JPH06502312A

JPH06502312A - ミコバクテリアの核酸に相補的なオリゴヌクレオチド

Info

Publication number: JPH06502312A
Application number: JP5504448A
Authority: JP
Inventors: リウ，ジン; ニーチュプスキ，レイモンド・マーク; シャー，ヨツナ・サドハー
Original assignee: ヴァイシス・インコーポレーテッド
Priority date: 1991-08-13
Filing date: 1992-08-13
Publication date: 1994-03-17
Also published as: DE69230555T2; ATE188743T1; US5521300A; EP0552358B1; DE69230555D1; EP0552358A1; WO1993004201A1

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】

ミコバクテリアの核酸に相補的なオリゴヌクレオチド発明の背景ミコバクテリア属の生物はヒトを含め、様々な動物の感染症を引き起こす。ミコバクテリアと他の細菌との重要な相違は、前者が厚い、脂質に富んだエンベロープを持っていることである。このエンベロープは細胞に特有の性質を与える。その性質には、疎水性、酸、アルカリおよび他の細菌を殺すのに使用される多くの殺菌剤による化学的傷害に対する耐性、マクロファージによる攻撃に対する耐性（ミコバクテリアは捕食された後にマクロファージの中で増殖し病気を引き起こす）、長期間の飢餓または乾燥条件下で脱水することなく生き残る能力、およびアレルギー性と抗原性が含まれる。従ってエンベロープは数多くの種のミコバクテリアを同定し分類する手段を提供する。伝統的には、ミコバクテリアの検出に適用可能な主要な診断法が２つあった。これは、（ｉ）（例えば顕微鏡法による）病因論的な病原体の直接観察および（ｉ　ｉ）その培養である。Ｉ［接観察は一般的に幾つかのミコバクテリア種に関しては信頼できるが、高価な施設と高度な訓練を受けた人材が必要である。ミコバクテリアの培養は、信頼できるが、時間を消費し不便である。種に依存して、標品は肉眼で見えるコロニーが現れるまで２−８週間培養しなければならない。ミコバクテリアの検出に関して改良された方法に対する必要性がある。発明の概要本発明は、ミコバクテリア属に礪するものに相補的なオリゴヌクレオチドに関するものである。このようなオリゴヌクレオチドは、例えば、ハイブリダイゼーションを基本としたアッセイ（例、検出検定）または増幅を基本とした方法論（例、ポリメラーゼ連鎖反応）において有用である。これらのオリゴヌクレオチドは、定められた条件でのハイブリダイゼーションの特徴に基づいて、以下に詳細に記述される４つの異なる範躊の１つに分類される。本発明はまた、ミコバクテリア属の亜属に属する細菌のハイブリダイゼーションアッセイによる同定に関するもので３ある。あるアッセイにおける本発明のオリゴヌクレオチドの利用は試験試料中（ｆＮ。水または生物学的液体）のミコバクテリアの検出に現在用いられる微生物学的方法に対して重要な利点を提供する。これらの利点の中で重要なのは、遺伝子（ＤＮＡ）またはＲＮＡ転写物などの、多くの他の潜在的な細胞標的分子と比較して、ｒＲＮＡが全細胞質量の比較的大きな割合を構成するという事実である。さらに、ｒＲＮＡ（およびそれをコードする遺伝子（ｒＤＮＡと命名））は、同じ時代の生物の間での側方転移を受けることがないようである。従って、ｒＲＮＡの１次構造は、例えばプラスミド由来の遺伝子またはその産物にあてはまりそうな、同時代の生物間での側方伝達を受けつる遺伝子特異的な標的よりもむしろ、生物特異的な分子標的を提供する。本オリゴヌクレオチドの利用の他の利点は。ａ）上昇した感度（即ち、与えられた試料のより少ないミコバクテリアを検出できる能力）、ｂ）高価でない試薬の使用によるアッセイ費用の潜在的に有意な減少および労力の減少、Ｃ）生化学的にあまり見られない株のミコバクテリアでも正確に同定できること、およびｄ）試験前に試料から標的細菌を分離する必要がないので迅速に結果が得られることを含んで（）る。発明の詳細な説明本発明は、ミコバクテリアに属するものおよびその亜属に属するものからのリポソームＲＮＡ　（ｒＲＮＡ）とリポソームＤＮＡ　（ｒＤＮＡ）に実質的に相補的なオリゴヌクレオチド、またはそのホモログに関するものである。本発明はまた、ミコバクテリアを含むと考えられる試料中の本生物を検出する方法に関するものでもある。本発明のオリゴヌクレオチドはリポースを含むオリゴヌクレオチド（ＲＮＡ）またはデオキシリボースを含むオリゴヌクレオチド（ＤＮＡ）であってもよい。ＲＮＡにおいては、窒素を含む塩基のウランルが、ＤＮＡの構成要素であるチミージンの代わりとなっている。あるオリゴヌクレオチドのホモログとは、そのオリゴヌクレオチドと実質的に同じヌクレオチドモノマー配列を持ち、その結果として同様のハイブリダイゼーション条件下でそのオリゴヌクレオチドにより認識される（ハイブリダイズされる）のと同じミコバクテリア核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドである。２つのホモログのオリゴヌクレオチドの配列は同じである必要はなく、例えば、ヌクレオチドモノマーの数および修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの存在に関して異なっていてもよい。本発明のオリゴヌクレオチドはミコバクテリア属のｒＲＮＡ（およびそのｒＲＮＡをコードするＤＮＡ）に実質的に相補的なものである。特に、本発明のオリゴヌクレオチドは１６Ｓまたは２３Ｓ　ｒＲＮＡに実質的に相補的なものであり、適当な条件でそれらにハイブリダイズするものである。好適な実施態様においては、本発明のオリゴヌクレオチドはデオキシリボースである。実質的に相補的なオリゴヌクレオチドとは、決められた条件の下でミコバクテリアのｒＲＮＡ　（およびｒＤＮＡ）に安定な様式でハイブリダイズするのに十分相補的なオリゴヌクレオチドである。本明細書中で使用されるように、ミコバクテリアの構成員という用語は、Ｂｅｒｇｅｙ−ｓ　Ｍａｎｕａｌ　ｏｆ　Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ　Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ　（Ｖｏｌｕｍｅ　２（１９８６）、ｐｐ、１４３５ −１４５７、スニース（Ｓｎｅａｔｈ）ら、曙、Ｗｉ　Ｉ　Ｉ　ｉ　ａｍｓ　ａｎｄ　ＷｉＩｋｉｎｓ、メリーランド州、バルチモア）などにおいて分子された細菌を指す。この眞には、個性細胞内病原体のらいＩＦ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　１ｅｐｒａｅ）および任意細胞肉寄生菌のヒト型結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、ウシ型結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ２つの両極の間には、Ｍ、イントラセルラレｚ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）およびＭ、スクロフラセウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ）を含む多数の日和見病原菌が存在する。本発明Ｑオリゴヌクレオチドは、例えば、ある試料中のミコバクテリア属の構成員をハイブリダイゼーションにより検出するのに用いることができる。本試料は核酸がハイブリダイゼーションに使えるように処理をされる。ある実施態様では、即ち本発明のオリゴヌクレオチドのより多くを、実質的に相補的な核酸配列のハイブリダイゼーションに適した条件下で、処理済み試料に接触させる。本オリゴヌクレオチドにより検出可能なミコバクテリア核酸が存在するならば、ハイブリダイゼーションが起こる。このような方法は当業者にはよぐ知られている。第２の実施態様では、まずミコバクテリアのオリゴヌクレオチドをポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などの増幅を基本にした技法において本発明のオリゴヌクレオチドを用いることにより増幅させる。この技法では、ｒＤＮＡの逆並行鎖に相補的なオリゴヌクレオチドがＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼによるＤＮＡ合成のプライマーとして用い、試料中に存在するミコバクテリア配列を増幅させる。増幅された配列は慣例的な方法により検出される。以下に記載されるように、本発明のオリゴヌクレオチドは、本オリゴヌクレオチドが一団のミコバクテリアと接触させたときの、およびミコバクテリアでない一団の細菌と接触させたときのハイブリダイゼーションの結果に基づいて４つの範躊に分類される。後者のグループの構成員は、ミコバクテリアに非常に近く、ミコバクテリアを含む細菌混合物に見出だされ得る細菌を同定することにより選択される。オリゴヌクレオチドの定義オリゴヌクレオチドの４つの範躊は＝１）実質的に包括的なオリゴヌクレオチド、２）部分的に包括的なオリゴヌクレオチド、３）実質的に包括的で非排他的なオリゴヌクレオチドおよび４）部分的に包括的で非排他的なオリゴヌクレオチド、である。４つの範−は、本明細書中において用いられるように、以下の段落において定義される。分類は実施例２に記載のハイブリダイゼーションの条件に基づ（。当業者は、実施例２に記したハイブリダイゼーションの条件が定められた制限の中で変わるならば本明細書中で記載されたオリゴヌクレオチドの幾つかは記載された条件で落ちるのとは異なる、４つの範−の内の１つに落ち得ることを認識するであろう。実質的に包括的なオリゴヌクレオチドは、用いられるアッセイ条件の下で、表３に挙げられたミコバクテリア種の実質的にすべて（即ち約９０％またはそれ以上）からのｒＲＮＡ（およびｒＤＮＡ）にハイブリダイズするが、表４に挙げられた細菌種のｒＲＮＡにはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチドとして定義される。部分的に包括的なオリゴヌクレオチドは、用いられるアッセイ条件の下で、表３に挙げられたミコバクテリア種の一部からのｒＲＮＡ（およびｒＤＮＡ）にハイブリダイズするが、表４に挙げられた種にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチドとして定義される。実質的に包括的で非排他的なオリゴヌクレオチドは、用いられるアッセイ条件の下で、表３に挙げられたミコバクテリア種の実質的にすべてからのｒ　ＲＮＡ（およびｒＤＮＡ）にハイブリダイズし、表４に挙げられた他の細菌種の少なくとも約１０％のｒＲＮＡにもハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとして定義される。部分的に包括的で非排他的なオリゴヌクレオチドは、用いられるアッセイ条件の下で、表３に挙げられたミコバクテリア種の一部からのｒＲＮＡ（およびｒＤＮＡ）にハイブリダイズし、表４に挙げられた池の細菌種の少なくとも約１０％のｒＲＮＡにもハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとして定義される。これら２つの範零は、ミコバクテリアにだけでなく表４に挙げられた他の細菌種の約１０％とにもハイブリダイズすることから、非排他的と呼んでいる。この事から、排他性というのはミコバクテリア核酸と非ミコバクテリア（例、表４にあげられたもの）の核酸を区別する特定のオリゴヌクレオチドの能力をさす。以下に詳細に述べるように、本発明はミコバクテリアの亜属のクラスの同定に関するものでもある。従って、ミコバクテリア属に対して部分的に包括的なオリゴヌクレオチドは、例えば、亜属クラスに対して実質的に包括的であってもよい。亜属には例えば、ヒト型結核菌複合体およびミコバクテリアの遅く増殖するクラスが含まれる。ある場合においては、オリゴヌクレオチドは表４の限られた数の種に、弱いかもしくはほとんど検出できないハイブリダイゼーションを示すこともある。分類の目的のために、表４ノこ挙げられた細菌の５％未満にせいぜい弱くしかハイブリダイズしないオリゴヌクレオチドは、本表に挙げられた種にはハイブリダイズしないオリゴヌクレオチドとみなす。表４に挙げられた細菌の５％未満に最小限で強くハイブリダイズするオリゴヌクレオチドは、本表に挙げられた種にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとみなす。強いハイブリダイゼーシヨンは、本明細書中では表３または４で表されるように＋＋＋または＋＋＋＋で表される。より明細には、実施例２で述べるように、＋＋＋＋はコントロールのミコバクテリアＤＮＡ　（これに対するプローブと標的配列の完全一致は配列解析により決定された）に関するものと同等のハイブリダイゼーションシグナルを表し、＋はＸ線フィルムに長時間感光させてもほとんど検出できないシグナルを表す。表３のＮＤという記号は分類のためのポジティブ指標ともネガティブ指標とも考慮されないものである。本発明のオリゴヌクレオチドの相対的な位置を定義する対照枠を提供するために、大腸菌（Ｅ、ｃｏｌｉ）の領域に関する対応するヌクレオチド配列番号（データペース配列比較により決定）を表１に提供する。大腸菌のヌクレオチドｒＲＮＡ配列は決定されており、各ヌクレオチドは参考のために整数値を付けられている。表１は対応する大腸菌配列と並べられた本発明のオリゴヌクレオチドを示す。表１中のダッシュは、大腸菌が、示された対応領域内の実質的に相補的な配列を共有していないことを示すものである。本発明のオリゴヌクレオチドはミコバクテリアの１６８　ｒＲＮＡまたは２３Ｓ　ｒＲＮＡのいづれかに相補的である。ハイブリダイゼーションおよび増幅を基本としたアッセイ本発明のオリゴヌクレオチドは、ｒＲＮＡ標的核酸配列（試料中にその存在を決定するべきもの）と１つまたは複数の十分に相補的な核酸配列間のように、複数の相補的核酸配列間のハイブリッドの形成および検出に依存する既知のハイブリダイゼーションアッセイにいづれにも有用である。このようなハイブリダイゼーションアッセイには、例えば、相補的配列が溶液中で遊離している溶液ハイブリダイゼーションアッセイ、または相補的核酸配列の一方が固相支持体に固定されたアッセイが含まれる。後者のグループのアッセイには、核酸または核酸の集団をニトロセルロース、ナイロンまたは他の誘導されたメンブレン（その多くは商業的に入手可能である）などの固相支持体に不動化することを必要とするドツトプロット分析が含まれる。ＤＮＡまたはＲＮＡはそのような固相支持体に不動化することができ、そのため様々な条件のいづれを用いても本発明のオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションによる検出または試験を行うことができる。核酸を固相支持体に固定する別のタイプのアッセイは二重プローブ、サンドイッチ型ハイブリダイゼーンコンアッセイフォーマット（例えば、米国特許出願番号第２７７．５７９および１６９．６４６号に記載のホモポリマー捕獲、二重プローブ液相ハイブリダイゼーションフォーマット。末法は本明細書中では参考文献に取り入れられている）である。このようなアッセイは対象となる標的核酸配列の同定のために捕獲オリゴヌクレオチドと検出オリゴヌクレオチドの利用を要する。捕獲ヌクレオチドは、標的核酸配列に実質的に相補的であり、次の分離を容易にする特異的結合ペアの一つを付加することにより一般的に誘導される。特異的結合ペアの多（の有用な実施例が当分野において知られている。このアッセイ六組み合わせて利用される特に簡便な特異的結合ベアはデオキシアデノシン（ｄＡ）／デオキシチミジン（ｄＴ）である。例えば、捕獲オリゴヌクレオチドはその３′端にｄＡ残基のポリマー配列を付加することにより誘導することができる。その捕獲オリゴヌクレオチドを次に、標的核酸について試験すべき溶液とともに、十分に相補的な核酸配列のハイブリダイゼーションに適した条件でインキュベートする。本試料中に標的核酸配列が存在するなら、ハイブリダイゼーションが起き捕獲ヌクレオチド−標的核酸の複合体が形成される。捕獲ヌクレオチド−標的核酸の複合体を誘導された捕獲オリゴヌクレオチドにより混合物から分離する。例えば、捕獲オリゴヌクレオチドがｄＡ残基のポリマー配列の付加により誘導されたならば、捕獲オリゴヌクレオチド−標的核酸複合体を含む混合物をｄＡポリマー配列とハイブリダイズするｄＴポリマー配列を含むように誘導された固相支持体に接触させる。記載されたように誘導されうる固相支持体の多くのタイプは当業者によく知られている。好適な実施態様においては、固相支持体はウェルを持つプラスチックプレートである。捕獲オリゴヌクレオチド−標的核酸複合体を含む混合物を、プラスチックプレートの誘導されたウェルにｄＡとｄＴポリマー配列がハイブリダイズするのに十分な時間だけ宣く。その混合物を次にウェルから除きウェルを洗浄して非特異的結合要素を除く。捕獲オリゴヌクレオチド−標的核酸複合体は、混合物の他の構成物が保持されないのに対し、プレートのウェル中に残る。それから検出オリゴヌクレオチドをハイブリダイゼーシヨンに適した条件でプレートのウェルに導入する。検出オリゴヌクレオチドは、捕獲オリゴヌクレオチドと標的核酸の間の相補領域とは異なる領域において標的核酸と相補的である。ハイブリダイゼーションは次に適当な手段で検出される（その多くは当分野ではよく知られている）。好適な実施態様では、検出オリゴヌクレオチドは検出可能なレポーター基（例えば放射性アイソトープ）または特異的結合ベアの一方（例、ビオチン／アビジン）で標識される。また、反復可能なＲＮＡ配列は、自己触媒的に複製して検出可能なシグナルを作り出しつる検出オリゴヌクレオチドに付けることもできる（例、米国特許第４．７８６．６００号参照）。オリゴヌクレオチドの利用先に定義された、実質的に包括的なオリゴヌクレオチドは、例えば、２つまたはそれ以上の実質的に相補的な核酸配列間（例、（試料中の存否を決定されるべき）ｒＲＮＡ標的核酸と１つまたはそれ以上の検出可能な核酸配列）のハイブリッドの形成および検出に依存したいづれのハイブリダイゼーションアッセイにおけるミコバクテリア属の構成員の同定に有用である。そのようなオリゴヌクレオチドは実質的にすべての試験したミコバクテリア種からのｒＲＮＡ（およびｒＤＮＡ）にハイブリダイズする。加えて、それらは試料中に存在し得る別の型の細菌（非ミコバクテリア）からの核酸にはハイブリダイズしない。このように、実質的に包括的であることに加えて、これらのプローブは上で定義したように排他的である。上で定義された、部分的に包括的なオリゴヌクレオチドも、ミコバクテリア属の構成員の検出に広く有用である。これらのオリゴヌクレオチドは実質的にすべてのミコバクテリアを検出するが、すべてを検出するわけではなく、従ってミコバクテリアの同定に有用であるためには、このようなオリゴヌクレオチドは一般的に池の部分的に包括的なオリゴヌクレオチドとの混合物として利用される。先のプローブの範鴫のように、それらは、例えば、実質的に包括的なオリゴヌクレオチドに弱くしかハイブリダイズしえない一部のミコバクテリアからのシグナルを増幅させるために実質的に包括的なオリゴヌクレオチドとの混合物で利用されることもできる。このようなオリゴヌクレオチドは、それに実質的に相補的なミコバクテリア核酸のＰＣＲ増幅のためのプライマーとしても有用である。上で定義された、実質的に包括的で非排他的なオリゴヌクレオチドは、例えば捕獲／検出二重オリゴヌクレオチドアッセイ系での検出オリゴヌクレオチドとして有用である。このアッセイ系の好適な実施態様は、上に記載されている。それらが試料中に存在し得る非ミコバクテリア核酸に結合しないことは、非ミコバクテリア種からの核酸が捕獲オリゴヌクレオチドの性質によって混合物から除かれるので、非排他的オリゴヌクレオチドに必要な性質ではない。このようなオリゴヌクレオチドはまた、それらが実質的に相補的なミコバクテリア核酸のＰＣＲ増幅のためのプライマーとしても有用である。部分的に包括的で非排他的なオリゴヌクレオチドは、捕獲／検出二重プローブアッセイでの検出オリゴヌクレオチドの組の要素として有用である。上記の実質的に包括的で非排他的なオリゴヌクレオチドに関してと同様に、排他性は二重プローブアッセイにおける検出プローブにとって重要な特徴ではない。これらのオリゴヌクレオチドが一般的にプローブセットの要素として利用されなければならない理由は、個々ではそれらがミコバクテリア種の全域を検出しないことである。従って、部分的に包括的な検出プローブが二重プローブアッセイにおいて（複数のこのような検出オリゴヌクレオチドの組ではなく）独立に用いられるならば、部分的に包括的な検出オリゴヌクレオチドが、定義上、ミコバクテリア属の構成員すべてを認識するわけではないという事実から、誤ったネガティブな決定がなされうろことが可能である。このようなオリゴヌクレオチドはまた、それらが実質的に相補的なミコバクテリア核酸のＰＣＲ増幅のためのプライマーとしても有用である。亜属特異性部分的に包括的なオリゴヌクレオチドは亜属のグループに対して実質的に包括的であり得る（即ち、それらは亜属中の細菌の約９０％またはそれ以上に実質的に相補的である）。例えば、ヒト型結核菌複合体として知られるミコバクテリア亜属にはヒト型結核菌、ウシ型結核ＩＩ　（ｂ　ｃ　ｇ）　、Ｍ、アフリカヌム（Ｍ、ａｆｒｉｃａｎｕｍ）およびＭ、ミクローチ（Ｍ、　ｍｉｃ　ｒｏ　ｔ　ｉ）種が含まれる。実施例２に示されるように、オリゴヌクレオチド２３６６と２３７１はこの亜属に対して実質的に包括的である。加えて、それらは、表４に挙げられた細菌にはハイブリダイズしないので、十分に排他的である。他の認識されるミコバクテリア亜属は増殖の遅い亜属である。この亜属は例えばウニイン（Ｗａｙｎｅ）とクビ力（Ｋｕｂｉｃａ）（Ｂｅｒｇｅｙ−ｓ　Ｍａｎｕａｌ　ｏｆ　Ｓｙｓｔｅｍｉｃ　Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ　Ｖｏｌｕｍｅ２　（１９８６）、ｐｐ、１４３６−１４５７．　スニース（Ｓｎｅａｔｈ）ら、編、Ｗｉｌｌｉａｍｓ　ａｎｄ　Ｗｉｌｋｉｎｓ、メリーランド州、バルチモア）により定義される。この亜属には以下のミコバクテリア種が含まれる：ヒト型結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、Ｍ、ミクローチ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｍ１ｃｒｏｔｉ）、Ｍ、カンサシイ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｋａｎｓａｓｉｉ）、Ｍ、マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｍａｒｉｎｕｍＬＭ、ガストリ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｇａｓｔｒｉ）、Ｍ、ノンクロモジｚ−クム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｎｏｎｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃｕｍ）　、Ｍ、テレ！（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｅｒｒａｅ）、Ｍ、トリビアル（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｒｉｖｉａｌｅ）、Ｍ、フルメンス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｍａｌｍｏｅｎｓｅ）、Ｍ、シモイディ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｓｈｉｍｏｉｄｅｉ）、Ｍ、ゴルドネｚ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｇｏｒｄｏｎａｅ）、Ｍ、　アジアチクム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｓｉａｔｉｃｕｍ）、Ｍ、スズルガイ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｓｚｕｌｇａｉ）、Ｍ、シミニー（Ｍｙｃ。ｂａｃｔｅｒｉｕｍ　５１ｍ１ａｅ）、Ｍ、　スクロフラセウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ）、鳥型結核！！Ｉ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍ）、Ｍ、イントラセルテレ！（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅＬＭ、キセノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｘｅｎｏｐ　ｉ）　、Ｍ、ウルセランス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｒｕｍ　ｕＩｃｅｒａｎｓ）、Ｍ、ヘモフィルム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｈａｅｍ。ｐｈｉｌｕｍＬＭ、　ファルシシーケンス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｆａｒｃ　ｉｎｏｇｅｎｓ）　、Ｍ　レブレムリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　１ｅｐｒａｅｍｕｒｉｕｍＬパラ結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｐａｒａｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）およびＭ、ラブレエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　Ｉａｐｒａｅ）。実施例２に示すように、オリゴヌクレオチド２３６９と２３６２はこの亜属グループに対して実質的に包括的である（即ち、それらは本亜属の細菌の約９０％またはそれ以上に実質的に相補的である）。オリゴヌクレオチドの作製とハイブリダイゼーションの条件本発明のオリゴヌクレオチドは慣例の方法により調製される。本オリゴヌクレオチドがミコバクテリアのｒＲＮＡにハイブリダイズさせられる条件（ハイブリダイゼーション基準（ｈｙｂｒｉｄｌｚａｔｉｏｎ　ｃｒｊｔｅｒｉａ））は可変である。当業者は、ハイブリダイゼーション基準がハイブリダイゼーション溶液に存在するイオン種の濃度およびタイプ、存在する変性試薬のタイプおよび濃度、モして／またはハイブリダイゼーションの温度などの反応ばらめ−たーにより左右される。一般的に、ハイブリダイゼーション条件が厳しくなるにしたがって、安定なハイブリッドを形成させたいならば、より長いオリゴヌクレオチドが望ましくなる。当然の結果として、ハイブリダイゼーションの起こる条件のストリンジェンンー（例、行われるアッセイのタイプに基づ（）は、用いられる好適なオリゴヌクレオチドのある特徴を指図する。このような関係は当業者によりよく理解され容易に操作され得る。以下の実施例２では、ハイブリダイゼーションは、１．０８Ｍ　ＮａＣ１，０゜０６Ｍ　ＮａＨ２ＰＯａ　（ｐＨ７，７）、６ｍＭ　ＥＤＴＡ、０．０１％　ＤＩＳ。１０ＸＤｅｎｈａｒｄｔ’　ｓおよび１００　ｉｔ　ｇ／ｍ　ｌ　変性サケ精子Ｄｉ’ＪＡ中で６０℃で３時間またはそれ以上行われ、次いで０．３Ｍ　ＮａＣ１，領　０４ＭＴｒｉｓＨＣ１（ｐＨ７，８）および２ｍＭ　ＥＤＴＡ中で洗浄した。以上の条件下で、用いたオリゴヌクレオチドは記載されたとおりである。その条件が変更される場合は、しかしながら、プローブの特徴（例、長さ、相補性の度合い）も変更されるであろう。！±男本発明のオリゴヌクレオチドの開発の最初の段階には、ミコバクｆｌＪｆｙム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）特異的核酸オリゴヌクレオチドの標的部位となりうる１６Ｓと２３Ｓ　ｒＲＮＡの領域の同定が含まれていた。実際的問題として、先験的に言って非ミコバクチリアル生物がテストサンプル中に存在すると断言するのは、困難である。そのような非ミコバクチリアルバクテリアがたくさんあるため、与えられたオリゴヌクレオチド配列の排他性を実証することは予測できないばかりでな（、極端に困難であり手のかかることである。最終的にオリゴヌクレオチドを用いてスクリーニングされるテストサンプル中にどんな非ミコバクチリアルバクテリアが存在するか知る必要をなくすためにもっと厳しい基準が採用された。このことは、異なるミコバクテリウム種間の、及びミコバクテリアと他のバクテリア間の系統発生的関係性の知識を必要としていた。特に、ミコバクテリアの道化的関連種とは十分異なっていミコバクテリウムｒＲＮＡ中の特別標的領域が同定できるなら、そのような配列に相補的オリゴヌクレオチドがハイブリダイゼーションアッセイによってミコバクテリウムと関連種を区別するのに使用できると決定することにより排他性基準が満たされるという機能的であるがまだ証明されていない仮説が採用されていた。系統発生的観察に基づいて、前述の進化的に近い関連種ミコバクテリアよりも、もっと離れた関連種のｒＲＮＡのほうが、それらの実際の同一性が必ずしも知られていない場合でも、恐らく配列の特別な領域で異なっているということが推定された。しかし、そのような領域が存在するかどうが、もし存在するならｒＲＮＡ中のどこにそのような領域があるのか、先験的に予想することはできなっかた。相補的オリゴヌクレオチドの実用的な標的部位となりうるミコバクテリアｒＲＮＡの領域を同定する最初の段階としてい（っがのミコバクテリア種からの１６５　ｒＲＮＡの全ヌクレオチド配列と２３Ｓ　ｒＲＮＡのほぼ全配列を決定した。ミコバクテリウムの２３３　ｒＲＮＡ遺伝子のコーディング領域を、プライマー９４０（フォワードブライマー）と９８７（リバースプライマー）を組にして用い、約０．５から２．０マイクログラムのマイクバクテリウム　ゲノムＤＮＡからポリメラーゼ連鎖反応（Ｕ、Ｓ、特許　Ｎｏ、４，６８３，２０２）により増幅した。プライマー９４０と１０２１は、２３Ｓ　ｒＲＮＡにハイブリダイズするようにデザインされている。プライマー９８７は、２３Ｓ　リボソーマル　ＲＮＡ遺伝子のｒＲＮＡ様ストランドにハイブリダイズする。プライマー２２０５は、ミコバクテリウムだけの５Ｓ　リボソーフルＲＮＡ遺伝子のｒ　ＲＮ　Ａ様ストランドにハイブリダイズする。オリゴヌクレオチド９４０と９８７は、ミコバクテリウムを含むほとんど全てのバクテリアの　２３５　ｒＲＮＡａＥ子（ｒＤＮＡ）のほぼ全体の増幅を行うアッセイで用いるようにデザインされている。増幅された２３Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子は、標準的な研究室プロトコールによりクローニングされ塩基配列を決定された。ミコバクテリウムのｒＲＮＡヌクレオチド配列をそれぞれお互いに比較し、また他の利用できるｒＲＮＡヌクレオチド配列、特にロドコッカス　エクイ（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ　ｅｑｕｉ）（１６Ｓ）と比較した。いくつかのミコバクテリア種とそれらの近接種ロドコッカスの配列の比較は、特に有益であった。ミコバクテリア種間で、そしてミコバクテリアと非ミコバクチリアルバクテリア間で明らかに異なる幾つかの配列の領域が同定された。１６Ｓと２３Ｓ　ｒＲＮＡ配列中のこれらの領域の位置はそれぞれ表１と表２に示している。ミコバクテリウム　チューバークロシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓ　ｉ　ｓ）複合体、ミコバクテリウム　アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍ）１１合体、ミコバクテリウム　力ナシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｋａｎａｓｉｉ）、ミコバクテリウム　フオーチュイチム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｆｏｒｔｕｊｔｊｍ）あるいは全てのミコバクテリアに選択的にハイブリダイズする２８−５２ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドをデザインした。これらは次の目標を考えてデザインされた。１）　一つのミコバクテリア種をもう一つから区別する、あるいは一群のミコバクテリアを互いに区別する、あるいはミコバクテリアを他のバクテリアから区別するのに有益なヌクレオチド配列の違いを最大限に利用するため（表１と２のコア　バリエイジョン部位の大文字で示されている）。２）　標的ｒＲＮＡ中の局部的自己相補性とプローブ分子間の自己相補性の影響を最小にするため。表３は、ドツトプロット　ハイブリダイゼーション　アッセイにおける選択的オリゴヌクレオチドのミコバクテリアと幾つかの非ミコバクテリアの代表的なサンプリングに対する包括的な振る舞いを例示している。表４は、ドツトプロット　ハイブリダイゼーション　アッセイにおける選択的オリゴヌクレオチドの非ミコバクチリアルバクテリアの代表的なサンプリングに対する包括的な振る舞いを例示している。前述のオリゴヌクレオチド選択法によって、サンプル中のミコバクテリアの同定に有益な多（のオリゴヌクレオチド　プローブが得られた。オリゴヌクレオチド　プローブ２２１３．２２１４．２２１５．２２３３．２２３４．２２３５．２２３６．２２４０．２２４７．２２４８．２１５５．２１５６．２２５７は、１６Ｓ　ｒＲＮＡ配列からデザインされる。オリゴヌクレオチド２３６２．２３６４．２３６５．２３６６．２３６８．２３６９．２３７１．２３７２．２３７３．２３７４．２３７５．２３７６．２３７７．２３７８．２３７９．２３８０゜２３８２．２３８３．２３８４．２３８５．２３８８．２３８９．２３９０．２３９２．２３９３．２４２５．２４２６．２４２８は、２３Ｓ　ｒＲＮＡ配列からデザインされる。選択的オリゴヌクレオチドの配列は、以下に挙げる。１６５　ｒＲＮＡ　オリゴヌクレオチド５ＥＱ　ＸＤ　ＷＯ：　ｌ）：５’−ＡＴｒＴＣＡＣＧＡＡＣ入入ＣＧＣＧ入Ｃ入入λＣＣ＾ＣＣＴ入ＣＧ八Ｇコ−３ＥＱより　へｏ：　２６：５　’　−ＣＡＧＧＩＪｔＴＴＣＣＡＧＴＣＴＣＣＣＣｒＧＣＡＧＴλＣＴＣ’ ｒＡＧＴ−３’ＳＥＱより　Ｎｏ：　１０：５　’ＣＭＴＣＴＣＣＡＣＣＴＡＣＣＧＴＣ入λＴＣＣＧ入ＧλＧ入ＡＣＣＣＧＧＡＣＣＴＴＣＧＴＣＧ−コ１ＳＥＱ　よりＮＯ：］コニ５’ＧＧＣＣＡＣ入λＧＧＧ入入ＣＧＣＣＴ入ＴＣＴＣＴ入ＧλＣＧＣＧＴＣＣＴＧＴＧＣ入ＴＡＴ−’３雷ＳＥＱ　１０　Ｎｏ？　９：５’−Ｃ入入ＴＣＣＧＡＧＡＧ入ＡＣＣＣＧＧＡＣＣＴＴＣＧＴＣＧＡＴＧＧＴＧ入入入Ｇ−３’ＳＥＱよりＮＱ：２：５１−人ＧＴＴＴＣＣＣＡＧＧＣＴＴＡＴＣＣＣＧ入入ＧＴＧＣ）ＧＧＧＣＡＧ −コ・５ＥＱより　Ｎｏ：　４０：５’−ＣＧ入ＧＴＣＣＣＣＡＣＣＡＴＴＡＣＧＴＧＣＴＧＧＣ入入Ｃ−３−５ＥＱより　Ｎｏ：　１９：５１−人ＴＣＧＣＣＣＧＣ入ＣＧＣＴＣ入ＣＡＧＴＴＡＡＧＣＣＧＴＧＡＧＡＴ ’ｌ”ｌ’ｃ−３’５ＥＱより　Ｎｏ：　１１：５　’　−ＧＣＴｒＣＴｒＣＴＣＣｈＣＣ’ｒＡＣＣＧＴＣＡＡＴＣＣＧ＾ＧＡＣＡＡＣ−３１５ＥＱよりＮＯ：３：５’−ＴＡＣＡＣＣＣＡＧＴｒＴＣＣＣＡＧＧＣＴＴＡＴＣＣＣにＧ入−３菅５ＥＱ　ｘＯＮｏ：　４１：５　’−ＣＧＡＧＴＣＣＣＣＧＧＣＡＴＴＡＣＣＣＧＣＴＧＧＣＡＡＣ−３’ＳＥＱ　ＩＱ　Ｎｏ：　ココ：５’−ＣＴＧＣＡＣＡＣＡＧＧＣＣＡＣＡＡＧＧＧ入ＡＣＧＣＣＴＡＴＣＴＣＴ −コ響ＳＥＱより　Ｎｏ：　１８：５’ＣＴＣＡＣＡＧ？ｒ入ＡＧＣＣＧＴＧＡＧＡｆｆｌＣＡＣＧ入入Ｃ入入ＣＣＣＧ入Ｃ−３’２３Ｓ　ｒＲＮＡ　オリゴヌクレオチド５ＥＱ　ｒＤ　Ｎｏ：　９９：５’−ＣＴＧＡＣＴＧＣＣ’ｒＣＴＣＡＧＣＣＧＧＧＴＡＧＣＧＣＴＧ入ＧＡＣＡＴＡ’ｌ”ＣＣＴＣＣＣ−：１１ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：　ｓｘ：５ｌ−ＧＧＴＴＡＣＣＣＡＴＧＣＧＴＧＣＧＧＴＴｒＡＧＣＣＴＧＴＴＣＣＧＣＧＴＴＣ−３１ＳＥＱ　ＸＤ　Ｎｏ：　６７：５　’−ＣＴＣＴＡＣＣＴＣＣＡＡＣ入ＡＧ入入ＡＣＡＴＧＴＧＡＣＧＣＴＧＣＡＣＣ−３’ＳＥＱより　Ｎｏ：　１０７：５１−ＣＣＡＴＣＡＣＣＡＣＣＣＴＣＣＴＣＣＧＧＡＧＡＧＧＡＡＭＧＧＡＧＧＣＴＣＴＧ−３６５ＥＱより　Ｎｏ：　７５：５　’−ＣＴＡＣＣＣＡＣＡＣＣＣＡＣＣＡＣＡＡＧＧＴＧＧＡＴＧＴｃＣｃＧＣＧＧ−３’ＳＥＱ　ＸＤ　Ｎｏ：　４７＝５１−ＧＧＧＣＴＴＡＡＡ’１ＹＣＴＣＣにＣＴＴＣＡＣｍχ３ＴｒＡＣ−ｆｆ　＋ＳＥＱより　Ｎｏ：　１１ｓ：５１−Ｇ入入ＣλＣＧＣＣＡＣＴＡＴＴＣＡＣＡＣＧＣＧＣＧＴＡＴＧＣＧＴＧＴＧＧＧＴＣＧＣＣＣＴ入ｒｒｃ入Ｇ−３−５ＥＱより　Ｎｏ：　５６：５’−ＣＴＣＣＧＣＣＣＣＡＡＣＴＧＧＣＧＴＣＧＡＧＧＴＴＴＣＡＣｋＧＴＣＴＣ−３’ＳＥＱより　Ｎｏ：　９６Ｆ５１−ＧＧＴＡＴＣＡＣＡＴＣＣＡＴＡＣＧＩＩ；ｍＡＧｃｃＡＴｃｃｃＴＴｃＴＩＴｃ−３’ＳＥＱより　Ｎｏ：　６０：５１−ＣＴＣＣＡＣＡＡＣＣＡＣＴＧＧＣにＴ（ＪＣＴにＣＴｒＣＡＣＡＧＴＣＩ’Ｃ−３’ＳＥＱ　ｒＤ　Ｎｏ：　７２＝ＳＥＱ　工ＯＮｏ：　５１：ＳＥＱ　ＸＤ　Ｎｏ：　７９：５ｌ−ＧＣＴＣＣＣＣＴＡＣＣＣＡＡＣＧＡＴ入ＡＡＴＣＧＴ’ｒＣＣＣＧＣｃＧ−３’ＳＥＱより　Ｎｏ：　Ｌ２０：５’−ＣＣＡＧＡＡＣＡＣＡＣＣＡＣＴＡＣＡＣＣＡＣＡＣＡＣＴＡＣＴＧＴＧＣＧＩＩ；ＡＴＡＣＣＣＣＴＡＴｒＣＡＧ−３’ＳＥＱ　より　Ｎｏ：　１０４：５’−ＧＣＴＣＣ（ＣＴＡＣＣＣＡＣＡＴＣＣＡＣＣＧＴＡ入ＡＧＡＴＧＡＡＴＧＴＧＣＣＧＣＧＧ−３’スペーサー領域オリゴヌクレオチド（２３Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子の５°）ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：　８４：　５’−Ｃ入ＡＣＡＡＡＡＡＣＣＡＡＡＧＡＡＴＡＴＴＧＣ入ｃ入入ＡＧ入入ＣｋＣＧＣＣ−３’ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：　８６：　５’−ＣＡＡＡＡＡＣＣＡＡＡＧ入入Ｔ入入入入Ｔ！’ＧＣＡＣＡＡＡＡＧ入ＡＣＡＣＧＣ−３’ＳＥＱ　ＩＤ　Ｎｏ：　ａＥｌ＝　５’− ＣＡＡＡＡＡＣＣＡＡＡＡＡＴＧＡＧＴＴＴＡＡＡＡＧＡＡＡＴＴＧＣＡＣＡＴＣ−３’オリゴヌクレオチドと、ミコバクテリウム　チューバークロシス毒性株、ミコバクテＩＪ’）ム　アビウム、ミコバクテリウム　力ナシ、ミコバクテリウム　フォーチュイチムの１６８と２３Ｓ　ｒＲＮＡ内のオリゴヌクレオチドの標的配列は、表１と２に示している。大腸菌１６Ｓと２３ＳｒＲＮＡの対応するヌクレオチドの位置も示している。大腸菌配列は、得られた最初の１６８と２３３の全配列中にあったので、示されている位置ナンバーは、考慮中のミコバクテリアｒＲＮＡの相同領域を明確に同定するときの便利な基準となる。加えて、９つのオリゴヌクレオチド　プライマー（１６３７，１６３８，１２６０，９４０，６２２，９８６，９９３，９８７，２２０５）は、増殖の遅いミコバクテリウムの１６Ｓと２３Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子の分析を容易にするための、それらの遺伝子の一部のＰＣＲ増幅用にデザインされた。これらのプライマーの配列は、以下に挙げる。１６Ｓ　プローブ　プライマープライマー　６２２：　、・−人等。。。工。。−１・　（ＳＥＱ工。、。、□ ２７）プライマー　９８７　＋　５’−ＣＩ’ｒＡｃＡ？’ＧｃＹＴｒｃＡＧｃ −３電　（ＳＥＱ　ＸＤ　Ｎｏ：　１コ０）１ブライ７−９９３　：　ｓ＋−ｒｒｃｃｏｒｒｒｒｃｘｃｃｃｃ−ｚ＋　（ｓｉ：□　ｘｏ　Ｎｏ：　１３１）プ５　イア　１　ｏ２１　、　５’−ＡＧＧＣＲＡＡＣＡＲＣＣＣＡＧ入−３’　（ＳＥＱより　Ｎｏ：　Ｄ２）５Ｓ　ｒＲＮＡ　プローブ　プライマープライ７ −　２２Ｑ　３　；　５　’　−ｃｃｇａａｔｔｅｇｔｃｇａｃａａｃＣＡＧＧＣ’ｒＴＡＧＣＴＴＣＣＣ：ＧＧＴＴ＋ＪＧ−３（ＳＥＱより　Ｎｏ：　１３３）上の表示中の小文字は、増幅産物に有益な制限エンドヌクレアーゼ認識クローニング部位を加えるようにデザインされた配列を示している。Ａ、　Ｔ、Ｇ、Ｃ以外の文字は次のものを表している。ひとつ以上のオリゴヌクレオチド　プローブが、ミコバクテリウム　チューパークロシス、あるいは、ミコバクテリウム　アビウム、あるいは、ミコバクテリウム　カナン、あるいは、ミコバクテリウム　フォーチュイチム、あるいはこれら４つすべての配列の相補鎖にさまざまに対応する表２に示した多くの標的領域に合うようにデザインされてきた。それぞれのオリゴヌクレオチが基づいている（例えば、相補的なン特定の配列は、示されたオリゴヌクレオチドと標的配列の検査により表１．２に挙げられている。それで、例えば、プローブ２３７１がミコバクテリウム　力ナシのはい列に完全に相補的であることが、表２を見ると分かる。塩基対則によると、一番近いものに対するさまざまな非原則的塩基対（例えば、Ｇ：Ｕ、Ｇ：Ｔあるいは、Ａ：Ｇ）が特別の目的に対するプローブに導入できつるが、ＡはＴと、ＧはＣと対をつくる。しかし、１つあるいは両方のオリゴヌクレオチド　プローブによる、種間のクロス　ハイブリダイゼーションが起嘗　きることが予想される（また、そうなることが望ましい）。同様に、オリゴヌクレオチド　プローブ２２３５と２２４８は、ミコバクテリウム　チューパークロシス、ミコバクテリウム　アビウム、ミコバクテリウム　力ナシ、ミコバクテリウム　フォーチュイチムの１６３　ｒＲＮＡ配列に基づいている。上述のオリゴヌクレオチド　プローブの特異的なハイブリダイゼーションの振る舞いは、それらが行われるアッセイの形式にかなり依存している。逆にアッセイの形式に特定のオリゴヌクレオチドの最適のデザインの特徴が規定される。本発明の範囲は、上のオリゴヌクレオチドの表中の特異的ヌクレオチド配列に限定すると解釈されることではない。例えば、これらの特異的オリゴヌクレオチドの長さは、ここで述べるドツト　プロット　アッセイ（そして他の予想されるアッセイ）に用いるのに最適なものとされている。最適なオリゴヌクレオチドの長さが選択されたハイブリダイゼーションの条件の強度の関数であるので、即成のオリゴヌクレオチドの長さはそれにしたがい変えられるということが熟練者によく知られている。また、１つ以上のオリゴヌクレオチドを含む考慮中のセットでは、すべてのオリゴヌクレチドがそれらが行われる特定の形式中で矛盾なく振る舞うことが望ましい。それで、特定のオリゴヌクレオチドの正しい長さは、その使用目的をある程度反映する。本発明のオリゴヌクレオチドは、ミコバクテリウムチューバークロシス、ミコバクテリウム　アビウム、ミコバクテリウム　カナン、ミコバクテリウム　フォーチュイチムあるいは、他のバクテリアを除くすべてのミコバクテリアの特異的同定に関するさまざまな有益なハイブリダイゼーションの性質を示すということが表１と２の配列データから示唆される。しかし、比較的少数のミコバクテリアの配列しか調べられていなかった。配列の変異型が、配列分析で調べられていない他のミコバクテリア株に存在していることがありうる。そのような変異型は、予想されるオリゴヌクレオチドによる複数のテストされて（セット）はまた、データにより明確に予想されることを注意すべきである。実施例２：オリゴヌクレオチドのドツト　プロット分析うなオリゴヌクレオチドは、もつと相補性が低いオリゴヌクレオチドより高いレーマルＤＮＡをニドラン（Ｎｙｔｒａｎ）やニトロセルロース　フィルターにスポットした。オリゴヌクレオチドは、標準的な方法で放射性リン３２で末端をうここで述べるオリゴヌクレオチドに対し、６０℃で、３時間またはそれ以上（１，０８Ｍ　ＮａＣ１，領０６Ｍ　ＮａＨ２ＰＯａ　（ｐＨ７，７）　、　６ｍＭＥＤＴＡ、０．０１にＳＤＳ、ＩＯＸデンハルト（Ｄｅｎｈａ　ｒｄ　ｔ’　ｓ）。１００マイクログラム／ミリリツター　変性サーモン　スバームＤＮＡからなる溶液中で）プレハイブリダイゼータ３ンを行った。ｒＤＮＡ標的に対するハイブリダイゼーションは、６０℃で１４−１６時間（１，０８Ｍ　ＮａＣ１，０，０６Ｍ　ＮａＨｓ　ＰＯａ　（ｐＨ７，７）、６ｍＭ　ＥＤＴＡ、０．０１％ＳＤＳからなるハイブリダイゼーション溶液中で）行い、その後、非結合オリゴヌクレオチド　プローブを除くため６０℃で（１３Ｍ　ＮａＣ１，０，０４Ｍ　Ｔｒｉｓ−ＨＣＩ　（ｐＨ７，８）、２ｍＭ　ＥＤＴＡ中で）１５分間３回ハイブリダイゼーション後の洗いを行った。上述のハイブリダイゼーションと洗いの後、ハイブリダイゼーション　フィルターをＸ線フィルムに露光し、シグナル強度を既知の量の標的物質（ＤＮＡ）のコントロール　レーンに関して視覚的に記録した。＋＋十十（オリゴヌクレオチド　プローブと標的配列の間の完全な組み合わせが配列分析により明確に確定されているコントロール　ミコバクテリア　ＤＮＡのシグナルと同等のハイブリダイゼーション　シブナノりから＋（Ｘ線フィルムの長期露光の後でさえもほとんど同定できない）そして−（全く同定できないハイブリダイゼーション）におよぶハイブリダイゼーション強度のスケールは異なる生物間とオリゴヌクレオチド間のハイブリダイゼーション　シグナルの簡便な比較に使用される。この報告形式は、要約されたデータの迅速な視覚的な調査ができるので、ハイブリダイゼーションの強度の粗い数字での表示より好まれる。表３で明らかなように、オリゴヌクレオチド　プローブ２２３５は、増幅した１６Ｓ　リポソーム　ＲＮＡ遺伝子とエム、ウルセランス（Ｍ、ｕｌｃｅｒａｎＳ、）を除くすべての単離されたミコバクテリウムのＲＮＡにハイブリダイズする。残りのオリゴヌクレオチド　プローブは、増幅された１６Ｓか２３５　ｒＤＮＡにたいしてさまざまな潜在的に有益なパターンで異なるミコバクテリア種にハイブリダイズする。プライマー　セット１６３７と１６３８はミコバクテリア　１６５　ｒＲＮＡ遺伝子を増幅するのに使用でき、プライマー　セット９４０と９８７は＃１８９から＃２７５９の２３Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子を増幅するのに使用でき、プライマーセット９４０と２２０３はゲノムＤＮＡから、＃１８９から５Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子まで２３５　ｒＲＮＡ遺伝子を増幅するのに使用できること、そして増幅産物は１６５と２３Ｓ　ｒＲＮＡを特徴とする特異的オリゴヌクレオチドでさらにテストされることが、上述の実施例で、また明らかにされる。あろう。これらの、およびその他のすべての均等物は、以下の請求の範囲に含まれることを意図するものである。（Ｉ＋ｌｅ　ｅ　Ｏ−ＮＩ　Ｍ　４　ｉｌＮ　＜へ（コロ−〜−ぐ４４＋？い／Ｉ／１い−−い−いいく（（６？　ｙ　４　Ｐ−ｅ　ｅＰ　Ｃ−〜Ｍ　４１　ｊ　ｋ　Ｉｃ　ｅ　Ｃシ　＜　Ｌ　Ａ　Ｊ＋　１Ｐ−トヘへ　ｈへへｈｈｌの、。表３ａ　：　１６Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたプローブの種／飄　菌株　２２】コ　２２４０　２ス１５　２２１３２２３６表３ａ（続き）・１６Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたプローブのドツトプロットハイブリダイゼーション表３ａ（続き）：１６Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたプローブとＰＣＲ増幅した１６Ｓ−ｒＲＮＡ遺伝子とのドツトプロット／Ｍイブリダイゼーションブローブハイブリダイゼーション種／属　菌株　２２３３．　２２４０　２２１５　ススユコ　ス２コ６表３ａ（ＩＩ！き）：　１６Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたプローブのドツトプロットハイブリダイゼーションプローブハイブリダイゼーション１／ｉｉ　菌株　２１５５　２１５６　２２３５　２２５７　２２４ａ表３ａ（読き）：１６Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたプローブのＮ／ＷＡ　ｍｎ　２１５５　２１５６　２２３５　２２５７　２２４８表３８（続き）：１６Ｓ−ｒＲＮＡを標的きしたプローブとＰＣＲ増幅した１６８−ｒＲＮＡｉｌｌ伝子とのドットブロットハイブリダイゼーションブローブハイブリダイゼーション種／属　菌株　２１５５　２１５６　２２コ５　２２５７　２２４８表３ａ（続き）＋１６３−ｒＲＮＡを標的としたプローブのドツトプロットハイブリダイゼーションプローブハイブリダイゼーション種／属　菌株　２２１４　２２コ４　２２４７表３ａ（続き）：１６３−ｒＲＮＡを標的としたプローブのドットブロットハイブリダイゼ−７：Ｉンブローブハイブリダイゼーション種／ＩＸ　菌株　２２１４　２２３４　２２４７表３ｇ（続き）＋１６５−ｒＲＮＡを標的としたプローブとＰＣＲ増幅した１６Ｓ−ｒＲＮＡ遺伝子とのドツトプロットハイブリダイゼーション本　包括性のデータは、４時間の暴露後に決定し、排他性のデータは、−晩の暴露後に決定した。＊＊　それぞれの生物について、１１００ｎのＣ５ＴＦＡ精製ＲＮＡまたは２００ｎＨのＰＣＲ増幅ＤＮＡを用いた。＊＊＊　＋＋＋＋　＝　ハイブリダイゼーションのポジティブレベル＋　＝　わずかに検出可能 −−ゼロ表３ｃ　：　２３Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕ＊　ａｖｉｕｍ　複合体プローブの表３ｃＣＭさ）：２３５−ｒＲＮＡを標的としたＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｔ＋　ａｖｉｕｍ　ｌＩ［合体プローブのドットブロットハイプリダイゼーンヨンブローブハイブリダイゼーション種／属　菌株　２３９２　２４２５　２４２８表３ｃ（続き）：２３３−ｒＲＮＡを標的としたｌｌｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍ複合体プローブのドットブロットハイブリダイゼーション＊　包括性のデータは、４時間の暴露後に決定し、排他性のデータは、−晩の暴露後に決定した。＊＊　それぞれの生物について、１１００ｎのＣ５ＴＦ、Ａ精製ＲＮＡまたは２００ｎｇのＰＣＲ増幅ＤＮＡを用いた。＊＊＊　＋＋＋＋　＝　ハイブリダイゼーションのポジティブレベル＋　＝　わずかに検出可能 −＝　セロ表４ｃ　Ｉ　２３Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ａｖｉｕｍ複合体プローブのドットブロットハイブリダイゼーシラン表４ｃ（続き）＋２３３−ｒＲＮＡを標的としたｌｌｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｌａｖｉｕｍ複合体プローブのドットブロットハイブリダイゼーシタン＊　包括性のデータは、４時間の暴露後に決定し、排他性のデータは、−晩の暴露後に決定した。木本　それぞれの生物について、１１００ｎのＣ５ＴＦＡ精製ＲＮＡを用いた。 −＊零＊　＋＋＋＋　＝　ハイブリダイゼーションのポジティブレベル＋　＝　わずかに検出可能 −＝　ゼロ表４ｄ　：　２３Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたＩＩｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕ＊　ｋａｎｓａｓｉｉ　？ｊ［合体プローブのドットブロットハイブリダイゼーション表４ｄ（続き）：　２３Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたＩＩｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕ＊　ｋａｎｓａｓｉｉ複合体プローブのドットブロットハイプリダイゼーンヨン＊　包括性のデータは、４時間の暴露後に決定し、排他性のデータは、−晩の暴露後に決定した。木本　それぞれの生物について、１１００ｎのＣ５ＴＦＡ精製ＲＮＡを用いた。木本木　＋＋＋＋　−ハイブリダイゼーションのポジティブレベル＋　＝　わずかに検出可能 −二　ゼロ表４ｄ（続き）＋２３３−ｒＲＮＡを標的としたＩｌｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｋａｎｓａｓｉｉ複合体プローブのドットプロットハイブリダイゼーション表４ｄ（続き）：２３Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｋａｎｓａｓｉｉ複合体プローブのドツトプロットハイブリダイゼーション本　包括性のデータは、４時間の暴露後に決定し、排他性のデータは、−晩の暴露後に決定した。＊＊　それぞれの生物について、１１００ｎのＣ５ＴＦＡ精製ＲＮＡを用いた。＊木’ｋ　十＋＋＋　ｗ＝　ハイブリダイゼーシヨンのポジティブレベル十　− わずかに検出可能 −＝　セロト表４ａ（続き）：１６Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍプローブのドツトプロットハイブリダイゼーション表４ａ（続き）：１６Ｓ−ｒＲＮＡを標的としたＩｌｙｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍプローブのドツトプロットハイブリダイゼーションプローブの振る舞い種／属　菌株　２２１４　２２３４　２２４７本　包括性のデータは、４時間の暴露後に決定し、排他性のデータは、−晩の暴露後に決定した。＊＊　それぞれの生物について、１１００ｏのＣｓＴＦＡＭＨＲＮＡを用いた。＊＊＊　＋＋＋＋　＝　ハイブリダイゼーションのポジティブレベル＋　＝　わずかに検出可能 −−ゼロ

【配列表】

配列番号：１配列の長さ：５５塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：　ＲＮＡ配列：ＧＵＣＵＧＧＧ＾＾＾ＣＵＧＣＣＵＧＡＵＧ　ＧＡＧＧＧＧＧＡ［ＩＡ　ＡＣＵＡＣＬＩＧＧＡＡ　ＡＣＧＧＵＡＧＣＵＡ　Ａ［１ＡＣＣ５T 配列番号：２配列の長さ＝３３塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー、直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＡＧＴＴ丁ＣＣＣＡＧ　ＧＣＴ丁Ａ丁ＣＣＣＧ　ＡＡＧＴＧＣＡＧＧＧ　ＣＡＧ　３３配列番号；３配列の長さ：２９塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：［線状配列の種類：ＤＮＡ配列ＴＡＧＡＣＣＣＡＧＴ　ＴＴＣＣＣＡＧＧＣＴ　ＴＡＴＣＣＣＧＧＡ　２９配列番号＝４配列の長さ：５６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロン−二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列・＾ＣＧＵＧＧＧＵＧＡ　ＵＣＵＧＣＣＣＵＧＣＡＣＵＬＩＣＧＧＧＡＵ＾＾ＧＣＣＵＧＧＧＡ　ＡＡＣＵＧＧＧＵＣＵ　ＡＡＵＡＣＣ５６配列番号：５配列の長さ：５６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：＾ＣＧＵＧＧＧＣＡＡ　ＵＣＵＧＣＣＣＵＧＣＡＣＵＵＣＧＧＧＡＵ　ＡＡＧＣＣＵＧＧＧＡ＾＾ＣＵＧＧＧ［ＩＣＵ＾＾ＵＡＣＣ５６配列番号二６配列の長さ二５６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：＾ＣＧＵＧＧＧＣＡＡ　ＵＣＵＧＣＣＣＵＧＣＡＣＡＣＣＧＧＧＡＵ　ＡＡＧＣＣＵＧＧＧＡ　ＡＡＣＵＧＧＧＵＣＵ　ＡＡＵＡＣＣ５１３・　配列番号ニア配列の長さ：５６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー・直線状配列の種類：ＲＮＡ配列・ＡＣＧＵＧＧＧＵＡＡ　ＵＣＩ！ＧＣＣＣＵＧＣＡＣＵＵＵＧＧＧＡＵ　ＡＡＧＣＣＵＧＧＧＡ　ＡＡＣＵＧＧＧＵＣＵ　ＡＡＵＡＣＣ５６配列番号：８配列の長さ、９０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー・直線状配列の種類：ＲＮ、Ａ配列；ＣＧＧＧＵＵＧｔｌＡＡ　ＡＧＵＡＣＬＩＵＬＩＣＡ　ＧＣＧＧＧＧＡＧＧＡ　ＡＧＧＧＡＧＵＡＡＡ　ＧＵＩ；ＡＡＵＡＣＣＵ　ＵＵＧＣtＣＡＵＵＧ　６０ＡＣＧＵＵＡＣＣＣＧ　ＣＡＧＡＡＧＡＡＧＣＡＣＣＧＧＣＵＡＡＣ９０配列番号：９配列の長さ、３８塩基配列の型、核酸鎖の数、−末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＡＡＴＣＣＧＡＧＡ　ＧＡＡＣＣＣＧＧＡＣＣＴＴＣＧＴＣＧＡＴ　ＧＧＴＧＡＡＡＧ　３８配列番号・１０配列の長さ：４４塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：１１！線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＴＴＣＴＣＣＡＣＣＴＡＣＣＧＴＣＡＡＴ　ＣＣＧＡＧＡＧＡＡＣＣＣＧＧＡＣＣＴＴＣＧＴＣＧ　４４配列番号、１１配列の長さ：３０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＴＴＣＴＣＣＡＣＣＴＡＣＣＧＴＣＡＡＴ　ＣＣＧＡＧＡＧＡＡＣ３０配列番号・１２配列の長さ＝８２塩基配列の型：核酸鎖の数　−末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＣＧＧＧＵＮＧＵＡＡ　ＡＣＣＵＣｌｌＵＵＣＡ　ＣＣＡＵＣＧＡＣＧＡ　ＡＧＧＵＣＣＧＧＧＵ　ＵＣＩｊＣＵＣＧＧＡｔｌ　ＵＧＡＣＧfＵＡＧＧ　６０じＧＧＡＧＡＡＧＡＡ　ＧＣＡＣＣＧＧＣＣ＾＾Ｃ８２配列番号：１３配列の長さ：８２塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トボロノー、直線状配列の種類＋ＲＮＡ配列。配列番号、１４配列の長さ：８２塩基配列の型、核酸鎖の数、−末鎖トポロジー：直線状配列の種類：　ＲＮＡ配列。配列番号・１５配列の長さ＝７０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号：１６配列の長さ：１００塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー口直線状配列の種類・ＲＮＡ配列番号；１７配列の長さ：３３塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＡＴＴＴＣＡＣＧＡＡ　ＣＡＡＣＧＣＧＡＣＡ　ＡＡＣＣＡＣＣＴＡＣＧＡＧ　３３配列番号・１８配列番号：２３配列の長さ：９９塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号：２４配列の長さ：９５塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー　直線状配列の種類　ＲＮＡ配列：配列番号１２５配列の長さ＝２６塩基配列の型：核酸鯖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号：２６配列の長さ：１７塩基配列の型、核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類・ＤＮＡ配列ＣＡＧＧＡＡＴＴＣＣＡＧ丁Ｃ丁ＣＣ１７配列番号・２７配列の長さ：２６塩基配列の型・核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類二ＲＮＡ配列・ＧＧＡＧＧＣＵＧＧＡ　ＡＵ［ＩＣＣＵＧＧＵＧ　ＵＡＧＣＧＧ　２６配列番号：２８配列の長さ＝２６塩基配列の型上核酸鎖の数ニ一本積トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＧＧＡＧＡＣＵＧＧＡ　ＡＵＵＣＣＵＧＧＵＧ　ＵＡＧＣＧＧ　２６配列番号：２９配列の長さ、２６塩基配列の型　核酸鎖の数、−末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＧＧＡＧＡＣＵＧＧＡ　ＡＵＵＣＣＵＧＧｔ！Ｇ　ＵＡＧＣＧＧ　２６配列番号：３０配列の長さ：２６塩基配列の型、核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列。ＧＧＡＧＡＣＵＧＧＡ　ＡＵＵＣＣＵＧＧＩＪＧ　［ＩＡＧＣＧＧ　２６配列番号：３１配列の長さ：８１塩基配列の型：核酸鎖の数・−末鎖トポロジー　直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＵＡＣＣＵＧＧＵＣＵ　ＵＧＡＣＡＵＣＣＡＣＧＧＡＡＧＵＵＵＵＣＡＧＡＧＡｔｌＧＡＧＡ　ＡＵＧＵＧＣＣＵｔｌＣＧＧＧＡＡＣＣＧＵf　６０ＡＧＡＣＡＧＧＵＧＣＩＪＧＣＡＵＧＧＣＵＧ　Ｕ　３１配列番ｇ：３２配列の長さ＝３３塩基配列の型：核酸鎖の数　−末鎖トポロジー５Ｉ［線状配列の種層：ＤＮＡ配列：ＣＴＧＣＡＣＡＣＡＧ　ＧＣＣＡＣＡＡＧＧＧ　ＡＡＣＧＣＣＴＡＴＣＴＣＴ　３３配列番号：３３配列の長さ：４３塩基配列の型２核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：　Ｄ　Ｎ　Ａ配列：ＧＧＣＣＡＣＡＡＧＧ　ＧＡＡＣＧＣＣＴＡＴ　ＣＴＣＴＡＧＡＣＧＣＧＴＣＣＴＧＴＧＣＡ　ＴＡＴ　４３配列番号：３４配列の長さ：２９ｆＪｉ基配列の型：核酸鎖の数ニ一本鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＤＮＡ配列・ＧＣＡＣＣＡＣＣＴＧ　ＣＡＣＡＣＡＧＧＣＣＡＣＡＡＧＧＧＡＡ　２９配列番号：３５配列の長さ：８０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー木調トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号＝３６配列の長さ：８１塩基配列の型：核酸鎖の数ニー木調トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列・ＵＡＣＣＵＧＧＧＵＵ　ＵＧＡＣＡＵＧＣＡＣＡＧＧＡＣＧＣＧＵＣＵＡＧＡＧＡＧＡＧＧ　ＣＧＵＵＣＣＣＵＵＧ　ＵＡＧＣＣＡＵＧＵＧ@６０ＵＧＣＡＧＧＵＧＧＵ　ＧＣＡＵＧＧＣＵＧＵ　Ｃ８１配列番号：３７配列の長さ：８０塩基配列の型：核酸鎖の数・−末鎖トポロジー、直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号＝３８配列の長さ：８０塩基配列の型：核酸鎖の数・−末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列。ＵＡＣＣＵＧＧＧＵＵ　ＵＧＡＣＡＵＧＣＡＣＡＧＧＡＣＧＣＣＧＵ　ＣＵＡＧＡＧＡＵＡＵ　ＵＧＧＵＵＣＣＣＵｔｌ　ＧＵＧＣＣＵＧＵfＵ　６０ＧＣＡＧＧＵＧＧＵＧ　ＣＡＵＧＧＣＵＧＵＣ８０配列番号：３９配列の長さ：６８塩基配列の型：核酸鎖の数、−末鎖トポロジー二直線状配列の種類・ＲＮＡ配列。＾ＡＣＧＡＧＣＧＣＡ　ＡＣＣＣＵＵＡＵＣＣＵＵＵＧＵＵＧＣＣＡ　ＧＣＧＧＵＣＣＧＧＣＣＧＧＧＡＡＣＵＣＡ　ＡＡＧＧＡＧＡＣＵＧ@６０ＣＣＡＧ［：ＧＡＵ　６８配列番号：４０配列の長さ：２８塩基配列の型：核酸鎖の数ニー木調トポロジー口直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＧＡＧＴＣＣＣＣＡ　ＣＣＡＴＴＡＣＧＴＧ　ＣＴＧＧＣＡＡＣ２８配列番号：４１配列の長さ：２８塩基配列の型：核酸鎖の数ニー木調トポロジー二直線状配列の種ｉ：ＤＮＡ配列：ＣＧＡＧＴＣＣＣＣＧ　ＧＣＡＴＴＡＣＣＣＧ　ＣＴＧＧＣＡＡＣ２８配列番号：４２配列の長さ、６８塩基配列の型・核酸鎖の数ニー木調トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号＝４３配列の長さ＝６６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー木調トポロジー・直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＣＧＡＧＣＧＣＡＡＣＣＵＵＧＵＣＵＣＡＵ　ＧＵＵＧＣＣＡＧＣＧ　ＧＧＵＡＵＧＣＣＧＧ　ＧＧＡＣＵＣＧＵＡＧ　ＡＧＡＣＵＧＣＣＧf　６０ＧＧＵＣ＾＾　６６配列番号＝４４配列の長さ＝６９塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号：４５配列の長さ＝６９塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー−１ｉ［線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＣＧＡＧＣＧＣ＾＾ＣＣＣＩＩＵＧＵＣじＣＡ　ＵＧＵＵＧＣＣＡＧＣＡＣＧＵＵＡＵＧＧＵ　ＧＧＧＧＡＣＵＣＧＵ　ＧＡＧＡＧＡＣＵＧb６０ＣＧＧＧＧＵＣＡＡ　６９配列番号：４６配列の長さ：５８塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：Ｉｉ［線状配列の種層：　ＲＮＡ配列：ＵＵＡＡＵＵＧＡＵＧ　ＧＧＧＩｊＵＡＧＣＧＣＡＡＧＣＧＡＡＧＣＵ　ＣＵＵＧＡＵＣＧＡＡ　ＧＣＣＣＣＧＧＵＡＡ　ＡＣＧＧＣＧＧＣT８配列番号＝４７配列の曇さ、３５塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：Ｉ！線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＧＧＧＣＴＴＡＡＡＴ　ＴＣＴＣＣＧＣＴＴＣＡＣＣｎＧＣＧＧＧ　ＴＴＡＡＣ３５配列番号・４８配列の長さ＝６１塩基配列の型・核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号：４９配列の長も＝３６塩基配列の型：核酸鎖の数・−重鎖トポロジー、直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＧＧＧＣＴｒＡＡＡＴ　ＴＣＴＣＣＧＣ７ｒＣＡＣＣＣＴＴＧＣＧＧ　ＧＴＴＡＡＣ３６配列番号・５０配列の長さ：６２塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー；直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号・５１配列の長さ＝３５塩基配列の型：核酸鎖の数、−重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列・ＧＧＧＣＴＴＡＡＡＴ　ＴＣＴＣＴＧＣＴＴＣＡＣＣＣＣＧＡＡＧＧ　ＴＴＡＡＣ３５配列番号；５２配列の長さ：６１塩基配列の型　核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー・直線状配列の種類・ＲＮＡ配列・配列番号・５３配列の長さ：３４塩基配列の型・核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：［線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＧＧＧＣＴＴＡＡＡＣＴＴＣＣＴＧＣＴＴＣＡＣＴＴＡＣＧＧＧＴ　ＴＡＡＣ３４配列番号：５４配列の長さ＝６０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー口直線状配列の増摩：ＲＮＡ配列：Ｇ［ＩＵＡＡＧＡＧＧＡ　ＣＣＣＧＵＵＡＡＣＣＣＧＵＡＡＧＵＧＡＡ　ＧＣＡＧＧＡＡＧＵＵ　ＵＡＡＧＣＣＣＣＡＧ　ＵＡＡＡＣＧＧＣfＧ　６０配列番号：５５配列の長さ＝６０塩基配列の型；核酸鎖の数　−重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＧＵＡＧＧＡＵＡＧＧ　ＵＧＧＧＡＧＧＣＵＵ　ＵＧＡＡＧＵＧＵＧＧ　ＡＣＧＣＣＡＧＵＣＵ　ＧＡＵＧＧＡＧＣＣＧ　ＡＣＣＵＵＧＡＡ`［ｌ　６０配列番号＝５６配列の長さ：３５塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：直線状配列の種類：　ＤＮＡ配列：ＣＴＣＣＧＣＣＣＣＡ　ＡＣＴＧＧＣＧＴＣＧ　ＡＧＧＴＴｒＣＡＣＡ　ＧＴＣＴＣ３５配列番号、５７配列の長さ二６１塩基配列の型：核酸鎖の数・−重鎮トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号二５８配列の長さ：３５塩基配列の型；核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＴＣＣＡＣＣＣＣ＾＾ＣＴＧＧＣＧＴＴＧ　ＡＧＧＴＴＴＣＡＣＡ　ＧＴＣＴＣ３５配列番号：５９配列の長さ二６１塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー口直線状配列の種類：　ＲＮＡ配列：配列番号＝６０配列の長さ＝３５塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＴＣＣＡＣＡＡＣＣＡＣＴＧＧＣＧＴＧＧ　ＣＴＧＣＴＴＣＡＣＡ　ＧＴＣＴＣ３５配列番号二６１配列の長さ二６１塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号：６２配列の長さ：３６塩基配列の型：核酸鎖の数・一本鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＤＮＡ配列。ＣＴＣＣＡＣＡＣＡＡ　ＡＣ丁ＧＧＧＣＧＴＣＴＧＴＧＣＴＴＣＡＡ　ＡＧＴＣＴＣ３６配列番号＝６３配列の長さ：６２塩基配列の型・核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー　直線状配列の種類　ＲＮＡ配列：ＧＵＡＧＧＡＬ：ＭＧＧ　ＹＳＧＧＡＧＡＣＬ！Ｕ　ＵＧＡＡＧＣＡＣＡＧ　ＡＣＧＣＣＣＡＧＵＵ　ＵＧＵＧＵＧＧＡＧＩＩ　ＣＧＵＵＧtＵＧＡＡ　６０＾Ｕ６２配列番号＝６４配列の長さ＝６０塩基配列の型：核酸鎖の数、−末鎖トポロジー　直線状配列の種類　ＲＮＡ配列：ＧＡＡＡＧＣＵＡＵＵ　ＵＡＧＧＵＡＧＣＧＣＣＵＣＧＩｊＧＡＡＵＵ　ＣＡＵＣｌｌＣＣＧＧＧ　ＧＧＵＡＧＡＧＣＡＣＵＧＵｔｌＵＣＧfＣＡ　６０配列番号＝６５配列の長さ；６１塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：１！線状配列の種類：ＲＮＡ配列配列番号：６６配列の長さ二６１塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号二６７配列の長さ：３５塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列：ＣＴＣＴＡＣＣＴＣＣＡＡＣＡＡＧＡＡＡＣＡＴＧＴＧＡＣＧＣＴ　ＧＣＡＣＣ３５配列番号＝６８配列の長さ＝６１塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＧＡＡＡＵＧＣＡＵＵ　ＵＡＧＧＵＧＣＡＧＣＧＵＣＡＣＡＵＧＵＵ　ＵＣＵｔｌＧＵＵＧＧＡ　ＧＧＵＡＧＡＧＣＵＡ　ＣＵＧＧＡＵＧＣbＧ　６０Ａ　６１配列番号・６９配列の長さ：５１塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＣＡＡＡＣＵＧＣＧＡ　ＡＵＡＣＣＧＧＡＧＡ　ＡＵＧＵＵＡＵＣＡＣＧＧＧＡＧＡＣＡＣＡ　ＣＧＧＣＧＧＧＵＧＣＵ　５１配列番号＝７０配列の長さ＝５０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＣＡＡＡＣＵＣＣＧＡ　ＡＵＧＣＣＧＵＧＧＵ　ＧＵＡＡＡＧＣＣ，ｔｌＧ　ＧＣＡＧＵＧＡＧＡＣＧＧＣＧＧＧＧＧＡＵ　５０配列番号＝７１配列の長さ＝５０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジｍ：ｌ［線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＣＡＡＡＣＵＣＣＧＡ　ＡＵＧＣＣＧＵＧＧＵ　ＧＵＡＵＡＧＣＧＵＧ　ＧＣＡＧＵＧＡＧＡＣＧＧＣＧＧＧＧＧＫＡｔｌ　５０配列番号ニア２配列の長さ：３５塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：直線状配列の種類・ＤＮＡ配列：ＣＧＴＣＴＣＡＣＴＧ　ＣＣＡＣＡＣＴＣＴＴ　ＧＧＡＣＩＴＧＴＣＧ　ＧＣＡＴＴ　３５配列番号ニア３配列の長さ：５３塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：直線状配列の種ｇｌ：ＲＮＡ配列：ＣＡＡＡＣＵＣＣＧＡ　ＡＵＧＣＣＧＡＣＡＡ　ＧＵＣＣＡＡＧＡＧＵ　ＧＵＧＧＣＡＧＵＧＡ　ＧＡＣＧＧＣＧＧＧＧ　ＧＡＵ　５３配列番号ニア４配列の長さ　５４塩基配列の型　核酸鎖の数コー末鎖トポロジー二１！線状配列の１１雇：ＲＮＡ配列：配列番号ニア５配列の長さ：３５塩基配列の型、核酸鎖の数・−末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：配列番号ニア６配列の長さ・５５塩基配列の型・核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：直線状配列のＭ蔑：ＲＮＡ配列：ＡＡＧＣＣＧＣＧＧＣＡＣＡＵＣＣＡＣＣＵ　ＵＧＵＧＧＵＧＧＧＵ　ＧＵＧＧＧＩＪＡＧＧＧ　ＧＡＧＣＧＵＣＣＣＬＩ　ＣＡＵｔｌＣ５T 配列番号、７７配列の長さ：３１塩基配列の型、核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：［線状配列の種類：ＤＮＡ配列・ＧＣＴＣＣＣＣＴＡＣＣＣＡＡＣＣＴＴＧＣＧＧＴＴＧＴＣＧＣＧ　Ｇ　３１配列番号ニア８配列の長さ＝４５塩基配列の型・核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー　直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：＾ＡＧＣＣＧＣＧＡＣＡＡＣＣＧＣＡＡＧＧ　ＵＵＧＧＧＵＡＧＧＧ　ＧＡＧＣＣＵＣＣＣＵ　ＣＡＵＵＣ４５配列番号　７９配列の長き：３３塩基配列の型・核酸鎖の数、−末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＧＣＴＣＣＣＣＴＡＣＣＣＡＡＣＧＡＴＡＡ　ＡＴＣＧＴＴＧＣＣＧ　ＣＧＧ　３３配列番号：８０配列の長さ：４７塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー口直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：＾ＡＧＣＣＧＣＧＧＣＡＡＣＧＡＵＵＵＡＵＣＧＵＵＧＧＧ［１ＡＧＧＧＧＡＧＣＧＵＣＣＵＧＣ＾じＣＣ４７配列番号：８１配列の長さ：４２塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＧＣＴＣＣＣＣＴＡＣＣＣＡＣＡＴＣＣＡＣＣＧＴＡＡＡＧＡＴＧ　ＡＡＴＧＴＧＣＣＧＣＧＧ　４２配列番号＝８２配列の長さ：５６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロノー、直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：＾＾ＧＣＣＧＣＧＧＣＡＣＡＵＵＣＡ［’ＣＵ　ＵＵＡＣＧＧＵＧＧＡ　ＵＧＵＧＧＧＵＡＧＧ　ＧＧＡＧＣＧＵＣＣＣＣＣＡＵＵＣ５６配列番号、８３配列の長さ・５０塩基配列の型：核酸鎖の数・−重鎖トポロジー二直線状配列の種類：　ＲＮＡ配列：ＧＧＵＵＡＡＧＣＧＡ　ＣＵ＾＾ＧＣＧＵＡＣＡＣＧＧＵＧＧＡＵＧ　ＣＣＣＵＧＧＣＡＧＵ　ＣＡＧＡＧＧＣＧＡＵ　５０配列番号、８４配列の長さ：３７塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー口直線状配列の種類・ＤＮＡ配列：ＣＡＡＣＡＡＡＡＡＣＣＡＡＡＧＡＡＴＡＴ　ＴＧＣＡＣＡＡＡＧＡ　ＡＣＡＣＧＣＣ３７配列番号：８５配列の長さ：６４塩基配列の型口核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：　ＲＮＡ配列：ＣＵＧＣＣＧＧＣＵＡ　ＧＣＧＧＵＧＧＣＧＵ　ＧＵＵＣＵＵＵＧＵＧ　Ｃ，へＡ［ＩＡＵＵＣＵＵ　ＵＧＧＩｌ［ＩＵＵＵＧＵ　ＵＧＵＧtＵＵＧＵＡ　６０＾ＧＵＧ　６４配列番号：８６配列の長さ・３７塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列。ＣＡＡＡＡＡＣＣＡＡ　ＡＧＡＡＴＡＡＡＡＴ　ＴＧＣＡＣＡＡＡＡＧ＾＾ＣＡＣＧＣ３７配列番号：８７配列の長さ＝６４塩基配列の型：核酸鎖の数、−重鎖トポロジー：直線状配列の種類：　ＲＮＡ配列：配列番号・８８配列の長さ＝３７塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー・直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＡＡＡＡＡＣＣＡＡ　ＡＡＡＴＧＡＧｍ　ＡＡＡＡＧＡＡＡＴＴ　ＧＣＡＣＡＴＣ３７配列番号°８９配列の長さ：６２塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種ｉ：ＲＮＡ配列：ＵＧＧＵＵＵＵＧＵＧ　ＵＧＵＵＧＡＵＧＵＧ　ＣＡＡＵＵＵＣＵＵＵ　ＵＡＡＡＣＬ：ＣＡＵＵ　ＵＵＵＧＧＵＵＵＵＵ　ＧＵＧＵＵＧＵ`ＡＧ　６０配列番号＝９０配列の長さ：３８塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＡＧＣＧＧＣＧＡＧＣＧＡＡＣＧＧＧＧＡＧ　ＣＡＧＣＣＣＡＧＡＧ　ＣＣＵＧＡＡＵＣ３８配列番号；９１配列の長さ＝３７塩基配列の型・核酸鎖の数、−重鎖トポロジー：１ｉ線状配列の種類・ＤＮＡ配列二ＧＧＴＴＡＣＣＣＡＴ　ＧＣＧＴＧＣＧＧＴＴ　ＴＡＧＣＣＴＧＴＴＣＣＧＣＧＴＴＣ３７配列番号：９２配列の長さ：５８塩基配列の型：核酸鏡の数ニー末鎖トポロジー：ｌ［線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＡＧＵＧＧＣＧＡＧＣＧＡＡＣ５ＧＡＡＣＡ　ＧＧＣＵＡＡＡＣＣＧ　ＣＡＣＧＣＡＵＧＧＧ　ＵＡＡＣＣＧＧＧＵＡ　ＧＧＧＧＵＵＧＣ５a 配列番号＝９３配列の長さ＝５９塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列；配列番号・９４配列の長さ：３７塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種ｇＩ：ＤＮＡ配列二ＧＧＴＴＡＣＣＣＡＴ　ＧＣＧＴＧＣＧＧＴＴ　ＴＡＧＣＣＡＴＧＴｒ　ＣＣＧＧＴＴＣ３７配列番号：９５配列の長さ＝６０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列。ＡＧＵＧＧＣＧＡＧＣＧＡＡＣＣＧＧＡＡＣＡＵＧＧＣＵＡＡＡＣＣＧＣＡＣＧＣＡＵＧ　ＧＧＵＡＡＣＣＧＧＧ　ＵＡＧＧＧＧＵＵＧＵ　U０配列番号、９６配列の長さ：３７塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：　ＤＮＡ配列：ＧＧＴＡＴＣＡＣＡＴ　ＧＣＡＴＡＣＧＧＴＴ　ＴＡＧＣＣＡＴＣＣＣＴＴＣＴＴＴＣ３７配列番号＝９７配列の長さ・６０塩基配列の型シ核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＡＧＵＧＧＣＧＡＧＣＧ＾＾ＡＧＡＡＧＧＧ　ＡＵＧＧＣＵＡＡＡＣＣＧＵＡＵＧＣＡＵＧ　ＵＧＡＵＡＣＣＧＧＧ　ＵＡＧＧＧＧ［ＩＵＧt　６０配列番号：９８配列の長さ：１３塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー＝１！線状配列の種類：　ＲＮＡ配列：＾ＧＵＧＵＧＵＧＵＧ　ＵＵＡ　１３配列番号＝９９配列の長さ：４２塩基配列の型、核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＤＮ、Ａ配列：ＣＴＧＡＣ丁ＧＣＣＴ　ＣＴＣＡＧＣＣＧＧＧ　ＴＡＧＣＧＣＴＧＡＧ　ＡＣＡＴＡＴＣＣＴＣＣＣ４２配列番号・１００配列の長さニア１塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：　ＲＮＡ配列：ＵＧｔｌＧＵＧＣ弱Ｇ　ＧＵＵＧＩＩＧＧＧＡＧ　ＧＡＵＡＵＧＵＣＵＣ届０疋Ｕ＾ＣＣＧはＵＧＡＧＡＧＧＣＡＧＬ：ＣＡＧＡＡＡＧ　６O ｔ！ＧＵＣＧＵＧＧＵＵ＾　７１配列番号＝１０１配列の長さニア０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー・直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号：１０２配列の長さ：４３塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類・ＤＮＡ配列：ＣｒＧＡＣＴＧＣＣＣＣＴＣＡＧＣＣＧＧＧ　丁ＡＧＡＧＣＴＧＡＧ　ＡＣＧＫＡＴＣＧＴＡ　ＣＣＣ４３配列番号二１０３配列の長さニア２塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：　ＲＮＡ配列：ＧＵＧＵＧＣＧＧＧＧ　ＵＬＩＧＵＧＧＧＡＵＣＧＡＵＭＣＧＵＣＵＣＡＧＣＵＣＵＡＣＣＣＧＧＣＵＧＡＧＧＧＮ　ＣＡＧＵＣＡＧＡＡＡ@６０ＧＩＪＧＵＣＧＵＧＧＵ　ＵＡ　７２配列番号＝１０４配列の長さ＝４２塩基配列の型：核酸鎖の数・−末鎖トポロジー：ｌＥｍｌ状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＴＧＡＣＴＡＣＣＣＴＣＣＡＧＣＣＡＧＧ　ＴＡＧ＾＾ＣＴＧＧＡ　ＡＡＡＡＣＡＧＧＴＣＣＣ４２配列番号：１０５配列の長さニア１塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号：１０６配列の長さ、５４塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種類：ＲＮＡ配列・ｔｌＡｃＡＡＧｃＡＧＵ　ＧＧＧＡＧＣＡＣＧＣＵＩＪＡＧＧＣＧＵＧＵ　ＧＡＣＵＧＣＧＵＡＣＣＵｔｉＬ！ＵＧＵＡＵＡ　ＡＵＧＧ　５S 配列番号：１０７配列の長さ：３９塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種ｆｉ：ＤＮＡ配列：ＣＣＡＴＣＡＣＣＡＣＣＣＴＣＣＴＣＣＧＧ　Ａ礪ＧＧＡＡＡＡＧ　ＧＡＧＧＣＴＣＴＧ　３９配列番号：１０８配列の長さ＝６８塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：配列番号、１０９配列の長さ：６７塩基配列の型・核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＵＣＡＡＵＣＣＧＵＣＡＧＡＧＣＣＵＣＣＵ　ＵＵＵＣＣＵＣＩＪＣＣＧＧＡＧＧＡＧＧＧＵ　ＧＧＵＧＡＵＧＧＣＧ　ＵＧＣＣＵＵＵＵＧ`　６０＾ＧＡＡＵＧ＾　６７配列番号＝１１０配列番号：１１６配列の長さニア９１ｍ基配列の型：核酸鱗の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種＊：ＲＮＡ配列：配列番号：１１７配列の長さニア８塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：［線状配列の種ｆｆ：ＲＮＡ配列：ＧＣＧＡＡＡＧＣＧＡ　ＣＵＣＵＧＡＡＵＡＧ　ＧＧＣＧＡＣＣＣＡＣＡＳＣＡｔｌＡＣＧＣＧ　ＣＧＵＧＵＧＡＡＵＡ　ＧＵＧＧＣＧＵＧtＵ　６０ＣＵＧＧＡＣＣＣＧＡ　ＡＧＣＧＧＡＧＵ　７８配列番号：１１８配列の長さ：４６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＣＡＧＡＡＣＡＣＧ　ＣＡＣＴＡＣＡＣＡＣＧＣＴＣＧＣＧＣＧＣＧＡＴＡＣＧＣＣＣＴ　＾丁子ＣＡＧ　４６配列番号：１１９配列の長さニア３塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＲＮＡ配列：ＧＣＧＡＡＡＧＣＧＡ　ＣＵＣＵＧＡＡＵＡＧ　ＧＧＣＧＵＡＵＣＧＣＧＣＧＣＧＡＧＣＧＵ　ＧＵＧＵＡＧＵＧＧＣＧＵＧＵＵＣＵＧＧＡ@６０ＣＣＣＧＡＡＧＣＧＧ　ＡＧｔｌ　７３配列番号：１２０配列の長さ＝５０塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＣＡＧＡＡＣＡＣＡ　ＣＣＡＣＴＡＣＡＣＣＡＣＡＣＡＣＴＡＣＴ　ＧＴＧＣＧＧＡＴＡＣＣＣＣＴＡｎＣＡＧ　５Ｇ配列番号＝１２１配列の長さニア６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー：直線状配列の種ｇｌ：ＲＮＡ配列：配列番号＝１２２配列の長さ＝４２塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列。ＣＣＡＧＡＡＣＡＣＧ　ＣＡＡＣ丁ＡＣＡＣＣＣＣＡＡＧＧＧＡＴＧ　ＣＧＣＣＣＴＡＴＴＣＡＧ　４２配列番号：１２３配列の長さ：６８塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー・直線状配列の種類：ＲＮＡ配列配列番号・１２４配列の長さ：１７塩基配列の型・核酸鎖の数・−末鎖トポロジー口直線状配列のＮ雇：ＤＮＡ配列：＾ＡＧＧＡＧＧＴＧＡ　ＴＣＣＡＧＣＣ１７配列番号：１２５配列の長さ＝１８塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種ｊｉ：ＤＮＡ配列：ＡＧＡＧｍＧＡＴ　ＣＣＴＧＧＣＴＣ１８配列番号：１２６配列の長さ：１６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＴＧＹＡＣＡＣＡＣＣＧＣＣＣＧＴ　１６配列番号：１２７配列の長さ：１６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー重鎖トポロジー二直線状配列の種ｉ１：ＤＮＡ配列：ＡＴｒＧＧＣＣＴＴＴ　ＣＡＣＣＣＣ１６配列番号：１２８配列の長さ：１８塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー、直線状配列の種類：　ＤＮＡ配列：Ｇ＾＾ＣＴＧＡＡＡＣＡＴＣＴｆＡＧＴ配列番号：１２９配列の長さ：１５塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー、［１線状配列の種類・ＤＮＡ配列：ＴＴＡＧＣＭＴＴＴＣＡＣＣＣＣ配列番号；１３０配列の長、さ：１６塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：ＣＴＴＡＧＡＴＧＣＹ　ＴＴＣＡＧＣ配列番号：１３１配列の長さ：１５塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー二直線状配列の種類：ＤＮＡ配列：１３　ＴＴＧＧＣＭＴＴＴＣＡＣＣＣＣｌ！配列番号：１３２配列の長さ：１６塩基配列の型：核酸鎖の数・−末鎖トポロジー：［線状配列の種類：ＤＮＡ配列：１５　＾ＧＧＧＲＡＡＣＡＲＣＣＣＡＧ＾　ＩＣ配列番号＝１３３配列の長さ：３９塩基配列の型：核酸鎖の数ニー末鎖トポロジー：直線状配列の種＠：ＤＮＡ配列：１６　ＣＣＧＡＡＴＴＣＧＴ　ＣＧＡＣＡＡＣＣＡＧ　ＧＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＧＧＧＴＴＣＧＧ　３９国際調査報告　ｒＴ／ＩＩＣ１フロントページの続き（７２）発明者　シャー、ヨツナ・サドハーアメリカ合衆国ニューハンプシャー州０３０６０　、ナシュア、ブレザーブ・ドライブ

Claims

【特許請求の範囲】

１．実質的に包括的な核酸配列であって、ミコバクテリア属の仲間に由来するリボソームＲＮＡおよびリボソームＤＮＡに実質的に相補的であり、大腸菌のリボソームＲＮＡの塩基配列に大体対応する領域内にある塩基配列を有し、該大腸菌の塩基配列が、次の塩基配列番号：ａ）１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの５７８−６０９；ｂ）１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの６０６−６４１；ｃ）１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの９９５−１０３８；およびｄ）１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの１０１２−１０４７からなる群より選択されることを特徴とする核酸配列。
２．次の配列：ａ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：１７；ｂ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：１９；ｃ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：３２；およびｄ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：３３ｅ）ａ）からｄ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ｆ）ａ）からｅ）の相補鎖；およびｇ）ａ）、からｆ）のホモログ；からなる群より選択される、請求項１記載の実質的に包括的な核酸配列。
３．部分的に包括的な核酸配列であって、ミコバクテリア属の仲間に由来するリボソームＲＮＡおよびリボソームＤＮＡに実質的に相補的であり、大腸菌のリボソームＲＮＡの塩基配列に大体対応する領域内にある塩基配列を有し、該大腸菌の塩基配列が、次の塩基配列番号：ａ）１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの１４３−１７１；ｂ）１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの４３６−４８１；ｃ）１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの４４６−４９７；ｄ）１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの４５９−５０１；ｅ）１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの５９２−６２９；ｆ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの２５４−２８１；ｇ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの５３５−５５９；ｈ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの５３５−５６５；ｉ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの６４０−６６６；ｊ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの６４０−６６９；ｋ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの１１５９−１１９１；ｌ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの１１５９−１１９７；ｍ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの１８４６−１８９４；ｎ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの２１２６−２２３０；ｏ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの９２３−９４６；およびｐ）２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの２８１−２８４；からなる群より選択されることを特徴とする核酸配列。
４．次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３；ｂ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９；ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０；ｄ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１；ｅ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１８；ｆ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９１；ｇ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９４；ｈ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９６；ｉ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０７；ｊ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１０；ｋ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１２；ｌ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１５；ｍ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２２；ｎ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２０；ｏ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７５；ｐ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６２；ｑ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４７；ｒ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４９；ｓ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５１；ｔ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５８；ｕ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７２；ｖ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９９；ｗ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０４；ｘ）ａ）からｗ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ｙ）ａ）からＸ）の相補鎖；およびＺ）ａ）からｙ）のホモログ；からなる群より選択される、請求項３記載の部分的に包括的な核酸配列。
５．実質的に包括的な非排他的オリゴヌクレオチドであって、ミコバクテリア属の仲間に由来するリボソームＲＮＡおよびリボソームＤＮＡに実質的に相補的であり、大腸菌のリボソームＲＮＡの塩基配列に大体対応する領域内にある塩基配列を有し、該大腸菌の塩基配列が、次の塩基配列番号：１６ＳリポソームＲＮＡゲノムの１３２−１６４；１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの６４９−６８０；および２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの２１２６−２１６０；からなる群より選択されることを特徴とする、実質的に包括的な非排他的検出オリゴヌクレオチド。
６．次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：２；ｂ）ＳＥＱＩＤＮＯ：２６；ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５６；ｄ）ＳＥＱＩＤＮＯ：８１；ｅ）ａ）からｄ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ｆ）ａ）からｅ）の相補鎖；およびｇ）ａ）からｆ）のホモログ；からなる群より選択される、請求項５記載の実質的に包括的なオリゴヌクレオチド。
７．部分的に包括的な非排他的オリゴヌクレオチドであって、ミコバクテリリア属の仲間に由来するリボソームＲＮＡおよびリボソームＤＮＡに実質的に相補的であり、大腸菌のリボソームＲＮＡの塩基配列に大体対応する領域内にある塩基配列を有し、該大腸菌の塩基配列が、次の塩基配列番号：１６ＳリボソームＲＮＡゲノムの１１２１−１１４７；２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの１１５９−１１９７；２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの２１２６−２１６０；２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの８３０−８６４；および２３ＳリボソームＲＮＡゲノムの２８１−２８４；からなる群より選択されることを特徴とする、部分的に包括的な非排他的検出オリゴヌクレオチド。
８．次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４０；ｂ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４１；ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７７；ｄ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７９；ｅ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６０；ｆ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６７；ｇ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０２；ｈ）ａ）からｇ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ｉ）ａ）からｈ）の相補鎖；およびｊ）ａ）からｉ）のホモログ；からなる群より選択される、請求項７記載の実質的に包括的な検出オリゴヌクレオチド。
９．実質的に包括的なオリゴヌクレオチドであって、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ複合体亜属のリボソームＲＮＡに実質的に相補的であり、大腸菌のリボソームＲＮＡの塩基配列に大体対応する領域内にある塩基配列を有し、該大腸菌の塩基配列が、次の塩基配列番号：２３ＳリボソームＲＮＡの５３５−５５９；および２３ＳリポソームＲＮＡの６４０−６６６；からなる群より選択されることを特徴とする、実質的に包括的なオリゴヌクレオチド。
１０．次の配列：ａ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：１０７；ｂ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：１１５；ｃ）ａ）からｂ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ｄ）ａ）から。）の相補鎖；およびｅ）ａ）からｄ）のホモログ；からなる群より選択される、請求項９記載の実質的に包括的なオリゴヌクレオチド。
１１．実質的に包括的なオリゴヌクレオチドであって、成長の遅い種類のミコバクテリアのリボソームＲＮＡに実質的に相補的であり、大腸菌のリボソームＲＮＡの塩基配列に大体対応する領域内にある塩基配列を有し、該大腸菌の塩基配列が、次の塩基配列番号：２３ＳリボソームＲＮＡの１８６４−１８９４；および２３ＳリボソームＲＮＡの２８１−２８４；からなる群より選択されることを特徴とする、実質的に包括的なオリゴヌクレオチド。
１２．次の配列：ａ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：４７；ｂ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：９９；ｃ）ａ）からｂ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ｄ）ａ）から。）の相補鎖；およびｅ）ａ）からｄ）のホモログ；からなる群より選択される、請求項１１記載の実質的に包括的なオリゴヌクレオチド。
１３．次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１７；ｂ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１９；ｃ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：３２；ｄ）ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：３３；ｅ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３；ｆ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９；ｇ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０；ｈ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１；ｉ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１８；ｊ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９１；ｋ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９４；１）ＳＥＱＩＤＮＯ：９６；ｍ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０７；ｎ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１０；ｏ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１２；ｐ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１５；ｑ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２２；ｒ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２０；ｓ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７５；ｔ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６２；ｕ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４７；ｖ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４９；ｗ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５１；ｘ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５８；ｙ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７２；ｚ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９９；ａａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０４；ａｂ）ａ）からａａ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ａｃ）ａ）からａｂ）の相補鎖；およびａｄ）ａ）からａｃ）のホモログ；からなる群より選択される２個またはそれ以上のオリゴヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドセット。
１４．捕獲／検出オリゴヌクレオチドセットであって、捕獲オリゴヌクレオチドが次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１７；ｂ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１９；ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３２；ｄ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３３；ｅ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３；ｆ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９；ｇ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０；ｈ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１；ｉ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１８；ｊ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９１；ｋ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９４；ｌ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９６；ｍ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０７；ｎ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１０；ｏ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１２；ｐ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１５；ｑ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２２；ｒ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２０；ｓ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７５；ｔ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６２；ｕ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４７；ｖ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４９；ｗ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５１；ｘ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５８；ｙ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７２；ｚ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９９；ａａ）ＳＥＩＤＮＯ：１０４；ａｂ）ａ）からａａ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ａｃ）ａ）からａｂ）の相補鎖；およびａｄ）ａ）からａｃ）のホモログ；からなるオリゴヌクレオチドの群より選択され、検出オリゴヌクレオチドが次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：２；ｂ）ＳＥＱＩＤＮＯ：２０；ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５６；ｄ）ＳＥＱＩＤＮＯ：８１；ｅ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４０；ｆ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４１；ｇ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７７；ｈ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７９；ｉ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６０；ｊ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６７；ｋ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０２；ｌ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９６：ｍ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０７；およびｎ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１０；からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドセット。
１５．ミコバクテリア属の細菌を同定するためのキットであって、ハイブリダイゼーション容器、ハイブリダイゼーションバッファー、洗浄バッファー、および次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１７；ｂ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１９；ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３２；ｄ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３３；ｅ）ａ）からｄ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ｆ）ａ）からｅ）の相補鎖；およびｇ）ａ）からｆ）のホモログ；からなる群より選択される２個またはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含むキット。
１６．ミコバクテリア属の細菌を同定するためのキットであって、ハイブリダイゼーション容器、ハイブリダイゼーションバッファー、洗浄バッファー、および次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１７；ｂ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１９；ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３２；ｄ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３３；ｅ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３；ｆ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９；ｇ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０；ｈ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１；ｉ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１８；ｊ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９１；ｋ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９４；ｌ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９６；ｍ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０７；ｎ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１０；ｏ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１２；ｐ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１５；ｑ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２２；ｒ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２０；ｓ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７５；ｔ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６２；ｕ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４７；ｖ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４９；ｗ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５１；ｘ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５８；ｙ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７２；ｚ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９９；ａａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０４；ａｂ）ａ）からａａ）のオリエゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ａｃ）ａ）からａｂ）の相補鎖；およびａｄ）ａ）からａｃ）のホモログ；からなる群より選択される２個またはそれ以上のオリゴヌクレオチドを含むキット。
１７．ミコバクテリア属の細菌を同定するためのキットであって、ハイブリダイゼーション容器、ハイブリダイゼーションバッファー、洗浄バッファー、および捕獲／検出オリゴヌクレオチドセットを含み、捕獲オリゴヌクレオチドが次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１７；ｂ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１９：ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３２；ｄ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３３；ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：３；ｆ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９；ｇ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０；ｈ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１；ｉ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１８；ｊ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９１；ｋ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９４；ｌ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９６；ｍ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０７；ｎ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１０；ｏ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１２；ｐ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１１５；ｑ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２２；ｒ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１２０；ｓ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７５；ｔ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６２；ｕ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４７；ｖ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４９；ｗ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５１１；ｘ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５８；ｙ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７２；ｚ）ＳＥＱＩＤＮＯ：９９；ａａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０４；ａｂ）ａ）からａａ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ａｃ）ａ）からａｂ）の相補鎖；およびａｄ）ａ）からａｃ）のホモログ；からなる群より選択され、検出オリゴヌクレオチドが次の配列：ａ）ＳＥＱＩＤＮＯ：２；ｂ）ＳＥＱＩＤＮ°：２６；ｃ）ＳＥＱＩＤＮＯ：５６；ｄ）ＳＥＱＩＤＮＯ：８１；ｅ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４０；ｆ）ＳＥＱＩＤＮＯ：４１：ｇ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７７；ｈ）ＳＥＱＩＤＮＯ：７９；ｉ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６０；ｊ）ＳＥＱＩＤＮＯ：６７；ｋ）ＳＥＱＩＤＮＯ：１０２；ｌ）ａ）からｋ）のオリゴヌクレオチドであって、ＵがＴで置き換えられているオリゴヌクレオチド；ｍ）ａ）からｌ）の棺桶鎖；およびｎ）ａ）からｍ）のホモログ；からなる群より選択されるキット。
１８．ミコバクテリア属の細菌の存在を検出する方法であって、ａ）ミコバクテリアの存在について試験すべき細菌の培養物を用意する；ｂ）培養物から核酸を単離する；ｃ）核酸を固体支持体に固定する；ｄ）支持体に結合した核酸を、請求項２に掲げた群から選択されるプローブを含む溶液と接触させる；ｅ）支持体に結合した核酸を洗浄して、非特異的結合プローブを除去する；およびｆ）特異的に結合したプローブを検出する；の各工程からなる方法。