JP7347378B2 - 質量分析データ表示処理装置 - Google Patents
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Description
質量分析によって得られたデータを表示装置の画面上に表示させる質量分析データ表示処理装置であって、
被検微生物を質量分析して得られたマススペクトルを取得するスペクトル取得部と、
前記マススペクトルから前記被検微生物と同一又は類縁であると推定される既知微生物のゲノムによってコードされる複数のタンパク質の情報と、前記複数のタンパク質の各々をコードする複数の遺伝子の前記ゲノム上における位置を示す情報とを含むゲノム関連情報を取得するゲノム関連情報取得部と、
前記マススペクトル及び前記ゲノム関連情報に基づいて、前記マススペクトル上の複数のピークと前記複数のタンパク質との対応関係を特定する対応関係特定部と、
前記複数のピークのうちの少なくとも一部のピークに付与された、前記対応関係特定部により特定された前記複数のタンパク質のいずれかとの対応関係を表す識別子と、前記ゲノム関連情報に基づいて作成された、前記複数の遺伝子の前記ゲノム上における位置を示すゲノムマップを、前記マススペクトルと共に前記画面上に表示させる表示制御部と、
を有している。
更に、マススペクトル80上の複数のピークのうち、ステップS15において対応するタンパク質が特定されたピークには、当該ピークに対応するタンパク質の名称を示すピークラベル81が表示されている。例えば、同図の例において「L36」という文字列で表されたピークラベル81は、当該ピークが「リボソームタンパク質L36」に対応するピークであることを意味している。
上述した例示的な実施形態は、以下の態様の具体例であることが当業者により理解される。
質量分析によって得られたデータを表示装置の画面上に表示させる質量分析データ表示処理装置であって、
被検微生物を質量分析して得られたマススペクトルを取得するスペクトル取得部と、
前記マススペクトルから前記被検微生物と同一又は類縁であると推定される既知微生物のゲノムによってコードされる複数のタンパク質の情報と、前記複数のタンパク質の各々をコードする複数の遺伝子の前記ゲノム上における位置を示す情報とを含むゲノム関連情報を取得するゲノム関連情報取得部と、
前記マススペクトル及び前記ゲノム関連情報に基づいて、前記マススペクトル上の複数のピークと前記複数のタンパク質との対応関係を特定する対応関係特定部と、
前記複数のピークのうちの少なくとも一部のピークに付与された、前記対応関係特定部により特定された前記複数のタンパク質のいずれかとの対応関係を表す識別子と、前記ゲノム関連情報に基づいて作成された、前記複数の遺伝子の前記ゲノム上における位置を示すゲノムマップを、前記マススペクトルと共に前記画面上に表示させる表示制御部と、
を有するものである。
前記画面上に表示された前記マススペクトル上で、前記複数のピークの中からいずれかのピークをユーザに選択させるピーク選択受付部、
を更に有し、
前記表示制御部が、前記ピーク選択受付部を介して前記いずれかのピークが選択されたときに、前記複数のタンパク質のうちの該ピークに対応するタンパク質をコードする遺伝子の位置を、前記ゲノムマップ上で強調表示させるものである。
前記画面上に表示された前記マススペクトル上で、前記複数のピークの中からいずれかのピークをユーザに選択させるピーク選択受付部、
を更に有し、
前記ゲノム関連情報が、更に、前記複数のタンパク質のアミノ酸配列又は該タンパク質をコードする遺伝子の塩基配列の情報を含むものであって、
前記表示制御部が、更に、前記ピーク選択受付部を介して前記いずれかのピークが選択されたときに、前記複数のタンパク質のうちの該ピークに対応するタンパク質のアミノ酸配列又は該タンパク質をコードする遺伝子の塩基配列を前記画面上に表示させるものである。
コンピュータを、第1項~第3項のいずれかに記載の質量分析データ表示処理装置として機能させるプログラムである。
20…解析部
30…記憶部
32…スペクトル作成プログラム
33…微生物識別プログラム
34…微生物識別用データベース
35…表示処理プログラム
36…対応関係記憶部
41…スペクトル取得部
42…ゲノム関連情報取得部
43…対応関係特定部
44…ゲノムマップ生成部
45…表示制御部
52…ゲノムデータベース
60…表示画面
70…ゲノムマップ
80…マススペクトル
81…ピークラベル
82…印
90…タンパク質情報表示欄
Claims (4)
- 質量分析によって得られたデータを表示装置の画面上に表示させる質量分析データ表示処理装置であって、
被検微生物を質量分析して得られたマススペクトルを取得するスペクトル取得部と、
前記マススペクトルから前記被検微生物と同一又は類縁であると推定される既知微生物のゲノムによってコードされる複数のタンパク質の情報と、前記複数のタンパク質の各々をコードする複数の遺伝子の前記ゲノム上における位置を示す情報とを含むゲノム関連情報を取得するゲノム関連情報取得部と、
前記マススペクトル及び前記ゲノム関連情報に基づいて、前記マススペクトル上の複数のピークと前記複数のタンパク質との対応関係を特定する対応関係特定部と、
前記複数のピークのうちの少なくとも一部のピークに付与された、前記対応関係特定部により特定された前記複数のタンパク質のいずれかとの対応関係を表す識別子と、前記ゲノム関連情報に基づいて作成された、前記複数の遺伝子の前記ゲノム上における位置を示すゲノムマップを、前記マススペクトルと共に前記画面上に表示させる表示制御部と、
を有する質量分析データ表示処理装置。 - 前記画面上に表示された前記マススペクトル上で、前記複数のピークの中からいずれかのピークをユーザに選択させるピーク選択受付部、
を更に有し、
前記表示制御部が、前記ピーク選択受付部を介して前記いずれかのピークが選択されたときに、前記複数のタンパク質のうちの該ピークに対応するタンパク質をコードする遺伝子の位置を、前記ゲノムマップ上で強調表示させるものである請求項1に記載の質量分析データ表示処理装置。 - 前記画面上に表示された前記マススペクトル上で、前記複数のピークの中からいずれかのピークをユーザに選択させるピーク選択受付部、
を更に有し、
前記ゲノム関連情報が、更に、前記複数のタンパク質のアミノ酸配列又は該タンパク質をコードする遺伝子の塩基配列の情報を含むものであって、
前記表示制御部が、更に、前記ピーク選択受付部を介して前記いずれかのピークが選択されたときに、前記複数のタンパク質のうちの該ピークに対応するタンパク質のアミノ酸配列又は該タンパク質をコードする遺伝子の塩基配列を前記画面上に表示させるものである請求項1に記載の質量分析データ表示処理装置。 - コンピュータを、請求項1~3のいずれかに記載の質量分析データ表示処理装置として機能させるプログラム。
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