JPH089999A - シーケンス用反応基質液 - Google Patents
シーケンス用反応基質液Info
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- JPH089999A JPH089999A JP17194594A JP17194594A JPH089999A JP H089999 A JPH089999 A JP H089999A JP 17194594 A JP17194594 A JP 17194594A JP 17194594 A JP17194594 A JP 17194594A JP H089999 A JPH089999 A JP H089999A
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Abstract
(57)【要約】
【構成】ddATP:dATP=5〜15:1、ddC
TP:dCTP=2.5〜7.5:1、ddGTP:d
GTP=0.75〜2.0:1、ddTTP:dTTP
=5〜20:1の反応基質組成(モル濃度比)よりなる
Tthポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質液。 【効果】本発明のシーケンス用反応基質液を使用すれ
ば、一度のシーケンス反応で決定できる塩基配列が10
00塩基を越える範囲となるので、従来の約2倍の塩基
数の配列が一度に決定できる。従って、DNAシーケン
スの作業量、時間、費用等が低減できる。
TP:dCTP=2.5〜7.5:1、ddGTP:d
GTP=0.75〜2.0:1、ddTTP:dTTP
=5〜20:1の反応基質組成(モル濃度比)よりなる
Tthポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質液。 【効果】本発明のシーケンス用反応基質液を使用すれ
ば、一度のシーケンス反応で決定できる塩基配列が10
00塩基を越える範囲となるので、従来の約2倍の塩基
数の配列が一度に決定できる。従って、DNAシーケン
スの作業量、時間、費用等が低減できる。
Description
【0001】
【産業上の利用分野】本発明はシーケンス用反応基質液
に関する。さらに詳しくは、遺伝子構造を明らかにする
際に、DNAポリメラーゼにより1000塩基を越える
範囲まで伸長反応を行なうことができ、塩基配列が安定
に決定できるように調製されたシーケンス用反応基質液
に関する。
に関する。さらに詳しくは、遺伝子構造を明らかにする
際に、DNAポリメラーゼにより1000塩基を越える
範囲まで伸長反応を行なうことができ、塩基配列が安定
に決定できるように調製されたシーケンス用反応基質液
に関する。
【0002】
【従来の技術・発明が解決しようとする課題】従来、塩
基配列の決定には、サンガー式シーケンス反応が利用さ
れている。このシーケンス反応は、鋳型DNAに蛍光
標識プライマーがアニールする工程、プライマーの
3’側にDNAポリメラーゼがdNTPを付加し、伸長
させていく工程、ddNTPが取り込まれることによ
って反応が停止する工程、という反応工程からなってい
る。このシーケンス反応用の反応基質液は、DNAシー
ケンス反応キットとして既に市販されており、遺伝子構
造の解析に広く用いられている。
基配列の決定には、サンガー式シーケンス反応が利用さ
れている。このシーケンス反応は、鋳型DNAに蛍光
標識プライマーがアニールする工程、プライマーの
3’側にDNAポリメラーゼがdNTPを付加し、伸長
させていく工程、ddNTPが取り込まれることによ
って反応が停止する工程、という反応工程からなってい
る。このシーケンス反応用の反応基質液は、DNAシー
ケンス反応キットとして既に市販されており、遺伝子構
造の解析に広く用いられている。
【0003】従来の反応基質液は、通常次のような組成
(モル濃度比)のものが使用されている。 ddATP(ジデオキシ−アデノシン−5’−トリホス
フェート):dATP(デオキシ−アデノシン−5’−
トリホスフェート)=30〜60:1 ddCTP(ジデオキシ−シチジン−5’−トリホスフ
ェート):dCTP(デオキシ−シチジン−5’−トリ
ホスフェート)=10〜20:1 ddGTP(ジデオキシ−グアノシン−5’−トリホス
フェート):dGTP(デオキシ−グアノシン−5’−
トリホスフェート)=2.5〜5:1 ddTTP(ジデオキシ−チミジン−5’−トリホスフ
ェート):dTTP(デオキシ−チミジン−5’−トリ
ホスフェート)=60〜120:1 ただし、7−deaza−dGTP(7−デアザ−デオ
キシ−グアノシン−5’−トリホスフェート)を使用し
た場合はddGTP:7−deaza−dGTP=3.
75〜7.5:1程度である。
(モル濃度比)のものが使用されている。 ddATP(ジデオキシ−アデノシン−5’−トリホス
フェート):dATP(デオキシ−アデノシン−5’−
トリホスフェート)=30〜60:1 ddCTP(ジデオキシ−シチジン−5’−トリホスフ
ェート):dCTP(デオキシ−シチジン−5’−トリ
ホスフェート)=10〜20:1 ddGTP(ジデオキシ−グアノシン−5’−トリホス
フェート):dGTP(デオキシ−グアノシン−5’−
トリホスフェート)=2.5〜5:1 ddTTP(ジデオキシ−チミジン−5’−トリホスフ
ェート):dTTP(デオキシ−チミジン−5’−トリ
ホスフェート)=60〜120:1 ただし、7−deaza−dGTP(7−デアザ−デオ
キシ−グアノシン−5’−トリホスフェート)を使用し
た場合はddGTP:7−deaza−dGTP=3.
75〜7.5:1程度である。
【0004】しかしながら、このような従来の反応基質
液の組成では、5〜600塩基程度までしか、塩基配列
の決定ができないのが実情である。そのため、例えば、
5000塩基からなる未知の遺伝子配列があった場合、
従来のシーケンス反応基質液では、約10回の反応を行
うことが必要であり、塩基配列の決定操作に時間、労力
を要していた。
液の組成では、5〜600塩基程度までしか、塩基配列
の決定ができないのが実情である。そのため、例えば、
5000塩基からなる未知の遺伝子配列があった場合、
従来のシーケンス反応基質液では、約10回の反応を行
うことが必要であり、塩基配列の決定操作に時間、労力
を要していた。
【0005】本発明の目的は、かかる状況に鑑み、一度
のシーケンス反応で決定できる塩基配列が1000塩基
を越える範囲となるようなシーケンス用反応基質液を提
供することにある。
のシーケンス反応で決定できる塩基配列が1000塩基
を越える範囲となるようなシーケンス用反応基質液を提
供することにある。
【0006】
【課題を解決するための手段】本発明者は、5〜600
塩基程度までしか解析できない従来の反応基質液の組成
を、1000塩基を越える範囲まで解析可能にするため
に、反応停止物質であるdd−NTP(ジデオキシヌク
レオチド−5’−トリホスフェート)と反応基質物質で
あるd−NTP(デオキシヌクレオチド−5’−トリホ
スフェート)との濃度比を変更してdd−NTPの濃度
比を適切な範囲に下げることにより、上記課題が達成で
きることを見出し、本発明を完成するに到った。
塩基程度までしか解析できない従来の反応基質液の組成
を、1000塩基を越える範囲まで解析可能にするため
に、反応停止物質であるdd−NTP(ジデオキシヌク
レオチド−5’−トリホスフェート)と反応基質物質で
あるd−NTP(デオキシヌクレオチド−5’−トリホ
スフェート)との濃度比を変更してdd−NTPの濃度
比を適切な範囲に下げることにより、上記課題が達成で
きることを見出し、本発明を完成するに到った。
【0007】即ち、本発明の要旨は、 (1)以下の反応基質組成(モル濃度比)よりなるTt
hポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質液、 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:dGTP=0.75〜2.0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1 (2)以下の反応基質組成(モル濃度比)よりなるTt
hポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質液、 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:7−deaza−dGTP=1.0〜3.
0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1 に関する。
hポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質液、 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:dGTP=0.75〜2.0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1 (2)以下の反応基質組成(モル濃度比)よりなるTt
hポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質液、 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:7−deaza−dGTP=1.0〜3.
0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1 に関する。
【0008】本発明は従来のシーケンス用反応基質液中
のddNTP濃度比を適切な範囲に下げることにより、
DNAポリメラーゼによる伸長反応が1000塩基を越
える範囲まで続くようにしたものである。即ち、ddN
TPの濃度の低下により1000塩基を越える範囲まで
停止反応の起きる確率を低下させるものである。
のddNTP濃度比を適切な範囲に下げることにより、
DNAポリメラーゼによる伸長反応が1000塩基を越
える範囲まで続くようにしたものである。即ち、ddN
TPの濃度の低下により1000塩基を越える範囲まで
停止反応の起きる確率を低下させるものである。
【0009】本発明において、ddATPとdATPの
モル濃度比、ddCTPとdCTPのモル濃度比、dd
GTPとdGTPのモル濃度比(あるいはddGTPと
7−deaza−dGTPのモル濃度比)、ddTTP
とdTTPのモル濃度比において、それぞれのddNT
Pの濃度が前記の濃度比よりもさらに低下すると短い塩
基配列の配列決定が不安定となり、逆に高くなると従来
以上に長い塩基配列を安定的に決定することはできな
い。
モル濃度比、ddCTPとdCTPのモル濃度比、dd
GTPとdGTPのモル濃度比(あるいはddGTPと
7−deaza−dGTPのモル濃度比)、ddTTP
とdTTPのモル濃度比において、それぞれのddNT
Pの濃度が前記の濃度比よりもさらに低下すると短い塩
基配列の配列決定が不安定となり、逆に高くなると従来
以上に長い塩基配列を安定的に決定することはできな
い。
【0010】本発明のシーケンス用反応基質液は、蛍光
標識プライマーを使用し、DNAポリメラーゼとしてT
thポリメラーゼを用いたDNAシーケンス用に使用さ
れる。蛍光標識プライマーとしては、特に限定されるも
のではなく通常のDNAシーケンスに使用されるものが
使用できる。また、Tthポリメラーゼも特に限定され
るものではなく、例えば、Thermus thermophilus HB8由
来のTth DNA Polymerase(東洋紡績(株)製)が使用で
きる。DNAシーケンスの試薬組成、反応プロトコー
ル、操作手順等においても同様に公知の方法が適用でき
る。
標識プライマーを使用し、DNAポリメラーゼとしてT
thポリメラーゼを用いたDNAシーケンス用に使用さ
れる。蛍光標識プライマーとしては、特に限定されるも
のではなく通常のDNAシーケンスに使用されるものが
使用できる。また、Tthポリメラーゼも特に限定され
るものではなく、例えば、Thermus thermophilus HB8由
来のTth DNA Polymerase(東洋紡績(株)製)が使用で
きる。DNAシーケンスの試薬組成、反応プロトコー
ル、操作手順等においても同様に公知の方法が適用でき
る。
【0011】
【実施例】以下、実施例および比較例により本発明をさ
らに詳しく説明するが、本発明はこれらの実施例等によ
りなんら限定されるものではない。 実施例1 次の反応基質組成(モル濃度比)よりなるシーケンス反
応基質液を調製した。 A Mix:ddATP 750μM,dATP 80μ
M,dCTP 160μM,dGTP 160μM,d
TTP 160μM, C Mix:ddCTP 240μM,dATP 160μ
M,dCTP 60μM,dGTP 160μM,dT
TP 160μM, G Mix:ddGTP 120μM,dATP 160μ
M,dCTP 160μM,dGTP 120μM,d
TTP 160μM, T Mix:ddTTP 500μM,dATP 160μ
M,dCTP 160μM,dGTP 160μM,d
TTP 40μM,
らに詳しく説明するが、本発明はこれらの実施例等によ
りなんら限定されるものではない。 実施例1 次の反応基質組成(モル濃度比)よりなるシーケンス反
応基質液を調製した。 A Mix:ddATP 750μM,dATP 80μ
M,dCTP 160μM,dGTP 160μM,d
TTP 160μM, C Mix:ddCTP 240μM,dATP 160μ
M,dCTP 60μM,dGTP 160μM,dT
TP 160μM, G Mix:ddGTP 120μM,dATP 160μ
M,dCTP 160μM,dGTP 120μM,d
TTP 160μM, T Mix:ddTTP 500μM,dATP 160μ
M,dCTP 160μM,dGTP 160μM,d
TTP 40μM,
【0012】上記の基質液を1サンプル当たり、各2μ
lずつ用いてシーケンス反応を行った。その結果、短鎖
のDNAから1000塩基を越える長鎖のDNAまで安
定して作成することができ、低分子量側から1000塩
基を越える範囲までの塩基配列の決定が可能であった。
このときの電気泳動図を図1および図2に示す。電気泳
動の条件とシーケンス反応の条件は次の通りである。
lずつ用いてシーケンス反応を行った。その結果、短鎖
のDNAから1000塩基を越える長鎖のDNAまで安
定して作成することができ、低分子量側から1000塩
基を越える範囲までの塩基配列の決定が可能であった。
このときの電気泳動図を図1および図2に示す。電気泳
動の条件とシーケンス反応の条件は次の通りである。
【0013】(1)電気泳動条件 装置:島津DNAシーケンサDSQ−1を改造した試作
機 ゲルサイズ:厚さ0.2mm,幅15cm,長さ60c
m ゲル担体:Hydrolink Long Ranger (AT Biochem 社製) ゲル濃度:4%(1.2×TBE,7M尿素) 泳動緩衝液:1.2×TBE 電力:70Wコンスタント(リミット;3200V)
機 ゲルサイズ:厚さ0.2mm,幅15cm,長さ60c
m ゲル担体:Hydrolink Long Ranger (AT Biochem 社製) ゲル濃度:4%(1.2×TBE,7M尿素) 泳動緩衝液:1.2×TBE 電力:70Wコンスタント(リミット;3200V)
【0014】(2)シーケンス反応条件 使用DNA:M13mp18(宝酒造(株)製) DNAポリメラーゼ:Tthポリメラーゼ(宝酒造
(株)製) シーケンス条件:サイクルシーケンス法を使用(95° 3
6sec, 55℃ 36sec, 72℃ 84sec, 25サイクル、および95
° 36sec, 72℃ 84sec, 15サイクル)
(株)製) シーケンス条件:サイクルシーケンス法を使用(95° 3
6sec, 55℃ 36sec, 72℃ 84sec, 25サイクル、および95
° 36sec, 72℃ 84sec, 15サイクル)
【0015】また、シーケンス反応時の反応溶液中の濃
度が下記のようになるシーケンス用緩衝液を用いた。 60mM Tris−HCl(pH 9.0) 1.5mM MgCl2 80mM KCl 0.5mg/ml BSA 0.1% Triton X−100
度が下記のようになるシーケンス用緩衝液を用いた。 60mM Tris−HCl(pH 9.0) 1.5mM MgCl2 80mM KCl 0.5mg/ml BSA 0.1% Triton X−100
【0016】尚、上記の組成で各濃度はTris−HC
lは40〜80mM、MgCl2 は1.0〜5.0m
M、KClは20〜120mM、pHは8.8〜9.4
の範囲内で、またBSA、Triton X−100を
含まなくても同様の結果が得られる。また、下記の組成
の反応液でも同様の結果が得られる。 40〜80mM Tris−HCl(pH 8.8〜9.4) 4.0〜8.0mM MgCl2 10〜30mM(NH4)2 SO4
lは40〜80mM、MgCl2 は1.0〜5.0m
M、KClは20〜120mM、pHは8.8〜9.4
の範囲内で、またBSA、Triton X−100を
含まなくても同様の結果が得られる。また、下記の組成
の反応液でも同様の結果が得られる。 40〜80mM Tris−HCl(pH 8.8〜9.4) 4.0〜8.0mM MgCl2 10〜30mM(NH4)2 SO4
【0017】比較例1 次の反応基質組成(モル濃度比)よりなる、従来より市
販されているシーケンスキットを用い、蛍光プライマー
使用時のプロトコールに従って、実施例1と同様にシー
ケンス反応を行った。即ち、基質液を1サンプル当た
り、各2μlずつ用いてシーケンス反応を行った。その
結果、短鎖のDNAの作成量に比べ、長鎖のDNAの作
成量が少なく、そのため塩基配列を決定できる範囲は、
5〜600塩基程度までであった。このときの電気泳動
図を図3及び図4に示す。尚、シーケンス用緩衝液は、
実施例1と同様のものを用いた。
販されているシーケンスキットを用い、蛍光プライマー
使用時のプロトコールに従って、実施例1と同様にシー
ケンス反応を行った。即ち、基質液を1サンプル当た
り、各2μlずつ用いてシーケンス反応を行った。その
結果、短鎖のDNAの作成量に比べ、長鎖のDNAの作
成量が少なく、そのため塩基配列を決定できる範囲は、
5〜600塩基程度までであった。このときの電気泳動
図を図3及び図4に示す。尚、シーケンス用緩衝液は、
実施例1と同様のものを用いた。
【0018】A Mix:ddATP 1275μM,dA
TP 45μM,dCTP 234μM,*1C7 −dG
TP 351μM,dTTP 234μM, C Mix:ddCTP 310μM,dATP 156μ
M,dCTP 32μM,*1C7 −dGTP 234μ
M,dTTP 156μM, G Mix:ddGTP 160μM,dATP 156μ
M,dCTP 156μM,*1C7 −dGTP 96μ
M,dTTP 156μM, T Mix:ddTTP 1200μM,dATP 312
μM,dCTP 312μM,*1C7 −dGTP 46
8μM,dTTP 20μM, *1)C7 −dGTP(7−デアザデオキシ−グアノシ
ン−5’−トリホスフェート)
TP 45μM,dCTP 234μM,*1C7 −dG
TP 351μM,dTTP 234μM, C Mix:ddCTP 310μM,dATP 156μ
M,dCTP 32μM,*1C7 −dGTP 234μ
M,dTTP 156μM, G Mix:ddGTP 160μM,dATP 156μ
M,dCTP 156μM,*1C7 −dGTP 96μ
M,dTTP 156μM, T Mix:ddTTP 1200μM,dATP 312
μM,dCTP 312μM,*1C7 −dGTP 46
8μM,dTTP 20μM, *1)C7 −dGTP(7−デアザデオキシ−グアノシ
ン−5’−トリホスフェート)
【0019】
【発明の効果】本発明のシーケンス用反応基質液を使用
すれば、一度のシーケンス反応で決定できる塩基配列が
1000塩基を越える範囲となるので、従来の約2倍の
塩基数の配列が一度に決定できる。従って、DNAシー
ケンスの作業量、時間、費用等が低減できる。
すれば、一度のシーケンス反応で決定できる塩基配列が
1000塩基を越える範囲となるので、従来の約2倍の
塩基数の配列が一度に決定できる。従って、DNAシー
ケンスの作業量、時間、費用等が低減できる。
【図1】図1は、本発明のシーケンス用反応基質液を用
いた場合の電気泳動図である。
いた場合の電気泳動図である。
【図2】図2は、本発明のシーケンス用反応基質液を用
いた場合の電気泳動図である。
いた場合の電気泳動図である。
【図3】図3は、従来のシーケンス用反応基質液(市販
品)を用いた場合の電気泳動図である。
品)を用いた場合の電気泳動図である。
【図4】図4は、従来のシーケンス用反応基質液(市販
品)を用いた場合の電気泳動図である。
品)を用いた場合の電気泳動図である。
Claims (2)
- 【請求項1】 以下の反応基質組成(モル濃度比)より
なるTthポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質
液。 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:dGTP=0.75〜2.0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1 - 【請求項2】 以下の反応基質組成(モル濃度比)より
なるTthポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質
液。 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:7−deaza−dGTP=1.0〜3.
0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP17194594A JPH089999A (ja) | 1994-06-29 | 1994-06-29 | シーケンス用反応基質液 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP17194594A JPH089999A (ja) | 1994-06-29 | 1994-06-29 | シーケンス用反応基質液 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPH089999A true JPH089999A (ja) | 1996-01-16 |
Family
ID=15932719
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP17194594A Pending JPH089999A (ja) | 1994-06-29 | 1994-06-29 | シーケンス用反応基質液 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JPH089999A (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6291164B1 (en) | 1996-11-22 | 2001-09-18 | Invitrogen Corporation | Methods for preventing inhibition of nucleic acid synthesis by pyrophosphate |
-
1994
- 1994-06-29 JP JP17194594A patent/JPH089999A/ja active Pending
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6291164B1 (en) | 1996-11-22 | 2001-09-18 | Invitrogen Corporation | Methods for preventing inhibition of nucleic acid synthesis by pyrophosphate |
US6764839B2 (en) | 1996-11-22 | 2004-07-20 | Invitrogen Corporation | Methods for preventing inhibition of nucleic acid synthesis by pyrophosphate |
US7344835B2 (en) | 1996-11-22 | 2008-03-18 | Invitrogen Corporation | Methods for preventing inhibition of nucleic acid synthesis by pyrophosphate |
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