ATCCGGAAAT TTTCCAAGAA 240 ACAACAGTAT ACGATTTTGA TACGCTAGCA ACTCGTATGC GTGAATTAGC GTTTTTAAAT 300 CGTAATATTA AATTAACAAT TGAAGATAAA CGTGAACGTA AGCAAAAGAA AGAATTCCAT 360 TACGAAGGTG GAATTAAATC ATACGTTGAG CATTTAAATC GCTCAAAACA ACCGATTCAT 420 GAAGAGCCTG TGTACGTAGA AGGTTCAAAA GATGGTATTC AGGTTGAGGT TTCTCTTCAA 480 TATAACGAAG GATACACAAA TAATATTTAC TCATTTACGA ATAACATCCA TACGTATGAA 540 GGTGGTACAC ATGAGGTAGG TTTTAAAACA GCTTTAACTC GTGTAATCAA CGACTATGGT 600 CGTAAAAATA GCATTTTAAA AGATGCGGAC AGTAATTTAA CTGGTGAGGA TGTTCGTGAA 660 GGTTTAACAG CAATTGTATC AATCAAGCAT CCAAATCCAC AATTTGAAGG ACAAACGAAG 720 ACAAAACTTG GGAATAGTGA AGCGAGAACA ATTACAGAGT CTGTATTCTC AGAGGCATTT 780 GAAAAGTTCT TACTAGAAAA TCCTAATGTA GCGCGAAAAA TTGTAGAAAA AGGTACGATG 840 GCTGCACGTG CACGTGTAGC TGCGAAAAAA GCGCGTGAAT TGACACGTCG AAAGAGTGCG 900 TTAGAAGTTT CAAGTTTACC TGGTAAATTA GCTGATTGCT CTTCGAAAGA TCCAGCAATT 960 AGTGAAATTT ACATCGTAGA GGGTGACTCT GCGGGTGGAT CTGCAAAACA AGGACGCGAT 1020 CGTCATTTCC AAGCAATTTT ACCGCTGAAG GGTAAAATTA TTAATGTGGA AAAGGCGCGC 1080 TTAGATAAGA TTTTATCAAA TGATGAAGTT CGTACAATTA TTACGGCAAT CGGTACAAAT 1140 ATTGGTGGAG ACTTCGATAT TGAAAAAGCA CGCTATCATA AAGTTATTAT CATGACAGAT 1200 GCAGACGTGG AC 1212 配列番号:2 配列の長さ:404 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類: 配列 HAGGKFDGGG YKVSGGLHGV GASVVNALST ELEVFVHREG KIHYQKYERG IPVADLKVIG 60 DTDQTGTITR FKPDPEIFQE TTVYDFDTLA TRMRELAFLN RNIKLTIEDK RERKQKKEFH 120 YEGGIKSYVE HLNRSKQPIH EEPVYVEGSK DGIQVEVSLQ YNEGYTNNIY SFTNNIHTYE 180 GGTHEVGFKT ALTRVINDYG RKNSILKDAD SNLTGEDVRE GLTAIVSIKH PNPQFEGQTK 240 TKLGNSEART ITESVFSEAF EKFLLENPNV ARKIVEKGTM AARARVAAKK ARELTRRKSA 300 LEVSSLPGKL ADCSSKDPAI SEIYIVEGDS AGGSAKQGRD RHFQAILPLK GKIINVEKAR 360 LDKILSNDEV RTIITAIGTN IGGDFDIEKA RYHKVIIMTD ADVD 404 配列番号:3 配列の長さ:1212 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ゲノミックDNA 配列 CATGCTGGTG GGAAATTCGA CGGTGGCGGT TATAAAGTTT CTGGTGGTTT GCACGGTGTT 60 GGTGCATCTG TTGTAAATGC CTTATCAACA GAATTAGAAG TATTTGTACA TCGTGATGGC 120 AAAATCCATT ACCAAAAATA CCAAAGAGGT ATTCCGGTTG CAGATTTAAA AGTCATCGGT 180 GATACAGATA AGACTGGAAC AATAACTCGC TTTAAACCGG ATCCAGAAAT TTTTAAAGAG 240 ACGACAGAAT ATGAATTCGA TACGCTCGCG ACTCGTGTGC GTGAGTTGGC GTTTTTAAAT 300 CGTAATATTA AATTAACAAT TGAAGATAAA CGTGAACATA AGCAAAAGAA AGAGTTCCAC 360 TATGAAGGTG GAATTAAATC ATATGTTGAA CATTTAAATC GTTCAAAACA ACCAATTCAT 420 GAAGAGCCTG TATATGTAGA AGGTTCAAAA GATGGTATTC AAGTTGAAGT TGCGCTTCAA 480 TATAACGAAG GATATACAAA TCATATTTAC TCATTTACAA ATAATATTCA TACGTATGAA 540 GGTGGTACAC ATGAGGTAGG ATTTAAAACT GCCTTAACAC GTGTTATTAA CGATTATGGT 600 CGTAAAAATA ACATTTTAAA AGATGCGGAT AGTAATTTGA CTGGTGAAGA TGTTCGTGAA 660 GGTTTAACAG CAATCGTGTC AATTAAACAT CCAAATCCAC AATTTGAAGG GCAAACGAAG 720 ACGAAACTTG GAAATAGTGA AGCGAGAACG ATTACGGAGT CAGTATTCTC TGAGGCTTTT 780 GAAAAATTCT TACTGGAAAA TCCCAATGTT GCACGTAAGG TTGTAGATAA AGGGACGATG 840 GCAGCACGTG CGCGTGTAGC AGCTAAAAAG GCTCGTGAGC TAACTCGCCG AAAGAGTGCT 900 TTAGAAGTTT CAAGTTTACC AGGGAAATTG GCAGATTGTT CTTCTAAAGA TCCAGCAATT 960 AGTGAAATTT ATATCGTAGA GGGTGACTCT GCGGGTGGAT CTGCAAAACA AGGACGCGAT 1020 CGTCATTTTC AAGCAATTTT ACCGCTGAAG GGTAAAATTA TTAATGTTGA AAAGGCACGC 1080 TTAGATAAGA TTTTATCAAA TGATGAAGTT CGTACAATTA TTACGGCGAT TGGTACAAAT 1140 ATTGGTGGGG ACTTCGATAT CGAAAAAGCA CGCTATCATA AAGTTATTAT TATGACCGAC 1200 GCCGACGTTG AT 1212 配列番号:4 配列の長さ:404 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類: 配列 HAGGKFDGGG YKVSGGLHGV GASVVNALST ELEVFVHRDG KIHYQKYQRG IPVADLKVIG 60 DTDKTGTITR FKPDPEIFKE TTEYEFDTLA TRVRELAFLN RNIKLTIEDK REHKQKKEFH 120 YEGGIKSYVE HLNRSKQPIH EEPVYVEGSK DGIQVEVALQ YNEGYTNHIY SFTNNIHTYE 180 GGTHEVGFKT ALTRVINDYG RKNNILKDAD SNLTGEDVRE GLTAIVSIKH PNPQFEGQTK 240 TKLGNSEART ITESVFSEAF EKFLLENPNV ARKVVDKGTM AARARVAAKK ARELTRRKSA 300 LEVSSLPGKL ADCSSKDPAI SEIYIVEGDS AGGSAKQGRD RHFQAILPLK GKIINVEKAR 360 LDKILSNDEV RTIITAIGTN IGGDFDIEKA RYHKVIIMTD ADVD 404 配列番号:5 配列の長さ:1212 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ゲノミックDNA 配列 CATGCTGGGG GAAAATTTGA CGGCGGCGGT TATAAAGTTT CTGGTGGTTT GCATGGTGTT 60 GGGGCATCTG TAGTAAATGC TCTATCAACA GAACTAGAGG TATTTGTACA TCGTGAAGGT 120 AAAATCCATT ATCAAAAATA CGAAAGAGGT ATTCCGGTTG CGGATTTAAA AGTCATTGGT 180 GATACAGATC AAACGGGAAC GATAACTCGA TTTAAACCAG ATCCAGAAAT TTTTCAGGAA 240 ACAACAGTAT ACGAATTTGA TACACTAGCA ACTCGTATGC GTGAATTAGC ATTTTTAAAT 300 CGTAATATTA AACTGACGAT TGAAGATAAA CGTGAACATA AGCAAAAAAA AGAATTCCAT 360 TGTGAAGGTG GAATTAAATC ATATGTTGAG CATTTAAACC GCTCAAAACA ACCAATCCAT 420 GAAGAGCCTG TATATGTAGA AGGATCAAAA GATGGTATTC AAGTTGAAGT TTCCTTACAG 480 TATAACGAAG GATATACAAA TAATATTTAC TCATTTACGA ACAACATTCA CACGTATGAA 540 GGTGGAACAC ATGAAGTAGG GTTTAAAACA GCTTTAACTC GTGTGATTAA CGATTATGGG 600 CGTAAAAATA GTATTCTAAA AGATGCAGAC AGTAATTTAA CTGGTGAGGA CGTTCGTGAA 660 GGTTTAACTG CAATTGTATC AATTAAACAT CCAGATCCAC AATTTGAAGG ACAAACGAAG 720 ACGAAACTTG GGAATAGTGA AGCGAGAACG ATTACAGAGT CTGTGTTTTC AGAGGCATTT 780 GAAAAGTTCT TACTAGAAAA CCCGAACGTT GCACGAAAAA TCGTAGAAAA AGGTACGATG 840 GCAGCGCGTG CACGTGTTGC AGCGAAAAAA GCACGTGAAT TGACACGTCG TAAGAGCGCG 900 TTAGAAGTTT CAAGTTTACC TGGTAGATTA GCAGATTGCT CTTCAAAAGA TCCAGCAATT 960 AGTGAAATTT ACATTGTAGA GGGTGACTCT GCCGGTGGAT CAGCAAAGCA AGGGCGTGAT 1020 CGTCACTTCC AAGCGATTTT ACCACTGAAA GGTAAAATTA TTAACGTTGA AAAGGCAAGA 1080 TTAGATAAAA TCTTATCTAA CGATGAAGTG CGTACAATTA TTACTGCAAT TGGTACGAAC 1140 ATTGGCGGAG ATTTTGATAT TGAGAAAGCT CGTTATCATA AAGTTATTAT TATGACGGAT 1200 GCCGACGTCG AC 1212 配列番号:6 配列の長さ:404 配列の型:アミノ酸 トポロジー:直鎖状 配列の種類: 配列 HAGGKFDGGG YKVSGGLHGV GASVVNALST ELEVFVHREG KIHYQKYERG IPVADLKVIG 60 DTDQTGTITR FKPDPEIFQE TTVYEFDTLA TRMRELAFLN RNIKLTIEDK REHKQKKEFH 120 CEGGIKSYVE HLNRSKQPIH EEPVYVEGSK DGIQVEVSLQ YNEGYTNNIY SFTNNIHTYE 180 GGTHEVGFKT ALTRVINDYG RKNSILKDAD SNLTGEDVRE GLTAIVSIKH PDPQFEGQTK 240 TKLGNSEART ITESVFSEAF EKFLLENPNV ARKIVEKGTM AARARVAAKK ARELTRRKSA 300 LEVSSLPGRL ADCSSKDPAI SEIYIVEGDS AGGSAKQGRD RHFQAILPLK GKIINVEKAR 360 LDKILSNDEV RTIITAIGTN IGGDFDIEKA RYHKVIIMTD ADVD 404 配列番号:7 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ゲノミックDNA 配列 ATTGGTGACA CCGATCAAAC A 21 配列番号:8 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ゲノミックDNA 配列 TCATACGTAT GGATGTTATT C 21 配列番号:9 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ゲノミックDNA 配列 ATCGGTGATA CAGATAAGAC T 21 配列番号:10 配列の長さ:24 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ゲノミックDNA 配列 CCTTCATACG TATGAATATT ATTT 24 配列番号:11 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ゲノミックDNA 配列 AATCGTAATA TTAAACTGAC G 21 配列番号:12 配列の長さ:21 配列の型:核酸 鎖の数:一本鎖 トポロジー:直鎖状 配列の種類:ゲノミックDNA 配列 CCTTCATACG TGTGAATGTT G 21
フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 FI (C12Q 1/04 C12R 1:07) (72)発明者 大橋 英治 八王子市北野町559−6 日本水産株式会 社中央研究所内

Claims (5)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 配列番号5から得られる核酸配列を持
    ち、炭疽菌に特徴的な核酸配列を増幅し得る少なくとも
    一つの部位を含むことを特徴とするオリゴヌクレオチ
    ド。
  2. 【請求項2】 配列番号1及び配列番号3から得られる
    核酸配列を持っていない請求項1のオリゴヌクレオチ
    ド。
  3. 【請求項3】 バチラスセレウスまたはバチラスチュウ
    リンジェンシスに由来する核酸配列を増幅し得る部位を
    持っていない請求項1または2のオリゴヌクレオチド。
  4. 【請求項4】 配列番号11または配列番号12で示さ
    れる核酸配列を持っている請求項1、2または3のオリ
    ゴヌクレオチド。
  5. 【請求項5】 請求項1ないし4のいずれかのオリゴヌ
    クレオチドを2種類組合せたプライマーセットを用い
    て、検体中のDNAジャイレースサブユニットB遺伝子
    配列を標的とし、当該標的遺伝子を選択的に増幅させ検
    体中に炭疽菌に特異的なgyrBが存在するか否かを決
    定することで炭疽菌の検出を行う方法。
JP9264059A 1997-03-24 1997-09-29 炭疽菌検出のためのオリゴヌクレオチドおよびそれを用いた検出法 Withdrawn JPH114693A (ja)

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JP9264059A JPH114693A (ja) 1997-03-24 1997-09-29 炭疽菌検出のためのオリゴヌクレオチドおよびそれを用いた検出法
US09/046,578 US6087104A (en) 1997-03-24 1998-03-24 Oligonucleotides for detection of Bacillus cereus group bacteria harmful to mammals, and method of detection with the oligonucleotides

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JP9-69900 1997-04-21
JP10284397 1997-04-21
JP9-102843 1997-04-21
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Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7494774B2 (en) 2002-11-15 2009-02-24 Gen-Probe Incorporated Assay and compositions for detection of Bacillus anthracis nucleic acid
CN102936621A (zh) * 2012-08-27 2013-02-20 上海交通大学 蜡样芽孢杆菌的检测方法及试剂盒
CN104032000A (zh) * 2012-08-27 2014-09-10 上海交通大学 蜡样芽孢杆菌的检测方法及试剂盒

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* Cited by examiner, † Cited by third party
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US7494774B2 (en) 2002-11-15 2009-02-24 Gen-Probe Incorporated Assay and compositions for detection of Bacillus anthracis nucleic acid
CN102936621A (zh) * 2012-08-27 2013-02-20 上海交通大学 蜡样芽孢杆菌的检测方法及试剂盒
CN104032000A (zh) * 2012-08-27 2014-09-10 上海交通大学 蜡样芽孢杆菌的检测方法及试剂盒

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