JPH0599898A - データ分析方法、電気泳動分析方法、電気泳動機構およびｄｎａ断片の確認方法 - Google Patents
データ分析方法、電気泳動分析方法、電気泳動機構およびｄｎａ断片の確認方法Info
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- JPH0599898A JPH0599898A JP4023385A JP2338592A JPH0599898A JP H0599898 A JPH0599898 A JP H0599898A JP 4023385 A JP4023385 A JP 4023385A JP 2338592 A JP2338592 A JP 2338592A JP H0599898 A JPH0599898 A JP H0599898A
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- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
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Abstract
(57)【要約】
【目的】 エレクトロフェログラムにおけるピークの確
認に関して信号対雑音および分析力を改善すること。 【構成】 電気泳動により得られるエレクトロフェログ
ラムにおける信号対雑音を改善するための方法および装
置である。泳動時間に関するデータをビンに貯蔵するこ
とにより泳動時間の図が描き直され、信号対雑音および
ピークの分析力を改善する。エレクトロフェログラムの
データポイントが、時間間隔の数に対応する可変寸法ビ
ンに貯蔵される。ビンの寸法は泳動時間と共に増大す
る。信号対雑音およびピークの分析力をさらに増大させ
るため、ビンに貯蔵されたデータはフーリエ変換により
濾過される。本発明はDNA 順位を正確に決定することが
可能である。
認に関して信号対雑音および分析力を改善すること。 【構成】 電気泳動により得られるエレクトロフェログ
ラムにおける信号対雑音を改善するための方法および装
置である。泳動時間に関するデータをビンに貯蔵するこ
とにより泳動時間の図が描き直され、信号対雑音および
ピークの分析力を改善する。エレクトロフェログラムの
データポイントが、時間間隔の数に対応する可変寸法ビ
ンに貯蔵される。ビンの寸法は泳動時間と共に増大す
る。信号対雑音およびピークの分析力をさらに増大させ
るため、ビンに貯蔵されたデータはフーリエ変換により
濾過される。本発明はDNA 順位を正確に決定することが
可能である。
Description
【０００１】
【産業上の利用分野】本発明は、一般的には電気泳動に
関し、より詳細には、毛管電気泳動によって得られるエ
レクトロフェログラムにおける信号対雑音を改善する方
法に関する。
関し、より詳細には、毛管電気泳動によって得られるエ
レクトロフェログラムにおける信号対雑音を改善する方
法に関する。
【０００２】
【従来の技術】毛管電気泳動は、ペプチド、タンパク質
およびオリゴヌクレオチド（アナライト）のような分子
種の分離および検出のための高分解および高感度方法で
ある。分離は、電界の影響下にある分離媒体（ゲルまた
は電解質溶液）中で前記アナライトを異なる速度で泳動
させることにより行なわれる。同じ種のアナライトは分
離が生じるそれぞれのバンドに分解される。検出器が前
記バンドの存在を検出する。検出は、レーザー誘導の蛍
光（米国特許第4,675,300 号明細書参照）、吸光度およ
び放射能検出を含むいくつかの図表の１つによることが
できる。
およびオリゴヌクレオチド（アナライト）のような分子
種の分離および検出のための高分解および高感度方法で
ある。分離は、電界の影響下にある分離媒体（ゲルまた
は電解質溶液）中で前記アナライトを異なる速度で泳動
させることにより行なわれる。同じ種のアナライトは分
離が生じるそれぞれのバンドに分解される。検出器が前
記バンドの存在を検出する。検出は、レーザー誘導の蛍
光（米国特許第4,675,300 号明細書参照）、吸光度およ
び放射能検出を含むいくつかの図表の１つによることが
できる。
【０００３】典型的に、検出の結果は、エレクトロフェ
ログラムと称される検出強度対時間の図表により表わさ
れる。前記種が前記検出器を通り過ぎるとき、前記検出
器は前記エレクトロフェログラムにピークを生じさせ
る。前記エレクトロフェログラムを分析することによ
り、特定の種の存在を確認することができる。また、前
記エレクトロフェログラム（例えば、連続するDNA の断
片の電気泳動から得られたデータを分析することにより
DNA 試料を確認するとき）により表わされた前記種の分
布を観察することにより電気泳動を受けた試料を確認す
ることができる。
ログラムと称される検出強度対時間の図表により表わさ
れる。前記種が前記検出器を通り過ぎるとき、前記検出
器は前記エレクトロフェログラムにピークを生じさせ
る。前記エレクトロフェログラムを分析することによ
り、特定の種の存在を確認することができる。また、前
記エレクトロフェログラム（例えば、連続するDNA の断
片の電気泳動から得られたデータを分析することにより
DNA 試料を確認するとき）により表わされた前記種の分
布を観察することにより電気泳動を受けた試料を確認す
ることができる。
【０００４】
【発明が解決しようとする課題】図１は、電気泳動の間
にデータが最初に取られたときの任意のゼロ基準時間を
用いる、4400および4800秒間の泳動のエレクトロフェロ
グラムを示す。データは0.1 秒ごとに集められた。図に
は4,000 のデータポイントがある。データ獲得の全時間
に多数組のデータポイントが得られたことが見て取れ
る。したがって、データ蓄積要件は十分である。また、
図１にみられるように、0.1 秒間の数値化の使用によ
り、ラフな線および不完全なピーク分析力を有する図表
が生じる。より良好な分析力を得ることは可能である
が、しかし、それは、非常に多くのデータ蓄積場所が求
められるときは不可能である。また、あるピークが、分
離された分子種の存在を本当に表わしているか否か、ま
たは本当に雑音であるか否を決定することは困難であ
る。実際、信号対雑音比（ＳＮ比）は低信号域では劣
る。検出ピークの分析力と共に信号対雑音を増大させる
改善された方法が望まれる。
にデータが最初に取られたときの任意のゼロ基準時間を
用いる、4400および4800秒間の泳動のエレクトロフェロ
グラムを示す。データは0.1 秒ごとに集められた。図に
は4,000 のデータポイントがある。データ獲得の全時間
に多数組のデータポイントが得られたことが見て取れ
る。したがって、データ蓄積要件は十分である。また、
図１にみられるように、0.1 秒間の数値化の使用によ
り、ラフな線および不完全なピーク分析力を有する図表
が生じる。より良好な分析力を得ることは可能である
が、しかし、それは、非常に多くのデータ蓄積場所が求
められるときは不可能である。また、あるピークが、分
離された分子種の存在を本当に表わしているか否か、ま
たは本当に雑音であるか否を決定することは困難であ
る。実際、信号対雑音比（ＳＮ比）は低信号域では劣
る。検出ピークの分析力と共に信号対雑音を増大させる
改善された方法が望まれる。
【０００５】
【課題を解決するための手段、発明の作用および効果】
本発明は、エレクトロフェログラムにおけるピークの確
認に関して信号対雑音および分析力を改善すべく泳動時
間の図を作り直すための方法に向けられている。エレク
トロフェログラムのデータポイントは、共に予め定めら
れた時間の範囲に及ぶ上限および下限を有する多数の時
間間隔のそれぞれに対応する可変寸法ビン（bin ）に貯
蔵される。これらのビンの寸法は泳動時間と共に増大す
る。
本発明は、エレクトロフェログラムにおけるピークの確
認に関して信号対雑音および分析力を改善すべく泳動時
間の図を作り直すための方法に向けられている。エレク
トロフェログラムのデータポイントは、共に予め定めら
れた時間の範囲に及ぶ上限および下限を有する多数の時
間間隔のそれぞれに対応する可変寸法ビン（bin ）に貯
蔵される。これらのビンの寸法は泳動時間と共に増大す
る。
【０００６】本発明の一実施例では、ビンごとの時間間
隔の数は、連続したビン間の差が一定である整数の等差
級数に従って定められる。１つのビンに属する時間間隔
群内のデータポイント群の値が集計され、特定のビンの
ための総計値を表わす。結果として生じるエレクトロフ
ェログラムは平方根目盛に関して表わされ、各ウインド
ーの平均泳動時間は、ほぼ、対応するビンの番号の二乗
に比例する。
隔の数は、連続したビン間の差が一定である整数の等差
級数に従って定められる。１つのビンに属する時間間隔
群内のデータポイント群の値が集計され、特定のビンの
ための総計値を表わす。結果として生じるエレクトロフ
ェログラムは平方根目盛に関して表わされ、各ウインド
ーの平均泳動時間は、ほぼ、対応するビンの番号の二乗
に比例する。
【０００７】本発明の他の観点において、ビンに貯蔵さ
れたデータは、ピークを確認するために容易に解釈され
得るデータにフーリエ変換することができる。
れたデータは、ピークを確認するために容易に解釈され
得るデータにフーリエ変換することができる。
【０００８】
【実施例】図２を参照すると、電気泳動機構１０が概略
的に示されている。この機構１０は、電解質１５を収容
する２つの容器１２，１４、電極１６，１８、高電圧源
２０、毛管２２、検出器２４および関連データ獲得ハー
ドウエア、および、データメモリ２８を有する演算ユニ
ット２６を含む。電気泳動を行なうため、毛管２２は電
解質で満たされ、また、試料が前記毛管の一端部に導入
されている。毛管２２の両端部は、電解質１５、電極１
６，１８および高電圧源２０と共同して電気回路を完結
するために電解質１５に浸されている。印加電圧下で前
記試料がその分子種に分解される。これらの種は分離が
生じるときに複数のバンド３０に分解される。バンド３
０は前記毛管に沿って泳動し、検出器２４を次々と通過
する。検出は、例えばレーザで導入された蛍光、吸光度
または放射能検出により行なうことができる。これらの
および他の検出技術は文献によく引用付記されている。
データは規則正しい間隔（例えば0.1 秒間）でとられ、
その結果として別個の複数のデータポイントにおけるデ
ータを得る。前記データは、演算ユニット２６により、
異なる泳動時間間隔のビン（bin ）に区分けされる。前
記ビンの寸法は泳動時間と共に増大する。より詳細に
は、前記演算ユニットは、各データについての泳動時間
を、予め定められた全泳動時間範囲に共に及ぶ複数の時
間間隔範囲またまたはビンと比較する。前記泳動時間に
従い、前記演算ユニットはどのビンにデータが入ってい
るかを決定し、これに応じて前記ビンに貯蔵された総計
値に対する前記データの値を集計する。メモリー２８
は、演算ユニット２６によって確立されたビンの数に対
応する複数の記憶場所を含む。
的に示されている。この機構１０は、電解質１５を収容
する２つの容器１２，１４、電極１６，１８、高電圧源
２０、毛管２２、検出器２４および関連データ獲得ハー
ドウエア、および、データメモリ２８を有する演算ユニ
ット２６を含む。電気泳動を行なうため、毛管２２は電
解質で満たされ、また、試料が前記毛管の一端部に導入
されている。毛管２２の両端部は、電解質１５、電極１
６，１８および高電圧源２０と共同して電気回路を完結
するために電解質１５に浸されている。印加電圧下で前
記試料がその分子種に分解される。これらの種は分離が
生じるときに複数のバンド３０に分解される。バンド３
０は前記毛管に沿って泳動し、検出器２４を次々と通過
する。検出は、例えばレーザで導入された蛍光、吸光度
または放射能検出により行なうことができる。これらの
および他の検出技術は文献によく引用付記されている。
データは規則正しい間隔（例えば0.1 秒間）でとられ、
その結果として別個の複数のデータポイントにおけるデ
ータを得る。前記データは、演算ユニット２６により、
異なる泳動時間間隔のビン（bin ）に区分けされる。前
記ビンの寸法は泳動時間と共に増大する。より詳細に
は、前記演算ユニットは、各データについての泳動時間
を、予め定められた全泳動時間範囲に共に及ぶ複数の時
間間隔範囲またまたはビンと比較する。前記泳動時間に
従い、前記演算ユニットはどのビンにデータが入ってい
るかを決定し、これに応じて前記ビンに貯蔵された総計
値に対する前記データの値を集計する。メモリー２８
は、演算ユニット２６によって確立されたビンの数に対
応する複数の記憶場所を含む。
【０００９】データ獲得の限界に達すると、エレクトロ
フェログラムの形態での前記データの視覚的表現のた
め、演算ユニット２６によるメモリー２８へのアクセス
が行なわれる。従来の陰極線管またはプリンタ（図示せ
ず）のような表示ユニットが用いられる。特に、演算ユ
ニット２６が各ビンにおける総計値を処理し、前記ビン
の総時間間隔についての平均値を得る。
フェログラムの形態での前記データの視覚的表現のた
め、演算ユニット２６によるメモリー２８へのアクセス
が行なわれる。従来の陰極線管またはプリンタ（図示せ
ず）のような表示ユニットが用いられる。特に、演算ユ
ニット２６が各ビンにおける総計値を処理し、前記ビン
の総時間間隔についての平均値を得る。
【００１０】本発明の一実施例によれば、各ビンについ
ての総時間間隔は互いに異なり、また、各ビンについて
の総時間間隔は、特定のビン内の平均泳動時間が該ビン
の数の平方根に比例する平方根関係に従って演算ユニッ
ト２６により決定される。前記ビンの幅すなわち各ビン
についての単位時間間隔の数が、連続したビンについて
の単位時間間隔の数の差が整定数である等差級数に従う
とき、このような関係が満足されることが分かる。
ての総時間間隔は互いに異なり、また、各ビンについて
の総時間間隔は、特定のビン内の平均泳動時間が該ビン
の数の平方根に比例する平方根関係に従って演算ユニッ
ト２６により決定される。前記ビンの幅すなわち各ビン
についての単位時間間隔の数が、連続したビンについて
の単位時間間隔の数の差が整定数である等差級数に従う
とき、このような関係が満足されることが分かる。
【００１１】数学的解析を以下に示す。 Ｎ＝ビンの総数 ｎ＝１，２，３，・・・，Ｎ、ビンの連続する数 Ｉn ＝ｎ番目のビンにおける時間間隔単位の数 δＩ＝連続するビン間の時間間隔単位の数の差（定数） Ｔn ＝ｎ番目のビンの泳動時間の上限
【数１】 δｔ＝各時間間隔単位の幅（定数）
【００１２】図３はビンの泳動時間の概略図を示す。
【００１３】Ｉn は差δＩを有する等差級数に従う。ｉ
番目のビンにおける時間間隔単位の数は、
番目のビンにおける時間間隔単位の数は、
【数２】 により与えられ、また、最初のｎ個のウインドーにおけ
る単位時間間隔の総数は
る単位時間間隔の総数は
【数３】 により与えられる。但し、次の周知の関係に基く。
【数４】
【数５】
【００１４】これは次の式に従う。
【数６】
【数７】
【００１５】式（２）を式（４）に代入し、簡単にする
と、
と、
【数８】 が与えられる。
【００１６】
【外１】
【数９】 ここにおいて、ＡおよびＢは定数である。Ｂは、ある任
意のポイントから時間を測定することにより、ゼロに等
しく設定することができる。
意のポイントから時間を測定することにより、ゼロに等
しく設定することができる。
【００１７】したがって、ビンｎにおける平均泳動時間
はビン番号の二乗に比例するということができ、また、
概ね次のように表わすことができる。
はビン番号の二乗に比例するということができ、また、
概ね次のように表わすことができる。
【数１０】 または
【数１１】
【００１８】定数δｔおよびδＩは、泳動時間の期待さ
れる全範囲の値と所望の分析力とに従って選択される。
ビンの最大数はδＩおよび利用可能の記憶場所の数に依
存する。式（５）を参照すると、定数ＡおよびＢはδ
ｔ、δＩおよびＩｌに依存する。
れる全範囲の値と所望の分析力とに従って選択される。
ビンの最大数はδＩおよび利用可能の記憶場所の数に依
存する。式（５）を参照すると、定数ＡおよびＢはδ
ｔ、δＩおよびＩｌに依存する。
【００１９】図４は、前記した方法に従ってビンに貯蔵
されたデータポイントから形成されたエレクトログラム
（electrogram ）を表わす。図１と比較すると、ビンに
貯蔵されたデータポイントの数は4,000 の代わりに120
である。これは記憶場所の相当な節約を意味する。した
がって、より大きい全泳動時間間隔すなわちより長い間
の電気泳動に関してより多くのデータを取ることができ
ることになる。図４を図１と比較すると、本発明のビン
に貯蔵する方法は図１に表われた雑音を実際に取り除
く。前記エレクトロフェログラムのピーク群は図４によ
り鮮明に規定されている。したがって、電気泳動分離の
結果のより正確な理解を得ることができる。
されたデータポイントから形成されたエレクトログラム
（electrogram ）を表わす。図１と比較すると、ビンに
貯蔵されたデータポイントの数は4,000 の代わりに120
である。これは記憶場所の相当な節約を意味する。した
がって、より大きい全泳動時間間隔すなわちより長い間
の電気泳動に関してより多くのデータを取ることができ
ることになる。図４を図１と比較すると、本発明のビン
に貯蔵する方法は図１に表われた雑音を実際に取り除
く。前記エレクトロフェログラムのピーク群は図４によ
り鮮明に規定されている。したがって、電気泳動分離の
結果のより正確な理解を得ることができる。
【００２０】前述の観点において、平方根の表現を用い
ることにより、より良好な分析力および信号対雑音を達
成することができることがわかる。
ることにより、より良好な分析力および信号対雑音を達
成することができることがわかる。
【００２１】従来、前記エレクトロフェログラム上の低
データ値の分析力を増大させるため、データ獲得の範囲
が増大されねばならず（すなわち、１秒間当りのデータ
ポイントの数を増大させる。）、したがって、記憶貯蔵
場所の数とデータ処理時間とを増大させる。このように
しても、低データ値についての低い信号対雑音はなお問
題である。本発明に従う泳動時間の平方根表現を利用す
ることにより、前記エレクトロフェログラムの分析力が
増大しかつ信号対雑音は記憶貯蔵場所を犠牲にすること
なしに改善される。実際、本発明は、利用可能の記憶貯
蔵場所をより効果的に用いることによりこのような利点
を得ることができる。もし、データ貯蔵要件を満たすこ
とができれば、前記検出器からの生データを貯蔵するこ
とができ、次にここで説明したビンに貯蔵することによ
り雑音の濾過を十分に行なうことができることが理解さ
れよう。
データ値の分析力を増大させるため、データ獲得の範囲
が増大されねばならず（すなわち、１秒間当りのデータ
ポイントの数を増大させる。）、したがって、記憶貯蔵
場所の数とデータ処理時間とを増大させる。このように
しても、低データ値についての低い信号対雑音はなお問
題である。本発明に従う泳動時間の平方根表現を利用す
ることにより、前記エレクトロフェログラムの分析力が
増大しかつ信号対雑音は記憶貯蔵場所を犠牲にすること
なしに改善される。実際、本発明は、利用可能の記憶貯
蔵場所をより効果的に用いることによりこのような利点
を得ることができる。もし、データ貯蔵要件を満たすこ
とができれば、前記検出器からの生データを貯蔵するこ
とができ、次にここで説明したビンに貯蔵することによ
り雑音の濾過を十分に行なうことができることが理解さ
れよう。
【００２２】本発明の他の利点は、ビンに貯蔵されたデ
ータを他のデータ分析のためにフーリエ変換することが
できることである。ビンに貯蔵されたデータを用いて表
わされた前記エレクトロフェログラムには、ほぼ等しい
バンド幅および間隔のピークが生じる。（図１からそれ
は明瞭でないが、前記生データにおけるピークのバンド
幅および間隔が泳動時間と共にわずかに増大しているこ
とがわかる。）これは、フーリエ変換による次のデータ
分析を非常に容易にする。図５は、前記ビン番号に対し
て描かれたエレクトロフェログラムのフーリエ変換され
た表現を示す。フーリエ変換の方法はよく知られてお
り、ここで議論することはしない。図５を参照すると、
フーリエ変換により信号対雑音がさらに改善されている
ことがわかる。バックグラウンド雑音および基線ドリフ
トの大部分が前記変換によって除去された。ゼロ軸線を
越える大きさを有するピークが種の存在に対応し、前記
ゼロ軸線の下方に現われるデータおよびピークが雑音に
由来することが決定された。適切でない実験なしに、基
準をゼロ軸線に調節すべくオフセットが適用される。
ータを他のデータ分析のためにフーリエ変換することが
できることである。ビンに貯蔵されたデータを用いて表
わされた前記エレクトロフェログラムには、ほぼ等しい
バンド幅および間隔のピークが生じる。（図１からそれ
は明瞭でないが、前記生データにおけるピークのバンド
幅および間隔が泳動時間と共にわずかに増大しているこ
とがわかる。）これは、フーリエ変換による次のデータ
分析を非常に容易にする。図５は、前記ビン番号に対し
て描かれたエレクトロフェログラムのフーリエ変換され
た表現を示す。フーリエ変換の方法はよく知られてお
り、ここで議論することはしない。図５を参照すると、
フーリエ変換により信号対雑音がさらに改善されている
ことがわかる。バックグラウンド雑音および基線ドリフ
トの大部分が前記変換によって除去された。ゼロ軸線を
越える大きさを有するピークが種の存在に対応し、前記
ゼロ軸線の下方に現われるデータおよびピークが雑音に
由来することが決定された。適切でない実験なしに、基
準をゼロ軸線に調節すべくオフセットが適用される。
【００２３】本発明はDNA の順位分析に有利に適用する
ことができる。DNA の順序付けは、DNA 試料が確認され
るDNA 断片を得るために広く実行されている。順序付け
の技術の参考文献は広く入手可能である。DNA 順位決定
に対する周知の方法がある。一般に、その方法は、次第
に増大する長さのDNA 断片を生成することを含む。各断
片は４つのヌクレオチドの１つに終わる。いくつかのタ
イプの標識付け表の１つが用いられ、各断片に署名が付
与される。標識が付与されたゲルの断片群に対する検出
器の応答は異なる。例として、蛍光検出を可能とする標
識付けのために穀物の粉末材料が用いられる。ここに説
明した電気泳動により分離される断片に関して、より長
い断片群がより低速度で泳動する。前記断片群が前記検
出器を通過するとき、前記断片群は前記粉末材料の検出
により検出され、これにより、前記データにピークを形
成する。前記検出器の応答は異なる標識を付された断片
に関して異なるため、末端をなすヌクレオチドを決定す
ることができる。（図１、図４および図５に示す例は、
DNA 断片群の電気泳動から得られた。）次に、次第に長
い断片について末端をなすヌクレオチドの順位を確認す
ることができ、これにより、DNA 試料の確認が可能であ
る。
ことができる。DNA の順序付けは、DNA 試料が確認され
るDNA 断片を得るために広く実行されている。順序付け
の技術の参考文献は広く入手可能である。DNA 順位決定
に対する周知の方法がある。一般に、その方法は、次第
に増大する長さのDNA 断片を生成することを含む。各断
片は４つのヌクレオチドの１つに終わる。いくつかのタ
イプの標識付け表の１つが用いられ、各断片に署名が付
与される。標識が付与されたゲルの断片群に対する検出
器の応答は異なる。例として、蛍光検出を可能とする標
識付けのために穀物の粉末材料が用いられる。ここに説
明した電気泳動により分離される断片に関して、より長
い断片群がより低速度で泳動する。前記断片群が前記検
出器を通過するとき、前記断片群は前記粉末材料の検出
により検出され、これにより、前記データにピークを形
成する。前記検出器の応答は異なる標識を付された断片
に関して異なるため、末端をなすヌクレオチドを決定す
ることができる。（図１、図４および図５に示す例は、
DNA 断片群の電気泳動から得られた。）次に、次第に長
い断片について末端をなすヌクレオチドの順位を確認す
ることができ、これにより、DNA 試料の確認が可能であ
る。
【００２４】したがって、DNA 断片の電気泳動における
良好なピークの分析力および信号対雑音の重要性は、DN
A 試料のはっきりした確認に対して決定的なことであ
る。本発明の方法は前記検出器からの生データについて
フィルタリングを行ない、前記ピークの分析力だけでな
く信号対雑音を改善するために用いることができる。
良好なピークの分析力および信号対雑音の重要性は、DN
A 試料のはっきりした確認に対して決定的なことであ
る。本発明の方法は前記検出器からの生データについて
フィルタリングを行ない、前記ピークの分析力だけでな
く信号対雑音を改善するために用いることができる。
【図１】試料の電気泳動から得られた生データで描かれ
た実際のエレクトロフェログラムである。
た実際のエレクトロフェログラムである。
【図２】本発明が具体化された電気泳動機構の概略図で
ある。
ある。
【図３】本発明の一実施例に従うデータビンの説明図で
ある。
ある。
【図４】ビンに貯蔵されたデータを再び描いたデータを
示すエレクトロフェログラムである。
示すエレクトロフェログラムである。
【図５】フーリエ変換されたエレクトロフェログラムの
線図である。
線図である。
１０ 電気泳動機構 １５ 電解質 ２２ 毛管 ２４ 検出器 ２６ 演算ユニット
Claims (20)
- 【請求項１】 電気泳動の過程から得られる泳動時間に
関するデータを分析する方法であって、泳動時間の範囲
に対応する寸法を有し該寸法が高泳動時間で次第に増大
する複数のビンを選択すること、信号対雑音および分析
力を向上させるために前記データを前記複数のビンに貯
蔵すること、エレクトロフェログラムを形成することを
含む、データ分析方法。 - 【請求項２】 各ビンは等寸法の複数の時間間隔から成
り、各ビンの寸法は、連続したビンにおける時間間隔の
数が等差級数に従うように選択される、請求項（１）に
記載の方法。 - 【請求項３】 各ビンの平均泳動時間が各ビンの各数の
二乗にほぼ比例する、請求項（２）に記載の方法。 - 【請求項４】 さらに、ビンに貯蔵されたデータについ
てフーリエ変換によりフィルタリングを行なう、請求項
（１）に記載の方法。 - 【請求項５】 試料についてこれをその種に分離すべく
電気泳動を行なうこと、前記種の存在を連続して検出す
る検出器を通過するように前記種を泳動させること、前
記検出器の出力を泳動時間に関するデータの形とするこ
と、メモリー内の複数のビンであってそれぞれの寸法が
泳動時間の範囲に対応し、前記ビンの寸法が高泳動時間
で次第に増大する複数のビンを選択すること、信号対雑
音および分析力を向上させるために前記複数のビンに前
記データを貯蔵すること、および、エレクトロフェログ
ラムを形成することを含む、電気泳動分析方法。 - 【請求項６】 各ビンは等寸法の複数の時間間隔から成
り、各ビンの寸法は、連続したビンにおける時間間隔の
数が等差級数に従うように選択される、請求項（５）に
記載の方法。 - 【請求項７】 各ビンの平均泳動時間が各ビンの各数の
二乗にほぼ比例する、請求項（６）に記載の方法。 - 【請求項８】 さらに、ビンに貯蔵されたデータについ
てフーリエ変換によりフィルタリングを行なう、請求項
（５）に記載の方法。 - 【請求項９】 試料についてこれをその種に分離するた
めに電気泳動を行なうための手段と、前記種の存在を検
出しかつ泳動時間に関する対応データを発生するための
検出器と、前記種の存在を連続して検出するために前記
検出器を通過するように前記種を泳動させるための手段
と、データ貯蔵所と、前記データ貯蔵所内の複数のビン
を選択するための手段であって各ビンの寸法が泳動時間
の範囲に対応し、前記ビンの寸法が高泳動時間で次第に
増大する選択手段と、信号対雑音および分析力を向上さ
せるべく前記データを前記複数のビンに貯蔵するための
手段と、エレクトロフェログラムを形成するための手段
とを含む、電気泳動機構。 - 【請求項１０】 各ビンは等寸法の複数の時間間隔から
成り、各ビンの寸法は、連続したビンにおける時間間隔
の数が等差級数に従うように選択される、請求項（９）
に記載の機構。 - 【請求項１１】 各ビンの平均泳動時間が各ビンの各数
の二乗にほぼ比例する、請求項（１０）に記載の機構。 - 【請求項１２】 さらに、ビンに貯蔵されたデータにつ
いてフーリエ変換によりフィルタリングを行なうための
手段を含む、請求項（１０）に記載の機構。 - 【請求項１３】 連続するDNA の断片の電気泳動により
得られたデータを分析する方法であって、泳動時間の範
囲に対応する寸法を有し該寸法が高泳動時間で次第に増
大する複数のビンを選択すること、信号対雑音および分
析力を向上させるために前記データを前記複数のビンに
貯蔵すること、エレクトロフェログラムを形成するこ
と、および、前記DNA の断片の順位を決定すべく前記エ
レクトロフェログラムにおけるピークを確認することを
含む、データ分析方法。 - 【請求項１４】 各ビンは等寸法の複数の時間間隔から
成り、各ビンの寸法は、連続したビンにおける時間間隔
の数が等差級数に従うように選択される、請求項（１
３）に記載の方法。 - 【請求項１５】 各ビンの平均泳動時間が各ビンの各数
の二乗にほぼ比例する、請求項（１４）に記載の方法。 - 【請求項１６】 さらに、ビンに貯蔵されたデータにつ
いてフーリエ変換によりフィルタリングを行なう、請求
項（１３）に記載の方法。 - 【請求項１７】 連続したDNA 断片を確認する方法であ
って、前記断片を分離すべく前記連続したDNA 断片につ
いて電気泳動を行なうこと、前記断片の存在を検出する
検出器を通過するように前記断片を泳動させること、泳
動時間に関するデータの形に前記検出器の出力を定める
こと、複数のビンのそれぞれの寸法が泳動時間の範囲に
対応し、前記ビンの寸法が高泳動時間で次第に増大する
前記複数のビンを選択すること、信号対雑音および分析
力を向上させるために複数のビンに前記データを貯蔵す
ること、エレクトロフェログラムを形成すること、およ
び、前記断片の順位を決定すべく前記エレクトロフェロ
グラムにおけるピークを確認することを含む、確認方
法。 - 【請求項１８】 各ビンは等寸法の複数の時間間隔から
成り、各ビンの寸法は、連続したビンにおける時間間隔
の数が等差級数に従うように選択される、請求項（１
７）に記載の方法。 - 【請求項１９】 各ビンの平均泳動時間が各ビンの各数
の二乗にほぼ比例する、請求項（１８）に記載の方法。 - 【請求項２０】 さらに、ビンに貯蔵されたデータにつ
いてフーリエ変換によりフィルタリングを行なう、請求
項（１７）に記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US649,393 | 1991-02-01 | ||
| US07/649,393 US5098536A (en) | 1991-02-01 | 1991-02-01 | Method of improving signal-to-noise in electropherogram |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH0599898A true JPH0599898A (ja) | 1993-04-23 |
Family
ID=24604586
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP4023385A Pending JPH0599898A (ja) | 1991-02-01 | 1992-01-14 | データ分析方法、電気泳動分析方法、電気泳動機構およびｄｎａ断片の確認方法 |
Country Status (3)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US5098536A (ja) |
| EP (1) | EP0497468A3 (ja) |
| JP (1) | JPH0599898A (ja) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2009514518A (ja) * | 2005-11-02 | 2009-04-09 | デルタドット・リミテッド | シークエンシングの改良 |
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| AU780824B2 (en) * | 1999-08-21 | 2005-04-21 | Agency For Science, Technology And Research | DNA marker profile data analysis |
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1991
- 1991-02-01 US US07/649,393 patent/US5098536A/en not_active Expired - Lifetime
-
1992
- 1992-01-14 JP JP4023385A patent/JPH0599898A/ja active Pending
- 1992-01-16 EP EP19920300369 patent/EP0497468A3/en not_active Withdrawn
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2009514518A (ja) * | 2005-11-02 | 2009-04-09 | デルタドット・リミテッド | シークエンシングの改良 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP0497468A2 (en) | 1992-08-05 |
| US5098536A (en) | 1992-03-24 |
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