JPH04505848A - 細胞懸濁液から染色体外dnaを自動精製する装置と方法 - Google Patents

細胞懸濁液から染色体外dnaを自動精製する装置と方法

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JPH04505848A JP50674989A JP50674989A JPH04505848A JP H04505848 A JPH04505848 A JP H04505848A JP 50674989 A JP50674989 A JP 50674989A JP 50674989 A JP50674989 A JP 50674989A JP H04505848 A JPH04505848 A JP H04505848A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 細胞懸濁液から染色体外DNAを自動精製する装置と方法 本発明は、反応装置を用いて、細胞懸濁液から染色体外DNAの自動精製を行う ための装置と方法に関する。
本出願人による、これも染色体外DNAの精製のための自動化された方法に関す るPCT 5E89100144を参照する。
該出願の内容が引用により本明細書に取り込まれる。
バーンボイム(Birnboim)とドリー(Do17) (NuclAcid s Re+ 7. 1513−1523.1979)から、プラズミドDNAが 大腸菌から精製できることは、公知である。細菌細胞が先ず、清浄剤を含むアル カリ媒質の中で溶解される。このあと、中和処置を行って、可溶形のプラズミド DNAを生ずると同時に、大抵の蛋白質、細胞滓および染色体DNAは沈殿する 。つぎに遠心分離によってプラズミドDNAが混合物から回収され、その後の精 製により純粋のプラズミド分留が得られる。キーサー(Kieses) (Pl asmid 12.19−36.1984)は類似の方法を説明し、この方法は 、熱処理とアルカリ処理の組合わせを含み、プラズミドDNAと汚れの少ないR NAの、改良された精製を与えた。これらの公知の方法において、精製は、例え ば抽出と遠心分離のような幾つかの別れた手順を含み、そのため、装置と運用時 間にかなりの投資を必要とする。
実験室ロボットに基づく自動化されたプラズミド精製作業部署が、ド・ボンビー ユ(de Bonville)とり−デル(Riedel)によって説明された (^dvanca+ 1nLabo+ator7 Automation Ro bo目cs、 1986. ed、 St+imatisand Hawk、X yma+k Co+p、、Hopkinton、Ma、、 pp353−360 )。このシステムは多数の実験室単位作業を基礎とし、ロボットは、遠心分離器 、ピペット、キャッピング装置、サンプルチューブ、チップラツク、マイクロ・ タイタープレートなどを含む幾つかのハードウェア部署を使用する。この作業部 署は自動化されてはいるが、このシステムは幾つかの欠点を有する。まず、この システムは、チップラツク、サンプルチューブ、スーパーネータントチューブ( 表面浮上管)などを段取りしなければならず、これは労働集約的である。第二に 、かなりの量の使い捨て材を用い、これがシステムによって精製された各プラス ミド当たりの費用を増す。第三に、幾つかの機械作業が含まれ、これが日常使用 において技術的問題を生ずる恐れがある。
遠心分離器を用いることなく、細胞から核酸を抽出し、精製するための自動化核 酸抽出器が説明されている(欧州特許第Q 245 !145号)。(欧州特許 第0215533号に記載される)方法において、ライセードが発生され、フェ ノール基溶剤システムと混合され、つぎに層分離を促進するために加熱される。
下方の有機相が除去され、上方の水様相が繰り返し抽出される。水様相は最終的 に透析されて、核酸溶液をさらに精製する。この方法は、血液リンパ球および肝 臓細胞のようなユーカリヨード(eukar7o1ic)細胞から高分子のDN A (約108ダルトン)を抽出するのに用いられる。よって、この方法は、細 胞から染色体DNAを抽出するのに好適である。
PCT 5E89100144を参照すると、細菌から染色体外DNAを精製す るための、迅速で、フェノール抽出とエタノール沈殿を避ける、装置と方法が説 明されている。
これは次の諸段階を含む方法によって達成された。
−細菌細胞懸濁液を一つの室に導入する、−細胞溶解液を室に導入し、該室の内 容物と混合して、その中の細胞を溶解させる、 一沈殿溶液を室に導入し、該室の内容物と混合して、染色体DNA、ならびに随 意的に、蛋白質および細胞滓を沈殿させる、 一フィルターを通して室の内容物を濾過し、液体内容物を収集装置に送る、 一収集装置の内容物から染色体外DNAを精製する、−溶解溶液を室に導入し、 該室の内容物と混合して、その中に残る沈殿物を溶解させる、 一溶解した沈殿物を室から廃液入れに送る。
この方法を用いると、細胞懸濁液を室に導入して、室とカラムの再生を完了する までの一完全サイクルは、10分とかからなかった。よって、10個のサンプル を含む完全精製は、約90分かかって、その間、なんらの監督も人力も必要なか った。この方法で精製されたプラズミドDNAは、直接に制限分析に使用され、 異なる調製の間の汚染度は0.1%未満であった。
しかし、上記の装置と方法は、細胞の輸送のため、および液体を混合室に出し入 れするために、真空および加圧空気が必要であるという欠点を有する。そのうえ 、溶液容器から取られる溶液の体積と精製されたDNA溶液の体積とが粘性、時 間、圧力、および/またはフィルター能力によって決定される。このことは、再 現性をもって操作を制御することの困難性をもたらし、安全余裕率をもつ必要が 生じ、これは、異なる操作に要する時間と共に、DNA精製量を最適化するのが 困難であることを意味する。
本発明の主目的は、反応室のサイズがステップモータに接続される制御ユニット によって制御されるようにする、ピストンの運動によって決まる体積をもつ反応 室から成る反応装置を与えることである。ピストンの運動は、本発明による操作 に必要な圧力と真空を与え、真空ポンプと高圧空気源を省略できる。溶液と溶解 されるべき細胞は、ピストンの上昇運動によって得られる負圧によって反応室に 導入される。濾過作用は、ピストンの降下運動によって圧力を発生することによ り達成される。これらの手順中、関連する弁を開閉しなければならない。
PCT 5E89100144に記載される装置に比較して、反応装置を含む本 装置の利点は、異なる操作に対して、サンプル容積と時間とが確定していること であり、各サイクルに必要なバッファの量が少なく、サイクル時間をさらに最適 化することができることを意味する。また、余裕体積が不要なため、より高い生 産高が得られ、また空気圧と真空装置がないことから、容器の加圧が不要である ので、取扱いがより安全である。さらに、バッファと細胞懸濁液の容積をピスト ンの運動によって決定することができ、そのことが、異なる主体細胞に容易に適 合される、融通性のあるシステムを与える。
以下に、添付図面を参照しつつ、本発明の反応室および付随装置、ならびに方法 をより詳しく説明する。
図面の簡単な説明 図1は、本発明の装置の実施例の説明的ブロック図である。
図2は、可動ピストンの位置によってサイズが決定される室から成る反応装置の 断面図である。
図3は、精製・再生サイクル中の反応装置内のピストンの運動の例を示す。
実施例 図2から判るように、可動ピストン36の位置によって決まる体積をもつ反応お よび/または混合室(33)が図解され、フィルター支持・密封ガスケットをも つフィルター31、ステップモータ32(例えばBeBe+Lah+ RPIJ  564150) 、磁石を含む反応室33、細管34.39.44、冷却・加 熱水のための入口38および出口37、oリング35、ピストン36、加熱・冷 加水のための水ジャケット401.ねし付きピストン棒41、ならびに取外し自 在の底部42を有する。
細胞懸濁液から染色体外DNAを自動精製するために、反応装置は、下記のよう に動作する。番号は、図1の全体装置の説明図(番号1〜31)および図2の可 動ピストンに基づく反応装置(番号31〜43)を参照する。
フィルター31が図1および図2に示され、図2の細管34.39.43は、そ れぞれ図1の配管5.6.8を表すことに注目されたい。混合室33内外への液 体の圧送および吸引は、ステップモータ32の作用を介して、それぞれピストン 36の下降および上昇運動によって得られる。
反応装置1には、反応室33内でピストン36とフィルター31の間にあり、反 応装置1の下方に配置される磁気攪拌機によって作用される、前記磁石によるこ とが望ましい、攪拌装置2が設けられる。磁石の運動は、制御ユニットの制御に よって、切ったり入れたりされる。
反応装置1には、反応室33内の温度を制御する装置3が設けられる。温度制御 は、反応室33を取り巻く空間ジャケット40に加熱/冷却液を供給することに より行われるのが望ましい。反応装置1のピストン36は、ねじ付きピストン棒 41によってステップモータ32に連結され、棒は回転運動をピストン36の上 昇下降運動に変換する。反応室33の体積は、ピストンの位置によって決定され る。反応室33には、反応室33内部の温度を感知するための温度センサー装置 (図示せず)を設けることができる。反応室33の底部に、フィルター31が設 けられる。このフィルターは、金属または重合体のような材料から成ることがで きる。
出入口ボートが配管39(6)を介して、多重ポート弁4の出入口ボートに接続 される。他方、反応室の上部の出口ボートは、配管34を介して、多重ポート弁 4の入口ポートに接続される。濾過の間に、反応室33の中に高圧が生ずるのを 防ぐために、配管34(5)に圧力弁を設けることができる。反応装置1の底部 にある出入口ポートは、配管43(8)を介して、多重ポート弁7の出入口ポー トに接続される。
多重ポート弁4は、配管16によって廃液入れに接続される出口ポートを示す。
そのうえ、多重ポート弁4は、配管18によって沈殿溶液容器17に接続される 。多重ポート弁4の今一つの入口ポートは、配管15によって溶解溶液容器14 に接続される。
染色体外DNAを精製する細胞懸濁液を含む管、またはガラスびん20は、略図 で示されるだけの自動インジェクタまたはサンプラー(採取器)21を介して、 多重ポート弁4の入口ポートに接続されることができる。
連続して順々に染色体外DNAを精製するガラスびん20が多数存在することは 当然である。ステップモータ32を用いて、ピストン36の上昇運動により、反 応室33の中にサンプルが吸い込まれる。室33に取り込まれる細胞懸濁液の体 積は、ピストン36の運動によって決定される(図3参照)。図示の実施例にお いて、間に所定体積のサンプルループ22の形式での収集装置が接続される入口 ポートおよび出口ポートを多重ポート弁7が示す。溶解・洗浄溶液を含む容器2 3がそれぞれ配管25.24を介して、多重ポート弁4.7の入口ポートに接続 される。クロマトグラフィ・ゲル濾過カラム26の入口端は、配管27を介して 、多重ポート弁7の出口ボートに接続され、他方、カラム26の出口端は、配管 29を介して、分留収集器(図示せず)のドリップノズル28に接続される。ド リップノズル28からの精製された染色体外DNAの滴は、分留収集器のガラス びん30の中に集められる。細胞懸濁液びん20から順々に抽出される染色体外 DNAを集めるための多数のガラスびん30が存在し得ることは当然である。
カラム26の出口端と分留収集器(図示せず)のドリップノズル28の間の配管 には、カラム26の出口端を、ドリップノズル28または廃液入れのいずれかに 接続するために、2方弁19が挿入される。
クロマトグラフィ・カラム26のための溶離液は、溶離液容器12から配管13 を介して多重ポート弁7の入口ポートに、ポンプ11により供給される。
攪拌装置2、温度制御装置3、ステップモータ32、採取器21、ポンプ11お よび分留収集器(記号28.30で表される)と共に、多重ポート弁4.7は全 てそれ自体公知の態様で制御ユニット(図示せず)によって制御される。
図2に示す反応装置を有する図1に示す装置は、ガラスびん20の中の細胞懸濁 液から染色体外DNAを自動的に精製するために、次のように動作する。
図3(A)の線図に示すように、ピストン36の上昇運動を用いて、細胞懸濁液 がガラスびんから反応および/混合室33に吸引される。よって、所定体積の細 胞懸濁液が採集器21によって吸い上げられて、多重ポート弁4を経て、配管6 (39)を介して、混合室に入る。
細胞懸濁液は随意的に、図3(B)の線図に示すように、ピストン36の下降運 動により、フィルター31・、(図2)を通して、濃縮することもできる。反応 室は、随意に、室33内に置かれた磁石によって、濾過中、攪拌される。
次に、濃縮細胞懸濁液内の細胞は、細胞溶解液容器14からの所定量の溶解溶液 が、ピストン36の上昇運動(図3、C)を用いて、配管15、多重ポート弁4 、および配管6(39)を経て反応室33に導入されることにより、溶解される 。混合物は、攪拌装置2を用いて混合される。随意的に、反応室は、温度制御装 置3によって加熱され、これは入口38および出口37を経て与熱液体をジャケ ット40内に導入することにより、達成される。
反応室の内容物から染色体DNA、蛋白質および細胞滓を沈殿させるために、次 に、沈殿溶液容器17から所定量の沈殿溶液が、ピストン36(図3、D)の上 昇運動を用いて、配管18、多重ポート弁4および配管6(39)を経て、反応 室に導入される。
混合物は攪拌装置2を用いて攪拌され、随意的に、反応室は温度制御装置3によ り冷却される。これは、入口38、および出口46を経て、ジャケット40に冷 却液を導入することによって、達成される。
次に、反応室33の内容物は、ピストン36の下降運動(図3、E)によって生 ずる圧力により、フィルター31を介して濾過される。反応室33の所定量の液 体内容物は、配管8(43)および多重ポート弁7を経てループ22により収集 されるが、沈殿した染色体DNA。
蛋白質および細胞環はフィルター31の上に残る。
染色体外DNAを精製するために、ループ22の内容物がポンプ11により、ク ロマトグラフィ・カラム26に通される。不純成分は、弁19によって廃物入れ に送られ、純粋の染色体外DNAがドリップノズル28からガラスびん30の中 に収集される。
クロマトグラフィ精製が生ずるのと同時に、フィルター31上および反応室33 内に残る沈殿物は、容器23からの溶解・洗浄液の所定量が、ピストン36の上 昇運動(図3、F)によって、配管25、多重ポート弁4および配管6(39) を経て反応室33に導入されることにより、溶解される。
全ての沈殿物を溶解しほぐすために、攪拌装置により、また随意的に、入口38 および出口37を用いてジャケット40に加熱水を導入して室を加熱しつつ、反 応室33を攪拌したあと、溶解した沈殿物は、ピストン36の下降運動(図3、 G)によって生じた圧力により、配管6(39)、多重ポート弁4および配管1 6を経て、廃物入れに送られる。
この手順は、もう1回(図3、Hおよび■)または数回(図示せず)繰り返すこ とができる。そこで、反応室33は、新たな精製サイクルを開始するために、採 集器21からいま一つの細胞懸濁液を受け入れる態勢ができる。
カラム26に代えて、公知の仕方で沈殿により染色体外DNAを精製するために 、ループ22の内容物にDNA沈殿剤を加える装置を設けることができる。
染色体外DNAを精製する装置は、ループ22の内容物から、精製された染色体 外DNAを吸着するための吸着装置、例えば固体吸着マトリックス、を含むこと ができる。
上記2項ににのべた精製は、別の室または容器(図示せず)で実施するのが適当 である。
Figure 2 ぼストア0蓮j力 Figure 3 補正書の写しく翻訳文)提出書(特許法第184条の8)1 国際出願番号 PCT/5E89100313 2 発明の名称 細胞懸濁液から染色体外DNAを自動精製する装置と方法3 特許出願人 住 所 スウェーデン国、ニス−75239アブサラ、クバーンボーガータン  30 氏 名 ユーレン、マチアス 住 所 スウェーデン国、ニス−18333タービー、コメットベーゲン 1 氏 名 モックス、トマス 4代理人 住 所 東京都千代田区永田町1丁目11番28号相互永田町ビルディング8階 国際出願時の請求の範囲を別紙に示す請求項1乃至21の通り訂正する。
請求の範囲 1、 中にフィルター(31)が設けられた反応室(33)と、該フィルター( 31)の両側で該室(33)に連通する入口/出口ポート(39,43)とを含 む、細胞懸濁液から染色体外DNAを自動分離するための装置であって、該フィ ルター(31)の片側にある該室(33)はその体積を変えるために、中で移動 自在のピストン(36)を有することを特徴とする装置。
2、該フィルター(31)のピストン側の入口/出口ボート(39)は、細胞懸 濁液、細胞溶解溶液、沈殿溶液、および溶解・洗浄溶液を継続導入するようにさ れた装置に接続される、請求項1の装置。
3、 該フィルター(31)のピストン側に攪拌装置が組み込まれる、請求項1 または2の装置。
4、 該攪拌装置は、磁気攪拌機を含む、請求項3の装置。
5、 該ピストン(36)の運動は、ねじ付き棒(41)によって該ピストンに 連結されたステップモータ(32)によって制御される、請求項1ないし4の任 意の項の装置。
6、 温度制御装置が組み込まれた、請求項1ないし5の任意の項の装置。
7、 該温度制御装置は、入口(38)および出口(37)を通して加熱および /または冷却液体が中を通過する、囲まれたジャケット(40)を含む、請求項 6の装置。
8、 出口(34)がピストン(36)を貫通する孔腔によって室(33)に接 続する、請求項1ないし7の任意の項の装置。
9、 該出口(34)は圧力調節または感知装置に接続される、請求項8の装置 。
10、該ピストン(36)から離れたほうの該フィルター(31)の側にある入 口/出口ポート(43)は、所定の、または可変制御自在の、体積のサンプル収 集ループ(22)に接続する、請求項1ないし9の任意の項の装置。
11、該収集ループ(22)はさらに、染色体外DNAを精製するようにされた 精製装置(26)に接続される、請求項10の装置。
12、該精製装置(26)は、クロマトグラフィー・ゲル濾過カラムを含む、請 求項11の装置。
13、該カラムはさらに、溶離溶液、または溶解・洗浄溶液を該カラムに導入す る装置を設けられる、請求項12の装置。
14、該精製装置(26)は、DNA沈殿剤を添加する装置を含む、請求項11 の装置。
15、該精製装置(26)は、染色体外DNAを吸着する装置を含む、請求項1 1の装置。
16、該吸着する装置は、固体吸着マトリックスを含な、請求項15の装置。
17 請求項1の装置を用いて、染色体外DNAの自動分離を行う方法であって 、細胞懸濁液、細胞溶解溶液および沈殿溶液がピストン(36)の運動によって 入口/出口ポート(39)を経て、継続的に反応室(33)に引き込まれ、それ により、継続して生ずる細胞の溶解ならびに、随意的に蛋白質および細胞滓と共 に、染色体DNAの沈殿が存在し、そのあと、生じた染色体外DNAを含む液体 がピストン(36)の運動により沈殿物保留フィルター(31)および入口/出 口ポート(43)を通して収集装置に送られる、方法。
18、溶解・洗浄溶液が引き続いて、ピストン(36)の運動により、少なくと も1個の該入口/出口ポート(39,43)を通して反応室(33)に引き込ま れ、そのあと該室から出される、請求項17の方法。
19、該溶解液の添加の前に、ピストン(36)の運動によって余分の液体を、 フィルター(31)を通して押し出すことにより細胞懸濁液が濃縮される、請求 項17または18の方法。
20、細胞の溶解中、該反応室(33)が加熱される、請求項17ないし19の 任意の項の方法。
21、染色体DNAの沈殿中、該反応室(33)が冷却される、請求項17ない し20の任意の項の方法。
国際調査報告 1、電*m1lle++a喝^09””oII陶PCT/5E89100313 Thi+xwrhn叱1h+pmlpmIsnヤ11mt+mw++++lnm gIs+heps+rm4wumtm+ri電rAinthモ唐■≠狽■|卿− 1甲h+−ぐ−Wr++++++i内+1111+ewrh++7+r市

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.反応装置(1)を用いて、細胞懸濁液から染色体外DNAを自動精製する装 置であって: −容器(20)から反応および/または混合室(33)に細胞懸濁液を導入する 装置(36、21、4、5、6、34、39)、 −該室(33)の内容物を撹乱する装置(2)、−中の細胞を溶解させるために 、該室(33)に溶解溶液を導入する装置(36、14、15、4、6、39) 、 −染色体DNAならびに随意的に、蛋白質および細胞滓を沈殿させるために該室 (33)に沈殿溶液を導入する装置(36、17、18、4、6、39)、−該 室(33)の液体内容物をフィルター(31)に通して、収集装置(22)に送 る装置(36、7、8、43)、 −該収集装置(22)の内容物から染色体外DNAを精製する装置(26)、 −中に残る沈殿物を溶解するために該室(33)に溶解溶液を導入する装置(3 6、25、23、24、4、5、7、8、43)、 −溶解した沈殿物を廃液入れに送る装置(5、6、39、34、4、16): を含む装置。 2.該室(33)は該フィルター(31)を含む、請求項1の装置。 3.細胞の溶解中に該室(33)の温度を上げるため、また染色体DNA、なら びに随意的に蛋白質および細胞滓、の沈殿中に該室(33)の温度を下げるため に、温度制御装置(3)が設けられる、請求項1の装置。 4.該反応装置(1)およびポンプ装置(32)が装置内の液体の流れを制御す るために設けられる、請求項1の装置。 5.該収集装置は、所定体積または可変体積のループ(22)を含む、請求項1 の装置。 6.該精製装置は、該収集装置(26)の出口に接続されたクロマトグラフィー ・ゲル濾過カラム(26)と、該カラム(26)から溶離された染色体外DNA 含有分留を収集する装置(28、30)とを含む、請求項1の装置。 7.該カラム(26)を洗浄するために、該カラムに洗浄溶液を導入する装置( 36、25、23、24、7、8、22、27)が設けられる、請求項6の装置 。 8.該精製する装置は、染色体外DNAを沈殿させるために、該収集装置(22 )の内容物にDNA沈殿剤を添加する装置を含むろ、請求項1の装置。 9.該精製する装置は、該収集装置(22)の内容物から精製された染色体外D NAを吸着するための装置を含む、請求項1の装置。 10.該吸着する装置はさらに、固体吸着マトリックスを含む、請求項1の装置 。 11.反応装置を用いて、細胞懸濁液から染色体外DNAを自動精製する方法で あって: −該反応装置内で発生した吸引力により、反応および/または混合室に細胞懸濁 液を導入すること、−該吸引力により該室に細胞溶解溶液を導入し、該溶液を室 の内容物と混合して、中の細胞を溶解すること、 −沈殿溶液を該室に導入し、室の内容物と混合して、染色体DNAならびに随意 的に、蛋白質および細胞滓を沈殿させること、 −室の内容物をフィルターに通して濾過し、液体内容物を収集装置に送ること、 −該収集装置の内容物から染色体外DNAを精製すること、 −該室に溶解溶液を導入し、室の内容物と混合して、中に残る沈殿物を溶解させ ること、 −該溶解した沈殿物を該室から廃液入れに送ること;を含む方法。 12.細胞の溶解中に該室の温度を上げること、および/または随意的に、染色 体DNA、ならびに随意的に蛋白質および細胞滓、の沈殿中に該室の温度を下げ ること、を含む、請求項11の方法。 13.該反応室によって与えられる真空および/または圧力と、該反応装置とは 別のポンプからの圧力を用いて、液体の流れを制御することを含む、請求項11 の方法。 14.細胞懸濁液から染色体外DNAを自動精製するための装置および方法に用 いることのできる反応装置であって: −内部で移動自在のピストン(36)の位置によって体積が決定される反応およ び/または混合室(33)、 −該室(33)の下部に、フィルター支持・密封ガスケット(31)上に設けら れた少なくとも1個のフィルター(31)、 −配管(39)を介して室(33)に接続される少なくとも1個の入口/出口ポ ートと、配管(34)を介して室(33)の上部に、望ましくは、ピストン(3 6)を通して接続される1個の出口ポート、−反応装置(1)の下部において、 該フィルター(31)の下方に、配管(43)を介して室(33)に接続される 少なくとも1個の入口/出口ポート:を含む装置。 15.該室(33)内の温度を制御するために、加熱/冷却液体を供給するため に設けられた空間ジャケット(40)によって該室が囲まれている、請求項14 の装置。 16.回転運動をピストン(36)の上下連動に変換するために、ねじ付きピス トン棒(41)により、該ピストン(36)がステップモータ(32)に連結さ れている、請求項14の装置。
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