JP7332622B2 - ハンチンチン(htt)の調節のためのジンクフィンガータンパク質組成物 - Google Patents
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Description
本願は、2018年4月18日に出願された米国仮出願第62/659,552号および2018年12月17日に出願された米国仮出願第62/780,605号の恩典を主張し、これらの開示が全体として参照により本明細書に組み込まれる。
本願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出された配列表を含有し、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。2019年4月15日に作成された前記ASCIIコピーは、8325-0173_SL.txtと名付けられ、サイズは34,379バイトである。
本開示は、ハンチントン病のための診断法および治療薬の分野である。
さらに、ZFPを含む人工のヌクレアーゼは、非相同末端結合(NHEJ)後におよび/または非相同末端結合(NHEJ)が駆動する過程中の末端捕捉によって、いずれかの相同組換え修復(HDR)などの、ヌクレアーゼによって媒介される遺伝子の修飾を介して内在性遺伝子の遺伝子発現を修飾する能力を有する。例えば、米国特許第9,873,894号;同第9,394,545号;同第9,150,847号;同第9,206,404号;同第9,222,105号;同第9,045,763号;同第9,005,973号;同第8,956,828号;同第8,936,936号;同第8,945,868号;同第8,871,905号;同第8,586,526号;同第8,563,314号;同第8,329,986号;同第8,399,218号;同第6,534,261号;同第6,599,692号;同第6,503,717号;同第6,689,558号;同第7,067,317号;同第7,262,054号;同第7,888,121号;同第7,972,854号;同第7,914,796号;同第7,951,925号;同第8,110,379号;同第8,409,861号;同第8,771,985号;同第8,895,264号;米国特許出願公開第2003/0232410号;同第2005/0208489号;同第2005/0026157号;同第2005/0064474号;同第2006/0063231号;同第2011/0265198号;および同第2013/0177960号を参照、これらの開示の全体は、あらゆる目的のために、参照により、本明細書に組み込まれる。このため、非相同末端結合(NHEJ)または修復テンプレートを使用する修復(相同組換え修復またはHDR)などのエラー発生過程による切断の修復が、遺伝子のノックアウトまたは関心対象の配列の挿入(標的化された組み込み)をもたらすことができるように、これらの方法は、標的DNA配列中に二本鎖切断(DSB)または切れ目を誘導するために、しばしば、改変操作された切断系を使用する。細胞のNHEJ経路によって導入された変異(「インデル」として知られる挿入および/または欠失)を介して標的とされた遺伝子を不活化するために、外的に供給される修復テンプレート(例えば、「ドナー」または「導入遺伝子」の不存在下での二本鎖切断の導入が一般的に使用されている。
しかしながら、疾患の進行をモニタリングするための、HDの神経病理生物学の理解を深めるための、および疾患を改変するHD治療薬を評価するためのmHTTの検出を含む、ハンチントン病の診断、研究、処置および/または予防のための方法がなお必要とされている。
方法の実施ならびに本明細書に開示されている組成物の調製および使用は、別段の記述がなければ、本分野の技術に属する、分子生物学、生化学、クロマチン構造および分析、計算化学、細胞培養、組換えDNAおよび関連する分野における慣用技術を利用する。これらの技術は、文献中に完全に説明されている。例えば、Sambrookら、MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL,Second edition,Cold Spring Harbor Laboratory Press,1989 and Third edition,2001;Ausubelら、CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY,John Wiley&Sons,New York,1987および定期的な改訂版;シリーズMETHODS IN ENZYMOLOGY,Academic Press,San Diego;Wolffe,CHROMATIN STRUCTURE AND FUNCTION,Third edition,Academic Press,San Diego,1998;METHODS IN ENZYMOLOGY,Vol.304,“Chromatin”(P.M.Wassarman and A.P.Wolffe,eds.),Academic Press,San Diego,1999;およびMETHODS IN MOLECULAR BIOLOGY,Vol.119,“Chromatin Protocols”(P.B.Becker,ed.)Humana Press,Totowa,1999参照。
「核酸」、「ポリヌクレオチド」および「オリゴヌクレオチド」という用語は互換的に使用され、直鎖または環状立体構造の、一本鎖または二本鎖形態のいずれかのデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドポリマーを表す。本開示において、これらの用語は、ポリマーの長さに関して限定するものと解釈されるべきではない。これらの用語は、天然のヌクレオチドの公知の類縁体ならびに塩基、糖および/またはホスフェート部分(例えば、ホスホロチオエート骨格)において修飾されているヌクレオチドを包含することができる。一般に、あるヌクレオチドの類縁体は、同じ塩基対合特異性を有する、すなわち、Aの類縁体はTと塩基対を形成するであろう。
Htt遺伝子に結合するジンクフィンガータンパク質を含むDNA結合ドメインが本明細書に記載されている。例えば、米国特許第8,841,260号を参照。
本明細書に記載されているDNA結合タンパク質(例えば、ZFP)と異種の制御(機能的)ドメイン(またはその機能的断片)とを含む融合タンパク質も提供される。一般的なドメインとしては、例えば、転写因子ドメイン(活性化因子、リプレッサー、活性化補助因子、コリプレッサー)、サイレンサー、癌遺伝子(例えば、myc、jun、fos、myb、max、mad、rel、ets、bcl、myb、mosファミリーメンバーなど);DNA修復酵素およびその関連する因子および修飾因子;DNA再編成酵素およびその関連する因子および修飾因子;クロマチン関連タンパク質およびその修飾因子(例えば、キナーゼ、アセチラーゼおよびデアセチラーゼ);ならびにDNA修飾酵素(例えば、メチル転移酵素、トポイソメラーゼ、ヘリカーゼ、リガーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ポリメラーゼ、エンドヌクレアーゼ)およびその関連因子および修飾因子が挙げられる。DNA結合ドメインとヌクレアーゼ切断ドメインの融合物に関する詳細についての米国特許出願公開第2005/0064474号;同第2006/0188987号および同第2007/0218528号は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ヌクレアーゼ、これらのヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチド、ドナーポリヌクレオチドおよび本明細書に記載されているタンパク質および/またはポリヌクレオチドを含む組成物は、任意の適切な手段によって送達され得る。ある実施形態において、ヌクレアーゼおよび/またはドナーはインビボで送達される。他の実施形態において、ヌクレアーゼおよび/またはドナーは、患者へのエクスビボ送達において有用な改変された細胞を与えるために、単離された細胞(例えば、自家または異種幹細胞)に送達される。
一過性形質移入のためのmRNAの作製
PCR(フォワードプライマーGCAGAGCTCTCTGGCTAACTAGAG(配列番号1);リバースプライマー(T(180)):CTGGCAACTAGAAGGCACAG(配列番号2))を用いて、pVAX-ZFPまたはpVAX-GFPプラスミドから、インビトロ転写のためのテンプレートを生成した。製造業者の指示に従って、mMESSAGE mMACHINE(登録商標)T7 ULTRA Transcription Kit(ThermoFisher Scientific)を用いてmRNAを合成し、RNeasy96カラム(Qiagen)を用いて精製した。
CMVプロモーターの下流へ、レンチウイルス導入ベクターpRRL中に、ZFP-2A-GFPに対するコード配列をクローニングした。Lipofectamine 2000(ThermoFisher Scientific)を用いて、15cm組織培養皿中で培養されたHEK293T細胞を、以下のプラスミド:pRRL-CMV-ZFP-2A-GFP(37.5μg)、VSVGエンベローププラスミド(18.75μg)およびパッケージングプラスミド(pMDLおよびpREV、それぞれ18.75μg)で形質移入した(Dull,T.ら、(1998)J Virol 72(11):8463-8471)。形質移入の48時間および72時間後に、ウイルス上清(30mL)を採集し、50,000×gで90分間、4℃での限外ろ過(Optima L-80K preparative ultracentrifuge、Beckman Coulter)によって、300倍濃縮する前に、0.45μmフィルターを通してろ過した。次いで、適切な容量のHank’s Buffered Salt Solution(Lonza)中に沈渣を懸濁した。感染力価を決定するために、100μLの系列希釈されたベクター調製物で一晩、2×104のHEK293T細胞を3つ組にて形質導入し、次いで、さらに48時間、37℃、5%CO2でインキュベートした。GFP発現に対して線形の用量応答を与えた希釈物を用いて、感染力価を決定した。
本分野で標準的な方法に従い、バキュロウイルスをベースとしたAAV作製によって、AAV6-CMV-GFPおよびAAV6-CMV-ZFP(A、BおよびC)を生成した。AAV6ベクターは全て、二重CsCl超遠心分離によって精製し、0.001%Pluronic(登録商標)F-68を用いて、PBSに緩衝液を交換した。qPCRを用いて、AAV力価を決定した。
不死化されたマウス線条体細胞株STHdhQ111/HdhQ7(Q111/Q7,Trettelら、(2000)Human Molecular Genetics 9:2799-2809、doi:10.1093/hmg/9.19.2799)は、CHDI Foundation(CHDI)からいただいた。10%FBS、ペニシリン/ストレプトマイシンおよびG418(0.4mg/mL)を加えたDMEM中に、33℃で、Q111/Q7細胞を維持した。96ウェルShuttle Nucleofector(Lonza)を用いて、mRNA形質移入を行い、P3溶液およびプログラムEN-132を用いて、1×105細胞当たり100ngのZFP mRNAを形質移入した。形質移入の24時間後、qRT-PCRによる遺伝子発現分析のために、細胞を採集した。
P2溶液中で、LonzaプログラムCA-137を用いて、150,000細胞/形質移入で、4つ組にて、GMO4723(CAG15/67(配列番号81/82))ヒト線維芽細胞をZFP(300ng)で形質移入した。形質移入後に、細胞を完全培地中にプールし、次いで、24ウェルプレートの4ウェル中に分けて、37°、5%CO2で72時間、インキュベートした。細胞をトリプシン処理し、洗浄し、沈降させ、熱い95°Laemmli試料緩衝液中に溶解し、95°で5分間インキュベートした。5μL/レーンで、Bio-Rad 4~15%TGXゲル上に試料を搭載し、tris/グリシン/SDS走行緩衝液中において、室温で3.5時間、150Vで走行させた。MeOH(10%)を含有する転写緩衝液中において、90Vで2.5時間、4°でPVDF膜上へのウエット式転写を行った。Odysseyブロッキング緩衝液中において、4°で膜をブロックし、次いで、室温で3時間、一次抗体とともにインキュベートした:0.2%Tween(登録商標)-20 Odysseyブロッキング緩衝液中のマウス抗Htt(1:500;Millipore MAB2166)およびウサギ抗カルネキシン(1:5000;Sigma C4731)。PBS-T(PBS+0.1%Tween(登録商標)-20)中で、3×10分、ブロットを洗浄した。次いで、光から保護しながら、室温で1時間、ブロットを二次抗体とともにインキュベートした:0.2%Tween(登録商標)-20、0.01%SDSを含有するOdysseyブロッキング緩衝液中のヤギ抗マウスIgG1(1:5000;Li-Cor IRDye 800CW 926-32350)およびヤギ抗ウサギ(1:10,000;LiCor IRDye 680RD #926-68071)。光から保護しながら、PBS-T中で、3×10分、ブロットを洗浄し、Whatmanペーパー間で乾燥させ、Li-Cor Odyssey近赤外蛍光画像化システム上で走査した。
ZFPを発現するHD-NSCを作製するために、2AペプチドによりGFPに連結されたZFPの発現を誘導するCMVプロモーターを有するレンチウイルスベクターを使用した。6ウェルプレート中において、濃縮されたベクターに1×106細胞を接種した。数回の継代後に、GFP陽性細胞を濃縮するために、得られた細胞を細胞選別に供した。上に記載されているように、選別された細胞をさらに増殖させ、神経細胞へ分化させた。
それぞれ、HighPure RNA単離キット(Roche)およびPurelink RNAミニキット(Ambion)を用いて、培養された細胞およびマウス線条体から全RNAを抽出した。High capacity cDNA逆転写キット(Thermo Fisher Scientific)を用いてcDNAを生成し、SsoAdvanced Universalプローブスーパーミックス(Bio-Rad)およびCFXリアルタイムPCR機器(Bio-Rad)を用いて、定量的PCRを実施した。遺伝子発現分析用のqRT-PCRプライマー/プローブの組は、IDTに注文した::マウス全Htt(Mm.PT.58.6953479)、DRD1A(Mm.PT.56a.43576955.g)、DRD2(Mm.PT.56a.7811767)、PDE10A(Mm.PT.56a.16919824)、DARPP-32(Mm.PT.53a.9253526.gs)、ATP5B(Mm.PT.53a.17279462)、EIF4A2(Mm.PT.53a.9498195.g)、RPL38(Mm.PT.58.42993403.g)AIF1(Mm.PT.58.7014816);ヒト全HTT(Hs.PT.49a.14676852.g)、STC1(Hs.PT.51.14992722)、NAP1L3(Hs.PT.56a.24655549.g)、ATXN2(Hs.PT.58.40126607)、ORC4(Hs.PT.56a.24527823.g)、THAP11(Hs.PT.49a.15404553.g)、GLS(Hs.PT.53a.20624732)、FBXO11(Hs.PT.58.2665601)、DNM1(Hs.PT.58.25262501)、TBP(Hs.PT.56a.20792004)、FOXP2(Hs.PT.58.15357735)、ENO2(Hs.PT.53a.25227282)、B2M(Hs.PT.20234084)、TOP1(Hs.PT.53a.19541381)、NES(Hs.PT.53a.20758620)、SOX1(Hs.PT.53a.28041414.g)、PAX6(Hs.PT.53a.814314)、OCT4(Hs.PT.58.14494169.g)、REX1(Hs.PT.53a.23001209)、NANOG(Hs.PT.53a.21480849)、GAD1(Hs.PT.56a.21283000)、MAP2(Hs.PT.53a.40791337.g)およびFOXG1(Hs.PT.56a.26906112.g)。
ZFP-TFをコードするインビトロ転写されたmRNA(100ng)を、生物学的6つ組にて、150,000HD線維芽細胞(GM02151)中に形質移入した(Amaxa shuttle、設定CA-137、溶液P2、Lonza)。24時間後に、PBSで1回細胞を洗浄し、次いで、全RNA抽出のために処理した(High Pure、Roche)。試料調製、ハイブリッド形成、流体工学および走査のための製造業者のプロトコールに従って、各反復実験(50ngの全RNA)を処理した(Human Primeview GeneChipアレイ、Affymetrix)。各プローブの組から得られる未加工シグナルを標準化するために、ロバストマルチアレイ平均(RMA)を使用した。倍数変化分析は、「Gene Level Differential Expression Analysis」オプションとともにTranscriptome Analysis Console 3.0(Affymetrix)を用いて実施した。ZFP-A、ZFp-BおよびZFP-Cで形質移入された試料を、線維芽細胞中に2つの公知の標的(PAPPAおよびLMCD1、いずれも<2FC抑制される)を有する非CAG標的化ZFP-TFで処理された試料と比較した。対照と比較して2倍より大きい平均シグナルの差およびP値<0.05(各プローブセットに対する、片側分散分析、対応のないT検定)を有する転写物(プローブの組)に対して変化コールが報告される。1を超えるプローブセットを有する任意の遺伝子に対しては、最高の倍数変化を有するプローブセットを下流の分析のために選択した。
MOODSパッケージ(バージョン1.9.2)からの’moods_dna.py’Pythonスクリプトを用い、モチーフ中の0または最大3つのミスマッチのいずれかを検出するように閾値を設定して、ヒト染色体1-22番、XおよびY(バージョンGRCh38)を、6量体CAGモチーフ(ZFP-AおよびZFP-C)またはCAGCAGnnGCAGCAnCAGCAGモチーフ(配列番号17)(ZFP-B)について走査した。このアプローチによって見出された領域を、特注のpythonスクリプトを用いてBEDフォーマットに変換した。BED領域を選別し、鎖状態とは独立したBEDtools(v2.26.0)’マージ’コマンドを用いて、隣接または重複するモチーフ領域を単一の領域へと融合した。
インビトロで分化したCAG17/48(配列番号76/78)神経細胞および正常な神経細胞(約1.5×105細胞)を、3つ組にて、500の感染効率でLentiーCMV-ZFP-2A-GFPまたはLenti-CMV-GFPに感染させた。感染の21日後に、CellTiter-Glo(登録商標)Luminescent Assay(Promega)を用いて、細胞内ATPレベルを測定し、ApoLive-Glo(登録商標)アッセイ(Promega)を用いて、各試料中の細胞数を決定した。次いで、異なる細胞/処理から得られた細胞当たりのATPレベルを、偽感染されたHD神経細胞のATPレベルに対して標準化した。
インビトロで分化したCAG17/48(配列番号76/78)神経細胞および正常な神経細胞(約1.5×105細胞)を、3つ組にて、500の感染効率でLentiーCMV-ZFP-2A-GFPまたはLenti-CMV-GFPに感染させた。感染の5日後に、培地を増殖因子なしの新鮮な神経基礎培地に交換した。増殖因子撤回の48時間後に、末端デオキシヌクレオチジル転移酵素dUTPニック末端標識(TUNEL)アッセイキット(ApoBrdU Red DNA断片化キット、BioVision)を用いて、細胞死のレベルを測定した。レンチ形質導入された(GFP陽性)細胞のうちアポトーシス細胞(抗BrdU染色に対して陽性)のパーセントを測定するために、フローサイトメトリーを使用した。
HdhQ50/Hdh+(Q50)およびR6/2マウス研究は、実験動物の人道的管理と使用に関する米国公衆衛生局規範に従って、PsychoGenics Inc.(Tarrytown、NY)において行い、手順は、PsychoGenicsの動物実験委員会によって承認を受けた。zQ175マウス研究は、ドイツ動物福祉法およびEU法(EU指令2010/63/EU)の規制に従って、Evotec AG(Hamburg、Germany)において行った。動物は、年齢、性別、CAG数および体重に基づいて、異なる処置群に登録した。
HdhQ50/Hdh+(Q50)C57BL/6Jマウスは、CHDIによって提供された。11週齢の時点で、定位固定注射を用いて、Q50マウスの線条体へAAV6-CMV-ZFPまたはAAV6-CMV-GFP(1×1013vg/mL)を両側性に送達した(n=4/群、雄2匹および雌2匹、群サイズは予備研究によって決定した)。線条体のベクターカバー範囲を増加させるために、各線条体中で2つの注射部位を使用した:段階的カニューレデザインを用いて、0.5μL/分の速度で、前側部位(座標:A/P+1.4mm、M/L+/-1.7mm、D/V-3.5mm)中に4μLを送達し、後側部位(座標:A/P+0.2mm、M/L+/-2.3mm、D/V-3.2mm)中に0.5μLを送達した。研究の期間を通じて、1週間に2回、体重を監視した。注射の7週後に、マウスを断頭し、頭蓋骨から脳を素早く取り出し、全ての表面の血液を除去するために氷冷した生理食塩水中ですすいだ。冷却した表面上で線条体を切断し、線条体の吻側、中央および尾側部分に相当する3つの等しい大きさの片に細分し、RNALater(Qiagen)中において4℃で一晩、線条体組織を処理し、次いで、RNA抽出まで-80℃で保存した。AAV注射は線条体に完全かつ均一には行き渡らないので(データは示さず)、不十分に形質導入された領域中のベースラインHttレベルが十分に形質導入された領域中のHtt制御の検出を妨害する可能性を低減するために、各線条体を3つの切片に切断した。各線条体の切片に対して、qRT-PCRによって、HttおよびZFP発現を定量した。
zQ175 C57B/L6Jノックインマウスは、Jackson Laboratory(Bar Harbor、Maine、USA)から入手した。2または6月齢において、ヘテロ接合のzQ175マウス(群当たりn=5、雌雄混合)は、右半球にAAV1/2-hSYN1-ZFP-2A-GFP(1×1013vg/mL)を、左半球にAAV1/2-hSYN1-GFP(1×1013vg/mL)の線条体内注射を受けた。Hamilton気密シリンジ(Model 1801 RN)および特注のゲージ26針を用いて、200 0.5μL/分の一定の流速で、線条体当たり計2μLのAAVベクターを送達し、注射座標は、A/P+0.8mm、M/L+/-1.8mm、D/V-3.8mmであった。
CBAxC57BL/6バックグラウンドの卵巣移植された雌(Jackson Laboratories)をC57BL/6野生型雄と交配することによって、PsychoGenicsのコロニー中でR6/2トランスジェニックマウスを繁殖させた。CAGリピート長は、トランスジェニックマウスにおいて123±0.6であることが確認された。全ての実験者は、群処置について盲検化した。5週齢の時点で、定位固定注射を用いて、R6/2マウスの線条体へAAV6-CMV-ZFPまたはAAV6-CMV-GFP(1×1013vg/mL)を両側性に送達した(n=14/群、雄7匹および雌7匹、群サイズは、同じモデルで別の因子を試験する過去の研究に基づいて選択した);Q50マウス研究と同じ注射容量および座標を使用した。マウスの生存は、1日に2回モニターした。マウスを安楽死させた12週齢まで、週に1回、体重(BW)を測定した。統計的に有意なBWの差は、2つの群間に観察されなかった。
雄および雌のzQ175 C57B/L6Jノックインマウスを、Jackson Laboratory(Bar Harbor、Maine、USA)から入手した。zQ175系統は、CAG140ノックインマウスにおけるCAGコピー数の自発的増大から誘導され、Psychogenics(Tarrytown、NY、USA)において生成された。ヘテロ接合のzQ175マウスおよび野生型同複仔を生成するために、トランスジェニックマウスをC57BL/6Jと戻し交配した。動物は、Eurostandard Type IIの長いケージ中で飼育し、餌と水に自由に接近することができた。環境条件は以下のように保った。周囲温度21±1℃、湿度55±10%および12:12明暗サイクル、午前7時から午後7時まで照明点灯。動物の健康状態を毎日チェックした。全ての動物の取り扱いは、ドイツ動物福祉法およびEU法(EU指令2010/63/EU)の規制に従って行った。研究プロトコールは、ファイル番号#V11307/591 00.33で、ハンブルグ市および州の健康および消費者保護局の地域倫理委員会(「Behorde fur Gesundheit und Verbraucherschutz」BGV、Hamburg)によって承認された。
ZFPの発現のために、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターpAAV-6P-SWBからプラスミドを改変した(Mindererら、(2012)J Physiol 590(1):99-107)。ヒトシナプシン1プロモーター(phSyn1)の後ろにZFP-C(FLAGタグを付加)をクローニングして、pAAV-SWB-ZFP-Cを生成した。さらに、ZFP-BからZFP DNA結合ドメインを欠失させることによって、不活性なZFP対照構築物を生成した(ZFP-ΔDBD)。以前に記載されたとおりに、偽型化されたrAAV2/1+2粒子を作製し、精製した(Zolotukhin,S.ら、(1999)Gene Ther.6(6):973-85.PMID:10455399);Carty,N.ら、(2015)PLOS ONE 10:e0123527)。
16匹のzQ175 hetマウス(雄8匹および雌8匹)の2つの群が、2月齢で、HTT対立遺伝子特異的ZFP30640またはZFP-ΔDBD対照のいずれかをコードするrAAV構築物の両側線条体内注射を受けた。1L/分の流速で、3%イソフルランによってマウスを個別に麻酔し、定位固定機器(Kopf、Model No.940)中に配置した。0.5L/分の流速での、2%イソフルランの気体ノーズコーン送達を介して、手術手技を通じて麻酔を維持した。70%エタノールおよびヨウ素溶液での滅菌およびリドカイン適用後に、長さ1cmの長軸方向中央矢状切開を頭皮中に施した。皮膚切開後に、電気ドリル(Foredom;Model No.H.30)を用いて、線条体の注射部位に対応する小さな穴を頭蓋骨内に開けた。マウスのブレグマに従って測定された座標は、平らな頭蓋骨・ノーズバー設定で、ブレグマから0.8mm前側、1.8mm右外側および3.8mmの深さであった。200nL/分の一定した流速で、自動化された微量注射ポンプに接続されたHamilton気密シリンジ(モデル1801 RN、特注ゲージ26針)を用いて、計4μL容量の(4E10 GCs)ZFPウイルスベクターを投与した。注射後、手術創を塞ぎ、完全に回復するまで、動物は温熱パッド中で飼育した。
経心腔的灌流によって、6月齢および10月齢でマウスを安楽させた。灌流のために、小径27G針を用いたケタミン/キシラジン混合物(15μL/g体重で、kg当たり120mg/15mg)の腹腔内注射によって、マウスを深く麻酔にかけた。灌流を開始する前に、正しい麻酔のレベルが達成されたことを確認するために、足指ピンチ反射および角膜反射の喪失に関して、動物を評価した。蠕動ポンプを用いて、30mLの氷冷したPBS、その後、50mLの4%パラホルムアルデヒドをマウスに経心腔的に灌流した。頭蓋骨から脳試料を取り出し、4℃で同じ固定液中において一晩後固定し、飽和するまで、30%スクロース溶液中でインキュベートすることによって凍結保護した。全脳をTissue Tek中に包埋し、-80℃で保存した。クリオスタットを用いて、25μmの冠状切片を切断し、24ウェルプレート中の浮遊状態で収集し、直接染色に使用するか、または使用時まで、-20°で凍結保護溶液(25mMリン酸ナトリウム緩衝液pH7.4、30%エチレングリコール、20%グリセロール)中に保存した。免疫染色のために、以下の一次抗体を使用した:モノクローナルマウス抗変異体ハンチンチン(1:100;EM48、Millipore、MAB5374、lot#2135055)、モノクローナルウサギ抗DARPP-32(1:250;クローン19A3、Cell Signaling、#2306、lot#2)、ポリクローナルウサギ抗NeuN(1:1000;Millipore、ABN78、lot#2140086)、モノクローナルマウス抗GFAP(1:1500、Millipore、MAB3402、lot#1990686)、ポリクローナルウサギ抗Iba1(1:1000、Wako、#019-19741、lot#SAE6921)。全ての染色は、浮遊切片を用いて行った。0.3%Triton X-100/PBS中で切片を透過性にし、10%正常ヤギ血清/PBS中でブロッキングし、4℃で一晩、PBS中の1%正常ヤギ血清、0.1%Triton X-100中に希釈された一次抗体とともにインキュベートした。PBS中で15分間、切片を3回洗浄し、室温で2時間、二次抗体中でインキュベートした。上記のとおり、切片をPBS中で洗浄し、Opera High Content Screeningシステム(PerkinElmer Inc.)を用いた画像化に適した24ウェルガラス底プレート(Sensoplate、Greiner、#662892)中の、DAPI(Fluoroshield、Sigma、F6057)を含有する水性封入剤を用いて封入した。
画像取得および分析は、以前に記載されたとおりに行った(Carty,N.ら、同書)。簡潔に述べると、mHTT封入体の画像化のために、40倍浸水対物レンズ(Olympus、NA1.15、ピクセルサイズ:0.32μm)または組織中の膠細胞の分析のために、20倍浸水対物レンズ(Olympus、NA0.7、ピクセルサイズ:0.64μm)を使用するOpera(登録商標)High Content ScreeningシステムおよびOperaソフトウェア2.0.1(PerkinElmer Inc.)を用いて、自動画像取得を行った。Acapella(登録商標)Studio 3.1(PerkinElmer Inc.)およびColumbus(登録商標)システムの一部としての一体化されたAcapella(登録商標)バッチ分析を用いて、mHTT包含体の性質決定および定量のための画像分析スクリプトを開発した。星状膠細胞および小膠細胞を同定するために、アルゴリズムは、GFAPおよびIba1チャンネル中の神経突起様細胞伸長を検索した。核周囲の4ピクセル幅の周縁内にある予め決定された核境界に結合した伸長は、妥当であると考えた。伸長を検出することができる場合に限り、細胞はGFAPまたはIba1陽性であると考えた。その後、予め決定された核境界から3px幅および2px距離の核外周縁領域内で、「局所的」バックグランドシグナル強度を決定した。最後に、平均「局所的」バックグラウンド強度より高い核GFAPまたはIba1強度を有する細胞のみを、それぞれ、星状膠細胞または小膠細胞と考えた。動物当たり6つの切片から得られた画像データを平均し、統計的評価のために、処置群当たり5匹の動物を使用した。
FastPrep24ホモジナイザー(MP Biomedicals)を用いて、80μLの組織溶解緩衝液(20mM Tris(pH7.5)、150mM NaCl、1mM EDTA、1mM EGTA、1% Triton X-100、10mM NaF、1mM PMSF、ホスファターゼ阻害剤カクテルII(Sigma)、ホスファターゼ阻害剤カクテルIII(Sigma)、プロテアーゼ阻害剤(Roche Diagnostics))中で脳の半球から切り出された全線条体を溶解した。10分間、16,000rcfおよび4℃で、未精製可溶化液を3回連続で遠心し、各遠心工程後に上清を収集した。ビシンコニン酸アッセイ(BCA;Thermo Scientific)を用いて、全タンパク質濃度を決定し、溶解緩衝液を用いて、1mg/mLに調整した。ホモジネートを分割量とし、瞬間凍結させ、分析まで-80℃で保存した。
ウェル当たり炭酸塩-重炭酸塩コーティング緩衝液(15mM Na2CO3/35mM NaHCO3、pH9.6)中の10μLのコーティング抗体で、MSDプレート(384ウェル)を4℃で一晩被覆した。次いで、ウェル当たり35μLの洗浄緩衝液(PBS中の0.2%Tween(登録商標)-20)で、プレートを洗浄し、回転振盪しながら、室温で1時間、ウェル当たり35μLのブロッキング緩衝液(PBS中の2%プロブミン/0.2%Tween(登録商標)-20)でブロッキングした。50%組織溶解緩衝液と50%ブロッキング緩衝液の混合物中に、線条体抽出物を0.5mg/mLに希釈した。さらなる洗浄工程の後、抗体で被覆されたMSDプレートの各ウェルに、試料当たり10μLを移し、室温で1時間、振盪しながらインキュベートした。試料の廃棄およびそれぞれ35μLの洗浄緩衝液での4洗浄サイクル後に、各ウェルに10μLの検出抗体を加え、室温で1時間、振盪しながらインキュベートした。洗浄緩衝液での3回の洗浄後、35μLの界面活性剤を加えた読み取り緩衝液T(Meso Scale Discovery)を各ウェルに加え、製造業者の指示書に従ってSector Imager 6000(Meso Scale Discovery)上でプレートを画像化した。以下の抗体の組み合わせを使用した。4μg/mL 2B7/0.1μg/mL 4C9-ST;4μg/mL MW8/1mg/mL 4C9-ST;4μg/mL MW8/5μg/mL MW8-ST(ST:SULFO-tag)。ヒトHTT-Q73、aa1-573(アッセイ2B7/4C9-STのため)または凝集エクソン1-Q46(MW8/4C9-STおよびMW8/MW8-STアッセイのため)標準曲線に対して、試料を定量した。
GraphPad Prism(登録商標)6.0ソフトウェアを用いて、統計解析を実施した。全ての解析について、0.05未満のp値を統計学的に有意であると考えた。Welchの補正をしたt検定を用いて、定量的解析(処置群当たり、n=5匹の動物、動物当たり6個の切片)を行った;p<0.05*;p<0.01**;p<0.001***
2月齢または4月齢のいずれかで、Evotec Hamburg、Germanyにおいて、ヘテロ接合のzQ175マウス(雄雌混合)にAAV1/2-hSYN1-ZFP-DまたはAAV2/1-hSYN1-ΔDBD-ZFPを一側性に注射した。
頭蓋骨から脳を素早く取り出し、凍結するために、約-40℃で15~20秒間、イソペンタン(2-メチルブタン99%溶液)中に置いた。凍結された脳をスズ箔で包み、使用まで-80℃で保存した。クリオスタットクライオミクロトーム(Leica CM 1860)上で、中央部分または線条体(約1mm)を14μmの厚さの切片(冠状)とした。スライド当たり3つの切片(75切片=1mm組織=25スライド)。顕微鏡スライド(SuperFrost(登録商標)Plus、Menzel-Glaser、Germany)上に切片を解凍マウントし、風乾し、クリオスタット中で直接再度凍結した。使用するまで、スライドを-20°に保った。切片作製は連続的に行った、すなわち、同じスライド上には3つのレベルからの切片が存在する。
リン酸緩衝生理食塩水(PBS)中に切片を置き、次いで、PBS中の0.3%TX-100、0.1%NaN3中に1/300希釈されたマウス抗HTT一次抗体(ChemiconからのMAB5374、抗ハンチンチンタンパク質抗体、クローンmEM48、マウス起源)とともに、72時間インキュベートした。0.5%tweenを含有するTris-HCl緩衝生理食塩水(pH7.4)中で切片を洗浄し、ブロックし(Perkin Elmer)、488抱合抗マウス二次抗体(1/200、Jackson)を含有するブロッキング緩衝液中でインキュベートした後、0.5%tweenを含有するTris-HCl緩衝生理食塩水中で数回洗浄した。全ての切片は、核マーカーHoechst(1/5.000)で対比染色し、1%Sudan Black(70%エタノール中)を用いて組織自己蛍光をブロックし、2.5%DABCOを含有するポリビニルアルコール/グリセロール(Sigma)とともに載置した。全てのIHCスライドは、MetaViewer Image Software、MetaSystemsを用いて分析した。
[3H]NNC112(77Ci/mmol)は、カロリンスカ研究所、臨床神経科学部門において合成され、[3H]ラクロプリド(81Ci/mmol)は、Novandi Chemistry AB(Sodertalje、Sweden)から購入した。[3H]MNI659(57Ci/mmol)は、CHDI基金によって提供された。全ての放射性リガンドの放射化学的純度は、ARG実験の前に測定した(>95%)。
スライドを室温で解凍し、結合緩衝液(Tris HCl 50mM、pH7.4、120mM NaCl、5mM KCl、2mM CaCl2、1mM MgCl2を含む)中で、およそ20分間、プレインキュベートした。次いで、室温で60分間、結合緩衝液中において、1nM放射性リガンドでスライドをインキュベートした。
リン光体画像化プレートを走査し、Fujifilm BAS-5000リン光体画像化装置(Fujifilm、Tokyo、Japan)中で得られた画像を処理した。関心領域(ROI)分析は、蛍光IHCによって可視化されたEM48免疫反応性に基づく注射部位の手動での描写によって適用した。次いで、6切片から得たROIの平均ピクセル値を放射能値に変換し、マイクロスケール標準を用いて結合密度(fmol/mg組織、組織湿潤重量)に変換した。定量分析は、Multi Gauge 3.2ホスフォイメージャーソフトウェア(Fujifilm、Tokyo、Japan)を用いて行った。特異的結合は、各切片に対して、総結合から非特異的結合のレベルを差し引くことによって計算した。
[11C]ラクロプリドの放射性合成:[11C]ラクロプリドは、以前に記載されているとおりに(Langerら、(1999)Nucl Med Biol 26(5):509-18)、[11C]メチルトリフレートを用いて、デスメチル前駆体類縁体のメチル化によって、カロリンスカ研究所において合成された。取り込み率は50%超であり、放射化学的純度は99%超であった。
PET測定は、Mediso nanoScan(登録商標)PET-MRIおよびnanoScan(登録商標)PET-CT前臨床小規模動物画像化システムを用いて行った。2つのシステムは、同一のPET性能を有し(Nagyら、(2013)J.Nucl Med 54(10):1825-32)、一貫した結果を与えるために較正した。第一のPET測定は、動物が6.5~7月齢のときに行った。実験日には、イソフルラン(100%酸素中の4~5%イソフルラン)の吸入によって、動物に麻酔をかけた。麻酔の導入後に、イソフルラン濃度は1.5~2%(50/50空気/酸素)に低下し、動物は、指定されたマウスベッド中において、スキャナー中に配置した。カニューレを尾静脈中に挿入し、そこから放射性リガンドを投与した。放射性リガンドの静脈内注射後直ちに、63分のダイナミックPETスキャンを開始した。画像化期間が終了したら、動物をそのケージに戻した。動物は、カロリンスカ研究所の動物部門において10月齢まで飼育され、ここで、同じ放射性リガンドを用いて画像化を繰り返した。
獲得されたリストモードデータを、25のタイムフレーム(63分スキャン=4×10秒、4×20秒、4×60秒、7×180秒、6×360秒)に再構築した。画像再構築は、完全に3次元の最尤推定期待値最大化アルゴリズム(MLEM;maximum-likelihood expectation maximization algorithm)によって、20回反復して、散乱および減衰補正せずに行った。関心体積(VOI)の組も取り込んだ、PMOD中で利用可能な内蔵マウスMRIテンプレート(PMOD Technologies Ltd.,Zurich、Switzerland)に、再構築されたダイナミックPET画像を同時に位置合わせした。これらのVOIの組の助けを借りて、減衰補正された時間放射能曲線(TAC)を作成した。参照領域として小脳を使用する簡易参照組織モデル(SRTM)を用いて、結合能(BPND)をPMODで計算した。以下の式にしたがって、左線条体と右線条体間の%差を計算した。
%差=((右線条体-左線条体))/(左線条体)×100
電気生理学的記録のために、赤外線微分干渉コントラストを取り付けたOlympus BX51正立顕微鏡(60X/0.9NA対物レンズ)上に載置された浸水スタイル記録チャンバーにスライスを移した。ホールセルパッチクランプ電気生理学的記録は、Multiclamp 700B増幅器を用いて行った。シグナルに1kHZでフィルターをかけ、Digidata 1400を用いてデジタル型式に変換した。二光子画像法と電気生理学を同期化する特別に作成されたソフトウェアWinFluor(John Dempster、Strathclyde University、Glasgow、UK)を用いて、電気生理学的記録の刺激および表示を得た。iSPNまたはdSPNから標的化された電気生理学的記録を得た。フィラメントを有し、135 KMeSO4、5 KCl、5 HEPES、0.05 EGTA、2 ATP-Mg2、0.5 GTP-Na、10ホスホクレアチン-ジ(tris)で満たされた(mM)ホウケイ酸ガラスを使用し、Sutter Instrumentsホリゾンタルプラーを用いて、パッチピペット(4~6MΩ)を作製した;KOHを用いてpHを7.25に調整し、浸透圧を270~280mosMに調整した。樹状突起棘および軸中の一過性Ca2+上昇を記録するために、100μM Fluo-4五カリウム塩および25μM Alexa Fluor 568ヒドラジドナトリウム塩(Invitrogen)で細胞を満たした。全ての記録は、ホールセル配置が確立されてから30分後に行った。神経細胞の電気生理学的性質決定は、電流クランプ配置で行った。電極抵抗を補償するために、増幅器ブリッジ回路を調整した。アクセス抵抗を継続的にモニターし、20%を超える変化が観察されたら、実験を廃棄した。安定な記録された神経細胞のみを分析のために考慮した。アクセス抵抗の変化のために、本発明者らの記録の30%を廃棄した。膜電位は、-80mVに維持した。市販のソフトウェア(IGOR Pro 6.0、WaveMetrics、Oregon)を用いて、デジタル化されたデータを分析のために取り込んだ。
逆伝播活動電位(bAP)によって、一過性Ca2+上昇を誘発した(それぞれ5つのbAPトリプレット;50Hzトレイン内;トレイン間5Hz;ZFP実験では、単一の50HZトリプレットによって、bAPを生成した)。820nmの励起波長(80-MHzパルス周波数;250f秒パルス期間)を用いて、調節可能なレーザー(Chameleon、Coherent Laser Group、Santa Clara、CA)に取り付けられたUltima Laser Scanning Microscopeシステム(Bruker Technologies、旧Prairie)を用いて、同じ樹状突起の同一平面上切片からの近位(50~60μm)および遠位樹状突起棘(>100μm)において、一過性Ca2+上昇を記録した。樹状突起を可視化するために、Alexa Fluor 568(580~630nm)からの赤いシグナルを使用し、一過性Ca2+上昇を記録するために、Fluo-4(490~560nm)からの緑のシグナルを使用した。近位および遠位切片から得られたシグナルを標準化するために、赤いチャンネルを使用した。このように、一過性Ca2+上昇は、緑と赤い蛍光の比(G/R)として表した。その赤い蛍光が10%未満異なる同じ焦点面中に位置する近位および遠位樹状突起のみをさらなる分析のために検討し、色素拡散人為現象を回避した。線当たり512ピクセル解像度および10μ秒/ピクセル滞留時間を用いて、線スキャンシグナルを獲得した。トリプレットbAPを使用するZFP実験については、データ平滑化および統計のために、IGOR Pro(WaveMetrics、Lake Oswego、OR)を使用した。時間の関数(F(t))としての平均蛍光は5つの隣接するピクセルの空間的平均であったが、基底蛍光Foは、線スキャン内の最初の30時点の平均であった。電流注入に起因する標準化されたCa2+シグナルの差(ΔF/Fo)を、基底蛍光によって標準化された最大蛍光変化として定義した。
顕微鏡(Ultima、Bruker Corporation)に取り付けられた2つの異なるフェント秒パルスを用いて、同時の二光子Ca2+画像化および二光子レーザー放出を行った。MNI-グルタメート(5mM)を記録された領域中に表面灌流し、光刺激レーザー(Chameleon、Coherent Laser Group、Santa Clara、CA)によって720nmで励起した。試料に対する2つのレーザー光線は、2組の独立した重量測定走査ミラーによって個別に調節される。同じ焦点面中に位置する単一の棘(5~10の棘)に、1m秒のパルス(約10mW)を送達した。各刺激された棘に対して1~2mVの細胞体興奮性後シナプス電位を誘発するために、単一棘刺激を較正した。一過性Ca2+上昇、電気生理学的記録および二光子レーザー刺激を同期化するために、特別作成のソフトウェア(WinFluor)を使用した。
ZFP-D cDNAおよび非結合ZFP cDNAを含有するプラスミドをサブクローニングし、Virovek(Hayward、CA)によってAAV9中にパッケージングした。N末端NLSおよびC末端FLAgタグが付加されたヒト変異体Htt-リプレッサーZFPおよびtdTomatoの発現を、ウイルス2A切断ペプチドによって架橋する。ZFPによって媒介されるmHTT発現の抑制を試験するために、111ポリグルタミンリピートを有するヒト化されたエクソン1と、7ポリグルタミンリピートを有する野生型マウスHTTを有する他方とを有するヘテロ接合ハンチンチン(HTT)遺伝子座を含有するノックイントランスジェニックマウスから得られる線条体由来の細胞株ST HDH Q7/111(Coriell、CHDI-90000072)を使用した。12ウェルプレート中に細胞を播種し、次いで、一晩のインキュベーション後に、ZFP-30645を担持するAAVで感染させ、RNA単離のために、感染の72時間後に採集した。
イソフルランで麻酔された4月齢のA2a-EGFPおよびA2a-EGFP/Q175 hetマウスの線条体(ML=-1.7、AP=-0.98、DV=-3.6)中にZFPおよびtdTomato遺伝子を担持するAAVの定位固定注射を行った。注射後に少なくとも2ヶ月、マウスを回復させた。
RNAeasyキット(Qiagen)を用いて、ZFP AAVを注射されたマウスのST HDH Q7/111細胞および線条体組織からRNAを単離した。Superscript III RT酵素(Life Technologies)を用いて、RNAを逆転写した。SYBR-Green PCR Master MixとともにABI StepOnePlus rtPCRシステム(Applied Biosystems、Forster City、CA)を用いて、定量的リアルタイムPCRを行った。異なる転写物の相対的存在量は、2-[Δ][Δ]Ct法(ABS、User bulletein2)を使用するSYBR定量的PCRによって評価した。PCR増幅のために、以下のプライマー(IDT)を使用した。野生型-マウスHtt_fw:CAG GTC CGG CAG AGG AAC C(配列番号22)、Mut-マウス-Htt_Q175_fw:GCC CGG CTG TGG CTG A(配列番号23)、Mut&野生型Htt_rv*:TTC ACA CGG TCT TTC TTG GTG G(配列番号24)、ZFP_fw:CTG GCT GGT GGA GAG AGA AAT T(配列番号25)およびZFP_rv:TCG TCG TCC TTG TAG TCA ACT GA(配列番号26)、(*野生型および変異体HTTが同一のリバースプライマー配列を共有する)。簡潔に述べると、以下の式を用いて、実験的Ct値をGAPDH値に対して標準化した。ΔCt=Ct(Htt)-Ct(GAPDH)。以下の式を用いて、対照と比較した発現レベルを計算した。ΔΔCt=Ct(処置)-ΔCt(対照)。最終発現レベルは、式2-ΔΔCtを用いて得た。
これらの研究を試みる上で、高度に相乗的な機能を呈し、Httを抑制するその能力において、ポリCAG鎖長に対して急峻な依存性を示すポリCAG標的化ZFP-TFの結合特性(図1A)は予想することができなかった。さらに、対立遺伝子特異的応答を可能にする環境要因をモデル系内で模倣することは困難であるという事実に対処するために、本発明者らは、患者細胞中での内在性HTTプロモーター状況における対立遺伝子特異的なインサイチュ抑制に関して直接、多様なZFP-TFの多様なパネルをスクリーニングすることに重点を置いた戦略を遂行した。
次に、本発明者らは、初期スクリーニングにおいて変異体対立遺伝子を選択的に抑制した2つのZFP-TFを使用し、同じくHttタンパク質産物の定量を介して、対立遺伝子特異的抑制と両立する用量範囲の評価に及んだ(ZFP-AおよびZFP-B、図1C)。ZFP-AないしZFP-Dに対する完全な配列が、下表3に提供されている。
本発明者らは、次に、HD集団を代表するポリCAG鎖を保有する線維芽細胞での滴定研究を行った(図1H)。これを達成するために、18リピートのポリCAG鎖(配列番号79)および45リピートのポリCAG鎖(配列番号80)を呈するGM02151線維芽細胞中で、リプレッサーZFP-AおよびZFP-Bをまず評価した。
HDの病態は神経細胞の機能不全によって特徴付けられるので、本発明者らは、CAG17/48(配列番号76/78)胚性幹細胞(ESC;Genea020)の十分に性質決定された株から分化した神経幹細胞(NSC)および神経細胞中でのZFPの能力を評価するために一連の研究を行った(図2A;図10)。最初の研究は、上述のように、対立遺伝子特異的抑制について調べた。
いくつかのインビトロ状況および脳内において強固なmHTT抑制を確立したので、本発明者らは、対立遺伝子選択的ZFPが、HDマウスにおいて、顕著な特徴となる神経病理学的および行動的表現型を改善することができるかどうかを評価することに着手した。本発明者らは、まず、伸長したCAGアレイ(約120CAG)を有するヒトHTTのエクソン1断片を過剰発現するR6/2マウスモデルにおいてZFPの性能を調べた。R6/2マウスは、神経細胞生理の早期かつ進行性の変化、体重(BW)低下、クラスピングおよび自発運動抑制状態を含む運動および認知の変化、ならびにDARPP32、ホスホジエステラーゼ10a(PDE10a)、ドーパミン受容体D1(DRD1)およびD2(DRD2)を含む中型有棘神経細胞(MSN)マーカーの大幅な低下を示す(実施例1参照)。
マウスにおける実質内AAV送達および急速なR6/2疾患の進行によって課される制約のため、本発明者らは、進行がより遅いzQ175モデルにおいて、ZFP-TFが主要な神経病理学的欠陥に影響をおよぼすことができるかどうかに焦点を当てた。これらのマウスは、約188CAGリピートを有するノックインmHTTヒトエクソン1対立遺伝子を保有し、HDに関連する分子的、組織学的、電気生理学的および行動的表現型を示す。実施例1参照。ヘテロ接合zQ175マウスは、3~4月齢において、12月齢まで蓄積を続ける特徴的なmHTT含有封入体を発達させ、4~6月齢の間に分子的および電気生理学的な疾患の特徴を呈し、10~12月齢に相対的に穏やかな自発運動障害の遅発性発症をするので(Menalledら、(2012)PLoS ONE 7:e49838;Heikkinenら、(2012)PLoS ONE 7:e50717;Cartyら、(2015)PLoS One 10:e0123527;Beaumontら、(2016)Neuron 92:1220-1237)、疾患の進行の異なるステージにおいてZFPの効力を評価することが可能となる。まず、本発明者らは、ZFP-BのAAV送達が、培養された一次ヘテロ接合zQ175線条体神経細胞中で、変異体HTT mRNA(99%、P<0.0001)およびタンパク質(99%;P<0.0001)の選択的な抑制をもたらすことを確認した(図4Aおよび4B)。予想されたとおり、野生型マウスHTTの低下は観察されず、ZFP DNA結合ドメインを欠如する対照ウイルス(ΔDBD)は、大幅に変異体HTTを低下することができなかった。
R6/2マウスにおける本発明者らの結果は、早期ZFP処置が、PDE10AならびにD1およびD2受容体を含む、HDにおいて下方制御される遺伝子の発現を部分的に回復することができることを実証した。PET画像化研究が、臨床診断の何年も前に始まる、HD患者でのPDE10A酵素およびD2様受容体のレベルの早期、進行性かつ顕著な低下を示しているので、これらの遺伝子をモニタリングすることの重要性は誇張し過ぎることはない(CHDI/カロリンスカ研究所の未公表の結果;概説については、Niccoliniら、(2018)J Neurol Neurosurg Psychiatry PMID:28889093参照)。ヘテロ接合zQ175マウスでの類似の研究において(PMID:27856625)、臨床的画像化リガンドは、相同分子種のマウスタンパク質の早期かつ進行性の変化を特定した。したがって、本発明者らは、線条体の脳切片のインビトロオートラジオグラフィー(ARG)および生きた動物での縦断的マイクロPET画像化法という2つのアプローチを用いて、これらのマーカーが、ZFP投与後のmHTT低下に対して感受性があるかどうかを探索した。
本発明者らは、本発明者らのインビトロまたはインビボ研究において、対立遺伝子選択的ZFPに対して毒性の証拠を観察しなかったが、本発明者らは、インビボでの短期および長期ZFP処置後に耐容性および特異性のマーカーをより綿密に調べようと努めた。慢性的ZFP発現が神経炎症応答または神経変性をもたらすかどうかを評価するために、本発明者らは、早期(2~6月齢)および後期(6~12月齢)枠組みの両方で、ZFPで処置された野生型およびzQ175マウスの両方において、アストログリア増殖症(GFAP)、小膠細胞症(Iba1)および一般的な神経細胞の生存性(NeuN)のマーカーをモニターした。(注射痕に局在された)注射それ自体の一過性効果の他には(図16A)、本発明者らは、いずれの処置に対してもマーカー強度(図16Dおよび16G)またはGFAP+(図4r、sならびに図16Eおよび16F)もしくはIba+(図4r、tならびに図16Bおよび16E)細胞の数の増加を観察しなかった。重要なことに、これらのマーカーに対してGFP発現の効果は存在しなかった(図16)。上昇した神経炎症性マーカーの不存在と合致して、本発明者らは、ZFP-BまたはZFP-Dで処置されたWTまたはzQ175 het線条体において、NeuN+細胞または強度または神経細胞の数の低下を一切検出しなかった(図17)。これらの結果は、WTならびに疾患発症前および発症後のzQ175マウスにおいて、長期線条体発現は一般に良好に耐容され、明らかな神経炎症性応答を誘導しなかったことを示す。本発明者らは、一側性線条体内AAV注射後に、WTおよびzQ175 hetマウスの早期(2~6月齢)および後期(6~12月齢)処置コホートの両方で、ZFP-BおよびZFP-Dをさらに評価した。本発明者らは、研究の期間にわたるBW低下、全般的な活動、自発的な行動、毛づくろい、巣作り、餌および液体摂取または体温の変化を観察しなかった。組織学的な分析は、反対側半球と比較して、脳体積の変化の兆候、NeuN発現の喪失および星状膠細胞マーカーの評価を示さなかった。
本発明者らの研究は、マウス中の天然のHTT遺伝子座における対立遺伝子選択的な転写抑制の初めての直接的な実証を提示する。患者由来細胞における大規模な試験から得られた結果は、38以上のCAGリピートを有するmHTT対立遺伝子からの発現は79~93%抑制することができるのに対して、21以下のCAGリピート(試験された最長の正常なリピート長)を有する正常な対立遺伝子からの発現はわずかに0~31%抑制されることを実証する。したがって、対立遺伝子選択的ZFP-TFは、HD集団において、完全に浸透性の変異体対立遺伝子の100%と正常なHTT対立遺伝子の少なくとも86%とを識別する特筆すべき能力を示す(図1H)。それぞれがHD患者の一部集団に限定されるSNPベースの対立遺伝子選択的mHTT低下アプローチと比べて、本研究に記載されているCAG標的化ZFPリプレッサーは、HD被験体の大半において、発病性対立遺伝子からの発現を選択的に下方制御する潜在的能力を有する。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
ジンクフィンガータンパク質転写因子リプレッサーであって、抑制ドメインおよび以下のジンクフィンガータンパク質(ZFP):
(a)アミノ酸配列
を含む、ZFP-Aと名付けられたZFP;
(b)アミノ酸配列
を含む、ZFP-Bと名付けられたZFP;
(c)アミノ酸配列
を含む、ZFP-Cと名付けられたZFP;および
(d)
アミノ酸配列
を含む、ZFP-Dと名付けられたZFP;
を含む、ジンクフィンガータンパク質転写因子リプレッサー。
(項目2)
項目1に記載のZFP-TFリプレッサーをコードするポリヌクレオチド。
(項目3)
項目2に記載の1またはそれを超えるポリヌクレオチドを含むmRNAまたはAAV2ベクター。
(項目4)
項目1に記載の1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサーと、1もしくはそれを超えるポリヌクレオチドと、および/または項目3に記載の1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターを含む薬学的組成物。
(項目5)
項目1に記載の1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサーと、1もしくはそれを超えるポリヌクレオチドと、項目3に記載の1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターと、および/または項目4に記載の薬学的組成物とを含む細胞。
(項目6)
神経細胞または線維芽細胞である、項目5に記載の細胞。
(項目7)
ハンチントン病(HD)を有する被験体由来の神経細胞中のアポトーシスを低減し、ATPレベルを増加させる方法であって、項目1に記載の1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサーと、1もしくはそれを超えるポリヌクレオチドと、項目3に記載の1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターと、および/または項目4に記載の薬学的組成物とを前記神経細胞に投与することを含む、方法。
(項目8)
項目1に記載の1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサー、1もしくはそれを超えるポリヌクレオチド、項目3に記載の1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターおよび/または項目4に記載の薬学的組成物を、ハンチントン病(HD)を有する被験体の線条体に投与することによって、前記被験体中の運動障害を軽減するための、前記1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサー、前記1もしくはそれを超えるポリヌクレオチド、前記1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターおよび/または前記薬学的組成物の使用。
(項目9)
項目1に記載の1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサー、1もしくはそれを超えるポリヌクレオチド、項目3に記載の1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターおよび/または項目4に記載の薬学的組成物を、ハンチントン病(HD)を有する被験体の線条体に投与することによって、前記被験体中のHTT封入体を低減するための、前記1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサー、前記1もしくはそれを超えるポリヌクレオチド、前記1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターおよび/または前記薬学的組成物の使用。
(項目10)
前記HTT封入体が核周囲またはEM48+封入体である、項目9に記載の使用。
(項目11)
項目1に記載の1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサー、1もしくはそれを超えるポリヌクレオチド、項目3に記載の1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターおよび/または項目4に記載の薬学的組成物を、HDを有する被験体の線条体に投与することによって、前記被験体中の翻訳バイオマーカーを回復させるための、前記1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサー、前記1もしくはそれを超えるポリヌクレオチド、前記1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターおよび/または前記薬学的組成物の使用。
(項目12)
前記バイオマーカーが、PDE10Aおよび/またはD1もしくはD2受容体である、項目11に記載の使用。
(項目13)
ハンチントン病を処置および/または予防することを必要とする被験体において、ハンチントン病を処置および/または予防するための、項目1に記載の1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサー、1もしくはそれを超えるポリヌクレオチド、項目3に記載の1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターおよび/または項目4に記載の薬学的組成物の使用。
Claims (13)
- 請求項1に記載のZFP-TFリプレッサーをコードするポリヌクレオチド。
- 請求項2に記載の1またはそれを超えるポリヌクレオチドを含むmRNAまたはAAV2ベクター。
- 請求項1に記載の1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサーと、請求項2に記載の1もしくはそれを超えるポリヌクレオチドと、および/または請求項3に記載の1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターを含む薬学的組成物。
- 請求項1に記載の1もしくはそれを超えるZFP-TFリプレッサーと、請求項2に記載の1もしくはそれを超えるポリヌクレオチドと、請求項3に記載の1もしくはそれを超えるmRNAもしくはAAVベクターと、および/または請求項4に記載の薬学的組成物とを含む細胞。
- 神経細胞または線維芽細胞である、請求項5に記載の細胞。
- ハンチントン病(HD)を有する被験体由来の神経細胞中のアポトーシスを低減し、ATPレベルを増加させるための、請求項4に記載の薬学的組成物であって、前記神経細胞に投与されることを特徴とする、薬学的組成物。
- ハンチントン病(HD)を有する被験体の運動障害を軽減するための、請求項4に記載の薬学的組成物であって、前記被験体の線条体に投与されることを特徴とする、薬学的組成物。
- ハンチントン病(HD)を有する被験体のHTT封入体を低減するための、請求項4に記載の薬学的組成物であって、前記被験体の線条体に投与されることを特徴とする、薬学的組成物。
- 前記HTT封入体が核周囲またはEM48+封入体である、請求項9に記載の薬学的組成物。
- HDを有する被験体の翻訳バイオマーカーを回復させるための、請求項4に記載の薬学的組成物であって、前記被験体の線条体に投与されることを特徴とする、薬学的組成物。
- 前記バイオマーカーが、PDE10Aおよび/またはD1もしくはD2受容体である、請求項11に記載の薬学的組成物。
- ハンチントン病を処置および/または予防することを必要とする被験体において、ハンチントン病を処置および/または予防するための、請求項4に記載の薬学的組成物。
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