JPH04505624A - リボザイム阻害物質 - Google Patents
リボザイム阻害物質Info
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- JPH04505624A JPH04505624A JP2514597A JP51459790A JPH04505624A JP H04505624 A JPH04505624 A JP H04505624A JP 2514597 A JP2514597 A JP 2514597A JP 51459790 A JP51459790 A JP 51459790A JP H04505624 A JPH04505624 A JP H04505624A
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。
Description
リボザイム阻害物質
発明の背景
本発明は、リボザイムと呼ばれる一群のRN A分子の生物学的活性の阻害物質
に関する。
リボザイムは生物学的活性を有するRNA分子であり、その活性は分子内(即ち
、このRNAが自己スプライスまたは自己切断することができる)であることも
あるし、また、分子間(即ち、このRNAが酵素活性、例えば別のRNA分子を
切断するのに活性であるエンドリボヌクレアーゼ活性を有する)であることもあ
る[Krugerら。
31 Ce1l 147. 1982; ’Zaugら、32411ature
429. L986: ZaugおよびCech、 2315cience
470.1986:および、Guerrier−Takadaら、35Ce11
849、1983]。
Ba5sおよびCech[25Biochemistry 4473.1986
]は、Tetrahymenathermophilaのリボザイムのインビト
ロでの競合阻害物質を開示している。これらの阻害物質はりボザイムのグアノシ
ン基質部位と競合し、デオキシグア/ノンおよびジデオキシグ7ノシンを含む。
CechおよびBa5s[55Annual Review Biochemi
stry 599. 1986コ、ならびにZaugおよびCech[2315
cience 470. 1986]は、リボザイムとホモペンタヌクレオチド
C3の間の分子間反応のインビトロでの競合阻害物質としてデオキシC3を開示
している。
TannerおよびCech[13Nucleic Ac1d Re5earc
h 7741. 1985]、ならびにTar+r+erおよびCech[13
Nucleic Ac1d Re5earch 7759. 1985]は、臭
化エチジウムおよびメチジラムプロビルEDTAを含む小さな分子による、Te
trahyIIlenaのIVS RNAの自己触媒環化のインビトロでの阻害
を開示している。スペルミジンおよび塩化マグネシウムが、1またはそれ以上の
これら化合物の阻害作用に若干の効果を有している。
発明の要約
本出願人は、インビボでリボザイムと特異的に相互作用し、一部のケースではり
ポザイムと強固に結合する一群の核酸およびアミノ酸に基つく化合物を発見した
。このような相互作用はこれらリボザイムの生物学的活性の有意の阻害を引き起
こす。これら阻害物質は、ライフサイクルの一時期にリボザイムの生物学的活性
に依存する生物(この用語には、菌類、ウィルスまたは池の感染性核酸、例えば
ウィロイド、ウイルソイドおよびサテライトRNAなどが含まれる)による動物
または植物の感染の治療または予防に用いることができるので、予防および治療
物質として有用である。この阻害性の分子を、後記のようにいくつかの常法のい
ずれかにより動物または植物に導入することができる。
第1の態様においては、本発明は、生物学的活性を有するリボザイムを保持する
生物による感染動物(例えば、ヒトなどの補乳動物)または植物(例えば、アボ
カド)に対するインビボの作用を軽減するための方法を特徴とする。この方法は
、リボザイムと特異的に相互作用する核酸またはアミノ酸に基づく化合物を提供
することからなる。次いで、この核酸またはアミノ酸に基づ(化合物を、核酸ま
たはアミノ酸に基づく化合物とりボザイムの接触が可能な方法で動物または植物
中に導入し、それによってリボザイムの生物学的活性を減少させるか、または排
除する。
上記のように、リボザイムには生物中に見い出されるあらゆる自己スプライスま
たは自己切断RNAが含まれる。通常、このようなりボザイムは、タンパク質の
全く存在しないところでそれ自体の2またはそれ以上のRNAフラグメントへの
切断を引き起こす能力を有している。さらに、リボザイムは他の生物学的活性、
例えば酵素活性を有していることもあり、これにはポリペプチドのRNA分子へ
の結合を引き起こす能力が含まれる。このようなりボザイムの例には、種々の植
物感染性物質、ウィロイドおよびウイルソイドに関連するものが含まれる[Pr
odyら、 5cience 1577、1986; !lutchingら。
14 Nuc、Ac1d、Res、 3627. 1986; Forster
ら、 49 Ce1l 211および50 Ce1l 9.1987]。これら
の生物において、リボザイムは、感染性RNAの複製サイクルに必須であると思
われる工程として、RNAの自己切断と恐らくは連結を触媒する。これら生物の
一部、例えばポリオウィルスにおいては、マイナス鎖RNAの5°末端への小さ
なウィルス暗号化ポリペプチドVPgの付加に関与しているリボザイム分子が存
在する。このポリペプチドはRNAの生産的複製に必要である。他のピコルナウ
ィルス類(リノウイルス、口締病ウィルスおよびA型肝炎ウィルスを含む)はポ
リオウィルスに類似しており、これらはそれらのピリオンおよびマイナス鎖RN
Aの5°末端に結合した小さなポリペプチドを有している。このVPgの付加は
ポリオウィルスにおいては(そして恐らくは他のピコルナウィルス類においても
)リボザイムによって触媒されているようであり、従って本発明の阻害物質に対
して感受性である。別の例として、肝炎デルタウィルス[Sharmeenら、
62 J、of Virol、 2674.1988コは植物ウイルソイドに
類似した方法で自己切断を受け、それ自体に対するタンパク質(肝炎デルタウィ
ルス抗原)の結合に関与している。他の例は、ヒトに感染する菌類であるPne
umocystis carinii中に存在するりボザイムである[Sog
i nおよびEdman、 17 Nucl、^cids Res、 5349
+1989]。これは自己スプライス前駆体RNAであり、Tetrahyme
naのリボザイムに相同である(この自己スプライスはリポソームRNAの生合
成、従ってタンパク質の合成に必要である)。菌類のミトコンドリアは自己スプ
ライスリボザイムの豊富な供給源であり、従ってMon1laおよびCandi
daなどの臨床的に重要な菌類はミトコンドリアの自己スプライスイントロンま
たは核の自己スプライスイントロンさえ含有している可能性がある。ここに挙げ
た例は本発明を限定するものではなく、ポリペプチドに共有結合したウィルスま
たはいずれかのウィルスRNAに関連したあらゆる小さな通常は環状のRNA分
子がリボザイムである可能性がある[Sharmeenら;上記]。
本発明において有用な核酸分子は通常はリボまたはデオキシリボヌクレオチドか
らなる分子であるが、リボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの混合物、
またはリボもしくはデオキシリボヌクレオチドの類似体として形成されることも
ある。これらは好ましくはその長さが少なくとも6〜40ヌクレオチドであり、
最も好ましくは8〜20ヌクレオチドである。また、これらは阻害性分子をコー
ドしている核酸分子、例えば阻害性RNA分子をコードして0るDNA分子を包
含している。このようなりNA分子を任意の常法によって動物または植物中に導
入し、阻害しようとするりボザイムにRNA分子を接触させる方法において阻害
性RNA分子を発現させることができる。本発明において有用な核酸分子には、
核酸がリボザイムによる切断またはスプライスを受けることを阻害するように誘
導体化されたか、または修飾された核酸が含まれる。
本発明において有用なアミノ酸に基づく化合物は、リボザイムの生物学的活性を
特異的に阻害または減少させるタンパク質、ポリペプチド、ペプチド、ペプチド
類似体(ペプチド中に通常は存在しない1またはそれ以上の化学基を有するペプ
チド)、またはポリペプチドの非ペプチド模造物である。このようなアミノ酸に
基づ(化合物には、リボザイムの反応に必要なポリペプチド、例えばポリオウィ
ルスのVPgポリペプチドと特異的に競合する化合物が含まれる。
また、これらには、インビトロで形成される環状および立体配座的に制限された
ペプチドおよび類似体、特にリボザイムを含有する細胞または他の構造に侵入す
ることができるものが含まれる。当業者なら、ポリペプチドの活性部分[例えば
、Kuhnら、 85 Proc、Natl、Acad、sei、Us^519
.1988を参照コまたはこのポリペプチドを認識スるりボザイムの部位を容易
に同定することができること、ならびに合成のアミノ酸に基づく化合物もしくは
ポリペプチドまたは遺伝子操作された組換えペプチドもしくはポリペプチドをイ
ンビトロもしくはインビボで合成して本発明において阻害物質として用いること
ができることを理解しているであろう。
本発明において有用な阻害物質には、リボザイムの生物学的な活性部位(または
、結合部位)に高い相補性を有し、従ってリボザイムの活性部位に強く結合し、
その生物学的活性を減少させる核酸分子が含まれる。リボザイムの活性部位は任
意の常法によって同定し、その特徴を調べることができる口例えば、Beenお
よびCech(47Ce11207、 1986)、Cech(73Gene
259. 198g)、Daviesら(300Nature 719゜198
2)、ForsterおよびSymons(49Ce1l 211.1987)
、ForsterおよびSy+++ons(50Ce1l 9. 1987)、
Forsterら(334Nature 265. !988)、Hampe
lおよびTritz(28Biochemistry 4929. 1989)
、)laseloffおよびGerlach(334Nature 585.
198g)、Waringら(321Nature 133. 1986)、お
よびVuら(86Proc、Natl、^cad、sci、UsA 1g31.
1989)が記載している]。活性部位のヌクレオチド配列が既知になると、阻
害性の核酸分子の合成および活性部位に対する阻害活性の試験は容易である。
本発明において望ましい高度な相補性は、阻害物質とりボザイムの反応の特異性
を与える。即ち、阻害物質は阻害しようとするりボザイムだけに特異的に結合す
るのが普通であり、他の分子とは全く結合しない。通常、阻害物質はりボザイム
と強固に結合し、IonM未満のKd、好ましくはlnM未満のKdを有する。
別の分子が結合するとしても、この結合が処理される動物に対して評価しうるか
、または存意の作用を存するとは考えられない。即ち、本発明の阻害物質は極め
て特異的であり、処理する生物に対してごくわずかしかまたは全く副作用を有さ
ないものと予測される。
動物中への阻害性分子の導入は、動物の特定の器官もしくは血流中に阻害物質を
経口もしくは直接的に投与することを含むいくつかの方法のいずれかによって、
または動物のいずれかの特定細胞の内部もしくはその近くにRNAを注入するこ
とによって行なうことができる。さらに、上記のように、阻害性の核酸をインビ
ボで合成しく例えば、トランスフェクションまたは同等の方法によって動物に導
入した該核酸をコードしているD N Aから)、所望のプロモーターまたは他
の調節領域のコントロールのもとて該DNA分子を細胞内に導入することもでき
る。阻害性のアミノ酸に基づく化合物の導入は、治療学的有効量を動物もしくは
植物に直接投与することを含む任意の常法によるか、またはそのようなアミノ酸
に基づく化合物の産生を引き起こしうる核酸の導入による。
関連の態様においては、本発明は治療用組成物を特徴とし、この組成物は薬学的
に許容しうる保持剤または担体(例えば、緩衝液)と、動物中に存在するりボザ
イムと特異的に結合する阻害性の核酸分子もしくはアミノ酸に基つく化合物の混
合物からなる。通常、この組成物は治療学的有効量の阻害性化合物を含有する。
本発明の他の特徴および利点は、以下の好ましい態様の説明および請求の範囲か
ら明らかになるであろう。
好ましい態様の説明
4、
置面
図1は、T、 thermophi laのリボザイムの予想される折り畳み構
造を模式的に示すものであり、G−結合部位(G〜部位)、5°エクソン−結合
部位、およびコア部位(コア)の位置を示すものである。ヌクレオチドには数を
付し、通常の命名法に従って種々の対領域(P)およびループ(L)を表示した
。
図1aは、T、 thermophilaリボザイムのG−結合部位を模式的に
示すものである。
図2aは、T、 thermophi laリボザイムのP9およびPLO領域
の折り畳み構造を模式的に示すものである。G−結合部位は長方形で示し、ここ
ではりボザイムの3′エクソンに結合したG残基に結合している。
図2bおよび図2cは、T、 thermophilaリボザイムのそれ自体と
の相互作用をブロックし、従って自己スプライスを妨げる阻害物質を示すもので
ある(肉太活字)。XGは切断を不活性にするように修飾したGヌクレオチド(
例えば、デオキソG)である。
図3は、T、 thermophilaリボザイムの5゛エクソン−結合部位を
模式的に示すものであり、(a)正常な自己スプライス、および(b)このよう
なスプライスの阻害物質による阻害(即ち、リボザイムがその基質の代わりに阻
害物質と反応し、リボザイムの不活性化を導く)を示すものである。
図4as図4bおよび図40は、ヌクレオチド塩基679〜695に相補性(図
4b)またはヌクレオチド塩基680〜695に相同(図4c)なRNA分子(
肉太活字)の阻害作用を示すものである。
図58および図5bは、ハンマーヘッド型の構造を示すAvocado 5un
blotchウイロイドRNA(ASBV)の単量体および装置体型をそれぞれ
模式的に示すものである。自己切断部位は矢印で示す。箱中に示した塩基は、種
々のこの型のりボザイムにおいて保存されている。
図5cおよび図5dは、肉太活字で示した配列を有する阻害物質による不活性化
の2つの様式を示すものである。スプライスの阻害は交差した矢印で示す。
l蔓i分子
本発明における阻害物質として適当な核酸およびアミノ酸に基づく化合物を上で
一般的に説明した。以下においては、阻害性分子のい(つかの例および他の分子
を同定しつる方法を示す。この記述は単なる例として挙げるものであり、本発明
を限定するものではない。
等価な方法を用いて多数の他の阻害性分子を設計しつることは当業者の認めると
ころであろう。
本発明の阻害物質の1つはりボヌクレオチド配列: CCCUCUを有するRN
A分子である。この阻害物質は、Krugerら[上記〕によって特徴付けられ
たT、 thermophilaのリボザイムの阻害物質として活性である。リ
ボザイムの一部と結合および/または反応または相互作用(例えば、水素結合ま
たはイオン相互作用によって)するか、あるいはりボザイムおよびその天然の生
物学的基質(ごれは、同一のリボザイム分子の他の部分であってもよいし、また
ポリオウィルスRNAのVPgポリペプチドなどのポリペプチドであってもよい
)と反応または相互作用する、あらゆる他の核酸、ポリペプチドまたはそれらの
誘導体(即ち、修飾された核酸またはポリペプチド)が、本発明において潜在的
に有用である。このようなりボザイムと阻害物質の相互作用はりボザイムを不活
性化するか、またはその天然の基質との反応(それ自体との相互作用を含む)を
妨げるか、もしくは減少させる。リボザイムの生物学的活性を不活性化または減
少させることによって、リボザイムを含有もしくはコードしているウィルスまた
は他の生物学的実体もしくは生物の感染性が減少するか、またはなくなる。
一般に、ある核酸が本発明において有用であるか否かを決定するためには、初め
にリボザイムの反応性部位の構造、組成および配列を常法によって決定し、リボ
ザイムの反応性部位またはりボザイムの他のいずれかの生物学的に活性なドメイ
ン(その例は後記する)に相補性のヌクレオチド塩基配列を有する核酸分子を合
成する。次いで、リボザイムと阻害物質をインビトロで混合し、この阻害物質が
リボザイムの生物学的活性、好ましくは必須の生物学的活性、例えば自己スプラ
イスを阻害するか否かを決定する。
本発明の方法は、任意の適当な供給系を用いて感染細胞または組織に阻害物質を
投与することからなる。このような系には、リポソーム媒介の標的細胞との融合
(標的細胞と阻害物質を単に接触させることによって標的細胞による阻害物質の
直接の取込みを引き起こす)、または細胞中への阻害物質のトランスフェクショ
ンとそれに続く患者への細胞の再導入が含まれる。小さなペプチドまたはその類
似体は経口投与によって、または静脈内もしくは筋肉内注射によって投与しても
よい。この阻害物質は多数の方法によって作用することができる。この作用方法
には、天然のりボザイム基質に類似する競合型阻害物質として作用すること:基
質として作用するが、リボザイムを含有する生物の役に立たない不活性産物を与
えること;ならびに、リボザイムの活性部位に相補性のヌクレオチド塩基配列を
有し、リボザイムの生物学的活性に必要な構造を変えるように活性部位に結合す
る阻害物質として作用することが含まれる。
これまで本発明の一般的な形態を説明したが、以下に実施例を挙げて異なる群の
りボザイムに関する具体的な課題を明確にする。これらの実施例は4種のりボザ
イムの生物学的活性の阻害方法を含んでおり、本発明が広い範囲にわたることを
例示するのもである。本発明はこれら具体的な実施例に限定されるものではなく
、ここに記載した方法の大部分は、1種だけに記述されている場合でも4種すべ
ての系および他の関連の系に適用することができる。また、具体的に記載したり
ボザイム以外のりボザイムも、後記のように同定したか、または等価な方法によ
って同定した阻害物質による阻害に感受性である。
最初の実施例は、「グループIイントロン」と呼ばれる群に属するリボザイムで
ある。その具体的な例はT、 LhermophilaのブレーrRNAイント
ロンである。グループIイントロンの群におけるスプライス機序の密な類似性に
より、任意に選択したりホザイムの特定のヌクレオチド配列を考慮することだけ
が必要であるという点て変わるが、この実施例が他のあらゆるグループIイント
ロンに等シフ当てはまることは当業者には明瞭である。第2の実施例のHDV
RNA(ヒト病原体)は、構造および作用機序かわかっていないリポザイムに対
してどのように阻害物質を容易に同定することができるかを示すために含まれて
いる。第3の実施例の植物ウィルスサテライトRNA中に見い出されるリボザイ
ムは、本発明の普遍性を示すために含まれている。第4の実施例はポリオウィル
スRNAに関するものであり、ポリペプチド−RNAの組合せが関与している点
で他の実施例とは異なっている。この実施例は、どのようにして当業者がこの群
のりボザイムの阻害物質を容易に考案することができ、次いでそれらを本発明に
おいて使用することができるかを示すものである。ポリオウィルスはピコルナウ
ィルスの1種であり、同様の方法ヲ、他のピコルナウィルス(例えば、す/ウィ
ルス、口締病ウィルス)に、タンパク質−RNAの共有結合が形成される非ピコ
ルナウィルスに、および他の関連のりポザイム含有生物に適用することができる
。
実施例1 グループIインドaン
グループlイントロンRNAは、生物学的に活性な中心を形成するように複雑な
3次元構造に折り畳まれてRNAの自己スプライスを達成する[Cech、 2
365cience 1532.1987およびCech、 73 Gene2
59、 t9gg〕。異なる生物学的供給源(菌類のミトコンドリアおよび核、
植物の葉緑体、ならびにバクテリオファージを含む)に由来するRNA中に見い
出されるグループIイントロンは同一の基本的な触媒構造を共に有し、同一の基
本的な機序によってスプライスを達成する。従って、1種のグループIイントロ
ンについて確立した機序的な特徴、例えばT、 thermophilaの核の
プレーrRNAの特徴を、全てのグループ1イントロンに一般的に当てはめるこ
とができる。
例えば、全てのグループIイントロンのスプライス機序には、イントロンによっ
て結合され、モして核基として作用するグアノシンまたはGTP分子が関与し、
5°スプライス部位を切断する。RNAのスプライスは遺伝子発現に必須の工程
であるので、生存生物におけるスプライスの干渉はグループIイントロンを含む
遺伝子を不活性化することになるであろう。
リポザイムのいくつかの部位の1つに作用するように阻害物質を設計することが
できる。これらの部位には、リボザイムのG−結合部位、5“エクソン−結合部
位、およびコアが含まれる。それぞれの例を以下に説明する。
G−結合部位
Tetrahymena ’)ボザイムのG一部位が図1および図18に示され
ている。保存されているG(数414)の前にあるイントロンの3′末端(「3
°」と表示)の近くのヌクレオチドが、このG一部位での結合相互作用に関与し
ている。このTetrahy+oenaイントロンの3′領域にヌクレオチド塩
基が相同である阻害性の核酸を合成することができる。例えば、このイントロン
の最後の3ヌクレオチド(図1のヌクレオチド412〜414を参照)と同一の
配列を有するが反応性のリボ−Gの代わりに非反応性のxGを有するヌクレオチ
ドUC(xG)を用いることができる。xGは請求核基として作用することを妨
げるリボース糖の修飾されたグアノシンである(例えば、3″−デオキシGまた
は2゛−デオキシG)。他の群の阻害物質には、3゛エクソン中にトリヌクレオ
チド配列を延長する一般式:UC(xG)UAAGGUAで示される配列が含ま
れる。これらの阻害物質は図2aに示した構造に作用する。この群の阻害物質の
予想される結合様式は図2bに示されている。さらに別の群の阻害物質には、一
般式:UCGACUA・・・[ここで、点は、配列を続けるとさらに良好な阻害
物質が得られるであろう可能性を表す]で示される配列が含まれる。この阻害物
質は、G一部位によって結合される上記のトリヌクレオチド配列(UCG)を含
有し、さらに機能的に必須であるP7ステム(図1a)の半分に結合し、それに
取って代わる隣接配列(ACUA・・・)を含有する。この群の阻害物質の予想
される結合様式を図20に示す。あらゆる所望のグループIイントロンのG−結
合部位および所望により他の部位に結合し、それによって天然の基質(即ち、グ
アノシン)と該部位の相互作用を競争的にまたは他の方法で阻害する他の等価な
阻害物質を考案しうろことは当業者には明白である。
5′エクソン−結合部位
(i)スプライスの阻害
リボザイムの5′エクソン−結合部位は内部指針配列の一部であり、ワトソンー
クリックの塩基対合により5゛エクソンの最後の数個のヌクレオチドに結合する
(図1)。また、別の相互作用が5°エクンンヌクレオチドをその場所に保持す
るのを助ける[5ullivan & Cech。
42 Ce1l 639.191115]。Tetrahymenaのブレーr
RNAの5°スプライス部位の近くの配列はCUCUCU/AAAである(図1
のG。イ一部位に隣接するPlに示されている;/はスプライス部位を表す)。
本出願人は、関連配列: CCCUCUAAAを含むオリゴヌクレオチドが約1
nMのに4でイントロンに結合することを見い出した。リボヌクレオチドをデオ
キシリボヌクレオチドに換えても結合は阻害しないが、反応は阻害する。従って
、スプライスの第1段階(5゛スプライス位での反応)の阻害物質には、CCC
UC(dT)(dA)AAの型の分子が含まれる(ここで、5′スプライス部位
はデオキシリボヌクレオチドによって結合される)。
約1nMの解離定数は極めて低いものであるが、この値は不十分であることもあ
る。従って、イントロンとの相補性を維持しなからLlドメイン中に阻害物質の
ヌクレオチド配列の長さを延ばすことによって[例えば、CCCUC(dT)(
dA)AA、GGUAA・・・]、またはその結結合数を高くするようにオリゴ
ヌクレオチドを誘導体化することによって(例えば、末端ヌクレオチドに臭化エ
チジウム分子を共有結合付加することによって)、さらに強固に結合する阻害物
質を合成することができる。
あらゆる他のグループIイントロンの5′エクソン−結合部位に相補性であり、
そして所望により上記のようにさらに長い相補性ヌクレオチド配列を含むように
、モして/またはエチジウムなどの分子を導入するように修飾した配列を有する
阻害物質も本発明において有用である。
(ii)Mis−スプライスの促進
上記の競争型阻害物質の限界の1つはこれらに固有の可逆性である。阻害物質か
遊離したときにはスプライスが進行することができる。次の例では、内生の5゛
エクソンの代わりに外生のすりコヌクレオチドによってスプライスが起こり、そ
れによって前駆体RNAを2つの分子に切断してそれを破壊する。内部指針配列
と6塩基対を形成することができるオリゴヌクレオチド(例えば、配列CCCU
CUて終わるオリゴヌクレオチド)は強固に結合する基質類似体である(K、は
上記のCCCUCI、7AAAを含むオリゴヌクレオチドとほぼ同しである)。
従って、ヘキサスクレオチドCCCUCUまたは遊離の3”−末端ヒドロキシ基
を保持するその誘導体(例えば、デオキ/C残基を含む誘導体、またはエチジウ
ムを導入したヌクレオチドを含む誘導体)の投与は、図3に示すように、分子間
のエクソン連結(即ち、2つのRNA分子の連結)を促進することができる。
この反応はりボザイムの生物学的活性を短絡させ、その活性を不活性化する。他
のグループIイントロンの基質相同体もこの方法において有用である。
リボザイム・コア
上記の外生オリゴヌクレオチドは、上記のように5′スプライス部位領域中の内
生の対応物にとって代わることができる。同じ置換反応をイントロンの他の領域
(例えば、コア領域)に一般的に当てはめることができ、それによって生物学的
活性の阻害を引き起こすことができる。RN AまたはRNA以外のもの(例え
ば、DNAまたはRNAとD N Aのフポリマー)からなる外生のオリゴヌク
レオチドを合成し、投与することにより、通常は安定であるが非機能的である新
規な対合を形成させることができる。例えば、Tetrahymenaイントロ
ンの257〜274位に相補性であるチオキンオリゴヌクレオチドをそれに結合
させることができ、それによって自己スプライス活性に必須であるP3、P6お
よびP7構造要素(図1)の形成を阻害することができる。従って、このような
分子は本発明において有用であろう。
(以下、余白)
実施例2 肝炎デルタウィルス(HDV)RNAヒトにウィルス性肝炎および肝
細胞癌を引き起こすB型肝炎ウィルスは、環状の部分的に2本鎖のDNAゲノム
を何する。HDVは、1700ヌクレオチドの環状RN Aゲノムを含むB型肝
炎ウィルスのサテライトウィルスである。HDVはB型肝炎ウィルスの保持者に
重感染して極めて重篤な削性肝炎を引き起こしうる。Sharmeenら(上記
)は、HDV RNAがインビトロで部位特異的な自己切断を受けて、2°、3
゛−環状ホスフェートおよび5−ヒドロキシ末端を生成することを報告した。自
己切断はHDV RNAの複製に必須の工程であると考えられており、従ってこ
の工程の阻害はこのウィルスによる感染に対するを効な治療方法であると考えら
れる。
Wuら(上記)は、HDV RNAの自己切断の原因を成す領域を、図4aに示
す133ヌクレオチド内として同定している。図4に示す2次構造はコンピュー
ターによって得たものであり、その正当性は当然のものではない。
HDV RNAに十分に結合し、自己切断を阻害する最も小さなオリゴヌクレオ
チドを明らかにするための第1の工程は、自己切断部位周辺の配列(塩基665
〜695の周辺)に相補性かつ相同である中程度の大きさのD N AおよびR
NA分子を合成することである。
1組のこのようなりNAおよびRNA分子(阻害物質)は、ヌクレオチド位置6
65〜695の配列(図4a)と該配列の相補体を有している。
第2の工程は、自己切断の初期速度(VO)を阻害物質濃度の関数として測定す
ることであり、それによってそれぞれのオリゴヌクレオチドに対してI、。(v
oを50%減少させるのに必要な阻害物質の濃度)を得ることである。■、。が
1nMを大きく下回るときには、さらに小さい分子を合成して最も小さくかつ有
用な阻害物質(即ち、1nM未満のI、。を保持している分子)を決めることが
できる。この例では、位置665〜680および680〜695を表すオリゴヌ
クレオチドを試験することができる。例えば、680〜695が可能な阻害物質
であることがわかったら、680〜690および687〜690を試験すること
ができる。このような2種類の阻害物質の阻害の様式を図4bおよび図4cに示
す[ヌクレオチド680〜695に相補性(図4b)または相同(図4c)であ
るR N Aに対して]。
I50が1nMより大きいときにはさらに大きいオリゴヌクレオチドを試験する
ことができ、挿入試薬(例えば、臭化エチジウム)またはその他のDNA結合試
薬による誘導体化を行なってオリゴヌクレオチドの結合能力を高めることができ
る。これらのインビトロの研究によって、系の基本的な特徴が得られるであろう
。次いで、本方法または等価な方法によって同定された有用な阻害物質をインビ
ボで用いることができる。
オリゴリボヌクレオチド阻害物質における阻害の様式を確かめること、即ち阻害
物質が切断されるか否かを調べることが重要である。
これは、放射ラベルした阻害物質を過剰濃度のHDV RNAとインキュベート
することによって容易に確かめられる。切断されるならば、切断を妨げることに
よってこの阻害物質をざらに冑効なものにすることができる。以下に挙げる方法
の1つが成功するはずである。第1に、ホスホロチオエート結合を切断部位に導
入し、SPオよびR,の両異性体を試験することができる。第2に、1つまたは
2つのデオキシリボヌクレオチドを切断部位と境界を接する位置に導入する。そ
れぞれの場合において、■、。の減少は阻害物質の改善を示すものである。
これらの型のウィルスRNAに作用する池の阻害物質を本方法によって同定する
ことができる。可能性あるリボザイムを同定し、このリボザイムの活性部分のヌ
クレオチド配列を決定し、次いでこのリボザイムに対して相補性のヌクレオチド
配列を有する阻害物質を合成するのは容易である。
ロイドRNA
ウィロイドは小さな環状RNAであり、それ自体が植物に感染する。ウイルソイ
ドおよびサテライトRN Aはそれぞれ環状および直線形であり、ある種の植物
RNAウィルスのコートタンパク質によって封入されている。このようなRNA
の多(がインビトロで効率的な部位特異的な自己切断を受ける。感染中に、自己
切断が直線状の多量体RNA複製中間体を単位の大きさの産物に変換するものと
考えられている。自己切断を阻害することにより、ウィルスの複製か阻害される
可能性が高い。
このRNAの大部分は、3ヘリツクスアームを形成する約30のヌクレオチドを
含有する小さな構造ドメインを共有している。この「ハンマーへ/ド」構造は、
例えばAvocado 5unblotchウイロイド[AS B V ; [
Jhlenbeck(308Nature 596. 19B?): Fors
terら(50Ca1l 9゜1987)]における自己切断に必要かつ十分で
ある。
これらのハンマーヘッド型に関連するりボザイムは、効率的な自己切断を受ける
がハンマーヘッドのモチーフを含有しないタバコ・リングスポット・ウィルスの
359スクレオチドの負鎖サテライトRNAである。HampelおよびTri
tz[28Biochemistry 4929.1989]は、サテライトR
NA配列の14ヌクレオチドを含有するRNA基質を効率的に切断する、50ヌ
クレオチドの配列内に含まれる生物学的に活性なドメインを記載している。
この自己切断部位の両側のASBVの配列は、ACCAGGUC/UGUUCで
ある(図5aおよび図5b)。上に提案した阻害物質と同様に、次のASBVR
NA自己切断の阻害物質か提案される:d(ACCAGGTCTGTTC)、A
CCAGGU(dC)(dT)GUUC,およびACCAGGUC(s)UGU
UC[ここで、(s)は切断部位におけるホスホロチオエート置換を表す]。こ
のような阻害物質の1つの提案の結合様式を図5cに示す。これら阻害物質の活
性はI goを測定することによって試験することができ、特異的な阻害を示す
物質を上記のように短くするか[例えば、d(G T CT G T TC)]
、または誘導体化して結合を増強する。
「ハンマーヘッド」の触媒性コアの形成には、配列−5°−CUGANGA−3
’(図58の最下段の鎖ならびに図5bの最上段および最下段の鎖において筒中
に示す)が二重らせんの状態になく、従って3次構造の形成が可能であることを
必要とする。図53の最下段の鎖ならびに図5bの最下段および最上段の鎖に相
補性であるAGACTCATCAGTGTTCTの型のオリゴヌクレオチドをこ
れに塩基対合させることができ、これによって生物学的に活性な中心の形成を阻
害または破壊することができる(図5d)。
上記の阻害物質はASBVを阻害するように設計したが、当業者なら単に阻害物
質のヌクレオチド配列を感染性RNAのヌクレオチド配列に対合するように変え
ることによって、定義した自己切断ドメインを有するあらゆるサテライトまたは
ウイルソイドRNAに本方法を展開することができる。
実施例4 ピコルナウィルスRNA
ポリオウィルスRNAは、玉鎖(ピリオンRNA)および負鎖(RNAの複製中
に鋳型として働く)の両方の5′末端に共有結合したウィルスにフードされてい
るポリペプチド(VPg)を有している。ポリオウィルスはVpgの結合を達成
するためにRNA触媒を用いているようである。インビトロでのVPg結合の最
低の要件は、化学的に合成されたVPg、脱タンパク質化されたウィルスRNA
複[中間体、およびMgC1tである。この簡単な系において、VPgに共有結
合した負鎖の5′末端が生成するように切断が起こる。この反応は、グループ■
イントロンの自己スプライスの核基として作用するグア/シンの3°−ヒドロキ
シと同等に核基として作用するVPgのチロシンのヒドロキシ基とのエステル交
換によって起こる。
ウィルスRNAはVPgの付加のための触媒であると考えられる。
VPgの結合が厳密な意味でRN A触媒されていないと判明した場合であって
も、それにRNAが関与し、従ってインビボでの阻害に感受性であることは明ら
かである。VPgの結合はウィルス複製に必須であるので、この過程のあらゆる
阻害物質がウィルスの増殖を阻害すると考えられる。
VPg結合への関与の原因を成すポリオウィルスのRNA配列は同定されていな
いので、第1の工程はそのような配列の位置決定をすることである。これは、R
NAの一連の削除体を作成して必須領域を同定する常法によって行なうC例えば
、HaseloffおよびGerlach。
334 Nature 5g5.1988を参照]。ウィルスの玉鎖に相同であ
る中程度の長さの一連のオリゴヌクレオチド(それぞれが20〜30ヌクレオチ
ド)を、VPgの結合を指令するのに関与している領域にまたがるように合成す
る。さらに、ウィルスの玉鎖に相補性である第2の一連のオリゴヌクレオチドも
合成する。これら2種類の一連のオリゴヌクレオチドを、上記のインビトロの系
において阻害物質として試験する。次いで、先の実施例に記載した方法を続ける
:即ち、最も小さくかつ有効な阻害性のオリゴヌクレオチドを誘導体化して、R
NAへの結合定数、疎水性、およびヌクレアーゼ分解に対する耐性を高める。次
いで、それぞれの誘導体について、インビトロでのVPg結合の阻害、およびイ
ンビボでのポリオウィルスの生存性の減少を試験する。
ポリペプチド、ペプチド、ペプチド類似体、および適当な非ペプチドリガンド(
ペプチド模擬体)を阻害物質として用いることができる。このような阻害物質を
設計するために少なくとも2つの一般的なアプローチが存在する。その第1にお
いては、VPgの構造をNMRスペクトルまたはX線結晶学によって分析し、v
Pgのアミノ末端部分の3次元構造に似せて有機非ペプチド化合物を合成する。
この部分は、RN AへのVPgの結合の原因を成すチロシン残基を含有してい
る。VPgは小さなポリペプチドであり、それが相互作用するRNAの存在下で
のみ安定な構造を形成するのかもしれない。
この場合には、RNA−VPgコンプレックスの構造を決定する。立体配座が限
定された種々のタンパク質構造モチーフの非ペプチド模擬体を合成するための方
法は文献に記載されている[Kahnら(too J。
Am、Chem、Soc、1638. 1988); Kahnら(l J、M
o1.Recog、75. 1988); Kempおよび5ites(29T
et、Lett、 5057. 1988); KempおよびCurran(
29Tet、Lett、 4931.1988); KernpおよびCart
er(28Tet、Lett、 4641゜1987); KempおよびBo
wen(29Tet、Lett、 5077および508L 198B); G
arcia−Echeverriaら(30Tet、Lett、2441. 1
989); Kr5tenanskyら(108J、Am、Chem、Soc、
1696. 1986);ならびに、Hruby(8Trends in P
harm、sci、 336.1987)]。
第2のアプローチにおいては、立体配座が限定されたペプチド様の化合物を、V
Pg構造の知識なしにVPgの所望の領域のアミノ酸配列に似せて合成する。次
いで、これらについて、組織培養細胞においてウィルスの複製を阻害する能力を
経験的に試験する[Kuhnら(85Proc、Natl、Aead、Sci、
USA 519.1988)および(62J、Virol、 4207゜198
g)]。模擬されるVPgの領域は、このタンパク質の最初の5アミノ酸である
のが好ましい。この選択の根拠は以下の表1から理解することができる。この最
初の5アミノ酸はピコルナウィルス類の配列においてこのタンパク質の残りの部
分よりも保存性が高く、この領域は3位に必須のチロシン残基(Y)を含有して
いる。
ポリt−サビン l GAYTG−LPNKKPNVPTIRTAKVQう7シ
ング 2 GAYTG−LPNKRPNVPTIRTAKVQリノウィルx 1
4 GPYSGNPPHNKLKAPTLRPVVVQ2 GPYSG−EPK
PKTKIPE−RRVVTQ口蹄病 I GPYSGPLERQKPLKVR
AKLPQQE2 GPYAGPMERQKPLKVKVKAPVVKE3 G
PYEGPVKKPVALKVKARNLIVTEを形成するチロシン(Y)を
表す。
1文字のアミノ酸短縮形は標準のものであるく例えば、5tryer BIOC
HEMISTRY第諏1988年、 WHFreeman and Co、、
NY)。
配列中のダノンユ記号(−)は、elfをうまく並べるために挿入したスペース
である。
設計の考慮事項には次のものが含まれる=(1)ペプチドが、好ましくは細胞へ
の容易な侵入を可能にする実質的な疎水性と低分子量(< l O00、好まし
くは<500)を有すること、(2)ペプチドが、好ましくは立体配座的に制限
されているか、または「固定」されていてRNAに対して強固な結合を与えるこ
と:(3)ペプチドが、好ましくはインビボでの分解に対して安定であり、良好
な生物学的活性を与えること;および(4)ペプチドが、好ましくはVpgの競
争阻害物質であること(例えば、3位にtyrの代わりにpheを含有するため
、反応において不活性である;または、3位にpheを有するペプチドを合成し
、ペプチドとRNAの反応は可能であるが感染サイクルを継続することができな
い生成物を得ることができる)。以下に、このようなペプチドの例を挙げるが、
これらは限定のためのもので最初の5アミノ酸の環状ペプチド型が有用である。
例えば、ポリオウィルスに対してはアミノ酸配列GAYTGおよびGAFTGの
環状ペプチドが、す/ウィルスおよび口締病ウィルスに対してはGPYSGおよ
びGPFSGの環状ペプチドが有用である(上記の表1を参照)。他のピコルナ
ウィルスに対して同様の方法で関連配列が容易に選択される。3位においてYの
代わりにFを置換すると、ペプチドの結合は可能であるがペプチドによる核性の
攻撃は妨げるであろう。これは、FがYに存在している核性のヒドロキシ基を欠
いているためである。従って、このようなペプチドは本発明において好ましい。
他の誘導体、例えばA c−C−P −Y −C−N H2およびA c−C−
P −F −C−N H−[ここで、2つのC(システィン)残基がジスルフィ
ドを形成する]などの環状ペプチドジスルフィド類も有用である。これらは文献
[Garcia−Echeverriaら:上記コに記載のようにして合成する
ことができる。
ジペプチド模擬体
ラクタム、チアゾール、イミダシリンおよび他の環状部分に基づくジペプチド模
擬体[MorganおよびGa1nor、 24 Ann、Rep、Med、C
he+w。
243、 1989]を小さなペプチド関連化合物に導入する[例えば、以下に
示すGPY(ラクタム)G1またはGPF(ラクタム)G]。これらのペプチド
はVPgの最初の5アミノ酸を模擬するものであるが、リポザイムと不活性であ
ると予想される。
上記の化合物を誘導体化して、この化合物のどちらかの末端に1またはそれ以上
の塩基性(例えば、アミン)官能基を導入することができる。これは、VPgが
通常はRNAへの結合を促進すると考えられるいくつかの塩基性アミノ酸残基(
上記の表1中のKまたはR)を含有しているという事実を利用するものである[
Kuhnら(J、 Virol、 ):上記]。さらに、VPg型分子の活性部
位(例えば、最初の5〜10アミノ酸)を有する短いペプチドを合成して、これ
らがリボザイムと相互作用しうるが活性な生成物を与えることができないように
することができる。
上記のように、阻害物質の構造に依存して、本発明の阻害物質を合成し、任意の
常法によって投与することができる。このような方法の例を以下に簡単に説明す
る。
厳密にRNAからなる阻害物質
提案した阻害物質の一部は誘導体化していないRN Aからなり、このRNAを
コードしているDNAベクターを生存細胞に導入することによってインビボで調
製することができる。RNA阻害物質の2本の鎖をフードしているDNAオリゴ
ヌクレオチドを[1DNA合成機で調製し、アニーリングして2本鎖のユニット
を形成させ、そして適当なベクター中の適当なプロモーターに隣接して連結する
ことができる。適当なプロモーターには、処理しようとする細胞中に見い出され
るRNAポリメラーゼ(例えば、ヒトまたは植物RNAポリメラーゼI、IIま
たはII+)による転写の開始を指令するプロモーターが含まれる。
次いで、この組換えDNAを例えば大腸菌中にクローニングし、インビトロで転
写させて活性な阻害物質の転写を指令しうろことを確認し、そして通常のトラン
スジェニック法(マイクロインジェクンヨンを含む)によって動物に、またはト
ランスフェクションによって細胞に導入する。別法によれば、ウィルスゲノム中
にリボザイム阻害物質をフードしているアデノウィルスまたはワクンニアウイル
スなどの非毒性の組換え型のウィルスを調製することができる。このウィルスは
ヒトまたは他の動物に感染すると、細胞のポリメラーゼがリボザイムの阻害物質
を転写するであろう。植物用には、植物細胞中にトランスフェクションされるA
grobacteriun tumefaciensのTiプラスミドなどのベ
クター中にRNAをコードさせることができる。全ての場合に、細胞またはウィ
ルスRNAポリメラーゼによる組換えDNAの転写によって所望のRNA分子が
産生され、次いでこれが細胞リボザイム、または感染性ウィルスのりボザイムま
たはウィルス関連RNAを阻害する。
DNA、DNA−RNAコポリマーおよびその誘導体からなる阻害物質
これらの阻害物質はインビトロで合成し、次いて細胞に導入することができる。
Applied Biosystems Model 380Aなどの自動D
N A 6成機を用いてDNAを直接合成することができる。また、RNAオリ
ゴヌクレオチドもそのような装置で直接合成することができる。多数の塩基、リ
ボースおよびホスフェート修飾を、通常のホスホルアミダイトに代えて適当な試
薬を置換することによって化学合成中に導入することができる。別の方法によれ
ば、RNAおよび修飾されたヌクレオチド(例えば、デオキシリボヌクレオチド
)または修飾されたホスホジエステル結合(例えば、ホスホロチオエート ジエ
ステル)を含有する誘導体を、合成りNAを鋳型として用いてインビトロでの転
写によって合成することができる。1個のホスホロチオエートがオリゴリボヌク
レオチド中の特定の位置に導入された例を、McSwiggenおよびCech
[245cience 679.1989]が開示している。
小さなオリゴヌクレオチドは一部の細胞により周囲媒体から自然に取込まれる。
核酸の修飾、例えば疎水性基による誘導体化、通常のホスフェートに代えてメチ
ルホスホネート、ホスホロチオエートまたはジチオエートを置換することによっ
て、このような取込みを促進することかできる。リポソーム融合は、核酸に基づ
く試薬を細胞に供給する別の様式を提供する。通常、このような阻害物質は処置
しようとする動物または植物に対して10〜10,000μg/kgで供するが
、特定の組織に局所的に適用するときにはさらに低い用量を供することができる
。これらの量はりボザイム活性を減少させる際に治療学的に有効である。
ポリペプチド阻害物質
アミノ酸に基づく化合物の阻害物質、例えばビフルナウイルスVpgに関連する
阻害物質の投与は、オリゴヌクレオチドに基づく阻害物質に対して説明した方法
と同じ方法に従う。低分子量および疎水性のペプチド模擬体およびその他のポリ
ペプチドはさらに容易に細胞に入るであろう。従って、経口投与または静脈内も
しくは筋肉内注射が適当であろう。ここでも、通常、このような阻害物質は処置
しようとする動物または植物に対して10〜10,000μg/kgで供される
。別の方法によれば、通常のポリペプチドを、上記のように導入した操作された
核酸から、所望のプロモーターのコントロールのもと、インビボで合成すること
もできる。次いで、阻害物質の発現を、常法によるプロモーターの調節によって
開始させることができる。
特許請求の範囲を以下の「請求の範囲」に記載するが、上記以外の態様がこの請
求の範囲の中に含まれる。
FIG、 1−1
(口G、1−2) (G A)
ETC。
叩
FIG、 2a
叩
FIG、 2b
1111+1
、a a qq uaj+’
3′(百に′
C−Y“−″
7−−−75’−U X’314P9・。
;a荊r−に
< u o+ < U O’+
(! U (71< (J lニア1
C
G
U
G
G
G
JG
A
G
U
G
FIG、4b
FIG、4c
m1’Q −X’rQ ′め遁 論 ゝn ゝ。猶国際調査報告
1□111“0訂/lls如105945
Claims (14)
- 1.生物学的な活性を有するリボザイムを保持する生物による感染が動物または 植物に及ぼすインビボの作用を減少させるための方法であって、 (a)リボザイムと特異的に相互作用する薬理学的に許容しうる核酸またはアミ ノ酸に基づく化合物を得;そして(b)該核酸またはアミノ酸に基づく化合物と リボザイムの接触を可能にする方法で、該核酸またはアミノ酸に基づく化合物を 動物または植物に導入し、これによってリボザイムの生物学的活性を減少させる ; ことを特徴とする方法。
- 2.核酸分子がリボヌクレオチドからなる請求項1に記載の方法。
- 3.核酸がリボザイムによる切断またはスプライスを受けるのを阻害するように 誘導体化または修飾したリボヌクレオチドからなる請求項1に記載の方法。
- 4.生物学的活性が自己切断または自己スプライス活性である請求項1に記載の 方法。
- 5.生物学的活性がリボザイムに対するポリペプチドの結合である請求項1に記 載の方法。
- 6.核酸がリボザイムに強固に結合する請求項1に記載の方法。
- 7.アミノ酸に基づく化合物がリボザイムに結合する請求項1に記載の方法。
- 8.動物または植物中に存在する生物学的な活性を有するリボザイムと特異的に 相互作用する薬理学的に許容しうる核酸またはアミノ酸に基づく化合物を、薬学 的に許容しうる緩衝剤と混合して含有する医薬組成物。
- 9.核酸分子がリボヌクレオチドからなる請求項8に記載の組成物。
- 10.生物学的活性が自己切断または自己スプライス活性である請求項8に記載 の組成物。
- 11.核酸がリボザイムに強固に結合する請求項8に記載の組成物。
- 12.核酸がリボザイムによる切断またはスプライスを受けるのを阻害するよう に誘導体化または修飾したポリヌクレオチドからなる請求項8に記載の組成物。
- 13.生物学的活性がリボザイムに対するポリペプチドの結合である請求項8に 記載の組成物。
- 14.アミノ酸に基づく化合物がリボザイムに結合する請求項8に記載の組成物 。
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