JPH11225776A - 新規ｓｐｏＩＩＩＥ - Google Patents
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- JPH11225776A JPH11225776A JP10281887A JP28188798A JPH11225776A JP H11225776 A JPH11225776 A JP H11225776A JP 10281887 A JP10281887 A JP 10281887A JP 28188798 A JP28188798 A JP 28188798A JP H11225776 A JPH11225776 A JP H11225776A
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-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
- C07K14/305—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Micrococcaceae (F)
- C07K14/31—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria from Micrococcaceae (F) from Staphylococcus (G)
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Abstract
(57)【要約】 （修正有）
【課題】 spoIIIEポリペプチドおよびspoIIIEポリペプ
チドをコードしているＤＮＡ（ＲＮＡ）、および組み換
え法によるかかるポリペプチドの製造方法、ならびに感
染、詳細には細菌感染に対する防御のためのspoIIIEポ
リペプチドの使用方法の提供。 【解決手段】 特定のアミノ酸配列に対して少なくとも
７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド、な
らびに上記特定のアミノ酸配列に対して少なくとも７０
％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
チドをコードしているＤＮＡ（ＲＮＡ）、および組み換
え法によるかかるポリペプチドの製造方法、ならびに感
染、詳細には細菌感染に対する防御のためのspoIIIEポ
リペプチドの使用方法の提供。 【解決手段】 特定のアミノ酸配列に対して少なくとも
７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド、な
らびに上記特定のアミノ酸配列に対して少なくとも７０
％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、新たに同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびにそれら
の製造および使用、ならびにそれらの変種、アゴニスト
およびアンタゴニスト、そしてそれらの使用に関する。
詳細には、これらの点および他の点に関して、本発明
は、ｓｐｏＩＩＩＥ／ｆｔｓＫ（推定上の染色体分配機
能）ファミリーの新規ポリヌクレオチドおよびポリペプ
チド（以下、ｓｐｏＩＩＩＥという）に関する。
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびにそれら
の製造および使用、ならびにそれらの変種、アゴニスト
およびアンタゴニスト、そしてそれらの使用に関する。
詳細には、これらの点および他の点に関して、本発明
は、ｓｐｏＩＩＩＥ／ｆｔｓＫ（推定上の染色体分配機
能）ファミリーの新規ポリヌクレオチドおよびポリペプ
チド（以下、ｓｐｏＩＩＩＥという）に関する。
【０００２】
【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトにおい
て、例えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静
脈洞炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には例えば脳脊
髄液の感染のごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の
疾患を引き起こすことが知られている。ストレプトコッ
カス属の単離から１００年以上も経過しているため、ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ（ストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ）は、より詳細な研究がなされた微
生物の一つである。例えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質で
あるという初期の見解の大部分は、この微生物を用いた
Griffithならびに、Avery、MacleodおよびMcCartyの研
究において述べられた。ストレプトコッカス・ニューモ
ニアエに関する研究は膨大であるにも関わらず、この微
生物の毒性に関しては多くの疑問が残されている。抗生
物質の開発のための標的としてストレプトコッカス属の
遺伝子および遺伝子産物を用いるのはとりわけ好ましい
ことである。
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトにおい
て、例えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静
脈洞炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には例えば脳脊
髄液の感染のごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の
疾患を引き起こすことが知られている。ストレプトコッ
カス属の単離から１００年以上も経過しているため、ス
トレプトコッカス・ニューモニアエ（ストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ）は、より詳細な研究がなされた微
生物の一つである。例えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質で
あるという初期の見解の大部分は、この微生物を用いた
Griffithならびに、Avery、MacleodおよびMcCartyの研
究において述べられた。ストレプトコッカス・ニューモ
ニアエに関する研究は膨大であるにも関わらず、この微
生物の毒性に関しては多くの疑問が残されている。抗生
物質の開発のための標的としてストレプトコッカス属の
遺伝子および遺伝子産物を用いるのはとりわけ好ましい
ことである。
【０００３】ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
の頻度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多
重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の
集団の増加に起因している。いくつかのまたはすべての
標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコッ
カス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめずら
しいことではない。この現象がこの生物に対する新しい
抗菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を形
成した。
の頻度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多
重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の
集団の増加に起因している。いくつかのまたはすべての
標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプトコッ
カス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめずら
しいことではない。この現象がこの生物に対する新しい
抗菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性を形
成した。
【０００４】
【発明が解決しようとする課題】明らかに、抗生物質活
性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明新規化合物のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不
全および疾病の発生におけるそれらの役割を調べるのに
も有用である。感染、機能不全または疾病の予防、改善
または修正において役割を果たしうる、かかる因子なら
びにそれらのアンタゴニストおよびアゴニストに対する
必要性もある。
性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明新規化合物のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不
全および疾病の発生におけるそれらの役割を調べるのに
も有用である。感染、機能不全または疾病の予防、改善
または修正において役割を果たしうる、かかる因子なら
びにそれらのアンタゴニストおよびアゴニストに対する
必要性もある。
【０００５】本発明ポリペプチドは、既知のスタフィロ
コッカス・アウレウス（Staphylococcus aureus）のｓ
ｐｏＩＩＩＥ蛋白に対するアミノ酸配列相同性を有す
る。
コッカス・アウレウス（Staphylococcus aureus）のｓ
ｐｏＩＩＩＥ蛋白に対するアミノ酸配列相同性を有す
る。
【０００６】
【課題を解決するための手段および発明の実施の形態】
表１（配列番号：２）に示すアミノ酸配列および既知ア
ミノ酸配列またはスタフィロコッカス・アウレウスのｓ
ｐｏＩＩＩＥ蛋白のごとき他の蛋白の配列の間の相同性
により、新規spoIIIEポリペプチドであると同定された
ポリペプチド提供することが本発明の目的である。spoI
IIEポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド、
詳細には本明細書でspoIIIEと命名されたポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチドを提供することが本
発明のさらなる目的である。本発明の特に好ましい具体
例において、ポリヌクレオチドは、表１（配列番号：
１）に示す配列を含むspoIIIEポリペプチドをコードす
る領域を含み、全長遺伝子またはその変種が包含され
る。本発明のもう１つの特に好ましい具体例において、
表１（配列番号：２）のアミノ酸配列を含むストレプト
コッカス・ニューモニアエ由来の新規spoIIIE蛋白、ま
たはその変種がある。
表１（配列番号：２）に示すアミノ酸配列および既知ア
ミノ酸配列またはスタフィロコッカス・アウレウスのｓ
ｐｏＩＩＩＥ蛋白のごとき他の蛋白の配列の間の相同性
により、新規spoIIIEポリペプチドであると同定された
ポリペプチド提供することが本発明の目的である。spoI
IIEポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド、
詳細には本明細書でspoIIIEと命名されたポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチドを提供することが本
発明のさらなる目的である。本発明の特に好ましい具体
例において、ポリヌクレオチドは、表１（配列番号：
１）に示す配列を含むspoIIIEポリペプチドをコードす
る領域を含み、全長遺伝子またはその変種が包含され
る。本発明のもう１つの特に好ましい具体例において、
表１（配列番号：２）のアミノ酸配列を含むストレプト
コッカス・ニューモニアエ由来の新規spoIIIE蛋白、ま
たはその変種がある。
【０００７】本発明のもう１つの態様によれば、寄託株
に含まれるストレプトコッカス・ニューモニアエ 01009
93株により発現可能な成熟ポリペプチドをコードしてい
る単離核酸分子が提供される。
に含まれるストレプトコッカス・ニューモニアエ 01009
93株により発現可能な成熟ポリペプチドをコードしてい
る単離核酸分子が提供される。
【０００８】本発明のさらなる態様は、spoIIIE、詳細
にはストレプトコッカス・ニューモニアエのspoIIIEを
コードしている単離核酸分子が提供され、それにはｍＲ
ＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明の
さらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床
的もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを含
む組成物を包含する。本発明のもう１つの態様によれ
ば、治療または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を
目的とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供され
る。本発明の特に好ましい具体例には、spoIIIEの天然
に存在する対立遺伝子変種およびそれによりコードされ
るポリペプチドがある。
にはストレプトコッカス・ニューモニアエのspoIIIEを
コードしている単離核酸分子が提供され、それにはｍＲ
ＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明の
さらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床
的もしくは治療的に有用なその変種、およびそれらを含
む組成物を包含する。本発明のもう１つの態様によれ
ば、治療または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を
目的とした、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供され
る。本発明の特に好ましい具体例には、spoIIIEの天然
に存在する対立遺伝子変種およびそれによりコードされ
るポリペプチドがある。
【０００９】本発明のもう１つの態様において、本明細
書においてspoIIIEと称されるストレプトコッカス・ニ
ューモニアエの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、
診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその
フラグメント、変種および誘導体、および前記したフラ
グメントおよびアナログの変種および誘導体、およびそ
れらを含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい
具体例には、spoIIIE遺伝子の天然に存在する対立遺伝
子によりコードされるspoIIIEポリペプチドの変種があ
る。本発明の好ましい具体例において、上記spoIIIEポ
リペプチドの製造方法がある。本発明のさらに別の態様
によれば、例えば、抗体を含め、抗細菌剤として有用な
かかるポリペプチドの阻害剤が提供される。
書においてspoIIIEと称されるストレプトコッカス・ニ
ューモニアエの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、
診断学的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なその
フラグメント、変種および誘導体、および前記したフラ
グメントおよびアナログの変種および誘導体、およびそ
れらを含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい
具体例には、spoIIIE遺伝子の天然に存在する対立遺伝
子によりコードされるspoIIIEポリペプチドの変種があ
る。本発明の好ましい具体例において、上記spoIIIEポ
リペプチドの製造方法がある。本発明のさらに別の態様
によれば、例えば、抗体を含め、抗細菌剤として有用な
かかるポリペプチドの阻害剤が提供される。
【００１０】本発明の特定の好ましい具体例によれば、
spoIIIE発現の評価、疾病の治療、例えば中耳炎、結膜
炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心内
膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄膜
炎の治療、遺伝学的変異のアッセイ、ならびに細菌、特
にストレプトコッカス・ニューモニアエ細菌に対する免
疫学的応答を生起するための生物へのspoIIIEポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドの投与のための、製品、組
成物および方法が提供される。
spoIIIE発現の評価、疾病の治療、例えば中耳炎、結膜
炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心内
膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄膜
炎の治療、遺伝学的変異のアッセイ、ならびに細菌、特
にストレプトコッカス・ニューモニアエ細菌に対する免
疫学的応答を生起するための生物へのspoIIIEポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドの投与のための、製品、組
成物および方法が提供される。
【００１１】本発明のこのおよび他の態様の特定の好ま
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でspoIIIEポ
リヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするポリ
ヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好ましい具
体例において、spoIIIEポリペプチドに対する抗体が提
供される。本発明の他の具体例において、本発明ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドの結合、あるいは相互作
用して、それらの活性を阻害または活性化する化合物の
同定方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチド
またはポリヌクレオチドとの間の結合あるいは他の相互
作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接触
させて、化合物との結合あるいは他の相互作用を評価し
（かかる結合または相互作用は、ポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答して検出可能なシグナルを提供することのできる第２
の化合物に関連している）、次いで、化合物とポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドとの結合または相互作用か
ら生じるシグナルの存在または不存在を検出することに
より、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに
結合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化また
は阻害するかどうかを決定することを含む。本発明のさ
らにもう１つの態様によれば、spoIIIEアゴニストおよ
びアンタゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細菌性
アゴニストおよびアンタゴニストが提供される。本発明
のさらなる態様において、単細胞または多細胞生物に投
与するための、spoIIIEポリヌクレオチドまたはspoIIIE
ポリペプチドを含む組成物が提供される。開示した本発
明の精神および範囲内での種々の変更および修飾は、以
下の記載を読むこと、および本明細書のその他の部分を
読むことにより、当業者に容易に明らかとなろう。
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でspoIIIEポ
リヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするポリ
ヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好ましい具
体例において、spoIIIEポリペプチドに対する抗体が提
供される。本発明の他の具体例において、本発明ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドの結合、あるいは相互作
用して、それらの活性を阻害または活性化する化合物の
同定方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチド
またはポリヌクレオチドとの間の結合あるいは他の相互
作用を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接触
させて、化合物との結合あるいは他の相互作用を評価し
（かかる結合または相互作用は、ポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答して検出可能なシグナルを提供することのできる第２
の化合物に関連している）、次いで、化合物とポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドとの結合または相互作用か
ら生じるシグナルの存在または不存在を検出することに
より、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに
結合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化また
は阻害するかどうかを決定することを含む。本発明のさ
らにもう１つの態様によれば、spoIIIEアゴニストおよ
びアンタゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細菌性
アゴニストおよびアンタゴニストが提供される。本発明
のさらなる態様において、単細胞または多細胞生物に投
与するための、spoIIIEポリヌクレオチドまたはspoIIIE
ポリペプチドを含む組成物が提供される。開示した本発
明の精神および範囲内での種々の変更および修飾は、以
下の記載を読むこと、および本明細書のその他の部分を
読むことにより、当業者に容易に明らかとなろう。
【００１２】用語 以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によ
り形質転換もしくはトランスフェクションされた、また
は形質転換またはトランスフェクションすることのでき
る細胞である。
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によ
り形質転換もしくはトランスフェクションされた、また
は形質転換またはトランスフェクションすることのでき
る細胞である。
【００１３】当該分野にて周知であるように「同一性」
または「類似性」は、配列を比較して測定されるよう
な、二つまたはそれ以上のポリペプチド配列間または二
つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係であ
る。当該分野において、「同一性」とはまた、時には、
かかる配列の２つの鎖の間の合致により決定されるよう
な２つのポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の
関連性の程度をも意味する。「同一性」および「類似
性」は共に既知方法により容易に算出できる（Computat
ional Molecular Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォ
ード・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、1988
年；Biocomputing：Informatics and GenomeProjects，
Smith,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨーク、
1993年；Computer Analysis of Sequence Data，パート
Ｉ，Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマナ・
プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Analysi
s inMolecular Biology，von Heinje,G.、アカデミック
・プレス、1987年；およびSequence Analysis Primer，
Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックトン・プ
レス、ニューヨーク、1991年）。２つのポリヌクレオチ
ドまたは２つのポリペプチド間の同一性および類似性を
測定するための多くの方法がある一方で、その両方の用
語は当業者に周知である（Sequence Analysis in Molec
ular Biology,von Heinje,G.,Academic Press,1987; Sq
uence Analysis Primer, Gribskov,M.およびDevereux,
J.,編、M Stockton Press, New York,1991;およびCaril
lo,H.,およびLipman,D.,SIAM J., Applied Math., 48:1
073(1988)）。２つの配列間で同一性または類似性を測
定するのに通常用いられる方法は、Carillo,H.およびLi
pman,D., SIAM J. Applied Math.,48:1073(1988)に開示
されている方法を包含するが、これらに限定されるもの
ではない。同一性を決定するための好ましい方法は、試
験する２つの配列間で最も良く適合するように設計され
る。同一性および類似性を測定する方法は、公に利用で
きるコンピュータープログラムに集成されている。二つ
の配列間の同一性および類似性を測定する好ましいコン
ピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラムパッケー
ジ（Devereux,J.ら、Nucleic AcidsResearch 12(1):387
（1984）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul,S.F.
ら、J.Molec.Biol.215：403（1990）））を包含する
が、これらに限定されるものではない。一例として、配
列番号：１の対照ヌクレオチド配列に対して、例えば少
なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を有
するポリヌクレオチドを挙げると、そのポリヌクレオチ
ド配列が配列番号：１の対照ヌクレオチド酸配列のヌク
レオチド１００個ごとに５個までのヌクレオチドの変化
を含みうることを除き、そのポリヌクレオチドのヌクレ
オチド配列は対照配列と同一である。言い換えると、対
照酸配列に対して少なくとも９５％同一であるヌクレオ
チド配列を有するポリペプチドを得るためには、対照配
列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別のヌクレ
オチドと置換されていてもよく、あるいは対照配列中の
全ヌクレオチドのうち５％までの数のヌクレオチドが対
照配列に挿入されたものであってもよい。対照配列のこ
れらの変異は、対照ヌクレオチド配列の５’または３’
末端位置に存在していてもよく、あるいはそれらの末端
位置の間のいずれかの位置に存在していてもく、対照配
列のヌクレオチドに散在していてもよく、あるいは対照
配列内の１個またはそれ以上の一連の群となっていても
よい。同様に、配列番号：２の対照アミノ酸配列に対し
て少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミノ酸配
列を有するポリペプチドを例に挙げると、そのポリペプ
チド配列が配列番号：２の対照アミノ酸配列のアミノ酸
１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含みうるこ
とを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対照配列
と同一である。言い換えると、対照アミノ酸配列に対し
て少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有するポ
リペプチドを得るためには、対照配列中のアミノ酸の５
％までが欠失または他のアミノ酸と置換していてもよ
く、あるいは対照配列中の全アミノ酸のうち５％までの
数のアミノ酸が対照配列中に挿入されたものであっても
よい。対照配列におけるこれらの変化は、対照アミノ酸
配列のアミノまたはカルボキシ末端位置に存在してもよ
く、あるいはそれらの末端間のいずれかの位置に存在し
てもよく、対照配列中に散在していてもよく、あるいは
対照配列内で１個またはそれ以上の一連の群をなしてい
てもよい。
または「類似性」は、配列を比較して測定されるよう
な、二つまたはそれ以上のポリペプチド配列間または二
つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係であ
る。当該分野において、「同一性」とはまた、時には、
かかる配列の２つの鎖の間の合致により決定されるよう
な２つのポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の
関連性の程度をも意味する。「同一性」および「類似
性」は共に既知方法により容易に算出できる（Computat
ional Molecular Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォ
ード・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、1988
年；Biocomputing：Informatics and GenomeProjects，
Smith,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨーク、
1993年；Computer Analysis of Sequence Data，パート
Ｉ，Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマナ・
プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Analysi
s inMolecular Biology，von Heinje,G.、アカデミック
・プレス、1987年；およびSequence Analysis Primer，
Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックトン・プ
レス、ニューヨーク、1991年）。２つのポリヌクレオチ
ドまたは２つのポリペプチド間の同一性および類似性を
測定するための多くの方法がある一方で、その両方の用
語は当業者に周知である（Sequence Analysis in Molec
ular Biology,von Heinje,G.,Academic Press,1987; Sq
uence Analysis Primer, Gribskov,M.およびDevereux,
J.,編、M Stockton Press, New York,1991;およびCaril
lo,H.,およびLipman,D.,SIAM J., Applied Math., 48:1
073(1988)）。２つの配列間で同一性または類似性を測
定するのに通常用いられる方法は、Carillo,H.およびLi
pman,D., SIAM J. Applied Math.,48:1073(1988)に開示
されている方法を包含するが、これらに限定されるもの
ではない。同一性を決定するための好ましい方法は、試
験する２つの配列間で最も良く適合するように設計され
る。同一性および類似性を測定する方法は、公に利用で
きるコンピュータープログラムに集成されている。二つ
の配列間の同一性および類似性を測定する好ましいコン
ピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラムパッケー
ジ（Devereux,J.ら、Nucleic AcidsResearch 12(1):387
（1984）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul,S.F.
ら、J.Molec.Biol.215：403（1990）））を包含する
が、これらに限定されるものではない。一例として、配
列番号：１の対照ヌクレオチド配列に対して、例えば少
なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を有
するポリヌクレオチドを挙げると、そのポリヌクレオチ
ド配列が配列番号：１の対照ヌクレオチド酸配列のヌク
レオチド１００個ごとに５個までのヌクレオチドの変化
を含みうることを除き、そのポリヌクレオチドのヌクレ
オチド配列は対照配列と同一である。言い換えると、対
照酸配列に対して少なくとも９５％同一であるヌクレオ
チド配列を有するポリペプチドを得るためには、対照配
列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別のヌクレ
オチドと置換されていてもよく、あるいは対照配列中の
全ヌクレオチドのうち５％までの数のヌクレオチドが対
照配列に挿入されたものであってもよい。対照配列のこ
れらの変異は、対照ヌクレオチド配列の５’または３’
末端位置に存在していてもよく、あるいはそれらの末端
位置の間のいずれかの位置に存在していてもく、対照配
列のヌクレオチドに散在していてもよく、あるいは対照
配列内の１個またはそれ以上の一連の群となっていても
よい。同様に、配列番号：２の対照アミノ酸配列に対し
て少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミノ酸配
列を有するポリペプチドを例に挙げると、そのポリペプ
チド配列が配列番号：２の対照アミノ酸配列のアミノ酸
１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含みうるこ
とを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対照配列
と同一である。言い換えると、対照アミノ酸配列に対し
て少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有するポ
リペプチドを得るためには、対照配列中のアミノ酸の５
％までが欠失または他のアミノ酸と置換していてもよ
く、あるいは対照配列中の全アミノ酸のうち５％までの
数のアミノ酸が対照配列中に挿入されたものであっても
よい。対照配列におけるこれらの変化は、対照アミノ酸
配列のアミノまたはカルボキシ末端位置に存在してもよ
く、あるいはそれらの末端間のいずれかの位置に存在し
てもよく、対照配列中に散在していてもよく、あるいは
対照配列内で１個またはそれ以上の一連の群をなしてい
てもよい。
【００１４】「単離」とは、「人の手によって」天然の
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。
【００１５】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するがこ
れらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌク
レオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤ
ＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域に
おける鎖は同一の分子または異なる分子由来のものでよ
い。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の全
てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの分
子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書での
用語ポリペプチドである。当業者に既知の多くの有用な
目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの修
飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌク
レオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリヌ
クレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に
修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細胞
および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよび
ＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」
は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）と称
される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するがこ
れらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌク
レオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤ
ＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域に
おける鎖は同一の分子または異なる分子由来のものでよ
い。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の全
てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの分
子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書での
用語ポリペプチドである。当業者に既知の多くの有用な
目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの修
飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌク
レオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリヌ
クレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に
修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細胞
および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよび
ＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」
は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）と称
される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。
【００１６】本明細書で用いる「ポリペプチド」は、ペ
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
l Covalent Modification of Proteins、B.C.Johnson
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
ld,F., Posttranslational Protein Modifications：Pe
rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Protei
n Synthesis：Posttranslational Modifications and A
ging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
l Covalent Modification of Proteins、B.C.Johnson
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
ld,F., Posttranslational Protein Modifications：Pe
rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Protei
n Synthesis：Posttranslational Modifications and A
ging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。
【００１７】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠失が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成、および当業者に知られた他の組み
換え法により製造できる。
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠失が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成、および当業者に知られた他の組み
換え法により製造できる。
【００１８】本発明は、とりわけ、以下に非常に詳細に
説明する、新規spoIIIEポリペプチドおよびポリヌクレ
オチドに関する。詳細には、本発明は、スタフィロコッ
カス・アウレウスのｓｐｏＩＩＩＥポリペプチドに対す
るアミノ酸配列相同性により関連付けられる、ストレプ
トコッカス・ニューモニアエの新規spoIIIEのポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドに関する。特に本発明は、
それぞれ表１（配列番号：１）および表１（配列番号：
２）に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を有す
るspoIIIEに関し、さらに寄託株中のＤＮＡのspoIIIEヌ
クレオチド配列およびそれによりコードされるアミノ酸
配列に関する。
説明する、新規spoIIIEポリペプチドおよびポリヌクレ
オチドに関する。詳細には、本発明は、スタフィロコッ
カス・アウレウスのｓｐｏＩＩＩＥポリペプチドに対す
るアミノ酸配列相同性により関連付けられる、ストレプ
トコッカス・ニューモニアエの新規spoIIIEのポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドに関する。特に本発明は、
それぞれ表１（配列番号：１）および表１（配列番号：
２）に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を有す
るspoIIIEに関し、さらに寄託株中のＤＮＡのspoIIIEヌ
クレオチド配列およびそれによりコードされるアミノ酸
配列に関する。
【００１９】 表１ spoIIIEポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 (A) ストレプトコッカス・ニューモニアエ spoIIIEポリヌクレオチ ド配列由来の配列 [配列番号：1]. 5'- GTCTTTTTCTCTTCCCGAAATGCCTGTGAAATATGGTATAATAGAAGAATGGCAAACAAGAATACAAGTA CAACAAGACGGAGACCGTCTAAAGCAGAACTGGAAAGAAAAGAAGCGATTCAACGAATGTTGATTTCGTT AGGAATTGCGATTTTATTGATTTTCGCAGCCTTCAAATTAGGGGCTGCAGGTATAACCCTTTATAATTTA ATTCGCTTGCTAGTGGGTAGCCTAGCTTATCTGGCGATATTCGGCCTATTAATCTATCTCTTCTTTTTCA AGTGGATACGAAAACAGGAAGGACTCTTATCTGGCTTTTTCACCATATTTGCTGGCTTACTCTTGATTTT TGAGGCCTACTTGGTTTGGAAATATGGTTTGGACAAGTCCGTTCTAAAAGGGACCATGGCTCAGGTTGTG ACAGATCTGACTGGTTTTCGAACGACTAGCTTTGCTGGAGGGGGCTTGATCGGGGTCGCTCTTTATATTC CAACAGCCTTTCTCTTTTCAAATATCGGAACTTACTTTATTGGTTCTATCTTGATTTTAGTGGGTTCTCT CCTAGTCAGCCCTTGGTCTGTTTACGATATTGCTGAATTTTTCAGTAGAGGCTTTGCCAAATGGTGGGAA GGGCACGAGCGTCGAAAAGAGGAACGCTTTGTCAAACAAGAAGAAAAAGCTCGCCAAAAGGCTGAGAAAG AGGCTAGATTAGAACAAGAAGAGACTGAAAAAGCCTTACTCGATTTGCCTCCTGTTGATATGGAAACGGG TGAAATTCTGACAGAGGAAGCTGTTCAAAATCTTCCACCTATTCCAGAAGAAAAGTGGGTGGAACCAGAA ATCATCCTGCCTCAAGCTGAACTTAAATTCCCTGAACAGGAAGATGACTCAGATGACGAAGATGTTCAGG TCGATTTTTCAGCCAAAGAAGCCCTTGAATACAAACTTCCAAGCTTACAACTCTTTGCACCAGATAAACC AAAAGATCAGTCTAAAGAGAAGAAAATTGTCAGAGAAAATATCAAAATCTTAGAAGCAACCTTTGCTAGC TTTGGTATTAAGGTAACAGTTGAACGGGCCGAAATTGGGCCATCAGTGACCAAGTATGAAGTCAAGCCGG CTGTTGGTGTAAGGGTCAACCGCATTTCCAATCTATCAGATGACCTCGCTCTAGCCTTGGCTGCCAAGGA TGTCCGAATTGAAGCACCAATCCCTGGGAAATCTCTAATCGGAATTGAAGTGCCCAACTCCGATATTGCC ACTGTATCTTTCCGAGAACTATGGGAACAATCGCAAACGAAAGCAGAAAATTTCTTGGAAATTCCTTTAG GGAAGGCTGTTAATGGAACCGCAAGAGCTTTTGACCTTTCTAAAATGCCCCACTTGCTAGTTGCAGGTTC AACGGGTTCAGGGAAGTCAGTAGCAGTTAACGGCATTATTGCTAGCATTCTCATGAAGGCGAGACCAGAT CAAGTTAAATTTATGATGGTCGATCCCAAGATGGTTGAGTTATCTGTTTACAATGATATTCCCCACATAA AGATTCCAGTCGTGACCAATCCACGCAAAGCCAGCAAGGCTCTGCAAAAGGTTGTGGATGAAATGGAAAA CCGTTATGAACTCTTTGCCAAGGTGGGAGTTCGGAATATTGCAGGTTTTAATGCCAAGGTAGAAGAGTTC AATTCCCAGTCTGAGTACAAGCAAATTCCGCTACCATTCATTGTCGTGATTGTGGATGAGTTGGCTGACC TCATGATGGTGGCCAGCAAGGAAGTGGAAGATGCTATCATCCGTCTTGGGCAGAAGGCGCGTGCTGCAGG TATCCACATGATTCTTGCAACTCAGCGTCCATCTGTTGATGTCATCTCTGGTTTGATTAAGGCCAATGTT CCATCTCGTGTAGCATTTGCGGTTTCATCAGGAACAGACTCCCGTACGATTTTGGATGAAAATGGAGCAG AAAAACTTCTTGGTCGAGGAGACATGCTCTTTAAACCGATTAATGAAAATCATCCAGTTCGTCTCCAAGG CTCCTTTATCTCGGATGACGATGTTGAGCGCATTGTGAACTTCATCAAGACTCAGGCAGATGCAGACTAC GATGAGAGTTTTGATCCAGGTGAGGTTTCTGAAAATGAAGGAGAATTTTCGGATGGAGATGCTGGTGGTG ATCCGCTTTTTGAAGAAGCTAAGTCTTTGGTTATCGAAACACAGAAAGCCAGTGCATCCATGATTCAGCG TCGTTTGTCAGTTGGATTTAACCGTGCGACCCGTCTCATGGAAGAGCTTGAGATGGCAGGTGTCATTGGT CCAGCTGAAGGTACCAAGCCAAGAAAAGTATTGCAGCAATAA-3'
【００２０】 (B) この表中のポリヌクレオチド配列から推定されるspoIIIEポリペ プチド配列 [配列番号：2]. NH2-VFFSSRNACE IWYNRRMANK NTSTTRRRPS KAELERKEAI QRMLISLGIA ILLIFAAFKL GAAGITLYNL IRLLVGSLAY LAIFGLLIYL FFFKWIRKQE GLLSGFFTIF AGLLLIFEAY LVWKYGLDKS VLKGTMAQVV TDLTGFRTTS FAGGGLIGVA LYIPTAFLFS NIGTYFIGSI LILVGSLLVS PWSVYDIAEF FSRGFAKWWE GHERRKEERF VKQEEKARQK AEKEARLEQE ETEKALLDLP PVDMETGEIL TEEAVQNLPP IPEEKWVEPE IILPQAELKF PEQEDDSDDE DVQVDFSAKE ALEYKLPSLQ LFAPDKPKDQ SKEKKIVREN IKILEATFAS FGIKVTVERA EIGPSVTKYE VKPAVGVRVN RISNLSDDLA LALAAKDVRI EAPIPGKSLI GIEVPNSDIA TVSFRELWEQ SQTKAENFLE IPLGKAVNGT ARAFDLSKMP HLLVAGSTGS GKSVAVNGII ASILMKARPD QVKFMMVDPK MVELSVYNDI PHIKIPVVTN PRKASKALQK VVDEMENRYE LFAKVGVRNI AGFNAKVEEF NSQSEYKQIP LPFIVVIVDE LADLMMVASK EVEDAIIRLG QKARAAGIHM ILATQRPSVD VISGLIKANV PSRVAFAVSS GTDSRTILDE NGAEKLLGRG DMLFKPINEN HPVRLQGSFI SDDDVERIVN FIKTQADADY DESFDPGEVS ENEGEFSDGD AGGDPLFEEA KSLVIETQKA SASMIQRRLS VGFNRATRLM EELEMAGVIG PAEGTKPRKV LQQ -COOH
【００２１】 (C) ポリヌクレオチド配列の具体例 [配列番号：1]. X-(R1)n- GTCTTTTTCTCTTCCCGAAATGCCTGTGAAATATGGTATAATAGAAGAATGGCAAACAAGAATACAAGTA CAACAAGACGGAGACCGTCTAAAGCAGAACTGGAAAGAAAAGAAGCGATTCAACGAATGTTGATTTCGTT AGGAATTGCGATTTTATTGATTTTCGCAGCCTTCAAATTAGGGGCTGCAGGTATAACCCTTTATAATTTA ATTCGCTTGCTAGTGGGTAGCCTAGCTTATCTGGCGATATTCGGCCTATTAATCTATCTCTTCTTTTTCA AGTGGATACGAAAACAGGAAGGACTCTTATCTGGCTTTTTCACCATATTTGCTGGCTTACTCTTGATTTT TGAGGCCTACTTGGTTTGGAAATATGGTTTGGACAAGTCCGTTCTAAAAGGGACCATGGCTCAGGTTGTG ACAGATCTGACTGGTTTTCGAACGACTAGCTTTGCTGGAGGGGGCTTGATCGGGGTCGCTCTTTATATTC CAACAGCCTTTCTCTTTTCAAATATCGGAACTTACTTTATTGGTTCTATCTTGATTTTAGTGGGTTCTCT CCTAGTCAGCCCTTGGTCTGTTTACGATATTGCTGAATTTTTCAGTAGAGGCTTTGCCAAATGGTGGGAA GGGCACGAGCGTCGAAAAGAGGAACGCTTTGTCAAACAAGAAGAAAAAGCTCGCCAAAAGGCTGAGAAAG AGGCTAGATTAGAACAAGAAGAGACTGAAAAAGCCTTACTCGATTTGCCTCCTGTTGATATGGAAACGGG TGAAATTCTGACAGAGGAAGCTGTTCAAAATCTTCCACCTATTCCAGAAGAAAAGTGGGTGGAACCAGAA ATCATCCTGCCTCAAGCTGAACTTAAATTCCCTGAACAGGAAGATGACTCAGATGACGAAGATGTTCAGG TCGATTTTTCAGCCAAAGAAGCCCTTGAATACAAACTTCCAAGCTTACAACTCTTTGCACCAGATAAACC AAAAGATCAGTCTAAAGAGAAGAAAATTGTCAGAGAAAATATCAAAATCTTAGAAGCAACCTTTGCTAGC TTTGGTATTAAGGTAACAGTTGAACGGGCCGAAATTGGGCCATCAGTGACCAAGTATGAAGTCAAGCCGG CTGTTGGTGTAAGGGTCAACCGCATTTCCAATCTATCAGATGACCTCGCTCTAGCCTTGGCTGCCAAGGA TGTCCGAATTGAAGCACCAATCCCTGGGAAATCTCTAATCGGAATTGAAGTGCCCAACTCCGATATTGCC ACTGTATCTTTCCGAGAACTATGGGAACAATCGCAAACGAAAGCAGAAAATTTCTTGGAAATTCCTTTAG GGAAGGCTGTTAATGGAACCGCAAGAGCTTTTGACCTTTCTAAAATGCCCCACTTGCTAGTTGCAGGTTC AACGGGTTCAGGGAAGTCAGTAGCAGTTAACGGCATTATTGCTAGCATTCTCATGAAGGCGAGACCAGAT CAAGTTAAATTTATGATGGTCGATCCCAAGATGGTTGAGTTATCTGTTTACAATGATATTCCCCACATAA AGATTCCAGTCGTGACCAATCCACGCAAAGCCAGCAAGGCTCTGCAAAAGGTTGTGGATGAAATGGAAAA CCGTTATGAACTCTTTGCCAAGGTGGGAGTTCGGAATATTGCAGGTTTTAATGCCAAGGTAGAAGAGTTC AATTCCCAGTCTGAGTACAAGCAAATTCCGCTACCATTCATTGTCGTGATTGTGGATGAGTTGGCTGACC TCATGATGGTGGCCAGCAAGGAAGTGGAAGATGCTATCATCCGTCTTGGGCAGAAGGCGCGTGCTGCAGG TATCCACATGATTCTTGCAACTCAGCGTCCATCTGTTGATGTCATCTCTGGTTTGATTAAGGCCAATGTT CCATCTCGTGTAGCATTTGCGGTTTCATCAGGAACAGACTCCCGTACGATTTTGGATGAAAATGGAGCAG AAAAACTTCTTGGTCGAGGAGACATGCTCTTTAAACCGATTAATGAAAATCATCCAGTTCGTCTCCAAGG CTCCTTTATCTCGGATGACGATGTTGAGCGCATTGTGAACTTCATCAAGACTCAGGCAGATGCAGACTAC GATGAGAGTTTTGATCCAGGTGAGGTTTCTGAAAATGAAGGAGAATTTTCGGATGGAGATGCTGGTGGTG ATCCGCTTTTTGAAGAAGCTAAGTCTTTGGTTATCGAAACACAGAAAGCCAGTGCATCCATGATTCAGCG TCGTTTGTCAGTTGGATTTAACCGTGCGACCCGTCTCATGGAAGAGCTTGAGATGGCAGGTGTCATTGGT CCAGCTGAAGGTACCAAGCCAAGAAAAGTATTGCAGCAATAA-(R2)n-Y
【００２２】 (D) ポリペプチド配列の具体例 [配列番号：2]. X-(R1)n-VFFSSRNACE IWYNRRMANK NTSTTRRRPS KAELERKEAI QRMLISLGIA ILLIFAAFKL GAAGITLYNL IRLLVGSLAY LAIFGLLIYL FFFKWIRKQE GLLSGFFTIF AGLLLIFEAY LVWKYGLDKS VLKGTMAQVV TDLTGFRTTS FAGGGLIGVA LYIPTAFLFS NIGTYFIGSI LILVGSLLVS PWSVYDIAEF FSRGFAKWWE GHERRKEERF VKQEEKARQK AEKEARLEQE ETEKALLDLP PVDMETGEIL TEEAVQNLPP IPEEKWVEPE IILPQAELKF PEQEDDSDDE DVQVDFSAKE ALEYKLPSLQ LFAPDKPKDQ SKEKKIVREN IKILEATFAS FGIKVTVERA EIGPSVTKYE VKPAVGVRVN RISNLSDDLA LALAAKDVRI EAPIPGKSLI GIEVPNSDIA TVSFRELWEQ SQTKAENFLE IPLGKAVNGT ARAFDLSKMP HLLVAGSTGS GKSVAVNGII ASILMKARPD QVKFMMVDPK MVELSVYNDI PHIKIPVVTN PRKASKALQK VVDEMENRYE LFAKVGVRNI AGFNAKVEEF NSQSEYKQIP LPFIVVIVDE LADLMMVASK EVEDAIIRLG QKARAAGIHM ILATQRPSVD VISGLIKANV PSRVAFAVSS GTDSRTILDE NGAEKLLGRG DMLFKPINEN HPVRLQGSFI SDDDVERIVN FIKTQADADY DESFDPGEVS ENEGEFSDGD AGGDPLFEEA KSLVIETQKA SASMIQRRLS VGFNRATRLM EELEMAGVIG PAEGTKPRKV LQQ-(R2)n-Y
【００２３】寄託物質 ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993株を含有
する寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・イン
ダストリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッ
ド（ＮＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカード
ライブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランド
に１９９６年４月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４
０７９４が付与された。寄託したことにより、寄託株を
ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993株とい
う。１９９６年４月１７日に、E. coli中のストレプト
コッカス・ニューモニアエ0100993のＤＮＡライブラリ
ーが同様にＮＣＩＭＢに寄託され、受託番号４０８００
を付与された。ストレプトコッカス・ニューモニアエ株
寄託物を、本明細書では「寄託株」または「寄託株のＤ
ＮＡ」という。寄託株は全長のspoIIIE遺伝子を含んで
いる。寄託株中に含まれるポリヌクレオチド配列ならび
にそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書の配列に関する任意の記載に矛盾する事象
において支配的である。寄託株の寄託は、特許手続き上
の微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約の条件
下でなされている。特許が発行されると何らの制限また
は条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託は当業者
の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条
のもとに要求されるような、寄託が実施可能要件である
ことを承認するものではない。寄託物を製造、使用また
は販売するためにはライセンスが必要であるが、そのよ
うなライセンスはここでは賦与されていない。
する寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・イン
ダストリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッ
ド（ＮＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカード
ライブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランド
に１９９６年４月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４
０７９４が付与された。寄託したことにより、寄託株を
ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993株とい
う。１９９６年４月１７日に、E. coli中のストレプト
コッカス・ニューモニアエ0100993のＤＮＡライブラリ
ーが同様にＮＣＩＭＢに寄託され、受託番号４０８００
を付与された。ストレプトコッカス・ニューモニアエ株
寄託物を、本明細書では「寄託株」または「寄託株のＤ
ＮＡ」という。寄託株は全長のspoIIIE遺伝子を含んで
いる。寄託株中に含まれるポリヌクレオチド配列ならび
にそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書の配列に関する任意の記載に矛盾する事象
において支配的である。寄託株の寄託は、特許手続き上
の微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約の条件
下でなされている。特許が発行されると何らの制限また
は条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託は当業者
の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条
のもとに要求されるような、寄託が実施可能要件である
ことを承認するものではない。寄託物を製造、使用また
は販売するためにはライセンスが必要であるが、そのよ
うなライセンスはここでは賦与されていない。
【００２４】ポリペプチド 本発明ポリペプチドは表１［配列番号：２］のポリペプ
チド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびにポリペプ
チドおよびフラグメント、詳細にはspoIIIEの生物学的
活性を有するものを包含し、さらに表１［配列番号：
２］のポリペプチドまたはその重要部分に対して少なく
とも７０％、好ましくは表１［配列番号：２］のポリペ
プチドに対して少なくとも８０％の同一性を有するポリ
ペプチドおよびフラグメント、より好ましくは表１［配
列番号：２］のポリペプチドに対して少なくとも９０％
の類似性を有し（より好ましくは、少なくとも９０％の
同一性を有し）、さらにより好ましくは表１［配列番
号：２］のポリペプチドに対して少なくとも９５％の類
似性を有する（さらにより好ましくは少なくとも９５％
の同一性を有する）ポリペプチドおよびフラグメント、
さらに通常には少なくとも３０個、より好ましくは少な
くとも５０個のアミノ酸を含むかかるポリペプチドの部
分を包含する。
チド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびにポリペプ
チドおよびフラグメント、詳細にはspoIIIEの生物学的
活性を有するものを包含し、さらに表１［配列番号：
２］のポリペプチドまたはその重要部分に対して少なく
とも７０％、好ましくは表１［配列番号：２］のポリペ
プチドに対して少なくとも８０％の同一性を有するポリ
ペプチドおよびフラグメント、より好ましくは表１［配
列番号：２］のポリペプチドに対して少なくとも９０％
の類似性を有し（より好ましくは、少なくとも９０％の
同一性を有し）、さらにより好ましくは表１［配列番
号：２］のポリペプチドに対して少なくとも９５％の類
似性を有する（さらにより好ましくは少なくとも９５％
の同一性を有する）ポリペプチドおよびフラグメント、
さらに通常には少なくとも３０個、より好ましくは少な
くとも５０個のアミノ酸を含むかかるポリペプチドの部
分を包含する。
【００２５】また本発明は表１（Ｄ）に示す式のポリペ
プチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは水素で
あり、カルボキシル末端においてＹは水素または金属で
あり、Ｒ１およびＲ２はアミノ酸残基、ｎは１ないし１
０００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも
多い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘテロ
ポリマーであってもホモポリマーであってもよく、好ま
しくはヘテロポリマーである。
プチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは水素で
あり、カルボキシル末端においてＹは水素または金属で
あり、Ｒ１およびＲ２はアミノ酸残基、ｎは１ないし１
０００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも
多い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘテロ
ポリマーであってもホモポリマーであってもよく、好ま
しくはヘテロポリマーである。
【００２６】フラグメントは、前述のポリペプチドのア
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。spoI
IIEポリペプチドについては、フラグメントは「独立し
て存在（free standing）」しているか、または一部分
もしくは領域を形成することにより、大型のポリペプチ
ド内に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続
した領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含ま
れる。好ましいフラグメントは、表１［配列番号：２］
のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断されたポリペ
プチド、またはそれらの変種を包含するが、その例とし
てはアミノ末端を含む一連の残基を切断、またはカルボ
キシル末端を含む一連の残基を切断したものがある。宿
主、とりわけストレプトコッカス・ニューモニアエにお
ける、本発明のポリペプチドの分解形態もまた好まし
い。また、構造的または機能的属性により特徴づけられ
たフラグメント、例えばアルファーヘリックスおよびア
ルファーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベー
タシート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイ
ルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、ア
ルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領
域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原性指標
領域を含むフラグメントなども好ましい。spoIIIE活性
を媒介し、あるいは活性を改善し、望ましくない活性を
減じられたフラグメントである生物学的に活性のあるフ
ラグメントも好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗
原的または免疫原的なフラグメントもまた含まれる。個
体、特にヒトにおけるストレプトコッカス・ニューモニ
アエ の生存に必須の機能、あるいは疾病を開始または
維持する能力を付与する酵素の受容体またはドメインを
含むフラグメントが特に好ましい。本発明ポリペプチド
のフラグメントである変種を、ペプチド合成による対応
全長ポリペプチドの製造に使用してもよく、それゆえ、
これらの変種を全長のポリペプチド製造のための中間体
として用いてもよい。本発明ポリヌクレオチドのフラグ
メントである変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオ
チドを合成してもよい。
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。spoI
IIEポリペプチドについては、フラグメントは「独立し
て存在（free standing）」しているか、または一部分
もしくは領域を形成することにより、大型のポリペプチ
ド内に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続
した領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含ま
れる。好ましいフラグメントは、表１［配列番号：２］
のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断されたポリペ
プチド、またはそれらの変種を包含するが、その例とし
てはアミノ末端を含む一連の残基を切断、またはカルボ
キシル末端を含む一連の残基を切断したものがある。宿
主、とりわけストレプトコッカス・ニューモニアエにお
ける、本発明のポリペプチドの分解形態もまた好まし
い。また、構造的または機能的属性により特徴づけられ
たフラグメント、例えばアルファーヘリックスおよびア
ルファーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベー
タシート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイ
ルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、ア
ルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領
域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原性指標
領域を含むフラグメントなども好ましい。spoIIIE活性
を媒介し、あるいは活性を改善し、望ましくない活性を
減じられたフラグメントである生物学的に活性のあるフ
ラグメントも好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗
原的または免疫原的なフラグメントもまた含まれる。個
体、特にヒトにおけるストレプトコッカス・ニューモニ
アエ の生存に必須の機能、あるいは疾病を開始または
維持する能力を付与する酵素の受容体またはドメインを
含むフラグメントが特に好ましい。本発明ポリペプチド
のフラグメントである変種を、ペプチド合成による対応
全長ポリペプチドの製造に使用してもよく、それゆえ、
これらの変種を全長のポリペプチド製造のための中間体
として用いてもよい。本発明ポリヌクレオチドのフラグ
メントである変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオ
チドを合成してもよい。
【００２７】ポリヌクレオチド 本発明の別の態様は単離ポリヌクレオチドに関するもの
であり、それには表１［配列番号：２］の推定アミノ酸
配列を有するspoIIIEポリペプチドをコードする全長遺
伝子およびそれに密接に関連するポリヌクレオチドおよ
びそれらの変種が包含される。本明細書に提供される情
報を用いて、例えば表１［配列番号：１］に示すポリヌ
クレオチド配列を用い、出発物質ストレプトコッカス・
ニューモニアエ 0100993細胞からの染色体ＤＮＡフラグ
メントをクローニングおよび配列決定するために用いる
ような標準的なクローニングおよびスクリーニングを用
いて、spoIIIEポリペプチドをコードしている本発明ポ
リヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローンを得て
もよい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列、例えば
表１［配列番号：１］に示す配列を得るために、イー・
コリ（E.coli）またはいくつかの他の適切な宿主におけ
るストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993の染色
体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラリーを、部分的
配列に由来する、好ましくは１７量体またはそれ以上の
長さの放射性標識化オリゴヌクレオチドにてプローブす
る。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するク
ローンは厳密な条件を用いて区別できる。元の配列から
設計した配列決定プライマーを用いてこのように同定し
た個々のクローンを配列決定することにより、両方向で
配列が伸長できるようになり、全遺伝子配列を決定でき
る。このような配列決定は便宜的にプラスミドクローン
から調製した変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切
な技法については、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSa
mbrookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、
第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリ
ー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニュー
ヨーク（1989）に記載されている（Screening By Hybri
dization 1.90およびSequencing Denatured Double-Str
anded DNA Templates 13.70参照）。本発明の典型例に
おいて、表１［配列番号：１］に示すポリヌクレオチド
が、ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993由来
のＤＮＡライブラリー中に見いだされた。
であり、それには表１［配列番号：２］の推定アミノ酸
配列を有するspoIIIEポリペプチドをコードする全長遺
伝子およびそれに密接に関連するポリヌクレオチドおよ
びそれらの変種が包含される。本明細書に提供される情
報を用いて、例えば表１［配列番号：１］に示すポリヌ
クレオチド配列を用い、出発物質ストレプトコッカス・
ニューモニアエ 0100993細胞からの染色体ＤＮＡフラグ
メントをクローニングおよび配列決定するために用いる
ような標準的なクローニングおよびスクリーニングを用
いて、spoIIIEポリペプチドをコードしている本発明ポ
リヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローンを得て
もよい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列、例えば
表１［配列番号：１］に示す配列を得るために、イー・
コリ（E.coli）またはいくつかの他の適切な宿主におけ
るストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993の染色
体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラリーを、部分的
配列に由来する、好ましくは１７量体またはそれ以上の
長さの放射性標識化オリゴヌクレオチドにてプローブす
る。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するク
ローンは厳密な条件を用いて区別できる。元の配列から
設計した配列決定プライマーを用いてこのように同定し
た個々のクローンを配列決定することにより、両方向で
配列が伸長できるようになり、全遺伝子配列を決定でき
る。このような配列決定は便宜的にプラスミドクローン
から調製した変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切
な技法については、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSa
mbrookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、
第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリ
ー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニュー
ヨーク（1989）に記載されている（Screening By Hybri
dization 1.90およびSequencing Denatured Double-Str
anded DNA Templates 13.70参照）。本発明の典型例に
おいて、表１［配列番号：１］に示すポリヌクレオチド
が、ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0100993由来
のＤＮＡライブラリー中に見いだされた。
【００２８】表１［配列番号：１］に示すＤＮＡ配列
は、表１［配列番号：２］に示すアミノ酸残基数とほぼ
同数のアミノ酸からなる蛋白をコードしている読み枠を
含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該分野でよく知ら
れたアミノ酸の分子量を用いて算出できる。ヌクレオチ
ド番号１から２３４９の間の配列番号：１のポリヌクレ
オチドは配列番号：２のポリペプチドをコードする。停
止コドンは配列番号：１のヌクレオチド番号２３５０か
ら開始する。本発明spoIIIE蛋白は、寄託株のspoIIIEを
コードしているＤＮＡの配列決定結果により示されるよ
うに、ｓｐｏＩＩＩＥ（推定上の染色体分配機能）ファ
ミリーの他の蛋白に構造的に関連している。本発明蛋白
は、知られた蛋白の中でもスタフィロコッカス・アウレ
ウスのｓｐｏＩＩＩＥ蛋白に対して最大の相同性を示
す。表１［配列番号：２］のspoIIIE蛋白は、スタフィ
ロコッカス・アウレウスのｓｐｏＩＩＩＥ蛋白に対して
その全長にわたり約４２．２３７％の同一性を有し、ス
タフィロコッカス・アウレウスのｓｐｏＩＩＩＥポリペ
プチドのアミノ酸配列に対して、その全長にわたり約６
３．９４７％の類似性を示す。
は、表１［配列番号：２］に示すアミノ酸残基数とほぼ
同数のアミノ酸からなる蛋白をコードしている読み枠を
含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該分野でよく知ら
れたアミノ酸の分子量を用いて算出できる。ヌクレオチ
ド番号１から２３４９の間の配列番号：１のポリヌクレ
オチドは配列番号：２のポリペプチドをコードする。停
止コドンは配列番号：１のヌクレオチド番号２３５０か
ら開始する。本発明spoIIIE蛋白は、寄託株のspoIIIEを
コードしているＤＮＡの配列決定結果により示されるよ
うに、ｓｐｏＩＩＩＥ（推定上の染色体分配機能）ファ
ミリーの他の蛋白に構造的に関連している。本発明蛋白
は、知られた蛋白の中でもスタフィロコッカス・アウレ
ウスのｓｐｏＩＩＩＥ蛋白に対して最大の相同性を示
す。表１［配列番号：２］のspoIIIE蛋白は、スタフィ
ロコッカス・アウレウスのｓｐｏＩＩＩＥ蛋白に対して
その全長にわたり約４２．２３７％の同一性を有し、ス
タフィロコッカス・アウレウスのｓｐｏＩＩＩＥポリペ
プチドのアミノ酸配列に対して、その全長にわたり約６
３．９４７％の類似性を示す。
【００２９】本発明は、表１［配列番号：１］のコーデ
ィング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌクレ
オチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディン
グ配列またはそれらのフラグメント、ならびにその他の
コーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプチド
のコーディング配列またはそのフラグメント、例えばリ
ーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列
をコードする配列も本発明により提供される。ポリヌク
レオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止シグ
ナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配
列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非翻
訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーディ
ング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非コ
ーディング配列をも含有しうるが、これらに限定するの
ではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマー
カー配列をコードすることもできる。本発明のある好ま
しい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒスチ
ジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ
（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明の
ポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現
を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するも
のではない。
ィング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌクレ
オチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディン
グ配列またはそれらのフラグメント、ならびにその他の
コーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプチド
のコーディング配列またはそのフラグメント、例えばリ
ーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列
をコードする配列も本発明により提供される。ポリヌク
レオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止シグ
ナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配
列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非翻
訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーディ
ング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非コ
ーディング配列をも含有しうるが、これらに限定するの
ではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマー
カー配列をコードすることもできる。本発明のある好ま
しい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒスチ
ジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ
（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明の
ポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現
を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するも
のではない。
【００３０】本発明の好ましい具体例は、spoIIIEポリ
ペプチドをコードいしている、表１の配列番号：１に示
すヌクレオチド１から２３４９までを含むポリヌクレオ
チドである。
ペプチドをコードいしている、表１の配列番号：１に示
すヌクレオチド１から２３４９までを含むポリヌクレオ
チドである。
【００３１】また本発明は、表１（Ｃ）に示す式のポリ
ヌクレオチドを包含し、式中の５’末端においてＸは水
素であり、３’末端においてＹは水素または金属であ
り、Ｒ１およびＲ２は核酸残基、ｎは１ないし１０００
の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも多い）
により示される核酸残基の伸長部分はヘテロポリマーで
あってもホモポリマーであってもよく、好ましくはヘテ
ロポリマーである。
ヌクレオチドを包含し、式中の５’末端においてＸは水
素であり、３’末端においてＹは水素または金属であ
り、Ｒ１およびＲ２は核酸残基、ｎは１ないし１０００
の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも多い）
により示される核酸残基の伸長部分はヘテロポリマーで
あってもホモポリマーであってもよく、好ましくはヘテ
ロポリマーである。
【００３２】上記した本明細書の用語「ポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含し、詳細には、細菌のポリペプチド、より詳細には表
１［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するストレ
プトコッカス・ニューモニアエのspoIIIEのポリペプチ
ドを包含する。該用語は、コーディング配列および／ま
たは非コーディング配列を含んでいてもよいさらなる領
域を伴った、ポリペプチドをコードしている単一の連続
領域または不連続領域（例えば、組み込まれたファージ
または配列の挿入または配列の編集により分断されたも
の）を含むポリヌクレオチドを包含する。さらに本発明
は、表１［配列番号：２］の推定アミノ酸配列を有する
ポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌクレオチド
の変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフラグメ
ントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレオチド
を合成してもよい。
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含し、詳細には、細菌のポリペプチド、より詳細には表
１［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するストレ
プトコッカス・ニューモニアエのspoIIIEのポリペプチ
ドを包含する。該用語は、コーディング配列および／ま
たは非コーディング配列を含んでいてもよいさらなる領
域を伴った、ポリペプチドをコードしている単一の連続
領域または不連続領域（例えば、組み込まれたファージ
または配列の挿入または配列の編集により分断されたも
の）を含むポリヌクレオチドを包含する。さらに本発明
は、表１［配列番号：２］の推定アミノ酸配列を有する
ポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌクレオチド
の変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフラグメ
ントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレオチド
を合成してもよい。
【００３３】さらに特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：２］のspoIIIEポリペプチドのアミノ酸配列を有
するspoIIIE変種をコードするポリヌクレオチドであ
り、その中には、いくつか、少しの、５ないし１０、１
ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミノ酸残
基を置換、欠失または付加を任意の組み合わせで施した
アミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましいもの
は、spoIIIEの特性および活性を変化させないサイレン
ト置換、付加および欠失である。
番号：２］のspoIIIEポリペプチドのアミノ酸配列を有
するspoIIIE変種をコードするポリヌクレオチドであ
り、その中には、いくつか、少しの、５ないし１０、１
ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミノ酸残
基を置換、欠失または付加を任意の組み合わせで施した
アミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましいもの
は、spoIIIEの特性および活性を変化させないサイレン
ト置換、付加および欠失である。
【００３４】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するspoIIIE
ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対し
て、その全長にわたり少なくとも７０％の同一性がある
ポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレオチドに対
して相補的なポリヌクレオチドである。あるいはまた、
寄託株のspoIIIEポリペプチドをコードしているポリヌ
クレオチドに対してその全長にわたり少なくとも８０％
同一である領域を含むポリヌクレオチド、およびそれに
対して相補的なポリヌクレオチドが最も非常に好まし
い。この点に関して、全長で少なくとも９０％同一であ
るポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なく
とも９５％の同一性を有するものが特に好ましく、さら
に少なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少な
くとも９７％であるのがより好ましく、中でも少なくと
も９８％および少なくとも９９％であるのが特に好まし
く、さらに少なくとも９９％であるのがより好ましい。
特に好ましい具体例は、表１［配列番号：１］によりコ
ードされる成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機
能または活性を保持するポリペプチドをコードしている
ポリヌクレオチドである。
［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するspoIIIE
ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対し
て、その全長にわたり少なくとも７０％の同一性がある
ポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレオチドに対
して相補的なポリヌクレオチドである。あるいはまた、
寄託株のspoIIIEポリペプチドをコードしているポリヌ
クレオチドに対してその全長にわたり少なくとも８０％
同一である領域を含むポリヌクレオチド、およびそれに
対して相補的なポリヌクレオチドが最も非常に好まし
い。この点に関して、全長で少なくとも９０％同一であ
るポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なく
とも９５％の同一性を有するものが特に好ましく、さら
に少なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少な
くとも９７％であるのがより好ましく、中でも少なくと
も９８％および少なくとも９９％であるのが特に好まし
く、さらに少なくとも９９％であるのがより好ましい。
特に好ましい具体例は、表１［配列番号：１］によりコ
ードされる成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機
能または活性を保持するポリペプチドをコードしている
ポリヌクレオチドである。
【００３５】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイ
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０マイクログラム／
ｍｌの変性し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶
液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて約６
５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するもので
ある。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知で
あり、Sambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）、とりわけその第１１章に実例が示
されている。
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０マイクログラム／
ｍｌの変性し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶
液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて約６
５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するもので
ある。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知で
あり、Sambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）、とりわけその第１１章に実例が示
されている。
【００３６】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。
【００３７】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関し
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドを、spoIIIEをコードするｃＤＮＡ全長およ
びゲノムクローンを単離するための、およびspoIIIE遺
伝子に高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、
ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用することができる。このようなプ
ローブは通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこ
のようなプローブは少なくとも３０塩基を有し、少なく
とも５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプ
ローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそ
れ以下である。例えば、spoIIIE遺伝子のコーディング
領域は、配列番号：１に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴ
ヌクレオチドプローブを合成してスクリーニングするこ
とにより単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列に
相補的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤ
ＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーのス
クリーニングに用い、プローブがライブラリーのいずれ
のメンバーにハイブリダイゼーションするのかを決定す
る。
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドを、spoIIIEをコードするｃＤＮＡ全長およ
びゲノムクローンを単離するための、およびspoIIIE遺
伝子に高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、
ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーショ
ンプローブとして使用することができる。このようなプ
ローブは通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこ
のようなプローブは少なくとも３０塩基を有し、少なく
とも５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプ
ローブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそ
れ以下である。例えば、spoIIIE遺伝子のコーディング
領域は、配列番号：１に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴ
ヌクレオチドプローブを合成してスクリーニングするこ
とにより単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列に
相補的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤ
ＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーのス
クリーニングに用い、プローブがライブラリーのいずれ
のメンバーにハイブリダイゼーションするのかを決定す
る。
【００３８】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。配列番号：１および／または２
の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌク
レオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好
ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌ
クレオチドの全体または一部が感染した組織に転写され
るかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成し
た感染段階および感染型の診断にも有用であることが理
解される。
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。配列番号：１および／または２
の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌク
レオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好
ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌ
クレオチドの全体または一部が感染した組織に転写され
るかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成し
た感染段階および感染型の診断にも有用であることが理
解される。
【００３９】また本発明は、さらなるアミノもしくはカ
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。要する
に、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配
列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができ
る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダ
ー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ
蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよ
く、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態
を生成するプロセッシング段階で除去される。
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。要する
に、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配
列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができ
る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダ
ー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ
蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよ
く、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態
を生成するプロセッシング段階で除去される。
【００４０】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。
【００４１】適当な宿主の代表的なものには、細菌細
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。
【００４２】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。
【００４３】翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミッ
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。
【００４４】本発明のポリペプチドは周知の方法によ
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。
【００４５】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のsp
oIIIEポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトにおけるspoIIIEの検出は、
疾患の診断のための診断法を提供する。spoIIIE遺伝子
を含む生物に感染した真核生物（本明細書において「個
体」とも称する）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の
方法によりＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸
は、感染した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、
筋肉、軟骨および皮膚より得ることができる。ゲノムＤ
ＮＡを直接検出に使用してもよく、あるいは分析の前に
ＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いることにより酵素
的に増幅できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ方法
で用いることができる。増幅法を用いると、真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトに存在する原核生物株を、原
核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけすること
ができる。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅産
物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出でき
る。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識化spoIIIEポリヌ
クレオチド配列にハイブリダイズさせることにより同定
できる。完全に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、
または融解温度の差により、誤対合二重らせんから区別
できる。変性剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグメ
ントの電気泳動の移動度の変化を検出することにより、
または直接的なＤＮＡの配列決定により、ＤＮＡ配列の
差を検出してもよい。例えばMeyersら、Science，230:1
242（1985）参照。また、特異的な位置での配列の変化
を、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよ
びＳ１保護または化学的切断法によって明らかにしても
よい。例えばCottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 85:4397-4401 （1985）参照。
oIIIEポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトにおけるspoIIIEの検出は、
疾患の診断のための診断法を提供する。spoIIIE遺伝子
を含む生物に感染した真核生物（本明細書において「個
体」とも称する）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の
方法によりＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸
は、感染した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、
筋肉、軟骨および皮膚より得ることができる。ゲノムＤ
ＮＡを直接検出に使用してもよく、あるいは分析の前に
ＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いることにより酵素
的に増幅できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ方法
で用いることができる。増幅法を用いると、真核生物と
りわけ哺乳動物、特にヒトに存在する原核生物株を、原
核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけすること
ができる。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅産
物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出でき
る。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識化spoIIIEポリヌ
クレオチド配列にハイブリダイズさせることにより同定
できる。完全に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、
または融解温度の差により、誤対合二重らせんから区別
できる。変性剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグメ
ントの電気泳動の移動度の変化を検出することにより、
または直接的なＤＮＡの配列決定により、ＤＮＡ配列の
差を検出してもよい。例えばMeyersら、Science，230:1
242（1985）参照。また、特異的な位置での配列の変化
を、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよ
びＳ１保護または化学的切断法によって明らかにしても
よい。例えばCottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 85:4397-4401 （1985）参照。
【００４６】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、spoIIIEをコードする
核酸に相補的なＰＣＲプライマーは、突然変異を同定お
よび分析するのに用いることができる。本発明はまた、
５'および／または３'末端から１、２、３または４個の
ヌクレオチド除去したプライマーをも提供する。該プラ
イマーを用いて、感染個体から単離された遺伝子を増幅
してもよく、次いで、該遺伝子をＤＮＡ配列を調べるた
めの種々の技法に供してもよい。このように、ＤＮＡ配
列における突然変異を検出し、感染の診断および感染性
物質のセロタイピングおよび／または分類に使用するこ
とができる。
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、spoIIIEをコードする
核酸に相補的なＰＣＲプライマーは、突然変異を同定お
よび分析するのに用いることができる。本発明はまた、
５'および／または３'末端から１、２、３または４個の
ヌクレオチド除去したプライマーをも提供する。該プラ
イマーを用いて、感染個体から単離された遺伝子を増幅
してもよく、次いで、該遺伝子をＤＮＡ配列を調べるた
めの種々の技法に供してもよい。このように、ＤＮＡ配
列における突然変異を検出し、感染の診断および感染性
物質のセロタイピングおよび／または分類に使用するこ
とができる。
【００４７】本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感
染、より好ましくはストレプトコッカス・ニューモニア
エによる感染、および最も好ましくは、中耳炎、結膜
炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心内
膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄膜
炎のような疾病の診断方法を提供し、該方法は、表１
［配列番号：１］の配列を有するポリヌクレオチドのの
発現レベルの上昇を個体由来の試料から検出することを
特徴とする。spoIIIEポリヌクレオチドの発現の増加ま
たは低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野
でよく知られたいずれかの方法、例えば増幅、ＰＣＲ、
ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティン
グおよびその他のハイブリダイゼーション法を用いて測
定できる。
染、より好ましくはストレプトコッカス・ニューモニア
エによる感染、および最も好ましくは、中耳炎、結膜
炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心内
膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄膜
炎のような疾病の診断方法を提供し、該方法は、表１
［配列番号：１］の配列を有するポリヌクレオチドのの
発現レベルの上昇を個体由来の試料から検出することを
特徴とする。spoIIIEポリヌクレオチドの発現の増加ま
たは低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野
でよく知られたいずれかの方法、例えば増幅、ＰＣＲ、
ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティン
グおよびその他のハイブリダイゼーション法を用いて測
定できる。
【００４８】さらに、正常対照組織サンプルと比較し
て、spoIIIE蛋白の過剰発現を検出するための本発明診
断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検出してもよ
い。宿主由来のサンプル中のspoIIIE蛋白のレベルを決
定するために用いることができるアッセイ技法は、当業
者に周知である。かかるアッセイ法には、ラジオイムノ
アッセイ、競争結合アッセイ、ウェスタンブロット分析
およびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。
て、spoIIIE蛋白の過剰発現を検出するための本発明診
断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検出してもよ
い。宿主由来のサンプル中のspoIIIE蛋白のレベルを決
定するために用いることができるアッセイ技法は、当業
者に周知である。かかるアッセイ法には、ラジオイムノ
アッセイ、競争結合アッセイ、ウェスタンブロット分析
およびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。
【００４９】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対
して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付
いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくは
ヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与すること
により得ることができる。連続的細胞系培養により産生
される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モ
ノクローナル抗体を調製することができる。例として
は、Kohler， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:49
5-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72
（1983）；Coleら、Monoclonal Antibodies and Cance
r Therapy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記
載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生の
ために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）
を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を
得ることができる。また、トランスジェニックマウスま
たはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒ
ト化抗体等の抗体を発現させてもよい。
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対
して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付
いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくは
ヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与すること
により得ることができる。連続的細胞系培養により産生
される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モ
ノクローナル抗体を調製することができる。例として
は、Kohler， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:49
5-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72
（1983）；Coleら、Monoclonal Antibodies and Cance
r Therapy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記
載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生の
ために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）
を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を
得ることができる。また、トランスジェニックマウスま
たはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒ
ト化抗体等の抗体を発現させてもよい。
【００５０】別法として、ファージディスプレイ技法を
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−spoIIIEを有することにつ
いてスクリーニングされたヒトから、あるいは無処理の
ライブラリーから、ポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選別することもできる（McCafferty,
J.ら、Nature 348:552-554 （1990）； Marks, J.ら、B
iotechnology 10:779-783 （1992））。これらの抗体の
親和性はチェインシャフリング（chain shuffling）に
より改善することもできる（Clackson, T.ら、Nature 3
52:624-628 （1991））。
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−spoIIIEを有することにつ
いてスクリーニングされたヒトから、あるいは無処理の
ライブラリーから、ポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選別することもできる（McCafferty,
J.ら、Nature 348:552-554 （1990）； Marks, J.ら、B
iotechnology 10:779-783 （1992））。これらの抗体の
親和性はチェインシャフリング（chain shuffling）に
より改善することもできる（Clackson, T.ら、Nature 3
52:624-628 （1991））。
【００５１】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。
【００５２】上記抗体を用いてポリペプチドを発現する
クローンを単離または同定してもよく、上記抗体を親和
性クロマトグラフィーにより精製することができる。従
って、とりわけspoIIIEに対する抗体を、感染、とりわ
け細菌感染、特に中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜
炎、静脈洞炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には例え
ば脳脊髄液の感染のごとき髄膜炎のような疾病の治療に
用いてもよい。
クローンを単離または同定してもよく、上記抗体を親和
性クロマトグラフィーにより精製することができる。従
って、とりわけspoIIIEに対する抗体を、感染、とりわ
け細菌感染、特に中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜
炎、静脈洞炎、膿胸および心内膜炎、最も詳細には例え
ば脳脊髄液の感染のごとき髄膜炎のような疾病の治療に
用いてもよい。
【００５３】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。
【００５４】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyholelimpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyholelimpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。
【００５５】好ましくは、抗体またはそれらの変種を、
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。
【００５６】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。
【００５７】また本発明は、spoIIIEポリペプチドまた
はポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）または
阻害（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性
および／または殺菌性化合物を同定するための、化合物
のスクリーニング方法をも提供する。該スクリーニング
方法は高処理量の方法である。例えば、アゴニストまた
はアンタゴニストをスクリーニングするために、spoIII
Eポリペプチド、このようなポリペプチドの標識基質ま
たはリガンドを含む、合成反応混合物、膜、細胞表面膜
もしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、または
それらのいずれかの調製物を、spoIIIEアゴニストまた
はアンタゴニストとなりうる候補分子の存在下または不
在下でインキュベーションする。候補分子がspoIIIEポ
リペプチドにアゴナイズまたはアンタゴナイズする能力
は、標識化リガンドの結合の低下またはこのような基質
からの生成物の産生の低下に反映される。結合しても影
響を及ぼさない分子、すなわちspoIIIEの効果を誘導し
ない分子は、最も良好なアンタゴニストである可能性が
ある。結合性が良好で、基質からの生成物の生成速度を
高める分子はアゴニストである。基質からの生成物の生
成速度またはレベルはリポーターシステムを用いること
により強調できる。この点に関して有用なリポーターシ
ステムには、生成物に転換される比色測定用標識化基
質、spoIIIEポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性
の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分野で
周知の結合アッセイ等があるが、これらに限定するもの
ではない。
はポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）または
阻害（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性
および／または殺菌性化合物を同定するための、化合物
のスクリーニング方法をも提供する。該スクリーニング
方法は高処理量の方法である。例えば、アゴニストまた
はアンタゴニストをスクリーニングするために、spoIII
Eポリペプチド、このようなポリペプチドの標識基質ま
たはリガンドを含む、合成反応混合物、膜、細胞表面膜
もしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、または
それらのいずれかの調製物を、spoIIIEアゴニストまた
はアンタゴニストとなりうる候補分子の存在下または不
在下でインキュベーションする。候補分子がspoIIIEポ
リペプチドにアゴナイズまたはアンタゴナイズする能力
は、標識化リガンドの結合の低下またはこのような基質
からの生成物の産生の低下に反映される。結合しても影
響を及ぼさない分子、すなわちspoIIIEの効果を誘導し
ない分子は、最も良好なアンタゴニストである可能性が
ある。結合性が良好で、基質からの生成物の生成速度を
高める分子はアゴニストである。基質からの生成物の生
成速度またはレベルはリポーターシステムを用いること
により強調できる。この点に関して有用なリポーターシ
ステムには、生成物に転換される比色測定用標識化基
質、spoIIIEポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性
の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分野で
周知の結合アッセイ等があるが、これらに限定するもの
ではない。
【００５８】spoIIIEアンタゴニストのアッセイのもう
１つの例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適
した条件下で、spoIIIEおよび潜在的アンタゴニスト
を、spoIIIE結合分子、組換えspoIIIE結合分子、天然基
質もしくはリガンド、または基質もしくはリガンド模倣
物と混合する。例えば放射活性または比色測定用化合物
によりspoIIIE分子を標識し、結合分子に結合した、ま
たは生成物に変換されたspoIIIE分子の数を正確に決定
して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
１つの例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適
した条件下で、spoIIIEおよび潜在的アンタゴニスト
を、spoIIIE結合分子、組換えspoIIIE結合分子、天然基
質もしくはリガンド、または基質もしくはリガンド模倣
物と混合する。例えば放射活性または比色測定用化合物
によりspoIIIE分子を標識し、結合分子に結合した、ま
たは生成物に変換されたspoIIIE分子の数を正確に決定
して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
【００５９】潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペ
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、spoIIIEにより誘導される活性
を誘導せず、それゆえspoIIIEを結合から排除すること
によりspoIIIEの作用を妨害する。潜在的アンタゴニス
トには、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれ
を占領し、それにより細胞性結合分子への結合を妨害し
て、正常の生物学的活性を妨害する小型分子等がある。
小型分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプ
チド様分子等があるが、これらに限定するものではな
い。その他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分
子等がある（これらの分子についての記載に関してはOk
ano,J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucle
otides as Antisense Inhibitors of Gene Expressio
n，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（198
8）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、spoII
IE関連化合物およびspoIIIE変種等がある。
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、spoIIIEにより誘導される活性
を誘導せず、それゆえspoIIIEを結合から排除すること
によりspoIIIEの作用を妨害する。潜在的アンタゴニス
トには、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれ
を占領し、それにより細胞性結合分子への結合を妨害し
て、正常の生物学的活性を妨害する小型分子等がある。
小型分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプ
チド様分子等があるが、これらに限定するものではな
い。その他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分
子等がある（これらの分子についての記載に関してはOk
ano,J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucle
otides as Antisense Inhibitors of Gene Expressio
n，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（198
8）参照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、spoII
IE関連化合物およびspoIIIE変種等がある。
【００６０】本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。
【００６１】本発明は、感染の続発症に関与する病因お
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、spoIIIE蛋白により媒介される哺乳動物細胞への
侵入のブロック（Rosenshine et al.,Infect.Immunol.6
0:2211(1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋白と細
菌spoIIIE蛋白との間の、組織ダメージを媒介する細菌
付着のブロック；内在デバイスの移植または他の外科的
方法以外により開始される、感染における通常の病状の
進行のブロックに使用することができる。
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、spoIIIE蛋白により媒介される哺乳動物細胞への
侵入のブロック（Rosenshine et al.,Infect.Immunol.6
0:2211(1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋白と細
菌spoIIIE蛋白との間の、組織ダメージを媒介する細菌
付着のブロック；内在デバイスの移植または他の外科的
方法以外により開始される、感染における通常の病状の
進行のブロックに使用することができる。
【００６２】本発明アンタゴニストおよびアゴニスト
を、例えば、感染、とりわけ細菌感染、特に中耳炎、結
膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心
内膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄
膜炎のような疾病の抑制および治療に用いてもよい。
を、例えば、感染、とりわけ細菌感染、特に中耳炎、結
膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞炎、膿胸および心
内膜炎、最も詳細には例えば脳脊髄液の感染のごとき髄
膜炎のような疾病の抑制および治療に用いてもよい。
【００６３】ワクチン 本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染から個体を防御するための抗体および
／またはＴ細胞応答を生じさせるに十分なspoIIIEまた
はそのフラグメントもしくは変種を個体に接種すること
を特徴とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製を遅ら
せる方法も提供される。本発明のさらにもう１つの態様
は、個体における免疫学的応答の誘導方法に関し、該方
法は、疾病が個体においてすでに確立されているか否か
にかかわらず、インビボでspoIIIE、またはそのフラグ
メントもしくは変種を発現させるためにspoIIIEまたは
そのフラグメントもしくは変種の発現を指令する核酸ベ
クターをかかる個体に送達して、例えば、抗体および／
またはＴ細胞免疫応答（例えば、サイトカイン産生Ｔ細
胞または細胞毒性Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応答を
誘導して、該個体を疾病から防御する抗体を産生させる
ことを特徴とする。迅速に遺伝子を所望細胞中に投与す
る方法としては、粒子上にコーディングすること等があ
る。 かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、また
はＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染から個体を防御するための抗体および
／またはＴ細胞応答を生じさせるに十分なspoIIIEまた
はそのフラグメントもしくは変種を個体に接種すること
を特徴とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製を遅ら
せる方法も提供される。本発明のさらにもう１つの態様
は、個体における免疫学的応答の誘導方法に関し、該方
法は、疾病が個体においてすでに確立されているか否か
にかかわらず、インビボでspoIIIE、またはそのフラグ
メントもしくは変種を発現させるためにspoIIIEまたは
そのフラグメントもしくは変種の発現を指令する核酸ベ
クターをかかる個体に送達して、例えば、抗体および／
またはＴ細胞免疫応答（例えば、サイトカイン産生Ｔ細
胞または細胞毒性Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応答を
誘導して、該個体を疾病から防御する抗体を産生させる
ことを特徴とする。迅速に遺伝子を所望細胞中に投与す
る方法としては、粒子上にコーディングすること等があ
る。 かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、また
はＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。
【００６４】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、spoIIIEまたはそれによりコードされている蛋
白に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組
成物に関し、その組成物は組換えspoIIIEまたはそれに
よりコードされている蛋白を含み、spoIIIEまたはそれ
によりコードされている蛋白に対する抗原をコードし発
現するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防
的に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣ
Ｄ４＋Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免
疫の形態であってもよい。
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、spoIIIEまたはそれによりコードされている蛋
白に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組
成物に関し、その組成物は組換えspoIIIEまたはそれに
よりコードされている蛋白を含み、spoIIIEまたはそれ
によりコードされている蛋白に対する抗原をコードし発
現するＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防
的に用いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣ
Ｄ４＋Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免
疫の形態であってもよい。
【００６５】spoIIIEポリペプチドまたはそれらのフラ
グメントを、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋
白を安定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋
白を産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合
させてもよい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、
抗原補蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ
（Hemophilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタ
チオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベー
ターガラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化
してそれらの産生および精製を促進する比較的大きな共
存蛋白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普
遍的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとし
て作用することができる。共存蛋白は第１の蛋白のアミ
ノまたはカルボキシル末端のどちらかに結合できる。
グメントを、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋
白を安定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋
白を産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合
させてもよい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、
抗原補蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ
（Hemophilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタ
チオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベー
ターガラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化
してそれらの産生および精製を促進する比較的大きな共
存蛋白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普
遍的な刺激を提供するという意味で、アジュバントとし
て作用することができる。共存蛋白は第１の蛋白のアミ
ノまたはカルボキシル末端のどちらかに結合できる。
【００６６】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。
【００６７】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニアエに感染した動物モデルにおいて、かかる遺
伝的免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表
面蛋白の不変領域をコードすることが示されている、説
明したポリヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグ
メントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的
または治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピ
トープを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動
物、とりわけヒトにおける細菌感染とりわけストレプト
コッカス・ニューモニアエ感染の予防薬または治療的処
置の開発のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成
功した動物の必須器官から特に価値あるモノクローナル
抗体をうまく調製することを可能にすると思われる。
ューモニアエに感染した動物モデルにおいて、かかる遺
伝的免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表
面蛋白の不変領域をコードすることが示されている、説
明したポリヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグ
メントを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的
または治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピ
トープを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動
物、とりわけヒトにおける細菌感染とりわけストレプト
コッカス・ニューモニアエ感染の予防薬または治療的処
置の開発のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成
功した動物の必須器官から特に価値あるモノクローナル
抗体をうまく調製することを可能にすると思われる。
【００６８】ポリペプチドを宿主接種用抗原として用い
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。
【００６９】また本発明は、適切な担体と一緒になった
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のspoIIIE蛋白に関し
て説明したが、本発明は天然に存在する蛋白および、実
質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付加、欠失
または置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含す
ることが理解されよう。
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のspoIIIE蛋白に関し
て説明したが、本発明は天然に存在する蛋白および、実
質的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付加、欠失
または置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含す
ることが理解されよう。
【００７０】組成物、キットおよび投与 本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。
【００７１】本発明ポリペプチドおよびその他の化合物
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。
【００７２】内在デバイスには外科的インプラント、補
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けストレプトコッカス・ニューモニアエの創傷感染を防
御することもできる。
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けストレプトコッカス・ニューモニアエの創傷感染を防
御することもできる。
【００７３】多くの整形外科医は、補てつ関節を有する
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。
【００７４】上述の治療に加え、一般的には本発明組成
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、
歯科治療においては抗生物質による予防法に代えて、ま
たはそれと組み合わせて予防的に使用してもよい。
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、
歯科治療においては抗生物質による予防法に代えて、ま
たはそれと組み合わせて予防的に使用してもよい。
【００７５】別法として、本発明の組成物を用いて挿入
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。
【００７６】
【実施例】以下の実施例は、詳細に説明したこと以外
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドを、イー・コリ（E.coli）中のストレプトコッカス・
ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリ
ーから得た。重複するストレプトコッカス・ニューモニ
アエのＤＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローン
からの配列決定データを用いて配列番号：１の隣接ＤＮ
Ａ配列を構築した場合もある。通常の方法、例えば以下
の方法１および２によりライブラリーを製造できる。全
細胞ＤＮＡは、ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0
100993から、標準法に準じて単離し、二つの方法のどち
らかによりサイズ分画する。
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドを、イー・コリ（E.coli）中のストレプトコッカス・
ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリ
ーから得た。重複するストレプトコッカス・ニューモニ
アエのＤＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローン
からの配列決定データを用いて配列番号：１の隣接ＤＮ
Ａ配列を構築した場合もある。通常の方法、例えば以下
の方法１および２によりライブラリーを製造できる。全
細胞ＤＮＡは、ストレプトコッカス・ニューモニアエ 0
100993から、標準法に準じて単離し、二つの方法のどち
らかによりサイズ分画する。
【００７７】方法１ 標準法に準じてサイズ分画化するために、全細胞ＤＮＡ
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。
【００７８】方法２ 全細胞ＤＮＡは、ライブラリーベクター（例えば、Ｒｓ
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。
【００７９】実施例２ ｓｐｏＩＩＩＥの特徴づけ ＳｐｏＩＩＩＥは、広範な細菌における胞子形成および
栄養複製期間中の染色体分配に関与する膜結合蛋白であ
る。最初はｓｐｏＩＩＩＥ遺伝子はバチルス・ズブチリ
ス（Bacillus subtilis）において特徴づけられた（But
ler P. D. andMandelstam J. (1987) Journal of Gener
al Microbiology 133:2359-2370）。ＳｐｏＩＩＩＥ蛋
白はＡＴＰ結合部位を有し、膜結合性であり、発生期の
胞子隔壁中の孔（その孔を通して前胞子染色体が抱合体
様機構で輸送される）を形成すると思われている（Wu
L. J., Lewis P. J., Allmansberger R., Hauser P. M.
and Errington J. (1995) Genes and Development 9:1
316-1326）。ｓｐｏＩＩＩＥ変異株は、極性前胞子コン
パートメント中に前胞子染色体を収めることができない
ので、胞子形成できない。そのかわりに、約３０％の染
色体を含む特異的染色体セグメントが前胞子中に入り、
残りは母細胞に留まって隔壁にトラップされる（Wu L.
J. and Errington J. (1994) Science 264:572-575）。
野生型細胞においては、ｓｐｏＩＩＩＥは膜結合してお
り、発生期の胞子隔壁中の孔（その孔を通して前胞子染
色体が抱合体様機構で輸送される）を形成すると思われ
ている（Wu L. J., Lewis P. J., Allmansberger R., H
auser P. M. and Errington J.(1995) Genes and Devel
opment 9:1316-1326）。ＳｐｏＩＩＩＥは栄養細胞分裂
中のビー・ズブチリス染色体の正しい分配にも必要であ
ることが示されている。複製が人工的に遅延されている
ＳｐｏＩＩＩＥ変異株は隔壁形成前に複製された染色体
を分離することができず、胞子形成開始時に形成される
ものと類似したトラップされた核様体を生じる（Sharpe
M. E. and Errington J. (1995) Proceedings of the
Natural Academy of Sciences USA 92:8630-8634）。Ｓ
ｐｏＩＩＩＥはエシェリシア・コリ（Escherichia col
i）において必須であることが示されている（Begg K.
J., Dewar, S. J. and Donachie W. D. (1995)Journal
of Bacteriology 177:6211-6222）。高度に保存された
ＳｐｏＩＩＩＥ相同体が、キャンピロバクター・ジェジ
ュニ（Campylobacter jejuni）（Miller, S., Pesci E.
C. and Pickett C. L. (1994) Gene 146:31-38）、コ
キシエラ・ブルネティ（Coxiella burnetii）（Oswald
W. and Thiele D. (1993) Journal of Veterinary Medi
cine B40:366-370）、エシェリシア・コリ（上記Begg 1
995）およびヘモフィルス・インフルエンザエ（Haemiph
ilusu influenzae）（Fleischmnn, R. D., Adams, M.
D., White, O., Clayton, R. A., Kirkness, E. F.,Ker
lavage, A. R., Bult, C. J., Tomb, J.-F., Doughert
y, B. A., Merrick,J. M., McKenny, K., Sutton, G.,
FitzHugh, W., Fields, C. A., Gocayne, J.D., Scott,
J. D., Shirley, R., Liu, L.-I., Glodek, A., Kelle
y, J. M., Weidman, J. F., Philips, C. A., Spriggs,
T., Hedblom, E., Cotton, M. D.,Utterback, T. R.,
Hanna, M. C., Nguyen, D. T., Saudek, D. M., Brando
n, R. C., Fine, L. D., Fritchman, J. L., Fuhrmann,
J. L., Geoghagen, N. S. M., Gnehm, C. L., McDonal
d, L. A., Small, K. V., Fraser, C. M., Smith, H.O.
and Venter, J. C. (1995) Science 269:496-512）の
ごとき真正細菌の多様なメンバー中に見いだされてい
る。これらの蛋白はすべて、アミノ酸レベルで３６〜３
５％同一である。それらのＮ末端の２００個のアミノ酸
は疎水的であり、保存されていないが、Ｃ末端の５００
個程度のアミノ酸は保存レベルが上昇して４２〜６７％
のアミノ酸同一性であると考えられる。多様な真正細菌
間のこの高レベルの同一性は機能の共通性を強く示唆す
る。感染におけるストレプトコッカス・ニューモニアエ
のｓｐｏＩＩＩＥの重要性は、当該遺伝子が下記方法を
用いるマウスのモデルにおいてインビボで発現されるこ
とが示されているという事実により示される：リン酸塩
緩衝化セイラインに再懸濁されたストレプトコッカス・
ニューモニアエ０１００９９３培養物をマウスに鼻腔内
投与する。４８時間後、感染マウスの肺を無菌的に切除
し、即座に液体窒素中で凍結し、全ＲＮＡ遊離処理す
る。逆転写によりｍＲＮＡ対応物から細菌ｃＤＮＡを得
て、ついで、ｓｐｏＩＩＩＥに特異的なプライマーを用
いるＰＣＲにかける。ｓｐｏＩＩＩＥ転写物が検出さ
れ、この遺伝子が感染中に発現されることが示される。
ｓｐｏＩＩＩＥ蛋白阻害剤は、細菌が正しく染色体を分
配することを上記様式で妨害することにより、細菌が宿
主感染の確立および維持をすることを妨害するであろ
う。かくして、細胞分裂および増殖が停止され、細菌は
宿主の防御に感受性となり、最終的には細胞死を導き、
そのことにより抗細菌療法において有用性を発揮する。
栄養複製期間中の染色体分配に関与する膜結合蛋白であ
る。最初はｓｐｏＩＩＩＥ遺伝子はバチルス・ズブチリ
ス（Bacillus subtilis）において特徴づけられた（But
ler P. D. andMandelstam J. (1987) Journal of Gener
al Microbiology 133:2359-2370）。ＳｐｏＩＩＩＥ蛋
白はＡＴＰ結合部位を有し、膜結合性であり、発生期の
胞子隔壁中の孔（その孔を通して前胞子染色体が抱合体
様機構で輸送される）を形成すると思われている（Wu
L. J., Lewis P. J., Allmansberger R., Hauser P. M.
and Errington J. (1995) Genes and Development 9:1
316-1326）。ｓｐｏＩＩＩＥ変異株は、極性前胞子コン
パートメント中に前胞子染色体を収めることができない
ので、胞子形成できない。そのかわりに、約３０％の染
色体を含む特異的染色体セグメントが前胞子中に入り、
残りは母細胞に留まって隔壁にトラップされる（Wu L.
J. and Errington J. (1994) Science 264:572-575）。
野生型細胞においては、ｓｐｏＩＩＩＥは膜結合してお
り、発生期の胞子隔壁中の孔（その孔を通して前胞子染
色体が抱合体様機構で輸送される）を形成すると思われ
ている（Wu L. J., Lewis P. J., Allmansberger R., H
auser P. M. and Errington J.(1995) Genes and Devel
opment 9:1316-1326）。ＳｐｏＩＩＩＥは栄養細胞分裂
中のビー・ズブチリス染色体の正しい分配にも必要であ
ることが示されている。複製が人工的に遅延されている
ＳｐｏＩＩＩＥ変異株は隔壁形成前に複製された染色体
を分離することができず、胞子形成開始時に形成される
ものと類似したトラップされた核様体を生じる（Sharpe
M. E. and Errington J. (1995) Proceedings of the
Natural Academy of Sciences USA 92:8630-8634）。Ｓ
ｐｏＩＩＩＥはエシェリシア・コリ（Escherichia col
i）において必須であることが示されている（Begg K.
J., Dewar, S. J. and Donachie W. D. (1995)Journal
of Bacteriology 177:6211-6222）。高度に保存された
ＳｐｏＩＩＩＥ相同体が、キャンピロバクター・ジェジ
ュニ（Campylobacter jejuni）（Miller, S., Pesci E.
C. and Pickett C. L. (1994) Gene 146:31-38）、コ
キシエラ・ブルネティ（Coxiella burnetii）（Oswald
W. and Thiele D. (1993) Journal of Veterinary Medi
cine B40:366-370）、エシェリシア・コリ（上記Begg 1
995）およびヘモフィルス・インフルエンザエ（Haemiph
ilusu influenzae）（Fleischmnn, R. D., Adams, M.
D., White, O., Clayton, R. A., Kirkness, E. F.,Ker
lavage, A. R., Bult, C. J., Tomb, J.-F., Doughert
y, B. A., Merrick,J. M., McKenny, K., Sutton, G.,
FitzHugh, W., Fields, C. A., Gocayne, J.D., Scott,
J. D., Shirley, R., Liu, L.-I., Glodek, A., Kelle
y, J. M., Weidman, J. F., Philips, C. A., Spriggs,
T., Hedblom, E., Cotton, M. D.,Utterback, T. R.,
Hanna, M. C., Nguyen, D. T., Saudek, D. M., Brando
n, R. C., Fine, L. D., Fritchman, J. L., Fuhrmann,
J. L., Geoghagen, N. S. M., Gnehm, C. L., McDonal
d, L. A., Small, K. V., Fraser, C. M., Smith, H.O.
and Venter, J. C. (1995) Science 269:496-512）の
ごとき真正細菌の多様なメンバー中に見いだされてい
る。これらの蛋白はすべて、アミノ酸レベルで３６〜３
５％同一である。それらのＮ末端の２００個のアミノ酸
は疎水的であり、保存されていないが、Ｃ末端の５００
個程度のアミノ酸は保存レベルが上昇して４２〜６７％
のアミノ酸同一性であると考えられる。多様な真正細菌
間のこの高レベルの同一性は機能の共通性を強く示唆す
る。感染におけるストレプトコッカス・ニューモニアエ
のｓｐｏＩＩＩＥの重要性は、当該遺伝子が下記方法を
用いるマウスのモデルにおいてインビボで発現されるこ
とが示されているという事実により示される：リン酸塩
緩衝化セイラインに再懸濁されたストレプトコッカス・
ニューモニアエ０１００９９３培養物をマウスに鼻腔内
投与する。４８時間後、感染マウスの肺を無菌的に切除
し、即座に液体窒素中で凍結し、全ＲＮＡ遊離処理す
る。逆転写によりｍＲＮＡ対応物から細菌ｃＤＮＡを得
て、ついで、ｓｐｏＩＩＩＥに特異的なプライマーを用
いるＰＣＲにかける。ｓｐｏＩＩＩＥ転写物が検出さ
れ、この遺伝子が感染中に発現されることが示される。
ｓｐｏＩＩＩＥ蛋白阻害剤は、細菌が正しく染色体を分
配することを上記様式で妨害することにより、細菌が宿
主感染の確立および維持をすることを妨害するであろ
う。かくして、細胞分裂および増殖が停止され、細菌は
宿主の防御に感受性となり、最終的には細胞死を導き、
そのことにより抗細菌療法において有用性を発揮する。
【００８０】
（１）一般的情報： （ｉ）出願人： （Ａ）氏名：SmithKline Beecham Corporation （Ｂ）通り名：One Franklin Plaza （Ｃ）都市名：Philadelphia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）郵便番号： １９１０３ （ｉｉ）発明の名称：新規ｓｐｏＩＩＩＥ （ｉｉｉ）配列の数：２ （ｖｉ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：Windows 95 （Ｄ）Windows用FastSEQバージョン２．０ｂ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号：
【００８１】（２）配列番号：１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２３５２塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： GTCTTTTTCT CTTCCCGAAA TGCCTGTGAA ATATGGTATA ATAGAAGAAT GGCAAACAAG 60 AATACAAGTA CAACAAGACG GAGACCGTCT AAAGCAGAAC TGGAAAGAAA AGAAGCGATT 120 CAACGAATGT TGATTTCGTT AGGAATTGCG ATTTTATTGA TTTTCGCAGC CTTCAAATTA 180 GGGGCTGCAG GTATAACCCT TTATAATTTA ATTCGCTTGC TAGTGGGTAG CCTAGCTTAT 240 CTGGCGATAT TCGGCCTATT AATCTATCTC TTCTTTTTCA AGTGGATACG AAAACAGGAA 300 GGACTCTTAT CTGGCTTTTT CACCATATTT GCTGGCTTAC TCTTGATTTT TGAGGCCTAC 360 TTGGTTTGGA AATATGGTTT GGACAAGTCC GTTCTAAAAG GGACCATGGC TCAGGTTGTG 420 ACAGATCTGA CTGGTTTTCG AACGACTAGC TTTGCTGGAG GGGGCTTGAT CGGGGTCGCT 480 CTTTATATTC CAACAGCCTT TCTCTTTTCA AATATCGGAA CTTACTTTAT TGGTTCTATC 540 TTGATTTTAG TGGGTTCTCT CCTAGTCAGC CCTTGGTCTG TTTACGATAT TGCTGAATTT 600 TTCAGTAGAG GCTTTGCCAA ATGGTGGGAA GGGCACGAGC GTCGAAAAGA GGAACGCTTT 660 GTCAAACAAG AAGAAAAAGC TCGCCAAAAG GCTGAGAAAG AGGCTAGATT AGAACAAGAA 720 GAGACTGAAA AAGCCTTACT CGATTTGCCT CCTGTTGATA TGGAAACGGG TGAAATTCTG 780 ACAGAGGAAG CTGTTCAAAA TCTTCCACCT ATTCCAGAAG AAAAGTGGGT GGAACCAGAA 840 ATCATCCTGC CTCAAGCTGA ACTTAAATTC CCTGAACAGG AAGATGACTC AGATGACGAA 900 GATGTTCAGG TCGATTTTTC AGCCAAAGAA GCCCTTGAAT ACAAACTTCC AAGCTTACAA 960 CTCTTTGCAC CAGATAAACC AAAAGATCAG TCTAAAGAGA AGAAAATTGT CAGAGAAAAT 1020 ATCAAAATCT TAGAAGCAAC CTTTGCTAGC TTTGGTATTA AGGTAACAGT TGAACGGGCC 1080 GAAATTGGGC CATCAGTGAC CAAGTATGAA GTCAAGCCGG CTGTTGGTGT AAGGGTCAAC 1140 CGCATTTCCA ATCTATCAGA TGACCTCGCT CTAGCCTTGG CTGCCAAGGA TGTCCGAATT 1200 GAAGCACCAA TCCCTGGGAA ATCTCTAATC GGAATTGAAG TGCCCAACTC CGATATTGCC 1260 ACTGTATCTT TCCGAGAACT ATGGGAACAA TCGCAAACGA AAGCAGAAAA TTTCTTGGAA 1320 ATTCCTTTAG GGAAGGCTGT TAATGGAACC GCAAGAGCTT TTGACCTTTC TAAAATGCCC 1380 CACTTGCTAG TTGCAGGTTC AACGGGTTCA GGGAAGTCAG TAGCAGTTAA CGGCATTATT 1440 GCTAGCATTC TCATGAAGGC GAGACCAGAT CAAGTTAAAT TTATGATGGT CGATCCCAAG 1500 ATGGTTGAGT TATCTGTTTA CAATGATATT CCCCACATAA AGATTCCAGT CGTGACCAAT 1560 CCACGCAAAG CCAGCAAGGC TCTGCAAAAG GTTGTGGATG AAATGGAAAA CCGTTATGAA 1620 CTCTTTGCCA AGGTGGGAGT TCGGAATATT GCAGGTTTTA ATGCCAAGGT AGAAGAGTTC 1680 AATTCCCAGT CTGAGTACAA GCAAATTCCG CTACCATTCA TTGTCGTGAT TGTGGATGAG 1740 TTGGCTGACC TCATGATGGT GGCCAGCAAG GAAGTGGAAG ATGCTATCAT CCGTCTTGGG 1800 CAGAAGGCGC GTGCTGCAGG TATCCACATG ATTCTTGCAA CTCAGCGTCC ATCTGTTGAT 1860 GTCATCTCTG GTTTGATTAA GGCCAATGTT CCATCTCGTG TAGCATTTGC GGTTTCATCA 1920 GGAACAGACT CCCGTACGAT TTTGGATGAA AATGGAGCAG AAAAACTTCT TGGTCGAGGA 1980 GACATGCTCT TTAAACCGAT TAATGAAAAT CATCCAGTTC GTCTCCAAGG CTCCTTTATC 2040 TCGGATGACG ATGTTGAGCG CATTGTGAAC TTCATCAAGA CTCAGGCAGA TGCAGACTAC 2100 GATGAGAGTT TTGATCCAGG TGAGGTTTCT GAAAATGAAG GAGAATTTTC GGATGGAGAT 2160 GCTGGTGGTG ATCCGCTTTT TGAAGAAGCT AAGTCTTTGG TTATCGAAAC ACAGAAAGCC 2220 AGTGCATCCA TGATTCAGCG TCGTTTGTCA GTTGGATTTA ACCGTGCGAC CCGTCTCATG 2280 GAAGAGCTTG AGATGGCAGG TGTCATTGGT CCAGCTGAAG GTACCAAGCC AAGAAAAGTA 2340 TTGCAGCAAT AA 2352
【００８２】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：７８３アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Val Phe Phe Ser Ser Arg Asn Ala Cys Glu Ile Trp Tyr Asn Arg Arg 1 5 10 15 Met Ala Asn Lys Asn Thr Ser Thr Thr Arg Arg Arg Pro Ser Lys Ala 20 25 30 Glu Leu Glu Arg Lys Glu Ala Ile Gln Arg Met Leu Ile Ser Leu Gly 35 40 45 Ile Ala Ile Leu Leu Ile Phe Ala Ala Phe Lys Leu Gly Ala Ala Gly 50 55 60 Ile Thr Leu Tyr Asn Leu Ile Arg Leu Leu Val Gly Ser Leu Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Ala Ile Phe Gly Leu Leu Ile Tyr Leu Phe Phe Phe Lys Trp Ile 85 90 95 Arg Lys Gln Glu Gly Leu Leu Ser Gly Phe Phe Thr Ile Phe Ala Gly 100 105 110 Leu Leu Leu Ile Phe Glu Ala Tyr Leu Val Trp Lys Tyr Gly Leu Asp 115 120 125 Lys Ser Val Leu Lys Gly Thr Met Ala Gln Val Val Thr Asp Leu Thr 130 135 140 Gly Phe Arg Thr Thr Ser Phe Ala Gly Gly Gly Leu Ile Gly Val Ala 145 150 155 160 Leu Tyr Ile Pro Thr Ala Phe Leu Phe Ser Asn Ile Gly Thr Tyr Phe 165 170 175 Ile Gly Ser Ile Leu Ile Leu Val Gly Ser Leu Leu Val Ser Pro Trp 180 185 190 Ser Val Tyr Asp Ile Ala Glu Phe Phe Ser Arg Gly Phe Ala Lys Trp 195 200 205 Trp Glu Gly His Glu Arg Arg Lys Glu Glu Arg Phe Val Lys Gln Glu 210 215 220 Glu Lys Ala Arg Gln Lys Ala Glu Lys Glu Ala Arg Leu Glu Gln Glu 225 230 235 240 Glu Thr Glu Lys Ala Leu Leu Asp Leu Pro Pro Val Asp Met Glu Thr 245 250 255 Gly Glu Ile Leu Thr Glu Glu Ala Val Gln Asn Leu Pro Pro Ile Pro 260 265 270 Glu Glu Lys Trp Val Glu Pro Glu Ile Ile Leu Pro Gln Ala Glu Leu 275 280 285 Lys Phe Pro Glu Gln Glu Asp Asp Ser Asp Asp Glu Asp Val Gln Val 290 295 300 Asp Phe Ser Ala Lys Glu Ala Leu Glu Tyr Lys Leu Pro Ser Leu Gln 305 310 315 320 Leu Phe Ala Pro Asp Lys Pro Lys Asp Gln Ser Lys Glu Lys Lys Ile 325 330 335 Val Arg Glu Asn Ile Lys Ile Leu Glu Ala Thr Phe Ala Ser Phe Gly 340 345 350 Ile Lys Val Thr Val Glu Arg Ala Glu Ile Gly Pro Ser Val Thr Lys 355 360 365 Tyr Glu Val Lys Pro Ala Val Gly Val Arg Val Asn Arg Ile Ser Asn 370 375 380 Leu Ser Asp Asp Leu Ala Leu Ala Leu Ala Ala Lys Asp Val Arg Ile 385 390 395 400 Glu Ala Pro Ile Pro Gly Lys Ser Leu Ile Gly Ile Glu Val Pro Asn 405 410 415 Ser Asp Ile Ala Thr Val Ser Phe Arg Glu Leu Trp Glu Gln Ser Gln 420 425 430 Thr Lys Ala Glu Asn Phe Leu Glu Ile Pro Leu Gly Lys Ala Val Asn 435 440 445 Gly Thr Ala Arg Ala Phe Asp Leu Ser Lys Met Pro His Leu Leu Val 450 455 460 Ala Gly Ser Thr Gly Ser Gly Lys Ser Val Ala Val Asn Gly Ile Ile 465 470 475 480 Ala Ser Ile Leu Met Lys Ala Arg Pro Asp Gln Val Lys Phe Met Met 485 490 495 Val Asp Pro Lys Met Val Glu Leu Ser Val Tyr Asn Asp Ile Pro His 500 505 510 Ile Lys Ile Pro Val Val Thr Asn Pro Arg Lys Ala Ser Lys Ala Leu 515 520 525 Gln Lys Val Val Asp Glu Met Glu Asn Arg Tyr Glu Leu Phe Ala Lys 530 535 540 Val Gly Val Arg Asn Ile Ala Gly Phe Asn Ala Lys Val Glu Glu Phe 545 550 555 560 Asn Ser Gln Ser Glu Tyr Lys Gln Ile Pro Leu Pro Phe Ile Val Val 565 570 575 Ile Val Asp Glu Leu Ala Asp Leu Met Met Val Ala Ser Lys Glu Val 580 585 590 Glu Asp Ala Ile Ile Arg Leu Gly Gln Lys Ala Arg Ala Ala Gly Ile 595 600 605 His Met Ile Leu Ala Thr Gln Arg Pro Ser Val Asp Val Ile Ser Gly 610 615 620 Leu Ile Lys Ala Asn Val Pro Ser Arg Val Ala Phe Ala Val Ser Ser 625 630 635 640 Gly Thr Asp Ser Arg Thr Ile Leu Asp Glu Asn Gly Ala Glu Lys Leu 645 650 655 Leu Gly Arg Gly Asp Met Leu Phe Lys Pro Ile Asn Glu Asn His Pro 660 665 670 Val Arg Leu Gln Gly Ser Phe Ile Ser Asp Asp Asp Val Glu Arg Ile 675 680 685 Val Asn Phe Ile Lys Thr Gln Ala Asp Ala Asp Tyr Asp Glu Ser Phe 690 695 700 Asp Pro Gly Glu Val Ser Glu Asn Glu Gly Glu Phe Ser Asp Gly Asp 705 710 715 720 Ala Gly Gly Asp Pro Leu Phe Glu Glu Ala Lys Ser Leu Val Ile Glu 725 730 735 Thr Gln Lys Ala Ser Ala Ser Met Ile Gln Arg Arg Leu Ser Val Gly 740 745 750 Phe Asn Arg Ala Thr Arg Leu Met Glu Glu Leu Glu Met Ala Gly Val 755 760 765 Ile Gly Pro Ala Glu Gly Thr Lys Pro Arg Lys Val Leu Gln Gln 770 775 780
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 31/00 ６１７ Ａ６１Ｋ 31/00 ６１７ ６１９ ６１９ ６２５ ６２５ ６２７ ６２７ ６３１ ６３１Ｃ ６３１ 39/085 39/085 39/395 39/395 Ｄ Ｋ 48/00 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/315 Ｃ０７Ｋ 14/315 16/12 16/12 Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ 33/569 33/569 Ｅ 33/577 33/577 Ｂ //(Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ１２Ｒ 1:46） (Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｒ 1:19） (72)発明者 マリア・マグダレーナ・サラカイン・フェ リウ アメリカ合衆国19380ペンシルベニア州ウ エスト・チェスター、ウッドミント・ドラ イブ126番 (72)発明者 ジェイムズ・レイモンド・ブラウン アメリカ合衆国19312ペンシルベニア州バ ーウィン、ロビンズ・レイン９番 (72)発明者 アレキサンダー・フィリップ・ブライアン ト アメリカ合衆国19425ペンシルベニア州チ ェスター・スプリングズ、ブリッジウオー ター・コート2003番
Claims (20)
- 【請求項１】（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポ
リペプチドコードしているポリヌクレオチドに対して少
なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｂ）寄託株のストレプトコッカス・ニューモニアエ中
に含まれるspoIIIE遺伝子により発現されるのと同じ成
熟ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対
して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチ
ド； （ｃ）配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも
７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコ
ードしているポリヌクレオチド； （ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
に対して相捕的であるポリヌクレオチド；および （ｅ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
の少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオ
チドからなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を
含む単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２】 ＤＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項３】 ＲＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項４】 配列番号１に示す核酸配列を含む請求項
２のポリヌクレオチド。 - 【請求項５】 配列番号１に示すヌクレオチド１から２
３４９までを含む請求項２のポリヌクレオチド。 - 【請求項６】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
ペプチドをコードしている請求項２のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項７】 請求項１のポリヌクレオチドを含むベク
ター。 - 【請求項８】 請求項７のベクターを含む宿主細胞。
- 【請求項９】 請求項８の宿主細胞から上記ＤＮＡによ
りコードされているポリペプチドを発現させることを含
む、ポリペプチドの製造方法。 - 【請求項１０】 spoIIIEポリペプチドまたはフラグメ
ントの製造方法であって、該ポリペプチドまたはフラグ
メントの生成に十分な条件下で請求項８の宿主を培養す
ることを含む方法。 - 【請求項１１】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して
少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペ
プチド。 - 【請求項１２】 配列番号：２に示すアミノ酸配列を含
むポリペプチド。 - 【請求項１３】 請求項１１のポリペプチドに対する抗
体。 - 【請求項１４】 請求項１１のポリペプチドの活性また
は発現を阻害するアンタゴニスト。 - 【請求項１５】 治療上有効量の請求項１１のポリペプ
チドを個体に投与することを含む、spoIIIEポリペプチ
ドを必要とする個体の治療方法。 - 【請求項１６】 治療上有効量の請求項１４のアンタゴ
ニストを個体に投与することを含む、spoIIIEポリペプ
チドの阻害を必要とする個体の治療方法。 - 【請求項１７】 個体における請求項１１のポリペプチ
ドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であっ
て、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
すること、および／または（ｂ）個体由来の試料中の該
ポリペプチドの存在または量について分析することを含
む方法。 - 【請求項１８】 請求項１１のポリペプチドと相互作用
して、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方
法であって、 化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条
件下で、ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物と
を接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作
用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出
可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したもので
ある）、 次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じ
るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
化合物がポリペプチドと相互作用して、その活性を活性
化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。 - 【請求項１９】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応答
を生じさせて動物を疾病から防御するに十分な請求項１
１のspoIIIEポリペプチドまたはそのフラグメントもし
くは変種を哺乳動物に接種することを含む方法。 - 【請求項２０】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
する方法であって、spoIIIEポリペプチドまたはそのフ
ラグメントもしくは変種をインビボで発現させて、抗体
および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせる免疫学的応
答を誘導して該動物を疾病から防御するするために、請
求項１１のspoIIIEポリペプチドまたはそのフラグメン
トもしくは変種の発現を指令する核酸ベクターを送達す
ることを含む方法。
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|---|---|---|---|
| US08/922,837 US5888770A (en) | 1997-08-26 | 1997-08-26 | Spoiiie |
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