JP7391877B2 - 癌におけるマイクロサテライト不安定性を検出するためのバイオマーカーパネル及び方法 - Google Patents
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Classifications
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- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Description
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
を含む、生体試料におけるMSI遺伝子座を分析するためのバイオマーカーパネルに関する。
GRCh38/hg38ヒト参照ゲノムにマッピングされた、以下のホモポリマーリピート:
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
におけるヌクレオチドの数を決定する工程を含む、生体試料におけるMSI遺伝子座を分析する方法に関する。
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
を少なくとも含む、生体試料におけるMSI遺伝子座を分析するためのバイオマーカーパネルを提供する。
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート、
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピート、
ヒトRYR3遺伝子に局在化された、chr15:33865341の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート、
のいずれか1つ、2つ又は全てを更に含む、上記の実施形態によるパネルを提供する。
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
を含むパネルが提供される。
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピートと、
を含むパネルが提供される。
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトRYR3遺伝子に局在化された、chr15:33865341の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
を含むパネルが提供される。
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
におけるヌクレオチドの数を決定する工程を含む、生体試料におけるMSI遺伝子座を分析する方法が提供される。
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート、
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピート、
ヒトRYR3遺伝子に局在化された、chr15:33865341の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート、
のいずれか1つ、2つ又は全てにおいてもヌクレオチドの数を決定することを更に含む。
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
におけるヌクレオチドの数を決定する工程を含む方法が提供される。
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピートと、
におけるヌクレオチドの数を決定する工程を含む方法が提供される。
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトRYR3遺伝子に局在化された、chr15:33865341の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
におけるヌクレオチドの数を決定する工程を含む方法が提供される。
核酸の供給源から標的配列を潜在的に含む核酸を遊離させる及び/又は単離する工程、
上記標的を潜在的に含む上記遊離及び/又は精製された核酸を、上記核酸を増幅させる工程に提供する工程、
のいずれかが行われる。
上記のホモポリマーリピートを含む核酸領域を増幅させる工程、
を更に含む方法が提供される。当業者には明らかであるように、そのような増幅は、そのMSIステータスにかかわらず、ホモポリマーリピート配列を含む増幅産物をもたらすこととなる。すなわち、そのような増幅産物は、所与のホモポリマーリピートの野生型(WT)又はそのMSI変異体、すなわち、ホモポリマーリピート配列中に少なくとも1つのホモヌクレオチドのインデルを含む突然変異体を含み得る。
配列番号1 - TAGCGTGTGAATCGGACAT
配列番号2 - TTGACTGGGCAGATAGGGGA
配列番号3 - ATAGTTCACCCATGGAAACC
配列番号4 - GGAGGAGAATCTTAGGGAAA
配列番号5 - ACTGGACTCCCGCTGG
配列番号6 - CGCTCAGCCTCCATAAATC
配列番号7 - CAACTTCATTTCTTTTCAGTACCTT
配列番号8 - CTGTCCAGATACCATTTCTC
配列番号9 - AGCATCCATCTCTTGAAGACAT
配列番号10 - GCATGTTTCTGCCAATAATCTCT
配列番号11 - CAACTTCAGCAGGCTGT
配列番号12 - AGTCTGAGAAGCATCAATTTT
配列番号13 - CATTTTCTAAATGCCTCCCTTAAA
配列番号14 - GTCCATTAGGCACAAAAAG
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと共に、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートの二重増幅、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと共に、
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピートの二重増幅、及び、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと共に、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートの二重増幅、
から選択される方法が提供される。
(a)リピート長さを決定するために、PCR後分析を実行するための追加の専用の機器が必要となること、及び/又は典型的には、高度に熟練した専門家によってこの分析が解釈される必要があること、又は、
(b)dsDNAインターカレーション色素を用いた高解像度融解曲線の場合に、種々のアンプリコンからの重複した融解シグナルを避けるために非常に限られた多重化能が不利点であり、更に安定な(野生型)配列に対する不安定な(突然変異型)配列の相対量を定量化する能力がもたらされない。融解曲線データに離散ウェーブレット変換を適用すると、非常にロバストで一貫した結果の解釈が完全に自動化された方式で得られるため、上記の不利点が克服されることが確認された。
(a)融解曲線データにウェーブレット変換を適用する工程と、
(b)(a)から得られた結果を、上記のホモポリマーリピートのいずれかにおけるヌクレオチドの数の決定に使用する工程と、
を更に含む。すなわち、一実施形態では、ウェーブレット変換関数を適用して、試験試料から核酸の融解曲線データを分析し、選択したバイオマーカーパネルからホモポリマーリピートのそれぞれにおけるインデルの存在又は不存在を決定し、その情報を使用することで、上記検査試料をMSIあり又はMSIなしと分類することができる方法が提供される。
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる10個のアデニンと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる10個のアデニンと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる9個のアデニンと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる7個のアデニンと、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる9個のアデニンと、
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる8個のチミンと、
ヒトRYR3遺伝子に局在化された、chr15:33865341の位置から始まる9個のアデニンと、
を含むことを意味する。
任意の所与のマーカーのセットから、4つのマーカーの最小セットを導き出すことは自明ではない。例えば、非特許文献7(eLife社)によって記載された、59個のマーカーのパネルを使用する18個のMSI-H試料のSequenom社の分析により、平均して試料の44.26%のマーカーがいわゆる突然変異体であることが明らかになった。この大きなマーカーのパネルはMSIステータスの検出に非常に高性能であるが、そのパネルから得られた4つの選択されたマーカーのランダムなセットは、ACRV2A、DIDO1、MRE11、SULF2を含む本明細書で提案されたコアセットと比較してずっと悪い理論的性能を示す。さらに、そのようなランダムに選択されたパネルは、例えば、カリブ海地域(Caribbean)の分集団に関してマーカーTMEM65で確認されたような、該パネルがホモポリマー領域の人種依存的な違いを表すマーカーを含み得るという不利点に悩まされる傾向にある。そのような違いは、ロバストで高性能な少数のマーカーパネルの設計を非常に困難にする。それというのも、その違いがMSIによって引き起こされる変化の正しい解釈を損なう場合があるからである。このことは、少量の可変のマーカーをコールする場合に及び/又は、例えば、特にアフリカ人集団における広い個人の変動範囲及び多重の変異型アレルを有するMSIバイオマーカーの旧来のBethesdaセットで一般的に見られる適切な制御を欠いている場合に特に重要である(Buhard et al., 2006)。
7つのマイクロサテライトマーカー(BTBD7、RYR3、SEC31A、ACVR2A、DIDO1、MRE11及びSULF2)のステータスを、128個のMSI-H結腸直腸癌試料においてプロファイリングした。マーカー選択のロバスト性を評価するために、幾つかの臨床現場及び異なる人種群を含めた。さらに、15個のMSI-H胃癌試料及び19個のMSI-H子宮内膜癌試料において、7つのマーカーのステータスを確認した。リピート長さをFFPE DNAでPCRによって決定し、それに続いて、分子ビーコンによる増幅産物の特性決定を行った。
試料:全部で128個のヒトMSI-H CRC FFPE試料を、ケンブリッジ大学、Instituto Portugues de Oncologia do Porto、Cureline社、Boca Biolistics社、Trans-Hit社、Geneticist inc社、デンマーク国立病院、Origene社及びAsterand社を含む種々の供給源から取得した。15個のヒトMSI-H胃試料は、Cureline社及びTrans-Hit社から取得し、19個のヒトMSI-H子宮内膜試料は、IDIBELLから取得した。
1. CRCにおけるMSIプロファイリング
1番目の分析:ACVR2A、DIDO1、MRE11及びSULF2を含む4つのマーカーのコアセットを、128個のMSI-H試料のプールからMSI-H陽性試料を回収する能力において評価した。後処理された融解曲線データの決定木により、インデルを含むと検出された少なくとも2つのマーカーが得られる場合に、試料は陽性とスコア付けされる。4つのマーカーのこのコアセットを使用すると、試料の96%をMSI-Hとして特定することができた。最小の許容可能な性能は、試料の少なくとも95%を回収することと定義されているので、上記で為された選択は、MSIマーカーのコアセットとして許容された。
マーカー数 マーカー MSI数 %MSI
4つのコア ACVR2A,DIDO1,MRE11,SULF2 123 96%
マーカー数 マーカー MSI数 %MSI
サブ3 ACVR2A,DIDO1,SULF2 119 93%
サブ3 ACVR2A,DIDO1,MRE11 118 92%
サブ3 ACVR2A,MRE11,SULF2 109 85%
サブ3 DIDO1,MRE11,SULF2 106 83%
マーカー数 マーカー MSI数 %MSI
4つのコア+BTBD7 ACVR2A,DIDO1,MRE11,SULF2,BTBD7 124 97%
マーカー数 マーカー MSI数 %MSI
4つのコア+BTBD7+SEC31A ACVR2A,DIDO1,MRE11,SULF2,BTBD7,SEC31A 128 100%
マーカー数 マーカー MSI数 %MSI
4つのコア+BTBD7+SEC31A ACVR2A,DIDO1,MRE11,SULF2,BTBD7,SEC31A,RYR3 128 100%
+RYR3
1番目の分析:CRCマーカー(ACVR2A、DIDO1、MRE11及びSULF2)における最高の性能の4つのコアセットを、次いで15個の胃癌試料及び19個の子宮内膜(EN)癌試料を含む34個の癌試料のプールでも評価した。
マーカー数 マーカー MSI数 %MSI
4つのコア ACVR2A,DIDO1,MRE11,SULF2 32 94%
マーカー数 マーカー MSI数 %MSI
4つのコア+BTBD7 ACVR2A,DIDO1,MRE11,SULF2,BTBD7 33 97%
マーカー数 マーカー MSI数 %MSI
4つのコア+BTBD7+SEC31A ACVR2A,DIDO1,MRE11,SULF2,BTBD7,SEC31A 34 100%
背景:マイクロサテライト不安定性(MSI)の検出は、結腸直腸癌(CRC)を有する全ての患者に推奨されている。現在の臨床的参照方法は、ミスマッチ修復タンパク質の免疫組織化学染色及び/又はDNAの高頻度に突然変異した短いタンデムリピート領域のPCR分析である。Idylla(商標)MSI検査は、全エクソーム配列データから偏りなく選択された短いホモポリマーの新たなセットを使用して開発され(非特許文献7;eLife社)、現在の方法と比べて高い特異性及び選択性でより素早く検出することができる。
本明細書に示された、ACVR2A遺伝子、DIDO1遺伝子、MRE11遺伝子及びSULF2遺伝子のホモポリマーリピートを含むたった4つのコアマーカーのパネルが、CRC試料において非常に優れた性能を示す。そのパネルはまた、本発明者らがその非常にわずかにしか到達せず、非常にわずかしかプロファイリングすることができなかったにもかかわらず、胃癌試料及び子宮内膜癌試料においても非常に優れた性能を示す。CRC以外の起源のより多くのMSI-H試料をプロファイリングすることで、おそらく2つのマーカーの最小のコアパネルがより広い範囲の癌に適用可能であることの確証となる。現在では、ACVR2A遺伝子におけるホモポリマーは、CRCのための特に高性能で非常に特異的なMSIマーカーであるように思われる。したがって、本発明の代替的な実施形態として、他の癌型において、もしかすると他の最小のコアパネルを提案して検査することができるかもしれない。本明細書に示された予備データから、以下の3つのコアな4マーカーパネル:(1)DIDO1、SULF2、BTBD7及びSEC31A、(2)DIDO1、SULF2、BTBD7及びACVR2A、並びに(3)DIDO1、SULF2、SEC31A及びRYR3を提案することができると思われる。MMR欠損試料の種類にかかわらず、ACVR2A、DIDO1、MRE11、SULF2及びBTBD7を含むコアな5マーカーパネルは、種々の起源の試料の診断に一般的に適していることが示されたため、本発明の特に興味深い実施形態をなす。
背景:免疫チェックポイント阻害剤は、最近、切除不能又は転移性の高頻度マイクロサテライト不安定性(MSI-H)腫瘍の治療のために部位又は組織学を問わず承認された。観察された応答率は約40%であった。現在、MSIステータスを検出するためのFDAで承認された検査は存在しない。MSI-H腫瘍は、高いリンパ球浸潤及び高い腫瘍突然変異荷重等の組織病理学的特徴を共有している。具体的には、これらの腫瘍は、多数の挿入-欠失(インデル)突然変異を有し、該突然変異は、単一ヌクレオチド変異体とは対照的に、フレームシフトを引き起こすことが知られているため、抗原性が高い多数のネオアンチゲンをもたらす。したがって、MSI-H腫瘍における高いインデル率は、抗PD1療法に対する応答を予測することができる。
材料:この研究は、オーフス大学病院(現場1)及びアントワープ大学病院(現場2)の2つの大学病院による通常の診断から得られた330個の残りのFFPE試料に対して行った。試料はCRC患者に由来し、ステージIを含むCRCの全てのステージの標本であった。MSI IHCデータは、両方の研究現場によって利用可能になっており、過去のFFPE切片での標準治療(SoC)IHC検査結果(既往病理学的データ)に基づくものであった。どちらの現場も、本明細書に記載される7つのマーカーを含むIdylla(商標)MSI検査を使用してMSI検査を実施した。両方の現場の構内で、それぞれ150個の試料及び180個の試料のセットで、検査を実施した。情報提供を目的として、Idylla(商標)MSI検査と過去のMSI免疫組織化学(IHC)データとの間の一致を行った。330個の試料のうち、16個の試料について病期分類情報を入手することができず(図7中の表を参照)、病理学的レポートで入手可能なデータに基づくものであった。幾つかの場合に、腫瘍、結節及び転移(TNM)病期分類(米国癌合同委員会の結腸癌及び直腸癌の病期分類(the American Joint Committee on Cancer, Colon and Rectum Cancer Staging)の第7版による)は、病理学的レポートあたりの限られた出典のため、Tパラメーター及びNパラメーターのみから導き出された。現在の研究集団では、図7の第1列に示されるように、6.7%(N=22)、19.4%(N=64)、43.3%(N=143)及び25.8%(N=85)が、それぞれステージI、ステージII、ステージIII及びステージIVであった。
本明細書で使用される場合に、「生体試料」又は単に「試料」という用語は、それが生物から新鮮に得られたかどうか(すなわち、新鮮な組織サンプル)又は当該技術分野で知られる任意の方法で保存されたかどうか(例えば、凍結試料又はFFPE試料)にかかわらず、核酸及び/又は細胞物質を含む様々な生物学的供給源を含むことが意図される。生体試料の例には、哺乳動物細胞等の細胞の培養物だけでなく、真核微生物の培養物、体液、体液沈殿物、洗浄液検体、微細針吸引物、生検試料、組織試料、癌細胞、患者から得られた他の型の細胞、組織からの細胞、又は疾患若しくは感染症について試験及び/又は治療される個体からのin vitroで培養された細胞、又は法医学的試料が含まれる。体液試料の非限定的な例には、全血、骨髄、脳脊髄液(CSF)、腹膜液、胸膜液、リンパ液、血清、血漿、尿、乳糜、便、射出精液、痰、乳頭吸引物、唾液、スワブ検体、洗液若しくは洗浄液、及び/又はブラシ検体が含まれる。
図1
128 colorectal cancer samples 128個の結腸直腸腫瘍試料
MSI status MSIステータス
marker status マーカーのステータス
mutant 突然変異型
図2
MSI-H cancer samples (non-CRC) MSI-H癌試料(非CRC)
15 gastric cancer samples 15個の胃癌試料
19 endometrium cancer samples 19個の子宮内膜癌試料
MSI status MSIステータス
marker status マーカーのステータス
wild type 野生型
mutant 突然変異型
no result 結果なし
図3
Substitutions 置換
Indels インデル
All mutations 全ての突然変異
All 全て
図4
Number of Somatic events 体細胞イベントの数
Substitution 置換
Indel インデル
図5A
Correlation 相関
Number of positive markers 陽性マーカーの数
Number of somatic substitutions 体細胞置換の数
Number of somatic indels 体細胞インデルの数
All MSI tumors 全てのMSI腫瘍
図5B
Correlation 相関
Number of positive markers 陽性マーカーの数
Number of somatic substitutions 体細胞置換の数
Number of somatic indels 体細胞インデルの数
All MSI tumors 全てのMSI腫瘍
図6
Number of Substitutions 置換の数
図7
Stage ステージ
IdyllaTM MSI Test Idylla(商標)MSI検査
Discordant IdyllaTM MSI Test versus IHC Idylla(商標)MSI検査対IHCの不一致
total Valid 総有効
Invalid 無効
Error エラー
Failed 失敗
Total 合計
Overall total 総計
Claims (21)
- 生体試料におけるMSI遺伝子座を分析する方法であって、
前記生体試料が結腸直腸腫瘍、胃腫瘍又は子宮内膜腫瘍であり、
GRCh38/hg38ヒト参照ゲノムにマッピングされた、以下のホモポリマーリピート:
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと、
におけるヌクレオチドの数を決定する工程を含む、方法。 - GRCh38/hg38にマッピングされた、以下のホモポリマーリピート領域:
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピート、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート、
ヒトRYR3遺伝子に局在化された、chr15:33865341の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート、
のいずれか1つ、2つ又は全てにおけるヌクレオチドの数を決定することを更に含む、請求項1に記載の方法。 - 請求項1又は2に列記されるホモポリマーリピート又はその突然変異型を含む核酸領域を増幅させる工程を更に含む、請求項1又は2に記載の方法。
- 前記増幅工程により融解曲線データの作成がもたらされる、請求項3に記載の方法。
- (a)前記融解曲線データに対してウェーブレット変換を適用する工程と、
(b)請求項1又は2に列記されるホモポリマーリピートのいずれかにおけるヌクレオチドの数の決定において(a)から得られた結果を使用する工程と、
を更に含む、請求項4に記載の方法。 - 前記増幅工程は、少なくとも1つの分子ビーコンプローブの使用を含む、請求項3~5のいずれかに記載の方法。
- 前記増幅工程は、以下の配列番号1~配列番号14のいずれかによって特定される配列を有する少なくとも1つのプライマーの使用を含む、請求項3~6のいずれかに記載の方法。
- 前記増幅工程は、ホモポリマーリピート又はその突然変異型のペアの少なくとも1つの二重増幅を含み、前記ペアは、以下の組合せ:
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと共に、
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートの二重増幅、
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと共に、
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピートの二重増幅、及び、
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートと共に、
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピートの二重増幅、
から選択される、請求項3~7のいずれかに記載の方法。 - 請求項1又は2に列記されるホモポリマーリピートのいずれかにおけるヌクレオチドの数の決定を、ベルギーのBCCM/GeneCorner寄託当局にアクセッション番号LMBP 12278CBとして寄託されたHTC116 cl.110268743細胞系統に由来する単離されたゲノムDNA又は細胞溶解物を含むコントロール生体試料においても更に行う、請求項1~8のいずれかに記載の方法。
- 前記腫瘍試料はステージIの腫瘍であり、又はステージIの結腸直腸腫瘍である、請求項1~9のいずれかに記載の方法。
- 前記ホモポリマーリピートの数について取得された情報を使用して、腫瘍突然変異負荷又は腫瘍インデル負荷を推定する工程を更に含む、請求項1~10のいずれかに記載の方法。
- 前記推定された腫瘍突然変異負荷又は腫瘍インデル負荷は、突然変異の総数の推定値として提供される又はスコアとして提供される、請求項11に記載の方法。
- 生体試料におけるMSI遺伝子座を分析するためのキットであって、
前記生体試料が結腸直腸腫瘍、胃腫瘍又は子宮内膜腫瘍であり、
GRCh38/hg38ヒト参照ゲノムにマッピングされた以下のホモポリマーリピート:
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート;
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる11個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート;
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート;及び
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる8個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート
を含む核酸領域に特異的にハイブリダイズ又は増幅するために適合されたプローブ又はプライマーを含む、キット。 - GRCh38/hg38ヒト参照ゲノムにマッピングされた以下のホモポリマーリピート:
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる9個の連続したチミンを含むホモポリマーリピート;
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート;
ヒトRYR3遺伝子に局在化された、chr15:33865341の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート
の1つ、2つ、又は全てを含む核酸領域に特異的にハイブリダイズ又は増幅するために適合されたプローブ又はプライマーを更に含む、請求項13に記載のキット。 - 前記プライマーが、配列番号1~14から選択される少なくとも1つのプライマー又はプライマーペアを含む、請求項13または14に記載のキット。
- 前記プローブが、分子ビーコンプローブを含む、請求項13または14に記載のキット。
- 前記分子ビーコンプローブが、配列番号15~21から選択される、請求項16に記載のキット。
- 請求項1~12のいずれかに記載の方法におけるコントロール生体試料として使用するためのベルギーのBCCM/GeneCorner寄託当局にアクセッション番号LMBP 12278CBとして寄託された細胞系統HTC116cl.110268743に由来する単離されたゲノムDNA又は細胞溶解物を更に含む、請求項13~17のいずれかに記載のキット。
- カートリッジを更に含む、請求項13~18のいずれかに記載のキット。
- GRCh38/hg38ヒト参照ゲノムにマッピングされた、以下のホモポリマーリピート領域:
ヒトDIDO1遺伝子に局在化された、chr20:62905340の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート;
ヒトMRE11遺伝子に局在化された、chr11:94479765の位置から始まる10個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート;
ヒトSULF2遺伝子に局在化された、chr20:47657577の位置から始まる9個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート;及び
ヒトACVR2A遺伝子に局在化された、chr2:147926117の位置から始まる7個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート
を含む核酸領域を含む請求項1~12のいずれかに記載の方法におけるコントロール生体試料として使用するためのベルギーのBCCM/GeneCorner寄託当局にアクセッション番号LMBP 12278CBとして寄託された細胞系統HTC116cl.110268743に由来する細胞又は単離されたゲノムDNA又は細胞溶解物。 - GRCh38/hg38ヒト参照ゲノムにマッピングされた以下のホモポリマーリピート:
ヒトSEC31A遺伝子に局在化された、chr4:82864412の位置から始まる8個の連続したチミンを含むホモポリマーリピート;
ヒトBTBD7遺伝子に局在化された、chr14:93241685の位置から始まる9個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート;
ヒトRYR3遺伝子に局在化された、chr15:33865341の位置から始まる9個の連続したアデニンを含むホモポリマーリピート
の1つ、2つ、又は全てを含む核酸領域を更に含む、請求項20に記載の細胞。
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