JPH089999A - シーケンス用反応基質液 - Google Patents

シーケンス用反応基質液

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JPH089999A
JPH089999A JP17194594A JP17194594A JPH089999A JP H089999 A JPH089999 A JP H089999A JP 17194594 A JP17194594 A JP 17194594A JP 17194594 A JP17194594 A JP 17194594A JP H089999 A JPH089999 A JP H089999A
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JP
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sequence
reaction
reactional
dgtp
reaction substrate
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JP17194594A
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Inventor
Yoshihiro Aoyama
佳弘 青山
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Shimadzu Corp
Original Assignee
Shimadzu Corp
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Abstract

(57)【要約】 【構成】ddATP:dATP=5〜15:1、ddC
TP:dCTP=2.5〜7.5:1、ddGTP:d
GTP=0.75〜2.0:1、ddTTP:dTTP
=5〜20:1の反応基質組成(モル濃度比)よりなる
Tthポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質液。 【効果】本発明のシーケンス用反応基質液を使用すれ
ば、一度のシーケンス反応で決定できる塩基配列が10
00塩基を越える範囲となるので、従来の約2倍の塩基
数の配列が一度に決定できる。従って、DNAシーケン
スの作業量、時間、費用等が低減できる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【産業上の利用分野】本発明はシーケンス用反応基質液
に関する。さらに詳しくは、遺伝子構造を明らかにする
際に、DNAポリメラーゼにより1000塩基を越える
範囲まで伸長反応を行なうことができ、塩基配列が安定
に決定できるように調製されたシーケンス用反応基質液
に関する。
【0002】
【従来の技術・発明が解決しようとする課題】従来、塩
基配列の決定には、サンガー式シーケンス反応が利用さ
れている。このシーケンス反応は、鋳型DNAに蛍光
標識プライマーがアニールする工程、プライマーの
3’側にDNAポリメラーゼがdNTPを付加し、伸長
させていく工程、ddNTPが取り込まれることによ
って反応が停止する工程、という反応工程からなってい
る。このシーケンス反応用の反応基質液は、DNAシー
ケンス反応キットとして既に市販されており、遺伝子構
造の解析に広く用いられている。
【0003】従来の反応基質液は、通常次のような組成
(モル濃度比)のものが使用されている。 ddATP(ジデオキシ−アデノシン−5’−トリホス
フェート):dATP(デオキシ−アデノシン−5’−
トリホスフェート)=30〜60:1 ddCTP(ジデオキシ−シチジン−5’−トリホスフ
ェート):dCTP(デオキシ−シチジン−5’−トリ
ホスフェート)=10〜20:1 ddGTP(ジデオキシ−グアノシン−5’−トリホス
フェート):dGTP(デオキシ−グアノシン−5’−
トリホスフェート)=2.5〜5:1 ddTTP(ジデオキシ−チミジン−5’−トリホスフ
ェート):dTTP(デオキシ−チミジン−5’−トリ
ホスフェート)=60〜120:1 ただし、7−deaza−dGTP(7−デアザ−デオ
キシ−グアノシン−5’−トリホスフェート)を使用し
た場合はddGTP:7−deaza−dGTP=3.
75〜7.5:1程度である。
【0004】しかしながら、このような従来の反応基質
液の組成では、5〜600塩基程度までしか、塩基配列
の決定ができないのが実情である。そのため、例えば、
5000塩基からなる未知の遺伝子配列があった場合、
従来のシーケンス反応基質液では、約10回の反応を行
うことが必要であり、塩基配列の決定操作に時間、労力
を要していた。
【0005】本発明の目的は、かかる状況に鑑み、一度
のシーケンス反応で決定できる塩基配列が1000塩基
を越える範囲となるようなシーケンス用反応基質液を提
供することにある。
【0006】
【課題を解決するための手段】本発明者は、5〜600
塩基程度までしか解析できない従来の反応基質液の組成
を、1000塩基を越える範囲まで解析可能にするため
に、反応停止物質であるdd−NTP(ジデオキシヌク
レオチド−5’−トリホスフェート)と反応基質物質で
あるd−NTP(デオキシヌクレオチド−5’−トリホ
スフェート)との濃度比を変更してdd−NTPの濃度
比を適切な範囲に下げることにより、上記課題が達成で
きることを見出し、本発明を完成するに到った。
【0007】即ち、本発明の要旨は、 (1)以下の反応基質組成(モル濃度比)よりなるTt
hポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質液、 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:dGTP=0.75〜2.0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1 (2)以下の反応基質組成(モル濃度比)よりなるTt
hポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質液、 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:7−deaza−dGTP=1.0〜3.
0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1 に関する。
【0008】本発明は従来のシーケンス用反応基質液中
のddNTP濃度比を適切な範囲に下げることにより、
DNAポリメラーゼによる伸長反応が1000塩基を越
える範囲まで続くようにしたものである。即ち、ddN
TPの濃度の低下により1000塩基を越える範囲まで
停止反応の起きる確率を低下させるものである。
【0009】本発明において、ddATPとdATPの
モル濃度比、ddCTPとdCTPのモル濃度比、dd
GTPとdGTPのモル濃度比(あるいはddGTPと
7−deaza−dGTPのモル濃度比)、ddTTP
とdTTPのモル濃度比において、それぞれのddNT
Pの濃度が前記の濃度比よりもさらに低下すると短い塩
基配列の配列決定が不安定となり、逆に高くなると従来
以上に長い塩基配列を安定的に決定することはできな
い。
【0010】本発明のシーケンス用反応基質液は、蛍光
標識プライマーを使用し、DNAポリメラーゼとしてT
thポリメラーゼを用いたDNAシーケンス用に使用さ
れる。蛍光標識プライマーとしては、特に限定されるも
のではなく通常のDNAシーケンスに使用されるものが
使用できる。また、Tthポリメラーゼも特に限定され
るものではなく、例えば、Thermus thermophilus HB8由
来のTth DNA Polymerase(東洋紡績(株)製)が使用で
きる。DNAシーケンスの試薬組成、反応プロトコー
ル、操作手順等においても同様に公知の方法が適用でき
る。
【0011】
【実施例】以下、実施例および比較例により本発明をさ
らに詳しく説明するが、本発明はこれらの実施例等によ
りなんら限定されるものではない。 実施例1 次の反応基質組成(モル濃度比)よりなるシーケンス反
応基質液を調製した。 A Mix:ddATP 750μM,dATP 80μ
M,dCTP 160μM,dGTP 160μM,d
TTP 160μM, C Mix:ddCTP 240μM,dATP 160μ
M,dCTP 60μM,dGTP 160μM,dT
TP 160μM, G Mix:ddGTP 120μM,dATP 160μ
M,dCTP 160μM,dGTP 120μM,d
TTP 160μM, T Mix:ddTTP 500μM,dATP 160μ
M,dCTP 160μM,dGTP 160μM,d
TTP 40μM,
【0012】上記の基質液を1サンプル当たり、各2μ
lずつ用いてシーケンス反応を行った。その結果、短鎖
のDNAから1000塩基を越える長鎖のDNAまで安
定して作成することができ、低分子量側から1000塩
基を越える範囲までの塩基配列の決定が可能であった。
このときの電気泳動図を図1および図2に示す。電気泳
動の条件とシーケンス反応の条件は次の通りである。
【0013】(1)電気泳動条件 装置:島津DNAシーケンサDSQ−1を改造した試作
機 ゲルサイズ:厚さ0.2mm,幅15cm,長さ60c
m ゲル担体:Hydrolink Long Ranger (AT Biochem 社製) ゲル濃度:4%(1.2×TBE,7M尿素) 泳動緩衝液:1.2×TBE 電力:70Wコンスタント(リミット;3200V)
【0014】(2)シーケンス反応条件 使用DNA:M13mp18(宝酒造(株)製) DNAポリメラーゼ:Tthポリメラーゼ(宝酒造
(株)製) シーケンス条件:サイクルシーケンス法を使用(95° 3
6sec, 55℃ 36sec, 72℃ 84sec, 25サイクル、および95
° 36sec, 72℃ 84sec, 15サイクル)
【0015】また、シーケンス反応時の反応溶液中の濃
度が下記のようになるシーケンス用緩衝液を用いた。 60mM Tris−HCl(pH 9.0) 1.5mM MgCl2 80mM KCl 0.5mg/ml BSA 0.1% Triton X−100
【0016】尚、上記の組成で各濃度はTris−HC
lは40〜80mM、MgCl2 は1.0〜5.0m
M、KClは20〜120mM、pHは8.8〜9.4
の範囲内で、またBSA、Triton X−100を
含まなくても同様の結果が得られる。また、下記の組成
の反応液でも同様の結果が得られる。 40〜80mM Tris−HCl(pH 8.8〜9.4) 4.0〜8.0mM MgCl2 10〜30mM(NH4)2 SO4
【0017】比較例1 次の反応基質組成(モル濃度比)よりなる、従来より市
販されているシーケンスキットを用い、蛍光プライマー
使用時のプロトコールに従って、実施例1と同様にシー
ケンス反応を行った。即ち、基質液を1サンプル当た
り、各2μlずつ用いてシーケンス反応を行った。その
結果、短鎖のDNAの作成量に比べ、長鎖のDNAの作
成量が少なく、そのため塩基配列を決定できる範囲は、
5〜600塩基程度までであった。このときの電気泳動
図を図3及び図4に示す。尚、シーケンス用緩衝液は、
実施例1と同様のものを用いた。
【0018】A Mix:ddATP 1275μM,dA
TP 45μM,dCTP 234μM,*17 −dG
TP 351μM,dTTP 234μM, C Mix:ddCTP 310μM,dATP 156μ
M,dCTP 32μM,*17 −dGTP 234μ
M,dTTP 156μM, G Mix:ddGTP 160μM,dATP 156μ
M,dCTP 156μM,*17 −dGTP 96μ
M,dTTP 156μM, T Mix:ddTTP 1200μM,dATP 312
μM,dCTP 312μM,*17 −dGTP 46
8μM,dTTP 20μM, *1)C7 −dGTP(7−デアザデオキシ−グアノシ
ン−5’−トリホスフェート)
【0019】
【発明の効果】本発明のシーケンス用反応基質液を使用
すれば、一度のシーケンス反応で決定できる塩基配列が
1000塩基を越える範囲となるので、従来の約2倍の
塩基数の配列が一度に決定できる。従って、DNAシー
ケンスの作業量、時間、費用等が低減できる。
【図面の簡単な説明】
【図1】図1は、本発明のシーケンス用反応基質液を用
いた場合の電気泳動図である。
【図2】図2は、本発明のシーケンス用反応基質液を用
いた場合の電気泳動図である。
【図3】図3は、従来のシーケンス用反応基質液(市販
品)を用いた場合の電気泳動図である。
【図4】図4は、従来のシーケンス用反応基質液(市販
品)を用いた場合の電気泳動図である。

Claims (2)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 以下の反応基質組成(モル濃度比)より
    なるTthポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質
    液。 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:dGTP=0.75〜2.0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1
  2. 【請求項2】 以下の反応基質組成(モル濃度比)より
    なるTthポリメラーゼを用いたシーケンス用反応基質
    液。 ddATP:dATP=5〜15:1 ddCTP:dCTP=2.5〜7.5:1 ddGTP:7−deaza−dGTP=1.0〜3.
    0:1 ddTTP:dTTP=5〜20:1
JP17194594A 1994-06-29 1994-06-29 シーケンス用反応基質液 Pending JPH089999A (ja)

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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6291164B1 (en) 1996-11-22 2001-09-18 Invitrogen Corporation Methods for preventing inhibition of nucleic acid synthesis by pyrophosphate

Cited By (3)

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US6764839B2 (en) 1996-11-22 2004-07-20 Invitrogen Corporation Methods for preventing inhibition of nucleic acid synthesis by pyrophosphate
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